CN116783294A - 整联蛋白靶向配体及其用途 - Google Patents

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Abstract

描述了式(I)的合成的αvβ6整联蛋白配体,其具有血清稳定性和对整联蛋白αvβ6的亲和力,所述整联蛋白αvβ6是在多种细胞类型中表达的受体。所述配体可用于将货物分子递送至表达整联蛋白αvβ6的细胞,所述货物分子例如RNAi剂或其它基于寡核苷酸的化合物,并从而促进货物分子摄入到这些细胞中。还描述了包括αvβ6整联蛋白配体的组合物和使用方法。

Description

整联蛋白靶向配体及其用途
相关申请的交叉引用
该PCT申请要求2020年9月11日提交的美国临时申请号63/077,245的权益。该文献特此通过引用以其整体并入本文。
技术领域
本公开涉及与整联蛋白受体结合的靶向配体,用于在体内将基于寡核苷酸的化合物(例如双链RNAi剂)递送至某些细胞类型,以抑制在那些细胞中表达的基因。
背景技术
已经显示αvβ6整联蛋白可以促进转移中的细胞侵入和迁移,并抑制凋亡。αvβ6整联蛋白还可以调节基质金属蛋白酶(MMP)的表达并活化TGF-β1。主要来自体外研究的越来越多的证据表明αvβ6整联蛋白可以促进癌进展。因此,整联蛋白αvβ6作为肿瘤生物标志物和潜在的治疗靶是有吸引力的,因为它尤其在基质金属蛋白酶(MMP)的表达和TGF-β1的活化中起作用。
将治疗有效的化合物(例如药物化合物)在体内递送至期望的细胞和/或组织对于药物产品的开发一直是普遍的挑战。仍然需要能够选择性靶向细胞或组织的稳定且有效的靶向配体,其可以用于促进将货物分子(例如,治疗活性化合物或成分)靶向递送至特定细胞或组织。实际上,普遍需要可以与一种或多种所选的货物分子(例如一种或多种药物产品或其它有效负载)缀合的靶向配体,以促进将货物分子在体内递送至期望的细胞或组织。此外,存在对靶向整联蛋白α-vβ-6的化合物的需要,所述化合物适于与货物分子缀合,以在体内将货物分子递送至表达整联蛋白α-vβ-6的细胞。关于特定的货物分子,例如治疗性的基于寡核苷酸的化合物(例如,反义寡核苷酸或RNAi剂),需要能够靶向整联蛋白α-vβ-6的靶向配体,所述配体可以与基于寡核苷酸的化合物缀合以将治疗剂递送至表达整联蛋白α-vβ-6的细胞和/或组织,并促进治疗剂通过受体介导的胞吞作用、胞饮作用或通过其它方式进入细胞中。
发明内容
本文描述了新型合成的αvβ6整联蛋白配体(本文也称为αvβ6配体)。本文公开的αvβ6整联蛋白配体在血清中是稳定的并对αvβ6整联蛋白具有亲和力,并且可以特异性结合αvβ6整联蛋白。αvβ6整联蛋白配体可以与货物分子缀合以促进将货物分子递送至表达αvβ6整联蛋白的细胞或组织,例如递送至骨骼肌细胞。
本文还公开了在体内将货物分子递送至表达αvβ6整联蛋白的组织和/或细胞的方法,其中所述方法包括向受试者施用一种或多种本文公开的αvβ6整联蛋白配体,所述配体已与一种或多种货物分子缀合。本文进一步公开了治疗具有疾病、症状或病症的受试者的方法,对于所述疾病、症状或病症,将治疗性货物分子(例如,活性药物成分)递送至表达αvβ6整联蛋白的细胞能够治疗所述受试者,其中所述方法包括向受试者施用一种或多种本文公开的αvβ6整联蛋白配体,所述配体已与一种或多种治疗性货物分子缀合。
在一些实施方案中,本文描述了抑制细胞中靶基因的表达的方法,其中所述方法包括向所述细胞施用有效量的一种或多种αvβ6整联蛋白配体,所述配体已与能够抑制细胞中靶基因的表达的一种或多种基于寡核苷酸的化合物(例如,基于寡核苷酸的治疗剂,例如RNAi剂)缀合。在一些实施方案中,本文描述了抑制受试者的细胞中靶基因的表达的方法,其中向所述受试者施用有效量的一种或多种αvβ6整联蛋白配体,所述配体已与能够抑制细胞中靶基因的表达的一种或多种基于寡核苷酸的化合物(例如RNAi剂)缀合。
本文进一步描述了包括αvβ6整联蛋白配体的组合物。本文所述的组合物可以是药物组合物,其包括与一种或多种治疗性物质(例如RNAi剂)或其它货物分子缀合的一种或多种本文公开的αvβ6整联蛋白配体。
在一些实施方案中,本文描述了治疗具有至少部分由靶基因的表达介导的疾病或病症的受试者的方法,其中所述方法包括向对其有需要的受试者施用有效量的药物组合物,其中所述药物组合物包括一种或多种与一种或多种基于寡核苷酸的化合物(例如RNAi剂)缀合的本文公开的αvβ6整联蛋白配体。
在第一方面,本公开提供了合成的αvβ6整联蛋白配体。
在一些实施方案中,本文公开的αvβ6整联蛋白配体包括式I的结构:
或其药学上可接受的盐,其中
R1为任选取代的烷基、任选取代的烷氧基或其中R11和R12各自独立地为任选取代的烷基或货物分子,或者R1为货物分子;
R2为H、任选取代的烷基或货物分子;
R3为H或任选取代的烷基;
R4为H或任选取代的烷基;
R5为H或任选取代的烷基;
R6选自H、任选取代的烷基、任选取代的烷氧基、卤素、任选取代的氨基或货物分子;
Q为任选取代的芳基或任选取代的亚烷基;
X为O、CR8R9、NR8
其中R8选自H、任选取代的烷基,或者R8与Rx或Ry一起形成4-、5-、6-、7-、8-或9-元环,并且R9为H或任选取代的烷基;
Rx和Ry各自独立地为H、任选取代的烷基、货物分子,或者Rx和Ry可以与R10一起形成双键,其中R10为H、任选取代的烷基,或者R10可以与X和其所附着的原子一起形成4-、5-、6-、7-、8-或9-元环;
其中R1、R2、R6、R11、R12、Rx和Ry中的至少一个包含货物分子;和
其中当Q为任选取代的亚烷基并且Q表示的任选取代的亚烷基链的长度为3个碳时,则R1
在一些实施方案中,本文公开的αvβ6整联蛋白配体可以与一个或多个(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30;或1-30、1-25、1-20、1-15、1-10、1-5、5-30、5-25、5-20、5-15、5-10、10-30、10-25、10-20、10-15、15-30、15-25、15-20、20-30、20-25、或25-30个)货物分子(例如,本文所述的或本领域已知的任何货物分子)缀合。
在一些实施方案中,多于一个本文公开的αvβ6整联蛋白配体(例如,2、3、4、5、6、7、8或1-8、1-7、1-6、1-5、1-4、1-3、1-2、2-8、2-7、2-6、2-5、2-4、2-3、3-8、3-7、3-6、3-5、3-4、4-8、4-7、4-6、或4-5个αvβ6整联蛋白配体)可以与一个货物分子(例如,本文所述的或本领域已知的任何货物分子)缀合。
在另一个方面,本公开提供了包括一种或多种本文所述的αvβ6整联蛋白配体的组合物。例如,在一些实施方案中,包含一种或多种本文公开的αvβ6整联蛋白配体的组合物包括一种或多种基于寡核苷酸的化合物,例如一种或多种RNAi剂,其待在体内递送至细胞。在一些实施方案中,本文描述了用于在体内将RNAi剂递送至细胞的组合物,其中所述RNAi剂与一种或多种αvβ6整联蛋白配体连接。
描述了包括一种或多种αvβ6整联蛋白配体的组合物。在一些实施方案中,组合物包含药学上可接受的赋形剂。在一些实施方案中,包括一种或多种αvβ6整联蛋白配体的组合物包含一种或多种其它药用物质或药物活性成分或化合物。在一些实施方案中,本文描述了包括一种或多种αvβ6整联蛋白配体的药物。
包括一种或多种与一种或多种货物分子缀合的本文公开的αvβ6整联蛋白配体的组合物可以促进在体内或体外将货物分子递送至表达整联蛋白αvβ6的细胞。例如,包括一种或多种本文公开的αvβ6整联蛋白配体的组合物可以在体内或体外将货物分子(例如基于寡核苷酸的化合物)递送至骨骼肌细胞、I型和II型肺泡上皮细胞、杯状细胞、分泌性上皮细胞、纤毛上皮细胞、角膜和结膜上皮细胞、真皮上皮细胞、胆管细胞、肠上皮细胞、导管上皮细胞、腺上皮细胞和上皮肿瘤(癌)。
在另一个方面,本公开提供了方法,所述方法包括使用本文所述的一种或多种αvβ6整联蛋白配体和/或组合物,并且如果需要,使所公开的αvβ6整联蛋白配体和/或组合物成为适合作为药物产品施用的形式。在其它实施方案中,本公开提供了用于制造本文所述的配体和组合物(例如药物)的方法。
可以在体内向受试者施用包括一种或多种αvβ6整联蛋白配体的组合物,使用本领域已知的根据寻求施用的货物分子而适合于这样的施用的施用途径,包括例如皮下、静脉内、腹膜内、皮内、透皮、口服、舌下、局部或瘤内施用。在一些实施方案中,可以施用包括一种或多种整联蛋白配体的组合物用于全身递送,例如通过静脉内或皮下施用。在一些实施方案中,可以施用包括一种或多种αvβ6整联蛋白配体的组合物用于局部递送,例如,经由干粉吸入器或雾化器通过吸入递送。在一些实施方案中,可以通过局部施用来施用包括一种或多种αvβ6整联蛋白配体的组合物用于局部递送。
在一些实施方案中,本文公开了用于在体内将一种或多种期望的货物分子递送至骨骼肌细胞的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用一种或多种与所述一种或多种货物分子缀合的αvβ6整联蛋白配体。
在一些实施方案中,本文公开了用于在体内将一种或多种期望的货物分子递送至II型肺泡上皮细胞的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用一种或多种与所述一种或多种货物分子缀合的αvβ6整联蛋白配体。
在一些实施方案中,本文公开了用于在体内将一种或多种期望的货物分子递送至杯状细胞的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用一种或多种与所述一种或多种货物分子缀合的αvβ6整联蛋白配体。
在一些实施方案中,本文公开了用于在体内将一种或多种期望的货物分子递送至分泌性上皮细胞的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用一种或多种与所述一种或多种货物分子缀合的αvβ6整联蛋白配体。
在一些实施方案中,本文公开了用于在体内将一种或多种期望的货物分子递送至纤毛上皮细胞的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用一种或多种与所述一种或多种货物分子缀合的αvβ6整联蛋白配体。
在一些实施方案中,本文公开了用于在体内将一种或多种期望的货物分子递送至角膜上皮细胞的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用一种或多种与所述一种或多种货物分子缀合的αvβ6整联蛋白配体。
在一些实施方案中,本文公开了用于在体内将一种或多种期望的货物分子递送至结膜上皮细胞的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用一种或多种与所述一种或多种货物分子缀合的αvβ6整联蛋白配体。
在一些实施方案中,本文公开了用于在体内将一种或多种期望的货物分子递送至真皮上皮细胞的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用一种或多种与所述一种或多种货物分子缀合的αvβ6整联蛋白配体。
在一些实施方案中,本文公开了用于在体内将一种或多种期望的货物分子递送至胆管细胞的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用一种或多种与所述一种或多种货物分子缀合的αvβ6整联蛋白配体。
在一些实施方案中,本文公开了用于体内递送一种或多种期望的货物分子递送至肠上皮细胞的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用一种或多种与所述一种或多种货物分子缀合的αvβ6整联蛋白配体。
在一些实施方案中,本文公开了用于在体内将一种或多种期望的货物分子递送至导管上皮细胞的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用一种或多种与所述一种或多种货物分子缀合的αvβ6整联蛋白配体。
在一些实施方案中,本文公开了用于在体内将一种或多种期望的货物分子递送至腺上皮细胞的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用一种或多种与所述一种或多种货物分子缀合的αvβ6整联蛋白配体。
在一些实施方案中,本文公开了用于在体内将一种或多种期望的货物分子递送至上皮肿瘤(癌)的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用一种或多种与所述一种或多种货物分子缀合的αvβ6整联蛋白配体。
在一些实施方案中,本文公开了在体内将基于寡核苷酸的化合物递送至I型肺泡上皮细胞的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用一种或多种与所述一种或多种基于寡核苷酸的化合物缀合的αvβ6整联蛋白配体。在一些实施方案中,本文公开了在体内将RNAi剂递送至I型肺泡上皮细胞的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用一种或多种与所述一种或多种RNAi剂缀合的αvβ6整联蛋白配体。在一些实施方案中,本文公开了在体内抑制I型肺泡上皮细胞中靶基因的表达的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用与一种或多种对αvβ6整联蛋白具有亲和力的配体缀合的RNAi剂。
在一些实施方案中,本文公开了在体内将基于寡核苷酸的化合物递送至II型肺泡上皮细胞的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用一种或多种与所述一种或多种基于寡核苷酸的化合物缀合的αvβ6整联蛋白配体。在一些实施方案中,本文公开了在体内将RNAi剂递送至II型肺泡上皮细胞的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用一种或多种与所述一种或多种RNAi剂缀合的αvβ6整联蛋白配体。在一些实施方案中,本文公开了在体内抑制II型肺泡上皮细胞中靶基因的表达的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用与一种或多种对αvβ6整联蛋白具有亲和力的配体缀合的RNAi剂。
在一些实施方案中,本文公开了在体内将基于寡核苷酸的化合物递送至杯状细胞的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用一种或多种与所述一种或多种基于寡核苷酸的化合物缀合的αvβ6整联蛋白配体。在一些实施方案中,本文公开了在体内将RNAi剂递送至杯状细胞的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用一种或多种与所述一种或多种RNAi剂缀合的αvβ6整联蛋白配体。在一些实施方案中,本文公开了在体内抑制杯状细胞中靶基因的表达的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用与一种或多种对αvβ6整联蛋白具有亲和力的配体缀合的RNAi剂。
在一些实施方案中,本文公开了在体内将基于寡核苷酸的化合物递送至分泌性上皮细胞的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用一种或多种与所述一种或多种基于寡核苷酸的化合物缀合的αvβ6整联蛋白配体。在一些实施方案中,本文公开了在体内将RNAi剂递送至分泌性上皮细胞的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用一种或多种与所述一种或多种RNAi剂缀合的αvβ6整联蛋白配体。在一些实施方案中,本文公开了在体内抑制分泌性上皮细胞中靶基因的表达的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用与一种或多种对αvβ6整联蛋白具有亲和力的配体缀合的RNAi剂。
在一些实施方案中,本文公开了在体内将基于寡核苷酸的化合物递送至纤毛上皮细胞的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用一种或多种与所述一种或多种基于寡核苷酸的化合物缀合的αvβ6整联蛋白配体。在一些实施方案中,本文公开了在体内将RNAi剂递送至纤毛上皮细胞的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用一种或多种与所述一种或多种RNAi剂缀合的αvβ6整联蛋白配体。在一些实施方案中,本文公开了在体内抑制纤毛上皮细胞中靶基因的表达的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用与一种或多种对αvβ6整联蛋白具有亲和力的配体缀合的RNAi剂。
在一些实施方案中,本文公开了在体内将基于寡核苷酸的化合物递送至角膜上皮细胞的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用一种或多种与所述一种或多种基于寡核苷酸的化合物缀合的αvβ6整联蛋白配体。在一些实施方案中,本文公开了在体内将RNAi剂递送至角膜上皮细胞的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用一种或多种与所述一种或多种RNAi剂缀合的αvβ6整联蛋白配体。在一些实施方案中,本文公开了在体内抑制角膜上皮细胞中靶基因的表达的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用与一种或多种对αvβ6整联蛋白具有亲和力的配体缀合的RNAi剂。
在一些实施方案中,本文公开了在体内将基于寡核苷酸的化合物递送至结膜上皮细胞的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用一种或多种与所述一种或多种基于寡核苷酸的化合物缀合的αvβ6整联蛋白配体。在一些实施方案中,本文公开了在体内将RNAi剂递送至结膜上皮细胞的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用一种或多种与所述一种或多种RNAi剂缀合的αvβ6整联蛋白配体。在一些实施方案中,本文公开了在体内抑制结膜上皮细胞中靶基因的表达的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用与一种或多种对αvβ6整联蛋白具有亲和力的配体缀合的RNAi剂。
在一些实施方案中,本文公开了在体内将基于寡核苷酸的化合物递送至真皮上皮细胞的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用一种或多种与所述一种或多种基于寡核苷酸的化合物缀合的αvβ6整联蛋白配体。在一些实施方案中,本文公开了在体内将RNAi剂递送至真皮上皮细胞的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用一种或多种与所述一种或多种RNAi剂缀合的αvβ6整联蛋白配体。在一些实施方案中,本文公开了在体内抑制真皮上皮细胞中靶基因的表达的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用与一种或多种对αvβ6整联蛋白具有亲和力的配体缀合的RNAi剂。
在一些实施方案中,本文公开了在体内将基于寡核苷酸的化合物递送至胆管细胞的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用一种或多种与所述一种或多种基于寡核苷酸的化合物缀合的αvβ6整联蛋白配体。在一些实施方案中,本文公开了在体内将RNAi剂递送至胆管细胞的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用一种或多种与所述一种或多种RNAi剂缀合的αvβ6整联蛋白配体。在一些实施方案中,本文公开了在体内抑制胆管细胞中靶基因的表达的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用与一种或多种对αvβ6整联蛋白具有亲和力的配体缀合的RNAi剂。
在一些实施方案中,本文公开了在体内将基于寡核苷酸的化合物递送至肠上皮细胞的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用一种或多种与所述一种或多种基于寡核苷酸的化合物缀合的αvβ6整联蛋白配体。在一些实施方案中,本文公开了在体内将RNAi剂递送至肠上皮细胞的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用一种或多种与所述一种或多种RNAi剂缀合的αvβ6整联蛋白配体。在一些实施方案中,本文公开了在体内抑制肠上皮细胞中靶基因的表达的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用与一种或多种对αvβ6整联蛋白具有亲和力的配体缀合的RNAi剂。
在一些实施方案中,本文公开了在体内将基于寡核苷酸的化合物递送至导管上皮细胞的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用一种或多种与所述一种或多种基于寡核苷酸的化合物缀合的αvβ6整联蛋白配体。在一些实施方案中,本文公开了在体内将RNAi剂递送至导管上皮细胞的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用一种或多种与所述一种或多种RNAi剂缀合的αvβ6整联蛋白配体。在一些实施方案中,本文公开了在体内抑制导管上皮细胞中靶基因的表达的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用与一种或多种对αvβ6整联蛋白具有亲和力的配体缀合的RNAi剂。
在一些实施方案中,本文公开了在体内将基于寡核苷酸的化合物递送至腺上皮细胞的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用一种或多种与所述一种或多种基于寡核苷酸的化合物缀合的αvβ6整联蛋白配体。在一些实施方案中,本文公开了在体内将RNAi剂递送至腺上皮细胞的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用一种或多种与所述一种或多种RNAi剂缀合的αvβ6整联蛋白配体。在一些实施方案中,本文公开了在体内抑制腺上皮细胞中靶基因的表达的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用与一种或多种对αvβ6整联蛋白具有亲和力的配体缀合的RNAi剂。
在一些实施方案中,本文公开了在体内将基于寡核苷酸的化合物递送至上皮肿瘤(癌)的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用一种或多种与所述一种或多种基于寡核苷酸的化合物缀合的αvβ6整联蛋白配体。在一些实施方案中,本文公开了用于在体内将RNAi剂递送至上皮肿瘤(癌)的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用一种或多种与所述一种或多种RNAi剂缀合的αvβ6整联蛋白配体。在一些实施方案中,本文公开了在体内抑制上皮肿瘤(癌)中靶基因的表达的方法,其中所述方法包括向所述受试者施用与一种或多种对αvβ6整联蛋白具有亲和力的配体缀合的RNAi剂。
除非另有定义,本文所用的所有技术和科学术语具有与本发明所属领域的普通技术人员通常理解的相同的含义。尽管与本文所述的那些类似或等同的方法和材料可以用于本发明的实践或测试,但在下文描述合适的方法和材料。本文提及的所有出版物、专利申请、专利和其它参考文献均通过引用以其整体并入本文。在冲突的情况下,以本说明书(包括定义)为准。此外,材料、方法和实施例仅是说明性的,而不是限制性的。
根据以下具体实施方式和权利要求,本发明的其它目标、特征、方面和优点将显而易见。
具体实施方式
αvβ6整联蛋白配体。
本文描述了合成的αvβ6整联蛋白配体,其具有血清稳定性并且对整联蛋白αvβ6具有亲和力。αvβ6整联蛋白配体可以用于靶向在体外、原位、离体和/或体内表达整联蛋白αvβ6的细胞。在一些实施方案中,本文公开的αvβ6整联蛋白配体可以与一种或多种货物分子缀合,以优先将货物分子在体外、原位、离体和/或体内引导和靶向表达整联蛋白αvβ6的细胞。在一些实施方案中,货物分子包括药物活性化合物或由药物活性化合物组成。在一些实施方案中,货物分子包括基于寡核苷酸的化合物(例如RNAi剂)或由基于寡核苷酸的化合物(例如RNAi剂)组成。在一些实施方案中,本文公开的αvβ6整联蛋白配体与货物分子缀合,以在体内将货物分子引导至上皮细胞。
在第一方面,本公开提供了合成的αvβ6整联蛋白配体。
在一些实施方案中,本文公开的αvβ6整联蛋白配体包括式I的结构:
或其药学上可接受的盐,其中
R1为任选取代的烷基、任选取代的烷氧基或其中R11和R12各自独立地为任选取代的烷基或货物分子,或者R1为货物分子;
R2为H、任选取代的烷基或货物分子;
R3为H或任选取代的烷基;
R4为H或任选取代的烷基;
R5为H或任选取代的烷基;
R6选自H、任选取代的烷基、任选取代的烷氧基、卤素、任选取代的氨基或货物分子;
Q为任选取代的芳基或任选取代的亚烷基;
X为O、CR8R9、NR8
其中R8选自H、任选取代的烷基,或者R8与Rx或Ry一起形成4-、5-、6-、7-、8-或9-元环,并且R9为H或任选取代的烷基;
Rx和Ry各自独立地为H、任选取代的烷基、货物分子,或者Rx和Ry可以与R10一起形成双键,其中R10为H、任选取代的烷基,或者R10可以与X和其所附着的原子一起形成4-、5-、6-、7-、8-或9-元环;
其中R1、R2、R6、R11、R12、Rx和Ry中的至少一个包含货物分子;和
其中当Q为任选取代的亚烷基并且Q表示的任选取代的亚烷基链的长度为3个碳时,则R1
在一些实施方案中,式I的化合物为式Ia的化合物:
其中R18选自H、任选取代的烷基、任选取代的烷氧基、卤素、-NR19R20,其中R19和R20各自独立地为H或任选取代的烷基。
在一些实施方案中,式I的化合物为式Ib的化合物:
在一些实施方案中,式I的化合物为式Ic的化合物:
在一些实施方案中,式I的化合物为式Id的化合物:
其中R18选自H、任选取代的烷基、任选取代的烷氧基、卤素、-NR19R20,其中R19和R20各自独立地为H或任选取代的烷基。
在式I的一些实施方案中,Q为其中R13选自H、OH、任选取代的烷基、任选取代的烷氧基、卤素和任选取代的氨基。在式I的进一步的实施方案中,Q为/>在其它实施方案中,Q为/>其中R15和R16各自独立地为H、/>其中R17为任选取代的烷基或任选取代的烷基;和n为1-10的整数。在一些实施方案中,n为4。在式I的进一步的实施方案中,Q为/>在式I的进一步的实施方案中,Q为/>在一些实施方案中,n为4。在式I的其它实施方案中,Q为C1-C10亚烷基。在进一步的实施方案中,Q为-(CH2)4-。
在式I的一些实施方案中,R1包含货物分子。在式I的进一步的实施方案中,R1包含至少一个聚乙二醇(PEG)单元和货物分子。在式I的一些实施方案中,R1包含1-10个之间的PEG单元。在进一步的实施方案中,R1包含5个PEG单元。
在式I的一些实施方案中,R6和R7均为H。在式I的一些实施方案中,R3、R4和R5均为H。
在一些实施方案中,本文公开的αvβ6整联蛋白配体可以与一个或多个(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30;或1-30、1-25、1-20、1-15、1-10、1-5、5-30、5-25、5-20、5-15、5-10、10-30、10-25、10-20、10-15、15-30、15-25、15-20、20-30、20-25、或25-30个)货物分子(例如,本文所述的或本领域已知的任何货物分子)缀合。
在一些实施方案中,多于一个本文公开的αvβ6整联蛋白配体(例如,2、3、4、5、6、7、8或1-8、1-7、1-6、1-5、1-4、1-3、1-2、2-8、2-7、2-6、2-5、2-4、2-3、3-8、3-7、3-6、3-5、3-4、4-8、4-7、4-6、或4-5个αvβ6整联蛋白配体)可以与一个货物分子(例如,本文所述的或本领域已知的任何货物分子)缀合。
在一些实施方案中,本文公开的αvβ6整联蛋白配体任选地经由连接基团(例如聚乙二醇(PEG)基团)与一种或多种货物分子缀合。
在一些实施方案中,本文公开的αvβ6整联蛋白配体任选地经由支架与一种或多种货物分子缀合,所述支架包括至少一个对于每种配体的附着点和至少一个对于每种货物分子的附着点。在一些实施方案中,αvβ6整联蛋白配体包含一个货物分子、由其组成或基本上由其组成。在一些实施方案中,αvβ6整联蛋白配体包含多于一个货物分子、由其组成或基本上由其组成。
在一些实施方案中,αvβ6整联蛋白配体包含化合物41a、41b、42a、42b、43a、43b、44a、44b、45a、45b、46a、46b、47a、47b、48a、48b、49a、49b、50a、50b、51a、51b、52a、52b、53a、53b、54a、54b、55a、55b、56a、56b、57a、57b、58a、58b、59a、59b、60a或60b。
在一个方面,本发明提供了具有以下结构的靶向配体:
/>
/>
/>
/>
/>
或其药学上可接受的盐,其中表示与货物分子的连接点。本发明的另一方面提供了具有下式的化合物:
/>
/>
/>
/>
/>
或其药学上可接受的盐,并且其中表示与货物分子的连接点。本发明的另一方面提供了式Ip的化合物:
或其药学上可接受的盐,其中
R1为任选取代的烷基、任选取代的烷氧基或其中R11和R12各自独立地为任选取代的烷基或连接部分,或者R1为连接部分;
R2为H、任选取代的烷基或连接部分;
R3为H或任选取代的烷基;
R4为H或任选取代的烷基;
R5为H或任选取代的烷基;
R6选自H、任选取代的烷基、任选取代的烷氧基、卤素、任选取代的氨基或连接部分;
Q为任选取代的芳基或任选取代的亚烷基;
X为O、CR8R9、NR8
其中R8选自H、任选取代的烷基,或者R8与Rx或Ry一起形成4-、5-、6-、7-、8-或9-元环,并且R9为H或任选取代的烷基;
Rx和Ry各自独立地为H、任选取代的烷基、连接部分,或者Rx和Ry可以与R10一起形成双键,其中R10为H、任选取代的烷基,或者R10可以与X和其所附着的原子一起形成4-、5-、6-、7-、8-或9-元环;
其中R1、R2、R6、R11、R12、Rx和Ry中的至少一个包含连接部分;和
其中当Q为任选取代的烷基并且Q表示的任选取代的烷基链的长度为3个碳时,则R1
在式Ip的一些实施方案中,连接部分包含选自以下的官能团:叠氮化物、酯、氨基甲酸酯、烯烃、醇、胺、酰胺、碳酸酯和炔。在式Ip的一些实施方案中,连接部分包含叠氮化物。
本发明的另一方面提供了可以是式I化合物的前体的化合物。这些前体的实例化合物具有以下化学式:
/>
/>
/>
/>
/>
或其可接受的盐。
本文公开的任何αvβ6整联蛋白配体可以与货物分子、连接部分和/或受保护的连接部分连接。连接部分可以用于促进αvβ6整联蛋白配体与货物分子的缀合。本文公开的αvβ6整联蛋白配体可以增加货物分子对αvβ6整联蛋白或对表达αvβ6整联蛋白的细胞的靶向。货物分子可以是但不限于药物活性成分或化合物、前药或具有已知治疗或诊断益处的另一种物质。在一些实施方案中,货物分子可以是但不限于小分子、抗体、抗体片段、免疫球蛋白、单克隆抗体、标签或标记物、脂质、天然或修饰的基于寡核苷酸的化合物(例如,反义寡核苷酸或RNAi剂)、天然或修饰的核酸、肽、适体、聚合物、聚胺、蛋白、毒素、维生素、聚乙二醇、半抗原、地高辛配基、生物素、放射性原子或分子或荧光团。在一些实施方案中,货物分子包括药物活性成分或前药。在一些实施方案中,货物分子包括基于寡核苷酸的化合物作为药物活性成分。在一些实施方案中,货物分子包括RNAi剂作为药物活性成分。
除非另有说明,如本文所用,术语“烷基”是指具有1-10个碳原子的直链或支链的饱和脂族烃基。例如,“C1-C6烷基”包括具有1、2、3、4、5或6个碳的直链或支链排列的烷基。烷基的非限制性实例包括甲基、乙基、异丙基、叔丁基、正己基。如本文所用,术语“氨基烷基”是指以正常化合价允许的方式在任何位置被一个或多个氨基取代的如上所定义的烷基。氨基可以是未取代的、单取代的或二取代的。氨基烷基的非限制性实例包括氨基甲基、二甲基氨基甲基和2-氨基丙-1-基。
除非另有说明,如本文所用,术语“环烷基”是指具有3-14个碳原子的饱和或不饱和的非芳族烃环基团。环烷基的非限制性实例包括但不限于环丙基、甲基-环丙基、2,2-二甲基-环丁基、2-乙基-环戊基和环己基。环烷基可以包括多个螺环或稠环。环烷基任选地以正常化合价允许的方式在任何位置上被单-、二-、三-、四-或五-取代。
如本文所用,术语“亚环烷基”是指如本文所述的环烷基的二价基团。亚环烷基是环烷基的子集,是指与环烷基相同的残基,但具有两个取代点。亚环烷基的实例包括亚环丙基1,4-亚环己基/>和1,5-亚环辛基/>亚环烷基任选地以正常化合价允许的方式在任何位置上被单-、二-、三-、四-或五-取代。亚环烷基可以是单-、二-或三-环。
除非另有说明,如本文所用,术语“烯基”是指含有至少一个碳-碳双键并且具有2-10个碳原子的直链或支链的非芳族烃基。在这样的基团中可以存在多达五个碳-碳双键。例如,“C2-C6”烯基定义为具有2-6个碳原子的烯基。烯基的实例包括但不限于乙烯基、丙烯基、丁烯基和环己烯基。烯基的直链、支链或环状部分可以含有双键,并且任选地以正常化合价允许的方式在任何位置上被单-、二-、三-、四-或五-取代。术语“环烯基”是指具有特定数量的碳原子和至少一个碳-碳双键的单环烃基。
除非另有说明,如本文所用,术语“炔基”是指含有2-10个碳原子并且含有至少一个碳-碳三键的直链或支链的烃基。可以存在多达5个碳-碳三键。因此,“C2-C6炔基”是指具有2-6个碳原子的炔基。炔基的实例包括但不限于乙炔基、2-丙炔基和2-丁炔基。炔基的直链或支链部分可以任选地以正常化合价允许的方式在任何位置上被单-、二-、三-、四-或五-取代。
如本文所用,“烷氧基(alkoxyl)”或“烷氧基(alkoxy)”是指具有指定数目的碳原子的-O-烷基。例如,C1-6烷氧基旨在包括C1、C2、C3、C4、C5和C6烷氧基。例如C1-8烷氧基旨在包括C1、C2、C3、C4、C5、C6、C7和C8烷氧基。烷氧基的实例包括但不限于甲氧基、乙氧基、正丙氧基、异丙氧基、正丁氧基、仲丁氧基、叔丁氧基、正戊氧基、仲戊氧基、正庚氧基和正辛氧基。
如本文所用,“酮基”是指通过羰基桥附着的如本文所定义的任何烷基、烯基、炔基、环烷基、环烯基、杂环基、杂芳基或芳基。酮基的实例包括但不限于烷酰基(例如,乙酰基、丙酰基、丁酰基、戊酰基或己酰基)、烯酰基(例如,丙烯酰基)、炔酰基(例如,乙炔酰基、丙炔酰基、丁炔酰基、戊炔酰基或己炔酰基)、芳酰基(例如,苯甲酰基)、杂芳酰基(例如,吡咯酰基、咪唑酰基、喹啉酰基或吡啶酰基)。
如本文所用,“烷氧基羰基”是指通过羰基桥附着的如上所定义的任何烷氧基(即,-C(O)O-烷基)。烷氧基羰基的实例包括但不限于甲氧基羰基、乙氧基羰基、异丙氧基羰基、正丙氧基羰基、叔丁氧基羰基、苄氧基羰基或正戊氧基羰基。
如本文所用,“芳氧基羰基”是指通过氧羰基桥附着的如本文所定义的任何芳基(即,-C(O)O-芳基)。芳氧基羰基的实例包括但不限于苯氧基羰基和萘氧基羰基。
如本文所用,“杂芳氧基羰基”是指通过氧羰基桥附着的如本文所定义的任何杂芳基(即,-C(O)O-杂芳基)。杂芳氧基羰基的实例包括但不限于2-吡啶氧基羰基、2-噁唑氧基羰基、4-噻唑氧基羰基或嘧啶氧基羰基。
如本文所用,“芳基”或“芳族的”是指在每个环中具有至多6个原子的任何稳定的单环或多环碳环,其中至少一个环是芳族的。芳基的实例包括但不限于苯基、萘基、蒽基、四氢萘基、二氢茚基和联苯基。在其中芳基取代基是双环的并且一个环是非芳族的情况下,应理解附着是经由芳族环进行的。芳基任选地以正常化合价允许的方式在任何位置上被单-、二-、三-、四-或五-取代。
如本文所用,术语“亚芳基”是指如本文所述的芳基的二价基团。亚芳基是芳基的子集,是指与芳基相同的残基,但具有两个取代点。亚芳基的实例包括亚苯基,其是指二价苯基。亚芳基任选以正常化合价允许的方式在任何位置上被单-、二-、三-、四-或五-取代。
如本文所用,术语“卤素”是指卤素基团。例如,“卤素”可以指氟(F)、氯(Cl)、溴(Br)或碘(I)基团。
如本文所用,术语“杂芳基”代表每个环中具有至多7个原子的稳定的单环或多环的环,其中至少一个环是芳族的,并且含有1-4个选自O、N和S的杂原子。杂芳基的实例包括但不限于吖啶基、咔唑基、噌啉基、喹喔啉基、吡嗪基、吲哚基、苯并三唑基、呋喃基、噻吩基、苯并噻吩基、苯并呋喃基、苯并咪唑酮基(benzimidazolonyl)、苯并噁唑酮基(benzoxazolonyl)、喹啉基、异喹啉基、二氢异吲哚酮基(dihydroisoindolonyl)、咪唑并吡啶基、异吲哚酮基、吲唑基、噁唑基、噁二唑基、异噁唑基、吲哚基、吡嗪基、哒嗪基、吡啶基、嘧啶基、吡咯基和四氢喹啉。“杂芳基”还应理解为包括任何含氮杂芳基的N-氧化物衍生物。在其中杂芳基取代基是双环的并且一个环是非芳族的或不含杂原子的情况下,应理解附着是经由芳族环或经由含杂原子的环进行的。杂芳基任选地以正常化合价允许的方式在任何位置上被单-、二-、三-、四-或五-取代。
如本文所用,术语“亚杂芳基”是指如本文所述的杂芳基的二价基团。杂芳基是杂芳基的子集,是指与杂芳基相同的残基,但具有两个取代点。杂芳基的实例包括亚吡啶基、亚嘧啶基和亚吡咯基。亚杂芳基任选地以正常化合价允许的方式在任何位置上被单-、二-、三-、四-或五-取代。
如本文所用,术语“杂环”、“杂环的”或“杂环基”是指含有1-4个选自O、N和S的杂原子的3元至14元芳族或非芳族杂环,包括多环基团。如本文所用,术语“杂环的”也被认为与术语“杂环”和“杂环基”同义,并且应理解为也具有本文阐述的相同定义。“杂环基”包括上述杂芳基,以及其二氢和四氢类似物。杂环基的实例包括但不限于氮杂环丁烷基、苯并咪唑基、苯并呋喃基、苯并呋咱基(benzofurazanyl)、苯并吡唑基、苯并三唑基、苯并噻吩基、苯并噁唑基、咔唑基、咔啉基、噌啉基、呋喃基、咪唑基、二氢吲哚基、吲哚基、吲哚吖嗪基(indolazinyl)、吲唑基、异苯并呋喃基、异吲哚基、异喹啉基、异噻唑基、异噁唑基、萘吡啶基(naphthpyridinyl)、噁二唑基、氧代噁唑烷基、噁唑基、噁唑啉、氧代哌嗪基、氧代吡咯烷基、氧代吗啉基、异噁唑啉、氧杂环丁烷基、吡喃基、吡嗪基、吡唑基、哒嗪基、吡啶并吡啶基(pyridopyridinyl)、哒嗪基、吡啶基、吡啶酮基、嘧啶基、嘧啶酮基、吡咯基、喹唑啉基、喹啉基、喹喔啉基、四氢吡喃基、四氢呋喃基、四氢噻喃基、四氢异喹啉基、四唑基、四唑并吡啶基(tetrazolopyridyl)、噻二唑基、噻唑基、噻吩基、三唑基、1,4-二氧杂环己烷基、六氢氮杂基(hexahydroazepinyl)、哌嗪基、哌啶基、吡啶-2-酮基、吡咯烷基、吗啉基、硫代吗啉基、二氢苯并咪唑基、二氢苯并呋喃基、二氢苯并噻吩基、二氢苯并噁唑基、二氢呋喃基、二氢咪唑基、二氢吲哚基、二氢异噁唑基、二氢异噻唑基、二氢噁二唑基、二氢噁唑基、二氢吡嗪基、二氢吡唑基、二氢吡啶基、二氢嘧啶基、二氢吡咯基、二氢喹啉基、二氢四唑基、二氢噻二唑基、二氢噻唑基、二氢噻吩基、二氢三唑基、二氢氮杂环丁烷基、二氧化硫代吗啉基、亚甲基二氧苯甲酰基、四氢呋喃基和四氢噻吩基,及其N-氧化物。杂环基取代基的附着可以经由碳原子或经由杂原子发生。杂环基任选地以正常化合价允许的方式在任何位置上被单-、二-、三-、四-或五-取代。
如本文所用,术语“杂环烷基”是指含有1-4个选自O、N和S的杂原子的3元至14元非芳族杂环,包括多环基团。杂环基的实例包括但不限于氮杂环丁烷基、氧代哌嗪基、氧代吡咯烷基、氧代吗啉基、氧杂环丁烷基、吡喃基、吡啶酮基(pyridinonyl)、嘧啶酮基(pyrimidinonyl)、四氢吡喃基、四氢呋喃基、四氢噻喃基、四氢异喹啉基、1,4-二氧杂环己烷基、六氢氮杂卓基、哌嗪基、哌啶基、吡咯烷基、吗啉基、硫代吗啉基、二氢呋喃基、二氢咪唑基、二氢异噁唑基、二氢异噻唑基、二氢噁二唑基、二氢噁唑基、二氢吡嗪基、二氢吡唑基、二氢吡啶基、二氢嘧啶基、二氢吡咯基、二氢四唑基、二氢噻二唑基、二氢噻唑基、二氢噻吩基、二氢三唑基、二氧化硫代吗啉基和四氢噻吩基,及其N-氧化物。杂环烷基取代基的附着可以经由碳原子或经由杂原子发生。杂环基任选地以正常化合价允许的方式在任何位置上被单-、二-、三-、四-或五-取代。
如本文所用,术语“亚杂环烷基”是指如本文所述的杂环烷基的二价基团。亚杂环烷基是杂环烷基的子集,是指与杂环烷基相同的残基,但具有两个取代点。亚杂环烷基的实例包括亚哌啶基、亚氮杂环丁烷基和亚四氢呋喃基。亚杂环基任选地以正常化合价允许的方式在任何位置上被单-、二-、三-、四-或五-取代。
如本文所用,术语“治疗(treat)”、“治疗(treatment)”等是指为减轻或缓解受试者的疾病的一种或多种症状的数量、严重程度严重程度和/或频率所采取的方法或步骤。如本文所用,“治疗(treat)”和“治疗(treatment)”可以包括预防性、管理、预防性治疗和/或抑制受试者中疾病的一种或多种症状的数量、严重程度和/或频率。
如本文所用,短语“引入细胞中”在涉及RNAi剂时,是指将RNAi剂功能性递送至细胞中。短语“功能性送递”是指以使RNAi剂具有预期的生物活性(例如,基因表达的序列特异性抑制)的方式将RNAi剂送递至细胞。
除非另有说明,使用如本文所用的符号是指任何一个或多个基团可以与其连接,这符合本文所述的发明的范围。
如本文所用,术语“异构体”是指具有相同分子式但在其原子的性质或键合顺序或其原子的空间排列上不同的化合物。在其原子空间排列方面不同的异构体称为“立体异构体”。彼此不成镜像的立体异构体称为“非对映异构体”,并且不能重叠镜像的立体异构体称为“对映异构体”,或有时称为光学异构体。与四个不相同的取代基键合的碳原子称为“手性中心”。当本文所述的化合物含有烯烃双键或其它几何不对称中心(对其异构体结构没有具体限定)时,旨在该化合物可以单独或以混合物形式包括E和Z几何异构体两者。例如,式I的化合物或其药学上可接受的盐包括所有可能的异构体,以及它们的外消旋物和光学纯的形式。同样,除非另有明确说明,所有互变异构形式也旨在包括在内。
如本文所用,连接基团是将一个分子或分子的一部分连接到另一个分子或分子的第二部分的一个或多个原子。在本领域中,术语连接基团和间隔基有时可互换使用。类似地,如本领域中所用,术语支架有时与连接基团互换使用。在一些实施方案中,连接基团可以包括肽-可切割的连接基团。在一些实施方案中,连接基团可以包括肽苯丙氨酸-瓜氨酸-苯丙氨酸-脯氨酸或由其组成。在一些实施方案中,连接基团可以包括PEG基团或由其组成。
如本文所用,术语“连接”在涉及两个分子之间的连接时是指两个分子通过共价键连接或两个分子经由非共价键(例如氢键或离子键)缔合。在一些实例中,当术语“连接”是指两个分子之间经由非共价键的缔合时,两个不同分子之间的缔合在生理学可接受的缓冲液(例如,磷酸盐缓冲盐水)中的KD小于1×10-4M(例如,小于1×10-5M、小于1×10-6M或小于1×10-7M)。除非另有说明,如本文所用的术语连接可以指第一化合物和第二化合物之间的连接,其中具有或不具有任何插入的原子或原子团。
本领域普通技术人员将容易理解和领会,本文公开的化合物和组合物可以具有质子化或去质子化状态的某些原子(例如,N、O或S原子),这取决于化合物或组合物所处的环境。因此,如本文所用,本文公开的结构设想某些官能团(例如OH、SH或NH)可以被质子化或去质子化。如本领域普通技术人员将容易理解的,本文的公开内容旨在涵盖所公开的化合物和组合物,而不管它们基于环境pH的质子化状态。
结构可以描述为具有“浮”在环结构上的键,以表示以化合价允许的方式与环上的任何碳或杂原子的结合。例如,结构表示R可以在环上五个可用位置中的任何一个位置上置换任何氢原子。“浮”键也可以用于双环结构中以表示以化合价允许的方式与双环的任一环上的任何位置键合。在双环的情况下,键将显示为“浮”在两个环上,例如,表示R可以在环上七个可用位置中的任何一个位置上置换任何氢原子。
如本文权利要求中所用,短语“由…组成”排除在权利要求中未指明的任何要素、步骤或成分。当在本文的权利要求中使用时,短语“基本上由…组成”将权利要求的范围限制到指定的材料或步骤以及那些实质上不影响要求保护的发明的一个或多个基本和新颖特征的材料或步骤。
本文描述了所述αvβ6整联蛋白配体靶向并将货物分子递送至表达αvβ6整联蛋白的细胞的用途。可以在体外、原位、离体或体内将货物分子递送至细胞。
在一些实施方案中,本文公开的αvβ6整联蛋白配体可以与一个或多个(例如,2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30;或1-30、1-25、1-20、1-15、1-10、1-5、5-30、5-25、5-20、5-15、5-10、10-30、10-25、10-20、10-15、15-30、15-25、15-20、20-30、20-25、或25-30个)货物分子(例如,本文所述的或本领域已知的任何货物分子)缀合。
在一些实施方案中,多于一个本文公开的αvβ6整联蛋白配体(例如,2、3、4、5、6、7、8或1-8、1-7、1-6、1-5、1-4、1-3、1-2、2-8、2-7、2-6、2-5、2-4、2-3、3-8、3-7、3-6、3-5、3-4、4-8、4-7、4-6、或4-5个αvβ6整联蛋白配体)可以与一个货物分子(例如,本文所述的或本领域已知的任何货物分子)缀合。
在一些实施方案中,本文公开的αvβ6整联蛋白配体任选地经由连接基团(例如聚乙二醇(PEG)基团)与一种或多种货物分子缀合。
在一些实施方案中,本文公开的αvβ6整联蛋白配体任选地经由支架与一种或多种货物分子缀合,所述支架包括至少一个对于每种配体的附着点和至少一个对于每种货物分子的附着点。在一些实施方案中,αvβ6整联蛋白配体包含一个货物分子、由其组成或基本上由其组成。在一些实施方案中,αvβ6整联蛋白配体包含多于一种货物分子、由其组成或基本上由其组成。
本文公开的任何αvβ6整联蛋白配体可以与货物分子、连接部分和/或受保护的连接部分连接。连接部分可以用于促进αvβ6整联蛋白配体与货物分子的缀合。本文公开的αvβ6整联蛋白配体可以增加货物分子对αvβ6整联蛋白或对表达αvβ6整联蛋白的细胞的靶向。货物分子可以是但不限于药物活性成分或化合物、前药或具有已知治疗益处的另一种物质。在一些实施方案中,货物分子可以是但不限于小分子、抗体、抗体片段、免疫球蛋白、单克隆抗体、标签或标记物、脂质、天然或修饰的基于寡核苷酸的化合物(例如,反义寡核苷酸或RNAi剂)、天然或修饰的核酸、肽、适体、聚合物、聚胺、蛋白、毒素、维生素、聚乙二醇、半抗原、地高辛配基、生物素、放射性原子或分子或荧光团。在一些实施方案中,货物分子包括药物活性成分或前药。在一些实施方案中,货物分子包括基于寡核苷酸的化合物作为药物活性成分。在一些实施方案中,货物分子包括RNAi剂作为药物活性成分。
在一个方面,本发明提供了包含如本文所述的αvβ6整联蛋白配体、连接基团和支架的结构,其中支架与货物分子结合。在一些实施方案中,结构可以包含单齿形式的配体。在一些实施方案中,结构可以包含二齿形式的配体。在一些实施方案中,结构可以包含三齿形式的配体。在一些实施方案中,结构可以包含四齿形式的配体。
多齿αvβ6整联蛋白配体和支架
如本文所公开的,在一些实施方案中,一个或多个αvβ6整联蛋白配体可以与一种或多种货物分子连接。在一些实施方案中,仅一个αvβ6整联蛋白配体与货物分子缀合(本文称为“单齿”或“单价”配体)。在一些实施方案中,两个αvβ6整联蛋白配体与货物分子缀合(本文称为“二齿”或“二价”配体)。在一些实施方案中,三个αvβ6整联蛋白配体与货物分子缀合(本文称为“三齿”或“三价”配体)。在一些实施方案中,四个αvβ6整联蛋白配体与货物分子缀合(本文称为“四齿”或“四价”配体)。在一些实施方案中,多于四个αvβ6整联蛋白配体与货物分子缀合。
在一些实施方案中,当仅一个αvβ6整联蛋白配体与货物分子缀合(本文称为“单齿”配体)时,αvβ6整联蛋白配体可以直接与货物分子缀合。在一些实施方案中,本文公开的αvβ6整联蛋白配体可以经由支架或其它接头结构与货物分子缀合。
在一些实施方案中,本文公开的αvβ6整联蛋白配体包括一个或多个支架。支架(有时在本领域也称为连接基团或接头)可以用于促进一种或多种货物分子与本文公开的一个或多个αvβ6整联蛋白配体的连接。与本文公开的配体相容的有用的支架通常是本领域已知的。可以与本文公开的αvβ6整联蛋白配体一起使用的支架的非限制性实例包括但不限于聚合物和聚氨基酸(例如,双谷氨酸、聚-L-赖氨酸等)。在一些实施方案中,支架可以包括半胱氨酸接头或基团、DBCO-PEG1-24-NHS、炔丙基-PEG1-24-NHS和/或多齿DBCO和/或炔丙基部分。
连接部分和受保护的连接部分。
连接部分是本领域公知的,并且提供两个分子或反应物之间的共价键的形成。用于本发明范围的合适的连接部分包括但不限于:氨基、酰胺基、羧酸基、叠氮化物、炔、炔丙基、BCN(二环[6.1.0]壬炔)、DBCO(二苯并环辛炔)、硫醇、马来酰亚胺基、氨基氧基、N-羟基琥珀酰亚胺(NHS)或其它活化的酯(例如,PNP、TFP、PFP)、溴基、醛、碳酸酯、甲苯磺酸酯、四嗪、反式环辛烯(TCO)、酰肼、羟基、二硫化物和邻吡啶基二硫化物基团。
连接部分的并入可以促进本文公开的αvβ6整联蛋白配体与货物分子的缀合。缀合反应是本领域公知的,并且提供两个分子或反应物之间的共价键的形成。用于本发明范围的合适的缀合反应包括但不限于酰胺偶联反应、迈克尔加成反应、腙形成反应和点击化学环加成反应。
在一些实施方案中,本文公开的αvβ6整联蛋白靶向配体被合成为四氟苯基(TFP)酯,其可以被反应性氨基取代以附着货物分子。在一些实施方案中,本文公开的整联蛋白靶向配体被合成为叠氮化物,其可以例如经由点击化学环加成反应与炔丙基或DBCO基团缀合,以附着货物分子。
受保护的连接部分也是本领域常用的。保护基团提供在非保护基团反应的条件下连接部分向不反应的基团的暂时化学转化,例如,在随后的化学反应中提供化学选择性。用于本发明范围的合适的受保护的连接部分包括但不限于BOC基团(叔丁氧基羰基)、Fmoc(9-芴基甲氧基羰基)、羧基苄基(CBZ)基团、苄基酯和PBF(2,2,4,6,7-五甲基二氢苯并呋喃-5-磺酰基)。
货物分子(包括RNAi剂)
货物分子为当与本文所述的αvβ6整联蛋白配体分离时将对包含αvβ6整联蛋白受体的细胞具有期望的作用的任何分子。货物分子可以是但不限于药物成分、药物产品、前药、具有已知治疗益处的物质、小分子、抗体、抗体片段、免疫球蛋白、单克隆抗体、标签或标记物、脂质、天然或修饰的核酸或多核苷酸、肽、聚合物、聚胺、蛋白、适体、毒素、维生素、PEG、半抗原、地高辛配基、生物素、放射性原子或分子或荧光团。在一些实施方案中,一种或多种货物分子(例如,相同或不同的货物分子)与一种或多种αvβ6整联蛋白配体连接,以将货物分子靶向表达αvβ6整联蛋白的细胞。
在一些实施方案中,一种或多种货物分子为药物成分或药物组合物。在一些实施方案中,一种或多种货物分子为基于寡核苷酸的化合物。如本文所用,“基于寡核苷酸的化合物”是含有约10-50(例如,10-48、10-46、10-44、10-42、10-40、10-38、10-36、10-34、10-32、10-30、10-28、10-26、10-24、10-22、10-20、10-18、10-16、10-14、10-12、12-50、12-48、12-46、12-44、12-42、12-40、12-38、12-36、12-34、12-32、12-30、12-28、12-26、12-24、12-22、12-20、12-18、12-16、12-14、14-50、14-48、14-46、14-44、14-42、14-40、14-38、14-36、14-34、14-32、14-30、14-28、14-26、14-24、14-22、14-20、14-18、14-16、16-50、16-48、16-46、16-44、16-42、16-40、16-38、16-36、16-34、16-32、16-30、16-28、16-26、16-24、16-22、16-20、16-18、18-50、18-48、18-46、18-44、18-42、18-40、18-38、18-36、18-34、18-32、18-30、18-28、18-26、18-24、18-22、18-20、20-50、20-48、20-46、20-44、20-42、20-40、20-38、20-36、20-34、20-32、20-30、20-28、20-26、20-24、20-22、22-50、22-48、22-46、22-44、22-42、22-40、22-38、22-36、22-34、22-32、22-30、22-28、22-26、22-24、24-50、24-48、24-46、24-44、24-42、24-40、24-38、24-36、24-34、24-32、24-30、24-28、24-26、26-50、26-48、26-46、26-44、26-42、26-40、26-38、26-36、26-34、26-32、26-30、26-28、28-50、28-48、28-46、28-44、28-42、28-40、28-38、28-36、28-34、28-32、28-30、30-50、30-48、30-46、30-44、30-42、30-40、30-38、30-36、30-34、30-32、32-50、32-48、32-46、32-44、32-42、32-40、32-38、32-36、32-34、34-50、34-48、34-46、34-44、34-42、34-40、34-38、34-36、36-50、36-48、36-46、36-44、36-42、36-40、36-38、38-50、38-48、38-46、38-44、38-42、38-40、40-50、40-48、40-46、40-44、40-42、42-50、42-48、42-46、42-44、44-50、44-48、44-46、46-50、46-48、或48-50)个核苷酸或核苷酸碱基对的核苷酸序列。在一些实施方案中,基于寡核苷酸的化合物具有与细胞内表达的靶核酸或靶基因中的编码序列至少部分互补的核碱基序列。在一些实施方案中,基于寡核苷酸的化合物在递送至表达基因的细胞后能够抑制潜在基因的表达,并且本文称为“表达抑制性基于寡核苷酸的化合物”。基因表达可以在体外或体内被抑制。
“基于寡核苷酸的化合物”包括但不限于:单链寡核苷酸、单链反义寡核苷酸、短干扰RNA(siRNA)、双链RNA(dsRNA)、微RNA(miRNA)、短发夹RNA(shRNA)、核酶、干扰RNA分子和dicer底物。在一些实施方案中,基于寡核苷酸的化合物是单链寡核苷酸,例如反义寡核苷酸。在一些实施方案中,基于寡核苷酸的化合物是双链寡核苷酸。在一些实施方案中,基于寡核苷酸的化合物是双链寡核苷酸,其是RNAi剂。
在一些实施方案中,一种或多种货物分子为“RNAi剂”,其如本文所定义是含有RNA或RNA样(例如,化学修饰的RNA)寡核苷酸分子的组合物,所述RNA或RNA样寡核苷酸分子能够以序列特异性方式降解或抑制靶mRNA的信使RNA(mRNA)转录物的翻译。如本文所用,RNAi剂可以通过RNA干扰机制(即,通过与哺乳动物细胞的RNA干扰途径机制(RNA诱导的沉默复合体或RISC)相互作用诱导RNA干扰)或通过任何一种或多种替代机制或途径起作用。尽管据信,RNAi剂(如本文所用的术语)主要通过RNA干扰机制起作用,所公开的RNAi剂不受任何特定途径或作用机制的束缚或限制。本文公开的RNAi剂由有义链和反义链组成,并且包括但不限于:短(或小)干扰RNA(siRNA)、双链RNA(dsRNA)、微RNA(miRNA)、短发夹RNA(shRNA)和dicer底物。本文所述的RNAi剂的反义链至少部分地与被靶向的mRNA互补。RNAi剂可以包括一种或多种修饰的核苷酸和/或一种或多种非磷酸二酯键。
通常,RNAi剂可以至少由包括第一序列的有义链(也称为过客链)和包括第二序列的反义链(也称为引导链)组成。RNAi剂有义链和反义链的长度可以各自为16-49个核苷酸长度。在一些实施方案中,RNAi剂的有义链和反义链的长度独立地为17-26个核苷酸。在一些实施方案中,有义链和反义链的长度独立地为19-26个核苷酸。在一些实施方案中,有义链和反义链的长度独立地为21-26个核苷酸。在一些实施方案中,有义链和反义链的长度独立地为21-24个核苷酸。有义链和反义链可以是相同长度或不同长度。RNAi剂包括与靶基因中的序列至少部分互补的反义链序列,并且在递送至表达靶的细胞后,RNAi剂可以在体内或体外抑制一种或多种靶基因的表达。
基于寡核苷酸的化合物(并且特别是RNAi剂)通常可以由修饰的核苷酸和/或一种或多种非磷酸二酯键组成。如本文所用,“修饰的核苷酸”是除核糖核苷酸(2'-羟基核苷酸)以外的核苷酸。在一些实施方案中,至少50%(例如,至少60%、至少70%、至少80%、至少90%、至少95%、至少97%、至少98%、至少99%或100%)的核苷酸是修饰的核苷酸。如本文所用,修饰的核苷酸包括但不限于脱氧核糖核苷酸、核苷酸模拟物、无碱基核苷酸、2'-修饰的核苷酸、3'至3'键(反向)核苷酸、包含非天然碱基的核苷酸、桥连核苷酸、肽核酸、2',3'-断(seco)核苷酸模拟物(未锁定的核碱基类似物)、锁定的核苷酸、3'-O-甲氧基(2'核苷间连接的)核苷酸、2'-F-阿拉伯糖核苷酸、5'-Me,2'-氟核苷酸、吗啉代核苷酸、乙烯基膦酸酯脱氧核糖核苷酸、含乙烯基膦酸酯的核苷酸和含环丙基膦酸酯的核苷酸。2'-修饰的核苷酸(即,在五元糖环的2'位具有除羟基以外的基团的核苷酸)包括但不限于2'-O-甲基核苷酸、2'-脱氧-2'-氟核苷酸、2'-脱氧核苷酸、2'-甲氧基乙基(2'-O-2-甲氧基乙基)核苷酸、2'-氨基核苷酸和2'-烷基核苷酸。
此外,基于寡核苷酸的化合物(例如RNAi剂)的一个或多个核苷酸可以通过非标准键或骨架(即,修饰的核苷间键或修饰的骨架)连接。修饰的核苷间键合可以是含非磷酸酯的共价核苷间键。修饰的核苷间键或骨架包括但不限于5'-硫代磷酸酯基团、手性硫代磷酸酯、硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯、磷酸三酯、氨基烷基-磷酸三酯、烷基膦酸酯(例如,甲基膦酸酯或3'-亚烷基膦酸酯)、手性膦酸酯、次膦酸酯、磷酰胺酯(phosphoramidate)(例如,3'-氨基磷酰胺酯、氨基烷基磷酰胺酯或硫代磷酰胺酯)、硫代烷基-膦酸酯、硫代烷基磷酸三酯、吗啉代键、具有正常3'-5'键的硼烷磷酸酯、硼烷磷酸酯的2'-5'连接类似物或具有相反极性的硼烷磷酸酯,其中相邻的核苷单元对连接3'-5'至5'-3'或2'-5'至5'-2'。
给定化合物中的所有位置不必均匀地修饰。相反,可以将多于一种修饰并入单个基于寡核苷酸的化合物中或甚至其单个核苷酸中。
在一些实施方案中,货物分子为用于抑制肌生长抑制素基因表达的RNAi剂。
RNAi剂有义链和反义链可以通过本领域已知的方法合成和/或修饰。涉及RNAi剂的另外的公开内容可以见于例如授予Arrowhead Pharmaceuticals,Inc.的国际专利申请号PCT/US2017/045446,其也通过引用以其整体并入本文。
在一些实施方案中,一种或多种货物分子可以包括PEG部分或由PEG部分组成,所述PEG部分可以用作药代动力学和/或药效学(PK/PD)调节剂。在一些实施方案中,一种或多种货物分子可以包括具有约20-900个环氧乙烷(CH2-CH2-O)单元(例如,20-850、20-800、20-750、20-700、20-650、20-600、20-550、20-500、20-450、20-400、20-350、20-300、20-250、20-200、20-150、20-100、20-75、20-50、100-850、100-800、100-750、100-700、100-650、100-600、100-550、100-500、100-450、100-400、100-350、100-300、100-250、100-200、100-150、200-850、200-800、200-750、200-700、200-650、200-600、200-550、200-500、200-450、200-400、200-350、200-300、200-250、250-900、250-850、250-800、250-750、250-700、250-650、250-600、250-550、250-500、250-450、250-400、250-350、250-300、300-900、300-850、300-800、300-750、300-700、300-650、300-600、300-550、300-500、300-450、300-400、300-350、350-900、350-850、350-800、350-750、350-700、350-650、350-600、350-550、350-500、350-450、350-400、400-900、400-850、400-800、400-750、400-700、400-650、400-600、400-550、400-500、400-450、450-900、450-850、450-800、450-750、450-700、450-650、450-600、450-550、450-500、500-900、500-850、500-800、500-750、500-700、500-650、500-600、500-550、550-900、550-850、550-800、550-750、550-700、550-650、550-600、600-900、600-850、600-800、600-750、600-700、600-650、650-900、650-850、650-800、650-750、650-700、700-900、700-850、700-800、700-750、750-900、750-850、750-800、800-900、850-900、或850-900个环氧乙烷单元)的PEG部分。在一些实施方案中,一种或多种货物分子由具有大约455个环氧乙烷单元(约20千道尔顿(kDa)分子量)的PEG部分组成。在一些实施方案中,PEG部分具有约2千道尔顿的分子量。在一些实施方案中,PEG部分具有约20千道尔顿的分子量。在一些实施方案中,PEG部分具有约40千道尔顿的分子量。本文所述的PEG部分可以是直链或支链的。PEG部分可以是离散的(单分散的)或非离散的(多分散的)。用作PK增强货物分子的PEG部分可以商购。在一些实施方案中,一种或多种货物分子包括可以用作PK/PD调节剂或增强剂的PEG部分,以及不同的货物分子,例如药物活性成分或化合物。
所述αvβ6整联蛋白配体包括其盐或溶剂化物。αvβ6整联蛋白配体的溶剂化物是指惰性溶剂分子在αvβ6整联蛋白配体上的加合,其由于它们的相互吸引力而形成。溶剂化物是例如单或二水合物或与醇(例如甲醇或乙醇)的加成化合物。
游离氨基或游离羟基可以作为整联蛋白配体的取代基与相应的保护基一起提供。
αvβ6整联蛋白配体还包括例如衍生物,即,用例如烷基或酰基、糖或寡肽修饰的αvβ6整联蛋白配体,其在体外或在生物体中裂解。
在一些实施方案中,本文公开的αvβ6整联蛋白配体促进货物分子通过配体介导的胞吞作用、胞饮作用或通过其它方式递送到在其表面上存在αvβ6整联蛋白的细胞的胞浆中。在一些实施方案中,本文公开的αvβ6整联蛋白配体促进货物分子递送至存在αvβ6整联蛋白的细胞的质膜。
药物组合物
在一些实施方案中,本公开提供了药物组合物,其包括一种或多种本文公开的αvβ6整联蛋白配体、由其组成、或基本上由其组成。
如本文所用,“药物组合物”包含药理学有效量的活性药物成分(API)和任选的一种或多种药学上可接受的赋形剂。药学上可接受的赋形剂(赋形剂)是除有意包括在药物递送系统中的活性药物成分(API,治疗产品)以外的物质。赋形剂在预期剂量下不发挥或不旨在发挥治疗作用。赋形剂可以用于a)在制造期间辅助药物递送系统的加工,b)保护、支持或增强API的稳定性、生物利用度或患者可接受性,c)帮助产品鉴定,和/或d)在储存或使用期间增强API递送的总体安全性、有效性的任何其它属性。药学上可接受的赋形剂可以是或可以不是惰性物质。
赋形剂包括但不限于:吸收增强剂、抗粘附剂、消泡剂、抗氧化剂、粘合剂、缓冲剂、载体、包衣剂、着色剂、递送增强剂、递送聚合物、葡聚糖、右旋糖、稀释剂、崩解剂、乳化剂、增量剂、填充剂、调味剂、助流剂、湿润剂、润滑剂、油、聚合物、防腐剂、盐水、盐、溶剂、糖、悬浮剂、持续释放基质、甜味剂、增稠剂、张度剂、媒介物、疏水剂和润湿剂。
本文所述的药物组合物可以含有通常在药物组合物中发现的其它另外的组分。在一些实施方案中,所述另外的组分是药物活性材料。药物活性材料包括但不限于:止痒剂、收敛剂、局部麻醉剂或抗炎剂(例如,抗组胺药、苯海拉明等)、小分子药物、抗体、抗体片段、适体和/或疫苗。
药物组合物还可以含有防腐剂、增溶剂、稳定剂、润湿剂、乳化剂、甜味剂、着色剂、气味剂、用于改变渗透压的盐、缓冲剂、包衣剂或抗氧化剂。它们还可以含有具有已知治疗益处的其它试剂。
药物组合物可以以多种方式施用,这取决于是期望局部治疗还是全身治疗以及取决于待治疗的区域。可以通过本领域通常已知的任何方式进行施用,例如但不限于局部(例如,通过透皮贴剂)、肺部(例如,通过吸入或吹入粉末或气雾剂,包括通过雾化器、气管内、鼻内)、表皮、透皮、口服或肠胃外。肠胃外施用包括但不限于静脉内、动脉内、皮下、腹膜内或肌内注射或输注;皮下(例如,经由植入的装置)、颅内、脑实质内(intraparenchymal)、鞘内和心室内施用。在一些实施方案中,本文所述的药物组合物通过皮下注射施用。药物组合物可以口服施用,例如以片剂、包衣片剂、糖锭剂、硬或软明胶胶囊、溶液、乳剂或混悬剂的形式。施用也可以经直肠进行,例如使用栓剂;局部或经皮,例如使用软膏、乳膏、凝胶或溶液;或肠胃外,例如使用可注射溶液。
适于可注射使用的药物组合物包括无菌水性溶液(当为水溶性时)或分散体,以及用于临时制备无菌可注射溶液或分散体的无菌粉末。对于静脉内施用,合适的载体包括生理盐水、抑菌水、Cremophor ELTM(BASF,Parsippany,NJ)或磷酸盐缓冲盐水。其在制造和储存条件下应该是稳定的,并且应该被保存以防止微生物(例如细菌和真菌)的污染作用。载体可以是溶剂或分散介质,其含有例如水、乙醇、多元醇(例如,甘油、丙二醇和液体聚乙二醇)及其合适的混合物。例如,通过使用包衣(例如卵磷脂),通过在分散体的情况下保持所需的粒度,以及通过使用表面活性剂,可以保持适当的流动性。在许多情况下,优选在组合物中包括等渗剂,例如糖、多元醇(例如甘露醇、山梨醇)和氯化钠。通过在组合物中包括延迟吸收的试剂(例如单硬脂酸铝和明胶)可以实现可注射组合物的延长的吸收。
无菌可注射溶液可以通过将活性化合物以所需量与上述列举的成分之一或组合一起并入适当溶剂中,根据需要,接着过滤灭菌来制备。通常,通过将活性化合物并入无菌媒介物中来制备分散体,所述无菌媒介物含有基本分散介质和来自上述列举的那些的所需的其它成分。在用于制备无菌可注射溶液的无菌粉末的情况下,制备方法包括真空干燥和冷冻干燥,其产生活性成分加上来自其先前无菌过滤的溶液的任何另外的期望的成分的粉末。
适于关节内施用的制剂可以是本文所述的任何配体的无菌水性制剂的形式,其可以是微晶形式,例如,水性微晶混悬剂的形式。脂质体制剂或可生物降解的聚合物系统也可以用于提供本文所述的任何配体以用于关节内和眼部施用两者。
活性化合物可以用载体制备,所述载体将保护化合物免于从体内快速消除,例如控释制剂,包括植入物和微囊包封的递送系统。可以使用可生物降解的、生物相容的聚合物,例如乙烯乙酸乙烯酯、聚酐、聚乙醇酸、胶原、聚原酸酯和聚乳酸。用于制备这样的制剂的方法对本领域技术人员是显而易见的。脂质体混悬剂也可以用作药学上可接受的载体。这些可以根据本领域技术人员已知的方法制备,例如,如在美国专利号4,522,811中所述的。
药物组合物可以含有通常见于药物组合物中的其它另外的组分。这样的另外的组分包括但不限于:止痒剂、收敛剂、局部麻醉剂或抗炎剂(例如抗组胺药、苯海拉明等)。如本文所用,“药理学有效量”、“治疗有效量”或简称“有效量”是指产生药理学、治疗或预防结果的药物活性剂的量。
含有αvβ6整联蛋白配体的药物也是本发明的目的,用于制造这样的药物的方法也是本发明的目的,所述方法包括将一种或多种含有αvβ6整联蛋白配体的化合物和(如果需要)一种或多种具有已知治疗益处的其它物质制成药学上可接受的形式。
所述αvβ6整联蛋白配体和包含本文公开的αvβ6整联蛋白配体的药物组合物可以被包装或包括在试剂盒、容器、包装或分配器中。αvβ6整联蛋白配体和包含αvβ6整联蛋白配体的药物组合物可以被包装在预填充的注射器或小瓶中。
细胞、组织和非人生物体
预期包括至少一种本文所述的αvβ6整联蛋白配体的细胞、组织和非人生物体。通过本领域可用的任何方式,通过将αvβ6整联蛋白配体递送至细胞、组织或非人生物体,制备细胞、组织或非人生物体。在一些实施方案中,细胞是哺乳动物细胞,包括但不限于人细胞。
连接基团、药代动力学和/或药效学(PK/PD)调节剂和递送媒介物
在一些实施方案中,αvβ6配体与一个或多个非核苷酸基团(所述非核苷酸基团包括但不限于连接基团、药代动力学和/或药效学(PK/PD)调节剂、递送聚合物或递送媒介物)缀合。非核苷酸基团可以增强货物分子的靶向、递送或附着。靶向基团和连接基团的的实例在表6中提供。非核苷酸基团可以与有义链和/或反义链的3'和/或5'端共价连接。在其中货物分子为RNAi剂的实施方案中,RNAi剂含有与有义链的3'和/或5'端连接的非核苷酸基团。在一些实施方案中,非核苷酸基团与RNAi剂有义链的5'末端连接。αvβ6配体可以与货物分子直接连接或经由接头/连接基团与货物分子间接连接。在一些实施方案中,αvβ6配体经由不稳定的、可裂解的或可逆的键或接头与货物分子连接。
在一些实施方案中,非核苷酸基团增强RNAi剂或与其附着的缀合物的药代动力学或生物分布性质,以改进缀合物的细胞特异性或组织特异性分布和细胞特异性摄取。在一些实施方案中,非核苷酸基团增强RNAi剂的胞吞作用。
靶向基团或靶向部分增强它们所附着的货物分子的药代动力学或生物分布性质,以改进货物分子的细胞特异性(在一些情况下,包括器官特异性)分布和细胞特异性(或器官特异性)摄取。在一些实施方案中,靶向基团可以包含如本文所述的αvβ6配体。在一些实施方案中,靶向基团包含接头。在一些实施方案中,靶向基团包含PK/PD调节剂。在一些实施方案中,αvβ6配体使用接头(例如PEG接头或一个、两个或三个无碱基的和/或核糖醇(无碱基核糖)残基,其在一些情况下可以用作接头)与货物分子连接。
可以合成具有连接部分例如氨基(本文也称为胺)的货物分子。在其中货物分子为RNAi剂的实施方案中,连接部分可以在5'-末端和/或3'-末端连接。随后可以使用本领域典型的方法,使用连接部分附着αvβ6配体。
例如,在一些实施方案中,合成在RNAi剂的有义链的5'-末端具有NH2-C6基团的RNAi剂。末端氨基随后可以与例如包括αvβ6整联蛋白靶向配体的基团反应以形成缀合物。在一些实施方案中,合成在RNAi剂的有义链的5'-末端具有一个或多个炔基的RNAi剂。一个或多个末端炔基可以随后与例如包括αvβ6整联蛋白靶向配体的基团反应以形成缀合物。
在一些实施方案中,连接基团与αvβ6配体缀合。连接基团促进αvβ6配体与货物分子、PK/PD调节剂、递送聚合物或递送媒介物的共价连接。连接基团的实例包括但不限于:Alk-SMPT-C6、Alk-SS-C6、DBCO-TEG、Me-Alk-SS-C6和C6-SS-Alk-Me,连接部分例如伯胺和炔、烷基、无碱基残基/核苷酸、氨基酸、三炔官能化基团、核糖醇和/或PEG基团。
接头或连接基团是两个原子之间的连接,其经由一个或多个共价键将一个化学基团(例如RNAi剂)或目的片段与另一个化学基团(例如αvβ6配体、PK/PD调节剂或递送聚合物)或目的片段连接。不稳定的连接含有不稳定的键。连接可以任选地包括增加两个连接的原子之间距离的间隔基。间隔基可以进一步增加连接的柔性和/或长度。间隔基包括但不限于烷基、烯基、炔基、芳基、芳烷基、芳烯基和芳炔基;其中的每一个可以含有一个或多个杂原子、杂环、氨基酸、核苷酸和糖。间隔基是本领域公知的,并且前述列表不意味着限制本说明书的范围。
在一些实施方案中,αvβ6配体不使用另外的接头而与货物分子连接。在一些实施方案中,αvβ6配体被设计成具有容易存在的接头以促进与货物分子的连接。在一些实施方案中,当组合物中包括两种或更多种RNAi剂时,可以用相同的接头将两种或更多种RNAi剂与它们相应的靶向基团连接。在一些实施方案中,当组合物中包括两种或更多种RNAi剂时,用不同的接头将两种或更多种RNAi剂与它们相应的靶向基团连接。
某些连接基团的实例提供于表A中。
表A.代表各种连接基团的结构
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/>
其中表示与货物分子的附着点。
或者,可以使用本领域已知的其它连接基团。
现在通过以下非限制性实施例来说明以上提供的实施方案和项目。
实施例
以下实施例不是限制性的,并且旨在说明本文公开的某些实施方案。
实施例1.αvβ6整联蛋白配体的合成
在实施例合成的以下实验细节中使用的一些缩写定义如下:h或hr=小时;min=分钟;mol=摩尔;mmol=毫摩尔;M=摩尔浓度;μM=微摩尔浓度;g=克;μg=微克;rt或RT=室温;L=升;mL=毫升;wt=重量;Et2O=乙醚;THF=四氢呋喃;DMSO=二甲亚砜;EtOAc=乙酸乙酯;Et3N或TEA=三乙胺;i-Pr2NEt或DIPEA或DIEA=二异丙基乙胺;CH2Cl2或DCM=二氯甲烷;CHCl3=氯仿;CDCl3=氘化氯仿;CCl4=四氯化碳;MeOH=甲醇;EtOH=乙醇;DMF=二甲基甲酰胺;BOC=叔丁氧基羰基;CBZ=苄氧基羰基;TBS=叔丁基二甲基甲硅烷基;TBSCl或TBDMSCl=叔丁基二甲基氯硅烷;TFA=三氟乙酸;DMAP=4-二甲基氨基吡啶;NaN3=叠氮化钠;Na2SO4=硫酸钠;NaHCO3=碳酸氢钠;NaOH=氢氧化钠;MgSO4=硫酸镁;K2CO3=碳酸钾;KOH=氢氧化钾;NH4OH=氢氧化铵;NH4Cl=氯化铵;SiO2=二氧化硅;Pd-C=碳载钯;HCl=氯化氢或盐酸;NMM=N-甲基吗啉;H2=氢气;KF=氟化钾;EDC-HCl=N-(3-二甲基氨基丙基)-N′-乙基碳二亚胺盐酸盐;MTBE=甲基叔丁基醚;Ar=氩气;N2=氮气;RT=保留时间。
结构40p-60p的化学名称使用软件自动产生。
化合物40p的合成,(S)-3-(4-(4-((14-叠氮基-3,6,9,12-四氧杂十四烷基)氧基)萘-1-基)苯基)-3-(2-(3-((4,5-二氢-1H-咪唑-2-基)氨基)苯甲酰氨基)乙酰氨基)丙酸
将HBTU(239mg,0.629mmol)加入到酸1(160mg,0.523mmol)、甘氨酸甲酯盐酸盐(79mg,0.639mmol)、HOBt(948mg,0.312mmol)和4-甲基吗啉(338uL,3mmol)在DMF(10mL)中的冰冷的溶液中。去除冷却浴,并将反应混合物在室温下搅拌2小时。加入水(1mL)并将反应混合物在高真空下浓缩至干。将残余物在EtOAc和水(1:1,50mL)之间分配。EtOAc层用水洗涤两次。将水性洗涤物用EtOAc反萃取一次,合并有机相,经Na2SO4干燥并真空浓缩,并在combiflash上纯化产物,使用系统DCM:DCM中20% MeOH,梯度5-30%,20分钟。产生192mg(97%)。NMR(DMSO-d6):1.5s(9H);3.65s(3H);3.7m(4H);4.0d(2H),7.38t(1H);7.45m(1H);7.96bs(1H);8.3s(1H);8.88t(1H);9.44bs(1H)。分子量计算值:376.17实测:MS(ES,pos):377.30[M+1]+,277.33[M+1-Boc]+
将LiOH(36mg,1.515mmol)在水(3mL)中的溶液逐滴加入到酯2在THF(5mL)中的搅拌的溶液中。搅拌2小时后,将反应混合物在冰浴中冷却,并用1N HCl酸化至pH=4.5。真空去除约1/2的溶剂体积,并且产物用EtOAc萃取5次。将产物干燥(Na2SO4),过滤并浓缩,并真空干燥。产率114mg(63%)。产物直接用于下一步。NMR(DMSO-d6):1.51s(9H);3.59m(2H);3.95d(2H);4.05m(2H);7.09m(2H);7.9m(2H);8.92t(1H);9.35bs(1H);10.52bs(1H),12.6bs(1H)。
将碳酸铯(2.556g,7.845mmol)加入到3-(N-Boc-氨基)-3-[4-[4-羟基萘基]苯基]-丙酸甲酯4(3g,7.132mmol)和Tos-Peg5-N3(3.275g,7.845mmol)在DMF(100mL)中的溶液中。将反应混合物在40℃下搅拌3小时,接着在室温下搅拌14小时,冷却至0℃,并倒入NaHCO3的冷饱和溶液中。用4×200mL的EtOAc萃取产物,干燥(Na2SO4),并真空浓缩。在旋转蒸发器上通过2次共蒸发甲苯从产物中去除残余的DMF。Combiflash纯化,使用系统DCM:DCM中20% MeOH,梯度=0-20%。产生4.757g(88%)。NMR(DMSO-d6):1.39s(9H);2.80m(2H);3.36t(2H);3.456m(12H),3.69m(2H);3.92m(2H);4.32m(2H);5.03q(1H);7.06d(1H);7.33d(1H);7.40d(2H);7.44d(2H);7.54m(3H);7.77m(1H);8.27m(1H)。分子量计算值:666.33,684.33[M+NH4]+实测MS(ES,pos):684.54[M+NH4]+;567.43[M+1-Boc]+
/>
用二氧杂环己烷中的4M HCl的冰冷的溶液处理化合物5(200mg,0.3mmol),去除冷却浴,并将反应混合物在室温下搅拌30分钟。将产物浓缩并真空干燥。通过共蒸发二氧杂环己烷去除残余的HCl。MS(ES,pos):567[M+1]+。将获得的游离胺溶解于DMF(10mL)中,加入化合物3(108mg,0.3mmol)、HOBt(28mg,0.18mmol)、4-甲基吗啉(200uL,1.8mmol),并将混合物在冰浴上冷却。加入HBTU(137mg,0.36mmol),去除冷却浴,并将混合物在室温下搅拌14小时。加入水(0.5mL),在高真空下蒸发DMF。将残余物在EtOAc和水(1:1,50mL)之间分配,用NaHCO3碱化至pH=8,并用EtOAc萃取产物3次。将EtOAc溶液干燥(Na2SO4),过滤并浓缩至干。在上纯化产物,使用系统DCM:DCM中20% MeOH,梯度0-40%,20分钟。产生132mg(48%)。NMR(DMSO-d6):1.51s(9H);2.60m(2H);3.38t(2H);3.59m(2H);3.95m(6H);4.32m(2H);5.27q(1H);7.06d(1H);7.33d(1H);7.42d(2H);7.48d(2H);7.53m(2H);7.58m(2H);7.77m(1H);7.89m(2H);8.28m(1H);8.62d(1H);8.79t(1H);9.2bs(1H)。分子量计算值:910.422实测MS(ES,pos):911.58[M+1]+;811.48[M+1-Boc]+
在室温下,将化合物6(68.4mg,0.075mmol)与LiOH(11mg,0.224mmol)在THF:水=1:1(2ml)中的溶液搅拌2小时。真空蒸发THF,水性残余物用水稀释至10mL,用1N HCl酸化至pH=4,加入盐水(3mL),并用EtOAc萃取产物3次。MS(ES,pos):897.90[M+1]+;797.61[M+1-Boc]+。用冰冷的4M HCl的二氧杂环己烷溶液处理粗产物,去除冷却浴,并将混合物在室温下搅拌90分钟。真空去除所有挥发物,通过2次共蒸发二氧杂环己烷去除残余的HCl。产生59mg(94%)。分子量计算值:796.35实测MS(ES,pos):797.43[M+1]+
化合物41p的合成,(3S)-3-(4-(4-((14-叠氮基-3,6,9,12-四氧杂十四烷基)氧基)萘-1-基)苯基)-3-(2-(3-羟基-5-((5-羟基-1,4,5,6-四氢嘧啶-2-基)氨基)苯甲酰氨基)乙酰氨基)丙酸
在具有搅拌棒的50-mL圆底烧瓶中加入1.5g化合物1、4mL的DCM和4mL的TFA。在500rpm、室温、环境气氛下搅拌反应物。
2小时后,通过LC-MS显示反应完全转化。将反应与甲苯共沸并真空浓缩。产物经受用NaHCO3和EtOAc碱萃取,以获得游离胺。LC-MS:计算值[M+H]+567.27m/z,观察值567.52m/z。
经由固相转移,在强N2(g)流下,向化合物1(4.80g)在DMF中的溶液中加入2(2.29g);由于2粘附于称重器皿,用反应混合物漂洗,并将2的内容物转移至反应烧瓶中。将反应在环境条件下搅拌1-3小时。通过LC-MS证实反应完全转化后,将粗品反应混合物带到下一步。LC-MS:计算值[M+H]+227.04m/z,观察值227.05m/z。
在环境条件(1:15pm)下,经由注射器和皮下注射针向化合物1(0.28g)在DMF中的溶液中加入化合物2(2.967mL)。将反应在环境条件下搅拌过夜。通过LC-MS证实反应完全转化后,将粗品反应混合物带到下一步。LC-MS:计算值[M+H]+241.06m/z,观察值241.00m/z。
在环境条件下,向冷却至0℃的化合物1(0.28g)在DMF中的溶液中加入化合物2(4.60g)。将反应物加热至90℃,并搅拌3小时。然后将反应混合物冷却至室温,并加入水(10mL)和浓盐酸,以调节反应pH至5-6。将反应在室温下搅拌过夜。通过LC-MS证实反应完全转化后,过滤反应混合物并用EtOAc漂洗,以回收滤饼中的灰褐色固体产物。在滤液中没有观察到产物。LC-MS:计算值[M+H]+252.09m/z,观察值252.08m/z。分离的产物重量为0.4287g。4步的产率:5.0%。
在环境条件下,向化合物1(0.54g)和2(0.25g)在DMF中的溶液中加入TBTU(0.37g),然后加入DIPEA(0.50mL)。将反应搅拌3小时。然后用NaHCO3(10mL)和盐水(15mL)淬灭反应混合物。用EtOAc(3×15mL)萃取产物。合并的有机相经Na2SO4干燥,过滤并浓缩。通过纯化残余物,使用硅胶作为固定相,使用DCM:DCM中20% MeOH的梯度(0-40%),其中产物在13% B下洗脱。产物的回收率:0.50g(71.9%产率)。LC-MS:计算值[M+H]+724.35m/z,观察值724.69m/z。
在室温下,向化合物1(0.50g)在DCM中的溶液中加入TFA(1.59mL)。将反应在环境条件下搅拌。1小时后,经由LC-MS证实完全转化。用NaHCO3(10mL)淬灭反应混合物,用EtOAc(3×10mL)萃取,并真空浓缩。不需要分离。浓缩提供黄色油(0.28g,54.8%)。LC-MS:计算值[M+H]+624.30m/z,观察值624.50m/z。
在室温下,在N2(g)下,向化合物1(0.050g)和2(0.0211g)在1:1DMF:DCM中的溶液中加入DIC(0.015mL)。在室温下,在N2(g)下,将反应搅拌经过周末。通过LC-MS,观察的混合物由未反应的原料和一些尿素中间体组成。然后加入2当量的DIPEA(0.028mL)。40分钟后,观察的混合物还包括不期望的副产物。5小时后,没有观察到期望的产物,因此将反应加热至40℃,并将反应搅拌过夜。由于没有观察到期望的产物,加入DIC(0.1mL)和HOBt(~10-20mg),并且反应在40℃下继续搅拌1.5小时,直到观察到全部转化为产物。粗品反应混合物然后原位用于下一步。LC-MS:计算值[M+H]+857.38m/z,观察值857.84m/z。
原位进行酯(0.069g)的皂化。在正常大气下,在室温下,向粗品反应混合物中加入~2mL水,然后加入~10mg LiOH。在室温下搅拌反应物,直到通过LC-MS观察到完全转化。然后将混合物真空浓缩,并与PhMe共沸。将混合物重悬于1mL的DMF和1mL水中,并经由反相HPLC分离。化合物41p的回收率:0.029g(43.0%,经两步)。LC-MS:计算值[M+H]+843.36m/z,观察值843.35m/z。
化合物42p的合成,(S)-3-(4-(4-((14-叠氮基-3,6,9,12-四氧杂十四烷基)氧基)萘-1-基)苯基)-3-(2-(5-胍基戊酰氨基)乙酰氨基)丙酸
在室温下,向化合物1(1300mg,7.42mmol,1.0当量)、化合物2(2295mg,7.792mmol,1.05当量)和二异丙基乙胺(3.878mL,22.262mmol,3.0当量)在无水DMF(10mL)中的溶液中加入TBTU(2859mg,8.905mmol,1.2当量)。将反应在室温下保持2小时。用饱和NaHCO3水性溶液(5mL)淬灭反应,并且用乙酸乙酯(3×5mL)萃取水相。合并有机相,经无水Na2SO4干燥,并浓缩。通过CombiFlash纯化产物,并用二氯甲烷中的2-4%甲醇洗脱。LC-MS:计算值[M+H]+415.08,实测415.29。产率:0.19g,6.04%。
将化合物1(3.20g,7.705mmol,1.0当量)、化合物2(3.12g,11.558mmol,1.5当量)、XPhos Pd G2(121mg,0.154mmol,0.02当量)和K3PO4(3.27g,15.411mmol,2.0当量)在圆底烧瓶中混合。用螺旋盖隔膜密封烧瓶,然后抽空,并用氮气回填(将该过程重复共3次)。然后,经由注射器加入THF(20mL)和水(4mL)。混合物用氮气鼓泡10分钟,并将反应在40℃下保持3小时。用饱和NaHCO3水性溶液(20mL)淬灭反应,并用乙酸乙酯(3×20mL)萃取水相。合并有机相,经Na2SO4干燥,并浓缩。通过分离化合物,并用DCM中的2-4%甲醇洗脱。
在室温下,向化合物1(1.61g,3.364mmol,1.0当量)和化合物2(1.75g,4.205mmol,1.25当量)在无水DMF(10mL)中的溶液中加入碳酸铯(2.19g,6.728mmol,2.0当量)。将反应在50℃下保持2小时。用水(20mL)淬灭反应,并用乙酸乙酯(3×10mL)萃取。合并有机相,经无水Na2SO4干燥,并浓缩。通过CombiFlash纯化产物,并用二氯甲烷中的2-4%甲醇洗脱。LC-MS:计算值[M+H]+724.35,实测724.60。
在室温下,向化合物1(1880mg,2.597mmol,1.0当量)在无水二氧杂环己烷(3mL)中的溶液中加入二氧杂环己烷中的HCl(3.25mL,12.986mmol,5.0当量)。将反应在室温下保持2小时。去除溶剂,并且产物无需纯化而直接使用。LC-MS:计算值[M+H]+624.30,实测624.41。
在室温下,向化合物1(500mg,4.268mmol,1.0当量)和化合物2(1.607g,5.335mmol,1.25当量)在无水甲醇(10mL)中的溶液中加入三乙胺(1.786mL,12.804mmol,3.0当量)。将反应在室温下保持过夜。浓缩反应混合物,并通过CombiFlash分离产物。产物用二氯甲烷中的2-3%甲醇洗脱。LC-MS:计算值[M+H]+360.21,实测360.46。
在室温下,向化合物1(66mg,0.183mmol,1.0当量)、化合物2(127mg,0.192mmol,1.05当量)和二异丙基乙胺(0.096mL,0.550mmol,3.0当量)在无水DMF(1mL)中的溶液中加入TBTU(70mg,0.220mmol,1.2当量)。将反应在室温下保持2小时。用饱和NaHCO3水性溶液(5mL)淬灭反应,并且用乙酸乙酯(3×5mL)萃取水相。合并有机相,经无水Na2SO4干燥,并浓缩。通过CombiFlash纯化产物,并用二氯甲烷中的2-4%甲醇洗脱。LC-MS:计算值[M+H]+965.49,实测965.69。
在室温下,向化合物1(120mg,0.124mmol,1.0当量)在THF(2mL)和水(2mL)中的溶液中加入氢氧化锂(9mg,0.373mmol,3.0当量)。将反应在室温下保持2小时。用HCl(6.0N)淬灭反应并将pH调节至4.0。用乙酸乙酯(3×5mL)萃取混合物。合并有机相,经无水Na2SO4干燥,并浓缩。产物无需进一步纯化而直接使用。LC-MS:计算值[M+H]+951.47,实测951.47。
在室温下,向化合物1(115mg,0.135mmol,1.0当量)在二氯甲烷(1mL)中的溶液中加入三氟乙酸(1mL)。将反应在室温下保持3小时。浓缩溶剂,并且产物无需进一步纯化而直接使用。LC-MS:计算值[M+H]+751.37,实测751.43。
化合物43p的合成,(S)-3-(2-((S)-2-氨基-5-胍基戊酰氨基)乙酰氨基)-3-(4-(4-((14-叠氮基-3,6,9,12-四氧杂十四烷基)氧基)萘-1-基)苯基)丙酸
在室温下,向化合物1(72mg,0.151mmol,1.0当量)、化合物2(105mg,0.159mmol,1.05当量)和二异丙基乙胺(0.079mL,0.588mmol,3.0当量)在无水DMF(1mL)中的溶液中加入TBTU(58mg,0.182mmol,1.2当量)。将反应在室温下保持2小时。用饱和NaHCO3水性溶液(5mL)淬灭反应,并且用乙酸乙酯(3×5mL)萃取水相。合并有机相,经无水Na2SO4干燥,并浓缩。通过CombiFlash纯化产物,并用二氯甲烷中的2-4%甲醇洗脱。LC-MS:计算值[M+H]+1080.55,实测1080.57。
在室温下,向化合物1(100mg,0.926mmol,1.0当量)在THF(2mL)和水(2mL)中的溶液中加入氢氧化锂(7mg,0.277mmol,3.0当量)。将反应在室温下保持2小时。用HCl(6.0N)淬灭反应并将pH调节至4.0。用乙酸乙酯(3×5mL)萃取混合物。合并有机相,经无水Na2SO4干燥,并浓缩。产物无需进一步纯化而直接使用。LC-MS:计算值[M+H]+1066.54,实测1067.01。
在室温下,向化合物1(100mg,0.0938mmol,1.0当量)在二氯甲烷(1mL)中的溶液中加入三氟乙酸(1mL)。将反应在室温下保持3小时。浓缩溶剂,并且产物无需进一步纯化而直接使用。LC-MS:计算值[M+H]+766.38,实测766.55。
化合物44p的合成,(S)-3-(2-((S)-2-乙酰氨基-5-胍基戊酰氨基)乙酰氨基)-3-(4-(4-((14-叠氮基-3,6,9,12-四氧杂十四烷基)氧基)萘-1-基)苯基)丙酸
在室温下,向化合物1(500mg,2.870mmol,1.0当量)和化合物2(1.081g,3.587mmol,1.25当量)在无水甲醇(10mL)中的溶液中加入三乙胺(1.20mL,8.610mmol,3.0当量)。将反应在40℃下保持2小时。浓缩反应混合物,并通过CombiFlash分离产物。产物用二氯甲烷中的4-6%甲醇洗脱。LC-MS:计算值[M+H]+417.23,实测417.45。
在室温下,向化合物1(66mg,0.158mmol,1.0当量)、化合物2(109mg,0.166mmol,1.05当量)和二异丙基乙胺(0.083mL,0.475mmol,3.0当量)在无水DMF(1mL)中的溶液中加入TBTU(61mg,0.190mmol,1.2当量)。将反应在室温下保持2小时。用饱和NaHCO3水性溶液(5mL)淬灭反应,并且用乙酸乙酯(3×5mL)萃取水相。合并有机相,经无水Na2SO4干燥,并浓缩。通过CombiFlash纯化产物,并用2-4%甲醇/二氯甲烷洗脱。LC-MS:计算值[M+H]+1022.51,实测1022.36。
在室温下,向化合物1(125mg,0.122mmol,1.0当量)在THF(2mL)和水(2mL)中的溶液中加入氢氧化锂(9mg,0.366mmol,3.0当量)。将反应在室温下保持2小时。用HCl(6.0N)淬灭反应并将pH调节至4.0。用乙酸乙酯(3×5mL)萃取混合物。合并有机相,经无水Na2SO4干燥,并浓缩。产物无需进一步纯化而直接使用。LC-MS:计算值[M+H]+1008.50,实测1008.79。
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在室温下,向化合物1(120mg,0.119mmol,1.0当量)在二氯甲烷(1mL)中的溶液中加入三氟乙酸(1mL)。将反应在室温下保持3小时。浓缩溶剂,并且产物无需进一步纯化而直接使用。LC-MS:计算值[M+H]+808.39,实测808.33。
化合物45p的合成,(S)-3-(4-(4-((14-叠氮基-3,6,9,12-四氧杂十四烷基)氧基)萘-1-基)苯基)-3-(2-(5-((4-甲基吡啶-2-基)氨基)戊酰氨基)乙酰氨基)丙酸
在室温下,在N2(g)下,向化合物1(0.50g)在DMF中的溶液中加入Cs2CO3(0.94g)。然后缓慢逐滴加入化合物2(0.49g)。将反应搅拌过夜。然后通过LC-MS证实大约50%转化为期望的产物。用NaHCO3(10mL)淬灭反应混合物。用EtOAc(3×15mL)萃取产物,然后用水(3×10mL)和盐水(10mL)洗涤。合并的有机相经Na2SO4干燥,过滤并浓缩。通过CombiFlash纯化残余物,使用硅胶作为固定相,使用hex:EtOA的梯度(0-70%),其中产物在16% B下洗脱。将产物真空浓缩以提供澄清的油(0.35g,45.0%产率)。LC-MS:计算值[M+H]+323.19m/z,观察值328.38m/z。
在正常大气下,在室温下,向化合物1(0.35g)在1:1THF/水中的溶液中加入LiOH(0.078g)。在室温下搅拌反应,直到通过LC-MS观察到完全转化。1小时后,用6N HCl将反应混合物酸化至pH为~3。用EtOAc(3×15mL)萃取产物。合并的有机相经Na2SO4干燥,过滤并浓缩,提供澄清、无色的油(0.32g,94.9%产率)。不需要分离。LC-MS:计算值[M+H]+309.17m/z,观察值309.24m/z。
在环境条件下,向化合物1(0.10g)和2(0.049g)在DMF中的溶液中加入TBTU(0.058g),然后加入DIPEA(0.079mL)。将反应搅拌1小时,直到通过LC-MS观察到完全转化。然后用NaHCO3(10mL)淬灭反应混合物。用EtOAc(3×15mL)萃取产物,然后用水(3×10mL)和盐水(10mL)洗涤。合并的有机相经Na2SO4干燥,过滤并浓缩。通过纯化残余物,使用硅胶作为固定相,使用DCM:DCM中20% MeOH的梯度(0-70%),其中产物在23% B下洗脱。将产物真空浓缩以提供澄清的无色油(0.088g,产率63.6%)。
在室温下,向化合物1(0.088g)在DCM中的溶液中加入TFA(0.22mL)。将反应在环境条件下搅拌。将反应搅拌5小时,直到经由LC-MS证实完全转化。将反应混合物与PhMe共沸并真空浓缩。不需要分离。浓缩提供澄清的无色油(0.10g,产率113%)。LC-MS:计算值[M+H]+814.41m/z,观察值814.63m/z。
在正常大气下,在室温下,向化合物1(0.10g)在1:1THF/水中的溶液中加入LiOH(0.0078g)。在室温下搅拌反应,直到通过LC-MS观察到完全转化。4小时后,用6N HCl将反应混合物酸化至pH为~3。用20% CF3CH2OH/DCM(3×15mL)萃取产物。合并的有机相经Na2SO4干燥,过滤并浓缩,提供浅黄色固体(0.104g,产率119%)。LC-MS:计算值[M+H]+800.39m/z,观察值800.76m/z。
化合物46p的合成,(S)-3-(4-(4-((14-叠氮基-3,6,9,12-四氧杂十四烷基)氧基)萘-1-基)苯基)-3-(2-(5-((4-甲氧基吡啶-2-基)氨基)戊酰氨基)乙酰氨基)丙酸
在室温下,在N2(g)下,向化合物1(0.500g)在DMF中的溶液中加入Cs2CO3(0.872g)。然后缓慢逐滴加入化合物2(0.457g)。将反应搅拌过夜。然后通过LC-MS证实大约50%转化为期望的产物。用NaHCO3(10mL)淬灭反应混合物。用EtOAc(3×15mL)萃取产物,然后用水(3×10mL)和盐水(10mL)洗涤。合并的有机相经Na2SO4干燥,过滤并浓缩。通过纯化残余物,使用硅胶作为固定相,使用己烷:EtOA的梯度(0-70%),其中产物在21% B下洗脱。将产物真空浓缩以提供澄清的油。产率0.191g(25.3%)。LC-MS:计算值[M+H]+339.18m/z,观察值339.31m/z。
在正常大气下,在室温下,向化合物1(0.191g)在1:1THF/水中的溶液中加入LiOH(0.0406g)。在室温下搅拌反应,直到通过LC-MS观察到完全转化。3小时后,用6N HCl将反应混合物酸化至pH为~3。用EtOAc(3×15mL)萃取产物。合并的有机相经Na2SO4干燥,过滤并浓缩,提供澄清、无色的油。产率:0.176g(96.1%)。LC-MS:计算值[M+H]+325.17m/z,观察值325.27m/z。
在环境条件下,向化合物1(0.100g)和2(0.0516g)在DMF中的溶液中加入TBTU(0.0584g),然后加入DIPEA(0.0587g)。将反应搅拌1小时,直到通过LC-MS观察到完全转化。然后用NaHCO3(10mL)淬灭反应混合物。用EtOAc(3×15mL)萃取产物,然后用水(3×10mL)和盐水(10mL)洗涤。合并的有机相经Na2SO4干燥,过滤并浓缩。通过纯化残余物,使用硅胶作为固定相,使用DCM:DCM中20% MeOH的梯度(0-75%),其中产物在25% B下洗脱。将产物真空浓缩以提供澄清的无色油。产率:0.108g(76.7%)。LC-MS:计算值[M+H]+930.45m/z,观察值930.94m/z。/>
在室温下,向化合物1(0.180g)在DCM中的溶液中加入TFA(0.3972g)。将反应在环境条件下搅拌。将反应搅拌5小时,直到经由LC-MS证实完全转化。将反应混合物与PhMe共沸并真空浓缩。不需要分离。浓缩提供澄清的无色油。产生0.121g(110%)。LC-MS:计算值[M+H]+830.40m/z,观察值830.65m/z。
在正常大气下,在室温下,向化合物1(0.121g)在1:1THF/水中的溶液中加入LiOH(0.0092g)。在室温下搅拌反应,直到通过LC-MS观察到完全转化。4小时后,用6N HCl将反应混合物酸化至pH为~3。用20% CF3CH2OH/DCM(3×15mL)萃取产物。合并的有机相经Na2SO4干燥,过滤并浓缩,提供乳膏,为白色固体。产生0.122g(117%)。LC-MS:计算值[M+H]+816.39m/z,观察值816.52m/z。
化合物47p的合成,(S)-3-(2-((S)-2-氨基-5-脲基戊酰氨基)乙酰氨基)-3-(4-(4-((14-叠氮基-3,6,9,12-四氧杂十四烷基)氧基)萘-1-基)苯基)丙酸
在环境条件下,向化合物1(0.144g)和2(0.0601g)在DMF中的溶液中加入TBTU(0.0840g),然后加入DIPEA(0.114mL)。将反应搅拌1小时,直到通过LC-MS观察到完全转化。然后用NaHCO3(10mL)淬灭反应混合物。用20% CF3CH2OH/DCM(3×15mL)萃取产物,然后用水(3×10mL)和盐水(10mL)洗涤。合并的有机相经Na2SO4干燥,过滤并浓缩。通过纯化残余物,使用硅胶作为固定相,使用DCM:DCM中20% MeOH的梯度(0-100%),其中产物在47% B下洗脱。将产物真空浓缩以提供澄清的无色油。产生0.149g(77.7%)。LC-MS:计算值[M+H]+881.43m/z,观察值881.61m/z。
在正常大气下,在室温下,向化合物1(0.149g)在1:1THF/水中的溶液中加入LiOH(0.0122g)。在室温下搅拌反应,直到通过LC-MS观察到完全转化。1小时后,用6N HCl将反应混合物酸化至pH为~3。用20% CF3CH2OH/DCM(5×10mL)萃取产物。合并的有机相经Na2SO4干燥,过滤并浓缩,提供白色固体。产率:0.148g(100%)。LC-MS:计算值[M+H]+867.42m/z,观察值867.83m/z。
在室温下,向化合物1(0.148g)在DCM中的溶液中加入TFA(0.392mL)。将反应在环境条件下搅拌。将反应搅拌1小时,直到经由LC-MS证实完全转化。将反应混合物与PhMe共沸并真空浓缩。
由于在前面的步骤中不完全皂化,发现混合物变得杂乱,因此将混合物再经受碱性条件(LiOH,THF/水,rt)持续1小时。证实完全转化后,用6N HCl将混合物酸化至pH为~3,并用EtOAc萃取产物,然后用20% CF3CH2OH/DCM萃取产物,然后经Na2SO4干燥,过滤并浓缩。浓缩提供白色固体。产生0.162g(124%)。LC-MS:计算值[M+H]+767.36m/z,观察值767.55m/z。
化合物48p的合成,(S)-3-(2-((S)-2-乙酰氨基-5-脲基戊酰氨基)乙酰氨基)-3-(4-(4-((14-叠氮基-3,6,9,12-四氧杂十四烷基)氧基)萘-1-基)苯基)丙酸
在环境条件下,向化合物1(0.183g)和2(0.0602g)在DMF中的溶液中加入TBTU(0.107g),然后加入DIPEA(0.145mL)。将反应搅拌1小时,直到通过LC-MS观察到完全转化。然后用NaHCO3(10mL)淬灭反应混合物。用EtOAc萃取产物,然后用20% CF3CH2OH/DCM(3×15mL)萃取产物。合并的有机相经Na2SO4干燥,过滤并浓缩。然后将混合物与PhMe共沸。通过纯化残余物,使用硅胶作为固定相,使用DCM:DCM中20% MeOH的梯度(0-100%),其中产物在65% B下洗脱。杂质已用产物洗脱,因此残余物经由DCM:DCM中20%MeOH的梯度(0-80%)再次分离,其中产物由0-70% B洗脱;然而,杂质不能分离。将产物真空浓缩以提供澄清的无色油。产率:0.0378g(16.6%)。LC-MS:计算值[M+H]+823.39m/z,观察值823.27m/z。
在正常大气下,在室温下,向化合物1(0.0378g)在1:1THF/水中的溶液中加入LiOH(0.0033)。在室温下搅拌反应,直到通过LC-MS观察到完全转化。1小时后,用6N HCl将反应混合物酸化至pH为~3。用20% CF3CH2OH/DCM(5×10mL)萃取产物。合并的有机相经Na2SO4干燥,过滤并浓缩,提供黄色固体。发现不需要分离。混合物在1mL的DMF中溶剂化,并且经由反相HPLC分离产物以提供澄清且无色的残余物。产率:0.088g(237%)。LC-MS:计算值[M+H]+809.38m/z,观察值809.68m/z。
化合物49p的合成,(S)-3-(2-((S)-2-氨基-5-((4-甲基吡啶-2-基)氨基)戊酰氨基)乙酰氨基)-3-(4-(4-((14-叠氮基-3,6,9,12-四氧杂十四烷基)氧基)萘-1-基)苯基)丙酸
在冰浴中,在0℃下,在N2(g)下,向化合物1(0.620g)在DCM中的溶液中加入CBr4(0.680g);将混合物在冰上搅拌15分钟。然后加入PPh3(0.538g),并将反应搅拌10分钟,之后通过LC-MS观察到完全转化为期望的产物;观察到期望的产物O=PPh3和其它基于PPh3的副产物的干净的混合物。然后用NaHCO3(10mL)淬灭反应混合物。用DCM(3×10mL)萃取产物,然后用盐水(10mL)洗涤。合并的有机相经Na2SO4干燥,过滤并浓缩。通过纯化残余物,使用硅胶作为固定相,使用己烷:EtOA的梯度(0-30%),其中产物在8.5% B下洗脱。将产物真空浓缩,提供澄清的无色油。产率:0.597g(81.6%)。LC-MS:计算值[M+H]+410.11m/z,观察值410.43m/z。
在室温下,向化合物1(0.134g)和2(0.238g)在DMF中的溶液中加入Cs2CO3(0.315g)。将反应搅拌过夜。然后通过LC-MS证实大约50%转化为期望的产物。用NaHCO3(10mL)淬灭反应混合物。用DCM(3×15mL)萃取产物,然后用水(3×10mL)和盐水(10mL)洗涤。合并的有机相经Na2SO4干燥,过滤并浓缩。通过纯化残余物,使用硅胶作为固定相,使用己烷:EtOAc的梯度(0-70%),其中产物在15% B下洗脱。将产物真空浓缩以提供澄清的油。产率:0.196g(56.6%)。LC-MS:计算值[M+H]+538.31m/z,观察值538.44m/z。
在正常大气下,在室温下,向化合物1(0.196g)在1:1THF/水中的溶液中加入LiOH(0.262g)。在室温下搅拌反应,直到通过LC-MS观察到完全转化。7小时后转化率低,将反应混合物加热至30℃并搅拌过夜。一旦通过LC-MS证实完全转化,用6N HCl将反应混合物缓慢酸化至pH为~5。用EtOAc(3×15mL)萃取产物。合并的有机相经Na2SO4干燥,过滤并浓缩,提供澄清、无色的油。产率:0.186g(97.1%)。LC-MS:计算值[M+H]+524.29m/z,观察值524.67m/z。
在环境条件下,向化合物1(0.246g)和2(0.185g)在DMF中的溶液中加入TBTU(0.1436g),然后加入DIPEA(0.195mL)。将反应搅拌1小时,直到通过LC-MS观察到完全转化。然后用NaHCO3(10mL)淬灭反应混合物。用EtOAc萃取产物,然后用20% CF3CH2OH/DCM(3×15mL)萃取产物,然后用水(3×10mL)洗涤。合并的有机相经Na2SO4干燥,过滤并浓缩。通过纯化残余物,使用硅胶作为固定相,使用DCM:DCM中20% MeOH的梯度(0-60%),其中产物在13-26% B下洗脱。将产物真空浓缩以提供澄清的无色油。产物似乎含有期望的产物和单-Boc-去保护的产物的混合物。产率:0.212g(50.3%)。LC-MS:计算值[M+H]+1129.57m/z,观察值1130.02m/z。
在室温下,向化合物1(0.0636g)在DCM中的溶液中加入TFA(0.129mL)。将反应在环境条件下搅拌。6小时后,经由LC-MS证实完全转化。将反应混合物与PhMe共沸并真空浓缩。不需要分离。浓缩提供粘性黄色残余物。产率:0.0686g(129%)。LC-MS:计算值[M+H]+829.42m/z,观察值829.57m/z。
在正常大气下,在室温下,向化合物1(0.0250g)在1:1DMF/水中的溶液中加入LiOH(0.0019g)。将反应在室温下搅拌3小时,在40℃下搅拌3-4小时,然后在室温下搅拌过夜。第二天,将反应在40℃下搅拌,直到通过LC-MS观察到完全转化。然后用6N HCl将反应混合物酸化至pH为~7。将混合物浓缩至2mL的溶液,并经由反相HPLC分离。然后浓缩产物,提供澄清且无色的残余物。产生0.0111g(51.4%)。LC-MS:计算值[M+H]+815.40m/z,观察值815.98m/z。
化合物50p的合成,(S)-3-(2-((S)-2-乙酰氨基-5-((4-甲基吡啶-2-基)氨基)戊酰氨基)乙酰氨基)-3-(4-(4-((14-叠氮基-3,6,9,12-四氧杂十四烷基)氧基)萘-1-基)苯基)丙酸
在环境条件下,向化合物1(0.0350g)和2(0.0022g)在DMF中的溶液中加入TBTU(0.0143g),然后加入DIPEA(0.019mL)。将反应搅拌2小时,直到通过LC-MS观察到完全转化。然后用NaHCO3(10mL)淬灭反应混合物。用EtOAc萃取产物,然后用20% CF3CH2OH/DCM(3×15mL)萃取产物,然后用水(3×10mL)洗涤。合并的有机相经Na2SO4干燥,过滤并浓缩。通过纯化残余物,使用硅胶作为固定相,使用DCM:DCM中20% MeOH的梯度(0-80%),其中产物在47%B下洗脱。将产物真空浓缩以提供澄清的无色残余物。产率:0.0126g(39.0%)。LC-MS:计算值[M+H]+871.43m/z,观察值872.33m/z。
在正常大气下,在室温下,向化合物1(0.0126g)在1:1THF/水中的溶液中加入LiOH(0.0010g)。在室温下搅拌反应,直到通过LC-MS观察到完全转化。1小时后,用6N HCl将反应混合物酸化至pH为~4。用EtOAc萃取产物,然后用20% CF3CH2OH/DCM(3×10mL)萃取产物,并用水(3×5mL)和盐水(1×5mL)洗涤。合并的有机相经Na2SO4干燥,过滤并浓缩,提供蜂蜜色残余物。不需要分离。产率:0.166g(134%)。LC-MS:计算值[M+H]+857.41m/z,观察值857.21m/z。
化合物51p的合成,(S)-3-(4-(4-((17-叠氮基-3,6,9,12,15-五氧杂十七烷基)氨基甲酰基)萘-1-基)苯基)-3-(2-(4-((4-甲基吡啶-2-基)氨基)丁酰氨基)乙酰氨基)丙酸
在环境条件下,向化合物1(0.0250g)和2(0.0118g)在DMF中的溶液中加入TBTU(0.0141g),然后加入DIPEA(0.019mL)。将反应搅拌3小时,直到通过LC-MS观察到完全转化。然后用NaHCO3(10mL)淬灭反应混合物。用EtOAc萃取产物,然后用20% CF3CH2OH/DCM(3×15mL)萃取产物,然后用水(3×10mL)洗涤。合并的有机相经Na2SO4干燥,过滤并浓缩。通过纯化残余物,使用硅胶作为固定相,使用DCM:DCM中20% MeOH的梯度(0-80%),其中产物在36%B下洗脱。将产物真空浓缩以提供澄清的无色油。产率:0.0233g(65.5%)。LC-MS:计算值[M+H]+971.48m/z,观察值971.99m/z。
在正常大气下,在室温下,向化合物1(0.0233g)在1:1DMF/水中的溶液中加入LiOH(0.0017g)。将反应在室温下搅拌1小时,直到通过LC-MS观察到完全转化。然后用6N HCl将反应混合物酸化至pH为~4,用EtOAc萃取,然后用20% CF3CH2OH/DCM(5×8mL)萃取,然后用水和盐水(3×8mL)洗涤。然后浓缩产物,提供白色固体。产率:0.0281g(123%)。LC-MS:计算值[M+H]+957.46m/z,观察值957.86m/z。
在室温下,向化合物1(0.0281g)在DCM中的溶液中加入TFA(0.067mL)。将反应在环境条件下搅拌。2小时后,经由LC-MS证实完全转化。将反应混合物与PhMe共沸并真空浓缩。不需要分离。浓缩提供澄清且无色的残余物。产率:0.0415(146%)。LC-MS:计算值[M+H]+857.41m/z,观察值857.39m/z。
化合物52p的合成,(S)-3-(4-(4-(((S)-1-叠氮基-22-甲基-19-氧代-3,6,9,12,15-五氧杂-18-氮杂二十三烷-20-基)氨基甲酰基)萘-1-基)苯基)-3-(2-(4-((4-甲基吡啶-2-基)氨基)丁酰氨基)乙酰氨基)丙酸
在环境条件下,向化合物1(0.162g)和2(0.225g)在DMF中的溶液中加入TBTU(0.270g),然后加入DIPEA(0.366mL)。将反应搅拌1小时,直到通过LC-MS观察到完全转化。然后用NaHCO3(10mL)淬灭反应混合物。用EtOAc(3×15mL)萃取产物,然后用水(3×10mL)洗涤。合并的有机相经Na2SO4干燥,过滤并浓缩。通过纯化残余物,使用硅胶作为固定相,使用己烷:EtOA的梯度(0-100%),其中产物在100% B下洗脱。将产物真空浓缩以提供澄清的无色油。产率:0.245g(67.4%)。LC-MS:计算值[M+H]+520.33m/z,观察值520.61m/z。/>
在室温下,向化合物1(0.245g)在DCM中的溶液中加入TFA(1.08mL)。将反应在环境条件下搅拌。1小时后,经由LC-MS证实完全转化。将反应混合物与PhMe共沸,并经受用NaHCO3碱萃取。用EtOAc萃取产物,然后用20% CF3CH2OH/DCM萃取产物,然后用水和盐水洗涤。然后将混合物真空浓缩。不需要分离。浓缩提供白色固体。产率:0.224(113%)。LC-MS:计算值[M+H]+420.27m/z,观察值420.51m/z。
在环境条件下,向化合物1(0.440g)和2(0.270g)在DMF中的溶液中加入TBTU(0.0248g),然后加入DIPEA(0.034mL)。将反应搅拌3小时,直到通过TLC观察到完全转化。由于规格,将反应混合物浓缩,然后在EtOAc中再溶剂化并在二氧化硅上浓缩用于分离。通过纯化残余物,使用硅胶作为固定相,使用DCM:DCM中20% MeOH的梯度(0-50%),其中产物在18% B下洗脱。将产物真空浓缩以提供澄清的无色油。产率:0.0475g(68.0%)。LC-MS:计算值[M+H]+1084.56m/z,观察值1085.17m/z。/>
在正常大气下,在室温下,向化合物1(0.0475g)在1:1DMF/水中的溶液中加入LiOH(0.0031g)。将反应在室温下搅拌3小时,直到通过LC-MS观察到完全转化。然后用6N HCl将反应混合物酸化至pH为~4,用EtOAc萃取,然后用20% CF3CH2OH/DCM(5×8mL)萃取,然后用水和盐水(3×8mL)洗涤。然后浓缩产物,提供白色固体。产率:0.0312g(66.5%)。LC-MS:计算值[M+H]+1070.55m/z,观察值1071.12m/z。
在室温下,向化合物1(0.0312g)在DCM中的溶液中加入TFA(0.067mL)。将反应在环境条件下搅拌过夜。第二天,经由LC-MS证实完全转化。将反应混合物与PhMe共沸并真空浓缩。不需要分离。浓缩提供澄清且无色的残余物。产率:0.0545g(172%)。LC-MS:计算值[M+H]+970.50m/z,观察值970.38m/z。
化合物53p的合成,(S)-3-(4-(4-(((20S,23S)-1-叠氮基-20-异丁基-19,22-二氧代-3,6,9,12,15-五氧杂-18,21-二氮杂二十五烷-23-基)氨基甲酰基)萘-1-基)苯基)-3-(2-(4-((4-甲基吡啶-2-基)氨基)丁酰氨基)乙酰氨基)丙酸
在环境条件下,向化合物1(0.162g)和2(0.225g)在DMF中的溶液中加入TBTU(0.270g),然后加入DIPEA(0.366mL)。将反应搅拌1小时,直到通过LC-MS观察到完全转化。然后用NaHCO3(10mL)淬灭反应混合物。用EtOAc(3×15mL)萃取产物,然后用水(3×10mL)洗涤。合并的有机相经Na2SO4干燥,过滤并浓缩。通过纯化残余物,使用硅胶作为固定相,使用己烷:EtOAc的梯度(0-100%),其中产物在100% B下洗脱。将产物真空浓缩以提供澄清的无色油。产率:0.245g(67.3%)。LC-MS:计算值[M+H]+520.33m/z,观察值520.61m/z。
在室温下,向化合物1(0.245g)在DCM中的溶液中加入TFA(1.61g)。将反应在环境条件下搅拌。1小时后,经由LC-MS证实完全转化。将反应混合物与PhMe共沸,并经受用NaHCO3碱萃取。用EtOAc萃取产物,然后用20% CF3CH2OH/DCM萃取产物,然后用水和盐水洗涤。然后将混合物真空浓缩。不需要分离。浓缩提供白色固体。产率:0.224g(113%)。LC-MS:计算值[M+H]+420.27m/z,观察值420.51m/z。
在环境条件下,向化合物1(0.610g)和2(0.126g)在DMF中的溶液中加入TBTU(0.116g),然后加入DIPEA(0.157mL)。将反应搅拌1小时,直到通过LC-MS观察到完全转化。用NaHCO3(8mL)淬灭反应混合物,用EtOAc萃取,然后用20% CF3CH2OH/DCM(3×8mL)萃取,然后用水和盐水(3×8mL)洗涤。然后混合物经Na2SO4干燥,过滤并浓缩。通过纯化残余物,使用硅胶作为固定相,使用DCM:DCM中20% MeOH的梯度(0-45%),其中产物在17% B下洗脱。将产物真空浓缩以提供澄清的无色油。产率:0.110g(60.6%)。LC-MS:计算值[M+H]+605.38m/z,观察值605.52m/z。
在室温下,向化合物1(0.110g)在DCM中的溶液中加入TFA(0.418mL)。将反应在环境条件下搅拌。2小时后,经由LC-MS证实完全转化。将反应混合物与PhMe共沸并真空浓缩。不需要分离。浓缩提供澄清的无色油。产率:0.148g(132%)。LC-MS:计算值[M+H]+505.33m/z,观察值505.67m/z。
在环境条件下,向化合物1(0.0440g)和2(0.0399g)在DMF中的溶液中加入TBTU(0.0248g),然后加入DIPEA(0.034mL)。将反应搅拌3小时,直到通过LC-MS观察到完全转化。用NaHCO3(8mL)淬灭反应混合物,用EtOAc(3×8mL)萃取,然后用水(3×8mL)洗涤。然后混合物经Na2SO4干燥,过滤并浓缩。通过纯化残余物,使用硅胶作为固定相,使用DCM:DCM中20% MeOH的梯度(0-50%),其中产物在37% B下洗脱。将产物真空浓缩以提供澄清的无色油。产率:0.0273g(36.2%)。LC-MS:计算值[M+H]+1169.62m/z,观察值1170.59m/z。
在正常大气下,在室温下,向化合物1(0.0273g)在1:1DMF/水中的溶液中加入LiOH(0.0017g)。将反应在室温下搅拌3小时,直到通过LC-MS观察到完全转化。然后用6N HCl将反应混合物酸化至pH为~4,用EtOAc萃取,然后用20% CF3CH2OH/DCM(5×8mL)萃取,然后用水和盐水(3×8mL)洗涤。然后浓缩产物,提供澄清的无色油。产率:0.0286g(106%)。LC-MS:计算值[M+H]+1155.60m/z,观察值1156.30m/z。
在室温下,向化合物1(0.0286g)在DCM中的溶液中加入TFA(0.0847g)。将反应在环境条件下搅拌过夜。第二天,经由LC-MS证实完全转化。将反应混合物与PhMe共沸并真空浓缩。不需要分离。浓缩提供浅橙黄色固体。产率:0.0384g(133%)。LC-MS:计算值[M+H]+1055.55m/z,观察值1056.08m/z。
化合物54p的合成,(S)-3-(4-(4-(((S)-1-叠氮基-19-氧代-21-苯基-3,6,9,12,15-五氧杂-18-氮杂二十一烷-20-基)氨基甲酰基)萘-1-基)苯基)-3-(2-(4-((4-甲基吡啶-2-基)氨基)丁酰氨基)乙酰氨基)丙酸
在环境条件下,向化合物1(0.140g)和2(0.170g)在DMF中的溶液中加入TBTU(0.203g),然后加入DIPEA(0.276mL)。将反应搅拌1小时,直到通过LC-MS观察到完全转化。然后用NaHCO3(10mL)淬灭反应混合物。用EtOAc(3×15mL)萃取产物,然后用水(3×10mL)洗涤。合并的有机相经Na2SO4干燥,过滤并浓缩。通过纯化残余物,使用硅胶作为固定相,使用DCM至20%的MeOH/DCM的梯度(0-40%),其中产物在14% B下洗脱。将产物真空浓缩以提供澄清的无色油。产率:0.261g(89.5%)。LC-MS:计算值[M+H]+554.31m/z,观察值554.76m/z。/>
在室温下,向化合物1(0.261g)在DCM中的溶液中加入TFA(1.08mL)。将反应在环境条件下搅拌。1小时后,经由LC-MS证实完全转化。将反应混合物与PhMe共沸并真空浓缩。不需要分离。浓缩提供黄色油。产率:0.317g(118%)。LC-MS:计算值[M+H]+454.26m/z,观察值454.31m/z。
在环境条件下,向化合物1(0.0400g)和2(0.0333g)在DMF中的溶液中加入TBTU(0.0226g),然后加入DIPEA(0.031mL)。将反应搅拌1小时,直到通过LC-MS观察到完全转化。用NaHCO3(8mL)淬灭反应混合物,用EtOAc萃取,然后用20% CF3CH2OH/DCM(3×8mL)萃取,然后用水(3×8mL)洗涤。然后混合物经Na2SO4干燥,过滤并浓缩。通过CombiFlash纯化残余物,使用硅胶作为固定相,使用DCM:DCM中20% MeOH的梯度(0-50%),其中产物在30% B下洗脱。将产物真空浓缩以提供澄清的无色油。产率:0.0386g(58.9%)。LC-MS:计算值[M+H]+1118.55m/z,观察值1119.09m/z。
在正常大气下,在室温下,向化合物1(0.0386g)在1:1DMF/水中的溶液中加入LiOH(0.0025g)。将反应在室温下搅拌3小时,直到通过LC-MS观察到完全转化。然后用6N HCl将反应混合物酸化至pH为~4,用EtOAc萃取,然后用20% CF3CH2OH/DCM(5×8mL)萃取,然后用水和盐水(3×8mL)洗涤。然后浓缩产物,提供白色固体。产率:0.0665g(174%)。LC-MS:计算值[M+H]+1104.53m/z,观察值1105.05m/z。
在室温下,向化合物1(0.0665g)在DCM中的溶液中加入TFA(0.138mL)。将反应在环境条件下搅拌3小时,直到经由LC-MS证实完全转化。将反应混合物与PhMe共沸并真空浓缩。不需要分离。浓缩提供灰白色固体。产率:0.0911g(135%)。LC-MS:计算值[M+H]+1004.48m/z,观察值1005.55m/z。
化合物55p的合成,(S)-3-(4-(4-((14-叠氮基-3,6,9,12-四氧杂十四烷基)氧基)萘-1-基)苯基)-3-(2-(5-((4-甲基嘧啶-2-基)氨基)戊酰氨基)乙酰氨基)丙酸
在室温下,向化合物1(0.126g)在DCM中的溶液中加入TFA(0.433mL)。将反应在环境条件下搅拌。2小时后,经由LC-MS证实完全转化。将反应混合物与PhMe共沸并真空浓缩。不需要分离。浓缩提供黄色油。产率:0.134g(104%)。LC-MS:计算值[M+H]+567.27m/z,观察值567.58m/z。
在环境条件下,向化合物1(0.134g)和2(0.0344g)在DMF中的溶液中加入TBTU(0.0757g),然后加入DIPEA(0.103mL)。将反应搅拌3小时,直到通过TLC观察到完全转化。然后用NaHCO3(8mL)淬灭反应混合物。用EtOAc(3×8mL)萃取产物,然后用20%CF3CH2OH/DCM(1×8mL)萃取产物,然后用盐水(1×8mL)洗涤,然后用水(3×8mL)洗涤。合并的有机相经Na2SO4干燥,过滤并浓缩。通过纯化残余物,使用硅胶作为固定相,使用DCM:DCM中20% MeOH的梯度(0-40%),其中产物在14% B下洗脱。将产物真空浓缩以提供澄清的无色残余物。产率:0.0999g(70.3%)。LC-MS:计算值[M+H]+724.35m/z,观察值724.92m/z。
在环境条件下,向化合物1(0.100g)在DMF中的溶液中加入Cs2CO3(0.234g)。然后缓慢加入化合物2(0.068mL)。将反应搅拌过夜。然后通过LC-MS证实大约50%转化为期望的产物。用NaHCO3(10mL)淬灭反应混合物。用EtOAc(3×15mL)萃取产物,然后用水(3×10mL)和盐水(10mL)洗涤。合并的有机相经Na2SO4干燥,过滤并浓缩。通过纯化残余物,使用硅胶作为固定相,使用己烷:EtOA的梯度(0-70%),其中产物在29% B下洗脱。将产物真空浓缩以提供澄清的无色油。产率:0.0993g(64.3%)。LC-MS:计算值[M+H]+324.18m/z,观察值324.41m/z。
在室温下,向化合物1(0.0999g)在DCM中的溶液中加入TFA(0.317mL)。将反应在环境条件下搅拌。5小时后,经由TLC证实完全转化。将反应混合物与PhMe共沸并真空浓缩。不需要分离。浓缩提供黄色油。产率:0.1168g(115%)。LC-MS:计算值[M+H]+624.30m/z,观察值624.68m/z。
在正常大气下,在室温下,向化合物1(0.0993g)在1:1THF/水中的溶液中加入LiOH(0.0221g)。在室温下搅拌反应,直到通过TLC观察到完全转化。4小时后,用6N HCl将反应混合物酸化至pH为~3。用EtOAc(3×5mL)萃取产物,然后用20% CF3CH2OH/DCM(3×5mL)萃取产物。合并的有机相经Na2SO4干燥,过滤并浓缩,提供澄清的、无色油。产率:0.0876g(92.2%)。LC-MS:计算值[M+H]+310.17m/z,观察值310.49m/z。
在环境条件下,向化合物1(0.113g)和2(0.0472g)在DMF中的溶液中加入DIPEA(0.080mL),然后加入TBTU(0.0588g)。将反应搅拌1小时,直到通过TLC观察到完全转化。然后用NaHCO3(10mL)淬灭反应混合物。用EtOAc(3×5mL)萃取产物,然后用20%CF3CH2OH/DCM(3×8mL)萃取产物,然后用水(3×10mL)洗涤。合并的有机相经Na2SO4干燥,过滤并浓缩。通过CombiFlash纯化残余物,使用硅胶作为固定相,使用DCM:DCM中20% MeOH的梯度(0-70%),其中产物在34% B下洗脱。将产物真空浓缩以提供澄清的无色油。产率:0.0712g(51.0%)。LC-MS:计算值[M+H]+915.45m/z,观察值915.85m/z。
在正常大气下,在室温下,向化合物1(0.0712g)在1:1THF/水中的溶液中加入LiOH(0.0056g)。在室温下搅拌反应,直到通过LC-MS观察到完全转化。4小时后,用6N HCl将反应混合物酸化至pH为~3。用EtOAc萃取产物,然后用20% CF3CH2OH/DCM(3×8mL)萃取产物。合并的有机相经Na2SO4干燥,过滤并浓缩,提供澄清的无色油。LC-MS:计算值[M+H]+901.44m/z,观察值901.57m/z。
在室温下,向化合物1(0.0640g)在DCM中的溶液中加入TFA(0.163mL)。将反应在环境条件下搅拌过夜。第二天,经由LC-MS观察到期望的产物。将反应混合物与PhMe共沸并真空浓缩以提供澄清的无色油。产率:0.0707g(108%)。LC-MS:计算值[M+H]+801.39m/z,观察值801.47m/z。
化合物56p的合成,(S)-3-(4-(4-((14-叠氮基-3,6,9,12-四氧杂十四烷基)氧基)萘-1-基)苯基)-3-(2-(5-((6-甲基吡啶-2-基)氨基)戊酰氨基)乙酰氨基)丙酸
在室温下,向化合物1(0.356g)在DCM中的溶液中加入TFA(1.227mL)。将反应在环境条件下搅拌。2小时后,经由LC-MS证实完全转化。将反应混合物与PhMe共沸并真空浓缩。不需要分离。浓缩提供深蜂蜜色油。产率:0.364g(100%)。LC-MS:计算值[M+H]+567.27m/z,观察值567.58m/z。
在环境条件下,向化合物1(0.0961g)在DMF中的溶液中加入Cs2CO3(0.226g)。然后缓慢加入化合物2(0.066mL)。将反应搅拌过夜。然后通过LC-MS证实大约50%转化为期望的产物。用NaHCO3(10mL)淬灭反应混合物。用EtOAc(3×15mL)萃取产物,然后用水(3×10mL)洗涤。合并的有机相经Na2SO4干燥,过滤并浓缩。通过纯化残余物,使用硅胶作为固定相,使用己烷:EtOA的梯度(0-30%),其中产物在19% B下洗脱。将产物真空浓缩以提供澄清的无色油。产率:0.0354g(23.8%)。LC-MS:计算值[M+H]+323.19m/z,观察值323.10m/z。
在正常大气下,在室温下,向化合物1(0.0354g)在1:1THF/水中的溶液中加入LiOH(0.0079g)。在室温下搅拌反应,直到通过TLC观察到完全转化。1小时后,用6N HCl将反应混合物酸化至pH为~3。用EtOAc萃取产物,然后用20% CF3CH2OH/DCM(3×8mL)萃取产物。合并的有机相经Na2SO4干燥,过滤并浓缩,提供澄清的、无色油。产率:0.0625g(184%)。LC-MS:计算值[M+H]+309.17m/z,观察值309.42m/z。
在环境条件下,向化合物1(0.364g)和2(0.0936g)在DMF中的溶液中加入TBTU(0.206g),然后加入DIPEA(0.279mL)。将反应搅拌3小时。然后用NaHCO3(10mL)和盐水(15mL)淬灭反应混合物。用EtOAc(2×5mL)萃取产物,然后用20% CF3CH2OH/DCM(3×8mL)萃取产物,然后用水(5×8mL)和盐水(1×5mL)洗涤。合并的有机相经Na2SO4干燥,过滤并浓缩。通过CombiFlash纯化残余物,使用硅胶作为固定相,使用DCM:DCM中20% MeOH的梯度(0-25%),其中产物在5% B下洗脱以提供澄清的无色油。产率:0.243g(63.0%)。LC-MS:计算值[M+H]+724.35m/z,观察值724.66m/z。
在室温下,向化合物1(0.244g)在DCM中的溶液中加入TFA(0.774mL)。将反应在环境条件下搅拌。1小时后,经由LC-MS证实完全转化。将反应混合物真空浓缩。不需要分离。浓缩提供黄色油。产率:0.281g(113%)。LC-MS:计算值[M+H]+624.30m/z,观察值624.56m/z。
在环境条件下,向化合物1(0.115g)和2(0.0625g)在DMF中的溶液中加入TBTU(0.0601g),然后加入DIPEA(0.081mL)。将反应搅拌3小时,直到通过LC-MS观察到完全转化。然后用NaHCO3(8mL)淬灭反应混合物。用EtOAc(2×5mL)萃取产物,然后用20%CF3CH2OH/DCM(3×8mL)萃取产物,然后用水(3×8mL)和盐水(8mL)洗涤。合并的有机相经Na2SO4干燥,过滤并浓缩。通过纯化残余物,使用硅胶作为固定相,使用DCM:DCM中20% MeOH的梯度(0-30%),其中产物在20% B下洗脱。将产物真空浓缩以提供澄清的无色油。产率:0.0450g(31.6%)。LC-MS:计算值[M+H]+914.46m/z,观察值914.79m/z。/>
在正常大气下,在室温下,向化合物1(0.450g)在1:1THF/水中的溶液中加入LiOH(0.0035g)。在室温下搅拌反应,直到通过LC-MS观察到完全转化。2小时后,用6N HCl将反应混合物酸化至pH为~3。用EtOAc萃取产物,然后用20% CF3CH2OH/DCM(3×8mL)萃取产物。合并的有机相经Na2SO4干燥,过滤并浓缩,提供澄清的无色油。产率:0.0425g(95.9%)。LC-MS:计算值[M+H]+900.44m/z,观察值900.74m/z。
在室温下,向化合物1(0.0425g)在DCM中的溶液中加入TFA(0.108mL)。将反应在环境条件下搅拌过夜,直到通过LC-MS观察到完全转化。将反应混合物与PhMe共沸并真空浓缩以提供浅黄色油。产率:0.0468g(108%)。LC-MS:计算值[M+H]+800.39m/z,观察值800.73m/z。
化合物57p的合成,(S)-3-(4-(4-((14-叠氮基-3,6,9,12-四氧杂十四烷基)氧基)萘-1-基)苯基)-3-(2-(5-((6-甲氧基吡啶-2-基)氨基)戊酰氨基)乙酰氨基)丙酸
在环境条件下,向化合物1(0.1035g)在DMF中的溶液中加入Cs2CO3(0.226g)。然后缓慢加入化合物2(0.066mL)。将反应搅拌过夜。然后通过LC-MS证实大约50%转化为期望的产物。用NaHCO3(10mL)淬灭反应混合物。用EtOAc(3×15mL)萃取产物,然后用水(3×10mL)洗涤。合并的有机相经Na2SO4干燥,过滤并浓缩。通过纯化残余物,使用硅胶作为固定相,使用己烷:EtOA的梯度(0-15%),其中产物在6% B下洗脱。将产物真空浓缩以提供澄清的无色油。产率:0.0438g(28.0%)。LC-MS:计算值[M+H]+339.18m/z,观察值339.48m/z。/>
在正常大气下,在室温下,向化合物1(0.0438g)在1:1THF/水中的溶液中加入LiOH(0.0093g)。在室温下搅拌反应,直到通过TLC观察到完全转化。1小时后,用6N HCl将反应混合物酸化至pH为~3。用EtOAc萃取产物,然后用20% CF3CH2OH/DCM(3×8mL)萃取产物。合并的有机相经Na2SO4干燥,过滤并浓缩,提供澄清的、无色油。产率:0.0485g(115%)。LC-MS:计算值[M+H]+325.17m/z,观察值325.35m/z。
在室温下,向化合物1(0.244g)在DCM中的溶液中加入TFA(0.774mL)。将反应在环境条件下搅拌。1小时后,经由LC-MS证实完全转化。将反应混合物真空浓缩。不需要分离。浓缩提供黄色油。产率:0.281g(113%)。LC-MS:计算值[M+H]+624.30m/z,观察值624.56m/z。
在环境条件下,向化合物1(0.0850g)和2(0.0486g)在DMF中的溶液中加入TBTU(0.0444g),然后加入DIPEA(0.060mL)。将反应搅拌3小时,直到通过LC-MS观察到完全转化。然后用NaHCO3(8mL)淬灭反应混合物。用EtOAc(2×5mL)萃取产物,然后用20%CF3CH2OH/DCM(3×8mL)萃取产物,然后用水(3×8mL)和盐水(8mL)洗涤。合并的有机相经Na2SO4干燥,过滤并浓缩。通过纯化残余物,使用硅胶作为固定相,使用DCM:DCM中20% MeOH的梯度(0-30%),其中产物在17% B下洗脱。将产物真空浓缩以提供澄清的无色油。产率:0.0518g(48.3%)。LC-MS:计算值[M+H]+930.45m/z,观察值930.90m/z。/>
在正常大气下,在室温下,向化合物1(0.0518g)在1:1THF/水中的溶液中加入LiOH(0.0040g)。在室温下搅拌反应,直到通过LC-MS观察到完全转化。2小时后,用6N HCl将反应混合物酸化至pH为~3。用EtOAc萃取产物,然后用20% CF3CH2OH/DCM(3×8mL)萃取产物。合并的有机相经Na2SO4干燥,过滤并浓缩,提供澄清的无色油。产率:0.0493g(96.6%)。LC-MS:计算值[M+H]+916.44m/z,观察值916.95m/z。
在室温下,向化合物1(0.0493g)在DCM中的溶液中加入TFA(0.124mL)。将反应在环境条件下搅拌过夜,直到通过LC-MS观察到完全转化。将反应混合物与PhMe共沸并真空浓缩以提供浅黄色油。产率:0.0531g(产率:106%)。LC-MS:计算值[M+H]+816.39m/z,观察值816.66m/z。
化合物58p的合成,(S)-3-(4-(4-((14-叠氮基-3,6,9,12-四氧杂十四烷基)氧基)萘-1-基)苯基)-3-(2-(5-((4-氯吡啶-2-基)氨基)戊酰氨基)乙酰氨基)丙酸
在室温下,向化合物1(0.244g)在DCM中的溶液中加入TFA(1.15g)。将反应在环境条件下搅拌。1小时后,经由LC-MS证实完全转化。将反应混合物真空浓缩。不需要分离。浓缩提供黄色油。产率:0.281g(113%)。LC-MS:计算值[M+H]+624.30m/z,观察值624.56m/z。
在室温下,向化合物1(0.300g)在DMF中的溶液中加入Cs2CO3(0.512g)。然后缓慢逐滴加入化合物2(0.269g)。将反应搅拌过夜。然后通过LC-MS证实大约完全转化为期望的产物。用NaHCO3(10mL)淬灭反应混合物。用EtOAc(3×8mL)萃取产物,然后用水(3×8mL)和盐水(8mL)洗涤。合并的有机相经Na2SO4干燥,过滤并浓缩。通过纯化残余物,使用硅胶作为固定相,使用己烷:EtOA的梯度(0-60%),其中产物在7.5% B下洗脱。将产物真空浓缩以提供澄清且无色的油。产率:0.311g(69.2%)。LC-MS:计算值[M+H]+343.13m/z,观察值343.08m/z。
在正常大气下,在室温下,向化合物1(0.311g)在1:1THF/水中的溶液中加入LiOH(0.0652g)。在室温下搅拌反应,直到通过LC-MS观察到完全转化。1小时后,用6N HCl将反应混合物酸化至pH为~3。用EtOAc萃取产物(3×8mL)。合并的有机相经Na2SO4干燥,过滤并浓缩,提供澄清、无色的油。产率:0.311g(104%)。LC-MS:计算值[M+H]+329.12m/z,观察值329.31m/z。
在环境条件下,向化合物1(0.0700g)和2(0.0328g)在EtOAc中的溶液中加入TBTU(0.0366g),然后加入DIPEA(0.066mL)。将反应搅拌1小时,直到通过LC-MS观察到完全转化。然后用NaHCO3(8mL)淬灭反应混合物。用EtOAc(3×5mL)和20% CF3CH2OH/DCM(3×5mL)萃取产物,然后用水(3×5mL)和盐水(5mL)洗涤。合并的有机相经Na2SO4干燥,过滤并浓缩。通过纯化残余物,使用硅胶作为固定相,使用DCM:DCM中20% MeOH的梯度(0-100%),其中产物在21% B下洗脱。将产物真空浓缩以提供澄清的无色油。产率:0.0790g(89.1%)。LC-MS:计算值[M+H]+934.40m/z,观察值935.13m/z。/>
在正常大气下,在室温下,向化合物1(0.0790g)在1:1THF/水中的溶液中加入LiOH(0.0061g)。在室温下搅拌反应,直到通过LC-MS观察到完全转化。1小时后,用6N HCl将反应混合物酸化至pH为~3-4。用20% CF3CH2OH/DCM(3×8mL)萃取产物。合并的有机相经Na2SO4干燥,过滤并浓缩,提供澄清且无色的油。产率:0.0776g(99.7%)。LC-MS:计算值[M+H]+920.39m/z,观察值921.00m/z。
在室温(1:30pm)下,向化合物1(0.0776g)在DCM中的溶液中加入TFA。将反应在环境条件下搅拌。将反应搅拌过夜,直到经由LC-MS证实完全转化。将反应混合物与PhMe共沸并真空浓缩。不需要分离。浓缩提供黄色油。产率:0.0590g(74.9%)。LC-MS:计算值[M+H]+820.34m/z,观察值820.99m/z。
化合物59p的合成,(S)-3-(4-(4-((14-叠氮基-3,6,9,12-四氧杂十四烷基)氧基)萘-1-基)苯基)-3-(2-(5-((4-氟吡啶-2-基)氨基)戊酰氨基)乙酰氨基)丙酸
在正常大气下,在室温下,向化合物1(0.121g)在1:1THF/水中的溶液中加入LiOH(0.0095g)。在室温下搅拌反应,直到通过LC-MS观察到完全转化。1小时后,用6N HCl将反应混合物酸化至pH为~3-4。用20% CF3CH2OH/DCM(3×8mL)萃取产物。合并的有机相经Na2SO4干燥,过滤并浓缩,提供白色膏状固体。产率:0.0868g(72.8%)。LC-MS:计算值[M+H]+904.42m/z,观察值905.07m/z。
在室温下,向化合物1(0.868g)在DCM中的溶液中加入TFA(0.220mL)。将反应在环境条件下搅拌。将反应搅拌过夜,直到经由LC-MS证实完全转化。将反应混合物与PhMe共沸并真空浓缩。不需要分离。浓缩提供黄色油。产率:0.0380g(43.1%)。LC-MS:计算值[M+H]+804.37m/z,观察值804.78m/z。
化合物60p的合成,(S)-3-(4-(4-((14-叠氮基-3,6,9,12-四氧杂十四烷基)氧基)萘-1-基)苯基)-3-(2-(5-(吡啶-2-基氨基)戊酰氨基)乙酰氨基)丙酸
在室温下,向化合物1(211mg,1.086mmol,1.0当量)和碳酸铯(530mg,1.629mmol,1.5当量)在无水DMF(2mL)中的溶液中加入化合物2(0.187mL,1.303mmol,1.2当量)。将反应在室温下保持72小时。用水(5mL)淬灭反应。用乙酸乙酯(3×5mL)萃取水相。合并有机相,经Na2SO4干燥,并浓缩。通过纯化产物,并用己烷中10-15%的乙酸乙酯洗脱。LC-MS:计算值[M+H]+309.17,实测309.42。
在室温下,向化合物1(348mg,1.128mmol,1.0当量)在THF(5mL)和水(5mL)中的溶液中加入氢氧化锂(81mg,3.385mmol,3.0当量)。将反应在室温下保持1小时。用HCl溶液淬灭反应并将pH调节至3.0。用乙酸乙酯(3×10mL)萃取水相。合并有机相,经Na2SO4干燥,并浓缩。产物无需进一步纯化而直接使用。LC-MS:计算值[M+H]+295.16,实测295.38。
在室温下,向化合物1(44mg,0.149mmol,1.0当量)、化合物2(108mg,0.164mmol,1.1当量)和二异丙基乙胺(0.078mL,0.448mmol,3.0当量)在无水DMF(1mL)中的溶液中加入TBTU(57mg,0.179mmol,1.2当量)。将反应在室温下保持2小时。用饱和NaHCO3(5mL)淬灭反应,并用乙酸乙酯(3×5mL)萃取水相。合并有机相,经Na2SO4干燥,并浓缩。通过纯化产物,并用二氯甲烷中3-5%的甲醇洗脱。LC-MS:计算值[M+H]+900.44,实测901.19。
在室温下,向化合物1(110mg,0.122mmol,1.0当量)在THF(3mL)和水(3mL)中的溶液中加入氢氧化锂(9mg,0.366mmol,3.0当量)。将反应在室温下保持3小时。用HCl溶液淬灭反应并将pH调节至3.0。用乙酸乙酯(3×5mL)萃取水相。合并有机相,经Na2SO4干燥,并浓缩。产物无需进一步纯化而直接使用。LC-MS:计算值[M+H]+886.43,实测886.97。
在室温下,向化合物1(108mg,0.121mmol,1.0当量)在二氯甲烷(2mL)中的溶液中加入三氟乙酸(2mL)。将反应在室温下保持2小时。去除溶剂。产物无需进一步纯化而直接使用。LC-MS:计算值[M+H]+786.37,实测787.05。
实施例2.RNAi剂的合成和缀合反应
αvβ6整联蛋白配体可以与一种或多种可用于抑制一种或多种靶基因的表达的RNAi剂缀合。αvβ6整联蛋白配体促进将RNAi剂送递至靶细胞和/或组织。上文的实施例1描述了本文公开的某些αvβ6整联蛋白配体的合成。下面描述在本文阐述的非限制性实施例中说明的某些αvβ6整联蛋白配体-RNAi剂缀合物的合成的一般程序。
A.RNAi剂的合成。RNAi剂可以使用本领域通常已知的方法合成。对于在本文阐述的实施例中说明的RNAi剂的合成,根据亚磷酰胺(phosphoramidite)技术在寡核苷酸合成中所用的固相上合成RNAi剂的有义链和反义链。根据规模,使用(Bioautomation)、/>(Bioautomation)或OP Pilot 100(GE Healthcare)。合成在由可控孔度玻璃(CPG,/>或/>得自Prime Synthesis,Aston,PA,USA)制成的固体载体上进行。所有RNA和2′-修饰的RNA亚磷酰胺购自Thermo Fisher Scientific(Milwaukee,WI,USA)。具体地,使用以下2′-O-甲基亚磷酰胺:(5’-O-二甲氧基三苯甲基-N6-(苯甲酰基)-2′-O-甲基-腺苷-3’-O-(2-氰基乙基-N,N-二异丙基氨基)亚磷酰胺、5’-O-二甲氧基-三苯甲基-N4-(乙酰基)-2′-O-甲基-胞苷-3’-O-(2-氰基乙基-N,N-二异丙基-氨基)亚磷酰胺、(5’-O-二甲氧基三苯甲基-N2-(异丁酰基)-2′-O-甲基-鸟苷-3’-O-(2-氰基乙基-N,N-二异丙基氨基)亚磷酰胺和5’-O-二甲氧基三苯甲基-2′-O-甲基-尿苷-3’-O-(2-氰基乙基-N,N-二异丙基氨基)亚磷酰胺。2′-脱氧-2′-氟-亚磷酰胺携带与2’-O-甲基RNA亚酰胺(amidite)相同的保护基。5’-二甲氧基三苯甲基-2′-O-甲基-肌苷-3’-O-(2-氰基乙基-N,N-二异丙基氨基)亚磷酰胺购自Glen Research(Virginia)。反向无碱基(3’-O-二甲氧基三苯甲基-2′-脱氧核糖-5’-O-(2-氰基乙基-N,N-二异丙基氨基)亚磷酰胺购自ChemGenes(Wilmington,MA,USA)。使用以下UNA亚磷酰胺:5’-(4,4'-二甲氧基三苯甲基)-N6-(苯甲酰基)-2′,3’-断-腺苷、2′-苯甲酰基-3’-[(2-氰基乙基)-(N,N-二异丙基)]-亚磷酰胺、5’-(4,4'-二甲氧基三苯甲基)-N-乙酰基-2′,3’-断-胞嘧啶、2′-苯甲酰基-3’-[(2-氰基乙基)-(N,N-二异丙基)]-亚磷酰胺、5’-(4,4'-二甲氧基三苯甲基)-N-异丁酰基-2′,3’-断-鸟苷、2′-苯甲酰基-3’-[(2-氰基乙基)-(N,N-二异丙基)]-亚磷酰胺、和5’-(4,4'-二甲氧基-三苯甲基)-2′,3’-断-尿苷、2′-苯甲酰基-3’-[(2-氰基乙基)-(N,N-二异丙基)]-亚磷酰胺。TFA氨基连接亚磷酰胺也是商业购买的(ThermoFisher)。
在一些实例中,通过将组分连接至包括三炔基团的支架,本文公开的αvβ6整联蛋白配体与RNAi剂缀合。在一些实例中,通过使用含三炔的亚磷酰胺添加三炔基团,所述亚磷酰胺可以在RNAi剂的有义链的5’末端添加。当与本文某些实施例中提供的RNAi剂结合使用时,将含三炔的亚磷酰胺溶解于无水二氯甲烷或无水乙腈(50mM)中,同时将所有其它亚磷酰胺溶解于无水乙腈(50mM)中,并加入分子筛 5-苄硫基-1H-四唑(BTT,250mM,在乙腈中)或5-乙硫基-1H-四唑(ETT,250mM,在乙腈中)用作活化剂溶液。偶联时间为10分钟(RNA)、90秒(2’O-Me)和60秒(2’F)。为了引入硫代磷酸酯键,采用3-苯基1,2,4-二噻唑啉-5-酮(POS,得自PolyOrg,Inc,Leomister,MA,USA)在无水乙腈中的100mM溶液。
或者,当αvβ6整联蛋白配体经由三炔支架与RNAi剂缀合时,代替使用亚磷酰胺方法,可以合成后引入含三炔的化合物(例如参见下文的E部分)。当与本文阐述的某些实施例中提供的RNAi剂结合使用时,当将三炔基团合成后附着至有义链的5’端时,用在5’端包括伯胺的核苷酸官能化有义链的5’末端核苷酸,以促进与含三炔的支架的附着。将TFA氨基连接亚磷酰胺溶解于无水乙腈(50mM)中,并加入分子筛5-苄硫基-1H-四唑(BTT,250mM,在乙腈中)或5-乙硫基-1H-四唑(ETT,250mM,在乙腈中)用作活化剂溶液。偶联时间为10分钟(RNA)、90秒(2’O-Me)和60秒(2’F)。为了引入硫代磷酸酯键,采用3-苯基1,2,4-二噻唑啉-5-酮(POS,得自PolyOrg,Inc,Leomister,MA,USA)在无水乙腈中的100mM溶液。
B.裂解和脱保护与载体结合的低聚物。在固相合成完成后,将干燥的固体载体用1:1体积的40重量%甲胺的水溶液和28%至31%的氢氧化铵溶液(Aldrich)在30℃下处理1.5小时。蒸发溶液并将固体残余物在水中重构(见下文)。
C.纯化。使用TSKgel SuperQ-5PW 13μm柱和Shimadzu LC-8系统,通过阴离子交换HPLC纯化粗品低聚物。缓冲液A是20mM Tris、5mM EDTA,pH 9.0,并且含有20%乙腈,并且缓冲液B与缓冲液A相同,加入1.5M氯化钠。记录260nm处的UV痕迹。合并合适的级分,然后使用填充有Sephadex G-25fine的GE Healthcare XK 16/40柱在尺寸排阻HPLC上运行,运行缓冲液为100mM碳酸氢铵,pH 6.7和20%乙腈或过滤水。
D.退火。通过将等摩尔RNA溶液(有义和反义)在1×PBS(磷酸盐缓冲盐水,1×,Corning,Cellgro)中组合,混合互补链,以形成RNAi剂。将一些RNAi剂冻干并储存在-15℃至-25℃。通过在UV-Vis分光光度计上在1×PBS中测量溶液吸光度来确定双链体浓度。然后将260nm处的溶液吸光度乘以转换因子和稀释因子以确定双链体浓度。所使用的转换因子为0.037mg/(mL·cm),或者对于一些实验,由实验确定的消光系数来计算转换因子。
E.触发剂-配体接头的缀合。对于以下实施例4-7中的每一个,使用具有下式的DBCO接头:
来缀合本文所述的αvβ6配体。酰胺化反应用于在有义链的5’末端处连接游离胺,而铜点击反应用于缀合式40p-60p的相应的含叠氮化物的配体。用于铜点击反应的实施例条件在以下实施例2G中提供。
为了使活化的酯(例如DBCO接头)与RNAi剂的5’胺或3’胺官能化的有义链缀合,首先将合成和退火的RNAi剂以25mg/mL溶解于DMSO和10%水(v/v%)中。然后将50-100当量的TEA和3当量的活化的酯接头加入到混合物中。使溶液反应1-2小时,同时通过RP-HPLC-MS监测(流动相A 100mM HFIP,14mM TEA;流动相B:乙腈,在XBridge C18柱上,Waters Corp.)。
然后通过加入12mL乙腈和0.4mL PBS,并将固体离心至沉淀物,将产物沉淀。然后将沉淀物再溶解于0.4mL 1XPBS和12mL乙腈中。将所得沉淀物在高真空下干燥1小时。
F.αvβ6整联蛋白配体的缀合。
i.炔丙基接头。在退火之前或之后,将5’或3’三齿炔官能化的有义链与αvβ6整联蛋白配体缀合。以下实施例描述αvβ6整联蛋白配体与退火的双链体的缀合:在去离子水中制备0.5M三(3-羟丙基三唑基甲基)胺(THPTA)、0.5M五水合硫酸Cu(II)(Cu(II)SO4·5H2O)和2M抗坏血酸钠溶液的储备溶液。制备αvβ6整联蛋白配体在DMSO中的75mg/mL溶液。在含有三炔官能化的双链体(3mg,75μL,40mg/mL,在去离子水中,~15,000g/mol)的1.5mL离心管中,加入25μL 1M Hepes pH 8.5缓冲液。涡旋后,加入35μL DMSO,并将溶液涡旋。将αvβ6整联蛋白配体加入到反应中(6当量/双链体,2当量/炔,~15μL),并将溶液涡旋。使用pH试纸检查pH并证实为pH~8。在单独的1.5mL离心管中,将50μL 0.5M THPTA与10uL 0.5M Cu(II)SO4·5H2O混合,涡旋,并在室温下孵育5分钟。5分钟后,将THPTA/Cu溶液(7.2μL,6当量5:1THPTA:Cu)加入到反应小瓶中,并涡旋。之后立即将2M抗坏血酸盐(5μL,50当量/双链体,16.7/炔)加入到反应小瓶中,并涡旋。一旦反应完成(通常在0.5-1小时内完成),立即通过非变性阴离子交换色谱纯化反应物。
ii.DBCO接头。将沉淀物以50mg/mL溶解于50/50DMSO/水中。然后加入1.5当量配体/DBCO接头。将反应进行30-60分钟。通过RP-HPLC-MS监测反应(流动相A 100mM HFIP,14mM TEA;流动相B:乙腈,在XBridge C18柱上,Waters Corp.)。通过加入12mL乙腈、0.4mLPBS,并将固体离心至沉淀物,将产物沉淀。将沉淀物再溶解于0.4mL 1XPBS中,然后加入12mL乙腈。将沉淀物在高真空下干燥。
G.PK/PD调节剂
在以下一些实施例中,除了αvβ6整联蛋白受体靶向配体,还将药代动力学和/或药效学(PK/PD)调节剂与RNAi剂附着。在进一步的实施例中使用的实例PK/PD调节剂示于下表中(当指示时,PK/PD调节剂购自商业供应商):
/>
/>
/>
/>
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PEG95+C22的合成
在室温下,向化合物1(60mg,0.0419mmol,1.0当量)、化合物2(52mg,0.0419mmol,1.0当量)和二异丙基乙胺(0.022mL,0.125mmol,3.0当量)在无水DMF(3mL)中的溶液中加入TBTU(16mg,0.0503mmol,1.2当量)。将反应在室温下保持2小时。浓缩反应混合物。通过纯化产物,并用二氯甲烷中6-8%的甲醇洗脱。LC-MS:计算值[M+4H]+/4656.66,实测656.17。产率:0.063g(57.3%)。
在室温下,向化合物1(60mg,0.0229mmol,1.0当量)在无水1,4-二氧杂环己烷(0.5mL)中的溶液中加入HCl的二氧杂环己烷溶液(0.286mL,1.143mmol,50当量)。将反应在室温下保持30分钟,并将溶剂浓缩。产物无需进一步纯化而直接使用。LC-MS:计算值[M+3H]+/3 841.88,实测841.48,计算值[M+4H]+/4 631.66,实测632.41。
在室温下,向化合物1(55mg,0.0214mmol,1.0当量)和化合物2(54.7mg,0.0214mmol,1.0当量)在无水DMF(2mL)中的溶液中加入三乙胺(0.009mL,0.0641mmol,3.0当量)。将反应在室温下保持2小时,并将溶剂浓缩。通过CombiFlash分离产物,并用二氯甲烷中的15-20%甲醇洗脱。LC-MS:计算值[M+5H]+/5 986.80,实测987.19,计算值[M+6H]+/6822.50,实测822.64。
H.PK/PD调节剂的缀合。在退火之前或之后以及在一个或多个靶向配体缀合之前或之后,一种或多种PK增强剂可以与RNAi剂连接。以下描述用于将PK增强剂与在本文描述的实施例中阐述的构建体连接的一般缀合方法。以下描述用于将马来酰亚胺-官能化的PK增强剂与RNAi的(C6-SS-C6)或(6-SS-6)官能化的有义链连接的一般方法,通过采用二硫苏糖醇的二硫化物还原反应,接着硫醇-迈克尔加成相应的PK增强剂:在小瓶中将官能化的有义链以75mg/mL溶解于0.1MHepes pH 8.5缓冲液中,并加入25当量的二硫苏糖醇。一旦反应完成(通常在0.5-1小时内完成),在1x磷酸盐缓冲盐水/乙腈(1:40比率)的溶剂系统中沉淀缀合物三次,并干燥。然后制备马来酰亚胺官能化的PK增强剂在DMSO中的75mg/mL溶液。将二硫化物还原的(即,3’C6-SH、5’HS-C6或3’6-SH官能化的)有义链以100mg/mL溶解于去离子水中,并加入3当量的马来酰亚胺-官能化的PK增强剂。一旦反应完成(通常在1小时-3小时内完成),在1x磷酸盐缓冲盐水/乙腈(1:40比率)的溶剂系统中沉淀缀合物,并干燥。
I.αvβ6肽1的合成
如上所述,以4.1mmol规模,利用Fmoc-Peg5-CO2H预装载的2-Cl-Trt树脂(0.79mmol/g),通过在CS Bio肽合成仪上使用通用Fmoc肽化学获得的Arg-Gly-Asp(tBu)-Leu-Ala-Abu-Leu-Cit-Aib-Leu-Peg5-CO2-2-Cl-Trt树脂1的修饰,制备肽1。从树脂裂解后,肽6-2转化为四氟苯基酯6-3,并且粗产物无需纯化而用于下一步。
通过用脱保护混合物TFA/TIS/H2O=90:5:5(80mL)将粗品肽6-3处理1.5小时进行最终的脱保护。将反应混合物逐滴加入到甲基叔丁基醚(700mL)中,并通过离心收集所得沉淀物。沉淀物用另外的甲基叔丁基醚(500mL)洗涤。通过RP-HPLC(Phenomenex GeminiC18250×50mm,10微米,60mL/min,30-45% ACN/含有0.1% TFA的水的梯度,每次运行大约1克粗品)纯化残余物,得到4.25g纯的肽6-4。
J.αvβ6肽1的缀合
以下程序可以用于使活化的酯-官能化的靶向配体(例如αvβ6肽1)与包含胺(例如C6-NH2、NH2-C6或(NH2-C6)s,如上表A所示)的胺官能化的RNAi剂缀合。
将退火的、冻干的RNAi剂以25mg/mL溶解于DMSO和10%水(v/v%)中。然后将50-100当量TEA和3当量的活化的酯靶向配体加入到混合物中。将反应搅拌1-2小时,同时通过RP-HPLC-MS监测(流动相A:100mM HFIP,14mM TEA;流动相B:乙腈;柱:XBridge C18)。反应完成后,加入12mL乙腈,接着加入0.4mL PBS,然后将混合物离心。收集固体沉淀物,并溶解于0.4mL 1xPBS中,然后加入12mL乙腈。收集所得沉淀物,并在高真空下干燥1小时。
实施例3.在小鼠中体内静脉内施用靶向与αvβ6整联蛋白配体缀合的肌生长抑制素的RNAi剂。
根据本领域已知的和在寡核苷酸合成中常用的一般程序,根据亚磷酰胺技术,在固相上合成包括有义链和反义链的RNAi剂,如在本文实施例2中阐述的。RNAi剂包括具有与肌生长抑制素基因至少部分互补的核碱基序列的反义链。肌生长抑制素RNAi剂设计为能够以序列特异性方式降解或抑制肌生长抑制素的信使RNA(mRNA)转录物的翻译,从而抑制肌生长抑制素基因的表达。在该实施例中使用的RNAi剂(AD06326)由修饰的核苷酸和多于一个非磷酸二酯键组成,并且包括以下核苷酸序列:
有义链序列(5’→3’):
(NH2-C6)s(invAb)sggccaugaUfCfUfugcuguaacas(invAb)(C6-SS-C6)dT(SEQ IDNO:1)
反义链序列(5’→3’)
usGfsusUfaCfagcaaGfaUfcAfuGfgCfsc(SEQ ID NO:2),
其中(invAb)表示反向(3’-3’连接的)无碱基脱氧核糖核苷酸;s表示硫代磷酸酯键;a、c、g和u分别表示2’-O-甲基腺苷、胞苷、鸟苷和尿苷;Af、Cf、Gf和Uf分别表示2′-氟腺苷、胞苷、鸟苷和尿苷;(C6-SS-C6)表示直链己基二硫醇(参见表A),并且(NH2-C6)表示C6末端胺,以促进期望的靶向配体缀合(例如参见表A)。
如本领域普通技术人员清楚地理解的,核苷酸单体通过标准磷酸二酯键连接,除了包括硫代磷酸酯键(如本文公开的修饰的核苷酸序列所示)代替通常在寡核苷酸中存在的磷酸二酯键。
在以下实施例中,各种RNAi剂用作货物分子以测试货物分子经由αvβ6整联蛋白递送至目的细胞。
在研究第1天,按照以下给药组,雌性C57BL6小鼠经由静脉内(“IV”)施用200微升而给药:
表1.实施例3中的小鼠的给药组。
合成RNAi剂,其具有针对靶向肌生长抑制素基因的核苷酸序列,并且在有义链的5’末端包括官能化的胺反应性基团(NH2-C6),以促进与DBCO接头的缀合。还合成RNAi剂,其在3’末端具有(C6-SS-C6)dT,其用于缀合40K PEG(2x2臂)PK/PD调节剂。然后相应的αvβ6整联蛋白配体经由DBCO点击反应与RNAi剂缀合,如在以上实施例2G.ii.中所述。对于实施例4的RNAi剂-αvβ6整联蛋白配体缀合物,对于组2-10中的每一个,RNAi剂以及接头结构是一致的。因此,组2-10的唯一变量是使用的特定αvβ6整联蛋白配体。
在每组中对四只小鼠给药(n=4)。在药物施用前,在第1、8、15和22天对小鼠放血,并分离血清。对血清样品进行ELISA测定,以确定血清中小鼠肌生长抑制素的量。血清样品中的平均肌生长抑制素示于下表2中。
表2.在实施例3中,在第8、15和22天的平均相对肌生长抑制素mRNA表达。
如上表2所示,与对照相比,许多肌生长抑制素RNAi剂显示小鼠中mRNA表达降低。
实施例4.在小鼠中体内静脉内施用靶向与αvβ6整联蛋白配体缀合的肌生长抑制素的RNAi剂。
在研究第1天,按照以下给药组,雌性C57BL6小鼠经由静脉内(“IV”)施用200微升而给药:
表3.实施例4中的小鼠的给药组。
合成RNAi剂,其具有针对靶向肌生长抑制素基因的核苷酸序列,并且在有义链的5’末端包括官能化的胺反应性基团(NH2-C6),以促进与DBCO接头的缀合。还合成RNAi剂,其在3’末端具有(C6-SS-C6)dT,其用于缀合40K PEG(XY-4臂)PK/PD调节剂。然后相应的αvβ6整联蛋白配体经由铜点击反应与RNAi剂缀合,如在实施例2G中所述。对于实施例4的RNAi剂-αvβ6整联蛋白配体缀合物,对于组2-10中的每一个,RNAi剂以及接头结构是一致的。因此,组2-10的唯一变量是使用的特定αvβ6整联蛋白配体。
在每组中对四只小鼠给药(n=4)。在药物施用前,在第1、8、15和22天对小鼠放血,并分离血清。对血清样品进行ELISA测定,以确定血清中小鼠肌生长抑制素的量。血清样品中的平均肌生长抑制素示于下表6中。
表4.在实施例4中,在第8、15和22天的平均相对肌生长抑制素mRNA表达。
如上表4所示,与对照相比,许多肌生长抑制素RNAi剂显示小鼠中mRNA表达降低。
实施例5.在小鼠中体内静脉内施用靶向与αvβ6整联蛋白配体缀合的肌生长抑制素的RNAi剂。
在研究第1天,按照以下给药组,雌性C57BL6小鼠经由静脉内(“IV”)施用200微升而给药:
表5.实施例5中的小鼠的给药组。
组3中使用的化合物6.1的结构为:
其使用如本文所述的类似方法与RNAi剂缀合。
合成RNAi剂,其具有针对靶向肌生长抑制素基因的核苷酸序列,并且在有义链的5’末端包括官能化的胺反应性基团(NH2-C6),以促进与DBCO接头的缀合。还合成RNAi剂,其在3’末端具有(C6-SS-C6)dT,其用于缀合40K PEG(4-臂)PK/PD调节剂或PEG95+C22 PK/PD调节剂。然后相应的αvβ6整联蛋白配体经由铜点击反应与RNAi剂缀合,如在实施例2G中所述。
在每组中对四只小鼠给药(n=4)。在药物施用前,在第1、8、15和22天对小鼠放血,并分离血清。对血清样品进行ELISA测定,以确定血清中小鼠肌生长抑制素的量。血清样品中的平均肌生长抑制素示于下表6中。
表6.在实施例5中,在第8、15和22天的平均相对肌生长抑制素mRNA表达。
如上表6所示,与对照相比,许多肌生长抑制素RNAi剂显示小鼠中mRNA表达降低。
实施例6.在小鼠中体内静脉内施用靶向与αvβ6整联蛋白配体缀合的肌生长抑制素的RNAi剂。
在研究第1天,按照以下给药组,雌性C57BL6小鼠经由静脉内(“IV”)施用200微升而给药:
表7.实施例6中的小鼠的给药组。
合成RNAi剂,其具有针对靶向肌生长抑制素基因的核苷酸序列,并且在有义链的5’末端包括官能化的胺反应性基团(NH2-C6),以促进与DBCO接头的缀合。还合成RNAi剂,其在3’末端具有(C6-SS-C6)dT,其用于缀合40K PEG(4-臂)PK/PD调节剂。然后相应的αvβ6整联蛋白配体经由铜点击反应与RNAi剂缀合,如在实施例2G中所述。对于实施例4的RNAi剂-αvβ6整联蛋白配体缀合物,对于组2和6-10中的每一个,RNAi剂以及接头结构是一致的。
在每组中对四只小鼠给药(n=4)。在药物施用前,在第1、8、15和22天对小鼠放血,并分离血清。对血清样品进行ELISA测定,以确定血清中小鼠肌生长抑制素的量。血清样品中的平均肌生长抑制素示于下表8中。
表8.在实施例6中,在第8、15和22天的平均相对肌生长抑制素mRNA表达。
如上表8所示,与对照相比,许多肌生长抑制素RNAi剂显示小鼠中mRNA表达降低。
其它实施方案
应当理解,尽管已经结合本发明的详细描述对本发明进行了描述,前面的描述旨在说明而不是限制本发明的范围,本发明的范围由所附权利要求的范围限定。其它方面、优点和修改在所附权利要求的范围内。
序列表
<110> 箭头药业股份有限公司
<120> 整联蛋白靶向配体及其用途
<130> 30695-WO
<150> 63/077,245
<151> 2020-09-11
<160> 2
<170> PatentIn版本3.5
<210> 1
<211> 21
<212> RNA
<213> 人工序列
<220>
<223> AD06326反义链
<220>
<221> 经修饰的_碱基
<222> (1)..(4)
<223> 硫代磷酸酯键合的核苷
<220>
<221> 经修饰的_碱基
<222> (1)..(1)
<223> 2'-O-甲基对应的核苷
<220>
<221> 经修饰的_碱基
<222> (2)..(2)
<223> 2'-氟对应的核苷
<220>
<221> 经修饰的_碱基
<222> (3)..(3)
<223> 2'-O-甲基对应的核苷
<220>
<221> 经修饰的_碱基
<222> (4)..(4)
<223> 2'-氟对应的核苷
<220>
<221> 经修饰的_碱基
<222> (5)..(5)
<223> 2'-O-甲基对应的核苷
<220>
<221> 经修饰的_碱基
<222> (6)..(6)
<223> 2'-氟对应的核苷
<220>
<221> 经修饰的_碱基
<222> (7)..(11)
<223> 2'-O-甲基对应的核苷
<220>
<221> 经修饰的_碱基
<222> (12)..(12)
<223> 2'-氟对应的核苷
<220>
<221> 经修饰的_碱基
<222> (13)..(13)
<223> 2'-O-甲基对应的核苷
<220>
<221> 经修饰的_碱基
<222> (14)..(14)
<223> 2'-氟对应的核苷
<220>
<221> 经修饰的_碱基
<222> (15)..(15)
<223> 2'-O-甲基对应的核苷
<220>
<221> 经修饰的_碱基
<222> (16)..(16)
<223> 2'-氟对应的核苷
<220>
<221> 经修饰的_碱基
<222> (17)..(17)
<223> 2'-O-甲基对应的核苷
<220>
<221> 经修饰的_碱基
<222> (18)..(18)
<223> 2'-氟对应的核苷
<220>
<221> 经修饰的_碱基
<222> (19)..(19)
<223> 2'-O-甲基对应的核苷
<220>
<221> 经修饰的_碱基
<222> (20)..(20)
<223> 硫代磷酸酯键合的核苷
<220>
<221> 经修饰的_碱基
<222> (20)..(20)
<223> 2'-氟对应的核苷
<220>
<221> 经修饰的_碱基
<222> (21)..(21)
<223> 2'-O-甲基对应的核苷
<400> 1
uguuacagca agaucauggc c 21
<210> 2
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> AD06326有义链
<220>
<221> 经修饰的_碱基
<222> (1)..(1)
<223> 反向无碱基脱氧核糖残基
<220>
<221> 经修饰的_碱基
<222> (1)..(1)
<223> 具有硫代磷酸酯键的5'端(NH2-C6)修饰
<220>
<221> 经修饰的_碱基
<222> (1)..(2)
<223> 硫代磷酸酯键合的核苷
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)..(1)
<223> n为a、c、g、t或u
<220>
<221> 经修饰的_碱基
<222> (2)..(9)
<223> 2'-O-甲基对应的核苷
<220>
<221> 经修饰的_碱基
<222> (10)..(12)
<223> 2'-氟对应的核苷
<220>
<221> 经修饰的_碱基
<222> (13)..(21)
<223> 2'-O-甲基对应的核苷
<220>
<221> 经修饰的_碱基
<222> (22)..(23)
<223> 硫代磷酸酯键合的核苷
<220>
<221> 经修饰的_碱基
<222> (23)..(23)
<223> 反向无碱基脱氧核糖残基
<220>
<221> 经修饰的_碱基
<222> (23)..(24)
<223> C6-SS-C6键合的核苷
<220>
<221> misc_feature
<222> (23)..(23)
<223> n为a、c、g、t或u
<220>
<221> 经修饰的_碱基
<222> (24)..(24)
<223> 2'-脱氧胸苷-3'-磷酸酯
<400> 2
nggccaugau cuugcuguaa cant 24

Claims (38)

1.式I的化合物:
或其药学上可接受的盐,其中
R1为任选取代的烷基、任选取代的烷氧基或其中R11和R12各自独立地为任选取代的烷基或货物分子,或者R1为货物分子;
R2为H、任选取代的烷基或货物分子;
R3为H或任选取代的烷基;
R4为H或任选取代的烷基;
R5为H或任选取代的烷基;
R6选自H、任选取代的烷基、任选取代的烷氧基、卤素、任选取代的氨基或货物分子;
Q为任选取代的芳基或任选取代的亚烷基;
X为O、CR8R9、NR8
其中R8选自H、任选取代的烷基,或者R8与Rx或Ry一起形成4-、5-、6-、7-、8-或9-元环,并且R9为H或任选取代的烷基;
Rx和Ry各自独立地为H、任选取代的烷基、货物分子,或者Rx和Ry可以与R10一起形成双键,其中R10为H、任选取代的烷基,或者R10可以与X和其所附着的原子一起形成4-、5-、6-、7-、8-或9-元环;
其中R1、R2、R6、R11、R12、Rx和Ry中的至少一个包含货物分子;和
其中当Q为任选取代的烷基并且Q表示的任选取代的烷基链的长度为3个碳时,则R1
2.权利要求1所述的化合物,其中所述化合物为式Ia的化合物:
其中R18选自H、任选取代的烷基、任选取代的烷氧基、卤素、-NR19R20,其中R19和R20各自独立地为H或任选取代的烷基。
3.权利要求1所述的化合物,其中所述化合物为式Ib的化合物:
4.权利要求1所述的化合物,其中所述化合物为式Ic的化合物:
5.权利要求1所述的化合物,其中所述化合物为式Id的化合物:
其中R18选自H、任选取代的烷基、任选取代的烷氧基、卤素、-NR19R20,其中R19和R20各自独立地为H或任选取代的烷基。
6.权利要求1-5中任一项所述的化合物,其中Q为其中R13选自H、OH、任选取代的烷基、任选取代的烷氧基、卤素和任选取代的氨基。
7.权利要求6所述的化合物,其中Q为
8.权利要求1-5中任一项所述的化合物,其中Q为其中R15和R16各自独立地为H、/>其中R17为任选取代的烷基或任选取代的烷基;和n为1-10的整数。
9.权利要求8所述的化合物,其中n为4。
10.权利要求8所述的化合物,其中Q为
11.权利要求8所述的化合物,其中Q为
12.权利要求10或权利要求11所述的化合物,其中n为4。
13.权利要求1-5中任一项所述的化合物,其中Q为C1-C10亚烷基。
14.权利要求1-5中任一项所述的化合物,其中Q为-(CH2)4-。
15.权利要求1-14中任一项所述的化合物,其中R1包含货物分子。
16.权利要求15所述的化合物,其中R1包含至少一个聚乙二醇(PEG)单元。
17.权利要求1-16中任一项所述的化合物,其中R2为H。
18.权利要求1-17中任一项所述的化合物,其中R6和R7均为H。
19.权利要求1-18中任一项所述的化合物,其中R3、R4和R5均为H。
20.权利要求1-19中任一项所述的化合物,其中R1包含1-10个之间的PEG单元。
21.权利要求20所述的化合物,其中R1包含5个PEG单元。
22.具有下式的化合物:
或其药学上可接受的盐,并且其中表示与货物分子的连接点。
23.具有下式的化合物:
/>
/>
/>
或其药学上可接受的盐,并且其中表示与货物分子的连接点。
24.权利要求1-22中任一项所述的化合物,其中所述货物分子包含RNAi剂。
25.权利要求23所述的化合物,其中所述RNAi剂是双链的。
26.权利要求24所述的化合物,其中所述化合物与所述RNAi剂的有义链的5’端结合。
27.式Ip的化合物:
或其药学上可接受的盐,其中
R1为任选取代的烷基、任选取代的烷氧基或其中R11和R12各自独立地为任选取代的烷基或连接部分,或者R1为连接部分;
R2为H、任选取代的烷基或部分;
R3为H或任选取代的烷基;
R4为H或任选取代的烷基;
R5为H或任选取代的烷基;
R6选自H、任选取代的烷基、任选取代的烷氧基、卤素、任选取代的氨基或连接部分;
Q为任选取代的芳基或任选取代的亚烷基;
X为O、CR8R9、NR8
其中R8选自H、任选取代的烷基,或者R8与Rx或Ry一起形成4-、5-、6-、7-、8-或9-元环,并且R9为H或任选取代的烷基;
Rx和Ry各自独立地为H、任选取代的烷基、货物分子,或者Rx和Ry可以与R10一起形成双键,其中R10为H、任选取代的烷基,或者R10可以与X和其所附着的原子一起形成4-、5-、6-、7-、8-或9-元环;
其中R1、R2、R6、R11、R12、Rx和Ry中的至少一个包含连接部分;和
其中当Q为任选取代的烷基并且Q表示的任选取代的烷基链的长度为3个碳时,则R1
28.权利要求27所述的化合物,其中所述连接部分包含选自以下的官能团:叠氮化物、酯、氨基甲酸酯、烯烃、醇、胺、酰胺、碳酸酯和炔。
29.权利要求27所述的化合物,其中所述连接部分包含叠氮化物。
30.具有下式的化合物:
/>
/>
/>
/>
/>
或其可接受的盐。
31.制备式I的化合物或其药学上可接受的盐的方法,其中
/>
R1为任选取代的烷基、任选取代的烷氧基或其中R11和R12各自独立地为任选取代的烷基或货物分子,或者R1为货物分子;
R2为H、任选取代的烷基或货物分子;
R3为H或任选取代的烷基;
R4为H或任选取代的烷基;
R5为H或任选取代的烷基;
R6选自H、任选取代的烷基、任选取代的烷氧基、卤素、任选取代的氨基或货物分子;
Q为任选取代的芳基或任选取代的亚烷基;
X为O、CR8R9、NR8
其中R8选自H、任选取代的烷基,或者R8与Rx或Ry一起形成4-、5-、6-、7-、8-或9-元环,并且R9为H或任选取代的烷基;
Rx和Ry各自独立地为H、任选取代的烷基、货物分子,或者Rx和Ry可以与R10一起形成双键,其中R10为H、任选取代的烷基,或者R10可以与X和其所附着的原子一起形成4-、5-、6-、7-、8-或9-元环;
其中R1、R2、R6、R11、R12、Rx和Ry中的至少一个包含货物分子;和
其中当Q为任选取代的烷基并且Q表示的任选取代的烷基链的长度为3个碳时,则R1
所述方法包括使式Ip的化合物或其药学上可接受的盐与包含反应性部分的货物分子反应,其中
R1为任选取代的烷基、任选取代的烷氧基或其中R11和R12各自独立地为任选取代的烷基或连接部分,或者R1为连接部分;
R2为H、任选取代的烷基或连接部分;
R3为H或任选取代的烷基;
R4为H或任选取代的烷基;
R5为H或任选取代的烷基;
R6选自H、任选取代的烷基、任选取代的烷氧基、卤素、任选取代的氨基或连接部分;
Q为任选取代的芳基或任选取代的亚烷基;
X为O、CR8R9、NR8
其中R8选自H、任选取代的烷基,或者R8与Rx或Ry一起形成4-、5-、6-、7-、8-或9-元环,并且R9为H或任选取代的烷基;
Rx和Ry各自独立地为H、任选取代的烷基、货物分子,或者Rx和Ry可以与R10一起形成双键,其中R10为H、任选取代的烷基,或者R10可以与X和其所附着的原子一起形成4-、5-、6-、7-、8-或9-元环;
其中R1、R2、R6、R11、R12、Rx和Ry中的至少一个包含连接部分;和
其中当Q为任选取代的烷基并且Q表示的任选取代的烷基链的长度为3个碳时,则R1
32.权利要求31所述的方法,其中所述货物分子为RNAi剂。
33.权利要求32所述的方法,其中所述连接部分包含叠氮化物并且所述反应性部分为炔。
34.组合物,其包含权利要求1-26中任一项所述的化合物。
35.权利要求34所述的组合物,其中所述货物分子为靶向位于骨骼肌细胞中的基因的RNAi剂。
36.权利要求35所述的组合物,其中所述RNAi剂与肌生长抑制素mRNA互补。
37.治疗或预防可以通过敲低骨骼肌细胞中的基因表达来治疗或改善的疾病或病症的方法,所述方法包括向对其有需要的受试者施用包含权利要求34-36中任一项所述的组合物的药物组合物。
38.权利要求37所述的方法,其中所述疾病或病症是肌营养不良。
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