JP2023539813A - 分離によるウイルス遺伝子デリバリビークル試料の属性の測定 - Google Patents

分離によるウイルス遺伝子デリバリビークル試料の属性の測定 Download PDF

Info

Publication number
JP2023539813A
JP2023539813A JP2023510411A JP2023510411A JP2023539813A JP 2023539813 A JP2023539813 A JP 2023539813A JP 2023510411 A JP2023510411 A JP 2023510411A JP 2023510411 A JP2023510411 A JP 2023510411A JP 2023539813 A JP2023539813 A JP 2023539813A
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
sample
vgdv
computer system
protein
wavelength
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
JP2023510411A
Other languages
English (en)
Inventor
チェン,ミシェル
パーチェル,アナトリー
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Wyatt Technology LLC
Original Assignee
Wyatt Technology LLC
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Wyatt Technology LLC filed Critical Wyatt Technology LLC
Publication of JP2023539813A publication Critical patent/JP2023539813A/ja
Pending legal-status Critical Current

Links

Images

Classifications

    • GPHYSICS
    • G16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B45/00ICT specially adapted for bioinformatics-related data visualisation, e.g. displaying of maps or networks
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N15/00Investigating characteristics of particles; Investigating permeability, pore-volume or surface-area of porous materials
    • G01N15/06Investigating concentration of particle suspensions
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N15/00Investigating characteristics of particles; Investigating permeability, pore-volume or surface-area of porous materials
    • G01N15/10Investigating individual particles
    • G01N15/14Optical investigation techniques, e.g. flow cytometry
    • G01N15/1429Signal processing
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N30/00Investigating or analysing materials by separation into components using adsorption, absorption or similar phenomena or using ion-exchange, e.g. chromatography or field flow fractionation
    • G01N30/0005Field flow fractionation
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N30/00Investigating or analysing materials by separation into components using adsorption, absorption or similar phenomena or using ion-exchange, e.g. chromatography or field flow fractionation
    • G01N30/02Column chromatography
    • G01N30/62Detectors specially adapted therefor
    • G01N30/78Detectors specially adapted therefor using more than one detector
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N30/00Investigating or analysing materials by separation into components using adsorption, absorption or similar phenomena or using ion-exchange, e.g. chromatography or field flow fractionation
    • G01N30/02Column chromatography
    • G01N30/86Signal analysis
    • G01N30/8675Evaluation, i.e. decoding of the signal into analytical information
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N15/00Investigating characteristics of particles; Investigating permeability, pore-volume or surface-area of porous materials
    • G01N15/06Investigating concentration of particle suspensions
    • G01N15/075Investigating concentration of particle suspensions by optical means
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N15/00Investigating characteristics of particles; Investigating permeability, pore-volume or surface-area of porous materials
    • G01N2015/0042Investigating dispersion of solids
    • G01N2015/0053Investigating dispersion of solids in liquids, e.g. trouble
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N21/00Investigating or analysing materials by the use of optical means, i.e. using sub-millimetre waves, infrared, visible or ultraviolet light
    • G01N21/17Systems in which incident light is modified in accordance with the properties of the material investigated
    • G01N21/25Colour; Spectral properties, i.e. comparison of effect of material on the light at two or more different wavelengths or wavelength bands
    • G01N21/31Investigating relative effect of material at wavelengths characteristic of specific elements or molecules, e.g. atomic absorption spectrometry
    • G01N21/33Investigating relative effect of material at wavelengths characteristic of specific elements or molecules, e.g. atomic absorption spectrometry using ultraviolet light
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N21/00Investigating or analysing materials by the use of optical means, i.e. using sub-millimetre waves, infrared, visible or ultraviolet light
    • G01N21/17Systems in which incident light is modified in accordance with the properties of the material investigated
    • G01N21/41Refractivity; Phase-affecting properties, e.g. optical path length
    • G01N21/4133Refractometers, e.g. differential
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N21/00Investigating or analysing materials by the use of optical means, i.e. using sub-millimetre waves, infrared, visible or ultraviolet light
    • G01N21/17Systems in which incident light is modified in accordance with the properties of the material investigated
    • G01N21/47Scattering, i.e. diffuse reflection
    • G01N21/49Scattering, i.e. diffuse reflection within a body or fluid
    • G01N21/51Scattering, i.e. diffuse reflection within a body or fluid inside a container, e.g. in an ampoule

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Dispersion Chemistry (AREA)
  • Library & Information Science (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Data Mining & Analysis (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Evolutionary Biology (AREA)
  • Medical Informatics (AREA)
  • Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
  • Theoretical Computer Science (AREA)
  • Signal Processing (AREA)
  • Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
  • Peptides Or Proteins (AREA)

Abstract

本開示は、分離を介してウイルス遺伝子デリバリビークル試料の属性を測定する装置、方法、およびシステムを説明する。一実施形態において、本方法、システム、およびコンピュータプログラム製品は、少なくとも1つの分離機器と、少なくとも1つの静的光散乱機器と、少なくとも2つの濃度検出器とを含む分析機器のセットにおいてウイルス遺伝子デリバリビークル試料を分析する一連の論理演算を実行して、試料のカプシドタンパク質質量mAと、試料の修飾因子質量mBと、試料の修飾因子モル質量MBとをもたらすことと、試料のカプシドタンパク質モル質量MAをカプシドタンパク質モル質量データソースから受け取ることと、試料の注入体積vを注入体積データソースから受け取ることと、試料の総VGDV粒子濃度CAを計算する一連の論理演算を実行することとを含む。

Description

優先権
本出願は、2020年8月11日に出願された米国特許出願第16/991,016号の優先権を主張する。
背景
本開示は、試料に関し、より具体的には、分離によるウイルス遺伝子デリバリビークル試料の属性の測定に関する。
概要
本開示は、分離によってウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料の属性を測定するコンピュータ実施方法、システム、およびコンピュータプログラム製品を記載する。例示的な実施形態においては、コンピュータ実施方法、システム、およびコンピュータプログラム製品が、(1)コンピュータシステムによって、少なくとも1つの分離機器と、少なくとも1つの静的光散乱機器と、少なくとも2つの濃度検出器とを含む分析機器のセットにおいてウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料を分析する一連の論理演算を実行して、試料のカプシドタンパク質質量mと、試料の修飾因子質量mと、試料の修飾因子モル質量Mとをもたらすことと、(2)試料のカプシドタンパク質モル質量Mをカプシドタンパク質モル質量データソースから受け取ることと、(3)試料の注入体積vを注入体積データソースから受け取ることと、(4)コンピュータシステムによって試料の総VGDV粒子濃度Cを次式によって計算する一連の論理演算を実行することとを含み、
=(m×N)/(M×v)
式中、Nはアボグラド数である。一実施形態において、試料は、レンチウイルスベクター試料である。一実施形態において、試料は、アデノウイルスベクター試料である。一実施形態において、試料は、アデノ随伴ウイルス(AAV)試料である。一実施形態において、試料の修飾因子質量mは、試料の核酸質量である。一実施形態において、試料の修飾因子モル質量Mは、試料の核酸モル質量である。
例示的な実施形態によるフローチャートを示している。 例示的な実施形態によるブロック図を示している。 例示的な実施形態によるフローチャートを示している。 例示的な実施形態によるフローチャートを示している。 例示的な実施形態によるフローチャートを示している。 例示的な実施形態によるフローチャートを示している。 例示的な実施形態によるフローチャートを示している。 一実施形態によるフローチャートを示している。 一実施形態によるフローチャートを示している。 一実施形態による装置を示している。 一実施形態による装置を示している。 一実施形態による装置を示している。 一実施形態による装置を示している。 一実施形態によるグラフを示している。 一実施形態によるグラフを示している。 一実施形態によるグラフを示している。 一実施形態によるグラフを示している。 一実施形態によるグラフを示している。 一実施形態によるグラフを示している。 一実施形態によるグラフを示している。 一実施形態によるグラフを示している。 一実施形態によるグラフを示している。 一実施形態によるグラフを示している。 例示的な実施形態によるコンピュータシステムを示している。
詳細な説明
本開示は、分離によってウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料の属性を測定するコンピュータ実施方法、システム、およびコンピュータプログラム製品を説明する。例示的な実施形態においては、コンピュータ実施方法、システム、およびコンピュータプログラム製品が、(1)コンピュータシステムによって、少なくとも1つの分離機器と、少なくとも1つの静的光散乱機器と、少なくとも2つの濃度検出器とを含む分析機器のセットにおいてウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料を分析する一連の論理演算を実行して、試料のカプシドタンパク質質量mと、試料の修飾因子質量mと、試料の修飾因子モル質量Mとをもたらすことと、(2)試料のカプシドタンパク質モル質量Mをカプシドタンパク質モル質量データソースから受け取ることと、(3)試料の注入体積vを注入体積データソースから受け取ることと、(4)コンピュータシステムによって試料の総VGDV粒子濃度Cを次式によって計算する一連の論理演算を実行することとを含み、
=(m×N)/(M×v)
式中、Nはアボグラド数である。一実施形態において、試料は、レンチウイルスベクター試料である。一実施形態において、試料は、アデノウイルスベクター試料である。一実施形態において、試料は、アデノ随伴ウイルス(AAV)試料である。一実施形態において、試料の修飾因子質量mは、試料の核酸質量である。一実施形態において、試料の修飾因子モル質量Mは、試料の核酸モル質量である。
定義
粒子
粒子は、液体試料の一構成要素であってよい。そのような粒子は、さまざまな種類およびサイズの分子、ナノ粒子、ウイルス様粒子、リポソーム、エマルジョン、細菌、およびコロイドであってよい。これらの粒子のサイズは、ナノメートル~数ミクロン程度の範囲にあってよい。
溶液中の高分子種または粒子種の分析
溶液中の高分子種または粒子種の分析を、適切な溶媒中で試料を調製し、次いで、その一定分量を、試料に含まれるさまざまな粒子種をそれらの種々の構成要素へと分離する液体クロマトグラフィ(LC)カラムまたはフィールドフローフラクショネーション(FFF)チャネルなどの分離システムへと注入することによって達成することができる。ひとたび一般的にはサイズ、質量、またはカラム親和性に基づいて分離されると、試料を、光散乱、屈折率、紫外線吸収、電気泳動移動度、および粘度応答による分析に供することができる。
光散乱
光散乱(LS)は、溶液中の高分子および広範囲に及ぶ粒子の特性を評価するための非侵襲的技術である。高分子の特性を評価するために多くの場合に用いられる2種類の光散乱検出は、静的光散乱および動的光散乱である。
動的光散乱
動的光散乱は、準弾性光散乱(QELS)および光子相関分光法(PCS)としても知られている。DLS実験では、散乱光信号の時間依存変動が、高速光検出器を使用して測定される。DLS測定は、分子または粒子の拡散係数を決定し、これを分子または粒子の流体力学半径を計算するために使用することができる。
静的光散乱
静的光散乱(SLS)は、シングルアングル光散乱(SALS)、デュアルアングル光散乱(DALS)、ローアングル光散乱(LALS)、およびマルチアングル光散乱(MALS)などのさまざまな技術を含む。SLS実験は、一般に、細い光ビームによって照射された溶液中の試料からの散乱光の絶対強度の測定を含む。そのような測定は、多くの場合に、適切な種類の粒子/分子について、試料分子または粒子のサイズおよび構造を明らかにし、試料濃度の知識と組み合わせた場合に、重量平均モル質量を明らかにするために使用される。加えて、試料濃度の関数としての散乱光の強度の非線形性を使用して、粒子間の相互作用および結合を測定することができる。
マルチアングル光散乱
マルチアングル光散乱(MALS)は、試料によって複数の角度へと散乱させられた光を測定するためのSLS技術である。これは、溶液中の分子の絶対モル質量および平均サイズの両方を、それらがどのように光を散乱させるかを検出することによって明らかにするために使用される。レーザ源からのコリメート光が最も頻繁に使用され、その場合、この技術をマルチアングルレーザ光散乱(MALLS)と呼ぶことができる。「マルチアングル」という用語は、例えば、単一の検出器を選択された特定の角度を含む或る範囲にわたって移動させることによって測定され、あるいは特定の角度位置に固定された検出器のアレイによって測定される異なる離散的な角度における散乱光の検出を指す。
MALS測定は、補助要素のセットを必要とする。それらの中でも、試料の一領域を照明する(通常は、単色光のコリメートビームを生成するレーザ源からの)コリメート光ビームまたは集束光ビームが最も重要である。ビームは、一般に、測定平面に対して垂直に平面偏光とされるが、とりわけ異方性粒子を研究する場合には、他の偏光が使用されてもよい。別の必要な要素は、測定対象の試料を保持するための光学セルである。あるいは、流動試料の測定を可能にする手段を組み込んだセルを使用してもよい。単一粒子散乱特性を測定する場合、そのような粒子を周囲の検出器からおおむね等距離の地点において光ビームを通って一度に1つずつ導入する手段が設けられなければならない。
MALSに基づく測定のほとんどは、照明ビームが通過する中心に位置する試料から通常は等距離に配置された検出器のセットを含む平面内で実行されるが、検出器が球の表面に位置し、試料が球の中心を通過するように制御され、球の中心において球の直径に沿って通過する入射光ビームの経路と交差する3次元バージョンも開発されている。MALS技術は、一般に、離散検出器のセットの出力から順次に多重化データを収集する。MALS光散乱光度計は、一般に、複数の検出器を有する。
MALS検出器内の異なる検出器は、(i)わずかに異なる量子効率および異なる利得を有する可能性があり、(ii)異なる幾何学的散乱体積を捉えている可能性があるため、各々の角度においてMALS検出器の光検出器によって捕捉された信号を正規化することが必要となり得る。これらの相違を正規化しない場合、MALS検出器の結果は、無意味になりかねず、異なる検出器角度に向かって不適切に加重されかねない。
濃度検出器
示差屈折率検出器
示差屈折率検出器(dRI)、または示差屈折計、あるいは屈折率検出器(RIまたはRID)は、溶媒に対する分析対象物の屈折率を測定する検出器である。それらは、高速液体クロマトグラフィおよびサイズ排除クロマトグラフィのための検出器として使用されることが多い。dRIは、溶媒とは異なる屈折率を有する何物も検出することができるため、万能な検出器であると考えられるが、感度が低い。光が或る物質を出て別の物質に進入するとき、光は曲がり、あるいは屈折する。物質の屈折率は、進入時に光がどの程度曲がるかの指標である。
示差屈折率検出器は、以下の2つの部分、すなわち試料用の部分および参照溶媒用の部分を備えるフローセルを含む。dRIは、両方の成分の屈折率を測定する。溶媒のみが試料成分を通過するとき、両方の成分について測定される屈折率は同じであるが、分析対象物がフローセルを通過するとき、測定される2つの屈折率は相違する。その差が、クロマトグラムにピークとして現れる。示差屈折率検出器は、サイズ排除クロマトグラフィにおけるポリマー試料の分析に使用されることが多い。dRIは、試料の濃度値に対応する濃度検出器信号値を出力することができる。
紫外-可視分光法
紫外-可視分光法または紫外-可視分光測光法(UV-VisまたはUV/Vis)は、紫外-可視スペクトル領域における吸収分光法または反射分光法を指す。紫外-可視検出器/紫外-可視分光光度計は、可視範囲および隣接範囲の光を使用し、可視範囲における吸収または反射率は、関係する化学物質について知覚される色に直接影響を及ぼし、電磁スペクトルのこの領域において、原子および分子は電子遷移を被る。このような吸収分光法は、基底状態から励起状態への遷移を測定する。紫外-可視検出器/紫外-可視分光光度計は、試料を通過する光の強度(I)を測定し、試料を通過する前の光の強度(I)と比較し、ここで、比I/Iは透過率と呼ばれ、通常は百分率(%T)として表される。吸光度Aは、下記に従って透過率に基づく。
A=-log(%T/100%)
UV-可視分光光度計を、反射率を測定するように構成することもでき、その場合、分光光度計は、試料から反射された光の強度(I)を測定し、参照材料から反射された光の強度(I)と比較し、ここで、比I/Iは反射率と呼ばれ、通常は百分率(%R)として表される。紫外吸収検出器は、試料の濃度値に対応する濃度検出器信号値を出力することができる。
アデノ随伴ウイルス
アデノ随伴ウイルス(AAV)は、ヒトに感染するが、疾患を引き起こすことがないと考えられているパルボウイルス科に属する小型のウイルス(約20nm)である。AAVは、サイズが小さく、免疫応答が軽く、そのゲノムを宿主細胞ゲノムへと特定の部位(ヒト19番染色体のAAVS1)に安定に組み込むことができるため、遺伝子治療のための魅力的なベクターとして浮上した。脊髄性筋ジストロフィーの治療のためのZolgesma(登録商標)の最近のFDAの承認、および試験番号NCT00516477(Clinicaltrials.gov)などの進行中のいくつかの有望な臨床試験において、AAVの製造プロセスは、FDAおよび他の規制機関によって課される規制の要件を満たすために、ロバストであり、信頼性があり、かつ容易に実施することができる特性評価方法を必要とする。しかしながら、ウイルスベクターの特性評価は依然として難題であり、AAV関連の臨床試験の進歩のために安全かつ高品質のAAVベクターを保証するための新たな方法を開発する必要がある。さらに、FDAは最近、特性評価方法が適切に制御されていることを実証し、社内の参照物質を認定するためのベンチマークツールとして使用することができる2つの参照標準物質(RSM)、すなわち組み換えAAV血清型2および8を開発した。これらのRSMが確立されたとき、異なる機関の間でキャプシド粒子およびベクターゲノムの決定において大きなばらつきが認められ、このことは、この分野がきわめて急速に発展しているときに前臨床研究および臨床研究においてAAVベクターの力価を判断するためのロバストな方法の必要性をさらに強調している。
AAVの特性評価は、通常は、いくつかの異なる段階、すなわち粒子力価、ベクターゲノム力価、形質導入力価、感染力価、ならびに純度および同一性の判断に分離される。粒子力価の定量化は、通常は、測定されるタンパク質に対する抗体を使用して溶液中のリガンド(タンパク質)の存在を検出するためのELISAアッセイ(酵素結合免疫吸着アッセイ)を含む。この試験は、特別な実験室で行う必要があるため、結果を得るために通常は24時間~数週間を要する。次の工程は、ウイルスゲノムの量を定量化することである。これは、通常は、ウイルスキャプシドの溶解後、したがって試料の損失後に、qPCR(定量的ポリメラーゼ連鎖反応)を使用して行われる。
得られたAAVの純度および同一性が、SDS-PAGE(ドデシル硫酸ナトリウム-ポリアクリルアミドゲル電気泳動)によって評価される。得られたウイルスカプシドタンパク質バンドが、それらの化学量論およびサイズについて評価される。しかしながら、これは、標準の使用を必要とする相対的な方法である。遺伝子ベクターの同一性は、電気泳動バンドパターンを観察し、陽性対照と比較することによって決定されている(やはり相対的手法である)。
したがって、製造時にQCにおいて容易に実施することができるロバストかつ再現性のある方法を有することが重要である。SEC-MALSは、30分未満の実行時間での迅速な試料分析を可能にし、ウイルスキャプシドの個数濃度、充てん粒子対非充てん粒子の比、タンパク質およびゲノム成分の絶対モル質量などのAAVに基づく遺伝子治療剤の重要な品質属性を判断するために使用することができる。分離によってウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料の属性を測定する必要性が存在する。
図1Aを参照すると、例示的な実施形態において、コンピュータ実施方法、システム、およびコンピュータプログラム製品が、コンピュータシステムによって、少なくとも1つの分離機器と、少なくとも1つの静的光散乱機器と、少なくとも2つの濃度検出器とを含む分析機器のセットにおいてウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料を分析する一連の論理演算を実行して、試料のカプシドタンパク質質量mと、試料の修飾因子質量mと、試料の修飾因子モル質量Mとをもたらす動作110と、試料のカプシドタンパク質モル質量Mをカプシドタンパク質モル質量データソースから受け取る動作112と、試料の注入体積vを注入体積データソースから受け取る動作114と、コンピュータシステムによって試料の総VGDV粒子濃度Cを次式によって計算する一連の論理演算を実行する動作116とを実行するように構成され、
=(m×N)/(M×v)
であり、式中、Nはアボグラド数である。
例示的な実施形態において、コンピュータシステムは、図8に示されるコンピュータシステム800などのスタンドアロンのコンピュータシステム、少なくとも一部のコンピュータが図8に示されるコンピュータシステム800などのコンピュータシステムである分散型コンピュータのネットワーク、または図8に示されるコンピュータシステム800などのクラウドコンピューティングノードサーバである。一実施形態において、コンピュータシステムは、少なくとも方法100の動作を行う分離スクリプトまたはコンピュータソフトウェアアプリケーションを介してウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料の測定属性を実行する図8に示されるとおりのコンピュータシステム800である。一実施形態において、コンピュータシステムは、少なくとも方法100の動作を行う分離スクリプトまたはコンピュータソフトウェアアプリケーションを介してウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料の測定属性を実行する図8に示されるとおりのコンピュータシステム/サーバ812である。一実施形態において、コンピュータシステムは、少なくとも方法100の動作を行う分離スクリプトまたはコンピュータソフトウェアアプリケーションを介してウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料の測定属性を実行する図8に示されるとおりの処理ユニット816である。一実施形態において、コンピュータシステムは、少なくとも方法100の動作を行う分離スクリプトまたはコンピュータソフトウェアアプリケーションを介してウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料の測定属性を実行する分析機器のプロセッサである。
一実施形態において、コンピュータシステムは、少なくとも動作110、112、114、および116を行う分離スクリプトまたはコンピュータソフトウェアアプリケーションを介してウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料の測定属性を実行する図8に示されるとおりのコンピュータシステム800である。一実施形態において、コンピュータシステムは、少なくとも動作110、112、114、および116を行う分離スクリプトまたはコンピュータソフトウェアアプリケーションを介してウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料の測定属性を実行する図8に示されるとおりのコンピュータシステム/サーバ812である。一実施形態において、コンピュータシステムは、少なくとも動作110、112、114、および116を行う分離スクリプトまたはコンピュータソフトウェアアプリケーションを介してウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料の測定属性を実行する図8に示されるとおりの処理ユニット816である。
図1Bを参照すると、例示的な実施形態において、コンピュータ実施方法、システム、およびコンピュータプログラム製品は、分析器120、受信器122、および計算器124を含む。一実施形態において、分析器120は、少なくとも1つの分離機器と、少なくとも1つの静的光散乱機器と、少なくとも2つの濃度検出器とを含む分析機器のセット130においてウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料132を分析する一連の論理演算を実行して、試料のカプシドタンパク質質量140、すなわちmと、試料の修飾因子質量142、すなわちmと、試料の修飾因子モル質量144、すなわちMとをもたらすように構成される。一実施形態において、分析器120は、動作110を実行する図8に示されるとおりのコンピュータシステム800などのコンピュータシステムを含む。一実施形態において、分析器120は、動作110を実行する図8に示されるとおりのコンピュータシステム/サーバ812などのコンピュータシステムを含む。一実施形態において、分析器120は、動作110を実行する図8に示されるとおりの処理ユニット816などのコンピュータシステムを含む。一実施形態において、分析器120は、コンピュータシステムが動作110を実行するように、図8に示されるとおりのコンピュータシステム800などのコンピュータシステム上で実行されるコンピュータソフトウェアとして実装される。一実施形態において、分析器120は、コンピュータシステムが動作110を実行するように、図8に示されるとおりのコンピュータシステム/サーバ812などのコンピュータシステム上で実行されるコンピュータソフトウェアとして実装される。一実施形態において、分析器120は、コンピュータシステムが動作110を実行するように、図8に示されるとおりの処理ユニット816などのコンピュータシステム上で実行されるコンピュータソフトウェアとして実装される。一実施形態において、分析器120は、分析器120のプロセッサ上で実行されるコンピュータソフトウェアとして動作110を実行する。
一実施形態において、受信器122は、試料のカプシドタンパク質モル質量136、すなわちMを、カプシドタンパク質モル質量データソース134から受信するように構成される。一実施形態において、受信器122は、動作112を実行する図8に示されるとおりのコンピュータシステム800などのコンピュータシステムを含む。一実施形態において、受信器122は、動作112を実行する図8に示されるとおりのコンピュータシステム/サーバ812などのコンピュータシステムを含む。一実施形態において、受信器122は、動作112を実行する図8に示されるとおりの処理ユニット816などのコンピュータシステムを含む。一実施形態において、受信器122は、コンピュータシステムが動作112を実行するように、図8に示されるとおりのコンピュータシステム800などのコンピュータシステム上で実行されるコンピュータソフトウェアとして実装される。一実施形態において、受信器122は、コンピュータシステムが動作112を実行するように、図8に示されるとおりのコンピュータシステム/サーバ812などのコンピュータシステム上で実行されるコンピュータソフトウェアとして実装される。一実施形態において、受信器122は、コンピュータシステムが動作112を実行するように、図8に示されるとおりの処理ユニット816などのコンピュータシステム上で実行されるコンピュータソフトウェアとして実装される。一実施形態において、受信器122は、受信器122のプロセッサ上で実行されるコンピュータソフトウェアとして動作112を実行する。
一実施形態において、受信器122は、試料の注入体積139、すなわちvを、注入体積データソース138から受信するように構成される。一実施形態において、受信器122は、動作114を実行する図8に示されるとおりのコンピュータシステム800などのコンピュータシステムを含む。一実施形態において、受信器122は、動作114を実行する図8に示されるとおりのコンピュータシステム/サーバ812などのコンピュータシステムを含む。一実施形態において、受信器122は、動作114を実行する図8に示されるとおりの処理ユニット816などのコンピュータシステムを含む。一実施形態において、受信器122は、コンピュータシステムが動作114を実行するように、図8に示されるとおりのコンピュータシステム800などのコンピュータシステム上で実行されるコンピュータソフトウェアとして実装される。一実施形態において、受信器122は、コンピュータシステムが動作114を実行するように、図8に示されるとおりのコンピュータシステム/サーバ812などのコンピュータシステム上で実行されるコンピュータソフトウェアとして実装される。一実施形態において、受信器122は、コンピュータシステムが動作114を実行するように、図8に示されるとおりの処理ユニット816などのコンピュータシステム上で実行されるコンピュータソフトウェアとして実装される。一実施形態において、受信器122は、受信器122のプロセッサ上で実行されるコンピュータソフトウェアとして動作114を実行する。
一実施形態において、計算器124は、試料の総VGDV粒子濃度146、すなわちCを、次式によって計算する一連の論理演算を実行するように構成され、
=(m×N)/(M×v)
であり、式中、Nはアボグラド数である。一実施形態において、計算器124は、動作116を実行する図8に示されるとおりのコンピュータシステム800などのコンピュータシステムを含む。一実施形態において、計算器124は、動作116を実行する図8に示されるとおりのコンピュータシステム/サーバ812などのコンピュータシステムを含む。一実施形態において、計算器124は、動作116を実行する図8に示されるとおりの処理ユニット816などのコンピュータシステムを含む。一実施形態において、計算器124は、コンピュータシステムが動作116を実行するように、図8に示されるとおりのコンピュータシステム800などのコンピュータシステム上で実行されるコンピュータソフトウェアとして実装される。一実施形態において、計算器124は、コンピュータシステムが動作116を実行するように、図8に示されるとおりのコンピュータシステム/サーバ812などのコンピュータシステム上で実行されるコンピュータソフトウェアとして実装される。一実施形態において、計算器124は、コンピュータシステムが動作116を実行するように、図8に示されるとおりの処理ユニット816などのコンピュータシステム上で実行されるコンピュータソフトウェアとして実装される。一実施形態において、計算器124は、計算器124のプロセッサ上で実行されるコンピュータソフトウェアとして動作116を実行する。
機器
分離機器
一実施形態において、少なくとも1つの分離機器は、サイズ排除クロマトグラフィ(SEC)ユニット、フィールドフローフラクショネーション(FFF)ユニット、およびイオン交換クロマトグラフィ(IEX)ユニットのうちの少なくとも1つを含む。一実施形態において、少なくとも1つの分離機器は、SECユニット、FFFユニット、およびIEXユニットのうちの少なくとも1つである。
静的光散乱機器
一実施形態において、少なくとも1つの静的光散乱(SLS)機器は、マルチアングル光散乱(MALS)機器を含む。一実施形態において、少なくとも1つの静的光散乱(SLS)機器は、MALS機器である。
濃度検出器
UV-UV
一実施形態において、少なくとも2つの濃度検出器は、第1の波長λ1の第1の紫外吸光度(UV)検出器と、第2の波長λ2の第2の紫外吸光度(UV)検出器とを含む。一実施形態において、少なくとも2つの濃度検出器は、第1の波長λ1の第1のUV検出器および第2の波長λ2の第2のUV検出器である。特定の実施形態において、第1の波長λ1は260nmであり、第2の波長λ2は280nmである。
UV-dRI
一実施形態において、少なくとも2つの濃度検出器は、波長λの紫外吸光度(UV)検出器と、示差屈折率(dRI)検出器とを含む。一実施形態において、少なくとも2つの濃度検出器は、波長λのUV検出器およびdRI検出器である。特定の実施形態において、波長λは、260nmおよび280nmのうちの一方である。
UV-FLD
一実施形態において、少なくとも2つの濃度検出器は、波長λの紫外吸光度(UV)検出器と、蛍光検出器(FLD)とを含む。一実施形態において、少なくとも2つの濃度検出器は、波長λのUV検出器およびFLDである。特定の実施形態において、波長λは、260nmおよび280nmのうちの一方である。
dRI-FLD
一実施形態において、少なくとも2つの濃度検出器は、示差屈折率(dRI)検出器と、蛍光検出器(FLD)とを含む。一実施形態において、少なくとも2つの濃度検出器は、dRI検出器およびFLDである。
検出器の選択
さまざまな濃度検出器の使用は、出発試料の質、濃度、および分析に利用可能な総体積に依存し得る。この方法の感度は、図3Aの表に要約される要因に依存する。
一般に、濃度検出器の各組み合わせを、以下のように使用することができる。
dRI-FLD-試料が既知の励起波長および発光波長の蛍光タグを有する場合にのみ使用される。
UV-FLD - ~1010個の粒子/mLの試料濃度用。
UV-UV - ~1011個の粒子/mLの試料濃度用。
UV-dRI - 1012個の粒子/mLを上回る試料濃度用。
機器のセット
図3Bを参照すると、一実施形態において、少なくとも1つの分離機器310は、第1の濃度検出器312に接続され、第1の濃度検出器312は、少なくとも1つのSLS機器314に接続され、少なくとも1つのSLS機器314は、第2の濃度検出器316に接続される。図3Cを参照すると、一実施形態において、少なくとも1つの分離機器320は、第1の濃度検出器322に接続され、第1の濃度検出器322は、第2の濃度検出器324に接続され、第2の濃度検出器324は、少なくとも1つのSLS機器326に接続される。図3Dを参照すると、一実施形態において、少なくとも1つの分離機器330は、少なくとも1つのSLS機器332に接続され、少なくとも1つのSLS機器332は、第1の濃度検出器334に接続され、第1の濃度検出器334は、第2の濃度検出器336に接続される。例えば、図3Eが、機器の典型的なセットを示している。
カプシドタンパク質モル質量の計算
さらなる実施形態において、コンピュータ実施方法、システム、およびコンピュータプログラム製品は、(a)コンピュータシステムによって、セットにおいて試料を分析する一連の論理演算を実行して、試料のカプシドタンパク質モル質量Mをもたらすことと、(b)試料のカプシドタンパク質モル質量Mをカプシドタンパク質モル質量データソースに保存することとをさらに含む。さらなる実施形態において、本方法、本システム、および本コンピュータプログラム製品は、(a)コンピュータシステムによって、セット130において試料を分析する一連の論理演算を実行して、試料のカプシドタンパク質モル質量136、すなわちMをもたらすことと、(b)試料のカプシドタンパク質モル質量136、すなわちMを、カプシドタンパク質モル質量データソース134に保存することとをさらに含む。
試料の分析
一実施形態において、分析することは、分析技術によってセットにおいて試料を分析することを含み、分析技術は、ウイルスベクター分析、タンパク質結合体分析、およびコポリマー組成分析のうちの1つである。一実施形態において、分析する動作110は、分析技術によってセット130において試料132を分析する動作を含み、分析技術は、ウイルスベクター分析、タンパク質結合体分析、およびコポリマー組成分析のうちの1つである。
VGDV濃度
さらなる実施形態において、コンピュータ実施方法、システム、およびコンピュータプログラム製品は、(a)コンピュータシステムによって、満VGDV試料内の満修飾因子のモル質量MFullを、満修飾因子モル質量データソースから受け取ることと、(b)コンピュータシステムによって、満VGDV試料の満VGDV濃度CFullを次式によって計算する一連の論理演算を実施することと、
Full=(m×N)/(MFull×v)
(c)コンピュータシステムによって、満VGDV試料の空VGDV濃度CEmptyを次式によって計算する一連の論理演算を実行することとをさらに含む。
Empty=C-CFull
図2Aを参照すると、コンピュータ実施方法、システム、およびコンピュータプログラム製品は、コンピュータシステムによって、満VGDV試料内の満修飾因子のモル質量MFullを、満修飾因子モル質量データソースから受け取る動作210と、コンピュータシステムによって、満VGDV試料の満VGDV濃度CFullを次式によって計算する一連の論理演算を実施する動作212と、
Full=(m×N)/(MFull×v)
コンピュータシステムによって、満VGDV試料の空VGDV濃度CEmptyを次式によって計算する一連の論理演算を実行する動作214と、実行するようにさらに構成される。
Empty=C-CFull
一実施形態において、コンピュータシステムは、少なくとも方法200の動作を行う分離スクリプトまたはコンピュータソフトウェアアプリケーションを介してウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料の測定属性を実行する図8に示されるとおりのコンピュータシステム800である。一実施形態において、コンピュータシステムは、少なくとも方法200の動作を行う分離スクリプトまたはコンピュータソフトウェアアプリケーションを介してウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料の測定属性を実行する図8に示されるとおりのコンピュータシステム/サーバ812である。一実施形態において、コンピュータシステムは、少なくとも方法200の動作を行う分離スクリプトまたはコンピュータソフトウェアアプリケーションを介してウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料の測定属性を実行する図8に示されるとおりの処理ユニット816である。一実施形態において、コンピュータシステムは、少なくとも方法200の動作を行う分離スクリプトまたはコンピュータソフトウェアアプリケーションを介してウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料の測定属性を実行する分析機器のプロセッサである。
一実施形態において、コンピュータシステムは、少なくとも動作210、212、および214を行う分離スクリプトまたはコンピュータソフトウェアアプリケーションを介してウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料の測定属性を実行する図8に示されるとおりのコンピュータシステム800である。一実施形態において、コンピュータシステムは、少なくとも動作210、212、および214を行う分離スクリプトまたはコンピュータソフトウェアアプリケーションを介してウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料の測定属性を実行する図8に示されるとおりのコンピュータシステム/サーバ812である。一実施形態において、コンピュータシステムは、少なくとも動作210、212、および214を行う分離スクリプトまたはコンピュータソフトウェアアプリケーションを介してウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料の測定属性を実行する図8に示されるとおりの処理ユニット816である。
さらなる実施形態において、本方法、本システム、および本コンピュータプログラム製品は、(a)コンピュータシステムによって、セットにおいて満VGDV試料を分析する一連の論理演算を実行して、満VGDV試料内の満修飾因子のモル質量MFullをもたらすことと、(b)満VGDV試料内の満修飾因子のモル質量MFullを満修飾因子モル質量データソースに保存することとをさらに含む。さらなる実施形態において、本方法、本システム、および本コンピュータプログラム製品は、(a)コンピュータシステムによって、セット130において満VGDV試料を分析する一連の論理演算を実行して、満VGDV試料内の満修飾因子のモル質量MFullをもたらすことと、(b)満VGDV試料内の満修飾因子のモル質量MFullを満修飾因子モル質量データソースに保存することとをさらに含む。一実施形態において、修飾因子は核酸である。
総VGDVピーク粒子濃度
さらなる実施形態において、本方法、本システム、および本コンピュータプログラム製品は、(a)コンピュータシステムによって、セットにおいて試料のVGDV信号領域全体を分析し、セットにおいて試料の凝集ピーク領域を分析する一連の論理演算を実行して、試料のVGDV信号領域全体に対応する試料のVGDV全体ピークタンパク質質量mA,ent、試料のVGDV信号領域全体に対応する試料のVGDV全体ピーク修飾物質質量mB,ent、試料のVGDV信号領域全体に対応する試料のVGDV全体ピークタンパク質モル質量MA,ent、試料のVGDV信号領域全体に対応する試料のVGDV全体ピーク修飾物質モル質量MB,ent、試料の凝集ピーク領域に対応する試料のVGDV凝集ピークタンパク質質量mA,agg、試料の凝集ピーク領域に対応する試料のVGDV凝集ピーク修飾因子質量mB,agg、試料の凝集ピーク領域に対応する試料のVGDV凝集ピークタンパク質モル質量MA,agg、および試料の凝集ピーク領域に対応する試料のVGDV凝集ピーク修飾因子モル質量MB,aggをもたらすことと、(b)コンピュータシステムによって、試料のVGDV信号領域全体に対応する試料の総VGDV全体ピーク粒子濃度CA,entを、次式によって計算する一連の論理演算を実行することと、
A,ent=(mA,ent×N)/(MA,ent×v)
(c)コンピュータシステムによって、試料の凝集ピーク領域に対応する試料の総VGDV凝集ピーク粒子濃度CA,aggを、次式によって計算する一連の論理演算を実行することとをさらに含む。
A,agg=(mA,agg×N)/(MA,agg×v)
図2Bを参照すると、本コンピュータ実施方法、本システム、および本コンピュータプログラム製品は、コンピュータシステムによって、セットにおいて試料のVGDV信号領域全体を分析し、セットにおいて試料の凝集ピーク領域を分析する一連の論理演算を実行して、試料のVGDV信号領域全体に対応する試料のVGDV全体ピークタンパク質質量mA,ent、試料のVGDV信号領域全体に対応する試料のVGDV全体ピーク修飾因子質量mB,ent、試料のVGDV信号領域全体に対応する試料のVGDV全体ピークタンパク質モル質量MA,ent、試料のVGDV信号領域全体に対応する試料のVGDV全体ピーク修飾因子モル質量MB,ent、試料の凝集ピーク領域に対応する試料のVGDV凝集ピークタンパク質質量mA,agg、試料の凝集ピーク領域に対応する試料のVGDV凝集ピーク修飾因子質量mB,agg、試料の凝集ピーク領域に対応する試料のVGDV凝集ピークタンパク質モル質量MA,agg、および試料の凝集ピーク領域に対応する試料のVGDV凝集ピーク修飾因子モル質量MB,aggをもたらす動作222と、コンピュータシステムによって、試料のVGDV信号領域全体に対応する試料の総VGDV全体ピーク粒子濃度CA,entを、次式によって計算する一連の論理演算を実行する動作224と、
A,ent=(mA,ent×N)/(MA,ent×v)
コンピュータシステムによって、試料の凝集ピーク領域に対応する試料の総VGDV凝集ピーク粒子濃度CA,aggを、次式によって計算する一連の論理演算を実行する動作226とを実行するようにさらに構成される。
A,agg=(mA,agg×N)/(MA,agg×v)
一実施形態において、コンピュータシステムは、少なくとも方法220の動作を行う分離スクリプトまたはコンピュータソフトウェアアプリケーションを介してウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料の測定属性を実行する図8に示されるとおりのコンピュータシステム800である。一実施形態において、コンピュータシステムは、少なくとも方法220の動作を行う分離スクリプトまたはコンピュータソフトウェアアプリケーションを介してウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料の測定属性を実行する図8に示されるとおりのコンピュータシステム/サーバ812である。一実施形態において、コンピュータシステムは、少なくとも方法220の動作を行う分離スクリプトまたはコンピュータソフトウェアアプリケーションを介してウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料の測定属性を実行する図8に示されるとおりの処理ユニット816である。一実施形態において、コンピュータシステムは、少なくとも方法220の動作を行う分離スクリプトまたはコンピュータソフトウェアアプリケーションを介してウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料の測定属性を実行する分析機器のプロセッサである。
一実施形態において、コンピュータシステムは、少なくとも動作222、224、および226を行う分離スクリプトまたはコンピュータソフトウェアアプリケーションを介してウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料の測定属性を実行する図8に示されるとおりのコンピュータシステム800である。一実施形態において、コンピュータシステムは、少なくとも動作222、224、および226を行う分離スクリプトまたはコンピュータソフトウェアアプリケーションを介してウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料の測定属性を実行する図8に示されるとおりのコンピュータシステム/サーバ812である。一実施形態において、コンピュータシステムは、少なくとも動作222、224、および226を行う分離スクリプトまたはコンピュータソフトウェアアプリケーションを介してウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料の測定属性を実行する図8に示されるとおりの処理ユニット816である。
さらなる実施形態において、本方法、本システム、および本コンピュータプログラム製品は、(a)コンピュータシステムによって、セットにおいて満ウイルス遺伝子デリバリビークル試料のVGDV信号領域全体を分析し、セットにおいて満試料の凝集ピーク領域を分析する一連の論理演算を実行して、満試料のVGDV信号領域全体に対応する満試料内の満修飾因子のVGDV全体ピークモル質量MFull,ent、および満試料の凝集ピーク領域に対応する満試料内の満修飾因子のVGDV凝集ピークモル質量MFull,aggをもたらすことと、(b)コンピュータシステムによって、VGDV試料のVGDV信号領域全体に対応する満試料のVGDV全体ピーク満VGDV濃度CFull,entを次式によって計算する一連の論理演算を実行することと、
Full,ent=(mB,ent×N)/(MFull,ent×v)
(c)コンピュータシステムによって、満試料の凝集ピーク領域に対応する満試料のVGDV凝集ピーク満VGDV濃度CFull,aggを次式によって計算する一連の論理演算を実行することと、
Full,agg=(mB,agg×N)/(MFull,agg×v)
(d)コンピュータシステムによって、満試料のVGDV信号領域全体に対応する満試料のVGDV全体ピーク空VGDV濃度CEmpty,entを次式によって計算する一連の論理演算を実行することと、
Empty,ent=CA,ent-CFull,ent
(e)コンピュータシステムによって、満試料の凝集ピーク領域に対応する満試料のVGDV凝集ピーク空VGDV濃度CEmpty,aggを次式によって計算する一連の論理演算を実行することと、
をさらに含む。
Empty,agg=CA,agg-CFull,agg
さらなる実施形態において、本方法、本システム、および本コンピュータプログラム製品は、(a)コンピュータシステムによって、セット130において満ウイルス遺伝子デリバリビークル試料のVGDV信号領域全体を分析し、セット130において満試料の凝集ピーク領域を分析する一連の論理演算を実行して、満試料のVGDV信号領域全体に対応する満試料内の満修飾因子のVGDV全体ピークモル質量MFull,ent、および満試料の凝集ピーク領域に対応する満試料内の満修飾因子のVGDV凝集ピークモル質量MFull,aggをもたらすことと、(b)コンピュータシステムによって、VGDV試料のVGDV信号領域全体に対応する満試料のVGDV全体ピーク満VGDV濃度CFull,entを次式によって計算する一連の論理演算を実行することと、
Full,ent=(mB,ent×N)/(MFull,ent×v)
(c)コンピュータシステムによって、満試料の凝集ピーク領域に対応する満試料のVGDV凝集ピーク満VGDV濃度CFull,aggを次式によって計算する一連の論理演算を実行することと、
Full,agg=(mB,agg×N)/(MFull,agg×v)
(d)コンピュータシステムによって、満試料のVGDV信号領域全体に対応する満試料のVGDV全体ピーク空VGDV濃度CEmpty,entを次式によって計算する一連の論理演算を実行することと、
Empty,ent=CA,ent-CFull,ent
(e)コンピュータシステムによって、満試料の凝集ピーク領域に対応する満試料のVGDV凝集ピーク空VGDV濃度CEmpty,aggを次式によって計算する一連の論理演算を実行することと、
をさらに含む。
Empty,agg=CA,agg-CFull,agg
総VGDV粒子濃度の近似
例示的な実施形態において、本コンピュータ実施方法、本システム、および本コンピュータプログラム製品は、(1)コンピュータシステムによって、少なくとも1つの分離機器と、少なくとも1つの静的光散乱(SLS)機器と、少なくとも1つの濃度検出器とを含む分析機器のセットにおいてウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料を分析する一連の論理演算を実行して、試料の修飾因子質量mと、試料の修飾因子モル質量Mと、試料の少なくとも1つのUV吸光係数とをもたらすことと、(2)少なくとも1つの濃度検出器からの少なくとも1つの屈折率増分値に関して試料のカプシドタンパク質質量mおよび試料のカプシドタンパク質モル質量Mを計算する一連の論理演算を実行することと、(3)試料の注入体積vを注入体積データソースから受け取ることと、(4)コンピュータシステムによって試料の総VGDV粒子濃度Cを次式によって計算する一連の論理演算を実行することとを含み、
=(m×N)/(M×v)
であり、式中、Nはアボグラド数である。一実施形態において、少なくとも1つの濃度検出器は、dRI検出器である。
図1Cを参照すると、例示的な実施形態において、本コンピュータ実施方法、本システム、および本コンピュータプログラム製品は、コンピュータシステムによって、少なくとも1つの分離機器と、少なくとも1つの静的光散乱(SLS)機器と、少なくとも1つの濃度検出器とを含む分析機器のセットにおいてウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料を分析する一連の論理演算を実行して、試料の修飾因子質量mと、試料の修飾因子モル質量Mと、試料の少なくとも1つのUV吸光係数とをもたらす動作152と、コンピュータシステムによって、少なくとも1つの濃度検出器からの少なくとも1つの屈折率増分値に関して試料のカプシドタンパク質質量mおよび試料のカプシドタンパク質モル質量Mを計算する一連の論理演算を実行する動作154と、試料の注入体積vを注入体積データソースから受け取る動作156と、(4)コンピュータシステムによって試料の総VGDV粒子濃度Cを次式によって計算する一連の論理演算を実行する動作158とを実行するように構成され、
=(m×N)/(M×v)
であり、式中、Nはアボグラド数である。
例示的な実施形態において、コンピュータシステムは、図8に示されるコンピュータシステム800などのスタンドアロンのコンピュータシステム、少なくとも一部のコンピュータが図8に示されるコンピュータシステム800などのコンピュータシステムである分散型コンピュータのネットワーク、または図8に示されるコンピュータシステム800などのクラウドコンピューティングノードサーバである。一実施形態において、コンピュータシステムは、少なくとも方法150の動作を行う分離スクリプトまたはコンピュータソフトウェアアプリケーションを介してウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料の測定属性を実行する図8に示されるとおりのコンピュータシステム800である。一実施形態において、コンピュータシステムは、少なくとも方法150の動作を行う分離スクリプトまたはコンピュータソフトウェアアプリケーションを介してウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料の測定属性を実行する図8に示されるとおりのコンピュータシステム/サーバ812である。一実施形態において、コンピュータシステムは、少なくとも方法150の動作を行う分離スクリプトまたはコンピュータソフトウェアアプリケーションを介してウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料の測定属性を実行する図8に示されるとおりの処理ユニット816である。一実施形態において、コンピュータシステムは、少なくとも方法150の動作を行う分離スクリプトまたはコンピュータソフトウェアアプリケーションを介してウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料の測定属性を実行する分析機器のプロセッサである。
一実施形態において、コンピュータシステムは、少なくとも動作152、154、156、および158を行う分離スクリプトまたはコンピュータソフトウェアアプリケーションを介してウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料の測定属性を実行する図8に示されるとおりのコンピュータシステム800である。一実施形態において、コンピュータシステムは、少なくとも動作152、154、156、および158を行う分離スクリプトまたはコンピュータソフトウェアアプリケーションを介してウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料の測定属性を実行する図8に示されるとおりのコンピュータシステム/サーバ812である。一実施形態において、コンピュータシステムは、少なくとも動作152、154、156、および158を行う分離スクリプトまたはコンピュータソフトウェアアプリケーションを介してウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料の測定属性を実行する図8に示されるとおりの処理ユニット816である。
UV検出器による総VGDV粒子濃度
例示的な実施形態において、本コンピュータ実施方法、本システム、および本コンピュータプログラム製品は、(1)コンピュータシステムによって、少なくとも1つの分離機器と、少なくとも1つの静的光散乱(SLS)機器と、少なくとも2つの濃度検出器とを含む分析機器のセットにおいてウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料を分析する一連の論理演算を実行することと、(2)コンピュータシステムによって、第1の波長λ1において試料から収集された紫外吸光度値Aλ1、第2の波長λ2において試料から収集された紫外吸光度値Aλ2、第1の波長λ1におけるタンパク質の吸光係数ε λ1、第2の波長λ2におけるタンパク質の吸光係数ε λ2、第1の波長λ1における試料内の修飾因子の吸光係数ε λ1、および第2の波長λ2における試料内の修飾因子の吸光係数ε λ2に関して試料中のタンパク質の質量分率Xを計算する一連の論理演算を実行することと、(3)コンピュータシステムによって、試料中のタンパク質の質量分率X、第1の波長におけるタンパク質の吸光係数ε λ1、および第1の波長における試料内の修飾因子の吸光係数ε λ1に関して第1の波長における試料の吸光係数εVGDV λ1を計算する一連の論理演算を実行することと、(4)コンピュータシステムによって、試料中のタンパク質の質量分率X、第2の波長におけるタンパク質の吸光係数ε λ2、および第2の波長における試料内の修飾因子の吸光係数ε λ2に関して第2の波長における試料の吸光係数εVGDV λ2を計算する一連の論理演算を実行することと、(5)コンピュータシステムによって、試料中のタンパク質の質量分率X、タンパク質の屈折率係数(dn/dc)、および試料中の修飾因子の屈折率係数(dn/dc)に関して、試料の屈折率増分(dn/dc)VGDVを計算する一連の論理演算を実行することと、(6)コンピュータシステムによって、第1の波長λ1および第2の波長λ2のうちの一方である波長λにおいて試料から収集された紫外吸光度値Aλ、試料中のタンパク質の質量分率X、波長λにおけるタンパク質の吸光係数ε λ、および波長λにおける試料中の修飾因子の吸光係数ε λに関して、タンパク質の総質量mおよび修飾因子の総質量mを計算する一連の論理演算を実行することと、(7)コンピュータシステムによって、試料の総VGDV粒子濃度Cを次式によって計算する一連の論理演算を実行することとを含み、
=(m×N)/(M×v)
式中、Nはアボグラド数であり、Mはカプシドタンパク質モル質量データソースからの試料のカプシドタンパク質モル質量である。一実施形態において、少なくとも2つの濃度検出器は、第1の波長λ1の第1の紫外吸光度(UV)検出器と、第2の波長λ2の第2の紫外吸光度(UV)検出器とを含む。一実施形態において、少なくとも2つの濃度検出器は、第1の波長λ1の第1の紫外吸光度(UV)検出器および第2の波長λ2の第2の紫外吸光度(UV)検出器である。
図1Dおよび図1Eを参照すると、例示的な実施形態において、本コンピュータ実施方法、本システム、および本コンピュータプログラム製品は、コンピュータシステムによって、少なくとも1つの分離機器と、少なくとも1つの静的光散乱(SLS)機器と、少なくとも2つの濃度検出器とを含む分析機器のセットにおいてウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料を分析する一連の論理演算を実行する動作161と、コンピュータシステムによって、第1の波長λ1において試料から収集された紫外吸光度値Aλ1、第2の波長λ2において試料から収集された紫外吸光度値Aλ2、第1の波長λ1におけるタンパク質の吸光係数ε λ1、第2の波長λ2におけるタンパク質の吸光係数ε λ2、第1の波長λ1における試料内の修飾因子の吸光係数ε λ1、および第2の波長λ2における試料内の修飾因子の吸光係数ε λ2に関して試料中のタンパク質の質量分率Xを計算する一連の論理演算を実行する動作162と、コンピュータシステムによって、試料中のタンパク質の質量分率X、第1の波長におけるタンパク質の吸光係数ε λ1、および第1の波長における試料内の修飾因子の吸光係数ε λ1に関して第1の波長における試料の吸光係数εVGDV λ1を計算する一連の論理演算を実行する動作163と、コンピュータシステムによって、試料中のタンパク質の質量分率X、第2の波長におけるタンパク質の吸光係数ε λ2、および第2の波長における試料内の修飾因子の吸光係数ε λ2に関して第2の波長における試料の吸光係数εVGDV λ2を計算する一連の論理演算を実行する動作164と、コンピュータシステムによって、試料中のタンパク質の質量分率X、タンパク質の屈折率係数(dn/dc)、および試料中の修飾因子の屈折率係数(dn/dc)に関して、試料の屈折率増分(dn/dc)VGDVを計算する一連の論理演算を実行する動作165と、コンピュータシステムによって、第1の波長λ1および第2の波長λ2のうちの一方である波長λにおいて試料から収集された紫外吸光度値Aλ、試料中のタンパク質の質量分率X、波長λにおけるタンパク質の吸光係数ε λ、および波長λにおける試料中の修飾因子の吸光係数ε λに関して、タンパク質の総質量mおよび修飾因子の総質量mを計算する一連の論理演算を実行する動作166と、コンピュータシステムによって、試料の総VGDV粒子濃度Cを次式によって計算する一連の論理演算を実行する動作167とを実行するように構成され、
=(m×N)/(M×v)
式中、Nはアボグラド数であり、Mはカプシドタンパク質モル質量データソースからの試料のカプシドタンパク質モル質量である。
例示的な実施形態において、コンピュータシステムは、図8に示されるコンピュータシステム800などのスタンドアロンのコンピュータシステム、少なくとも一部のコンピュータが図8に示されるコンピュータシステム800などのコンピュータシステムである分散型コンピュータのネットワーク、または図8に示されるコンピュータシステム800などのクラウドコンピューティングノードサーバである。一実施形態において、コンピュータシステムは、少なくとも方法160の動作を行う分離スクリプトまたはコンピュータソフトウェアアプリケーションを介してウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料の測定属性を実行する図8に示されるとおりのコンピュータシステム800である。一実施形態において、コンピュータシステムは、少なくとも方法160の動作を行う分離スクリプトまたはコンピュータソフトウェアアプリケーションを介してウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料の測定属性を実行する図8に示されるとおりのコンピュータシステム/サーバ812である。一実施形態において、コンピュータシステムは、少なくとも方法160の動作を行う分離スクリプトまたはコンピュータソフトウェアアプリケーションを介してウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料の測定属性を実行する図8に示されるとおりの処理ユニット816である。一実施形態において、コンピュータシステムは、少なくとも方法160の動作を行う分離スクリプトまたはコンピュータソフトウェアアプリケーションを介してウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料の測定属性を実行する分析機器のプロセッサである。
一実施形態において、コンピュータシステムは、少なくとも動作161、162、163、164、165、166、および167を行う分離スクリプトまたはコンピュータソフトウェアアプリケーションを介してウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料の測定属性を実行する図8に示されるとおりのコンピュータシステム800である。一実施形態において、コンピュータシステムは、少なくとも動作161、162、163、164、165、166、および167を行う分離スクリプトまたはコンピュータソフトウェアアプリケーションを介してウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料の測定属性を実行する図8に示されるとおりのコンピュータシステム/サーバ812である。一実施形態において、コンピュータシステムは、少なくとも動作161、162、163、164、165、166、および167を行う分離スクリプトまたはコンピュータソフトウェアアプリケーションを介してウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料の測定属性を実行する図8に示されるとおりの処理ユニット816である。
一実施形態において、試料中のタンパク質の質量分率Xを計算することは、次式によって試料中のタンパク質の質量分率Xを計算することを含み、
=((Aλ1×ε λ2)-(Aλ2×ε λ1))/((Aλ2×ε λ1)-(Aλ2×ε λ1)-(Aλ1×ε λ2)+(Aλ1×ε λ2))
第1の波長における試料の吸光係数εVGDV λ1を計算することは、次式によって第1の波長における試料の吸光係数εVGDV λ1を計算することを含み、
εVGDV λ1=(X×ε λ1)+((1-X)×ε λ1
第2の波長における試料の吸光係数εVGDV λ2を計算することは、次式によって第2の波長における試料の吸光係数εVGDV λ2を計算することを含み、
εVGDV λ2=(X×ε λ2)+((1-X)×ε λ2
試料の屈折率増分(dn/dc)VGDVを計算することは、次式によって試料の屈折率増分(dn/dc)VGDVを計算することを含み、
(dn/dc)VGDV=(X×(dn/dc))+((1-X)×(dn/dc)
タンパク質の総質量mを計算することは、次式によってタンパク質の総質量mを計算することを含み、
=(Aλ×X)/((X×ε λ)+((1-X)×ε λ))
修飾因子の総質量mを計算することは、次式によって修飾因子の総質量mを計算することを含む。
=(Aλ×(1-X))/((X×ε λ)+((1-X)×ε λ))
一実施形態において、試料中のタンパク質の質量分率Xを計算する計算動作162は、次式によって試料中のタンパク質の質量分率Xを計算することを含み、
=((Aλ1×ε λ2)-(Aλ2×ε λ1))/((Aλ2×ε λ1)-(Aλ2×ε λ1)-(Aλ1×ε λ2)+(Aλ1×ε λ2))
第1の波長における試料の吸光係数εVGDV λ1を計算する計算動作163は、次式によって第1の波長における試料の吸光係数εVGDV λ1を計算することを含み、
εVGDV λ1=(X×ε λ1)+((1-X)×ε λ1
第2の波長における試料の吸光係数εVGDV λ2を計算する計算動作164は、次式によって第2の波長における試料の吸光係数εVGDV λ2を計算することを含み、
εVGDV λ2=(X×ε λ2)+((1-X)×ε λ2
試料の屈折率増分(dn/dc)VGDVを計算する計算動作165は、次式によって試料の屈折率増分(dn/dc)VGDVを計算することを含み、
(dn/dc)VGDV=(X×(dn/dc))+((1-X)×(dn/dc)
タンパク質の総質量mを計算する計算動作166は、次式によってタンパク質の総質量mを計算することを含み、
=(Aλ×X)/((X×ε λ)+((1-X)×ε λ))
修飾因子の総質量mを計算する計算動作167は、次式によって修飾因子の総質量mを計算することを含む。
=(Aλ×(1-X))/((X×ε λ)+((1-X)×ε λ))
一実施形態において、第1の波長λ1は260nmであり、第2の波長λ2は280nmである。一実施形態において、修飾因子は核酸である。
UV検出器およびdRI検出器による総VGDV粒子濃度
例示的な実施形態において、本コンピュータ実施方法、本システム、および本コンピュータプログラム製品は、(1)コンピュータシステムによって、少なくとも1つの分離機器と、少なくとも1つの静的光散乱(SLS)機器と、少なくとも2つの濃度検出器とを含む分析機器のセットにおいてウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料を分析する一連の論理演算を実行することと、(2)コンピュータシステムによって、波長λにおいて試料から収集された紫外吸光度値Aλ、試料内の修飾因子の屈折率係数(dn/dc)、試料を含む溶液の示差屈折率dRI、波長λにおける修飾因子の吸光係数ε λ、波長λにおけるタンパク質の吸光係数ε λ、およびタンパク質の屈折率係数(dn/dc)に関して試料中のタンパク質の質量分率Xを計算する一連の論理演算を実行することと、(3)コンピュータシステムによって、試料中のタンパク質の質量分率X、第1の波長におけるタンパク質の吸光係数ε λ、および波長における試料内の修飾因子の吸光係数ε λに関して、波長における試料の吸光係数εVGDV λを計算する一連の論理演算を実行することと、(4)コンピュータシステムによって、試料中のタンパク質の質量分率X、タンパク質の屈折率係数(dn/dc)、および試料中の修飾因子の屈折率係数(dn/dc)に関して、試料の屈折率増分(dn/dc)VGDVを計算する一連の論理演算を実行することと、(5)コンピュータシステムによって、試料を含む溶液の示差屈折率dRI、試料中のタンパク質の質量分率X、タンパク質の屈折率係数(dn/dc)、および試料中の修飾因子の屈折率係数(dn/dc)に関して、タンパク質の総質量mおよび修飾因子の総質量mを計算する一連の論理演算を実行することと、(6)コンピュータシステムによって、試料の総VGDV粒子濃度Cを次式によって計算する一連の論理演算を実行することとを含み、
=(m×N)/(M×v)
式中、Nはアボグラド数であり、Mはカプシドタンパク質モル質量データソースからの試料のカプシドタンパク質モル質量である。一実施形態において、少なくとも2つの濃度検出器は、波長λの紫外吸光度(UV)検出器と、示差屈折率(dRI)検出器とを含む。一実施形態において、少なくとも2つの濃度検出器は、波長λのUV検出器およびdRI検出器である。
図1Fおよび図1Gを参照すると、例示的な実施形態において、本コンピュータ実施方法、本システム、および本コンピュータプログラム製品は、コンピュータシステムによって、少なくとも1つの分離機器と、少なくとも1つの静的光散乱(SLS)機器と、少なくとも2つの濃度検出器とを含む分析機器のセットにおいてウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料を分析する一連の論理演算を実行する動作171と、コンピュータシステムによって、波長λにおいて試料から収集された紫外吸光度値Aλ、試料内の修飾因子の屈折率係数(dn/dc)、試料を含む溶液の示差屈折率dRI、波長λにおける修飾因子の吸光係数ε λ、波長λにおけるタンパク質の吸光係数ε λ、およびタンパク質の屈折率係数(dn/dc)に関して試料中のタンパク質の質量分率Xを計算する一連の論理演算を実行する動作172と、コンピュータシステムによって、試料中のタンパク質の質量分率X、波長におけるタンパク質の吸光係数ε λ、および波長における試料内の修飾因子の吸光係数ε λに関して、波長における試料の吸光係数εVGDV λを計算する一連の論理演算を実行する動作173と、コンピュータシステムによって、試料中のタンパク質の質量分率X、タンパク質の屈折率係数(dn/dc)、および試料中の修飾因子の屈折率係数(dn/dc)に関して、試料の屈折率増分(dn/dc)VGDVを計算する一連の論理演算を実行する動作174と、コンピュータシステムによって、試料を含む溶液の示差屈折率dRI、試料中のタンパク質の質量分率X、タンパク質の屈折率係数(dn/dc)、および試料中の修飾因子の屈折率係数(dn/dc)に関して、タンパク質の総質量mおよび修飾因子の総質量mを計算する一連の論理演算を実行する動作175と、コンピュータシステムによって、試料の総VGDV粒子濃度Cを次式によって計算する一連の論理演算を実行する操作176とを実行するように構成され、
=(m×N)/(M×v)
式中、Nはアボグラド数であり、Mはカプシドタンパク質モル質量データソースからの試料のカプシドタンパク質モル質量である。
例示的な実施形態において、コンピュータシステムは、図8に示されるコンピュータシステム800などのスタンドアロンのコンピュータシステム、少なくとも一部のコンピュータが図8に示されるコンピュータシステム800などのコンピュータシステムである分散型コンピュータのネットワーク、または図8に示されるコンピュータシステム800などのクラウドコンピューティングノードサーバである。一実施形態において、コンピュータシステムは、少なくとも方法170の動作を行う分離スクリプトまたはコンピュータソフトウェアアプリケーションを介してウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料の測定属性を実行する図8に示されるとおりのコンピュータシステム800である。一実施形態において、コンピュータシステムは、少なくとも方法170の動作を行う分離スクリプトまたはコンピュータソフトウェアアプリケーションを介してウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料の測定属性を実行する図8に示されるとおりのコンピュータシステム/サーバ812である。一実施形態において、コンピュータシステムは、少なくとも方法170の動作を行う分離スクリプトまたはコンピュータソフトウェアアプリケーションを介してウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料の測定属性を実行する図8に示されるとおりの処理ユニット816である。一実施形態において、コンピュータシステムは、少なくとも方法170の動作を行う分離スクリプトまたはコンピュータソフトウェアアプリケーションを介してウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料の測定属性を実行する分析機器のプロセッサである。
一実施形態において、コンピュータシステムは、少なくとも動作171、172、173、174、175、および176を行う分離スクリプトまたはコンピュータソフトウェアアプリケーションを介してウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料の測定属性を実行する図8に示されるとおりのコンピュータシステム800である。一実施形態において、コンピュータシステムは、少なくとも動作171、172、173、174、175、および176を行う分離スクリプトまたはコンピュータソフトウェアアプリケーションを介してウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料の測定属性を実行する図8に示されるとおりのコンピュータシステム/サーバ812である。一実施形態において、コンピュータシステムは、少なくとも動作171、172、173、174、175、および176を行う分離スクリプトまたはコンピュータソフトウェアアプリケーションを介してウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料の測定属性を実行する図8に示されるとおりの処理ユニット816である。
一実施形態において、試料中のタンパク質の質量分率Xを計算することは、次式によって試料中のタンパク質の質量分率Xを計算することを含み、
=((Aλ×(dn/dc))-(dRI×ε λ))/((dRI×ε λ)-(dRI×ε λ)-(Aλ×(dn/dc))+(Aλ×(dn/dc)))
波長における試料の吸光係数εVGDV λを計算することは、次式によって波長における試料の吸光係数εVGDV λを計算することを含み、
εVGDV λ=(X×ε λ)+((1-X)×ε λ
試料の屈折率増分(dn/dc)VGDVを計算することは、次式によって試料の屈折率増分(dn/dc)VGDVを計算することを含み、
(dn/dc)VGDV=(X×(dn/dc))+((1-X)×(dn/dc)
タンパク質の総質量mを計算することは、次式によってタンパク質の総質量mを計算することを含み、
=(dRI×X)/((X×(dn/dc))+((1-X)×(dn/dc)))
修飾因子の総質量mを計算することは、次式によって修飾因子の総質量mを計算することを含む。
=(dRI×(1-X))/((X×(dn/dc))+((1-X)×(dn/dc)))
一実施形態において、波長λは、260nmおよび280nmのうちの一方である。一実施形態において、修飾因子は核酸である。
UV検出器およびFLDによる総VGDV粒子濃度
一実施形態において、本コンピュータ実施方法、本システム、および本コンピュータプログラム製品は、(1)コンピュータシステムによって、少なくとも1つの分離機器と、少なくとも1つの静的光散乱(SLS)機器と、少なくとも2つの濃度検出器とを含む分析機器のセットにおいてウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料を分析する一連の論理演算を実行することと、(2)コンピュータシステムによって、励起波長において試料から収集された蛍光発光データのピーク下面積FLD、紫外波長λにおいて試料から収集された紫外吸光度値Aλ、紫外波長λにおけるタンパク質の吸光係数ε λ、タンパク質の濃度をFLDに関する蛍光強度に関連付ける比例定数εFLD,A、紫外波長λにおける試料内の修飾因子の吸光係数ε λ、および修飾因子の濃度をFLDに関する蛍光強度に関連付ける比例定数εFLD,Bに関して、試料中のタンパク質の質量分率Xを計算する一連の論理演算を実行することと、(3)コンピュータシステムによって、試料中のタンパク質の質量分率X、紫外波長におけるタンパク質の吸光係数ε λ、および紫外波長における試料内の修飾因子の吸光係数ε λに関して紫外波長における試料の吸光係数εVGDV λを計算する一連の論理演算を実行することと、(4)コンピュータシステムによって、試料中のタンパク質の質量分率X、タンパク質の濃度をFLDに関する蛍光強度に関連付ける比例定数εFLD,A、および修飾因子の濃度をFLDに関する蛍光強度に関連付ける比例定数εFLD,Bに関して励起波長における試料の吸光係数εFLD,VGDVを計算する一連の論理演算を実行することと、(5)コンピュータシステムによって、試料中のタンパク質の質量分率X、タンパク質の屈折率係数(dn/dc)、および試料中の修飾因子の屈折率係数(dn/dc)に関して、試料の屈折率増分(dn/dc)VGDVを計算する一連の論理演算を実行することと、(6)コンピュータシステムによって、励起波長において試料から収集された蛍光発光データのピーク下面積FLD、試料中のタンパク質の質量分率X、タンパク質の濃度をFLDに関する蛍光強度に関連付ける比例定数εFLD,A、および修飾因子の濃度をFLDに関する蛍光強度に関連付ける比例定数εFLD,Bに関して、タンパク質の総質量mおよび修飾因子の総質量mを計算する一連の論理演算を実行することと、(7)コンピュータシステムによって、試料の総VGDV粒子濃度Cを次式によって計算する一連の論理演算を実行することとを含み、
=(m×N)/(M×v)
式中、Nはアボグラド数であり、Mはカプシドタンパク質モル質量データソースからの試料のカプシドタンパク質モル質量である。一実施形態において、少なくとも2つの濃度検出器は、紫外波長λの紫外吸光度(UV)検出器と、蛍光検出器(FLD)とを含む。一実施形態において、少なくとも2つの濃度検出器は、紫外波長λのUV検出器およびFLDである。
一実施形態において、本コンピュータ実施方法、本システム、および本コンピュータプログラム製品は、コンピュータシステムによって、少なくとも1つの分離機器と、少なくとも1つの静的光散乱(SLS)機器と、少なくとも2つの濃度検出器とを含む分析機器のセットにおいてウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料を分析する一連の論理演算を実行する動作と、コンピュータシステムによって、励起波長において試料から収集された蛍光発光データのピーク下面積FLD、紫外波長λにおいて試料から収集された紫外吸光度値Aλ、紫外波長λにおけるタンパク質の吸光係数ε λ、タンパク質の濃度をFLDに関する蛍光強度に関連付ける比例定数εFLD,A、紫外波長λにおける試料内の修飾因子の吸光係数ε λ、および修飾因子の濃度をFLDに関する蛍光強度に関連付ける比例定数εFLD,Bに関して、試料中のタンパク質の質量分率Xを計算する一連の論理演算を実行する動作と、コンピュータシステムによって、試料中のタンパク質の質量分率X、紫外波長におけるタンパク質の吸光係数ε λ、および紫外波長における試料内の修飾因子の吸光係数ε λに関して紫外波長における試料の吸光係数εVGDV λを計算する一連の論理演算を実行する動作と、コンピュータシステムによって、試料中のタンパク質の質量分率X、タンパク質の濃度をFLDに関する蛍光強度に関連付ける比例定数εFLD,A、および修飾因子の濃度をFLDに関する蛍光強度に関連付ける比例定数εFLD,Bに関して励起波長における試料の吸光係数εFLD,VGDVを計算する一連の論理演算を実行する動作と、コンピュータシステムによって、試料中のタンパク質の質量分率X、タンパク質の屈折率係数(dn/dc)、および試料中の修飾因子の屈折率係数(dn/dc)に関して、試料の屈折率増分(dn/dc)VGDVを計算する一連の論理演算を実行する動作と、コンピュータシステムによって、励起波長において試料から収集された蛍光発光データのピーク下面積FLD、試料中のタンパク質の質量分率X、タンパク質の濃度をFLDに関する蛍光強度に関連付ける比例定数εFLD,A、および修飾因子の濃度をFLDに関する蛍光強度に関連付ける比例定数εFLD,Bに関して、タンパク質の総質量mおよび修飾因子の総質量mを計算する一連の論理演算を実行する動作と、コンピュータシステムによって、試料の総VGDV粒子濃度Cを次式によって計算する一連の論理演算を実行する動作とを実行するように構成され、
=(m×N)/(M×v)
式中、Nはアボグラド数であり、Mはカプシドタンパク質モル質量データソースからの試料のカプシドタンパク質モル質量である。
一実施形態において、試料中のタンパク質の質量分率Xを計算することは、次式によって試料中のタンパク質の質量分率Xを計算することを含み、
=((FLD×ε λ)-(Aλ×εFLD,B))/((Aλ×εFLD,A)-(Aλ×εFLD,B)-(FLD×ε λ)+(FLD×ε λ))
紫外波長における試料の吸光係数εVGDV λを計算することは、次式によって紫外波長における試料の吸光係数εVGDV λを計算することを含み、
εVGDV λ=(X×ε λ)+((1-X)×ε λ
励起波長における試料の吸光係数εFLD,VGDVを計算することは、次式によって励起波長における試料の吸光係数εFLD,VGDVを計算することを含み、
εFLD,VGDV=(X×εFLD,A)+((1-X)×εFLD,B
試料の屈折率増分(dn/dc)VGDVを計算することは、次式によって試料の屈折率増分(dn/dc)VGDVを計算することを含み、
(dn/dc)VGDV=(X×(dn/dc))+((1-X)×(dn/dc)
タンパク質の総質量mを計算することは、次式によってタンパク質の総質量mを計算することを含み、
=(FLD×X)/((X×εFLD,A)+((1-X)×εFLD,B))
修飾因子の総質量mを計算することは、次式によって修飾因子の総質量mを計算することを含む。
=(FLD×(1-X))/((X×εFLD,A)+((1-X)×εFLD,B))
一実施形態において、UV波長λは、260nmおよび280nmのうちの一方である。一実施形態において、修飾因子は核酸である。
dRIおよびFLDによる総VGDV粒子濃度
例示的な実施形態において、本コンピュータ実施方法、本システム、および本コンピュータプログラム製品は、(1)コンピュータシステムによって、少なくとも1つの分離機器と、少なくとも1つの静的光散乱(SLS)機器と、少なくとも2つの濃度検出器とを含む分析機器のセットにおいてウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料を分析する一連の論理演算を実行することと、(2)コンピュータシステムによって、励起波長において試料から収集された蛍光発光データのピーク下面積FLD、試料を含む溶液の示差屈折率dRI、タンパク質の屈折率係数(dn/dc)、試料内の修飾因子の屈折率係数(dn/dc)、タンパク質の濃度をFLDに関する蛍光強度に関連付ける比例定数εFLD,A、および修飾因子の濃度をFLDに関する蛍光強度に関連付ける比例定数εFLD,Bに関して試料中のタンパク質の質量分率Xを計算する一連の論理演算を実行することと、(3)コンピュータシステムによって、試料中のタンパク質の質量分率X、タンパク質の屈折率係数(dn/dc)、および試料中の修飾因子の屈折率係数(dn/dc)に関して、試料の屈折率増分(dn/dc)VGDVを計算する一連の論理演算を実行することと、(4)コンピュータシステムによって、試料中のタンパク質の質量分率X、タンパク質の濃度をFLDに関する蛍光強度に関連付ける比例定数εFLD,A、および修飾因子の濃度をFLDに関する蛍光強度に関連付ける比例定数εFLD,Bに関して励起波長における試料の吸光係数εFLD,VGDVを計算する一連の論理演算を実行することと、(5)コンピュータシステムによって、試料の総VGDV粒子濃度Cを次式によって計算する一連の論理演算を実行することとを含み、
=(m×N)/(M×v)
式中、Nはアボグラド数であり、mはタンパク質の総質量であり、Mはカプシドタンパク質モル質量データソースからの試料のカプシドタンパク質モル質量である。一実施形態において、少なくとも2つの濃度検出器は、示差屈折率(dRI)検出器と、蛍光検出器(FLD)とを含む。一実施形態において、少なくとも2つの濃度検出器は、dRI検出器およびFLDである。
例示的な実施形態において、本コンピュータ実施方法、本システム、および本コンピュータプログラム製品は、コンピュータシステムによって、少なくとも1つの分離機器と、少なくとも1つの静的光散乱(SLS)機器と、少なくとも2つの濃度検出器とを含む分析機器のセットにおいてウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料を分析する一連の論理演算を実行する動作と、コンピュータシステムによって、励起波長において試料から収集された蛍光発光データのピーク下面積FLD、試料を含む溶液の示差屈折率dRI、タンパク質の屈折率係数(dn/dc)、試料内の修飾因子の屈折率係数(dn/dc)、タンパク質の濃度をFLDに関する蛍光強度に関連付ける比例定数εFLD,A、および修飾因子の濃度をFLDに関する蛍光強度に関連付ける比例定数εFLD,Bに関して試料中のタンパク質の質量分率Xを計算する一連の論理演算を実行する動作と、コンピュータシステムによって、試料中のタンパク質の質量分率X、タンパク質の屈折率係数(dn/dc)、および試料中の修飾因子の屈折率係数(dn/dc)に関して、試料の屈折率増分(dn/dc)VGDVを計算する一連の論理演算を実行する動作と、コンピュータシステムによって、試料中のタンパク質の質量分率X、タンパク質の濃度をFLDに関する蛍光強度に関連付ける比例定数εFLD,A、および修飾因子の濃度をFLDに関する蛍光強度に関連付ける比例定数εFLD,Bに関して励起波長における試料の吸光係数εFLD,VGDVを計算する一連の論理演算を実行する動作と、コンピュータシステムによって、試料の総VGDV粒子濃度Cを次式によって計算する一連の論理演算を実行する動作とを実行するように構成され、
=(m×N)/(M×v)
式中、Nはアボグラド数であり、mはタンパク質の総質量であり、Mはカプシドタンパク質モル質量データソースからの試料のカプシドタンパク質モル質量である。
一実施形態において、試料中のタンパク質の質量分率Xを計算することは、次式によって試料中のタンパク質の質量分率Xを計算することを含み、
=((FLD×(dn/dc))-(dRI×εFLD,B))/((dRI×εFLD,A)-(dRI×εFLD,B)-(FLD×(dn/dc))+(FLD×(dn/dc)))
試料の屈折率増分(dn/dc)VGDVを計算することは、次式によって試料の屈折率増分(dn/dc)VGDVを計算することを含み、
(dn/dc)VGDV=(X×(dn/dc))+((1-X)×(dn/dc)
励起波長における試料の吸光係数εFLD,VGDVを計算することは、次式によって励起波長における試料の吸光係数εFLD,VGDVを計算することを含む。
εFLD,VGDV=(X×εFLD,A)+((1-X)×εFLD,B
実施例
例えば、図4A、図4B、および図4Cが、本方法によって粒子濃度、すなわち試料の総VGDV粒子濃度(C)を矛盾なく計算できたことを示しており、「満:空」は、第1の試料の第2の試料に対する混合比を反映している。図4Cは、とりわけ、本方法が試料のカプシド含有量((C/V)、(C/CFULL))を良好に計算できることを実証している。図4Aは、SLS機器によって90度で収集された代表的なデータ(クロマトグラム)を示している。図4Bは、本方法が試料の総VGDV濃度を計算できることを実証している。
図5が、AAV試料の凝集含有量を定量化する本方法の能力を示している。図5は、総AAV粒子濃度を、AAV試料のUVトレースと重ね書きして示している。主たるピーク(6.5mL~7.5mL)の前に溶出したピークが、AAV凝集である。本方法を使用して、凝集度が、すべての溶出データスライス(クロマトグラムデータスライス)の粒子濃度を計算することによって決定される。
図6Aが、蛍光検出器(FLD)を濃度検出器のうちの1つとして用いてもよいことを示している。図6Aは、90度のSLS機器、UV検出器、およびFLDによって収集された代表的なデータ(クロマトグラム)を示している。図6Bは、濃度検出器としてUVおよびFLDを使用して本方法によってAAV試料を分析したモル質量(MM)結果/分子量(MW)結果を示しており、これらは予想モル質量値/予想分子量結果と一致している。図6Cは、濃度検出器としてdRIおよびFLDを使用して本方法によってAAV試料を分析した分子量(MW)結果/モル質量(MM)結果を示しており、これらは予想分子量値/予想モル質量値と一致している。
図7Aが、分離機器としてイオン交換クロマトグラフィー(IEX)を使用して本方法によって収集されたデータを示している。図7Aは、90度のSLS機器によって収集された代表的なデータ(クロマトグラム)を示している。図7Bが、分離機器としてフィールドフローフラクショネーション(FFF)を使用して本方法によって収集されたデータを示している。図7Bは、90度のSLS機器によって収集された代表的なデータ(クロマトグラム)を示している。図7Cは、濃度検出器としてUVおよびdRIを使用し、分離システムとしてFFFを使用して本方法によってAAV試料を分析したモル質量(MM)結果を示しており、これらは予想モル質量値/予想分子量値と一致している。
コンピュータシステム
例示的な実施形態において、コンピュータシステムは、図5に示されるようなコンピュータシステム500である。コンピュータシステム500は、コンピュータシステムの一例にすぎず、本発明の実施形態の使用または機能の範囲に関するいかなる限定も示唆することを意図していない。それにもかかわらず、コンピュータシステム500は、本発明の機能/動作のいずれかを実行するように実装可能および/または実行可能である。
コンピュータシステム500は、多数の他の汎用または専用コンピューティングシステム環境または構成と共に動作することができるコンピュータシステム/サーバ512を含む。コンピュータシステム/サーバ512と共に好適に使用することができる周知のコンピューティングシステム、環境、および/または構成の例として、パーソナルコンピュータシステム、サーバコンピュータシステム、シンクライアント、シッククライアント、ハンドヘルドまたはラップトップデバイス、マルチプロセッサシステム、マイクロプロセッサベースのシステム、セットトップボックス、プログラマブル家電、ネットワークPC、ミニコンピュータシステム、メインフレームコンピュータシステム、および上記のシステムまたはデバイスのいずれかを含む分散クラウドコンピューティング環境が挙げられるが、これらに限定されない。
コンピュータシステム/サーバ512を、コンピュータシステムによって実行されるプログラムモジュールなどのコンピュータシステム実行可能命令の一般的な文脈において説明することができる。一般に、プログラムモジュールは、特定のタスクを実行し、あるいは特定の抽象データ型を実装するルーチン、プログラム、オブジェクト、コンポーネント、論理、および/またはデータ構造を含むことができる。コンピュータシステム/サーバ512は、通信ネットワークを介してリンクされたリモート処理デバイスによってタスクが実行される分散クラウドコンピューティング環境において実施されてもよい。分散クラウドコンピューティング環境において、プログラムモジュールは、メモリ記憶装置を含むローカルおよびリモートの両方のコンピュータシステム記憶媒体に位置することができる。
図5に示されるように、コンピュータシステム500内のコンピュータシステム/サーバ512は、汎用コンピューティングデバイスの形態で示されている。コンピュータシステム/サーバ512の構成要素として、これらに限られるわけではないが、1つ以上のプロセッサまたは処理ユニット516、システムメモリ528、およびシステムメモリ528を含む種々のシステム構成要素をプロセッサ516に結合させるバス518を挙げることができる。
バス518は、メモリバスまたはメモリコントローラ、周辺バス、アクセラレーテッドグラフィックスポート、および種々のバスアーキテクチャのいずれかを使用するプロセッサまたはローカルバスなどの任意のいくつかの種類のバス構造のうちの1つ以上を代表する。例えば、そのようなアーキテクチャとして、これらに限られるわけではないが、業界標準アーキテクチャ(ISA)バス、マイクロチャネルアーキテクチャ(MCA)バス、拡張ISA(EISA)バス、ビデオエレクトロニクス標準化協会(VESA)ローカルバス、および周辺構成要素相互接続(PCI)バスが挙げられる。
コンピュータシステム/サーバ512は、典型的には、種々のコンピュータシステム可読媒体を含む。そのような媒体は、コンピュータシステム/サーバ512によってアクセス可能な任意の利用可能な媒体であってよく、揮発性および不揮発性の両方の媒体、リムーバブル媒体および非リムーバブル媒体を含む。
システムメモリ528は、ランダムアクセスメモリ(RAM)530および/またはキャッシュメモリ532などの揮発性メモリの形態のコンピュータシステム可読媒体を含むことができる。コンピュータシステム/サーバ512は、他のリムーバブル/非リムーバブル、揮発性/不揮発性コンピュータシステム記憶媒体をさらに含んでもよい。あくまでも一例として、記憶システム534を、非リムーバブルな不揮発性磁気媒体(図示されていないが、典型的には「ハードドライブ」と呼ばれる)からの読み出し、およびそのような媒体への書き込みのために設けることができる。図示されていないが、リムーバブルな不揮発性磁気ディスク(例えば、「フロッピー(登録商標)ディスク」)からの読み出し、およびそのようなディスクへの書き込みのための磁気ディスクドライブ、ならびにCD-ROM、DVD-ROM、または他の光学媒体などのリムーバブルな不揮発性光ディスクからの読み出し、およびそのようなディスクへの書き込みのための光ディスクドライブを設けることができる。そのような場合、各々を1つ以上のデータ媒体インターフェースによってバス518に接続することができる。以下でさらに図示および説明されるように、メモリ528は、本発明の実施形態の機能/動作を実行するように構成された一式の(例えば、少なくとも1つの)プログラムモジュールを有する少なくとも1つのプログラム製品を含むことができる。
一式の(少なくとも1つの)プログラムモジュール542を有するプログラム/ユーティリティ540は、例えば、これに限られるわけではないが、メモリ528に格納されてよい。例示的なプログラムモジュール542は、オペレーティングシステム、1つ以上のアプリケーションプログラム、他のプログラムモジュール、およびプログラムデータを含むことができる。オペレーティングシステム、1つ以上のアプリケーションプログラム、他のプログラムモジュール、およびプログラムデータの各々、あるいはこれらの何らかの組み合わせは、ネットワーキング環境の実装を含むことができる。プログラムモジュール542は、一般に、本発明の実施形態の機能および/または方法論を実行する。
さらに、コンピュータシステム/サーバ512は、キーボード、ポインティングデバイス、ディスプレイ524、ユーザとコンピュータシステム/サーバ512との対話を可能にする1つ以上のデバイス、ならびに/あるいはコンピュータシステム/サーバ512と1つ以上の他のコンピューティングデバイスとの通信を可能にする任意のデバイス(例えば、ネットワークカード、モデム、など)などの1つ以上の外部デバイス514と通信することができる。そのような通信を、入出力(I/O)インターフェース522を介して行うことができる。またさらに、コンピュータシステム/サーバ512は、ネットワークアダプタ520を介してローカルエリアネットワーク(LAN)、汎用広域ネットワーク(WAN)、および/または公衆ネットワーク(例えば、インターネット)などの1つ以上のネットワークと通信することができる。図示のように、ネットワークアダプタ520は、バス518を介してコンピュータシステム/サーバ512の他の構成要素と通信する。図示されていないが、他のハードウェアおよび/またはソフトウェア構成要素をコンピュータシステム/サーバ512と共に使用できることを理解されたい。例として、これらに限られるわけではないが、マイクロコード、デバイスドライバ、冗長処理ユニット、外部ディスクドライブアレイ、RAIDシステム、テープドライブ、およびデータアーカイブストレージシステムが挙げられる。
コンピュータプログラム製品
本発明は、システム、方法、および/またはコンピュータプログラム製品であってよい。コンピュータプログラム製品は、プロセッサに本発明の態様を実行させるためのコンピュータ可読プログラム命令を有する(1つ以上の)コンピュータ可読記憶媒体を含むことができる。
コンピュータ可読記憶媒体は、命令実行デバイスによる使用のための命令を保持および格納することができる有形のデバイスであってよい。コンピュータ可読記憶媒体は、例えば、電子記憶装置、磁気記憶装置、光学記憶装置、電磁記憶装置、半導体記憶装置、またはこれらの任意の適切な組み合わせであってよいが、これらに限定されない。コンピュータ可読記憶媒体のより具体的な例の非網羅的なリストは、ポータブルコンピュータディスケット、ハードディスク、ランダムアクセスメモリ(RAM)、読み出し専用メモリ(ROM)、消去可能プログラマブル読み出し専用メモリ(EPROMまたはフラッシュメモリ)、スタティックランダムアクセスメモリ(SRAM)、ポータブルコンパクトディスク読み出し専用メモリ(CD-ROM)、デジタル多用途ディスク(DVD)、メモリスティック、フロッピーディスク、命令が記録されたパンチカードまたは溝内の隆起構造などの機械的に符号化されたデバイス、および上記の任意の適切な組み合わせを含む。本明細書において使用されるとき、コンピュータ可読記憶媒体を、電波または他の自由に伝搬する電磁波、導波路または他の伝送媒体を通って伝搬する電磁波(例えば、光ファイバケーブルを通過する光パルス)、あるいはワイヤを通って伝送される電気信号などの一時的な信号自体であると解釈すべきではない。
本明細書に記載のコンピュータ可読プログラム命令は、コンピュータ可読記憶媒体からそれぞれのコンピューティング/処理装置にダウンロード可能であり、あるいはインターネット、ローカルエリアネットワーク、広域ネットワーク、および/または無線ネットワークなどのネットワークを介して外部のコンピュータまたは外部記憶装置にダウンロード可能である。ネットワークは、銅伝送ケーブル、光伝送ファイバ、無線伝送、ルータ、ファイアウォール、スイッチ、ゲートウェイコンピュータ、および/またはエッジサーバを備えることができる。各々のコンピューティング/処理装置におけるネットワークアダプタカードまたはネットワークインターフェースは、ネットワークからコンピュータ可読プログラム命令を受信し、それぞれのコンピューティング/処理装置内のコンピュータ可読記憶媒体に記憶するためにコンピュータ可読プログラム命令を転送する。
本発明の動作を実行するためのコンピュータ可読プログラム命令は、アセンブラ命令、命令セットアーキテクチャ(ISA)命令、機械命令、機械依存命令、マイクロコード、ファームウェア命令、状態設定データ、あるいはSmalltalkまたはC++などのオブジェクト指向プログラミング言語、および「C」プログラミング言語または同様のプログラミング言語などの従来からの手続き型プログラミング言語を含む1つ以上のプログラミング言語の任意の組み合わせで記述されたソースコードまたはオブジェクトコードのいずれかであってよい。コンピュータ可読プログラム命令は、全体がユーザのコンピュータ上で実行されても、一部がユーザのコンピュータ上で実行されても、スタンドアロンソフトウェアパッケージとして実行されても、一部がユーザのコンピュータ上で実行されて、一部がリモートコンピュータ上で実行されても、あるいは全体がリモートコンピュータまたはサーバ上で実行されてもよい。後者の状況において、リモートコンピュータは、ローカルエリアネットワーク(LAN)または広域ネットワーク(WAN)などの任意の種類のネットワークを介してユーザのコンピュータに接続されてよく、あるいは接続は(例えば、インターネットサービスプロバイダを使用してインターネットを介して)外部のコンピュータへと行われてもよい。いくつかの実施形態においては、例えば、プログラマブル論理回路、フィールドプログラマブルゲートアレイ(FPGA)、またはプログラマブルロジックアレイ(PLA)などの電子回路が、本発明の態様を実行するために、コンピュータ可読プログラム命令の状態情報を利用して電子回路をパーソナライズすることによってコンピュータ可読プログラム命令を実行することができる。
本発明の態様は、本明細書において、本発明の実施形態による方法、装置(システム)、およびコンピュータプログラム製品のフローチャート図および/またはブロック図を参照して説明されている。フローチャート図および/またはブロック図の各ブロック、ならびにフローチャート図および/またはブロック図のブロックの組み合わせを、コンピュータ可読プログラム命令によって実現できることが理解されよう。
これらのコンピュータ可読プログラム命令を、汎用コンピュータ、専用コンピュータ、または他のプログラム可能なデータ処理装置のプロセッサへと提供して、命令がコンピュータまたは他のプログラム可能なデータ処理装置のプロセッサによって実行されることでフローチャートおよび/またはブロック図の1つ以上のブロックで指定された機能/動作を実施するための手段が生み出されるように、マシンを生成することができる。さらに、これらのコンピュータ可読プログラム命令は、コンピュータ、プログラム可能なデータ処理装置、および/または他のデバイスを特定の様相で機能するように導くことができるコンピュータ可読記憶媒体に格納されてもよく、その結果、命令を格納したコンピュータ可読記憶媒体は、フローチャートおよび/またはブロック図の1つ以上のブロックで指定された機能/動作の態様を実施する命令を含む製造物を備える。
また、コンピュータ可読プログラム命令は、コンピュータ、他のプログラム可能なデータ処理装置、または他の装置へと、命令がコンピュータ、他のプログラム可能な装置、または他の装置において実行されることでフローチャートおよび/またはブロック図の1つ以上のブロックで指定された機能/動作が実施されるように、コンピュータ実施プロセスを生成するためのコンピュータ、他のプログラム可能な装置、または他の装置上での一連の動作段階の実行を生じさせるためにロードされてもよい。
図中のフローチャートおよびブロック図は、本発明の種々の実施形態によるシステム、方法、およびコンピュータプログラム製品の可能な実装形態のアーキテクチャ、機能、および動作を示している。これに関して、フローチャートまたはブロック図の各ブロックは、指定された論理機能を実施するための1つ以上の実行可能命令を含む命令のモジュール、セグメント、または一部を表すことができる。いくつかの代替の実施態様において、ブロックに記載された機能は、図に示された順序から外れて行われてもよい。例えば、連続して示されている2つのブロックが、実際には、実質的に同時に実行されてもよく、あるいはそれらのブロックが、関連する機能に応じて、時には逆の順序で実行されてもよい。さらに、ブロック図および/またはフローチャート図の各ブロック、ならびにブロック図および/またはフローチャート図のブロックの組み合わせを、指定された機能または動作を実行し、あるいは専用ハードウェアとコンピュータ命令との組み合わせを実行する専用のハードウェアをベースとするシステムによって実装できることにも留意されたい。
本開示の種々の実施形態の説明は、例示の目的で提示されており、網羅的であることや、開示された実施形態への限定を意図していない。記載された実施形態の範囲および精神から逸脱することなく、多くの修正および変形が当業者にとって明らかであろう。本明細書で使用される用語は、実施形態の原理、実際の用途、または市場で見られる技術に対する技術的改善を説明するために選択され、あるいは本明細書に開示される実施形態を当業者にとって理解可能にするために選択されている。

Claims (28)

  1. コンピュータシステムによって、少なくとも1つの分離機器と、少なくとも1つの静的光散乱機器と、少なくとも2つの濃度検出器とを含む分析機器のセットにおいてウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料を分析する一連の論理演算を実行して、前記試料のカプシドタンパク質質量mと、前記試料の修飾因子質量mと、前記試料の修飾因子モル質量Mとをもたらすことと、
    前記試料のカプシドタンパク質モル質量Mをカプシドタンパク質モル質量データソースから受け取ることと、
    前記試料の注入体積vを注入体積データソースから受け取ることと、
    前記コンピュータシステムによって、前記試料の総VGDV粒子濃度C
    =(m×N)/(M×v)
    によって計算する一連の論理演算を実行することであって、式中、Nはアボグラド数である、実行することと
    を含む、コンピュータ実施方法。
  2. 前記コンピュータシステムによって、前記セットにおいて前記試料を分析する一連の論理演算を実行して、前記試料の前記カプシドタンパク質モル質量Mをもたらすことと、
    前記試料の前記カプシドタンパク質モル質量Mを前記カプシドタンパク質モル質量データソースに保存することと
    をさらに含む、請求項1に記載の方法。
  3. 前記分析することは、分析技術によって前記セットにおいて前記試料を分析することを含み、
    前記分析技術は、ウイルスベクター分析、タンパク質結合体分析、およびコポリマー組成分析のうちの1つである、請求項1に記載の方法。
  4. 前記少なくとも1つの分離機器は、サイズ排除クロマトグラフィユニット、フィールドフローフラクショネーションユニット、およびイオン交換クロマトグラフィユニットのうちの少なくとも1つを備える、請求項1に記載の方法。
  5. 前記少なくとも1つの静的光散乱機器は、マルチアングル光散乱機器を備える、請求項1に記載の方法。
  6. 前記少なくとも2つの濃度検出器は、第1の波長λ1の第1の紫外吸光度検出器と、第2の波長λ2の第2の紫外吸光度検出器とを備える、請求項1に記載の方法。
  7. 前記第1の波長λ1は260nmであり、
    前記第2の波長λ2は280nmである、
    請求項6に記載の方法。
  8. 前記少なくとも2つの濃度検出器は、波長λの紫外吸光度検出器と、示差屈折率検出器とを備える、請求項1に記載の方法。
  9. 前記波長λは、260nmおよび280nmのうちの一方である、請求項8に記載の方法。
  10. 前記少なくとも2つの濃度検出器は、波長λの紫外吸光度検出器と、蛍光検出器とを備える、請求項1に記載の方法。
  11. 前記波長λは、260nmおよび280nmのうちの一方である、請求項10に記載の方法。
  12. 前記少なくとも2つの濃度検出器は、示差屈折率検出器と、蛍光検出器とを備える、請求項1に記載の方法。
  13. 前記試料の前記修飾因子質量mは、前記試料の核酸質量である、請求項1に記載の方法。
  14. 前記試料の前記修飾因子モル質量Mは、前記試料の核酸モル質量である、請求項1に記載の方法。
  15. 前記コンピュータシステムによって、満VGDV試料内の満修飾因子のモル質量MFullを、満修飾因子モル質量データソースから受け取ることと、
    前記コンピュータシステムによって、前記満VGDV試料の満VGDV濃度CFull
    Full=(m×N)/(MFull×v)
    によって計算する一連の論理演算を実行することと、
    前記コンピュータシステムによって、前記満VGDV試料の空VGDV濃度CEmpty
    Empty=C-CFull
    によって計算する一連の論理演算を実行することと
    をさらに含む、請求項1に記載の方法。
  16. 前記コンピュータシステムによって、前記セットにおいて前記満VGDV試料を分析する一連の論理演算を実行して、前記満VGDV試料内の前記満修飾因子の前記モル質量MFullをもたらすことと、
    前記満VGDV試料内の前記満修飾因子の前記モル質量MFullを前記満修飾因子モル質量データソースに保存することと
    をさらに含む、請求項15に記載の方法。
  17. 前記修飾因子は核酸である、請求項15に記載の方法。
  18. 前記コンピュータシステムによって、前記セットにおいて前記試料のVGDV信号領域全体を分析し、前記セットにおいて前記試料の凝集ピーク領域を分析する一連の論理演算を実行して、前記試料の前記VGDV信号領域全体に対応する前記試料のVGDV全体ピークタンパク質質量mA,ent、前記試料の前記VGDV信号領域全体に対応する前記試料のVGDV全体ピーク修飾因子質量mB,ent、前記試料の前記VGDV信号領域全体に対応する前記試料のVGDV全体ピークタンパク質モル質量MA,ent、前記試料の前記VGDV信号領域全体に対応する前記試料のVGDV全体ピーク修飾因子モル質量MB,ent、前記試料の前記凝集ピーク領域に対応する前記試料のVGDV凝集ピークタンパク質質量mA,agg、前記試料の前記凝集ピーク領域に対応する前記試料のVGDV凝集ピーク修飾因子質量mB,agg、前記試料の前記凝集ピーク領域に対応する前記試料のVGDV凝集ピークタンパク質モル質量MA,agg、および前記試料の前記凝集ピーク領域に対応する前記試料のVGDV凝集ピーク修飾因子モル質量MB,aggをもたらすことと、
    前記コンピュータシステムによって、前記試料の前記VGDV信号領域全体に対応する前記試料の総VGDV全体ピーク粒子濃度CA,ent
    A,ent=(mA,ent×N)/(MA,ent×v)
    によって計算する一連の論理演算を実行することと、
    前記コンピュータシステムによって、前記試料の前記凝集ピーク領域に対応する前記試料の総VGDV凝集ピーク粒子濃度CA,agg
    A,agg=(mA,agg×N)/(MA,agg×v)
    によって計算する一連の論理演算を実行することと
    をさらに含む、請求項1に記載の方法。
  19. 前記コンピュータシステムによって、前記セットにおいて満ウイルス遺伝子デリバリビークル試料のVGDV信号領域全体を分析し、前記セットにおいて前記満試料の凝集ピーク領域を分析する一連の論理演算を実行して、前記満試料の前記VGDV信号領域全体に対応する前記満試料内の満修飾因子のVGDV全体ピークモル質量MFull,ent、および前記満試料の前記凝集ピーク領域に対応する前記満試料内の前記満修飾因子のVGDV凝集ピークモル質量MFull,aggをもたらすことと、
    前記コンピュータシステムによって、前記VGDV試料の前記VGDV信号領域全体に対応する前記満試料のVGDV全体ピーク満VGDV濃度CFull,ent
    Full,ent=(mB,ent×N)/(MFull,ent×v)
    によって計算する一連の論理演算を実行することと、
    前記コンピュータシステムによって、前記満試料の前記凝集ピーク領域に対応する前記満試料のVGDV凝集ピーク満VGDV濃度CFull,agg
    Full,agg=(mB,agg×N)/(MFull,agg×v)
    によって計算する一連の論理演算を実行することと、
    前記コンピュータシステムによって、前記満試料の前記VGDV信号領域全体に対応する前記満試料のVGDV全体ピーク空VGDV濃度CEmpty,ent
    Empty,ent=CA,ent-CFull,ent
    によって計算する一連の論理演算を実行することと、
    前記コンピュータシステムによって、前記満試料の前記凝集ピーク領域に対応する前記満試料のVGDV凝集ピーク空VGDV濃度CEmpty,agg
    Empty,agg=CA,agg-CFull,agg
    によって計算する一連の論理演算を実行することと
    をさらに含む、請求項18に記載の方法。
  20. コンピュータシステムによって、少なくとも1つの分離機器と、少なくとも1つの静的光散乱機器と、少なくとも1つの濃度検出器とを含む分析機器のセットにおいてウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料を分析する一連の論理演算を実行して、前記試料の修飾因子質量mと、前記試料の修飾因子モル質量Mと、前記試料の少なくとも1つのUV吸光係数とをもたらすことと、
    前記コンピュータシステムによって、前記少なくとも1つの濃度検出器からの少なくとも1つの屈折率増分値に関して前記試料のカプシドタンパク質質量mおよび前記試料のカプシドタンパク質モル質量Mを計算する一連の論理演算を実行することと、
    前記試料の注入体積vを注入体積データソースから受け取ることと、
    前記コンピュータシステムによって前記試料の総VGDV粒子濃度C
    =(m×N)/(M×v)
    によって計算する一連の論理演算を実行することであって、式中、Nはアボグラド数である、実行することと
    を含む、コンピュータ実施方法。
  21. コンピュータ実施方法であって(UV-UV)、
    コンピュータシステムによって、少なくとも1つの分離機器と、少なくとも1つの静的光散乱機器と、少なくとも2つの濃度検出器とを含む分析機器のセットにおいてウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料を分析する一連の論理演算を実行することと、
    前記コンピュータシステムによって、第1の波長λ1において前記試料から収集された紫外吸光度値Aλ1、第2の波長λ2において前記試料から収集された紫外吸光度値Aλ2、前記第1の波長λ1におけるタンパク質の吸光係数ε λ1、前記第2の波長λ2における前記タンパク質の吸光係数ε λ2、前記第1の波長λ1における前記試料内の修飾因子の吸光係数ε λ1、および前記第2の波長λ2における前記試料内の前記修飾因子の吸光係数ε λ2に関して前記試料中の前記タンパク質の質量分率Xを計算する一連の論理演算を実行することと、
    前記コンピュータシステムによって、前記試料中の前記タンパク質の前記質量分率X、前記第1の波長における前記タンパク質の前記吸光係数ε λ1、および前記第1の波長における前記試料内の前記修飾因子の前記吸光係数ε λ1に関して前記第1の波長における前記試料の吸光係数εVGDV λ1を計算する一連の論理演算を実行することと、
    前記コンピュータシステムによって、前記試料中の前記タンパク質の前記質量分率X、前記第2の波長における前記タンパク質の前記吸光係数ε λ2、および前記第2の波長における前記試料内の前記修飾因子の前記吸光係数ε λ2に関して前記第2の波長における前記試料の吸光係数εVGDV λ2を計算する一連の論理演算を実行することと、
    前記コンピュータシステムによって、前記試料中の前記タンパク質の前記質量分率X、前記タンパク質の屈折率係数(dn/dc)、および前記試料中の前記修飾因子の屈折率係数(dn/dc)に関して、前記試料の屈折率増分(dn/dc)VGDVを計算する一連の論理演算を実行することと、
    前記コンピュータシステムによって、前記第1の波長λ1および前記第2の波長λ2のうちの一方である波長λにおいて前記試料から収集された紫外吸光度値Aλ、前記試料中の前記タンパク質の前記質量分率X、前記波長λにおける前記タンパク質の吸光係数ε λ、および前記波長λにおける前記試料中の修飾因子の吸光係数ε λに関して、前記タンパク質の総質量mおよび前記修飾因子の総質量mを計算する一連の論理演算を実行することと、
    前記コンピュータシステムによって、前記試料の総VGDV粒子濃度C
    =(m×N)/(M×v)
    によって計算する一連の論理演算を実行することであって、
    式中、Nはアボグラド数であり、Mはカプシドタンパク質モル質量データソースからの前記試料のカプシドタンパク質モル質量である、実行することと
    を含む、コンピュータ実施方法。
  22. 前記試料中の前記タンパク質の前記質量分率Xを計算することは、
    =((Aλ1×ε λ2)-(Aλ2×ε λ1))/((Aλ2×ε λ1)-(Aλ2×ε λ1)-(Aλ1×ε λ2)+(Aλ1×ε λ2))
    によって前記試料中の前記タンパク質の前記質量分率Xを計算することを含み、
    前記第1の波長における前記試料の前記吸光係数εVGDV λ1を計算することは、
    εVGDV λ1=(X×ε λ1)+((1-X)×ε λ1
    によって前記第1の波長における前記試料の前記吸光係数εVGDV λ1を計算することを含み、
    前記第2の波長における前記試料の前記吸光係数εVGDV λ2を計算することは、
    εVGDV λ2=(X×ε λ2)+((1-X)×ε λ2
    によって前記第2の波長における前記試料の前記吸光係数εVGDV λ2を計算することを含み、
    前記試料の前記屈折率増分(dn/dc)VGDVを計算することは、
    (dn/dc)VGDV=(X×(dn/dc))+((1-X)×(dn/dc)
    によって前記試料の前記屈折率増分(dn/dc)VGDVを計算することを含み、
    前記タンパク質の前記総質量mを計算することは、
    =(Aλ×X)/((X×ε λ)+((1-X)×ε λ))
    によって前記タンパク質の前記総質量mを計算することを含み、
    前記修飾因子の前記総質量mを計算することは、
    =(Aλ×(1-X))/((X×ε λ)+((1-X)×ε λ))
    によって前記修飾因子の前記総質量mを計算することを含む、請求項21に記載の方法。
  23. 前記第1の波長λ1は260nmであり、
    前記第2の波長λ2は280nmである、
    請求項21に記載の方法。
  24. 前記修飾因子は核酸である、請求項21に記載の方法。
  25. コンピュータ実施方法であって(UV-dRI)、
    コンピュータシステムによって、少なくとも1つの分離機器と、少なくとも1つの静的光散乱機器と、少なくとも2つの濃度検出器とを含む分析機器のセットにおいてウイルス遺伝子デリバリビークル(VGDV)試料を分析する一連の論理演算を実行することと、
    前記コンピュータシステムによって、波長λにおいて前記試料から収集された紫外吸光度値Aλ、前記試料内の修飾因子の屈折率係数(dn/dc)、前記試料を含む溶液の示差屈折率dRI、前記波長λにおける前記修飾因子の吸光係数ε λ、前記波長λにおけるタンパク質の吸光係数ε λ、および前記タンパク質の屈折率係数(dn/dc)に関して前記試料中の前記タンパク質の質量分率Xを計算する一連の論理演算を実行することと、
    前記コンピュータシステムによって、前記試料中の前記タンパク質の前記質量分率X、前記波長における前記タンパク質の前記吸光係数ε λ、および前記波長における前記試料内の前記修飾因子の前記吸光係数ε λに関して、前記波長における前記試料の吸光係数εVGDV λを計算する一連の論理演算を実行することと、
    前記コンピュータシステムによって、前記試料中の前記タンパク質の前記質量分率X、前記タンパク質の前記屈折率係数(dn/dc)、および前記試料中の前記修飾因子の前記屈折率係数(dn/dc)に関して、前記試料の屈折率増分(dn/dc)VGDVを計算する一連の論理演算を実行することと、
    前記コンピュータシステムによって、前記試料を含む前記溶液の前記示差屈折率dRI、前記試料中の前記タンパク質の前記質量分率X、前記タンパク質の前記屈折率係数(dn/dc)、および前記試料中の前記修飾因子の前記屈折率係数(dn/dc)に関して、前記タンパク質の総質量mおよび前記修飾因子の総質量mを計算する一連の論理演算を実行することと、
    前記コンピュータシステムによって、前記試料の総VGDV粒子濃度C
    =(m×N)/(M×v)
    によって計算する一連の論理演算を実行することであって、
    式中、Nはアボグラド数であり、Mはカプシドタンパク質モル質量データソースからの前記試料のカプシドタンパク質モル質量である、実行することと
    を含む、コンピュータ実施方法。
  26. 前記試料中の前記タンパク質の前記質量分率Xを計算することは、
    =((Aλ×(dn/dc))-(dRI×ε λ))/((dRI×ε λ)-(dRI×ε λ)-(Aλ×(dn/dc))+(Aλ×(dn/dc)))
    によって前記試料中の前記タンパク質の前記質量分率Xを計算することを含み、
    前記波長における前記試料の前記吸光係数εVGDV λを計算することは、
    εVGDV λ=(X×ε λ)+((1-X)×ε λ
    によって前記波長における前記試料の前記吸光係数εVGDV λを計算することを含み、
    前記試料の前記屈折率増分(dn/dc)VGDVを計算することは、
    (dn/dc)VGDV=(X×(dn/dc))+((1-X)×(dn/dc)
    によって前記試料の前記屈折率増分(dn/dc)VGDVを計算することを含み、
    前記タンパク質の前記総質量mを計算することは、
    =(dRI×X)/((X×(dn/dc))+((1-X)×(dn/dc)))
    によって前記タンパク質の前記総質量mを計算することを含み、
    前記修飾因子の前記総質量mを計算することは、
    =(dRI×(1-X))/((X×(dn/dc))+((1-X)×(dn/dc)))
    によって前記修飾因子の前記総質量mを計算することを含む、請求項25に記載の方法。
  27. 前記波長λは、260nmおよび280nmのうちの一方である、請求項25に記載の方法。
  28. 前記修飾因子は核酸である、請求項25に記載の方法。
JP2023510411A 2019-08-31 2021-08-11 分離によるウイルス遺伝子デリバリビークル試料の属性の測定 Pending JP2023539813A (ja)

Applications Claiming Priority (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201962894694P 2019-08-31 2019-08-31
US201962909225P 2019-10-01 2019-10-01
US16/991,016 US20210082541A1 (en) 2019-08-31 2020-08-11 Measuring attributes of a viral gene delivery vehicle sample via separation
US16/991,016 2020-08-11
PCT/US2021/045625 WO2022036017A1 (en) 2019-08-31 2021-08-11 Measuring attributes of a viral gene delivery vehicle sample via separation

Publications (1)

Publication Number Publication Date
JP2023539813A true JP2023539813A (ja) 2023-09-20

Family

ID=74869756

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2023510411A Pending JP2023539813A (ja) 2019-08-31 2021-08-11 分離によるウイルス遺伝子デリバリビークル試料の属性の測定

Country Status (5)

Country Link
US (1) US20210082541A1 (ja)
EP (1) EP4196987A1 (ja)
JP (1) JP2023539813A (ja)
CN (1) CN116235035A (ja)
WO (1) WO2022036017A1 (ja)

Families Citing this family (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP3465505B1 (en) * 2016-05-27 2020-04-22 Life Technologies Corporation Methods and systems for graphical user interfaces for emission data from a plurality of amplification reactions
EP4328318A1 (en) * 2021-04-19 2024-02-28 Osaka University Method for characterizing molecule delivery particles

Family Cites Families (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
NZ561656A (en) * 2002-05-01 2009-03-31 Univ Florida Improved rAAV expression systems for genetic modification of specific capsid proteins
US9968650B2 (en) * 2011-07-13 2018-05-15 Indiana University Research And Technology Corporation Modified viral structural protein with antiviral activity
JP2022515338A (ja) * 2018-12-05 2022-02-18 アビオナ・セラピュ―ティクス・インコーポレイテッド 遺伝子送達のための組み換えアデノ随伴ウイルスベクター

Also Published As

Publication number Publication date
US20210082541A1 (en) 2021-03-18
WO2022036017A1 (en) 2022-02-17
CN116235035A (zh) 2023-06-06
EP4196987A1 (en) 2023-06-21

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Sahin et al. Size-exclusion chromatography with multi-angle light scattering for elucidating protein aggregation mechanisms
Zhao et al. Overview of current methods in sedimentation velocity and sedimentation equilibrium analytical ultracentrifugation
JP2023539813A (ja) 分離によるウイルス遺伝子デリバリビークル試料の属性の測定
Wishard et al. Dynamic light scattering–an all-purpose guide for the supramolecular chemist
Harding et al. Light scattering
Chen et al. A Dual-angle fiber dynamic light scattering system integrated with microfluidic chip for particle size measurement
Korepanova et al. HPLC‐SEC characterization of membrane protein‐detergent complexes
CN117813488A (zh) 计算共轭分子/颗粒的组分的摩尔质量值和共轭分子/颗粒的摩尔质量浓度值
US11435209B2 (en) Regulating a detector flow of a field flow fractionator
CN117813498A (zh) 经由实时多角度光散射来纯化样品溶液
US20230112910A1 (en) Measuring quality attributes of a virus sample
Laue Analytical centrifugation: equilibrium approach
US20220412927A1 (en) Regulating a detector flow of a field flow fractionator
WO2024054313A1 (en) Measuring quality attributes of a virus sample
US11614393B2 (en) Characterizing particles via an analytical flow field
US11555770B2 (en) Determining intrinsic viscosity and Huggins constant of an unknown sample
US20230022034A1 (en) Controlling the purification of a macromolecule solution via real-time multi-angle light scattering
Garbett et al. Sedimentation velocity ultracentrifugation analysis for hydrodynamic characterization of G-quadruplex structures
US11768185B2 (en) Analyzing data collected by analytical instruments
US20230152197A1 (en) Determining intrinsic viscosity and huggins constant of an unknown sample
WO2024006121A1 (en) Controlling the purification of a macromolecule solution via real-time multi-angle light scattering
US11719631B2 (en) Measuring light scattering of a sample
US20230194483A1 (en) Differential refractometer for gradient chromatography
Thomsen Determination of the molecular mass of membrane proteins using size-exclusion chromatography with multiangle laser light scattering (sec-malls)
Le Roy et al. Analytical ultracentrifugation and size-exclusion chromatography coupled with light scattering for the characterization of membrane proteins in solution