CN116964057A - 作为kras抑制剂的吡啶并嘧啶衍生物 - Google Patents
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Classifications
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Abstract
本发明涉及Kirsten大鼠肉瘤病毒(KRAS)的抑制剂,更具体地说,涉及式I的化合物,以及包含式I的组合物和使用式I的化合物治疗或预防由KRAS,尤其是KRAS突变体G12C介导的疾病、病症或医学病况的方法。
Description
相关申请的交叉引用
本申请要求2021年3月10日提交的序列号为63/159,024的美国临时申请的优先权,其全部内容通过引用并入本文。
技术领域
本发明涉及Kirsten大鼠肉瘤病毒(KRAS)的抑制剂,更具体地,涉及用于治疗或预防由KRAS,尤其是KRAS突变体G12C介导的疾病、病症或医学病况的吡啶并嘧啶化合物、组合物和方法。这些疾病包括各种癌症。
背景技术
Ras是一种由不同亚型组成的小三磷酸鸟苷(GTP)结合蛋白超家族。Ras基因可以突变为与许多癌症如肺癌、胰腺癌和结肠癌相关的癌基因。Ras是最常突变的癌基因之一。KRAS(Kirsten大鼠肉瘤病毒)是RAS的一种亚型,是最常突变的Ras基因之一,约占所有突变的86%。KRAS在细胞信号传导中起开/关转换的作用。KRAS是一种原癌基因,在非活性(GDP结合)和活性(GTP结合)状态之间运行,控制多种功能,包括细胞增殖。然而,KRAS突变导致不受控制的细胞增殖和癌症。KRAS-4B是结肠癌(30-40%)、肺癌(15-20%)和胰腺癌(90%)中的主要亚型(Liu,P.2019,Acta Pharmaceutica Sinica B)。因此,KRAS-GTP结合的抑制剂代表了治疗各种癌症的潜在治疗剂。
过去设计KRAS抑制剂的尝试大多不成功,很大程度上是由于KRAS对GTP的高亲和力。然而,最近针对KRAS G12C突变的方法显示出更多的前景。这种突变存在于大约50%的肺癌和大约10-20%的所有KRAS G12突变中。突变的半胱氨酸残基位于活性位点内,使得巯基官能团可以与适当功能化的结合配体形成共价键(Liu,P.2019,Acta PharmaceuticaSinica B)。这种方法已经确定了KRAS G12C突变的不可逆共价抑制剂,其正在进行临床研究。鉴于KRAS作为许多恶性肿瘤的驱动因素的显著作用,存在对具有改进的选择性、安全性和有效性的新KRAS抑制剂的需求。
发明内容
一方面,本发明涉及式I的化合物:
或其盐、溶剂化物或前药,其中
A选自任选被氢、卤素、羟基、C1-6烷基、C2-C6烯基、C2-C6炔基、-(C0-C6烷基)环烷基、C1-6卤代烷基、C1-6烷氧基、NO2、氰基、CO2H、PO(OR3)2、POR3(OR3)、PO(R4)2、NH2、NH(C1-6烷基)或N(C1-6烷基)2中的一个或多个取代的芳基或杂芳基;
X选自O、NR2、S或CH2;
Y、G可以相同或不同,并且选自氢、卤素或三氟甲基;
Z选自氢、卤素、三氟甲基或C1-6烷基;
R1选自氢、C1-C6烷基、-(C1-C6烷基)C1-6烷氧基、-C0-C6烷基(环烷基)、C1-C6卤代烷基、-(C1-C6烷基)CN或-(C1-C6烷基)P(O)R2R3;
n是1-3;
R2选自H、C1-6烷基、C3-6环烷基或-(C1-C6烷基)P(O)R2R3;
R3选自H、C1-6烷基或C3-6环烷基;
R4选自C1-6烷基、C3-6环烷基或芳基。
另一方面,本发明涉及包含式I的化合物或盐以及药学上可接受的载体的药物组合物。
另一方面,本发明涉及治疗患者疾病、病症或医学病况的方法,其包括向有此需要的患者提供治疗剂的步骤,其中所述治疗剂包括式I的化合物或其盐。
通过阅读本发明的以下详细描述,这些和其他方面将变得显而易见。
附图说明
图1是显示实施例2(化合物1a)在雄性CD-1小鼠中的药代动力学曲线的图。
具体实施方式
使用标准命名法描述化合物。除非另有定义,否则本文使用的所有技术和科学术语具有与本发明所属领域的技术人员通常理解的相同的含义。
术语“一种”和“一个”并不表示数量的限制,而是表示存在至少一个所引用的项目。术语“或”是指“和/或”。术语“包括”、“具有”、“包含”和“含有”应被解释为开放式术语(即,表示“包括,但不限于”)。
除非本文中另有说明,否则数值范围的记载仅旨在用作单独提及落入该范围内的每个单独数值的简写方法,并且每个单独数值被结合到说明书中,如同其在本文中被单独记载一样。所有范围的端点都包括在该范围内,并且可以独立组合。
除非本文另有说明或与上下文明显矛盾,否则本文描述的所有方法都可以以合适的顺序执行。除非另有声明,否则任何和所有示例或示例性语言(例如,“诸如”)的使用仅仅是为了更好地说明本发明,而不是对本发明的范围进行限制。说明书中的任何语言都不应该被解释为表示任何未要求保护的元素对于本文使用的本发明的实践是必不可少的。除非另有定义,否则本文使用的技术和科学术语具有与本公开的领域的技术人员通常理解的相同的含义。
此外,本公开包括所有的变化、组合和排列,其中来自一项或多项所列权利要求的一个或多个限制、元素、条款和描述性术语被引入到另一项权利要求中。例如,任何从属于另一项权利要求的权利要求可以被修改,以包括从属于同一基础权利要求的任何其他权利要求中的一个或多个限制。在元素被呈现为列表例如以马库什组格式的情况下,元素的每个子组也被公开,并且任何元素可以从组中移除。
所有化合物被理解为包括化合物中存在的所有可能的原子同位素。同位素包括那些具有相同原子序数但不同质量数的原子,并包括重同位素和放射性同位素。作为一般的例子,但不限于此,氢的同位素包括氚和氘,碳的同位素包括11C、13C和14C。因此,本文公开的化合物可以在化合物的结构中包括重同位素或放射性同位素,或者作为连接到其上的取代基。有用的重同位素或放射性同位素的例子包括18F、15N、18O、76Br、125I和131I。
本文公开的所有式包括这些式的所有药学上可接受的盐。
开放式术语“包括”包括中间式和封闭式术语“基本上由......组成”和“由......组成”。
术语“取代的”是指指定原子或基团上的任何一个或多个氢被从指定基团中选择的一个取代,前提是不超过指定原子的正常化合价。只有当取代基和/或变量的组合产生稳定的化合物或有用的合成中间体时,才允许这种组合。稳定的化合物或稳定的结构是指这样一种化合物,它足够稳定,能够从反应混合物中分离出来并随后配制成有效的治疗剂。
不在两个字母或符号之间的破折号(“-”)用于表示取代基的连接点。
“烷基”包括支链和直链饱和脂族烃基团,具有特定数量的碳原子,通常为1至约8个碳原子。本文使用的术语C1-C6烷基表示具有1、2、3、4、5或6个碳原子的烷基。其它实施方案包括具有1至8个碳原子、1至4个碳原子或1或2个碳原子的烷基,例如C1-C8烷基、C1-C4烷基和C1-C2烷基。当C0-Cn烷基在本文中与另一个基团如-C0-C2烷基(苯基)结合使用时,所示的基团(在这种情况下为苯基)或者通过单个共价键(C0烷基)直接结合,或者通过具有特定数目碳原子(在这种情况下为1、2、3或4个碳原子)的烷基链连接。烷基也可以通过其他基团如杂原子连接,如在–O-C0-C4烷基(C3-C7环烷基)中。烷基的例子包括但不限于甲基、乙基、正丙基、异丙基、正丁基、3-甲基丁基、叔丁基、正戊基和仲戊基。
“烷氧基”是如上定义的烷基,其具有通过氧桥(-O-)共价结合到其取代的基团上的指定数目的碳原子。烷氧基的例子包括但不限于甲氧基、乙氧基、正丙氧基、异丙氧基、正丁氧基、2-丁氧基、叔丁氧基、正戊氧基、2-戊氧基、3-戊氧基、异戊氧基、新戊氧基、正己氧基、2-己氧基、3-己氧基和3-甲基戊氧基。类似地,“烷硫基”或“硫代烷基”是如上定义的烷基,其具有通过硫桥(-S-)共价结合到其取代的基团上的指定数目的碳原子。类似地,“烯氧基”、“炔氧基”和“环烷氧基”是指烯基、炔基和环烷基,在每种情况下通过氧桥(-O-)共价结合到其取代的基团上。
“卤代”或“卤素”指氟、氯、溴或碘,在本文中被定义为包括它们的所有同位素,包括重同位素和放射性同位素。有用的卤素同位素的例子包括18F、76Br和131I。本领域技术人员将容易理解另外的同位素。
“卤代烷基”是指具有特定碳原子数的支链和直链烷基,其被一个或多个卤素原子取代,通常最多为允许的最大卤素原子数。卤代烷基的例子包括但不限于三氟甲基、二氟甲基、2-氟乙基和五氟乙基。
“卤代烷氧基”是通过氧桥(醇基的氧)连接的如上定义的卤代烷基。
“肽”是指通过酰胺键(也称为肽键)连接在一起的氨基酸链的分子。
“药物组合物”是指包含至少一种活性剂(如式II的化合物或盐)和至少一种其它物质(如载体)的组合物。药物组合物符合美国FDA关于人类或非人类药物的GMP(良好生产规范)标准。
“载体”是指与活性化合物一起施用的稀释剂、赋形剂或溶媒。“药学上可接受的载体”是指用于制备通常安全、无毒且在生物学上或其他方面都不是不期望的药物组合物的物质,例如赋形剂、稀释剂或溶媒,并且包括兽医用途和人类药物用途可接受的载体。“药学上可接受的载体”包括一种和一种以上这样的载体。
“患者”是指需要医学治疗的人类或非人类动物。医学治疗可包括对现有病况如疾病或病症的治疗,或诊断性治疗。在一些实施方案中,患者是人类患者。
“提供”是指给予、施用、销售、分销、转让(盈利或非盈利)、制造、复合或分配。
“治疗”是指向患者提供活性化合物,其量足以显著减轻任何疾病症状、减缓疾病进展或导致疾病消退。在某些实施方案中,疾病的治疗可以在患者出现疾病症状之前开始。
药物组合物的“治疗有效量”是指当施用于患者时有效地提供治疗益处(例如改善症状、减少疾病进展或引起疾病消退)的量。
“治疗化合物”是指可用于疾病诊断或治疗的化合物。这些化合物可以是小分子、肽、蛋白质或其他种类的分子。
显著变化是在统计显著性的标准参数检验(如学生T检验)中具有统计显著性的任何可检测变化,其中p<0.05。
化学描述
本文公开的式的化合物可以含有一个或多个不对称元素,例如立体中心、立体轴等,例如不对称碳原子,使得所述化合物可以以不同的立体异构形式存在。这些化合物可以是例如外消旋体、阻转异构体或旋光形式。对于具有两个或多个不对称元素的化合物,这些化合物还可以是非对映体的混合物。对于具有不对称中心的化合物,纯形式的所有光学异构体及其混合物包括在内。在这些情况下,单一对映异构体,即旋光形式可以通过不对称合成、由光学纯前体合成或通过拆分外消旋体来获得。外消旋体和阻转异构体的拆分也可以通过例如常规方法完成,如在拆分剂存在下结晶,或使用例如手性HPLC柱的色谱法。本文考虑了所有的形式,不管用于获得它们的方法如何。
活性剂的所有形式(例如溶剂化物、光学异构体、对映异构体形式、阻转异构体形式、多晶型物、游离化合物和盐)可以单独或组合使用。
术语“手性”是指具有镜像配对物的不可重叠性的分子。
“立体异构体”是具有相同化学结构但在原子或基团的空间排列方面有所不同的化合物。
“非对映异构体”是具有两个或多个手性中心的立体异构体,其分子互不为镜像。非对映异构体具有不同的物理性质,例如熔点、沸点、光谱性质和反应性。非对映异构体的混合物可以在高分辨率分析程序下分离,例如电泳、在拆分剂存在下结晶或色谱法,例如使用手性HPLC柱。
“对映异构体”是指一种化合物的两种立体异构体,它们互为不可重叠的镜像。对映异构体的50:50混合物被称为外消旋混合物或外消旋体,其可能出现在化学反应或过程中没有立体选择性或立体专一性的情况下。
本文使用的立体化学定义和惯例通常遵循S.P.Parker,Ed.,McGraw-HillDictionary of Chemical Terms(1984)McGraw-Hill Book Company,New York;和Eliel,E.和Wilen,S.,Stereochemistry of Organic Compounds(1994)John Wiley&Sons,Inc.,New York。许多有机化合物以旋光形式存在,即它们具有旋转平面偏振光平面的能力。在描述旋光性化合物时,前缀D和L或R和S用来表示分子关于其手性中心的绝对构型。前缀d和l或(+)和(-)用于表示该化合物对平面偏振光的旋转的符号,其中(-)或1表示该化合物是左旋的。以(+)或d为前缀的化合物是右旋的。
“外消旋混合物”或“外消旋体”是两种对映异构体的等摩尔(或50:50)混合物,没有旋光性。当化学反应或过程中没有立体选择性或立体专一性时,就可能出现外消旋混合物。
“螯合基团”或“螯合剂”是可以与单个中心原子形成两个或多个独立配位键的配体基团,该中心原子通常是金属离子。本文公开的螯合基团是具有多个N、O或S杂原子的有机基团,并且具有允许两个或多个杂原子与同一金属离子成键的结构。
“盐”包括所公开化合物的衍生物,其中母体化合物通过形成其无机和有机、无毒、酸或碱加成盐而被修饰。本发明化合物的盐可以通过常规化学方法由含有碱性或酸性部分的母体化合物合成。通常,这些盐可以通过使这些化合物的游离酸形式与化学计量量的合适的碱(例如Na、Ca、Mg或K的氢氧化物、碳酸盐、碳酸氢盐等)反应,或者通过使这些化合物的游离碱形式与化学计量量的合适的酸反应来制备。这种反应通常在水或有机溶剂或两者的混合物中进行。通常,在可行的情况下,使用非水介质,如乙醚、乙酸乙酯、乙醇、异丙醇或乙腈。本发明化合物的盐还包括化合物和化合物盐的溶剂化物。在一个实施方案中,本发明的化合物以三氟乙酸(TFA)盐的形式合成或分离。
在一个实施方案中,上述本发明化合物的盐形式可以包括药学上可接受的盐。药学上可接受的盐的例子包括但不限于碱性残基如胺的矿物盐或有机酸盐;酸性残基如羧酸的碱性盐或有机盐;等等。药学上可接受的盐包括例如由无毒的无机酸或有机酸形成的母体化合物的常规无毒盐和季铵盐。例如,常规的无毒酸盐包括衍生自无机酸如盐酸、氢溴酸、硫酸、氨基磺酸、磷酸、硝酸等的那些;以及由有机酸如乙酸、丙酸、琥珀酸、乙醇酸、硬脂酸、乳酸、苹果酸、酒石酸、柠檬酸、抗坏血酸、帕莫酸(pamoic)、马来酸、羟基马来酸、苯乙酸、谷氨酸、苯甲酸、水杨酸、甲磺酸(mesylic)、乙磺酸(esylic)、苯磺酸(besylic)、磺胺酸、2-乙酰氧基苯甲酸、富马酸、甲苯磺酸、甲磺酸、乙二磺酸、草酸、羟乙磺酸、HOOC-(CH2)n-COOH(其中n为0-4)等制备的盐。其他合适的盐的列表可以在例如G.Steffen Paulekuhn,etal.,Journal of Medicinal Chemistry 2007,50,6665和Handbook of PharmaceuticallyAcceptable Salts:Properties,Selection and Use,P.Heinrich Stahl and CamilleG.Wermuth,Editors,Wiley-VCH,2002中找到。
本发明的化合物涉及取代的吡啶并嘧啶衍生物或其药学上可接受的盐、溶剂化物或前药,其中4-氨基含有官能团如丁-3-烯-2-酮,如式I所示:
在式I中,A选自任选被氢、卤素、羟基、C1-6烷基、C2-C6烯基、C2-C6炔基、-(C0-C6烷基)环烷基、C1-6卤代烷基、C1-6烷氧基、NO2、氰基、CO2H、PO(OR3)2、POR3(OR3)、PO(R4)2、NH2、NH(C1-6烷基)或N(C1-6烷基)2中的一个或多个取代的芳基或杂芳基;
X选自O、NR2、S或CH2;
Y、G可以相同或不同,并且选自氢、卤素或三氟甲基;
Z选自氢、卤素、三氟甲基或C1-6烷基;
R1选自氢、C1-C6烷基、-(C1-C6烷基)C1-6烷氧基、-C0-C6烷基(环烷基)、C1-C6卤代烷基、-(C1-C6烷基)CN或-(C1-C6烷基)P(O)R2R3;
n是1-3;
R2选自H、C1-6烷基、C3-6环烷基或-(C1-C6烷基)P(O)R2R3;
R3选自H、C1-6烷基或C3-6环烷基;
R4选自C1-6烷基、C3-6环烷基或芳基。
在优选的实施方案中,式I的化合物由1a-1z、2a-2z和3a-3b或其药学上可接受的盐、溶剂化物或前药表示:
本发明特别优选的化合物是化合物1a、1e、2j和2m:
在一个实施方案中,本发明包括药物组合物,其包含化合物1a、化合物2m或其混合物、或其盐、溶剂化物或前药以及药学上可接受的载体。
本文公开的化合物可以以纯化学物质的形式施用,但优选以药物组合物的形式施用。因此,本发明包括药物组合物,其包含化合物或化合物的药学上可接受的盐,例如式I的化合物,以及至少一种药学上可接受的载体。所述药物组合物可以含有式I的化合物或盐作为唯一的活性剂,但是优选含有至少一种另外的活性剂。如本领域技术人员所理解的,由式I描述的各种化合物的组合也可以在本发明的组合物和方法中实施。在某些实施方案中,所述药物组合物的剂型包含约0.1mg至约2000mg、约10mg至约1000mg、约100mg至约800mg或约200mg至约600mg的式I的化合物,以及任选的约0.1mg至约2000mg、约10mg至约1000mg、约100mg至约800mg或约200mg至约600mg的单位剂型中的另外的活性剂。所述药物组合物还可以包括一定摩尔比的化合物,例如式I的化合物和另外的活性剂。例如,所述药物组合物可含有摩尔比为约0.5:1、约1:1、约2:1、约3:1或约1.5:1至约4:1的另外的活性剂与式I的化合物。
本文公开的化合物可以口服、局部、胃肠外、通过吸入或喷雾、舌下、经皮、经颊施用、直肠、作为眼用溶液或通过其它方式以含有常规药学上可接受的载体的剂量单位制剂的形式施用。所述药物组合物可以配制成任何药学上有用的形式,例如作为气雾剂、乳膏剂、凝胶剂、丸剂、胶囊剂、片剂、糖浆剂、透皮贴剂或眼用溶液。一些剂型,如片剂和胶囊剂,被细分成适当大小的含有适当量(例如达到所需目的的有效量)的活性成分的单位剂量。
载体包括赋形剂和稀释剂,并且必须具有足够高的纯度和足够低的毒性,以使它们适于施用于接受治疗的患者。载体可以是惰性的,或者它可以具有自身的药物益处。与化合物结合使用的载体的量足以为每单位剂量的化合物提供实用量的施用物质。
载体的种类包括但不限于粘合剂、缓冲剂、着色剂、稀释剂、崩解剂、乳化剂、调味剂、助流剂、润滑剂、防腐剂、稳定剂、表面活性剂、制片剂和湿润剂。一些载体可能被列入不止一类,例如植物油可能在一些制剂中用作润滑剂,而在其他制剂中用作稀释剂。示例性的药学上可接受的载体包括糖、淀粉、纤维素、粉状黄蓍胶、麦芽、明胶、滑石和植物油。药物组合物中可以包含任选的活性剂,其基本上不会干扰本发明化合物的活性。
药物组合物/组合可以被配制用于口服施用。这些组合物包含0.1至99重量%(wt%)的式III的化合物,并且通常包含至少约5wt%的式I的化合物。一些实施方案包含约25wt%至约50wt%或约5wt%至约75wt%的式I的化合物。
治疗方法
式I的化合物以及包含所述化合物的药物组合物可用于诊断或治疗由KRAS,尤其是KRAS突变体G12C介导的疾病、病症或医学病况,包括各种癌症,例如神经胶质瘤(胶质母细胞瘤)、急性髓性白血病、急性髓细胞白血病、骨髓增生异常/骨髓增生性肿瘤、肉瘤、慢性粒单核细胞白血病、非霍奇金淋巴瘤、星形细胞瘤、黑色素瘤、非小细胞肺癌、胆管癌、软骨肉瘤、结肠癌或胰腺癌。
根据本发明,KRAS介导的疾病或病况的方法包括向需要这种治疗的患者提供治疗有效量的式I的化合物。在一个实施方案中,患者是哺乳动物,更具体地是人。如本领域技术人员将理解的,本发明还包括治疗非人类患者(例如伴生动物,例如猫、狗,和家畜)的方法。
药物组合物的治疗有效量优选是足以减轻或改善疾病或病况的症状的量。例如,在KRAS介导的疾病的情况下,治疗有效量可以是足以减轻或改善癌症的量。当施用于患者时,治疗有效量的本文所述化合物或药物组合物也将提供足够浓度的式I的化合物。足够的浓度优选为患者体内预防或对抗病症所需的化合物浓度。这种量可以通过实验确定,例如通过测定化合物的血液浓度,或者通过计算生物利用度从理论上确定。
根据本发明,本文公开的治疗方法包括向患者提供一定剂量的一种或多种式I的化合物。每种化合物每天每公斤体重约0.1mg至约140mg的剂量水平可用于治疗上述病况(每名患者每天约0.5mg至约7g)。可与载体物质结合以产生单一剂型的化合物的量将根据所治疗的患者和特定的施用方式而变化。剂量单位形式通常含有约1mg至约500mg的每种活性化合物。在某些实施方案中,每天向患者提供25mg至500mg或25mg至200mg的式I的化合物。给药频率也可以根据使用的化合物和治疗的特定疾病而变化。然而,对于大多数KRAS介导的疾病和病症的治疗,可以使用每天4次或更少的给药方案,并且在某些实施方案中,使用每天1次或2次的给药方案。
然而,应当理解的是,任何特定患者的特定剂量水平将取决于多种因素,包括所用特定化合物的活性、年龄、体重、总体健康状况、性别、饮食、施用时间、施用途径和排泄率、药物组合和接受治疗的特定疾病的严重程度。
式I的化合物可以单独施用(即,一种方案的唯一治疗剂)以治疗或预防KRAS介导的疾病和病况,例如各种癌症,或者可以与另一种活性剂联合施用。一种或多种式I的化合物可以与一种或多种其它活性剂如抗癌细胞毒性剂的方案配合施用。在一个实施方案中,治疗或诊断哺乳动物中KRAS介导的癌症的方法包括向所述哺乳动物施用治疗有效量的式I的化合物,任选与一种或多种另外的活性成分联合施用。
如本领域技术人员将理解的,本文提供的治疗方法也可用于治疗除人以外的哺乳动物,包括用于兽医应用,例如治疗马和家畜,例如牛、绵羊、奶牛、山羊、猪等,以及宠物(伴生动物),例如狗和猫。
对于诊断或研究应用,多种哺乳动物将是合适的受试者,包括啮齿动物(例如小鼠、大鼠、仓鼠)、兔子、灵长类动物和猪(例如近交系猪)等。此外,对于体外应用,例如体外诊断和研究应用,上述受试者的体液(例如血液、血浆、血清、细胞间质液、唾液、粪便和尿液)以及细胞和组织样品也将适用。
在一个实施方案中,本发明提供了一种在被鉴定为需要这种治疗的患者中治疗由KRAS,尤其是KRAS突变体G12C介导的疾病、病症或医学病况,包括各种癌症的方法,所述方法包括向患者提供有效量的式I的化合物。本文提供的式I的化合物可以单独施用,或者与一种或多种其它活性剂联合施用。
在另一个实施方案中,治疗或诊断KRAS介导的疾病或病况的方法可以另外包括将式I的化合物与一种或多种另外的化合物联合施用于需要这种治疗的患者,其中至少一种另外的化合物是活性剂。所述一种或多种另外的化合物可以包括另外的治疗化合物,包括抗癌治疗化合物,例如阿霉素、紫杉醇、多西他赛、顺铂、喜树碱、替莫唑胺、阿瓦斯丁(avastin)、赫赛汀(Herceptin)、爱必妥(Erbitux)等。
实施例
化学合成
本发明化合物的合成由方案1-5中所示的步骤顺序举例说明。方案1说明了式I的实施例的合成,其中G和Y是氢,X是O、NR2或S(即10a-10c)。在方案1中,在碱如DIPEA存在下,市售化合物3与4在溶剂如乙腈中的反应将产生5。6a-6c与碱如氢化钠、Hünig碱、K2CO3或Cs2CO3/DABCO混合物反应,然后在室温或高温下在极性非质子溶剂如N-甲基-2-吡咯烷酮中用5处理,分别生成化合物7a-7c。化合物7a-7c和8在溶剂混合物如1,4-二恶烷和水中的标准铃木偶联过程可用于制备化合物9a-9c。在酸性条件如无水HCl下在1,4二恶烷中除去9a-9c的Boc保护基团,然后在含有碱(例如三乙胺)的溶剂(例如二氯甲烷)中,用α,β-不饱和酰氯(例如丙烯酰氯)酰化去保护的产物,将产生相应的式I的化合物10a-10c,其中G和Y是氢,X是O、NR2或S。
方案1
类似地,方案2说明了式I的实施例的合成,其中G和Y都是氢,X是亚甲基(14)。乙炔11与强碱如氢化钠反应生成相应的乙炔阴离子,然后可与5反应生成12。替代地,使用Pd催化剂如Pd(dppf)2Cl2将11与5进行Sonogashira偶联可以提供化合物12。化合物12和8在溶剂混合物如1,4-二恶烷和水中的标准铃木偶联过程可用于制备化合物13。催化氢化13,然后在酸性条件如TFA下在二氯甲烷中除去Boc基团,得到相应的胺,该胺随后可以在含有碱(如三乙胺)的溶剂(如二氯甲烷)中与丙烯酰氯反应,生成式I的化合物,其中其中G和Y都是氢,X是亚甲基(14)。
方案2
方案3说明了式I的实施例的合成,其中G是氟,Y是氢,X是O、NR2或S(即15a-15c)。根据P.S.Fier(J.Am.Chem.Soc.2017,139(28),9499-9736)所描述的一般过程,市售的3,5-二溴-4-氟吡啶或3,5-二氯-4-氟吡啶(16)与(1Z)-N-[(甲磺酰基)氧基]-乙亚胺酰氯(17;CAS#1228558-17-5)反应提供了3,5-二卤代-4-氟代腈基吡啶(18)。替代地,化合物18可以通过在三氟乙酸酐存在下用H2O2-脲络合物氧化16,然后在二甲基氨基甲酰氯存在下在溶剂如二氯甲烷中用氰基三甲基硅烷处理相应的N-氧化物来制备。如WO2021117767A1中一般描述的,18与硼酸8的区域选择性铃木偶联得到产物19。根据WO2021041671A1中所述的过程,在Hünig碱的存在下,同时在合适的溶剂如1,4-二恶烷中加热,19与2,4-二甲氧基苄胺(20)随后的反应提供了化合物21。替代地,21可以通过Buchwald-Hartwig氨基化过程在标准条件下在19和20之间制备。在-78℃至0℃下,在HCl存在下,在甲醇中进行21的Pinner反应,随后在饱和NaHCO3水溶液存在下,水解中间体亚氨基酯,得到化合物22。22与三氯乙酰异氰酸酯在0℃下反应,然后用甲醇中的无水氨处理,并升温至室温,得到化合物23。在Hünig碱存在下,23与POCl3在高温下反应,产生相应的2,4-二氯-8-氟吡啶并[3,2-d]嘧啶衍生物24。在Hünig碱的存在下,化合物24和4在溶剂如乙腈中的反应得到25。在纯6a-6c中或在合适的非质子溶剂中,用合适的碱如氟化钾、Hünig碱、K2CO3或Cs2CO3/DABCO混合物处理6a-6c,然后在高温下与25反应,分别得到化合物26a-26c。替代地,在BINAP和Cs2CO3存在下,在高温下6a和25可以在甲苯中与Pd(OAc)2偶联产生26b。在酸性条件如无水HCl下在1,4-二恶烷中除去26a-26c的Boc保护基团。在含有碱如三乙胺的非质子溶剂如二氯甲烷中,用α,β-不饱和酰氯如丙烯酰氯酰化相应的去保护产物,将产生式I的化合物,其中G是氟,Y是氢,X是O、NR2或S(即15a-15c)。
方案3
方案4说明了式I的实施例的合成,其中G或Y是氟,X是亚甲基(27a和27b)。使用Pd催化剂如Pd(dppf)2Cl2进行乙炔11与25a或25b的Sonogashira偶联,提供了偶联产物28a和28b。催化氢化28a或28b,然后在酸性条件如TFA下在二氯甲烷中除去Boc基团,得到相应的胺,该胺随后可以在含有碱(如三乙胺)的溶剂(如二氯甲烷)中与丙烯酰氯反应,生成式I的化合物,其中G或Y是氟,X是亚甲基(即,分别为27a和27b)。
方案4
类似地,式I的实施例29a-d的合成可以根据方案3和4中描述的反应以类似的方式制备,区别是反应从3-溴-5-氯-2-氟吡啶而非化合物16开始。
方案5说明了式I的实施例的替代合成,其中Y或G是氟,X是O、NR2或S(即15a-c和29a-c)。在三氟乙酸酐存在下,在0℃下市售的7-溴吡啶并[3,2-d]嘧啶-2,4-二醇(30)与脲-过氧化氢络合物在非质子溶剂如DMF中氧化,得到N-氧化物31。在Hünig碱存在下,31与POCl3的随后反应产生三氯化合物32a和32b的大约1:1的混合物。在Hünig碱存在下,在溶剂如乙腈中用4处理32a/32b混合物,得到相应产物33a和33b,其可以通过色谱法分离。用碱如氢化钠、Hünig碱、K2CO3或Cs2CO3/DABCO混合物处理6a-6c,然后在室温或高温下在极性非质子溶剂如N-甲基-2-吡咯烷酮中与33a和33b反应,分别得到化合物34a和34b。34a和34b与氟化物源如氟化钾或氟化铯在高温下在极性非质子溶剂如DMSO中的反应提供了相应的氟代产物35a和35b。化合物35a和35b和8在溶剂混合物如1,4-二恶烷和水中的标准铃木偶联过程可用于制备化合物36a和36b。在酸性条件如无水HCl下在1,4-二恶烷中除去36a和36c的Boc保护基团。随后在含有碱如三乙胺的溶剂如二氯甲烷中,用α,β-不饱和酰氯如丙烯酰氯酰化去保护的产物,将产生相应的式I的化合物15a-c和29a-c,其中Y或G是氟,X是O、NR2或S。
方案5
类似地,化合物29d也可以通过结合方案2和5中描述的方法由33b制备。
缩写和首字母缩写词
本申请中可能使用以下缩写和首字母缩写词:
ACN=乙腈;
anhyd.=无水;
aq.=水溶液;
B2pin2=双(频哪醇)二硼;
Boc=叔丁氧基羰基;
n-Bu3P=三正丁基膦;
Compd=化合物;
d=天数;
DABCO=1,4-二氮杂双环[2.2.2]辛烷;
DCM=二氯甲烷;
DIEA=DIPEA=N,N-二异丙基乙胺=Hünig碱;
DMF=N,N-二甲基甲酰胺;
DMSO=二甲基亚砜;
DMA=N,N-二甲基乙酰胺;
dppf=1,1’-双(二苯基膦基)二茂铁)
EtOAc=乙酸乙酯;
equiv=当量;
Ex=实施例;
h=小时;
LiHMDS=双(三甲基硅烷基)氨基锂[LiN(SiMe3)2];
MeOH=甲醇;
NMP=N-甲基-2-吡咯烷酮;
min=分钟;
Pd(dppf)Cl2=[1,1′-双(二苯基膦基)二茂铁]二氯钯(II);
PE=石油醚;
RT=室温;
satd.=饱和溶液;
TEA=三乙胺;
TFA=三氟乙酸;
TFAA=三氟乙酸酐;
THF=四氢呋喃;
TMSCN=氰基三甲基硅烷。
实施例
已经根据示例性原理和实施方案描述了本发明的概念,但是本领域技术人员将认识到,在不脱离由所附实施例限定的本公开的范围和精神的情况下,可以对所描述的内容进行变化和等同替换。
实施例1
2-((S)-1-丙烯酰基-4-(7-(8-氯萘-1-基)-2-(((S)-1-甲基吡咯烷-2-基)甲氧基)吡啶并[3,2-d]嘧啶-4-基)哌嗪-2-基)乙腈(2j)。
实施例1(2j)的制备如下面的方案6所示。
方案6
2,4,7-三氯吡啶并[3,2-d]嘧啶(38)。吡啶并[3,2-d]嘧啶-2,4(1H,3H)-二酮(37;CAS#37538-68-4;1.00g,6.13mmol)和PCl5(7.66g,36.8mmol)在POCl3(20mL)中的溶液在氮气氛下在120℃下搅拌4h。所得混合物减压浓缩,粗残余物通过硅胶柱色谱纯化,用DCM/MeOH(10:1)洗脱,得到2,4,7-三氯吡啶并[3,2-d]嘧啶(38;470mg,33%),为浅黄色固体:1HNMR(300MHz,CDCl3)δ9.02(d,J=2.2Hz,1H),8.29(d,J=2.2Hz,1H)。
(S)-2-(氰甲基)-4-(2,7-二氯吡啶并[3,2-d]嘧啶-4-基)哌嗪-1-羧酸叔丁酯(40)。在室温下,向搅拌的2,4,7-三氯吡啶并[3,2-d]嘧啶(38;470mg,2.01mmol)和(S)-2-(氰甲基)哌嗪-1-羧酸叔丁酯(39;CAS#1589565-36-5;497mg,2.21mmol)在1,4-二恶烷(5mL)中的混合物加入DIEA(777mg,6.02mmol)。所得混合物在室温下搅拌2h,然后减压浓缩。粗残余物通过硅胶柱色谱纯化,用石油醚/EtOAc(1:1)洗脱,得到(S)-2-(氰甲基)-4-(2,7-二氯吡啶并[3,2-d]嘧啶-4-基)哌嗪-1-羧酸叔丁酯(40;780mg,92%),为浅黄色固体:HPLC-MS(ES+)m/z MH+=423。
(S)-4-(7-氯-2-(((S)-1-甲基吡咯烷-2-基)甲氧基)吡啶并[3,2-d]嘧啶-4-基)-2-(氰甲基)哌嗪-1-羧酸叔丁酯(42)。向搅拌的(S)-2-(氰甲基)-4-(2,7-二氯吡啶并[3,2-d]嘧啶-4-基)哌嗪-1-羧酸叔丁酯(40;350mg,0.827mmol)和(S)-(1-甲基吡咯烷-2-基)甲醇(41;CAS#34381-71-0;105mg,0.910mmol)在1,4-二恶烷(0.5mL)中的混合物滴加K2CO3(343mg,2.48mmol)。所得混合物在90℃下搅拌16h,然后减压浓缩所得混合物。粗残余物通过硅胶柱色谱纯化,用石油醚/EtOAc(5:1)洗脱,得到(S)-4-(7-氯-2-(((S)-1-甲基吡咯烷-2-基)甲氧基)吡啶并[3,2-d]嘧啶-4-基)-2-(氰甲基)哌嗪-1-羧酸叔丁酯(42;310mg,75%),为浅黄色固体:HPLC-MS(ES+)m/z MH+=502。
(S)-4-(7-(8-氯萘-1-基)-2-(((S)-1-甲基吡咯烷-2-基)甲氧基)吡啶并[3,2-d]嘧啶-4-基)-2-(氰甲基)哌嗪-1-羧酸叔丁酯(44)。在氮气氛下,在室温下,向搅拌的(S)-4-(7-氯-2-(((S)-1-甲基吡咯烷-2-基)甲氧基)吡啶并[3,2-d]嘧啶-4-基)-2-(氰甲基)哌嗪-1-羧酸叔丁酯(42;310mg,0.618mmol)和2-(8-氯萘-1-基)-4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧硼戊环(43;214mg,0.742mmol)在1,4-二恶烷(2.0mL)中的混合物加入Pd(PPh3)4(71.4mg,0.062mmol)和K2CO3(171mg,1.24mmol)。所得混合物在80℃下在氮气氛下搅拌过夜,然后减压浓缩。粗残余物通过硅胶柱色谱纯化,用石油醚/EtOAc(10:1)洗脱,得到(S)-4-(7-(8-氯萘-1-基)-2-(((S)-1-甲基吡咯烷-2-基)甲氧基)吡啶并[3,2-d]嘧啶-4-基)-2-(氰甲基)哌嗪-1-羧酸叔丁酯(44;156mg,40%),为浅黄色固体:HPLC-MS(ES+)m/z MH+=628。
2-((S)-1-丙烯酰基-4-(7-(8-氯萘-1-基)-2-(((S)-1-甲基吡咯烷-2-基)甲氧基)吡啶并[3,2-d]嘧啶-4-基)哌嗪-2-基)乙腈盐酸盐(1:3)(45)。(S)-4-(7-(8-氯萘-1-基)-2-(((S)-1-甲基吡咯烷-2-基)甲氧基)吡啶并[3,2-d]嘧啶-4-基)-2-(氰甲基)哌嗪-1-羧酸叔丁酯的混合物(44;156mg,0.248mmol)和HCl(在1,4-二恶烷中4M,2mL)在室温下搅拌2h,然后减压浓缩。粗产物(45)不经进一步纯化直接用于下一步。HPLC-MS(ES+)m/z MH+=528。
2-((S)-1-丙烯酰基-4-(7-(8-氯萘-1-基)-2-(((S)-1-甲基吡咯烷-2-基)甲氧基)吡啶并[3,2-d]嘧啶-4-基)哌嗪-2-基)乙腈(2j)。在氮气氛下,在0℃下,向搅拌的2-((S)-1-丙烯酰基-4-(7-(8-氯萘-1-基)-2-(((S)-1-甲基吡咯烷-2-基)甲氧基)吡啶并[3,2-d]嘧啶-4-基)哌嗪-2-基)乙腈盐酸盐(1:3)(45;102mg)和Et3N(58.6mg,0.579mmol)在无水DCM(5.0mL)中的混合物滴加丙烯酰氯(19.2mg,0.212mmol)。所得混合物在室温下在氮气氛下搅拌2h,然后减压浓缩。粗残余物通过C18硅胶柱上的反相快速色谱纯化,用含0.1%NH4HCO3的10-50% ACN水溶液梯度洗脱,得到2-((S)-1-丙烯酰基-4-(7-(8-氯萘-1-基)-2-(((S)-1-甲基吡咯烷-2-基)甲氧基)吡啶并[3,2-d]嘧啶-4-基)哌嗪-2-基)乙腈(2j;35mg,31%),为白色固体:HPLC-MS(ES+)m/z MH+=582;1H NMR(400MHz,DMSO-d6)δ8.55(dd,J=5.3,2.2Hz,1H),8.18(dd,J=8.3,1.3Hz,1H),8.11(d,J=8.1Hz,1H),7.87(m,1H),7.73–7.65(m,2H),7.61–7.53(m,2H),7.01–6.81(m,1H),6.41–4.81(m,5H),4.62–4.10(m,3H),3.78–3.46(m,2H),3.25–3.12(m,1H),2.96(m,3H),2.58(m,1H),2.37(s,3H),2.18(m,1H),2.03–1.89(m,1H),1.76–1.56(m,3H)。
实施例2
2-((S)-4-(7-(8-氯萘-1-基)-2-(((S)-1-甲基吡咯烷-2-基)甲氧基)吡啶并[3,2-d]嘧啶-4-基)-1-(2-氟丙烯酰基)哌嗪-2-基)乙腈(1a)。
实施例1(1a)的制备如下面的方案7所示。
方案7
(S)-4-(7-溴-2-氯吡啶并[3,2-d]嘧啶-4-基)-2-(氰甲基)哌嗪-1-羧酸叔丁酯(47)。在室温下,7-溴-2,4-二氯吡啶并[3,2-d]嘧啶(46;CAS#1215074-41-1;1.00g,3.61mmol)和(2S)-2-(氰甲基)哌嗪-1-羧酸叔丁酯(39;CAS#1589565-36-5;0.90g,3.97mmol)在无水1,4-二恶烷(9.0mL)中的混合物用二异丙基乙胺(1.90mL,10.8mmol)在搅拌下缓慢滴加处理。1h后,真空浓缩反应混合物,粗产物用硅胶柱色谱纯化,用5-50%梯度的EtOAc的己烷溶液洗脱,得到1.64g(98%)的(S)-4-(7-溴-2-氯吡啶并[3,2-d]嘧啶-4-基)-2-(氰甲基)哌嗪-1-羧酸叔丁酯(47),为淡黄色固体:HPLC-MS(ES+)m/z MH+=467。
(S)-4-(7-溴-2-(((S)-1-甲基吡咯烷-2-基)甲氧基)吡啶并[3,2-d]嘧啶-4-基)-2-(氰甲基)哌嗪-1-羧酸叔丁酯(48)。(S)-4-(7-溴-2-氯吡啶并[3,2-d]嘧啶-4-基)-2-(氰甲基)哌嗪-1-羧酸叔丁酯(47;500mg,1.07mmol)和(S)-(1-甲基吡咯烷-2-基)甲醇(34;CAS#34381-71-0;0.20mL,1.60mmol)在无水1,4-二恶烷(6.0mL)中的混合物用K2CO3(443mg,3.21mmol)处理,并将反应混合物在N2气氛下搅拌下在90℃加热16h。将反应混合物冷却至室温,真空浓缩,粗产物通过硅胶柱色谱纯化,用0-10%梯度的MeOH的DCM溶液洗脱,得到370mg(63%)的(S)-4-(7-溴-2-(((S)-1-甲基吡咯烷-2-基)甲氧基)吡啶并[3,2-d]嘧啶-4-基)-2-(氰甲基)哌嗪-1-羧酸叔丁酯(48),为灰白色固体:HPLC-MS(ES+)m/z MH+=546。
(S)-4-(7-(8-氯萘-1-基)-2-(((S)-1-甲基吡咯烷-2-基)甲氧基)吡啶并[3,2-d]嘧啶-4-基)-2-(氰甲基)哌嗪-1-羧酸叔丁酯(49)。(S)-4-(7-溴-2-(((S)-1-甲基吡咯烷-2-基)甲氧基)吡啶并[3,2-d]嘧啶-4-基)-2-(氰甲基)哌嗪-1-羧酸叔丁酯(48;450mg,0.825mmol)、2-(8-氯萘-1-基)-4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧硼戊环(43;950mg,3.30mmol)和K2CO3(494mg,3.30mmol)在1,4-二恶烷(7.0mL)和水(0.9mL)中的混合物通过用N2鼓泡并搅拌20分钟来脱气。加入四(三苯基膦)钯(0)(143mg,0.123mmol),在搅拌下再用N2鼓泡15分钟,使反应混合物脱气。在N2气氛下,在80℃下将反应混合物搅拌加热16h,冷却至室温,用EtOAc稀释,然后通过硅藻土过滤。用饱和NaCl水溶液洗涤滤液(3X),干燥(MgSO4),过滤并真空浓缩。粗产物通过硅胶柱色谱纯化,用0-15%梯度的MeOH的DCM溶液洗脱,得到130mg(25%)的(S)-4-(7-(8-氯萘-1-基)-2-(((S)-1-甲基吡咯烷-2-基)甲氧基)吡啶并[3,2-d]嘧啶-4-基)-2-(氰甲基)哌嗪-1-羧酸叔丁酯(49),为米色固体:HPLC-MS(ES+)m/z MH+=628;1H NMR(300MHz,CDCl3)δ8.54(dd,J=3.2,1.2Hz,1H),7.97(dd,J=8.2,1.1Hz,1H),7.91(d,J=2.2Hz,1H),7.89(dd,J=7.0,1.2Hz,1H),7.60–7.53(m,2H),7.47–7.40(m,2H),5.97(brs,1H),5.35(br s,1H),4.69(br s,1H),4.55–4.47(m,1H),4.35–4.25(m,1H),4.15(br s,1H),3.62(br s,1H),3.26(br s,2H),3.14–3.08(m,1H),2.94–2.86(m,1H),2.79–2.61(m,2H),2.50(s,3H),2.35–2.24(m,1H),2.15–2.00(m,1H),1.92–1.76(m,3H),1.52(s,9H)。
2-((S)-4-(7-(8-氯萘-1-基)-2-(((S)-1-甲基吡咯烷-2-基)甲氧基)吡啶并[3,2-d]嘧啶-4-基)哌嗪-2-基)乙腈盐酸盐(1:1)(50)。(S)-4-(7-(8-氯萘-1-基)-2-(((S)-1-甲基吡咯烷-2-基)甲氧基)吡啶并[3,2-d]嘧啶-4-基)-2-(氰甲基)哌嗪-1-羧酸叔丁酯(42;160mg,0.255mmol)和4M HCl在1,4-二恶烷(2mL)中的混合物在N2气氛下在室温下搅拌。1h后,反应混合物在真空下浓缩得到18mg(93%)的2-((S)-4-(7-(8-氯萘-1-基)-2-(((S)-1-甲基吡咯烷-2-基)甲氧基)吡啶并[3,2-d]嘧啶-4-基)哌嗪-2-基)乙腈盐酸盐(1:3)(50),为米色固体:HPLC-MS(ES+)m/z MH+=528;1H NMR(300MHz,DMSO-d6)δ11.1(br s,1H),10.3(br s,2H),8.68(d,J=1.6Hz,1H),8.22(dd,J=7.2,1.1Hz,1H),8.14(dd,J=8.1,1.2Hz,1H),8.08(d,J=2.1Hz,1H),7.77–7.67(m,2H),7.65–7.53(m,2H),4.91–4.74(m,2H),4.23(br s,2H),3.92–3.83(m,2H),3.74–3.66(m,1H),3.51–3.43(m,2H),3.28(brs,4H),3.18–3.05(m,1H),2.96(d,J=4.7Hz,3H),2.36–2.22(m,1H),2.14–1.77(m,4H)。
2-((S)-4-(7-(8-氯萘-1-基)-2-(((S)-1-甲基吡咯烷-2-基)甲氧基)吡啶并[3,2-d]嘧啶-4-基)-1-(2-氟丙烯酰基)哌嗪-2-基)乙腈(1a)。用二异丙基乙胺(0.22mL,1.26mmol)处理2-((S)-4-(7-(8-氯萘-1-基)-2-(((S)-1-甲基吡咯烷-2-基)甲氧基)吡啶并[3,2-d]嘧啶-4-基)哌嗪-2-基)乙腈盐酸盐(1:3)(50;100mg,0.157mmol)、2-氟丙-2-烯酸(51;CAS#430-99-9;28mg,0.314mmol)和烘干的分子筛(132mg)在EtOAc(2.0mL)中的混合物,并将反应混合物在室温下搅拌。5分钟后,加入1-丙基膦酸酐溶液(T3P,0.33mL,0.471mmol,50%在EtOAc中),并将反应混合物在室温下搅拌。20分钟后,用EtOAc稀释反应混合物,用5% NaHCO3水溶液洗涤(3X),干燥(MgSO4),过滤,并真空浓缩。粗产物通过硅胶柱色谱纯化,用在DCM中含有1% Et3N(v/v)的10-100%的梯度EtOAc洗脱,得到40mg(35%)的2-((S)-4-(7-(8-氯萘-1-基)-2-(((S)-1-甲基吡咯烷-2-基)甲氧基)吡啶并[3,2-d]嘧啶-4-基)-1-(2-氟丙烯酰基)哌嗪-2-基)乙腈(1a),为灰白色固体:HPLC-MS(ES+)m/z MH+=600;1H NMR(300MHz,CDCl3)δ8.57(dd,J=2.1,1.3Hz,1H),7.98(dd,J=8.2,1.2Hz,1H),7.93(d,J=2.1Hz,1H),7.90(dd,J=8.1,1.2Hz,1H),7.60–7.54(m,2H),7.48–7.40(m,2H),5.44(d,J=47.8Hz,1H),5.26(dd,J=13.3,3.6Hz,1H),4.65–4.54(m,1H),4.42–4.31(m,1H),3.25–3.14(m,1H),3.12–2.97(m,1H),2.91–2.75(m,2H),2.56(s,3H),2.44–2.30(m,1H),2.18–2.03(m,1H),1.95–1.52(m,10H)。
核苷酸交换试验
实施例的生物活性在KRAS G12C/SOS1核苷酸交换试验中测定,该试验由ReactionBiology Corporation(RBC),1Great Valley Parkway,Suite 2Malvern,PA 19355,USA进行。该试验评估了用KRAS G12C观察到的SOS1介导的Bodipy-GDP到GTP的交换。
化合物以10浓度IC50模式连续稀释3倍进行测试,其中实施例和MRTX-849(参考标准)的起始浓度为10μM,ARS-1620(参考标准)的起始浓度为5μM。化合物在室温下的预孵育时间为30分钟,当最高浓度的化合物的活性低于65%时进行曲线拟合。
反应缓冲液:40mM HEPES 7.4,10mM MgCl2,1mM DTT 0.002% Triton X100,0.5DMSO。
蛋白质:SOS1(RBC cat#MSC-11-502)。重组人SOS1(Genbank登录号#NM_005633.3;aa 564-1049,在大肠杆菌中表达,具有C-末端StrepII。MW=60.59kDa)。
KRAS G12C:重组人KRAS(Genbank登录号#NM_033360.3;aa 2-169,在大肠杆菌中表达,具有N-末端TEV可切割的his标签。MW 21.4kDa)。KRAS预装了5倍过量的Bodipy-GDP。使用旋转脱盐柱将过量的Bodipy-GDP与装载的蛋白质分离。
最终浓度:KRAS-bodipy-GDP为0.125μM;SOS1为70nM;并且GTP为25μM。
反应程序:
1.将10μL的1.5x KRAS溶液(在新制备的反应缓冲液中)转移到反应孔中。
2.使用声学技术(Echo550;纳升范围)将100% DMSO中的化合物转移到缓冲液中。
3.室温下将化合物孵育30分钟。
4.在反应缓冲液中制备3x(SOS1+GTP)溶液。
5.将5μL的SOS1+GTP溶液转移到反应孔中(仅将GTP转移到第1列,作为无SOS1的对照)。
6.通过在具有实时反应监控的PHERAstar平板读数器(BMG Labtech;Ex/Em=485/520)上测量荧光信号减少,在室温下监测反应进程30分钟。
数据分析(共价化合物):通过从加入SOS1/GTP混合物之前测量的初始荧光中减去30分钟反应结束时的荧光(RFU),计算每个化合物浓度下的dRFU值。使用下面的方程将荧光数据归一化,并使用GraphPad prism软件拟合到“一相指数衰减”方程。平台期不受限制,dRFU值用于计算IC50值。
其中Yraw被定义为时间t时的荧光,Ao是没有SOS1时的平均初始荧光,M是在最大SOS1时反应结束时的最小荧光。
减去背景的信号(无SOS1蛋白孔用作背景)被转换成相对于DMSO对照的%活性。使用GraphPad Prism 4的“S形剂量反应(可变斜率)”分析数据;4个具有Hill斜率的参数。约束条件是底部(常数等于0)和顶部(必须小于120)。
结果:
*底物是Bodipy-GDP/Kras G12C,向反应中加入0.5% DMSO。使用共价抑制剂的dRFU分析方法计算IC50值。ARS-1620和MRTX-849是参考标准。
实施例2在雄性CD-1小鼠中的药代动力学
由WuXi AppTec Co.,Ltd.,1318Wuzhong Avenue,Wuzhong District,Suzhou,China,215104在雄性CD-1小鼠中测定实施例2(化合物1a)的药代动力学曲线。下表和图1中显示的结果清楚地表明,实施例2在雄性CD-1小鼠中具有28.8%的口服生物利用度。
注:如果调整后的Rsq(终相浓度值的线性回归系数)小于0.9,T1/2可能无法准确估计。如果%AUC额外>20%,AUC0-inf、Cl、MRT0-inf和Vdss可能无法准确估计。如果%AUMC额外>20%,MRT0-inf和Vdss可能无法准确估计。复合平均浓度用于PK参数计算。调整后的终相浓度值的线性回归系数小于0.9,T1/2可能无法准确估计。复合平均浓度用于PK参数计算。通过使用标称剂量的AUC0-inf(如果所有AUC额外<20%)或AUC0-结束(如果一个或多个AUC额外>20%)计算生物利用度(%F)。
Claims (15)
1.式I的化合物:
或其盐、溶剂化物或前药,其中:
A选自任选被氢、卤素、羟基、C1-6烷基、C2-C6烯基、C2-C6炔基、-(C0-C6烷基)环烷基、C1-6卤代烷基、C1-6烷氧基、NO2、氰基、CO2H、PO(OR3)2、POR3(OR3)、PO(R4)2、NH2、NH(C1-6烷基)或N(C1-6烷基)2中的一个或多个取代的芳基或杂芳基;
X选自O、NR2、S或CH2;
Y、G可以相同或不同,并且选自氢、卤素或三氟甲基;
Z选自氢、卤素、三氟甲基或C1-6烷基;
R1选自氢、C1-C6烷基、-(C1-C6烷基)C1-6烷氧基、-C0-C6烷基(环烷基)、
C1-C6卤代烷基、-(C1-C6烷基)CN或-(C1-C6烷基)P(O)R2R3;
n是1-3;
R2选自H、C1-6烷基、C3-6环烷基或-(C1-C6烷基)P(O)R2R3;
R3选自H、C1-6烷基或C3-6环烷基;
R4选自C1-6烷基、C3-6环烷基或芳基。
2.根据权利要求1所述的化合物或盐,其中式I的化合物是选自1a-1z、2a-2z和3a-3b的化合物或其盐、溶剂化物或前药:
3.一种药物组合物,其包含权利要求1至2中任一项所述的化合物或其盐、溶剂化物或前药,以及药学上可接受的载体。
4.一种治疗患者疾病、病症或医学病况的方法,其包括向有此需要的患者提供治疗剂的步骤,其中所述治疗剂包括权利要求1至3中任一项所述的化合物或其盐、溶剂化物或前药。
5.根据权利要求4所述的方法,其中患者的所述疾病、病症或医学病况包括各种癌症。
6.根据权利要求5所述的方法,其中患者的所述疾病、病症或医学病况是通过KRAS介导的。
7.根据权利要求6所述的方法,其中所述疾病、病症或医学病况是通过KRAS,尤其是KRAS突变体G12C介导的。
8.根据权利要求6所述的方法,其中所述癌症选自神经胶质瘤(胶质母细胞瘤)、急性髓性白血病、急性髓细胞白血病、骨髓增生异常/骨髓增生性肿瘤、肉瘤、慢性粒单核细胞白血病、非霍奇金淋巴瘤、星形细胞瘤、黑色素瘤、非小细胞肺癌、胆管癌、软骨肉瘤、结肠癌或胰腺癌。
9.根据权利要求4到8中任一项所述的方法,其进一步包括向有此需要的患者施用至少一种另外的治疗剂。
10.根据权利要求2所述的化合物,其中式I的化合物是选自化合物1a、1e、2j和2m的化合物或其盐、溶剂化物或前药:
11.根据权利要求4所述的方法,其包括向有此需要的患者提供根据权利要求11所述的药物组合物的步骤。
12.根据权利要求4所述的方法,其中患者的所述疾病、病症或医学病况包括各种癌症。
13.根据权利要求12所述的方法,其中所述疾病、病症或医学病况是通过KRAS介导的。
14.根据权利要求13所述的方法,其中所述疾病、病症或医学病况是通过KRAS突变体G12C介导的。
15.根据权利要求13所述的方法,其中所述癌症选自神经胶质瘤(胶质母细胞瘤)、急性髓性白血病、急性髓细胞白血病、骨髓增生异常/骨髓增生性肿瘤、肉瘤、慢性粒单核细胞白血病、非霍奇金淋巴瘤、星形细胞瘤、黑色素瘤、非小细胞肺癌、胆管癌、软骨肉瘤、结肠癌或胰腺癌。
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