CN116721029A - 碱基簇亮度校正方法、装置、电子设备及可读存储介质 - Google Patents
碱基簇亮度校正方法、装置、电子设备及可读存储介质 Download PDFInfo
- Publication number
- CN116721029A CN116721029A CN202310693996.8A CN202310693996A CN116721029A CN 116721029 A CN116721029 A CN 116721029A CN 202310693996 A CN202310693996 A CN 202310693996A CN 116721029 A CN116721029 A CN 116721029A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- brightness
- base
- base cluster
- crosstalk
- cluster
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 238000012937 correction Methods 0.000 title claims abstract description 190
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 58
- 238000013507 mapping Methods 0.000 claims abstract description 119
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 claims abstract description 17
- 230000009467 reduction Effects 0.000 claims description 7
- 230000011218 segmentation Effects 0.000 claims description 5
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 abstract description 7
- 238000004590 computer program Methods 0.000 description 13
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 11
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 8
- 230000006870 function Effects 0.000 description 7
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 6
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 4
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 4
- 230000008569 process Effects 0.000 description 4
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 4
- 238000004891 communication Methods 0.000 description 3
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 3
- 238000000018 DNA microarray Methods 0.000 description 2
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical compound NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000007547 defect Effects 0.000 description 2
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000012165 high-throughput sequencing Methods 0.000 description 2
- 238000003384 imaging method Methods 0.000 description 2
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 description 2
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N thymine Chemical compound CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229930024421 Adenine Natural products 0.000 description 1
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N Adenine Chemical compound NC1=NC=NC2=C1N=CN2 GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960000643 adenine Drugs 0.000 description 1
- 238000004422 calculation algorithm Methods 0.000 description 1
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 1
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 description 1
- 238000011161 development Methods 0.000 description 1
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 1
- 239000000835 fiber Substances 0.000 description 1
- 230000004907 flux Effects 0.000 description 1
- 230000001678 irradiating effect Effects 0.000 description 1
- 239000004973 liquid crystal related substance Substances 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 239000013307 optical fiber Substances 0.000 description 1
- 239000004065 semiconductor Substances 0.000 description 1
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 1
- 229940113082 thymine Drugs 0.000 description 1
- 238000012549 training Methods 0.000 description 1
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B30/00—ICT specially adapted for sequence analysis involving nucleotides or amino acids
Landscapes
- Physics & Mathematics (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Evolutionary Biology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Medical Informatics (AREA)
- Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
- Theoretical Computer Science (AREA)
- Image Processing (AREA)
Abstract
本申请公开了碱基簇亮度校正方法、装置、电子设备及可读存储介质,应用于基因测序技术领域,所述碱基簇亮度校正方法包括:若检测到目标碱基簇图像中待校正碱基簇存在亮度串扰碱基簇,则获取所述亮度串扰碱基簇相对于所述待校正碱基簇的亮度串扰方向;确定所述亮度串扰方向上的亮度值映射表,其中,所述亮度值映射表用于存储与所述待校正碱基簇相距不同像素距离下的亮度串扰碱基簇的第一实际亮度值与亮度校正值之间的映射关系;在所述亮度值映射表中查询所述第一实际亮度值对应的亮度校正值;根据所述亮度校正值,对所述待校正碱基簇的第二实际亮度值进行校正,得到亮度校正结果。本申请解决了对于碱基簇进行亮度校正的校正精准性低的技术问题。
Description
技术领域
本申请涉及基因测序技术领域,尤其涉及一种碱基簇亮度校正方法、装置、电子设备及可读存储介质。
背景技术
随着科技的不断发展,高通量测序俨然已经成为了基因测序的核心技术手段,在基因序列的碱基簇与荧光染料进行化学反应后,通过微型照相机可对生成的荧光簇进行拍摄得到相应的荧光图像,再基于碱基簇亮度值识别出隶属于不同簇的碱基,其中,对于碱基的识别是实现高精度基因测序的重要环节之一。
目前,对于碱基的识别通常依赖于碱基簇亮度成像函数建立碱基簇间的亮度串扰模型,通过最小化亮度串扰得到亮度校正矩阵,进而通过亮度校正矩阵校正对不同荧光图像区域内的碱基簇亮度进行校正,最终实现碱基簇间的亮度串扰校正,但是,由于碱基簇在生物芯片上是随机形成的,进而导致同一区域内的碱基簇间的距离并不完全相同,这就使得依赖于同一亮度校正矩阵对某一图像区域内的碱基簇进行亮度校正时仍易出现亮度串扰的情况,所以,当前对于碱基簇进行亮度校正的校正精准性低。
发明内容
本申请的主要目的在于提供一种碱基簇亮度校正方法、装置、电子设备及可读存储介质,旨在解决现有技术中对于碱基簇进行亮度校正的校正精准性低的技术问题。
为实现上述目的,本申请提供一种碱基簇亮度校正方法,所述碱基簇亮度校正方法包括:
若检测到目标碱基簇图像中待校正碱基簇存在亮度串扰碱基簇,则获取所述亮度串扰碱基簇相对于所述待校正碱基簇的亮度串扰方向;
确定所述亮度串扰方向上的亮度值映射表,其中,所述亮度值映射表用于存储与所述待校正碱基簇相距不同像素距离下的亮度串扰碱基簇的第一实际亮度值与亮度校正值之间的映射关系;
在所述亮度值映射表中查询所述第一实际亮度值对应的亮度校正值;
根据所述亮度校正值,对所述待校正碱基簇的第二实际亮度值进行校正,得到亮度校正结果。
为实现上述目的,本申请还提供一种碱基簇亮度校正装置,所述碱基簇亮度校正装置包括:
获取模块,用于若检测到碱基簇图像中待校正碱基簇存在亮度串扰碱基簇,则获取所述亮度串扰碱基簇相对于所述待校正碱基簇的亮度串扰方向;
确定模块,用于确定所述亮度串扰方向上的亮度值映射表,其中,所述亮度值映射表用于存储与所述待校正碱基簇相距不同像素距离下的亮度串扰碱基簇的第一实际亮度值与亮度校正值之间的映射关系;
查询模块,用于在所述亮度值映射表中查询所述第一实际亮度值对应的亮度校正值;
校正模块,用于根据所述亮度校正值,对所述待校正碱基簇的第二实际亮度值进行校正,得到亮度校正结果。
本申请还提供一种电子设备,所述电子设备包括:至少一个处理器以及与所述至少一个处理器通信连接的存储器,所述存储器存储有可被所述至少一个处理器执行的指令,所述指令被所述至少一个处理器执行,以使所述至少一个处理器能够执行如上述的碱基簇亮度校正方法的步骤。
本申请还提供一种计算机可读存储介质,所述计算机可读存储介质上存储有实现碱基簇亮度校正方法的程序,所述碱基簇亮度校正方法的程序被处理器执行时实现如上述的碱基簇亮度校正方法的步骤。
本申请还提供一种计算机程序产品,包括计算机程序,所述计算机程序被处理器执行时实现如上述的碱基簇亮度校正方法的步骤。
本申请提供了一种碱基簇亮度校正方法、装置、电子设备及可读存储介质,也即,若检测到目标碱基簇图像中待校正碱基簇存在亮度串扰碱基簇,则获取所述亮度串扰碱基簇相对于所述待校正碱基簇的亮度串扰方向;确定所述亮度串扰方向上的亮度值映射表,其中,所述亮度值映射表用于存储与所述待校正碱基簇相距不同像素距离下的亮度串扰碱基簇的第一实际亮度值与亮度校正值之间的映射关系;在所述亮度值映射表中查询所述第一实际亮度值对应的亮度校正值;根据所述亮度校正值,对所述待校正碱基簇的第二实际亮度值进行校正,得到亮度校正结果。
本申请在对碱基簇亮度进行校正时首先检测目标碱基簇图像中的待校正碱基簇是否存在亮度串扰碱基簇,进而若检测到存在亮度串扰碱基簇,则获取亮度串扰碱基簇相对于待校正碱基簇的亮度串扰方向,从而确定亮度串扰方向上的亮度值映射表,由于亮度值映射表中存储有与待校正碱基簇相距不同像素距离下的亮度串扰碱基簇的实际亮度值和亮度校正值之间的映射关系,进而可基于亮度串扰碱基簇的实际亮度值查询到对应的亮度校正值,最终通过亮度校正值对待校正碱基簇的实际亮度值进行校正,也即,通过预先设置于亮度值映射表中不同碱基簇间在对应亮度串扰方向的不同像素距离下的亮度校正值,对目标碱基簇图像中待校正碱基簇进行亮度校正。
由于碱基簇间的方向及像素距离皆已确定,即,精准定位了碱基簇间的相对位置关系,从而可真实反馈碱基簇间的亮度串扰程度,所以,可针对性地根据亮度串扰程度获取亮度值映射表中存储的亮度校正值,即可实现基于碱基簇间的不同亮度串扰方向和不同像素距离对待校正碱基簇进行校正的目的。
基于此,本申请通过预先将碱基簇间不同亮度串扰方向及不同像素距离下的亮度校正值设置于亮度值映射表中,进而在针对于目标碱基图像中待校正碱基簇进行亮度校正时,可基于亮度串扰碱基簇确定待校正碱基簇与亮度串扰碱基簇之间的亮度串扰方向,进而确定亮度串扰方向上的亮度值映射表,并获取存储于亮度值映射表中待校正碱基簇与亮度串扰碱基簇之间相距对应像素距离下的亮度校正值,最终通过亮度校正值校正待校正碱基簇的亮度值,从而实现了通过不同亮度校正值对目标碱基簇图像碱基簇间进行分簇校正的目的,即,克服了由于碱基簇在生物芯片上是随机形成的,进而导致同一区域内的碱基簇间的距离并不完全相同,这就使得依赖于同一亮度校正矩阵对某一图像区域内的碱基簇进行亮度校正时仍易出现亮度串扰的情况的技术缺陷,所以,提升了对于碱基簇进行亮度校正的校正精准性。
附图说明
此处的附图被并入说明书中并构成本说明书的一部分,示出了符合本申请的实施例,并与说明书一起用于解释本申请的原理。
为了更清楚地说明本申请实施例或现有技术中的技术方案,下面将对实施例或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍,显而易见地,对于本领域普通技术人员而言,在不付出创造性劳动性的前提下,还可以根据这些附图获得其他的附图。
图1为本申请实施例一提供的碱基簇亮度校正方法的流程示意图;
图2为本申请实施例一提供的碱基簇亮度校正方法的预设碱基簇坐标系下的轴间夹角示意图;
图3为本申请实施例一提供的碱基簇亮度校正方法的碱基簇最亮碱基像素点的亮度值为10000时拟合得到横竖方向上的亮度串扰模型示意图;
图4为本申请实施例一提供的碱基簇亮度校正方法的碱基簇最亮碱基像素点的亮度值为6000时拟合得到斜对角方向上的亮度串扰模型示意图;
图5为本申请实施例二提供的碱基簇亮度校正方法的流程示意图;
图6为本申请实施例三提供的碱基簇亮度校正装置的结构示意图;
图7为本申请实施例四提供的电子设备的结构示意图。
本申请目的实现、功能特点及优点将结合实施例,参照附图做进一步说明。
具体实施方式
为使本发明的上述目的、特征和优点能够更加明显易懂,下面将结合本发明实施例中的附图,对本发明实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述。显然,所描述的实施例仅仅是本发明一部分实施例,而不是全部的实施例。基于本发明中的实施例,本领域普通技术人员在没有作出创造性劳动的前提下所获得的所有其它实施例,均属于本发明保护的范围。
实施例一
首先,应当理解的是,在高通量测序过程中,碱基识别的精准性将影响到识别出的碱基可行度,所以对于碱基的识别就显得尤为重要,例如,在进行碱基识别时通过碱基簇与不同荧光染料进行反应,进而通过激光照射碱基簇使得簇产生荧光,即荧光簇,再通过显微相机拍照得到A(Adenine,腺嘌呤)图像、C(Cytosine,胞嘧啶)图像、G(Guanine,鸟嘌呤)图像以及T(Thymine,胸腺嘧啶)图像,以及通过碱基亮度提取算法识别出不同图像上同一碱基簇的亮度,再对4个碱基簇亮度进行判别以获得该簇的碱基。通过多周期化学反应可获得不同碱基簇在不同化学反应周期下的碱基,将同一碱基簇所有化学反应周期下的碱基信号基于化学反应的先后顺序进行排序即可得到碱基序列,随着碱基簇数量的增多,所获得的碱基序列也会增多,从而达到更高的通量,但是,当前常规方案通常是根据碱基簇亮度成像函数建立碱基簇间的亮度串扰模型,通过最小化亮度串扰获得亮度校正矩阵,可通过同一亮度校正矩阵校正对不同荧光图像区域内的碱基簇亮度进行校正的方式仍易出现亮度串扰的情况,原因在于碱基簇在生物芯片上形成的随机性,使得碱基簇间的像素距离并不存在任何规律,所以,目前亟需一种提升对于碱基簇进行亮度校正的校正精准性的方法。
本申请实施例提供一种碱基簇亮度校正方法,在本申请碱基簇亮度校正方法的实施例一中,参照图1,所述碱基簇亮度校正方法包括:
步骤S10,若检测到目标碱基簇图像中待校正碱基簇存在亮度串扰碱基簇,则获取所述亮度串扰碱基簇相对于所述待校正碱基簇的亮度串扰方向;
步骤S20,确定所述亮度串扰方向上的亮度值映射表,其中,所述亮度值映射表用于存储与所述待校正碱基簇相距不同像素距离下的亮度串扰碱基簇的第一实际亮度值与亮度校正值之间的映射关系;
步骤S30,在所述亮度值映射表中查询所述第一实际亮度值对应的亮度校正值;
步骤S40,根据所述亮度校正值,对所述待校正碱基簇的第二实际亮度值进行校正,得到亮度校正结果。
在本实施例中,需要说明的是,虽然图1示出了逻辑顺序,但是在某些情况下,可以以不同于此处的顺序执行所示出或描述的步骤,碱基簇亮度校正方法应用于碱基簇亮度校正设备,碱基簇亮度校正设备具体可以为自动基因测序仪或者手动基因测序仪等,目标碱基簇图像用于表征碱基簇与荧光染料进行化学反应后,经由拍摄装置拍摄得到的荧光图像,具体可以为A图像、C图像、G图像或者T图像等,其中,拍摄装置可以为显微相机,待校正碱基簇用于表征等待进行亮度校正的碱基簇,在经由拍摄装置拍摄得到的荧光图像中,存在大量的碱基簇,任一碱基簇均可作为待校正碱基簇,其中,碱基簇的判定可基于面积进行,即待校正碱基簇可以为一个孤立碱基簇,也可以为由多个孤立碱基簇组合而成的碱基簇,例如,在一种可实施的方式中,在荧光图像中选取A、B和C三个碱基簇,其中,碱基簇A和碱基簇B处于粘合状态,碱基簇C处于孤立状态,且粘合而成的碱基簇A和碱基簇B对应的碱基簇面积和碱基簇C的碱基簇面积均小于预设面积阈值,则由碱基簇A和碱基簇B粘合而成的碱基簇以及碱基簇C均可作为待校正碱基簇。
另外地,需要说明的是,亮度串扰碱基簇用于表征与待校正碱基簇存在亮度串扰的碱基簇,通常情况下,对于荧光图像中的任意两个碱基簇而言,倘若两个碱基簇之间的像素距离较近,则亮度值较高的碱基簇将会对亮度值较低的碱基簇产生亮度串扰,从而影响到碱基识别的精度,判定待校正碱基簇周围是否存在亮度串扰碱基簇可基于像素距离进行判定,例如,在一种可实施的方式中,以待校正碱基簇为基准构建中心坐标,倘若距离待校正碱基簇m个像素区域内存在碱基簇,则将该碱基簇作为亮度串扰碱基簇,其中,亮度串扰碱基簇可以为一个或多个,在检测到待校正碱基簇的亮度串扰碱基簇后,可通过精准定位待校正碱基簇和亮度串扰碱基簇在荧光图像中的相对位置关系,从而对待校正碱基簇的亮度值进行针对性校正,亮度串扰方向用于表征产生亮度串扰的方向,具体可以为正东方、东北45°方向或者正北方等,其中,亮度串扰方向由亮度串扰碱基簇和待校正碱基簇的位置共同决定,例如,在一种可实施的方式中,可以待校正碱基簇为原点构建中心坐标,通过亮度串扰碱基簇在中心坐标下的实际坐标,定位出亮度串扰碱基簇相对于待校正碱基簇的亮度串扰方向。
另外地,需要说明的是,由于亮度串扰的串扰程度受到距离的影响,进而待校正碱基簇和亮度串扰碱基簇之间的相对位置关系除两者之间的相对方向外,还需确定待校正碱基簇和亮度串扰碱基簇之间的像素距离,从而在亮度值映射表中查询到对应像素距离下的亮度校正值,即通过不同像素距离对待校正碱基簇进行针对性校正,其中,亮度值映射表用于存储与待校正碱基簇相距不同像素距离下的亮度串扰碱基簇的第一实际亮度值与亮度校正值之间的映射关系,其中,映射关系可以键值对的形式进行存储,在进行碱基簇亮度校正前,可通过预设次数的碱基簇与荧光染料之间的化学反应,得到大量荧光图像中的碱基簇的亮度值,并通过预设拟合参数的亮度串扰模型,对碱基簇间的亮度校正值进行计算,从而建立亮度值映射表,在建立亮度值映射表时,为确保校正的精准性,可为碱基簇间区分建立不同方向上的亮度值映射表,例如,在一种可实施的方式中,在提取荧光图像中的碱基簇时,区分方向进行提取,进而提取各个方向上的碱基簇亮度值,建立多个不同方向上的亮度值映射表,从而在碱基簇亮度校正过程中确定亮度串扰方向后,找到该方向上的亮度值映射表,并通过提取亮度校正值进行碱基簇亮度校正。
另外地,需要说明的是,亮度校正值用于表征碱基簇亮度所需校正的亮度值,在待校正碱基簇的第二实际亮度值减去对应的亮度校正值后,所得到的目标亮度值,即可使得待校正碱基簇和亮度串扰碱基簇之间的亮度串扰在一定程度上可忽略不计,即,倘若待校正碱基簇的亮度值相对于亮度串扰碱基簇的亮度值较高,在降低待校正碱基簇的亮度值后,两者亮度值之间的差值得以缩小,从而改善待校正碱基簇和亮度串扰模型之间的亮度串扰程度,其中,待校正碱基簇和亮度串扰碱基簇的亮度值及坐标值均可由组成簇的任一碱基像素点的亮度值表征。
作为一种示例,步骤S10至步骤S40包括:检测目标碱基簇图像中待校正碱基簇对应的预设检测范围内是否存在荧光簇,若检测到所述预设检测范围内存在所述荧光簇,则将所述荧光簇作为所述亮度串扰碱基簇,以及根据所述待校正碱基簇和所述亮度串扰碱基簇分别对应的坐标值,确定所述亮度串扰碱基簇相对于所述待校正碱基簇的亮度串扰方向;在预设映射表库中查询所述亮度串扰方向上的亮度值映射表,其中,预设映射表库用于存储不同方向上的亮度值映射表;以所述亮度串扰碱基簇的第一实际亮度值为索引,在所述亮度值映射表中查询得到对应的亮度校正值;将所述第二实际亮度值和所述亮度校正值的差值作为所述亮度校正结果。
本申请实施例通过检测目标碱基簇图像中距离待校正碱基簇预设检测范围内是否存在荧光簇,并在存在荧光簇时将荧光簇作为亮度串扰碱基簇,进而在确定亮度串扰碱基簇相对于待校正碱基簇的亮度串扰方向后,得到该亮度串扰方向上的亮度值映射表,从而以亮度串扰碱基簇的第一实际亮度值为索引,在亮度值映射表中查询得到该像素距离下的亮度串扰碱基簇所需校正的亮度值,并将待校正碱基簇的第二实际亮度值减去所需校正的亮度值,最终将两者的差值作为亮度校正结果,由于所需校正的亮度值是针对性地根据待校正碱基簇和亮度串扰碱基簇之间的相对位置关系得到的,所以,实现了基于碱基簇间的不同亮度串扰方向和不同像素距离对待校正碱基簇进行校正的目的,所以,提升了对于碱基簇进行亮度校正的校正精准性。
其中,所述确定所述亮度串扰方向上的亮度值映射表的步骤包括:
步骤A10,获取所述待校正碱基簇和所述亮度串扰碱基簇在预设碱基簇坐标系下的碱基簇连线轴,其中,所述预设碱基簇坐标系以所述待校正碱基簇为基准构建得到;
步骤A20,根据所述碱基簇连线轴与所述预设碱基簇坐标系的碱基簇基准轴的轴间夹角,确定所述亮度串扰方向上的亮度值映射表。
在本实施例中,需要说明的是,由于亮度串扰碱基簇相对于待校正碱基簇的亮度串扰方向众多,倘若针对每一方向都精准地建立一个亮度值映射表,将导致碱基簇亮度校正前的前序准确工作耗时过长,即亮度值映射表的建立效率过低,进而可针对性地设置预设数量个方向上的亮度值映射表,从而将不同亮度方向上的亮度串扰碱基簇归类于不同亮度值映射表进行亮度校正值的查询,例如,在一种可实施的方式中,可建立横竖方向及斜对角45°方向上的亮度值映射表,由于斜对角45°方向可表征待校正碱基簇和亮度串扰碱基簇的最远像素距离,进而仍可确保对于碱基簇的亮度校正精准性。
另外地,需要说明的是,为精准表征待校正碱基簇和亮度串扰碱基簇挚之间的相对位置,可设置预设碱基簇坐标系,其中,预设碱基簇坐标系以待校正碱基簇为基准构建得到,碱基簇连线轴用于表征碱基簇间连线,具体可以为待校正碱基簇中任一碱基像素点和亮度串扰碱基簇中任一碱基像素点之间的连线轴,碱基簇基准轴用于表征定位轴间夹角的基准轴,具体可以为预设碱基簇坐标系的横坐标轴或者纵坐标轴,参照图2,图2为表示预设碱基簇坐标系下的轴间夹角示意图,其中,x轴为碱基簇基准轴,11为待校正碱基簇,12为亮度串扰碱基簇,13为碱基簇连线轴,p为轴间夹角。
作为一种示例,步骤A10至步骤A20包括:获取所述待校正碱基簇和所述亮度串扰碱基簇在预设碱基簇坐标系下的碱基簇连线轴,其中,所述预设碱基簇坐标系以所述待校正碱基簇为基准构建得到;获取所述碱基簇连线轴与所述预设碱基簇坐标系的碱基簇基准轴的轴间夹角,根据所述轴间夹角和预设夹角阈值之间的对应关系,确定所述亮度串扰方向上的亮度值映射表,其中,所述预设夹角阈值由技术人员根据需求自行设定。
其中,所述根据所述轴间夹角和预设夹角阈值之间的对应关系,确定所述亮度串扰方向上的亮度值映射表的具体步骤为:
计算所述轴间夹角和预设夹角阈值之间的夹角差值,若所述夹角差值小于所述预设夹角阈值,则将横竖亮度值映射表作为所述亮度值映射表,若所述夹角差值大于或者等于所述预设夹角阈值,则将斜对角亮度值映射表作为所述亮度值映射表,其中,横竖亮度值映射表用于表征横轴方向亮度值映射表或者纵轴方向亮度值映射表,斜对角亮度值映射表用于表征45°方向亮度值映射表。
在一种可实施的方式中,可将预设夹角阈值设置为22.5°,不同方向上的亮度值映射表共有横轴方向亮度值映射表、纵轴方向亮度值映射表以及斜对角方向亮度值映射表,在轴间夹角小于22.5°时,使用横竖方向亮度值映射表作为亮度值映射表,在轴间夹角大于或者等于22.5°时,使用斜对角方向亮度值映射表作为亮度值映射表。
其中,在所述确定所述亮度串扰方向上的亮度值映射表的步骤之前,所述碱基簇亮度校正方法还包括:
步骤B10,在预设碱基簇图像中获取至少一个孤立碱基簇;
步骤B20,对于任一所述孤立碱基簇,在所述孤立碱基簇的碱基簇中心点对应的碱基簇相邻区域内提取至少一个区域碱基像素点,其中,所述碱基簇相邻区域为以所述碱基簇中心点为中心,预设像素距离为半径的区域;对各所述区域碱基像素点进行亮度值排序,得到亮度值排序结果;
步骤B30,将各所述孤立碱基簇的亮度值排序结果共同拟合得到的模型拟合参数输入至预设亮度串扰模型,得到亮度串扰模型;
步骤B40,根据所述亮度串扰模型在不同亮度串扰方向上输出的亮度校正值,建立亮度值映射表。
在本实施例中,需要说明的是,在进行碱基簇亮度校正前,需建立不同亮度串扰方向上的亮度值映射表,其中,预设碱基簇图像用于表征提供迭代训练模型拟合参数的碱基簇图像,数量由技术人员根据需求进行设置,其中,模型拟合参数为预设亮度串扰模型的拟合参数,预设亮度串扰模型具体可以为:y=ae-bx,其中,y为像素距离,x为亮度值,a和b均为模型拟合参数,碱基簇相邻区域为以碱基簇中心点为中心,预设像素距离为半径的区域,碱基簇中心点具体可以为孤立碱基簇的几何中心点,孤立碱基簇通过对预设碱基簇图像中的碱基簇的面积进行判定得到。
作为一种示例,步骤B10至步骤B40包括:通过检测预设碱基簇图像中至少一个碱基簇的碱基簇面积,将碱基簇面积小于预设面积阈值的至少一个碱基簇作为孤立碱基簇;对于任一所述孤立碱基簇,提取所述孤立碱基簇的几何中心点作为碱基簇中心点,并在以所述碱基簇中心点为中心,预设像素距离为半径的区域内提取至少一个区域碱基像素点,其中,预设像素距离具体可以为6个像素、7个像素或者8个像素等,区域碱基像素点用于表征区域内的碱基像素点;基于各所述区域碱基像素点的亮度值,将各所述区域碱基像素点进行由小至大排序,得到亮度值排序结果;对具有相同碱基簇亮度值的碱基像素点根据预设亮度串扰模型的点扩散函数结合最小二乘法进行拟合,得到模型拟合参数,将所述模型拟合参数输入至预设亮度串扰模型,得到亮度串扰模型,其中,亮度串扰模型用于输出不同像素距离下的亮度校正值;根据所述亮度串扰模型在不同亮度串扰方向上的单位像素距离下输出的亮度校正值以及各所述区域碱基像素点的实际亮度值,建立亮度值映射表,其中,单位像素距离可由技术人员根据需求进行设置,例如,在一种可实施的方式中,可以0.1像素为单位像素距离,即以0.1像素为间隔进一步计算亮度校正值,进而得到不同亮度串扰方向的亚像素级距离下的亮度值映射表。
其中,所述在预设碱基簇图像中获取至少一个孤立碱基簇的步骤包括:
步骤C10,通过对所述预设碱基簇图像进行区域分割,得到区域碱基簇;
步骤C20,在所述区域碱基簇的碱基簇面积小于预设面积阈值时,检测所述区域碱基簇的长短轴比值是否不大于预设比值阈值;
步骤C30,若是,则将所述区域碱基簇作为所述孤立碱基簇。
在本实施例中,需要说明的是,为了规避因孤立碱基簇选取不准确,进而导致拟合得到的亮度串扰模型无法满足实际应用需求,在选取孤立碱基簇时除考虑碱基簇面积外,还将对碱基簇的长短轴之比进行检测,以避免将存在亮度串扰的不同碱基簇作为孤立碱基簇的情况发生,从而确保了亮度值映射表中所存储的映射关系的全面性。
作为一种示例,步骤C10至步骤C30包括:以预设分割规则对预设碱基簇图像进行区域分割,得到区域碱基簇;检测所述区域碱基簇的碱基簇面积是否大于预设面积阈值,若检测到所述区域碱基簇的碱基簇面积大于所述预设面积阈值,则不将所述区域碱基簇作为孤立碱基簇,若检测到所述区域碱基簇的碱基簇面积小于所述预设面积阈值时,则检测所述区域碱基簇的长短轴比值是否不大于预设比值阈值,若检测到所述区域碱基簇的长短轴比值不大于所述预设比值阈值,则将所述区域碱基簇作为所述孤立碱基簇,若检测到所述区域碱基簇的长短轴比值大于所述预设比值阈值,则不将所述区域碱基簇作为所述孤立碱基簇,其中,长短轴中的长轴和短轴均可基于区域碱基簇在长轴及短轴上相距最远的碱基像素点进行计算得到。
其中,所述亮度校正值包括至少一个单位亮度下降比,所述根据所述亮度串扰模型在不同亮度串扰方向上输出的亮度校正值,建立亮度值映射表的步骤包括:
步骤D10,在所述孤立碱基簇中选取第一碱基像素点和第二碱基像素点,其中,所述第一碱基像素点与所述碱基簇中心点之间的第一距离等于所述第一碱基像素点和所述第二碱基像素点之间的第二距离;
步骤D20,对于任一亮度串扰方向,获取所述亮度串扰模型输出的所述第一碱基像素点的第一亮度校正值和所述第二碱基像素点的第二亮度校正值;
步骤D30,根据不同亮度串扰方向上的第一亮度校正值和第二亮度校正值,确定各所述单位亮度下降比,其中,一所述单位亮度下降比对应一所述亮度串扰方向;
步骤D40,根据各所述单位亮度下降比,建立所述亮度值映射表。
在本实施例中,需要说明的是,倘若在建立亮度值映射表时,针对碱基簇上的每一碱基像素点均进行亮度校正值计算,将产生较大的数据处理量,即导致亮度值映射表的建立效率低,从而在对碱基簇亮度进行校正时也均依赖于亮度值映射表中存储的亮度校正值,对待校正碱基簇上的每一碱基像素点的像素值进行校正,这也将影响对于碱基簇亮度校正的校正效率,故可通过单位亮度下降比对不同亮度串扰方向上的亮度串扰碱基簇所需校正的亮度值进行等比计算,例如,在一种可实施的方式中,假设待校正碱基簇的亮度值为8000,亮度串扰碱基簇对于待校正碱基簇的亮度校正值为6000,其中,亮度串扰碱基簇每远离待校正碱基簇一个单位像素则亮度校正值下降10%(单位亮度下降比为10%),待校正碱基簇与亮度串扰碱基簇相距三个单位像素,则亮度串扰碱基簇所对应的亮度校正值为6000*30%,待校正碱基簇校正后得到的亮度=8000-6000*30%。
另外地,需要说明的是,第一碱基像素点和第二碱基像素点为在孤立碱基簇中任意选取的两个碱基像素点,通过连接上述两个碱基像素点即可确定一个方向,其中,第一碱基像素点与碱基簇中心点之间的第一距离等于所述第一碱基像素点和所述第二碱基像素点之间的第二距离,即不同碱基像素点之间等距,单位亮度下降比和亮度串扰方向一一对应,即不同亮度串扰方向上的亮度值映射表均有一对应的单位亮度下降比,进而通过该单位亮度下降比以及待校正碱基簇和亮度串扰碱基簇之间的像素距离,即可快速计算得到亮度校正值,进而直接根据单位亮度下降比建立映射表,即无需在存储众多碱基像素点的亮度校正值的亮度值映射表中索引具体的亮度校正值,从而得以为提高亮度校正值的查询效率奠定基础。
作为一种示例,步骤D10至步骤D40包括:在所述孤立碱基簇中选取第一碱基像素点和第二碱基像素点,其中,所述第一碱基像素点与所述碱基簇中心点之间的第一距离等于所述第一碱基像素点和所述第二碱基像素点之间的第二距离;对于任一亮度串扰方向,通过将所述第一碱基像素点和所述待校正碱基簇之间的像素距离,以及将所述第二碱基像素点和所述待校正碱基簇之间的像素距离依次输入所述亮度串扰模型,得到所述第一碱基像素点的第一亮度校正值和所述第二碱基像素点的第二亮度校正值;根据不同亮度串扰方向上的第一亮度校正值和第二亮度校正值,确定各所述单位亮度下降比,其中,一所述单位亮度下降比对应一所述亮度串扰方向;通过各所述单位亮度下降比建立所述亮度值映射表。
其中,在所述对于任一所述孤立碱基簇,在所述孤立碱基簇的碱基簇中心点对应的碱基簇相邻区域内提取至少一个碱基像素点的步骤之前,所述碱基簇亮度校正方法还包括:
步骤E10,获取所述孤立碱基簇内的至少一个碱基像素点;
步骤E20,在各所述碱基像素点中选取亮度值最大的碱基像素点作为所述孤立碱基簇的碱基簇中心点。
在本实施例中,需要说明的是,由于孤立碱基簇的几何中心点并非一定是孤立碱基簇的亮度值最大的碱基像素点,进而仅通过几何中心点无法准确反馈孤立碱基簇对其它碱基簇的亮度串扰程度,进而可以孤立碱基簇中亮度值最大的碱基像素点作为碱基簇中心点,从而可为准确校正待校正碱基簇的亮度奠定基础。
作为一种示例,步骤E10至步骤E20包括:获取所述孤立碱基簇内的至少一个碱基像素点;对各所述碱基像素点以像素点亮度值由小至大进行排序,将像素点亮度值最大的碱基像素点作为所述孤立碱基簇的碱基簇中心点。
在一种可实施的方式中,当选取亮度最大的碱基像素点为碱基簇中心点时,拟合得到的亮度串扰模型的校正精准性高,参照图3,图3为表示碱基簇最亮碱基像素点的亮度值为10000时拟合得到横竖方向上的亮度串扰模型示意图,参照图4,图4为表示碱基簇最亮碱基像素点的亮度值为6000时拟合得到斜对角方向的亮度串扰模型示意图,其中,x为像素距离,y为亮度值。
本申请实施例提供了一种碱基簇亮度校正方法,也即,若检测到目标碱基簇图像中待校正碱基簇存在亮度串扰碱基簇,则获取所述亮度串扰碱基簇相对于所述待校正碱基簇的亮度串扰方向;确定所述亮度串扰方向上的亮度值映射表,其中,所述亮度值映射表用于存储与所述待校正碱基簇相距不同像素距离下的亮度串扰碱基簇的第一实际亮度值与亮度校正值之间的映射关系;在所述亮度值映射表中查询所述第一实际亮度值对应的亮度校正值;根据所述亮度校正值,对所述待校正碱基簇的第二实际亮度值进行校正,得到亮度校正结果。
本申请实施例在对碱基簇亮度进行校正时首先检测目标碱基簇图像中的待校正碱基簇是否存在亮度串扰碱基簇,进而若检测到存在亮度串扰碱基簇,则获取亮度串扰碱基簇相对于待校正碱基簇的亮度串扰方向,从而确定亮度串扰方向上的亮度值映射表,由于亮度值映射表中存储有与待校正碱基簇相距不同像素距离下的亮度串扰碱基簇的实际亮度值和亮度校正值之间的映射关系,进而可基于亮度串扰碱基簇的实际亮度值查询到对应的亮度校正值,最终通过亮度校正值对待校正碱基簇的实际亮度值进行校正,也即,通过预先设置于亮度值映射表中不同碱基簇间在对应亮度串扰方向的不同像素距离下的亮度校正值,对目标碱基簇图像中待校正碱基簇进行亮度校正。
由于碱基簇间的方向及像素距离皆已确定,即,精准定位了碱基簇间的相对位置关系,从而可真实反馈碱基簇间的亮度串扰程度,所以,可针对性地根据亮度串扰程度获取亮度值映射表中存储的亮度校正值,即可实现基于碱基簇间的不同亮度串扰方向和不同像素距离对待校正碱基簇进行校正的目的。
基于此,本申请实施例通过预先将碱基簇间不同亮度串扰方向及不同像素距离下的亮度校正值设置于亮度值映射表中,进而在针对于目标碱基图像中待校正碱基簇进行亮度校正时,可基于亮度串扰碱基簇确定待校正碱基簇与亮度串扰碱基簇之间的亮度串扰方向,进而确定亮度串扰方向上的亮度值映射表,并获取存储于亮度值映射表中待校正碱基簇与亮度串扰碱基簇之间相距对应像素距离下的亮度校正值,最终通过亮度校正值校正待校正碱基簇的亮度值,从而实现了通过不同亮度校正值对目标碱基簇图像碱基簇间进行分簇校正的目的,即,克服了由于碱基簇在生物芯片上是随机形成的,进而导致同一区域内的碱基簇间的距离并不完全相同,这就使得依赖于同一亮度校正矩阵对某一图像区域内的碱基簇进行亮度校正时仍易出现亮度串扰的情况的技术缺陷,所以,提升了碱基簇进行亮度校正的校正精准性。
实施例二
进一步地,参照图5,在本申请另一实施例中,与上述实施例一相同或相似的内容,可以参考上文介绍,后续不再赘述。在此基础上,所述根据所述碱基簇连线轴与所述预设碱基簇坐标系的碱基簇基准轴的轴间夹角,确定所述亮度串扰方向上的亮度值映射表的步骤包括:
步骤F10,获取所述目标碱基簇图像的图像标识,以及获取所述轴间夹角和预设夹角阈值之间的夹角大小关系;
步骤F20,以所述图像标识和所述夹角大小关系共同为索引,查询得到所述亮度串扰方向上的亮度值映射表。
在本实施例中,需要说明的是,由于碱基簇和不同荧光染料进行化学反应间的特性,即倘若某一碱基簇经由化学反应分别生成A图像、C图像、G图像和T图像,则该碱基簇在上述四张图像中的亮度值并不相同,进而为确保碱基簇在不同荧光图像中的亮度校正精准性,可在建立亮度值映射表时分图像类型建立亮度值映射表,进而在确定亮度串扰碱基簇对待校正碱基簇的亮度串扰时,通过图像标识区分不同荧光图像,从而得到对应荧光图像下的亮度校正值,其中,用于区别标识于不同荧光图像。
作为一种示例,步骤F10至步骤F20包括:在所述目标碱基簇图像中提取图像标识,以及计算所述所述轴间夹角和预设夹角阈值之间的夹角差值;以所述图像标识和所述夹角差值共同为索引,在预设校正表中查询得到所述亮度串扰方向上的亮度值映射表,其中,预设校正表中以键值对形式存储有亮度映射表的表名与组合索引之间的映射关系,所述组合索引由所述图像标识和所述夹角差值组合形成。
本申请实施例提供了一种亮度值映射表确定方法,也即,获取所述目标碱基簇图像的图像标识,以及获取所述轴间夹角和预设夹角阈值之间的夹角大小关系;以所述图像标识和所述夹角大小关系共同为索引,查询得到所述亮度串扰方向上的亮度值映射表。本申请实施例首先获取目标碱基簇图像的的图像标识,以及轴间夹角与预设夹角阈值之间的夹角差值,进而以图像标识和夹角差值组合索引,查询得到对应于目标碱基簇图像在亮度串扰方向上的亮度值映射表,即可实现针对性地为不同荧光图像匹配对应的亮度值映射表的目的,所以,为精准校正不同荧光图像上待校正碱基簇的亮度值奠定了基础。
实施例三
本申请实施例还提供一种碱基簇亮度校正装置,参照图6,所述碱基簇亮度校正装置包括:
获取模块101,用于若检测到目标碱基簇图像中待校正碱基簇存在亮度串扰碱基簇,则获取所述亮度串扰碱基簇相对于所述待校正碱基簇的亮度串扰方向;
确定模块102,用于确定所述亮度串扰方向上的亮度值映射表,其中,所述亮度值映射表用于存储与所述待校正碱基簇相距不同像素距离下的亮度串扰碱基簇的第一实际亮度值与亮度校正值之间的映射关系;
查询模块103,用于在所述亮度值映射表中查询所述第一实际亮度值对应的亮度校正值;
校正模块104,用于根据所述亮度校正值,对所述待校正碱基簇的第二实际亮度值进行校正,得到亮度校正结果。
可选地,所述确定模块102还用于:
获取所述待校正碱基簇和所述亮度串扰碱基簇在预设碱基簇坐标系下的碱基簇连线轴,其中,所述预设碱基簇坐标系以所述待校正碱基簇为基准构建得到;
根据所述碱基簇连线轴与所述预设碱基簇坐标系的碱基簇基准轴的轴间夹角,确定所述亮度串扰方向上的亮度值映射表。
可选地,所述确定模块102还用于:
获取所述目标碱基簇图像的图像标识,以及获取所述轴间夹角和预设夹角阈值之间的夹角大小关系;
以所述图像标识和所述夹角大小关系共同为索引,查询得到所述亮度串扰方向上的亮度值映射表。
可选地,所述碱基簇亮度校正装置还用于:
在预设碱基簇图像中获取至少一个孤立碱基簇;
对于任一所述孤立碱基簇,在所述孤立碱基簇的碱基簇中心点对应的碱基簇相邻区域内提取至少一个区域碱基像素点,其中,所述碱基簇相邻区域为以所述碱基簇中心点为中心,预设像素距离为半径的区域;对各所述区域碱基像素点进行亮度值排序,得到亮度值排序结果;
将各所述孤立碱基簇的亮度值排序结果共同拟合得到的模型拟合参数输入至预设亮度串扰模型,得到亮度串扰模型;
根据所述亮度串扰模型在不同亮度串扰方向上输出的亮度校正值,建立亮度值映射表。
可选地,所述碱基簇亮度校正装置还用于:
通过对所述预设碱基簇图像进行区域分割,得到区域碱基簇;
在所述区域碱基簇的碱基簇面积小于预设面积阈值时,检测所述区域碱基簇的长短轴比值是否不大于预设比值阈值;
若是,则将所述区域碱基簇作为所述孤立碱基簇。
可选地,所述亮度校正值包括至少一个单位亮度下降比,所述碱基簇亮度校正装置还用于:
在所述孤立碱基簇中选取第一碱基像素点和第二碱基像素点,其中,所述第一碱基像素点与所述碱基簇中心点之间的第一距离等于所述第一碱基像素点和所述第二碱基像素点之间的第二距离;
对于任一亮度串扰方向,获取所述亮度串扰模型输出的所述第一碱基像素点的第一亮度校正值和所述第二碱基像素点的第二亮度校正值;
根据不同亮度串扰方向上的第一亮度校正值和第二亮度校正值,确定各所述单位亮度下降比,其中,一所述单位亮度下降比对应一所述亮度串扰方向;
根据各所述单位亮度下降比,建立所述亮度值映射表。
可选地,所述碱基簇亮度校正装置还用于:
获取所述孤立碱基簇内的至少一个碱基像素点;
在各所述碱基像素点中选取亮度值最大的碱基像素点作为所述孤立碱基簇的碱基簇中心点。
本发明提供的碱基簇亮度校正装置,采用上述实施例中的碱基簇亮度校正方法,解决了对于碱基簇进行亮度校正的校正精准性低的技术问题。与现有技术相比,本发明实施例提供的碱基簇亮度校正装置的有益效果与上述实施例提供的碱基簇亮度校正方法的有益效果相同,且该碱基簇亮度校正装置中的其他技术特征与上述实施例方法公开的特征相同,在此不做赘述。
实施例四
本发明实施例提供一种电子设备,电子设备包括:至少一个处理器;以及,与至少一个处理器通信连接的存储器;其中,存储器存储有可被至少一个处理器执行的指令,指令被至少一个处理器执行,以使至少一个处理器能够执行上述实施例一中的碱基簇亮度校正方法。
下面参考图7,其示出了适于用来实现本公开实施例的电子设备的结构示意图。本公开实施例中的电子设备可以包括但不限于诸如移动电话、笔记本电脑、数字广播接收器、PDA(个人数字助理)、PAD(平板电脑)、PMP(便携式多媒体播放器)、车载终端(例如车载导航终端)等等的移动终端以及诸如数字TV、台式计算机等等的固定终端。图7示出的电子设备仅仅是一个示例,不应对本公开实施例的功能和使用范围带来任何限制。
如图7所示,电子设备可以包括处理装置1001(例如中央处理器、图形处理器等),其可以根据存储在只读存储器(ROM)1002中的程序或者从存储装置1003加载到随机访问存储器(RAM)1004中的程序而执行各种适当的动作和处理。在RAM1004中,还存储有电子设备操作所需的各种程序和数据。处理装置1001、ROM1002以及RAM1004通过总线1005彼此相连。输入/输出(I/O)接口1006也连接至总线。
通常,以下系统可以连接至I/O接口1006:包括例如触摸屏、触摸板、键盘、鼠标、图像传感器、麦克风、加速度计、陀螺仪等的输入装置1007;包括例如液晶显示器(LCD)、扬声器、振动器等的输出装置1008;包括例如磁带、硬盘等的存储装置1003;以及通信装置1009。通信装置可以允许电子设备与其他设备进行无线或有线通信以交换数据。虽然图中示出了具有各种系统的电子设备,但是应理解的是,并不要求实施或具备所有示出的系统。可以替代地实施或具备更多或更少的系统。
特别地,根据本公开的实施例,上文参考流程图描述的过程可以被实现为计算机软件程序。例如,本公开的实施例包括一种计算机程序产品,其包括承载在计算机可读介质上的计算机程序,该计算机程序包含用于执行流程图所示的方法的程序代码。在这样的实施例中,该计算机程序可以通过通信装置1009从网络上被下载和安装,或者从存储装置1003被安装,或者从ROM1002被安装。在该计算机程序被处理装置1001执行时,执行本公开实施例的方法中限定的上述功能。
本发明提供的电子设备,采用上述实施例中的碱基簇亮度校正方法,解决了对于碱基簇进行亮度校正的校正精准性低的技术问题。与现有技术相比,本发明实施例提供的电子设备的有益效果与上述实施例提供的碱基簇亮度校正方法的有益效果相同,且该电子设备中的其他技术特征与上述实施例方法公开的特征相同,在此不做赘述。
应当理解,本公开的各部分可以用硬件、软件、固件或它们的组合来实现。在上述实施方式的描述中,具体特征、结构、材料或者特点可以在任何的一个或多个实施例或示例中以合适的方式结合。
以上所述,仅为本发明的具体实施方式,但本发明的保护范围并不局限于此,任何熟悉本技术领域的技术人员在本发明揭露的技术范围内,可轻易想到变化或替换,都应涵盖在本发明的保护范围之内。因此,本发明的保护范围应以所述权利要求的保护范围为准。
实施例五
本实施例提供一种计算机可读存储介质,具有存储在其上的计算机可读程序指令,计算机可读程序指令用于执行上述实施例中的碱基簇亮度校正方法。
本发明实施例提供的计算机可读存储介质例如可以是U盘,但不限于电、磁、光、电磁、红外线、或半导体的系统、系统或器件,或者任意以上的组合。计算机可读存储介质的更具体的例子可以包括但不限于:具有一个或多个导线的电连接、便携式计算机磁盘、硬盘、随机访问存储器(RAM)、只读存储器(ROM)、可擦式可编程只读存储器(EPROM或闪存)、光纤、便携式紧凑磁盘只读存储器(CD-ROM)、光存储器件、磁存储器件、或者上述的任意合适的组合。在本实施例中,计算机可读存储介质可以是任何包含或存储程序的有形介质,该程序可以被指令执行系统、系统或者器件使用或者与其结合使用。计算机可读存储介质上包含的程序代码可以用任何适当的介质传输,包括但不限于:电线、光缆、RF(射频)等等,或者上述的任意合适的组合。
上述计算机可读存储介质可以是电子设备中所包含的;也可以是单独存在,而未装配入电子设备中。
上述计算机可读存储介质承载有一个或者多个程序,当上述一个或者多个程序被电子设备执行时,使得电子设备:若检测到目标碱基簇图像中待校正碱基簇存在亮度串扰碱基簇,则获取所述亮度串扰碱基簇相对于所述待校正碱基簇的亮度串扰方向;确定所述亮度串扰方向上的亮度值映射表,其中,所述亮度值映射表用于存储与所述待校正碱基簇相距不同像素距离下的亮度串扰碱基簇的第一实际亮度值与亮度校正值之间的映射关系;在所述亮度值映射表中查询所述第一实际亮度值对应的亮度校正值;根据所述亮度校正值,对所述待校正碱基簇的第二实际亮度值进行校正,得到亮度校正结果。
可以以一种或多种程序设计语言或其组合来编写用于执行本公开的操作的计算机程序代码,上述程序设计语言包括面向对象的程序设计语言—诸如Java、Smalltalk、C++,还包括常规的过程式程序设计语言—诸如“C”语言或类似的程序设计语言。程序代码可以完全地在用户计算机上执行、部分地在用户计算机上执行、作为一个独立的软件包执行、部分在用户计算机上部分在远程计算机上执行、或者完全在远程计算机或服务器上执行。在涉及远程计算机的情形中,远程计算机可以通过任意种类的网络——包括局域网(LAN)或广域网(WAN)—连接到用户计算机,或者,可以连接到外部计算机(例如利用因特网服务提供商来通过因特网连接)。
附图中的流程图和框图,图示了按照本发明各种实施例的系统、方法和计算机程序产品的可能实现的体系架构、功能和操作。在这点上,流程图或框图中的每个方框可以代表一个模块、程序段、或代码的一部分,该模块、程序段、或代码的一部分包含一个或多个用于实现规定的逻辑功能的可执行指令。也应当注意,在有些作为替换的实现中,方框中所标注的功能也可以以不同于附图中所标注的顺序发生。例如,两个接连地表示的方框实际上可以基本并行地执行,它们有时也可以按相反的顺序执行,这依所涉及的功能而定。也要注意的是,框图和/或流程图中的每个方框、以及框图和/或流程图中的方框的组合,可以用执行规定的功能或操作的专用的基于硬件的系统来实现,或者可以用专用硬件与计算机指令的组合来实现。
描述于本公开实施例中所涉及到的模块可以通过软件的方式实现,也可以通过硬件的方式来实现。其中,模块的名称在某种情况下并不构成对该单元本身的限定。
本发明提供的计算机可读存储介质,存储有用于执行上述碱基簇亮度校正方法的计算机可读程序指令,解决了对于碱基簇进行亮度校正的校正精准性低的技术问题。与现有技术相比,本发明实施例提供的计算机可读存储介质的有益效果与上述实施例提供的碱基簇亮度校正方法的有益效果相同,在此不做赘述。
实施例六
本申请还提供一种计算机程序产品,包括计算机程序,所述计算机程序被处理器执行时实现如上述的碱基簇亮度校正方法的步骤。
本申请提供的计算机程序产品解决了对于碱基簇进行亮度校正的校正精准性低的技术问题。与现有技术相比,本发明实施例提供的计算机程序产品的有益效果与上述实施例提供的碱基簇亮度校正方法的有益效果相同,在此不做赘述。
以上仅为本申请的优选实施例,并非因此限制本申请的专利范围,凡是利用本申请说明书及附图内容所作的等效结构或等效流程变换,或直接或间接运用在其他相关的技术领域,均同理包括在本申请的专利处理范围内。
Claims (10)
1.一种碱基簇亮度校正方法,其特征在于,所述碱基簇亮度校正方法包括:
若检测到目标碱基簇图像中待校正碱基簇存在亮度串扰碱基簇,则获取所述亮度串扰碱基簇相对于所述待校正碱基簇的亮度串扰方向;
确定所述亮度串扰方向上的亮度值映射表,其中,所述亮度值映射表用于存储与所述待校正碱基簇相距不同像素距离下的亮度串扰碱基簇的第一实际亮度值与亮度校正值之间的映射关系;
在所述亮度值映射表中查询所述第一实际亮度值对应的亮度校正值;
根据所述亮度校正值,对所述待校正碱基簇的第二实际亮度值进行校正,得到亮度校正结果。
2.如权利要求1所述碱基簇亮度校正方法,其特征在于,所述确定所述亮度串扰方向上的亮度值映射表的步骤包括:
获取所述待校正碱基簇和所述亮度串扰碱基簇在预设碱基簇坐标系下的碱基簇连线轴,其中,所述预设碱基簇坐标系以所述待校正碱基簇为基准构建得到;
根据所述碱基簇连线轴与所述预设碱基簇坐标系的碱基簇基准轴的轴间夹角,确定所述亮度串扰方向上的亮度值映射表。
3.如权利要求2所述碱基簇亮度校正方法,其特征在于,所述根据所述碱基簇连线轴与所述预设碱基簇坐标系的碱基簇基准轴的轴间夹角,确定所述亮度串扰方向上的亮度值映射表的步骤包括:
获取所述目标碱基簇图像的图像标识,以及获取所述轴间夹角和预设夹角阈值之间的夹角大小关系;
以所述图像标识和所述夹角大小关系共同为索引,查询得到所述亮度串扰方向上的亮度值映射表。
4.如权利要求1所述碱基簇亮度校正方法,其特征在于,在所述确定所述亮度串扰方向上的亮度值映射表的步骤之前,所述碱基簇亮度校正方法还包括:
在预设碱基簇图像中获取至少一个孤立碱基簇;
对于任一所述孤立碱基簇,在所述孤立碱基簇的碱基簇中心点对应的碱基簇相邻区域内提取至少一个区域碱基像素点,其中,所述碱基簇相邻区域为以所述碱基簇中心点为中心,预设像素距离为半径的区域;对各所述区域碱基像素点进行亮度值排序,得到亮度值排序结果;
将各所述孤立碱基簇的亮度值排序结果共同拟合得到的模型拟合参数输入至预设亮度串扰模型,得到亮度串扰模型;
根据所述亮度串扰模型在不同亮度串扰方向上输出的亮度校正值,建立亮度值映射表。
5.如权利要求4所述碱基簇亮度校正方法,其特征在于,所述在预设碱基簇图像中获取至少一个孤立碱基簇的步骤包括:
通过对所述预设碱基簇图像进行区域分割,得到区域碱基簇;
在所述区域碱基簇的碱基簇面积小于预设面积阈值时,检测所述区域碱基簇的长短轴比值是否不大于预设比值阈值;
若是,则将所述区域碱基簇作为所述孤立碱基簇。
6.如权利要求4所述碱基簇亮度校正方法,其特征在于,所述亮度校正值包括至少一个单位亮度下降比,
所述根据所述亮度串扰模型在不同亮度串扰方向上输出的亮度校正值,建立亮度值映射表的步骤包括:
在所述孤立碱基簇中选取第一碱基像素点和第二碱基像素点,其中,所述第一碱基像素点与所述碱基簇中心点之间的第一距离等于所述第一碱基像素点和所述第二碱基像素点之间的第二距离;
对于任一亮度串扰方向,获取所述亮度串扰模型输出的所述第一碱基像素点的第一亮度校正值和所述第二碱基像素点的第二亮度校正值;
根据不同亮度串扰方向上的第一亮度校正值和第二亮度校正值,确定各所述单位亮度下降比,其中,一所述单位亮度下降比对应一所述亮度串扰方向;
根据各所述单位亮度下降比,建立所述亮度值映射表。
7.如权利要求4所述碱基簇亮度校正方法,其特征在于,在所述对于任一所述孤立碱基簇,在所述孤立碱基簇的碱基簇中心点对应的碱基簇相邻区域内提取至少一个碱基像素点的步骤之前,所述碱基簇亮度校正方法还包括:
获取所述孤立碱基簇内的至少一个碱基像素点;
在各所述碱基像素点中选取亮度值最大的碱基像素点作为所述孤立碱基簇的碱基簇中心点。
8.一种碱基簇亮度校正装置,其特征在于,所述碱基簇亮度校正装置包括:
获取模块,用于若检测到碱基簇图像中待校正碱基簇存在亮度串扰碱基簇,则获取所述亮度串扰碱基簇相对于所述待校正碱基簇的亮度串扰方向;
确定模块,用于确定所述亮度串扰方向上的亮度值映射表,其中,所述亮度值映射表用于存储与所述待校正碱基簇相距不同像素距离下的亮度串扰碱基簇的第一实际亮度值与亮度校正值之间的映射关系;
查询模块,用于在所述亮度值映射表中查询所述第一实际亮度值对应的亮度校正值;
校正模块,用于根据所述亮度校正值,对所述待校正碱基簇的第二实际亮度值进行校正,得到亮度校正结果。
9.一种电子设备,其特征在于,所述电子设备包括:
至少一个处理器;
与所述至少一个处理器通信连接的存储器;
所述存储器存储有可被所述至少一个处理器执行的指令,所述指令被所述至少一个处理器执行,以使所述至少一个处理器能够执行权利要求1至7中任一项所述的碱基簇亮度校正方法的步骤。
10.一种计算机可读存储介质,其特征在于,所述计算机可读存储介质上存储有实现碱基簇亮度校正方法的程序,所述实现碱基簇亮度校正方法的程序被处理器执行以实现如权利要求1至7中任一项所述碱基簇亮度校正方法的步骤。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN202310693996.8A CN116721029A (zh) | 2023-06-12 | 2023-06-12 | 碱基簇亮度校正方法、装置、电子设备及可读存储介质 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN202310693996.8A CN116721029A (zh) | 2023-06-12 | 2023-06-12 | 碱基簇亮度校正方法、装置、电子设备及可读存储介质 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN116721029A true CN116721029A (zh) | 2023-09-08 |
Family
ID=87872916
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN202310693996.8A Pending CN116721029A (zh) | 2023-06-12 | 2023-06-12 | 碱基簇亮度校正方法、装置、电子设备及可读存储介质 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
CN (1) | CN116721029A (zh) |
-
2023
- 2023-06-12 CN CN202310693996.8A patent/CN116721029A/zh active Pending
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
CN111783392B (zh) | 图纸审查结果显示方法及相关设备 | |
CN110988849A (zh) | 雷达系统的标定方法、装置、电子设备及存储介质 | |
CN110096540B (zh) | 测绘数据转换方法、设备、存储介质及装置 | |
CN110781263A (zh) | 房源信息展示方法、装置、电子设备及计算机存储介质 | |
KR20200092853A (ko) | 정보 출력 방법 및 장치 | |
CN110633383A (zh) | 一种重复房源的识别方法、装置、电子设备及可读介质 | |
CN112150491B (zh) | 图像检测方法、装置、电子设备和计算机可读介质 | |
CN113218328A (zh) | 基于三维激光扫描的设备检修方法、装置、设备及介质 | |
CN117191080A (zh) | 相机与imu外参的标定方法、装置、设备及存储介质 | |
CN116721029A (zh) | 碱基簇亮度校正方法、装置、电子设备及可读存储介质 | |
CN109389119B (zh) | 兴趣点区域确定方法、装置、设备和介质 | |
WO2023070870A1 (zh) | 标识定位方法、装置、电子设备及计算机可读存储介质 | |
CN115546417A (zh) | 三维重建方法、系统、电子设备及计算机可读存储介质 | |
CN115620264A (zh) | 车辆定位方法、装置、电子设备和计算机可读介质 | |
CN113628284B (zh) | 位姿标定数据集生成方法、装置、系统、电子设备及介质 | |
CN112651393B (zh) | 兴趣点数据处理方法、装置、设备及存储介质 | |
CN114155545A (zh) | 表格识别方法、装置、可读介质及电子设备 | |
CN114494379A (zh) | 基于fpfh的凸包辅助三维点云配准方法、设备及介质 | |
CN109712547B (zh) | 一种显示屏平面亮度测量方法、装置、计算机设备及存储介质 | |
CN115201796B (zh) | 一种车辆传感器的外参校正方法 | |
CN111461982B (zh) | 用于拼接点云的方法和装置 | |
CN117475004A (zh) | 角点排序方法、设备、存储介质及程序产品 | |
CN116843768A (zh) | 碱基簇亮度检测方法、电子设备及可读存储介质 | |
CN117077262A (zh) | 一种数据处理方法、装置、电子设备、计算机可读介质 | |
CN117437288B (zh) | 摄影测量方法、装置、设备及存储介质 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
PB01 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination |