CN115485564A - 用于检测或确定样品中抗β-冠状病毒抗体的量的方法和试剂盒 - Google Patents

用于检测或确定样品中抗β-冠状病毒抗体的量的方法和试剂盒 Download PDF

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Abstract

本文公开用于检测获自受试者的一种或多种样品中针对至少一种类型的β‑冠状病毒的抗体,诸如针对SARS‑CoV或SARS‑CoV‑2的抗体的存在或确定其量、数量、浓度和/或水平的方法、试剂盒、系统、算法和改进。在一些方面,所述方法、试剂盒和系统涉及检测获自所述受试者的一种或多种样品中至少一种类型的抗β‑冠状病毒抗体,诸如IgG和/或IgM抗体的存在或确定其量、数量、浓度和/或水平。所述方法、试剂盒、系统、算法和改进还可以用于监测受试者对β‑冠状病毒的反应和/或治疗,确定受试者是否将发展或经历细胞因子风暴,预测受试者的结果,确定是否可以向受试者施用β‑冠状病毒疫苗,监测已接受β‑冠状病毒疫苗(例如SARS‑CoV‑2疫苗)的个体的抗体反应,和/或确定受试者的免疫状态。

Description

用于检测或确定样品中抗β-冠状病毒抗体的量的方法和试 剂盒
相关申请信息
本申请要求2020年4月13日提交的美国临时申请号63/009,079、2020年4 月14日提交的美国临时申请号63/009,981、2020年4月24日提交的美国临时申请号63/015,408、2020年5月1日提交的美国临时申请号63/019,088、2020 年5月7日提交的美国临时申请号63/021,313、2020年9月17日提交的美国临时申请号63/079,906、2020年10月19日提交的美国临时申请号63/093,735、2020 年12月10日提交的美国临时申请号63/123,673、2020年12月30日提交的美国临时申请号63/132,143、2020年12月30日提交的美国临时申请号63/132,138、 2021年1月11日提交的美国临时申请号63/136,007、2021年1月29日提交的美国临时申请号63/143,591、2021年2月8日提交的美国临时申请号63/146,854、 2021年2月16日提交的美国临时申请号63/149,694、2021年2月24日提交的美国临时申请号63/153,239、2021年2月26日提交的美国临时申请号 63/154,505、2021年3月5日提交的美国临时申请号63/157,393、2021年3月 12日提交的美国临时申请号63/160,615、2021年3月21日提交的美国临时申请号63/163,908、2021年3月24日提交的美国临时申请号63/165,567、2021年4 月2日提交的美国临时申请号63/170,259的权益,每个前述申请的内容均以引用的方式整体并入本文。
技术领域
本公开涉及用于检测获自受试者的一种或多种样品中针对至少一种类型的β-冠状病毒的抗体,诸如针对SARS-CoV或SARS-CoV-2的抗体的存在或确定其量、数量、浓度和/或水平的方法、试剂盒、系统、算法和改进。在一些方面,所述方法、试剂盒和系统涉及检测获自所述受试者的一种或多种样品中至少一种类型的抗β-冠状病毒抗体,诸如IgG和/或IgM抗体的存在或确定其量、数量、浓度和/或水平。所述方法、试剂盒、系统、算法和改进还可以用于监测受试者对β-冠状病毒的反应和/或治疗,确定受试者是否将发展或经历细胞因子风暴,预测受试者的结果,确定是否可以向受试者施用β-冠状病毒疫苗,监测已接受β-冠状病毒疫苗(例如SARS-CoV-2疫苗)的个体的抗体反应,和/或确定受试者的免疫状态。
背景技术
冠状病毒(Coronaviridae)科病毒具有单链、正义RNA基因组,长度范围为 26至32千碱基(由Lu等人,The Lancet,395:565-574(2020年2月22日)综述)。冠状病毒科被进一步细分(最初是基于血清学,但现在是基于系统发生聚类) 成四组,α、β、γ和δ冠状病毒。已经在几种鸟类宿主以及各种哺乳动物(包括骆驼、蝙蝠、果子狸、老鼠、狗和猫)中识别出冠状病毒。
在对人具有致病性的几种冠状病毒中,大多数都与轻微临床症状相关联,但有三个例外。严重急性呼吸综合征(SARS)冠状病毒(SARS-CoV)是一种新型β冠状病毒,其于2002年11月出现,并且于2002-03年在37个国家内导致8000 多人感染和774例死亡。中东呼吸综合征(MERS)冠状病毒(MERS-CoV)于2012 年在沙特阿拉伯被首次检测出,并且导致2012-2020年的2494例实验室确诊的感染病例和858例死亡。2019年12月,发现了由新识别的β冠状病毒引起的一组肺炎病例。这种冠状病毒于2020年1月被世界卫生组织(WHO)命名为2019- 新型冠状病毒(2019-nCov或COVID-19),并且于2020年2月被国际委员会命名为SARS-CoV-2。SARS-CoV-2由于其在全球迅速、不受控制和广泛蔓延而被宣布为大流行病。
如通过冷冻电子断层成像技术和冷冻电子显微技术的研究所表明,冠状病毒病毒体为球体,直径约为125纳米。冠状病毒的突出特征是从病毒体表面发出的棒状尖刺突起,使病毒体具有日冕的外观,并因此得名冠状病毒。冠状病毒病毒体的包膜内是螺旋对称的核衣壳,它与冠状病毒RNA基因组结合并在其周围形成外壳。刺突(S)蛋白和核衣壳(N)蛋白是冠状病毒的主要免疫原。冠状病毒颗粒的另两种主要结构蛋白是膜(M)蛋白和包膜(E)蛋白。所有四种蛋白质都在病毒基因组的3'端内编码。
S蛋白(约150kDa)是高N-连接的、糖基化的并且利用N末端信号序列进入内质网(ER)。病毒编码S蛋白的同源三聚体构成病毒表面上独特的刺突结构。在许多(但不是全部)冠状病毒中,S蛋白被宿主细胞弗林蛋白酶样蛋白酶切割成两种单独的多肽,称为S1和S2。S1构成S蛋白的大受体结合结构域,而S2 形成刺突分子的茎。三聚体S糖蛋白通过S蛋白与其受体之间的相互作用介导冠状病毒病毒体与宿主细胞连接。在人中,血管紧张素转换酶2(ACE2)是 SARS-CoV的受体。冠状病毒S蛋白的S1区内受体结合结构域(RBD)的位点因病毒而有所不同,一些在S1的N末端具有RBD(例如,鼠肝炎病毒),而其他在S1的C末端具有RBD(例如,SARS-CoV)。S-蛋白/受体相互作用是冠状病毒感染宿主物种的主要决定因素,并且还控制着病毒的组织嗜性。
M蛋白是病毒体中最丰富的结构蛋白。它是一种有3个跨膜结构域的小(约 25-30kDa)蛋白质,并且据信使病毒体具有其形状。它具有小N末端糖基化胞外结构域和大得多的C末端胞内结构域,胞内结构域延伸6-8nm至病毒颗粒中。
E蛋白(约8-12kDa)在病毒体子中以少量存在。冠状病毒中的E蛋白高度不同,但具有共同的结构。数据表明,E蛋白是一种跨膜蛋白,具有N末端胞外结构域和C末端胞内结构域,具有离子通道活性。缺乏E蛋白的重组病毒不总是致命的,但这取决于病毒类型。E蛋白促进病毒的组装和释放,但还具有其他功能(例如,SARS-CoV E蛋白中的离子通道活性不是病毒复制所需的,而是发病机制所需的)。
N蛋白是唯一存在于核衣壳中的蛋白质。它由两个单独的结构域构成,N 末端结构域(NTD)和C末端结构域(CTD),两者都能够使用不同的机制在体外结合RNA,这可能表明最佳的RNA结合需要两个结构域的贡献。N蛋白是高磷酸化的,并且已表明磷酸化触发结构变化,相对于对非病毒RNA,增强对病毒 RNA的亲和力。N蛋白以串珠型构象结合病毒基因组。已识别出N蛋白的两种具体的RNA底物,转录调控序列和基因组包装信号。已发现,基因组包装信号与第二或C末端RNA结合结构域特异性结合。N蛋白还结合nsp3(复制酶复合物的关键组分)和M蛋白。这些蛋白质相互作用可能有助于将病毒基因组与复制酶-转录酶复合物联系起来,随后将衣壳包裹的(encapsidated)基因组包装至病毒颗粒中。
2020年2月,Lu等人报道了使用针对诊断为患有病毒性肺炎,但对常见的呼吸道病原体呈阴性的九名武汉患者的支气管肺泡灌洗液样品和培养分离株的下一代测序,获得完整和部分SARS-CoV-2基因组序列。Lu等人,The Lancet, 395:565-574(2020年2月22日)。基于他们的分析,Lu等人还报道了, SARS-CoV-2与两种蝙蝠来源的严重急性呼吸综合征(SARS)样冠状病毒蝙蝠 -SL-CoVZC45和蝙蝠-SL-CoVZXC21密切相关(88%同一性),于2018年在中国东部采集,但与SARS-CoV(约79%)和MERS-CoV(约50%)距离较远。另外,Zhou等人确认,SARS-CoV-2使用与SARS-CoV相同的细胞进入受体 ACE2。Zhou的,Nature,579:270-273(2020年3月)。
SARS-CoV-2主要通过呼吸道、飞沫、呼吸道分泌物和直接接触来蔓延。另外,在粪便拭子和血液中发现了SARS-CoV-2,表明可能有多种传播途径。Zhang 等人,Microbes 9(1):386-9(2020)。SARS-CoV-2在人中是高度传播的,尤其是在老年人和患有基础疾病的人中。症状可在暴露后2至14天出现。患者出现诸如发热、不适、咳嗽和/或呼吸急促的症状。大多数感染SARS-CoV-2的成人或儿童出现轻微的流感样症状,然而,危重患者迅速发展为急性呼吸窘迫综合征、呼吸衰竭、多器官衰竭并且甚至死亡。
由于SARS-CoV-2传播带来健康风险,因此需要评估冠状病毒在人中的传播的方法和试剂盒,以及评估获自受试者的一个或多个样品中的抗β-冠状病毒抗体(例如IgG和/或IgM抗体)的方法。
发明内容
在一个方面,本公开涉及一种用于检测受试者的至少一种类型的抗β-冠状病毒抗体的存在或确定(例如,定量或半定量)其量、水平或浓度的方法。所述方法可包括以下步骤:
a)使所述受试者的至少一种生物样品同时或以任何顺序依次与以下接触:
至少一种类型的第一特异性结合配偶体,其包含至少一种β-冠状病毒分离多肽或其变体,选自核衣壳蛋白的C末端结构域、刺突蛋白的受体结合结构域 (RBD)或核衣壳蛋白的C末端结构域和刺突蛋白的受体结合结构域,其中所述多肽特异性结合所述样品中的至少一种类型的抗β-冠状病毒抗体,和
至少一种类型的第二特异性结合配偶体,其包含可检测标记,
从而产生一种或多种类型的第一复合物,其包含第一特异性结合配偶体-抗β-冠状病毒抗体-第二特异性结合配偶体;以及
b)评估所述一种或多种类型的第一复合物的信号,其中所述可检测标记的可检测信号的量指示所述样品中抗β-冠状病毒抗体的存在或其量。
在一些方面,上文方法是(a)半定量的;(b)定量的;或(c)定性的。在一些方面,当本文所述的方法是半定量的时,例如,未针对国际公认的标准(例如WHO 国际标准(例如,以BAU/mL为单位))对所述方法进行标准化。在其他方面,当本文所述的方法是定量的时,例如可以针对国际公认的标准(例如WHO国际标准(例如,以BAU/mL为单位))对所述方法进行标准化。在其他方面,当本文所述的方法是定性的时,获得或确定信号-校准物比率(S/CO)。对方法是半定量的、定量的还是定性的以及方法适用于半定量、定量还是定性的理解是众所周知的并且使用本领域中已知的常规技术进行。
在一些方面,上文方法定量多达(a)约91%或(b)约99%的抗SARS-CoV-2 IgG 抗体。
在上文方法的一些方面,至少一种类型的抗β-冠状病毒抗体为抗SARS-CoV 抗体或抗SARS-CoV-2抗体。在上文方法的其他方面,至少一种类型的抗β-冠状病毒抗体为抗SARS-CoV-2抗体。
在上文方法的一些方面,当抗β-冠状病毒抗体的类型为抗SARS-CoV-2抗体时,所述方法还包括检测至少一种抗SARS-CoV-2 IgG中和抗体。明确地说,在这个方面,所述方法证明与空斑减少中和测定的高定性符合。另外,如通过所述方法所检测的增加量的抗SARS-CoV-2 IgG抗体与增加量的抗SARS-CoV-2 IgG中和抗体相关联。此外,在这个方面,所述方法的概率概况对应于所述空斑减少中和测定中的高滴度水平,使得通过所述方法确定的抗SARS-CoV-2 IgG抗体水平等于或高于所述空斑减少中和测定中确定的抗SARS-CoV-2 IgG中和抗体水平的概率高。最后,所述方法还证明与ACE2结合抑制测定的高定性符合。
在上文方法的其他方面,用作截止或阈值的至少约4160AU/mL(约 590BAU/mL)的抗SARS-CoV-2 IgG抗体水平对应于约0.95的以1:250稀释获得空斑减少中和测定ID50的概率。
在上文方法的其他方面,当至少一种类型的抗β-冠状病毒抗体为抗 SARS-CoV-2抗体时,所述方法包括在SARS-CoV-2的症状发作之后约十四(14) 天至约三十五(35)天的关键时间,获得所述受试者的至少一种生物样品。具体地,在这些方面,所述方法还包括确定受试者:(i)如果在所述关键时间内在所述生物样品中未检测出抗SARS-CoV-2 IgM抗体、抗SARS-CoV-2 IgG抗体或抗SARS-CoV-2 IgM抗体和抗SARS-CoV-2 IgG抗体,则较有可能将发展或经历细胞因子风暴、急性呼吸窘迫综合征(ARDS)或细胞因子风暴和ARDS的组合中的至少一种;或(ii)如果在所述关键时间内在所述生物样品中未检测出抗 SARS-CoV-2 IgM抗体、抗SARS-CoV-2 IgG抗体或抗SARS-CoV-2 IgM抗体和抗SARS-CoV-2 IgG抗体,则较有可能将不发展或经历细胞因子风暴、ARDS或细胞因子风暴和ARDS的组合中的至少一种。
在上文方法的一些方面,至少一种类型的抗β-冠状病毒抗体为抗β-冠状病毒IgG抗体、抗β-冠状病毒IgM抗体或抗β-冠状病毒IgG抗体和抗β-冠状病毒 IgM抗体。
在上文方法的其他方面,生物样品为全血、血清、血浆、唾液、鼻涕试样、口咽试样或鼻咽试样。在一些方面,生物样品为全血。在其他方面,生物样品为血清。在其他方面,生物样品为血浆。在其他方面,生物样品为唾液。在其他方面,生物样品为口咽试样。在其他方面,生物样品为鼻咽试样。在其他方面,生物样品为鼻涕试样。在其他方面,生物样品为肛拭子试样。
在一些其他方面,上文方法中使用的分离多肽为融合多肽。
在其他方面,上文方法中所用的分离多肽的长度为约5、6、7、8、9、10、 11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、 28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、 45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、 62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、 79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、 96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、 111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、 139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、 153、154、155、156、157、158、159、160、161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、176、177、178、179、180、 181、182、183、184、185、186、187、188、189、190、191、192、193、194、 195、196、197、198、199、200、201、202、203、204、205、206、207、208、 209、210、211、212、213、214、215、216、217、218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、230、231、232、233、234、235、236、 237、238、239、240、241、242、243、244、245、246、247、248、249、250、 251、252、253、254、255、256、257、258、259、260、261、262、263、264、 265、266、267、268、269、270、272、272、273、274、275、276、277、278、279、280、281、282、283、284、285、286、287、288、289、290、291、292、 293、294、295、296、297、298、299、300、301、302、303、304、305、306、 307、308、309、310、311、312、313、314、315、316、317、318、319、320、 321、322、323、324、325、326、327、328、329、330、331、332、333、334、335、336、337、338、339、340、341、342、343、344、345、346、347、348、 349、350、351、352、353、354、355、356、357、358、359、360、361、362、 363、364、365、366、367、368、369、370、371、372、373、374、375、376、 377、378、379、380、381、382、383、384、385、386、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、400、401、402、403、404、 405、406、407、408、409、410、411、412、413、414、415、416、417、418、 419、420、421、422、423、424、425、426、427、428、429、430、431、432、 433、434、435、436、437、438、439、440、441、442、443、444、445、446、447、448、449、450、451、452、453、454、455、456、457、458、459、460、 461、462、463、464、465、466、467、468、469、470、471、472、473、474、 475、476、477、478、479、480、481、482、483、484、485、486、487、488、 489、490、491、492、493、494、495、496、497、498、499、500、501、502、503、504、505、506、507、508、509、510、511、512、513、514、515、516、 517、518、519、520、521、522、523、524、525、526、527、528、529、530、 531、532、533、534、535、536、537、538、539、540、541、542、543、544、545、546、547、548、549、550、551、552、553、554、555、556、557、558、 559、560、561、562、563、564、565、566、567、568、569、570、571、572、 573、574、575、576、577、578、579、580、581、582、583、584、585、586、 587、588、589、590、591、592、593、594、595、596、597、598、599、600、 601、602、603、604、605、606、607、608、609、610、611、612、613、614、 615、616、617、618、619、620、621、622、623、624、625、626、627、628、 629、630、631、632、633、634、635、636、637、638、639、640、641、642、 643、644、645、646、647、648、649、650、651、652、653、654、655、656、 657、658、659、660、661、662、663、664、665、666、667、668、669、670、 671、672、673、674、675、676、677、678、679、680、681、682、683、684、 685、686、687、688、689、690、691、692、693、694、695、696、697、698、 699、700、701、702、703、704、705、706、707、708、709、710、711、712、 713、714、715、716、717、718、719、720、721、722、723、724、725、726、 727、728、729、730、731、732、733、734、735、736、737、738、739、740、 741、742、743、744、745、746、747、748、749、750、751、752、753、754、 755、756、757、758、759、760、761、762、763、764、765、766、767、768、769、770、771、772、773、774、775、776、777、778、779、780、781、782、 783、784、785、786、787、788、789、790、791、792、793、794、795、796、 797、798、799、800、801、802、803、804、805、806、807、808、809、810、 811、812、813、814、815、816、817、818、819、820、821、822、823、824、 825、826、827、828、829、830、831、832、833、834、835、836、837、838、 839、840、841、842、843、844、845、846、847、848、849、850、851、852、 853、854、855、856、857、858、859、860、861、862、863、864、865、866、 867、868、869、870、871、872、873、874、875、876、877、878、879、880、 881、882、883、884、885、886、887、888、889、890、891、892、893、894、 895、896、897、898、899、900、901、902、903、904、905、906、907、908、 909、910、911、912、913、914、915、916、917、918、919、920、921、922、 923、924、925、926、927、928、929、930、931、932、933、934、935、936、 937、938、939、940、941、942、943、944、945、946、947、948、949、950、 951、952、953、954、955、956、957、958、959、960、961、962、963、964、965、966、967、968、969、970、971、972、973、974、975、976、977、978、 979、980、981、982、983、984、985、986、987、988、989、990、991、992、 993、994、995、996、997、998、999、1000、1001、1002、1003、1004、1005、 1006、1007、1008、1009、1010、1011、1012、1013、1014、1015、1016、1017、 1018、1019、1020、1021、1022、1023、1024、1025、1026、1027、1028、1029、 1030、1031、1032、1033、1034、1035、1036、1037、1038、1039、1040、1041、 1042、1043、1044、1045、1046、1047、1048、1049、1050、1051、1052、1053、 1054、1055、1056、1057、1058、1059、1060、1061、1062、1063、1064、1065、 1066、1067、1068、1069、1070、1071、1072、1073、1074、1075、1076、1077、 1078、1079、1080、1081、1082、1083、1084、1085、1086、1087、1088、1089、 1090、1091、1092、1093、1094、1095、1096、1097、1098、1099、1100、1101、 1102、1103、1104、1105、1106、1107、1108、1109、1110、1111、1112、1113、 1114、1115、1116、1117、1118、1119、1120、1121、1122、1123、1124、1125、 1126、1127、1128、1129、1130、1131、1132、1133、1134、1135、1136、1137、 1138、1139、1140、1141、1142、1143、1144、1145、1146、1147、1148、1149、 1150、1151、1152、1153、1154、1155、1156、1157、1158、1159、1160、1161、 1162、1163、1164、1165、1166、1167、1168、1169、1170、1171、1172、1173、 1174、1175、1176、1177、1178、1179、1180、1181、1182、1183、1184、1185、 1186、1187、1188、1189、1190、1191、1192、1193、1194、1195、1196、1197、 1198、1199、1200、1201、1202、1203、1204、1205、1206、1207、1208、1209、 1210、1211、1212、1213、1214、1215、1216、1217、1218、1219、1220、1221、 1222、1223、1224、1225、1226、1227、1228、1229、1230、1231、1232、1233、 1234、1235、1236、1237、1238、1239、1240、1241、1242、1243、1244、1245、 1246、1247、1248、1249、1250、1251、1252、1253、1254、1255、1256、1257、 1258、1259、1260、1261、1262、1263、1264、1265、1266、1267、1268、1269、 1270、1272、1272、1273、1274、1275、1276、1277、1278、1279、1280、1281、 1282、1283、1284、1285、1286、1287、1288、1289、1290、1291、1292、1293、 1294、1295、1296、1297、1298、1299、1300、1301、1302、1303、1304、1305、 1306、1307、1308、1309、1310、1311、1312、1313、1314、1315、1316、1317、 1318、1319、1320、1321、1322、1323、1324、1325、1326、1327、1328、1329、1330、1331、1332、1333、1334、1335、1336、1337、1338、1339、1340、1341、 1342、1343、1344、1345、1346、1347、1348、1349、1350、1351、1352、1353、 1354、1355、1356、1357、1358、1359、1360、1361、1362、1363、1364、1365、 1366、1367、1368、1369、1370、1371、1372、1373、1374、1375、1376、1377、 1378、1379、1380、1381、1382、1383、1384、1385、1386、1387、1388、1389、 1390、1391、1392、1393、1394、1395、1396、1397、1398、1399、1400、1401、 1402、1403、1404、1405、1406、1407、1408、1409、1410、1411、1412、1413、 1414、1415、1416、1417、1418、1419、1420、1421、1422、1423、1424、1425、 1426、1427、1428、1429、1430、1431、1432、1433、1434、1435、1436、1437、 1438、1439、1440、1441、1442、1443、1444、1445、1446、1447、1448、1449、 1450、1451、1452、1453、1454、1455、1456、1457、1458、1459、1460、1461、 1462、1463、1464、1465、1466、1467、1468、1469、1470、1471、1472、1473、 1474、1475、1476、1477、1478、1479、1480、1481、1482、1483、1484、1485、 1486、1487、1488、1489、1490、1491、1492、1493、1494、1495、1496、1497、 1498、1499或1500个氨基酸。
在其他方面,上文方法中所用的分离多肽为核衣壳蛋白的C末端结构域,所述多肽的长度为约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、 19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、 36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、 70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、 87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、 104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、 118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、 132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、 146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、 160、161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、 174、175、176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、 188、189、190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、 202、203、204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、217、218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、 230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、 244、245、246、247、248、249、250、251、252、253、254、255、256、257、 258、259、260、261、262、263、264、265、266、267、268、269、270、272、 272、273、274、275、276、277、278、279、280、281、282、283、284、285、 286、287、288、289、290、291、292、293、294、295、296、297、298、299、 300、301、302、303、304、305、306、307、308、309、310、311、312、313、 314、315、316、317、318、319、320、321、322、323、324、325、326、327、 328、329、330、331、332、333、334、335、336、337、338、339、340、341、 342、343、344、345、346、347、348、349、350、351、352、353、354、355、 356、357、358、359、360、361、362、363、364、365、366、367、368、369、 370、371、372、373、374、375、376、377、378、379、380、381、382、383、 384、385、386、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、 398、399、400、401、402、403、404或405个氨基酸。
在其他方面,上文方法中所用的分离多肽为核衣壳蛋白的C末端结构域,所述多肽的长度为约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、 19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、 36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、 70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、 87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、 104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、 118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、 132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、 146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、 160、161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、 174、175、176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、 188、189、190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、 202、203、204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、 216、217、218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、 244、245、246、247、248、249或250个氨基酸。
在其他方面,上文方法中所用的分离多肽为刺突蛋白的受体结合结构域 (RBD),所述多肽的长度为约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、 17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、 34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、 68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、 85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、 102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、 116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、 130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、 144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、 158、159、160、161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、 172、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、 186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、 200、201、202、203、204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、 214、215、216、217、218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、 228、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、 242、243、244、245、246、247、248、249、250、251、252、253、254、255、 256、257、258、259、260、261、262、263、264、265、266、267、268、269、 270、272、272、273、274、275、276、277、278、279、280、281、282、283、 284、285、286、287、288、289、290、291、292、293、294、295、296、297、 298、299、300、301、302、303、304、305、306、307、308、309、310、311、 312、313、314、315、316、317、318、319、320、321、322、323、324、325、 326、327、328、329、330、331、332、333、334、335、336、337、338、339、 340、341、342、343、344、345、346、347、348、349、350、351、352、353、 354、355、356、357、358、359、360、361、362、363、364、365、366、367、 368、369、370、371、372、373、374、375、376、377、378、379、380、381、 382、383、384、385、386、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、400、401、402、403、404、405、406、407、408、409、 410、411、412、413、414、415、416、417、418、419、420、421、422、423、 424、425、426、427、428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、442、443、444、445、446、447、448、449、450、451、 452、453、454、455、456、457、458、459、460、461、462、463、464、465、 466、467、468、469、470、471、472、473、474、475、476、477、478、479、 480、481、482、483、484、485、486、487、488、489、490、491、492、493、494、495、496、497、498、499、500、501、502、503、504、505、506、507、 508、509、510、511、512、513、514、515、516、517、518、519、520、521、 522、523、524、525、526、527、528、529、530、531、532、533、534、535、 536、537、538、539、540、541、542、543、544、545、546、547、548、549、550、551、552、553、554、555、556、557、558、559、560、561、562、563、 564、565、566、567、568、569、570、571、572、573、574、575、576、577、 578、579、580、581、582、583、584、585、586、587、588、589、590、591、 592、593、594、595、596、597、598、599、600、601、602、603、604、605、606、607、608、609、610、611、612、613、614、615、616、617、618、619、 620、621、622、623、624、625、626、627、628、629、630、631、632、633、 634、635、636、637、638、639、640、641、642、643、644、645、646、647、 648、649、650、651、652、653、654、655、656、657、658、659、660、661、662、663、664、665、666、667、668、669、670、671、672、673、674、675、 676、677、678、679、680、681、682、683、684、685、686、687、688、689、 690、691、692、693、694、695、696、697、698、699、700、701、702、703、 704、705、706、707、708、709、710、711、712、713、714、715、716、717、718、719、720、721、722、723、724、725、726、727、728、729、730、731、 732、733、734、735、736、737、738、739、740、741、742、743、744、745、 746、747、748、749、750、751、752、753、754、755、756、757、758、759、 760、761、762、763、764、765、766、767、768、769、770、771、772、773、774、775、776、777、778、779、780、781、782、783、784、785、786、787、 788、789、790、791、792、793、794、795、796、797、798、799、800、801、 802、803、804、805、806、807、808、809、810、811、812、813、814、815、816、817、818、819、820、821、822、823、824、825、826、827、828、829、 830、831、832、833、834、835、836、837、838、839、840、841、842、843、 844、845、846、847、848、849、850、851、852、853、854、855、856、857、 858、859、860、861、862、863、864、865、866、867、868、869、870、871、 872、873、874、875、876、877、878、879、880、881、882、883、884、885、 886、887、888、889、890、891、892、893、894、895、896、897、898、899、 900、901、902、903、904、905、906、907、908、909、910、911、912、913、 914、915、916、917、918、919、920、921、922、923、924、925、926、927、 928、929、930、931、932、933、934、935、936、937、938、939、940、941、 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1142、1143、1144、1145、1146、1147、1148、1149、1150、1151、1152、1153、 1154、1155、1156、1157、1158、1159、1160、1161、1162、1163、1164、1165、 1166、1167、1168、1169、1170、1171、1172、1173、1174、1175、1176、1177、 1178、1179、1180、1181、1182、1183、1184、1185、1186、1187、1188、1189、 1190、1191、1192、1193、1194、1195、1196、1197、1198、1199、1200、1201、1202、1203、1204、1205、1206、1207、1208、1209、1210、1211、1212、1213、 1214、1215、1216、1217、1218、1219、1220、1221、1222、1223、1224、1225、 1226、1227、1228、1229、1230、1231、1232、1233、1234、1235、1236、1237、 1238、1239、1240、1241、1242、1243、1244、1245、1246、1247、1248、1249、 1250、1251、1252、1253、1254、1255、1256、1257、1258、1259、1260、1261、 1262、1263、1264、1265、1266、1267、1268、1269、1270、1272、1272、1273、 1274、1275、1276、1277、1278、1279、1280、1281、1282、1283、1284、1285、 1286、1287、1288、1289、1290、1291、1292、1293、1294、1295、1296、1297、 1298、1299、1300、1301、1302、1303、1304、1305、1306、1307、1308、1309、 1310、1311、1312、1313、1314、1315、1316、1317、1318、1319、1320、1321、 1322、1323、1324、1325、1326、1327、1328、1329、1330、1331、1332、1333、 1334、1335、1336、1337、1338、1339、1340、1341、1342、1343、1344、1345、 1346、1347、1348、1349、1350、1351、1352、1353、1354、1355、1356、1357、 1358、1359、1360、1361、1362、1363、1364、1365、1366、1367、1368、1369、 1370、1371、1372、1373、1374、1375、1376、1377、1378、1379、1380、1381、 1382、1383、1384、1385、1386、1387、1388、1389、1390、1391、1392、1393、 1394、1395、1396、1397、1398、1399、1400、1401、1402、1403、1404、1405、 1406、1407、1408、1409、1410、1411、1412、1413、1414、1415、1416、1417、 1418、1419、1420、1421、1422、1423、1424、1425、1426、1427、1428、1429、 1430、1431、1432、1433、1434、1435、1436、1437、1438、1439、1440、1441、 1442、1443、1444、1445、1446、1447、1448、1449、1450、1451、1452、1453、 1454、1455、1456、1457、1458、1459、1460、1461、1462、1463、1464、1465、 1466、1467、1468、1469、1470、1471、1472、1473、1474、1475、1476、1477、 1478、1479、1480、1481、1482、1483、1484、1485、1486、1487、1488、1489、 1490、1491、1492、1493、1494、1495、1496、1497、1498、1499或1500个氨基酸。
在一些方面,至少一种类型的第一特异性结合配偶体包含β-冠状病毒的核衣壳蛋白的C末端结构域的至少一种分离多肽,其中所述方法执行为使得所述特异性结合配偶体特异性结合(a)抗β-冠状病毒IgG抗体;(b)抗β-冠状病毒IgM 抗体;或(b)抗β-冠状病毒IgG和抗β-冠状病毒IgM抗体。
在其他方面,其中至少一种类型的第一特异性结合配偶体包含β-冠状病毒的刺突蛋白的受体结合结构域(RBD)的至少一种分离多肽,其中所述方法执行为使得所述特异性结合配偶体特异性结合(a)抗β-冠状病毒IgG抗体;(b)抗β-冠状病毒IgM抗体;或(b)抗β-冠状病毒IgG抗体和抗β-冠状病毒IgM抗体。
在其他方面,进行上文方法使得所述至少一种类型的第一特异性结合配偶体结合(a)抗SARS-CoV-2 IgG抗体;(b)抗SARS CoV-2 IgM抗体;或(c)抗SARS- 冠状病毒IgG抗体和抗β冠状病毒IgM抗体。
在其他方面,所述至少一种类型的第一特异性结合配偶体为核衣壳蛋白或其变体的C末端结构域,其(1)具有SEQ ID NO:1的氨基酸序列;(2)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQNQ(SEQ ID NO:21)、RSAPRITFG (SEQ ID NO:7)、GPTDST(SEQ ID NO:23)和SEQ ID NO:2的氨基酸211至419; (3)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQSNQ(SEQ ID NO:22)、 RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST(SEQ ID NO:23)和SEQ IDNO:2的氨基酸211至419;或(4)具有SEQ ID NO:2的氨基酸210至419的氨基酸序列。在一些方面,核衣壳蛋白的变体包含:(i)在SEQ ID NO:2的氨基酸210至419内的位置235处用苯丙氨酸替代丝氨酸(S235F)的氨基酸取代;或(ii)SEQ ID NO:24。在这些方面,至少一种类型的第一特异性结合配偶体结合(a)抗β-冠状病毒IgG抗体;(b)抗β-冠状病毒IgM抗体;或(c)(a)和(b)的组合。在其他方面,至少一种类型的第一特异性结合配偶体为SARS-CoV-2的刺突蛋白或其变体的受体结合结构域(例如,SEQ ID NO:15或SEQ ID NO:17的氨基酸319至542)。在一些方面,刺突蛋白的RBD的变体在SEQ ID NO:15或25的氨基酸319至 542内包含一个或多个氨基取代:在位置417处用天冬酰胺替代赖氨酸;在位置 484处用赖氨酸替代谷氨酸;和/或在位置501处用酪氨酸替代天冬酰胺。
在上文方法的其他方面,至少一种类型的第一特异性结合配偶体包含β-冠状病毒的核衣壳蛋白的C末端结构域的至少一种分离多肽,其中所述特异性结合配偶体特异性结合(a)抗β-冠状病毒IgG抗体;(b)抗β-冠状病毒IgM抗体;或 (b)抗β-冠状病毒IgG和抗β-冠状病毒IgM抗体。在一些方面,所述至少一种第一特异性结合配偶体为核衣壳蛋白或其变体的C末端结构域,其(1)具有SEQ ID NO:1的氨基酸序列;(2)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQNQ(SEQ ID NO:21)、RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST(SEQ ID NO:23) 和SEQ ID NO:2的氨基酸211至419;(3)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQSNQ(SEQ ID NO:22)、RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST (SEQ ID NO:23)和SEQ IDNO:2的氨基酸211至419;或(4)具有SEQ ID NO:2 的氨基酸210至419的氨基酸序列。在一些方面,核衣壳蛋白的变体包含:(i) 在SEQ ID NO:2的氨基酸210至419内的位置235处用苯丙氨酸替代丝氨酸 (S235F)的氨基酸取代;或(ii)SEQ ID NO:24。在这些方面,至少一种第一特异性结合配偶体结合(a)抗β-冠状病毒IgG抗体;(b)抗β-冠状病毒IgM抗体;和(c)(a)和(b)的组合。
在上文方法的其他方面,至少一种类型的第一特异性结合配偶体包含β-冠状病毒的刺突蛋白的受体结合结构域的至少一种分离多肽,其中所述特异性结合配偶体特异性结合(a)抗β-冠状病毒IgG抗体;和(b)抗β-冠状病毒IgM抗体;或(b)抗β-冠状病毒IgG和抗β-冠状病毒IgM抗体。在一些方面,至少一种类型的第一特异性结合配偶体为SARS-CoV-2的刺突蛋白或其变体的受体结合结构域(例如,SEQ ID NO:15或SEQ ID NO:17的氨基酸319至542)。在一些方面,刺突蛋白的RBD的变体在SEQ ID NO:15或25的氨基酸319至542内包含一个或多个氨基取代:在位置417处用天冬酰胺替代赖氨酸;在位置484处用赖氨酸替代谷氨酸;和/或在位置501处用酪氨酸替代天冬酰胺。
在上文方法的一些方面,至少一种类型的第二特异性结合配偶体为抗体。具体地,在一些方面,至少一种类型的第二特异性结合配偶体为抗物种IgG(例如,抗人IgG IgG)抗体、抗物种IgM(例如,抗人IgM IgG)抗体或抗物种IgG (例如,抗人IgG Ig)抗体和抗物种IgM(例如,抗人IgM IgG)抗体。
在其他方面,所述方法涉及检测受试者的至少一种(例如,单种或多种) 生物样品中的至少一种抗SARS-CoV-2 IgG抗体和/或至少一种抗SARS-CoV-2 IgM抗体。例如,在一些方面,所述方法涉及检测:
(a)获自受试者的至少一种生物样品中的至少一种抗SARS-CoV-2 IgG抗体,其中所述至少一种类型的第一特异性结合配偶体为核衣壳蛋白或其变体的C末端结构域,其(1)具有SEQ ID NO:1的氨基酸序列;(2)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQNQ(SEQ ID NO:21)、RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST(SEQ ID NO:23)和SEQ ID NO:2的氨基酸211至419;(3)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQSNQ(SEQ IDNO:22)、 RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST(SEQ ID NO:23)和SEQ ID NO:2的氨基酸211至419;或(4)具有SEQ ID NO:2的氨基酸210至419的氨基酸序列并且特异性结合至少一种抗SARS-CoV-2 IgG抗体,和/或
(b)获自受试者的至少一种生物样品中的至少一种抗SARS-CoV-2 IgM抗体,其中所述至少一种类型的第一特异性结合配偶体为刺突蛋白或其变体的受体结合结构域(RBD),其具有SEQ ID NO:15或SEQ ID NO:17的氨基酸319至542 的氨基酸序列并且特异性结合至少一种抗SARS-CoV-2 IgM抗体;并且
其中在获自所述受试者的单种生物样品中或在获自所述受试者的多种生物样品中检测所述至少一种抗SARS-CoV-2 IgG抗体和/或至少一种抗SARS-CoV-2 IgM抗体;并且
进一步地,其中在获自所述受试者的单种生物样品中或在获自所述受试者的多种生物样品中同时或以任何顺序依次检测所述至少一种抗SARS-CoV-2 IgG 抗体和至少一种抗SARS-CoV-2 IgG抗体。
在一些方面,上文方法采用小体积的生物样品。更具体地,在一些方面,所述方法中所用的生物样品的小体积为约0.30μL至约0.40μL。在一些方面,所述方法中所用的生物样品的小体积为至少约0.30μL、至少约0.31μL、至少约 0.32μL、至少约0.33μL、至少约0.34μL、至少约0.35μL、至少约0.36μL、至少约0.37μL、至少约0.38μL、至少约0.39μL或至少约0.40μL。
在其他方面,上文方法包括在所述方法之前或期间稀释生物样品。具体地,在一些方面,稀释包括将约10μL的生物样品与约290μL的至少一种缓冲液混合以形成生物取样混合物以及在所述方法中使用约10μL的生物取样混合物。更具体地,在一些方面,当确定至少一种生物样品中至少一种抗SARS-CoV-2 IgG抗体的量时,上文方法包括在方法之前或期间稀释生物样品。具体地,在一些方面,稀释包括将约10μL的生物样品与约290μL的至少一种缓冲液混合以形成生物取样混合物以及在所述方法中使用约10μL的生物取样混合物。
在又其他方面,所述方法还包括检测获自受试者的至少一种(例如,单种或多种)生物样品中的SARS-CoV-2。在一些方面,SARS-CoV-2是通过其病毒 RNA使用聚合酶链反应,或通过其病毒抗原来检测的。在其他方面,当获得多种生物样品时,这些可以在相同或不同时间进行。当所述方法包括检测获自受试者的单种或多种生物样品中的(i)至少一种抗SARS-CoV-2 IgG抗体;(ii)至少一种抗SARS-CoV-2 IgM抗体;和(iii)病毒RNA或病毒抗原时,所述方法还包括检测受试者是否处于以下情况:
(a)当获自所述受试者的所述至少一种生物样品对病毒RNA或病毒抗原呈阳性,对抗SARS-CoV-2 IgM抗体呈阴性,并且对抗SARS-CoV-2 IgG抗体呈阴性时,为不产生任何抗体的初始感染时期;和/或
(b)当获自所述受试者的所述至少一种生物样品对病毒RNA或病毒抗原呈阳性,对抗SARS-CoV-2 IgM抗体呈阳性,并且对抗SARS-CoV-2 IgG抗体呈阴性时,为早期急性感染期,并且出现对病毒的免疫反应且产生抗体;和/或
(c)当获自所述受试者的所述至少一种生物样品对病毒RNA呈阴性,对抗 SARS-CoV-2 IgM抗体呈阳性,并且对抗SARS-CoV-2 IgG抗体呈阴性时,为早期急性感染期,或者具有假阴性病毒RNA结果或病毒抗原结果,或者具有假阳性抗SARS-CoV-2 IgM抗体结果;和/或
(d)当获自所述受试者的所述至少一种生物样品对病毒RNA或病毒抗原呈阳性,对抗β-冠状病毒IgM抗体呈阳性,并且对抗SARS-CoV-2 IgG抗体呈阳性时,为急性感染期,并且免疫反应进展;和/或
(e)当获自所述受试者的所述至少一种生物样品对病毒RNA或病毒抗原呈阳性,对抗SARS-CoV-2 IgM抗体呈阴性,并且对抗SARS-CoV-2 IgG抗体呈阳性时,为晚期急性感染期,或者已经出现复发的SARS-CoV-2感染;和/或
(f)当获自所述受试者的所述至少一种生物样品对病毒RNA或病毒抗原呈阴性,对抗β-冠状病毒IgM抗体呈阳性,并且对抗SARS-CoV-2 IgG抗体呈阳性时,为晚期急性感染期或恢复期,或者具有假阴性病毒RNA结果;和/或
(g)当获自所述受试者的所述至少一种生物样品对病毒RNA或病毒抗原呈阴性,对抗SARS-CoV-2 IgM抗体呈阴性,并且对抗SARS-CoV-2 IgG抗体呈阳性时,为恢复期;和/或
(h)当获自所述受试者的所述至少一种生物样品对病毒RNA或病毒抗原呈阴性,并且对抗SARS-CoV-2 IgM抗体和抗SARS-CoV-2 IgG抗体呈阴性时,为恢复期。
上文方法的其他方面涉及(i)至少一种类型的第一特异性结合配偶体,其包含β-冠状病毒的衣壳蛋白的C末端结构域的至少一种分离多肽,其中所述第一特异性结合配偶体特异性结合(a)抗β-冠状病毒IgG抗体;(b)抗β-冠状病毒IgM 抗体;或(c)抗β-冠状病毒IgG抗体和抗β-冠状病毒IgM抗体;(ii)至少一种类型的第二特异性结合搭配物,其包含β-冠状病毒的刺突蛋白的受体结合结构域的分离多肽,其中所述第二特异性结合搭配物特异性结合(a)抗β-冠状病毒IgG抗体;和(b)抗β-冠状病毒IgM抗体;或(b)抗β-冠状病毒IgG抗体和抗β-冠状病毒 IgM抗体;和(iii)至少一种第三特异性结合配偶体,其包含可检测标记。例如,在一个方面,所述方法涉及(i)至少一种第一类型的特异性结合配偶体,其包含来自衣壳蛋白的C末端结构域的至少一种分离多肽,其(1)具有SEQ ID NO:1的氨基酸序列(例如,SARS-CoV-2);(2)为融合蛋白,其包含起始子氨基酸甲硫氨酸和序列GPQNQ(SEQ ID NO:21)、RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST (SEQ ID NO:23)和SEQ ID NO:2的氨基酸211至419;(3)为融合蛋白,其包含起始子氨基酸甲硫氨酸和序列GPQSNQ(SEQ ID NO:22)、RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST(SEQ ID NO:23)和SEQ ID NO:2的氨基酸211至419;或(4)具有SEQ ID NO:2的氨基酸210至419的氨基酸序列,其中所述至少一种类型的第一特异性结合配偶体特异性结合抗β-冠状病毒IgG抗体;(ii)至少一种类型的第二特异性结合配偶体,其包含来自SARS-CoV-2的刺突蛋白的受体结合结构域(RBD)的分离多肽(例如,SEQID NO:15或SEQ ID NO:17的氨基酸319至 542),其中所述至少一种类型的第二特异性结合配偶体特异性结合抗β-冠状病毒IgM抗体;和(iii)至少一种类型的第三特异性结合配偶体,其包含可检测标记。在一些其他方面,所述方法包括至少一种类型的第四特异性结合配偶体,其包含可检测标记。至少一种类型的第四特异性结合配偶体中所用的可检测标记可以与至少一种类型的第三特异性结合配偶体中所用的标记相同或不同。
在另一方面,上文方法涉及基于评估的可检测信号的量,确定受试者的至少一种类型的抗β-冠状病毒抗体(例如,抗SARS-CoV-2 IgG抗体)的量或数量。在一些方面,所述方法中所用的至少一种类型的第一特异性结合配偶体为刺突蛋白或其变体的受体结合结构域(RBD),其具有SEQ ID NO:15或SEQ ID NO:17 的氨基酸319至542的氨基酸序列并且特异性结合至少一种抗SARS-CoV-2 IgG 抗体。在其他方面,所述方法中所用的至少一种类型的第二特异性结合配偶体为抗人IgG IgG抗体。
在上文方法的其他方面,所述方法还包括在使至少一种类型的第一特异性结合配偶体、至少一种类型的第二特异性结合配偶体或至少一种第一特异性结合配偶体和至少一种类型的第二特异性结合配偶体与生物样品接触的同时或之前进行的预处理步骤,并且其中预处理步骤任选地包括用抗人IgG(例如,抗人 IgG IgG)、抗人IgM(例如,抗人IgM IgG)或抗人IgG和抗人IgM(例如,抗人IgG IgG和抗人IgM IgG)处理。
在上文方法的其他方面,将至少一种类型的第一特异性结合配偶体固定在固体支持物上。在其他方面,将至少一种类型的第二特异性结合配偶体固定在固体支持物上。在其他方面,将至少一种类型的第一特异性结合配偶体和至少一种类型的第二特异性结合配偶体固定在不同的固体支持物上。在其他方面,将至少一种类型的第一特异性结合配偶体和至少一种类型的第二特异性结合配偶体固定在相同的固体支持物上。
在上文方法的其他方面,所述方法在少于约20分钟内进行。在一些方面,上文方法在少于约5分钟内进行。在一些方面,上文方法在少于约10分钟内进行。在其他方面,上文方法在少于约20分钟内进行。在其他方面,上文方法在约1分钟至约20分钟内进行。在一些方面,所述方法在约5分钟至约20分钟内进行。在一些方面,所述方法在约15分钟内进行。
在其他方面,所述方法选自由免疫测定或临床化学测定组成的组。在其他方面,所述方法使用单分子检测、侧向流测定或定点照护测定。在一些方面,所述方法使用免疫测定进行。在其他方面,所述方法使用临床化学测定进行。在其他方面,所述方法使用单分子检测进行。在其他方面,所述方法使用侧向流测定进行。在其他方面,所述方法使用定点照护测定进行。
在其他方面,上文方法还包括与至少一种校准试剂、至少一种对照试剂或至少一种校准试剂和至少一种对照试剂一起使用。上文方法的一些方面还包括将具有一种或多种抗β-冠状病毒IgG和/或抗β-冠状病毒IgM抗体的受试者识别为提供在对β-冠状病毒的恢复期疗法中使用的生物样品的候选受试者。在此方面,如果一种或多种抗β-冠状病毒IgG和/或抗β-冠状病毒IgM抗体的水平为至少约100BAU/mL至约490BAU/mL、至少约110BAU/mL至约490BAU/mL、至少约200BAU/mL至约490BAU/mL、至少约300BAU mL至约490BAU/mL、至少约400BAU mL至约490BAU/mL、至少约100BAU/mL、至少约110BAU/mL、至少约120BAU/mL、至少约130BAU/mL、至少约140BAU/mL、至少约 150BAU/mL、至少约160BAU/mL、至少约170BAU/mL、至少约180BAU/mL、至少约190BAU/mL、至少约200BAU/mL、至少约210BAU/mL、至少约 220BAU/mL、至少约230BAU/mL、至少约240BAU/mL、至少约250BAU/mL、至少约260BAU/mL、至少约270BAU/mL、至少约280BAU/mL、至少约 290BAU/mL、至少约300BAU/mL、至少约300BAU/mL、至少约310BAU/mL、至少约320BAU/mL、至少约330BAU/mL、至少约340BAU/mL、至少约 350BAU/mL、至少约360BAU/mL、至少约370BAU/mL、至少约380BAU/mL、至少约390BAU/mL、至少约400BAU/mL、至少约400BAU/mL、至少约 410BAU/mL、至少约420BAU/mL、至少约430BAU/mL、至少约440BAU/mL、至少约450BAU/mL、至少约460BAU/mL、至少约470BAU/mL、至少约 480BAU/mL或至少约490BAU/mL,则将受试者识别为提供在恢复期疗法中使用的生物样品的候选者。
上文方法的其他方面还包括将具有一种或多种抗β-冠状病毒IgG和/或抗β- 冠状病毒IgM抗体的受试者识别为提供在对β-冠状病毒的恢复期疗法中使用的生物样品的候选受试者。在此方面,如果一种或多种抗β-冠状病毒IgG和/或抗β-冠状病毒IgM抗体的水平为至少约500BAU/mL至约650BAU/mL、至少约 550BAU/mL至约650BAU/mL、至少约500BAU/mL、至少约510BAU/mL、至少约520BAU/mL、至少约530BAU/mL、至少约540BAU/mL、至少约550BAU/mL至约650BAU/mL、至少约550BAU/mL、至少约560BAU/mL、至少约 570BAU/mL、至少约580BAU/mL、至少约590BAU/mL、至少约600BAU/mL、至少约610BAU/mL、至少约620BAU/mL、至少约630BAU/mL、至少约 639BAU/mL、至少约640BAU/mL或至少约650BAU/mL,则受试者识别为提供在恢复期疗法中使用的生物样品的候选者。
在其他方面,在上文方法中,受试者:(1)是初试的并且先前未接种 SARS-CoV-2疫苗;(2)是初试的(初试受试者为先前尚未暴露于SARS-CoV-2 抗原的受试者)并且先前接种过SARS-CoV-2疫苗;(3)目前感染SARS-CoV-2 并且先前未接种SARS-CoV-2疫苗;(4)目前感染SARS-CoV-2并且先前接种过 SARS-CoV-2疫苗;(5)先前感染过SARS-CoV-2,已恢复,并且先前未接种 SARS-CoV-2疫苗;或(6)先前感染过SARS-CoV-2,已恢复,并且然后接种过SARS-CoV-2疫苗。
在其他方面,上文方法执行为:基于检测样品中至少一种类型的抗 SARS-CoV-2抗体的存在,(a)确定受试者是否可以接种目前的SARS-CoV-2疫苗;或(b)在目前的疫苗或先前疫苗接种之后监测受试者(例如,可以监测受试者的一种或多种疫苗后症状或副作用,诸如疲劳或乏力;头痛、头晕或头昏眼花;发热或发冷;肌肉、骨、关节或神经症状;恶心、呕吐、腹泻或其他消化道症状;睡眠变化;淋巴结肿大;皮肤/指甲或面部变化;眼睛、耳朵、嘴巴或喉咙变化;咳嗽;胸部或呼吸症状;和/或记忆或情绪变化中的一种或多种)。更进一步,在此方面,进行所述方法,无论先前感染SARS-CoV-2的时间和/或严重程度如何变化。
在其他方面,上文方法包括确定目前的SARS-CoV-2疫苗:
(a)当在所述生物样品中未检测出抗SARS-CoV-2抗体、抗SARS-CoV-2 IgG 中和抗体或足以影响免疫力的量的抗SARS-CoV-2 IgG抗体或抗SARS-CoV-2 IgG中和抗体时,可施用于所述受试者;和/或
(b)当在所述生物样品中检测出足以影响免疫力的量的抗SARS-CoV-2抗体或抗SARS-CoV-2 IgG中和抗体时,不应施用于所述受试者。
在其他方面,所述方法包括在所述受试者接受所述目前的SARS-CoV-2疫苗或先前疫苗接种之后至少一天、至少2天、至少3天、至少4天、至少5天、至少6天、至少7天、至少8天、至少9天、至少10天、至少11天、至少12 天、至少13天、至少14天、至少15天、至少16天、至少17天、至少18天、至少19天、至少20天、至少21天、至少22天、至少23天、至少24天、至少25天、至少26天、至少27天、至少28天、至少29天、至少30天、至少 31天、至少32天、至少33天、至少34天、至少35天、至少36天、至少37 天、至少38天、至少39天、至少40天、至少41天、至少42天、至少43天、至少44天、至少45天、至少46天、至少47天、至少48天、至少49天或至少50天的时间框内获得所述生物样品。
在其他方面,在受试者接受目前的疫苗或先前疫苗接种之后约7至约21天内获得生物样品。
在其他方面,上文方法包括确定至少一种另外的SARS-CoV-2疫苗:
(a)当在获自所述受试者的所述生物样品中未检测出抗SARS-CoV-2抗体、抗SARS-CoV-2 IgG中和抗体和/或足以影响免疫力的量的抗SARS-CoV-2 IgG抗体或抗SARS-CoV-2IgG中和抗体时,可在所述目前的疫苗之后施用于所述受试者;或
(b)当在获自所述受试者的所述生物样品中检测出足以影响免疫力的量的抗SARS-CoV-2抗体或抗SARS-CoV-2 IgG中和抗体时,不应在所述目前的疫苗之后施用于所述受试者。
如上文方法中所用,足以影响免疫力的抗SARS-CoV-2抗体或抗 SARS-CoV-2 IgG中和抗体的量为至少约100BAU/mL至约490BAU/mL、至少约 110BAU/mL至约490BAU/mL、至少约200BAU/mL至约490BAU/mL、至少约 300BAU mL至约490BAU/mL、至少约400BAU mL至约490BAU/mL、至少约 100BAU/mL、至少约110BAU/mL、至少约120BAU/mL、至少约130BAU/mL、至少约140BAU/mL、至少约150BAU/mL、至少约160BAU/mL、至少约 170BAU/mL、至少约180BAU/mL、至少约190BAU/mL、至少约200BAU/mL、至少约210BAU/mL、至少约220BAU/mL、至少约230BAU/mL、至少约 240BAU/mL、至少约250BAU/mL、至少约260BAU/mL、至少约270BAU/mL、至少约280BAU/mL、至少约290BAU/mL、至少约300BAU/mL、至少约 300BAU/mL、至少约310BAU/mL、至少约320BAU/mL、至少约330BAU/mL、至少约340BAU/mL、至少约350BAU/mL、至少约360BAU/mL、至少约370BAU/mL、至少约380BAU/mL、至少约390BAU/mL、至少约400BAU/mL、至少约400BAU/mL、至少约410BAU/mL、至少约420BAU/mL、至少约 430BAU/mL、至少约440BAU/mL、至少约450BAU/mL、至少约460BAU/mL、至少约470BAU/mL、至少约480BAU/mL或至少约490BAU/mL。
在其他方面,在上文方法中,足以影响免疫力的抗SARS-CoV-2抗体或抗 SARS-CoV-2 IgG中和抗体的量为至少约500BAU/mL至约650BAU/mL、至少约 550BAU/mL至约650BAU/mL、至少约500BAU/mL、至少约510BAU/mL、至少约520BAU/mL、至少约530BAU/mL、至少约540BAU/mL、至少约550BAU/mL 至约650BAU/mL、至少约550BAU/mL、至少约560BAU/mL、至少约 570BAU/mL、至少约580BAU/mL、至少约590BAU/mL、至少约600BAU/mL、至少约610BAU/mL、至少约620BAU/mL、至少约630BAU/mL、至少约639BAU/mL、至少约640BAU/mL或至少约650BAU/mL。
如在上文方法中所用,短语“至少一种另外的疫苗”涵盖这样的情况,其中将第一或目前的疫苗施用于受试者,随后(在某个较晚的时间段)施用额外的或另外的至少一种疫苗(例如,N+1(其中N为第一或目前的疫苗加额外的或另外的疫苗)、N+2(其中N为第一或目前的疫苗加额外的或另外的两种疫苗)、 N+3、N+4、N+5、N+6、N+7、N+8、N+9、N+10至N+N'(其中N'为1至1000、 1至500、1至100中的整数))。
在其他方面,抗SARS-CoV-2中和抗体为抗SARS-CoV-2 IgG抗体,其为抗核衣壳(N)抗体、抗刺突抗体或其任何组合。
在其他方面,上文方法包括:(a)监测受试者的抗β-冠状病毒,任选地, SARS-CoV-2、IgG和/或IgM抗体;(b)治疗受试者的β-冠状病毒,任选地, SARS-CoV-2;(c)监测受试者的抗β-冠状病毒,任选地,SARS-CoV-2、IgG和/ 或IgM抗体,以及治疗受试者的β-冠状病毒,任选地,SARS-CoV-2;或(d)治疗受试者的β-冠状病毒,任选地,SARS-CoV-2,以及监测受试者的抗β-冠状病毒,任选地,抗SARS-CoV-2、IgG和/或IgM抗体。
在其他方面,上文方法可用于自动化系统或半自动化系统。
在另一方面,本公开涉及一种预测感染或曾经感染SARS-CoV-2的受试者的结果的方法。这种方法包括以下步骤:
a)在SARS-CoV-2感染的症状发作之后前十天内,检测获自受试者的至少一种生物样品中的抗SARS-CoV-2 IgG抗体;
b)在SARS-CoV-2感染的症状发作之后的前十天内,检测获自受试者的至少一种生物样品中的抗SARS-CoV-2 IgM抗体;
c)确定在a)和b)中检测出的抗SARS-CoV-2 IgG或抗SARS-CoV-2 IgM抗体中哪一种首先出现在受试者体内;
d)如果抗SARS-CoV-2 IgG抗体在抗SARS-CoV-2 IgM抗体出现之前首先出现在受试者体内,则预测受试者更有可能具有不利的结果;以及
e)如果抗SARS-CoV-2 IgG抗体在抗SARS-CoV-2 IgM抗体出现的同时或之后出现在受试者体内,则预测受试者更有可能具有有利的结果。
在上文方法的一些方面,受试者因SARS-CoV-2的症状而住院。
在上文方法的一些方面,(i)在同一生物样品中检测所述抗SARS-CoV-2 IgG 抗体和所述一种抗SARS-CoV-2 IgM抗体;或(ii)在不同的生物样品中检测所述抗SARS-CoV-2IgG抗体和所述抗SARS-CoV-2 IgM抗体。在上文方法的其他方面,所述抗SARS-2 IgG抗体和所述抗SARS-CoV-2 IgM抗体(i)在症状发作之后的所述前十天内的同一天检测;(ii)在症状发作之后的所述前十天内的不同天检测。
在上文方法的其他方面,所述抗SARS-CoV-2 IgG抗体在症状发作之后的第一天内、在症状发作之后的第二天内、在症状发作之后的第三天内、在症状发作之后的第四天内、在症状发作之后的第五天内、在症状发作之后的第六天内、在症状发作之后的第七天内、在症状发作之后的第八天内或在症状发作之后的第九天内在获自受试者的至少一种生物样品中进行检测。
在上文方法的其他方面,所述抗SARS-CoV-2 IgM抗体在症状发作之后的第一天内、在症状发作之后的第二天内、在症状发作之后的第三天内、在感染的第四天内、在症状发作之后的第五天内、在症状发作之后的第六天内、在症状发作之后的第七天内、在症状发作之后的第八天内或在症状发作之后的第九天内在获自受试者的至少一种生物样品中进行检测。
在其他方面,不利的结果为死亡。在其他方面,有利的结果为存活,特别是对于住院的受试者而言。在其他方面,所述方法选自由免疫测定或临床化学测定组成的组。在其他方面,所述方法使用单分子检测、侧向流测定或定点照护测定。在一些方面,所述方法使用免疫测定进行。在其他方面,所述方法使用临床化学测定进行。在其他方面,所述方法使用单分子检测进行。在其他方面,所述方法使用侧向流测定进行。在其他方面,所述方法使用定点照护测定进行。
在另一方面,本公开涉及一种确定受试者的SARS-CoV-2免疫状态的方法。所述方法涉及以下步骤:
a)确定获自受试者的至少一种生物样品中至少一种抗SARS-CoV-2 IgG抗体和/或抗SARS-CoV-2 IgG中和抗体的量;以及
b)确定受试者的SARS-CoV-2免疫状态,其中当抗SARS-CoV-2 IgG抗体和 /或抗SARS-CoV-2 IgG中和抗体为(a)至少约550BAU/mL至约650BAU/mL;或 (b)至少约100BAU/mL至约490BAU/mL时,确定受试者对SARS-CoV-2具有免疫力,其中进行所述方法而不考虑(a)受试者的SARS-CoV-2的先前感染和/或疫苗接种史,或(b)是否知道受试者的SARS-CoV-2的先前感染和/或疫苗接种史。
在上文方法的一些方面,受试者先前未感染SARS-CoV-2。在上文方法的其他方面,受试者先前感染过SARS-CoV-2。在上文方法的其他方面,受试者先前未接种SARS-CoV-2疫苗。在上文方法的其他方面,受试者先前接种过 SARS-CoV-2疫苗。
在上文方法的一些方面,受试者的免疫状态为受试者对SARS-CoV-2具有免疫力。在上文方法的其他方面,受试者的免疫状态为受试者对SARS-CoV-2 没有免疫力。在其他方面,所述方法选自由免疫测定或临床化学测定组成的组。在其他方面,所述方法使用单分子检测、侧向流测定或定点照护测定。在一些方面,所述方法使用免疫测定进行。在其他方面,所述方法使用临床化学测定进行。在其他方面,所述方法使用单分子检测进行。在其他方面,所述方法使用侧向流测定进行。在其他方面,所述方法使用定点照护测定进行。
在其他方面,上文方法用于自动化系统或半自动化系统。
在另一方面,本公开涉及一种预测感染或曾经感染SARS-CoV-2的受试者的结果的方法。所述方法包括以下步骤:
a)在SARS-CoV-2的症状发作之后至少十天,从对获自受试者的至少一种生物样品中的至少一种抗SARS-CoV-2 IgM抗体的测定,获得信号-校准物比率(S/CO);以及
b)如果在生物样品中确定的抗SARS-CoV-2 IgM抗体的S/CO比等于或大于约10S/CO,则预测受试者较有可能具有不利结果。
在上文方法中,受试者因SARS-CoV-2的症状而住院。
在其他方面,所述方法选自由免疫测定或临床化学测定组成的组。在其他方面,所述方法使用单分子检测、侧向流测定或定点照护测定。在一些方面,所述方法使用免疫测定进行。在其他方面,所述方法使用临床化学测定进行。在其他方面,所述方法使用单分子检测进行。在其他方面,所述方法使用侧向流测定进行。在其他方面,所述方法使用定点照护测定进行。在其他方面,上文方法用于自动化系统或半自动化系统。
另外,本公开涉及一种试剂盒,其用于进行上文方法。这种试剂盒可包括:
a.至少一种类型的第一特异性结合配偶体,其包含至少一种β-冠状病毒分离多肽或其变体,选自来自β-冠状病毒的核衣壳蛋白的C末端结构域、刺突蛋白的受体结合结构域(RBD)或核衣壳蛋白的C末端结构域和刺突蛋白的受体结合结构域;和
b.至少一种类型的第二特异性结合配偶体,其包含至少一个可检测标记。
在上文试剂盒中,所述至少一种类型的第一特异性结合配偶体为核衣壳蛋白或其变体的C末端结构域,其(1)具有SEQ ID NO:1的氨基酸序列;(2)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQNQ(SEQ ID NO:21)、 RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST(SEQ IDNO:23)和SEQ ID NO:2的氨基酸211至419;(3)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQSNQ (SEQ ID NO:22)、RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST(SEQ ID NO:23)和SEQID NO:2的氨基酸211至419;或(4)具有SEQ ID NO:2的氨基酸210至419的氨基酸序列。在一些方面,核衣壳蛋白的变体包含:(i)在SEQ ID NO:2的氨基酸 210至419内的位置235处用苯丙氨酸替代丝氨酸(S235F)的氨基酸取代;或(ii) SEQ ID NO:24。
替代地,在上文试剂盒中,至少一种类型的第一特异性结合配偶体为刺突蛋白的受体结合结构域(RBD),其具有SEQ ID NO:15或SEQ ID NO:17的氨基酸319至542的氨基酸序列。在一些方面,刺突蛋白的RBD的变体在SEQ ID NO:15或25的氨基酸319至542内包含一个或多个氨基取代:在位置417处用天冬酰胺替代赖氨酸;在位置484处用赖氨酸替代谷氨酸;和/或在位置501处用酪氨酸替代天冬酰胺。
在其他方面,试剂盒可包括:
a.至少一种类型的第一特异性结合配偶体,其包含至少一种β-冠状病毒分离多肽或其变体,选自核衣壳蛋白的C末端结构域;
b.至少一种类型的第二特异性结合配偶体,其包含刺突蛋白的受体结合 (RBD)结构域;和
c.至少一种类型的第三特异性结合配偶体,其包含至少一个可检测标记。任选地,在一些方面,试剂盒可含有至少一种类型的第四特异性结合配偶体,其包含可检测标记。
在上文试剂盒中,所述至少一种类型的第一特异性结合配偶体包含核衣壳蛋白或其变体的C末端结构域,其(1)具有SEQ ID NO:1的氨基酸序列;(2)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQNQ(SEQ ID NO:21)、 RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST(SEQID NO:23)和SEQ ID NO:2的氨基酸211至419;(3)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQSNQ (SEQ ID NO:22)、RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST(SEQ ID NO:23)和SEQ ID NO:2的氨基酸211至419;或(4)具有SEQ ID NO:2的氨基酸210至419的氨基酸序列,并且至少一种第二特异性结合配偶体包含SARS-CoV-2的刺突蛋白或其变体的受体结合结构域(例如,SEQ ID NO:15或SEQ ID NO:17的氨基酸 319至542)。在一些方面,核衣壳蛋白的变体包含:(i)在SEQ ID NO:2的氨基酸210至419内的位置235处用苯丙氨酸替代丝氨酸(S235F)的氨基酸取代;或 (ii)SEQ ID NO:24。在一些方面,刺突蛋白的RBD的变体在SEQID NO:15或 25的氨基酸319至542内包含一个或多个氨基取代:在位置417处用天冬酰胺替代赖氨酸;在位置484处用赖氨酸替代谷氨酸;和/或在位置501处用酪氨酸替代天冬酰胺。
另外,在一些方面,试剂盒可还包括至少一种校准试剂、至少一种对照试剂或至少一种校准试剂和至少一种对照试剂或被配置为与其一起使用。
在一些其他方面,试剂盒可还包括至少一个固体支持物。在一些其他方面,试剂盒可还包括至少两个固体支持物。
在其他方面,试剂盒包括至少一种预处理试剂或可被配置为与其一起使用。
在一些方面,在上文试剂盒中,分离多肽为融合多肽。
在其他方面,试剂盒中的分离多肽的长度为约5、6、7、8、9、10、11、12、 13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、 30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、 47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、 81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、 98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、 113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、 127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、 141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、 155、156、157、158、159、160、161、162、163、164、165、166、167、168、 169、170、171、172、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、 183、184、185、186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、196、 197、198、199、200、201、202、203、204、205、206、207、208、209、210、 211、212、213、214、215、216、217、218、219、220、221、222、223、224、 225、226、227、228、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、 239、240、241、242、243、244、245、246、247、248、249、250、251、252、 253、254、255、256、257、258、259、260、261、262、263、264、265、266、 267、268、269、270、272、272、273、274、275、276、277、278、279、280、 281、282、283、284、285、286、287、288、289、290、291、292、293、294、 295、296、297、298、299、300、301、302、303、304、305、306、307、308、 309、310、311、312、313、314、315、316、317、318、319、320、321、322、 323、324、325、326、327、328、329、330、331、332、333、334、335、336、 337、338、339、340、341、342、343、344、345、346、347、348、349、350、351、352、353、354、355、356、357、358、359、360、361、362、363、364、 365、366、367、368、369、370、371、372、373、374、375、376、377、378、 379、380、381、382、383、384、385、386、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、400、401、402、403、404、405、406、 407、408、409、410、411、412、413、414、415、416、417、418、419、420、 421、422、423、424、425、426、427、428、429、430、431、432、433、434、 435、436、437、438、439、440、441、442、443、444、445、446、447、448、449、450、451、452、453、454、455、456、457、458、459、460、461、462、 463、464、465、466、467、468、469、470、471、472、473、474、475、476、 477、478、479、480、481、482、483、484、485、486、487、488、489、490、 491、492、493、494、495、496、497、498、499、500、501、502、503、504、505、506、507、508、509、510、511、512、513、514、515、516、517、518、 519、520、521、522、523、524、525、526、527、528、529、530、531、532、 533、534、535、536、537、538、539、540、541、542、543、544、545、546、 547、548、549、550、551、552、553、554、555、556、557、558、559、560、561、562、563、564、565、566、567、568、569、570、571、572、573、574、 575、576、577、578、579、580、581、582、583、584、585、586、587、588、 589、590、591、592、593、594、595、596、597、598、599、600、601、602、 603、604、605、606、607、608、609、610、611、612、613、614、615、616、617、618、619、620、621、622、623、624、625、626、627、628、629、630、 631、632、633、634、635、636、637、638、639、640、641、642、643、644、 645、646、647、648、649、650、651、652、653、654、655、656、657、658、 659、660、661、662、663、664、665、666、667、668、669、670、671、672、673、674、675、676、677、678、679、680、681、682、683、684、685、686、 687、688、689、690、691、692、693、694、695、696、697、698、699、700、 701、702、703、704、705、706、707、708、709、710、711、712、713、714、 715、716、717、718、719、720、721、722、723、724、725、726、727、728、729、730、731、732、733、734、735、736、737、738、739、740、741、742、 743、744、745、746、747、748、749、750、751、752、753、754、755、756、 757、758、759、760、761、762、763、764、765、766、767、768、769、770、771、772、773、774、775、776、777、778、779、780、781、782、783、784、 785、786、787、788、789、790、791、792、793、794、795、796、797、798、 799、800、801、802、803、804、805、806、807、808、809、810、811、812、 813、814、815、816、817、818、819、820、821、822、823、824、825、826、 827、828、829、830、831、832、833、834、835、836、837、838、839、840、 841、842、843、844、845、846、847、848、849、850、851、852、853、854、 855、856、857、858、859、860、861、862、863、864、865、866、867、868、 869、870、871、872、873、874、875、876、877、878、879、880、881、882、 883、884、885、886、887、888、889、890、891、892、893、894、895、896、 897、898、899、900、901、902、903、904、905、906、907、908、909、910、 911、912、913、914、915、916、917、918、919、920、921、922、923、924、 925、926、927、928、929、930、931、932、933、934、935、936、937、938、 939、940、941、942、943、944、945、946、947、948、949、950、951、952、 953、954、955、956、957、958、959、960、961、962、963、964、965、966、 967、968、969、970、971、972、973、974、975、976、977、978、979、980、 981、982、983、984、985、986、987、988、989、990、991、992、993、994、 995、996、997、998、999、1000、1001、1002、1003、1004、1005、1006、1007、1008、1009、1010、1011、1012、1013、1014、1015、1016、1017、1018、1019、 1020、1021、1022、1023、1024、1025、1026、1027、1028、1029、1030、1031、 1032、1033、1034、1035、1036、1037、1038、1039、1040、1041、1042、1043、 1044、1045、1046、1047、1048、1049、1050、1051、1052、1053、1054、1055、 1056、1057、1058、1059、1060、1061、1062、1063、1064、1065、1066、1067、1068、1069、1070、1071、1072、1073、1074、1075、1076、1077、1078、1079、 1080、1081、1082、1083、1084、1085、1086、1087、1088、1089、1090、1091、 1092、1093、1094、1095、1096、1097、1098、1099、1100、1101、1102、1103、 1104、1105、1106、1107、1108、1109、1110、1111、1112、1113、1114、1115、 1116、1117、1118、1119、1120、1121、1122、1123、1124、1125、1126、1127、1128、1129、1130、1131、1132、1133、1134、1135、1136、1137、1138、1139、 1140、1141、1142、1143、1144、1145、1146、1147、1148、1149、1150、1151、 1152、1153、1154、1155、1156、1157、1158、1159、1160、1161、1162、1163、1164、1165、1166、1167、1168、1169、1170、1171、1172、1173、1174、1175、 1176、1177、1178、1179、1180、1181、1182、1183、1184、1185、1186、1187、1188、1189、1190、1191、1192、1193、1194、1195、1196、1197、1198、1199、 1200、1201、1202、1203、1204、1205、1206、1207、1208、1209、1210、1211、 1212、1213、1214、1215、1216、1217、1218、1219、1220、1221、1222、1223、 1224、1225、1226、1227、1228、1229、1230、1231、1232、1233、1234、1235、 1236、1237、1238、1239、1240、1241、1242、1243、1244、1245、1246、1247、1248、1249、1250、1251、1252、1253、1254、1255、1256、1257、1258、1259、 1260、1261、1262、1263、1264、1265、1266、1267、1268、1269、1270、1272、 1272、1273、1274、1275、1276、1277、1278、1279、1280、1281、1282、1283、 1284、1285、1286、1287、1288、1289、1290、1291、1292、1293、1294、1295、 1296、1297、1298、1299、1300、1301、1302、1303、1304、1305、1306、1307、1308、1309、1310、1311、1312、1313、1314、1315、1316、1317、1318、1319、 1320、1321、1322、1323、1324、1325、1326、1327、1328、1329、1330、1331、 1332、1333、1334、1335、1336、1337、1338、1339、1340、1341、1342、1343、 1344、1345、1346、1347、1348、1349、1350、1351、1352、1353、1354、1355、 1356、1357、1358、1359、1360、1361、1362、1363、1364、1365、1366、1367、1368、1369、1370、1371、1372、1373、1374、1375、1376、1377、1378、1379、 1380、1381、1382、1383、1384、1385、1386、1387、1388、1389、1390、1391、 1392、1393、1394、1395、1396、1397、1398、1399、1400、1401、1402、1403、 1404、1405、1406、1407、1408、1409、1410、1411、1412、1413、1414、1415、 1416、1417、1418、1419、1420、1421、1422、1423、1424、1425、1426、1427、1428、1429、1430、1431、1432、1433、1434、1435、1436、1437、1438、1439、 1440、1441、1442、1443、1444、1445、1446、1447、1448、1449、1450、1451、 1452、1453、1454、1455、1456、1457、1458、1459、1460、1461、1462、1463、 1464、1465、1466、1467、1468、1469、1470、1471、1472、1473、1474、1475、 1476、1477、1478、1479、1480、1481、1482、1483、1484、1485、1486、1487、1488、1489、1490、1491、1492、1493、1494、1495、1496、1497、1498、1499 或1500个氨基酸。
在其他方面,试剂盒中的分离多肽包含核衣壳蛋白的C末端结构域,所述多肽的长度为约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、 20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、 37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、 54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、 71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、 88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、 118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、 132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、 146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、 174、175、176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、 188、189、190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、 202、203、204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、217、218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、 230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、 244、245、246、247、248、249、250、251、252、253、254、255、256、257、 258、259、260、261、262、263、264、265、266、267、268、269、270、272、272、273、274、275、276、277、278、279、280、281、282、283、284、285、 286、287、288、289、290、291、292、293、294、295、296、297、298、299、 300、301、302、303、304、305、306、307、308、309、310、311、312、313、 314、315、316、317、318、319、320、321、322、323、324、325、326、327、328、329、330、331、332、333、334、335、336、337、338、339、340、341、 342、343、344、345、346、347、348、349、350、351、352、353、354、355、 356、357、358、359、360、361、362、363、364、365、366、367、368、369、 370、371、372、373、374、375、376、377、378、379、380、381、382、383、384、385、386、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、 398、399、400、401、402、403、404或405个氨基酸。
在其他方面,试剂盒中的分离多肽为核衣壳蛋白的C末端结构域,所述多肽的长度为约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、 38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、 55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、 72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、 89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、 105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、 119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、 133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、 147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、 161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、 175、176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、 189、190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、 203、204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、 217、218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、230、 231、232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、 245、246、247、248、249或250个氨基酸。
在其他方面,试剂盒中的分离多肽是刺突蛋白的受体结合结构域(RBD),所述多肽的长度为约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、 20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、 37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、 54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、 71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、 88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、 118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、 132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、 146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、 160、161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、 174、175、176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、 188、189、190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、 216、217、218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、 230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、 244、245、246、247、248、249、250、251、252、253、254、255、256、257、 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1168、1169、1170、1171、1172、1173、1174、1175、1176、1177、1178、1179、1180、1181、1182、1183、1184、1185、1186、1187、1188、1189、1190、1191、 1192、1193、1194、1195、1196、1197、1198、1199、1200、1201、1202、1203、 1204、1205、1206、1207、1208、1209、1210、1211、1212、1213、1214、1215、 1216、1217、1218、1219、1220、1221、1222、1223、1224、1225、1226、1227、 1228、1229、1230、1231、1232、1233、1234、1235、1236、1237、1238、1239、1240、1241、1242、1243、1244、1245、1246、1247、1248、1249、1250、1251、 1252、1253、1254、1255、1256、1257、1258、1259、1260、1261、1262、1263、 1264、1265、1266、1267、1268、1269、1270、1272、1272、1273、1274、1275、 1276、1277、1278、1279、1280、1281、1282、1283、1284、1285、1286、1287、 1288、1289、1290、1291、1292、1293、1294、1295、1296、1297、1298、1299、1300、1301、1302、1303、1304、1305、1306、1307、1308、1309、1310、1311、 1312、1313、1314、1315、1316、1317、1318、1319、1320、1321、1322、1323、 1324、1325、1326、1327、1328、1329、1330、1331、1332、1333、1334、1335、 1336、1337、1338、1339、1340、1341、1342、1343、1344、1345、1346、1347、 1348、1349、1350、1351、1352、1353、1354、1355、1356、1357、1358、1359、1360、1361、1362、1363、1364、1365、1366、1367、1368、1369、1370、1371、 1372、1373、1374、1375、1376、1377、1378、1379、1380、1381、1382、1383、 1384、1385、1386、1387、1388、1389、1390、1391、1392、1393、1394、1395、1396、1397、1398、1399、1400、1401、1402、1403、1404、1405、1406、1407、 1408、1409、1410、1411、1412、1413、1414、1415、1416、1417、1418、1419、1420、1421、1422、1423、1424、1425、1426、1427、1428、1429、1430、1431、 1432、1433、1434、1435、1436、1437、1438、1439、1440、1441、1442、1443、 1444、1445、1446、1447、1448、1449、1450、1451、1452、1453、1454、1455、 1456、1457、1458、1459、1460、1461、1462、1463、1464、1465、1466、1467、 1468、1469、1470、1471、1472、1473、1474、1475、1476、1477、1478、1479、1480、1481、1482、1483、1484、1485、1486、1487、1488、1489、1490、1491、 1492、1493、1494、1495、1496、1497、1498、1499或1500个氨基酸。
在其他方面,试剂盒含有至少一种第二、第三、第四或第五类型的特异性结合配偶体,其为抗人IgG IgG抗体、抗人IgM IgG抗体或抗人IgG IgG抗体和抗人IgM IgG抗体。例如,在一些方面,试剂盒含有至少一种类型的第二特异性结合配偶体,其为抗人IgG IgG抗体、抗人IgM IgG抗体或抗人IgG IgG抗体和抗人IgM IgG抗体。例如,在其他方面,试剂盒含有:至少一种类型的第三特异性结合配偶体,其为抗人IgG IgG抗体;和至少一种类型的第四特异性结合配偶体,其为抗人IgM IgG抗体。
在其他方面,试剂盒可适用于自动化或半自动化系统。
本公开还涉及一种系统,其用于检测获自受试者的生物样品中的抗β-冠状病毒抗体。这种系统可包括:
至少一种类型的第一特异性结合配偶体,其包含至少一种β-冠状病毒分离多肽或其变体,选自β-冠状病毒的核衣壳蛋白的C末端结构域、刺突蛋白的受体结合结构域(RBD)或核衣壳蛋白的C末端结构域和刺突蛋白的受体结合结构域,所述第一特异性结合配偶体特异性结合至少一种抗β-冠状病毒抗体,和至少一种类型的第二特异性结合配偶体,所述第二特异性结合配偶体包含至少一种可检测标记;和
至少一个用于检测复合物的至少一个标记的装置,其中标记的信号的量指示样品中抗β-冠状病毒抗体的存在或其量。
在一些方面,所述系统包括基于从复合物检测的至少一个标记的量,确定至少一种类型的抗β-冠状病毒(诸如抗SARS-CoV或抗SARS-CoV-2)抗体的量、水平和/或浓度。在其他方面,抗SARS-CoV-2抗体的量、水平和/或浓度在系统中确定。例如,在其他方面,抗SARS-CoV-2 IgG抗体的量、水平和/或浓度在系统中确定。
在一些方面,所述至少一种类型的第一特异性结合配偶体为核衣壳蛋白或其变体的C末端结构域,其(1)具有SEQ ID NO:1的氨基酸序列;(2)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQNQ(SEQ ID NO:21)、RSAPRITFG (SEQ ID NO:7)、GPTDST(SEQ ID NO:23)和SEQ ID NO:2的氨基酸211至419; (3)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQSNQ(SEQ ID NO:22)、 RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST(SEQ ID NO:23)和SEQ IDNO:2的氨基酸211至419;或(4)具有SEQ ID NO:2的氨基酸210至419的氨基酸序列。在一些方面,核衣壳蛋白的变体包含:(i)在SEQ ID NO:2的氨基酸210至419内的位置235处用苯丙氨酸替代丝氨酸(S235F)的氨基酸取代;或(ii)SEQ ID NO:24。在这些方面,至少一种类型的第一特异性结合配偶体结合(a)抗β-冠状病毒IgG抗体或(b)抗β-冠状病毒IgM抗体。在其他方面,至少一种类型的第一特异性结合配偶体为SARS-CoV-2的刺突蛋白或其变体的受体结合结构域(例如,SEQ ID NO:15或SEQ ID NO:17的氨基酸319至542)。在一些方面,刺突蛋白的RBD的变体在SEQ ID NO:15或25的氨基酸319至542内包含一个或多个氨基取代:在位置417处用天冬酰胺替代赖氨酸;在位置484处用赖氨酸替代谷氨酸;和/或在位置501处用酪氨酸替代天冬酰胺。
在其他方面,用于检测获自受试者的生物样品中的至少一种类型的抗β-冠状病毒抗体的系统可包括:
至少一种类型的第一特异性结合配偶体,其包含来自核衣壳蛋白的C末端结构域的至少一种β-冠状病毒分离多肽或其变体;至少一种类型的第二特异性结合配偶体,其包含来自刺突蛋白的受体结合结构域的至少一种β-冠状病毒分离多肽或其变体;和至少一种类型的第三特异性结合配偶体,其包含至少一种可检测标记;和
至少一种类型的设备,其用于检测复合物的至少一个标记。任选地,在一些方面,系统可包括至少一种类型的第四特异性结合配偶体,其包含至少一种可检测标记。
在一些方面,所述至少一种类型的第一特异性结合配偶体为核衣壳蛋白或其变体的C末端结构域,其(1)具有SEQ ID NO:1的氨基酸序列;(2)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQNQ(SEQ ID NO:21)、RSAPRITFG (SEQ ID NO:7)、GPTDST(SEQ ID NO:23)和SEQ ID NO:2的氨基酸211至419; (3)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQSNQ(SEQ ID NO:22)、 RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST(SEQ ID NO:23)和SEQ IDNO:2的氨基酸211至419;或(4)具有SEQ ID NO:2的氨基酸210至419的氨基酸序列,并且至少一种类型的第二特异性结合配偶体为SARS-CoV-2的刺突蛋白或其变体的受体结合结构域(RBD)(例如,SEQ ID NO:15或SEQ ID NO:17的氨基酸319 至542)。在一些方面,核衣壳蛋白的变体包含:(i)在SEQ ID NO:2的氨基酸210 至419内的位置235处用苯丙氨酸替代丝氨酸(S235F)的氨基酸取代;或(ii)SEQ ID NO:24。在一些方面,刺突蛋白的RBD的变体在SEQID NO:15或25的氨基酸319至542内包含一个或多个氨基取代:在位置417处用天冬酰胺替代赖氨酸;在位置484处用赖氨酸替代谷氨酸;和/或在位置501处用酪氨酸替代天冬酰胺。
在一些方面,上文系统中检测复合物的标记的设备为自动化的或半自动化的。
在其他方面,上文系统中检测的至少一种类型的抗β-冠状病毒抗体为抗 SARS-CoV抗体或抗SARS-CoV-2抗体。具体地,在其他方面,至少一种类型的抗β-冠状病毒抗体为抗SARS-CoV IgG抗体、抗SARS-CoV IgM抗体、抗 SARS-CoV-2 IgG抗体、抗SARS-CoV-2 IgM抗体或其任何组合。
在另一方面,系统中的至少一种类型的第二特异性结合配偶体为抗人IgG IgG抗体、抗人IgM IgG抗体或抗人IgG IgG和抗人IgM IgG抗体。在另一方面,系统包括:至少一种类型的第三特异性结合配偶体,其为抗人IgG IgG抗体;和至少一种类型的第四特异性结合配偶体,其为抗人IgM IgG抗体。
在其他方面,上文系统还包括基于从至少一种复合物检测的标记的量,确定至少一种类型的抗β-冠状病毒抗体(诸如抗SARS-CoV-2 IgG抗体)的量。在其他方面,系统中所用的至少一种类型的第一特异性结合配偶体为刺突蛋白或其变体的受体结合结构域(RBD),其具有SEQ ID NO:15或SEQ ID NO:17的氨基酸319至542的氨基酸序列并且特异性结合至少一种抗SARS-CoV-2 IgG抗体。在又其他方面,系统中所用的至少一种类型的第二特异性结合配偶体为抗人IgG IgG抗体。
在其他方面,在上文方法中的任一种中,检测或确定的抗SARS-CoV-2抗体与以下特异性结合:
a)核衣壳蛋白的变体,其在SEQ ID NO:2的位置210-419处具有一个或多个取代、缺失或取代和缺失,包括:(1)在氨基酸位置235处用苯丙氨酸替代丝氨酸(S235F);(2)在氨基酸位置234处用异亮氨酸替代甲硫氨酸(M234I);(3)在氨基酸位置373处用天冬酰胺替代赖氨酸(K373N);(4)在氨基酸位置377处用酪氨酸替代天冬氨酸(D377Y);(5)在氨基酸位置376处用苏氨酸替代丙氨酸(A376T);或(6)(1)-(5)的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:2的氨基酸210-419中除(1)-(5) 中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;
b)刺突蛋白的RBD的变体,其在SEQ ID NO:15的位置319-542处具有一个或多个取代、缺失或取代和缺失,包括:(1)在氨基酸位置417处用天冬酰胺替代赖氨酸(K417N);(2)在氨基酸位置417处用苏氨酸替代赖氨酸(K417T);(3)在氨基酸位置452处用精氨酸替代亮氨酸(L452R);(4)在氨基酸位置477处用天冬酰胺替代丝氨酸(S477N);(5)在氨基酸位置484处用赖氨酸替代谷氨酸(E484K); (6)在氨基酸位置501处用酪氨酸替代天冬酰胺(N501Y);或(7)(1)-(6)的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:15的氨基酸319-542中除(1)-(6)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;或
c)SARS-CoV-2病毒的变体,其包含a)和b)的任何组合。
在上文提及的试剂盒中的任一种中,检测或确定的至少一种类型的抗β-冠状病毒抗体为与以下特异性结合的抗SARS-CoV-2抗体:
a)核衣壳蛋白的变体,其在SEQ ID NO:2的位置210-419处具有一个或多个取代、缺失或取代和缺失,包括:(1)在氨基酸位置235处用苯丙氨酸替代丝氨酸(S235F);(2)在氨基酸位置234处用异亮氨酸替代甲硫氨酸(M234I);(3)在氨基酸位置373处用天冬酰胺替代赖氨酸(K373N);(4)在氨基酸位置377处用酪氨酸替代天冬氨酸(D377Y);(5)在氨基酸位置376处用苏氨酸替代丙氨酸(A376T);或(6)(1)-(5)的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:2的氨基酸210-419中除(1)-(5) 中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;
b)刺突蛋白的RBD的变体,其在SEQ ID NO:15的位置319-542处具有一个或多个取代、缺失或取代和缺失,包括:(1)在氨基酸位置417处用天冬酰胺替代赖氨酸(K417N);(2)在氨基酸位置417处用苏氨酸替代赖氨酸(K417T);(3)在氨基酸位置452处用精氨酸替代亮氨酸(L452R);(4)在氨基酸位置477处用天冬酰胺替代丝氨酸(S477N);(5)在氨基酸位置484处用赖氨酸替代谷氨酸(E484K); (6)在氨基酸位置501处用酪氨酸替代天冬酰胺(N501Y);或(7)(1)-(6)的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:15的氨基酸319-542中除(1)-(6)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;或
c)SARS-CoV-2病毒的变体,其包含a)和b)的任何组合。
在上文系统中的任一种中,检测的至少一种类型的抗β-冠状病毒抗体为与以下特异性结合的抗SARS-CoV-2抗体:
a)核衣壳蛋白的变体,其在SEQ ID NO:2的位置210-419处具有一个或多个取代、缺失或取代和缺失,包括:(1)在氨基酸位置235处用苯丙氨酸替代丝氨酸(S235F);(2)在氨基酸位置234处用异亮氨酸替代甲硫氨酸(M234I);(3)在氨基酸位置373处用天冬酰胺替代赖氨酸(K373N);(4)在氨基酸位置377处用酪氨酸替代天冬氨酸(D377Y);(5)在氨基酸位置376处用苏氨酸替代丙氨酸(A376T);或(6)(1)-(5)的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:2的氨基酸210-419中除(1)-(5) 中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;
b)刺突蛋白的RBD的变体,其在SEQ ID NO:15的位置319-542处具有一个或多个取代、缺失或取代和缺失,包括:(1)在氨基酸位置417处用天冬酰胺替代赖氨酸(K417N);(2)在氨基酸位置417处用苏氨酸替代赖氨酸(K417T);(3)在氨基酸位置452处用精氨酸替代亮氨酸(L452R);(4)在氨基酸位置477处用天冬酰胺替代丝氨酸(S477N);(5)在氨基酸位置484处用赖氨酸替代谷氨酸(E484K); (6)在氨基酸位置501处用酪氨酸替代天冬酰胺(N501Y);或(7)(1)-(6)的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:15的氨基酸319-542中除(1)-(6)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;或
c)SARS-CoV-2病毒的变体,其包含a)和b)的任何组合。
本公开还涉及一种检测生物样品中至少一种类型的抗β-冠状病毒抗体的方法的改进,其中所述方法包括检测复合物,所述复合物包含至少一种类型的第一特异性结合配偶体、所述样品抗β-冠状病毒抗体和包含至少一种可检测标记的至少一种类型的第二特异性结合配偶体,其中所述改进包括使用至少一种类型的第一特异性结合配偶体,其包含β-冠状病毒核衣壳蛋白或其变体的C末端结构域的至少一种分离多肽。
本公开还涉及一种检测生物样品中至少一种类型的抗β-冠状病毒抗体的方法的改进,其中所述方法包括检测复合物,所述复合物包含至少一种第一特异性结合配偶体、所述样品抗β-冠状病毒抗体和包含至少一种可检测标记的至少一种类型的第二特异性结合配偶体,其中所述改进包括使用至少一种类型的第一特异性结合配偶体,其包含β-冠状病毒刺突蛋白或其变体的受体结合结构域 (RBD)的至少一种分离多肽。
本公开还涉及一种用于基于评估的可检测信号的量确定受试者的抗 SARS-CoV-2IgG抗体的量的方法或系统的改进,其中所述改进包括:(a)线性测定范围高达50,000AU/mL;(b)确定任意单位(例如,AU/mL)的量而不是指数;和/或(c)与其他测定相比,对阳性样品的检测改进。
在上文改进中的任一种中,检测的至少一种类型的抗β-冠状病毒抗体为与以下特异性结合的抗SARS-CoV-2抗体:
a)核衣壳蛋白的变体,其在SEQ ID NO:2的位置210-419处具有一个或多个取代、缺失或取代和缺失,包括:(1)在氨基酸位置235处用苯丙氨酸替代丝氨酸(S235F);(2)在氨基酸位置234处用异亮氨酸替代甲硫氨酸(M234I);(3)在氨基酸位置373处用天冬酰胺替代赖氨酸(K373N);(4)在氨基酸位置377处用酪氨酸替代天冬氨酸(D377Y);(5)在氨基酸位置376处用苏氨酸替代丙氨酸(A376T);或(6)(1)-(5)的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:2的氨基酸210-419中除(1)-(5) 中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;
b)刺突蛋白的RBD的变体,其在SEQ ID NO:15的位置319-542处具有一个或多个取代、缺失或取代和缺失,包括:(1)在氨基酸位置417处用天冬酰胺替代赖氨酸(K417N);(2)在氨基酸位置417处用苏氨酸替代赖氨酸(K417T);(3)在氨基酸位置452处用精氨酸替代亮氨酸(L452R);(4)在氨基酸位置477处用天冬酰胺替代丝氨酸(S477N);(5)在氨基酸位置484处用赖氨酸替代谷氨酸(E484K); (6)在氨基酸位置501处用酪氨酸替代天冬酰胺(N501Y);或(7)(1)-(6)的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:15的氨基酸319-542中除(1)-(6)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;或
c)SARS-CoV-2病毒的变体,其包含a)和b)的任何组合。
在另一方面,本公开涉及一种用于在获自受试者的生物样品中评估受试者是否可能对SARS-CoV-2感染具有免疫力的系统。在此方面,系统包括:
至少一种类型的第一特异性结合配偶体,其包含至少一种类型的β-冠状病毒分离多肽或其变体,选自至少一种类型的β-冠状病毒的核衣壳蛋白的C末端结构域、刺突蛋白的受体结合结构域(RBD)或核衣壳蛋白的C末端结构域和刺突蛋白的受体结合结构域(RBD),所述第一特异性结合配偶体特异性结合至少一种类型的抗SARS-CoV-2抗体,和至少一种类型的第二特异性结合配偶体,所述第二特异性结合配偶体包含至少一种可检测标记;
至少一个用于检测复合物的至少一个标记的装置,其中标记的信号的量指示样品中抗SARS-CoV-2抗体的存在或其量;和
用于分配区分等级的设备,其基于样品中检测出的至少一种类型的抗 SARS-CoV-2抗体的存在或其量,指示受试者是否有可能对SARS-CoV-2感染具有免疫力。
在系统的一些方面,区分等级为颜色和/或数字等级。在系统的其他方面,颜色和/或数字等级通过移动应用程序显示在移动设备上。
在此系统的其他方面,变体:
a)为核衣壳蛋白的C末端结构域的变体,其在SEQ ID NO:2的位置210-419 处具有一个或多个取代、缺失或取代和缺失,包括:(1)在氨基酸位置235处用苯丙氨酸替代丝氨酸(S235F);(2)在氨基酸位置234处用异亮氨酸替代甲硫氨酸 (M234I);(3)在氨基酸位置373处用天冬酰胺替代赖氨酸(K373N);(4)在氨基酸位置377处用酪氨酸替代天冬氨酸(D377Y);(5)在氨基酸位置376处用苏氨酸替代丙氨酸(A376T);或(6)(1)-(5)的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:2的氨基酸 210-419中除(1)-(5)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;
b)为刺突蛋白的RBD的变体,其在SEQ ID NO:15的位置319-542处具有一个或多个取代、缺失或取代和缺失,包括:(1)在氨基酸位置417处用天冬酰胺替代赖氨酸(K417N);(2)在氨基酸位置417处用苏氨酸替代赖氨酸(K417T);(3) 在氨基酸位置452处用精氨酸替代亮氨酸(L452R);(4)在氨基酸位置477处用天冬酰胺替代丝氨酸(S477N);(5)在氨基酸位置484处用赖氨酸替代谷氨酸 (E484K);(6)在氨基酸位置501处用酪氨酸替代天冬酰胺(N501Y);或(7)(1)-(6) 的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:15的氨基酸319-542中除(1)-(6)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;或
c)包含a)和b)的任何组合。
在系统的一些方面,用于检测复合物的标记的设备为自动化的或半自动化的。在系统的其他方面,用于检测复合物的标记的装置为半自动化的并且包括使用条形码上载区分等级。
在系统的其他方面,至少一种类型的抗SARS-CoV-2抗体为抗SARS-CoV-2 IgG抗体、抗SARS-CoV-2 IgM抗体或其任何组合。在系统的其他方面,至少一种类型的第二特异性结合配偶体为抗物种IgG(例如,抗人IgG IgG)抗体、抗物种IgM(例如,抗人IgM IgG)抗体或抗物种IgG(例如,抗人IgG IgG)抗体和抗物种IgM(例如,抗人IgM IgG)抗体。在系统的其他方面,至少一种类型的第一特异性结合配偶体为刺突蛋白或其变体的受体结合结构域(RBD),其具有SEQ ID NO:15或SEQ ID NO:17的氨基酸319至542的氨基酸序列。在系统的又其他方面,至少一种类型的第一特异性结合配偶体结合(a)抗SARS-CoV-2 IgG抗体、(b)抗SARS-CoV-2 IgM抗体或(c)(a)和(b)的组合。
附图说明
图1提供了SARS-CoV-2(SEQ ID NO:2)和SARS-CoV(SEQ ID NO:14)毒株的核衣壳蛋白的氨基酸序列。
图2提供了CoV(SARS-CoV;SEQ ID NO:14)的氨基酸1-422与Cov2 (SARS-CoV-2;SEQ ID NO:2)的氨基酸1-419之间的比对。
图3提供了说明融合蛋白的结构的图,所述融合蛋白包含β-冠状病毒的N 末端结构域(NTD)的至少5个氨基酸,所述氨基酸可操作地连接或接枝至相同或不同β-冠状病毒的C末端结构域(CTD)的至少5个氨基酸。在一些方面,融合蛋白可包含甲硫氨酸起始子残基,所述残基可操作地连接或接枝至SEQ ID NO:14的氨基酸5至25或SEQ ID NO:2的氨基酸5至24,所述氨基酸可操作地连接或接枝(诸如通过一个或多个多肽接头和/或HIS标签)至SEQID NO:2的氨基酸211至419(或SEQ ID NO:14的类似区域)。其他的变型是可能的。例如,在一些方面,融合蛋白可包含针对单克隆抗体CR3018的表位(描述于van den Brink等人,J.Virol.79(3):1635-1644(2005年2月)和美国专利号7,696,330中),其融合于CTD的N末端(“表位接枝CTD”融合蛋白或多肽)。更具体地,在此方面,融合蛋白包含甲硫氨酸作为起始氨基酸,其可操作地连接或接枝到至少包含氨基酸RNAPRITFG(SEQ ID NO:6)或RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)的表位上,继而可操作地连接或接枝至CTD的N末端,例如SEQ ID NO:2的氨基酸 211或419(或SEQ ID NO:14的类似区)。在一些方面,可有一个或多个额外序列可操作地连接或接枝至起始氨基酸甲硫氨酸上,诸如GPQNQ(SEQ ID NO:21) 或GPQSNQ(SEQ IDNO:22),继而可操作地连接或接枝到至少包含RNAPRITFG (SEQ ID NO:6)或RSAPRITFG(SEQID NO:7)的表位上,此外可操作地连接或接枝至CTD的N末端,例如SEQ ID NO:2的氨基酸211至419(或SEQ ID NO:14 的类似区)。在另一方面,融合蛋白包含起始氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQNQ (SEQ ID NO:21)、RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST(SEQ ID NO:23)和SEQID NO:2的氨基酸211至419。在另一方面,融合蛋白包含起始氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQSNQ(SEQ ID NO:22)、RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST(SEQ ID NO:23)和SEQ ID NO:2的氨基酸211至419。
图4提供了包括SEQ ID NO.1-25的序列表。对于SEQ ID NO:2,SARS-CoV-2 的核衣壳蛋白的CTD(氨基酸210-419)以下划线和斜体表示。另外,在SEQ ID NO:2中以下划线、斜体和粗体显示的氨基酸位置235处,可在此位置用苯丙氨酸替代丝氨酸(称为S235F)。
图5提供了SARS-CoV-2感染中病毒和宿主生物标志物的动力学。潜伏期或感染初期为无症状期,此时受试者不表现出任何SARS-CoV-2感染的症状。潜伏期或初期可在感染之后持续约0至约14天。在潜伏期或初期的期间,病毒 RNA和/或病毒抗原可以被检测到。在潜伏期或感染初期之后,受试者进展至感染活跃期。最初,受试者进入感染的早期急性期。早期急性期为受试者开始经历SARS-CoV-2感染的一种或多种症状并且开始对病毒产生免疫反应并开始产生抗体的时期。早期急性期可在症状发作之后持续约0至约14天。在早期急性期的期间,病毒RNA和/或病毒抗原可以被检测到,并且抗SARS-CoV-2 IgM抗体变得可被检测到。在早期急性期之后,受试者进展至感染的急性期或活跃期 (未显示)。在感染的急性期,SARS-CoV-2感染的症状恶化(例如,受试者可能不得不住院,可能需要供氧等),受试者的免疫反应继续进展,病毒RNA和/ 或病毒抗原可被检测到,抗SARS-CoV-2 IgM抗体可被检测到,并且抗 SARS-CoV-2 IgG抗体变得可被检测到。急性期可在病毒症状开始恶化之后持续约0至约14天。急性期之后,受试者进展至晚期急性期。晚期急性期为受试者开始从SARS-CoV-2感染恢复并且一种或多种感染症状开始改善、减轻和/或消失的阶段。晚期急性期可持续约1天至约28天的时间段。在晚期急性期的期间,病毒RNA和病毒抗原水平开始下降并最终不可被检测到,抗SARS-CoV-2 IgM 抗体可被检测到,并且抗SARS-CoV-2 IgG抗体可被检测到。感染的恢复期在急性晚期之后开始。在此时间段期间,受试者不再表现出任何SARS-CoV-2感染的症状,并且病毒RNA和病毒抗原不可被检测到,抗SARS-CoV-2 IgM抗体开始下降并最终变得不可被检测到,并且抗SARS-CoV-2 IgG抗体留在血液中并为受试者提供长期免疫力。
图6如实施例8中所述显示了具有不利的结果(即,死亡)的受试者在症状发作后的后期(例如,症状发作后至少10天,或例如第11天或稍后)具有显著较高的抗SARS-CoV-2IgM信号(13.8S/CO,11.2-12.5)。
图7显示了使用在1:250稀释下以ID50的空斑减少中和测试(PRNT)作为代表性高效价的概率曲线图,如实施例9中所述。
图8显示,当监测接受SARS-CoV-2疫苗的受试者的疫苗反应时,可以在 AbbottARCHITECT仪器上使用实施例7的测定,而无需额外稀释。剂量1是在免疫后约3周测量的,并且剂量2是在受试者接受加强(例如,第二次接种SARS-CoV-2疫苗)后约2周测量的。具体来地,实施例7的测定显示在自动化稀释情况下在延长的测量间隔(EMI)内定量98.8%的抗SARS-CoV-2 IgG抗体,并且在没有稀释的情况下在测量间隔上限(ULMI)内定量90.6%。
图9显示了人们对以BNT162b2(Pfizer-BiNTech)mRNA疫苗接种疫苗的 SARS-CoV-2抗刺突(S)蛋白IgG反应,如实施例10中所述。箱形图显示中值以及四分位距(下枢和上枢)和距离第一和第三四分位数(下须和上须)±1.5的四分位距。使用双侧Wilcoxon检验(不进行调整以供多重测试)以进行以下组间比较:(1)感染初试(n=903)和先前感染者(n=78),两者均处于基线(P<0.001); (2)感染初试(n=490)和先前感染者(n=35),两者均在剂量1之后(P<0.001);(3)感染初试(n=228)和先前感染者(n=11),两者均在剂量2之后(P<0.001);(4)剂量1 之后的感染初试(n=490)和处于基线的先前感染者(n=78)(P<0.001);和(5)剂量2 之后的感染初试(n=228)和剂量1之后的先前感染者(n=35)(P=0.92)。
图10显示了先前感染或未感染SARS-CoV-2的人对以BNT162b2(Pfizer- BiNTech)接种mRNA SARS-CoV-2疫苗的SARS-CoV-2抗核衣壳(N)反应IgG反应,如实施例10中所述。箱形图显示中值以及四分位距(下枢和上枢)和距第一和第三四分位数(下须和上须)±1.5的四分位距。使用双侧Wilcoxon检验(不进行调整以供多重测试)以进行以下组间比较:(1)感染初试(n=903)和先前感染者(n=78),两者均处于基线(P<0.001);(2)感染初试(n=490)和先前感染者(n=35),两者均在剂量1之后(P<0.001);(3)感染初试(n=228)和先前感染者(n=11),两者均在剂量2之后(P<0.001);(4)剂量1之后的感染初试(n=490)和处于基线的先前感染者(n=78)(P<0.001);和(5)剂量2之后的感染初试(n=228)和剂量1之后的先前感染者(n=35)(P<0.001)。
图11显示了先前感染和未感染SARS-CoV-2的人的ACE2抗体结合能力,如实施例10中所述。箱形图显示中值以及四分位距(下枢和上枢)和距第一和第三四分位数(下须和上须)±1.5的四分位距。将无调整的双侧Wilcoxon检验用于多重测试以进行以下组间比较:(1)感染初试(n=490)和先前感染者(n=35),两者均在剂量1之后(P<0.001);(2)感染初试(n=228)和先前感染者(n=11),两者均在剂量2之后(P<0.001);和(3)剂量2之后的感染初试(n=228)和剂量1之后的先前感染者(n=35)(P=0.52)。
图12显示了接受BNT162b2(Pfizer-BiNTech)mRNA疫苗的先前感染或未感染SARS-CoV-2的人的疫苗接种后症状的差异,如实施例10中所述。具体地,按先前感染状态,在施用的每一剂疫苗之后报告的症状的频率和严重程度。
图13显示了实施例7中所述的测定的ULMI和EMI的各个方面。例如,在一个方面,实施例7中所述测定的ULMI可为约15,500至约40,000AU/mL,并且/或者EMI可为约40,000至约80,000AU/mL,或在其他方面,ULMI可为约 15,500至约25,000AU/mL,并且/或者EMI可为约25,000至约50,000AU/mL。
具体实施方式
本公开涉及检测样品中至少一种类型的抗β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或 SARS-CoV-2)抗体(例如,IgG和/或IgM)的存在或确定其量、浓度和/或水平的方法、试剂盒、系统和算法。在一些方面,本文所述的方法、试剂盒和系统用作确定受试者对SARS-CoV-2的免疫状态的辅助。具体地,在一个方面,本公开的方法涉及将获自受试者的至少一种样品(同时或以任何顺序依次)与以下接触以产生一种或多种类型的第一复合物:至少一种类型的第一特异性结合配偶体,其包含至少一种类型的β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)分离多肽或其变体(例如,包含分离多肽或其变体的β-冠状病毒(诸如SARS-CoV 或SARS-CoV-2)重组抗原),其为(a)β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或 SARS-CoV-2)的核衣壳蛋白或其变体的C末端结构域;(b)β-冠状病毒(诸如 SARS-CoV或SARS-CoV-2)的刺突蛋白或其变体的受体结合结构域(RBD);或 (c)β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的核衣壳蛋白或其变体的C 末端结构域和刺突蛋白或其变体的受体结合结构域,其中所述多肽特异性结合样品中的至少一种抗β-冠状病毒抗体(例如,IgG和/或IgM);和至少一种类型的第二特异性结合配偶体,其包含可检测标记,所述第一复合物包含第一特异性结合配偶体-β-冠状病毒抗体-第二特异性结合配偶体。在一些方面,至少一种类型的第二特异性结合配偶体为人IgG抗体、人IgM抗体或人IgG和/或IgM抗体。在其他方面,至少一种类型的特异性结合配偶体为人IgG抗β-冠状病毒抗体、人IgM抗β-冠状病毒抗体或人IgG抗β-冠状病毒抗体和人IgM抗β-冠状病毒抗体。评估(例如,检测)一种或多种类型的第一复合物的信号。具体地,可检测标记的可检测信号的量指示样品中至少一种类型的抗β-冠状病毒抗体的存在或其量。
本公开的方法中所用的生物样品可获自无症状受试者或表现出至少一种类型的β-冠状病毒(例如,SARS-CoV或SARS-CoV-2)感染的一种或多种症状的受试者。本公开的方法还包括用一种或多种β-冠状病毒治疗来治疗识别为具有至少一种类型的β-冠状病毒的受试者,以及任选地,诸如在接受此类治疗之前、期间和/或之后监测此类受试者。
在另一方面,本公开涉及用于进行此类方法的试剂盒。
在另一方面,本公开涉及用于监测生物样品中的β-冠状病毒的系统。
如本章节和本文的整个公开内容中使用的章节标题仅用于组织目的并且不旨在是限制性的。
1.定义
除非另外定义,否则本文使用的所有技术和科学术语具有与本领域普通技术人员通常所理解的相同的含义。当发生冲突时,以本文件(包括定义)为准。下文描述优选的方法和材料,但是在实践或测试本公开时可使用与本文所述的那些类似或等效的方法和材料。本文提到的所有出版物、专利申请、专利以及其他参考文献以引用的方式整体并入。本文所公开的材料、方法和实施例仅是例示性的,并且不意图为限制性的。
如本文所用,术语“包含”、“包括”、“具有”、“有”、“可以”、“含有”以及其变化形式意图是不排除另外行为或结构的可能性的开放式连接词、术语或词语。除非上下文另外清楚地说明,否则单数形式“一个”、“一”以及“所述”包括复数引用。本公开还涵盖“包括本文所呈现的实施方式或要素”、“由本文所呈现的实施方式或要素组成”以及“基本由本文所呈现的实施方式或要素组成”的其他实施方式,无论是否明确地提出。
对于本文数值范围的叙述,明确地涵盖具有相同精确度的介于其间的每个中间数字。例如,对于6-9的范围,除了6和9外还涵盖数字7和8,并且对于 6.0-7.0的范围,明确涵盖了数字6.0、6.1、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8、 6.9以及7.0。
分句“至少”直接或间接地后接数字是指类型和/或数量,除非从应用所述分句的上下文中明显看出其仅指代类型,或仅指代数量,并且不指代类型和数量。
“亲和力成熟抗体”在本文用于指在一个或多个CDR中具有一个或多个变化的抗体,所述变化导致所述抗体与不具有所述变化的亲本抗体相比对于靶抗原的亲和力(即,KD、kd或ka)提高。示例性亲和力成熟抗体将对于靶标抗原具有纳摩尔浓度或甚至皮摩尔浓度的亲和力。用于产生亲和力成熟抗体的多种程序在本领域中是已知的,包括对使用生物展示制备的组合抗体文库的筛选。例如,Marks等人,BioTechnology 10:779-783(1992)描述了通过VH和VL结构域改组进行的亲和力成熟。对CDR和/或框架残基的随机诱变由以下描述:Barbas 等人,Proc.Nat.Acad.Sci.USA,91:3809-3813(1994);Schier等人,Gene,169:147-155(1995);Yelton等人,J.Immunol.,155:1994-2004(1995);Jackson等人,J.Immunol.,154(7):3310-3319(1995);和Hawkins等人,J.Mol.Biol.,226:889-896(1992)。在选择性诱变位置和在接触或超突变位置由活性增强氨基酸残基进行的选择性突变描述于美国专利号6,914,128B1中。
如本文所用的“一种抗体”和“多种抗体”是指单克隆抗体、单特异性抗体(例如,其可以是单克隆的,或者也可以通过除了由普通生殖细胞产生它们的其他方式产生)、多特异性抗体、人抗体、人源化抗体(完全或部分人源化的)、动物抗体诸如但不限于鸟(例如,鸭或鹅)、鲨鱼、鲸鱼和哺乳动物(包括非灵长类动物(例如,牛、猪、骆驼、美洲驼、马、山羊、兔子、绵羊、仓鼠、豚鼠、猫、狗、大鼠、小鼠等)或非人灵长类动物(例如,猴子、黑猩猩等))、重组抗体、嵌合抗体、单链Fv(“scFv”)、单链抗体、单结构域抗体、Fab片段、F(ab') 片段、F(ab')2片段、二硫键连接的Fv(“sdFv”)和抗独特型(“抗Id”)抗体、双结构域抗体、双可变结构域(DVD)或三可变结构域(TVD)抗体(双可变结构域免疫球蛋白及其制备方法描述于Wu,C等人,Nature Biotechnology, 25(11):1290-1297(2007)和PCT国际申请WO 2001/058956,每个文献的内容以引用方式并入本文)或结构域抗体(dAb)(例如,Holt等人,Trends inBiotechnology 21:484-490(2014)中所述),并且包括单结构域抗体sdAb(其为天然存在的,例如在软骨鱼和骆驼中,或者其为合成的,例如,纳米抗体、VHH或其他结构域结构)以及任何上述抗体的功能活性的表位结合片段。具体地,抗体包括免疫球蛋白分子和免疫球蛋白分子的免疫活性片段,即含有分析物结合位点的分子。免疫球蛋白分子可具有任何类型(例如,IgG、IgE、IgM、IgD、IgA和IgY)、类别(例如,IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1和IgA2)或亚类。为简单起见,针对分析物的抗体在本文中通常称为“抗分析物抗体”或仅仅是“分析物抗体”。
如本文所用的“抗体片段”是指包含抗原结合位点或可变区的完整抗体的一部分。所述部分不包括完整抗体Fc区的恒定重链结构域(即CH2、CH3或CH4,取决于抗体同种型)。抗体片段的实例包括但不限于Fab片段、Fab'片段、Fab'-SH 片段、F(ab')2片段、Fd片段、Fv片段、双抗体、单链Fv(scFv)分子、仅含有一个轻链可变结构域的单链多肽、含有轻链可变结构域的三个CDR的单链多肽、仅含有一个重链可变区的单链多肽,以及含有重链可变区的三个CDR的单链多肽。
如本文所用的“抗物种抗体”是指识别另一感兴趣物种抗体的抗体,诸如IgG 和/或IgM抗体。例如,抗人抗体,例如抗人IgG或IgM抗体分别识别其他人IgG 或IgM抗体。
“曲线下面积”或“AUC”是指ROC曲线下的面积。ROC曲线下的AUC 是精度的度量。AUC为1表示完美测试,AUC为0.5表示无意义测试。优选的 AUC可以为至少大约0.700,至少大约0750,至少大约0.800,至少大约0.850,至少大约0.900,至少大约0.910,至少大约为0.920,至少大约0.930,至少大约0.940,至少大约0.950,至少大约0.960,至少大约0.970,至少大约0.980,至少大约0.990,或至少大约0.995。
如本文所用的“AU/mL”是指抗体单位每毫升。
如本文所用的“BAU/mL”是指WHO国际标准结合抗体单位每毫升。对于本文所述和要求的SARS-CoV-2 IgG抗体定量测定,可以使用以下公式将量度 AU/mL转换成BAU/mL:BAU/mL=0.142xAU/mL(例如,约4500AU/mL为约 639BAU/mL(4500AU/mL x 0.142=639BAU/mL))。本领域的技术人员容易意识到如何协调不同测定(例如,通过将每个与已知标准相比较)之间的结果或将其标准化,从而转换为共同的单位。本领域的技术人员也容易意识到如何协调使用不同(如交替)或多种已知测定标准的不同测定之间的结果或将其标准化。通常对于测定,从WHO创建了多个标准,包括标准的迭代。
“珠粒”和“颗粒”在本文中可互换使用,并且是指基本上球形的固体支持物。珠粒或颗粒的一个实例是微粒。可用于本文的微粒可以是本领域中已知的任何类型。例如,珠粒或颗粒可以是磁性珠粒或磁性颗粒。磁性珠粒/颗粒可以是铁磁性的、亚铁磁性的、顺磁性的、超顺磁性的或铁磁流体的。示例性铁磁材料包括Fe、Co、Ni、Gd、Dy、CrO2、MnAs、MnBi、EuO以及NiO/Fe。亚铁磁材料的实例包括NiFe2O4、CoFe2O4、Fe3O4(或FeO.Fe2O3)。珠粒可以具有磁性的实心核心部分并且被一个或多个非磁性层包围。替代地,磁性部分可以是围绕非磁性核心的层。微粒可具有在本文所述方法中起作用的任何尺寸,例如,约0.75至约5nm、或约1至约5nm、或约1至约3nm。
“结合蛋白”在本文中用于指与结合配偶体结合并与其形成复合物的单体或多聚体蛋白质,诸如多肽、抗原、化学化合物或其他分子、或任何种类的底物。结合蛋白特异性结合结合配偶体。结合蛋白包括抗体,以及其抗原结合片段和其本领域中已知的和下文所述的其他各种形式和衍生物,以及包含一个或多个结合抗原分子或抗原分子上的特定位点(表位)的抗原结合域的其他分子。因此,结合蛋白包括但不限于抗体、四聚体免疫球蛋白、IgG分子、IgG1分子、单克隆抗体、嵌合抗体、CDR嫁接抗体、人源化抗体、亲和力成熟抗体、和任何此类抗体的保留结合抗原的能力的片段。
“双特异性抗体”在本文中用于指通过以下技术产生的全长抗体:四源杂交瘤技术(参见Milstein等人,Nature,305(5934):537-540(1983));通过两个不同单克隆抗体的化学缀合(参见Staerz等人,Nature,314(6012):628-631(1985));或通过在Fc区中引入突变的杵臼法或类似方法(参见Holliger等人, Proc.Natl.Acad.Sci.USA,90(14):6444-6448(1993)),所述方法产生多种不同免疫球蛋白物质,其中仅一者是功能性双特异性抗体。双特异性抗体在其两个结合臂的一者(一对HC/LC)上结合一种抗原(或表位),且其第二臂(另一对HC/LC) 上结合不同的抗原(或表位)。根据这个定义,双特异性抗体具有两个不同抗原结合臂(在特异性和CDR序列两方面),并且对于其结合的各抗原而言是单价的。
如本文所用,术语“冠状病毒”是指属于冠状病毒科(Coronaviridae)的病毒,其正义RNA基因组的长度在26000至32000个碱基的范围内。冠状病毒具有四种主要结构蛋白:刺突糖蛋白(S蛋白)、膜蛋白(M蛋白)、包膜蛋白(E蛋白) 和核衣壳蛋白(N蛋白)。冠状病毒可进一步细分为四组,α、β、γ和δ冠状病毒。α冠状病毒的实例包括HCoV-229E和HCoV-NL63。β冠状病毒的实例为 HCoV-OC43、HCoV-HKU1、中东呼吸综合征(MERS-CoV)、严重急性呼吸综合征(SARS)冠状病毒(SARS-CoV)和SARS-CoV-2(也称为2019-nCov、COVID-19、冠状病毒病和2019冠状病毒病)。
在一个方面,本公开涉及β-冠状病毒。在另一方面,β-冠状病毒为 MERS-CoV、SARS-CoV和SARS-CoV-2。在另一方面,β-冠状病毒为SARS-CoV 和SARC-CoV-2。在另一方面,β-冠状病毒为SARS-CoV-2。SARS-CoV-2的序列描述于多个出版物中,诸如Lu等人,Lancet,395:565-574(2020年2月)和https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/sars-cov-2- seqs/,每个的内容以引用的方式并入本文。
“CDR”在本文中用于指抗体可变结构序列内的“互补决定区”。在重链和轻链的每个可变区中存在三个CDR。对于每个可变区,从重链或轻链的N末端开始,这些区域表示为“CDR1”、“CDR2”和“CDR3”。如本文所用的术语“CDR组”是指存在于单一可变区中的结合抗原的一组三个CDR。因此,抗原结合位点可以包括六个CDR,其包含来自重链和轻链可变区中的每一个的CDR组。包含单个 CDR(例如,CDR1、CDR2或CDR3)的多肽可以称为“分子识别单元”。抗原- 抗体复合物的晶体学分析已经证明CDR的氨基酸残基与结合的抗原形成广泛接触,其中最广泛的抗原接触是与重链CDR3。因此,分子识别单元可能主要负责抗原结合位点的特异性。总体上,CDR残基直接地并且最实质性地涉及影响抗原结合。
这些CDR的精确边界已根据不同系统加以不同界定。由Kabat(Kabat等人,Sequences of Proteins of Immunological Interest(National Institutes ofHealth, Bethesda,Md.(1987)和(1991))所述的系统不仅提供可适用于抗体的任何可变区的明确残基编号系统,而且也提供界定三个CDR的精确残基边界。这些CDR 可称为KabatCDR。Chothia和同事(Chothia和Lesk,J.Mol.Biol.,196:901-917 (1987)以及Chothia等人,Nature 342:877-883(1989))发现尽管在氨基酸序列的层面上具有巨大多样性,但Kabat CDR内的某些子部分采用几乎相同的肽骨架构象。这些子部分被命名为“L1”、“L2”和“L3”,或“H1”、“H2”和H3,其中“L”和“H”分别指定轻链和重链区域。这些区域可以被称为Chothia CDR,它们具有与Kabat CDR重叠的边界。界定与Kabat CDR重叠的CDR的其他边界已由 Padlan,FASEB J.,9:133-139(1995)和MacCallum,J.Mol.Biol,262(5):732-745(1996)描述。仍有其他CDR边界定义可能不严格遵循本文中的一个系统,但仍然会与KabatCDR重叠,不过鉴于特定残基或残基组或甚至整个CDR不显著影响抗原结合的预测或实验发现,所述其他CDR边界可能会被缩短或延长。本文所用的方法可利用根据这些系统中的任一个定义的CDR,但某些实施方式使用 Kabat或Chothia定义的CDR。
“组分”、“成分”或“至少一种组分”通常指可以包括在用于根据本文所述的方法和本领域中已知的其他方法测定测试样品(诸如患者唾液、鼻涕试样、口咽试样、鼻咽试样s、肛拭子试样、尿液、全血、血清或血浆样品(例如,根据下文“样品”)的试剂盒中的捕获抗体、检测物或缀合物、校准物、对照、敏感性组、容器、缓冲液、稀释剂、盐、酶、酶的辅因子、检测试剂、预处理试剂/溶液、底物(例如,作为溶液)、终止液等。一些组分可以在溶液中或被冻干以进行重构用于在测定中使用。
如本文所用,“对照”通常是指其目的在于评价测量系统的性能以便确保它继续产生允许界限内的结果(范围为在一端适用于研究用途测定的测量值至在另一端由商业测定的质量说明书建立的分析边界的边界)的试剂。为了完成此目的,对照应指示患者结果并且任选地应以某些方式评估误差对测量的影响(例如由于试剂稳定性、校准剂可变性、仪器可变性等的误差)。如本文所用,“对照受试者”是指尚未感染冠状病毒(诸如,β-冠状病毒)或暴露于任一具有冠状病毒(诸如,β-冠状病毒)的受试者的一个或多个受试者。
如本文所用,术语“对照区”或“对照线”为测试条中可以观察标记的指示测定正确进行的位置偏移、出现、颜色变化或消失的的区域。根据标记的具体选择,对照区(例如,对照线)的检测或观察可以通过任何方便的手段进行,例如但不限于目视、荧光、通过反射、影像等。如将描述的,标签可以或可以不直接应用至对照区,这取决于使用的对照区的设计。
“细胞因子风暴”是指由全身性炎症、多器官衰竭和高铁蛋白血症的临床表型统一起来的若干分子事件的复杂网络。细胞因子风暴通过释放大量促炎性细胞因子的大量白细胞(包括B细胞、T细胞、NK细胞、巨噬细胞、树突状细胞、中性粒细胞、单核细胞)和驻留组织细胞(诸如上皮细胞和内皮细胞)的激活来诱导。在细胞因子风暴中,一些分子在血清中增加,包括补体、IL-10、IFN-γ、 IL-1β、IL-6、IL-12、IL-17和肿瘤坏死因子-α(TNF-α)。在一项对41名住院的 SARS-CoV-2患者的研究中,在严重病例中观察到高水平的促炎性细胞因子,包括IL-2、IL-7、IL-10、粒细胞集落刺激因子、IP-10、MCP-1、巨噬细胞炎性蛋白1α和TNF-α(参见Akdis等人,“Immune Response to SARS-CoV-2and Mechanisms ofImmunopathological Changes in COVID-19”,Allergy, 75(7):1564-1581(2020年7月))。经历细胞因子风暴的受试者更有可能经历严重和致命的疾病结果。
如本文所用的抗体的“衍生物”可以是指与真正或亲本抗体相比具有对其氨基酸序列的一个或多个修饰的抗体并且表现出修饰的结构域结构。衍生物仍然可以能够采用天然抗体中发现的典型结构域配置,以及能够特异性结合靶标(抗原)的氨基酸序列。抗体衍生物的典型实例是与其他多肽偶联的抗体、重排的抗体结构域、或抗体片段。衍生物还可以包含至少一种其他化合物,例如蛋白质结构域,所述蛋白质结构域通过共价或非共价键连接。根据本领域中已知的方法,连接可以基于遗传融合。存在于包含抗体的融合蛋白中的另外的结构域可优选地通过柔性接头、有利地是肽接头连接,其中所述肽接头包含多个亲水的肽键合的氨基酸,其长度足以跨越另外的蛋白质结构域的C末端与抗体的N 末端之间的距离,反之亦然。抗体可以与效应分子连接,所述效应分子具有适于生物活性或选择性结合例如固体支持物、生物活性物质(例如,细胞因子或生长激素)、化学试剂、肽、蛋白质或药物的构象。
“通过测定确定的”在本文中用于指通过任何适当的测定对参考水平的确定。参考水平的确定在一些实施方式中可以通过与待应用于来自受试者的样品的测定相同类型的测定来实现(例如,通过免疫测定、临床化学测定、单分子检测测定、蛋白质免疫沉淀、免疫电泳、定点照护测定、化学分析、SDS-PAGE和蛋白质印迹分析、或蛋白质免疫染色、电泳分析、蛋白质测定、竞争性结合测定或功能性蛋白质测定。参考水平的确定在一些实施方式中可以通过与待应用于来自受试者的样品的测定相同类型的测定和在相同的测定条件下实现。如本文所指出的,本公开提供了示例性参考水平(例如,通过比较不同时间点的参考水平计算)。基于本公开提供的描述针对其他测定修改本文的公开内容以获得用于那些其他测定的测定特异性参考水平是完全在本领域普通技术人员的能力范围内的。例如,一组训练样品,包括获自已知已感染冠状病毒(诸如β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2))的受试者的样品和获自已知未感染冠状病毒(诸如β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2))或暴露于已感染 (冠状病毒(诸如β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2))受试者的人受试者,可用于获得测定特异性参考水平。应当理解,“通过测定确定的”并具有所列举的“敏感性”和/或“特异性”水平的参数水平在本文中用于指这样的参考水平,所述参考水平已经被确定当在本公开的方法中采用时提供所列举的敏感性和/或特异性的方法。例如通过对使用多个不同的可能参考水平的测定数据的重复统计分析确定与本公开的方法中给定参考水平相关的敏感性和特异性是完全在本领域普通技术人员的能力范围内的。
实际上,当区分受试者为已感染冠状病毒(诸如β-冠状病毒(诸如SARS-CoV 或SARS-CoV-2))或尚未感染冠状病毒(诸如β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或 SARS-CoV-2))时,技术人员将平衡提高截止值对敏感性和特异性的影响。升高或降低截止值将对敏感性和特异性以及其他标准统计测量产生明确且可预测的影响。众所周知,提高截止值将改善特异性,但可能会恶化敏感性(与那些测试呈阳性的疾病患者成比例)。相比之下,降低截止值将改善特异性,但将会恶化敏感性(与测试呈阴性的未患疾病的那些成比例)。检测或测量冠状病毒(诸如β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2))的结果对本领域的技术人员是显而易见的。在区分受试者是否感染冠状病毒(诸如β-冠状病毒(诸如 SARS-CoV或SARS-CoV-2))时,截止值越高,特异性提高,因为更多的真阴性(即,尚未感染冠状病毒(诸如β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)) 的受试者)与那些已感染冠状病毒(诸如β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或 SARS-CoV-2))的受试者区分开。但是同时,提高截止值会减少鉴别为总体上阳性的病例数,以及真阳性的病例数,因此敏感性必然降低。相反,截止值越低,敏感性提高,因为更多的真阳性(即,已感染冠状病毒(诸如β-冠状病毒 (诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)))的受试者与尚未感染(例如,未感染) 冠状病毒(诸如β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2))的受试者区分开。但是同时,降低截止值会增加鉴别为总体上阳性的病例数,以及假阳性的数目,因此特异性必然降低。
通常,高敏感性值有助于技术人员排除疾病或病状(诸如冠状病毒(诸如β- 冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2))感染),且高特异性值有助于技术人员划入疾病或病状。技术人员是要排除疾病还是要划入疾病取决于每种错误类型对患者的后果。因此,在不完全公开有关如何选择值的基础信息的情况下,无法知道或预测用于得出测试截止值的精确平衡。敏感性对特异性及其他因素之间的平衡将基于情况而不同。这就是为什么有时优选提供替代的截止值 (例如参考值),以便医师或医生可以选择。
“双重特异性抗体”在本文中用于指可在其两个结合臂中的每一个(一对 HC/LC)中结合两种不同抗原(或表位)的全长抗体(参见PCT国际申请WO 02/02773)。因此,双重特异性结合蛋白具有两个具备相同特异性和相同CDR序列的相同抗原结合臂,且对于其结合的每种抗原而言是二价的。
“双重可变结构域”在本文中用于指结合蛋白上的两个或更多个抗原结合位点,所述结合蛋白可以为二价的(两个抗原结合位点)、四价的(四个抗原结合位点)或多价结合蛋白。DVD可以为单特异性的,即能够结合一种抗原(或一个特异性表位),或多特异性的,即能够结合两种或更多种抗原(即,相同靶抗原分子的两个或更多个表位或不同靶抗原的两个或更多个表位)。优选的DVD 结合蛋白包含两条重链DVD多肽和两条轻链DVD多肽并且被称为“DVD免疫球蛋白”或“DVD-Ig”。这样的DVD-Ig结合蛋白因此是四聚体的并且类似于IgG分子,但提供比IgG分子更多的抗原结合位点。因此,四聚体DVD-Ig分子的每一半都类似于IgG分子的一半,并且包含重链DVD多肽和轻链DVD多肽,但与IgG分子的提供单抗原结合结构域的一对重链和轻链不同,DVD-Ig的一对重链和轻链提供两个或更多个抗原结合位点。
DVD-Ig结合蛋白的每个抗原结合位点可以源自供体(“亲本”)单克隆抗体,因此包含具有每个抗原结合位点均参与抗原结合的总共六个CDR的重链可变结构域(VH)和轻链可变结构域(VL)。因此,结合两个不同表位的DVD-Ig结合蛋白(即,两个不同抗原分子的两个不同表位或相同抗原分子的两个不同表位) 包含源自第一亲本单克隆抗体的抗原结合位点和第二亲本单克隆抗体的抗原结合位点。
在PCT国际申请WO 2007/024715、美国专利号7,612,181和Wu等人,NatureBiotech.,25:1290--1297(2007)中提供了对DVD-Ig结合分子的设计、表达和表征的描述。此类DVD-Ig分子的实例包含具有结构式VD1-(X1)n-VD2-C-(X2)n的重链,其中VD1是第一重链可变结构域,VD2是第二重链可变结构域,C是重链恒定结构域,X1是接头(前提条件是它不是CH1,X2是Fc区),且n是0 或1,但优选1;和具有结构式VD1-(X1)n-VD2-C-(X2)n的轻链,其中VD1是第一轻链可变结构域,VD2是第二轻链可变结构域,C是轻链恒定结构域,X1 是接头(前提条件是它不是CH1,且X2不包含Fc区);且n是0或1,但优选 1。这种DVD-Ig可以包含两条这样的重链和两条这样的轻链,其中每条链包含串联连接的可变结构域,而在可变区之间没有间插的恒定区,其中重链和轻链缔合形成串联功能性抗原结合位点,并且一对重链和轻链可以与另一对重链和轻链缔合形成具有四个功能性抗原结合位点的四聚体结合蛋白。在另一个实例中,DVD-Ig分子可以包含这样的重链和轻链,每个所述重链和轻链包含串联连接的三个可变结构域(VD1、VD2、VD3),而在可变结构域之间没有间插恒定区,其中一对重链和轻链可以缔合形成三个抗原结合位点,并且其中一对重链和轻链可以与另一对重链和轻链缔合形成具有六个抗原结合位点的四聚体结合蛋白。
在另一实施方式中,DVD-Ig结合蛋白不仅结合由其亲本单克隆抗体结合的相同靶分子,而且还具有一种或多种其亲本单克隆抗体中的一种或多种所需特性。这种另外的特性是亲本单克隆抗体中的一者或多者的抗体参数。可以从其亲本单克隆抗体中的一种或多种促成DVD-Ig结合蛋白的抗体参数包括但不限于抗原特异性、抗原亲和力、效力、生物学功能、表位识别、蛋白质稳定性、蛋白质溶解性、产生效率、免疫原性、药代动力学、生物利用度、组织交叉反应性和直系同源抗原结合。
DVD-Ig结合蛋白结合冠状病毒(诸如β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或 SARS-CoV-2))的核衣壳蛋白、刺突蛋白或核壳蛋白和刺突蛋白的至少一个表位。DVD-Ig结合蛋白的非限制性实例包括:结合β-冠状病毒(诸如SARS-CoV 或SARS-CoV-2)的核衣壳蛋白、刺突蛋白或核衣壳蛋白和刺突蛋白的一个或多个表位的DVD-Ig结合蛋白;结合β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2) 的人核衣壳蛋白、刺突蛋白或核衣壳蛋白和刺突蛋白的表位和另一物种的(例如,小鼠、大鼠、蝙蝠等)的β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2) 的核衣壳蛋白、刺突蛋白或核衣壳蛋白和刺突蛋白的表位的DVD-Ig结合蛋白;和结合人β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的表位和另一靶分子的表位的DVD-Ig结合蛋白。
如本文所用的“动态范围”是指测定读数与被分析样品中的靶分子或分析物的量成比例的范围。
“一个表位”或“多个表位”或“感兴趣表位”是指任何分子上被识别并且可以结合其特异性结合配偶体上的互补位点的位点。分子和特异性结合配偶体是特异性结合对的一部分。例如,表位可以是在多肽、蛋白质、半抗原、糖类抗原 (诸如但不限于糖脂、糖蛋白或脂多糖)或多糖。其特异性结合配偶体可以是但不限于抗体。
如本文所用的“延长的测量间隔”(EMI)是指在用开发的测量过程进行测量之前通过稀释试样以适当的精度测量浓度的间隔。“测量间隔”是指一组相同类型的值可以由具有指定仪器不确定度的给定测量仪器或测量系统在确定的条件下测量的间隔。测量间隔受上限的限制。
如本文所用的“片段抗原结合片段”或“Fab片段”是指抗体的片段,其结合抗原并且含有一个抗原结合位点、一条完整的轻链、和一条重链的一部分。Fab是由VL、VH、CL和CH1结构域组成的单价片段。Fab由重链和轻链中的每一个的一个恒定结构域和一个可变结构域组成。可变结构域含有互补位(抗原结合位点),其包含在单体的氨基末端的一组互补决定区。因此Y的每个臂结合抗原上的表位。Fab片段可以如本领域已经描述的那样产生,例如,使用酶木瓜蛋白酶,其可以用于将免疫球蛋白单体裂解成两个Fab片段和Fc片段,或者可以通过重组方法产生。
如本文所用的“F(ab')2片段”是指通过胃蛋白酶消化整个IgG抗体以除去大部分Fc区,同时使一些铰链区完整而产生的抗体。F(ab')2片段具有通过二硫键连接在一起的两个抗原结合F(ab)部分,因此是二价的,分子量为约110kDa。二价抗体片段(F(ab')2片段)小于整个IgG分子并且能够更好地渗透到组织中,从而促进免疫组织化学中更好的抗原识别。F(ab')2片段的使用还避免了对活细胞上的Fc受体或蛋白A/G的非特异性结合。F(ab')2片段可以结合并沉淀抗原。
如本文所用的“框架”(FR)或“框架序列”可以意指可变区减去CDR的剩余序列。因为CDR序列的精确界定可通过不同系统(例如,参见上文)来确定,所以框架序列的含义易受相应不同解释。六个CDR(轻链的CDR-L1、CDR-L2 和CDR-L3以及重链的CDR-H1、CDR-H2和CDR-H3)也将轻链和重链上的框架区分成各链上的四个子区域(FR1、FR2、FR3和FR4),其中CDR1位于FR1 与FR2之间,CDR2位于FR2与FR3之间,并且CDR3位于FR3与FR4之间。在不将特定子区指定为FR1、FR2、FR3或FR4的情况下,如其他所提及的框架区表示单一天然存在的免疫球蛋白链的可变区内的组合FR。如本文所用,FR 表示四个子区域中的一个,并且FR表示构成框架区的四个子区域中的两个或更多个。
人重链和轻链FR序列在本领域是已知的,其可被用作重链和轻链“接受者”框架序列(或者简单的说是“接受者”序列)以用本领域中已知的技术来人源化非人抗体。在一个实施方式中,人重链和轻链接受者序列选自在公众可获得的数据库如V-base(hypertexttransfer protocol://vbase.mrc-cpe.cam.ac.uk/)或国际 ImMuno
Figure RE-GDA0003944127500000621
信息系统(hypertext transfer protocol://imgt.cines.fr/texts/IMGTrepertoire/LocusGenes/)中列出的框架序列。
如本文所用的“功能性抗原结合位点”可以意指结合蛋白(例如抗体)上能够结合靶抗原的位点。抗原结合位点的抗原结合亲和力可以不如与抗原结合位点所源自的亲本结合蛋白,例如亲本抗体一样强,但结合抗原的能力必须是可使用已知用于评价蛋白质,例如抗体与抗原结合的多种方法中的任一者测量。此外,本文中的多价蛋白质,例如多价抗体的每个抗原结合位点的抗原结合亲和力无需在数量上相同。
如本文所用的术语“融合蛋白”涉及包含接合或连接的至少一种第一蛋白或多肽和至少一种第二蛋白或多肽的蛋白或多肽。在一些方面,至少一种蛋白或多肽通过一个或多个连接肽序列接合或连接到至少一种第二蛋白或多肽。融合蛋白的实例为嵌合蛋白。可以使用本领域已知的常规技术,诸如重组DNA技术,通过接合或连接最初编码单独的蛋白的两个或更多个基因来产生融合蛋白。因此,融合蛋白可以包含不同或相同的表达为单种线性多肽的结合蛋白的多聚体。
“人源化抗体”在本文中用于描述包含来自非人物种(例如小鼠)的重链和轻链可变区序列但其中VH和/或VL序列中的至少一部分已变得更“类人”,即与人生殖系可变序列更相似的抗体。“人源化抗体”为抗体或其变体、衍生物、类似物或片段,其免疫特异性地结合感兴趣抗原且包含基本上具有人抗体的氨基酸序列的框架(FR)区和基本上具有非人抗体的氨基酸序列的互补决定区(CDR)。如本文所用,在CDR的背景下的术语“基本上”是指氨基酸序列与非人抗体CDR 的氨基酸序列至少80%、至少85%、至少90%、至少95%、至少98%或至少99%相同的CDR。人源化抗体包含至少一个且通常两个可变结构域的基本上全部 (Fab、Fab'、F(ab')2、FabC、Fv),其中全部或基本上全部CDR区对应于非人免疫球蛋白(即供体抗体)的那些CDR区并且全部或基本上全部框架区是人免疫球蛋白共有序列的那些。在一实施方式中,人源化抗体也包含免疫球蛋白恒定区(Fc)(通常人免疫球蛋白的恒定区)的至少一部分。在一些实施方式中,人源化抗体含有轻链以及至少重链的可变结构域。抗体也可以包括重链的CH1、铰链、CH2、CH3和CH4区。在一些实施方式中,人源化抗体仅含有人源化轻链。在一些实施方式中,人源化抗体仅含有人源化重链。在特定实施方式中,人源化抗体仅含有轻链和/或人源化重链的人源化可变结构域。
人源化抗体可以选自免疫球蛋白的任何类别,包括IgM、IgG、IgD、IgA 和IgE,和任何同种型,包括但不限于IgG1、IgG2、IgG3和IgG4。人源化抗体可以包含来自多于一种类别或同种型的序列,并且可以使用本领域中熟知的技术选择特定的恒定结构域以优化所需的效应功能。
人源化抗体的框架区和CDR无需精确对应于亲本序列,例如可以通过取代、插入或/或缺失至少一个氨基酸残基来对供体抗体CDR或共有框架进行诱变以使所述位点处的CDR或框架残基不对应于供体抗体或共有框架。然而,在优选的实施方式中,此类突变将不是广泛的。通常,至少80%、优选至少85%、更优选至少90%、且最优选至少95%的人源化抗体残基将对应于亲本FR和CDR 序列的那些。如本文所用,术语“共有框架”是指共有免疫球蛋白序列中的框架区。如本文所用,术语“共有免疫球蛋白序列”是指由相关免疫球蛋白序列家族中最常出现的氨基酸(或核苷酸)形成的序列(参见,例如Winnaker,From Genes toClones(Verlagsgesellschaft,Weinheim,1987))。因此,“共有免疫球蛋白序列”可以包含“共有框架区”和/或“共有CDR”。在免疫球蛋白家族中,共有序列中的每个位置由家族中最常出现在那个位置的氨基酸占据。如果两个氨基酸同等频繁地出现,那么共有序列中可以包括任一者。
如本文在两种或更多种多肽或多核苷酸序列的背景下所使用的“相同的”或“同一性”可意指序列具有指定百分比的在指定区域上相同的残基。可通过以下来计算所述百分比:最佳地比对两个序列、在指定区域比较两个序列、确定在两个序列中出现相同的残基的位置的数量以产生匹配位置的数量、以匹配位置的数量除以在指定区域内的位置的总数量,并且将结果乘以100以产生序列同一性的百分比。在两个序列具有不同长度或比对产生一个或多个交错末端并且比较的指定区域仅包含单个序列的情况下,单个序列的残基包括于计算的分母而不是分子中。
如本文所用的“分离的多核苷酸”可以意指多核苷酸(例如,基因组、cDNA 或合成来源或其组合的多核苷酸),根据其来源,所述多核苷酸不与“分离的聚核苷酸”见于自然界中所处的多核苷酸的全部或一部分缔合;可操作地连接至其在自然界中不连接的多核苷酸;或不作为较大序列的一部分存在于自然界中。如本文所用,“分离的多肽”是指以下多肽(例如,重组、合成或化学来源或其组合),根据其来源,所述分离的多肽不与“分离的多肽”见于自然界中所处的多肽和/或其他蛋白的全部或一部分缔合;可操作地连接至其在自然界中不连接的多肽和/或蛋白;或不作为较大序列的一部分存在于自然界中。当与特定物种、病毒或毒株(例如,“β-冠状病毒分离的多肽”)缔合时,分离的多肽可任选地通过重组手段而不是通过从体内分离来制备。
如本文所用的“标记”和“可检测标记”是指附接至抗体或分析物,以使抗体与分析物之间的反应可检测的部分,并且如此标记的抗体或分析物被称为“可检测地标记的”。标记可以产生可通过视觉或仪器手段检测到的信号。各种标记包括产生信号的物质,诸如发色团、荧光化合物、化学发光化合物、放射性化合物等。标记的代表性实例包括产生光的部分,例如吖啶鎓化合物;以及产生荧光的部分,例如荧光素。本文描述了其他标记。在这方面,所述部分本身可以是不可检测的,但在与另一部分反应时可以变得可检测。术语“可检测地标记的”的使用旨在涵盖这种标记。
可使用如在本领域中已知的任何适合的可检测标记。例如,可检测标记可为放射性标记(诸如3H、14C、32P、33P、35S、90Y、99Tc、111In、125I、131I、 177Lu、166Ho和153Sm)、酶标记(诸如辣根过氧化酶、碱性过氧化酶、葡萄糖6-磷酸脱氢酶等)、化学发光标记(诸如吖啶酯、硫酯或磺酰胺;鲁米诺、异鲁米诺、菲啶鎓酯等)、荧光标记(诸如荧光素(例如5-荧光素、6-羧基荧光素、 3'6-羧基荧光素、5(6)-羧基荧光素、6-六氯-荧光素、6-四氯荧光素、异硫氰酸荧光素等))、若丹明、藻胆蛋白、R-藻红素、量子点(例如硫化锌封盖的硒化镉)、测温标记或免疫聚合酶链反应标记。标记、标记程序和标记检测的绪论见于Polak 和VanNoorden,Introduction to Immunocytochemistry,第2版,Springer Verlag, N.Y.(1997);和Haugland,Handbook of Fluorescent Probes and Research Chemicals(1996)(其是由Molecular Probes,Inc.,Eugene,Oregon出版的组合手册和目录) 中。荧光标记可用于FPIA中(参见例如,美国专利号5,593,896、5,573,904、 5,496,925、5,359,093和5,352,803,所述专利据此以引用的方式整体并入本文)。吖啶化合物可在均质化学发光测定中用作可检测标记(参见例如,Adamczyk等人,Bioorg.Med.Chem.Lett.16:1324--1328(2006);Adamczyk等人, Bioorg.Med.Chem.Lett.4:2313--2317(2004);Adamczyk等人,Biorg.Med.Chem.Lett.14:3917--3921(2004);和Adamczyk等人,Org.Lett.5: 3779--3782(2003))。
在一个方面,吖啶化合物是吖啶-9-甲酰胺。用于制备吖啶9-甲酰胺的方法描述于Mattingly,J.Biolumin.Chemilumin.6:107--114(1991);Adamczyk等人, J.Org.Chem.63:5636--5639(1998);Adamczyk等人,Tetrahedron 55:10899--10914 (1999);Adamczyk等人,Org.Lett.1:779--781(1999);Adamczyk等人,Bioconjugate Chem.11:714--724(2000);Mattingly等人,In Luminescence Biotechnology: Instruments andApplications;Dyke,K.V.编;CRC Press:Boca Raton,第77--105 页(2002);Adamczyk等人,Org.Lett.5:3779--3782(2003);和美国专利号 5,468,646、5,543,524和5,783,699(每个所述文献的关于此方面的教导均通过引用整体并入本文)中。
吖啶化合物的另一个实例是吖啶-9-羧酸芳基酯。具有式II的吖啶-9-羧酸芳基酯的一实例是10-甲基-9-(苯氧基羰基)吖啶氟磺酸酯(可购自Cayman Chemical, AnnArbor,MI)。用于制备吖啶-9-羧酸芳基酯的方法描述于McCapra等人,Photochem.Photobiol.4:1111-21(1965);Razavi等人,Luminescence 15:245-249(2000);Razavi等人,Luminescence 15:239-244(2000);和美国专利号5,241,070 (每个所述文献的关于此方面的教导均通过引用整体并入本文)中。此类吖啶-9- 羧酸芳基酯是针对在由至少一种氧化酶氧化分析物中产生的过氧化氢的、在信号强度和/或信号迅速度方面均高效的化学发光指示剂。吖啶-9-羧酸芳基酯的化学发光发射过程迅速完成,即在1秒内完成,而吖啶-9-甲酰胺化学发光发射延续到2秒。然而,吖啶-9-羧酸芳基酯在蛋白质存在下失去其化学发光特性。因此,其使用需要在信号生成和检测期间不存在蛋白质。用于分离或去除样品中蛋白质的方法是本领域技术人员熟知的,并且包括但不限于超滤、提取、沉淀、透析、色谱法和/或消化(参见例如,Wells,High Throughput Bioanalytical SamplePreparation.Methods andAUtomation Strategies,Elsevier(2003))。从测试样品中去除或分离的蛋白质的量可以是约40%、约45%、约50%、约55%、约60%、约 65%、约70%、约75%、约80%、约85%、约90%、或约95%。关于吖啶-9-羧酸芳基酯及其用途的更多细节阐述于美国专利号7,906,293中。吖啶-9-羧酸芳基酯可以溶解在任何合适的溶剂中,诸如脱气的无水N,N-二甲基甲酰胺(DMF) 或含水胆酸钠。
“连接序列”或“连接肽序列”是指与一种或多种感兴趣多肽序列(例如,全长、片段等)连接的天然或人工多肽序列。术语“连接的”是指连接序列与感兴趣多肽序列的接合。此类多肽序列优选地通过一个或多个肽键接合。连接序列可以具有约4至约50个氨基酸的长度。优选地,连接序列的长度为约6至约30个氨基酸。可以通过氨基酸取代、添加或缺失来修饰天然连接序列以产生人工连接序列。连接序列可用于许多目的,包括用于重组Fab中。示例性连接序列包括但不限于:(i)组氨酸(His)标签,诸如6X His标签,其具有HHHHHH(SEQID NO:3)的氨基酸序列,可用作连接序列以有利于分离和纯化感兴趣多肽和抗体;或(ii)肠激酶裂解位点,如His标签,用于分离和纯化感兴趣蛋白质和抗体。常常,将肠激酶裂解位点与His标签一起用于分离和纯化感兴趣蛋白质和抗体。各种肠激酶裂解位点在本领域中是已知的。肠激酶切割位点的实例包括但不限于 DDDDK(SEQ ID NO:4)的氨基酸序列及其衍生物(例如,ADDDDK(SEQ ID NO:5)等)。另外,可使用各种序列来连接(link或connect)单链可变区片段的轻链和/或重链可变区。其他连接序列的实例可见于Bird等人,Science242: 423--426(1988);Huston等人,PNAS USA 85:5879--5883(1988);和McCafferty 等人,Nature 348:552--554(1990)中。还可以修饰连接序列以用于另外的功能,诸如药物的附接或附接于固体支持物。在本公开的上下文中,单克隆抗体例如可以含有连接序列,诸如His标签、肠激酶裂解位点或两者。
如本文所用的“单克隆抗体”是指自基本上均质抗体的群体获得的抗体,即除可以少量存在的可能天然存在的突变之外,构成所述群体的个别抗体是相同的。单克隆抗体针对单一抗原具有高度特异性。此外,与通常包括针对不同决定因素(表位)的不同抗体的多克隆抗体制剂相比,每个单克隆抗体针对抗原上的单个决定因素。本文的单克隆抗体具体地包括“嵌合”抗体,其中重链和/或轻链的一部分与源自特定物种或属于特定抗体类别或亚类的抗体中的对应序列相同或同源,而所述链的剩余部分与源自另一物种或属于另一抗体类别或亚类的抗体以及这类抗体的片段中的对应序列相同或同源,只要它们表现出所需的生物性。
术语“多价结合蛋白”在本文中用于指包含两个或更多个抗原结合位点(在本文中也称为“抗原结合结构域”)的结合蛋白。多价结合蛋白优选地被工程化以具有三个或更多个抗原结合位点,并且通常不是天然存在的抗体。术语“多特异性结合蛋白”是指可以结合两个或更多个相关或不相关靶标的结合蛋白,包括能够结合相同靶分子的两个或更多个不同表位的结合蛋白。
如本文可互换使用的“阴性预测值”或“NPV”是指假定受试者具有阴性测试结果(即对所提出的结果呈测试阴性的受试者不具有所提出的结果)时受试者具有阴性结果(即提出的结果不存在)的概率。
如本文可互换使用的“核衣壳蛋白”或“N”蛋白是指冠状病毒的四种主要结构蛋白之一。N蛋白是唯一存在于核衣壳中的蛋白质。它由两个单独的结构域构成,N末端结构域(NTD)和C末端结构域(CTD),两者都能够使用不同的机制在体外结合RNA,这可能表明最佳的RNA结合需要两个结构域的贡献。例如,在SARS-CoV-2中,NTD可见于SEQ ID NO.2的氨基酸1至209。在SARS-CoV 中,NTD可见于SEQ ID NO:14的氨基酸1至210。例如,在SARS-CoV-2中,CTD可见于SEQ ID NO.2的氨基酸210至419。在SARS-CoV中,CTD可见于 SEQ ID NO:14的氨基酸211至422。
在本文所述的一些方面,核衣壳蛋白是包含SEQ ID NO:1的序列的β-冠状病毒的SARS-CoV-2毒株的核衣壳蛋白的至少一部分(例如,至少5个氨基酸或更多)或全部,并且在此称为“CTD肽”、“Nc-CTD肽”或“Nc-Cbt肽”。
在本文所述的一些方面,β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的一种毒株的核衣壳蛋白的NTD或CTD的至少一部分(例如,至少5个氨基酸或更多)可以直接或间接地可操作地连接、融合或接枝(诸如通过一个或多个连接肽序列和/或HIS标签)至β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2) 的相同或不同毒株的NTD或CTD的全部或至少一部分(至少5个氨基酸或更多),得到融合蛋白,其为一类表位接枝的融合蛋白或肽的实例。例如,在本文所述的一些方面,β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的一种毒株的核衣壳蛋白的NTD的至少一部分(例如,至少5个氨基酸或更多)可以直接或间接地可操作地连接、融合或接枝(诸如通过一个或多个连接肽序列和/或HIS 标签)至β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的相同或不同毒株的 NTD的全部或至少一部分(至少5个氨基酸或更多),得到融合蛋白,其在本文中称为“Nc-NTD/NTD”融合蛋白或肽(例如,“Nc”指代核衣壳)。在本文所述的一些方面,β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的一种毒株的核衣壳蛋白的CTD的至少一部分(例如,至少5个氨基酸或更多)可以直接或间接地可操作地连接、融合或接枝(诸如通过一个或多个连接肽序列和/或HIS标签) 至β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的相同或不同毒株的CTD的全部或至少一部分(至少5个氨基酸或更多),得到融合蛋白,其在本文中称为“Nc-CTD/CTD”融合蛋白或肽。在本文所述的其他方面,β-冠状病毒(诸如 SARS-CoV或SARS-CoV-2)的一种毒株的核衣壳蛋白的NTD的至少一部分(例如,至少5个氨基酸或更多)可以直接或间接地可操作地连接、融合或接枝(诸如通过一个或多个连接肽序列和/或HIS标签)至β-冠状病毒(诸如SARS-CoV 或SARS-CoV-2)的相同或不同毒株的CTD的全部或至少一部分(至少5个氨基酸或更多),得到融合蛋白,其在本文中称为“eNc-CTD”融合蛋白或肽、“eNc-Cbt”融合蛋白或肽或“表位接枝CTD”融合蛋白或肽,如本文可互换地使用。
“定点照护装置”是指用于在定点照护处或附近(即,在实验室外)、在患者护理的时间和地方(诸如,在医院、医师办公室、紧急或其他医疗护理机构、患者家、养老院和/或长期护理和/或临终关怀设施中)提供医学诊断测试的装置。定点照护装置的实例包括由Abbott Laboratories(Abbott Park,IL)生产的装置 (例如,i-STAT和i-STAT Alinity,Universal Biosensors(Rowville,Australia) (参见US 2006/0134713)、Axis-ShieldPoC AS(Oslo,Norway)和Clinical Lab Products(Los Angeles,USA)。
如本文可互换使用的“阳性预测值”或“PPV”是指假定受试者具有阳性测试结果(即对所提出的结果呈测试阳性的受试者不具有所提出的结果)时受试者具有阳性结果(即提出的结果存在)的概率。
在本文所述的免疫测定和试剂盒的背景下的“质量控制试剂”包括但不限于校准物、对照物和敏感性组。通常使用“校准物”或“标准物”(例如一种或多种,诸如复数种)来建立校正(标准)曲线以内插分析物(诸如抗体或分析物)的浓度。另选地,可以使用接近参考水平或对照水平(例如,“低”、“中等”或“高”水平)的单一校准物。可联合使用多种校准物(即多于一种的校准物或不同量的校准物)以构成“敏感性组”。
“接受者操作特征”曲线或“ROC”曲线是指说明二元分类系统在其鉴别阈变化时的性能的图形绘图。例如,ROC曲线可以是对于诊断测试的不同可能截止点的真阳性率相比于假阳性率的绘图。它是通过在各种阈值设置下将阳性中的真阳性分数(TPR=真阳性率)相对于阴性中的假阳性分数(FPR=假阳性率) 进行绘图产生的。TPR也称为敏感性,并且FPR是一减去特异性或真阴性率。 ROC曲线展示了敏感性与特异性之间的权衡(敏感性的任何增加都伴随着特异性的降低);曲线越紧密地沿着ROC空间的左边界,然后是顶部边界,测试越准确;曲线越靠近ROC空间的45度对角线,测试越不准确;截止点处的切线斜率给出所述测试值的似然率(LR);并且曲线下面积是文本准确度的度量。
“重组抗体”和“多种重组抗体”是指通过一个或多个步骤制备的抗体,包括通过重组技术将编码一种或多种单克隆抗体的全部或部分的核酸序列克隆到适当的表达载体中,并随后在适当的宿主细胞中表达抗体。所述术语包括但不限于重组产生的单克隆抗体、嵌合抗体、人源化抗体(全部或部分人源化)、由抗体片段形成的多特异性或多价结构、双功能抗体、异源缀合Ab、DVD-
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和如本文中描述的其他抗体(双可变结构域免疫球蛋白及其制备方法描述于Wu,C.等人,Nature Biotechnology,25:1290-1297(2007)中)。如本文中使用的术语“双功能抗体”是指包括对一个抗原位点具有特异性的第一臂和对不同抗原位点具有特异性的第二臂的抗体,即,双功能抗体具有双重特异性。
如本文所用的“参考水平”是指用于评估诊断、预后或治疗功效的测定截止值 (或水平),在本文中已将其与各种临床参数(例如,疾病的存在、疾病阶段、疾病严重程度、疾病的进展、未进展或改善等)联系起来或相关联。如本文所用,术语“截止值”是指高于存在某一或特定临床结果的值并低于存在不同的某一或特定临床结果的值的限度(诸如数值)。
本公开提供示例性参考水平。然而,众所周知,参考水平可以根据免疫测定的性质(例如,使用的捕获和检测试剂、反应条件、样品纯度等)而变化,并且可以比较和标准化测定。基于本公开提供的描述针对其他免疫测定修改本文的公开内容以获得用于那些其他免疫测定的免疫测定特异性参考水平进一步完全在本领域普通技术人员的能力范围内。尽管参考水平的精确值可以在测定之间变化,但是如本文所述的发现应是普遍适用的并且能够外推至其他测定。
如本文可互换使用的“样品”、“测试样品”、“试样”、“受试者的样品”、“生物样品”和“患者样本”可以是血液样品(诸如全血(包括例如,毛细血管血、静脉血、干血点等))、组织、尿液、血清、血浆、羊水、肛门样品(诸如肛门拭子试样)、下呼吸道试样(诸如但不限于痰、气管内吸出物或支气管肺泡灌洗液)、鼻涕、脑脊液、胎盘细胞或组织、内皮细胞、白细胞或单核细胞。样品可以如从患者获得地直接使用,或者可预处理,诸如通过过滤、蒸馏、提取、浓缩、离心、对干扰组分进行灭活、添加试剂等,从而以如本文中讨论的或如其他本领域已知的一些方式来修改样品的特征。另外,样品可以是使用一个或多个拭子获得的鼻咽或口咽样品,所述样品一旦获得,便放置在含有病毒运输介质 (VTM)或通用运输介质(UTM)的无菌管中以进行测试。
可以利用多种细胞类型、组织或体液来获得样品。此类细胞类型、组织和流体可以包括组织切片(诸如活检和尸检样品)、口咽试样、鼻咽试样、鼻涕试样、出于组织学目的的冷冻切片、血液(诸如全血、干血点等)、血浆、血清、红细胞、血小板、肛门样品(诸如肛门拭子试样)、间质液、脑脊液等。细胞类型和组织还可以包括淋巴液、脑脊液或通过抽吸收集的任何体液。组织或细胞类型可以通过从人和非人动物中除去细胞样品来提供,但也可以通过使用先前分离的细胞(例如,通过其他人分离的、在其他时间、和/或用于其他目的)来完成。也可以使用归档组织,例如具有治疗或结果史的那些。可能不需要蛋白质或核苷酸分离和/或纯化。在一些实施方式中,样品是全血样品。在一些实施方式中,样品是毛细管血液样品。在一些实施方式中,样品是干血点。在一些实施方式中,样品是血清样品。在其他实施方式中,样品是血浆样品。在一些实施方式中,样品是口咽试样。在其他实施方式中,样品是鼻咽试样。在其他实施方式中,样品是痰。在其他实施方式中,样品是气管内吸出物。在其他实施方式中,样品是支气管肺泡灌洗液。在其他方面,样品是鼻涕。在其他方面,样品是肛拭子试样。
如本文所用的测定的“敏感性”是指结局为阳性的受试者中被正确鉴定为阳性(例如,正确鉴定那些患有他们正被测试的疾病或医学病状的受试者)的比例。例如,这可包括正确地将已感染冠状病毒(诸如β-冠状病毒(诸如SARS-CoV 或SARS-CoV-2))的受试者从未感染冠状病毒(诸如β-冠状病毒(诸如SARS-CoV 或SARS-CoV-2))的受试者中识别出来。
如本文所用,“信号-校准物”或“S/C”比率是指根据本公开的方法,获自至少一个受试者的至少一种生物样品中可检测信号(例如,以参考光单位计)与校准物的信号的比率。当信号-校准物值大于参考水平或截止值时,则受试者对检测的分析物(例如,抗β-冠状病毒抗体(例如,SARS-CoV或SARS-CoV-2)) 是反应性的。例如,在本文所述的方法中,如果信号-校准物比率的参考水平或截止值为1.0,则信号-校准物比率大于或等于1.0的任何测试受试者都将被视为反应性的,即,对至少一种抗β-冠状病毒抗体(例如,SARS-CoV或SARS-CoV-2) 呈阳性。然而,如果测试受试者的信号-校准物比率低于参考水平或截止值1.0,则所述受试者将被视为不为反应性的,即对至少抗β-冠状病毒抗体(例如, SARS-CoV或SARS-CoV-2)呈阴性。
如本文所用,“试样-校准物”或“S/CO”比率是指根据本公开的方法,获自至少一个受试者的至少一种生物样品中试样/样品的可检测信号(例如,以参考光单位(RLU)计)与校准物的可检测信号的比率。S/CO比率是当校准物未直接与截止值或参考水平相关联时确定的,因此需要使用等式。可使用实例性等式计算S/CO:1.试样/样品的可检测信号(例如,RLU)/(校准物的可检测信号(例如,RLU)/X),其中X是校准物对截止值或参考水平的校正因子(例如,乘数);或2.试样/样品的可检测信号(例如,RLU)乘以(X/校准物的可检测信号(例如,RLU))。例如,如果校正因子是4倍截止值,由于测定的精度高达4倍的截止值,所以X将是4。如果校准物RLU是24,000RLU,并且试样/样品RLU 是12,000,则S/CO计算如下:(1)等式1:12,000RLU/(24,000RLU/4)=2.0;或 (2)等式2:12,000RLU x(4/24,000RLU)=2.0。因此,在此实例中,S/CO比率将是2.0。
如本文所用的测定的“特异性”是指结果为阴性的受试者中被正确鉴定为阴性(例如,正确鉴定那些未患有他们正被测试的疾病或医学病状的受试者)的比例。例如,这可包括正确地将已感染冠状病毒(诸如β-冠状病毒(诸如 SARS-CoV或SARS-CoV-2))的受试者从未感染冠状病毒(诸如β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2))的受试者中识别出来。
“校准组合物系列”是指包含已知浓度的分析物的多种组合物,分析物诸如一种或多种抗体(诸如抗β-冠状病毒抗体(诸如抗SARS-CoV(IgG或IgM)抗体或抗SARS-CoV-2(IgG或IgM)抗体))或多肽(诸如一种或多种源自β-冠状病毒的肽,诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2),其中每种组合物的分析物(诸如抗β-冠状病毒抗体(诸如抗SARS-CoV(IgG或IgM)抗体或抗SARS-CoV-2(IgG 或IgM)抗体))的浓度与系列中的其他组合物不同。
如本文所用,术语“单分子检测”是指在非常低的浓度水平(诸如pg/mL或飞克/mL水平)下检测和/或测量测试样品中的分析物的单个分子。许多不同的单分子分析仪或装置在本领域中是已知的并且包括纳米孔和纳米井装置。纳米孔装置的实例描述于PCT国际申请WO 2016/161402中,其据此以引用方式整体并入。纳米井装置的实例描述于PCT国际申请WO 2016/161400中,其据此以引用的方式整体并入。
如本文可互换使用的“固相”或“固体支持物”是指可用于附接和/或吸引且固定化(1)一种或多种捕获剂或捕获特异性结合配偶体,或(2)一种或多种检测剂或检测特异性结合配偶体的任何材料。固相可以就其吸引和固定化捕获剂的固有能力进行选择。另选地,固相可以在其上粘附连接剂,所述连接剂具有吸引和固定化(1)捕获剂或捕获特异性结合配偶体,或(2)检测剂或检测特异性结合配偶体。例如,连接剂可包括带电物质,其相对于捕获剂(例如,捕获特异性结合配偶体)或检测剂(例如,检测特异性结合配偶体)本身或相对于与(1)捕获剂或捕获特异性结合配偶体,或(2)检测剂或检测特异性结合配偶体缀合的带电物质是带相反电荷的。一般来讲,连接剂可以是任何结合配偶体(优选是特异性的),其固定化在(附接至)固相上并且具有通过结合反应来固定化(1)捕获剂或捕获特异性结合配偶体,或(2)检测剂或检测特异性结合配偶体的能力。连接剂使得捕获剂在性能测定之前或性能测定期间间接地与固相材料结合。例如,固相可以是塑料、衍生塑料、磁性或非磁性金属、玻璃或硅,包括例如试管、微量滴定孔、薄片、珠粒、微粒、芯片和本领域普通技术人员已知的其他构造。
如本文所用的“特异性结合”或“特异性地结合”可以是指抗体、蛋白质或肽与第二化学物质的相互作用,其中相互作用依赖于化学物质上具体结构(例如,抗原决定簇或表位)的存在;例如,抗体识别并结合特定的蛋白质结构,而不是广泛结合蛋白质。如果抗体对表位“A”具有特异性,则在含被标记的“A”和抗体的反应中,含表位A的分子(或者游离的未标记A)的存在将会降低与抗体结合的被标记的A的量。
如本文可互换使用的“特异性结合配偶体”或“特异性结合成员”是特异性结合对的成员。特异性结合对包含两个不同分子,其通过化学或物理方式彼此特异性结合。因此,除常见免疫测定的抗原与抗体特异性结合对之外,其他特异性结合对可包括生物素与抗生物素蛋白(或链霉抗生物素蛋白);碳水化合物与凝集素;互补核苷酸序列;效应分子与受体分子;辅因子与酶;酶与酶抑制剂等。此外,特异性结合对可包括是原始特异性结合成员的类似物的成员,例如分析物-类似物。免疫反应性特异性结合成员包括分离的或重组产生的抗原、抗原片段和抗体,包括单克隆和多克隆抗体以及其复合物和片段。
如本文可互换使用的“刺突蛋白”或“S”蛋白是指冠状病毒的四种主要结构蛋白之一。刺突蛋白是高N-连接的、糖基化的并且利用N末端信号序列进入内质网(ER)。病毒编码S蛋白的同源三聚体构成病毒表面上独特的刺突结构。在许多冠状病毒中,S蛋白被宿主细胞弗林蛋白酶样蛋白酶切割成两种单独的多肽,称为S1和S2。S1构成S蛋白的大受体结合结构域(RBD),而S2形成刺突分子的茎。在SARS-CoV-2中,RBD可见于SEQ ID NO:15的氨基酸319至542。例如,在SARS-CoV中,RBD可见于SEQ ID NO:16的氨基酸306至528(Yuan 等人,Science,2020年4月3日在线发布(10.1126/science.abb7269)称为“529”,然而对于序列的最后残基的真实计数,这似乎是错误的)。三聚体S糖蛋白通过S 蛋白与其受体之间的相互作用介导冠状病毒病毒体与宿主细胞连接。在人中,血管紧张素转换酶2(ACE2)是SARS-CoV和SARS-CoV-2的受体。
在本文所述的一些方面,(a)β-冠状病毒(例如SARS-CoV或SARS-CoV-2) 的一种毒株的刺突蛋白的S1多肽、S2多肽和/或RBD;或(b)单克隆抗体CR3022 的表位(描述于美国专利号8,106,170;ter Meulen等人,PLOS Medicine, 3(7):1071-1079(2006年7月);和Yuan等人,Science,2020年4月3日在线发布 (10.1126/science.abb7269),其内容以引用的方式并入本文)的至少一部分(例如,至少5个氨基酸或更多)可操作地直接或间接地连接、融合或接枝(诸如通过一个或多个连接肽序列和HIS标签)至β-冠状病毒(例如,SARS-CoV或SARS-CoV-2)的相同或不同毒株的S1多肽、S2多肽和/或RBD的全部或至少一部分(至少5个氨基酸或更多),得到融合蛋白,其在本文中称为“表位接枝刺突”融合蛋白或肽。在一些方面,单克隆抗体CR3022的表位(描述于美国专利号8,106,170;ter Meulen等人,PLOSMedicine,3(7):1071-1079(2006年7月);和Yuan等人,Science,2020年4月3日在线发布(10.1126/science.abb7269),其内容以引用的方式并入本文)的至少一部分(例如,至少5个氨基酸或更多)可操作地直接或间接地连接、融合或接枝(诸如通过一个或多个连接肽序列和HIS 标签)至β-冠状病毒(例如,SARS-CoV或SARS-CoV-2)的RBD的全部或至少一部分(至少5个氨基酸或更多),得到融合蛋白,其在本文中称为“表位接枝RBD”融合蛋白或肽。
如本文所用的“统计学上显著的”是指两个或更多个变量之间的关系由除随机机会之外的其他因素引起的可能性。将统计假设检验用于确定数据集的结果是否具有统计学上的显著性。在统计假设检验中,只要观察到的检验统计量的p 值小于研究定义的显著性水平,就获得了统计学显著性结果。p值是假定零假设是真时获得至少与观察到的结果一样极端的结果的概率。统计假设分析的实例包括威氏(Wilcoxon)符号秩次检验、t检验、卡方(Chi-Square)或费雪氏(Fisher's) 精确检验。如本文所用的“显著性的”是指尚未确定为具有统计学显著性的变化 (例如,其可能尚未经历统计假设检验)。
如本文可互换地使用的“受试者”和“患者”是指任何脊椎动物,包括但不限于哺乳动物(例如,熊、母牛、牛、猪、骆驼、美洲驼、马、山羊、兔、绵羊、仓鼠、豚鼠、猫、老虎、狮子、猎豹、美洲虎、短尾猫、美洲狮、狗、狼、郊狼、大鼠、小鼠和非人灵长类动物(例如,猴子,诸如食蟹猴或恒河猴、黑猩猩等)和人)。在一些实施方式中,受试者可以为人或非人灵长类动物或猫。在一些实施方式中,受试者是人。受试者或患者可以经历其他形式的治疗。在一些实施方式中,受试者是可能正在接受其他形式的治疗的人。在一些实施方式中,受试者疑似患有、已患有冠状病毒(诸如β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或 SARS-CoV-2))感染或已暴露于已患有冠状病毒感染或测试对冠状病毒感染呈阳性的受试者。在其他实施方式中,受试者完全无症状并且不表现出冠状病毒 (诸如β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2))的任何症状,并且可能已经或可能尚未暴露于具有或已经暴露或感染冠状病毒(诸如β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2))的受试者。
如本文所用,“系统”是指为了共同目的而一起操作的多个真实和/或抽象元件。在一些实施方式中,“系统”是硬件和/或软件元件的集成组合。在一些实施方式中,系统的每个部件与一个或多个其他元件交互和/或与一个或多个其他元件相关。在一些实施方式中,系统是指用于控制和指导方法的元件和软件的组合。
如本文所用,术语“测试条”可包括一种或多种吸水或不吸水材料。如果测试条包括多于一种材料,则一种或多种材料优选地流体连通。测试条的一种材料可以覆盖在测试条的另一种材料上,诸如滤纸覆盖在硝化纤维素上。替代地或另外,测试条可包括包含一种或多种材料的区域,随后是包含一种或多种不同材料的区域。在这种情况下,这些区域是流体连通的并且可以或可以不彼此部分重叠。适用于测试条的材料包括但不限于源自纤维素的材料,诸如滤纸、色谱纸、硝化纤维素和醋酸纤维素,以及由玻璃纤维、尼龙、涤纶、PVC、聚丙烯酰胺、交联右旋糖酐、琼脂糖、聚丙烯酸酯、陶瓷材料等制成的材料。可以任选地对测试条的一种或多种材料进行处理以改变它们的毛细管流动特征或所施加样品的特征。例如,可以用缓冲液处理测试条的样品施加区域以校正所施加样品的pH、盐浓度或比重,从而优化测试条件。
一种或多种材料可以是单一结构,诸如切成条状的片材,或者它可以是结合到支持物或固体表面的若干条或颗粒材料,例如在薄层色谱中发现的,并且可以具有作为整体部分或液体接触的吸收垫。材料还可以是其上具有泳道的片材,其能够点样以促使泳道形成,其中可以在每个泳道中进行单独的测定。材料可以具有矩形、圆形、椭圆形、三角形或其他形状,只要有至少一个测试溶液通过毛细管迁移而行进的方向即可。可能出现其他的行进方向,诸如在中心与测试溶液接触的椭圆形或圆形片。然而,主要的考虑是有至少一个流向预定部位的方向。
在支持物是需要或必要的情况下,测试条的支持物通常是不溶于水的,通常是无孔的和刚性的,但可以是弹性的,通常是疏水的和多孔的,并且通常长度和宽度与条相同,但可能更大或更小。支持物材料可以是透明的,并且当组装本发明技术的测试装置时,透明支持物材料可在测试条的用户可以看到的一侧,使得透明支持物材料在测试条上形成保护层,此时它可以诸如通过在测试装置前面的孔暴露于外部环境。可以采用多种不可移动和不可移动的材料,均是天然的和合成的,及其组合,只要支持物不干扰一种或多种材料、或非特异性结合测定部件的毛细管作用或干扰信号产生系统即可。例示性聚合物包括聚乙烯、聚丙烯、聚(4-甲基丁烯)、聚苯乙烯、聚甲基丙烯酸酯、聚(对苯二甲酸乙二醇酯)、尼龙、聚(丁酸乙烯酯)、玻璃、陶瓷、金属等。弹性支持物可由聚氨酯、氯丁橡胶、乳胶、硅橡胶等制成。
“治疗(Treat/treating/treatment)”各自在本文中可互换用于描述逆转、减轻或抑制这种术语所适用的疾病和/或损伤的进展,或这种疾病的一种或多种症状。根据受试者的病状,所述术语还是指预防疾病,并且包括预防疾病的发作或预防与疾病相关的症状。治疗可以以急性或慢性方式进行。所述术语还是指在受疾病折磨之前降低与这种疾病相关的疾病或症状的严重程度。在折磨之前的这种预防疾病或降低疾病严重程度是指不在受疾病折磨的施用时间将药物组合物施用于受试者。“预防”还指预防疾病或与这种疾病相关的一种或多种症状的复发。“治疗”和“治疗性地”是指治疗的行为,正如“治疗”如上所定义的。
“变体”在本文中用于描述因氨基酸的插入、缺失或保守性取代而在氨基酸序列方面与参考肽或多肽不同,但保留至少一种生物活性的肽或多肽。“生物活性”的代表性实例包括被特定抗原或抗体结合,或促进免疫反应的能力。变体还在本文中用于描述具有与参考蛋白质基本上相同的氨基酸序列的蛋白质,所述参考蛋白质具有保留至少一种生物活性的氨基酸序列。氨基酸的保守性取代,即以相似特性(例如,亲水性、带电区域的程度和分布)的不同氨基酸来替换氨基酸,在本领域中被公认为通常涉及微小变化。如本领域中所理解的,这些微小变化可以部分通过考虑氨基酸的亲疏水性指数来鉴定。Kyte等人,J.Mol.Biol.157:105-132(1982)。氨基酸的亲水指数是基于其疏水性和电荷的考虑。本领域中已知的是具有相似亲水指数的氨基酸可被取代并仍然保留蛋白质功能。在一个方面,亲水性指数为±2的氨基酸被取代。氨基酸的亲水性还可用于揭示将产生保留生物功能的蛋白质的取代。在肽的背景下考虑氨基酸的亲水性允许计算所述肽最大的局部平均亲水性,其是一种已经被报道与抗原性和免疫原性良好关联的有用量度。美国专利号4,554,101以引用方式全部并入本文。如本领域中所了解的,具有相似亲水性值的氨基酸的取代可以产生保留生物活性(例如免疫原性)的肽。可用具有彼此在±2内的亲水性值的氨基酸进行取代。氨基酸的疏水性指数和亲水性值两者都受所述氨基酸的特定侧链影响。与所述观察一致的是,与生物功能相容的氨基酸取代被理解为取决于所述氨基酸的相对相似性,并且特别是那些氨基酸的侧链,如通过疏水性、亲水性、电荷、大小以及其他特性所揭示的。“变体”也可用于指抗分析物抗体的抗原反应性片段,其在氨基酸序列方面与抗分析物抗体的相应片段不同,但仍具有抗原反应性并且可以与用于与分析物结合的抗分析物抗体的相应片段竞争。“变体”也可用于描述已经差别地加工(诸如通过蛋白水解、磷酸化或其他翻译后修饰),但仍保留它的抗原反应性的多肽或其片段。
“载体”在本文中用于描述可以转运其已连接的另一核酸的核酸分子。一种类型的载体是“质粒”,所述质粒是指可以将另外的DNA区段连接到其中的环状双链DNA环。另一种类型的载体是病毒载体,其中另外的DNA区段可以连接到病毒基因组中。某些载体可以在它们被引入的宿主细胞中自主复制(例如,具有细菌复制起点的细菌载体和附加型哺乳动物载体)。其他载体(例如,非附加型哺乳动物载体)可在引入到宿主细胞中之后整合到宿主细胞的基因组中,并且由此与宿主基因组一起复制。此外,某些载体能够指导它们所可操作地连接的基因的表达。此类载体在本文中被称为“重组表达载体”(或者简单地,“表达载体”)。通常地,用于重组DNA技术中的表达载体通常呈质粒形式。“质粒”和“载体”可互换使用,因为质粒是最常用的载体形式。然而,可以使用起等同功能的其他形式的表达载体,诸如病毒载体(例如复制缺陷型逆转录病毒、腺病毒和腺相关病毒)。就这一点而言,载体的RNA型式(包括RNA病毒载体)也可以用于本公开的上下文中。
除非本文另外定义,否则与本申请关联使用的科学和技术术语将具有由本领域普通技术人员通常所理解的含义。例如,结合本文中描述的细胞和组织培养、分子生物学、免疫学、微生物学、遗传学和蛋白质及核酸化学以及杂交使用的任何命名法以及其技术是本领域中熟知并且常用的那些。术语的含义和范围应为清晰的;然而,如果存在任何隐含歧义,则本文中所提供的定义优先于任何字典或外来定义。另外,除非上下文另有要求,否则单数术语应包括复数并且复数术语应包括单数。
2.用于检测受试者的针对至少一种类型的β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或 SARS-CoV-2)的抗体的存在或确定其数量、量、水平和/或浓度的方法
本公开涉及用于以下的方法:(a)检测获自一个或多个受试者的一种或多种生物样品的至少一种类型的β-冠状病毒(例如,SARS-CoV或SARS-CoV-2)的存在;或(b)确定或测量其至少一种类型的β-冠状病毒(例如,SARS-CoV或 SARS-CoV-2)的数量、量、水平或浓度(例如,定量(包括半定量))。在一些方面,本文所述的方法可以是(a)半定量的;(b)定量的;或(c)定性的。在一些方面,本文所述的方法是半定量的,例如,未针对国际公认的标准(例如WHO国际标准(例如,以BAU/mL为单位))对所述方法进行标准化。在其他方面,本文所述的方法是定量的,例如可以针对国际公认的标准(例如WHO国际标准(例如,以BAU/mL为单位))对所述方法进行标准化。在其他方面,本文所述的方法是定性的,例如获得或确定信号-校准物比率(S/CO)。对方法是半定量的、定量的还是定性的以及方法适用于半定量、定量还是定性的理解是众所周知的并且使用本领域中已知的常规技术进行。在其他方面,本文所述的方法可用作诊断SARS-CoV-2感染的辅助。例如,本文所述的方法可以与临床表现和其他实验室测试结合使用,以帮助诊断受试者(例如,可能或可能不表现出感染体征和/或症状并且疑似具有SARS-CoV-2)的SARS-CoV-2感染。
在一些方面,检测样品中针对至少一种类型的β-冠状病毒(诸如SARS-CoV 或SARS-CoV-2)的抗体指示β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的反应,及因此受试者曾今或目前存在至少一种类型的β-冠状病毒(诸如 SARS-CoV或SARS-CoV-2)。在一个方面,所述方法涉及(a)检测获自一个或多个受试者(例如,可能或可能不表现出感染体征和/或症状并且疑似具有至少一种类型的β-冠状病毒(例如,SARS-CoV或SARS-CoV-2))的一种或多种生物样品中至少一种类型的抗β-冠状病毒抗体(例如,抗SARS-CoV抗体或抗 SARS-CoV-2抗体)的存在(例如,可以是定性的以及半定量或定量的);或(b) 确定或测量其至少一种类型的抗β-冠状病毒抗体(例如,抗SARS-CoV抗体或抗SARS-CoV-2抗体)的数量、量、水平或浓度(例如,定量(包括半定量))。在一些方面,当所述方法测量至少一种类型的抗β-冠状病毒抗体(诸如,至少一种抗SARS-CoV抗体或抗SARS-CoV-2抗体)的数量、量、水平或浓度(例如,定量(包括半定量))时,所述方法可以在不稀释生物样品的情况下进行。在其他方面,当所述方法测量至少一种类型的抗β-冠状病毒抗体(诸如至少一种抗SARS-CoV抗体或抗SARS-CoV-2抗体)的数量、量、水平或浓度(例如,定量(包括半定量))时,所述方法可以在监测接受或施用于少一种常规的β- 冠状病毒(例如,SARS-CoV或SARS-CoV-2)疫苗(例如,第一或初始疫苗和 /或一种或多种后续(例如,加强)疫苗)时在不稀释生物样品的情况下进行。在另一方面,所述方法涉及检测获自受试者(例如人、非人灵长类动物、猫、狗等)的一种或多种生物样品中至少一种类型的抗β-冠状病毒(IgG和/或IgM) 抗体(诸如至少一种抗SARS-CoV(IgG和/或IgM)抗体或抗SARS-CoV-2(IgG 和/或IgM)抗体)的存在(可以是定性的以及半定量或定量的)。在另一方面,所述方法涉及确定或测量获自受试者(例如人、非人灵长类动物、猫、狗等) 的一种或多种生物样品中至少一种类型的抗β-冠状病毒(IgG和/或IgM)抗体 (诸如至少一种抗SARS-CoV(IgG和/或IgM)抗体或抗SARS-CoV-2(IgG和/或IgM)抗体)的数量、量、水平或浓度。在其他方面,所述方法涉及检测获自一个或多个受试者(例如,可能或可能不表现出感染体征和/或症状并且疑似具有SARS-CoV或SARS-CoV-2)的一种或多种生物样品中至少一种类型的抗 SARS-CoV(IgG和/或IgM)抗体或抗SARS-CoV-2(IgG和/或IgM)抗体的存在。
在其他方面,所述方法涉及确定或测量获自一个或多个受试者(例如,可能或可能不表现出感染体征和/或症状并且疑似具有SARS-CoV或SARS-CoV-2) 的一种或多种生物样品中至少一种类型的抗SARS-CoV(IgG和/或IgM)抗体或抗SARS-CoV-2(IgG和/或IgM)抗体的数量、量、水平或浓度。在此方面,所述方法可还包括向受试者分配区分等级(例如,颜色和/或数目等级)的步骤 (诸如章节14中所述的那些),其基于生物样品中检测或确定的至少一种类型的抗SARS-CoV-2抗体的数量、量、水平或浓度,指示受试者是否可能对至少一种类型的SARS-CoV-2感染具有免疫力(例如,或者可能发展阳性免疫力)。这种区分等级(例如,颜色和/或数目等级)可显示在移动装置上,诸如通过移动应用程序。在其他方面,所述方法涉及检测获自一个或多个受试者(例如,可能或可能不表现出感染体征和/或症状并且疑似具有SARS-CoV或 SARS-CoV-2)的一种或多种生物样品中至少一种类型的人抗SARS-CoV(IgG 和/或IgM)抗体或人抗SARS-CoV-2(IgG和/或IgM)抗体的存在。在此方面,所述方法还包括向受试者分配区分等级(例如,颜色和/或数目等级)(诸如第 14章节中所述的那些)的步骤,其基于生物样品中检测或确定的至少一种类型的抗SARS-CoV-2抗体的存在,指示受试者是否可能对至少一种类型的 SARS-CoV-2感染具有免疫力(例如,或者可能发展阳性免疫力)。这种区分等级(例如,颜色和/或数目等级)可显示在移动装置上,诸如通过移动应用程序。在另一方面,所述方法涉及检测至少一种人抗SARS-CoV IgG抗体和至少一种人抗SARS-CoV IgM抗体或至少一种人抗SARS-CoV-2 IgG抗体和至少一种人抗SARS-CoV-2IgM抗体的存在。在其他方面,所述方法涉及确定或测量获自一个或多个人受试者(例如,可能或可能不表现出感染体征和/或症状并且疑似具有SARS-CoV或SARS-CoV-2)的一种或多种生物样品中至少一种类型的人抗SARS-CoV(IgG和/或IgM)抗体或人抗SARS-CoV-2(IgG和/或IgM)抗体的数量、量、水平或浓度。在其他方面,所述方法涉及确定或测量至少一种人抗SARS-CoV IgG抗体和至少一种人抗SARS-CoV IgM抗体或至少一种人抗 SARS-CoV-2 IgG抗体和至少一种人抗SARS-CoV-2 IgM抗体的数量、量、水平或浓度。应当理解,使用本文所述的方法获得的“阴性”结果(例如,至少一种类型的抗β-冠状病毒(IgG和/或IgM)抗体的存在未检测到和/或至少一种类型的抗β-冠状病毒(IgG和/或IgM)抗体的数量、量、水平或浓度不可确定或低于预定水平或截止值)不排除先前或并发感染至少一种类型的β-冠状病毒(例如 SARS-CoV或SARS-CoV-2),特别是在已接触病毒的受试者(例如,医务工作者)。通常,此类受试者可能接受跟踪或另外的分子诊断测试,以进一步排除所述个体的感染。
在一些实施方式中,检测至少一种类型的抗β-冠状病毒抗体(诸如至少一种抗SARS-CoV抗体或抗SARS-CoV-2抗体)的存在或测量其数量、量、水平或浓度包括将样品同时或以任何顺序依次与以下接触:(1)至少一种类型的第一特异性结合配偶体,其特异性结合至少一种类型的抗β-冠状病毒抗体以形成至少一种类型的第一特异性结合配偶体-抗β-冠状病毒抗体复合物;和(2)包含至少一种可检测标记(例如,检测试剂)的至少一种类型的第二特异性结合配偶体,其在与至少一种类型的第一特异性结合配偶体不同的位置处特异性结合至少一种类型的β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)抗体,使得形成至少一种类型的第一特异性结合配偶体-抗β-冠状病毒抗体-第二特异性结合配偶体复合物,以及基于至少一种类型的第一特异性结合配偶体-抗β-冠状病毒抗体- 第二特异性结合配偶体复合物中可检测标记生成的信号,检测样品中至少一种类型的抗β-冠状病毒抗体(诸如抗SARS-CoV(例如,IgG和/或IgM)抗体或抗SARS-CoV-2(例如,IgG和/或IgM)抗体)的存在或确定或测量其量或浓度。在一些方面,当测量至少一种类型的抗β-冠状病毒抗体(诸如,至少一种抗 SARS-CoV抗体或抗SARS-CoV-2抗体)的数量、量、水平或浓度时可以在不稀释生物样品的情况下进行。在其他方面,当所述方法测量至少一种类型的抗β- 冠状病毒抗体(诸如至少一种抗SARS-CoV抗体或抗SARS-CoV-2抗体)的数量、量、水平或浓度时,所述方法可以在监测接受或施用于少一种常规的β-冠状病毒(例如,SARS-CoV或SARS-CoV-2)疫苗(例如,第一或初始疫苗和/ 或一种或多种后续(例如,加强)疫苗)时在不稀释生物样品的情况下进行。参见例如,如图8所示。
在一些实施方式中,至少一种第一特异性结合配偶体(例如,捕获试剂) 包括至少一种重组抗原。至少一种重组试剂来自以下的至少一种β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)分离多肽或其变体:(a)β-冠状病毒(诸如 SARS-CoV或SARS-CoV-2)的核衣壳蛋白或其变体;(b)β-冠状病毒(诸如 SARS-CoV或SARS-CoV-2)的刺突蛋白或其变体;或(c)β-冠状病毒(诸如 SARS-CoV或SARS-CoV-2)的核衣壳蛋白和刺突蛋白或核衣壳蛋白和/或刺突蛋白的变体。至少一种第一特异性结合配偶体中可使用本领域中已知的β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的任何核衣壳蛋白或刺突蛋白。例如,可使用SARS-CoV的核衣壳和/或刺突蛋白,诸如来自毒株FM1(GenBank登录号AY291315)、GZ02(GenBank登录号AY390556)、Sin3408(GenBank登录号AY559083)、Shanghai LY(GenBank登录号AY322207)、GZ-C(GenBank 登录号AY394979)、Sino1-11(GenBank登录号AY485277)、BJ302 cl.2(GenBank 登录号AY429073)、GD03T0013(GenBank登录号AY525636)和/或GB01 (GenBank登录号AY278489),如van den Brink等人,J.Virol.79(3):1635-1644 (2005年2月)中所述,其内容以引用方式并入本文。替代地,SARS-CoV-2 的核衣壳和/或刺突蛋白,诸如例如Lu等人,Lancet,395:565-574(2020年2月) 中所述和中国国家微生物科学数据中心中寄存的(登录号NMDC10013002和 Genome登录号NMDC60013002-01至NMDC60013002-10)的那些、Wuhan-Hu-1 (GenBank登录号NC_045512.2)、Wuhan-Hu-1(GenBank登录号MN908947.3) 和https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/sars-cov-2-seqs/,其内容以引用方式并入本文。
至少一种第一特异性结合配偶体
在一些方面,至少一种第一特异性结合配偶体(例如,捕获试剂)包括至少一种重组抗原。重组抗原包括核衣壳蛋白或其变体的至少一种β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)分离多肽或其变体。β-冠状病毒(诸如SARS-CoV 或SARS-CoV-2)的核衣壳蛋白包含两个单独的结构域:(a)N末端结构域(NTD) 或N末端结合结构域(NBD);和(b)C末端结构域(CTD)或C末端结合结构域 (CBD)。例如,图1和SEQ ID NO:2提供SARS-CoV-2的毒株的核衣壳蛋白。 NTD可存在于图1SEQ ID NO:2的氨基酸1-209中。CTD可存在于图1SEQ ID NO:2的氨基酸210-419中(在图4中的SEQ ID NO:2中以下划线和斜体显示)。在一些方面,分离的SARS-CoV-2变体多肽可包含如以下表B中所示的在SEQ ID NO:2内的一个或多个以下氨基酸位置的一个或多个取代。
表B
Figure RE-GDA0003944127500000831
Figure RE-GDA0003944127500000841
在其他方面,分离的SARS-CoV-2变体多肽可包含在SEQ ID NO:2内的一个或多个以下氨基酸位置的一个或多个取代和/或缺失:(1)在氨基酸位置3处用亮氨酸替代天冬酰胺(D3L);(2)在氨基酸位置235处用苯丙氨酸替代丝氨酸 (S235F)(在图4中的SEQ ID NO:2中以下划线、斜体和粗体显示);(3)在氨基酸位置234处用异亮氨酸替代甲硫氨酸(M234I);(4)在氨基酸位置373处用天冬酰胺替代赖氨酸(K373N);(5)在氨基酸位置377处用酪氨酸替代天冬氨酸 (D377Y);(6)在氨基酸位置376处用苏氨酸替代丙氨酸(A376T);或(7)(1)-(6)的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:2中除(1)-(6)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合。
在其他方面,分离的SARS-CoV-2变体多肽可包含在SEQ ID NO:2的氨基酸210至419的一个或多个位置中的一个或多个取代和/或缺失:(1)在氨基酸位置235处用苯丙氨酸替代丝氨酸(S235F);(2)在氨基酸位置234处用异亮氨酸替代甲硫氨酸(M234I);(3)在位置373处用天冬酰胺替代赖氨酸(K373N);(4)在氨基酸位置377处用酪氨酸替代天冬氨酸(D377Y);(5)在氨基酸位置376处用苏氨酸替代丙氨酸(A376T);或(6)(1)-(5)的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:2的氨基酸210至419中除(1)-(5)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合。
至少一种第一特异性结合配偶体的核衣壳蛋白或其变体的长度可为约5、6、 7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、 25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、 42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、 76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、 93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、 108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、 122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、 136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、161、162、163、 164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、176、177、 178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、190、191、 192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、204、205、 206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、217、218、219、 220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、230、231、232、233、 234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、245、246、247、 248、249、250、251、252、253、254、255、256、257、258、259、260、261、 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在一些方面,至少一种第一特异性结合配偶体的核衣壳蛋白或其变体的长度可为约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、 22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、 39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、 73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、 90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、 106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、 120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、 134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、 148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、161、 162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、 176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、 190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、 204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、217、 218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、230、231、 232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、245、246、247、248、249、250、251、252、253、254、255、256、257、258、259、 260、261、262、263、264、265、266、267、268、269、270、272、272、273、 274、275、276、277、278、279、280、281、282、283、284、285、286、287、 288、289、290、291、292、293、294、295、296、297、298、299、300、301、 302、303、304、305、306、307、308、309、310、311、312、313、314、315、 316、317、318、319、320、321、322、323、324、325、326、327、328、329、 330、331、332、333、334、335、336、337、338、339、340、341、342、343、 344、345、346、347、348、349、350、351、352、353、354、355、356、357、 358、359、360、361、362、363、364、365、366、367、368、369、370、371、 372、373、374、375、376、377、378、379、380、381、382、383、384、385、 386、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、 400、401、402、403、404、405、406、407、408、409、410、411、412、413、 414、415、416、417、418、419、420、421、422、423、424、425、426、427、 428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、 442、443、444、445、446、447、448、449、450、451、452、453、454、455、 456、457、458、459、460、461、462、463、464、465、466、467、468、469、 470、471、472、473、474、475、476、477、478、479、480、481、482、483、 484、485、486、487、488、489、490、491、492、493、494、495、496、497、 498、499、500、501、502、503、504、505、506、507、508、509、510、511、 512、513、514、515、516、517、518、519、520、521、522、523、524、525、 526、527、528、529、530、531、532、533、534、535、536、537、538、539、 540、541、542、543、544、545、546、547、548、549、550、551、552、553、 554、555、556、557、558、559、560、561、562、563、564、565、566、567、 568、569、570、571、572、573、574、575、576、577、578、579、580、581、 582、583、584、585、586、587、588、589、590、591、592、593、594、595、 596、597、598、599、600、601、602、603、604、605、606、607、608、609、 610、611、612、613、614、615、616、617、618、619、620、621、622、623、 624、625、626、627、628、629、630、631、632、633、634、635、636、637、 638、639、640、641、642、643、644、645、646、647、648、649、650、651、 652、653、654、655、656、657、658、659、660、661、662、663、664、665、666、667、668、669、670、671、672、673、674、675、676、677、678、679、 680、681、682、683、684、685、686、687、688、689、690、691、692、693、 694、695、696、697、698、699、700、701、702、703、704、705、706、707、 708、709、710、711、712、713、714、715、716、717、718、719、720、721、 722、723、724、725、726、727、728、729、730、731、732、733、734、735、 736、737、738、739、740、741、742、743、744、745、746、747、748、749、 750、751、752、753、754、755、756、757、758、759、760、761、762、763、 764、765、766、767、768、769、770、771、772、773、774、775、776、777、 778、779、780、781、782、783、784、785、786、787、788、789、790、791、 792、793、794、795、796、797、798、799、800、801、802、803、804、805、 806、807、808、809、810、811、812、813、814、815、816、817、818、819、 820、821、822、823、824、825、826、827、828、829、830、831、832、833、 834、835、836、837、838、839、840、841、842、843、844、845、846、847、 848、849、850、851、852、853、854、855、856、857、858、859、860、861、 862、863、864、865、866、867、868、869、870、871、872、873、874、875、 876、877、878、879、880、881、882、883、884、885、886、887、888、889、 890、891、892、893、894、895、896、897、898、899或900个氨基酸。
在一些方面,至少一种第一特异性结合配偶体的核衣壳蛋白或其变体的长度可为约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、 22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、 39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、 73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、 90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、 106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、 120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、 134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、 148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、161、 162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、 176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、 204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、217、 218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、230、231、 232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、245、 246、247、248、249、250、251、252、253、254、255、256、257、258、259、 260、261、262、263、264、265、266、267、268、269、270、272、272、273、 274、275、276、277、278、279、280、281、282、283、284、285、286、287、 288、289、290、291、292、293、294、295、296、297、298、299、300、301、302、303、304、305、306、307、308、309、310、311、312、313、314、315、 316、317、318、319、320、321、322、323、324、325、326、327、328、329、 330、331、332、333、334、335、336、337、338、339、340、341、342、343、 344、345、346、347、348、349、350、351、352、353、354、355、356、357、 358、359、360、361、362、363、364、365、366、367、368、369、370、371、 372、373、374、375、376、377、378、379、380、381、382、383、384、385、 386、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、 400、401、402、403、404、405、406、407、408、409、410、411、412、413、 414、415、416、417、418、419、420、421、422、423、424、425、426、427、 428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、 442、443、444、445、446、447、448、449、450、451、452、453、454、455、 456、457、458、459、460、461、462、463、464、465、466、467、468、469、 470、471、472、473、474、475、476、477、478、479、480、481、482、483、 484、485、486、487、488、489、490、491、492、493、494、495、496、497、 498、499、500、501、502、503、504、505、506、507、508、509、510、511、 512、513、514、515、516、517、518、519、520、521、522、523、524、525、 526、527、528、529、530、531、532、533、534、535、536、537、538、539、 540、541、542、543、544、545、546、547、548、549、550、551、552、553、 554、555、556、557、558、559、560、561、562、563、564、565、566、567、 568、569、570、571、572、573、574、575、576、577、578、579、580、581、 582、583、584、585、586、587、588、589、590、591、592、593、594、595、 596、597、598、599、600、601、602、603、604、605、606、607、608、609、610、611、612、613、614、615、616、617、618、619、620、621、622、623、 624、625、626、627、628、629、630、631、632、633、634、635、636、637、 638、639、640、641、642、643、644、645、646、647、648、649、650、651、 652、653、654、655、656、657、658、659、660、661、662、663、664、665、 666、667、668、669、670、671、672、673、674、675、676、677、678、679、 680、681、682、683、684、685、686、687、688、689、690、691、692、693、 694、695、696、697、698、699、700、701、702、703、704、705、706、707、 708、709、710、711、712、713、714、715、716、717、718、719、720、721、 722、723、724、725、726、727、728、729、730、731、732、733、734、735、 736、737、738、739、740、741、742、743、744、745、746、747、748、749、 750、751、752、753、754、755、756、757、758、759、760、761、762、763、 764、765、766、767、768、769、770、771、772、773、774、775、776、777、 778、779、780、781、782、783、784、785、786、787、788、789、790、791、 792、793、794、795、796、797、798、799或800个氨基酸。
在一些方面,至少一种第一特异性结合配偶体的核衣壳蛋白或其变体的长度可为约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、 22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、 39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、 73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、 90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、 106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、 120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、 134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、 148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、161、 162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、 176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、 190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、 204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、217、 218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、245、 246、247、248、249、250、251、252、253、254、255、256、257、258、259、 260、261、262、263、264、265、266、267、268、269、270、272、272、273、 274、275、276、277、278、279、280、281、282、283、284、285、286、287、 288、289、290、291、292、293、294、295、296、297、298、299、300、301、 302、303、304、305、306、307、308、309、310、311、312、313、314、315、 316、317、318、319、320、321、322、323、324、325、326、327、328、329、 330、331、332、333、334、335、336、337、338、339、340、341、342、343、 344、345、346、347、348、349、350、351、352、353、354、355、356、357、 358、359、360、361、362、363、364、365、366、367、368、369、370、371、 372、373、374、375、376、377、378、379、380、381、382、383、384、385、 386、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、 400、401、402、403、404、405、406、407、408、409、410、411、412、413、 414、415、416、417、418、419、420、421、422、423、424、425、426、427、 428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、 442、443、444、445、446、447、448、449、450、451、452、453、454、455、 456、457、458、459、460、461、462、463、464、465、466、467、468、469、 470、471、472、473、474、475、476、477、478、479、480、481、482、483、 484、485、486、487、488、489、490、491、492、493、494、495、496、497、 498、499、500、501、502、503、504、505、506、507、508、509、510、511、 512、513、514、515、516、517、518、519、520、521、522、523、524、525、 526、527、528、529、530、531、532、533、534、535、536、537、538、539、 540、541、542、543、544、545、546、547、548、549、550、551、552、553、 554、555、556、557、558、559、560、561、562、563、564、565、566、567、 568、569、570、571、572、573、574、575、576、577、578、579、580、581、 582、583、584、585、586、587、588、589、590、591、592、593、594、595、 596、597、598、599、600、601、602、603、604、605、606、607、608、609、 610、611、612、613、614、615、616、617、618、619、620、621、622、623、 624、625、626、627、628、629、630、631、632、633、634、635、636、637、 638、639、640、641、642、643、644、645、646、647、648、649、650、651、652、653、654、655、656、657、658、659、660、661、662、663、664、665、 666、667、668、669、670、671、672、673、674、675、676、677、678、679、 680、681、682、683、684、685、686、687、688、689、690、691、692、693、 694、695、696、697、698、699或700个氨基酸。
在一些方面,至少一种第一特异性结合配偶体的核衣壳蛋白或其变体的长度可为约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、 22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、 39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、 73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、 90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、 106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、 120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、 134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、 148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、161、 162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、 176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、 190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、 204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、217、 218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、230、231、 232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、245、 246、247、248、249、250、251、252、253、254、255、256、257、258、259、 260、261、262、263、264、265、266、267、268、269、270、272、272、273、 274、275、276、277、278、279、280、281、282、283、284、285、286、287、 288、289、290、291、292、293、294、295、296、297、298、299、300、301、 302、303、304、305、306、307、308、309、310、311、312、313、314、315、 316、317、318、319、320、321、322、323、324、325、326、327、328、329、 330、331、332、333、334、335、336、337、338、339、340、341、342、343、 344、345、346、347、348、349、350、351、352、353、354、355、356、357、 358、359、360、361、362、363、364、365、366、367、368、369、370、371、372、373、374、375、376、377、378、379、380、381、382、383、384、385、 386、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、 400、401、402、403、404、405、406、407、408、409、410、411、412、413、 414、415、416、417、418、419、420、421、422、423、424、425、426、427、 428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、 442、443、444、445、446、447、448、449、450、451、452、453、454、455、 456、457、458、459、460、461、462、463、464、465、466、467、468、469、 470、471、472、473、474、475、476、477、478、479、480、481、482、483、 484、485、486、487、488、489、490、491、492、493、494、495、496、497、 498、499、500、501、502、503、504、505、506、507、508、509、510、511、 512、513、514、515、516、517、518、519、520、521、522、523、524、525、 526、527、528、529、530、531、532、533、534、535、536、537、538、539、 540、541、542、543、544、545、546、547、548、549、550、551、552、553、 554、555、556、557、558、559、560、561、562、563、564、565、566、567、 568、569、570、571、572、573、574、575、576、577、578、579、580、581、 582、583、584、585、586、587、588、589、590、591、592、593、594、595、596、597、598、599或600个氨基酸。
在一些方面,至少一种第一特异性结合配偶体的至少一种第一重组抗原中的核衣壳蛋白或其变体的长度可为约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、 16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、 33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、 50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、 67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、 84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、 101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、 115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、 129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、 143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、 157、158、159、160、161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、 171、172、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、196、197、198、 199、200、201、202、203、204、205、206、207、208、209、210、211、212、 213、214、215、216、217、218、219、220、221、222、223、224、225、226、 227、228、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、240、 241、242、243、244、245、246、247、248、249、250、251、252、253、254、 255、256、257、258、259、260、261、262、263、264、265、266、267、268、 269、270、272、272、273、274、275、276、277、278、279、280、281、282、 283、284、285、286、287、288、289、290、291、292、293、294、295、296、 297、298、299、300、301、302、303、304、305、306、307、308、309、310、 311、312、313、314、315、316、317、318、319、320、321、322、323、324、 325、326、327、328、329、330、331、332、333、334、335、336、337、338、 339、340、341、342、343、344、345、346、347、348、349、350、351、352、 353、354、355、356、357、358、359、360、361、362、363、364、365、366、 367、368、369、370、371、372、373、374、375、376、377、378、379、380、 381、382、383、384、385、386、387、388、389、390、391、392、393、394、 395、396、397、398、399、400、401、402、403、404、405、406、407、408、 409、410、411、412、413、414、415、416、417、418、419、420、421、422、 423、424、425、426、427、428、429、430、431、432、433、434、435、436、 437、438、439、440、441、442、443、444、445、446、447、448、449、450、 451、452、453、454、455、456、457、458、459、460、461、462、463、464、 465、466、467、468、469、470、471、472、473、474、475、476、477、478、 479、480、481、482、483、484、485、486、487、488、489、490、491、492、 493、494、495、496、497、498、499或500个氨基酸。
在一些方面,至少一种第一特异性结合配偶体的核衣壳蛋白或其变体的长度可为约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、 22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、 39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、 73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、 90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、 120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、 134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、 148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、161、 162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、 176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、 190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、 204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、217、 218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、230、231、 232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、245、 246、247、248、249、250、251、252、253、254、255、256、257、258、259、 260、261、262、263、264、265、266、267、268、269、270、272、272、273、 274、275、276、277、278、279、280、281、282、283、284、285、286、287、 288、289、290、291、292、293、294、295、296、297、298、299、300、301、 302、303、304、305、306、307、308、309、310、311、312、313、314、315、 316、317、318、319、320、321、322、323、324、325、326、327、328、329、 330、331、332、333、334、335、336、337、338、339、340、341、342、343、 344、345、346、347、348、349、350、351、352、353、354、355、356、357、 358、359、360、361、362、363、364、365、366、367、368、369、370、371、 372、373、374、375、376、377、378、379、380、381、382、383、384、385、 386、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、 400、401、402、403、404或405个氨基酸。
在一些方面,至少一种第一特异性结合配偶体的核衣壳蛋白或其变体的长度可为约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、 22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、 39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、 73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、 90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、 106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、 134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、 148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、161、 162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、 176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、 190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、 204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、217、 218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、230、231、 232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、245、 246、247、248、249或250个氨基酸。
在另一方面,第一特异性结合配偶体的核衣壳蛋白或其变体的长度可为约5 个氨基酸至约1500个氨基酸、约10个氨基酸至约1500个氨基酸、约15个氨基酸至约1500个氨基酸、约20个氨基酸至约1500个氨基酸、约25个氨基酸至约1500个氨基酸、约30个氨基酸至约1500个氨基酸、约40个氨基酸至约 1500个氨基酸、约50个氨基酸至约1500个氨基酸、约60个氨基酸至约1500 个氨基酸、约70个氨基酸至约1500个氨基酸、约75个氨基酸至约1500个氨基酸、约80个氨基酸至约1500个氨基酸、约90个氨基酸至约1500个氨基酸、约100个氨基酸至约1500个氨基酸、约5个氨基酸至约1400个氨基酸、约10 个氨基酸至约1400个氨基酸、约15个氨基酸至约1400个氨基酸、约20个氨基酸至约1400个氨基酸、约25个氨基酸至约1400个氨基酸、约30个氨基酸至约1400个氨基酸、约40个氨基酸至约1400个氨基酸、约50个氨基酸至约 1400个氨基酸、约60个氨基酸至约1400个氨基酸、约70个氨基酸至约1400 个氨基酸、约75个氨基酸至约1400个氨基酸、约80个氨基酸至约1400个氨基酸、约90个氨基酸至约1400个氨基酸、约100个氨基酸至约1400个氨基酸、约5个氨基酸至约1300个氨基酸、约10个氨基酸至约1300个氨基酸、约15 个氨基酸至约1300个氨基酸、约20个氨基酸至约1300个氨基酸、约25个氨基酸至约1300个氨基酸、约30个氨基酸至约1300个氨基酸、约40个氨基酸至约1300个氨基酸、约50个氨基酸至约1300个氨基酸、约60个氨基酸至约 1300个氨基酸、约70个氨基酸至约1300个氨基酸、约75个氨基酸至约1300 个氨基酸、约80个氨基酸至约1300个氨基酸、约90个氨基酸至约1300个氨基酸、约100个氨基酸至约1300个氨基酸、约5个氨基酸至约1200个氨基酸、约10个氨基酸至约1200个氨基酸、约15个氨基酸至约1200个氨基酸、约20 个氨基酸至约1200个氨基酸、约25个氨基酸至约1200个氨基酸、约30个氨基酸至约1200个氨基酸、约40个氨基酸至约1200个氨基酸、约50个氨基酸至约1200个氨基酸、约60个氨基酸至约1200个氨基酸、约70个氨基酸至约 1200个氨基酸、约75个氨基酸至约1020个氨基酸、约80个氨基酸至约1200 个氨基酸、约90个氨基酸至约1200个氨基酸、约100个氨基酸至约1200个氨基酸、约5个氨基酸至约1100个氨基酸、约10个氨基酸至约1100个氨基酸、约15个氨基酸至约1100个氨基酸、约20个氨基酸至约1100个氨基酸、约25 个氨基酸至约1100个氨基酸、约30个氨基酸至约1100个氨基酸、约40个氨基酸至约1100个氨基酸、约50个氨基酸至约1100个氨基酸、约60个氨基酸至约1100个氨基酸、约70个氨基酸至约1100个氨基酸、约75个氨基酸至约 1100个氨基酸、约80个氨基酸至约1100个氨基酸、约90个氨基酸至约1100 个氨基酸、约100个氨基酸至约1100个氨基酸、约5个氨基酸至约1000个氨基酸、约10个氨基酸至约1000个氨基酸、约15个氨基酸至约1000个氨基酸、约20个氨基酸至约1000个氨基酸、约25个氨基酸至约1000个氨基酸、约30 个氨基酸至约1000个氨基酸、约40个氨基酸至约1000个氨基酸、约50个氨基酸至约1000个氨基酸、约60个氨基酸至约1000个氨基酸、约70个氨基酸至约1000个氨基酸、约75个氨基酸至约1000个氨基酸、约80个氨基酸至约 1000个氨基酸、约90个氨基酸至约1000个氨基酸、约100个氨基酸至约1000 个氨基酸、约5个氨基酸至约900个氨基酸、约10个氨基酸至约900个氨基酸、约15个氨基酸至约900个氨基酸、约20个氨基酸至约900个氨基酸、约25个氨基酸至约900个氨基酸、约30个氨基酸至约900个氨基酸、约40个氨基酸至约900个氨基酸、约50个氨基酸至约900个氨基酸、约60个氨基酸至约900 个氨基酸、约70个氨基酸至约900个氨基酸、约75个氨基酸至约900个氨基酸、约80个氨基酸至约900个氨基酸、约90个氨基酸至约900个氨基酸、约 100个氨基酸至约900个氨基酸、约5个氨基酸至约800个氨基酸、约10个氨基酸至约800个氨基酸、约15个氨基酸至约800个氨基酸、约20个氨基酸至约800个氨基酸、约25个氨基酸至约800个氨基酸、约30个氨基酸至约800 个氨基酸、约40个氨基酸至约800个氨基酸、约50个氨基酸至约800个氨基酸、约60个氨基酸至约800个氨基酸、约70个氨基酸至约800个氨基酸、约 75个氨基酸至约800个氨基酸、约80个氨基酸至约800个氨基酸、约90个氨基酸至约800个氨基酸、约100个氨基酸至约800个氨基酸、约5个氨基酸至约700个氨基酸、约10个氨基酸至约700个氨基酸、约15个氨基酸至约700 个氨基酸、约20个氨基酸至约700个氨基酸、约25个氨基酸至约700个氨基酸、约30个氨基酸至约700个氨基酸、约40个氨基酸至约700个氨基酸、约 50个氨基酸至约700个氨基酸、约60个氨基酸至约700个氨基酸、约70个氨基酸至约700个氨基酸、约75个氨基酸至约700个氨基酸、约80个氨基酸至约700个氨基酸、约90个氨基酸至约700个氨基酸、约100个氨基酸至约700 个氨基酸、约5个氨基酸至约600个氨基酸、约10个氨基酸至约600个氨基酸、约15个氨基酸至约600个氨基酸、约20个氨基酸至约600个氨基酸、约25个氨基酸至约600个氨基酸、约30个氨基酸至约600个氨基酸、约40个氨基酸至约600个氨基酸、约50个氨基酸至约600个氨基酸、约60个氨基酸至约600 个氨基酸、约70个氨基酸至约600个氨基酸、约75个氨基酸至约600个氨基酸、约80个氨基酸至约600个氨基酸、约90个氨基酸至约600个氨基酸、约 100个氨基酸至约600个氨基酸、约5个氨基酸至约500个氨基酸、约10个氨基酸至约500个氨基酸、约15个氨基酸至约500个氨基酸、约20个氨基酸至约500个氨基酸、约25个氨基酸至约500个氨基酸、约30个氨基酸至约500 个氨基酸、约40个氨基酸至约500个氨基酸、约50个氨基酸至约500个氨基酸、约60个氨基酸至约500个氨基酸、约70个氨基酸至约500个氨基酸、约 75个氨基酸至约500个氨基酸、约80个氨基酸至约500个氨基酸、约90个氨基酸至约500个氨基酸、约100个氨基酸至约500个氨基酸、约5个氨基酸至约400个氨基酸、约10个氨基酸至约400个氨基酸、约15个氨基酸至约400 个氨基酸、约20个氨基酸至约400个氨基酸、约25个氨基酸至约400个氨基酸、约30个氨基酸至约400个氨基酸、约40个氨基酸至约400个氨基酸、约 50个氨基酸至约400个氨基酸、约60个氨基酸至约400个氨基酸、约70个氨基酸至约400个氨基酸、约75个氨基酸至约400个氨基酸、约80个氨基酸至约400个氨基酸、约90个氨基酸至约400个氨基酸、约100个氨基酸至约400 个氨基酸、约5个氨基酸至约300个氨基酸、约10个氨基酸至约300个氨基酸、约15个氨基酸至约300个氨基酸、约20个氨基酸至约300个氨基酸、约25个氨基酸至约300个氨基酸、约30个氨基酸至约300个氨基酸、约40个氨基酸至约300个氨基酸、约50个氨基酸至约300个氨基酸、约60个氨基酸至约300 个氨基酸、约70个氨基酸至约300个氨基酸、约75个氨基酸至约300个氨基酸、约80个氨基酸至约300个氨基酸、约90个氨基酸至约300个氨基酸、约 100个氨基酸至约300个氨基酸、约5个氨基酸至约200个氨基酸、约10个氨基酸至约200个氨基酸、约15个氨基酸至约200个氨基酸、约20个氨基酸至约200个氨基酸、约25个氨基酸至约200个氨基酸、约30个氨基酸至约200 个氨基酸、约40个氨基酸至约200个氨基酸、约50个氨基酸至约200个氨基酸、约60个氨基酸至约200个氨基酸、约70个氨基酸至约200个氨基酸、约 75个氨基酸至约200个氨基酸、约80个氨基酸至约200个氨基酸、约90个氨基酸至约200个氨基酸、约100个氨基酸至约200个氨基酸、约5个氨基酸至约100个氨基酸、约10个氨基酸至约100个氨基酸、约15个氨基酸至约100 个氨基酸、约20个氨基酸至约100个氨基酸、约25个氨基酸至约100个氨基酸、约30个氨基酸至约100个氨基酸、约40个氨基酸至约100个氨基酸、约 50个氨基酸至约100个氨基酸、约60个氨基酸至约100个氨基酸、约70个氨基酸至约100个氨基酸、约75个氨基酸至约100个氨基酸、约80个氨基酸至约100个氨基酸或约90个氨基酸至约100个氨基酸。
在一些方面,核衣壳蛋白包含β-冠状病毒(例如,SARS-CoV或 SARS-CoV-2)的核衣壳蛋白或其任何片段或变体的CTD。在其他方面,β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的核衣壳但把你或其片段或变体的氨基酸210-419。在另一方面,核衣壳蛋白包含人SARS-CoV-2的氨基酸210-419 (参见例如SEQ ID NO:2,其还在图4中的SEQ ID NO:2中以下划线和斜体显示)。在另一方面,核衣壳蛋白具有以下序列: MAGNGGDAALALLLLDRLNQLESKMSGKGQQQQGQTVTKKSAAEASKKPR QKRTATKAYNVTQAFGRRGPEQTQGNFGDQELIRQGTDYKHWPQIAQFAPSA SAFFGMSRIGMEVTPSGTWLTYTGAIKLDDKDPNFKDQVILLNKHIDAYKTFP PTEPKKDKKKKADETQALPQRQKKQQTVTLLPAADLDDFSKQLQQSMSSAD STQA(SEQ ID NO:1)或其片段或变体。在另一方面,核衣壳蛋白具有SEQ ID NO:24的序列。SEQ ID NO:24为SEQ ID NO:1的变体,其中上文在SEQ IDNO:1 中的位置26处以粗体和下划线显示的丝氨酸用苯丙氨酸替代(在核衣壳蛋白的全部情况下也称为S235F,此处因为SEQ ID NO:24是核衣壳蛋白的残基210至 419,这将是SEQID NO:24的片段的S26F)。SEQ ID NO:1的“片段”是指包含小于SEQ ID NO:1整体的部分的蛋白质或多肽。SEQ ID NO:1的片段可包含约5 至200个邻接氨基酸。在另一方面,SEQ IDNO:1的片段包含SEQ ID NO:1的至少约5个邻接氨基酸、SEQ ID NO:1的至少约10个邻接氨基酸、SEQ ID NO:1 的至少约15个邻接氨基酸、SEQ ID NO:1的至少约20个邻接氨基酸、SEQID NO:1的至少约25个邻接氨基酸、SEQ ID NO:1的至少约30个邻接氨基酸、SEQ ID NO:1的至少约35个邻接氨基酸、SEQ ID NO:1的至少约40个邻接氨基酸、 SEQ ID NO:1的至少约45个邻接氨基酸、SEQ ID NO:1的至少约50个邻接氨基酸、SEQ ID NO:1的至少约55个邻接氨基酸、SEQ ID NO:1的至少约60个邻接氨基酸、SEQ ID NO:1的至少约65个邻接氨基酸、SEQID NO:1的至少约70 个邻接氨基酸、SEQ ID NO:1的至少约75个邻接氨基酸、SEQ ID NO:1的至少约80个邻接氨基酸、SEQ ID NO:1的至少约85个邻接氨基酸、SEQ ID NO:1 的至少约90个邻接氨基酸、SEQ ID NO:1的至少约95个邻接氨基酸、SEQ ID NO:1的至少100个邻接氨基酸、SEQ ID NO:1的至少约105个邻接氨基酸、SEQ ID NO:1的至少约110个邻接氨基酸、SEQ ID NO:1的至少约115个邻接氨基酸、 SEQ ID NO:1的至少约120个邻接氨基酸、SEQ IDNO:1的至少约125个邻接氨基酸、SEQ ID NO:1的至少约130个邻接氨基酸、SEQ ID NO:1的至少约135 个邻接氨基酸、SEQ ID NO:1的至少约140个邻接氨基酸、SEQ ID NO:1的至少约145个邻接氨基酸、SEQ ID NO:1的至少约150个邻接氨基酸、SEQ ID NO:1 的至少约55个邻接氨基酸、SEQ ID NO:1的至少约160个邻接氨基酸、SEQ ID NO:1的至少约165个邻接氨基酸、SEQ ID NO:1的至少约170个邻接氨基酸、 SEQ ID NO:1的至少约175个邻接氨基酸、SEQID NO:1的至少约180个邻接氨基酸、SEQ ID NO:1的至少约85个邻接氨基酸、SEQ ID NO:1的至少约190个邻接氨基酸、SEQ ID NO:1的至少约95个邻接氨基酸、SEQ ID NO:1的至少200 个邻接氨基酸或SEQ ID NO:1的至少约205个邻接氨基酸。
在一些方面,至少一种分离多肽为融合蛋白,其包含至少一种β-冠状病毒 (诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)分离核衣壳蛋白或其变体的至少全部或至少一部分。在其他方面,融合蛋白可包含β-冠状病毒(例如,SARS-CoV或 SARS-CoV-2)的一种毒株的核衣壳蛋白的NTD的全部或至少一部分(例如,至少5个氨基酸或更多),其直接或间接地可操作地连接、融合或接枝(诸如通过一个或多个连接肽序列和/或HIS标签)至β冠状病毒(例如,SARS-CoV或SARS-CoV-2)的相同或不同毒株的NTD的全部或至少一部分(至少5个氨基酸或更多)(例如,Nc-NTD/NTD融合蛋白或肽)。
在另一方面,融合蛋白可包含β-冠状病毒(例如,SARS-CoV或 SARS-CoV-2)的一种毒株的核衣壳蛋白的CTD的所有或至少一部分(例如,至少5个氨基酸或更多),其直接或间接地可操作地连接、融合或接枝(诸如通过一个或多个连接肽序列和/或HIS标签)至β-冠状病毒(例如,SARS-CoV或 SARS-CoV-2)的相同或不同毒株的核衣壳蛋白CTD的全部或至少一部分(至少5个氨基酸或更多)(例如,Nc-CTD/CTD融合蛋白或肽)。在另一方面,融合蛋白可包含β-冠状病毒(例如,SARS-CoV或SARS-CoV-2)的一种毒株的核衣壳蛋白的NTD的全部或至少一部分(例如,至少5个氨基酸或更多),其直接或间接地可操作地连接、融合或接枝(诸如通过一个或多个连接肽序列和/或 HIS标签)至β-冠状病毒(例如,SARS-CoV或SARS-CoV-2)的相同或不同毒株的核衣壳蛋白CTD的全部或至少一部分(至少5个氨基酸或更多)(例如, eNc-CTD融合蛋白或肽或表位接枝的CTD融合蛋白肽)。
例如,图3提供了说明融合蛋白的结构的图,所述融合蛋白包含β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的核衣壳蛋白的N末端结构域(NTD)的至少5个氨基酸,其(诸如通过一个或多个连接肽序列和/或HIS标签)可操作地连接或接枝至相同或不同β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的核衣壳蛋白的C末端结构域(CTD)的至少5个氨基酸。在一些方面,融合蛋白可包含甲硫氨酸起始子残基,其可操作地连接或接枝(诸如通过一个或多个连接肽序列和/或HIS标签)至SEQ ID NO:14的氨基酸5至25(任选地,残基4至25) 或SEQID NO:2的氨基酸5至24(任选地,残基4至24),所述氨基酸可操作地连接或接枝至SEQ IDNO:2的氨基酸211至419(或SEQ ID NO:14的类似区) 上。其他的变型是可能的。例如,在其他方面,融合蛋白可包含单克隆抗体 CR3018的表位(描述于van den Brink等人,J.Virol.79(3):1635-1644(2005年2 月)和美国专利号7,696,330中,其各自以引用方式并入本文),其融合于CTD 的N末端(“表位接枝CTD”融合蛋白或肽)。在此实例中,融合蛋白包含甲硫氨酸作为起始氨基酸,其可操作地连接或接枝(诸如通过一个或多个连接肽序列和/或HIS标签)到至少包含氨基酸RNAPRITFG(SEQ ID NO:6)或RSAPRITFG (SEQ ID NO:7)的表位上,继而可操作地连接或接枝(诸如通过一个或多个连接肽序列和/或HIS标签)至CTD的N末端,例如SEQ ID NO:2的氨基酸211或 419(或SEQ ID NO:14的类似区)。在一些方面,可以有一个或多个额外序列可操作地连接或接枝(诸如通过一个或多个连接肽序列和/或HIS标签)至起始氨基酸甲硫氨酸,诸如GPQNQ(SEQ ID NO:21)或GPQSNQ(SEQ ID NO:22),其继而可操作地连接或接枝(诸如通过一个或多个连接肽序列和/或HIS标签)到至少包含氨基酸RNAPRITFG(SEQ ID NO:6)或RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)的表位上,此外其可操作地连接或接枝(诸如通过一个或多个连接肽序列和/或HIS 标签)至CTD的N末端,例如SEQ ID NO:2的氨基酸211至419(或SEQ ID NO:14 的类似区),并且任选地,此外可包括序列GPTDST(SEQ IDNO:23)。熟知的是,在一些蛋白质中,起始子残基甲硫氨酸被酶切割掉,因为它可不存在于成熟多肽/蛋白中。在另一方面,融合蛋白包含起始氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQNQ (SEQID NO:21)、RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST(SEQ ID NO:23)和SEQ ID NO:2的氨基酸211至419。在另一方面,融合蛋白包含起始氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQSNQ(SEQ ID NO:22)、RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST(SEQ ID NO:23)和SEQ ID NO:2的氨基酸211至419。在另一方面,融合蛋白包含以所述顺序的以下氨基酸序列:(a)起始子氨基酸甲硫氨酸;(b)氨基酸序列GPQNQ (SEQ ID NO:21);(c)氨基酸序列RSAPRITFG(SEQ ID NO:7);(d)氨基酸序列GPTDST(SEQ ID NO:23);和(e)SEQ ID NO:2的氨基酸211至419。在另一方面,融合蛋白包含以所述顺序的以下氨基酸序列:(a)起始子氨基酸甲硫氨酸;(b)氨基酸序列GPQSNQ(SEQ IDNO:22);(c)氨基酸序列RSAPRITFG(SEQ ID NO:7); (d)氨基酸序列GPTDST(SEQ ID NO:23);和(e)SEQ ID NO:2的氨基酸211至419。
替代地,融合蛋白可包含β-冠状病毒(例如,SARS-CoV或SARS-CoV-2) 的一种毒株的核衣壳蛋白(NTD和/或CTD)的全部或至少一部分(例如,至少 5个氨基酸或更多),其直接或间接地可操作地连接、融合或接枝(诸如通过一个或多个连接肽序列)至β-冠状病毒(例如,SARS-CoV或SARS-CoV-2)的相同或不同毒株的刺突蛋白(参见例如SEQ ID NO:15-18或其片段或变体)的 RBD的全部或至少一部分(至少5个氨基酸或更多)。另外,本领域的技术人员应理解,任何β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的共有序列可被任何毒株特异性变型(例如,SEQ ID NO:2和14)取代。
在一些方面,至少一种第一特异性结合配偶体(例如,捕获试剂)的重组抗原包含刺突蛋白或其变体的至少一种β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或 SARS-CoV-2)分离多肽或其变体的全部或至少一部分。刺突蛋白包含S1和S2 多肽。S1多肽构成蛋白的受体结合结构域(RBD),而S2多肽形成刺突分子的茎。图4中的SEQ ID NO:15提供了SARS-CoV-2的刺突蛋白的氨基酸序列。RBD 可见于SEQ ID NO:15的氨基酸319至542(图4)。图4中的SEQ ID NO:16提供了SARS-CoV的刺突蛋白的氨基酸序列。RBD可见于SEQ ID NO:16的氨基酸306至528(图4)。
在一些方面,分离的SARS-CoV-2变体多肽可包含如以下表C中所示的在 SEQ IDNO:15内的一个或多个以下氨基酸位置的一个或多个取代。
表C
Figure RE-GDA0003944127500001051
Figure RE-GDA0003944127500001061
在一些方面,分离的SARS-CoV-2变体多肽可包含如表B中所示的在SEQ ID NO:2的一个或多个氨基酸位置中的一个或多个取代和/或如表C中所示的在 SEQ ID NO:15内的一个或多个氨基酸位置中的一个或多个取代。
在其他方面,分离的SARS-CoV-2变体多肽可包含在SEQ ID NO:15内的一个或多个以下氨基酸位置的一个或多个取代和/或缺失:(1)在氨基酸位置417处用天冬酰胺替代赖氨酸(K417N);(2)在氨基酸位置417处用苏氨酸替代赖氨酸 (K417T);(3)在氨基酸位置452用精氨酸替代亮氨酸(L452R);(4)在氨基酸位置 477处用天冬酰胺替代丝氨酸(S477N);(5)在氨基酸位置484处用赖氨酸替代谷氨酸(E484K);(6)在氨基酸位置501处用酪氨酸替代天冬酰胺(N501Y);(7)在氨基酸位置570处用天冬氨酸替代丙氨酸(A570D);(8)在氨基酸位置681处用组氨酸替代脯氨酸(P681H);(9)在氨基酸位置614处用甘氨酸替代天冬氨酸(D614G); (10)在氨基酸位置716处用异亮氨酸替代苏氨酸(T716I);(11)在氨基酸位置982处用丙氨酸替代丝氨酸(S982A);(12)在氨基酸位置1118处用组氨酸替代天冬氨酸(D1118H);(13)在氨基酸位置69处缺失组氨酸(H);(14)在氨基酸位置70处缺失缬氨酸(V);(15)在氨基酸位置144处缺失酪氨酸(Y);或(16)(1)-(15)的任何组合,单独地或与SEQ IDNO:15中除(1)-(15)中所述的那些之外的任何其他取代和 /或缺失组合。
在一些方面,分离的SARS-CoV-2变体多肽可包含在SEQ ID NO:25内的一个或多个以下氨基酸位置的一个或多个取代:(i)在位置417处用天冬酰胺替代赖氨酸(K417N);(ii)在位置484处用赖氨酸代谷氨酸(E484K);(iii)在位置501 处用酪氨酸替代天冬酰胺(N501Y);或(iv)(i)-(iii)任何组合。在一些方面,变体多肽可包含一个或多个缺失,诸如在SEQ ID NO:25的氨基酸69-70处缺失组氨酸(H)和/或缬氨酸(V)和/或在SEQ ID NO:25的氨基酸144处缺失酪氨酸(Y)。在一些方面,变体多肽可包含(1)SEQ ID NO:25中的一个或多个以下氨基酸位置中的一个或多个取代:(i)在位置417处用天冬酰胺替代赖氨酸(K417N);(ii)在位置 484处用赖氨酸替代谷氨酸(E484K);(iii)在位置501处用酪氨酸替代天冬酰胺 (N501Y);(iv)(i)-(iii)的任何组合;以及(2)一个或多个缺失,诸如在SEQ ID NO:25的氨基酸69-70处缺失组氨酸(H)和/或缬氨酸(V)和/或在SEQ ID NO:25的氨基酸 144处缺失酪氨酸(Y)。
在其他方面,分离的SARS-CoV-2变体多肽可包含在SEQ ID NO:15内氨基酸319至542的一个或多个位置的一个或多个取代和/或缺失:(1)在氨基酸位置 417处用天冬酰胺替代赖氨酸(K417N);(2)在氨基酸位置417处用苏氨酸替代赖氨酸(K417T);(3)在氨基酸位置452处用精氨酸替代亮氨酸(L452R);(4)在氨基酸位置477处用天冬酰胺替代丝氨酸(S477N);(5)在氨基酸位置484处用赖氨酸替代谷氨酸(E484K);(6)在氨基酸位置501处用酪氨酸替代天冬酰胺(N501Y);或(7)(1)-(6)的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:15的氨基酸319至542中除 (1)-(6)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合。
在一些方面,至少一种第一特异性结合配偶体的刺突蛋白或其变体的长度可为约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、 22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、 39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、 73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、 90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、 106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、 120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、 134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、 148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、161、 162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、 176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、 190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、 204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、217、 218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、230、231、 232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、245、 246、247、248、249、250、251、252、253、254、255、256、257、258、259、 260、261、262、263、264、265、266、267、268、269、270、272、272、273、 274、275、276、277、278、279、280、281、282、283、284、285、286、287、 288、289、290、291、292、293、294、295、296、297、298、299、300、301、 302、303、304、305、306、307、308、309、310、311、312、313、314、315、 316、317、318、319、320、321、322、323、324、325、326、327、328、329、 330、331、332、333、334、335、336、337、338、339、340、341、342、343、 344、345、346、347、348、349、350、351、352、353、354、355、356、357、 358、359、360、361、362、363、364、365、366、367、368、369、370、371、 372、373、374、375、376、377、378、379、380、381、382、383、384、385、 386、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、 400、401、402、403、404、405、406、407、408、409、410、411、412、413、 414、415、416、417、418、419、420、421、422、423、424、425、426、427、 428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、 442、443、444、445、446、447、448、449、450、451、452、453、454、455、 456、457、458、459、460、461、462、463、464、465、466、467、468、469、 470、471、472、473、474、475、476、477、478、479、480、481、482、483、484、485、486、487、488、489、490、491、492、493、494、495、496、497、 498、499、500、501、502、503、504、505、506、507、508、509、510、511、 512、513、514、515、516、517、518、519、520、521、522、523、524、525、 526、527、528、529、530、531、532、533、534、535、536、537、538、539、 540、541、542、543、544、545、546、547、548、549、550、551、552、553、 554、555、556、557、558、559、560、561、562、563、564、565、566、567、 568、569、570、571、572、573、574、575、576、577、578、579、580、581、 582、583、584、585、586、587、588、589、590、591、592、593、594、595、 596、597、598、599、600、601、602、603、604、605、606、607、608、609、 610、611、612、613、614、615、616、617、618、619、620、621、622、623、 624、625、626、627、628、629、630、631、632、633、634、635、636、637、 638、639、640、641、642、643、644、645、646、647、648、649、650、651、 652、653、654、655、656、657、658、659、660、661、662、663、664、665、 666、667、668、669、670、671、672、673、674、675、676、677、678、679、 680、681、682、683、684、685、686、687、688、689、690、691、692、693、 694、695、696、697、698、699、700、701、702、703、704、705、706、707、 708、709、710、711、712、713、714、715、716、717、718、719、720、721、 722、723、724、725、726、727、728、729、730、731、732、733、734、735、 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在一些方面,至少一种第一特异性结合配偶体的刺突蛋白或其变体的长度可为约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、 22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、 39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、 56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、 73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、 90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、 106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、 120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、 134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、 148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、 176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、 190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、 204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、217、218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、230、231、 232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、245、 246、247、248、249、250、251、252、253、254、255、256、257、258、259、 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在一些方面,至少一种第一特异性结合配偶体的刺突蛋白或其变体的长度可为约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、 22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、 39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、 56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、 73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、 90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、 106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、 120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、 134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、 148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、161、 162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、 176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、 190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、 204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、217、 218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、230、231、 232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、245、 246、247、248、249、250、251、252、253、254、255、256、257、258、259、 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在一些方面,至少一种第一特异性结合配偶体的刺突蛋白或其变体的长度可为约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、 22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、 39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、 56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、 73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、 90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、 106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、 120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、 134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、 148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、161、 162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、 176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、 190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、 204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、217、 218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、230、231、 232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、245、 246、247、248、249、250、251、252、253、254、255、256、257、258、259、 260、261、262、263、264、265、266、267、268、269、270、272、272、273、274、275、276、277、278、279、280、281、282、283、284、285、286、287、 288、289、290、291、292、293、294、295、296、297、298、299、300、301、 302、303、304、305、306、307、308、309、310、311、312、313、314、315、 316、317、318、319、320、321、322、323、324、325、326、327、328、329、330、331、332、333、334、335、336、337、338、339、340、341、342、343、 344、345、346、347、348、349、350、351、352、353、354、355、356、357、 358、359、360、361、362、363、364、365、366、367、368、369、370、371、 372、373、374、375、376、377、378、379、380、381、382、383、384、385、386、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、 400、401、402、403、404、405、406、407、408、409、410、411、412、413、 414、415、416、417、418、419、420、421、422、423、424、425、426、427、 428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、442、443、444、445、446、447、448、449、450、451、452、453、454、455、 456、457、458、459、460、461、462、463、464、465、466、467、468、469、 470、471、472、473、474、475、476、477、478、479、480、481、482、483、 484、485、486、487、488、489、490、491、492、493、494、495、496、497、498、499、500、501、502、503、504、505、506、507、508、509、510、511、 512、513、514、515、516、517、518、519、520、521、522、523、524、525、 526、527、528、529、530、531、532、533、534、535、536、537、538、539、 540、541、542、543、544、545、546、547、548、549、550、551、552、553、554、555、556、557、558、559、560、561、562、563、564、565、566、567、 568、569、570、571、572、573、574、575、576、577、578、579、580、581、 582、583、584、585、586、587、588、589、590、591、592、593、594、595、 596、597、598、599、600、601、602、603、604、605、606、607、608、609、610、611、612、613、614、615、616、617、618、619、620、621、622、623、 624、625、626、627、628、629、630、631、632、633、634、635、636、637、 638、639、640、641、642、643、644、645、646、647、648、649、650、651、 652、653、654、655、656、657、658、659、660、661、662、663、664、665、666、667、668、669、670、671、672、673、674、675、676、677、678、679、 680、681、682、683、684、685、686、687、688、689、690、691、692、693、694、695、696、697、698、699、700、701、702、703、704、705、706、707、 708、709、710、711、712、713、714、715、716、717、718、719、720、721、722、723、724、725、726、727、728、729、730、731、732、733、734、735、 736、737、738、739、740、741、742、743、744、745、746、747、748、749、 750、751、752、753、754、755、756、757、758、759、760、761、762、763、 764、765、766、767、768、769、770、771、772、773、774、775、776、777、778、779、780、781、782、783、784、785、786、787、788、789、790、791、 792、793、794、795、796、797、798、799、800、801、802、803、804、805、 806、807、808、809、810、811、812、813、814、815、816、817、818、819、 820、821、822、823、824、825、826、827、828、829、830、831、832、833、834、835、836、837、838、839、840、841、842、843、844、845、846、847、 848、849、850、851、852、853、854、855、856、857、858、859、860、861、 862、863、864、865、866、867、868、869、870、871、872、873、874、875、 876、877、878、879、880、881、882、883、884、885、886、887、888、889、890、891、892、893、894、895、896、897、898、899、900、901、902、903、 904、905、906、907、908、909、910、911、912、913、914、915、916、917、 918、919、920、921、922、923、924、925、926、927、928、929、930、931、 932、933、934、935、936、937、938、939、940、941、942、943、944、945、946、947、948、949、950、951、952、953、954、955、956、957、958、959、 960、961、962、963、964、965、966、967、968、969、970、971、972、973、 974、975、976、977、978、979、980、981、982、983、984、985、986、987、 988、989、990、991、992、993、994、995、996、997、998、999、1000、1001、1002、1003、1004、1005、1006、1007、1008、1009、1010、1011、1012、1013、 1014、1015、1016、1017、1018、1019、1020、1021、1022、1023、1024、1025、 1026、1027、1028、1029、1030、1031、1032、1033、1034、1035、1036、1037、 1038、1039、1040、1041、1042、1043、1044、1045、1046、1047、1048、1049、 1050、1051、1052、1053、1054、1055、1056、1057、1058、1059、1060、1061、1062、1063、1064、1065、1066、1067、1068、1069、1070、1071、1072、1073、 1074、1075、1076、1077、1078、1079、1080、1081、1082、1083、1084、1085、 1086、1087、1088、1089、1090、1091、1092、1093、1094、1095、1096、1097、1098、1099、1100、1101、1102、1103、1104、1105、1106、1107、1108、1109、 1110、1111、1112、1113、1114、1115、1116、1117、1118、1119、1120、1121、1122、1123、1124、1125、1126、1127、1128、1129、1130、1131、1132、1133、 1134、1135、1136、1137、1138、1139、1140、1141、1142、1143、1144、1145、 1146、1147、1148、1149、1150、1151、1152、1153、1154、1155、1156、1157、 1158、1159、1160、1161、1162、1163、1164、1165、1166、1167、1168、1169、 1170、1171、1172、1173、1174、1175、1176、1177、1178、1179、1180、1181、1182、1183、1184、1185、1186、1187、1188、1189、1190、1191、1192、1193、 1194、1195、1196、1197、1198、1199或1200个氨基酸。
在一些方面,至少一种第一特异性结合配偶体的刺突蛋白或其变体的长度可为约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、 22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、 39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、 56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、 73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、 90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、 106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、 120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、 134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、 148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、161、 162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、 176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、 190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、 204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、217、 218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、230、231、 232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、245、 246、247、248、249、250、251、252、253、254、255、256、257、258、259、 260、261、262、263、264、265、266、267、268、269、270、272、272、273、 274、275、276、277、278、279、280、281、282、283、284、285、286、287、 288、289、290、291、292、293、294、295、296、297、298、299、300、301、302、303、304、305、306、307、308、309、310、311、312、313、314、315、 316、317、318、319、320、321、322、323、324、325、326、327、328、329、 330、331、332、333、334、335、336、337、338、339、340、341、342、343、 344、345、346、347、348、349、350、351、352、353、354、355、356、357、 358、359、360、361、362、363、364、365、366、367、368、369、370、371、 372、373、374、375、376、377、378、379、380、381、382、383、384、385、 386、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、 400、401、402、403、404、405、406、407、408、409、410、411、412、413、 414、415、416、417、418、419、420、421、422、423、424、425、426、427、 428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、 442、443、444、445、446、447、448、449、450、451、452、453、454、455、 456、457、458、459、460、461、462、463、464、465、466、467、468、469、 470、471、472、473、474、475、476、477、478、479、480、481、482、483、 484、485、486、487、488、489、490、491、492、493、494、495、496、497、 498、499、500、501、502、503、504、505、506、507、508、509、510、511、 512、513、514、515、516、517、518、519、520、521、522、523、524、525、 526、527、528、529、530、531、532、533、534、535、536、537、538、539、 540、541、542、543、544、545、546、547、548、549、550、551、552、553、 554、555、556、557、558、559、560、561、562、563、564、565、566、567、 568、569、570、571、572、573、574、575、576、577、578、579、580、581、 582、583、584、585、586、587、588、589、590、591、592、593、594、595、 596、597、598、599、600、601、602、603、604、605、606、607、608、609、 610、611、612、613、614、615、616、617、618、619、620、621、622、623、 624、625、626、627、628、629、630、631、632、633、634、635、636、637、 638、639、640、641、642、643、644、645、646、647、648、649、650、651、 652、653、654、655、656、657、658、659、660、661、662、663、664、665、 666、667、668、669、670、671、672、673、674、675、676、677、678、679、 680、681、682、683、684、685、686、687、688、689、690、691、692、693、 694、695、696、697、698、699、700、701、702、703、704、705、706、707、 708、709、710、711、712、713、714、715、716、717、718、719、720、721、722、723、724、725、726、727、728、729、730、731、732、733、734、735、 736、737、738、739、740、741、742、743、744、745、746、747、748、749、 750、751、752、753、754、755、756、757、758、759、760、761、762、763、 764、765、766、767、768、769、770、771、772、773、774、775、776、777、778、779、780、781、782、783、784、785、786、787、788、789、790、791、 792、793、794、795、796、797、798、799、800、801、802、803、804、805、 806、807、808、809、810、811、812、813、814、815、816、817、818、819、 820、821、822、823、824、825、826、827、828、829、830、831、832、833、834、835、836、837、838、839、840、841、842、843、844、845、846、847、 848、849、850、851、852、853、854、855、856、857、858、859、860、861、 862、863、864、865、866、867、868、869、870、871、872、873、874、875、 876、877、878、879、880、881、882、883、884、885、886、887、888、889、890、891、892、893、894、895、896、897、898、899、900、901、902、903、 904、905、906、907、908、909、910、911、912、913、914、915、916、917、 918、919、920、921、922、923、924、925、926、927、928、929、930、931、 932、933、934、935、936、937、938、939、940、941、942、943、944、945、946、947、948、949、950、951、952、953、954、955、956、957、958、959、 960、961、962、963、964、965、966、967、968、969、970、971、972、973、 974、975、976、977、978、979、980、981、982、983、984、985、986、987、 988、989、990、991、992、993、994、995、996、997、998、999、1000、1001、1002、1003、1004、1005、1006、1007、1008、1009、1010、1011、1012、1013、 1014、1015、1016、1017、1018、1019、1020、1021、1022、1023、1024、1025、 1026、1027、1028、1029、1030、1031、1032、1033、1034、1035、1036、1037、 1038、1039、1040、1041、1042、1043、1044、1045、1046、1047、1048、1049、 1050、1051、1052、1053、1054、1055、1056、1057、1058、1059、1060、1061、1062、1063、1064、1065、1066、1067、1068、1069、1070、1071、1072、1073、 1074、1075、1076、1077、1078、1079、1080、1081、1082、1083、1084、1085、 1086、1087、1088、1089、1090、1091、1092、1093、1094、1095、1096、1097、 1098、1099或1100个氨基酸。
在一些方面,至少一种第一特异性结合配偶体的刺突蛋白或其变体的长度可为约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、 22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、 39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、 56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、 73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、 90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、 106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、 120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、 134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、 148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、161、 162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、 176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、 190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、 204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、217、 218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、230、231、 232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、245、 246、247、248、249、250、251、252、253、254、255、256、257、258、259、 260、261、262、263、264、265、266、267、268、269、270、272、272、273、 274、275、276、277、278、279、280、281、282、283、284、285、286、287、 288、289、290、291、292、293、294、295、296、297、298、299、300、301、 302、303、304、305、306、307、308、309、310、311、312、313、314、315、 316、317、318、319、320、321、322、323、324、325、326、327、328、329、 330、331、332、333、334、335、336、337、338、339、340、341、342、343、 344、345、346、347、348、349、350、351、352、353、354、355、356、357、 358、359、360、361、362、363、364、365、366、367、368、369、370、371、 372、373、374、375、376、377、378、379、380、381、382、383、384、385、 386、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、 400、401、402、403、404、405、406、407、408、409、410、411、412、413、 414、415、416、417、418、419、420、421、422、423、424、425、426、427、 428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、442、443、444、445、446、447、448、449、450、451、452、453、454、455、 456、457、458、459、460、461、462、463、464、465、466、467、468、469、 470、471、472、473、474、475、476、477、478、479、480、481、482、483、 484、485、486、487、488、489、490、491、492、493、494、495、496、497、498、499、500、501、502、503、504、505、506、507、508、509、510、511、 512、513、514、515、516、517、518、519、520、521、522、523、524、525、 526、527、528、529、530、531、532、533、534、535、536、537、538、539、 540、541、542、543、544、545、546、547、548、549、550、551、552、553、554、555、556、557、558、559、560、561、562、563、564、565、566、567、 568、569、570、571、572、573、574、575、576、577、578、579、580、581、 582、583、584、585、586、587、588、589、590、591、592、593、594、595、 596、597、598、599、600、601、602、603、604、605、606、607、608、609、610、611、612、613、614、615、616、617、618、619、620、621、622、623、 624、625、626、627、628、629、630、631、632、633、634、635、636、637、 638、639、640、641、642、643、644、645、646、647、648、649、650、651、 652、653、654、655、656、657、658、659、660、661、662、663、664、665、666、667、668、669、670、671、672、673、674、675、676、677、678、679、 680、681、682、683、684、685、686、687、688、689、690、691、692、693、 694、695、696、697、698、699、700、701、702、703、704、705、706、707、 708、709、710、711、712、713、714、715、716、717、718、719、720、721、722、723、724、725、726、727、728、729、730、731、732、733、734、735、 736、737、738、739、740、741、742、743、744、745、746、747、748、749、 750、751、752、753、754、755、756、757、758、759、760、761、762、763、 764、765、766、767、768、769、770、771、772、773、774、775、776、777、778、779、780、781、782、783、784、785、786、787、788、789、790、791、 792、793、794、795、796、797、798、799、800、801、802、803、804、805、 806、807、808、809、810、811、812、813、814、815、816、817、818、819、 820、821、822、823、824、825、826、827、828、829、830、831、832、833、834、835、836、837、838、839、840、841、842、843、844、845、846、847、 848、849、850、851、852、853、854、855、856、857、858、859、860、861、862、863、864、865、866、867、868、869、870、871、872、873、874、875、 876、877、878、879、880、881、882、883、884、885、886、887、888、889、890、891、892、893、894、895、896、897、898、899、900、901、902、903、 904、905、906、907、908、909、910、911、912、913、914、915、916、917、 918、919、920、921、922、923、924、925、926、927、928、929、930、931、 932、933、934、935、936、937、938、939、940、941、942、943、944、945、946、947、948、949、950、951、952、953、954、955、956、957、958、959、 960、961、962、963、964、965、966、967、968、969、970、971、972、973、 974、975、976、977、978、979、980、981、982、983、984、985、986、987、 988、989、990、991、992、993、994、995、996、997、998、999或1000个氨基酸。
在一些方面,至少一种第一特异性结合配偶体的刺突蛋白或其变体的长度可为约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、 22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、 39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、 56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、 73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、 90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、 106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、 120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、 134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、 148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、161、 162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、 176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、 190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、 204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、217、 218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、230、231、 232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、245、 246、247、248、249、250、251、252、253、254、255、256、257、258、259、 260、261、262、263、264、265、266、267、268、269、270、272、272、273、274、275、276、277、278、279、280、281、282、283、284、285、286、287、 288、289、290、291、292、293、294、295、296、297、298、299、300、301、 302、303、304、305、306、307、308、309、310、311、312、313、314、315、 316、317、318、319、320、321、322、323、324、325、326、327、328、329、330、331、332、333、334、335、336、337、338、339、340、341、342、343、 344、345、346、347、348、349、350、351、352、353、354、355、356、357、 358、359、360、361、362、363、364、365、366、367、368、369、370、371、 372、373、374、375、376、377、378、379、380、381、382、383、384、385、386、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、 400、401、402、403、404、405、406、407、408、409、410、411、412、413、 414、415、416、417、418、419、420、421、422、423、424、425、426、427、 428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、442、443、444、445、446、447、448、449、450、451、452、453、454、455、 456、457、458、459、460、461、462、463、464、465、466、467、468、469、 470、471、472、473、474、475、476、477、478、479、480、481、482、483、 484、485、486、487、488、489、490、491、492、493、494、495、496、497、498、499、500、501、502、503、504、505、506、507、508、509、510、511、 512、513、514、515、516、517、518、519、520、521、522、523、524、525、 526、527、528、529、530、531、532、533、534、535、536、537、538、539、 540、541、542、543、544、545、546、547、548、549、550、551、552、553、554、555、556、557、558、559、560、561、562、563、564、565、566、567、 568、569、570、571、572、573、574、575、576、577、578、579、580、581、 582、583、584、585、586、587、588、589、590、591、592、593、594、595、 596、597、598、599、600、601、602、603、604、605、606、607、608、609、610、611、612、613、614、615、616、617、618、619、620、621、622、623、 624、625、626、627、628、629、630、631、632、633、634、635、636、637、 638、639、640、641、642、643、644、645、646、647、648、649、650、651、 652、653、654、655、656、657、658、659、660、661、662、663、664、665、666、667、668、669、670、671、672、673、674、675、676、677、678、679、 680、681、682、683、684、685、686、687、688、689、690、691、692、693、694、695、696、697、698、699、700、701、702、703、704、705、706、707、 708、709、710、711、712、713、714、715、716、717、718、719、720、721、722、723、724、725、726、727、728、729、730、731、732、733、734、735、 736、737、738、739、740、741、742、743、744、745、746、747、748、749、 750、751、752、753、754、755、756、757、758、759、760、761、762、763、 764、765、766、767、768、769、770、771、772、773、774、775、776、777、778、779、780、781、782、783、784、785、786、787、788、789、790、791、 792、793、794、795、796、797、798、799、800、801、802、803、804、805、 806、807、808、809、810、811、812、813、814、815、816、817、818、819、 820、821、822、823、824、825、826、827、828、829、830、831、832、833、834、835、836、837、838、839、840、841、842、843、844、845、846、847、 848、849、850、851、852、853、854、855、856、857、858、859、860、861、 862、863、864、865、866、867、868、869、870、871、872、873、874、875、 876、877、878、879、880、881、882、883、884、885、886、887、888、889、890、891、892、893、894、895、896、897、898、899或900个氨基酸。
在一些方面,至少一种第一特异性结合配偶体的刺突蛋白或其变体的长度可为约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、 22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、 39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、 56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、 73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、 90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、 106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、 120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、 134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、 148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、161、 162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、 176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、 190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、 204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、217、218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、230、231、 232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、245、 246、247、248、249、250、251、252、253、254、255、256、257、258、259、 260、261、262、263、264、265、266、267、268、269、270、272、272、273、274、275、276、277、278、279、280、281、282、283、284、285、286、287、 288、289、290、291、292、293、294、295、296、297、298、299、300、301、 302、303、304、305、306、307、308、309、310、311、312、313、314、315、 316、317、318、319、320、321、322、323、324、325、326、327、328、329、330、331、332、333、334、335、336、337、338、339、340、341、342、343、 344、345、346、347、348、349、350、351、352、353、354、355、356、357、 358、359、360、361、362、363、364、365、366、367、368、369、370、371、 372、373、374、375、376、377、378、379、380、381、382、383、384、385、386、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、 400、401、402、403、404、405、406、407、408、409、410、411、412、413、 414、415、416、417、418、419、420、421、422、423、424、425、426、427、 428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、442、443、444、445、446、447、448、449、450、451、452、453、454、455、 456、457、458、459、460、461、462、463、464、465、466、467、468、469、 470、471、472、473、474、475、476、477、478、479、480、481、482、483、 484、485、486、487、488、489、490、491、492、493、494、495、496、497、498、499、500、501、502、503、504、505、506、507、508、509、510、511、 512、513、514、515、516、517、518、519、520、521、522、523、524、525、 526、527、528、529、530、531、532、533、534、535、536、537、538、539、 540、541、542、543、544、545、546、547、548、549、550、551、552、553、554、555、556、557、558、559、560、561、562、563、564、565、566、567、 568、569、570、571、572、573、574、575、576、577、578、579、580、581、 582、583、584、585、586、587、588、589、590、591、592、593、594、595、 596、597、598、599、600、601、602、603、604、605、606、607、608、609、610、611、612、613、614、615、616、617、618、619、620、621、622、623、 624、625、626、627、628、629、630、631、632、633、634、635、636、637、638、639、640、641、642、643、644、645、646、647、648、649、650、651、 652、653、654、655、656、657、658、659、660、661、662、663、664、665、666、667、668、669、670、671、672、673、674、675、676、677、678、679、 680、681、682、683、684、685、686、687、688、689、690、691、692、693、 694、695、696、697、698、699、700、701、702、703、704、705、706、707、 708、709、710、711、712、713、714、715、716、717、718、719、720、721、722、723、724、725、726、727、728、729、730、731、732、733、734、735、 736、737、738、739、740、741、742、743、744、745、746、747、748、749、 750、751、752、753、754、755、756、757、758、759、760、761、762、763、 764、765、766、767、768、769、770、771、772、773、774、775、776、777、778、779、780、781、782、783、784、785、786、787、788、789、790、791、 792、793、794、795、796、797、798、799或800个氨基酸。
在一些方面,至少一种第一特异性结合配偶体的刺突蛋白或其变体的长度可为约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、 22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、 39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、 56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、 73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、 90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、 106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、 120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、 134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、 148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、161、 162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、 176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、 190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、 204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、217、 218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、230、231、 232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、245、 246、247、248、249、250、251、252、253、254、255、256、257、258、259、260、261、262、263、264、265、266、267、268、269、270、272、272、273、 274、275、276、277、278、279、280、281、282、283、284、285、286、287、 288、289、290、291、292、293、294、295、296、297、298、299、300、301、 302、303、304、305、306、307、308、309、310、311、312、313、314、315、 316、317、318、319、320、321、322、323、324、325、326、327、328、329、 330、331、332、333、334、335、336、337、338、339、340、341、342、343、 344、345、346、347、348、349、350、351、352、353、354、355、356、357、 358、359、360、361、362、363、364、365、366、367、368、369、370、371、 372、373、374、375、376、377、378、379、380、381、382、383、384、385、 386、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、 400、401、402、403、404、405、406、407、408、409、410、411、412、413、 414、415、416、417、418、419、420、421、422、423、424、425、426、427、 428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、 442、443、444、445、446、447、448、449、450、451、452、453、454、455、 456、457、458、459、460、461、462、463、464、465、466、467、468、469、 470、471、472、473、474、475、476、477、478、479、480、481、482、483、 484、485、486、487、488、489、490、491、492、493、494、495、496、497、 498、499、500、501、502、503、504、505、506、507、508、509、510、511、 512、513、514、515、516、517、518、519、520、521、522、523、524、525、 526、527、528、529、530、531、532、533、534、535、536、537、538、539、 540、541、542、543、544、545、546、547、548、549、550、551、552、553、 554、555、556、557、558、559、560、561、562、563、564、565、566、567、 568、569、570、571、572、573、574、575、576、577、578、579、580、581、 582、583、584、585、586、587、588、589、590、591、592、593、594、595、 596、597、598、599、600、601、602、603、604、605、606、607、608、609、 610、611、612、613、614、615、616、617、618、619、620、621、622、623、 624、625、626、627、628、629、630、631、632、633、634、635、636、637、 638、639、640、641、642、643、644、645、646、647、648、649、650、651、 652、653、654、655、656、657、658、659、660、661、662、663、664、665、 666、667、668、669、670、671、672、673、674、675、676、677、678、679、680、681、682、683、684、685、686、687、688、689、690、691、692、693、 694、695、696、697、698、699或700个氨基酸。
在一些方面,至少一种第一特异性结合配偶体的刺突蛋白或其变体的长度可为约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、 22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、 39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、 56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、 73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、 90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、 106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、 120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、 134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、 148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、161、 162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、 176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、 190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、 204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、217、 218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、230、231、 232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、245、 246、247、248、249、250、251、252、253、254、255、256、257、258、259、 260、261、262、263、264、265、266、267、268、269、270、272、272、273、 274、275、276、277、278、279、280、281、282、283、284、285、286、287、 288、289、290、291、292、293、294、295、296、297、298、299、300、301、 302、303、304、305、306、307、308、309、310、311、312、313、314、315、 316、317、318、319、320、321、322、323、324、325、326、327、328、329、 330、331、332、333、334、335、336、337、338、339、340、341、342、343、 344、345、346、347、348、349、350、351、352、353、354、355、356、357、 358、359、360、361、362、363、364、365、366、367、368、369、370、371、 372、373、374、375、376、377、378、379、380、381、382、383、384、385、 386、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、400、401、402、403、404、405、406、407、408、409、410、411、412、413、 414、415、416、417、418、419、420、421、422、423、424、425、426、427、 428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、442、443、444、445、446、447、448、449、450、451、452、453、454、455、 456、457、458、459、460、461、462、463、464、465、466、467、468、469、 470、471、472、473、474、475、476、477、478、479、480、481、482、483、 484、485、486、487、488、489、490、491、492、493、494、495、496、497、498、499、500、501、502、503、504、505、506、507、508、509、510、511、 512、513、514、515、516、517、518、519、520、521、522、523、524、525、 526、527、528、529、530、531、532、533、534、535、536、537、538、539、 540、541、542、543、544、545、546、547、548、549、550、551、552、553、554、555、556、557、558、559、560、561、562、563、564、565、566、567、 568、569、570、571、572、573、574、575、576、577、578、579、580、581、 582、583、584、585、586、587、588、589、590、591、592、593、594、595、 596、597、598、599或600个氨基酸。
在一些方面,至少一种第一特异性结合配偶体的刺突蛋白或其变体的长度可为约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、 22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、 39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、 73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、 90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、 106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、 120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、 134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、 148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、161、 162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、 176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、 190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、 204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、217、218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、230、231、 232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、245、 246、247、248、249、250、251、252、253、254、255、256、257、258、259、 260、261、262、263、264、265、266、267、268、269、270、272、272、273、274、275、276、277、278、279、280、281、282、283、284、285、286、287、 288、289、290、291、292、293、294、295、296、297、298、299、300、301、 302、303、304、305、306、307、308、309、310、311、312、313、314、315、 316、317、318、319、320、321、322、323、324、325、326、327、328、329、330、331、332、333、334、335、336、337、338、339、340、341、342、343、 344、345、346、347、348、349、350、351、352、353、354、355、356、357、 358、359、360、361、362、363、364、365、366、367、368、369、370、371、 372、373、374、375、376、377、378、379、380、381、382、383、384、385、386、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、 400、401、402、403、404、405、406、407、408、409、410、411、412、413、 414、415、416、417、418、419、420、421、422、423、424、425、426、427、 428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、442、443、444、445、446、447、448、449、450、451、452、453、454、455、 456、457、458、459、460、461、462、463、464、465、466、467、468、469、 470、471、472、473、474、475、476、477、478、479、480、481、482、483、 484、485、486、487、488、489、490、491、492、493、494、495、496、497、498、499或500个氨基酸。
在一些方面,至少一种第一特异性结合配偶体的刺突蛋白或其变体的长度可为约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、 22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、 39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、 56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、 73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、 90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、 106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、 120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、 148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、161、 162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、 176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、 190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、 204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、217、 218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、230、231、 232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、245、 246、247、248、249、250、251、252、253、254、255、256、257、258、259、 260、261、262、263、264、265、266、267、268、269、270、272、272、273、 274、275、276、277、278、279、280、281、282、283、284、285、286、287、 288、289、290、291、292、293、294、295、296、297、298、299、300、301、 302、303、304、305、306、307、308、309、310、311、312、313、314、315、 316、317、318、319、320、321、322、323、324、325、326、327、328、329、 330、331、332、333、334、335、336、337、338、339、340、341、342、343、 344、345、346、347、348、349、350、351、352、353、354、355、356、357、 358、359、360、361、362、363、364、365、366、367、368、369、370、371、 372、373、374、375、376、377、378、379、380、381、382、383、384、385、 386、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399 或400个氨基酸。
在一些方面,至少一种第一特异性结合配偶体的刺突蛋白或其变体的长度可为约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、 22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、 39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、 56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、 73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、 90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、 106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、 120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、 134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、161、 162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、 176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、 190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、 204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、217、 218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、230、231、 232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、245、 246、247、248、249或250个氨基酸。
在另一方面,第一特异性结合配偶体中所用的刺突或其变体的长度可为约5 个氨基酸至约1500个氨基酸、约10个氨基酸至约1500个氨基酸、约15个氨基酸至约1500个氨基酸、约20个氨基酸至约1500个氨基酸、约25个氨基酸至约1500个氨基酸、约30个氨基酸至约1500个氨基酸、约40个氨基酸至约 1500个氨基酸、约50个氨基酸至约1500个氨基酸、约60个氨基酸至约1500 个氨基酸、约70个氨基酸至约1500个氨基酸、约75个氨基酸至约1500个氨基酸、约80个氨基酸至约1500个氨基酸、约90个氨基酸至约1500个氨基酸、约100个氨基酸至约1500个氨基酸、约5个氨基酸至约1400个氨基酸、约10 个氨基酸至约1400个氨基酸、约15个氨基酸至约1400个氨基酸、约20个氨基酸至约1400个氨基酸、约25个氨基酸至约1400个氨基酸、约30个氨基酸至约1400个氨基酸、约40个氨基酸至约1400个氨基酸、约50个氨基酸至约 1400个氨基酸、约60个氨基酸至约1400个氨基酸、约70个氨基酸至约1400 个氨基酸、约75个氨基酸至约1400个氨基酸、约80个氨基酸至约1400个氨基酸、约90个氨基酸至约1400个氨基酸、约100个氨基酸至约1400个氨基酸、约5个氨基酸至约1300个氨基酸、约10个氨基酸至约1300个氨基酸、约15 个氨基酸至约1300个氨基酸、约20个氨基酸至约1300个氨基酸、约25个氨基酸至约1300个氨基酸、约30个氨基酸至约1300个氨基酸、约40个氨基酸至约1300个氨基酸、约50个氨基酸至约1300个氨基酸、约60个氨基酸至约 1300个氨基酸、约70个氨基酸至约1300个氨基酸、约75个氨基酸至约1300 个氨基酸、约80个氨基酸至约1300个氨基酸、约90个氨基酸至约1300个氨基酸、约100个氨基酸至约1300个氨基酸、约5个氨基酸至约1200个氨基酸、约10个氨基酸至约1200个氨基酸、约15个氨基酸至约1200个氨基酸、约20 个氨基酸至约1200个氨基酸、约25个氨基酸至约1200个氨基酸、约30个氨基酸至约1200个氨基酸、约40个氨基酸至约1200个氨基酸、约50个氨基酸至约1200个氨基酸、约60个氨基酸至约1200个氨基酸、约70个氨基酸至约 1200个氨基酸、约75个氨基酸至约1020个氨基酸、约80个氨基酸至约1200 个氨基酸、约90个氨基酸至约1200个氨基酸、约100个氨基酸至约1200个氨基酸、约5个氨基酸至约1100个氨基酸、约10个氨基酸至约1100个氨基酸、约15个氨基酸至约1100个氨基酸、约20个氨基酸至约1100个氨基酸、约25 个氨基酸至约1100个氨基酸、约30个氨基酸至约1100个氨基酸、约40个氨基酸至约1100个氨基酸、约50个氨基酸至约1100个氨基酸、约60个氨基酸至约1100个氨基酸、约70个氨基酸至约1100个氨基酸、约75个氨基酸至约 1100个氨基酸、约80个氨基酸至约1100个氨基酸、约90个氨基酸至约1100 个氨基酸、约100个氨基酸至约1100个氨基酸、约5个氨基酸至约1000个氨基酸、约10个氨基酸至约1000个氨基酸、约15个氨基酸至约1000个氨基酸、约20个氨基酸至约1000个氨基酸、约25个氨基酸至约1000个氨基酸、约30 个氨基酸至约1000个氨基酸、约40个氨基酸至约1000个氨基酸、约50个氨基酸至约1000个氨基酸、约60个氨基酸至约1000个氨基酸、约70个氨基酸至约1000个氨基酸、约75个氨基酸至约1000个氨基酸、约80个氨基酸至约 1000个氨基酸、约90个氨基酸至约1000个氨基酸、约100个氨基酸至约1000 个氨基酸、约5个氨基酸至约900个氨基酸、约10个氨基酸至约900个氨基酸、约15个氨基酸至约900个氨基酸、约20个氨基酸至约900个氨基酸、约25个氨基酸至约900个氨基酸、约30个氨基酸至约900个氨基酸、约40个氨基酸至约900个氨基酸、约50个氨基酸至约900个氨基酸、约60个氨基酸至约900 个氨基酸、约70个氨基酸至约900个氨基酸、约75个氨基酸至约900个氨基酸、约80个氨基酸至约900个氨基酸、约90个氨基酸至约900个氨基酸、约 100个氨基酸至约900个氨基酸、约5个氨基酸至约800个氨基酸、约10个氨基酸至约800个氨基酸、约15个氨基酸至约800个氨基酸、约20个氨基酸至约800个氨基酸、约25个氨基酸至约800个氨基酸、约30个氨基酸至约800 个氨基酸、约40个氨基酸至约800个氨基酸、约50个氨基酸至约800个氨基酸、约60个氨基酸至约800个氨基酸、约70个氨基酸至约800个氨基酸、约 75个氨基酸至约800个氨基酸、约80个氨基酸至约800个氨基酸、约90个氨基酸至约800个氨基酸、约100个氨基酸至约800个氨基酸、约5个氨基酸至约700个氨基酸、约10个氨基酸至约700个氨基酸、约15个氨基酸至约700 个氨基酸、约20个氨基酸至约700个氨基酸、约25个氨基酸至约700个氨基酸、约30个氨基酸至约700个氨基酸、约40个氨基酸至约700个氨基酸、约 50个氨基酸至约700个氨基酸、约60个氨基酸至约700个氨基酸、约70个氨基酸至约700个氨基酸、约75个氨基酸至约700个氨基酸、约80个氨基酸至约700个氨基酸、约90个氨基酸至约700个氨基酸、约100个氨基酸至约700 个氨基酸、约5个氨基酸至约600个氨基酸、约10个氨基酸至约600个氨基酸、约15个氨基酸至约600个氨基酸、约20个氨基酸至约600个氨基酸、约25个氨基酸至约600个氨基酸、约30个氨基酸至约600个氨基酸、约40个氨基酸至约600个氨基酸、约50个氨基酸至约600个氨基酸、约60个氨基酸至约600 个氨基酸、约70个氨基酸至约600个氨基酸、约75个氨基酸至约600个氨基酸、约80个氨基酸至约600个氨基酸、约90个氨基酸至约600个氨基酸、约 100个氨基酸至约600个氨基酸、约5个氨基酸至约500个氨基酸、约10个氨基酸至约500个氨基酸、约15个氨基酸至约500个氨基酸、约20个氨基酸至约500个氨基酸、约25个氨基酸至约500个氨基酸、约30个氨基酸至约500 个氨基酸、约40个氨基酸至约500个氨基酸、约50个氨基酸至约500个氨基酸、约60个氨基酸至约500个氨基酸、约70个氨基酸至约500个氨基酸、约 75个氨基酸至约500个氨基酸、约80个氨基酸至约500个氨基酸、约90个氨基酸至约500个氨基酸、约100个氨基酸至约500个氨基酸、约5个氨基酸至约400个氨基酸、约10个氨基酸至约400个氨基酸、约15个氨基酸至约400 个氨基酸、约20个氨基酸至约400个氨基酸、约25个氨基酸至约400个氨基酸、约30个氨基酸至约400个氨基酸、约40个氨基酸至约400个氨基酸、约 50个氨基酸至约400个氨基酸、约60个氨基酸至约400个氨基酸、约70个氨基酸至约400个氨基酸、约75个氨基酸至约400个氨基酸、约80个氨基酸至约400个氨基酸、约90个氨基酸至约400个氨基酸、约100个氨基酸至约400 个氨基酸、约5个氨基酸至约300个氨基酸、约10个氨基酸至约300个氨基酸、约15个氨基酸至约300个氨基酸、约20个氨基酸至约300个氨基酸、约25个氨基酸至约300个氨基酸、约30个氨基酸至约300个氨基酸、约40个氨基酸至约300个氨基酸、约50个氨基酸至约300个氨基酸、约60个氨基酸至约300 个氨基酸、约70个氨基酸至约300个氨基酸、约75个氨基酸至约300个氨基酸、约80个氨基酸至约300个氨基酸、约90个氨基酸至约300个氨基酸、约 100个氨基酸至约300个氨基酸、约5个氨基酸至约200个氨基酸、约10个氨基酸至约200个氨基酸、约15个氨基酸至约200个氨基酸、约20个氨基酸至约200个氨基酸、约25个氨基酸至约200个氨基酸、约30个氨基酸至约200 个氨基酸、约40个氨基酸至约200个氨基酸、约50个氨基酸至约200个氨基酸、约60个氨基酸至约200个氨基酸、约70个氨基酸至约200个氨基酸、约 75个氨基酸至约200个氨基酸、约80个氨基酸至约200个氨基酸、约90个氨基酸至约200个氨基酸、约100个氨基酸至约200个氨基酸、约5个氨基酸至约100个氨基酸、约10个氨基酸至约100个氨基酸、约15个氨基酸至约100 个氨基酸、约20个氨基酸至约100个氨基酸、约25个氨基酸至约100个氨基酸、约30个氨基酸至约100个氨基酸、约40个氨基酸至约100个氨基酸、约 50个氨基酸至约100个氨基酸、约60个氨基酸至约100个氨基酸、约70个氨基酸至约100个氨基酸、约75个氨基酸至约100个氨基酸、约80个氨基酸至约100个氨基酸或约90个氨基酸至约100个氨基酸。
在一些方面,刺突蛋白包含β-冠状病毒(例如,SARS-CoV或SARS-CoV-2) 的刺突蛋白或其任何片段或变体的RBD。在其他方面,刺突蛋白包含SEQ ID NO:15的氨基酸319-542或SEQ ID NO:16的氨基酸306至528。在另一方面, RBD蛋白具有序列:RVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFA SVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSF VIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYL YRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGY QPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFXaa(SEQ ID NO:17)或其片段或变体,其中Xaa不存在或存在,并且当存在时,为N或S。
SEQ ID NO:17的“片段”是指包含小于SEQ ID NO:17整体的部分的蛋白质或多肽。SEQ ID NO:17的片段可包含约5至200个邻接氨基酸。在另一方面, SEQ ID NO:17的片段包含SEQ ID NO:17的至少约5个邻接氨基酸、SEQ ID NO:17的至少约10个邻接氨基酸、SEQ IDNO:17的至少约15个邻接氨基酸、 SEQ ID NO:17的至少约20个邻接氨基酸、SEQ ID NO:17的至少约25个邻接氨基酸、SEQ ID NO:17的至少约30个邻接氨基酸、SEQ ID NO:17的至少约35 个邻接氨基酸、SEQ ID NO:17的至少约40个邻接氨基酸、SEQ ID NO:17的至少约45个邻接氨基酸、SEQ ID NO:17的至少约50个邻接氨基酸、SEQ ID NO:17 的至少约55个邻接氨基酸、SEQ ID NO:17的至少约60个邻接氨基酸、SEQ ID NO:17的至少约65个邻接氨基酸、SEQ ID NO:17的至少约70个邻接氨基酸、 SEQ ID NO:17的至少约75个邻接氨基酸、SEQ IDNO:17的至少约80个邻接氨基酸、SEQ ID NO:17的至少约85个邻接氨基酸、SEQ ID NO:17的至少约90 个邻接氨基酸、SEQ ID NO:17的至少约95个邻接氨基酸、SEQ ID NO:17的至少100个邻接氨基酸、SEQ ID NO:17的至少约105个邻接氨基酸、SEQ ID NO:17 的至少约110个邻接氨基酸、SEQ ID NO:17的至少约115个邻接氨基酸、SEQ ID NO:17的至少约120个邻接氨基酸、SEQ ID NO:17的至少约125个邻接氨基酸、 SEQ ID NO:17的至少约130个邻接氨基酸、SEQ ID NO:17的至少约135个邻接氨基酸、SEQ ID NO:17的至少约140个邻接氨基酸、SEQ ID NO:17的至少约 145个邻接氨基酸、SEQ ID NO:17的至少约150个邻接氨基酸、SEQID NO:17 的至少约55个邻接氨基酸、SEQ ID NO:17的至少约160个邻接氨基酸、SEQ IDNO:17的至少约165个邻接氨基酸、SEQ ID NO:17的至少约170个邻接氨基酸、SEQ ID NO:17的至少约175个邻接氨基酸、SEQ ID NO:17的至少约180个邻接氨基酸、SEQ ID NO:17的至少约85个邻接氨基酸、SEQ ID NO:17的至少约190 个邻接氨基酸、SEQ ID NO:17的至少约95个邻接氨基酸、SEQ ID NO:17的至少200个邻接氨基酸或SEQ ID NO:17的至少约205个邻接氨基酸。
在另一方面,RBD蛋白具有序列:RVVPSGDVVRFPNITNLCPFGEVFN ATKFPSVYAWERKKISNCVADYSVLYNSTFFSTFKCYGVSATKLNDLCFSNVY ADSFVVKGDDVRQIAPGQTGVIADYNYKLPDDFMGCVLAWNTRNIDATSTG NYNYKYRYLRHGKLRPFERDISNVPFSPDGKPCTPPALNCYWPLNDYGFYTT TGIGYQPYRVVVLSFELLNAPATVCGPKLSTDLIKNQCVNF Xaa(SEQ ID NO:18)或其片段或变体,其中Xaa不存在或存在,并且当存在时,为N或S。SEQ ID NO:18的“片段”是指包含小于SEQ ID NO:18整体的部分的蛋白质或多肽。 SEQ ID NO:18的片段可包含约5至200个邻接氨基酸。在另一方面,SEQ ID NO:18的片段包含SEQ ID NO:18的至少约5个邻接氨基酸、SEQ ID NO:18的至少约10个邻接氨基酸、SEQ ID NO:18的至少约15个邻接氨基酸、SEQ ID NO:18的至少约20个邻接氨基酸、SEQ ID NO:18的至少约25个邻接氨基酸、SEQ ID NO:18的至少约30个邻接氨基酸、SEQ ID NO:18的至少约35个邻接氨基酸、SEQ ID NO:18的至少约40个邻接氨基酸、SEQ ID NO:18的至少约45 个邻接氨基酸、SEQ ID NO:18的至少约50个邻接氨基酸、SEQ IDNO:18的至少约55个邻接氨基酸、SEQ ID NO:18的至少约60个邻接氨基酸、SEQ ID NO:18的至少约65个邻接氨基酸、SEQ ID NO:18的至少约70个邻接氨基酸、SEQ ID NO:18的至少约75个邻接氨基酸、SEQ ID NO:18的至少约80个邻接氨基酸、 SEQ ID NO:18的至少约85个邻接氨基酸、SEQ ID NO:18的至少约90个邻接氨基酸、SEQ ID NO:18的至少约95个邻接氨基酸、SEQ ID NO:18的至少100个邻接氨基酸、SEQ ID NO:18的至少约105个邻接氨基酸、SEQ ID NO:18的至少约110个邻接氨基酸、SEQ ID NO:18的至少约115个邻接氨基酸、SEQID NO:18 的至少约120个邻接氨基酸、SEQ ID NO:18的至少约125个邻接氨基酸、SEQ IDNO:18的至少约130个邻接氨基酸、SEQ ID NO:18的至少约135个邻接氨基酸、 SEQ ID NO:18的至少约140个邻接氨基酸、SEQ ID NO:18的至少约145个邻接氨基酸、SEQ ID NO:18的至少约150个邻接氨基酸、SEQ ID NO:18的至少约 55个邻接氨基酸、SEQ ID NO:18的至少约160个邻接氨基酸、SEQ ID NO:18 的至少约165个邻接氨基酸、SEQ ID NO:18的至少约180个邻接氨基酸、SEQ ID NO:18的至少约185个邻接氨基酸、SEQ ID NO:18的至少约180个邻接氨基酸、 SEQ ID NO:18的至少约85个邻接氨基酸、SEQ ID NO:18的至少约190个邻接氨基酸、SEQ ID NO:18的至少约95个邻接氨基酸、SEQ ID NO:18的至少200 个邻接氨基酸或SEQ ID NO:18的至少约205个邻接氨基酸。
在一些方面,至少一种分离多肽为融合蛋白,其包含至少一种β-冠状病毒 (诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)分离刺突蛋白或其变体的至少全部或至少一部分。在其他方面,融合蛋白可包含β-冠状病毒(例如,SARS-CoV或 SARS-CoV-2)的一种毒株的刺突蛋白的S1多肽、S2多肽和/或RBD的全部或至少一部分(例如,至少5个氨基酸或更多),其直接或间接地可操作地连接、融合或接枝(诸如通过一个或多个连接肽序列和/或HIS标签)至β冠状病毒(例如,SARS-CoV或SARS-CoV-2)的相同或不同毒株的S1多肽、S2多肽和/或 RBD的全部或至少一部分(至少5个氨基酸或更多)。以举例的方式,在一个方面,融合蛋白可包含β-冠状病毒(例如,SARS-CoV或SARS-CoV-2)的一种毒株的刺突蛋白的RBD的所有或至少一部分(例如,至少5个氨基酸或更多),其直接或间接地可操作地连接、融合或接枝(诸如通过一个或多个连接肽序列和/或HIS标签)至β-冠状病毒(例如,SARS-CoV或SARS-CoV-2)的相同或不同毒株刺突蛋白的RBD的全部或至少一部分(至少5个氨基酸或更多)。在另一方面,融合蛋白可包含β-冠状病毒(例如,SARS-CoV或SARS-CoV-2)的一种毒株的刺突蛋白的NBD的所有或至少一部分(例如,至少5个氨基酸或更多),其直接或间接地可操作地连接、融合或接枝(诸如通过一个或多个连接肽序列和/或HIS标签)至β-冠状病毒(例如,SARS-CoV或SARS-CoV-2)的相同或不同毒株的刺突蛋白的S1或S2多肽的全部或至少一部分(至少5个氨基酸或更多)。其他的变型是可能的。例如,在其他方面,融合蛋白可包含单克隆抗体CR3022的表位(描述于美国专利号8,106,170;ter Meulen等人,PLOS Medicine,3(7):1071-1079(2006年7月);和Yuan等人,Science,2020年4月3 日在线发布(10.1126/science.abb7269),其内容以引用方式并入本文),其融合于 RBD的N末端(本文中还称为“表位接枝RBD”融合蛋白或肽)。在此实例中,融合蛋白包含甲硫氨酸作为起始氨基酸,其可操作地连接或接枝(诸如通过一个或多个连接肽序列和/或HIS标签)到至少包含氨基酸YNST(SEQ ID NO:8)、 YNSA(SEQ ID NO:9)、DDFM(SEQ ID NO:10)、DDFT(SEQ ID NO:11)、 FSTFKCYGVSATK(SEQ ID NO:12)、FSTFKCYGVSPTK(SEQ ID NO:13)、 ATSTGNYNYKYRYLRHGKLR(SEQ ID NO:19)和/或YTTTGIGYQPYRVVLSFEL(SEQ ID NO:20)的表位上,继而可操作地连接或接枝(诸如通过一个或多个连接肽序列和/或HIS标签)至RBD的N末端,例如 SEQ ID NO:15的氨基酸319-541或SEQ ID NO:16的氨基酸306至527(或SEQ ID NO:15或16的任何类似区)。熟知的是,在一些蛋白质中,起始子残基甲硫氨酸被酶切割掉,因为它可不存在于成熟多肽/蛋白中。
在一些方面,至少一种第一特异性结合配偶体(例如,捕获试剂)包含β- 冠状病毒(例如,SARS-CoV或SARS-CoV-2)的一种毒株的核衣壳蛋白(例如, NTD和/或CTD)或其变体的至少一种分离多肽或其变体的全部或至少一部分以及β-冠状病毒(例如,SARS-CoV或SARS-CoV-2)的相同或不同毒株的刺突蛋白(例如,S1多肽、RBD和/或S2多肽)或其变体的至少一种分离多肽或其变体的全部或至少一部分。所述结合成员中所用的核衣壳蛋白或其变体和刺突蛋白或其变体的长度可如本文先前所述。
至少一种第二特异性结合配偶体
至少包含可检测标签的至少一种第二特异性结合配偶体可以是至少一种重组抗原或至少一种抗体。在一些方面,至少一种第二特异性结合配偶体为至少一种重组抗原,其包含以下的至少一种分离多肽的全部或至少一部分:(a)β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的核衣壳蛋白或其变体;(b)β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的刺突蛋白或其变体;或(c)β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的核衣壳蛋白和刺突蛋白或核衣壳蛋白和/或刺突蛋白的变体,它们可以来自相同β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)或来自不同β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)。本文先前针对至少一种第二特异性结合配偶体所述的重组抗原中所用的分离多肽可以与第二特异性结合配偶体(例如,源自相同材料,具有相同长度等)一起使用。此外,第二特异性结合配偶体的重组抗原中所用的分离多肽可以与第一特异性结合配偶体的重组抗原中所用的分离多肽相同或不同。
替代地,至少一种第二特异性结合配偶体可包含至少一种抗体,其特异性结合含于至少一种第一特异性结合配偶体-抗β-冠状病毒抗体复合物中的抗β-冠状病毒抗体(例如,分析物)。用作至少一种第二特异性结合配偶体的抗体不是关键的,并且可以是多克隆抗体、单克隆抗体、人源化抗体、嵌合抗体、完全人抗体、双特异性抗体或多特异性抗体。在一个方面,用作至少一种第二特异性结合配偶体的抗体可以是抗物种IgG(例如,抗人IgGIgG)抗体、抗物种IgM (例如,抗人IgM IgG)抗体或抗物种IgG(例如,抗人IgG IgG)和抗物种IgM (例如,抗人IgM IgG)抗体。例如,在一些方面,用作至少一种第二特异性结合配偶体的抗体可以是小鼠IgG抗体、小鼠IgM抗体、小鼠IgG和小鼠IgM抗体、大鼠IgG抗体、大鼠IgM抗体、大鼠IgG和大鼠IgM抗体、兔IgG抗体、兔IgM抗体、兔IgG和兔IgM抗体、山羊IgG抗体、山羊IgM抗体、山羊IgG 和山羊IgM抗体、绵羊IgG抗体、绵羊IgM抗体、绵羊IgG和绵羊IgM抗体、非人灵长类动物IgG抗体、非人灵长类动物IgM抗体、非人灵长类动物IgG和非人灵长类动物IgM抗体、人IgG抗体、人IgM抗体或人IgG和人IgM抗体。在一个方面,至少一种第二特异性结合配偶体可以是抗人IgG(小鼠单克隆)抗体,可在
Figure RE-GDA0003944127500001431
I RubellaIgG测定(Abbott Laboratories,Abbott Park,IL)中获得,但是可以使用任何其他可商购获得的抗物种IgG(例如,抗人 IgG IgG)抗体。在另一方面,至少一种第二特异性结合配偶体可以是鼠抗人IgM 抗体,可在
Figure RE-GDA0003944127500001441
I Rubella IgM测定(AbbottLaboratories, Abbott Park,IL)中获得,但是可以使用任何其他可商购获得的抗物种IgG(例如,抗人IgG IgG)抗体。在一些其他方面,所述方法包括:至少第三特异性结合配偶体,其是抗物种IgG(例如,抗人IgG IgG)和/或抗物种IgM(例如,抗人IgM IgG)抗体;和至少第四特异性结合配偶体,其是抗物种IgG(例如,抗人IgG IgG) 和/或抗物种IgM(例如,抗人IgM IgG)抗体。
第一特异性结合配偶体-抗β-冠状病毒抗体-第二特异性结合配偶体复合物中捕获的β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)抗体可以是抗β-冠状病毒IgG抗体、抗β-冠状病毒IgM抗体或抗β-冠状病毒IgG和抗β-冠状病毒IgM 抗体。在一个方面,抗体分析物为抗SARS-CoV IgG抗体、抗SARS-CoV IgM 抗体、抗SARS-CoV-2 IgG抗体和/或抗SARS-CoV-2IgM抗体。例如,在一些方面,本文所述的方法涉及检测获自受试者的至少一种生物样品中的至少一种抗SARS-CoV-2 IgG抗体,其中所述至少一种第一特异性结合配偶体为核衣壳蛋白或其变体的C末端结构域,其(1)具有SEQ ID NO:1的氨基酸序列;(2)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQNQ(SEQ ID NO:21)、 RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST(SEQ ID NO:23)和SEQ ID NO:2的氨基酸211至419;或(3)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQSNQ (SEQ ID NO:22)、RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST(SEQ IDNO:23)和SEQ ID NO:2的氨基酸211至419,并且特异性结合至少一种抗SARS-CoV-2 IgG抗,并且第二特异性结合配偶体为至少一种抗物种IgG(例如,抗人IgG IgG)抗体。在其他方面,本文所述的方法涉及检测获自受试者的至少一种生物样品中的至少一种抗SARS-CoV-2IgM抗体,其中所述至少一种第一特异性结合配偶体为核衣壳蛋白或其变体的C末端结构域,其(1)具有SEQ ID NO:1的氨基酸序列; (2)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQNQ(SEQ ID NO:21)、 RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST(SEQ ID NO:23)和SEQID NO:2的氨基酸211至419;或(3)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQSNQ (SEQ ID NO:22)、RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST(SEQ ID NO:23)和SEQ ID NO:2的氨基酸211至419,并且特异性结合至少一种抗SARS-CoV-2 IgM抗体,并且第二特异性结合配偶体为至少一种抗物种IgM(例如,抗人IgM IgG) 抗体。
在其他方面,本文所述的方法涉及检测获自受试者的至少一种生物样品中的至少一种抗SARS-CoV-2 IgM抗体,其中所述至少一种第一特异性结合配偶体为刺突蛋白或其变体的受体结合结构域(RBD),其具有SEQ ID NO:15或SEQ ID NO:17的氨基酸319至542的氨基酸序列并且特异性结合至少一种抗 SARS-CoV-2 IgM抗体,并且第二特异性结合配偶体为至少一种抗物种IgM(例如,抗人IgM IgG)抗体。在其他方面,本文所述的方法涉及检测获自受试者的至少一种生物样品中的至少一种抗SARS-CoV-2 IgG抗体,其中所述至少一种第一特异性结合配偶体为刺突蛋白或其变体的受体结合结构域(RBD),其具有SEQ ID NO:15或SEQ ID NO:17的氨基酸319至542的氨基酸序列并且特异性结合至少一种抗SARS-CoV-2IgG抗体,并且第二特异性结合配偶体为至少一种抗物种IgG(例如,抗人IgG IgG)抗体。
在其他方面,本文所述的方法涉及确定获自受试者的至少一种生物样品中的至少一种抗SARS-CoV-2 IgG抗体的存在或其量、水平和/或浓度(例如,定量或半定量),其中所述至少一种第一特异性结合配偶体为刺突蛋白或其变体的受体结合结构域(RBD),其具有SEQ ID NO:15或SEQ ID NO:17的氨基酸319 至542的氨基酸序列并且特异性结合至少一种抗SARS-CoV-2 IgG抗体,并且第二特异性结合配偶体为至少一种抗物种IgG(例如,抗人IgGIgG)抗体。当确定生物样品中至少一种抗SARS-CoV-2 IgG抗体的存在或其量、水平和/或浓度时,所述方法的动态范围可以通过在进行所述方法之前或之后稀释生物样品来改进。尽管不希望受任何理论的束缚,但可以想象在进行所述方法之前稀释生物样品用于防止固体支持物上抗原结合位点的饱和,在固体支持物上采用抗体或包含抗原结合位点的其他分子以用于捕获。在一些方面,稀释发生在进行本文的方法之前,例如,作为单独的稀释步骤。在其他方面,稀释发生在所述方法的进行期间,例如,在采用自动化仪器的情况下,这可以在仪器本身上完成。例如,可以在使用之前(进行所述方法之前或在所述方法的进行期间),将生物样品稀释约1倍、约2倍、约3倍、约4倍、约5倍、约6倍、约10倍、约11 倍、约12倍、约13倍、约15倍、约16倍、约17倍、约18倍、约19倍、约20倍、约21倍、约22倍、约23倍、约24倍、约25倍、约26倍、约27倍、约28倍、约29倍、约30倍、约31倍、约32倍、约33倍、约34倍、约35 倍、约36倍、约37倍、约38倍、约39倍、约40倍、约41倍、约42倍、约 43倍、约44倍、约45倍、约46倍、约47倍、约48倍、约49倍、约50倍、约100倍。在某些方面,将生物样品稀释约1倍。在其他方面,将生物样品稀释约5倍。在其他方面,将生物样品稀释约10倍。在其他方面,将生物样品稀释约15倍。在其他方面,将生物样品稀释约20倍。在其他方面,将生物样品稀释约25倍。在其他方面中将生物样品稀释约30倍。在其他方面,将生物样品稀释约35倍。
在一些方面,本文所述的方法可用于定性和定量确定生物样品中针对 SARS-CoV-2的IgG抗体,例如,用于帮助识别对SARS-CoV-2具有适应性免疫反应的个体,指示最近或先前感染。在其他方面,本文所述的方法用于定量或半定量生物样品中针对SARS-CoV-2的IgG抗体。在这些方面,本文所述的方法能够在自动化稀释的情况下在EMI内定量约95%、约96%、约97%、约98%或约99%的抗SARS-CoV-2 IgG抗体。在其他方面,所述方法在自动化稀释的情况下在EMI内定量约99%的抗SARS-CoV-2 IgG抗体。在其他方面,所述方法在无稀释的情况下在ULMI内定量约87%、约88%、约89%、约90%、约91%、约92%或约93%的抗SARS-CoV-2 IgG抗体。在其他方面,所述方法在无稀释的情况下在ULMI内定量中约91%的抗SARS-CoV-2 IgG抗体。在其他方面,所述方法在无稀释的情况下在ULMI内定量约98%的抗SARS-CoV-2 IgG抗体。在其他方面,本发明的方法的ULMI是本领域中已知的其他方法的约2.0倍、约 2.5倍、约3.0倍、约4.0倍、约5.0倍、约10倍、约15倍、约20或约25倍。在一些方面,本发明的方法的ULMI是本领域中已知的其他方法(数据未公开) 的约2.7倍。在其他方面,ULMI是本领域中已知的其他方法(数据未公开)的约22倍。在其他方面,本文所述的方法可用作结合临床表现和其他实验室测试诊断SARS-CoV-2感染的辅助。所述方法还可用作评估SARS-CoV-2感染个体的免疫状态并监测已经接受一种或多种SARS-CoV-2疫苗的个体的抗体放映的辅助。
在其他方面,本文所述的方法涉及确定获自受试者的至少一种生物样品中的至少一种抗SARS-CoV-2 IgG抗体的存在或其量、水平和/或浓度(例如,定量或半定量),其中所述至少一种第一特异性结合配偶体为刺突蛋白或其变体的受体结合结构域(RBD),其具有SEQ ID NO:15或SEQ ID NO:17的氨基酸319 至542的氨基酸序列并且特异性结合至少一种抗SARS-CoV-2 IgG抗体,并且第二特异性结合配偶体为至少一种抗物种IgG(例如,抗人IgGIgG)抗体。当确定生物样品中至少一种抗SARS-CoV-2 IgG抗体的量、水平和/或浓度时,所述方法的动态范围可以任选地通过在进行所述方法之前或之后稀释生物样品来改进。尽管不希望受任何理论的束缚,但可以想象在进行所述方法之前稀释生物样品用于防止一个或多个固体支持物上抗原结合位点的饱和(例如,在固体支持物上采用抗体或包含抗原结合位点的其他分子以用于捕获)。在一些方面,稀释发生在进行本文的方法之前,例如,作为单独的稀释步骤。在其他方面,稀释发生在所述方法的进行期间,例如,在采用自动化仪器的情况下,这可以在仪器本身上完成。在一些方面,稀释通过将约10μL(微升)生物样品(例如,原始生物样品)和约290μL至少一种缓冲液(诸如测定缓冲液、洗涤缓冲液等) 混合以形成生物取样混合物(例如,总体积为300μL)来进行。取出总体积10μL 生物取样混合物(例如,约0.033μL原始生物样品(10μL/300μL)),然后在进行所述方法中使用或采用(0.033μL x10μL=0.33μL生物样品)。在一些方面,本文所述的方法能够在自动化稀释的情况下在EMI内定量约95%、约96%、约 97%、约98%或约99%的抗SARS-CoV-2 IgG抗体。在其他方面,所述方法在自动化稀释的情况下在EMI内定量约99%的抗SARS-CoV-2 IgG抗体。在其他方面,所述方法在无稀释的情况下在ULMI内定量约87%、约88%、约89%、约 90%、约91%、约92%或约93%的抗SARS-CoV-2 IgG抗体。在其他方面,所述方法在无稀释的情况下在ULMI内定量中约91%的抗SARS-CoV-2 IgG抗体。另外,在一些方面,本文所述的方法可用于定性和定量确定血浆中人血清中针对 SARS-CoV-2的IgG抗体。在其他方面,本文所述的方法可用作结合临床表现和其他实验室测试诊断SARS-CoV-2感染的辅助。所述方法还可用作评估SARS-CoV-2感染个体的免疫状态并监测已经接受一种或多种SARS-CoV-2疫苗的个体的抗体放映的辅助。
在本文所述的方法的其他方面,所述方法还包括测定至少一种抗 SARS-CoV-2IgG中和抗体,诸如至少一种抗SARS-CoV-2 IgG中和抗体。明确地说,在这个方面,本文所述的方法证明与空斑减少中和测定的高定性符合。明确地说,通过本文所述的方法检测的抗SARS-CoV-2 IgG抗体的增加量与抗 SARS-CoV-2中和抗体(例如,抗SARS-CoV-2 IgG中和抗体)的增加量有关。在这个方面,已确定至少约4100AU/mL(至少约582BAU/mL)、约4120AU/mL(约585BAU/mL)、约4130AU/mL(约586BAU/mL)、约4140AU/mL(约 587BAU/mL)、约4150AU/mL(约589BAU/mL)、约4160AU/mL(约 590BAU/mL)、约4170AU/mL(约592BAU/mL)、约4180AU/mL(约 593BAU/mL)、约4190AU/mL(约594BAU/mL)或约4200AU/mL(约 596BAU/mL)的抗SARS-CoV-2 IgG抗体水平与中和相关。例如,用作截止值或阈值的至少4160AU/mL(约590BAU/mL)的抗SARS-CoV-2 IgG抗体水平对应于以1:250稀释获得空斑减少中和测定ID50的约0.95概率。另外,本文所述的方法的概率概况对应于斑块减少中和测定中的高效价水平,使得通过所述方法确定的抗SARS-CoV-2 IgG抗体水平等于或高于所述空斑减少中和测定中确定的抗SARS-CoV-2 IgG中和抗体水平的概率高(参见实施例9)。最后,在其他方面,本文所述的方法证明与ACE2结合抑制测定的高定性符合(参见,实施例10)。
在其他方面,本文所述的方法采用小体积的生物样品(例如,其可以经由前一段中所述的稀释来获得)。所述方法中所用的生物样品的小体积为约0.30μL 至约0.40μL。在一些方面,所述方法中所用的生物样品的小体积为至少约 0.30μL、至少约0.31μL、至少约0.32μL、至少约0.33μL、至少约0.34μL、至少约0.35μL、至少约0.36μL、至少约0.37μL、至少约0.38μL、至少约0.39μL或至少约0.40μL。
在一些方面,当所述方法仅使用第一特异性结合配偶体和第二特异性结合配偶体时,可以将任一特异性结合配偶体固定在固体支持物上。例如,在一些方面,第一特异性结合配偶体可以固定在固体支持物上。在其他方面,当在所述方法中使用多于两种特异性结合配偶体(例如,第一特异性结合配偶体、第二特异性结合配偶体、第三特异性结合配偶体、第四特异性结合配偶体)时,任何或所有结合成员都可以固定在固体支持物上。
在一些方面,所述方法还包括第三特异性结合配偶体,诸如第二捕获试剂(例如,第二、第三或第四重组抗原)或第二、第三或第四检测试剂(例如,重组抗原和/或抗体)。在一些方面,所述方法还包括(i)至少一种第一特异性结合配偶体,其包含β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的核衣壳蛋白的C末端结构域的至少一种分离多肽,其中所述第一特异性结合配偶体特异性结合(a)IgG抗体;(b)IgM抗体;或(b)IgG和IgM抗体;以及(ii)至少一种第二特异性结合配偶体,其包含β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的刺突蛋白的受体结合结构域(RBD)的分离多肽,其中所述第二特异性结合配偶体特异性结合(a)IgG抗体;和(b)IgM抗体;或(b)IgG和IgM抗体。例如,在一个方面,所述方法涉及(i)至少一种第一特异性结合配偶体,其包含SARS-CoV-2 (例如,SEQ ID NO:1)的核衣壳蛋白的C末端结构域的至少一种分离多肽,其中所述第一特异性结合配偶体特异性结合IgG抗体;(ii)至少一种第二特异性结合配偶体,其包含SARS-CoV-2(例如,SEQ ID NO:15或SEQ ID NO:17的氨基酸319至542)的刺突蛋白的受体结合结构域(RBD)的分离多肽,其中所述第二特异性结合配偶体特异性结合IgM抗体;和(iii)至少一种第三特异性结合配偶体,其包含可检测标记。在一些方面,少一种第一特异性结合配偶体和至少一种第二特异性结合配偶体可以固定在相同的固体支持物上。在其他方面,至少一种第一特异性结合配偶体和至少一种第二特异性结合配偶体可以固定在不同的固体支持物上。在其他方面,当至少一种第一特异性结合配偶体和至少一种第二特异性结合配偶体固定在相同的固体支持物上时,至少一种第一特异性结合配偶体和至少一种第二特异性结合配偶体的量或比率可以使用本领域已知的常规技术进行优化以实现对于待检测或确定的IgG、IgM和/或IgG和IgM(例如,确定的量或浓度)的所需敏感性和特异性。
在另一方面,所述方法涉及(i)至少一种第一特异性结合配偶体,其包含 SARS-CoV-2(例如,SEQ ID NO:1)的核衣壳蛋白的C末端结构域的至少一种分离多肽,其中所述第一特异性结合配偶体特异性结合IgG抗体;(ii)至少一种第二特异性结合配偶体,其包含SARS-CoV-2(例如,SEQ ID NO:15或SEQ ID NO:17的氨基酸319至542)的刺突蛋白的受体结合结构域(RBD)的分离多肽,其中所述第二特异性结合配偶体特异性结合IgM抗体;(iii)至少一种第三特异性结合配偶体,其包含可检测标记;和(iv)至少一种第四特异性结合配偶体,其包含可检测标记。在一些方面,少一种第一特异性结合配偶体和至少一种第二特异性结合配偶体可以固定在相同的固体支持物上。
在其他方面,至少一种第一特异性结合配偶体和至少一种第二特异性结合配偶体可以固定在不同的固体支持物上。在其他方面,当至少一种第一特异性结合配偶体和至少一种第二特异性结合配偶体固定在相同的固体支持物上时,至少一种第一特异性结合配偶体和至少一种第二特异性结合配偶体的量或比率可以使用本领域已知的常规技术进行优化以实现对于待检测或确定的IgG、IgM 和/或IgG和IgM(例如,确定的量或浓度)的所需敏感性和特异性。在一些方面,用于第三特异性结合配偶体和第四特异性结合配偶体的可检测标记可以是相同的标记或可以是不同的标记。
在一些实施方式中,在进行所述方法之前或期间稀释或不稀释生物样品。在一些方面,稀释发生在进行所述方法之前。在其他方面,稀释发生在进行所述方法期间。在一个方面,样品可以为约1至约25微升、约1至约24微升、约1至约23微升、约1至约22微升、约1至约21微升、约1至约20微升、约1至约18微升、约1至约17微升、约1至约16微升、约15微升或约1微升、约2微升、约3微升、约4微升、约5微升、约6微升、约7微升、约8 微升、约9微升、约10微升、约11微升、约12微升、约13微升、约14微升、约15微升、约16微升、约17微升、约18微升、约19微升、约20微升、约 21微升、约22微升、约23微升、约24微升或约25微升。在一些实施方式中,样品为约1至约150微升或更少或约1至约25微升或更少。替代地,在另一方面,可以在使用之前(进行所述方法之前或在所述方法的进行期间),将生物样品稀释约1倍、约2倍、约3倍、约4倍、约5倍、约6倍、约10倍、约11 倍、约12倍、约13倍、约15倍、约16倍、约17倍、约18倍、约19倍、约 20倍、约21倍、约22倍、约23倍、约24倍、约25倍、约26倍、约27倍、约28倍、约29倍、约30倍、约31倍、约32倍、约33倍、约34倍、约35 倍、约36倍、约37倍、约38倍、约39倍、约40倍、约41倍、约42倍、约 43倍、约44倍、约45倍、约46倍、约47倍、约48倍、约49倍、约50倍、约100倍。
在一些方面,本文所述的方法可以在不稀释的情况下进行,并且所述ULMI 可为约15,500至约40,000AU/mL,并且/或者所述EMI可为约40,000至约80,000AU/mL。在其他方面,所述方法可以在不稀释的情况下进行,并且所述 ULMI可为约15,500至约25,000AU/mL,并且/或者所述EMI可为约25,000至约50,000AU/mL(参见图13)。在其他方面,本文所述的方法可以在不稀释的情况下进行,并且所述ULMI可为约7.1至约5680BAU/mL。换句话讲,本文的方法可用于检测较低水平(例如约7.1至约5680BAU/mL)的SARS-CoV-2 IgG而无需进一步稀释。
EMI和ULMI可以任选地评估,例如,在Abbott
Figure RE-GDA0003944127500001511
自动化分析仪上。
其他检测方法包括使用纳米孔装置或纳米井装置(例如用于单分子检测) 或可以适于在纳米孔装置或纳米井装置上使用。纳米孔装置的实例描述于PCT 国际申请WO 2016/161402中,其据此以引用的方式整体并入。纳米井装置的实例描述于PCT国际申请WO 2016/161400中,其据此以引用的方式整体并入。还可以采用适用于单分子检测的其他装置和方法。
本文所述的方法的性质并不关键,并且测试可以是本领域中已知的任何测定,诸如免疫测定、定点照护测定、临床化学测、蛋白质免疫沉淀、免疫电泳、化学分析、SDS-PAGE和免疫印迹分析、或蛋白质免疫染色、电泳分析、蛋白质测定、竞争性结合测定、侧向流测定、功能性蛋白质测定或色谱或光谱法,诸如高效液相色谱(HPLC)或液体色谱-质谱(LC/MS)。另外,测定可以以临床化学形式采用,诸如将由本领域普通技术人员已知的。此类测定在本文的第9-14 章节中进一步详细描述。本领域已知,在采用特定样品类型的测定中使用的值 (例如,参考水平、截止值、阈值、特异性、敏感性、校准物和/或对照的浓度等)(例如,诸如利用血清的免疫测定或采用全血的定点照护装置(其使用定点照护测定(例如,其可以是免疫测定)))可以使用本领域已知的技术外推至其他测定形式,诸如测定标准化。例如,可以进行测定标准化的一种方式是通过将一个因子应用于测定中采用的校准物,以使样品浓度读数更高或更低,以获得与比较器方法一致的斜率。将针对一种测定获得的结果标准化至另一种测定的其他方法是众所周知的并且已在文献中描述(参见,例如David Wild,Immunoassay Handbook,第4版,第3.5章,第315-322页,其内容通过引用并入本文)。
SARS-CoV-2变体
已知并且预期在诸如SARS-CoV-2的核衣壳和刺突蛋白的蛋白内存在或将发生突变。如本文所述,这些变体可用于检测SARS-CoV-2的方法、改进的方法、试剂盒和系统。本文所述的方法、改进的方法、试剂盒和系统也用于检测针对变体核衣壳或变体刺突蛋白的抗SARS-CoV-2抗体的存在或确定其量(例如,用于检测或抗SARS-CoV-2 IgG抗体、抗SARS-CoV-2 IgG抗体或抗 SARS-CoV-2 IgG中和抗体的存在或确定其量,其中抗体特异性结合变体核衣壳或变体刺突蛋白)。变体SARS-CoV-2刺突蛋白的实例包括描述为出现在名为谱系B.1.1.7的不同系统发育簇中的那些,其包括刺突蛋白的RBD的变体,其包含一个或多个氨基酸取代,包括在SEQ ID NO:15的氨基酸319至542内位置501 处用酪氨酸替代天冬酰胺(也称为N501Y,并且如SEQ ID NO:25所示)的氨基酸取代(例如,由Rambaut等人,2020年12月, https://virological.org/t/preliminary-genomic-characterisation-of-an-emergent-sars-co v-2-lineage-in-the-uk-defined-by-a-novel-set-of-spike-mutations/563报告)。变体 SARS-CoV-2刺突蛋白的其他实例包括描述为发生在名为501Y.V2的系统发育谱系中的那些,其包括N501Y以及其他突变,即在SEQ ID NO:15的氨基酸319 至542内的一个或多个氨基酸取代和/或缺失,包括在氨基酸位置417处用天冬酰胺替代赖氨酸(K417N);在氨基酸位置417用苏氨酸替代赖氨酸(K417T);在氨基酸位置452处用精氨酸替代亮氨酸(L452R);在氨基酸位置477处用天冬酰胺替代丝氨酸(S477N);在氨基酸位置484用赖氨酸替代谷氨酸(E484K);或其任何组合且如SEQ ID NO:25所示(例如,由Tegally等人,12月22日,2200, medRxiv preprint doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.21.202486 400报告)。 Rambaut等人还描述了变体SARS-CoV-2核衣壳蛋白,包括核衣壳蛋白的变体,其包含在SEQ ID NO:2的氨基酸210至419内的位置235处用苯丙氨酸替代丝氨酸(也称为S235F)的氨基酸取代。另外,SEQ ID NO:2的氨基酸210-419的一个或多个位置中的其他取代和/或缺失包括以下中的一种或多种:在氨基酸位置234处用异亮氨酸替代甲硫氨酸(M234I);在氨基酸位置373处用天冬酰胺替代赖氨酸(K373N);在氨基酸位置377处用酪氨酸替代天冬氨酸(D377Y);在氨基酸位置376处用苏氨酸替代丙氨酸(A376T);或其任何组合。
因此,本文提供以下方法,其中检测或确定的抗SARS-CoV-2抗体特异性结合:a)核衣壳蛋白的变体,其包含在SEQ ID NO:2的氨基酸210-419的一个或多个位置中的一个或多个取代和/或缺失,诸如(1)在氨基酸位置235处用苯丙氨酸替代丝氨酸(S235F);(2)在氨基酸位置234处用异亮氨酸替代甲硫氨酸 (M234I);(3)在氨基酸位置373处用天冬酰胺替代赖氨酸(K373N);(4)在氨基酸位置377处用酪氨酸替代天冬氨酸(D377Y);(5)在氨基酸位置376处用苏氨酸替代丙氨酸(A376T);或(6)(1)-(5)的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:2的氨基酸 210至419中除(1)-(5)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;或SEQID NO:24;b)刺突蛋白的RBD的变体,其包含SEQ ID NO:15的氨基酸319-542 的一个或多个位置中的一个或多个取代和/或缺失:(1)在氨基酸位置417处用天冬酰胺替代赖氨酸(K417N);(2)在氨基酸位置417处用苏氨酸替代赖氨酸 (K417T);(3)在氨基酸位置452处用精氨酸替代亮氨酸(L452R);(4)在氨基酸位置477处用天冬酰胺替代丝氨酸(S477N);(5)在氨基酸位置484处用赖氨酸替代谷氨酸(E484K);(6)在氨基酸位置501处用酪氨酸替代天冬酰胺(N501Y);或(7) (1)-(6)的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:15的氨基酸319-542中除(1)-(6)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;或SEQ ID NO:25;或c)核衣壳蛋白的变体,其包含SEQ ID NO:2的氨基酸210-419的一个或多个位置中的一个或多个取代和/或缺失,诸如(1)在氨基酸位置235处用苯丙氨酸替代丝氨酸 (S235F);(2)在氨基酸位置234处用异亮氨酸替代甲硫氨酸(M234I);(3)在氨基酸位置373处用天冬酰胺替代赖氨酸(K373N);(4)在氨基酸位置377处用酪氨酸替代天冬氨酸(D377Y);(5)在氨基酸位置376处用苏氨酸替代丙氨酸(A376T);或(6)(1)-(5)的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:2的氨基酸210至419中除(1)-(5) 中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;或SEQ IDNO:24;以及刺突蛋白的RBD的变体,其包含SEQ ID NO:15的氨基酸319-542的一个或多个位置中的一个或多个取代和/或缺失:(1)在位置417处用天冬酰胺替代赖氨酸 (K417N);(2)在位置417处用苏氨酸替代赖氨酸(K417T);(3)在位置452处用精氨酸替代亮氨酸(L452R);(4)在位置477处用天冬酰胺替代丝氨酸(S477N);(5) 在位置484处用赖氨酸替代谷氨酸(E484K);(6)在位置501处用酪氨酸替代天冬酰胺(N501Y);或(7)(1)-(6)的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:15的氨基酸 319-542中除(1)-(6)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;或SEQ ID NO:25。
本文还提供试剂盒,其中使用试剂盒检测或确定的抗β-冠状病毒抗体为与以下特异性结合的抗SARS-CoV-2抗体:a)核衣壳蛋白的变体,其包含在SEQ ID NO:2的氨基酸210-419的一个或多个位置中的一个或多个取代和/或缺失,诸如 (1)在氨基酸位置235处用苯丙氨酸替代丝氨酸(S235F);(2)在氨基酸位置234处用异亮氨酸替代甲硫氨酸(M234I);(3)在氨基酸位置373处用天冬酰胺替代赖氨酸(K373N);(4)在氨基酸位置377处用酪氨酸替代天冬氨酸(D377Y);(5)在氨基酸位置376处用苏氨酸替代丙氨酸(A376T);或(6)(1)-(5)的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:2的氨基酸210-419中除(1)-(5)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;或SEQ ID NO:24;b)刺突蛋白的RBD的变体,其包含SEQ ID NO:15的氨基酸319-542的一个或多个位置中的一个或多个取代和/或缺失:(1) 在氨基酸位置417处用天冬酰胺替代赖氨酸(K417N);(2)在氨基酸位置417处用苏氨酸替代赖氨酸(K417T);(3)在氨基酸位置452处用精氨酸替代亮氨酸 (L452R);(4)在氨基酸位置477处用天冬酰胺替代丝氨酸(S477N);(5)在氨基酸位置484处用赖氨酸替代谷氨酸(E484K);(6)在氨基酸位置501处用酪氨酸替代天冬酰胺(N501Y);或(7)(1)-(6)的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:15的氨基酸319-542中除(1)-(6)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;或SEQ ID NO:25;或c)核衣壳蛋白的变体,其包含SEQ ID NO:2的氨基酸210-419的一个或多个位置中的一个或多个取代和/或缺失,诸如(1)在氨基酸位置235处用苯丙氨酸替代丝氨酸(S235F);(2)在氨基酸位置234处用异亮氨酸替代甲硫氨酸 (M234I);(3)在氨基酸位置373处用天冬酰胺替代赖氨酸(K373N);(4)在氨基酸位置377处用酪氨酸替代天冬氨酸(D377Y);(5)在氨基酸位置376处用苏氨酸替代丙氨酸(A376T);或(6)(1)-(5)的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:2的氨基酸 210-419中除(1)-(5)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;或SEQ ID NO:24;以及刺突蛋白的RBD的变体,其包含SEQ ID NO:15的氨基酸319-542 的一个或多个位置中的一个或多个取代和/或缺失:(1)在位置417处用天冬酰胺替代赖氨酸(K417N);(2)在位置417处用苏氨酸替代赖氨酸(K417T);(3)在位置 452处用精氨酸替代亮氨酸(L452R);(4)在位置477处用天冬酰胺替代丝氨酸 (S477N);(5)在位置484处用赖氨酸替代谷氨酸(E484K);(6)在位置501处用酪氨酸替代天冬酰胺(N501Y);或(7)(1)-(6)的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:15 的氨基酸319-542中除(1)-(6)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;或SEQ ID NO:25。
本文进一步提供系统,其中此类系统检测的抗β-冠状病毒抗体为与以下特异性结合的抗SARS-CoV-2抗体:a)核衣壳蛋白的变体,其包含在SEQ ID NO:2 的氨基酸210-419的一个或多个位置中的一个或多个取代和/或缺失,诸如(1)在氨基酸位置235处用苯丙氨酸替代丝氨酸(S235F);(2)在氨基酸位置234处用异亮氨酸替代甲硫氨酸(M234I);(3)在氨基酸位置373处用天冬酰胺替代赖氨酸 (K373N);(4)在氨基酸位置377处用酪氨酸替代天冬氨酸(D377Y);(5)在氨基酸位置376处用苏氨酸替代丙氨酸(A376T);或(6)(1)-(5)的任何组合,单独地或与 SEQ ID NO:2的氨基酸210至419中除(1)-(5)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;或SEQ ID NO:24;b)刺突蛋白的RBD的变体,其包含SEQ ID NO:15的氨基酸319-542的一个或多个位置中的一个或多个取代和/或缺失:(1) 在氨基酸位置417处用天冬酰胺替代赖氨酸(K417N);(2)在氨基酸位置417处用苏氨酸替代赖氨酸(K417T);(3)在氨基酸位置452处用精氨酸替代亮氨酸 (L452R);(4)在氨基酸位置477处用天冬酰胺替代丝氨酸(S477N);(5)在氨基酸位置484处用赖氨酸替代谷氨酸(E484K);(6)在氨基酸位置501处用酪氨酸替代天冬酰胺(N501Y);或(7)(1)-(6)的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:15的氨基酸319-542中除(1)-(6)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;或SEQ ID NO:25;或c)核衣壳蛋白的变体,其包含SEQ ID NO:2的氨基酸210-419的一个或多个位置中的一个或多个取代和/或缺失,诸如(1)在氨基酸位置235处用苯丙氨酸替代丝氨酸(S235F);(2)在氨基酸位置234处用异亮氨酸替代甲硫氨酸 (M234I);(3)在氨基酸位置373处用天冬酰胺替代赖氨酸(K373N);(4)在氨基酸位置377处用酪氨酸替代天冬氨酸(D377Y);(5)在氨基酸位置376处用苏氨酸替代丙氨酸(A376T);或(6)(1)-(5)的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:2的氨基酸 210至419中除(1)-(5)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;或SEQ ID NO:24;以及刺突蛋白的RBD的变体,其包含SEQ ID NO:15的氨基酸319-542 的一个或多个位置中的一个或多个取代和/或缺失:(1)在位置417处用天冬酰胺替代赖氨酸(K417N);(2)在位置417处用苏氨酸替代赖氨酸(K417T);(3)在位置452处用精氨酸替代亮氨酸(L452R);(4)在位置477处用天冬酰胺替代丝氨酸 (S477N);(5)在位置484处用赖氨酸替代谷氨酸(E484K);(6)在位置501处用酪氨酸替代天冬酰胺(N501Y);或(7)(1)-(6)的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:15 的氨基酸319-542中除(1)-(6)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;或SEQ ID NO:25。
另外在本文所述的改进的方法中,检测的抗β-冠状病毒抗体为与以下特异性结合的抗SARS-CoV-2抗体:a)核衣壳蛋白的变体,其包含在SEQ ID NO:2 的氨基酸210-419的一个或多个位置中的一个或多个取代和/或缺失,诸如(1)在氨基酸位置235处用苯丙氨酸替代丝氨酸(S235F);(2)在氨基酸位置234处用异亮氨酸替代甲硫氨酸(M234I);(3)在氨基酸位置373处用天冬酰胺替代赖氨酸 (K373N);(4)在氨基酸位置377处用酪氨酸替代天冬氨酸(D377Y);(5)在氨基酸位置376处用苏氨酸替代丙氨酸(A376T);或(6)(1)-(5)的任何组合,单独地或与 SEQ ID NO:2的氨基酸210至419中除(1)-(5)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;或SEQ ID NO:24;b)刺突蛋白的RBD的变体,其包含SEQ ID NO:15的氨基酸319-542的一个或多个位置中的一个或多个取代和/或缺失:(1) 在氨基酸位置417处用天冬酰胺替代赖氨酸(K417N);(2)在氨基酸位置417处用苏氨酸替代赖氨酸(K417T);(3)在氨基酸位置452处用精氨酸替代亮氨酸 (L452R);(4)在氨基酸位置477处用天冬酰胺替代丝氨酸(S477N);(5)在氨基酸位置484处用赖氨酸替代谷氨酸(E484K);(6)在氨基酸位置501处用酪氨酸替代天冬酰胺(N501Y);或(7)(1)-(6)的任何组合,单独地或与SEQ IDNO:15的氨基酸319-542中除(1)-(6)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;或SEQ ID NO:25;或c)核衣壳蛋白的变体,其包含SEQ ID NO:2的氨基酸210-419的一个或多个位置中的一个或多个取代和/或缺失,诸如(1)在氨基酸位置235处用苯丙氨酸替代丝氨酸(S235F);(2)在氨基酸位置234处用异亮氨酸替代甲硫氨酸 (M234I);(3)在氨基酸位置373处用天冬酰胺替代赖氨酸(K373N);(4)在氨基酸位置377处用酪氨酸替代天冬氨酸(D377Y);(5)在氨基酸位置376处用苏氨酸替代丙氨酸(A376T);或(6)(1)-(5)的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:2的氨基酸 210至419中除(1)-(5)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;或SEQ ID NO:24;以及刺突蛋白的RBD的变体,其包含SEQ ID NO:15的氨基酸319-542 的一个或多个位置中的一个或多个取代和/或缺失:(1)在位置417处用天冬酰胺替代赖氨酸(K417N);(2)在位置417处用苏氨酸替代赖氨酸(K417T);(3)在位置 452处用精氨酸替代亮氨酸(L452R);(4)在位置477处用天冬酰胺替代丝氨酸 (S477N);(5)在位置484处用赖氨酸替代谷氨酸(E484K);(6)在位置501处用酪氨酸替代天冬酰胺(N501Y);或(7)(1)-(6)的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:15 的氨基酸319-542中除(1)-(6)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;或SEQ ID NO:25。
3.预测感染或已感染β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的受试者的结果
在另一方面,本公开涉及预测感染或曾经感染β-冠状病毒(诸如SARS-CoV 或SARS-CoV-2)的受试者的结果的方法。具体而言,在一些方面,本公开涉及预测根据上文第2章节中描述的方法识别为具有β-冠状病毒(例如,β-冠状病毒抗原)的受试者的结果的方法。
在一些方面,所述方法涉及预测感染或曾经感染SARS-CoV-2的受试者的结果。在此方面,所述方法涉及在SARS-CoV-2的一种或多种症状(SARS-CoV-2 的症状包括发热或寒颤、咳嗽、呼吸短促或呼吸困难、疲劳、肌肉或身体疼痛、头疼、新的味觉或嗅觉丧失、喉咙痛、充血或流鼻涕、恶心或呕吐和/或腹泻中的一种或多种)发作之后约前十天之内确定受试者是否在血清转化成抗 SARS-CoV-2 IgM抗体之前、之后或同时血清转化成抗SARS-CoV-2 IgG抗体。在一些方面,受试者因SARS-CoV-2的症状而住院。
具体而言,发现在SARS-CoV-2的一种或多种症状发作的约前十天内血清转化成抗SARS-CoV-2 IgM抗体之前血清转化成抗SARS-CoV-2 IgG抗体的受试者更可能具有不利的结果(例如,死亡等)。发现在血清转化成抗SARS-CoV-2 IgG 抗体之前血清转化成抗SARS-CoV-2 IgM抗体或同时血清转化成抗SARS-CoV-2 IgG和抗SARS-CoV-2 IgM抗体的受试者具有有利的结果。这种有利的结果包括在感染SARS-CoV-2后存活。用于检测抗SARS-CoV IgG和抗SARS-CoV IgM 抗体以用于预测受试者的(有利或不利的)结果的方法不是关键的,并且可以是本领域已知的任何方法,包括上文在第2章节中所述的那些。
在一个方面,所述方法涉及获得一种或多种生物样品以及检测在 SARS-CoV-2的一种或多种症状发作之后约前十天(例如,约十天、约十一天、约十二天、约13天或约14天)内抗SARS-CoV-2 IgG抗体和抗SARS-CoV-2 IgM 抗体的存在。抗SARS-CoV-2 IgG抗体和抗SARS-CoV-2 IgM抗体可以在相同生物样品中或在不同生物样品中,同时或依序地,在SARS-CoV-2的症状发作之后的同一天或不同天(例如,症状发作之后一天、一种或多种症状发作之后两天、一种或多种症状发作之后三天、一种或多种症状发作之后四天、一种或多种症状发作之后五天、一种或多种症状发作之后六天、一种或多种症状发作之后七天、一种或多种症状发作之后八天、一种或多种症状发作之后九天和/或一种或多种症状发作之后十天)进行检测。另外,可以在一种或多种症状发作后的约前十天内(例如,一种或多种症状发作之后第一天、一种或多种症状发作之后第三天和一种或多种症状发作之后第六天等)从受试者获得多种样品。
无论在SARS-CoV-2的一种或多种症状发作之后的约前十天(例如,约十天、约十一天、约十二天、约13天或约14天)内的哪天获得生物样品,一旦检测了抗SARS-CoV-2 IgG抗体和/或抗SARS-CoV-2 IgM抗体,便确定抗 SARS-CoV-2 IgG或抗SARS-CoV-2 IgM抗体谁首先出现在受试者体内。如果确定在抗SARS-COV-2 IgM抗体出现之前,抗SARS-COV-2 IgG抗体首先出现在受试者体内,则预测受试者更有可能具有不利的结果(例如,死亡)。如果确定在抗SARS-CoV-2 IgM抗体出现的同时或之后,抗SARS-COV-2 IgG抗体首先出现在受试者体内,则预测受试者更有可能具有有利的结果(例如,在 SARS-CoV-2感染后存活)。以举例的方式,如果在SARS-CoV-2的一种或多种症状发作之后第一天在获自受试者的生物样品中未检测到抗SARS-CoV-2 IgG 或IgM抗体(例如,使用上文在第2章节中所述的方法),但是在SARS-CoV-2 的一种或多种症状发作之后的第四天在获自同一受试者的后续生物样品中检测到抗SARS-CoV-2 IgM抗体但未检测到SARS-CoV-2 IgG抗体,则预测受试者较有可能自SARS-CoV-2具有有利的结果(例如,存活)。以举例的方式,如果在 SARS-CoV-2的一种或多种症状发作之后第一天在获自受试者的生物样品中未检测到抗SARS-CoV-2 IgG或IgM抗体(例如,使用上文在第2章节中所述的方法),在SARS-CoV-2的一种或多种症状发作之后第三天在获自受试者的生物样品中未检测到抗SARS-CoV-2 IgG或IgM抗体,但是在SARS-CoV-2的一种或多种症状发作之后的第六天在获自同一受试者的后续生物样品中检测到抗SARS-CoV-2 IgM抗体和SARS-CoV-2 IgG抗体,则预测受试者较有可能自 SARS-CoV-2具有有利的结果(例如,存活)。以举例的方式,如果在SARS-CoV-2 的一种或多种症状发作之后第三天在获自受试者的生物样品中未检测到抗 SARS-CoV-2 IgG或IgM抗体(例如,使用上文在第2章节中所述的方法),但是在SARS-CoV-2的一种或多种症状发作之后的第八天在获自同一受试者的后续生物样品中检测到抗SARS-CoV-2 IgG抗体但未检测到SARS-CoV-2IgM抗体,则预测受试者较有可能自SARS-CoV-2具有不利的结果(例如,死亡)。
在另一方面,本公开涉及一种预测感染或疑似感染SARS-CoV-2的受试者的结果的方法,其通过确定在SARS-CoV-2的症状发作之后至少十天(例如,约十天、约十一天、约十二天、约13天或约14天)获自受试者的至少一种生物样品中至少一种抗SARS-CoV-2 IgM抗体的信号-截止值(S/CO)比率来进行。在本文所述的方法中用于确定信号-截止值比率的方法不是关键的,并且可以包括上文第2章节中所述的方法。获自受试者的生物样品可以在SARS-CoV-2的症状发作之后至少十天、SARS-CoV-2的症状发作之后至少约11天、SARS-CoV-2 的症状发作之后约12天、SARS-CoV-2的症状发作之后约13天、SARS-CoV-2 的症状发作之后约14天、SARS-CoV-2的症状发作之后约15天、SARS-CoV-2 的症状发作之后约16天、SARS-CoV-2的症状发作之后约17天、SARS-CoV-2 的症状发作之后约18天、SARS-CoV-2的症状发作之后约19天、SARS-CoV-2 的症状发作之后约20天、SARS-CoV-2的症状发作之后约21天、SARS-CoV-2 的症状发作之后约22天、SARS-CoV-2的症状发作之后约23天、SARS-CoV-2 的症状发作之后约24天、SARS-CoV-2的症状发作之后约25天、SARS-CoV-2 的症状发作之后约26天、SARS-CoV-2的症状发作之后约27天、SARS-CoV-2 的症状发作之后约28天、SARS-CoV-2的症状发作之后约29天和/或 SARS-CoV-2的症状发作之后约30天。
在此方面,所述方法涉及获得至少一种抗SARS-CoV-2 IgM抗体的S/CO比率。如果确定抗SARS-IgM抗体的S/CO比率等于或大于约10S/CO,则可以预测受试者较有可能自SARS-CoV-2具有不利的结果(例如,死亡等)。在一些方面,如果确定S/CO比率在约10S/CO至15S/CO之间,则预测受试者将较有可能具有不利的结果(例如,死亡等)。
4.预测罹患β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)感染的受试者是否处于经历细胞因子风暴和/或急性呼吸窘迫综合征(ARDS)的风险
在另一方面,本公开涉及预测已感染β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或 SARS-CoV-2)的受试者是否处于经历或发展细胞因子风暴、急性呼吸窘迫综合征(ARDS)或细胞因子风暴和急性呼吸窘迫综合征中的至少一种的风险的方法。具体而言,在一些方面,本公开涉及预测已感染β-冠状病毒(诸如SARS-CoV 或SARS-CoV-2)的受试者是否将发展或经历细胞因子风暴、ARDS或细胞因子风暴和ARDS的组合中的至少一种的方法,其涉及使用第2章节中所述的方法检测至少一种抗β-冠状病毒抗体(诸如抗SARS-CoV或抗SARS-CoV-2抗体) 的存在或其量来进行。
许多诊断为具有SARS-CoV-2的受试者在以下情况下恢复:(1)在症状发作之后以及在经历轻度至中度疾病(例如,轻度上呼吸道疾病)后约7天内;或(2) 在症状发作之后以及在经历局部肺炎和播散性炎症之后约14天内。已发现,获自这些受试者的生物样品在症状发作之后的约前14天内(例如,在症状发作之后约1天、症状发作之后约2天、症状发作之后约3天、症状发作之后约4天、症状发作之后约5天、症状发作之后约6天、症状发作之后约7天、症状发作之后约8天、症状发作之后约9天、症状发作之后约10天、症状发作之后约11天、症状发作之后约12天、症状发作之后约13天或症状发作之后约14天内) 含有可检测水平(例如,意指其存在)或其量的抗SARS-CoV-2抗体,诸如抗 SARS-CoV-2 IgM抗体、抗SARS-CoV-2 IgG抗体或抗SARS-CoV-2 IgM抗体和抗SARS-CoV-2 IgG抗体。相比之下,已发现,获自经历细胞因子风暴、ARDS 或细胞因子风暴或ARDS的组合中的至少一种的受试者的生物样品在症状发作之后约14天(例如,约14天、约15天、约16天、约17天、约18天、约19 天、约20天、约21天、约22天、约23天、约24天、约25天、约26天、约 27天、约28天、约29天、约30天、约31天、约32天、约33天、约34天、约35天等)内不含有任何可检测水平(例如,缺乏其存在)或其量的抗 SARS-CoV-2抗体,诸如抗SARS-CoV-2 IgM抗体、抗SARS-CoV-2 IgG抗体或抗SARS-CoV-2 IgM抗体和抗SARS-CoV-2 IgG抗体。
在一些方面,本公开的方法涉及预测已感染β-冠状病毒(诸如SARS-CoV 或SARS-CoV-2)的受试者是否较有可能处于经历或发展细胞因子风暴、ARDS 或细胞因子风暴和ARDS的组合中的至少一种的风险,其通过检测至少一种抗β- 冠状病毒抗体(诸如抗SARS-CoV或抗SARS-CoV-2抗体)的存在来进行。具体而言,所述方法涉及在症状发作之后的约14天至约35天之间的关键时间内获得诊断为具有β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的受试者的至少一种生物样品,以及使用第2章节中所述的方法检测至少一种抗β-冠状病毒抗体(诸如,至少一种抗SARS-CoV或抗SARS-CoV-2抗体,例如,抗SARS-CoV-2 IgM抗体、抗SARS-CoV-2 IgG抗体或抗SARS-COV-2 IgM抗体和抗SARS-CoV-2 IgG抗体的组合)的存在或其量。在一些方面,关键时间为症状发作之后约14 天。在另一方面,关键时间为症状发作之后约15天。在另一方面,关键时间为症状发作之后约16天。在其他方面,关键时间为症状发作之后约17天。在其他方面,关键时间为症状发作之后约18天。在其他方面,关键时间为症状发作之后约19天。在其他方面,关键时间为症状发作之后约20天。在其他方面,关键时间为症状发作之后约21天。在其他方面,关键时间为症状发作之后约22 天。在其他方面,关键时间为症状发作之后约23天。在其他方面,关键时间为症状发作之后约24天。在其他方面,关键时间为症状发作之后约25天。在其他方面,关键时间为症状发作之后约26天。在其他方面,关键时间为症状发作之后约27天。在其他方面,关键时间为症状发作之后约28天。在其他方面,关键时间为症状发作之后约29天。在其他方面,关键时间为症状发作之后约30 天。在其他方面,关键时间为症状发作之后约31天。在其他方面,关键时间为症状发作之后约32天。在其他方面,关键时间为症状发作之后约33天。在其他方面,关键时间为症状发作之后约34天。在其他方面,关键时间为症状发作之后约35天。如果在关键时间(例如,在症状发作之后约14天至约35天内) 期间的任一时间点在生物样品中检测到抗β-冠状病毒抗体(诸如,抗SARS-CoV 或抗SARS-CoV-2抗体中的任一种),则受试者较有可能将发展或经历细胞因子风暴、ARDS或细胞因子风暴和ARDS的组合中的至少一种。如果在关键时间 (例如,在症状发作之后约14天至约35天内)期间的任一时间点在生物样品中检测到至少一种抗β-冠状病毒抗体(诸如,抗SARS-CoV或抗SARS-CoV-2 抗体)的存在或其量,则受试者较有可能将不发展或经历(例如,不能发展或经历)细胞因子风暴、ARDS或细胞因子风暴和ARDS的组合中的至少一种。确定处于发展或经历细胞因子风暴、ARDS或细胞因子风暴和ARDS的组合中的至少一种的风险的受试者可以根据第5章节中所述的方法进行治疗。
5.识别为具有β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)和/或β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)抗体或预测为较有可能由于β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)感染而具有不利的结果的受试者的治疗和监测
根据上文所述的方法识别为具有β-冠状病毒(例如,β-冠状病毒抗原,诸如SARS-CoV抗原或SARS-CoV-2抗原)、和/或具有至少一种抗β-冠状病毒抗体(诸如至少一种抗SARS-CoV抗体或抗SARS-CoV-2抗体)、和/或具有一定量、浓度和/或水平的至少一种抗β-冠状病毒抗体(诸如至少一种抗SARS-CoV 抗体或抗SARS-CoV-2抗体)、和/或预测为具有有利或不利的结果的受试者可以使用本领域中已知的常规技术进行治疗、监测(例如,监测受试者的抗β-冠状病毒IgG和/或IgM抗体水平)、治疗并监测和/或监测并治疗。在一些方面,本文所述的方法还包括治疗识别为在获自受试者的一种或多种生物样品中具有至少一种抗β-冠状病毒抗体(诸如至少一种抗SARS-CoV抗体或抗SARS-CoV-2 抗体)和/或具有一定量、浓度和/或水平的至少一种抗β-冠状病毒抗体(诸如至少一种抗SARS-CoV抗体或抗SARS-CoV-2抗体)的受试者(例如,人)。
治疗可以采取多种形式,其取决于受试者是无症状还是正在经历轻度、中度或重度β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)感染。例如,轻微 SARS-CoV-2感染的受试者将经历发烧、咳嗽(伴有或不伴有痰产生)、厌食、不适、肌肉疼痛、喉咙痛、呼吸困难、鼻充血、头痛、腹泻、恶心和呕吐或其任何组合。经历中度感染的受试者将经历持续数天的高于100.4℉的发烧、寒颤、呼吸短促、嗜睡或其任何组合。此类对象可能罹患肺炎。经历重度感染的受试者将经历呼吸困难、胸部持续疼痛或压力、精神错乱、无法唤醒、嘴唇或脸发蓝或其任何组合。此类对象可能罹患重度肺炎。
如果受试者是无症状的或具有轻度症状,则受试者可以通过休息和睡眠、保持温暖、摄入液体(例如,保持水合)、与其他受试者的社交互动最小化(例如,保持隔开或隔离,例如,在家里)或其任何组合。另外,可以监测受试者以查看症状是否出现和/或恶化。
患有中度或重度β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)感染的症状的受试者可以用一种或多种药物、疫苗、恢复期血浆疗法(例如,接受取自感染β-冠状病毒(诸如,SARS-CoV或SARS-CoV-2)之后存活的受试者的血浆) 或呼吸支持或协助(例如,通过鼻插管、鼻前突、面罩或非侵入性或侵入性(例如插管)换气)或其组合进行治疗。可用于治疗受试者的一种或多种药物的实例包括但不限于瑞德西韦(remdesivir)、羟氯喹(hydroxychloroquine)、氯喹 (chloroquine)或其组合。还可以使用本领域已知的常规技术进一步监测接受任何上述治疗的受试者。
在其他方面,可以在针对β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2) 的治疗之前对受试者进行监测。此类监测涉及检测、分析和/或解释受试者的抗β-冠状病毒IgG和/或IgM抗体水平随时间的变化。例如,根据受试者的β-冠状病毒IgM抗体水平,可以在接受任何治疗之前监测受试者,以估计受试者的免疫系统是否能够在没有任何治疗干预的情况下自行对抗病毒。在监测过程期间,如果受试者的β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)IgM抗体水平升高,则可以开始治疗。同样,在治疗期间,可以监测受试者的β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)IgM和IgG水平。如果在治疗期间,受试者的β- 冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)IgM抗体水平仍然很高,并且β- 冠状病毒IgG水平仍然很低,则可以继续对受试者进行β-冠状病毒治疗并继续监测直至受试者的β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)IgM抗体水平降低并且β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)IgG水平升高。
6.疫苗接种
在另一实施方式中,本公开涉及上文第2章节中所述的方法结合受试者的针对一种或多种β-冠状病毒(例如,SARS-CoV或SARS-CoV-2)的至少一种疫苗接种和/或重新疫苗接种(例如,进一步疫苗接种)的用途。在一些方面,第 2章节中所述的方法用于检测获自受试者的至少一种生物样品中至少一种抗β- 冠状病毒抗体(例如,抗SARS-CoV抗体或抗SARS-CoV-2抗体)和/或至少一种抗β-冠状病毒中和抗体(例如,抗SARS-CoV中和抗体或SARS-CoV-2中和抗体(例如,作为抗衣壳(N)抗体、抗刺突抗体或其组合的抗SARS-CoV-2IgG 抗体))的存在或确定其量,以确定受试者是否应该或可以施用针对至少一种β- 冠状病毒(例如,SARS-CoV或SARS-CoV-2)的至少一种疫苗(诸如,第一或初始疫苗、一种或多种另外或额外的疫苗等)。例如,在一些方面,所测试的受试者可以:(1)是初试的(意指受试者对β-冠状病毒(例如,SARS-CoV或 SARS-CoV-2)不具有免疫力或缺乏免疫学免疫力)并且先前未接种β-冠状病毒(例如,SARS-CoV或SARS-CoV-2)疫苗;(2)是初试的并且先前接种过β-冠状病毒(例如,SARS-CoV或SARS-CoV-2)疫苗;(3)目前感染β-冠状病毒(例如,SARS-CoV或SARS-CoV-2)且表现出无或轻度症状并且先前未接种β-冠状病毒(例如,SARS-CoV或SARS-CoV-2)疫苗;(4)目前感染β-冠状病毒(例如,SARS-CoV或SARS-CoV-2)且表现出无或轻度症状并且先前接种过β-冠状病毒(例如,SARS-CoV或SARS-CoV-2)疫苗;(5)先前感染过β-冠状病毒(例如,SARS-CoV或SARS-CoV-2),恢复并且先前未接种β-冠状病毒(例如, SARS-CoV或SARS-CoV-2)疫苗;或(6)先前感染过β-冠状病毒(例如,SARS-CoV 或SARS-CoV-2),恢复并且先前接种过β-冠状病毒(例如,SARS-CoV或 SARS-CoV-2)疫苗。不管接种疫苗的时间和/或先前感染β-冠状病毒(例如, SARS-CoV或SARS-CoV-2)的严重程度,都可以进行上文方法。使用第2章节中所述的方法,如果:(1)在生物样品中检测到至少一种抗β-冠状病毒抗体(例如,抗SARS-CoV抗体或SARS-CoV-2抗体)或确定了量;或(2)在生物样品中确定足以影响免疫力的(a)至少一种抗β-冠状病毒抗体(例如,抗SARS-CoV抗体或SARS-CoV-2抗体);或(b)至少一种抗β-冠状病毒中和抗体(例如,抗 SARS-CoV中和抗体或抗SARS-CoV-2中和抗体(例如,作为抗核衣壳(N)抗体、抗刺突抗体或其任何组合的抗SARS-CoV-2 IgG抗体))的量,则受试者可能需要等待一段时间(例如,30天、60天、90天等)以施用β-冠状病毒(例如,SARS-CoV或SARS-CoV-2)的至少一种疫苗(无论待施用的疫苗是否是第一剂疫苗、第二(例如,加强)剂疫苗、第三(例如,加强)剂疫苗等)。替代地,如果:(1)在生物样品中未检测到至少一种抗β-冠状病毒抗体(例如,抗 SARS-CoV抗体或SARS-CoV-2抗体)或未确定量;或(2)在生物样品中确定的 (a)至少一种抗β-冠状病毒抗体(例如,抗SARS-CoV抗体或SARS-CoV-2抗体);或(b)至少一种抗β-冠状病毒中和抗体(例如,抗SARS-CoV中和抗体或抗 SARS-CoV-2中和抗体(例如,作为抗核衣壳(N)抗体、抗刺突抗体或其任何组合的抗SARS-CoV-2IgG抗体))的量不足以影响免疫力,则可以向受试者施用于少一种疫苗。在一些方面,足以影响受试者(例如,人)的免疫力的抗β-冠状病毒抗体(例如,抗SARS-CoV抗体或抗SARS-CoV-2抗体)或抗β-冠状病毒中和抗体(例如,抗SARS-CoV中和抗体或抗SARS-CoV-2中和抗体(例如,作为抗核衣壳(N)抗体、抗刺突抗体或其任何组合的抗SARS-CoV-2 IgG抗体)) 的量为至少约100BAU/mL至约490BAU/mL、至少约110BAU/mL至约 490BAU/mL、至少约200BAU/mL至约490BAU/mL、至少约300BAU mL至约 490BAU/mL、至少约400BAU mL至约490BAU/mL、至少约100BAU/mL、至少约110BAU/mL、至少约120BAU/mL、至少约130BAU/mL、至少约 140BAU/mL、至少约150BAU/mL、至少约160BAU/mL、至少约170BAU/mL、至少约180BAU/mL、至少约190BAU/mL、至少约200BAU/mL、至少约210BAU/mL、至少约220BAU/mL、至少约230BAU/mL、至少约240BAU/mL、至少约250BAU/mL、至少约260BAU/mL、至少约270BAU/mL、至少约 280BAU/mL、至少约290BAU/mL、至少约300BAU/mL、至少约300BAU/mL、至少约310BAU/mL、至少约320BAU/mL、至少约330BAU/mL、至少约 340BAU/mL、至少约350BAU/mL、至少约360BAU/mL、至少约370BAU/mL、至少约380BAU/mL、至少约390BAU/mL、至少约400BAU/mL、至少约 400BAU/mL、至少约410BAU/mL、至少约420BAU/mL、至少约430BAU/mL、至少约440BAU/mL、至少约450BAU/mL、至少约460BAU/mL、至少约 470BAU/mL、至少约480BAU/mL或至少约490BAU/mL。
在一些方面,足以影响受试者(例如,人)的免疫力的抗β-冠状病毒抗体 (例如,抗SARS-CoV抗体或抗SARS-CoV-2抗体(例如,抗SARS-CoV-2 IgG 抗体))或抗β-冠状病毒中和抗体(例如,抗SARS-CoV中和抗体或抗 SARS-CoV-2中和抗体(例如,作为抗核衣壳(N)抗体、抗刺突抗体或其任何组合的抗SARS-CoV-2 IgG抗体))的量为至少约500BAU/mL至约650BAU/mL、至少约550BAU/mL至约650BAU/mL、至少约500BAU/mL、至少约510BAU/mL、至少约520BAU/mL、至少约530BAU/mL、至少约540BAU/mL、至少约 550BAU/mL至约650BAU/mL、至少约550BAU/mL、至少约560BAU/mL、至少约570BAU/mL、至少约580BAU/mL、至少约590BAU/mL、至少约 600BAU/mL、至少约610BAU/mL、至少约620BAU/mL、至少约630BAU/mL、至少约639BAU/mL、至少约640BAU/mL或至少约650BAU/mL。
在其他方面,足以影响受试者(例如,人)的免疫力的抗β-冠状病毒抗体 (例如,抗SARS-CoV抗体或抗SARS-CoV-2抗体)或抗β-冠状病毒中和抗体 (例如,抗SARS-CoV中和抗体或抗SARS-CoV-2中和抗体(例如,作为抗核衣壳(N)抗体、抗刺突抗体或其组合的抗SARS-CoV-2 IgG抗体))的量为约 580BAU/mL至约640BAU/mL。在其他方面,足以影响受试者(例如,人)的免疫力的抗β-冠状病毒抗体(例如,抗SARS-CoV抗体或抗SARS-CoV-2抗体) 或抗β-冠状病毒中和抗体(例如,抗SARS-CoV中和抗体或抗SARS-CoV-2中和抗体(例如,作为抗核衣壳(N)抗体、抗刺突抗体或其组合的抗SARS-CoV-2 IgG 抗体))的量为约600BAU/mL至约640BAU/mL。在其他方面,足以影响受试者 (例如,人)的免疫力的抗β-冠状病毒抗体(例如,抗SARS-CoV抗体或抗 SARS-CoV-2抗体)或抗β-冠状病毒中和抗体(例如,抗SARS-CoV中和抗体或抗SARS-CoV-2中和抗体(例如,作为抗核衣壳(N)抗体、抗刺突抗体或其任何组合的抗SARS-CoV-2 IgG抗体))的量为至少约100BAU/mL至约 490BAU/mL、至少约110BAU/mL至约490BAU/mL、至少约200BAU/mL至约 490BAU/mL、至少约300BAU mL至约490BAU/mL、至少约400BAU mL至约 490BAU/mL、至少约100BAU/mL、至少约110BAU/mL、至少约120BAU/mL、至少约130BAU/mL、至少约140BAU/mL、至少约150BAU/mL、至少约 160BAU/mL、至少约170BAU/mL、至少约180BAU/mL、至少约190BAU/mL、至少约200BAU/mL、至少约210BAU/mL、至少约220BAU/mL、至少约 230BAU/mL、至少约240BAU/mL、至少约250BAU/mL、至少约260BAU/mL、至少约270BAU/mL、至少约280BAU/mL、至少约290BAU/mL、至少约 300BAU/mL、至少约300BAU/mL、至少约310BAU/mL、至少约320BAU/mL、至少约330BAU/mL、至少约340BAU/mL、至少约350BAU/mL、至少约 360BAU/mL、至少约370BAU/mL、至少约380BAU/mL、至少约390BAU/mL、至少约400BAU/mL、至少约400BAU/mL、至少约410BAU/mL、至少约 420BAU/mL、至少约430BAU/mL、至少约440BAU/mL、至少约450BAU/mL、至少约460BAU/mL、至少约470BAU/mL、至少约480BAU/mL或至少约 490BAU/mL。
在其他方面,足以影响受试者(例如,人)的免疫力的抗β-冠状病毒抗体 (例如,抗SARS-CoV抗体或抗SARS-CoV-2抗体)或抗β-冠状病毒中和抗体 (例如,抗SARS-CoV中和抗体或抗SARS-CoV-2中和抗体(例如,作为抗核衣壳(N)抗体、抗刺突抗体或其任何组合的抗SARS-CoV-2 IgG抗体))的量为至少约500BAU/mL至约650BAU/mL、至少约550BAU/mL至约650BAU/mL、至少约500BAU/mL、至少约510BAU/mL、至少约520BAU/mL、至少约 530BAU/mL、至少约540BAU/mL、至少约550BAU/mL至约650BAU/mL、至少约550BAU/mL、至少约560BAU/mL、至少约570BAU/mL、至少约 580BAU/mL、至少约590BAU/mL、至少约600BAU/mL、至少约610BAU/mL、至少约620BAU/mL、至少约630BAU/mL、至少约639BAU/mL、至少约 640BAU/mL或至少约650BAU/mL。
在其他方面,足以影响受试者(例如,人)的免疫力的抗β-冠状病毒抗体 (例如,抗SARS-CoV抗体或抗SARS-CoV-2抗体)或抗β-冠状病毒中和抗体 (例如,抗SARS-CoV中和抗体或抗SARS-CoV-2中和抗体(例如,作为抗核衣壳(N)抗体、抗刺突抗体或其任何组合的抗SARS-CoV-2 IgG抗体))的量为至少约590BAU/mL、至少约600BAU/mL、至少约610BAU/mL、至少约 620BAU/mL、至少约630BAU/mL、至少约631BAU/mL、至少约632BAU/mL、至少约633BAU/mL、至少约634BAU/mL、至少约635BAU/mL、至少约 636BAU/mL、至少约637BAU/mL、至少约638BAU/mL、至少约639BAU/mL、至少约640BAU/mL、至少约641BAU/mL、至少约642BAU/mL、至少约 643BAU/mL、至少约644BAU/mL或至少约645BAU/mL。
在一些方面,足以影响受试者(例如,人)的免疫力的抗β-冠状病毒抗体 (例如,抗SARS-CoV抗体或抗SARS-CoV-2抗体)或抗β-冠状病毒中和抗体 (例如,抗SARS-CoV中和抗体或抗SARS-CoV-2中和抗体(例如,作为抗核衣壳(N)抗体、抗刺突抗体或其组合的抗SARS-CoV-2 IgG抗体))的量似乎至少为约4000至约4700AU/mL,例如,约4500AU/mL(由AbbottLaboratories,Abbott Park,IL进行的未发布的研究,其使用CE-marked Abbott anti-SSARS-CoV-2 IgG II定量抗体测定(可用于Abbott的
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和Alinity iTM平台)))或约 568BAU/mL至约667BAU/mL。量度AU/mL可以使用以下公式转换为WHO国际标准每毫升结合抗体单位(BAU/mL):BAU/mL=0.142xAU/mL(例如,约 4500AU/mL为约639BAU/mL(4500AU/mL x 0.142=639BAU/mL))。
在另一方面,第2章节所述的方法用于检测向受试者施用于少一种β-冠状病毒(例如,SARS-CoV或SARS-CoV-2)疫苗的时间框内,获自受试者的至少一种生物样品中至少一种抗β-冠状病毒抗体(例如,抗SARS-CoV抗体或抗SARS-CoV-2抗体)的存在或确定其量,以:(1)确定是否应向受试者施用针对β- 冠状病毒(例如,SARS-CoV或SARS-CoV-2)的至少一种另外的疫苗接种(例如,接受一种或多种加强剂);和/或(2)在施用于少一种β-冠状病毒(例如, SARS-CoV或SARS-CoV-2)疫苗后监测受试者。不管接种疫苗的时间和/或先前感染β-冠状病毒(例如,SARS-CoV或SARS-CoV-2)的严重程度,都可以进行上文方法。在一些方面,所述方法涉及在受试者已施用于少一种β-冠状病毒 (例如,SARS-CoV或SARS-CoV-2)疫苗之后的时间框内获得生物样品。向受试者施用于少一种β-冠状病毒疫苗(例如,接受SARS-CoV或SARS-CoV-2) 之后的时间框可为至少1天、至少2天、至少3天、至少4天、至少5天、至少6天、至少7天、至少8天、至少9天、至少10天、至少11天、至少12天、至少13天、至少14天、至少15天、至少16天、至少17天、至少18天、至少19天、至少20天、至少21天、至少22天、至少23天、至少24天、至少 25天、至少26天、至少27天、至少28天、至少29天、至少30天、至少31 天、至少32天、至少33天、至少34天、至少35天、至少36天、至少37天、至少38天、至少39天、至少40天、至少41天、至少42天、至少43天、至少44天、至少45天、至少46天、至少47天、至少48天、至少49天、至少 50天等。在一些方面,生物样品是在受试者施用于少一种β-冠状病毒(例如,SARS-CoV或SARS-CoV-2)疫苗之后约7至约21天内获得的。另外,在其他方面,受试者的监测涉及在受试者接受一种或多种β-冠状病毒(例如,SARS-CoV 或SARS-CoV-2)疫苗之后(例如,在第一剂SARS-CoV-2疫苗、第二剂 SARS-CoV-2疫苗等之后),监测疫苗后征候或副作用。例如,如实施例10中所示,与先前未感染β-冠状病毒(例如,SARS-CoV或SARS-CoV-2)的受试者相比,先前感染β-冠状病毒(例如,SARS-CoV或SARS-CoV-2)的受试者在接受第一(例如,初始)剂β-冠状病毒(例如,SARS-CoV或SARS-CoV-2)疫苗之后可能经历较多的疫苗后症状或副作用(例如,疲劳或乏力、头痛、头晕或头昏眼花、发热或发冷、肌肉、骨、关节或神经症状、恶心、呕吐、腹泻或其他消化系统症状、睡眠变化、淋巴结肿大、皮肤/指甲或面部变化、眼睛、耳朵、嘴巴或喉咙变化、咳嗽、胸或呼吸症状和/或记忆或情绪变化中的一种或多种)。
使用第2章节中所述的方法,如果:(1)在生物样品中未检测到至少一种抗β-冠状病毒抗体(例如,抗SARS-CoV抗体或SARS-CoV-2抗体)或未确定量;(2)在生物样品中未检测到至少一种抗β-冠状病毒中和抗体(例如,抗SARS-CoV 中和抗体或抗SARS-CoV-2中和抗体(例如,作为抗核衣壳(N)抗体、抗刺突抗体或其组合的抗SARS-CoV-2 IgG抗体))或确定量;或(3)在生物样品中确定的 (a)至少一种抗β-冠状病毒抗体(例如,抗SARS-CoV抗体或SARS-CoV-2抗体);或(b)至少一种抗β-冠状病毒中和抗体(例如,抗SARS-CoV中和抗体或抗SARS-CoV-2中和抗体(例如,作为抗核衣壳(N)抗体、抗刺突抗体或其任何组合的抗SARS-CoV-2 IgG抗体))的量不足以影响免疫力,则可以向受试者施用于少一种另外的疫苗(例如,一种或多种加强剂)。替代地,如果:(1)在生物样品中检测到至少一种抗β-冠状病毒抗体(例如,抗SARS-CoV抗体或 SARS-CoV-2抗体)或确定了量;(2)在生物样品中检测到至少一种抗β-冠状病毒中和抗体(例如,抗SARS-CoV中和抗体或抗SARS-CoV-2中和抗体(例如,作为抗核衣壳(N)抗体、抗刺突抗体或其组合的抗SARS-CoV-2 IgG抗体))或确定了量;或(3)在生物样品中确定(a)至少一种抗β-冠状病毒抗体(例如,抗 SARS-CoV抗体或SARS-CoV-2抗体);或(b)至少一种抗β-冠状病毒中和抗体(例如,抗SARS-CoV IgG中和抗体或抗SARS-CoV-2 IgG中和抗体(例如,作为抗核衣壳(N)抗体、抗刺突抗体或其任何组合的抗SARS-CoV-2 IgG抗体))的量足以影响免疫力,则不应向受试者施用于少一种另外的疫苗。
在一些方面,足以影响受试者(例如,人)的免疫力的抗β-冠状病毒抗体 (例如,抗SARS-CoV抗体或抗SARS-CoV-2抗体)或抗β-冠状病毒中和抗体 (例如,抗SARS-CoV IgG中和抗体或抗SARS-CoV-2 IgG中和抗体(例如,作为抗核衣壳(N)抗体、抗刺突抗体或其组合的抗SARS-CoV-2 IgG抗体))的量为约500BAU/mL至约650BAU/mL。在其他方面,足以影响受试者(例如,人) 的免疫力的抗β-冠状病毒抗体(例如,抗SARS-CoV抗体或抗SARS-CoV-2抗体)或抗β-冠状病毒中和抗体(例如,抗SARS-CoV IgG中和抗体或抗 SARS-CoV-2 IgG中和抗体(例如,作为抗核衣壳(N)抗体、抗刺突抗体或其组合的抗SARS-CoV-2 IgG抗体))的量为约550BAU/mL至约640BAU/mL。在其他方面,足以影响受试者(例如,人)的免疫力的抗β-冠状病毒抗体(例如,抗 SARS-CoV抗体或抗SARS-CoV-2抗体)或抗β-冠状病毒中和抗体(例如,抗 SARS-CoV IgG中和抗体或抗SARS-CoV-2 IgG中和抗体(例如,作为抗核衣壳 (N)抗体、抗刺突抗体或其组合的抗SARS-CoV-2 IgG抗体))的量为约580BAU/mL至约640BAU/mL。在其他方面,足以影响受试者(例如,人)的免疫力的抗β-冠状病毒抗体(例如,抗SARS-CoV抗体或抗SARS-CoV-2抗体) 或抗β-冠状病毒中和抗体(例如,抗SARS-CoV IgG中和抗体或抗SARS-CoV-2 IgG中和抗体(例如,作为抗核衣壳(N)抗体、抗刺突抗体或其组合的抗SARS-CoV-2 IgG抗体))的量为约600BAU/mL至约640BAU/mL。
在其他方面,足以影响受试者(例如,人)的免疫力的抗β-冠状病毒抗体 (例如,抗SARS-CoV抗体或抗SARS-CoV-2抗体)或抗β-冠状病毒中和抗体 (例如,抗SARS-CoV IgG中和抗体或抗SARS-CoV-2 IgG中和抗体(例如,作为抗核衣壳(N)抗体、抗刺突抗体或其任何组合的抗SARS-CoV-2 IgG抗体))的量为至少约100BAU/mL至约490BAU/mL、至少约110BAU/mL至约 490BAU/mL、至少约200BAU/mL至约490BAU/mL、至少约300BAU mL至约 490BAU/mL、至少约400BAU mL至约490BAU/mL、至少约100BAU/mL、至少约110BAU/mL、至少约120BAU/mL、至少约130BAU/mL、至少约 140BAU/mL、至少约150BAU/mL、至少约160BAU/mL、至少约170BAU/mL、至少约180BAU/mL、至少约190BAU/mL、至少约200BAU/mL、至少约 210BAU/mL、至少约220BAU/mL、至少约230BAU/mL、至少约240BAU/mL、至少约250BAU/mL、至少约260BAU/mL、至少约270BAU/mL、至少约 280BAU/mL、至少约290BAU/mL、至少约300BAU/mL、至少约300BAU/mL、至少约310BAU/mL、至少约320BAU/mL、至少约330BAU/mL、至少约 340BAU/mL、至少约350BAU/mL、至少约360BAU/mL、至少约370BAU/mL、至少约380BAU/mL、至少约390BAU/mL、至少约400BAU/mL、至少约 400BAU/mL、至少约410BAU/mL、至少约420BAU/mL、至少约430BAU/mL、至少约440BAU/mL、至少约450BAU/mL、至少约460BAU/mL、至少约 470BAU/mL、至少约480BAU/mL或至少约490BAU/mL。
在其他方面,足以影响受试者(例如,人)的免疫力的抗β-冠状病毒抗体 (例如,抗SARS-CoV抗体或抗SARS-CoV-2抗体)或抗β-冠状病毒中和抗体 (例如,抗SARS-CoV IgG中和抗体或抗SARS-CoV-2 IgG中和抗体(例如,作为抗核衣壳(N)抗体、抗刺突抗体或其任何组合的抗SARS-CoV-2 IgG抗体))的量为至少约500BAU/mL至约650BAU/mL、至少约550BAU/mL至约650BAU/mL、至少约500BAU/mL、至少约510BAU/mL、至少约520BAU/mL、至少约530BAU/mL、至少约540BAU/mL、至少约550BAU/mL至约650BAU/mL、至少约550BAU/mL、至少约560BAU/mL、至少约570BAU/mL、至少约 580BAU/mL、至少约590BAU/mL、至少约600BAU/mL、至少约610BAU/mL、至少约620BAU/mL、至少约630BAU/mL、至少约639BAU/mL、至少约 640BAU/mL或至少约650BAU/mL。
在其他方面,足以影响受试者(例如,人)的免疫力的抗β-冠状病毒抗体 (例如,抗SARS-CoV抗体或抗SARS-CoV-2抗体)或抗β-冠状病毒中和抗体 (例如,抗SARS-CoV IgG中和抗体或抗SARS-CoV-2 IgG中和抗体(例如,作为抗核衣壳(N)抗体、抗刺突抗体或其任何组合的抗SARS-CoV-2 IgG抗体))的量为至少约590BAU/mL、至少约600BAU/mL、至少约610BAU/mL、至少约 620BAU/mL、至少约630BAU/mL、至少约631BAU/mL、至少约632BAU/mL、至少约633BAU/mL、至少约634BAU/mL、至少约635BAU/mL、至少约 636BAU/mL、至少约637BAU/mL、至少约638BAU/mL、至少约639BAU/mL、至少约640BAU/mL、至少约641BAU/mL、至少约642BAU/mL、至少约 643BAU/mL、至少约644BAU/mL或至少约645BAU/mL。在一些方面,足以影响受试者(例如,人)的免疫力的抗β-冠状病毒抗体(例如,抗SARS-CoV抗体或抗SARS-CoV-2抗体)或抗β-冠状病毒中和抗体(例如,抗SARS-CoV IgG 中和抗体或抗SARS-CoV-2 IgG中和抗体(例如,作为抗核衣壳(N)抗体、抗刺突抗体或其组合的抗SARS-CoV-2 IgG抗体))的量似乎至少为约4000AU/mL 至约4500AU/mL(由Abbott Laboratories,Abbott Park,IL进行的未发布的研究,其使用CE-marked Abbott anti-S SARS-CoV-2 IgG II定量抗体测定(可用于Abbott 的
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和Alinity iTM平台)))。量度AU/mL可以使用以下公式转换为 WHO国际标准每毫升结合抗体单位(BAU/mL):BAU/mL=0.142xAU/mL(例如,约4000AU/mL为约568BAU/mL(4000AU/mL x 0.142=568BAU/mL)且约 4500AU/mL为约639BAU/mL(4500AU/mL x 0.142=639BAU/mL))。
7.用于确定具有SARS-CoV-2的受试者的免疫状态的方法
在另一实施方式中,本公开涉及上文第2章节所述的方法用于确定受试者对SARS-CoV-2的免疫状态的用途。在一些方面,所述方法涉及使用第2章节中所述的方法确定获自受试者的至少一种生物样品中至少一种抗SARS-CoV-2 IgG抗体、至少一种抗SARS-CoV-2中和抗体(例如,抗SARS-CoV-2 IgG中和抗体)或至少一种抗SARS-CoV-2 IgG抗体和至少一种抗SARS-CoV-2中和抗体 (例如,抗SARS-CoV-2 IgG中和抗体)的存在(例如,其可为定性、半定量或定量的)或其量、水平或浓度(例如,定量或半定量)。这种受试者任选地已感染或疑似感染SARS-CoV-2。替代地,任选地,受试者对SARS-CoV-2具有未知的、有限的或没有潜在的暴露,但仍需要确定免疫状态。在确定了生物样品中至少一种抗SARS-CoV-2 IgG抗体、至少一种抗SARS-CoV-2中和抗体(例如,抗SARS-CoV-2 IgG中和抗体)或至少一种抗SARS-CoV-2 IgG抗体和至少一种抗SARS-CoV-2中和抗体(例如,抗SARS-CoV-2 IgG中和抗体)的量之后,确定受试者的免疫状态。在一些方面,如果生物样品中确定的至少一种抗 SARS-CoV-2 IgG抗体、至少一种抗SARS-CoV-2中和抗体(例如,抗SARS-CoV-2 IgG中和抗体)或至少一种抗SARS-CoV-2 IgG抗体和至少一种抗SARS-CoV-2 中和抗体(例如,抗SARS-CoV-2IgG中和抗体)的量为至少约550BAU/mL至约650BAU/mL或至少约100BAU/mL至约490BAU/mL,则认为受试者具有或拥有对SARS-CoV-2的免疫力。如果获自受试者的生物样品中确定的至少一种抗SARS-CoV-2 IgG抗体、至少一种抗SARS-CoV-2中和抗体(例如,抗 SARS-CoV-2IgG中和抗体)或至少一种抗SARS-CoV-2 IgG抗体和至少一种抗 SARS-CoV-2中和抗体(例如,抗SARS-CoV-2 IgG中和抗体)的量不为至少约 550BAU/mL至约650BAU/mL或至少约100BAU/mL至约490BAU/mL,则认为受试者不具有或不拥有对SARS-CoV-2的免疫力。
用于确定受试者免疫状态的方法可以在任何时间进行,无论或不管(a)受试者先前的SARS-CoV-2感染史(例如,在一些方面,受试者可能从未感染或潜在地暴露于SARS-CoV-2,在其他方面,受试者可能感染SARS-CoV-2一次或多次)和/或SARS-CoV-2疫苗接种史(例如,在一些方面,受试者可能从未接种 SARS-CoV-2疫苗,在其他方面,受试者可能已接种SARS-CoV-2疫苗一次或多次);和/或(b)是否了解受试者先前的SARS-CoV-2感染和/或疫苗接种史(例如,可能有完整、没有或有限的信息)。用于确定受试者的SARS-CoV-2免疫状态的方法的进行次数没有限制。例如,所述方法可以进行一次(例如,当受试者计划旅行并且其状态是这种旅行所需的)。替代地,所述方法可以每周、每月和/ 或每年进行一次或多次。
根据本文所述的方法确定的受试者的免疫状态可以使用任何手段(例如,亲自、经由电话、邮件递送(例如,邮政服务)等)、经由文本或电子邮件消息或通过使用移动电话应用程序从临床医生(例如,医生、护士等)或他们的代表人或代理人直接传达给受试者。用于将免疫状态传达给受试者的手段不是关键的,并且可以使用本领域中已知的任何常规技术或新兴技术。
8.用作特异性结合配偶体的重组抗原和抗体的制备/产生方法
a.重组抗原
从β-冠状病毒合成产生分离的核衣壳和/或刺突多肽
一旦进行了测序,便可使用本领域中已知的方法合成多肽,诸如(a)β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的核衣壳蛋白、其片段或变体;(b)β- 冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的刺突蛋白、其片段或变体;(c) 来自β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的结合抗核衣壳抗体或其抗体变体的任何蛋白质、其片段或变体;和/或(d)来自β-冠状病毒(诸如 SARS-CoV或SARS-CoV-2)的结合任何抗刺突抗体或其抗体变体的任何蛋白质、其片段或变体,所述方法诸如独有的固相合成、部分固相合成、片段缩合和经典溶液合成。参见例如Merrifield,J.Am.Chem.Soc.85:2149(1963)。关于固相,合成通常使用α-氨基保护树脂从肽的C末端开始。例如,可以通过将所需的α-氨基酸连接至氯甲基化树脂、羟甲基树脂或二苯甲胺树脂来制备合适的起始材料。一种此类氯甲基化树脂由Bio RadLaboratories(Richmond,Calif.)以商品名BIO-BEADS SX-1销售,并且羟甲基树脂的制备由Bodonszky等人, Chem.Ind.(London)38:1597(1966)描述。二苯甲胺(BHA)树脂已由Pietta和 Marshall,Chem.Comm 650(1970)描述并且可从Beckman Instruments,Inc.(Palo Alto,Calif.)以盐酸盐的形式商购获得。自动化肽合成仪是可商购获得的,定制肽的服务也是如此。
因此,可以根据Gisin,Hely.Chim.Acta.56:1467(1973)所述的方法,借助于例如碳酸氢铯催化剂,将α-氨基保护氨基酸与氯甲基化树脂偶联来制备多肽。在初始偶联之后,通过选择试剂(包括在有机溶剂中的三氟乙酸(TFA)或盐酸(HCl)溶液)在室温下去除α-氨基保护基。
合适的α-氨基保护基包括已知可用于逐步合成肽的领域的那些。α-氨基保护基的实例为:酰基型保护基(例如,甲酰基、三氟乙酰基和乙酰基)、芳族氨基甲酸酯型保护基(例如,苄氧羰基(Cbz)和取代的Cbz)、脂族氨基甲酸酯保护基(例如,叔丁氧羰基(Boc)、异丙氧羰基和环己氧羰基)和烷基型保护基(例如,苯甲基和三苯甲基)。Boc和Fmoc是优选的保护基。侧链保护基团在偶联期间保持完整,并且在氨基末端保护基团的去保护期间或在偶联期间不分裂。侧链保护基团必须在最终肽合成完成后和在不再改变靶肽的反应条件下才可去除。
除去α-氨基保护基后,剩余的受保护的氨基酸按所需顺序逐步偶联。通常在溶液中,例如在二氯甲烷和二甲基甲酰胺(DMF)混合物中,将过量的每种受保护的氨基酸与适当的羧基活化剂(诸如二环己基碳二亚胺(DCC))一起使用。
在所需氨基酸序列完成之后,通过用试剂(诸如TFA或氟化氢(HF))处理将所需肽与树脂支持物解偶联,所述试剂不仅将肽从树脂切割下来,而且切割所有剩余的侧链保护基。当使用氯甲基化树脂时,HF处理导致游离肽酸的形成。当使用二苯甲胺树脂时,HF处理直接导致游离肽酰胺。替代地,当采用氯甲基化树脂时,可以通过用氨水处理肽树脂以得到所需侧链保护的酰胺或用烷基胺处理以得到侧链保护的烷基酰胺或二烷基酰胺来将侧链保护的肽解偶联。然后,以平常的方式,通过用氟化氢处理以得到游离的酰胺、烷基酰胺或二烷基酰胺来去除侧链保护。
这些和其他固相肽合成程序是本领域中熟知的。此类程序还由Stewart和 Young在Solid Phase Peptide Syntheses(第2版,Pierce Chemical Company,1984) 中进行描述。
从β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)重组产生分离的核衣壳和/或刺突多肽
(a)β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的核衣壳蛋白、其片段或变体;(b)β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的刺突蛋白、其片段或变体;(c)来自β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的结合抗核衣壳抗体或其抗体变体的任何蛋白质、其片段、变体;和/或(d)来自β-冠状病毒 (诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的结合任何抗刺突抗体或其抗体变体的任何蛋白质、其片段或变体的全部或一部分可使用本领域中已知的方法重组产生。例如,可以在宿主细胞中表达包含编码多肽的核苷酸序列的分离或纯化核酸分子,并且可以分离多肽。分离或纯化核酸分子可以包含编码以下的核苷酸序列: (a)β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的核衣壳蛋白、其片段或变体;(b)β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的刺突蛋白、其片段或变体;(c)来自β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的结合抗核衣壳抗体或其抗体变体的任何蛋白质、其片段或变体;和/或(d)来自β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的结合任何抗刺突抗体或其抗体变体的任何蛋白质、其片段或变体。在一个方面,分离或纯化核酸可以包含编码具有SEQ ID NO:1的氨基酸序列的核衣壳蛋白或其片段或变体的核苷酸序列。在另一方面,分离或纯化核酸可以包含编码具有SEQ ID NO:17或18的刺突蛋白的RBD的核苷酸序列。分离或纯化的核酸分子可以是载体。
分离核酸可以用例如寡核苷酸合成仪合成。本领域的普通技术人员应容易理解,由于遗传密码的简并性,多于一个核苷酸序列可编码给定氨基酸序列。就这一点而言,可以使用编码与本文指定的SEQ ID NO.的氨基酸序列大致上相同的氨基酸序列的核苷酸序列。优选地选择给定宿主细胞偏好的密码子用于重组产生。可以使用聚合酶链反应(PCR)、连接或连接链反应(LCR)将编码指定SEQ ID NO.的氨基酸序列的核苷酸序列与其他核苷酸序列以编码突变的截短的核衣壳和/或刺突多肽。单独的寡核苷酸通常含有用于互补组装的5'或3'突出端。一旦进行了组装,便可将编码(a)β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的核衣壳蛋白、其片段或变体;(b)β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2) 的刺突蛋白、其片段或变体;(c)来自β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或 SARS-CoV-2)的结合抗核衣壳抗体或其抗体变体的任何蛋白质、其片段或变体;和/或(d)来自β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的结合任何抗刺突抗体或其抗体变体的任何蛋白质、其片段或变体的核苷酸序列插入至载体中,按需要可操作地连接至控制序列以便在给定宿主中表达,并且引入(诸如通过转化或转染)至宿主细胞中。核苷酸序列可被进一步操作(例如,连接至一个或多个核苷酸序列,其编码额外的免疫球蛋白结构域,诸如额外的恒定区)和/ 或在宿主细胞中表达。
尽管不是所有载体和表达控制序列都可以同样良好地表达感兴趣多核苷酸序列,并且不是所有宿主都同样良好地以相同表达系统起作用,但据信,本领域的技术人员能够在这些载体、表达控制序列、优化密码子和宿主中作出选择以用于本公开而无需过度实验。例如,在选择载体时,必须考虑宿主,因为载体必须能够在其中复制或能够整合至染色体中。还应当考虑载体的拷贝数、控制拷贝数的能力,和由该载体编码的任何其他蛋白质(例如抗生素标志物)的表达。在选择表达控制序列时,还可以考虑多种因素。这些包括但不限于序列的相对强度、它的可控性以及它与编码以下的核苷酸序列的相容性:(a)β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的核衣壳蛋白、其片段或变体;(b)β- 冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的刺突蛋白、其片段或变体;(c) 来自β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的结合抗核衣壳抗体或其抗体变体的任何蛋白质、其片段或变体;和/或(d)来自β-冠状病毒(诸如 SARS-CoV或SARS-CoV-2)的结合任何抗刺突抗体或其抗体变体的任何蛋白质、其片段或变体,特别是关于潜在的二级结构。宿主应通过考虑其与所选载体的相容性、其密码子使用、其分泌特征、其正确折叠多肽的能力、其发酵或培养要求、其糖基化蛋白质的能力(或缺乏能力)以及纯化由核苷酸序列编码的产物的简便性等进行选择。
重组载体可以是自主复制载体,即作为染色体外实体存在的载体,其复制不依赖于染色体复制(诸如质粒)。替代地,载体可以是这样的载体,当它引入宿主细胞中时被整合到宿主细胞基因组中并与其中已整合了它的染色体一起被复制。
载体优选为表达载体,在其中编码以下的多核苷酸序列被可操作地连接至转录多核苷酸序列所需的额外区段:(a)β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或 SARS-CoV-2)的核衣壳蛋白、其片段或变体;(b)β-冠状病毒(诸如SARS-CoV 或SARS-CoV-2)的刺突蛋白、其片段或变体;(c)来自β-冠状病毒(诸如 SARS-CoV或SARS-CoV-2)的结合抗核衣壳抗体或其抗体变体的任何蛋白质、其片段或变体;和/或(d)来自β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的结合任何抗刺突抗体或其抗体变体的任何蛋白质、其片段或变体。载体通常来源于质粒或病毒DNA。用于在本文提及的宿主细胞中表达的许多合适的表达载体是可商购获得的或是文献中描述的。对于真核宿主有用的表达载体包括但不限于包含来自SV40、牛乳头瘤病毒、腺病毒以及巨细胞病毒的表达控制序列的载体。特定载体包括pcDNA3.1(+)\Hyg(Invitrogen Corp.,Carlsbad,Calif.)和 pCI-neo(Stratagene,La Jolla,Calif.)。用于酵母细胞的表达载体的实例包括但不限于2μ质粒及其衍生物、POT1载体(参见例如美国专利号4,931,373)、pJSO37 载体(描述于Okkels,Ann New York Acad.Sci.782:202-207(1996)中)和pPICZ A、 B或C(Invitrogen)。用于昆虫细胞的表达载体的实例包括但不限于pVL941、 pBG311(Cate等人,Cell 45:685-698(1986))以及pBluebac 4.5和pMelbac(两者都可从Invitrogen购得)。
可以使用的其他载体允许编码以下的核苷酸序列以拷贝数扩增:(a)β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的核衣壳蛋白、其片段或变体;(b)β- 冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的刺突蛋白、其片段或变体;(c) 来自β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的结合抗核衣壳抗体或其抗体变体的任何蛋白质、其片段或变体;和/或(d)来自β-冠状病毒(诸如 SARS-CoV或SARS-CoV-2)的结合任何抗刺突抗体或其抗体变体的任何蛋白质、其片段或变体。此类可扩增载体是本领域中熟知的。这些载体包括但不限于可以通过二氢叶酸还原酶(DHFR)扩增(参见例如美国专利号4,470,461以及 Kaufinan等人,Mol.Cell.Biol.2:1304-1319(1982))和谷氨酰胺合成酶(GS)扩增(参见例如美国专利号5,122,464和欧洲专利申请公开号0 338 841)进行扩增的那些载体。
重组载体可以还包含使载体能够在所讨论的宿主细胞中复制的核苷酸序列。用于哺乳动物宿主细胞的这种序列的实例是SV40复制起点。使载体能够在酵母细胞中复制的合适序列是酵母质粒2μ复制基因REP 1-3和复制起点。
载体还可以包含可选择标记物,即基因或多核苷酸,其产物补充宿主细胞中的缺陷,诸如编码DHFR的基因或粟酒裂殖酵母TPI基因(参见例如,Russell, Gene 40:125-130(1985))或赋予对诸如氨苄青霉素、卡那霉素、四环素、氯霉素、新霉素、潮霉素或甲氨蝶呤的药物的抗性的那些。对于丝状真菌,可选择标记物包括但不限于amdS、pyrG、arcB、niaD和sC。
载体中还存在“控制序列”,其是对于以下的表达来说必要或有利的任何组分:(a)β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的核衣壳蛋白、其片段或变体;(b)β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的刺突蛋白、其片段或变体;(c)来自β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的结合抗核衣壳抗体或其抗体变体的任何蛋白质、其片段或变体;和/或(d)来自β-冠状病毒 (诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的结合任何抗刺突抗体或其抗体变体的任何蛋白质、其片段或变体。每个控制序列可以是编码以下的核苷酸序列天然的或外来的:(a)β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的核衣壳蛋白、其片段或变体;(b)β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的刺突蛋白、其片段或变体;(c)来自β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的结合抗核衣壳抗体或其抗体变体的任何蛋白质、其片段或变体;和/或(d)来自β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的结合任何抗刺突抗体或其抗体变体的任何蛋白质、其片段或变体。此类控制序列包括但不限于前导序列、多腺苷酸化序列、前肽序列、启动子、增强子或上游激活序列、信号肽序列和转录终止子。至少,控制序列包括至少一个可操作地连接至编码以下的多核苷酸序列的启动子:(a)β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的核衣壳蛋白、其片段或变体;(b)β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的刺突蛋白、其片段或变体;(c)来自β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的结合抗核衣壳抗体或其抗体变体的任何蛋白质、其片段或变体;和/或(d)来自β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的结合任何抗刺突抗体或其抗体变体的任何蛋白质、其片段或变体。
“可操作地连接”意指通过酶促连接或其他方式将两个或更多个核苷酸序列以相对于彼此使得可以进行序列的正常功能的构型共价连接。例如,如果编码前序列或分泌前导序列的核苷酸序列表达为参与多肽分泌的前蛋白,则它与多肽的核苷酸序列可操作地连接;如果启动子或增强子影响序列的转录,则它与编码序列可操作地连接;如果核糖体结合位点被定位以便于翻译,则它与编码序列可操作地连接。通常,“可操作地连接”意指被连接的核苷酸序列是邻接的,并且在分泌前导序列的情况下,是邻接的并且在同一阅读框中。通过在方便的限制性位点处的连接来实现连接。如果不存在此类位点,则可以结合标准重组DNA方法使用合成寡核苷酸衔接子或接头。
在本公开的上下文中可以使用多种表达控制序列。此类有用的表达控制序列包括与前述表达载体的结构基因相关的表达控制序列以及已知控制原核或真核细胞或其病毒的基因表达的任何序列,以及其各种组合。用于指导哺乳动物细胞中转录的合适控制序列的实例包括SV40和腺病毒的早期和晚期启动子,例如,腺病毒2主要晚期启动子、MT-1(金属硫蛋白基因)启动子、人巨细胞病毒立即早期基因启动子(CMV)、人延伸因子1α(EF-1α)启动子、果蝇最小热休克蛋白70启动子、劳斯肉瘤病毒(RSV)启动子、人泛素C(UbC)启动子、人生长激素终止子、SV40或腺病毒E1b区多腺苷酸化信号和Kozak共有序列(Kozak,J.Mol.Biol.196:947-50(1987))。
为了改善哺乳动物细胞中的表达,可以将合成内含子插入编码抗体或其片段的多核苷酸序列的5'非翻译区。合成内含子的实例是来自质粒pCI-Neo的合成内含子(可从Promega Corporation,Madison,Wis.购得)。
用于指导昆虫细胞中转录的合适控制序列的实例包括但不限于多角体蛋白启动子、P10启动子、杆状病毒立即早期基因1启动子、杆状病毒39K延迟早期基因启动子和SV40多腺苷酸化序列。
用于酵母宿主细胞的合适控制序列的实例包括酵母α-交配系统的启动子、酵母磷酸丙糖异构酶(TPI)启动子、来自酵母糖酵解基因或醇脱氢酶基因的启动子、ADH2-4-c启动子和诱导型GAL启动子。
用于丝状真菌宿主细胞的合适控制序列的实例包括ADH3启动子和终止子、来源于编码米曲霉(Aspergillus oryzae)TAKA淀粉酶磷酸丙糖异构酶或碱性蛋白酶、黑曲霉(A.niger)α-淀粉酶、黑曲霉或构巢曲霉(A.nidulas)葡糖淀粉酶、构巢曲霉乙酰胺酶、米黑根毛霉(Rhizomucor miehei)天冬氨酸蛋白酶或酯酶的启动子、TPI1终止子和ADH3终止子。
编码截短的DBP、突变截短的DBP或前述任一者的融合蛋白的多核苷酸序列还可以包括或不包括编码信号肽的多核苷酸序列。当(a)β-冠状病毒(诸如 SARS-CoV或SARS-CoV-2)的核衣壳蛋白、其片段或变体;(b)β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的刺突蛋白、其片段或变体;(c)来自β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的结合抗核衣壳抗体或其抗体变体的任何蛋白质、其片段、变体;和/或(d)来自β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的结合任何抗刺突抗体或其抗体变体的任何蛋白质、其片段或变体待从表达它们的细胞中分泌出来时,存在信号肽。这种信号肽,当存在时,应被选择用于表达多肽的细胞识别。信号肽可以是(a)β-冠状病毒(诸如 SARS-CoV或SARS-CoV-2)的核衣壳蛋白、其片段或变体;(b)β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的刺突蛋白、其片段或变体;(c)来自β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的结合抗核衣壳抗体或其抗体变体的任何蛋白质、其片段、变体;和/或(d)来自β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或 SARS-CoV-2)的结合任何抗刺突抗体或其抗体变体的任何蛋白质、其片段或变体同源或异源的,或者可以是宿主细胞同源或异源的,即通常由宿主细胞表达的信号肽或通常不由宿主细胞表达的信号肽。因此,信号肽可以是原核的,例如来源于细菌,或真核的,例如来源于哺乳动物、昆虫、丝状真菌或酵母细胞。
信号肽的存在或不存在将例如取决于用于产生以下的表达宿主细胞:(a)β- 冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的核衣壳蛋白、其片段或变体;(b) β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的刺突蛋白、其片段或变体;(c) 来自β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的结合抗核衣壳抗体或其抗体变体的任何蛋白质、其片段或变体;和/或(d)来自β-冠状病毒(诸如 SARS-CoV或SARS-CoV-2)的结合任何抗刺突抗体或其抗体变体的任何蛋白质、其片段或变体。对于在丝状真菌中使用,信号肽可以方便地来源于编码曲霉属种淀粉酶或葡糖淀粉酶的基因、编码米黑根毛霉酯酶或蛋白酶或疏棉状腐质霉(Humicolalanuginosa)酯酶的基因。对于在昆虫细胞中使用,信号肽可以来源于昆虫基因(参见例如,PCT国际申请WO 90/05783),诸如鳞翅目烟草天蛾激脂激素前体(参见例如,美国专利号5,023,328)、蜜蜂蜂毒肽(Invitrogen)、脱皮甾醇UDP葡糖基转移酶(egt)(Murphy等人,Protein Expression and Purification 4:349-357(1993))或人胰脂肪酶(hpl)(Methodsin Enzymology 284:262-272 (1997))。
用于哺乳动物细胞的信号肽的具体实例包括鼠Igκ轻链信号肽(Coloma, J.ImmMethods 152:89-104(1992))。用于酵母细胞的合适信号肽包括酿酒酵母的α-因子信号肽(参见例如,美国专利号4,870,008)、小鼠唾液淀粉酶的信号肽 (参见例如,Hagenbuchle等人,Nature 289:643-646(1981))、修饰的羧肽酶信号肽(参见例如,Valls等人,Cell 48:887-897(1987))、酵母BAR1信号肽(参见例如,PCT国际申请WO 87/02670)以及酵母天冬氨酸蛋白酶3(YAPS)信号肽(参见例如,Egel-Mitani等人,Yeast 6:127-137(1990))。
根据上文,可以将上述分离或纯化的核酸分子(其可以是载体)引入宿主细胞中,如下文所述。因此,提供了包含分离的或纯化的核酸分子的宿主细胞。
可以使用任何合适的宿主以产生(a)β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或 SARS-CoV-2)的核衣壳蛋白、其片段或变体;(b)β-冠状病毒(诸如SARS-CoV 或SARS-CoV-2)的刺突蛋白、其片段或变体;(c)来自β-冠状病毒(诸如 SARS-CoV或SARS-CoV-2)的结合抗核衣壳抗体或其抗体变体的任何蛋白质、其片段或变体;和/或(d)来自β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的结合任何抗刺突抗体或其抗体变体的任何蛋白质、其片段或变体,包括细菌、真菌(包括酵母)、植物、昆虫、哺乳动物或其他合适的动物细胞或细胞系,以及转基因动物或植物。优选的宿主细胞是中国仓鼠卵巢(CHO)细胞。细菌宿主细胞的实例包括但不限于革兰氏阳性细菌,例如芽孢杆菌属(Bacillus)(例如短芽孢杆菌(B.brevis)或枯草芽孢杆菌(B.subtilis))、假单胞菌属(Pseudomonas)或链霉菌菌株,或革兰氏阴性细菌,诸如大肠杆菌菌株。将载体引入细菌宿主细胞可以例如通过原生质体转化(参见例如Chang等人,Molec.Gen.Genet.168:111-115 (1979))、使用感受态细胞(参见例如Young等人,J.ofBacteriology 81:823-829 (1961)或Dubnau等人,J.of Molec.Biol.56:209-221(1971))、电穿孔(参见例如 Shigekawa等人,Biotechniques 6:742-751(1988))或缀合(参见例如Koehler等人,J.of Bacteriology 169:5771-5278(1987))来实现。
合适的丝状真菌宿主细胞的实例包括但不限于曲霉属(例如米曲霉、黑曲霉或构巢曲霉)、镰孢属或木霉属菌株。可以使用本领域普通技术人员已知的技术,通过涉及原生质体形成、原生质体转化和细胞壁再生的过程来转化真菌细胞。用于转化曲霉属宿主细胞的合适程序描述于欧洲专利申请号0 238 023和美国专利号5,679,543中。Malardier等人,Gene 78:147-156(1989)和PCT国际申请WO 96/00787描述了用于转化镰孢属种的合适方法。酵母可以使用Becker和 Guarente,In Abelson,J.N.和Simon,M.I.编,Guide to YeastGenetics and Molecular Biology,Methods in Enzymology 194:182-187,AcademicPress,Inc.,New York;Ito 等人,J.of Bacteriology 153:163(1983);以及Hinnen等人,PNAS USA 75:1920 (1978)所述的程序转化。
合适的酵母宿主细胞的实例包括酵母属(例如,酿酒酵母)、裂殖酵母属、克鲁维酵母属、毕赤酵母属(诸如巴斯德毕赤酵母或甲醇毕赤酵母)、汉逊酵母属(诸如多形汉逊酵母)或耶氏酵母属菌株。用于以异源多核苷酸转化酵母细胞并由其产生异源多肽的方法由Clontech Laboratories,Inc,Palo Alto,Calif.,USA (在YeastmakerTM酵母转化系统试剂盒的产品方案中)以及Reeves等人,FEMS Microbiology Letters 99:193-198(1992);Manivasakam等人,Nucleic Acids Research 21:4414-4415(1993);和Ganeva等人,FEMSMicrobiology Letters 121: 159-164(1994)公开。
合适的昆虫宿主细胞的实例包括但不限于鳞翅目细胞系,诸如草地贪夜蛾 (Sf9或Sf21)或粉纹夜蛾细胞(High Five)(参见例如,美国专利号5,077,214)。昆虫细胞的转化和异源多肽的产生是本领域技术人员熟知的。
合适的哺乳动物宿主细胞的实例包括中国仓鼠卵巢(CHO)细胞系、猿(例如,青猴)细胞系(COS)、小鼠细胞(例如,NS/O)、幼仓鼠肾(BHK)细胞系、人细胞(诸如人胚肾(HEK)细胞(例如,HEK 293细胞(A.T.C.C.登录号CRL-1573))、不另外产生免疫球蛋白的骨髓瘤细胞和组织培养中的植物细胞。优选地,哺乳动物宿主细胞是CHO细胞系和/或HEK(例如,HEK293)细胞系。另一优选的宿主细胞是B3.2细胞系(例如,AbbVie,AbbVie BioresearchCenter,Worcester, MA)或另一二氢叶酸还原酶缺陷型(DHFR-)CHO细胞系(例如,可购自Invitrogen)。
用于将外源多核苷酸引入哺乳动物宿主细胞的方法包括磷酸钙介导的转染、电穿孔、DEAE-葡聚糖介导的转染、脂质体介导的转染、病毒载体和Life Technologies Ltd,Paisley,UK描述的使用LipofectamineTM 2000的转染方法。这些方法在本领域中是熟知的并且例如由Ausbel等人(编),Current Protocols in Molecular Biology,John Wiley&Sons,New York,USA(1996)描述。哺乳动物细胞的培养是根据已建立的方法进行的,例如,如Jenkins编,Animal Cell Biotechnology,Methods and Protocols,Human PressInc.Totowa,N.J.,USA(1999) 以及Harrison和Rae,General Techniques of CellCulture,Cambridge University Press(1997)中所公开。
在生产方法中,使用本领域中已知的方法,将细胞在适于以下的产生的营养培养基中培养:(a)β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的核衣壳蛋白、其片段或变体;(b)β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的刺突蛋白、其片段或变体;(c)来自β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2) 的结合抗核衣壳抗体或其抗体变体的任何蛋白质、其片段或变体;和/或(d)来自β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的结合任何抗刺突抗体或其抗体变体的任何蛋白质、其片段或变体。例如,通过在实验室或工业发酵中在合适的培养基中并且在允许以下被表达和/或分离的条件下进行的摇瓶培养、小规模或大规模发酵(包括连续、分批、分批补料或固态发酵)来培养细胞:(a)β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的核衣壳蛋白、其片段或变体;(b)β- 冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的刺突蛋白、其片段或变体;(c) 来自β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的结合抗核衣壳抗体或其抗体变体的任何蛋白质、其片段或变体;和/或(d)来自β-冠状病毒(诸如 SARS-CoV或SARS-CoV-2)的结合任何抗刺突抗体或其抗体变体的任何蛋白质、其片段或变体。使用本领域中已知的程序,培养发生在包含碳和氮来源以及无机盐的合适的营养培养基中。合适的培养基可从商业供应商购得或可以根据公开的组成(例如,在美国典型培养物保藏中心(American Type Culture Collection)的目录中)制备。如果(a)β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2) 的核衣壳蛋白、其片段或变体;(b)β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2) 的刺突蛋白、其片段或变体;(c)来自β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或 SARS-CoV-2)的结合抗核衣壳抗体或其抗体变体的任何蛋白质、其片段、变体;和/或(d)来自β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的结合任何抗刺突抗体或其抗体变体的任何蛋白质、其片段或变体被分泌至营养培养基中,则它可以直接从培养基回收。如果截短的DBP(或其融合蛋白)或突变的截短DBP (或其融合蛋白)不被分泌,则它可以从细胞溶胞产物中回收。
所得的(a)β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的核衣壳蛋白、其片段或变体;(b)β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的刺突蛋白、其片段或变体;(c)来自β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的结合抗核衣壳抗体或其抗体变体的任何蛋白质、其片段或变体;和/或(d)来自β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的结合任何抗刺突抗体或其抗体变体的任何蛋白质、其片段或变体可以通过本领域中已知的方法回收。例如,(a)β- 冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的核衣壳蛋白、其片段或变体;(b) β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的刺突蛋白、其片段或变体;(c) 来自β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的结合抗核衣壳抗体或其抗体变体的任何蛋白质、其片段、变体;和/或(d)来自β-冠状病毒(诸如SARS-CoV 或SARS-CoV-2)的结合任何抗刺突抗体或其抗体变体的任何蛋白质、其片段或变体可以通过常规程序(包括但不限于离心、过滤、提取、喷雾干燥、蒸发或沉淀)从营养培养基回收。
(a)β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的核衣壳蛋白、其片段或变体;(b)β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的刺突蛋白、其片段或变体;(c)来自β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的结合抗核衣壳抗体或其抗体变体的任何蛋白质、其片段或变体;和/或(d)来自β-冠状病毒 (诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的结合任何抗刺突抗体或其抗体变体的任何蛋白质、其片段或变体可以通过本领域中已知的多种程序纯化,所述程序包括但不限于色谱(诸如但不限于离子交换色谱、亲和色谱、疏水色谱、色谱聚焦色谱和尺寸排阻色谱)、电泳程序(诸如但不限于制备型等电聚焦)、差异溶解度(诸如但不限于硫酸铵沉淀)、SDS-PAGE或萃取(参见例如Janson和Ryden 编,Protein Purification,VCHPublishers,New York(1989))。在一些方面,可以使用本领域已知的常规技术在CHO和/或HEK细胞中进行纯化。在其他方面,当纯化刺突的RBD时,可以使用本领域已知的常规技术(诸如亲和色谱、凝胶过滤色谱、离子交换色谱、高压液相色谱等)将任何单体RBD与任何二聚体RBD 分离。在一些方面,使用固定化金属离子亲和色谱(IMAC)进行纯化,诸如如Block等人,“Chapter 27Immobilized-Metal Affinity Chromatography(IPAC):A Review”,Methods in Enzymology,463:439-473(2009)和Spriestersbach等人,“Chapter One–Purification of His-Tagged Proteins”,Methods in Enzymology,559:1-15(2015)中所述,其内容以引用方式并入本文。
b.抗体
抗体可以通过多种技术,包括本领域技术人员熟知的那些技术中的任何一种制备。一般来讲,抗体可以通过细胞培养技术产生,所述细胞培养技术包括经由常规技术或经由将抗体基因、重链和/或轻链转染到适合的细菌或哺乳动物细胞宿主中以允许产生抗体(其中抗体可以是重组的)来进行单克隆抗体的产生。各种形式的术语“转染”旨在涵盖通常用于将外源DNA引入到原核或真核宿主细胞中的广泛多种技术,例如电穿孔、磷酸钙沉淀、DEAE-聚葡萄糖转染等。尽管有可能在原核或真核宿主细胞中表达抗体,但优选在真核细胞且最优选哺乳动物宿主细胞中表达抗体,因为这类真核细胞(且特别是哺乳动物细胞)相比于原核细胞更有可能组装和分泌经过正确折叠且具有免疫学活性的抗体。
用于表达重组抗体的示例性哺乳动物宿主细胞包括中国仓鼠卵巢细胞 (CHO细胞)(包括Urlaub和Chasin,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,77:4216-4220(1980) 中所述的dhfr-CHO细胞),其与DHFR可选择标记物一起使用,例如如Kaufman 和Sharp,J.Mol.Biol.,159:601-621(1982)中所述;NS0骨髓瘤细胞;COS细胞和SP2细胞。当将编码抗体基因的重组表达载体引入到哺乳动物宿主细胞中时,通过将宿主细胞培养一段足以允许抗体在宿主细胞中表达或者更优选使抗体分泌到宿主细胞所生长的培养基中的时间来产生抗体。抗体可以使用标准蛋白质纯化方法从培养基中回收。在一些方面,可以使用本领域已知的常规技术在CHO 和/或HEK细胞中进行抗体的纯化。
宿主细胞也可用于产生功能性抗体片段,诸如Fab片段或scFv分子。应当理解,可以对上述程序进行变型。例如,可能合乎需要的是用编码抗体的轻链和/或重链的功能性片段的DNA转染宿主细胞。重组DNA技术也可以用于除去一些或全部编码并非结合感兴趣抗原所必需的轻链和重链中的任何一者或两者的DNA。所述抗体也涵盖由此类截短DNA分子表达的分子。此外,可以通过标准化学交联方法将抗体与二抗交联产生双功能抗体,其中一条重链和一条轻链是抗体(即,结合β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)上的一个或多个表位,诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)并且另一重链和轻链对除人β- 冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2),诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2 以外的抗原具有特异性。
在用于重组表达抗体、或其抗原结合部分的一个优选系统中,通过磷酸钙介导的转染法将编码抗体重链和抗体轻链两者的重组表达载体引入到dhfr-CHO 细胞中。在重组表达载体内,使抗体重链和轻链基因各自可操作地连接至CMV 增强子/AdMLP启动子调控元件以驱动基因高度转录。重组表达载体也携带 DHFR基因,其允许使用甲氨蝶呤选择/扩增来选择已用载体转染的CHO细胞。培养所选择的转化株宿主细胞以便允许表达抗体重链和轻链并且从培养基中回收完整抗体。将标准分子生物学技术用于制备重组表达载体、转染宿主细胞、选择转化株、培养宿主细胞,并且从培养基中回收抗体。更进一步地,合成重组抗体的方法可以通过在适合培养基中培养宿主细胞,直到合成重组抗体进行。所述方法可以进一步包括从培养基中分离重组抗体。
制备单克隆抗体的方法涉及制备能够产生具有所需特异性的抗体的永生细胞系。这类细胞系可以由从免疫动物获得的脾细胞产生。可以用β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)或其片段(例如,来自核衣壳和/或刺突蛋白) 和/或变体免疫动物。用于免疫动物的肽可以包含编码人Fc(例如片段可结晶区) 或人抗体的尾区的氨基酸。然后可以通过例如与骨髓瘤细胞融合配偶体的融合使脾细胞永生化。可以采用多种融合技术。例如,可以将脾细胞和骨髓瘤细胞与非离子洗涤剂合并几分钟,并且然后以低密度接种在支持杂交细胞生长但不支持骨髓瘤细胞生长的选择性培养基上。一种这种技术使用次黄嘌呤、氨基喋呤、胸苷(HAT)选择。另一种技术包括电融合。在足够的时间,通常约1至2周之后,观察到杂交体的集落。选择单一集落并测试其培养物上清液对多肽的结合活性。可以使用具有高反应性和特异性的杂交瘤。
可以从生长的杂交瘤集落的上清液中分离单克隆抗体。此外,可以采用各种技术来提高产量,诸如将杂交瘤细胞系注射到适合的脊椎动物宿主(诸如小鼠)的腹膜腔中。然后可以从腹水或血液中收获单克隆抗体。可以通过常规技术,诸如色谱法、凝胶过滤、沉淀和提取从抗体中除去污染物。亲和色谱法是可以在纯化抗体的过程中使用的方法的实例。
蛋白水解酶木瓜蛋白酶优先裂解IgG分子以产生数个片段,其中两个(F(ab) 片段)各自包含包括完整抗原结合位点的共价异二聚体。胃蛋白酶能够裂解IgG 分子以提供几个片段,包括包含两个抗原结合位点的F(ab')2片段。
Fv片段可以通过IgM的优先蛋白水解裂解以及偶尔蛋白水解裂解IgG或IgA免疫球蛋白分子来产生。可以使用重组技术衍生Fv片段。Fv片段包括非共价VH::VL异二聚体,所述非共价VH::VL异二聚体包括保留了天然抗体分子的大量抗原识别能力和结合能力的抗原结合位点。
抗体、抗体片段或衍生物可以包含分别插置在重链框架(“FR”)组和轻链框架(“FR”)组之间的重链互补决定区(“CDR”)组和轻链互补决定区(“CDR”)组,所述框架组为CDR提供支撑并限定CDR相对于彼此的空间关系。CDR组可能含有重链或轻链V区的三个高变区。
可以使用产生或分离具有必需特异性的抗体的其他合适方法,包括但不限于从肽或蛋白质文库(例如但不限于噬菌体、核糖体、寡核苷酸、RNA、cDNA、酵母等展示库)中选择重组抗体的方法;例如,如使用本领域中已知的方法可从各种商业供应商诸如CambridgeAntibody Technologies(Cambridgeshire,UK)、 MorphoSys(Martinsreid/Planegg,Del.)、Biovation(Aberdeen,Scotland,UK)、 BioInvent(Lund,Sweden)获得的。参见美国专利号4,704,692、5,723,323、 5,763,192、5,814,476、5,817,483、5,824,514、5,976,862。替代方法依赖于免疫能够产生人抗体谱系的转基因动物(例如,SCID小鼠,Nguyen等人,(1997) Microbiol.Immunol.41:901-907;Sandhu等人,Crit.Rev.Biotechnol.16:95-118(1996); Eren等人,Immunol.93:154-161(1998)),如本领域中已知的和/或如本文所述的。这类技术包括但不限于核糖体展示(Hanes等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 94:4937-4942(1997);Hanes等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,95:14130-14135 (1998));单细胞抗体产生技术(例如,选择淋巴细胞抗体方法(“SLAM”)(美国专利号5,627,052;Wen等人,J.Immunol.17:887-892(1987);Babcook等人, Proc.Natl.Acad.Sci.USA 93:7843-7848(1996));凝胶微滴和流式细胞术(Powell 等人,Biotechnol..8:333-337(1990);One CellSystems,(Cambridge,Mass).;Gray 等人,J.Imm.Meth..182:155-163(1995);Kenny等人,Bio/Technol.,13:787-790 (1995);B细胞选择(Steenbakkers等人,Molec.Biol.Reports19:125-134(1994)))。
亲和力成熟抗体可以通过本领域中已知的多种程序中的任一种产生。例如,参见Marks等人,BioTechnology,10:779-783(1992)描述了通过VH和VL结构域改组进行的亲和力成熟。对CDR和/或框架残基的随机诱变由以下描述:Barbas 等人,Proc.Nat.Acad.Sci.USA,91:3809-3813(1994);Schier等人,Gene,169:147-155(1995);Yelton等人,J.Immunol.,155:1994-2004(1995);Jackson等人, J.Immunol.,154(7):3310-3319(1995);Hawkins等人,J.Mol.Biol.,226:889-896 (1992)。在选择性诱变位置和在接触或超突变位置由活性增强氨基酸残基进行的选择性突变描述于美国专利号6,914,128B1。
抗体变体还可以使用以下方式制备:将编码抗体的多核苷酸递送至适合的宿主,诸如以提供在其乳汁中产生这类抗体的转基因动物或哺乳动物,诸如山羊、牛、马、绵羊等来制备。这些方法在本领域中是已知的并且例如描述于美国专利号5,827,690、5,849,992、4,873,316、5,849,992、5,994,616、5,565,362和 5,304,489中。
抗体变体也可以通过以下方式制备:递送多核苷酸以提供转基因植物和培养的植物细胞(例如但不限于烟草、玉米和浮萍),它们在植物部分或由其培养的细胞中产生这类抗体、特定部分或变体。例如,Cramer等人,Curr.Top.Microbiol.Immunol.240:95-118(1999)和其中引用的参考文献描述了例如使用诱导型启动子产生表达大量重组蛋白的转基因烟草叶。转基因玉米已经用于以商业生产水平表达哺乳动物蛋白质,其生物活性与在其他重组系统中产生的或从天然来源纯化的那些相当。参见例如,Hood等人,Adv.Exp.Med.Biol., 464:127-147(1999)和其中引用的参考文献。抗体变体也已经由包括抗体片段,诸如单链抗体(scFv)的转基因植物种子,包括烟草种子和马铃薯块茎大量产生。参见,例如Conrad等人,Plant Mol.Biol.38:101-109(1998)和其中引用的参考文献。因此,根据已知方法,也可以使用转基因植物产生抗体。
可以例如通过添加外源性序列来修饰免疫原性或降低、增强或修饰结合、亲和力、缔合速率、解离速率、亲合力、特异性、半衰期或任何其他适合的特征来产生抗体衍生物。一般来讲,保持非人或人CDR序列的一部分或全部,同时用人或其他氨基酸替换可变区和恒定区的非人序列。
小抗体片段可以是具有两个抗原结合位点的双体,其中片段包含于同一多肽链(VH VL)中与轻链可变结构域(VL)连接的重链可变结构域(VH)。参见例如, EP 404,097;WO93/11161;和Hollinger等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:6444-6448(1993)。通过使用太短而不允许在相同链上的两个结构域之间配对的接头,迫使结构域与另一链的互补结构域配对并产生两个抗原结合位点。还参见美国专利号6,632,926,所述专利以引用的方式整体并入本文,并且公开了抗体变体,所述抗体变体具有一个或多个插入到亲本抗体的高变区中的氨基酸并且对靶抗原的结合亲和力比亲本抗体对抗原的结合亲和力强至少约2倍。
抗体可以是线性抗体。用于制备线性抗体的程序在本领域中是已知的并描述于Zapata等人,Protein Eng.8(10):1057-1062(1995)。简而言之,这些抗体包含一对串联Fd片段(VH-CH1-VH-CH1),所述片段形成一对抗原结合区。线性抗体可以是双特异性的或单特异性的。
可以通过已知方法从重组细胞培养物中回收和纯化抗体,所述已知方法包括但不限于蛋白A纯化、硫酸铵或乙醇沉淀、酸提取、阴离子或阳离子交换色谱法、磷酸纤维素色谱法、疏水相互作用色谱法、亲和色谱法、羟基磷灰石色谱法和凝集素色谱法。高效液相色谱法(“HPLC”)也可以用于纯化。
可检测地标记抗体可能是有用的。用于将抗体缀合至这些试剂的方法在本领域中是已知的。仅出于说明的目的,可以用可检测部分,诸如放射性原子、发色团、荧光团等标记抗体。此类标记的抗体可以在体内或在分离的测试样品中用于诊断技术。它们可以与细胞因子、配体、另一种抗体连接。用于偶联抗体以实现抗肿瘤作用的适合试剂包括细胞因子,诸如白介素2(IL-2)和肿瘤坏死因子(TNF);用于光动力疗法中的光敏剂,包括酞菁四磺酸铝(III)、血卟啉和酞菁;放射性核素,诸如碘-131(131I)、钇-90(90Y)、铋-212(212Bi)、铋-213(213Bi)、锝-99m(99mTc)、铼-186(186Re)和铼-188(188Re);抗生素,诸如多柔比星(doxorubicin)、阿霉素、柔红霉素、甲氨蝶呤、道诺霉素(daunomycin)、新抑癌素和卡铂;细菌、植物和其他毒素,诸如白喉毒素、假单胞菌外毒素A、葡萄球菌肠毒素A、相思豆毒素蛋白-A毒素、蓖麻毒素A(去糖基化蓖麻毒素A和天然蓖麻毒素A)、TGF-α毒素、来自中华眼镜蛇(chinese cobra)(眼镜蛇(naja naja atra))的细胞毒素和白树毒素(一种植物毒素);来自植物、细菌和真菌的核糖体失活蛋白,诸如局限曲菌素(一种由局限曲霉(Aspergillusrestrictus)产生的核糖体失活蛋白)、皂草素(一种来自石碱草(Saponaria officinalis)的核糖体失活蛋白)和RNA酶;酪氨酸激酶抑制剂;ly207702(二氟化嘌呤核苷);含有反囊性剂的脂质体(例如,反义寡核苷酸、编码毒素的质粒、甲氨蝶呤等);和其他抗体或抗体片段,诸如F(ab)。
经由使用杂交瘤技术、选择淋巴细胞抗体方法(SLAM)、转基因动物和重组抗体文库进行的抗体产生在下文更详细地描述。
使用杂交瘤技术的单克隆抗体
单克隆抗体可以使用本领域中已知的多种技术(包括使用杂交瘤、重组体和噬菌体展示技术或其组合)来制备。例如,可以使用杂交瘤技术产生单克隆抗体,所述杂交瘤技术包括本领域中已知的并且例如在以下文献中教导的那些: Harlow等人,Antibodies:ALaboratory Manual,第二版,(Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold SpringHarbor,1988);Hammerling等人,In Monoclonal Antibodies and T-Cell Hybridomas,(Elsevier,N.Y.,1981)。还应注意,如本文所用的术语“单克隆抗体”并不限于通过杂交瘤技术产生的抗体。术语“单克隆抗体”是指源自单一克隆的抗体,包括任何真核生物、原核生物或噬菌体克隆,而不是指产生所述抗体的方法。
产生单克隆抗体的方法以及由所述方法产生的抗体可以包括培养分泌抗体的杂交瘤细胞,其中优选地,杂交瘤通过以下方式产生:将从用β-冠状病毒诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2(例如,人、小鼠、大鼠、兔SARS-CoV或 SARS-CoV-2)或其片段或变体(统称为“β-冠状病毒抗原”)免疫的动物(例如大鼠或小鼠)分离的脾细胞与骨髓瘤细胞融合,并且然后筛选由融合产生的杂交瘤中分泌能够结合多肽的抗体的杂交瘤克隆。简而言之,可以用β-冠状病毒 (诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)抗原免疫大鼠。在优选的实施方式中,将β- 冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)抗原与佐剂一起施用以刺激免疫反应。这类佐剂包括完全或不完全弗氏佐剂、RIBI(胞壁酰二肽)或ISCOM(免疫刺激复合物)。这类佐剂可以通过将多肽隔离在局部储库中来保护多肽免于快速分散,或者它们可以含有刺激宿主分泌对巨噬细胞和免疫系统的其他组分具有趋化性的因子的物质。优选地,如果正在施用多肽,则免疫程序将涉及多肽的两次或更多次施用,散布于数周内;然而,也可以使用多肽的单次施用。
在用β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)抗原免疫动物之后,可以从动物获得抗体和/或产生抗体的细胞。通过将动物放血或处死,从动物获得含有抗β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)抗体的血清。可以按从动物获得的原样使用血清,可以从血清中获得免疫球蛋白部分,或者可以从血清中纯化抗β-冠状病毒抗体。以这种方式获得的血清或免疫球蛋白是多克隆的,因此具有异质的一系列特性。
一旦检测到免疫反应,例如,在大鼠血清中检测到对抗原β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)具有特异性的抗体,就收获大鼠脾并且分离脾细胞。然后通过熟知的技术使脾细胞与任何适合的骨髓瘤细胞(例如来自可从 American Type CultureCollection(ATCC,Manassas,Va.,US)获得的细胞系SP20 的细胞)融合。通过限制稀释法选择和克隆杂交瘤。然后通过本领域中已知的方法测定杂交瘤克隆中分泌能够结合β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或 SARS-CoV-2)的抗体的细胞。可以通过用阳性杂交瘤克隆免疫大鼠来产生通常含有高水平抗体的腹水。
在另一实施方式中,产生抗体的永生化杂交瘤可以从免疫化动物制备。在免疫之后,将动物处死并且将脾B细胞按本领域熟知的那样融合至永生化骨髓瘤细胞。参见,例如Harlow和Lane,同上。在优选的实施方式中,骨髓瘤细胞不分泌免疫球蛋白多肽(非分泌性细胞系)。在融合和抗生素选择之后,使用β- 冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)或其一部分,或表达β-冠状病毒 (诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)或其一部分的细胞来筛选杂交瘤。在优选的实施方式中,使用酶联免疫吸附测定(ELISA)或放射免疫测定(RIA),优选ELISA进行初始筛选。PCT国际申请WO 00/37504提供了ELISA筛选的实例。
选择产生β-冠状病毒抗体的杂交瘤、将其克隆并且进一步针对所需特征,包括稳健的杂交瘤生长、高抗体产生和所需的抗体特征进行筛选。杂交瘤可以在同系动物、缺乏免疫系统的动物(例如裸鼠)中体内培养和扩增,或者在细胞培养物中体外培养和扩增。选择、克隆和扩增杂交瘤的方法是本领域普通技术人员所熟知的。
在优选的实施方式中,杂交瘤是大鼠杂交瘤。在另一实施方式中,杂交瘤在非人、非大鼠物种诸如小鼠、绵羊、猪、山羊、牛或马中产生。在另一优选的实施方式中,杂交瘤是人杂交瘤,其中人非分泌性骨髓瘤与表达β-冠状病毒抗体的人细胞融合。
可以通过已知技术产生识别特定表位的抗体片段。例如,可以通过使用酶 (诸如木瓜蛋白酶(以产生两个相同的Fab片段)或胃蛋白酶(以产生F(ab')2片段))对免疫球蛋白分子进行蛋白水解裂解来产生Fab和F(ab')2片段。IgG分子的F(ab')2片段保留了较大(“亲本”)IgG分子的两个抗原结合位点,所述IgG 分子包括两个轻链(含有可变轻链区和恒定轻链区)、重链的CH1结构域、和亲本IgG分子的形成二硫键的铰链区。因此,F(ab')2片段仍然能够交联抗原分子,如亲本IgG分子。
使用SLAM的单克隆抗体
在另一个方面,使用本领域中称为选择淋巴细胞抗体方法(SLAM)的方法,从单一、分离的淋巴细胞产生重组抗体,如美国专利号5,627,052;PCT国际申请WO 92/02551;以及Babcook等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,93:7843-7848(1996) 中所述。在所述方法中,使用抗原特异性溶血空斑测定筛选分泌感兴趣抗体的单细胞,例如源自任何一只免疫动物的淋巴细胞,其中使用接头(诸如生物素) 将β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)抗原与绵羊红细胞偶联,并且用于鉴定分泌对β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)具有特异性的抗体的单细胞。在鉴定感兴趣抗体分泌细胞后,通过逆转录酶-PCR(RT-PCR) 从细胞中挽救重链和轻链可变区cDNA,然后这些可变区可以在哺乳动物宿主细胞,诸如COS或CHO细胞中、在适当的免疫球蛋白恒定区(例如,人恒定区) 的背景下表达。用源自体内选择的淋巴细胞的扩增的免疫球蛋白序列转染的宿主细胞然后可以在体外进行进一步的分析和选择,例如,通过淘选转染的细胞以分离表达针对β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的抗体的细胞。扩增的免疫球蛋白序列可以进一步在体外操纵,诸如通过体外亲和力成熟方法。参见例如,PCT国际申请WO 97/29131和PCT国际申请WO 00/56772。
使用转基因动物的单克隆抗体
在另一实施方式中,通过用β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2) 抗原免疫包含一些或全部人免疫球蛋白基因座的非人动物来产生抗体。在一个实施方式中,非人动物是
Figure RE-GDA0003944127500001921
转基因小鼠,一种包含人免疫球蛋白基因座的较大片段且缺乏小鼠抗体产生的工程化小鼠品系。参见例如Green等人,Nature Genetics,7:13-21(1994)和美国专利号5,916,771、5,939,598、5,985,615、 5,998,209、6,075,181、6,091,001、6,114,598和6,130,364。还参见PCT国际申请号WO 91/10741、WO 94/02602、WO 96/34096、WO 96/33735、WO 98/16654、WO 98/24893、WO 98/50433、WO 99/45031、WO 99/53049、WO 00/09560和 WO 00/37504。
Figure RE-GDA0003944127500001931
转基因小鼠产生完全人抗体的成人样人谱系,并且产生抗原特异性人单克隆抗体。
Figure RE-GDA0003944127500001932
转基因小鼠通过引入人重链基因座和x轻链基因座的兆碱基大小的种系构型YAC片段而含有约80%的人抗体谱系。参见Mendez等人,Nature Genetics,15:146-156(1997);Green和 Jakobovits,J.Exp.Med.,188:483-495(1998),所述文献的公开内容据此通过引用并入。
使用重组抗体文库的单克隆抗体
体外方法也可以用于制备抗体,其中筛选抗体文库以识别具有所需的β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)结合特异性的抗体。关于重组抗体文库的这种筛选的方法在本领域中是熟知的,且包括在以下文献中描述的方法:例如美国专利号5,223,409;PCT国际申请号WO 92/18619、WO 91/17271、WO 92/20791、WO 92/15679、WO 93/01288、WO 92/01047、WO 92/09690;Fuchs 等人,Bio/Technology,9:1369-1372(1991);Hay等人,Hum.Antibod.Hybridomas, 3:81-85(1992);Huse等人,Science,246:1275-1281(1989);McCafferty等人, Nature,348:552-554(1990);Griffiths等人,EMBO J.,12:725-734(1993);Hawkins 等人,J.Mol.Biol.,226:889-896(1992);Clackson等人,Nature,352:624-628 (1991);Gram等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,89:3576-3580(1992);Garrard等人, Bio/Technology,9:1373-1377(1991);Hoogenboom等人,Nucl.Acids Res.,19: 4133-4137(1991);Barbas等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,88:7978-7982(1991);美国专利申请公开号2003/0186374;以及PCT国际申请WO 97/29131,所述文献各自的内容以引用的方式并入本文。
重组抗体文库可以来自用β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2) 抗原免疫的受试者。替代地,重组抗体文库可来自初试受试者,即尚未用β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)抗原免疫的受试者,诸如来自尚未用人β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)抗原免疫的人受试者的人抗体文库。抗体通过筛选具有包含人β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或 SARS-CoV-2)或其片段的重组抗体文库来选择,从而选择识别感兴趣β-冠状病毒(例如,SARS-CoV或SARS-CoV-2)的那些抗体。用于进行这种筛选和选择的方法在本领域中是熟知的,诸如先前段落中的参考文献中所述。为了选择具有特定结合亲和力的抗体,可以使用本领域已知的表面等离子共振方法来选择具有所需Koff速率常数的抗体。为了选择对β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或 SARS-CoV-2)具有特定中和活性的抗体,例如具有特定IC50的那些,可以使用本领域已知用于评估β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的抑制的标准方法。
在一个方面,本公开涉及分离抗体或其抗原结合部分,其结合抗物种IgG (例如,抗人IgG IgG)、抗物种IgM(例如,抗人IgM IgG)和/或抗物种IgG (例如,抗人IgG IgG)或IgM抗体。在各种实施方式中,抗体是重组抗体或单克隆抗体。用于制备抗物种抗体(诸如抗物种IgG(例如,抗人IgG IgG)和/ 或IgM抗体)的方法是本领域熟知的。
例如,也可以使用本领域中已知的各种噬菌体展示方法来产生抗体。在噬菌体展示方法中,将功能性抗体结构域展示于携带编码它们的多核苷酸序列的噬菌体颗粒的表面上。这种噬菌体可以用于展示自谱系或组合抗体文库(例如人或鼠类)表达的抗原结合结构域。可以用抗原,例如使用标记的抗原或结合于或捕获于固体表面或珠粒的抗原来选择或鉴定表达结合感兴趣抗原的抗原结合结构域的噬菌体。这些方法中使用的噬菌体通常是丝状噬菌体,其包括fd和 M13结合结构域,由具有重组融合至噬菌体基因III或基因VIII蛋白质的Fab、 Fv或二硫键稳定的Fv抗体结构域的噬菌体表达。可用于制备抗体的噬菌体展示方法的实例包括以下中所公开的那些:Brinkmann等人,J.Immunol.Methods,182: 41-50(1995);Ames等人,J.Immunol.Methods,184:177-186(1995);Kettleborough 等人,Eur.J.Immunol.,24:952-958(1994);Persic等人,Gene,187:9-18(1997); Burton等人,Advances in Immunology,57:191-280(1994);PCT国际申请号WO 92/01047、WO 90/02809、WO 91/10737、WO 92/01047、WO 92/18619、WO 93/11236、WO 95/15982、WO 95/20401和美国专利号5,698,426、5,223,409、 5,403,484、5,580,717、5,427,908、5,750,753、5,821,047、5,571,698、5,427,908、 5,516,637、5,780,225、5,658,727、5,733,743和5,969,108。
如以上参考文献中所述,在噬菌体选择后,可从噬菌体分离抗体编码区并用于产生完整抗体,包括人抗体,或任何其他所需的抗原结合片段,并且在任何所需宿主中表达,所述宿主包括哺乳动物细胞、昆虫细胞、植物细胞、酵母和细菌,例如如下文所述。例如,也可使用本领域中已知的方法来采用用于重组产生Fab、Fab'和F(ab')2片段的技术,诸如以下文献中所公开的技术:WO 92/22324;Mullinax等人,BioTechniques,12(6):864-869(1992);Sawai等人, Am.J.Reprod.Immunol.,34:26-34(1995);和Better等人,Science,240:1041-1043 (1988)。可以用于产生单链Fv和抗体的技术的实例包括美国专利号4,946,778和 5,258,498;Huston等人,Methods in Enzymology,203:46-88(1991);Shu等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,90:7995-7999(1993);和Skerra等人,Science,240: 1038-1041(1988)中所述的技术。
作为通过噬菌体展示来筛选重组抗体文库的替代方案,本领域中已知用于筛选大型组合文库的其他方法可以应用于鉴定抗体。如PCT国际申请WO 98/31700(Szostak和Roberts)以及Roberts和Szostak,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,94: 12297-12302(1997)中所述,替代性表达系统的一种类型是重组抗体文库表达为 RNA-蛋白质融合物的表达系统。在此系统中,通过在体外翻译于其3'末端处携带嘌呤霉素(一种肽基受体抗生素)的合成mRNA来在mRNA与其编码的肽或蛋白质之间产生共价融合物。因此,可以基于所编码的肽或蛋白质(例如抗体或其部分)的特性(诸如抗体或其部分与双重特异性抗原的结合),自mRNA的复杂混合物(例如组合文库)富集特异性mRNA。可通过如上所述的重组方式 (例如在哺乳动物宿主细胞中)表达从筛选此类文库所回收的编码抗体或其部分的核酸序列,并且另外可通过对突变已引入到最初选择的序列中的mRNA-肽融合物进行更多轮筛选或通过如上所述的用于重组抗体的体外亲和力成熟的其他方法来经受进一步亲和力成熟。所述方法的优选实例是PROfusion展示技术。
在另一种途径中,抗体也可以使用本领域中已知的酵母展示方法来产生。在酵母展示方法中,使用遗传方法将抗体结构域系栓至酵母细胞壁并且使它们展示于酵母表面上。具体地,这种酵母可用于展示从谱系或组合抗体文库(例如人或鼠类)表达的抗原结合结构域。可以用于制备抗体的酵母展示方法的实例包括通过引用并入本文的美国专利号6,699,658中公开的方法。
重组抗体的产生
抗体可以通过本领域中已知的许多技术中的任何一个产生。例如,从宿主细胞表达,其中通过标准技术将编码重链和轻链的一种或多种表达载体转染至宿主细胞中。各种形式的术语“转染”旨在涵盖通常用于将外源DNA引入到原核或真核宿主细胞中的广泛多种技术,例如电穿孔、磷酸钙沉淀、DEAE-聚葡萄糖转染等。尽管有可能在原核或真核宿主细胞中表达抗体,但优选在真核细胞且最优选哺乳动物宿主细胞中表达抗体,因为这类真核细胞(且特别是哺乳动物细胞)相比于原核细胞更有可能组装和分泌经过正确折叠且具有免疫学活性的抗体。
用于表达重组抗体的示例性哺乳动物宿主细胞包括中国仓鼠卵巢细胞 (CHO细胞)(包括Urlaub和Chasin,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,77:4216-4220(1980) 中所述的dhfr-CHO细胞),其与DHFR可选择标记物一起使用,例如如Kaufman 和Sharp,J.Mol.Biol.,159:601-621(1982)中所述;NS0骨髓瘤细胞;COS细胞和SP2细胞。当将编码抗体基因的重组表达载体引入到哺乳动物宿主细胞中时,通过将宿主细胞培养一段足以允许抗体在宿主细胞中表达或者更优选使抗体分泌到宿主细胞所生长的培养基中的时间来产生抗体。抗体可以使用标准蛋白质纯化方法从培养基中回收。在一些方面,可以使用本领域已知的常规技术在CHO 和/或HEK细胞中纯化抗体。
宿主细胞也可以用于产生功能性抗体片段,诸如Fab片段或scFv分子。应当理解,可以对上述程序进行变型。例如,可能合乎需要的是用编码抗体的轻链和/或重链的功能性片段的DNA转染宿主细胞。重组DNA技术也可以用于除去一些或全部编码并非结合感兴趣抗原所必需的轻链和重链中的任何一者或两者的DNA。所述抗体也涵盖由此类截短DNA分子表达的分子。此外,可以通过用标准化学交联方法使抗体与第二抗体交联来产生双功能抗体,其中一条重链和一条轻链是抗体(即,结合IgG抗体、IgM抗体和/或IgG或IgM抗体结合),并且另一重链和轻链对除IgG抗体、IgM抗体和/或IgG和IgM抗体以外的抗原具有特异性。
在用于重组表达抗体、或其抗原结合部分的一个优选系统中,通过磷酸钙介导的转染法将编码抗体重链和抗体轻链两者的重组表达载体引入到dhfr-CHO 细胞中。在重组表达载体内,使抗体重链和轻链基因各自可操作地连接至CMV 增强子/AdMLP启动子调控元件以驱动基因高度转录。重组表达载体也携带DHFR基因,其允许使用甲氨蝶呤选择/扩增来选择已用载体转染的CHO细胞。培养所选择的转化株宿主细胞以便允许表达抗体重链和轻链并且从培养基中回收完整抗体。将标准分子生物学技术用于制备重组表达载体、转染宿主细胞、选择转化株、培养宿主细胞,并且从培养基中回收抗体。更进一步地,本公开提供一种合成重组抗体的方法,所述方法通过在适合培养基中培养宿主细胞,直到合成重组抗体来进行。所述方法可以进一步包括从培养基中分离重组抗体。
人源化抗体
“人源化抗体”可以是抗体或其变体、衍生物、类似物或部分,其免疫特异性地结合于感兴趣抗原且包含具有基本上人抗体的氨基酸序列的框架(FR)区和具有基本上非人抗体的氨基酸序列的互补决定区(CDR)。人源化抗体可以来自结合所需抗原的非人物种抗体,其具有一个或多个来自非人物种的互补决定区(CDR) 和来自人免疫球蛋白分子的框架区。
如本文所用,在CDR的背景下的术语“基本上”是指氨基酸序列与非人抗体 CDR的氨基酸序列至少90%、至少95%、至少98%或至少99%相同的CDR。人源化抗体包含至少一个且通常两个可变结构域的基本上全部(Fab、Fab'、 F(ab')2、FabC、Fv),其中全部或基本上全部CDR区对应于非人免疫球蛋白(即供体抗体)的那些CDR区并且全部或基本上全部框架区是人免疫球蛋白共有序列的那些。根据一个方面,人源化抗体也包含免疫球蛋白恒定区(Fc)(通常人免疫球蛋白的恒定区)的至少一部分。在一些实施方式中,人源化抗体含有轻链以及至少重链的可变结构域两者。抗体也可以包括重链的CH1、铰链、CH2、 CH3和CH4区。在一些实施方式中,人源化抗体仅含有人源化轻链。在一些实施方式中,人源化抗体仅含有人源化重链。在特定实施方式中,人源化抗体仅含有轻链和/或重链的人源化可变结构域。
人源化抗体可以选自免疫球蛋白的任何类别,包括IgM、IgG、IgD、IgA 和IgE,和任何同种型,包括但不限于IgG1、IgG2、IgG3和IgG4。人源化抗体可以包含来自多于一种类别或同种型的序列,并且可以使用本领域中熟知的技术选择特定的恒定结构域以优化所需的效应子功能。
人源化抗体的框架区和CDR区无需精确对应于亲本序列,例如可以通过取代、插入或/或缺失至少一个氨基酸残基来对供体抗体CDR或共有框架进行诱变以使该位点处的CDR或框架残基不对应于供体抗体或共有框架。然而,在一个实施方式中,此类突变将不是广泛的。通常,至少90%、至少95%、至少98%或至少99%的人源化抗体残基将对应于亲本FR和CDR序列的那些。如本文所用,术语“共有框架”是指共有免疫球蛋白序列中的框架区。如本文所用,术语“共有免疫球蛋白序列”是指由相关免疫球蛋白序列家族中最常出现的氨基酸(或核苷酸)形成的序列(参见,例如Winnaker,From Genes to Clones(Verlagsgesellschaft, Weinheim,Germany 1987))。在免疫球蛋白家族中,共有序列中的每个位置由家族中最常出现在那个位置的氨基酸占据。如果两个氨基酸同等频繁地出现,那么共有序列中可以包括任一者。
可以设计人源化抗体以使对啮齿动物抗人抗体的不想要的免疫反应最小化,这限制了那些部分在人接受者中的治疗应用的持续时间和有效性。人源化抗体可以具有从非人来源引入其中的一个或多个氨基酸残基。这些非人残基常常被称为“输入”残基,其通常取自可变结构域。可以通过用高变区序列取代人抗体的对应序列来进行人源化。因此,这类“人源化”抗体是嵌合抗体,其中显著小于完整的人可变结构域已被来自非人物种的相应序列取代。例如,参见美国专利号4,816,567,所述专利的内容通过引用并入本文。人源化抗体可以是人抗体,其中一些高变区残基和可能的一些FR残基被来自啮齿动物抗体中的类似位点的残基取代。可以使用任何已知方法进行对本公开的抗体的人源化或工程化,诸如但不限于美国专利号5,723,323、5,976,862、5,824,514、5,817,483、5,814,476、 5,763,192、5,723,323、5,766,886、5,714,352、6,204,023、6,180,370、5,693,762、 5,530,101、5,585,089、5,225,539和4,816,567中所述的那些方法。
人源化抗体可以保留对β-冠状病毒(诸如SARS-CoV和SARS-CoV-2)的高亲和力和其他有利的生活特性。可以使用亲本序列和人源化序列的三维模型,通过亲本序列和各种概念性人源化的产物的分析方法制备人源化抗体。三维免疫球蛋白模型通常是可获得的。说明和展示所选候选免疫球蛋白序列的可能三维构象结构的计算机程序是可获得的。这些展示的检查允许对残基在候选免疫球蛋白序列的功能方面的可能作用进行分析,即对影响候选免疫球蛋白结合其抗原的能力的残基进行分析。以这种方式,可从接受者和输入序列中选择和合并FR残基,从而实现所需的抗体特征,诸如增加的对β-冠状病毒(诸如SARS-CoV和SARS-CoV-2)的亲和力。一般来讲,高变区残基可能直接且最实质性地涉及影响抗原结合。
作为人源化的替代方案,可以产生人抗体(在本文中也称为“完全人抗体”)。例如,可以经由PROfusion和/或酵母相关技术从文库中分离人抗体。还可以产生转基因动物(例如,小鼠),所述转基因动物能够在免疫后在不存在内源性免疫球蛋白产生的情况下产生人抗体的全谱系。例如,在嵌合和种系突变小鼠中抗体重链连接区(JH)基因的纯合子缺失导致完全抑制内源性抗体产生。人种系免疫球蛋白基因阵列在这种种系突变小鼠中的转移将导致在抗原激发后产生人抗体。人源化或完全人抗体可以根据美国专利号5,770,429、5,833,985、5,837,243、 5,922,845、6,017,517、6,096,311、6,111,166、6,270,765、6,303,755、6,365,116、 6,410,690、6,682,928和6,984,720中所述的方法来制备,所述专利各自的内容通过引用并入本文。
9.方法的变型
所公开的方法检测如本文所述的生物样品中存在的抗β-冠状病毒抗体(诸如抗SARS-CoV(IgG或IgM)抗体和抗SARS-CoV-2(IgG或IgM)抗体)的存在或确定其量或水平。所述方法还可以根据用于分析分析物的其他方法进行调整。熟知的变型的实例包括但不限于免疫测定、竞争性抑制免疫测定(例如正向和反向)、酶扩大免疫测定技术(EMIT)、竞争性结合测定、生物发光共振能量转移(BRET)、一步抗体检测测定、均质测定、异质测定、即时捕获测定、单分子检测测定、侧向流测定等。
a.免疫测定
可以在免疫测定中使用指示一种第一特异性结合配偶体(例如,至少一种重组抗原)和至少一种第二特异性结合配偶体(例如,抗体)分析感兴趣分析物,即,抗β-冠状病毒抗体(诸如抗SARS-CoV(IgG或IgM)抗体和抗 SARS-CoV-2(IgG或IgM)抗体)。分析物(即,抗β-冠状病毒抗体(诸如抗 SARS-CoV抗体或抗SARS-CoV-2抗体))的存在或其量可以使用至少一种第一特异性结合配偶体(例如,至少一种重组抗原)和至少一种第二特异性结合配偶体与分析物(例如,抗β-冠状病毒抗体(诸如抗SARS-CoV抗体或抗 SARS-CoV-2抗体))的结合来确定。例如,至少重组抗原(例如,至少一种第一特异性结合配偶体)可以特异性结合分析物(例如,抗β-冠状病毒抗体(诸如抗SARS-CoV抗体或抗SARS-CoV-2抗体))。可以使用一种或多种用至少一种可检测标记标记的抗体或重组抗原(例如,第二特异性结合配偶体)检测生物样品中分析物的存在或确定其量。
生物样品中存在的分析物(例如,抗β-冠状病毒抗体(诸如抗SARS-CoV 抗体或抗SARS-CoV-2抗体))的存在或其量可以容易地使用免疫测定来确定。例如,在一个方面,可以使用的一种方法为化学发光微粒免疫测定,特别是采用例如
Figure RE-GDA0003944127500002001
自动化分析仪(Abbott Laboratories,Abbott Park,IL)的方法。可以使用的其他方法包括例如质谱和免疫组织化学(例如,用组织活检的切片)。另外,检测方法包括例如美国专利号6,143,576、6,113,855、6,019,944、 5,985,579、5,947,124、5,939,272、5,922,615、5,885,527、5,851,776、5,824,799、 5,679,526、5,525,524和5,480,792中描述的那些,所述专利各自通过引用整体并入本文。抗原与分析物(例如,抗β-冠状病毒抗体)的特异性免疫结合可以经由附接至抗体的直接标记,诸如荧光或发光标签、金属和放射性核素,或经由间接标记,诸如碱性磷酸酶或辣根过氧化物酶来检测。
可以将固定化的重组抗原(例如,至少一种第一特异性和/或第二特异性结合配偶体)和/或抗体或其抗体片段(例如,至少一种第二特异性结合配偶体) 的使用结合到免疫测定中。可以将重组抗原和/或抗体固定化在多种支持物上,诸如磁性或色谱基质颗粒、测定板(诸如微量滴定孔)的表面、固体基质材料片等。可以通过将抗原和/或抗体或多种抗体以阵列方式涂布在固体支持物上来制备测定条。然后可以将此条浸入到测试样品中并通过洗涤和检测步骤迅速处理以产生可测量信号,诸如显色的点。
可以使用均质形式。例如,在从受试者获得生物样品之后,制备混合物。所述混合物含有要评估分析物(例如,抗β-冠状病毒抗体(诸如抗SARS-CoV 抗体或抗SARS-CoV-2抗体))的测试样品、第一特异性结合配偶体和第二特异性结合配偶体。添加测试样品、第一特异性结合配偶体和第二特异性结合配偶体以形成混合物的顺序并不关键。使测试样品同时与第一特异性结合配偶体和第二特异性结合配偶体接触。在一些实施方式中,第一特异性结合配偶体和测试样品中所含的任何抗β-冠状病毒抗体(诸如抗SARS-CoV抗体或抗SARS-CoV-2抗体)可以形成第一特异性结合配偶体-分析物(例如抗β-冠状病毒抗体)-复合物,并且第二特异性结合配偶体可以形成第一特异性结合配偶体- 感兴趣分析物(例如,抗β-冠状病毒抗体(诸如抗SARS-CoV抗体或抗 SARS-CoV-2抗体))-第二特异性结合配偶体复合物。此外,第二特异性结合配偶体用如上所述的可检测标记来标记或含有所述可检测标记。
可以使用异质形式。例如,在从受试者获得测试样品之后,制备第一混合物。所述混合物含有要评估分析物(抗β-冠状病毒抗体)的生物样品和第一特异性结合配偶体,其中第一特异性结合配偶体和生物样品中含有的任何抗β-冠状病毒抗体形成第一特异性结合配偶体-分析物(抗β-冠状病毒抗体)-抗原复合物。添加生物样品和第一特异性结合配偶体以形成混合物的顺序并不关键。
第一特异性结合配偶体(例如,至少一种重组抗原)可以固定化在固相上。用于免疫测定(针对第一特异性结合配偶体和任选的第二特异性结合配偶体) 中的固相可为在本领域中已知的任何固相,诸如但不限于磁性颗粒、珠粒、试管、微量滴定板、比色管、膜、支架分子、薄膜、滤纸、盘片和芯片。在固相是珠粒的那些实施方式中,珠粒可以是磁性珠粒或磁性颗粒。磁性珠粒/颗粒可以是铁磁性的、亚铁磁性的、顺磁性的、超顺磁性的或铁磁流体的。示例性铁磁材料包括Fe、Co、Ni、Gd、Dy、CrO2、MnAs、MnBi、EuO以及NiO/Fe。亚铁磁材料的实例包括NiFe2O4、CoFe2O4、Fe3O4(或FeO.Fe2O3)。珠粒可以具有磁性的实心核心部分并且被一个或多个非磁性层包围。替代地,磁性部分可以是围绕非磁性核心的层。其上固定化有第一特异性结合配偶体的固体支持物可以以干燥形式或以液体储存。磁性珠粒在与具有其上固定化有第一特异性结合配偶体的磁性珠粒的样品接触之前或之后可以经受磁场。
在形成含有第一特异性结合配偶体-分析物(例如,抗β-冠状病毒抗体(诸如抗SARS-CoV抗体或抗SARS-CoV-2抗体))复合物的混合物之后,使用在本领域中已知的任何技术从复合物除去任何未结合的分析物(例如,抗β-冠状病毒抗体)。例如,未结合的分析物(例如,抗β-冠状病毒抗体)可通过洗涤除去。然而,有利地,第一特异性结合配偶体的存在超过测试样品中存在的任何分析物(例如,抗β-冠状病毒抗体(诸如抗SARS-CoV抗体或抗SARS-CoV-2抗体)),使得所有测试样品中存在的所有分析物(例如,抗β-冠状病毒抗体(诸如抗SARS-CoV抗体或抗SARS-CoV-2抗体))。
在除去了任何未结合的分析物(例如,抗β-冠状病毒抗体(诸如抗SARS-CoV 抗体或抗SARS-CoV-2抗体))之后,将第二特异性结合配偶体添加至混合物中以形成第一特异性结合配偶体-感兴趣分析物(例如,抗β-冠状病毒抗体(诸如抗SARS-CoV抗体或抗SARS-CoV-2抗体))-第二特异性结合配偶体复合物。此外,第二特异性结合配偶体用如上所述的可检测标记来标记或含有所述可检测标记。
重组抗原、固定化抗体或其抗体片段的使用可以结合到免疫测定中。可以将重组抗原或抗体固定化在多种支持物上,诸如磁性或色谱基质颗粒(诸如磁性珠粒)、胶乳颗粒或表面改性的胶乳颗粒、聚合物或聚合物薄膜、塑料或塑料薄膜、平面基材、测定板(诸如微量滴定孔)的表面、固体基质材料片等。重组抗原或抗体可以通过吸附、通过使用化学偶联剂的共价键合或通过本领域中已知的其他手段与固体支持物结合,前提条件是这种结合不会干扰抗原或抗体结合分析物(例如,抗β-冠状病毒抗体)的能力。可以通过将抗原或抗体以阵列方式涂布在固体支持物上来制备测定条。然后可以将此条浸入到测试样品中并通过洗涤和检测步骤迅速处理以产生可测量信号,诸如显色的点。
b.正向竞争抑制测定
在正向竞争形式中,使用已知浓度的标记的感兴趣分析物(例如,具有荧光标记(一种用可裂解接头附接的标签)等的抗β-冠状病毒抗体)的等分试样与生物样品中感兴趣分析物(例如,抗β-冠状病毒抗体)竞争结合感兴趣重组抗原或感兴趣分析物抗体。
在正向竞争测定中,固定化的特异性结合配偶体(诸如重组抗原或抗体) 可以依序或同时与生物样品和标记的感兴趣分析物、其标记的感兴趣分析物片段或标记的感兴趣分析物变体接触。感兴趣分析物、感兴趣分析物片段或感兴趣分析物变体可以用任何可检测标记标记,包括由用可裂解接头附接的标签组成的可检测标记。在所述测定中,可以将重组抗原或抗体固定化在固体支持物上。另选地,可以将抗体与固定化在固体支持物(诸如微粒或平面基材)上的抗体,诸如抗物种抗体偶联。
标记的感兴趣分析物、生物样品和重组抗原或抗体在约4.5至约10.0的pH 下,在约2℃至约45℃的温度下,并且持续至少一(1)分钟至约十八(18)小时、约 2-6分钟、约7-12分钟、约5-15分钟或约3-4分钟的时段进行孵育。然后可以产生两种不同种类的重组抗原或抗体-感兴趣分析物复合物。具体地,产生的重组抗原或抗体-感兴趣分析物复合物之一含有可检测标记(例如,荧光标记等),而另一种抗体-感兴趣分析物不含可检测标记。重组抗原或抗体-感兴趣分析物复合物可以但不必在定量可检测标记之前与生物样品的其余部分分离。无论抗原或重组抗体-感兴趣分析物复合物是否与生物样品的其余部分分离,然后都定量重组抗原或抗体-感兴趣分析物复合物中可检测标记的量。然后可以如上所述确定生物样品中感兴趣分析物的浓度。
c.反向竞争抑制测定
在反向竞争测定中,固定化的感兴趣分析物(例如,抗β-冠状病毒抗体) 可以依序或同时地与测试样品和至少一种标记的重组抗原或抗体接触。
感兴趣分析物可以与固体支持物,诸如上文讨论的固体支持物结合。
将固定化的感兴趣分析物、生物样品和至少一种标记的重组抗原或抗体在与上述条件类似的条件下孵育。然后产生两种不同种类的感兴趣分析物-重组抗原或抗体复合物。具体地,产生的感兴趣分析物-重组抗原或抗体复合物之一被固定化并且含有可检测标记(例如,荧光标记等),而另一种感兴趣分析物-重组抗原或抗体没有被固定化且不含可检测标记。通过本领域已知的技术,诸如洗涤,从固定化的感兴趣分析物-重组抗原或抗体复合物的存在中除去未固定化的感兴趣分析物-重组抗原或抗体复合物和生物样品的其余部分。一旦除去未固定化的感兴趣分析物重组抗原或抗体复合物,则在裂解标签后定量固定化的感兴趣分析物-重组抗原或抗体复合物中可检测标记的量。然后可以通过比较如上所述的可检测标记的数量来确定测试样品中感兴趣分析物的浓度。
d.一步免疫测定或“即时捕获”测定
在即时捕获免疫测定中,将固体基质预先涂布有固定剂。将捕获剂、分析物(例如,抗β-冠状病毒抗体(诸如抗SARS-CoV抗体或抗SARS-CoV-2抗体)) 和检测剂一起添加至固体基质,之后是洗涤步骤,然后检测。捕获剂可以结合分析物(例如,抗β-冠状病毒抗体(诸如抗SARS-CoV抗体或抗SARS-CoV-2 抗体))并且包含用于固定剂的配体。捕获剂和检测剂可以是抗体、重组抗原或如本文所述或本领域中已知的能够捕获或检测的任何其他部分。配体可以包含肽标签并且固定剂可以包含抗肽标签抗体。另选地,配体和固定剂可以是能够结合在一起,以便用于即时捕获测定的任何试剂对(例如,特异性结合对,以及如本领域中已知的其他试剂对)。可以测量多于一种分析物。在一些实施方式中,可以用重组抗原涂布固体基质,并且待分析的分析物是抗体。
在某些其他实施方式中,在一步免疫测定或“即时捕获”中,使用了预先涂布有固定剂(诸如生物素、链霉抗生物素蛋白等)的固体支持物(诸如微粒)和至少第一特异性结合配偶体和第二特异性结合配偶体(分别用作捕获试剂和检测试剂)。第一特异性结合配偶体包含针对固定剂的配体(例如,如果固体支持物上的固定剂是链霉抗生物素蛋白,则第一特异性结合配偶体上的配体可以是生物素)并且还结合感兴趣分析物(例如,抗β-冠状病毒抗体)。第二特异性结合配偶体包含可检测标记并且结合感兴趣分析物(例如,抗β-冠状病毒抗体)。可以将固体支持物和第一和第二特异性结合配偶体(依序或同时地)添加到测试样品中。第一特异性结合配偶体上的配体与固体支持物上的固定剂结合,形成固体支持物/第一特异性结合配偶体复合物。存在于样品中的任何感兴趣分析物与固体支持物/第一特异性结合配偶体复合物结合以形成固体支持物/第一特异性结合配偶体/分析物复合物。第二特异性结合配偶体与固体支持物/第一特异性结合配偶体分析物复合物结合,并且检测到可检测标记。在检测之前可以采用任选的洗涤步骤。在某些实施方式中,在一步测定中,可以测量多于一种分析物。在某些其他实施方式中,可以采用多于两种特异性结合配偶体。在某些其他实施方式中,可以添加多种可检测标记。在某些其他实施方式中,可以检测到多种感兴趣分析物,或者测量、确定或评估它们的量、水平或浓度。
即时捕获测定的使用可以以如本文所述、并且在本领域中已知的多种形式进行。例如,所述形式可以是如上所述的夹心测定,但另选地可以是竞争测定,可以采用单一特异性结合配偶体、或使用诸如已知的其他变型。
e.单分子检测测定
还可以使用单分子检测测定和方法,诸如使用纳米孔装置或纳米井装置。纳米孔装置的实例描述于PCT国际申请WO 2016/161402中,其据此以引用的方式整体并入。纳米井装置的实例描述于PCT国际申请WO 2016/161400中,其据此以引用的方式整体并入。还可以采用适用于单分子检测的其他装置和方法。
f.侧向流测定
侧向流测定通常提供在包括侧向流测试条(例如,硝酸纤维素或滤纸)、样品应用区域(例如,样品垫)、测试结果区域(例如,测试线)、任选的对照结果区域(例如,对照线)和结合可检测标记的分析物特异性结合配偶体(例如,有色颗粒或酶检测系统)的装置中。参见例如,美国专利号6,485,982、6,187,598、 5,622,871、6,565,808和6,809,687以及美国专利公布号2004/0184954,其各自以引用方式并入本文。
在一些方面,本公开提供了用于检测样品中的抗β-冠状病毒抗体(诸如抗 SARS-CoV(IgG或IgM)抗体或抗SARS-CoV-2(IgG或IgM抗体))的测定。在一些方面,所述技术涉及适用于家庭、诊所或医院并且旨在以最低程度的技能和用户参与度快速提供分析结果的分析装置。在一些方面,本文所述的装置的使用涉及用户进行一系列操作以提供可观测的测试结果的方法。
在一些方面,还提供了一种测试装置,其包括浸渍试剂的测试条以提供特异性结合测定,例如免疫测定。在一些实施方式中,将样品应用至测试条的一部分并使其渗透通过条材料,通常借助于洗脱溶剂如水和/或合适的缓冲液(例如,任选地包含去污剂)。在此过程中,样品进入或通过测试条中的检测区,其中疑似在样品中的分析物(例如,抗β-冠状病毒抗体(诸如抗SARS-CoV(IgG 或IgM)抗体或抗SARS-CoV-2(IgG或IgM)抗体))的第一特异性结合配偶体(例如,重组试剂)被固定化。因此,样品中存在的分析物可以在检测区内结合。分析物在所述区中结合的程度可以借助于标记的试剂来确定,所述试剂也可以结合在测试条中或随后应用至测试条。
在一些方面,分析测试装置包括由不透湿的固体材料构成的中空外壳,所述外壳含有干燥的多孔载体,所述载体直接或间接地与外壳的外部连通,使得可以将液体测试样品应用至多孔载体。在一些方面,装置还包括分析物的标记的特异性结合配偶体,并且当处于潮湿状态时,标记的特异性结合配偶体在多孔载体内自由移动。在一些方面,装置包括相同分析物的未标记特异性结合配偶体,并且未标记试剂永久固定化在载体材料上的检测区中,因此在潮湿状态下不可移动。标记的试剂和检测区的相对定位使得应用于装置的液体样品可以拾取标记的试剂并随后渗透到检测区中,并且装置提供标记的试剂进入待观测的检测区中(如果有的话)的程度。
另一方面涉及一种包括多孔固相材料的装置,其在第一区中携带标记的试剂,所述标记试剂在多孔材料处于干燥状态时保留在第一区域中,但当多孔材料例如通过应用疑似含有分析物的水性液体样品而润湿时自由迁移通过多孔材料。在一些实施方式中,多孔材料在空间上与第一区不同的第二区中包括未标记特异性结合配偶体(例如,重组抗原和/或抗体),其对分析物具有特异性并且能够与标记的试剂一起参与“三明治”或“竞争”反应。未标记特异性结合配偶体牢固地固定化在多孔材料上,使得当多孔材料处于潮湿状态时它不自由迁移。在一些方面,标记的试剂是分析物的特异性结合配偶体(例如,第二特异性结合配偶体)。标记的试剂、分析物(当存在时)和固定化未标记特异性结合配偶体 (例如,第一特异性结合配偶体)对分析物上的不同表位具有特异性,并在反应中一起配合。
10.样品和对照
a.测试或生物样品
如本文所用,“样品”、“测试样品”、“生物样品”是指含有或疑似含有抗β- 冠状病毒抗体(诸如抗SARS-CoV(IgG和/或IgM)抗体或抗SARS-CoV-2(IgG 和/或IgM)抗体)的流体样品。样品可以源自任何适合的来源。例如,在一些方面,样品可以从面罩获得、得到和/或提取,从呼吸机内部擦拭,或来自呼吸样品等。在一些情况下,样品可以包含液体、流动的微粒固体或固体颗粒的流体悬浮液。在一些情况下,可以在本文所述的分析之前处理样品。例如,可以在分析之前将样品从其来源分离或纯化;然而,在某些实施方式中,可以直接测定含有至少一种抗β-冠状病毒抗体的未处理样品。在具体实例中,抗β-冠状病毒抗体的来源是哺乳动物(例如,人)身体物质(例如,体液、血液诸如全血(包括例如毛细血管血液、静脉血等)、血清、血浆、尿液、唾液、汗液、肛门样品(如肛拭子试样)、痰、精液、粘液(包括鼻涕)、泪液、淋巴液、羊水、间质液、下呼吸道试样诸如如但不限于痰、气管内吸出物或支气管肺泡灌洗液、脑脊液、粪便、组织、器官、一个或多个干血斑等)。组织可以包括但不限于口咽试样、鼻咽试样、骨骼肌组织、肝组织、肺组织、肾组织、心肌组织、脑组织、骨髓、子宫颈组织、皮肤等。样品可以是液体样品或固体样品的液体提取物。在某些情况下,样品的来源可以是器官或组织,诸如活检样品,其可以通过组织分解/细胞裂解而溶解。另外,样品可以是使用一个或多个拭子获得的鼻咽或口咽样品,所述样品一旦获得,便放置在含有病毒运输介质(VTM)或通用运输介质(UTM)的无菌管中以进行测试。在某些其他情况下,样品可以是鼻涕试样。在某些其他情况下,样品可以是肛拭子试样。
可以分析广泛范围体积的流体样品。在一些示例性实施方式中,样品体积可以是约0.5nL、约1nL、约3nL、约0.01μL、约0.1μL、约1μL、约5μL、约 10μL、约100μL、约1mL、约5mL、约10mL等。在一些情况下,流体样品的体积在约0.01μL与约10mL之间、在约0.01μL与约1mL之间、在约0.01μL 与约100μL之间、或在约0.1μL与约10μL之间。
在一些情况下,流体样品可以在用于测定中之前进行稀释。例如,在抗β- 冠状病毒抗体的来源为人体液(例如,血液、血清)的实施方式中,流体可以用适当的溶剂(例如,缓冲液,诸如PBS缓冲液)进行稀释。可以在使用之前,将流体样品稀释约1倍、约2倍、约3倍、约4倍、约5倍、约6倍、约10倍、约11倍、约12倍、约13倍、约15倍、约16倍、约17倍、约18倍、约19倍、约20倍、约21倍、约22倍、约23倍、约24倍、约25倍、约26倍、约 27倍、约28倍、约29倍、约30倍、约31倍、约32倍、约33倍、约34倍、约35倍、约36倍、约37倍、约38倍、约39倍、约40倍、约41倍、约42 倍、约43倍、约44倍、约45倍、约46倍、约47倍、约48倍、约49倍、约 50倍、约100倍。在其他情况下,流体样品在用于测定中之前不进行稀释。在一些方面,稀释剂可以任选地含有抗体,诸如IgG抗体,当所述方法涉及检测 IgM抗体的存在或测量其量或浓度时,添加所述抗体以从样品中去除任何IgG 抗体。
在一些情况下,样品可以经历分析前处理或预处理。分析前处理可以提供额外的功能性,诸如非特异性蛋白质去除和/或有效但可廉价实现的混合功能性。分析前处理的一般方法可以包括使用电动力捕获、AC电动力学、表面声波、等速电泳、介电电泳、电泳或本领域已知的其他预浓缩技术。
在一些情况下,预处理可以涉及在添加至少一种第一特异性结合配偶体和/ 或至少一种第二特异性结合配偶体之前向生物样品中添加抗体,诸如IgG和/或 IgM抗体。在一些方面,对于IgM测定,预处理可以涉及在添加至少一种第一特异性结合配偶体和/或至少一种第二特异性结合配偶体之前向生物样品中添加抗人IgG抗体,以自样品去除任何IgG抗体。在其他方面,对于IgG测定,预处理涉及在添加至少一种第一特异性结合配偶体和/或至少一种第二特异性结合配偶体之前向生物样品中添加抗人IgM抗体,以自样品去除任何IgM抗体。
在一些情况下,流体样品可以在用于测定中之前进行浓缩。例如,在抗β- 冠状病毒抗体的来源为人体液(例如,血液、血清)的实施方式中,可以通过沉淀、蒸发、过滤、离心或其组合来浓缩流体。在使用之前可以将流体样品浓缩约1倍、约2倍、约3倍、约4倍、约5倍、约6倍、约10倍、约100倍、或更多倍。
b.对照和校准物
可能希望包括对照(诸如阳性和/或阴性对照,其为本领域中熟知的)。例如,阳性对照可以是结合第一特异性结合配偶体(例如,重组抗原)的任何抗体或抗体片段。在一些方面,阳性对照可以是结合β-冠状病毒(诸如至少一种 SARS-CoV或SARS-CoV-2)的至少一种核衣壳蛋白或至少一种刺突蛋白中的表位或其变体的任何抗体或抗体片段。在一个方面,阳性对照可以是结合β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的至少包含氨基酸RNAPRITFG(SEQ ID NO:6)或RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)的表位的任何抗体或抗体片段。结合包含 SEQ ID NO:6的表位的抗体的实例为单克隆抗体CR3018,描述于van den Brink 等人,J.Virol.79(3):1635-1644(February 2005)和美国专利号7,696,330,其内容以引用方式并入本文。CR3018的scFv氨基酸序列以及IgG重链和轻链氨基酸序列公开于美国专利号7,696,330(分别参见SEQ ID NO:96、127和128)。在其他方面,来源于或构建自结合包含SEQID NO:6的表位的单克隆抗体CR3018 的任何抗体可用作阳性对照。另外,在其他方面,表达CR3018或其任何衍生物或变体的稳定细胞系可以使用本领域已知的常规技术制备,诸如本文第7章节中描述的那些。此类稳定的细胞系可用于提供阳性对照或校准物以用于本文所述的方法中。
在另一方面,阳性对照和/或校准物可以是结合β-冠状病毒(诸如SARS-CoV 或SARS-CoV-2)的刺突蛋白上的受体结合结构域的至少包含氨基酸YNST(SEQ ID NO:8)、YNSA(SEQ ID NO:9)、DDFM(SEQ ID NO:10)、DDFT(SEQ ID NO:11)、FSTFKCYGVSATK(SEQ ID NO:12)、FSTFKCYGVSPTK(SEQ ID NO:13)、ATSTGNYNYKYRYLRHGKLR(SEQ ID NO:19)和/或YTTTGIGYQPYRVVLSFEL(SEQ ID NO:20)的表位的任何抗体或抗体片段。结合包含SEQ IDNO.:8-13、20和/或21中的至少一种的表位的抗体的实例为单克隆抗体CR3022,描述于美国专利号8,106,170;ter Meulen等人,PLOS Medicine, 3(7):1071-1079(2006年7月);以及Yuan等人,Science,2020年4月3日在线公开(10.1126/science.abb7269),其内容以引用方式并入本文。因此,在本文所述方法的一些方面,CR3022可用作阳性对照。在本文所述方法的其他方面,CR3022 可用作校准物。在本文所述方法的其他方面,CR3022可用作阳性对照和校准物。在其他方面,来源于或构建自结合包含SEQ ID NO.8-13、20和/或21中至少一种的表位的单克隆抗体CR3022的任何抗体可用作阳性对照和/或校准物。 CR3022的scFv氨基酸序列以及IgG重链和轻链氨基酸序列描述于美国专利号 8,106,170(分别参见SEQ IDNO:95、6和10),其以引用方式并入本文。美国专利号8,106,170还公开了SEQ ID NO.6和10中的完全产生的免疫球蛋白的氨基酸序列。另外,在其他方面,表达CR3022或其任何衍生物或变体的稳定细胞系可以使用本领域已知的常规技术制备,诸如本文第7章节中描述的那些。此类稳定的细胞系可用于提供阳性对照或校准物以用于本文所述的方法中。
在其他方面,阳性对照和/或校准物可以是五聚体IgG或IgM抗体或抗体片段。在一个方面,阳性对照和/或校准物是五聚体IgG抗体。在另一方面,阳性对照和/或校准物是五聚体IgM抗体。例如,可以使用本领域已知的常规技术制备CR3018、CR3022或其任何衍生物或变体的五聚体IgG或IgM形式以用于本文所述的方法中。更具体地,在一个方面,阳性对照和/或校准物是CR3018或其任何衍生物或变体的五聚体IgG形式。在另一方面,阳性对照和/或校准物是 CR3022或其任何衍生物或变体的五聚体IgM形式。
替代地,阳性对照可以是对β-冠状病毒(例如,SARS-CoV或SARS-CoV-2) 有反应性的哺乳动物血清或血浆。可用于本文所述方法的阴性对照的实例是哺乳动物血清或血浆,诸如人血浆或血清,其对β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或 SARS-CoV-2)不具有反应性(例如,来自初试(例如尚未暴露于)β-冠状病毒 (诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)或者在β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或 SARS-CoV-2)暴露之后经过的时间不足以产生β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或 SARS-CoV-2)反应性抗体的单个受试者或受试者群体)。任选地,如本文所述的血浆被重新钙化。
对照可以与如上所述的来自受试者的样品分开地或同时分析。可以获自受试者样品的结果与获自对照样品的结果或信息进行比较。可以使用校准物和对照提供或发展标准曲线,可以将样品的测定结果与其进行比较。这类标准曲线通常提供随测定单位(即,荧光信号强度,如果使用荧光标记)变化的标记物水平。
还可能需要包括一种或多种校准物,用于校准本文所述的方法和试剂盒适用的任何自动化或半自动化系统。此类系统中校准物的使用是本领域熟知的。例如,一种或多种校准物可以包括哺乳动物血清或血浆,由于血清或血浆含有抗SARS-CoV或抗SARS-CoV-2 IgG和/或IgM抗体,因此对β-冠状病毒(例如, SARS-CoV或SARS-CoV-2)具有反应性。例如,在一个方面,校准物可以是对β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)具有反应性的人血浆,因为血浆含有抗SARS-CoV或抗SARS-CoV-2 IgM抗体。在另一方面,校准物可以是对β- 冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)具有反应性的人血浆,因为血浆含有抗SARS-CoV或抗SARS-CoV-2 IgG抗体。校准物任选地是一系列校准物的一部分,在所述一系列校准物中,每种校准物与系列中的其他校准物的区别在于抗β-冠状病毒抗体(例如,抗β-冠状病毒IgG和/或IgM抗体(诸如抗 SARS-CoV IgG和/或IgM抗体或抗SARS-CoV-2 IgG和/或IgM抗体))的浓度。
当结合本公开的方法使用一种或多种校准物时,所述方法的信号-校准物比率可为约1.0、约1.1、约1.2、约1.3、约1.4、约1.5、约1.6、约1.7、约1.8、约1.9、约2.0、约2.1、约2.2、约2.3、约2.4、约2.5、约2.6、约2.7、约2.8、约2.9、约3.0、约3.1、约3.2、约3.3、约3.4、约3.5、约3.6、约3.7、约3.8、约3.9、约4.0、约5.1、约5.2、约5.3、约5.4、约5.5、约5.6、约5.7、约5.8、约5.9、约6.0、约6.1、约6.2、约6.3、约6.4、约6.5、约6.6、约6.7、约6.8、约6.9、约7.0、约7.1、约7.2、约7.3、约7.4、约7.5、约7.6、约7.7、约7.8、约7.9、约8.0、约8.1、约8.2、约8.3、约8.4、约8.5、约8.6、约8.7、约8.8、约8.9、约9.0、约9.1、约9.2、约9.3、约9.4、约9.5、约9.6、约9.7、约9.8、约9.9、约10.0、约10.1、约10.2、约10.3、约10.4、约10.5、约10.6、约10.7、约10.8、约10.9、约11.0、约11.1、约11.2、约11.3、约11.4、约11.5、约11.6、约11.7、约11.8、约11.9或约12.0。在一个方面,所述方法的信号-校准物比率可为约1.0至约12.0、约1.0至约11.0、约1.0至约10.0、约1.0至约9.0、约1.0 至约8.0、约1.0至约7.0、约1.0至约6.0或约1.0至约5.0。
11.试剂盒
本文提供了一种试剂盒,其可用于本文所述的方法中,用于测定或评估测试样品的抗β-冠状病毒抗体(诸如抗SARS-CoV(IgG和/或IgM)抗体或抗 SARS-CoV-2(IgG和/或IgM)抗体)。所述试剂盒包括至少一种用于测定测试样品的抗β-冠状病毒抗体(诸如抗SARS-CoV(IgG和/或IgM)抗体或抗 SARS-CoV-2(IgG和/或IgM)抗体)的组分和用于测定测试样品的抗β-冠状病毒抗体(诸如抗SARS-CoV(IgG和/或IgM)抗体或抗SARS-CoV-2(IgG和/或IgM)抗体)的说明书。例如,所述试剂盒可以包括用于测定测试样品中的抗β-冠状病毒抗体(诸如抗SARS-CoV(IgG和/或IgM)抗体或抗SARS-CoV-2 (IgG和/或IgM)抗体)免疫测定(例如化学发光微粒免疫测定)的说明书。试剂盒包括的说明书可以粘附至包装材料,可以作为包装说明书包括在内,或者可以从特定网站查看或下载,其可视为试剂盒包装或插入材料的一部分。虽然说明书通常是书写或印刷的材料,但它们不限于此类。本公开涵盖了能够存储这类说明并将其传达给最终使用者的任何介质。此类介质包括但不限于电子存储介质(例如,磁盘、磁带、磁片盒、芯片)、光学介质(例如,CD ROM) 等。如本文所用,术语“说明书”可以包括提供说明书的互联网网站的地址。
至少一种用于测定测试样品的抗β-冠状病毒抗体的组分可以包括至少一种组合物,其包含一种或多种分离的重组抗原或其抗原片段,其特异性结合抗β- 冠状病毒抗体(诸如抗SARS-CoV(IgG和/或IgM)抗体或抗SARS-CoV-2(IgG 和/或IgM)抗体),如本文先前所述。
替代地或另外,试剂盒可以包括校准物或对照(例如,纯化的并且任选地冷冻或冻干的),若本文先前所述;和/或至少一个容器(例如,管、微量滴定板或条),其可以已经涂布有抗β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)重组抗原(诸如结合抗SARS-CoV抗体或抗SARS-CoV-2抗体的抗原)以用于进行测定;和/或缓冲液,诸如测定缓冲液或洗涤缓冲液,其中任一者都可提供为浓缩溶液、可检测标记(例如酶标记)的底物溶液或终止溶液。优选地,试剂盒包括进行测定所必需的所有组分,即试剂、标准物、缓冲液、稀释剂等。说明书还可以包括用于生成标准曲线的说明书。
所述试剂盒还可以包括用于定量抗β-冠状病毒抗体(诸如抗SARS-CoV(IgG 和/或IgM)抗体或抗SARS-CoV-2(IgG和/或IgM)抗体)的参考标准物。参考标准物可以用于建立抗β-冠状病毒抗体(诸如抗SARS-CoV(IgG和/或IgM) 抗体或抗SARS-CoV-2(IgG和/或IgM)抗体)浓度的内推和/或外推的标准曲线。
试剂盒中提供的任何抗体(诸如重组抗体)可以并入可检测标记(诸如荧光团、放射性部分、酶、生物素/抗生物素蛋白标记、发色团、化学发光标记等),或者试剂盒可以包括用于标记抗体的试剂或用于检测抗体(例如,检测抗体) 的试剂和/或用于标记分析物(例如,抗β-冠状病毒)的试剂或用于检测分析物 (例如,抗β-冠状病毒抗体)的试剂。试剂(例如,多肽)、抗体、校准物和/ 或对照可以提供于独立容器中或预分配至适当测定形式中,例如预分配至微量滴定板中。
任选地,试剂盒包括质量控制组分(例如敏感性组、校准物和阳性对照)。质量控制试剂的制备为本领域中所熟知且描述于各种免疫诊断产品的插页上。敏感性组成员任选地用于确立测定性能特征,并且进一步任选地是免疫测定试剂盒试剂的完整性和测定的标准化的可用指标。
试剂盒也可以任选地包括进行诊断测定或有利于质量控制评价所需的其他试剂,诸如缓冲液、盐、酶、酶辅因子、底物、检测试剂等。用于分离和/或处理测试样品的其他组分(诸如缓冲液和溶液)(例如预处理试剂)也可以包括于试剂盒中。试剂盒可以另外包括一个或多个其他对照。试剂盒的一种或多种组分可以被冻干,在所述情况下试剂盒可以进一步包括适于复原冻干组分的试剂。
试剂盒的各种组分任选地根据需要提供于适合容器,例如微量滴定板中。试剂盒可以进一步包括用于容纳或存储样品的容器(例如用于尿液、全血、血浆或血清样品的容器或盒)。适当时,试剂盒任选地也可以含有反应器皿、混合器皿和有利于制备试剂或测试样品的其他组分。试剂盒也可以包括用于帮助获得测试样品的一种或多种仪器,诸如注射器、移液管、钳子、测量匙等。
如果可检测标记是至少一种吖啶化合物,则试剂盒可以包括至少一种吖啶 -9-甲酰胺、至少一种吖啶-9-羧酸芳基酯或其任何组合。如果可检测标记是至少一种吖啶化合物,则试剂盒也可以包括过氧化氢来源,诸如缓冲液、溶液和/或至少一种碱性溶液。如果需要,试剂盒可以含有固相,诸如磁性颗粒、珠粒、试管、微量滴定板、比色管、膜、支架分子、薄膜、滤纸、盘片或芯片。
如果需要,试剂盒可以进一步包括用于测定测试样品中的另一种分析物的一种或多种组分,这些组分单独地或与说明书进一步组合,所述另一种分析物可以是生物标记物,诸如创伤性脑损伤或病症的生物标记物。
12.用于自动化和半自动化系统的试剂盒和方法的适用
用于通过本文所述的免疫测定检测测试样品中β-冠状病毒(诸如SARS-CoV 或SARS-CoV-2)诸如抗β-冠状病毒抗体的存在或确定其量、水平或浓度的方法和试剂盒(或其组分)可以适用于本领域中已知的多种自动化和半自动化系统或平台(包括其中固相包括微粒的那些)。自动化和/或半自动化系统的以下适用仅作为示例包括在本文中。具体而言,本文所述的方法和试剂盒可以适用于自动化和半自动化系统或平台,诸如例如美国专利号5,063,081、美国专利申请公开号2003/0170881、2004/0018577、2005/0054078和2006/0160164所述并且如例如由Abbott Laboratories(Abbott Park,IL)作为Abbott定点照护(i-
Figure RE-GDA0003944127500002131
或 i-STAT Alinity,Abbott Laboratories)商业上销售的那些,以及美国专利5,089,424 和5,006,309所述并且如例如由Abbott Laboratories(Abbott Park,IL)作为
Figure RE-GDA0003944127500002132
或一系列Abbott Alinity装置商业上销售的那些。此类系统包括一种或多种装置和/或部件,其可用于检测在本文前述方法中形成的所得复合物中的一种或多种标记。
自动化或半自动化系统与非自动化系统之间相比的一些差异包括第一特异性结合配偶体(例如,重组抗原或捕获试剂)所附接的底物以及捕获、检测和/ 或任何任选洗涤步骤的长度和时间。非自动化形式关于测试样品和捕获试剂可能需要相对较长的孵育时间(例如,约2小时),而自动化或半自动化形式(例如
Figure RE-GDA0003944127500002141
和任何后继平台,Abbott Laboratories)可能具有相对较短的孵育时间(例如,对于
Figure RE-GDA0003944127500002142
为大约18分钟)。类似地,非自动化形式可能以相对较长孵育时间(例如,约2小时)孵育检测抗体(诸如缀合试剂),而自动化或半自动化形式(例如
Figure RE-GDA0003944127500002143
和任何后继平台)可能具有相对较短的孵育时间(例如,对于
Figure RE-GDA0003944127500002144
和任何后继平台为大约4分钟)。
可从Abbott Laboratories获得的其他平台包括但不限于
Figure RE-GDA0003944127500002145
(参见例如,美国专利号5,294,404,其据此以引用的方式整体并入)、
Figure RE-GDA0003944127500002146
EIA (珠粒)和QuantumTMII以及其他平台。另外,测定、试剂盒和试剂盒组分可以在其他形式中,例如在电化学或其他手持型或定点照护型测定系统上采用。如先前所提及的,本公开例如适用于进行夹心免疫测定的商业Abbott定点照护 (i-
Figure RE-GDA0003944127500002147
Abbott Laboratories)电化学免疫测定系统。免疫传感器及其制造方法和在单次使用测试装置中操作的方法描述于例如美国专利号5,063,081、美国专利申请公布号2003/0170881、2004/0018577、2005/0054078和2006/0160164 中,所述专利的关于此方面的教导均通过引用整体并入。
具体地,关于测定对i-
Figure RE-GDA0003944127500002148
系统的适应性,优选以下配置。将微制作的硅芯片制造有一对金安培计工作电极和银-氯化银参考电极。在一个工作电极上,将具有固定化的捕获抗体的聚苯乙烯珠粒(直径0.2mm)粘附到电极上的图案化聚乙烯醇的聚合物涂层上。将所述芯片组装成具有适于免疫测定的流体形式的i-
Figure RE-GDA0003944127500002149
盒。在硅芯片的一部分上,存在抗β-冠状病毒抗体的特异性结合配偶体,诸如本文所述的至少一种特异性结合配偶体(例如,重组抗原)或一种或多种抗β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-Co-V2)DVD-Ig(或其片段、其变体、或其变体的片段,其可结合抗β-冠状病毒抗体(诸如SARS-CoV或 SARS-CoV-2)),其任一种可以是可检测地标记的。在盒的流体袋内是包括对氨基苯酚磷酸盐的含水试剂。
在操作中,将来自疑似具有或暴露于β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的受试者的样品添加到测试盒的保持室中,并且将盒插入到 i-
Figure RE-GDA0003944127500002151
读取器中。盒内的泵元件将样品推入到含有芯片的管道中。使样品与传感器接触,从而使酶缀合物溶解到样品中。将样品在传感器上振荡,以促进大约2-12分钟的夹层形成。在测定的倒数第二步中,将样品推入到废物室中并且使用含有针对碱性磷酸酶的底物的洗涤流体来洗涤过量的酶缀合物并从传感器芯片上取样。在测定的最后步骤中,碱性磷酸酶标记与对氨基苯酚磷酸酯反应以裂解磷酸酯基团并允许释放的对氨基苯酚在工作电极处被电化学氧化。基于所测量的电流,读取器能够通过嵌入算法和制造厂确定的校准曲线计算样品中抗β-冠状病毒抗体的量。用于多路复用,诸如用于i-
Figure RE-GDA0003944127500002152
的盒的适应性已在专利文献,例如美国专利号6,438,498中有所描述,所述专利的内容通过引用并入本文。
如本文所述的方法、试剂盒和系统必然涵盖用于进行免疫测定的其他试剂和方法。例如,涵盖各种缓冲液,诸如本领域中已知和/或可以易于制备或优化以例如用于洗涤、用作缀合物稀释剂、微粒稀释剂和/或用作校准物稀释剂的缓冲液。示例性缀合物稀释剂是在某些试剂盒(Abbott Laboratories,Abbott Park,IL) 中所采用且含有2-(N-吗啉代)乙烷磺酸(MES)、盐、蛋白阻断剂、抗微生物剂和洗涤剂的
Figure RE-GDA0003944127500002153
缀合物稀释剂。示例性校准物稀释剂是在某些试剂盒 (Abbott Laboratories,Abbott Park,IL)中所采用的
Figure RE-GDA0003944127500002154
人校准物稀释剂,其包含含有MES、其他盐、蛋白阻断剂和抗微生物剂的缓冲液。另外,如美国专利号8,445,199中所述,可以例如在i-
Figure RE-GDA0003944127500002155
盒形式中,使用与信号抗体连接的核酸序列作为信号放大剂获得改善的信号产生。
13.结果和算法的分析、解释
使用本公开的方法获得的结果(例如,检测生物样品中至少一种抗β-冠状病毒康个体的存在或确定至少一种β-冠状病毒抗体的数量、量、水平或浓度) 可以单独地或与在进行本公开的方法的结果之前、期间或之后获得的其他任何其他结果组合来分析和解释。用本公开的结果分析和解释的其他结果的性质是可改变的。例如,在一个方面,如果本公开的方法用于检测生物样品中至少一种抗β-冠状病毒IgM抗体(诸如抗SARS-CoV IgM抗体或抗SARS-CoV-2 IgM 抗体)的存在或确定其数量、量、水平或浓度,则这些结果可以单独地或与同时、之前或之后获得的与检测获自同一受试者的生物样品中至少一种抗β-冠状病毒IgG抗体的存在或确定其数量、量、水平或浓度有关的结果组合使用(例如使用本公开的方法)。与检测获自受试者的生物样品中至少一种抗β-冠状病毒 IgG抗体的存在或确定其数量、量、水平或浓度有关的结果可以在获得与检测样品中抗β-冠状病毒IgM抗体的存在或确定其数量、量、水平或浓度有关的结果同时或者其之前或之后数分钟、数小时或数天获得。分析关于抗β-冠状病毒IgM 和IgG抗体上水平的存在或其量、水平或浓度的组合结果可以指导临床医生做出的治疗和/或监测决策。
在另一方面,如果本公开的方法用于检测生物样品中至少一种抗β-冠状病毒IgM抗体(诸如抗SARS-CoV IgM抗体或抗SARS-CoV-2 IgM抗体)的存在或确定其数量、量、水平或浓度,则这些结果可以单独地或与同时、之前或之后获得的与检测获自同一受试者的生物样品中至少一种抗β-冠状病毒抗原(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的存在或确定其数量、量、水平或浓度有关的结果组合使用(例如使用本领域中已知的常规技术)。例如,可以使用的 SARS-CoV-2抗原测试可以包括:Sampinute COVID-19抗原MIA测试,可购自 CelltrionUSA,Inc.;快速检测SARS-CoV-2的BD Veritor系统测试,可购自Becton, Dickinson andCompany;BinaxNOW COVID-19抗原卡,可购自Abbott Diagnostics Scarborough Inc.;以及QuickVue SARS抗原测试,可购自Quidel Corporation。与检测获自受试者的生物样品中至少一种抗β-冠状病毒抗原(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的存在或确定其数量、量、水平或浓度有关的结果可以在获得与检测样品中抗β-冠状病毒IgM抗体(诸如抗SARS-CoV IgM抗体或抗SARS-CoV-2 IgM抗体)的存在或确定其数量、量、水平或浓度有关的结果同时或者其之前或之后数分钟、数小时或数天获得。分析关于抗β-冠状病毒IgM抗体和β-冠状病毒抗原(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)水平的存在或其量、水平或浓度的组合结果可以指导临床医生做出的治疗和/或监测决策。
在另一方面,如果本公开的方法用于检测生物样品中至少一种抗β-冠状病毒IgG抗体(诸如抗SARS-CoV IgG抗体或抗SARS-CoV-2 IgG抗体)的存在或确定其数量、量、水平或浓度,则这些结果可以单独地或与同时、之前或之后获得的与检测获自同一受试者的生物样品中至少一种抗β-冠状病毒IgM抗体(诸如抗SARS-CoV IgM抗体或抗SARS-CoV-2 IgM抗体)的存在或确定其数量、量、水平或浓度有关的结果组合使用(例如使用本公开的方法)。与检测获自受试者的生物样品中至少一种抗β-冠状病毒IgM抗体(诸如抗SARS-CoVIgM 抗体或抗SARS-CoV-2 IgM抗体)的存在或确定其数量、量、水平或浓度有关的结果可以在获得与检测样品中抗β-冠状病毒IgG抗体(诸如抗SARS-CoV IgG 抗体或抗SARS-CoV-2IgG抗体)的存在或确定其数量、量、水平或浓度有关的结果同时或者其之前或之后数分钟、数小时或数天获得。分析关于抗β-冠状病毒IgG和IgM抗体(诸如抗SARS-CoV IgG或IgM抗体或抗SARS-CoV-2 IgG 或IgM抗体)水平的存在或其量、水平或浓度的组合结果可以指导临床医生做出的治疗和/或监测决策。
在另一方面,如果本公开的方法用于检测生物样品中至少一种抗β-冠状病毒IgG抗体(诸如抗SARS-CoV IgG抗体或抗SARS-CoV-2 IgG抗体)的存在或确定其数量、量、水平或浓度,则这些结果可以单独地或与同时、之前或之后获得的与检测获自同一受试者的生物样品中至少一种抗β-冠状病毒抗原(诸如 SARS-CoV或SARS-CoV-2)的存在或确定其数量、量、水平或浓度有关的结果组合使用(例如使用本领域中已知的常规技术)。与检测获自受试者的生物样品中至少一种抗β-冠状病毒抗原(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的存在或确定其数量、量、水平或浓度有关的结果可以在获得与检测样品中抗β-冠状病毒 (诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)IgG抗体的存在或确定其数量、量、水平或浓度有关的结果同时或者其之前或之后数分钟、数小时或数天获得。分析关于抗β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)IgG抗体和β-冠状病毒抗原 (诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)水平的存在或其量、水平或浓度的组合结果可以指导临床医生做出的治疗和/或监测决策。
在其他方面,如果本公开的方法用于检测生物样品中至少一种抗β-冠状病毒IgG抗体(诸如抗SARS-CoV IgG抗体或抗SARS-CoV-2 IgG抗体)的存在或确定其数量、量、水平或浓度,则这些结果可以单独地或与同时、之前或之后获得的与检测生物样品中至少一种抗β-冠状病毒IgM抗体(诸如抗SARS-CoV IgG抗体或抗SARS-CoV-2 IgM抗体)的存在或确定其数量、量、水平或浓度有关的结果组合使用,并且进一步地可以单独地或与同时、之前或之后获得的与检测获自同一受试者的生物样品中至少一种β-冠状病毒抗原(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的存在或确定其数量、量、水平或浓度有关的结果组合使用(例如使用本领域中已知的常规技术)。与检测获自受试者的生物样品中至少一种抗β-冠状病毒抗原(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)的存在或确定其数量、量、水平或浓度有关的结果可以在获得与检测样品中抗β-冠状病毒(诸如SARS-CoV 或SARS-CoV-2)IgG抗体的存在或确定其数量、量、水平或浓度有关的结果同时或者其之前或之后数分钟、数小时或数天获得,并且可以在获得样品中抗β- 冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)IgM抗体的存在或确定其数量、量、水平或浓度有关的结果同时或者其之前或之后数分钟、数小时或数天获得。分析关于抗β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)IgG和/或IgM抗体和/ 或β-冠状病毒抗原(诸如SARS-CoV或SARS-CoV-2)水平的存在或其量、水平或浓度的组合结果可以指导临床医生做出的治疗和/或监测决策。
在一些方面,本公开的方法可用于识别已从β-冠状病毒(诸如SARS-CoV 或SARS-CoV-2)恢复并具有抗β-冠状病毒IgG抗体(诸如抗SARS-CoV IgG抗体或抗SARS-CoV-2 IgG抗体)的一个或多个受试者(例如,候选受试者)。生物样品(诸如获自从已测试对于抗SARS-CoV IgG抗体或抗SARS-CoV-2 IgG抗体呈阳性的受试者收集的全血的血清或血浆)可以用作中和(例如,所述血清或血浆可含有一种或多种靶向刺突蛋白的S1、RBD或S2中的一种或多种的IgG 中和抗体)和/或治疗罹患SARS-CoV或SARS-CoV-2的受试者的恢复期血清或血浆和/或用于使用本领域中已知的常规技术开发其他基于血液的疗法。在一些方面,候选对象可以满足以下供体资格要求:(a)通过(i)在生病时的诊断测试(例如,鼻咽拭子);或(ii)恢复之后针对SARS-CoV或SARS-CoV-2 IgG和/或 SARS-CoV或SARS-CoV-2 IgM抗体的阳性血清学测试(如果在疑似感染时未进行先前诊断测试)的实验室测试记录的SARS-CoV或SARS-CoV-2证据;(b)在捐献之前至少14天,症状完全解决;以及(c)SARS-CoV或SARS-CoV-2IgG中和抗体效价,当可用时(例如,如果IgG中和抗体效价是可用时,IgG中和抗体效价,诸如至少1:160;如果替代匹配的单位不可用,则效价1:80可被认为是可接受的)。
在其他方面,如果一种或多种抗SARS-CoV IgG抗体或抗SARS-CoV-2 IgG 抗体和/或抗SARS-CoV IgM抗体或抗SARS-CoV-2 IgM抗体的水平为约 550BAU/mL至约650BAU/mL,则可将受试者识别为提供在恢复期疗法中使用的生物样品(诸如血清或血浆)的候选者。在其他方面,如果一种或多种抗 SARS-CoV IgG抗体或抗SARS-CoV-2 IgG抗体和/或抗SARS-CoV IgM抗体或抗SARS-CoV-2 IgM抗体的水平为约580BAU/mL至约640BAU/mL,则可将受试者识别为提供在恢复期疗法中使用的生物样品(诸如血清或血浆)的候选者。在其他方面,如果一种或多种抗SARS-CoV IgG抗体或抗SARS-CoV-2 IgG抗体和/或抗SARS-CoV IgM抗体或抗SARS-CoV-2 IgM抗体的水平为约600BAU/mL 至约640BAU/mL,则可将受试者识别为提供在恢复期疗法中使用的生物样品(诸如血清或血浆)的候选者。
在其他方面,如果一种或多种抗SARS-CoV IgG抗体或抗SARS-CoV-2 IgG 抗体和/或抗SARS-CoV IgM抗体或抗SARS-CoV-2 IgM抗体的水平为至少约 100BAU/mL至约490BAU/mL、至少约110BAU/mL至约490BAU/mL、至少约 200BAU/mL至约490BAU/mL、至少约300BAU mL至约490BAU/mL、至少约 400BAU mL至约490BAU/mL、至少约100BAU/mL、至少约110BAU/mL、至少约120BAU/mL、至少约130BAU/mL、至少约140BAU/mL、至少约 150BAU/mL、至少约160BAU/mL、至少约170BAU/mL、至少约180BAU/mL、至少约190BAU/mL、至少约200BAU/mL、至少约210BAU/mL、至少约 220BAU/mL、至少约230BAU/mL、至少约240BAU/mL、至少约250BAU/mL、至少约260BAU/mL、至少约270BAU/mL、至少约280BAU/mL、至少约 290BAU/mL、至少约300BAU/mL、至少约300BAU/mL、至少约310BAU/mL、至少约320BAU/mL、至少约330BAU/mL、至少约340BAU/mL、至少约 350BAU/mL、至少约360BAU/mL、至少约370BAU/mL、至少约380BAU/mL、至少约390BAU/mL、至少约400BAU/mL、至少约400BAU/mL、至少约 410BAU/mL、至少约420BAU/mL、至少约430BAU/mL、至少约440BAU/mL、至少约450BAU/mL、至少约460BAU/mL、至少约470BAU/mL、至少约 480BAU/mL或至少约490BAU/mL,则可以将受试者识别为提供在恢复期疗法中使用的生物样品(诸如血清或血浆)的候选者。
在其他方面,如果一种或多种抗SARS-CoV IgG抗体或抗SARS-CoV-2 IgG 抗体和/或抗SARS-CoV IgM抗体或抗SARS-CoV-2 IgM抗体的水平为至少约 500BAU/mL至约650BAU/mL、至少约550BAU/mL至约650BAU/mL、至少约 500BAU/mL、至少约510BAU/mL、至少约520BAU/mL、至少约530BAU/mL、至少约540BAU/mL、至少约550BAU/mL至约650BAU/mL、至少约550BAU/mL、至少约560BAU/mL、至少约570BAU/mL、至少约580BAU/mL、至少约 590BAU/mL、至少约600BAU/mL、至少约610BAU/mL、至少约620BAU/mL、至少约630BAU/mL、至少约639BAU/mL、至少约640BAU/mL或至少约 650BAU/mL,则可以将受试者识别为提供在恢复期疗法中使用的生物样品(诸如血清或血浆)的候选者。
在其他方面,如果一种或多种抗SARS-CoV IgG抗体或抗SARS-CoV-2 IgG 抗体和/或抗SARS-CoV IgM抗体或抗SARS-CoV-2 IgM抗体的水平为至少约 590BAU/mL、至少约600BAU/mL、至少约610BAU/mL、至少约620BAU/mL、至少约630BAU/mL、至少约631BAU/mL、至少约632BAU/mL、至少约 633BAU/mL、至少约634BAU/mL、至少约635BAU/mL、至少约636BAU/mL、至少约637BAU/mL、至少约638BAU/mL、至少约639BAU/mL、至少约 640BAU/mL、至少约641BAU/mL、至少约642BAU/mL、至少约643BAU/mL、至少约644BAU/mL或至少约645BAU/mL,则可以将受试者识别为提供在恢复期疗法中使用的生物样品(诸如血清或血浆)的候选者。
在一些方面,足以影响受试者(例如,人)的免疫力的抗β-冠状病毒抗体 (例如,抗SARS-CoV抗体或抗SARS-CoV-2抗体)或抗β-冠状病毒中和抗体 (例如,抗SARS-CoV IgG中和抗体或抗SARS-CoV-2 IgG中和抗体(例如,作为抗核衣壳(N)抗体、抗刺突抗体或其组合的抗SARS-CoV-2 IgG抗体))的量(其使得将受试者识别为提供在恢复期疗法中使用的生物样品(诸如血清或血浆) 的候选者)似乎至少为约4000AU/mL至约4500AU/mL(由AbbottLaboratories, Abbott Park,IL进行的未发布的研究,其使用CE-marked Abbott anti-SSARS-CoV-2 IgG II定量抗体测定(可用于Abbott的
Figure RE-GDA0003944127500002201
和Alinity iTM 平台)))。量度AU/mL可以使用以下公式转换为WHO国际标准每毫升结合抗体单位(BAU/mL):BAU/mL=0.142xAU/mL(例如,约4000AU/mL为约 568BAU/mL(4000AU/mL x 0.142=568BAU/mL)且约4500AU/mL为约639BAU/mL(4500AU/mL x 0.142=639BAU/mL))。
在一些方面,在SARS-CoV-2感染期间病毒和宿主免疫力生物标志物的时程描述于图5。潜伏期或感染初期为无症状期,此时受试者不表现出任何 SARS-CoV-2感染的症状。潜伏期或初期可在感染之后持续约0至约14天。在潜伏期或初期的期间,病毒RNA和/或病毒抗原可以被检测到。在潜伏期或感染初期之后,受试者进展至感染活跃期。最初,受试者进入感染的早期急性期。早期急性期为受试者开始经历SARS-CoV-2感染的一种或多种症状并且开始对病毒产生免疫反应并开始产生抗体的时期。早期急性期可在症状发作之后持续约0至约14天。在早期急性期的期间,病毒RNA和/或病毒抗原可以被检测到,并且抗SARS-CoV-2IgM抗体变得可被检测到。在早期急性期之后,受试者进展至感染的急性期或活跃期。在感染的急性期,SARS-CoV-2感染的症状恶化(例如,受试者可能不得不住院,可能需要供氧等),受试者的免疫反应继续进展,病毒RNA和/或病毒抗原可被检测到,抗SARS-CoV-2 IgM抗体可被检测到,并且抗SARS-CoV-2 IgG抗体变得可被检测到。急性期可在病毒症状开始恶化之后持续约0至约14天。急性期之后,受试者进展至晚期急性期。晚期急性期为受试者开始从SARS-CoV-2感染恢复并且一种或多种感染症状开始改善、减轻和/ 或消失的阶段。晚期急性期可持续约1天至约28天的时间段。在晚期急性期的期间,病毒RNA和病毒抗原水平开始下降并最终不可被检测到,抗SARS-CoV-2 IgM抗体可被检测到,并且抗SARS-CoV-2IgG抗体可被检测到。感染的恢复期在急性晚期之后开始。在此时间段期间,受试者不再表现出任何SARS-CoV-2 感染的症状,并且病毒RNA和病毒抗原不可被检测到,抗SARS-CoV-2IgM抗体开始下降并最终变得不可被检测到,并且抗SARS-CoV-2 IgG抗体留在血液中并为受试者提供长期免疫力。
SARS-CoV-2感染中病毒和宿主生物标志物的可能组合以及可能的解释标准提供于以下表A。单独评估抗SARS-CoV-2 IgM抗体和抗SARS-CoV-2 IgG抗体反应可提供关于受试者处于早期急性期、晚期急性期还是恢复期的信息。这使临床医生(例如,化验员和内科医师)剖析免疫反应并且提供明确的可操作回答(参见,表A)。本文所述的抗SARS-CoV-2IgG抗体和抗SARS-CoV-2 IgM 抗体测定方法的组合可以提供更早检测,例如,在单个测定中组合抗SARS-CoV-2 IgG和IgM抗体评估的情况下,或在通式或不同时对同一样品进行抗SARS-CoV-2 IgG抗体和抗SARS-CoV-2 IgM抗体的单独测定的情况下。类似地,可以在多个取样时间进行SARS-CoV-2 IgG抗体和SARS-CoV-2 IgM抗体的测定。然而,分开地或一起使用本文所述的方法(例如,检测抗SARS-CoV-2 IgG 抗体和抗SARS-CoV-2 IgM抗体的方法)提供了从感染一直到恢复的一系列数据,并且当在未进行测试或经测试对病毒RNA呈阴性的无症状受试者中进行测试时,可证明其价值。单独或以组合的方式的本文所述的方法(例如,抗 SARS-CoV-2 IgG和IgM抗体测定)可能无法始终实现评估(例如,当此人最近才感染并且仍携带病毒时)。
表A
Figure RE-GDA0003944127500002221
Figure RE-GDA0003944127500002231
*测试结果通常与治疗临床医生可用的其他临床数据一起考虑。
因此,在一些方面,本公开还涉及一种或多种算法,其可以与本文所述的方法结合用于告知和/或指导临床医生对疑似暴露于和/或具有SARS-CoV-2的受试者做出适当的治疗决策。例如,如表A的项目1中所述,测试呈PCR阳性(和 /或对病毒抗原呈阳性)但对抗SARS-CoV-2 IgM和抗SARS-CoV-2 IgG抗体呈阴性(使用本文所述的方法)的受试者将被归类为潜伏期或感染初期并且建议隔离;接触受试者的任何医务工作者将被建议使用适当的个人防护设备。在另一方面,如表A的项目3中所描绘,测试为PCR阴性(或病毒抗原阴性),但是对抗SARS-CoV-2 IgM抗体呈阳性且对抗SARS-CoV-2 IgG抗体呈阴性(使用本文所述的方法)的受试者可能指示漏诊(例如,假阴性PCR或假阴性病毒抗原结果、假阴性IgG结果、假阴性PCR(或病毒抗原)和IgG结果或假阳性IgM 结果),其可能需要重新测试PCR或者抗SARS-CoV-2 IgM和抗SARS-CoV-2 IgG 抗体测定,或者如同受试者处于早期急性感染期那样管理。替代地,如表A的项目7中所描绘,测试为PCR阴性(或病毒抗原阴性)并且对抗SARS-CoV-2 IgM 抗体呈阴性(使用本文所述的方法)但对抗SARS-CoV-2 IgG抗体呈阳性(使用本文所述的方法)的受试者指示,受试者可能先前感染过(例如,过去曾经感染)SARS-CoV-2或处于恢复期。此外,如表A的项目2、4和6所描绘,一旦检测到所测试的受试者有任何抗SARS-CoV-2 IgM抗体(使用本文所述的方法),这向治疗临床医生指示,受试者可能已进入感染的活跃期(诸如,早期急性期、急性期和/或晚期急性期)并且建议采取临床行动(例如,治疗,受试者隔离或回访)。如表A的项目2、4和6中所描绘,对抗SARS-CoV-2 IgG抗体的评估增加了关于受试者状态的更多信息。即,如表A的项目2中所描绘,测试为PCR 阳性(或病毒抗原阳性),对抗SARS-CoV-2 IgM抗体呈阳性(使用本文所述的方法)但对抗SARS-CoV-2 IgG抗体呈阴性(使用本文所述的方法)的受试者指示,受试者可能处于感染的活跃期(即,早期急性期)并且开始发展产生抗体的免疫反应。如表A的项目4中所描绘,测试为PCR阳性(或病毒抗原阳性),对抗SARS-CoV-2 IgM抗体呈阳性(使用本文所述的方法)并且对抗SARS-CoV-2IgG抗体呈阳性(使用本文所述的方法)的受试者指示,受试者处于感染的急性期并且受试者的产生抗体的免疫反应已有所进展。如表A的项目6中所描绘,测试为PCR阴性(或病毒抗原阴性),对抗SARS-CoV-2 IgM抗体呈阳性(使用本文所述的方法)并且对抗SARS-CoV-2IgG抗体呈阳性(使用本文所述的方法) 的受试者指示,受试者可能处于感染的晚期急性期或恢复期,或者这可能是假阴性PCR结果或病毒抗原结果。另外,如表A的项目5中所描绘,测试为PCR 阳性(或病毒抗原阳性),对抗SARS-CoV-2 IgM抗体呈阴性(使用本文所述的方法)并且对抗SARS-CoV-2 IgG抗体呈阳性(使用本文所述的方法)的受试者指示,受试者可能处于感染的晚期急性期,或可能已发展了复发感染。抗 SARS-CoV-2 IgM和抗SARS-CoV-2 IgG抗体的存在的测定也可用于PCR设备不易获得的地方。从感染到恢复的一系列数据有助于实现更好的受试者评估和管理。理解受试者在不同感染阶段的抗SARS-CoV-2 IgM抗体和抗SARS-CoV-2 IgG抗体的量可能有助于了解受试者清除病毒的进展,或提供细胞因子风暴起始的指示。
14.用于评估受试者是否可能对至少一种类型的SARS-CoV-2的感染具有免疫力的系统
在其他方面,本公开涉及一种用于在生物样品中评估受试者是否可能对至少一种类型的SARS-CoV-2的感染具有免疫力(例如,已经形成保护性免疫力) 的系统。所述系统可以是自动化或半自动化的,包括:(1)至少一种类型的第一特异性结合配偶体,其包含至少一种类型的β-冠状病毒(SARS-CoV或 SARS-CoV-2)分离多肽或其变体,选自至少一种类型的β-冠状病毒(SARS-CoV 或SARS-CoV-2)的核衣壳蛋白的C末端结构域、刺突蛋白的受体结合结构域 (RBD)或核衣壳蛋白的C末端结构域和刺突蛋白的受体结合结构域(RBD),所述第一特异性结合配偶体特异性结合至少一种类型的抗β-冠状病毒抗体(抗SARS-CoV抗体或抗SARS-CoV-2抗体),以及至少一种类型的第二特异性结合配偶体,其包含至少一种可检测标记;(2)至少一种装置,其检测在至少一种类型的第一特异性结合配偶体与至少一种类型的第二特异性结合配偶体之间形成的复合物的至少一种标记,其中标记的信号的量指示生物样品中至少一种类型的抗SARS-CoV-2抗体的存在或其量;以及(3)一种用于分配区分等级的设备,所述区分等级指示或反映受试者是否可能对至少一种类型的SARS-CoV-2的感染具有免疫力(例如,或可能已经发展出保护性免疫力)。确定受试者是否可能具有免疫力(例如,或可能已发展出保护性免疫力)是基于使用第2章节中所述的方法(例如,采用至少一种类型的第一特异性结合配偶体和至少一种类型的第二特异性结合配偶体)检测生物样品中至少一种类型的抗SARS-CoV-2抗体的存在或确定其量、水平和/或浓度,单独地或与作为其他实验室测试的结果获自生物样品的其他信息的组合,所述结果诸如受试者对至少一种类型的 SARS-CoV-2病毒RNA和/或抗原呈阳性或阴性。
可以使用能够检测在至少一种第一类型的特异性结合配偶体与至少一种类型的第二特异性结合配偶体之间形成的复合物的至少一种标记的任何装置或平台。此类装置或平台是本领域熟知的。示例性装置或平台描述于例如美国专利号5,063,081、美国专利申请公开号2003/0170881、2004/0018577、2005/0054078 和2006/0160164所述并且如例如由Abbott Laboratories(Abbott Park,IL)作为 Abbott定点照护(i-
Figure RE-GDA0003944127500002251
或i-STATAlinity,Abbott Laboratories)商业上销售的那些,以及美国专利5,089,424和5,006,309所述并且如例如由Abbott Laboratories (Abbott Park,IL)作为
Figure RE-GDA0003944127500002252
或一系列Abbott Alinity装置商业上销售的那些。
另外,所述系统包括用于分配区分等级的设备,所述区分等级指示受试者是否可能对至少一种类型的SARS-CoV-2的感染具有免疫力。区分等级的实例为分配颜色和/或数目等级,其指示受试者是否可能对至少一种类型的 SARS-CoV-2的感染具有免疫力。用于分配这种区分等级的方法是本领域熟知的并且可以涉及一个或多个软件程序。在一些方面,将一个或多个软件程序并入用于检测可检测标记的装置或平台中。在其他方面,将一个或多个软件程序并入不检测可检测标记的装置(例如计算机等)中。在其他方面,将一个或多个软件程序并入用于检测可检测标记的装置中以及不检测可检测标记的装置中。
可以使用本领域已知的常规技术开发区分等级(例如,颜色和/或数字等级) 或评估免疫力。确定受试者是否可能对至少一种类型的SARS-CoV-2的感染具有免疫力(例如,或可能发展保护性免疫力)的颜色和/或数字区分等级的实例提供于以下表D中。
表D
Figure RE-GDA0003944127500002261
Figure RE-GDA0003944127500002271
在其他方面,通过使用本领域已知的一个或多个移动或智能设备应用程序,可在移动或智能装置上显示区分等级(例如,颜色和/或数字等级)。在某些方面,在半自动化系统中,可通过QR或条形码上传和/或验证区分等级(如颜色和/或者数字等级)。
自动化或半自动化系统与非自动化系统之间相比的一些差异包括至少一种类型的第一特异性结合配偶体所附接的底物以及捕获、检测和/或任何任选洗涤步骤的长度和时间。非自动化形式关于测试样品和捕获试剂可能需要相对较长的孵育时间(例如,约2小时),而自动化或半自动化形式(例如
Figure RE-GDA0003944127500002272
和任何后继平台,AbbottLaboratories)可能具有相对较短的孵育时间(例如,对于
Figure RE-GDA0003944127500002273
为大约18分钟)。类似地,非自动化形式可能以相对较长孵育时间(例如,约2小时)孵育至少一种类型的第二特异性结合试剂(诸如缀合试剂),而自动化或半自动化形式(例如
Figure RE-GDA0003944127500002274
和任何后继平台)可能具有相对较短的孵育时间(例如,对于
Figure RE-GDA0003944127500002275
和任何后继平台为大约 4分钟)。
可从Abbott Laboratories获得的其他装置或平台包括但不限于
Figure RE-GDA0003944127500002276
Figure RE-GDA0003944127500002277
(参见例如,美国专利号5,294,404,其据此以引用的方式整体并入)、
Figure RE-GDA0003944127500002278
EIA(珠粒)和QuantumTMII以及其他平台。另外,装置可以在其他形式中,例如在电化学或其他手持型或定点照护型测定系统上采用。如先前所提及的,本公开例如适用于进行夹心免疫测定的商业Abbott定点照护(i-
Figure RE-GDA0003944127500002279
Abbott Laboratories)电化学免疫测定系统。免疫传感器及其制造方法和在单次使用测试装置中操作的方法描述于例如美国专利号5,063,081、美国专利申请公布号2003/0170881、2004/0018577、2005/0054078和2006/0160164中,所述专利的关于此方面的教导均通过引用整体并入。
具体地,关于测定对i-
Figure RE-GDA00039441275000022710
系统的适应性,优选以下配置。将微制作的硅芯片制造有一对金安培计工作电极和银-氯化银参考电极。在一个工作电极上,将具有固定化的捕获抗体的聚苯乙烯珠粒(直径0.2mm)粘附到电极上的图案化聚乙烯醇的聚合物涂层上。将所述芯片组装成具有适于免疫测定的流体形式的i-
Figure RE-GDA0003944127500002281
盒。在硅芯片的一部分上,存在抗β-冠状病毒抗体的特异性结合配偶体,诸如在第3章节所述的至少一种特异性结合配偶体(例如,重组抗原) 或一种或多种抗β-冠状病毒(诸如SARS-CoV或SARS-Co-V2)DVD-Ig(或其片段、其变体、或其变体的片段,其可结合抗β-冠状病毒抗体(诸如SARS-CoV 或SARS-CoV-2)),其任一种可以是可检测地标记的。在盒的流体袋内是包括对氨基苯酚磷酸盐的含水试剂。
在操作中,将生物样品添加到测试盒的保持室中,并且将盒插入到i-
Figure RE-GDA0003944127500002282
读取器中。盒内的泵元件将样品推入到含有芯片的管道中。使样品与传感器接触,从而使酶缀合物溶解到样品中。将样品在传感器上振荡,以促进大约2-12 分钟的夹层形成。在测定的倒数第二步中,将样品推入到废物室中并且使用含有针对碱性磷酸酶的底物的洗涤流体来洗涤过量的酶缀合物并从传感器芯片上取样。在最后步骤中,碱性磷酸酶标记与对氨基苯酚磷酸酯反应以裂解磷酸酯基团并允许释放的对氨基苯酚在工作电极处被电化学氧化。基于所测量的电流,读取器能够通过嵌入算法和制造厂确定的校准曲线计算样品中抗β-冠状病毒抗体的量。用于多路复用,诸如用于i-
Figure RE-GDA0003944127500002283
的盒的适应性已在专利文献,例如美国专利号6,438,498中有所描述,所述专利的内容通过引用并入本文。
如本文所述的系统必然涵盖用于检测样品中至少一种β-冠状病毒抗体(例如,抗SARS-CoV抗体或抗SARS-CoV-2抗体)的存在或其量的其他试剂和方法。例如,涵盖各种缓冲液,诸如本领域中已知和/或可以易于制备或优化以例如用于洗涤、用作缀合物稀释剂、微粒稀释剂和/或用作校准物稀释剂的缓冲液。示例性缀合物稀释剂是在某些试剂盒(AbbottLaboratories,Abbott Park,IL)中所采用且含有2-(N-吗啉代)乙烷磺酸(MES)、盐、蛋白阻断剂、抗微生物剂和洗涤剂的
Figure RE-GDA0003944127500002284
缀合物稀释剂。示例性校准物稀释剂是在某些试剂盒(Abbott Laboratories,Abbott Park,IL)中所采用的
Figure RE-GDA0003944127500002285
人校准物稀释剂,其包含含有MES、其他盐、蛋白阻断剂和抗微生物剂的缓冲液。另外,如美国专利号8,445,199中所述,可以例如在i-
Figure RE-GDA0003944127500002286
盒形式中,使用与信号抗体连接的核酸序列作为信号放大剂获得改善的信号产生。
本公开具有多个方面,所述多个方面通过以下非限制性实施例说明。
15.实施例
对于本领域技术人员显而易见的是,本文所述的本公开方法的其他适合修改和改型是容易应用和了解的,并且可以在不脱离本公开或本文公开的方面和实施方式的范围下使用适合等同物来进行。现已详细描述本公开,通过参考以下实施例将对其有更明确理解,所述实施例仅旨在说明本公开的一些方面和实施方式,并且不应视为限制本公开的范围。本文中提及的所有期刊参考文献、美国专利和公开的公开内容均据此通过引用全文并入。
实施例1:核衣壳蛋白
使包含SARS-CoV-2的C末端结构域(CTD)(“CTD肽”)或在CTD的N末端融合的单克隆抗体CR3018的表位(描述于van den Brink等人, J.Virol.79(3):1635-1644(2005年2月)和美国专利号7,696,330中)的重组蛋白在大肠杆菌培养细胞中表达。为了分离SARS-CoV-2的CTD肽,将解冻的细胞糊用溶菌酶和苯佐那酯进行细胞溶解。将溶胞产物离心并将蛋白质溶液加载到镍亲和捕获柱上,以捕获CTD肽。然后对从柱中洗脱的澄清的镍池进行SP抛光,然后进行无菌过滤和等分。取得CTD肽抗原样品并确认纯化蛋白的纯度和完整性。
实施例2:CTD核衣壳包被微粒的制备
将顺磁性(苯乙烯)微粒在离心管中与在2-(N-吗啉代)乙磺酸中的碳二亚胺(EDAC)反应,然后吸出上清液。然后洗涤微粒并将其与实施例1的CTD肽或表位接枝的融合蛋白或肽反应。将包被的微粒与上清液分离,洗涤,然后储存在具有表面活性剂、防腐剂和消泡剂的缓冲液中,直到用于测定。
实施例3:人血浆样品中抗SARS-CoV-2 IgG抗体的检测
获得了来自28个SARS-CoV-2阳性受试者的161份EDTA血浆样品(通过基于PCR的SARS-CoV-2病毒测定所评估的鼻咽拭子)。评估所有受试者的自症状发作以来的天数。2个受试者是免疫系统受损的移植物接受者。76个受试者呈现与COVID-19类似的体征和症状,但通过SARS-CoV-2PCR测试呈阴性。
Figure RE-GDA0003944127500002291
自动化分析仪(Abbott Laboratories,Abbott Park,IL)上使用间接测定评估每个受试者的抗体产生。测定形式利用实施例2的CTD肽接枝或表位接枝的融合蛋白包被的微粒,将其溶解至
Figure RE-GDA0003944127500002292
缓冲溶液中,与患者血清或血浆一起孵育。孵育18分钟之后,洗涤磁性微粒,并将其与包含吖啶化的抗人IgG(小鼠,单克隆)IgG(例如与其他可商购获得的ARCHITECT/Alinity 病毒测定试剂盒(Abbott Laboratories,Abbott Park,IL)中所用的抗体可比的抗体,但是可以使用任何其他可商购获得的抗物种IgG(例如,抗人IgG IgG)抗体) 的缀合稀释液反应以检测经由免疫复合物结合至固相的抗SARS-CoV-2 IgG。在另一次洗涤之后,添加预触发剂(过氧化氢)和触发剂(氢氧化钠)以生成信号(S)。另外,所述测定采用反应性人血清或血浆或者单克隆抗体CR3018作为阳性对照和/或校准物,以及非反应性人血清或血浆或者人IgG作为阴性对照。信号(S)以相对光单位(RLU)表示。所测试的受试者的的信号(S)和信号与校准物 (C)的比率显示在以下表1-7中。
表1显示感染之后早些时间中的研究,在这项研究中,发现呈SARS-CoV-2 PCR阳性的7个受试者在IgG测定中不具有反应性;然而,这些受试者中有两个是可能由于免疫抑制药物治疗而免疫反应受损的移植物接受者(受试者1和 13),2个受试者似乎正建立免疫反应(受试者7和28),并且2个受试者似乎处于血清转化前窗口中(受试者24和26)。“#值!”意指该值由于样品不可用而无法计算。
如表2-4中所示,发现在感染后晚些时间测试的13个SARS-CoV-2PCR阳性受试者在IgG测定中具有反应性。表5-7还显示在感染后晚些时间测试的PCR 阳性受试者,还包括了在感染之后早些时间的一些数据。表5-7显示,呈 SARS-CoV-2阳性(如通过PCR所测试)的8个受试者(受试者2、4、6、8、 17、21、25和27)处于血清转化窗口中。如下表中所提供的数据证明,IgG测定识别出了在症状发作之后至少早至7天对SARS-CoV-2呈阳性的受试者。当与症状发作之后多于7天已知对SARS-CoV-2呈阳性和阴性的样品相比时,IgG 测定显示百分比阳性大于90%和百分比阴性大于99.5%的临床符合。IgG测定的额外测试公开了,在症状发作之后14天或更长时间,对于SARS-CoV-2有100%特异性,特异性为99.63%(1070个试样;对于具有其他呼吸系统疾病的73名患者观测到100%特异性)。在涉及使用上文测定测试的1492个供体的样品的另一研究中,测定正确识别出不具有SARS-CoV-2 IgG抗体的受试者,特异性为约 99.7%。
Figure RE-GDA0003944127500002311
Figure RE-GDA0003944127500002321
Figure RE-GDA0003944127500002331
Figure RE-GDA0003944127500002341
Figure RE-GDA0003944127500002351
Figure RE-GDA0003944127500002361
Figure RE-GDA0003944127500002371
另外,本文所述的测定和非CoV-2呼吸系统疾病的患者群体未观测到交叉反应性。评估了上文测定的具有其他医学病状的受试者的潜在交叉反应性。测试了36个不同类别的总计182个试样。通过SARS-CoV-2 IgG测定,一百八十一(181)个试样呈阴性且1个试样呈阳性。测试呈阳性的1个试样为巨细胞病毒 (CMV)IgG(5个中有1个测试呈阳性;5个中有4个测试为阴性)。测试呈阴性的试样的其他类别为:腺病毒、抗核抗体(ANA)、自身免疫性肝炎、CMV免疫球蛋白M类(IgM)、双链脱氧核糖核酸(dsDNA)抗体、EB病毒(EBV)IgG、EBV IgM、大肠杆菌抗体、人抗小鼠抗体(HAMA)、血液透析患者、甲型肝炎病毒 (HAV)、乙型肝炎核心(HBc)IgM、乙型肝炎病毒、丙型肝炎病毒、丁型肝炎病毒、单纯疱疹病毒(HSV)、嗜异性抗体阳性、人免疫缺陷病毒、人T淋巴细胞病毒(HTLV)I型、HTLV 2型、甲型流感、乙型流感、流感(类型未知)、流感疫苗、狼疮、单克隆超IgG、小核糖核酸病毒、多克隆超IgG、孕妇、孕妇(多产)、呼吸道合胞病毒、类风湿因子(RF)、风疹IgG、弓形虫IgG和水痘-带状疱疹病毒。
另外,来自已接受用于诊断或治疗的小鼠单克隆抗体制剂的受试者的试样可含有人抗小鼠抗体(HAMA)。当以使用此类单克隆抗体的测定试剂盒进行测试时,此类试样可能显示假性升高或降低的值。此外,人血清中的嗜异性抗体可与试剂免疫球蛋白反应,干扰体外免疫测定。经常暴露于动物或动物血清产品的受试者可能容易受到这种干扰,并且可能会观测到异常值。此外,人血清中的类风湿因子可与试剂免疫球蛋白反应,干扰体外免疫测定。如所提及的,本文所述的测定没有表现出任何HAMA、嗜异性抗体或类风湿因子交叉反应性。
实施例4:刺突RBD蛋白
使包含SARS-CoV-2的刺突的受体结合结构域(RBD)的重组蛋白(“RBD 肽”)在大肠杆菌培养细胞中表达。通过亲和捕获随后进行无菌过滤,从细胞培养上清液亲和纯化所有重组蛋白。在一些方面,纯化可涉及使用本领域已知的常规技术,诸如使用固定化金属亲和层析(IMAC),将任何单体RBD肽与上清液的任何二聚体RBD肽分离。
证实了纯化蛋白的纯度和完整性。这些方法如例如实施例1中所述进行。
实施例5:RBD刺突包被微粒的制备
将顺磁性(苯乙烯)微粒在离心管中与在2-(N-吗啉代)乙磺酸中的碳二亚胺(EDAC)反应,然后吸出上清液。然后洗涤微粒并将其与实施例4的RBD肽反应。将包被的微粒与上清液分离,洗涤,然后储存在具有表面活性剂、防腐剂和消泡剂的缓冲液中,直到用于测定。
实施例6:人血浆样品中抗SARS-CoV-2 IgM抗体的检测
获得了来自SARS-CoV-2阳性受试者的血浆样品(例如,通过基于PCR的 SARS-CoV-2病毒测定所评估的鼻咽拭子)。评估受试者的自症状发作以来的天数。在
Figure RE-GDA0003944127500002391
自动化分析仪(Abbott Laboratories,Abbott Park,IL)上使用间接测定评估每个受试者的抗体产生。测定形式利用实施例5的刺突RBD蛋白包被的微粒,将其溶解至
Figure RE-GDA0003944127500002392
缓冲溶液中,与患者血清或血浆一起孵育。孵育18分钟之后,洗涤磁性微粒,并将其与包含吖啶标记的抗人IgM(例如与其他可商购获得的ARCHITECT/Alinity病毒测定试剂盒(Abbott Laboratories, Abbott Park,IL)中所用的抗体可比的抗体,但是可以使用任何其他可商购获得的抗物种IgM(例如,抗人IgM IgG)抗体)的缀合稀释液反应以检测经由免疫复合物结合至固相的抗SARS-CoV-2 IgM。在另一次洗涤之后,添加预触发剂(过氧化氢)和触发剂(氢氧化钠)以生成信号(S)。另外,所述测定采用反应性人血清或血浆或者单克隆抗体CR3022作为阳性对照和/或校准物,以及非反应性人血清(重新钙化)或血浆或者人IgM作为阴性对照。信号(S)以相对光单位(RLU) 表示。测试了受试者的信号(S)和信号与校准物(C)的比率。基于这些研究,已证实刺突IgM测定能够检测SARS-CoV-2PCR阳性受试者(例如,在感染后的不同时间测试的受试者)的IgM反应性抗体。具体地,在涉及使用上文测定测试的812个供体的样品的一项研究中,测定正确识别出不具有SARS-CoV-2 IgM抗体的受试者,特异性为约99.6%。在涉及SARS-CoV-2发作后0至21天测试的 698个样品的另一研究中,测定表现出在发作后第7天开始并继续至第21天,约66%至约98%的敏感性(例如,正确地将受试者识别为具有SARS-CoV-2)以及第0天至第6天,约42%至约60%的敏感性。在涉及发作后8-31天测试的22 个不同供体的系列血液样品的另一研究中,使用上文测定和实施例3中所述的测定在早至发作后8天识别出具有抗SARS-CoV-2 IgM抗体的受试者样品,并且在早至发作后10天识别出具有抗SARS-CoV-2 IgG抗体的受试者样品。测试对抗SARS-CoV-2 IgM抗体和抗SARS-CoV-2 IgG抗体呈阳性的样品的数目在第 15天达到峰值,然后下降,在发作后31天继续检测到阳性样品。
实施例7:人血浆样品中抗SARS-CoV-2 IgG抗体水平的检测
获得并测试了来自SARS-CoV-2阳性受试者的血浆或血清样品(例如,通过基于PCR的SARS-CoV-2病毒测定所评估的鼻咽拭子)。受试者的自症状发作以来的天数是可用的。
Figure RE-GDA0003944127500002401
自动化分析仪(Abbott Laboratories,Abbott Park,IL)上使用两步免疫测定评估并定量每个受试者的抗体产生。测定形式利用如实施例5中的用刺突RBD肽包被的微粒(由已建立的中国仓鼠卵巢细胞系产生相对于从细胞池中瞬时表达),将其稀释至
Figure RE-GDA0003944127500002402
缓冲溶液中,与患者血浆一起孵育。稀释患者血浆或血清(例如,约30倍)以扩大测定的线性范围。孵育18 分钟之后,洗涤磁性微粒,并将其与包含吖啶标记的抗人IgG IgG(例如与其他可商购获得的ARCHITECT/Alinity病毒测定试剂盒(AbbottLaboratories,Abbott Park,IL)中所用的抗体可比的抗体,但是可以使用任何其他可商购获得的抗人 IgG IgG抗体)的缀合溶液反应以检测经由免疫复合物结合至固相的抗 SARS-CoV-2 IgG。在另一次洗涤之后,添加预触发剂(过氧化氢)和触发剂(氢氧化钠)以生成信号(S)。另外,所述测定采用反应性人血清或血浆或者单克隆抗体CR3022作为阳性对照和/或校准物,以及非反应性人血清(重新钙化)或血浆或者人IgG作为阴性对照。信号(S)以相对光单位(RLU)表示。测量受试者的信号(S),并且以任意单位(AU)/mL确定样品中抗SARS-CoV-2 IgG的数量,所述单位能够标准化成国际工人的标准。基于这些研究,已证实刺突IgG测定能够确定SARS-CoV-2PCR阳性受试者(例如,在感染后的不同时间测试的受试者)的抗刺突RBD IgG反应性抗体的量、水平和/或浓度。
在一项研究中,使用上文测定正确地将10个SARS-CoV-2阳性血浆样品中的10个识别为含有抗SARS-CoV-2 IgG抗体。另外,将所述测定与其他可商购获得的测定(其中一些使用指数确定样品中抗SARS-CoV-2 IgG抗体的数量)相比较,并且发现检测出可商购获得的测试样板的所有成员,而其他可商购获得的测试漏了一个或多个样品。
在示例性研究中,使用上文测定测试约1000SARS-CoV-2前样品,以建立约50AU/mL的截止值,特异性≥99.50%。在另一研究中,测试552个SARS-CoV-2 阳性样品以确定测定的线性范围。使用上文测定,线性范围为50AU/mL至约 35,000AU/mL至约50,000AU/mL之间。在一些方面,确定了测定的线性范围为 50AU/mL至约35,000AU/mL、至约40,000AU/mL、至约45,000AU/mL或至约 50,000AU/mL。
在另一研究中,发现上文测定不需要手动稀释生物样品,诸如当监测一个或多个受试者对SARS-CoV-2疫苗的反应时,如图8所示。具体地,在图8中,剂量1是在免疫后约3周测量的,并且剂量2是在受试者接受加强(例如,第二次接种SARS-CoV-2疫苗)后约2周测量的。具体地,上文测定显示,在自动化稀释的情况下在延长的测量间隔(EMI)内在ARCHITECT仪器上定量98.8%的抗SARS-CoV-2 IgG抗体,并且在没有稀释的情况下在测量间隔上限(ULMI) 内定量90.6%。具体地,如图13所示并且如实施例7中所述,在一些方面,ULMI 可为约15,500至约40,000AU/mL,并且/或者EMI可为约40,000至约 80,000AU/mL。在其他方面,ULMI可为约15,500至约25,000AU/mL,并且/或者EMI可为约25,000至约50,000AU/mL另外,在ARCHITECT上测定的测试表明,主要测量间隔(高达40,000AU/mL)联合仪器的1:2自动稀释(为用户提供高达80,000AU/mL)涵盖迄今为止测试的约99%的样品,确认所述测定具有足够广泛的范围以涵盖疫苗反应,而无需(或至多最小)手动稀释。
在其他方面,在另一研究(数据未公开)中,上文测定可在约7.1至约 5680BAU/mL的ULMI下进行而无需稀释。
实施例8:预测SARS-CoV-2受试者的结果
试样:样品是在2020年3月21日与2020年7月20日之间从蒙蒂菲奥里医疗中心(Montefiore Medical Center)(Bronx,NY)或华盛顿大学医学中心 (WashingtonUniversity Medical Center)(St.Louis,MO)的住院患者收集的。所有试样都收集在斑点型红顶血清管(BD,Franklin Lakes,NJ)或EDTA血浆管(BD)中,并且在收集的5天内在-80℃下冷冻。将残余的样品去识别化以用于血清学测试。从电子病历获得年龄、性别、合并症、免疫状态、症状发作日期、死亡率和收集日期。
测试:使用实施例3和6的方法,在Abbott
Figure RE-GDA0003944127500002411
i2000仪器上分析所有患者试样。每个测定使用最少100μL残余的试样。虽然两种测定都旨在定性确定针对SARS-CoV-2的抗体,但是它们报告了使用化学发光微粒的半定量信号以分别检测IgG和IgM与SARS-CoV-2核衣壳蛋白和刺突蛋白的结合。测定结果报告为试样与校准物吸光度的比率(S/C或S/CO)的指数值。指数值≥1.4S/C指示IgG血清学阳性,并且≥1.0S/C指示IgM阳性。结果示出于以下表 8和图6中。
表8
Figure RE-GDA0003944127500002421
表8在“百分比A”栏中显示,转化成抗SARS-CoV-2 IgG先于IgM的受试者具有不利结果(即,死亡)的可能性是其两倍(25%对13%)。相比之下,转化成抗SARS-CoV-2 IgM先于IgG的受试者死亡的可能性与存活大致相同。转化成抗SARS-CoV-2 IgM抗体与血清转化成IgG同时的受试者存活的机会比死亡的机会略高。通过在每个参数的基础上进行比较(表8的“百分比B”栏),这种趋势更加明显,其中可以看出在同一天血清转化成IgG和IgM似乎有利于有利的结果(即,存活),而血清转化的失调,特别是血清转化成IgG早于IgM,增加了不利结果的可能性。另外,图6显示在症状发作之后多于10天(例如约11 至约25天),抗SARS-CoV-2 IgM水平等于或大于约10S/CO,具体而言,约10 至约15S/CO的受试者也具有不利结果(例如,死亡)。
实施例9:获自定量SARS-CoV-2 IgG测定的结果与IgG中和抗体之间的相关性
使用下文所述的SARS-CoV-2 IgG测定获得并测试了来自恢复期 SARS-CoV-2患者的八十六(86)个血清或血浆样品。
Figure RE-GDA0003944127500002432
自动化分析仪(Abbott Laboratories,Abbott Park,IL)上使用两步免疫测定评估并定量每个受试者的抗体产生。测定形式利用如实施例5中的用刺突RBD肽包被的微粒(由已建立的中国仓鼠卵巢细胞系产生相对于从细胞池中瞬时表达),将其稀释至
Figure RE-GDA0003944127500002433
缓冲溶液中,与患者血浆一起孵育。稀释患者血浆或血清(例如,约2倍至约30倍)以扩大测定的线性范围。孵育18分钟之后,洗涤磁性微粒,并将其与包含吖啶标记的抗人IgG IgG(例如与其他可商购获得的ARCHITECT/Alinity病毒测定试剂盒(Abbott Laboratories, Abbott Park,IL)中所用的抗体可比的抗体,但是可以使用任何其他可商购获得的抗人IgG IgG抗体)的缀合稀释液反应以检测经由免疫复合物结合至固相的抗SARS-CoV-2 IgG。在另一次洗涤之后,添加预触发剂(过氧化氢)和触发剂(氢氧化钠)以生成信号(S)。另外,所述测定采用反应性人血清或血浆或者单克隆抗体CR3022作为阳性对照和/或校准物,以及非反应性人血清(重新钙化)或血浆或者人IgG作为阴性对照。信号(S)以相对光单位(RLU)表示。测量受试者的信号(S),并且以任意单位(AU)/mL确定样品中抗SARS-CoV-2 IgG的数量,所述单位能够标准化成国际工人的标准。
Broad研究所(麻省理工学院和哈佛大学的Eli和Edythe L.Broad研究所) 还对上文恢复期SARS-CoV-2患者的血清或血浆样品进行了空斑减少中和测试 (PRNT)。空斑减少中和测试用于定量病毒的IgG中和抗体的效价。
下文表9A显示了使用以PRNT测试证明为阳性的86个样品(≥1:20),在
Figure RE-GDA0003944127500002431
仪器上,以SARS-CoV-2 IgG测定(也称为SARS-CoV-2 IgG II Quant测定)进行的阳性百分比符合研究的结果。
表9A
Figure RE-GDA0003944127500002441
使用上文86个样品进行逻辑回归分析,以估计对应于处于或高于下文表9B 中所列出的PRNT稀释的95%概率的SARS-CoV-2 IgG浓度:
表9B
Figure RE-GDA0003944127500002442
呈代表性高效价以1:250稀释,使用PRNT ID50的概率概况的实例示于表 9C和图7中。
表9C
Figure RE-GDA0003944127500002443
*在上表中,低于95% CI,第一个数字是95% CI的低端,并且第二个数字是CI的高端。
如表9A-9C中证明的结果证明了:(1)PRNT测定与SARS-CoV-2 IgG测定之间的高定性符合;(2)升高的nAb效价与SARS-CoV-2测定的增加值有关;以及(3)SARS-CoV-2 IgG测定的概率概况对应于PRNT测定的高效价水平。
实施例10:结合接受一种或多种SARS-CoV-2疫苗接种的受试者的测定形式的使用
使用实施例2、5和7中所述的测定形式评估了在南加州医疗中心接受 Pfizer-BioNTech疫苗接种(BNT162b2)的总计1090个医务工作者,以定量在3个时间点的SARS-CoV-2抗核衣壳(N)蛋白IgG和抗刺突(S)蛋白IgG的循环水平: (1)在剂量1之前或之后至多3天;(2)在剂量1之后7至21天内;以及(3)在剂量2之后7至21天内。更具体地,采用CE标记的Abbott抗S SARS-CoV-2 IgG II定量抗体测定(可用于Abbott的
Figure RE-GDA0003944127500002451
和Alinity iTM平台)以用于评估抗S IgG。还使用了ACE2结合抑制测定(AbbottLaboratories内部开发的原型测定),其与SARS-CoV-2空斑减少中和测试方法相关性良好并且表现出与 Abbott抗S SARS-CoV-2 IgG II定量抗体测定阈值高度相关(r2=0.95)。
所有参与者都提供了有关医疗史的调查数据,包括先前的SARS-CoV-2暴露和感染,每个疫苗剂量之后经历的症状的数据。基于电子病例中记录的 SARS-CoV-2诊断数据的一致性、基线疫苗接种前测试时抗N IgG抗体的存在以及收集的自我报告的调查信息,确定先前的SARS-CoV-2感染状态和时间与接受第一疫苗剂量的日期有关。比较了先前诊断或未诊断SARS-CoV-2的人之间的抗体水平和症状反应。除了在每个时间点的组间比较之外,还检查了先前诊断SARS-CoV-2(基线和剂量1之后)的人相比于先前未诊断SARS-CoV-2(剂量1和剂量2会后)的人的抗体反应的时间段推移水平。
总计N=1090名疫苗接受者提供了至少一个血液样品以用于抗体测试。在这个总样品中,N=980(78人先前感染SARS-CoV-2)提供了基线(疫苗前)样品, N=525(35人先前感染)提供了在剂量1之后的样品,并且239人(11先前感染)提供了在剂量2之后的样品。总计217名个体(10人先前感染)提供了在所有3个时间点的血液样品。对于抗N IgG(代表对先前感染的反应)和抗S IgG (代表对先前感染或疫苗的反应),SARS-CoV-2恢复者在所有时间段都具有预期较高的抗体水平(图10和表10A-10B,在所有3个时间点的敏感性分析示于表10C-10D中)。具体而言,当与接受单个疫苗剂量的感染初试者相比时,基线时SARS-CoV-2恢复者的抗S IgG水平仅略低。此外,在单个剂量之后的 SARS-CoV-2恢复者与接受2个剂量的感染初试者之间的抗S IgG水平没有显著不同。
表10A–在匹配时间点时先前感染与未感染SARS-CoV-2的参与者之间的抗体水平的比较。值显示为中值和四分位距[IQR],使用双侧Wilcoxon检验进行比较。基线处、剂量1后和剂量2后的样本量包括:对于感染初试者,N=903、 N=490和N=228;对于先前感染者,N=78,N=25,N=11。
Figure RE-GDA0003944127500002461
表10B-在推移时间点时先前感染与未感染SARS-CoV-2的参与者之间的抗体水平的比较。值显示为中值和四分位距[IQR],使用双侧Wilcoxon检验进行比较。基线处、剂量1后和剂量2后的样本量包括:对于感染初试者,N=903、 N=490和N=228;对于先前感染者,N=78,N=25,N=11。
Figure RE-GDA0003944127500002462
表10C–比较在匹配时间点时先前感染与未感染SARS-CoV-2的参与者之间的抗体水平的敏感性分析。值显示为中值和四分位距[IQR],使用双侧Wilcoxon 检验进行比较。所有时间点可用数据的样本包括N=207感染初试者和N-10先前感染者。
Figure RE-GDA0003944127500002471
表10D–比较在推移时间点时先前感染与未感染SARS-CoV-2的参与者之间的抗体水平的敏感性分析。值显示为中值和四分位距[IQR],使用双侧Wilcoxon 检验进行比较。所有时间点可用数据的样本包括N=207感染初试者和N-10先前感染者。
Figure RE-GDA0003944127500002472
在分析抗体反应的同时观测到,与剂量2之后的感染初试者相比,剂量1 之后SARS-CoV-2恢复者的疫苗后症状的总体频率和严重程度更突出。另外,如图9所示,在单个剂量之后的先前感染者与接受2个剂量的感染初试者之间的抗S IgG水平没有显著不同。另外,发现与单个疫苗剂量之后的感染初试参与者相比,先前感染的个体的ACE2结合抑制显著更高,而在第二剂量之后,未看见组间差异。在时间推移分析中,第一剂量之后先前感染SARS-CoV-2的参与者相比于2个剂量之后感染初试参与者之间的ACE2结合没有差异,如图11 所示。最后,如图12所示,与剂量1之后的感染初试者相比,先前感染的个体经历明显的疫苗后症状(例如,反应原性)的频率更高。然而,剂量2之后明显症状没有组间差异。
本公开具有多个方面,所述多个方面通过以下非限制性实施例说明。
应理解先前详细描述和随附实施例仅是说明性的,并且不应视为对范围的限制,所述范围仅由随附权利要求及其等效物限定。
所公开的实施方式的各种改变和修改对本领域技术人员是显而易见的。在不偏离其本质和范围的前提下,可进行与包括但不限于的化学结构、取代基、衍生物、中间体、合成、组合物、制剂和/或使用方法有关的此类改变和改进。
出于完整性的原因,在以下编号条款中列出各个方面:
条款1.一种用于检测受试者的至少一种抗β-冠状病毒抗体的存在或确定其量的方法,所述方法包括以下步骤:
a)使所述受试者的至少一种生物样品同时或以任何顺序依次与以下接触
至少一种第一特异性结合配偶体,其包含至少一种β-冠状病毒分离多肽或其变体,选自核衣壳蛋白的C末端结构域、刺突蛋白的受体结合结构域(RBD) 或核衣壳蛋白的C末端结构域和刺突蛋白的受体结合结构域(RBD),其中所述多肽特异性结合所述样品中的至少一种β-冠状病毒抗体,和
至少一种第二特异性结合配偶体,其包含可检测标记,
从而产生一种或多种第一复合物,其包含第一特异性结合配偶体-抗β-冠状病毒抗体-第二特异性结合配偶体;以及
b)评估所述一种或多种第一复合物的信号,其中所述可检测标记的可检测信号的量指示所述样品中抗β-冠状病毒抗体的存在或其量。
条款2.根据条款1所述的方法,其中所述抗β-冠状病毒抗体为抗 SARS-CoV抗体或抗SARS-CoV-2抗体。
条款3.根据条款1或2所述的方法,其中所述抗β-冠状病毒抗体为抗 SARS-CoV-2抗体。
条款4.根据条款1-3中任一项所述的方法,其中所述生物样品为全血、血清、血浆、唾液、鼻涕试样、口咽试样、肛拭子试样或鼻咽试样。
条款5.根据条款1-4中任一项所述的方法,其中所述分离多肽为融合多肽。
条款6.根据条款1-5中任一项所述的方法,其中所述至少一种分离多肽的长度为约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、 39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、 73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、 90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、 106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、 120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、 134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、 148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、161、 162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、175、 176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、 190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、 204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、217、 218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、230、231、 232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、245、 246、247、248、249、250、251、252、253、254、255、256、257、258、259、 260、261、262、263、264、265、266、267、268、269、270、272、272、273、 274、275、276、277、278、279、280、281、282、283、284、285、286、287、 288、289、290、291、292、293、294、295、296、297、298、299、300、301、 302、303、304、305、306、307、308、309、310、311、312、313、314、315、 316、317、318、319、320、321、322、323、324、325、326、327、328、329、 330、331、332、333、334、335、336、337、338、339、340、341、342、343、 344、345、346、347、348、349、350、351、352、353、354、355、356、357、 358、359、360、361、362、363、364、365、366、367、368、369、370、371、 372、373、374、375、376、377、378、379、380、381、382、383、384、385、386、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、399、 400、401、402、403、404、405、406、407、408、409、410、411、412、413、 414、415、416、417、418、419、420、421、422、423、424、425、426、427、 428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、 442、443、444、445、446、447、448、449、450、451、452、453、454、455、 456、457、458、459、460、461、462、463、464、465、466、467、468、469、 470、471、472、473、474、475、476、477、478、479、480、481、482、483、 484、485、486、487、488、489、490、491、492、493、494、495、496、497、 498、499、500、501、502、503、504、505、506、507、508、509、510、511、 512、513、514、515、516、517、518、519、520、521、522、523、524、525、 526、527、528、529、530、531、532、533、534、535、536、537、538、539、 540、541、542、543、544、545、546、547、548、549、550、551、552、553、 554、555、556、557、558、559、560、561、562、563、564、565、566、567、 568、569、570、571、572、573、574、575、576、577、578、579、580、581、 582、583、584、585、586、587、588、589、590、591、592、593、594、595、 596、597、598、599、600、601、602、603、604、605、606、607、608、609、 610、611、612、613、614、615、616、617、618、619、620、621、622、623、 624、625、626、627、628、629、630、631、632、633、634、635、636、637、 638、639、640、641、642、643、644、645、646、647、648、649、650、651、 652、653、654、655、656、657、658、659、660、661、662、663、664、665、 666、667、668、669、670、671、672、673、674、675、676、677、678、679、 680、681、682、683、684、685、686、687、688、689、690、691、692、693、 694、695、696、697、698、699、700、701、702、703、704、705、706、707、 708、709、710、711、712、713、714、715、716、717、718、719、720、721、 722、723、724、725、726、727、728、729、730、731、732、733、734、735、 736、737、738、739、740、741、742、743、744、745、746、747、748、749、 750、751、752、753、754、755、756、757、758、759、760、761、762、763、 764、765、766、767、768、769、770、771、772、773、774、775、776、777、 778、779、780、781、782、783、784、785、786、787、788、789、790、791、 792、793、794、795、796、797、798、799、800、801、802、803、804、805、806、807、808、809、810、811、812、813、814、815、816、817、818、819、 820、821、822、823、824、825、826、827、828、829、830、831、832、833、 834、835、836、837、838、839、840、841、842、843、844、845、846、847、 848、849、850、851、852、853、854、855、856、857、858、859、860、861、 862、863、864、865、866、867、868、869、870、871、872、873、874、875、 876、877、878、879、880、881、882、883、884、885、886、887、888、889、 890、891、892、893、894、895、896、897、898、899、900、901、902、903、 904、905、906、907、908、909、910、911、912、913、914、915、916、917、 918、919、920、921、922、923、924、925、926、927、928、929、930、931、 932、933、934、935、936、937、938、939、940、941、942、943、944、945、 946、947、948、949、950、951、952、953、954、955、956、957、958、959、 960、961、962、963、964、965、966、967、968、969、970、971、972、973、 974、975、976、977、978、979、980、981、982、983、984、985、986、987、 988、989、990、991、992、993、994、995、996、997、998、999、1000、1001、 1002、1003、1004、1005、1006、1007、1008、1009、1010、1011、1012、1013、 1014、1015、1016、1017、1018、1019、1020、1021、1022、1023、1024、1025、 1026、1027、1028、1029、1030、1031、1032、1033、1034、1035、1036、1037、1038、1039、1040、1041、1042、1043、1044、1045、1046、1047、1048、1049、 1050、1051、1052、1053、1054、1055、1056、1057、1058、1059、1060、1061、 1062、1063、1064、1065、1066、1067、1068、1069、1070、1071、1072、1073、 1074、1075、1076、1077、1078、1079、1080、1081、1082、1083、1084、1085、 1086、1087、1088、1089、1090、1091、1092、1093、1094、1095、1096、1097、 1098、1099、1100、1101、1102、1103、1104、1105、1106、1107、1108、1109、 1110、1111、1112、1113、1114、1115、1116、1117、1118、1119、1120、1121、 1122、1123、1124、1125、1126、1127、1128、1129、1130、1131、1132、1133、 1134、1135、1136、1137、1138、1139、1140、1141、1142、1143、1144、1145、 1146、1147、1148、1149、1150、1151、1152、1153、1154、1155、1156、1157、 1158、1159、1160、1161、1162、1163、1164、1165、1166、1167、1168、1169、 1170、1171、1172、1173、1174、1175、1176、1177、1178、1179、1180、1181、 1182、1183、1184、1185、1186、1187、1188、1189、1190、1191、1192、1193、1194、1195、1196、1197、1198、1199、1200、1201、1202、1203、1204、1205、 1206、1207、1208、1209、1210、1211、1212、1213、1214、1215、1216、1217、 1218、1219、1220、1221、1222、1223、1224、1225、1226、1227、1228、1229、 1230、1231、1232、1233、1234、1235、1236、1237、1238、1239、1240、1241、 1242、1243、1244、1245、1246、1247、1248、1249、1250、1251、1252、1253、 1254、1255、1256、1257、1258、1259、1260、1261、1262、1263、1264、1265、 1266、1267、1268、1269、1270、1272、1272、1273、1274、1275、1276、1277、 1278、1279、1280、1281、1282、1283、1284、1285、1286、1287、1288、1289、 1290、1291、1292、1293、1294、1295、1296、1297、1298、1299、1300、1301、 1302、1303、1304、1305、1306、1307、1308、1309、1310、1311、1312、1313、 1314、1315、1316、1317、1318、1319、1320、1321、1322、1323、1324、1325、 1326、1327、1328、1329、1330、1331、1332、1333、1334、1335、1336、1337、 1338、1339、1340、1341、1342、1343、1344、1345、1346、1347、1348、1349、 1350、1351、1352、1353、1354、1355、1356、1357、1358、1359、1360、1361、 1362、1363、1364、1365、1366、1367、1368、1369、1370、1371、1372、1373、 1374、1375、1376、1377、1378、1379、1380、1381、1382、1383、1384、1385、 1386、1387、1388、1389、1390、1391、1392、1393、1394、1395、1396、1397、 1398、1399、1400、1401、1402、1403、1404、1405、1406、1407、1408、1409、 1410、1411、1412、1413、1414、1415、1416、1417、1418、1419、1420、1421、 1422、1423、1424、1425、1426、1427、1428、1429、1430、1431、1432、1433、 1434、1435、1436、1437、1438、1439、1440、1441、1442、1443、1444、1445、 1446、1447、1448、1449、1450、1451、1452、1453、1454、1455、1456、1457、 1458、1459、1460、1461、1462、1463、1464、1465、1466、1467、1468、1469、 1470、1471、1472、1473、1474、1475、1476、1477、1478、1479、1480、1481、 1482、1483、1484、1485、1486、1487、1488、1489、1490、1491、1492、1493、 1494、1495、1496、1497、1498、1499或1500个氨基酸。
条款7.根据条款1-6中任一项所述的方法,其中所述分离多肽为核衣壳蛋白的C末端结构域,所述多肽的长度为约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、 15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、 32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、 66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、 83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、 100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、 114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、 128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、 142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、 156、157、158、159、160、161、162、163、164、165、166、167、168、169、 170、171、172、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、183、 184、185、186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、196、197、 198、199、200、201、202、203、204、205、206、207、208、209、210、211、 212、213、214、215、216、217、218、219、220、221、222、223、224、225、 226、227、228、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、 240、241、242、243、244、245、246、247、248、249、250、251、252、253、 254、255、256、257、258、259、260、261、262、263、264、265、266、267、 268、269、270、272、272、273、274、275、276、277、278、279、280、281、 282、283、284、285、286、287、288、289、290、291、292、293、294、295、 296、297、298、299、300、301、302、303、304、305、306、307、308、309、 310、311、312、313、314、315、316、317、318、319、320、321、322、323、 324、325、326、327、328、329、330、331、332、333、334、335、336、337、 338、339、340、341、342、343、344、345、346、347、348、349、350、351、 352、353、354、355、356、357、358、359、360、361、362、363、364、365、 366、367、368、369、370、371、372、373、374、375、376、377、378、379、 380、381、382、383、384、385、386、387、388、389、390、391、392、393、 394、395、396、397、398、399、400、401、402、403、404或405个氨基酸。
条款8.根据条款1-7中任一项所述的方法,其中所述分离多肽为核衣壳蛋白的C末端结构域,所述多肽的长度为约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、 15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、 49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、 83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、 100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、 114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、127、 128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、 142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、155、 156、157、158、159、160、161、162、163、164、165、166、167、168、169、 170、171、172、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、183、 184、185、186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、196、197、 198、199、200、201、202、203、204、205、206、207、208、209、210、211、 212、213、214、215、216、217、218、219、220、221、222、223、224、225、 226、227、228、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、 240、241、242、243、244、245、246、247、248、249或250个氨基酸。
条款9.根据条款1-8中任一项所述的方法,其中所述分离多肽为刺突蛋白的受体结合结构域(RBD),所述多肽的长度为约5、6、7、8、9、10、11、12、 13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、 30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、 47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、 64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、 81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、 98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、 113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、 127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、 141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、 155、156、157、158、159、160、161、162、163、164、165、166、167、168、 169、170、171、172、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、 183、184、185、186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、196、 197、198、199、200、201、202、203、204、205、206、207、208、209、210、 211、212、213、214、215、216、217、218、219、220、221、222、223、224、 225、226、227、228、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、245、246、247、248、249、250、251、252、 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条款10.根据条款1-9中任一项所述的方法,其中所述至少一种抗β-冠状病毒抗体为IgG抗体、IgM抗体或IgG抗体和IgM抗体。
条款11.根据条款1-10中任一项所述的方法,其中所述至少一种第一特异性结合配偶体包含β-冠状病毒的核衣壳蛋白的C末端结构域的至少一种分离多肽,其中所述特异性结合配偶体特异性结合(a)IgG抗体;(b)IgM抗体;或(b)IgG 和IgM抗体。
条款12.根据条款1-11中任一项所述的方法,其中所述至少一种第一特异性结合配偶体包含β-冠状病毒的刺突蛋白的受体结合结构域(RBD)的至少一种分离多肽,其中所述特异性结合配偶体特异性结合(a)IgG抗体;和(b)IgM抗体;或(b)IgG抗体和IgM抗体。
条款13.根据条款1-12中任一项所述的方法,其中所述至少一种第二特异性结合配偶体为抗体。
条款14.根据条款1-13中任一项所述的方法,其中所述方法还包括在使所述至少一种第一特异性结合配偶体、所述至少一种第二特异性结合配偶体或所述至少一种第一特异性结合配偶体和所述至少一种类型的第二特异性结合配偶体与所述生物样品接触的同时或之前进行的预处理步骤,并且其中所述预处理步骤任选地包括用抗人IgG、抗人IgM或抗人IgG和抗人IgM处理。
条款15.根据条款1-14中任一项所述的方法,其中所述至少一种第一特异性结合配偶体被固定在固体支持物上。
条款16.根据条款1-16中任一项所述的方法,其中所述方法在少于约20 分钟,任选地,少于约5分钟、少于约10分钟或少于约15分钟内进行。
条款17.根据条款1-16中任一项所述的方法,其中所述方法还包括与至少一种校准试剂、至少一种对照试剂或至少一种校准试剂和至少一种对照试剂一起使用。
条款18.根据条款1-17中任一项所述的方法,其中所述方法选自由免疫测定或临床化学测定组成的组。
条款19.根据条款1-18中任一项所述的方法,其中所述方法使用单分子检测、侧向流测定或定点照护测定进行。
条款20.根据条款1-19中任一项所述的方法,其中所述至少一种第二特异性结合配偶体为抗人IgG IgG抗体、抗人IgM IgG抗体或抗人IgG IgG和抗人IgM IgG抗体。
条款21.根据条款1-20中任一项所述的方法,其中所述方法适用于自动化系统或半自动化系统。
条款22.根据条款1-21中任一项所述的方法,其中所述方法还包括:(a)监测所述受试者的抗β-冠状病毒IgG和/或IgM抗体;(b)治疗所述受试者的β-冠状病毒;(c)监测所述受试者的抗β-冠状病毒IgG和/或IgM抗体,以及治疗所述受试者的β-冠状病毒;或(d)治疗所述受试者的β-冠状病毒,以及监测所述受试者的抗β-冠状病毒IgG和/或IgM抗体。
条款23.一种用于进行根据条款1所述的方法的试剂盒,其中所述试剂盒包括:
a.至少一种特异性结合配偶体,其包含至少一种β-冠状病毒分离多肽或其变体,选自β-冠状病毒的核衣壳蛋白的C末端结构域、刺突蛋白的受体结合结构域(RBD)或核衣壳蛋白的C末端结构域和刺突蛋白的受体结合结构域(RBD);和
b.至少一种第二特异性结合配偶体,其包含至少一种可检测标记。
条款24.根据条款23所述的试剂盒,其中所述试剂盒还包括至少一种校准试剂、至少一种对照试剂或至少一种校准试剂和至少一种对照试剂或被配置成与其一起使用。
条款25.根据条款23或24中任一项所述的试剂盒,其中所述试剂盒还包括至少一个固体支持物。
条款26.根据条款23-25中任一项所述的试剂盒,其中所述试剂盒还包括至少一种预处理试剂或被配置成与其一起使用。
条款27.根据条款23-26中任一项所述的试剂盒,其中所述分离多肽为融合多肽。
条款28.根据条款23-27中任一项所述的试剂盒,其中所述至少一种分离多肽的长度为约5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、 21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、 38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、 72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、 89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、 105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、 119、120、121、122、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、 133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、 147、148、149、150、151、152、153、154、155、156、157、158、159、160、 161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、174、 175、176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、 189、190、191、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、 203、204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、 217、218、219、220、221、222、223、224、225、226、227、228、229、230、 231、232、233、234、235、236、237、238、239、240、241、242、243、244、 245、246、247、248、249、250、251、252、253、254、255、256、257、258、 259、260、261、262、263、264、265、266、267、268、269、270、272、272、 273、274、275、276、277、278、279、280、281、282、283、284、285、286、 287、288、289、290、291、292、293、294、295、296、297、298、299、300、 301、302、303、304、305、306、307、308、309、310、311、312、313、314、 315、316、317、318、319、320、321、322、323、324、325、326、327、328、 329、330、331、332、333、334、335、336、337、338、339、340、341、342、343、344、345、346、347、348、349、350、351、352、353、354、355、356、 357、358、359、360、361、362、363、364、365、366、367、368、369、370、 371、372、373、374、375、376、377、378、379、380、381、382、383、384、385、386、387、388、389、390、391、392、393、394、395、396、397、398、 399、400、401、402、403、404、405、406、407、408、409、410、411、412、 413、414、415、416、417、418、419、420、421、422、423、424、425、426、 427、428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、442、443、444、445、446、447、448、449、450、451、452、453、454、 455、456、457、458、459、460、461、462、463、464、465、466、467、468、 469、470、471、472、473、474、475、476、477、478、479、480、481、482、 483、484、485、486、487、488、489、490、491、492、493、494、495、496、497、498、499、500、501、502、503、504、505、506、507、508、509、510、 511、512、513、514、515、516、517、518、519、520、521、522、523、524、 525、526、527、528、529、530、531、532、533、534、535、536、537、538、 539、540、541、542、543、544、545、546、547、548、549、550、551、552、553、554、555、556、557、558、559、560、561、562、563、564、565、566、 567、568、569、570、571、572、573、574、575、576、577、578、579、580、 581、582、583、584、585、586、587、588、589、590、591、592、593、594、 595、596、597、598、599、600、601、602、603、604、605、606、607、608、609、610、611、612、613、614、615、616、617、618、619、620、621、622、 623、624、625、626、627、628、629、630、631、632、633、634、635、636、 637、638、639、640、641、642、643、644、645、646、647、648、649、650、 651、652、653、654、655、656、657、658、659、660、661、662、663、664、665、666、667、668、669、670、671、672、673、674、675、676、677、678、 679、680、681、682、683、684、685、686、687、688、689、690、691、692、 693、694、695、696、697、698、699、700、701、702、703、704、705、706、 707、708、709、710、711、712、713、714、715、716、717、718、719、720、721、722、723、724、725、726、727、728、729、730、731、732、733、734、 735、736、737、738、739、740、741、742、743、744、745、746、747、748、 749、750、751、752、753、754、755、756、757、758、759、760、761、762、763、764、765、766、767、768、769、770、771、772、773、774、775、776、 777、778、779、780、781、782、783、784、785、786、787、788、789、790、 791、792、793、794、795、796、797、798、799、800、801、802、803、804、 805、806、807、808、809、810、811、812、813、814、815、816、817、818、 819、820、821、822、823、824、825、826、827、828、829、830、831、832、 833、834、835、836、837、838、839、840、841、842、843、844、845、846、 847、848、849、850、851、852、853、854、855、856、857、858、859、860、 861、862、863、864、865、866、867、868、869、870、871、872、873、874、 875、876、877、878、879、880、881、882、883、884、885、886、887、888、 889、890、891、892、893、894、895、896、897、898、899、900、901、902、 903、904、905、906、907、908、909、910、911、912、913、914、915、916、 917、918、919、920、921、922、923、924、925、926、927、928、929、930、 931、932、933、934、935、936、937、938、939、940、941、942、943、944、 945、946、947、948、949、950、951、952、953、954、955、956、957、958、 959、960、961、962、963、964、965、966、967、968、969、970、971、972、 973、974、975、976、977、978、979、980、981、982、983、984、985、986、 987、988、989、990、991、992、993、994、995、996、997、998、999、1000 或1001、1002、1003、1004、1005、1006、1007、1008、1009、1010、1011、 1012、1013、1014、1015、1016、1017、1018、1019、1020、1021、1022、1023、 1024、1025、1026、1027、1028、1029、1030、1031、1032、1033、1034、1035、 1036、1037、1038、1039、1040、1041、1042、1043、1044、1045、1046、1047、 1048、1049、1050、1051、1052、1053、1054、1055、1056、1057、1058、1059、 1060、1061、1062、1063、1064、1065、1066、1067、1068、1069、1070、1071、 1072、1073、1074、1075、1076、1077、1078、1079、1080、1081、1082、1083、 1084、1085、1086、1087、1088、1089、1090、1091、1092、1093、1094、1095、 1096、1097、1098、1099、1100、1101、1102、1103、1104、1105、1106、1107、 1108、1109、1110、1111、1112、1113、1114、1115、1116、1117、1118、1119、 1120、1121、1122、1123、1124、1125、1126、1127、1128、1129、1130、1131、 1132、1133、1134、1135、1136、1137、1138、1139、1140、1141、1142、1143、 1144、1145、1146、1147、1148、1149、1150、1151、1152、1153、1154、1155、1156、1157、1158、1159、1160、1161、1162、1163、1164、1165、1166、1167、 1168、1169、1170、1171、1172、1173、1174、1175、1176、1177、1178、1179、 1180、1181、1182、1183、1184、1185、1186、1187、1188、1189、1190、1191、 1192、1193、1194、1195、1196、1197、1198、1199、1200、1201、1202、1203、 1204、1205、1206、1207、1208、1209、1210、1211、1212、1213、1214、1215、 1216、1217、1218、1219、1220、1221、1222、1223、1224、1225、1226、1227、 1228、1229、1230、1231、1232、1233、1234、1235、1236、1237、1238、1239、 1240、1241、1242、1243、1244、1245、1246、1247、1248、1249、1250、1251、 1252、1253、1254、1255、1256、1257、1258、1259、1260、1261、1262、1263、 1264、1265、1266、1267、1268、1269、1270、1272、1272、1273、1274、1275、 1276、1277、1278、1279、1280、1281、1282、1283、1284、1285、1286、1287、 1288、1289、1290、1291、1292、1293、1294、1295、1296、1297、1298、1299、 1300、1301、1302、1303、1304、1305、1306、1307、1308、1309、1310、1311、 1312、1313、1314、1315、1316、1317、1318、1319、1320、1321、1322、1323、 1324、1325、1326、1327、1328、1329、1330、1331、1332、1333、1334、1335、 1336、1337、1338、1339、1340、1341、1342、1343、1344、1345、1346、1347、 1348、1349、1350、1351、1352、1353、1354、1355、1356、1357、1358、1359、 1360、1361、1362、1363、1364、1365、1366、1367、1368、1369、1370、1371、 1372、1373、1374、1375、1376、1377、1378、1379、1380、1381、1382、1383、 1384、1385、1386、1387、1388、1389、1390、1391、1392、1393、1394、1395、 1396、1397、1398、1399、1400、1401、1402、1403、1404、1405、1406、1407、 1408、1409、1410、1411、1412、1413、1414、1415、1416、1417、1418、1419、 1420、1421、1422、1423、1424、1425、1426、1427、1428、1429、1430、1431、 1432、1433、1434、1435、1436、1437、1438、1439、1440、1441、1442、1443、 1444、1445、1446、1447、1448、1449、1450、1451、1452、1453、1454、1455、 1456、1457、1458、1459、1460、1461、1462、1463、1464、1465、1466、1467、 1468、1469、1470、1471、1472、1473、1474、1475、1476、1477、1478、1479、 1480、1481、1482、1483、1484、1485、1486、1487、1488、1489、1490、1491、 1492、1493、1494、1495、1496、1497、1498、1499或1500个氨基酸。
条款29.根据条款23-28中任一项所述的试剂盒,其中所述分离多肽为核衣壳蛋白的C末端结构域,所述多肽的长度为约5、6、7、8、9、10、11、12、13、 14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、 31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、 48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、 65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、 82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、 99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、 113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、 127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、 141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、 155、156、157、158、159、160、161、162、163、164、165、166、167、168、 169、170、171、172、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、 183、184、185、186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、196、 197、198、199、200、201、202、203、204、205、206、207、208、209、210、 211、212、213、214、215、216、217、218、219、220、221、222、223、224、 225、226、227、228、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、 239、240、241、242、243、244、245、246、247、248、249、250、251、252、 253、254、255、256、257、258、259、260、261、262、263、264、265、266、 267、268、269、270、272、272、273、274、275、276、277、278、279、280、 281、282、283、284、285、286、287、288、289、290、291、292、293、294、 295、296、297、298、299、300、301、302、303、304、305、306、307、308、 309、310、311、312、313、314、315、316、317、318、319、320、321、322、 323、324、325、326、327、328、329、330、331、332、333、334、335、336、 337、338、339、340、341、342、343、344、345、346、347、348、349、350、 351、352、353、354、355、356、357、358、359、360、361、362、363、364、 365、366、367、368、369、370、371、372、373、374、375、376、377、378、 379、380、381、382、383、384、385、386、387、388、389、390、391、392、 393、394、395、396、397、398、399、400、401、402、403、404或405个氨基酸。
条款30.根据条款23-29中任一项所述的试剂盒,其中所述分离多肽为核衣壳蛋白的C末端结构域,所述多肽的长度为约5、6、7、8、9、10、11、12、13、 14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、 31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、 48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、 65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、 82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、 99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、 113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、126、 127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、 141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、154、 155、156、157、158、159、160、161、162、163、164、165、166、167、168、 169、170、171、172、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、 183、184、185、186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、196、 197、198、199、200、201、202、203、204、205、206、207、208、209、210、 211、212、213、214、215、216、217、218、219、220、221、222、223、224、 225、226、227、228、229、230、231、232、233、234、235、236、237、238、 239、240、241、242、243、244、245、246、247、248、249或250个氨基酸。
条款31.根据条款23-30中任一项所述的试剂盒,其中所述分离多肽为刺突蛋白的受体结合结构域(RBD),所述多肽的长度为约5、6、7、8、9、10、11、 12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、 29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、 46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、 63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、 80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、 97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、 112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、125、 126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、 140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、153、 154、155、156、157、158、159、160、161、162、163、164、165、166、167、 168、169、170、171、172、173、174、175、176、177、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、 196、197、198、199、200、201、202、203、204、205、206、207、208、209、 210、211、212、213、214、215、216、217、218、219、220、221、222、223、 224、225、226、227、228、229、230、231、232、233、234、235、236、237、 238、239、240、241、242、243、244、245、246、247、248、249、250、251、 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966、967、968、969、970、971、972、973、974、975、976、977、978、979、 980、981、982、983、984、985、986、987、988、989、990、991、992、993、 994、995、996、997、998、999、1000、1001、1002、1003、1004、1005、1006、 1007、1008、1009、1010、1011、1012、1013、1014、1015、1016、1017、1018、1019、1020、1021、1022、1023、1024、1025、1026、1027、1028、1029、1030、 1031、1032、1033、1034、1035、1036、1037、1038、1039、1040、1041、1042、 1043、1044、1045、1046、1047、1048、1049、1050、1051、1052、1053、1054、 1055、1056、1057、1058、1059、1060、1061、1062、1063、1064、1065、1066、 1067、1068、1069、1070、1071、1072、1073、1074、1075、1076、1077、1078、 1079、1080、1081、1082、1083、1084、1085、1086、1087、1088、1089、1090、 1091、1092、1093、1094、1095、1096、1097、1098、1099、1100、1101、1102、 1103、1104、1105、1106、1107、1108、1109、1110、1111、1112、1113、1114、 1115、1116、1117、1118、1119、1120、1121、1122、1123、1124、1125、1126、 1127、1128、1129、1130、1131、1132、1133、1134、1135、1136、1137、1138、 1139、1140、1141、1142、1143、1144、1145、1146、1147、1148、1149、1150、 1151、1152、1153、1154、1155、1156、1157、1158、1159、1160、1161、1162、 1163、1164、1165、1166、1167、1168、1169、1170、1171、1172、1173、1174、 1175、1176、1177、1178、1179、1180、1181、1182、1183、1184、1185、1186、 1187、1188、1189、1190、1191、1192、1193、1194、1195、1196、1197、1198、 1199、1200、1201、1202、1203、1204、1205、1206、1207、1208、1209、1210、 1211、1212、1213、1214、1215、1216、1217、1218、1219、1220、1221、1222、 1223、1224、1225、1226、1227、1228、1229、1230、1231、1232、1233、1234、 1235、1236、1237、1238、1239、1240、1241、1242、1243、1244、1245、1246、 1247、1248、1249、1250、1251、1252、1253、1254、1255、1256、1257、1258、 1259、1260、1261、1262、1263、1264、1265、1266、1267、1268、1269、1270、 1272、1272、1273、1274、1275、1276、1277、1278、1279、1280、1281、1282、 1283、1284、1285、1286、1287、1288、1289、1290、1291、1292、1293、1294、 1295、1296、1297、1298、1299、1300、1301、1302、1303、1304、1305、1306、 1307、1308、1309、1310、1311、1312、1313、1314、1315、1316、1317、1318、 1319、1320、1321、1322、1323、1324、1325、1326、1327、1328、1329、1330、 1331、1332、1333、1334、1335、1336、1337、1338、1339、1340、1341、1342、 1343、1344、1345、1346、1347、1348、1349、1350、1351、1352、1353、1354、 1355、1356、1357、1358、1359、1360、1361、1362、1363、1364、1365、1366、 1367、1368、1369、1370、1371、1372、1373、1374、1375、1376、1377、1378、1379、1380、1381、1382、1383、1384、1385、1386、1387、1388、1389、1390、 1391、1392、1393、1394、1395、1396、1397、1398、1399、1400、1401、1402、 1403、1404、1405、1406、1407、1408、1409、1410、1411、1412、1413、1414、 1415、1416、1417、1418、1419、1420、1421、1422、1423、1424、1425、1426、 1427、1428、1429、1430、1431、1432、1433、1434、1435、1436、1437、1438、 1439、1440、1441、1442、1443、1444、1445、1446、1447、1448、1449、1450、 1451、1452、1453、1454、1455、1456、1457、1458、1459、1460、1461、1462、 1463、1464、1465、1466、1467、1468、1469、1470、1471、1472、1473、1474、 1475、1476、1477、1478、1479、1480、1481、1482、1483、1484、1485、1486、 1487、1488、1489、1490、1491、1492、1493、1494、1495、1496、1497、1498、 1499或1500个氨基酸。
条款32.根据条款23-31中任一项所述的试剂盒,其中所述至少一种第二特异性结合配偶体为抗物种IgG(例如,抗人IgG IgG)抗体、抗物种IgM(例如,抗人IgM IgG)抗体或抗物种IgG(例如,抗人IgG IgG)和抗物种IgM(例如,抗人IgM IgG)抗体。
条款33.根据条款22-32中任一项所述的试剂盒,其中所述试剂盒适于与自动化或半自动化系统一起使用。
条款34.一种用于检测获自受试者的生物样品中的抗β-冠状病毒抗体的系统,其包括:
至少一种第一特异性结合配偶体,其包含至少一种β-冠状病毒分离多肽或其变体,选自β-冠状病毒的核衣壳蛋白的C末端结构域、刺突蛋白的受体结合结构域(RBD)或核衣壳蛋白的C末端结构域和刺突蛋白的受体结合结构域 (RBD),所述第一特异性结合配偶体特异性结合至少一种抗β-冠状病毒抗体,和至少一种第二特异性结合配偶体,所述第二特异性结合配偶体包含至少一种可检测标记;和
至少一种装置,其用于检测所述复合物的所述至少一个标记。
条款35.根据条款34所述的系统,其中所述用于检测所述复合物的所述标记的装置为自动化或半自动化的。
条款36.根据条款34-35中任一项所述的系统,其中所述抗β-冠状病毒抗体为抗SARS-CoV抗体或抗SARS-CoV-2抗体。
条款37.根据条款34-36中任一项所述的系统,其中所述抗β-冠状病毒抗体为抗SARS-CoV IgG抗体、抗SARS-CoV IgM抗体、抗SARS-CoV-2 IgG抗体、抗SARS-CoV-2 IgM抗体或其任何组合。
条款38.根据条款34-37中任一项所述的系统,其中所述至少一种第二特异性结合配偶体为抗物种IgG(例如,抗人IgG IgG)抗体、抗物种IgM(例如,抗人IgM IgG)抗体或抗物种IgG(例如,抗人IgG IgG)和抗物种IgM(例如,抗人IgM IgG)抗体。
条款39.根据条款1-22中任一项所述的方法,其中所述方法还采用包含单克隆抗体CR3018或CR3022的序列的校准剂或对照的使用。
条款40.根据条款1-22或39中任一项所述的方法,其中所述至少一种第一特异性结合配偶体为核衣壳蛋白或其变体的C末端结构域,其(1)具有SEQ ID NO:1的氨基酸序列;(2)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列 GPQNQ(SEQ ID NO:21)、RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST(SEQ ID NO:23) 和SEQ ID NO:2的氨基酸211至419;(3)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQSNQ(SEQ ID NO:22)、RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST (SEQ ID NO:23)和SEQ ID NO:2的氨基酸211至419;或(4)具有SEQ ID NO:2 的氨基酸210至419的氨基酸序列。
条款41.根据条款1-22或39中任一项所述的方法,其中所述至少一种第一特异性结合配偶体为刺突蛋白或其变体的受体结合结构域(RBD),其具有SEQ ID NO:15或SEQ IDNO:17的氨基酸319至542的氨基酸序列。
条款42.根据条款22-33中任一项所述的试剂盒,其中所述试剂盒还包括至少一种包含单克隆抗体CR3018或CR3022的序列的校准剂或对照。
条款43.根据条款22-33或42中任一项所述的试剂盒,其中所述至少一种第一特异性结合配偶体为核衣壳蛋白或其变体的C末端结构域,其(1)具有SEQ ID NO:1的氨基酸序列;(2)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列 GPQNQ(SEQ ID NO:21)、RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST(SEQ ID NO:23) 和SEQ ID NO:2的氨基酸211至419;(3)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQSNQ(SEQ ID NO:22)、RSAPRITFG(SEQID NO:7)、GPTDST (SEQ ID NO:23)和SEQ ID NO:2的氨基酸211至419;或(4)具有SEQ IDNO:2 的氨基酸210至419的氨基酸序列。
条款44.根据条款22-33或42中任一项所述的试剂盒,其中所述至少一种第一特异性结合配偶体为刺突蛋白或其变体的受体结合结构域(RBD),其具有 SEQ ID NO:15或SEQID NO:17的氨基酸319至542的氨基酸序列。
条款45.根据条款34-38中任一项所述的系统,其中所述至少一种第一特异性结合配偶体为核衣壳蛋白或其变体的C末端结构域,其(1)具有SEQ ID NO:1 的氨基酸序列;(2)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQNQ (SEQ ID NO:21)、RSAPRITFG(SEQID NO:7)、GPTDST(SEQ ID NO:23)和SEQ ID NO:2的氨基酸211至419;(3)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQSNQ(SEQ ID NO:22)、RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST(SEQ ID NO:23)和SEQ ID NO:2的氨基酸211至419;或(4)具有SEQ ID NO:2的氨基酸 210至419的氨基酸序列。
条款46.根据条款34-38中任一项所述的系统,其中所述至少一种第一特异性结合配偶体为刺突蛋白或其变体的受体结合结构域(RBD),其具有SEQ ID NO:15或SEQ ID NO:17的氨基酸319至542的氨基酸序列。
条款47.一种检测生物样品中的抗β-冠状病毒抗体的方法的改进,其中所述方法包括检测复合物,所述复合物包含第一特异性结合配偶体、所述样品抗β- 冠状病毒抗体和包含至少一种可检测标记的第二特异性结合配偶体,其中所述改进包括使用第一特异性结合配偶体,其包含β-冠状病毒核衣壳蛋白或其变体的C末端结构域的至少一种分离多肽。
条款48.根据条款47所述的改进,其中所述第一特异性结合配偶体为核衣壳蛋白或其变体的C末端结构域,其(1)具有SEQ ID NO:1的氨基酸序列;(2) 为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQNQ(SEQ ID NO:21)、 RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST(SEQ ID NO:23)和SEQ ID NO:2的氨基酸211至419;(3)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQSNQ (SEQ ID NO:22)、RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST(SEQ ID NO:23)和SEQ ID NO:2的氨基酸211至419;或(4)具有SEQ ID NO:2的氨基酸210至419的氨基酸序列。
条款49.一种检测生物样品中的抗β-冠状病毒抗体的方法的改进,其中所述方法包括检测复合物,所述复合物包含第一特异性结合配偶体、所述样品抗β- 冠状病毒抗体和包含至少一种可检测标记的第二特异性结合配偶体,其中所述改进包括使用第一特异性结合配偶体,其包含β-冠状病毒刺突蛋白或其变体的受体结合结构域(RBD)的至少一种分离多肽。
条款50.根据条款49所述的改进,其中所述第一特异性结合配偶体为刺突蛋白或其变体的受体结合结构域(RBD),其具有SEQ ID NO:15或SEQ ID NO:17 的氨基酸319至542的氨基酸序列。
条款51.一种用于检测受试者的至少一种抗β-冠状病毒抗体的存在或确定其量的方法,所述方法包括以下步骤:
a)使所述受试者的至少一种生物样品同时或以任何顺序依次与以下接触
至少一种第一特异性结合配偶体,其包含至少一种β-冠状病毒分离多肽或其变体,选自核衣壳蛋白的C末端结构域、刺突蛋白的受体结合结构域(RBD) 或核衣壳蛋白的C末端结构域和刺突蛋白的受体结合结构域(RBD),其中所述多肽特异性结合所述样品中的至少一种β-冠状病毒抗体,和
至少一种第二特异性结合配偶体,其包含可检测标记,
从而产生一种或多种第一复合物,其包含第一特异性结合配偶体-抗β-冠状病毒抗体-第二特异性结合配偶体;以及
b)评估所述一种或多种第一复合物的信号,其中所述可检测标记的可检测信号的量指示所述样品中抗β-冠状病毒抗体的存在或其量。
条款52.根据条款51所述的方法,其中所述抗β-冠状病毒抗体为抗 SARS-CoV-2抗体。
条款53.根据条款51或52中任一项所述的方法,其中所述生物样品为全血、血清、血浆、唾液、鼻涕试样、肛拭子试样、口咽试样或鼻咽试样。
条款54.根据条款51-53中任一项所述的方法,其中所述至少一种抗β-冠状病毒抗体为抗β-冠状病毒IgG抗体、抗β-冠状病毒IgM抗体或抗β-冠状病毒 IgG抗体和抗β-冠状病毒IgM抗体。
条款55.根据条款51-54中任一项所述的方法,其中所述至少一种第一特异性结合配偶体包含β-冠状病毒的核衣壳蛋白的C末端结构域的至少一种分离多肽,其中所述方法执行为使得所述特异性结合配偶体特异性结合(a)抗β-冠状病毒IgG抗体;(b)抗β-冠状病毒IgM抗体;或(b)抗β-冠状病毒IgG和抗β-冠状病毒IgM抗体。
条款56.根据条款51-54中任一项所述的方法,其中所述至少一种第一特异性结合配偶体包含β-冠状病毒的刺突蛋白的受体结合结构域(RBD)的至少一种分离多肽,其中所述方法执行为使得所述特异性结合配偶体特异性结合(a)抗β- 冠状病毒IgG抗体;(b)抗β-冠状病毒IgM抗体;或(b)抗β-冠状病毒IgG抗体和抗β-冠状病毒IgM抗体。
条款57.根据条款51-56中任一项所述的方法,其中所述至少一种第二特异性结合配偶体为抗物种IgG(例如,抗人IgG IgG)抗体、抗物种IgM(例如,抗人IgM IgG)抗体或(例如,抗人IgG IgG)抗体和抗物种IgM(例如,抗人 IgM IgG)抗体。
条款58.根据条款51-55中任一项所述的方法,其中所述至少一种第一特异性结合配偶体为核衣壳蛋白或其变体的C末端结构域,其
(1)具有SEQ ID NO:1的氨基酸序列;(2)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQNQ(SEQ ID NO:21)、RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST (SEQ ID NO:23)和SEQID NO:2的氨基酸211至419;(3)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQSNQ(SEQ ID NO:22)、RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST(SEQ ID NO:23)和SEQ ID NO:2的氨基酸211至419;或(4)具有SEQ ID NO:2的氨基酸210至419的氨基酸序列。
条款59.根据条款51-54或56中任一项所述的方法,其中所述至少一种第一特异性结合配偶体为刺突蛋白或其变体的受体结合结构域(RBD),其具有SEQ ID NO:15或SEQ IDNO:17的氨基酸319至542的氨基酸序列。
条款60.根据条款58或59所述的方法,其中所述方法执行为使得所述至少一种第一特异性结合配偶体结合(a)抗SARS-CoV-2 IgG抗体;(b)抗SARS CoV-2 IgM抗体;或(c)抗β冠状病毒IgG抗体和抗β-冠状病毒IgM抗体。
条款61.根据条款51-60中任一项所述的方法,其中所述方法包括检测:
(a)获自受试者的至少一种生物样品中的至少一种抗SARS-CoV-2 IgG抗体,其中所述至少一种第一特异性结合配偶体为核衣壳蛋白或其变体的C末端结构域,其(1)具有SEQ ID NO:1的氨基酸序列;(2)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQNQ(SEQ ID NO:21)、RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、 GPTDST(SEQ ID NO:23)和SEQ ID NO:2的氨基酸211至419;(3)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQSNQ(SEQ ID NO:22)、RSAPRITFG (SEQ ID NO:7)、GPTDST(SEQ ID NO:23)和SEQ ID NO:2的氨基酸211至419;或(4)具有SEQ ID NO:2的氨基酸210至419的氨基酸序列并且特异性结合至少一种抗SARS-CoV-2 IgG抗体,和/或
(b)获自受试者的至少一种生物样品中的至少一种抗SARS-CoV-2 IgM抗体,其中所述至少一种第一特异性结合配偶体为刺突蛋白或其变体的受体结合结构域(RBD),其具有SEQ ID NO:15或SEQ ID NO:17的氨基酸319至542的氨基酸序列并且特异性结合至少一种抗SARS-CoV-2 IgM抗体;并且
其中在获自所述受试者的单种生物样品中或在获自所述受试者的多种生物样品中检测所述至少一种抗SARS-CoV-2 IgG抗体和/或至少一种抗SARS-CoV-2 IgG抗体;并且
进一步地,其中在获自所述受试者的单种生物样品中或在获自所述受试者的多种生物样品中同时或以任何顺序依次检测所述至少一种抗SARS-CoV-2 IgG 抗体和至少一种抗SARS-CoV-2 IgG抗体。
条款62.根据条款51-61中任一项所述的方法,其中所述方法还包括检测获自所述受试者的至少一种生物样品的SARS-CoV-2,所述至少一种生物样品为单种生物样品或多种生物样品。
条款63.根据条款61或62所述的方法,其中所述SARS-CoV-2是通过其病毒RNA使用聚合酶链反应,或通过其病毒抗原来检测的。
条款64.根据条款61-63中任一项所述的方法,其中所述多种生物样品是同时或在不同时间获得的。
条款65.根据条款61-64中任一项所述的方法,其中所述方法还包括检测所述受试者是否处于以下情况:
(a)当获自所述受试者的所述至少一种生物样品对病毒RNA或病毒抗原呈阳性,对抗SARS-CoV-2 IgM抗体呈阴性,并且对抗SARS-CoV-2 IgG抗体呈阴性时,为不产生任何抗体的初始感染时期;和/或
(b)当获自所述受试者的所述至少一种生物样品对病毒RNA或病毒抗原呈阳性,对抗SARS-CoV-2 IgM抗体呈阳性,并且对抗SARS-CoV-2 IgG抗体呈阴性时,为早期急性感染期,并且出现对病毒的免疫反应且产生抗体;和/或
(c)当获自所述受试者的所述至少一种生物样品对病毒RNA呈阴性,对抗 SARS-CoV-2 IgM抗体呈阳性,并且对抗SARS-CoV-2 IgG抗体呈阴性时,为早期急性感染期,或者具有假阴性病毒RNA结果或病毒抗原结果,或者具有假阳性抗SARS-CoV-2 IgM抗体结果;和/或
(d)当获自所述受试者的所述至少一种生物样品对病毒RNA或病毒抗原呈阳性,对抗β-冠状病毒IgM抗体呈阳性,并且对抗SARS-CoV-2 IgG抗体呈阳性时,为急性感染期,并且免疫反应进展;和/或
(e)当获自所述受试者的所述至少一种生物样品对病毒RNA或病毒抗原呈阳性,对抗SARS-CoV-2 IgM抗体呈阴性,并且对抗SARS-CoV-2 IgG抗体呈阳性时,为晚期急性感染期,或者已经出现复发的SARS-CoV-2感染;和/或
(f)当获自所述受试者的所述至少一种生物样品对病毒RNA或病毒抗原呈阴性,对抗β-冠状病毒IgM抗体呈阳性,并且对抗SARS-CoV-2 IgG抗体呈阳性时,为晚期急性感染期或恢复期,或者具有假阴性病毒RNA结果;和/或
(g)当获自所述受试者的所述至少一种生物样品对病毒RNA或病毒抗原呈阴性,对抗SARS-CoV-2 IgM抗体呈阴性,并且对抗SARS-CoV-2 IgG抗体呈阳性时,为恢复期;和/或
(h)当获自所述受试者的所述至少一种生物样品对病毒RNA或病毒抗原呈阴性,并且对抗SARS-CoV-2 IgM抗体和抗SARS-CoV-2 IgG抗体呈阴性时,为恢复期。
条款66.根据条款51-65中任一项所述的方法,其中所述方法还包括在使所述至少一种第一特异性结合配偶体、所述至少一种第二特异性结合配偶体或所述至少一种第一特异性结合配偶体和所述至少一种类型的第二特异性结合配偶体与所述生物样品接触的同时或之前进行的预处理步骤,并且其中所述预处理步骤任选地包括用抗人IgG、抗人IgM或抗人IgG和抗人IgM处理。
条款67.根据条款51-66中任一项所述的方法,其中所述至少一种第一特异性结合配偶体被固定在固体支持物上。
条款68.根据条款51-67中任一项所述的方法,其中所述方法在少于约20 分钟,任选地,少于约5分钟、少于约10分钟或少于约15分钟内进行。
条款69.根据条款51-68中任一项所述的方法,其中所述方法还包括与至少一种校准试剂、至少一种对照试剂或至少一种校准试剂和至少一种对照试剂一起使用。
条款70.根据条款51-69中任一项所述的方法,其中所述方法还采用至少一种包含单克隆抗体CR3018或CR3022的序列的校准剂或对照的使用。
条款71.根据条款51-70中任一项所述的方法,其中所述方法选自由免疫测定或临床化学测定组成的组。
条款72.根据条款51-71中任一项所述的方法,其中所述方法使用单分子检测、侧向流测定或定点照护测定进行。
条款73.根据条款51-72中任一项所述的方法,其中所述方法适用于自动化系统或半自动化系统。
条款74.根据条款51-73中任一项所述的方法,其中所述方法还包括:(a) 监测所述受试者的抗β-冠状病毒,任选地SARS-CoV-2,IgG和/或IgM抗体; (b)治疗所述受试者的β-冠状病毒,任选地SARS-CoV-2;(c)监测所述受试者的抗β-冠状病毒,任选地SARS-CoV-2,IgG和/或IgM抗体,以及治疗所述受试者的β-冠状病毒,任选地SARS-CoV-2;或(d)治疗所述受试者的β-冠状病毒,任选地SARS-CoV-2,以及监测所述受试者的抗β-冠状病毒,任选地SARS-CoV-2,IgG和/或IgM抗体。
条款75.一种用于进行根据条款51所述的方法的试剂盒,其中所述试剂盒包括:
a.至少一种特异性结合配偶体,其包含至少一种β-冠状病毒分离多肽或其变体,选自β-冠状病毒的核衣壳蛋白的C末端结构域、刺突蛋白的受体结合结构域(RBD)或核衣壳蛋白的C末端结构域和刺突蛋白的受体结合结构域(RBD);和
b.至少一种第二特异性结合配偶体,其包含至少一种可检测标记。
条款76.根据条款75所述的试剂盒,其中所述试剂盒还包括至少一种校准试剂、至少一种对照试剂或至少一种校准试剂和至少一种对照试剂或被配置成与其一起使用。
条款77.根据条款75或76中任一项所述的试剂盒,其中所述试剂盒还包括至少一个固体支持物。
条款78.根据条款75-77中任一项所述的试剂盒,其中所述试剂盒还包括至少一种预处理试剂或被配置成与其一起使用。
条款79.根据条款75-78中任一项所述的试剂盒,其中所述分离多肽为融合多肽。
条款80.根据条款75-79中任一项所述的试剂盒,其中所述至少一种第二特异性结合配偶体为抗物种IgG(例如,抗人IgG IgG)抗体、抗物种IgM(例如,抗人IgM IgG)抗体或抗物种IgG(例如,抗人IgG IgG)和抗物种IgM(例如,抗人IgM IgG)抗体。
条款81.根据条款75-80中任一项所述的试剂盒,其中所述试剂盒还包括至少一种包含单克隆抗体CR3018或CR3022的序列的校准剂或对照。
条款82.根据条款75-81中任一项所述的试剂盒,其中所述至少一种第一特异性结合配偶体为核衣壳蛋白或其变体的C末端结构域,其
(1)具有SEQ ID NO:1的氨基酸序列;(2)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQNQ(SEQ ID NO:21)、RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST (SEQ ID NO:23)和SEQID NO:2的氨基酸211至419;(3)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQSNQ(SEQ ID NO:22)、RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST(SEQ ID NO:23)和SEQ ID NO:2的氨基酸211至419;或(4)具有SEQ ID NO:2的氨基酸210至419的氨基酸序列。
条款83.根据条款75-81中任一项所述的试剂盒,其中所述至少一种第一特异性结合配偶体为刺突蛋白的受体结合结构域(RBD),其具有SEQ ID NO:15或 SEQ ID NO:17的氨基酸319至542的氨基酸序列。
条款84.根据条款75-83中任一项所述的试剂盒,其中所述至少一种第一特异性结合配偶体结合(a)抗β-冠状病毒IgG抗体、(b)抗β-冠状病毒IgM抗体或(c) (a)和(b)的组合。
条款85.根据条款75-84中任一项所述的试剂盒,其中所述试剂盒适于与自动化或半自动化系统一起使用。
条款86.一种用于检测获自受试者的生物样品中的抗β-冠状病毒抗体的系统,其包括:
至少一种第一特异性结合配偶体,其包含至少一种β-冠状病毒分离多肽或其变体,选自β-冠状病毒的核衣壳蛋白的C末端结构域、刺突蛋白的受体结合结构域(RBD)或核衣壳蛋白的C末端结构域和刺突蛋白的受体结合结构域 (RBD),所述第一特异性结合配偶体特异性结合至少一种抗β-冠状病毒抗体,和至少一种第二特异性结合配偶体,所述第二特异性结合配偶体包含至少一种可检测标记;和
至少一种装置,其用于检测所述复合物的所述至少一个标记。
条款87.根据条款86所述的系统,其中所述用于检测所述复合物的所述标记的装置为自动化或半自动化的。
条款88.根据条款86-87中任一项所述的系统,其中所述抗β-冠状病毒抗体为抗SARS-CoV-2抗体。
条款89.根据条款88中任一项所述的系统,其中所述抗SARS-CoV-2抗体为抗SARS-CoV-2 IgG抗体、抗SARS-CoV-2 IgM抗体或其任何组合。
条款90.根据条款86-89中任一项所述的系统,其中所述至少一种第二特异性结合配偶体为抗物种IgG(例如,抗人IgG IgG)抗体、抗物种IgM(例如,抗人IgM IgG)抗体或抗物种IgG(例如,抗人IgG IgG)和抗物种IgM(例如,抗人IgM IgG)抗体。
条款91.根据条款86-90中任一项所述的系统,其中所述至少一种第一特异性结合配偶体为核衣壳蛋白或其变体的C末端结构域,其(1)具有SEQ ID NO:1 的氨基酸序列;(2)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQNQ (SEQ ID NO:21)、RSAPRITFG(SEQID NO:7)、GPTDST(SEQ ID NO:23)和SEQ ID NO:2的氨基酸211至419;(3)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQSNQ(SEQ ID NO:22)、RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST(SEQ ID NO:23)和SEQ ID NO:2的氨基酸211至419;或(4)具有SEQ ID NO:2的氨基酸 210至419的氨基酸序列。
条款92.根据条款86-90中任一项所述的系统,其中所述至少一种第一特异性结合配偶体为刺突蛋白或其变体的受体结合结构域(RBD),其具有SEQ ID NO:15或SEQ ID NO:17的氨基酸319至542的氨基酸序列。
条款93.根据条款86-92中任一项所述的系统,其中所述至少一种第一特异性结合配偶体结合(a)抗β-冠状病毒IgG抗体、(b)抗β-冠状病毒IgM抗体或(c)(a) 和(b)的组合。
条款94.一种检测生物样品中的抗β-冠状病毒抗体的方法的改进,其中所述方法包括检测复合物,所述复合物包含第一特异性结合配偶体、所述样品抗β- 冠状病毒抗体和包含至少一种可检测标记的第二特异性结合配偶体,其中所述改进包括使用第一特异性结合配偶体,其包含β-冠状病毒核衣壳蛋白或其变体的C末端结构域的至少一种分离多肽。
条款95.一种检测生物样品中的抗β-冠状病毒抗体的方法的改进,其中所述方法包括检测复合物,所述复合物包含第一特异性结合配偶体、所述样品抗β- 冠状病毒抗体和包含至少一种可检测标记的第二特异性结合配偶体,其中所述改进包括使用第一特异性结合配偶体,其包含β-冠状病毒刺突蛋白或其变体的受体结合结构域(RBD)的至少一种分离多肽。
条款96.根据条款94所述的改进,其中所述第一特异性结合配偶体为核衣壳蛋白或其变体的C末端结构域,其(1)具有SEQ ID NO:1的氨基酸序列;(2) 为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQNQ(SEQ ID NO:21)、RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST(SEQ ID NO:23)和SEQ ID NO:2的氨基酸211至419;(3)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQSNQ (SEQ ID NO:22)、RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST(SEQ ID NO:23)和SEQ ID NO:2的氨基酸211至419;或(4)具有SEQ ID NO:2的氨基酸210至419的氨基酸序列。
条款97.根据条款95所述的改进,其中所述第一特异性结合配偶体为刺突蛋白或其变体的受体结合结构域(RBD),其具有SEQ ID NO:15或SEQ ID NO:17 的氨基酸319至542的氨基酸序列。
条款98.根据条款96或97所述的改进,其中所述至少一种第一特异性结合配偶体结合(a)抗β-冠状病毒IgG抗体、(b)抗β-冠状病毒IgM抗体或(c)(a)和 (b)的组合。
条款99.根据条款51-74中任一项所述的方法,其中所述方法还包括将具有一种或多种抗β-冠状病毒IgG和/或抗β-冠状病毒IgM抗体的受试者识别为提供在针对β-冠状病毒的恢复期疗法中使用的生物样品的候选受试者。
条款100.根据条款99所述的方法,其中所述生物样品为血浆样品。
条款101.根据条款51-74中任一项所述的方法,其中所述方法涉及基于评估的可检测信号的量,确定受试者的至少一种抗β-冠状病毒抗体的量或数量。
条款102.根据条款101所述的方法,其中至少一种抗β-冠状病毒抗体为抗 SARS-CoV-2 IgG抗体。
条款103.根据条款102所述的方法,其中所述至少一种第一特异性结合配偶体为刺突蛋白或其变体的受体结合结构域(RBD),其具有SEQ ID NO:15或 SEQ ID NO:17的氨基酸319至542的氨基酸序列并且特异性结合至少一种抗 SARS-CoV-2 IgG抗体。
条款104.根据条款103所述的方法,其中所述至少一种第二特异性结合配偶体为抗人IgG IgG抗体。
条款105.根据条款86-93中任一项所述的系统,其中所述系统还包括基于从所述至少一种复合物检测的标记的量,确定至少一种抗β-冠状病毒抗体的量。
条款106.根据条款105所述的系统,其中至少一种抗β-冠状病毒抗体为抗 SARS-CoV-2 IgG抗体。
条款107.根据条款106所述的系统,其中所述至少一种第一特异性结合配偶体为刺突蛋白或其变体的受体结合结构域(RBD),其具有SEQ ID NO:15或 SEQ ID NO:17的氨基酸319至542的氨基酸序列并且特异性结合至少一种抗 SARS-CoV-2 IgG抗体。
条款108.根据条款107所述的系统,其中所述至少一种第二特异性结合配偶体为抗人IgG IgG抗体。
条款109.一种用于基于评估的可检测信号的量来确定受试者的抗 SARS-CoV-2IgG抗体的量的方法或系统的改进,其中所述改进包括:(a)线性测定范围高达50,000AU/mL;(b)确定任意单位(例如,AU/mL)的量而不是指数;和/或(c)与其他测定相比,对阳性样品的检测改进。
条款110.一种预测感染或曾经感染SARS-CoV-2的受试者的结果的方法,所述方法包括以下步骤:
a)在SARS-CoV-2感染的症状发作之后的前十天内,检测获自所述受试者的至少一种生物样品中的抗SARS-CoV-2 IgG抗体;
b)在SARS-CoV-2感染的症状发作之后的所述前十天内,检测获自所述受试者的所述至少一种生物样品中的抗SARS-CoV-2 IgM抗体;
c)确定在a)和b)中检测的所述抗SARS-CoV-2 IgG或抗SARS-CoV-2 IgM抗体中哪一种首先出现在所述受试者体内;
d)如果在抗SARS-CoV-2 IgM抗体出现之前,抗SARS-CoV-2 IgG抗体首先出现在所述受试者体内,则预测所述受试者更有可能具有不利的结果;以及
e)如果在抗SARS-CoV-2 IgM抗体出现的同时或之后,抗SARS-CoV-2 IgG 抗体出现在所述受试者体内,则预测所述受试者不太可能具有不利的结果。
条款111.一种预测感染或曾经感染SARS-CoV-2的受试者的结果的方法,所述方法包括以下步骤:
a)在SARS-CoV-2感染的症状发作之后的前十天内,检测获自所述受试者的至少一种生物样品中的抗SARS-CoV-2 IgG抗体;
b)在SARS-CoV-2感染的症状发作之后的所述前十天内,检测获自所述受试者的所述至少一种生物样品中的抗SARS-CoV-2 IgM抗体;
c)确定在a)和b)中检测的所述抗SARS-CoV-2 IgG或抗SARS-CoV-2 IgM抗体中哪一种首先出现在所述受试者体内;
d)如果在抗SARS-CoV-2 IgM抗体出现之前,抗SARS-CoV-2 IgG抗体首先出现在所述受试者体内,则预测所述受试者更有可能具有不利的结果;以及
e)如果在抗SARS-CoV-2 IgM抗体出现的同时或之后,抗SARS-CoV-2 IgG 抗体出现在所述受试者体内,则预测所述受试者更有可能具有有利的结果。
条款112.根据条款110或111所述的方法,其中所述受试者因SARS-CoV-2 的症状而住院。
条款113.根据条款110-112中任一项所述的方法,其中(i)在同一生物样品中检测所述抗SARS-CoV-2 IgG抗体和所述一种抗SARS-CoV-2 IgM抗体;或(ii) 在不同的生物样品中检测所述抗SARS-CoV-2 IgG抗体和所述抗SARS-CoV-2 IgM抗体。
条款114.根据条款110-113中任一项所述的方法,其中所述抗SARS-2 IgG 抗体和所述抗SARS-CoV-2 IgM抗体(i)在症状发作之后的所述前十天内的同一天检测;(ii)在症状发作之后的所述前十天内的不同天检测。
条款115.根据条款110-114中任一项所述的方法,其中所述抗SARS-CoV-2 IgG抗体在症状发作之后的第一天内、在症状发作之后的第二天内、在症状发作之后的第三天内、在症状发作之后的第四天内、在症状发作之后的第五天内、在症状发作之后的第六天内、在症状发作之后的第七天内、在症状发作之后的第八天内或在症状发作之后的第九天内在获自受试者的至少一种生物样品中进行检测。
条款116.根据条款110-114中任一项所述的方法,其中所述抗SARS-CoV-2 IgM抗体在症状发作之后的第一天内、在症状发作之后的第二天内、在症状发作之后的第三天内、在感染的第四天内、在症状发作之后的第五天内、在症状发作之后的第六天内、在症状发作之后的第七天内、在症状发作之后的第八天内或在症状发作之后的第九天内在获自受试者的至少一种生物样品中进行检测。
条款117.根据条款110-116中任一项所述的方法,其中所述不利的结果为死亡。
条款118.一种预测感染或曾经感染SARS-CoV-2的受试者的结果的方法,所述方法包括以下步骤:
a)在SARS-CoV-2的症状发作之后至少十天,从对获自所述受试者的至少一种生物样品中的至少一种抗SARS-CoV-2 IgM抗体的测定获得信号-校准物比率 (S/CO);以及
b)如果在所述生物样品中确定的抗SARS-CoV-2 IgM抗体的S/CO比等于或大于约10S/CO,则预测所述受试者较有可能具有不利结果。
条款119.根据条款118所述的方法,其中所述受试者因SARS-CoV-2的症状而住院。
条款120.根据条款118或条款119所述的方法,其还包括如果在所述生物样品中确定的抗SARS-CoV-2 IgM抗体的水平在约10S/CO至约15S/CO之间,则所述受试者较有可能具有不利的结果。
条款121.根据条款110-120所述的方法,其中所述方法选自由免疫测定或临床化学测定组成的组。
条款122.根据条款110-121中任一项所述的方法,其中所述方法使用单分子检测、侧向流测定或定点照护测定进行。
条款123.一种用于检测受试者的至少一种抗SARS-CoV-2 IgG中和抗体的存在或确定其量的方法,所述方法包括以下步骤:
a)使所述受试者的至少一种生物样品同时或以任何顺序依次与以下接触
至少一种第一特异性结合配偶体,其包含至少一种SARS-CoV-2分离多肽其变体,其中所述多肽包含刺突蛋白的至少一种受体结合结构域(RBD),并且进一步,其中所述多肽特异性结合所述样品中的至少一种抗SARS-CoV-2 IgG中和抗体,和
至少一种第二特异性结合配偶体,其包含可检测标记,
从而产生一种或多种第一复合物,其包含第一特异性结合配偶体-抗 SARS-CoV-2IgG中和抗体-第二特异性结合配偶体;以及
b)评估所述一种或多种第一复合物的信号,其中所述可检测标记的可检测信号的量指示抗SARS-CoV-2 IgG抗体的存在或其量。
条款124.根据条款123所述的方法,其中所述生物样品为全血、血清、血浆、唾液、鼻涕试样、肛拭子试样、口咽试样或鼻咽试样。
条款125.根据条款123或条款124中任一项所述的方法,其中所述至少一种第二特异性结合配偶体为抗物种IgG(例如,抗人IgG IgG)抗体、抗物种IgM (例如,抗人IgM IgG)抗体或抗物种IgG(例如,抗人IgG IgG)和抗物种IgM (例如,抗人IgM IgG)抗体。
条款126.根据条款123中任一项所述的方法,其中所述至少一种第一特异性结合配偶体具有SEQ ID NO:15或SEQ ID NO:17的氨基酸319至542的氨基酸序列。
条款127.根据条款123-126中任一项所述的方法,其中所述方法还包括检测获自所述受试者的至少一种生物样品的所述抗SARS-CoV-2 IgG中和抗体,所述至少一种生物样品为单种生物样品或多种生物样品。
条款128.根据条款123-127中任一项所述的方法,其中所述至少一种第一特异性结合配偶体被固定在固体支持物上。
条款129.根据条款123-128中任一项所述的方法,其中所述方法在少于约 20分钟,任选地,少于约5分钟、少于约10分钟或少于约15分钟内进行。
条款130.根据条款123-129中任一项所述的方法,其中所述方法还包括与至少一种校准试剂、至少一种对照试剂或至少一种校准试剂和至少一种对照试剂一起使用。
条款131.根据条款123-130中任一项所述的方法,其中所述方法还采用至少一种包含单克隆抗体CR3018或CR3022的序列的校准剂或对照的使用。
条款132.根据条款123-131中任一项所述的方法,其中所述方法选自由免疫测定或临床化学测定组成的组。
条款133.根据条款123-132中任一项所述的方法,其中所述方法使用单分子检测、侧向流测定或定点照护测定进行。
条款134.根据条款123-133中任一项所述的方法,其中所述方法适用于自动化系统或半自动化系统。
条款135.根据条款52所述的方法,其中所述方法还包括检测至少一种抗 SARS-CoV-2 IgG中和抗体。
条款136.根据条款52所述的方法,其中所述方法证明与(例如,Broad Institute的)空斑减少中和测定高定性符合。
条款137.根据条款52所述的方法,其中如通过所述方法所检测的抗 SARS-CoV-2IgG抗体的增加量与抗SARS-CoV-2 IgG中和抗体的增加量(例如,增加效价)相关联。
条款138.根据条款52所述的方你发,其中所述方法的概率概况对应于(例如,Broad Institute的)所述空斑减少中和测定中的高效价水平,使得通过所述方法确定的抗SARS-CoV-2 IgG抗体水平等于或高于(例如,Broad Institute的) 所述空斑减少中和测定中确定的抗SARS-CoV-2 IgG中和抗体水平的概率高。
条款139.根据条款52所述的方法,其中所述方法包括在SARS-CoV-2的症状发作之后约十四(14)天至约三十五(35)天的关键时间,获得所述受试者的所述至少一种生物样品。
条款140.根据条款134所述的方法,其中所述方法还包括确定所述受试者:(i)如果在所述关键时间内在所述生物样品中未检测出抗SARS-CoV-2 IgM抗体、抗SARS-CoV-2IgG抗体或抗SARS-CoV-2 IgM抗体和抗SARS-CoV-2 IgG抗体,则较有可能将发展或经历细胞因子风暴、急性呼吸窘迫综合征(ARDS)或细胞因子风暴和ARDS的组合中的至少一种;或(ii)如果在所述关键时间内在所述生物样品中未检测出抗SARS-CoV-2 IgM抗体、抗SARS-CoV-2 IgG抗体或抗 SARS-CoV-2 IgM抗体和抗SARS-CoV-2 IgG抗体,则较有可能将不发展或经历细胞因子风暴、ARDS或细胞因子风暴和ARDS的组合中的至少一种。
条款141.根据条款58或61中任一项所述的方法,其中所述核衣壳蛋白的所述变体包含:(i)在SEQ ID NO:2的氨基酸210至419内的位置235处用苯丙氨酸替代丝氨酸的氨基酸取代;或(ii)SEQ ID NO:24。
条款142.根据条款82所述的试剂盒,其中所述核衣壳蛋白的所述变体包含(i)在SEQ ID NO:2的氨基酸210至419内的位置235处用苯丙氨酸替代丝氨酸的氨基酸取代;或(ii)SEQ ID NO:24。
条款143.根据条款91所述的系统,其中所述核衣壳蛋白的所述变体包含: (i)在SEQ ID NO:2的氨基酸210至419内的位置235处用苯丙氨酸替代丝氨酸的氨基酸取代;或(ii)SEQ ID NO:24。
条款144.根据条款96所述的改进,其中所述核衣壳蛋白的所述变体包含: (i)在SEQ ID NO:2的氨基酸210至419内的位置S235F处的氨基酸取代;或(ii) SEQ ID NO:24。
条款145.根据条款59、61、103、126中任一项所述的方法,其中刺突蛋白的所述RBD的所述变体在SEQ ID NO:15或25的氨基酸319至542内包含一个或多个氨基取代:在位置417处用天冬酰胺替代赖氨酸;在位置484处用赖氨酸替代谷氨酸;和/或在位置501处用酪氨酸替代天冬酰胺。
条款146.根据条款92或107中任一项所述的系统,其中所述RBD蛋白的变体在SEQID NO:15或25的氨基酸319至542内包含一个或多个氨基取代:在位置417处用天冬酰胺替代赖氨酸;在位置484处用赖氨酸替代谷氨酸;和/ 或在位置501处用酪氨酸替代天冬酰胺。
条款147.根据条款97所述的改进,其中所述RBD蛋白的所述变体在SEQ ID NO:15或25的氨基酸319至542内包含一个或多个氨基取代:在位置417处用天冬酰胺替代赖氨酸;在位置484处用赖氨酸替代谷氨酸;和/或在位置501 处用酪氨酸替代天冬酰胺。
条款148.根据条款52至74、118至141或145中任一项所述的方法,其中检测或确定的所述抗SARS-CoV-2抗体特异性结合:
a)核衣壳蛋白的变体,其在SEQ ID NO:2的位置210-419处具有一个或多个取代、缺失或取代和缺失,包括:(1)在氨基酸位置235处用苯丙氨酸替代丝氨酸(S235F);(2)在氨基酸位置234处用异亮氨酸替代甲硫氨酸(M234I);(3)在氨基酸位置373处用天冬酰胺替代赖氨酸(K373N);(4)在氨基酸位置377处用酪氨酸替代天冬氨酸(D377Y);(5)在氨基酸位置376处用苏氨酸替代丙氨酸(A376T);或(6)(1)-(5)的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:2的氨基酸210-419中除(1)-(5) 中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;
b)刺突蛋白的RBD的变体,其在SEQ ID NO:15的位置319-542处具有一个或多个取代、缺失或取代和缺失,包括:(1)在氨基酸位置417处用天冬酰胺替代赖氨酸(K417N);(2)在氨基酸位置417处用苏氨酸替代赖氨酸(K417T);(3)在氨基酸位置452处用精氨酸替代亮氨酸(L452R);(4)在氨基酸位置477处用天冬酰胺替代丝氨酸(S477N);(5)在氨基酸位置484处用赖氨酸替代谷氨酸(E484K); (6)在氨基酸位置501处用酪氨酸替代天冬酰胺(N501Y);或(7)(1)-(6)的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:15的氨基酸319-542中除(1)-(6)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;或
c)SARS-CoV-2病毒的变体,其包含a)和b)的任何组合。
条款149.根据条款62至74中任一项所述的方法,其中检测的所述 SARS-CoV-2包含:
a)核衣壳蛋白的变体,其在SEQ ID NO:2的位置210-419处具有一个或多个取代、缺失或取代和缺失,包括:(1)在氨基酸位置235处用苯丙氨酸替代丝氨酸(S235F);(2)在氨基酸位置234处用异亮氨酸替代甲硫氨酸(M234I);(3)在氨基酸位置373处用天冬酰胺替代赖氨酸(K373N);(4)在氨基酸位置377处用酪氨酸替代天冬氨酸(D377Y);(5)在氨基酸位置376处用苏氨酸替代丙氨酸(A376T);或(6)(1)-(5)的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:2的氨基酸210-419中除(1)-(5) 中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;
b)刺突蛋白的RBD的变体,其在SEQ ID NO:15的位置319-542处具有一个或多个取代、缺失或取代和缺失,包括:(1)在氨基酸位置417处用天冬酰胺替代赖氨酸(K417N);(2)在氨基酸位置417处用苏氨酸替代赖氨酸(K417T);(3)在氨基酸位置452处用精氨酸替代亮氨酸(L452R);(4)在氨基酸位置477处用天冬酰胺替代丝氨酸(S477N);(5)在氨基酸位置484处用赖氨酸替代谷氨酸(E484K); (6)在氨基酸位置501处用酪氨酸替代天冬酰胺(N501Y);或(7)(1)-(6)的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:15的氨基酸319-542中除(1)-(6)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;或
c)SARS-CoV-2病毒的变体,其包含a)和b)的任何组合。
条款150.根据条款75至85或142中任一项所述的试剂盒,其中检测或确定的所述抗β-冠状病毒抗体为与以下特异性结合的抗SARS-CoV-2抗体:
a)核衣壳蛋白的变体,其在SEQ ID NO:2的位置210-419处具有一个或多个取代、缺失或取代和缺失,包括:(1)在氨基酸位置235处用苯丙氨酸替代丝氨酸(S235F);(2)在氨基酸位置234处用异亮氨酸替代甲硫氨酸(M234I);(3)在氨基酸位置373处用天冬酰胺替代赖氨酸(K373N);(4)在氨基酸位置377处用酪氨酸替代天冬氨酸(D377Y);(5)在氨基酸位置376处用苏氨酸替代丙氨酸(A376T);或(6)(1)-(5)的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:2的氨基酸210-419中除(1)-(5) 中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;
b)刺突蛋白的RBD的变体,其在SEQ ID NO:15的位置319-542处具有一个或多个取代、缺失或取代和缺失,包括:(1)在氨基酸位置417处用天冬酰胺替代赖氨酸(K417N);(2)在氨基酸位置417处用苏氨酸替代赖氨酸(K417T);(3)在氨基酸位置452处用精氨酸替代亮氨酸(L452R);(4)在氨基酸位置477处用天冬酰胺替代丝氨酸(S477N);(5)在氨基酸位置484处用赖氨酸替代谷氨酸(E484K); (6)在氨基酸位置501处用酪氨酸替代天冬酰胺(N501Y);或(7)(1)-(6)的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:15的氨基酸319-542中除(1)-(6)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;或
c)SARS-CoV-2病毒的变体,其包含a)和b)的任何组合。
条款151.根据条款86至93、143或146中任一项所述的系统,其中检测的所述抗β-冠状病毒抗体为与以下特异性结合的抗SARS-CoV-2抗体:
a)核衣壳蛋白的变体,其在SEQ ID NO:2的位置210-419处具有一个或多个取代、缺失或取代和缺失,包括:(1)在氨基酸位置235处用苯丙氨酸替代丝氨酸(S235F);(2)在氨基酸位置234处用异亮氨酸替代甲硫氨酸(M234I);(3)在氨基酸位置373处用天冬酰胺替代赖氨酸(K373N);(4)在氨基酸位置377处用酪氨酸替代天冬氨酸(D377Y);(5)在氨基酸位置376处用苏氨酸替代丙氨酸(A376T);或(6)(1)-(5)的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:2的氨基酸210-419中除(1)-(5) 中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;
b)刺突蛋白的RBD的变体,其在SEQ ID NO:15的位置319-542处具有一个或多个取代、缺失或取代和缺失,包括:(1)在氨基酸位置417处用天冬酰胺替代赖氨酸(K417N);(2)在氨基酸位置417处用苏氨酸替代赖氨酸(K417T);(3)在氨基酸位置452处用精氨酸替代亮氨酸(L452R);(4)在氨基酸位置477处用天冬酰胺替代丝氨酸(S477N);(5)在氨基酸位置484处用赖氨酸替代谷氨酸(E484K); (6)在氨基酸位置501处用酪氨酸替代天冬酰胺(N501Y);或(7)(1)-(6)的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:15的氨基酸319-542中除(1)-(6)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;或
c)SARS-CoV-2病毒的变体,其包含a)和b)的任何组合。
条款152.根据条款94至98、144或147中任一项所述的改进,其中检测的所述抗β-冠状病毒抗体为与以下特异性结合的抗SARS-CoV-2抗体:
a)核衣壳蛋白的变体,其在SEQ ID NO:2的位置210-419处具有一个或多个取代、缺失或取代和缺失,包括:(1)在氨基酸位置235处用苯丙氨酸替代丝氨酸(S235F);(2)在氨基酸位置234处用异亮氨酸替代甲硫氨酸(M234I);(3)在氨基酸位置373处用天冬酰胺替代赖氨酸(K373N);(4)在氨基酸位置377处用酪氨酸替代天冬氨酸(D377Y);(5)在氨基酸位置376处用苏氨酸替代丙氨酸(A376T);或(6)(1)-(5)的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:2的氨基酸210-419中除(1)-(5) 中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;
b)刺突蛋白的RBD的变体,其在SEQ ID NO:15的位置319-542处具有一个或多个取代、缺失或取代和缺失,包括:(1)在氨基酸位置417处用天冬酰胺替代赖氨酸(K417N);(2)在氨基酸位置417处用苏氨酸替代赖氨酸(K417T);(3)在氨基酸位置452处用精氨酸替代亮氨酸(L452R);(4)在氨基酸位置477处用天冬酰胺替代丝氨酸(S477N);(5)在氨基酸位置484处用赖氨酸替代谷氨酸(E484K); (6)在氨基酸位置501处用酪氨酸替代天冬酰胺(N501Y);或(7)(1)-(6)的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:15的氨基酸319-542中除(1)-(6)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;或
c)SARS-CoV-2病毒的变体,其包含a)和b)的任何组合。
条款153.一种用于检测受试者的至少一种类型的抗SARS-CoV-2抗体的存在或确定其量的方法,所述方法包括以下步骤:
a)使所述受试者的至少一种生物样品同时或以任何顺序依次与以下接触:至少一种类型的第一特异性结合配偶体,其包含至少一种类型的β-冠状病毒分离多肽或其变体,所述分离多肽或其变体选自核衣壳蛋白的C末端结构域、刺突蛋白的受体结合结构域(RBD)或核衣壳蛋白的C末端结构域和刺突蛋白的受体结合结构域(RBD),其中所述多肽特异性结合所述样品中的至少一种类型的抗 SARS-CoV-2抗体,和
至少一种类型的第二特异性结合配偶体,其包含可检测标记,从而产生一种或多种类型的第一复合物,其包含第一特异性结合配偶体-抗SARS-CoV-2抗体-第二特异性结合配偶体;以及
b)评估所述一种或多种类型的第一复合物的信号,其中所述可检测标记的可检测信号的量指示所述样品中至少一种类型的抗β-冠状病毒抗体的存在或其量。
条款154.根据条款153所述的方法,其中所述至少一种类型的抗 SARS-CoV-2抗体特异性结合:
a)所述核衣壳蛋白的变体,其在SEQ ID NO:2的位置210-419处具有一个或多个取代、缺失或取代和缺失,包括:(1)在氨基酸位置235处用苯丙氨酸替代丝氨酸(S235F);(2)在氨基酸位置234处用异亮氨酸替代甲硫氨酸(M234I);(3) 在氨基酸位置373处用天冬酰胺替代赖氨酸(K373N);(4)在氨基酸位置377处用酪氨酸替代天冬氨酸(D377Y);(5)在氨基酸位置376处用苏氨酸替代丙氨酸 (A376T);或(6)(1)-(5)的任何组合,单独地或与SEQ IDNO:2的氨基酸210-419 中除(1)-(5)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;
b)刺突蛋白的所述RBD的变体,其在SEQ ID NO:15的位置319-542处具有一个或多个取代、缺失或取代和缺失,包括:(1)在氨基酸位置417处用天冬酰胺替代赖氨酸(K417N);(2)在氨基酸位置417处用苏氨酸替代赖氨酸(K417T); (3)在氨基酸位置452处用精氨酸替代亮氨酸(L452R);(4)在氨基酸位置477处用天冬酰胺替代丝氨酸(S477N);(5)在氨基酸位置484处用赖氨酸替代谷氨酸(E484K);(6)在氨基酸位置501处用酪氨酸替代天冬酰胺(N501Y);或(7)(1)-(6) 的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:15的氨基酸319-542中除(1)-(6)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;或
c)SARS-CoV-2病毒的变体,其包含a)和b)的任何组合。
条款155.根据条款153或154所述的方法,其中所述生物样品为全血、血清、血浆、唾液、鼻涕试样、肛拭子试样、口咽试样或鼻咽试样。
条款156.根据条款153-155中任一项所述的方法,其中所述至少一种类型的抗SARS-CoV-2抗体为IgG抗体、IgM抗体或IgG抗体和IgM抗体。
条款157.根据条款153-156中任一项所述的方法,其中所述至少一种类型的第一特异性结合配偶体包含β-冠状病毒的核衣壳蛋白的C末端结构域的至少一种分离多肽,其中所述方法执行为使得所述特异性结合配偶体特异性结合(a) 抗β-冠状病毒IgG抗体;(b)抗β-冠状病毒IgM抗体;或(b)抗β-冠状病毒IgG 和抗β-冠状病毒IgM抗体。
条款158.根据条款153-156中任一项所述的方法,其中所述至少一种类型的第一特异性结合配偶体包含β-冠状病毒的刺突蛋白的受体结合结构域(RBD) 的至少一种分离多肽,其中所述方法执行为使得所述特异性结合配偶体特异性结合(a)抗β-冠状病毒IgG抗体;(b)抗β-冠状病毒IgM抗体;或(b)抗β-冠状病毒IgG抗体和抗β-冠状病毒IgM抗体。
条款159.根据条款153-158中任一项所述的方法,其中所述至少一种类型的第二特异性结合配偶体为抗物种IgG(例如,抗人IgG IgG)抗体、抗物种IgM (例如,抗人IgMIgG)抗体或抗物种IgG(例如,抗人IgG IgG)和抗物种IgM (例如,抗人IgM IgG)抗体。
条款160.根据条款153-159中任一项所述的方法,其中所述至少一种类型的第一特异性结合配偶体为核衣壳蛋白或其变体的C末端结构域,其
(1)具有SEQ ID NO:1的氨基酸序列;(2)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQNQ(SEQ ID NO:21)、RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST (SEQ ID NO:23)和SEQID NO:2的氨基酸211至419;(3)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQSNQ(SEQ ID NO:22)、RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST(SEQ ID NO:23)和SEQ ID NO:2的氨基酸211至419;或(4)具有SEQ ID NO:2的氨基酸210至419的氨基酸序列。
条款161.根据条款153-156或158中任一项所述的方法,其中所述至少一种类型的第一特异性结合配偶体为刺突蛋白或其变体的受体结合结构域(RBD),其具有SEQ ID NO:15或SEQ ID NO:17的氨基酸319至542的氨基酸序列。
条款162.根据条款160或条款161所述的方法,其中所述方法执行为使得所述至少一种类型的第一特异性结合配偶体结合(a)抗SARS-CoV-2 IgG抗体;(b) 抗SARS CoV-2IgM抗体;或(c)抗SARS-CoV-2 IgG抗体和抗SARS-CoV-2 IgM 抗体。
条款163.根据条款153-162中任一项所述的方法,其中所述方法包括检测:
(a)获自受试者的至少一种生物样品中的至少一种抗SARS-CoV-2 IgG抗体,其中所述至少一种类型的第一特异性结合配偶体为核衣壳蛋白或其变体的C末端结构域,其(1)具有SEQ ID NO:1的氨基酸序列;(2)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQNQ(SEQ ID NO:21)、RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST(SEQ ID NO:23)和SEQ ID NO:2的氨基酸211至419;(3)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQSNQ(SEQ IDNO:22)、 RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST(SEQ ID NO:23)和SEQ ID NO:2的氨基酸211至419,并且特异性结合至少一种抗SARS-CoV-2 IgG抗体;或(4)具有 SEQ ID NO:2的氨基酸210至419的氨基酸序列,和/或
(b)获自受试者的至少一种生物样品中的至少一种抗SARS-CoV-2 IgM抗体,其中所述至少一种第一特异性结合配偶体为刺突蛋白或其变体的受体结合结构域(RBD),其具有SEQ ID NO:15或SEQ ID NO:17的氨基酸319至542的氨基酸序列并且特异性结合至少一种抗SARS-CoV-2 IgM抗体;并且
其中在获自所述受试者的单种生物样品中或在获自所述受试者的多种生物样品中检测所述至少一种抗SARS-CoV-2 IgG抗体和/或至少一种抗SARS-CoV-2 IgM抗体;并且
进一步地,其中在获自所述受试者的单种生物样品中或在获自所述受试者的多种生物样品中同时或以任何顺序依次检测所述至少一种抗SARS-CoV-2 IgG 抗体和至少一种抗SARS-CoV-2 IgM抗体。
条款164.根据条款156-163中任一项所述的方法,其中所述方法定量多达 (a)约91%或(b)约99%的抗SARS-CoV-2 IgG抗体。
条款165.根据条款153-164中任一项所述的方法,其中所述方法还包括检测获自所述受试者的至少一种生物样品的SARS-CoV-2,所述至少一种生物样品为单种生物样品或多种生物样品。
条款166.根据条款165所述的方法,其中检测的所述SARS-CoV-2包含:
a)所述核衣壳蛋白的变体,其在SEQ ID NO:2的位置210-419处具有一个或多个取代、缺失或取代和缺失,包括:(1)在氨基酸位置235处用苯丙氨酸替代丝氨酸(S235F);(2)在氨基酸位置234处用异亮氨酸替代甲硫氨酸(M234I);(3) 在氨基酸位置373处用天冬酰胺替代赖氨酸(K373N);(4)在氨基酸位置377处用酪氨酸替代天冬氨酸(D377Y);(5)在氨基酸位置376处用苏氨酸替代丙氨酸 (A376T);或(6)(1)-(5)的任何组合,单独地或与SEQ IDNO:2的氨基酸210-419 中除(1)-(5)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;
b)刺突蛋白的所述RBD的变体,其在SEQ ID NO:15的位置319-542处具有一个或多个取代、缺失或取代和缺失,包括:(1)在氨基酸位置417处用天冬酰胺替代赖氨酸(K417N);(2)在氨基酸位置417处用苏氨酸替代赖氨酸(K417T); (3)在氨基酸位置452处用精氨酸替代亮氨酸(L452R);(4)在氨基酸位置477处用天冬酰胺替代丝氨酸(S477N);(5)在氨基酸位置484处用赖氨酸替代谷氨酸 (E484K);(6)在氨基酸位置501处用酪氨酸替代天冬酰胺(N501Y);或(7)(1)-(6) 的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:15的氨基酸319-542中除(1)-(6)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;或
c)SARS-CoV-2病毒的变体,其包含a)和b)的任何组合。
条款167.根据条款164-166中任一项所述的方法,其中所述SARS-CoV-2 是通过其病毒RNA使用聚合酶链反应,或通过其病毒抗原来检测的。
条款168.根据条款164-166中任一项所述的方法,其中所述多种生物样品是同时或在不同时间获得的。
条款169.根据条款164-166中任一项所述的方法,其中所述方法还包括检测所述受试者是否处于以下情况:
(a)当获自所述受试者的所述至少一种生物样品对病毒RNA或病毒抗原呈阳性,对抗SARS-CoV-2 IgM抗体呈阴性,并且对抗SARS-CoV-2 IgG抗体呈阴性时,为不产生任何抗体的初始感染时期;和/或
(b)当获自所述受试者的所述至少一种生物样品对病毒RNA或病毒抗原呈阳性,对抗SARS-CoV-2 IgM抗体呈阳性,并且对抗SARS-CoV-2 IgG抗体呈阴性时,为早期急性感染期,并且出现对病毒的免疫反应且产生抗体;和/或
(c)当获自所述受试者的所述至少一种生物样品对病毒RNA呈阴性,对抗 SARS-CoV-2 IgM抗体呈阳性,并且对抗SARS-CoV-2 IgG抗体呈阴性时,为早期急性感染期,或者具有假阴性病毒RNA结果或病毒抗原结果,或者具有假阳性抗SARS-CoV-2 IgM抗体结果;和/或
(d)当获自所述受试者的所述至少一种生物样品对病毒RNA或病毒抗原呈阳性,对抗β-冠状病毒IgM抗体呈阳性,并且对抗SARS-CoV-2 IgG抗体呈阳性时,为急性感染期,并且免疫反应进展;和/或
(e)当获自所述受试者的所述至少一种生物样品对病毒RNA或病毒抗原呈阳性,对抗SARS-CoV-2 IgM抗体呈阴性,并且对抗SARS-CoV-2 IgG抗体呈阳性时,为晚期急性感染期,或者已经出现复发的SARS-CoV-2感染;
(f)当获自所述受试者的所述至少一种生物样品对病毒RNA或病毒抗原呈阴性,对抗β-冠状病毒IgM抗体呈阳性,并且对抗SARS-CoV-2 IgG抗体呈阳性时,为晚期急性感染期或恢复期,或者具有假阴性病毒RNA结果;
(g)当获自所述受试者的所述至少一种生物样品对病毒RNA或病毒抗原呈阴性,对抗SARS-CoV-2 IgM抗体呈阴性,并且对抗SARS-CoV-2 IgG抗体呈阳性时,为恢复期;和/或
(h)当获自所述受试者的所述至少一种生物样品对病毒RNA或病毒抗原呈阴性,并且对抗SARS-CoV-2 IgM抗体和抗SARS-CoV-2 IgG抗体呈阴性时,为恢复期。
条款170.根据条款153-169中任一项所述的方法,其中所述方法还包括在使所述至少一种类型的第一特异性结合配偶体、所述至少一种类型的第二特异性结合配偶体或所述至少一种类型的第一特异性结合配偶体和所述至少一种类型的第二特异性结合配偶体与所述生物样品接触的同时或之前进行的预处理步骤,并且其中所述预处理步骤任选地包括用抗人IgG、抗人IgM或抗人IgG和抗人IgM处理。
条款171.根据条款153-170中任一项所述的方法,其中所述至少一种类型的第一特异性结合配偶体被固定在固体支持物上。
条款172.根据条款153-171中任一项所述的方法,其中所述方法在约5至约20分钟、少于约20分钟,并且任选地进行少于约5分钟、少于约10分钟或少于约15分钟内进行。
条款173.根据条款153-172中任一项所述的方法,其中所述方法还包括与至少一种校准试剂、至少一种对照试剂或至少一种校准试剂和至少一种对照试剂一起使用。
条款174.根据条款153-173中任一项所述的方法,其中所述方法还采用至少一种包含单克隆抗体CR3018或CR3022的序列的校准试剂或对照试剂的使用。
条款175.根据条款153-174中任一项所述的方法,其中所述方法选自由免疫测定或临床化学测定组成的组。
条款176.根据条款153-175中任一项所述的方法,其中所述方法使用单分子检测、侧向流测定或定点照护测定进行。
条款177.根据条款153-176中任一项所述的方法,其中所述方法还包括将具有一种或多种抗SARS-CoV-2 IgG和/或抗SARS-CoV-2 IgM抗体的受试者识别为提供在针对SARS-CoV-2的恢复期疗法中使用的生物样品的候选受试者。
条款178.根据条款177所述的方法,其中如果一种或多种SARS-CoV-2 IgG 和/或SARS-CoV-2 IgM抗体的水平为至少约100BAU/mL至约490BAU/mL、至少约110BAU/mL至约490BAU/mL、至少约200BAU/mL至约490BAU/mL、至少约300BAU mL至约490BAU/mL、至少约400BAU mL至约490BAU/mL、至少约100BAU/mL、至少约110BAU/mL、至少约120BAU/mL、至少约130BAU/mL、至少约140BAU/mL、至少约150BAU/mL、至少约160BAU/mL、至少约170BAU/mL、至少约180BAU/mL、至少约190BAU/mL、至少约 200BAU/mL、至少约210BAU/mL、至少约220BAU/mL、至少约230BAU/mL、至少约240BAU/mL、至少约250BAU/mL、至少约260BAU/mL、至少约270BAU/mL、至少约280BAU/mL、至少约290BAU/mL、至少约300BAU/mL、至少约300BAU/mL、至少约310BAU/mL、至少约320BAU/mL、至少约 330BAU/mL、至少约340BAU/mL、至少约350BAU/mL、至少约360BAU/mL、至少约370BAU/mL、至少约380BAU/mL、至少约390BAU/mL、至少约400BAU/mL、至少约400BAU/mL、至少约410BAU/mL、至少约420BAU/mL、至少约430BAU/mL、至少约440BAU/mL、至少约450BAU/mL、至少约 460BAU/mL、至少约470BAU/mL、至少约480BAU/mL或至少约490BAU/mL,则将所述受试者识别为提供在恢复期疗法中使用的生物样品的候选者。
条款179.根据条款178所述的方法,其中如果一种或多种SARS-CoV-2 IgG 和/或抗β-冠状病毒IgM抗体的水平为至少约500BAU/mL至约650BAU/mL、至少约550BAU/mL至约650BAU/mL、至少约500BAU/mL、至少约510BAU/mL、至少约520BAU/mL、至少约530BAU/mL、至少约540BAU/mL、至少约550BAU/mL至约650BAU/mL、至少约550BAU/mL、至少约560BAU/mL、至少约570BAU/mL、至少约580BAU/mL、至少约590BAU/mL、至少约 600BAU/mL、至少约610BAU/mL、至少约620BAU/mL、至少约630BAU/mL、至少约639BAU/mL、至少约640BAU/mL或至少约650BAU/mL,则将所述受试者识别为提供在恢复期疗法中使用的生物样品的候选者。
条款180.根据条款153-179中任一项所述的方法,其中所述方法:
(a)还包括检测至少一种类型的抗SARS-CoV-2 IgG中和抗体;
(b)证明与空斑减少中和测定高定性符合;
(c)检测抗SARS-CoV-2 IgG抗体的增加量,如通过所述方法所检测,所述增加量与抗SARS-CoV-2 IgG中和抗体的增加量相关联;
(d)所具有的概率概况对应于所述空斑减少中和测定中的高效价水平,使得通过所述方法确定的抗SARS-CoV-2 IgG抗体水平等于或高于所述空斑减少中和测定中确定的抗SARS-CoV-2 IgG中和抗体水平的概率高;或
(e)证明与ACE2结合抑制测定高定性符合。
条款181.根据条款180所述的方法,其中当用作截止或阈值时,至少约 4160AU/mL(约590BAU/mL)的抗SARS-CoV-2 IgG抗体水平对应于约0.95的以1:250稀释获得空斑减少中和测定ID50的概率。
条款182.根据条款180所述的方法,其中所述抗SARS-CoV-2中和抗体为抗SARS-CoV-2 IgG抗体,其为抗核衣壳(N)抗体、抗刺突抗体或其任何组合。
条款183.根据条款153-182中任一项所述的方法,其中所述方法包括在 SARS-CoV-2的症状发作之后约十四(14)天至约三十五(35)天的关键时间,获得所述受试者的所述至少一种生物样品。
条款184.根据条款183所述的方法,其中所述方法还包括确定所述受试者: (i)如果在所述关键时间内在所述生物样品中未检测出抗SARS-CoV-2 IgM抗体、抗SARS-CoV-2IgG抗体或抗SARS-CoV-2 IgM抗体和抗SARS-CoV-2 IgG抗体,则较有可能将发展或经历细胞因子风暴、急性呼吸窘迫综合征(ARDS)或细胞因子风暴和ARDS的组合中的至少一种;或(ii)如果在所述关键时间内在所述生物样品中未检测出抗SARS-CoV-2 IgM抗体、抗SARS-CoV-2 IgG抗体或抗 SARS-CoV-2 IgM抗体和抗SARS-CoV-2 IgG抗体,则较有可能将不发展或经历细胞因子风暴、ARDS或细胞因子风暴和ARDS的组合中的至少一种。
条款185.根据条款153-184中任一项所述的方法,其中所述受试者:(1)是初试的并且先前未接种SARS-CoV-2疫苗;(2)是初试的并且先前接种过 SARS-CoV-2疫苗;(3)目前感染SARS-CoV-2并且先前未接种SARS-CoV-2疫苗; (4)目前感染SARS-CoV-2并且先前接种过SARS-CoV-2疫苗;(5)先前感染过 SARS-CoV-2,已恢复,并且先前未接种SARS-CoV-2疫苗;或(6)先前感染过 SARS-CoV-2,已恢复,并且然后接种过SARS-CoV-2疫苗。
条款186.根据条款185所述的方法,其中所述方法执行为:基于检测所述样品中至少一种类型的抗SARS-CoV-2抗体的存在,(a)确定所述受试者是否可施用目前的SARS-CoV-2疫苗;或(b)在所述目前的疫苗或先前疫苗接种之后监测所述受试者。
条款187.根据条款186所述的方法,无论先前感染SARS-CoV-2的时间和/或严重程度如何变化都进行所述方法。
条款188.根据条款186或187中任一项所述的方法,其中所述方法包括确定所述目前的SARS-CoV-2疫苗:
(a)当在所述生物样品中未检测出抗SARS-CoV-2抗体、抗SARS-CoV-2 IgG 中和抗体或足以影响免疫力的量的抗SARS-CoV-2 IgG抗体或抗SARS-CoV-2 IgG中和抗体时,可施用于所述受试者;和/或
(b)当在所述生物样品中检测出足以影响免疫力的量的抗SARS-CoV-2抗体或抗SARS-CoV-2 IgG中和抗体时,不应施用于所述受试者。
条款189.根据条款188所述的方法,其中足以影响免疫力的抗SARS-CoV-2 抗体或抗SARS-CoV-2 IgG中和抗体的量为至少约100BAU/mL至约 490BAU/mL、至少约110BAU/mL至约490BAU/mL、至少约200BAU/mL至约 490BAU/mL、至少约300BAU mL至约490BAU/mL、至少约400BAU mL至约 490BAU/mL、至少约100BAU/mL、至少约110BAU/mL、至少约120BAU/mL、至少约130BAU/mL、至少约140BAU/mL、至少约150BAU/mL、至少约 160BAU/mL、至少约170BAU/mL、至少约180BAU/mL、至少约190BAU/mL、至少约200BAU/mL、至少约210BAU/mL、至少约220BAU/mL、至少约 230BAU/mL、至少约240BAU/mL、至少约250BAU/mL、至少约260BAU/mL、至少约270BAU/mL、至少约280BAU/mL、至少约290BAU/mL、至少约 300BAU/mL、至少约300BAU/mL、至少约310BAU/mL、至少约320BAU/mL、至少约330BAU/mL、至少约340BAU/mL、至少约350BAU/mL、至少约 360BAU/mL、至少约370BAU/mL、至少约380BAU/mL、至少约390BAU/mL、至少约400BAU/mL、至少约400BAU/mL、至少约410BAU/mL、至少约 420BAU/mL、至少约430BAU/mL、至少约440BAU/mL、至少约450BAU/mL、至少约460BAU/mL、至少约470BAU/mL、至少约480BAU/mL或至少约 490BAU/mL。
条款190.根据条款188所述的方法,其中足以影响免疫力的抗SARS-CoV-2 抗体或抗SARS-CoV-2 IgG中和抗体的量为:(a)至少约550BAU/mL至约 650BAU/mL;(b)至少约550BAU/mL;(c)至少约560BAU/mL;(d)至少约 570BAU/mL;(e)至少约580BAU/mL;(f)至少约590BAU/mL;(g)至少约600BAU/mL;(h)至少约610BAU/mL;(i)至少约620BAU/mL;(j)至少约630BAU/mL;(k)至少约639BAU/mL;(l)至少约640BAU/mL;或(m)至少约 650BAU/mL。
条款191.根据条款186所述的方法,其中所述方法包括在所述受试者接受所述目前的SARS-CoV-2疫苗或先前疫苗接种之后至少一天、至少2天、至少3 天、至少4天、至少5天、至少6天、至少7天、至少8天、至少9天、至少 10天、至少11天、至少12天、至少13天、至少14天、至少15天、至少16 天、至少17天、至少18天、至少19天、至少20天、至少21天、至少22天、至少23天、至少24天、至少25天、至少26天、至少27天、至少28天、至少29天、至少30天、至少31天、至少32天、至少33天、至少34天、至少 35天、至少36天、至少37天、至少38天、至少39天、至少40天、至少41 天、至少42天、至少43天、至少44天、至少45天、至少46天、至少47天、至少48天、至少49天或至少50天的时间框内获得所述生物样品。
条款192.根据条款186所述的方法,其中在所述受试者接受所述目前的疫苗或先前疫苗接种之后约7至约21天内获得所述生物样品。
条款193.根据条款191或条款192所述的方法,其中所述方法包括确定至少一种另外的SARS-CoV-2疫苗:
(a)当在获自所述受试者的所述生物样品中未检测出抗SARS-CoV-2抗体、抗SARS-CoV-2 IgG中和抗体和/或足以影响免疫力的量的抗SARS-CoV-2 IgG抗体或抗SARS-CoV-2IgG中和抗体时,可在所述目前的疫苗之后施用于所述受试者;或
(b)当在获自所述受试者的所述生物样品中检测出足以影响免疫力的量的抗SARS-CoV-2抗体或抗SARS-CoV-2 IgG中和抗体时,不应在所述目前的疫苗之后施用于所述受试者。
条款194.根据条款193所述的方法,其中足以影响免疫力的抗SARS-CoV-2 抗体或抗SARS-CoV-2 IgG中和抗体的量为至少约100BAU/mL至约 490BAU/mL、至少约110BAU/mL至约490BAU/mL、至少约200BAU/mL至约 490BAU/mL、至少约300BAU mL至约490BAU/mL、至少约400BAU mL至约490BAU/mL、至少约100BAU/mL、至少约110BAU/mL、至少约120BAU/mL、至少约130BAU/mL、至少约140BAU/mL、至少约150BAU/mL、至少约 160BAU/mL、至少约170BAU/mL、至少约180BAU/mL、至少约190BAU/mL、至少约200BAU/mL、至少约210BAU/mL、至少约220BAU/mL、至少约 230BAU/mL、至少约240BAU/mL、至少约250BAU/mL、至少约260BAU/mL、至少约270BAU/mL、至少约280BAU/mL、至少约290BAU/mL、至少约 300BAU/mL、至少约300BAU/mL、至少约310BAU/mL、至少约320BAU/mL、至少约330BAU/mL、至少约340BAU/mL、至少约350BAU/mL、至少约 360BAU/mL、至少约370BAU/mL、至少约380BAU/mL、至少约390BAU/mL、至少约400BAU/mL、至少约400BAU/mL、至少约410BAU/mL、至少约 420BAU/mL、至少约430BAU/mL、至少约440BAU/mL、至少约450BAU/mL、至少约460BAU/mL、至少约470BAU/mL、至少约480BAU/mL或至少约 490BAU/mL。
条款195.根据条款193所述的方法,其中足以影响免疫力的抗SARS-CoV-2 抗体或抗SARS-CoV-2 IgG中和抗体的量为至少约500BAU/mL至约 650BAU/mL、至少约550BAU/mL至约650BAU/mL、至少约500BAU/mL、至少约510BAU/mL、至少约520BAU/mL、至少约530BAU/mL、至少约 540BAU/mL、至少约550BAU/mL至约650BAU/mL、至少约550BAU/mL、至少约560BAU/mL、至少约570BAU/mL、至少约580BAU/mL、至少约 590BAU/mL、至少约600BAU/mL、至少约610BAU/mL、至少约620BAU/mL、至少约630BAU/mL、至少约639BAU/mL、至少约640BAU/mL或至少约 650BAU/mL。
条款196.根据条款180、182、188、189、190、193、194或195中任一项所述的方法,其中所述抗SARS-CoV-2中和抗体为抗SARS-CoV-2 IgG抗体,其为抗核衣壳(N)抗体、抗刺突抗体或其任何组合。
条款197.根据条款153-196中任一项所述的方法,其中所述方法还包括: (a)监测所述受试者的至少一种类型的抗SARS-COV-2抗体,任选地,IgG和/或 IgM抗体;(b)治疗所述受试者的SARS-CoV-2;(c)监测所述受试者的至少一种类型的抗SARS-COV-2,任选地,IgG和/或IgM抗体,以及治疗所述受试者的SARS-CoV-2;或(d)治疗所述受试者的SARS-CoV-2,以及监测所述受试者的至少一种类型的抗SARS-COV-2抗体,任选地,IgG和/或IgM抗体。
条款198.根据条款153-197中任一项所述的方法,其中所述方法中所用的所述生物样品的体积为约0.30μL至约0.40μL。
条款199.根据条款153-198中任一项所述的方法,其中所述方法包括:(a) 在所述方法之前或期间稀释所述生物样品,且进一步地,其中所述稀释包括将约10μL所述生物样品与约290μL至少一种缓冲液混合以形成生物取样混合物;以及(b)从所述生物取样混合物取出约10μL以在所述方法中使用。
条款200.根据条款153-160或162-197中任一项所述的方法,其中所述方法在自动化稀释的情况下在延长的测量间隔(EMI)内定量约99%的抗 SARS-CoV-2 IgG抗体,并且在没有稀释的情况下在测量间隔上限(ULMI)内定量约91%的抗SARS-CoV-2 IgG抗体。
条款201.根据条款200所述的方法,其中所述方法可以在不稀释的情况下进行,并且所述ULMI为约15,500至约40,000,并且/或者所述EMI为约40,000 至约80,000。
条款202.根据条款200所述的方法,其中所述方法可以在不稀释的情况下进行,并且所述ULMI为约15,500至约25,000AU/mL,并且/或者所述EMI为约25,000至约50,000AU/mL。
条款203.根据条款153-202中任一项所述的方法,其中所述方法为(a)半定量的;(b)定量的;或(c)定性的。
条款204.根据上文条款203所述的方法,其中当所述方法(a)为半定量的时,它没有针对内部公认的标准进行标准化;(b)为定量的时,它针对国际公认的标准进行标准化;或(c)为定性的时,获得信号-校准物比率(S/CO)。
条款205.根据条款153-204中任一项所述的方法,其中所述方法适用于自动化系统或半自动化系统。
条款206.一种用于进行根据条款153所述的方法的试剂盒,其中所述试剂盒包括:a.至少一种类型的特异性结合配偶体,其包含至少一种β-冠状病毒分离多肽或其变体,选自β-冠状病毒的核衣壳蛋白的C末端结构域、刺突蛋白的受体结合结构域(RBD)或核衣壳蛋白的C末端结构域和刺突蛋白的受体结合结构域(RBD);和
b.至少一种类型的第二特异性结合配偶体,其包含至少一种可检测标记。
条款207.根据条款206所述的试剂盒,其中检测或确定的所述至少一种类型的抗SARS-CoV-2抗体特异性结合:
a)所述核衣壳蛋白的变体,其在SEQ ID NO:2的位置210-419处具有一个或多个取代、缺失或取代和缺失,包括:(1)在氨基酸位置235处用苯丙氨酸替代丝氨酸(S235F);(2)在氨基酸位置234处用异亮氨酸替代甲硫氨酸(M234I);(3) 在氨基酸位置373处用天冬酰胺替代赖氨酸(K373N);(4)在氨基酸位置377处用酪氨酸替代天冬氨酸(D377Y);(5)在氨基酸位置376处用苏氨酸替代丙氨酸 (A376T);或(6)(1)-(5)的任何组合,单独地或与SEQ IDNO:2的氨基酸210-419 中除(1)-(5)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;
b)刺突蛋白的所述RBD的变体,其在SEQ ID NO:15的位置319-542处具有一个或多个取代、缺失或取代和缺失,包括:(1)在氨基酸位置417处用天冬酰胺替代赖氨酸(K417N);(2)在氨基酸位置417处用苏氨酸替代赖氨酸(K417T); (3)在氨基酸位置452处用精氨酸替代亮氨酸(L452R);(4)在氨基酸位置477处用天冬酰胺替代丝氨酸(S477N);(5)在氨基酸位置484处用赖氨酸替代谷氨酸 (E484K);(6)在氨基酸位置501处用酪氨酸替代天冬酰胺(N501Y);或(7)(1)-(6) 的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:15的氨基酸319-542中除(1)-(6)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;或
c)SARS-CoV-2病毒的变体,其包含a)和b)的任何组合。
条款208.根据条款206或条款207所述的试剂盒,其中所述试剂盒还包括至少一种校准试剂、至少一种对照试剂或至少一种校准试剂和至少一种对照试剂或被配置成与其一起使用。
条款209.根据条款206-208中任一项所述的试剂盒,其中所述试剂盒还包括至少一个固体支持物。
条款210.根据条款206-209中任一项所述的试剂盒,其中所述试剂盒还包括至少一种预处理试剂或被配置成与其一起使用。
条款211.根据条款206-210中任一项所述的试剂盒,其中所述分离多肽为融合多肽。
条款212.根据条款206-211中任一项所述的试剂盒,其中所述至少一种类型的第二特异性结合配偶体为抗物种IgG(例如,抗人IgG IgG)抗体、抗物种 IgM(例如,抗人IgMIgG)抗体或抗物种IgG(例如,抗人IgG IgG)抗体和抗物种IgM(例如,抗人IgM IgG)抗体。
条款213.根据条款206-212中任一项所述的试剂盒,其中所述试剂盒还包括至少一种包含单克隆抗体CR3018或CR3022的序列的校准试剂或对照试剂。
条款214.根据条款206-213中任一项所述的试剂盒,其中所述至少一种类型的第一特异性结合配偶体为核衣壳蛋白或其变体的C末端结构域,其
(1)具有SEQ ID NO:1的氨基酸序列;(2)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQNQ(SEQ ID NO:21)、RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST (SEQ ID NO:23)和SEQID NO:2的氨基酸211至419;(3)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQSNQ(SEQ ID NO:22)、RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST(SEQ ID NO:23)和SEQ ID NO:2的氨基酸211至419;或(4)具有SEQ ID NO:2的氨基酸210至419的氨基酸序列。
条款215.根据条款206-214中任一项所述的试剂盒,其中所述至少一种类型的第一特异性结合配偶体为刺突蛋白的受体结合结构域(RBD),其具有SEQ ID NO:15或SEQ IDNO:17的氨基酸319至542的氨基酸序列。
条款216.根据条款206-215中任一项所述的试剂盒,其中所述至少一种类型的第一特异性结合配偶体结合(a)抗SARS-CoV-2 IgG抗体、(b)抗SARS-CoV-2 IgM抗体或(c)(a)和(b)的组合。
条款217.根据条款206-216中任一项所述的试剂盒,其中所述试剂盒适于与自动化或半自动化系统一起使用。
条款218.一种用于检测获自受试者的生物样品中抗SARS-CoV-2抗体的存在或确定其量的系统,其包括:
至少一种类型的第一特异性结合配偶体,其包含至少一种β-冠状病毒分离多肽或其变体,选自β-冠状病毒的核衣壳蛋白的C末端结构域、刺突蛋白的受体结合结构域(RBD)或核衣壳蛋白的C末端结构域和刺突蛋白的受体结合结构域(RBD),所述第一特异性结合配偶体特异性结合至少一种类型的抗 SARS-CoV-2抗体,和至少一种类型的第二特异性结合配偶体,所述第二特异性结合配偶体包含至少一种可检测标记;和
至少一个用于检测所述复合物的所述至少一个标记的装置,其中所述标记的信号的量指示所述样品中抗SARS-CoV-2抗体的存在或其量。
条款219.根据条款218所述的系统,其中检测的所述至少一种类型的抗 SARS-CoV-2抗体特异性结合:
a)所述核衣壳蛋白的变体,其在SEQ ID NO:2的位置210-419处具有一个或多个取代、缺失或取代和缺失,包括:(1)在氨基酸位置235处用苯丙氨酸替代丝氨酸(S235F);(2)在氨基酸位置234处用异亮氨酸替代甲硫氨酸(M234I);(3) 在氨基酸位置373处用天冬酰胺替代赖氨酸(K373N);(4)在氨基酸位置377处用酪氨酸替代天冬氨酸(D377Y);(5)在氨基酸位置376处用苏氨酸替代丙氨酸 (A376T);或(6)(1)-(5)的任何组合,单独地或与SEQ IDNO:2的氨基酸210-419 中除(1)-(5)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;
b)刺突蛋白的所述RBD的变体,其在SEQ ID NO:15的位置319-542处具有一个或多个取代、缺失或取代和缺失,包括:(1)在氨基酸位置417处用天冬酰胺替代赖氨酸(K417N);(2)在氨基酸位置417处用苏氨酸替代赖氨酸(K417T); (3)在氨基酸位置452处用精氨酸替代亮氨酸(L452R);(4)在氨基酸位置477处用天冬酰胺替代丝氨酸(S477N);(5)在氨基酸位置484处用赖氨酸替代谷氨酸 (E484K);(6)在氨基酸位置501处用酪氨酸替代天冬酰胺(N501Y);或(7)(1)-(6) 的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:15的氨基酸319-542中除(1)-(6)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;或
c)SARS-CoV-2病毒的变体,其包含a)和b)的任何组合。
条款220.根据条款218或条款219所述的系统,其中所述用于检测所述复合物的所述标记的装置为自动化或半自动化的。
条款221.根据条款218-220中任一项所述的系统,其中所述至少一种类型的抗SARS-CoV-2抗体为IgG抗体、IgM抗体或其任何组合。
条款222.根据条款218-221中任一项所述的系统,其中所述至少一种类型的第二特异性结合配偶体为抗物种IgG(例如,抗人IgG IgG)抗体、抗物种IgM (例如,抗人IgMIgG)抗体或抗物种IgG(例如,抗人IgG IgG)抗体和抗物种IgM(例如,抗人IgM IgG)抗体。
条款223.根据条款218-222中任一项所述的系统,其中所述至少一种类型的第一特异性结合配偶体为核衣壳蛋白或其变体的C末端结构域,其
(1)具有SEQ ID NO:1的氨基酸序列;(2)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQNQ(SEQ ID NO:21)、RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST (SEQ ID NO:23)和SEQID NO:2的氨基酸211至419;(3)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQSNQ(SEQ ID NO:22)、RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST(SEQ ID NO:23)和SEQ ID NO:2的氨基酸211至419;或(4)具有SEQ ID NO:2的氨基酸210至419的氨基酸序列。
条款224.根据条款218-223中任一项所述的系统,其中所述至少一种类型的第一特异性结合配偶体为刺突蛋白或其变体的受体结合结构域(RBD),其具有 SEQ ID NO:15或SEQ ID NO:17的氨基酸319至542的氨基酸序列。
条款225.根据条款218-224中任一项所述的系统,其中所述至少一种类型的第一特异性结合配偶体结合(a)抗SARS-CoV-2 IgG抗体、(b)抗SARS-CoV-2 IgM抗体或(c)(a)和(b)的组合。
条款226.一种检测生物样品中至少一种类型的抗SARS-CoV-2抗体的方法的改进,其中所述方法包括检测复合物,所述复合物包含第一类型的特异性结合配偶体、所述样品抗SARS-CoV-2抗体和包含至少一种可检测标记的第二类型的特异性结合配偶体,其中所述改进包括使用至少一种类型的第一特异性结合配偶体,其包含β-冠状病毒核衣壳蛋白或其变体的C末端结构域的至少一种分离多肽。
条款227.根据条款226所述的改进,其中所述至少一种类型的第一特异性结合配偶体为核衣壳蛋白或其变体的C末端结构域,其(1)具有SEQ ID NO:1的氨基酸序列;(2)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQNQ(SEQ ID NO:21)、RSAPRITFG(SEQ IDNO:7)、GPTDST(SEQ ID NO:23)和SEQ ID NO:2的氨基酸211至419;(3)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQSNQ(SEQ ID NO:22)、RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST(SEQ ID NO:23)和SEQ ID NO:2的氨基酸211至419;或(4)具有SEQ ID NO:2的氨基酸 210至419的氨基酸序列。
条款228.一种检测生物样品中至少一种类型的抗SARS-CoV-2抗体的方法的改进,其中所述方法包括检测复合物,所述复合物包含第一类型的特异性结合配偶体、所述样品抗SARS-CoV-2抗体和包含至少一种可检测标记的第二类型的特异性结合配偶体,其中所述改进包括使用第一特异性结合配偶体,其包含β-冠状病毒刺突蛋白或其变体的受体结合结构域(RBD)的至少一种分离多肽。
条款229.根据条款228所述的改进,其中所述至少一种类型的第一特异性结合配偶体为刺突蛋白或其变体的受体结合结构域(RBD),其具有SEQ ID NO:15或SEQ ID NO:17的氨基酸319至542的氨基酸序列。
条款230.根据条款228或条款229所述的改进,其中所述至少一种第一类型的特异性结合配偶体结合(a)抗SARS-CoV-2 IgG抗体、(b)抗SARS-CoV-2 IgM 抗体或(c)(a)和(b)的组合。
条款231.根据条款226-230中任一项所述的改进,其中检测的所述至少一种类型的抗SARS-CoV-2抗体特异性结合:
a)所述核衣壳蛋白的变体,其在SEQ ID NO:2的位置210-419处具有一个或多个取代、缺失或取代和缺失,包括:(1)在氨基酸位置235处用苯丙氨酸替代丝氨酸(S235F);(2)在氨基酸位置234处用异亮氨酸替代甲硫氨酸(M234I);(3) 在氨基酸位置373处用天冬酰胺替代赖氨酸(K373N);(4)在氨基酸位置377处用酪氨酸替代天冬氨酸(D377Y);(5)在氨基酸位置376处用苏氨酸替代丙氨酸 (A376T);或(6)(1)-(5)的任何组合,单独地或与SEQ IDNO:2的氨基酸210-419 中除(1)-(5)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;
b)刺突蛋白的所述RBD的变体,其在SEQ ID NO:15的位置319-542处具有一个或多个取代、缺失或取代和缺失,包括:(1)在氨基酸位置417处用天冬酰胺替代赖氨酸(K417N);(2)在氨基酸位置417处用苏氨酸替代赖氨酸(K417T); (3)在氨基酸位置452处用精氨酸替代亮氨酸(L452R);(4)在氨基酸位置477处用天冬酰胺替代丝氨酸(S477N);(5)在氨基酸位置484处用赖氨酸替代谷氨酸 (E484K);(6)在氨基酸位置501处用酪氨酸替代天冬酰胺(N501Y);或(7)(1)-(6) 的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:15的氨基酸319-542中除(1)-(6)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;或
c)SARS-CoV-2病毒的变体,其包含a)和b)的任何组合。
条款232.一种用于基于评估的可检测信号的量来确定受试者的抗 SARS-CoV-2IgG抗体的量的方法或系统的改进,其中所述改进包括:(a)线性测定范围高达50,000AU/mL;(b)确定任意单位的量而不是指数;和/或(c)与其他测定相比,对阳性样品的检测改进。
条款233.一种预测感染或曾经感染SARS-CoV-2的受试者的结果的方法,所述方法包括以下步骤:
a)在SARS-CoV-2感染的症状发作之后的前十天内,检测获自所述受试者的至少一种生物样品中的抗SARS-CoV-2 IgG抗体;
b)在SARS-CoV-2感染的症状发作之后的所述前十天内,检测获自所述受试者的所述至少一种生物样品中的抗SARS-CoV-2 IgM抗体;
c)确定在a)和b)中检测的所述抗SARS-CoV-2 IgG或抗SARS-CoV-2 IgM抗体中哪一种首先出现在所述受试者体内;
d)如果在抗SARS-CoV-2 IgM抗体出现之前,抗SARS-CoV-2 IgG抗体首先出现在所述受试者体内,则预测所述受试者更有可能具有不利的结果;以及
e)如果在抗SARS-CoV-2 IgM抗体出现的同时或之后,抗SARS-CoV-2 IgG 抗体出现在所述受试者体内,则预测所述受试者更有可能具有有利的结果。
条款234.根据条款233所述的方法,其中所述受试者因SARS-CoV-2的症状而住院。
条款235.根据条款233或条款234所述的方法,其中(i)在同一生物样品中检测所述抗SARS-CoV-2 IgG抗体和所述一种抗SARS-CoV-2 IgM抗体;或(ii) 在不同的生物样品中检测所述抗SARS-CoV-2 IgG抗体和所述抗SARS-CoV-2 IgM抗体。
条款236.根据条款233-235中任一项所述的方法,其中所述抗SARS-2 IgG 抗体和所述抗SARS-CoV-2 IgM抗体(i)在症状发作之后的所述前十天内的同一天检测;(ii)在症状发作之后的所述前十天内的不同天检测。
条款237.根据条款233-236中任一项所述的方法,其中所述抗SARS-CoV-2 IgG抗体在症状发作之后的第一天内、在症状发作之后的第二天内、在症状发作之后的第三天内、在症状发作之后的第四天内、在症状发作之后的第五天内、在症状发作之后的第六天内、在症状发作之后的第七天内、在症状发作之后的第八天内或在症状发作之后的第九天内在获自受试者的至少一种生物样品中进行检测。
条款238.根据条款233-237中任一项所述的方法,其中所述抗SARS-CoV-2 IgM抗体在症状发作之后的第一天内、在症状发作之后的第二天内、在症状发作之后的第三天内、在感染的第四天内、在症状发作之后的第五天内、在症状发作之后的第六天内、在症状发作之后的第七天内、在症状发作之后的第八天内或在症状发作之后的第九天内在获自受试者的至少一种生物样品中进行检测。
条款239.根据条款233-238中任一项所述的方法,其中所述不利的结果为死亡。
条款240.一种预测感染或曾经感染SARS-CoV-2的受试者的结果的方法,所述方法包括以下步骤:
a)在SARS-CoV-2的症状发作之后至少十天,从对获自所述受试者的至少一种生物样品中的至少一种抗SARS-CoV-2 IgM抗体的测定获得信号-校准物比率 (S/CO);以及
b)如果在所述生物样品中确定的抗SARS-CoV-2 IgM抗体的S/CO比等于或大于约10S/CO,则预测所述受试者较有可能具有不利结果。
条款241.根据条款240所述的方法,其中所述受试者因SARS-CoV-2的症状而住院。
条款242.根据条款240或条款241所述的方法,其还包括如果在所述生物样品中确定的抗SARS-CoV-2 IgM抗体的水平在约10S/CO至约15S/CO之间,则所述受试者较有可能具有不利的结果。
条款243.根据条款240-242中任一项所述的方法,其中所述方法选自由免疫测定或临床化学测定组成的组。
条款244.根据条款240-243中任一项所述的方法,其中所述方法使用单分子检测、侧向流测定或定点照护测定进行。
条款245.一种确定受试者的SARS-CoV-2免疫状态的方法,所述方法包括以下步骤:
a)确定获自受试者的至少一种生物样品中至少一种抗SARS-CoV-2 IgG抗体和/或抗SARS-CoV-2 IgG中和抗体的量;以及
b)确定所述受试者的SARS-CoV-2免疫状态,其中当抗SARS-CoV-2 IgG抗体和/或抗SARS-CoV-2 IgG中和抗体的量为(a)至少约550BAU/mL至约 650BAU/mL;和/或(b)至少约100BAU/mL至约490BAU/mL时,确定所述受试者对SARS-CoV-2具有免疫力,
其中进行所述方法而不考虑(a)所述受试者先前的SARS-CoV-2感染和/或疫苗接种史,和/或(b)是否知道所述受试者先前的SARS-CoV-2感染和/或疫苗接种史。
条款246.一种确定受试者的SARS-CoV-2免疫状态的方法,所述方法包括以下步骤:
a)确定获自受试者的至少一种生物样品中至少一种抗SARS-CoV-2 IgG抗体和/或抗SARS-CoV-2 IgG中和抗体的量;以及
b)确定所述受试者的SARS-CoV-2免疫状态,其中当抗SARS-CoV-2 IgG抗体和/或抗SARS-CoV-2 IgG中和抗体的量为至少约550BAU/mL至约 650BAU/mL,确定所述受试者对SARS-CoV-2具有免疫力,
其中进行所述方法而不考虑(a)所述受试者先前的SARS-CoV-2感染和/或疫苗接种史,和/或(b)是否知道所述受试者先前的SARS-CoV-2感染和/或疫苗接种史。
条款247.一种确定受试者的SARS-CoV-2免疫状态的方法,所述方法包括以下步骤:
a)确定获自受试者的至少一种生物样品中至少一种抗SARS-CoV-2 IgG抗体和/或抗SARS-CoV-2 IgG中和抗体的量;以及
b)确定所述受试者的SARS-CoV-2免疫状态,其中当抗SARS-CoV-2 IgG抗体和/或抗SARS-CoV-2 IgG中和抗体的量为至少约100BAU/mL至约 490BAU/mL,确定所述受试者对SARS-CoV-2具有免疫力,
其中进行所述方法而不考虑(a)所述受试者先前的SARS-CoV-2感染和/或疫苗接种史,和/或(b)是否知道所述受试者先前的SARS-CoV-2感染和/或疫苗接种史。
条款248.根据条款245-247中任一项所述的方法,其中所述受试者先前未感染SARS-CoV-2。
条款249.根据条款245-247中任一项所述的方法,其中所述受试者先前感染过SARS-CoV-2。
条款250.根据条款245-249中任一项所述的方法,其中所述受试者先前未接种SARS-CoV-2疫苗。
条款251.根据条款245-249中任一项所述的方法,其中所述受试者先前接种过SARS-CoV-2疫苗。
条款252.根据条款245-251中任一项所述的方法,其中所述受试者的免疫状态为所述受试者对SARS-CoV-2具有免疫力。
条款253.根据条款245-252中任一项所述的方法,其中所述受试者的免疫状态为所述受试者对SARS-CoV-2没有免疫力。
条款254.根据条款245-253中任一项所述的方法,其中所述方法选自由免疫测定或临床化学测定组成的组。
条款255.根据条款245-254中任一项所述的方法,其中所述方法使用单分子检测、侧向流测定或定点照护测定进行。
条款256.一种用于在获自受试者的生物样品中评估受试者是否可能对 SARS-CoV-2感染具有免疫力的系统,所述系统包括:
至少一种类型的第一特异性结合配偶体,其包含至少一种类型的β-冠状病毒分离多肽或其变体,选自至少一种类型的β-冠状病毒的核衣壳蛋白的C末端结构域、刺突蛋白的受体结合结构域(RBD)或核衣壳蛋白的C末端结构域和刺突蛋白的受体结合结构域(RBD),所述第一特异性结合配偶体特异性结合至少一种类型的抗SARS-CoV-2抗体,和至少一种类型的第二特异性结合配偶体,所述第二特异性结合配偶体包含至少一种可检测标记;
至少一个用于检测所述复合物的所述至少一个标记的装置,其中所述标记的信号的量指示所述样品中抗SARS-CoV-2抗体的存在或其量;和
用于分配区分等级的设备,其基于所述样品中检测的至少一种类型的抗 SARS-CoV-2抗体的存在或其量,指示所述受试者是否有可能对SARS-CoV-2感染具有免疫力。
条款257.根据条款256所述的系统,其中所述区分等级为颜色和/或数字等级。
条款258.根据条款257所述的系统,其中所述颜色/数字等级通过移动应用程序显示在移动装置上。
条款259.根据条款256-258中任一项所述的系统,其中所述变体:
a)为核衣壳蛋白的C末端结构域的变体,其在SEQ ID NO:2的位置210-419 处具有一个或多个取代、缺失或取代和缺失,包括:(1)在氨基酸位置235处用苯丙氨酸替代丝氨酸(S235F);(2)在氨基酸位置234处用异亮氨酸替代甲硫氨酸 (M234I);(3)在氨基酸位置373处用天冬酰胺替代赖氨酸(K373N);(4)在氨基酸位置377处用酪氨酸替代天冬氨酸(D377Y);(5)在氨基酸位置376处用苏氨酸替代丙氨酸(A376T);或(6)(1)-(5)的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:2的氨基酸 210-419中除(1)-(5)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;
b)为刺突蛋白的所述RBD的变体,其在SEQ ID NO:15的位置319-542处具有一个或多个取代、缺失或取代和缺失,包括:(1)在氨基酸位置417处用天冬酰胺替代赖氨酸(K417N);(2)在氨基酸位置417处用苏氨酸替代赖氨酸(K417T); (3)在氨基酸位置452处用精氨酸替代亮氨酸(L452R);(4)在氨基酸位置477处用天冬酰胺替代丝氨酸(S477N);(5)在氨基酸位置484处用赖氨酸替代谷氨酸(E484K);(6)在氨基酸位置501处用酪氨酸替代天冬酰胺(N501Y);或(7)(1)-(6) 的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:15的氨基酸319-542中除(1)-(6)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;或
c)包含a)和b)的任何组合。
条款260.根据条款256-259中任一项所述的系统,其中所述用于检测所述复合物的所述标记的装置为自动化或半自动化的。
条款261.根据条款260所述的系统,其中所述用于检测所述复合物的所述标记的装置为半自动化的并且包括使用条形码上载所述区分等级。
条款262.根据条款256-261中任一项所述的系统,其中所述至少一种类型的抗SARS-CoV-2抗体为抗SARS-CoV-2 IgG抗体、抗SARS-CoV-2 IgM抗体或其任何组合。
条款263.根据条款256-262中任一项所述的系统,其中所述至少一种类型的第二特异性结合配偶体为抗物种IgG(例如,抗人IgG IgG)抗体、抗物种IgM (例如,抗人IgMIgG)抗体或抗物种IgG(例如,抗人IgG IgG)抗体和抗物种IgM(例如,抗人IgM IgG)抗体。
条款264.根据条款256-263中任一项所述的系统,其中所述至少一种类型的第一特异性结合配偶体为刺突蛋白或其变体的受体结合结构域(RBD),其具有 SEQ ID NO:15或SEQ ID NO:17的氨基酸319至542的氨基酸序列。
条款265.根据条款256-264中任一项所述的系统,其中所述至少一种类型的第一特异性结合配偶体结合(a)抗SARS-CoV-2 IgG抗体、(b)抗SARS-CoV-2 IgM抗体或(c)(a)和(b)的组合。
序列表
<110> 雅培实验室
<120> 用于检测或确定样品中抗β-冠状病毒抗体的量的方法和试剂盒
<130> ABBTL-38395.601
<150> US 63/009,079
<151> 2020-04-13
<150> US 63/009,981
<151> 2020-04-14
<150> US 63/015,408
<151> 2020-04-24
<150> US 63/019,088
<151> 2020-05-01
<150> US 63/021,313
<151> 2020-05-07
<150> US 63/079,906
<151> 2020-09-17
<150> US 63/093,735
<151> 2020-10-19
<150> US 63/123,673
<151> 2020-12-10
<150> US 63/132,143
<151> 2020-12-30
<150> US 63/132,138
<151> 2020-12-30
<150> US 63/136,007
<151> 2021-01-11
<150> US 63/143,591
<151> 2021-01-29
<150> US 63/146,854
<151> 2021-02-08
<150> US 63/149,694
<151> 2021-02-16
<150> US 63/153,239
<151> 2021-02-24
<150> US 63/154,505
<151> 2021-02-26
<150> US 63/157,393
<151> 2021-03-05
<150> US 63/160,615
<151> 2021-03-12
<150> US 63/163,908
<151> 2021-03-21
<150> US 63/165,567
<151> 2021-03-24
<150> US 63/170,259
<151> 2021-04-02
<160> 25
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 210
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成
<400> 1
Met Ala Gly Asn Gly Gly Asp Ala Ala Leu Ala Leu Leu Leu Leu Asp
1 5 10 15
Arg Leu Asn Gln Leu Glu Ser Lys Met Ser Gly Lys Gly Gln Gln Gln
20 25 30
Gln Gly Gln Thr Val Thr Lys Lys Ser Ala Ala Glu Ala Ser Lys Lys
35 40 45
Pro Arg Gln Lys Arg Thr Ala Thr Lys Ala Tyr Asn Val Thr Gln Ala
50 55 60
Phe Gly Arg Arg Gly Pro Glu Gln Thr Gln Gly Asn Phe Gly Asp Gln
65 70 75 80
Glu Leu Ile Arg Gln Gly Thr Asp Tyr Lys His Trp Pro Gln Ile Ala
85 90 95
Gln Phe Ala Pro Ser Ala Ser Ala Phe Phe Gly Met Ser Arg Ile Gly
100 105 110
Met Glu Val Thr Pro Ser Gly Thr Trp Leu Thr Tyr Thr Gly Ala Ile
115 120 125
Lys Leu Asp Asp Lys Asp Pro Asn Phe Lys Asp Gln Val Ile Leu Leu
130 135 140
Asn Lys His Ile Asp Ala Tyr Lys Thr Phe Pro Pro Thr Glu Pro Lys
145 150 155 160
Lys Asp Lys Lys Lys Lys Ala Asp Glu Thr Gln Ala Leu Pro Gln Arg
165 170 175
Gln Lys Lys Gln Gln Thr Val Thr Leu Leu Pro Ala Ala Asp Leu Asp
180 185 190
Asp Phe Ser Lys Gln Leu Gln Gln Ser Met Ser Ser Ala Asp Ser Thr
195 200 205
Gln Ala
210
<210> 2
<211> 419
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成
<400> 2
Met Ser Asp Asn Gly Pro Gln Asn Gln Arg Asn Ala Pro Arg Ile Thr
1 5 10 15
Phe Gly Gly Pro Ser Asp Ser Thr Gly Ser Asn Gln Asn Gly Glu Arg
20 25 30
Ser Gly Ala Arg Ser Lys Gln Arg Arg Pro Gln Gly Leu Pro Asn Asn
35 40 45
Thr Ala Ser Trp Phe Thr Ala Leu Thr Gln His Gly Lys Glu Asp Leu
50 55 60
Lys Phe Pro Arg Gly Gln Gly Val Pro Ile Asn Thr Asn Ser Ser Pro
65 70 75 80
Asp Asp Gln Ile Gly Tyr Tyr Arg Arg Ala Thr Arg Arg Ile Arg Gly
85 90 95
Gly Asp Gly Lys Met Lys Asp Leu Ser Pro Arg Trp Tyr Phe Tyr Tyr
100 105 110
Leu Gly Thr Gly Pro Glu Ala Gly Leu Pro Tyr Gly Ala Asn Lys Asp
115 120 125
Gly Ile Ile Trp Val Ala Thr Glu Gly Ala Leu Asn Thr Pro Lys Asp
130 135 140
His Ile Gly Thr Arg Asn Pro Ala Asn Asn Ala Ala Ile Val Leu Gln
145 150 155 160
Leu Pro Gln Gly Thr Thr Leu Pro Lys Gly Phe Tyr Ala Glu Gly Ser
165 170 175
Arg Gly Gly Ser Gln Ala Ser Ser Arg Ser Ser Ser Arg Ser Arg Asn
180 185 190
Ser Ser Arg Asn Ser Thr Pro Gly Ser Ser Arg Gly Thr Ser Pro Ala
195 200 205
Arg Met Ala Gly Asn Gly Gly Asp Ala Ala Leu Ala Leu Leu Leu Leu
210 215 220
Asp Arg Leu Asn Gln Leu Glu Ser Lys Met Ser Gly Lys Gly Gln Gln
225 230 235 240
Gln Gln Gly Gln Thr Val Thr Lys Lys Ser Ala Ala Glu Ala Ser Lys
245 250 255
Lys Pro Arg Gln Lys Arg Thr Ala Thr Lys Ala Tyr Asn Val Thr Gln
260 265 270
Ala Phe Gly Arg Arg Gly Pro Glu Gln Thr Gln Gly Asn Phe Gly Asp
275 280 285
Gln Glu Leu Ile Arg Gln Gly Thr Asp Tyr Lys His Trp Pro Gln Ile
290 295 300
Ala Gln Phe Ala Pro Ser Ala Ser Ala Phe Phe Gly Met Ser Arg Ile
305 310 315 320
Gly Met Glu Val Thr Pro Ser Gly Thr Trp Leu Thr Tyr Thr Gly Ala
325 330 335
Ile Lys Leu Asp Asp Lys Asp Pro Asn Phe Lys Asp Gln Val Ile Leu
340 345 350
Leu Asn Lys His Ile Asp Ala Tyr Lys Thr Phe Pro Pro Thr Glu Pro
355 360 365
Lys Lys Asp Lys Lys Lys Lys Ala Asp Glu Thr Gln Ala Leu Pro Gln
370 375 380
Arg Gln Lys Lys Gln Gln Thr Val Thr Leu Leu Pro Ala Ala Asp Leu
385 390 395 400
Asp Asp Phe Ser Lys Gln Leu Gln Gln Ser Met Ser Ser Ala Asp Ser
405 410 415
Thr Gln Ala
<210> 3
<211> 6
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成
<400> 3
His His His His His His
1 5
<210> 4
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成
<400> 4
Asp Asp Asp Asp Lys
1 5
<210> 5
<211> 6
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成
<400> 5
Ala Asp Asp Asp Asp Lys
1 5
<210> 6
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成
<400> 6
Arg Asn Ala Pro Arg Ile Thr Phe Gly
1 5
<210> 7
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成
<400> 7
Arg Ser Ala Pro Arg Ile Thr Phe Gly
1 5
<210> 8
<211> 4
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成
<400> 8
Tyr Asn Ser Thr
1
<210> 9
<211> 4
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成
<400> 9
Tyr Asn Ser Ala
1
<210> 10
<211> 4
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成
<400> 10
Asp Asp Phe Met
1
<210> 11
<211> 4
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成
<400> 11
Asp Asp Phe Thr
1
<210> 12
<211> 13
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成
<400> 12
Phe Ser Thr Phe Lys Cys Tyr Gly Val Ser Ala Thr Lys
1 5 10
<210> 13
<211> 13
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成
<400> 13
Phe Ser Thr Phe Lys Cys Tyr Gly Val Ser Pro Thr Lys
1 5 10
<210> 14
<211> 422
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成
<400> 14
Met Ser Asp Asn Gly Pro Gln Ser Asn Gln Arg Ser Ala Pro Arg Ile
1 5 10 15
Thr Phe Gly Gly Pro Thr Asp Ser Thr Asp Asn Asn Gln Asn Gly Gly
20 25 30
Arg Asn Gly Ala Arg Pro Lys Gln Arg Arg Pro Gln Gly Leu Pro Asn
35 40 45
Asn Thr Ala Ser Trp Phe Thr Ala Leu Thr Gln His Gly Lys Glu Glu
50 55 60
Leu Arg Phe Pro Arg Gly Gln Gly Val Pro Ile Asn Thr Asn Ser Gly
65 70 75 80
Pro Asp Asp Gln Ile Gly Tyr Tyr Arg Arg Ala Thr Arg Arg Val Arg
85 90 95
Gly Gly Asp Gly Lys Met Lys Glu Leu Ser Pro Arg Trp Tyr Phe Tyr
100 105 110
Tyr Leu Gly Thr Gly Pro Glu Ala Ser Leu Pro Tyr Gly Ala Asn Lys
115 120 125
Glu Gly Ile Val Trp Val Ala Thr Glu Gly Ala Leu Asn Thr Pro Lys
130 135 140
Asp His Ile Gly Thr Arg Asn Pro Asn Asn Asn Ala Ala Thr Val Leu
145 150 155 160
Gln Leu Pro Gln Gly Thr Thr Leu Pro Lys Gly Phe Tyr Ala Glu Gly
165 170 175
Ser Arg Gly Gly Ser Gln Ala Ser Ser Arg Ser Ser Ser Arg Ser Arg
180 185 190
Gly Asn Ser Arg Asn Ser Thr Pro Gly Ser Ser Arg Gly Asn Ser Pro
195 200 205
Ala Arg Met Ala Ser Gly Gly Gly Glu Thr Ala Leu Ala Leu Leu Leu
210 215 220
Leu Asp Arg Leu Asn Gln Leu Glu Ser Lys Val Ser Gly Lys Gly Gln
225 230 235 240
Gln Gln Gln Gly Gln Thr Val Thr Lys Lys Ser Ala Ala Glu Ala Ser
245 250 255
Lys Lys Pro Arg Gln Lys Arg Thr Ala Thr Lys Gln Tyr Asn Val Thr
260 265 270
Gln Ala Phe Gly Arg Arg Gly Pro Glu Gln Thr Gln Gly Asn Phe Gly
275 280 285
Asp Gln Asp Leu Ile Arg Gln Gly Thr Asp Tyr Lys His Trp Pro Gln
290 295 300
Ile Ala Gln Phe Ala Pro Ser Ala Ser Ala Phe Phe Gly Met Ser Arg
305 310 315 320
Ile Gly Met Glu Val Thr Pro Ser Gly Thr Trp Leu Thr Tyr His Gly
325 330 335
Ala Ile Lys Leu Asp Asp Lys Asp Pro Gln Phe Lys Asp Asn Val Ile
340 345 350
Leu Leu Asn Lys His Ile Asp Ala Tyr Lys Thr Phe Pro Pro Thr Glu
355 360 365
Pro Lys Lys Asp Lys Lys Lys Lys Thr Asp Glu Ala Gln Pro Leu Pro
370 375 380
Gln Arg Gln Lys Lys Gln Pro Thr Val Thr Leu Leu Pro Ala Ala Asp
385 390 395 400
Met Asp Asp Phe Ser Arg Gln Leu Gln Asn Ser Met Ser Gly Ala Ser
405 410 415
Ala Asp Ser Thr Gln Ala
420
<210> 15
<211> 1273
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成
<220>
<221> 尚未归类的技术特征
<222> (542)..(542)
<223> Xaa任选地为N或S
<400> 15
Met Phe Val Phe Leu Val Leu Leu Pro Leu Val Ser Ser Gln Cys Val
1 5 10 15
Asn Leu Thr Thr Arg Thr Gln Leu Pro Pro Ala Tyr Thr Asn Ser Phe
20 25 30
Thr Arg Gly Val Tyr Tyr Pro Asp Lys Val Phe Arg Ser Ser Val Leu
35 40 45
His Ser Thr Gln Asp Leu Phe Leu Pro Phe Phe Ser Asn Val Thr Trp
50 55 60
Phe His Ala Ile His Val Ser Gly Thr Asn Gly Thr Lys Arg Phe Asp
65 70 75 80
Asn Pro Val Leu Pro Phe Asn Asp Gly Val Tyr Phe Ala Ser Thr Glu
85 90 95
Lys Ser Asn Ile Ile Arg Gly Trp Ile Phe Gly Thr Thr Leu Asp Ser
100 105 110
Lys Thr Gln Ser Leu Leu Ile Val Asn Asn Ala Thr Asn Val Val Ile
115 120 125
Lys Val Cys Glu Phe Gln Phe Cys Asn Asp Pro Phe Leu Gly Val Tyr
130 135 140
Tyr His Lys Asn Asn Lys Ser Trp Met Glu Ser Glu Phe Arg Val Tyr
145 150 155 160
Ser Ser Ala Asn Asn Cys Thr Phe Glu Tyr Val Ser Gln Pro Phe Leu
165 170 175
Met Asp Leu Glu Gly Lys Gln Gly Asn Phe Lys Asn Leu Arg Glu Phe
180 185 190
Val Phe Lys Asn Ile Asp Gly Tyr Phe Lys Ile Tyr Ser Lys His Thr
195 200 205
Pro Ile Asn Leu Val Arg Asp Leu Pro Gln Gly Phe Ser Ala Leu Glu
210 215 220
Pro Leu Val Asp Leu Pro Ile Gly Ile Asn Ile Thr Arg Phe Gln Thr
225 230 235 240
Leu Leu Ala Leu His Arg Ser Tyr Leu Thr Pro Gly Asp Ser Ser Ser
245 250 255
Gly Trp Thr Ala Gly Ala Ala Ala Tyr Tyr Val Gly Tyr Leu Gln Pro
260 265 270
Arg Thr Phe Leu Leu Lys Tyr Asn Glu Asn Gly Thr Ile Thr Asp Ala
275 280 285
Val Asp Cys Ala Leu Asp Pro Leu Ser Glu Thr Lys Cys Thr Leu Lys
290 295 300
Ser Phe Thr Val Glu Lys Gly Ile Tyr Gln Thr Ser Asn Phe Arg Val
305 310 315 320
Gln Pro Thr Glu Ser Ile Val Arg Phe Pro Asn Ile Thr Asn Leu Cys
325 330 335
Pro Phe Gly Glu Val Phe Asn Ala Thr Arg Phe Ala Ser Val Tyr Ala
340 345 350
Trp Asn Arg Lys Arg Ile Ser Asn Cys Val Ala Asp Tyr Ser Val Leu
355 360 365
Tyr Asn Ser Ala Ser Phe Ser Thr Phe Lys Cys Tyr Gly Val Ser Pro
370 375 380
Thr Lys Leu Asn Asp Leu Cys Phe Thr Asn Val Tyr Ala Asp Ser Phe
385 390 395 400
Val Ile Arg Gly Asp Glu Val Arg Gln Ile Ala Pro Gly Gln Thr Gly
405 410 415
Lys Ile Ala Asp Tyr Asn Tyr Lys Leu Pro Asp Asp Phe Thr Gly Cys
420 425 430
Val Ile Ala Trp Asn Ser Asn Asn Leu Asp Ser Lys Val Gly Gly Asn
435 440 445
Tyr Asn Tyr Leu Tyr Arg Leu Phe Arg Lys Ser Asn Leu Lys Pro Phe
450 455 460
Glu Arg Asp Ile Ser Thr Glu Ile Tyr Gln Ala Gly Ser Thr Pro Cys
465 470 475 480
Asn Gly Val Glu Gly Phe Asn Cys Tyr Phe Pro Leu Gln Ser Tyr Gly
485 490 495
Phe Gln Pro Thr Asn Gly Val Gly Tyr Gln Pro Tyr Arg Val Val Val
500 505 510
Leu Ser Phe Glu Leu Leu His Ala Pro Ala Thr Val Cys Gly Pro Lys
515 520 525
Lys Ser Thr Asn Leu Val Lys Asn Lys Cys Val Asn Phe Xaa Phe Asn
530 535 540
Gly Leu Thr Gly Thr Gly Val Leu Thr Glu Ser Asn Lys Lys Phe Leu
545 550 555 560
Pro Phe Gln Gln Phe Gly Arg Asp Ile Ala Asp Thr Thr Asp Ala Val
565 570 575
Arg Asp Pro Gln Thr Leu Glu Ile Leu Asp Ile Thr Pro Cys Ser Phe
580 585 590
Gly Gly Val Ser Val Ile Thr Pro Gly Thr Asn Thr Ser Asn Gln Val
595 600 605
Ala Val Leu Tyr Gln Asp Val Asn Cys Thr Glu Val Pro Val Ala Ile
610 615 620
His Ala Asp Gln Leu Thr Pro Thr Trp Arg Val Tyr Ser Thr Gly Ser
625 630 635 640
Asn Val Phe Gln Thr Arg Ala Gly Cys Leu Ile Gly Ala Glu His Val
645 650 655
Asn Asn Ser Tyr Glu Cys Asp Ile Pro Ile Gly Ala Gly Ile Cys Ala
660 665 670
Ser Tyr Gln Thr Gln Thr Asn Ser Pro Arg Arg Ala Arg Ser Val Ala
675 680 685
Ser Gln Ser Ile Ile Ala Tyr Thr Met Ser Leu Gly Ala Glu Asn Ser
690 695 700
Val Ala Tyr Ser Asn Asn Ser Ile Ala Ile Pro Thr Asn Phe Thr Ile
705 710 715 720
Ser Val Thr Thr Glu Ile Leu Pro Val Ser Met Thr Lys Thr Ser Val
725 730 735
Asp Cys Thr Met Tyr Ile Cys Gly Asp Ser Thr Glu Cys Ser Asn Leu
740 745 750
Leu Leu Gln Tyr Gly Ser Phe Cys Thr Gln Leu Asn Arg Ala Leu Thr
755 760 765
Gly Ile Ala Val Glu Gln Asp Lys Asn Thr Gln Glu Val Phe Ala Gln
770 775 780
Val Lys Gln Ile Tyr Lys Thr Pro Pro Ile Lys Asp Phe Gly Gly Phe
785 790 795 800
Asn Phe Ser Gln Ile Leu Pro Asp Pro Ser Lys Pro Ser Lys Arg Ser
805 810 815
Phe Ile Glu Asp Leu Leu Phe Asn Lys Val Thr Leu Ala Asp Ala Gly
820 825 830
Phe Ile Lys Gln Tyr Gly Asp Cys Leu Gly Asp Ile Ala Ala Arg Asp
835 840 845
Leu Ile Cys Ala Gln Lys Phe Asn Gly Leu Thr Val Leu Pro Pro Leu
850 855 860
Leu Thr Asp Glu Met Ile Ala Gln Tyr Thr Ser Ala Leu Leu Ala Gly
865 870 875 880
Thr Ile Thr Ser Gly Trp Thr Phe Gly Ala Gly Ala Ala Leu Gln Ile
885 890 895
Pro Phe Ala Met Gln Met Ala Tyr Arg Phe Asn Gly Ile Gly Val Thr
900 905 910
Gln Asn Val Leu Tyr Glu Asn Gln Lys Leu Ile Ala Asn Gln Phe Asn
915 920 925
Ser Ala Ile Gly Lys Ile Gln Asp Ser Leu Ser Ser Thr Ala Ser Ala
930 935 940
Leu Gly Lys Leu Gln Asp Val Val Asn Gln Asn Ala Gln Ala Leu Asn
945 950 955 960
Thr Leu Val Lys Gln Leu Ser Ser Asn Phe Gly Ala Ile Ser Ser Val
965 970 975
Leu Asn Asp Ile Leu Ser Arg Leu Asp Lys Val Glu Ala Glu Val Gln
980 985 990
Ile Asp Arg Leu Ile Thr Gly Arg Leu Gln Ser Leu Gln Thr Tyr Val
995 1000 1005
Thr Gln Gln Leu Ile Arg Ala Ala Glu Ile Arg Ala Ser Ala Asn
1010 1015 1020
Leu Ala Ala Thr Lys Met Ser Glu Cys Val Leu Gly Gln Ser Lys
1025 1030 1035
Arg Val Asp Phe Cys Gly Lys Gly Tyr His Leu Met Ser Phe Pro
1040 1045 1050
Gln Ser Ala Pro His Gly Val Val Phe Leu His Val Thr Tyr Val
1055 1060 1065
Pro Ala Gln Glu Lys Asn Phe Thr Thr Ala Pro Ala Ile Cys His
1070 1075 1080
Asp Gly Lys Ala His Phe Pro Arg Glu Gly Val Phe Val Ser Asn
1085 1090 1095
Gly Thr His Trp Phe Val Thr Gln Arg Asn Phe Tyr Glu Pro Gln
1100 1105 1110
Ile Ile Thr Thr Asp Asn Thr Phe Val Ser Gly Asn Cys Asp Val
1115 1120 1125
Val Ile Gly Ile Val Asn Asn Thr Val Tyr Asp Pro Leu Gln Pro
1130 1135 1140
Glu Leu Asp Ser Phe Lys Glu Glu Leu Asp Lys Tyr Phe Lys Asn
1145 1150 1155
His Thr Ser Pro Asp Val Asp Leu Gly Asp Ile Ser Gly Ile Asn
1160 1165 1170
Ala Ser Val Val Asn Ile Gln Lys Glu Ile Asp Arg Leu Asn Glu
1175 1180 1185
Val Ala Lys Asn Leu Asn Glu Ser Leu Ile Asp Leu Gln Glu Leu
1190 1195 1200
Gly Lys Tyr Glu Gln Tyr Ile Lys Trp Pro Trp Tyr Ile Trp Leu
1205 1210 1215
Gly Phe Ile Ala Gly Leu Ile Ala Ile Val Met Val Thr Ile Met
1220 1225 1230
Leu Cys Cys Met Thr Ser Cys Cys Ser Cys Leu Lys Gly Cys Cys
1235 1240 1245
Ser Cys Gly Ser Cys Cys Lys Phe Asp Glu Asp Asp Ser Glu Pro
1250 1255 1260
Val Leu Lys Gly Val Lys Leu His Tyr Thr
1265 1270
<210> 16
<211> 1255
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成
<220>
<221> 尚未归类的技术特征
<222> (528)..(528)
<223> Xaa为N或S
<400> 16
Met Phe Ile Phe Leu Leu Phe Leu Thr Leu Thr Ser Gly Ser Asp Leu
1 5 10 15
Asp Arg Cys Thr Thr Phe Asp Asp Val Gln Ala Pro Asn Tyr Thr Gln
20 25 30
His Thr Ser Ser Met Arg Gly Val Tyr Tyr Pro Asp Glu Ile Phe Arg
35 40 45
Ser Asp Thr Leu Tyr Leu Thr Gln Asp Leu Phe Leu Pro Phe Tyr Ser
50 55 60
Asn Val Thr Gly Phe His Thr Ile Asn His Thr Phe Gly Asn Pro Val
65 70 75 80
Ile Pro Phe Lys Asp Gly Ile Tyr Phe Ala Ala Thr Glu Lys Ser Asn
85 90 95
Val Val Arg Gly Trp Val Phe Gly Ser Thr Met Asn Asn Lys Ser Gln
100 105 110
Ser Val Ile Ile Ile Asn Asn Ser Thr Asn Val Val Ile Arg Ala Cys
115 120 125
Asn Phe Glu Leu Cys Asp Asn Pro Phe Phe Ala Val Ser Lys Pro Met
130 135 140
Gly Thr Gln Thr His Thr Met Ile Phe Asp Asn Ala Phe Asn Cys Thr
145 150 155 160
Phe Glu Tyr Ile Ser Asp Ala Phe Ser Leu Asp Val Ser Glu Lys Ser
165 170 175
Gly Asn Phe Lys His Leu Arg Glu Phe Val Phe Lys Asn Lys Asp Gly
180 185 190
Phe Leu Tyr Val Tyr Lys Gly Tyr Gln Pro Ile Asp Val Val Arg Asp
195 200 205
Leu Pro Ser Gly Phe Asn Thr Leu Lys Pro Ile Phe Lys Leu Pro Leu
210 215 220
Gly Ile Asn Ile Thr Asn Phe Arg Ala Ile Leu Thr Ala Phe Ser Pro
225 230 235 240
Ala Gln Asp Ile Trp Gly Thr Ser Ala Ala Ala Tyr Phe Val Gly Tyr
245 250 255
Leu Lys Pro Thr Thr Phe Met Leu Lys Tyr Asp Glu Asn Gly Thr Ile
260 265 270
Thr Asp Ala Val Asp Cys Ser Gln Asn Pro Leu Ala Glu Leu Lys Cys
275 280 285
Ser Val Lys Ser Phe Glu Ile Asp Lys Gly Ile Tyr Gln Thr Ser Asn
290 295 300
Phe Arg Val Val Pro Ser Gly Asp Val Val Arg Phe Pro Asn Ile Thr
305 310 315 320
Asn Leu Cys Pro Phe Gly Glu Val Phe Asn Ala Thr Lys Phe Pro Ser
325 330 335
Val Tyr Ala Trp Glu Arg Lys Lys Ile Ser Asn Cys Val Ala Asp Tyr
340 345 350
Ser Val Leu Tyr Asn Ser Thr Phe Phe Ser Thr Phe Lys Cys Tyr Gly
355 360 365
Val Ser Ala Thr Lys Leu Asn Asp Leu Cys Phe Ser Asn Val Tyr Ala
370 375 380
Asp Ser Phe Val Val Lys Gly Asp Asp Val Arg Gln Ile Ala Pro Gly
385 390 395 400
Gln Thr Gly Val Ile Ala Asp Tyr Asn Tyr Lys Leu Pro Asp Asp Phe
405 410 415
Met Gly Cys Val Leu Ala Trp Asn Thr Arg Asn Ile Asp Ala Thr Ser
420 425 430
Thr Gly Asn Tyr Asn Tyr Lys Tyr Arg Tyr Leu Arg His Gly Lys Leu
435 440 445
Arg Pro Phe Glu Arg Asp Ile Ser Asn Val Pro Phe Ser Pro Asp Gly
450 455 460
Lys Pro Cys Thr Pro Pro Ala Leu Asn Cys Tyr Trp Pro Leu Asn Asp
465 470 475 480
Tyr Gly Phe Tyr Thr Thr Thr Gly Ile Gly Tyr Gln Pro Tyr Arg Val
485 490 495
Val Val Leu Ser Phe Glu Leu Leu Asn Ala Pro Ala Thr Val Cys Gly
500 505 510
Pro Lys Leu Ser Thr Asp Leu Ile Lys Asn Gln Cys Val Asn Phe Xaa
515 520 525
Phe Asn Gly Leu Thr Gly Thr Gly Val Leu Thr Pro Ser Ser Lys Arg
530 535 540
Phe Gln Pro Phe Gln Gln Phe Gly Arg Asp Val Ser Asp Phe Thr Asp
545 550 555 560
Ser Val Arg Asp Pro Lys Thr Ser Glu Ile Leu Asp Ile Ser Pro Cys
565 570 575
Ala Phe Gly Gly Val Ser Val Ile Thr Pro Gly Thr Asn Ala Ser Ser
580 585 590
Glu Val Ala Val Leu Tyr Gln Asp Val Asn Cys Thr Asp Val Ser Thr
595 600 605
Ala Ile His Ala Asp Gln Leu Thr Pro Ala Trp Arg Ile Tyr Ser Thr
610 615 620
Gly Asn Asn Val Phe Gln Thr Gln Ala Gly Cys Leu Ile Gly Ala Glu
625 630 635 640
His Val Asp Thr Ser Tyr Glu Cys Asp Ile Pro Ile Gly Ala Gly Ile
645 650 655
Cys Ala Ser Tyr His Thr Val Ser Leu Leu Arg Ser Thr Ser Gln Lys
660 665 670
Ser Ile Val Ala Tyr Thr Met Ser Leu Gly Ala Asp Ser Ser Ile Ala
675 680 685
Tyr Ser Asn Asn Thr Ile Ala Ile Pro Thr Asn Phe Ser Ile Ser Ile
690 695 700
Thr Thr Glu Val Met Pro Val Ser Met Ala Lys Thr Ser Val Asp Cys
705 710 715 720
Asn Met Tyr Ile Cys Gly Asp Ser Thr Glu Cys Ala Asn Leu Leu Leu
725 730 735
Gln Tyr Gly Ser Phe Cys Thr Gln Leu Asn Arg Ala Leu Ser Gly Ile
740 745 750
Ala Ala Glu Gln Asp Arg Asn Thr Arg Glu Val Phe Ala Gln Val Lys
755 760 765
Gln Met Tyr Lys Thr Pro Thr Leu Lys Tyr Phe Gly Gly Phe Asn Phe
770 775 780
Ser Gln Ile Leu Pro Asp Pro Leu Lys Pro Thr Lys Arg Ser Phe Ile
785 790 795 800
Glu Asp Leu Leu Phe Asn Lys Val Thr Leu Ala Asp Ala Gly Phe Met
805 810 815
Lys Gln Tyr Gly Glu Cys Leu Gly Asp Ile Asn Ala Arg Asp Leu Ile
820 825 830
Cys Ala Gln Lys Phe Asn Gly Leu Thr Val Leu Pro Pro Leu Leu Thr
835 840 845
Asp Asp Met Ile Ala Ala Tyr Thr Ala Ala Leu Val Ser Gly Thr Ala
850 855 860
Thr Ala Gly Trp Thr Phe Gly Ala Gly Ala Ala Leu Gln Ile Pro Phe
865 870 875 880
Ala Met Gln Met Ala Tyr Arg Phe Asn Gly Ile Gly Val Thr Gln Asn
885 890 895
Val Leu Tyr Glu Asn Gln Lys Gln Ile Ala Asn Gln Phe Asn Lys Ala
900 905 910
Ile Ser Gln Ile Gln Glu Ser Leu Thr Thr Thr Ser Thr Ala Leu Gly
915 920 925
Lys Leu Gln Asp Val Val Asn Gln Asn Ala Gln Ala Leu Asn Thr Leu
930 935 940
Val Lys Gln Leu Ser Ser Asn Phe Gly Ala Ile Ser Ser Val Leu Asn
945 950 955 960
Asp Ile Leu Ser Arg Leu Asp Lys Val Glu Ala Glu Val Gln Ile Asp
965 970 975
Arg Leu Ile Thr Gly Arg Leu Gln Ser Leu Gln Thr Tyr Val Thr Gln
980 985 990
Gln Leu Ile Arg Ala Ala Glu Ile Arg Ala Ser Ala Asn Leu Ala Ala
995 1000 1005
Thr Lys Met Ser Glu Cys Val Leu Gly Gln Ser Lys Arg Val Asp
1010 1015 1020
Phe Cys Gly Lys Gly Tyr His Leu Met Ser Phe Pro Gln Ala Ala
1025 1030 1035
Pro His Gly Val Val Phe Leu His Val Thr Tyr Val Pro Ser Gln
1040 1045 1050
Glu Arg Asn Phe Thr Thr Ala Pro Ala Ile Cys His Glu Gly Lys
1055 1060 1065
Ala Tyr Phe Pro Arg Glu Gly Val Phe Val Phe Asn Gly Thr Ser
1070 1075 1080
Trp Phe Ile Thr Gln Arg Asn Phe Phe Ser Pro Gln Ile Ile Thr
1085 1090 1095
Thr Asp Asn Thr Phe Val Ser Gly Asn Cys Asp Val Val Ile Gly
1100 1105 1110
Ile Ile Asn Asn Thr Val Tyr Asp Pro Leu Gln Pro Glu Leu Asp
1115 1120 1125
Ser Phe Lys Glu Glu Leu Asp Lys Tyr Phe Lys Asn His Thr Ser
1130 1135 1140
Pro Asp Val Asp Leu Gly Asp Ile Ser Gly Ile Asn Ala Ser Val
1145 1150 1155
Val Asn Ile Gln Lys Glu Ile Asp Arg Leu Asn Glu Val Ala Lys
1160 1165 1170
Asn Leu Asn Glu Ser Leu Ile Asp Leu Gln Glu Leu Gly Lys Tyr
1175 1180 1185
Glu Gln Tyr Ile Lys Trp Pro Trp Tyr Val Trp Leu Gly Phe Ile
1190 1195 1200
Ala Gly Leu Ile Ala Ile Val Met Val Thr Ile Leu Leu Cys Cys
1205 1210 1215
Met Thr Ser Cys Cys Ser Cys Leu Lys Gly Ala Cys Ser Cys Gly
1220 1225 1230
Ser Cys Cys Lys Phe Asp Glu Asp Asp Ser Glu Pro Val Leu Lys
1235 1240 1245
Gly Val Lys Leu His Tyr Thr
1250 1255
<210> 17
<211> 224
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成
<220>
<221> 尚未归类的技术特征
<222> (224)..(224)
<223> Xaa不存在或存在,并且当存在时,为N或S
<400> 17
Arg Val Gln Pro Thr Glu Ser Ile Val Arg Phe Pro Asn Ile Thr Asn
1 5 10 15
Leu Cys Pro Phe Gly Glu Val Phe Asn Ala Thr Arg Phe Ala Ser Val
20 25 30
Tyr Ala Trp Asn Arg Lys Arg Ile Ser Asn Cys Val Ala Asp Tyr Ser
35 40 45
Val Leu Tyr Asn Ser Ala Ser Phe Ser Thr Phe Lys Cys Tyr Gly Val
50 55 60
Ser Pro Thr Lys Leu Asn Asp Leu Cys Phe Thr Asn Val Tyr Ala Asp
65 70 75 80
Ser Phe Val Ile Arg Gly Asp Glu Val Arg Gln Ile Ala Pro Gly Gln
85 90 95
Thr Gly Lys Ile Ala Asp Tyr Asn Tyr Lys Leu Pro Asp Asp Phe Thr
100 105 110
Gly Cys Val Ile Ala Trp Asn Ser Asn Asn Leu Asp Ser Lys Val Gly
115 120 125
Gly Asn Tyr Asn Tyr Leu Tyr Arg Leu Phe Arg Lys Ser Asn Leu Lys
130 135 140
Pro Phe Glu Arg Asp Ile Ser Thr Glu Ile Tyr Gln Ala Gly Ser Thr
145 150 155 160
Pro Cys Asn Gly Val Glu Gly Phe Asn Cys Tyr Phe Pro Leu Gln Ser
165 170 175
Tyr Gly Phe Gln Pro Thr Asn Gly Val Gly Tyr Gln Pro Tyr Arg Val
180 185 190
Val Val Leu Ser Phe Glu Leu Leu His Ala Pro Ala Thr Val Cys Gly
195 200 205
Pro Lys Lys Ser Thr Asn Leu Val Lys Asn Lys Cys Val Asn Phe Xaa
210 215 220
<210> 18
<211> 223
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成
<220>
<221> 尚未归类的技术特征
<222> (223)..(223)
<223> Xaa不存在或存在,并且当存在时,为N或S
<400> 18
Arg Val Val Pro Ser Gly Asp Val Val Arg Phe Pro Asn Ile Thr Asn
1 5 10 15
Leu Cys Pro Phe Gly Glu Val Phe Asn Ala Thr Lys Phe Pro Ser Val
20 25 30
Tyr Ala Trp Glu Arg Lys Lys Ile Ser Asn Cys Val Ala Asp Tyr Ser
35 40 45
Val Leu Tyr Asn Ser Thr Phe Phe Ser Thr Phe Lys Cys Tyr Gly Val
50 55 60
Ser Ala Thr Lys Leu Asn Asp Leu Cys Phe Ser Asn Val Tyr Ala Asp
65 70 75 80
Ser Phe Val Val Lys Gly Asp Asp Val Arg Gln Ile Ala Pro Gly Gln
85 90 95
Thr Gly Val Ile Ala Asp Tyr Asn Tyr Lys Leu Pro Asp Asp Phe Met
100 105 110
Gly Cys Val Leu Ala Trp Asn Thr Arg Asn Ile Asp Ala Thr Ser Thr
115 120 125
Gly Asn Tyr Asn Tyr Lys Tyr Arg Tyr Leu Arg His Gly Lys Leu Arg
130 135 140
Pro Phe Glu Arg Asp Ile Ser Asn Val Pro Phe Ser Pro Asp Gly Lys
145 150 155 160
Pro Cys Thr Pro Pro Ala Leu Asn Cys Tyr Trp Pro Leu Asn Asp Tyr
165 170 175
Gly Phe Tyr Thr Thr Thr Gly Ile Gly Tyr Gln Pro Tyr Arg Val Val
180 185 190
Val Leu Ser Phe Glu Leu Leu Asn Ala Pro Ala Thr Val Cys Gly Pro
195 200 205
Lys Leu Ser Thr Asp Leu Ile Lys Asn Gln Cys Val Asn Phe Xaa
210 215 220
<210> 19
<211> 20
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成
<400> 19
Ala Thr Ser Thr Gly Asn Tyr Asn Tyr Lys Tyr Arg Tyr Leu Arg His
1 5 10 15
Gly Lys Leu Arg
20
<210> 20
<211> 19
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成
<400> 20
Tyr Thr Thr Thr Gly Ile Gly Tyr Gln Pro Tyr Arg Val Val Leu Ser
1 5 10 15
Phe Glu Leu
<210> 21
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成
<400> 21
Gly Pro Gln Asn Gln
1 5
<210> 22
<211> 6
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成
<400> 22
Gly Pro Gln Ser Asn Gln
1 5
<210> 23
<211> 6
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成
<400> 23
Gly Pro Thr Asp Ser Thr
1 5
<210> 24
<211> 210
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成
<400> 24
Met Ala Gly Asn Gly Gly Asp Ala Ala Leu Ala Leu Leu Leu Leu Asp
1 5 10 15
Arg Leu Asn Gln Leu Glu Ser Lys Met Phe Gly Lys Gly Gln Gln Gln
20 25 30
Gln Gly Gln Thr Val Thr Lys Lys Ser Ala Ala Glu Ala Ser Lys Lys
35 40 45
Pro Arg Gln Lys Arg Thr Ala Thr Lys Ala Tyr Asn Val Thr Gln Ala
50 55 60
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65 70 75 80
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Gln Phe Ala Pro Ser Ala Ser Ala Phe Phe Gly Met Ser Arg Ile Gly
100 105 110
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115 120 125
Lys Leu Asp Asp Lys Asp Pro Asn Phe Lys Asp Gln Val Ile Leu Leu
130 135 140
Asn Lys His Ile Asp Ala Tyr Lys Thr Phe Pro Pro Thr Glu Pro Lys
145 150 155 160
Lys Asp Lys Lys Lys Lys Ala Asp Glu Thr Gln Ala Leu Pro Gln Arg
165 170 175
Gln Lys Lys Gln Gln Thr Val Thr Leu Leu Pro Ala Ala Asp Leu Asp
180 185 190
Asp Phe Ser Lys Gln Leu Gln Gln Ser Met Ser Ser Ala Asp Ser Thr
195 200 205
Gln Ala
210
<210> 25
<211> 1273
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成
<220>
<221> 尚未归类的技术特征
<222> (417)..(417)
<223> Xaa任选地为K或N
<220>
<221> 尚未归类的技术特征
<222> (484)..(484)
<223> Xaa任选地为E或K
<220>
<221> 尚未归类的技术特征
<222> (501)..(501)
<223> Xaa任选地为N或Y
<220>
<221> 尚未归类的技术特征
<222> (542)..(542)
<223> Xaa任选地为N或S
<400> 25
Met Phe Val Phe Leu Val Leu Leu Pro Leu Val Ser Ser Gln Cys Val
1 5 10 15
Asn Leu Thr Thr Arg Thr Gln Leu Pro Pro Ala Tyr Thr Asn Ser Phe
20 25 30
Thr Arg Gly Val Tyr Tyr Pro Asp Lys Val Phe Arg Ser Ser Val Leu
35 40 45
His Ser Thr Gln Asp Leu Phe Leu Pro Phe Phe Ser Asn Val Thr Trp
50 55 60
Phe His Ala Ile His Val Ser Gly Thr Asn Gly Thr Lys Arg Phe Asp
65 70 75 80
Asn Pro Val Leu Pro Phe Asn Asp Gly Val Tyr Phe Ala Ser Thr Glu
85 90 95
Lys Ser Asn Ile Ile Arg Gly Trp Ile Phe Gly Thr Thr Leu Asp Ser
100 105 110
Lys Thr Gln Ser Leu Leu Ile Val Asn Asn Ala Thr Asn Val Val Ile
115 120 125
Lys Val Cys Glu Phe Gln Phe Cys Asn Asp Pro Phe Leu Gly Val Tyr
130 135 140
Tyr His Lys Asn Asn Lys Ser Trp Met Glu Ser Glu Phe Arg Val Tyr
145 150 155 160
Ser Ser Ala Asn Asn Cys Thr Phe Glu Tyr Val Ser Gln Pro Phe Leu
165 170 175
Met Asp Leu Glu Gly Lys Gln Gly Asn Phe Lys Asn Leu Arg Glu Phe
180 185 190
Val Phe Lys Asn Ile Asp Gly Tyr Phe Lys Ile Tyr Ser Lys His Thr
195 200 205
Pro Ile Asn Leu Val Arg Asp Leu Pro Gln Gly Phe Ser Ala Leu Glu
210 215 220
Pro Leu Val Asp Leu Pro Ile Gly Ile Asn Ile Thr Arg Phe Gln Thr
225 230 235 240
Leu Leu Ala Leu His Arg Ser Tyr Leu Thr Pro Gly Asp Ser Ser Ser
245 250 255
Gly Trp Thr Ala Gly Ala Ala Ala Tyr Tyr Val Gly Tyr Leu Gln Pro
260 265 270
Arg Thr Phe Leu Leu Lys Tyr Asn Glu Asn Gly Thr Ile Thr Asp Ala
275 280 285
Val Asp Cys Ala Leu Asp Pro Leu Ser Glu Thr Lys Cys Thr Leu Lys
290 295 300
Ser Phe Thr Val Glu Lys Gly Ile Tyr Gln Thr Ser Asn Phe Arg Val
305 310 315 320
Gln Pro Thr Glu Ser Ile Val Arg Phe Pro Asn Ile Thr Asn Leu Cys
325 330 335
Pro Phe Gly Glu Val Phe Asn Ala Thr Arg Phe Ala Ser Val Tyr Ala
340 345 350
Trp Asn Arg Lys Arg Ile Ser Asn Cys Val Ala Asp Tyr Ser Val Leu
355 360 365
Tyr Asn Ser Ala Ser Phe Ser Thr Phe Lys Cys Tyr Gly Val Ser Pro
370 375 380
Thr Lys Leu Asn Asp Leu Cys Phe Thr Asn Val Tyr Ala Asp Ser Phe
385 390 395 400
Val Ile Arg Gly Asp Glu Val Arg Gln Ile Ala Pro Gly Gln Thr Gly
405 410 415
Xaa Ile Ala Asp Tyr Asn Tyr Lys Leu Pro Asp Asp Phe Thr Gly Cys
420 425 430
Val Ile Ala Trp Asn Ser Asn Asn Leu Asp Ser Lys Val Gly Gly Asn
435 440 445
Tyr Asn Tyr Leu Tyr Arg Leu Phe Arg Lys Ser Asn Leu Lys Pro Phe
450 455 460
Glu Arg Asp Ile Ser Thr Glu Ile Tyr Gln Ala Gly Ser Thr Pro Cys
465 470 475 480
Asn Gly Val Xaa Gly Phe Asn Cys Tyr Phe Pro Leu Gln Ser Tyr Gly
485 490 495
Phe Gln Pro Thr Xaa Gly Val Gly Tyr Gln Pro Tyr Arg Val Val Val
500 505 510
Leu Ser Phe Glu Leu Leu His Ala Pro Ala Thr Val Cys Gly Pro Lys
515 520 525
Lys Ser Thr Asn Leu Val Lys Asn Lys Cys Val Asn Phe Xaa Phe Asn
530 535 540
Gly Leu Thr Gly Thr Gly Val Leu Thr Glu Ser Asn Lys Lys Phe Leu
545 550 555 560
Pro Phe Gln Gln Phe Gly Arg Asp Ile Ala Asp Thr Thr Asp Ala Val
565 570 575
Arg Asp Pro Gln Thr Leu Glu Ile Leu Asp Ile Thr Pro Cys Ser Phe
580 585 590
Gly Gly Val Ser Val Ile Thr Pro Gly Thr Asn Thr Ser Asn Gln Val
595 600 605
Ala Val Leu Tyr Gln Asp Val Asn Cys Thr Glu Val Pro Val Ala Ile
610 615 620
His Ala Asp Gln Leu Thr Pro Thr Trp Arg Val Tyr Ser Thr Gly Ser
625 630 635 640
Asn Val Phe Gln Thr Arg Ala Gly Cys Leu Ile Gly Ala Glu His Val
645 650 655
Asn Asn Ser Tyr Glu Cys Asp Ile Pro Ile Gly Ala Gly Ile Cys Ala
660 665 670
Ser Tyr Gln Thr Gln Thr Asn Ser Pro Arg Arg Ala Arg Ser Val Ala
675 680 685
Ser Gln Ser Ile Ile Ala Tyr Thr Met Ser Leu Gly Ala Glu Asn Ser
690 695 700
Val Ala Tyr Ser Asn Asn Ser Ile Ala Ile Pro Thr Asn Phe Thr Ile
705 710 715 720
Ser Val Thr Thr Glu Ile Leu Pro Val Ser Met Thr Lys Thr Ser Val
725 730 735
Asp Cys Thr Met Tyr Ile Cys Gly Asp Ser Thr Glu Cys Ser Asn Leu
740 745 750
Leu Leu Gln Tyr Gly Ser Phe Cys Thr Gln Leu Asn Arg Ala Leu Thr
755 760 765
Gly Ile Ala Val Glu Gln Asp Lys Asn Thr Gln Glu Val Phe Ala Gln
770 775 780
Val Lys Gln Ile Tyr Lys Thr Pro Pro Ile Lys Asp Phe Gly Gly Phe
785 790 795 800
Asn Phe Ser Gln Ile Leu Pro Asp Pro Ser Lys Pro Ser Lys Arg Ser
805 810 815
Phe Ile Glu Asp Leu Leu Phe Asn Lys Val Thr Leu Ala Asp Ala Gly
820 825 830
Phe Ile Lys Gln Tyr Gly Asp Cys Leu Gly Asp Ile Ala Ala Arg Asp
835 840 845
Leu Ile Cys Ala Gln Lys Phe Asn Gly Leu Thr Val Leu Pro Pro Leu
850 855 860
Leu Thr Asp Glu Met Ile Ala Gln Tyr Thr Ser Ala Leu Leu Ala Gly
865 870 875 880
Thr Ile Thr Ser Gly Trp Thr Phe Gly Ala Gly Ala Ala Leu Gln Ile
885 890 895
Pro Phe Ala Met Gln Met Ala Tyr Arg Phe Asn Gly Ile Gly Val Thr
900 905 910
Gln Asn Val Leu Tyr Glu Asn Gln Lys Leu Ile Ala Asn Gln Phe Asn
915 920 925
Ser Ala Ile Gly Lys Ile Gln Asp Ser Leu Ser Ser Thr Ala Ser Ala
930 935 940
Leu Gly Lys Leu Gln Asp Val Val Asn Gln Asn Ala Gln Ala Leu Asn
945 950 955 960
Thr Leu Val Lys Gln Leu Ser Ser Asn Phe Gly Ala Ile Ser Ser Val
965 970 975
Leu Asn Asp Ile Leu Ser Arg Leu Asp Lys Val Glu Ala Glu Val Gln
980 985 990
Ile Asp Arg Leu Ile Thr Gly Arg Leu Gln Ser Leu Gln Thr Tyr Val
995 1000 1005
Thr Gln Gln Leu Ile Arg Ala Ala Glu Ile Arg Ala Ser Ala Asn
1010 1015 1020
Leu Ala Ala Thr Lys Met Ser Glu Cys Val Leu Gly Gln Ser Lys
1025 1030 1035
Arg Val Asp Phe Cys Gly Lys Gly Tyr His Leu Met Ser Phe Pro
1040 1045 1050
Gln Ser Ala Pro His Gly Val Val Phe Leu His Val Thr Tyr Val
1055 1060 1065
Pro Ala Gln Glu Lys Asn Phe Thr Thr Ala Pro Ala Ile Cys His
1070 1075 1080
Asp Gly Lys Ala His Phe Pro Arg Glu Gly Val Phe Val Ser Asn
1085 1090 1095
Gly Thr His Trp Phe Val Thr Gln Arg Asn Phe Tyr Glu Pro Gln
1100 1105 1110
Ile Ile Thr Thr Asp Asn Thr Phe Val Ser Gly Asn Cys Asp Val
1115 1120 1125
Val Ile Gly Ile Val Asn Asn Thr Val Tyr Asp Pro Leu Gln Pro
1130 1135 1140
Glu Leu Asp Ser Phe Lys Glu Glu Leu Asp Lys Tyr Phe Lys Asn
1145 1150 1155
His Thr Ser Pro Asp Val Asp Leu Gly Asp Ile Ser Gly Ile Asn
1160 1165 1170
Ala Ser Val Val Asn Ile Gln Lys Glu Ile Asp Arg Leu Asn Glu
1175 1180 1185
Val Ala Lys Asn Leu Asn Glu Ser Leu Ile Asp Leu Gln Glu Leu
1190 1195 1200
Gly Lys Tyr Glu Gln Tyr Ile Lys Trp Pro Trp Tyr Ile Trp Leu
1205 1210 1215
Gly Phe Ile Ala Gly Leu Ile Ala Ile Val Met Val Thr Ile Met
1220 1225 1230
Leu Cys Cys Met Thr Ser Cys Cys Ser Cys Leu Lys Gly Cys Cys
1235 1240 1245
Ser Cys Gly Ser Cys Cys Lys Phe Asp Glu Asp Asp Ser Glu Pro
1250 1255 1260
Val Leu Lys Gly Val Lys Leu His Tyr Thr
1265 1270

Claims (106)

1.一种用于检测受试者的至少一种类型的抗SARS-CoV-2抗体的存在或确定其量的方法,所述方法包括以下步骤:
a)使所述受试者的至少一种生物样品同时或以任何顺序依次与以下接触:
至少一种类型的第一特异性结合配偶体,其包含至少一种类型的β-冠状病毒分离多肽或其变体,所述分离多肽或其变体选自核衣壳蛋白的C末端结构域、刺突蛋白的受体结合结构域(RBD)或核衣壳蛋白的C末端结构域和刺突蛋白的受体结合结构域(RBD),其中所述多肽特异性结合所述样品中的至少一种类型的抗SARS-CoV-2抗体,和
至少一种类型的第二特异性结合配偶体,其包含可检测标记,
从而产生一种或多种类型的第一复合物,其包含第一特异性结合配偶体-抗SARS-CoV-2抗体-第二特异性结合配偶体;以及
b)评估所述一种或多种类型的第一复合物的信号,其中所述可检测标记的可检测信号的量指示所述样品中至少一种类型的抗β-冠状病毒抗体的存在或其量。
2.根据权利要求1所述的方法,其中所述至少一种类型的抗SARS-CoV-2抗体特异性结合:
a)所述核衣壳蛋白的变体,其在SEQ ID NO:2的位置210-419处具有一个或多个取代、缺失或取代和缺失,包括:(1)在氨基酸位置235处用苯丙氨酸替代丝氨酸(S235F);(2)在氨基酸位置234处用异亮氨酸替代甲硫氨酸(M234I);(3)在氨基酸位置373处用天冬酰胺替代赖氨酸(K373N);(4)在氨基酸位置377处用酪氨酸替代天冬氨酸(D377Y);(5)在氨基酸位置376处用苏氨酸替代丙氨酸(A376T);或(6)(1)-(5)的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:2的氨基酸210-419中除(1)-(5)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;
b)刺突蛋白的所述RBD的变体,其在SEQ ID NO:15的位置319-542处具有一个或多个取代、缺失或取代和缺失,包括:(1)在氨基酸位置417处用天冬酰胺替代赖氨酸(K417N);(2)在氨基酸位置417处用苏氨酸替代赖氨酸(K417T);(3)在氨基酸位置452处用精氨酸替代亮氨酸(L452R);(4)在氨基酸位置477处用天冬酰胺替代丝氨酸(S477N);(5)在氨基酸位置484处用赖氨酸替代谷氨酸(E484K);(6)在氨基酸位置501处用酪氨酸替代天冬酰胺(N501Y);或(7)(1)-(6)的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:15的氨基酸319-542中除(1)-(6)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;或
c)SARS-CoV-2病毒的变体,其包含a)和b)的任何组合。
3.根据权利要求1或2所述的方法,其中所述生物样品为全血、血清、血浆、唾液、鼻涕试样、肛拭子试样、口咽试样或鼻咽试样。
4.根据权利要求1-3中任一项所述的方法,其中所述至少一种类型的抗SARS-CoV-2抗体为IgG抗体、IgM抗体或IgG抗体和IgM抗体。
5.根据权利要求1-4中任一项所述的方法,其中所述至少一种类型的第一特异性结合配偶体包含β-冠状病毒的核衣壳蛋白的C末端结构域的至少一种分离多肽,其中所述方法执行为使得所述特异性结合配偶体特异性结合(a)抗β-冠状病毒IgG抗体;(b)抗β-冠状病毒IgM抗体;或(b)抗β-冠状病毒IgG和抗β-冠状病毒IgM抗体。
6.根据权利要求1-4中任一项所述的方法,其中所述至少一种类型的第一特异性结合配偶体包含β-冠状病毒的刺突蛋白的受体结合结构域(RBD)的至少一种分离多肽,其中所述方法执行为使得所述特异性结合配偶体特异性结合(a)抗β-冠状病毒IgG抗体;(b)抗β-冠状病毒IgM抗体;或(b)抗β-冠状病毒IgG抗体和抗β-冠状病毒IgM抗体两者。
7.根据权利要求1-6中任一项所述的方法,其中所述至少一种类型的第二特异性结合配偶体为抗物种IgG(例如,抗人IgG IgG)抗体、抗物种IgM(例如,抗人IgM IgG)抗体或抗物种IgG(例如,抗人IgG IgG)和抗物种IgM(例如,抗人IgM IgG)抗体。
8.根据权利要求1-7中任一项所述的方法,其中所述至少一种类型的第一特异性结合配偶体为核衣壳蛋白或其变体的C末端结构域,其:
(1)具有SEQ ID NO:1的氨基酸序列;(2)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQNQ(SEQ ID NO:21)、RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST(SEQ ID NO:23)和SEQ IDNO:2的氨基酸211至419;(3)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQSNQ(SEQID NO:22)、RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST(SEQ ID NO:23)和SEQ ID NO:2的氨基酸211至419;或(4)具有SEQ ID NO:2的氨基酸210至419的氨基酸序列。
9.根据权利要求1-4或6中任一项所述的方法,其中所述至少一种类型的第一特异性结合配偶体为刺突蛋白或其变体的受体结合结构域(RBD),其具有SEQ ID NO:15或SEQ IDNO:17的氨基酸319至542的氨基酸序列。
10.根据权利要求8或权利要求9所述的方法,其中所述方法执行为使得所述至少一种类型的第一特异性结合配偶体结合(a)抗SARS-CoV-2IgG抗体;(b)抗SARS CoV-2IgM抗体;或(c)抗SARS-CoV-2IgG抗体和抗SARS-CoV-2IgM抗体两者。
11.根据权利要求1-10中任一项所述的方法,其中所述方法包括检测:
(a)获自受试者的至少一种生物样品中的至少一种抗SARS-CoV-2IgG抗体,其中所述至少一种类型的第一特异性结合配偶体为核衣壳蛋白或其变体的C末端结构域,其(1)具有SEQ ID NO:1的氨基酸序列;(2)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQNQ(SEQ ID NO:21)、RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST(SEQ ID NO:23)和SEQ ID NO:2的氨基酸211至419;(3)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQSNQ(SEQ ID NO:22)、RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST(SEQ ID NO:23)和SEQ ID NO:2的氨基酸211至419,并且特异性结合至少一种抗SARS-CoV-2IgG抗体;或(4)具有SEQ ID NO:2的氨基酸210至419的氨基酸序列,和/或
(b)获自受试者的至少一种生物样品中的至少一种抗SARS-CoV-2IgM抗体,其中所述至少一种第一特异性结合配偶体为刺突蛋白或其变体的受体结合结构域(RBD),其具有SEQID NO:15或SEQ ID NO:17的氨基酸319至542的氨基酸序列并且特异性结合至少一种抗SARS-CoV-2IgM抗体;并且
其中在获自所述受试者的单种生物样品中或在获自所述受试者的多种生物样品中检测所述至少一种抗SARS-CoV-2IgG抗体和/或至少一种抗SARS-CoV-2IgM抗体;并且
进一步地,其中在获自所述受试者的单种生物样品中或在获自所述受试者的多种生物样品中同时或以任何顺序依次检测所述至少一种抗SARS-CoV-2IgG抗体和至少一种抗SARS-CoV-2IgM抗体。
12.根据权利要求4-11中任一项所述的方法,其中所述方法定量多达(a)约91%或(b)约99%的抗SARS-CoV-2IgG抗体。
13.根据权利要求1-12中任一项所述的方法,其中所述方法还包括检测获自所述受试者的至少一种生物样品的SARS-CoV-2,所述至少一种生物样品为单种生物样品或多种生物样品。
14.根据权利要求13所述的方法,其中检测的所述SARS-CoV-2包含:
a)所述核衣壳蛋白的变体,其在SEQ ID NO:2的位置210-419处具有一个或多个取代、缺失或取代和缺失,包括:(1)在氨基酸位置235处用苯丙氨酸替代丝氨酸(S235F);(2)在氨基酸位置234处用异亮氨酸替代甲硫氨酸(M234I);(3)在氨基酸位置373处用天冬酰胺替代赖氨酸(K373N);(4)在氨基酸位置377处用酪氨酸替代天冬氨酸(D377Y);(5)在氨基酸位置376处用苏氨酸替代丙氨酸(A376T);或(6)(1)-(5)的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:2的氨基酸210-419中除(1)-(5)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;
b)刺突蛋白的所述RBD的变体,其在SEQ ID NO:15的位置319-542处具有一个或多个取代、缺失或取代和缺失,包括:(1)在氨基酸位置417处用天冬酰胺替代赖氨酸(K417N);(2)在氨基酸位置417处用苏氨酸替代赖氨酸(K417T);(3)在氨基酸位置452处用精氨酸替代亮氨酸(L452R);(4)在氨基酸位置477处用天冬酰胺替代丝氨酸(S477N);(5)在氨基酸位置484处用赖氨酸替代谷氨酸(E484K);(6)在氨基酸位置501处用酪氨酸替代天冬酰胺(N501Y);或(7)(1)-(6)的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:15的氨基酸319-542中除(1)-(6)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;或
c)SARS-CoV-2病毒的变体,其包含a)和b)的任何组合。
15.根据权利要求12-14中任一项所述的方法,其中所述SARS-CoV-2是通过其病毒RNA使用聚合酶链反应,或通过其病毒抗原来检测的。
16.根据权利要求12-14中任一项所述的方法,其中所述多种生物样品是同时或在不同时间获得的。
17.根据权利要求12-16中任一项所述的方法,其中所述方法还包括检测所述受试者是否处于以下情况:
(a)当获自所述受试者的所述至少一种生物样品对病毒RNA或病毒抗原呈阳性,对抗SARS-CoV-2IgM抗体呈阴性,并且对抗SARS-CoV-2IgG抗体呈阴性时,为不产生任何抗体的初始感染时期;和/或
(b)当获自所述受试者的所述至少一种生物样品对病毒RNA或病毒抗原呈阳性,对抗SARS-CoV-2IgM抗体呈阳性,并且对抗SARS-CoV-2IgG抗体呈阴性时,为早期急性感染期,并且出现对病毒的免疫反应且产生抗体;和/或
(c)当获自所述受试者的所述至少一种生物样品对病毒RNA呈阴性,对抗SARS-CoV-2IgM抗体呈阳性,并且对抗SARS-CoV-2IgG抗体呈阴性时,为早期急性感染期,或者具有假阴性病毒RNA结果或病毒抗原结果,或者具有假阳性抗SARS-CoV-2IgM抗体结果;和/或
(d)当获自所述受试者的所述至少一种生物样品对病毒RNA或病毒抗原呈阳性,对抗β-冠状病毒IgM抗体呈阳性,并且对抗SARS-CoV-2IgG抗体呈阳性时,为急性感染期,并且免疫反应进展;和/或
(e)当获自所述受试者的所述至少一种生物样品对病毒RNA或病毒抗原呈阳性,对抗SARS-CoV-2IgM抗体呈阴性,并且对抗SARS-CoV-2IgG抗体呈阳性时,为晚期急性感染期,或者已经出现复发的SARS-CoV-2感染;
(f)当获自所述受试者的所述至少一种生物样品对病毒RNA或病毒抗原呈阴性,对抗β-冠状病毒IgM抗体呈阳性,并且对抗SARS-CoV-2IgG抗体呈阳性时,为晚期急性感染期或恢复期,或者具有假阴性病毒RNA结果;
(g)当获自所述受试者的所述至少一种生物样品对病毒RNA或病毒抗原呈阴性,对抗SARS-CoV-2IgM抗体呈阴性,并且对抗SARS-CoV-2IgG抗体呈阳性时,为恢复期;和/或
(h)当获自所述受试者的所述至少一种生物样品对病毒RNA或病毒抗原呈阴性,并且对抗SARS-CoV-2IgM抗体和抗SARS-CoV-2IgG抗体呈阴性时,为恢复期。
18.根据权利要求1-17中任一项所述的方法,其中所述方法还包括在使所述至少一种类型的第一特异性结合配偶体、所述至少一种类型的第二特异性结合配偶体或所述至少一种类型的第一特异性结合配偶体和所述至少一种类型的第二特异性结合配偶体与所述生物样品接触的同时或之前进行的预处理步骤,并且其中所述预处理步骤任选地包括用抗人IgG、抗人IgM或抗人IgG和抗人IgM处理。
19.根据权利要求1-18中任一项所述的方法,其中所述至少一种类型的第一特异性结合配偶体被固定在固体支持物上。
20.根据权利要求1-19中任一项所述的方法,其中所述方法在约5至约20分钟、少于约20分钟,并且任选地进行少于约5分钟、少于约10分钟或少于约15分钟内进行。
21.根据权利要求1-20中任一项所述的方法,其中所述方法还包括与至少一种校准试剂、至少一种对照试剂或至少一种校准试剂和至少一种对照试剂一起使用。
22.根据权利要求1-21中任一项所述的方法,其中所述方法还采用至少一种包含单克隆抗体CR3018或CR3022的序列的校准试剂或对照试剂的使用。
23.根据权利要求1-22中任一项所述的方法,其中所述方法选自由免疫测定或临床化学测定组成的组。
24.根据权利要求1-23中任一项所述的方法,其中所述方法使用单分子检测、侧向流测定或定点照护测定进行。
25.根据权利要求1-24中任一项所述的方法,其中所述方法还包括将具有一种或多种抗SARS-CoV-2IgG和/或抗SARS-CoV-2IgM抗体的受试者识别为提供在针对SARS-CoV-2的恢复期疗法中使用的生物样品的候选受试者。
26.根据权利要求25所述的方法,其中如果一种或多种SARS-CoV-2IgG和/或SARS-CoV-2IgM抗体的水平为至少约100BAU/mL至约490BAU/mL、至少约110BAU/mL至约490BAU/mL、至少约200BAU/mL至约490BAU/mL、至少约300BAU mL至约490BAU/mL、至少约400BAU mL至约490BAU/mL、至少约100BAU/mL、至少约110BAU/mL、至少约120BAU/mL、至少约130BAU/mL、至少约140BAU/mL、至少约150BAU/mL、至少约160BAU/mL、至少约170BAU/mL、至少约180BAU/mL、至少约190BAU/mL、至少约200BAU/mL、至少约210BAU/mL、至少约220BAU/mL、至少约230BAU/mL、至少约240BAU/mL、至少约250BAU/mL、至少约260BAU/mL、至少约270BAU/mL、至少约280BAU/mL、至少约290BAU/mL、至少约300BAU/mL、至少约300BAU/mL、至少约310BAU/mL、至少约320BAU/mL、至少约330BAU/mL、至少约340BAU/mL、至少约350BAU/mL、至少约360BAU/mL、至少约370BAU/mL、至少约380BAU/mL、至少约390BAU/mL、至少约400BAU/mL、至少约400BAU/mL、至少约410BAU/mL、至少约420BAU/mL、至少约430BAU/mL、至少约440BAU/mL、至少约450BAU/mL、至少约460BAU/mL、至少约470BAU/mL、至少约480BAU/mL或至少约490BAU/mL,则将所述受试者识别为提供在恢复期疗法中使用的生物样品的候选者。
27.根据权利要求26所述的方法,其中如果一种或多种SARS-CoV-2IgG和/或抗β-冠状病毒IgM抗体的水平为至少约500BAU/mL至约650BAU/mL、至少约550BAU/mL至约650BAU/mL、至少约500BAU/mL、至少约510BAU/mL、至少约520BAU/mL、至少约530BAU/mL、至少约540BAU/mL、至少约550BAU/mL至约650BAU/mL、至少约550BAU/mL、至少约560BAU/mL、至少约570BAU/mL、至少约580BAU/mL、至少约590BAU/mL、至少约600BAU/mL、至少约610BAU/mL、至少约620BAU/mL、至少约630BAU/mL、至少约639BAU/mL、至少约640BAU/mL或至少约650BAU/mL,则将所述受试者识别为提供在恢复期疗法中使用的生物样品的候选者。
28.根据权利要求1-27中任一项所述的方法,其中所述方法:
(a)还包括检测至少一种类型的抗SARS-CoV-2IgG中和抗体;
(b)证明与空斑减少中和测定高定性符合;
(c)检测抗SARS-CoV-2IgG抗体的增加量,如通过所述方法所检测,所述增加量与抗SARS-CoV-2IgG中和抗体的增加量相关联;
(d)所具有的概率概况对应于所述空斑减少中和测定中的高效价水平,使得通过所述方法确定的抗SARS-CoV-2IgG抗体水平等于或高于所述空斑减少中和测定中确定的抗SARS-CoV-2IgG中和抗体水平的概率高;或
(e)证明与ACE2结合抑制测定高定性符合。
29.根据权利要求28所述的方法,其中当用作截止或阈值时,至少约4160AU/mL(约590BAU/mL)的抗SARS-CoV-2IgG抗体水平对应于约0.95的以1:250稀释获得空斑减少中和测定ID50的概率。
30.根据权利要求28所述的方法,其中所述抗SARS-CoV-2中和抗体为抗SARS-CoV-2IgG抗体,其为抗核衣壳(N)抗体、抗刺突抗体或其任何组合。
31.根据权利要求1-30中任一项所述的方法,其中所述方法包括在SARS-CoV-2的症状发作之后约十四(14)天至约三十五(35)天的关键时间,获得所述受试者的所述至少一种生物样品。
32.根据权利要求31所述的方法,其中所述方法还包括确定所述受试者:(i)如果在所述关键时间内在所述生物样品中未检测出抗SARS-CoV-2IgM抗体、抗SARS-CoV-2IgG抗体或抗SARS-CoV-2IgM抗体和抗SARS-CoV-2IgG抗体,则较有可能将发展或经历细胞因子风暴、急性呼吸窘迫综合征(ARDS)或细胞因子风暴和ARDS的组合中的至少一种;或(ii)如果在所述关键时间内在所述生物样品中未检测出抗SARS-CoV-2IgM抗体、抗SARS-CoV-2IgG抗体或抗SARS-CoV-2IgM抗体和抗SARS-CoV-2IgG抗体,则较有可能将不发展或经历细胞因子风暴、ARDS或细胞因子风暴和ARDS的组合中的至少一种。
33.根据权利要求1-32中任一项所述的方法,其中所述受试者:(1)是初试的且先前未接种SARS-CoV-2疫苗;(2)是初试的并且先前接种过SARS-CoV-2疫苗;(3)目前感染SARS-CoV-2并且先前未接种SARS-CoV-2疫苗;(4)目前感染SARS-CoV-2且先前接种过SARS-CoV-2疫苗;(5)先前感染过SARS-CoV-2,已恢复,并且先前未接种SARS-CoV-2疫苗;或(6)先前感染过SARS-CoV-2,已恢复,并且然后接种过SARS-CoV-2疫苗。
34.根据权利要求33所述的方法,其中所述方法执行为:基于检测所述样品中至少一种类型的抗SARS-CoV-2抗体的存在,(a)确定所述受试者是否可施用目前的SARS-CoV-2疫苗;或(b)在所述目前的疫苗或先前疫苗接种之后监测所述受试者。
35.根据权利要求34所述的方法,无论先前感染SARS-CoV-2的时间和/或严重程度如何变化都进行所述方法。
36.根据权利要求34或35中任一项所述的方法,其中所述方法包括确定所述目前的SARS-CoV-2疫苗:
(a)当在所述生物样品中未检测出抗SARS-CoV-2抗体、抗SARS-CoV-2IgG中和抗体或足以影响免疫力的量的抗SARS-CoV-2IgG抗体或抗SARS-CoV-2IgG中和抗体时,可施用于所述受试者;和/或
(b)当在所述生物样品中检测出足以影响免疫力的量的抗SARS-CoV-2抗体或抗SARS-CoV-2IgG中和抗体时,不应施用于所述受试者。
37.根据权利要求36所述的方法,其中足以影响免疫力的抗SARS-CoV-2抗体或抗SARS-CoV-2IgG中和抗体的量为至少约100BAU/mL至约490BAU/mL、至少约110BAU/mL至约490BAU/mL、至少约200BAU/mL至约490BAU/mL、至少约300BAU mL至约490BAU/mL、至少约400BAU mL至约490BAU/mL、至少约100BAU/mL、至少约110BAU/mL、至少约120BAU/mL、至少约130BAU/mL、至少约140BAU/mL、至少约150BAU/mL、至少约160BAU/mL、至少约170BAU/mL、至少约180BAU/mL、至少约190BAU/mL、至少约200BAU/mL、至少约210BAU/mL、至少约220BAU/mL、至少约230BAU/mL、至少约240BAU/mL、至少约250BAU/mL、至少约260BAU/mL、至少约270BAU/mL、至少约280BAU/mL、至少约290BAU/mL、至少约300BAU/mL、至少约300BAU/mL、至少约310BAU/mL、至少约320BAU/mL、至少约330BAU/mL、至少约340BAU/mL、至少约350BAU/mL、至少约360BAU/mL、至少约370BAU/mL、至少约380BAU/mL、至少约390BAU/mL、至少约400BAU/mL、至少约400BAU/mL、至少约410BAU/mL、至少约420BAU/mL、至少约430BAU/mL、至少约440BAU/mL、至少约450BAU/mL、至少约460BAU/mL、至少约470BAU/mL、至少约480BAU/mL或至少约490BAU/mL。
38.根据权利要求36所述的方法,其中足以影响免疫力的抗SARS-CoV-2抗体或抗SARS-CoV-2IgG中和抗体的量为:(a)至少约550BAU/mL至约650BAU/mL;(b)至少约550BAU/mL;(c)至少约560BAU/mL;(d)至少约570BAU/mL;(e)至少约580BAU/mL;(f)至少约590BAU/mL;(g)至少约600BAU/mL;(h)至少约610BAU/mL;(i)至少约620BAU/mL;(j)至少约630BAU/mL;(k)至少约639BAU/mL;(l)至少约640BAU/mL;或(m)至少约650BAU/mL。
39.根据权利要求34所述的方法,其中所述方法包括在所述受试者接受所述目前的SARS-CoV-2疫苗或先前疫苗接种之后至少一天、至少2天、至少3天、至少4天、至少5天、至少6天、至少7天、至少8天、至少9天、至少10天、至少11天、至少12天、至少13天、至少14天、至少15天、至少16天、至少17天、至少18天、至少19天、至少20天、至少21天、至少22天、至少23天、至少24天、至少25天、至少26天、至少27天、至少28天、至少29天、至少30天、至少31天、至少32天、至少33天、至少34天、至少35天、至少36天、至少37天、至少38天、至少39天、至少40天、至少41天、至少42天、至少43天、至少44天、至少45天、至少46天、至少47天、至少48天、至少49天或至少50天的时间框内获得所述生物样品。
40.根据权利要求34所述的方法,其中在所述受试者接受所述目前的疫苗或先前疫苗接种之后约7至约21天内获得所述生物样品。
41.根据权利要求39或权利要求40所述的方法,其中所述方法包括确定至少一种另外的SARS-CoV-2疫苗:
(a)当在获自所述受试者的所述生物样品中未检测出抗SARS-CoV-2抗体、抗SARS-CoV-2IgG中和抗体和/或足以影响免疫力的量的抗SARS-CoV-2IgG抗体或抗SARS-CoV-2IgG中和抗体时,可在所述目前的疫苗之后施用于所述受试者;或
(b)当在获自所述受试者的所述生物样品中检测出足以影响免疫力的量的抗SARS-CoV-2抗体或抗SARS-CoV-2IgG中和抗体时,不应在所述目前的疫苗之后施用于所述受试者。
42.根据权利要求41所述的方法,其中足以影响免疫力的抗SARS-CoV-2抗体或抗SARS-CoV-2IgG中和抗体的量为至少约100BAU/mL至约490BAU/mL、至少约110BAU/mL至约490BAU/mL、至少约200BAU/mL至约490BAU/mL、至少约300BAU mL至约490BAU/mL、至少约400BAU mL至约490BAU/mL、至少约100BAU/mL、至少约110BAU/mL、至少约120BAU/mL、至少约130BAU/mL、至少约140BAU/mL、至少约150BAU/mL、至少约160BAU/mL、至少约170BAU/mL、至少约180BAU/mL、至少约190BAU/mL、至少约200BAU/mL、至少约210BAU/mL、至少约220BAU/mL、至少约230BAU/mL、至少约240BAU/mL、至少约250BAU/mL、至少约260BAU/mL、至少约270BAU/mL、至少约280BAU/mL、至少约290BAU/mL、至少约300BAU/mL、至少约300BAU/mL、至少约310BAU/mL、至少约320BAU/mL、至少约330BAU/mL、至少约340BAU/mL、至少约350BAU/mL、至少约360BAU/mL、至少约370BAU/mL、至少约380BAU/mL、至少约390BAU/mL、至少约400BAU/mL、至少约400BAU/mL、至少约410BAU/mL、至少约420BAU/mL、至少约430BAU/mL、至少约440BAU/mL、至少约450BAU/mL、至少约460BAU/mL、至少约470BAU/mL、至少约480BAU/mL或至少约490BAU/mL。
43.根据权利要求41所述的方法,其中足以影响免疫力的抗SARS-CoV-2抗体或抗SARS-CoV-2IgG中和抗体的量为至少约500BAU/mL至约650BAU/mL、至少约550BAU/mL至约650BAU/mL、至少约500BAU/mL、至少约510BAU/mL、至少约520BAU/mL、至少约530BAU/mL、至少约540BAU/mL、至少约550BAU/mL至约650BAU/mL、至少约550BAU/mL、至少约560BAU/mL、至少约570BAU/mL、至少约580BAU/mL、至少约590BAU/mL、至少约600BAU/mL、至少约610BAU/mL、至少约620BAU/mL、至少约630BAU/mL、至少约639BAU/mL、至少约640BAU/mL或至少约650BAU/mL。
44.根据权利要求28、30、36、37、38、41、42或43中任一项所述的方法,其中所述抗SARS-CoV-2中和抗体为抗SARS-CoV-2IgG抗体,其为抗核衣壳(N)抗体、抗刺突抗体或其任何组合。
45.根据权利要求1-44中任一项所述的方法,其中所述方法还包括:(a)监测所述受试者的至少一种类型的抗SARS-CoV-2抗体,任选地,IgG和/或IgM抗体;(b)治疗所述受试者的SARS-CoV-2;(c)监测所述受试者的至少一种类型的抗SARS-COV-2,任选地,IgG和/或IgM抗体,以及治疗所述受试者的SARS-CoV-2;或(d)治疗所述受试者的SARS-CoV-2,以及监测所述受试者的至少一种类型的抗SARS-CoV-2抗体,任选地,IgG和/或IgM抗体。
46.根据权利要求1-45中任一项所述的方法,其中所述方法中所用的所述生物样品的体积为约0.30μL至约0.40μL。
47.根据权利要求1-46中任一项所述的方法,其中所述方法包括:(a)在所述方法之前或期间稀释所述生物样品,且进一步地,其中所述稀释包括将约10μL所述生物样品与约290μL至少一种缓冲液混合以形成生物取样混合物;以及(b)从所述生物取样混合物取出约10μL以在所述方法中使用。
48.根据权利要求1-47中任一项所述的方法,其中所述方法适用于自动化系统或半自动化系统。
49.一种用于进行根据权利要求1所述的方法的试剂盒,其中所述试剂盒包括:
a.至少一种类型的特异性结合配偶体,其包含至少一种β-冠状病毒分离多肽或其变体,选自β-冠状病毒的核衣壳蛋白的C末端结构域、刺突蛋白的受体结合结构域(RBD)或核衣壳蛋白的C末端结构域和刺突蛋白的受体结合结构域(RBD);和
b.至少一种类型的第二特异性结合配偶体,其包含至少一种可检测标记。
50.根据权利要求49所述的试剂盒,其中检测或确定的所述至少一种类型的抗SARS-CoV-2抗体特异性结合:
a)所述核衣壳蛋白的变体,其在SEQ ID NO:2的位置210-419处具有一个或多个取代、缺失或取代和缺失,包括:(1)在氨基酸位置235处用苯丙氨酸替代丝氨酸(S235F);(2)在氨基酸位置234处用异亮氨酸替代甲硫氨酸(M234I);(3)在氨基酸位置373处用天冬酰胺替代赖氨酸(K373N);(4)在氨基酸位置377处用酪氨酸替代天冬氨酸(D377Y);(5)在氨基酸位置376处用苏氨酸替代丙氨酸(A376T);或(6)(1)-(5)的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:2的氨基酸210-419中除(1)-(5)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;
b)刺突蛋白的所述RBD的变体,其在SEQ ID NO:15的位置319-542处具有一个或多个取代、缺失或取代和缺失,包括:(1)在氨基酸位置417处用天冬酰胺替代赖氨酸(K417N);(2)在氨基酸位置417处用苏氨酸替代赖氨酸(K417T);(3)在氨基酸位置452处用精氨酸替代亮氨酸(L452R);(4)在氨基酸位置477处用天冬酰胺替代丝氨酸(S477N);(5)在氨基酸位置484处用赖氨酸替代谷氨酸(E484K);(6)在氨基酸位置501处用酪氨酸替代天冬酰胺(N501Y);或(7)(1)-(6)的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:15的氨基酸319-542中除(1)-(6)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;或
c)SARS-CoV-2病毒的变体,其包含a)和b)的任何组合。
51.根据权利要求49或权利要求50所述的试剂盒,其中所述试剂盒还包括至少一种校准试剂、至少一种对照试剂或至少一种校准试剂和至少一种对照试剂或被配置成与其一起使用。
52.根据权利要求49-51中任一项所述的试剂盒,其中所述试剂盒还包括至少一个固体支持物。
53.根据权利要求49-52中任一项所述的试剂盒,其中所述试剂盒还包括至少一种预处理试剂或被配置成与其一起使用。
54.根据权利要求49-53中任一项所述的试剂盒,其中所述分离多肽为融合多肽。
55.根据权利要求49-54中任一项所述的试剂盒,其中所述至少一种类型的第二特异性结合配偶体为抗物种IgG(例如,抗人IgG IgG)抗体、抗物种IgM(例如,抗人IgM IgG)抗体或抗物种IgG(例如,抗人IgG IgG)抗体和抗物种IgM(例如,抗人IgM IgG)抗体。
56.根据权利要求49-55中任一项所述的试剂盒,其中所述试剂盒还包括至少一种包含单克隆抗体CR3018或CR3022的序列的校准试剂或对照试剂。
57.根据权利要求49-56中任一项所述的试剂盒,其中所述至少一种类型的第一特异性结合配偶体为核衣壳蛋白或其变体的C末端结构域,其
(1)具有SEQ ID NO:1的氨基酸序列;(2)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQNQ(SEQ ID NO:21)、RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST(SEQ ID NO:23)和SEQ IDNO:2的氨基酸211至419;(3)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQSNQ(SEQID NO:22)、RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST(SEQ ID NO:23)和SEQ ID NO:2的氨基酸211至419;或(4)具有SEQ ID NO:2的氨基酸210至419的氨基酸序列。
58.根据权利要求49-57中任一项所述的试剂盒,其中所述至少一种类型的第一特异性结合配偶体为刺突蛋白的受体结合结构域(RBD),其具有SEQ ID NO:15或SEQ ID NO:17的氨基酸319至542的氨基酸序列。
59.根据权利要求49-58中任一项所述的试剂盒,其中所述至少一种类型的第一特异性结合配偶体结合(a)抗SARS-CoV-2IgG抗体、(b)抗SARS-CoV-2IgM抗体或(c)(a)和(b)的组合。
60.根据权利要求49-59中任一项所述的试剂盒,其中所述试剂盒适于与自动化或半自动化系统一起使用。
61.一种用于检测获自受试者的生物样品中抗SARS-CoV-2抗体的存在或确定其量的系统,其包括:
至少一种类型的第一特异性结合配偶体,其包含至少一种β-冠状病毒分离多肽或其变体,选自β-冠状病毒的核衣壳蛋白的C末端结构域、刺突蛋白的受体结合结构域(RBD)或核衣壳蛋白的C末端结构域和刺突蛋白的受体结合结构域(RBD),所述第一特异性结合配偶体特异性结合至少一种类型的抗SARS-CoV-2抗体,和至少一种类型的第二特异性结合配偶体,所述第二特异性结合配偶体包含至少一种可检测标记;和
至少一个用于检测所述复合物的所述至少一个标记的装置,其中所述标记的信号的量指示所述样品中抗SARS-CoV-2抗体的存在或其量。
62.根据权利要求61所述的系统,其中检测的所述至少一种类型的抗SARS-CoV-2抗体特异性结合:
a)所述核衣壳蛋白的变体,其在SEQ ID NO:2的位置210-419处具有一个或多个取代、缺失或取代和缺失,包括:(1)在氨基酸位置235处用苯丙氨酸替代丝氨酸(S235F);(2)在氨基酸位置234处用异亮氨酸替代甲硫氨酸(M234I);(3)在氨基酸位置373处用天冬酰胺替代赖氨酸(K373N);(4)在氨基酸位置377处用酪氨酸替代天冬氨酸(D377Y);(5)在氨基酸位置376处用苏氨酸替代丙氨酸(A376T);或(6)(1)-(5)的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:2的氨基酸210-419中除(1)-(5)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;
b)刺突蛋白的所述RBD的变体,其在SEQ ID NO:15的位置319-542处具有一个或多个取代、缺失或取代和缺失,包括:(1)在氨基酸位置417处用天冬酰胺替代赖氨酸(K417N);(2)在氨基酸位置417处用苏氨酸替代赖氨酸(K417T);(3)在氨基酸位置452处用精氨酸替代亮氨酸(L452R);(4)在氨基酸位置477处用天冬酰胺替代丝氨酸(S477N);(5)在氨基酸位置484处用赖氨酸替代谷氨酸(E484K);(6)在氨基酸位置501处用酪氨酸替代天冬酰胺(N501Y);或(7)(1)-(6)的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:15的氨基酸319-542中除(1)-(6)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;或
c)SARS-CoV-2病毒的变体,其包含a)和b)的任何组合。
63.根据权利要求61或权利要求62所述的系统,其中所述用于检测所述复合物的所述标记的装置为自动化或半自动化的。
64.根据权利要求61-63中任一项所述的系统,其中所述至少一种类型的抗SARS-CoV-2抗体为IgG抗体、IgM抗体或其任何组合。
65.根据权利要求61-64中任一项所述的系统,其中所述至少一种类型的第二特异性结合配偶体为抗物种IgG(例如,抗人IgG IgG)抗体、抗物种IgM(例如,抗人IgM IgG)抗体或抗物种IgG(例如,抗人IgG IgG)抗体和抗物种IgM(例如,抗人IgM IgG)抗体。
66.根据权利要求61-65中任一项所述的系统,其中所述至少一种类型的第一特异性结合配偶体为核衣壳蛋白或其变体的C末端结构域,其:
(1)具有SEQ ID NO:1的氨基酸序列;(2)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQNQ(SEQ ID NO:21)、RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST(SEQ ID NO:23)和SEQ IDNO:2的氨基酸211至419;(3)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQSNQ(SEQID NO:22)、RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST(SEQ ID NO:23)和SEQ ID NO:2的氨基酸211至419;或(4)具有SEQ ID NO:2的氨基酸210至419的氨基酸序列。
67.根据权利要求61-66中任一项所述的系统,其中所述至少一种类型的第一特异性结合配偶体为刺突蛋白或其变体的受体结合结构域(RBD),其具有SEQ ID NO:15或SEQ IDNO:17的氨基酸319至542的氨基酸序列。
68.根据权利要求61-67中任一项所述的系统,其中所述至少一种类型的第一特异性结合配偶体结合(a)抗SARS-CoV-2IgG抗体、(b)抗SARS-CoV-2IgM抗体或(c)(a)和(b)的组合。
69.一种检测生物样品中至少一种类型的抗SARS-CoV-2抗体的方法的改进,其中所述方法包括检测复合物,所述复合物包含第一类型的特异性结合配偶体、所述样品抗SARS-CoV-2抗体和包含至少一种可检测标记的第二类型的特异性结合配偶体,其中所述改进包括使用至少一种类型的第一特异性结合配偶体,其包含β-冠状病毒核衣壳蛋白或其变体的C末端结构域的至少一种分离多肽。
70.根据权利要求69所述的改进,其中所述至少一种类型的第一特异性结合配偶体为核衣壳蛋白或其变体的C末端结构域,其(1)具有SEQ ID NO:1的氨基酸序列;(2)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQNQ(SEQ ID NO:21)、RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST(SEQ ID NO:23)和SEQ ID NO:2的氨基酸211至419;(3)为融合蛋白,包含起始子氨基酸甲硫氨酸以及序列GPQSNQ(SEQ ID NO:22)、RSAPRITFG(SEQ ID NO:7)、GPTDST(SEQID NO:23)和SEQ ID NO:2的氨基酸211至419;或(4)具有SEQ ID NO:2的氨基酸210至419的氨基酸序列。
71.一种检测生物样品中至少一种类型的抗SARS-CoV-2抗体的方法的改进,其中所述方法包括检测复合物,所述复合物包含第一类型的特异性结合配偶体、所述样品抗SARS-CoV-2抗体和包含至少一种可检测标记的第二类型的特异性结合配偶体,其中所述改进包括使用第一特异性结合配偶体,其包含β-冠状病毒刺突蛋白或其变体的受体结合结构域(RBD)的至少一种分离多肽。
72.根据权利要求71所述的改进,其中所述至少一种类型的第一特异性结合配偶体为刺突蛋白或其变体的受体结合结构域(RBD),其具有SEQ ID NO:15或SEQ ID NO:17的氨基酸319至542的氨基酸序列。
73.根据权利要求70或权利要求71所述的改进,其中所述至少一种第一类型的特异性结合配偶体结合(a)抗SARS-CoV-2IgG抗体、(b)抗SARS-CoV-2IgM抗体或(c)(a)和(b)的组合。
74.根据权利要求69-73中任一项所述的改进,其中检测的所述至少一种类型的抗SARS-CoV-2抗体特异性结合:
a)所述核衣壳蛋白的变体,其在SEQ ID NO:2的位置210-419处具有一个或多个取代、缺失或取代和缺失,包括:(1)在氨基酸位置235处用苯丙氨酸替代丝氨酸(S235F);(2)在氨基酸位置234处用异亮氨酸替代甲硫氨酸(M234I);(3)在氨基酸位置373处用天冬酰胺替代赖氨酸(K373N);(4)在氨基酸位置377处用酪氨酸替代天冬氨酸(D377Y);(5)在氨基酸位置376处用苏氨酸替代丙氨酸(A376T);或(6)(1)-(5)的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:2的氨基酸210-419中除(1)-(5)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;
b)刺突蛋白的所述RBD的变体,其在SEQ ID NO:15的位置319-542处具有一个或多个取代、缺失或取代和缺失,包括:(1)在氨基酸位置417处用天冬酰胺替代赖氨酸(K417N);(2)在氨基酸位置417处用苏氨酸替代赖氨酸(K417T);(3)在氨基酸位置452处用精氨酸替代亮氨酸(L452R);(4)在氨基酸位置477处用天冬酰胺替代丝氨酸(S477N);(5)在氨基酸位置484处用赖氨酸替代谷氨酸(E484K);(6)在氨基酸位置501处用酪氨酸替代天冬酰胺(N501Y);或(7)(1)-(6)的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:15的氨基酸319-542中除(1)-(6)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;或
c)SARS-CoV-2病毒的变体,其包含a)和b)的任何组合。
75.一种用于基于评估的可检测信号的量来确定受试者的抗SARS-CoV-2IgG抗体的量的方法或系统的改进,其中所述改进包括:(a)线性测定范围高达50,000AU/mL;(b)确定任意单位的量而不是指数;和/或(c)与其他测定相比,对阳性样品的检测改进。
76.一种预测感染或曾经感染SARS-CoV-2的受试者的结果的方法,所述方法包括以下步骤:
a)在SARS-CoV-2感染的症状发作之后的前十天内,检测获自所述受试者的至少一种生物样品中的抗SARS-CoV-2IgG抗体;
b)在SARS-CoV-2感染的症状发作之后的所述前十天内,检测获自所述受试者的所述至少一种生物样品中的抗SARS-CoV-2IgM抗体;
c)确定在a)和b)中检测的所述抗SARS-CoV-2IgG或抗SARS-CoV-2IgM抗体中哪一种首先出现在所述受试者体内;
d)如果在抗SARS-CoV-2IgM抗体出现之前,抗SARS-CoV-2IgG抗体首先出现在所述受试者体内,则预测所述受试者更有可能具有不利的结果;以及
e)如果在抗SARS-CoV-2IgM抗体出现的同时或之后,抗SARS-CoV-2IgG抗体出现在所述受试者体内,则预测所述受试者更有可能具有有利的结果。
77.根据权利要求76所述的方法,其中所述受试者因SARS-CoV-2的症状而住院。
78.根据权利要求76或权利要求77所述的方法,其中(i)在同一生物样品中检测所述抗SARS-CoV-2IgG抗体和所述一种抗SARS-CoV-2IgM抗体;或(ii)在不同的生物样品中检测所述抗SARS-CoV-2IgG抗体和所述抗SARS-CoV-2IgM抗体。
79.根据权利要求76-78中任一项所述的方法,其中所述抗SARS-2IgG抗体和所述抗SARS-CoV-2IgM抗体(i)在症状发作之后的所述前十天内的同一天检测;(ii)在症状发作之后的所述前十天内的不同天检测。
80.根据权利要求76-79中任一项所述的方法,其中所述抗SARS-CoV-2IgG抗体在症状发作之后的第一天内、在症状发作之后的第二天内、在症状发作之后的第三天内、在症状发作之后的第四天内、在症状发作之后的第五天内、在症状发作之后的第六天内、在症状发作之后的第七天内、在症状发作之后的第八天内或在症状发作之后的第九天内在获自受试者的至少一种生物样品中进行检测。
81.根据权利要求76-80中任一项所述的方法,其中所述抗SARS-CoV-2IgM抗体在症状发作之后的第一天内、在症状发作之后的第二天内、在症状发作之后的第三天内、在感染的第四天内、在症状发作之后的第五天内、在症状发作之后的第六天内、在症状发作之后的第七天内、在症状发作之后的第八天内或在症状发作之后的第九天内在获自受试者的至少一种生物样品中进行检测。
82.根据权利要求76-81中任一项所述的方法,其中所述不利的结果为死亡。
83.一种预测感染或曾经感染SARS-CoV-2的受试者的结果的方法,所述方法包括以下步骤:
a)在SARS-CoV-2的症状发作之后至少十天,从对获自所述受试者的至少一种生物样品中的至少一种抗SARS-CoV-2IgM抗体的测定获得信号-校准物比率(S/CO);以及
b)如果在所述生物样品中确定的抗SARS-CoV-2IgM抗体的S/CO比等于或大于约10S/CO,则预测所述受试者较有可能具有不利结果。
84.根据权利要求83所述的方法,其中所述受试者因SARS-CoV-2的症状而住院。
85.根据权利要求83或权利要求84所述的方法,其还包括如果在所述生物样品中确定的抗SARS-CoV-2IgM抗体的水平在约10S/CO至约15S/CO之间,则所述受试者较有可能具有不利的结果。
86.根据权利要求76-85中任一项所述的方法,其中所述方法选自由免疫测定或临床化学测定组成的组。
87.根据权利要求76-86中任一项所述的方法,其中所述方法使用单分子检测、侧向流测定或定点照护测定进行。
88.一种确定受试者的SARS-CoV-2免疫状态的方法,所述方法包括以下步骤:
a)确定获自受试者的至少一种生物样品中至少一种抗SARS-CoV-2IgG抗体和/或抗SARS-CoV-2IgG中和抗体的量;以及
b)确定所述受试者的SARS-CoV-2免疫状态,其中当抗SARS-CoV-2IgG抗体和/或抗SARS-CoV-2IgG中和抗体的量为(a)至少约550BAU/mL至约650BAU/mL;或(b)至少约100BAU/mL至约490BAU/mL时,确定所述受试者对SARS-CoV-2具有免疫力,
其中进行所述方法而不考虑(a)所述受试者先前的SARS-CoV-2感染和/或疫苗接种史,和/或(b)是否知道所述受试者先前的SARS-CoV-2感染和/或疫苗接种史。
89.根据权利要求88所述的方法,其中所述受试者先前未感染SARS-CoV-2。
90.根据权利要求88所述的方法,其中所述受试者先前感染过SARS-CoV-2。
91.根据权利要求88-90中任一项所述的方法,其中所述受试者先前未接种SARS-CoV-2疫苗。
92.根据权利要求88-90中任一项所述的方法,其中所述受试者先前接种过SARS-CoV-2疫苗。
93.根据权利要求88-92中任一项所述的方法,其中所述受试者的免疫状态为所述受试者对SARS-CoV-2具有免疫力。
94.根据权利要求88-92中任一项所述的方法,其中所述受试者的免疫状态为所述受试者对SARS-CoV-2没有免疫力。
95.根据权利要求88-94中任一项所述的方法,其中所述方法选自由免疫测定或临床化学测定组成的组。
96.根据权利要求88-95中任一项所述的方法,其中所述方法使用单分子检测、侧向流测定或定点照护测定进行。
97.一种用于在获自受试者的生物样品中评估受试者是否可能对SARS-CoV-2感染具有免疫力的系统,所述系统包括:
至少一种类型的第一特异性结合配偶体,其包含至少一种类型的β-冠状病毒分离多肽或其变体,选自至少一种类型的β-冠状病毒的核衣壳蛋白的C末端结构域、刺突蛋白的受体结合结构域(RBD)或核衣壳蛋白的C末端结构域和刺突蛋白的受体结合结构域(RBD),所述第一特异性结合配偶体特异性结合至少一种类型的抗SARS-CoV-2抗体,和至少一种类型的第二特异性结合配偶体,所述第二特异性结合配偶体包含至少一种可检测标记;
至少一个用于检测所述复合物的所述至少一个标记的装置,其中所述标记的信号的量指示所述样品中抗SARS-CoV-2抗体的存在或其量;和
用于分配区分等级的设备,其基于所述样品中检测的至少一种类型的抗SARS-CoV-2抗体的存在或其量,指示所述受试者是否有可能对SARS-CoV-2感染具有免疫力。
98.根据权利要求97所述的系统,其中所述区分等级为颜色和/或数字等级。
99.根据权利要求98所述的系统,其中所述颜色/数字等级通过移动应用程序显示在移动装置上。
100.根据权利要求97-99中任一项所述的系统,其中所述变体:
a)为核衣壳蛋白的C末端结构域的变体,其在SEQ ID NO:2的位置210-419处具有一个或多个取代、缺失或取代和缺失,包括:(1)在氨基酸位置235处用苯丙氨酸替代丝氨酸(S235F);(2)在氨基酸位置234处用异亮氨酸替代甲硫氨酸(M234I);(3)在氨基酸位置373处用天冬酰胺替代赖氨酸(K373N);(4)在氨基酸位置377处用酪氨酸替代天冬氨酸(D377Y);(5)在氨基酸位置376处用苏氨酸替代丙氨酸(A376T);或(6)(1)-(5)的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:2的氨基酸210-419中除(1)-(5)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;
b)为刺突蛋白的所述RBD的变体,其在SEQ ID NO:15的位置319-542处具有一个或多个取代、缺失或取代和缺失,包括:(1)在氨基酸位置417处用天冬酰胺替代赖氨酸(K417N);(2)在氨基酸位置417处用苏氨酸替代赖氨酸(K417T);(3)在氨基酸位置452处用精氨酸替代亮氨酸(L452R);(4)在氨基酸位置477处用天冬酰胺替代丝氨酸(S477N);(5)在氨基酸位置484处用赖氨酸替代谷氨酸(E484K);(6)在氨基酸位置501处用酪氨酸替代天冬酰胺(N501Y);或(7)(1)-(6)的任何组合,单独地或与SEQ ID NO:15的氨基酸319-542中除(1)-(6)中所述的那些之外的任何其他取代和/或缺失组合;或
c)包含a)和b)的任何组合。
101.根据权利要求97-100中任一项所述的系统,其中所述用于检测所述复合物的所述标记的装置为自动化或半自动化的。
102.根据权利要求101所述的系统,其中所述用于检测所述复合物的所述标记的装置为半自动化的并且包括使用条形码上载所述区分等级。
103.根据权利要求97-102中任一项所述的系统,其中所述至少一种类型的抗SARS-CoV-2抗体为抗SARS-CoV-2IgG抗体、抗SARS-CoV-2IgM抗体或其任何组合。
104.根据权利要求97-103中任一项所述的系统,其中所述至少一种类型的第二特异性结合配偶体为抗物种IgG(例如,抗人IgG IgG)抗体、抗物种IgM(例如,抗人IgM IgG)抗体或抗物种IgG(例如,抗人IgG IgG)抗体和抗物种IgM(例如,抗人IgM IgG)抗体。
105.根据权利要求97-104中任一项所述的系统,其中所述至少一种类型的第一特异性结合配偶体为刺突蛋白或其变体的受体结合结构域(RBD),其具有SEQ ID NO:15或SEQ IDNO:17的氨基酸319至542的氨基酸序列。
106.根据权利要求97-105中任一项所述的系统,其中所述至少一种类型的第一特异性结合配偶体结合(a)抗SARS-CoV-2IgG抗体、(b)抗SARS-CoV-2IgM抗体或(c)(a)和(b)的组合。
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