CN116782899A

CN116782899A - 治疗乳腺癌的方法

Info

Publication number: CN116782899A
Application number: CN202180075074.XA
Authority: CN
Inventors: A·古尔伯特
Original assignee: Eisai Co Ltd
Current assignee: Eisai Co Ltd
Priority date: 2020-11-06
Filing date: 2021-11-05
Publication date: 2023-09-19

Abstract

本发明涉及用化合物1或其药学上可接受的盐治疗乳腺癌患者的方法。在一些实施例中，本发明涉及治疗满足突变体等位基因频率阈值的患者。

Description

治疗乳腺癌的方法

相关申请的交叉引用

本申请要求以下项的优先权权益：2020年11月6日提交的美国临时申请号63/110,787；2020年11月6日提交的美国临时申请号63/110,800；2020年11月24日提交的美国临时申请号63/117,678；和2021年6月1日提交的美国临时申请号63/195,505，每个专利的内容通过引用整体特此并入。

序列表

本申请包含序列表，该序列表已以ASCII格式电子提交，并通过引用整体特此并入。创建于2021年11月4日的所述ASCII副本名称为15647_0015-00304_SL.txt并且大小为9,309字节。

技术领域

实施例涉及治疗乳腺癌患者，特别是患有表达雌激素受体α(ERα)蛋白的乳腺癌肿瘤的患者的方法。

背景技术

乳腺癌是在当今女性中最常诊断出的恶性肿瘤，美国每年新增病例近20万，全球每年新增病例近170万。因为约70％的乳腺肿瘤对于雌激素受体α蛋白(ERα蛋白，由ESR1基因编码)(这是在肿瘤的这一子集中的一个关键致癌驱动因素)是阳性的，已经开发了几种类别的疗法来对抗ERα功能，包括1)选择性雌激素受体降解剂(SERD)，例如氟维司群，2)选择性雌激素受体调节剂(SERM)，例如三苯氧胺，以及3)芳香酶抑制剂，其减少雌激素的全身水平。

这些疗法在临床上减少ERα+乳腺肿瘤的出现和进展是十分有效的。然而，存在与这些不同类别的化合物相关的中靶副作用。例如，三苯氧胺已被证明激活子宫内膜中的信号传导活性，从而导致临床上子宫内膜癌的风险增加(Fisher等人，(1994)J Natl CancerInst.[国家癌症研究所杂志]4月6日；86(7)：527-37；van Leeuwen等人，(1994)Lancet[柳叶刀]2月19日；343(8895)：448-52)。相比之下，因为氟维司群是一种纯拮抗剂，而ERα活性对于骨构建是至关重要的，所以氟维司群可以导致绝经后女性的骨密度降低。除了中靶副作用，这些类别的ERα拮抗剂也开始出现临床抗性这突出了开发下一代化合物的需要。

已经使用对各种内分泌疗法具有抗性的体外和体内模型鉴定了几种抗性机制。这些包括ERα/HER2“串扰”的增加(Shou等人，(2004)J Natl Cancer Inst.[国家癌症研究所杂志]6月16日；96(12)：926-35)、ERα辅激活物/辅阻遏物的异常表达(Osborne等人，(2003)J Natl Cancer Inst.[国家癌症研究所杂志]3月5日；95(5)：353-61)或完全失去ERα以允许与ER无关的生长(Osborne CK，Schiff R(2011)Annu Rev Med[医学年度评论]62：233-47)。

为了鉴定临床相关的抗性机制，最近还付出了巨大的努力来深度地表征从患者中分离的内分泌疗法抗性转移的遗传学。几个独立的实验室最近公布了在抗性肿瘤相比于原发性肿瘤中观察到的大量遗传损伤(Li等人，(2013)Cell Rep.[细胞报告]9月26日；4(6)：1116-30；Robinson等人，(2013)Nat Genet.[自然遗传学]12月；45(12)：1446-51；Toy等人，(2013)Nat Genet.[自然遗传学]2013年12月；45(12)：1439-45)。其中包括ESR1(编码ERα蛋白的基因)的配体结合结构域中的高度复发性突变，发现相对于内分泌疗法初治肿瘤，这些突变在约20％的抗性肿瘤中显著富集(Jeselsohn等人，(2014)Clin Cancer Res.[临床癌症研究]4月1日；20(7)：1757-67；Toy等人，(2013)Nat Genet.[自然遗传学]2013年12月；45(12)：1439-45；Robinson等人，(2013)Nat Genet.[自然遗传学]12月；45(12)：1446-51；Merenbakh-Lamin等人，(2013)Cancer Res.[癌症研究]12月1日；73(23)：6856-64；Yu等人，(2014)Science[科学]7月11日；345(6193)：216-20；Segal和Dowsett(2014)，Clin CancerRes[临床癌症研究]4月1日；20(7)：1724-6)，表明这些突变用于在功能上驱动临床抗性的潜力。与在对治疗有抗性的肿瘤中观察到的ESR1突变的富集相反，其他癌症相关基因的突变未能示出如此强烈的富集，这强烈说明ERα突变在促进抗性中的重要性(Jeselsohn等人，(2014)Clin Cancer Res.[临床癌症研究]4月1日；20(7)：1757-67)。

ER+乳腺癌患者平均使用七种独立的疗法治疗，包括化学疗法和各种抗雌激素疗法如三苯氧胺、氟维司群和芳香酶抑制剂。最近的基因组分析显示出，ERα途径仍是抗性环境中肿瘤生长的关键驱动因素，因为ERα中的激活突变已经出现。因此，开发能够克服临床环境中的抗性的更有效的ER定向疗法是关键的。因此，需要能够有效抑制野生型(WT)和ERα-突变体阳性肿瘤两者生长的新化合物，以及用于将此类化合物更好地靶向可能响应于治疗的患者的方法。

据报道可用于治疗ER+乳腺癌患者的一种化合物是(E)-N，N-二甲基-4-((2-((5-((Z)-4，4，4-三氟-1-(3-氟-1H-吲唑-5-基)-2-苯基丁-1-烯-1-基)吡啶-2-基)氧基)乙基)氨基)丁-2-烯胺，其在下面显示为化合物1：

化合物1是雌激素受体(ERα)的选择性口服小分子共价拮抗剂。化合物1在美国专利号9,796,683 B2，“Tetrasubstituted Alkene Compounds and Their Use[四取代的烯烃化合物及其用途]”中有进一步报道，该专利通过引用整体并入，如同在本文中完全重写一样。据报道，化合物1与野生型和组成型活性突变型ERα蛋白(包括Y537S)两者的位置530处的半胱氨酸残基共价结合。化合物1在多种PDX乳腺癌模型(包括具有突变的ESR1(编码ERα的基因)的模型)中显示出显著的抗肿瘤活性。还报道了该化合物的药学上可接受的盐可用于治疗ER+乳腺癌患者。例如，化合物1可以作为盐酸盐的形式使用，其可以是如美国专利号10,640,483 B2中所述的结晶形式，该专利通过引用整体并入，如同在本文中完全重写一样。化合物1已被配制成胶囊或片剂，如2020年5月15日提交的专利合作条约专利申请号PCT/US2020/033292中所述，并且通过引用整体并入，如同在本文中完全重写一样。

发明内容

尽管已发现化合物1可用于治疗ER+乳腺癌患者，但其将可用于更好地预测哪些癌症患者将更响应于治疗，并因此更可能受益于治疗。本披露的一个方面涉及使用患者的突变体等位基因频率来更好地预测对用化合物1或其药学上可接受的盐治疗的有利响应的可能性。

本文披露的各种实施例提供了在有需要的患者中治疗癌症，特别是乳腺癌的方法，该方法包括向该患者施用化合物1或其药学上可接受的盐，该患者例如在血液样品中，例如在血液样品中的cfDNA中，具有大于或等于0.5％的第一ESR1突变体的第一突变体等位基因频率值。在一些实施例中，该患者进一步施用了一种或多种癌症治疗，例如一种或多种乳腺癌治疗。

在一些实施例中，第一ESR1突变体在Y537处。在一些实施例中，第一ESR1突变体是Y537S。在一些实施例中，该患者具有第二ESR1突变体的第二突变体等位基因频率值，并且所述第二突变体等位基因频率值小于0.5％。在一些实施例中，第二ESR1突变体在D538处。在一些实施例中，第二ESR1突变体是D538G。在一些实施例中，第二ESR1突变体是L536H、L536P、L536Q、L536R、Y537C、Y537N、D538G或E380Q。

在一些实施例中，第一ESR1突变体在D538处。在一些实施例中，第一ESR1突变体是D538G。在一些实施例中，该患者具有第二ESR1突变体的第二突变体等位基因频率值，并且所述第二突变体等位基因频率值小于0.5％。在一些实施例中，第二ESR1突变体在Y537处。在一些实施例中，第二ESR1突变体是Y537S。在一些实施例中，第二ESR1突变体是L536H、L536P、L536Q、L536R、Y537C、Y537N、Y537S或E380Q。

在一些实施例中，第一突变体等位基因频率值大于0.6％。在一些实施例中，第一突变体等位基因频率值大于0.7％。在一些实施例中，第一突变体等位基因频率值大于0.8％。在一些实施例中，第一突变体等位基因频率值大于0.9％。在一些实施例中，第一突变体等位基因频率值大于1.0％。

在一些实施例中，第二突变体等位基因频率值小于0.4％。在一些实施例中，第二突变体等位基因频率值小于0.3％。在一些实施例中，第二突变体等位基因频率值小于0.2％。在一些实施例中，第二突变体等位基因频率值小于0.1％。

在一些实施例中，直接由肿瘤样品测量ERα突变。在那些实施例中，来自被选择用于治疗的患者的样品可以指示D537突变的存在或D538突变的存在。

在一些实施例中，该患者具有PgR阳性状态。

附图说明

图1显示了当用化合物1治疗时，具有克隆D538G或克隆Y537S ESR1突变的患者具有更长的无进展生存期(PFS)，如实例1和实例2中所讨论。

图2显示了与其他患者相比，具有克隆D538G和克隆Y537S ESR1突变的患者的组合PFS结果。

图3显示了如实例3中报告的患有PgR+肿瘤的患者中的潜在更高功效。插图中的文字读取如下：

PgR阳性(≥1％阳性细胞)，N＝38，24例事件，中值(95％)＝5.4(2.0，8.8)个月。

PgR阴性(≤1％阳性细胞)，N＝34，20例事件，中值(95％)＝2.1(1.7，7.4)个月。

图4显示了根据如实例3中报告ESR1突变状态的无进展生存期。插图中的文字读取如下：

克隆Y537S，N＝10，8例事件，中值(95％Cl)＝7.3(0.8，11.2)个月。

克隆D538G，N＝19，13例事件，中值(95％Cl)＝5.4(1.7，7.2)个月。

多克隆Y537S和D538G，N＝4，3例事件，中值(95％Cl)＝3.5(1.7，5.4)个月。

Y537S和D538G阴性，N＝61，33例事件，中值(95％Cl)＝3.8(2.0，7.3)个月。

图5显示了血液中ESR1突变的检测与肿瘤中PgR表达水平之间的关系。

具体实施方式

除非另外定义，否则本文所用的所有技术和科学术语具有与本文披露的主题所属领域的普通技术人员通常所理解的相同的含义。尽管与本文所述的那些方法、装置和材料相似或等效的任何方法、装置和材料可以用于目前披露的主题的实践或测试，但是本文描述代表性的方法、装置和材料。

除非另外规定或提及组合的上下文相反地清楚暗示，如本文中所使用，方法或过程步骤的所有组合均能以任何顺序进行。

本披露的方法和装置(包括其组件)可以包含本文所述的实施例的必要元件和限制以及本文所述的或另外有用的任何另外或任选组分或限制，由其组成和基本上由其组成。

除非另外指明，本说明书和权利要求书中使用的表达成分的物理大小、量、特性(如反应条件)的所有数值应被理解为在所有情况中被术语“约”修饰。因此，除非相反地指出，否则说明书和权利要求书中列出的数值参数是近似值，这些近似值可以根据本披露主题试图获得的所需特性而变化。

以下定义可能可用于理解如本文所呈现的实施例。

如本文所用，术语“样品”是指含有一种或多种感兴趣组分的材料或材料混合物。来自受试者的样品是指从受试者获得的样品，包括在体内或原位获得、到达或收集的生物组织或流体来源的样品。样品可以从受试者含有癌前或癌细胞或组织的区域获得，或者从该受试者的另一个组织或流体获得。此类样品可以是但不限于从哺乳动物分离的器官、组织、部分和细胞。示例性样品包括淋巴结、全血、部分纯化的血液、血清、血浆、骨髓和外周血单核细胞(“PBMC”)。样品还可以是组织活检。示例性样品还包括细胞裂解物、细胞培养物、细胞系、组织、口腔组织、胃肠组织、器官、细胞器、生物流体、血液样品、尿液样品、皮肤样品等。

如本文所用，术语“受试者”是指哺乳动物。受试者可以是人或非人哺乳动物，如狗、猫、牛、马、小鼠、大鼠、兔或其转基因物种。在一些实施例中，受试者是人。

cfDNA：如本文所用，“cfDNA”是指受试者血液循环中的无细胞DNA，并且可以包括来自血细胞、病毒、实体器官和许多其他来源的DNA。Xia L.等人报道，在健康个体中超过90％的cfDNA来自血细胞碎片。(Xia，L.等人，Statistical analysis of mutant allelefrequency level of circulating cell-free DNA and blood cells in healthyindividuals[健康个体中循环无细胞DNA和血细胞的突变体等位基因频率水平的统计分析]，Scientific Reports[科学报告]7：7526；DOI：10.1038/s41598-017-06106-1)

如本文所用，“ctDNA”是指癌症患者血浆中的循环肿瘤DNA。Xia L.等人报道，在癌症患者中，肿瘤相关的ctDNA占血浆cfDNA的0.1％-0.01％。

如本文所用，“野生型”或“WT”是指核苷酸或氨基酸序列存在的主要形式。主要形式可以在来自受试者的样品中鉴定和/或基于在受试者群体(例如，人类群体)中观察到的核苷酸或氨基酸序列的主要形式来确定。例如，如果人类群体中80％的核苷酸序列在特定位置含有腺苷碱基，而序列的剩余部分在该位置包含胞嘧啶、胸腺嘧啶或鸟嘌呤，则称野生型在该位置具有腺苷。同样，如果人类群体中80％的蛋白质序列在特定位置具有甘氨酸残基，而序列的剩余部分包含一些其他氨基酸残基，则称甘氨酸为野生型残基。

受试者或来自受试者的样品可以具有ESR1基因的多个拷贝。这些拷贝可以编码野生型和/或突变型ERα蛋白。如本文所用，具有ESR1突变的受试者或来自受试者的样品还可以具有野生型ESR1基因和/或野生型ERα蛋白的一个或多个拷贝。

如本文所用，“突变体等位基因频率”或“MAF”是以在特定位置处相对于野生型序列携带特定突变的个体遗传读数的数量除以覆盖相同基因座的个体遗传读数总数的小数表示的比率。例如，对于特定的序列位置，如果总测序深度为10,000，其中腺嘌呤(A)碱基占9,900个不同的出现，则剩余的不同测序出现可包括例如，23个在相同位置具有胸腺嘧啶(T)碱基的出现，42个在相同位置具有胞嘧啶(C)碱基的出现，以及剩余的35个在相同位置具有鸟嘌呤(G)碱基的出现。由于绝大多数序列在该位置具有腺嘌呤碱基(由此赋予该位置的腺嘌呤作为“野生型”碱基)，因此具有胸腺嘧啶(T)碱基的突变体等位基因频率被计算为(T)/(T+C+G+A)，或者在这里，23/10000＝0.0023。因为熟练的技术人员理解遗传密码是多余的，因此突变体等位基因频率还可以根据特定蛋白质序列中特定氨基酸的密码子编码来计算。因此，反映氨基酸突变的MAF值将对编码相同突变的所有核酸序列进行分组。熟练的技术人员还知道单个基因可以在不同的位置编码氨基酸突变。因此，可以计算单个基因中不同位置处的多个氨基酸突变的MAF值。

如本文所用，“突变型ERα蛋白”是非野生型ERα蛋白，其相对于野生型含有至少一个氨基酸突变(该蛋白也可以称为突变型“ESR1”)。如本文所用，“ESR1突变体”是指编码ERα蛋白的ESR1基因中的至少一个突变。“ERαMAF”或“ESR1MAF”是指编码突变型ERα蛋白的ESR1突变体的频率。在一些实施例中，野生型ESR1基因是SEQ ID NO：2。在一些实施例中，野生型ERα蛋白的氨基酸序列是SEQ ID NO：1。

如本文所用，“组成型活性突变体”是一种不需要结合配体就有活性的非野生型蛋白，例如，即使在没有雌激素的情况下也有活性的ERα蛋白。

本领域技术人员将认识到，各种方法和技术可以用于测定MAF，包括本领域已知的测序技术，如下一代测序(NGS)和液滴数字PCR(ddPCR)。例如，一个可用的工具是Inostics液体活检(ONCOBEAM^TM)ctDNA生物标记标准测试(参见www.sysmex-inostics.com；https：//cdn2.hubspot.net/hubfs/5871980/OncoBEAM_ctDNA_Testing_in_Clinical_Practice_NSCLC_web.pdf。这种测定的进一步描述和使用可见于Oxnard，G.R.等人J.Clin.Oncol.[临床肿瘤学杂志]34(28)：3375-3382(2016)；Wu，Y.L.等人MA08.03 J.Thorac.Oncol.[胸部肿瘤学杂志]12，S386(2017)；Mok，T.S.等人N.Engl.J.Med.[新英格兰医学杂志]376，629-640(2017)；和Thress K.等人海报发布于：European Society for Medical Oncology 2014 Congress[欧洲医学肿瘤学会2014年大会]；2014年9月26-30日；西班牙马德里(Madrid，Spain)；#1270P；25.Murtaza M.等人Nature.[自然]497，108-112(2013))。该诊断测试可以检测任何ESR1突变及其相应的MAF，其低水平灵敏限为0.05％。

本领域技术人员将认识到，不同的ESR1突变可以导致具有各种突变的ERα蛋白，包括以下氨基酸序列突变中的一种或多种：E380Q、L536H、L536P、L536Q、L536R、Y537S、Y537C、Y537N、D538G或其他突变。在一些实施例中，在本文披露的方法中评估了ERα蛋白序列中特定位置处的突变的MAF，特别是SEQ ID NO：1中氨基酸位置537和/或538处的突变(与这些位置的密码子中的ESR1遗传突变相反，这些位置具有改变的核酸序列，但仍编码ERα蛋白内给定位置的野生型氨基酸残基)。

如本文所用，当ctDNA诊断揭示特定的ESR1 MAF(编码特定的ERα突变)值大于或等于0.5％，例如在血液样品中，但所有其他ESR1 MAF值(编码任何其他ERα突变)小于0.5％时，患者被称为具有“克隆”ERα突变。因此，例如，如果发现编码Y537S突变的患者的ctDNA具有大于或等于0.5％的MAF值，并且所有其他ERαMAF值(包括但不限于D538G、L536H、L536P、L536Q、L536R、Y537C、Y537N和E380Q MAF)值分别小于0.5％，则该患者具有克隆Y537S ERα突变。在另一个实例中，如果发现编码D538G突变的患者的ctDNA大于或等于0.5％，并且所有其他ERαMAF值(包括但不限于Y537S，L536H，L536P，L536Q，L536R，Y537C、Y537N、andE380Q MAF)分别小于0.5％，则该患者具有克隆D538G ERα突变。

相比之下，当ctDNA诊断揭示两个或更多个特定的ERαMAF(编码两个或更多个特定的ERα突变)值均大于或等于0.5％时，患者被称为具有“多克隆”ERα突变。因此，例如，如果患者的ctDNA具有编码Y537S突变和D538G突变的MAF(其大于或等于0.5％)，则该患者具有多克隆ERα突变。

在本发明的一个实施例中，具有克隆Y537S ERα突变的患者可以优先受益于用化合物1及其药学上可接受的盐治疗。在本发明的另一个实施例中，具有克隆D538G ERα突变的患者可以优先受益于用化合物1及其药学上可接受的盐治疗。

本领域技术人员将认识到，还可以测量患者的孕酮受体(PgR)状态，例如，与ERαMAF组合，以选择最可能响应于用化合物1治疗的患者。PgR状态可以通过免疫组织化学和/或通过测序来检测。在本披露的一些实施例中，受益于用化合物1治疗的患者除了具有克隆Y537S突变或克隆D538G突变之外，还是PgR阳性的。

如本文所用，“QTcF”是使用Fridericia公式对心率进行校正的心电图QT间期。

如本文所用，“MTD”是最大耐受剂量。

如本文所用，RP2D是推荐的2期剂量。

对本领域技术人员来说将显而易见的是，可以使用合适的等同物对本文所述的方法进行其他合适的修改和改编。现已详细地描述该方法，参照以下实例将更清楚地理解该方法，此类实例仅出于说明的目的包括在内且不意欲为限制性的。

实例

实例1A-概要

将化合物1在患有局部晚期或转移性ER+、HER2-阴性乳腺癌的女性中的首次人体1/2期研究中进行了测试。在该多中心研究中，在进行至少1种激素疗法和至少1种额外疗法/方案后，在28天的周期内，用QD，PO施用化合物1治疗患有局部晚期或转移性ER+、HER2-乳腺癌的妇女。

1期的主要目标是确定患有ER+、HER2-转移性乳腺癌的预处理受试者的MTD和RP2D。次要目标包括安全性和抗肿瘤活性。2期的主要目标是在客观应答率(ORR)、临床受益率(CBR)和无进展生存期(PFS)方面估计该药物的功效。次要目标包括安全性。该试验被设计用于排除单侧显著性水平为0.05且功效为90％的ORR下限为5％。

实例1B-人口统计和患者特征

在30个月内，招募了130名患者；47名在该试验的1期部分中，且83名在2期部分中。总共105名受试者(包括73名服用450mg的受试者)是应答可评估的。如表1所示，中值年龄为62岁(范围：31至87岁)并且82％患有肝和/或肺转移。

表1患者人口统计和疾病特征

特征	N＝130	(％)
			年龄：中值(范围)；岁	62	范围：(31-87)
性能状态
			0	61	47
1	69	53
			可测量的疾病	120	92
肝或肺转移	106	82
			孕酮受体(PgR)状态
阳性	51	39
			阴性	50	38
未知	29	22
			PgR表达≥10％	38	29

转移性疾病的既往治疗的中值数为3(范围：1至10)，其中41％的患者在转移性情况下接受了≥4次既往治疗(表2)。87％、71％和54％的患者分别接受了既往的CDK4/6抑制剂、氟维司群和化学疗法。使用血浆循环DNA测定(Sysmex液体活检OncoBEAM^TMctDNA生物标记标准测试；突变检测的极限：0.05％突变体等位基因频率)，75名患者(58％)具有可检测的ESR1突变。

表2 mBC的既往治疗

实例1C-安全性

1期部分每天评估一次，剂量为100至600mg。在剂量高达450mg时未观察到剂量限制性毒性(DLT)，并且在600mg队列的7名受试者中的2名(3级疲劳和3级药疹)中观察到2种DLT。因此，选择450mg的剂量作为RP2D。

在≥10％的受试者中报告的2级或更高级的不良事件为贫血(20％)、疲劳(16％)、恶心(14％)、腹泻(11％)和AST升高(11％)。报告了三例4级AE(血清胆红素、尿路梗阻和低钠血症)，均被认为与疾病进展有关。35％报告了1级寞性心动过缓(无症状)，并且4％报告了2级寞性心动过缓(有症状，无需干预)。2名和3名受试者分别报告了2级和3级QTcF延长。没有与治疗相关的死亡。

实例1D-功效

在受试者的应答可评估组中，观察到13名证实了部分应答(PR，12％。90％置信限：7.5％-19％)，包括450mg剂量的11个PR(15％，90％置信限：8.7％-23.7)，因此实现了该试验的主要目标(表3)。疾病稳定(SD)和临床受益率(≥23周)在450mg时分别为45％和33％，并且对于所有剂量分别为46％和34％。在重度预处理患者、患有内脏转移的患者以及在转移性情况下接受既往氟维司群、既往CDK4/6抑制剂和/或既往化学疗法的患者中观察到应答。

表3最佳总体应答，应答可评估集

^a临床受益率：持续≥23周的CR+PR+SD

使用Kaplan-Meier分析，在开始使用450mg剂量的受试者中，将中值PFS确定为3.8个月(95％CI：3.2-6.2)。

实例2-克隆Y537S和克隆D538G ESR1突变效果的发现

继实例1中报告的那些实验后进行的实验旨在鉴定在试验群体中驱动化合物1活性的参数。两个参数特别令人感兴趣：1)PgR状态，和2)ESR1突变类型和等位基因频率。在这些分析中使用了PFS，因为它是一个连续变量。在化合物1治疗的受试者中，预计治疗前的PgR阳性状态与较高的PFS相关，因为已知ER受体诱导PgR的表达(PgR+表示ER活性，并且因此ER抑制剂的潜在效果较高)。特别是ESR1突变体的基线循环ESR1的影响，及其等位基因频率是未知的。

采用受试者操作特征(ROC)方法来寻找潜在的生物标记/治疗相互作用。当独立于其他ESR1突变的存在或不存在对治疗前血液中ESR1突变检测的影响进行研究时，Y537SESR1突变似乎预测了优于中值PFS(3.8个月)的结果，其中ROC曲线下面积为0.857，p＝0.007。最佳标准是血液中Y537S ESR1的MAF＞0.34％，同时以100％灵敏度和50％特异性观察PFS＞3.8个月。当同时考虑ESR1突变Y537S和/或D538G时，还观察到一种趋势(AUC＝738，p＝0.13)。在ROC分析中没有观察到其他突变的显著影响。

然后使用Kaplan-Meier方法研究PgR阳性和治疗前检测ESR1突变Y537S和D538G对中值PFS的影响。还研究了ESR1克隆性的影响，因为ESR1突变的同时克隆的存在可能表明非常晚期或复杂的疾病。值得注意的是，不同ESR1突变体的等位基因频率不相同，这表明在肿瘤中存在多个克隆，而不是在同一肿瘤ESR1基因中存在多个突变。出于这些分析的目的，将克隆Y537S定义为在预处理全血样品中检测到的ESR1 Y537S突变，其突变体等位基因频率(MAF)≥0.5％，且D538G的MAF＜0.5％。相反，将克隆D538G定义为预处理全血样品中检测到的ESR1 D538G突变，其MAF≥0.5％，且Y537S的MAF＜0.5％。

在这些分析中，在以450mg剂量开始的受试者中，在具有克隆ESR1 Y537S或克隆D538G突变的受试者中，中值PFS为3.8个月(95％CI：3.2-6.2)和5.5个月。当考虑PgR阳性和是否存在克隆ESR1 Y537S或克隆D538G突变时，受试者子集的PFS如表4和图5所示。将ROC方法用于创建标准以对受试者进行分类，如表4和图5所示。根据ROC分析，在尝试了每一种ESR1突变体后，仅当Y537S的MAF值≥0.5％(以及其他突变体的MAF值低于0.5％)，或者当D538G的MAF值≥0.5％(以及其他突变体的MAF低于0.5％)时，该测试才预测患者的有利结果。在肿瘤为PgR+并携带克隆ESR1 Y537S或克隆D538G突变的受试者中观察到最高的临床获益。在同时携带ESR1 Y537S和D538G突变的受试者中观察到最低的中值PFS。

表4亚组研究101的中值无进展生存期(mPFS)

图1显示克隆D538G或克隆Y537S ESR1突变与化合物1活性相关，如上所讨论。图2显示了具有克隆D538G或克隆Y537S ESR1突变的患者的组合结果。在这两个图中，将无进展生存概率用图形表示为无进展百分比相比于自患者群体随机化的时间。这些结果显示，相对于用氟维司群(其可以被认为是标准护理)治疗的患者，在这些患者组中使用化合物1的治疗结果具有显著的响应性。Fribbens，C.等人，J.Clin.Onc.[临床肿瘤学杂志]，34(25)：2961-2968。这些相同的突变，无论是克隆的还是多克隆的，都不是用氟维司群治疗的阳性预后因素。同上。

实例3A-总结-进一步的临床数据分析

在上述数据分析之后，患者仍在实例1中报告的2期研究中，并且继续临床数据收集。该研究的主要目标是估计化合物1在所有受试者以及有和没有ERα突变(ERαMUT)的受试者中的最佳总体应答率(ORR)、应答持续时间(DoR)、临床受益率和无进展生存期(PFS)方面的功效。

实例3B-人口统计和患者特征

在实例1的2期研究中，将83名患者用450mg治疗。另外，在该试验的1期部分中用450mg治疗的11名患者(也在实例1中讨论)已经与这83名2期患者分组，用于在该实例中讨论。这导致总共94名患者用450mg治疗。患者接受了大量预处理，并且85％的患者接受了既往CDK4/6抑制剂。

表5

患者人口统计和疾病特征(实例3)

特征	N＝94，(％)/范围
		年龄：中值(范围)；岁	62(38-87)
mBC的既往治疗路线¹
		中值(范围)	3(1-8)
≥4条既往路线	33(35)
		mBC的既往治疗
CDK4/6抑制剂	80(85)
		+氟维司群	62(66)
+芳香酶抑制剂	63(67)
		芳香酶抑制剂	75(80)
氟维司群	68(72)
		化学疗法	47(50)
ECOG OS
		0	47(50)
1	47(50)
		肝或肺转移	76(81)
仅骨骼(无可测量的疾病)	9(10)
		ESR1亚型
克隆Y537S或克隆D538G	29(31)
		克隆Y537S²	10(11)
克隆D538G³	19(20)
		多克隆Y537S和D538G	4(4)
Y537S和D538G阴性	61(65)

¹mBC包括转移性或局部晚期疾病

²Y537S，MAF≥0.5％，D538G MAF＜0.5％

³D538G，MAF≥0.5％，Y537S MAF＜0.5％

ECOG PS：美国东部肿瘤协作组体能状态

MAF：突变体等位基因频率

实例3C-功效

在重度预处理患者、患有内脏转移的患者，以及在转移性情况下接受既往氟维司群、既往CDK4/6抑制剂和/或既往化学疗法的患者中观察到应答(参见表6)。

表6-应答可评估集中的最佳总体应答1

¹应答可评估集包括接受了至少一个剂量的研究药物并且在基线时患有可测量的疾病且接受了至少一次基线后充分评估的受试者

²使用Kaplan-Meier估计未达到中值应答持续时间，并且报告了描述性中值

CR：完全应答

ORR：客观应答

PR：部分应答

SD：疾病稳定

在其中克隆ESR1 Y537S是主要ERα驱动因素的10名患者中观察到3例部分应答(30％)和4例疾病稳定(40％)(参见表7)。

所有94名患者和10名具有克隆ESR1 Y537S的患者的中值无进展生存期分别为5.1个月和7.3个月。

在孕酮受体阳性(PgR+)患者和具有ESR1 Y537S的患者中观察到潜在的更高活性(参见图3和图4以及表7)。

表7-应答可评估集中的ESR1亚型的最佳总体应答¹

²计算整个分析集的中值PFS，包括接受至少一个剂量的研究药物的受试者

PFS，无进展生存期

实例3D-结论

基于实例3中的数据分析结果，我们得出结论，化合物1单一疗法(即，化合物1单一疗法)，每日一次剂量为450mg，在重度预处理的ER+、HER2-、转移性乳腺癌患者中显示抗肿瘤活性。在患有内脏疾病、ESR1突变的患者中，以及在用氟维司群、CDK4/6抑制剂和化学疗法进行既往治疗后，观察到确认的应答。数据表明，在具有ESR1 Y537S克隆突变的患者和患有PgR+肿瘤的患者中，化合物1具有潜在的更高活性。

所选序列：

ERα氨基酸序列(SEQ ID NO：1)

ESR1的野生型序列(SEQ ID NO：2)

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Claims

1.一种治疗乳腺癌的方法，该方法包括向第一ERα突变体的第一突变体等位基因频率(“MAF”)值大于或等于0.5％的患者施用化合物1或其药学上可接受的盐。

2.如权利要求1所述的方法，其中所述第一ERα突变体是Y537S。

3.如权利要求2所述的方法，其中所述患者具有第二ERα突变体的第二MAF值，并且所述第二MAF值小于0.5％。

4.如权利要求3所述的方法，其中所述第二ERα突变体是D538G。

5.如权利要求3所述的方法，其中所述第二ERα突变体是L536H、L536P、L536Q、L536R、Y537C、Y537N、D538G或E380Q。

6.如权利要求1所述的方法，其中所述第一ERα突变体是D538G。

7.如权利要求6所述的方法，其中所述患者具有第二ERα突变体的第二MAF值，并且所述第二突变体等位基因频率值小于0.5％。

8.如权利要求7所述的方法，其中所述第二ERα突变体是Y537S。

9.如权利要求7所述的方法，其中所述第二ERα突变体是L536H、L536P、L536Q、L536R、Y537C、Y537N、Y537S或E380Q。

10.如权利要求2或6中任一项所述的方法，其中所述第一MAF值大于0.6％。

11.如权利要求10所述的方法，其中所述第一MAF值大于0.7％。

12.如权利要求11所述的方法，其中所述第一MAF值大于0.8％。

13.如权利要求12所述的方法，其中所述第一MAF值大于0.9％。

14.如权利要求13所述的方法，其中所述第一MAF值大于1.0％。

15.如权利要求3或7中任一项所述的方法，其中所述第二MAF值小于0.4％。

16.如权利要求15所述的方法，其中所述第二MAF值小于0.3％。

17.如权利要求16所述的方法，其中所述第二MAF值小于0.2％。

18.如权利要求17所述的方法，其中所述第二MAF值小于0.1％。

19.如上述权利要求中任一项所述的方法，其中所述患者具有PgR阳性状态。

20.一种治疗患者癌症的方法，该方法包括向第一ERα突变体的第一突变体等位基因频率(“MAF”)值大于或等于0.5％的患者施用化合物1或其药学上可接受的盐。

21.如权利要求20所述的方法，其中所述第一ERα突变体是Y537S。

22.如权利要求21所述的方法，其中所述患者具有第二ERα突变体的第二MAF值，并且所述第二MAF值小于0.5％。

23.如权利要求22所述的方法，其中所述第二ERα突变体是D538G。

24.如权利要求22所述的方法，其中所述第二ERα突变体是L536H、L536P、L536Q、L536R、Y537C、Y537N、D538G或E380Q。

25.如权利要求20所述的方法，其中所述第一ERα突变体是D538G。

26.如权利要求25所述的方法，其中所述患者具有第二ERα突变体的第二MAF值，并且所述第二MAF值小于0.5％。

27.如权利要求26所述的方法，其中所述第二ERα突变体是Y537S。

28.如任一项前述权利要求所述的方法，其中在来自患者的血液样品中测量MAF。

29.如任一项前述权利要求所述的方法，其中在来自患者的血液样品的cfDNA中测量MAF。