CN116490620A - 可用于核酸分析的方法和组合物 - Google Patents
可用于核酸分析的方法和组合物 Download PDFInfo
- Publication number
- CN116490620A CN116490620A CN202180073738.9A CN202180073738A CN116490620A CN 116490620 A CN116490620 A CN 116490620A CN 202180073738 A CN202180073738 A CN 202180073738A CN 116490620 A CN116490620 A CN 116490620A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- nucleic acid
- fluorescent
- moiety
- active
- acid probe
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 title claims abstract description 171
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 title claims abstract description 171
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 title claims abstract description 171
- 239000000203 mixture Substances 0.000 title claims abstract description 45
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims description 59
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 title claims description 11
- 108020004711 Nucleic Acid Probes Proteins 0.000 claims abstract description 116
- 239000002853 nucleic acid probe Substances 0.000 claims abstract description 116
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 claims description 67
- 238000004949 mass spectrometry Methods 0.000 claims description 62
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 57
- 238000001506 fluorescence spectroscopy Methods 0.000 claims description 31
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 claims description 29
- 238000002372 labelling Methods 0.000 claims description 21
- 239000003446 ligand Substances 0.000 claims description 20
- 229920002477 rna polymer Polymers 0.000 claims description 17
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims description 16
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 claims description 16
- 108091093037 Peptide nucleic acid Proteins 0.000 claims description 16
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 15
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 15
- 108091070501 miRNA Proteins 0.000 claims description 14
- 150000001412 amines Chemical class 0.000 claims description 12
- 150000003335 secondary amines Chemical class 0.000 claims description 11
- 108020004635 Complementary DNA Proteins 0.000 claims description 10
- 108020004394 Complementary RNA Proteins 0.000 claims description 10
- 108020005196 Mitochondrial DNA Proteins 0.000 claims description 10
- 108020004459 Small interfering RNA Proteins 0.000 claims description 10
- 108020004566 Transfer RNA Proteins 0.000 claims description 10
- 238000010804 cDNA synthesis Methods 0.000 claims description 10
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 claims description 10
- 239000003184 complementary RNA Substances 0.000 claims description 10
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 claims description 10
- 108020004418 ribosomal RNA Proteins 0.000 claims description 10
- 239000004055 small Interfering RNA Substances 0.000 claims description 10
- 238000004811 liquid chromatography Methods 0.000 claims description 9
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 claims description 9
- 125000002924 primary amino group Chemical group [H]N([H])* 0.000 claims description 8
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims description 7
- 238000004191 hydrophobic interaction chromatography Methods 0.000 claims description 7
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 claims description 6
- 238000005251 capillar electrophoresis Methods 0.000 claims description 6
- IQPQWNKOIGAROB-UHFFFAOYSA-N isocyanate group Chemical group [N-]=C=O IQPQWNKOIGAROB-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 6
- 150000003141 primary amines Chemical class 0.000 claims description 6
- 108020004688 Small Nuclear RNA Proteins 0.000 claims description 5
- 102000039471 Small Nuclear RNA Human genes 0.000 claims description 5
- KZNICNPSHKQLFF-UHFFFAOYSA-N dihydromaleimide Natural products O=C1CCC(=O)N1 KZNICNPSHKQLFF-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 5
- 229960002317 succinimide Drugs 0.000 claims description 5
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 4
- 230000003993 interaction Effects 0.000 claims description 3
- 238000004255 ion exchange chromatography Methods 0.000 claims description 3
- 238000004190 ion pair chromatography Methods 0.000 claims description 3
- 238000012434 mixed-mode chromatography Methods 0.000 claims description 3
- 238000004366 reverse phase liquid chromatography Methods 0.000 claims description 3
- 239000002679 microRNA Substances 0.000 claims description 2
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims 1
- 125000000524 functional group Chemical group 0.000 description 15
- 108091023037 Aptamer Proteins 0.000 description 9
- 102000008100 Human Serum Albumin Human genes 0.000 description 5
- 108091006905 Human Serum Albumin Proteins 0.000 description 5
- 238000004587 chromatography analysis Methods 0.000 description 5
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 4
- 102000008946 Fibrinogen Human genes 0.000 description 4
- 108010049003 Fibrinogen Proteins 0.000 description 4
- 229960005156 digoxin Drugs 0.000 description 4
- 229940012952 fibrinogen Drugs 0.000 description 4
- 150000002500 ions Chemical class 0.000 description 4
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 4
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 4
- 241000894007 species Species 0.000 description 4
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 3
- 229940027941 immunoglobulin g Drugs 0.000 description 3
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 3
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 3
- -1 urethane succinimide ester Chemical class 0.000 description 3
- UFBJCMHMOXMLKC-UHFFFAOYSA-N 2,4-dinitrophenol Chemical compound OC1=CC=C([N+]([O-])=O)C=C1[N+]([O-])=O UFBJCMHMOXMLKC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108090001008 Avidin Proteins 0.000 description 2
- LTMHDMANZUZIPE-AMTYYWEZSA-N Digoxin Natural products O([C@H]1[C@H](C)O[C@H](O[C@@H]2C[C@@H]3[C@@](C)([C@@H]4[C@H]([C@]5(O)[C@](C)([C@H](O)C4)[C@H](C4=CC(=O)OC4)CC5)CC3)CC2)C[C@@H]1O)[C@H]1O[C@H](C)[C@@H](O[C@H]2O[C@@H](C)[C@H](O)[C@@H](O)C2)[C@@H](O)C1 LTMHDMANZUZIPE-AMTYYWEZSA-N 0.000 description 2
- 108010090804 Streptavidin Proteins 0.000 description 2
- XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N Urea Chemical compound NC(N)=O XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000003158 alcohol group Chemical group 0.000 description 2
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 description 2
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 description 2
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 description 2
- 239000011616 biotin Substances 0.000 description 2
- 239000004202 carbamide Substances 0.000 description 2
- 125000002843 carboxylic acid group Chemical group 0.000 description 2
- LTMHDMANZUZIPE-PUGKRICDSA-N digoxin Chemical compound C1[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](C)O[C@H]1O[C@@H]1[C@@H](C)O[C@@H](O[C@@H]2[C@H](O[C@@H](O[C@@H]3C[C@@H]4[C@]([C@@H]5[C@H]([C@]6(CC[C@@H]([C@@]6(C)[C@H](O)C5)C=5COC(=O)C=5)O)CC4)(C)CC3)C[C@@H]2O)C)C[C@@H]1O LTMHDMANZUZIPE-PUGKRICDSA-N 0.000 description 2
- LTMHDMANZUZIPE-UHFFFAOYSA-N digoxine Natural products C1C(O)C(O)C(C)OC1OC1C(C)OC(OC2C(OC(OC3CC4C(C5C(C6(CCC(C6(C)C(O)C5)C=5COC(=O)C=5)O)CC4)(C)CC3)CC2O)C)CC1O LTMHDMANZUZIPE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000002330 electrospray ionisation mass spectrometry Methods 0.000 description 2
- 230000002708 enhancing effect Effects 0.000 description 2
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 2
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 2
- 125000003396 thiol group Chemical group [H]S* 0.000 description 2
- 238000001269 time-of-flight mass spectrometry Methods 0.000 description 2
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 2
- 239000003643 water by type Substances 0.000 description 2
- QGKMIGUHVLGJBR-UHFFFAOYSA-M (4z)-1-(3-methylbutyl)-4-[[1-(3-methylbutyl)quinolin-1-ium-4-yl]methylidene]quinoline;iodide Chemical class [I-].C12=CC=CC=C2N(CCC(C)C)C=CC1=CC1=CC=[N+](CCC(C)C)C2=CC=CC=C12 QGKMIGUHVLGJBR-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- LSNNMFCWUKXFEE-UHFFFAOYSA-M Bisulfite Chemical compound OS([O-])=O LSNNMFCWUKXFEE-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 108090000994 Catalytic RNA Proteins 0.000 description 1
- 102000053642 Catalytic RNA Human genes 0.000 description 1
- 241000233866 Fungi Species 0.000 description 1
- 108060003951 Immunoglobulin Proteins 0.000 description 1
- ABLZXFCXXLZCGV-UHFFFAOYSA-N Phosphorous acid Chemical compound OP(O)=O ABLZXFCXXLZCGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000001408 amides Chemical class 0.000 description 1
- 125000005577 anthracene group Chemical group 0.000 description 1
- 125000003118 aryl group Chemical group 0.000 description 1
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 1
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 1
- ZYGHJZDHTFUPRJ-UHFFFAOYSA-N benzo-alpha-pyrone Natural products C1=CC=C2OC(=O)C=CC2=C1 ZYGHJZDHTFUPRJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000013060 biological fluid Substances 0.000 description 1
- 229960000074 biopharmaceutical Drugs 0.000 description 1
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 1
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 1
- 125000000609 carbazolyl group Chemical group C1(=CC=CC=2C3=CC=CC=C3NC12)* 0.000 description 1
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 description 1
- 238000012512 characterization method Methods 0.000 description 1
- 238000013375 chromatographic separation Methods 0.000 description 1
- 229960000956 coumarin Drugs 0.000 description 1
- 235000001671 coumarin Nutrition 0.000 description 1
- 125000000332 coumarinyl group Chemical class O1C(=O)C(=CC2=CC=CC=C12)* 0.000 description 1
- 238000003795 desorption Methods 0.000 description 1
- 239000003480 eluent Substances 0.000 description 1
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 description 1
- 230000005284 excitation Effects 0.000 description 1
- 230000001747 exhibiting effect Effects 0.000 description 1
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 1
- GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N fluorescein Chemical class O1C(=O)C2=CC=CC=C2C21C1=CC=C(O)C=C1OC1=CC(O)=CC=C21 GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 1
- 238000009472 formulation Methods 0.000 description 1
- 125000001072 heteroaryl group Chemical group 0.000 description 1
- 102000018358 immunoglobulin Human genes 0.000 description 1
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 1
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 1
- 244000005700 microbiome Species 0.000 description 1
- 125000001624 naphthyl group Chemical group 0.000 description 1
- 150000004893 oxazines Chemical class 0.000 description 1
- 125000001792 phenanthrenyl group Chemical group C1(=CC=CC=2C3=CC=CC=C3C=CC12)* 0.000 description 1
- 125000001997 phenyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(*)C([H])=C1[H] 0.000 description 1
- UEZVMMHDMIWARA-UHFFFAOYSA-M phosphonate Chemical compound [O-]P(=O)=O UEZVMMHDMIWARA-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 1
- 125000005581 pyrene group Chemical group 0.000 description 1
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 1
- 125000002943 quinolinyl group Chemical group N1=C(C=CC2=CC=CC=C12)* 0.000 description 1
- PYWVYCXTNDRMGF-UHFFFAOYSA-N rhodamine B Chemical class [Cl-].C=12C=CC(=[N+](CC)CC)C=C2OC2=CC(N(CC)CC)=CC=C2C=1C1=CC=CC=C1C(O)=O PYWVYCXTNDRMGF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108091092562 ribozyme Proteins 0.000 description 1
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 1
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 1
- BDHFUVZGWQCTTF-UHFFFAOYSA-M sulfonate Chemical compound [O-]S(=O)=O BDHFUVZGWQCTTF-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 238000004885 tandem mass spectrometry Methods 0.000 description 1
- 150000003512 tertiary amines Chemical class 0.000 description 1
- 238000000870 ultraviolet spectroscopy Methods 0.000 description 1
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6816—Hybridisation assays characterised by the detection means
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6816—Hybridisation assays characterised by the detection means
- C12Q1/6825—Nucleic acid detection involving sensors
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Zoology (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Investigating, Analyzing Materials By Fluorescence Or Luminescence (AREA)
Abstract
本公开涉及包含荧光和/或MS活性核酸探针的组合物，所述荧光和/或MS活性核酸探针包含(a)基于核酸的部分和(b)与所述基于核酸的部分连接的包含荧光团的荧光部分、MS活性部分或者荧光部分和MS活性部分两者。
Description
相关申请的交叉引用
本申请要求于2020年11月6日提交的美国临时专利申请号63/110,668的权益和优先权，该临时专利申请的全部内容据此以引用方式并入。
技术领域
本公开涉及可例如与核酸的处理和/或分析结合使用的组合物和方法。在各种实施方案中，本公开涉及可用于处理和/或分析感兴趣的生物或非生物样品中的核酸的组合物和方法。
背景技术
核酸分析在许多领域都很重要，包括制药、生物制药、临床环境和食品科学等领域。本公开提供了用于核酸分析的方法和组合物，这些方法和组合物是基于荧光、紫外线(UV)和/或质谱(MS)分析的，可能与色谱和/或基于亲和配体的分离/纯化技术联用。通过增强与荧光检测相关的灵敏度、增强与MS分析相关的选择性或两者的组合，本文的方法和组合物为核酸的可靠定量、鉴定和表征提供了潜力。
发明内容
在一些方面，本公开涉及包含荧光和/或MS活性核酸探针的组合物，所述荧光和/或MS活性核酸探针包含(a)基于核酸的部分和(b)与基于核酸的部分连接的包含荧光团的荧光部分、MS活性部分或者荧光部分和MS活性部分两者。因此，在一些实施方案中，荧光和/或MS活性核酸探针包含荧光部分但不包含MS活性部分。在一些实施方案中，荧光和/或MS活性核酸探针包含MS活性部分但不包含荧光部分。在一些实施方案中，荧光和/或MS活性核酸探针包含荧光部分和MS活性部分两者。
在可以与任何上述方面和实施方案结合使用的一些实施方案中，基于核酸的部分包括核酸或核酸衍生物或核酸类似物。例如，基于核酸的部分可包含脱氧核糖核酸(DNA)、核糖核酸(RNA)、肽核酸(PNA)或混合核酸等等。
在可以与任何上述方面和实施方案结合使用的一些实施方案中，荧光和/或MS活性核酸探针还包含亲和配体。
在可以与任何上述方面和实施方案结合使用的一些实施方案中，组合物还包含荧光和/或MS活性杂交部分，其中靶核酸分子与基于核酸的部分杂交。
在可以与任何上述方面和实施方案结合使用的一些实施方案中，组合物包含具有多个基于核酸的部分的多个荧光和/或MS活性核酸探针。
例如，(a)组合物可包含具有第一基于核酸的部分和第二基于核酸的部分的第一荧光和/或MS活性核酸探针和第二荧光和/或MS活性核酸探针，(b)组合物可包含具有第一基于核酸的部分、第二基于核酸的部分和第三基于核酸的部分的第一荧光和/或MS活性核酸探针、第二荧光和/或MS活性核酸探针和第三荧光和/或MS活性核酸探针，(c)组合物可包含具有第一基于核酸的部分、第二基于核酸的部分、第三基于核酸的部分和第四基于核酸的部分的第一荧光和/或MS活性核酸探针、第二荧光和/或MS活性核酸探针、第三荧光和/或MS活性核酸探针和第四荧光和/或MS活性核酸探针，(d)依此类推。在一些实施方案中，(a)组合物可包含第一荧光和/或MS活性杂交部分和第二荧光和/或MS活性杂交部分，(b)组合物可包含第一荧光和/或MS活性杂交部分、第二荧光和/或MS活性杂交部分和第三荧光和/或MS活性杂交部分，(c)组合物可包含第一荧光和/或MS活性杂交部分、第二荧光和/或MS活性杂交部分、第三荧光和/或MS活性杂交部分和第四荧光和/或MS活性杂交部分，(d)依此类推。在这些实施方案中，第一荧光和/或MS活性核酸探针可包含在第一波长下发荧光的第一荧光部分，第二荧光和/或MS活性核酸探针可包含在不同于第一波长的第二波长下发荧光的第二荧光部分，第三荧光和/或MS活性核酸探针可包含在不同于第一波长和第二波长的第三波长下发荧光的第三荧光部分，第四荧光和/或MS活性核酸探针可包含在不同于第一波长、第二波长和第三波长的第四波长下发荧光的第四荧光部分，依此类推。
在其他方面，本公开涉及用于检测含有或怀疑含有靶核酸分子的样品中的靶核酸分子的方法，其中所述方法包括(a)使样品与根据任何上述方面和实施方案的包含荧光和/或MS活性核酸探针的组合物接触，其中在如下条件下使组合物与样品接触，所述条件允许荧光和/或MS活性核酸探针的基于核酸的部分与靶核酸分子杂交并形成含有荧光和/或MS活性杂交部分的经修饰样品；以及(c)使用质谱法、使用荧光光谱法或者使用质谱法和荧光光谱法两者分析含有所述荧光和/或MS活性杂交部分的所述经修饰样品。
在使用质谱法分析含有荧光和/或MS活性杂交部分的经修饰样品的实施方案中，质谱法可在正离子模式下进行并且MS活性部分可为荧光和/或MS活性杂交部分提供增加的正电荷，或者质谱法可在负离子模式下进行并且MS活性部分可为荧光和/或MS活性杂交部分提供增加的负电荷。
在可以与任何上述方面和实施方案结合使用的一些实施方案中，基于核酸的部分含有与靶核酸分子的五个或更多个连续核苷酸的序列互补的五个或更多个连续核苷酸。
在可以与任何上述方面和实施方案结合使用的一些实施方案中，靶核酸分子包括RNA、DNA或混合寡核苷酸。
在可以与任何上述方面和实施方案结合使用的一些实施方案中，靶核酸分子选自互补DNA(cDNA)、线粒体DNA(mDNA)、信使RNA(mRNA)、短干扰RNA(siRNA)、转移RNA(tRNA)、核糖体RNA(rRNA)、微小RNA(miRNA)、小核RNA(snRNA)或互补RNA(cRNA)。
在可以与任何上述方面和实施方案结合使用的一些实施方案中，组合物包含具有多个基于核酸的部分的多个荧光和/或MS活性核酸探针，并且经修饰样品包含多个荧光和/或MS活性杂交部分。
例如，(a)组合物可包含具有第一基于核酸的部分和第二基于核酸的部分的第一荧光和/或MS活性核酸探针和第二荧光和/或MS活性核酸探针，并且经修饰样品可包含第一荧光和/或MS活性杂交部分和第二荧光和/或MS活性杂交部分，(b)组合物可包含具有第一基于核酸的部分、第二基于核酸的部分和第三基于核酸的部分的第一荧光和/或MS活性核酸探针、第二荧光和/或MS活性核酸探针和第三荧光和/或MS活性核酸探针，并且经修饰样品可包含第一荧光和/或MS活性杂交部分、第二荧光和/或MS活性杂交部分、第三荧光和/或MS活性杂交部分和第四荧光和/或MS活性杂交部分，(c)组合物可包含具有第一基于核酸的部分、第二基于核酸的部分、第三基于核酸的部分和第四基于核酸的部分的第一荧光和/或MS活性核酸探针、第二荧光和/或MS活性核酸探针、第三荧光和/或MS活性核酸探针和第四荧光和/或MS活性核酸探针，并且经修饰样品可包含第一荧光和/或MS活性杂交部分、第二荧光和/或MS活性杂交部分、第三荧光和/或MS活性杂交部分和第四荧光和/或MS活性杂交部分，(d)依此类推。在这些实施方案中，第一荧光和/或MS活性核酸探针可包含在第一波长下发荧光的第一荧光部分，第二荧光和/或MS活性核酸探针可包含在不同于第一波长的第二波长下发荧光的第二荧光部分，第三荧光和/或MS活性核酸探针可包含在不同于第一波长和第二波长的第三波长下发荧光的第三荧光部分，第四荧光和/或MS活性核酸探针可包含在不同于第一波长、第二波长和第三波长的第四波长下发荧光的第四荧光部分，依此类推。
在可以与任何上述方面和实施方案结合使用的一些实施方案中，荧光和/或MS活性核酸探针还可包含亲和配体，并且该方法还可包括使经修饰样品与具有包含与亲和配体相互作用的结合表面物质的表面的基质接触，使得杂交部分被基质捕获。
在可以与任何上述方面和实施方案结合使用的一些实施方案中，该方法包括在使用质谱法、使用荧光光谱法或者使用质谱法和荧光光谱法两者分析经修饰样品之前对经修饰样品进行液相色谱，从而分离荧光和/或MS活性杂交部分。例如，液相色谱方法可选自反相色谱、混合模式色谱、离子对色谱、离子交换色谱、亲水相互作用液相色谱(HILIC)、疏水相互作用色谱(HIC)和毛细管电泳(CE)等。
在其他方面，本公开涉及用于检测含有或怀疑含有靶核酸分子的样品中的靶核酸分子的方法，其中该方法包括(a)在允许含官能团核酸探针的基于核酸的部分与靶核酸分子杂交并形成含有杂交部分的样品的条件下，使样品与含官能团核酸探针接触，所述含官能团核酸探针包含基于核酸的部分和官能团，诸如伯胺或仲胺、羧酸基团、硫醇基团或醇基团；(b)使含有杂交部分的样品与荧光和/或MS活性标记化合物接触，从而形成含有荧光和/或MS活性杂交部分的经修饰样品，所述荧光和/或MS活性标记化合物包含(i)包含荧光团的荧光部分、MS活性部分或者包含荧光团的荧光部分和MS活性部分两者，以及(ii)与含官能团核酸探针的官能团反应的反应性部分；以及(c)使用质谱法、使用荧光光谱法或者使用质谱法和荧光光谱法两者分析含有所述荧光和/或MS活性杂交部分的所述样品。
在可以与任何上述方面和实施方案结合使用的一些实施方案中，靶核酸分子包括RNA、DNA或混合寡核苷酸。
在可以与任何上述方面和实施方案结合使用的一些实施方案中，靶核酸分子选自互补DNA(cDNA)、线粒体DNA(mDNA)、信使RNA(mRNA)、短干扰RNA(siRNA)、转移RNA(tRNA)、核糖体RNA(rRNA)、微小RNA(miRNA)、小核RNA(snRNA)或互补RNA(cRNA)。
在可以与任何上述方面和实施方案结合使用的一些实施方案中，含官能团核酸探针含有与靶核酸分子的五个或更多个连续核苷酸的序列互补的五个或更多个连续核苷酸。
在可以与任何上述方面和实施方案结合使用的一些实施方案中，含官能团核酸探针包含PNA。
在可以与任何上述方面和实施方案结合使用的一些实施方案中，反应性部分选自氨基甲酸琥珀酰亚胺酯基团、琥珀酰亚胺酯基团或异氰酸酯基团。
在可以与任何上述方面和实施方案结合使用的一些实施方案中，荧光和/或MS活性标记化合物包含荧光部分和MS活性部分两者，并且使用质谱法和荧光光谱法两者分析含有荧光和/或MS活性杂交部分的样品。
在可以与任何上述方面和实施方案结合使用的一些实施方案中，荧光和/或MS活性标记化合物选自
在可以与任何上述方面和实施方案结合使用的一些实施方案中，荧光和/或MS活性标记化合物还包含亲和配体，并且该方法还包括使含有荧光和/或MS活性杂交部分的样品与包含与亲和配体相互作用的结合表面物质的基质接触，使得荧光和/或MS活性标记化合物被基质捕获。
在可以与任何上述方面和实施方案结合使用的一些实施方案中，该方法还包括在使用质谱法、使用荧光光谱法或使用质谱法和荧光光谱法两者进行分析之前对含有荧光和/或MS活性杂交部分的样品进行液相色谱，从而分离荧光和/或MS活性杂交部分。
在其他方面，本公开涉及制备荧光和/或MS活性核酸探针的方法，该方法包括使(a)包含基于核酸的部分和伯胺或仲胺的含官能团核酸与(b)荧光和/或MS活性标记化合物反应，从而形成荧光和/或MS活性核酸探针，该荧光和/或MS活性标记化合物包含(i)包含荧光团的荧光部分、MS活性部分或包含荧光团的荧光部分和MS活性部分两者，以及(ii)与含官能团核酸探针的官能团反应的反应性部分。
在可以与任何上述方面和实施方案结合使用的一些实施方案中，基于核酸的部分包括肽核酸(PNA)。
在可以与任何上述方面和实施方案结合使用的一些实施方案中，反应性部分选自氨基甲酸琥珀酰亚胺酯基团、琥珀酰亚胺酯基团或异氰酸酯基团。
在可以与任何上述方面和实施方案结合使用的一些实施方案中，荧光和/或MS活性标记化合物包含荧光部分和MS活性部分两者。
在可以与任何上述方面和实施方案结合使用的一些实施方案中，反应性化合物包含
在其他方面，本公开涉及试剂盒，这些试剂盒包括(1)第一荧光和/或MS活性核酸探针，该第一荧光和/或MS活性核酸探针包含(a)第一基于核酸的部分和(b)与第一基于核酸的部分连接的包含荧光团的荧光部分、MS活性部分或荧光部分和MS活性部分两者，以及(2)第二荧光和/或MS活性核酸探针，该第二荧光和/或MS活性核酸探针包含(a)第二基于核酸的部分和(b)与第二基于核酸的部分连接的包含荧光团的荧光部分、MS活性部分或者荧光部分和MS活性部分两者。
在一些实施方案中，这些试剂盒可包括第三荧光和/或MS活性核酸探针，该第三荧光和/或MS活性核酸探针包含(a)第三基于核酸的部分和(b)与第三基于核酸的部分连接的包含荧光团的荧光部分、MS活性部分或者荧光部分和MS活性部分两者，依此类推。
在可以与任何上述方面和实施方案结合使用的一些实施方案中，荧光和/或MS活性核酸探针包含荧光部分。
在可以与任何上述方面和实施方案结合使用的一些实施方案中，荧光和/或MS活性核酸探针包含MS活性部分。
在可以与任何上述方面和实施方案结合使用的一些实施方案中，荧光和/或MS活性核酸探针包含荧光部分和MS活性部分两者。
在可以与任何上述方面和实施方案结合使用的一些实施方案中，基于核酸的部分是核酸、核酸衍生物或核酸类似物。
在可以与任何上述方面和实施方案结合使用的一些实施方案中，基于核酸的部分包括脱氧核糖核酸(DNA)、核糖核酸(RNA)、肽核酸(PNA)或混合核酸。
在可以与任何上述方面和实施方案结合使用的一些实施方案中，荧光和/或MS活性核酸探针还包含亲和配体。
在可以与任何上述方面和实施方案结合使用的一些实施方案中，第一荧光和/或MS活性核酸探针包含在第一波长下发荧光的第一荧光部分，第二荧光和/或MS活性核酸探针包含在不同于第一波长的第二波长下发荧光的第二荧光部分，第三荧光和/或MS活性核酸探针(如果存在)包含在不同于第一和第二波长的第三波长下发荧光的第三荧光部分，依此类推。
应注意，在本文所述的任何方面和实施方案中，荧光部分可被UV吸收部分替代，并且可使用UV光谱法分析UV吸收部分。
具体实施方式
在多个方面，本公开涉及用于检测含有或怀疑含有一种或多种靶核酸分子的样品中的一种或多种靶核酸分子的组合物和方法。
在一些实施方案中，本公开涉及荧光和/或MS活性核酸探针，所述荧光和/或MS活性核酸探针包含(i)基于核酸的部分，该基于核酸的部分与(ii)包含荧光团的荧光部分、MS活性部分或连接的包含荧光团的荧光部分和MS活性部分两者连接。
在一些实施方案中，本公开涉及使用此类荧光和/或MS活性核酸探针来检测含有或怀疑含有一种或多种靶核酸分子的样品中的一种或多种靶核酸分子的方法。这些方法包括：(a)在允许一种或多种荧光和/或MS活性核酸探针的基于核酸的部分与一种或多种靶核酸分子杂交并形成含有一种或多种荧光和/或MS活性杂交部分的样品的条件下，使样品与此类荧光和/或MS活性核酸探针中的一种或多种接触；以及(b)使用质谱法、使用荧光光谱法或使用质谱法和荧光光谱法两者分析含有一种或多种荧光和/或MS活性杂交部分的样品。
在一些实施方案中，本公开涉及用于检测含有或怀疑含有一种或多种靶核酸分子的样品中的一种或多种靶核酸分子的方法。这些方法包括：(a)在允许一种或多种含官能团核酸探针的基于核酸的部分与一种或多种靶核酸分子杂交并形成含有一种或多种杂交部分的样品的条件下，使样品与一种或多种含官能团核酸探针接触，这些含官能团核酸探针包含基于核酸的部分和官能团，诸如伯胺或仲胺、羧酸基团、硫醇基团或醇基团等；(b)使杂交部分与荧光和/或MS活性标记化合物接触，从而形成含有一种或多种荧光和/或MS活性杂交部分的样品，该荧光和/或MS活性标记化合物包含(i)包含荧光团的荧光部分、MS活性部分或包含荧光团的荧光部分和MS活性部分两者，以及(ii)与一种或多种含官能团核酸探针的官能团反应的反应性部分，以及(c)使用质谱法、使用荧光光谱法或使用质谱法和荧光光谱法两者分析含有一种或多种荧光和/或MS活性杂交部分的样品。
可以使用上述方法进行分析的潜在样品包括各种生物和非生物样品，包括生物流体诸如血浆、血清、全血、口腔流体和尿液、动物组织、植物组织、真菌、微生物、细胞培养物、制剂、合成工艺产品、某些食物和环境样品等。
任何合适的基于核酸的部分可用于上述荧光和/或MS活性核酸探针或上述含胺核酸探针中。在特定实施方案中，基于核酸的部分是脱氧核糖核酸(DNA)、核糖核酸(RNA)、肽核酸(PNA)、核酸类似物或混合核酸。在各种实施方案中，基于核酸的部分含有与靶核酸分子的五个或更多个核苷酸(例如，靶核酸分子的至多100个核苷酸)的序列互补的五个或更多个连续核苷酸。因此，基于核酸的部分含有可分别与5至10至25至50至75至100个核苷酸范围内的靶核酸分子的序列互补的5至10至25至50至75至100个连续核苷酸。
可使用本文所述的方法分析任何靶核酸分子，包括RNA靶核酸分子、DNA靶核酸分子、混合寡核苷酸靶核酸分子。此类靶核酸分子的具体示例包括互补DNA(cDNA)、线粒体DNA(mDNA)、信使RNA(mRNA)、短干扰RNA(siRNA)、转移RNA(tRNA)、核糖体RNA(rRNA)、微小RNA(miRNA)、小核RNA(snRNA)、互补RNA(cRNA)和核酶等。
任何合适的荧光部分或任何合适的多个荧光部分(例如，具有第一发射最大值的第一荧光部分、具有不同于第一发射最大值的第二发射最大值的第二荧光部分、具有不同于第一发射最大值和第二发射最大值的第三发射最大值的第三荧光部分等)可以用于上述荧光和/或MS活性核酸探针或上述荧光和/或MS活性标记化合物中。荧光部分包括美国专利公布号2014/0242709、美国专利公布号2014/0350263、美国专利公布号2016/0139136、美国专利号10,436,790、美国专利号10,416,166中描述的那些荧光部分，这些专利的公开内容以引用方式并入。特别有益的荧光部分包括包含取代和未取代的芳族和杂芳族基团(诸如取代或未取代的苯基基团、萘基团、喹啉基团、取代或未取代的香豆素家族基团、取代或未取代的罗丹明家族基团、取代或未取代的噁嗪家族基团、取代或未取代的碳卡比宁家族基团、取代或未取代的蒽基团、取代或未取代的菲基团、取代或未取代的芘基团、取代或未取代的花青家族基团、取代或未取代的荧光素家族基团或者取代或未取代的咔唑基团等)的那些。
在一些实施方案中，可使用两种或更多种荧光核酸探针(其也可以是MS活性的)，它们各自具有在不同波长下发荧光的不同荧光部分和用于与不同靶核酸分子结合的不同基于核酸的部分。例如，可使用以下中的两种或更多种：(a)第一荧光核酸探针(其也可以是MS活性的)，该第一荧光核酸探针具有在第一波长下发荧光的第一荧光部分和用于与第一靶核酸分子结合的第一基于核酸的部分，(b)第二荧光核酸探针(其也可以是MS活性的)，该第二荧光核酸探针具有在不同于第一波长的第二波长下发荧光的第二荧光部分和用于与不同于第一靶核酸分子的第二靶核酸分子结合的不同于第一基于核酸的部分的第二基于核酸的部分，(c)第三荧光核酸探针(其也可以是MS活性的)，该第三荧光核酸探针具有在不同于第一波长和第二波长的第三波长下发荧光的第三荧光部分和用于与不同于第一靶核酸分子和第二靶核酸分子的第三靶核酸分子结合的不同于第一基于核酸的部分和第二基于核酸的部分的第三基于核酸的部分，(d)第四荧光核酸探针(其也可以是MS活性的)，所述第四荧光核酸探针具有在不同于第一波长、第二波长和第三波长的第四波长下发荧光的第四荧光部分和用于与不同于第一靶核酸分子、第二靶核酸分子和第三靶核酸分子的第四靶核酸分子结合的不同于第一基于核酸的部分、第二基于核酸的部分和第三基于核酸的部分的第四基于核酸的部分，(e)依此类推。
任何合适的MS活性部分可以用于上述荧光和/或MS活性核酸探针和上述荧光和/或MS活性标记化合物中。MS活性部分包括美国专利公布号2014/0242709、美国专利公布号2014/0350263、美国专利公布号2016/0139136、美国专利号10,436,790和美国专利号10,416,166中描述的那些荧光部分。特别有益的MS活性部分包括包含含胺部分(包括含叔胺部分)、含膦酸或含膦酸酯部分以及含磺酸或含磺酸酯部分等的那些。在一些实施方案中，MS活性部分在质谱分析期间提供了增加的正电荷(这对于例如与正离子模式质谱结合是有用的)。在一些实施方案中，MS活性部分在质谱分析期间提供了增加的负电荷(这对于例如与负离子模式质谱结合是有用的)。
与伯胺或仲胺反应的任何反应性部分可以与上述荧光和/或MS活性标记化合物一起使用。反应性部分包括美国专利公布号2014/0242709、美国专利公布号2014/0350263、美国专利公布号2016/0139136、美国专利号10,436,790和美国专利号10,416,166中描述的那些反应性部分。特别有益的反应性部分包括氨基甲酸琥珀酰亚胺酯基团、琥珀酰亚胺酯基团或异氰酸酯基团等。此类反应性部分可以例如与含胺核酸探针的一种或多种伯胺或仲胺反应，从而形成荧光和/或MS活性核酸探针。氨基甲酸琥珀酰亚胺酯基团例如与伯胺反应以形成脲键，琥珀酰亚胺酯基团例如与伯胺反应以形成酰胺键，并且异氰酸酯基团例如与伯胺反应以形成脲键氨基甲酸琥珀酰亚胺酯。
用于本公开的特定标记化合物包括AccQ-FluorTM，一种可从Waters Corporation获得的荧光标记化合物；/> 一种可从Waters Corporation获得的荧光和MS活性标记化合物；InstantPCTM，/>一种可从ProZyme,Inc.获得的荧光和MS活性标记化合物；或者/>一种荧光和MS活性标记化合物。
本公开的其他方面涉及制备荧光和/或MS活性核酸探针的方法。这些方法包括使(a)包含基于核酸的部分和伯胺或仲胺的含胺核酸与(b)荧光和/或MS活性标记化合物反应，从而形成荧光和/或MS活性核酸探针，所述荧光和/或MS活性标记化合物包含(i)包含荧光团的荧光部分、MS活性部分或包含荧光团的荧光部分和MS活性部分两者，以及(ii)与一种或多种含胺核酸探针的伯胺或仲胺反应的反应性部分。例如，含胺核酸和荧光和/或MS活性标记化合物可选自上述那些。
在一些实施方案中，本文所述的荧光和/或MS活性核酸探针或本文所述的荧光和/或MS活性标记化合物还将包含与给定的靶蛋白(例如，抗生物素蛋白、链霉抗生物素蛋白、抗地高辛抗体、抗二硝基苯酚抗体、HSA、IgG、纤维蛋白原等)结合的亲和配体或适体(例如，生物素、地高辛、二硝基苯酚、人血清白蛋白(HSA)适体、免疫球蛋白G(IgG)Fc适体、纤维蛋白原适体等)。在此类情况下，所得的荧光和/或MS活性杂交部分将含有亲和配体或适体(例如，生物素、地高辛、二硝基苯酚、HSA适体、免疫球蛋白IgG适体、纤维蛋白原适体等)，从而允许荧光和/或MS活性杂交部分被具有包含与亲和配体相互作用的结合表面物质(例如，与亲和配体相互作用的结合靶蛋白(例如，抗生物素蛋白、链霉抗生物素蛋白、抗地高辛抗体、抗二硝基苯酚抗体、HSA、IgG、纤维蛋白原等))的表面的固体基质(例如，珠、板等)捕获。
在上述方法中，一旦形成，就可以使用质谱法、使用荧光光谱法或使用质谱法和荧光光谱法两者来分析荧光和/或MS活性杂交部分。
在进行此类分析之前，如果需要，可以使含有一种或多种荧光和/或MS活性杂交部分的样品经受一种或多种合适的分离技术。
例如，可以使用一种或多种合适的色谱技术来分离含有一种或多种荧光和/或MS活性杂交部分的样品，从而在检测杂交部分之前纯化这些交部分。
合适的色谱技术的示例包括液相色谱技术，诸如反相色谱、混合模式色谱、离子对色谱、离子交换色谱、亲水相互作用液相色谱(HILIC)、疏水相互作用色谱(HIC)、和毛细管电泳(CE)。
作为另一个示例，在其中所得的荧光和/或MS活性杂交部分含有亲和配体或适体的实施方案中，可以将含有一种或多种荧光和/或MS活性杂交部分的样品固定在如上所述的固体基质上，该固体基质具有包含与亲和配体相互作用的结合表面物质的表面。随后，可从固体基质中释放荧光和/或MS活性杂交部分以供进一步分离或分析。
在对含有一种或多种荧光和/或MS活性杂交部分的样品进行任何期望的分离技术(例如，色谱、亲和分离等)之后，可以使用质谱法、使用荧光光谱法或使用质谱法和荧光光谱法两者来分析样品中的一种或多种荧光和/或MS活性杂交部分。例如，可使用质谱法、使用荧光光谱法或使用质谱法和荧光光谱法两者来分析来自色谱分离过程的洗脱剂料流。
在一种或多种杂交部分同时具有荧光和/或MS活性的情况下，可以采用这样的系统：其中在检测到荧光信号时，可以将显示荧光信号的样品部分分流到质谱仪进行MS分析。
如上所述，在一些实施方案中，可使用两种或更多种荧光核酸探针(其也可以是MS活性的)，它们各自具有在不同波长下发荧光的不同荧光部分和用于与不同靶核酸分子结合的不同基于核酸的部分。在此类实施方案中，可以将在特定波长下显示荧光的样本部分分别分流到质谱仪进行MS分析。
可采用的质谱法的示例包括串联质谱法(MS/MS)、电喷雾电离质谱法(ESI-MS)、基质辅助激光解吸/电离质谱法(MALDI-MS)和飞行时间质谱法(TOFMS)等。荧光光谱法的示例包括例如使用滤光器隔离入射光(来自激发源)和荧光(来自样品)的滤光荧光计以及使用衍射光栅单色器隔离入射光和荧光的分光荧光计。
Claims (49)
1.一种组合物，所述组合物包含荧光和/或MS活性核酸探针，所述荧光和/或MS活性核酸探针包含(a)基于核酸的部分和(b)与所述基于核酸的部分连接的包含荧光团的荧光部分、MS活性部分或者荧光部分和MS活性部分两者。
2.根据权利要求1所述的组合物，其中所述荧光和/或MS活性核酸探针包含所述荧光部分。
3.根据权利要求1所述的组合物，其中所述荧光和/或MS活性核酸探针包含所述MS活性部分。
4.根据权利要求1所述的组合物，其中所述荧光和/或MS活性核酸探针包含所述荧光部分和所述MS活性部分两者。
5.根据权利要求1-4中任一项所述的组合物，其中所述基于核酸的部分包括核酸、核酸衍生物或核酸类似物。
6.根据权利要求1-4中任一项所述的组合物，其中所述基于核酸的部分包含脱氧核糖核酸(DNA)、核糖核酸(RNA)、肽核酸(PNA)或混合核酸。
7.根据权利要求1-6中任一项所述的组合物，其中所述荧光和/或MS活性核酸探针还包含亲和配体。
8.根据权利要求1-7中任一项所述的组合物，其中所述组合物包含具有第一基于核酸的部分和第二基于核酸的部分的第一荧光和/或MS活性核酸探针和第二荧光和/或MS活性核酸探针。
9.根据权利要求8所述的组合物，其中所述第一荧光和/或MS活性核酸探针包含在第一波长下发荧光的第一荧光部分，并且其中所述第二荧光和/或MS活性核酸探针包含在不同于所述第一波长的第二波长下发荧光的第二荧光部分。
10.根据权利要求1-7中任一项所述的组合物，所述组合物还包含与所述基于核酸的部分杂交的靶核酸分子。
11.根据权利要求10所述的组合物，其中所述基于核酸的部分含有与所述靶核酸分子的五个或更多个连续核苷酸的序列互补的五个或更多个连续核苷酸。
12.根据权利要求10或权利要求11所述的组合物，其中所述靶核酸分子包括RNA、DNA、核酸类似物或混合寡核苷酸。
13.根据权利要求10或权利要求11所述的组合物，其中所述靶核酸分子选自互补DNA(cDNA)、线粒体DNA(mDNA)、信使RNA(mRNA)、短干扰RNA(siRNA)、转移RNA(tRNA)、核糖体RNA(rRNA)、微小RNA(miRNA)、小核RNA(snRNA)或互补RNA(cRNA)。
14.根据权利要求9-13中任一项所述的组合物，其中所述组合物包含具有第一基于核酸的部分和第二基于核酸的部分的第一荧光和/或MS活性核酸探针和第二荧光和/或MS活性核酸探针，并且其中所述组合物包含与所述第一基于核酸的部分和第二基于核酸的部分杂交的第一靶核酸分子和第二靶核酸分子。
15.根据权利要求14所述的组合物，其中所述第一荧光和/或MS活性核酸探针包含在第一波长下发荧光的第一荧光部分，并且其中所述第二荧光和/或MS活性核酸探针包含在不同于所述第一波长的第二波长下发荧光的第二荧光部分。
16.一种用于检测含有或怀疑含有靶核酸分子的样品中的所述靶核酸分子的方法，所述方法包括：(a)使所述样品与根据权利要求1-7中任一项所述的包含荧光和/或MS活性核酸探针的组合物接触，其中在允许所述荧光和/或MS活性核酸探针的所述基于核酸的部分与所述靶核酸分子杂交并形成含有荧光和/或MS活性杂交部分的经修饰样品的条件下，使所述组合物与所述样品接触；以及(c)使用质谱法、使用荧光光谱法或者使用质谱法和荧光光谱法两者分析含有所述荧光和/或MS活性杂交部分的所述经修饰样品。
17.根据权利要求16所述的方法，其中所述基于核酸的部分含有与所述靶核酸分子的五个或更多个连续核苷酸的序列互补的五个或更多个连续核苷酸。
18.根据权利要求16或权利要求17所述的方法，其中所述靶核酸分子包括RNA、DNA或混合寡核苷酸。
19.根据权利要求16或权利要求17所述的方法，其中所述靶核酸分子选自互补DNA(cDNA)、线粒体DNA(mDNA)、信使RNA(mRNA)、短干扰RNA(siRNA)、转移RNA(tRNA)、核糖体RNA(rRNA)、微小RNA(miRNA)、小核RNA(snRNA)或互补RNA(cRNA)。
20.根据权利要求16-19中任一项所述的方法，其中所述组合物包含具有第一基于核酸的部分和第二基于核酸的部分的第一荧光和/或MS活性核酸探针和第二荧光和/或MS活性核酸探针，并且其中所述经修饰样品包含第一荧光和/或MS活性杂交部分和第二荧光和/或MS活性杂交部分。
21.根据权利要求20所述的方法，其中所述第一荧光和/或MS活性核酸探针包含在第一波长下发荧光的第一荧光部分，并且其中所述第二荧光和/或MS活性核酸探针包含在不同于所述第一波长的第二波长下发荧光的第二荧光部分，并且其中使用荧光光谱法分析所述经修饰样品。
22.根据权利要求21所述的方法，其中所述第一荧光和/或MS活性核酸探针包含第一MS活性部分，其中所述第二荧光和/或MS活性核酸探针包含第二MS活性部分，并且其中使用质谱法和荧光光谱法两者来分析所述经修饰样品。
23.根据权利要求16-22中任一项所述的方法，其中所述质谱法在正离子模式下进行并且所述MS活性部分为所述荧光和/或MS活性杂交部分提供增加的正电荷，或者其中所述质谱法在负离子模式下进行并且所述MS活性部分为所述荧光和/或MS活性杂交部分提供增加的负电荷。
24.根据权利要求16-23中任一项所述的方法，其中所述荧光和/或MS活性核酸探针还包含亲和配体，并且其中所述方法还包括使所述经修饰样品与具有表面的基质接触，使得所述杂交部分被所述基质捕获，所述表面包含与所述亲和配体相互作用的结合表面物质。
25.根据权利要求16-24中任一项所述的方法，所述方法还包括在使用质谱法、使用荧光光谱法或使用质谱法和荧光光谱法两者分析所述经修饰样品之前对所述经修饰样品进行液相色谱，从而分离所述荧光和/或MS活性杂交部分。
26.根据权利要求25所述的方法，其中所述液相色谱方法选自反相色谱、混合模式色谱、离子对色谱、离子交换色谱、亲水相互作用液相色谱(HILIC)、疏水相互作用色谱(HIC)、和毛细管电泳(CE)。
27.一种用于检测含有或怀疑含有靶核酸分子的样品中的所述靶核酸分子的方法，所述方法包括：(a)在允许包含基于核酸的部分和伯胺或仲胺的含胺核酸探针的所述基于核酸的部分与所述靶核酸分子杂交并形成含有杂交部分的样品的条件下，使所述样品与所述含胺核酸探针接触；(b)使含有所述杂交部分的所述样品与荧光和/或MS活性标记化合物接触，从而形成含有荧光和/或MS活性杂交部分的经修饰样品，所述荧光和/或MS活性标记化合物包含(i)包含荧光团的荧光部分、MS活性部分或包含荧光团的荧光部分和MS活性部分两者，以及(ii)与所述含胺核酸探针的所述伯胺或仲胺反应的反应性部分；以及(c)使用质谱法、使用荧光光谱法或者使用质谱法和荧光光谱法两者分析含有所述荧光和/或MS活性杂交部分的所述样品。
28.根据权利要求27所述的方法，其中所述靶核酸分子包括RNA、DNA或混合寡核苷酸。
29.根据权利要求27或28所述的方法，其中所述含胺核酸探针含有与所述靶核酸分子的五个或更多个连续核苷酸的序列互补的五个或更多个连续核苷酸。
30.根据权利要求27-29中任一项所述的方法，其中所述含胺核酸探针包含PNA。
31.根据权利要求27-29中任一项所述的方法，其中所述反应性部分选自氨基甲酸琥珀酰亚胺酯基团、琥珀酰亚胺酯基团或异氰酸酯基团。
32.根据权利要求27-31中任一项所述的方法，其中所述荧光和/或MS活性标记化合物包含所述荧光部分和所述MS活性部分两者，并且其中使用质谱法和荧光光谱法两者来分析含有所述荧光和/或MS活性杂交部分的所述样品。
33.根据权利要求27-32中任一项所述的方法，其中所述荧光和/或MS活性标记化合物选自
34.根据权利要求27-33中任一项所述的方法，其中所述荧光和/或MS活性标记化合物还包含亲和配体，并且其中所述方法还包括使含有所述荧光和/或MS活性杂交部分的所述样品与包含与所述亲和配体相互作用的结合表面物质的基质接触，使得所述荧光和/或MS活性标记化合物被所述基质捕获。
35.根据权利要求27-34中任一项所述的方法，所述方法还包括在使用质谱法、使用荧光光谱法或使用质谱法和荧光光谱法两者进行分析之前对含有所述荧光和/或MS活性杂交部分的所述样品进行液相色谱，从而分离所述荧光和/或MS活性杂交部分。
36.一种制备荧光和/或MS活性核酸探针的方法，所述方法包括使(a)包含基于核酸的部分和伯胺或仲胺的含胺核酸与(b)荧光和/或MS活性标记化合物反应，从而形成所述荧光和/或MS活性核酸探针，所述荧光和/或MS活性标记化合物包含(i)包含荧光团的荧光部分、MS活性部分或包含荧光团的荧光部分和MS活性部分两者，以及(ii)与所述含胺核酸探针的所述伯胺或仲胺反应的反应性部分。
37.根据权利要求36所述的方法，其中所述基于核酸的部分包含肽核酸(PNA)。
38.根据权利要求36-37中任一项所述的方法，其中所述反应性部分选自氨基甲酸琥珀酰亚胺酯基团、琥珀酰亚胺酯基团或异氰酸酯基团。
39.根据权利要求36-38中任一项所述的方法，其中所述荧光和/或MS活性标记化合物包含所述荧光部分和所述MS活性部分两者。
40.根据权利要求36-39中任一项所述的方法，其中所述反应性化合物包括
41.根据权利要求36至39中任一项所述的方法，其中所述反应性化合物还包含亲和配体。
42.一种试剂盒，所述试剂盒包括(1)第一荧光和/或MS活性核酸探针，所述第一荧光和/或MS活性核酸探针包含(a)第一基于核酸的部分和(b)与所述第一基于核酸的部分连接的包含荧光团的荧光部分、MS活性部分或荧光部分和MS活性部分两者，以及(2)第二荧光和/或MS活性核酸探针，所述第二荧光和/或MS活性核酸探针包含(a)第二基于核酸的部分和(b)与所述第二基于核酸的部分连接的包含荧光团的荧光部分、MS活性部分或者荧光部分和MS活性部分两者。
43.根据权利要求42所述的试剂盒，其中所述第一荧光和/或MS活性核酸探针和第二荧光和/或MS活性核酸探针包含所述荧光部分。
44.根据权利要求42所述的试剂盒，其中所述第一荧光和/或MS活性核酸探针和第二荧光和/或MS活性核酸探针包含所述MS活性部分。
45.根据权利要求42所述的试剂盒，其中所述第一荧光和/或MS活性核酸探针和第二荧光和/或MS活性核酸探针包含所述荧光部分和所述MS活性部分两者。
46.根据权利要求42-45中任一项所述的试剂盒，其中所述第一基于核酸的部分和第二基于核酸的部分各自包括核酸或核酸衍生物或核酸类似物。
47.根据权利要求42-45中任一项所述的试剂盒，其中所述第一基于核酸的部分和第二基于核酸的部分各自包括脱氧核糖核酸(DNA)、核糖核酸(RNA)、肽核酸(PNA)或混合核酸。
48.根据权利要求42-46中任一项所述的试剂盒，其中所述第一荧光和/或MS活性核酸探针和第二荧光和/或MS活性核酸探针还包含亲和配体。
49.根据权利要求42-48中任一项所述的试剂盒，其中所述第一荧光和/或MS活性核酸探针包含在第一波长下发荧光的第一荧光部分，并且其中所述第二荧光和/或MS活性核酸探针包含在不同于所述第一波长的第二波长下发荧光的第二荧光部分。
Applications Claiming Priority (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US202063110668P | 2020-11-06 | 2020-11-06 | |
| US63/110668 | 2020-11-06 | ||
| PCT/US2021/057982 WO2022098819A1 (en) | 2020-11-06 | 2021-11-04 | Methods and compositions useful for nucleic acid analysis |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN116490620A true CN116490620A (zh) | 2023-07-25 |
Family
ID=78806709
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN202180073738.9A Pending CN116490620A (zh) | 2020-11-06 | 2021-11-04 | 可用于核酸分析的方法和组合物 |
Country Status (4)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US20220145389A1 (zh) |
| EP (1) | EP4240872A1 (zh) |
| CN (1) | CN116490620A (zh) |
| WO (1) | WO2022098819A1 (zh) |
Family Cites Families (8)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| DE69836013T2 (de) * | 1997-01-15 | 2007-05-24 | Xzillion Gmbh & Co. Kg | Massenmarkierte hybridisierungssonden |
| US7473767B2 (en) * | 2001-07-03 | 2009-01-06 | The Institute For Systems Biology | Methods for detection and quantification of analytes in complex mixtures |
| GB0518585D0 (en) * | 2005-09-12 | 2005-10-19 | Electrophoretics Ltd | Mass labels |
| EP3133170B1 (en) * | 2008-09-10 | 2020-03-18 | Rutgers, the State University of New Jersey | Imaging individual mrna molecules using multiple singly labeled probes |
| US10436790B2 (en) | 2011-09-28 | 2019-10-08 | Waters Technologies Corporation | Rapid fluorescence tagging of glycans and other biomolecules with enhanced MS signals |
| CN108947885A (zh) | 2011-09-28 | 2018-12-07 | 沃特世科技公司 | 具有增强的ms信号的聚糖和其它生物分子的快速荧光标记 |
| US11352325B2 (en) | 2011-09-28 | 2022-06-07 | Waters Technologies Corporation | Rapid fluorescence tagging of glycans and other biomolecules with enhanced MS signals |
| CN111218501A (zh) * | 2020-03-05 | 2020-06-02 | 新羿制造科技（北京）有限公司 | 基于双荧光探针的多重数字pcr的核酸定量检测试剂盒 |
-
2021
- 2021-11-04 EP EP21815811.1A patent/EP4240872A1/en active Pending
- 2021-11-04 CN CN202180073738.9A patent/CN116490620A/zh active Pending
- 2021-11-04 US US17/518,704 patent/US20220145389A1/en active Pending
- 2021-11-04 WO PCT/US2021/057982 patent/WO2022098819A1/en active Application Filing
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| EP4240872A1 (en) | 2023-09-13 |
| WO2022098819A1 (en) | 2022-05-12 |
| US20220145389A1 (en) | 2022-05-12 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| EP2808399B1 (en) | Soluble analyte detection and amplification | |
| EP2099928B1 (en) | Two-stage nucleic acid amplification using an amplification oligomer | |
| US6514751B2 (en) | Linear microarrays | |
| KR101575457B1 (ko) | 이종 dna 바코딩 방법 | |
| US20100047790A1 (en) | Sample analyser | |
| US20080146791A1 (en) | Microfluidic extraction method | |
| US20100279322A1 (en) | Direct detection of intracellular fluorescently tagged cells in solution | |
| US20170101665A1 (en) | Nucleic Acid Amplification With Integrated Multiplex Detection | |
| EP2735618B1 (en) | Nucleic acid analysis method | |
| US20040191859A1 (en) | Fluorescent virus probes for identification of bacteria | |
| US20210095333A1 (en) | Quantification of molecules using nucleic acid strand displacement detection | |
| US6620586B2 (en) | Methods and compositions for analyzing nucleic acids | |
| CN116490620A (zh) | 可用于核酸分析的方法和组合物 | |
| CA2432201C (en) | A method and test kit for quantitative determination of variations in polynucleotide amounts in cell or tissue samples | |
| EP1533036B1 (de) | Vorrichtungskombination umfassend Probenträger und Lesegerät | |
| US20100112643A1 (en) | Method for direct capture of ribonucleic acid | |
| US20100267581A1 (en) | High throughput integrated microfluidic system and device | |
| US20210395804A1 (en) | Sensitive and multiplexed detection of nucleic acids and proteins for large scale serological testing | |
| CN112986573B (zh) | 外泌体多组学标志物的定量检测方法 | |
| US20230113026A1 (en) | Apparatuses and Methods for Performing Multiple Omics Analysis and Processing Analyte Mixtures | |
| WO2023107598A1 (en) | Single-cell culture and sequencing with lipid-modified oligos | |
| CN117165657A (zh) | 一种rna文库的构建方法 | |
| Ibañez Gabilondo | Development of a polymeric planar microwell device (pMALDI chip) for enhancing protein analysis in combination with MALDI-TOF/MS instrumentation | |
| DE10200374A1 (de) | Verfahren zur qualitativ und quantitativ vergleichenden Detektion chemischer Substanzen |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PB01 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination |