CN117241837A - 乙型肝炎病毒siRNA和siRNA缀合物 - Google Patents
乙型肝炎病毒siRNA和siRNA缀合物 Download PDFInfo
- Publication number
- CN117241837A CN117241837A CN202280026376.2A CN202280026376A CN117241837A CN 117241837 A CN117241837 A CN 117241837A CN 202280026376 A CN202280026376 A CN 202280026376A CN 117241837 A CN117241837 A CN 117241837A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- seq
- sirna
- antisense strand
- nucleotide
- group
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 108020004459 Small interfering RNA Proteins 0.000 title claims abstract description 256
- 241000700721 Hepatitis B virus Species 0.000 title claims abstract description 52
- 230000008685 targeting Effects 0.000 claims abstract description 124
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 112
- 239000008194 pharmaceutical composition Substances 0.000 claims abstract description 35
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 claims abstract description 33
- 201000010099 disease Diseases 0.000 claims abstract description 24
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 343
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 267
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 claims description 264
- -1 methoxy, ethoxy, n-propoxy, isopropoxy, vinyl Chemical group 0.000 claims description 192
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 179
- 108091081021 Sense strand Proteins 0.000 claims description 161
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical group NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 147
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical group O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 135
- 238000012986 modification Methods 0.000 claims description 116
- 230000004048 modification Effects 0.000 claims description 116
- 238000007385 chemical modification Methods 0.000 claims description 111
- 239000003446 ligand Substances 0.000 claims description 80
- 229930024421 Adenine Natural products 0.000 claims description 79
- 229960000643 adenine Drugs 0.000 claims description 79
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N adenyl group Chemical group N1=CN=C2N=CNC2=C1N GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 78
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 claims description 74
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 claims description 68
- 229910052760 oxygen Inorganic materials 0.000 claims description 50
- 125000002496 methyl group Chemical group [H]C([H])([H])* 0.000 claims description 45
- 229910052717 sulfur Inorganic materials 0.000 claims description 37
- HSFWRNGVRCDJHI-UHFFFAOYSA-N alpha-acetylene Natural products C#C HSFWRNGVRCDJHI-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 31
- 125000002534 ethynyl group Chemical group [H]C#C* 0.000 claims description 31
- 125000001494 2-propynyl group Chemical group [H]C#CC([H])([H])* 0.000 claims description 30
- 229910052731 fluorine Inorganic materials 0.000 claims description 30
- 125000003903 2-propenyl group Chemical group [H]C([*])([H])C([H])=C([H])[H] 0.000 claims description 29
- RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-N Thiophosphoric acid Chemical group OP(O)(S)=O RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 25
- 125000001495 ethyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])* 0.000 claims description 23
- 125000001449 isopropyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])(*)C([H])([H])[H] 0.000 claims description 22
- 125000004123 n-propyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])* 0.000 claims description 22
- MBLBDJOUHNCFQT-UHFFFAOYSA-N N-acetyl-D-galactosamine Natural products CC(=O)NC(C=O)C(O)C(O)C(O)CO MBLBDJOUHNCFQT-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 19
- 125000002467 phosphate group Chemical group [H]OP(=O)(O[H])O[*] 0.000 claims description 17
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 claims description 16
- 125000000391 vinyl group Chemical group [H]C([*])=C([H])[H] 0.000 claims description 16
- 229920002554 vinyl polymer Polymers 0.000 claims description 15
- OVRNDRQMDRJTHS-CBQIKETKSA-N N-Acetyl-D-Galactosamine Chemical compound CC(=O)N[C@H]1[C@@H](O)O[C@H](CO)[C@H](O)[C@@H]1O OVRNDRQMDRJTHS-CBQIKETKSA-N 0.000 claims description 14
- 101710142246 External core antigen Proteins 0.000 claims description 11
- MSWZFWKMSRAUBD-UHFFFAOYSA-N beta-D-galactosamine Natural products NC1C(O)OC(CO)C(O)C1O MSWZFWKMSRAUBD-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 11
- 208000002672 hepatitis B Diseases 0.000 claims description 11
- 239000003814 drug Substances 0.000 claims description 10
- 230000002401 inhibitory effect Effects 0.000 claims description 10
- 210000004185 liver Anatomy 0.000 claims description 10
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims description 9
- 230000010076 replication Effects 0.000 claims description 9
- 108700025184 hepatitis B virus X Proteins 0.000 claims description 8
- MSWZFWKMSRAUBD-GASJEMHNSA-N 2-amino-2-deoxy-D-galactopyranose Chemical compound N[C@H]1C(O)O[C@H](CO)[C@H](O)[C@@H]1O MSWZFWKMSRAUBD-GASJEMHNSA-N 0.000 claims description 6
- 229930182830 galactose Natural products 0.000 claims description 6
- 208000006454 hepatitis Diseases 0.000 claims description 6
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims description 6
- WQZGKKKJIJFFOK-PHYPRBDBSA-N alpha-D-galactose Chemical compound OC[C@H]1O[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-PHYPRBDBSA-N 0.000 claims description 5
- 206010073071 hepatocellular carcinoma Diseases 0.000 claims description 5
- 231100000844 hepatocellular carcinoma Toxicity 0.000 claims description 5
- 208000019425 cirrhosis of liver Diseases 0.000 claims description 4
- 208000029570 hepatitis D virus infection Diseases 0.000 claims description 4
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 claims description 4
- KXTUJUVCAGXOBN-WQXQQRIOSA-N 2-methyl-N-[(3R,4R,5R,6R)-2,4,5-trihydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-3-yl]propanamide Chemical compound CC(C)C(=O)N[C@H]1C(O)O[C@H](CO)[C@H](O)[C@@H]1O KXTUJUVCAGXOBN-WQXQQRIOSA-N 0.000 claims description 3
- 206010059193 Acute hepatitis B Diseases 0.000 claims description 3
- 208000000419 Chronic Hepatitis B Diseases 0.000 claims description 3
- 206010057573 Chronic hepatic failure Diseases 0.000 claims description 3
- 208000010334 End Stage Liver Disease Diseases 0.000 claims description 3
- RPJMPMDUKSRLLF-QNRYFBKSSA-N N-[(3R,4R,5R,6R)-2,4,5-trihydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-3-yl]butanamide Chemical compound CCCC(=O)N[C@H]1C(O)O[C@H](CO)[C@H](O)[C@@H]1O RPJMPMDUKSRLLF-QNRYFBKSSA-N 0.000 claims description 3
- FVMMQJUBNMOPPR-WLDMJGECSA-N N-[(3R,4R,5R,6R)-2,4,5-trihydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-3-yl]formamide Chemical compound OC[C@H]1OC(O)[C@H](NC=O)[C@@H](O)[C@H]1O FVMMQJUBNMOPPR-WLDMJGECSA-N 0.000 claims description 3
- RTEOJYOKWPEKKN-HXQZNRNWSA-N N-[(3R,4R,5R,6R)-2,4,5-trihydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-3-yl]propanamide Chemical compound CCC(=O)N[C@H]1C(O)O[C@H](CO)[C@H](O)[C@@H]1O RTEOJYOKWPEKKN-HXQZNRNWSA-N 0.000 claims description 3
- 208000037628 acute hepatitis B virus infection Diseases 0.000 claims description 3
- 208000011444 chronic liver failure Diseases 0.000 claims description 3
- 231100000283 hepatitis Toxicity 0.000 claims description 3
- 230000002194 synthesizing effect Effects 0.000 claims description 2
- 108700005077 Viral Genes Proteins 0.000 claims 2
- XKKCQTLDIPIRQD-JGVFFNPUSA-N 1-[(2r,5s)-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione Chemical class O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](CO)CC1 XKKCQTLDIPIRQD-JGVFFNPUSA-N 0.000 claims 1
- 239000003937 drug carrier Substances 0.000 claims 1
- 239000000203 mixture Substances 0.000 abstract description 31
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 abstract description 5
- 239000004055 small Interfering RNA Substances 0.000 description 209
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 173
- 239000002585 base Substances 0.000 description 165
- YMWUJEATGCHHMB-UHFFFAOYSA-N Dichloromethane Chemical compound ClCCl YMWUJEATGCHHMB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 140
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 119
- WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N Acetonitrile Chemical compound CC#N WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 112
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N thymine Chemical compound CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 105
- SIKJAQJRHWYJAI-UHFFFAOYSA-N Indole Chemical compound C1=CC=C2NC=CC2=C1 SIKJAQJRHWYJAI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 90
- BVIAOQMSVZHOJM-UHFFFAOYSA-N N(6),N(6)-dimethyladenine Chemical compound CN(C)C1=NC=NC2=C1N=CN2 BVIAOQMSVZHOJM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 88
- 229910052736 halogen Inorganic materials 0.000 description 80
- 150000002367 halogens Chemical class 0.000 description 80
- 125000000217 alkyl group Chemical group 0.000 description 68
- XEKOWRVHYACXOJ-UHFFFAOYSA-N Ethyl acetate Chemical compound CCOC(C)=O XEKOWRVHYACXOJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 66
- OZFPSOBLQZPIAV-UHFFFAOYSA-N 5-nitro-1h-indole Chemical class [O-][N+](=O)C1=CC=C2NC=CC2=C1 OZFPSOBLQZPIAV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 64
- OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N Methanol Chemical compound OC OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 57
- 230000000875 corresponding effect Effects 0.000 description 55
- 229940113082 thymine Drugs 0.000 description 53
- KDCGOANMDULRCW-UHFFFAOYSA-N 7H-purine Chemical compound N1=CNC2=NC=NC2=C1 KDCGOANMDULRCW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 52
- 125000003601 C2-C6 alkynyl group Chemical group 0.000 description 50
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 50
- 125000000882 C2-C6 alkenyl group Chemical group 0.000 description 49
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 49
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 48
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 description 47
- 229910052799 carbon Inorganic materials 0.000 description 46
- MWBWWFOAEOYUST-UHFFFAOYSA-N 2-aminopurine Chemical compound NC1=NC=C2N=CNC2=N1 MWBWWFOAEOYUST-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 45
- PZOUSPYUWWUPPK-UHFFFAOYSA-N indole Natural products CC1=CC=CC2=C1C=CN2 PZOUSPYUWWUPPK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 45
- RKJUIXBNRJVNHR-UHFFFAOYSA-N indolenine Natural products C1=CC=C2CC=NC2=C1 RKJUIXBNRJVNHR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 45
- LOJNBPNACKZWAI-UHFFFAOYSA-N 3-nitro-1h-pyrrole Chemical compound [O-][N+](=O)C=1C=CNC=1 LOJNBPNACKZWAI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 44
- LRFVTYWOQMYALW-UHFFFAOYSA-N 9H-xanthine Chemical group O=C1NC(=O)NC2=C1NC=N2 LRFVTYWOQMYALW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 42
- FDGQSTZJBFJUBT-UHFFFAOYSA-N hypoxanthine Chemical group O=C1NC=NC2=C1NC=N2 FDGQSTZJBFJUBT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 42
- DRAVOWXCEBXPTN-UHFFFAOYSA-N isoguanine Chemical group NC1=NC(=O)NC2=C1NC=N2 DRAVOWXCEBXPTN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 42
- JUJWROOIHBZHMG-UHFFFAOYSA-N Pyridine Chemical compound C1=CC=NC=C1 JUJWROOIHBZHMG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 40
- 239000000047 product Substances 0.000 description 40
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 39
- 229910001868 water Inorganic materials 0.000 description 37
- ZMXDDKWLCZADIW-UHFFFAOYSA-N N,N-Dimethylformamide Chemical compound CN(C)C=O ZMXDDKWLCZADIW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 36
- XKRFYHLGVUSROY-UHFFFAOYSA-N Argon Chemical compound [Ar] XKRFYHLGVUSROY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 34
- WYURNTSHIVDZCO-UHFFFAOYSA-N Tetrahydrofuran Chemical compound C1CCOC1 WYURNTSHIVDZCO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 34
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 34
- 239000012071 phase Substances 0.000 description 30
- 238000003756 stirring Methods 0.000 description 30
- RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-K thiophosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=S RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 30
- 125000003545 alkoxy group Chemical group 0.000 description 28
- 229910052805 deuterium Inorganic materials 0.000 description 28
- 239000012074 organic phase Substances 0.000 description 28
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 description 28
- YZCKVEUIGOORGS-OUBTZVSYSA-N Deuterium Chemical compound [2H] YZCKVEUIGOORGS-OUBTZVSYSA-N 0.000 description 27
- 125000001072 heteroaryl group Chemical group 0.000 description 26
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 26
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 26
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 26
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 26
- CZPWVGJYEJSRLH-UHFFFAOYSA-N Pyrimidine Chemical compound C1=CN=CN=C1 CZPWVGJYEJSRLH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 25
- MSSXOMSJDRHRMC-UHFFFAOYSA-N 9H-purine-2,6-diamine Chemical group NC1=NC(N)=C2NC=NC2=N1 MSSXOMSJDRHRMC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 24
- 125000003118 aryl group Chemical group 0.000 description 24
- 125000001424 substituent group Chemical group 0.000 description 24
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 23
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 23
- 125000004093 cyano group Chemical group *C#N 0.000 description 23
- 235000019439 ethyl acetate Nutrition 0.000 description 23
- 229940076263 indole Drugs 0.000 description 23
- JGFZNNIVVJXRND-UHFFFAOYSA-N N,N-Diisopropylethylamine (DIPEA) Chemical compound CCN(C(C)C)C(C)C JGFZNNIVVJXRND-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 22
- 125000002887 hydroxy group Chemical group [H]O* 0.000 description 22
- 229920006395 saturated elastomer Polymers 0.000 description 22
- XQCZBXHVTFVIFE-UHFFFAOYSA-N 2-amino-4-hydroxypyrimidine Chemical compound NC1=NC=CC(O)=N1 XQCZBXHVTFVIFE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 21
- UGQMRVRMYYASKQ-UHFFFAOYSA-N Hypoxanthine nucleoside Chemical group OC1C(O)C(CO)OC1N1C(NC=NC2=O)=C2N=C1 UGQMRVRMYYASKQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 21
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 21
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 21
- 229940075420 xanthine Drugs 0.000 description 21
- GJTBSTBJLVYKAU-XVFCMESISA-N 2-thiouridine Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(=S)NC(=O)C=C1 GJTBSTBJLVYKAU-XVFCMESISA-N 0.000 description 20
- 150000005244 3-nitropyrroles Chemical class 0.000 description 20
- ZLOIGESWDJYCTF-UHFFFAOYSA-N 4-Thiouridine Natural products OC1C(O)C(CO)OC1N1C(=O)NC(=S)C=C1 ZLOIGESWDJYCTF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 20
- ZLOIGESWDJYCTF-XVFCMESISA-N 4-thiouridine Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(=O)NC(=S)C=C1 ZLOIGESWDJYCTF-XVFCMESISA-N 0.000 description 20
- LRSASMSXMSNRBT-UHFFFAOYSA-N 5-methylcytosine Chemical compound CC1=CNC(=O)N=C1N LRSASMSXMSNRBT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 20
- HWRFTOWHSBECMR-UHFFFAOYSA-N 6-n-[(4-aminophenyl)methyl]-2-n-[[3-(trifluoromethyl)phenyl]methyl]-7h-purine-2,6-diamine Chemical class C1=CC(N)=CC=C1CNC1=NC(NCC=2C=C(C=CC=2)C(F)(F)F)=NC2=C1NC=N2 HWRFTOWHSBECMR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 20
- 239000000706 filtrate Substances 0.000 description 20
- 150000002475 indoles Chemical class 0.000 description 20
- 150000003212 purines Chemical class 0.000 description 20
- UMJSCPRVCHMLSP-UHFFFAOYSA-N pyridine Natural products COC1=CC=CN=C1 UMJSCPRVCHMLSP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 20
- 150000003230 pyrimidines Chemical class 0.000 description 20
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 20
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 19
- 125000000449 nitro group Chemical group [O-][N+](*)=O 0.000 description 18
- 239000002777 nucleoside Substances 0.000 description 18
- 229910052786 argon Inorganic materials 0.000 description 17
- 239000002808 molecular sieve Substances 0.000 description 17
- 239000011734 sodium Substances 0.000 description 17
- URGAHOPLAPQHLN-UHFFFAOYSA-N sodium aluminosilicate Chemical compound [Na+].[Al+3].[O-][Si]([O-])=O.[O-][Si]([O-])=O URGAHOPLAPQHLN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 17
- IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N Atomic nitrogen Chemical compound N#N IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 16
- QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N acetic acid Substances CC(O)=O QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 16
- 125000003342 alkenyl group Chemical group 0.000 description 16
- 125000000753 cycloalkyl group Chemical group 0.000 description 16
- 238000004108 freeze drying Methods 0.000 description 16
- 239000000178 monomer Substances 0.000 description 16
- 125000004043 oxo group Chemical group O=* 0.000 description 16
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 16
- HPALAKNZSZLMCH-UHFFFAOYSA-M sodium;chloride;hydrate Chemical class O.[Na+].[Cl-] HPALAKNZSZLMCH-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 16
- JBWYRBLDOOOJEU-UHFFFAOYSA-N 1-[chloro-(4-methoxyphenyl)-phenylmethyl]-4-methoxybenzene Chemical compound C1=CC(OC)=CC=C1C(Cl)(C=1C=CC(OC)=CC=1)C1=CC=CC=C1 JBWYRBLDOOOJEU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 14
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 14
- 125000000000 cycloalkoxy group Chemical group 0.000 description 14
- 230000009437 off-target effect Effects 0.000 description 14
- 238000010532 solid phase synthesis reaction Methods 0.000 description 14
- 239000002904 solvent Substances 0.000 description 14
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 13
- UIIMBOGNXHQVGW-UHFFFAOYSA-M Sodium bicarbonate Chemical compound [Na+].OC([O-])=O UIIMBOGNXHQVGW-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 13
- 125000000304 alkynyl group Chemical group 0.000 description 13
- 125000005133 alkynyloxy group Chemical group 0.000 description 13
- 125000004465 cycloalkenyloxy group Chemical group 0.000 description 13
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 13
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 13
- 125000003320 C2-C6 alkenyloxy group Chemical group 0.000 description 12
- 125000004432 carbon atom Chemical group C* 0.000 description 12
- 229910052757 nitrogen Inorganic materials 0.000 description 12
- DTQVDTLACAAQTR-UHFFFAOYSA-N trifluoroacetic acid Substances OC(=O)C(F)(F)F DTQVDTLACAAQTR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 12
- ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N Triethylamine Chemical compound CCN(CC)CC ZMANZCXQSJIPKH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 11
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 11
- 238000001035 drying Methods 0.000 description 11
- 238000002953 preparative HPLC Methods 0.000 description 11
- 125000006656 (C2-C4) alkenyl group Chemical group 0.000 description 10
- 125000006650 (C2-C4) alkynyl group Chemical group 0.000 description 10
- MCTWTZJPVLRJOU-UHFFFAOYSA-N 1-methyl-1H-imidazole Chemical compound CN1C=CN=C1 MCTWTZJPVLRJOU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 10
- VHYFNPMBLIVWCW-UHFFFAOYSA-N 4-Dimethylaminopyridine Chemical compound CN(C)C1=CC=NC=C1 VHYFNPMBLIVWCW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 10
- UFHFLCQGNIYNRP-UHFFFAOYSA-N Hydrogen Chemical compound [H][H] UFHFLCQGNIYNRP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 10
- 125000003178 carboxy group Chemical group [H]OC(*)=O 0.000 description 10
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 10
- 238000000684 flow cytometry Methods 0.000 description 10
- 125000000592 heterocycloalkyl group Chemical group 0.000 description 10
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 description 10
- 238000010166 immunofluorescence Methods 0.000 description 10
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 10
- 150000003536 tetrazoles Chemical class 0.000 description 10
- 238000001262 western blot Methods 0.000 description 10
- NYHBQMYGNKIUIF-UHFFFAOYSA-N D-guanosine Natural products C1=2NC(N)=NC(=O)C=2N=CN1C1OC(CO)C(O)C1O NYHBQMYGNKIUIF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- 125000004414 alkyl thio group Chemical group 0.000 description 9
- 125000000623 heterocyclic group Chemical group 0.000 description 9
- RTZKZFJDLAIYFH-UHFFFAOYSA-N Diethyl ether Chemical compound CCOCC RTZKZFJDLAIYFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- KDLHZDBZIXYQEI-UHFFFAOYSA-N Palladium Chemical compound [Pd] KDLHZDBZIXYQEI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- ABLZXFCXXLZCGV-UHFFFAOYSA-N Phosphorous acid Chemical group OP(O)=O ABLZXFCXXLZCGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 229940125904 compound 1 Drugs 0.000 description 8
- 229940125782 compound 2 Drugs 0.000 description 8
- 229940126214 compound 3 Drugs 0.000 description 8
- 230000005764 inhibitory process Effects 0.000 description 8
- 238000004895 liquid chromatography mass spectrometry Methods 0.000 description 8
- QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-N Ammonia Chemical compound N QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- 102000005427 Asialoglycoprotein Receptor Human genes 0.000 description 7
- YLQBMQCUIZJEEH-UHFFFAOYSA-N Furan Chemical compound C=1C=COC=1 YLQBMQCUIZJEEH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- WMFOQBRAJBCJND-UHFFFAOYSA-M Lithium hydroxide Chemical compound [Li+].[OH-] WMFOQBRAJBCJND-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 7
- 125000003282 alkyl amino group Chemical group 0.000 description 7
- 108010006523 asialoglycoprotein receptor Proteins 0.000 description 7
- 125000004429 atom Chemical group 0.000 description 7
- HVYWMOMLDIMFJA-DPAQBDIFSA-N cholesterol Chemical compound C1C=C2C[C@@H](O)CC[C@]2(C)[C@@H]2[C@@H]1[C@@H]1CC[C@H]([C@H](C)CCCC(C)C)[C@@]1(C)CC2 HVYWMOMLDIMFJA-DPAQBDIFSA-N 0.000 description 7
- 229940125898 compound 5 Drugs 0.000 description 7
- 208000035475 disorder Diseases 0.000 description 7
- 238000007423 screening assay Methods 0.000 description 7
- 239000007858 starting material Substances 0.000 description 7
- IAZDPXIOMUYVGZ-WFGJKAKNSA-N Dimethyl sulfoxide Chemical compound [2H]C([2H])([2H])S(=O)C([2H])([2H])[2H] IAZDPXIOMUYVGZ-WFGJKAKNSA-N 0.000 description 6
- 108091093094 Glycol nucleic acid Proteins 0.000 description 6
- KFZMGEQAYNKOFK-UHFFFAOYSA-N Isopropanol Chemical compound CC(C)O KFZMGEQAYNKOFK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 229910019142 PO4 Inorganic materials 0.000 description 6
- 239000008346 aqueous phase Substances 0.000 description 6
- 239000007864 aqueous solution Substances 0.000 description 6
- 230000037396 body weight Effects 0.000 description 6
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 6
- 238000001914 filtration Methods 0.000 description 6
- 230000000670 limiting effect Effects 0.000 description 6
- 238000003468 luciferase reporter gene assay Methods 0.000 description 6
- 239000000546 pharmaceutical excipient Substances 0.000 description 6
- 239000010452 phosphate Substances 0.000 description 6
- 125000002924 primary amino group Chemical group [H]N([H])* 0.000 description 6
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 description 6
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 description 6
- 125000000548 ribosyl group Chemical group C1([C@H](O)[C@H](O)[C@H](O1)CO)* 0.000 description 6
- 125000006413 ring segment Chemical group 0.000 description 6
- 229910000030 sodium bicarbonate Inorganic materials 0.000 description 6
- 235000017557 sodium bicarbonate Nutrition 0.000 description 6
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 6
- 235000000346 sugar Nutrition 0.000 description 6
- RIOQSEWOXXDEQQ-UHFFFAOYSA-N triphenylphosphine Chemical compound C1=CC=CC=C1P(C=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 RIOQSEWOXXDEQQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 229910052721 tungsten Inorganic materials 0.000 description 6
- LMDZBCPBFSXMTL-UHFFFAOYSA-N 1-Ethyl-3-(3-dimethylaminopropyl)carbodiimide Substances CCN=C=NCCCN(C)C LMDZBCPBFSXMTL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- FPQQSJJWHUJYPU-UHFFFAOYSA-N 3-(dimethylamino)propyliminomethylidene-ethylazanium;chloride Chemical compound Cl.CCN=C=NCCCN(C)C FPQQSJJWHUJYPU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- HBAQYPYDRFILMT-UHFFFAOYSA-N 8-[3-(1-cyclopropylpyrazol-4-yl)-1H-pyrazolo[4,3-d]pyrimidin-5-yl]-3-methyl-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-2-one Chemical class C1(CC1)N1N=CC(=C1)C1=NNC2=C1N=C(N=C2)N1C2C(N(CC1CC2)C)=O HBAQYPYDRFILMT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- NLXLAEXVIDQMFP-UHFFFAOYSA-N Ammonia chloride Chemical compound [NH4+].[Cl-] NLXLAEXVIDQMFP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 238000010521 absorption reaction Methods 0.000 description 5
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 5
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 5
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 5
- 239000011203 carbon fibre reinforced carbon Substances 0.000 description 5
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 5
- 239000010949 copper Substances 0.000 description 5
- 150000002576 ketones Chemical class 0.000 description 5
- 150000003833 nucleoside derivatives Chemical class 0.000 description 5
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 4
- HZAXFHJVJLSVMW-UHFFFAOYSA-N 2-Aminoethan-1-ol Chemical compound NCCO HZAXFHJVJLSVMW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 125000002103 4,4'-dimethoxytriphenylmethyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(C([H])=C1[H])C(*)(C1=C([H])C([H])=C(OC([H])([H])[H])C([H])=C1[H])C1=C([H])C([H])=C(OC([H])([H])[H])C([H])=C1[H] 0.000 description 4
- 229960000549 4-dimethylaminophenol Drugs 0.000 description 4
- YYROPELSRYBVMQ-UHFFFAOYSA-N 4-toluenesulfonyl chloride Chemical compound CC1=CC=C(S(Cl)(=O)=O)C=C1 YYROPELSRYBVMQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 239000007821 HATU Substances 0.000 description 4
- XEEYBQQBJWHFJM-UHFFFAOYSA-N Iron Chemical group [Fe] XEEYBQQBJWHFJM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- OVRNDRQMDRJTHS-KEWYIRBNSA-N N-acetyl-D-galactosamine Chemical compound CC(=O)N[C@H]1C(O)O[C@H](CO)[C@H](O)[C@@H]1O OVRNDRQMDRJTHS-KEWYIRBNSA-N 0.000 description 4
- NQRYJNQNLNOLGT-UHFFFAOYSA-N Piperidine Chemical compound C1CCNCC1 NQRYJNQNLNOLGT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 108091028664 Ribonucleotide Proteins 0.000 description 4
- QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N atomic oxygen Chemical compound [O] QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- RYYVLZVUVIJVGH-UHFFFAOYSA-N caffeine Chemical compound CN1C(=O)N(C)C(=O)C2=C1N=CN2C RYYVLZVUVIJVGH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 239000012043 crude product Substances 0.000 description 4
- 239000013078 crystal Substances 0.000 description 4
- 125000000392 cycloalkenyl group Chemical group 0.000 description 4
- 239000011737 fluorine Substances 0.000 description 4
- 150000008275 galactosamines Chemical class 0.000 description 4
- 150000002256 galaktoses Chemical class 0.000 description 4
- 210000003494 hepatocyte Anatomy 0.000 description 4
- 239000000543 intermediate Substances 0.000 description 4
- 239000002609 medium Substances 0.000 description 4
- 125000002950 monocyclic group Chemical group 0.000 description 4
- 239000003921 oil Substances 0.000 description 4
- 239000001301 oxygen Substances 0.000 description 4
- 239000003208 petroleum Substances 0.000 description 4
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 4
- 239000002994 raw material Substances 0.000 description 4
- 239000002336 ribonucleotide Substances 0.000 description 4
- PXQLVRUNWNTZOS-UHFFFAOYSA-N sulfanyl Chemical class [SH] PXQLVRUNWNTZOS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- FPGGTKZVZWFYPV-UHFFFAOYSA-M tetrabutylammonium fluoride Chemical compound [F-].CCCC[N+](CCCC)(CCCC)CCCC FPGGTKZVZWFYPV-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 4
- GETQZCLCWQTVFV-UHFFFAOYSA-N trimethylamine Chemical compound CN(C)C GETQZCLCWQTVFV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 4
- 229910052727 yttrium Inorganic materials 0.000 description 4
- 208000035657 Abasia Diseases 0.000 description 3
- WFDIJRYMOXRFFG-UHFFFAOYSA-N Acetic anhydride Chemical compound CC(=O)OC(C)=O WFDIJRYMOXRFFG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- VHUUQVKOLVNVRT-UHFFFAOYSA-N Ammonium hydroxide Chemical compound [NH4+].[OH-] VHUUQVKOLVNVRT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 108091003079 Bovine Serum Albumin Proteins 0.000 description 3
- OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N Carbon Chemical compound [C] OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 206010008909 Chronic Hepatitis Diseases 0.000 description 3
- 239000006144 Dulbecco’s modified Eagle's medium Substances 0.000 description 3
- 208000032928 Dyslipidaemia Diseases 0.000 description 3
- LYCAIKOWRPUZTN-UHFFFAOYSA-N Ethylene glycol Chemical compound OCCO LYCAIKOWRPUZTN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- PXGOKWXKJXAPGV-UHFFFAOYSA-N Fluorine Chemical compound FF PXGOKWXKJXAPGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 241000254158 Lampyridae Species 0.000 description 3
- 208000017170 Lipid metabolism disease Diseases 0.000 description 3
- 101100170604 Mus musculus Dmap1 gene Proteins 0.000 description 3
- RWRDLPDLKQPQOW-UHFFFAOYSA-N Pyrrolidine Chemical compound C1CCNC1 RWRDLPDLKQPQOW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 241000242739 Renilla Species 0.000 description 3
- VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N Silicium dioxide Chemical compound O=[Si]=O VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M Sodium hydroxide Chemical compound [OH-].[Na+] HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 3
- YXFVVABEGXRONW-UHFFFAOYSA-N Toluene Chemical compound CC1=CC=CC=C1 YXFVVABEGXRONW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 3
- 230000002378 acidificating effect Effects 0.000 description 3
- 125000002015 acyclic group Chemical group 0.000 description 3
- 125000004453 alkoxycarbonyl group Chemical group 0.000 description 3
- 150000001412 amines Chemical class 0.000 description 3
- 235000011114 ammonium hydroxide Nutrition 0.000 description 3
- 125000005161 aryl oxy carbonyl group Chemical group 0.000 description 3
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 3
- PASDCCFISLVPSO-UHFFFAOYSA-N benzoyl chloride Chemical compound ClC(=O)C1=CC=CC=C1 PASDCCFISLVPSO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- UORVGPXVDQYIDP-UHFFFAOYSA-N borane Chemical compound B UORVGPXVDQYIDP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 150000001721 carbon Chemical group 0.000 description 3
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 3
- 235000012000 cholesterol Nutrition 0.000 description 3
- 238000004440 column chromatography Methods 0.000 description 3
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 3
- 125000000596 cyclohexenyl group Chemical group C1(=CCCCC1)* 0.000 description 3
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 3
- 238000001704 evaporation Methods 0.000 description 3
- 230000008020 evaporation Effects 0.000 description 3
- 239000012091 fetal bovine serum Substances 0.000 description 3
- 239000007789 gas Substances 0.000 description 3
- 125000005226 heteroaryloxycarbonyl group Chemical group 0.000 description 3
- 125000005842 heteroatom Chemical group 0.000 description 3
- 125000004435 hydrogen atom Chemical group [H]* 0.000 description 3
- NPZTUJOABDZTLV-UHFFFAOYSA-N hydroxybenzotriazole Substances O=C1C=CC=C2NNN=C12 NPZTUJOABDZTLV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- RAXXELZNTBOGNW-UHFFFAOYSA-N imidazole Natural products C1=CNC=N1 RAXXELZNTBOGNW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 230000001965 increasing effect Effects 0.000 description 3
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 3
- 208000019423 liver disease Diseases 0.000 description 3
- 125000000956 methoxy group Chemical group [H]C([H])([H])O* 0.000 description 3
- 239000002480 mineral oil Substances 0.000 description 3
- 235000010446 mineral oil Nutrition 0.000 description 3
- 125000001624 naphthyl group Chemical group 0.000 description 3
- 150000007530 organic bases Chemical class 0.000 description 3
- 125000004430 oxygen atom Chemical group O* 0.000 description 3
- 230000001575 pathological effect Effects 0.000 description 3
- 125000001997 phenyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(*)C([H])=C1[H] 0.000 description 3
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K phosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 3
- 150000004713 phosphodiesters Chemical group 0.000 description 3
- 125000003367 polycyclic group Chemical group 0.000 description 3
- 238000005086 pumping Methods 0.000 description 3
- 238000010791 quenching Methods 0.000 description 3
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 3
- 239000000741 silica gel Substances 0.000 description 3
- 229910002027 silica gel Inorganic materials 0.000 description 3
- 238000010898 silica gel chromatography Methods 0.000 description 3
- 238000009987 spinning Methods 0.000 description 3
- 125000004434 sulfur atom Chemical group 0.000 description 3
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 3
- 229940124597 therapeutic agent Drugs 0.000 description 3
- YCESYCIZPBRSAM-FNCVBFRFSA-N (2r,3s,4r,5r)-2-(hydroxymethyl)-5-(3-nitropyrrol-1-yl)oxolane-3,4-diol Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C=C([N+]([O-])=O)C=C1 YCESYCIZPBRSAM-FNCVBFRFSA-N 0.000 description 2
- AKLBZDKCJSROBD-FDYHWXHSSA-N (2r,3s,4r,5r)-2-(hydroxymethyl)-5-(5-nitroindol-1-yl)oxolane-3,4-diol Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C2=CC=C([N+]([O-])=O)C=C2C=C1 AKLBZDKCJSROBD-FDYHWXHSSA-N 0.000 description 2
- GVJHHUAWPYXKBD-UHFFFAOYSA-N (±)-α-Tocopherol Chemical compound OC1=C(C)C(C)=C2OC(CCCC(C)CCCC(C)CCCC(C)C)(C)CCC2=C1C GVJHHUAWPYXKBD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000005918 1,2-dimethylbutyl group Chemical group 0.000 description 2
- RYHBNJHYFVUHQT-UHFFFAOYSA-N 1,4-Dioxane Chemical compound C1COCCO1 RYHBNJHYFVUHQT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000005160 1H NMR spectroscopy Methods 0.000 description 2
- FALRKNHUBBKYCC-UHFFFAOYSA-N 2-(chloromethyl)pyridine-3-carbonitrile Chemical compound ClCC1=NC=CC=C1C#N FALRKNHUBBKYCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000006176 2-ethylbutyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])C([H])(C([H])([H])*)C([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 description 2
- 125000004493 2-methylbut-1-yl group Chemical group CC(C*)CC 0.000 description 2
- 125000005916 2-methylpentyl group Chemical group 0.000 description 2
- 125000003542 3-methylbutan-2-yl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])(*)C([H])(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H] 0.000 description 2
- 125000005917 3-methylpentyl group Chemical group 0.000 description 2
- GONFBOIJNUKKST-UHFFFAOYSA-N 5-ethylsulfanyl-2h-tetrazole Chemical compound CCSC=1N=NNN=1 GONFBOIJNUKKST-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-O Ammonium Chemical compound [NH4+] QGZKDVFQNNGYKY-UHFFFAOYSA-O 0.000 description 2
- CIWBSHSKHKDKBQ-JLAZNSOCSA-N Ascorbic acid Chemical compound OC[C@H](O)[C@H]1OC(=O)C(O)=C1O CIWBSHSKHKDKBQ-JLAZNSOCSA-N 0.000 description 2
- OYPRJOBELJOOCE-UHFFFAOYSA-N Calcium Chemical compound [Ca] OYPRJOBELJOOCE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- ZAMOUSCENKQFHK-UHFFFAOYSA-N Chlorine atom Chemical compound [Cl] ZAMOUSCENKQFHK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- XBPCUCUWBYBCDP-UHFFFAOYSA-N Dicyclohexylamine Chemical compound C1CCCCC1NC1CCCCC1 XBPCUCUWBYBCDP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- NYHBQMYGNKIUIF-UUOKFMHZSA-N Guanosine Chemical compound C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O NYHBQMYGNKIUIF-UUOKFMHZSA-N 0.000 description 2
- 229910004373 HOAc Inorganic materials 0.000 description 2
- DGAQECJNVWCQMB-PUAWFVPOSA-M Ilexoside XXIX Chemical compound C[C@@H]1CC[C@@]2(CC[C@@]3(C(=CC[C@H]4[C@]3(CC[C@@H]5[C@@]4(CC[C@@H](C5(C)C)OS(=O)(=O)[O-])C)C)[C@@H]2[C@]1(C)O)C)C(=O)O[C@H]6[C@@H]([C@H]([C@@H]([C@H](O6)CO)O)O)O.[Na+] DGAQECJNVWCQMB-PUAWFVPOSA-M 0.000 description 2
- 206010061218 Inflammation Diseases 0.000 description 2
- 229930010555 Inosine Natural products 0.000 description 2
- UGQMRVRMYYASKQ-KQYNXXCUSA-N Inosine Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C2=NC=NC(O)=C2N=C1 UGQMRVRMYYASKQ-KQYNXXCUSA-N 0.000 description 2
- 102000014150 Interferons Human genes 0.000 description 2
- 108010050904 Interferons Proteins 0.000 description 2
- LPHGQDQBBGAPDZ-UHFFFAOYSA-N Isocaffeine Natural products CN1C(=O)N(C)C(=O)C2=C1N(C)C=N2 LPHGQDQBBGAPDZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000012097 Lipofectamine 2000 Substances 0.000 description 2
- UEEJHVSXFDXPFK-UHFFFAOYSA-N N-dimethylaminoethanol Chemical compound CN(C)CCO UEEJHVSXFDXPFK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 101000690439 Nicotiana tabacum Floral homeotic protein AGAMOUS Proteins 0.000 description 2
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 2
- 239000012124 Opti-MEM Substances 0.000 description 2
- OAICVXFJPJFONN-UHFFFAOYSA-N Phosphorus Chemical compound [P] OAICVXFJPJFONN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- GLUUGHFHXGJENI-UHFFFAOYSA-N Piperazine Chemical compound C1CNCCN1 GLUUGHFHXGJENI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- ZLMJMSJWJFRBEC-UHFFFAOYSA-N Potassium Chemical compound [K] ZLMJMSJWJFRBEC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- KAESVJOAVNADME-UHFFFAOYSA-N Pyrrole Chemical compound C=1C=CNC=1 KAESVJOAVNADME-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- CDBYLPFSWZWCQE-UHFFFAOYSA-L Sodium Carbonate Chemical compound [Na+].[Na+].[O-]C([O-])=O CDBYLPFSWZWCQE-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 2
- NINIDFKCEFEMDL-UHFFFAOYSA-N Sulfur Chemical compound [S] NINIDFKCEFEMDL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N Thymidine Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N 0.000 description 2
- DRTQHJPVMGBUCF-XVFCMESISA-N Uridine Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(=O)NC(=O)C=C1 DRTQHJPVMGBUCF-XVFCMESISA-N 0.000 description 2
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 2
- WEVYAHXRMPXWCK-FIBGUPNXSA-N acetonitrile-d3 Chemical compound [2H]C([2H])([2H])C#N WEVYAHXRMPXWCK-FIBGUPNXSA-N 0.000 description 2
- OIRDTQYFTABQOQ-KQYNXXCUSA-N adenosine Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O OIRDTQYFTABQOQ-KQYNXXCUSA-N 0.000 description 2
- 125000003277 amino group Chemical group 0.000 description 2
- 229910021529 ammonia Inorganic materials 0.000 description 2
- HOPRXXXSABQWAV-UHFFFAOYSA-N anhydrous collidine Natural products CC1=CC=NC(C)=C1C HOPRXXXSABQWAV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000002178 anthracenyl group Chemical group C1(=CC=CC2=CC3=CC=CC=C3C=C12)* 0.000 description 2
- 239000003443 antiviral agent Substances 0.000 description 2
- 125000003236 benzoyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(C([H])=C1[H])C(*)=O 0.000 description 2
- AGEZXYOZHKGVCM-UHFFFAOYSA-N benzyl bromide Chemical compound BrCC1=CC=CC=C1 AGEZXYOZHKGVCM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000004071 biological effect Effects 0.000 description 2
- 229960001948 caffeine Drugs 0.000 description 2
- VJEONQKOZGKCAK-UHFFFAOYSA-N caffeine Natural products CN1C(=O)N(C)C(=O)C2=C1C=CN2C VJEONQKOZGKCAK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000011575 calcium Substances 0.000 description 2
- 229910052791 calcium Inorganic materials 0.000 description 2
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 2
- 150000001720 carbohydrates Chemical class 0.000 description 2
- 239000012069 chiral reagent Substances 0.000 description 2
- 229910052801 chlorine Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000000460 chlorine Substances 0.000 description 2
- OEYIOHPDSNJKLS-UHFFFAOYSA-N choline Chemical compound C[N+](C)(C)CCO OEYIOHPDSNJKLS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229960001231 choline Drugs 0.000 description 2
- 238000004587 chromatography analysis Methods 0.000 description 2
- 238000012258 culturing Methods 0.000 description 2
- 125000001995 cyclobutyl group Chemical group [H]C1([H])C([H])([H])C([H])(*)C1([H])[H] 0.000 description 2
- 125000003678 cyclohexadienyl group Chemical group C1(=CC=CCC1)* 0.000 description 2
- 125000000113 cyclohexyl group Chemical group [H]C1([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])(*)C([H])([H])C1([H])[H] 0.000 description 2
- 125000002433 cyclopentenyl group Chemical group C1(=CCCC1)* 0.000 description 2
- 125000001511 cyclopentyl group Chemical group [H]C1([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])(*)C1([H])[H] 0.000 description 2
- 125000001559 cyclopropyl group Chemical group [H]C1([H])C([H])([H])C1([H])* 0.000 description 2
- 238000001212 derivatisation Methods 0.000 description 2
- 238000011161 development Methods 0.000 description 2
- HPNMFZURTQLUMO-UHFFFAOYSA-N diethylamine Chemical compound CCNCC HPNMFZURTQLUMO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 2
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 2
- 125000001153 fluoro group Chemical group F* 0.000 description 2
- 230000006870 function Effects 0.000 description 2
- 125000000524 functional group Chemical group 0.000 description 2
- 230000030279 gene silencing Effects 0.000 description 2
- 230000009368 gene silencing by RNA Effects 0.000 description 2
- KWIUHFFTVRNATP-UHFFFAOYSA-N glycine betaine Chemical compound C[N+](C)(C)CC([O-])=O KWIUHFFTVRNATP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 208000014951 hematologic disease Diseases 0.000 description 2
- 125000002883 imidazolyl group Chemical group 0.000 description 2
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 2
- 230000004054 inflammatory process Effects 0.000 description 2
- 239000007924 injection Substances 0.000 description 2
- 238000002347 injection Methods 0.000 description 2
- 150000007529 inorganic bases Chemical class 0.000 description 2
- 229960003786 inosine Drugs 0.000 description 2
- 238000007918 intramuscular administration Methods 0.000 description 2
- 239000007928 intraperitoneal injection Substances 0.000 description 2
- 238000001990 intravenous administration Methods 0.000 description 2
- 229910052740 iodine Inorganic materials 0.000 description 2
- 125000000959 isobutyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])(C([H])([H])[H])C([H])([H])* 0.000 description 2
- 125000004491 isohexyl group Chemical group C(CCC(C)C)* 0.000 description 2
- 125000001972 isopentyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])(C([H])([H])[H])C([H])([H])C([H])([H])* 0.000 description 2
- JJWLVOIRVHMVIS-UHFFFAOYSA-N isopropylamine Chemical compound CC(C)N JJWLVOIRVHMVIS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000000842 isoxazolyl group Chemical group 0.000 description 2
- 239000007791 liquid phase Substances 0.000 description 2
- 210000005229 liver cell Anatomy 0.000 description 2
- 238000003670 luciferase enzyme activity assay Methods 0.000 description 2
- 208000030159 metabolic disease Diseases 0.000 description 2
- 239000011259 mixed solution Substances 0.000 description 2
- VLKZOEOYAKHREP-UHFFFAOYSA-N n-Hexane Chemical compound CCCCCC VLKZOEOYAKHREP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000004108 n-butyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])* 0.000 description 2
- 125000001280 n-hexyl group Chemical group C(CCCCC)* 0.000 description 2
- 125000000740 n-pentyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])* 0.000 description 2
- 125000002971 oxazolyl group Chemical group 0.000 description 2
- NFHFRUOZVGFOOS-UHFFFAOYSA-N palladium;triphenylphosphane Chemical compound [Pd].C1=CC=CC=C1P(C=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1.C1=CC=CC=C1P(C=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1.C1=CC=CC=C1P(C=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1.C1=CC=CC=C1P(C=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 NFHFRUOZVGFOOS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000003538 pentan-3-yl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])C([H])(*)C([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 description 2
- 150000008300 phosphoramidites Chemical class 0.000 description 2
- 229910052698 phosphorus Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000011574 phosphorus Substances 0.000 description 2
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 2
- 239000011591 potassium Substances 0.000 description 2
- 229910052700 potassium Inorganic materials 0.000 description 2
- UBQKCCHYAOITMY-UHFFFAOYSA-N pyridin-2-ol Chemical compound OC1=CC=CC=N1 UBQKCCHYAOITMY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000004076 pyridyl group Chemical group 0.000 description 2
- 125000000714 pyrimidinyl group Chemical group 0.000 description 2
- ZSKGQVFRTSEPJT-UHFFFAOYSA-N pyrrole-2-carboxaldehyde Chemical compound O=CC1=CC=CN1 ZSKGQVFRTSEPJT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000000168 pyrrolyl group Chemical group 0.000 description 2
- 230000010837 receptor-mediated endocytosis Effects 0.000 description 2
- 125000002914 sec-butyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])C([H])(*)C([H])([H])[H] 0.000 description 2
- 229910052708 sodium Inorganic materials 0.000 description 2
- 125000003003 spiro group Chemical group 0.000 description 2
- 238000007920 subcutaneous administration Methods 0.000 description 2
- 229940014800 succinic anhydride Drugs 0.000 description 2
- 239000011593 sulfur Substances 0.000 description 2
- 125000000999 tert-butyl group Chemical group [H]C([H])([H])C(*)(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H] 0.000 description 2
- YAPQBXQYLJRXSA-UHFFFAOYSA-N theobromine Chemical compound CN1C(=O)NC(=O)C2=C1N=CN2C YAPQBXQYLJRXSA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 2
- VZCYOOQTPOCHFL-UHFFFAOYSA-N trans-butenedioic acid Natural products OC(=O)C=CC(O)=O VZCYOOQTPOCHFL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 2
- VOLGAXAGEUPBDM-UHFFFAOYSA-N $l^{1}-oxidanylethane Chemical compound CC[O] VOLGAXAGEUPBDM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- SHAHPWSYJFYMRX-GDLCADMTSA-N (2S)-2-(4-{[(1R,2S)-2-hydroxycyclopentyl]methyl}phenyl)propanoic acid Chemical compound C1=CC([C@@H](C(O)=O)C)=CC=C1C[C@@H]1[C@@H](O)CCC1 SHAHPWSYJFYMRX-GDLCADMTSA-N 0.000 description 1
- KAFZOLYKKCWUBI-HPMAGDRPSA-N (2s)-2-[[(2s)-2-[[(2s)-1-[(2s)-3-amino-2-[[(2s)-2-[[(2s)-2-(3-cyclohexylpropanoylamino)-4-methylpentanoyl]amino]-5-methylhexanoyl]amino]propanoyl]pyrrolidine-2-carbonyl]amino]-5-(diaminomethylideneamino)pentanoyl]amino]butanediamide Chemical compound N([C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(C)C)C(=O)N[C@@H](CN)C(=O)N1[C@@H](CCC1)C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(N)=O)C(=O)CCC1CCCCC1 KAFZOLYKKCWUBI-HPMAGDRPSA-N 0.000 description 1
- 125000004169 (C1-C6) alkyl group Chemical group 0.000 description 1
- IGVKWAAPMVVTFX-BUHFOSPRSA-N (e)-octadec-5-en-7,9-diynoic acid Chemical compound CCCCCCCCC#CC#C\C=C\CCCC(O)=O IGVKWAAPMVVTFX-BUHFOSPRSA-N 0.000 description 1
- SCYULBFZEHDVBN-UHFFFAOYSA-N 1,1-Dichloroethane Chemical compound CC(Cl)Cl SCYULBFZEHDVBN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- IRFSXVIRXMYULF-UHFFFAOYSA-N 1,2-dihydroquinoline Chemical compound C1=CC=C2C=CCNC2=C1 IRFSXVIRXMYULF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- MPCAJMNYNOGXPB-UHFFFAOYSA-N 1,5-Anhydro-mannit Natural products OCC1OCC(O)C(O)C1O MPCAJMNYNOGXPB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ASOKPJOREAFHNY-UHFFFAOYSA-N 1-Hydroxybenzotriazole Chemical compound C1=CC=C2N(O)N=NC2=C1 ASOKPJOREAFHNY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- UHDGCWIWMRVCDJ-UHFFFAOYSA-N 1-beta-D-Xylofuranosyl-NH-Cytosine Natural products O=C1N=C(N)C=CN1C1C(O)C(O)C(CO)O1 UHDGCWIWMRVCDJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- FRPZMMHWLSIFAZ-UHFFFAOYSA-N 10-undecenoic acid Chemical compound OC(=O)CCCCCCCCC=C FRPZMMHWLSIFAZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ZXNYUXIMAXVSFN-VFUOTHLCSA-N 2,2,2-trifluoro-n-[(2r,3r,4r,5r,6r)-2,4,5-trihydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-3-yl]acetamide Chemical compound OC[C@H]1O[C@@H](O)[C@H](NC(=O)C(F)(F)F)[C@@H](O)[C@H]1O ZXNYUXIMAXVSFN-VFUOTHLCSA-N 0.000 description 1
- XXMFJKNOJSDQBM-UHFFFAOYSA-N 2,2,2-trifluoroacetic acid;hydrate Chemical compound [OH3+].[O-]C(=O)C(F)(F)F XXMFJKNOJSDQBM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000003660 2,3-dimethylpentyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])C([H])(C([H])([H])[H])C([H])(C([H])([H])[H])C([H])([H])* 0.000 description 1
- 125000003764 2,4-dimethylpentyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])(C([H])([H])[H])C([H])([H])C([H])(C([H])([H])[H])C([H])([H])* 0.000 description 1
- SFRDXVJWXWOTEW-UHFFFAOYSA-N 2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol Chemical compound OCC(CO)CO SFRDXVJWXWOTEW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- MSWZFWKMSRAUBD-IVMDWMLBSA-N 2-amino-2-deoxy-D-glucopyranose Chemical compound N[C@H]1C(O)O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@@H]1O MSWZFWKMSRAUBD-IVMDWMLBSA-N 0.000 description 1
- 125000000069 2-butynyl group Chemical group [H]C([H])([H])C#CC([H])([H])* 0.000 description 1
- BFSVOASYOCHEOV-UHFFFAOYSA-N 2-diethylaminoethanol Chemical compound CCN(CC)CCO BFSVOASYOCHEOV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940013085 2-diethylaminoethanol Drugs 0.000 description 1
- CCZWSTFVHJPCEM-UHFFFAOYSA-N 2-iodopyridine Chemical compound IC1=CC=CC=N1 CCZWSTFVHJPCEM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000003229 2-methylhexyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])(C([H])([H])[H])C([H])([H])* 0.000 description 1
- DGMOBVGABMBZSB-UHFFFAOYSA-N 2-methylpropanoyl chloride Chemical compound CC(C)C(Cl)=O DGMOBVGABMBZSB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- VQNDBXJTIJKJPV-UHFFFAOYSA-N 2h-triazolo[4,5-b]pyridine Chemical compound C1=CC=NC2=NNN=C21 VQNDBXJTIJKJPV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- JHUUPUMBZGWODW-UHFFFAOYSA-N 3,6-dihydro-1,2-dioxine Chemical compound C1OOCC=C1 JHUUPUMBZGWODW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- NDXICQYHNDCKDX-KSYZLYKTSA-N 3-[(2s,3r,4s,5r)-3,4-dihydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-1-methyl-4h-pyrazolo[4,3-d]pyrimidine-5,7-dione Chemical compound C1=2NC(=O)NC(=O)C=2N(C)N=C1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O NDXICQYHNDCKDX-KSYZLYKTSA-N 0.000 description 1
- 125000004337 3-ethylpentyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])C([H])(C([H])([H])C([H])([H])[H])C([H])([H])C([H])([H])* 0.000 description 1
- 125000003469 3-methylhexyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])(C([H])([H])[H])C([H])([H])C([H])([H])* 0.000 description 1
- WUBBRNOQWQTFEX-UHFFFAOYSA-N 4-aminosalicylic acid Chemical compound NC1=CC=C(C(O)=O)C(O)=C1 WUBBRNOQWQTFEX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- PHAFOFIVSNSAPQ-UHFFFAOYSA-N 4-fluoro-6-methyl-1h-benzimidazole Chemical compound CC1=CC(F)=C2NC=NC2=C1 PHAFOFIVSNSAPQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- LQLQRFGHAALLLE-UHFFFAOYSA-N 5-bromouracil Chemical compound BrC1=CNC(=O)NC1=O LQLQRFGHAALLLE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- KBDWGFZSICOZSJ-UHFFFAOYSA-N 5-methyl-2,3-dihydro-1H-pyrimidin-4-one Chemical group N1CNC=C(C1=O)C KBDWGFZSICOZSJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ODHCTXKNWHHXJC-VKHMYHEASA-N 5-oxo-L-proline Chemical compound OC(=O)[C@@H]1CCC(=O)N1 ODHCTXKNWHHXJC-VKHMYHEASA-N 0.000 description 1
- QCHLWIPINNRBSG-UHFFFAOYSA-N 6-thiophen-2-yl-7h-purin-2-amine Chemical compound C=12NC=NC2=NC(N)=NC=1C1=CC=CS1 QCHLWIPINNRBSG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- FHVDTGUDJYJELY-UHFFFAOYSA-N 6-{[2-carboxy-4,5-dihydroxy-6-(phosphanyloxy)oxan-3-yl]oxy}-4,5-dihydroxy-3-phosphanyloxane-2-carboxylic acid Chemical compound O1C(C(O)=O)C(P)C(O)C(O)C1OC1C(C(O)=O)OC(OP)C(O)C1O FHVDTGUDJYJELY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WIPHNVWGXOHNEF-UHFFFAOYSA-N 7-thiophen-2-yl-1h-imidazo[4,5-b]pyridine Chemical compound C1=CSC(C=2C=3N=CNC=3N=CC=2)=C1 WIPHNVWGXOHNEF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ZCYVEMRRCGMTRW-UHFFFAOYSA-N 7553-56-2 Chemical compound [I] ZCYVEMRRCGMTRW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-M Acetate Chemical compound CC([O-])=O QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 239000004475 Arginine Substances 0.000 description 1
- 201000001320 Atherosclerosis Diseases 0.000 description 1
- DWRXFEITVBNRMK-UHFFFAOYSA-N Beta-D-1-Arabinofuranosylthymine Natural products O=C1NC(=O)C(C)=CN1C1C(O)C(O)C(CO)O1 DWRXFEITVBNRMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000015081 Blood Coagulation Factors Human genes 0.000 description 1
- 108010039209 Blood Coagulation Factors Proteins 0.000 description 1
- WKBOTKDWSSQWDR-UHFFFAOYSA-N Bromine atom Chemical compound [Br] WKBOTKDWSSQWDR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000002126 C01EB10 - Adenosine Substances 0.000 description 1
- 101100239890 Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) NAG4 gene Proteins 0.000 description 1
- KXDHJXZQYSOELW-UHFFFAOYSA-M Carbamate Chemical compound NC([O-])=O KXDHJXZQYSOELW-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 239000004215 Carbon black (E152) Substances 0.000 description 1
- 101001024442 Cellulomonas fimi Beta-N-acetylglucosaminidase/beta-glucosidase Proteins 0.000 description 1
- 241000282693 Cercopithecidae Species 0.000 description 1
- KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-K Citrate Chemical compound [O-]C(=O)CC(O)(CC([O-])=O)C([O-])=O KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- RYGMFSIKBFXOCR-UHFFFAOYSA-N Copper Chemical compound [Cu] RYGMFSIKBFXOCR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- MIKUYHXYGGJMLM-GIMIYPNGSA-N Crotonoside Natural products C1=NC2=C(N)NC(=O)N=C2N1[C@H]1O[C@@H](CO)[C@H](O)[C@@H]1O MIKUYHXYGGJMLM-GIMIYPNGSA-N 0.000 description 1
- UHDGCWIWMRVCDJ-PSQAKQOGSA-N Cytidine Natural products O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](CO)O1 UHDGCWIWMRVCDJ-PSQAKQOGSA-N 0.000 description 1
- RGHNJXZEOKUKBD-SQOUGZDYSA-M D-gluconate Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)C([O-])=O RGHNJXZEOKUKBD-SQOUGZDYSA-M 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-QTVWNMPRSA-N D-mannopyranose Chemical compound OC[C@H]1OC(O)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-QTVWNMPRSA-N 0.000 description 1
- 125000000824 D-ribofuranosyl group Chemical group [H]OC([H])([H])[C@@]1([H])OC([H])(*)[C@]([H])(O[H])[C@]1([H])O[H] 0.000 description 1
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 1
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 1
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- GKQLYSROISKDLL-UHFFFAOYSA-N EEDQ Chemical compound C1=CC=C2N(C(=O)OCC)C(OCC)C=CC2=C1 GKQLYSROISKDLL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- UNXHWFMMPAWVPI-UHFFFAOYSA-N Erythritol Natural products OCC(O)C(O)CO UNXHWFMMPAWVPI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- PIICEJLVQHRZGT-UHFFFAOYSA-N Ethylenediamine Chemical compound NCCN PIICEJLVQHRZGT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 206010016654 Fibrosis Diseases 0.000 description 1
- BDAGIHXWWSANSR-UHFFFAOYSA-M Formate Chemical compound [O-]C=O BDAGIHXWWSANSR-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 230000005526 G1 to G0 transition Effects 0.000 description 1
- WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N Glucose Natural products OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N 0.000 description 1
- AEMRFAOFKBGASW-UHFFFAOYSA-M Glycolate Chemical compound OCC([O-])=O AEMRFAOFKBGASW-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 208000005331 Hepatitis D Diseases 0.000 description 1
- 206010019772 Hepatitis fulminant Diseases 0.000 description 1
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 1
- 101000600434 Homo sapiens Putative uncharacterized protein encoded by MIR7-3HG Proteins 0.000 description 1
- 101100101046 Homo sapiens TSPAN4 gene Proteins 0.000 description 1
- VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N Hydrochloric acid Chemical compound Cl VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- CPELXLSAUQHCOX-UHFFFAOYSA-N Hydrogen bromide Chemical compound Br CPELXLSAUQHCOX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000035150 Hypercholesterolemia Diseases 0.000 description 1
- 102100034343 Integrase Human genes 0.000 description 1
- ODKSFYDXXFIFQN-BYPYZUCNSA-P L-argininium(2+) Chemical compound NC(=[NH2+])NCCC[C@H]([NH3+])C(O)=O ODKSFYDXXFIFQN-BYPYZUCNSA-P 0.000 description 1
- CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N L-aspartic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC(O)=O CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-N L-glutamic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-N 0.000 description 1
- HNDVDQJCIGZPNO-YFKPBYRVSA-N L-histidine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CN=CN1 HNDVDQJCIGZPNO-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 1
- KDXKERNSBIXSRK-YFKPBYRVSA-N L-lysine Chemical compound NCCCC[C@H](N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 1
- FEWJPZIEWOKRBE-JCYAYHJZSA-L L-tartrate(2-) Chemical compound [O-]C(=O)[C@H](O)[C@@H](O)C([O-])=O FEWJPZIEWOKRBE-JCYAYHJZSA-L 0.000 description 1
- UNXHWFMMPAWVPI-IMJSIDKUSA-N L-threitol Chemical compound OC[C@H](O)[C@@H](O)CO UNXHWFMMPAWVPI-IMJSIDKUSA-N 0.000 description 1
- JVTAAEKCZFNVCJ-UHFFFAOYSA-M Lactate Chemical compound CC(O)C([O-])=O JVTAAEKCZFNVCJ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 239000000232 Lipid Bilayer Substances 0.000 description 1
- 102000004895 Lipoproteins Human genes 0.000 description 1
- 108090001030 Lipoproteins Proteins 0.000 description 1
- WHXSMMKQMYFTQS-UHFFFAOYSA-N Lithium Chemical compound [Li] WHXSMMKQMYFTQS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108060001084 Luciferase Proteins 0.000 description 1
- 239000005089 Luciferase Substances 0.000 description 1
- KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N Lysine Natural products NCCCCC(N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004472 Lysine Substances 0.000 description 1
- FYYHWMGAXLPEAU-UHFFFAOYSA-N Magnesium Chemical compound [Mg] FYYHWMGAXLPEAU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- OFOBLEOULBTSOW-UHFFFAOYSA-L Malonate Chemical compound [O-]C(=O)CC([O-])=O OFOBLEOULBTSOW-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 1
- 206010027476 Metastases Diseases 0.000 description 1
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 1
- AFVFQIVMOAPDHO-UHFFFAOYSA-N Methanesulfonic acid Chemical compound CS(O)(=O)=O AFVFQIVMOAPDHO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241001529936 Murinae Species 0.000 description 1
- 241000699666 Mus <mouse, genus> Species 0.000 description 1
- 241000872931 Myoporum sandwicense Species 0.000 description 1
- TZYWCYJVHRLUCT-VABKMULXSA-N N-benzyloxycarbonyl-L-leucyl-L-leucyl-L-leucinal Chemical compound CC(C)C[C@@H](C=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)OCC1=CC=CC=C1 TZYWCYJVHRLUCT-VABKMULXSA-N 0.000 description 1
- HTLZVHNRZJPSMI-UHFFFAOYSA-N N-ethylpiperidine Chemical compound CCN1CCCCC1 HTLZVHNRZJPSMI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- MBBZMMPHUWSWHV-BDVNFPICSA-N N-methylglucamine Chemical compound CNC[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)CO MBBZMMPHUWSWHV-BDVNFPICSA-N 0.000 description 1
- 229910017906 NH3H2O Inorganic materials 0.000 description 1
- 229910002651 NO3 Inorganic materials 0.000 description 1
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 1
- NHNBFGGVMKEFGY-UHFFFAOYSA-N Nitrate Chemical compound [O-][N+]([O-])=O NHNBFGGVMKEFGY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101710163270 Nuclease Proteins 0.000 description 1
- 108091005461 Nucleic proteins Proteins 0.000 description 1
- MUBZPKHOEPUJKR-UHFFFAOYSA-N Oxalic acid Chemical compound OC(=O)C(O)=O MUBZPKHOEPUJKR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- XBDQKXXYIPTUBI-UHFFFAOYSA-M Propionate Chemical compound CCC([O-])=O XBDQKXXYIPTUBI-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 102100037401 Putative uncharacterized protein encoded by MIR7-3HG Human genes 0.000 description 1
- 238000012228 RNA interference-mediated gene silencing Methods 0.000 description 1
- 108010092799 RNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N Ribose Natural products OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N 0.000 description 1
- 108010032838 Sialoglycoproteins Proteins 0.000 description 1
- 102000007365 Sialoglycoproteins Human genes 0.000 description 1
- PMZURENOXWZQFD-UHFFFAOYSA-L Sodium Sulfate Chemical compound [Na+].[Na+].[O-]S([O-])(=O)=O PMZURENOXWZQFD-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- PJANXHGTPQOBST-VAWYXSNFSA-N Stilbene Natural products C=1C=CC=CC=1/C=C/C1=CC=CC=C1 PJANXHGTPQOBST-VAWYXSNFSA-N 0.000 description 1
- QAOWNCQODCNURD-UHFFFAOYSA-L Sulfate Chemical compound [O-]S([O-])(=O)=O QAOWNCQODCNURD-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- DHXVGJBLRPWPCS-UHFFFAOYSA-N Tetrahydropyran Chemical compound C1CCOCC1 DHXVGJBLRPWPCS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100040871 Tetraspanin-4 Human genes 0.000 description 1
- GSEJCLTVZPLZKY-UHFFFAOYSA-N Triethanolamine Chemical compound OCCN(CCO)CCO GSEJCLTVZPLZKY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- DTQVDTLACAAQTR-UHFFFAOYSA-M Trifluoroacetate Chemical compound [O-]C(=O)C(F)(F)F DTQVDTLACAAQTR-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 108020005202 Viral DNA Proteins 0.000 description 1
- 229930003427 Vitamin E Natural products 0.000 description 1
- 238000002441 X-ray diffraction Methods 0.000 description 1
- HCHKCACWOHOZIP-UHFFFAOYSA-N Zinc Chemical compound [Zn] HCHKCACWOHOZIP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ZEEBGORNQSEQBE-UHFFFAOYSA-N [2-(3-phenylphenoxy)-6-(trifluoromethyl)pyridin-4-yl]methanamine Chemical compound C1(=CC(=CC=C1)OC1=NC(=CC(=C1)CN)C(F)(F)F)C1=CC=CC=C1 ZEEBGORNQSEQBE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000002159 abnormal effect Effects 0.000 description 1
- 238000002835 absorbance Methods 0.000 description 1
- PBCJIPOGFJYBJE-UHFFFAOYSA-N acetonitrile;hydrate Chemical compound O.CC#N PBCJIPOGFJYBJE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000002777 acetyl group Chemical group [H]C([H])([H])C(*)=O 0.000 description 1
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 description 1
- 125000003647 acryloyl group Chemical group O=C([*])C([H])=C([H])[H] 0.000 description 1
- 239000012190 activator Substances 0.000 description 1
- 239000004480 active ingredient Substances 0.000 description 1
- 229960005305 adenosine Drugs 0.000 description 1
- WNLRTRBMVRJNCN-UHFFFAOYSA-L adipate(2-) Chemical compound [O-]C(=O)CCCCC([O-])=O WNLRTRBMVRJNCN-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 239000002671 adjuvant Substances 0.000 description 1
- 239000000443 aerosol Substances 0.000 description 1
- 125000003172 aldehyde group Chemical group 0.000 description 1
- 150000001299 aldehydes Chemical class 0.000 description 1
- 229940072056 alginate Drugs 0.000 description 1
- 235000010443 alginic acid Nutrition 0.000 description 1
- 229920000615 alginic acid Polymers 0.000 description 1
- 125000001931 aliphatic group Chemical group 0.000 description 1
- 125000003302 alkenyloxy group Chemical group 0.000 description 1
- HMFHBZSHGGEWLO-UHFFFAOYSA-N alpha-D-Furanose-Ribose Natural products OCC1OC(O)C(O)C1O HMFHBZSHGGEWLO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229910052782 aluminium Inorganic materials 0.000 description 1
- XAGFODPZIPBFFR-UHFFFAOYSA-N aluminium Chemical compound [Al] XAGFODPZIPBFFR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000019270 ammonium chloride Nutrition 0.000 description 1
- ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N arginine Natural products OC(=O)C(N)CCCNC(N)=N ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960003121 arginine Drugs 0.000 description 1
- 125000002029 aromatic hydrocarbon group Chemical group 0.000 description 1
- 125000003435 aroyl group Chemical group 0.000 description 1
- 229940072107 ascorbate Drugs 0.000 description 1
- 235000010323 ascorbic acid Nutrition 0.000 description 1
- 239000011668 ascorbic acid Substances 0.000 description 1
- 229940009098 aspartate Drugs 0.000 description 1
- 238000011914 asymmetric synthesis Methods 0.000 description 1
- 239000012752 auxiliary agent Substances 0.000 description 1
- CBHOOMGKXCMKIR-UHFFFAOYSA-N azane;methanol Chemical class N.OC CBHOOMGKXCMKIR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000004888 barrier function Effects 0.000 description 1
- 208000013404 behavioral symptom Diseases 0.000 description 1
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 1
- RFRXIWQYSOIBDI-UHFFFAOYSA-N benzarone Chemical compound CCC=1OC2=CC=CC=C2C=1C(=O)C1=CC=C(O)C=C1 RFRXIWQYSOIBDI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940077388 benzenesulfonate Drugs 0.000 description 1
- SRSXLGNVWSONIS-UHFFFAOYSA-M benzenesulfonate Chemical compound [O-]S(=O)(=O)C1=CC=CC=C1 SRSXLGNVWSONIS-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 125000003785 benzimidazolyl group Chemical group N1=C(NC2=C1C=CC=C2)* 0.000 description 1
- 229940050390 benzoate Drugs 0.000 description 1
- WPYMKLBDIGXBTP-UHFFFAOYSA-N benzoic acid Chemical compound OC(=O)C1=CC=CC=C1 WPYMKLBDIGXBTP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000001584 benzyloxycarbonyl group Chemical group C(=O)(OCC1=CC=CC=C1)* 0.000 description 1
- IQFYYKKMVGJFEH-UHFFFAOYSA-N beta-L-thymidine Natural products O=C1NC(=O)C(C)=CN1C1OC(CO)C(O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- DRTQHJPVMGBUCF-PSQAKQOGSA-N beta-L-uridine Natural products O[C@H]1[C@@H](O)[C@H](CO)O[C@@H]1N1C(=O)NC(=O)C=C1 DRTQHJPVMGBUCF-PSQAKQOGSA-N 0.000 description 1
- 229960003237 betaine Drugs 0.000 description 1
- ZDZHCHYQNPQSGG-UHFFFAOYSA-N binaphthyl group Chemical group C1(=CC=CC2=CC=CC=C12)C1=CC=CC2=CC=CC=C12 ZDZHCHYQNPQSGG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000033228 biological regulation Effects 0.000 description 1
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 description 1
- 230000000903 blocking effect Effects 0.000 description 1
- 239000003114 blood coagulation factor Substances 0.000 description 1
- UORVGPXVDQYIDP-BJUDXGSMSA-N borane Chemical class [10BH3] UORVGPXVDQYIDP-BJUDXGSMSA-N 0.000 description 1
- 229910000085 borane Inorganic materials 0.000 description 1
- UWTDFICHZKXYAC-UHFFFAOYSA-N boron;oxolane Chemical compound [B].C1CCOC1 UWTDFICHZKXYAC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- GDTBXPJZTBHREO-UHFFFAOYSA-N bromine Substances BrBr GDTBXPJZTBHREO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229910052794 bromium Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 1
- 125000004369 butenyl group Chemical group C(=CCC)* 0.000 description 1
- 125000000480 butynyl group Chemical group [*]C#CC([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 125000004063 butyryl group Chemical group O=C([*])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 1
- 125000001589 carboacyl group Chemical group 0.000 description 1
- 235000014633 carbohydrates Nutrition 0.000 description 1
- 229910002091 carbon monoxide Inorganic materials 0.000 description 1
- 125000002915 carbonyl group Chemical group [*:2]C([*:1])=O 0.000 description 1
- 150000007942 carboxylates Chemical group 0.000 description 1
- 239000000969 carrier Substances 0.000 description 1
- 229920006317 cationic polymer Polymers 0.000 description 1
- 210000000170 cell membrane Anatomy 0.000 description 1
- 230000004663 cell proliferation Effects 0.000 description 1
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 1
- 229940114081 cinnamate Drugs 0.000 description 1
- 238000002983 circular dichroism Methods 0.000 description 1
- 239000003086 colorant Substances 0.000 description 1
- 238000010276 construction Methods 0.000 description 1
- 229910052802 copper Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000002596 correlated effect Effects 0.000 description 1
- 125000004122 cyclic group Chemical group 0.000 description 1
- 125000005366 cycloalkylthio group Chemical group 0.000 description 1
- 125000001047 cyclobutenyl group Chemical group C1(=CCC1)* 0.000 description 1
- 125000001162 cycloheptenyl group Chemical group C1(=CCCCCC1)* 0.000 description 1
- 125000000582 cycloheptyl group Chemical group [H]C1([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])(*)C([H])([H])C1([H])[H] 0.000 description 1
- 125000000522 cyclooctenyl group Chemical group C1(=CCCCCCC1)* 0.000 description 1
- 125000000640 cyclooctyl group Chemical group [H]C1([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])(*)C([H])([H])C([H])([H])C1([H])[H] 0.000 description 1
- 125000000058 cyclopentadienyl group Chemical group C1(=CC=CC1)* 0.000 description 1
- UHDGCWIWMRVCDJ-ZAKLUEHWSA-N cytidine Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](CO)O1 UHDGCWIWMRVCDJ-ZAKLUEHWSA-N 0.000 description 1
- 229960002887 deanol Drugs 0.000 description 1
- GHVNFZFCNZKVNT-UHFFFAOYSA-N decanoic acid Chemical compound CCCCCCCCCC(O)=O GHVNFZFCNZKVNT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000005547 deoxyribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 1
- 150000001975 deuterium Chemical group 0.000 description 1
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 1
- 229940120124 dichloroacetate Drugs 0.000 description 1
- ZBCBWPMODOFKDW-UHFFFAOYSA-N diethanolamine Chemical compound OCCNCCO ZBCBWPMODOFKDW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- AJDPNPAGZMZOMN-UHFFFAOYSA-N diethyl (4-oxo-1,2,3-benzotriazin-3-yl) phosphate Chemical compound C1=CC=C2C(=O)N(OP(=O)(OCC)OCC)N=NC2=C1 AJDPNPAGZMZOMN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000001028 difluoromethyl group Chemical group [H]C(F)(F)* 0.000 description 1
- 125000004852 dihydrofuranyl group Chemical group O1C(CC=C1)* 0.000 description 1
- 125000005047 dihydroimidazolyl group Chemical group N1(CNC=C1)* 0.000 description 1
- 125000005052 dihydropyrazolyl group Chemical group N1(NCC=C1)* 0.000 description 1
- 125000005054 dihydropyrrolyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])([H])C([H])([H])N1* 0.000 description 1
- 239000003085 diluting agent Substances 0.000 description 1
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 1
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 1
- 239000012972 dimethylethanolamine Substances 0.000 description 1
- 239000002270 dispersing agent Substances 0.000 description 1
- 238000004821 distillation Methods 0.000 description 1
- POULHZVOKOAJMA-UHFFFAOYSA-M dodecanoate Chemical compound CCCCCCCCCCCC([O-])=O POULHZVOKOAJMA-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 238000012377 drug delivery Methods 0.000 description 1
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 1
- 230000008030 elimination Effects 0.000 description 1
- 238000003379 elimination reaction Methods 0.000 description 1
- 239000003480 eluent Substances 0.000 description 1
- 238000010828 elution Methods 0.000 description 1
- 239000003995 emulsifying agent Substances 0.000 description 1
- ZSWFCLXCOIISFI-UHFFFAOYSA-N endo-cyclopentadiene Natural products C1C=CC=C1 ZSWFCLXCOIISFI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000012202 endocytosis Effects 0.000 description 1
- 230000002708 enhancing effect Effects 0.000 description 1
- 125000003754 ethoxycarbonyl group Chemical group C(=O)(OCC)* 0.000 description 1
- MVEAAGBEUOMFRX-UHFFFAOYSA-N ethyl acetate;hydrochloride Chemical compound Cl.CCOC(C)=O MVEAAGBEUOMFRX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940012017 ethylenediamine Drugs 0.000 description 1
- 230000004761 fibrosis Effects 0.000 description 1
- 239000012065 filter cake Substances 0.000 description 1
- 239000000796 flavoring agent Substances 0.000 description 1
- 235000013355 food flavoring agent Nutrition 0.000 description 1
- 235000003599 food sweetener Nutrition 0.000 description 1
- 238000009472 formulation Methods 0.000 description 1
- 239000012458 free base Substances 0.000 description 1
- VZCYOOQTPOCHFL-OWOJBTEDSA-L fumarate(2-) Chemical compound [O-]C(=O)\C=C\C([O-])=O VZCYOOQTPOCHFL-OWOJBTEDSA-L 0.000 description 1
- 125000002541 furyl group Chemical group 0.000 description 1
- WIGCFUFOHFEKBI-UHFFFAOYSA-N gamma-tocopherol Natural products CC(C)CCCC(C)CCCC(C)CCCC1CCC2C(C)C(O)C(C)C(C)C2O1 WIGCFUFOHFEKBI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940083124 ganglion-blocking antiadrenergic secondary and tertiary amines Drugs 0.000 description 1
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 1
- 229940050410 gluconate Drugs 0.000 description 1
- 229960002442 glucosamine Drugs 0.000 description 1
- 239000008103 glucose Substances 0.000 description 1
- 229930195712 glutamate Natural products 0.000 description 1
- 229940049906 glutamate Drugs 0.000 description 1
- JFCQEDHGNNZCLN-UHFFFAOYSA-N glutaric acid Chemical compound OC(=O)CCCC(O)=O JFCQEDHGNNZCLN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940029575 guanosine Drugs 0.000 description 1
- 125000001188 haloalkyl group Chemical group 0.000 description 1
- 230000036541 health Effects 0.000 description 1
- 230000002489 hematologic effect Effects 0.000 description 1
- 208000018706 hematopoietic system disease Diseases 0.000 description 1
- 208000006359 hepatoblastoma Diseases 0.000 description 1
- IPCSVZSSVZVIGE-UHFFFAOYSA-M hexadecanoate Chemical compound CCCCCCCCCCCCCCCC([O-])=O IPCSVZSSVZVIGE-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- FUZZWVXGSFPDMH-UHFFFAOYSA-N hexanoic acid Chemical compound CCCCCC(O)=O FUZZWVXGSFPDMH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000003104 hexanoyl group Chemical group O=C([*])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 125000005980 hexynyl group Chemical group 0.000 description 1
- 238000004128 high performance liquid chromatography Methods 0.000 description 1
- HNDVDQJCIGZPNO-UHFFFAOYSA-N histidine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CN=CN1 HNDVDQJCIGZPNO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960002885 histidine Drugs 0.000 description 1
- 229930195733 hydrocarbon Natural products 0.000 description 1
- 150000002430 hydrocarbons Chemical group 0.000 description 1
- 150000002431 hydrogen Chemical class 0.000 description 1
- 230000002209 hydrophobic effect Effects 0.000 description 1
- 206010020718 hyperplasia Diseases 0.000 description 1
- 208000006575 hypertriglyceridemia Diseases 0.000 description 1
- 125000002632 imidazolidinyl group Chemical group 0.000 description 1
- 210000000987 immune system Anatomy 0.000 description 1
- 238000002513 implantation Methods 0.000 description 1
- 230000006872 improvement Effects 0.000 description 1
- 239000012535 impurity Substances 0.000 description 1
- 238000010348 incorporation Methods 0.000 description 1
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 1
- 125000003392 indanyl group Chemical group C1(CCC2=CC=CC=C12)* 0.000 description 1
- 125000003453 indazolyl group Chemical group N1N=C(C2=C1C=CC=C2)* 0.000 description 1
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 description 1
- 208000027866 inflammatory disease Diseases 0.000 description 1
- 230000002452 interceptive effect Effects 0.000 description 1
- 229940079322 interferon Drugs 0.000 description 1
- 229940047124 interferons Drugs 0.000 description 1
- 238000001361 intraarterial administration Methods 0.000 description 1
- 238000007917 intracranial administration Methods 0.000 description 1
- 238000010255 intramuscular injection Methods 0.000 description 1
- 239000007927 intramuscular injection Substances 0.000 description 1
- 238000007912 intraperitoneal administration Methods 0.000 description 1
- 238000010253 intravenous injection Methods 0.000 description 1
- PNDPGZBMCMUPRI-UHFFFAOYSA-N iodine Chemical compound II PNDPGZBMCMUPRI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000011630 iodine Substances 0.000 description 1
- HVTICUPFWKNHNG-BJUDXGSMSA-N iodoethane Chemical class [11CH3]CI HVTICUPFWKNHNG-BJUDXGSMSA-N 0.000 description 1
- INQOMBQAUSQDDS-BJUDXGSMSA-N iodomethane Chemical class I[11CH3] INQOMBQAUSQDDS-BJUDXGSMSA-N 0.000 description 1
- 239000003456 ion exchange resin Substances 0.000 description 1
- 229920003303 ion-exchange polymer Polymers 0.000 description 1
- 229910052742 iron Inorganic materials 0.000 description 1
- 238000006317 isomerization reaction Methods 0.000 description 1
- 125000005928 isopropyloxycarbonyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])(OC(*)=O)C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 239000007951 isotonicity adjuster Substances 0.000 description 1
- 125000000468 ketone group Chemical group 0.000 description 1
- 229940001447 lactate Drugs 0.000 description 1
- 229940070765 laurate Drugs 0.000 description 1
- 125000005647 linker group Chemical group 0.000 description 1
- 239000002502 liposome Substances 0.000 description 1
- 229910052744 lithium Inorganic materials 0.000 description 1
- 201000007270 liver cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000014018 liver neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 244000144972 livestock Species 0.000 description 1
- 125000001921 locked nucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 230000001926 lymphatic effect Effects 0.000 description 1
- 229960003646 lysine Drugs 0.000 description 1
- 239000011777 magnesium Substances 0.000 description 1
- 229910052749 magnesium Inorganic materials 0.000 description 1
- 159000000003 magnesium salts Chemical class 0.000 description 1
- 229940049920 malate Drugs 0.000 description 1
- BJEPYKJPYRNKOW-UHFFFAOYSA-L malate(2-) Chemical compound [O-]C(=O)C(O)CC([O-])=O BJEPYKJPYRNKOW-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- VZCYOOQTPOCHFL-UPHRSURJSA-N maleic acid Chemical compound OC(=O)\C=C/C(O)=O VZCYOOQTPOCHFL-UPHRSURJSA-N 0.000 description 1
- 230000003211 malignant effect Effects 0.000 description 1
- WPBNNNQJVZRUHP-UHFFFAOYSA-L manganese(2+);methyl n-[[2-(methoxycarbonylcarbamothioylamino)phenyl]carbamothioyl]carbamate;n-[2-(sulfidocarbothioylamino)ethyl]carbamodithioate Chemical compound [Mn+2].[S-]C(=S)NCCNC([S-])=S.COC(=O)NC(=S)NC1=CC=CC=C1NC(=S)NC(=O)OC WPBNNNQJVZRUHP-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 150000002703 mannose derivatives Chemical class 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 1
- 230000008018 melting Effects 0.000 description 1
- 238000002844 melting Methods 0.000 description 1
- 230000009401 metastasis Effects 0.000 description 1
- UKVIEHSSVKSQBA-UHFFFAOYSA-N methane;palladium Chemical compound C.[Pd] UKVIEHSSVKSQBA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000001160 methoxycarbonyl group Chemical group [H]C([H])([H])OC(*)=O 0.000 description 1
- YACKEPLHDIMKIO-UHFFFAOYSA-N methylphosphonic acid Chemical group CP(O)(O)=O YACKEPLHDIMKIO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000003094 microcapsule Substances 0.000 description 1
- 239000011859 microparticle Substances 0.000 description 1
- 230000005012 migration Effects 0.000 description 1
- 238000013508 migration Methods 0.000 description 1
- 150000007522 mineralic acids Chemical class 0.000 description 1
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 1
- 125000006578 monocyclic heterocycloalkyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000004573 morpholin-4-yl group Chemical group N1(CCOCC1)* 0.000 description 1
- 125000002757 morpholinyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000003136 n-heptyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])* 0.000 description 1
- YZMHQCWXYHARLS-UHFFFAOYSA-N naphthalene-1,2-disulfonic acid Chemical compound C1=CC=CC2=C(S(O)(=O)=O)C(S(=O)(=O)O)=CC=C21 YZMHQCWXYHARLS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229930014626 natural product Natural products 0.000 description 1
- 125000004433 nitrogen atom Chemical group N* 0.000 description 1
- 125000003835 nucleoside group Chemical group 0.000 description 1
- QIQXTHQIDYTFRH-UHFFFAOYSA-N octadecanoic acid Chemical compound CCCCCCCCCCCCCCCCCC(O)=O QIQXTHQIDYTFRH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WWZKQHOCKIZLMA-UHFFFAOYSA-M octanoate Chemical compound CCCCCCCC([O-])=O WWZKQHOCKIZLMA-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 229940049964 oleate Drugs 0.000 description 1
- ZQPPMHVWECSIRJ-KTKRTIGZSA-M oleate Chemical compound CCCCCCCC\C=C/CCCCCCCC([O-])=O ZQPPMHVWECSIRJ-KTKRTIGZSA-M 0.000 description 1
- 150000007524 organic acids Chemical class 0.000 description 1
- 239000007800 oxidant agent Substances 0.000 description 1
- 239000006174 pH buffer Substances 0.000 description 1
- 125000003933 pentacenyl group Chemical group C1(=CC=CC2=CC3=CC4=CC5=CC=CC=C5C=C4C=C3C=C12)* 0.000 description 1
- 125000005981 pentynyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000001792 phenanthrenyl group Chemical group C1(=CC=CC=2C3=CC=CC=C3C=CC12)* 0.000 description 1
- 125000006678 phenoxycarbonyl group Chemical group 0.000 description 1
- UYWQUFXKFGHYNT-UHFFFAOYSA-N phenylmethyl ester of formic acid Natural products O=COCC1=CC=CC=C1 UYWQUFXKFGHYNT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000003904 phospholipids Chemical class 0.000 description 1
- 150000008298 phosphoramidates Chemical class 0.000 description 1
- 125000004193 piperazinyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000003386 piperidinyl group Chemical group 0.000 description 1
- 229920000768 polyamine Polymers 0.000 description 1
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 1
- 230000001124 posttranscriptional effect Effects 0.000 description 1
- 238000004262 preparative liquid chromatography Methods 0.000 description 1
- 239000003755 preservative agent Substances 0.000 description 1
- 230000002335 preservative effect Effects 0.000 description 1
- 230000002265 prevention Effects 0.000 description 1
- 150000003141 primary amines Chemical class 0.000 description 1
- MFDFERRIHVXMIY-UHFFFAOYSA-N procaine Chemical compound CCN(CC)CCOC(=O)C1=CC=C(N)C=C1 MFDFERRIHVXMIY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960004919 procaine Drugs 0.000 description 1
- 230000008569 process Effects 0.000 description 1
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 1
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 1
- 229940002612 prodrug Drugs 0.000 description 1
- 239000000651 prodrug Substances 0.000 description 1
- 230000002062 proliferating effect Effects 0.000 description 1
- VVWRJUBEIPHGQF-MDZDMXLPSA-N propan-2-yl (ne)-n-propan-2-yloxycarbonyliminocarbamate Chemical compound CC(C)OC(=O)\N=N\C(=O)OC(C)C VVWRJUBEIPHGQF-MDZDMXLPSA-N 0.000 description 1
- 125000004368 propenyl group Chemical group C(=CC)* 0.000 description 1
- 230000000069 prophylactic effect Effects 0.000 description 1
- 125000001501 propionyl group Chemical group O=C([*])C([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 125000002568 propynyl group Chemical group [*]C#CC([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 1
- 125000003373 pyrazinyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000003226 pyrazolyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000001725 pyrenyl group Chemical group 0.000 description 1
- YAAWASYJIRZXSZ-UHFFFAOYSA-N pyrimidine-2,4-diamine Chemical compound NC1=CC=NC(N)=N1 YAAWASYJIRZXSZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940043131 pyroglutamate Drugs 0.000 description 1
- 125000000719 pyrrolidinyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000002943 quinolinyl group Chemical group N1=C(C=CC2=CC=CC=C12)* 0.000 description 1
- 239000000376 reactant Substances 0.000 description 1
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 1
- 230000008844 regulatory mechanism Effects 0.000 description 1
- 239000011347 resin Substances 0.000 description 1
- 229920005989 resin Polymers 0.000 description 1
- YGSDEFSMJLZEOE-UHFFFAOYSA-M salicylate Chemical compound OC1=CC=CC=C1C([O-])=O YGSDEFSMJLZEOE-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 229960001860 salicylate Drugs 0.000 description 1
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 1
- HZXJVDYQRYYYOR-UHFFFAOYSA-K scandium(iii) trifluoromethanesulfonate Chemical compound [Sc+3].[O-]S(=O)(=O)C(F)(F)F.[O-]S(=O)(=O)C(F)(F)F.[O-]S(=O)(=O)C(F)(F)F HZXJVDYQRYYYOR-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 229940116351 sebacate Drugs 0.000 description 1
- CXMXRPHRNRROMY-UHFFFAOYSA-L sebacate(2-) Chemical compound [O-]C(=O)CCCCCCCCC([O-])=O CXMXRPHRNRROMY-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 230000028327 secretion Effects 0.000 description 1
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 1
- 239000012279 sodium borohydride Substances 0.000 description 1
- 229910000033 sodium borohydride Inorganic materials 0.000 description 1
- 229910000029 sodium carbonate Inorganic materials 0.000 description 1
- 159000000000 sodium salts Chemical class 0.000 description 1
- AKHNMLFCWUSKQB-UHFFFAOYSA-L sodium thiosulfate Chemical compound [Na+].[Na+].[O-]S([O-])(=O)=S AKHNMLFCWUSKQB-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 235000019345 sodium thiosulphate Nutrition 0.000 description 1
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 description 1
- 241000894007 species Species 0.000 description 1
- 239000003381 stabilizer Substances 0.000 description 1
- 238000010186 staining Methods 0.000 description 1
- 229940114926 stearate Drugs 0.000 description 1
- 150000003431 steroids Chemical class 0.000 description 1
- PJANXHGTPQOBST-UHFFFAOYSA-N stilbene Chemical compound C=1C=CC=CC=1C=CC1=CC=CC=C1 PJANXHGTPQOBST-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000021286 stilbenes Nutrition 0.000 description 1
- 238000010254 subcutaneous injection Methods 0.000 description 1
- 239000007929 subcutaneous injection Substances 0.000 description 1
- KDYFGRWQOYBRFD-UHFFFAOYSA-L succinate(2-) Chemical compound [O-]C(=O)CCC([O-])=O KDYFGRWQOYBRFD-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 150000008163 sugars Chemical class 0.000 description 1
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 1
- 239000004094 surface-active agent Substances 0.000 description 1
- 239000000375 suspending agent Substances 0.000 description 1
- 239000003765 sweetening agent Substances 0.000 description 1
- 238000007910 systemic administration Methods 0.000 description 1
- 229940095064 tartrate Drugs 0.000 description 1
- 125000005931 tert-butyloxycarbonyl group Chemical group [H]C([H])([H])C(OC(*)=O)(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 1
- 125000001935 tetracenyl group Chemical group C1(=CC=CC2=CC3=CC4=CC=CC=C4C=C3C=C12)* 0.000 description 1
- 125000003718 tetrahydrofuranyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000001712 tetrahydronaphthyl group Chemical group C1(CCCC2=CC=CC=C12)* 0.000 description 1
- 125000005958 tetrahydrothienyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000003831 tetrazolyl group Chemical group 0.000 description 1
- 229960004559 theobromine Drugs 0.000 description 1
- VLLMWSRANPNYQX-UHFFFAOYSA-N thiadiazole Chemical compound C1=CSN=N1.C1=CSN=N1 VLLMWSRANPNYQX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000000335 thiazolyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000001544 thienyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000004568 thiomorpholinyl group Chemical group 0.000 description 1
- 229940104230 thymidine Drugs 0.000 description 1
- JOXIMZWYDAKGHI-UHFFFAOYSA-N toluene-4-sulfonic acid Chemical compound CC1=CC=C(S(O)(=O)=O)C=C1 JOXIMZWYDAKGHI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 231100000331 toxic Toxicity 0.000 description 1
- 230000002588 toxic effect Effects 0.000 description 1
- WBYWAXJHAXSJNI-VOTSOKGWSA-M trans-cinnamate Chemical compound [O-]C(=O)\C=C\C1=CC=CC=C1 WBYWAXJHAXSJNI-VOTSOKGWSA-M 0.000 description 1
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 1
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 1
- 238000001890 transfection Methods 0.000 description 1
- 125000001425 triazolyl group Chemical group 0.000 description 1
- ITMCEJHCFYSIIV-UHFFFAOYSA-N triflic acid Chemical compound OS(=O)(=O)C(F)(F)F ITMCEJHCFYSIIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000013638 trimer Substances 0.000 description 1
- YFTHZRPMJXBUME-UHFFFAOYSA-N tripropylamine Chemical compound CCCN(CCC)CCC YFTHZRPMJXBUME-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940075466 undecylenate Drugs 0.000 description 1
- 241001430294 unidentified retrovirus Species 0.000 description 1
- DRTQHJPVMGBUCF-UHFFFAOYSA-N uracil arabinoside Natural products OC1C(O)C(CO)OC1N1C(=O)NC(=O)C=C1 DRTQHJPVMGBUCF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940045145 uridine Drugs 0.000 description 1
- 125000003774 valeryl group Chemical group O=C([*])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 230000003612 virological effect Effects 0.000 description 1
- 235000019165 vitamin E Nutrition 0.000 description 1
- 229940046009 vitamin E Drugs 0.000 description 1
- 239000011709 vitamin E Substances 0.000 description 1
- 239000000080 wetting agent Substances 0.000 description 1
- 239000011701 zinc Substances 0.000 description 1
- 229910052725 zinc Inorganic materials 0.000 description 1
Classifications
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K48/00—Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P31/00—Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
- A61P31/12—Antivirals
- A61P31/20—Antivirals for DNA viruses
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
- C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Public Health (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Virology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- Communicable Diseases (AREA)
- Oncology (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
- Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
- Medicinal Preparation (AREA)
Abstract
乙型肝炎病毒siRNA和siRNA缀合物;具体地,靶向乙型肝炎病毒(HBV)基因组的siRNA、siRNA缀合物、组合物及其医药用途。还包含该siRNA的药物组合物、细胞或试剂盒,以及该siRNA用于治疗和/或预防患有HBV感染或与HBV相关疾病的受试者的方法。
Description
本申请要求申请日为2021年04月02日的中国专利申请CN202110361273.9的优先权,本申请引用上述中国专利申请的全文。
本公开涉及用于抑制B型肝炎病毒基因表达的小干扰RNA(siRNA)缀合物及其使用方法。
乙肝病毒(HBV)是一种严格嗜肝性、含有双链DNA的病毒,是诱发乙型肝炎的主要病因。全球大约有2.57亿乙肝患者,其中约30%以上的乙肝患者会发展为慢性肝病,并最终导致肝癌的发生。目前,治疗乙肝的抗病毒药物主要包括核苷/核苷酸类似物和干扰素两类。
核苷/核苷酸类似物则通过抑制DNA聚合酶和逆转录酶活性,终止病毒DNA链的延长和生成,从而发挥抗病毒作用。然而,在治疗结束后,只有少数患者实现完全和持久的缓解。此外,B型肝炎病毒随着治疗持续时间的增加而产生耐药性。干扰素的主要作用是阻断病毒核酸和蛋白质的合成,抑制HBV复制,提高人体免疫系统机能,但此类药物并不能彻底清除病毒且复发率高。
siRNA通过转录后调控机制,可以特异性降解靶基因mRNA。在乙肝病毒生命周期中,主要产生五种mRNA转录产物,其长度分别为3.5、3.5、2.4、2.1和0.7kb,这些转录产物的序列存在相同区域。针对乙肝病毒转录出的全部mRNA产物相同区域设计siRNA化合物,可以抑制乙肝病毒生命周期中的全部mRNA转录产物,进而抑制乙肝病毒的复制和乙肝表面抗原的分泌,达到治疗乙型肝炎的目的。
发明内容
本公开提供一种以HBV为靶向的siRNA。
一些实施方案中,本公开提供了一种siRNA,其包含形成双链区的正义链与反义链;所述正义链包含至少15个连续核苷酸,与SEQ ID NO:1的核苷酸序列相差不超过3个核苷酸;所述反义链包含至少15个连续核苷酸序列,与SEQ ID NO:2的核苷酸序列相差不超过3个核苷酸。
一些实施方案中,反义链在其5’区域的第2位至第8位(如第2位、第3位、第4位、第5位、第6位、第7位、第8位)中的至少一个核苷酸位置处包含式(I)所示的化学修饰或其互变异构体修饰:
其中:Y选自O、NH和S;
每个X独立地选自CR
4(R
4’)、S、NR
5和NH-CO,其中R
4、R
4’、R
5分别独立地为H或C
1-C
6烷基;
J
2为H或C
1-C
6烷基;
n=0、1或2;m=0、1或2;s=0或1;
R
3选自H、OH、卤素、NH
2、C
1-C
6烷基、C
1-C
6烷氧基、C
2-C
6烯基、C
2-C
6炔基、S-CH
3、NCH
3(CH
3)、OCH
2CH
2OCH
3、-O-烷基氨基和(CH
2)
pR
6;其中R
6选自OH、卤素、甲氧基、乙氧基、N
3、C
2-C
6烯基和C
2-C
6炔基,p=1、2或3;
Q
1为
Q
2为R
2;或者Q
1为R
2,Q
2为
其中:
R
1选自H、C
1-C
6烷基、C
1-C
6烷氧基、C
2-C
6烯基、C
2-C
6炔基和(CH
2)
qR
7;其中R
7选自OH、卤素、甲氧基、乙氧基、N
3、C
2-C
6烯基和C
2-C
6炔基,q=1、2或3;
J
1为H或C
1-C
6烷基;
R
2选自H、OH、卤素、NH
2、C
1-C
6烷基、C
1-C
6烷氧基、C
2-C
6烯基、C
2-C
6炔基、S-CH
3、NCH
3(CH
3)、OCH
2CH
2OCH
3、-O-烷基氨基和(CH
2)
rR
8;其中R
8选自OH、卤素、甲氧基、乙氧基、N
3、C
2-C
6烯基和C
2-C
6炔基,r=1、2或3;
任选地,R
1和R
2直接相连成环;
B是碱基;
其中:所述式(I)所示的化学修饰或其互变异构体修饰不是
在一些实施方案中,正义链不是5’-CACCUCUGCACGUCGCAUG(SEQ ID NO:108);反义链不是5’-UAUGCGACGUGCAGAGGUGA-3’(SEQ ID NO:109)。
在一些实施方案中,当X为NH-CO时,R
1不是H。
一些实施方案中,B是碱基;例如选自嘌呤碱基、嘧啶碱基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯中的那些。
一些实施方案中,B选自腺嘌呤、鸟嘌呤、异鸟嘌呤、次黄嘌呤、黄嘌呤、C2修饰的嘌呤、N8修饰的嘌呤、2,6-二氨基嘌呤、6-二甲基氨基嘌呤、2-氨基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鸟嘌呤、7-脱氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、异胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修饰的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
一些实施方案中,B选自腺嘌呤、鸟嘌呤、2,6-二氨基嘌呤、6-二甲基氨基嘌呤、2-氨基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
一些实施方案中,B是所述反义链在其5’区域的第2位至第8位(如第2位、第3位、第4位、第5位、第6位、第7位、第8位)中对应位置的碱基。
一些具体的实施方案中,B是所述反义链在其5’区域的第2位至第8位(如第2位、第3位、第4位、第5位、第6位、第7位、第8位)中对应位置的天然碱基。
在一些实施方案中,反义链在其5’区域的第2位至第8位(如第2位、第3位、第4位、第5位、第6位、第7位、第8位)中的至少一个核苷酸位置处包含式(I-1)所示的化学修饰或其互变异构体修饰:
其中:Y选自O、NH和S;
每个X独立地选自CR
4(R
4’)、S、NR
5和NH-CO,其中R
4、R
4’、R
5分别独立地为H或C
1-C
6烷基;
每个J
1、J
2分别独立地为H或C
1-C
6烷基;
n=0、1或2;m=0、1或2;s=0或1;
R
3选自H、OH、卤素、NH
2、C
1-C
6烷基、C
1-C
6烷氧基、C
2-C
6烯基、C
2-C
6炔基、S-CH
3、NCH
3(CH
3)、OCH
2CH
2OCH
3、-O-烷基氨基和(CH
2)
pR
6;其中R
6选自OH、卤素、甲氧基、乙氧基、N
3、C
2-C
6烯基和C
2-C
6炔基,p=1、2或3;
R
1选自H、C
1-C
6烷基、C
1-C
6烷氧基、C
2-C
6烯基、C
2-C
6炔基和(CH
2)
qR
7;其 中R
7选自OH、卤素、甲氧基、乙氧基、N
3、C
2-C
6烯基和C
2-C
6炔基,q=1、2或3;
R
2选自H、OH、卤素、NH
2、C
1-C
6烷基、C
1-C
6烷氧基、C
2-C
6烯基、C
2-C
6炔基、S-CH
3、NCH
3(CH
3)、OCH
2CH
2OCH
3、-O-烷基氨基和(CH
2)
rR
8;其中R
8选自OH、卤素、甲氧基、乙氧基、N
3、C
2-C
6烯基和C
2-C
6炔基,r=1、2或3;
任选地,R
1和R
2直接相连成环;
B如式(I)中所定义。
一些实施方案中,B是碱基;例如选自嘌呤碱基、嘧啶碱基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯中的那些。
一些实施方案中,B选自腺嘌呤、鸟嘌呤、异鸟嘌呤、次黄嘌呤、黄嘌呤、C2修饰的嘌呤、N8修饰的嘌呤、2,6-二氨基嘌呤、6-二甲基氨基嘌呤、2-氨基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鸟嘌呤、7-脱氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、异胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修饰的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
一些实施方案中,B选自腺嘌呤、鸟嘌呤、2,6-二氨基嘌呤、6-二甲基氨基嘌呤、2-氨基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
一些实施方案中,B是所述反义链在其5’区域的第2位至第8位(如第2位、第3位、第4位、第5位、第6位、第7位、第8位)中对应位置的碱基。
一些具体的实施方案中,B是所述反义链在其5’区域的第2位至第8位(如第2位、第3位、第4位、第5位、第6位、第7位、第8位)中对应位置的天然碱基。
在一些实施方案中,反义链在其5’区域的第2位至第8位(如第2位、第3位、第4位、第5位、第6位、第7位、第8位)中的至少一个核苷酸位置处包含式(I-2)所示的化学修饰或其互变异构体修饰:
其中Y选自O、NH和S;
每个X独立地选自CR
4(R
4’)、S、NR
5和NH-CO,其中R
4、R
4’、R
5分别独立 地为H或C
1-C
6烷基;
n=0、1或2;m=0、1或2;s=0或1;
每个J
1、J
2分别独立地为H或C
1-C
6烷基;
R
3选自H、OH、卤素、NH
2、C
1-C
6烷基、C
1-C
6烷氧基、C
2-C
6烯基、C
2-C
6炔基、S-CH
3、NCH
3(CH
3)、OCH
2CH
2OCH
3、-O-烷基氨基和(CH
2)
pR
6;其中R
6选自OH、卤素、甲氧基、乙氧基、N
3、C
2-C
6烯基和C
2-C
6炔基,p=1、2或3;
R
1选自H、C
1-C
6烷基、C
1-C
6烷氧基、C
2-C
6烯基、C
2-C
6炔基和(CH
2)
qR
7;其中R
7选自OH、卤素、甲氧基、乙氧基、N
3、C
2-C
6烯基和C
2-C
6炔基,q=1、2或3;
R
2选自H、C
1-C
6烷基、C
1-C
6烷氧基、S-CH
3、NCH
3(CH
3)、OCH
2CH
2OCH
3、-O-烷基氨基和(CH
2)
rR
8;其中R
8选自OH、卤素、甲氧基、乙氧基、N
3、C
2-C
6烯基和C
2-C
6炔基;r=1、2或3;
任选地,R
1和R
2直接相连成环;
B如式(I)中所定义。
一些实施方案中,B是碱基;例如选自嘌呤碱基、嘧啶碱基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯中的那些。
一些实施方案中,B选自腺嘌呤、鸟嘌呤、异鸟嘌呤、次黄嘌呤、黄嘌呤、C2修饰的嘌呤、N8修饰的嘌呤、2,6-二氨基嘌呤、6-二甲基氨基嘌呤、2-氨基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鸟嘌呤、7-脱氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、异胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修饰的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
一些实施方案中,B选自腺嘌呤、鸟嘌呤、2,6-二氨基嘌呤、6-二甲基氨基嘌呤、2-氨基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
一些实施方案中,B是所述反义链在其5’区域的第2位至第8位(如第2位、第3位、第4位、第5位、第6位、第7位、第8位)中对应位置的碱基。
一些具体的实施方案中,B是所述反义链在其5’区域的第2位至第8位(如第2位、第3位、第4位、第5位、第6位、第7位、第8位)中对应位置的天然碱基。
在一些实施方案中,上述化学修饰或其互变异构体修饰不是
在一些实施方案中,每个X独立地选自CR
4(R
4’)、S、NR
5和NH-CO,其中R
4、R
4’、R
5分别独立地为H或C
1-C
3烷基;
n=0、1或2;m=0、1或2;s=0或1;
每个J
1、J
2分别独立地为H或C
1-C
3烷基;
R
3选自H、OH、卤素、NH
2、C
1-C
3烷基、C
1-C
3烷氧基、C
2-C
4烯基、C
2-C
4炔基、S-CH
3、NCH
3(CH
3)、OCH
2CH
2OCH
3、-O-烷基氨基和(CH
2)
pR
6;其中R
6选自OH、卤素、甲氧基、乙氧基、N
3、C
2-C
6烯基和C
2-C
6炔基,p=1、2或3;
R
1选自H、C
1-C
3烷基、C
1-C
3烷氧基、C
2-C
4烯基、C
2-C
4炔基和(CH
2)
qR
7;其中R
7选自OH、卤素、甲氧基、乙氧基、N
3、C
2-C
4烯基和C
2-C
4炔基,q=1、2或3;
R
2选自H、OH、卤素、NH
2、C
1-C
3烷基、C
1-C
3烷氧基、C
2-C
4烯基、C
2-C
4炔基、S-CH
3、NCH
3(CH
3)、OCH
2CH
2OCH
3、-O-烷基氨基和(CH
2)
rR
8;其中R
8选自OH、卤素、甲氧基、乙氧基、N
3、C
2-C
4烯基和C
2-C
4炔基,r=1、2或3;
任选地,R
1和R
2直接相连成环。
B如式(I)中所定义。
一些实施方案中,B是碱基;例如选自嘌呤碱基、嘧啶碱基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯中的那些。
一些实施方案中,B选自腺嘌呤、鸟嘌呤、异鸟嘌呤、次黄嘌呤、黄嘌呤、C2修饰的嘌呤、N8修饰的嘌呤、2,6-二氨基嘌呤、6-二甲基氨基嘌呤、2-氨基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鸟嘌呤、7-脱氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、异胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修饰的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
一些实施方案中,B选自腺嘌呤、鸟嘌呤、2,6-二氨基嘌呤、6-二甲基氨基嘌呤、2-氨基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
一些实施方案中,B是所述反义链在其5’区域的第2位至第8位(如第2位、第3位、第4位、第5位、第6位、第7位、第8位)中对应位置的碱基。
一些具体的实施方案中,B是所述反义链在其5’区域的第2位至第8位(如第2位、第3位、第4位、第5位、第6位、第7位、第8位)中对应位置的天然碱基。
在一些实施方案中,每个X独立地选自CR
4(R
4’)、S、NR
5和NH-CO,其中R
4、R
4’、R
5分别独立地为H、甲基、乙基、正丙基或异丙基;
n=0、1或2;m=0、1或2;s=0或1;
每个J
1、J
2分别独立地为H或甲基;
R
3选自H、OH、F、Cl、NH
2、甲基、乙基、正丙基、异丙基、甲氧基、乙氧基、正丙氧基、异丙氧基、乙烯基、烯丙基、乙炔基、炔丙基、S-CH
3、NCH
3(CH
3)、OCH
2CH
2OCH
3、-O-甲基氨基、-O-乙基氨基和(CH
2)
pR
6;其中R
6选自OH、F、Cl、甲氧基、乙氧基、N
3、乙烯基、烯丙基、乙炔基和炔丙基,p=1或2;
R
1选自H、甲基、乙基、正丙基、异丙基、甲氧基、乙氧基、正丙氧基、异 丙氧基、乙烯基、烯丙基、乙炔基、炔丙基和(CH
2)
qR
7;其中R
7选自OH、F、Cl、甲氧基、乙氧基、N
3、乙烯基、烯丙基、乙炔基和炔丙基,q=1或2;
R
2选自H、OH、F、Cl、NH
2、甲基、乙基、正丙基、异丙基、甲氧基、乙氧基、正丙氧基、异丙氧基、乙烯基、烯丙基、乙炔基、炔丙基、S-CH
3、NCH
3(CH
3)、OCH
2CH
2OCH
3、-O-甲基氨基、-O-乙基氨基和(CH
2)
rR
8;其中R
8选自OH、F、Cl、甲氧基、乙氧基、N
3、乙烯基、烯丙基、乙炔基和炔丙基,r=1或2;
任选地,R
1和R
2直接相连成环。
B如式(I)中所定义。
一些实施方案中,B是碱基;例如选自嘌呤碱基、嘧啶碱基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯中的那些。
一些实施方案中,B选自腺嘌呤、鸟嘌呤、异鸟嘌呤、次黄嘌呤、黄嘌呤、C2修饰的嘌呤、N8修饰的嘌呤、2,6-二氨基嘌呤、6-二甲基氨基嘌呤、2-氨基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鸟嘌呤、7-脱氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、异胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修饰的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
一些实施方案中,B选自腺嘌呤、鸟嘌呤、2,6-二氨基嘌呤、6-二甲基氨基嘌呤、2-氨基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
一些实施方案中,B是所述反义链在其5’区域的第2位至第8位(如第2位、第3位、第4位、第5位、第6位、第7位、第8位)中对应位置的碱基。
一些具体的实施方案中,B是所述反义链在其5’区域的第2位至第8位(如第2位、第3位、第4位、第5位、第6位、第7位、第8位)中对应位置的天然碱基。
在一些实施方案中,每个X独立地选自CR
4(R
4’)、S、NR
5和NH-CO,其中R
4、R
4’、R
5分别独立地为H、甲基、乙基、正丙基或异丙基;
n=0、1或2;m=0、1或2;s=0或1;
每个J
1、J
2分别独立地为H或甲基;
R
3选自H、OH、F、Cl、NH
2、甲基、乙基、正丙基、异丙基、甲氧基、乙氧基、正丙氧基、异丙氧基、乙烯基、烯丙基、乙炔基、炔丙基、S-CH
3、NCH
3(CH
3)、OCH
2CH
2OCH
3、-O-甲基氨基、-O-乙基氨基和(CH
2)
pR
6;其中R
6选自OH、F、Cl、甲氧基、乙氧基、N
3、乙烯基、烯丙基、乙炔基和炔丙基,p=1或2;
R
1选自H、甲基、乙基、正丙基、异丙基、甲氧基、乙氧基、正丙氧基、异丙氧基、乙烯基、烯丙基、乙炔基、炔丙基和(CH
2)
qR
7;其中R
7选自OH、F、Cl、甲氧基、乙氧基、N
3、乙烯基、烯丙基、乙炔基和炔丙基,q=1或2;
R
2选自H、OH、F、Cl、NH
2、甲基、乙基、正丙基、异丙基、甲氧基、乙氧基、正丙氧基、异丙氧基、乙烯基、烯丙基、乙炔基、炔丙基、S-CH
3、NCH
3(CH
3)、 OCH
2CH
2OCH
3、-O-甲基氨基、-O-乙基氨基和(CH
2)
rR
8;其中R
8选自OH、F、Cl、甲氧基、乙氧基、N
3、乙烯基、烯丙基、乙炔基和炔丙基,r=1或2;
任选地,R
1和R
2直接相连成环。
B如式(I)中所定义。
一些实施方案中,B是碱基;例如选自嘌呤碱基、嘧啶碱基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯中的那些。
一些实施方案中,B选自腺嘌呤、鸟嘌呤、异鸟嘌呤、次黄嘌呤、黄嘌呤、C2修饰的嘌呤、N8修饰的嘌呤、2,6-二氨基嘌呤、6-二甲基氨基嘌呤、2-氨基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鸟嘌呤、7-脱氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、异胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修饰的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
一些实施方案中,B选自腺嘌呤、鸟嘌呤、2,6-二氨基嘌呤、6-二甲基氨基嘌呤、2-氨基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
一些实施方案中,B是所述反义链在其5’区域的第2位至第8位(如第2位、第3位、第4位、第5位、第6位、第7位、第8位)中对应位置的碱基。
一些具体的实施方案中,B是所述反义链在其5’区域的第2位至第8位(如第2位、第3位、第4位、第5位、第6位、第7位、第8位)中对应位置的天然碱基。
在一些实施方案中,Y为O或NH;每个X独立地选自NH-CO、CH
2和NH;
n=0或1;m=0或1;s=0或1;
每个J
1、J
2分别独立地为H;
R
1选自H、甲基和CH
2OH;
R
2选自H、OH、NH
2、甲基和CH
2OH;
R
3选自H、OH、NH
2、甲基和CH
2OH;
任选地,R
1和R
2直接相连成环;
B如式(I)中所定义。
一些实施方案中,B是碱基;例如选自嘌呤碱基、嘧啶碱基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯中的那些。
一些实施方案中,B选自腺嘌呤、鸟嘌呤、异鸟嘌呤、次黄嘌呤、黄嘌呤、C2修饰的嘌呤、N8修饰的嘌呤、2,6-二氨基嘌呤、6-二甲基氨基嘌呤、2-氨基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鸟嘌呤、7-脱氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、异胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修饰的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
一些实施方案中,B选自腺嘌呤、鸟嘌呤、2,6-二氨基嘌呤、6-二甲基氨基嘌呤、2-氨基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
一些实施方案中,B是所述反义链在其5’区域的第2位至第8位(如第2位、第3位、第4位、第5位、第6位、第7位、第8位)中对应位置的碱基。
一些具体的实施方案中,B是所述反义链在其5’区域的第2位至第8位(如第2位、第3位、第4位、第5位、第6位、第7位、第8位)中对应位置的天然碱基。
在一些实施方案中,Y为O或NH;每个X独立地选自NH-CO、CH
2和NH;
n=0或1;m=0或1;s=0或1;
每个J
1、J
2分别独立地为H;
R
1选自H、甲基和CH
2OH;
R
2选自H、甲基和CH
2OH;
R
3选自H、OH、NH
2、甲基和CH
2OH;
任选地,R
1和R
2直接相连成环。
一些实施方案中,B是碱基;例如选自嘌呤碱基、嘧啶碱基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯中的那些。
一些实施方案中,B选自腺嘌呤、鸟嘌呤、异鸟嘌呤、次黄嘌呤、黄嘌呤、C2修饰的嘌呤、N8修饰的嘌呤、2,6-二氨基嘌呤、6-二甲基氨基嘌呤、2-氨基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鸟嘌呤、7-脱氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、异胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修饰的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
一些实施方案中,B选自腺嘌呤、鸟嘌呤、2,6-二氨基嘌呤、6-二甲基氨基嘌呤、2-氨基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
一些实施方案中,B是所述反义链在其5’区域的第2位至第8位(如第2位、第3位、第4位、第5位、第6位、第7位、第8位)中对应位置的碱基。
一些具体的实施方案中,B是所述反义链在其5’区域的第2位至第8位(如第2位、第3位、第4位、第5位、第6位、第7位、第8位)中对应位置的天然碱基。
在一些实施方案中,所述式(I)所示的化学修饰或其互变异构体修饰选自:
其中:B是碱基;例如选自嘌呤碱基、嘧啶碱基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯中的那些。
一些实施方案中,B选自腺嘌呤、鸟嘌呤、异鸟嘌呤、次黄嘌呤、黄嘌呤、C2修饰的嘌呤、N8修饰的嘌呤、2,6-二氨基嘌呤、6-二甲基氨基嘌呤、2-氨基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鸟嘌呤、7-脱氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、异胞 嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修饰的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
一些实施方案中,B选自腺嘌呤、鸟嘌呤、2,6-二氨基嘌呤、6-二甲基氨基嘌呤、2-氨基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
一些实施方案中,B是所述反义链在其5’区域的第2位至第8位(如第2位、第3位、第4位、第5位、第6位、第7位、第8位)中对应位置的碱基。
一些具体的实施方案中,B是所述反义链在其5’区域的第2位至第8位(如第2位、第3位、第4位、第5位、第6位、第7位、第8位)中对应位置的天然碱基。
在一些实施方案中,所述式(I)所示的化学修饰或其互变异构体修饰选自:
其中:B是碱基;例如选自嘌呤碱基、嘧啶碱基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯中的那些。
一些实施方案中,B选自腺嘌呤、鸟嘌呤、异鸟嘌呤、次黄嘌呤、黄嘌呤、C2修饰的嘌呤、N8修饰的嘌呤、2,6-二氨基嘌呤、6-二甲基氨基嘌呤、2-氨基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鸟嘌呤、7-脱氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、异胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修饰的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
一些实施方案中,B选自腺嘌呤、鸟嘌呤、2,6-二氨基嘌呤、6-二甲基氨基嘌呤、2-氨基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
一些实施方案中,B是所述反义链在其5’区域的第2位至第8位(如第2位、第3位、第4位、第5位、第6位、第7位、第8位)中对应位置的碱基。
一些具体的实施方案中,B是所述反义链在其5’区域的第2位至第8位(如第2位、第3位、第4位、第5位、第6位、第7位、第8位)中对应位置的天然碱基。
本公开提供了一种siRNA,其包含形成双链区的正义链与反义链;所述正义链包含至少15个连续核苷酸,与SEQ ID NO:1的核苷酸序列相差不超过3个核苷酸;所述反义链包含至少15个连续核苷酸序列,与SEQ ID NO:2的核苷酸序列相 差不超过3个核苷酸;
其中,大写字母C、G、U、A表示核苷酸的碱基组成;
所述反义链在其5’区域的第2位至第8位(如第2位、第3位、第4位、第5位、第6位、第7位、第8位)中的至少一个核苷酸位置处包含式(I’)所示的化学修饰或其互变异构体修饰:
其中:Y选自O、NH和S;
每个X独立地选自CR
4(R
4’)、S、NR
5和NH-CO,其中R
4、R
4’、R
5分别独立地为H或C
1-C
6烷基;
J
2为H或C
1-C
6烷基;
n=0、1或2;m=0、1或2;s=0或1;
R
3选自H、OH、卤素、NH
2、C
1-C
6烷基、C
1-C
6烷氧基、C
2-C
6烯基、C
2-C
6炔基、S-CH
3、NCH
3(CH
3)、OCH
2CH
2OCH
3、-O-烷基氨基和(CH
2)
pR
6;其中R
6选自OH、卤素、甲氧基、乙氧基、N
3、C
2-C
6烯基和C
2-C
6炔基,p=1、2或3;
Q
1’为
Q
2’为R
2;或者Q
1’为R
2,Q
2’为
其中:
R
1选自H、C
1-C
6烷基、C
1-C
6烷氧基、C
2-C
6烯基、C
2-C
6炔基和(CH
2)
qR
7;其中R
7选自OH、卤素、甲氧基、乙氧基、N
3、C
2-C
6烯基和C
2-C
6炔基,q=1、2或3;
J
1为H或C
1-C
6烷基;
R
2选自H、OH、卤素、NH
2、C
1-C
6烷基、C
1-C
6烷氧基、C
2-C
6烯基、C
2-C
6炔基、S-CH
3、NCH
3(CH
3)、OCH
2CH
2OCH
3、-O-烷基氨基和(CH
2)
rR
8;其中R
8选自OH、卤素、甲氧基、乙氧基、N
3、C
2-C
6烯基和C
2-C
6炔基,r=1、2或3;
任选地,R
1和R
2直接相连成环;
B是碱基;
M为O或S;
其中:所述式(I’)所示的化学修饰或其互变异构体修饰不是
在一些实施方案中,当X为NH-CO时,R
1不是H。
一些实施方案中,B是碱基;例如选自嘌呤碱基、嘧啶碱基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯中的那些。
一些实施方案中,B选自腺嘌呤、鸟嘌呤、异鸟嘌呤、次黄嘌呤、黄嘌呤、C2修饰的嘌呤、N8修饰的嘌呤、2,6-二氨基嘌呤、6-二甲基氨基嘌呤、2-氨基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鸟嘌呤、7-脱氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、异胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修饰的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
一些实施方案中,B选自腺嘌呤、鸟嘌呤、2,6-二氨基嘌呤、6-二甲基氨基嘌呤、2-氨基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
一些实施方案中,B是所述反义链在其5’区域的第2位至第8位(如第2位、第3位、第4位、第5位、第6位、第7位、第8位)中对应位置的碱基。
一些具体的实施方案中,B是所述反义链在其5’区域的第2位至第8位(如第2位、第3位、第4位、第5位、第6位、第7位、第8位)中对应位置的天然碱基。
在一些实施方案中,反义链在其5’区域的第2位至第8位(如第2位、第3位、第4位、第5位、第6位、第7位、第8位)中的至少一个核苷酸位置处包含式(I’-1)所示的化学修饰或其互变异构体修饰:
其中:Y选自O、NH和S;
每个X独立地选自CR
4(R
4’)、S、NR
5和NH-CO,其中R
4、R
4’、R
5分别独立 地为H或C
1-C
6烷基;
每个J
1、J
2分别独立地为H或C
1-C
6烷基;
n=0、1或2;m=0、1或2;s=0或1;
R
3选自H、OH、卤素、NH
2、C
1-C
6烷基、C
1-C
6烷氧基、C
2-C
6烯基、C
2-C
6炔基、S-CH
3、NCH
3(CH
3)、OCH
2CH
2OCH
3、-O-烷基氨基和(CH
2)
pR
6;其中R
6选自OH、卤素、甲氧基、乙氧基、N
3、C
2-C
6烯基和C
2-C
6炔基,p=1、2或3;
R
1选自H、C
1-C
6烷基、C
1-C
6烷氧基、C
2-C
6烯基、C
2-C
6炔基和(CH
2)
qR
7;其中R
7选自OH、卤素、甲氧基、乙氧基、N
3、C
2-C
6烯基和C
2-C
6炔基,q=1、2或3;
R
2选自H、OH、卤素、NH
2、C
1-C
6烷基、C
1-C
6烷氧基、C
2-C
6烯基、C
2-C
6炔基、S-CH
3、NCH
3(CH
3)、OCH
2CH
2OCH
3、-O-烷基氨基和(CH
2)
rR
8;其中R
8选自OH、卤素、甲氧基、乙氧基、N
3、C
2-C
6烯基和C
2-C
6炔基,r=1、2或3;
M为O或S;
任选地,R
1和R
2直接相连成环;
B如式(I’)中所定义。
一些实施方案中,B是碱基;例如选自嘌呤碱基、嘧啶碱基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯中的那些。
一些实施方案中,B选自腺嘌呤、鸟嘌呤、异鸟嘌呤、次黄嘌呤、黄嘌呤、C2修饰的嘌呤、N8修饰的嘌呤、2,6-二氨基嘌呤、6-二甲基氨基嘌呤、2-氨基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鸟嘌呤、7-脱氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、异胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修饰的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
一些实施方案中,B选自腺嘌呤、鸟嘌呤、2,6-二氨基嘌呤、6-二甲基氨基嘌呤、2-氨基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
一些实施方案中,B是所述反义链在其5’区域的第2位至第8位(如第2位、第3位、第4位、第5位、第6位、第7位、第8位)中对应位置的碱基。
一些具体的实施方案中,B是所述反义链在其5’区域的第2位至第8位(如第2位、第3位、第4位、第5位、第6位、第7位、第8位)中对应位置的天然碱基。
在一些实施方案中,反义链在其5’区域的第2位至第8位(如第2位、第3位、第4位、第5位、第6位、第7位、第8位)中的至少一个核苷酸位置处包含式(I’-2)所示的化学修饰或其互变异构体修饰:
其中Y选自O、NH和S;
每个X独立地选自CR
4(R
4’)、S、NR
5和NH-CO,其中R
4、R
4’、R
5分别独立地为H或C
1-C
6烷基;
n=0、1或2;m=0、1或2;s=0或1;
每个J
1、J
2分别独立地为H或C
1-C
6烷基;
R
3选自H、OH、卤素、NH
2、C
1-C
6烷基、C
1-C
6烷氧基、C
2-C
6烯基、C
2-C
6炔基、S-CH
3、NCH
3(CH
3)、OCH
2CH
2OCH
3、-O-烷基氨基和(CH
2)
pR
6;其中R
6选自OH、卤素、甲氧基、乙氧基、N
3、C
2-C
6烯基和C
2-C
6炔基,p=1、2或3;
R
1选自H、C
1-C
6烷基、C
1-C
6烷氧基、C
2-C
6烯基、C
2-C
6炔基和(CH
2)
qR
7;其中R
7选自OH、卤素、甲氧基、乙氧基、N
3、C
2-C
6烯基和C
2-C
6炔基,q=1、2或3;
R
2选自H、C
1-C
6烷基、C
1-C
6烷氧基、S-CH
3、NCH
3(CH
3)、OCH
2CH
2OCH
3、-O-烷基氨基和(CH
2)
rR
8;其中R
8选自OH、卤素、甲氧基、乙氧基、N
3、C
2-C
6烯基和C
2-C
6炔基;r=1、2或3;
任选地,R
1和R
2直接相连成环;
M为O或S;
B如式(I’)中所定义。
一些实施方案中,B是碱基;例如选自嘌呤碱基、嘧啶碱基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯中的那些。
一些实施方案中,B选自腺嘌呤、鸟嘌呤、异鸟嘌呤、次黄嘌呤、黄嘌呤、C2修饰的嘌呤、N8修饰的嘌呤、2,6-二氨基嘌呤、6-二甲基氨基嘌呤、2-氨基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鸟嘌呤、7-脱氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、异胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修饰的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
一些实施方案中,B选自腺嘌呤、鸟嘌呤、2,6-二氨基嘌呤、6-二甲基氨基嘌呤、2-氨基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
一些实施方案中,B是所述反义链在其5’区域的第2位至第8位(如第2位、第3位、第4位、第5位、第6位、第7位、第8位)中对应位置的碱基。
一些具体的实施方案中,B是所述反义链在其5’区域的第2位至第8位(如第2位、第3位、第4位、第5位、第6位、第7位、第8位)中对应位置的天然碱基。
在一些实施方案中,上述化学修饰或其互变异构体修饰不是
在一些实施方案中,当X为NH-CO时,R
1不是H。
在一些实施方案中,每个X独立地选自CR
4(R
4’)、S、NR
5和NH-CO,其中R
4、R
4’、R
5分别独立地为H或C
1-C
3烷基;
n=0、1或2;m=0、1或2;s=0或1;
每个J
1、J
2分别独立地为H或C
1-C
3烷基;
R
3选自H、OH、卤素、NH
2、C
1-C
3烷基、C
1-C
3烷氧基、C
2-C
4烯基、C
2-C
4炔基、S-CH
3、NCH
3(CH
3)、OCH
2CH
2OCH
3、-O-烷基氨基和(CH
2)
pR
6;其中R
6选自OH、卤素、甲氧基、乙氧基、N
3、C
2-C
6烯基和C
2-C
6炔基,p=1、2或3;
R
1选自H、C
1-C
3烷基、C
1-C
3烷氧基、C
2-C
4烯基、C
2-C
4炔基和(CH
2)
qR
7;其中R
7选自OH、卤素、甲氧基、乙氧基、N
3、C
2-C
4烯基和C
2-C
4炔基,q=1、2或3;
R
2选自H、OH、卤素、NH
2、C
1-C
3烷基、C
1-C
3烷氧基、C
2-C
4烯基、C
2-C
4炔基、S-CH
3、NCH
3(CH
3)、OCH
2CH
2OCH
3、-O-烷基氨基和(CH
2)
rR
8;其中R
8选自OH、卤素、甲氧基、乙氧基、N
3、C
2-C
4烯基和C
2-C
4炔基,r=1、2或3;
任选地,R
1和R
2直接相连成环。
在一些实施方案中,每个X独立地选自CR
4(R
4’)、S、NR
5和NH-CO,其中R
4、R
4’、R
5分别独立地为H、甲基、乙基、正丙基或异丙基;
n=0、1或2;m=0、1或2;s=0或1;
每个J
1、J
2分别独立地为H或甲基;
R
3选自H、OH、F、Cl、NH
2、甲基、乙基、正丙基、异丙基、甲氧基、乙氧基、正丙氧基、异丙氧基、乙烯基、烯丙基、乙炔基、炔丙基、S-CH
3、NCH
3(CH
3)、OCH
2CH
2OCH
3、-O-甲基氨基、-O-乙基氨基和(CH
2)
pR
6;其中R
6选自OH、F、Cl、甲氧基、乙氧基、N
3、乙烯基、烯丙基、乙炔基和炔丙基,p=1或2;
R
1选自H、甲基、乙基、正丙基、异丙基、甲氧基、乙氧基、正丙氧基、异 丙氧基、乙烯基、烯丙基、乙炔基、炔丙基和(CH
2)
qR
7;其中R
7选自OH、F、Cl、甲氧基、乙氧基、N
3、乙烯基、烯丙基、乙炔基和炔丙基,q=1或2;
R
2选自H、OH、F、Cl、NH
2、甲基、乙基、正丙基、异丙基、甲氧基、乙氧基、正丙氧基、异丙氧基、乙烯基、烯丙基、乙炔基、炔丙基、S-CH
3、NCH
3(CH
3)、OCH
2CH
2OCH
3、-O-甲基氨基、-O-乙基氨基和(CH
2)
rR
8;其中R
8选自OH、F、Cl、甲氧基、乙氧基、N
3、乙烯基、烯丙基、乙炔基和炔丙基,r=1或2;
任选地,R
1和R
2直接相连成环。
一些实施方案中,B是碱基;例如选自嘌呤碱基、嘧啶碱基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯中的那些。
一些实施方案中,B选自腺嘌呤、鸟嘌呤、异鸟嘌呤、次黄嘌呤、黄嘌呤、C2修饰的嘌呤、N8修饰的嘌呤、2,6-二氨基嘌呤、6-二甲基氨基嘌呤、2-氨基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鸟嘌呤、7-脱氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、异胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修饰的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
一些实施方案中,B选自腺嘌呤、鸟嘌呤、2,6-二氨基嘌呤、6-二甲基氨基嘌呤、2-氨基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
一些实施方案中,B是所述反义链在其5’区域的第2位至第8位(如第2位、第3位、第4位、第5位、第6位、第7位、第8位)中对应位置的碱基。
一些具体的实施方案中,B是所述反义链在其5’区域的第2位至第8位(如第2位、第3位、第4位、第5位、第6位、第7位、第8位)中对应位置的天然碱基。
在一些实施方案中,每个X独立地选自CR
4(R
4’)、S、NR
5和NH-CO,其中R
4、R
4’、R
5分别独立地为H、甲基、乙基、正丙基或异丙基;
n=0、1或2;m=0、1或2;s=0或1;
每个J
1、J
2分别独立地为H或甲基;
R
3选自H、OH、F、Cl、NH
2、甲基、乙基、正丙基、异丙基、甲氧基、乙氧基、正丙氧基、异丙氧基、乙烯基、烯丙基、乙炔基、炔丙基、S-CH
3、NCH
3(CH
3)、OCH
2CH
2OCH
3、-O-甲基氨基、-O-乙基氨基和(CH
2)
pR
6;其中R
6选自OH、F、Cl、甲氧基、乙氧基、N
3、乙烯基、烯丙基、乙炔基和炔丙基,p=1或2;
R
1选自H、甲基、乙基、正丙基、异丙基、甲氧基、乙氧基、正丙氧基、异丙氧基、乙烯基、烯丙基、乙炔基、炔丙基和(CH
2)
qR
7;其中R
7选自OH、F、Cl、甲氧基、乙氧基、N
3、乙烯基、烯丙基、乙炔基和炔丙基,q=1或2;
R
2选自H、OH、F、Cl、NH
2、甲基、乙基、正丙基、异丙基、甲氧基、乙氧基、正丙氧基、异丙氧基、乙烯基、烯丙基、乙炔基、炔丙基、S-CH
3、NCH
3(CH
3)、OCH
2CH
2OCH
3、-O-甲基氨基、-O-乙基氨基和(CH
2)
rR
8;其中R
8选自OH、F、Cl、 甲氧基、乙氧基、N
3、乙烯基、烯丙基、乙炔基和炔丙基,r=1或2;
任选地,R
1和R
2直接相连成环。
一些实施方案中,B是碱基;例如选自嘌呤碱基、嘧啶碱基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯中的那些。
一些实施方案中,B选自腺嘌呤、鸟嘌呤、异鸟嘌呤、次黄嘌呤、黄嘌呤、C2修饰的嘌呤、N8修饰的嘌呤、2,6-二氨基嘌呤、6-二甲基氨基嘌呤、2-氨基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鸟嘌呤、7-脱氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、异胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修饰的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
一些实施方案中,B选自腺嘌呤、鸟嘌呤、2,6-二氨基嘌呤、6-二甲基氨基嘌呤、2-氨基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
一些实施方案中,B是所述反义链在其5’区域的第2位至第8位(如第2位、第3位、第4位、第5位、第6位、第7位、第8位)中对应位置的碱基。
一些具体的实施方案中,B是所述反义链在其5’区域的第2位至第8位(如第2位、第3位、第4位、第5位、第6位、第7位、第8位)中对应位置的天然碱基。
在一些实施方案中,Y为O或NH;每个X独立地选自NH-CO、CH
2和NH;
n=0或1;m=0或1;s=0或1;
每个J
1、J
2分别独立地为H;
R
1选自H、甲基和CH
2OH;
R
2选自H、OH、NH
2、甲基和CH
2OH;
R
3选自H、OH、NH
2、甲基和CH
2OH;
任选地,R
1和R
2直接相连成环。
一些实施方案中,B是碱基;例如选自嘌呤碱基、嘧啶碱基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯中的那些。
一些实施方案中,B选自腺嘌呤、鸟嘌呤、异鸟嘌呤、次黄嘌呤、黄嘌呤、C2修饰的嘌呤、N8修饰的嘌呤、2,6-二氨基嘌呤、6-二甲基氨基嘌呤、2-氨基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鸟嘌呤、7-脱氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、异胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修饰的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
一些实施方案中,B选自腺嘌呤、鸟嘌呤、2,6-二氨基嘌呤、6-二甲基氨基嘌呤、2-氨基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
一些实施方案中,B是所述反义链在其5’区域的第2位至第8位(如第2位、第3位、第4位、第5位、第6位、第7位、第8位)中对应位置的碱基。
一些具体的实施方案中,B是所述反义链在其5’区域的第2位至第8位(如 第2位、第3位、第4位、第5位、第6位、第7位、第8位)中对应位置的天然碱基。
在一些实施方案中,Y为O或NH;每个X独立地选自NH-CO、CH
2和NH;
n=0或1;m=0或1;s=0或1;
每个J
1、J
2分别独立地为H;
R
1选自H、甲基和CH
2OH;
R
2选自H、甲基和CH
2OH;
R
3选自H、OH、NH
2、甲基和CH
2OH;
任选地,R
1和R
2直接相连成环。
一些实施方案中,B是碱基;例如选自嘌呤碱基、嘧啶碱基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯中的那些。
一些实施方案中,B选自腺嘌呤、鸟嘌呤、异鸟嘌呤、次黄嘌呤、黄嘌呤、C2修饰的嘌呤、N8修饰的嘌呤、2,6-二氨基嘌呤、6-二甲基氨基嘌呤、2-氨基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鸟嘌呤、7-脱氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、异胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修饰的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
一些实施方案中,B选自腺嘌呤、鸟嘌呤、2,6-二氨基嘌呤、6-二甲基氨基嘌呤、2-氨基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
一些实施方案中,B是所述反义链在其5’区域的第2位至第8位(如第2位、第3位、第4位、第5位、第6位、第7位、第8位)中对应位置的碱基。
一些具体的实施方案中,B是所述反义链在其5’区域的第2位至第8位(如第2位、第3位、第4位、第5位、第6位、第7位、第8位)中对应位置的天然碱基。
在一些实施方案中,所述式(I’)所示的化学修饰或其互变异构体修饰选自:
其中,M为O或S;
B如式(I’)中所定义。
一些实施方案中,B是碱基;例如选自嘌呤碱基、嘧啶碱基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯中的那些。
一些实施方案中,B选自腺嘌呤、鸟嘌呤、异鸟嘌呤、次黄嘌呤、黄嘌呤、C2修饰的嘌呤、N8修饰的嘌呤、2,6-二氨基嘌呤、6-二甲基氨基嘌呤、2-氨基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鸟嘌呤、7-脱氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、异胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修饰的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
一些实施方案中,B选自腺嘌呤、鸟嘌呤、2,6-二氨基嘌呤、6-二甲基氨基嘌呤、2-氨基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
一些实施方案中,B是所述反义链在其5’区域的第2位至第8位(如第2位、第3位、第4位、第5位、第6位、第7位、第8位)中对应位置的碱基。
一些具体的实施方案中,B是所述反义链在其5’区域的第2位至第8位(如第2位、第3位、第4位、第5位、第6位、第7位、第8位)中对应位置的天然碱基。
在一些实施方案中,所述式(I’)所示的化学修饰或其互变异构体修饰选自:
其中:M为O或S;
B如式(I’)中所定义。
一些实施方案中,B是碱基;例如选自嘌呤碱基、嘧啶碱基、吲哚、5-硝基吲 哚和3-硝基吡咯中的那些。
一些实施方案中,B选自腺嘌呤、鸟嘌呤、异鸟嘌呤、次黄嘌呤、黄嘌呤、C2修饰的嘌呤、N8修饰的嘌呤、2,6-二氨基嘌呤、6-二甲基氨基嘌呤、2-氨基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鸟嘌呤、7-脱氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、异胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修饰的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
一些实施方案中,B选自腺嘌呤、鸟嘌呤、2,6-二氨基嘌呤、6-二甲基氨基嘌呤、2-氨基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
一些实施方案中,B是所述反义链在其5’区域的第2位至第8位(如第2位、第3位、第4位、第5位、第6位、第7位、第8位)中对应位置的碱基。
一些具体的实施方案中,B是所述反义链在其5’区域的第2位至第8位(如第2位、第3位、第4位、第5位、第6位、第7位、第8位)中对应位置的天然碱基。
在一些实施方案中,所述式(I’)所示的化学修饰或其互变异构体修饰选自:
其中:M为O或S;
B如式(I’)中所定义。
一些实施方案中,B是碱基;例如选自嘌呤碱基、嘧啶碱基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯中的那些。
一些实施方案中,B选自腺嘌呤、鸟嘌呤、异鸟嘌呤、次黄嘌呤、黄嘌呤、C2修饰的嘌呤、N8修饰的嘌呤、2,6-二氨基嘌呤、6-二甲基氨基嘌呤、2-氨基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鸟嘌呤、7-脱氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、异胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修饰的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
一些实施方案中,B选自腺嘌呤、鸟嘌呤、2,6-二氨基嘌呤、6-二甲基氨基嘌呤、2-氨基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
一些实施方案中,B是所述反义链在其5’区域的第2位至第8位(如第2位、 第3位、第4位、第5位、第6位、第7位、第8位)中对应位置的碱基。
一些具体的实施方案中,B是所述反义链在其5’区域的第2位至第8位(如第2位、第3位、第4位、第5位、第6位、第7位、第8位)中对应位置的天然碱基。
在一些实施方案中,所述式(I’)所示的化学修饰或其互变异构体修饰包括但不限于:
以及它们结构中的腺嘌呤被置换为鸟嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶或胸腺嘧啶的那些。
在一些实施方案中,反义链在其5’区域的第2位至第8位、第3位至第8位、第4位至第8位、第5位至第8位、第5位至第7位中的至少一个核苷酸位置处包含上述式(I)或式(I’)所示的化学修饰或其互变异构体修饰。
在一些实施方案中,本公开的siRNA,反义链在其5’区域的第5位、第6位或第7位包含上述式(I)或式(I’)所示的化学修饰或其互变异构体修饰。
一些具体的实施方案中,式(I)或式(I’)所示的化学修饰或其互变异构体修饰在其5’区域的第5位,B选自腺嘌呤、鸟嘌呤、2,6-二氨基嘌呤、6-二甲基氨基嘌呤、2-氨基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯;在一些实施方案中选自腺嘌呤。
一些具体的实施方案中,式(I)或式(I’)所示的化学修饰或其互变异构体修饰在其5’区域的第6位,B选自腺嘌呤、鸟嘌呤、2,6-二氨基嘌呤、6-二甲基氨基嘌呤、2-氨基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯;在一些实施方案中选自腺嘌呤。
一些具体的实施方案中,式(I)或式(I’)所示的化学修饰或其互变异构体修饰在其5’区域的第7位,B选自腺嘌呤、鸟嘌呤、2,6-二氨基嘌呤、6-二甲基氨基嘌呤、2-氨基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯;在一些实施方案中选自鸟嘌呤。
在一些实施方案中,正义链和反义链各自独立地具有16至35个、16至34个、17至34个、17至33个、18至33个、18至32个、18至31个、18至30个、18至29个、18至28个、18至27个、18至26个、18至25个、18至24个、18至23个、19至25个、19至24个、或19至23个核苷酸。
在一些实施方案中,正义链和反义链长度相同或不同,所述正义链的长度为19-23个核苷酸,反义链的长度为19-26个核苷酸。这样,本公开提供的siRNA的正义链和反义链的长度比可以是19/20、19/21、19/22、19/23、19/24、19/25、19/26、20/20、20/21、20/22、20/23、20/24、20/25、20/26、21/20、21/21、21/22、21/23、21/24、21/25、21/26、22/20、22/21、22/22、22/23、22/24、22/25、22/26、23/20、23/21、23/22、23/23、23/24、23/25或23/26。在一些实施方式中,所述siRNA的正义链和反义链的长度比为19/21、21/23或23/25。在一些实施方式中,所述siRNA的正义链和反义链的长度比为19/21。
在一些实施方案中,反义链与靶序列至少部分地反向互补以介导RNA干扰;在一些实施方案中,反义链与靶序列之间存在不多于5个、不多于4个、不多于3个、不多于2个、不多于1个错配;在一些实施方案中,反义链与靶序列完全反向互补。
在一些实施方案中,正义链与反义链至少部分地反向互补以形成双链区;在一些实施方案中,正义链与反义链之间存在不多于5个、不多于4个、不多于3 个、不多于2个、不多于1个错配;在一些实施方案中,正义链与反义链完全反向互补。
在一些实施方案中,本公开siRNA包含一个或两个平端。
一些具体的实施方案中,siRNA包含具有1至4个未配对核苷酸的突出端,例如1个、2个、3个、4个。
在一些实施方案中,本公开siRNA包含位于所述siRNA反义链3’端的突出端。
一些实施方案中,本公开siRNA正义链包含至少15个连续核苷酸,且与SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:20和SEQ ID NO:22中的任一核苷酸序列相差不超过3个核苷酸。
一些实施方案中,本公开siRNA反义链包含至少15个连续核苷酸序列,且与SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:21和SEQ ID NO:23中的任一核苷酸序列相差不超过3个核苷酸。
一些实施方案中,本公开siRNA正义链核苷酸序列包含或为:
5’-GUG UGC ACU UCG CUU CAC C-3’(SEQ ID NO:3);或,
5’-CUU UUG UCU UUG GGU AUA U-3’(SEQ ID NO:5);或,
5’-UUA CCA AUU UUC UUU UGU U-3’(SEQ ID NO:7);或,
5’-CGU GUG CAC UUC GCU UCA C-3’(SEQ ID NO:9);或,
5’-UGU CUU UGG GUA UAC AUU U-3’(SEQ ID NO:11);或,
5’-CUU UUG UCU UUG GGU AUA C-3’(SEQ ID NO:13);或,
5’-CAU CUU CUU GUU GGU UCU U-3’(SEQ ID NO:14);或,
5’-UGU CUG CGG CGU UUU AUC A-3’(SEQ ID NO:16);或,
5’-UGC ACU UCG CUU CAC CUC U-3’(SEQ ID NO:18);或,
5’-GCA CUU CGC UUC ACC UCU G-3’(SEQ ID NO:20);或,
5’-GGC GCU GAA UCC UGC GGA C-3’(SEQ ID NO:22)。
一些实施方案中,本公开siRNA正义链核苷酸序列选自:
5’-GUG UGC ACU UCG CUU CAC C-3’(SEQ ID NO:3);或,
5’-CUU UUG UCU UUG GGU AUA U-3’(SEQ ID NO:5);或,
5’-UUA CCA AUU UUC UUU UGU U-3’(SEQ ID NO:7);或,
5’-CGU GUG CAC UUC GCU UCA C-3’(SEQ ID NO:9);或,
5’-UGU CUU UGG GUA UAC AUU U-3’(SEQ ID NO:11);或,
5’-CUU UUG UCU UUG GGU AUA C-3’(SEQ ID NO:13);或,
5’-CAU CUU CUU GUU GGU UCU U-3’(SEQ ID NO:14);或,
5’-UGU CUG CGG CGU UUU AUC A-3’(SEQ ID NO:16);或,
5’-UGC ACU UCG CUU CAC CUC U-3’(SEQ ID NO:18);或,
5’-GCA CUU CGC UUC ACC UCU G-3’(SEQ ID NO:20);或,
5’-GGC GCU GAA UCC UGC GGA C-3’(SEQ ID NO:22)。
一些实施方案中,本公开siRNA反义链核苷酸序列包含或为:
5’-AGU GAA W’CG AAG UGC ACA CGG-3’(SEQ ID NO:110);或,
5’-AUA UAC W’CA AAG ACA AAA GAA-3’(SEQ ID NO:111);或,
5’-AAC AAA W’GA AAA UUG GUA ACA-3’(SEQ ID NO:112);或,
5’-AUG AAG W’GA AGU GCA CAC GGU-3’(SEQ ID NO:113);或,
5’-AAA UGU W’UA CCC AAA GAC AAA-3’(SEQ ID NO:114);或,
5’-AAG AAC W’AA CAA GAA GAU GAG-3’(SEQ ID NO:115);或,
5’-UGA UAA W’AC GCC GCA GAC ACA-3’(SEQ ID NO:116);或,
5’-AGA GGU W’AA GCG AAG UGC ACA-3’(SEQ ID NO:117);或,
5’-UAG AGG W’GA AGC GAA GUG CAC-3’(SEQ ID NO:118);或,
5’-AUC CGC W’GG AUU CAG CGC CGA-3’(SEQ ID NO:119);其中,W’表示含有本公开任一式(I)或式(I’)所示的化学修饰或其互变异构体修饰的核苷酸。
一些实施方案中,本公开siRNA反义链核苷酸序列选自:
5’-AGU GAA W’CG AAG UGC ACA CGG-3’(SEQ ID NO:110);或,
5’-AUA UAC W’CA AAG ACA AAA GAA-3’(SEQ ID NO:111);或,
5’-AAC AAA W’GA AAA UUG GUA ACA-3’(SEQ ID NO:112);或,
5’-AUG AAG W’GA AGU GCA CAC GGU-3’(SEQ ID NO:113);或,
5’-AAA UGU W’UA CCC AAA GAC AAA-3’(SEQ ID NO:114);或,
5’-AAG AAC W’AA CAA GAA GAU GAG-3’(SEQ ID NO:115);或,
5’-UGA UAA W’AC GCC GCA GAC ACA-3’(SEQ ID NO:116);或,
5’-AGA GGU W’AA GCG AAG UGC ACA-3’(SEQ ID NO:117);或,
5’-UAG AGG W’GA AGC GAA GUG CAC-3’(SEQ ID NO:118);或,
5’-AUC CGC W’GG AUU CAG CGC CGA-3’(SEQ ID NO:119);其中,W’表示含有本公开任一式(I)或式(I’)所示的化学修饰或其互变异构体修饰的核苷酸。
一些实施方案中,本公开siRNA反义链包含或为核苷酸序列:5’-AGU GAA W’CG AAG UGC ACA CGG-3’(SEQ ID NO:120),所述W’含有的化学修饰或其互变异构体修饰选自:
其中:B为鸟嘌呤。
一些实施方案中,本公开siRNA反义链包含或为核苷酸序列:5’-AUA UAC W’CA AAG ACA AAA GAA-3’(SEQ ID NO:121),所述W’含有的化学修饰或其互变异构体修饰选自:
其中:B为胞嘧啶。
一些实施方案中,本公开siRNA反义链包含或为核苷酸序列:5’-AAC AAA W’GA AAA UUG GUA ACA-3’(SEQ ID NO:122),所述W’含有的化学修饰或其互变异构体修饰选自:
其中:B为腺嘌呤。
一些实施方案中,本公开siRNA反义链包含或为核苷酸序列:5’-AUG AAG W’GA AGU GCA CAC GGU-3’(SEQ ID NO:123),所述W’含有的化学修饰或其互变异构体修饰选自:
其中:B为胞嘧啶。
一些实施方案中,本公开siRNA反义链包含或为核苷酸序列:5’-AAA UGU W’UA CCC AAA GAC AAA-3’(SEQ ID NO:124),所述W’含有的化学修饰或其互变异构体修饰选自:
其中:B为腺嘌呤。
一些实施方案中,本公开siRNA反义链包含或为核苷酸序列:5’-AAG AAC W’AA CAA GAA GAU GAG-3’(SEQ ID NO:125),所述W’含有的化学修饰或其互变异构体修饰选自:
其中:B为胞嘧啶。
一些实施方案中,本公开siRNA反义链包含或为核苷酸序列:5’-UGA UAA W’AC GCC GCA GAC ACA-3’(SEQ ID NO:126),所述W’含有的化学修饰或其互 变异构体修饰选自:
其中:B为腺嘌呤。
一些实施方案中,本公开siRNA反义链包含或为核苷酸序列:5’-AGA GGU W’AA GCG AAG UGC ACA-3’(SEQ ID NO:127),所述W’含有的化学修饰或其互变异构体修饰选自:
其中:B为鸟嘌呤。
一些实施方案中,本公开siRNA反义链包含或为核苷酸序列:5’-UAG AGG W’GA AGC GAA GUG CAC-3’(SEQ ID NO:128),所述W’含有的化学修饰或其互变异构体修饰选自:
其中:B为尿嘧啶。
一些实施方案中,本公开siRNA反义链包含或为核苷酸序列:5’-AUC CGC W’GG AUU CAG CGC CGA-3’(SEQ ID NO:129),所述W’含有的化学修饰或其互变异构体修饰选自:
其中:B为腺嘌呤。
一些实施方案中,本公开siRNA反义链包含或为核苷酸序列:5’-AGU GAA W’CG AAG UGC ACA CGG-3’(SEQ ID NO:130),所述W’选自:
其中:M为O或S;其中:B为鸟嘌呤。一些具体的实施方案中,M为S。一些具体的实施方案中,M为O。
一些实施方案中,本公开siRNA反义链包含或为核苷酸序列:5’-AUA UAC W’CA AAG ACA AAA GAA-3’(SEQ ID NO:131),所述W’选自:
其中:M为O或S;其中:B为胞嘧啶。一些具体的实施方案中,M为S。一些具体的实施方案中,M为O。
一些实施方案中,本公开siRNA反义链包含或为核苷酸序列:5’-AAC AAA W’GA AAA UUG GUA ACA-3’(SEQ ID NO:132),所述W’选自:
其中:M为O或S;其中:B为腺嘌呤。一些具体的实施方案中,M为S。一些具体的实施方案中,M为O。
一些实施方案中,本公开siRNA反义链包含或为核苷酸序列:5’-AUG AAG W’GA AGU GCA CAC GGU-3’(SEQ ID NO:133),所述W’选自:
其中:M为O或S;其中:B为胞嘧啶。一些具体的实施方案中,M为S。一些具体的实施方案中,M为O。
一些实施方案中,本公开siRNA反义链包含或为核苷酸序列:5’-AAA UGU W’UA CCC AAA GAC AAA-3’(SEQ ID NO:134),所述W’选自:
其中:M为O或S;其中:B为腺嘌呤。一些具体的实施方案中,M为S。一些具体的实施方案中,M为O。
一些实施方案中,本公开siRNA反义链包含或为核苷酸序列:5’-AAG AAC W’AA CAA GAA GAU GAG-3’(SEQ ID NO:135),所述W’选自:
其中:M为O或S;其中:B为胞嘧啶。一些具体的实施方案中,M为S。一些具体的实施方案中,M为O。
一些实施方案中,本公开siRNA反义链包含或为核苷酸序列:5’-UGA UAA W’AC GCC GCA GAC ACA-3’(SEQ ID NO:136),所述W’选自:
其中:M为O或S;其中:B为腺嘌呤。一些具体的实施方案中,M为S。一些具体的实施方案中,M为O。
一些实施方案中,本公开siRNA反义链包含或为核苷酸序列:5’-AGA GGU W’AA GCG AAG UGC ACA-3’(SEQ ID NO:137),所述W’选自:
其中:M为O或S;其中:B为鸟嘌呤。一些具体的实施方案中,M为S。一些具体的实施方案中,M为O。
一些实施方案中,本公开siRNA反义链包含或为核苷酸序列:5’-UAG AGG W’GA AGC GAA GUG CAC-3’(SEQ ID NO:138),所述W’选自:
其中:M为O或S;其中:B为尿嘧啶。一些具体的实施方案中,M为S。一些具体的实施方案中,M为 O。
一些实施方案中,本公开siRNA反义链包含或为核苷酸序列:5’-AUC CGC W’GG AUU CAG CGC CGA-3’(SEQ ID NO:139),所述W’选自:
其中:M为O或S;其中:B为腺嘌呤。一些具体的实施方案中,M为S。一些具体的实施方案中,M为O。
本公开还提供了一种siRNA,其为经修饰的上述siRNA,除含有上述式(I)或式(I’)所示的化学修饰或其互变异构体修饰外,正义链和/或反义链中至少一个另外的核苷酸为修饰的核苷酸。
在一些实施方案中,除含有上述式(I)或式(I’)所示的化学修饰或其互变异构体修饰外,全部另外的核苷酸为修饰的核苷酸。
在一些实施方案中,修饰的核苷酸相互独立地选自脱氧-核苷酸、3’-末端脱氧-胸腺嘧啶(dT)核苷酸、2’-O-甲基修饰的核苷酸、2’-氟修饰的核苷酸、2’-脱氧-修饰的核苷酸、锁核苷酸、非锁核苷酸、构象限制性核苷酸、限制性乙基核苷酸、无碱基核苷酸、2’-氨基-修饰的核苷酸、2’-O-烯丙基-修饰的核苷酸、2’-C-烷基-修饰的核苷酸、2’-羟基-修饰的核苷酸、2’-甲氧基乙基修饰的核苷酸、2’-O-烷基-修饰的核苷酸、吗啉基核苷酸、氨基磷酸酯、包含非天然碱基的核苷酸、四氢吡喃修饰的核苷酸、1,5-脱水己糖醇修饰的核苷酸、环己烯基修饰的核苷酸、包含硫代磷酸酯基的核苷酸、包含甲基膦酸酯基的核苷酸、包含5’-磷酸酯的核苷酸及包含5’-磷酸酯模拟物的核苷酸。
在一些实施方案中,修饰的核苷酸相互独立地选自:2'-烷氧基修饰的核苷酸、2'-经取代的烷氧基修饰的核苷酸、2'-烷基修饰的核苷酸、2'-经取代的烷基修饰的核苷酸、2'-氨基修饰的核苷酸、2'-经取代的氨基修饰的核苷酸、2'-氟代修饰的核苷酸、2'-脱氧核苷酸、2'-脱氧-2'-氟代修饰的核苷酸、3'-脱氧-胸腺嘧啶(dT)核苷酸、异核苷酸、LNA、ENA、cET、UNA和GNA;
在一些实施方案中,修饰的核苷酸相互独立地选自:2'-甲氧基修饰的核苷酸、2'-氟代修饰的核苷酸和2'-脱氧-修饰的核苷酸。
在本公开的上下文中,2’-氟代修饰的核苷酸指核苷酸的核糖基2'位的羟基被氟取代形成的核苷酸。在一些实施方式中,2'-烷氧基修饰的核苷酸为2’-甲氧基修饰的核苷酸(2'-OMe)。在一些实施方式中,2'-经取代的烷氧基修饰的核苷酸,例如可以是2'-O-甲氧基乙基修饰的核苷酸(2'-MOE)或2'-氨基修饰的核苷酸(2'-NH
2)。
在一些实施方案中,按照5'末端到3'末端的方向,反义链的第2、6、14位的核苷酸各自独立地为2'-脱氧核苷酸或2'-氟代修饰的核苷酸。
在一些实施方案中,按照5'末端到3'末端的方向,反义链的第2、6、14和16位的核苷酸各自独立地为2'-脱氧核苷酸或2'-氟代修饰的核苷酸。
在一些实施方案中,按照5'末端到3'末端的方向,反义链的第2、6、9、12和14位的核苷酸各自独立地为2'-脱氧核苷酸或2'-氟代修饰的核苷酸。
在一些实施方案中,按照5'末端到3'末端的方向,反义链的第2、6、10、12和14位的核苷酸各自独立地为2'-脱氧核苷酸或2'-氟代修饰的核苷酸。
在一些实施方案中,按照5'末端到3'末端的方向,反义链的第2、4、6、9、12、14和18位的核苷酸各自独立地为2'-脱氧核苷酸或2'-氟代修饰的核苷酸。
在一些实施方案中,按照5'末端到3'末端的方向,反义链的第2、4、6、10、12、14和18位的核苷酸各自独立地为2'-脱氧核苷酸或2'-氟代修饰的核苷酸。
在一些实施方案中,按照5'末端到3'末端的方向,反义链的第2、4、6、9、12、14、16和18位的核苷酸各自独立地为2'-脱氧核苷酸或2'-氟代修饰的核苷酸。
在一些实施方案中,按照5'末端到3'末端的方向,反义链的第2、4、6、10、12、14、16和18位的核苷酸各自独立地为2'-脱氧核苷酸或2'-氟代修饰的核苷酸。
在一些实施方案中,按照5'末端到3'末端的方向,反义链的第2、4、6、9、10、12、14、16和18位的核苷酸各自独立地为2'-脱氧核苷酸或2'-氟代修饰的核苷酸。
在一些实施方案中,本公开所述的siRNA正义链具有如下式所示的核苷酸序列:
5’-N
aN
aN
aN
aXN
aN
bN
bN
bN
aN
aN
aN
aN
aN
aN
aN
aN
aN
a-3’;
其中,每个N
a和N
b各自独立地表示修饰的核苷酸或者未修饰的核苷酸,且N
a和N
b是不同的修饰,每个X独立地为N
a或N
b。
在一些实施方案中,本公开所述的siRNA反义链具有如下式所示的核苷酸序列:
5’-N
a’N
b’N
a’X’N
a’N
b’W’N
a’X’Y’N
a’X’N
a’N
b’N
a’X’N
a’X’N
a’N
a’N
a’-3’;
其中,每个N
a’和N
b’独立地表示修饰的核苷酸或者未修饰的核苷酸,其中N
a’和N
b’上的修饰不同;每个X’独立地为N
a’或N
b’,Y’为N
a’或N
b’,W’表示含有本公开任一式(I)或式(I’)所示的化学修饰或其互变异构体修饰的核苷酸。
在一些实施方案中,X’和Y’上的修饰不同。
在一些实施方案中,N
a为2'-甲氧基修饰的核苷酸,N
b为2'-氟代修饰的核苷酸或2'-脱氧-修饰的核苷酸。
在一些实施方案中,N
a’为2'-甲氧基修饰的核苷酸,N
b’为2'-氟代修饰的核苷酸或2'-脱氧-修饰的核苷酸。
在一些具体的实施方案中,N
a为2'-甲氧基修饰的核苷酸,N
b为2'-氟代修饰的核苷酸。
在一些具体的实施方案中,N
a’为2'-甲氧基修饰的核苷酸,N
b’为2'-氟代修饰的核苷酸。
在一些实施方案中,本公开所述的siRNA反义链具有如下式所示的核苷酸序列:
5’-N
a’N
b’N
a’N
b’N
a’N
b’W’N
a’X’Y’N
a’N
b’N
a’N
b’N
a’N
b’N
a’N
b’N
a’N
a’N
a’-3’;
其中,每个X’独立地为N
a’或N
b’,Y’为N
a’或N
b’,且X’和Y’上的修饰不同;N
a’为2'-甲氧基修饰的核苷酸,N
b’为2'-氟代修饰的核苷酸;W’表示含有本公开任一式(I)或式(I’)所示的化学修饰或其互变异构体修饰的核苷酸。
在一些实施方案中,本公开所述的siRNA正义链具有如下式所示的核苷酸序列:
5’-N
aN
aN
aN
aN
aN
aN
bN
bN
bN
aN
aN
aN
aN
aN
aN
aN
aN
aN
a-3’;或,
5’-N
aN
aN
aN
aN
bN
aN
bN
bN
bN
aN
aN
aN
aN
aN
aN
aN
aN
aN
a-3’;
其中,N
a为2'-甲氧基修饰的核苷酸,N
b为2'-氟代修饰的核苷酸。
在一些实施方案中,本公开所述的siRNA反义链具有如下式所示的核苷酸序列:
5’-N
a’N
b’N
a’N
b’N
a’N
b’W’N
a’N
a’N
b’N
a’N
b’N
a’N
b’N
a’N
b’N
a’N
b’N
a’N
a’N
a’-3’;或,
5’-N
a’N
b’N
a’N
b’N
a’N
b’W’N
a’N
b’N
a’N
a’N
b’N
a’N
b’N
a’N
b’N
a’N
b’N
a’N
a’N
a’-3’;
其中,N
a’为2'-甲氧基修饰的核苷酸,N
b’为2'-氟代修饰的核苷酸;
W’表示含有本公开任一式(I)或式(I’)所示的化学修饰或其互变异构体修饰的核苷酸。
在一些具体的实施方案中,W’表示含有化学修饰或其互变异构体修饰的核苷酸;所述化学修饰或其互变异构体修饰选自:
其中:B选自鸟嘌呤、腺嘌呤、胞嘧啶或尿嘧啶。在一些具体的实施方案中,B选自反义链在其5’区域的第7位中对应位置的碱基。
在一些具体的实施方案中,W’表示含有化学修饰或其互变异构体修饰的核苷酸;所述化学修饰或其互变异构体修饰选自:
其中:M为O或S;其中:B选自鸟嘌呤、腺嘌呤、胞嘧啶或尿嘧啶。在一些具体的实施方案中,B选自反义链在其5’区域的第7位中对应位置的碱基。
一些具体的实施方案中,M为S。一些具体的实施方案中,M为O。
在一些实施方案中,本公开所述的siRNA正义链具有如下式所示的核苷酸序列:
5’-N
aN
aN
aN
aXN
aN
bN
bN
bN
aN
aN
aN
aN
aN
aN
aN
aN
aN
a-3’
其中,每个N
a和N
b各自独立地表示修饰的核苷酸或者未修饰的核苷酸,且N
a和N
b是不同的修饰,每个X独立地为N
a或N
b;和/或
反义链具有如下式所示的核苷酸序列:
5’-N
a’N
b’N
a’X’N
a’N
b’W’N
a’N
a’N
b’N
a’N
b’N
a’N
b’N
a’Y’N
a’X’N
a’N
a’N
a’-3’
其中,每个N
a’和N
b’独立地表示修饰的核苷酸或者未修饰的核苷酸,其中N
a’和N
b’上的修饰不同;每个X’独立地为N
a’或N
b’;Y’为N
a’或N
b’;W’表示含有本公开任一式(I)或式(I’)所示的化学修饰或其互变异构体修饰的核苷酸。
在一些实施方案中,N
a为2'-甲氧基修饰的核苷酸,N
b为2'-氟代修饰的核苷酸或2'-脱氧-修饰的核苷酸;和/或,N
a’为2'-甲氧基修饰的核苷酸,N
b’为2'-氟代修饰的核苷酸或2'-脱氧-修饰的核苷酸;
在一些具体的实施方案中,N
a为2'-甲氧基修饰的核苷酸,N
b为2'-氟代修饰的核苷酸;和/或,N
a’为2'-甲氧基修饰的核苷酸,N
b’为2'-氟代修饰的核苷酸。
在一些实施方案中,本公开所述的siRNA正义链具有如下式所示的核苷酸序列:
5’-N
aN
aN
aN
aN
aN
aN
bN
bN
bN
aN
aN
aN
aN
aN
aN
aN
aN
aN
a-3’;和/或
反义链具有如下式所示的核苷酸序列:
5’-N
a’N
b’N
a’N
b’N
a’N
b’W’N
a’N
a’N
b’N
a’N
b’N
a’N
b’N
a’N
b’N
a’N
b’N
a’N
a’N
a’-3’
其中,N
a为2'-甲氧基修饰的核苷酸,N
b为2'-氟代修饰的核苷酸;和/或,N
a’为2'-甲氧基修饰的核苷酸,N
b’为2'-氟代修饰的核苷酸;
W’表示含有本公开任一式(I)或式(I’)所示的化学修饰或其互变异构体修饰的核苷酸。
在一些具体的实施方案中,W’表示含有化学修饰或其互变异构体修饰的核苷酸;所述化学修饰或其互变异构体修饰选自:
其中:B选自鸟嘌呤、腺嘌呤、胞嘧啶或尿嘧啶。在一些实施方案中,B选自反义链在其5’区域的第7位中对应位置的碱基。
在一些具体的实施方案中,W’表示含有化学修饰或其互变异构体修饰的核苷酸;所述化学修饰或其互变异构体修饰选自:
其中:M为O或S;其中:B选自鸟嘌呤、腺嘌呤、胞嘧啶或尿嘧啶。在一些具体的实施方案中,B选自反义链在其5’区域的第7位中对应位置的碱基。
一些具体的实施方案中,M为S。一些具体的实施方案中,M为O。
在一些实施方案中,本公开所述的siRNA正义链具有如下式所示的核苷酸序列:
5’-N
aN
aN
aN
aN
bN
aN
bN
bN
bN
aN
aN
aN
aN
aN
aN
aN
aN
aN
a-3’;和/或
反义链具有如下式所示的核苷酸序列:
5’-N
a’N
b’N
a’N
b’N
a’N
b’W’N
a’N
a’N
b’N
a’N
b’N
a’N
b’N
a’N
b’N
a’N
b’N
a’N
a’N
a’-3’
其中,N
a为2'-甲氧基修饰的核苷酸,N
b为2'-氟代修饰的核苷酸;和/或N
a’为2'-甲氧基修饰的核苷酸,N
b’为2'-氟代修饰的核苷酸;
W’表示含有本公开任一式(I)或式(I’)所示的化学修饰或其互变异构体修饰的核苷酸。
在一些具体的实施方案中,W’表示含有化学修饰或其互变异构体修饰的核苷酸;所述化学修饰或其互变异构体修饰选自:
其中:B选自鸟嘌呤、腺嘌呤、胞嘧啶或尿嘧啶。在一些实施方案中,B选自反义链在其5’区域的第7位中对应位置的碱基。
在一些具体的实施方案中,W’表示含有化学修饰或其互变异构体修饰的核苷酸;所述化学修饰或其互变异构体修饰选自:
其中:M为O或S;其中:B选自鸟嘌呤、腺嘌呤、胞嘧啶或尿嘧啶。在一些具体的实施方案中,B选自反义链在其5’区域的第7位中对应位置的碱基。
一些具体的实施方案中,M为S。一些具体的实施方案中,M为O。
在一些实施方案中,正义链具有如下式所示的核苷酸序列:
5’-N
aN
aN
aN
aN
bN
aN
bN
bN
bN
aN
aN
aN
aN
aN
aN
aN
aN
aN
a-3’
其中,每个N
a和N
b各自独立地表示修饰的核苷酸或者未修饰的核苷酸,且N
a和N
b是不同的修饰;和/或
反义链具有如下式所示的核苷酸序列:
5’-N
a’N
b’N
a’X’N
a’N
b’W’N
a’N
b’N
a’N
a’N
b’N
a’N
b’N
a’Y’N
a’X’N
a’N
a’N
a’-3’
其中,每个N
a’和N
b’独立地表示修饰的核苷酸或者未修饰的核苷酸,其中N
a’和N
b’上的修饰不同;每个X’独立地为N
a’或N
b’;Y’为N
a’或N
b’;W’表示含有本公开任一式(I)或式(I’)所示的化学修饰或其互变异构体修饰的核苷酸。
在一些实施方案中,正义链具有如下式所示的核苷酸序列:
5’-N
aN
aN
aN
aN
bN
aN
bN
bN
bN
aN
aN
aN
aN
aN
aN
aN
aN
aN
a-3’
其中,每个N
a和N
b各自独立地表示修饰的核苷酸或者未修饰的核苷酸,且N
a和N
b是不同的修饰;和/或
反义链具有如下式所示的核苷酸序列:
5’-N
a’N
b’N
a’X’N
a’W’N
a’N
a’N
b’N
a’N
a’N
b’N
a’N
b’N
a’Y’N
a’X’N
a’N
a’N
a’-3’
其中,每个N
a’和N
b’独立地表示修饰的核苷酸或者未修饰的核苷酸,其中N
a’和N
b’上的修饰不同;每个X’独立地为N
a’或N
b’;Y’为N
a’或N
b’;W’表示含有本公开任一式(I)或式(I’)所示的化学修饰或其互变异构体修饰的核苷酸。
在一些实施方案中,正义链具有如下式所示的核苷酸序列:
5’-N
aN
aN
aN
aN
bN
aN
bN
bN
bN
aN
aN
aN
aN
aN
aN
aN
aN
aN
a-3’
其中,每个N
a和N
b各自独立地表示修饰的核苷酸或者未修饰的核苷酸,且N
a和N
b是不同的修饰;和/或
反义链具有如下式所示的核苷酸序列:
5’-N
a’N
b’N
a’X’W’N
b’N
a’N
a’N
b’N
a’N
a’N
b’N
a’N
b’N
a’Y’N
a’X’N
a’N
a’N
a’-3’
其中,每个N
a’和N
b’独立地表示修饰的核苷酸或者未修饰的核苷酸,其中N
a’和N
b’上的修饰不同;每个X’独立地为N
a’或N
b’;Y’为N
a’或N
b’;W’表示含有本公开任一式(I)或式(I’)所示的化学修饰或其互变异构体修饰的核苷酸。
在一些实施方案中,N
a为2'-甲氧基修饰的核苷酸,N
b为2'-氟代修饰的核苷酸 或2'-脱氧-修饰的核苷酸。
在一些实施方案中,N
a’为2'-甲氧基修饰的核苷酸,N
b’为2'-氟代修饰的核苷酸或2'-脱氧-修饰的核苷酸。
在一些实施方案中,正义链和/或反义链中至少一个磷酸酯基为具有修饰基团的磷酸酯基,所述修饰基团使得所述siRNA在生物样品或环境中具有增加的稳定性。在一些实施方案中,所述具有修饰基团的磷酸酯基为硫代磷酸酯基。具体地,硫代磷酸酯基是指一个非桥接氧原子被硫原子替代而修饰的磷酸二酯基。
在一些实施方案中,硫代磷酸酯基存在于选自以下的位置中的至少一处:
所述正义链的5'末端端部第1个核苷酸和第2个核苷酸之间;
所述正义链的5'末端端部第2个核苷酸和第3个核苷酸之间;
所述正义链的3'末端端部第1个核苷酸末端;
所述正义链的3'末端端部第1个核苷酸和第2个核苷酸之间;
所述正义链的3'末端端部第2个核苷酸和第3个核苷酸之间;
所述反义链的5'末端端部第1个核苷酸和第2个核苷酸之间;
所述反义链的5'末端端部第2个核苷酸和第3个核苷酸之间;
所述反义链的3'末端端部第1个核苷酸末端;
所述反义链的3'末端端部第1个核苷酸和第2个核苷酸之间;以及
所述反义链的3'末端端部第2个核苷酸和第3个核苷酸之间。
在一些实施方案中,正义链选自如下式所示的核苷酸序列:
5’-NmsNmsNmNmNfNmNfNfNfNmNmNmNmNmNmNmNmNmsNm-3’,或,
5’-NmsNmsNmNmNfNmNfNfNfNmNmNmNmNmNmNmNmNmsNms-3’,或,
5’-NmsNmsNmNmNmNmNfNfNfNmNmNmNmNmNmNmNmNmsNm-3’,或,
5’-NmsNmsNmNmNmNmNfNfNfNmNmNmNmNmNmNmNmNmsNms-3’
其中,Nm表示2’-甲氧基修饰的任意核苷酸,例如2’-甲氧基修饰的C、G、U、A、T;Nf表示2’-氟代修饰的任意核苷酸,例如2’-氟代修饰的C、G、U、A、T;
小写字母s在大写字母中间时表示与该字母s左右相邻的两个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接,小写字母s在3’端第一个时表示与该字母s左侧相邻的一个核苷酸末端为硫代磷酸酯基。
在一些实施方案中,反义链具有如下式所示的核苷酸序列:
5’-Nms’Nfs’Nm’Nf’Nm’Nf’W’Nm’Nm’Nf’Nm’Nf’Nm’Nf’Nm’Nf’Nm’Nf’Nms’Nms’Nm’-3’
其中,Nm’表示2’-甲氧基修饰的任意核苷酸,例如2’-甲氧基修饰的C、G、U、A、T;Nf’表示2’-氟代修饰的任意核苷酸,例如2’-氟代修饰的C、G、U、A、T;
小写字母s在大写字母中间时表示与该字母s左右相邻的两个核苷酸之间为硫 代磷酸酯基连接,小写字母s在3’端第一个时表示与该字母s左侧相邻的一个核苷酸末端为硫代磷酸酯基;
W’表示含有化学修饰或其互变异构体修饰的核苷酸;所述化学修饰或其互变异构体修饰选自:
其中:B选自鸟嘌呤、腺嘌呤、胞嘧啶或尿嘧啶。在一些具体的实施方案中,选自反义链在其5’区域的第7位中对应位置的碱基。
在一些具体的实施方案中,W’表示含有化学修饰或其互变异构体修饰的核苷酸;所述化学修饰或其互变异构体修饰选自:
其中:M为O或S;其中:B选自鸟嘌呤、腺嘌呤、胞嘧啶或尿嘧啶。在一些具体的实施方案中,B选自反义链在其5’区域的第7位中对应位置的碱基。
一些具体的实施方案中,M为S。一些具体的实施方案中,M为O。
在一些实施方案中,本公开siRNA,其中正义链和反义链选自:
正义链:5’-GmsUmsGm UmGfCm AfCfUf UmCmGm CmUmUm CmAmCms Cm-3’(SEQ ID NO:140)
反义链:5’-AmsGfsUm GfAmAf W’CmGm AfAmGf UmGfCm AfCmAf CmsGmsGm-3’(SEQ ID NO:141)
或,
正义链:5’-GmsUmsGm UmGfCm AfCfUf UmCmGm CmUmUm CmAmCms Cms-3’(SEQ ID NO:142)
反义链:5’-AmsGfsUm GfAmAf W’CmGm AfAmGf UmGfCm AfCmAf CmsGmsGm-3’(SEQ ID NO:141)
或,
正义链:5’-GmsUmsGm UmGmCm AfCfUf UmCmGm CmUmUm CmAmCms Cm-3’(SEQ ID NO:143)
反义链:5’-AmsGfsUm GfAmAf W’CmGm AfAmGf UmGfCm AfCmAf CmsGmsGm-3’(SEQ ID NO:141)
或,
正义链:5’-GmsUmsGm UmGmCm AfCfUf UmCmGm CmUmUm CmAmCms Cms-3’(SEQ ID NO:144)
反义链:5’-AmsGfsUm GfAmAf W’CmGm AfAmGf UmGfCm AfCmAf CmsGmsGm-3’(SEQ ID NO:141)
或,
正义链:5’-UmsGmsCm AmCfUm UfCfGf CmUmUm CmAmCm CmUmCms Um-3’(SEQ ID NO:145)
反义链:5’-AmsGfsAm GfGmUf W’AmAm GfCmGf AmAfGm UfGmCf AmsCmsAm-3’(SEQ ID NO:146)
或,
正义链:5’-UmsGmsCm AmCfUm UfCfGf CmUmUm CmAmCm CmUmCms Ums-3’(SEQ ID NO:147)
反义链:5’-AmsGfsAm GfGmUf W’AmAm GfCmGf AmAfGm UfGmCf AmsCmsAm-3’(SEQ ID NO:146)
或,
正义链:5’-UmsGmsCm AmCmUm UfCfGf CmUmUm CmAmCm CmUmCms Um-3’(SEQ ID NO:148)
反义链:5’-AmsGfsAm GfGmUf W’AmAm GfCmGf AmAfGm UfGmCf AmsCmsAm-3’(SEQ ID NO:146)
或,
正义链:5’-UmsGmsCm AmCmUm UfCfGf CmUmUm CmAmCm CmUmCms Ums-3’(SEQ ID NO:149)
反义链:5’-AmsGfsAm GfGmUf W’AmAm GfCmGf AmAfGm UfGmCf AmsCmsAm-3’(SEQ ID NO:146)
其中:小写字母m表示该字母m左侧相邻的一个核苷酸为2’-甲氧基修饰的核苷酸;小写字母f表示该字母f左侧相邻的一个核苷酸为2’-氟代修饰的核苷酸;
小写字母s在大写字母中间时表示与该字母s左右相邻的两个核苷酸之间的连接为硫代磷酸酯基连接;
小写字母s在3’端第一个时表示与该字母s左侧相邻的一个核苷酸末端为硫代磷酸酯基;
W’表示含有化学修饰或其互变异构体修饰的核苷酸,所述化学修饰或其互变异构体修饰选自:
其中:B为鸟嘌呤。
在一些具体的实施方案中,W’表示含有化学修饰或其互变异构体修饰的核苷 酸;所述化学修饰或其互变异构体修饰选自:
其中:M为O或S。一些具体的实施方案中,M为S。一些具体的实施方案中,M为O。
在一些实施方案中,本公开siRNA,其中正义链和反义链选自:
正义链:5’-CmsUmsUm UmUfGm UfCfUf UmUmGm GmGmUm AmUmAms Um-3’(SEQ ID NO:150)
反义链:5’-AmsUfsAm UfAmCf W’CmAm AfAmGf AmCfAm AfAmAf GmsAmsAm-3’(SEQ ID NO:151)
或,
正义链:5’-CmsUmsUm UmUfGm UfCfUf UmUmGm GmGmUm AmUmAms Ums-3’(SEQ ID NO:152)
反义链:5’-AmsUfsAm UfAmCf W’CmAm AfAmGf AmCfAm AfAmAf GmsAmsAm-3’(SEQ ID NO:151)
或,
正义链:5’-CmsUmsUm UmUmGm UfCfUf UmUmGm GmGmUm AmUmAms Um-3’(SEQ ID NO:153)
反义链:5’-AmsUfsAm UfAmCf W’CmAm AfAmGf AmCfAm AfAmAf GmsAmsAm-3’(SEQ ID NO:151)
或,
正义链:5’-CmsUmsUm UmUmGm UfCfUf UmUmGm GmGmUm AmUmAms Ums-3’(SEQ ID NO:154)
反义链:5’-AmsUfsAm UfAmCf W’CmAm AfAmGf AmCfAm AfAmAf GmsAmsAm-3’(SEQ ID NO:151)
或,
正义链:5’-CmsGmsUm GmUfGm CfAfCf UmUmCm GmCmUm UmCmAms Cm-3’(SEQ ID NO:155)
反义链:5’-AmsUfsGm AfAmGf W’GmAm AfGmUf GmCfAm CfAmCf GmsGmsUm-3’(SEQ ID NO:156)
或,
正义链:5’-CmsGmsUm GmUfGm CfAfCf UmUmCm GmCmUm UmCmAms Cms-3’(SEQ ID NO:157)
反义链:5’-AmsUfsGm AfAmGf W’GmAm AfGmUf GmCfAm CfAmCf GmsGmsUm-3’(SEQ ID NO:156)
或,
正义链:5’-CmsGmsUm GmUmGm CfAfCf UmUmCm GmCmUm UmCmAms Cm-3’(SEQ ID NO:158)
反义链:5’-AmsUfsGm AfAmGf W’GmAm AfGmUf GmCfAm CfAmCf GmsGmsUm-3’(SEQ ID NO:156)
或,
正义链:5’-CmsGmsUm GmUmGm CfAfCf UmUmCm GmCmUm UmCmAms Cms-3’(SEQ ID NO:159)
反义链:5’-AmsUfsGm AfAmGf W’GmAm AfGmUf GmCfAm CfAmCf GmsGmsUm-3’(SEQ ID NO:156)
或,
正义链:5’-CmsUmsUm UmUfGm UfCfUf UmUmGm GmGmUm AmUmAms Cm-3’(SEQ ID NO:160)
反义链:5’-AmsUfsAm UfAmCf W’CmAm AfAmGf AmCfAm AfAmAf GmsAmsAm-3’(SEQ ID NO:151)
或,
正义链:5’-CmsUmsUm UmUfGm UfCfUf UmUmGm GmGmUm AmUmAms Cms-3’(SEQ ID NO:161)
反义链:5’-AmsUfsAm UfAmCf W’CmAm AfAmGf AmCfAm AfAmAf GmsAmsAm-3’(SEQ ID NO:151)
或,
正义链:5’-CmsUmsUm UmUmGm UfCfUf UmUmGm GmGmUm AmUmAms Cm-3’(SEQ ID NO:162)
反义链:5’-AmsUfsAm UfAmCf W’CmAm AfAmGf AmCfAm AfAmAf GmsAmsAm-3’(SEQ ID NO:151)
或,
正义链:5’-CmsUmsUm UmUmGm UfCfUf UmUmGm GmGmUm AmUmAms Cms-3’(SEQ ID NO:163)
反义链:5’-AmsUfsAm UfAmCf W’CmAm AfAmGf AmCfAm AfAmAf GmsAmsAm-3’(SEQ ID NO:151)
或,
正义链:5’-CmsAmsUm CmUfUm CfUfUf GmUmUm GmGmUm UmCmUms Um-3’(SEQ ID NO:164)
反义链:5’-AmsAfsGm AfAmCf W’AmAm CfAmAf GmAfAm GfAmUf GmsAmsGm-3’(SEQ ID NO:165)
或,
正义链:5’-CmsAmsUm CmUfUm CfUfUf GmUmUm GmGmUm UmCmUms Ums-3’(SEQ ID NO:166)
反义链:5’-AmsAfsGm AfAmCf W’AmAm CfAmAf GmAfAm GfAmUf GmsAmsGm-3’(SEQ ID NO:165)
或,
正义链:5’-CmsAmsUm CmUmUm CfUfUf GmUmUm GmGmUm UmCmUms Um-3’(SEQ ID NO:167)
反义链:5’-AmsAfsGm AfAmCf W’AmAm CfAmAf GmAfAm GfAmUf GmsAmsGm-3’(SEQ ID NO:165)
或,
正义链:5’-CmsAmsUm CmUmUm CfUfUf GmUmUm GmGmUm UmCmUms Ums-3’(SEQ ID NO:168)
反义链:5’-AmsAfsGm AfAmCf W’AmAm CfAmAf GmAfAm GfAmUf GmsAmsGm-3’(SEQ ID NO:165)
其中:小写字母m表示该字母m左侧相邻的一个核苷酸为2’-甲氧基修饰的核苷酸;小写字母f表示该字母f左侧相邻的一个核苷酸为2’-氟代修饰的核苷酸;
小写字母s在大写字母中间时表示与该字母s左右相邻的两个核苷酸之间的连接为硫代磷酸酯基连接;
小写字母s在3’端第一个时表示与该字母s左侧相邻的一个核苷酸末端为硫代磷酸酯基;
W’表示含有化学修饰或其互变异构体修饰的核苷酸,所述化学修饰或其互变异构体修饰选自:
其中:B为胞嘧啶。
在一些具体的实施方案中,W’表示含有化学修饰或其互变异构体修饰的核苷酸;所述化学修饰或其互变异构体修饰选自:
其中:M为O或S。一些具体的实施方案中,M为S。一些具体的实施方案中,M为O。
在一些实施方案中,本公开siRNA,其中正义链和反义链选自:
正义链:5’-UmsUmsAm CmCfAm AfUfUf UmUmCm UmUmUm UmGmUms Um-3’ (SEQ ID NO:169)
反义链:5’-AmsAfsCm AfAmAf W’GmAm AfAmAf UmUfGm GfUmAf AmsCmsAm-3’(SEQ ID NO:170)
或,
正义链:5’-UmsUmsAm CmCfAm AfUfUf UmUmCm UmUmUm UmGmUms Ums-3’(SEQ ID NO:171)
反义链:5’-AmsAfsCm AfAmAf W’GmAm AfAmAf UmUfGm GfUmAf AmsCmsAm-3’(SEQ ID NO:170)
或,
正义链:5’-UmsUmsAm CmCmAm AfUfUf UmUmCm UmUmUm UmGmUms Um-3’(SEQ ID NO:172)
反义链:5’-AmsAfsCm AfAmAf W’GmAm AfAmAf UmUfGm GfUmAf AmsCmsAm-3’(SEQ ID NO:170)
或,
正义链:5’-UmsUmsAm CmCmAm AfUfUf UmUmCm UmUmUm UmGmUms Ums-3’(SEQ ID NO:173)
反义链:5’-AmsAfsCm AfAmAf W’GmAm AfAmAf UmUfGm GfUmAf AmsCmsAm-3’(SEQ ID NO:170)
或,
正义链:5’-UmsGmsUm CmUfUm UfGfGf GmUmAm UmAmCm AmUmUms Um-3’(SEQ ID NO:174)
反义链:5’-AmsAfsAm UfGmUf W’UmAm CfCmCf AmAfAm GfAmCf AmsAmsAm-3’(SEQ ID NO:175)
或,
正义链:5’-UmsGmsUm CmUfUm UfGfGf GmUmAm UmAmCm AmUmUms Ums-3’(SEQ ID NO:176)
反义链:5’-AmsAfsAm UfGmUf W’UmAm CfCmCf AmAfAm GfAmCf AmsAmsAm-3’(SEQ ID NO:175)
或,
正义链:5’-UmsGmsUm CmUmUm UfGfGf GmUmAm UmAmCm AmUmUms Um-3’(SEQ ID NO:177)
反义链:5’-AmsAfsAm UfGmUf W’UmAm CfCmCf AmAfAm GfAmCf AmsAmsAm-3’(SEQ ID NO:175)
或,
正义链:5’-UmsGmsUm CmUmUm UfGfGf GmUmAm UmAmCm AmUmUms Ums-3’(SEQ ID NO:178)
反义链:5’-AmsAfsAm UfGmUf W’UmAm CfCmCf AmAfAm GfAmCf AmsAmsAm-3’(SEQ ID NO:175)
或,
正义链:5’-UmsGmsUm CmUfGm CfGfGf CmGmUm UmUmUm AmUmCms Am-3’(SEQ ID NO:179)
反义链:5’-UmsGfsAm UfAmAf W’AmCm GfCmCf GmCfAm GfAmCf AmsCmsAm-3’(SEQ ID NO:180)
或,
正义链:5’-UmsGmsUm CmUfGm CfGfGf CmGmUm UmUmUm AmUmCms Ams-3’(SEQ ID NO:181)
反义链:5’-UmsGfsAm UfAmAf W’AmCm GfCmCf GmCfAm GfAmCf AmsCmsAm-3’(SEQ ID NO:180)
或,
正义链:5’-UmsGmsUm CmUmGm CfGfGf CmGmUm UmUmUm AmUmCms Am-3’(SEQ ID NO:182)
反义链:5’-UmsGfsAm UfAmAf W’AmCm GfCmCf GmCfAm GfAmCf AmsCmsAm-3’(SEQ ID NO:180)
或,
正义链:5’-UmsGmsUm CmUmGm CfGfGf CmGmUm UmUmUm AmUmCms Ams-3’(SEQ ID NO:183)
反义链:5’-UmsGfsAm UfAmAf W’AmCm GfCmCf GmCfAm GfAmCf AmsCmsAm-3’(SEQ ID NO:180)
或,
正义链:5’-GmsGmsCm GmCfUm GfAfAf UmCmCm UmGmCm GmGmAms Cm-3’(SEQ ID NO:184)
反义链:5’-AmsUfsCm CfGmCf W’GmGm AfUmUf CmAfGm CfGmCf CmsGmsAm-3’(SEQ ID NO:185)
或,
正义链:5’-GmsGmsCm GmCfUm GfAfAf UmCmCm UmGmCm GmGmAms Cms-3’(SEQ ID NO:186)
反义链:5’-AmsUfsCm CfGmCf W’GmGm AfUmUf CmAfGm CfGmCf CmsGmsAm-3’(SEQ ID NO:185)
或,
正义链:5’-GmsGmsCm GmCmUm GfAfAf UmCmCm UmGmCm GmGmAms Cm-3’(SEQ ID NO:187)
反义链:5’-AmsUfsCm CfGmCf W’GmGm AfUmUf CmAfGm CfGmCf CmsGmsAm-3’(SEQ ID NO:185)
或,
正义链:5’-GmsGmsCm GmCmUm GfAfAf UmCmCm UmGmCm GmGmAms Cms-3’(SEQ ID NO:188)
反义链:5’-AmsUfsCm CfGmCf W’GmGm AfUmUf CmAfGm CfGmCf CmsGmsAm-3’(SEQ ID NO:185)
其中:小写字母m表示该字母m左侧相邻的一个核苷酸为2’-甲氧基修饰的核苷酸;小写字母f表示该字母f左侧相邻的一个核苷酸为2’-氟代修饰的核苷酸;
小写字母s在大写字母中间时表示与该字母s左右相邻的两个核苷酸之间的连接为硫代磷酸酯基连接;
小写字母s在3’端第一个时表示与该字母s左侧相邻的一个核苷酸末端为硫代磷酸酯基;
W’表示含有化学修饰或其互变异构体修饰的核苷酸,所述化学修饰或其互变异构体修饰选自:
其中:B为腺嘌呤。
在一些具体的实施方案中,W’表示含有化学修饰或其互变异构体修饰的核苷酸;所述化学修饰或其互变异构体修饰选自:
其中:M为O或S。一些具体的实施方案中,M为S。一些具体的实施方案中,M为O。
在一些实施方案中,本公开siRNA,其中正义链和反义链选自:
正义链:5’-GmsCmsAm CmUfUm CfGfCf UmUmCm AmCmCm UmCmUms Gm-3’(SEQ ID NO:189)
反义链:5’-UmsAfsGm AfGmGf W’GmAm AfGmCf GmAfAm GfUmGf CmsAmsCm-3’(SEQ ID NO:190)
或,
正义链:5’-GmsCmsAm CmUfUm CfGfCf UmUmCm AmCmCm UmCmUms Gms-3’(SEQ ID NO:191)
反义链:5’-UmsAfsGm AfGmGf W’GmAm AfGmCf GmAfAm GfUmGf CmsAmsCm-3’(SEQ ID NO:190)
或,
正义链:5’-GmsCmsAm CmUmUm CfGfCf UmUmCm AmCmCm UmCmUms Gm-3’(SEQ ID NO:192)
反义链:5’-UmsAfsGm AfGmGf W’GmAm AfGmCf GmAfAm GfUmGf CmsAmsCm-3’(SEQ ID NO:190)
或,
正义链:5’-GmsCmsAm CmUmUm CfGfCf UmUmCm AmCmCm UmCmUms Gms-3’(SEQ ID NO:193)
反义链:5’-UmsAfsGm AfGmGf W’GmAm AfGmCf GmAfAm GfUmGf CmsAmsCm-3’(SEQ ID NO:190)
其中:小写字母m表示该字母m左侧相邻的一个核苷酸为2’-甲氧基修饰的核苷酸;小写字母f表示该字母f左侧相邻的一个核苷酸为2’-氟代修饰的核苷酸;
小写字母s在大写字母中间时表示与该字母s左右相邻的两个核苷酸之间的连接为硫代磷酸酯基连接;
小写字母s在3’端第一个时表示与该字母s左侧相邻的一个核苷酸末端为硫代磷酸酯基;
W’表示含有化学修饰或其互变异构体修饰的核苷酸,所述化学修饰或其互变异构体修饰选自:
其中:B为尿嘧啶。
在一些具体的实施方案中,W’表示含有化学修饰或其互变异构体修饰的核苷酸;所述化学修饰或其互变异构体修饰选自:
其中:M为O或S。一些具体的实施方案中,M为S。一些具体的实施方案中,M为O。
在一些实施方案中,上述siRNA当接触到表达靶基因的细胞时,由例如:psiCHECK活性筛选和荧光素酶报告基因检测法,其他如PCR或基于分支DNA(bDNA)的方法、或基于蛋白质的方法,如免疫荧光分析法,例如Western Blot或流式细胞术测定的,上述siRNA会抑制靶基因的表达至少5%、至少10%、至少15%、至少20%、至少25%、至少30%、至少35%、至少40%、至少45%、至少50%、至少55%、至少60%、至少65%、至少70%、至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、或至少99%。
在一些实施方案中,上述siRNA当接触到表达靶基因的细胞时,由例如:psiCHECK活性筛选和荧光素酶报告基因检测法,其他如PCR或基于分支DNA(bDNA)的方法、或基于蛋白质的方法,如免疫荧光分析法,例如Western Blot或流式细胞术测定的,上述siRNA引起的靶基因mRNA剩余表达百分比为不高于99%、不高于95%、不高于90%、不高于85%、不高于80%、不高于75%、不高于70%、不高于65%、不高于60%、不高于55%、不高于50%、不高于45%、不高于40%、不高于35%、不高于30%、不高于25%、不高于20%、不高于15%、或不高于10%。
在一些实施方案中,包含本公开化学修饰的siRNA当接触到表达靶基因的细胞时,由例如:psiCHECK活性筛选和荧光素酶报告基因检测法,其他如PCR或基于分支DNA(bDNA)的方法、或基于蛋白质的方法,如免疫荧光分析法,例如Western Blot、或流式细胞术测定的,包含本公开化学修饰,例如式(I)或式(II)所示化学修饰的siRNA在保持在靶活性的同时,将脱靶活性减少了至少20%、至少25%、至少30%、至少35%、至少40%、至少45%、至少50%、至少55%、至少60%、至少65%、至少70%或至少75%。
在一些实施方案中,包含本公开化学修饰的siRNA当接触到表达靶基因的细胞时,由例如:psiCHECK活性筛选和荧光素酶报告基因检测法,其他如PCR或基于分支DNA(bDNA)的方法、或基于蛋白质的方法,如免疫荧光分析法,例如Western Blot、或流式细胞术测定的,包含本公开化学修饰,例如式(I)或式(II)所示化学修饰的siRNA使在靶活性降低至多20%、至多19%、至多15%、至多10%、至多5%或超过1%的同时,将脱靶活性减少了至少20%、至少25%、至少30%、至少35%、至少40%、至少45%、至少50%、至少55%、至少60%、至少65%、至少70%或至少75%。
在一些实施方案中,包含本公开化学修饰的siRNA当接触到表达靶基因的细胞时,由例如:psiCHECK活性筛选和荧光素酶报告基因检测法,其他如PCR或基于分支DNA(bDNA)的方法、或基于蛋白质的方法,如免疫荧光分析法,例如Western Blot、或流式细胞术测定的,包含本公开化学修饰,例如式(I)或式(II)所示化学修饰的siRNA使在靶活性提高至少1%、至少5%、至少10%、至少15%、至少20%、至少25%、至少30%、至少35%、至少40%、至少45%、至少50%、至少55%、至少60%、至少65%、至少70%、至少75%或至少80%的同时,将脱靶活性减少了至少20%、至少25%、至少30%、至少35%、至少40%、至少45%、至少50%、至少55%、至少60%、至少65%、至少70%或至少75%。
本公开还提供了一种siRNA缀合物,其包含上述siRNA中的任意一种和连接至所述siRNA的靶向配体。
在一些实施方案中,siRNA和所述靶向配体共价或非共价连接。
在一些实施方案中,所述靶向配体连接至所述siRNA的正义链3’末端。
在一些实施方案中,为了促进siRNA进入细胞,可以在siRNA正义链的末端引入胆固醇等亲脂性的基团,亲脂性的基团包括以共价键与小干扰核酸结合,如末端引入胆固醇、脂蛋白、维生素E等,以利于通过由脂质双分子层构成的细胞膜与细胞内的mRNA发生作用。同时,siRNA也可以进行非共价键修饰,如通过疏水键或离子键结合磷脂分子、多肽、阳离子聚合物等增加稳定性和生物学活性。
在一些实施方案中,靶向配体通过磷酸酯基团、硫代磷酸酯基团或膦酸基团与siRNA末端连接。
在一些实施方案中,靶向配体通过磷酸酯基团、硫代磷酸酯基团或膦酸基团与siRNA末端间接连接。
在一些实施方案中,靶向配体通过磷酸酯基团、硫代磷酸酯基团或膦酸基团与siRNA末端直接连接。
在一些实施方案中,靶向配体通过硫代磷酸酯基团与siRNA末端直接连接。
在一些实施方案中,靶向配体通过硫代磷酸酯基团与siRNA正义链3’末端直接连接。
在一些实施方案中,靶向配体所述靶向配体包含靶向部分T,T选自半乳糖、半乳糖胺、N-甲酰基-半乳糖胺、N-乙酰基-半乳糖胺、N-丙酰基-半乳糖胺、N-正丁酰基-半乳糖胺和N-异丁酰基-半乳糖胺。在一些实施方案中,T选自N-乙酰基-半乳糖胺。
在一些实施方案中,靶向配体结构如下式(II)所示,
其中T为靶向部分,E为分支基团,L
1为接头部分,L
2为靶向部分与分支基团间的栓系部分,其中i选自1到10的整数,例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10。
在一些实施方案中,i选自2到8的整数。
在一些实施方案中,i选自3到5的整数。
在一些实施方案中,L
1为
R
9及R
10各自独立的选自为-S-,-NH-,-O-,-C(O)-,-OC(O)-,-C(O)O-,-NHC(O)-,-C(O)NH-,-CH
2-,-CH
2NH-,-CH
2O-,-NH-C(O)-CH
2-,-C(O)-CH
2-NH-, -NH(CO)NH-,3-12元杂环基,所述-CH
2-任选被选自卤素,烷基,烷氧基,烷氨基的取代基取代,所述烷基任选进一步被选自羟基、氨基、卤素的取代基取代;
R
11选自氘,卤素,烷基,氨基,氰基,硝基,烯基,炔基,羧基,羟基,巯基,烷巯基,烷氧基,烷氨基,-C(O)-烷基,-C(O)-O-烷基,-CONH
2,-CONH-烷基,-OC(O)-烷基,-NH-C(O)-烷基,-S(O)O-烷基,-S(O)ONH
2,-S(O)ONH-烷基,所述的烷基,烯基、炔基、烷基巯基,烷基氧基,-C(O)-烷基,-C(O)-O-烷基,-CONH-烷基,-OC(O)-烷基,-NH-C(O)-烷基,-S(O)O-烷基,-S(O)ONH-烷基,任选进一步被选自卤素,羟基,氨基,巯基的取代基取代;
所述k选自0,1,2,3,4;
所述j选自1到20的整数(例如0,1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20)。
在一些实施方案中,L
1为
其中R
11选自氘,卤素,烷基,氨基,氰基,硝基,烯基,炔基,羧基,羟基,巯基,烷巯基,烷氧基,烷氨基,-C(O)-烷基,-C(O)-O-烷基,-CONH
2,-CONH-烷基,-OC(O)-烷基,-NH-C(O)-烷基,-S(O)O-烷基,-S(O)ONH
2,-S(O)ONH-烷基,所述的烷基,烯基、炔基、羧基、烷基巯基,烷基氧基,-C(O)-烷基,-C(O)-O-烷基,-CONH-烷基,-OC(O)-烷基,-NH-C(O)-烷基,-S(O)O-烷基,-S(O)ONH-烷基,选进一步被选自卤素,羟基,氨基,巯基的取代基取代;
所述的k选自0,1,2,3,4。
在一些实施方案中,L
1为
其中R
11选自氘,卤素,烷基,氨基,氰基,硝基,烯基,炔基,羧基,羟基,巯基,烷巯基,烷氧基,烷氨基,-C(O)-烷基,-C(O)-O-烷基,-CONH
2,-CONH-烷基,-OC(O)-烷基,-NH-C(O)-烷基,-S(O)O-烷基,-S(O)ONH
2,-S(O)ONH-烷基,所述的烷基,烯基、炔基、羧基、烷基巯基,烷基氧基,-C(O)-烷基,-C(O)-O-烷基,-CONH-烷基,-OC(O)-烷基,-NH-C(O)-烷基,-S(O)O-烷基,-S(O)ONH-烷基,优选进一步被选 自卤素,羟基,氨基,巯基的取代基取代;
所述的k选自0,1,2,3,4。
在一些实施方案中,L
1为
在一些实施方案中,L
1为
在一些实施方案中,L
1为
在一些实施方案中,L
1为
在一些实施方案中,L
1为
在一些实施方案中,靶向配体中E为
所述R
12、R
13、R
14及R
15各自独立的选自-C(O)NH-,-C(O)-,所述的羰基任选进一步被烷基取代,所述的烷基任选进一步被选自烷基,羟基,-C(O)O-,-C(O)O-烷基-,-C(O)NH-取代;
所述X
2、X
3、X
4及X
5各自独立的选自0到10的整数(例如0,1,2,3,4,5,6,7,8,9,10)。
在一些实施方案中,靶向配体中E为
所述R
12、R
13、R
14及R
15各自独立的选自-C(O)NH-,-C(O)-,所述的-C(O)NH-,-C(O)-任选进一步被烷基取代,所述的烷基任选进一步被选自烷基,羟基,-C(O)O-,-C(O)O-烷基-,-C(O)NH-取代;
所述X
2、X
3、X
4及X
5各自独立的选自0到10的整数(例如0,1,2,3,4,5,6,7,8,9,10)。
在一些实施方案中,靶向配体中E为
所述R
12、R
13、R
14及R
15各自独立的选自-C(O)NH-,-C(O)-,所述的-C(O)NH-,-C(O)-进一步被选自
的取代基取代,所述X
2、X
3、X
4及X
5各自独立的选自0到10的整数(例如0,1,2,3,4,5,6,7,8,9,10)。
在一些实施方案中,靶向配体中E为
在一些实施方案中,靶向配体中E选自
在一些实施方案中,靶向配体中E选自
在一些实施方案中,靶向配体中E选自
在一些实施方案中,靶向配体中E为
L
1选自如下结构:
R
9及R
10各自独立的选自为-S-,-NH-,-O-,-S-,-C(O)-,-OC(O)-,-C(O)O-,-NHC(O)-,-C(O)NH-,-CH
2-,-CH
2NH-,-CH
2O-,-NH-C(O)-CH
2-,-C(O)-CH
2-NH-,-NH(CO)NH-,3-12元杂环基,所述-CH
2-任选被选自卤素,烷基,烷氧基,烷氨基的取代基取代,所述烷基任选进一步被选自羟基、氨基、卤素的取代基取代;
R
11选自氘,卤素,烷基,氨基,氰基,硝基,烯基,炔基,羧基,羟基,巯基,烷巯基,烷氧基,烷氨基,-C(O)-烷基,-C(O)-O-烷基,-CONH
2,-CONH-烷基,-OC(O)-烷基,-NH-C(O)-烷基,-S(O)O-烷基,-S(O)ONH
2,-S(O)ONH-烷基,所述的烷基,烯基、炔基、烷基巯基,烷基氧基,-C(O)-烷基,-C(O)-O-烷基,-CONH-烷基,-OC(O)-烷基,-NH-C(O)-烷基,-S(O)O-烷基,-S(O)ONH-烷基,任选进一步被选自卤素,羟基,氨基,巯基的取代基取代;
所述的k选自0,1,2,3,4;
所述的j选自0,1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20。
在一些实施方案中,靶向配体中E选自:
L
1选自:
在一些实施方案中,靶向配体中E选自:
L
1选自:
在一些实施方案中,靶向配体中E选自:
L
1选自:
即E-L
1为
在一些实施方案中,靶向配体中E选自:
L
1选自:
即E-L
1为
在一些实施方案中,靶向配体中E选自:
L
1选自:
即E-L
1为
在一些实施方案中,靶向配体中E选自
L
1选自
即E-L
1为
在一些实施方案中,靶向配体中E选自
L
1选自
即E-L
1为
在一些实施方案中,靶向配体中E选自
L
1选自
即E-L
1为
本公开中L
2为靶向部分与分支基团间的栓系部分,L
2在分支基团和各靶向部 分之间发挥连接、间隔作用。
在一些实施方式中,L
2的一端直接连接至靶向配体,而另一端直接连接至分支基团E。
在一些实施方式中,L
2的一端直接连接至靶向配体,而另一端间接地连接至分支基团E。
在一些实施方式中,L
2的一端间接地连接至靶向配体,而另一端间接地连接至分支基团E。
在一些实施方式中,本文公开的靶向配体包括2个L
2和2个靶向部分。
在一些实施方式中,本文公开的靶向配体包括3个L
2和3个靶向部分。
在一些实施方式中,本文公开的靶向配体包括4个L
2和4个靶向部分。
在一些实施方式中,本文公开的靶向配体包括多个L
2和多个靶向部分。
在一些实施方式中,本公开中L
2选自以下基团中的1个或2-20个共价连接的组合:
取代的或未取代的环烷基(例如环己基,环丙基,环丁基,环戊基,环庚基,环辛基等),取代的或未取代的环烯基(例如环己烯基,环丁烯基,环戊烯基,环庚烯基,环辛烯基,环己二烯基,环戊二烯基,环庚二烯基,环辛二烯基等),取代的或未取代的芳基(例如苯基,萘基,联萘基,蒽基等),取代的或未取代的杂芳基(例如吡啶基,嘧啶基,吡咯,咪唑,呋喃,苯并呋喃,吲哚等)和取代的或未取代的杂环基(例如四氢呋喃,四氢吡喃,哌啶,吡咯烷等)。
在一些实施方式中,本公开中L
2选自以下基团中的1个或2-20个(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20)共价连接的组合:
的基团的共价组合。
在一些实施方式中,靶向配体包括具有如下所示结构的L
2,
其中x
6是从1至20的整数(例如,1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20)。
在一些实施方式中,靶向配体包括具有如下所示结构的L
2,
在一些实施方式中,靶向配体包括具有如下所示结构的L
2,
在一些实施方式中,靶向配体包括具有如下所示结构的L
2,
在一些实施方式中,靶向配体包括具有如下所示结构的L
2,
在一些实施方式中,靶向配体包括具有如下所示结构的L
2,
在一些实施方式中,靶向配体包括具有如下所示结构的L
2,
其中,x
7是从1至20的整数(例如,1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20),并且Z是
在一些实施方式中,靶向配体具有如下所示结构的L
2,
在一些实施方式中,靶向配体具有如下所示结构的L
2,
其中,x
8是从1至20的整数(例如,1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20),并且Z是
在一些实施方式中,靶向配体具有如下所示结构的L
2,
其中x
9和X
10各自独立选自从1至20的整数(例如,1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20),并且Z是
在一些实施方式中,靶向配体具有如下所示结构的L
2,
在一些实施方式中,靶向配体具有如下所示结构的L
2,
其中,x
7和X
8各自独立选自从1至20的整数(例如,1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20),并且Z是
在一些具体的实施方式中,靶向配体具有以下结构:
在一些具体的实施方式中,靶向配体具有以下结构:
在一些具体的实施方式中,靶向配体具有以下结构:
在一些具体的实施方式中,靶向配体具有以下结构:
一些实施方案中,靶向配体的靶向部分是由一个或多个靶向基团或靶向部分组成,靶向配体协助引导将与其连接的治疗性试剂递送至所需靶位置。在一些情况中,靶向部分可以结合细胞或细胞受体,并且启动内吞作用以促进治疗性试剂进入细胞。靶向部分可以包括对细胞受体或细胞表面分子或抗体具有亲和性的化合物。含有靶向部分的各种靶向配体可以与治疗性试剂和其它化合物连接以将试剂靶向细胞和特定细胞受体。
一些实施方案中,靶向部分的类型包括碳水化合物、胆固醇和胆甾醇基团或类固醇。可以结合细胞受体的靶向部分包括糖类,诸如半乳糖、半乳糖衍生物(如N-乙酰基-半乳糖胺,N-三氟乙酰基半乳糖胺、N-丙酰基半乳糖胺、N-正丁酰基半乳糖胺、N-异丁酰基半乳糖胺)、甘露糖和甘露糖衍生物。
已知结合脱唾液酸糖蛋白受体(ASGPR)的靶向部分可特别用于引导递送寡聚化合物至肝脏。脱唾液酸糖蛋白受体在肝脏细胞(肝细胞)上大量表达。靶向ASCPR的细胞受体靶向部分包括半乳糖和半乳糖衍生物。具体而言,半乳糖衍生物的簇,包括由2、3、4或超过4个N-乙酰基-半乳糖胺(GalNAc或NAG)组成的簇可以促进肝细胞中某些化合物的摄取。偶联寡聚化合物的GalNAc簇用于引导组合物至肝脏,在这里N-乙酰基-半乳糖胺糖能够结合肝脏细胞表面的脱唾液酸糖蛋白受体。脱唾液酸糖蛋白受体的结合被认为将启动受体介导的内吞作用,从而促进化合物进入细胞内部。
一些实施方案中,靶向配体可以包括2、3、4或超过4个靶向部分。在一些实施方式中,本文所公开的靶向配体可以包括1、2、3、4或超过4个通过L
2连接至分支基团的靶向部分。
在一些实施方式中,靶向配体是半乳糖簇的形式。
在一些实施方式中,各靶向部分包括半乳糖胺衍生物,其为N-乙酰基-半乳糖胺。可用作靶向部分且对脱唾液酸糖蛋白受体具有亲和性的其他糖可选自半乳糖、半乳糖胺、N-甲酰基-半乳糖胺、N-乙酰基-半乳糖胺、N-丙酰基-半乳糖胺、N-正丁酰基-半乳糖胺和N-异丁酰基-半乳糖胺等。
在一些实施方式中,本公开中的靶向配体包括N-乙酰半乳糖胺做为靶向部分,
在一些实施方式中,靶向配体包括三个末端半乳糖胺或半乳糖胺衍生物(诸如N-乙酰基-半乳糖胺),其各自对唾液酸糖蛋白受体均具有亲和性。在一些实施方式中,靶向配体包括三个末端N-乙酰基-半乳糖胺(GalNAc或NAG)作为靶向部分。
在一些实施方式中,靶向配体包括四个末端半乳糖胺或半乳糖胺衍生物(诸如N-乙酰基-半乳糖胺),其各自对脱唾液酸糖蛋白受体均具有亲和性。在一些实施方式中,靶向配体包括四个末端N-乙酰基-半乳糖胺(GalNAc或NAG)作为靶向部分。
当述及三个末端N-乙酰基-半乳糖胺时本领域常用的术语包括三触角(tri-antennary)、三价物(tri-valent)和三聚体。
当述及四个末端N-乙酰基-半乳糖胺时本领域常用的术语包括四触角(tetra-antennary)、四价物(tetra-valent)和四聚体。
一些具体实施方案中,本公开提供的靶向配体具有如下结构,
一些具体实施方案中,本公开提供的靶向配体具有如下结构,
一些具体实施方案中,本公开提供的靶向配体具有如下结构,
一些具体实施方案中,本公开提供的靶向配体具有如下结构,
在一些实施方式中,本公开siRNA连接至本公开靶向配体,形成具有如下所示的siRNA缀合物,
其中T为靶向部分,E为分支基团,L
1为接头部分,L
2为靶向部分与分支基团间的栓系部分,其中x选自1到10的整数,D为靶向HBV的siRNA。
在一些实施方式中,D为靶向HBV-X的siRNA。
在一些实施方式中,D为本公开任一siRNA。在一些实施方案中,所述L
1连接至所述siRNA的正义链3’末端。
在一些实施方案中,靶向配体通过磷酸酯基团、硫代磷酸酯基团或膦酸基团与siRNA末端连接。
在一些实施方案中,靶向配体通过磷酸酯基团、硫代磷酸酯基团或膦酸基团与siRNA末端间接连接。
在一些实施方案中,靶向配体通过磷酸酯基团、硫代磷酸酯基团或膦酸基团与siRNA末端直接连接。
在一些实施方案中,靶向配体通过硫代磷酸酯基团与siRNA末端直接连接。
在一些实施方案中,靶向配体通过硫代磷酸酯基团与siRNA正义链3’末端直接连接。
在一些具体的实施方案中,本公开提供一种siRNA缀合物,
其中,D为靶向HBV的siRNA。
在一些实施方式中,D为靶向HBV-X的siRNA。在一些实施方式中,D为本公开任一siRNA。在一些具体的实施方案中,靶向配体通过硫代磷酸酯基团与siRNA正义链3’末端直接连接。
在一些具体的实施方案中,本公开提供一种siRNA缀合物,
其中,D为靶向HBV的siRNA。在一些实施方式中,D为靶向HBV-X的siRNA。在一些实施方式中,D为本公开任一siRNA。
在一些具体的实施方案中,靶向配体通过硫代磷酸酯基团与siRNA正义链3’末端直接连接。
在一些具体的实施方案中,本公开提供一种siRNA缀合物,
其中,D为靶向HBV的siRNA。在一些实施方式中,D为靶向HBV-X的siRNA。在一些实施方式中,D为本公开 任一siRNA。在一些具体的实施方案中,靶向配体通过硫代磷酸酯基团与siRNA正义链3’末端直接连接。
在一些具体的实施方案中,本公开提供一种siRNA缀合物,
其中,D为靶向HBV的siRNA。在一些实施方式中,D为靶向HBV-X的siRNA。在一些实施方式中,D为本公开任一siRNA。在一些具体的实施方案中,靶向配体通过硫代磷酸酯基团与siRNA正义链3’末端直接连接。
在一些具体的实施方案中,所述L
1与D通过磷酸酯基团、硫代磷酸酯基团或膦酸基团连接。
在一些具体的实施方案中,所述L
1与D正义链3’末端通过磷酸酯基团、硫代磷酸酯基团或膦酸基团连接。
在一些具体的实施方案中,所述L
1与D正义链3’末端通过硫代磷酸酯基团直接连接。
在一些具体的实施方案中,所述L
1与D正义链3’末端通过硫代磷酸酯基团间接连接。
在一些具体的实施方案中,siRNA缀合物选自:
正义链(5’-3’):GmsUmsGm UmGfCm AfCfUf UmCmGm CmUmUm CmAmCms Cms-NAG1(SEQ ID NO:24)
反义链(5’-3’):AmsGfsUm GfAmAf W’CmGm AfAmGf UmGfCm AfCmAf CmsGmsGm(SEQ ID NO:194)
或,
正义链(5’-3’):GmsUmsGm UmGmCm AfCfUf UmCmGm CmUmUm CmAmCms Cms-NAG1(SEQ ID NO:26)
反义链(5’-3’):AmsGfsUm GfAmAf W’CmGm AfAmGf UmGfCm AfCmAf CmsGmsGm(SEQ ID NO:194)
其中:大写字母C、G、U、A表示核苷酸的碱基组成;小写字母m表示该字母m左侧相邻的一个核苷酸为2’-甲氧基修饰的核苷酸;小写字母f表示该字母f左侧相邻的一个核苷酸为2’-氟代修饰的核苷酸;
小写字母s在大写字母中间时表示与该字母s左右相邻的两个核苷酸之间的连接为硫代磷酸酯基连接;
小写字母s在3’端第一个时表示与该字母s左侧相邻的一个核苷酸末端为硫代磷酸酯基;
NAG1结构为:
W’结构为:
其中M为O,B为鸟嘌呤。
在一些具体的实施方案中,siRNA缀合物选自:
正义链(5’-3’):GmsUmsGm UmGfCm AfCfUf UmCmGm CmUmUm CmAmCms Cms-NAG2(SEQ ID NO:195)
反义链(5’-3’):AmsGfsUm GfAmAf W’CmGm AfAmGf UmGfCm AfCmAf CmsGmsGm(SEQ ID NO:196)
或,
正义链(5’-3’):GmsUmsGm UmGmCm AfCfUf UmCmGm CmUmUm CmAmCms Cms-NAG2(SEQ ID NO:197)
反义链(5’-3’):AmsGfsUm GfAmAf W’CmGm AfAmGf UmGfCm AfCmAf CmsGmsGm(SEQ ID NO:196)
其中:大写字母C、G、U、A表示核苷酸的碱基组成;小写字母m表示该字母m左侧相邻的一个核苷酸为2’-甲氧基修饰的核苷酸;小写字母f表示该字母f左侧相邻的一个核苷酸为2’-氟代修饰的核苷酸;
小写字母s在大写字母中间时表示与该字母s左右相邻的两个核苷酸之间的连接为硫代磷酸酯基连接;
小写字母s在3’端第一个时表示与该字母s左侧相邻的一个核苷酸末端为硫代磷酸酯基;
NAG2构为:
W’结构为:
其中M为O,B为鸟嘌呤。
在一些具体的实施方案中,siRNA缀合物选自:
正义链(5’-3’):GmsUmsGm UmGfCm AfCfUf UmCmGm CmUmUm CmAmCms Cms-NAG3(SEQ ID NO:198)
反义链(5’-3’):AmsGfsUm GfAmAf W’CmGm AfAmGf UmGfCm AfCmAf CmsGmsGm(SEQ ID NO:199)
或,
正义链(5’-3’):GmsUmsGm UmGmCm AfCfUf UmCmGm CmUmUm CmAmCms Cms-NAG3(SEQ ID NO:200)
反义链(5’-3’):AmsGfsUm GfAmAf W’CmGm AfAmGf UmGfCm AfCmAf CmsGmsGm(SEQ ID NO:199)
其中:大写字母C、G、U、A表示核苷酸的碱基组成;小写字母m表示该字母m左侧相邻的一个核苷酸为2’-甲氧基修饰的核苷酸;小写字母f表示该字母f左侧相邻的一个核苷酸为2’-氟代修饰的核苷酸;
小写字母s在大写字母中间时表示与该字母s左右相邻的两个核苷酸之间的连接为硫代磷酸酯基连接;
小写字母s在3’端第一个时表示与该字母s左侧相邻的一个核苷酸末端为硫代磷酸酯基;
NAG3结构为:
W’结构为:
其中M为O,B为鸟嘌呤。
在一些具体的实施方案中,siRNA缀合物选自:
正义链(5’-3’):GmsUmsGm UmGfCm AfCfUf UmCmGm CmUmUm CmAmCms Cms-NAG4(SEQ ID NO:201)
反义链(5’-3’):AmsGfsUm GfAmAf W’CmGm AfAmGf UmGfCm AfCmAf CmsGmsGm(SEQ ID NO:202)
或,
正义链(5’-3’):GmsUmsGm UmGmCm AfCfUf UmCmGm CmUmUm CmAmCms Cms-NAG4(SEQ ID NO:203)
反义链(5’-3’):AmsGfsUm GfAmAf W’CmGm AfAmGf UmGfCm AfCmAf CmsGmsGm(SEQ ID NO:202)
其中:大写字母C、G、U、A表示核苷酸的碱基组成;小写字母m表示该字母m左侧相邻的一个核苷酸为2’-甲氧基修饰的核苷酸;小写字母f表示该字母f左侧相邻的一个核苷酸为2’-氟代修饰的核苷酸;
小写字母s在大写字母中间时表示与该字母s左右相邻的两个核苷酸之间的连接为硫代磷酸酯基连接;
小写字母s在3’端第一个时表示与该字母s左侧相邻的一个核苷酸末端为硫代磷酸酯基;
NAG4结构为:
W’结构为:
其中M为O,B为鸟嘌呤。
在一些具体的实施方案中,siRNA缀合物选自:
正义链:5’-GmsUmsGm UmGfCm AfCfUf UmCmGm CmUmUm CmAmCms Cms-NAG1-3’(SEQ ID NO:24)
反义链:5’-AmsGfsUm GfAmAf W’CmGm AfAmGf UmGfCm AfCmAf CmsGmsGm-3’(SEQ ID NO:204)
或,
正义链:5’-GmsUmsGm UmGmCm AfCfUf UmCmGm CmUmUm CmAmCms Cms-NAG1-3’(SEQ ID NO:26)
反义链:5’-AmsGfsUm GfAmAf W’CmGm AfAmGf UmGfCm AfCmAf CmsGmsGm-3’(SEQ ID NO:204)
或,
正义链:5’-UmsGmsCm AmCfUm UfCfGf CmUmUm CmAmCm CmUmCms Ums-NAG1-3’(SEQ ID NO:47)
反义链:5’-AmsGfsAm GfGmUf W’AmAm GfCmGf AmAfGm UfGmCf AmsCmsAm-3’(SEQ ID NO:205)
或,
正义链:5’-UmsGmsCm AmCmUm UfCfGf CmUmUm CmAmCm CmUmCms Ums-NAG1-3’(SEQ ID NO:49)
反义链:5’-AmsGfsAm GfGmUf W’AmAm GfCmGf AmAfGm UfGmCf AmsCmsAm-3’(SEQ ID NO:205)
其中:小写字母m表示该字母m左侧相邻的一个核苷酸为2’-甲氧基修饰的 核苷酸;小写字母f表示该字母f左侧相邻的一个核苷酸为2’-氟代修饰的核苷酸;
小写字母s在大写字母中间时表示与该字母s左右相邻的两个核苷酸之间的连接为硫代磷酸酯基连接;
小写字母s在3’端第一个时表示与该字母s左侧相邻的一个核苷酸末端为硫代磷酸酯基;
W’表示含有化学修饰或其互变异构体修饰的核苷酸,所述化学修饰或其互变异构体修饰选自:
其中:B为鸟嘌呤。
所述NAG1结构为:
一些具体的实施方案中,W’结构为:
其中M为O,B为鸟嘌呤。
在一些具体的实施方案中,siRNA缀合物选自:
正义链:5’-CmsUmsUm UmUfGm UfCfUf UmUmGm GmGmUm AmUmAms Ums-NAG1-3’(SEQ ID NO:27)
反义链:5’-AmsUfsAm UfAmCf W’CmAm AfAmGf AmCfAm AfAmAf GmsAmsAm-3’(SEQ ID NO:206)
或,
正义链:5’-CmsUmsUm UmUmGm UfCfUf UmUmGm GmGmUm AmUmAms Ums-NAG1-3’(SEQ ID NO:29)
反义链:5’-AmsUfsAm UfAmCf W’CmAm AfAmGf AmCfAm AfAmAf GmsAmsAm-3’(SEQ ID NO:206)
或,
正义链:5’-CmsGmsUm GmUfGm CfAfCf UmUmCm GmCmUm UmCmAms Cms-NAG1-3’(SEQ ID NO:33)
反义链:5’-AmsUfsGm AfAmGf W’GmAm AfGmUf GmCfAm CfAmCf GmsGmsUm-3’(SEQ ID NO:207)
或,
正义链:5’-CmsGmsUm GmUmGm CfAfCf UmUmCm GmCmUm UmCmAms Cms-NAG1-3’(SEQ ID NO:35)
反义链:5’-AmsUfsGm AfAmGf W’GmAm AfGmUf GmCfAm CfAmCf GmsGmsUm-3’(SEQ ID NO:207)
或,
正义链:5’-CmsUmsUm UmUfGm UfCfUf UmUmGm GmGmUm AmUmAms Cms-NAG1-3’(SEQ ID NO:39)
反义链:5’-AmsUfsAm UfAmCf W’CmAm AfAmGf AmCfAm AfAmAf GmsAmsAm-3’(SEQ ID NO:208)
或,
正义链:5’-CmsUmsUm UmUmGm UfCfUf UmUmGm GmGmUm AmUmAms Cms-NAG1-3’(SEQ ID NO:40)
反义链:5’-AmsUfsAm UfAmCf W’CmAm AfAmGf AmCfAm AfAmAf GmsAmsAm-3’(SEQ ID NO:208)
或,
正义链:5’-CmsAmsUm CmUfUm CfUfUf GmUmUm GmGmUm UmCmUms Ums-NAG1-3’(SEQ ID NO:41)
反义链:5’-AmsAfsGm AfAmCf W’AmAm CfAmAf GmAfAm GfAmUf GmsAmsGm-3’(SEQ ID NO:209)
或,
正义链:5’-CmsAmsUm CmUmUm CfUfUf GmUmUm GmGmUm UmCmUms Ums-NAG1-3’(SEQ ID NO:43)
反义链:5’-AmsAfsGm AfAmCf W’AmAm CfAmAf GmAfAm GfAmUf GmsAmsGm-3’(SEQ ID NO:209)
其中:小写字母m表示该字母m左侧相邻的一个核苷酸为2’-甲氧基修饰的核苷酸;小写字母f表示该字母f左侧相邻的一个核苷酸为2’-氟代修饰的核苷酸;
小写字母s在大写字母中间时表示与该字母s左右相邻的两个核苷酸之间的连 接为硫代磷酸酯基连接;
小写字母s在3’端第一个时表示与该字母s左侧相邻的一个核苷酸末端为硫代磷酸酯基;
W’表示含有化学修饰或其互变异构体修饰的核苷酸,所述化学修饰或其互变异构体修饰选自:
其中:B为胞嘧啶。
一些具体的实施方案中,W’结构为:
其中M为O,B为胞嘧啶。
在一些具体的实施方案中,siRNA缀合物选自:
正义链:5’-UmsUmsAm CmCfAm AfUfUf UmUmCm UmUmUm UmGmUms Ums-NAG1-3’(SEQ ID NO:30)
反义链:5’-AmsAfsCm AfAmAf W’GmAm AfAmAf UmUfGm GfUmAf AmsCmsAm-3’(SEQ ID NO:210)
或,
正义链:5’-UmsUmsAm CmCmAm AfUfUf UmUmCm UmUmUm UmGmUms Ums-NAG1-3’(SEQ ID NO:32)
反义链:5’-AmsAfsCm AfAmAf W’GmAm AfAmAf UmUfGm GfUmAf AmsCmsAm-3’(SEQ ID NO:210)
或,
正义链:5’-UmsGmsUm CmUfUm UfGfGf GmUmAm UmAmCm AmUmUms Ums-NAG1-3’(SEQ ID NO:36)
反义链:5’-AmsAfsAm UfGmUf W’UmAm CfCmCf AmAfAm GfAmCf AmsAmsAm-3’(SEQ ID NO:211)
或,
正义链:5’-UmsGmsUm CmUmUm UfGfGf GmUmAm UmAmCm AmUmUms Ums-NAG1-3’(SEQ ID NO:38)
反义链:5’-AmsAfsAm UfGmUf W’UmAm CfCmCf AmAfAm GfAmCf AmsAmsAm-3’(SEQ ID NO:211)
或,
正义链:5’-UmsGmsUm CmUfGm CfGfGf CmGmUm UmUmUm AmUmCms Ams-NAG1-3’(SEQ ID NO:44)
反义链:5’-UmsGfsAm UfAmAf W’AmCm GfCmCf GmCfAm GfAmCf AmsCmsAm-3’(SEQ ID NO:212)
或,
正义链:5’-UmsGmsUm CmUmGm CfGfGf CmGmUm UmUmUm AmUmCms Ams-NAG1-3’(SEQ ID NO:46)
反义链:5’-UmsGfsAm UfAmAf W’AmCm GfCmCf GmCfAm GfAmCf AmsCmsAm-3’(SEQ ID NO:212)
或,正义链:5’-GmsGmsCm GmCfUm GfAfAf UmCmCm UmGmCm GmGmAms Cms-NAG1-3’(SEQ ID NO:53)
反义链:5’-AmsUfsCm CfGmCf W’GmGm AfUmUf CmAfGm CfGmCf CmsGmsAm-3’(SEQ ID NO:213)
或,
正义链:5’-GmsGmsCm GmCmUm GfAfAf UmCmCm UmGmCm GmGmAms Cms-NAG1-3’(SEQ ID NO:55)
反义链:5’-AmsUfsCm CfGmCf W’GmGm AfUmUf CmAfGm CfGmCf CmsGmsAm-3’(SEQ ID NO:213)
其中:小写字母m表示该字母m左侧相邻的一个核苷酸为2’-甲氧基修饰的核苷酸;小写字母f表示该字母f左侧相邻的一个核苷酸为2’-氟代修饰的核苷酸;
小写字母s在大写字母中间时表示与该字母s左右相邻的两个核苷酸之间的连接为硫代磷酸酯基连接;
小写字母s在3’端第一个时表示与该字母s左侧相邻的一个核苷酸末端为硫代磷酸酯基;
W’表示含有化学修饰或其互变异构体修饰的核苷酸,所述化学修饰或其互变异构体修饰选自:
其中:B为腺嘌呤。
一些具体的实施方案中,W’结构为:
其中M为O,B为腺嘌呤。
在一些具体的实施方案中,siRNA缀合物选自:
正义链:5’-GmsCmsAm CmUfUm CfGfCf UmUmCm AmCmCm UmCmUms Gms-NAG1-3’(SEQ ID NO:50)
反义链:5’-UmsAfsGm AfGmGf W’GmAm AfGmCf GmAfAm GfUmGf CmsAmsCm-3’(SEQ ID NO:214)
或,
正义链:5’-GmsCmsAm CmUmUm CfGfCf UmUmCm AmCmCm UmCmUms Gms-NAG1-3’(SEQ ID NO:52)
反义链:5’-UmsAfsGm AfGmGf W’GmAm AfGmCf GmAfAm GfUmGf CmsAmsCm-3’(SEQ ID NO:214)
其中:小写字母m表示该字母m左侧相邻的一个核苷酸为2’-甲氧基修饰的核苷酸;小写字母f表示该字母f左侧相邻的一个核苷酸为2’-氟代修饰的核苷酸;
小写字母s在大写字母中间时表示与该字母s左右相邻的两个核苷酸之间的连接为硫代磷酸酯基连接;
小写字母s在3’端第一个时表示与该字母s左侧相邻的一个核苷酸末端为硫代磷酸酯基;
W’表示含有化学修饰或其互变异构体修饰的核苷酸,所述化学修饰或其互变异构体修饰选自:
其中:B为尿嘧啶。
一些具体的实施方案中,W’结构为:
其中M为O,B为尿嘧啶。
本公开还提供了一种药物组合物,其包含本公开的siRNA或siRNA缀合物。
在一些实施方案中,所述药物组合物中还可以包含药学上可接受的辅料和/或佐剂,该辅料可以为一种或多种本领域常规采用的各种制剂或化合物。例如,所述药学上可接受的辅料可以包括pH缓冲剂、保护剂和渗透压调节剂中的至少一种。
在一些实施方案中,上述siRNA缀合物或药物组合物当接触到表达靶基因的细胞时,由例如:psiCHECK活性筛选和荧光素酶报告基因检测法,其他如PCR或基于分支DNA(bDNA)的方法、或基于蛋白质的方法,如免疫荧光分析法,例如Western Blot或流式细胞术测定的,上述siRNA缀合物或药物组合物会抑制靶基因的表达至少5%、至少10%、至少15%、至少20%、至少25%、至少30%、至少35%、至少40%、至少45%、至少50%、至少55%、至少60%、至少65%、至少70%、至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、或至少99%。
在一些实施方案中,上述siRNA缀合物或药物组合物当接触到表达靶基因的细胞时,由例如:psiCHECK活性筛选和荧光素酶报告基因检测法,其他如PCR或基于分支DNA(bDNA)的方法、或基于蛋白质的方法,如免疫荧光分析法,例如Western Blot或流式细胞术测定的,上述siRNA缀合物或药物组合物引起的靶基因mRNA剩余表达百分比为不高于99%、不高于95%、不高于90%、不高于85%、不高于80%、不高于75%、不高于70%、不高于65%、不高于60%、不高于55%、不高于50%、不高于45%、不高于40%、不高于35%、不高于30%、不高于25%、不高于20%、不高于15%、或不高于10%。
在一些实施方案中,siRNA缀合物或药物组合物当接触到表达靶基因的细胞时,由例如:psiCHECK活性筛选和荧光素酶报告基因检测法,其他如PCR或基于分支DNA(bDNA)的方法、或基于蛋白质的方法,如免疫荧光分析法,例如Western Blot、或流式细胞术测定的,siRNA缀合物在保持在靶活性的同时,将脱 靶活性减少了至少20%、至少25%、至少30%、至少35%、至少40%、至少45%、至少50%、至少55%、至少60%、至少65%、至少70%或至少75%。
在一些实施方案中,siRNA缀合物或药物组合物当接触到表达靶基因的细胞时,由例如:psiCHECK活性筛选和荧光素酶报告基因检测法,其他如PCR或基于分支DNA(bDNA)的方法、或基于蛋白质的方法,如免疫荧光分析法,例如Western Blot、或流式细胞术测定的,siRNA缀合物使在靶活性降低至多20%、至多19%、至多15%、至多10%、至多5%或超过1%的同时,将脱靶活性减少了至少20%、至少25%、至少30%、至少35%、至少40%、至少45%、至少50%、至少55%、至少60%、至少65%、至少70%或至少75%。
在一些实施方案中,siRNA缀合物或药物组合物当接触到表达靶基因的细胞时,由例如:psiCHECK活性筛选和荧光素酶报告基因检测法,其他如PCR或基于分支DNA(bDNA)的方法、或基于蛋白质的方法,如免疫荧光分析法,例如Western Blot、或流式细胞术测定的,siRNA缀合物使在靶活性提高至少1%、至少5%、至少10%、至少15%、至少20%、至少25%、至少30%、至少35%、至少40%、至少45%、至少50%、至少55%、至少60%、至少65%、至少70%、至少75%或至少80%的同时,将脱靶活性减少了至少20%、至少25%、至少30%、至少35%、至少40%、至少45%、至少50%、至少55%、至少60%、至少65%、至少70%或至少75%。
本公开还提供了一种细胞,其包含本公开的siRNA或siRNA缀合物。
本公开还提供了一种试剂盒,其包含本公开的siRNA或siRNA缀合物。
本公开还提供了一种用于沉默细胞中靶基因或靶基因的mRNA的方法,该方法包括将根据本公开的siRNA、siRNA缀合物和/或药物组合物引入该细胞中的步骤。
本公开还提供了一种用于在体内或在体外沉默细胞中靶基因或靶基因的mRNA的方法,该方法包括将根据本公开的siRNA、siRNA缀合物和/或药物组合物引入该细胞中的步骤。
本公开还提供了一种用于抑制靶基因或靶基因的mRNA表达的方法,该方法包括向有其需要的受试者施用有效量或有效剂量的根据本公开的siRNA、siRNA缀合物和/或药物组合物。
在一些实施方案中,施用通过包括肌肉内、支气管内、胸膜内、腹膜内、动脉内、淋巴、静脉内、皮下、脑脊髓、或其组合的给药方式进行。
在一些实施方案中,siRNA、siRNA缀合物和/或药物组合物的有效量或有效剂量为约0.001mg/kg体重至约200mg/kg体重、约0.01mg/kg体重至约100mg/kg体重或约0.5mg/kg体重至约50mg/kg体重。
在一些实施方案中,靶基因是乙型肝炎病毒(HBV)基因。
本公开提供了前述siRNA和/或药物组合物和/或siRNA缀合物,用于治疗和/或预防受试者的乙型肝炎病毒(HBV)感染。
本公开提供了前述siRNA和/或药物组合物和/或siRNA缀合物,用于治疗和/或预防受试者的与乙型肝炎病毒(HBV)相关疾病。在一些实施方案中,所述与HBV相关的疾病是慢性肝炎。在一些实施方案中,所述受试者是HBeAg阳性或HBeAg阴性。
本公开提供了前述siRNA和/或药物组合物和/或siRNA缀合物在制备用于治疗和/或预防受试者的乙型肝炎病毒(HBV)感染的药物中的用途。
本公开提供了前述siRNA和/或药物组合物和/或siRNA缀合物在制备用于治疗和/或预防受试者的与乙型肝炎病毒(HBV)相关疾病的药物中的用途。在一些实施方案中,所述与HBV相关的疾病是慢性肝炎。在一些实施方案中,所述受试者是HBeAg阳性或HBeAg阴性。
本公开提供了一种治疗和/或预防患有乙型肝炎病毒(HBV)感染的受试者的方法,包括将本公开的siRNA和/或药物组合物和/或siRNA缀合物给予有需要的受试者。
本公开提供了一种治疗和/或预防患有乙型肝炎病毒(HBV)相关疾病的受试者的方法,包括将本公开的siRNA和/或药物组合物和/或siRNA缀合物给予有需要的受试者。在一些实施方案中,所述与HBV相关的疾病是慢性肝炎。在一些实施方案中,所述受试者是HBeAg阳性或HBeAg阴性。
本公开提供了一种体内递送抑制乙型肝炎病毒(HBV)基因表达和/或复制的siRNA至肝脏的方法,包括将本公开的siRNA和/或药物组合物和/或siRNA缀合物给予有需要的受试者。
递送可以是通过局部给药(例如,直接注射或植入)或全身给药,也可通过口服、直肠或胃肠外途径进行给药,所述肠胃外途径包括但不限于皮下注射、静脉注射、肌肉注射、腹腔注射、透皮给药、吸入给药(如气溶胶)、粘膜给药(如舌下、鼻内给药)、颅内给药等。
可选的实施方案中,本公开提供的药物组合物可以通过注射给予,例如,静脉内、肌内、皮内、皮下、十二指肠内或腹膜内注射。
各种递药系统是已知的并且可以用于本公开的siRNA、siRNA缀合物或药物组合物,例如封装在脂质体中、微粒、微囊、能够表达该化合物的重组细胞、受体介导的细胞内吞作用、构建核酸作为逆转录病毒或其他载体的一部分。
本公开还提供了抑制细胞中乙型肝炎病毒(HBV)复制的方法,该方法包括使细胞与本公开的siRNA和/或药物组合物和/或siRNA缀合物接触,从而抑制细胞中HBV的复制。在一些实施方案中,细胞在受试者体内。在一些实施方案中,细胞是体外的。
本公开还提供了降低感染了HBV的受试者中乙型肝炎病毒(HBV)抗原水平的方法,其包括向受试者施用治疗有效量的本公开的siRNA和/或药物组合物和/或siRNA缀合物,从而降低受试者中HBV抗原的水平。在一些实施方案中,HBV抗原是HBsAg。在一些实施方案中,HBV抗原是HBeAg。在一些实施方案中,所述受试者是HBeAg阳性,在一些实施方案中,所述受试者是HBeAg阴性。
本公开还提供了前述siRNA和/或药物组合物和/或siRNA缀合物在制备用于预防和/或治疗由乙肝病毒所引起的病理学病症和疾病的药物中的用途。
在一些实施方案中,与HBV相关的疾病选自急性乙型肝炎、慢性乙型肝炎、丁型肝炎病毒感染、丁型肝炎、肝纤维化、晚期肝病和肝细胞癌。
在一些实施方案中,前述siRNA和/或药物组合物和/或siRNA缀合物在调节肝脏中表达的基因,或者在治疗肝细胞中基因异常表达而引起的病理状况或疾病中,表现出优异的在靶活性和降低的脱靶活性。在一些实施方式中,所述基因选自乙型肝炎病毒基因。相应地,所述疾病选自慢性肝病、肝炎、肝纤维化疾病、肝增生性疾病和血脂异常。在一些实施方案中,所述血脂异常为高胆固醇血症、高甘油三酯血症或动脉粥样硬化。
在一些实施方案中,前述siRNA、siRNA缀合物和/或药物组合物也可以用于治疗其他肝脏疾病,包括以不需要的细胞增殖为特征的疾病、血液疾病、代谢疾病和以炎症为特征的疾病。肝脏的增殖疾病可以是良性或恶性疾病,例如癌症、肝细胞癌(HCC)、肝转移或肝母细胞瘤。肝脏血液学或炎症疾病可以是涉及凝血因子、补体介导的炎症或纤维化的疾病。肝脏的代谢疾病包括血脂异常和葡萄糖调节的不规则性。
本公开还提供了一种siRNA,其包含或为以下任一组的正义链和反义链:
组1,正义链:5’-GUG UGC ACU UCG CUU CAC C-3’(SEQ ID NO:3);反义链:5’-AGU GAA GCG AAG UGC ACA CGG(SEQ ID NO:4);
组2,正义链:5’-CUU UUG UCU UUG GGU AUA U-3’(SEQ ID NO:5);反义链:5’-AUA UAC CCA AAG ACA AAA GAA-3’(SEQ ID NO:6);
组3,正义链:5’-UUA CCA AUU UUC UUU UGU U-3’(SEQ ID NO:7);反义链:5’-AAC AAA AGA AAA UUG GUA ACA-3’(SEQ ID NO:8);
组4,正义链:5’-CGU GUG CAC UUC GCU UCA C-3’(SEQ ID NO:9);反义链:5’-AUG AAG CGA AGU GCA CAC GGU-3’(SEQ ID NO:10);
组5,正义链:5’-UGU CUU UGG GUA UAC AUU U-3’(SEQ ID NO:11);反义链:5’-AAA UGU AUA CCC AAA GAC AAA-3’(SEQ ID NO:12);
组6,正义链:5’-CUU UUG UCU UUG GGU AUA C-3’(SEQ ID NO:13);反义链:5’-AUA UAC CCA AAG ACA AAA GAA-3’(SEQ ID NO:6);
组7,正义链:5’-CAU CUU CUU GUU GGU UCU U-3’(SEQ ID NO:14);反 义链:5’-AAG AAC CAA CAA GAA GAU GAG-3’(SEQ ID NO:15);
组8,正义链:5’-UGU CUG CGG CGU UUU AUC A-3’(SEQ ID NO:16);反义链:5’-UGA UAA AAC GCC GCA GAC ACA-3’(SEQ ID NO:17);
组9,正义链:5’-UGC ACU UCG CUU CAC CUC U-3’(SEQ ID NO:18);反义链:5’-AGA GGU GAA GCG AAG UGC ACA-3’(SEQ ID NO:19);
组10,正义链:5’-GCA CUU CGC UUC ACC UCU G-3’(SEQ ID NO:20);反义链:5’-UAG AGG UGA AGC GAA GUG CAC-3’(SEQ ID NO:21);
组11,正义链:5’-GGC GCU GAA UCC UGC GGA C-3’(SEQ ID NO:22);反义链:5’-AUC CGC AGG AUU CAG CGC CGA-3’(SEQ ID NO:23)。
本公开提供了一种siRNA,其包含形成双链区的正义链与反义链;所述反义链包含至少15个连续核苷酸,与X04615.1(HBV序列,可在GenBank中查询到)互补且相差不超过3个核苷酸;所述正义链与所述反义链互补。
本公开还提供了一种式(V)所示的化合物或其互变异构体形式,
其中:Y选自O、NH和S;
每个X独立地选自CR
4(R
4’)、S、NR
5和NH-CO,其中R
4、R
4’、R
5分别独立地为H或C
1-C
6烷基;
J
2为H或C
1-C
6烷基;
n=0、1或2;m=0、1或2;s=0或1;
R
3选自H、OH、卤素、NH
2、C
1-C
6烷基、C
1-C
6烷氧基、C
2-C
6烯基、C
2-C
6炔基、S-CH
3、NCH
3(CH
3)、OCH
2CH
2OCH
3、-O-烷基氨基和(CH
2)
pR
6;其中R
6选自OH、卤素、甲氧基、乙氧基、N
3、C
2-C
6烯基和C
2-C
6炔基,p=1、2或3;
Q’
1为
Q
2为R
2;或者Q
1为R
2,Q’
2为
其中:R
1选自H、C
1-C
6烷基、C
1-C
6烷氧基、C
2-C
6烯基、C
2-C
6炔基和(CH
2)
qR
7;其中R
7选自OH、卤素、甲氧基、乙氧基、N
3、C
2-C
6烯基和C
2-C
6炔基,q=1、2或3;
J
1为H或C
1-C
6烷基;
R
2选自H、OH、卤素、NH
2、C
1-C
6烷基、C
1-C
6烷氧基、C
2-C
6烯基、C
2-C
6炔基、S-CH
3、NCH
3(CH
3)、OCH
2CH
2OCH
3、-O-烷基氨基和(CH
2)
rR
8;其中R
8选自OH、卤素、甲氧基、乙氧基、N
3、C
2-C
6烯基和C
2-C
6炔基,r=1、2或3;
任选地,R
1和R
2直接相连成环;
B是碱基;和
W是离去基团,Z是含磷活性反应基团。
在一些实施方案中,W是MMTr或DMTr。
在一些实施方案中,Z是
在一些实施方案中,上述化合物或其互变异构体形式不是
其中W,B,Z如上所定义。
在一些实施方案中,当X为NH-CO时,R
1不是H。
在一些实施方案中,上述化合物或其互变异构体形式不是:
在一些实施方案中,上述化合物或其互变异构体形式不是:
其中Z如上所定义。
在一些实施方案中,式(V)所示的化合物或其互变异构体形式具体为:式(V-1)所示的化合物或其互变异构体形式,
其中,X、Y、W、Z、J
1、J
2、B、R
1、R
2、m、n和s如上式(V)中所定义。
在一些实施方案中,式(V)所示的化合物或其互变异构体形式具体为:式(V-2)所示的化合物或其互变异构体形式,
其中,X、Y、W、Z、J
1、J
2、B、R
1、R
2、m、n和s如上式(V)中所定义。
在一些实施方案中,上述化合物或其互变异构体形式包括但不限于:
以及它们中的腺嘌呤被置换为鸟嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶或胸腺嘧啶的那些化合物。
本公开还提供了一种式(VI)所示的化合物或其互变异构体形式,
其中:Y选自O、NH和S;
每个X独立地选自CR
4(R
4’)、S、NR
5和NH-CO,其中R
4、R
4’、R
5分别独立地为H或C
1-C
6烷基;
J
2为H或C
1-C
6烷基;
n=0、1或2;m=0、1或2;s=0或1;
R
3选自H、OH、卤素、NH
2、C
1-C
6烷基、C
1-C
6烷氧基、C
2-C
6烯基、C
2-C
6炔基、S-CH
3、NCH
3(CH
3)、OCH
2CH
2OCH
3、-O-烷基氨基和(CH
2)
pR
6;其中R
6选自OH、卤素、甲氧基、乙氧基、N
3、C
2-C
6烯基和C
2-C
6炔基,p=1、2或3;
Q”
1为
Q
2为R
2;或者Q
1为R
2,Q”
2为
其中:R
1选自H、C
1-C
6烷基、C
1-C
6烷氧基、C
2-C
6烯基、C
2-C
6炔基和(CH
2)
qR
7;其中R
7选自OH、卤素、甲氧基、乙氧基、N
3、C
2-C
6烯基和C
2-C
6炔基,q=1、2或3;
J
1为H或C
1-C
6烷基;
R
2选自H、OH、卤素、NH
2、C
1-C
6烷基、C
1-C
6烷氧基、C
2-C
6烯基、C
2-C
6 炔基、S-CH
3、NCH
3(CH
3)、OCH
2CH
2OCH
3、-O-烷基氨基和(CH
2)
rR
8;其中R
8选自OH、卤素、甲氧基、乙氧基、N
3、C
2-C
6烯基和C
2-C
6炔基,r=1、2或3;
任选地,R
1和R
2直接相连成环;
B是碱基;和
W是离去基团。
在一些实施方案中,W是MMTr或DMTr。
在一些实施方案中,上述化合物或其互变异构体形式不是
其中W和B如上所定义。
在一些实施方案中,当X为NH-CO时,R
1不是H。
在一些实施方案中,上述化合物或其互变异构体形式不是以下的化合物中的一种或多种:
在一些实施方案中,式(VI)所示的化合物或其互变异构体形式具体为:式(VI-1)所示的化合物或其互变异构体形式,
其中,X、Y、W、J
1、J
2、B、R
1、R
2、m、n和s如上式(VI)中所定义。
在一些实施方案中,式(VI)所示的化合物或其互变异构体形式具体为:式(VI-2)所示的化合物或其互变异构体、形式,
其中,X、Y、W、J
1、J
2、B、R
1、R
2、m、n和s如上式(VI)中所定义。
在一些实施方案中,上述化合物或其互变异构体形式包括但不限于:
以及它们中的腺嘌呤被置换为鸟嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶或胸腺嘧啶的那些化合物,和
以及它们中的碱基被置换为嘌呤、腺嘌呤、鸟嘌呤、2,6-二氨基嘌呤、6-二甲基氨基嘌呤、2-氨基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚或3-硝基吡咯的那些化合物。
本公开还提供了一种siRNA或siRNA缀合物,其特征在于以2’-甲氧基修饰,替换本公开任一siRNA或siRNA缀合物的反义链式(I)或(I’)所示的化学修饰或其互变异构体修饰。
本公开还提供了一种siRNA或siRNA缀合物,其特征在于本公开任一siRNA或siRNA缀合物的反义链式(I)或(I’)所示的化学修饰为2’-甲氧基修饰。
本公开还提供了一种siRNA或siRNA缀合物,所述反义链在其5’区域的第2位至第8位中的至少一个核苷酸包含修饰,所述修饰为式(I)所示的化学修饰或互变异构体修饰。
术语定义
如无特殊说明,本公开的“siRNA”、“”siRNA缀合物、“化学修饰”和“靶向配体”均可独立地以盐、混合盐或非盐(例如游离酸或游离碱)的形式存在。当以盐或混合盐的形式存在时,其可为可药用盐。
本公开中所述化合物可药用盐选自无机盐或有机盐,本公开所述化合物可与酸性或碱性物质反应成相应盐。
“与酸性物质反应成相应盐”是指能够保留游离碱的生物有效性而无其它副作用的,与无机酸或有机酸所形成的盐。无机酸盐包括但不限于盐酸盐、氢溴酸盐、 硫酸盐、硝酸盐、磷酸盐等;有机酸盐包括但不限于甲酸盐、乙酸盐、2,2-二氯乙酸盐、三氟乙酸盐、丙酸盐、己酸盐、辛酸盐、癸酸盐、十一碳烯酸盐、乙醇酸盐、葡糖酸盐、乳酸盐、癸二酸盐、己二酸盐、戊二酸盐、丙二酸盐、草酸盐、马来酸盐、琥珀酸盐、富马酸盐、酒石酸盐、柠檬酸盐、棕榈酸盐、硬脂酸盐、油酸盐、肉桂酸盐、月桂酸盐、苹果酸盐、谷氨酸盐、焦谷氨酸盐、天冬氨酸盐、苯甲酸盐、甲磺酸盐、苯磺酸盐、对甲苯磺酸盐、海藻酸盐、抗坏血酸盐、水杨酸盐、4-氨基水杨酸盐、萘二磺酸盐等。这些盐可通过本领域已知的方法制备。
“与碱性物质反应成相应盐”是指能够保持游离酸的生物有效性而无其它副作用的、与无机碱或有机碱所形成的盐。衍生自无机碱的盐包括但不限于钠盐、钾盐、锂盐、铵盐、钙盐、镁盐、铁盐、锌盐、铜盐、锰盐、铝盐等。优选的无机盐为铵盐、钠盐、钾盐、钙盐及镁盐,优选钠盐。衍生自有机碱的盐包括但不限于以下的盐:伯胺类、仲胺类及叔胺类,被取代的胺类,包括天然的被取代胺类、环状胺类及碱性离子交换树脂,例如氨、异丙胺、三甲胺、二乙胺、三乙胺、三丙胺、乙醇胺、二乙醇胺、三乙醇胺、二甲基乙醇胺、2-二甲氨基乙醇、2-二乙氨基乙醇、二环己胺、赖氨酸、精氨酸、组氨酸、咖啡因、普鲁卡因、胆碱、甜菜碱、乙二胺、葡萄糖胺、甲基葡萄糖胺、可可碱、嘌呤、哌嗪、哌啶、N-乙基哌啶、聚胺树脂等。优选的有机碱包括异丙胺、二乙胺、乙醇胺、三甲胺、二环己基胺、胆碱及咖啡因。这些盐可通过本领域已知的方法制备。
虽然为简便起见将全部上述结构式画成某些异构体形式,但是本发明可以包括所有的异构体,如互变异构体、旋转异构体、几何异构体、非对映异构体、外消旋体和对映异构体。
本公开化合物可以存在特定的几何或立体异构体形式。本公开设想所有的这类化合物,包括顺式和反式异构体、(-)-和(+)-对对映体、(R)-和(S)-对映体、非对映异构体、(D)-异构体、(L)-异构体,及其外消旋混合物和其他混合物,例如对映异构体或非对映体富集的混合物,所有这些混合物都属于本公开的范围之内。烷基等取代基中可存在另外的不对称碳原子。所有这些异构体以及它们的混合物,均包括在本公开的范围之内。
另外,本公开的化合物和中间体还可以以不同的互变异构体形式存在,并且所有这样的形式包含于本公开的范围内。术语“互变异构体”或“互变异构体形式”是指可经由低能垒互变的不同能量的结构异构体。例如,质子互变异构体(也称为质子转移互变异构体)包括经由质子迁移的互变,如酮-烯醇及亚胺-烯胺、内酰胺-内酰亚胺异构化。内酰胺-内酰亚胺平衡实例是在如下所示的A和B之间。
本发明中的所有化合物可以被画成A型或B型。所有的互变异构形式在本发明的范围内。化合物的命名不排除任何互变异构体。
本公开化合物可以是不对称的,例如,具有一个或多个立体异构体。除非另有说明,所有立体异构体都包括,如对映异构体和非对映异构体。本公开的含有不对称碳原子的化合物可以以光学活性纯的形式或外消旋形式被分离出来。光学活性纯的形式可以从外消旋混合物拆分,或通过使用手性原料或手性试剂合成。
可以通过的手性合成或手性试剂或者其他常规技术制备光学活性的(R)-和(S)-异构体以及D和L异构体。如果想得到本公开某化合物的一种对映体,可以通过不对称合成或者具有手性助剂的衍生作用来制备,其中将所得非对映体混合物分离,并且辅助基团裂开以提供纯的所需对映异构体。或者,当分子中含有碱性官能团(如氨基)或酸性官能团(如羧基)时,与适当的光学活性的酸或碱形成非对映异构体的盐,然后通过本领域所公知的常规方法进行非对映异构体拆分,然后回收得到纯的对映体。此外,对映异构体和非对映异构体的分离通常是通过使用色谱法完成的,所述色谱法采用手性固定相,并任选地与化学衍生法相结合(例如由胺生成氨基甲酸盐)。
本公开还包括一些与本文中记载的那些相同的,但一个或多个原子被原子量或质量数不同于自然中通常发现的原子量或质量数的原子置换的同位素标记的本公开化合物。可结合到本公开化合物的同位素的实例包括氢、碳、氮、氧、磷、硫、氟、碘和氯的同位素,诸如分别为
2H、
3H、
11C、
13C、
14C、
13N、
15N、
15O、
17O、
18O、
31P、
32P、
35S、
18F、
123I、
125I和
36Cl等。
除另有说明,当一个位置被特别地指定为氘(D)时,该位置应理解为具有大于氘的天然丰度(其为0.015%)至少1000倍的丰度的氘(即,至少10%的氘掺入)。示例中化合物的具有大于氘的天然丰度可以是至少1000倍的丰度的氘、至少2000倍的丰度的氘、至少3000倍的丰度的氘、至少4000倍的丰度的氘、至少5000倍的丰度的氘、至少6000倍的丰度的氘或更高丰度的氘。本公开还包括各种氘化形式的式I化合物。与碳原子连接的各个可用的氢原子可独立地被氘原子替换。本领域技术人员能够参考相关文献合成氘化形式的式I化合物。在制备氘代形式的式I化合物时可使用市售的氘代起始物质,或它们可使用常规技术采用氘代试剂合成,氘代试剂包括但不限于氘代硼烷、三氘代硼烷四氢呋喃溶液、氘代氢化锂铝、氘代碘乙烷和氘代碘甲烷等。
“任选地”或“任选”是指意味着随后所描述的事件或环境可以但不必发生,该说 明包括该事件或环境发生或不发生的场合。例如“任选的被卤素或者氰基取代的C
1-6烷基”是指卤素或者氰基可以但不必须存在,该说明包括烷基被卤素或者氰基取代的情形和烷基不被卤素和氰基取代的情形。
本发明所述化合物的化学结构中,键
表示未指定构型,即如果化学结构中存在手性异构体,键
可以为
或
或者同时包含
和
两种构型。虽然为简便起见将全部上述结构式画成某些异构体形式,但是本发明可以包括所有的异构体,如互变异构体、旋转异构体、几何异构体、非对映异构体、外消旋体和对映异构体。本公开所述化合物的化学结构中,键
并未指定构型,即键
的构型可以为E型或Z型,或者同时包含E和Z两种构型。
术语“约”、“大约”是指数值在由本领域一般技术人员所测定的具体值的可接受误差范围内,所述数值部分取决于怎样测量或测定(即测量体系的限度)。例如,“约”可意味着在1内或超过1的标准差。或者,“约”或“基本上包含”可意味着至多20%的范围,例如1%至15%之间、在1%至10%之间、在1%至5%之间、在0.5%至5%之间、在0.5%至1%之间变化,本公开中,数字或数值范围之前有术语“约”的每种情况也包括给定数的实施方案。除非另外说明,否则当具体值在本公开中出现时,“约”或“基本上包含”的含义应为在该具体值的可接受误差范围内。
公开中数值为仪器测量值或仪器测量后计算值,存在一定程度的误差,一般而言,正负10%均属于合理误差范围内。当然需要考虑该数值所用之处的上下文,例如,总杂质的含量,该数值为测量后误差变化不超过正负10%,可以为正负9%、正负8%、正负7%、正负6%、正负5%、正负4%、正负3%、正负2%或正负1%,优选正负5%。
如本文所使用的,在RNA介导的基因沉默的情形中,siRNA的正义链(又称SS、SS链或有义链)是指包含与靶mRNA序列相同或基本上相同的序列的链;siRNA的反义链(又称AS或AS链)是指具有与靶mRNA序列互补的序列的链。
术语“互补”或“反向互补”一词可互相替代使用,并具有本领域技术人员周知的含义,即,在双链核酸分子中,一条链的碱基与另一条链上的碱基以互补的方式相配对。在DNA中,嘌呤碱基腺嘌呤(A)始终与嘧啶碱基胸腺嘧啶(T)(或者在RNA中为尿嘧啶(U))相配对;嘌呤碱基鸟嘌呤(C)始终与嘧啶碱基胞嘧啶(G)相配对。每个碱基对都包括一个嘌呤和一个嘧啶。当一条链上的腺嘌呤始终与另一条链上的胸腺嘧啶(或尿嘧啶)配对,以及鸟嘌呤始终与胞嘧啶配对时,两条链被认为是彼此相互补的,以及从其互补链的序列中可以推断出该链的序列。与此相应地,“错配”在本领域中意指在双链核酸中,对应位置上的碱基并未以互补的形式配对存在。
术语“碱基”包含任何已知的DNA和RNA碱基、碱基类似物,例如嘌呤或嘧啶,其还包括天然化合物腺嘌呤、胸腺嘧啶、鸟嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、次黄苷 和天然类似物。
术语“碱基类似物”是指位于可并入核酸双链体中的经过修饰的核苷酸中核苷酸糖部分的1’位(或可并入核酸双链体中的核苷酸糖部分取代物的等效位置)的杂环部分。在本公开中,碱基类似物一般为嘌呤或嘧啶碱基,不包括常见碱基:鸟嘌呤(G)、胞嘧啶(C)、腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)和尿嘧啶(U)。碱基的非限制性实例包括次黄嘌呤(I)、黄嘌呤(X)、3β-D-呋喃核糖基-(2,6-二氨基嘧啶)(K)、3-β-D-呋喃核糖基-(1-甲基-吡唑并[4,3-d]嘧啶-5,7(4H,6H)-二酮)(P)、异胞嘧啶(iso-C)、异鸟嘌呤(iso-G)、1-β-D-呋喃核糖基-(5-硝基吲哚)、1-β-D-呋喃核糖基-(3-硝基吡咯)、5-溴尿嘧啶、2-氨基嘌呤、4-硫代-dT、7-(2-噻吩基)-咪唑并[4,5-b]吡啶(Ds)和吡咯-2-甲醛(Pa)、2-氨基-6-(2-噻吩基)嘌呤(S)、2-氧代吡啶(Y)、二氟甲苯基、4-氟-6-甲基苯并咪唑、4-甲基苯并咪唑、3-甲基羟基异喹啉基、5-甲基羟基异喹啉基和3-甲基-7-丙炔基羟基异喹啉基、7-氮杂吲哚基、6-甲基-7-氮杂吲哚基、咪唑并吡啶基、9-甲基-咪唑并吡啶基、吡咯并吡嗪基、羟基异喹啉基、7-丙炔基羟基异喹啉基、丙炔基-7-氮杂吲哚基、2,4,5-三甲基苯基、4-甲基吲哚基、4,6-二甲基吲哚基、苯基、萘基、蒽基、菲基、芘基、茋基(stilbenzyl)、并四苯基、并五苯基和其结构衍生物。碱基类似物还可以是通用碱基。
术语“通用碱基”是指位于经过修饰的核苷酸中核苷酸糖部分的1′位或核苷酸糖部分取代物中等效位置的杂环部分,该杂环部分当存在于核酸双链体中时,可与一种以上碱基相对定位,同时不改变双螺旋结构(例如,磷酸骨架的结构)。此外,通用碱基不会破坏其所驻留的单链核酸与靶核酸形成双链体的能力。含有通用碱基的单链核酸与靶核酸形成双链体的能力可通过本领域技术人员显而易见的方法测定(例如,UV吸光度、圆二色性、凝胶迁移法、单链核酸酶敏感性等)。另外,可以改变能观察到双链体形成的条件,以确定双链体稳定性或形成,例如,温度,如解链温度(Tm),与核酸双链体稳定性相关。相较于与靶核酸精确互补的参考单链核酸,含有通用碱基的单链核酸与靶核酸形成的双链体的Tm低于与互补核酸形成的双链体。然而,与其中通用碱基被碱基置换而产生单一错配的参考单链核酸相比较,含有通用碱基的单链核酸与靶核酸形成的双链体的Tm高于用具有错配碱基的核酸形成的双链体。
一些通用碱基能够通过在通用碱基与所有碱基鸟嘌呤(G)、胞嘧啶(C)、腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)和尿嘧啶(U)在碱基配对条件下形成氢键,来实现碱基配对。通用碱基不是只与单一互补碱基形成碱基对的碱基。在双链体中,通用碱基可与双链体相对链上与之相对的G、C、A、T和U中每一者不形成氢键、形成一个氢键或形成一个以上氢键。在一些实施方案中,通用碱基不与双链体相对链上与之相对的碱基相互作用。在双链体中,与通用碱基之间发生的碱基配对不会改变磷酸骨架的双螺旋结构。通用碱基也可以借助堆叠相互作用与相同核酸链上的相邻核 苷酸中的碱基相互作用。这种堆叠相互作用可使双链体稳定,尤其是在通用碱基不与双链体相对链上与之相对定位的碱基形成任何氢键的情形中。通用结合核苷酸的非限制性实例包括肌苷、1-β-D-呋喃核糖基-5-硝基吲哚和/或1-β-D-呋喃核糖基-3-硝基吡咯。
“G”、“C”、“A”、“T”和“U”分别一般代表核苷酸,其分别包含鸟苷、胞苷、腺苷、胸苷和尿苷的碱基。
术语“平端”或“平末端”可互换使用,是指在siRNA的给定的末端没有非配对的核苷酸或核苷酸类似物,即,没有核苷酸突出。大多数情况下,两个末端都是平末端的siRNA将在其整个长度范围内是双链的。
术语“突出端”是指至少一个未配对的核苷酸从siRNA双螺旋结构中突出。例如:当siRNA中一链的3’端超过另一链5’端,或反之亦然时,即有一个核苷酸突出端。siRNA可包含含有至少一个核苷酸的突出端;可替代地,该突出端可包含至少两个核苷酸、至少三个核苷酸、至少四个核苷酸、至少五个核苷酸或更多个。核苷酸突出端可包含或其组成可为核苷酸/核苷类似物,包括脱氧核苷酸/核苷。该(等)突出端可位于正义链、反义链或其任何组合。此外,突出端的核苷酸(群)可出现在siRNA的反义或正义链的5’-端、3’-端或两个末端。
本公开中,正义链或反义链的“5’区域”也即“5’端”,两者可替换使用。例如反义链5’区域的第2位至第8位的核苷酸,也可替换为反义链5’端的第2位至第8位的核苷酸。同理,正义链或反义链的“3’区域”和“3’端”也可替换使用。
本公开上下文中,术语“化学修饰”或“修饰”包括核苷酸经化学手段的所有改变,例如化学部分的添加或去除、或以一个化学部分取代另一个化学部分。
术语“2’-氟代修饰的核苷酸”指核苷酸的核糖基2'位的羟基被氟取代形成的核苷酸,“非氟代修饰的核苷酸”指核苷酸的核糖基2'位的羟基被非氟基团取代形成的核苷酸或核苷酸类似物,“核苷酸类似物”指能够在核酸中代替核苷酸,但结构不同于腺嘌呤核糖核苷酸、鸟嘌呤核糖核苷酸、胞嘧啶核糖核苷酸、尿嘧啶核糖核苷酸或胸腺嘧啶脱氧核糖核苷酸的基团。如异核苷酸、桥联的核苷酸(bridged nucleic acid,简称BNA)或无环核苷酸。所述甲氧基修饰的核苷酸指核糖基的2'-羟基被甲氧基取代而形成的核苷酸。异核苷酸是指核苷酸中碱基在核糖环上的位置发生改变而形成的化合物。在一些实施方式中,异核苷酸可以是碱基从核糖环的1'-位移动至2'-位或3'-位而形成的化合物。BNA是指受约束的或不能接近的核苷酸。BNA可以含有五元环、六元环、或七元环的具有“固定的”C3'-内切糖缩拢的桥联结构。通常将该桥掺入到该核糖的2'-、4'-位处以提供一个2',4'-BNA核苷酸。在一些实施方式中,BNA可以是LNA、ENA、cET BNA等。无环核苷酸是核苷酸的糖环被打开形成的一类核苷酸。在一些实施方式中,无环核苷酸可以是解锁核酸(UNA)或甘油核酸(GNA)。
术语“抑制”,可以与“减少”、“沉默”、“下调”、“阻抑”和其他类似术语交替使用,并且包括任何水平的抑制。抑制可通过这些变量中的一个或多个与对照水平相比的绝对或相对水平的减少来评估。该对照水平可以是本领域中使用的任何类型的对照水平,例如给药前基线水平或从类似的未经处理或经对照(例如仅缓冲液对照或惰性剂对照)处理的受试者、细胞、或样品确定的水平。例如,可以采用mRNA剩余表达量来表征siRNA对靶基因表达的抑制程度,如mRNA剩余表达量为不高于99%、不高于95%、不高于90%、不高于85%、不高于80%、不高于75%、不高于70%、不高于65%、不高于60%、不高于55%、不高于50%、不高于45%、不高于40%、不高于35%、不高于30%、不高于25%、不高于20%、不高于15%、或不高于10%。靶基因表达的抑制率可以采用
Luciferase Assay System检测,分别读取萤火虫(Firefly)化学发光值和海肾(Renilla)化学发光值,计算相对值Ratio=Ren/Fir,抑制率(%)=1-(Ratio+siRNA/Ratioreporter only)*100%;本公开中,剩余mRNA表达量比例(或剩余活性%)=100%-抑制率(%)。
术语“有效量”或“有效剂量”指指获得任一种或多种有益的或所需的治疗结果所必需的药物、化合物或药物组合物的量。对于预防用途,有益的或所需的结果包括消除或降低风险、减轻严重性或延迟病症的发作,包括病症、其并发症和在病症的发展过程中呈现的中间病理表型的生物化学、组织学和/或行为症状。对于治疗应用,有益的或所需的结果包括临床结果,诸如减少各种本公开靶基因、靶mRNA或靶蛋白相关病症的发病率或改善所述病症的一个或更多个症状,减少治疗病症所需的其它药剂的剂量,增强另一种药剂的疗效,和/或延缓患者的本公开靶基因、靶mRNA或靶蛋白相关病症的进展。
术语“对象”、“患者”、“受试者”或“个体”可互换使用,包括人类或者非人类动物,例如哺乳动物,例如人或猴。
本公开提供的siRNA可以通过本领域常规的制备方法(例如固相合成和液相合成的方法)得到。其中,固相合成已经有商业化订制服务。可以通过使用具有相应修饰的核苷单体来将修饰的核苷酸基团引入本公开所述的siRNA中,制备具有相应修饰的核苷单体的方法及将修饰的核苷酸基团引入siRNA的方法也是本领域技术人员所熟知的。
术语“药物组合物”表示含有一种或多种本文所述化合物或其生理学上可药用的盐或前体药物与其他化学组分的混合物,以及其他组分例如生理学可药用的载体和赋形剂。药物组合物的目的是促进对生物体的给药,利于活性成分的吸收进而发挥生物活性。
术语“可药用赋形剂”或“药学上可接受的赋形剂”包括但不限于任何已经被美国食品和药物管理局批准对于人类或家畜动物使用可接受的任何助剂、载体、赋形剂、助流剂、甜味剂、稀释剂、防腐剂、染料/着色剂、增香剂、表面活性剂、 润湿剂、分散剂、助悬剂、稳定剂、等渗剂、溶剂或乳化剂。
术语“有效量”或“有效治疗量”包含足以改善或预防医学病症的症状或病症的量。有效量还意指足以允许或促进诊断的量。用于特定患者或兽医学受试者的有效量可依据以下因素而变化:如待治疗的病症、患者的总体健康情况、给药的方法途径和剂量以及副作用严重性。有效量可以是避免显著副作用或毒性作用的最大剂量或给药方案。
术语“乙型肝炎病毒相关疾病”或“HBV相关疾病”是指由HBV感染和/或复制引起或与其相关的疾病或病症。本文所采用术语“HBV相关疾病”包括可因降低HBV基因表达和/或复制而受益的疾病、病症或症状。HBV相关疾病的非限制性实例包括例如:D型肝炎病毒感染、δ型(delta)肝炎、急性B型肝炎;急性暴发性B型肝炎;慢性B型肝炎;肝纤维化;末期肝病;肝细胞癌。
术语“烷基”指饱和脂肪族烃基团,其为包含1至20个碳原子的直链或支链基团,在一些实施方案中选自含有1至12个碳原子的烷基。非限制性实例包括甲基、乙基、正丙基、异丙基、正丁基、异丁基、叔丁基、仲丁基、正戊基、1,1-二甲基丙基、1,2-二甲基丙基、2,2-二甲基丙基、1-乙基丙基、2-甲基丁基、3-甲基丁基、正己基、1-乙基-2-甲基丙基、1,1,2-三甲基丙基、1,1-二甲基丁基、1,2-二甲基丁基、2,2-二甲基丁基、1,3-二甲基丁基、2-乙基丁基、2-甲基戊基、3-甲基戊基、4-甲基戊基、2,3-二甲基丁基、正庚基、2-甲基己基、3-甲基己基、4-甲基己基、5-甲基己基、2,3-二甲基戊基、2,4-二甲基戊基、2,2-二甲基戊基、3,3-二甲基戊基、2-乙基戊基、3-乙基戊基、正辛基、2,3-二甲基己基、2,4-二甲基己基、2,5-二甲基己基、2,2-二甲基己基、3,3-二甲基己基、4,4-二甲基己基、2-乙基己基、3-乙基己基、4-乙基己基、2-甲基-2-乙基戊基、2-甲基-3-乙基戊基、正壬基、2-甲基-2-乙基己基、2-甲基-3-乙基己基、2,2-二乙基戊基、正癸基、3,3-二乙基己基、2,2-二乙基己基,及其各种支链异构体等。在一些实施方案中选自含有1至6个碳原子的烷基,非限制性实施例包括甲基、乙基、正丙基、异丙基、正丁基、异丁基、叔丁基、仲丁基、正戊基、1,1-二甲基丙基、1,2-二甲基丙基、2,2-二甲基丙基、1-乙基丙基、2-甲基丁基、3-甲基丁基、正己基、1-乙基-2-甲基丙基、1,1,2-三甲基丙基、1,1-二甲基丁基、1,2-二甲基丁基、2,2-二甲基丁基、1,3-二甲基丁基、2-乙基丁基、2-甲基戊基、3-甲基戊基、4-甲基戊基、2,3-二甲基丁基等。烷基可以是取代的或非取代的,当被取代时,取代基可以在任何可使用的连接点上被取代,所述取代基在一些实施方案中选自一个或多个以下基团,其独立地选自烷基、烯基、炔基、烷氧基、烷硫基、烷基氨基、卤素、巯基、羟基、硝基、氰基、环烷基、杂环烷基、芳基、杂芳基、环烷氧基、杂环烷氧基、环烷硫基、杂环烷硫基、氧代基、羧基或羧酸酯基。
术语“烷氧基”指-O-(烷基)和-O-(非取代的环烷基),其中烷基的定义如上所述。 烷氧基的非限制性实例包括:甲氧基、乙氧基、丙氧基、丁氧基、环丙氧基、环丁氧基、环戊氧基、环己氧基。烷氧基可以是任选取代的或非取代的,当被取代时,取代基在一些实施方案中选自一个或多个以下基团,其独立地选自卤素、氘、羟基、氧代、硝基、氰基、C
1-6烷基、C
1-6烷氧基、C
2-6烯氧基、C
2-6炔氧基、C
3-6环烷氧基、3至6元杂环烷氧基、C
3-8环烯氧基、5至6元芳基或杂芳基,所述C
1-6烷基、C
1-6烷氧基、C
2-6烯氧基、C
2-6炔氧基、C
3-6环烷氧基、3至6元杂环烷氧基、C
3-8环烯氧基、5至6元芳基或杂芳基任选被一个或多个选自卤素、氘、羟基、氧代、硝基、氰基所取代。同理,“炔氧基”、“烯氧基”、“环烷氧基”、“杂环烷氧基”、“环烯氧基”的定义如上述“烷氧基”定义。
术语“烯基”指直链或支链的非芳香族烃基,其含有至少一个碳-碳双键,并且具有2-10个碳原子。在这样的基团中可以存在多达5个碳-碳双键。例如,“C
2-C
6”烯基被定义为具有2-6个碳原子的烯基。烯基的示例包括但不限于:乙烯基、丙烯基、丁烯基和环己烯基。烯基的直链、支链或环状部分可以含有双键,并且在正常化合价所允许的任何位置任选地被单-、二-、三-、四-或五-取代。
术语“环烯基”表示具有特定数量的碳原子和至少一个碳-碳双键的单环烃基。
术语“炔基”指直链或支链的烃基,其含有2-10个碳原子并且含有至少一个碳-碳三键。可以存在多达5个碳-碳三键。因此,“C
2-C
6炔基”表示具有2-6个碳原子的烯基。炔基的示例包括但不限于:乙炔基、2-丙炔基和2-丁炔基。炔基的直链、支链部分可以含有正常化合价所允许的三键,并且在正常化合价所允许的任何位置任选地被单-、二-、三-、四-或五-取代。
术语“酮”指代本文所述通过羰基桥连接的任何烷基、烯基、炔基、环烷基、环烯基、杂环基、杂芳基或芳基。酮基的示例包括但不限于:烷酰基(例如,乙酰基,丙酰基,丁酰基,戊酰基,己酰基),烯酰基(例如,丙烯酰基)炔酰基(例如,乙炔酰基,丙炔酰基,丁炔酰基,戊炔酰基,己炔酰基),芳酰基(例如,苯甲酰基),杂芳酰基(例如,吡咯酰基,咪唑酰基,喹啉酰基,吡啶酰基)。
术语“烷氧基羰基”指通过羰基桥连接的上述定义的任何烷氧基(即,-C(O)O-烷基)。烷氧基羰基的示例包括但不限于:甲氧基羰基,乙氧基羰基,异丙氧基羰基,正丙氧基羰基,叔丁氧基羰基,苄氧基羰基或正戊氧基羰基。
术语“芳氧基羰基”指通过氧羰基桥连接的上述定义的任何芳基(即,-C(O)O-芳基)。芳氧基羰基的例子包括但不限于:苯氧基羰基和萘氧基羰基。
术语“杂芳氧基羰基”指通过氧基羰基桥连接的上述定义的任何杂芳基(即,-C(O)O-杂芳基)。杂芳基氧基羰基的示例包括但不限于:2-吡啶氧基羰基,2-噁唑基氧基羰基,4-噻唑基氧基羰基或嘧啶基氧基羰基。
术语“环烷基”或“碳环”指饱和或部分不饱和单环或多环环状烃取代基,环烷基环包含3至20个碳原子,在一些实施方案中包含3至7个碳原子。单环环烷基的 非限制性实例包括环丙基、环丁基、环戊基、环戊烯基、环己基、环己烯基、环己二烯基等;多环环烷基包括螺环、稠环和桥环的环烷基。环烷基可以是取代的或未取代的,当被取代时,取代基可以在任何可使用的连接点上被取代,在一些实施方案中选自一个或多个以下基团,独立地选自卤素、氘、羟基、氧代、硝基、氰基、C
1-6烷基、C
1-6烷氧基、C
2-6烯氧基、C
2-6炔氧基、C
3-6环烷氧基、3至6元杂环烷氧基、C
3-8环烯氧基、5至6元芳基或杂芳基,所述C
1-6烷基、C
1-6烷氧基、C
2-6烯氧基、C
2-6炔氧基、C
3-6环烷氧基、3至6元杂环烷氧基、C
3-8环烯氧基、5至6元芳基或杂芳基任选被一个或多个选自卤素、氘、羟基、氧代、硝基、氰基所取代。
所述环烷基环可以稠合于芳基或杂芳基环上,其中与母体结构连接在一起的环为环烷基,非限制性实例包括茚满基、四氢萘基、苯并环庚烷基等。环烷基可以是任选取代的或非取代的,当被取代时,取代基在一些实施方案中选自一个或多个以下基团,其独立地选自卤素、氘、羟基、氧代、硝基、氰基、C
1-6烷基、C
1-6烷氧基、C
2-6烯氧基、C
2-6炔氧基、C
3-6环烷氧基、3至6元杂环烷氧基、C
3-8环烯氧基、5至6元芳基或杂芳基,所述C
1-6烷基、C
1-6烷氧基、C
2-6烯氧基、C
2-6炔氧基、C
3-6环烷氧基、3至6元杂环烷氧基、C
3-8环烯氧基、5至6元芳基或杂芳基任选被一个或多个选自卤素、氘、羟基、氧代、硝基、氰基所取代。
术语“杂环烷基”或“杂环”或“杂环基”指饱和或部分不饱和单环或多环环状烃取代基,其包含3至20个环原子,其中一个或多个环原子为选自氮、氧或S(O)
m(其中m是整数0至2)的杂原子,但不包括-O-O-、-O-S-或-S-S-的环部分,其余环原子为碳。在一些实施方案中选自包含3至12个环原子,其中1~4个是杂原子;在一些实施方案中包含3至7个环原子。单环杂环烷基的非限制性实例包括吡咯烷基、咪唑烷基、四氢呋喃基、四氢噻吩基、二氢咪唑基、二氢呋喃基、二氢吡唑基、二氢吡咯基、哌啶基、哌嗪基、吗啉基、硫代吗啉基、高哌嗪基等。多环杂环烷基包括螺环、稠环和桥环的杂环烷基。“杂环烷基”非限制性实例包括:
等。
所述杂环烷基环可以稠合于芳基或杂芳基环上,其中与母体结构连接在一起的环为杂环烷基,其非限制性实例包括:
等。
杂环烷基可以是任选取代的或非取代的,当被取代时,取代基在一些实施方案中选自一个或多个以下基团,其独立地选自卤素、氘、羟基、氧代、硝基、氰基、C
1-6烷基、C
1-6烷氧基、C
2-6烯氧基、C
2-6炔氧基、C
3-6环烷氧基、3至6元杂环烷氧基、C
3-8环烯氧基、5至6元芳基或杂芳基,所述C
1-6烷基、C
1-6烷氧基、C
2-6烯氧基、C
2-6炔氧基、C
3-6环烷氧基、3至6元杂环烷氧基、C
3-8环烯氧基、5至6元芳基或杂芳基任选被一个或多个选自卤素、氘、羟基、氧代、硝基、氰基所取代。
术语“芳基”指具有共轭的π电子体系的6至14元全碳单环或稠合多环(也就是共享毗邻碳原子对的环)基团,在一些实施方案中选自6至12元,例如苯基和萘基。所述芳基环可以稠合于杂芳基、杂环烷基或环烷基环上,其中与母体结构连接在一起的环为芳基环,其非限制性实例包括:
芳基可以是取代的或非取代的,当被取代时,取代基在一些实施方案中选自一个或多个以下基团,其独立地选自卤素、氘、羟基、氧代、硝基、氰基、C
1-6烷基、C
1-6烷氧基、C
2-6烯氧基、C
2-6炔氧基、C
3-6环烷氧基、3至6元杂环烷氧基、C
3-8环烯氧基、5至6元芳基或杂芳基,所述C
1-6烷基、C
1-6烷氧基、C
2-6烯氧基、C
2-6炔氧基、C
3-6环烷氧基、3至6元杂环烷氧基、C
3-8环烯氧基、5至6元芳基或杂芳基任选被一个或多个选自卤素、氘、羟基、氧代、硝基、氰基所取代。
术语“杂芳基”指包含1至4个杂原子、5至14个环原子的杂芳族体系,其中杂原子选自氧、硫和氮。杂芳基在一些实施方案中选自6至12元,在一些实施方 案中选自5元或6元。例如,其非限制性实例包括:咪唑基、呋喃基、噻吩基、噻唑基、吡唑基、噁唑基(oxazolyl)、异噁唑基(isoxazolyl)、吡咯基、四唑基、吡啶基、嘧啶基、噻二唑、吡嗪基、三唑基、吲唑基、苯并咪唑基、
等。
所述杂芳基环可以稠合于芳基、杂环烷基或环烷基环上,其中与母体结构连接在一起的环为杂芳基环,其非限制性实例包括:
杂芳基可以是任选取代的或非取代的,当被取代时,取代基在一些实施方案中选自一个或多个以下基团,其独立地选自卤素、氘、羟基、氧代、硝基、氰基、C
1-6烷基、C
1-6烷氧基、C
2-6烯氧基、C
2-6炔氧基、C
3-6环烷氧基、3至6元杂环烷氧基、C
3-8环烯氧基、5至6元芳基或杂芳基,所述C
1-6烷基、C
1-6烷氧基、C
2-6烯氧基、C
2-6炔氧基、C
3-6环烷氧基、3至6元杂环烷氧基、C
3-8环烯氧基、5至6元芳基或杂芳基任选被一个或多个选自卤素、氘、羟基、氧代、硝基、氰基所取代。
术语“羟基”指-OH基团。
术语“卤素”指氟、氯、溴或碘。
术语“卤代烷基”指被卤素取代的烷基,其中烷基如上所定义。
术语“氰基”指-CN。
术语“硝基”指-NO
2。
术语“氧代”指=O基团,例如,碳原子与氧原子通过双键连接,其中形成酮或醛基。
术语“氨基”指-NH
2。
术语“羧基”指-C(O)OH。
术语“醛基”指-CHO。
在本公开的化学结构式中,
或
其可以根据本文所述发明范围连接一个或多个任何基团;星号“*”表示手性中心。
本公开中,术语“包含”可替换为“选自”。
本公开中,“磷酸酯基”和“磷酸酯基团”可替换使用,其可为磷酸一酯基、磷酸二酯基或磷酸三酯基;若无特别说明,天然核苷间键磷酸酯基为磷酸二酯基。
本公开中,“硫代磷酸酯基”和“硫代磷酸酯基团”可替换使用,是指一个非桥接氧原子被硫原子替代而修饰的磷酸二酯基,可用
(M为S原子)表示,两者可替换使用。
本公开上下文中,基团
中的
部分可以替换为能够与相邻核苷酸实现连接的任意基团。
术语“连接”,当表示两个分子之间的联系时,指两个分子通过共价键连接或者两个分子经由非共价键(例如,氢键或离子键)关联。
术语“直接连接”指第一化合物或基团与第二化合物或基团在没有任何间插原子或原子基团的情况下连接。
术语“间接连接”指第一化合物或基团与第二化合物或基团通过中间基团、化合物或分子(例如,连接基团)连接。
术语“取代的”表示指定原子(通常是碳、氧和氮原子)上的任何一个或多个氢原子被本文所限定的任何基团所替代,条件是不超过所述指定原子的正常化合价并且取代生成稳定化合物。取代基的非限制性示例包括C1-C6烷基、C2-C6烯基、C2-C6炔基、氰基、羟基、氧代基、羧基、环烷基、环烯基、杂环基、杂芳基、芳基、酮、烷氧基羰基、芳氧基羰基、杂芳氧基羰基或卤素(例如,F、Cl、Br、I)。当取代基是酮或氧代(即,=O)时,则原子上有两个(2个)氢被替代。
“被一个或多个……取代”是指可以被单个或多个取代基取代。当被多个取代基取代时,可以是复数个相同取代基,也可以是一个或复数个不同取代基的组合。
本公开中,SEQ ID NO:1序列为(5’-3’):
本公开中,SEQ ID NO:2序列为(5’-3’):
图1.GalNAc缀合siRNA对于鼠原代肝细胞mTTR基因抑制活性;
图2.GalNAc缀合siRNA对于小鼠mTTR基因的体内抑制活性。
为了更容易理解本公开,以下具体定义了一些技术和科学术语。除非在本文中另有明确定义,本文使用的所有其它技术和科学术语都具有本公开所属领域的一般技术人员通常理解的含义。
本公开中的一些缩略语定义如下:
DCE:二氯乙烷;
Sc(OTf)
3:三氟甲烷磺酸钪;
TFH:四氢呋喃;
Pd/C:钯-碳;
TFA:三氟乙酸;
DMF:二甲基甲酰胺;
DIPEA:N-乙基二异丙基胺;
HoBt:1-羟基苯并三唑;
EDCI:1-乙基-(3-二甲基氨基丙基)碳酰二亚胺盐酸盐;
DMTrCl:4,4'-双甲氧基三苯甲基氯;
DIEA:N,N-二异丙基乙胺;
HATU:2-(7-氮杂苯并三氮唑)-N,N,N',N'-四甲基脲六氟磷酸酯;
LiOH:氢氧化锂;
DMAP:4-二甲氨基吡啶;
HBTU:苯并三氮唑-N,N,N',N'-四甲基脲六氟磷酸盐;
DMTrCl:1-[氯(4-甲氧基苯基)苄基]-4-甲氧基苯;
CF
3SO
3H:三氟甲磺酸;
BnBr:溴化苄;
DEPBT:3-(二乙氧基磷酰氧基)-1,2,3-苯并三嗪-4-酮;
Bz:苯甲酰基保护基;
MMTr:甲氧基苯基二苯甲基;
DMTr:二甲氧三苯甲基保护基。
实施例
以下结合实施例进一步描述本公开,但这些实施例并非限制着本公开的范围。本公开实施例中未注明具体条件的实验方法,通常按照常规条件,如冷泉港的抗体技术实验手册,分子克隆手册;或按照原料或商品制造厂商所建议的条件。未注明具体来源的试剂,为市场购买的常规试剂。
一、式(I)化学修饰的制备和活性评价
实施例1 化学修饰的制备
1.1合成化合物1-1a和化合物1-1b
将化合物1(500mg,3.42mmol)和三乙胺(Et
3N,692mg,6.84mmol,0.95mL)溶于二氯甲烷(DCM,10mL)中,冰浴下滴加4-甲苯磺酰氯(TsCl,717mg,3.76mmol)的二氯甲烷(10mL)溶液,滴加完毕后反应在室温下搅拌过夜,待反应完毕后,用水淬灭,水相用二氯甲烷(15mL)提取三次,合并的有机相先用饱和碳酸氢钠水溶液(10mL)洗涤,再用饱和食盐水(20mL)洗涤,随后减压蒸干溶剂得到粗品2(820mg,80%),直接用于下一步反应。MS m/z:C
14H
21O
5S,[M+H]
+理论:301.10实测:301.2。
将化合物3(239mg,1.22mmol)溶解于二甲基甲酰胺(DMF,10mL)中,冰浴下加入NaH(60%溶解在矿物油中,93mg,2.33mmol)溶液,该反应下搅拌30分钟,然后滴加化合物2(350mg,1.16mmol),滴加完毕后反应在60℃下搅拌5小时,反应完毕后,加水淬灭,水相用乙酸乙酯(15mL)提取三次,合并的有机相先用水(10mL)洗涤三次,再用饱和食盐水(10mL)洗涤,随后减压蒸干溶剂,经反相制备HPLC(C
18,条件:5-50%(A:H
2O,B:CH
3CN),流速:70mL/min),冻干后得到220mg化合物4。MS m/z:C
19H
21N
5O
3Na,[M+Na]
+理论:390.16,实测:390.3。
室温下将化合物4(1.50g,4.08mmol)溶解于20mL的醋酸和水(4:1)的混合溶液中,60℃下搅拌30分钟,待反应完毕后减压蒸干溶剂,经反相制备HPLC(C
18,条件:5-25%(A:H
2O,B:CH
3CN),流速:70mL/min),冻干后得到1.10g化合物5。MS m/z:C
16H
18N
5O
3,[M+H]
+理论:328.13,实测:328.4。
将化合物5(1.00g,3.05mmol)溶于吡啶(Py,10mL)中,冰浴下滴4,4'-双甲氧基三苯甲基氯(DMTrCl,1.50g,4.58mmol)的吡啶(5mL)溶液,滴加完毕后反应在室温下搅拌过夜,待反应完毕后,用水淬灭,减压蒸干溶剂,经反相制备HPLC(C
18,条件:5-80%(A:H
2O,B:CH
3CN),流速:70mL/min),冻干后得到1.00g化合物6。MS m/z:C
37H
36N
5O
5,[M-H]
+理论:630.26,实测:630.5。消旋体化合物6经手性柱(Daicel
IE 250*4.6mm,5μm,A:正己烷,B:乙醇)拆分得410mg 6A(-)和435mg 6B(+)。
将化合物6A(-)(200mg,0.32mmol),四氮唑(11mg,0.16mmol),N-甲基咪唑(5mg,0.06mmol),3A分子筛(500mg)溶于10mL的乙腈中,室温下加入化合物7(144mg,0.48mmol),在室温下搅拌过夜。反应完毕后,将分子筛过滤掉,加入二氯甲烷(30mL),饱和碳酸氢钠水溶液(10mL)洗涤三次,再用饱和食盐水(20mL)洗涤,滤液旋干并经反相制备HPLC(C
18,条件:5-100%(A:水,B:CH
3CN),流速:70mL/min),冻干后得到200mg化合物1-1a。MS m/z:C
40H
39N
6O
7P,[M-二异丙 基+OH]
+理论:747.26,实测:747.6。1H NMR(400MHz,Acetonitrile-d
3)δ7.56,7.54(2s,1H),7.36-7.27(m,2H),7.24-7.21(m,7H),6.83-6.80(m,4H),4.12-4.10(m,2H),3.75-3.68(m,10H),3.20-2.80(m,2H),2.68-2.54(m,4H),1.22-1.04(m,18H).
将化合物6B(+)(200mg,0.32mmol),四氮唑(11mg,0.16mmol),N-甲基咪唑(5mg,0.06mmol),3A分子筛(500mg)溶于10mL的乙腈中,室温下加入化合物7(144mg,0.48mmol),在室温下搅拌过夜。反应完毕后,将分子筛过滤掉,加入二氯甲烷(30mL),饱和碳酸氢钠水溶液(10mL)洗涤三次,再用饱和食盐水(20mL)洗涤,滤液旋干并经反相制备HPLC(C
18,条件:5-100%(A:水,B:CH
3CN),流速:70mL/min),冻干后得到200mg化合物1-1b。MS m/z:C
40H
39N6O
7P,[M-二异丙基+OH]
+理论:747.26,实测:747.5。
1.2合成化合物1-2
将化合物1(2g,8.36mmol)溶解在DMF(20mL)中,室温条件下,氩气保护下缓慢加入NaH(0.37g,9.2mmol,60%溶解在矿物油中)。室温搅拌2个小时后,将化合物2(3.3g,16.72mmol)加入到反应液中。室温搅拌12h后,将反应液浓缩后,残留物用乙醇(EtOH,50mL)重结晶得到目标产物3A(1.3g,收率44.0%)(二氯甲烷:乙酸乙酯=2:1,Rf=0.2)和目标产物3B(0.6g,化合物1的混合物)(二氯甲烷:乙酸乙酯=2:1,Rf=0.18).
将化合物3A(1.3g,3.68mmol)溶解在混合液三氟乙酸(TFA,4mL)和DCM(20mL)后,室温搅拌12h,将反应液浓缩,得到的残留物用反向柱纯化(C
18,H
2O+乙腈)得到目标产物4(1g,收率91.44%).MS m/z:C
39H
38N
6O
6,[M+H]
+:687.5.
将化合物(D-Threoninol 5,1.2g,11.4mmol)溶解在吡啶(10mL)然后缓慢加入DMTrCl(4.64g,13.70mmol)的吡啶(15mL)溶液。室温下搅拌16h后,将反应液用H
2O(10mL)淬灭并浓缩。将反应液浓缩,得到的残留物用反向柱纯化(C
18,H
2O+乙腈)得到目标产物6(4.0g,收率86.0%).MS m/z:C
25H
29NO
4,[M+Na]
+:430.4.
将化合物6(600mg,2.02mmol)、化合物4(822.5mg,2.02mmol)和二氢喹啉(EEDQ,998.2mg,4.04mmol)溶解在DCM(10mL)和甲醇(MeOH,5mL)中。该混合液室温搅拌16h后,将固体滤掉,滤液用DCM(100mL)稀释。有机相用H
2O(30mL)洗涤三次,用无水Na
2SO
4干燥,过滤再浓缩。得到的残留物用反向柱纯化(C
18,H
2O+乙腈)得到目标产物7(780mg,收率56.3%).MS m/z:C
39H
38N
6O
6,[M+H]
+:687.5.
将化合物7(780mg,1.13mmol),四氮唑(39.8mg,0.57mmol),N-甲基咪唑(18.7mg,0.23mmol)溶解在CH
3CN(10mL)中,加入3A分子筛(700mg)。氩气保护下室温搅拌5min后,加入化合物8(513.5mg,1.70mmol)。室温搅拌1h后,将分子筛过滤掉,固体用DCM(30mL)淋洗三次。滤液分别用饱和的NaHCO
3水溶液(30mL×4)和H
2O(30mL×4)洗涤;有机相在30℃下浓缩。得到残留物用反向柱纯化(C
18,H
2O+乙腈,乙腈90%),冻干后得到目标化合物1-2(700mg,收率69.5%)。MS m/z:C
48H
55N
8O
7P,[M-氰乙基-二异丙基+OH]
-:749.3.
1.3合成化合物1-3
将化合物1(2g,8.36mmol)溶解在DMF(20mL)中,室温条件下,氩气保护下缓慢加入NaH(0.37g,9.2mmol,60%溶解在矿物油中)。室温搅拌2个小时后,将化合物2(3.3g,16.72mmol)加入到反应液中。室温搅拌12h后,将反应也浓缩后,残留物用EtOH(50mL)重结晶得到目标产物3A(1.3g,收率44.0%)(二氯甲烷:乙酸乙酯=2:1,Rf=0.2)和目标产物3B(0.6g,化合物1的混合物)(二氯甲烷:乙酸乙酯=2:1,Rf=0.18).
将化合物3A(1.3g,3.68mmol)溶解在混合液TFA(4mL)和DCM(20mL)后,室温搅拌12h,将反应液浓缩,得到的残留物用反向柱纯化(C
18,H
2O+乙腈)得到目标产物4(1g,收率91.44%).MS m/z:C
39H
38N
6O
6,[M+H]
+:687.5.
将化合物L-苏氨醇(L-Threoninol 5,1.2g,11.4mmol)溶解在吡啶(10mL),然后缓慢加入DMTrCl(4.64g,13.70mmol)的吡啶(15mL)溶液。室温下搅拌16h后,将反应液用H
2O(10mL)淬灭并浓缩。将反应液浓缩,得到的残留物用反向柱纯化(C
18,H
2O+乙腈)得到目标产物6(4.0g,收率86.0%).MS m/z:C
25H
29NO
4,[M+Na]
+:430.4.
将化合物6(600mg,2.02mmol),化合物4(822.5mg,2.02mmol),四甲基脲六氟磷酸酯(HATU,1.15g,3.03mmol)和二异丙基乙胺(DIEA,1mL,6.05mmol)溶解在DMF(10mL)中。室温搅拌16h后,反应液过滤,滤液用DCM(100mL)稀 释。有机相用H
2O(30mL)洗三次,用无水Na
2SO
4干燥,过滤,浓缩。得到的残留物用反向柱纯化(C
18,H
2O+乙腈,乙腈60%),冻干后得到目标化合物7(1.0g,收率72.1%)。MS m/z:C
39H
38N
6O
6,[M+H]
+:687.5.
将化合物7(1.2g,1.75mmol),四氮唑(61.2mg,0.87mmol),N-甲基咪唑(28.7mg,0.35mmol)溶解在CH
3CN(10mL)中,加入3A分子筛(700mg)。氩气保护下室温搅拌5min后,加入化合物8(0.79g,2.62mmol)。室温搅拌1h后,将分子筛过滤掉,固体用DCM(30mL)淋洗三次。滤液分别用饱和的NaHCO
3水溶液(30mL×4)和H
2O(30mL×4)洗。有机相在30℃下浓缩。得到残留物用反向柱纯化(C
18,H
2O+乙腈,乙腈90%),冻干后得到目标化合物1-3(1.2g,收率77.4%)。MS m/z:C
48H
55N
8O
7P,[M-氰乙基-二异丙基+OH]
-:749.3.
1.4合成化合物1-4a和化合物1-4b
将化合物1A(6.73g,28.14mmol)溶解在干燥的DMF(80mL)中,氩气保护下缓慢加入NaH(60%,1.24g,30.95mmol)。该混合液室温搅拌30min后,将该反应液加到溶有四(三苯基膦)钯(Pd(PPh
3)
4,1.95g,1.69mmol),三苯基膦(PPh
3,0.74g,2.81mmol)和化合物1(4.0g,28.14mmol)的四氢呋喃(THF,60mL)溶液中。该反应液在55℃搅拌16h后,将固体滤掉并用DCM(60mL)洗涤三次。将滤液浓缩,得到的残留物用正向柱纯化(先用乙酸乙酯,再用乙酸乙酯:甲醇(12:1冲洗柱子)得目标产物2(7g,粗品).
将化合物2(8g,粗品)和DMTrCl(12.65g,37.34mmol)溶解在吡啶(10 mL)。该混合物室温搅拌16h后,用水(80mL)淬灭并浓缩。得到的残留物用反向柱纯化(C
18,水+乙腈)冻干后,得到目标化合物3(13g,收率83.7%)。
将化合物3(5g,8.02mmol)溶解在甲醇(MeOH,20mL)和氨水(6mL)中,该混合液室温搅拌16h后,将反应液浓缩。得到的残留物用正向柱(DCM:MeOH=20:1)纯化得到目标化合物4(4g,收率96.0%)。
氩气保护下,0℃下将硼烷(BH
3)四氢呋喃溶液(1.0M溶解于THF中,38.54mL,38.54mmol)逐滴滴加到溶有化合物4(4.00g,7.71mmol)的THF(12mL)溶液中。该化合物在氩气保护下0℃搅拌6h后,逐滴滴加H
2O(27mL)。然后,将3M的NaOH水溶液(52mL,156mmol)0℃下逐滴加入反应液中后,再将30%的H
2O
2(106mL)的水溶液逐滴滴加反应液中,再加入EtOH(10mL)。该反应液室温搅拌48h后,0℃下用饱和的Na
2S
2O
3缓慢加入,直到无气泡产生。将H
2O(300mL)加到反应液中,用DCM(4×200mL)萃取。有机相用无水Na
2SO
4干燥,过滤并浓缩。得到的残留物用反向柱纯化(C
18,乙腈+H2O,50%),冻干后得到目标产物5a(730mg,收率17.6%)和目标产物5b(1.1g,26.6%).
将化合物5a(730mg,1.36mmol)溶解在吡啶(8mL)中,氩气保护和室温下加入TMSCl(0.67g,6.14mmol)。室温搅拌1h后,BzCl(0.29mL,2.46mmol)加到反应液中。室温搅拌16h后,反应液用H
2O(10mL)淬灭并浓缩。得到的残留物溶解在THF(30mL)中,加入四丁基氟化铵(TBAF,1mL)。室温搅拌1h后,将氨水(0.5mL)加入,室温搅拌5h后。反应液用乙醇(EA,100mL)稀释并用饱和食盐水(30mL)洗五次。将有机相浓缩,得到残留物用反相柱纯化(C18,H
2O+乙腈,乙腈60%)冻干得到目标产物6a(480mg,收率74.8%)。MS m/z:C
38H
35N
5O
5, [M+H]
+:642.6.
将化合物5b(1.1g,2.05mmol)溶解在吡啶(20mL)中,氩气保护和室温下加入TMSCl(1.34g,1.28mmol)。室温搅拌1h后,苯甲酰氯(BzCl,0.59mL,5.92mmol)加到反应液中。室温搅拌16h后,反应液用H
2O(10mL)淬灭并浓缩。得到的残留物溶解在THF(30mL)中,加入TBAF(2mL)。室温搅拌1h后,将氨水(0.5mL)加入,室温搅拌5h后。反应液用EA(100mL)稀释并用饱和食盐水(30mL)洗五次。将有机相浓缩,得到残留物用反相柱纯化(C18,H
2O+乙腈,乙腈60%)冻干得到目标产物6b(1.4g,收率82.1%)。MS m/z:C
38H
35N
5O
5,[M+H]
+:642.5.
将化合物6a(700mg,1.04mmol),四氮唑(26.2mg,0.37mmol),N-甲基咪唑溶解在CH
3CN(10mL)中,加入3A分子筛(500mg)。氩气保护,室温搅拌5min后,加入化合物7(470.4mg,1.56mmol)。室温搅拌1h后,将分子筛过滤掉,固体用DCM(50mL)淋洗三次。滤液分别用饱和的NaHCO
3水溶液(50mL×4)和H
2O(50mL×4)洗。有机相在30℃下浓缩。得到残留物用反向柱纯化(C
18,H
2O+乙腈,乙腈90%),冻干后得到目标化合物1-4A(600mg,收率66.1%)。MS m/z:C
47H
52N
7O
6P,[M-氰乙基-二异丙基+OH]
-:704.3.
将化合物6b(1.3g,2.03mmol),四氮唑(71.0mg,1.01mmol),N-甲基咪唑 (33.3mg,0.41mmol)溶解在CH
3CN(20mL)中,加入3A分子筛(700mg)。氩气保护,室温搅拌5min后,加入化合物7(0.92g,3.04mmol)。室温搅拌1h后,将分子筛过滤掉,固体用DCM(50mL)淋洗三次。滤液分别用饱和的NaHCO
3水溶液(50mL×4)和H
2O(50mL×4)洗。有机相在30℃下浓缩。得到残留物用反向柱纯化(C
18,H
2O+乙腈,乙腈90%),冻干后得到目标化合物1-4b(1.4g,收率82.1%)。MS m/z:C
47H
52N
7O
6P,[M-氰乙基-二异丙基]
-:704.3.
1.5合成化合物1-5
将化合物1A(6.73g,28.14mmol)溶解在干燥的DMF(80mL)中,氩气保护下缓慢加入NaH(60%,1.24g,30.95mmol)。该混合液室温搅拌30min后,将该反应液加到溶有Pd(PPh
3)
4(1.95g,1.69mmol),PPh
3(0.74g,2.81mmol)和化合物1(4.0g,28.14mmol)的THF(60mL)溶液中。该反应液在55℃搅拌16h后,将固体滤掉并用DCM(60mL)洗涤三次。将滤液浓缩,得到的残留物用正向柱纯化(先用乙酸乙酯,再用乙酸乙酯:甲醇(12:1冲洗柱子)得目标固体2(7g,粗品)。
将化合物2(8g,粗品)和DMTrCl(12.65g,37.34mmol)溶解在吡啶(10mL)。该混合物室温搅拌16h后,用水(80mL)淬灭并浓缩。得到的残留物用反向柱纯化(C
18,水+乙腈)冻干后,得到目标化合物3(13g,收率83.7%)。
将化合物3(1g,1.60mmol),KHCO
3(0.48g,4.81mmol)和乙二醇(0.40g,6.41mmol)溶解在丙酮(50mL)中,-30℃下缓慢加入KMnO
4(40%溶解于水中,0.67g,1.68mmol)。-30℃下搅1h后,用饱和的硫代硫酸钠水溶液(30mL)将反应淬灭。该混合液用DCM(30mL)萃取四次。有机相用无水Na
2SO
4干燥,过滤并浓缩。残留物用反向柱纯化(C18,H
2O+乙腈,乙腈60%)冻干得到目标产物4(600mg,收 率56.9%)。MS m/z:C
38H
35N
5O
6,[M+H]
+:658.5.
在250mL圆底瓶中加入反应物4(5.0g,7.601mmol),NaIO
4和1,4-二氧六环/水(50mL/5mL),室温反应2小时后,减压除去溶剂,得到白色固体(6.0g),然后溶于甲醇(50mL),加入硼氢化钠(1.62g,38mmol),室温搅拌2小时后,加入10%氯化铵溶液(10mL),减压除去溶剂后,C18柱层析(水/乙腈:5%-95%)得到产品P1,目标产物5(2.0g,3.0315mmol,39%),LCMS,MS+,[M+H]+:660.
将化合物5(1.7g,2.58mmol)和DBU(0.77mL,5.15mmol)溶解在DCM(20mL),氩气保护-70℃下将BzCl(0.5M in DCM,0.8mL)逐滴滴加到反应中。该反应液置于-70℃下1h,该反应液用乙醇(5mL)淬灭。淬灭的反应液用DCM(100mL)稀释并用水(30mL)洗涤三次,有机相用无水Na
2SO
4干燥,过滤并浓缩。得到的残留物用正向柱纯化(DCM:EA=1:1)得到目标产物6(80mg,收率4.14%)。MS m/z:C
45H
41N
5O
7,[M+H]
+:764.5.
将化合物4(380mg,0.50mmol),四氮唑(17.43mg,0.25mmol),N-甲基咪唑(8.17mg,0.10mmol)溶解在CH
3CN(10mL)中,加入3A分子筛(500mg)。氩气保护,室温搅拌5min后,加入化合物7(224.95mg,0.75mmol)。室温搅拌1h后,将分子筛过滤掉,固体用DCM(50mL)淋洗三次。滤液分别用饱和的NaHCO
3水溶液(50mL×4)和H
2O(50mL×4)洗。有机相在30℃下浓缩。得到残留物用反向柱纯化(C
18,H
2O+乙腈,乙腈90%),冻干后得到目标产物1-5(330mg,收率68.8%)。MS m/z:C
54H
58N
7O
8P,[M-氰乙基-二异丙基]
-:826.3.
1.6合成化合物1-6a
将化合物1(10g,68.404mmol),化合物2(15g,62.186mmol)和三苯基膦(32.62g,124.371mmol)溶于无水THF(30mL),于0℃下缓慢滴加DIAD(24.656mL,124.371mmol)。该反应液在25度下反应12h.LCMS显示反应完成。将该反应液用乙酸乙酯(200mL)和水(200mL)萃取,有机相干燥将滤液浓缩,得到的残留物用正向柱纯化(DCM/MeOH=10/1)得目标产物3(20g).
将化合物3(20g,28.585mmol)溶于醋酸(24mL,426.016mmol)和H2O(12mL)中,60℃搅拌1小时。之后将反应液旋干加入THF(12mL)和H2O(12mL),80℃搅拌7小时。LCMS显示反应完成。将反应液加入乙酸乙酯(200mL)和水(100mL)萃取,水相加入碳酸钠固体直到水相有大量固体析出。将固体过滤,用水洗涤,将滤饼用油泵拉干,得到目标化合物5(9g).
在氮气保护下,将化合物5(6.8g,18.581mmol)溶于吡啶(80mL)中,于0度下缓慢加入TMSCl(14.250mL,111.489mmol),搅拌2h。之后在0度下加入Isobutyryl chloride(2.044mL,19.511mmol),于25度下搅拌1h.LCMS显示反应完成。用二氯甲烷(200mL)和水(200mL)萃取,有机相干燥旋干后拌样,用正向柱纯化(DCM:MeOH=10:1)过柱,在4.8%处出峰),得到目标产物6(12g)。
在氮气保护下,将化合物6(5.5g,12.392mmol)溶于吡啶(30mL),加入MOLECULAR SIEVE 4A 1/16(7g,12.392mmol),然后在0℃下分批加入DMTrCl(5.04g,14.870mmol)固体,25℃反应2h.TLC(PE:EtOAc=1:1,Rf=0.69)显示反应已经完成。该反应液和TJN200879-040-P1合并一起处理。将反应液用乙酸乙酯(200mL)和水(200mL)萃取,有机相干燥旋干后拌样用正向柱纯化(PE:EtOAc过柱,在84%处出峰),得到目标产物7(12g)。
将化合物7(12g,15.389mmol)溶于EtOAc(140mL),加入湿钯碳Pd/C(7g,15.389mmol)该反应液在25度,氢气(15Psi)下反应2小时。TLC(PE:EtOAc=0:1,Rf=0.09)显示反应已经完成。将反应液过滤,滤饼用乙酸乙酯(30mL)冲洗三遍后,收集滤液。滤液旋干后加入50mL二氯甲烷和2mL三乙胺拌样用正向柱纯化(DCM:MeOH=10:1过柱,在0.5%处出峰),得到9g(粗品).将所得消旋化合物SFC拆分,得到产品目标化合物7A(-)(3.9g)和目标化合物7B(+)(3.8g)。
将化合物7A(-)(3.30g,5.40mmol),四氮唑(190mg,2.70mmol),1-甲基咪唑(90mg,1.10mmol),3A分子筛(500mg)溶于30mL的乙腈中,室温下加入化合物8(2.50g,8.10mmol),在室温下搅拌2h。反应完毕后,将分子筛过滤掉,加入DCM(150mL),饱和碳酸氢钠水溶液洗涤(30mL*3),再用饱和食盐水(30mL)洗涤,滤液旋干并经反相制备HPLC(C18,Condition:5-100%(A:水,B:CH3CN),流速:70mL/min),冻干后得到1-6a(2.9g,66%)。MS m/z:C43H55N7O7P [M+H]+,理论:812.38,实测:812.5。1H NMR(400MHz,Acetonitrile-d3)δ7.56,7.54(2s,1H),7.36-7.27(m,2H),7.24-7.21(m,7H),6.83-6.80(m,4H),4.12-4.10(m,2H),3.75-3.68(m,10H),3.20-2.80(m,2H),2.68-2.54(m,4H),1.22-1.04(m,18H).
1.7合成化合物1-7a
在氮气保护下,将化合物1(5g,23.1272mmol),化合物2(6.76g,46.254mmol)和三苯基磷(7.28g,27.753mmol)溶于30mL二氧六环中,于0℃缓慢滴加入DEAD(5.502mL,27.753mmol)。滴加完成后,反应缓慢升温至25℃继续反应1h.在反应液里加入100mL H2O和100mL EtOAc萃取,有机相合并干燥过滤浓缩后拌样过柱,用正向柱纯化(PE:EtOAc=1:1过柱得目标产物(4g)。
将化合物3(3.3g)溶于HOAc(16mL)和H2O(4mL),油浴60℃加热0.5h.将反应液旋干得到的残留物用正向柱纯化(PE:EtOAc=0:1过柱),得到目标产物4(3g)。
将化合物4(3g,8.873mmol)溶于5mL吡啶中,在氮气保护下于0℃缓慢滴加DMTrCl(3.91g,11.535mmol)的10mL吡啶的溶液。滴加完毕后反应升温至25℃并继续反应1h。在反应液中加入50mL水和100mL乙酸乙酯萃取。水相再用100mL乙酸乙酯萃取三次,有机相合并干燥过滤浓缩用正向柱纯化(用PE:EtOAc=2:1)。得到目标产物5(4g).
将化合物5(4g,5.769mmol)溶于甲醇(10mL),加入饱和的NH3甲醇溶液(40mL),0℃反应6h.将反应液旋干用正向柱纯化(用PE:EtOAc=0:1)得消旋化合物2.4g SFC拆分,得到目标产物6A(750mg,100%纯度)和目标产物6B(400mg,99.16%纯度)。
将化合物6A(-)(700mg,1.40mmol),四氮唑(50mg,0.70mmol),1-甲基咪唑(23mg,0.28mmol),3A分子筛(500mg)溶于10mL的乙腈中,室温下加入化合物7(630mg,2.10mmol),在室温下搅拌2h。反应完毕后,将分子筛过滤掉,加入DCM(50mL),饱和碳酸氢钠水溶液洗涤(10mL*3),再用饱和食盐水(20mL)洗涤,滤液旋干并经反相制备HPLC(C18,条件:5-100%(A:水,B:CH3CN),流速:70mL/min),冻干后得到1-7a(700mg,72%)。MS m/z:C38H47N4O7PNa[M+Na]+,理论:725.32,实测:725.5。
1.8合成化合物1-8a
将化合物1(8.5g,76.508mmol),化合物2(30.64g,91.809mmol)溶于DMF (150mL),加入CS2CO3(29.91g,91.809mmol),反应于氮气保护下,90℃反应12h。LCMS检测反应完成。将反应液过滤,油泵旋干,正向柱分离纯化(80g,DCM/MeOH=10/1~5/1)得到目标产物3(13.5g,80%纯度)。
将化合物3(10.5g,35.105mmol)溶于pyridine(65mL)和CH3CN(65mL),向溶液中滴加BzCl(4.894mL,42.126mmol),于25℃反应2h。LCMS检测大部分原料反应完成,加H2O(100mL)淬灭,EtOAc(100mL X 3)萃取,干燥旋干,柱分离(合并TJN200872-101)纯化(80g,PE/EtOAc=10/1~0/1,DCM/MeOH=10/1)得到目标产物4(14g,90%纯度)。
将化合物4(14g,36.694mmol)溶于HOAc(56mL,314.796mmol)和H2O(14mL),于60℃反应2h,LCMS显示反应完成。油泵浓缩,正向柱分离(40g,DCM/MeOH=1/0~5/1)得到目标产物5(8.4g,90%纯度&2.4g,80%纯度)。
将化合物5(7.4g,21.957mmol),DMAP(0.54g,4.391mmol),MOLECULAR SIEVE 4A(11.1g,2.967mmol)溶于pyridine(60mL),冰浴下搅拌10min,然后加入DMTrCl(8.93g,26.348mmol),反应搅拌1.8h.LCMS检测约19%原料剩余,约60%目标MS。合并(TJN200872-105&106)一起纯化。向反应液中加入H2O(50mL),经DCM(50mL X 3)萃取,干燥,旋干,柱分离(120g,PE/(EA:DCM:TEA=1:1:0.05)=1/0~0/1至DCM/MeOH=10/1)得到目标产物6(11g,89%纯度, TJN200872-105&106&107),回收原料(3.0g,70%纯度)。
化合物6(15g,22.041mmol)经SFC(DAICEL CHIRALPAK AD(250mm*50mm,10um);0.1%NH3H2O EtOH,B:45%-45%;200ml/min)分离得到目标产物6A(5.33g,94.29%纯度),目标产物6B(6.14g,97.91%纯度),化合物6回收1.0g。
将化合物6B(-)(5.4g,8.92mmol),四氮唑(312mg,4.46mmol),1-甲基咪唑(146mg,1.78mmol),3A分子筛(500mg)溶于40mL的乙腈中,室温下加入化合物7(4g,13.4mmol),在室温下搅拌2h。反应完毕后,将分子筛过滤掉,加入DCM(200mL),饱和碳酸氢钠水溶液洗涤(30mL*3),再用饱和食盐水(50mL)洗涤,滤液旋干并经反相制备HPLC(C18,条件:5-100%(A:水,B:CH3CN),流速:70mL/min),冻干后得到1-8a(5.8g,80%)。MS m/z:C45H51N5O7P,[M+H]+,理论:804.36,实测:804.4。
实施例2 siRNA的合成
siRNA的合成与通常的亚磷酰胺固相合成法无异,在合成AS链5’第7位修饰的核苷酸时,使用上述合成的亚磷酰胺单体替换母序列原核苷酸。合成过程简要描述如下:于Dr.Oligo48合成器(Biolytic)上,以Universal CPG载体为起始,根据合成程序逐个连接核苷亚磷酰胺单体。除上述描述的AS链5’第7位的核苷亚磷酰胺单体外,其余核苷单体原料2’-F RNA、2’-O-甲基RNA等核苷亚磷酰胺单体购自上海兆维或苏州吉玛。采用5-乙基硫-1H-四唑(ETT)作为活化剂(0.6M乙腈溶液),使用0.22M的PADS溶于1:1体积比的乙腈和三甲基吡啶(苏州柯乐玛)溶液作为硫化试剂,使用碘吡啶/水溶液(柯乐玛)作为氧化剂。
固相合成完成后,寡核糖核苷酸自该固体支撑物裂解,采用3:1的28%氨水和乙醇溶液在50℃条件下浸泡16小时。然后离心,将上清液转移到另一个离心管中,浓缩蒸发干后,使用C18反向色谱纯化,流动相为0.1MTEAA和乙腈,并使用3%三氟乙酸溶液脱除DMTr。目标寡核苷酸收集后冻干,并经LC-MS鉴定为目标产物,再经过UV(260nm)定量。
所得到的单链寡核苷酸,根据等摩尔比,按照互补配对,退火,最后所得到的双链siRNA溶于1×PBS中,并调整至实验所需浓度备用。
实施例3 psiCHECK活性筛选实验
Huh7细胞培养于含10%胎牛血清的DMEM高糖培养基中,在37℃,5%CO
2条件下培养。转染前18h,将Huh7细胞接种于96孔板,接种密度为每孔1万个细胞,每孔100μL培养基。
转染前将孔中的含10%胎牛血清的DMEM高糖培养基吸弃,换成80μL Opti-MEM,饥饿处理1.5h。然后按照说明书,使用Lipofectamine2000(ThermoFisher,11668019)对细胞共转染siRNA及对应质粒。在96孔板的每孔中添加含有0.2μL Lipofectamine2000,20ng质粒,以及2.2uL siRNA(最高浓度40nM,3倍梯度稀释,共设置11个浓度点,每个浓度双复孔)的20uL Opti-MEM。37度培养箱温育4小时后,补充含20%胎牛血清的DMEM高糖培养基。继续培养24h后,按照
Luciferase Assay System(Promega Cat.#E2940)检测试剂盒的实验操作方案进行荧光素酶活性检测。根据检测信号计算相对值Ratio=Ren/Fir(海肾/萤火虫比值),以及抑制率1-(Ratio+siRNA/Ratio reporter only)*100%=抑制率(%)。本公开中,剩余活性%(也称为mRNA剩余表达量%或mRNA剩余表达比例)=100%-抑制率(%)。应用Graphpad Prism软件分析(four parameter logistic equations)计算IC
50值。
实施例4 包含不同化学修饰的siRNA的在靶活性和脱靶活性实验
利用实施例1的化合物、采用实施例2的方法合成表5的siRNA,并通过实施例3的方法验证各siRNA的在靶活性和脱靶活性,其中各siRNA采用相同的正义链,且反义链5’端第7位分别为以下修饰核苷酸/化学修饰,
其中:我们将由2-羟甲基-1,3-丙二醇为起始原料合成的核苷酸定义hmpNA;
TJ-NA019(A)为实施例1.1节中核苷亚磷酰胺单体1-2通过固相合成获得;
TJ-NA020(A)为实施例1.1节中核苷亚磷酰胺单体1-3通过固相合成获得;
TJ-NA026(A)为实施例1.1节中核苷亚磷酰胺单体1-4a通过固相合成获得;
TJ-NA027(A)为实施例1.1节中核苷亚磷酰胺单体1-4b通过固相合成获得;
(+)hmpNA(A)为实施例1.1节中核苷亚磷酰胺单体1-1b通过固相合成获得;
(-)hmpNA(A)为实施例1.1节中核苷亚磷酰胺单体1-1a通过固相合成获得;
TJ-NA038(A)为实施例1.1节中核苷亚磷酰胺单体1-5通过固相合成获得。
(+)hmpNA(A)为实施例1.1节中核苷亚磷酰胺单体1-1b通过固相合成获得,绝 对构型为(S)-hmpNA(A);
(-)hmpNA(A)为实施例1.1节中核苷亚磷酰胺单体1-1a通过固相合成获得,,绝对构型为(R)-hmpNA(A);
类似的,替换hmpNA的碱基种类,通过固相合成获得以下结构并确认绝对构型:
(+)hmpNA(G),绝对构型为(S)-hmpNA(G);
(-)hmpNA(G),绝对构型为(R)-hmpNA(G);
(+)hmpNA(C),绝对构型为(S)-hmpNA(C);
(-)hmpNA(C),绝对构型为(R)-hmpNA(C);
(+)hmpNA(U),绝对构型为(R)-hmpNA(U);
(-)hmpNA(U),绝对构型为(S)-hmpNA(U)。
(S)-hmpNA(G),(R)-hmpNA(G),(S)-hmpNA(C),(R)-hmpNA(C),(S)-hmpNA(U)和(R)-hmpNA(U)的绝对构型由其中间体或衍生物经X-Ray衍射而确认。
中间体或衍生物的结构为:
TJ-NA067:检测晶体为无色块状(0.30×0.10×0.04mm3),属于单斜晶系P21空间群。晶胞参数
α=90°,β=118.015(4)°,γ=90°,
Z=4。计算密度Dc=1.389g/cm3,单胞中电子数F(000)=504.0,单胞的线性吸收系数μ(Cu Kα)=0.840mm–1,衍射实验温度T=150.00(11)K.
6A(+):检测晶体为无色块状(0.30×0.20×0.10mm3),属于单斜晶系P21空间群。晶胞参数
α=90°,β=113.876(3)°,γ=90°,
Z=2。计算密度Dc=0.999g/cm3,单胞中 电子数F(000)=1318.0,单胞的线性吸收系数μ(Cu Kα)=0.570mm–1,衍射实验温度T=100.01(18)K。
TJ-NA048:检测晶体为无色针状(0.30×0.04×0.04mm3),属于单斜晶系P1空间群。晶胞参数
α=85.007(4)°,β=88.052(4)°,γ=70.532(4)°,
Z=2。计算密度Dc=1.366g/cm3,单胞中电子数F(000)=620.0,单胞的线性吸收系数μ(Cu Kα)=0.856mm–1,衍射实验温度T=150.00(13)K。
TJ-NA092:检测晶体为无色棱柱状(0.30×0.10×0.10mm3),属于三斜晶系P1空间群。晶胞参数
α=93.146(2)°,β=101.266(2)°,γ=96.134(2)°,
Z=2。计算密度Dc=1.412g/cm3,单胞中电子数F(000)=228.0,单胞的线性吸收系数μ(Cu Kα)=0.945mm–1,衍射实验温度T=100.00(10)K。
表5 靶向HBV-S的siRNA序列和修饰信息
其中:大写字母C、G、U、A表示核苷酸的碱基组成;小写字母m表示该字母m左侧相邻的一个核苷酸为2’-甲氧基修饰的核苷酸;小写字母f表示该字母f左侧相邻的一个核苷酸为2’-氟代修饰的核苷酸;
小写字母s在大写字母中间时表示与该字母s左右相邻的两个核苷酸之间的连接为硫代磷酸酯基连接;
小写字母s在3’端第一个时表示与该字母s左侧相邻的一个核苷酸末端为硫代磷酸酯基;以下相同。
在靶活性实验结果参见表6,脱靶活性实验结果参见表7,目前实验的化合物,在测试序列上均显示了与母序列相当或略优的活性,说明修饰没有影响在靶活性,其中活性最优的是分别包含GNA(A)/Abasic/Id、TJ-NA019(A)、TJ-NA020(A)、TJ-NA026(A)、(+)hmpNA(A)和(-)hmpNA(A)的siRNA。另外,母序列具有明显的脱靶活性,所有修饰均显示了明显的抑制脱靶活性的效果,特别是对于分别包含TJ-NA027(A)、(+)hmpNA(A)和(-)hmpNA(A)的siRNA,并未观察到脱靶活性。
实施例5 包含不同化学修饰的siRNA的序列依赖性实验
已知Abasic修饰具有siRNA序列依赖性,因此发明人在多条不同序列上测试了本公开的实验化合物。使用了靶向不同基因(HBV-S、HBV-X)mRNA的siRNA(序列如表8所示),使用实施例1的化合物TJ-NA020(A)、TJ-NA027(A)、(+)hmpNA(A)、(-)hmpNA(A)和作为对照的GNA(A)、Id化合物修饰AS链5’端第7位(序列如表9所示),再与母序列比较在靶活性和脱靶活性。
表8 靶向不同基因的siRNA序列
表9 靶向不同基因的包含化学修饰的siRNA序列
在靶活性实验结果参见表10,GNA显现出明显的序列依赖性,不同序列的在靶活性差异明显。本公开的实验化合物没有显示出明显的序列依赖性,普遍适用性更强。
二、靶向配体的制备和活性评价
表12 制备靶向配体的主要的仪器设备型号及原料来源
实施例6 连接到固相载体上的氨基半乳糖化合物1-t
合成路线如下:
1)化合物1-g的合成路线
2)化合物1-h的合成路线
3)化合物1-l的合成路线
4)化合物1-q的合成
5)连接到固相载体上的氨基半乳糖化合物1-t的合成
步骤一
将原料1-a(297g,763mmol,)和原料1-b(160g,636mmol)溶解于960mlDCE,在15℃条件下,加入Sc(OTf)
3(15.6g,31.8mmol,),然后升高反应温度到85℃,搅拌反应2h,反应结束后加入1.5L饱和NaHCO
3中止反应,分出有机相,并再用1.5升饱和食盐水洗涤,有机相无水Na
2SO
4干燥,过滤后的溶液减压蒸馏后硅胶柱层析纯化(石油醚:乙酸乙酯5:1-0:1),的到目标产物1-c(328g,544mmol,收率为85.5%,纯度为96.4%)。
1HNMR:(400MHz,CDCl
3)δ7.44-7.29(m,5H),5.83(d,J=8.8Hz,1H),5.40-5.23(m,2H),5.18-5.06(m,2H),4.86(s,1H),4.66(d,J=8.4Hz,1H),4.21-4.07(m,2H),4.04-3.77(m,3H),3.51-3.45(m,1H),3.31-3.11(m,2H),2.18(d,J=2.0Hz,1H),2.14(s,3H),2.06(s,3H),2.03-1.99(m,3H),1.95(s,3H),1.64-1.46(m,4H),1.43-1.29(m,4H).
MS,C
28H
40N
2O
11,,实测M
+581.3。
步骤二
将步骤一所得化合物平行分成两份进行:每个反应包含化合物1-c(72.0g,124mmol)加入432mL THF中,在氩气保护下加入Pd/C(20.0g,10%纯度),再加入TFA(14.1g,124mmol,9.18mL),在反应溶液中通入氢气,保持气体压力在30Psi,加热至30℃并搅拌反应16h。反应完成后,合并两个平行进行的反应,过滤,并减压浓缩滤液。残余物使用二氯甲烷稀释并重复减压浓缩,重复三次。减压抽干后得到目标化合物1-d(139g)。
1HNMR(400MHz,DMSO-d
6)δ7.85(d,J=9.2Hz,1H),7.74(s,3H),5.21(d,J=3.6Hz,1H),4.97(dd,J=2.8,10.8Hz,1H),4.48(d,J=8.8Hz,1H),4.06-3.98(m,3H),3.93-3.82(m,1H),3.73-3.68(m,1H),3.63-3.56(m,1H),3.43-3.38(m,1H),2.82-2.71(m,2H),2.13-2.09(m,3H),2.01-1.97(m,3H),1.91-1.87(m,3H),1.77(s,3H),1.76-1.73(m,1H),1.52-1.44(m,4H),1.28(s,4H).
步骤三
将化合物1-d(139g,247mmol)和化合物1-e(75.3g,223mmol)加入DMF溶液(834mL),在0℃下再加入DIPEA(41.6g,322mmol,56.1mL)、HOBt(36.8g,272mmol)和EDCI(52.2g,272mmol),保持15℃搅拌反应16h,反应完成后将,反应液用二氯甲烷((400mL)稀释,然后用饱和氯化铵溶液(1L)、饱和NaHCO
3(1.00L)、饱和食盐水依次洗涤,分出有机相用无水硫酸钠干燥,过滤后减压蒸馏除去溶剂,残余物硅胶柱层析纯化(石油醚:乙酸乙酯=5:1-0:1),得到目标化合物1-f(108g,收率为56.8%)。
1HNMR(40(400MHz,DMSO-d
6)δ7.89-7.78(m,2H),7.41-7.27(m,6H),5.21(d,J=3.2Hz,1H),5.08-4.92(m,3H),4.48(d,J=8.4Hz,1H),4.07-3.99(m,3H),3.97-3.81(m,2H),3.75-3.64(m,1H),3.42-3.37(m,1H),3.13-2.93(m,2H),2.20(t,J=8.0Hz,2H),2.10(s,3H),1.99(s,3H),1.89(s,3H),1.87-1.79(m,1H),1.76(s,3H), 1.74-1.64(m,1H),1.48-1.41(m,2H),1.38(s,12H),1.29-1.20(m,4H),1.19-1.14(m,1H).
MS,C
37H
55N
3O
14,实测值M
+766.4。
步骤四
将上述所得化合物1-f平行分成两份进行:每个反应包含化合物6(47.0g,61.3mmol)加入280mL THF中,在氩气保护下加入Pd/C(15.0g,10%纯度),再加入TFA(7.00g,61.3mmol,4.54mL),在反应溶液中通入氢气,保持气体压力在30Psi,加热至30℃并搅拌反应16h。反应完成后,合并两个平行进行的反应,过滤,并减压浓缩滤液。残余物使用二氯甲烷稀释并重复减压浓缩,重复三次。减压抽干后得到目标化合物1-g(94.0g,crude)。
1HNMR(400MHz,DMSO-d6)δ8.38(s,1H),8.10(s,3H),7.83(d,J=9.2Hz,1H),5.21(d,J=3.2Hz,1H),4.96(dd,J=3.6,11.2Hz,1H),4.47(d,J=8.4Hz,1H),4.06-3.98(m,3H),3.92-3.82(m,1H),3.75-3.67(m,2H),3.60(s,1H),3.43-3.37(m,1H),3.18-3.04(m,2H),2.30-2.24(m,2H),2.10(s,3H),2.00(s,3H),1.95-1.90(m,2H),1.89(s,3H),1.78-1.75(m,3H),1.49-1.41(m,3H),1.40(s,9H),1.26(s,4H).
步骤五
将上述所得化合物1-f平行分成两份进行:每个反应包含化合物1-f(46.0g,60mmol)加入HCl-EtOAc(2.00M,276mL)中,在15℃条件下搅拌反应16h。反应完成后合并两个反应溶液,减压蒸馏浓缩,残余物使用二氯甲烷稀释并重复减压浓缩,重复三次。减压抽干后得到目标化合物1-h(91.0g,粗品)。
1HNMR(400MHz,DMSO-d
6)δ7.91-7.80(m,2H),7.42-7.26(m,6H),5.21(d,J=3.2Hz,1H),5.07-4.92(m,4H),4.48(d,J=8.4Hz,1H),4.06-3.98(m,3H),3.98-3.82(m,3H),3.73-3.65(m,1H),3.44-3.35(m,1H),3.12-2.94(m,2H),2.22(t,J=8.0Hz,2H),2.10(s,3H),2.01-1.97(m,4H),1.94-1.90(m,1H),1.89(s,3H),1.87-1.79(m,2H),1.76(s,3H),1.74-1.67(m,1H),1.49-1.40(m,2H),1.40-1.32(m,2H),1.24(d,J=4.0Hz,4H),1.19-1.13(m,1H).
MS,C
33H
47N
3O
14,实测M
+710.3。
步骤六
平行进行两个反应:每个反应包含化合物1-g(45.0g,60.3mmol)和化合物1-h(38.5g,54.3mmol)加入到270mL DMF,在0℃下再加入DIPEA(10.1g,78.4mmol,13.6mL),再加入HOBt(8.97g,66.3mmol)和EDCI(12.7g,66.3mmol)。在15℃条件下搅拌反应16h。反应完成后合并两个反应溶液,并加入300mL DCM稀释,依次使用饱和氯化铵(800mL)、饱和NaHCO
3(800mL)和饱和食盐水(800mL)洗涤,有机相用无水Na
2SO
4干燥。过滤后,加压蒸发浓缩,残余物使用硅胶柱层析纯化(石油醚:乙酸乙酯=5:1-0:1),得到目标化合物1-i(66.0g,47.4mmol,收率为39.3%,纯度为95.1%)。
1HNMR(400MHz,DMSO-d
6)δ7.96-7.78(m,5H),7.41-7.25(m,6H),5.21(d,J= 3.6Hz,2H),5.05-4.92(m,4H),4.48(d,J=8.8Hz,2H),4.22-4.12(m,1H),4.02(s,6H),3.94-3.80(m,3H),3.74-3.64(m,2H),3.45-3.35(m,2H),3.11-2.92(m,4H),2.20-2.12(m,4H),2.10(s,6H),1.99(s,6H),1.89(s,6H),1.82-1.79(m,2H),1.76(s,6H),1.74-1.63(m,2H),1.44(d,J=6.0Hz,4H),1.37(s,12H),1.24(s,9H).
MS:C
62H
94N
6O
25,实测值m/z 1323.8。
步骤七
分成11个反应进行:在每个反应中加入化合物1-i(5.00g,3.78mmol)和甲苯(300mL),加入硅胶(45.0g)。在100℃下搅拌反应40h,反应完成后合并11个反应混合物。减压蒸馏除去溶剂后,残余物加入异丙醇和二氯甲烷,并搅拌20min。过滤除去不溶物,并使用异丙醇洗涤滤饼至无产物溶出,得到的溶液除去溶剂并抽干后得到目标化合物1-j(43.2g,34.0mmol,收率为82.0%)。
1HNMR:(400MHz,DMSO-d6)δ8.01(d,J=7.6Hz,1H),7.93-7.79(m,2H),7.39-7.27(m,3H),5.21(d,J=3.2Hz,1H),5.06-4.91(m,2H),4.48(d,J=8.0Hz,1H),4.07-3.97(m,3H),3.94-3.82(m,2H),3.73-3.65(m,1H),3.45-3.36(m,2H),3.10-2.94(m,2H),2.15(d,J=7.6Hz,2H),2.10(s,3H),1.99(s,3H),1.89(s,3H),1.86-1.79(m,1H),1.77(s,3H),1.74-1.65(m,1H),1.44(s,2H),1.37(d,J=5.2Hz,2H),1.24(s,4H)。
MS:C
58H
86N
6O
25,实测m/z=1267.8.
步骤八
此步平行分成两个反应进行:每个反应包含化合物1-d(11.8g,21.0mmol)和化合物1-j(21.3g,16.8mmol)加入到70mL DMF,在0℃下再加入DIPEA(3.54g,27.3mmol,4.77mL),再加入HOBt(3.13g,23.1mmol)和EDCI(4.44g,23.1mmol)。在15℃条件下搅拌反应16h。反应完成后合并两个反应溶液,并加入500mL DCM稀释,依次使用饱和氯化铵(1.5L)、饱和NaHCO
3(1.5mL)和饱和食盐水(1.5mL)洗涤,有机相用无水Na
2SO
4干燥。过滤后,加压蒸发浓缩,残余物使用硅胶柱层析纯化(二氯甲烷:甲醇=50:1-10:1),得到目标化合物1-k(54.0g,31.8mmol,收率为75.6%)。
1HNMR(400MHz,DMSO-d
6)δ7.91(d,J=7.6Hz,1H),7.87-7.78(m,5H),7.73(t,J=5.2Hz,1H),7.42-7.24(m,6H),5.21(d,J=3.6Hz,3H),5.06-4.92(m,5H),4.48(d,J=8.4Hz,3H),4.19-4.09(m,2H),4.07-3.97(m,10H),3.94-3.80(m,4H),3.76-3.64(m,3H),3.42-3.37(m,4H),3.08-2.94(m,6H),2.20-2.12(m,2H),2.10(s,9H),2.08-2.01(m,2H),1.99(s,9H),1.89(s,9H),1.87-1.79(m,2H),1.77(s,9H),1.74-1.63(m,2H),1.44(d,J=5.6Hz,6H),1.40-1.31(m,6H),1.24(s,13H).
MS:C
78H
118N
8O
33,实测值m/z=1696.1。
步骤九
此步平行分成3个反应进行:在每个反应中加入化合物1-k(17.0g,10.0mmol)和THF(100mL),在氩气保护下加入Pd/C(5.0g,10%纯度),再加入TFA(1.14g,10.0 mmol,742uL),在反应溶液中通入氢气,保持气体压力在15Psi,加热至30℃并搅拌反应4h。反应完成后,合并3个平行进行的反应,过滤,并减压浓缩滤液。残余物使用二氯甲烷稀释并重复减压浓缩,重复三次。残余物使用制备液相色谱(C18,流动相A 0.1%TFA-水,流动相B:10-40%CAN,20min)纯化得到目标化合物1-l(17.3g,10.2mmol,收率为34.0%)。
1HNMR:(400MHz,DMSO-d
6)δ8.45(t,J=5.2Hz,1H),8.14(d,J=5.2Hz,3H),7.97(t,J=5.2Hz,1H),7.90-7.77(m,4H),5.21(d,J=2.8Hz,3H),4.96(dd,J=3.2,11.6Hz,3H),4.47(d,J=8.4Hz,3H),4.20-4.10(m,1H),4.02(s,8H),3.87(q,J=9.6Hz,3H),3.75-3.61(m,4H),3.46-3.34(m,3H),3.21-2.93(m,6H),2.21(s,2H),2.14-2.02(m,11H),1.99(s,9H),1.96-1.82(m,12H),1.80-1.65(m,10H),1.44(d,J=5.6Hz,8H),1.36(d,J=6.4Hz,4H),1.30-1.17(m,12H)
MS:C
70H
112N
8O
31,实测值m/2z=781.8
步骤十
将化合物1-m(2g,12.64mmol)溶于吡啶(10mL)中,室温下滴加DMTrCl(4.71g,13.90mmol)的吡啶(10mL)溶液,反应在室温下搅拌5小时,待反应完毕后,用甲醇淬灭,减压浓缩得到粗品,用硅胶纯化(石油醚:乙酸乙酯=10:1洗脱),收集产物洗脱液,减压蒸干溶剂得到4g的化合物1-n。
MS m/z:C
29H
32O
5,[M+H]
+实测:461.3。
步骤十一
将化合物1-n(2g,4.34mmol),N,N-二异丙基乙胺(DIEA,1.43mL,8.68mmol)和HATU(2.47g,6.51mmol)溶解于DMF(10mL)中,室温下加入化合物1-o的DMF(5mL)溶液,该反应在室温下搅拌8小时。反应完毕后,加水淬灭,水相用乙酸乙酯提取,合并的有机相先用水洗涤,再用饱和食盐水(20mL)洗涤,随后减压蒸干溶剂,经反相制备HPLC(柱:Boston Green ODS 150*30mm*5um,条件:25-80%(A:水0.075%NH
3 .H
2O,B:CH
3CN),流速:55mL/min),冻干后得到2.4g化合物1-p。
MS m/z:C
33H
39NO
7,[M+H]
+实测:562.4。
步骤十二
将化合物1-p(2.4g,4.27mmol)溶解于15mL的甲醇和水(2:1)的混合溶液中,室温下加入LiOH(0.36g,8.54mmol)并搅拌过夜。待反应完毕后减压蒸干溶剂,经反相制备HPLC(柱:Boston Green ODS 150*30mm*5um,条件:25-75%(A:水0.075%NH
3 .H
2O,B:CH
3CN),流速:55mL/min),冻干后得到2g化合物1-q。
MS m/z:C
32H
37NO
7,[M+H]
+实测:548.6。
步骤十三
将化合物1-q(0.37g,0.69mmol),DIEA(0.19mL,1.15mmol)和HATU(0.32g,0.86mmol)溶于2mL的DMF中,室温下加入化合物1-l(0.9g,0.69mmol)的 DMF(2mL)溶液,在室温下搅拌过夜。反应完毕后,经二氯甲烷(10mL)稀释反应液,并依次用饱和NaHCO
3(20mL)和饱和食盐水(20mL)洗涤,有机相无水Na
2SO
4干燥,过滤后减压浓缩。经反相制备HPLC(柱:Boston Green ODS 150*30mm*5um,条件:25-65%(A:水0.075%NH
3 .H
2O,B:CH
3CN),流速:45mL/min)纯化,冻干后得到0.5g化合物1-r。
MS m/z:C
102H
147N
9O
37,[M-H]
+实测:2088.5。
步骤十四
将化合物1-r(300mg,0.14mmol)和丁二酸酐(28.70mg,0.28mmol)溶解于四氢呋喃中,向反应液中加入DMAP(3.50mg,0.028mmol)并在40℃下搅拌过夜。待反应完毕后,待反应完毕后,加入甲醇(18.8mg),并搅拌反应10min,然后将反应液用二氯甲烷(3mL)稀释反应液,并用饱和NaHCO3(5mL)洗涤2次。将有机相减压浓缩至干,经反相制备HPLC(柱:Boston Green ODS 150*30mm*5um,条件:25-65%(A:水0.075%NH
3 .H
2O,B:CH
3CN),流速:35mL/min)纯化,冻干后得到140mg化合物1-s。
MS m/z:C
106H
151N
9O
40,[M-H]
+实测:2189.4。
步骤十五
将上步得到的化合物1-r(140mg,64ummol)加入乙腈(5mL),再加入HBTU(48.7mg,128umol),加入表面氨基修饰的固相支撑物(CPG-NH2,2.3g),加入DIEA(41.5mg,320umol,55uL),保持30℃震荡反应16h。反应完成后,过滤,并依次用甲醇(8mL x 4)、二氯甲烷(8mL x 4)洗涤。固体继续加入吡啶:乙酸酐(v:v=4:1,10.0mL)中,继续保持30℃震荡反应16h。反应完成后,过滤,并依次用甲醇(8mL x 4)、二氯甲烷(8mL x 4)洗涤。得到连接在固相载体上的化合物1-t2.1g。
实施例7 连接到固相载体上的氨基半乳糖化合物2-e
合成路线如下:
1)化合物2-b的合成
2)化合物2-e的合成
步骤一
将化合物2-a(1.00g,2.37mmol)加入THF(7.5mL)和H
2O(7.5mL)中,再加入LiOH.H
2O(109mg,2.60mmol),保持16℃搅拌反应16h。反应完成后,减压蒸发除去溶剂,残余物继续冷冻干燥,得到目标化合物2-b(960mg,2.32mmol,收率为97.8%)。
1HNMR:(400MHz,DMSO-d6)δ7.44(d,J=8.4Hz,2H),7.34-7.23(m,6H),7.22-7.15(m,1H),6.86(d,J=8.0Hz,4H),3.73(s,6H),3.66(d,J=6.4Hz,1H),3.32(d,J=12.0Hz,1H),3.11(dd,J=2.0,9.2Hz,1H),2.85(t,J=8.8Hz,1H).
MS m/z:C
24H
24O
6,实测m/z:407.2。
步骤二
将化合物1-l(500mg,0.30mmol)加入二氯甲烷(3mL)中,15℃下,再将化合物2-b(0.14g,0.34mmol)加入反应中,在0℃下再加入HBTU(142mg,375umol)和DIEA((115mg,895umol),保持15℃反应16h。反应完毕后,经二氯甲烷(10mL)稀释反应液,并依次用饱和NaHCO
3(20mL)和饱和食盐水(20mL)洗涤,有机相无水Na
2SO4干燥,过滤后减压浓缩,残余物经过制备液相纯化(柱:Welch Xtimate C18 250*70mm#10um;流动相:[水-ACN];B%:40%-66%,18min),得到化合物2-c。
MS m/z:C
94H
134N
8O
36,[M-H]+实测:1952.1。
步骤三
将化合物2-c(230mg,0.12mmol)和丁二酸酐(23.5mg,0.26mmol)溶解于二 氯甲烷溶液(2mL)中,向反应液中加入DMAP(43.1mg,0.35mmol),保持在15℃下搅拌16h。待反应完毕后,加入甲醇(18.8mg),并搅拌反应10min,然后将反应液用二氯甲烷(3mL)稀释反应液,并用饱和NaHCO
3洗涤2次。将反应液减压浓缩抽干得到化合物2-d(240mg,粗品)。
MS m/z:C106H151N9O40,[M-H]+实测:m/2z:2070.2
步骤四
将上步得到的化合物2-d(240mg,116ummol)加入乙腈(8mL),再加入HBTU(88.7mg,233umol),加入表面氨基修饰的固相支撑物(CPG-NH2,4g),加入DIEA(75.5mg,584umol,101uL),保持30℃震荡反应16h。反应完成后,过滤,并依次用甲醇(8mL x 4)、二氯甲烷(8mL x 4)洗涤。固体继续加入吡啶:乙酸酐(v:v=4:1,10.0mL)中,继续保持30℃震荡反应16h。反应完成后,过滤,并依次用甲醇(8mL x 4)、二氯甲烷(8mL x 4)洗涤。得到目标产物连接在固相载体上的化合物2-e 3.7g。
实施例8 连接到固相载体上的氨基半乳糖化合物3-n
合成路线如下:
1)化合物3-d的合成
2)化合物3-g的合成
3)化合物3-n的合成
步骤一
将原料3-a(78.8g,202mmol)和原料3-b(40g,168mmol)溶解于DCE(250mL),在15℃条件下,加入CF
3SO
3H(4.15g,8.43mmol,),然后升高反应温度到75℃,搅拌反应2h,反应结束后加入1L饱和NaHCO
3中止反应,分出有机相,并再用1L饱和食盐水洗涤,有机相无水Na
2SO
4干燥,过滤后的溶液减压蒸馏后硅胶柱层析纯化(石油醚:乙酸乙酯5:1-0:1),的到目标产物3-c(63.2g,107mmol,收率为 63.5%)。
1HNMR:(400MHz,CDCl
3)δ7.35-7.26(m,5H),5.88(s,1H),5.34-5.25(m,2H),4.65(d,J=8.4Hz,1H),4.16-4.13(m,2H),3.92-3.87(m,3H),3.18-3.17(m,1H),3.15-3.14(m,2H),2.16-1.91(m,15H),1.58-1.50(m,5H),1.49-1.36(m,2H).
MS m/z:C
24H
40N
2O
11,实测m/z:567.4。
步骤二
将上述所得化合物3-c(60.0g,106mmol)加入360mL THF中,在氩气保护下加入Pd/C(15.0g,10%纯度),再加入TFA(12.1g,106mmol,7.84mL),在反应溶液中通入氢气,保持气体压力在30Psi,加热至30℃并搅拌反应16h。反应完成后,过滤,并减压浓缩滤液。残余物使用二氯甲烷稀释并重复减压浓缩,重复三次(500mL x 3)。减压抽干后得到目标化合物3-d(44g,102mmol,收率为96.1%)。
步骤三
将化合物3-e(60.0g,447mmol)溶解于DMF(300mL),加入K
2CO
3(92.7g,671mmol),在0℃条件下滴加入BnBr(115g,671mmol,79.7mL)。保持25℃搅拌反应6h。将反应液倒入碎冰中,然后使用乙酸乙酯(100mL*6)萃取,有机相再依次用水洗涤(100ml*2),饱和食盐水洗涤(100ml*3)。有机相无水硫酸钠干燥后减压蒸馏除去溶剂,残余物使用硅胶柱层析纯化(石油醚:乙酸乙酯=2:1-0:1),得到目标固体化合物3-f(60.3g,269mmol,收率60.1%)。
1HNMR:(400MHz,CDCl
3)δ7.37-7.26(m,5H),5.18(d,J=4.4Hz,2H),3.95-3.90(m,2H),3.75-3.71(m,2H),1.08(s,1H).
MS m/z:C
12H
16O
4,实测m/z:223.5。
步骤四
将化合物3-f(50.0g,223mmol)溶解在二氯甲烷中(300mL),加入吡啶(73.5g,929mmol,75mL)和溶解于二氯甲烷(50mL)的对硝基苯基氯甲酸酯(180g,892mmol),氮气保护下保持25℃搅拌反应24h。反应完成后,加入二氯甲烷(250mL)稀释,然后依次使用NaHSO
4溶液(30mL*3)和饱和食盐水(30mL*2)洗涤,有机相使用MgSO
4干燥后,过滤,减压蒸发掉溶剂。所得到的粗品使用硅胶柱层析纯化(石油醚:乙酸乙酯=3:1),得到目标化合物3-g(37.0g,66.7mmol,收率为29.9%)
MS m/z:C
26H
22N
2O
12,实测m/z:553.4
步骤五
将化合物3-g(22.0g,39.7mmol)加入乙腈(120mL)中,在氮气保护条件下,再加入三乙胺(24.1g,238mmol,33,1mL),将反应液冷却到0℃,滴加入溶解在乙腈(120mL)中的化合物3-d(42.1g,40mmol),升高温度到25℃,并搅拌反应1h。反应完成后,减压浓缩除去溶剂,然后使用硅胶柱层析纯化(石油醚:乙酸乙酯=2:1)得到目标化合物3-h(37.0g,12.0mmol,收率为30.2%)。
MS m/z:C
52H
76N
4O
24,实测m/z:1141.8。
步骤六
将化合物3-h(11.0g,9.64mmol)溶解于乙酸乙酯(60mL)中,加入Pd/C(2.00g,10%纯度),反应溶液中通入氢气,保持气体压力在40Psi,温度25℃搅拌反应8h。反应完成后,过滤,并减压蒸发至干燥,得到目标化合物3-i(10.0g,9.42mmol,收率为97.7%)。
1HNMR:(400MHz,DMSO-d
6)δ7.79(d,J=9.2Hz,2H),7.10(s,2H),5.74(t,J=1.6Hz,2H),5.21(d,J=3.6Hz,2H),4.98-4.95(m,2H),4.48(d,J=8.4Hz,2H),4.02(d,J=4.8Hz,11H),3.87-3.84(m,2H),3.69-3.67(m,2H),3.41-3.39(m,2H),2.94-2.90(m,4H),2.10(s,5H),1.99(s,7H),1.89(s,6H),1.77(s,6H),1.47-1.35(m,8H),1.26-1.24(m,4H),1.23-1.08(m,3H).
MS m/z:C
45H
70N
4O
24,实测m/z:1051.4
步骤七
将化合物3-i(5.00g,4.76mmol)加入到二氯甲烷(30mL)和DMF(30mL)的混合溶剂中,再加入化合物33(312mg,2.38mmol),加入HBTU(1.80g,4.76mmol)和DIEA(615mg,4.76mmol),保持25℃搅拌反应12h。反应完成后,将反应液倒入到乙酸乙酯(100mL)中,然后使用饱和食盐水洗涤,无水Na
2SO
4干燥后,过滤并减压蒸发除去溶剂,残余物使用制备HPLC纯化得到目标化合物3-k(2.1g,956umol,收率为20.1%)。
1HNMR:(400MHz,DMSO-d
6)δ7.84-7.81(m,5H),7.12-7.07(m,3H),5.21(d,J=3.6Hz,4H),4.99-4.96(m,4H),4.49(d,J=8.4Hz,4H),4.06-4.00(m,24H),3.88-3.86(m,4H),3.55-3.52(m,4H),3.49-3.43(m,4H),3.25-3.05(m,4H),2.94-2.93(m,8H),2.11(s,12H),2.00(s,16H),1.90(s,12H),1.78(s,12H),1.46-1.44(m,8H),1.38-1.35(m,8H),1.26-1.24(m,8H),1.18-1.16(m,6H),1.09-0.99(m,2H).
MS m/z:C
96H
153N
11O
46,实测m/z:2197.5。
步骤八
将化合物3-k(100mg,45.5umol)加入DMF(1mL)中,再将化合物2-b(21.1mg,54umol)加入反应中,再加入HBTU(21.8mg,57.3umol)和DIEA((17.7mg,136umol),保持15℃反应16h。反应完毕后,经二氯甲烷(10mL)稀释反应液,并依次用饱和NaHCO
3和饱和食盐水洗涤,有机相无水Na
2SO
4干燥,过滤后减压浓缩,残余物经过制备液相纯化(柱:Phenomenex Gemini-NX 150*30mm*5um;流动相:[水-ACN];B%:35%-75%,12min),得到化合物3-l。MS m/z:C
120H
175N
11O
51,实测:2586.9。
步骤九
将化合物3-l(14mg,5.4umol)和丁二酸酐(1.08mg,10.8umol)溶解于二氯甲烷溶液(1mL)中,向反应液中加入DMAP(2.0mg,16umol)和TEA(1.1mg,10.8umol,1.5uL),保持在15℃下搅拌16h。待反应完毕后,加入甲醇 (0.9mg),并搅拌反应10min,然后将反应液用二氯甲烷稀释反应液,并用饱和NaHCO
3洗涤2次。将反应液减压浓缩抽干得到化合物3-m(18mg)。
MS m/z:C
124H
179N
11O
54,实测:2687.2。
步骤十
将上步得到的化合物3-m(18mg,6.7ummol)加入乙腈(3mL),再加入HBTU(5.1mg,13.4umol),加入表面氨基修饰的固相支撑物(CPG-NH2,200mg),加入DIEA(4.3mg,33.5umol,5.8uL),保持30℃震荡反应16h。反应完成后,过滤,并依次用甲醇(2mL x 4)、二氯甲烷(2mL x 4)洗涤。固体继续加入吡啶:乙酸酐(v:v=4:1,2mL)中,继续保持30℃震荡反应16h。反应完成后,过滤,并依次用甲醇、二氯甲烷洗涤。得到目标产物连接在固相载体上的化合物3-n 200mg。
实施例9 连接到固相载体上的氨基半乳糖化合物4-c
合成路线如下:
1)化合物4-c的合成
步骤一
将化合物3-k(149.5mg,68ummol),DIEA(141.0mg,1.09mmol),3A分子筛(500mg)和DEPBT(163.4mg,0.55mmol)溶于5mL的DCM中,室温下加入化合物1-q(400mg,0.18mmol),在室温下搅拌过夜。反应完毕后,将分子筛过滤掉,滤液旋干并经反相制备HPLC(柱:Boston Green ODS 150*30mm*5um,条件:5-50%(A:水,B:CH3CN),流速:45mL/min),冻干后得到化合4-a(118mg,32ummol,收率为62.6%)。
MS m/z:C
128H
188N
12O
52,实测[M+HCOO
-]=2770.6。
步骤二
将化合物4-a(110mg,4.0umol),DMAP(7.4mg,40umol),3A分子筛(100mg)和丁二酸酐(11.9mg,120umol)溶于5mL的THF中,氩气保护,40℃下搅拌4h。反应完毕后,将分子筛过滤掉,滤液旋干并经反相制备HPLC纯化(柱:Boston Green ODS 150*30mm*5um,条件:5-50%(A:水,B:CH
3CN),流速:45mL/min),冻干后得到化合物4-b(80mg,28.3ummol,收率为70.8%)。
MS m/z:C
132H
192N
12O
55,[M-H]
+实测:2824.6。
步骤三
将上步得到的化合物38(71mg,25ummol)加入乙腈(5mL),再加入HBTU(19.0mg,50umol),加入表面氨基修饰的固相支撑物(CPG-NH2,0.86g),加入DIEA(16.2mg,125umol,21.6uL),保持30℃震荡反应16h。反应完成后,过滤,并依次用甲醇(5mL x 4)、二氯甲烷(5mL x 4)洗涤。固体继续加入吡啶:乙酸酐(v: v=4:1,6.0mL)中,继续保持30℃震荡反应16h。反应完成后,过滤,并依次用甲醇、二氯甲烷洗涤。得到连接在固相载体上的化合物4-c 0.74g。
实施例10 对照化合物L96的制备
按照专利WO2014025805A1所述的方法制备了对照化合物。按照上述的连接固相载体同样的方法,连接到CPG固相载体上,得到化合物L96。
实施例11 合成氨基半乳糖分子簇缀合的siRNA
用于测试的siRNA,靶向小鼠TTR基因mRNA的siRNA(Molecular Therapy Vol.26No 3March 2018)如下,在SS链的3’末端通过共价键连接氨基半乳糖分子簇M,
SS链(5'-3‘):CmsAmsGm UmGfUm UfCfUf UmGmCm UmCmUm AmUmAm Am-M(SEQ ID NO:88)
AS链(5'-3’):UmsUfsAm UmAmGf AmGmCm AmAmGm AmAfCm AfCmUm GmsUmsUm(SEQ ID NO:89)
siRNA的合成与通常的亚磷酰胺固相合成法无异,所不同的是在合成siRNA的SS链时,使用上述所合成的连接有氨基半乳糖簇的CPG载体代替通常的Universal-CPG载体。简要描述如下:于Dr.Oligo48合成器(Biolytic)上,以上述合成的氨基半乳糖连接的CPG载体为起始,根据合成程序逐个连接核苷亚磷酰胺单体。核苷单体原料2’-F RNA、2’-O-甲基RNA等核苷亚磷酰胺单体购自上海兆维或苏州吉玛。采用5-乙基硫-1H-四唑(ETT)作为活化剂(0.6M乙腈溶液),使用0.22M的PADS溶于1:1体积比的乙腈和三甲基吡啶(苏州柯乐玛)溶液作为硫化试剂,使用碘吡啶/水溶液(柯乐玛)作为氧化剂。
固相合成完成后,寡核糖核苷酸自该固体支撑物裂解,采用3:1的28%氨水和乙醇溶液在50℃条件下浸泡16小时。然后离心,将上清液转移到另一个离心管中,浓缩蒸发干后,使用C18反向色谱纯化,流动相为0.1MTEAA和乙腈,并使用3%三氟乙酸溶液脱除DMTr。目标寡核苷酸收集后冻干,并经LC-MS鉴定为目标产物,再经过UV(260nm)定量。
所得到的单链寡核苷酸,根据等摩尔比,按照互补配对,与AS链退火,最后所得到的双链siRNA溶于1X PBS中,并调整至实验所需浓度。
合成氨基半乳糖簇缀合的siRNA,实验所用siRNA靶向小鼠TTR mRNA。
表13 靶向配体活性评价siRNA编号和序列
实施例12 氨基半乳糖分子簇缀合的siRNA在肝原代细胞对mRNA表达的抑制
参照Severgini等报道的方法(Cytotechnology.2012;64(2):187–195.)分离获得新鲜小鼠原代肝细胞。
原代肝细胞分离后,按照10万每孔接种于24孔板中,按照终浓度为50nM,10nM,2nM,0.4nM,0.08nM,0.016nM,0.0032nM,0.00064nM分别加入待测siRNA。随后,将原代肝细胞置于37℃,5%CO
2的环境中培养24h。24h后,采用qPCR方法检测mTTR的mRNA表达水平。
如附图1所示,S-1、S-2、S-3、S-4均表现了优秀的mTTR基因表达抑制效率。S-1及S-4的IC50值低于其他两组,与对照组S-L96的IC50值0.280nM相比,S-1的IC50值为0.131nM,S-4的IC50值为0.135nM,表明缀合S-1及S-4化合物的siRNA体外被原代肝细胞自由摄取的效率优于对照组,S-1及S-4化合物能更高效介导siRNA进入原代肝细胞。
实施例13 氨基半乳糖分子簇缀合的siRNA在体内对mRNA表达的抑制
使用8周龄的C57BL/6小鼠(昭衍生物、SPF级,雌性),采用上述的siRNA经皮下注射递送。在第1天,在小鼠肩颈部的松弛皮肤上,给予100μl溶液的皮下注射,其含有PBS或PBS配置的1mg/kg(mpk),0.2mpk剂量的对应的siRNA(S-L96,S-3,S-2,S-4或S-1)。各个组别注射6只小鼠。
在给药3天后,脱颈处死小鼠,使用qPCR检测小鼠肝组织mTTR的mRNA表达水平。
如图2所示,S-1、S-2、S-3、S-4均表现了优秀的mTTR基因表达抑制效率。其中,S-2、S-3、S-4与对照组S-L96相比,在1mpk及0.2mpk的活性相近。S-1在1mpk及0.2mpk的活性水平优于对照组S-L96。
表14 靶向配体活性种类和编号
氨基半乳糖分子簇化合物编号 | 对应的缀合siRNA编号 |
NAG1 | S-1 |
NAG2 | S-2 |
NAG4 | S-4 |
NAG3 | S-3 |
L96 | S-L96 |
三、siRNA、siRNA缀合物的制备和活性评价
实施例14 合成siRNA缀合物
通过固相亚磷酰胺法,按照核苷酸排布顺序自3’-5’方向逐一连接核苷单体。每连接一个核苷单体都包括脱保护、偶联、盖帽、氧化或硫化四步反应。正义链和反义链采用相同的合成条件。
寡核酸合成仪器设备型号:Biolytic Dr.Oligo 48寡核酸固相合成仪,GE oligo pilot100寡核酸固相合成仪。
表15 合成siRNA缀合物使用的试剂
以Biolytic Dr.Oligo 48寡核酸固相合成仪为例,合成条件给定如下:
核苷单体以0.05M浓度的乙腈溶液提供,每一步的脱保护反应的条件相同,即温度为25度,反应时间为3分钟,脱保护试剂为DCA,进样体积180μL。
每一步偶联反应条件均相同,包括温度为25度,反应时间为3分钟。核苷单体进样体积90μL,催化剂ACT进样体积110μL。
每一步盖帽条件均相同,包括温度为25度,反应时间为2分钟。盖帽试剂溶液的摩尔比为1:1的CapA和CapB(CapB1:CapB2=1:1)的混合溶液。盖帽试剂进样体积180μL。
每一步氧化反应条件均相同,包括温度为25度,反应时间为3分钟,氧化试 剂OXD进样体积为180μL。
每一步硫化反应条件均相同,包括温度为25度,反应时间为4分钟,硫化试剂为0.05M PADS的吡啶乙腈溶液。硫化试剂进样体积180μL。
2.待最后一个核苷单体连接完成后,依次对固相载体上连接的核酸序列进行切割、脱保护、纯化、脱盐,随后冻干获得正义链和反义链,其中
2-1切割和脱保护条件如下:将合成的连接有载体的核苷酸序列加入氨水:乙醇=3:1的混合溶液至体积为0.8mL。在50度反应15h,过滤除去剩余载体,将上清液真空浓缩至干。
2-2纯化和脱盐条件如下:利用C18反相色谱柱进行脱盐。具体条件包括:
2-2-1样品的准备
向寡核苷酸样品中加入0.1M的TEAA(三乙胺醋酸盐)至体积为0.8mL。
2-2-2 96孔板的活化
活化:0.8mL乙腈通过96孔板的每个孔中进行活化
平衡:用0.8mL TEAA(pH 7.0)溶液进行96孔板的平衡
2-2-3纯化过程依次按照如下操作
将0.8mL包含寡核苷酸的溶液通过脱盐柱
用0.8mL 6.5%氨水洗涤96孔板2次,去除失败的序列
用0.8mL去离子水冲洗96孔板2次,去除盐分
用0.8mL 3%三氟乙酸冲洗96孔板3次,去除DMT,观察到吸附层变橙红色
用0.8mL 0.1M TEAA冲洗96孔板
用0.8mL去离子水冲洗96孔板2次,去除三氟乙酸和残余的盐分
用0.6mL 20%乙腈进行洗脱,并收集冻干
检测方法如下:使用Waters Acquity UPLC-SQD2 LCMS(column:ACQUITY UPLC BEH C18)检测上述正义链和反义链纯度并分析分子量。实测值与理论值相符,表明所合成的是3’末端缀合了缀合分子的正义链以及反义链。
退火操作如下:将步骤2合成获得的正义链和反义链分别溶于注射用水中,得到1000ng/μL的溶液,在QPCR仪上以等摩尔比混合,90度加热10分钟,每降5度保持3分钟,最后25度保持10分钟,使它们通过氢键形成双链结构。实测值与理论值相符,说明所合成的siRNA缀合物是目标设计的带有缀合分子的双链核酸序列。所述siRNA具有表16中所示的正义链和反义链。
表16 合成siRNA、siRNA缀合物序列
其中:我们将由2-羟甲基-1,3-丙二醇为起始原料合成的核苷酸定义hmpNA;
(-)hmpNA(A)为实施例1.1节中核苷亚磷酰胺单体1-1a通过固相合成获得;
(-)hmpNA(G)为实施例1.6节中核苷亚磷酰胺单体1-6a通过固相合成获得;
(-)hmpNA(C)为实施例1.8节中核苷亚磷酰胺单体1-8a通过固相合成获得;
(-)hmpNA(U)为实施例1.7节中核苷亚磷酰胺单体1-7a通过固相合成获得;
表16中,NAG1结构为(靶向部分为N-乙酰基-半乳糖胺):
实施例15 siRNA序列活性及脱靶水平验证
在HEK293A细胞中对本公开化合物进行体外分子水平模拟在靶及脱靶水平筛选。
分别构建siRNA序列对应的在靶序列和脱靶序列,插入到psiCHECK-2质粒中。该质粒包含海肾荧光素酶基因及萤火虫荧光素酶基因。作为双报告基因系统,siRNA的靶序列插入到海肾荧光素酶基因的3’UTR区域,siRNA对于靶标序列的活性可以通过经萤火虫荧光素酶校准后的海肾荧光素酶表达情况的检测来反映,检测使用Dual-Luciferase Reporter Assay System(Promega,E2940)。
siRNA序列对应的靶标质粒构建规则如下:
针对siRNA的反义链,分别构建与AS链完全互补的在靶质粒;构建与反义 链5’端1-8位完全互补,而其它位置的碱基完全不匹配的脱靶质粒,碱基错配对应规则为A与C互配、G与T互配。
HEK293A细胞培养于含10%胎牛血清的DMEM高糖培养基中,在37℃,5%CO
2条件下培养。转染前24h,将HEK293A细胞接种于96孔板,接种密度为每孔1万个细胞,每孔100μL培养基。
按照说明书,使用Lipofectamine2000(ThermoFisher,11668019)对细胞共转染siRNA及对应质粒,每孔使用0.2μL Lipofectamine2000。质粒转染量为10ng每孔。对于在靶序列质粒和脱靶序列质粒,siRNA共设置5个浓度点或11个浓度点。5个浓度点条件下,转染时最高浓度点为10nM,10倍梯度稀释;11个浓度点条件下,转染时最高浓度点终浓度为20nM,3倍梯度稀释。转染后24h,采用Dual-Luciferase Reporter Assay System(Promega,E2940)检测脱靶水平。
表17-表20结果表明,本公开的化合物TRD006890和TRD006924具有高的在靶活性的同时,还具有低脱靶性,均显著优于阳性对照AD81890。
表21结果表明,GNA修饰具有明显的序列位点依赖性。当GNA修饰位点在AS链5’第7位(TRD006912)或第6位时(AD81890),脱靶活性均较高,预示着毒性较大。此外,TRD006912相对于AD81890,在靶活性进一步降低(0.68降低为0.96)。
实施例16 应用HepG2.2.15细胞评价siRNA化合物体外抗HBV活性
第1天种HepG2.2.15细胞到96孔板,每孔2万个细胞。种细胞同时用RNAiMax将不同浓度的siRNA转入HepG2.2.15细胞;第4天收集细胞培养上清,ELISA检测HBsAg(剩余上清冻存备用)。最后收集细胞,提取细胞内RNA,RT-PCR分别检测总HBV RNA(包括3.5kb+2.4kb+2.1kb+0.7kb RNA)和3.5kb HBV RNA(包括pgRNA+preCore RNA),同时检测GAPDH基因RNA作为内参。待测化合物为5个浓度点,平行测定2复孔。培养液中DMSO的终浓度为0.5%。
抑制百分比计算公式如下:
%HBsAg抑制率=(1-样品中HBsAg含量/DMSO对照组中HBsAg含量)×100
%HBV RNA抑制率=(1-样品中HBV的RNA含量/DMSO对照组中HBV的RNA含量)×100
%细胞活力=(样品吸光值–培养液对照的吸光值)/(DMSO对照的吸光值-培养液对照的吸光值)×100。
应用Graphpad Prism软件分析(four parameter logistic equations)计算EC50值。
表22 化合物在HepG2.2.15的抗病毒活性。
如表22所示,参比对照化合物AD66810及AD81890,综合抗病毒活性检测指标,测试化合物TRD006890、TRD006894、TRD006895、TRD006896、TRD006897、TRD006905、TRD006906、TRD006907和TRD006908在HepG2.2.15细胞上展现出优秀的抗病毒活性。
实施例17 应用人原代肝细胞评价siRNA化合物体外抗HBV感染活性
第0天种人原代肝细胞到48孔板,每孔细胞数量为12万个。种细胞同时加入待测化合物,采用自由摄取的方式将siRNA化合物转入人原代肝细胞,siRNA化合物起始浓度为200nM,5倍稀释7个浓度。第1天,加入D型HBV感染人原代肝细胞。第2、4和6天,更换新鲜培养基,培养液中DMSO的终浓度为2%。第8天,收集细胞培养上清,qPCR检测HBV DNA,ELISA检测HBeAg和HBsAg。待测化合物和对照化合物均7个浓度点,平行测定2复孔。
表23 化合物在人原代肝细胞的抗病毒活性。
*表示TRD006924与AD81890在相同浓度下,相同检测指标具有显著性差异(p<0.05)
如表23所示,参比对照化合物AD81890,综合抗病毒活性检测指标,测试化合物TRD006924在人原代肝细胞上展现出显著性更优的抗病毒活性。
实施例18 siRNA化合物体内抗HBV活性
第28天,小鼠(C57BL/6,雄性)经尾静脉注射rAAV8-1.3HBV。病毒注射后第14天和第21天,所有实验小鼠通过颌下静脉采血用于收集血浆。血浆用于测试HBV DNA、HBeAg和HBsAg含量。
病毒注射后第28天,根据病毒注射后第14天和第21天血浆样品的测试结果,将小鼠随机分组。
所有小鼠在病毒注射后第28天开始皮下给药,给药1次,给药剂量为3mg/kg。给药前所有小鼠颌下采血收集血浆,用于检测HBV DNA、HBeAg,HBsAg和ALT。 给药当天为第0天。给药后第7天、14天、21天所有小鼠颌下采血用于收集血浆,用于检测。
应用qPCR定量血浆HBV DNA。应用ELISA定量血浆中HBeAg和HBsAg。
“抑制率”与“表达剩余百分比”之间的计算转换公式:表达剩余百分比=100%-抑制率。
第7天,参比对照化合物AD81890,测试化合物TRD006924在小鼠体内展现出优秀的抗病毒活性。测试化合物TRD006924在体内能够维持较长时间的活性,在第14天、第21天均能够有效抑制病毒活性。
表24 化合物在体内抗HBV活性。
*表示TRD006924与AD81890在相同剂量,相同检测时间,相同检测指标具有显著性差异(p<0.05);
#表示TRD006924与PBS相比,相同检测时间,相同检测指标具有显著性差异(p<0.05)。
实施例19.评估AS链9位和10位不同修饰
本实验考察本公开的不同位点2’-氟代修饰的siRNA缀合物在体内对靶基因mRNA表达量的抑制效率。将雄性6-8周龄C57BL/6小鼠随机分组,每组共6只,每个时间点各3只,分别向每组小鼠给予测试缀合物(2个,TRD007047和TRD006870)、对比缀合物(TRD002218)以及PBS。所有动物依据体总计算给药量,采用皮下注射方式单次给药,siRNA缀合物给药剂量(以siRNA的量计)为1mg/kg,给药体积为5mL/kg。给药7天后处死小鼠,收集肝脏,用RNA later(Sigma Aldrich公司)保存;随后用组织匀浆仪匀浆肝组织,再用组织RNA提取试剂盒(凡知医疗科技,FG0412)根据操作说明书标注的操作步骤提取得到肝组织总RNA。将总RNA反转录成cDNA并采用实时荧光定量PCR方法检测肝组织中的TTR mRNA的表达量。在该荧光定量PCR法中,以甘油醛3-磷酸脫氫酶(GAPDH)基因作为内参基因,使用针对TTR和GAPDH的Taqman探针引物分 别检测TTR和GAPDH的mRNA表达量。化合物信息参见表25,小鼠体内实验化合物分组信息参见表26,引物参见表27。
表25.AS链9位和10位修饰化合物
其中,NAG1的结构为
表26 小鼠体内实验化合物分组信息:
表27 检测引物序列
给药28天后,本公开的不同位点氟代修饰的siRNA缀合物的在体内对靶基因mRNA表达量的抑制效率见表28。参比阳性对照化合物TRD002218,不同位点氟代修饰的siRNA化合物在给药后28天对于TTR mRNA的表达抑制高于参比阳性化合物,两种修饰方法均表现出高抑制效率且无显著性差异,说明两种修饰方法能够介导更高效的siRNA抑制效率。
表28 7天和28天检测结果
TTR mRNA表达量按照如下等式计算:
TTR mRNA表达量=【(测试组TTR mRNA表达量/测试组GAPDH mRNA表达量)/(对照组TTR mRNA表达量/对照组GAPDH mRNA表达量)】x 100%
虽然为了清楚的理解,已经借助于附图和实例详细描述了上述发明,但是描述和实例不应当解释为限制本公开的范围。本文中引用的所有专利和科学文献的公开内容通过引用完整地清楚结合。
Claims (21)
- 一种siRNA,其包含形成双链区的正义链与反义链;所述正义链包含至少15个连续核苷酸,且与SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:20和SEQ ID NO:22中的任一核苷酸序列相差不超过3个核苷酸;所述反义链包含至少15个连续核苷酸序列,且与SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:21和SEQ ID NO:23中的任一核苷酸序列相差不超过3个核苷酸;所述反义链在其5’区域的第2位至第8位中的至少一个核苷酸包含式(I)所示的化学修饰或其互变异构体修饰:其中:Q 1为 Q 2为R 2;或者Q 1为R 2,Q 2为Y选自O、NH和S;每个X独立地选自CR 4(R 4’)、S、NR 5和NH-CO,其中R 4、R 4’、R 5分别独立地为H、甲基、乙基、正丙基或异丙基;n=0、1或2;m=0、1或2;s=0或1;每个J 1、J 2分别独立地为H或甲基;R 3选自H、OH、F、Cl、NH 2、甲基、乙基、正丙基、异丙基、甲氧基、乙氧基、正丙氧基、异丙氧基、乙烯基、烯丙基、乙炔基、炔丙基、S-CH 3、NCH 3(CH 3)、OCH 2CH 2OCH 3、-O-甲基氨基、-O-乙基氨基、和(CH 2) pR 6,其中R 6选自OH、F、Cl、甲氧基、乙氧基、N 3、乙烯基、烯丙基、乙炔基和炔丙基,p=1或2;R 1选自H、甲基、乙基、正丙基、异丙基、甲氧基、乙氧基、正丙氧基、异丙氧基、乙烯基、烯丙基、乙炔基、炔丙基、和(CH 2) qR 7,其中R 7选自OH、F、Cl、甲氧基、乙氧基、N 3、乙烯基、烯丙基、乙炔基和炔丙基,q=1或2;R 2选自H、OH、F、Cl、NH 2、甲基、乙基、正丙基、异丙基、甲氧基、乙氧基、正丙氧基、异丙氧基、乙烯基、烯丙基、乙炔基、炔丙基、S-CH 3、NCH 3(CH 3)、 OCH 2CH 2OCH 3、-O-甲基氨基、-O-乙基氨基和(CH 2) rR 8;其中R 8选自OH、F、Cl、甲氧基、乙氧基、N 3、乙烯基、烯丙基、乙炔基和炔丙基,r=1或2;任选地,R 1和R 2直接相连成环;B是碱基;其中:所述式(I)所示的化学修饰或其互变异构体修饰不是优选地,当X为NH-CO时,R 1不是H。
- 根据权利要求1所述的siRNA,其中所述反义链在其5’区域的第2位至第8位中的至少一个核苷酸位置处包含式(I-1)或式(I-2)所示的化学修饰或其互变异构体修饰:
- 根据权利要求2所述的siRNA,其中,在式(I-1)和式(I-2)中,Y为O或NH;每个X独立地选自NH-CO、CH 2和NH;n=0或1;m=0或1;s=0或1;每个J 1、J 2分别独立地为H;R 1选自H、甲基和CH 2OH;R 2选自H、OH、NH 2、甲基和CH 2OH;R 3选自H、OH、NH 2、甲基和CH 2OH;任选地,R 1和R 2直接相连成环;B是碱基;优选地,B是所述反义链在其5’区域的第2位至第8位中对应位置的碱基。
- 根据前述权利要求中任一项所述的siRNA,其中所述式(I)所示的化学修饰或其互变异构体修饰选自:优选地,所述式(I)所示的化学修饰或其互变异构体修饰选自:更优选地,所述式(I)所示的化学修饰或其互变异构体修饰选自:进一步优选地,所述式(I)所示的化学修饰或其互变异构体修饰选自:其中:B是碱基;优选地,B是所述反义链在其5’区域的第2位至第8位中对应位置的碱基。
- 根据前述权利要求中任一项所述的siRNA,其中所述反义链在其5’区域的第5位、第6位或第7位包含权利要求1-4中任一项所定义的式(I)所示的化学修饰或其互变异构体修饰;式(I)所示的化学修饰或其互变异构体修饰在其5’区域的第5位时,B是所述反义链在其5’区域的第5位中对应位置的碱基;式(I)所示的化学修饰或其互变异构体修饰在其5’区域的第6位时,B是所述反义链在其5’区域的第6位中对应位置的碱基;或者式(I)所示的化学修饰或其互变异构体修饰在其5’区域的第7位时,B是所述反义链在其5’区域的第7位中对应位置的碱基。
- 根据前述权利要求中任一项所述的siRNA,其中所述正义链核苷酸序列包含:5’-GUG UGC ACU UCG CUU CAC C-3’(SEQ ID NO:3);或,5’-CUU UUG UCU UUG GGU AUA U-3’(SEQ ID NO:5);或,5’-UUA CCA AUU UUC UUU UGU U-3’(SEQ ID NO:7);或,5’-CGU GUG CAC UUC GCU UCA C-3’(SEQ ID NO:9);或,5’-UGU CUU UGG GUA UAC AUU U-3’(SEQ ID NO:11);或,5’-CUU UUG UCU UUG GGU AUA C-3’(SEQ ID NO:13);或,5’-UGC ACU UCG CUU CAC CUC U-3’(SEQ ID NO:18);或,5’-GCA CUU CGC UUC ACC UCU G-3’(SEQ ID NO:20);或,5’-GGC GCU GAA UCC UGC GGA C-3’(SEQ ID NO:22)。
- 根据前述权利要求中任一项所述的siRNA,其中所述反义链核苷酸序列包含:5’-AGU GAA W’CG AAG UGC ACA CGG-3’(SEQ ID NO:215);或,5’-AUA UAC W’CA AAG ACA AAA GAA-3’(SEQ ID NO:216);或,5’-AAC AAA W’GA AAA UUG GUA ACA-3’(SEQ ID NO:217);或,5’-AUG AAG W’GA AGU GCA CAC GGU-3’(SEQ ID NO:218);或,5’-AAA UGU W’UA CCC AAA GAC AAA-3’(SEQ ID NO:219);或,5’-AGA GGU W’AA GCG AAG UGC ACA-3’(SEQ ID NO:220);或,5’-UAG AGG W’GA AGC GAA GUG CAC-3’(SEQ ID NO:221);或,5’-AUC CGC W’GG AUU CAG CGC CGA-3’(SEQ ID NO:222);其中,W’表示含有权利要求1-4中任一项所定义的式(I)所示的化学修饰或其互变异构体修饰的核苷酸。
- 根据权利要求7所述的siRNA,其中所述W’含有的化学修饰或其互变异构体修饰选自:其中;当反义链核苷酸序列包含:5’-AGU GAA W’CG AAG UGC ACA CGG-3’(SEQ ID NO:120)时,所述B为鸟嘌呤;或,当所述反义链核苷酸序列包含:5’-AUA UAC W’CA AAG ACA AAA GAA-3’(SEQ ID NO:121)时,所述B为胞嘧啶;或,当所述反义链核苷酸序列包含:5’-AAC AAA W’GA AAA UUG GUA ACA-3’(SEQ ID NO:122)时,所述B为腺嘌呤;或,当所述反义链核苷酸序列包含:5’-AUG AAG W’GA AGU GCA CAC GGU-3’(SEQ ID NO:123)时,所述B为胞嘧啶;或,当所述反义链核苷酸序列包含:5’-AAA UGU W’UA CCC AAA GAC AAA-3’(SEQ ID NO:124)时,所述B为腺嘌呤;或,当所述反义链核苷酸序列包含:5’-AGA GGU W’AA GCG AAG UGC ACA-3’(SEQ ID NO:127)时,所述B为鸟嘌呤;或,当所述反义链核苷酸序列包含:5’-UAG AGG W’GA AGC GAA GUG CAC-3’(SEQ ID NO:128)时,所述B为尿嘧啶;或,当所述反义链核苷酸序列包含:5’-AUC CGC W’GG AUU CAG CGC CGA-3’(SEQ ID NO:129)时,所述B为腺嘌呤。
- 根据前述权利要求中任一项所述的siRNA,其中除权利要求1-5中任一项所定义的式(I)所示的化学修饰或其互变异构体修饰外,所述siRNA的正义链和/或反义链中至少一个另外的核苷酸为修饰的核苷酸;优选地,所述修饰的核苷酸相互独立地选自:2'-烷氧基修饰的核苷酸、2'-经取代的烷氧基修饰的核苷酸、2'-烷基修饰的核苷酸、2'-经取代的烷基修饰的核苷酸、2'-氨基修饰的核苷酸、2'-经取代的氨基修饰的核苷酸、2'-氟代修饰的核苷酸、2'-脱氧核苷酸、2'-脱氧-2'-氟代修饰的核苷酸、3'-脱氧-胸腺嘧啶核苷酸、异核苷酸、LNA、ENA、cET、UNA和GNA;更优选地,所述修饰的核苷酸相互独立地选自:2'-甲氧基修饰的核苷酸和2'-氟代修饰的核苷酸。
- 根据权利要求9所述的siRNA,其中按照5'末端到3'末端的方向,反义链的第2、4、6、9、12、14、16和18位的核苷酸各自独立地为2'-氟代修饰的核苷酸;或者,按照5'末端到3'末端的方向,反义链的第2、4、6、10、12、14、16和18位的核苷酸各自独立地为2'-氟代修饰的核苷酸。
- 根据前述权利要求1-10中任一项所述的siRNA,正义链具有如下式所示的核苷酸序列:5’-N aN aN aN aN aN aN bN bN bN aN aN aN aN aN aN aN aN aN a-3’;和/或反义链具有如下式所示的核苷酸序列:5’-N a’N b’N a’N b’N a’N b’W’N a’N a’N b’N a’N b’N a’N b’N a’N b’N a’N b’N a’N a’N a’-3’其中,N a为2'-甲氧基修饰的核苷酸,N b为2'-氟代修饰的核苷酸;和/或N a’为2'-甲氧基修饰的核苷酸,N b’为2'-氟代修饰的核苷酸;W’表示含有权利要求1-4中任一项所定义的式(I)所示的化学修饰或其互变异构体修饰的核苷酸;优选地,W’含有的化学修饰或其互变异构体修饰选自:其中:B选自鸟嘌呤、腺嘌呤、胞嘧啶或尿嘧啶,优选地选自反义链在其5’区域的第7位中对应位置的碱基。
- 根据前述权利要求1-10中任一项所述的siRNA,正义链具有如下式所示的核苷酸序列:5’-N aN aN aN aN bN aN bN bN bN aN aN aN aN aN aN aN aN aN a-3’;和/或反义链具有如下式所示的核苷酸序列:5’-N a’N b’N a’N b’N a’N b’W’N a’N a’N b’N a’N b’N a’N b’N a’N b’N a’N b’N a’N a’N a’-3’其中,N a为2'-甲氧基修饰的核苷酸,N b为2'-氟代修饰的核苷酸;和/或N a’为2'-甲氧基修饰的核苷酸,N b’为2'-氟代修饰的核苷酸;W’表示含有权利要求1-4中任一项所定义的式(I)所示的化学修饰或其互变异构体修饰的核苷酸;优选地,W’含有的化学修饰或其互变异构体修饰选自:其中:B选自鸟嘌呤、腺嘌呤、胞嘧啶或尿嘧啶,优选地选自反义链在其5’区域的第7位中对应位置的碱基。
- 根据前述权利要求中任一项所述的siRNA,其中所述正义链和/或反义链中至少一个磷酸酯基为具有修饰基团的磷酸酯基,优选为硫代磷酸酯基。
- 一种siRNA缀合物,其包含权利要求1-13中任一项所述的siRNA和连接至所述siRNA末端的靶向配体;优选地,所述靶向配体连接至所述siRNA的正义链3’末端。
- 根据权利要求14所述的siRNA缀合物,所述靶向配体包含靶向部分T,T选自半乳糖、半乳糖胺、N-甲酰基-半乳糖胺、N-乙酰基-半乳糖胺、N-丙酰基-半乳糖胺、N-正丁酰基-半乳糖胺和N-异丁酰基-半乳糖胺,优选地,T选自N-乙酰基-半乳糖胺。
- 一种药物组合物,其包含根据权利要求1-13中任一项所述的siRNA或根据权利要求14-15中任一项所述的siRNA缀合物,和药学上可接受的载体。
- 根据权利要求1-13中任一项所述的siRNA或根据权利要求14-15中任一项所述的siRNA缀合物、或根据权利要求16所述的药物组合物在制备用于治疗和/或预防受试者的乙型肝炎病毒感染或与乙型肝炎病毒相关疾病的药物中的用途;优选地,所述与乙型肝炎病毒相关疾病是急性乙型肝炎、慢性乙型肝炎、丁型肝炎病毒感染、丁型肝炎、肝纤维化、晚期肝病和肝细胞癌,所述受试者是HBeAg阳性或HBeAg阴性。
- 一种用于抑制乙型肝炎病毒基因表达和/或复制的方法,该方法包括施用有效量或有效剂量的根据权利要求1-13中任一项所述的siRNA或根据权利要求14-15中任一项所述的siRNA缀合物、或根据权利要16所述的药物组合物;优选地,所述乙型肝炎病毒基因为HBV-X和/或HBV-S。
- 一种体内递送抑制乙型肝炎病毒基因表达和/或复制的siRNA至肝脏的方法,所述方法包括向受试者施用权利要求14-15中任一项所述的siRNA缀合物、或根据权利要求16所述的药物组合物;优选地,所述乙型肝炎病毒基因为HBV-X和/或HBV-S。
- 一种制备siRNA或siRNA缀合物的方法,其包括:合成根据权利要求1-13中任一项所述的siRNA或根据权利要求14-15中任一项所述的siRNA缀合物;以及纯化所述siRNA或所述siRNA缀合物。
- 一种siRNA,其包含选自以下任一组的正义链和反义链:组1,正义链:5’-GUG UGC ACU UCG CUU CAC C-3’(SEQ ID NO:3);反义链:5’-AGU GAA GCG AAG UGC ACA CGG(SEQ ID NO:4);组2,正义链:5’-CUU UUG UCU UUG GGU AUA U-3’(SEQ ID NO:5);反义链:5’-AUA UAC CCA AAG ACA AAA GAA-3’(SEQ ID NO:6);组3,正义链:5’-UUA CCA AUU UUC UUU UGU U-3’(SEQ ID NO:7);反义链:5’-AAC AAA AGA AAA UUG GUA ACA-3’(SEQ ID NO:8);组4,正义链:5’-CGU GUG CAC UUC GCU UCA C-3’(SEQ ID NO:9);反义链:5’-AUG AAG CGA AGU GCA CAC GGU-3’(SEQ ID NO:10);组5,正义链:5’-UGU CUU UGG GUA UAC AUU U-3’(SEQ ID NO:11);反义链:5’-AAA UGU AUA CCC AAA GAC AAA-3’(SEQ ID NO:12);组6,正义链:5’-CUU UUG UCU UUG GGU AUA C-3’(SEQ ID NO:13);反义链:5’-AUA UAC CCA AAG ACA AAA GAA-3’(SEQ ID NO:6);组7,正义链:5’-UGC ACU UCG CUU CAC CUC U-3’(SEQ ID NO:18);反义链:5’-AGA GGU GAA GCG AAG UGC ACA-3’(SEQ ID NO:19);组8,正义链:5’-GCA CUU CGC UUC ACC UCU G-3’(SEQ ID NO:20);反义链:5’-UAG AGG UGA AGC GAA GUG CAC-3’(SEQ ID NO:21);组9,正义链:5’-GGC GCU GAA UCC UGC GGA C-3’(SEQ ID NO:22);反义链:5’-AUC CGC AGG AUU CAG CGC CGA-3’(SEQ ID NO:23)。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN2021103612739 | 2021-04-02 | ||
CN202110361273 | 2021-04-02 | ||
PCT/CN2022/084771 WO2022206946A1 (zh) | 2021-04-02 | 2022-04-01 | 乙型肝炎病毒siRNA和siRNA缀合物 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN117241837A true CN117241837A (zh) | 2023-12-15 |
Family
ID=83458100
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN202280026376.2A Pending CN117241837A (zh) | 2021-04-02 | 2022-04-01 | 乙型肝炎病毒siRNA和siRNA缀合物 |
Country Status (3)
Country | Link |
---|---|
CN (1) | CN117241837A (zh) |
TW (1) | TW202302851A (zh) |
WO (1) | WO2022206946A1 (zh) |
Family Cites Families (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20030206887A1 (en) * | 1992-05-14 | 2003-11-06 | David Morrissey | RNA interference mediated inhibition of hepatitis B virus (HBV) using short interfering nucleic acid (siNA) |
EP3385272A1 (en) * | 2017-04-05 | 2018-10-10 | Silence Therapeutics GmbH | Further novel oligonucleotide-ligand conjugates |
JP7273417B2 (ja) * | 2017-12-01 | 2023-05-15 | スーチョウ リボ ライフ サイエンス カンパニー、リミテッド | 核酸、当該核酸を含む組成物および複合体ならびに調製方法と使用 |
US11633482B2 (en) * | 2017-12-29 | 2023-04-25 | Suzhou Ribo Life Science Co., Ltd. | Conjugates and preparation and use thereof |
CN112390835A (zh) * | 2019-08-14 | 2021-02-23 | 苏州瑞博生物技术股份有限公司 | 肝靶向化合物及缀合物 |
CA3190097A1 (en) * | 2020-08-04 | 2022-02-10 | Tuojie Biotech (Shanghai) Co., Ltd. | Modified sirna with reduced off-target activity |
-
2022
- 2022-04-01 WO PCT/CN2022/084771 patent/WO2022206946A1/zh active Application Filing
- 2022-04-01 TW TW111112868A patent/TW202302851A/zh unknown
- 2022-04-01 CN CN202280026376.2A patent/CN117241837A/zh active Pending
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
TW202302851A (zh) | 2023-01-16 |
WO2022206946A1 (zh) | 2022-10-06 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
WO2022028457A1 (zh) | 抑制凝血因子XI表达的siRNA、组合物及其医药用途 | |
CN114736256A (zh) | 5’-环膦酸酯修饰核苷酸 | |
WO2022028462A1 (zh) | 脱靶活性降低的修饰sirna | |
WO2021037205A1 (zh) | 化合物和药物缀合物及其制备方法和用途 | |
WO2021049504A1 (ja) | 肝臓送達用GalNAc-オリゴヌクレオチドコンジュゲートおよび製造方法 | |
WO2023109938A1 (zh) | 一种dsRNA、其制备方法及应用 | |
WO2023109932A1 (zh) | 一种dsRNA、其制备方法及应用 | |
CN117377765A (zh) | 一种核酸配体及其缀合物、其制备方法和用途 | |
CN117241837A (zh) | 乙型肝炎病毒siRNA和siRNA缀合物 | |
WO2022223015A1 (zh) | 靶向第13型17β-羟基类固醇脱氢酶的siRNA和siRNA缀合物 | |
WO2023088427A1 (zh) | 靶向血管紧张素原的siRNA及其医药用途 | |
US20240229037A1 (en) | SIRNA TARGETING 17Beta-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE TYPE 13 AND SIRNA CONJUGATE | |
WO2023208023A1 (zh) | 氘代化学修饰和包含其的寡核苷酸 | |
WO2023109940A1 (zh) | 靶向lpa的sirna及缀合物 | |
WO2023109935A1 (zh) | 一种dsRNA、其制备方法及应用 | |
KR20240107327A (ko) | 안지오텐시노겐을 표적으로 하는 siRNA 및 이의 의약적 용도 | |
CN118302526A (zh) | 一种dsRNA、其制备方法及应用 | |
JP2024524330A (ja) | 核酸リガンド及びその複合体、その調製方法と用途 | |
CN118339294A (zh) | 一种dsRNA、其制备方法及应用 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
PB01 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination |