CN115379793A - 用于临床样本采集和分子诊断应用的运送培养基及其生产和使用方法 - Google Patents

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CN115379793A CN202180029743.XA CN202180029743A CN115379793A CN 115379793 A CN115379793 A CN 115379793A CN 202180029743 A CN202180029743 A CN 202180029743A CN 115379793 A CN115379793 A CN 115379793A
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Abstract

公开了可用于样品采集和分子诊断应用的运送培养基。所述运送培养基可用于多种类型的生物样品并保持生物样品中存在的核酸的稳定性，以使生物样品中存在的一种或多种核酸检测靶标在储存和运输过程中基本不降解。还公开了含有所述运送培养基的试剂盒、包括置于所述运送培养基中的生物样品的混合物、以及生产和使用所述培养基的方法。

Description

用于临床样本采集和分子诊断应用的运送培养基及其生产和 使用方法
对相关申请的交叉引用/经此引用并入本文的声明
本申请依据35 USC § 119(e)要求2021年4月21日提交的美国临时申请号63/013,257的权益。上文引用的（一个或多个）专利申请的整个内容特此引用并入本文。
关于联邦赞助的研究或开发的声明
不适用
背景
在患者家中、医师诊室、诊所、医院和/或甚至在偏远地区采集的生物样品在到达用于进行高通量分析和/或筛选的中央设施之前可能需要在受控环境中（如冷藏、冷冻或化学方法）保存一天或多天，或甚至一周或多周。PCR分析需要高品质的DNA/RNA，采集样品中的核酸的轻微降解或损失导致不准确的诊断结果。
但是，各种样本采集的化学保存已经得出基于采集样本的内容物的各种不同类型的运送培养基。例如，尿液、粪便、来自性传播感染（STI）的拭子和呼吸道采集物都使用不同类型的运送培养基。
此外，极少数类型的运送培养基是专门为核酸扩增应用设计的，目前可得的实例包括Copan eNat (Copan Diagnostics Inc., Carlsbad, CA)和PrimeStore® MTM(Longhorn Vaccines and Diagnostics LLC, Bethesda, MD)。但是，大多数为核酸扩增应用设计的运送培养基（以NAA为重点的运送培养基）都基于胍。
因此，本领域中需要新的和改进的运送培养基类型，其能够用于各种样本/样品采集；能够保存在运输过程中在室温下裂解释放的DNA/RNA；并为在Core-Lab设施中的特异性NAA应用设计。本公开正是涉及这样的运送培养基及其使用方法。
详述
在通过示例性措辞和结果详细解释本公开的至少一个实施方案之前，要理解的是，本公开在其应用中不限于以下说明书中阐述的构造和组件布置的细节。本公开能有其它实施方案或以各种方式实施或进行。因此，本文使用的措辞意在被赋予尽可能最宽的范围和含义；并且实施方案意为示例性而非穷尽性的。还要理解的是，本文使用的用词和术语是为了描述并且不应被视为限制。
除非在本文中另行规定，联系本公开使用的科学和技术术语应该具有本领域普通技术人员通常理解的含义。此外，除非上下文另行要求，单数术语应该包括复数并且复数术语应该包括单数。上述技术和程序通常根据本领域众所周知的并且如本说明书各处引用和论述的各种一般性和更具体参考资料中描述的常规方法进行。与本文所述的外科手术、麻醉、伤口愈合和感染控制相关使用的术语及其医疗程序和技术是本领域众所周知和通常使用的那些。对感染诊断和治疗应用使用标准技术。
说明书中提到的所有专利、公开专利申请和非专利公开代表本公开所属领域的技术人员的技术水平。在本申请的任何部分中引用的所有专利、公开专利申请和非专利公开全文特此引用并入本文，就像各个专利或公开明确地逐一被指明经此引用并入。
根据本公开无需过度实验就可制造和实施本文中公开的所有组合物、试剂盒和/或方法。尽管已就特定实施方案描述了这些组合物、试剂盒和/或方法，但本领域技术人员显而易见，可对这些组合物、试剂盒和/或方法和对本文所述的方法的步骤或步骤顺序作出改变而不背离本公开的概念、精神和范围。本领域技术人员显而易见的所有这样的类似替代和修改被认为在如所附权利要求书规定的本公开的精神、范围和概念内。
如根据本公开使用，除非另行指明，下列术语应被理解为具有下列含义：
在权利要求书和/或说明书中联系术语“包含”使用时，术语“一”的使用可以是指“一个”，但也与“一个或多个”、“至少一个”和“一个或多于一个”的含义一致。因此，除非上下文清楚地另行指明，术语“一”和“该”包括复数对象。因此，例如，提到“一化合物”可能是指一种或更多种化合物、两种或更多种化合物、三种或更多种化合物、四种或更多种化合物或更大数量的化合物。术语“多个”是指“两个或更多个”。
术语“至少一个”的使用被理解为包括1以及大于1的任何量，包括但不限于2、3、4、5、10、15、20、30、40、50、100等。术语“至少一个”可扩展到100或1000或更多个，取决于与其相连的术语；此外，100/1000的量不应被视为限制，因为更高的界限也可能产生令人满意的结果。此外，术语“X、Y和X的至少一个”的使用被理解为包括仅X、仅Y和仅Z，以及X、Y和Z的任何组合。
序数术语（即“第一”、“第二”、“第三”、“第四”等）的使用仅为了区分两个或更多个事项，并且除非另有明确说明，无意暗示任何次序或顺序或一个事项比另一事项重要或任何添加顺序。
术语“或”在权利要求书中用于表示可兼性的“和/或”，除非明确指出仅是指择一或除非备选方案相互排斥。例如，以下任一项都满足条件“A或B”：A真（或存在）且B假（或不存在），A假（或不存在）且B真（或存在），A和B都真（或存在）。
如本文所用，任何提到“一个实施方案”、“一实施方案”、“一些实施方案”、“一个实例”、“例如”或“一实例”是指联系该实施方案描述的特定元素、要素、结构或特征包括在至少一个实施方案中。短语“在一些实施方案中”或“一个实例”在说明书各处的出现不一定都是指例如同一实施方案。此外，所有提到一个或多个实施方案或实例应被解释为不限制权利要求书。
在本申请通篇，术语“大约”用于表明一数值包括组合物/装置/设备、用于测定该数值的方法固有的误差变化，或在研究对象间存在的变化。例如，但不作为限制，当使用术语“大约”时，指定数值可相对于规定值改变加或减20%或15%或12%或11%或10%或9%或8%或7%或6%或5%或4%或3%或2%或1%，因为这样的变化对进行所公开的方法是适当的并且如本领域普通技术人员所理解。
本说明书和权利要求书中所用的词语“包含（comprising）”（和“包含”的任何形式，如“comprise”和“comprises”）、“具有（having）”（和“具有”的任何形式，如“have”和“has”）、“包括（including）”（和“包括”的任何形式，如“includes”和“include”）或“含有（containing）”（和“含有”的任何形式，如“contains”和“contain”）是包容性的或开放性的并且不排除附加的未列举要素或方法步骤。例如，包含一系列要素的工艺、方法、制品或装置不一定仅限于这些要素，而是可能包括没有明确列举或其中固有存在的其它要素。
本文所用的术语“或其组合”是指在该术语前列举的事项的所有排列和组合。例如，“A、B、C或其组合”意在包括以下至少一种：A、B、C、AB、AC、BC或ABC，并且如果顺序在特定情况下重要，也包括BA、CA、CB、CBA、BCA、ACB、BAC或CAB。由这一实例继续，明确包括含有一个或多个事项或术语的重复的组合，如BB、AAA、AAB、BBC、AAABCCCC、CBBAAA、CABABB等。技术人员会理解，除非从上下文中显而易见，通常对任何组合中的事项或术语的数量没有限制。
本文所用的术语“基本”是指随后描述的事件或情形完全存在，或随后描述的事件或情形在很大程度或范围上存在。例如，当与特定事件或情形关联时，术语“基本”是指随后描述的事件或情形在至少80%的时间、或至少85%的时间、或至少90%的时间、或至少95%的时间存在。术语“基本相邻”可以是指两个事项100%彼此相邻，或两个事项彼此靠近但并非100%彼此相邻，或两个事项之一的一部分并非与另一事项100%相邻而是与另一事项靠近。
本文所用的术语“样品”被理解为包括可根据本公开使用的任何类型的生物样品。在某些实施方案中，样品可以是任何流体样品和/或能够流体化的样品（例如与流体底物混合的生物样品）。可用的生物样品的实例包括但不限于全血或其任何部分（即血浆或血清）、唾液、痰、脑脊液（CSF）、手术排出液、皮肤、肠液、腹腔液、囊液、汗液、间质液、细胞外液、泪液、粘液、膀胱冲洗液、尿液、拭子、精液、粪便、胸膜液、鼻咽液、它们的组合等。在特定（但非限制性）实例中，生物样品可以是尿液、粪便、性传播感染（STI）拭子、呼吸道采集物等。
现在转向本发明的概念，公开了用于样品采集和分子诊断应用的运送培养基，以及含有其的试剂盒及其生产和使用方法。运送培养基的单一试剂设计能使置于其中的采集样本中存在的病原体失活和生物体裂解、从样本中释放核酸并将DNA/RNA靶标在室温（或甚至更高温度）下保存数周。此外，运送培养基的单一试剂设计使得能够在采集装置中采集更多种类的样品并从远程地点运送到中央/临床机构而不需要长时间的温度控制。这对于即时（POC）业务应用和对于促进农村和发展中地区的早期诊断和较低诊断成本以最终提高患者的生活质量至关重要。
本公开的某些非限制性实施方案涉及用于样品采集和分子诊断应用的运送培养基。运送培养基，用于样品采集和分子诊断应用的运送培养基，所述运送培养基包含以下成分的一种或多种：离液盐；缓冲剂；聚山梨酯；两性离子表面活性剂；PEG（聚乙二醇）；EDTA（乙二胺四乙酸）；醇；至少一种还原剂；防沫剂；和SDS（十二烷基硫酸钠）。在某些特定（但非限制性）实施方案中，运送培养基包括两种、三种、四种、五种、六种、七种、八种或全部九种上述成分。
各组分可能以允许运送培养基如本文所述运作的任何浓度存在于运送培养基的制剂中。例如（但并非作为限制），各组分可能以大约0.001%、大约0.05%、大约0.1%、大约0.5%、大约1.0%、大约1.5%、大约2.0%、大约2.5%、大约3%、大约4%、大约5%、大约6%、大约7%、大约8%、大约9%、大约10%、大约11%、大约12%、大约13%、大约14%、大约15%、大约16%、大约17%、大约18%、大约19%、大约20%、大约21%、大约22%、大约23%、大约24%、大约25%、大约26%、大约27%、大约28%、大约29%、大约30%、大约31%、大约32%、大约33%、大约34%、大约35%、大约36%、大约37%、大约38%、大约39%、大约40%、大约41%、大约42%、大约43%、大约44%、大约45%、大约46%、大约47%、大约48%、大约49%、大约50%或更高的浓度存在；此外，各组分可能以落在两个上述值的范围内的浓度存在（即大约0.5%至大约20%的范围、大约1%至大约10%的范围，等等）。
在另一些非限制性实例中，各组分可能以大约0.01 mM、大约0.05 mM、大约0.1mM、大约0.2 mM、大约0.3 mM、大约0.4 mM、大约0.5 mM、大约0.6 mM、大约0.7 mM、大约0.8mM、大约0.9 mM、大约1 mM、大约2 mM、大约3 mM、大约4 mM、大约5 mM、大约6 mM、大约7 mM、大约8 mM、大约9 mM、大约10 mM、大约15 mM、大约20 mM、大约25 mM、大约30 mM、大约35mM、大约40 mM、大约45 mM、大约50 mM、大约55 mM、大约60 mM、大约65 mM、大约70 mM、大约75 mM、大约80 mM、大约85 mM、大约90 mM、大约95 mM、大约100 mM、大约125 mM、大约150mM、大约175 mM、大约200 mM、大约225 mM、大约250 mM、大约275 mM、大约300 mM、大约325mM、大约350 mM、大约375 mM、大约400 mM、大约425 mM、大约450 mM、大约475 mM、大约500mM、大约525 mM、大约550 mM、大约575 mM、大约600 mM、大约625 mM、大约650 mM、大约657mM、大约700 mM、大约725 mM、大约750 mM、大约775 mM、大约800 mM、大约825 mM、大约850mM、大约875 mM、大约900 mM、大约925 mM、大约950 mM、大约975 mM、大约1 M、大约1.5 M、大约2 M、大约2.5 M、大约3 M、大约3.5 M、大约4 M、大约4.5 M、大约5 M和更高的浓度存在。此外，各组分可能以落在两个上述值的范围内的浓度存在（即大约0.1 mM至大约25 mM的范围、大约1 mM至大约100 mM的范围，等等）。
根据本公开可使用本领域中已知的或本文中以其它方式设想的任何离液剂，只要由其形成的运送培养基能够完全如本文所述运作。
在特定（但非限制性）实施方案中，使用硫氰酸胍作为离液剂。硫氰酸胍可能以允许运送培养基如本文所述运作的任何浓度存在。根据本公开可使用的硫氰酸胍浓度的某些非限制性实例包括大约0.1 M、大约0.2 M、大约0.3 M、大约0.4 M、大约0.5 M、大约0.6 M、大约0.7 M、大约0.8 M、大约0.9 M、大约1 M、大约2 M、大约3 M、大约4 M、大约5 M、大约6M、大约7 M、大约8 M、大约9 M、大约10 M等，以及由两个上述值或由各自落在两个上述值之间的两个值形成的任何范围（即大约1 M至大约10 M的范围、大约3 M至大约5 M的范围、大约2.3 M至大约7.7 M的范围，等等）。在一个特定（但非限制性）实施方案中，硫氰酸胍以大约3.3 M的浓度存在。
根据本公开可使用本领域中已知的或本文中以其它方式设想的任何缓冲剂，只要由其形成的运送培养基能够完全如本文所述运作。根据本公开可使用的非限制性缓冲剂是乙酸钠（NaOAc）和Tris。
缓冲剂可能以允许运送培养基如本文所述运作的任何浓度和任何pH存在。根据本公开可使用的缓冲剂浓度的某些非限制性实例包括大约1 mM、大约2 mM、大约3 mM、大约4mM、大约5 mM、大约6 mM、大约7 mM、大约8 mM、大约9 mM、大约10 mM、大约15 mM、大约20mM、大约25 mM、大约30 mM、大约35 mM、大约40 mM、大约45 mM、大约50 mM、大约55 mM、大约60 mM、大约65 mM、大约70 mM、大约75 mM、大约80 mM、大约85 mM、大约90 mM、大约95 mM、大约100 mM、大约125 mM、大约150 mM、大约175 mM、大约200 mM、大约225 mM、大约250 mM、大约275 mM、大约300 mM、大约325 mM、大约350 mM、大约375 mM、大约400 mM、大约425 mM、大约450 mM、大约475 mM、大约500 mM等，以及由两个上述值或由各自落在两个上述值之间的两个值形成的任何范围（即大约1 mM至大约500 mM的范围、大约50 mM至大约200 mM的范围，等等）。根据本公开可使用的pH值的某些非限制性实例包括大约1、大约2、大约3、大约4、大约5、大约6、大约7、大约8、大约9、大约10、大约11、大约12等，以及由两个上述值或由各自落在两个上述值之间的两个值形成的任何范围（即在大约4至大约9的范围内的pH、在大约4至大约7的范围内的pH，等等）。
在一个特定（但非限制性）实施方案中，缓冲剂是乙酸钠或Tris并以大约100 mM的浓度和在大约5至大约8的范围内的pH存在。
根据本公开可使用本领域中已知的或本文中以其它方式设想的任何聚山梨酯。在特定（但非限制性）实施方案中，聚山梨酯是聚山梨酯-20。
聚山梨酯可能以允许运送培养基如本文所述运作的任何浓度存在。根据本公开可使用的聚山梨酯浓度的某些非限制性实例包括大约0.1%、大约0.5%、大约1.0%、大约1.5%、大约2.0%、大约2.5%、大约3%、大约4%、大约5%、大约6%、大约7%、大约8%、大约9%、大约10%、大约11%、大约12%、大约13%、大约14%、大约15%、大约16%、大约17%、大约18%、大约19%、大约20%等，以及由两个上述值或由各自落在两个上述值之间的两个值形成的任何范围（即大约0.1%至大约20%的范围、大约5%至大约15%的范围，等等）。在一个特定（但非限制性）实施方案中，聚山梨酯以大约8%至大约10%的浓度存在。
根据本公开可使用本领域中已知的或本文中以其它方式设想的任何两性离子表面活性剂。在特定（但非限制性）实施方案中，两性离子表面活性剂是CHAPS（3-((3-胆酰胺丙基)二甲氨基)-1-丙磺酸盐）。
两性离子表面活性剂可能以允许运送培养基如本文所述运作的任何浓度存在。根据本公开可使用的两性离子表面活性剂浓度的某些非限制性实例包括大约0%、大约0.1%、大约0.5%、大约1.0%、大约1.5%、大约2.0%、大约2.5%、大约3%、大约4%、大约5%、大约6%、大约7%、大约8%、大约9%、大约10%、大约11%、大约12%、大约13%、大约14%、大约15%、大约16%、大约17%、大约18%、大约19%、大约20%等，以及由两个上述值或由各自落在两个上述值之间的两个值形成的任何范围（即大约0.1%至大约10%的范围、大约0.1%至大约5%的范围，等等）。
根据本公开可使用本领域中已知的或本文中以其它方式设想的任何聚乙二醇（PEG）。在特定（但非限制性）实施方案中，PEG是PEG8000。
PEG可能以允许运送培养基如本文所述运作的任何浓度存在。根据本公开可使用的PEG浓度的某些非限制性实例包括大约0%、大约0.1%、大约0.5%、大约1.0%、大约1.5%、大约2.0%、大约2.5%、大约3%、大约4%、大约5%、大约6%、大约7%、大约8%、大约9%、大约10%、大约11%、大约12%、大约13%、大约14%、大约15%、大约16%、大约17%、大约18%、大约19%、大约20%等，以及由两个上述值或由各自落在两个上述值之间的两个值形成的任何范围（即大约1%至大约5%的范围，等等）。
EDTA可能以允许运送培养基如本文所述运作的任何浓度存在。根据本公开可使用的EDTA浓度的某些非限制性实例包括大约0.01 mM、大约0.05 mM、大约0.1 mM、大约0.2mM、大约0.3 mM、大约0.4 mM、大约0.5 mM、大约0.6 mM、大约0.7 mM、大约0.8 mM、大约0.9mM、大约1 mM、大约2 mM、大约3 mM、大约4 mM、大约5 mM、大约6 mM、大约7 mM、大约8 mM、大约9 mM、大约10 mM等，以及由两个上述值或由各自落在两个上述值之间的两个值形成的任何范围（即大约0.01 mM至大约1 mM的范围，等等）。
根据本公开可使用本领域中已知的或本文中以其它方式设想的任何醇。在特定（但非限制性）实施方案中，该醇是乙醇。
醇可能以允许运送培养基如本文所述运作的任何浓度存在。根据本公开可使用的醇浓度的某些非限制性实例包括大约1.0%、大约1.5%、大约2.0%、大约2.5%、大约3%、大约4%、大约5%、大约6%、大约7%、大约8%、大约9%、大约10%、大约11%、大约12%、大约13%、大约14%、大约15%、大约16%、大约17%、大约18%、大约19%、大约20%、大约21%、大约22%、大约23%、大约24%、大约25%、大约26%、大约27%、大约28%、大约29%、大约30%、大约31%、大约32%、大约33%、大约34%、大约35%、大约36%、大约37%、大约38%、大约39%、大约40%等，以及由两个上述值或由各自落在两个上述值之间的两个值形成的任何范围（即大约1%至大约40%的范围、大约10%至大约30%的范围，等等）。
在一个特定（但非限制性）实施方案中，该醇是乙醇，且乙醇以大约20%的浓度存在于运送培养基中。
根据本公开可使用本领域中已知的或本文中以其它方式设想的任何还原剂，只要含有其的运送培养基可如本文所述运作。在特定（但非限制性）实施方案中，还原剂是TCEP（三(2-羧乙基)膦）和/或DTT（二硫苏糖醇）。
还原剂可能以允许运送培养基如本文所述运作的任何浓度存在。根据本公开可使用的还原剂浓度的某些非限制性实例包括大约0.01 mM、大约0.05 mM、大约0.1 mM、大约0.2 mM、大约0.3 mM、大约0.4 mM、大约0.5 mM、大约0.6 mM、大约0.7 mM、大约0.8 mM、大约0.9 mM、大约1 mM、大约2 mM、大约3 mM、大约4 mM、大约5 mM、大约6 mM、大约7 mM、大约8mM、大约9 mM、大约10 mM、大约15 mM、大约20 mM等，以及由两个上述值或由各自落在两个上述值之间的两个值形成的任何范围（即大约0.1 mM至大约20 mM的范围、大约1 mM至大约10 mM的范围，等等）。
根据本公开可使用本领域中已知的或本文中以其它方式设想的任何防沫剂。在特定（但非限制性）实施方案中，防沫剂是Antifoam-A（Sigma-Aldrich, St. Louis, MO)、Antifoam 204或另一基于硅酮的产品。
防沫剂可能以允许运送培养基如本文所述运作的任何浓度存在。根据本公开可使用的防沫剂浓度的某些非限制性实例包括大约0.001%、大约0.00125%、大约0.002%、大约0.0025%、大约0.003%、大约0.004%、大约0.005%、大约0.006%、大约0.007%、大约0.008%、大约0.009%、大约0.01%、大约0.02%、大约0.03%、大约0.04%、大约0.05%、大约0.06%、大约0.07%、大约0.08%、大约0.09%、大约0.1%、大约0.2%、大约0.3%、大约0.4%、大约0.5%、大约0.6%、大约0.7%、大约0.8%、大约0.9%、大约1%、大约1.5%、大约2%、大约2.5%、大约3%、大约4%、大约5%、大约6%、大约7%、大约8%、大约9%、大约10%等，以及由两个上述值或由各自落在两个上述值之间的两个值形成的任何范围（即大约0.001%至大约0.1%的范围、大约0.01%至大约0.8%的范围，等等）。
在某些特定（但非限制性）实施方案中，该运送培养基能够用于至少两种不同类型的生物样品。
在某些特定（但非限制性）实施方案中，该运送培养基将生物样品中存在的至少一种感染性病原体基本灭活，并基本释放或裂解生物样品中存在的至少一种细菌和病毒。
在某些特定（但非限制性）实施方案中，该运送培养基将DNA和/或RNA在室温下基本保存至少大约15天的时间。
本公开的某些非限制性实施方案涉及用于样品采集和分子诊断应用的运送培养基，其中所述运送培养基包含以下成分的一种或多种：在乙酸钠缓冲剂中的硫氰酸胍；聚山梨酯-20；CHAPS；EDTA（乙二胺四乙酸）；醇；还原剂；PEG8000；和防沫剂。在某些特定（但非限制性）实施方案中，运送培养基包括两种、三种、四种、五种、六种、七种或全部八种上述成分。
此外，试剂盒可进一步含有一种或多种用于根据本公开进行（一种或多种）生物样品采集和/或分子诊断应用的其它（一种或多种）元件或试剂。例如（但并非作为限制），试剂盒可进一步含有至少一个样品采集装置，例如（但不限于）单一格式的多次采集装置。
这些（一种或多种）附加试剂的性质取决于各种因素，例如（但不限于）生物样品的类型和分子诊断测定格式，它们的确认完全在本领域普通技术人员的技能范围内；因此，认为没有必要对其作出进一步描述。试剂盒中存在的各种组分/试剂也可各自位于单独的容器/隔室中，或各种组分/试剂可合并在一个或多个容器/隔室中，取决于组分/试剂的交叉反应性和稳定性。此外，试剂盒可包括解释如何使用该试剂盒的一套书面说明。这种性质的试剂盒可用于本文中描述或以其它方式设想的任何方法。
本公开的某些非限制性实施方案涉及混合物，其含有置于本文中公开或以其它方式设想的任何运送培养基内的生物样品。
通过将生物样品置于运送培养基中，样品中存在的核酸在室温下长时间稳定，并且生物样品中存在的一种或多种核酸检测靶标在此期间基本不降解。例如（但并非作为限制），样品中存在的核酸可能在室温下稳定至少大约15天，并且生物样品中存在的所述至少一种核酸检测靶标在此期间基本不降解。生物样品中存在的核酸也可能在该混合物内在室温下稳定至少大约25天的时间，并且生物样品中存在的所述至少一种核酸检测靶标在此期间基本不降解。
生物样品可以是本文中公开或以其它方式设想的任何生物样品，其含有一种或多种需要保存以便随后通过核酸扩增（NAA）进行检测的DNA/RNA靶标。例如（但并非作为限制），生物样品可选自尿液、粪便、性传播感染（STI）拭子、呼吸道采集物、血液或其任何部分、唾液、痰、脑脊液（CSF）、手术排出液、肠液、腹腔液、囊液、汗液、间质液、细胞外液、泪液、粘液、膀胱冲洗液、尿液、拭子、精液、胸膜液、鼻咽液及其组合。
本公开的某些非限制性实施方案涉及生产本文中公开或以其它方式设想的任何运送培养基的方法。在该方法中，合并运送培养基的各个成分以形成运送培养基。
本公开的某些非限制性实施方案涉及使用本文中公开或以其它方式设想的任何运送培养基的方法。例如（但并非作为限制），该方法包括将生物样品置于本文中公开或以其它方式设想的任何运送培养基中以形成混合物的步骤。
在某些特定（但非限制性）实施方案中，该方法包括一个或多个附加步骤，其选自：将所述混合物运输到临床机构；将所述混合物储存至少一周；和/或对所述混合物进行至少一种分子诊断测定（例如但不限于至少一个核酸扩增步骤）。
本公开的某些非限制性实施方案涉及试剂盒，其含有本文中公开或以其它方式设想的任何运送培养基。
实施例
下面提供实施例。但是，本公开应被理解为在其应用中不限于下文公开的特定实验法、结果和实验室程序。相反，实施例仅作为各种实施方案之一提供并且意为示例性而非穷尽性的。
本公开的运送培养基能使置于其中的采集样本中存在的病原体失活和生物体（即细菌和病毒）裂解、从样本中释放核酸并将DNA/RNA靶标在室温（或甚至更高温度）下保存数周。
本公开的运送培养基用各种样品基质（包括但不限于粪便、尿液、模拟鼻液和模拟STI基质）进行测试并在加速稳定性试验格式中证实具有25-30天的室温稳定性。也测试-20℃冻融3次和45℃储存2小时的极端条件以证实本公开的运送培养基在缺乏环境控制措施的运输条件中的鲁棒性。
可在根据本公开制成的运送培养基的一种液体中执行多种用途和任务。硫氰酸胍和醇可在运输过程中将多种多样的病原体灭活，由此降低感染风险和提高操作安全性。硫氰酸胍、聚山梨酯-20、CHAPS和/或PEG8000之类的组分已部分由于它们的裂解功能而被使用，其裂解病原体并从中释放核酸。该运送培养基的多种组分能够通过将可能使核酸变性的酶灭活来增强靶标RNA/DNA的稳定性并保存靶标RNA/DNA。此外，任选的防沫剂使得运输和液体处理更加容易得多并减少发泡量，以及减少来自自动化液体处理的错误。
将这种运送培养基加载在多次采集装置（MCD）上使得能够采集专门为特定NAA系统设计的各种样本。该运送培养基能够将感染性病原体灭活，并释放或裂解细菌和病毒，然后在运输过程中在室温下保存由裂解释放的DNA/RNA。一旦样品到达中央设施，该样品/运送培养基混合物立即可用于核酸浓缩和提取。运送培养基本身起到多重作用，以精简工作流程，包括采集、处理、储存和保存，还保护人员以免活病原体暴露。此外，一旦存在于运送培养基中的样品到达中央设施，它们可直接用于核酸浓缩和提取。本公开的运送培养基的这些特征极大提高样本采集、运输、筛选和诊断步骤的工作流程和效率。
根据本公开制成的各种运送培养基显示在表1中并标记为ATM1 – ATM14。其它ATM可标记为 “+AFA”，这是指将0.05%的防沫剂添加到表1中所列的ATM中。
这些各种运送培养基用各种样品类型进行测试并在加速稳定性试验格式中证实具有25-30天的室温稳定性。测试的各种病毒/细菌/病原体、样品基质和储存条件的一些显示在表2中。这些运送培养基/微生物/储存条件相对于各种市售试剂进行测试，包括商业BD通用运送培养基；OTS培养基，例如（但不限于）Mawi、Puritan PurSafe和Copan's Eswab和Mswab；OTS-Longhorn；Remel M6；eNat；和Spectrum。
测试的样品类型包括STI组中的单纯疱疹病毒（HSV）、人免疫缺陷病毒（HIV）和衣原体/淋病（CT/GC）；呼吸道组中的DNA和RNA病原体两者；胃肠组中的病毒、细菌和寄生虫病原体；和移植组中的BK病毒（BKV）。本公开的运送培养基也用各种样品基质（包括但不限于粪便、尿液、血浆、模拟鼻液和模拟STI基质）进行测试并在加速稳定性试验格式中证实具有25-30天的室温稳定性。也测试-20℃冻融3次和45℃储存2小时的极端条件以证实这些运送培养基在缺乏环境控制措施的运输条件中的鲁棒性。
表3列出当储存在本公开的运送培养基或市售裂解缓冲液中时在24/28天后获得的各种病原体的相对Ct值的概要。在表3中概述的实验中，测试十一（11）种微生物，并且在本公开的运送培养基中处理的样品得到与在裂解缓冲液中处理的样品相同或更低的Ct值。这些结果证实本公开的运送培养基的性能优于市售培养基。
因此，根据本公开，提供了充分满足上述目的和优点的组合物和试剂盒及其生产和使用方法。尽管已联系上述具体附图、实验法、结果和措辞描述了本公开，但许多替代、修改和变化显然是本领域技术人员显而易见的。因此，意在涵盖落在本公开的精神和广泛范围内的所有这样的替代、修改和变化。
Figure 759197DEST_PATH_IMAGE001
Figure 676338DEST_PATH_IMAGE002
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Figure 363485DEST_PATH_IMAGE006

Claims (20)

1.用于样品采集和分子诊断应用的运送培养基，所述运送培养基包含：
硫氰酸胍；
选自乙酸钠和Tris的缓冲剂；
聚山梨酯；
两性离子表面活性剂；
EDTA（乙二胺四乙酸）；
醇；和
至少一种还原剂，其选自TCEP（三(2-羧乙基)膦）、DTT（二硫苏糖醇）及其组合。
2.权利要求1的运送培养基，其中硫氰酸胍以大约3 M至大约4 M的浓度存在。
3.权利要求1的运送培养基，其中所述缓冲剂以大约50 mM至大约200 mM的浓度和在大约4至大约7的pH下存在。
4.权利要求1的运送培养基，其中所述聚山梨酯是聚山梨酯-20。
5.权利要求1的运送培养基，其中所述聚山梨酯以大约0.1%至大约20%的浓度存在。
6.权利要求1的运送培养基，其中所述两性离子表面活性剂是CHAPS（3-((3-胆酰胺丙基)二甲氨基)-1-丙磺酸盐）。
7.权利要求1的运送培养基，其中所述两性离子表面活性剂以大约0.1%至大约5%的浓度存在。
8.权利要求1的运送培养基，其中所述醇是乙醇。
9.权利要求1的运送培养基，其中所述醇以大约1%至大约40%的浓度存在。
10.权利要求1的运送培养基，其进一步包含至少一种选自SDS（十二烷基硫酸钠）、聚乙二醇（PEG）、防沫剂及其组合的附加成分。
11.用于样品采集和分子诊断应用的运送培养基，所述运送培养基包含：
在乙酸钠缓冲剂中的硫氰酸胍；
聚山梨酯-20；
CHAPS；
EDTA（乙二胺四乙酸）；
乙醇；和
至少一种还原剂，其选自TCEP（三(2-羧乙基)膦）、DTT（二硫苏糖醇）及其组合。
12.权利要求11的运送培养基，其进一步包含防沫剂。
13.权利要求11的运送培养基，其中：
硫氰酸胍以大约3 M至大约4 M的浓度存在；
乙酸钠缓冲剂以大约50 mM至大约200 mM的浓度和在大约4至大约7的pH下存在；
聚山梨酯-20以大约1%至大约20%的浓度存在；
CHAPS以大约0.1%至大约5%的浓度存在；
EDTA（乙二胺四乙酸）以大约0.01 mM至大约1 mM的浓度存在；
乙醇以大约1%至大约40%的浓度存在；和
所述至少一种还原剂以大约0.1 mM至大约20 mM的浓度存在。
14.试剂盒，其包含：
权利要求1-13任一项的运送培养基。
15.权利要求14的试剂盒，其进一步包含至少一个样品采集装置。
16.权利要求15的试剂盒，其中所述样品采集装置是单一格式的多次采集装置。
17.混合物，其包含：
生物样品；和
权利要求1-13任一项的运送培养基，其中所述生物样品置于所述运送培养基内。
18.权利要求17的混合物，其中所述生物样品选自尿液、粪便、性传播感染（STI）拭子、呼吸道采集物、血液或其任何部分、唾液、痰、脑脊液（CSF）、手术排出液、肠液、腹腔液、囊液、汗液、间质液、细胞外液、泪液、粘液、膀胱冲洗液、尿液、拭子、精液、胸膜液、鼻咽液及其组合。
19.方法，其包括步骤：
将生物样品置于权利要求1-13任一项的运送培养基中以形成混合物。
20.权利要求19的方法，其进一步包括至少一个选自以下的步骤：
将所述混合物运输到临床机构；
将所述混合物储存至少一周；和
对所述混合物进行至少一个核酸扩增步骤。
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