CN116615446A - Mage-a3特异性t细胞受体及其用途 - Google Patents

Mage-a3特异性t细胞受体及其用途 Download PDF

Info

Publication number
CN116615446A
CN116615446A CN202180078652.5A CN202180078652A CN116615446A CN 116615446 A CN116615446 A CN 116615446A CN 202180078652 A CN202180078652 A CN 202180078652A CN 116615446 A CN116615446 A CN 116615446A
Authority
CN
China
Prior art keywords
tcr
seq
amino acid
acid sequence
cancer
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN202180078652.5A
Other languages
English (en)
Inventor
凯瑟琳·达瓦里
特里斯坦·霍兰德
克里斯蒂安·埃林格尔
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Medigene Immunotherapies GmbH
Original Assignee
Medigene Immunotherapies GmbH
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Medigene Immunotherapies GmbH filed Critical Medigene Immunotherapies GmbH
Publication of CN116615446A publication Critical patent/CN116615446A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K14/00Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/705Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
    • C07K14/70503Immunoglobulin superfamily
    • C07K14/7051T-cell receptor (TcR)-CD3 complex
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00Antineoplastic agents
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K14/00Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/46Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates
    • C07K14/47Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates from mammals
    • C07K14/4701Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans from vertebrates from mammals not used
    • C07K14/4748Tumour specific antigens; Tumour rejection antigen precursors [TRAP], e.g. MAGE
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09Recombinant DNA-technology
    • C12N15/63Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
    • C12N15/79Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
    • C12N15/85Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for animal cells
    • C12N15/86Viral vectors
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K2317/00Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/30Immunoglobulins specific features characterized by aspects of specificity or valency
    • C07K2317/35Valency
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07KPEPTIDES
    • C07K2317/00Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/50Immunoglobulins specific features characterized by immunoglobulin fragments
    • C07K2317/56Immunoglobulins specific features characterized by immunoglobulin fragments variable (Fv) region, i.e. VH and/or VL
    • C07K2317/565Complementarity determining region [CDR]

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • Toxicology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Peptides Or Proteins (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
  • Compounds Of Unknown Constitution (AREA)
  • Polysaccharides And Polysaccharide Derivatives (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
  • Medicines Containing Material From Animals Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明涉及对MAGE‑A3衍生肽具有特异性的分离的T细胞受体(TCR),并涉及包含所述TCR的功能部分的多肽。还涉及多价TCR复合物、编码所述TCR的核酸序列、表达所述TCR的细胞和包含所述TCR的药物组合物。本发明还涉及用作药物的所述TCR,特别是用于治疗癌症的所述TCR。

Description

MAGE-A3特异性T细胞受体及其用途
技术领域
本发明涉及对MAGE-A3衍生肽具有特异性的分离的T细胞受体(TCR),并涉及包含所述TCR的功能部分的多肽。还涉及多价TCR复合物、编码所述TCR的核酸、表达所述TCR的细胞和包含所述TCR的药物组合物。本发明还涉及用作药物的所述TCR,特别是用于治疗癌症的所述TCR。
背景技术
MAGE-A3,也称为黑色素瘤相关抗原3,是编码许多彼此具有高度同源性的蛋白质的MAGE-A基因家族的成员。MAGE-A抗原属于癌症/睾丸抗原(CTA)家族,是第一个在分子水平上鉴定的人类肿瘤相关抗原(Science 1991.254:1643-1647/重新发表于J.Immunol.2007;178:2617-2621)。MAGE-A基因家族包括位于染色体Xq28上的12个高度同源基因。其表达在不同组织学来源的癌症中始终检测得到,例如非小细胞肺癌、膀胱癌、食道癌、头颈癌和肉瘤,以及骨髓瘤、某些类型的乳腺癌以及在生发细胞中(Front Med(Lausanne).2017;4:18.)。MAGE-A3是一种细胞溶质/细胞质蛋白,并且衍生自MAGE-A3蛋白的肽在MHC I类背景中呈递,即在人类白细胞抗原(HLA)分子上呈递。更具体地说,MAGE-A3衍生表位在HLA-A1分子上呈递,表明它们适合作为T细胞介导的癌症免疫治疗的有希望的靶标。使用过继细胞转移(ACT)的癌症免疫治疗原理能够利用患者自身的免疫系统进行高度肿瘤特异性的癌症治疗。ACT使用离体扩增的自体(患者来源的)T细胞,这些T细胞经过基因改造以表达对衍生自细胞内蛋白(如MAGE-A3)的特定表位具有特异性的T细胞受体(TCR)。
在针对HLA-A*01:01限制性MAGE-A3(EVDPIGHLY;SEQ ID NO:1)的亲和力增强的TCR的开放标记物测试中,出现了严重的副作用。研究揭示了由于心脏组织的T细胞浸润导致的心肌损伤。分子水平的研究还表明,TCR与横纹肌蛋白肌联蛋白的类似表位发生交叉反应(Cameron,等人.Science Tranlational Medcine 5(197):1-11;2013;Linette等人.Blood,122(6),863–871;2013)。
因此,仍然需要仅靶向肿瘤特异性/限制性抗原MAGE-A3并且因此具有用于癌症免疫治疗的卓越潜力的高效TCR。因此,需要对健康组织没有交叉反应或仅有非常低的交叉反应的靶向MAGE-A3的此类特异性TCR。
发明内容
本发明的一个目的是提供一种对MAGE-A3具有特异性的T细胞受体(TCR)。特别地,TCR可以特异性识别具有氨基酸序列SEQ ID NO:1的MAGE-A3表位或其片段。优选地,TCR特异性识别SEQ ID NO:1的氨基酸序列的HLA-A1结合形式,更优选地,TCR特异性识别由HLA-A*01:01编码的分子呈递的SEQ ID NO:1的氨基酸序列。
表位的片段可以是对该抗原具有特异性的蛋白质序列,即不存在于哺乳动物(尤其是人)的另一种蛋白质或肽中。片段可以比抗原的序列短,例如比抗原短至少5%、至少10%、至少30%、至少50%、至少70%、至少90%。片段可以具有至少7个、至少8个、至少9个、至少10个、至少11个、至少12个、至少13个、至少14个、至少15个或更多个氨基酸的长度。
在具体实施方案中,TCR不识别氨基酸序列SEQ ID NO:54的肌联蛋白表位或其片段。期望不存在或基本上不存在与肌联蛋白衍生表位的交叉反应以避免不想要的严重副作用。
已经表明,现有技术中描述的针对SEQ ID NO:1表位的TCR导致严重的副作用。还发现不良事件的产生是由于现有技术的TCR与SEQ ID NO:54的肌联蛋白表位结合,该表位与SEQ ID NO:1的MAGE-A3表位相似。因此,特别重要的是,用于治疗人的针对MAGE-A3、特别是针对SEQ ID NO:1表位的TCR不会通过结合肌联蛋白衍生表位、特别是结合SEQ ID NO:54的肌联蛋白表位而被激活。
优选地,TCR不显示与其它MAGE-A家族成员、特别是与MAGE-A6的交叉反应性。
在具体实施方案中,分离的TCR包含
a)-包含具有SEQ ID NO:2的氨基酸序列的CDR1、具有SEQ ID NO:3的氨基酸序列的CDR2和具有SEQ ID NO:4的氨基酸序列的CDR3的TCRα链,和
-包含具有SEQ ID NO:5的氨基酸序列的CDR1、具有SEQ ID NO:6的氨基酸序列的CDR2和具有SEQ ID NO:7的氨基酸序列的CDR3的TCRβ链;或
b)-包含具有SEQ ID NO:10的氨基酸序列的CDR1、具有SEQ ID NO:11的氨基酸序列的CDR2和具有SEQ ID NO:12的氨基酸序列的CDR3的TCRα链,和
-包含具有SEQ ID NO:13的氨基酸序列的CDR1、具有SEQ ID NO:14的氨基酸序列的CDR2和具有SEQ ID NO:15的氨基酸序列的CDR3的TCRβ链;或
c)-包含具有SEQ ID NO:18的氨基酸序列的CDR1、具有SEQ ID NO:19的氨基酸序列的CDR2和具有SEQ ID NO:20的氨基酸序列的CDR3的TCRα链,和
-包含具有SEQ ID NO:21的氨基酸序列的CDR1、具有SEQ ID NO:22的氨基酸序列的CDR2和具有SEQ ID NO:23的氨基酸序列的CDR3的TCRβ链。
TCR可以进一步通过以下限定
a)具有与SEQ ID NO:8至少80%相同的氨基酸序列的可变TCRα区和具有与SEQ IDNO:9至少80%相同的氨基酸序列的可变TCRβ区;或
b)具有与SEQ ID NO:16至少80%相同的氨基酸序列的可变TCRα区和具有与SEQID NO:17至少80%相同的氨基酸序列的可变TCRβ区;或
c)具有与SEQ ID NO:24至少80%相同的氨基酸序列的可变TCRα区和具有与SEQID NO:25至少80%相同的氨基酸序列的可变TCRβ区。
根据本发明的TCR是分离的和/或纯化的并且可以是可溶性的或膜结合的。
在一些实施方案中,TCR的氨基酸序列可以包含一个或多个表型沉默替换。此外,本发明的TCR可以用可检测标记物标记。此外,或可替代地,氨基酸序列可以被修饰以包含治疗剂或药代动力学修饰部分。治疗剂可以选自由免疫效应分子、细胞毒剂和放射性核素组成的组。免疫效应分子可以是例如细胞因子。药代动力学修饰部分可以是至少一个聚乙二醇重复单元、至少一个二醇基团、至少一个唾液酸基团或它们的组合。
根据本发明的TCR、特别是可溶性形式的TCR,可以通过附接额外的功能部分来进行修饰,例如用于降低免疫原性、增加流体动力学尺寸(溶液中的尺寸)溶解度和/或稳定性(例如通过增强对蛋白水解降解的保护)和/或延长血清半衰期。其它有用的功能部分和修饰包括“自杀”或“安全开关”,其可用于关闭或开启患者体内携带本发明TCR的效应宿主细胞,或者关闭或开启转基因TCR本身。本文还设想了具有改变的糖基化模式的TCR。
还可以想到将药物或治疗实体(例如小分子化合物)添加到TCR中,特别是添加到可溶性形式的本发明TCR中。
TCR、特别是可溶性形式的本发明TCR,可以另外被修饰以引入额外的结构域,这些结构域有助于识别、追踪、纯化和/或分离相应的分子(标签)。
在一些实施方案中,TCR是单链类型的,其中TCRα链和TCRβ链通过接头序列连接。
本发明的另一个方面涉及分离的多肽,包含如本文所述的TCR的功能部分,
其中功能部分包含
a)氨基酸序列SEQ ID NO:2、3、4、5、6和7,或
b)氨基酸序列SEQ ID NO:10、11、12、13、14和15,或
c)氨基酸序列SEQ ID NO:18、19、20、21、22和23。
在具体实施方案中,功能部分包含TCRα可变链和/或TCRβ可变链。
还考虑了包含至少一个如本文所述的TCR的多价TCR复合物。
因此,本发明涉及如本文所述的分离的TCR、如本文所述的多肽、如本文所述的多价TCR复合物,其中通过与SEQ ID NO:1的氨基酸序列结合而诱导表达本文所述TCR的细胞(例如T细胞)的IFN-γ分泌,所述氨基酸序列由HLA-A*01:01分子呈递。
还考虑了编码如本文所述的TCR或编码如本文所述的分离的多肽的核酸。
因此,另一方面涉及包含如本文所述的核酸的载体,其中所述载体优选是表达载体,更优选逆转录病毒载体或慢病毒载体。
此外,另外的方面限定了表达如本文所述的TCR的细胞。
还设想了与如本文所述的TCR的介导对MAGE-A3的特异性的部分特异性结合的抗体或其抗原结合片段,优选地,其中TCR的介导对MAGE-A3的特异性的部分包含
a)SEQ ID NO:4的α链CDR3和/或SEQ ID NO:7的β链CDR3或;
b)SEQ ID NO:12的α链CDR3和/或SEQ ID NO:15的β链CDR3或;
c)SEQ ID NO:20的α链CDR3和/或SEQ ID NO:23的β链CDR3。
本发明的另一个方面涉及一种药物组合物,包含如本文所述的TCR、如本文所述的多肽、如本文所述的多价TCR复合物、如本文所述的核酸、如本文所述的载体、如本文所述的细胞或如本文所述的抗体。
通常,药物组合物包含至少一种药学上可接受的载体。
另一方面涉及如本文所述的TCR、多价TCR复合物、核酸、载体、细胞或抗体用于作为药物的用途。
特别地,涉及如本文所述的TCR、多价TCR复合物、核酸、载体、细胞或抗体用于治疗癌症的用途,其中所述癌症选自由以下组成的组:前列腺癌症、子宫癌症、甲状腺癌症、睾丸癌症、肾脏癌症、胰腺癌症、卵巢癌症、食道癌症、非小细胞肺癌症、肺腺癌、鳞状细胞癌、非霍奇金淋巴瘤、多发性骨髓瘤、黑色素瘤、肝细胞癌、头颈癌症、胃癌症、子宫内膜癌症、宫颈癌症、结直肠癌症、胃腺癌、胆管癌、乳腺癌症、膀胱癌症、骨髓性白血病和急性成淋巴细胞性白血病、癌、肉瘤或骨肉瘤。
附图说明
图1显示了三种不同的MAGE-A3反应性TCR的肽选择性。体外预致敏方法用于分离MAGE-A3反应性T细胞克隆,并且对于三种不同的TCR中的每一种,显示了表达相同TCR的三个单独的代表性克隆。将T细胞克隆与DU-145细胞共培养,该DU-145细胞先前已用装载有相关肽(EVD)或无关肽(ESD)的HLA-A1-GFP转导(DU-145_A1),或用编码全长MAGE-A3的ivt-RNA电穿孔。为了分析细胞因子释放,在24小时后收获共培养上清液,并通过标准夹心ELISA(BD人IFN-γELISA套装)分析IFN-γ浓度。
图2显示了用不同的MAGE-A3反应性TCR转导的T细胞和未转导的T细胞(UTD)的MAGE-A3EVD-MHC多聚体结合。从健康供体的PBMC分离CD8 T细胞,并用三种不同的MAGE-A3反应性TCR进行转导。经转导的CD8+T细胞使用恒定β1区域作为转导标志物通过FACS进行富集。这些细胞扩增后,用MAGE-A3EVD-MHC多聚体(右图)或针对CD8和Cβ1的抗体(左图)对它们进行染色,并通过流式细胞术进行分析。在单个活细胞上对群体进行门控。
图3显示MAGE-A3-TCR转基因T细胞选择性识别内源性加工并呈递在HLA-A1上的MAGE-A3EVD肽。DU-145_A1细胞被进一步改造以表达单独mCherry(阴性对照)、MAGE-A3-mCherry或MAGE-A6-mCherry。将三个供体的未转导(UTD)T细胞和转基因T细胞与未装载或装载有相关肽(EVD)的转导细胞共培养。通过标准ELISA测量共培养上清液中的IFN-γ浓度来分析靶标细胞的识别。
图4显示MAGE-A3-TCR转基因T细胞识别内源性MAGE-A3阳性肿瘤细胞系。将三个供体的未转导(UTD)T细胞和转基因T细胞与内源性MAGE-A3阳性或阴性肿瘤细胞系共培养。肿瘤细胞系为内源性HLA-A1阳性,或被改造用于HLA-A1表达(TD)。所有肿瘤细胞系都在未装载或装载有相关肽(EVD)的情况下进行了测试。通过标准ELISA测量共培养上清液中的IFN-γ浓度来分析靶标细胞的识别。
具体实施方式
在关于本发明的优选实施方案详细描述本发明之前,提供以下一般定义。
以下示例性描述的本发明可以在没有任何未在本文具体公开的一个或多个元素、一个或多个限制的情况下适当地实施。
将结合特定实施方案并参考某些附图来描述本发明,但本发明不限于此而仅受权利要求的限制。
在本说明书和权利要求中使用术语“包含”的地方,不排除其它元素。为了本发明的目的,术语“由……组成”被认为是术语“包含……”的优选实施方案。如果在下文中将组定义为包含至少一定数量的实施方案,这也应理解为公开了优选仅由这些实施方案组成的组。
为了本发明的目的,术语“获得”被认为是术语“可获得”的优选实施方案。如果在下文中,例如抗体被定义为从特定来源可获得,这也应理解为公开了从该来源获得的抗体。
当提到单数名词时使用不定冠词或定冠词,例如“a”、“an”或“该/所述”,除非另有特别说明,否则包括该名词的复数形式。本发明上下文中的术语“约”或“大约”表示本领域技术人员将理解仍然保证所讨论特征的技术效果的准确度区间。该术语通常表示与指示数值的偏差为±10%,优选±5%。
技术术语按其常识或对本领域技术人员的含义使用。如果对某些术语表达了特定的含义,则在下文中将在使用这些术语的上下文中给出术语的定义。
TCR背景
TCR由两条不同且独立的蛋白质链组成,即TCR alpha(α)和TCR beta(β)链。TCRα链包含可变区(V)、连接区(J)和恒定区(C)。TCRβ链包含可变区(V)、多变区(D)、连接区(J)和恒定区(C)。TCRα链和TCRβ链二者的重排V(D)J区均包含超变区(CDR,互补决定区),其中CDR3区决定了特异性表位识别。在C末端区域,TCRα链和TCRβ链均包含疏水性跨膜结构域并以短胞质尾结束。
通常,TCR是一条α链和一条β链的异二聚体。这种异二聚体可以与呈递肽的MHC分子结合。
本发明上下文中的术语“可变TCRα区”或“TCRα可变链”或“可变结构域”是指TCRα链的可变区。本发明上下文中的术语“可变TCRβ区”或“TCRβ可变链”是指TCRβ链的可变区。
TCR基因座和基因使用国际免疫遗传学(IMGT)TCR命名法(IMGT数据库,www.IMGT.org;Giudicelli,V.,等人.IMGT/LIGM-DB,the comprehensivedatabase of immunoglobulin and T cell receptor nucleotide sequences,Nucl.Acids Res.,34,D781-D784(2006).PMID:16381979;T cell Receptor Factsbook,LeFranc and LeFranc,Academic Press ISBN 0-12-441352-8)命名。
靶标
本文所述TCR的靶标是MAGE-A3(NCBI参考序列:NP_005353.1衍生肽EVD(SEQ IDNO:1)
因此,TCR可以特异性识别具有氨基酸序列SEQ ID NO:1的MAGE-A3表位或其片段。优选地,TCR特异性识别SEQ ID NO:1的氨基酸序列的HLA-A1结合形式,更优选地,其中TCR特异性识别由HLA-A*01:01编码的分子呈递的SEQ ID NO:1的氨基酸序列。
片段可以是对该抗原具有特异性的抗原序列,即不存在于哺乳动物(尤其是人)的另一种蛋白质或肽中。该片段可以比抗原的序列短,例如比抗原短至少5%、至少10%、至少30%、至少50%、至少70%、至少90%。片段可以具有至少7个、至少8个、至少9个、至少10个、至少11个、至少12个、至少13个、至少14个、至少15个或更多个氨基酸的长度。
TCR特异性序列
一些实施方案涉及分离的TCR,包含
a)-包含具有SEQ ID NO:2的氨基酸序列的CDR1、具有SEQ ID NO:3的氨基酸序列的CDR2和具有SEQ ID NO:4的氨基酸序列的CDR3的TCRα链,和
-包含具有SEQ ID NO:5的氨基酸序列的CDR1、具有SEQ ID NO:6的氨基酸序列的CDR2和具有SEQ ID NO:7的氨基酸序列的CDR3的TCRβ链;或
b)-包含具有SEQ ID NO:10的氨基酸序列的CDR1、具有SEQ ID NO:11的氨基酸序列的CDR2和具有SEQ ID NO:12的氨基酸序列的CDR3的TCRα链,和
-包含具有SEQ ID NO:13的氨基酸序列的CDR1、具有SEQ ID NO:14的氨基酸序列的CDR2和具有SEQ ID NO:15的氨基酸序列的CDR3的TCRβ链;或
c)-包含具有SEQ ID NO:18的氨基酸序列的CDR1、具有SEQ ID NO:19的氨基酸序列的CDR2和具有SEQ ID NO:20的氨基酸序列的CDR3的TCRα链,和
-包含具有SEQ ID NO:21的氨基酸序列的CDR1、具有SEQ ID NO:22的氨基酸序列的CDR2和具有SEQ ID NO:23的氨基酸序列的CDR3的TCRβ链。
在一些实施方案中,TCR包含
a)具有与SEQ ID NO:8至少80%相同的氨基酸序列的可变TCRα区和具有与SEQ IDNO:9至少80%相同的氨基酸序列的可变TCRβ区;或
b)具有与SEQ ID NO:16至少80%相同的氨基酸序列的可变TCRα区和具有与SEQID NO:17至少80%相同的氨基酸序列的可变TCRβ区;或
c)具有与SEQ ID NO:24至少80%相同的氨基酸序列的可变TCRα区和具有与SEQID NO:25至少80%相同的氨基酸序列的可变TCRβ区。
如本文所用,“至少80%相同”,特别是“具有至少80%相同的氨基酸序列”包括该氨基酸序列与列出的氨基酸序列至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%相同。
多个序列之间同一性百分比的确定优选地使用Vector NTI AdvanceTM 10程序(Invitrogen Corporation,Carlsbad CA,USA)的AlignX应用程序来完成。该程序使用改良的Clustal W算法(Thompson等人.,1994.Nucl Acids Res.22:第4673-4680页;InvitrogenCorporation;Vector NTI AdvanceTM 10DNA and protein sequence analysissoftware.User’s Manual,2004,第389-662页)。使用AlignX应用程序的标准参数进行同一性百分比的确定
优选的实施方案涉及一种TCR,包含
a)具有SEQ ID NO:8的氨基酸序列的可变TCRα区和具有SEQ ID NO:9的氨基酸序列的可变TCRβ区;或
b)具有SEQ ID NO:16的氨基酸序列的可变TCRα区和具有SEQ ID NO:17的氨基酸序列的可变TCRβ区;或
c)具有SEQ ID NO:24的氨基酸序列的可变TCRα区和具有SEQ ID NO:25的氨基酸序列的可变TCRβ区。
如从实施例中可以看出,根据本发明的TCR对MAGE-A3具有特异性,并且对其它表位或抗原仅表现出非常低的交叉反应性。特别地,实施例显示出与类似的肌联蛋白表位SEQID NO:54基本上没有交叉反应性。此外,对MAGE-A家族的其它抗原(例如MAGE-A6)基本上没有交叉反应性,如从实施例中可以看出。
在具体实施方案中,如本文所述的TCR包含具有与SEQ ID NO:50至少80%相同的氨基酸序列的恒定TCRα区和具有与SEQ ID NO:51至少80%相同的氨基酸序列的恒定TCRβ区。
因此更具体地,在一些实施方案中,TCR可以包含
a)具有与SEQ ID NO:8至少80%相同的氨基酸序列的可变TCRα区,具有与SEQ IDNO:9至少80%相同的氨基酸序列的可变TCRβ区,具有与SEQ ID NO:50至少80%相同的氨基酸序列的恒定TCRα区和具有与SEQ ID NO:51至少80%相同的氨基酸序列的恒定TCRβ区;或
b)具有与SEQ ID NO:16至少80%相同的氨基酸序列的可变TCRα区,具有与SEQ IDNO:17至少80%相同的氨基酸序列的可变TCRβ区,具有与SEQ ID NO:50至少80%相同的氨基酸序列的恒定TCRα区和具有与SEQ ID NO:51至少80%相同的氨基酸序列的恒定TCRβ区;或
c)具有与SEQ ID NO:24至少80%相同的氨基酸序列的可变TCRα区和具有与SEQID NO:25至少80%相同的氨基酸序列的可变TCRβ区,具有与SEQ ID NO:50至少80%相同的氨基酸序列的恒定TCRα区和具有与SEQ ID NO:51至少80%相同的氨基酸序列的恒定TCRβ区。
在甚至更具体的实施方案中,TCR可以包含:
TCR包含
a)具有SEQ ID NO:8的氨基酸序列的可变TCRα区,具有SEQ ID NO:9的氨基酸序列的可变TCRβ区,具有SEQ ID NO:50的氨基酸序列的恒定TCRα区和具有SEQ ID NO:51的氨基酸序列的恒定TCRβ区;或
b)具有SEQ ID NO:16的氨基酸序列的可变TCRα区,具有SEQ ID NO:17的氨基酸序列的可变TCRβ区,具有SEQ ID NO:50的氨基酸序列的恒定TCRα区和具有SEQ ID NO:51的氨基酸序列的恒定TCRβ区;或
c)具有SEQ ID NO:24的氨基酸序列的可变TCRα区,具有SEQ ID NO:25的氨基酸序列的可变TCRβ区,具有SEQ ID NO:50的氨基酸序列的恒定TCRα区和具有SEQ ID NO:51的氨基酸序列的恒定TCRβ区。
根据本发明的TCR是分离的或纯化的。在本发明的上下文中“分离的”是指TCR不存在于它最初在自然界中出现的背景中。在本发明的上下文中“纯化的”是指例如TCR不含或基本上不含其来源细胞的其它蛋白质和非蛋白质部分。
在一些实施方案中,TCR的氨基酸序列可以包含一个或多个表型沉默替换。
“表型沉默替换”也称为“保守氨基酸替换”。“保守氨基酸替换”的概念是本领域技术人员所理解的,并且优选是指编码带正电荷的残基(H、K和R)的密码子被编码带正电荷的残基的密码子替换,编码带负电荷的残基(D和E)的密码子被编码带负电荷的残基的密码子替换,编码中性极性残基(C、G、N、Q、S、T和Y)的密码子被编码中性极性残基的密码子替换,编码中性非极性残基(A、F、I、L、M、P、V和W)的密码子被编码中性非极性残基的密码子替换。这些变异可以自发发生,通过随机诱变引入,或可以通过定向诱变引入。可以在不破坏这些多肽的基本特征的情况下进行这些变化。普通技术人员可以通过本领域已知的方法容易地且常规地筛选变体氨基酸和/或编码它们的核酸以确定这些变异是否显著降低或破坏配体结合能力。
技术人员理解编码TCR的核酸也可以被修饰。整个核酸序列中有用的修饰包括序列的密码子优化。可以进行导致所表达的氨基酸序列内的保守替换的改变。这些变异可以在不影响功能的情况下在TCR链的氨基酸序列的互补决定区和非互补决定区中进行。通常,不应在CDR3区域进行添加和缺失。
根据本发明的一些实施方案,TCR的氨基酸序列被修饰以包含可检测标记物、治疗剂或药代动力学修饰部分。
可检测标记物的非限制性实例是放射性标记物、荧光标记物、核酸探针、酶和造影剂。可以与TCR缔合的治疗剂包括放射性化合物、免疫调节剂、酶或化学治疗剂。治疗剂可以被连接到TCR的脂质体包裹,以便化合物可以在靶向部位缓慢释放。这将避免在体内运输过程中的损坏,并确保治疗剂(例如毒素)在TCR与相关抗原呈递细胞结合后发挥最大作用。治疗剂的其它实例是:
肽细胞毒素,即具有杀伤哺乳动物细胞的能力的蛋白质或肽,例如蓖麻毒蛋白、白喉毒素、假单胞菌细菌外毒素A、DNase和RNase。小分子细胞毒剂,即分子量小于700道尔顿的具有杀伤哺乳动物细胞的能力的化合物。这样的化合物可包含能够产生细胞毒性作用的有毒金属。此外,应理解这些小分子细胞毒剂还包括前药,即在生理条件下衰变或转化以释放细胞毒剂的化合物。这样的细胞毒剂可以例如包括多西紫杉醇、吉西他滨、顺铂、美登新衍生物、rachelmycin、卡奇霉素(calicheamicin)、依托泊苷、异环磷酰胺、伊立替康、卟吩姆钠光敏素II(porfimer sodium photofrin II)、替莫唑胺、拓扑替康、葡萄糖醛酸三甲曲沙(trimetrexate glucoronate)、米托蒽醌、澳瑞他汀E(auristatin E)、长春新碱和阿霉素;放射性核素,例如碘131、铼186、铟111、钇90、铋210和213、锕225和砹213。放射性核素与TCR或其衍生物的缔合可以例如通过螯合剂进行;免疫刺激剂,又称免疫刺激物,即刺激免疫应答的免疫效应分子。示例性免疫刺激剂是细胞因子,例如IL-2和IFN-γ,抗体或其片段,包括抗T细胞或NK细胞决定抗体(例如抗CD3、抗CD28或抗CD16);具有抗体样结合特性的替代蛋白质支架;超级抗原,即引起T细胞非特异性激活从而导致多克隆T细胞激活和大量细胞因子释放的抗原,及其突变体;趋化因子,例如IL-8、血小板因子4、黑色素瘤生长刺激蛋白等补体激活剂;异种蛋白结构域、同种异体蛋白结构域、病毒/细菌蛋白结构域、病毒/细菌肽。
人T淋巴细胞上的抗原受体分子(T细胞受体分子)与细胞表面的CD3(T3)分子复合物非共价缔合。用抗CD3单克隆抗体干扰该复合物会诱导T细胞活化。因此,一些实施方案涉及与抗CD3抗体或者所述抗CD3抗体的功能片段或变体缔合(通常通过融合至α或β链的N或C末端)的本文所述的TCR。适用于本文所述组合物和方法的抗体片段和变体/类似物包括微型抗体、Fab片段、F(ab')2片段、dsFv和scFv片段、NanobodiesTM(Ablynx(Belgium),包含源自骆驼科动物(例如骆驼或美洲驼)抗体的合成单免疫球蛋白可变重链结构域的分子)和结构域抗体(包含亲和力成熟的单免疫球蛋白可变重链结构域或免疫球蛋白可变轻链结构域(Domantis(Belgium))或表现出抗体样结合特性的替代蛋白质支架,例如Affibodies(包含工程蛋白A支架Affibody(Sweden))或Anticalins(包含工程anticalins Pieris(German))。
治疗剂可以优选地选自由免疫效应分子、细胞毒剂和放射性核素组成的组。优选地,免疫效应分子是细胞因子。
药代动力学修饰部分可以是例如至少一个聚乙二醇重复单元、至少一个二醇基团、至少一个唾液酸基团或它们的组合。至少一个聚乙二醇重复单元、至少一个二醇基团、至少一个唾液酸基团的缔合可以以本领域技术人员已知的多种方式引起。在优选的实施方案中,这些单元共价连接到TCR。根据本发明的TCR可以通过一个或多个药代动力学修饰部分进行修饰。特别地,可溶性形式的TCR被一个或若干个药代动力学修饰部分修饰。药代动力学修饰部分可以对治疗剂的药代动力学特性实现有益的变化,例如改善血浆半衰期、降低或增强免疫原性以及改善溶解度。
根据本发明的TCR可以是可溶性的或膜结合的。术语“可溶性”是指可溶性形式的TCR(即没有跨膜结构域或胞质结构域),例如用作靶向剂以将治疗剂递送至抗原呈递细胞。为了稳定性,可溶性αβ异二聚体TCR优选具有在各恒定结构域的残基之间引入的二硫键,如例如WO 03/020763中所述。存在于本发明的αβ异二聚体中的一个或两个恒定结构域可以在C末端或C端被截短,例如最多15个或最多10个或最多8个或更少的氨基酸。为了在过继疗法中使用,αβ异二聚体TCR可以例如被转染为具有胞质结构域和跨膜结构域二者的全长链。TCR可以包含对应于在自然界中发现的相应α和β恒定结构域之间的二硫键,此外或可替代地,可以存在非天然二硫键。
因此,根据本发明的TCR,特别是可溶性形式的TCR,可以通过附接额外的功能部分进行修饰,例如用于降低免疫原性、增加流体动力学尺寸(溶液中的尺寸)溶解度和/或稳定性(例如通过增强对蛋白水解降解的保护)和/或延长血清半衰期。
其它有用的功能部分和修饰包括“自杀”或“安全开关”,其可用于关闭患者体内携带本发明TCR的效应宿主细胞。一个实例是Gargett和Brown Front Pharmacol.2014;5:235描述的诱导型胱天蛋白酶9(iCasp9)“安全开关”。简而言之,通过众所周知的方法修饰效应宿主细胞以表达胱天蛋白酶9结构域,其二聚化依赖于小分子二聚化剂药物如AP1903/CIP,并导致在经修饰的效应细胞中快速诱导细胞凋亡。该系统例如在EP2173869(A2)中有所描述。其它“自杀”“安全开关”的实例在本领域中是已知的,例如单纯疱疹病毒胸苷激酶(HSV-TK)、CD20的表达和随后使用抗CD20抗体或myc标签的消耗(Kieback等人,Proc Natl AcadSci U S A.2008Jan 15;105(2):623-8)。
本文还设想了具有改变的糖基化模式的TCR。如本领域已知的,糖基化模式可取决于氨基酸序列(例如,下文讨论的特定糖基化氨基酸残基的存在或不存在)和/或产生蛋白质的宿主细胞或生物体。多肽的糖基化通常是N-连接的或O-连接的。N-连接是指碳水化合物部分附接到天冬酰胺残基的侧链。向结合分子添加N-连接的糖基化位点可通过改变氨基酸序列以使得其包含一个或多个选自天冬酰胺-X-丝氨酸和天冬酰胺-X-苏氨酸(其中X是除脯氨酸外的任何氨基酸)的三肽序列方便地实现。O-连接的糖基化位点可以通过向起始序列添加一个或多个丝氨酸或苏氨酸残基或被其替换来引入。
TCR糖基化的另一种方法是通过糖苷与蛋白质的化学或酶促偶联。根据使用的偶联模式,糖可以附接到(a)精氨酸和组氨酸,(b)游离羧基基团,(c)游离巯基基团,例如半胱氨酸的那些,(d)游离羟基基团,例如丝氨酸、苏氨酸或羟脯氨酸的那些,(e)芳香族残基,例如苯丙氨酸、酪氨酸或色氨酸的那些,或(f)谷氨酰胺的酰胺基团。类似地,去糖基化(即去除结合分子上存在的碳水化合物部分)可以化学地完成,例如通过将TCR暴露于三氟甲磺酸,或通过使用内切和外切糖苷酶酶促实现。
还可以设想将药物例如小分子化合物添加到TCR,特别是可溶性形式的本发明TCR。可以通过共价键或非共价相互作用(例如通过静电力)实现连接。可以使用本领域已知的各种接头以形成药物缀合物。
可以对TCR、特别是可溶性形式的本发明TCR另外进行修饰以引入额外的结构域,这些结构域有助于识别、追踪、纯化和/或分离相应的分子(标签)。因此,在一些实施方案中,TCRα链或TCRβ链可以被修饰以包含表位标签。
表位标签是可以并入本发明的TCR中的有用标签的实例。表位标签是短氨基酸片段,其允许结合特定抗体,并因此能够识别和跟踪可溶性TCR或患者体内的宿主细胞或培养的(宿主)细胞的结合和移动。可以使用多种不同的技术来实现表位标签和因此标记的TCR的检测。
标签可进一步用于通过在对所述标签具有特异性的结合分子(抗体)存在的情况下培养细胞来刺激和扩增携带本发明TCR的宿主细胞。
通常,在一些情况下,可以通过改变TCR与靶向抗原的亲和力和解离速率的各种突变对TCR进行修饰。特别地,突变可以增加亲和力和/或降低解离速率。因此,TCR可以在至少一个CDR及其可变结构域构架区发生突变。
然而,在优选的实施方案中,TCR的CDR区未被修饰或体外亲和力成熟,例如对于实施例中的TCR受体。这意味着CDR区域具有天然存在的序列。这可能是有利的,因为体外亲和力成熟可能导致对TCR分子的免疫原性。这可能导致抗药物抗体的产生而使治疗效果和治疗降低或失活和/或引导不良反应。
突变可以是一个或多个替换、缺失或插入。这些突变可以通过本领域已知的任何合适的方法引入,例如聚合酶链式反应、基于限制酶的克隆、不依赖于连接的克隆程序,其例如在Sambrook,Molecular Cloning–第4版(2012)Cold Spring Harbor LaboratoryPress中有所描述。
理论上,由于内源性和外源性TCR链之间的错配,可能会发生具有交叉反应风险的不可预测的TCR特异性。为避免TCR序列错配,可对重组TCR序列进行修饰以包含最小鼠源化Cα和Cβ区域,该技术已被证明可有效增强几种不同转导后TCR链的正确配对。TCR的鼠源化(即通过小鼠对应物交换α和β链中的人恒定区)是一种常用于改善宿主细胞中TCR的细胞表面表达的技术。不希望受具体理论的束缚,认为鼠源化TCR与CD3辅助受体更有效地缔合;和/或优先彼此配对并且不太容易在经离体遗传修饰以表达具有所需抗原特异性的TCR的人T细胞上形成混合TCR,但仍保留并表达其“原始”TCR。
已鉴定出九个负责改善鼠源化TCR表达的氨基酸(Sommermeyer和Uckert,JImmunol.2010Jun 1;184(11):6223-31),并且设想了将TCRα和/或β链恒定区中的一个或所有氨基酸残基替换成它们的鼠对应残基。这种技术也称为“最小鼠源化”,具有以下优点:增强细胞表面表达,同时减少氨基酸序列中“外来”氨基酸残基的数量从而降低免疫原性风险。
一些实施方案涉及如本文所述的分离的TCR,其中TCR是单链类型的,其中TCRα链和TCRβ链通过接头序列连接。
合适的单链TCR形式包含:由对应于可变TCRα区的氨基酸序列构成的第一区段;由与对应于TCRβ链恒定区胞外序列的氨基酸序列的N末端融合的对应于可变TCRβ区的氨基酸序列构成的第二区段;和将第一区段的C末端连接到第二区段的N末端的接头序列。可替代地,第一区段可以由对应于TCRβ链可变区的氨基酸序列构成,第二区段可以由与对应于TCRα链恒定区胞外序列的氨基酸序列的N末端融合的对应于TCRα链可变区序列的氨基酸序列构成。上述单链TCR还可以在第一链和第二链之间包含二硫键,并且其中接头序列的长度和二硫键的位置使得第一区段和第二区段的可变结构域序列基本上像在天然T细胞受体中一样相互定向。更具体地,第一区段可以由与对应于TCRα链恒定区胞外序列的氨基酸序列的N末端融合的对应于TCRα链可变区序列的氨基酸序列构成,第二区段可以由与对应于TCRβ链恒定区胞外序列的氨基酸序列的N末端融合的对应于TCRβ链可变区的氨基酸序列构成,并且可以在第一链和第二链之间提供二硫键。接头序列可以是不损害TCR功能的任何序列。
在本发明的上下文中,“功能性”TCRα和/或β链融合蛋白应指保持至少基本的生物活性的例如通过氨基酸的添加、缺失或替换而修饰的TCR或TCR变体。在TCR的α和/或β链的情况下,这意味着两条链仍然能够形成T细胞受体(与未修饰的α和/或β链或与另一个本发明融合蛋白α和/或β链),其发挥其生物学功能,特别是与所述TCR的特定肽-MHC复合物结合,和/或基于特定肽:MHC相互作用的功能性信号转导。
在特定的实施方案中,TCR可以被修饰为功能性T细胞受体(TCR)α和/或β链融合蛋白,其中所述表位标签的长度为6至15个氨基酸,优选9至11个氨基酸。在另一个实施方案中,TCR可以被修饰为功能性T细胞受体(TCR)α和/或β链融合蛋白,其中所述T细胞受体(TCR)α和/或β链融合蛋白包含两个或更多个间隔开或直接串联的表位-标签。融合蛋白的实施方案可包含2、3、4、5或甚至更多个表位-标签,只要融合蛋白保持其生物活性/多种活性(“功能性”)即可。
优选的是根据本发明的功能性T细胞受体(TCR)α和/或β链融合蛋白,其中所述表位-标签选自但不限于CD20或Her2/neu标签,或其它常规标签,例如myc-标签、FLAG-标签、T7-标签、HA(血凝素)-标签、His-标签、S-标签、GST-标签或GFP-标签。myc、T7、GST、GFP标签是源自现有分子的表位。相反,FLAG是为高抗原性而设计的合成表位标签(参见例如美国专利号4,703,004和4,851,341)。可以优选使用myc标签,因为可以获得高质量的试剂用于其检测。表位标签当然可以具有除被抗体的识别以外的一种或多种附加功能。这些标签的序列描述于文献中并且为本领域技术人员所熟知。
TCR变体
本发明的另一方面涉及包含如本文所述的TCR的功能部分的多肽,其中该功能部分包含
a)氨基酸序列SEQ ID NO:2、3、4、5、6和7,或
b)氨基酸序列SEQ ID NO:10、11、12、13、14和15,或
c)氨基酸序列SEQ ID NO:18、19、20、21、22和23。
功能部分可以介导TCR与抗原的结合,特别是与抗原-MHC复合物的结合。
在一个实施方案中,功能部分包含如本文所述的TCRα可变链和/或TCRβ可变链。
TCR变体分子可以具有TCR受体的结合特性,但可以与效应细胞(T细胞除外)的信号传导结构域结合,特别是与NK细胞的信号传导结构域结合。因此,一些实施方案涉及包含如本文所述的TCR的功能部分与效应细胞(例如NK细胞)的信号传导结构域的组合的蛋白质。
本发明的另一方面涉及包含至少一个如本文所述的TCR,优选至少两个如本文所述的TCR的多价TCR复合物。在此方面的一个实施方案中,至少两个TCR分子通过接头部分连接以形成多价复合物。优选地,复合物是水溶性的,因此应相应地选择接头部分。优选地,接头部分能够附接到TCR分子上的限定位置,从而使形成的复合物的结构多样性最小化。本方面的一个实施方案由本发明的TCR复合物提供,其中聚合物链或肽接头序列在每个TCR的不位于TCR可变区序列中的氨基酸残基之间延伸。由于本发明的复合物可以用于药物,因此应适当考虑其药学适用性(例如其免疫原性)来选择接头部分。满足上述所需标准的接头部分的实例是本领域(例如连接抗体片段的领域)已知的。
接头的实例是亲水性聚合物和肽接头。亲水性聚合物的实例是聚亚烷基二醇。此类中最常用的是基于聚乙二醇或PEG。然而,另一些是基于其它合适的、任选取代的聚亚烷基二醇,包括聚丙二醇,和乙二醇和丙二醇的共聚物。肽接头包含氨基酸链,并且功能是产生可附接TCR分子的简单接头或多聚化结构域。
一个实施方案涉及多价TCR复合物,其中所述TCR中的至少一个与治疗剂缔合。
细胞因子和趋化因子释放
一些实施方案涉及如本文所述的分离的TCR、如本文所述的多肽、如本文所述的多价TCR复合物,其中通过在效应细胞上表达的本发明TCR与选自由SEQ ID NO:1组成的组的氨基酸序列的HLA-A*01结合形式的结合来诱导IFN-γ分泌。
通过在效应细胞上表达的本发明TCR与SEQ ID NO:1的氨基酸序列的HLA-A*01结合形式的结合诱导的IFN-γ分泌可以超过500pg/ml、更优选超过1000pg/ml、最优选超过2000pg/ml。与结合无关肽(例如,SEQ ID NO:54)的HLA-A*01结合形式相比,当结合SEQ IDNO:1的氨基酸序列的HLA-A*01结合形式时,IFN-γ分泌可能高至少5倍。
因此,“其中TCR不识别氨基酸序列”是指在接触非靶标氨基酸时本发明TCR的IFN-γ分泌小于300pg/ml、小于200pg/ml、小于100pg/ml。特别地,当与SEQ ID NO:54的肌联蛋白表位接触时,本发明TCR的IFN-γ分泌小于300pg/ml、优选小于200pg/ml、更优选小于100pg/ml。
“效应细胞”可以是外周血淋巴细胞(PBL)或外周血单核细胞(PBMC)。通常,效应细胞是免疫效应细胞,尤其是T细胞。其它合适的细胞类型包括γ-δT细胞和NK样T细胞。
本发明还涉及用于鉴定与靶标氨基酸序列SEQ ID NO:1或HLA-A*01,优选或其HLA-A*01:01结合形式结合的TCR或其片段的方法,其中该方法包括使候选TCR或其抗原结合片段与SEQ ID NO:1的氨基酸序列或HLA-A*01、优选或其HLA-A*01:01结合形式接触,并确定候选TCR或其抗原结合片段是否与靶标结合和/或介导免疫应答。
候选TCR或其抗原结合片段是否介导免疫应答可以例如通过测量细胞因子分泌(例如IFN-γ分泌)来确定。细胞因子分泌可以通过体外测定来测量,其中将用编码氨基酸序列SEQ ID NO:1的ivtRNA转染的HLA-A1转导的DU-145细胞(或用HLA-A1转导的其它APC)与表达TCR或包含待研究的TCR片段的分子的富含CD8+的PBMC一起孵育。
本发明的TCR特别有用,因为它显示出高肿瘤细胞识别能力。此外,如本文所述的TCR表现出高肿瘤细胞杀伤能力。此外,本发明的TCR具有高功能亲合力。
此外,TCR显示出有利的细胞因子释放模式,这有利于有效的肿瘤消退。
核酸、载体
本发明的另一方面涉及编码如本文所述的TCR的核酸或编码如本文所述的编码TCR的多核苷酸的核酸。
“核酸分子”通常是指DNA或RNA的聚合物,其可以是单链的或双链的,合成的或从天然来源获得的(例如,分离的和/或纯化的),其可以包含天然的、非天然的或改变的核苷酸,并且其可以包含天然的、非天然的或改变的核苷酸间键,例如氨基磷酸酯(phosphoroamidate)键或硫代磷酸酯键,而不是未修饰的寡核苷酸的核苷酸之间发现的磷酸二酯。优选地,本文所述的核酸是重组的。如本文所用,术语“重组”是指(i)通过将天然或合成核酸片段连接到可在活细胞中复制的核酸分子而在活细胞外构建的分子,或(ii)由上述(i)中描述的那些分子的复制产生的分子。为了本文的目的,复制可以是体外复制或体内复制。可以使用本领域已知的或可商购的(例如来自Genscript、Thermo Fisher等公司)程序基于化学合成和/或酶促连接反应来构建核酸。参见,例如Sambrook等人,例如可以使用天然存在的核苷酸或设计用于增加分子的生物稳定性或增加杂交后形成的双链体的物理稳定性的各种经修饰的核苷酸(例如,硫代磷酸酯衍生物和吖啶取代的核苷酸)来化学合成核酸。核酸可包含编码任何重组TCR、多肽或蛋白质或其功能部分或功能变体的任何核苷酸序列。
本公开还提供了分离的或纯化的核酸的变体,其中变体核酸包含与编码本文所述TCR的核苷酸序列至少75%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%相同的核苷酸序列。这样的变体核苷酸序列编码特异性识别MAGE-A3的功能性TCR。
本公开还提供了分离的或纯化的核酸,包含与本文所述的任何核酸的核苷酸序列互补的核苷酸序列或在严格条件下与本文所述的任何核酸的核苷酸序列杂交的核苷酸序列。
在严格条件下杂交的核苷酸序列优选在高严格条件下杂交。“高严格条件”是指核苷酸序列以比非特异性杂交可检测的更强的量与靶序列(本文所述的任何核酸的核苷酸序列)特异性杂交。高严格条件包括将具有精确互补序列的多核苷酸或仅包含少量分散错配的多核苷酸与碰巧具有与核苷酸序列匹配的几个小区域(例如,3-10个碱基)的随机序列区分开来的条件。这种互补的小区域比14-17个或更多个碱基的全长互补区域更容易解链,并且高严格杂交使得可容易地区分它们。相对高严格条件将包括例如低盐和/或高温条件,例如在约50-70℃的温度由约0.02-0.1M NaCl或等同物提供。此类高严格条件几乎不能容忍(如果有的话)核苷酸序列与模板或靶标链之间的错配,并且特别适合于检测本文所述的任何TCR的表达。一般认为,通过添加增加量的甲酰胺可以使条件更严格。
如本文别处已经描述的,可以修饰编码TCR的核酸。整个核酸序列中有用的修饰可以是密码子优化。可以进行导致被表达的氨基酸序列内的保守替换的改变。这些变异可以在不影响功能的情况下在TCR链氨基酸序列的互补决定区和非互补决定区中进行。通常,不应在CDR3区域进行添加和缺失。
另外的实施方案涉及包含编码如本文所述的TCR的核酸的载体。
载体优选是质粒、穿梭载体、噬菌粒、粘粒、表达载体、逆转录病毒载体、腺病毒载体或颗粒和/或用于基因治疗的载体。
“载体”是有能力携带核酸序列进入合适的宿主细胞的任何分子或组合物,在该宿主细胞中可以发生所编码的多肽的合成。通常,并且优选地,载体是已经使用本领域已知的重组DNA技术被工程化以掺入所需的核酸序列(例如本发明的核酸)的核酸。载体可以包含DNA或RNA和/或包含脂质体。载体可以是质粒、穿梭载体、噬菌粒、粘粒、表达载体、逆转录病毒载体、慢病毒载体、腺病毒载体或颗粒和/或用于基因治疗的载体。载体可以包括允许其在宿主细胞中复制的核酸序列,例如复制起点。载体可以还包括一个或多个选择性标志物基因和本领域普通技术人员已知的其它遗传元件。载体优选地是表达载体,包括根据本发明的核酸,该核酸可操作地连接至允许所述核酸表达的序列。
优选地,载体是表达载体。更优选地,载体是逆转录病毒,更特别地是γ-逆转录病毒或慢病毒载体。
细胞、细胞系
本发明的另一方面涉及表达如本文所述的TCR的细胞。
在一些实施方案中,细胞是分离的或非天然存在的。
在具体实施方案中,细胞可以包含编码如本文所述的TCR的核酸或包含所述核酸的载体。
在细胞中可以引入包含编码上述TCR的核酸序列的上述载体或可以引入编码所述TCR的ivtRNA。细胞可以是外周血淋巴细胞,例如T细胞。TCR的克隆和外源表达的方法例如在Engels等人(Relapse or eradication of cancer is predicted by peptide-majorhistocompatibility complex affinity.Cancer Cell,23(4),516–26.2013)中描述。用慢病毒载体转导原代人T细胞例如描述在Cribbs“simplified production andconcentration of lentiviral vectors to achieve high transduction in primaryhuman T cells”BMC Biotechnol.2013;13:98中。
术语“转染”和“转导”是可互换的,并且指的是将外源核酸序列引入宿主细胞例如真核宿主细胞的过程。值得注意的是,核酸序列的引入或转移不限于上述方法,而是可以通过多种方式实现,包括电穿孔、显微注射、基因枪递送、脂转染、超转染和上述由逆转录病毒或其它适合转导或转染的病毒引起的感染。
一些实施方案涉及一种细胞,包含:
a)包含至少一种如本文所述核酸的表达载体,或
b)包含编码如本文所述的TCR的α链的核酸的第一表达载体,和包含编码如本文所述的TCR的β链的核酸的第二表达载体。
在一些实施方案中,细胞是外周血淋巴细胞(PBL)或外周血单核细胞(PBMC)。细胞可以是自然杀伤细胞或T细胞。优选地,细胞是T细胞。T细胞可以是CD4+或CD8+T细胞。在一些实施方案中,细胞是干细胞样记忆T细胞。
干细胞样记忆T细胞(TSCM)是CD8+或CD4+T细胞的低分化亚群,其特点是具有自我更新能力并能长期存在。一旦这些细胞在体内遇到它们的抗原,它们就会进一步分化为中央记忆T细胞(TCM)、效应记忆T细胞(TEM)和终末分化效应记忆T细胞(TEMRA),其中一些TSCM保持静止状态(Flynn等人.,Clinical&Translational Immunology(2014)。这些剩余的TSCM细胞显示出在体内建立持久免疫记忆的能力,因此被认为是过继性T细胞治疗的重要T细胞亚群(Lugli等人.,Nature Protocols 8,33–42(2013)Gattinoni等人.,Nat.Med.2011Oct;17(10):1290–1297)。可以使用免疫磁性选择来将T细胞库限制为干细胞记忆T细胞亚型,参见(Riddell等人.2014,Cancer Journal 20(2):141–44)。
靶向TCR的抗体
本发明的另一个方面涉及与如本文所述的TCR的部分特异性结合的抗体或其抗原结合片段,其中TCR的该部分包含
a)SEQ ID NO:4的α链CDR3和/或SEQ ID NO:7的β链CDR3或;
b)SEQ ID NO:12的α链CDR3和/或SEQ ID NO:15的β链CDR3或;
c)SEQ ID NO:20的α链CDR3和/或SEQ ID NO:23的β链CDR3。
特别地,本发明涉及与如本文所述的TCR的介导对MAGE-A3的特异性的部分特异性结合的抗体或其抗原结合片段。在一个实施方案中,TCR的介导MAGE-A3特异性的部分包含
a)(i)SEQ ID NO:2的α链CDR1,
SEQ ID NO:4的α链CDR3;和/或
(ii)SEQ ID NO:5的β链CDR1
SEQ ID NO:7的β链CDR3;
或;
b)(i)SEQ ID NO:10的α链CDR1,
SEQ ID NO:12的α链CDR3;和/或
(ii)SEQ ID NO:13的β链CDR1,
SEQ ID NO:15的β链CDR3;
或;
c)(i)SEQ ID NO:18的α链CDR1,
SEQ ID NO:20的α链CDR3;和/或
(ii)SEQ ID NO:21的β链CDR1,
SEQ ID NO:23的β链CDR3。
在一些实施方案中,本发明涉及与如本文所述的TCR的介导对MAGE-A3的特异性的部分特异性结合的抗体或其抗原结合片段。在一个实施方案中,TCR的介导MAGE-A3特异性的部分包含
a)(i)SEQ ID NO:2的α链CDR1,
SEQ ID NO:3的α链CDR2,
SEQ ID NO:4的α链CDR3;和/或
(ii)SEQ ID NO:5的β链CDR1
SEQ ID NO:6的α链CDR2,
SEQ ID NO:7的β链CDR3
或;
b)(i)SEQ ID NO:10的α链CDR1
SEQ ID NO:11的α链CDR2,
SEQ ID NO:12的α链CDR3和/或
(ii)SEQ ID NO:13的β链CDR1
SEQ ID NO:14的β链CDR2,
SEQ ID NO:15的β链CDR3
或;
c)(i)SEQ ID NO:18的α链CDR1
SEQ ID NO:19的α链CDR2,
SEQ ID NO:20的α链CDR3和/或
(ii)SEQ ID NO:21的β链CDR1
SEQ ID NO:22的β链CDR2
SEQ ID NO:23的β链CDR3。
抗体抗原结合片段可以调节TCR的活性。其可以阻断或可以不阻断TCR与MAGE-A3的结合。其可用于调节TCR的治疗活性或用于诊断目的。
药物组合物、药物治疗和试剂盒
本发明的另一个方面涉及药物组合物,包含:如本文所述的TCR、包含所述TCR的功能部分的多肽、如本文所述的多价TCR复合物、编码TCR的核酸、包含所述核酸的载体、包含所述TCR的细胞或与本文所述的TCR的部分特异性结合的抗体。
本发明的那些活性成分优选以与可接受的载体或载体材料混合的剂量用于这样的药物组合物中,使得可以治疗或至少减轻疾病。这样的组合物可以(除了活性成分和载体之外)包含填充材料、盐、缓冲剂、稳定剂、增溶剂和本领域已知的其它材料。
术语“药学上可接受的”定义为无毒物质,其不干扰活性成分的生物活性的有效性。载体的选择取决于应用。
药物组合物可以包含增强活性成分的活性或补充治疗的附加组分。此类附加组分和/或因子可以是药物组合物的一部分以实现协同作用或使不利或不想要的作用最小化。
用于本发明活性成分的配制或制备和应用/药物治疗的技术发表在"Remington'sPharmaceutical Sciences",Mack Publishing Co.,Easton,PA,最新版中。合适的应用是肠胃外应用,例如肌肉内、皮下、髓内注射以及鞘内、直接心室内、静脉内、(淋巴)结内、腹膜内或瘤内注射。静脉内注射是患者的优选治疗方法。
根据优选的实施方案,药物组合物是输注剂或注射剂。
可注射组合物是药学上可接受的流体组合物,包含至少一种活性成分,例如表达TCR的经扩增的T细胞群(例如待治疗患者的自体或同种异体)。活性成分通常溶解或混悬于生理学上可接受的载体中,并且组合物可以还包含少量的一种或多种无毒的辅助物质,例如乳化剂、防腐剂、pH缓冲剂等。可用于与本公开的融合蛋白一起使用的此类可注射组合物是常规的;合适的制剂是本领域普通技术人员所熟知的。
通常,药物组合物包含至少一种药学上可接受的载体。
因此,本发明的另一方面涉及如本文所述的TCR、包含所述TCR的功能部分的多肽、如本文所述的多价TCR复合物、编码所述TCR的核酸、包含所述核酸的载体、包含所述TCR的细胞或与本文所述TCR的部分特异性结合的抗体用于作为药物的用途。
一些实施方案涉及如本文所述的TCR、包含所述TCR的功能部分的多肽、如本文所述的多价TCR复合物、编码所述TCR的核酸、包含所述核酸的载体、包含所述TCR的细胞用于治疗癌症的用途。
在一个实施方案中,癌症(cancer)是血液癌症或实体瘤。
血液癌症也称为血癌,它不形成实体瘤,因此分散在体内。血液癌症的实例是白血病、淋巴瘤或多发性骨髓瘤。有两种主要类型的实体瘤、肉瘤和癌(carcinoma)。肉瘤例如是血管、骨、脂肪组织、韧带、淋巴管、肌肉或肌腱的肿瘤。
在一个实施方案中,癌症选自由以下组成的组:前列腺癌症、子宫癌症、甲状腺癌症、睾丸癌症、肾脏癌症、胰腺癌症、卵巢癌症、食道癌症、非小细胞肺癌症、肺腺癌、鳞状细胞癌、非霍奇金淋巴瘤、多发性骨髓瘤、黑色素瘤、肝细胞癌、头颈癌症、胃癌症、子宫内膜癌症、宫颈癌症、结直肠癌症、胃腺癌、胆管癌、乳腺癌症、膀胱癌症、骨髓性白血病和急性成淋巴细胞性白血病、癌、肉瘤或骨肉瘤。
本文还考虑了药物组合物和试剂盒,包含以下一种或多种:(i)如本文所述的分离的TCR;(ii)包含编码重组TCR的核酸的病毒颗粒;(iii)经修饰以表达如本文所述的重组TCR的免疫细胞,例如T细胞或NK细胞;(iv)编码如本文所述的重组TCR的核酸。在一些实施方案中,本公开提供了组合物,组合物包含含有编码本文所述的重组TCR的核苷酸序列的慢病毒载体颗粒(或已经使用本文所述的载体颗粒修饰以表达重组TCR的T细胞)。可以如本文进一步描述的本公开的方法将此类组合物施用于受试者。
包含如本文所述的经修饰的T细胞的组合物可用在用于根据已知技术的过继性免疫治疗的方法和组合物中,或基于本公开内容对本领域技术人员显而易见的其变体。
在一些实施方案中,通过首先从它们的培养介质中收获它们,然后在适合以治疗有效量施用的介质和容器系统(“药学上可接受的”载体)中洗涤和浓缩细胞来配制细胞。合适的输注介质可以是任何等渗介质制剂,通常是生理盐水、Normosol R(Abbott)或Plasma-Lyte A(Baxter),但也可以使用5%葡萄糖水溶液或林格氏乳酸盐。输注介质可以补充人血清白蛋白。
组合物中用于有效治疗的细胞的数量通常大于10个细胞,并且多达106个,多达并包括108个或109个细胞,并且可以多于1010个细胞。细胞的数量将取决于组合物预期的最终用途以及其中包含的细胞类型。对于本文提供的用途,细胞通常在一升或更少的体积中,可以是500ml或更少,甚至250ml或100ml或更少。因此,所需细胞的密度通常大于106个细胞/ml,通常大于107个细胞/ml,通常为108个细胞/ml或更高。临床相关数量的免疫细胞可以分配到多次输注中,其累计等于或超过109、1010或1011个细胞。本文提供的药物组合物可以是多种形式,例如固体、液体、粉末、水性或冻干形式。合适的药物载体的实例是本领域已知的。这样的载体和/或添加剂可以通过常规方法配制并且可以以合适的剂量施用于受试者。稳定剂如脂质、核酸酶抑制剂、聚合物和螯合剂可以防止组合物在体内降解。在旨在通过注射施用的组合物中,可以包含表面活性剂、防腐剂、润湿剂、分散剂、助悬剂、缓冲剂、稳定剂和等渗剂中的一种或多种。
如本文所述的重组TCR或包含编码本文提供的重组TCR的核苷酸序列的病毒载体颗粒,可以包装成试剂盒。试剂盒可以任选地包含一种或多种组分,例如使用说明书、装置和额外的试剂,以及诸如用于实施该方法的管、容器和注射器的组件。示例性试剂盒可以包含本文提供的编码重组TCR的核酸、重组TCR多肽或病毒,并且可以任选地包含使用说明书、用于检测受试者体内病毒的装置、用于将组合物施用于受试者的装置,和用于将组合物施用于受试者的装置。
本文还考虑了包含编码目的基因(例如,重组TCR)的多核苷酸的试剂盒。本文还考虑了包含编码目的序列(例如重组TCR)的病毒载体和任选的编码免疫检查点抑制剂的多核苷酸序列的试剂盒。
本文考虑的试剂盒还包括用于实施检测编码本文公开的任何一种或多种TCR的多核苷酸的存在的方法的试剂盒。特别地,此类诊断试剂盒可以包含合适的扩增和检测引物组和用于进行深度测序以检测编码本文公开的TCR的多核苷酸的其它相关试剂。在另外的实施方案中,本文的试剂盒可以包含用于检测本文公开的TCR的试剂,例如抗体或其它结合分子。诊断试剂盒可以还包含用于确定编码本文公开的TCR的多核苷酸的存在或用于确定本文公开的TCR的存在的说明书。试剂盒可以还包含说明书。说明书通常包括描述试剂盒中包含的组分和施用方法(包括用于确定受试者的适当状态、适当的剂量和适当的施用方法的的方法)的有形表达。说明书可以还包括用于在治疗期间监测受试者的指导。
本文提供的试剂盒还可以包括用于将本文所述的组合物施用于受试者的装置。本领域已知的用于施用药物或疫苗的多种装置中的任何一种都可以包括在本文提供的试剂盒中。示例性装置包括但不限于皮下注射针、静脉内注射针、导管、无针注射装置、吸入器和液体分配器,例如滴管。通常,用于施用试剂盒病毒的装置将与试剂盒病毒相容;例如,诸如高压注射装置的无针注射装置可以包括在具有不会被高压注射破坏的病毒的试剂盒中,但通常不包括在具有被高压注射破坏的病毒的试剂盒中。
本文提供的试剂盒还可以包括用于向受试者施用化合物(例如T细胞活化剂或刺激剂)或TLR激动剂(例如TLR4激动剂)的装置。本领域已知的用于向受试者施用药物的多种装置中的任一种都可以包括在本文提供的试剂盒中。示例性装置包括皮下注射针、静脉内注射针、导管、无针注射装置,但不限于皮下注射针、静脉内注射针、导管、无针注射装置、吸入器和液体分配器,例如滴管。通常,试剂盒中用于施用化合物的装置将与所需的化合物施用方法相容。
实验
实施例1:MAGE-A3反应性T细胞克隆选择性识别MAGE-A3EVD肽。
使用体外预致敏方法来分离MAGE-A3反应性T细胞克隆。预致敏系统使用HLA-A*01:01阳性和HLA-A*01:01阴性供体的成熟树突细胞(mDC)作为抗原呈递细胞,并使用自体CD8+富集T细胞作为响应细胞。编码人MAGEA3基因的体外转录RNA(ivtRNA)作为特异性抗原的来源。在电穿孔到mDC中后,编码MAGE-A3的ivtRNA被翻译成蛋白质,随后由mDC上的HLA-A*01:01编码的分子加工并呈递为肽。对于HLA-A*01:01阴性供体,除MAGE-A3 ivtRNA外,还使用编码HLA-A*01:01的ivtRNA在抗原呈递细胞中转基因表达相应的HLA等位基因(同种异体方法)。T细胞与来自同一供体的经ivtRNA转染的mDC的体外共培养导致作为相应TCR来源的抗原特异性T细胞的从头诱导。可以通过多种方法富集抗原特异性T细胞,并通过有限稀释或基于FACS的单细胞分选法进行克隆。分离和扩增的MAGE-A3反应性T细胞克隆与DU-145细胞共培养,该DU-145细胞先前已用装载有饱和量(10-5M)的MAGE-A3EVD肽或肌联蛋白衍生对照肽(ESD)的HLA-A1-GFP转导(DU-145_A1)。肌联蛋白衍生的ESD对照肽被亲和力成熟的MAGE-A3反应性TCR交叉识别,导致临床测试期间出现主要心血管毒性(Brian J.Cameron,2013;Linette等人.,2013)。20-24小时后,通过标准夹心ELISA(BD人IFN-γELISA套装)分析共培养上清液中的IFN-γ浓度。
结果:
所有MAGE-A3反应性T细胞克隆都选择性地识别MAGE-A3EVD肽,而肌联蛋白ESD肽未被识别。此外,测试的T细胞克隆识别内源性加工并在用编码人MAGEA3基因ivtRNA电穿孔的DU-145_A1细胞中呈递的MAGE-A3EVD肽。(图1)。
实施例2:分离的MAGE-A3反应性TCR可以转基因表达
MAGE-A3反应性T细胞克隆的TCR-α和TCR-β链的序列通过下一代测序鉴定,并且在通过最小鼠源化对应物交换恒定TCR区后克隆到逆转录病毒载体pES.12-6中。对于β链,使用Cβ1序列。通过聚蔗糖梯度离心分离三个健康供体的PBMC。CD8阳性Cβ1阴性T细胞通过负磁性选择(Miltenyi)富集,并在非组织培养24孔板中用对CD3和CD28具有特异性的板结合抗体进行刺激。通过用相应的TCR编码逆转录病毒质粒和两种表达质粒转染HEK293T细胞,产生双嗜性逆转录病毒颗粒。刺激后三天,转导CD8阳性Cβ1阴性T细胞,并在第十天使用Cβ1恒定β区作为转导标志物通过MACS分离富集经转导的CD8+细胞,然后通过REP扩增。转基因T细胞用HLA-A1限制性MAGE-A3EVD-MHC多聚体(MAGE-A3,EVDPIGHLY;immuneAware)或针对CD8和恒定β1区域的抗体染色。
结果:
用约70%Cβ1阳性CD8阳性T细胞有效转导表达TCR_1和TCR_2的转基因T细胞群。两个MAGE-A3-TCR转基因T细胞群都有效地结合MAGE-A3EVD-MHC多聚体(TCR_1为>40%,TCR_2为20%)。只有25%的TCR_3转导的T细胞群对Cβ1呈阳性,表明TCR表达,并且5%的T细胞结合MAGE-A3EVD-MHC多聚体。在未转导的CD8阳性T细胞上观察到非常低的MAGE-A3EVD-MHC多聚体染色且未观察到Cβ1抗体染色。这些结果显示,从MAGE-A3反应性T细胞克隆中分离的TCR可以在健康供体的T细胞中转基因表达。(图2)。
实施例3:转基因表达TCR的T细胞识别内源加工和呈递的肽
为了评估转基因T细胞的靶标特异性,将DU-145细胞先前用HLA-A1-GFP转导,并进一步改造为表达单独mCherry(阴性对照)、MAGE-A3-mCherry或MAGE-A6-mCherry。MAGE-A3和MAGE-A6高度同源,比对上的核苷酸为98%,比对上的蛋白质序列为95%,因此可能存在交叉反应(Newman等人,2016)。将三个供体的未转导(UTD)和转基因T细胞与未装载或装载有相关肽(EVD)的经转导细胞共培养。对于识别测定,将共培养物设置为1:1的效应物与靶标比率,15000个TCR转基因Cβ1阳性T细胞和15000个肿瘤细胞。通过标准ELISA测量共培养上清液中的IFN-γ浓度来分析靶标细胞的识别。
结果:
所有TCR转基因T细胞群均显示出对具有供体依赖性变异的所有载肽靶标细胞的稳健识别。只有MAGE-A3改造的DU-145_A1被识别,而MAGE-A6过表达DU-145_A1细胞未被识别。所有供体的未转导T细胞在任何测试条件下均不分泌IFN-γ,表明没有激活迹象。这些结果显示TCR_1、TCR_2和TCR_3选择性地识别MAGE-A3,但不识别高度同源的家族成员如MAGE-A6。(图3)。
实施例4:MAGE-A3-TCR转基因T细胞内源性识别MAGE-A3阳性肿瘤细胞系。
将表达滴定量的MAGE-A3的三种肿瘤细胞系(SK-Mel23、MelA375、K562)和三种MAGE-A3阴性肿瘤细胞系(OV-7、MS751、DU-145)用于实验。肿瘤细胞系为内源性HLA-A1阳性,或被改造为HLA-A1表达(K562、MS751、DU-145)。所有肿瘤细胞系都在未装载或装载饱和浓度的MAGE-A3EVD肽(10-5M)的情况下进行了测试。对于识别测定,将共培养物设置为效应物与靶标比例为约1:1,15000个TCR转基因Cβ1阳性T细胞和15000个肿瘤细胞。通过标准ELISA测量共培养上清液中的IFN-γ浓度来分析靶标细胞的识别。
结果:
所有TCR转基因T细胞群均显示出对具有供体依赖性变异的所有载肽靶标细胞的识别,表明靶标细胞上有足够的HLA-A1表达。表达TCR_1和TCR_2的TCR转基因T细胞群显示出对MAGE-A3内源性肿瘤细胞系的稳健识别,其IFN-γ水平与代表最大可能IFN-γ释放的载肽靶标细胞相当。供体1的TCR_3转基因T细胞识别表达MAGE-A3的靶标细胞的程度与TCR_1和TCR_2转基因T细胞相当,而供体2和供体3中IFN-γ的总体释放较低。MAGE-A3阴性肿瘤细胞系仅在装载肽时被识别。所有供体的未转导T细胞均无法识别任何所测试的细胞系或条件。这些结果显示,MAGE-A3-TCR转基因T细胞可以以高度选择性的方式有效地内源性识别MAGE-A3阳性肿瘤细胞。(图4)。
该申请还包括以下项目:
项目1:对MAGE-A3具有特异性的分离的T细胞受体(TCR)。
项目2:根据项目1所述的分离的TCR,其中所述TCR特异性识别氨基酸序列SEQ IDNO:1或其片段。
项目3:根据前述实施方案中任一项所述的分离的TCR,其中所述TCR不识别氨基酸序列SEQ ID NO:54或其片段。
项目4:根据前述项目中任一项所述的分离的TCR,其中所述TCR特异性识别SEQ IDNO:1的氨基酸序列,其由HLA-A*01基因编码的分子呈递。
项目5:根据前述项目中任一项所述的分离的TCR,其中所述TCR特异性识别由HLA-A*01:01编码的分子呈递的SEQ ID NO:1的氨基酸序列。
项目6:根据前述项目中任一项所述的分离的TCR,其中所述TCR包含
a)-包含具有SEQ ID NO:2的氨基酸序列的CDR1、具有SEQ ID NO:3的氨基酸序列的CDR2和具有SEQ ID NO:4的氨基酸序列的CDR3的TCRα链,和
-包含具有SEQ ID NO:5的氨基酸序列的CDR1、具有SEQ ID NO:6的氨基酸序列的CDR2和具有SEQ ID NO:7的氨基酸序列的CDR3的TCRβ链;或
b)-包含具有SEQ ID NO:10的氨基酸序列的CDR1、具有SEQ ID NO:11的氨基酸序列的CDR2和具有SEQ ID NO:12的氨基酸序列的CDR3的TCRα链,和
-包含具有SEQ ID NO:13的氨基酸序列的CDR1、具有SEQ ID NO:14的氨基酸序列的CDR2和具有SEQ ID NO:15的氨基酸序列的CDR3的TCRβ链;或
c)-包含具有SEQ ID NO:18的氨基酸序列的CDR1、具有SEQ ID NO:19的氨基酸序列的CDR2和具有SEQ ID NO:20的氨基酸序列的CDR3的TCRα链,和
-包含具有SEQ ID NO:21的氨基酸序列的CDR1、具有SEQ ID NO:22的氨基酸序列的CDR2和具有SEQ ID NO:23的氨基酸序列的CDR3的TCRβ链。
项目7:根据前述项目中任一项所述的分离的TCR,其中所述TCR包含
a)具有与SEQ ID NO:8至少80%相同的氨基酸序列的可变TCRα区和具有与SEQ IDNO:9至少80%相同的氨基酸序列的可变TCRβ区;或
b)具有与SEQ ID NO:16至少80%相同的氨基酸序列的可变TCRα区和具有与SEQID NO:17至少80%相同的氨基酸序列的可变TCRβ区;或
c)具有与SEQ ID NO:24至少80%相同的氨基酸序列的可变TCRα区和具有与SEQID NO:25至少80%相同的氨基酸序列的可变TCRβ区。
项目8:根据前述实施方案中任一项所述的分离的TCR,其中所述TCR包含
a)具有SEQ ID NO:8的氨基酸序列的可变TCRα区和具有SEQ ID NO:9的氨基酸序列的可变TCRβ区;或
b)具有SEQ ID NO:16的氨基酸序列的可变TCRα区和具有SEQ ID NO:17的氨基酸序列的可变TCRβ区;或
c)具有SEQ ID NO:24的氨基酸序列的可变TCRα区和具有SEQ ID NO:25的氨基酸序列的可变TCRβ区。
项目9:根据前述项目中任一项所述的分离的TCR,其中所述TCR包含
具有与SEQ ID NO:50至少80%相同的氨基酸序列的恒定TCRα区和具有与SEQ IDNO:51至少80%相同的氨基酸序列的恒定TCRβ区。
项目10:根据前述项目中任一项所述的分离的TCR,其中所述TCR包含
具有SEQ ID NO:50的氨基酸序列的恒定TCRα区和具有SEQ ID NO:51的氨基酸序列的恒定TCRβ区。
项目11:根据前述项目中任一项所述的分离的TCR,其中所述TCR是纯化的。
项目12:根据前述项目中任一项所述的分离的TCR,其中其氨基酸序列包含一个或多个表型沉默替换。
项目13:根据前述项目中任一项所述的分离的TCR,其中其氨基酸序列被修饰以包含可检测标记物、治疗剂或药代动力学修饰部分。
项目14:根据项目13所述的分离的TCR,其中所述治疗剂选自由免疫效应分子、细胞毒剂和放射性核素组成的组。
项目15:根据项目14所述的分离的TCR,其中所述免疫效应分子是细胞因子。
项目16:根据前述项目中任一项所述的分离的TCR,其中所述TCR是可溶性的或膜结合的。
项目17:根据项目13所述的分离的TCR,其中所述药代动力学修饰部分是至少一个聚乙二醇重复单元、至少一个二醇基团、至少一个唾液酸基团或它们的组合。
项目18:根据前述项目中任一项所述的分离的TCR,其中所述TCR是单链类型的,其中TCRα链和TCRβ链通过接头序列连接。
项目19:根据前述项目中任一项所述的分离的TCR,其中TCRα链或TCRβ链被修饰以包含表位标签。
项目20:分离的多肽,包含前述项目中任一项所述的TCR的功能部分,其中所述功能部分包含
d)氨基酸序列SEQ ID NO:2、3、4、5、6和7,或
e)氨基酸序列SEQ ID NO:10、11、12、13、14和15,或
f)氨基酸序列SEQ ID NO:18、19、20、21、22和23。
项目21:根据项目20所述的分离的多肽,其中所述功能部分包含
a)具有SEQ ID NO:8的氨基酸序列的可变TCRα区和具有SEQ ID NO:9的氨基酸序列的可变TCRβ区;或
b)具有SEQ ID NO:16的氨基酸序列的可变TCRα区和具有SEQ ID NO:17的氨基酸序列的可变TCRβ区;或
c)具有SEQ ID NO:24的氨基酸序列的可变TCRα区和具有SEQ ID NO:25的氨基酸序列的可变TCRβ区。
项目22:多价TCR复合物,包含至少一个如项目1至19中任一项所体现的TCR。
项目23:多价TCR复合物,包含至少两个如项目1至19中任一项所体现的TCR。
项目24:根据项目1至19所述的分离的TCR、根据项目20至21所述的多肽、根据项目22至23所述的多价TCR复合物,其中通过与SEQ ID NO:1的氨基酸序列结合诱导IFN-γ分泌,所述氨基酸序列由HLA-A*01:01编码的分子呈递。
项目25:核酸,编码根据项目1至19中任一项所述的TCR或编码根据项目20至21所述的多肽。
项目26:载体,包含项目25所述的核酸。
项目27:根据项目26所述的载体,其中所述载体是表达载体。
项目28:根据项目26或27所述的载体,其中所述载体是逆转录病毒载体。
项目29:根据项目26或27所述的载体,其中所述载体是慢病毒载体。
项目30:细胞,表达根据项目1至19所述的TCR或根据项目20或21所述的分离的多肽。
项目31:根据项目30所述的细胞,其中所述细胞是分离的或非天然存在的。
项目32:根据项目30或331所述的细胞,其中所述细胞包含根据项目25所述的核酸或根据项目26至29所述的载体。
项目33:根据项目30至32所述的细胞,其中所述细胞包含:
a)包含至少一个如项目25所体现的核酸的表达载体,或
b)包含编码如项目1至19中任一项所体现的TCR的α链的核酸的第一表达载体,和包含编码如项目1至19中任一项所体现的TCR的β链的核酸的第二表达载体。
项目34:根据项目30至33中任一项所述的细胞,其中所述细胞是外周血淋巴细胞(PBL)或外周血单核细胞(PBMC)。
项目35:根据项目30至34中任一项所述的细胞,其中所述细胞是T细胞。
项目36:抗体或其抗原结合片段,与根据项目1至19所述的TCR的介导对MAGE-A3的特异性的部分特异性结合。
项目37:根据项目36所述的抗体,其中TCR的介导MAGE-A3特异性的部分包含
d)SEQ ID NO:4的α链CDR3和/或SEQ ID NO:7的β链CDR3或;
e)SEQ ID NO:12的α链CDR3和/或SEQ ID NO:15的β链CDR3或;
f)SEQ ID NO:20的α链CDR3和/或SEQ ID NO:23的β链CDR3。
项目38:药物组合物,包含根据项目1至19所述的TCR、根据项目20至22所述的多肽、根据项目22至23所述的多价TCR复合物、根据项目25所述的核酸、根据项目26至29所述的载体、根据项目30至35中任一项所述的细胞或根据项目36至37所述的抗体。
项目39:根据项目38所述的药物组合物,其中所述药物组合物包含至少一种药学上可接受的载体。
项目40:根据项目1至19所述的TCR、根据项目20至21所述的多肽、根据项目22至23所述的多价TCR复合物、根据项目25所述的核酸、根据项目26至29所述的载体、根据项目30至31中任一项所述的细胞或根据项目36至37所述的抗体用于作为药物的用途。
项目41:根据项目1至19所述的TCR、根据项目20至21所述的多肽、根据项目22至23所述的多价TCR复合物、根据项目25所述的核酸、根据权利要求26至27所述的载体或根据项目30至35中任一项所述的细胞用于治疗癌症的用途。
项目42:根据项目41使用的所述TCR、所述多肽、所述多价TCR复合物、所述核酸、所述载体或所述细胞,其中所述癌症是血液癌症或实体瘤。
项目43:根据项目41和项目42使用的所述TCR、所述多肽、所述多价TCR复合物、所述核酸、所述载体或所述细胞,其中所述癌症选自由以下组成的组:前列腺癌症、子宫癌症、甲状腺癌症、睾丸癌症、肾脏癌症、胰腺癌症、卵巢癌症、食道癌症、非小细胞肺癌症、肺腺癌、鳞状细胞癌、非霍奇金淋巴瘤、多发性骨髓瘤、黑色素瘤、肝细胞癌、头颈癌症、胃癌症、子宫内膜癌症、宫颈癌症、结直肠癌症、胃腺癌、胆管癌、乳腺癌症、膀胱癌症、骨髓性白血病和急性成淋巴细胞性白血病、癌、肉瘤或骨肉瘤。
项目44:根据项目43使用的所述TCR、所述多肽、所述多价TCR复合物、所述核酸、所述载体或所述细胞,其中所述癌症优选地选自由肉瘤或癌组成的组。
序列表
<110> 基因医疗免疫疗法有限责任公司(Medigene Immunotherapies GmbH)
<120> MAGE-A3特异性T细胞受体及其用途
<130> M11653EP
<150> EP20198049.7
<151> 2020-09-24
<160> 54
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 9
<212> PRT
<213> 智人
<400> 1
Glu Val Asp Pro Ile Gly His Leu Tyr
1 5
<210> 2
<211> 6
<212> PRT
<213> 智人
<400> 2
Asp Ser Ala Ile Tyr Asn
1 5
<210> 3
<211> 7
<212> PRT
<213> 智人
<400> 3
Ile Gln Ser Ser Gln Arg Glu
1 5
<210> 4
<211> 12
<212> PRT
<213> 智人
<400> 4
Cys Ala Val Ile Glu Tyr Gly Asn Lys Leu Val Phe
1 5 10
<210> 5
<211> 5
<212> PRT
<213> 智人
<400> 5
Leu Asn His Asn Val
1 5
<210> 6
<211> 6
<212> PRT
<213> 智人
<400> 6
Tyr Tyr Asp Lys Asp Phe
1 5
<210> 7
<211> 13
<212> PRT
<213> 智人
<400> 7
Cys Ala Thr Ser Trp Asp Arg Gly Tyr Glu Gln Phe Phe
1 5 10
<210> 8
<211> 131
<212> PRT
<213> 智人
<400> 8
Met Glu Thr Leu Leu Gly Leu Leu Ile Leu Trp Leu Gln Leu Gln Trp
1 5 10 15
Val Ser Ser Lys Gln Glu Val Thr Gln Ile Pro Ala Ala Leu Ser Val
20 25 30
Pro Glu Gly Glu Asn Leu Val Leu Asn Cys Ser Phe Thr Asp Ser Ala
35 40 45
Ile Tyr Asn Leu Gln Trp Phe Arg Gln Asp Pro Gly Lys Gly Leu Thr
50 55 60
Ser Leu Leu Leu Ile Gln Ser Ser Gln Arg Glu Gln Thr Ser Gly Arg
65 70 75 80
Leu Asn Ala Ser Leu Asp Lys Ser Ser Gly Arg Ser Thr Leu Tyr Ile
85 90 95
Ala Ala Ser Gln Pro Gly Asp Ser Ala Thr Tyr Leu Cys Ala Val Ile
100 105 110
Glu Tyr Gly Asn Lys Leu Val Phe Gly Ala Gly Thr Ile Leu Arg Val
115 120 125
Lys Ser Tyr
130
<210> 9
<211> 131
<212> PRT
<213> 智人
<400> 9
Met Gly Pro Gly Leu Leu His Trp Met Ala Leu Cys Leu Leu Gly Thr
1 5 10 15
Gly His Gly Asp Ala Met Val Ile Gln Asn Pro Arg Tyr Gln Val Thr
20 25 30
Gln Phe Gly Lys Pro Val Thr Leu Ser Cys Ser Gln Thr Leu Asn His
35 40 45
Asn Val Met Tyr Trp Tyr Gln Gln Lys Ser Ser Gln Ala Pro Lys Leu
50 55 60
Leu Phe His Tyr Tyr Asp Lys Asp Phe Asn Asn Glu Ala Asp Thr Pro
65 70 75 80
Asp Asn Phe Gln Ser Arg Arg Pro Asn Thr Ser Phe Cys Phe Leu Asp
85 90 95
Ile Arg Ser Pro Gly Leu Gly Asp Ala Ala Met Tyr Leu Cys Ala Thr
100 105 110
Ser Trp Asp Arg Gly Tyr Glu Gln Phe Phe Gly Pro Gly Thr Arg Leu
115 120 125
Thr Val Leu
130
<210> 10
<211> 6
<212> PRT
<213> 智人
<400> 10
Asp Ser Ala Ile Tyr Asn
1 5
<210> 11
<211> 7
<212> PRT
<213> 智人
<400> 11
Ile Gln Ser Ser Gln Arg Glu
1 5
<210> 12
<211> 14
<212> PRT
<213> 智人
<400> 12
Cys Ala Val Arg Trp Glu Thr Ser Gly Ser Arg Leu Thr Phe
1 5 10
<210> 13
<211> 5
<212> PRT
<213> 智人
<400> 13
Ser Gly Asp Leu Ser
1 5
<210> 14
<211> 6
<212> PRT
<213> 智人
<400> 14
Tyr Tyr Asn Gly Glu Glu
1 5
<210> 15
<211> 13
<212> PRT
<213> 智人
<400> 15
Cys Ala Ser Ser Val Gly Gly Gly Tyr Glu Gln Tyr Phe
1 5 10
<210> 16
<211> 133
<212> PRT
<213> 智人
<400> 16
Met Glu Thr Leu Leu Gly Leu Leu Ile Leu Trp Leu Gln Leu Gln Trp
1 5 10 15
Val Ser Ser Lys Gln Glu Val Thr Gln Ile Pro Ala Ala Leu Ser Val
20 25 30
Pro Glu Gly Glu Asn Leu Val Leu Asn Cys Ser Phe Thr Asp Ser Ala
35 40 45
Ile Tyr Asn Leu Gln Trp Phe Arg Gln Asp Pro Gly Lys Gly Leu Thr
50 55 60
Ser Leu Leu Leu Ile Gln Ser Ser Gln Arg Glu Gln Thr Ser Gly Arg
65 70 75 80
Leu Asn Ala Ser Leu Asp Lys Ser Ser Gly Arg Ser Thr Leu Tyr Ile
85 90 95
Ala Ala Ser Gln Pro Gly Asp Ser Ala Thr Tyr Leu Cys Ala Val Arg
100 105 110
Trp Glu Thr Ser Gly Ser Arg Leu Thr Phe Gly Glu Gly Thr Gln Leu
115 120 125
Thr Val Asn Pro Asp
130
<210> 17
<211> 131
<212> PRT
<213> 智人
<400> 17
Met Gly Phe Arg Leu Leu Cys Cys Val Ala Phe Cys Leu Leu Gly Ala
1 5 10 15
Gly Pro Val Asp Ser Gly Val Thr Gln Thr Pro Lys His Leu Ile Thr
20 25 30
Ala Thr Gly Gln Arg Val Thr Leu Arg Cys Ser Pro Arg Ser Gly Asp
35 40 45
Leu Ser Val Tyr Trp Tyr Gln Gln Ser Leu Asp Gln Gly Leu Gln Phe
50 55 60
Leu Ile Gln Tyr Tyr Asn Gly Glu Glu Arg Ala Lys Gly Asn Ile Leu
65 70 75 80
Glu Arg Phe Ser Ala Gln Gln Phe Pro Asp Leu His Ser Glu Leu Asn
85 90 95
Leu Ser Ser Leu Glu Leu Gly Asp Ser Ala Leu Tyr Phe Cys Ala Ser
100 105 110
Ser Val Gly Gly Gly Tyr Glu Gln Tyr Phe Gly Pro Gly Thr Arg Leu
115 120 125
Thr Val Thr
130
<210> 18
<211> 7
<212> PRT
<213> 智人
<400> 18
Thr Arg Asp Thr Thr Tyr Tyr
1 5
<210> 19
<211> 8
<212> PRT
<213> 智人
<400> 19
Arg Asn Ser Phe Asp Glu Gln Asn
1 5
<210> 20
<211> 17
<212> PRT
<213> 智人
<400> 20
Cys Ala Leu Ser Glu Ala Leu Gly Tyr Ser Ser Ala Ser Lys Ile Ile
1 5 10 15
Phe
<210> 21
<211> 5
<212> PRT
<213> 智人
<400> 21
Ser Gly His Thr Ala
1 5
<210> 22
<211> 6
<212> PRT
<213> 智人
<400> 22
Phe Gln Gly Asn Ser Ala
1 5
<210> 23
<211> 16
<212> PRT
<213> 智人
<400> 23
Cys Ala Ser Ser Asp Pro Met Ser Gly Ala Gln Glu Thr Gln Tyr Phe
1 5 10 15
<210> 24
<211> 139
<212> PRT
<213> 智人
<400> 24
Met Leu Thr Ala Ser Leu Leu Arg Ala Val Ile Ala Ser Ile Cys Val
1 5 10 15
Val Ser Ser Met Ala Gln Lys Val Thr Gln Ala Gln Thr Glu Ile Ser
20 25 30
Val Val Glu Lys Glu Asp Val Thr Leu Asp Cys Val Tyr Glu Thr Arg
35 40 45
Asp Thr Thr Tyr Tyr Leu Phe Trp Tyr Lys Gln Pro Pro Ser Gly Glu
50 55 60
Leu Val Phe Leu Ile Arg Arg Asn Ser Phe Asp Glu Gln Asn Glu Ile
65 70 75 80
Ser Gly Arg Tyr Ser Trp Asn Phe Gln Lys Ser Thr Ser Ser Phe Asn
85 90 95
Phe Thr Ile Thr Ala Ser Gln Val Val Asp Ser Ala Val Tyr Phe Cys
100 105 110
Ala Leu Ser Glu Ala Leu Gly Tyr Ser Ser Ala Ser Lys Ile Ile Phe
115 120 125
Gly Ser Gly Thr Arg Leu Ser Ile Arg Pro Asn
130 135
<210> 25
<211> 135
<212> PRT
<213> 智人
<400> 25
Met Gly Thr Arg Leu Leu Phe Trp Val Ala Phe Cys Leu Leu Gly Ala
1 5 10 15
Asp His Thr Gly Ala Gly Val Ser Gln Ser Pro Ser Asn Lys Val Thr
20 25 30
Glu Lys Gly Lys Asp Val Glu Leu Arg Cys Asp Pro Ile Ser Gly His
35 40 45
Thr Ala Leu Tyr Trp Tyr Arg Gln Ser Leu Gly Gln Gly Leu Glu Phe
50 55 60
Leu Ile Tyr Phe Gln Gly Asn Ser Ala Pro Asp Lys Ser Gly Leu Pro
65 70 75 80
Ser Asp Arg Phe Ser Ala Glu Arg Thr Gly Gly Ser Val Ser Thr Leu
85 90 95
Thr Ile Gln Arg Thr Gln Gln Glu Asp Ser Ala Val Tyr Leu Cys Ala
100 105 110
Ser Ser Asp Pro Met Ser Gly Ala Gln Glu Thr Gln Tyr Phe Gly Pro
115 120 125
Gly Thr Arg Leu Leu Val Leu
130 135
<210> 26
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子优化的
<400> 26
gacagcgcca tctacaac 18
<210> 27
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子优化的
<400> 27
attcagagca gccagagaga g 21
<210> 28
<211> 36
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子优化的
<400> 28
tgcgccgtga tcgagtacgg caacaagctg gtgttt 36
<210> 29
<211> 15
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子优化的
<400> 29
ctgaaccaca acgtg 15
<210> 30
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子优化的
<400> 30
tactacgaca aggacttc 18
<210> 31
<211> 39
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子优化的
<400> 31
tgtgccacca gctgggatag aggctacgag cagtttttc 39
<210> 32
<211> 393
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子优化的
<400> 32
atggagacac tgctgggact gctgattctg tggctgcagc ttcagtgggt gtccagcaag 60
caagaagtga cacagatccc tgccgctctg tctgtgcctg agggcgaaaa cctggtgctg 120
aactgctcct tcaccgacag cgccatctac aacctgcagt ggttcagaca ggaccccggc 180
aagggactga caagcctgct gctcattcag agcagccaga gagagcagac cagcggcaga 240
ctgaatgcca gcctggataa gtcctccggc agaagcaccc tgtatatcgc cgcttctcag 300
cctggcgata gcgccacata tctgtgcgcc gtgatcgagt acggcaacaa gctggtgttt 360
ggcgccggaa ccatcctgag agtgaagtcc tat 393
<210> 33
<211> 393
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子优化的
<400> 33
atgggacctg gactgctgca ttggatggcc ctgtgtctgc tcggaacagg acatggcgac 60
gctatggtca ttcagaaccc cagataccaa gtgacccagt tcggcaagcc cgtgacactg 120
agctgtagcc agacactgaa ccacaacgtg atgtactggt atcagcagaa gtcctctcag 180
gcccctaagc tgctgttcca ctactacgac aaggacttca acaacgaggc cgacacaccc 240
gacaacttcc agagcagaag gcccaatacc agcttctgct tcctggacat cagaagccct 300
ggcctgggag atgccgccat gtatctgtgt gccaccagct gggatagagg ctacgagcag 360
tttttcggcc ctggcaccag actgacagtg ctg 393
<210> 34
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子优化的
<400> 34
gacagcgcca tctacaac 18
<210> 35
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子优化的
<400> 35
attcagagca gccagagaga g 21
<210> 36
<211> 42
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子优化的
<400> 36
tgcgccgtca gatgggagac aagcggctcc agactgacat tt 42
<210> 37
<211> 15
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子优化的
<400> 37
agcggcgacc tgagc 15
<210> 38
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子优化的
<400> 38
tactacaacg gcgaggaa 18
<210> 39
<211> 39
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子优化的
<400> 39
tgtgcctctt ctgtcggcgg aggctacgag cagtatttc 39
<210> 40
<211> 399
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子优化的
<400> 40
atggagacac tgctgggact gctgattctg tggctgcagc ttcagtgggt gtccagcaag 60
caagaagtga cacagatccc tgccgctctg tctgtgcctg agggcgaaaa cctggtgctg 120
aactgctcct tcaccgacag cgccatctac aacctgcagt ggttcagaca ggaccccggc 180
aagggactga caagcctgct gctcattcag agcagccaga gagagcagac cagcggcaga 240
ctgaatgcca gcctggataa gtcctccggc agaagcaccc tgtatatcgc cgcttctcag 300
cctggcgata gcgccacata tctgtgcgcc gtcagatggg agacaagcgg ctccagactg 360
acatttggcg agggcacaca gctgaccgtg aatcccgat 399
<210> 41
<211> 393
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子优化的
<400> 41
atgggcttca gactgctgtg ctgcgtggcc ttttgtctgc ttggagccgg acctgtggat 60
agcggcgtta cccagacacc taagcacctg atcacagcca caggccagcg cgtgaccctg 120
agatgttctc ctagaagcgg cgacctgagc gtgtactggt atcagcagtc tctggaccag 180
ggcctgcagt tcctgatcca gtactacaac ggcgaggaaa gagccaaggg caacatcctg 240
gaacggttca gcgcccagca gttcccagat ctgcacagcg agctgaacct gagcagcctg 300
gaactgggag atagcgccct gtacttctgt gcctcttctg tcggcggagg ctacgagcag 360
tatttcggcc ctggcaccag actgaccgtg aca 393
<210> 42
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子优化的
<400> 42
acacgggaca ccacctacta c 21
<210> 43
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子优化的
<400> 43
cggaacagct tcgacgagca gaac 24
<210> 44
<211> 51
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子优化的
<400> 44
tgcgccctgt ctgaggccct gggctacagc tctgccagca agatcatctt t 51
<210> 45
<211> 15
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子优化的
<400> 45
agcggacaca cagcc 15
<210> 46
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子优化的
<400> 46
ttccaaggca acagcgcc 18
<210> 47
<211> 48
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子优化的
<400> 47
tgtgccagca gcgatcctat gtctggcgcc caagagacac agtacttc 48
<210> 48
<211> 417
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子优化的
<400> 48
atgctgacag cctctctgct gagagccgtg atcgccagca tctgtgtggt gtctagcatg 60
gcccagaaag tgacacaggc ccagaccgag atcagcgtgg tggaaaaaga agatgtgacc 120
ctggactgcg tgtacgagac acgggacacc acctactacc tgttctggta caagcagcct 180
cctagcggcg agctggtgtt cctgatcaga cggaacagct tcgacgagca gaacgagatc 240
tccggccggt acagctggaa cttccagaag tccaccagca gcttcaactt caccatcacc 300
gccagccagg tggtggatag cgccgtgtat ttttgcgccc tgtctgaggc cctgggctac 360
agctctgcca gcaagatcat ctttggcagc ggcacccggc tgagcatcag acctaat 417
<210> 49
<211> 405
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子优化的
<400> 49
atgggcacca gactgctgtt ctgggtcgcc ttttgtctgc tgggcgccga tcatacaggt 60
gccggtgttt ctcagagccc cagcaacaaa gtgaccgaga agggcaaaga cgtggaactg 120
agatgcgacc ccatcagcgg acacacagcc ctgtactggt acagacagtc tctcggccag 180
ggcctcgagt tcctgatcta cttccaaggc aacagcgccc ctgacaagag cggcctgcct 240
agcgatagat tcagcgccga aagaacaggc ggcagcgtgt ccacactgac catccagaga 300
acccagcaag aggacagcgc cgtgtacctg tgtgccagca gcgatcctat gtctggcgcc 360
caagagacac agtacttcgg ccctggaaca cggctgctgg ttctt 405
<210> 50
<211> 140
<212> PRT
<213> 智人
<400> 50
Ile Gln Asn Pro Asp Pro Ala Val Tyr Gln Leu Arg Asp Ser Lys Ser
1 5 10 15
Ser Asp Lys Ser Val Cys Leu Phe Thr Asp Phe Asp Ser Gln Thr Asn
20 25 30
Val Ser Gln Ser Lys Asp Ser Asp Val Tyr Ile Thr Asp Lys Thr Val
35 40 45
Leu Asp Met Arg Ser Met Asp Phe Lys Ser Asn Ser Ala Val Ala Trp
50 55 60
Ser Asn Lys Ser Asp Phe Ala Cys Ala Asn Ala Phe Asn Asn Ser Ile
65 70 75 80
Ile Pro Glu Asp Thr Phe Phe Pro Ser Ser Asp Val Pro Cys Asp Val
85 90 95
Lys Leu Val Glu Lys Ser Phe Glu Thr Asp Thr Asn Leu Asn Phe Gln
100 105 110
Asn Leu Ser Val Ile Gly Phe Arg Ile Leu Leu Leu Lys Val Ala Gly
115 120 125
Phe Asn Leu Leu Met Thr Leu Arg Leu Trp Ser Ser
130 135 140
<210> 51
<211> 177
<212> PRT
<213> 智人
<400> 51
Glu Asp Leu Asn Lys Val Phe Pro Pro Glu Val Ala Val Phe Glu Pro
1 5 10 15
Ser Lys Ala Glu Ile Ala His Thr Gln Lys Ala Thr Leu Val Cys Leu
20 25 30
Ala Thr Gly Phe Phe Pro Asp His Val Glu Leu Ser Trp Trp Val Asn
35 40 45
Gly Lys Glu Val His Ser Gly Val Ser Thr Asp Pro Gln Pro Leu Lys
50 55 60
Glu Gln Pro Ala Leu Asn Asp Ser Arg Tyr Cys Leu Ser Ser Arg Leu
65 70 75 80
Arg Val Ser Ala Thr Phe Trp Gln Asn Pro Arg Asn His Phe Arg Cys
85 90 95
Gln Val Gln Phe Tyr Gly Leu Ser Glu Asn Asp Glu Trp Thr Gln Asp
100 105 110
Arg Ala Lys Pro Val Thr Gln Ile Val Ser Ala Glu Ala Trp Gly Arg
115 120 125
Ala Asp Cys Gly Ile Thr Ser Ala Ser Tyr His Gln Gly Val Leu Ser
130 135 140
Ala Thr Ile Leu Tyr Glu Ile Leu Leu Gly Lys Ala Thr Leu Tyr Ala
145 150 155 160
Val Leu Val Ser Ala Leu Val Leu Met Ala Met Val Lys Arg Lys Asp
165 170 175
Phe
<210> 52
<211> 420
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子优化的
<400> 52
atccagaatc cggaccccgc cgtgtaccag ctgcgcgaca gcaagagcag cgacaagagc 60
gtgtgcctgt tcaccgactt cgacagccag accaacgtga gccagagcaa ggacagcgac 120
gtgtacatca ccgacaagac cgtgctggac atgcgcagca tggacttcaa gagcaacagc 180
gccgtggcct ggagcaacaa gagcgacttc gcctgcgcca acgccttcaa caacagcatc 240
atccccgagg acaccttctt ccccagcagc gatgtgccgt gcgacgtgaa gctggtggag 300
aagagcttcg agaccgacac caacctgaac ttccagaacc tgagcgtgat cggcttccgc 360
atcctgctgc tgaaggtggc cggcttcaac ctgctgatga ccctgcgcct gtggagcagc 420
<210> 53
<211> 531
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 密码子优化的
<400> 53
gaggacctga acaaggtgtt ccctccggag gtggccgtgt tcgagcccag caaagccgag 60
atcgcgcaca cccagaaggc caccctggtg tgcctggcca ccggcttctt ccccgaccac 120
gtggagctga gctggtgggt gaacggcaag gaggtgcaca gcggcgtgag caccgacccc 180
cagcccctga aggagcagcc cgccctgaac gacagccgct actgcctgag cagccgcctg 240
cgcgtgagcg ccaccttctg gcagaacccc cgcaaccact tccgctgcca ggtgcagttc 300
tacggcctga gcgagaacga cgagtggacc caggaccgcg ccaagcccgt gacccagatc 360
gtgagcgccg aggcctgggg ccgcgccgac tgcggcatta ccagcgcgag ctaccatcag 420
ggcgtgctga gcgccaccat cctgtacgag atcctgctgg gcaaggccac cctgtacgcc 480
gtgctggtga gcgccctggt gctgatggcg atggtgaagc gcaaggactt c 531
<210> 54
<211> 9
<212> PRT
<213> 智人
<400> 54
Glu Ser Asp Pro Ile Val Ala Gln Tyr
1 5

Claims (15)

1.对MAGE-A3具有特异性的分离的T细胞受体(TCR)。
2.根据权利要求1所述的分离的TCR,其中所述TCR特异性识别氨基酸序列SEQ ID NO:1或其片段。
3.根据权利要求1所述的分离的TCR,其中所述TCR不识别氨基酸序列SEQ ID NO:54或其片段。
4.根据前述权利要求中任一项所述的分离的TCR,其中所述TCR特异性识别SEQ ID NO:1的氨基酸序列的HLA-A1结合形式,优选地其中所述TCR特异性识别由HLA-A*01:01编码的分子呈递的SEQ ID NO:1的氨基酸序列。
5.根据前述权利要求中任一项所述的分离的TCR,其中所述TCR包含
a)-包含具有SEQ ID NO:2的氨基酸序列的CDR1、具有SEQ ID NO:3的氨基酸序列的CDR2和具有SEQ ID NO:4的氨基酸序列的CDR3的TCRα链,和
-包含具有SEQ ID NO:5的氨基酸序列的CDR1、具有SEQ ID NO:6的氨基酸序列的CDR2和具有SEQ ID NO:7的氨基酸序列的CDR3的TCRβ链;或
b)-包含具有SEQ ID NO:10的氨基酸序列的CDR1、具有SEQ ID NO:11的氨基酸序列的CDR2和具有SEQ ID NO:12的氨基酸序列的CDR3的TCRα链,和
-包含具有SEQ ID NO:13的氨基酸序列的CDR1、具有SEQ ID NO:14的氨基酸序列的CDR2和具有SEQ ID NO:15的氨基酸序列的CDR3的TCRβ链;或
c)-包含具有SEQ ID NO:18的氨基酸序列的CDR1、具有SEQ ID NO:19的氨基酸序列的CDR2和具有SEQ ID NO:20的氨基酸序列的CDR3的TCRα链,和
-包含具有SEQ ID NO:21的氨基酸序列的CDR1、具有SEQ ID NO:22的氨基酸序列的CDR2和具有SEQ ID NO:23的氨基酸序列的CDR3的TCRβ链。
6.根据前述权利要求中任一项所述的分离的TCR,其中所述TCR
a)具有与SEQ ID NO:8至少80%相同的氨基酸序列的可变TCRα区和具有与SEQ ID NO:9至少80%相同的氨基酸序列的可变TCRβ区;或
b)具有与SEQ ID NO:16至少80%相同的氨基酸序列的可变TCRα区和具有与SEQ IDNO:17至少80%相同的氨基酸序列的可变TCRβ区;或
c)具有与SEQ ID NO:24至少80%相同的氨基酸序列的可变TCRα区和具有与SEQ IDNO:25至少80%相同的氨基酸序列的可变TCRβ区。
7.分离的多肽,包含权利要求1至6中任一项所述的TCR的功能部分,
其中所述功能部分包含
a)氨基酸序列SEQ ID NO:2、3、4、5、6和7,或
b)氨基酸序列SEQ ID NO:10、11、12、13、14和15,或
c)氨基酸序列SEQ ID NO:18、19、20、21、22和23。
8.多价TCR复合物,包含至少一个如权利要求1至6中任一项所述的TCR。
9.根据权利要求1至6所述的分离的TCR、根据权利要求7所述的分离的多肽、根据权利要求8所述的多价TCR复合物,其中通过与由HLA-A*01:01编码的分子呈递的SEQ ID NO:1的氨基酸序列结合来诱导IFN-γ分泌。
10.核酸,编码根据权利要求1至6中任一项所述的TCR或编码根据权利要求7所述的分离的多肽。
11.载体,包含权利要求10所述的核酸,其中所述载体优选是表达载体,更优选逆转录病毒载体或慢病毒载体。
12.细胞,表达根据权利要求1至6所述的TCR。
13.抗体或其抗原结合片段,与根据权利要求1至6所述的TCR的部分特异性结合,其中所述TCR的所述部分包含
a)SEQ ID NO:4的α链CDR3和/或SEQ ID NO:7的β链CDR3或;
b)SEQ ID NO:12的α链CDR3和/或SEQ ID NO:15的β链CDR3或;
c)SEQ ID NO:20的α链CDR3和/或SEQ ID NO:23的β链CDR3。
14.根据权利要求1至6所述的TCR、根据权利要求7所述的多肽、根据权利要求8所述的多价TCR复合物、根据权利要求10所述的核酸、根据权利要求11所述的载体、根据权利要求12所述的细胞或根据权利要求13所述的抗体用于作为药物的用途。
15.根据权利要求1至6所述的TCR、根据权利要求7所述的多肽、根据权利要求8所述的多价TCR复合物、根据权利要求10所述的核酸、根据权利要求11所述的载体、根据权利要求12所述的细胞或根据权利要求13所述的抗体用于治疗癌症的用途,其中所述癌症选自由以下组成的组:前列腺癌症、子宫癌症、甲状腺癌症、睾丸癌症、肾脏癌症、胰腺癌症、卵巢癌症、食道癌症、非小细胞肺癌症、肺腺癌、鳞状细胞癌、非霍奇金淋巴瘤、多发性骨髓瘤、黑色素瘤、肝细胞癌、头颈癌症、胃癌症、子宫内膜癌症、宫颈癌症、结直肠癌症、胃腺癌、胆管癌、乳腺癌症、膀胱癌症、骨髓性白血病和急性成淋巴细胞性白血病、癌、肉瘤或骨肉瘤。
CN202180078652.5A 2020-09-24 2021-09-24 Mage-a3特异性t细胞受体及其用途 Pending CN116615446A (zh)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
EP20198049 2020-09-24
EP20198049.7 2020-09-24
PCT/EP2021/076323 WO2022063965A1 (en) 2020-09-24 2021-09-24 Mage-a3 specific t cell receptors and their use

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN116615446A true CN116615446A (zh) 2023-08-18

Family

ID=72644161

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202180078652.5A Pending CN116615446A (zh) 2020-09-24 2021-09-24 Mage-a3特异性t细胞受体及其用途

Country Status (11)

Country Link
US (1) US20230340064A1 (zh)
EP (1) EP4217379A1 (zh)
JP (1) JP2023542208A (zh)
KR (1) KR20230111186A (zh)
CN (1) CN116615446A (zh)
AU (1) AU2021347595A1 (zh)
BR (1) BR112023005296A2 (zh)
CA (1) CA3193172A1 (zh)
IL (1) IL301554A (zh)
MX (1) MX2023003371A (zh)
WO (1) WO2022063965A1 (zh)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN117567595A (zh) * 2024-01-17 2024-02-20 恒瑞源正(广州)生物科技有限公司 Mage-a4特异性t细胞受体及其用途

Family Cites Families (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4703004A (en) 1984-01-24 1987-10-27 Immunex Corporation Synthesis of protein with an identification peptide
US4851341A (en) 1986-12-19 1989-07-25 Immunex Corporation Immunoaffinity purification system
JP4317940B2 (ja) 2001-08-31 2009-08-19 イミュノコア・リミテッド 物質
EP2006376A1 (en) 2007-06-21 2008-12-24 Helmholtz Zentrum München Deutsches Forschungszentrum für Gesundheit und Umwelt GmbH Fusion protein comprising a caspase domain and a nuclear hormone receptor binding domain and methods and uses thereof
EA201390011A1 (ru) * 2010-07-28 2013-07-30 Иммьюнокор Лтд. Т-клеточные рецепторы
JP6415322B2 (ja) * 2011-09-15 2018-10-31 アメリカ合衆国 Hla−a1−又はhla−cw7−拘束性mageを認識するt細胞受容体

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN117567595A (zh) * 2024-01-17 2024-02-20 恒瑞源正(广州)生物科技有限公司 Mage-a4特异性t细胞受体及其用途
CN117567595B (zh) * 2024-01-17 2024-05-14 恒瑞源正(广州)生物科技有限公司 Mage-a4特异性t细胞受体及其用途

Also Published As

Publication number Publication date
MX2023003371A (es) 2023-04-26
EP4217379A1 (en) 2023-08-02
AU2021347595A9 (en) 2023-07-13
AU2021347595A1 (en) 2023-05-04
US20230340064A1 (en) 2023-10-26
IL301554A (en) 2023-05-01
JP2023542208A (ja) 2023-10-05
WO2022063965A1 (en) 2022-03-31
BR112023005296A2 (pt) 2023-04-25
KR20230111186A (ko) 2023-07-25
CA3193172A1 (en) 2022-03-31

Similar Documents

Publication Publication Date Title
AU2019225798B2 (en) Nyeso tcr
CN114126716B (zh) Mage a4 t细胞受体
AU2020255249A1 (en) MAGEA1 specific T cell receptors and their use
US20230340064A1 (en) Mage-a3 specific t cell receptors and their use
AU2020309758B2 (en) Magea10 specific T cell receptors and their use
CN111819194B (zh) Nyeso t细胞受体(tcr)
KR20240005865A (ko) Prame 특이적 t 세포 수용체 및 키메라 공동 자극 수용체의 조합
WO2023025779A1 (en) Combination of antigen specific t cell receptors and chimeric co-stimulatory receptors
WO2024041761A1 (en) Combination of ny-eso-1 specific t cell receptors and chimeric co-stimulatory receptors

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination