CN115651984A - 一种生物标志物在评价肿瘤紫杉类化疗耐药性的应用 - Google Patents
一种生物标志物在评价肿瘤紫杉类化疗耐药性的应用 Download PDFInfo
- Publication number
- CN115651984A CN115651984A CN202211283867.3A CN202211283867A CN115651984A CN 115651984 A CN115651984 A CN 115651984A CN 202211283867 A CN202211283867 A CN 202211283867A CN 115651984 A CN115651984 A CN 115651984A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- cdkal1
- tumor
- taxus
- cancer
- chemotherapy
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
Images
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明提供了一种生物标志物在评价肿瘤紫杉类化疗耐药性的应用，所述生物标志物为CDKAL1P409L，通过检测是否存在CDKAL1P409L突变来评价肿瘤患者对紫杉类化疗药物是否敏感。本发明发现存在CDKAL1P409L突变的肿瘤患者，对紫杉类化疗药物的敏感性较差，从而能够筛选出对紫杉类化疗药物不敏感的患者，采用其它治疗方案，提高治疗效果和患者预后。
Description
技术领域
本发明属于生物医药领域，具体涉及一种生物标志物在评价肿瘤紫杉类化疗耐药性的应用。
背景技术
最新的癌症统计数据显示，2020年全球新发癌症病例1929万例，其中男性1006万例，女性923万例，全球癌症死亡病例996万例。
尽管靶向治疗策略发展迅速，但任何特异性作用于单一靶点的治疗都不可避免地会遭受肿瘤抗性，这主要是由于肿瘤细胞的遗传不稳定性和高度异质性。因此，广谱化疗等传统疗法依然将在临床癌症治疗中占据重要地位。
紫杉类是一类重要的抗肿瘤化疗药物，常用于治疗多种癌症。但是紫杉类等化疗药物的耐药是肿瘤治疗的主要障碍，特别是在转移性肿瘤中，化疗耐药可以导致90％的患者治疗失败。因此，对肿瘤紫杉类药物耐药发生机制的研究和寻找开发逆转耐药的药物是当前肿瘤防治中的重要研究领域。新的紫杉类耐药标志物的发现能够预先评估肿瘤患者对紫杉类药物治疗的敏感性，有利于患者治疗方案的选择，提高治疗效果和患者的预后。
发明内容
本发明的目的是要发现导致肿瘤细胞对紫杉类化疗耐药的关键基因突变，提供一种生物标志物在评价肿瘤紫杉类化疗耐药性的应用。
本发明提供了一种生物标志物在评价肿瘤紫杉类化疗耐药性的应用，生物标志物为CDKAL1P409L，通过检测是否存在CDKAL1P409L突变来评价肿瘤患者对紫杉类化疗药物是否敏感，存在CDKAL1P409L突变的肿瘤患者，对紫杉类化疗药物不敏感。
优选的，肿瘤包括乳腺癌、卵巢癌、宫颈癌、肺癌、前列腺癌、胃癌、结直肠癌；
优选的，检测样品包括血液、血清、血浆、尿液、肿瘤组织、循环肿瘤DNA或源生的外泌体。
本发明还提供了一种肿瘤紫杉类化疗耐药性的检测产品，检测产品通过检测是否存在CDKAL1P409L突变来评估肿瘤患者对紫杉类药物化疗的耐药性。
优选的，检测产品为检测试剂或检测试剂盒。
优选的，检测试剂为CDKAL1P409L突变检测试剂或CDKAL1P409L表达产物检测试剂。
优选的，检测试剂包括检测CDKAL1P409L突变的引物或探针、及检测CDKAL1P409L表达产物的引物、探针或抗体。。
优选的，肿瘤包括乳腺癌、卵巢癌、宫颈癌、肺癌、前列腺癌、胃癌、结直肠癌；
优选的，检测样品包括血液、血清、血浆、尿液、肿瘤组织、循环肿瘤DNA或源生的外泌体。
本发明还提供一种治疗紫杉类耐药性肿瘤的组合物，该组合物包括紫杉类药物和CDKAL1P409L突变的抑制剂，通过阻断CDKAL1P409L突变来降低肿瘤患者对紫杉类的耐药性，将CDKAL1P409L突变抑制剂与紫杉类药物共同作用，有助于对紫杉类耐药性肿瘤的治疗。
本发明发现存在CDKAL1P409L突变的肿瘤患者，对紫杉类化疗药物的敏感性较差，检测是否存在CDKAL1P409L突变能够作为评价肿瘤患者对紫杉类化疗是否敏感的生物标志物，从而能够筛选出对紫杉类化疗不敏感的患者，采用其它治疗方案，提高治疗效果。
本发明利用临床肿瘤样本的全外显子组测序和数据分析，发现了基因突变CDKAL1P409L与紫杉类药物为基础的化疗方案敏感性有关，CDKAL1P409L突变能够增强肿瘤细胞对于紫杉类药物的耐药性，从而表明CDKAL1P409L可以作为评价肿瘤患者对于紫杉类化疗耐药性的标志物，可以通过临床样本(血液、尿液、肿瘤组织等)检测该突变，为肿瘤紫杉类耐药性提供了新的检测靶点，有助于预先评价肿瘤患者对于紫杉类药物治疗的效果。
附图说明
图1为实施例1中CDKAL1野生型和CDKAL1P409L突变型在不同化疗反应患者中的分布情况示意图。
图2为实施例2中CDKAL1野生型和CDKAL1P409L突变型细胞对多西他赛的IC50测定结果。
具体实施方式
实施例1：肿瘤组织中存在CDKAL1P409L突变的患者，化疗疗效较差。
(1)选取2013-2019年在山东大学第二医院就诊、进行以多西他赛等紫杉类药物为基础的新辅助化疗和手术治疗的乳腺癌患者27人，新辅助化疗和手术治疗后，根据Miller-Payne评分(MP评分，1-5)评估乳腺原发肿瘤残余肿瘤细胞丰度，MP评分由两位病理学家根据标准对所有患者独立进行评分，其中以MP评分1-2分定义为化疗不敏感组(n＝16)，以MP评分4-5分定义为化疗敏感组(n＝11)。
(2)收集27例患者化疗前的活检肿瘤组织样本，及同一人的血液样本作为对照，进行进行全外显子组测序，获得全外显子测序原始数据。
(3)通过Fastp软件(v0.20.0)对全外显子测序原始数据进行过滤，利用Burrows-Wheeler Aligner(v0.6.1)将有效的数据与人类基因组参考数据进行比对，通过FastQC软件获得测序数据的质量统计。利用TNseq和TNscope软件鉴定样本中的碱基变异(SNV)、插入或缺失。利用MuSiC2分析样本中出现的明显突变基因(SMGs)。基于以上数据，比较新辅助化疗不敏感组和敏感组的两组样本的差异基因组学特征。
结果表明：仅在化疗不敏感组患者的肿瘤样本中存在CDKAL1P409L突变，突变频率为3/16(18.75％)，而该突变不存在于化疗敏感的肿瘤组织样本，参见图1。
实施例2：CDKAL1P409L突变降低肿瘤细胞对于紫杉类药物的敏感性。
(1)将CDKAL1野生型及CDKAL1P409L突变型基因序列分别克隆到慢病毒表达载体PCDH下，将慢病毒表达载体和辅助载体同时转染到HEK293T细胞中，转染48小时后，收集细胞上清，通过0.45μm滤膜进行过滤，过滤后的上清培养基使用超速离心机进行离心，4℃、11000g，离心3小时后，弃掉上清，用200μL PBS重悬沉淀，获得浓缩后的病毒溶液。
(2)使用获得的CDKAL1野生型、CDKAL1P409L突变型及空载对照病毒分别感染乳腺癌细胞HCC1806，感染24小时后更换为正常培养基，待细胞密度达到90％时进行传代。利用杀稻瘟菌素进行筛选，获得稳定感染的细胞。
(3)通过Western blot及荧光定量PCR鉴定稳定感染的CDKAL1野生型、CDKAL1P409L突变型细胞中的目的基因表达量一致。
(4)将CDKAL1野生型、CDKAL1P409L突变型及空载对照转染的细胞分别种于96孔板中，每孔3000个细胞，待细胞贴壁后，换成含有不同浓度紫杉类药物——多西他赛(Docetaxel)的培养液对细胞进行孵育，48小时后，每孔加入10μL的CCK-8溶液，继续孵育2-4小时，用酶标仪测定在450nm处的吸光度(OD值)。
(5)根据酶标仪检测出的OD值，计算不同浓度的多西他赛处理后细胞的抑制率。
ODsample:实验孔的OD值
ODcontrol:对照孔的OD值
ODblank:空白孔的OD值
(5)在Graphpad prism软件中输入药物浓度及对应的细胞抑制率，按照半抑制浓度(IC50)的计算方式，分别计算出CDKAL1野生型、CDKAL1P409L突变型及空载对照转染的细胞对多西他赛药物的IC50。
结果表明：CDKAL1P409L突变型细胞对多西他赛的敏感性明显降低，IC50提高到3.5±0.5nM，相比于CDKAL1野生型细胞，IC50提升了约2倍(3.5±0.5nM vs.1.7±0.1nM)，两组结果对比具有明显统计学差异(P＝0.033)，参见图2。
Claims (10)
1.一种生物标志物在评价肿瘤紫杉类化疗耐药性的应用，其特征在于，所述生物标志物为CDKAL1P409L，通过检测是否存在CDKAL1P409L突变来评价肿瘤患者对紫杉类药物化疗是否敏感，存在CDKAL1P409L突变的肿瘤患者，对紫杉类药物化疗不敏感。
2.一种肿瘤紫杉类化疗药物耐药性的检测产品，其特征在于，所述检测产品通过检测是否存在CDKAL1P409L突变来评估患者对紫杉类化疗药物的耐药性。
3.根据权利要求2所述的检测产品，其特征在于，所述检测产品为检测试剂或检测试剂盒。
4.根据权利要求3所述的检测产品，其特征在于，所述检测试剂为CDKAL1P409L突变检测试剂或CDKAL1P409L表达产物检测试剂。
5.根据权利要求3所述的检测产品，其特征在于，所述检测试剂包括检测CDKAL1P409L突变的引物或探针、及检测CDKAL1P409L表达产物的引物、探针或抗体。
6.根据权利要求2所述的检测产品，其特征在于，所述肿瘤包括乳腺癌、卵巢癌、宫颈癌、肺癌、前列腺癌、胃癌、结直肠癌。
7.根据权利要求2所述的检测产品，其特征在于，检测样品包括血液、血清、血浆、尿液、肿瘤组织、循环肿瘤DNA或源生的外泌体。
8.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述肿瘤包括乳腺癌、卵巢癌、宫颈癌、肺癌、前列腺癌、胃癌、结直肠癌。
9.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，检测样品包括血液、血清、血浆、尿液、肿瘤组织、循环肿瘤DNA或源生的外泌体。
10.一种治疗紫杉类耐药肿瘤的组合物，其特征在于，所述组合物包括紫杉类药物和CDKAL1P409L突变的抑制剂，通过阻断CDKAL1P409L突变来降低肿瘤患者对紫杉类化疗药物的耐药性。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202211283867.3A CN115651984B (zh) | 2022-10-20 | 2022-10-20 | 一种生物标志物在评价肿瘤紫杉类化疗耐药性的应用 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202211283867.3A CN115651984B (zh) | 2022-10-20 | 2022-10-20 | 一种生物标志物在评价肿瘤紫杉类化疗耐药性的应用 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN115651984A true CN115651984A (zh) | 2023-01-31 |
| CN115651984B CN115651984B (zh) | 2023-04-14 |
Family
ID=84988874
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN202211283867.3A Active CN115651984B (zh) | 2022-10-20 | 2022-10-20 | 一种生物标志物在评价肿瘤紫杉类化疗耐药性的应用 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CN (1) | CN115651984B (zh) |
Citations (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN102191337A (zh) * | 2011-06-09 | 2011-09-21 | 广州益善生物技术有限公司 | 一种cdkal1基因多态性检测特异性引物和液相芯片 |
| US20130084287A1 (en) * | 2011-09-30 | 2013-04-04 | Genentech, Inc. | Diagnostic markers |
| US20130130928A1 (en) * | 2010-04-08 | 2013-05-23 | Institut Gustave Roussy | Methods for predicting or monitoring whether a patient affected by a cancer is responsive to a treatment with a molecule of the taxoid family |
| WO2016187508A2 (en) * | 2015-05-20 | 2016-11-24 | The Broad Institute Inc. | Shared neoantigens |
-
2022
- 2022-10-20 CN CN202211283867.3A patent/CN115651984B/zh active Active
Patent Citations (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US20130130928A1 (en) * | 2010-04-08 | 2013-05-23 | Institut Gustave Roussy | Methods for predicting or monitoring whether a patient affected by a cancer is responsive to a treatment with a molecule of the taxoid family |
| CN102191337A (zh) * | 2011-06-09 | 2011-09-21 | 广州益善生物技术有限公司 | 一种cdkal1基因多态性检测特异性引物和液相芯片 |
| US20130084287A1 (en) * | 2011-09-30 | 2013-04-04 | Genentech, Inc. | Diagnostic markers |
| WO2016187508A2 (en) * | 2015-05-20 | 2016-11-24 | The Broad Institute Inc. | Shared neoantigens |
| CN108025048A (zh) * | 2015-05-20 | 2018-05-11 | 博德研究所 | 共有的新抗原 |
Non-Patent Citations (5)
| Title |
|---|
| COTO-SEGURA P 等: "CDKAL1 gene variants affect the anti-TNF response among Psoriasis patients" * |
| GROYSMAN L 等: "Chemotherapy-induced cytokines and prognostic gene signatures vary across breast and colorectal cancer" * |
| HEO W I 等: "Association of CDKAL1 polymorphisms with early-onset atopic dermatitis in Koreans" * |
| 唐昭 等: "CDKAL1基因rs7754840和rs7756992位点多态性与妊娠期糖尿病相关性的Meta分析" * |
| 郭绮棱 等: "MTNR1B rs10830962和CDKAL1 rs7754840基因多态性与妊娠期糖尿病发病的关系" * |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| CN115651984B (zh) | 2023-04-14 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CN102719525B (zh) | 用于检测eml4-alk融合基因突变的引物、探针及检测试剂盒 | |
| CN105803088B (zh) | 一组检测Kras基因突变的引物和探针及其试剂盒 | |
| Bolton et al. | Molecular subclasses of clear cell ovarian carcinoma and their impact on disease behavior and outcomes | |
| CN109536611A (zh) | 基于核酸质谱技术检测人类肺癌相关基因突变的引物组、试剂盒及使用方法 | |
| WO2020093040A1 (en) | Methods to diagnose and treat cancer using non-human nucleic acids | |
| JP2022009848A (ja) | 扁平上皮がんに対する化学放射線療法の有効性を評価するための方法 | |
| Zhong et al. | Characterization of hypoxia-related molecular subtypes in clear cell renal cell carcinoma to aid immunotherapy and targeted therapy via multi-omics analysis | |
| Song et al. | Transcriptional signatures for coupled predictions of stage II and III colorectal cancer metastasis and fluorouracil‐based adjuvant chemotherapy benefit | |
| CN115651984B (zh) | 一种生物标志物在评价肿瘤紫杉类化疗耐药性的应用 | |
| CN107937524A (zh) | 人类kras基因突变检测试剂盒及检测方法 | |
| Wang et al. | Identification of CD20, ECM, and ITGA as biomarkers for osteosarcoma by integrating transcriptome analysis | |
| KR20200089595A (ko) | 항암제 반응성 예측용 바이오마커 및 이의 용도 | |
| CN110885886A (zh) | 一种胶质母细胞瘤鉴别诊断及胶质瘤生存预后的分型方法 | |
| CN113136430B (zh) | 环状RNA CircSERPINE2的应用方法及检测、治疗制剂 | |
| CN108728536A (zh) | 人egfr基因t790m位点检测的引物、探针、pcr反应液和试剂盒 | |
| WO2015042446A2 (en) | Compositions and methods for the analysis of radiosensitivity | |
| CN104962613B (zh) | 一种用于乳腺癌辅助诊断的突变基因及其应用 | |
| WO2000074671A1 (en) | Method and markers for prognosticating efficacy of anticancer agents | |
| CN107385097B (zh) | 检测smad4基因v354l位点突变的试剂盒 | |
| CN116949176B (zh) | 检测fas基因突变位点的试剂在制备胰腺导管腺癌预后检测产品中的应用 | |
| Zhong et al. | The impact of the Hedgehog signal pathway on the tumor immune microenvironment of gastric adenocarcinoma by integrated analysis of scRNA-seq and RNA-seq datasets | |
| CN116656811B (zh) | 胰腺导管腺癌预后检测试剂盒及其应用 | |
| KR102431271B1 (ko) | 항암제 반응성 예측용 바이오마커 및 이의 용도 | |
| Wong et al. | PATH-23. GENOMIC LANDSCAPE OF IDH-MUTANT PRIMARY GLIOBLASTOMAS SHOWS DISTINCT CLINICAL AND MOLECULAR FEATURES AND THAT CDKN2A SHOULD BE SUPPLEMENTED WITH MGMTp AND G-CIMP FOR PRECISE PROGNOSTICATION | |
| Qiu et al. | A Classification of Immunogenic Cell Death Predicts Prognosis in Kidney renal clear cell carcinoma |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PB01 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| GR01 | Patent grant | ||
| GR01 | Patent grant |