CN117241809A - 用于治疗肝性脑病的组合物和方法 - Google Patents

Abstract

本文提供了用于治疗和/或预防肝性脑病的方法和组合物，包括向受试者施用包含纯化的细菌混合物的药物组合物。

Description

用于治疗肝性脑病的组合物和方法

相关申请

本申请根据35U.S.C.§119(e)主张2021年1月21日提交的美国临时申请号63/140,187的权益，其全部内容通过引用并入本文。

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背景技术

肝性脑病(HE)是一种与急性或慢性肝病相关的神经精神疾病。肝性脑病相关症状的严重程度包括从细微的精神变化(包括注意力不集中、精神错乱和定向障碍)到严重的情况(包括脑水肿、昏迷和死亡)。

发明内容

本公开内容的一些方面提供了治疗或预防受试者的肝性脑病的方法，所述方法包括向受试者施用包含纯化的细菌混合物的药物组合物，所述纯化的细菌混合物包含选自鲍氏梭菌(Clostridium bolteae)、结肠厌氧棍状菌(Anaerotruncus colihominis)、肠道塞利单胞菌(Sellimonas intestinalis)、共生梭菌(Clostridium symbiosum)、生产布劳特氏菌(Blautia producta)、长链多尔氏菌(Dorea longicatena)、无害梭菌(Clostridiuminnocuum)和普氏黄杆菌(Flavonifractor plautii)的一种或多种细菌菌株。在一些实施方案中，所述药物组合物包含纯化的细菌混合物，所述纯化的细菌混合物包含选自鲍氏梭菌、结肠厌氧棍状菌、肠道塞利单胞菌、共生梭菌、生产布劳特氏菌、长链多尔氏菌、无害梭菌和普氏黄杆菌的细菌菌株。在一些实施方案中，药物组合物包含由鲍氏梭菌、结肠厌氧棍状菌、肠道塞利单胞菌、共生梭菌、生产布劳特氏菌、长链多尔氏菌、无害梭菌和普氏黄杆菌组成的纯化的细菌混合物。

本公开内容的方面提供了治疗或预防受试者的肝性脑病的方法，所述方法包括向受试者施用包含纯化的细菌混合物的药物组合物，所述纯化的细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与选自SEQ ID NO：1-8的核酸序列具有至少97％序列同一性的16SrDNA序列。在一些实施方案中，药物组合物包含纯化的细菌混合物，所述纯化的细菌混合物包含细菌菌株，所述细菌菌株包含与选自SEQ ID NO：1-8的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列。在一些实施方案中，药物组合物包含由细菌菌株组成的纯化的细菌混合物，所述细菌菌株包含与选自SEQ ID NO：1-8的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列。

在一些实施方案中，受试者患有肝硬化或处于肝硬化的风险中。

在一些实施方案中，细菌菌株中的一种或多种是孢子形成体。在一些实施方案中，细菌菌株源自多于一名人类供体。在一些实施方案中，该方法进一步包含药学上可接受的赋形剂。

在一些实施方案中，细菌菌株是冻干的。在一些实施方案中，细菌菌株是喷雾干燥的。在一些实施方案中，细菌菌株中的一种或多种是孢子形式。在一些实施方案中，细菌菌株中的每一种是孢子形式。在一些实施方案中，细菌菌株中的一种或多种是营养体形式。在一些实施方案中，细菌菌株中的每一种是营养体形式。在一些实施方案中，药物组合物还包含一种或多种肠溶聚合物。

在一些实施方案中，药物组合物包含每个细菌菌株1×10⁷至1×10¹⁰个菌落形成单位(CFU)。在一些实施方案中，每种细菌菌株以相同的CFU量存在于组合物中(例如，每种菌株以1×10⁸CFU存在)。

在一些实施方案中，药物组合物被配制用于口服施用。在一些实施方案中，药物组合物是胶囊的形式。在一些实施方案中，药物组合物被配制用于递送至结肠。

在一些实施方案中，在药物组合物之前向受试者施用一个或多个剂量的抗生素。在一些实施方案中，受试者是人类。

在一些实施方案中，药物组合物作为一个剂量施用。在一些实施方案中，将药物组合物多次施用至受试者。在一些实施方案中，药物组合物以多个剂量施用。

本公开内容的一些方面提供了用于治疗或预防受试者的肝性脑病的方法中的药物组合物，其中所述药物组合物包含纯化的细菌混合物，所述纯化的细菌混合物包含选自鲍氏梭菌、结肠厌氧棍状菌、肠道塞利单胞菌、共生梭菌、生产布劳特氏菌、长链多尔氏菌、无害梭菌和普氏黄杆菌的细菌菌株。在一些实施方案中，药物组合物包含纯化的细菌混合物，所述纯化的细菌混合物由鲍氏梭菌、结肠厌氧棍状菌、肠道塞利单胞菌、共生梭菌、生产布劳特氏菌、长链多尔氏菌、无害梭菌和普氏黄杆菌组成。

本公开内容的一些方面提供了用于治疗或预防受试者的肝性脑病的方法中的药物组合物，其中所述药物组合物包含纯化的细菌混合物，所述纯化的细菌混合物包含细菌菌株，所述细菌菌株包含与选自SEQ ID NO：1-8的核酸序列具有至少97％序列同一性的16SrDNA序列。在一些实施方案中，药物组合物包含由细菌菌株组成的纯化的细菌混合物，所述细菌菌株包含与选自SEQ ID NO：1-8的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列。

在本文提供的药物组合物和用途的一些实施方案中，受试者患有肝硬化或处于肝硬化的风险中。

在本文提供的药物组合物和用途的一些实施方案中，一种或多种细菌菌株是孢子形成体。在一些实施方案中，细菌菌株源自多于一名人类供体。在一些实施方案中，药物组合物还包含药学上可接受的赋形剂。

在本文提供的药物组合物和用途的一些实施方案中，细菌菌株是冻干的。在一些实施方案中，细菌菌株是喷雾干燥的。在一些实施方案中，细菌菌株中的一种或多种是孢子形式。在一些实施方案中，细菌菌株中的每一种是孢子形式。在一些实施方案中，细菌菌株中的一种或多种是营养体形式。在一些实施方案中，细菌菌株中的每一种是营养体形式。在一些实施方案中，药物组合物还包含一种或多种肠溶聚合物。

在本文提供的药物组合物和用途的一些实施方案中，药物组合物包含每个细菌菌株1×10⁷至1×10¹⁰个菌落形成单位(CFU)。在一些实施方案中，药物组合物被配制用于口服施用。在一些实施方案中，药物组合物是胶囊的形式。在一些实施方案中，药物组合物被配制用于递送至结肠。

在本文提供的药物组合物和用途的一些实施方案中，在药物组合物之前向受试者施用一个或多个剂量的抗生素。在一些实施方案中，受试者是人类。

在本文提供的药物组合物和用途的一些实施方案中，药物组合物作为一个剂量施用。在一些实施方案中，将药物组合物多次施用至受试者。在一些实施方案中，药物组合物以多个剂量施用。

参考本公开内容的附图和详细描述，本公开内容的这些和其他方面以及其各种实施方案将变得更加明显。

本公开内容的每个限制可以涵盖本公开内容的各种实施方案。因此，预期涉及任何一个元素或元素组合的本公开内容的每个限制可以被包括在本公开内容的每个方面中。本公开内容在其应用中不限于在以下描述中阐述或在附图中示出的组分的构造和布置的细节。本公开内容能够实现其他实施方案并且能够以各种方式被实践或执行。

附图说明

图1A-1C显示本文提供的药物组合物的细菌菌株的代谢物的产生，如通过每细菌生物量的代谢物质量(μg/log₁₀ CFU)测量的。图1A显示乙酸盐的产生。图1B显示丁酸盐(丁酸)的产生。图1C显示丙酸盐(丙酸)的产生。

图2A-2B显示了评估含有8种细菌菌株的活细菌产品用于治疗肝性脑病(HE)的用途的研究的设计。图2A显示了资格筛选、随机化、给药方案和初始安全性分析。图2B显示了筛选、随机化、给药和干预、监测和随访时间表。

发明详述

肝性脑病(也称为“HE”)是一种以肝功能异常导致的脑功能障碍为特征的病况。HE被广泛地归类为一种代谢性疾病，因为肝脏代谢功能失调导致HE特有的神经系统症状。本文提供的方法部分基于这样的认识：肠道微生物组的组成影响受试者的代谢谱，其从而可能增加或降低患有肝功能障碍的受试者发生HE的风险。例如，肝硬化患者的肠道微生物组富含致病菌，例如革兰氏阴性变形菌(包括大肠杆菌(Escherichia coli)和肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae))。致病菌产生的潜在有毒化合物(包括氨)可能促成炎症，并在转移到血流和到达大脑后造成进一步的神经损伤。

患有肝功能障碍(例如肝硬化)的受试者的肠道微生物组还具有减少的丰度的梭菌纲的有益革兰氏阳性菌(例如梭菌科(Clostridiaceae)、毛螺菌科(Lachnospiraceae)、瘤胃球菌科(Ruminococcaceae))。这样的梭菌的存在可以减少炎症(例如，通过诱导调节性T细胞反应和/或促进肠道屏障完整性)，并代谢一些与HE的发展相关的化合物。例如，与基线相比，患有HE的受试者的血液包含降低的水平的次级胆汁酸和短链脂肪酸(SCFA)。参见，例如，Bloom等人,J Hepatol.2021.75(6):1452-1464。这两种代谢物在肠道、代谢和免疫稳态中发挥着重要作用，其中失调会增加发展HE的风险。例如，丁酸盐影响肠道屏障的完整性，因此降低的丁酸盐水平增加膜通透性，导致炎症。参见，例如，Wang等人,Proc NatlAcad Sci USA.2020.117(21):11648-11657。此外，改变的胆汁酸水平有可能影响血脑屏障的通透性并引起神经炎症。参见，例如，DeMorrow,J Clin Exp Hepatol.2019.9(1):117-124。

一些梭菌菌株，例如本文提供的组合物和方法的那些菌株，有效地将初级胆汁酸代谢为次级胆汁酸，并且还产生大量的SCFA。这些和其他细菌菌株的代谢活性描述于例如PCT公开号WO2020/037271中，其通过引用整体并入本文。参见，例如，WO2020/037271的实施例5，证明了当在抗生素治疗后施用以清除其他肠道驻留微生物区系时鲍氏梭菌、结肠厌氧棍状菌、肠道塞利单胞菌、共生梭菌、生产布劳特氏菌、长链多尔氏菌、无害梭菌和普氏黄杆菌增加受试者中次级胆汁酸水平的能力(例如，图32-33)。还参见WO2020/037271的实施例6，证明了当在类似条件下施用至受试者时，相同的细菌菌株产生SCFA例如乙酸盐、丙酸盐和丁酸盐的能力(例如，图37-38)。

本公开内容的组合物和方法在其应用中不限于在以下描述中阐述或在附图中示出的组分的构造和布置的细节。所公开的组合物和方法能够实现其他实施方案并且能够以各种方式被实践或执行。此外，本文中使用的措辞和术语是为了描述的目的并且不应被视为限制。本文使用的“包括”、“包含”或“具有”、“含有”、“涉及”及其变型意在涵盖其后列出的项目及其等同物以及另外的项目。

本文提供了用于治疗和/或预防受试者的肝性脑病的方法，所述方法包括向受试者施用包含纯化的细菌混合物的药物组合物，所述纯化的细菌混合物包含选自鲍氏梭菌、结肠厌氧棍状菌、肠道塞利单胞菌、共生梭菌、生产布劳特氏菌、长链多尔氏菌、无害梭菌和普氏黄杆菌的一种或多种细菌菌株。本文提供了用于治疗和/或预防受试者的肝性脑病的方法，所述方法包括向受试者施用包含纯化的细菌混合物的药物组合物，所述纯化的细菌混合物包含一种或多种细菌菌株，所述细菌菌株包含与选自SEQ ID NO：1-8的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列。

本公开内容的方面提供了包含细菌菌株的混合物的组合物。细菌菌株的一些实施方案描述于例如PCT公开号WO2017/218680中，其通过引用整体并入本文。

在本文提供的组合物的一些实施方案中，所述组合物包括表1中提供的一种或多种细菌菌株。在本文提供的组合物的一些实施方案中，所述组合物包括以下细菌菌株中的一种或多种：鲍氏梭菌(鲍氏绒毛梭菌(Lachnoclostridium bolteae)、鲍氏肠杆菌(Enterocloster bolteae))、结肠厌氧棍状菌、肠道塞利单胞菌(Drancourtellamassilienses、扭链瘤胃球菌(Ruminococcus torques)、断链真杆菌(Eubacteriumfissicatena))、共生梭菌(共生绒毛梭菌(Lachnoclostridium symbiosum))、生产布劳特氏菌(布劳特氏菌sp001304935)、长链多尔氏菌、无害梭菌(无害丹毒丝菌(Erysipelotrichaceae innocuum)、无害真杆菌(Eubacteriuminnocuum)、无害阿布塞菌(Absiella innocuum)、无害长链菌(Longicatena innocuum)、丹毒丝菌科细菌(Erysipelotrichaceae bacterium))和普氏黄杆菌(园环梭菌(Clostridiumorbiscindens)、罕见小球菌属的几个种(Subdolinogranulum spp))。

在一些实施方案中，本文所述的组合物包含至少2种、至少3种、至少4种、至少5种、至少6种、至少7种或至少8种细菌菌株(例如，纯化的细菌菌株)。

如本领域普通技术人员将理解的，细菌菌株可以与一种或多种细菌物种密切相关。可选地或另外地，基于改变命名法和系统发育分类，细菌菌株可以用一个或多个细菌物种名称来指代。在一些实施方案中，组合物包含鲍氏梭菌。在一些实施方案中，被称为鲍氏梭菌并且具有包含SEQ ID NO：1的核酸序列的16S rDNA序列的细菌菌株也可被称为例如鲍氏绒毛梭菌或鲍氏肠杆菌。在一些实施方案中，所述组合物包含结肠厌氧棍状菌。在一些实施方案中，被称为结肠厌氧棍状菌的细菌菌株具有包含SEQ ID NO：2的核酸序列的16SrDNA序列。在一些实施方案中，所述组合物包含断链真杆菌。在一些实施方案中，被称为断链真杆菌并且具有包含SEQ ID NO：3的核酸序列的16SrDNA序列的细菌菌株也可被称为例如肠道塞利单胞菌、Drancourtella massilienses或扭链瘤胃球菌。在一些实施方案中，组合物包含共生梭菌。在一些实施方案中，被称为共生梭菌并且具有包含SEQ ID NO：4的核酸序列的16S rDNA序列的细菌菌株也可以被称为例如共生绒毛梭菌。在一些实施方案中，该组合物包含生产布劳特氏菌。在一些实施方案中，被称为生产布劳特氏菌并且具有包含SEQID NO：5的核酸序列的16S rDNA序列的细菌菌株也可被称为例如布劳特氏菌sp001304935。在一些实施方案中，该组合物包含长链多尔氏菌。在一些实施方案中，被称为长链多尔氏菌的细菌菌株具有包含SEQ ID NO：6的核酸序列的16S rDNA序列。在一些实施方案中，所述组合物包含丹毒丝菌科细菌。在一些实施方案中，被称为丹毒丝菌科细菌并且具有包含SEQID NO：7的核酸序列的16S rDNA序列的细菌菌株也可以被称为例如无害梭菌、无害丹毒丝菌、无害真杆菌、无害阿布塞菌和无害长链菌。在一些实施方案中，该组合物包含罕见小球菌属的几个种。在一些实施方案中，被称为罕见小球菌属的几个种并且具有包含SEQ IDNO：8的核酸序列的16S rDNA序列的细菌菌株也可以被称为例如普氏黄杆菌或园环梭菌。

在一些方面，所述组合物包含纯化的细菌混合物，所述纯化的细菌混合物包含一种或多种选自鲍氏梭菌、结肠厌氧棍状菌、肠道塞利单胞菌、共生梭菌、生产布劳特氏菌、长链多尔氏菌、无害梭菌和普氏黄杆菌的细菌菌株。在一些方面，所述组合物包含由一种或多种选自鲍氏梭菌、结肠厌氧棍状菌、肠道塞利单胞菌、共生梭菌、生产布劳特氏菌、长链多尔氏菌、无害梭菌和普氏黄杆菌的细菌菌株组成的纯化的细菌混合物。

在一些方面，所述组合物包含纯化的细菌混合物，所述纯化的细菌混合物包含鲍氏梭菌、结肠厌氧棍状菌、肠道塞利单胞菌、共生梭菌、生产布劳特氏菌、长链多尔氏菌、无害梭菌和普氏黄杆菌。在一些方面，所述组合物包含纯化的细菌混合物，所述纯化的细菌混合物由鲍氏梭菌、结肠厌氧棍状菌、肠道塞利单胞菌、共生梭菌、生产布劳特氏菌、长链多尔氏菌、无害梭菌和普氏黄杆菌组成。

在一些方面，本文提供的组合物和方法允许治疗和/或预防受试者的肝性脑病。本文公开的组合物的示例性细菌菌株还可以通过它们的16s rRNA序列(SEQ ID NO：1-8)来鉴定。通过其序列鉴定细菌还允许鉴定与示例性细菌相同或高度相似的其他细菌菌株。例如，细菌菌株的16s rRNA序列用于通过全基因组测序并将这些序列与16S数据库进行比较来鉴定最接近的亲缘(基于百分比同一性)(表1)。另外，基于全基因组测序(WGS)以及全基因组与全基因组(WG)数据库的比较，具有SEQ ID NO：1-8提供的16S rRNA序列的细菌菌株与以下细菌物种最密切相关：鲍氏梭菌90A9、结肠厌氧棍状菌DSM 17241、Drancourtellamassiliensis GD1、共生梭菌WAL-14163、梭菌属细菌(Clostridium bacterium)UC5.1-1D4、长链多尔氏菌CAG:42、丹毒丝菌科细菌21_3和园环梭菌1_3_50AFAA(参见例如表1)。因此，在一方面，应当理解，表1的每一行的细菌菌株是高度相似的和/或相同的。在一些实施方案中，在本公开内容的上下文中，表1的一行内的细菌菌株的名称可以互换使用。

本公开内容的方面涉及具有16S rDNA序列的细菌菌株，所述16SrDNA序列与本文所述的细菌菌株或物种的序列中的任一个的核酸序列具有同源性。在一些实施方案中，细菌菌株相对于本文所述的任何菌株或细菌物种在核酸或氨基酸序列的指定区域上或在整个序列上具有至少80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％、99.6％、99.7％、99.8％或99.9％同源性。本领域技术人员应当理解，术语“同源性”或“同源性百分比”可以与“同一性”或“同一性百分比”互换使用。在两个或更多个核酸序列或氨基酸序列的上下文中，术语同源性或同一性是指两个或更多个序列或其部分之间相似性的量度。同源性可以存在于长度为至少约50个核苷酸的序列的区域上，或更优选地存在于长度为100至500或1000个或更多个核苷酸的区域上。在一些实施方案中，同源性存在于16S rRNA或16SrDNA序列或其部分的长度上。

在一些实施方案中，组合物包含一种或多种细菌菌株，其中所述一种或多种细菌菌株包含与SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：3、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：5、SEQ IDNO：6、SEQ ID NO：7或SEQ ID NO：8的核酸序列具有至少97％同源性的16S rDNA序列。在一些实施方案中，组合物包含一种或多种细菌菌株，其中所述细菌菌株包含与核酸序列SEQID NO：1、SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：3、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：5、SEQ ID NO：6、SEQ IDNO：7或SEQ ID NO：8具有至少80％、至少81％、至少82％、至少83％、至少84％、至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、至少99.5％、至少99.9％或高达100％同源性的16S rDNA序列。

在一些实施方案中，组合物由包含与核酸序列SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：2、SEQ IDNO：3、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：5、SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：7或SEQ ID NO：8具有至少80％、至少81％、至少82％、至少83％、至少84％、至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、至少99.5％、至少99.9％或高达100％同源性的16S rDNA序列的细菌菌株组成。

另外或可替代地，可以评估两个或更多个序列的序列之间的同一性。在两个或更多个核酸或氨基酸序列的上下文中，术语“同一性”或“同一性百分比”是指相同的两个或更多个序列或子序列。如果两个序列当在比较窗口上进行比较和对齐以获得最大对应性时在核酸或氨基酸序列的特定区域上或在整个序列上，或在使用以下序列比较算法之一测量的或通过手动对齐和目视检查的指定区域上具有特定百分比的相同氨基酸残基或核苷酸(例如，至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％、99.6％、99.7％、99.8％或99.9％序列同一性)时，所述两个序列是“基本上相同的”。任选地，同一性存在于长度为至少约50个核苷酸的区域上，或更优选地存在于长度为100至500或1000个或更多个核苷酸的区域上。在一些实施方案中，同一性存在于16S rRNA或16S rDNA序列的长度上。

在一些实施方案中，所述组合物包含一种或多种细菌菌株，其中所述一种或多种细菌菌株包含与SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：3、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：5、SEQID NO：6、SEQ ID NO：7或SEQ ID NO：8的核酸序列具有至少97％序列同一性的16SrDNA序列。在一些实施方案中，组合物包含一种或多种细菌菌株，其中所述细菌菌株包含与核酸序列SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：3、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：5、SEQ ID NO：6、SEQID NO：7或SEQ ID NO：8具有至少80％、至少81％、至少82％、至少83％、至少84％、至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、至少99.5％、至少99.9％或高达100％序列同一性的16S rDNA序列。

在一些实施方案中，组合物由包含16S rDNA序列的细菌菌株组成，所述16S rDNA序列与核酸序列SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：3、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：5、SEQID NO：6、SEQ ID NO：7或SEQ ID NO：8具有至少80％、至少81％、至少82％、至少83％、至少84％、至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、至少99.5％、至少99.9％或高达100％序列同一性。

另外或可替代地，可以评估两个或更多个序列的序列之间的对齐。在两个或更多个核酸或氨基酸序列的上下文中，术语“对齐”或“对齐百分比”是指相同的两个或更多个序列或子序列。如果两个序列当在比较窗口上进行比较和对齐以获得最大对应性时在核酸或氨基酸序列的特定区域上或在整个序列上，或在使用以下序列比较算法之一测量的或通过手动对齐和目视检查的指定区域上具有特定百分比的相同氨基酸残基或核苷酸(例如，至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％、99.6％、99.7％、99.8％或99.9％相同)时，所述两个序列是“基本上对齐的”。任选地，对齐存在于长度为至少约50个核苷酸的区域上，或更优选地存在于长度为100至500或1000个或更多个核苷酸的区域上。在一些实施方案中，同一性存在于16S rRNA或16SrDNA序列的长度上。

对于序列比较，通常将一个序列充当参考序列，测试序列与其进行比较。用于比较的序列的对齐方法是本领域众所周知的。例如，参见Smith和Waterman(1970)Adv.Appl.Math.2:482c的局部同源算法，Needleman和Wunsch,J.Mol.Biol.(1970)48:443的同源对齐算法，Pearson和Lipman.Proc.Natl.Acad.Sci.USA(1998)85:2444的相似性搜索方法，通过这些算法的计算机化实现(Wisconsin Genetics Software Package,Genetics Computer Group.Madison.WI中的GAP、BESTFIT、FASTA和TFASTA)，或手动对齐和目视检查(参见例如，Brent等人,Current Protocols in Molecular Biology,JohnWiley&Sons,Inc.(Ringbou ed.,2003))。适合于确定序列同一性百分比和序列相似性百分比的算法的两个例子是BLAST和BLAST 2.0算法，其分别描述于Altschul等人,Nuc.AcidsRes.(1977)25:3389-3402和Altschul等人,J.Mol.Biol.(1990)215:403-410。

应当理解，本文使用的术语“细菌”和“细菌菌株”是可互换的。

在本文提供的组合物的一些实施方案中，细菌菌株中的一种或多种是人源性细菌，意味着一种或多种细菌菌株从人或其样品(例如，人类供体)获得或鉴定。在本文提供的组合物的一些实施方案中，所有细菌菌株都是人源性细菌。在本文提供的组合物的一些实施方案中，细菌菌株源自多于一名人类供体。

本文提供的组合物中使用的细菌菌株通常从健康个体的微生物组中分离。在一些实施方案中，组合物包括源自单个个体的菌株。在一些实施方案中，组合物包括源自多个个体的菌株。在一些实施方案中，细菌菌株获自多个个体，分离和单独生长。随后可以将单独生长的细菌组合物组合以提供本公开内容的组合物。应理解，本文提供的组合物的细菌菌株的来源不限于来自健康个体的人类微生物组。在一些实施方案中，细菌菌株源自具有生态失调的微生物组的人类。在一些实施方案中，细菌菌株源自非人类动物或环境(例如土壤或地表水)。在一些实施方案中，本文提供的细菌菌株的组合源自多个来源(例如，人类和非人类动物)。

在本文提供的组合物的一些实施方案中，该组合物包含一种或多种厌氧细菌。在本文提供的组合物的一些实施方案中，该组合物仅包含厌氧细菌。在本文提供的组合物的一些实施方案中，组合物包含一种或多种兼性厌氧细菌。在本文提供的组合物的一些实施方案中，该组合物仅包含兼性厌氧细菌。在本文提供的组合物的一些实施方案中，该组合物包含一种或多种专性厌氧细菌。在本文提供的组合物的一些实施方案中，该组合物仅包含专性厌氧细菌。

在本文提供的组合物的一些实施方案中，一种或多种细菌菌株是孢子形成体。在本文提供的组合物的一些实施方案中，一种或多种细菌菌株是孢子形式。在本文提供的组合物的一些实施方案中，一种或多种细菌菌株是非孢子形成体。

在一些实施方案中，本文描述的组合物包含孢子形成和非孢子形成细菌菌株。在一些实施方案中，本文所述的组合物包含孢子形成细菌菌株。在一些实施方案中，本文描述的组合物仅包含孢子形成细菌菌株。在一些实施方案中，本文所述的组合物仅包含非孢子形成细菌菌株。孢子形成细菌可以是孢子形式(即，作为孢子)或营养体形式(即，作为营养细胞)。在孢子形式下，细菌通常对环境条件(例如热、酸、辐射、氧气、化学品和抗生素)具有更强的抵抗力。相反，与孢子形式相比，处于营养状态或活跃生长状态的细菌更容易受到这种环境条件的影响。一般来说，在适当的条件下，细菌孢子能够从孢子形式发芽成营养/活跃生长状态。例如，孢子形式的细菌在被引入肠道时可能会发芽。

在一些实施方案中，组合物中的至少一种(例如，1种、2种、3种、4种、5种或更多种)细菌菌株是孢子形成体。在一些实施方案中，组合物中的至少一种(例如，1种、2种、3种、4种、5种或更多种)细菌菌株是孢子形式。在一些实施方案中，组合物中的至少一种(例如，1种、2种、3种、4种、5种或更多种)细菌菌株是非孢子形成体。在一些实施方案中，组合物中的至少一种(例如，1种、2种、3种、4种、5种或更多种)细菌菌株是营养体形式(如上所讨论的，孢子形成细菌也可以处于营养体形式)。在一些实施方案中，组合物中的至少一种(例如，1种、2种、3种、4种、5种或更多种)细菌菌株是孢子形式，并且组合物中的至少一种(例如，1种、2种、3种、4种、5种或更多种)细菌菌株是营养体形式。在一些实施方案中，至少一种细菌菌株被认为能够形成孢子(即，孢子形成体)，但以营养体形式存在于组合物中。在一些实施方案中，被认为能够形成孢子的至少一种细菌菌株以孢子形式和营养体形式两者存在于组合物中。

预期本文提供的组合物的细菌菌株是活的并且当它们到达目标区域(例如肠)时将是活的。在这方面，细菌孢子被认为是活的。在一些实施方案中，作为孢子施用的细菌可以在目标区域(例如，肠)中发芽。还应当理解，并非所有细菌都是活的，并且组合物可以包含一定百分比(例如，按重量计)的非活细菌。另外，在一些实施方案中，组合物包含在施用时或在组合物到达目标区域(例如，肠)时不存活的细菌菌株。预计非存活细菌仍然可以通过为组合物中的其他细菌菌株提供一些营养物和代谢物而有用。

在一些实施方案中，在本文提供的任何组合物中，细菌菌株是纯化的。在一些实施方案中，在本文提供的任何组合物中，细菌菌株是分离的。本文描述的任何细菌菌株可以例如从诸如培养物或微生物群样品(例如粪便物质)的来源分离和/或纯化。本文提供的组合物中使用的细菌菌株通常从健康个体的微生物组中分离。然而，细菌菌株也可以从被认为不健康的个体中分离。在一些实施方案中，组合物包括源自多个个体的菌株。如本文所用，术语“分离的”是指已与一种或多种不需要的成分(例如另一种细菌或细菌菌株、生长培养基的一种或多种成分和/或样品例如粪便样品的一种或多种成分)分离的细菌。在一些实施方案中，细菌从来源基本上分离，使得不会检测到来源的其他成分。还如本文所用，术语“纯化的”是指细菌菌株或包含其的组合物已经与一种或多种组分(例如污染物)分离。在一些实施方案中，细菌菌株基本上不含污染物。在一些实施方案中，组合物的一种或多种细菌菌株可以独立地从含有细菌菌株的培养物或样品中产生和/或存在的一种或多种其他细菌中纯化。在一些实施方案中，从样品中分离或纯化细菌菌株，然后在适合细菌复制的条件下培养，例如在厌氧培养条件下。在适合细菌复制的条件下生长的细菌随后可以从其生长的培养物中分离/纯化。

本文所述的方法涉及将本文所述的任何药物组合物施用至有需要的受试者。如本文所用，“受试者”、“个体”和“患者”可互换使用，并且指脊椎动物，优选哺乳动物例如人类。哺乳动物包括但不限于人灵长类动物、非人灵长类动物或鼠科动物、牛科动物、马科动物、犬科动物或猫科动物物种。在一些实施方案中，受试者是人类。在一些实施方案中，人类受试者是新生儿受试者、儿科受试者、青少年受试者、成人受试者或老年受试者。在一些实施方案中，受试者患有肝性脑病或处于患有肝性脑病的风险中。

本文描述的任何组合物可以以治疗有效量或治疗有效量的剂量施用至受试者以治疗或预防肝性脑病。在一些实施方案中，本文描述的任何组合物可以以治疗有效量或治疗有效量的剂量施用至受试者以治疗或预防与免疫检查点抑制剂疗法相关的结肠炎。术语“治疗(treat)”或“治疗(treatment)”是指减少或缓解与疾病或病症(例如，肝性脑病)相关的一种或多种症状。术语“预防(prevent)”或“预防(prevention)”涵盖预防性施用并且可以降低经历疾病或病症(例如，肝性脑病)的发生率或可能性。

如本文所用，术语“治疗有效量”可以与术语“有效量”互换使用。如本文所述的组合物例如药物组合物的治疗有效量或有效量是在受试者中产生期望的反应或结果(例如本文所述的那些)的任何量。在一些实施方案中，治疗有效量是足以治疗肝性脑病的量。

应当理解，涉及包含细菌菌株的组合物时，术语“有效量”可以表达为待施用的细菌或CFU的数量。还应当理解的是，细菌一旦施用就可以繁殖。因此，即使施用相对少量的细菌也可能具有治疗效果。

如本文所述，肝性脑病(HE)是一种以肝功能异常导致的脑功能障碍为特征的病况。肝脏中这种代谢功能障碍的原因被认为包括例如与酒精有关的肝病、肝硬化、非酒精性脂肪肝病、原发性胆汁性胆管炎、病毒性肝炎例如由甲型肝炎病毒、乙型肝炎病毒和/或丙型肝炎病毒引起的病毒性肝炎。参见，例如，Rose等人,J Hepatol.(2020)73(6):1526-1547)。与HE相关的所引起的脑损伤表现为例如定向障碍、运动技能丧失和认知能力受损。

虽然HE的病因和发病机制尚不完全清楚，但氨被认为在两者中都发挥着作用。氨在多个解剖学部位产生，主要是肠道，在那里蛋白质被消化，氨基酸脱氨基，细菌将尿素转化为氨。如果肝脏无法控制血氨水平，过量的氨可导致细胞肿胀、炎症、氧化应激、线粒体功能障碍、细胞代谢破坏、pH值变化和改变膜电位。目前治疗HE的方法主要涉及靶向氨，例如抑制产生或吸收或降低其在血液中的浓度。

在一些实施方案中，受试者患有肝性脑病或处于肝性脑病的风险中。一般而言，肝性脑病可以基于例如受试者、意识、智力功能和/或行为的损伤水平来分类。参见，例如，Cash等人,QJM:Internal.J.Med.(2010)103(1):9-16。在一些实施方案中，受试者患有根据West Have标准的0级、1级、2级、3级或4级肝性脑病。可替代地或另外地，肝性脑病可根据基于根本原因分为不同的类型。参见，例如，Ferenci等人,Hepatology(2003)35(3):716-721。在一些实施方案中，受试者患有A型、B型或C型肝性脑病。

本文描述的任何方法可以用于治疗受试者的肝性脑病。如本文所用，治疗肝性脑病的方法涉及缓解或减轻至少一种与肝性脑病相关的症状，或减缓或逆转肝性脑病进展。

在一些实施方案中，受试者患有肝硬化或处于肝硬化的风险中。肝硬化是其中肝功能因慢性和/或长期损害而受损(例如由病毒感染、酗酒或非酒精性脂肪肝病引起的)的病况。肝损伤后，肝脏修复过程中形成疤痕组织，其阻碍血流、血压升高，并损害正常肝功能。肝功能的此降低损害多种重要的代谢过程，包括蛋白质合成、胆固醇代谢和氨解毒。

在一些实施方案中，由于细菌菌株之间的协同作用，本文提供的组合物的细菌菌株可以治疗和/或预防肝性脑病。

如本文所述，本文所述的任何药物组合物可以以一个剂量或多个剂量施用至受试者(例如，初始施用)，随后可以是一个或多个额外剂量的本文所述的任何药物组合物。在一些实施方案中，本文所述的任何药物组合物可以在初始施用中以一个剂量或多个剂量施用至受试者，随后是一个或多个额外剂量的包含与初始施用的药物组合物相同的一种或多种细菌菌株的药物组合物。在一些实施方案中，本文所述的任何药物组合物可以在初始施用中以一个剂量或多个剂量施用至受试者，随后是一个或多个额外剂量的包含相对于药物组合物的初始施用更多细菌总数(菌落形成单位)的药物组合物。在一些实施方案中，本文所述的任何药物组合物可以在初始施用中以一个剂量或多个剂量施用至受试者，随后是一个或多个额外剂量的包含相对于药物组合物的初始施用较少细菌总数(菌落形成单位)的药物组合物。在一些实施方案中，初始施用包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15个或更多个剂量的本文所述的任何药物组合物。在一些实施方案中，额外施用包括至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15个或更多个剂量的本文所述的任何药物组合物。在一些实施方案中，初始施用包括两个剂量的任何药物组合物，并且额外施用包括三个剂量的本文所述的任何药物组合物。

在一些实施方案中，在施用细菌组合物之前受试者未接受一定剂量的抗生素。在一些实施方案中，在施用本文提供的组合物之前受试者至少1、至少2、至少3、至少5、至少10、至少15、至少20、至少25、至少30、至少60、至少90、至少120、至少180或至少360天未施用抗生素。在一些实施方案中，用足以允许本文提供的细菌组合物的一种或多种菌株的移植的量的抗生素治疗受试者。

在一些实施方案中，给药方案需要施用多个剂量的本文所述的任何组合物。在一些实施方案中，将组合物口服施用至受试者1次、2次、3次、4次、5次、6次、7次、8次、9次、至少10次、至少11次、至少12次、至少13次、至少14次或更多次。在一些实施方案中，本文所述的任何组合物以规则间隔(例如每天、每2天、每3天、每4天、每5天、每6天、每周、每2周、每4周、每月、每2个月、每3个月、每4个月、每5个月、每6个月或更长时间)以多个剂量施用至受试者。在一些实施方案中，施用本文所述的任何组合物的一个剂量，并在第二天(例如，连续的一天)施用该组合物的第二剂量。在一些实施方案中，施用本文所述的任何组合物的一个剂量，并且连续几天施用组合物的每个额外剂量(例如，第1天的第一个剂量、第2天的第二个剂量、第3天的第三个剂量等)。

在一些实施方案中，在施用本文所述的任何细菌组合物之前向受试者施用单剂量的抗生素。在一些实施方案中，在施用本文所述的任何细菌组合物之前向受试者施用多个剂量的抗生素。在一些实施方案中，在施用本文所述的任何细菌组合物之前向受试者施用至少2、3、4、5或更多个剂量的抗生素。在一些实施方案中，与施用本文所述的任何细菌组合物基本上同时施用一定剂量的抗生素。可以施用的抗生素的实例包括但不限于卡那霉素、庆大霉素、粘菌素、甲硝唑、万古霉素、克林霉素、非达霉素、青霉素、链霉素和头孢哌酮。

在本文提供的任何一种方法的一些实施方案中，评估受试者的微生物组中本文所述的组合物的一种或多种细菌菌株的存在。在一些实施方案中，如果受试者在微生物组中不具有或仅具有低水平的本文所述的细菌组合物的一种或多种细菌菌株，则可以施用本文提供的任何一种组合物或一种或多种另外剂量的本文提供的任何一种组合物。

在一些实施方案中，评估受试者的微生物组中本文所述的细菌组合物的一种或多种细菌菌株的存在和/或丰度。在一些实施方案中，如果以高于阈值水平的水平检测到组合物的一种或多种细菌菌株，则不向受试者施用另外的组合物或食物产品。在一些实施方案中，如果组合物的一种或多种细菌菌株在受试者中定殖至高于阈值水平的水平，则不向受试者施用另外的组合物或食物产品。

组合物的细菌菌株可以使用本领域熟知的发酵技术来制造。在一些实施方案中，活性成分使用厌氧发酵罐制造，其可支持厌氧细菌菌株的快速生长。厌氧发酵罐可以是例如搅拌釜反应器或一次性波动生物反应器。诸如BL培养基和EG培养基的培养基或不含动物成分的这些培养基的类似形式可用于支持细菌物种的生长。可以通过传统技术例如离心和过滤从发酵液中纯化和浓缩细菌产物，并且可以任选地通过本领域熟知的技术干燥和冻干。

在一些实施方案中，活细菌产品可以配制用于作为药物组合物施用。如本文所用，术语“药物组合物”是指由至少一种活性成分(例如本文描述的任何细菌菌株)和一种或多种非活性成分(其可以包括一种或多种药学上可接受的赋形剂)的混合或组合而产生的产品。

“可接受的”赋形剂是指必须与活性成分相容并且对其施用至的受试者无害的赋形剂。在一些实施方案中，基于组合物的预期施用途径来选择药学上可接受的赋形剂，例如用于口服或鼻施用的组合物可以包含与用于直肠施用的组合物不同的药学上可接受的赋形剂。赋形剂的实例包括无菌水、生理盐水、溶剂、基质材料、乳化剂、悬浮剂、表面活性剂、稳定剂、调味剂、芳香剂、赋形剂、媒介物、防腐剂、粘合剂、稀释剂、张力调节剂、舒缓剂、填充剂、崩解剂、缓冲剂、包衣剂、润滑剂、着色剂、甜味剂、增稠剂和增溶剂。

药物组合物可以根据本领域众所周知的和常规实践的方法来制备(参见例如Remington:The Science and Practice of Pharmacy,Mack Publishing Co.20thed.2000)。本文所述的药物组合物还可包含冻干制剂或水溶液形式的任何承载体或稳定剂。可接受的赋形剂、承载体或稳定剂可以包括例如缓冲剂、抗氧化剂、防腐剂、聚合物、螯合剂和/或表面活性剂。药物组合物优选在GMP条件下制造。药物组合物可以口服、经鼻或肠胃外使用，例如以胶囊、片剂、丸剂、袋剂、液体、粉剂、颗粒剂、细颗粒剂、薄膜包衣制剂、丸剂、锭剂、舌下制剂、咀嚼剂、含服制剂、糊剂、糖浆剂、混悬剂、酏剂、乳剂、搽剂、软膏剂、硬膏剂、巴布剂、透皮吸收系统、洗剂、吸入剂、气雾剂、注射剂、栓剂等。在一些实施方案中，药物组合物可以通过注射来使用，例如通过静脉内、肌内、皮下或皮内施用。

在一些实施方案中，包含细菌菌株的组合物被配制用于口服递送。在一些实施方案中，细菌被配制用于递送至肠(例如，小肠和/或结肠)。在一些实施方案中，细菌用肠溶包衣配制，该肠溶包衣增加细菌在胃中恶劣环境中的存活率。肠溶包衣是一种抵抗胃中胃液作用的包衣，使得其中掺入的细菌将穿过胃并进入肠道。肠溶包衣在与肠液接触时可以容易地溶解，使得将涂层中封闭的细菌释放到肠道中。肠溶包衣可以由本领域熟知的聚合物和共聚物组成，例如市售的EUDRAGIT(Evonik Industries)。(参见，例如，Zhang,AAPSPharmSciTech(2016)17(1),56-67)。

包含细菌的组合物还可配制用于直肠递送至肠(例如，结肠)。因此，在一些实施方案中，细菌组合物可配制用于通过栓剂、结肠镜检查、内窥镜检查、乙状结肠镜检查或灌肠递送。药物制剂或配方，特别是用于口服施用的药物制剂，可以包括使得能够将本公开内容的组合物有效递送至肠(例如，结肠)的附加组分。可以使用允许将组合物递送至肠(例如，结肠)的多种药物制剂。其实例包括pH敏感性组合物，更具体地，缓冲袋制剂或肠溶聚合物，其在肠溶聚合物通过胃后pH变为碱性时释放其内容物。当pH敏感性组合物用于配制药物制剂时，pH敏感性组合物优选是其组合物分解的pH阈值为约6.8至约7.5的聚合物。该数值范围是在胃的远端部pH向碱性侧移动的范围，因此是适合用于向结肠递送的范围。还应当理解，肠的每个部分(例如，十二指肠、空肠、回肠、盲肠、结肠和直肠)具有不同的生化和化学环境。例如，肠道的部分具有不同的pH值，从而允许通过具有特定pH敏感性的组合物进行靶向递送。因此，本文提供的组合物可通过提供具有适当pH敏感性的制剂而配制用于递送至肠或肠的特定部分(例如，十二指肠、空肠、回肠、盲肠、结肠和直肠)。(参见，例如，Villena等人,Int J Pharm(2015)487(1-2):314-9)。

用于通过额外或替代途径施用的药物组合物也在本公开内容的范围内。在一些实施方案中，药物组合物被配制用于舌下施用。在一些实施方案中，药物组合物被配制用于通过注射施用。

在一些实施方案中，药物组合物可以包括能够将本公开内容的组合物有效递送至期望部位例如胃肠道(例如结肠)的附加组分。

可用于将组合物递送至肠(例如，结肠)的药物制剂的另一个实施方案是通过将内容物(例如，细菌菌株)的释放延迟约3至5小时(其对应于小肠通过时间)来确保递送至结肠。在用于延迟释放的药物制剂的一个实施方案中，使用水凝胶作为壳。水凝胶在与胃肠液接触时水合并膨胀，从而有效释放内容物(主要在结肠中释放)。延迟释放剂量单位包括含有药物的组合物，其具有包覆或选择性包覆待施用的药物或活性成分的材料。这种选择性包衣材料的实例包括体内可降解聚合物、可逐渐水解的聚合物、逐渐水溶性的聚合物和/或可酶降解的聚合物。用于有效延迟释放的多种包衣材料是可用的，并且包括例如纤维素基聚合物例如羟丙基纤维素、丙烯酸聚合物和共聚物例如甲基丙烯酸聚合物和共聚物、以及乙烯基聚合物和共聚物例如聚乙烯吡咯烷酮。

允许递送至肠(例如，结肠)的药物组合物的其他实例包括特异性粘附到结肠粘膜的生物粘附组合物(例如，美国专利号6,368,586的说明书中描述的聚合物)和其中掺入蛋白酶抑制剂以特别保护胃肠道中的生物药物制剂免于因蛋白酶活性而分解的组合物。

使得能够递送至肠(例如，结肠)的系统的另一个实例是以通过利用在胃的远端部分由细菌发酵中的气体产生引起的压力变化来释放内容物的方式通过压力变化将组合物递送至结肠的系统。这样的系统没有特别限制，并且其更具体的实例是具有分散在栓剂基质中的内容物并且被疏水性聚合物(例如乙基纤维素)包覆的胶囊。

使得能够将组合物递送至肠(例如结肠)的系统的另一个实例是包含可被存在于肠道(例如，结肠)中的酶(例如碳水化合物水解酶或碳水化合物还原酶)去除的包衣的组合物。这样的系统没有特别限制，更具体而言，其实例包括使用诸如非淀粉多糖类、直链淀粉、黄原胶和偶氮聚合物的食物成分的系统。

本文提供的组合物还可以通过经由孔口(例如鼻管)递送或经由手术的递送来递送至特定目标区域，例如肠。另外，配制用于递送至特定区域(例如，盲肠或结肠)的本文提供的组合物可以通过管施用(例如，直接进入小肠)。将机械递送方法(例如管)与化学递送方法(例如pH特异性包衣)相结合，允许将本文提供的组合物递送至所需目标区域(例如，盲肠或结肠)。

通过本领域技术人员已知的常规方法将包含细菌菌株的组合物配制成药学上可接受的剂型。调整剂量方案以提供最佳的期望反应(例如，预防或治疗效果)。在一些实施方案中，组合物的剂型是片剂、丸剂、胶囊、粉剂、颗粒剂、溶液剂或栓剂。在一些实施方案中，药物组合物被配制用于口服施用。在一些实施方案中，药物组合物被配制为使得组合物的细菌或其一部分在通过受试者的胃后保持存活。在一些实施方案中，药物组合物被配制用于直肠施用，例如作为栓剂。在一些实施方案中，药物组合物被配制用于通过提供适当的包衣(例如，pH特异性包衣、可以被目标区域特异性酶降解的包衣或可以与目标区域中存在的受体结合的包衣)递送至肠或肠的特定区域(例如，结肠)。

在一些实施方案中，本文公开的组合物含有约10、约10²、约10³、约10⁴、约10⁵、约10⁶、约10⁷、约10⁸、约10⁹、约10¹⁰、约10¹¹、约10¹²、约10¹³或更多细菌。在一些实施方案中，本文公开的组合物含有每毫升约10、约10²、约10³、约10⁴、约10⁵、约10⁶、约10⁷、约10⁸、约10⁹、约10¹⁰、约10¹¹、约10¹²、约10¹³或更多细菌。应当理解，一些细菌可能无法存活。在一些实施方案中，本文公开的组合物含有约10、约10²、约10³、约10⁴、约10⁵、约10⁶、约10⁷、约10⁸、约10⁹、约10¹⁰、约10¹¹、约10¹²、约10¹³或更多菌落形成单位(cfu)的细菌。在一些实施方案中，本文公开的组合物含有每毫升约10、约10²、约10³、约10⁴、约10⁵、约10⁶、约10⁷、约10⁸、约10⁹、约10¹⁰、约10¹¹、约10¹²、约10¹³或更多菌落形成单位(cfu)的细菌。

在一些实施方案中，本文公开的组合物包含10至10¹³、10²至10¹³、10³至10¹³、10⁴至10¹³、10⁵至10¹³、10⁶至10¹³、10⁷至10¹³、10⁸至10¹³、10⁹至10¹³、10¹⁰至10¹³、10¹¹至10¹³、10¹²至10¹³、10至10¹²、10²至10¹²、10³至10¹²、10⁴至10¹²、10⁵至10¹²、10⁶至10¹²、10⁷至10¹²、10⁸至10¹²、10⁹至10¹²、10¹⁰至10¹²、10¹¹至10¹²、10至10¹¹、10²至10¹¹、10³至10¹³、10⁴至10¹³、10⁵至10¹³、10⁶至10¹³、10⁷至10¹¹、10⁸至10¹¹、10⁹至10¹¹、10¹⁰至10¹¹、10至10¹⁰、10²至10¹⁰、10³至10¹⁰、10⁴至10¹⁰、10⁵至10¹⁰、10⁶至10¹⁰、10⁷至10¹⁰、10⁸至10¹⁰、10⁹至10¹⁰、10至10⁹、10²至10⁹、10³至10⁹、10⁴至10⁹、10⁵至10⁹、10⁶至10⁹、10⁷至10⁹、10⁸至10⁹、10至10⁸、10²至10⁸、10³至10⁸、10⁴至10⁸、10⁵至10⁸、10⁶至10⁸、10⁷至10⁸、10至10⁷、10²至10⁷、10³至10⁷、10⁴至10⁷、10⁵至10⁷、10⁶至10⁷、10至10⁶、10²至10⁶、10³至10⁶、10⁴至10⁶、10⁵至10⁶、10至10⁵、10²至10⁵、10³至10⁵、10⁴至10⁵、10至10⁴、10²至10⁴、10³至10⁴、10至10³、10²至10³或10至10²细菌或菌落形成单位总数。在一些实施方案中，本文公开的组合物包含每毫升10至10¹³、10²至10¹³、10³至10¹³、10⁴至10¹³、10⁵至10¹³、10⁶至10¹³、10⁷至10¹³、10⁸至10¹³、10⁹至10¹³、10¹⁰至10¹³、10¹¹至10¹³、10¹²至10¹³、10至10¹²、10²至10¹²、10³至10¹²、10⁴至10¹²、10⁵至10¹²、10⁶至10¹²、10⁷至10¹²、10⁸至10¹²、10⁹至10¹²、10¹⁰至10¹²、10¹¹至10¹²、10至10¹¹、10²至10¹¹、10³至10¹³、10⁴至10¹³、10⁵至10¹³、10⁶至10¹³、10⁷至10¹¹、10⁸至10¹¹、10⁹至10¹¹、10¹⁰至10¹¹、10至10¹⁰、10²至10¹⁰、10³至10¹⁰、10⁴至10¹⁰、10⁵至10¹⁰、10⁶至10¹⁰、10⁷至10¹⁰、10⁸至10¹⁰、10⁹至10¹⁰、10至10⁹、10²至10⁹、10³至10⁹、10⁴至10⁹、10⁵至10⁹、10⁶至10⁹、10⁷至10⁹、10⁸至10⁹、10至10⁸、10²至10⁸、10³至10⁸、10⁴至10⁸、10⁵至10⁸、10⁶至10⁸、10⁷至10⁸、10至10⁷、10²至10⁷、10³至10⁷、10⁴至10⁷、10⁵至10⁷、10⁶至10⁷、10至10⁶、10²至10⁶、10³至10⁶、10⁴至10⁶、10⁵至10⁶、10至10⁵、10²至10⁵、10³至10⁵、10⁴至10⁵、10至10⁴、10²至10⁴、10³至10⁴、10至10³、10²至10³或10至10²的细菌或菌落形成单位总数。

在一些实施方案中，本文公开的组合物包含10至10¹³、10²至10¹³、10³至10¹³、10⁴至10¹³、10⁵至10¹³、10⁶至10¹³、10⁷至10¹³、10⁸至10¹³、10⁹至10¹³、10¹⁰至10¹³、10¹¹至10¹³、10¹²至10¹³、10至10¹²、10²至10¹²、10³至10¹²、10⁴至10¹²、10⁵至10¹²、10⁶至10¹²、10⁷至10¹²、10⁸至10¹²、10⁹至10¹²、10¹⁰至10¹²、10¹¹至10¹²、10至10¹¹、10²至10¹¹、10³至10¹³、10⁴至10¹³、10⁵至10¹³、10⁶至10¹³、10⁷至10¹¹、10⁸至10¹¹、10⁹至10¹¹、10¹⁰至10¹¹、10至10¹⁰、10²至10¹⁰、10³至10¹⁰、10⁴至10¹⁰、10⁵至10¹⁰、10⁶至10¹⁰、10⁷至10¹⁰、10⁸至10¹⁰、10⁹至10¹⁰、10至10⁹、10²至10⁹、10³至10⁹、10⁴至10⁹、10⁵至10⁹、10⁶至10⁹、10⁷至10⁹、10⁸至10⁹、10至10⁸、10²至10⁸、10³至10⁸、10⁴至10⁸、10⁵至10⁸、10⁶至10⁸、10⁷至10⁸、10至10⁷、10²至10⁷、10³至10⁷、10⁴至10⁷、10⁵至10⁷、10⁶至10⁷、10至10⁶、10²至10⁶、10³至10⁶、10⁴至10⁶、10⁵至10⁶、10至10⁵、10²至10⁵、10³至10⁵、10⁴至10⁵、10至10⁴、10²至10⁴、10³至10⁴、10至10³、10²至10³或10至10²个细菌细胞或细菌菌落形成单位。

在一些实施方案中，本文公开的组合物包含每毫升10至10¹³、10²至10¹³、10³至10¹³、10⁴至10¹³、10⁵至10¹³、10⁶至10¹³、10⁷至10¹³、10⁸至10¹³、10⁹至10¹³、10¹⁰至10¹³、10¹¹至10¹³、10¹²至10¹³、10至10¹²、10²至10¹²、10³至10¹²、10⁴至10¹²、10⁵至10¹²、10⁶至10¹²、10⁷至10¹²、10⁸至10¹²、10⁹至10¹²、10¹⁰至10¹²、10¹¹至10¹²、10至10¹¹、10²至10¹¹、10³至10¹³、10⁴至10¹³、10⁵至10¹³、10⁶至10¹³、10⁷至10¹¹、10⁸至10¹¹、10⁹至10¹¹、10¹⁰至10¹¹、10至10¹⁰、10²至10¹⁰、10³至10¹⁰、10⁴至10¹⁰、10⁵至10¹⁰、10⁶至10¹⁰、10⁷至10¹⁰、10⁸至10¹⁰、10⁹至10¹⁰、10至10⁹、10²至10⁹、10³至10⁹、10⁴至10⁹、10⁵至10⁹、10⁶至10⁹、10⁷至10⁹、10⁸至10⁹、10至10⁸、10²至10⁸、10³至10⁸、10⁴至10⁸、10⁵至10⁸、10⁶至10⁸、10⁷至10⁸、10至10⁷、10²至10⁷、10³至10⁷、10⁴至10⁷、10⁵至10⁷、10⁶至10⁷、10至10⁶、10²至10⁶、10³至10⁶、10⁴至10⁶、10⁵至10⁶、10至10⁵、10²至10⁵、10³至10⁵、10⁴至10⁵、10至10⁴、10²至10⁴、10³至10⁴、10至10³、10²至10³或10至10²个细菌细胞或细菌菌落形成单位。

在一些实施方案中，组合物包含每毫升10⁷至10⁹个细菌细胞或细菌菌落形成单位(包括端值)。

在一些实施方案中，如果组合物包含多于一种细菌菌株，则每种细菌菌株以相同的量(以细菌细胞或CFU计)存在于组合物中。例如，包含共生梭菌和生产布劳特氏菌的组合物可包含每毫升1×10⁸CFU共生梭菌和1×10⁸CFU生产布劳特氏菌，或可包含每毫升1×10⁸个共生梭菌细胞和1×10⁸个生产布劳特氏菌细胞。

本公开内容的方面提供了包含本文提供的任何组合物和营养物的食物产品。包含本文所述的任何细菌菌株和营养物的食物产品也在本公开内容的范围内。食物产品通常供人类或动物食用。本文描述的任何细菌菌株可以配制为食物产品。在一些实施方案中，细菌菌株以孢子形式被配制为食物产品。在一些实施方案中，细菌菌株以营养体形式被配制为食物产品。在一些实施方案中，食物产品包含营养体细菌和孢子形式的细菌两者。本文公开的组合物可以用于食物或饮料中，例如保健食物或饮料、用于婴儿的食物或饮料、用于孕妇、运动员、老年人或其他特定群体的食物或饮料、功能性食物、饮料、特定保健用途的食物或饮料、膳食补充剂、用于患者的食物或饮料或动物饲料。

食物和饮料的非限制性实例包括各种饮料，例如果汁、清凉饮料、茶饮料、饮用制剂、果冻饮料和功能性饮料；酒精饮料，例如啤酒；含碳水化合物的食物，例如大米食物产品、面条、面包和面食；糊制品例如鱼火腿、香肠、海鲜糊制品；蒸煮袋产品，例如咖喱、浓稠淀粉酱搭配的食物、汤；乳制品，例如牛奶、乳制品饮料、冰淇淋、奶酪和酸奶；发酵制品，例如发酵豆瓣酱、酸奶、发酵饮料和酱菜；豆制品；各种糖果产品，例如西式糖果产品，包括饼干、曲奇饼等，日式糖果产品，包括豆酱馅蒸包、软红豆凉粉等，糖果、口香糖、软糖，冷甜点，包括果冻、奶油焦糖和冷冻甜点，速食食物，例如速食汤和速食大豆汤；可微波加热的食物；等等。此外，实例还包括以粉末、颗粒、片剂、胶囊、液体、糊剂和果冻形式制备的保健食物和饮料。

含有本文描述的细菌菌株的食物产品可以使用本领域已知的方法生产，并且可以含有与本文提供的药物组合物相同量的细菌(例如，按重量、量或CFU计)。食物产品中细菌的适当量的选择可以取决于多种因素，包括例如食物产品的份量、食用食物产品的频率、食物产品中含有的特定细菌菌株、食物产品中的水量和/或食物产品中细菌存活的附加条件。

可以配制为含有本文所述的任何细菌菌株的食物产品的实例包括但不限于饮料、饮品、棒、小吃、乳制品、糖果产品、谷物产品、即食产品、营养制剂例如营养补充制剂、食物或饮料添加剂。

表1：本文公开的组合物的细菌物种的实例。

等同物和范围

本公开内容在其应用中不限于在以下描述中阐述或在附图中示出的组分的构造和布置的细节。本公开内容能够实现其他实施方案并且能够以各种方式被实践或执行。此外，本文中使用的措辞和术语是为了描述的目的并且不应被视为限制。本文使用的“包括”、“包含”或“具有”、“含有”、“涉及”及其变体意在涵盖其后列出的项目及其等同物以及另外的项目。

除非本文另有定义，与本公开内容相关的所使用的科学和技术术语应具有本领域普通技术人员通常理解的含义。此外，除非上下文另有要求，单数术语应包括复数并且复数术语应包括单数。本公开内容的方法和技术通常根据本领域熟知的常规方法进行。一般而言，与本文所述的生物化学、酶学、分子和细胞生物学、微生物学、病毒学、细胞或组织培养、遗传学以及蛋白质和核酸化学相关使用的命名法和技术是本领域众所周知和常用的那些。除非另有说明，本公开内容的方法和技术通常根据本领域熟知的常规方法以及如本说明书通篇引用和讨论的各种一般性和更具体的参考文献中所描述的来进行。

通过以下实施例进一步说明本公开内容，但这些实施例决不应被解释为进一步限制。本申请通篇引用的所有参考文献(包括文献参考文献、已发布的专利、已发布的专利申请和共同未决的专利申请)的全部内容在此通过引用明确并入，特别是对于上文引用的教导内容。然而，任何参考文献的引用并不意味着承认该参考文献是现有技术。

实施例

实施例1：用于治疗肝性脑病的8株纯化的细菌混合物的评价。

本实施例描述了含有8种细菌菌株的活生物治疗产品(LBP)的效果。LBP由源自健康供体的8种共生、非致病性梭菌菌株组成，如表1中所述。这些细菌菌株具有良好的耐受性，是从健康供体中分离出来的，并且经过充分表征，已知有效地将初级胆汁酸转化为次级胆汁酸并产生大量的短链脂肪酸，例如乙酸盐、丁酸盐和丙酸盐(图1A-1C)。此外，这些细菌菌株对利福昔明(目前HE的标准护理疗法之一)具有抵抗性，使得LBP适合用于目前正在接受利福昔明治疗的患者。

在为期6个月的在LBP治疗组和安慰剂治疗组中的研究期间，在一组有肝性脑病(HE)风险的受试者中评估了LBP的安全性和耐受性。

如果受试者符合以下条件，则纳入这些受试者：(1)基于肝活检、影像学或临床代偿失调证据诊断为肝硬化；(2)过去有过至少一次明显HE的发作史；和(3)已服用乳果糖和利福昔明，并且符合治疗要求。

如果满足以下任何条件，则受试者被排除：

·当前发生明显HE的发作

·过去4周内静脉曲张出血

·过去28天内接受肠道可吸收或静脉内抗生素治疗

·过去6个月内粪便微生物群移植

·过去2周使用益生菌

·过去4周内饮酒或非法药物摄入

·原发性硬化性胆管炎是肝病的病因

·炎症性肠病、短肠、胃肠道瘘、肠缺血或任何形式的持续性结肠炎病史

·痴呆或其他原发性神经认知障碍的先前诊断

·已知对万古霉素和LBP的任何成分(包括蔗糖、组氨酸、酵母提取物、半胱氨酸、偏亚硫酸氢盐和微晶纤维素)超敏/过敏/不耐受。

·Roux-en-Y胃旁路手术史

·去年接受过任何胃肠道手术

·严重的免疫损害/缺陷(例如，不受控制的人类免疫缺陷病毒、主动免疫抑制治疗，包括防止移植排斥的高剂量的皮质类固醇或药物、最近的清髓治疗、持续的中性粒细胞减少症)

·妊娠或哺乳

·终末期肝病模型(MELD)>20

·自发性细菌性腹膜炎病史

·过去28天内进行过血液透析

·过去3个月内布置门体分流或经颈静脉肝内门体分流(如果在入组前超过3个月布置，则允许)

·不稳定剂量的阿片类药物、苯二氮卓类药物或其他镇静药物

受试者入组后，所有受试者连续五天施用万古霉素(q.i.d.125mg万古霉素)以清除肠道驻留微生物区系。然后，将受试者随机分为LBP治疗组或安慰剂治疗组(2:1的LBP:安慰剂)。受试者每天接受5粒胶囊形式的LBP或安慰剂剂量，持续14天(图2A)。受试者接受标准护理治疗以减轻HE风险，包括在研究的整个干预和随访部分中持续使用乳果糖和利福昔明(图2B)。在以下时间点进行认知测试以评估HE症状，并收集粪便和血清样品：

(1)万古霉素施用前；

(2)完成万古霉素施用后但在LBP或安慰剂施用前；

(3)完成LBP或安慰剂给药14天后立即；

(4)完成LBP或安慰剂给药后2周；

(5)完成LBP或安慰剂给药后4周；以及

(6)完成LBP或安慰剂给药后6个月。

认知测试使用精神性肝性脑病评分(PHES)系列测试。受试者的PHES使用一系列5项纸笔测试(其评估认知和精神运动处理速度以及视觉运动协调性)来测量。每个子测试的分数基于与年龄相关的标准分配值(对于好于正常平均值以上1个标准差(SD)的评分的1+至超过正常平均值以下3个SD的评分的-3)。组合评分从+6到-18不等。

本研究测量的主要结果是：(1)安全性，如通过完成LBP或安慰剂给药后4周直至第6周的严重不良事件数量测量的；和(2)功效，如通过PHES的变化来测量，作为从万古霉素使用前到第6周的认知功能的度量。

次要结果包括(1)完成LBP或安慰剂给药后6个月直至第26周的因明显HE住院的次数；(2)直至第26周的不良事件；(3)从万古霉素使用前到第26周报告的患者报告的结果测量信息系统(PROMIS)全球健康的变化；(4)如果发展明显的HE，发展明显的HE所花费的时间长度；(5)基于如通过粪便样品的宏基因组测序评估的粪便收集时间点之间的B多样性，从万古霉素使用前到第26周肠道微生物组组成的变化；(6)从万古霉素使用前到第26周血清生物标志物(包括初级胆汁酸、次级胆汁酸、SCFA和炎症标志物的浓度)的变化；(7)从万古霉素使用前到第26周的PHES。

序列

VE303-1 鲍氏梭菌 16S核糖体RNA

ATGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCGAACGAAGCAATTAAAATGAAGTTTTCGGATGGATTTTTGATTGACTGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGATAACCTGCCTCACACTGGGGGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGTACCGCATGGTACGGTGTGAAAAACTCCGGTGGTGTGAGATGGATCCGCGTCTGATTAGCCAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAAGCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGAAAGCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGTGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCGAAGCAAGTCTGAAGTGAAAACCCAGGGCTCAACCCTGGGACTGCTTTGGAAACTGTTTTGCTAGAGTGTCGGAGAGGTAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGATAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATGCTAGGTGTTGGGGGGCAAAGCCCTTCGGTGCCGTCGCAAACGCAGTAAGCATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGTCTTGACATCCTCTTGACCGGCGTGTAACGGCGCCTTCCCTTCGGGGCAAGAGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTAGTAGCCAGCAGGTAAAGCTGGGCACTCTAGGGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCAAGACAGTGATGTGGAGCAAATCCCAAAAATAACGTCCCAGTTCGGACTGTAGTCTGCAACCCGACTACACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGCAACGCCCGAAGTCAGTGACCCAACTCGCAAGAGAGGGAGCTGCCGAAGGCGGGGCAGGTAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT(SEQ ID NO:1)

VE303-2 结肠厌氧棍状菌 16S核糖体RNA

CAAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGCGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGAGCTTACGTTTTGAAGTTTTCGGATGGATGAATGTAAGCTTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGAGCAACCTGCCTTTCAGAGGGGGATAACAGCCGGAAACGGCTGCTAATACCGCATGATGTTGCGGGGGCACATGCCCCTGCAACCAAAGGAGCAATCCGCTGAAAGATGGGCTCGCGTCCGATTAGCCAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAAGCGACGATCGGTAGCCGGACTGAGAGGTTGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGGATATTGCACAATGGGCGAAAGCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGGGAAGACGGTCTTCGGATTGTAAACCTCTGTCTTTGGGGAAGAAAATGACGGTACCCAAAGAGGAAGCTCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGAGCAAGCGTTGTCCGGAATTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGGCGGGATGGCAAGTAGAATGTTAAATCCATCGGCTCAACCGGTGGCTGCGTTCTAAACTGCCGTTCTTGAGTGAAGTAGAGGCAGGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCCTGCTGGGCTTTAACTGACGCTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGATTACTAGGTGTGGGGGGACTGACCCCTTCCGTGCCGCAGTTAACACAATAAGTAATCCACCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCAGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCGGATGCATAGCCTAGAGATAGGTGAAGCCCTTCGGGGCATCCAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATTATTAGTTGCTACGCAAGAGCACTCTAATGAGACTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTACTACAATGGCACTAAAACAGAGGGCGGCGACACCGCGAGGTGAAGCGAATCCCGAAAAAGTGTCTCAGTTCAGATTGCAGGCTGCAACCCGCCTGCATGAAGTCGGAATTGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCGGTAACACCCGAAGCCAGTAGCCTAACCGCAAGGGGGGCGCTGTCGAAGGTGGGATTGATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT(SEQ ID NO:2)

VE303-3 肠道塞利单胞菌 16S核糖体RNA

TACGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGAAGCGCTGTTTTCAGAATCTTCGGAGGAAGAGGACAGTGACTGAGCGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGCAACCTGCCTCATACAGGGGGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGGACCGCATGGTGTAGTGTGAAAAACTCCGGTGGTATGAGATGGACCCGCGTCTGATTAGGTAGTTGGTGGGGTAAAGGCCTACCAAGCCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAACTTCTATCAGCAGGGAAGAAGATGACGGTACCTGAGTAAGAAGCACCGGCTAAATACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTATGGTGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGATAGGCAAGTCTGGAGTGAAAACCCAGGGCTCAACCCTGGGACTGCTTTGGAAACTGCAGATCTGGAGTGCCGGAGAGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGGTGACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGACTACTAGGTGTCGGTGTGCAAAGCACATCGGTGCCGCAGCAAACGCAATAAGTAGTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCGGATGACGGGCGAGTAATGTCGCCGTCCCTTCGGGGCATCCGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTCAGTAGCCAGCATATAAGGTGGGCACTCTGGAGAGACTGCCAGGGAGAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGGCCAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCGAGAGGGTGACCTGGAGCGAATCCCAAAAATAACGTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGCCAGTGACCCAACCTTAGAGGAGGGAGCTGTCGAAGGCGGGACGGATAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT(SEQ ID NO:3)

VE303-4 共生梭菌 16S核糖体RNA

TGACTGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTTGTACTGGGGGACAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGTATCGCATGATACAGTGTGAAAAACTCCGGTGGTACAAGATGGACCCGCGTCTGATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGAAAGCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGTGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGTAAAGCAAGTCTGAAGTGAAAGCCCGCGGCTCAACTGCGGGACTGCTTTGGAAACTGTTTAACTGGAGTGTCGGAGAGGTAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTACTGGACGATAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTTGGGGAGCAAAGCTCTTCGGTGCCGTCGCAAACGCAGTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCGATCCGACGGGGGAGTAACGTCCCCTTCCCTTCGGGGCGGAGAAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATTCTAAGTAGCCAGCGGTTCGGCCGGGAACTCTTGGGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGAGAAGCAAGACCGCGAGGTGGAGCAAATCTCAAAAATAACGTCTCAGTTCGGACTGCAGGCTGCAACTCGCCTGCACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGTCAGTGACCCAACCGCAAGGAGGGAGCTGCCGAAGGCGGGACCGATAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT(SEQ ID NO:4)

VE303-5 生产布劳特氏菌 16S核糖体RNA

ATCAGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGAAGCACTTAAGTGGATCTCTTCGGATTGAAACTTATTTGACTGAGCGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTCATACAGGGGGATAACAGTTAGAAATGGCTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGGACCGCATGGTCTGGTGTGAAAAACTCCGGTGGTATGAGATGGACCCGCGTCTGATTAGCTAGTTGGAGGGGTAACGGCCCACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGGCCTGAGAGGGTGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGAAGAAGTATCTCGGTATGTAAACTTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGAAGAGCAAGTCTGATGTGAAAGGCTGGGGCTTAACCCCAGGACTGCATTGGAAACTGTTTTTCTAGAGTGCCGGAGAGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTCGGGTGGCAAAGCCATTCGGTGCCGCAGCAAACGCAATAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGTCTTGACATCCCTCTGACCGGCCCGTAACGGGGCCTTCCCTTCGGGGCAGAGGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATCCTTAGTAGCCAGCAGGTGAAGCTGGGCACTCTAGGGAGACTGCCGGGGATAACCCGGAGGAAGGCGGGGACGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCGAGACAGCGATGTTGAGCAAATCCCAAAAATAACGTCCCAGTTCGGACTGCAGTCTGCAACTCGACTGCACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGTCAGTGACCCAACCTTACAGGAGGGAGCTGCCGAAGGCGGGACCGATAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT(SEQ ID NO:5)

VE303-6 长链多尔氏菌 16S核糖体RNA

AACGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGAAGCACTTTGGAAGATTCTTCGGATGATTTCCTTTGTGACTGAGCGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTCATACAGGGGGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGACCACGGTACCGCATGGTACAGTGGTAAAAACTCCGGTGGTATGAGATGGACCCGCGTCTGATTAGGTAGTTGGTGGGGTAACGGCCTACCAAGCCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGAGGAAACTCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGATGAAGTATTTCGGTATGTAAACTTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCACGGCAAGCCAGATGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCCCGGGACTGCATTTGGAACTGCTGAGCTAGAGTGTCGGAGAGGCAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTGCTGGACGATGACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGACTGCTAGGTGTCGGGTGGCAAAGCCATTCGGTGCCGCAGCTAACGCAATAAGCAGTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCTGATCTTGACATCCCGATGACCGCTTCGTAATGGAAGCTTTTCTTCGGAACATCGGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATCTTCAGTAGCCAGCAGGTTAAGCTGGGCACTCTGGAGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGAGAAGCGAACTCGCGAGGGTAAGCAAATCTCAAAAATAACGTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCAGATCAGAATGCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGTCAGTGACCCAACCGTAAGGAGGGAGCTGCCGAAGGTGGGACCGATAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT(SEQ ID NO:6)

VE303-7 无害梭菌 16S核糖体RNA

ATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCATGCCTAATACATGCAAGTCGAACGAAGTTTCGAGGAAGCTTGCTTCCAAAGAGACTTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTAGGTAACCTGCCCATGTGTCCGGGATAACTGCTGGAAACGGTAGCTAAAACCGGATAGGTATACAGAGCGCATGCTCAGTATATTAAAGCGCCCATCAAGGCGTGAACATGGATGGACCTGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCCCACCAAGGCGATGATGCGTAGCCGGCCTGAGAGGGTAAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATTTTCGTCAATGGGGGAAACCCTGAACGAGCAATGCCGCGTGAGTGAAGAAGGTCTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTAAGTGAAGAACGGCTCATAGAGGAAATGCTATGGGAGTGACGGTAGCTTACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATCATTGGGCGTAAAGGGTGCGTAGGTGGCGTACTAAGTCTGTAGTAAAAGGCAATGGCTCAACCATTGTAAGCTATGGAAACTGGTATGCTGGAGTGCAGAAGAGGGCGATGGAATTCCATGTGTAGCGGTAAAATGCGTAGATATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGTCGCCTGGTCTGTAACTGACACTGAGGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAATAGGATTAGATACCCTAGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGAACTAAGTGTTGGAGGAATTCAGTGCTGCAGTTAACGCAATAAGTTCTCCGCCTGGGGAGTATGCACGCAAGTGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGCCTTGACATGGAAACAAATACCCTAGAGATAGGGGGATAATTATGGATCACACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGTCGCATGTTACCAGCATCAAGTTGGGGACTCATGCGAGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGGCCTGGGCTACACACGTACTACAATGGCGGCCACAAAGAGCAGCGACACAGTGATGTGAAGCGAATCTCATAAAGGTCGTCTCAGTTCGGATTGAAGTCTGCAACTCGACTTCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCAGATCAGCATGCTGCGGTGAATACGTTCTCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAACCATGGGAGTCAGTAATACCCGAAGCCGGTGGCATAACCGTAAGGAGTGAGCCGTCGAAGGTAGGACCGATGACTGGGGTTAAGTCGTAACAAGGTATCCCTACGGGAACGTGGGGATGGATCACCTCCTTT(SEQ ID NO:7)

VE303-8 普氏黄杆菌 16S核糖体RNA

TATTGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAACGGGGTGCTCATGACGGAGGATTCGTCCAACGGATTGAGTTACCTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGAGGAACCTGCCTTGGAGAGGGGAATAACACTCCGAAAGGAGTGCTAATACCGCATAATGCAGTTGGGTCGCATGGCTCTGACTGCCAAAGATTTATCGCTCTGAGATGGCCTCGCGTCTGATTAGCTAGTAGGCGGGGTAACGGCCCACCTAGGCGACGATCAGTAGCCGGACTGAGAGGTTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGGCAATGGGCGCAAGCCTGACCCAGCAACGCCGCGTGAAGGAAGAAGGCTTTCGGGTTGTAAACTTCTTTTGTCAGGGACGAAACAAATGACGGTACCTGACGAATAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGCGTGTAGGCGGGATTGCAAGTCAGATGTGAAAACTGGGGGCTCAACCTCCAGCCTGCATTTGAAACTGTAGTTCTTGAGTGCTGGAGAGGCAATCGGAATTCCGTGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATACGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGATTGCTGGACAGTAACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGGATACTAGGTGTGGGGGGTCTGACCCCCTCCGTGCCGCAGTTAACACAATAAGTATCCCACCTGGGGAGTACGATCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGGCTTGACATCCCACTAACGAAGCAGAGATGCATTAGGTGCCCTTCGGGGAAAGTGGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATTGTTAGTTGCTACGCAAGAGCACTCTAGCGAGACTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGTCCTGGGCCACACACGTACTACAATGGTGGTTAACAGAGGGAGGCAATACCGCGAGGTGGAGCAAATCCCTAAAAGCCATCCCAGTTCGGATTGCAGGCTGAAACCCGCCTGTATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGAGAGTCGGGAACACCCGAAGTCCGTAGCCTAACCGCAAGGAGGGCGCGGCCGAAGGTGGGTTCGATAATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT(SEQ ID NO:8)

序列表

<110> 韦丹塔生物科学股份有限公司

<120> 用于治疗肝性脑病的组合物和方法

<130> P0745.70025WO00

<140> Not Yet Assigned

<141> Concurrently Herewith

<150> US 63/140,187

<151> 2021-01-21

<160> 8

<170> PatentIn version 3.5

<210> 1

<211> 1530

<212> DNA

<213> 鲍氏梭菌（Clostridium bolteae）

<400> 1

atgagagttt gatcctggct caggatgaac gctggcggcg tgcctaacac atgcaagtcg 60

aacgaagcaa ttaaaatgaa gttttcggat ggatttttga ttgactgagt ggcggacggg 120

tgagtaacgc gtggataacc tgcctcacac tgggggataa cagttagaaa tgactgctaa 180

taccgcataa gcgcacagta ccgcatggta cggtgtgaaa aactccggtg gtgtgagatg 240

gatccgcgtc tgattagcca gttggcgggg taacggccca ccaaagcgac gatcagtagc 300

cgacctgaga gggtgaccgg ccacattggg actgagacac ggcccaaact cctacgggag 360

gcagcagtgg ggaatattgc acaatgggcg aaagcctgat gcagcgacgc cgcgtgagtg 420

aagaagtatt tcggtatgta aagctctatc agcagggaag aaaatgacgg tacctgacta 480

agaagccccg gctaactacg tgccagcagc cgcggtaata cgtagggggc aagcgttatc 540

cggatttact gggtgtaaag ggagcgtaga cggcgaagca agtctgaagt gaaaacccag 600

ggctcaaccc tgggactgct ttggaaactg ttttgctaga gtgtcggaga ggtaagtgga 660

attcctagtg tagcggtgaa atgcgtagat attaggagga acaccagtgg cgaaggcggc 720

ttactggacg ataactgacg ttgaggctcg aaagcgtggg gagcaaacag gattagatac 780

cctggtagtc cacgccgtaa acgatgaatg ctaggtgttg gggggcaaag cccttcggtg 840

ccgtcgcaaa cgcagtaagc attccacctg gggagtacgt tcgcaagaat gaaactcaaa 900

ggaattgacg gggacccgca caagcggtgg agcatgtggt ttaattcgaa gcaacgcgaa 960

gaaccttacc aagtcttgac atcctcttga ccggcgtgta acggcgcctt cccttcgggg 1020

caagagagac aggtggtgca tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt 1080

cccgcaacga gcgcaaccct tatccttagt agccagcagg taaagctggg cactctaggg 1140

agactgccag ggataacctg gaggaaggtg gggatgacgt caaatcatca tgccccttat 1200

gatttgggct acacacgtgc tacaatggcg taaacaaagg gaagcaagac agtgatgtgg 1260

agcaaatccc aaaaataacg tcccagttcg gactgtagtc tgcaacccga ctacacgaag 1320

ctggaatcgc tagtaatcgc gaatcagaat gtcgcggtga atacgttccc gggtcttgta 1380

cacaccgccc gtcacaccat gggagtcagc aacgcccgaa gtcagtgacc caactcgcaa 1440

gagagggagc tgccgaaggc ggggcaggta actggggtga agtcgtaaca aggtagccgt 1500

atcggaaggt gcggctggat cacctccttt 1530

<210> 2

<211> 1521

<212> DNA

<213> 结肠厌氧棍状菌(Anaerotruncus colihominis）

<400> 2

caaagagttt gatcctggct caggacgaac gctggcggcg cgcctaacac atgcaagtcg 60

aacggagctt acgttttgaa gttttcggat ggatgaatgt aagcttagtg gcggacgggt 120

gagtaacacg tgagcaacct gcctttcaga gggggataac agccggaaac ggctgctaat 180

accgcatgat gttgcggggg cacatgcccc tgcaaccaaa ggagcaatcc gctgaaagat 240

gggctcgcgt ccgattagcc agttggcggg gtaacggccc accaaagcga cgatcggtag 300

ccggactgag aggttgaacg gccacattgg gactgagaca cggcccagac tcctacggga 360

ggcagcagtg ggggatattg cacaatgggc gaaagcctga tgcagcgacg ccgcgtgagg 420

gaagacggtc ttcggattgt aaacctctgt ctttggggaa gaaaatgacg gtacccaaag 480

aggaagctcc ggctaactac gtgccagcag ccgcggtaat acgtagggag caagcgttgt 540

ccggaattac tgggtgtaaa gggagcgtag gcgggatggc aagtagaatg ttaaatccat 600

cggctcaacc ggtggctgcg ttctaaactg ccgttcttga gtgaagtaga ggcaggcgga 660

attcctagtg tagcggtgaa atgcgtagat attaggagga acaccagtgg cgaaggcggc 720

ctgctgggct ttaactgacg ctgaggctcg aaagcgtggg gagcaaacag gattagatac 780

cctggtagtc cacgccgtaa acgatgatta ctaggtgtgg ggggactgac cccttccgtg 840

ccgcagttaa cacaataagt aatccacctg gggagtacgg ccgcaaggtt gaaactcaaa 900

ggaattgacg ggggcccgca caagcagtgg agtatgtggt ttaattcgaa gcaacgcgaa 960

gaaccttacc aggtcttgac atcggatgca tagcctagag ataggtgaag cccttcgggg 1020

catccagaca ggtggtgcat ggttgtcgtc agctcgtgtc gtgagatgtt gggttaagtc 1080

ccgcaacgag cgcaaccctt attattagtt gctacgcaag agcactctaa tgagactgcc 1140

gttgacaaaa cggaggaagg tggggatgac gtcaaatcat catgcccctt atgacctggg 1200

ctacacacgt actacaatgg cactaaaaca gagggcggcg acaccgcgag gtgaagcgaa 1260

tcccgaaaaa gtgtctcagt tcagattgca ggctgcaacc cgcctgcatg aagtcggaat 1320

tgctagtaat cgcggatcag catgccgcgg tgaatacgtt cccgggcctt gtacacaccg 1380

cccgtcacac catgggagtc ggtaacaccc gaagccagta gcctaaccgc aaggggggcg 1440

ctgtcgaagg tgggattgat gactggggtg aagtcgtaac aaggtagccg tatcggaagg 1500

tgcggctgga tcacctcctt t 1521

<210> 3

<211> 1529

<212> DNA

<213> 肠道塞利单胞菌（Sellimonas intestinalis）

<400> 3

tacgagagtt tgatcctggc tcaggatgaa cgctggcggc gtgcctaaca catgcaagtc 60

gagcgaagcg ctgttttcag aatcttcgga ggaagaggac agtgactgag cggcggacgg 120

gtgagtaacg cgtgggcaac ctgcctcata cagggggata acagttagaa atgactgcta 180

ataccgcata agcgcacagg accgcatggt gtagtgtgaa aaactccggt ggtatgagat 240

ggacccgcgt ctgattaggt agttggtggg gtaaaggcct accaagccga cgatcagtag 300

ccgacctgag agggtgaccg gccacattgg gactgagaca cggcccaaac tcctacggga 360

ggcagcagtg gggaatattg cacaatgggg gaaaccctga tgcagcgacg ccgcgtgaag 420

gaagaagtat ttcggtatgt aaacttctat cagcagggaa gaagatgacg gtacctgagt 480

aagaagcacc ggctaaatac gtgccagcag ccgcggtaat acgtatggtg caagcgttat 540

ccggatttac tgggtgtaaa gggagcgtag acggataggc aagtctggag tgaaaaccca 600

gggctcaacc ctgggactgc tttggaaact gcagatctgg agtgccggag aggtaagcgg 660

aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga tattaggagg aacaccagtg gcgaaggcgg 720

cttactggac ggtgactgac gttgaggctc gaaagcgtgg ggagcaaaca ggattagata 780

ccctggtagt ccacgccgta aacgatgact actaggtgtc ggtgtgcaaa gcacatcggt 840

gccgcagcaa acgcaataag tagtccacct ggggagtacg ttcgcaagaa tgaaactcaa 900

aggaattgac ggggacccgc acaagcggtg gagcatgtgg tttaattcga agcaacgcga 960

agaaccttac ctggtcttga catccggatg acgggcgagt aatgtcgccg tcccttcggg 1020

gcatccgaga caggtggtgc atggttgtcg tcagctcgtg tcgtgagatg ttgggttaag 1080

tcccgcaacg agcgcaaccc ttatcttcag tagccagcat ataaggtggg cactctggag 1140

agactgccag ggagaacctg gaggaaggtg gggatgacgt caaatcatca tgccccttat 1200

ggccagggct acacacgtgc tacaatggcg taaacaaagg gaagcgagag ggtgacctgg 1260

agcgaatccc aaaaataacg tctcagttcg gattgtagtc tgcaactcga ctacatgaag 1320

ctggaatcgc tagtaatcgc ggatcagcat gccgcggtga atacgttccc gggtcttgta 1380

cacaccgccc gtcacaccat gggagtcagt aacgcccgaa gccagtgacc caaccttaga 1440

ggagggagct gtcgaaggcg ggacggataa ctggggtgaa gtcgtaacaa ggtagccgta 1500

tcggaaggtg cggctggatc acctccttt 1529

<210> 4

<211> 1426

<212> DNA

<213> 共生梭菌（Clostridium symbiosum）

<400> 4

tgactgagtg gcggacgggt gagtaacgcg tgggtaacct gccttgtact gggggacaac 60

agttagaaat gactgctaat accgcataag cgcacagtat cgcatgatac agtgtgaaaa 120

actccggtgg tacaagatgg acccgcgtct gattagctag ttggtaaggt aacggcttac 180

caaggcgacg atcagtagcc gacctgagag ggtgaccggc cacattggga ctgagacacg 240

gcccaaactc ctacgggagg cagcagtggg gaatattgca caatgggcga aagcctgatg 300

cagcgacgcc gcgtgagtga agaagtattt cggtatgtaa agctctatca gcagggaaga 360

aaatgacggt acctgactaa gaagccccgg ctaactacgt gccagcagcc gcggtaatac 420

gtagggggca agcgttatcc ggatttactg ggtgtaaagg gagcgtagac ggtaaagcaa 480

gtctgaagtg aaagcccgcg gctcaactgc gggactgctt tggaaactgt ttaactggag 540

tgtcggagag gtaagtggaa ttcctagtgt agcggtgaaa tgcgtagata ttaggaggaa 600

caccagtggc gaaggcgact tactggacga taactgacgt tgaggctcga aagcgtgggg 660

agcaaacagg attagatacc ctggtagtcc acgccgtaaa cgatgaatac taggtgttgg 720

ggagcaaagc tcttcggtgc cgtcgcaaac gcagtaagta ttccacctgg ggagtacgtt 780

cgcaagaatg aaactcaaag gaattgacgg ggacccgcac aagcggtgga gcatgtggtt 840

taattcgaag caacgcgaag aaccttacca ggtcttgaca tcgatccgac gggggagtaa 900

cgtccccttc ccttcggggc ggagaagaca ggtggtgcat ggttgtcgtc agctcgtgtc 960

gtgagatgtt gggttaagtc ccgcaacgag cgcaaccctt attctaagta gccagcggtt 1020

cggccgggaa ctcttgggag actgccaggg ataacctgga ggaaggtggg gatgacgtca 1080

aatcatcatg ccccttatga tctgggctac acacgtgcta caatggcgta aacaaagaga 1140

agcaagaccg cgaggtggag caaatctcaa aaataacgtc tcagttcgga ctgcaggctg 1200

caactcgcct gcacgaagct ggaatcgcta gtaatcgcga atcagaatgt cgcggtgaat 1260

acgttcccgg gtcttgtaca caccgcccgt cacaccatgg gagtcagtaa cgcccgaagt 1320

cagtgaccca accgcaagga gggagctgcc gaaggcggga ccgataactg gggtgaagtc 1380

gtaacaaggt agccgtatcg gaaggtgcgg ctggatcacc tccttt 1426

<210> 5

<211> 1531

<212> DNA

<213> 生产布劳特氏菌（Blautia producta）

<400> 5

atcagagagt ttgatcctgg ctcaggatga acgctggcgg cgtgcttaac acatgcaagt 60

cgagcgaagc acttaagtgg atctcttcgg attgaaactt atttgactga gcggcggacg 120

ggtgagtaac gcgtgggtaa cctgcctcat acagggggat aacagttaga aatggctgct 180

aataccgcat aagcgcacag gaccgcatgg tctggtgtga aaaactccgg tggtatgaga 240

tggacccgcg tctgattagc tagttggagg ggtaacggcc caccaaggcg acgatcagta 300

gccggcctga gagggtgaac ggccacattg ggactgagac acggcccaga ctcctacggg 360

aggcagcagt ggggaatatt gcacaatggg ggaaaccctg atgcagcgac gccgcgtgaa 420

ggaagaagta tctcggtatg taaacttcta tcagcaggga agaaaatgac ggtacctgac 480

taagaagccc cggctaacta cgtgccagca gccgcggtaa tacgtagggg gcaagcgtta 540

tccggattta ctgggtgtaa agggagcgta gacggaagag caagtctgat gtgaaaggct 600

ggggcttaac cccaggactg cattggaaac tgtttttcta gagtgccgga gaggtaagcg 660

gaattcctag tgtagcggtg aaatgcgtag atattaggag gaacaccagt ggcgaaggcg 720

gcttactgga cggtaactga cgttgaggct cgaaagcgtg gggagcaaac aggattagat 780

accctggtag tccacgccgt aaacgatgaa tactaggtgt cgggtggcaa agccattcgg 840

tgccgcagca aacgcaataa gtattccacc tggggagtac gttcgcaaga atgaaactca 900

aaggaattga cggggacccg cacaagcggt ggagcatgtg gtttaattcg aagcaacgcg 960

aagaacctta ccaagtcttg acatccctct gaccggcccg taacggggcc ttcccttcgg 1020

ggcagaggag acaggtggtg catggttgtc gtcagctcgt gtcgtgagat gttgggttaa 1080

gtcccgcaac gagcgcaacc cctatcctta gtagccagca ggtgaagctg ggcactctag 1140

ggagactgcc ggggataacc cggaggaagg cggggacgac gtcaaatcat catgcccctt 1200

atgatttggg ctacacacgt gctacaatgg cgtaaacaaa gggaagcgag acagcgatgt 1260

tgagcaaatc ccaaaaataa cgtcccagtt cggactgcag tctgcaactc gactgcacga 1320

agctggaatc gctagtaatc gcgaatcaga atgtcgcggt gaatacgttc ccgggtcttg 1380

tacacaccgc ccgtcacacc atgggagtca gtaacgcccg aagtcagtga cccaacctta 1440

caggagggag ctgccgaagg cgggaccgat aactggggtg aagtcgtaac aaggtagccg 1500

tatcggaagg tgcggctgga tcacctcctt t 1531

<210> 6

<211> 1528

<212> DNA

<213> 长链多尔氏菌（Dorea longicatena）

<400> 6

aacgagagtt tgatcctggc tcaggatgaa cgctggcggc gtgcttaaca catgcaagtc 60

gagcgaagca ctttggaaga ttcttcggat gatttccttt gtgactgagc ggcggacggg 120

tgagtaacgc gtgggtaacc tgcctcatac agggggataa cagttagaaa tgactgctaa 180

taccgcataa gaccacggta ccgcatggta cagtggtaaa aactccggtg gtatgagatg 240

gacccgcgtc tgattaggta gttggtgggg taacggccta ccaagccgac gatcagtagc 300

cgacctgaga gggtgaccgg ccacattggg actgagacac ggcccagact cctacgggag 360

gcagcagtgg ggaatattgc acaatggagg aaactctgat gcagcgacgc cgcgtgaagg 420

atgaagtatt tcggtatgta aacttctatc agcagggaag aaaatgacgg tacctgacta 480

agaagccccg gctaactacg tgccagcagc cgcggtaata cgtagggggc aagcgttatc 540

cggatttact gggtgtaaag ggagcgtaga cggcacggca agccagatgt gaaagcccgg 600

ggctcaaccc cgggactgca tttggaactg ctgagctaga gtgtcggaga ggcaagtgga 660

attcctagtg tagcggtgaa atgcgtagat attaggagga acaccagtgg cgaaggcggc 720

ttgctggacg atgactgacg ttgaggctcg aaagcgtggg gagcaaacag gattagatac 780

cctggtagtc cacgccgtaa acgatgactg ctaggtgtcg ggtggcaaag ccattcggtg 840

ccgcagctaa cgcaataagc agtccacctg gggagtacgt tcgcaagaat gaaactcaaa 900

ggaattgacg gggacccgca caagcggtgg agcatgtggt ttaattcgaa gcaacgcgaa 960

gaaccttacc tgatcttgac atcccgatga ccgcttcgta atggaagctt ttcttcggaa 1020

catcggtgac aggtggtgca tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt 1080

cccgcaacga gcgcaacccc tatcttcagt agccagcagg ttaagctggg cactctggag 1140

agactgccag ggataacctg gaggaaggtg gggatgacgt caaatcatca tgccccttat 1200

gaccagggct acacacgtgc tacaatggcg taaacaaaga gaagcgaact cgcgagggta 1260

agcaaatctc aaaaataacg tctcagttcg gattgtagtc tgcaactcga ctacatgaag 1320

ctggaatcgc tagtaatcgc agatcagaat gctgcggtga atacgttccc gggtcttgta 1380

cacaccgccc gtcacaccat gggagtcagt aacgcccgaa gtcagtgacc caaccgtaag 1440

gagggagctg ccgaaggtgg gaccgataac tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtat 1500

cggaaggtgc ggctggatca cctccttt 1528

<210> 7

<211> 1537

<212> DNA

<213> 无害梭菌（Clostridium innocuum）

<400> 7

atggagagtt tgatcctggc tcaggatgaa cgctggcggc atgcctaata catgcaagtc 60

gaacgaagtt tcgaggaagc ttgcttccaa agagacttag tggcgaacgg gtgagtaaca 120

cgtaggtaac ctgcccatgt gtccgggata actgctggaa acggtagcta aaaccggata 180

ggtatacaga gcgcatgctc agtatattaa agcgcccatc aaggcgtgaa catggatgga 240

cctgcggcgc attagctagt tggtgaggta acggcccacc aaggcgatga tgcgtagccg 300

gcctgagagg gtaaacggcc acattgggac tgagacacgg cccaaactcc tacgggaggc 360

agcagtaggg aattttcgtc aatgggggaa accctgaacg agcaatgccg cgtgagtgaa 420

gaaggtcttc ggatcgtaaa gctctgttgt aagtgaagaa cggctcatag aggaaatgct 480

atgggagtga cggtagctta ccagaaagcc acggctaact acgtgccagc agccgcggta 540

atacgtaggt ggcaagcgtt atccggaatc attgggcgta aagggtgcgt aggtggcgta 600

ctaagtctgt agtaaaaggc aatggctcaa ccattgtaag ctatggaaac tggtatgctg 660

gagtgcagaa gagggcgatg gaattccatg tgtagcggta aaatgcgtag atatatggag 720

gaacaccagt ggcgaaggcg gtcgcctggt ctgtaactga cactgaggca cgaaagcgtg 780

gggagcaaat aggattagat accctagtag tccacgccgt aaacgatgag aactaagtgt 840

tggaggaatt cagtgctgca gttaacgcaa taagttctcc gcctggggag tatgcacgca 900

agtgtgaaac tcaaaggaat tgacgggggc ccgcacaagc ggtggagtat gtggtttaat 960

tcgaagcaac gcgaagaacc ttaccaggcc ttgacatgga aacaaatacc ctagagatag 1020

ggggataatt atggatcaca caggtggtgc atggttgtcg tcagctcgtg tcgtgagatg 1080

ttgggttaag tcccgcaacg agcgcaaccc ttgtcgcatg ttaccagcat caagttgggg 1140

actcatgcga gactgccggt gacaaaccgg aggaaggtgg ggatgacgtc aaatcatcat 1200

gccccttatg gcctgggcta cacacgtact acaatggcgg ccacaaagag cagcgacaca 1260

gtgatgtgaa gcgaatctca taaaggtcgt ctcagttcgg attgaagtct gcaactcgac 1320

ttcatgaagt cggaatcgct agtaatcgca gatcagcatg ctgcggtgaa tacgttctcg 1380

ggccttgtac acaccgcccg tcaaaccatg ggagtcagta atacccgaag ccggtggcat 1440

aaccgtaagg agtgagccgt cgaaggtagg accgatgact ggggttaagt cgtaacaagg 1500

tatccctacg ggaacgtggg gatggatcac ctccttt 1537

<210> 8

<211> 1530

<212> DNA

<213> 普氏黄杆菌（Flavonifractor plautii）

<400> 8

tattgagagt ttgatcctgg ctcaggatga acgctggcgg cgtgcttaac acatgcaagt 60

cgaacggggt gctcatgacg gaggattcgt ccaacggatt gagttaccta gtggcggacg 120

ggtgagtaac gcgtgaggaa cctgccttgg agaggggaat aacactccga aaggagtgct 180

aataccgcat aatgcagttg ggtcgcatgg ctctgactgc caaagattta tcgctctgag 240

atggcctcgc gtctgattag ctagtaggcg gggtaacggc ccacctaggc gacgatcagt 300

agccggactg agaggttgac cggccacatt gggactgaga cacggcccag actcctacgg 360

gaggcagcag tggggaatat tgggcaatgg gcgcaagcct gacccagcaa cgccgcgtga 420

aggaagaagg ctttcgggtt gtaaacttct tttgtcaggg acgaaacaaa tgacggtacc 480

tgacgaataa gccacggcta actacgtgcc agcagccgcg gtaatacgta ggtggcaagc 540

gttatccgga tttactgggt gtaaagggcg tgtaggcggg attgcaagtc agatgtgaaa 600

actgggggct caacctccag cctgcatttg aaactgtagt tcttgagtgc tggagaggca 660

atcggaattc cgtgtgtagc ggtgaaatgc gtagatatac ggaggaacac cagtggcgaa 720

ggcggattgc tggacagtaa ctgacgctga ggcgcgaaag cgtggggagc aaacaggatt 780

agataccctg gtagtccacg ccgtaaacga tggatactag gtgtgggggg tctgaccccc 840

tccgtgccgc agttaacaca ataagtatcc cacctgggga gtacgatcgc aaggttgaaa 900

ctcaaaggaa ttgacggggg cccgcacaag cggtggagta tgtggtttaa ttcgaagcaa 960

cgcgaagaac cttaccaggg cttgacatcc cactaacgaa gcagagatgc attaggtgcc 1020

cttcggggaa agtggagaca ggtggtgcat ggttgtcgtc agctcgtgtc gtgagatgtt 1080

gggttaagtc ccgcaacgag cgcaaccctt attgttagtt gctacgcaag agcactctag 1140

cgagactgcc gttgacaaaa cggaggaagg tggggacgac gtcaaatcat catgcccctt 1200

atgtcctggg ccacacacgt actacaatgg tggttaacag agggaggcaa taccgcgagg 1260

tggagcaaat ccctaaaagc catcccagtt cggattgcag gctgaaaccc gcctgtatga 1320

agttggaatc gctagtaatc gcggatcagc atgccgcggt gaatacgttc ccgggccttg 1380

tacacaccgc ccgtcacacc atgagagtcg ggaacacccg aagtccgtag cctaaccgca 1440

aggagggcgc ggccgaaggt gggttcgata attggggtga agtcgtaaca aggtagccgt 1500

atcggaaggt gcggctggat cacctccttt 1530

Claims (24)

1.一种治疗或预防受试者的肝性脑病的方法，所述方法包括向受试者施用包含纯化的细菌混合物的药物组合物，所述纯化的细菌混合物包含选自鲍氏梭菌(Clostridiumbolteae)、结肠厌氧棍状菌(Anaerotruncus colihominis)、肠道塞利单胞菌(Sellimonasintestinalis)、共生梭菌(Clostridium symbiosum)、生产布劳特氏菌(Blautiaproducta)、长链多尔氏菌(Dorea longicatena)、无害梭菌(Clostridium innocuum)和普氏黄杆菌(Flavonifractor plautii)的细菌菌株。

2.权利要求1的方法，其中所述药物组合物包含纯化的细菌混合物，所述纯化的细菌混合物由鲍氏梭菌、结肠厌氧棍状菌、肠道塞利单胞菌、共生梭菌、生产布劳特氏菌、长链多尔氏菌、无害梭菌和普氏黄杆菌组成。

3.一种治疗或预防受试者的肝性脑病的方法，所述方法包括向受试者施用包含纯化的细菌混合物的药物组合物，所述纯化的细菌混合物包含细菌菌株，所述细菌菌株包含与选自SEQ ID NO：1-8的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列。

4.权利要求3的方法，其中所述药物组合物包含由细菌菌株组成的纯化的细菌混合物，所述细菌菌株包含与选自SEQ ID NO：1-8的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列。

5.权利要求1-4中任一项的方法，其中所述受试者患有肝硬化或处于肝硬化的风险中。

6.权利要求1-5中任一项的方法，其中所述细菌菌株中的一种或多种是孢子形成体。

7.权利要求1-6中任一项的方法，其中所述细菌菌株源自多于一名人类供体。

8.权利要求1-7中任一项的方法，进一步包含药学上可接受的赋形剂。

9.权利要求1-8中任一项的方法，其中所述细菌菌株是冻干的。

10.权利要求1-8中任一项的方法，其中所述细菌菌株是喷雾干燥的。

11.权利要求1-10中任一项的方法，其中所述细菌菌株中的一种或多种是孢子形式。

12.权利要求1-11中任一项的方法，其中所述细菌菌株中的每一种是孢子形式。

13.权利要求1-11中任一项的方法，其中所述细菌菌株中的一种或多种是营养体形式。

14.权利要求1-10或13中任一项的方法，其中所述细菌菌株中的每一种是营养体形式。

15.权利要求1-14中任一项的方法，其中所述药物组合物还包含一种或多种肠溶聚合物。

16.权利要求1-15中任一项的方法，其中所述药物组合物包含每个细菌菌株1×10⁷至1×10¹⁰个菌落形成单位(CFU)。

17.权利要求1-16中任一项的方法，其中所述药物组合物被配制用于口服施用。

18.权利要求1-17中任一项的方法，其中所述药物组合物为胶囊的形式。

19.权利要求1-18中任一项的方法，其中所述药物组合物被配制用于递送至结肠。

20.权利要求1-19中任一项的方法，其中在所述药物组合物之前向所述受试者施用一个或多个剂量的抗生素。

21.权利要求1-20中任一项的方法，其中所述受试者是人。

22.权利要求1-21中任一项的方法，其中所述药物组合物作为一个剂量施用。

23.权利要求1-21中任一项的方法，其中将所述药物组合物多次施用至受试者。

24.权利要求1-21或23中任一项的方法，其中所述药物组合物作为多个剂量施用。