CN115708822A - 酰肼类药物在治疗肿瘤中的应用 - Google Patents
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Abstract
本发明涉及酰肼类化合物在治疗肿瘤中应用,具体地,本发明提供一种式I化合物、或其光学异构体或其外消旋体、或其溶剂化物、或其药学上可接受的盐的用途,用于制备组合物或制剂,所述组合物或制剂用于预防和/或治疗肿瘤。本发明所述的化合物对NNMT基因低表达或未表达或NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平高的肿瘤具有更显著优异的治疗效果。
Description
技术领域
本发明涉及药物领域,具体地涉及酰肼类化合物在治疗肿瘤中应用。
背景技术
肿瘤是严重危害人类健康的常见病,恶性肿瘤的死亡率也一直呈上升趋势。由于肿瘤的异质性及患者个体差异,如果简单根据患者肿瘤来源或病理特征等采用同一治疗方法或同一药物就容易产生治疗不当的问题,贻误患者宝贵的治疗时间和机会,因此针对患者的不同情况,采用个性化、精准化治疗就显得十分必要。随着生物学技术的发展,肿瘤治疗也进入了精准化治疗的时代,并且越来越多与肿瘤相关基因表达的改变被相继发现,相关基因的改变在恶性肿瘤的发展中发挥了重要的作用,如可上调细胞特定功能促进癌细胞永生等,这样生物标志物的发现和应用将会为相关药物的使用提供精准指引,使得肿瘤的个体化治疗成为可能,从而实现有针对性地给药,显著提升治疗效果。
因此,本领域亟需开发一种能够对肿瘤进行精准化治疗的药物。
发明内容
本发明目的在于提供一种能够对肿瘤进行精准治疗的药物,特别是NNMT基因表达水平和/或NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平可用于判断肿瘤患者是否适合采用本发明所述化合物进行预防和/或治疗。本发明所述的化合物对NNMT基因低表达或未表达或NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平高的肿瘤具有更显著优异的治疗效果。
本发明第一方面,提供一种式I化合物、或其光学异构体或其外消旋体、或其溶剂化物、或其药学上可接受的盐的用途,用于制备组合物或制剂,所述组合物或制剂用于预防和/或治疗肿瘤;
其中,
R1、R2、R3和R6各自独立地为氢、卤素、-CN、羟基、巯基、硝基、氨基、-COOH、-CHO、取代或未取代的C1-C12烷基、取代或未取代的C3-C12环烷基、取代或未取代的C1-C12烷氧基、取代或未取代的C1-C12烷硫基;
R4和R5各自独立地为氢、卤素、-CN、羟基、巯基、硝基、氨基、-COOH、-CHO、取代或未取代的C1-C12烷基、取代或未取代的C3-C12环烷基、取代或未取代的C1-C12烷氧基、取代或未取代的C1-C12烷硫基、取代或未取代的C6-C12芳基、取代或未取代的3-12元杂芳基、取代或未取代的3-12元杂环烷基,或R4和R5连接形成取代或未取代的C3-C12环烷环、取代或未取代的3-12元杂环烷环、取代或未取代的C6-C12芳环、或取代或未取代的3-12元杂芳环;
W1为O、S或-N-R7;
R7为氢、卤素、羟基、巯基、取代或未取代的C1-C12烷基、或取代或未取代的C3-C12环烷基;
其中,所述的任一“取代”是指基团上的一个或多个(优选为1、2、3、或4个)氢原子被选自下组的取代基所取代:C1-C8烷基、C3-C8环烷基、C1-C8卤代烷基、C3-C8卤代环烷基、卤素、硝基、-CN、羰基(=O)、氰基、羟基、巯基、氨基、C1-C8烷氧基、C1-C8烷硫基、C3-C8环烷氧基、C3-C8环烷硫基、C1-C8卤代烷氧基、C1-C8卤代烷硫基、C6-C12芳基、5-10元杂芳基、5-10元杂环烷基;
所述的杂环烷基、杂芳基、杂环烷环和杂芳环的杂环上各自独立地具有1-4个(优选为1、2、3个或4个)选自N、O和S的杂原子。
在另一优选例中,R1、R2、R3和R6各自独立地为氢、卤素、-CN、羟基、巯基、硝基、氨基、-COOH、-CHO、取代或未取代的C1-C10烷基、取代或未取代的C3-C10环烷基、取代或未取代的C1-C10烷氧基、取代或未取代的C1-C10烷硫基;
在另一优选例中,R1、R2、R3和R6各自独立地为氢、卤素、-CN、羟基、巯基、硝基、氨基、-COOH、-CHO、取代或未取代的C1-C6烷基、取代或未取代的C3-C8环烷基、取代或未取代的C1-C6烷氧基、取代或未取代的C1-C6烷硫基。
在另一优选例中,R1为硝基。
在另一优选例中,R2、R3和R6各自独立地为氢。
在另一优选例中,R4和R5各自独立地为氢、卤素、-CN、羟基、巯基、硝基、氨基、-COOH、-CHO、取代或未取代的C1-C10烷基、取代或未取代的C3-C10环烷基、取代或未取代的C1-C10烷氧基、取代或未取代的C1-C10烷硫基、取代或未取代的C6-C10芳基、取代或未取代的3-10元杂芳基、取代或未取代的3-10元杂环烷基,或R4和R5连接形成取代或未取代的C3-C10环烷环、取代或未取代的3-10元杂环烷环、取代或未取代的C6-C10芳环、或取代或未取代的3-10元杂芳环。
在另一优选例中,R4和R5各自独立地为氢、卤素、-CN、羟基、巯基、硝基、氨基、-COOH、-CHO、取代或未取代的C1-C8烷基、取代或未取代的C3-C8环烷基、取代或未取代的C1-C8烷氧基、取代或未取代的C1-C8烷硫基、取代或未取代的C6-C10芳基、取代或未取代的3-10元杂芳基、取代或未取代的3-10元杂环烷基,或R4和R5连接形成取代或未取代的C3-C10环烷环、取代或未取代的3-10元杂环烷环、取代或未取代的C6-C10芳环、或取代或未取代的3-10元杂芳环。
在另一优选例中,R4和R5各自独立地为氢、卤素、-CN、羟基、巯基、硝基、氨基、-COOH、-CHO、取代或未取代的C1-C6烷基、取代或未取代的C3-C8环烷基、取代或未取代的C1-C6烷氧基、取代或未取代的C1-C6烷硫基、取代或未取代的C6-C8芳基、取代或未取代的3-8元杂芳基、取代或未取代的3-8元杂环烷基,或R4和R5连接形成取代或未取代的C3-C8环烷环、取代或未取代的3-8元杂环烷环、取代或未取代的C6-C8芳环、或取代或未取代的3-8元杂芳环。
在另一优选例中,R4和R5各自独立地为氢、取代或未取代的C6-C8芳基,或R4和R5连接形成取代或未取代的取代或未取代的3-8元杂环烷环。
在另一优选例中,R4和R5各自独立地为氢、取代或未取代的C6芳基、取代或未取代的C7芳基、取代或未取代的C8芳基,或R4和R5连接形成取代或未取代的取代或未取代的3元杂环烷环、取代或未取代的4元杂环烷环、取代或未取代的5元杂环烷环、取代或未取代的6元杂环烷环、取代或未取代的8元杂环烷环。
在另一优选例中,R4和R5各自独立地为氢、取代或未取代的苯基,或R4和R5连接形成取代或未取代的取代或未取代的恶唑烷环。
在另一优选例中,R4和R5各自独立地为氢、羟基取代的苯基,或R4和R5连接形成取代或未取代的取代或未取代的恶唑烷环。
在另一优选例中,R4和R5各自独立地为氢、对羟基取代的苯基,或R4和R5连接形成取代或未取代的取代或未取代的恶唑烷环。
在另一优选例中,W1为O、S或-N-R7。
在另一优选例中,W1为O或S。
在另一优选例中,R7为氢、卤素、羟基、巯基、取代或未取代的C1-C6烷基、或取代或未取代的C3-C6环烷基。
在另一优选例中,R7为氢、卤素、羟基、巯基、取代或未取代的C1-C4烷基、或取代或未取代的C3-C6环烷基。
在另一优选例中,所述的任一“取代”是指基团上的一个或多个(优选为1、2、3、或4个)氢原子被选自下组的取代基所取代:C1-C6烷基、C3-C8环烷基、C1-C6卤代烷基、C3-C8卤代环烷基、卤素、硝基、-CN、羰基(=O)、氰基、羟基、巯基、氨基、C1-C6烷氧基、C1-C6烷硫基、C3-C8环烷氧基、C3-C8环烷硫基、C1-C6卤代烷氧基、C1-C6卤代烷硫基、C6-C10芳基、5-10元杂芳基、5-10元杂环烷基。
在另一优选例中,所述的任一“取代”是指基团上的一个或多个(优选为1、2、3、或4个)氢原子被选自下组的取代基所取代:C1-C4烷基、C3-C8环烷基、C1-C4卤代烷基、C3-C8卤代环烷基、卤素、硝基、-CN、羰基(=O)、氰基、羟基、巯基、氨基、C1-C4烷氧基、C1-C4烷硫基、C3-C8环烷氧基、C3-C8环烷硫基、C1-C4卤代烷氧基、C1-C4卤代烷硫基、C6-C8芳基、5-8元杂芳基、5-8元杂环烷基。
在另一优选例中,所述的杂环烷基、杂芳基、杂环烷环和杂芳环的杂环上各自独立地具有1-4个(优选为1、2、3个或4个)选自N、O和S的杂原子。
在另一优选例中,所述的式I化合物具有式I-1所述的结构:
其中,R1、R2、R3、R5、R6和W1的定义如上所述。
R8、R9、R10、R11和R12各自独立地为氢、C1-C8烷基、C3-C8环烷基、C1-C8卤代烷基、C3-C8卤代环烷基、卤素、硝基、-CN、氰基、羟基、巯基、氨基、C1-C8烷氧基、C1-C8烷硫基、C3-C8环烷氧基、C3-C8环烷硫基、C1-C8卤代烷氧基、C1-C8卤代烷硫基、C6-C12芳基、5-10元杂芳基、5-10元杂环烷基。
在另一优选例中,R8、R9、R10、R11和R12各自独立地为氢、C1-C6烷基、C3-C8环烷基、C1-C6卤代烷基、C3-C8卤代环烷基、卤素、硝基、-CN、氰基、羟基、巯基、氨基、C1-C6烷氧基、C1-C6烷硫基、C3-C8环烷氧基、C3-C8环烷硫基、C1-C6卤代烷氧基、C1-C8卤代烷硫基、C6-C10芳基、5-10元杂芳基、5-10元杂环烷基。
在另一优选例中,R8、R9、R10、R11和R12各自独立地为氢、C1-C4烷基、C3-C8环烷基、C1-C4卤代烷基、C3-C8卤代环烷基、卤素、硝基、-CN、氰基、羟基、巯基、氨基、C1-C4烷氧基、C1-C4烷硫基、C3-C8环烷氧基、C3-C8环烷硫基、C1-C4卤代烷氧基、C1-C4卤代烷硫基、C6-C8芳基、5-8元杂芳基、5-8元杂环烷基。
在另一优选例中,R8、R9、R10、R11和R12各自独立地为氢、羟基、巯基。
在另一优选例中,R8、R9、R11和R12各自独立地为氢。
在另一优选例中,R10为羟基、巯基。
在另一优选例中,R10为羟基。
在另一优选例中,所述的式I化合物具有式I-2所述的结构:
其中,R1、R2、R3、R6和W1的定义如上所述。
R13、R14、R15和R16各自独立地为氢、C1-C8烷基、C3-C8环烷基、C1-C8卤代烷基、C3-C8卤代环烷基、卤素、硝基、-CN、氰基、羟基、巯基、氨基、C1-C8烷氧基、C1-C8烷硫基、C3-C8环烷氧基、C3-C8环烷硫基、C1-C8卤代烷氧基、C1-C8卤代烷硫基、C6-C12芳基、5-10元杂芳基、5-10元杂环烷基;
W2为O、S或-N-R17;
R17为氢、卤素、羟基、巯基、取代或未取代的C1-C12烷基、或取代或未取代的C3-C12环烷基;
在另一优选例中,R13、R14、R15和R16各自独立地为氢、C1-C6烷基、C3-C8环烷基、C1-C6卤代烷基、C3-C8卤代环烷基、卤素、硝基、-CN、氰基、羟基、巯基、氨基、C1-C6烷氧基、C1-C6烷硫基、C3-C8环烷氧基、C3-C8环烷硫基、C1-C6卤代烷氧基、C1-C8卤代烷硫基、C6-C10芳基、5-10元杂芳基、5-10元杂环烷基。
在另一优选例中,R13、R14、R15和R16各自独立地为氢、C1-C4烷基、C3-C8环烷基、C1-C4卤代烷基、C3-C8卤代环烷基、卤素、硝基、-CN、氰基、羟基、巯基、氨基、C1-C4烷氧基、C1-C4烷硫基、C3-C8环烷氧基、C3-C8环烷硫基、C1-C4卤代烷氧基、C1-C4卤代烷硫基、C6-C8芳基、5-8元杂芳基、5-8元杂环烷基。
在另一优选例中,R13、R14、R15和R16各自独立地为氢。
在另一优选例中,W2为O、S或-N-R17。
在另一优选例中,W2为O或S。
在另一优选例中,R17为氢、卤素、羟基、巯基、取代或未取代的C1-C6烷基、或取代或未取代的C3-C6环烷基。
在另一优选例中,R17为氢、卤素、羟基、巯基、取代或未取代的C1-C4烷基、或取代或未取代的C3-C6环烷基。
在另一优选例中,卤素指F、Cl、Br或I。
在另一优选例中,所述的式I化合物为:
在另一优选例中,所述的式I化合物的药学上可接受的盐为式I化合物与选自下组的酸形成的盐:盐酸、粘酸、D-葡萄糖醛酸、氢溴酸、氢氟酸、硫酸、硝酸、磷酸、甲酸、乙酸、三氟乙酸、丙酸、草酸、丙二酸、琥珀酸、富马酸、马来酸、乳酸、苹果酸、酒石酸、柠檬酸、苦味酸、甲磺酸、苯甲磺酸、苯磺酸、天冬氨酸、谷氨酸,或其组合。
在另一优选例中,所述的肿瘤为人源肿瘤。
在另一优选例中,所述的肿瘤为人肿瘤。
在另一优选例中,所述的肿瘤包括NNMT基因低表达或未表达的肿瘤。
在另一优选例中,所述的肿瘤包括NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平高的肿瘤。
在另一优选例中,所述的NNMT基因为人源NNMT基因。
在另一优选例中,所述的NNMT基因为人NNMT基因。
在另一优选例中,所述NNMT基因低表达或未表达的肿瘤是指从该肿瘤中提取的1μg蛋白中通过NNMT抗体检测不到NNMT蛋白,更佳地是指从该肿瘤中提取的5μg蛋白中通过NNMT抗体检测不到NNMT蛋白,更佳地是指从该肿瘤中提取的10μg蛋白中通过NNMT抗体检测不到NNMT蛋白,更佳地是指从该肿瘤中提取的100μg蛋白中通过NNMT抗体检测不到NNMT蛋白,更佳地是指从该肿瘤中提取的1000μg蛋白中通过NNMT抗体检测不到NNMT蛋白。
在另一优选例中,所述NNMT基因低表达或未表达是指某一细胞(如肿瘤细胞)的NNMT基因的表达E1与同一细胞或正常细胞(如癌旁组织细胞)中NNMT基因的表达E0的比值(E1/E0)≤0.7,更佳地≤0.6,更佳地≤0.5,更佳地≤0.4,更佳地≤0.3、更佳地≤0.2,更佳地≤0.1,更佳地≤0.05,更佳地≤0.01,更佳地≤0.005,更佳地≤0.001,更佳地≤0.0001,更佳地≤0.00001,更佳地≤0.000001,更佳地≤0.0000001。
在另一优选例中,所述的同一细胞是指同种类但NNMT基因正常表达的细胞。
在另一优选例中,所述的正常细胞是指NNMT基因正常表达的正常组织细胞(如癌细胞起源细胞或邻近细胞)。
在另一优选例中,E0为NNMT基因正常表达细胞的NNMT基因的表达水平。
在另一优选例中,所述的NNMT基因正常表达的细胞包括对式I化合物、或其光学异构体或其外消旋体、或其溶剂化物、或其药学上可接受的盐不敏感的细胞。
在另一优选例中,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平高是指某一细胞(如肿瘤细胞)的NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平≥1%,较佳地≥3%,较佳地≥5%,较佳地≥10%,较佳地≥15%,较佳地≥20%,更佳地≥25%,更佳地≥30%,更佳地≥40%,更佳地≥50%。
在另一优选例中,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平高是指某一细胞(如肿瘤细胞)的NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平A1与同一细胞或正常细胞(如癌旁组织细胞)中NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平A0的比值(A1/A0)≥1.2,较佳地≥1.5,更佳地≥2,更佳地≥3,更佳地≥5。
在另一优选例中,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平高是指某一细胞(如肿瘤细胞)的NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平(N%)≥3%且小于等于M%,其中,M为3-100之间的任一正整数。
在另一优选例中,M为5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、80、85、90、95或100。
在另一优选例中,所述的CpG位点甲基化水平是指某基因区域甲基化的CpG核苷酸数量占该基因区域所有核苷酸数量的比值。
在另一优选例中,所述的NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平是指NNMT基因区甲基化的CpG核苷酸数量占NNMT基因区所有核苷酸数量的比值。
在另一优选例中,所述的CpG位点甲基化水平是指某基因区域甲基化的CpG核苷酸数量占该基因区域所有CpG核苷酸数量的比值。
在另一优选例中,所述的NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平是指NNMT基因区甲基化的CpG核苷酸数量占NNMT基因区所有CpG核苷酸数量的比值。
在另一优选例中,所述的DNA CpG位点甲基化水平是指某区域DNA已甲基化的CpG位点数量占该区域DNA的全部CpG位点数量的比值。
在另一优选例中,所述的DNA CpG位点甲基化水平是指某区域DNA已甲基化的CpG核苷酸数量占该区域DNA的全部CpG核苷酸数量的比值。
在另一优选例中,所述的NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平是指NNMT基因区DNA已甲基化的CpG位点数量占NNMT基因区DNA的全部CpG位点数量的比值。
在另一优选例中,所述的NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平是指NNMT基因区DNA已甲基化的CpG核苷酸数量占NNMT基因区DNA的全部CpG核苷酸数量的比值。
在另一优选例中,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括NNMT基因启动子区DNA CpG位点甲基化水平。
在另一优选例中,NNMT基因启动子区的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示。
在另一优选例中,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括NNMT基因转录起始位点前1050bp到转录起始位点后499bp区域内DNA CpG位点甲基化水平。
在另一优选例中,NNMT基因转录起始位点前1050bp到转录起始位点后499bp为SEQID NO:1所示核苷酸序列的951-2500位。
在另一优选例中,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括NNMT基因转录起始位点前1050bp到转录起始位点前193bp区域内DNA CpG位点甲基化水平。
在另一优选例中,NNMT基因转录起始位点前1050bp到转录起始位点前193bp为SEQID NO:1所示核苷酸序列的951-1808位。
在另一优选例中,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括NNMT基因转录起始位点前840bp到转录起始位点前469bp区域内DNA CpG位点甲基化水平。
在另一优选例中,NNMT基因转录起始位点前840bp到转录起始位点前469bp为SEQID NO:1所示核苷酸序列的1161-1532位。
在另一优选例中,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括人11号染色体114165695位、114165730位、114165769位、114165804位、114165938位、114166050位和114166066位中任何两个位点之间的区域内(包括这两个位点本身)的DNA CpG位点甲基化水平。
在另一优选例中,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括人11号染色体114165695位、114165730位、114165769位、114165804位、114165938位、114166050位和114166066位中的一个或多个(如2、3、4、5、6或7)位点的甲基化水平。
在另一优选例中,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括选自下组的位点的甲基化水平:人11号染色体114165695位、人11号染色体114165730位、人11号染色体114165769位、人11号染色体114165804位、人11号染色体114165938位、人11号染色体114166050位、人11号染色体114166066位,或其组合。
在另一优选例中,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括SEQ ID NO:1核苷酸序列的位点的第1161位、第1196位、第1235位、第1270位、第1404位、第1516位和第1532位中任何两个位点之间的区域内(包括这两个位点本身)的DNA CpG位点甲基化水平。
在另一优选例中,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括SEQ ID NO:1核苷酸序列的位点的第1161位、第1196位、第1235位、第1270位、第1404位、第1516位和第1532位中的一个或多个(如2、3、4、5、6或7)位点的甲基化水平。
在另一优选例中,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括选自下组的SEQID NO:1核苷酸序列的位点的甲基化水平:第1161位、第1196位、第1235位、第1270位、第1404位、第1516位、第1532位,或其组合。
在另一优选例中,所述的肿瘤选自下组:肺癌、肾癌、乳腺癌、结肠癌、淋巴癌、白血病、胰腺癌、脑瘤、肝癌、前列腺癌,或其组合。
在另一优选例中,所述的肺癌选自下组:非小细胞肺癌、小细胞肺癌,或其组合。
在另一优选例中,所述的结肠癌包括结肠腺癌。
在另一优选例中,所述的淋巴癌选自下组:B淋巴瘤、皮肤T细胞淋巴癌,或其组合。
在另一优选例中,所述的淋巴癌包括弥漫大B淋巴瘤。
在另一优选例中,所述的脑瘤包括胶质母细胞瘤。
在另一优选例中,所述的肾癌包括肾透明细胞腺癌。
在另一优选例中,所述的肾癌的癌细胞包括肾癌Wilms细胞。
在另一优选例中,所述的白血病选自下组:T淋巴细胞白血病、髓细胞性白血病,或其组合。
在另一优选例中,所述的T淋巴细胞白血病包括急性T淋巴细胞白血病。
在另一优选例中,所述的髓细胞性白血病包括M4级AML急性髓细胞性白血病。
在另一优选例中,所述的髓细胞性白血病包括FAB M4级AML急性髓细胞性白血病。
在另一优选例中,所述的表达包括蛋白表达和/或mRNA表达。
在另一优选例中,所述的组合物为药物组合物。
在另一优选例中,所述的组合物或制剂还包括药学上可接受的载体。
在另一优选例中,所述的组合物或制剂的剂型为固体制剂、液体制剂或半固体制剂。在另一优选例中,所述的组合物或制剂的剂型为口服制剂、外用制剂或注射制剂
在另一优选例中,所述的组合物或制剂的剂型为片剂、注射剂、输液剂、膏剂、凝胶剂、溶液剂、微球或膜剂。
本发明第二方面,提供一种用于判断肿瘤患者是否适合采用本发明第一方面所述的式I化合物、或其光学异构体或其外消旋体、或其溶剂化物、或其药学上可接受的盐进行预防和/或治疗肿瘤的标志物,所述的标志物包括NNMT基因表达水平和/或NNMT基因区DNACpG位点甲基化水平。
在另一优选例中,所述的NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括NNMT基因启动子区DNA CpG位点甲基化水平。
在另一优选例中,NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平是指NNMT基因转录起始位点前1050bp到基因转录起始位点后499bp区域内DNA CpG位点甲基化水平。
在另一优选例中,NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平是指NNMT基因转录起始位点前1050bp到转录起始位点前193bp区域内DNA CpG位点甲基化水平。
在另一优选例中,NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括NNMT基因转录起始位点前840bp到基因转录起始位点前469bp区域内DNA CpG位点甲基化水平。
在另一优选例中,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括人11号染色体114165695位、114165730位、114165769位、114165804位、114165938位、114166050位和114166066位中任何两个位点之间的区域内(包括这两个位点本身)DNA CpG位点甲基化水平。
在另一优选例中,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括SEQ ID NO:1核苷酸序列的位点的第1161位、第1196位、第1235位、第1270位、第1404位、第1516位和第1532位中的一个或多个(如2、3、4、5、6或7)位点的甲基化水平。
在另一优选例中,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括选自下组的SEQID NO:1核苷酸序列的位点的甲基化水平:第1161位、第1196位、第1235位、第1270位、第1404位、第1516位、第1532位,或其组合。
在另一优选例中,当肿瘤患者的肿瘤细胞中NNMT基因低表达或未表达或NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平高,则该肿瘤患者适合采用本发明第一方面所述的式I化合物、或其光学异构体或其外消旋体、或其溶剂化物、或其药学上可接受的盐进行预防和/或治疗。
在另一优选例中,当肿瘤患者的肿瘤细胞中NNMT基因高表达或NNMT基因区DNACpG位点甲基化水平低,则该肿瘤患者不适合采用本发明第一方面所述的式I化合物、或其光学异构体或其外消旋体、或其溶剂化物、或其药学上可接受的盐进行预防和/或治疗。
本发明第三方面,提供一种检测试剂盒,所述的检测试剂盒包括:
(i)用于检测NNMT基因表达水平和/或NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平的检测试剂。
在另一优选例中,所述检测试剂盒的检测样本包括肿瘤细胞。
在另一优选例中,NNMT基因表达水平是指该基因mRNA和/或蛋白的表达水平。
在另一优选例中,NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平是指NNMT基因启动子区DNACpG位点甲基化水平。
在另一优选例中,NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平是指NNMT基因转录起始位点前1050bp到基因转录起始位点后499bp区域内DNA CpG位点甲基化水平。
在另一优选例中,NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平是指NNMT基因转录起始位点前1050bp到基因转录起始位点前193bp区域内DNA CpG位点甲基化水平。
在另一优选例中,NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括NNMT基因转录起始位点前840bp到基因转录起始位点前469bp区域内DNA CpG位点甲基化水平。
在另一优选例中,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括人11号染色体114165695位、114165730位、114165769位、114165804位、114165938位、114166050位和114166066位中任何两个位点之间的区域内(包括这两个位点本身)DNA CpG位点甲基化水平。
在另一优选例中,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括SEQ ID NO:1核苷酸序列的位点的第1161位、第1196位、第1235位、第1270位、第1404位、第1516位和第1532位中的一个或多个(如2、3、4、5、6或7)位点的甲基化水平。
在另一优选例中,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括选自下组的SEQID NO:1核苷酸序列的位点的甲基化水平:第1161位、第1196位、第1235位、第1270位、第1404位、第1516位、第1532位,或其组合。
本发明第四方面,提供一种如发明第三方面所述的检测试剂盒的用途,用于制备一伴随诊断试剂盒,所述伴随诊断试剂盒用于判断肿瘤患者是否适合采用本发明第一方面所述的式I化合物、或其光学异构体或其外消旋体、或其溶剂化物、或其药学上可接受的盐进行预防和/或治疗。
在另一优选例中,所述的伴随诊断试剂盒还包括说明书或标签。
在另一优选例中,所述的说明书或标签记载:
当肿瘤患者的肿瘤细胞中NNMT基因低表达或未表达或NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平高,则该肿瘤患者适合采用本发明第一方面所述的式I化合物、或其光学异构体或其外消旋体、或其溶剂化物、或其药学上可接受的盐进行预防和/或治疗。
在另一优选例中,所述的说明书或标签记载:
当肿瘤患者的肿瘤细胞中NNMT基因高表达或NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平低,则该肿瘤患者不适合采用本发明第一方面所述的式I化合物、或其光学异构体或其外消旋体、或其溶剂化物、或其药学上可接受的盐进行预防和/或治疗。
在另一优选例中,所述的NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括NNMT基因启动子区DNA CpG位点甲基化水平。
在另一优选例中,NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括NNMT基因转录起始位点前1050bp到基因转录起始位点后499bp区域内DNA CpG位点甲基化水平。
在另一优选例中,NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括NNMT基因转录起始位点前1050bp到基因转录起始位点前193bp区域内DNA CpG位点甲基化水平。
在另一优选例中,NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括NNMT基因转录起始位点前840bp到基因转录起始位点前469bp区域内DNA CpG位点甲基化水平。
在另一优选例中,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括人11号染色体114165695位、114165730位、114165769位、114165804位、114165938位、114166050位和114166066位中任何两个位点之间的区域内(包括这两个位点本身)DNA CpG位点甲基化水平。
在另一优选例中,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括SEQ ID NO:1核苷酸序列的位点的第1161位、第1196位、第1235位、第1270位、第1404位、第1516位和第1532位中的一个或多个(如2、3、4、5、6或7)位点的甲基化水平。
在另一优选例中,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括选自下组的SEQID NO:1核苷酸序列的位点的甲基化水平:第1161位、第1196位、第1235位、第1270位、第1404位、第1516位、第1532位,或其组合。
在另一优选例中,所述肿瘤细胞中NNMT基因低表达或未表达是指从该肿瘤中提取的1μg蛋白中通过NNMT抗体检测不到NNMT蛋白,更佳地是指从该肿瘤中提取的5μg蛋白中通过NNMT抗体检测不到NNMT蛋白,更佳地是指从该肿瘤中提取的10μg蛋白中通过NNMT抗体检测不到NNMT蛋白,更佳地是指从该肿瘤中提取的100μg蛋白中通过NNMT抗体检测不到NNMT蛋白,更佳地是指从该肿瘤中提取的1000μg蛋白中通过NNMT抗体检测不到NNMT蛋白。
在另一优选例中,所述肿瘤细胞中NNMT基因高表达是指从该肿瘤中提取的20μg蛋白中通过NNMT抗体检测能检测到NNMT蛋白,更佳地是指该肿瘤中提取的5μg蛋白中通过NNMT抗体检测能检测到NNMT蛋白,更佳地是指该肿瘤中提取的1μg蛋白中通过NNMT抗体检测能检测到NNMT蛋白,更佳地是指该肿瘤中提取的0.2μg蛋白中通过NNMT抗体检测能检测到NNMT蛋白,更佳地是指该肿瘤中提取的0.05μg蛋白中通过NNMT抗体检测能检测到NNMT蛋白,更佳地是指该肿瘤中提取的0.01μg蛋白中通过NNMT抗体检测能检测到NNMT蛋白。
在另一优选例中,所述NNMT基因低表达或未表达是指某一细胞(如肿瘤细胞)的NNMT基因的表达E1与同一细胞或正常细胞(如癌旁组织细胞)中NNMT基因的表达E0的比值(E1/E0)≤0.7,更佳地≤0.6,更佳地≤0.5,更佳地≤0.4,更佳地≤0.3、更佳地≤0.2,更佳地≤0.1,更佳地≤0.05,更佳地≤0.01,更佳地≤0.005,更佳地≤0.001,更佳地≤0.0001,更佳地≤0.00001,更佳地≤0.000001,更佳地≤0.0000001。
在另一优选例中,所述NNMT基因高表达是指某一细胞(如肿瘤细胞)的NNMT基因的表达E1与同一细胞或正常细胞(如癌旁组织细胞)中NNMT基因的表达E0的比值(E1/E0)≥1.2,较佳地≥1.5,更佳地≥2,更佳地≥3,更佳地≥5。
在另一优选例中,所述的CpG位点甲基化水平高是指相关区域内DNA CpG位点甲基化水平≥1%,较佳地≥3%,较佳地≥5%,较佳地≥10%,较佳地≥15%,较佳地≥20%,更佳地≥25%,更佳地≥30%,更佳地≥40%,更佳地≥50%。
在另一优选例中,所述的CpG位点甲基化水平低是指相关区域内DNA CpG位点甲基化水平≤15%,较佳地≤10%,更佳地≤5%,更佳地≤3%,更佳地≤2%,更佳地≤1%。
在另一优选例中,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平高是指某一细胞(如肿瘤细胞)的NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平A1与同一细胞或正常细胞(如癌旁组织细胞)中NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平A0的比值(A1/A0)≥1.1,较佳地≥1.2,较佳地≥1.5,更佳地≥2,更佳地≥3,更佳地≥5。在另一优选例中,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平低是指某一细胞(如肿瘤细胞)的NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平A1与同一细胞或正常细胞(如癌旁组织细胞)中NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平A0的比值(A1/A0)≤0.7,更佳地≤0.6,更佳地≤0.5,更佳地≤0.4,更佳地≤0.3、更佳地≤0.2,更佳地≤0.1,更佳地≤0.05,更佳地≤0.01,更佳地≤0.005,更佳地≤0.001,更佳地≤0.0001,更佳地≤0.00001,更佳地≤0.000001,更佳地≤0.0000001。
本发明第五方面,提供一种药盒,所述的药盒包括:
(i)用于检测NNMT基因表达水平和/或NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平的检测试剂;和
(ii)如本发明第一方面所述的式I化合物、或其光学异构体或其外消旋体、或其溶剂化物、或其药学上可接受的盐。
在另一优选例中,所述的药盒还包括说明书或标签。
在另一优选例中,所述的说明书或标签记载:
当肿瘤患者的肿瘤细胞中NNMT基因低表达或未表达或NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平高,该肿瘤患者适合采用本发明第一方面所述的式I化合物、或其光学异构体或其外消旋体、或其溶剂化物、或其药学上可接受的盐进行预防和/或治疗。
在另一优选例中,当肿瘤患者的肿瘤细胞中NNMT基因高表达或NNMT基因区DNACpG位点甲基化水平低,则该肿瘤患者不适合采用本发明第一方面所述的式I化合物、或其光学异构体或其外消旋体、或其溶剂化物、或其药学上可接受的盐进行预防和/或治疗。
在另一优选例中,所述的NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平是指NNMT基因启动子区DNA CpG位点甲基化水平。
在另一优选例中,所述的NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平是指NNMT基因转录起始位点前1050bp到基因转录起始位点后499bp区域内DNA CpG位点甲基化水平。
在另一优选例中,所述的NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平是指NNMT基因转录起始位点前1050bp到基因转录起始位点前193bp区域内DNA CpG位点甲基化水平。
在另一优选例中,所述的NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括NNMT基因转录起始位点前840bp到基因转录起始位点前469bp区域内DNA CpG位点甲基化水平。
在另一优选例中,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括人11号染色体114165695位、114165730位、114165769位、114165804位、114165938位、114166050位和114166066位中任何两个位点之间的区域内(包括这两个位点本身)DNA CpG位点甲基化水平。
在另一优选例中,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括SEQ ID NO:1核苷酸序列的位点的第1161位、第1196位、第1235位、第1270位、第1404位、第1516位和第1532位中的一个或多个(如2、3、4、5、6或7)位点的甲基化水平。
在另一优选例中,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括选自下组的SEQID NO:1核苷酸序列的位点的甲基化水平:第1161位、第1196位、第1235位、第1270位、第1404位、第1516位、第1532位,或其组合。
在另一优选例中,所述肿瘤细胞中NNMT基因低表达或未表达是指从该肿瘤中提取的1μg蛋白中通过NNMT抗体检测不到NNMT蛋白,更佳地是指从该肿瘤中提取的5μg蛋白中通过NNMT抗体检测不到NNMT蛋白,更佳地是指从该肿瘤中提取的10μg蛋白中通过NNMT抗体检测不到NNMT蛋白,更佳地是指从该肿瘤中提取的100μg蛋白中通过NNMT抗体检测不到NNMT蛋白,更佳地是指从该肿瘤中提取的1000μg蛋白中通过NNMT抗体检测不到NNMT蛋白。
在另一优选例中,所述肿瘤细胞中NNMT基因高表达是指从该肿瘤中提取的20ug蛋白中通过NNMT抗体检测能检测到NNMT蛋白,更佳地是指该肿瘤中提取的5ug蛋白中通过NNMT抗体检测能检测到NNMT蛋白,更佳地是指该肿瘤中提取的1ug蛋白中通过NNMT抗体检测能检测到NNMT蛋白,更佳地是指该肿瘤中提取的0.2ug蛋白中通过NNMT抗体检测能检测到NNMT蛋白,更佳地是指该肿瘤中提取的0.05ug蛋白中通过NNMT抗体检测能检测到NNMT蛋白,更佳地是指该肿瘤中提取的0.01ug蛋白中通过NNMT抗体检测能检测到NNMT蛋白。
在另一优选例中,所述NNMT基因低表达或未表达是指某一细胞(如肿瘤细胞)的NNMT基因的表达E1与同一细胞或正常细胞(如癌旁组织细胞)中NNMT基因的表达E0的比值(E1/E0)≤0.7,更佳地≤0.6,更佳地≤0.5,更佳地≤0.4,更佳地≤0.3、更佳地≤0.2,更佳地≤0.1,更佳地≤0.05,更佳地≤0.01,更佳地≤0.005,更佳地≤0.001,更佳地≤0.0001,更佳地≤0.00001,更佳地≤0.000001,更佳地≤0.0000001。
在另一优选例中,所述NNMT基因高表达是指某一细胞(如肿瘤细胞)的NNMT基因的表达E1与同一细胞或正常细胞(如癌旁组织细胞)中NNMT基因的表达E0的比值(E1/E0)≥1.2,较佳地≥1.5,更佳地≥2,更佳地≥3,更佳地≥5。
在另一优选例中,所述的CpG位点甲基化水平高是指相关区域内DNA CpG位点甲基化水平≥1%,较佳地≥3%,较佳地≥5%,较佳地≥10%,较佳地≥15%,较佳地≥20%,更佳地≥25%,更佳地≥30%,更佳地≥40%,更佳地≥50%。
在另一优选例中,所述的CpG位点甲基化水平低是指相关区域内DNA CpG位点甲基化水平≤15%,较佳地≤10%,更佳地≤5%,更佳地≤3%,更佳地≤2%,更佳地≤1%。
在另一优选例中,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平高是指某一细胞(如肿瘤细胞)的NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平A1与同一细胞或正常细胞(如癌旁组织细胞)中NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平A0的比值(A1/A0)≥1.1,较佳地≥1.2,较佳地≥1.5,更佳地≥2,更佳地≥3,更佳地≥5。
在另一优选例中,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平低是指某一细胞(如肿瘤细胞)的NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平A1与同一细胞或正常细胞(如癌旁组织细胞)中NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平A0的比值(A1/A0)≤0.7,更佳地≤0.6,更佳地≤0.5,更佳地≤0.4,更佳地≤0.3、更佳地≤0.2,更佳地≤0.1,更佳地≤0.05,更佳地≤0.01,更佳地≤0.005,更佳地≤0.001,更佳地≤0.0001,更佳地≤0.00001,更佳地≤0.000001,更佳地≤0.0000001。
本发明第六方面,提供一种预防和/或治疗肿瘤的方法,给所需的对象施用本发明第一方面所述的式I化合物、或其光学异构体或其外消旋体、或其溶剂化物、或其药学上可接受的盐,从而预防和/或治疗肿瘤。
在另一优选例中,所述的肿瘤如本发明第一方面所述。
在另一优选例中,所述对象的肿瘤包括NNMT基因低表达或未表达的肿瘤。
在另一优选例中,所述对象的肿瘤包括NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平高的肿瘤。
在另一优选例中,所述对象的肿瘤NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平≥1%,较佳地≥3%,较佳地≥5%,较佳地≥10%,较佳地≥15%,较佳地≥20%,更佳地≥25%,更佳地≥30%,更佳地≥40%,更佳地≥50%。
在另一优选例中,所述对象的肿瘤NNMT基因启动子区DNA CpG位点甲基化水平≥1%,较佳地≥3%,较佳地≥5%,较佳地≥10%,较佳地≥15%,较佳地≥20%,更佳地≥25%,更佳地≥30%,更佳地≥40%,更佳地≥50%。
在另一优选例中,所述对象的肿瘤NNMT基因转录起始位点前1050bp到基因转录起始位点后499bp区域内DNA CpG位点甲基化水平≥1%,较佳地≥3%,较佳地≥5%,较佳地≥10%,较佳地≥15%,较佳地≥20%,更佳地≥25%,更佳地≥30%,更佳地≥40%,更佳地≥50%。
在另一优选例中,所述对象的肿瘤NNMT基因转录起始位点前1050bp到基因转录起始位点前193bp区域内DNA CpG位点甲基化水平≥1%,较佳地≥3%,较佳地≥5%,较佳地≥10%,较佳地≥15%,较佳地≥20%,更佳地≥25%,更佳地≥30%,更佳地≥40%,更佳地≥50%。
在另一优选例中,所述对象的肿瘤NNMT基因转录起始位点前840bp到基因转录起始位点前469bp区域内DNA CpG位点甲基化水平≥1%,较佳地≥3%,较佳地≥5%,较佳地≥10%,较佳地≥15%,较佳地≥20%,更佳地≥25%,更佳地≥30%,更佳地≥40%,更佳地≥50%。
在另一优选例中,所述对象的11号染色体114165695、114165730、114165769、114165804、114165938、114166050、114166066等7个位点中任何两个位点之间的区域内(包括这两个位点本身)DNA CpG位点甲基化水平≥1%,较佳地≥3%,较佳地≥5%,较佳地≥10%,较佳地≥15%,较佳地≥20%,更佳地≥25%,更佳地≥30%,更佳地≥40%,更佳地≥50%。
在另一优选例中,所述对象为人和非人哺乳动物(啮齿动物、兔、猴、家畜、狗、猫等)。
本发明第七方面,提供一种装置或系统,所述的装置或系统包括:
(i)检测模块,所述的检测模块用于检测NNMT基因表达水平和/或NNMT基因区DNACpG位点甲基化水平;
(ii)输出模块,所述的输出模块包括输出以下信息:
当肿瘤患者的肿瘤细胞中NNMT基因低表达或未表达或NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平高,则该肿瘤患者适合采用本发明第一方面所述的式I化合物、或其光学异构体或其外消旋体、或其溶剂化物、或其药学上可接受的盐进行预防和/或治疗;和/或
当肿瘤患者的肿瘤细胞中NNMT基因高表达或NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平低,则该肿瘤患者不适合采用本发明第一方面所述的式I化合物、或其光学异构体或其外消旋体、或其溶剂化物、或其药学上可接受的盐进行预防和/或治疗。
在另一优选例中,所述的NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平为NNMT基因启动子区DNA CpG位点甲基化水平。
在另一优选例中,所述的NNMT基因表达和/或NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括肿瘤细胞的NNMT基因表达和/或NNMT基因启动子区DNA CpG位点甲基化水平。
在另一优选例中,所述的NNMT基因表达和/或NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括肿瘤细胞的NNMT基因表达和/或NNMT基因转录起始位点前1050bp到基因转录起始位点后499bp区域内DNA CpG位点甲基化水平。
在另一优选例中,所述的NNMT基因表达和/或NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括肿瘤细胞的NNMT基因表达和/或NNMT基因转录起始位点前1050bp到基因转录起始位点前193bp区域内DNA CpG位点甲基化水平。
在另一优选例中,所述的NNMT基因表达和/或NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括肿瘤细胞的NNMT基因表达和/或NNMT基因转录起始位点前840bp到基因转录起始位点前469bp区域内DNA CpG位点甲基化水平。
在另一优选例中,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括人11号染色体114165695位、114165730位、114165769位、114165804位、114165938位、114166050位和114166066位中任何两个位点之间的区域内(包括这两个位点本身)DNA CpG位点甲基化水平。
在另一优选例中,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括SEQ ID NO:1核苷酸序列的位点的第1161位、第1196位、第1235位、第1270位、第1404位、第1516位和第1532位中的一个或多个(如2、3、4、5、6或7)位点的甲基化水平。
在另一优选例中,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括选自下组的SEQID NO:1核苷酸序列的位点的甲基化水平:第1161位、第1196位、第1235位、第1270位、第1404位、第1516位、第1532位,或其组合。
在另一优选例中,所述肿瘤细胞中NNMT基因低表达或未表达是指从该肿瘤中提取的1μg蛋白中通过NNMT抗体检测不到NNMT蛋白,更佳地是指从该肿瘤中提取的5μg蛋白中通过NNMT抗体检测不到NNMT蛋白,更佳地是指从该肿瘤中提取的10μg蛋白中通过NNMT抗体检测不到NNMT蛋白,更佳地是指从该肿瘤中提取的100μg蛋白中通过NNMT抗体检测不到NNMT蛋白,更佳地是指从该肿瘤中提取的1000μg蛋白中通过NNMT抗体检测不到NNMT蛋白。
在另一优选例中,所述肿瘤细胞中NNMT基因高表达是指从该肿瘤中提取的20ug蛋白中通过NNMT抗体检测能检测到NNMT蛋白,更佳地是指该肿瘤中提取的5ug蛋白中通过NNMT抗体检测能检测到NNMT蛋白,更佳地是指该肿瘤中提取的1ug蛋白中通过NNMT抗体检测能检测到NNMT蛋白,更佳地是指该肿瘤中提取的0.2ug蛋白中通过NNMT抗体检测能检测到NNMT蛋白,更佳地是指该肿瘤中提取的0.05ug蛋白中通过NNMT抗体检测能检测到NNMT蛋白,更佳地是指该肿瘤中提取的0.01ug蛋白中通过NNMT抗体检测能检测到NNMT蛋白。
在另一优选例中,所述NNMT基因低表达或未表达是指某一细胞(如肿瘤细胞)的NNMT基因的表达E1与同一细胞或正常细胞(如癌旁组织细胞)中NNMT基因的表达E0的比值(E1/E0)≤0.7,更佳地≤0.6,更佳地≤0.5,更佳地≤0.4,更佳地≤0.3、更佳地≤0.2,更佳地≤0.1,更佳地≤0.05,更佳地≤0.01,更佳地≤0.005,更佳地≤0.001,更佳地≤0.0001,更佳地≤0.00001,更佳地≤0.000001,更佳地≤0.0000001。
在另一优选例中,所述NNMT基因高表达是指某一细胞(如肿瘤细胞)的NNMT基因的表达E1与同一细胞或正常细胞(如癌旁组织细胞)中NNMT基因的表达E0的比值(E1/E0)≥1.2,较佳地≥1.5,更佳地≥2,更佳地≥3,更佳地≥5。
在另一优选例中,所述的CpG位点甲基化水平高是指相关区域内DNA CpG位点甲基化水平≥1%,较佳地≥3%,较佳地≥5%,较佳地≥10%,较佳地≥15%,较佳地≥20%,更佳地≥25%,更佳地≥30%,更佳地≥40%,更佳地≥50%。
在另一优选例中,所述的CpG位点甲基化水平低是指相关区域内DNA CpG位点甲基化水平≤15%,较佳地≤10%,更佳地≤5%,更佳地≤3%,更佳地≤2%,更佳地≤1%。
在另一优选例中,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平低是指某一细胞(如肿瘤细胞)的NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平A1与同一细胞或正常细胞(如癌旁组织细胞)中NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平A0的比值(A1/A0)≤0.7,更佳地≤0.6,更佳地≤0.5,更佳地≤0.4,更佳地≤0.3、更佳地≤0.2,更佳地≤0.1,更佳地≤0.05,更佳地≤0.01,更佳地≤0.005,更佳地≤0.001,更佳地≤0.0001,更佳地≤0.00001,更佳地≤0.000001,更佳地≤0.0000001。
在另一优选例中,所述的装置包括基因检测仪或蛋白检测仪。
在另一优选例中,所述的装置或系统还包括进样模块。
在另一优选来了,所述的进样模块用于进肿瘤细胞提取物。
在另一优选例中,所述的装置或系统还包括数据处理模块。
在另一优选例中,所述的数据处理模块处理得到NNMT基因表达高低和/或NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平高低。
在另一优选例中,所述的数据处理模块处理得到NNMT基因表达高低和/或NNMT基因启动子区DNA CpG位点甲基化水平高低。
在另一优选例中,所述的数据处理模块处理得到NNMT基因表达高低和/或NNMT基因转录起始位点前1050bp到基因转录起始位点后499bp区域内DNA CpG位点甲基化水平高低。
在另一优选例中,所述的数据处理模块处理得到NNMT基因表达高低和/或NNMT基因转录起始位点前1050bp到基因转录起始位点前193bp区域内DNA CpG位点甲基化水平高低。
在另一优选例中,所述的数据处理模块处理得到NNMT基因表达高低和/或NNMT基因转录起始位点前840bp到基因转录起始位点前469bp区域内DNA CpG位点甲基化水平高低。
在另一优选例中,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括人11号染色体114165695位、114165730位、114165769位、114165804位、114165938位、114166050位和114166066位中任何两个位点之间的区域内(包括这两个位点本身)DNA CpG位点甲基化水平。
应理解,在本发明范围内中,本发明的上述各技术特征和在下文(如实施例)中具体描述的各技术特征之间都可以互相组合,从而构成新的或优选的技术方案。限于篇幅,在此不再一一累述。
附图说明
图1为对硝呋酚酰肼和呋喃唑酮敏感及不敏感肿瘤细胞NNMT基因表达情况
图2为对硝呋酚酰肼和呋喃唑酮敏感及不敏感肿瘤细胞NNMT基因启动子区DNACpG位点甲基化水平
图3为对硝呋酚酰肼和呋喃唑酮敏感及不敏感肿瘤细胞NNMT基因转录起始位点前1050bp到转录起始位点后499bp之间区域DNA CpG位点甲基化水平。
图4为对硝呋酚酰肼和呋喃唑酮敏感及不敏感肿瘤细胞NNMT基因转录起始位点前1050bp到转录起始位点前193bp之间区域DNA CpG位点甲基化水平
图5为对硝呋酚酰肼和呋喃唑酮敏感及不敏感肿瘤细胞特定NNMT基因区即人11号染色体114165695、114165730、114165769、114165804、114165938、114166050、114166066等7个位点的DNA CpG位点甲基化情况,黑点表示相关位点已甲基化,白点表示相关位点未甲基化,SST指转录起始位点,Chr11指根据GCF_000001405.25(GRCh37.p13)人类基因组版本界定的人类11号染色体。
具体实施方式
本发明人经过长期而深入的研究,首次意外地发现本发明化合物对NNMT基因低表达(或未表达)和/或NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平高的肿瘤细胞具有更为显著的抑制作用。NNMT基因表达水平和/或NNMT基因启动子区DNA CpG位点甲基化水平能够作为判断肿瘤患者是否适合采用本发明化合物进行预防和/或治疗的标志物。在此基础上,发明人完成了本发明。
术语
如本文所用,术语“包含”、“包括”、“含有”可互换使用,不仅包括封闭式定义,还包括半封闭、和开放式的定义。换言之,所述术语包括了“由……构成”、“基本上由……构成”。
如本文所用,术语“DNA CpG位点甲基化水平高”、“DNA CpG位点甲基化高水平”与“DNA CpG位点高甲基化”可互换使用。
如本文所用,术语“DNA CpG位点甲基化低水平”、“DNA CpG位点甲基化水平低”与“DNA CpG位点低甲基化”可互换使用。
如本文所用,术语“DNA CpG位点甲基化水平”是指某一DNA区域内已甲基化的CpG位点(或核苷酸)数量占该区域内所有CpG位点(或核苷酸)数量的比例。
如本文所用,术语“IC50”与“IC50”可互换使用,是指半抑制浓度(50%inhibitingconcentration),即达到50%抑制效果时抑制剂的浓度。
如本文所用,术语“CpG位点甲基化”、“CpG核苷酸甲基化”与“CpG甲基化”可互换使用。
如本文所用,术语“P/S”是指在相关培养基中加入Penicillin(盘尼西林)以及Streptomycin(链霉素)”。
如本文所用,术语“某一细胞”指某个细胞(如某单个癌细胞)或包含多个类似细胞的一群细胞等(如某肿瘤组织)。
如本文所用,“肿瘤患者适合采用本发明化合物”包括肿瘤患者的肿瘤对本发明化合物敏感。
如本文所用,“肿瘤患者不适合采用本发明化合物”包括肿瘤患者的肿瘤对本发明化合物不敏感。
如本文所用,术语“bp”是指base pair,碱基对。
如本文所用,术语“SST”是指转录起始位点。
如本文所用,术语“Chr11”是指GCF_000001405.25(GRCh37.p13)人类基因组版本界定的人类11号染色体。
如本文所用,“人11号染色体”是指GCF_000001405.25(GRCh37.p13)人类基因组版本界定的人类11号染色体
如本文所用,术语“转录起始位点前”、“转录起始位点后”、“转录起始位点之前”、“转录起始位点之后”均不包括转录起始位点本身。
如本文所用,术语“人11号染色体114165695位”是指人11号染色体114165695位的核苷酸;“人11号染色体114165730位”是指人11号染色体114165730位的核苷酸;“人11号染色体114165769位”是指人11号染色体114165769位的核苷酸;“人11号染色体114165804位”是指人11号染色体114165804位的核苷酸;“人11号染色体114165938位”是指人11号染色体114165938位的核苷酸;“人11号染色体114166050位”是指人11号染色体114166050位的核苷酸;“人11号染色体114166066位”是指人11号染色体114166066位的核苷酸。
如本文所用,基因表达包括该基因蛋白表达或该基因mRN表达等。
应当理解,本领域的普通技术人员可以选择本发明的化合物上的取代基和取代型式以产生化学上稳定的化合物,所述化合物可以通过本领域己知的技术以及下文所阐述的方法合成。如果被超过一个(多个)取代基团取代,应当理解,这多个基团可以是在同一个碳上或在不同碳上,只要产生稳定的结构即可。
如本文所用,术语“取代”或“取代的”是基团上的氢原子被非氢原子基团取代,但需要满足其化合价要求并且由取代生成化学稳定的化合物,即不会自发进行诸如环化、消除等转变的化合物。
如本文所用,“R1”、“R1”和“R1”的含义相同,可相互替换,其它类似定义的含义相同。
如本文所用,“”表示基团的连接位点。
如本文所用,术语“烷基”指只含碳原子的直链(即,无支链)或支链饱和烃基,或直链和支链组合的基团。当烷基前具有碳原子数限定(如C1-C6烷基)指所述的烷基含有1-6个碳原子,例如,C1-C4烷基指含有1-4个碳原子的烷基,代表性实例包括但不限于甲基、乙基、丙基、异丙基、丁基、异丁基、仲丁基、叔丁基、或类似基团。
在本发明中,术语“卤素”指F、Cl、Br或I。
在本发明中,术语“卤代”是指被卤素取代。
如本文所用,术语“卤代烷基”是指烷基的一个或多个(优选为1、2、3或4个)氢被卤素取代,所述的烷基和卤素如上所定义,当烷基前具有碳原子数限定(如C1-C8卤代烷基)指所述的烷基含有1-8个碳原子,例如,C1-C6卤代烷基指含有1-6个碳原子的卤代烷基,代表性实例包括但不限于-CF3、-CHF2、单氟代异丙基、双氟代丁基、或类似基团。
如本文所用,术语“环烷环”指具有饱和的或部分饱和的单元环,二环或多环(稠环、桥环或螺环)环系。当某个环烷环前具有碳原子数限定(如C3-C12)时,指所述的环烷环具有3-12个环碳原子。在一些优选实施例中,术语“C3-C8环烷环”指具有3-8个环碳原子的饱和或部分饱和的单环或二环烷环,包括环丙环、环丁环、环戊环、环庚环、或类似环。“螺环烷环”指单环之间共用一个碳原子(称螺原子)的二环或多环,这些可以含有一个或多个双键,但没有一个环具有完全共轭的π电子系统。“稠环烷环”指系统中的每个环与体系中的其他环共享毗邻的一对碳原子的全碳二环或多环,其中一个或多个环可以含有一个或多个双键,但没有一个环具有完全共轭的π电子系统。“桥环烷环”指任意两个环共用两个不直接连接的碳原子的全碳多环,这些可以含有一个或多个双键,但没有一个环具有完全共轭的π电子系统。如下是环烷环的代表性实例,包括但不限于:环丙环、环丁环、环戊环、环庚环,或类似环。
如本文所用,术语“环烷基”指具有饱和的或部分饱和的单元环,二环或多环(稠环、桥环或螺环)环系基团。当某个环烷基前具有碳原子数限定(如C3-C12)时,指所述的环烷基具有3-12个环碳原子。在一些优选实施例中,术语“C3-C8环烷基”指具有3-8个环碳原子的饱和或部分饱和的单环或二环烷基,包括环丙基、环丁基、环戊基、环庚基、或类似基团。“螺环烷基”指单环之间共用一个碳原子(称螺原子)的二环或多环基团,这些可以含有一个或多个双键,但没有一个环具有完全共轭的π电子系统。“稠环烷基”指系统中的每个环与体系中的其他环共享毗邻的一对碳原子的全碳二环或多环基团,其中一个或多个环可以含有一个或多个双键,但没有一个环具有完全共轭的π电子系统。“桥环烷基”指任意两个环共用两个不直接连接的碳原子的全碳多环基团,这些可以含有一个或多个双键,但没有一个环具有完全共轭的π电子系统。如下是环烷基的代表性实例,包括但不限于:
如本文所用,术语“卤代环烷基”是指环烷基的一个或多个(优选为1、2、3或4个)氢被卤素取代,所述的环烷基和卤素如上所定义,当环烷基前具有碳原子数限定(如C3-C8卤代烷基)指所述的环烷基含有3-8个环碳原子,例如,C3-C8卤代烷基指含有3-6碳原子的卤代环烷基,代表性实例包括但不限于单氟代环丙基、单氯代环丁基、单氟代环戊基、双氟代环庚基,或类似基团。
术语“烷氧基”指R-O-基团,其中R为烷基,烷基为如上本文所定义,当烷氧基前具有碳原子数限定,如C1-C8烷氧基基指所述的烷氧基中的烷基具有1-8个碳原子。烷氧基的代表性示例包括但不限于:甲氧基、乙氧基、正丙氧基、异丙氧基、叔丁氧基,或类似基团。
如本文所用,术语“烷硫基”指R-S-基团,其中R为烷基,烷基为如上本文所定义,当烷硫基前具有碳原子数限定,如C1-C8烷硫基指所述的烷硫基中的烷基具有1-8个碳原子。烷硫基的代表性示例包括但不限于:甲硫基、乙硫基、正丙硫基、异丙硫基、叔丁硫基,或类似基团。
术语“环烷氧基”指R-O-基团,其中R为环烷基,环烷基为如上本文所定义,当环烷氧基前具有碳原子数限定,如C3-C8环烷氧基基指所述的环烷氧基中的环烷基具有3-8个碳原子。环烷氧基的代表性示例包括但不限于:环丙氧基、环丁氧基,或类似基团。
术语“环烷硫基”指R-S-基团,其中R为环烷基,环烷基为如上本文所定义,当环烷硫基前具有碳原子数限定,如C3-C8环烷硫基基指所述的环烷硫基中的环烷基具有3-8个碳原子。环烷硫基的代表性示例包括但不限于:环丙硫基、环丁硫基,或类似基团。
如本文所用,术语“卤代烷氧基”是指卤代烷基-O-,所述的卤代烷基如上所定,例如,C1-C6卤代烷氧基指含有1-6个碳原子的卤代烷氧基,代表性实例包括但不限于、单氟代甲氧基、单氟代乙氧基、双氟代丁氧基、或类似基团。
如本文所用,术语“卤代烷硫基”是指卤代烷基-S-,所述的卤代烷基如上所定,例如,C1-C6卤代烷硫基指含有1-4个碳原子的卤代烷硫基,代表性实例包括但不限于、单氟代甲硫基、单氟代乙硫基、双氟代丁硫基、或类似基团。
术语“杂环烷环”是指完全饱和的或部分不饱和的的环(包含但不限于如3-7元单环,7-11元双环,或8-16元三环系统),其中至少有一个杂原子存在于至少有一个碳原子的环中。当杂环前有元数限定时,指的是杂环的环原子个数,例如3-16元杂环指的是具有3-16个环原子的杂环。每个含有杂原子的杂环上可以带有一个或多个(如1,2,3或4个)杂原子,这些杂原子各自独立地选自氮原子、氧原子或硫原子,其中氮原子或硫原子可以被氧化,氮原子也可以被季铵化。杂环可以连接到环或环系分子的任何杂原子或碳原子的残基上。典型的单环杂环烷环包括但不限于氮杂环丁烷环、氧杂环丁烷、咪唑啉环、四氢呋喃环、哌啶环、哌嗪环、恶唑烷环2-氧代哌嗪环、2-氧代哌啶环、4-哌啶酮环、四氢吡喃环、吗啡啉环、硫代吗啡啉环、硫代吗啡啉亚砜环、硫代吗啡啉砜环、1,3-二噁烷环和四氢-1,1-二氧噻吩环等。多环杂环烷环包括螺环、稠环和桥环的杂环环;其中涉及到的螺环、稠环和桥环的杂环任选与其他环通过单键相连接,或者通过环上的任意两个或两个以上的原子与其它环烷环、杂环进一步并环连接。
术语“杂环烷基”是指完全饱和的或部分不饱和的的环状基团(包含但不限于如3-7元单环,7-11元双环,或8-16元三环系统),其中至少有一个杂原子存在于至少有一个碳原子的环中。当杂环烷基前有元数限定时,指的是杂环烷基的环原子个数,例如3-16元杂环烷基指的是具有3-16个环原子的杂环烷基。每个含有杂原子的杂环上可以带有一个或多个(如1,2,3或4个)杂原子,这些杂原子各自独立地选自氮原子、氧原子或硫原子,其中氮原子或硫原子可以被氧化,氮原子也可以被季铵化。杂环烷基可以连接到环或环系分子的任何杂原子或碳原子的残基上。典型的单环杂环烷基包括但不限于氮杂环丁烷基、氧杂环丁烷基、咪唑啉基、四氢呋喃基、哌啶基、哌嗪基、2-氧代哌嗪基、2-氧代哌啶基、4-哌啶酮基、四氢吡喃基、吗啡啉基、硫代吗啡啉基、硫代吗啡啉亚砜基、硫代吗啡啉砜基、1,3-二噁烷基和四氢-1,1-二氧噻吩等。多环杂环烷基包括螺环、稠环和桥环的杂环基;其中涉及到的螺环、稠环和桥环的杂环烷基任选与其他基团通过单键相连接,或者通过环上的任意两个或两个以上的原子与其它环烷环、杂环进一步并环连接。
术语“芳环”指具有共轭的π电子体系的全碳单环或稠合多环(也就是共享毗邻碳原子对的环),是一种芳香环状烃类化合物,当芳环前面具有碳原子数限定,如C6-C12芳环,则指所述的芳环具有6-12个环碳原子,例如苯环和萘环。所述芳环可以稠合于其它碳环(包括饱和或不饱和环),但不能含有杂原子如氮、氧、或硫,同时连接母体的点必须在具有共轭的π电子体系的环上的碳原子上。代表性地芳环为苯环和萘环,或类似环。
术语“芳基”指具有共轭的π电子体系的全碳单环或稠合多环(也就是共享毗邻碳原子对的环)基团,是一种芳香环状烃类化合物基团,当芳基前面具有碳原子数限定,如C6-C12芳基,则指所述的芳基具有6-12个环碳原子,例如苯基和萘基。所述芳基环可以稠合于其它环状基团(包括饱和或不饱和环),但不能含有杂原子如氮、氧、或硫,同时连接母体的点必须在具有共轭的π电子体系的环上的碳原子上。如下是芳基代表性实例,包括但不限于:
术语“杂芳环”指具有一个到多个(优选为1、2、3或4个)杂原子的芳族杂环,其可以是单环(单环的)或者稠合在一起或共价地连接的多环(二环的、三环的或多环的),每个含有杂原子的杂环上可以具有一个或多个(如1、2、3、4个)各自独立选自下组的杂原子:氧、硫和氮。当杂芳环前有元数限定时,指的是杂芳环的环原子个数,例如5-12元杂芳环指的是具有5-12个环原子的杂芳环,代表性的例子包括但不限于:吡咯环、吡唑环、咪唑环、噁唑环、异噁唑环、噻唑环、噻二唑环、异噻唑环、呋喃环、吡啶环、吡嗪环、嘧啶环、哒嗪环、三氮嗪环、三氮唑环及四氮唑环等。
术语“杂芳基”指具有一个到多个(优选为1、2、3或4个)杂原子的芳族杂环系基团,其可以是单环(单环的)或者稠合在一起或共价地连接的多环(二环的、三环的或多环的),每个含有杂原子的杂环上可以带有一个多个(如1、2、3、4个)各自独立选自下组的杂原子:氧、硫和氮。当杂芳基前有元数限定时,指的是杂芳基的环原子个数,例如5-12元杂芳基指的是具有5-12个环原子的杂芳基,代表性的例子包括但不限于:吡咯基、吡唑基、咪唑基、噁唑基、异噁唑基、噻唑基、噻二唑基、异噻唑基、呋喃基、吡啶基、吡嗪基、嘧啶基、哒嗪基、三氮嗪基、三氮唑基及四氮唑基等。
如本文所用,在单独或作为其他取代基一部分时,术语"氨基"表示-NH2。
如本文所用,在单独或作为其他取代基一部分时,术语"硝基"表示-NO2。
如本文所用,在单独或作为其他取代基一部分时,术语"氰基"表示-CN。
如本文所用,在单独或作为其他取代基一部分时,术语"羟基"表示-OH。
如本文所用,在单独或作为其他取代基一部分时,术语"巯基"表示-SH。
在本说明书中,应解释为所有取代基为未取代的,除非在本文中明确描述为“取代的”。术语“取代”是指特定的基团上的一个或多个氢原子被特定的取代基所取代。特定的取代基为在前文中相应描述的取代基,或各实施例中所出现的取代基,优选地,所述的任一“取代”是指基团上的一个或多个(优选为1、2、3、或4个)氢原子被选自下组的取代基所取代:C1-C8烷基、C3-C8环烷基、C1-C8卤代烷基、C3-C8卤代环烷基、卤素、硝基、-CN、羰基(=O)、氰基、羟基、巯基、氨基、C1-C8烷氧基、C1-C8烷硫基、C3-C8环烷氧基、C3-C8环烷硫基、C1-C8卤代烷氧基、C1-C8卤代烷硫基、C6-C12芳基、5-10元杂芳基、5-10元杂环烷基
。除非特别说明,某个任意取代的基团可以在该基团的任何可取代的位点上具有一个选自特定组的取代基,所述的取代基在各个位置上可以是相同或不同的。
在本发明中,术语“预防”表示预防疾病和/或它的附随症状的发作或者保护对象免于获得疾病的方法。
本发明所述的“治疗”包括延缓和终止疾病的进展,或消除疾病,并不需要100%抑制、消灭和逆转。在一些实施方案中,与不存在本发明所述的化合物观察到的水平相比,本发明所述化合物将相关疾病(如肿瘤)及其并发症减轻、抑制和/或逆转了例如至少约10%、至少约30%、至少约50%、或至少约80%。
化合物
如本文所用,“本发明化合物”、“本发明式I化合物”、或“式I化合物”可互换使用,指具有式I化合物,或其光学异构体或其外消旋体、或其溶剂化物、或其药学上可接受的盐。应理解,该术语还包括上述组分的混合物。
具体地,所述的式I化合物如上本发明第一方面所述。
本发明的研究表明,本发明化合物对NNMT基因低表达(或未表达)和/或NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平高的肿瘤细胞具有更显著的抑制作用,NNMT基因表达水平低和/或NNMT基因启动子区DNA CpG位点甲基化水平高的肿瘤对本发明化合物敏感。
术语“药学上可接受的盐”指本发明化合物与酸或碱所形成的适合用作药物的盐。药学上可接受的盐包括无机盐和有机盐。一类优选的盐是本发明化合物与酸形成的盐,适合形成盐的酸包括(但并不限于):盐酸、氢溴酸、氢氟酸、硫酸、硝酸、磷酸等无机酸,甲酸、乙酸、丙酸、草酸、丙二酸、琥珀酸、富马酸、马来酸、乳酸、苹果酸、酒石酸、柠檬酸、苦味酸、甲磺酸、苯甲磺酸,苯磺酸等有机酸;以及天冬氨酸、谷氨酸等酸性氨基酸。一类优选的盐是本发明化合物与碱形成的金属盐,适合形成盐的碱包括(但并不限于):氢氧化钠、氢氧化钾、碳酸钠、碳酸氢钠、磷酸钠等无机碱、氨水、三乙胺、二乙胺等有机碱。
本发明所述的如式I所示化合物可通过常规方法转化为其药学上可接受的盐,例如,可将相应的酸的溶液加入到上述化合物的溶液中,成盐完全后除去溶剂即得本发明所述化合物的相应的盐。
本发明优选的化合物为:
NNMT基因
NNMT基因英文名为Nicotinamide N-Methyltransferase,不同数据库对该基因有不同的识别号:HGNC:7861;Entrez Gene:4837;Ensembl:ENSG00000166741;OMIM:600008;UniProtKB:P40261。
根据GCF_000001405.25(GRCh37.p13)人类基因组版本,NNMT基因区位于人类11号染色体第114,128,528位bp到114,184,258位bp,总长为55,731bp的DNA序列,包括NNMT基因启动子区、NNMT基因外显子区和NNMT基因内含子区,NNMT基因转录起始位点为第114,166,535位bp。
NNMT基因启动子区为人11号染色体第114,164,535位bp到114,167,034位bp的核苷酸序列,即NNMT基因转录起始位点前2000bp(黑色加深无下划线部分)至转录起始位点本身及其后499bp(非黑色加深有下划线部分)之间的序列,总长为2500bp的区域为NNMT基因启动子区,NNMT基因启动子区的核苷酸序列如下面SEQ ID NO:1所示:
SEQ ID NO:1:
在本发明中,NNMT基因转录起始位点前1050bp到基因转录起始位点后499bp为SEQID NO:1所示核苷酸序列的951-2500位。
在本发明中,NNMT基因转录起始位点前1050bp到基因转录起始位点前193bp为SEQID NO:1所示核苷酸序列的951-1808位。
在本发明中,NNMT基因转录起始位点前840bp到基因转录起始位点前469bp为SEQID NO:1所示核苷酸序列的1161-1532位。
在本发明中,人11号染色体114165695、114165730、114165769、114165804、114165938、114166050、114166066的位点对应于SEQ ID NO:1核苷酸序列的位点如下表A所示:
表A
人11号染色体的位点 | 对应于SEQ ID NO:1核苷酸序列的位点 |
114165695位 | 第1161位 |
114165730位 | 第1196位 |
114165769位 | 第1235位 |
114165804位 | 第1270位 |
114165938位 | 第1404位 |
114166050位 | 第1516位 |
114166066位 | 第1532位 |
DNA甲基化(DNA methylation)
DNA甲基化(DNA methylation)为DNA化学修饰的一种形式,能够在不改变DNA序列的前提下,改变遗传表现。所谓DNA甲基化是指在DNA甲基化转移酶的作用下,在基因组CpG二核苷酸的胞嘧啶5号碳位共价键结合一个甲基基团。大量研究表明,DNA甲基化能引起染色质结构、DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变,从而调控基因表达。
DNA甲基化是最早被发现、也是研究最深入的表观遗传调控机制之一。广义上的DNA甲基化是指DNA序列上特定的碱基在DNA甲基转移酶(DNA methyltransferase,DNMT)的催化作用下,以s-腺苷甲硫氨酸(S-adenosyl methionine,SAM)作为甲基供体,通过共价键结合的方式获得一个甲基基团的化学修饰过程。这种DNA甲基化修饰可以发生在胞嘧啶的C-5位、腺嘌呤的N-6位及鸟嘌呤的N-7位等位点。研究中所涉及的DNA甲基化主要是指发生在CpG二核苷酸中胞嘧啶上第5位碳原子的甲基化过程,其产物称为5—甲基胞嘧啶(5-mC),是植物、动物等真核生物DNA甲基化的主要形式。DNA甲基化作为一种相对稳定的修饰状态,在DNA甲基转移酶的作用下,可随DNA的复制过程遗传给新生的子代DNA,是一种重要的表观遗传机制。
DNA甲基化反应分为2种类型。一种是2条链均未甲基化的DNA被甲基化,称为从头甲基化(denovo methylation);另一种是双链DNA的其中一条链已存在甲基化,另一条未甲基化的链被甲基化,这种类型称为保留甲基化(maintenance methylation)。
典型地,DNA甲基化为DNA CpG位点甲基化。CpG双核苷酸在人类基因组中的分布很不均一,而在基因组的某些区段,CpG保持或高于正常概率。CpG位点富集区(又称CpG岛)主要位于基因的启动子(promotor)和外显子区域,是富含CpG二核苷酸的一些区域,约有60%以上基因的启动子含有CpG岛。这里CpG是胞嘧啶(C)—磷酸(p)—鸟嘌呤(G)的缩写。
细胞内基因表达受多种信号传导通路、转录因子和表观遗传修饰的调控。DNA甲基化修饰是表观遗传修饰调控基因表达的重要方式,特定基因区DNA甲基化水平往往影响该基因的表达水平。相对于信号传导通路和转录因子等对基因表达的调控,表观遗传修饰中的DNA甲基化修饰对基因表达的影响更加稳定,并不易被细胞外环境所影响,DNA甲基化修饰容易用现有技术精准检测,因此是较为理想的生物标志物。
用途
本发明提供一种本发明所述化合物在预防和/或治疗肿瘤方面中的用途。
癌症
本发明研究表明,本发明所述化合物能够用于预防和/或治疗肿瘤。
在本发明中,术语“肿瘤”、“癌症”、“癌”和“瘤”可互换使用。
在本发明的一个优选例中,所述的肿瘤包括NNMT基因低表达或未表达的肿瘤。
在本发明的一个优选例中,所述肿瘤包括NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平高的肿瘤。
在一个优选例中,所述NNMT基因低表达或未表达的肿瘤是指从该肿瘤中提取的1μg蛋白中通过NNMT抗体检测不到NNMT蛋白,更佳地是指从该肿瘤中提取的5μg蛋白中通过NNMT抗体检测不到NNMT蛋白,更佳地是指从该肿瘤中提取的10μg蛋白中通过NNMT抗体检测不到NNMT蛋白,更佳地是指从该肿瘤中提取的100μg蛋白中通过NNMT抗体检测不到NNMT蛋白,更佳地是指从该肿瘤中提取的1000μg蛋白中通过NNMT抗体检测不到NNMT蛋白。
在一个优选例中,所述NNMT基因低表达或未表达是指某一细胞(如肿瘤细胞)的NNMT基因的表达E1与同一细胞或正常细胞(如癌旁组织细胞)中NNMT基因的表达E0的比值(E1/E0)≤0.7,更佳地≤0.6,更佳地≤0.5,更佳地≤0.4,更佳地≤0.3、更佳地≤0.2,更佳地≤0.1,更佳地≤0.05,更佳地≤0.01,更佳地≤0.005,更佳地≤0.001,更佳地≤0.0001,更佳地≤0.00001,更佳地≤0.000001,更佳地≤0.0000001。
在另一优选例中,所述的同一细胞是指同种类但NNMT基因正常表达的细胞。
在另一优选例中,所述的正常细胞是指NNMT基因正常表达的正常组织细胞(如癌细胞起源细胞或邻近细胞)。
在另一优选例中,E0为NNMT基因正常表达细胞的NNMT基因的表达水平。
在另一优选例中,所述的NNMT基因正常表达的细胞包括对本发明所述化合物不敏感的细胞。
在另一优选例中,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平高是指某一细胞(如肿瘤细胞)的NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平≥1%,较佳地≥3%,较佳地≥5%,较佳地≥10%,较佳地≥15%,较佳地≥20%,更佳地≥25%,更佳地≥30%,更佳地≥40%,更佳地≥50%。
在另一优选例中,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平高是指某一细胞(如肿瘤细胞)的NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平A1与同一细胞或正常细胞(如癌旁组织细胞)中NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平A0的比值(A1/A0)≥1.2,较佳地≥1.5,更佳地≥2,更佳地≥3,更佳地≥5。
在另一优选例中,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平高是指某一细胞(如肿瘤细胞)的NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平(N%)≥3%且小于等于M%,其中,M为3-100之间的任一正整数。
在另一优选例中,M为5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、80、85、90、95或100。
在另一优选例中,所述的CpG位点甲基化水平是指某基因区域甲基化的CpG核苷酸数量占该基因区域所有核苷酸数量的比值。
在另一优选例中,所述的NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平是指NNMT基因区的甲基化的CpG核苷酸数量占NNMT基因区所有核苷酸数量的比值。
在另一优选例中,所述的CpG位点甲基化水平是指某基因区域甲基化的CpG核苷酸数量占该基因区域所有CpG核苷酸数量的比值。
在另一优选例中,所述的NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平是指NNMT基因区的甲基化的CpG核苷酸数量占NNMT基因区所有CpG核苷酸数量的比值。
在另一优选例中,所述的DNA CpG位点甲基化水平是指某区域DNA已甲基化的CpG位点数量占该区域DNA的全部CpG位点数量的比值。
在另一优选例中,所述的DNA CpG位点甲基化水平是指某区域DNA已甲基化的CpG核苷酸数量占该区域DNA的全部CpG核苷酸数量的比值。
在另一优选例中,所述的NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平是指NNMT基因区DNA已甲基化的CpG位点数量占NNMT基因区DNA的全部CpG位点数量的比值。
在另一优选例中,所述的NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平是指NNMT基因区DNA已甲基化的CpG核苷酸数量占NNMT基因区DNA的全部CpG核苷酸数量的比值。
在本发明的一个优选例中,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括NNMT基因启动子区DNA CpG位点甲基化水平。
在另一优选例中,NNMT基因启动子区的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示。
优选地,所述NNMT基因启动子区DNA CpG位点甲基化水平包括NNMT基因转录起始位点前1050bp到转录起始位点后499bp区域内DNA CpG位点甲基化水平。
优选地,所述NNMT基因启动子区DNA CpG位点甲基化水平包括NNMT基因转录起始位点前1050bp到基因转录起始位点前193bp区域内DNA CpG位点甲基化水平。
优选地,所述NNMT基因启动子区DNA CpG位点甲基化水平包括NNMT基因转录起始位点前840bp到基因转录起始位点前469bp区域内DNA CpG位点甲基化水平。
优选的,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括人11号染色体114165695位、114165730位、114165769位、114165804位、114165938位、114166050位和114166066位中任何两个位点之间的区域内(包括这两个位点本身)的DNA CpG位点甲基化水平。
优选的,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括人11号染色体114165695位、114165730位、114165769位、114165804位、114165938位、114166050位和114166066位中的一个或多个(如2、3、4、5、6或7)位点的甲基化水平。
优选的,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括选自下组的位点的甲基化水平:人11号染色体114165695位、人11号染色体114165730位、人11号染色体114165769位、人11号染色体114165804位、人11号染色体114165938位、人11号染色体114166050位、人11号染色体114166066位,或其组合。
优选的,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括SEQ ID NO:1核苷酸序列的位点的第1161位、第1196位、第1235位、第1270位、第1404位、第1516位和第1532位中任何两个位点之间的区域内(包括这两个位点本身)的DNA CpG位点甲基化水平。
优选的,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括SEQ ID NO:1核苷酸序列的位点的第1161位、第1196位、第1235位、第1270位、第1404位、第1516位和第1532位中的一个或多个(如2、3、4、5、6或7)位点的甲基化水平。
优选的,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括选自下组的SEQ ID NO:1核苷酸序列的位点的甲基化水平:第1161位、第1196位、第1235位、第1270位、第1404位、第1516位、第1532位,或其组合。
代表性地,所述的肿瘤包括(但不限于):肺癌、肾癌、乳腺癌、结肠癌、淋巴癌、白血病、胰腺癌、脑瘤、肝癌、前列腺癌,或其组合。
典型地,所述的肺癌包括(但不限于):非小细胞肺癌、小细胞肺癌,或其组合。
典型地,所述的结肠癌包括结肠腺癌。
典型地,所述的淋巴癌包括(但不限于):B淋巴瘤、皮肤T细胞淋巴癌,或其组合。
典型地,所述的淋巴癌包括弥漫大B淋巴瘤。
典型地,所述的脑瘤包括胶质母细胞瘤。
典型地,所述的肾癌包括肾透明细胞腺癌。
典型地,所述的肾癌的癌细胞包括肾癌Wilms细胞。
典型地,所述的白血病包括(但不限于):T淋巴细胞白血病、髓细胞性白血病,或其组合。
典型地,所述的T淋巴细胞白血病包括急性T淋巴细胞白血病。
典型地,所述的髓细胞性白血病包括M4级AML急性髓细胞性白血病。
典型地,所述的髓细胞性白血病包括FAB M4级AML急性髓细胞性白血病
典型地,所述的表达包括蛋白表达和/或mRNA表达。
标志物
本发明还提供一种用于判断肿瘤患者是否适合采用本发明所述化合物进行预防和/或治疗的标志物,所述的标志物包括NNMT基因和/或NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平。
优选地,所述的NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括NNMT基因启动子区DNACpG位点甲基化水平。
优选的,所述的NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括NNMT基因转录起始位点前1050bp到基因转录起始位点后499bp区域内DNA CpG位点甲基化水平。
优选的,所述的NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括NNMT基因转录起始位点前1050bp到基因转录起始位点前193bp区域内DNA CpG位点甲基化水平。
优选的,所述的NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括NNMT基因转录起始位点前840bp到基因转录起始位点前469bp区域内DNA CpG位点甲基化水平。
优选的,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括人11号染色体114165695位、114165730位、114165769位、114165804位、114165938位、114166050位和114166066位中任何两个位点之间的区域内(包括这两个位点本身)的DNA CpG位点甲基化水平。
优选的,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括人11号染色体114165695位、114165730位、114165769位、114165804位、114165938位、114166050位和114166066位中的一个或多个(如2、3、4、5、6或7)位点的甲基化水平。
优选的,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括选自下组的位点的甲基化水平:人11号染色体114165695位、人11号染色体114165730位、人11号染色体114165769位、人11号染色体114165804位、人11号染色体114165938位、人11号染色体114166050位、人11号染色体114166066位,或其组合。
优选的,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括SEQ ID NO:1核苷酸序列的位点的第1161位、第1196位、第1235位、第1270位、第1404位、第1516位和第1532位中任何两个位点之间的区域内(包括这两个位点本身)的DNA CpG位点甲基化水平。
优选的,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括SEQ ID NO:1核苷酸序列的位点的第1161位、第1196位、第1235位、第1270位、第1404位、第1516位和第1532位中的一个或多个(如2、3、4、5、6或7)位点的甲基化水平。
优选的,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括选自下组的SEQ ID NO:1核苷酸序列的位点的甲基化水平:第1161位、第1196位、第1235位、第1270位、第1404位、第1516位、第1532位,或其组合。
在一个实施方式中,NNMT基因和/或NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平作为判断肿瘤患者是否适合采用本发明所述化合物进行预防和/或治疗的标志物,其方法包括但不限于:
当肿瘤患者的肿瘤细胞中NNMT基因低表达或未表达或NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平高,则该肿瘤患者适合采用本发明所述化合物进行预防和/或治疗;和/或
当肿瘤患者的肿瘤细胞中NNMT基因高表达或NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平低,则该肿瘤患者不适合采用本发明所述化合物进行预防和/或治疗。
在另一优选例中,所述肿瘤细胞中NNMT基因低表达或未表达是指从该肿瘤中提取的1μg蛋白中通过NNMT抗体检测不到NNMT蛋白,更佳地是指从该肿瘤中提取的5μg蛋白中通过NNMT抗体检测不到NNMT蛋白,更佳地是指从该肿瘤中提取的10μg蛋白中通过NNMT抗体检测不到NNMT蛋白,更佳地是指从该肿瘤中提取的100μg蛋白中通过NNMT抗体检测不到NNMT蛋白,更佳地是指从该肿瘤中提取的1000μg蛋白中通过NNMT抗体检测不到NNMT蛋白。
在另一优选例中,所述肿瘤细胞中NNMT基因高表达是指从该肿瘤中提取的20ug蛋白中通过NNMT抗体检测能检测到NNMT蛋白,更佳地是指该肿瘤中提取的5ug蛋白中通过NNMT抗体检测能检测到NNMT蛋白,更佳地是指该肿瘤中提取的1ug蛋白中通过NNMT抗体检测能检测到NNMT蛋白,更佳地是指该肿瘤中提取的0.2ug蛋白中通过NNMT抗体检测能检测到NNMT蛋白,更佳地是指该肿瘤中提取的0.05ug蛋白中通过NNMT抗体检测能检测到NNMT蛋白,更佳地是指该肿瘤中提取的0.01ug蛋白中通过NNMT抗体检测能检测到NNMT蛋白。
在另一优选例中,所述NNMT基因低表达或未表达是指某一细胞(如肿瘤细胞)的NNMT基因的表达E1与同一细胞或正常细胞(如癌旁组织细胞)中NNMT基因的表达E0的比值(E1/E0)≤0.7,更佳地≤0.6,更佳地≤0.5,更佳地≤0.4,更佳地≤0.3、更佳地≤0.2,更佳地≤0.1,更佳地≤0.05,更佳地≤0.01,更佳地≤0.005,更佳地≤0.001,更佳地≤0.0001,更佳地≤0.00001,更佳地≤0.000001,更佳地≤0.0000001。
在另一优选例中,所述NNMT基因高表达是指某一细胞(如肿瘤细胞)的NNMT基因的表达E1与同一细胞或正常细胞(如癌旁组织细胞)中NNMT基因的表达E0的比值(E1/E0)≥1.2,较佳地≥1.5,更佳地≥2,更佳地≥3,更佳地≥5。
在另一优选例中,所述的CpG位点甲基化水平高是指相关区域内DNA CpG位点甲基化水平≥1%,较佳地≥3%,较佳地≥5%,较佳地≥10%,较佳地≥15%,较佳地≥20%,更佳地≥25%,更佳地≥30%,更佳地≥40%,更佳地≥50%。
在另一优选例中,所述的CpG位点甲基化水平低是指相关区域内DNA CpG位点甲基化水平≤15%,较佳地≤10%,更佳地≤5%,更佳地≤3%,更佳地≤2%,更佳地≤1%。
在另一优选例中,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平高是指某一细胞(如肿瘤细胞)的NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平A1与同一细胞或正常细胞(如癌旁组织细胞)中NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平A0的比值(A1/A0)≥1.1,较佳地≥1.2,较佳地≥1.5,更佳地≥2,更佳地≥3,更佳地≥5。
在另一优选例中,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平低是指某一细胞(如肿瘤细胞)的NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平A1与同一细胞或正常细胞(如癌旁组织细胞)中NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平A0的比值(A1/A0)≤0.7,更佳地≤0.6,更佳地≤0.5,更佳地≤0.4,更佳地≤0.3、更佳地≤0.2,更佳地≤0.1,更佳地≤0.05,更佳地≤0.01,更佳地≤0.005,更佳地≤0.001,更佳地≤0.0001,更佳地≤0.00001,更佳地≤0.000001,更佳地≤0.0000001。
检测试剂盒及其用途
本发明提供一种用于检检测试剂盒,所述的所述的检测试剂盒包括:
(i)用于检测NNMT基因表达水平和/或NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平的检测试剂。
本发明还提供一种本发明所述检测试剂盒的用途,用于制备一伴随诊断试剂盒,所述伴随诊断试剂盒用于判断肿瘤患者是否适合采用本发明所述化合物进行预防和/或治疗。
在另一优选例中,所述的伴随诊断试剂盒还包括说明书或标签
在另一优选例中,所述的说明书或标签记载:
当肿瘤患者的肿瘤细胞中NNMT基因低表达或未表达或NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平高,则该肿瘤患者适合采用本发明所述化合物进行预防和/或治疗;和/或
当肿瘤患者的肿瘤细胞中NNMT基因高表达或NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平低,则该肿瘤患者不适合采用本发明所述化合物进行预防和/或治疗。
在另一优选例中,所述的NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括NNMT基因启动子区DNA CpG位点甲基化水平。
在另一优选例中,NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括NNMT基因转录起始位点前1050bp到基因转录起始位点后499bp区域内DNA CpG位点甲基化水平。
在另一优选例中,NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括NNMT基因转录起始位点前1050bp到基因转录起始位点前193bp区域内DNA CpG位点甲基化水平。
在另一优选例中,NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括NNMT基因转录起始位点前840bp到基因转录起始位点前469bp区域内DNA CpG位点甲基化水平。
优选的,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括人11号染色体114165695位、114165730位、114165769位、114165804位、114165938位、114166050位和114166066位中任何两个位点之间的区域内(包括这两个位点本身)的DNA CpG位点甲基化水平。
优选的,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括人11号染色体114165695位、114165730位、114165769位、114165804位、114165938位、114166050位和114166066位中的一个或多个(如2、3、4、5、6或7)位点的甲基化水平。
优选的,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括选自下组的位点的甲基化水平:人11号染色体114165695位、人11号染色体114165730位、人11号染色体114165769位、人11号染色体114165804位、人11号染色体114165938位、人11号染色体114166050位、人11号染色体114166066位,或其组合。
优选的,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括SEQ ID NO:1核苷酸序列的位点的第1161位、第1196位、第1235位、第1270位、第1404位、第1516位和第1532位中任何两个位点之间的区域内(包括这两个位点本身)的DNA CpG位点甲基化水平。
优选的,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括SEQ ID NO:1核苷酸序列的位点的第1161位、第1196位、第1235位、第1270位、第1404位、第1516位和第1532位中的一个或多个(如2、3、4、5、6或7)位点的甲基化水平。
优选的,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括选自下组的SEQ ID NO:1核苷酸序列的位点的甲基化水平:第1161位、第1196位、第1235位、第1270位、第1404位、第1516位、第1532位,或其组合。
在另一优选例中,所述肿瘤细胞中NNMT基因低表达或未表达是指从该肿瘤中提取的1μg蛋白中通过NNMT抗体检测不到NNMT蛋白,更佳地是指从该肿瘤中提取的5μg蛋白中通过NNMT抗体检测不到NNMT蛋白,更佳地是指从该肿瘤中提取的10μg蛋白中通过NNMT抗体检测不到NNMT蛋白,更佳地是指从该肿瘤中提取的100μg蛋白中通过NNMT抗体检测不到NNMT蛋白,更佳地是指从该肿瘤中提取的1000μg蛋白中通过NNMT抗体检测不到NNMT蛋白。
在另一优选例中,所述肿瘤细胞中NNMT基因高表达是指从该肿瘤中提取的20ug蛋白中通过NNMT抗体检测能检测到NNMT蛋白,更佳地是指该肿瘤中提取的5ug蛋白中通过NNMT抗体检测能检测到NNMT蛋白,更佳地是指该肿瘤中提取的1ug蛋白中通过NNMT抗体检测能检测到NNMT蛋白,更佳地是指该肿瘤中提取的0.2ug蛋白中通过NNMT抗体检测能检测到NNMT蛋白,更佳地是指该肿瘤中提取的0.05ug蛋白中通过NNMT抗体检测能检测到NNMT蛋白,更佳地是指该肿瘤中提取的0.01ug蛋白中通过NNMT抗体检测能检测到NNMT蛋白。
在另一优选例中,所述NNMT基因低表达或未表达是指某一细胞(如肿瘤细胞)的NNMT基因的表达E1与同一细胞或正常细胞(如癌旁组织细胞)中NNMT基因的表达E0的比值(E1/E0)≤0.7,更佳地≤0.6,更佳地≤0.5,更佳地≤0.4,更佳地≤0.3、更佳地≤0.2,更佳地≤0.1,更佳地≤0.05,更佳地≤0.01,更佳地≤0.005,更佳地≤0.001,更佳地≤0.0001,更佳地≤0.00001,更佳地≤0.000001,更佳地≤0.0000001。
在另一优选例中,所述NNMT基因高表达是指某一细胞(如肿瘤细胞)的NNMT基因的表达E1与同一细胞或正常细胞(如癌旁组织细胞)中NNMT基因的表达E0的比值(E1/E0)≥1.2,较佳地≥1.5,更佳地≥2,更佳地≥3,更佳地≥5。
在另一优选例中,所述的CpG位点甲基化水平高是指相关区域内DNA CpG位点甲基化水平≥1%,较佳地≥3%,较佳地≥5%,较佳地≥10%,较佳地≥15%,较佳地≥20%,更佳地≥25%,更佳地≥30%,更佳地≥40%,更佳地≥50%。
在另一优选例中,所述的CpG位点甲基化水平低是指相关区域内DNA CpG位点甲基化水平≤15%,较佳地≤10%,更佳地≤5%,更佳地≤3%,更佳地≤2%,更佳地≤1%。
在另一优选例中,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平高是指某一细胞(如肿瘤细胞)的NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平A1与同一细胞或正常细胞(如癌旁组织细胞)中NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平A0的比值(A1/A0)≥1.1,较佳地≥1.2,较佳地≥1.5,更佳地≥2,更佳地≥3,更佳地≥5。
在另一优选例中,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平低是指某一细胞(如肿瘤细胞)的NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平A1与同一细胞或正常细胞(如癌旁组织细胞)中NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平A0的比值(A1/A0)≤0.7,更佳地≤0.6,更佳地≤0.5,更佳地≤0.4,更佳地≤0.3、更佳地≤0.2,更佳地≤0.1,更佳地≤0.05,更佳地≤0.01,更佳地≤0.005,更佳地≤0.001,更佳地≤0.0001,更佳地≤0.00001,更佳地≤0.000001,更佳地≤0.0000001。
药盒
本发明还提供一种药盒,所述的药盒包括:
(i)用于检测NNMT基因表达水平和/或NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平的检测试剂;和
(ii)本发明所述式I化合物、或其光学异构体或其外消旋体、或其溶剂化物、或其药学上可接受的盐。
在另一优选例中,所述的药盒还包括说明书或标签。
在另一优选例中,所述的说明书或标签记载:
当肿瘤患者的肿瘤细胞中NNMT基因低表达或未表达或NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平高,该肿瘤患者适合采用本发明所述化合物进行预防和/或治疗;和/或
当肿瘤患者的肿瘤细胞中NNMT基因高表达或NNMT基因区DNACpG位点甲基化水平低,则该肿瘤患者不适合采用本发明所述化合物进行预防和/或治疗。
在另一优选例中,所述的NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平是指NNMT基因启动子区DNA CpG位点甲基化水平。
在另一优选例中,所述的NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平是指NNMT基因转录起始位点前1050bp到基因转录起始位点后499bp区域内DNA CpG位点甲基化水平。
在另一优选例中,所述的NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平是指NNMT基因转录起始位点前1050bp到基因转录起始位点前193bp区域内DNA CpG位点甲基化水平。
在另一优选例中,所述的NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平是指NNMT基因转录起始位点前840bp到基因转录起始位点前469bp区域内DNA CpG位点甲基化水平。
优选的,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括人11号染色体114165695位、114165730位、114165769位、114165804位、114165938位、114166050位和114166066位中任何两个位点之间的区域内(包括这两个位点本身)的DNA CpG位点甲基化水平。
优选的,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括人11号染色体114165695位、114165730位、114165769位、114165804位、114165938位、114166050位和114166066位中的一个或多个(如2、3、4、5、6或7)位点的甲基化水平。
优选的,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括选自下组的位点的甲基化水平:人11号染色体114165695位、人11号染色体114165730位、人11号染色体114165769位、人11号染色体114165804位、人11号染色体114165938位、人11号染色体114166050位、人11号染色体114166066位,或其组合。
优选的,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括SEQ ID NO:1核苷酸序列的位点的第1161位、第1196位、第1235位、第1270位、第1404位、第1516位和第1532位中任何两个位点之间的区域内(包括这两个位点本身)的DNA CpG位点甲基化水平。
优选的,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括SEQ ID NO:1核苷酸序列的位点的第1161位、第1196位、第1235位、第1270位、第1404位、第1516位和第1532位中的一个或多个(如2、3、4、5、6或7)位点的甲基化水平。
优选的,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括选自下组的SEQ ID NO:1核苷酸序列的位点的甲基化水平:第1161位、第1196位、第1235位、第1270位、第1404位、第1516位、第1532位,或其组合。
在另一优选例中,所述肿瘤细胞中NNMT基因低表达或未表达是指从该肿瘤中提取的1μg蛋白中通过NNMT抗体检测不到NNMT蛋白,更佳地是指从该肿瘤中提取的5μg蛋白中通过NNMT抗体检测不到NNMT蛋白,更佳地是指从该肿瘤中提取的10μg蛋白中通过NNMT抗体检测不到NNMT蛋白,更佳地是指从该肿瘤中提取的100μg蛋白中通过NNMT抗体检测不到NNMT蛋白,更佳地是指从该肿瘤中提取的1000μg蛋白中通过NNMT抗体检测不到NNMT蛋白。
在另一优选例中,所述肿瘤细胞中NNMT基因高表达是指从该肿瘤中提取的20ug蛋白中通过NNMT抗体检测能检测到NNMT蛋白,更佳地是指该肿瘤中提取的5ug蛋白中通过NNMT抗体检测能检测到NNMT蛋白,更佳地是指该肿瘤中提取的1ug蛋白中通过NNMT抗体检测能检测到NNMT蛋白,更佳地是指该肿瘤中提取的0.2ug蛋白中通过NNMT抗体检测能检测到NNMT蛋白,更佳地是指该肿瘤中提取的0.05ug蛋白中通过NNMT抗体检测能检测到NNMT蛋白,更佳地是指该肿瘤中提取的0.01ug蛋白中通过NNMT抗体检测能检测到NNMT蛋白。
在另一优选例中,所述NNMT基因低表达或未表达是指某一细胞(如肿瘤细胞)的NNMT基因的表达E1与同一细胞或正常细胞(如癌旁组织细胞)中NNMT基因的表达E0的比值(E1/E0)≤0.7,更佳地≤0.6,更佳地≤0.5,更佳地≤0.4,更佳地≤0.3、更佳地≤0.2,更佳地≤0.1,更佳地≤0.05,更佳地≤0.01,更佳地≤0.005,更佳地≤0.001,更佳地≤0.0001,更佳地≤0.00001,更佳地≤0.000001,更佳地≤0.0000001。
在另一优选例中,所述NNMT基因高表达是指某一细胞(如肿瘤细胞)的NNMT基因的表达E1与同一细胞或正常细胞(如癌旁组织细胞)中NNMT基因的表达E0的比值(E1/E0)≥1.2,较佳地≥1.5,更佳地≥2,更佳地≥3,更佳地≥5。
在另一优选例中,所述的CpG位点甲基化水平高是指相关区域内DNA CpG位点甲基化水平≥1%,较佳地≥3%,较佳地≥5%,较佳地≥10%,较佳地≥15%,较佳地≥20%,更佳地≥25%,更佳地≥30%,更佳地≥40%,更佳地≥50%。
在另一优选例中,所述的CpG位点甲基化水平低是指相关区域内DNA CpG位点甲基化水平≤15%,较佳地≤10%,更佳地≤5%,更佳地≤3%,更佳地≤2%,更佳地≤1%。
在另一优选例中,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平高是指某一细胞(如肿瘤细胞)的NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平A1与同一细胞或正常细胞(如癌旁组织细胞)中NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平A0的比值(A1/A0)≥1.1,较佳地≥1.2,较佳地≥1.5,更佳地≥2,更佳地≥3,更佳地≥5。
在另一优选例中,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平低是指某一细胞(如肿瘤细胞)的NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平A1与同一细胞或正常细胞(如癌旁组织细胞)中NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平A0的比值(A1/A0)≤0.7,更佳地≤0.6,更佳地≤0.5,更佳地≤0.4,更佳地≤0.3、更佳地≤0.2,更佳地≤0.1,更佳地≤0.05,更佳地≤0.01,更佳地≤0.005,更佳地≤0.001,更佳地≤0.0001,更佳地≤0.00001,更佳地≤0.000001,更佳地≤0.0000001。
预防和/或治疗肿瘤的方法,
本发明还提供一种预防和/或治疗肿瘤的方法,给所需的对象施用本发明所述化合物。
在另一优选例中,所述对象的肿瘤包括NNMT基因低表达或未表达的肿瘤。
在另一优选例中,所述对象的肿瘤包括NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平高的肿瘤。
在另一优选例中,所述对象为人和非人哺乳动物(啮齿动物、兔、猴、家畜、狗、猫等)。
装置或系统
本发明还提供一种装置或系统,所述的装置或系统包括:
(i)检测模块,所述的检测模块用于检测NNMT基因表达水平和/或NNMT基因区DNACpG位点甲基化水平;
(ii)输出模块,所述的输出模块包括输出以下信息:
当肿瘤患者的肿瘤细胞中NNMT基因低表达或未表达或NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平高,则该肿瘤患者适合采用本发明所述化合物进行预防和/或治疗;和/或
当肿瘤患者的肿瘤细胞中NNMT基因高表达或NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平低,则该肿瘤患者不适合采用本发明所述化合物进行预防和/或治疗。
在另一优选例中,所述的NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平为NNMT基因启动子区DNA CpG位点甲基化水平。
在另一优选例中,所述的NNMT基因表达和/或NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括肿瘤细胞的NNMT基因表达和/或NNMT基因启动子区DNA CpG位点甲基化水平。
在另一优选例中,所述的NNMT基因表达和/或NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括肿瘤细胞的NNMT基因表达和/或NNMT基因转录起始位点前1050bp到基因转录起始位点后499bp区域内DNA CpG位点甲基化水平。
在另一优选例中,所述的NNMT基因表达和/或NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括肿瘤细胞的NNMT基因表达和/或NNMT基因转录起始位点前1050bp到基因转录起始位点前193bp区域内DNA CpG位点甲基化水平。
在另一优选例中,所述的NNMT基因表达和/或NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括肿瘤细胞的NNMT基因表达和/或NNMT基因转录起始位点前840bp到基因转录起始位点前469bp区域内DNA CpG位点甲基化水平。
优选的,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括人11号染色体114165695位、114165730位、114165769位、114165804位、114165938位、114166050位和114166066位中任何两个位点之间的区域内(包括这两个位点本身)的DNA CpG位点甲基化水平。
优选的,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括人11号染色体114165695位、114165730位、114165769位、114165804位、114165938位、114166050位和114166066位中的一个或多个(如2、3、4、5、6或7)位点的甲基化水平。
优选的,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括选自下组的位点的甲基化水平:人11号染色体114165695位、人11号染色体114165730位、人11号染色体114165769位、人11号染色体114165804位、人11号染色体114165938位、人11号染色体114166050位、人11号染色体114166066位,或其组合。
优选的,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括SEQ ID NO:1核苷酸序列的位点的第1161位、第1196位、第1235位、第1270位、第1404位、第1516位和第1532位中任何两个位点之间的区域内(包括这两个位点本身)的DNA CpG位点甲基化水平。
优选的,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括SEQ ID NO:1核苷酸序列的位点的第1161位、第1196位、第1235位、第1270位、第1404位、第1516位和第1532位中的一个或多个(如2、3、4、5、6或7)位点的甲基化水平。
优选的,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括选自下组的SEQ ID NO:1核苷酸序列的位点的甲基化水平:第1161位、第1196位、第1235位、第1270位、第1404位、第1516位、第1532位,或其组合。
在另一优选例中,所述肿瘤细胞中NNMT基因低表达或未表达是指从该肿瘤中提取的1μg蛋白中通过NNMT抗体检测不到NNMT蛋白,更佳地是指从该肿瘤中提取的5μg蛋白中通过NNMT抗体检测不到NNMT蛋白,更佳地是指从该肿瘤中提取的10μg蛋白中通过NNMT抗体检测不到NNMT蛋白,更佳地是指从该肿瘤中提取的100μg蛋白中通过NNMT抗体检测不到NNMT蛋白,更佳地是指从该肿瘤中提取的1000μg蛋白中通过NNMT抗体检测不到NNMT蛋白。
在另一优选例中,所述肿瘤细胞中NNMT基因高表达是指从该肿瘤中提取的20ug蛋白中通过NNMT抗体检测能检测到NNMT蛋白,更佳地是指该肿瘤中提取的5ug蛋白中通过NNMT抗体检测能检测到NNMT蛋白,更佳地是指该肿瘤中提取的1ug蛋白中通过NNMT抗体检测能检测到NNMT蛋白,更佳地是指该肿瘤中提取的0.2ug蛋白中通过NNMT抗体检测能检测到NNMT蛋白,更佳地是指该肿瘤中提取的0.05ug蛋白中通过NNMT抗体检测能检测到NNMT蛋白,更佳地是指该肿瘤中提取的0.01ug蛋白中通过NNMT抗体检测能检测到NNMT蛋白。
在另一优选例中,所述NNMT基因低表达或未表达是指某一细胞(如肿瘤细胞)的NNMT基因的表达E1与同一细胞或正常细胞(如癌旁组织细胞)中NNMT基因的表达E0的比值(E1/E0)≤0.7,更佳地≤0.6,更佳地≤0.5,更佳地≤0.4,更佳地≤0.3、更佳地≤0.2,更佳地≤0.1,更佳地≤0.05,更佳地≤0.01,更佳地≤0.005,更佳地≤0.001,更佳地≤0.0001,更佳地≤0.00001,更佳地≤0.000001,更佳地≤0.0000001。
在另一优选例中,所述NNMT基因高表达是指某一细胞(如肿瘤细胞)的NNMT基因的表达E1与同一细胞或正常细胞(如癌旁组织细胞)中NNMT基因的表达E0的比值(E1/E0)≥1.2,较佳地≥1.5,更佳地≥2,更佳地≥3,更佳地≥5。
在另一优选例中,所述的CpG位点甲基化水平高是指相关区域内DNA CpG位点甲基化水平≥1%,较佳地≥3%,较佳地≥5%,较佳地≥10%,较佳地≥15%,较佳地≥20%,更佳地≥25%,更佳地≥30%,更佳地≥40%,更佳地≥50%。
在另一优选例中,所述的CpG位点甲基化水平低是指相关区域内DNA CpG位点甲基化水平≤15%,较佳地≤10%,更佳地≤5%,更佳地≤3%,更佳地≤2%,更佳地≤1%。
在另一优选例中,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平高是指某一细胞(如肿瘤细胞)的NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平A1与同一细胞或正常细胞(如癌旁组织细胞)中NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平A0的比值(A1/A0)≥1.1,较佳地≥1.2,较佳地≥1.5,更佳地≥2,更佳地≥3,更佳地≥5。
在另一优选例中,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平低是指某一细胞(如肿瘤细胞)的NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平A1与同一细胞或正常细胞(如癌旁组织细胞)中NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平A0的比值(A1/A0)≤0.7,更佳地≤0.6,更佳地≤0.5,更佳地≤0.4,更佳地≤0.3、更佳地≤0.2,更佳地≤0.1,更佳地≤0.05,更佳地≤0.01,更佳地≤0.005,更佳地≤0.001,更佳地≤0.0001,更佳地≤0.00001,更佳地≤0.000001,更佳地≤0.0000001。
在另一优选例中,所述的装置包括基因检测仪或蛋白检测仪。
在另一优选例中,所述的装置或系统还包括进样模块。
在另一优选来了,所述的进样模块用于进肿瘤细胞提取物。
在另一优选例中,所述的装置或系统还包括数据处理模块。
在另一优选例中,所述的数据处理模块处理得到NNMT基因表达高低和/或NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平高低。
在另一优选例中,所述的数据处理模块处理得到NNMT基因表达高低和/或NNMT基因启动子区DNA CpG位点甲基化水平高低。
在另一优选例中,所述的数据处理模块处理得到NNMT基因表达高低和/或NNMT基因转录起始位点前1050bp到基因转录起始位点后499bp区域内DNA CpG位点甲基化水平高低。
在另一优选例中,所述的数据处理模块处理得到NNMT基因表达高低和/或NNMT基因转录起始位点前1050bp到基因转录起始位点前193bp区域内DNA CpG位点甲基化水平高低。
在另一优选例中,所述的数据处理模块处理得到NNMT基因表达高低和/或NNMT基因转录起始位点前840bp到基因转录起始位点前469bp区域内DNA CpG位点甲基化水平高低。
在另一优选例中,所述的数据处理模块处理得到NNMT基因表达高低和/或人11号染色体114165695、114165730、114165769、114165804、114165938、114166050、114166066等7个位点中任何两个位点之间区域内(包括这两个位点本身)DNA CpG位点甲基化水平高低。
在另一优选例中,所述的数据处理模块处理得到NNMT基因表达高低和/或人11号染色体114165695位、114165730位、114165769位、114165804位、114165938位、114166050位和114166066位中的一个或多个(如2、3、4、5、6或7)位点的甲基化水平高低。
在另一优选例中,所述的数据处理模块处理得到NNMT基因表达高低和/或SEQ IDNO:1核苷酸序列所示位点的第1161位、第1196位、第1235位、第1270位、第1404位、第1516位和第1532位中任何两个位点之间的区域内(包括这两个位点本身)的DNA CpG位点甲基化水平高低。
在另一优选例中,所述的数据处理模块处理得到NNMT基因表达高低和/或SEQ IDNO:1核苷酸序列所示位点的第1161位、第1196位、第1235位、第1270位、第1404位、第1516位和第1532位中的一个或多个(如2、3、4、5、6或7)位点的甲基化水平高低。
组合物或制剂、活性成分的组合和药盒和施用方法
本发明所述的组合物优选为药物组合物,本发明所述的组合物可以包括药学上可接受的载体。
如本文所用“药学上可接受的载体”是指一种或多种相容性固体、半固体、液体或凝胶填料,它们适合于人体或动物使用,而且必须有足够的纯度和足够低的毒性。“相容性”是指药物组合物中的各组分和药物的活性成分以及它们之间相互掺和,而不明显降低药效。
应理解,在本发明中,所述的药学上可接受的载体没有特别的限制,可选用本领域常用材料,或用常规方法制得,或从市场购买得到。药学可接受的载体部分例子有纤维素及其衍生物(如甲基纤维素、乙基纤维素、羟丙甲基纤维素、羧甲基纤维素钠等)、明胶、滑石粉、固体润滑剂(如硬脂酸、硬脂酸镁)、硫酸钙、植物油(如豆油、芝麻油、花生油、橄榄油、等)、多元醇(如丙二醇、甘油、甘露醇、山梨醇等)、乳化剂(如吐温)、润湿剂(如十二烷基硫酸钠)、缓冲剂、螯合剂、增稠剂、pH调节剂、透皮促进剂、着色剂、调味剂、稳定剂、抗氧化剂、防腐剂、抑菌剂、无热原水等。
在本发明的一个优选例中,所述的组合物或制剂的剂型为固体制剂、液体制剂或半固体制剂。
在本发明的一个优选例中,所述的组合物或制剂的剂型为口服制剂、外用制剂或注射制剂
代表性地,所述的组合物或制剂的剂型为片剂、注射剂、输液剂、膏剂、凝胶剂、溶液剂、微球或膜剂。
药物制剂应与给药方式相匹配。本发明药剂还可与其他协同治疗剂一起使用(包括之前、之中或之后使用)。使用药物组合物或制剂时,是将安全有效量的药物施用于所需对象(如人或非人哺乳动物),所述安全有效量通常至少约10微克/千克体重,而且在大多数情况下不超过约8毫克/千克体重,较佳地该剂量是约10微克/千克体重-约1毫克/千克体重。当然,具体剂量还应考虑给药途径、病人健康状况等因素,这些都是熟练医师技能范围之内的。
本发明的主要优点包括:
本发明为抗肿瘤药物提供可指导其精准用药的生物标志物,相关生物标志物可有效识别出对此类抗肿瘤药物敏感的肿瘤患者,提升其治疗效果,并可避免将该类药物施用于对其不敏感的肿瘤患者,从而可实现该类药物的精准化应用。本发明首次意外通过系统研究发现NNMT基因表达水平和/或NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平能够作为判断特定肿瘤细胞是否适合应用本发明化合物治疗的标志物。NNMT基因低表达或未表达和/或NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平高的肿瘤对本发明化合物药物敏感程度高,即本发明所述化合物对NNMT基因低表达或未表达和/或NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平高的的肿瘤具有优异的治疗作用。而且,DNA CpG位点甲基化水平的检测手段成熟、稳定、可靠,适合分子标记物的开发。
下面结合具体实施例,进一步阐述本发明。应理解,这些实施例仅用于说明本发明而不用于限制本发明的范围。下列实施例中未注明具体条件的实验方法,通常按照常规条件,或按照制造厂商所建议的条件。除非另外说明,否则百分比和份数按重量计算。
实施例
硝呋酚酰肼的结构式如下:
呋喃唑酮的结构式如下:
NNMT基因启动子区核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示。
NNMT基因转录起始位点前1050bp到转录起始位点后499bp为SEQ ID NO:1所示核苷酸序列的951-2500位。
NNMT基因转录起始位点前1050bp到转录起始位点前193bp为SEQ ID NO:1所示核苷酸序列的951-1808位。
NNMT基因转录起始位点前840bp到转录起始位点前469bp为SEQ ID NO:1所示核苷酸序列的1161-1532位。
实施例1
使用细胞活性检测试剂检测硝呋酚酰肼和呋喃唑酮对多种肿瘤细胞系的抑制效果。
实验背景:细胞活力检测采用Promega CellTiter-Glo试剂盒,该试剂盒通过直接检测细胞内ATP含量反应细胞活力。本实验检测硝呋酚酰肼和呋喃唑酮对多种肿瘤细胞系细胞活力抑制的IC50值。
实验方法和结果:各肿瘤细胞均培养于相关培养基中(加p/s),细胞传代3小时后,加入梯度稀释的硝呋酚酰肼和呋喃唑酮小分子化合物,培养3-4天后测定相关半抑制剂量IC50。
其中,各肿瘤细胞系名称、来源及培养条件如下:
细胞系NCI-H82(ATCC,编号HTB-175)培养于含10%胎牛血清的RPMI1640培养基+P/S;
细胞系G-401(ATCC,编号CRL-1441)培养于含10%胎牛血清的McCoy’s 5a培养基+P/S;
细胞系MDA-MB-453(ATCC,编号HTB-131)培养于含10%胎牛血清的Leibovitz'sL-15培养基+P/S;
细胞系SW48(ATCC,编号CCL-231)培养于含10%胎牛血清的Leibovitz's L-15培养基+P/S;
细胞系WSU-DLCL2(DSMZ,编号ACC-575)培养于含10%胎牛血清的RPMI1640培养基+P/S;
细胞系CFPAC-1(ATCC,编号CRL-1918)培养于含10%胎牛血清的IMDM培养基+P/S;
细胞系786-O(ATCC,编号CRL-1932)培养于含10%胎牛血清的RPMI1640培养基+P/S;
细胞系GB-1(JCRB,编号IFO50489)培养于含10%胎牛血清的DMEM培养基+P/S;
细胞系SF126(JCRB,编号IFO50286)培养于含10%胎牛血清的EMEM培养基+P/S;
实验结果如表1所示:
表1硝呋酚酰肼和呋喃唑酮对不同细胞株的抑制作用(IC50)
备注:IC50为半抑制浓度(50%inhibiting concentration),即达到50%抑制效果时抑制剂的浓度。
由表1可知,对不同肿瘤细胞进行硝呋酚酰肼和呋喃唑酮化合物的敏感性检测发现NCI-H82(人小细胞肺癌细胞)、G-401(人肾癌Wilms细胞)、MDA-MB-453(乳腺癌细胞)、SW48(人结肠腺癌细胞)和WSU-DLCL2(人弥漫大B淋巴瘤细胞)对硝呋酚酰肼和呋喃唑酮是敏感的(IC50值较低),而786-O(肾透明细胞腺癌细胞系)、CFPAC-1(人胰腺癌细胞)、GB-1(人脑胶质母细胞瘤细胞)和SF126(人脑瘤细胞)对硝呋酚酰肼和呋喃唑酮是不敏感的(IC50值较高)。
实施例2
对硝呋酚酰肼和呋喃唑酮化合物敏感的5例肿瘤细胞系和不敏感的4例肿瘤细胞系使用RT-qPCR基因表达分析试验检测其NNMT基因的mRNA转录水平,分别测定这些肿瘤细胞系NNMT基因表达情况,结果如图1所示。
由图1可知,用RT-qPCR基因表达分析实验对硝呋酚酰肼和呋喃唑酮化合物敏感的5株细胞(NCI-H82、G-401、MDA-MB-453、SW48和WSU-DLCL2)和不敏感的4株细胞(786-O、CFPAC-1、GB-1和SF126)进行NNMT基因的mRNA转录水平检测发现:NNMT基因在敏感株细胞(NCI-H82、G-401、MDA-MB-453、SW48和WSU-DLCL2)中低表达而在不敏感株细胞(786-O、CFPAC-1、GB-1和SF126)中高表达。
因此,从图1中可以得出,与NNMT基因高表达的肿瘤细胞株相比,硝呋酚酰肼和呋喃唑酮对NNMT基因低表达的肿瘤细胞株的抑制作用显著增强,即肿瘤细胞中NNMT基因表达与其对硝呋酚酰肼和呋喃唑酮化合物的敏感性呈负相关。
实施例3
对硝呋酚酰肼和呋喃唑酮化合物敏感的5例肿瘤细胞系(NCI-H82、G-401、MDA-MB-453、SW48和WSU-DLCL2)和不敏感的4例肿瘤细胞系(786-O、CFPAC-1、GB-1和SF126)的NNMT基因启动子区、NNMT基因转录起始位点前1050bp到转录起始位点后499bp之间区域以及NNMT基因转录起始位点前1050bp到转录起始位点前193bp之间区域进行重亚硫酸盐测序以检测相关区域内DNA CpG位点甲基化水平,首先利用重烟硫酸盐对基因组DNA进行处理,将未发生甲基化的胞嘧啶脱氨基变成尿嘧啶,而发生了甲基化的胞嘧啶未发生脱氨基,因而可以基于此将经重亚硫酸盐处理的和未处理的测序样本进行比较来发现甲基化的位点,结果如图2、图3和图4所示。
如图2(NNMT基因启动子区)、图3(NNMT基因转录起始位点前1050bp到转录起始位点后499bp之间区域)及图4(NNMT基因转录起始位点前1050bp到转录起始位点前193bp之间区域)所示,硝呋酚酰肼和呋喃唑酮化合物对NNMT基因启动子区或NNMT基因相关区域内DNACpG位点甲基化水平高的肿瘤细胞株的抑制作用显著较强,对NNMT基因启动子区或NNMT基因相关区域内DNA CpG位点甲基化水平低的肿瘤细胞株的抑制作用显著较弱,表明肿瘤细胞NNMT基因启动子区或NNMT基因相关区域内DNA CpG位点甲基化水平与其对硝呋酚酰肼和呋喃唑酮的敏感性呈正相关。
实施例4
对硝呋酚酰肼和呋喃唑酮敏感的3例肿瘤细胞系(NCI-H82、G-401和WSU-DLCL2)和不敏感的3例肿瘤细胞系(786-O、CFPAC-1和SF126)的NNMT基因转录起始位点前840bp(即人11号染色体第114165695位)到基因转录起始位点前469bp(即人11号染色体第114166066位)区域内DNA CpG位点甲基化情况进行分析,即首先对细胞基因组DNA进行重亚硫酸盐处理,随后用相应引物对该区域进行PCR扩增、测序分析以检测该DNA区域内CpG位点的甲基化水平。分析发现对硝呋酚酰肼和呋喃唑酮敏感的G-401、NCI-H82、WSU-DLCL2细胞系中该区域内7个CPG位点(人11号染色体114165695位、114165730位、114165769位、114165804位、114165938位、114166050位、114166066位)几乎全部被甲基化,而对硝呋酚酰肼和呋喃唑酮不敏感的CFPAC-1、786-O、SF126细胞系中该区域这7个CpG位点都未被甲基化,相关位点甲基化情况如图5所示。
如图5(NNMT基因转录起始位点前840bp到转录起始位点前469bp之间区域CpG位点甲基化情况)所示,硝呋酚酰肼和呋喃唑酮对NNMT基因启动子区或NNMT基因相关区域内DNACpG位点甲基化水平高的肿瘤细胞株的抑制作用显著较强,对NNMT基因启动子区或NNMT基因相关区域内DNA CpG位点甲基化水平低的肿瘤细胞株的抑制作用显著较弱,表明肿瘤细胞NNMT基因启动子区或NNMT基因相关区域内DNA CpG位点甲基化水平与其对硝呋酚酰肼和呋喃唑酮的敏感性呈正相关。
其中,人11号染色体114165695、114165730、114165769、114165804、114165938、114166050、114166066的位点对应于SEQ ID NO:1核苷酸序列的位点如下所示:
在本发明提及的所有文献都在本申请中引用作为参考,就如同每一篇文献被单独引用作为参考那样。此外应理解,在阅读了本发明的上述讲授内容之后,本领域技术人员可以对本发明作各种改动或修改,这些等价形式同样落于本申请所附权利要求书所限定的范围。
序列表
<110> 南京施江医药科技有限公司
<120> 酰肼类药物在治疗肿瘤中的应用
<130> P2021-1842
<160> 1
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 2500
<212> DNA
<213> 人工序列(Artifical Sequence)
<400> 1
tatccaagag ctatcagcac tcccatgttt attgtagcac tgttcacaat agccaagatt 60
tggaagtact ctaagtgtcc attagcagat gaatggataa agacaatgtg gtaatacaca 120
taatggagta ctattcagtc ataaagaaga attagatcct gtcatttgca ataacatgga 180
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acatcaaaaa aaaaaaaaaa aagttagaaa gattgaataa gacctaatat ttgctagcac 720
aacagggtga atatagtaaa aaataattta tttgtacctt caaaaataac tagacaagta 780
taattgggtt gtttgtaaca cacaaaaaat aagtacttga agtggtggat accccattta 840
ccctgatgtg attattttgt attgcaggcc tctatcagaa tatctcatgt aacccataaa 900
tatatacacc tactctgtac ccacaaaaag tttttaaaaa gaaaaataaa tagcaaccga 960
aaaaaaaaga gagggagaaa agaaaaaaga aaaaaaaatc aagtgcctgg ctgggtagaa 1020
taaattctaa ggccacaatg ttactgacca tgggtttttt ggctctcagt gtatagaaat 1080
tgacacaagg ccaatagtct tcccaaacat gctttactgg aacttacgcc ctggcataag 1140
ggccacaaca aaagagagag cgaattctct ggcttgctga ctccttggaa aaaaccggta 1200
gggatttttt tattaggcaa agcacaggaa ttgacgtcag aggcaggatg tgctgctggg 1260
caaagcatac gagaagtggg gtatgcaggt cagcattact tggttgcaat ggttatcttg 1320
aggaatgggc caactggtgg tctggccagt ggcaacaagg ctgtaaatca attattcagc 1380
attccttccc aaggtgggac acccggcaac attgtttatc tcctaaggcc agttcctgga 1440
attaagtgaa aggatgacta atggacatgt tgtcagtgag gtagtggtgt gggttttgtg 1500
accagtggga atgcacgaaa gaatgcttta gcggggagtg agctgaagcc aagccccatc 1560
cctactctgt ctcaaagtga gttcagaaaa ggggatttaa agaattcttt tttttttttt 1620
tttttttttt gagacagagt cttgctctgt cgcccaggct ggagtgcagt ggcgccatct 1680
tggctcactg caagctccgc cccccgggtt catgccattc tcctgcctca gcctcccaag 1740
tagctgggac tgcaggtgcc taccaccaag cccagctaat tttttgtatt ttttttttag 1800
tagagacggg gtttcaccat gttagccagg atggtctcga tctcctgacc tcgtgatctg 1860
cccgccttag cctcccaaag tgctgggatt acaggcatga gcctccgccc ccggccttaa 1920
ataattctta aaggaagtaa agttaacttt gaaagaacta tcaggatttg gattgactga 1980
aaggagtggg gaagcttagg gaggaggtgc ttgccagaca ctgggtcatg gcagtggtcg 2040
gtgaagctgc agttgcctag ggcagggatg gagagagagt ctgggcatga ggagagggtc 2100
tcgggatgtt tggctggact agattttaca gaaagcctta tccaggcttt taaaattact 2160
ctttccagac ttcatctgag actccttctt cagccaacat tccttagccc tgaatacatt 2220
tcctatcctc atctttccct tctttttttt cctttctttt acatgtttaa atttaaacca 2280
ttcttcgtga ccccttttct tgggagattc atggcaagaa cgagaagaat gatggtgctt 2340
gttaggggat gtcctgtctc tctgaacttt ggggtcctat gcattaaata attttcctga 2400
cgagctcaag tgctccctct ggtctacaat ccctggcggc tggccttcat cccttgggca 2460
agcattgcat acagctcatg gccctccctc taccataccc 2500
Claims (10)
1.一种式I化合物、或其光学异构体或其外消旋体、或其溶剂化物、或其药学上可接受的盐的用途,其特征在于,用于制备组合物或制剂,所述组合物或制剂用于预防和/或治疗肿瘤;
其中,
R1、R2、R3和R6各自独立地为氢、卤素、-CN、羟基、巯基、硝基、氨基、-COOH、-CHO、取代或未取代的C1-C12烷基、取代或未取代的C3-C12环烷基、取代或未取代的C1-C12烷氧基、取代或未取代的C1-C12烷硫基;
R4和R5各自独立地为氢、卤素、-CN、羟基、巯基、硝基、氨基、-COOH、-CHO、取代或未取代的C1-C12烷基、取代或未取代的C3-C12环烷基、取代或未取代的C1-C12烷氧基、取代或未取代的C1-C12烷硫基、取代或未取代的C6-C12芳基、取代或未取代的3-12元杂芳基、取代或未取代的3-12元杂环烷基,或R4和R5连接形成取代或未取代的C3-C12环烷环、取代或未取代的3-12元杂环烷环、取代或未取代的C6-C12芳环、或取代或未取代的3-12元杂芳环;
W1为O、S或-N-R7;
R7为氢、卤素、羟基、巯基、取代或未取代的C1-C12烷基、或取代或未取代的C3-C12环烷基;
其中,所述的任一“取代”是指基团上的一个或多个(优选为1、2、3、或4个)氢原子被选自下组的取代基所取代:C1-C8烷基、C3-C8环烷基、C1-C8卤代烷基、C3-C8卤代环烷基、卤素、硝基、-CN、羰基(=O)、氰基、羟基、巯基、氨基、C1-C8烷氧基、C1-C8烷硫基、C3-C8环烷氧基、C3-C8环烷硫基、C1-C8卤代烷氧基、C1-C8卤代烷硫基、C6-C12芳基、5-10元杂芳基、5-10元杂环烷基;
所述的杂环烷基、杂芳基、杂环烷环和杂芳环的杂环上各自独立地具有1-4个(优选为1、2、3个或4个)选自N、O和S的杂原子。
3.如权利要求1所述用途,其特征在于,所述的肿瘤包括NNMT基因低表达或未表达的肿瘤;和/或
所述肿瘤包括NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平高的肿瘤。
4.如权利要求3所述用途,其特征在于,所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括NNMT基因启动子区DNA CpG位点甲基化水平;
所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括NNMT基因转录起始位点前1050bp到转录起始位点后499bp区域内DNA CpG位点甲基化水平;
所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括NNMT基因转录起始位点前1050bp到转录起始位点前193bp区域内DNA CpG位点甲基化水平;
所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括NNMT基因转录起始位点前840bp到转录起始位点前469bp区域内DNA CpG位点甲基化水平;和/或
所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平包括人11号染色体114165695位、114165730位、114165769位、114165804位、114165938位、114166050位和114166066位中任何两个位点之间的区域内(包括这两个位点本身)的DNA CpG位点甲基化水平。
5.如权利要求1所述用途,其特征在于,所述的肿瘤选自下组:肺癌、肾癌、乳腺癌、结肠癌、淋巴癌、白血病、胰腺癌、脑瘤、肝癌、前列腺癌,或其组合。
6.如权利要求3所述用途,其特征在于,所述NNMT基因低表达或未表达的肿瘤是指从该肿瘤中提取的1μg蛋白中通过NNMT抗体检测不到NNMT蛋白,更佳地是指从该肿瘤中提取的5μg蛋白中通过NNMT抗体检测不到NNMT蛋白,更佳地是指从该肿瘤中提取的10μg蛋白中通过NNMT抗体检测不到NNMT蛋白,更佳地是指从该肿瘤中提取的100μg蛋白中通过NNMT抗体检测不到NNMT蛋白,更佳地是指从该肿瘤中提取的1000μg蛋白中通过NNMT抗体检测不到NNMT蛋白;和/或
所述NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平高是指肿瘤细胞的NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平≥1%,较佳地≥3%,较佳地≥5%,较佳地≥10%,较佳地≥15%,较佳地≥20%,更佳地≥25%,更佳地≥30%,更佳地≥40%,更佳地≥50%。
7.一种用于判断肿瘤患者是否适合采用如权利要求1所述的式I化合物、或其光学异构体或其外消旋体、或其溶剂化物、或其药学上可接受的盐进行预防和/或治疗肿瘤的标志物,所述的标志物包括NNMT基因表达水平和/或NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平。
8.一种检测试剂盒的用途,其特征在于,用于制备一伴随诊断试剂盒,所述伴随诊断试剂盒用于判断肿瘤患者是否适合采用如权利要求1所述的式I化合物、或其光学异构体或其外消旋体、或其溶剂化物、或其药学上可接受的盐进行预防和/或治疗;
所述的检测试剂盒包括:
(i)用于检测NNMT基因表达水平和/或NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平的检测试剂。
9.一种药盒,其特征在于,所述的药盒包括:
(i)用于检测NNMT基因表达水平和/或NNMT基因区DNA CpG位点甲基化水平的检测试剂;和
(ii)如权利要求1所述的式I化合物、或其光学异构体或其外消旋体、或其溶剂化物、或其药学上可接受的盐。
10.一种预防和/或治疗肿瘤的方法,其特征在于,给所需的对象施用如权利要求1所述的式I化合物、或其光学异构体或其外消旋体、或其溶剂化物、或其药学上可接受的盐,从而预防和/或治疗肿瘤。
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