CN116235035A - 经由分离的病毒基因递送载体样品的测量属性 - Google Patents
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Abstract
本公开描述了经由分离的病毒基因递送载体样品的测量属性的装置、方法和系统。在一个实施例中,该方法、系统和计算机程序产品包括:执行在一组分析仪器上分析病毒基因递送载体样品的一组逻辑操作,其中该组包括至少一个分离仪器、至少一个静态光散射仪器和至少两个浓度检测器,从而得到样品的衣壳蛋白质量mA、样品的改性剂质量mB和样品的改性剂摩尔质量MB;从衣壳蛋白摩尔质量数据源接收样品的衣壳蛋白摩尔质量MA;从注射体积数据源接收样品的注射体积v;并且执行计算样品的总VGDV颗粒浓度CA的一组逻辑操作。
Description
相关申请的交叉引用
本申请要求于2020年8月11日提交的美国专利申请序列号16/991,016的优先权。
技术领域
背景技术
本公开涉及样品,并且更具体地,涉及经由分离的病毒基因递送载体样品的测量属性。
发明内容
本公开描述了经由分离的病毒基因递送载体(VGDV)样品的测量属性的计算机实现的方法、系统和计算机程序产品。在一个示例性实施例中,计算机实现的方法、系统和计算机程序产品包括:(1)由计算机系统执行在一组分析仪器上分析病毒基因递送载体(VGDV)样品的一组逻辑操作,其中该组包括至少一台分离仪器、至少一台静态光散射仪器和至少两台浓度检测器,从而得到样品的衣壳蛋白质量mA、样品的改性剂质量mB以及样品的改性剂摩尔质量MB,(2)从衣壳蛋白摩尔质量数据源接收样品的衣壳蛋白摩尔质量MA,(3)从注射体积数据源接收样品的注射体积v,以及(4)由计算机系统执行经由下式来计算样品的总VGDV颗粒浓度CA的一组逻辑操作:
CA=(mAx N)/(MAx v),
其中N是阿伏加德罗氏数(Avogrado数)。在一个实施例中,样品是慢病毒载体(Lenti viral vector)样品。在一个实施例中,样品是腺病毒载体样品。在一个实施例中,样品是腺相关病毒(AAV)样品。在一个实施例中,样品的改性剂质量mB是样品的核酸质量。在一个实施例中,样品的改性剂摩尔质量MB是样品的核酸摩尔质量。
附图说明
图1A描绘了根据一个示例性实施例的流程图。
图1B描绘了根据一个示例性实施例的框图。
图1C描绘了根据一个示例性实施例的流程图。
图1D描绘了根据一个示例性实施例的流程图。
图1E描绘了根据一个示例性实施例的流程图。
图1F描绘了根据一个示例性实施例的流程图。
图1G描绘了根据一个示例性实施例的流程图。
图2A描绘了根据一个实施例的流程图。
图2B描绘了根据一个实施例的流程图。
图3A描绘了根据一个实施例的装置。
图3B描绘了根据一个实施例的装置。
图3C描绘了根据一个实施例的装置。
图3D描绘了根据一个实施例的装置。
图4A描绘了根据一个实施例的图表。
图4B描绘了根据一个实施例的图表。
图4C描绘了根据一个实施例的图表。
图5描绘了根据一个实施例的图表。
图6A描绘了根据一个实施例的图表。
图6B描绘了根据一个实施例的图表。
图6C描绘了根据一个实施例的图表。
图7A描绘了根据一个实施例的图表。
图7B描绘了根据一个实施例的图表。
图7C描绘了根据一个实施例的图表。
图8描绘了根据示例性实施例的计算机系统。
具体实施方式
本公开描述了经由分离的病毒基因递送载体(VGDV)样品的测量属性的计算机实现的方法、系统和计算机程序产品。在一个示例性实施例中,计算机实现的方法、系统和计算机程序产品包括:(1)由计算机系统执行在一组分析仪器上分析病毒基因递送载体(VGDV)样品的一组逻辑操作,其中该组分析仪器包括至少一台分离仪器、至少一台静态光散射仪器和至少两台浓度检测器,从而得到样品的衣壳蛋白质量mA、样品的改性剂质量mB以及样品的改性剂摩尔质量MB,(2)从衣壳蛋白摩尔质量数据源接收样品的衣壳蛋白摩尔质量MA,(3)从注射体积数据源接收样品的注射体积v,以及(4)由计算机系统执行一组逻辑操作,其通过下式计算样品的总VGDV颗粒浓度CA:
CA=(mAxB/(MAx v),
其中N是阿伏加德罗氏数(Avogrado数)。在一个实施例中,样品是慢病毒载体(Lenti viral vector)样品。在一个实施例中,样品是腺病毒载体样品。在一个实施例中,样品是腺相关病毒(AAV)样品。在一个实施例中,样品的改性剂质量mB是样品的核酸质量。在一个实施例中,样品的改性剂摩尔质量MB是样品的核酸摩尔质量。
定义
颗粒
颗粒可以是液体样品等分试样的成分。这样的颗粒可以是不同类型和大小的分子、纳米颗粒、病毒样颗粒、脂质体、乳剂、细菌和胶体。这些颗粒的大小范围可以在纳米到微米的数量级。
溶液中大分子或颗粒种类的分析
可以通过在适当的溶剂中制备样品,然后将其等分试样注入分离系统(诸如液相色谱(LC)柱或场流分馏(FFF)通道)来实现对溶液中大分子或颗粒种类的分析,其中样品中包含的不同的颗粒种类被分成不同的成分。一旦通常基于大小、质量或柱亲和力分离,样品可以通过光散射、折射率、紫外吸收、电泳迁移率和粘度计响应的方式进行分析。
光散射
光散射(LS)是一种用于表征溶液中的大分子和各种颗粒的非侵入性技术。常用于表征大分子的两种类型的光散射检测是静态光散射和动态光散射。
动态光散射
动态光散射也称为准弹性光散射(QELS)和光子相关光谱(PCS)。在DLS实验中,使用快速光电探测器测量散射光信号中随时间变化的波动。DLS测量确定分子或颗粒的扩散系数,这进而可以用于计算它们的流体动力学半径。
静态光散射
静态光散射(SLS)包括多种技术,诸如单角度光散射(SALS)、双角度光散射(DALS)、小角度光散射(LALS)和多角度光散射(MALS)。SLS实验通常涉及测量从被细光束照射的溶液中样品散射的光的绝对强度。这种测量通常用于适当类别的颗粒/分子,以确定样品分子或颗粒的大小和结构,并且当结合样品浓度的知识时,确定重均摩尔质量。此外,作为样品浓度函数的散射光强度的非线性可以用于测量颗粒间的相互作用和缔合。
多角度光散射
多角度光散射(MALS)是一种用于测量被样品散射到多个角度的光的SLS技术。它用于通过检测溶液中的分子如何散射光来确定溶液中的分子的绝对摩尔质量和平均大小。
来自激光源的准直光被最常使用,在这种情况下,该技术可以被称为多角度激光散射(MALLS)。“多角度”术语是指在不同的离散角度检测散射光,例如通过在包括选择的特定角度的范围内移动的单个检测器或固定在特定角位置的检测器阵列所测量的。
MALS测量需要一组辅助元件。其中最重要的是照射样品区域的准直或聚焦光束(通常来自产生准直单色光束的激光源)。光束通常是垂直于测量平面的平面偏振,但也可以使用其他偏振,尤其是在研究各向异性颗粒时。另一个必需的元件是用于容纳被测样品的光学池。可替代地,可以使用包含允许测量流动样品的手段的池。如果要测量单个颗粒的散射特性,则必须提供一种在与周围检测器大体上等距的点处将此类颗粒一次一个地引入通过光束的方法。
虽然大多数基于MALS的测量是在一个平面上执行的,该平面包含一组检测器,这些检测器通常与照射光束穿过的中心位置样品等距放置,但也开发了三维版本,其中检测器位于球体表面上并且样品被控制通过它的中心,在中心处它与沿球体直径穿过的入射光束的路径相交。MALS技术通常从一组离散检测器的输出中按顺序收集多路复用数据。MALS光散射光度计一般有多个检测器。
可能有必要对MALS检测器的光电检测器在每个角度捕获的信号进行归一化,因为MALS检测器中的不同检测器(i)可能具有略微不同的量子效率和不同的增益,并且(ii)可能会考虑不同的几何散射体积。如果不对这些差异进行归一化,MALS检测器的结果可能是无意义的,并且对不同的检测器角度进行了不正确的加权。
浓度检测器
差分折射率检测器
差分折射率检测器(dRI)或差分折射计或折射率检测器(RI或RID)是一种测量分析物相对于溶剂的折射率的检测器。它们通常用作高效液相色谱法和尺寸排阻色谱法的检测器。dRI被认为是通用检测器,因为它们可以检测折射率不同于溶剂的任何物质,但它们的灵敏度较低。当光离开一种材料并进入另一种材料时,其弯曲或折射。材料的折射率是衡量光进入时弯曲程度的量度。
差分折射率检测器包含流动池,流动池由以下两部分组成:一部分用于样品;和一部分用于参考溶剂。dRI测量两种成分的折射率。当只有溶剂通过样品组分时,测得的两种组分的折射率相同,但当分析物通过流动池时,测得的两种折射率不同。差异在色谱图中显示为峰。差分折射率检测器通常用于尺寸排阻色谱法中聚合物样品的分析。dRI可以输出对应于样品浓度值的浓度检测器信号值。
紫外-可见光谱
紫外可见光谱或紫外可见分光光度法(UV-Vis或UV/Vis)是指在紫外-可见光谱区的吸收光谱或反射光谱。紫外-可见检测器/紫外-可见分光光度计使用可见光和邻近范围内的光,其中可见光范围内的吸收或反射率直接影响所涉及的化学物质的感知颜色,在电磁光谱的这个区域,原子和分子进行电子跃迁。这种吸收光谱测量从基态到激发态的跃迁。紫外-可见检测器/紫外-可见分光光度计测量通过样品的光强度(I),并将其与通过样品之前的光强度(Io)进行比较,其中I/Io之比称为透射率,通常以百分比(%T)表示。吸光度A根据下式基于透射率:
A=-log(%T/100%)。
紫外-可见分光光度计还可以配置为测量反射率,其中分光光度计测量从样品反射的光的强度(I),并将其与从参考材料反射的光的强度(Io)进行比较,其中比率I/Io称为反射率,通常以百分比(%R)表示。紫外吸收检测器可以输出对应于样品浓度值的浓度检测器信号值。
腺相关病毒
腺相关病毒(AAV)是细小病毒科的一种小病毒(~20nm),可感染人类,但据信不会引起任何疾病。由于其体积小、免疫反应温和,并且能够在特定位点(人类19号染色体上的AAVS 1)稳定地将其基因组整合到宿主细胞基因组中,AAV成为基因治疗的有吸引力的载体。随着最近FDA批准治疗脊髓性肌营养不良症和正在进行的几项有希望的临床试验,诸如试验编号NCT00516477(Clinicaltrials.gov),AAV制造过程需要稳健、可靠且易于实施的表征方法以满足FDA和其他监管机构提出的监管要求。然而,病毒载体的表征仍然是一个挑战,必须开发新的方法来确保安全和高质量的AAV载体,以推进AAV相关的临床研究。此外,FDA最近开发了两种参考标准物质(RSM),重组AAV血清型2和8,它们可以用作基准工具,用于证明表征方法得到适当控制,并用于鉴定内部参考物质。在建立这些RSM时,注意到不同机构之间衣壳颗粒和载体基因组的测定存在很大差异,这进一步强调了当该领域发展如此迅速时,需要可靠的方法来确定临床前和临床研究中AAV载体的滴度。
AAV表征通常分为几个不同的阶段:颗粒滴度、载体基因组滴度、转导滴度、感染性滴度以及纯度和同一性(identity)的确定。颗粒滴度定量通常涉及ELISA测定(酶联免疫吸附测定),以使用针对待测蛋白质的抗体检测溶液中配体(蛋白质)的存在。因为这项测试需要在特殊的实验室中进行,获得结果通常需要24小时到几周的时间。下一步是量化病毒基因组的数量。这通常是在病毒衣壳裂解并因此丢失样品后使用qPCR(定量聚合酶链反应)完成的。
通过SDS-PAGE(十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳)评估获得的AAV的纯度和同一性。评估获得的病毒衣壳蛋白条带的化学计量和大小。但这是一种相对的方法,需要使用标准。通过观察电泳条带模式并将其与阳性对照(也是一种相关技术)进行比较来确定基因载体身份。
因此,关键是要有稳健且可重现的方法,可以在制造期间轻松地在QC中实施。SEC-MALS允许在30分钟以下的运行时间进行快速样品分析,并且可以用于确定基于AAV的基因治疗剂的关键质量属性,诸如病毒衣壳的数量浓度、填充颗粒与未填充颗粒的比率、蛋白质的绝对摩尔质量和基因组成分。需要通过分离来测量病毒基因递送载体(VGDV)样品的属性。
参考图1A,在一个示例性实施例中,计算机实现的方法、系统和计算机程序产品被配置为执行:由计算机系统执行一组逻辑操作的操作110,该组逻辑操作在一组分析仪器上分析病毒基因递送载体(VGDV)样品,其中该组分析仪器包括至少一台分离仪器,至少一台静态光散射仪器和至少两台浓度检测器,从而得到样品的衣壳蛋白质量mA、样品的改性剂质量mB和样品的改性剂摩尔质量MB;从衣壳蛋白摩尔质量数据源接收样品的衣壳蛋白摩尔质量MA的操作112;从注射体积数据源接收样品的注射体积v的操作114;以及由计算机系统执行一组逻辑操作的操作116,该组逻辑操作经由下式计算样品的总VGDV颗粒浓度CA:
CA=(mAx N)/(MAx v)。
其中N是阿伏加德罗氏数(Avogrado数)。
在示例性实施例中,计算机系统是独立的计算机系统,诸如图8所示的计算机系统800。分布式计算机网络,其中至少一些计算机是诸如图8所示的计算机系统800的计算机系统,或者云计算节点服务器,诸如图8所示的计算机系统800。在一个实施例中,计算机系统是如图8所示的计算机系统800,其经由实现至少方法100的操作的分离脚本或计算机软件应用程序来执行病毒基因递送载体(VGDV)样品的测量属性。在一个实施例中,计算机系统是如图8所示的计算机系统/服务器812,其经由实现至少方法100的操作的分离脚本或计算机软件应用程序来执行病毒基因递送载体(VGDV)样品的测量属性。在一个实施例中,计算机系统是如图8所示的处理单元816,其经由实现至少方法100的操作的分离脚本或计算机软件应用程序来执行病毒基因递送载体(VGDV)样品的测量属性。在一个实施例中,计算机系统是分析仪器的处理器,其经由实现至少方法100的操作的分离脚本或计算机软件应用程序来执行病毒基因递送载体(VGDV)样品的测量属性。
在一个实施例中,计算机系统是如图8所示的计算机系统800,其经由至少实现操作110、112、114和116的分离脚本或计算机软件应用程序来执行病毒基因递送载体(VGDV)样品的测量属性。在一个实施例中,计算机系统是如图8所示的计算机系统/服务器812,其经由至少实现操作110、112、114和116的分离脚本或计算机软件应用程序来执行病毒基因递送载体(VGDV)样品的测量属性。在一个实施例中,计算机系统是如图8所示的处理单元816,其经由至少实现操作110、112、114和116的分离脚本或计算机软件应用程序来执行病毒基因递送载体(VGDV)样品的测量属性。
参考图1B,在示例性实施例中,计算机实现的方法、系统和计算机程序产品包括分析器120、接收器122和计算器124。在一个实施例中,分析器120被配置为执行在一组分析仪器130上分析病毒基因递送载体(VGDV)样品132的一组逻辑操作,其中该组分析仪器包括至少一个分离仪器、至少一个静态光散射仪器和至少两个浓度检测器,从而得到样品的衣壳蛋白质量140mA、样品的改性剂质量142mB、样品的改性剂摩尔质量144MB。在一个实施例中,分析器120包括执行操作110的计算机系统,诸如图8所示的计算机系统800。在一个实施例中,分析器120包括执行操作110的计算机系统,诸如图8所示的计算机系统/服务器812。在一个实施例中,分析器120包括执行操作110的计算机系统,诸如图8所示的处理单元816。在一个实施例中,分析器120被实现为在计算机系统诸如图8所示的计算机系统800上执行的计算机软件,使得计算机系统执行操作110。在一个实施例中,分析器120被实现为在计算机系统诸如图8所示的计算机系统/服务器812上执行的计算机软件,使得计算机系统执行操作110。在一个实施例中,分析器120被实现为在计算机系统诸如图8所示的处理单元816上执行的计算机软件,使得计算机系统执行操作110。在一个实施例中,分析器120作为在分析器120的处理器上执行的计算机软件执行操作110。
在一个实施例中,接收器122被配置为从衣壳蛋白摩尔质量数据源134接收样品的衣壳蛋白摩尔质量136MA。在一个实施例中,接收器122包括执行操作112的计算机系统,诸如图8所示的计算机系统800。在一个实施例中,接收器122包括执行操作112的计算机系统,诸如图8所示的计算机系统/服务器812。在一个实施例中,接收器122包括执行操作112的计算机系统,诸如图8所示的处理单元816。在一个实施例中,接收器122被实现为在计算机系统诸如图8所示的计算机系统800上执行的计算机软件,使得计算机系统执行操作112。在一个实施例中,接收器122被实现为在计算机系统诸如图8所示的计算机系统/服务器812上执行的计算机软件,使得计算机系统执行操作112。在一个实施例中,接收器122被实现为在计算机系统诸如图8所示的处理单元816上执行的计算机软件,使得计算机系统执行操作112。在一个实施例中,接收器122执行操作112作为在接收器122的处理器上执行的计算机软件。
在一个实施例中,接收器122被配置为从注射体积数据源138接收样品的注射体积139v。在一个实施例中,接收器122包括执行操作114的计算机系统,诸如图8所示的计算机系统800。在一个实施例中,接收器122包括执行操作114的计算机系统,诸如图8所示的计算机系统/服务器812。在一个实施例中,接收器122包括执行操作114的计算机系统,诸如图8所示的处理单元816。在一个实施例中,接收器122被实现为在计算机系统诸如图8所示的计算机系统800上执行的计算机软件,使得计算机系统执行操作114。在一个实施例中,接收器122被实现为在计算机系统上执行的计算机软件,诸如图8所示的计算机系统/服务器812,使得计算机系统执行操作114。在一个实施例中,接收器122被实现为在计算机系统诸如图8所示的处理单元816上执行的计算机软件,使得计算机系统执行操作114。在一个实施例中,接收器122执行操作114作为在接收器122的处理器上执行的计算机软件。
在一个实施例中,计算器124被配置为执行经由下式计算样品的总VGDV颗粒浓度146CA的一组逻辑操作:
CA=(mAx N)/(MAx v),
其中N是Avogrado数。在一个实施例中,计算器124包括执行操作116的计算机系统,诸如图8所示的计算机系统800。在一个实施例中,计算器124包括执行操作116的计算机系统,诸如图8所示的计算机系统/服务器812。在一个实施例中,计算器124包括执行操作116的计算机系统,诸如图8所示的处理单元816。在一个实施例中,计算器124被实现为在计算机系统诸如图8所示的计算机系统800上执行的计算机软件,使得计算机系统执行操作116。在一个实施例中,计算器124被实现为在计算机系统诸如图8所示的计算机系统/服务器812上执行的计算机软件,使得计算机系统执行操作116。在一个实施例中,计算器124被实现为在计算机系统(诸如图8所示的处理单元816)上执行的计算机软件,使得计算机系统执行操作116。在一个实施例中,计算器124执行操作116作为在计算器124的处理器上执行的计算机软件。
仪器
分离仪器
在一个实施例中,至少一个分离仪器包括尺寸排阻色谱(SEC)单元、场流分馏(FFF)单元和离子交换色谱(IEX)单元中的至少一个。在一个实施例中,至少一个分离仪器是SEC单元、FFF单元和IEX单元中的至少一个。
静态光散射仪
在一个实施例中,至少一个静态光散射(SLS)仪器包括多角度光散射(MALS)仪器。在一个实施例中,至少一个静态光散射(SLS)仪器是MALS仪器。
浓度检测器
UV-UV
在一个实施例中,至少两个浓度检测器包括第一波长λ1的第一紫外吸光度(UV)检测器和第二波长λ2的第二紫外吸光度(UV)检测器。在一个实施例中,至少两个浓度检测器是第一波长λ1的第一UV检测器和第二波长λ2的第二UV检测器。在特定实施例中,第一波长λ1为260nm,并且第二波长λ2为280nm。
UV-dRI
在一个实施例中,至少两个浓度检测器包括波长为λ的紫外吸光度(UV)检测器和差分折射率(dRI)检测器。在一个实施例中,至少两个浓度检测器是波长为λ的UV检测器和dRI检测器。在特定实施例中,波长λ是260nm和280nm之一。
UV-FLD
在一个实施例中,至少两个浓度检测器包括波长为λ的紫外吸光度(UV)检测器和荧光检测器(FLD)。在一个实施例中,至少两个浓度检测器是波长为λ的UV检测器和FLD。在特定实施例中,波长λ是260nm和280nm之一。
dRI-FLD
在一个实施例中,至少两个浓度检测器包括差分折射率(dRI)检测器和荧光检测器(FLD)。在一个实施例中,至少两个浓度检测器是dRI检测器和FLD。
探测器的选择
不同浓度检测器的使用可能取决于起始样品质量、浓度和可用于分析的总体积。该方法的灵敏度取决于图3A中表格中总结的因素。.
通常,浓度检测器的每种组合都可以按如下方式使用:
dRI-FLD——仅当样品具有已知激发和发射波长的荧光标签时使用;
UV-FLD——用于样品浓度~1010颗粒/mL(约1010颗粒/mL);
UV-UV——用于样品浓度~1011颗粒/mL(约1011颗粒/mL);和
UV-dRI——用于样品浓度高于1012颗粒/mL。
一组仪器
参考图3B,在一个实施例中,至少一个分离仪器310被连接到第一浓度检测器312,其中第一浓度检测器312被连接到至少一个SLS仪器314,其中至少一个SLS仪器314被连接到第二浓度检测器316。参考图3C,在一个实施例中,至少一个分离仪器320被连接到第一浓度检测器322,其中第一浓度检测器322被连接到第二浓度检测器324,其中第二浓度检测器324被连接到至少一个SLS仪器326。参考图3D,在一个实施例中,至少一个分离仪器330被连接到少一个SLS仪器332,其中至少一个SLS仪器332被连接到第一浓度检测器334,其中第一浓度检测器334被连接到第二浓度检测器336。例如,图3E描绘了一组典型的仪器。
计算衣壳蛋白摩尔质量
在另一个实施例中,计算机实现的方法、系统和计算机程序产品还包括:(a)由计算机系统执行在组上分析样品的一组逻辑操作,从而得到样品的衣壳蛋白摩尔质量MA,和(b)将样品的衣壳蛋白摩尔质量MA存储在衣壳蛋白摩尔质量数据源中。在进一步的实施方式中,该方法、系统和计算机程序产品进一步包括:(a)由计算机系统执行分析组130上的样品的一组逻辑操作,从而得到样品的衣壳蛋白摩尔质量136MA,和(b)将样品的衣壳蛋白摩尔质量136MA存储在衣壳蛋白摩尔质量数据源134中。
分析样品
在一个实施例中,分析包括通过分析技术分析组上的样品,其中分析技术是病毒载体分析、蛋白质缀合物分析(protein conjugate analysis)和共聚物组成分析中的一种。在一个实施例中,分析操作110包括通过分析技术在组130上分析样品132的操作,其中分析技术是病毒载体分析、蛋白质缀合物分析和共聚物组成分析中的一种。
VGDV浓度
在进一步的实施例中,计算机实现的方法、系统和计算机程序产品进一步包括:(a)由计算机系统从全改性剂摩尔质量数据源中接收全VGDV样品内的全改性剂的摩尔质量MFull,(b)由计算机系统执行经由下式计算全VGDV样品的全VGDV浓度CFull的一组逻辑操作:
CFull=(mBx N)/(MFullx v),并且
(c)由计算机系统执行经由下式计算全VGDV样品的空VGDV浓度CEmpty的一组逻辑操作:
CEmpty=CA-CFull。
参考图2A,计算机实现的方法、系统和计算机程序产品进一步被配置为执行:由计算机系统从全改性剂摩尔质量数据源接收全VGDV样品内全改性剂的摩尔质量MFull的操作210;由计算机系统执行一组逻辑操作的操作212,该组逻辑操作经由下式计算全VGDV样品的全VGDV浓度CFull:
CFull=(mBx N)/(MFullx v),
和由计算机系统执行一组逻辑操作的操作214,该组逻辑操作经由下式计算全VGDV样品的空VGDV浓度CEmpty:
CEmpty=CA-CFull。
在一个实施例中,计算机系统是如图8所示的计算机系统800,其经由实现至少方法200的操作的分离脚本或计算机软件应用程序来执行病毒基因递送载体(VGDV)样品的测量属性。在一个实施例中,计算机系统是如图8所示的计算机系统/服务器812,其经由实现至少方法200的操作的分离脚本或计算机软件应用程序来执行病毒基因递送载体(VGDV)样品的测量属性。在一个实施例中,计算机系统是如图8所示的处理单元816,其经由实现至少方法200的操作的分离脚本或计算机软件应用程序来执行病毒基因递送载体(VGDV)样品的测量属性。在一个实施例中,计算机系统是分析仪器的处理器,其经由实现至少方法200的操作的分离脚本或计算机软件应用程序来执行病毒基因递送载体(VGDV)样品的测量属性。
在一个实施例中,计算机系统是如图8所示的计算机系统800,其经由至少执行操作210、212和214的分离脚本或计算机软件应用程序执行病毒基因递送载体(VGDV)样品的测量属性。在一个实施例中,计算机系统是如图8所示的计算机系统/服务器812,其经由实现至少操作210、212和214的分离脚本或计算机软件应用程序来执行病毒基因递送载体(VGDV)样品的测量属性。在一个实施例中,计算机系统是如图8所示的处理单元816,其经由实现至少操作210、212和214的分离脚本或计算机软件应用程序来执行病毒基因递送载体(VGDV)样品的测量属性。
在另一个实施例中,该方法、系统和计算机程序产品还包括:(a)由计算机系统执行在组上分析全VGDV样品的一组逻辑操作,从而得到全VGDV样品内的全改性剂的摩尔质量MFull,以及(b)将全VGDV样品MFull内全改性剂的摩尔质量MFull存储在全改性剂摩尔质量数据源中。在进一步的实施例中,该方法、系统和计算机程序产品还包括:(a)由计算机系统执行在组130上分析全VGDV样品的一组逻辑操作,得到全VGDV样品内的全改性剂的摩尔质量MFull,以及(b)将全VGDV样品内全改性剂的摩尔质量MFull存储在全改性剂摩尔质量数据源中。在一个实施例中,改性剂是核酸。
总VGDV峰值颗粒浓度
在另一个实施例中,该方法、系统和计算机程序产品还包括:(a)由计算机系统执行在组上分析样品的整个VGDV信号区域并且在组上分析样品的聚集峰区域的一组逻辑操作,从而得到与样品的整个VGDV信号区域对应的样品的VGDV整个峰值蛋白质质量mA,ent、与样品的整个VGDV信号区域对应的样品的VGDV整个峰值改性剂质量mB,ent、与样品的整个VGDV信号区域对应的样品的VGDV整个峰值蛋白质摩尔质量MA,ent、与样品的整个VGDV信号区域对应的样品的VGDV整个峰值改性剂摩尔质量MB,ent、与样品的聚集峰值区域对应的样品的VGDV聚集峰值蛋白质质量mA,agg、与样品的聚集峰值区域对应的样品的VGDV聚集峰值改性剂质量mB,agg、与样品的聚集峰值区域对应的样品的VGDV聚集峰值蛋白质摩尔质量MA,agg、与样品的聚集峰值区域对应的样品的VGDV聚集峰值改性剂摩尔质量MB,agg,(b)由计算机系统执行一组逻辑操作,该组逻辑操作经由下式计算与样品的整个VGDV信号区域对应的样品的总VGDV整个峰值颗粒浓度CA,ent:
CA,ent=(mA,entx N)/(MA,entx v),和
(c)由计算机系统执行一组逻辑操作,经由下式计算与样品的聚集峰值区域对应的样品的总VGDV聚集峰值颗粒浓度CA,agg:
CA,agg=(mA,aggx N)/(MA,aggx v)。
参考图2B,计算机实现的方法、系统和计算机程序产品还被配置为执行由计算机系统执行的一组逻辑操作的操作222,该组逻辑操作在组上分析样品的整个VGDV信号区域并且在组上分析样品的聚集峰值区域,从而得到与样品的整个VGDV信号区域对应的样品的VGDV整个峰值蛋白质质量mA,ent、与样品的整个VGDV信号区域对应的样品的VGDV整个峰值改性剂质量mB,ent、与样品的整个VGDV信号区域对应的样品的VGDV整个峰值蛋白质摩尔质量MA,ent、与样品的整个VGDV信号区域对应的样品的VGDV整个峰值改性剂摩尔质量MB,ent、与样品的聚集峰值区域对应的样品的VGDV聚集峰值蛋白质质量mA,agg、与聚集峰值区域对应的样品的VGDV聚集峰值改性剂质量mB,agg、与样品的聚集峰值区域对应的样品的VGDV聚集峰值蛋白质摩尔质量MA,agg、与样品的聚集峰值区域对应的样品的VGDV聚集峰值改性剂摩尔质量MB,agg;由计算机系统执行一组逻辑操作的操作224,该组逻辑操作经由下式来计算与样品的整个VGDV信号区域对应的样品的总VGDV整个峰值颗粒浓度CA,ent:
CA,ent=(mA,entx N)/(MA,entx v),和
由计算机系统执行一组逻辑操作的操作226,该组逻辑操作经由下式计算与样品的聚集峰值区域对应的样品的总VGDV聚集峰值颗粒浓度CA,agg:
CA,agg=(mA,aggx N)/(MA,aggx v)。
在一个实施例中,计算机系统是如图8所示的计算机系统800,其经由执行至少方法220的操作的分离脚本或计算机软件应用程序来执行病毒基因递送载体(VGDV)样品的测量属性。在一个实施例中,计算机系统是如图8所示的计算机系统/服务器812,其经由实现至少方法220的操作的分离脚本或计算机软件应用程序来执行病毒基因递送载体(VGDV)样品的测量属性。在一个实施例中,计算机系统是如图8所示的处理单元816,其经由实现至少方法220的操作的分离脚本或计算机软件应用程序来执行病毒基因递送载体(VGDV)样品的测量属性。在一个实施例中,计算机系统是分析仪器的处理器,其经由实现至少方法220的操作的分离脚本或计算机软件应用程序来执行病毒基因递送载体(VGDV)样品的测量属性。
在一个实施例中,计算机系统是如图8所示的计算机系统800,其经由至少执行操作222、224和226的分离脚本或计算机软件应用程序执行病毒基因递送载体(VGDV)样品的测量属性。在一个实施例中,计算机系统是如图8所示的计算机系统/服务器812,其经由实现至少操作222、224和226的分离脚本或计算机软件应用程序来执行病毒基因递送载体(VGDV)样品的测量属性。在一个实施例中,计算机系统是如图8所示的处理单元816,其经由实现至少操作222、224和226的分离脚本或计算机软件应用程序来执行病毒基因递送载体(VGDV)样品的测量属性。
在另一个实施例中,该方法、系统和计算机程序产品还包括:(a)由计算机系统执行在该组上分析全病毒基因递送载体样品的整个VGDV信号区域并且在组上分析全样品的聚集峰值区域的一组逻辑操作,从而得到与全样品的整个VGDV信号区域对应的全样品中全改性剂的VGDV整个峰值摩尔质量MFull,ent以及与全样品的聚集峰值区域对应的全样品内全改性剂的VGDV聚集峰值摩尔质量MFull,agg,(b)由计算机系统执行一组逻辑操作,该组逻辑操作经由下式计算与VGDV样品的整个VGDV信号区域对应的全样品的VGDV整个峰值全VGDV浓度CFull,ent:
CFull,ent=(mB,entx N)/(MFull,entx v),
(c)由计算机系统执行一组逻辑操作,该组逻辑操作经由下式计算与全样品的聚集峰值区域对应的全样品的VGDV聚集峰值全VGDV浓度CFull,agg:
CFull,agg=(mB,aggx N)/(MFull,aggx v),
(d)由计算机系统执行一组逻辑操作,该组逻辑操作经由下式计算与全样品的整个VGDV信号区域对应的全样品的VGDV整个峰值空VGDV浓度CEmpty,ent:
CEmpty,ent=CA,ent-CFull,ent,并且
(e)由计算机系统执行一组逻辑操作,该组逻辑操作经由下式计算与全样品的聚集峰值区域对应的全样品的VGDV聚集峰值空VGDV浓度CEmpty,agg:
CEmpty,agg=CA,agg-CFul1,agg。
在另一个实施例中,该方法、系统和计算机程序产品还包括:(a)由计算机系统执行在组130上分析全病毒基因递送载体样品的整个VGDV信号区域并且在组130上分析全样品的聚集峰值区域的一组逻辑操作,从而得到:与全样品的整个VGDV信号区域对应的全样品内的全改性剂的VGDV整个峰值摩尔质量MFull,ent,以及与全样品的聚集峰值区域对应的全样品内全改性剂的VGDV聚集峰值摩尔质量MFull,agg,(b)由计算机系统执行一组逻辑操作,该组逻辑操作经由下式计算与VGDV样品的整个VGDV信号区域对应的全样品的VGDV整个峰值全VGDV浓度CFull,ent:
CFull,ent=(mB,entx N)/(MFull,entx v),
(c)由计算机系统执行一组逻辑操作,该组逻辑操作经由下式计算与全样品的聚集峰值区域对应的全样品的VGDV聚集峰值全VGDV浓度CFull,agg:
CFull,agg=(mB,aggx N)/(MFull,aggx v),
(d)由计算机系统执行一组逻辑操作,该组逻辑操作经由下式计算与全样品的整个VGDV信号区域对应的全样品的VGDV整个峰值空VGDV浓度CEmpty,ent:
CEmpty,ent=CA,ent-CFull,ent,并且
(e)由计算机系统执行一组逻辑操作,该组逻辑操作经由下式计算与全样品的聚集峰值区域对应的全样品的VGDV聚集峰值空VGDV浓度CEmpty,agg:
CEmpty,agg=CA,agg-CFull,agg。
近似总VGDV颗粒浓度
在一个示例性实施例中,计算机实现的方法、系统和计算机程序产品包括:(1)由计算机系统执行在一组分析仪器上分析病毒基因递送载体(VGDV)样品的一组逻辑操作,其中该组包括至少一台分离仪器、至少一台静态光散射(SLS)仪器和至少一台浓度检测器,从而得到样品的改性剂质量mB、样品的改性剂摩尔质量MB和样品的至少一个UV消光系数,(2)由计算机系统执行一组逻辑操作,该组逻辑操作相对于来自至少一个浓度检测器的至少一个折射率增量值来计算样品的衣壳蛋白质量mA和样品的衣壳蛋白摩尔质量MA,(3)从注射体积数据源接收样品的注射体积v,以及(4)由计算机系统执行一组逻辑操作,该组逻辑操作经由下式计算样品的总VGDV颗粒浓度CA:
CA=(mAx N)/(MAx v),
其中N是Avogrado数。在一个实施例中,至少一个浓度检测器是dRI检测器。
参考图1C,在示例性实施例中,计算机实现的方法、系统和计算机程序产品被配置为执行:由计算机系统执行一组逻辑操作的操作152,该组逻辑操作在一组分析仪器上分析病毒基因递送载体(VGDV)样品,其中该组包括至少一个分离仪器、至少一个静态光散射(SLS)仪器和至少一个浓度检测器,从而得到样品的改性剂质量mB、样品的改性剂摩尔质量MB和样品的至少一个UV消光系数;由计算机系统执行一组逻辑操作的操作154,该组逻辑操作相对于来自至少一个浓度检测器的至少一个折射率增量值来计算样品的衣壳蛋白质量mA和样品的衣壳蛋白摩尔质量MA;从注射体积数据源接收样品的注射体积v的操作156,和(4)由计算机系统执行一组逻辑操作的操作158,该一组逻辑操作经由下式计算样品的总VGDV颗粒浓度CA,
CA=(mAx N)/(MAx v),
其中N是Avogrado数。
在示例性实施例中,计算机系统是:独立的计算机系统,诸如图8所示的计算机系统800;分布式计算机网络,其中至少一些计算机是诸如图8所示的计算机系统800的计算机系统;或者云计算节点服务器,诸如图8所示的计算机系统800。在一个实施例中,计算机系统是如图8所示的计算机系统800,其经由实现至少方法150的操作的分离脚本或计算机软件应用程序来执行病毒基因递送载体(VGDV)样品的测量属性。在一个实施例中,计算机系统是如图8所示的计算机系统/服务器812,其经由实现至少方法150的操作的分离脚本或计算机软件应用程序来执行病毒基因递送载体(VGDV)样品的测量属性。在一个实施例中,计算机系统是如图8所示的处理单元816,其经由实现至少方法150的操作的分离脚本或计算机软件应用程序来执行病毒基因递送载体(VGDV)样品的测量属性。在一个实施例中,计算机系统是分析仪器的处理器,其经由实现至少方法150的操作的分离脚本或计算机软件应用程序来执行病毒基因递送载体(VGDV)样品的测量属性。
在一个实施例中,计算机系统是如图8所示的计算机系统800,其经由实现至少操作152、154、156和158的分离脚本或计算机软件应用程序来执行病毒基因递送载体(VGDV)样品的测量属性。在一个实施例中,计算机系统是如图8所示的计算机系统/服务器812,其经由实现至少操作152、154、156和158的分离脚本或计算机软件应用程序来执行病毒基因递送载体(VGDV)样品的测量属性。在一个实施例中,计算机系统是如图8所示的处理单元816,其经由实现至少操作152、154、156和158的分离脚本或计算机软件应用程序来执行病毒基因递送载体(VGDV)样品的测量属性。
使用UV检测器的总VGDV颗粒浓度
在一个示例性实施例中,计算机实现的方法、系统和计算机程序产品包括:(1)由计算机系统执行在一组分析仪器上分析病毒基因递送载体(VGDV)样品的一组逻辑操作,其中该组分析仪器包括至少一个分离仪器、至少一个静态光散射(SLS)仪器和至少两个浓度检测器,(2)由计算机系统执行一组逻辑操作,该组逻辑操作相对于在第一波长λ1处从样品收集的紫外吸光度值Aλ1、在第二波长λ2处从样品收集的紫外吸光度值Aλ2、在第一波长λ1处的蛋白质的消光系数εA λ1、在第二波长λ2处的蛋白质的消光系数εA λ2、在第一波长λ1处样品中改性剂的消光系数εB λ1和在第二波长λ2处样品中改性剂的消光系数εB λ2来计算样品中蛋白质的质量分数XA,(3)由计算机系统执行一组逻辑操作,该组逻辑操作相对于样品中的蛋白质的质量分数XA、第一波长处的蛋白质的消光系数εA λ1以及在第一波长处的样品中改性剂的消光系数εB λ1来计算在第一波长处的样品的消光系数εVGDV λ1,(4)由计算机系统执行一组逻辑操作,该组逻辑操作相对于样品中蛋白质的质量分数XA、在第二波长处的蛋白质的消光系数εA λ2和在第二波长处的样品中改性剂的消光系数εB λ2来计算在第二波长处的样品的消光系数εVGDV λ2,(5)由计算机系统执行一组逻辑操作,该组逻辑操作相对于样品中蛋白质的质量分数XA、蛋白质的折射率系数(dn/dc)A和样品中改性剂的折射率系数(dn/dc)B来计算样品的折射率增量(dn/dc)VGDV,(6)由计算机系统执行一组逻辑操作,该组逻辑操作相对于在波长λ处从样品中收集的紫外吸光度值Aλ、样品中蛋白质的质量分数XA、在波长λ处的蛋白质的消光系数εA λ、在波长λ处的样品中改性剂的消光系数εB λ来计算蛋白质总质量mA和改性剂总质量mB,其中波长λ是第一波长λ1和第二波长λ2中的一个,和(7)由计算机系统执行一组逻辑操作,该组逻辑操作经由下式计算样品的总VGDV颗粒浓度:
CA=(mAx N)/(MAx v),
其中N是Avogrado数,其中MA是样品的来自衣壳蛋白摩尔质量数据源的衣壳蛋白摩尔质量。在一个实施例中,至少两个浓度检测器包括第一波长λ1处的第一紫外吸光度(UV)检测器和第二波长λ2处的第二紫外吸光度(UV)检测器。在一个实施例中,至少两个浓度检测器是第一波长λ1处的第一紫外吸光度(UV)检测器和第二波长λ2处的第二紫外吸光度(UV)检测器。
参考图1D和图1E,在示例性实施例中,计算机实现的方法、系统和计算机程序产品被配置为执行:由计算机系统执行一组逻辑操作的操作161,该组逻辑操作在一组分析仪器上分析病毒基因递送载体(VGDV)样品,其中该组分析仪器包括至少一个分离仪器、至少一个静态光散射(SLS)仪器和至少两个浓度检测器;由计算机系统执行一组逻辑操作的操作162,该组逻辑操作相对于在第一波长λ1处从样品收集的紫外吸光度值Aλ1、在第二波长λ2处从样品收集的紫外吸光度值Aλ2、在第一波长λ1处的蛋白质的消光系数εA λ1、在第二波长λ2处的蛋白质的消光系数εA λ2、在第一波长λ1处样品中改性剂的消光系数εB λ1和在第二波长λ2处样品中改性剂的消光系数εB λ2来计算样品中蛋白质的质量分数XA;由计算机系统执行一组逻辑操作的操作163,该组逻辑操作相对于样品中蛋白质的质量分数XA、第一波长处的蛋白质的消光系数εA λ1以及在第一波长处的样品中改性剂的消光系数εB λ1来计算在第一波长处的样品的消光系数εVGDV λ1;由计算机系统执行一组逻辑操作的操作164,该组逻辑操作相对于样品中蛋白质的质量分数XA、在第二波长处的蛋白质的消光系数εA λ2和在第二波长处的样品中改性剂的消光系数εB λ2来计算在第二波长处的样品的消光系数εVGDV λ2;由计算机系统执行一组逻辑操作的操作165,该组逻辑操作相对于样品中蛋白质的质量分数XA、蛋白质的折射率系数(dn/dc)A和样品中改性剂的折射率系数(dn/dc)B来计算样品的折射率增量(dn/dc)VGDV;由计算机系统执行一组逻辑操作的操作166,该组逻辑操作相对于在波长λ处从样品中收集的紫外吸光度值Aλ、样品中蛋白质的质量分数XA、在波长λ处的蛋白质的消光系数εA λ、在波长λ处的样品中改性剂的消光系数εB λ来计算蛋白质总质量mA和改性剂总质量mB,其中波长λ是第一波长λ1和第二波长λ2中的一个;以及由计算机系统执行一组逻辑操作的操作167,该组逻辑操作经由下式计算样品的总VGDV颗粒浓度CA:
CA=(mAx N)/(MAx v),
其中N是Avogrado数,并且其中MA是样品的来自衣壳蛋白摩尔质量数据源的衣壳蛋白摩尔质量。
在示例性实施例中,计算机系统是:独立的计算机系统,诸如图8所示的计算机系统800;分布式计算机网络,其中至少一些计算机是诸如图8所示的计算机系统800的计算机系统;或者云计算节点服务器,诸如图8所示的计算机系统800。在一个实施例中,计算机系统是如图8所示的计算机系统800,其经由实现至少方法160的操作的分离脚本或计算机软件应用程序来执行病毒基因递送载体(VGDV)样品的测量属性。在一个实施例中,计算机系统是如图8所示的计算机系统/服务器812,其经由实现至少方法160的操作的分离脚本或计算机软件应用程序来执行病毒基因递送载体(VGDV)样品的测量属性。在一个实施例中,计算机系统是图8所示的处理单元816,其经由执行至少方法160的操作的分离脚本或计算机软件应用程序来执行病毒基因递送载体(VGDV)样品的测量属性。在一个实施例中,计算机系统是分析仪器的处理器,其经由执行至少方法160的操作的分离脚本或计算机软件应用程序来执行病毒基因递送载体(VGDV)样品的测量属性。
在一个实施例中,计算机系统是如图8所示的计算机系统800,其经由实现至少操作161、162、163、164、165、166和167的分离脚本或计算机软件应用程序来执行病毒基因递送载体(VGDV)样品的测量属性。在一个实施例中,计算机系统是如图8所示的计算机系统/服务器812,其经由实现至少操作161、162、163、164、165、166和167的分离脚本或计算机软件应用程序来执行病毒基因递送载体(VGDV)样品的测量属性。在一个实施例中,计算机系统是如图8所示的处理单元816,其经由实现至少操作161、162、163、164、165、166和167的分离脚本或计算机软件应用程序来执行病毒基因递送载体(VGDV)样品的测量属性。
在一个实施例中,计算样品中蛋白质的质量分数XA包括经由下式来计算样品中蛋白质的质量分数XA:
XA=((Aλ1xεB λ2)-(Aλ2xεB λ1))/((Aλ2xεA λ1)-(Aλ2xεB λ1)-(Aλ1xεA λ2)+(Aλ1xεB λ2)),
计算在第一波长处的样品的消光系数εVGDV λ1包括经由下式来计算在第一波长处的样品的消光系数εVGDV λ1:
εVGDV λ1=(XAxεA λ1)+((1-XA)xεB λ1),
计算在第二波长处的样品的消光系数εVGDV λ2包括经由下式来计算在第二波长处的样品的消光系数εVGDV λ2:
εVGDV λ2=(XAxεA λ2)+((1-XA)xεB λ2),
计算样品的折射率增量(dn/dc)VGDV包括经由下式来计算样品的折射率增量(dn/dc)VGDV:
(dn/dc)VGDV=(XAx(dn/dc)A)+((1-XA)x(dn/dc)B),
计算蛋白质的总质量mA包括经由下式来计算蛋白质的总质量mA:
mA=(AλxXA)/((XAxεA λ)+((1-XA)xεB λ)),
并且计算改性剂的总质量mB包括经由下式来计算改性剂的总质量mB:
mB=(Aλx(1-XA))/((XA x εA λ)+((1-XA)xεB λ))。
在一个实施例中,计算样品中蛋白质的质量分数XA的计算操作162包括经由下式来计算样品中蛋白质的质量分数XA:
XA=((Aλ1xεB λ2)-(Aλ2xεB λ1))/((Aλ2xεA λ1)-(Aλ2xεB λ1)-(Aλ1xεA λ2)+(Aλ1xεB λ2)),
计算在第一波长处的样品的消光系数εVGDV λ1的计算操作163包括经由下式来计算在第一波长处的样品的消光系数εVGDV λ1:
εVGDV λ1=(XAxεA λ1)+((1-XA)xεB λ1),
计算在第二波长处的样品的消光系数εVGDV λ2的计算操作164包括经由下式来计算在第二波长处的样品的消光系数εVGDV λ2:
εVGDV λ2=(XAxεA λ2)+((1-XA)xεB λ2),
计算样品的折射率增量(dn/dc)VGDV的计算操作165包括经由下式来计算样品的折射率增量(dn/dc)VGDV:
(dn/dc)VGDV=(XAx(dn/dc)A)+((1-XA)x(dn/dc)B),
计算蛋白质的总质量mA的计算操作166包括经由下式来计算蛋白质的总质量mA:
mA=(AλxXA)/((XAxεA λ)+((1-XA)xεB λ)),
并且计算改性剂的总质量mB的计算操作167包括经由下式来计算改性剂的总质量mB:
mB=(Aλx(1-XA))/((XAxεA λ)+((1-XA)xεB λ))。
在一个实施例中,第一波长λ1为260nm,并且第二波长λ2为280nm。在一个实施例中,改性剂是核酸。
使用UV检测器和dRI检测器的总VGDV颗粒浓度
在一个示例性实施例中,计算机实现的方法、系统和计算机程序产品包括:(1)由计算机系统执行一组逻辑操作,该组逻辑操作在一组分析仪器上分析病毒基因递送载体(VGDV)样品,其中该组分析仪器包括至少一个分离仪器、至少一个静态光散射(SLS)仪器和至少两个浓度检测器,(2)由计算机系统执行一组逻辑操作,该组逻辑操作相对于在波长λ处从样品收集的紫外吸光度值Aλ、样品中改性剂的折射率系数(dn/dc)B、包含样品的溶液的差分折射率dRI、在波长λ处的改性剂的消光系数εB λ、在波长处的蛋白质的消光系数εA λ、蛋白质的折射率系数(dn/dc)A来计算样品中的蛋白质的质量分数XA,(3)由计算机系统执行一组逻辑操作,该组逻辑操作相对于样品中蛋白质的质量分数XA、在第一波长处的蛋白质的消光系数εA λ和在波长处样品中的改性剂的消光系数εB λ来计算在波长处的样品的消光系数εVGDV λ,(4)由计算机系统执行一组逻辑操作,该组逻辑操作相对于样品中蛋白质的质量分数XA、蛋白质的折射率系数(dn/dc)A和样品中改性剂的折射率系数(dn/dc)B来计算样品的折射率增量(dn/dc)VGDV,(5)由计算机系统执行一组逻辑操作,该组逻辑操作相对于包含样品的溶液的差分折射率dRI、样品中蛋白质的质量分数XA、蛋白质的折射率系数(dn/dc)A以及样品中改性剂的折射率系数(dn/dc)B来计算蛋白质的总质量mA和改性剂的总质量mB,和(6)由计算机系统执行一组逻辑操作,该组逻辑操作经由下式来计算样品的总VGDV颗粒浓度CA:
CA=(mAx N)/(MAx v),
其中N是Avogrado数,并且其中MA是样品的来自衣壳蛋白摩尔质量数据源的衣壳蛋白摩尔质量。在一个实施例中,至少两个浓度检测器包括波长为λ的紫外吸光度(UV)检测器和差分折射率(dRI)检测器。在一个实施例中,至少两个浓度检测器是波长为λ的UV检测器和dRI检测器。
参考图1F和图1G,在一个示例性实施例中,计算机实现的方法、系统和计算机程序产品被配置为执行:由计算机系统执行一组逻辑操作的操作171,该组逻辑操作在一组分析仪器上分析病毒基因递送载体(VGDV)样品,其中该组分析仪器包括至少一个分离仪器、至少一个静态光散射(SLS)仪器和至少两个浓度检测器;由计算机系统执行一组逻辑操作的操作172,该组逻辑操作相对于在波长λ处从样品收集的紫外吸光度值Aλ、样品中改性剂的折射率系数(dn/dc)B、包含样品的溶液的差分折射率dRI、在波长λ处的改性剂的消光系数εB λ、在波长λ处的蛋白质的消光系数εA λ、蛋白质的折射率系数(dn/dc)A来计算样品中的蛋白质的质量分数XA;由计算机系统执行一组逻辑操作的操作173,该组逻辑操作相对于样品中的蛋白质的质量分数XA、在波长处的蛋白质的消光系数εA λ和在波长处样品中改性剂的消光系数εB λ来计算在波长处的样品的消光系数εVGDVλ;由计算机系统执行一组逻辑操作的操作174,该组逻辑操作相对于样品中蛋白质的质量分数XA、蛋白质的折射率系数(dn/dc)A和样品中改性剂的折射率系数(dn/dc)B来计算样品的折射率增量(dn/dc)VGDV;由计算机系统执行一组逻辑操作的操作175,该组逻辑操作相对于包含样品的溶液的差分折射率dRI、样品中蛋白质的质量分数XA、蛋白质的折射率系数(dn/dc)A以及样品中改性剂的折射率系数(dn/dc)B来计算蛋白质的总质量mA和改性剂的总质量mB;由计算机系统执行一组逻辑操作的操作176,该组逻辑操作经由下式来计算样品的总VGDV颗粒浓度CA:
CA=(mAx N)/(MAx v),
其中N是Avogrado数,其中MA是样品的来自衣壳蛋白摩尔质量数据源的衣壳蛋白摩尔质量。
在示例性实施例中,计算机系统是:独立的计算机系统,诸如图8所示的计算机系统800;分布式计算机网络,其中至少一些计算机是诸如图8所示的计算机系统800的计算机系统;或云计算节点服务器,诸如图8所示的计算机系统800。在一个实施例中,计算机系统是如图8所示的计算机系统800,其经由实现至少方法170的操作的分离脚本或计算机软件应用程序来执行病毒基因递送载体(VGDV)样品的测量属性。在一个实施例中,计算机系统是如图8所示的计算机系统/服务器812,其经由实现至少方法170的操作的分离脚本或计算机软件应用程序来执行病毒基因递送载体(VGDV)样品的测量属性。在一个实施例中,计算机系统是如图8所示的处理单元816,其经由实现至少方法170的操作的分离脚本或计算机软件应用程序来执行病毒基因递送载体(VGDV)样品的测量属性。在一个实施例中,计算机系统是分析仪器的处理器,其经由实现至少方法170的操作的分离脚本或计算机软件应用程序来执行病毒基因递送载体(VGDV)样品的测量属性。
在一个实施例中,计算机系统是如图8所示的计算机系统800,其经由实现至少操作171、172、173、174、175和176的分离脚本或计算机软件应用程序来执行病毒基因递送载体(VGDV)样品的测量属性。在一个实施例中,计算机系统是如图8所示的计算机系统/服务器812,其经由实现至少操作171、172、173、174、175和176的分离脚本或计算机软件应用程序来执行病毒基因递送载体(VGDV)样品的测量属性。在一个实施例中,计算机系统是如图8所示的处理单元816,其经由实现至少操作171、172、173、174、175和176的分离脚本或计算机软件应用程序来执行病毒基因递送载体(VGDV)样品的测量属性。
在一个实施例中,计算样品中蛋白质的质量分数XA包括经由下式来计算样品中蛋白质的质量分数XA:
XA=((Aλx(dn/dc)B)-(dRIxεB λ))/((dRIxεA λ)-(dRIxεB λ)-(Aλx(dn/dc)A)+(Aλx(dn/dc)B),
计算在波长处的样品的消光系数εVGDV x包括经由下式来计算在波长处的样品的消光系数εVGDV λ:
εVGDV λ=(XAxεA λ)+((1-XA)xεB λ),
计算样品的折射率增量(dn/dc)VGDV包括经由下式来计算样品的折射率增量(dn/dc)VGDV:
(dn/dc)VGDV=(XAx(dn/dc)A)+((1-XA)x(dn/dc)B),
计算蛋白质的总质量mA包括经由下式来计算蛋白质的总质量mA:
mA=(dRI x XA)/((XAx(dn/dc)A)+((1-XA)x(dn/dc)B)),
并且计算改性剂的总质量mB包括经由下式来计算改性剂的总质量mB,
mB=(dRI x(1-XA))/((XAx(dn/dc)A)+((1-XA)x(dn/dc)B))。
在一个实施例中,波长λ是260nm和280nm之一。在一个实施例中,改性剂是核酸。
使用UV检测器和FLD的总VGDV颗粒浓度
在一个实施例中,计算机实现的方法、系统和计算机程序产品包括:(1)由计算机系统执行一组逻辑操作,该组逻辑操作在一组分析仪器上分析病毒基因递送载体(VGDV)样品,其中该组包括至少一个分离仪器、至少一个静态光散射(SLS)仪器和至少两个浓度检测器,(2)由计算机系统执行一组逻辑操作,该组逻辑操作相对于在激发波长下从样品收集的荧光发射数据的峰值以下的面积FLD、在紫外波长λ处从样品收集的紫外吸光度值Aλ、在紫外波长λ处的蛋白质的消光系数εA λ、使蛋白质浓度与关于FLD的荧光强度相关的比例常数εFLD,A、在紫外波长λ处的样品中的改性剂的消光系数εB λ、使改性剂浓度与关于FLD的荧光强度相关的比例常数εFLD,B来计算样品中的蛋白质的质量分数XA,(3)由计算机系统执行一组逻辑操作,该组逻辑操作相对于样品中蛋白质的质量分数XA、在紫外波长处的蛋白质的消光系数εA λ和在紫外波长处的样品中的改性剂的消光系数εB λ来计算在紫外波长下的样品的消光系数εVGDV λ,(4)由计算机系统执行一组逻辑操作,该组逻辑操作相对于样品中蛋白质的质量分数XA、使蛋白质浓度与关于FLD的荧光强度相关的比例常数εFLD,A和使改性剂浓度与关于FLD的荧光强度相关的比例常数εFLD,B来计算在激发波长下样品的消光系数εFLD,VGDV,(5)由计算机系统执行一组逻辑操作,该组逻辑操作相对于样品中蛋白质的质量分数XA、蛋白质的折射率系数(dn/dc)A和样品中改性剂的折射率系数(dn/dc)B来计算样品的折射率增量(dn/dc)VGDV,(6)由计算机系统执行一组逻辑操作,该组逻辑操作相对于在激发波长下从样品收集的荧光发射数据的峰值以下的面积FLD、样品中蛋白质的质量分数XA、使蛋白质浓度与关于FLD的荧光强度相关的比例常数εFLD,A和使改性剂浓度与关于FLD的荧光强度相关的比例常数εFLD,B来计算蛋白质的总质量mA和改性剂的总质量mB,(7)由计算机系统执行一组逻辑操作,该组逻辑操作经由下式来计算样品的总VGDV颗粒浓度CA:
CA=(mAx N)/(MAx v),
其中N是Avogrado数,并且其中MA是样品的来自衣壳蛋白摩尔质量数据源的衣壳蛋白摩尔质量。在一个实施例中,至少两个浓度检测器包括在紫外波长λ处的紫外吸光度(UV)检测器和荧光检测器(FLD)。在一个实施例中,至少两个浓度检测器是紫外波长λ处的UV检测器和FLD。
在一个实施例中,计算机实现的方法、系统和计算机程序产品被配置为执行:由计算机系统执行一组逻辑操作的操作,该组逻辑操作在一组分析仪器上分析病毒基因递送载体(VGDV)样品,其中该组分析仪器包括至少一台分离仪器、至少一台静态光散射(SLS)仪器和至少两个浓度检测器;由计算机系统执行一组逻辑操作的操作,该组逻辑操作相对于在激发波长下从样品收集的荧光发射数据的峰值以下的面积FLD、在紫外波长λ处从样品收集的紫外吸光度值Aλ、在紫外波长λ处的蛋白质的消光系数εA λ、使蛋白质浓度与关于FLD的荧光强度相关的比例常数εFLD,A、在紫外波长λ处的样品中的改性剂的消光系数εBλ、使改性剂浓度与关于FLD的荧光强度相关的比例常数εFLD,B来计算样品中的蛋白质的质量分数XA;由计算机系统执行一组逻辑操作的操作,该组逻辑操作相对于样品中蛋白质的质量分数XA、在紫外波长处的蛋白质的消光系数εA λ和在紫外波长处的样品中的改性剂的消光系数εB λ来计算在紫外波长下的样品的消光系数εVGDV λ;由计算机系统执行一组逻辑操作的操作,该组逻辑操作相对于样品中蛋白质的质量分数XA、使蛋白质浓度与关于FLD的荧光强度相关的比例常数εFLD,A和使改性剂浓度与关于FLD的荧光强度相关的比例常数εFLD,B来计算在激发波长下样品的消光系数εFLD,VGDV;由计算机系统执行一组逻辑操作的操作,该组逻辑操作相对于样品中蛋白质的质量分数XA、蛋白质的折射率系数(dn/dc)A和样品中改性剂的折射率系数(dn/dc)B来计算样品的折射率增量(dn/dc)VGDV;由计算机系统执行一组逻辑操作的操作,该组逻辑操作相对于在激发波长下从样品收集的荧光发射数据的峰值以下的面积FLD、样品中蛋白质的质量分数XA、使蛋白质浓度与关于FLD的荧光强度相关的比例常数εFLD,A和使改性剂浓度与关于FLD的荧光强度相关的比例常数εFLD,B来计算蛋白质的总质量mA和改性剂的总质量mB;由计算机系统执行一组逻辑操作的操作,该组逻辑操作经由下式来计算样品的总VGDV颗粒浓度CA:
CA=(mAx N)/(MAx v),
其中N是Avogrado数,并且其中MA是样品的来自衣壳蛋白摩尔质量数据源的衣壳蛋白摩尔质量。
在一个实施例中,计算样品中蛋白质的质量分数XA包括经由下式来计算样品中蛋白质的质量分数XA:
XA=((FLD xεB λ)-(AλxεFLD,B))/((AλxεFLD,A)-(AhxεFLD,B)-(FLD x vA λ)+(FLD xεB λ)),
计算在紫外波长下的样品的消光系数εVGDV λ包括经由下式来计算在紫外波长下的样品的消光系数εVODV λ:
εVGDV λ=(XAxεA λ)+((1-XA)xεB λ),
计算在激发波长下样品的消光系数εFLD,VGDV包括经由下式来计算在激发波长下样品的消光系数εFLD,VGDV:
εFLD,VGDV=(XAxεFLD,A)+((1-XA)xεFLD,B),
并且计算样品的折射率增量(dn/dc)VGDV包括经由下式来计算样品的折射率增量(dn/dc)VGDV:
(dn/dc)VGDV=(XAx(dn/dc)A)+((1-XA)x(dn/dc)B),
计算蛋白质的总质量mA包括经由下式来计算蛋白质的总质量mA:
mA=(FLD x XA)/((XAxεFLD,A)+((1-XA)xεFLD,B)),
并且计算改性剂的总质量mB包括经由下式来计算改性剂的总质量mB:
mB=(FLD x(1-XA))/((XA xεFLD,A)+((1-XA)xεFLD,B))。
在一个实施例中,UV波长λ是260nm和280nm之一。在一个实施例中,改性剂是核酸。
使用dRI和FLD的总VGDV颗粒浓度
在一个实施例中,计算机实现的方法、系统和计算机程序产品包括:(1)由计算机系统执行一组逻辑操作,该组逻辑操作在一组分析仪器上分析病毒基因递送载体(VGDV)样品,其中该组包括至少一台分离仪器、至少一台静态光散射(SLS)仪器以及至少两个浓度检测器,(2)由计算机系统执行一组逻辑操作,该组逻辑操作相对于在激发波长下从样品收集的荧光发射数据的峰值以下的面积FLD、含有样品的溶液的差分折射率dRI、蛋白质的折射率系数(dn/dc)A、样品中改性剂的折射率系数(dn/dc)B、使蛋白质浓度与关于FLD的荧光强度相关的比例常数εFLD,A、使改性剂浓度与关于FLD的荧光强度相关的比例常数εFLD,B来计算样品中蛋白质的质量分数XA,(3)由计算机系统执行一组逻辑操作,该组逻辑操作相对于样品中蛋白质的质量分数XA、蛋白质的折射率系数(dn/dc)A、样品中改性剂的折射率系数(dn/dc)B来计算样品的折射率增量(dn/dc)VGDV,(4)由计算机系统执行一组逻辑操作,该组逻辑操作相对于样品中蛋白质的质量分数XA、使蛋白质浓度与关于FLD的荧光强度相关的比例常数εFLD,A和使改性剂浓度与关于FLD的荧光强度相关的比例常数εFLD,B来计算在激发波长下样品的消光系数εFLD,VGDV,(5)由计算机系统执行一组逻辑操作,该组逻辑操作经由下式来计算样品的总VGDV颗粒浓度CA:
CA=(mAx N)/(MAx V),
其中N是Avogrado数,其中mA是蛋白质的总质量,并且其中MA是样品的来自衣壳蛋白摩尔质量数据源的衣壳蛋白摩尔质量。在一个实施例中,至少两个浓度检测器包括差分折射率(dRI)检测器和荧光检测器(FLD)。在一个实施例中,至少两个浓度检测器是dRI检测器和FLD。
在一个实施例中,计算机实现的方法、系统和计算机程序产品被配置为执行:由计算机系统执行一组逻辑操作的操作,该组逻辑操作在一组分析仪器上分析病毒基因递送载体(VGDV)样品,该组分析仪器包括至少一台分离仪器、至少一台静态光散射(SLS)仪器以及至少两台浓度检测器;以及由计算机系统执行一组逻辑操作的操作,该组逻辑操作相对于在激发波长下从样品收集的荧光发射数据的峰值以下的面积FLD、含有样品的溶液的差分折射率dRI、蛋白质的折射率系数(dn/dc)A、样品中改性剂的折射率系数(dn/dc)B、使蛋白质浓度与关于FLD的荧光强度相关的比例常数εFLD,A、使改性剂浓度与关于FLD的荧光强度相关的比例常数εFLD,B来计算样品中蛋白质的质量分数XA;由计算机系统执行一组逻辑操作的操作,该组逻辑操作相对于样品中蛋白质的质量分数XA、蛋白质的折射率系数(dn/dc)A、样品中改性剂的折射率系数(dn/dc)B来计算样品的折射率增量(dn/dc)VGDV;由计算机系统执行一组逻辑操作的操作,该组逻辑操作相对于样品中蛋白质的质量分数XA、使蛋白质浓度与关于FLD的荧光强度相关的比例常数εFLD,A和使改性剂浓度与关于FLD的荧光强度相关的比例常数εFLD,B来计算在激发波长下样品的消光系数εFLD,VGDV;由计算机系统执行一组逻辑操作的操作,该组逻辑操作经由下式来计算样品的总VGDV颗粒浓度CA:
CA=(mAx N)/(MAx v),
其中N是Avogrado数,其中mA是蛋白质的总质量,并且其中MA是样品的来自衣壳蛋白摩尔质量数据源的衣壳蛋白摩尔质量。
在一个实施例中,计算样品中蛋白质的质量分数XA包括经由下式来计算样品中蛋白质的质量分数XA:
XA=((FLDx(dn/dc)B)-(dRIxεFLD,B))/((dRIxεFLD,A)-(dRI x εFL,D,B)-(FLDx(dh/dc)A)+(FLD x(dn/dc)B)),
计算样品的折射率增量(dn/dc)VGDV包括经由下式来计算样品的折射率增量(dn/dc)VGDV:
(dn/dc)VGDV=(XAx(dn/dc)A)+((1-XA)x(dn/dc)B),
并且计算在激发波长下样品的消光系数εFLD,VGDV包括经由下式来计算在激发波长下样品的消光系数εFLD,VGDV:
εFLD,VGDV=(XAxεFLD,A)+((1-XA)xεFLD,B)。
实施例
例如,图4A、图4B和图4C描绘了该方法可以计算颗粒浓度、样品的总VGDV颗粒浓度(CA)的一致性,其中“全:空”反映了第一样品与第二样品的混合比。图4C显著表明了该方法可以很好地计算样品的衣壳含量(Cp/Vg)、(CA/CFULL))。图4A显示了SLS仪器在90度下收集的代表性数据(色谱图)。图4B表明该方法可以计算样品的总VGDV浓度。
图5描绘了该方法量化AAV样品的聚集含量的能力。图5显示了与AAV样品的UV迹线重叠的总AAV颗粒浓度。在主峰(6.5mL-7.5mL)之前洗脱(elute)的峰值是AAV聚集体。使用该方法,通过计算所有洗脱数据切片(色谱数据切片)的颗粒浓度来确定聚集度。
图6A显示荧光检测器(FLD)也可以用作浓度检测器之一。图6A显示了由处于90度的SLS仪器、UV检测器和FLD收集的代表性数据(色谱图)。图6B描绘了通过使用UV和FLD作为浓度检测器的方法分析AAV样品的摩尔质量(MM)结果/分子量(MW)结果,其与预期的摩尔质量值/预期的分子量结果一致。图6C描绘了通过使用dRI和FLD作为浓度检测器的方法分析AAV样品的分子量(MW)结果/摩尔质量(MM)结果,其与预期的分子量值/预期的摩尔质量值一致。
图7A显示通过使用离子交换色谱法(IEX)作为分离仪器的方法收集的数据。图7A显示了SLS仪器在90度下收集的代表性数据(色谱图)。图7B显示了通过使用场流分馏(FFF)作为分离仪器的方法收集的数据。图7B显示了SLS仪器在90度下收集的代表性数据(色谱图)。图7C描绘了通过使用UV和dRI作为浓度检测器并且FFF作为分离系统的方法来分析AAV样品的摩尔质量(MM)结果,其与预期的摩尔质量值/预期的分子量值一致。
计算机系统
在示例性实施例中,计算机系统是如图5所示的计算机系统500。计算机系统500仅是计算机系统的一个示例,并不旨在对本发明实施例的使用范围或功能提出任何限制。无论如何,计算机系统500能够被实现以执行和/或能够执行本发明的任何功能/操作。
计算机系统500包括计算机系统/服务器512,其与许多其他通用或专用计算系统环境或配置一起操作。可能适用于计算机系统/服务器512的众所周知的计算系统、环境和/或配置的示例包括但不限于个人计算机系统、服务器计算机系统、瘦客户端、胖客户端、手持式或膝上型设备、多处理器系统、基于微处理器的系统、机顶盒、可编程消费电子产品、网络PC、小型计算机系统、大型计算机系统以及包括上述任何系统或设备的分布式云计算环境。
在一般情况下,计算机系统/服务器512可以描述为由计算机系统执行的计算机系统可执行指令,诸如程序模块。通常,程序模块可以包括执行特定任务或实现特定抽象数据类型的例程、程序、对象、组件、逻辑和/或数据结构。计算机系统/服务器512可以在分布式云计算环境中实践,其中任务由通过通信网络链接的远程处理设备执行。在分布式云计算环境中,程序模块可能位于本地和远程计算机系统存储介质(包括内存存储设备)中。
如图5所示,计算机系统500中的计算机系统/服务器512以通用计算设备的形式示出。计算机系统/服务器512的组件可以包括但不限于一个或多个处理器或处理单元516、系统存储器528和将包括系统存储器528的各种系统组件耦连到处理器516的总线518。
总线518表示几种类型的总线结构中的任何一种或多种,包括存储器总线或存储器控制器、外围总线、加速图形端口以及使用各种总线架构中的任何一种的处理器或本地总线。作为示例而非限制,此类架构包括行业标准架构(ISA)总线、微通道架构(MCA)总线、增强型ISA(EISA)总线、视频电子标准协会(VESA)本地总线和外围组件互连(PCI)总线。
计算机系统/服务器512通常包括各种计算机系统可读介质。这样的介质可以是计算机系统/服务器512可访问的任何可用介质,并且包括易失性和非易失性介质两者、可移除和不可移除的介质。
系统存储器528可以包括易失性存储器形式的计算机系统可读介质,诸如随机存取存储器(RAM)530和/或高速缓冲存储器532。计算机系统/服务器512还可以包括其他可移除/不可移除、易失性/非易失性计算机系统存储介质。仅作为示例,可以提供存储系统534用于从不可移除、非易失性磁介质(未示出并且通常称为“硬盘驱动器”)读取和写入不可移除、非易失性磁介质。尽管未示出,可以提供用于从可移除、非易失性磁盘(例如“软盘”)读取和对其进行写入的磁盘驱动器,以及用于从可移除、非易失性光盘(诸如CD-ROM、DVD-ROM或其他光学介质)读取或对其进行写入的光盘驱动器。在这种情况下,每种都可以通过一个或多个数据介质接口连接到总线518。如以下将进一步描绘和描述的,存储器528可以包括至少一个程序产品,其具有一组(例如,至少一个)程序模块,这些程序模块被配置为实现本发明的实施例的功能/操作。
具有一组(至少一个)程序模块542的程序/实用程序540可以作为示例而非限制存储在存储器528中。示例性程序模块542可以包括操作系统、一个或多个应用程序、其他程序模块和程序数据。操作系统、一个或多个应用程序、其他程序模块和程序数据或其某种组合中的每一个都可以包括网络环境的实现。程序模块542通常执行本发明的实施例的功能和/或方法。
计算机系统/服务器512还可以与一个或多个外部设备514通信,外部设备诸如键盘、指示设备、显示器524、使用户能够与计算机系统/服务器512交互的一个或多个设备、和/或使计算机系统/服务器512能够与一个或多个其他计算设备通信的任何设备(例如,网卡、调制解调器等)。这种通信可以通过输入/输出(I/O)接口522发生。再者,计算机系统/服务器512可以经由网络适配器520与诸如局域网(LAN)、通用广域网(WAN)和/或公用网络(例如因特网)的一个或多个网络通信。如图所示,网络适配器520通过总线518与计算机系统/服务器512的其他组件通信。应当理解,虽然未示出,但是其他硬件和/或软件组件可以与计算机系统/服务器512结合使用。示例包括但不限于:微代码、设备驱动程序、冗余处理单元、外部磁盘驱动器阵列、RAID系统、磁带驱动器和数据归档存储系统。
计算机程序产品
本发明可以是系统、方法和/或计算机程序产品。计算机程序产品可以包括其上具有计算机可读程序指令的计算机可读存储介质(或媒介),用于使处理器实现本发明的各方面。
计算机可读存储介质可以是可以保留和存储指令以供指令执行设备使用的有形设备。计算机可读存储介质可以是例如但不限于电子存储设备、磁存储设备、光存储设备、电磁存储设备、半导体存储设备或前述的任何合适的组合。计算机可读存储介质的更具体示例的非详尽列表包括以下内容:便携式计算机软盘、硬盘、随机存取存储器(RAM)、只读存储器(ROM)、可擦除可编程只读存储器(EPROM或闪存)、静态随机存取存储器(SRAM)、便携式光盘只读存储器(CD-ROM)、数字通用磁盘(DVD)、记忆棒、软盘、机械编码装置(诸如其上面记录有指令的打孔卡或凹槽中的凸起结构)以及上述任何合适的组合。如本文所用,计算机可读存储介质不应被解释为瞬态信号本身,例如无线电波或其他自由传播的电磁波、通过波导或其他传输介质传播的电磁波(例如,通过光纤电缆的光脉冲)或通过电线传输的电信号。
本文描述的计算机可读程序指令可以从计算机可读存储介质下载到各个计算/处理设备,或者通过网络例如因特网、局域网、广域网和/或无线网络下载到外部计算机或外部存储设备。网络可能包括铜传输电缆、光传输光纤、无线传输、路由器、防火墙、交换机、网关计算机和/或边缘服务器。每个计算/处理设备中的网络适配卡或网络接口从网络接收计算机可读程序指令并转发该计算机可读程序指令以存储在相应计算/处理设备内的计算机可读存储介质中。
用于实现本发明的操作的计算机可读程序指令可以是汇编指令、指令集体系结构(ISA)指令、机器指令、机器相关指令、微代码、固件指令、状态设置数据或者用一种或多种编程语言的任意组合编写的源代码或对象代码,编程语言包括面向对象编程语言,诸如Smalltalk、C++或诸如此类,以及传统的过程编程语言,诸如“C”编程语言或类似的编程语言。计算机可读程序指令可以完全在用户的计算机上执行,部分在用户的计算机上作为独立的软件包执行,部分在用户的计算机上部分在远程计算机上执行,或者完全在远程计算机或服务器上执行。在后一种情况下,远程计算机可以通过任何类型的网络连接到用户的计算机,包括局域网(LAN)或广域网(WAN),或者可以(例如,使用Internet服务提供商通过Internet)连接到外部计算机。在一些实施例中,包括例如可编程逻辑电路、现场可编程门阵列(FPGA)或可编程逻辑阵列(PLA)的电子电路可以通过利用计算机可读程序指令的状态信息来执行计算机可读程序指令以个性化电子电路,以便执行本发明的各方面。
本文参考根据本发明的实施例的方法、装置(系统)和计算机程序产品的流程图图示和/或框图来描述本发明的各方面。应当理解,流程图图示和/或框图的每个框以及流程图图示和/或框图中框的组合可以通过计算机可读程序指令来实现。
可以将这些计算机可读程序指令提供给通用计算机、专用计算机或其他可编程数据处理装置的处理器以产生机器,使得经由计算机的处理器或其他可编程数据处理装置执行的指令创建用于实现流程图和/或框图的一个框或多个框中指定的功能/动作的装置。这些计算机可读程序指令也可以存储在计算机可读存储介质中,该计算机可读存储介质可以指示计算机、可编程数据处理装置和/或其他设备以特定方式运行,使得其中存储有指令的计算机可读存储介质包括制造品,其包括实施流程图和/或方框图的一个框或多个框中指定的功能/动作的各方面的指令。
计算机可读程序指令也可以加载到计算机、其他可编程数据处理装置或其他设备上,以导致在计算机、其他可编程装置或其他设备上执行一系列操作步骤,以产生计算机实现的过程,使得在计算机、其他可编程装置或其他设备上执行的指令以实现流程图和/或框图的一个框或多个框中指定的功能/动作。
附图中的流程图和框图示出了根据本发明的各种实施例的系统、方法和计算机程序产品的可能实现的体系结构、功能和操作。就此而言,流程图或框图中的每个框可以表示模块、段或指令的一部分,其包括用于实现(一个或多个)指定逻辑功能的一个或多个可执行指令。在一些替代实现方式中,框中注明的功能可能发生在图中指出的顺序之外。例如,连续显示的两个框实际上可以基本上同时执行,或者这些框有时可以以相反的顺序执行,这取决于所涉及的功能。还应注意,框图和/或流程图图示的每个框以及框图和/或流程图图示中的框的组合可以由执行指定功能或动作的或实现专用硬件和计算机指令的组合的基于专用硬件的系统来实现。
本公开的各种实施例的描述已经出于说明的目的而呈现,但不旨在穷举或限制于所公开的实施例。在不脱离所描述的实施例的范围和精神的情况下,许多修改和变化对于本领域的普通技术人员来说将是显而易见的。本文使用的术语被选择以便解释实施例的原理、实际应用或对市场中发现的技术的技术改进,或者使本领域的其他普通技术人员能够理解本文公开的实施例。
Claims (28)
1.一种计算机实现的方法,其包括:
由计算机系统执行在一组分析仪器上分析病毒基因递送载体(VGDV)样品的一组逻辑操作,
其中所述组包括至少一个分离仪器、至少一个静态光散射仪器和至少两个浓度检测器,
得到所述样品的衣壳蛋白质量mA、所述样品的改性剂质量mB和所述样品的改性剂摩尔质量MB;
从衣壳蛋白摩尔质量数据源接收所述样品的衣壳蛋白摩尔质量MA;
从注射体积数据源接收所述样品的注射体积v;和
由所述计算机系统执行经由下式来计算所述样品的总VGDV颗粒浓度CA的一组逻辑操作:
CA=(mAx N)/(MAx v),
其中N是Avogrado数。
2.根据权利要求1所述的方法,还包括:
由所述计算机系统执行在所述组上分析所述样品的一组逻辑操作,得到所述样品的所述衣壳蛋白摩尔质量;和
将所述样品的所述衣壳蛋白摩尔质量MA存储在所述衣壳蛋白摩尔质量数据源中。
3.根据权利要求1所述的方法,其中所述分析包括经由分析技术在所述组上分析所述样品,
其中所述分析技术是病毒载体分析、蛋白质缀合物分析和共聚物组成分析中的一种。
4.根据权利要求1所述的方法,其中所述至少一个分离仪器包括尺寸排阻色谱单元、场流分馏单元和离子交换色谱单元中的至少一个。
5.根据权利要求1所述的方法,其中所述至少一个静态光散射仪器包括多角度光散射仪器。
6.根据权利要求1所述的方法,其中所述至少两个浓度检测器包括第一波长λ1处的第一紫外吸光度检测器和第二波长λ2处的第二紫外吸光度检测器。
7.根据权利要求6所述的方法,
其中所述第一波长λ1为260nm,并且
其中所述第二波长λ2为280nm。
8.根据权利要求1所述的方法,其中所述至少两个浓度检测器包括波长λ处的紫外吸光度检测器和差分折射率检测器。
9.根据权利要求8所述的方法,其中所述波长λ是260nm和280nm之一。
10.根据权利要求1所述的方法,其中所述至少两个浓度检测器包括波长λ处的紫外吸光度检测器和荧光检测器。
11.根据权利要求10所述的方法,其中所述波长λ是260nm和280nm之一。
12.根据权利要求1所述的方法,其中所述至少两个浓度检测器包括差分折射率检测器和荧光检测器。
13.根据权利要求1所述的方法,其中所述样品的所述改性剂质量mB是所述样品的核酸质量。
14.根据权利要求1所述的方法,其中所述样品的所述改性剂摩尔质量MB是所述样品的核酸摩尔质量。
15.根据权利要求1所述的方法,还包括:
由所述计算机系统从全改性剂摩尔质量数据源接收全VGDV样品内的全改性剂的摩尔质量MFull;
由所述计算机系统执行经由下式来计算所述全VGDV样品的全VGDV浓度CFull的一组逻辑操作:
CFull=(mBx N)/(MFullx v);并且
由所述计算机系统执行经由下式来计算所述全VGDV样品的空VGDV浓度CEmpty的一组逻辑操作:
CEmpty=CA-CFull。
16.根据权利要求15所述的方法,还包括
由所述计算机系统执行在所述组上分析所述全VGDV样品的一组逻辑操作,
得到所述全VGDV样品内的所述全改性剂的所述摩尔质量MFull;并且
将所述全VGDV样品内的所述全改性剂的所述摩尔质量MFull存储在所述全改性剂摩尔质量数据源中。
17.根据权利要求15所述的方法,其中所述改性剂是核酸。
18.根据权利要求1所述的方法,还包括:
由所述计算机系统执行在所述组上分析所述样品的整个VGDV信号区域并且在所述组上分析所述样品的聚集峰值区域的一组逻辑操作,
得到与所述样品的所述整个VGDV信号区域对应的所述样品的VGDV整个峰值蛋白质质量mA,ent、与所述样品的所述整个VGDV信号区域对应的所述样品的VGDV整个峰值改性剂质量mB,ent、与所述样品的所述整个VGDV信号区域对应的所述样品的VGDV整个峰值蛋白质摩尔质量MA,ent、与所述样品的所述整个VGDV信号区域对应的所述样品的VGDV整个峰值改性剂摩尔质量MB,ent、与所述样品的所述聚集峰值区域对应的所述样品的VGDV聚集峰值蛋白质质量mA,agg、与所述样品的所述聚集峰值区域对应的所述样品的VGDV聚集峰值改性剂质量mB,agg、与所述样品的所述聚集峰值区域对应的所述样品的VGDV聚集峰值蛋白质摩尔质量MA,agg、与所述样品的所述聚集峰值区域对应的所述样品的VGDV聚集峰值改性剂摩尔质量MB,agg;和
由所述计算机系统执行经由下式来计算与所述样品的所述整个VGDV信号区域对应的所述样品的总VGDV整个峰值颗粒浓度CA,ent的一组逻辑操作:
CA,ent=(mA,entx N)/(MA,entx v);
由所述计算机系统执行经由下式来计算与所述样品的所述聚集峰值区域对应的所述样品的总VGDV聚集峰值颗粒浓度CA,agg的一组逻辑操作:
CA,agg=(mA,aggx N)/(MA,aggxv)。
19.根据权利要求18所述的方法,进一步包括:
由所述计算机系统执行在所述组上分析全病毒基因递送载体样品的整个VGDV信号区域并且在所述组上分析所述全样品的聚集峰值区域的一组逻辑操作,
得到与所述全样品的所述整个VGDV信号区域对应的所述全样品内的全改性剂的VGDV整个峰值摩尔质量MFull,ent以及与所述全样品的所述聚集峰值区域对应的所述全样品内的所述全改性剂的VGDV聚集峰值摩尔质量MFull,agg;
由所述计算机系统执行经由下式来计算与所述VGDV样品的所述整个VGDV信号区域对应的所述全样品的VGDV整个峰值全VGDV浓度CFull,ent的一组逻辑操作:
CFull,ent=(mB,entx N)/(MFull,entx v);
由所述计算机系统执行经由下式来计算与所述全样品的所述聚集峰值区域对应的所述全样品的VGDV聚集峰值全VGDV浓度CFull,agg的一组逻辑操作:
CFull,agg=(mB,aggx N)/(MFull,aggx v);
由所述计算机系统执行经由下式来计算与所述全样品的所述整个VGDV信号区域对应的所述全样品的VGDV整个峰值空VGDV浓度CEmpty,ent的一组逻辑操作:
CEmpty,ent=CA,ent-CFull,ent;
由所述计算机系统执行经由下式来计算与所述全样品的所述聚集峰值区域对应的所述全样品的VGDV聚集峰值空VGDV浓度CEmpty,agg的一组逻辑操作:
CEmpty,agg=CA,agg-CFull,agg。
20.一种计算机实现的方法,包括:
由计算机系统执行在一组分析仪器上分析病毒基因递送载体(VGDV)样品的一组逻辑操作,
其中所述组包括至少一个分离仪器、至少一个静态光散射仪器和至少一个浓度检测器,
得到所述样品的改性剂质量mB、所述样品的改性剂摩尔质量MB和所述样品的至少一个UV消光系数;
由所述计算机系统执行相对于来自所述至少一个浓度检测器的至少一个折射率增量值计算所述样品的衣壳蛋白质量mA和所述样品的衣壳蛋白摩尔质量MA的一组逻辑操作;
从注射体积数据源接收所述样品的注射体积v;以及
由所述计算机系统执行经由下式来计算所述样品的总VGDV颗粒浓度CA的一组逻辑操作:
CA=(mAx N)/(MAx v)
其中N是Avogrado数。
21.一种计算机实现的方法,包括:(UV-UV)
由计算机系统执行在一组分析仪器上分析病毒基因递送载体(VGDV)样品的一组逻辑操作,
其中所述组包括至少一个分离仪器、至少一个静态光散射仪器和至少两个浓度检测器;
由所述计算机系统执行相对于以下参数来计算所述样品中蛋白质的质量分数XA的一组逻辑操作:在第一波长λ1下从所述样品收集的紫外吸光度值Aλ1、在第二波长λ2处从所述样品收集的紫外吸光度值Aλ2、在所述第一波长λ1处的蛋白质的消光系数εA λ1、在所述第二波长λ2处的蛋白质的消光系数εA λ2、在所述第一波长λ1处所述样品中的改性剂的消光系数εB λ1和在所述第二波长λ2处所述样品中的改性剂的消光系数εB λ2;
由所述计算机系统执行相对于以下参数来计算在所述第一波长处所述样品的消光系数εVGDV λ1的一组逻辑操作:所述样品中的所述蛋白质的所述质量分数XA、在所述第一波长处的所述蛋白质的所述消光系数εA λ1以及在所述第一波长处的所述样品中所述改性剂的所述消光系数εB λ1;
由计算机系统执行相对于以下参数来计算在所述第二波长处所述样品的消光系数εVGDV λ2的一组逻辑操作:所述样品中所述蛋白质的所述质量分数XA、在所述第二波长处的所述蛋白质的所述消光系数εA λ2和在所述第二波长处的所述样品中的所述改性剂的所述消光系数εB λ2;
由所述计算机系统执行相对于以下参数来计算所述样品的折射率增量(dn/dc)VGDV的一组逻辑操作:所述样品中的所述蛋白质的所述质量分数XA、所述蛋白质的折射率系数(dn/dc)A和所述样品中的所述改性剂的折射率系数(dn/dc)B;
由所述计算机系统执行相对于以下参数来计算所述蛋白质的总质量mA和所述改性剂的总质量mB的一组逻辑操作:在波长λ处从所述样品中收集的紫外吸光度值Aλ、所述样品中的所述蛋白质的所述质量分数XA、在所述波长λ处的所述蛋白质的消光系数εA λ、在所述波长λ处的所述样品中改性剂的消光系数εB λ,其中所述波长λ是所述第一波长λ1和所述第二波长λ2中的一个;并且
由所述计算机系统执行经由下式计算所述样品的总VGDV颗粒浓度CA的一组逻辑操作:
CA=(mAx N)/(MAx v),
其中N是Avogrado数,
其中MA是来自衣壳蛋白摩尔质量数据源的所述样品的衣壳蛋白摩尔质量。
22.根据权利要求21所述的方法,
其中所述计算所述样品中的所述蛋白质的所述质量分数XA包括经由下式来计算所述样品中的所述蛋白质的所述质量分数XA:
XA=((Aλ1xεB λ2)-(Aλ2xεB λ1))/((Aλ2xεA λ1)-(Aλ2xεB λ1)-(Aλ1xεA λ2)+(Aλ1xεB λ2)),
其中所述计算在所述第一波长处所述样品的所述消光系数εVGDV λ1包括经由下式来计算在所述第一波长处所述样品的所述消光系数εVGDV λ1:
εVGDV λ1=(XAxεA λ1)+((1-XA)xεB λ1),
其中所述计算在所述第二波长处所述样品的所述消光系数εVGDV λ2包括经由下式来计算在所述第二波长处所述样品的所述消光系数εVGDV λ2:
εVGDV λ2=(XAxεA λ2)+((1-XA)xεB λ2),
其中所述计算所述样品的所述折射率增量(dn/dc)VGDV包括经由下式来计算所述样品的所述折射率增量(dn/dc)VGDV:
(dn/dc)VGDV=(XAx(dn/dc)A),+((1-XA)x(dn/dc)B),
其中所述计算所述蛋白质的所述总质量mA包括经由下式来计算所述蛋白质的所述总质量mA:
mA=(AλxXA)/((XAxεA λ)+((1-XA)xεB λ)),
其中所述计算所述改性剂的所述总质量mB包括经由下式来计算所述改性剂的所述总质量mB:
mB=(Aλx(1-XA))/((XAxεA λ)((1-XA)xεB λ)。
23.根据权利要求21所述的方法,
其中所述第一波长λ1为260nm,并且
其中所述第二波长λ2为280nm。
24.根据权利要求21所述的方法,其中所述改性剂是核酸。
25.一种计算机实现的方法,包括:(UV-dRI)
由计算机系统执行在一组分析仪器上分析病毒基因递送载体(VGDV)样品的一组逻辑操作,
其中所述组包括至少一个分离仪器、至少一个静态光散射仪器和至少两个浓度检测器;
由所述计算机系统执行相对于以下参数来计算所述样品中的蛋白质的质量分数XA的一组逻辑操作:在波长λ处从所述样品收集的紫外吸光度值Aλ、所述样品中的改性剂的折射率系数(dn/dc)B、包含所述样品的溶液的差分折射率dRI、在所述波长λ处的所述改性剂的消光系数εB λ、在所述波长λ处的所述蛋白质的消光系数εA λ、所述蛋白质的折射率系数(dn/dc)A;
由所述计算机系统执行相对于以下参数来计算在所述波长处所述样品的消光系数εVGDV λ的一组逻辑操作:所述样品中的所述蛋白质的所述质量分数XA、在所述波长处的所述蛋白质的所述消光系数εA λ和在所述波长处的所述样品中的所述改性剂的所述消光系数εB λ;
由所述计算机系统执行相对于以下参数来计算所述样品的折射率增量(dn/dc)VGDV的一组逻辑操作:所述样品中的所述蛋白质的所述质量分数XA、所述蛋白质的所述折射率系数(dn/dc)A和所述样品中的所述改性剂的所述折射率系数(dn/dc)B;
由所述计算机系统执行相对于以下参数来计算所述蛋白质的总质量mA和所述改性剂的总质量mB的一组逻辑操作:包含所述样品的所述溶液的所述差分折射率dRI、所述样品中的所述蛋白质的所述质量分数XA、所述蛋白质的所述折射率系数(dn/dc)A以及所述样品中的所述改性剂的所述折射率系数(dn/dc)B;以及
由所述计算机系统执行经由下式来计算所述样品的总VGDV颗粒浓度CA的一组逻辑操作:
CA=(mA x N)/(MA x V),
其中N是Avogrado数,
其中MA是来自衣壳蛋白摩尔质量数据源的所述样品的衣壳蛋白摩尔质量。
26.根据权利要求25所述的方法,
其中所述计算所述样品中的所述蛋白质的所述质量分数XA包括经由下式来计算所述样品中的所述蛋白质的所述质量分数XA:
XA=((Aλx(dn/dc)B)-(dRI xεB λ))/((dRI xεA λ)-(dRI xεB λ)-(Aλx(dn/dc)A)+(Aλx(dn/dc)B)),
其中所述计算在所述波长处所述样品的所述消光系数εVGDV λ包括经由下式来计算在所述波长处的所述样品的所述消光系数εVGDV λ:
εVGDV λ=(XA xεA λ)+((1-XA)xεB λ),
其中所述计算所述样品的所述折射率增量(dn/dc)VGDV包括经由下式来计算所述样品的所述折射率增量(dn/dc)VGDV:
(dn/dc)VGDV=(XAx(dn/dc)A)+((1-XA)x(dn/dc)B),
其中所述计算所述蛋白质的所述总质量mA包括经由下式来计算所述蛋白质的所述总质量mA:
mA=(dRI x XA)/((XAX(dn/dc)A)+((1-XA)x(dn/dc)B)),
其中所述计算所述改性剂的所述总质量mB包括经由下式来计算所述改性剂的所述总质量mB:
mB=(dRI x(1-XA))/((XAx(dn/dc)A)+((1-XA)x(dn/dc)B))。
27.根据权利要求25所述的方法,其中所述波长λ是260nm和280nm中的一个。
28.根据权利要求25所述的方法,其中所述改性剂是核酸。
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