CN116615527A - 扩大复合微生物群落的方法 - Google Patents
扩大复合微生物群落的方法 Download PDFInfo
- Publication number
- CN116615527A CN116615527A CN202180086426.1A CN202180086426A CN116615527A CN 116615527 A CN116615527 A CN 116615527A CN 202180086426 A CN202180086426 A CN 202180086426A CN 116615527 A CN116615527 A CN 116615527A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- hours
- genus
- bioreactor
- microbial community
- residence time
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 230000000813 microbial effect Effects 0.000 title claims abstract description 142
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 101
- 239000008194 pharmaceutical composition Substances 0.000 claims abstract description 24
- 241000736262 Microbiota Species 0.000 claims description 99
- 239000002054 inoculum Substances 0.000 claims description 34
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 claims description 32
- 239000002131 composite material Substances 0.000 claims description 31
- 244000005700 microbiome Species 0.000 claims description 31
- 238000005273 aeration Methods 0.000 claims description 30
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 claims description 28
- 238000002156 mixing Methods 0.000 claims description 22
- 208000009329 Graft vs Host Disease Diseases 0.000 claims description 17
- 241000192031 Ruminococcus Species 0.000 claims description 17
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 claims description 17
- 230000002550 fecal effect Effects 0.000 claims description 15
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 claims description 15
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 claims description 14
- 239000002577 cryoprotective agent Substances 0.000 claims description 14
- 238000011282 treatment Methods 0.000 claims description 14
- 241000193403 Clostridium Species 0.000 claims description 12
- 241000233866 Fungi Species 0.000 claims description 12
- 206010061218 Inflammation Diseases 0.000 claims description 12
- 239000003814 drug Substances 0.000 claims description 12
- 230000004054 inflammatory process Effects 0.000 claims description 12
- 241000606125 Bacteroides Species 0.000 claims description 11
- 206010012735 Diarrhoea Diseases 0.000 claims description 10
- 241000588769 Proteus <enterobacteria> Species 0.000 claims description 10
- 238000002512 chemotherapy Methods 0.000 claims description 10
- 238000012258 culturing Methods 0.000 claims description 10
- 238000009169 immunotherapy Methods 0.000 claims description 10
- 230000000968 intestinal effect Effects 0.000 claims description 10
- 230000008685 targeting Effects 0.000 claims description 10
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 claims description 9
- 230000000735 allogeneic effect Effects 0.000 claims description 9
- 150000003431 steroids Chemical class 0.000 claims description 9
- 229940076838 Immune checkpoint inhibitor Drugs 0.000 claims description 8
- 102000037984 Inhibitory immune checkpoint proteins Human genes 0.000 claims description 8
- 108091008026 Inhibitory immune checkpoint proteins Proteins 0.000 claims description 8
- 201000010099 disease Diseases 0.000 claims description 8
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 claims description 8
- 239000012274 immune-checkpoint protein inhibitor Substances 0.000 claims description 8
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims description 8
- 230000002458 infectious effect Effects 0.000 claims description 7
- 238000001959 radiotherapy Methods 0.000 claims description 7
- 239000000725 suspension Substances 0.000 claims description 7
- 241000193830 Bacillus <bacterium> Species 0.000 claims description 6
- 208000027244 Dysbiosis Diseases 0.000 claims description 6
- 241000186394 Eubacterium Species 0.000 claims description 6
- 208000022559 Inflammatory bowel disease Diseases 0.000 claims description 6
- 208000008589 Obesity Diseases 0.000 claims description 6
- 230000007140 dysbiosis Effects 0.000 claims description 6
- 239000000945 filler Substances 0.000 claims description 6
- 208000002551 irritable bowel syndrome Diseases 0.000 claims description 6
- 241000194033 Enterococcus Species 0.000 claims description 5
- 241000192001 Pediococcus Species 0.000 claims description 5
- 229940079593 drug Drugs 0.000 claims description 5
- 238000011134 hematopoietic stem cell transplantation Methods 0.000 claims description 5
- 208000004998 Abdominal Pain Diseases 0.000 claims description 4
- 241000194032 Enterococcus faecalis Species 0.000 claims description 4
- 208000018522 Gastrointestinal disease Diseases 0.000 claims description 4
- 241000607598 Vibrio Species 0.000 claims description 4
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 claims description 4
- 229940032049 enterococcus faecalis Drugs 0.000 claims description 4
- 239000007788 liquid Substances 0.000 claims description 4
- 230000002265 prevention Effects 0.000 claims description 4
- 208000022309 Alcoholic Liver disease Diseases 0.000 claims description 3
- 208000024827 Alzheimer disease Diseases 0.000 claims description 3
- 206010003805 Autism Diseases 0.000 claims description 3
- 208000020706 Autistic disease Diseases 0.000 claims description 3
- 208000020925 Bipolar disease Diseases 0.000 claims description 3
- 241000193163 Clostridioides difficile Species 0.000 claims description 3
- 208000015943 Coeliac disease Diseases 0.000 claims description 3
- 206010009900 Colitis ulcerative Diseases 0.000 claims description 3
- 206010010774 Constipation Diseases 0.000 claims description 3
- 208000001528 Coronaviridae Infections Diseases 0.000 claims description 3
- 208000011231 Crohn disease Diseases 0.000 claims description 3
- 206010016654 Fibrosis Diseases 0.000 claims description 3
- 208000004262 Food Hypersensitivity Diseases 0.000 claims description 3
- 206010017533 Fungal infection Diseases 0.000 claims description 3
- 241000605909 Fusobacterium Species 0.000 claims description 3
- 241001112693 Lachnospiraceae Species 0.000 claims description 3
- 241000186660 Lactobacillus Species 0.000 claims description 3
- 206010028116 Mucosal inflammation Diseases 0.000 claims description 3
- 201000010927 Mucositis Diseases 0.000 claims description 3
- 208000018737 Parkinson disease Diseases 0.000 claims description 3
- 206010040047 Sepsis Diseases 0.000 claims description 3
- 206010040070 Septic Shock Diseases 0.000 claims description 3
- 241000607768 Shigella Species 0.000 claims description 3
- 241000194019 Streptococcus mutans Species 0.000 claims description 3
- 241000243774 Trichinella Species 0.000 claims description 3
- 206010067584 Type 1 diabetes mellitus Diseases 0.000 claims description 3
- 201000006704 Ulcerative Colitis Diseases 0.000 claims description 3
- 206010046914 Vaginal infection Diseases 0.000 claims description 3
- 241001261005 Verrucomicrobia Species 0.000 claims description 3
- 230000001154 acute effect Effects 0.000 claims description 3
- 230000001476 alcoholic effect Effects 0.000 claims description 3
- 238000011319 anticancer therapy Methods 0.000 claims description 3
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 claims description 3
- 230000001684 chronic effect Effects 0.000 claims description 3
- 230000007882 cirrhosis Effects 0.000 claims description 3
- 208000019425 cirrhosis of liver Diseases 0.000 claims description 3
- 208000012696 congenital leptin deficiency Diseases 0.000 claims description 3
- 201000003146 cystitis Diseases 0.000 claims description 3
- 230000003009 desulfurizing effect Effects 0.000 claims description 3
- 235000020932 food allergy Nutrition 0.000 claims description 3
- 208000024386 fungal infectious disease Diseases 0.000 claims description 3
- 208000014951 hematologic disease Diseases 0.000 claims description 3
- 229940039696 lactobacillus Drugs 0.000 claims description 3
- 208000001022 morbid obesity Diseases 0.000 claims description 3
- 235000020824 obesity Nutrition 0.000 claims description 3
- 210000004767 rumen Anatomy 0.000 claims description 3
- 201000000980 schizophrenia Diseases 0.000 claims description 3
- 230000036303 septic shock Effects 0.000 claims description 3
- 239000007787 solid Substances 0.000 claims description 3
- 125000002328 sterol group Chemical group 0.000 claims description 3
- 208000001072 type 2 diabetes mellitus Diseases 0.000 claims description 3
- 230000003612 virological effect Effects 0.000 claims description 3
- 206010005940 Bone and joint infections Diseases 0.000 claims description 2
- 241001453172 Fusobacteria Species 0.000 claims description 2
- 208000012671 Gastrointestinal haemorrhages Diseases 0.000 claims description 2
- 230000002496 gastric effect Effects 0.000 claims description 2
- 208000030304 gastrointestinal bleeding Diseases 0.000 claims description 2
- 241000223924 Eimeria Species 0.000 claims 1
- 241001438871 Eisenbergiella Species 0.000 claims 1
- 241000305071 Enterobacterales Species 0.000 claims 1
- 230000003115 biocidal effect Effects 0.000 claims 1
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 232
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 61
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 39
- 238000000855 fermentation Methods 0.000 description 28
- 230000004151 fermentation Effects 0.000 description 28
- 241000282414 Homo sapiens Species 0.000 description 26
- 125000000484 butyl group Chemical group [H]C([*])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 description 21
- 238000001228 spectrum Methods 0.000 description 20
- 230000036541 health Effects 0.000 description 19
- 210000001035 gastrointestinal tract Anatomy 0.000 description 13
- 241000894007 species Species 0.000 description 13
- 208000024908 graft versus host disease Diseases 0.000 description 12
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 11
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 11
- 244000005709 gut microbiome Species 0.000 description 10
- 230000008569 process Effects 0.000 description 10
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 10
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 9
- 238000007710 freezing Methods 0.000 description 9
- 239000012267 brine Substances 0.000 description 8
- 238000000684 flow cytometry Methods 0.000 description 8
- 230000008014 freezing Effects 0.000 description 8
- 238000010874 in vitro model Methods 0.000 description 8
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 8
- 239000006041 probiotic Substances 0.000 description 8
- 230000000529 probiotic effect Effects 0.000 description 8
- 235000018291 probiotics Nutrition 0.000 description 8
- HPALAKNZSZLMCH-UHFFFAOYSA-M sodium;chloride;hydrate Chemical compound O.[Na+].[Cl-] HPALAKNZSZLMCH-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 8
- 238000010257 thawing Methods 0.000 description 8
- 235000002639 sodium chloride Nutrition 0.000 description 7
- 108020004465 16S ribosomal RNA Proteins 0.000 description 6
- FERIUCNNQQJTOY-UHFFFAOYSA-M Butyrate Chemical compound CCCC([O-])=O FERIUCNNQQJTOY-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 6
- FERIUCNNQQJTOY-UHFFFAOYSA-N Butyric acid Natural products CCCC(O)=O FERIUCNNQQJTOY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N Dimethylsulphoxide Chemical compound CS(C)=O IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 241000566145 Otus Species 0.000 description 6
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 6
- 239000003963 antioxidant agent Substances 0.000 description 6
- 235000006708 antioxidants Nutrition 0.000 description 6
- 239000004067 bulking agent Substances 0.000 description 6
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 6
- 230000004083 survival effect Effects 0.000 description 6
- 241000187643 Amycolatopsis Species 0.000 description 5
- 241001478240 Coccus Species 0.000 description 5
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 5
- 238000001914 filtration Methods 0.000 description 5
- 230000000717 retained effect Effects 0.000 description 5
- 230000035899 viability Effects 0.000 description 5
- 108091093088 Amplicon Proteins 0.000 description 4
- CIWBSHSKHKDKBQ-JLAZNSOCSA-N Ascorbic acid Chemical compound OC[C@H](O)[C@H]1OC(=O)C(O)=C1O CIWBSHSKHKDKBQ-JLAZNSOCSA-N 0.000 description 4
- 241000589562 Brucella Species 0.000 description 4
- 241000221955 Chaetomium Species 0.000 description 4
- 201000000297 Erysipelas Diseases 0.000 description 4
- TWRXJAOTZQYOKJ-UHFFFAOYSA-L Magnesium chloride Chemical compound [Mg+2].[Cl-].[Cl-] TWRXJAOTZQYOKJ-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 4
- 241000160321 Parabacteroides Species 0.000 description 4
- 241001057811 Paracoccus <mealybug> Species 0.000 description 4
- WCUXLLCKKVVCTQ-UHFFFAOYSA-M Potassium chloride Chemical compound [Cl-].[K+] WCUXLLCKKVVCTQ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 4
- 241000125579 Siganus sutor Species 0.000 description 4
- 230000003078 antioxidant effect Effects 0.000 description 4
- 238000009472 formulation Methods 0.000 description 4
- 239000000463 material Substances 0.000 description 4
- 239000000546 pharmaceutical excipient Substances 0.000 description 4
- 239000000047 product Substances 0.000 description 4
- 239000002689 soil Substances 0.000 description 4
- 241001430149 Clostridiaceae Species 0.000 description 3
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 description 3
- LYCAIKOWRPUZTN-UHFFFAOYSA-N Ethylene glycol Chemical compound OCCO LYCAIKOWRPUZTN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N Glycerine Chemical compound OCC(O)CO PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 229920002774 Maltodextrin Polymers 0.000 description 3
- DNIAPMSPPWPWGF-UHFFFAOYSA-N Propylene glycol Chemical compound CC(O)CO DNIAPMSPPWPWGF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 241000095588 Ruminococcaceae Species 0.000 description 3
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 3
- 230000000112 colonic effect Effects 0.000 description 3
- GVJHHUAWPYXKBD-UHFFFAOYSA-N d-alpha-tocopherol Natural products OC1=C(C)C(C)=C2OC(CCCC(C)CCCC(C)CCCC(C)C)(C)CCC2=C1C GVJHHUAWPYXKBD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 235000013305 food Nutrition 0.000 description 3
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 3
- 244000005706 microflora Species 0.000 description 3
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 3
- 238000012552 review Methods 0.000 description 3
- 235000010384 tocopherol Nutrition 0.000 description 3
- 239000011732 tocopherol Substances 0.000 description 3
- 229960001295 tocopherol Drugs 0.000 description 3
- 229930003799 tocopherol Natural products 0.000 description 3
- GVJHHUAWPYXKBD-IEOSBIPESA-N α-tocopherol Chemical compound OC1=C(C)C(C)=C2O[C@@](CCC[C@H](C)CCC[C@H](C)CCCC(C)C)(C)CCC2=C1C GVJHHUAWPYXKBD-IEOSBIPESA-N 0.000 description 3
- HDTRYLNUVZCQOY-UHFFFAOYSA-N α-D-glucopyranosyl-α-D-glucopyranoside Natural products OC1C(O)C(O)C(CO)OC1OC1C(O)C(O)C(O)C(CO)O1 HDTRYLNUVZCQOY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- QIJRTFXNRTXDIP-UHFFFAOYSA-N (1-carboxy-2-sulfanylethyl)azanium;chloride;hydrate Chemical compound O.Cl.SCC(N)C(O)=O QIJRTFXNRTXDIP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- DQJCDTNMLBYVAY-ZXXIYAEKSA-N (2S,5R,10R,13R)-16-{[(2R,3S,4R,5R)-3-{[(2S,3R,4R,5S,6R)-3-acetamido-4,5-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-2-yl]oxy}-5-(ethylamino)-6-hydroxy-2-(hydroxymethyl)oxan-4-yl]oxy}-5-(4-aminobutyl)-10-carbamoyl-2,13-dimethyl-4,7,12,15-tetraoxo-3,6,11,14-tetraazaheptadecan-1-oic acid Chemical compound NCCCC[C@H](C(=O)N[C@@H](C)C(O)=O)NC(=O)CC[C@H](C(N)=O)NC(=O)[C@@H](C)NC(=O)C(C)O[C@@H]1[C@@H](NCC)C(O)O[C@H](CO)[C@H]1O[C@H]1[C@H](NC(C)=O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 DQJCDTNMLBYVAY-ZXXIYAEKSA-N 0.000 description 2
- AEQDJSLRWYMAQI-UHFFFAOYSA-N 2,3,9,10-tetramethoxy-6,8,13,13a-tetrahydro-5H-isoquinolino[2,1-b]isoquinoline Chemical compound C1CN2CC(C(=C(OC)C=C3)OC)=C3CC2C2=C1C=C(OC)C(OC)=C2 AEQDJSLRWYMAQI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241000186361 Actinobacteria <class> Species 0.000 description 2
- 241000605059 Bacteroidetes Species 0.000 description 2
- UXVMQQNJUSDDNG-UHFFFAOYSA-L Calcium chloride Chemical compound [Cl-].[Cl-].[Ca+2] UXVMQQNJUSDDNG-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 2
- 208000035473 Communicable disease Diseases 0.000 description 2
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 2
- 102100020743 Dipeptidase 1 Human genes 0.000 description 2
- 108090000204 Dipeptidase 1 Proteins 0.000 description 2
- 241000792859 Enema Species 0.000 description 2
- 241000588921 Enterobacteriaceae Species 0.000 description 2
- 108010015899 Glycopeptides Proteins 0.000 description 2
- 102000002068 Glycopeptides Human genes 0.000 description 2
- VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N Hydrochloric acid Chemical compound Cl VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000005913 Maltodextrin Substances 0.000 description 2
- 241000508269 Psidium Species 0.000 description 2
- 238000011529 RT qPCR Methods 0.000 description 2
- XUIMIQQOPSSXEZ-UHFFFAOYSA-N Silicon Chemical compound [Si] XUIMIQQOPSSXEZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- VMHLLURERBWHNL-UHFFFAOYSA-M Sodium acetate Chemical compound [Na+].CC([O-])=O VMHLLURERBWHNL-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- HDTRYLNUVZCQOY-WSWWMNSNSA-N Trehalose Natural products O[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O[C@@H]1O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O1 HDTRYLNUVZCQOY-WSWWMNSNSA-N 0.000 description 2
- 108010059993 Vancomycin Proteins 0.000 description 2
- HDTRYLNUVZCQOY-LIZSDCNHSA-N alpha,alpha-trehalose Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@H]1O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 HDTRYLNUVZCQOY-LIZSDCNHSA-N 0.000 description 2
- 239000003242 anti bacterial agent Substances 0.000 description 2
- 229940088710 antibiotic agent Drugs 0.000 description 2
- 239000002518 antifoaming agent Substances 0.000 description 2
- 235000010323 ascorbic acid Nutrition 0.000 description 2
- 239000011668 ascorbic acid Substances 0.000 description 2
- 238000000429 assembly Methods 0.000 description 2
- 230000000712 assembly Effects 0.000 description 2
- 210000001124 body fluid Anatomy 0.000 description 2
- 239000010839 body fluid Substances 0.000 description 2
- 239000001110 calcium chloride Substances 0.000 description 2
- 229910001628 calcium chloride Inorganic materials 0.000 description 2
- 235000011148 calcium chloride Nutrition 0.000 description 2
- 239000002775 capsule Substances 0.000 description 2
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 2
- 229960001305 cysteine hydrochloride Drugs 0.000 description 2
- 230000006378 damage Effects 0.000 description 2
- 230000001627 detrimental effect Effects 0.000 description 2
- 239000003085 diluting agent Substances 0.000 description 2
- 150000002016 disaccharides Chemical class 0.000 description 2
- 239000000839 emulsion Substances 0.000 description 2
- 239000007920 enema Substances 0.000 description 2
- 229940079360 enema for constipation Drugs 0.000 description 2
- 238000004108 freeze drying Methods 0.000 description 2
- 239000012520 frozen sample Substances 0.000 description 2
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 2
- 244000005702 human microbiome Species 0.000 description 2
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 2
- 230000007774 longterm Effects 0.000 description 2
- 229910001629 magnesium chloride Inorganic materials 0.000 description 2
- 235000011147 magnesium chloride Nutrition 0.000 description 2
- 230000014759 maintenance of location Effects 0.000 description 2
- 229940035034 maltodextrin Drugs 0.000 description 2
- 239000002674 ointment Substances 0.000 description 2
- 229920005862 polyol Polymers 0.000 description 2
- 150000003077 polyols Chemical class 0.000 description 2
- 239000001103 potassium chloride Substances 0.000 description 2
- 235000011164 potassium chloride Nutrition 0.000 description 2
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 2
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 2
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 2
- 229910052710 silicon Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000010703 silicon Substances 0.000 description 2
- 239000001632 sodium acetate Substances 0.000 description 2
- 235000017281 sodium acetate Nutrition 0.000 description 2
- 235000010378 sodium ascorbate Nutrition 0.000 description 2
- PPASLZSBLFJQEF-RKJRWTFHSA-M sodium ascorbate Substances [Na+].OC[C@@H](O)[C@H]1OC(=O)C(O)=C1[O-] PPASLZSBLFJQEF-RKJRWTFHSA-M 0.000 description 2
- 229960005055 sodium ascorbate Drugs 0.000 description 2
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 2
- 239000000176 sodium gluconate Substances 0.000 description 2
- 235000012207 sodium gluconate Nutrition 0.000 description 2
- 229940005574 sodium gluconate Drugs 0.000 description 2
- PPASLZSBLFJQEF-RXSVEWSESA-M sodium-L-ascorbate Chemical compound [Na+].OC[C@H](O)[C@H]1OC(=O)C(O)=C1[O-] PPASLZSBLFJQEF-RXSVEWSESA-M 0.000 description 2
- 238000003756 stirring Methods 0.000 description 2
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 2
- 239000003826 tablet Substances 0.000 description 2
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 2
- 238000002054 transplantation Methods 0.000 description 2
- 229960003165 vancomycin Drugs 0.000 description 2
- MYPYJXKWCTUITO-UHFFFAOYSA-N vancomycin Natural products O1C(C(=C2)Cl)=CC=C2C(O)C(C(NC(C2=CC(O)=CC(O)=C2C=2C(O)=CC=C3C=2)C(O)=O)=O)NC(=O)C3NC(=O)C2NC(=O)C(CC(N)=O)NC(=O)C(NC(=O)C(CC(C)C)NC)C(O)C(C=C3Cl)=CC=C3OC3=CC2=CC1=C3OC1OC(CO)C(O)C(O)C1OC1CC(C)(N)C(O)C(C)O1 MYPYJXKWCTUITO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- MYPYJXKWCTUITO-LYRMYLQWSA-O vancomycin(1+) Chemical compound O([C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1OC1=C2C=C3C=C1OC1=CC=C(C=C1Cl)[C@@H](O)[C@H](C(N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@H]3C(=O)N[C@H]1C(=O)N[C@H](C(N[C@@H](C3=CC(O)=CC(O)=C3C=3C(O)=CC=C1C=3)C([O-])=O)=O)[C@H](O)C1=CC=C(C(=C1)Cl)O2)=O)NC(=O)[C@@H](CC(C)C)[NH2+]C)[C@H]1C[C@](C)([NH3+])[C@H](O)[C@H](C)O1 MYPYJXKWCTUITO-LYRMYLQWSA-O 0.000 description 2
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- UHPMCKVQTMMPCG-UHFFFAOYSA-N 5,8-dihydroxy-2-methoxy-6-methyl-7-(2-oxopropyl)naphthalene-1,4-dione Chemical compound CC1=C(CC(C)=O)C(O)=C2C(=O)C(OC)=CC(=O)C2=C1O UHPMCKVQTMMPCG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100023990 60S ribosomal protein L17 Human genes 0.000 description 1
- 208000030507 AIDS Diseases 0.000 description 1
- QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N Acetic acid Chemical compound CC(O)=O QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000203069 Archaea Species 0.000 description 1
- 102100029822 B- and T-lymphocyte attenuator Human genes 0.000 description 1
- 108010074708 B7-H1 Antigen Proteins 0.000 description 1
- 101000840545 Bacillus thuringiensis L-isoleucine-4-hydroxylase Proteins 0.000 description 1
- BVKZGUZCCUSVTD-UHFFFAOYSA-M Bicarbonate Chemical compound OC([O-])=O BVKZGUZCCUSVTD-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 241001202853 Blautia Species 0.000 description 1
- 102100027207 CD27 antigen Human genes 0.000 description 1
- 102100038078 CD276 antigen Human genes 0.000 description 1
- 101710185679 CD276 antigen Proteins 0.000 description 1
- 101150013553 CD40 gene Proteins 0.000 description 1
- 108010021064 CTLA-4 Antigen Proteins 0.000 description 1
- 229940045513 CTLA4 antagonist Drugs 0.000 description 1
- OYPRJOBELJOOCE-UHFFFAOYSA-N Calcium Chemical compound [Ca] OYPRJOBELJOOCE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000755920 Christensenella Species 0.000 description 1
- 206010009944 Colon cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000001333 Colorectal Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 241000195493 Cryptophyta Species 0.000 description 1
- 102100025621 Cytochrome b-245 heavy chain Human genes 0.000 description 1
- 102100039498 Cytotoxic T-lymphocyte protein 4 Human genes 0.000 description 1
- FBPFZTCFMRRESA-FSIIMWSLSA-N D-Glucitol Natural products OC[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)CO FBPFZTCFMRRESA-FSIIMWSLSA-N 0.000 description 1
- FBPFZTCFMRRESA-KVTDHHQDSA-N D-Mannitol Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)CO FBPFZTCFMRRESA-KVTDHHQDSA-N 0.000 description 1
- FBPFZTCFMRRESA-JGWLITMVSA-N D-glucitol Chemical compound OC[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)CO FBPFZTCFMRRESA-JGWLITMVSA-N 0.000 description 1
- RGHNJXZEOKUKBD-SQOUGZDYSA-M D-gluconate Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)C([O-])=O RGHNJXZEOKUKBD-SQOUGZDYSA-M 0.000 description 1
- 241000192125 Firmicutes Species 0.000 description 1
- 241000223218 Fusarium Species 0.000 description 1
- 208000002250 Hematologic Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 208000032843 Hemorrhage Diseases 0.000 description 1
- 102100034458 Hepatitis A virus cellular receptor 2 Human genes 0.000 description 1
- 101710083479 Hepatitis A virus cellular receptor 2 homolog Proteins 0.000 description 1
- 101000864344 Homo sapiens B- and T-lymphocyte attenuator Proteins 0.000 description 1
- 101000914511 Homo sapiens CD27 antigen Proteins 0.000 description 1
- 101001037256 Homo sapiens Indoleamine 2,3-dioxygenase 1 Proteins 0.000 description 1
- 101001055145 Homo sapiens Interleukin-2 receptor subunit beta Proteins 0.000 description 1
- 101001137987 Homo sapiens Lymphocyte activation gene 3 protein Proteins 0.000 description 1
- 101000863882 Homo sapiens Sialic acid-binding Ig-like lectin 7 Proteins 0.000 description 1
- 101000914514 Homo sapiens T-cell-specific surface glycoprotein CD28 Proteins 0.000 description 1
- 101000801234 Homo sapiens Tumor necrosis factor receptor superfamily member 18 Proteins 0.000 description 1
- 101000851370 Homo sapiens Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9 Proteins 0.000 description 1
- 101000666896 Homo sapiens V-type immunoglobulin domain-containing suppressor of T-cell activation Proteins 0.000 description 1
- 241000318403 Houstonia Species 0.000 description 1
- 206010020751 Hypersensitivity Diseases 0.000 description 1
- -1 ICOS Proteins 0.000 description 1
- DGAQECJNVWCQMB-PUAWFVPOSA-M Ilexoside XXIX Chemical compound C[C@@H]1CC[C@@]2(CC[C@@]3(C(=CC[C@H]4[C@]3(CC[C@@H]5[C@@]4(CC[C@@H](C5(C)C)OS(=O)(=O)[O-])C)C)[C@@H]2[C@]1(C)O)C)C(=O)O[C@H]6[C@@H]([C@H]([C@@H]([C@H](O6)CO)O)O)O.[Na+] DGAQECJNVWCQMB-PUAWFVPOSA-M 0.000 description 1
- 102100040061 Indoleamine 2,3-dioxygenase 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100026879 Interleukin-2 receptor subunit beta Human genes 0.000 description 1
- 206010023126 Jaundice Diseases 0.000 description 1
- 102000002698 KIR Receptors Human genes 0.000 description 1
- 108010043610 KIR Receptors Proteins 0.000 description 1
- 102000017578 LAG3 Human genes 0.000 description 1
- 241000121629 Majorana Species 0.000 description 1
- 229930195725 Mannitol Natural products 0.000 description 1
- 201000003793 Myelodysplastic syndrome Diseases 0.000 description 1
- 108010082739 NADPH Oxidase 2 Proteins 0.000 description 1
- 206010028813 Nausea Diseases 0.000 description 1
- 208000012902 Nervous system disease Diseases 0.000 description 1
- 208000025966 Neurological disease Diseases 0.000 description 1
- 108010087702 Penicillinase Proteins 0.000 description 1
- 241001223281 Peronospora Species 0.000 description 1
- 239000002202 Polyethylene glycol Substances 0.000 description 1
- 239000004721 Polyphenylene oxide Substances 0.000 description 1
- ZLMJMSJWJFRBEC-UHFFFAOYSA-N Potassium Chemical compound [K] ZLMJMSJWJFRBEC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100024216 Programmed cell death 1 ligand 1 Human genes 0.000 description 1
- 101710089372 Programmed cell death protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 206010037660 Pyrexia Diseases 0.000 description 1
- 208000006265 Renal cell carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 240000004808 Saccharomyces cerevisiae Species 0.000 description 1
- 101001037255 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) Indoleamine 2,3-dioxygenase Proteins 0.000 description 1
- 102100029946 Sialic acid-binding Ig-like lectin 7 Human genes 0.000 description 1
- CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N Sucrose Chemical compound O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@]1(CO)O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 CZMRCDWAGMRECN-UGDNZRGBSA-N 0.000 description 1
- 229930006000 Sucrose Natural products 0.000 description 1
- 101100215487 Sus scrofa ADRA2A gene Proteins 0.000 description 1
- 229940126547 T-cell immunoglobulin mucin-3 Drugs 0.000 description 1
- 102100027213 T-cell-specific surface glycoprotein CD28 Human genes 0.000 description 1
- 102100033728 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 18 Human genes 0.000 description 1
- 101710165473 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4 Proteins 0.000 description 1
- 102100022153 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4 Human genes 0.000 description 1
- 102100040245 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5 Human genes 0.000 description 1
- 102100036856 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9 Human genes 0.000 description 1
- 108010079206 V-Set Domain-Containing T-Cell Activation Inhibitor 1 Proteins 0.000 description 1
- 102100038929 V-set domain-containing T-cell activation inhibitor 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100038282 V-type immunoglobulin domain-containing suppressor of T-cell activation Human genes 0.000 description 1
- 206010047700 Vomiting Diseases 0.000 description 1
- 208000000260 Warts Diseases 0.000 description 1
- 208000027418 Wounds and injury Diseases 0.000 description 1
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 1
- 239000004480 active ingredient Substances 0.000 description 1
- 239000002671 adjuvant Substances 0.000 description 1
- 230000003110 anti-inflammatory effect Effects 0.000 description 1
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 1
- 229940072107 ascorbate Drugs 0.000 description 1
- 229960005070 ascorbic acid Drugs 0.000 description 1
- 230000004071 biological effect Effects 0.000 description 1
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 1
- 208000034158 bleeding Diseases 0.000 description 1
- 230000000740 bleeding effect Effects 0.000 description 1
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 1
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 1
- 230000036760 body temperature Effects 0.000 description 1
- 210000000988 bone and bone Anatomy 0.000 description 1
- 239000011575 calcium Substances 0.000 description 1
- 229910052791 calcium Inorganic materials 0.000 description 1
- 108010068385 carbapenemase Proteins 0.000 description 1
- 238000012512 characterization method Methods 0.000 description 1
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 1
- 238000005094 computer simulation Methods 0.000 description 1
- 238000010924 continuous production Methods 0.000 description 1
- 230000001276 controlling effect Effects 0.000 description 1
- 239000013078 crystal Substances 0.000 description 1
- 229960002433 cysteine Drugs 0.000 description 1
- 235000018417 cysteine Nutrition 0.000 description 1
- XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N cysteine Natural products SCC(N)C(O)=O XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 1
- 238000011161 development Methods 0.000 description 1
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 1
- 235000005911 diet Nutrition 0.000 description 1
- 230000037213 diet Effects 0.000 description 1
- 239000006185 dispersion Substances 0.000 description 1
- 230000029036 donor selection Effects 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 description 1
- 206010016256 fatigue Diseases 0.000 description 1
- 210000003608 fece Anatomy 0.000 description 1
- 239000000835 fiber Substances 0.000 description 1
- 239000012467 final product Substances 0.000 description 1
- IJJVMEJXYNJXOJ-UHFFFAOYSA-N fluquinconazole Chemical compound C=1C=C(Cl)C=C(Cl)C=1N1C(=O)C2=CC(F)=CC=C2N=C1N1C=NC=N1 IJJVMEJXYNJXOJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940050410 gluconate Drugs 0.000 description 1
- 239000008187 granular material Substances 0.000 description 1
- 208000018706 hematopoietic system disease Diseases 0.000 description 1
- 208000006454 hepatitis Diseases 0.000 description 1
- 231100000283 hepatitis Toxicity 0.000 description 1
- 239000008240 homogeneous mixture Substances 0.000 description 1
- 238000000265 homogenisation Methods 0.000 description 1
- 230000001771 impaired effect Effects 0.000 description 1
- 208000014674 injury Diseases 0.000 description 1
- 238000011081 inoculation Methods 0.000 description 1
- 210000000936 intestine Anatomy 0.000 description 1
- 239000008101 lactose Substances 0.000 description 1
- 208000032839 leukemia Diseases 0.000 description 1
- 239000007937 lozenge Substances 0.000 description 1
- 159000000003 magnesium salts Chemical class 0.000 description 1
- 238000012423 maintenance Methods 0.000 description 1
- 230000003211 malignant effect Effects 0.000 description 1
- 239000000594 mannitol Substances 0.000 description 1
- 235000010355 mannitol Nutrition 0.000 description 1
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 1
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 1
- 201000001441 melanoma Diseases 0.000 description 1
- 208000030159 metabolic disease Diseases 0.000 description 1
- 230000002503 metabolic effect Effects 0.000 description 1
- 244000000010 microbial pathogen Species 0.000 description 1
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 1
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 1
- 230000008693 nausea Effects 0.000 description 1
- 208000002154 non-small cell lung carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 244000045947 parasite Species 0.000 description 1
- 229950009506 penicillinase Drugs 0.000 description 1
- 229920000570 polyether Polymers 0.000 description 1
- 229920001223 polyethylene glycol Polymers 0.000 description 1
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 description 1
- 239000011148 porous material Substances 0.000 description 1
- 239000011591 potassium Substances 0.000 description 1
- 229910052700 potassium Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000013406 prebiotics Nutrition 0.000 description 1
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 1
- 230000001902 propagating effect Effects 0.000 description 1
- 238000003908 quality control method Methods 0.000 description 1
- 239000002994 raw material Substances 0.000 description 1
- 239000012266 salt solution Substances 0.000 description 1
- 238000005070 sampling Methods 0.000 description 1
- 230000009329 sexual behaviour Effects 0.000 description 1
- 201000010153 skin papilloma Diseases 0.000 description 1
- 239000011734 sodium Substances 0.000 description 1
- 229910052708 sodium Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000000600 sorbitol Substances 0.000 description 1
- 238000003860 storage Methods 0.000 description 1
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 1
- 239000005720 sucrose Substances 0.000 description 1
- 239000000829 suppository Substances 0.000 description 1
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 1
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 1
- 231100000331 toxic Toxicity 0.000 description 1
- 230000002588 toxic effect Effects 0.000 description 1
- 208000029729 tumor suppressor gene on chromosome 11 Diseases 0.000 description 1
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 description 1
- 230000008673 vomiting Effects 0.000 description 1
Classifications
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K35/00—Medicinal preparations containing materials or reaction products thereof with undetermined constitution
- A61K35/66—Microorganisms or materials therefrom
- A61K35/74—Bacteria
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K35/00—Medicinal preparations containing materials or reaction products thereof with undetermined constitution
- A61K35/66—Microorganisms or materials therefrom
- A61K35/74—Bacteria
- A61K35/741—Probiotics
- A61K35/742—Spore-forming bacteria, e.g. Bacillus coagulans, Bacillus subtilis, clostridium or Lactobacillus sporogenes
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K35/00—Medicinal preparations containing materials or reaction products thereof with undetermined constitution
- A61K35/66—Microorganisms or materials therefrom
- A61K35/74—Bacteria
- A61K35/741—Probiotics
- A61K35/744—Lactic acid bacteria, e.g. enterococci, pediococci, lactococci, streptococci or leuconostocs
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K35/00—Medicinal preparations containing materials or reaction products thereof with undetermined constitution
- A61K35/66—Microorganisms or materials therefrom
- A61K35/74—Bacteria
- A61K35/741—Probiotics
- A61K35/744—Lactic acid bacteria, e.g. enterococci, pediococci, lactococci, streptococci or leuconostocs
- A61K35/745—Bifidobacteria
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K35/00—Medicinal preparations containing materials or reaction products thereof with undetermined constitution
- A61K35/66—Microorganisms or materials therefrom
- A61K35/74—Bacteria
- A61K35/741—Probiotics
- A61K35/744—Lactic acid bacteria, e.g. enterococci, pediococci, lactococci, streptococci or leuconostocs
- A61K35/747—Lactobacilli, e.g. L. acidophilus or L. brevis
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P29/00—Non-central analgesic, antipyretic or antiinflammatory agents, e.g. antirheumatic agents; Non-steroidal antiinflammatory drugs [NSAID]
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P37/00—Drugs for immunological or allergic disorders
- A61P37/02—Immunomodulators
- A61P37/06—Immunosuppressants, e.g. drugs for graft rejection
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N1/00—Microorganisms, e.g. protozoa; Compositions thereof; Processes of propagating, maintaining or preserving microorganisms or compositions thereof; Processes of preparing or isolating a composition containing a microorganism; Culture media therefor
- C12N1/20—Bacteria; Culture media therefor
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K2300/00—Mixtures or combinations of active ingredients, wherein at least one active ingredient is fully defined in groups A61K31/00 - A61K41/00
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Mycology (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Public Health (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Immunology (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
- Virology (AREA)
- Transplantation (AREA)
- Pain & Pain Management (AREA)
- Rheumatology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
- Medicines Containing Material From Animals Or Micro-Organisms (AREA)
- Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
- Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
Abstract
本发明涉及一种扩大复合微生物群落的方法、通过所述方法获得的扩大的复合微生物群落、包含所述扩大的复合微生物群落的药物配制品以及所述扩大的复合微生物群落和所述药物配制品的用途。
Description
技术领域
本发明涉及一种扩大复合微生物群落的方法、通过所述方法获得的扩大的复合微生物群落、包含所述扩大的复合微生物群落的药物配制品以及所述扩大的复合微生物群落和所述药物配制品的用途。
背景技术
复合微生物群落在健康和疾病中起着关键作用。特别地，已经发现复合微生物群落的使用，例如施用或移植可以治疗感染和疾病。
在使用复合微生物群落的情况下，重要的是所用样品在细菌的活力和多样性方面具有适当的谱。
目前应用的方法通常是经验性的，没有采取特别的预防措施来确保所用样品中存在的细菌多样性，或最好地保持细菌的活力。
此外，根据用途，复合微生物群落的多种用途是必要的。然而，随着时间的推移，初始样品收集不能为可重复剂量的整个治疗过程提供足够的材料。
吸引多个供体以获得所需数量的复合微生物群落本身并不足以弥补现有技术的缺陷。首先，供体的选择可能是挑剔和困难的，因为供体必须排除几种众所周知的病原微生物物种。供体选择受到严格控制，超过90%的潜在供体未通过筛选评估。其次，施用来自不同质的不同供体的不同剂量可能不利于治疗功效。例如，在治疗的情况下，为了确保受试者对接受的复合微生物群落的每个剂量（或样品）以相同的方式作出应答，可能需要使剂量尽可能均匀。
因此，在现有方法中，待使用的样品之间存在相当大的异质性，这是非常不希望的。
因此，需要提供一种提供更大量的初始复合微生物群落的方法，该方法是安全的（不需要测试许多供体）、可重复的（通过遵循相同的方案获得的不同剂量/样品之间存在同质性）、有效的、易于实施的（特别是在工业规模下），同时根据预期目的保留或优化细菌的多样性，并在整个方法和储存期间保留细菌的活力。
本发明响应于上述需求。
因此，本发明的目的是提供一种扩大的复合微生物群落，其具有最佳多样性和足够的细菌活力，以供其在例如施用或移植方法中使用，并且即使在工业下也可以安全、容易、可靠和可重复地生产。
发明内容
本发明涉及一种扩大复合微生物群落的方法，该方法包括以下步骤：
(a) 在至少两个生物反应器，优选至少三个生物反应器中培养所述复合微生物群落，其中这些生物反应器具有至少一个不同参数，所述参数选自pH、温度、压力、培养时间、停留时间、通气条件、氧化还原电势及其组合，以获得至少两个收获的接种物，
(b) 混合在步骤 (a) 中获得的至少两个收获的接种物以获得扩大的复合微生物群落。
本发明还涉及通过本发明的方法获得的扩大的复合微生物群落，其特征在于所述扩大的复合微生物群落包含至少三个选自以下的细菌门：拟杆菌门（Bacteroidetes）、互养菌门（Synergistetes）、厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）、疣微菌门（Verrucomicrobia）、软壁菌门（Tenericutes）、梭杆菌门（Fusobacteria）及其组合。
本发明还涉及通过根据本发明的方法获得的扩大的复合微生物群落，其特征在于所述扩大的复合微生物群落包含选自下列组的至少15个属，该组包含：梭菌属（Clostridium）、优杆菌属（Eubacterium）、厌氧棒状菌属（Anaerostipes）、拟杆菌属（Bacteroides）、双歧杆菌属（Bifidobacterium）、布劳特氏菌属（Blautia）、丁酸球菌属（Butyricicoccus）、柯林斯氏菌属（Collinsella）、小杆菌属（Dialister）、多尔氏菌属（Dorea）、艾森伯格氏菌属（Eisenbergiella）、埃希氏杆菌属-志贺氏菌属（Escherichia- Shigella）、粪杆菌属（Faecalibacterium）、纺锤链杆属（Fusicatenibacter）、Hungatella、腔隙杆菌属（Lachnoclostridium）、副萨特氏菌属（Parasutterella）、罗斯氏菌属（Roseburia）、优杆菌属（Eubacterium）、[优杆菌属]产粪甾醇群（[Eubacterium] coprostanoligenesgroup）、[优杆菌属]断链群（[Eubacterium] fissicatenagroup）、[瘤胃球菌属]扭矩群（[Ruminococcus] torquesgroup）、阿里松氏菌属（Allisonella）、嗜胆菌属（Bilophila）、克里斯滕森菌属（Christensenella）、克里斯滕森菌科R-7群（ChristensenellaceaeR-7 group）、梭菌属（Clostridium）、狭义的梭菌属1（Clostridium sensu stricto1）、粪球菌属（Coporococcus）、脱硫弧菌属（Desulfovibrio）、肠球菌属（Enterococcus）、黄杆菌属（Flavonifractor）、毛螺菌科NK4A136群（LachnospiraceaeNK4A136 group）、毛螺菌科UCG-001（Lachnospiraceae UCG-001）、乳杆菌属（Lactobacillus）、副拟杆菌属（Para bacteroides）、消化链球菌属（Peptostreptococcus）、罗姆布茨菌属（Romboutsia）、瘤胃梭菌属（Ruminoclostridium）、瘤胃球菌科UCG-003（Ruminococcaceae UCG-003）、瘤胃球菌科UCG-013（Ruminococcaceae UCG-013）、瘤胃球菌科UCG-014（Ruminococcaceae UCG-014）、瘤胃球菌属（Ruminococcus）、罕见小球菌属（Subdoligranulum）和萨特氏菌属（Sutterella）及其组合。
本发明还涉及包含通过本发明的方法获得的扩大的复合微生物群落的药物配制品。
本发明还涉及将通过本发明的方法获得的扩大的复合微生物群落、如前定义的扩大的复合微生物群落或如前定义的药物配制品，作为药物，任选地与基于药物的疗法、免疫疗法、免疫检查点抑制剂、靶向肿瘤新抗原的疗法、化学疗法和/或放射疗法组合使用的用途。
本发明还涉及将通过本发明的方法获得的扩大的复合微生物群落，如前定义的扩大的复合微生物群落或如前定义的药物配制品，任选地与基于药物的疗法、免疫疗法、免疫检查点抑制剂、靶向肿瘤新抗原的疗法、化学疗法和/或放射疗法组合使用的用途，其用于预防和/或治疗败血症，败血症休克，感染，例如艰难梭菌（Clostridioides difficile）感染和相关腹泻（CDI），溃疡性结肠炎，炎性肠病（IBD），肠易激综合症（IBS），特发性便秘，乳糜泻，克罗恩病，I型糖尿病，II型糖尿病，食物过敏，实体和液体癌症，移植物抗宿主病（GvHD），例如胃肠道急性GvHD、类固醇抗性GvHD或类固醇依赖性GvHD，肥胖和病态肥胖，自闭症，硬化，慢性阴道感染，例如膀胱炎和霉菌病，骨和关节感染，帕金森病，阿尔茨海默病，精神分裂症和双相情感障碍，胃肠道障碍，例如肠道炎症，腹泻，旅行者腹泻，粘膜炎，腹痛和胃肠道出血，肠道生态失调，例如与癌症化学疗法或免疫疗法相关的肠道生态失调，重症监护病房（ICU）相关的生态失调，酒精性和非酒精性肝病，治疗引起的炎症，例如治疗引起的肠道炎症、抗癌疗法引起的炎症，血液疾病，病毒性冠状病毒感染，同种异体造血干细胞移植（allo-HSCT）引起的感染性或非感染性并发症，例如同种异体造血干细胞移植（allo-HSCT）后类固醇难治性移植物抗宿主病（SR-aGvHD），携带或感染多重抗性细菌，包括梭菌属、肠球菌属例如万古霉素抗性肠球菌（VRE）和糖肽抗性肠球菌（GRE）、产生超广谱β-内酰胺酶（ESBL）的细菌、产碳青霉烯酶肠杆菌科（CPE）、对抗生素具有高度抗性的新出现细菌（BHRe），和/或恶性血液病，及其组合。
本发明还涉及将通过本发明的方法获得的扩大的复合微生物群落、如前定义的扩大的复合微生物群落或如前定义的药物配制品，任选地与基于药物的疗法、免疫疗法、免疫检查点抑制剂、靶向肿瘤新抗原的疗法、化学疗法和/或放射疗法组合，用于微生物组生态系统疗法的用途。
具体实施方式
本发明的第一个目的涉及一种扩大复合微生物群落的方法，该方法包括以下步骤：
(a) 在至少两个生物反应器，优选至少三个生物反应器中培养所述复合微生物群落，其中这些生物反应器具有至少一个不同的参数，以获得至少两个收获的接种物，
(b) 混合在步骤 (a) 中获得的至少两个收获的接种物以获得扩大的复合微生物群落。
“参数”可以理解为影响培养步骤的任何参数。优选地，所述参数选自pH、温度、压力、培养时间、停留时间、通气条件、氧化还原电势及其组合。更优选地，所述参数选自pH、温度、培养时间、停留时间及其组合。
“pH”在本文中被理解为生物反应器的pH设定点。每个生物反应器可以有不同的pH设定点。
“温度”在本文中被理解为生物反应器的温度设定点。每个生物反应器可以有不同的温度设定点。
“压力”在本文中被理解为生物反应器的压力设定点。每个生物反应器可以有不同的压力设定点。
“参数X设定点”优选地被理解为在生物反应器中测量的参数X的值，优选地误差幅度低于或等于10%，优选低于或等于5%，更优选低于或等于1%，更优选低于或等于0.1%，甚至更优选低于或等于0.01%。
“培养时间”在本文中理解为培养所述复合微生物群落的时间。复合微生物群落在至少两个生物反应器中培养。对于每个生物反应器而言培养所述复合微生物群落的时间可以不同。
“停留时间”在本文中被理解为复合微生物群落在生物反应器内的停留时间。它对应于实现分批培养时的培养时间，以及连续过程中整个培养体积的更新时间。每个生物反应器的停留时间可以不同。
“通气条件”在本文中理解为生物反应器中的气体条件。每个生物反应器可以具有不同的通气条件。
“氧化还原电势”在本文中理解为生物反应器中培养基的氧化还原电势。培养基的氧化还原电势可以随生物反应器而异。
本发明还涉及一种扩大复合微生物群落的方法，该方法包括以下步骤：
(a) 在至少两个生物反应器，优选至少三个生物反应器中培养所述复合微生物群落，其中这些生物反应器具有不同的pH设定点，以获得至少两个收获的接种物，
(b) 混合在步骤 (a) 中获得的至少两个收获的接种物以获得扩大的复合微生物群落。
本发明人出人意料地发现，本发明的方法能够获得扩大的复合微生物群落，其具有目的谱：
- 其中细菌多样性得以保留，即具有类似于基线谱（任何培养步骤之前的谱）的培养后谱，或
- 其中与基线谱相比，多样性得到优化，
这取决于预期目的。
“细菌多样性”是指在属或种或OTU水平上测量的复合微生物群落的多样性或变异性。细菌多样性可以用α多样性参数来表示，以描述复合微生物群落，例如丰富度（样品中观察到的分类群数量）、香农（Shannon）指数、辛普森（Simpson）指数和逆辛普森（InverseSimpson）指数；并使用β多样性参数来比较复合微生物群落的样品，例如布雷-柯蒂斯（Bray-Curtis）指数和杰卡德（Jaccard）指数。
发明人出乎意料地发现并证明，通过在培养步骤期间改变诸如pH、温度、压力、培养时间、停留时间、通气条件、氧化还原电势及其组合等参数，以及通过将至少两个培养物的产物以特定比例混合，有可能获得扩大的复合微生物群落，其培养后谱接近初始复合群落的谱（本文称为“基线谱”）、接近所需的谱或与初始复合群落相比在存在的特定物种、属或OTU（操作分类单元）方面更富集。
“在物种、属或OTU方面富集”在本文中理解为在初始复合微生物群落中以非常低的丰度存在并且检测不到的物种、属或OTU的数量增加。这种富集来自较大比例的曾在初始复合微生物群落中以非常低的丰度存在并且检测不到的物种、属或OTU，因此变得可检测到。
特别地，由于本发明的方法，有可能通过选择至少两个生物反应器的参数（诸如pH、温度、压力、培养时间、停留时间、通气条件、氧化还原电势及其组合）和来自至少两个生物反应器的样品（其将构成扩大的复合微生物群落）的量来重建目的谱。
与初始样品相比，由此产生的扩大的复合微生物群落具有至少相似甚至改进的细菌活力。
如实施例部分所示，本发明的方法可导致通过所述方法获得的扩大的复合微生物群落的多样性出乎意料地增加。本发明的方法还可以导致在分类学谱方面接近基线或接近期望谱的同质的扩大的复合微生物群落。这种同质性对于最终产品作为工业产品如药品或食品的表征至关重要。
本发明实施例的16S rDNA测序表明，根据本发明得到的扩大的复合微生物群落具有：
- 与初始复合微生物群落相比，改善或保留了多样性，
- 显著良好地保留了某些目的分类群，例如构成以下的分类群：核心微生物群（瘤胃球菌属（Ruminococcus）、粪杆菌属（Faecalibacterium）、多尔氏菌属（Dorea）、类球菌属（Corprococcus）、布劳特氏菌属（Blautia）、另枝菌属（Alistipes）、拟杆菌属（Bacteroides）、罕见小球菌属（Subdoligranulum）、罗斯氏菌属（Roseburia）、副拟杆菌属（Parabacteroides）和毛螺菌属（Lachnospira）），放线菌门（Actinobacteria），其包括众所周知的双歧杆菌属（Bifidobacterium），和厚壁菌门（Firmicutes），其包括抗炎的粪杆菌属（Faecalibacterium），
- 扩大的复合微生物群落的所获得样品之间的良好水平的同质性。
“同质的”优选地被理解为具有高于或等于10%、优选高于或等于20%、优选高于或等于30%、优选高于或等于40%、优选高于或等于50%的百分比，优选地包含在50%和100%之间、优选在75%和95%之间并且甚至更优选在80%和90%之间的百分比。
总的来说，根据本发明的方法相对于现有技术具有改进的再现性，这对于旨在用于制造药物的方法来说是非常重要的。因此，如果需要多个治疗，患者可以在多个治疗中接受相同的产品。
如本文所用，术语“至少一个”是指一个或多个，优选一个、两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个、十个、十一个、十二个、十三个、十四个、十五个、十六个、十七个、十八个、十九个或二十个，更优选一个、两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个或十个，更优选一个、两个、三个、四个或五个，并且甚至更优选一个、两个、三个或四个。
如本文所用，术语“至少两个”指两个或更多个，优选两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个、十个、十一个、十二个、十三个、十四个、十五个、十六个、十七个、十八个、十九个或二十个，更优选两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个或十个，更优选两个、三个、四个或五个，甚至更优选两个、三个或四个。
如本文所用，术语“至少三个”指三个或更多个，优选三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个、十个、十一个、十二个、十三个、十四个、十五个、十六个、十七个、十八个、十九个或二十个，更优选三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个或十个，更优选三个、四个或五个，甚至更优选三个或四个。
如本文所用，术语“至少一次”是指一次或多次，优选一次、两次、三次、四次、五次、六次、七次、八次、九次、十次、十一次、十二次、十三次、十四次、十五次、十六次、十七次、十八次、十九次或二十次，更优选一次、两次、三次、四次、五次、六次、七次、八次、九次或十次，更优选一次、两次、三次、四次或五次，更优选一次、两次、三次或四次，并且甚至更优选一次、两次或三次。
如本文所用，术语“接种物（复数接种物）”是指将被接种在生物反应器中的复合微生物群落。
如本文所用，术语“收获的接种物（复数收获的接种物）”是指已经在生物反应器内培养至少一次的复合微生物群落。
如本文所用，术语“悬浮液”是指含有复合微生物群落的溶液。
如本文所用，术语“培养（culture/cultivation）”可指发酵过程。
如本文所用，表述“复合微生物群落”是指包含大量生活在一起并可能相互作用的不同物种的微生物的任何微生物群体。可能存在于这样的复合群落中的微生物包括酵母、细菌、噬菌体、古细菌（archea）、病毒、真菌、藻类或任何不同来源（例如土壤、植物、动物、细菌、病毒、真菌或人类来源）的原生动物。本发明的复合微生物群落可包含以下或可由以下组成：来自一个或多个来源和/或来自一个或多个供体的微生物。
本发明的复合微生物群落可以来自：
- 单一来源，
- 至少两个来源，
- 单一供体，
- 至少两个供体，
- 单一来源和单一供体，
- 单一来源和至少两个供体，
- 至少两个来源和单一供体，或
- 至少两个来源和至少两个供体。
如本文所用，术语“来源”是指初始复合微生物群落来自的任何环境（例如土壤）、植物的部分、动物体的部分或人体的部分、动物体液或人体液。在人或动物的情况下，来源可以指身体的任何部分，例如肠。
如本文所用，术语“供体”是指植物、动物或人，优选人。
复合微生物群落可以是人或动物微生物群。当复合微生物群落是人或动物微生物群时，初始复合微生物群落可分别来自人或动物供体的一个或多个来源。
优选地，复合微生物群落是来自一个或多个供体的微生物群，更优选来自一个或多个供体的肠道微生物群，甚至更优选来自至少一个供体，优选来自至少两个供体的粪便微生物群。
如本文所用，表述“扩大复合微生物群落”是指通过培养来繁殖微生物，从而提供更大量的初始复合微生物群落。根据所需的结果，通过本发明的方法获得的扩大的复合微生物群落的培养后谱可以接近初始复合微生物群落的谱（称为“基线”）、接近所需的谱或与初始复合群落相比，在存在的物种、属或OTU方面更富集。
如本文所用，术语“基线”是指任何培养步骤之前的谱。
可以根据现有技术中描述的方法和标准预选择供体，例如在WO 2019/171012 A1中。例如，当供体是人微生物群供体时，可根据以下筛选标准预选择供体：
- 18至60岁；身体质量指数（BMI）在18到30之间；
- 没有严重传染病、代谢和神经系统障碍或抑郁症的个人病史；
- 最近没有服用可能破坏肠道微生物群组成的药物史；
- 最近没有出现与胃肠道疾病相关的症状，例如发烧、腹泻、恶心、呕吐、腹痛、黄疸；
- 无严重传染病（包括AIDS、肝炎等）病史；
- 最近没有去过热带国家；
- 没有危险的性行为；
- 最近没有受伤、穿孔和/或一个或多个纹身；
- 最近没有慢性疲劳；
- 最近没有过敏反应；
- 和/或任选地饮食是多样化的；
如WO 2019/171012 A1中所述。
步骤 (a) 中培养的复合微生物群落可以是包含复合微生物群落或由其组成的样品，例如粪便。
包含从供体收集的复合微生物群落或其由组成的样品可以根据现有技术中描述的方法和定性标准来控制，例如在WO 2019/171012 A1中描述。例如，当样品包含人微生物群时，样品的定性标准可包括布里斯托尔（Bristol）量表1和6之间的样品一致性；样品中没有血液和尿液；和/或不存在特定细菌、寄生虫和/或病毒，如WO 2019/171012 A1中所述。
包含复合微生物群落或由其组成的样品可以根据现有技术中描述的任何方法收集，例如在WO 2016/170285A1、WO 2017/103550 A1和/或WO 2019/171012 A1中描述。优选地，可收集包含复合微生物群落或由其组成的样品，然后将其置于厌氧条件下。例如，如WO2016/170285 A1、WO 2017/103550 A1和/或WO 2019/171012 A1中所述，在采集样品后5分钟内，可将样品置于不透氧的收集装置中。
包含复合微生物群落或由其组成的样品可以根据现有技术中描述的方法制备，例如在WO 2016/170285 A1、WO 2017/103550 A1和/或WO 2019/171012A1中描述。
例如，可以根据WO 2016/170285 A1中描述的方法制备样品，包括以下步骤：
- 从供体受试者采集至少一个样品；
- 在采集样品后5分钟内，将所述样品放入不透氧的收集装置中；
- 将获得的样品与至少一个包含至少一种冷冻保护剂和/或至少一种填充剂的盐水溶液混合以获得混合物；
- 任选地过滤该混合物，特别是使用包含直径小于或等于0.7 mm，优选小于或等于0.5 mm的孔的过滤器；以及
- 将之前获得的混合物通过冷冻储存在-15°C和-100°C之间，优选-60°C和-90°C之间的温度；
所有这些步骤都可以在厌氧条件下进行。
例如，可以根据WO 2017/103550 A1中描述的方法冻干包含复合微生物群落或由其组成的样品，包括以下步骤：
- 将来自供体受试者的样品与选自多元醇、二糖至五糖、麦芽糖糊精及其混合物的稀释剂混合；以及
- 在低于-50°C，优选在-70°C和-100°C之间的温度冷冻所获得的混合物，然后将其冻干。
例如，可以根据WO 2019/171012 A1中描述的方法制备来自至少两个预选择的供体的复合微生物群落的同质混合物，包括以下步骤：
- 从所述预选择的供体采集至少一个粪便微生物群样品；
- 在收集后不到五分钟内，将获得的样品放入不透氧的收集装置中；
- 对采集的样品进行质量控制，排除不符合质量标准的样品；- 向在控制步骤后保留的每个样品中添加包含至少一种冷冻保护剂和/或填充剂的盐水溶液；
- 过滤获得的样品以形成系列接种物；
- 将所述接种物分组以形成接种物混合物；以及
- 均匀化所述获得的混合物，特别是通过手动搅拌或使用搅拌装置；这些步骤可以厌氧进行。
如本文所用，术语“生物反应器”是指包括可用于培养微生物的器皿的任何装置，其中可以控制培养参数（例如温度、pH、停留时间、通气、供应等）。在本发明中，术语“发酵罐”和“生物反应器”具有相同的含义。因此培养步骤可以被认为是发酵步骤。生物反应器可以整合不同环境的主要参数，从而重建收集复合微生物群落的环境。例如，当复合微生物群落来自体内人结肠环境时，生物反应器可以整合体内人结肠环境参数，诸如pH、温度、回肠流出物的供应、停留时间和厌氧，如现有技术中所述，例如Cordonnier等人, 2015（Dynamic In Vitro Models of the Human Gastrointestinal Tract as Relevant Tools to Assess theSurvival of Probiotic Strains and Their Interactions with Gut Microbiota, Microorganisms. [人胃肠道的动态体外模型作为评估益生菌菌株存活及其与肠道微生物群相互作用的相关工具, 微生物]2015年12月; 3(4): 725-745）。
培养步骤可以分批、补料分批或使用连续培养技术进行，如现有技术中所述，例如Wiese, M.,等人, PeerJ.[同行评议科学杂志], 2018.1月19日; 6: p. e4268；或Takagi,R.等人; 35PloS One [公共科学图书馆综合], 2016.11(8): p. e0160533。
生物反应器中使用的培养基可以是现有技术中描述的任何培养基，例如Cordonnier等人, 2015。（Dynamic In Vitro Models of the Human Gastrointestinal Tract as Relevant Tools to Assess theSurvival of Probiotic Strains and Their Interactions with Gut Microbiota, Microorganisms. [人胃肠道的动态体外模型作为评估益生菌菌株存活及其与肠道微生物群相互作用的相关工具, 微生物]2015年12月; 3(4): 725-745）。优选地，如果扩大的群落供人消费，则培养基的每种成分都符合食品监管标准和/或药品监管标准。优选地，培养基尽可能接近收集复合微生物群落的环境之一。
根据微生物，可以在生物反应器中的需氧或厌氧条件下培养复合微生物群落。在肠道微生物群的情况下，复合微生物群落优选在厌氧条件下培养。
可以将消泡剂添加到培养基中。消泡剂的实例包括但不限于硅聚合物、硅乳液、聚醚分散体及其混合物。
可以在包含在15°C和50°C之间、优选在33°C和40°C之间、更优选在36°C和38°C之间的温度下培养根据本发明的复合微生物群落，这取决于收集复合微生物群落的环境。
在本发明中，可以使用参数的任何组合，条件是使用具有至少一个不同参数的至少两个生物反应器，优选至少三个生物反应器。
在本发明中，当至少一个不同的参数是停留时间时，可以使用停留时间的任何组合，条件是使用具有不同的停留时间的至少两个生物反应器，优选至少三个生物反应器。
优选地，在本发明的方法中，这些生物反应器具有包括在6小时和102小时之间，优选在12小时和96小时之间，优选在24小时和72小时之间的不同的停留时间。停留时间可以选自12小时、24小时、48小时、72小时、96小时及其组合，优选选自24小时、48小时、72小时及其组合。
优选地，在本发明的方法中，至少一个生物反应器具有包括在6小时和18小时之间，优选在9小时和15小时之间，并且更优选在11小时和13小时之间的停留时间。
优选地，在本发明的方法中，至少一个生物反应器具有包括在18小时和30小时之间，优选在21小时和27小时之间，并且更优选在23小时和25小时之间的停留时间。
优选地，在本发明的方法中，至少一个生物反应器具有包括在42小时和54小时之间，优选在45小时和51小时之间，并且更优选在47小时和49小时之间的停留时间。
优选地，在本发明的方法中，至少一个生物反应器具有包括在66小时和78小时之间，优选在69小时和75小时之间，并且更优选在71小时和73小时之间的停留时间。
优选地，在本发明的方法中，至少一个生物反应器具有包括在90小时和102小时之间，优选在93小时和99小时之间，并且更优选在95小时和97小时之间的停留时间。
优选地，在本发明的方法中：
- 第一生物反应器具有包括在18小时和30小时之间，优选在21小时和27小时之间，并且更优选在23小时和25小时之间的停留时间，以及
- 第二生物反应器具有包括在6小时和18小时之间，优选在9小时和15小时之间，更优选在11小时和13小时之间的停留时间，或者包括在42小时和54小时之间，优选在45小时和51小时之间，更优选在47小时和49小时之间的停留时间。
优选地，在本发明的方法中：
-第一生物反应器具有包括在6小时和18小时之间，优选在9小时和15小时之间，并且更优选在11小时和13小时之间的停留时间，
-第二生物反应器具有包括在18小时和30小时之间，优选在21小时和27小时之间，并且更优选在23小时和25小时之间的停留时间，以及
-第三生物反应器具有包括在42小时和54小时之间，优选在45小时和51小时之间，并且更优选在47小时和49小时之间的停留时间。
优选地，在本发明的方法中：
- 第一生物反应器具有包括在18小时和30小时之间，优选在21小时和27小时之间，并且更优选在23小时和25小时之间的停留时间，以及
- 第二生物反应器具有包括在6小时和18小时之间，优选在9小时和15小时之间，更优选在11小时和13小时之间的停留时间，或者在42小时和54小时之间，优选在45小时和51小时之间，更优选在47小时和49小时之间的停留时间，或包括在66小时和78小时之间，优选在69小时和75小时之间，更优选在71小时和73小时之间的停留时间，或者在90小时和102小时之间，优选在93小时和99小时之间，更优选在95小时和97小时之间的停留时间。
优选地，在本发明的方法中：
-第一生物反应器具有包括在6小时和18小时之间，优选在9小时和15小时之间，并且更优选在11小时和13小时之间的停留时间，
-第二生物反应器具有包括在18小时和30小时之间，优选在21小时和27小时之间，并且更优选在23小时和25小时之间的停留时间，以及
-第三生物反应器具有包括在42小时和54小时之间，优选在45小时和51小时之间，并且更优选在47小时和49小时之间的停留时间，
-第四生物反应器具有包括在66小时和78小时之间，优选在69小时和75小时之间，更优选在71小时和73小时之间的停留时间，或者包括在90小时和102小时之间，优选在93小时和99小时之间，更优选在95小时和97小时之间的停留时间。
在本发明中，当至少一个不同的参数是培养时间时，可以使用培养时间的任何组合，条件是使用具有不同的培养时间的至少两个生物反应器，优选至少三个生物反应器。
优选地，在本发明的方法中，这些生物反应器具有包括在12小时和90天之间，优选在24小时和60天之间，更优选在48小时和30天之间，更优选在72小时和15天之间，并且甚至更优选在96小时和7天之间的不同的培养时间。培养时间可以选自12小时、24小时、48小时、72小时、96小时、7天、15天、30天、60天和90天。
在本发明中，当至少一个不同的参数是温度时，可以使用温度的任何组合，条件是使用具有不同的温度设定点的至少两个生物反应器，优选至少三个生物反应器。
优选地，在本发明的方法中，这些生物反应器具有包括在15°C和50°C之间、优选在33°C和40°C之间、更优选在36°C和38°C之间的不同的温度设定点。
在本发明中，当至少一个不同的参数是pH时，可以使用pH设定点的任何组合，条件是使用具有不同的pH设定点的至少两个生物反应器，优选至少三个生物反应器。
优选地，在本发明的方法中，这些生物反应器具有包括在4.5和8.0之间、优选在5和7.6之间并且更优选在5.2和7.4之间的不同的pH设定点。
优选地，在本发明的方法中，至少一个生物反应器具有包括在4.5和5.8之间，优选在5和5.6之间并且更优选在5.2和5.4之间的pH设定点。
优选地，在本发明的方法中，至少一个生物反应器具有包括在5.9和6.8之间，优选在6和6.6之间并且更优选在6.2和6.4之间的pH设定点。
优选地，在本发明的方法中，至少一个生物反应器具有包括在6.9和8之间，优选在7和7.6之间并且更优选在7.2和7.4之间的pH设定点。
优选地，在本发明的方法中：
- 第一生物反应器具有包括在4.5和5.8之间，优选在5和5.6之间并且更优选在5.2和5.4之间的pH设定点，
- 第二生物反应器具有包括在5.9和6.8之间，优选在6和6.6之间，更优选在6.2和6.4之间的pH设定点，或者包括在6.9和8之间，优选在7和7.6之间，更优选在7.2和7.4之间的pH设定点。
优选地，在本发明的方法中：
- 第一生物反应器具有包括在5.9和6.8之间，优选在6和6.6之间并且更优选在6.2和6.4之间的pH设定点，
- 第二生物反应器具有包括在4.5和5.8之间，优选在5和5.6之间，更优选在5.2和5.4之间的pH设定点，或者包括在6.9和8之间，优选在7和7.6之间，更优选在7.2和7.4之间的pH设定点。
优选地，在本发明的方法中：
- 第一生物反应器具有包括在6.9和8之间，优选在7和7.6之间并且更优选在7.2和7.4之间的pH设定点，
- 第二生物反应器具有包括在4.5和5.8之间，优选在5和5.6之间，更优选在5.2和5.4之间的pH设定点，或者包括在5.9和6.8之间，优选在6和6.6之间，更优选在6.2和6.4之间的pH设定点。
优选地，在本发明的方法中：
- 第一生物反应器具有包括在4.5和5.8之间，优选在5和5.6之间并且更优选在5.2和5.4之间的pH设定点，
- 第二生物反应器具有包括在5.9和6.8之间，优选在6和6.6之间并且更优选在6.2和6.4之间的pH设定点，以及
- 第三生物反应器具有包括在6.9和8之间，优选在7和7.6之间并且更优选在7.2和7.4之间的pH设定点。
优选地，这些生物反应器具有选自如前定义的pH和/或停留时间的仅一个或仅两个不同参数，其他参数在生物反应器之间是相同的。
根据预期的结果，技术人员将能够选择如先前为每个生物反应器定义的参数的具体组合。
此外，另外的化合物，例如纤维和益生元，可以在步骤 (a) 中添加到至少两个生物反应器中。根据预期的结果，它们的浓度和性质可以随反应器而异。
每个生物反应器可以接种样品，例如粪便，其包含以下或由以下组成：复合微生物群落，浓度范围为生物反应器中0.01至100 g样品/L，优选0.05至15 g样品/L，优选浓度范围为0.1至10 g样品/L，优选浓度范围为0.1至5 g样品/L，更优选浓度范围为0.1至1 g样品/L。
每个生物反应器可以接种样品，例如粪便，其包含以下或由以下组成：复合微生物群落，浓度范围为生物反应器中103至1013个细菌/L，优选106至1012个细菌/L，更优选109至1011个细菌/L。
根据现有技术中描述的任何方法，例如在WO 2016/170285 A1、WO 2017/103550A1或WO 2019/171012 A1中所描述的，本发明的方法可以包括另外的步骤，例如过滤步骤、均匀化步骤、冷冻步骤、解冻步骤和/或冻干步骤。
这些步骤可以在步骤a) 之前、步骤a) 之后和步骤b) 之前、步骤b) 之后和/或这些步骤的任何重复之前和/或之后进行。
如果步骤 (a) 中使用的复合微生物群落来自两个或更多个来源和/或来自两个或更多个供体，则本发明的方法可以另外包括合并步骤。
因此，步骤 (a) 中使用的复合微生物群落的至少一部分或全部可以是新鲜收集的，或者可以在步骤 (a) 之前已经冷冻、解冻和/或冻干。
以相同的方式，在步骤 (a) 中获得的收获接种物的至少一个或所有和在步骤(b)中获得的扩大的复合微生物群落的至少一部分或所有可以已经被冷冻、解冻和/或冻干。
“新鲜收集的”在本文中理解为尚未冷冻、解冻和/或冻干的样品。
步骤 (a) 中使用的复合微生物群落的至少一部分或全部可能已经通过本领域技术人员熟知的技术从其初始基质中提取、部分提取、部分分离、分离、部分分开或分开，或者没有这样操作。
步骤 (a) 中使用的复合微生物群落的至少一部分或全部可以是人工合成的或经基因修饰的。
分离的复合微生物群落的一部分可包含形成孢子的细菌。分离的复合微生物群落的一部分可以是孢子形式。
术语“分离的”包括复合微生物群落，其已 (1) 与最初产生时（无论是在自然界还是在实验环境中）跟其相关联的至少一些组分分开，和/或 (2) 被产生、制备、纯化和/或制造。
分离的复合微生物群落可与至少约10%、约20%、约30%、约40%、约50%、约60%、约70%、约80%、约90%或更多的其最初关联的其他组分分离。
在一些实施方式中，分离的复合微生物群落的纯度大于约80%、约85%、约90%、约91%、约92%、约93%、约94%、约95%、约96%、约97%、约98%、约99%或大于约99%。
术语“纯”是指复合微生物群落基本上不含其他组分。
术语“纯化（purify）”、“进行纯化（purifying）”和“纯化的（purified）”是指已与在最初产生或生成（例如不论在自然界中或在实验环境中）时或在其初始产生之后的任一时间期间与其组合的至少一些组分分离的复合微生物群落。如果复合微生物群落在产生时或产生后被分离出来，例如从含有该复合微生物群落的材料或环境中分离出来，则可以认为其是纯化的，并且纯化的复合微生物群落可以含有高达约10%、约20%、约30%、约40%、约50%、约60%、约70%、约80%、约90%或高于约90%的其他材料，但仍被认为是“分离的”。
在一些实施方式中，复合微生物群落是大于约80%、约85%、约90%、约91%、约92%、约93%、约94%、约95%、约96%、约97%、约98%、约99%或大于约99%纯的。复合微生物群落可以独立地从含有复合微生物群落的材料或环境中产生和/或存在的一种或多种其他复合微生物群落纯化。可以从残留生境产物纯化复合微生物群落。
例如，冷冻可以如现有技术和例如WO 2016/170285 A1或WO 2017/103550 A1中所述进行。特别地，冷冻可以通过将样品放置在-15°C和-100°C之间、优选地在-35°C和-95°C之间、更优选地在-60°C和-90°C之间的温度冷冻来进行，任选地使用包含至少一种冷冻保护剂和/或填充剂的至少一种盐水溶液，如WO 2016/170285 A1或WO 2017/103550 A1中所述。
例如，解冻可以根据现有技术和例如WO 2016/170285 A1第11页中描述的方法进行至环境温度。特别地，解冻可以通过以下进行：
- 将冷冻的样品置于温度包括在35°C和40°C之间的水浴中持续几分钟至几小时，优选1至20分钟，更优选2至10分钟；
- 将冷冻的样品置于包括在2°C和10°C之间的温度，例如在4°C和8°C之间，持续1至30小时，优选10至20小时；或者
- 将样品在环境温度放置1至10小时，优选2至4小时。至于其他步骤，解冻可以在厌氧条件下进行。
冷冻保护剂是用于保护样品免受冷冻损坏（特别是由于冰晶的形成）的物质。冷冻保护剂可以是现有技术和例如WO 2016170285 A1的第8至9页或WO 2017/103550 A1的第8至10页中描述的任何冷冻保护剂。优选地，冷冻保护剂选自多元醇、二糖至五糖、二甲基亚砜（DMSO）及其混合物。更优选地，冷冻保护剂可以选自甘油、甘露醇、山梨糖醇、DMSO、丙二醇、乙二醇如聚乙二醇、海藻糖及其类似物、蔗糖、半乳糖-乳糖及其混合物。
填充剂可以是现有技术和例如WO 2016170285 A1的第9页或WO 2017/103550 A1的第8至10页中描述的任何填充剂。优选地，填充剂是麦芽糖糊精的混合物。
相对于包含复合微生物群落或由其组成的样品（其可以是悬浮液）的总体积，冷冻保护剂的总量可以构成按重量/体积计包括在3%和30%之间，优选地按重量/体积计在4%和20%之间，并且更优选地按重量/体积计在5%和15%之间；和/或相对于包含复合微生物群落或由其组成的样品（其可以是悬浮液）的总体积，填充剂的量可以构成按重量计包括在3%和30%之间，优选地按重量计在4%和20%之间，并且更优选地按重量计在5%和15%之间。
本发明的盐水溶液可包含水和生理学上可接受的盐，如现有技术和例如WO2016170285 A1第7至8页或WO 2017/103550 A1第8页所述。例如，盐可以是氯离子、葡萄糖酸根离子、醋酸根离子或碳酸氢根离子的钙盐、钠盐、钾盐或镁盐及其混合物，优选氯化钠、氯化钙、氯化镁、氯化钾、葡萄糖酸钠、醋酸钠及其混合物。
盐可以以包括在2和20 g/L之间、优选在5和15 g/L之间、更优选在7和10 g/L之间且甚至更优选9 g/L的浓度存在于盐水溶液中。
盐水溶液还可任选地包含至少一种抗氧化剂。抗氧化剂的实例包括但不限于WO2016170285 A1第7至8页或WO 2017/103550 A第8至9页所描述的抗氧化剂。例如，抗氧化剂可选自抗坏血酸及其盐（抗坏血酸盐）、生育酚（α-生育酚酸）、半胱氨酸及其盐形式（如盐酸盐）及其混合物，优选选自抗坏血酸钠、生育酚、半胱氨酸盐酸盐一水合物及其混合物。
相对于包含复合微生物群落或由其组成的样品的总体积，抗氧化剂的存在量可以构成按重量/体积计包括在0.1%和1%之间，优选地按重量/体积计在0.3%和0.8%之间，并且优选地按重量/体积计在0.4%和0.6%之间。
优选地，盐水溶液包含：
- 至少一种盐，选自氯化钠、氯化钙、氯化镁、氯化钾、葡萄糖酸钠、乙酸钠及其混合物，和
- 任选地至少一种抗氧化剂，优选选自抗坏血酸钠、生育酚、半胱氨酸盐酸盐一水合物及其混合物。
通常，将盐水溶液添加到包含复合微生物群落或由其组成的样品中，其中重量（g）/体积（mL）的比例包括在1：0.5和1：10之间，优选1：2和1：8之间，更优选1：4。样品：溶液的重量/体积的比例等于0.5重量：10体积，意味着对于10体积的溶液（例如10 mL），0.5重量（例如0.5 g）的样品被混合。
包含步骤 (a) 中使用的复合微生物群落或由其组成的样品可以是包含如前定义的盐水溶液的悬浮液形式。
优选地，包含步骤 (a) 中使用的复合微生物群落或由其组成的样品呈悬浮液形式，该悬浮液包含如前定义的盐水溶液、至少一种冷冻保护剂和/或至少一种填充剂。
步骤 (a) 可以重复至少一次。在这种情况下，可以在连续培养步骤之间不混合收获的接种物的情况下进行连续培养步骤。也就是说，步骤 (a) 中获得的每个生物反应器的收获的接种物可以用与先前根据预期的结果所使用的那些参数相同的参数（诸如pH、温度、压力、培养时间、停留时间、通气条件、氧化还原电势及其组合，优选如先前定义的pH和/或停留时间）或不同的参数（诸如pH、温度、压力、培养时间、停留时间、通气条件、氧化还原电势及其组合，优选如先前定义的pH和/或停留时间）进行再培养。生物反应器可以与先前使用的生物反应器相同或不同。
优选地，步骤 (a) 重复至少一次，每个收获的接种物在生物反应器中用与先前根据预期的结果在步骤 (a) 中所使用的那些参数相同的参数（诸如pH、温度、压力、培养时间、停留时间、通气条件、氧化还原电势及其组合，优选如先前定义的pH和/或停留时间）或不同的参数（诸如pH、温度、压力、培养时间、停留时间、通气条件、氧化还原电势及其组合，优选如先前定义的pH和/或停留时间）进行再培养。
如前所述，在每个后续步骤之间，无论是否重复步骤 (a)，都可以冷冻、任选地解冻和/或冻干步骤 (a) 中获得的收获的接种物的至少一个或所有。即，步骤 (a) 中获得的每个收获的接种物可以在步骤 (a) 的部分或全部重复之前和/或步骤(b) 之前被冷冻、任选地解冻和/或冻干。
优选地，步骤 (a) 中使用的复合微生物群落的至少一部分或全部已在-15°C和-100°C之间，优选在-35°C和-95°C之间，并且更优选在-60°C和-90°C之间的温度下，任选地用至少一个包含至少一种冷冻保护剂和/或填充剂的盐水溶液冷冻，并且任选地在步骤(a) 中接种之前解冻。
优选地，在步骤 (a) 中获得的收获的接种物中的至少一个或全部已经在-15°C和-100°C之间、优选在-35°C和-95°C之间，以及更优选地在-60°C和-90°C之间的温度下，任选地使用至少一个包含至少一种冷冻保护剂和/或填充剂的盐水溶液冷冻，以获得至少一个冷冻的收获的接种物。
优选地，本发明的方法进一步包括在步骤 (b) 之前解冻至少一个冷冻的收获的接种物的步骤。所述解冻步骤之后可以是用与先前根据预期的结果在步骤 (a) 中所使用的那些参数相同的参数（诸如pH、温度、压力、培养时间、停留时间、通气条件、氧化还原电势及其组合，优选如先前定义的pH和/或停留时间）或不同的参数（诸如pH、温度、压力、培养时间、停留时间、通气条件、氧化还原电势及其组合，优选如先前定义的pH和/或停留时间）再培养收获的接种物的至少一个步骤。
优选地，本发明的方法还包括将步骤 (b) 中获得的扩大的复合微生物群落的至少一部分或全部在-15°C和-100°C之间，优选在-35°C和-95°C之间，更优选在-60°C和-90°C之间的温度下，任选地用至少一个包含至少一种冷冻保护剂和/或填充剂的盐水溶液冷冻的步骤，以获得冷冻的接种物混合物。
本发明的步骤 (a) 或步骤 (a) 和(b) 可以用与先前根据预期的结果在步骤(a) 中所使用的那些参数相同的参数（诸如pH、温度、压力、培养时间、停留时间、通气条件、氧化还原电势及其组合，优选如先前定义的pH和/或停留时间）或不同的参数（诸如pH、温度、压力、培养时间、停留时间、通气条件、氧化还原电势及其组合，优选如先前定义的pH和/或停留时间）重复至少一次。
优选地，将冷冻的接种物混合物解冻，然后是根据步骤 (a) 用与先前根据预期的结果在步骤 (a) 中所使用的那些参数相同的参数（诸如pH、温度、压力、培养时间、停留时间、通气条件、氧化还原电势及其组合，优选如先前定义的pH和/或停留时间）或不同的参数（诸如pH、温度、压力、培养时间、停留时间、通气条件、氧化还原电势及其组合，优选如先前定义的pH和/或停留时间）再培养混合物的至少一个步骤，以及任选地根据步骤 (b) 的至少一个混合步骤。也就是说，冷冻的接种物混合物可以在至少两个生物反应器中、优选地在至少三个生物反应器中用与先前根据预期的结果在步骤 (a) 中所使用的那些参数相同的参数（诸如pH、温度、压力、培养时间、停留时间、通气条件、氧化还原电势及其组合，优选如先前定义的pH和/或停留时间）或不同的参数（诸如pH、温度、压力、培养时间、停留时间、通气条件、氧化还原电势及其组合，优选如先前定义的pH和/或停留时间）再培养，并且可以任选地混合所得收获的接种物。
解冻可按照如前所述的方法进行。
因此，在根据本发明的方法中：
- 步骤 (a) 和(b) 可以不重复，
- 步骤 (a) 可以用与先前根据预期的结果在步骤 (a) 中所使用的那些参数相同的参数（诸如pH、温度、压力、培养时间、停留时间、通气条件、氧化还原电势及其组合，优选如先前定义的pH和/或停留时间）或不同的参数（诸如pH、温度、压力、培养时间、停留时间、通气条件、氧化还原电势及其组合，优选如先前定义的pH和/或停留时间）重复至少一次，随后是混合步骤 (b)，
- 步骤 (a) 和(b) 可以用与先前根据预期的结果在步骤 (a) 中所使用的那些参数相同的参数（诸如pH、温度、压力、培养时间、停留时间、通气条件、氧化还原电势及其组合，优选如先前定义的pH和/或停留时间）或不同的参数（诸如pH、温度、压力、培养时间、停留时间、通气条件、氧化还原电势及其组合，优选如先前定义的pH和/或停留时间）重复至少一次，以及
- 步骤 (a) 可以重复至少一次，并且在步骤(b) 之后，步骤 (a) 和(b) 可以用与先前根据预期的结果在步骤 (a) 中所使用的那些参数相同的参数（诸如pH、温度、压力、培养时间、停留时间、通气条件、氧化还原电势及其组合，优选如先前定义的pH和/或停留时间）或不同的参数（诸如pH、温度、压力、培养时间、停留时间、通气条件、氧化还原电势及其组合，优选如先前定义的pH和/或停留时间）重复至少一次。
在本发明中，通过重复步骤 (a)，应当理解该方法包括在步骤 (a) 之后的至少一个后续步骤 (a)，其中在步骤 (a) 中获得的收获的接种物用与先前根据预期的结果在步骤 (a) 中所使用的那些参数相同的参数（诸如pH、温度、压力、培养时间、停留时间、通气条件、氧化还原电势及其组合，优选如先前定义的pH和/或停留时间）或不同的参数（诸如pH、温度、压力、培养时间、停留时间、通气条件、氧化还原电势及其组合，优选如先前定义的pH和/或停留时间）再培养。
在本发明中，通过重复步骤 (a) 和 (b)，应该理解该方法包括至少一个后续步骤(a)，然后是在步骤 (b) 之后的后续步骤 (b)，其中步骤(b) 中获得的扩大的复合微生物群落在至少两个生物反应器中用与先前根据预期的结果在步骤 (a) 中所使用的那些参数相同的参数（诸如pH、温度、压力、培养时间、停留时间、通气条件、氧化还原电势及其组合，优选如先前定义的pH和/或停留时间）或不同的参数（诸如pH、温度、压力、培养时间、停留时间、通气条件、氧化还原电势及其组合，优选如先前定义的pH和/或停留时间）再培养，随后是步骤 (b)。
本发明的方法可以在步骤 (a) 和 (b) 之间、在步骤 (a) 的每个或一些重复之间、和/或在步骤 (a) 和(b) 的每个或一些重复之间包括如前所述的冷冻、解冻和/或冻干步骤。
在来自至少两个来源和/或供体的复合微生物群落的情况下，不同来源和/或供体的复合微生物群落的样品可以在步骤 (a) 之前、步骤 (a) 之后、步骤 (a) 的一些或所有重复之前或在步骤 (a) 的一些或所有重复之后混合。也就是说，来自至少两个来源和/或供体的复合微生物群落可以在以下混合：
- 在步骤 (a) 之前或步骤 (a) 的部分或所有重复之前：在这种情况下，在步骤(a) 期间，至少一个生物反应器包含来自至少两个来源和/或供体的复合微生物群落的混合物，或
- 在步骤 (a) 之后，其中还未重复步骤 (a)：在这种情况下，每个生物反应器都包含来自单一来源和/或供体的复合微生物群落。
因此，在本发明的方法中，当复合群落来自至少两个来源和/或供体时，可以在步骤 (a) 之前和/或步骤 (a) 的重复之前混合不同来源和/或供体的复合微生物群落的样品，使得步骤 (a) 中使用的每个生物反应器包含不同比例的至少一个或不同来源和/或供体的复合微生物群落，条件是至少一个生物反应器包含来自至少两个来源和/或供体的复合微生物群落的混合物。
本发明的所有步骤或一些步骤可以在厌氧下进行。
本发明的另一个目的涉及通过本发明的方法获得的扩大的复合微生物群落。
扩大的复合微生物群落可包含至少三个选自以下的细菌门：拟杆菌门（Bacteroidetes）、互养菌门（Synergistetes）、厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）、疣微菌门（Verrucomicrobia）、软壁菌门（Tenericutes）及其混合物。
扩大的复合微生物群落可包含至少三个选自以下的细菌门：拟杆菌门、互养菌门、厚壁菌门、变形菌门、放线菌门、疣微菌门、软壁菌门、梭杆菌门（Fusobacteria）及其混合物。
优选地，扩大的复合微生物群落包括厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和变形菌门，其相对丰度之和优选高于或等于80%，优选高于或等于90%%，更优选高于或等于95%。
优选地，扩大的复合微生物群落包括：
- 厚壁菌门，其相对丰度高于或等于30%，优选高于或等于40%，甚至更优选高于或等于50%，
- 拟杆菌门，其相对丰度低于或等于50%，优选低于或等于40%，甚至更优选低于或等于30%，
- 放线菌门，其相对丰度包括在1%和20%之间，优选在2%和15%之间，甚至更优选在5%和10%之间，
- 变形菌门，其相对丰度低于或等于10%，优选低于或等于5%，甚至更优选低于或等于3%
优选地，所述门来自步骤a) 中使用的复合微生物群落。
优选地，扩大的复合微生物群落包含选自下列组的至少15个属，该组包含：梭菌属（Clostridium）、优杆菌属（Eubacterium）、厌氧棒状菌属（Anaerostipes）、拟杆菌属（Bacteroides）、双歧杆菌属（Bifidobacterium）、布劳特氏菌属（Blautia）、丁酸球菌属（Butyricicoccus）、柯林斯氏菌属（Collinsella）、小杆菌属（Dialister）、多尔氏菌属（Dorea）、艾森伯格氏菌属（Eisenbergiella）、埃希氏杆菌属-志贺氏菌属（Escherichia- Shigella）、粪杆菌属（Faecalibacterium）、纺锤链杆属（Fusicatenibacter）、Hungatella、腔隙杆菌属（Lachnoclostridium）、副萨特氏菌属（Parasutterella）、罗斯氏菌属（Roseburia）、优杆菌属（Eubacterium）、[优杆菌属]产粪甾醇群（[Eubacterium] coprostanoligenesgroup）、[优杆菌属]断链群（[Eubacterium]fissicatenagroup）、[瘤胃球菌属]扭矩群（[Ruminococcus]torquesgroup）、阿里松氏菌属（Allisonella）、嗜胆菌属（Bilophila）、克里斯滕森菌属（Christensenella）、克里斯滕森菌科R-7群（ChristensenellaceaeR-7 group）、梭菌属（Clostridium）、狭义的梭菌属1（Clostridium sensu stricto1）、粪球菌属（Coporococcus）、脱硫弧菌属（Desulfovibrio）、肠球菌属（Enterococcus）、黄杆菌属（Flavonifractor）、毛螺菌科NK4A136群（LachnospiraceaeNK4A136 group）、毛螺菌科UCG-001（Lachnospiraceae UCG-001）、乳杆菌属（Lactobacillus）、副拟杆菌属（Para bacteroides）、消化链球菌属（Peptostreptococcus）、罗姆布茨菌属（Romboutsia）、瘤胃梭菌属（Ruminoclostridium）、瘤胃球菌科UCG-003（Ruminococcaceae UCG-003）、瘤胃球菌科UCG-013（Ruminococcaceae UCG-013）、瘤胃球菌科UCG-014（Ruminococcaceae UCG-014）、瘤胃球菌属（Ruminococcus）、罕见小球菌属（Subdoligranulum）和萨特氏菌属（Sutterella）及其组合。
优选地，所述属来自步骤a) 中使用的复合微生物群落。
扩大的复合微生物群落可以具有的基于操作分类单元（OTU）的丰富度大于或等于150，优选大于或等于200，更优选大于或等于275。OTU是16S rDNA标记基因序列的相似序列变体簇。基于OTU的丰富度指数表示在分析的扩大的复合微生物群落中发现的不同OTU的数量。基于OTU的丰富度指数可以根据示例部分描述的方法计算。特别地，可以使用NucleoSpin土壤试剂盒（马歇雷纳格尔公司（Machery Nagel））提取基因组DNA。根据制造商的说明，使用MyTaq HS-Mix 2X（比奥立公司（Bioline）），可以构建靶向16S rRNA基因的V3-V4区的测序文库。然后可以将文库合并在等摩尔混合物中并在MiSeq V3（依诺米那公司（Illumina））中进行配对末端测序（2x300 bp）。在使用FLASH（FLASH: fast lengthadjustment of short reads to improve genome assemblies[FLASH：快速调整短读段的长度以改进基因组组装], Magoc和Salzberg, 2011, Bioinformatics.[生物信息学]2011年11月1日;27(21):2957-63. doi: 10.1093/bioinformatics/btr507. 电子公开于2011年9月7日）合并扩增子和使用Trimmomatic（Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data[Trimmomatic：Illumina序列数据的灵活修剪器], Bolger等人,2014, Bioinformatics.[生物信息学]2014年8月1日;30(15):2114-20. doi: 10.1093/bioinformatics/btu170. 电子公开于2014年4月1日）进行质量过滤后，可以用Bowtie2（Fast gapped-read alignment with Bowtie 2[使用Bowtie 2的快速间隙读段比对],Langmead等人, Nature Methods.[自然方法]2012, 9:357-359）执行宿主序列净化。可以使用VSEARCH（VSEARCH: a versatile open source tool for metagenomics[VSEARCH:宏基因组学的通用开源工具], Rognes等人, 2016, PeerJ.[同行评议科学杂志]2016年10月18日;4:e2584. doi: 10.7717/peerj.2584. eCollection 2016.）进行操作分类单元（OTU）序列聚簇，其识别阈值为97%，然后可以用Silva SSU数据库版本128执行分类学分析。
分类学和多样性分析可以使用R统计软件（R Core Team 2015，版本3.4.4）使用vegan和phyloseq包进行。为了公平比较，每个样品的序列数目可以针对相同的测序深度（即50000个扩增子/样品）随机归一化，并根据qPCR结果通过总细菌计数归一化。多样性度量可以对应于每个样品20个子样品的中值。
扩大的复合微生物群落在属水平上的丰富度可以大于或等于60、优选大于或等于70、并且甚至更优选大于或等于75。在属水平上的丰富度表示在分析的复合微生物群落中发现的不同属的数量。
扩大的复合微生物群落可具有高于或等于20%、优选高于或等于30%并且甚至更优选高于或等于40%的Butycore。Butycore代表已知产生丁酸盐的细菌的丰度。已知产生丁酸盐的细菌选自包含以下的组：布劳特氏菌属（Blautia）、粪杆菌属（Faecalibacterium）、艾氏藓属（Aiistipes）、优杆菌属（Eubacterium）、双歧杆菌属（Bifidobacterium）、瘤胃球菌属（Ruminococcus）、梭菌属（Clostridium）、粪球菌属（Coprococcus）、臭气杆菌属（Odoribacter）、罗斯氏菌属（Roseburia）、霍尔德曼氏菌属（Holdemanella）、厌氧棒状菌属（Anaerostipes）、颤杆菌属（Oscillibacter）、罕见小球菌属（Subdoligranulum）和丁酸弧菌属（Butyrivibrio）。
扩大的复合微生物群落可具有高于或等于40%、优选高于或等于50%并且更优选高于或等于60%的核心微生物群。核心微生物群表示以下属的总丰度：瘤胃球菌属、粪杆菌属、多尔氏菌属、类球菌属、布劳特氏菌属、另枝菌属、拟杆菌属、罕见小球菌属、罗斯氏菌属、副拟杆菌属和毛螺菌属。
扩大的复合微生物群落可具有高于或等于40%、优选高于或等于50%并且更优选高于或等于60%的“健康指数”。健康指数表示毛螺菌科、瘤胃球菌科、梭菌科（Clostridiaceae）、普雷沃菌科（Prevotellaceae）和丹毒丝菌科（Erysipelotrichaceae）的丰度总和。
扩大的复合微生物群落在其扩大之前和之后的复合微生物群落之间的相似性可以大于或等于30%，优选地大于或等于70%，更优选地大于或等于90%，如通过杰卡德指数测量。杰卡德指数是统计工具，用于衡量样品集的相似性和多样性。杰卡德指数测量两个样品之间的相似性。杰卡德指数可以在属或科水平上计算。杰卡德指数是技术人员熟知的工具，并且例如描述于以下文献中：The longterm stability of the human gut microbiota [人肠道微生物群的长期稳定性], Faith, J.J., Guruge, J.L.,Charbonneau, M., Subramanian, S., Seedorf, H., Goodman, A. L.等人(2013), Science [科学]341 (6141), 1237439. doi: 10.1126/science.1237439。
在接下来的段落中，“本发明的扩大的复合微生物群落”将被理解为通过本发明的方法获得的扩大的复合微生物群落，其任选地具有上述技术特征。
本发明的另一个目的涉及包含本发明的扩大的复合微生物群落的药物配制品。
如本文所用，术语“药物组合物”是指包含本发明的扩大的复合微生物群落和至少一种药学上可接受的赋形剂的任何组合物。
如本文所用，术语“药学上可接受的赋形剂”是指不干扰一种或多种活性成分的生物活性的有效性并且在其施用浓度下对宿主没有过度毒性的载剂介质。根据药物形式和所需的施用方法，所述赋形剂可以选自本领域技术人员已知的常用赋形剂。
本发明的扩大的复合微生物群落或包含本发明的所述复合物的药物组合物可以通过任何可接受的施用方式施用，优选通过口服途径、直肠途径、胃十二指肠和皮肤（软膏）。
口服配制品的实例包括但不限于专利申请WO 2019/097030 A1中描述的配制品。
本发明的扩大的复合微生物群落或包含本发明的所述复合群落的药物组合物可以以任何合适的施用形式存在，诸如例如片剂、胶囊、灌肠剂和栓剂，配制成液体、混悬剂、凝胶、凝胶片、半固体、片剂、冲剂、锭剂、胶囊、作为灌肠剂的肠内配制品或作为软膏的皮肤配制品。
本发明的另一个目的涉及本发明的扩大的复合微生物群落或包含本发明的所述复合群落的药物组合物，用作药物。
待治疗的受试者可以是人和/或动物。
本发明的另一个目的涉及本发明的扩大的复合微生物群落或本发明的药物组合物，用于在微生物组生态系统疗法如自体或同种异体微生物组生态系统疗法中使用。
如本发明所用，术语“微生物组生态系统疗法”是指施用根据本发明的方法获得的扩大的复合微生物群落，步骤 (a) 中培养的复合微生物群落的至少一部分或全部可以已经从其初始基质中或未从其初始基质中提取、部分提取、部分分离、分离、部分分开、分开，或被人工合成或基因修饰。微生物组生态系统疗法可以指在有需要的受试者中用功能完备且健康的生态系统替代功能失调的、受损的生态系统的至少一部分或全部。
本发明的另一个目的涉及本发明的扩大的复合微生物群落或本发明的药物组合物，其处于适合于微生物组生态系统疗法如自体或同种异体微生物组生态系统疗法的形式。
本发明的另一个目的涉及本发明的扩大的复合微生物群落或包含本发明的所述复合群落的药物组合物，用于预防和/或治疗败血症，败血症休克，感染例如艰难梭菌（Clostridioides difficile）感染和相关腹泻（CDI），溃疡性结肠炎，炎性肠病（IBD），肠易激综合症（IBS），特发性便秘，乳糜泻，克罗恩病，I型糖尿病，II型糖尿病，食物过敏，实体癌，例如肾细胞癌、黑色素瘤、结直肠癌或非小细胞肺癌，液体癌，例如白血病或骨髓增生异常综合征，移植物抗宿主病（GvHD），例如胃肠道急性GvHD、类固醇抗性GvHD或类固醇依赖性GvHD，肥胖和病态肥胖，自闭症，硬化，慢性阴道感染，例如膀胱炎和霉菌病，骨和关节感染，帕金森病，阿尔茨海默病，精神分裂症和双相情感障碍，胃肠道障碍，例如肠道炎症，腹泻，旅行者腹泻，粘膜炎，腹痛和胃肠道出血，肠道生态失调，例如与癌症化学疗法或免疫疗法相关的肠道生态失调，重症监护病房（ICU）相关的生态失调，酒精性和非酒精性肝病，治疗引起的炎症，例如治疗引起的肠道炎症、抗癌疗法引起的炎症，血液疾病，病毒性冠状病毒感染，同种异体造血干细胞移植（allo-HSCT）引起的感染性或非感染性并发症，例如同种异体造血干细胞移植（allo-HSCT）后类固醇难治性移植物抗宿主病（SR-aGvHD），携带或感染多重抗性细菌，包括梭菌属、肠球菌属例如万古霉素抗性肠球菌（VRE）和糖肽抗性肠球菌（GRE）、产生超广谱β-内酰胺酶（ESBL）的细菌、产碳青霉烯酶肠杆菌科（CPE）、对抗生素具有高度抗性的新出现细菌（BHRe），和/或恶性血液病，及其组合。
在一些上述疾病中，本发明的扩大的复合微生物群落具有直接作用。在其他疾病中，本发明的扩大的复合微生物群落与以下组合使用：基于药物的疗法、免疫疗法、一种或多种免疫检查点抑制剂（例如靶向PD-1、PD-L1、CD27、CD28、CD40、CD122、CD137、OX40、GITR、ICOS、A2AR、B7-H3、B7-H4、BTLA、CTLA-4、IDO、KIR、LAG3、NOX2、TIM-3、VISTA、SIGLEC7的免疫检查点抑制剂）、靶向肿瘤新抗原的疗法、化学疗法、放射疗法及其组合，例如作为增强所述疗法效果和/或减少所述疗法诱导的副作用的佐剂。
本发明还涉及本发明的扩大的复合微生物群落或包含本发明的扩大的复合微生物群落的药物组合物在制备预防和/或治疗上述疾病的药物中的用途。
本发明还涉及一种用于预防和/或治疗上述疾病的方法，包括将本发明的扩大的复合微生物群落或包含本发明的所述扩大的复合微生物群落的药物组合物施用给受试者的步骤。
本发明的另一目的涉及本发明的扩大的复合微生物群落或包含本发明的扩大的复合微生物群落的药物组合物，用于在微生物组生态系统疗法中，例如自体或同种异体微生物组生态系统疗法中预防和/或治疗上述疾病。
本发明还涉及本发明的扩大的复合微生物群落或包含本发明的所述扩大的复合微生物群落的药物组合物在微生物组生态系统疗法，例如自体或同种异体微生物组生态系统疗法中的用途。
对附图的说明
实施例1的结果。
图1显示了与来自单一发酵罐的样品比较，运行1、2和3的发酵罐混合样品在门水平上的分类学。
图2显示了与来自单一发酵罐的样品比较，运行1、2和3的发酵罐混合样品在OTU水平上的丰富度。
图3显示了相比于的基线，运行1、2和3的发酵罐混合样品的OTU和属的保持。
图4显示了与来自单一发酵罐的样品比较，运行1、2和3的发酵罐混合样品的butycore丰度。
图5显示了与来自单一发酵罐的样品比较，运行1、2和3的发酵罐混合样品的核心微生物群丰度。
图6显示了与来自单一发酵罐的样品比较，运行1、2和3的发酵罐混合样品的健康指数丰度。
图7显示了相比于的基线，运行1、2和3的发酵罐混合样品由杰卡德指数相似性表示的β多样性。
实施例2的结果。
图8A和8B显示了混合物在门水平上的分类学。
图9A和9B显示了混合物在属水平上的丰富度。
图10A和10B显示了相比于混合物基线对属的保持。
图11A和11B显示了混合物的核心微生物群丰度。
图12A和12B显示了混合物的butycore丰度。
图13A和13B显示了混合物的健康指数丰度。
图14A和14B显示了与基线相比混合物由杰卡德指数相似性表示的β-多样性。
图15：制备Mix28至31的方案。
实施例3的结果。
图16显示了与来自单一发酵罐的样品相比，来自不同停留时间条件的发酵罐混合物在门水平上的分类学。
图17显示了与来自单一发酵罐的样品相比，来自不同停留时间条件的发酵罐混合物在属水平上的丰富度。
图18显示了与来自单一发酵罐的样品相比，来自不同停留时间条件的发酵罐混合物的butycore丰度。
图19显示了与来自单一发酵罐的样品相比，来自不同停留时间条件的发酵罐混合物的核心微生物群丰度。
图20显示了与来自单一发酵罐的样品相比，来自不同停留时间条件的发酵罐混合物的健康指数丰度。
图21显示了与来自单一发酵罐的样品相比，来自不同停留时间条件的发酵罐混合物在属水平上的由杰卡德指数相似性代表的β多样性。
实施例4的结果。
图22显示了运行1、2、3和4的混合物的在门水平上的分类学。
图23显示了运行1、2、3和4的混合物的butycore丰度。
图24显示了运行1、2、3和4的混合物的核心微生物群丰度。
实施例
实施例1：pH对微生物群发酵的影响。
实验范围
该实验的目的是研究三个不同pH对微生物群发酵的影响，并确定混合在不同pH下稳定的微生物群是否能够更好地对应于初始微生物群分类学谱。
方案。
- 发酵系统。
使用Mobius CellReady 3L一次性生物反应器。Mobius生物反应器由密理博公司（Millipore）制造。
生物反应器由My-Control控制器监控。控制器由欧谱生物技术公司（ApplikonBiotechnology）（荷兰）制造。这些系统整合了体内人结肠环境的主要参数，诸如pH、体温、回肠流出物的供应、停留时间、常驻微生物群的活性所维持的厌氧状态（Dynamic InVitroModels of the Human Gastrointestinal Tract as Relevant Tools to Assessthe Survival of Probiotic Strains and Their Interactions with Gut Microbiota,[人胃肠道的动态体外模型作为评估益生菌菌株存活及其与肠道微生物群相互作用的相关工具], Cordonnier等人, 2015, Microorganisms.[微生物]2015年12月; 3(4): 725-745）。
发酵参数为：
-反应体积：1 L
-设定温度：37°C
-调节pH：5.3、6.3或7.3（每个生物反应器/发酵罐具有不同的pH设定点）
-停留时间：24 h
培养基的组成尽可能接近回肠流出物的组成（Dynamic In Vitro Models oftheHuman Gastrointestinal Tract as Relevant Tools to Assess the Survival of Probiotic Strains and Their Interactions with Gut Microbiota, [人胃肠道的动态体外模型作为评估益生菌菌株存活及其与肠道微生物群相互作用的相关工具],Cordonnier等人, 2015, Microorganisms.[微生物]2015年12月;3(4): 725-745），并且每个组分均为食品级或医药级。
在微生物群培养开始时添加100 μL消泡剂（Y-30乳液，来自西格玛奥德里奇公司（Sigma-Aldrich），简称A5758），并且培养基的pH根据发酵罐设定点分别被调节到5.3、6.3和7.3。
- 人粪便微生物群来源和制备。
■对于每个运行，每个生物反应器接种来自同一供体的冷冻粪便样品，浓度为1g/L。在三个发酵罐的三个运行中测试了三个不同的供体。
■根据国际申请WO 2016/170285 A1、WO 2017/103550 A1或WO 2019/171012 A1中描述的方法准备粪便。特别地，收集样品，在WO2016/170285 A1和WO 2017/103550 A1中描述的稀释剂（即5%海藻糖和15%麦芽糖糊精）中稀释并储存在-80°C直至使用。
- 进行的运行。
在三个发酵罐中进行了三次运行：
■运行1：供体1；
■运行2：供体2；
■运行3：供体3。
对于每个运行，三个发酵在三个不同的发酵罐中平行进行。这三个发酵罐之间的区别在于pH设定点按发酵罐分别设定为5.3、6.3和7.3。
- 执行的分析。
■ 16S rDNA测序：
根据表1以不同比例的三个pH条件的混合物进行16S rDNA测序：
| 混合物名称 | 百分比 | pH设定点为5.3的生物反应器（F1） | pH设定点为6.3的生物反应器（F2） | pH设定点为7.3的生物反应器（F3） |
| 混合物1 | 33,34%/33,33%/33,33% | 333 μl | 333 μl | 333 μl |
| 混合物2 | 60%/30%/10% | 600 μl | 300 μl | 100 μl |
| 混合物3 | 10%/60%/30% | 100 μl | 600 μl | 300 μl |
| 混合物4 | 30%/10%/60% | 300 μl | 100 μl | 600 μl |
表1。
由欧陆基因组学公司（Eurofins Genomics）（德国埃伯斯贝格）进行测序。使用NucleoSpin土壤试剂盒（马歇雷纳格尔公司（Machery Nagel））提取基因组DNA。根据制造商的说明，使用MyTaq HS-Mix 2X（比奥立公司（Bioline）），为每个样品构建了靶向16S rRNA基因的V3-V4区的测序文库。然后将文库合并在等摩尔混合物中并在MiSeq V3（依诺米那公司（Illumina））中进行配对末端测序（2x300 bp）。
在使用FLASH（FLASH: fast length adjustment of short reads to improvegenome assemblies[FLASH：快速调整短读段的长度以改进基因组组装], Magoc和Salzberg, 2011, Bioinformatics.[生物信息学]2011年11月1日;27(21):2957-63. doi:10.1093/bioinformatics/btr507. 电子公开于2011年9月7日.）合并扩增子和使用Trimmomatic（Trimmomatic:a flexible trimmer for Illumina sequence data[Trimmomatic：Illumina序列数据的灵活修剪器], Bolger等人, 2014, Bioinformatics.[生物信息学]2014年8月1日;30(15):2114-20. doi: 10.1093/bioinformatics/btu170.电子公开于2014年4月1日.）进行质量过滤后，用Bowtie2（Fastgapped-read alignmentwith Bowtie 2 [使用Bowtie 2的快速间隙读段比对], Langmead等人, Nature Methods.[自然方法]2012, 9:357-359.）执行宿主序列净化。使用VSEARCH（VSEARCH: a versatileopen source tool for metagenomics[VSEARCH:宏基因组学的通用开源工具], Rognes等人, 2016, PeerJ.[同行评议科学杂志]2016年10月18日;4:e2584. doi: 10.7717/peerj.2584. eCollection 2016.）进行操作分类单元（OTU）序列聚簇，其识别阈值为97%，然后用Silva SSU数据库版本128执行分类学分析。
使用R统计软件（R Core Team 2015，版本3.4.4）使用vegan和phyloseq包进行分类学和多样性分析。为了公平比较，每个样品的序列数目针对相同的测序深度（即50000个扩增子/样品）随机归一化，并根据qPCR结果通过总细菌计数归一化。多样性度量对应于每个样品20个子样品的中值。
■ 流式细胞术分析：
对于流式细胞术分析，将样品用活/死试剂盒标记，并在BD™ LSR II流式细胞仪上进行分析。
结果
三个pH条件按不同比例的混合物：
本部分涉及在不同发酵天数（第2天、第4天、第8天和第14天）按照上表1按不同比例混合的发酵罐样品的16S结果。
- 混合物的16S：
-在门水平上的分类学组成：
结果如图1所示。
如图1所示，无论比例如何，最终的组成都没有区别。尽管如此，组成被归一化并接近基线组成。
-在OTU水平上的丰富度：
结果如图2所示。
同样，如图2所示，当混合至少两个发酵罐样品时，丰富度会增加并被归一化。这可以通过以下事实来解释：至少两个pH条件会导致不同的微生物群落，从而增加丰富度。
-OTU的来源：
结果如图3所示。
图3显示，在所有混合物中，大多数已鉴定的OTU也存在于至少两个发酵罐中。它还表明每个发酵罐在混合物中都有自己的OTU，这意味着至少两个pH条件是有用的。此外，比例效应在该图中可见，因为属于以较高的数量存在的发酵罐的OTU的数量通常带来比其他两个更高百分比的OTU。对于33-33-33（更具体地说是33、34-33、33-33、33）比例，每个发酵罐带来几乎相同数量的OTU。
出人意料的是，也有少量的OTU不来自任何发酵罐，这可能是由于OTU以非常低的丰度存在，并且在发酵开始时检测不到。这些OTU可能在发酵条件下增加，然后可检测到。
-butycore：
butycore代表已知产生丁酸盐的细菌的丰度。
结果如图4所示。
如图4所示，当混合发酵罐的样品时，butycore被归一化。对于运行2混合物60-30-10和运行2混合物30-10-60，观察到比例的小影响。在第一种情况下，pH 5.3发酵罐（F1）呈现最高的细菌比例，与其他混合物相比增加了butycore，并且高于基线，因为其单一值高（第4天后约为70%）。在第二种情况下，与其他混合物相比，pH 8.3发酵罐（F3）呈现更高的比例，降低了butycore，因为其单一值低（第2天后低于10%）。
-核心微生物群：
核心微生物群表示以下属的总丰度：瘤胃球菌属、粪杆菌属、多尔氏菌属、类球菌属、布劳特氏菌属、另枝菌属、拟杆菌属、罕见小球菌属、罗斯氏菌属、副拟杆菌属和毛螺菌属。
结果如图5所示。
如图5所示，与基线相比，核心微生物群也针对更高或相似的值归一化。比例之间没有观察到差异。这似乎是所有发酵罐之间的平衡。
-健康指数：
健康指数表示毛螺菌科、瘤胃球菌科、梭菌科、普雷沃菌科和丹毒丝菌科的丰度总和。
结果如图6所示。
如图6所示，与其他变量一样，当发酵罐混合时，健康指数被归一化。值与基线值相似。在比例之间没有观察到显著差异（除了当针对所有运行比较混合物10-60-30与混合物60-30-10时pH 5.3（F1）的轻微影响）。
-β-多样性，与基线相比的杰卡德相似性：
杰卡德指数是统计工具，用于衡量样品集的相似性和多样性。结果如图7所示。
如图7所示，当发酵罐混合时，杰卡德指数被归一化。在第2天（D02）和第4天（D04），混合物的杰卡德指数在发酵4小时后接近于单一发酵罐的指数（未显示），因此接近基线，因为在4小时时杰卡德指数约为70%。在第8天（D08）和第14天（D14），指数略有下降，但几乎总是高于单一发酵罐的值（未显示）。
讨论与结论。
三个pH条件按不同比例的混合物：
混合物的结果主要表明，在OTU水平上，发酵罐比例和采样日期之间没有观察到差异。例如，混合发酵罐可以使结果归一化，并且当混合发酵罐时，每个指数都更接近基线值。OTU的分类学、butycore、核心微生物群、健康指数、丰富度和β-多样性就是这种情况。
特别是，大多数已鉴定的OTU存在于至少两个发酵罐中，并且至少两个发酵罐中的每一个都在混合物中带来自己的OTU，这意味着至少两个pH条件是有用的。
作为结论，我们已经看到在至少两个不同的pH下工作会带来目的OTU。此外，当组合至少两个pH时，每个变量都会更接近基线值。也就是说，至少两个pH条件是重要的，将保留用于进一步的实验。
实施例2：使用预测工具，混合来自体外发酵的几个微生物群。
实验范围。
本实施例中使用的工具允许预测通过在计算机中模拟多个微生物群样品的混合物而获得的谱。在本实验中，该工具用于混合来自体外发酵的2、3或4个样品谱。这些样品来自用相同或不同的供体和/或用相同或不同的一个或多个pH设定点进行的发酵。这些样品也按不同比例混合。
方案。
混合物
不同混合物的测试比例如下所示。
-作为比较目的，混合物1至7是用来自三个发酵罐的谱构建的，这些发酵罐接种了来自同一供体的微生物群，但具有三个不同的pH设定点（5.3、6.3和7.3），并且混合物8至10是用来自一个发酵罐的谱构建的，该发酵罐了接种来自同一供体的微生物群并使用单一pH设定点：
| 混合物名称 | pH 5.3 | pH 6.3 | pH 7.3 | 接种物 |
| 混合物0 | 100 | |||
| 混合物1 | 33,34 | 33,33 | 33,33 | |
| 混合物2 | 60 | 30 | 10 | |
| 混合物3 | 10 | 60 | 30 | |
| 混合物4 | 30 | 10 | 60 | |
| 混合物5 | 80 | 15 | 5 | |
| 混合物6 | 5 | 80 | 15 | |
| 混合物7 | 15 | 5 | 80 | |
| 混合物8 | 100 | 0 | 0 | |
| 混合物9 | 0 | 100 | 0 | |
| 混合物10 | 0 | 0 | 100 |
表2
-用以下构建混合物11至27：两个微生物群谱，其来自两个发酵罐，这些发酵罐接种了来自同一供体的微生物群，具有两个不同的pH设定点（5.3、6.3或7.3）：
| 混合物名称 | pH 5.3 | pH 6.3 | pH 7.3 |
| 混合物11 | 50 | 50 | |
| 混合物12 | 50 | 50 | |
| 混合物13 | 50 | 50 | |
| 混合物14 | 90 | 10 | |
| 混合物15 | 10 | 90 | |
| 混合物16 | 90 | 10 | |
| 混合物17 | 10 | 90 | |
| 混合物18 | 90 | 10 | |
| 混合物19 | 10 | 90 | |
| 混合物20 | 2 | 98 | |
| 混合物21 | 2 | 98 | |
| 混合物22 | 70 | 30 | |
| 混合物23 | 30 | 70 | |
| 混合物24 | 70 | 30 | |
| 混合物25 | 30 | 70 | |
| 混合物26 | 70 | 30 | |
| 混合物27 | 30 | 70 |
表3
-用以下构建混合物28至31：四个微生物群谱，其来自四个发酵罐，这些发酵罐接种了来自不同供体的微生物群，具有根据图15不同的pH设定点（5.3、6.3和/或7.3）。
如上表所示，混合物已被鉴定：混合物1至31。
执行的分析
在预测工具平台上预测混合物。导出总结预测池的分类学组成的.csv文件，并使用生物信息学工具进行分析，以计算以下指标：
■在门水平上的分类学组成（拟杆菌门、厚壁菌门、变形菌门……）
■丰富度（属水平）
■相对于基线的对属的保持
■核心微生物群
■butycore
■健康指数I2
■β-多样性，与基线相比的杰卡德相似性。
结果。
-在门水平上的分类学组成
结果如图8所示。
混合物8、混合物9和混合物10对应于来自第一、第二和第三发酵罐的样品。如实施例1所示，与来自pH 6.3和7.3发酵罐的样品（分别为混合物9和混合物10）相比，来自pH 5.3发酵罐的样品（混合物8）具有放线菌门丰度较高和拟杆菌门丰度较低的组成。来自pH 6.3和pH 7.3发酵罐（分别为混合物9和混合物10）的样品相似，除了来自pH 6.3发酵罐（混合物9）的样品中变形菌门的丰度更高。
然后，除了其中存在高比例的来自pH 5.3发酵罐的样品的混合物（混合物2、混合物5、混合物8、混合物11、混合物13、混合物14、混合物18、混合物22和混合物26）外，可以看出，无论微生物群的数量如何并且无论pH是否不同，所有混合物在门水平上的谱都是相似的。
-丰富度（属水平）：
结果如图9所示。
当单独考虑微生物群时（混合物8、混合物9和混合物10），相应的丰富度低于其他混合物的丰富度。所有混合物呈现出的丰富度对于混合物1至混合物7相似且接近初始样品（基线-未显示）并且对于混合物11至混合物31相似且接近混合物1。
-相对于基线的属的保持：
结果如图10所示。
在这里，将混合物1至混合物10中的属的数量与初始样品（基线-未显示）进行了比较。混合物11至混合物31中的属的数量已与混合物1进行了比较。也就是说，初始样品是混合物1至混合物10的基线，混合物1是混合物11到混合物31的基线。
当将对应于来自具有三个不同pH设定点的三个发酵罐的样品混合物的混合物1至7与来自单一发酵罐的样品（混合物8至混合物10）进行比较时，可以看出，与使用单一发酵罐（混合物8至混合物10）相比，如实施例1所示混合至少两个微生物群允许保留更多的属。混合物1和混合物4呈现的属的数量更多，它们分别对应于33/33/33（更具体地说是33、34/33、33/33、33）、60/30/10、10/60/30和30/10/60比例。查看属于核心微生物群的属，可以看出混合时没有属完全丢失。一些属，如布劳特氏菌属或罗斯氏菌属很难混合保存，但它们的存在是仅比例依赖性的。对于第一个，因为它只存在于来自pH 5.3发酵罐的样品中，所以它只存在于含有高比例的来自该发酵罐的样品的混合物中。对于第二个，类似地，它只存在于来自pH5.3发酵罐的样品中，因此当混合物含有低比例的来自pH 5.3发酵罐的样品时，该属会在混合物中丢失。
关于混合物11至31，可以看出，仅混合两个微生物群（混合物11至混合物27）也可以保留大量的属，并且大多数核心微生物群属都保留在所有混合物中。对于混合物28至31（它们可以与包含来自不同于混合物1的供体的不同供体的微生物群的混合物进行比较），正如预期的那样，丢失的属的数量高于其他混合物。尽管如此，混合物28至31中丢失的属的数量与来自具有三个不同pH设定点的发酵罐的三个微生物群的样品混合物之一（混合物1至7）相似。
-核心微生物群
结果如图11所示。
核心微生物群表示以下属的总丰度：瘤胃球菌属、粪杆菌属、多尔氏菌属、粪球菌 属、布劳特氏菌属、另枝菌属、拟杆菌属、罕见小球菌属、罗斯氏菌属、副拟杆菌属和毛螺菌 属。
如图11所示，所有混合物的核心微生物群都相似，而对于来自pH 5.3发酵罐的样品的比例较高的混合物而言核心微生物群略低（因为仅来自pH 5.3发酵罐的样品中的核心微生物群值较低）。在三个、两个和四个微生物群的混合物之间没有观察到真正的差异，并且值总是接近60%。
-butycore
结果如图12所示。
butycore代表已知产生丁酸盐的细菌的丰度。如实施例1所示，pH 5.3发酵罐的butycore指数高。混合物8的情况也是如此，它对应于仅来自pH 5.3发酵罐的样品。因此，当混合物包含来自pH 5.3发酵罐的样品时，与不包含来自pH 5.3发酵罐的样品的混合物相比，butycore指数更高。有意义的是，当混合物包含来自三个不同供体且未进行pH修改的样品时，butycore高（混合物28）。对于包含来自pH 5.3发酵罐和/或来自几个供体的样品的混合物，butycore更高。
-健康指数I2
结果如图13所示。
健康指数表示毛螺菌科、瘤胃球菌科、梭菌科、普雷沃菌科和丹毒丝菌科的丰度总和。
图13显示，无论供体数量如何，无论pH条件如何，健康指数始终在30%到45%之间。对于包含高比例的来自pH 6.3发酵罐的样品的混合物，该百分比甚至更高。这是意料之中的，因为仅来自pH 6.3发酵罐的样品显示出高健康指数值。
-β-多样性，与基线相比的杰卡德相似性
结果如图14所示。
包含来自单一发酵罐的样品的混合物（混合物8至10）与初始样品（基线-未显示）的相似性低于包含来自不同发酵罐的样品的混合物（混合物1至7和11至27），并且对于包含来自仅两个发酵罐的样品的混合物（混合物11至混合物27），相似性甚至更高。
正如预期的那样，混合物1和混合物28至31之间的相似性较低，因为初始供体不同。尽管如此，值仍接近40%。
讨论与结论
在本实验中，已经证明接种了来自单一供体的微生物群并具有至少两个不同的pH设定点的混合发酵罐通过与单一发酵罐条件相比改善几个指数而对这几个指数产生影响，如实施例1所示。此外，已经看到pH 5.3条件通过增加或减少值对这些指数产生影响。因此，这种条件在混合物中很重要，应该保留以影响最终的微生物群组成。
工具结果还表明，与使用单一发酵罐（1个pH条件）获得的那些指数相比，施用仅2个pH条件指数更好。更有意义的是，与单一发酵罐（1个pH条件）相比，混合来自几个供体和/或在几个pH设定点的四个微生物群可以更接近基线值。
作为结论，本实施例表明，与使用单一发酵罐（1个pH条件）相比，培养和混合2个、3个和4个微生物群是可能的，并且是必需的，以便更接近初始谱，并且以不同比例混合可以影响微生物群的最终组成。培养可以用至少2个微生物群（至少2个pH条件）实现，但可以很容易地想象通过添加更多pH条件和/或更多初始供体以及通过改变每个微生物群的比例来丰富这种混合微生物群，因为这将允许保留尽可能多的属，并在发酵前更接近初始微生物群。
实施例3：停留时间对微生物群发酵的影响。
实验范围。
该实验的目的是研究四个停留时间条件对微生物群发酵的影响。
方案。
除了发酵参数和流式细胞术分析不同外，该方案与实施例1相同。
- 发酵参数
发酵参数为：
-反应体积：1 L
-设定温度：37°C
-调节pH：6.3
-停留时间：12小时、24小时、48小时、96小时（每个生物反应器/发酵罐具有不同的停留时间）
仅使用如实施例1所述来源的一个人粪便微生物群。
- 流式细胞术分析
对于流式细胞术分析，将样品用活/死试剂盒标记，并在Guava® easyCyte™ 5HT流式细胞仪上进行分析。
- 进行的运行
进行了四个发酵：
RT1：停留时间12小时
RT2：停留时间24小时
RT3：停留时间48小时
RT4：停留时间96小时
在四个不同的发酵罐中平行进行四个发酵。这四个发酵罐之间的区别在于停留时间设定点，分别设定为12小时、24小时、48小时和96小时。
- 进行的混合
使用计算机模拟预测工具进行混合。显示预测工具中使用的比例：
| 混合百分比 | RT1 | RT2 | RT3 | RT4 |
| 混合物1 | 25 | 25 | 25 | 25 |
| 混合物2 | 10 | 20 | 30 | 40 |
| 混合物3 | 20 | 30 | 40 | 10 |
| 混合物4 | 30 | 40 | 10 | 20 |
| 混合物5 | 40 | 10 | 20 | 30 |
| 混合物6 | 10 | 20 | 20 | 50 |
| 混合物7 | 20 | 20 | 50 | 10 |
| 混合物8 | 20 | 50 | 10 | 20 |
| 混合物9 | 50 | 10 | 20 | 20 |
| 混合物10 | 10 | 30 | 60 | |
| 混合物11 | 30 | 60 | 60 | |
| 混合物12 | 60 | 10 | 30 | |
| 混合物13 | 34 | 33 | 33 |
表4：在计算机模拟中进行的混合中单一发酵罐的比例。
结果。
-在门水平上的分类学组成
结果如图16所示。如图16所示，根据使用的停留时间，在D03观察到组成的差异。在RT1条件下获得更多的厚壁菌门，在RT4条件下获得更多的变形菌门。无论比例如何，最终的组成都没有区别。尽管如此，组成被归一化并接近基线组成。
-在属水平上的丰富度
结果如图17所示。如图17所示，随发酵时间观察到一些差异。在D03，无论停留时间条件如何，丰富度指数都相似。当混合发酵罐的样品时，无论比例如何，丰富度都被归一化。
-butycore
butycore代表已知产生丁酸盐的细菌的丰度。结果如图18所示。
如图18所示，对于RT1条件，在D01时butycore指数已经更高。无论发酵时间如何，RT4条件对butycore都是最不利的。RT1条件允许获得最高的butycore得分，甚至与基线相比更高。当混合发酵罐的样品时，butycore被归一化，无论比例如何，除了其中RT1以更高比例添加的混合物。
-核心微生物群
核心微生物群表示以下属的总丰度：瘤胃球菌属、粪杆菌属、多尔氏菌属、类球菌属、布劳特氏菌属、另枝菌属、拟杆菌属、罕见小球菌属、罗斯氏菌属、副拟杆菌属和毛螺菌属。结果如图19所示。
如图19所示，无论使用的停留时间如何，核心微生物群指数都会随着时间的推移而增加，在D03达到相似的丰度。值与基线值相似。比例之间没有观察到差异。
-健康指数
健康指数表示毛螺菌科、瘤胃球菌科、梭菌科、普雷沃菌科和丹毒丝菌科的丰度总和。结果如图20所示。
如图20所示，无论停留时间如何，健康指数从D01到D02增加。与其他停留时间条件相比，RT1在D03达到更高的健康指数。健康指数往往随着停留时间的增加而降低。与其他变量一样，当发酵罐混合时，健康指数被归一化。除了其中以更高比例添加RT1的混合物外，没有观察到重大差异。
-β-多样性，与基线相比的杰卡德相似性
杰卡德指数是统计工具，用于衡量样品集的相似性和多样性。结果如图21所示。
如图21所示，每个停留时间条件的杰卡德指数相似。发酵72小时后混合物的杰卡德指数与单一发酵罐接近。无论混合比例如何，没有观察到重大差异。
讨论与结论。
结果表明，停留时间可以影响不同门的发展，从而影响不同属的发展。最低停留时间有利于构成核心微生物群和butycore的目的属。此外，无论停留时间如何，丰富度指数都是相似的。
作为结论，我们已经看到改变停留时间会影响培养的生态系统的组成，并且一些停留时间可能有利于选择特定的微生物群谱。混合物的结果主要显示发酵罐比例之间没有观察到差异。例如，混合发酵罐可以使结果归一化，并且当混合发酵罐时，每个指数都更接近基线值。
实施例4：再培养对微生物群发酵的影响的研究。
实验范围。
该实验的目的是研究几次连续再培养对微生物群发酵的影响。
方案。
除了流式细胞术分析不同外，该方案与实施例1相同。
-流式细胞术分析
对于流式细胞术分析，将样品用活/死试剂盒标记，并在Guava® easyCyte™ 5HT流式细胞仪上进行分析。
-进行的运行
连续进行了四个运行：
运行1：第1次培养
运行2：第1次再培养
运行3：第2次再培养
运行4：第3次再培养
在本实施例中，对于每个运行，三个发酵在三个不同的发酵罐中平行进行。这三个发酵罐之间的区别在于pH设定点分别设定为5.3、6.3和7.3。连续进行运行。运行1的接种物是人粪便微生物群（如实施例1中所述），后续运行的接种物是从前一运行的三个发酵罐（按34%/33%/33%的比例混合）收获的所得混合物。这样一共进行了四次培养。
结果。
仅呈现每个运行结束时获得的混合物（34%/33%/33%）。
-在门水平上的分类学组成
结果如图22所示。
如图22所示，无论培养的次数如何，获得的混合物主要由厚壁菌门和拟杆菌门构成，变形菌门和梭杆菌门低于3%。
-butycore
butycore代表已知产生丁酸盐的细菌的丰度。结果如图23所示。
如图23所示，无论培养的次数如何，butycore指数都是相似的，并且值类似于或高于基线值。
-核心微生物群
核心微生物群表示以下属的总丰度：瘤胃球菌属、粪杆菌属、多尔氏菌属、类球菌属、布劳特氏菌属、另枝菌属、拟杆菌属、罕见小球菌属、罗斯氏菌属、副拟杆菌属和毛螺菌属。结果如图24所示。
如图24所示，根据再培养次数，观察到核心微生物群丰度存在一些细微变化。获得的值，无论再培养的次数如何，都高于基线值。
讨论与结论。
结果表明，连续的再培养不影响获得的宏基因组谱。
作为结论，我们已经看到再培养并没有显著影响培养的生态系统的组成。
Claims (20)
1.一种扩大复合微生物群落的方法，所述方法包括以下步骤：
(a) 在至少两个生物反应器、优选至少三个生物反应器中培养所述复合微生物群落，其中这些生物反应器具有至少一个不同参数，所述参数选自pH、温度、压力、培养时间、停留时间、通气条件、氧化还原电势及其组合，以获得至少两个收获的接种物，
(b) 混合在步骤 (a) 中获得的至少两个收获的接种物以获得扩大的复合微生物群落。
2.如权利要求1所述的方法，其特征在于这些生物反应器具有包括在6小时和102小时之间、优选在12小时和96小时之间、优选在24小时和72小时之间的不同的停留时间。
3.如权利要求1或2所述的方法，其特征在于至少一个生物反应器具有包括在6小时和18小时之间、优选在9小时和15小时之间并且更优选在11小时和13小时之间的停留时间。
4.如权利要求1至3中任一项所述的方法，其特征在于至少一个生物反应器具有包括在18小时和30小时之间、优选在21小时和27小时之间并且更优选在23小时和25小时之间的停留时间。
5.如权利要求1至4中任一项所述的方法，其特征在于：
- 第一生物反应器具有包括在18小时和30小时之间、优选在21小时和27小时之间并且更优选在23小时和25小时之间的停留时间，
- 第二生物反应器具有包括在6小时和18小时之间、优选在9小时和15小时之间并且更优选在11小时和13小时之间的停留时间，或者包括在42小时和54小时之间、优选在45小时和51小时之间并且更优选在47小时和49小时之间的停留时间。
6.如权利要求1至5中任一项所述的方法，其特征在于：
- 第一生物反应器具有包括在6小时和18小时之间、优选在9小时和15小时之间并且更优选在11小时和13小时之间的停留时间，
- 第二生物反应器具有包括在18小时和30小时之间、优选在21小时和27小时之间并且更优选在23小时和25小时之间的停留时间，以及
- 第三生物反应器具有包括在42小时和54小时之间、优选在45小时和51小时之间并且更优选在47小时和49小时之间的停留时间。
7.如权利要求1至6中任一项所述的方法，其特征在于这些生物反应器具有包括在4.5和8.0之间、优选在5和7.6之间并且更优选在5.2和7.4之间的不同的pH设定点。
8.如权利要求1至7中任一项所述的方法，其特征在于至少一个生物反应器具有包括在4.5和5.8之间、优选在5和5.6之间并且更优选在5.2和5.4之间的pH设定点。
9.如权利要求1至8中任一项所述的方法，其特征在于：
- 第一生物反应器具有包括在4.5和5.8之间、优选在5和5.6之间并且更优选在5.2和5.4之间的pH设定点，
- 第二生物反应器具有包括在5.9和6.8之间、优选在6和6.6之间并且更优选在6.2和6.4之间的pH设定点，或者包括在6.9和8之间、优选在7和7.6之间并且更优选在7.2和7.4之间的pH设定点。
10.如权利要求1至9中任一项所述的方法，其特征在于：
-第一生物反应器具有包括在4.5和5.8之间、优选在5和5.6之间并且更优选在5.2和5.4之间的pH设定点，
-第二生物反应器具有包括在5.9和6.8之间、优选在6和6.6之间并且更优选在6.2和6.4之间的pH设定点，以及
-第三生物反应器具有包括在6.9和8之间、优选在7和7.6之间并且更优选在7.2和7.4之间的pH设定点。
11.如权利要求1至10中任一项所述的方法，其特征在于步骤 (a) 中使用的复合微生物群落呈悬浮液形式，所述悬浮液包含盐水溶液、至少一种冷冻保护剂和/或至少一种填充剂。
12.如权利要求1至11中任一项所述的方法，其特征在于步骤 (a) 或步骤 (a) 和(b)用与先前在步骤 (a) 中使用的相同的pH或不同的pH重复至少一次。
13.如权利要求1至12中任一项所述的方法，其特征在于步骤 (a) 中使用的复合微生物群落的至少一部分或全部、步骤 (a) 中获得的收获的接种物的至少一部分或全部和/或步骤 (b) 中获得的扩大的复合微生物群落的至少一部分或全部被冷冻、解冻和/或冻干。
14.如权利要求1至13中任一项所述的方法，其特征在于所述复合微生物群落是来自至少一个供体、优选来自至少两个供体的粪便微生物群。
15.一种通过如权利要求1至14中任一项所述的方法获得的扩大的复合微生物群落，其特征在于所述扩大的复合微生物群落包含至少三个选自以下的细菌门：拟杆菌门（Bacteroidetes）、互养菌门（Synergistetes）、厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）、疣微菌门（Verrucomicrobia）、软壁菌门（Tenericutes）、梭杆菌门（Fusobacteria）及其组合。
16.一种通过如权利要求1至14中任一项所述的方法获得的扩大的复合微生物群落，其特征在于所述扩大的复合微生物群落包含选自下列组的至少15个属，所述组包含：梭菌属（Clostridium）、优杆菌属（Eubacterium）、厌氧棒状菌属（Anaerostipes）、拟杆菌属（Bacteroides）、双歧杆菌属（Bifidobacterium）、布劳特氏菌属（Blautia）、丁酸球菌属（Butyricicoccus）、柯林斯氏菌属（Collinsella）、小杆菌属（Dialister）、多尔氏菌属（Dorea）、艾森伯格氏菌属（Eisenbergiella）、埃希氏杆菌属-志贺氏菌属（Escherichia- Shigella）、粪杆菌属（Faecalibacterium）、纺锤链杆属（Fusicatenibacter）、Hungatella、腔隙杆菌属（Lachnoclostridium）、副萨特氏菌属（Parasutterella）、罗斯氏菌属（Roseburia）、优杆菌属（Eubacterium）、[优杆菌属]产粪甾醇群（[Eubacterium] coprostanoligenes group）、[优杆菌属]断链群（[Eubacterium] fissicatena group）、[瘤胃球菌属]扭矩群（[Ruminococcus] torques group）、阿里松氏菌属（Allisonella）、嗜胆菌属（Bilophila）、克里斯滕森菌属（Christensenella）、克里斯滕森菌科R-7群（Christensenellaceae R-7 group）、梭菌属（Clostridium）、狭义的梭菌属1（Clostridium sensu stricto 1）、粪球菌属（Coporococcus）、脱硫弧菌属（Desulfovibrio）、肠球菌属（Enterococcus）、黄杆菌属（Flavonifractor）、毛螺菌科NK4A136群（Lachnospiraceae NK4A136 group）、毛螺菌科UCG-001（Lachnospiraceae UCG-001）、乳杆菌属（Lactobacillus）、副拟杆菌属（Para bacteroides）、消化链球菌属（Peptostreptococcus）、罗姆布茨菌属（Romboutsia）、瘤胃梭菌属（Ruminoclostridium）、瘤胃球菌科UCG-003（Ruminococcaceae UCG-003）、瘤胃球菌科UCG-013（Ruminococcaceae UCG-013）、瘤胃球菌科UCG-014（Ruminococcaceae UCG-014）、瘤胃球菌属（Ruminococcus）、罕见小球菌属（Subdoligranulum）和萨特氏菌属（Sutterella）及其组合。
17.一种药物配制品，其包含通过如权利要求1至14中任一项所述的方法获得的扩大的复合微生物群落。
18.一种将通过如权利要求1至14中任一项所述的方法获得的扩大的复合微生物群落、如权利要求15或16所述的扩大的复合微生物群落或如权利要求17所述的药物配制品，作为药物，任选地与基于药物的疗法、免疫疗法、免疫检查点抑制剂、靶向肿瘤新抗原的疗法、化学疗法和/或放射疗法组合使用的用途。
19.一种将通过如权利要求1至14中任一项所述的方法获得的扩大的复合微生物群落、如权利要求15或16所述的扩大的复合微生物群落或如权利要求17所述的药物配制品，任选地与基于药物的疗法、免疫疗法、免疫检查点抑制剂、靶向肿瘤新抗原的疗法、化学疗法和/或放射疗法组合使用的用途，其用于预防和/或治疗败血症，败血症休克，感染，例如艰难梭菌（Clostridioides difficile）感染和相关腹泻（CDI），溃疡性结肠炎，炎性肠病（IBD），肠易激综合征（IBS），特发性便秘，乳糜泻，克罗恩病，I型糖尿病，II型糖尿病，食物过敏，实体和液体癌症，移植物抗宿主病（GvHD），例如胃肠道急性GvHD、类固醇抗性GvHD或类固醇依赖性GvHD，肥胖和病态肥胖，自闭症，硬化，慢性阴道感染，例如膀胱炎和霉菌病，骨和关节感染，帕金森病，阿尔茨海默病，精神分裂症和双相障碍，胃肠道障碍，例如肠道炎症、腹泻、旅行者腹泻、粘膜炎、腹痛和胃肠道出血，肠道生态失调，例如与癌症化学疗法或免疫疗法相关的肠道生态失调，重症监护病房（ICU）相关的生态失调，酒精性和非酒精性肝病，治疗引起的炎症，例如治疗引起的肠道炎症、抗癌疗法引起的炎症，血液疾病，病毒性冠状病毒感染，同种异体造血干细胞移植（allo-HSCT）引起的感染性或非感染性并发症，例如同种异体造血干细胞移植（allo-HSCT）后类固醇难治性移植物抗宿主病（SR-aGvHD），携带或感染多重抗性细菌，包括梭菌属、肠球菌属例如万古霉素抗性肠球菌（VRE）和糖肽抗性肠球菌（GRE）、产生超广谱β-内酰胺酶（ESBL）的细菌、产碳青霉烯酶肠杆菌科（CPE）、对抗生素具有高度抗性的新出现细菌（BHRe），和/或恶性血液病，及其组合。
20.一种将通过如权利要求1至14中任一项所述的方法获得的扩大的复合微生物群落、如权利要求15或16所述的扩大的复合微生物群落或如权利要求17所述的药物配制品，任选地与基于药物的疗法、免疫疗法、免疫检查点抑制剂、靶向肿瘤新抗原的疗法、化学疗法和/或放射疗法组合，用于微生物组生态系统疗法的用途。
Applications Claiming Priority (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| EP20306685.7 | 2020-12-23 | ||
| EP20306685 | 2020-12-23 | ||
| PCT/EP2021/087619 WO2022136694A1 (en) | 2020-12-23 | 2021-12-23 | Method of expanding a complex community of microorganisms |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN116615527A true CN116615527A (zh) | 2023-08-18 |
Family
ID=74418129
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN202180086426.1A Pending CN116615527A (zh) | 2020-12-23 | 2021-12-23 | 扩大复合微生物群落的方法 |
Country Status (10)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US20240115623A1 (zh) |
| EP (1) | EP4267152A1 (zh) |
| JP (1) | JP2024501818A (zh) |
| KR (1) | KR20230124984A (zh) |
| CN (1) | CN116615527A (zh) |
| AU (1) | AU2021405816A1 (zh) |
| CA (1) | CA3202036A1 (zh) |
| IL (1) | IL303884A (zh) |
| MX (1) | MX2023007621A (zh) |
| WO (1) | WO2022136694A1 (zh) |
Families Citing this family (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| EP4369344A1 (en) | 2022-11-08 | 2024-05-15 | Maat Pharma | Determination of microbiota samples to produce a target mix product and prediction of mixes |
Family Cites Families (8)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JP2016531131A (ja) * | 2013-08-22 | 2016-10-06 | ネーデルランセ オルハニサチエ フォール トゥーヘパスト−ナツールウェーテンシャッペルック オンデルズク テーエヌオーＮｅｄｅｒｌａｎｄｓｅ Ｏｒｇａｎｉｓａｔｉｅ ｖｏｏｒ ｔｏｅｇｅｐａｓｔ−ｎａｔｕｕｒｗｅｔｅｎｓｃｈａｐｐｅｌｉｊｋ ｏｎｄｅｒｚｏｅｋ ＴＮＯ | ヒト又は動物の微生物叢由来の有利な微生物のｉｎ ｖｉｔｒｏの濃縮によるプロバイオティクスの生成 |
| FR3035328B1 (fr) | 2015-04-24 | 2019-08-23 | Maat Pharma | Procede de preparation d'un echantillon de microbiote fecal |
| FR3045383B1 (fr) | 2015-12-18 | 2019-06-14 | Maat Pharma | Procede de lyophilisation d'un echantillon de microbiote fecal |
| EP3463403A4 (en) * | 2016-05-25 | 2020-04-15 | Mybiotics Pharma Ltd | COMPOSITION AND METHODS FOR TREATMENT WITH A MICROBIOTE |
| US20180036352A1 (en) * | 2016-08-03 | 2018-02-08 | Crestovo Holdings Llc | Methods for treating ulcerative colitis |
| CN111328284A (zh) * | 2017-08-07 | 2020-06-23 | 芬奇治疗公司 | 用于维持和恢复健康的肠道屏障的组合物和方法 |
| EP3485879A1 (en) | 2017-11-17 | 2019-05-22 | Maat Pharma | Pharmaceutical oral formulation comrpsing bacteria |
| FR3078627B1 (fr) | 2018-03-09 | 2020-11-13 | Maat Pharma | Procedure de collecte de selles et procede de preparation d'un echantillon pour transplantation de microbiote fecal |
-
2021
- 2021-12-23 IL IL303884A patent/IL303884A/en unknown
- 2021-12-23 US US18/258,584 patent/US20240115623A1/en active Pending
- 2021-12-23 EP EP21845042.7A patent/EP4267152A1/en active Pending
- 2021-12-23 WO PCT/EP2021/087619 patent/WO2022136694A1/en active Application Filing
- 2021-12-23 KR KR1020237024645A patent/KR20230124984A/ko unknown
- 2021-12-23 MX MX2023007621A patent/MX2023007621A/es unknown
- 2021-12-23 CN CN202180086426.1A patent/CN116615527A/zh active Pending
- 2021-12-23 CA CA3202036A patent/CA3202036A1/en active Pending
- 2021-12-23 JP JP2023537989A patent/JP2024501818A/ja active Pending
- 2021-12-23 AU AU2021405816A patent/AU2021405816A1/en active Pending
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| JP2024501818A (ja) | 2024-01-16 |
| MX2023007621A (es) | 2023-09-21 |
| CA3202036A1 (en) | 2022-06-30 |
| KR20230124984A (ko) | 2023-08-28 |
| WO2022136694A1 (en) | 2022-06-30 |
| US20240115623A1 (en) | 2024-04-11 |
| IL303884A (en) | 2023-08-01 |
| EP4267152A1 (en) | 2023-11-01 |
| AU2021405816A1 (en) | 2023-07-06 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| US20200237831A1 (en) | Method for treatment of disorders of the gastrointestinal system | |
| JP6858747B2 (ja) | 便微生物試料を調製する方法 | |
| US20150104423A1 (en) | Use of blood group status iii | |
| Ngwa et al. | Detection and enumeration of E. coli O157: H7 in water samples by culture and molecular methods | |
| Deschamps et al. | Comparative methods for fecal sample storage to preserve gut microbial structure and function in an in vitro model of the human colon | |
| EP2598155A2 (en) | Use of blood group status iii | |
| Cho et al. | Quantification of Slackia and Eggerthella spp. in human feces and adhesion of representatives strains to Caco-2 cells | |
| Liang et al. | The formation mechanism of antibiotic-resistance genes associated with bacterial communities during biological decomposition of household garbage | |
| Limei et al. | Phylogenetic diversity and specificity of bacteria associated with Microcystis aeruginosa and other cyanobacteria | |
| Pan et al. | Mucin-degrading gut commensals isolated from healthy faecal donor suppress intestinal epithelial inflammation and regulate tight junction barrier function | |
| Arioli et al. | Assessment of the susceptibility of lactic acid bacteria to biocides | |
| CN110023484A (zh) | 一种假小链状双歧杆菌及其培养方法和应用 | |
| Lawrence et al. | Effect of a bacteriocin-producing Streptococcus salivarius on the pathogen Fusobacterium nucleatum in a model of the human distal colon | |
| CN116615527A (zh) | 扩大复合微生物群落的方法 | |
| Muchaamba et al. | Evolution of Listeria monocytogenes during a persistent human prosthetic hip joint infection | |
| Gresse et al. | Weaning-associated feed deprivation stress causes microbiota disruptions in a novel mucin-containing in vitro model of the piglet colon (MPigut-IVM) | |
| Shamsuzzaman et al. | Genome insight and probiotic potential of three novel species of the genus Corynebacterium | |
| Tashakor et al. | Isolation and identification of a novel bacterium, Lactobacillus sakei subsp. dgh strain 5, and optimization of growth condition for highest antagonistic activity | |
| Avendaño-Pérez et al. | Interactions of Salmonella enterica subspecies enterica serovar Typhimurium with gut bacteria | |
| Sohail et al. | Evaluation of antimicrobial action of chitosan and acetic acid on broiler cecal bacterial profiles in anaerobic cultures inoculated with Salmonella Typhimurium | |
| Silva et al. | Functional and safety characterization of beneficial vaginal lactic acid bacteria for the design of vaginal hygiene products | |
| Khedr et al. | FolE gene expression for folic acid productivity from optimized and characterized probiotic Lactobacillus delbrueckii | |
| Akhavan et al. | Evaluation of probiotic growth stimulation using prebiotic ingredients to optimize compounds for in ovo delivery | |
| Basavaraju et al. | Identification and characterization of probiotics from new sources | |
| Chang et al. | Isolation, Identification and Biological Characteristics of Lactobacillus reuteri from Tibetan Pigs |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PB01 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination |