CN116640750A - 一种幽门螺杆菌特异性cd8+t细胞表位肽及其应用 - Google Patents

一种幽门螺杆菌特异性cd8+t细胞表位肽及其应用 Download PDF

Info

Publication number
CN116640750A
CN116640750A CN202310634710.9A CN202310634710A CN116640750A CN 116640750 A CN116640750 A CN 116640750A CN 202310634710 A CN202310634710 A CN 202310634710A CN 116640750 A CN116640750 A CN 116640750A
Authority
CN
China
Prior art keywords
ureb
specific
peptide
helicobacter pylori
cell
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN202310634710.9A
Other languages
English (en)
Inventor
李滨
吴超
张金
何涛君
张芳
魏珊珊
宁洁
袁寒梅
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Eighth Affiliated Hospital of Sun Yat Sen University
Original Assignee
Eighth Affiliated Hospital of Sun Yat Sen University
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Eighth Affiliated Hospital of Sun Yat Sen University filed Critical Eighth Affiliated Hospital of Sun Yat Sen University
Publication of CN116640750A publication Critical patent/CN116640750A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/14Hydrolases (3)
    • C12N9/78Hydrolases (3) acting on carbon to nitrogen bonds other than peptide bonds (3.5)
    • C12N9/80Hydrolases (3) acting on carbon to nitrogen bonds other than peptide bonds (3.5) acting on amide bonds in linear amides (3.5.1)
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61KPREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/02Bacterial antigens
    • A61K39/0208Specific bacteria not otherwise provided for
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P31/00Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
    • A61P31/04Antibacterial agents
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12YENZYMES
    • C12Y305/00Hydrolases acting on carbon-nitrogen bonds, other than peptide bonds (3.5)
    • C12Y305/01Hydrolases acting on carbon-nitrogen bonds, other than peptide bonds (3.5) in linear amides (3.5.1)
    • C12Y305/01005Urease (3.5.1.5)
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/569Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for microorganisms, e.g. protozoa, bacteria, viruses
    • G01N33/56911Bacteria
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/573Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for enzymes or isoenzymes
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2333/00Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
    • G01N2333/195Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from bacteria
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2333/00Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
    • G01N2333/90Enzymes; Proenzymes
    • G01N2333/914Hydrolases (3)
    • G01N2333/978Hydrolases (3) acting on carbon to nitrogen bonds other than peptide bonds (3.5)
    • G01N2333/98Hydrolases (3) acting on carbon to nitrogen bonds other than peptide bonds (3.5) acting on amide bonds in linear amides (3.5.1)
    • YGENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y02TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
    • Y02ATECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
    • Y02A50/00TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE in human health protection, e.g. against extreme weather
    • Y02A50/30Against vector-borne diseases, e.g. mosquito-borne, fly-borne, tick-borne or waterborne diseases whose impact is exacerbated by climate change

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Mycology (AREA)
  • Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
  • Communicable Diseases (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Peptides Or Proteins (AREA)

Abstract

本发明属于蛋白质工程技术领域,具体涉及一种幽门螺杆菌特异性CD8+T细胞表位肽及其应用。为针对H.pyloriUreB开发CD8+T细胞优势表位肽,本发明在幽门螺杆菌感染个体的外周血中检测到UreB肽特异性CD8+T细胞反应,筛选并鉴定了UreB的三个主要表位,并阐明了它们的HLA‑I限制特征,初步阐明了H.pylori感染期间优势表位反应与胃部症状之间的关系以及H.pylori自然感染人群潜在的保护性或破坏性免疫反应机制,为解决H.pylori感染后不同程度的胃部症状提供理论依据,可用于H.pylori感染的诊断,抗细菌感染疫苗的研发等。

Description

一种幽门螺杆菌特异性CD8+T细胞表位肽及其应用
技术领域
本发明属于蛋白质工程技术领域,具体涉及一种幽门螺杆菌特异性CD8+T细胞表位肽及其应用。
背景技术
幽门螺杆菌(Helicobacterpylori,H.pylori)可在人和动物胃部的强酸性、微需氧环境中存活并分泌大量抗原成分,最终导致机体产生慢性胃炎、胃及十二指肠溃疡、胃癌等。大量动物模型及H.pylori感染个体的研究结果表明,机体细胞免疫应答在控制H.pylori感染过程中发挥了重要的作用。例如特异性CD4+T细胞可分泌多种细胞因子,能有效降低H.pylori的定植量,并且这类特异性CD4+T细胞的应答机制及免疫功效,已经相对完整地被研究和阐明。但机体自然感染H.pylori后可稳定地定植于胃黏膜,形成局部的长期感染,而局部的免疫反应(如特异性CD4+T细胞应答)却无法完全清除定植的H.pylori。说明仅从特异性CD4+T细胞应答的角度,并不能完全阐明机体抗H.pylori感染的免疫应答机制。
近年来,一些研究开始关注CD8+T细胞免疫反应,试图为分析机体H.pylori感染期间的免疫反应提供新的视角。人体感染H.pylori的研究表明,特异性CD8+T细胞在H.pylori感染中起到了至关重要的保护作用。然而,小鼠感染H.pylori的胃黏膜特异性CD8+T细胞数量显著增加,却引发了严重的局部炎症反应,甚至胃黏膜萎缩。这些截然不同的科学研究结果表明,特异性CD8+T细胞参与了机体抗H.pylori感染免疫反应,但其特定功能仍存在争议。而且目前的研究主要集中在H.pylori感染个体中CD8+T细胞数量的变化,H.pylori抗原成分诱导的特异性CD8+T细胞的反应水平和强度的变化尚未得到明确的研究,尤其是H.pylori抗原表位特异性CD8+T细胞的研究很少被提及。基于此,有必要对机体抗H.pylori感染的特异性CD8+T细胞反应功能和具体免疫应答机制做进一步的探究。
尿素酶(Urease)是H.pylori分泌主要毒力因子之一,其与H.pylori在胃黏膜的存活定植和感染密切相关。而尿素酶B亚单位(UreB)具有很好的免疫原性,其引起的CD4+T细胞应答已被证明具有保护作用。T细胞发挥免疫功能需要T细胞表面受体TCR识别结合抗原,但TCR并不是直接识别整个抗原,而是通过与抗原提呈细胞(APC)表面的表位肽结合,从而有助于清除体内的H.pylori,发挥免疫保护作用。因此,筛选得到的T细胞表位肽一方面将成为研发H.pylori疫苗抗原成分的重要来源,有助于缩短H.pylori疫苗的研发周期;另一方面可运用于快速诊断是否感染H.pylori的皮试实验,类似于结核菌素试验。
表位又称抗原决定簇,是决定抗原特异性的关键氨基酸序列。当H.pylori进入机体时,经抗原提呈细胞(APC)处理后形成几个肽段,随后这些表位肽与MHC I/II类分子结合,以肽-MHC复合物的形式表达在APC表面。同时,特异性T细胞表面的受体TCR能特异性识别APC细胞表面的肽段(表位),进而引起特异性免疫应答反应。也就是说,特异性T细胞免疫应答与整个抗原分子上的几个优势肽(表位)有关,即“免疫优势”现象。HLA-I分子严格限制特定CD8+T细胞的抗原识别,使它只能识别与MHC-I分子结合的优势肽。研究表明,不同的HLA-I基因型与H.pylori感染密切相关,不同的HLA-I等位基因导致CD8+T细胞反应呈现不同的差异性。也在因为此,个体特异性免疫反应最终导致H.pylori感染后表现出不同的胃临床症状和预后幽门螺杆菌再感染的几率。因此,针对H.pylori UreB开发CD8+T细胞优势表位肽,对防治H.pylori而言,无疑具有非常巨大的潜力。
发明内容
为了克服上述现有技术的不足,本发明在幽门螺杆菌感染个体的外周血中检测到UreB肽特异性CD8+T细胞反应,筛选并鉴定了UreB的三个主要表位,并阐明了它们的HLA-I限制特征。本发明初步阐明了H.pylori感染期间优势表位反应与胃部症状之间的关系,有助于进一步阐明H.pylori自然感染人群潜在的保护性或破坏性免疫反应机制,为解决H.pylori感染后不同程度的胃部症状提供坚实的理论依据。
为实现上述目的,本发明是通过以下技术方案来实现的:
本发明第一方面提供了一种幽门螺杆菌特异性CD8+T细胞表位肽,所述CD8+T细胞表位肽选自如SEQ ID NO.2{UreB-PoolA-A2(UreB443-451):GVKPNMIIK}、SEQ ID NO.14{UreB-PoolB-B4(UreB420-428):SEYVGSVEV}、SEQ ID NO.21{UreB-PoolC-C1(UreB5-13):SRKEYVSMY}所示的至少一个多肽。
通过对等位基因数据库中中国汉族人群的HLA-I基因型进行分析,发现HLA-A*1101、HLA-B*4001和HLA-Cw*0702是最常见的基因型。然后利用IEDB数据库对这3个主要HLA-I基因型限制的H.pylori-UreB肽段进行预测,合成预测前10位的非重叠肽段。合成多肽的长度在9-12mer范围内。接着根据HLA-I基因型将30个限制性抗原表位肽组合成3个肽库,分别为PoolA(A1-A10)、PoolB(B1-B10)和PoolC(C1-C10),再以这3个肽库为基础,构建了UreB免疫优势肽特异性CD8+T细胞的体外扩增培养体系,成功培养出PoolA-A2(UreB443-451)、PoolB-B4(UreB420-428)及PoolC-C1(UreB5-13)三个优势肽特异性CD8+T细胞。免疫优势肽A2(UreB443-451)、B4(UreB420-428)和C1(UreB5-13)长度均为9mer,是特异性CD8+T细胞识别的最小抗原表位。
免疫优势是指在个体感染期间T细胞识别并结合抗原优势表位(肽/氨基酸序列),从而产生特异、强烈的T细胞免疫应答反应。换句话说,机体针对抗原的免疫应答反应主要是整个抗原分子上的一个或少数几个优势显性肽段(表位)所激发应答的综合体现。H.pylori可以产生大量的尿素酶,该尿素酶对细菌在体内的定植及致病发挥着重要作用。尿素酶主要由A(UreA)和B(UreB)两个亚单位组成,分子量分别约为30kD和63kD。多项研究证实尿素酶B亚单位(UreB)是幽门螺杆菌的一个重要保护性抗原,H.pylori-UreB疫苗已被证明能有效激活特异性CD4+T细胞反应,从而有效减少体内H.pylori定植,起到保护机体的作用。可令人遗憾的是,特异性CD4+T细胞虽然在控制H.pylori感染过程中起到了重要作用,却无法彻底将体内的H.pylori清除,机体自然感染H.pylori后,往往会发展成长期持续的慢性感染。因此,本发明尝试在H.pylori特异性CD8+T细胞上寻求新的抗H.pylori感染的免疫应答机制。围绕H.pylori-UreB特异性CD8+T细胞展开研究,用体外检测的方法筛选出UreB抗原免疫优势应答的肽库及肽段,接着构建了UreB免疫优势肽的CD8+T细胞的体外扩增培养体系,最终为免疫优势核心肽的确定及免疫优势应答表位谱的特征及功能的阐述奠定了基础。本发明重点聚焦在胃肠症状组中特异性CD8+T细胞优势应答谱的特点,为深入认识H.pylori感染后免疫应答的功能与机制提供了新思路,为解析H.pylori感染及相关胃肠道疾病的致病机理提供了新线索。
本发明第二方面提供了第一方面所述的幽门螺杆菌特异性CD8+T细胞表位肽的编码基因。
本发明第三方面提供了含有第二方面所述的编码基因的生物材料,所述生物材料包括重组表达载体、表达盒、重组菌或宿主细胞。
本发明第四方面提供了第一方面所述的幽门螺杆菌特异性CD8+T细胞表位肽在制备评估幽门螺杆菌疫苗效果的相关试剂或试剂盒中的应用。
本发明第五方面提供了第一方面所述的幽门螺杆菌特异性CD8+T细胞表位肽在制备幽门螺杆菌感染诊断试剂或试剂盒中的应用。
本发明第六方面提供了第一方面所述的幽门螺杆菌特异性CD8+T细胞表位肽在制备防治幽门螺杆菌疫苗中的应用。
本发明揭示了特异性CD8+T细胞应答的核心表位氨基酸序列9mer分别为GVKPNMIIK、SEYVGSVEV、SRKEYVSMY,为解决H.pylori感染后不同程度的胃部症状提供坚实的理论依据,可用于H.pylori感染的诊断,抗细菌感染疫苗的研发等方面。
本发明第七方面提供了一种多肽疫苗,所述多肽疫苗包括第一方面所述的幽门螺杆菌特异性CD8+T细胞表位肽。
优选地,所述多肽疫苗还包括药学上可接受的佐剂。进一步地,所述佐剂包括但不限于壳聚糖、载体蛋白。
本发明第八方面提供了一种用于幽门螺杆菌疫苗效果评价或抗原感染诊断的试剂盒,所述试剂盒包括第一方面所述的幽门螺杆菌特异性CD8+T细胞表位肽。
与现有技术相比,本发明的有益效果是:
本发明在幽门螺杆菌感染个体的外周血中检测到UreB肽特异性CD8+T细胞反应,筛选并鉴定了UreB的三个主要表位{UreB-PoolA-A2(UreB443-451):GVKPNMIIK、UreB-PoolB-B4(UreB420-428):SEYVGSVEV、UreB-PoolC-C1(UreB5-13):SRKEYVSMY},并阐明了它们的HLA-I限制特征,初步阐明了H.pylori感染期间优势表位反应与胃部症状之间的关系,有助于进一步阐明H.pylori自然感染人群潜在的保护性或破坏性免疫反应机制,为解决H.pylori感染后不同程度的胃部症状提供坚实的理论依据。本研究从抗原、表位的角度阐述T细胞应答强弱。在感染患者中开展优势应答研究,可用于H.pylori感染的诊断;而在既往感染者中筛选的优势应答多起保护性效应,可用于抗H.pylori细菌感染疫苗的研发。
附图说明
图1为供体对H.pylori-UreB肽库和DMSO应答情况;
图2为供体对H.pylori-UreB肽库与DMSO应答水平分析;
图3为Donor1特异性优势表位的筛选结果;
图4为UreB-PoolA应答者优势表位筛选结果;
图5为Donor2特异性优势表位的筛选结果;
图6为UreB-Pool B应答者优势表位的筛选结果;
图7为Donor3特异性优势表位的筛选结果;
图8为UreB-Pool C应答者优势表位的筛选结果;
图9为74例应答者的特异性HLA-I基因型分析结果(提示该表位呈现HLA-A*11:01HLA-B*4601和HLA-Cw*0702的限制性特点);
图10为特异性HLA-I基因型的网站预测结果;
图11为UreB-PoolB-A2应答者的HLA-I限制性表达谱;
图12为UreB-PoolB-B4(A)和UreB-PoolC-C1(B)应答者的HLA-I限制性表达谱。
具体实施方式
下面对本发明的具体实施方式作进一步说明。在此需要说明的是,对于这些实施方式的说明用于帮助理解本发明,但并不构成对本发明的限定。此外,下面所描述的本发明各个实施方式中所涉及的技术特征只要彼此之间未构成冲突就可以相互组合。
下述实施例中的实验方法,如无特殊说明,均为常规方法,下述实施例中所用的试验材料,如无特殊说明,均为可通过常规的商业途径购买得到。
实施例1H.pylori-UreB氨基酸系列短肽的获取及合成
(1)合成预测氨基酸短肽(9-12mer)序列
通过对等位基因数据库(http://tools.iedb.org/mhci/)中的中国汉族人群的HLA-I基因型进行分析,发现HLA-A*1101、HLA-B*4001和HLA-Cw*0702是最常见的基因型。然后利用IEDB数据库(https://www.iedb.org/)对这3个主要HLA-I基因型限制的H.pylori-UreB短肽进行预测,并通过重叠肽合成技术合成预测前10位的非重叠肽段(由上海强耀公司完成)。其中,表1是利用IEDB数据库对HLA-A*11:01基因型限制的H.pylori-UreB肽段进行预测,得到10条肽段,这10条肽段的集合我们定义为UreB-PoolA。表2是利用IEDB数据库对HLA-B*40:01基因型限制的H.pylori-UreB肽段进行预测,得到10条肽段,这10条肽段的集合我们定义为UreB-Pool B。表3是利用IEDB数据库对HLA-C*07:02基因型限制的H.pylori-UreB肽段进行预测,得到10条肽段,这10条肽段的集合我们定义为UreB-Pool C。
(2)合成系列短肽的溶解与保存
所有H.pylori-Ure B的合成肽纯度为90%以上,每条短肽合成的质量为5mg(2mg+2mg+1mg),统一取出质量为2mg的短肽用于肽的稀释溶解,避免将储存肽的反复冻融,影响肽的功能。
表1UreB-PoolA(9-12mer)系列短肽的氨基酸信息
表2UreB-Pool B(9-12mer)系列短肽的氨基酸信息
表3UreB-Pool C(9-12mer)系列短肽的氨基酸信息
实施例2H.pylori-UreB表位肽特异性CD8+T细胞的应答分析及优势应答的肽库和9mer肽段的筛选
1、UreB优势肽库特异性的CD8+T细胞系的构建
在实施例1体外筛选出UreB优势应答肽段的基础上,对其优势肽特异性CD8+T细胞的体外扩增培养体系进行构建,通过不断地摸索、优化体外培养体系,最终成功地培养出UreB优势肽库特异性的CD8+T细胞系。具体过程为:
(1)先从医院获取H.pylori感染患者的EDTA抗凝血样本(共698例,样本来自中山大学第八附属医院,获得相关伦理委员会审批同意),然后将3mL样本放入超速离心机进行离心(1800rpm离心5min);
(2)离心完成后,弃掉血清,加入3mL生理盐水重悬沉淀血细胞;
(3)取15mL离心管,加入4mL ficoll,再用吸管将步骤(2)的血细胞悬液轻柔地加入其中,动作一定要轻柔,不能破坏ficoll液面;
(4)血细胞悬液加入完成后,将15mL离心管放入超速离心机内800g离心20min,升降速为1g/0g;
(5)待离心完毕后,可见离心管自上至下分为四层,第二层乳白色淋巴细胞层即为PBMC;
(6)取15mL离心管,加入10mL生理盐水,再将PBMC全部吸到离心管中,混匀后250g离心10min,重复一次;
(7)离心完成后,弃掉上清,加入1mL 1640培养基,吹打混匀,取1/10量与UreB肽库(1μL/样本)混合孵育1h,将肽段负载于细胞;
(8)剩余PBMC细胞经计数后将细胞转移至48孔细胞培养板(0.9mL/孔,细胞量为106/孔),待步骤(7)的细胞负载肽段完成后,将其对应加入培养板中(0.1mL/孔),与未负载细胞混合,然后放置于37℃孵箱孵育;
(9)共孵育10天,期间每日需对细胞生长状态进行评估并酌情更换培养基,并通过流式细胞检测得到UreB优势肽库特异性的CD8+T细胞系(UreB优势肽库特异性的CD8+T细胞系受到刺激后,分泌的IFN-γ的量比对照组更多,具有统计学差异)。
2、优势应答的肽库和9mer肽段的筛选
在构建得到UreB优势肽库特异性的CD8+T细胞系的基础上,进一步开展了免疫优势肽库及核心短肽的筛选,通过体外检测、体外扩增培养鉴定出了UreB-PoolA-A2(UreB443-451):GVKPNMIIK、UreB-PoolB-B4(UreB420-428):SEYVGSVEV、UreB-PoolC-C1(UreB5-13):SRKEYVSMY共3个免疫优势表位。通过特异性CD8+T细胞培养体系培养得到的特异性CD8+T细胞进行免疫优势肽的筛选过程具体为:
(1)取一定量(一般需约1×106cells/样本,培养的细胞浓度约为2-2.5×106/mL)特异性CD8+T细胞重悬于新鲜RF-10中,并将细胞铺到96孔U底板中(100μL/孔),然后分别加入UreB-A-pool、UreB-B-pool、UreB-C-pool肽库,同时设立混合优势肽库阳性对照孔及DMSO阴性对照孔,肽的最终刺激浓度为1μM,每孔加入0.15μL Golistop和0.2μL肽,最后补RF-10完全培养基至每孔终体积为200μL,37℃、5%CO2孵箱中刺激培养5h;
(2)5h后,加入50μL特异性T细胞表面抗体(PerCP-Cy5.5抗人CD3抗体,APC抗人CD8抗体,FITC抗人CD4抗体)进行流式细胞表染,4℃孵育30分钟;
(3)孵育完成后,离心弃掉上清,加入0.1ml固定液固定细胞20min;
(4)固定完成后,离心弃掉上清,再加入0.1ml破膜液破膜30min;
(5)固定完成后,离心弃掉上清,加入细胞因子抗体(PE抗人IFN-γ抗体)进行细胞内因子(Intracellular cytokine staining,ICS)染色30min;
(6)完成上述步骤后,通过流式细胞仪进行流式细胞检测,最后采用Flowjo软件分析特异性CD8+T细胞的应答情况。通过ICS实验观察分泌IFN-γ的CD8+T细胞占总CD8+T细胞的比例来评估H.pylori-UreB优势肽特异性信号的强弱。实验以IFN-γ分泌量作为评估H.pylori-UreB优势肽特异性信号的强弱的标准。
检测标准为:特异性CD8+T细胞分泌的IFN-γ量。如果UreB-A-pool、UreB-B-pool、UreB-C-pool肽库分别刺激后的特异性CD8+T细胞分泌的IFN-γ量明显高于空白对照组,则表明UreB-A-pool、UreB-B-pool、UreB-C-pool肽库中存在与特异性CD8+T细胞结合的优势表位肽段;
(7)再选择对特异性CD8+T细胞有反应的肽库(UreB-A-pool或UreB-B-pool或UreB-C-pool),用肽库中的每条肽段(共10条)分别去刺激特异性CD8+T细胞,同样是通过检测刺激后的特异性CD8+T细胞分泌的IFN-γ量与空白对照组的差别,以此筛选得到特异性CD8+T细胞的优势表位肽段。
3、筛选结果
图1、2是Donor1、Donor2、Donor3特异性CD8+T细胞的应答分析及优势应答的肽库。UreB-A-pool、UreB-B-pool、UreB-C-pool肽库分别刺激Donor1、Donor2、Donor3的特异性CD8+T细胞后,其分泌的IFN-γ量明显高于空白对照组,表明UreB-A-pool、UreB-B-pool、UreB-C-pool肽库中存在分别与Donor1、Donor2、Donor3特异性CD8+T细胞结合的优势表位肽段。
图3是分别用PoolA的10条肽段(A1-A10)去刺激Donor1的特异性CD8+T细胞,通过流式检测特异性CD8+T细胞分泌的IFN-γ量,来筛选优势表位肽;图4则是在图3的基础上,对更多的UreB-PoolA应答者进行优势表位筛选,可以发现A2仍然是应答频率最高的优势表位,由此也可以说明UreB-PoolA-A2(UreB443-451):GVKPNMIIK作为核心表位肽具有普遍性。
图5是分别用PoolA的10条肽段(B1-B10)去刺激Donor2的特异性CD8+T细胞,通过流式检测特异性CD8+T细胞分泌的IFN-γ量,来筛选优势表位肽;图6则是在图5的基础上,对更多的UreB-Pool B应答者进行优势表位筛选,可以发现B4仍然是应答频率最高的优势表位,由此也可以说明UreB-PoolB-B4(UreB420-428):SEYVGSVEV作为核心表位肽具有普遍性。
图7是分别用Pool C的10条肽段(C1-C10)去刺激Donor3的特异性CD8+T细胞,通过流式检测特异性CD8+T细胞分泌的IFN-γ量,来筛选优势表位肽;图8则是在图7的基础上,对更多的UreB-Pool C应答者进行优势表位筛选,可以发现C1仍然是应答频率最高的优势表位,由此也可以说明UreB-PoolC-C1(UreB5-13):SRKEYVSMY作为核心表位肽具有普遍性。
实施例3二代测序检测样本的HLA-I基因型
将H.pylori感染者的外周全血样本(样本来自中山大学第八附属医院,获得相关伦理委员会审批同意),用Ficoll密度梯度离心分离得到的最下层,即粒细胞和红细胞层,送往广州博富瑞医学检验有限公司,用二代测序法对样本的HLA-I基因型进行分析鉴定。分型以HLA-I基因为研究对象,针对HLA-A、B和C其3个位点的多个等位基因的高分辨基因分型进行检测。以PCR扩增为基础,经过文库构建,上机读数,然后数据分析,得出HLA分型结果,NGS可以同时检测外显子和内含子区域,同时在杂合位点间距不大的情况下,NGS可以有效的确认杂合位点所属的等位基因。从而有效的减少模棱两可,增加了结果的分辨率。
众所周知,每个个体均存在特定的HLA基因型,决定了机体特有的免疫应答特征与规律,与疾病的发生、发展和预后密切相关。CD8+T细胞表位受HLA-I分子的严格限制性调控。因此特地对已鉴定的74例应答者(对优势表位肽的应答者)的特异性HLA-I基因型进行分析,发现HLA-I基因型的最高频率分别为HLA-A*1101、HLA-B*4601和HLA-C*0702。与网站(http://tools.iedb.org/mhci/)预测结果相比,HLA-A和HLA-C基因型的最高频率相同,而HLA-B*4001位于实际检测的第二位置,且HLA-B基因分布的多态性也高于HLA-A和HLA-C,详见图9、10。
对于优势肽A2、B4和C1应答者,检测到他们的HLA-I基因型多为杂合子。为了进一步明确优势肽的HLA-I限制性特征,进行了相关的实验验证(方法同“优势应答的肽库和9mer肽段的筛选”)。结果发现,对A2肽的应答Donor1为HLA-A*0207,1101杂合等位基因。用不同HLA-A类型的B细胞作为APCs(抗原提呈细胞),负载UreB-A2肽段以刺激特异性T细胞。研究对象自体的APCs和H485的B细胞均表达HLA-A*1101,并有效激活UreB-A2特异性T细胞应答。而来自H694、H256和H602的B细胞不表达HLA-A*1101,也不能有效刺激UreB-A2特异性T细胞应答。因此,UreB-A2优势应答表位为HLA-A*1101限制性。详见图11。
此外,采用类似的方法检测了B4和C1应答者的HLA-I限制性表达谱。发现UreB-B4优势肽由HLA-B*4001递呈,而UreB-C1w由HLA-Cw*0702递呈。详见图12。
综上所述可见,本发明重点关注H.pylori感染胃肠症状组患者,围绕其UreB特异性CD8+T细胞优势应答谱及显性表位谱展开相关研究,揭示了UreB-A-pool/B-pool/C-pool显性表位特异性CD8+T细胞应答的核心表位氨基酸序列9mer分别为GVKPNMIIK、SEYVGSVEV、SRKEYVSMY,并且揭示了这三个表位的限制性特点分别为HLA-A*11:01、HLA-B*4001、HLA-Cw*0702。目前关于H.pylori特异性CD8+T细胞已有的研究仅仅局限在应答细胞的数量和强度,对于特异性CD8+T细胞应答的抗原(肽)特异性差异和应答谱学特征,以及与H.pylori感染胃部疾病的相关性和作用机制研究,迄今仍不清楚。本发明经研究发现,HLA限制性CD8+T细胞应答或功能差异,可能降低H.pylori感染相关胃肠道疾病的发生,减轻局部的炎症反应。本发明将为阐述H.pylori感染及相关胃肠道疾病可能的致病机理提供新线索,为抗H.pylori感染的疫苗研发提供候选抗原分子和理论依据,也为感染后疾病的不同进程评估提供诊断依据。
以上对本发明的实施方式作了详细说明,但本发明不限于所描述的实施方式。对于本领域的技术人员而言,在不脱离本发明原理和精神的情况下,对这些实施方式进行多种变化、修改、替换和变型,仍落入本发明的保护范围内。

Claims (9)

1.一种幽门螺杆菌特异性CD8+T细胞表位肽,其特征在于,所述CD8+T细胞表位肽选自如SEQ ID NO.2、SEQ ID NO.14、SEQ ID NO.21所示的至少一个多肽。
2.权利要求1所述的幽门螺杆菌特异性CD8+T细胞表位肽的编码基因。
3.含有权利要求2所述的编码基因的生物材料,其特征在于,所述生物材料包括重组表达载体、表达盒、重组菌或宿主细胞。
4.权利要求1所述的幽门螺杆菌特异性CD8+T细胞表位肽在制备评估幽门螺杆菌疫苗效果的相关试剂或试剂盒中的应用。
5.权利要求1所述的幽门螺杆菌特异性CD8+T细胞表位肽在制备幽门螺杆菌感染诊断试剂或试剂盒中的应用。
6.权利要求1所述的幽门螺杆菌特异性CD8+T细胞表位肽在制备防治幽门螺杆菌疫苗中的应用。
7.一种多肽疫苗,其特征在于,包括权利要求1所述的幽门螺杆菌特异性CD8+T细胞表位肽。
8.根据权利要求7所述的一种多肽疫苗,其特征在于,还包括药学上可接受的佐剂。
9.一种用于幽门螺杆菌疫苗效果评价或抗原感染诊断的试剂盒,其特征在于,包括权利要求1所述的幽门螺杆菌特异性CD8+T细胞表位肽。
CN202310634710.9A 2023-02-28 2023-05-25 一种幽门螺杆菌特异性cd8+t细胞表位肽及其应用 Pending CN116640750A (zh)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202310177757 2023-02-28
CN2023101777577 2023-02-28

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN116640750A true CN116640750A (zh) 2023-08-25

Family

ID=87622653

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202310634710.9A Pending CN116640750A (zh) 2023-02-28 2023-05-25 一种幽门螺杆菌特异性cd8+t细胞表位肽及其应用

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN116640750A (zh)

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP7307048B2 (ja) 腫瘍におけるhlaアレルの分析及びそれらの使用
Bodd et al. HLA-DQ2-restricted gluten-reactive T cells produce IL-21 but not IL-17 or IL-22
CA2793490C (en) Method for differentially quantifying naturally processed hla-restricted peptides for cancer, autoimmune and infectious diseases immunotherapy development
EP2872653B1 (en) Personalized cancer vaccines and adoptive immune cell therapies
US9377460B2 (en) Diagnostic mycobacterium tuberculosis test
ES2341723T3 (es) Procedimiento de evaluacion de la respuesta inmune.
CN113711239A (zh) 利用ii类mhc模型鉴别新抗原
Mysore et al. Protective heterologous T cell immunity in COVID-19 induced by the trivalent MMR and Tdap vaccine antigens
CN1093406A (zh) 可分离的编码肿瘤排斥抗原前体的核酸序列
CN109081867A (zh) 癌症特异性tcr及其分析技术和应用
BR112021005702A2 (pt) método para selecionar neoepítopos
US20230047716A1 (en) Method and system for screening neoantigens, and uses thereof
Flynn et al. Pathogenic human thyroglobulin peptides in HLA-DR3 transgenic mouse model of autoimmune thyroiditis
CN116496383A (zh) 原发性肝癌相关抗原的胸腺依赖性淋巴细胞抗原表位肽及其应用
CN116355057A (zh) 乙型肝炎病毒抗原的胸腺依赖性淋巴细胞抗原表位肽及其应用
US7659084B2 (en) Methods for detecting and isolating antigen-specific T lymphocytes with CD40/C154 inhibitors
Lewis et al. Identification of cow milk epitopes to characterize and quantify disease-specific T cells in allergic children
CN110433285B (zh) 一种个体化肿瘤抗原肽疫苗及其制备方法
CN114907460B (zh) 结核分枝杆菌LTBI-RD相关蛋白抗原Th1表位肽及其应用
CN116640750A (zh) 一种幽门螺杆菌特异性cd8+t细胞表位肽及其应用
EP2696891A1 (en) New vaccines for prevention and treatment of tuberculosis
CN111533795A (zh) Hla-a2限制性膀胱癌肿瘤新抗原肽序列及其应用
CN102516356B (zh) 可用于结核分枝杆菌感染检测的表位多肽及其应用
CN114736276B (zh) 结核分枝杆菌ltbi-rd相关蛋白抗原的ctl表位肽及其应用
CN115028695B (zh) 基于LTBI-RD相关蛋白的Th1和CTL表位肽池及其应用

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination