CN115226402A - 用于鉴定和调节癌症患者的血栓形成状况的组合物和方法 - Google Patents

用于鉴定和调节癌症患者的血栓形成状况的组合物和方法 Download PDF

Info

Publication number
CN115226402A
CN115226402A CN202080095828.3A CN202080095828A CN115226402A CN 115226402 A CN115226402 A CN 115226402A CN 202080095828 A CN202080095828 A CN 202080095828A CN 115226402 A CN115226402 A CN 115226402A
Authority
CN
China
Prior art keywords
day
ppia
eif4a3
ube2l3
ube2n
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN202080095828.3A
Other languages
English (en)
Inventor
杰弗里·I·茨威克
罗伯特·弗劳曼哈特
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Beth Israel Deacon Medical Center Ltd
Original Assignee
Beth Israel Deacon Medical Center Ltd
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Beth Israel Deacon Medical Center Ltd filed Critical Beth Israel Deacon Medical Center Ltd
Publication of CN115226402A publication Critical patent/CN115226402A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Images

Classifications

    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
    • G01N33/6893—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids related to diseases not provided for elsewhere
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P7/00—Drugs for disorders of the blood or the extracellular fluid
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P7/00—Drugs for disorders of the blood or the extracellular fluid
    • A61P7/02—Antithrombotic agents; Anticoagulants; Platelet aggregation inhibitors
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G01N33/57407—Specifically defined cancers
    • G01N33/57438—Specifically defined cancers of liver, pancreas or kidney
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/86—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving blood coagulating time or factors, or their receptors
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
    • G01N2333/435—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans
    • G01N2333/46—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans from vertebrates
    • G01N2333/47—Assays involving proteins of known structure or function as defined in the subgroups
    • G01N2333/4701—Details
    • G01N2333/4703—Regulators; Modulating activity
    • G01N2333/4706—Regulators; Modulating activity stimulating, promoting or activating activity
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
    • G01N2333/90—Enzymes; Proenzymes
    • G01N2333/99—Isomerases (5.)
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
    • G01N2800/22—Haematology
    • G01N2800/226—Thrombotic disorders, i.e. thrombo-embolism irrespective of location/organ involved, e.g. renal vein thrombosis, venous thrombosis
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
    • G01N2800/50—Determining the risk of developing a disease
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
    • G01N2800/52—Predicting or monitoring the response to treatment, e.g. for selection of therapy based on assay results in personalised medicine; Prognosis

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Diabetes (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明涉及用于在癌症患者中鉴定风险患者和调节血栓形成状况的组合物和方法。本文中提供的实施例包括确定肿瘤患者的血栓形成事件的风险的方法，该方法包括：在癌症患者的样品中检测PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者的升高的水平。

Description

用于鉴定和调节癌症患者的血栓形成状况的组合物和方法
与相关申请的交叉引用
本申请要求2019年12月9日提交的美国临时专利申请号62/945,482在35 U.S.C.§119(e)下的利益。这些申请的内容为所有目的整体通过参考并入本文。
技术领域
本公开涉及用于在癌症患者中鉴定和调节血栓形成状况的方法。
政府支持条款
本发明在NIH授予的资助号为HL112302和HL143365的政府支持下做出。政府在本发明中具有一定权利。
背景技术
血栓形成是癌症患者死亡的重要原因。Bick，N Engl J Med 349:109-111(2003)。例如，在大约6％的癌症患者中会发生严重的危及生命的血栓形成事件。 Alguire等，J Clin Oncol 2004Vol 22(July 15th Supplement)No.14S:8082。癌症患者常常表现出高凝状态，其中凝血系统具有增加的凝血倾向。Rickles和 Edwards，Blood 62:14-31(1983)。对于至少某些癌症来说，高凝状态的标志物与不良的患者结果相关。Bick，SeminThromb Hemostat 18:353-372(1992)；Buccheri 等，Cancer 97:3044-3052(2003)；Wojtukiewicz，Blood Coagul Fibrinolysis 3:429- 437(1992)。高凝状态的原因包括癌症本身和癌症治疗(例如化疗)。高凝状态导致血栓形成事件的风险提高，当患者卧床不起时所述风险可以被进一步加剧。在没有禁忌时，抗凝剂疗法在某些癌症中带来生存益处。Lebeau等，Cancer 74:38-45(1994)；Chahinian等，J Clin Oncol 7:993-1002(1989)。然而，治疗选项通常是有限的，因为许多癌症患者处于大出血的高风险下，这排除了原本可以被预防性使用以降低血栓形成风险的抗凝剂的给药。因此，目前可用的诊断和预防癌症患者的血栓形成的方法不令人满意，因此对新的诊断和疗法存在着需求。此类诊断和疗法将提高癌症患者的生存力并促进更好的生活质量。
附图简述
图1示出了评估晚期癌症患者血浆中的UPR标志物的热图和UPR组。
发明内容
本文提供的实施方式包括一种确定癌症患者的血栓形成事件的风险的方法，所述方法包括：
在癌症患者的样品中检测PPIAPDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、 UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者的水平与PPIA，PDIA3，以及EIF5A、 EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者的基线、参考或对照水平相比的提高；并且当PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、 UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者升高到超过基线、对照或参考水平时，将所述患者诊断为具有血栓形成事件的风险。
本文提供的其他实施方式包括一种诊断和治疗癌症患者的血栓形成状况(thrombotic condition)的方法，所述方法包括下述步骤：a.在癌症患者的样品中检测PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I 和HSP70中的至少一者的水平与PPIA、PDIA3以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、 UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者的基线、参考或对照水平相比的提高；b.当PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、 UBE2I和HSP70中的至少一者升高到超过基线、对照或参考水平时，将所述患者诊断为具有血栓形成状况的风险；以及c.用有效量的异槲皮素和任选的抗血栓形成药剂治疗风险患者。
本文提供的其他实施方式包括一种用于监测正经历治疗的癌症患者的血栓形成状况的风险的方法，所述方法包括下述步骤：a.在所述癌症患者的样品中检测PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I 和HSP70中的至少一者的水平与PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、 UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者的基线、参考或对照水平相比的提高；b.当PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者升高到超过基线、对照或参考水平时，将所述患者诊断为具有血栓形成状况的风险；以及c.用有效量的异槲皮素和任选的抗血栓形成药剂治疗风险患者；其中每周、每两周、每月或在整个治疗过程中按指示的时间重复所述监测。
在某些实施方式中，所述患者在治疗期间没有表现出严重不良事件(3或 4级毒性)。
在某些实施方式中，所述患者在治疗期间没有表现出原发性静脉血栓栓塞(VTE)。
在某些实施方式中，所述患者在治疗期间没有表现出大出血。
本文提供的其他实施方式包括一种试剂盒，其包含生物标志物组，所述生物标志物组包含PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4a3、EIF4H、UBE2N、UBE2L3、 UBE2I和HSP70中的至少一者，用于在需要的患者中诊断血栓形成状况。
本文提供的其他实施方式包括一种试剂盒，其包含：(a)用多克隆抗体或单克隆抗体包被的固相支持物，其中所述抗体包括特异性针对PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者的抗体；(b)多克隆或单克隆抗体-底物偶联物，其中所述底物包含显色试剂或荧光试剂，并且其中所述偶联物是对(a)的抗体有反应性的；和(c)作为抗原标准品的PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者。
在某些实施方式中，所述(a)的抗体还包括特异性针对可溶性P选择素的抗体。
在某些实施方式中，所述固相支持物是微量滴定板或膜。在某些实施方式中，所述固相支持物是珠子或粒子。在某些实施方式中，所述试剂盒是ELISA 试剂盒。在某些实施方式中，所述固相支持物是微珠阵列。
本文提供的另外的实施方式包括一种测定血清或血浆样品中的PPIA， PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者的方法，所述方法包括将所述样品与本文描述的试剂盒的固相支持物和偶联物接触；其中所述固相支持物包括微量滴定板，其中所述偶联物包含碱性磷酸酶，其中所述显色试剂包括对硝基苯基磷酸盐；以及测定所述偶联物与所述样品的反应。
本文提供的其他实施方式包括一种测定从人类受试者获得的生物流体样品中标志物的组合的方法，所述方法包括通过将所述样品与本文描述的试剂盒的固相支持物接触来进行免疫测定。
在某些实施方式中，所述免疫测定是ELISA。在某些实施方式中，所述固相支持物是微珠阵列。在某些实施方式中，所述样品是血浆或血清。
在某些实施方式中，所述方法还包括将所述样品与所述试剂盒的偶联物接触，并测定所述偶联物与所述样品的反应。
在某些实施方式中，所述方法还包括将抗原标准品与所述固相支持物和偶联物接触，并测定所述样品中PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、 UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者相对于所述抗原标准品的相对水平。
详细描述
在描述本发明的组合物和方法之前，应该理解本发明不限于所描述的特定过程、剂型、组合物或方法，因为这些是可能改变的。还应该理解，在本描述中使用的术语仅仅是出于描述特定版本或实施方式的目的，并不打算限制本文中的实施方式的范围，实施方式的范围仅受随附的权利要求书限制。除非另有定义，否则本文使用的所有技术和科学术语具有与本领域普通技术人员通常理解的相同的含义。尽管与本文中描述的相似或等同的任何方法和材料均可用于本文实施方式的实践或测试，但现在描述的是优选的方法、装置和材料。本文提到的所有出版物整体通过参考并入本文。本文中的任何内容均不应被解释为承认本文中的实施方式无权凭借在先发明而早于此类公开。
还必须指出，当在本文和随附的权利要求书中使用时，单数形式的“一”、“一个”以及“该”包括复数指称物，除非上下文另有明确规定。
当在本文中使用时，术语“约”意味着与其一起使用的数字的数值的加减 10％。因此，约50％意味着在45％-55％的范围内。
当在本文中使用时，术语“受试者”包括但不限于人类(通常也被称为“患者”)和诸如野生、家养和农场动物的非人类脊椎动物。在某些实施方式中，本文描述的受试者是动物。在某些实施方式中，所述受试者是哺乳动物。在某些实施方式中，所述受试者是人类。在某些实施方式中，所述受试者是非人类动物。在某些实施方式中，所述受试者是非人类哺乳动物。在某些实施方式中，所述受试者是驯养的动物，例如狗、猫、奶牛、猪、马、绵羊或山羊。在某些实施方式中，所述受试者是伴侣动物，例如狗或猫。在某些实施方式中，所述受试者是家畜动物，例如奶牛、猪、马、绵羊或山羊。在某些实施方式中，所述受试者是动物园动物。在另一个实施方式中，所述受试者是研究动物，例如啮齿动物、狗或非人类灵长动物。在某些实施方式中，所述受试者是非人类转基因动物，例如转基因小鼠或转基因猪。
当在本文中使用时，术语“治疗”、“治疗的”或“医疗”是指治疗性治疗和预防或预防性措施两者，其中目的是抑制、阻止或减缓或降低任何不想要的生理状况、障碍或疾病的全部效果或可能性，或改善、抑制或以其他方式获得有益或所需的临床结果。出于本发明的目的，有益或所需临床结果包括但不限于症状的改善或减轻，病症、障碍或疾病的程度的减轻，病症、障碍或疾病的状态的稳定(即不恶化)，病症、障碍或疾病的发作延迟或其进展的延缓，病症、障碍或疾病状态的改善，以及病症、障碍或疾病的无论是可检测还是不可检测的(无论是部分的还是全部的)缓解或增强或改善。治疗包括引发临床上显著的响应而没有过高水平的副作用。治疗还包括与未接受治疗时的预期生存期相比延长生存期。
当在本文中使用时，术语“筛选”以及“筛查”意味着测试受试者或患者以确定他们是否具有特定疾患或疾病或疾患或疾病的特定表现。所述术语还意味着测试药剂以确定它是否具有特定作用或功效。
当在本文中使用时，术语“鉴定”、“鉴别”、“识别”等意味着在受试者或患者中识别疾病状态或临床表现或疾病状态的严重程度。所述术语也与测试药剂和它们具有特定作用或功效的能力相关联使用。
当在本文中使用时，术语“预测”、“预报”、“预告”等意味着在专业知识的基础上预先告知。
当在本文中使用时，术语“参考值”或“对照值”意味着在来自于健康对照或健康供体或在某些情况下来自于在一段时间内未表现出VTE或其他血栓形成状况的晚期癌症患者的样品中，特定蛋白质或核酸的量或数量。
术语“健康对照”是未患有癌症或任何其他癌症相关病症的人类受试者。
当在本文中使用时，术语“分离的”等意味着所指称的材料不含在通常发现所述材料的天然环境中存在的组分。具体来说，分离的生物材料不含细胞组分。在核酸分子的情况下，分离的核酸包括PCR产物、分离的mRNA、cDNA、分离的基因组DNA或限制性片段。在另一个实施方式中，分离的核酸优选地从其可能存在的染色体上切下。分离的核酸分子可以被插入到质粒、粘粒、人工染色体等中。因此，在特定实施方式中，重组核酸是分离的核酸。分离的蛋白质可能与在细胞中与其缔合的其他蛋白质或核酸或两者缔合，或者如果它是膜结合蛋白的话则与细胞膜缔合。分离的材料可以但不必须是纯化的。
当在本文中使用时，术语“纯化的”等是指已在减少或消除不相关材料(即污染物)的条件下分离的材料。例如，纯化的蛋白质优选地基本上不含在细胞中与其缔合的其他蛋白质或核酸；纯化的核酸分子优选地基本上不含在细胞内可以与其一起存在的蛋白质或其他不相关核酸分子。当在本文中使用时，术语“基本上不含”在材料的分析测试的背景中操作性使用。优选地，基本上不含污染物的纯化的材料的纯度为至少50％，更优选地纯度为至少90％，更优选地纯度为至少99％。纯度可以通过色谱、凝胶电泳、免疫测定、组成分析、生物测定和本领域中已知的其他方法来评估。
术语“表达谱”或“基因表达谱”是指细胞、组织或生物体在特定条件下或对特定条件做出响应而表达的一个或多个基因的任何描述或测量。表达谱可以鉴定在特定条件下被上调、下调或不受影响的基因。基因表达可以在核酸水平或蛋白质水平上检测。核酸水平上的表达谱可以使用测量基因转录本水平的任何可用技术来实现。例如，所述方法可以利用原位杂交、Northern杂交、或者与诸如寡核苷酸微阵列或cDNA微阵列的核酸微阵列的杂交。可替代地，所述方法可以利用反转录酶-聚合酶链反应(RT-PCR)，例如基于荧光染料的定量实时PCR(
Figure BDA0003784264410000061
PCR)。在下文提供的实施例部分中，使用Affymetrix
Figure BDA0003784264410000062
寡核苷酸微阵列获得了核酸表达谱表达谱。蛋白质水平上的表达谱可以使用测量蛋白质水平的任何可用技术(例如使用肽特异性捕获试剂阵列) 来实现。
术语“基因签名”和“签名基因”在本文中可互换使用，并且意味着已被发现在某些癌症患者中差异表达的特定转录本。
UPR生物标志物
已被发现在晚期癌症患者的血浆样品中升高的9种UPR生物标志物(人类)是PPIA、EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I、HSP70和 PDIA3。已发现这些生物标志物在来自于晚些时候表现出VTE的晚期癌症患者的血浆样品中升高，与此相比在来自于未表现出VTE(例如对VTE监测2个月，但在某些实施方式中希望在整个治疗期间保持每两周或每月测试)的晚期癌症患者的血浆样品中同样的UPR生物标志物蛋白的水平未升高，因此后者充当基线参考样品。所述升高的UPR蛋白质水平在本文中被称为UPR生物标志物组，其可预测诸如VTE的血栓形成状况的发生。在某些实施方式中，所述 UPR生物标志物组包含PPIA、EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、 UBE2I、HSP70和PDIA3的任何组合。在某些实施方式中，所述UPR生物标志物组包含PPIA、EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I、HSP70 和PDIA3中的至少一者。在某些实施方式中，所述UPR生物标志物组包含PPIA、 EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I、HSP70和PDIA3中的至少两者。在某些实施方式中，所述UPR生物标志物组包含PPIA、EIF5A、EIF4H、 EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I、HSP70和PDIA3中的至少三者。在某些实施方式中，所述UPR生物标志物组包含PPIA、EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I、HSP70和PDIA3中的至少四者。在某些实施方式中，所述UPR生物标志物组包含PPIA、EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、 UBE2L3、UBE2I、HSP70和PDIA3中的至少五者。在某些实施方式中，所述 UPR生物标志物组包含PPIA、EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、 UBE2I、HSP70和PDIA3中的至少六者。在某些实施方式中，所述UPR生物标志物组包含PPIA、EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I、HSP70 和PDIA3中的至少七者。在某些实施方式中，所述UPR生物标志物组包含PPIA、 EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I、HSP70和PDIA3中的至少八者。在某些实施方式中，所述UPR生物标志物组包含PPIA、EIF5A、EIF4H、 EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I、HSP70和PDIA3。在某些实施方式中，所述UPR生物标志物组包含PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、 UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者。在某些实施方式中，所述UPR生物标志物组包含PPIA，EIF4H，PDIA3，以及EIF5A、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、 UBE2I和HSP70中的至少一种。此外需要指出，在可选实施方式中，可以检测相应的核酸水平来代替蛋白质水平，并且该相应的核酸水平也将充当处于血栓形成事件风险下的患者的预测性生物标志物。
PPIA的氨基酸序列可以在P62937处发现，并且基因ID为5478。EIF5A 的氨基酸序列可以在P63241处发现，并且基因ID为1984。EIF4H的氨基酸序列可以在Q15056处发现，并且基因ID为7458。EIF4a3的氨基酸序列可以在 P38919处发现，并且基因ID为9775。UBE2N的氨基酸序列可以在P61088处发现，并且基因ID为7334。UBE2L3的氨基酸序列可以在P68036处发现，并且基因ID为7332。UBE2I的氨基酸序列可以在P63279处发现，并且基因ID 为7329。HSP70的氨基酸序列可以在P0DMV8/9处发现，并且基因ID为3303。 PDIA3的氨基酸序列可以在P30101处发现，并且基因ID为2923。
术语“基因”、“基因转录本”和“转录本”在本申请中一定程度上可互换使用。术语“基因”也被称为“结构基因”，是指编码或对应于包含一种或多种蛋白质或酶的全部或一部分的特定氨基酸序列的DNA序列，并且可以包括或不包括例如决定所述基因在何种条件下表达的调控DNA序列(例如启动子序列)。不是结构基因的一些基因可以从DNA转录成RNA，但不翻译成氨基酸序列。其他基因可能起到结构基因的调控物或DNA转录的调控物的作用。“转录本”或“基因转录本”是由特定基因的转录产生的RNA序列。因此，基因的表达可以通过转录本来测量。
术语“反义DNA”是与双链DNA的编码链互补的非编码链。
当在本文中使用时，术语“基因组DNA”意味着来自于受试者的所有DNA，包括编码和非编码DNA以及包含在内含子和外显子中的DNA。
术语“核酸杂交”是指两个单链核酸之间的反向平行氢键键合，其中A与 T(或者在RNA核酸的情况下U)配对，并且C与G配对。当在限定的严紧条件下一个核酸分子的至少一条链可以与另一个核酸分子的互补碱基形成氢键时，所述核酸分子是彼此“可杂交的”。杂交的严紧性由例如下述因素决定：(i) 进行杂交和/或清洗的温度，和(ii)杂交和清洗溶液的离子强度和(iii)变性剂例如甲酰胺的浓度，以及其他参数。杂交需要两条链含有基本上互补的序列。然而，取决于杂交的严紧性，可以容忍一定程度的错配。在“低严紧性”条件下，可以容忍较大的错配百分率(即不阻止反向平行杂交体的形成)。
术语“抑制”包括给药根据本文描述的实施方式的化合物以阻止症状的发作、缓解症状或消除疾病、病症或障碍。
“可药用的”意味着载体、稀释剂或赋形剂必须与局部剂型的其他成分相容并且对其接受者无害。
术语“血液稀释药物”是指抗血小板聚集药物，例如硫酸氢氯吡格雷、肝素、华法林、依诺肝素、阿昔单抗、依替巴肽、替罗非班、普拉格雷、噻氯匹定、贝前列素、前列环素、伊洛前列素、曲前列环素、阿司匹林、阿洛普令、卡巴匹林钙、吲哚布芬、三氟柳、双嘧达莫、匹考他胺、特鲁曲班、西洛他唑、氯克罗孟、地他唑；或是指抗凝血剂，例如醋硝香豆素、杀鼠醚、双香豆素、双香豆酸乙酯、苯丙香豆素、氯茚二酮、二苯茚酮、苯茚二酮、噻氯香豆素、贝米肝素、舍托肝素、达肝素、那曲肝素、帕肝素、瑞维肝素、亭扎肝素、磺达肝素、依达肝素、达那肝素、舒洛地特、硫酸皮肤素、阿哌沙班、贝曲沙班、依度沙班、奥米沙班、利伐沙班、比伐卢定、来匹卢定、地西卢定、阿加曲班、达比加群、美拉加群、希美加群、方案1(REG1；RB-006、因子IXa拮抗剂及其寡核苷酸活性控制剂RB-007的组合)、去纤苷、雷马曲班、抗凝血酶III、V因子抑制剂、IXa因子抑制剂、X因子抑制剂、XI因子抑制剂、XIII因子抑制剂或屈曲可净α。
术语“血栓形成障碍”是指引起或提高静脉或动脉血栓形成事件的风险的许多不同病症，包括但不限于心房纤颤、由机械心脏瓣膜造成的血栓形成、心肌梗塞、不稳定型心绞痛、深静脉血栓形成、急性缺血性卒中、肺栓塞、动脉粥样硬化、V因子Leiden、抗凝血酶III缺乏、蛋白C缺乏、蛋白S缺乏、凝血酶原基因突变(G20210A)、高同型半胱氨酸血症、抗磷脂抗体综合征、抗心磷脂抗体、血栓形成综合征、狼疮抗凝综合征、恶性肿瘤、大手术、活动受限、使用口服避孕药、使用沙利度胺(尤其是与地塞米松联合使用)、肝素诱发的血小板减少症、妊娠、骨髓增生性障碍、炎症性肠病、肾病综合征、阵发性夜间血红蛋白尿症、高粘滞综合征、原发性巨球蛋白血症、以及创伤。术语“血栓形成障碍”还指由癌症引起的血栓形成，所述癌症例如多发性骨髓瘤和其他血液系统癌症、腺癌、胰腺癌、胃癌、卵巢癌、前列腺癌、结肠癌、肺癌、脑癌、乳腺癌、肾癌、皮肤癌、宫颈癌、和耳鼻喉癌。
本文提到的“维生素B3”包括各种不同形式的维生素B3，包括烟酰胺、烟酸、尼克酰胺、六烟酸肌醇酯。
本文提到的“维生素C”包括维生素C(即L-抗坏血酸、D-抗坏血酸或两者)及其盐(例如抗坏血酸钠)。
本文提到的“叶酸”包括维生素B9、叶酸盐、蝶酰谷氨酸、5-L-5-甲基四氢叶酸和L-甲基叶酸。
术语“改善”用于表示本文实施方式的化合物或方法改变了其被提供、施用或给药到的病症或组织的外观、形式、特征和/或物理属性。
术语“改善”、“治疗”和“减轻”是指向需要改善一种或多种上述病症或具有一种或多种刚刚提到的障碍或一种或多种障碍和病症的症状或素因的受试者给药有效量的本发明的异槲皮素、槲皮素或芦丁组合物，其目的是改善一种或多种这些病症，或预防、治愈、减轻、缓解、补救或改善一种或多种这些障碍或一种或多种这些障碍和病症的症状或诱因。术语“给药”涵盖了以任何适合的形式(例如食品、饮料、片剂、胶囊、悬液和无菌注射液的形式)向受试者经口或肠胃外递送本发明的槲皮素、异槲皮素或芦丁组合物(或其任何适合的衍生物)。术语“肠胃外”是指皮下、皮内、静脉内、肌肉内、关节内、动脉内、滑膜内、胸骨内、鞘内、病灶内和颅内注射，以及各种不同的输注技术。“有效量”是指异槲皮素、槲皮素或芦丁组合物的足以提供治疗性益处(例如在需要的患者例如具有高水平可溶性P选择素的癌症患者中降低血清中的 PDI活性和/或可溶性P选择素的水平)的剂量。在某些实施方式中，异槲皮素的有效量为约1000mg。在某些实施方式中，异槲皮素的有效量可以在约 1,000mg-2,000mg的范围内。在其他实施方式中，异槲皮素的有效量在约 2,000mg-2,500mg的范围内。异槲皮素的特别优选的有效量是1000mg。
治疗方法
血栓形成是晚期癌症(包括晚期实体瘤癌症以及晚期血液癌)的常见并发症。然而，对将肿瘤进展与凝块形成联系起来的潜在机制知之甚少。
本发明涉及用于在癌症患者(特别是晚期癌症患者中)鉴定和/或监测风险患者和调节血栓形成状况的组合物和方法。本发明的某些实施方式涉及用于在患者中鉴定和/或监测风险患者和调节病毒诱导的血栓形成状况、遗传诱导的血栓形成状况或贫血诱导的血栓形成状况的组合物和方法。
血栓形成涉及几个连续步骤，它们通常在皮肤撕裂或血管损伤后开始。循环中的血小板首先接近受损内皮细胞的部位，然后发生一系列事件允许这些血小板活化。然后活化的血小板将额外的血小板召集到损伤部位，在那里它们聚集形成栓，直至形成稳定的凝块。然后始终存在于血流中并在血流中循环的无活性凝血因子在被称为凝血级联的过程中顺序激活。所述凝血级联最终产生稳定的含纤维蛋白凝块。
血栓形成障碍是一组遗传和获得性障碍，其引起止血系统的异常激活，导致静脉和动脉血栓形成的风险提高。癌症是极大提高血栓形成风险的获得性障碍之一。肿瘤细胞通过在它们的表面上表达高水平的组织因子而导致高凝状态。组织因子为启动上述的凝血级联所需。
参与血栓形成的因子包括蛋白质二硫键异构酶(PDI)。PDI从活化的内皮细胞和血小板泄漏，之后它在血栓形成中发挥关键作用。PDI可以激活组织因子，导致凝血级联的激活，最终导致纤维蛋白沉积和血栓形成。
蛋白质二硫键异构酶是一种硫醇异构酶，主要定位于内质网，在那里它在蛋白质折叠中发挥必不可少的作用。然而，PDI也可以从处于疾病状态下或组织损伤后的细胞释放出来，并对病理过程有贡献。已表明PDI与癌症、神经变性疾病、传染病和血栓栓塞有关。在血栓栓塞性疾病的情况下，PDI从活化的血小板和内皮细胞释放出来，并可能通过氧化、还原或异构化来调节许多细胞外凝血底物，如XI因子、组织因子、V因子、玻连蛋白、αIIbβ3和αVβ3。在血栓形成的几种不同动物模型中，利用封闭抗体或小分子的靶向PDI活性阻止了血管损伤部位处的血小板聚集和纤维蛋白生成。
需要用于鉴定风险患者以及预防和减少静脉或动脉血栓形成事件的另外的方法和组合物，特别是在患有晚期癌症包括实体瘤癌症和血液癌的患者中。
血栓形成是晚期癌症(包括晚期实体瘤癌症以及晚期血液癌)的常见并发症。然而，对将肿瘤进展与凝块形成联系起来的潜在机制知之甚少。
本发明涉及用于在癌症患者中，特别是在晚期癌症患者中，鉴定风险患者和调节血栓形成状况的组合物和方法。尽管本文的各种不同实施方式涉及癌症患者，但所述患者也可以是未患癌症的患者。在某些实施方式中，所述患者具有病毒诱导的血栓形成状况、遗传诱导的血栓形成状况或贫血诱导的血栓形成状况。
本发明的某些实施方式描述了当来自于癌症患者的血浆样品表现出UPR 生物标志物PPIA、EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I、HSP70 和PDIA3(其在来自于晚些时候表现出VTE的晚期癌症患者的血浆样品中升高，与此相比在来自于未表现出VTE的晚期癌症患者的血浆样品中同样的UPR 生物标志物蛋白的水平未升高并因此充当基线参考样品)或其任何组合或子集的水平升高时，将所述患者鉴定为处于血栓形成事件的风险下，其中所述方法还包括通过向所述有风险的癌症患者给药有效量的根据本文描述的任何实施方式的异槲皮素或衍生化合物或槲皮素或槲皮素衍生化合物或芦丁或芦丁衍生化合物，在所述患者中减少或预防血栓的形成。在某些实施方式中，所述癌症患者是正在积极经历癌症治疗的患者，包括接受化学治疗和/或放射和/或免疫疗法和/或细胞疗法。
本发明的某些实施方式描述了当来自于癌症患者的血浆样品表现出UPR 生物标志物PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、 UBE2I和HSP70中的至少一者的水平升高时(其在来自于晚些时候表现出VTE 的晚期癌症患者的血浆样品中升高，与此相比在来自于未表现出VTE的晚期癌症患者的血浆样品中同样的UPR生物标志物蛋白的水平未升高并因此充当基线参考样品)，将所述患者鉴定为处于血栓形成事件的风险下，其中所述方法还包括通过向所述有风险的癌症患者给药有效量的根据本文描述的任何实施方式的异槲皮素或衍生化合物或槲皮素或槲皮素衍生化合物或芦丁或芦丁衍生化合物，在所述患者中减少或预防血栓的形成。在某些实施方式中，所述癌症患者是正在积极经历癌症治疗的患者，包括接受化学治疗和/或放射和/或免疫疗法和/或细胞疗法。
在某些实施方式中，从患有癌症的受试者获得生物组织或体液的样品。在其他实施方式中，可以从任何生物组织获得蛋白质样品。生物组织的示例包括但不限于表皮、全血和血浆。蛋白质样品也可以从任何生物体液获得。体液的示例包括但不限于血浆、唾液和尿液。
在某些实施方式中，根据本文描述的任何方法，所述患者在治疗期间未表现出严重不良事件(3或4级毒性)。
在某些实施方式中，根据本文描述的任何方法，所述患者在治疗期间未表现出原发性静脉血栓栓塞(VTE)。
在某些实施方式中，根据本文描述的任何方法，所述患者在治疗后至少30- 60天未表现出VTE。
在某些实施方式中，根据本文描述的任何方法，所述患者在治疗期间未表现出大出血。
芦丁、槲皮素、异槲皮素和相关衍生物
术语“异槲皮素”、“槲皮素”和“芦丁”是指用于本文所描述的给药的某些活性化合物。
异槲皮素(2-(3，4-二羟基苯基)-5，7-二羟基-3-[(2S，3R，4S，5S，6R)-3，4，5-三羟基 -6-(羟甲基)噁烷-2-基]氧基色烯-4-酮)是具有下述结构的槲皮素的3-O-葡萄糖苷：
Figure DEST_PATH_GDA0003849897980000131
芦丁(2-(3，4-二羟基苯基)-5，7-二羟基-3-[α-L-吡喃鼠李糖基-(1→6)-β-D-吡喃葡萄糖基氧基]-4H-色烯-4-酮)是具有下述结构的另一种常用糖苷，其具有附连到槲皮素的3O位置处的二糖芦丁糖(α-L-吡喃鼠李糖基-(1→6-β-D- 吡喃葡萄糖))：
Figure DEST_PATH_GDA0003849897980000132
槲皮素的特征在于具有下述结构：
Figure DEST_PATH_GDA0003849897980000133
在本文描述的实施方式中，活性化合物可以包括槲皮素或槲皮素衍生物，例如：槲皮素-5-O-葡萄糖苷，槲皮素-7-O-葡萄糖苷，槲皮素-9-O-葡萄糖苷，槲皮素-3-O-[α-鼠李糖基-(1→2)-α-鼠李糖基-(1→6)]-β-葡萄糖苷，槲皮素-3-O-半乳糖苷，槲皮素-7-O-半乳糖苷，槲皮素-3-O-鼠李糖苷，异槲皮素，芦丁和槲皮素 -7-O-半乳糖苷。在消化后，槲皮素衍生物在体内被转变成槲皮素糖苷配基和/或其他活性衍生物，包括在体内被吸收的甲基化、硫酸化和葡萄糖酸化形式。
在本文描述的某些实施方式中，所述用于本发明的方法的化合物是异槲皮素或槲皮素。在某些实施方式中，所述化合物是异槲皮素。在某些实施方式中，所述化合物是芦丁。适合的偶联物或衍生物包括甲基化物、硫酸酯和葡萄糖苷酸。
在本文描述的任何实施方式中，所述槲皮素或槲皮素衍生物可以以纯形式或作为混合物(例如植物提取物)中的成分添加到所述组合物。可商购的槲皮素的示例包括来自于Quercegen Pharmaceuticals LLC(Boston,Mass.)的QU995 (含有99.5％的槲皮素)和QU985含有98.5％的槲皮素)。可商购的异槲皮素化合物的示例包括可以从QuercegenPharmaceuticals LLC获得的ISQ 995AN(99.5％纯的全天然异槲皮素)和ISQ 995CIT(99.5％纯的异槲皮苷)。其他方法和异槲皮素组合物可以在通过参考并入本文的美国专利号7,745,486和7,745,487中找到。
根据本文描述的任何实施方式，所述异槲皮素、槲皮素或芦丁组合物或其任何衍生物可以通过口服或肠胃外(例如肌肉内、腹膜内、静脉内、ICV、脑池内注射或输注、皮下注射或植入)剂型给药，并且可以单独地或一起配制在含有适合于每种给药途径的常规无毒可药用载体、佐剂和介质的适合的剂量单元剂型中。本文描述的化合物和组合物也可以配制成受控释放剂型。
根据本文描述的任何实施方式，所述异槲皮素、槲皮素或芦丁组合物或其任何衍生物可以在广范围的剂型中给药，包括例如固体剂型和液体剂型。固体剂型可以包括粉剂、片剂、丸剂、胶囊、栓剂或可分散颗粒剂。固体载体可以是一种或多种起到稀释剂、调味添加剂、溶剂、润滑剂、悬浮剂、粘合剂、防腐剂、片剂崩解物质或包封剂作用的物质。在粉末形式下，所述载体可以是与适量的活性成分混合的精细粉碎的固体，包括乳糖、羟丙基甲基纤维素和PVP。适用于粉剂和片剂形式的载体包括例如碳酸镁、硬脂酸镁、滑石、糖、乳糖、果胶、糊精、硬化剂、明胶、黄蓍胶、甲基纤维素和羧甲基纤维素钠。
液体剂型包括例如溶液、悬液和乳液。还包括意在即将摄入之前转变成液体形式的采取固体形式的组合物。除了活性成分之外，这些形式还可以包含人造着色剂、调味剂、稳定剂、缓冲剂、天然或人造甜味剂、分散剂、增稠剂、溶解剂等。
溶液或混合物可使用常规手段(例如滴剂或喷雾剂)直接给药到鼻腔。所述组合物可以以单剂或多剂形式生产。多剂形式将包括递送预定体积的组合物的滴管、移液管或雾化器。
根据本文描述的任何实施方式，所述异槲皮素、槲皮素或芦丁组合物或其任何衍生物可以被提供在含有适量活性成分的单个剂量单元中。
单个剂量可以被提供在包装中或作为试剂盒提供，所述试剂盒包括测量装置，例如用于测量口服或注射剂量的装置(即量杯、针头或注射器)。所述试剂盒还可以包括其他材料，例如缓冲液、稀释剂、过滤器和带有使用说明的包装插页。所述试剂盒上可能存在标签，指示所述组合物用于特定疗法，也可能指示使用说明。
如果需要，本发明的组合物还可以包含一种或多种另外的活性药剂。在适合情况下，任何活性药剂可以以化合物本身的形式和/或以盐、多晶型物、酯、酰胺、前体药物、衍生物等的形式给药，只要所述盐、多晶型物、酯、酰胺、前体药物或衍生物在药理学上是适合的。在合适情况下，所述活性药剂的盐、酯、酰胺、前体药物和其他衍生物可以使用合成有机化学领域的技术人员已知，并且描述在例如J.March，《高等有机化学：反应、机理和结构》(Advanced Organic Chemistry:Reactions,Mechanisms and Structure)第4版(NewYork: Wiley-Interscience,1992)中的标准程序来制备。对于可能以对映体形式存在的任何活性药剂来说，所述活性药剂可以作为外消旋体或以对映体富集的形式并入到本发明的组合物中。
在某些实施方式中，根据所描述的任何实施方式，待给药的异槲皮素、槲皮素或芦丁组合物或其任何衍生物的剂量将取决于待治疗的病症、具体化合物和其他临床因素例如待治疗的受试者的年龄、性别、体重和健康、化合物的给药途径以及待给药的组合物的类型(片剂、凝胶帽、胶囊、溶液、悬液、吸入剂、气溶胶、酏剂、锭剂、注射剂、贴片、软膏、霜剂等)。应该理解，本公开可应用于人类和动物使用。根据所描述的任何实施方式，使用治疗所需的槲皮素或槲皮素衍生物的量最终由主治医师或临床医师酌情决定。
在某些实施方式中，所述异槲皮素、槲皮素或芦丁组合物或其任何适合的衍生物可以在软咀嚼组合物中，该软咀嚼组合物包含异槲皮素、槲皮素或芦丁或其适合的衍生物、烟酰胺、抗坏血酸、抗坏血酸钠、叶酸、糖、玉米糖浆、三氯蔗糖、大豆卵磷脂、向日葵卵磷脂、玉米淀粉、甘油、棕榈油、木糖醇、卡拉胶、FD&C黄#6、FD&C黄#5或天然或人造调味剂。任选地，本文描述的任何槲皮素、槲皮素衍生物、异槲皮素、异槲皮素衍生物或芦丁或芦丁衍生物组合物还可以包含诸如维生素B3、维生素C和/或叶酸的组。示例性的软咀嚼组合物(5.15g)包含250mg异槲皮素、12.9mg维生素B3(即烟酰胺)和382.8 mg维生素C(即L-抗坏血酸和抗坏血酸钠)。在其他示例性实施方式中，示例性软咀嚼物的组分相同，区别在于活性药剂被500mg或1000mg异槲皮素代替。例如，受试者可以每天服用1至8份(例如4份)这种软咀嚼组合物。服用的量可以根据例如待治疗的障碍或病症以及受试者的身体状态而变。这种软咀嚼物的另一种示例性组合物包含每个咀嚼物5.25wt％的槲皮素、0.25wt％的维生素B3和7.81wt％的维生素C(即L-抗坏血酸和抗坏血酸钠)以及200μg 的叶酸。
在某些实施方式中，所述异槲皮素、槲皮素或芦丁在包含维生素B3的组合物中给药，并且所述组合物任选地还包含维生素C，任选地还包含叶酸。
在某些实施方式中，所述异槲皮素、槲皮素或芦丁在包含约20微克至约3 克维生素B3的组合物中给药，并且所述组合物任选地还包含约200微克至约3 克维生素C，任选地还包含1000微克至约3000微克叶酸(例如叶酸盐)。
当上述组合物采取粉剂形式时，它可以被方便地用于制备饮料、糊剂、果冻、胶囊或片剂。乳糖和玉米淀粉通常用作胶囊的稀释剂和片剂的载体。诸如硬脂酸镁的润滑剂，通常包含在片剂中。
可以通过使用某些添加剂来改进上述胶囊或片剂制剂中异槲皮素、槲皮素或芦丁的口服生物可利用度。例如，胶囊或片剂可以包含酸处理的明胶、柠檬酸盐、氢氧化钾和/或环糊精。每mg的异槲皮素、槲皮素或芦丁的这些添加剂的优选量是0.01-0.5mg氢氧化钾、0.01-0.7mg酸处理的明胶、0.1-1mg柠檬酸盐和0.01-1mg环糊精。在添加剂存在下，异槲皮素、槲皮素或芦丁在水溶液中可以具有2-5％的溶解度。此外，具有改进的口服生物可利用度的含异槲皮素、槲皮素或芦丁的制剂的pH可以在pH 7至pH 12之间。
在本发明的方法中给药的异槲皮素、槲皮素或芦丁组合物可以是膳食补充剂或药物制剂。作为膳食补充剂，可以包括额外的营养素例如矿物质或氨基酸。药物制剂可以是含有所述异槲皮素、槲皮素或芦丁组合物以及可药用赋形剂的无菌可注射或可输注溶液。所述异槲皮素、槲皮素或芦丁组合物也可以是食品。当在本文中使用时，术语“食物”泛指用于营养人类和动物、维持正常或加速生长或维持耐力或警觉性的任何种类的液体和固体/半固体材料。人类食品的示例包括但不限于基于茶的饮料、果汁、咖啡、牛奶、果冻、饼干、谷类食品、巧克力、零食棒、草药提取物、乳制品(例如冰淇淋和酸奶)、豆制品(如豆腐)和大米制品。
作为本发明的组合物中的活性成分的化合物的剂量可以改变，以便获得适合的剂型。所述活性成分可以以提供最佳药效的剂量给药到需要这种治疗的患者(动物和人类)。所选的剂量取决于所需的治疗效果、给药途径和治疗持续时间。根据疾病的性质和严重程度、患者的体重、随后患者遵循的特殊饮食、同时用药以及本领域技术人员将会认识到的其他因素，剂量将随患者而异。
在某些实施方式中，所述治疗有效量将为每天约500mg直至5克。在某些其他实施方式中，所述治疗有效量将为约4克或3克或甚至2克。在某些实施方式中，所述治疗有效量将为每天约500mg至约2000mg。
在某些实施方式中，所述治疗有效量在下述下限和上限之间，所述下限为约500mg/天、约525mg/天、约550mg/天、约575mg/天、约600mg/天、约 625mg/天、约650mg/天、约675mg/天、约700mg/天、约725mg/天、约750 mg/天、约775mg/天、约800mg/天、约825mg/天、约850mg/天、约875mg/ 天、约900mg/天、约925mg/天、约950mg/天、约975mg/天、约1000mg/天、约1025mg/天、约1050mg/天、约1075mg/天、约1100mg/天、1125mg/天、约1150mg/天、约1175mg/天、约1200mg/天、1225mg/天、约1250mg/天、约1275mg/天、约1300mg/天、1325mg/天、约1350mg/天、约1375mg/天、约1400mg/天、1425mg/天、约1450mg/天、约1475mg/天、约1500mg/天、约1525mg/天、约1550mg/天、约1575mg/天、约1600mg/天、约1625mg/天、约1650mg/天、约1675mg/天、约1700mg/天、约1725mg/天、约1750mg/天、约1775mg/天、约1800mg/天、约1825mg/天、约1850mg/天、约1875mg/天、约1900mg/天、约1925mg/天、约1950mg/天、约1975mg/天、约2000mg/天、约2025mg/天、约2050mg/天、约2075mg/天、约2100mg/天、2125mg/天、约2150mg/天、约2175mg/天、约2200mg/天、2225mg/天、约2250mg/天、约2275mg/天、约2300mg/天、2325mg/天、约2350mg/天、约2375mg/天、约2400mg/天、2425mg/天、约2450mg/天、约2475mg/天、约2500mg/天、约2525mg/天、约2550mg/天、约2575mg/天、约2600mg/天、约2625mg/天、约2650mg/天、约2675mg/天、约2700mg/天、约2725mg/天、约2750mg/天、约2775mg/天、约2800mg/天、约2825mg/天、约2850mg/天、约2875mg/天、约2900mg/天、约2925mg/天、约2950mg/天、约2975mg/天、约3000mg/天、约3025mg/天、约3050mg/天、约3075mg/天、约3100mg/天、3125mg/天、约3150mg/天、约3175mg/天、约3200mg/天、3225mg/天、约3250mg/天、约3275mg/天、约3300mg/天、3325mg/天、约3350mg/天、约3375mg/天、约3400mg/天、3425mg/天、约3450mg/天、约3475mg/天、约3500mg/天、约3525mg/天、约3550mg/天、约3575mg/天、约3600mg/天、约3625mg/天、约3650mg/天、约3675mg/天、约3700mg/天、约3725mg/天、约3750mg/天、约3775mg/天、约3800mg/天、约3825mg/天、约3850mg/天、约3875mg/天、约3900mg/天、约3925mg/天、约3950mg/天、约3975mg/天、约4000mg/天、约4025mg/天、约4050mg/天、约4075mg/天、约4100mg/天、4125mg/天、约4150mg/天、约4175mg/天、约4200mg/天、4225mg/天、约4250mg/天、约4275mg/天、约4300mg/天、4325mg/天、约4350mg/天、约4375mg/天、约4400mg/天、4425mg/天、约4450mg/天、约4475mg/天、约4500mg/天、约4525mg/天、约4550mg/天、约4575mg/天、约4600mg/天、约4625mg/天、约4650mg/天、约4675mg/天、约4700mg/天、约4725mg/天、约4750mg/天、约4775mg/天、约4800mg/天、约4825mg/天、约4850mg/天、约4875mg/天、约4900mg/天、约4925mg/天、约4950mg/天、约4975mg/天和约5000mg/天；所述上限为约5000mg/天、约4975mg/天、约4950mg/天、约4925mg/天、约 4900mg/天、约4875mg/天、约4850mg/天、约4825mg/天、约4800mg/天、约4775mg/天、约4750mg/天、约4725mg/天、约4700mg/天、约4675mg/天、约4650mg/天、约4625mg/天、约4600mg/天、约4575mg/天、约4550mg/天、约4525mg/天、约4500mg/天、4475mg/天、约4450mg/天、约4425mg/天、约4400mg/天、约4375mg/天、约4350mg/天、约4325mg/天、约4300mg/天、约4275mg/天、约4250mg/天、约4225mg/天、约4200mg/天、约4175mg/天、约4150mg/天、约4125mg/天、约4100mg/天、约4075mg/天、约4050mg/天、约4025mg/天、约4000mg/天、3975mg/天、约3950mg/天、约3925mg/天、约3900mg/天、约3875mg/天、约3850mg/天、约3825mg/天、约3800mg/天、约3775mg/天、约3750mg/天、约3725mg/天、约3700mg/天、约3675mg/天、约3650mg/天、约3625mg/天、约3600mg/天、约3575mg/天、约3550mg/天、约3525mg/天、约3500mg/天、3475mg/天、约3450mg/天、约3425mg/天、约3400mg/天、约3375mg/天、约3350mg/天、约3325mg/天、约3300mg/天、约3275mg/天、约3250mg/天、约3225mg/天、约3200mg/天、约3175mg/天、约3150mg/天、约3125mg/天、约3100mg/天、约3075mg/天、约3050mg/天、约3025mg/天、约3000mg/天、2975mg/天、约2950mg/天、约2925mg/天、约2900mg/天、约2875mg/天、约2850mg/天、约2825mg/天、约2800mg/天、约2775mg/天、约2750mg/天、约2725mg/天、约2700mg/天、约2675mg/天、约2650mg/天、约2625mg/天、约2600mg/天、约2575mg/天、约2550mg/天、约2525mg/天、约2500mg/天、2475mg/天、约2450mg/天、约2425mg/天、约2400mg/天、约2375mg/天、约2350mg/天、约2325mg/天、约2300mg/天、约2275mg/天、约2250mg/天、约2225mg/天、约2200mg/天、约2175mg/天、约2150mg/天、约2125mg/天、约2100mg/天、约2075mg/天、约2050mg/天、约2025mg/天、约2000mg/天、1975mg/天、约1950mg/天、约1925mg/天、约1900mg/天、约1875mg/天、约1850mg/天、约1825mg/天、约1800mg/天、约1775mg/天、约1750mg/天、约1725mg/天、约1700mg/天、约1675mg/天、约1650mg/天、约1625mg/天、约1600mg/天、约1575mg/天、约1550mg/天、约1525mg/天、约1500mg/天、1475mg/天、约1450mg/天、约1425mg/天、约1400mg/天、约1375mg/天、约1350mg/天、约1325mg/天、约1300mg/天、约1275mg/天、约1250mg/天、约1225mg/天、约1200mg/天、约1175mg/天、约1150mg/天、约1125mg/天、约1100mg/天、约1075mg/天、约1050mg/天、约1025mg/天、约1000mg/天、约975mg/天、约950mg/天、约925mg/天、约900mg/天、约875mg/天、约850mg/天、约825mg/天、约800mg/天、约 775mg/天、约750mg/天、约725mg/天、约700mg/天、约675mg/天、约650 mg/天、约625mg/天、约600mg/天、约575mg/天、约550mg/天、约525mg/ 天和约500mg/天。
所述化合物可以以每天1至4次例如每天1次、2次、3次或4次的方案给药。
评估了在癌症患者中给药异槲皮素以减少高凝状态的功效(参见Zwicker 等，JCIInsight.2019；4(4):e125851，以及Clinicaltrials.gov NCT02195232)。静脉血栓栓塞(VTE)常见于癌症患者中，并且是该群体中死亡的主要原因。在高危癌症患者中，尤其是在实施针对深静脉血栓形成的放射学方案驱动的监测的情况下，在化疗的最初几个月内VTE的发生率通常超过20％。癌症患者的出血风险也提高，这限制了在接受化疗的癌症门诊患者中采用常规初级血栓预防。开发在不提高大出血风险的情况下降低VTE发生率的诊断和治疗方法将广泛影响晚期恶性肿瘤患者以及任何癌症患者的护理。
当在本文中使用时，癌症的类型可以选自雌激素受体依赖性乳腺癌、雌激素受体非依赖性乳腺癌、激素受体依赖性前列腺癌、激素受体非依赖性前列腺癌、脑癌、肾癌、成胶质细胞瘤、结肠癌、家族性腺瘤性息肉病(FAP)、结直肠癌、胰腺癌、膀胱癌、食道癌、胃癌、泌尿生殖系统癌、胃肠道癌、子宫癌、卵巢癌、星形细胞瘤、神经胶质瘤、皮肤癌、鳞状细胞癌、角化棘皮瘤、Bowen 病、皮肤T细胞淋巴瘤、黑素瘤、基底细胞癌、光化性角化病、鱼鳞病、痤疮、寻常痤疮、肉瘤、卡波西肉瘤、骨肉瘤、头颈癌、小细胞肺癌、非小细胞肺癌、白血病、淋巴瘤和/或其他血细胞癌。
将从本文描述的方法获益的其他癌症包括与某些病毒相关的癌症(并且包括在病毒感染期间改善癌前状况)。此类病症包括与人类T细胞白血病病毒类型、也被称为人类嗜T淋巴细胞病毒(HTLV-1)相关的病症，所述病毒与成人 T细胞白血病/淋巴瘤有关。另一种此类癌症包括与人乳头瘤病毒(HPV)相关的癌症，所述病毒至少有12个株系可导致男性和女性癌症，包括肛门癌、宫颈癌、阴茎癌、咽喉癌、阴道癌和外阴癌。其他病症包括与人类疱疹病毒8(HHV- 8)相关的病症，所述病毒与免疫系统弱化的人(例如HIV患者)中的卡波西肉瘤有关。同样，存在大量与HIV相关的癌症，据信HIV会损害免疫系统并降低针对其他肿瘤病毒的防御力。与HIV相关的癌症包括卡波西肉瘤、非霍奇金淋巴瘤和霍奇金淋巴瘤、宫颈癌以及肛门癌、肝癌、口腔癌、咽喉癌和肺癌。此外，丙型肝炎是肝癌的主要原因，并且可以导致非霍奇金淋巴瘤，因此可以从本文描述的方法获益。类似地，乙型肝炎是肝癌的主要原因，并且这些病症可以从本文描述的方法获益。最后，Epstein-Barr病毒(EBV)感染提高伯基特淋巴瘤、某些类型的霍奇金和非霍奇金淋巴瘤和胃癌的风险，这些疾病也可以从本文描述的方法获益。
在某些实施方式中，所述癌症是转移性癌症。“转移性癌症”是可以形成或经常形成转移的癌症。已经从它开始的身体部位即原发部位扩散到身体其他部位的转移性癌症也称为转移癌。当癌细胞从肿瘤脱离时，它们可以通过血液或淋巴系统移动到身体的其他区域。然后，这些癌细胞可能在身体的其他区域形成新的肿瘤。
在某些实施方式中，所述癌症是转移性癌症，其选自转移形式的霍奇金淋巴瘤、结直肠癌、宫颈癌、肺癌、皮肤癌如鳞状细胞癌或基底细胞癌、头颈癌、胃癌、胰腺癌、头颈部鳞状细胞癌和乳腺癌。
在某些实施方式中，所述转移癌是结直肠癌、胰腺癌或非小细胞肺癌。
在某些实施方式中，根据美国癌症联合委员会(American Joint Committee onCancer)的癌症分期系统的TNM解剖/预后组系统，所述癌症可分类为III期或IV期。在附加的实施方式中，根据美国癌症联合委员会的癌症分期系统的 TNM解剖/预后组系统，所述癌症可分类为IV期。
在某些实施方式中，所述癌症是转移性癌症，其选自转移形式的霍奇金淋巴瘤、结直肠癌、宫颈癌、肺癌、皮肤癌如鳞状细胞癌或基底细胞癌、头颈癌、胃癌、胰腺癌和乳腺癌，其中根据美国癌症联合委员会的癌症分期系统的TNM 解剖/预后组系统(第7版，2010，Springer)，所述转移性癌症可分类为IV期。
在某些实施方式中，所述异槲皮素、槲皮素或芦丁组合物与UPR生物标志物组的检测组合使用，用于减少或预防血栓形成状况，并且与其他治疗组合使用，用于在癌症患者、包括具有已经形成的转移的患者中治疗癌症，例如在哺乳动物、通常为人类受试者中治疗转移形式的霍奇金淋巴瘤、结直肠癌、宫颈癌、头颈癌、胃癌、非小细胞肺癌、胰腺癌和乳腺癌。在其他实施方式中，所述异槲皮素、槲皮素或芦丁组合物用于没有转移癌，而是只在原发部位处表现出癌症的患者中。此外，预期本文描述的方法和治疗将有效地治疗任何实体癌或血细胞癌，因为所有患有这些癌症的患者不论是否转移，都将从血浆PDI和 /或可溶性P选择素的水平降低获益，并且此外将从诊断、监测、减少或消除静脉血栓栓塞(VTE)或其他血栓形成状况而不提高大出血风险中获益。应该指出，癌症患者通常表现出高水平的可溶性P选择素，并因此处于发生静脉血栓栓塞(VTE)和相关血栓形成状况的高风险中。因此在某些实施方式中，所述 UPR生物标志物组与高水平的可溶性P选择素的组合可能是鉴定处于血栓形成事件风险中的癌症患者的有用的筛选工具，对于所述患者来说预防性治疗将是有益的。
在本发明的优选实施方式中，与UPR生物标志物蛋白PPIA、EIF5A、EIF4H、 EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I、HSP70和PDIA3(其在来自于晚些时候表现出VTE的晚期癌症患者的血浆样品中升高，与此相比在来自于未表现出VTE 的晚期癌症患者的血浆样品中同样的UPR生物标志物蛋白的水平未升高并因此充当基线参考样品)或其任何子集或组合并与任选的一种或多种其他生物标志物特异性结合的试剂，被固定化在固相支持物例如聚苯乙烯表面上。本发明的优选实施方式提供了一种蛋白质微阵列或蛋白质阵列装置，用来同时结合并定量用于评估血栓形成状况风险的标志物组。所述蛋白质阵列装置由结合到支持材料上的限定点位的分子(捕获剂)构成。将优选地生物素化的特异性结合试剂作为非常小的点结合在用链霉亲和素包被的固相上。然后将所述阵列暴露于样品。例如抗体的捕获剂能够结合来自于所述生物样品的感兴趣的蛋白质。然后通过对由每个点产生的信号进行定量，可以监测所述特异性分析物蛋白与单个点的结合。
在本发明的另一个优选实施方式中，与UPR生物标志物蛋白PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者(其在来自于晚些时候表现出VTE的晚期癌症患者的血浆样品中升高，与此相比在来自于未表现出VTE的晚期癌症患者的血浆样品中同样的UPR生物标志物蛋白的水平未升高并因此充当基线参考样品)并与任选的一种或多种其他生物标志物特异性结合的试剂，被固定化在固相支持物例如聚苯乙烯表面上。本发明的优选实施方式提供了一种蛋白质微阵列或蛋白质阵列装置，用来同时结合并定量用于评估血栓形成状况风险的标志物组。所述蛋白质阵列装置由结合到支持材料上的限定点位的分子(捕获剂)构成。将优选地生物素化的特异性结合试剂作为非常小的点结合在用链霉亲和素包被的固相上。然后将所述阵列暴露于样品。例如抗体的捕获剂能够结合来自于所述生物样品的感兴趣的蛋白质。然后通过对由每个点产生的信号进行定量，可以监测所述特异性分析物蛋白与单个点的结合。
在又一个实施方式中，本发明涉及一种蛋白质阵列装置，其至少包含用于测量UPR生物标志物表达水平的适合的特异性结合配偶体和任选的可用于评估癌症患者(特别是晚期癌症患者)中的血栓形成状况风险的一种或多种其他标志物的适合的特异性结合配偶体。
本领域中常用的用于检测血浆样品中的蛋白质表达水平的适合的免疫测定法包括例如但不限于western印迹、免疫沉淀、酶联免疫吸附测定法(ELISA)、放射免疫测定法(RIA)、荧光活化细胞分拣(FACS)、免疫放射测定法、凝胶扩散沉淀反应、免疫扩散测定法、原位免疫测定法、成像质谱流式细胞术、补体结合测定法和免疫电泳测定法。根据本公开的这一方面，可以将在患者样品(来自于癌症患者)中测量到的UPR生物标志物表达水平进一步与在基线、参考或对照样品中测量到的UPR生物标志物蛋白质表达水平，例如来自于至少8周未表现出VTE或其他血栓形成状况的癌症患者的PPIA、EIF5A、EIF4H、 EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I、HSP70和PDIA3的任何组合或子集和任选的P选择素的水平进行比较；并且当PPIA、EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、 UBE2L3、UBE2I、HSP70和PDIA3的任何组合或子集和任选的P选择素升高到超过所述基线、对照或参考水平时，将所述患者诊断为具有血栓形成事件的风险。
本领域中常用的用于检测血浆样品中的蛋白质表达水平的适合的免疫测定法包括例如但不限于western印迹、免疫沉淀、酶联免疫吸附测定法(ELISA)、放射免疫测定法(RIA)、荧光活化细胞分拣(FACS)、免疫放射测定法、凝胶扩散沉淀反应、免疫扩散测定法、原位免疫测定法、成像质谱流式细胞术、补体结合测定法和免疫电泳测定法。根据本公开的这一方面，可以将在患者样品(来自于癌症患者)中测量到的UPR生物标志物表达水平进一步与在基线、参考或对照样品中测量到的UPR生物标志物蛋白质表达水平，例如来自于至少8周未表现出VTE或其他血栓形成状况的癌症患者的PPIA，PDIA3，以及EIF5A、 EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者和任选的P 选择素的水平进行比较；并且当PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、 UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者和任选的P选择素升高到超过所述基线、对照或参考水平时，将所述患者诊断为具有血栓形成事件的风险。
在另一个实施方式中，所述UPR生物标志物表达水平使用一维和二维电泳凝胶分析、高效液相色谱(HPLC)、反相HPLC、快速蛋白质液相色谱(FPLC)、质谱(MS)、串联质谱、液晶-MS(LC-MS)表面增强激光解吸/电离(SELDI)、 MALDI和/或蛋白质测序来测量。
根据本公开的某些方面，所述UPR生物标志物表达水平，特别是在血浆样品中的表达水平，也可以或可选地通过使用核酸检测测定法检测和定量相应的 UPR生物标志物组的核酸水平来测量。在一个实施方式中，测量了RNA例如 mRNA水平。优选地将RNA反转录以合成互补DNA(cDNA)，然后将其扩增并检测或直接检测。测量检测到的cDNA，并将cDNA水平用作样品中存在的 RNA或mRNA水平的指示物。反转录可以单独地或与扩增步骤相组合来进行，例如反转录聚合酶链反应(RT-PCR)，其可以被进一步改良成定量的，例如定量RT-PCR，正如在整体通过参考并入本文的美国专利号5,639,606中所描述的。
在分析之前或为了分析从血浆样品提取RNA，可能是有益的或以其他方式合乎需要的。可以从所述样品中分离RNA分子并使用本领域公知的任何程序来量化其浓度(即总RNA)，特定提取程序基于特定生物样品来选择。在某些情况下，使用某些技术，也可能可以在不从样品提取的情况下分析核酸。
在一个实施方式中，不使用扩增步骤直接分析mRNA。直接分析可以使用不同方法来进行，包括但不限于纳米串珠(nanostring)技术(Geiss等，使用颜色编码的探针对进行基因表达的直接多重测量(Direct Multiplexed Measurement of Gene Expression withColor-Coded Probe Pairs)，Nat Biotechnol 26(3):317-25 (2008))。纳米串珠技术通过将颜色编码的荧光报告物附连到每个靶分子，能够鉴定和定量生物样品中的单个靶分子。这种方法类似于通过扫描条形码测量库存的概念。报告物可以使用数百甚至数千个不同的代码制造，允许进行高度复用分析。在另一个实施方式中，直接分析可以使用免疫组织化学技术来进行。
在另一个实施方式中，在检测/分子之前反转录并扩增RNA可能是有益的或在其他方面合乎需要的。核酸扩增、包括定量扩增的方法，在本领域中是常用且公知的。定量扩增允许对细胞中RNA的相对量进行定量测定。
核酸扩增方法包括但不限于聚合酶链反应(PCR)(整体通过参考并入本文的美国专利号5,219,727)及其变化形式，例如原位聚合酶链反应(整体通过参考并入本文的美国专利号5,538,871)、定量聚合酶链反应(整体通过参考并入本文的美国专利号5,219,727)、嵌套聚合酶链反应(美国专利号5,556,773)、自我维持序列复制及其变化形式(Guatelli等，在反转录病毒复制后通过模拟的多酶反应进行的核酸等温体外扩增(Isothermal,Invitro Amplification of Nucleic Acids by a Multienzyme Reaction Modeled afterRetroviral Replication)，Proc Natl Acad Sci USA 87(5):1874-8(1990)，其整体通过参考并入本文)、转录扩增及其变化形式(Kwoh等，使用基于珠子的夹心杂交格式的基于转录的扩增系统和扩增的1型人免疫缺陷病毒的检测(Transcription-based AmplificationSystem and Detection of Amplified Human Immunodeficiency Virus type 1with aBead-Based Sandwich Hybridization Format)，Proc Natl Acad Sci USA 86(4):1173-7(1989)，其整体通过参考并入本文)、Qb复制酶及其变化形式(Miele等，重组RNA的自催化复制(Autocatalytic Replication of a Recombinant RNA)，J Mol Biol 171(3): 281-95(1983)，其整体通过参考并入本文)、冷PCR(Li等，用COLD-PCR代替PCR富集了变体DNA序列并重新定义了基因检测的灵敏度(Replacing PCR with COLD-PCR Enriches Variant DNASequences and Redefines the Sensitivity of Genetic Testing)，Nat Med 14(5):579-84(2008),其整体通过参考并入本文)或本领域中已知的任何其他核酸扩增方法。取决于所采用的扩增技术，在扩增期间(例如实时PCR)或在扩增之后，使用本领域技术人员已知的检测技术来检测扩增的分子。适合的核酸检测测定法包括例如但不限于northern印迹、微阵列、基因表达系列分析(SAGE)、下一代RNA测序(例如深度测序、全转录组测序、外显子组测序)、通过大规模平行签名测序(MPSS)进行的基因表达分析、免疫衍生比色测定和质谱(MS)方法(例如
Figure BDA0003784264410000251
系统)。
本文提供的某些实施方式包括一种确定癌症患者的血栓形成事件风险的方法，所述方法包括：在癌症患者的样品中检测PPIA，PDIA3，以及EIF5A、 EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者的水平与 PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70 中的至少一者的基线、参考或对照水平相比的提高；并且当PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者升高到超过基线、对照或参考水平时，将所述患者诊断为具有血栓形成事件的风险。
本文提供的其他实施方式包括一种诊断和治疗癌症患者的血栓形成状况的方法，所述方法包括下述步骤：a.在癌症患者的样品中检测PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者的水平与PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、 UBE2I和HSP70中的至少一者的基线、参考或对照水平相比的提高；b.当PPIA， PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者升高到超过基线、对照或参考水平时，将所述患者诊断为具有血栓形成状况的风险；以及c.用有效量的异槲皮素和任选的抗血栓形成药剂治疗所述风险患者。
本文提供的其他实施方式包括一种监测正经历治疗的癌症患者的血栓形成状况风险的方法，所述方法包括下述步骤：a.在所述癌症患者的样品中检测 PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70 中的至少一者的水平与PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、 UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者的基线、参考或对照水平相比的提高； b.当PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I 和HSP70中的至少一者升高到超过基线、对照或参考水平时，将所述患者诊断为具有血栓形成状况的风险；和c.用有效量的异槲皮素和任选的抗血栓形成药剂治疗所述风险患者；其中每周、每两周、每月或在整个治疗过程中按指示的时间重复所述监测。
在某些实施方式中，所述患者在治疗期间未表现出严重不良事件(3或4 级毒性)。
在某些实施方式中，所述患者在治疗期间未表现出原发性静脉血栓栓塞 (VTE)。
在某些实施方式中，所述患者在治疗期间未表现出大出血。
本文提供的其他实施方式包括一种试剂盒，其包含包括PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者的生物标志物组，用于在需要的患者中诊断血栓形成状况。
本文提供的其他实施方式包括一种试剂盒，其包含：(a)用多克隆抗体或单克隆抗体包被的固相支持物，其中所述抗体包括特异性针对PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者的抗体；(b)多克隆或单克隆抗体-底物偶联物，其中所述底物包含显色试剂或荧光试剂，并且其中所述偶联物与(a)的抗体具有反应性；和(c)作为抗原标准品的PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者。
在某些实施方式中，所述(a)的抗体还包括特异性针对可溶性P选择素的抗体。
在某些实施方式中，所述固相支持物是微量滴定板或膜。在某些实施方式中，所述固相支持物是珠子或粒子。在某些实施方式中，所述试剂盒是ELISA 试剂盒。在某些实施方式中，所述固相支持物是微珠阵列。
本文提供的其他实施方式包括一种测定血清或血浆样品中的PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者的方法，所述方法包括将所述样品与本文描述的试剂盒的固相支持物和偶联物接触；其中所述固相支持物包括微量滴定板，其中所述偶联物包含碱性磷酸酶，其中所述显色试剂包括对硝基苯基磷酸盐；并测定所述偶联物与所述样品的反应。
本文提供的其他实施方式包括一种在从人类受试者获得的生物体液样品中测定标志物的组合的方法，所述方法包括通过将所述样品与本文描述的试剂盒的固相支持物接触来进行免疫测定。
在某些实施方式中，所述免疫测定是ELISA。在某些实施方式中，所述固相支持物是微珠阵列。在某些实施方式中，所述样品是血浆或血清。
在某些实施方式中，所述方法还包括将所述样品与所述试剂盒的偶联物接触，并测定所述偶联物与所述样品的反应。
在某些实施方式中，所述方法还包括将所述抗原标准品与所述固相支持物和偶联物接触，并测定所述样品中PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、 UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者相对于所述抗原标准品的相对水平。
本文提供的某些实施方式包括一种确定癌症患者的血栓形成事件风险的方法，所述方法包括：在癌症患者的样品中检测PPIA和PDIA3的水平与PPIA 和PDIA3的基线、参考或对照水平相比的提高；如果PPIA和PDIA3升高到超过基线、对照或参考水平，则在所述癌症患者的样品中检测EIF5A、EIF4H、 EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者的水平与EIF5A、 EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者的基线、参考或对照水平相比的提高；以及当PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、 UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者升高到超过基线、对照或参考水平时，将所述患者诊断为具有血栓形成事件的风险。
本文提供的其他实施方式包括一种诊断和治疗癌症患者的血栓形成状况的方法，所述方法包括下述步骤：a.在癌症患者的样品中检测PPIA和PDIA3 的水平与PPIA和PDIA3的基线、参考或对照水平相比的提高；如果PPIA和 PDIA3升高到超过基线、对照或参考水平，则在所述癌症患者的样品中检测 EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者的水平与EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者的基线、参考或对照水平相比的提高；b.当PPIA，PDIA3，以及EIF5A、 EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者升高到超过基线、对照或参考水平时，将所述患者诊断为具有血栓形成事件的风险；和 c.使用有效量的异槲皮素和任选的抗血栓形成药剂治疗所述风险患者。
本文提供的其他实施方式包括一种监测正经历治疗的癌症患者的血栓形成状况风险的方法，所述方法包括下述步骤：a.在癌症患者的样品中检测PPIA 和PDIA3的水平与PPIA和PDIA3的基线、参考或对照水平相比的提高；如果 PPIA和PDIA3升高到超过基线、对照或参考水平，则在所述癌症患者的样品中检测EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者的水平与EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者的基线、参考或对照水平相比的提高；b.当PPIA，PDIA3，以及 EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者升高到超过基线、对照或参考水平时，将所述患者诊断为具有血栓形成事件的风险；和c.使用有效量的异槲皮素和任选的抗血栓形成药剂治疗所述风险患者；其中每周、每两周、每月或在整个治疗过程中按指示的时间重复所述监测。
在某些实施方式中，所述患者在治疗期间未表现出严重不良事件(3或4 级毒性)。
在某些实施方式中，所述患者在治疗期间未表现出原发性静脉血栓栓塞 (VTE)。
在某些实施方式中，所述患者在治疗期间未表现出大出血。设想了本文公开的所有测定法均可采用试剂盒的形式，以备健康护理提供者和/或诊断实验室使用。
用于一种或多种UPR生物标志物的检测和定量的测定法可以被并入到试剂盒中。此类试剂盒包含用于一种或多种UPR生物标志物蛋白或基因(即PPIA， PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者)的探针，用于从生物组织或体液分离和纯化所述蛋白质或核酸的试剂，用于对所述分离和纯化的蛋白质或核酸进行测定的试剂，使用说明书，以及所述包括的蛋白质或基因的参考值或用于在对照样品中获得参考值的手段。
用于针对血栓形成风险和临床表现进行患者分类的优选试剂盒将包含用于来自于UPR生物标志物组的蛋白质或基因(即PPIA，EIF5A，EIF4H、EIF4a3、 UBE2N、UBE2L3、UBE2I、HSP70和PDIA3)的任何组合或子集的探针，和任选的用于进一步检测可溶性P选择素的探针或试剂。
用于针对血栓形成风险和临床表现进行患者分类的优选试剂盒将包含用于来自于UPR生物标志物组的至少两种蛋白质或基因(即PPIA，PDIA3，以及 EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者) 的探针，和任选的用于进一步检测可溶性P选择素的探针或试剂。
在另一个实施方式中，所述试剂盒将包含用于测试UPR生物标志物组(即 PPIA、EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I、HSP70和PDIA3) 水平的提高的试剂。
在另一个实施方式中，所述试剂盒将包含用于测试UPR生物标志物组(即 PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70 中的至少一者)水平的提高的试剂。
这种试剂盒可以包含识别所述感兴趣的肽的抗体，用于从生物组织或体液分离和纯化蛋白质的试剂，用于对所述分离和纯化的蛋白质进行测定的试剂，使用说明书，以及对照样品中肽的量或水平的参考值或用于获得参考值的手段。
用于监测对疾病活动或进展的治疗的另一种试剂盒包括来自于UPR生物标志物组(即PPIA、EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I、HSP70 和PDIA3)的至少一种蛋白质或基因的探针。
用于监测对疾病活动或进展的治疗的另一种试剂盒包括来自于UPR生物标志物组(即PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I 和HSP70中的至少一者)的至少两种蛋白质或基因的探针。
这种试剂盒可以包含识别所述感兴趣的肽的抗体，用于从生物组织或体液分离和/或纯化蛋白质的试剂，用于对所述分离和纯化的蛋白质进行测定的试剂，使用说明书，以及对照样品中肽的量或水平的参考值或用于获得参考值的手段。
这些试剂盒的一个实施方式将具有附连到固态的探针。另一个实施方式将具有采取微阵列格式的探针，其中用于来自于一个或多个基因签名的一个或多个基因的核酸探针将有序排列在表面或基材上。
为了在本文描述的方法中使用，试剂盒可以包含载体、包装或容器，其被分隔以接收一个或多个容器例如小瓶、试管等，每个容器均包含将在所述方法中使用的独立要素之一。所述试剂盒的探针、抗体和其他试剂可以以任何适合的形式提供，包括冷冻、冻干或在可药用缓冲液例如TBS或PBS中。所述试剂盒还可以包括在体外或体内利用所述试剂的其他试剂，例如缓冲剂(即TBS、 PBS)、封闭剂(包含脱脂奶粉、普通血清、吐温-20去污剂、BSA或酪蛋白的溶液)和/或检测试剂(即山羊抗小鼠IgG抗体-生物素、链霉亲和素-HRP偶联物、别藻蓝蛋白、B-藻红蛋白、R-藻红蛋白、过氧化物酶、荧光剂(即DyLight、 Cy3、Cy5、FITC、HiLyte Fluor 555、HiLyte Fluor 647)和/或染色试剂盒(即 ABC染色试剂盒，Pierce))。所述试剂盒还可以包含在上述常用测定法例如液相或气相色谱、光谱法、电化学测定法、流式细胞仪分析、ELISA、免疫印迹 (即western印迹)、免疫细胞化学、免疫组织化学中的其他试剂和/或使用抗体、探针和所述其他试剂的说明书。
在一个实施方式中，所述试剂盒以纯化的形式提供所述试剂。在另一个实施方式中，所述试剂是以生物素化的形式单独或与亲和素偶联的检测试剂(即抗体)一起提供的免疫试剂。在另一个实施方式中，所述试剂盒包含可用于直接检测抗原的荧光标记的免疫试剂。使用这些系统中的任一者所需的缓冲液等在本领域中是公知的，并且可以由终端用户制备或作为试剂盒的组分提供。所述试剂盒还可以包括含有阳性和阴性对照蛋白和/或组织样品的固相支持物。例如，用于执行斑点印迹或western印迹类型的测定法的试剂盒可以包括用于 SDS-PAGE的对照细胞或组织裂解物或含有预先固定的对照样品和用于实验样品的额外空间的尼龙或其他膜。
在某些实施方式中，所述试剂盒通常包含上述容器和一个或多个其他容器，所述其他容器包含从商业和用户角度来看所需的材料，包括缓冲液、稀释剂、过滤器、针头、注射器和带有使用说明的包装插页。此外，可以在容器上提供标签以指示所述组合物用于特定应用，并且还可以指示使用指导，例如上述的使用指导。指导和/或其他信息也可以包含在所述试剂盒随附的插页上。
另一个实施方式提供了一种试剂盒，其包含特异性结合9种UPR生物标志物的组PPIA、EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I、HSP70 和PDIA3，还包含任选的一种或多种另外的标志物(例如可溶性P选择素的抗体)。在一个实施方式中，所述试剂盒还包含在其上固定所述抗体的固相支持物。固相支持物的示例包括但不限于微量滴定板、珠子、膜或本领域技术人员已知的其他支持物。在一个实施方式中，所述抗体通过与固定在所述固相支持物上的抗原的结合而被固定。在一个实施方式中，所述抗体通过与珠子或粒子例如luminex的结合而被固定。在一个实施方式中，所述试剂盒还包含显色底物。
另一个实施方式提供了一种试剂盒，其包含特异性结合UPR生物标志物 PPIA，EIF4H，PDIA3，以及EIF5A、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70 中的至少一者，还包含任选的一种或多种另外的标志物(例如可溶性P选择素的抗体)。在一个实施方式中，所述试剂盒还包含在其上固定所述抗体的固相支持物。固相支持物的示例包括但不限于微量滴定板、珠子、膜或本领域技术人员已知的其他支持物。在一个实施方式中，所述抗体通过与固定在所述固相支持物上的抗原的结合而被固定。在一个实施方式中，所述抗体通过与珠子或粒子例如luminex的结合而被固定。在一个实施方式中，所述试剂盒还包含显色底物。
另一个说明性实施方式是一种ELISA试剂盒，其通过检测血浆或血清中本文所公开的PPIA、EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I、HSP70 和PDIA3水平的提高和/或P选择素水平的提高，在正经历治疗的癌症患者中筛选预测血栓形成状况(例如VTE)的血浆分子谱，所述试剂盒包含：(a)用特异性针对本文公开的PPIA、EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I、 HSP70和PDIA3以及任选的可溶性P选择素的多克隆或单克隆抗体包被的微量滴定板；(b)与本文公开的PPIA、EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、 UBE2I、HSP70和PDIA3以及任选的可溶性P选择素反应的多克隆或单克隆抗体-碱性磷酸酶偶联物；(c)对硝基苯基磷酸盐；和(d)作为抗原标准品的PPIA、 EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I、HSP70和PDIA3。
另一个说明性实施方式是一种ELISA试剂盒，其通过检测血浆或血清中本文所公开的PPIA、PDIA3以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、 UBE2I和HSP70中的至少一者的水平的提高和/或P选择素水平的提高，在正经历治疗的癌症患者中筛选预测血栓形成状况例如VTE的血浆分子谱，所述试剂盒包含：(a)用特异性针对本文公开的PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、 EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者，以及任选的可溶性P选择素的多克隆或单克隆抗体包被的微量滴定板；(b)与本文公开的PPIA， PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者，以及任选的可溶性P选择素反应的多克隆或单克隆抗体-碱性磷酸酶偶联物；(c)对硝基苯基磷酸盐；和(d)作为抗原标准品的PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者。
另一个说明性实施方式是一种ELISA试剂盒，其通过检测血浆或血清中的 PPIA、EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I、HSP70和PDIA3，在患者中筛选与血栓形成状况(例如VTE)相关的血浆分子谱，所述试剂盒包含：(a)用特异性针对PPIA、EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、 UBE2I、HSP70和PDIA3的多克隆或单克隆抗体包被的微量滴定板；(b)与 PPIA、EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I、HSP70和PDIA3 反应的多克隆或单克隆抗体-碱性磷酸酶偶联物；(c)对硝基苯基磷酸盐；和 (d)作为抗原标准品的PPIA、EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I、 HSP70和PDIA3。
另一个说明性实施方式是一种ELISA试剂盒，其通过检测血浆或血清中的PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70 中的至少一者，在患者中筛选与血栓形成状况(例如VTE)相关的血浆分子谱，所述试剂盒包含：(a)用特异性针对PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、 UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者的多克隆或单克隆抗体包被的微量滴定板；(b)与PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、 UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者反应的多克隆或单克隆抗体-碱性磷酸酶偶联物；(c)对硝基苯基磷酸盐；和(d)作为抗原标准品的PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者。
另一个说明性实施方式是一种Luminex试剂盒，其通过检测PPIA、EIF5A、 EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I、HSP70和PDIA3和任选的P选择素，在血浆、血清和/或生物体液中筛选在患者中与血栓形成状况例如VTE相关的分子谱，所述试剂盒包含：(a)用特异性针对PPIA、EIF5A、EIF4H、EIF4a3、 UBE2N、UBE2L3、UBE2I、HSP70和PDIA3以及任选的P选择素的多克隆或单克隆抗体包被的微珠阵列；(b)与PPIA、EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I、HSP70和PDIA3以及任选的P选择素反应的多克隆或单克隆抗体-荧光染料偶联物；和(c)作为抗原标准品的PPIA、EIF5A、EIF4H、 EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I、HSP70和PDIA3以及任选的P选择素。
另一个说明性实施方式是一种Luminex试剂盒，其通过检测PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者和任选的P选择素，在血浆、血清和/或生物体液中筛选在患者中与血栓形成状况例如VTE相关的分子谱，所述试剂盒包含：(a)用特异性针对PPIA， PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者以及任选的P选择素的多克隆或单克隆抗体包被的微珠阵列；(b) 与PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和 HSP70中的至少一者以及任选的P选择素反应的多克隆或单克隆抗体-荧光染料偶联物；和(c)作为抗原标准品的PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、 UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者以及任选的P选择素。
在某些实施方式中，本文描述的各种不同实施方式可以与其他诊断测试相结合，所述诊断测试包括但不限于全血细胞计数(CBC)、肌钙蛋白测试、CKP 同工酶测试、综合代谢组或其任何组合。
实施例
实施例1
组织因子(TF)是凝血级联反应的发起者，并对止血至关重要。在病理条件下，TF在被称为微粒(MP)的小的膜囊泡上被释放到循环系统中。最近的研究表明，MPTF水平的升高可能引发血栓形成。
未折叠蛋白反应(UPR)与胰腺癌中的恶性转化有关，但以前尚未被评估过UPR的激活是否与癌症血栓形成有关。为了确定UPR信号传导是否在胰腺癌的促血栓形成转化中发挥作用，将胰腺腺癌细胞(HPAF-II细胞)暴露于三种通过独立机制起作用的UPR诱导剂(衣霉素、雷公藤内酯和毒胡萝卜素)。颗粒化物质中凝血酶的生成提高3倍，证实UPR的诱导导致血栓形成物质释放到上清液中。siRNA介导的包括IRE1α(减少80％±3％)或PERK(减少60％±10％)在内的UPR组分的敲减，抑制血栓形成物质的释放。UPR的化学抑制也抑制了血栓形成物质从HPAF-II细胞的释放。暴露于IRE1α抑制剂MKC- 3946导致凝血酶生成减少70％±10％，并且与PERK抑制剂GSK2606414温育导致凝血酶生成减少80％±5％。血栓形成活性的表征揭示出它存在于细胞外囊泡(EV)上，并被抗组织因子(抗TF)抗体抑制。流式细胞术表明在UPR诱导后带有TF的EV的生成增加3倍。电子显微术显示HPAF II EV在100-500μm的范围内，并在UPR诱导后表现出增加的簇集。使用肌动蛋白、细胞核和 TF标记的HPAFII细胞的三色免疫荧光显微术显示，UPR的诱导导致富含TF 的缺乏肌动蛋白的膜泡。在这些条件下未观察到由半胱天冬酶-3切割所检测的细胞凋亡。抑制内质网与高尔基体之间的囊泡运输的布雷菲德菌素A抑制了 UPR诱导的带有TF的EV的产生，表明UPR介导的囊泡运输对带有TF的EV 的形成有贡献。
为了评估在临床环境中UPR与癌症血栓形成之间关联的可能性，分析了从前瞻性监测静脉血栓栓塞发展的胰腺癌患者收集的血浆(包括在基线和2个月时进行的下肢超声检查)。使用Somalogic技术进行蛋白质组学分析，以评估来自于9位随后发展成静脉血栓栓塞的胰腺癌患者和10位具有相似胰腺癌特征但仍无静脉血栓栓塞的患者的血浆中的～1300种分析物。
使用Somascan(来自于SomaLogic,Inc.Boulder,Co.，也参见Gold,L., Walker,J.J.,Wilcox,S.K.&Williams,S.，使用SOMAscan蛋白质组学平台的大规模人类蛋白质组学的进展(Advances in human proteomics at high scale with the SOMAscanproteomics platform)，N.Biotechnol.29,543-9(2012))通过蛋白质组学分析对来自于晚期胰腺癌患者的血浆样品进行分析。抽取基线血浆(基线超声显示没有DVT的迹象)并继续监测患者的VTE发展8周(参见Zwicker 等，Br.J.Haematol.2013Feb；160(4):530-7中描述的MicroTec试验)。评估了基于可商购的UPR基因列表的九种蛋白质的UPR组。如图1中所示，在高于或低于每种蛋白质的中值浓度的基础上确定了评分(0或1)。下面的表1示出了各个UPR标志物的p值。
表1–各个UPR标志物的p值
蛋白质 p值
PPIA 0.0002
EIF5A 1.0
EIF4H 0.009
EIF4A3 0.10
UBE2N 0.48
UBE2L3 1.0
UBE2I 0.10
HSP70 0.26
PDIA3 0.009
如图1中所示，SOMA-扫描组中存在的9种UPR标志物的评估证实了与未发生凝块的患者相比在发生凝块的患者的血浆中显著上调(p＝0.0001)，特别是PPIA、EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I、HSP70和PDIA3 的水平提高。这些数据支持了一种模型，即UPR的激活导致囊泡运输增加，从而导致带有TF的EV的释放。这些观察结果表明胰腺癌中的肿瘤进展与癌症相关的血栓形成之间存在机制联系。有可能会在其他癌症患者、包括没有晚期疾病的患者中发现类似的结果。此外，每2周或每月一次或只要他们正在治疗或处于血栓形成状况的风险下就继续监测患者的UPR标志物水平的升高将是有益的。通过外周静脉穿刺将血液抽取到3.2％柠檬酸盐中。在样本采集后一小时内，将血浆以2100g分离20分钟。第二次离心以2100g进行20分钟，以产生无血小板血浆，并分成等分试样储存在-80℃下直至进行分析。
主要VTE终点包括任何有症状的近端或远端深静脉血栓形成、通过尸检诊断的有症状的PE或致命性PE、在研究结束时通过方案指定的超声诊断的无症状的近端DVT。所有疑似VTE均由独立的裁决委员会进行评估，其包括对影像进行中央放射学审查。新发VTE的判据包括以下任一项：A)通过加压超声发现的下肢深静脉段的新的不可压缩性(下肢远端血栓仅在有症状时才符合主要VTE终点)；B)肺血管造影上两个或更多个视图的管腔内缺损，肺血管造影上一个或多个直径大于2.5mm的血管突然达到对比度截止值；高概率VQ 肺扫描显示一个或多个节段性灌注缺损和相应的正常通气(错配缺损)；或异常的螺旋CT显示肺血管中的血栓(亚节段或更大)。所有其他静脉或动脉事件均作为次要终点进行记录和分析。大出血的判据符合ISTH定义(Schulman S 和Kearon C，J Thromb Haemost.2005；3(4):692-4)。所有毒性均根据NCI不良事件通用术语标准(CTCAE)进行分级。研究监督由DanaFarber哈佛癌症中心的独立数据安全监测委员会进行。
一般性方法
分子生物学中的标准方法描述在下述文献中：Sambrook、Fritsch和Maniatis(1982&1989第2版，2001第3版)，《分子克隆实验指南》(Molecular Cloning, A LaboratoryManual)，Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor, NY；Sambrook和Russell(2001)，《分子克隆》(Molecular Cloning)，第3 版，Cold Spring HarborLaboratory Press,Cold Spring Harbor,NY；Wu(1993)，《重组DNA》(Recombinant DNA)，Vol.217,Academic Press,San Diego,CA。标准方法也出现在Ausbel等，(2001)，《分子生物学现代方法》(Current Protocols in Molecular Biology)，Vols.1-4,John Wiley andSons,Inc.New York, NY中，其描述了在细菌细胞中的克隆和DNA诱变(Vol.1)、在哺乳动物细胞和酵母中的克隆(Vol.2)、糖偶联物和蛋白质表达(Vol.3)以及生物信息学(Vol.4)。
用于包括免疫沉淀、层析、电泳、离心和结晶在内的蛋白质纯化的方法已被描述(Coligan等，(2000)，《蛋白质科学现代方法》(Current Protocols in Protein Science)，Vol.1,John Wiley and Sons,Inc.,New York)。化学分析、化学修饰、翻译后修饰、融合蛋白的产生、蛋白质的糖基化已被描述(参见例如 Coligan等，(2000)，《蛋白质科学现代方法》(Current Protocols in Protein Science)，Vol.2,John Wiley and Sons,Inc.,NewYork；Ausubel等，(2001)，《分子生物学现代方法》(Current Protocols in MolecularBiology)，Vol.3,John Wiley and Sons,Inc.,NY,NY,pp.16.0.5-16.22.17；Sigma-Aldrich,Co.，(2001)，《生命科学研究产品》(Products for Life Science Research)，St.Louis,MO；pp. 45-89；Amersham Pharmacia Biotech(2001)，《生物产品目录》(BioDirectory)， Piscataway,N.J.,pp.384-391)。多克隆和单克隆抗体的产生、纯化和片段化已被描述(Coligan等，(2001)，《免疫学现代方法》(Current Protcols inImmunology)， Vol.1,John Wiley and Sons,Inc.,New York；Harlow和Lane，(1999)，《使用抗体》(Using Antibodies)，Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold SpringHarbor,NY；Harlow和Lane，同上)。用于表征配体/受体相互作用的标准技术是可用的(参见例如Coligan等，(2001)，《免疫学现代方法》(Current Protocols in Immunology)，Vol.4,John Wiley,Inc.,New York)。
本文引用的所有参考文献均通过参考并入本文，其程度等同于每个单独的出版物、数据库条目(例如Genbank序列或GeneID条目)、专利申请或专利被具体且单独地指明通过参考并入本文。该通过参考并入的声明由本申请人根据37 C.F.R.§1.57(b)(1)对每一个单独的出版物、数据库条目(例如Genbank序列或GeneID条目)、专利申请或专利做出，其每一个都被明确鉴定符合37 C.F.R. §1.57(b)(2)，即使此类应用不与通过参考并入的专门声明紧邻。如果有的话，本说明书中包含的通过参考并入的专门声明不以任何方式削弱这个通过参考并入的通用声明。本文对参考文献的引用并不意味着承认所述参考文献是相关的现有技术，也不构成对这些出版物或文件的内容或日期的任何承认。
本发明的范围不受本文描述的具体实施方式的限制。实际上，对于本领域技术人员来说，根据前面的描述和附图，除了本文描述的内容之外，本发明的各种不同修改将变得显而易见。此类修改旨在落于随附的权利要求书的范围之内。
前述书面说明被认为足以使本领域技术人员能够实践本发明。对于本领域技术人员来说，除了本文示出和描述的内容之外，本发明的各种不同修改将从前面的描述变得显而易见，落于随附的权利要求书的范围之内。

Claims (20)

1.一种确定癌症患者的血栓形成事件的风险的方法，所述方法包括：
在癌症患者的样品中检测PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者的水平与PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者的基线、参考或对照水平相比的提高；并且当PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者升高到超过基线、对照或参考水平时，将所述患者诊断为具有血栓形成事件的风险。
2.一种诊断和治疗癌症患者的血栓形成状况的方法，所述方法包括下述步骤：a.在癌症患者的样品中检测PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者的水平与PPIA，EIF4H，PDIA3以及EIF5A、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者的基线、参考或对照水平相比的提高；b.当PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者升高到超过基线、对照或参考水平时，将所述患者诊断为具有血栓形成状况的风险；以及c.用有效量的异槲皮素和任选的抗血栓形成药剂治疗风险患者。
3.一种用于监测正经历治疗的癌症患者的血栓形成状况的风险的方法，所述方法包括下述步骤：a.在所述癌症患者的样品中检测PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者的水平与PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者的基线、参考或对照水平相比的提高；b.当PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者升高到超过基线、对照或参考水平时，将所述患者诊断为具有血栓形成状况的风险；以及c.用有效量的异槲皮素和任选的抗血栓形成药剂治疗风险患者；其中每周、每两周、每月或在整个治疗过程中按指示的时间重复所述监测。
4.权利要求2或3所述的方法，其中所述患者在治疗期间没有表现出严重不良事件(3或4级毒性)。
5.权利要求2或3所述的方法，其中所述患者在治疗期间没有表现出原发性静脉血栓栓塞(VTE)。
6.权利要求2或3所述的方法，其中所述患者在治疗期间没有表现出大出血。
7.一种试剂盒，其包含生物标志物组，所述生物标志物组包含PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4a3、EIF4H、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者，用于在需要的患者中诊断血栓形成状况。
8.一种试剂盒，其包含：(a)用多克隆抗体或单克隆抗体包被的固相支持物，其中所述抗体包括特异性针对PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者的抗体；(b)多克隆或单克隆抗体-底物偶联物，其中所述底物包含显色试剂或荧光试剂，并且其中所述偶联物是对(a)的抗体有反应性的；和(c)作为抗原标准品的PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者。
9.权利要求8所述的试剂盒，其中所述(a)的抗体还包括特异性针对可溶性P选择素的抗体。
10.权利要求8所述的试剂盒，其中所述固相支持物是微量滴定板或膜。
11.权利要求8所述的试剂盒，其中所述固相支持物是珠子或粒子。
12.权利要求8所述的试剂盒，其中所述试剂盒是ELISA试剂盒。
13.权利要求8所述的试剂盒，其中所述固相支持物是微珠阵列。
14.一种测定血清或血浆样品中的PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者的方法，所述方法包括将所述样品与权利要求8所述的试剂盒的固相支持物和偶联物接触；其中所述固相支持物包括微量滴定板，其中所述偶联物包含碱性磷酸酶，其中所述显色试剂包括对硝基苯基磷酸盐；以及测定所述偶联物与所述样品的反应。
15.一种测定从人类受试者获得的生物流体样品中标志物的组合的方法，所述方法包括通过将所述样品与权利要求8所述的试剂盒的固相支持物接触来进行免疫测定。
16.权利要求15所述的方法，其中所述免疫测定是ELISA。
17.权利要求15所述的方法，其中所述固相支持物是微珠阵列。
18.权利要求15所述的方法，其中所述样品是血浆或血清。
19.权利要求15所述的方法，还包括将所述样品与所述试剂盒的偶联物接触，并测定所述偶联物与所述样品的反应。
20.权利要求19所述的方法，还包括将抗原标准品与所述固相支持物和偶联物接触，并测定所述样品中PPIA，PDIA3，以及EIF5A、EIF4H、EIF4a3、UBE2N、UBE2L3、UBE2I和HSP70中的至少一者相对于所述抗原标准品的相对水平。
CN202080095828.3A 2019-12-09 2020-12-09 用于鉴定和调节癌症患者的血栓形成状况的组合物和方法 Pending CN115226402A (zh)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201962945482P 2019-12-09 2019-12-09
US62/945,482 2019-12-09
PCT/US2020/064101 WO2021119189A1 (en) 2019-12-09 2020-12-09 Compositions and methods for identifying and modulating thrombotic conditions in a cancer patient

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN115226402A true CN115226402A (zh) 2022-10-21

Family

ID=76330744

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202080095828.3A Pending CN115226402A (zh) 2019-12-09 2020-12-09 用于鉴定和调节癌症患者的血栓形成状况的组合物和方法

Country Status (7)

Country Link
US (1) US20240133897A1 (zh)
EP (1) EP4072673A4 (zh)
CN (1) CN115226402A (zh)
BR (1) BR112022011328A2 (zh)
CA (1) CA3161320A1 (zh)
TW (1) TWI799799B (zh)
WO (1) WO2021119189A1 (zh)

Family Cites Families (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20160041153A1 (en) * 2008-11-12 2016-02-11 Kirk Brown Biomarker compositions and markers
JP2014519340A (ja) * 2011-06-16 2014-08-14 カリス ライフ サイエンシズ ルクセンブルク ホールディングス エス．アー．エール．エル． バイオマーカー組成物および方法
EP2753935A1 (en) * 2011-09-07 2014-07-16 Genway Biotech, Inc. Diagnostic assay to predict cardiovascular risk
CA2993624A1 (en) * 2015-08-07 2017-02-16 Thomas Helledays Stiftelse For Medicinsk Forskning Method for diagnosisng cancer or cancer-associated thrombosis by measuring levels of h3cit in plasma
WO2017191274A2 (en) * 2016-05-04 2017-11-09 Curevac Ag Rna encoding a therapeutic protein

Also Published As

Publication number Publication date
TW202223391A (zh) 2022-06-16
CA3161320A1 (en) 2021-06-17
EP4072673A4 (en) 2024-02-21
BR112022011328A2 (pt) 2022-08-23
WO2021119189A1 (en) 2021-06-17
TWI799799B (zh) 2023-04-21
EP4072673A1 (en) 2022-10-19
US20240133897A1 (en) 2024-04-25

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP2022058680A (ja) ファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤を用いて癌患者を治療する方法
WO2011133609A2 (en) Methods and kits to predict therapeutic outcome of btk inhibitors
JP6535385B2 (ja) 血管疾患診断用バイオマーカー及びその用途
JP6675300B2 (ja) 抗ｅｇｆｒ薬を用いた胃癌の処置のための、ｅｇｆｒバイオマーカーの使用
US11008619B2 (en) Diagnostic markers for platelet function and methods of use
JP2019506374A (ja) メトホルミンのバイオマーカーとしての増殖分化因子１５
US20180306797A1 (en) Methods of detecting ceramide
JP2013524809A (ja) 心血管疾患のリスクを決定するための手段および方法
US20190270797A1 (en) Crebbp related cancer therapy
US20210214793A1 (en) Blood biomarkers of stroke
EP3375887A1 (en) Methods for determining resistance to anticancer therapy and composition used therefor
Cai et al. Serum amyloid A stimulates cultured endothelial cells to migrate and proliferate: inhibition by the multikinase inhibitor BIBF 1120
CN115226402A (zh) 用于鉴定和调节癌症患者的血栓形成状况的组合物和方法
US11872241B2 (en) Compositions and methods for reducing major thrombotic events in cancer patients
JP7325400B2 (ja) ファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤を用いてがんを治療する方法
JP2014095643A (ja) 炎症性疾患治療薬のスクリーニング方法、並びに炎症性疾患の治療及び検査
KR101611004B1 (ko) ＴｒｋＡ를 이용한 백혈병 진단용 조성물
AU2019101124A4 (en) Method of diagnosing systemic lupus erythematosus
Jiang et al. A repurposed drug combination (VaN) inhibits free light chain secretion and triggers the terminal unfolded protein response (UPR) in multiple myeloma (MM)
WO2017174421A1 (en) Biomarkers for the diagnosis of inflammation-related diseases
Zhang et al. Serum IL‐24 combined with CA125 as screening and prognostic biomarkers for NSCLC
Vannucchi et al. CPI-0610, A BROMODOMAIN AND EXTRATERMINAL DOMAIN (BET) PROTEIN INHIBITOR, AS MONOTHERAPY IN ADVANCED MYELOFIBROSIS (MF) PATIENTS REFRACTORY/INTOLERANT TO JAK INHIBITOR (JAKI): UPDATE FROM PHASE 2 MANIFEST STUDY
Solanki et al. Inflammation, Immunity, Fibrosis, and Infection: Temporal induction of intestinal epithelial hypoxia-inducible factor-2α is sufficient to drive colitis
EP2840396B1 (en) DETECTION OF INTEGRIN ß SUBUNIT IN DIAGNOSING VENOUS THROMBOEMBOLISM
KR101710745B1 (ko) 백혈병 진단용 조성물

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination