CN114746112A - 用于预防和治疗b细胞恶性肿瘤的抗原肽 - Google Patents

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Abstract

本发明涉及基于抗原的免疫疗法,具体地癌症免疫疗法。具体地,本发明提供了与人肿瘤抗原的表位不同但具有氨基酸相似性,尤其共享相同核心序列的抗原肽。本发明进一步提供了包含这种抗原肽的免疫原性化合物、纳米颗粒、细胞和药物组合物以及编码这种抗原肽的核酸。

Description

用于预防和治疗B细胞恶性肿瘤的抗原肽
本发明涉及癌症治疗领域,更具体地通过免疫治疗方法。具体地,本发明提供了可用于癌症免疫治疗,尤其是用于预防和治疗B细胞恶性肿瘤的各种肽。
在所有B细胞恶性肿瘤中,例如B细胞淋巴瘤、非霍奇金淋巴瘤(NHL)是新癌症病例的第七大原因,约占美国癌症相关死亡的3%。在所有NHL中,弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)是最常见的淋巴瘤亚型,占所有新诊断病例的32.5%,其次是滤泡淋巴瘤(FL),占17.1%,和套细胞淋巴瘤(MCL),占3-5%。美国每年诊断出超过25,000例新的DLBCL病例,发病率为6.9例/100,000人。在标准化学疗法R-CHOP中添加抗CD20单克隆抗体,即利妥昔单抗(rituximab),导致DLBCL中完全响应(CR)率、无事件(EFS)和总体(OS)生存率的显著改善。不幸的是,约30-40%的病例在R-CHOP后复发或进展。有特定患者亚组对标准R-CHOP的响应和结果差,例如MYC重排DLBCL、具有MYC、BCL2或BCL重排的高等级B细胞淋巴瘤、活化B细胞(ABC)DLBCL可受益于新方法(Chavez et al.,CAR T-cell therapy for B-celllymphomas:clinical trial results of available products;Ther AdvHematol.2019)。
在新方法中,嵌合抗原受体(CAR)T细胞,如CD19目标CAR T细胞,代表对至少两种先前治疗线难治(refractory)的DLBCL患者的新护理标准。两种CAR T细胞产品[axicabtagene ciloleucel(axi-cel)(KTE-019)和tisagenlecleucel(CTL019)已获得美国食品药品监督管理局批准用于在两种治疗线后治疗难治性DLBCL。尽管这对DLBCL的治疗设备来说是显著的补充,但约50%的病例将继续死于其疾病。因此,未来的研究必须集中于确定有助于成功预测治疗结果的疾病、治疗或患者相关因素。
因此,基于肿瘤抗原的疫苗接种代表独特的癌症治疗方法,其已引起相当大的兴趣,因为其可以利用患者自身的免疫系统以特定和持久的方式识别、攻击和破坏肿瘤。确实已知肿瘤细胞表达大量易被免疫系统识别的肽抗原。因此,基于这种抗原的疫苗提供了巨大的机会,不仅可以提高患者的总体生存率,而且由于肿瘤抗原的低毒性和低分子量,还可以用于监测免疫响应和制备GMP级产品。肿瘤抗原的实例包括由正常沉默基因或过表达基因以及由癌病毒表达的蛋白质转录的蛋白质的副产物(Kvistborg et al.,Human cancerregression antigens.Curr Opin Immunol.2013Apr;25(2):284-90)和由细胞蛋白质的点突变产生的新抗原等。然而,大多数肿瘤相关抗原(TAA)和肿瘤特异性抗原(TSA)是(现有的)人蛋白质,因此被视为自身抗原。在胸腺选择过程中,以足够亲和力识别肽/自身MHC复合物的T细胞被克隆耗尽。通过提供针对自身免疫性疾病的保护,这种T细胞库(repertoire)选择机制还降低对TAA和TSA发展免疫力的可能性。这可以通过癌症反应性TCR总体上具有弱亲和力的事实来示例。此外,到目前为止,通过对MHC具有高结合亲和力的选择TAA和TSA进行的大多数疫苗试验均未显示出引发强免疫,这可能反映了胸腺选择的结果。因此,有效的抗肿瘤响应将取决于免疫反应性肽的呈递和被“训练”以识别这些抗原的足量反应性细胞的存在。因此,本领域需要确定可以克服该领域中遇到的限制的替代性抗原肽。
本发明的目的是满足上述需求。该目的通过下面提出的主题来实现,具体地本发明和所附权利要求中提供的项目。
以下更详细地描述本发明。
定义
除非本文另有定义,本申请中使用的科学和技术术语将具有本领域普通技术人员通常理解的含义。此外,除非上下文另有要求,本文所用的命名以及细胞和组织培养技术是本领域公知和常用的。
这样的技术在诸如Owen等(Kuby Immunology,7th,edition,2013–W.H.Freeman)和Sambrook等(Molecular cloning:A laboratory manual 4th edition,Cold SpringHarbor Laboratory Press-Cold Spring Harbor,NY,USA,2012)的文献中被充分说明。
然而,关于贯穿本说明书中不同术语的使用,以下定义更特别适用。
术语“肽”、“多肽”、“蛋白质”和这些术语的变型指代包含至少两个氨基酸的肽、寡肽、多肽或蛋白质,该氨基酸彼此连接——优选地通过普通肽键或可选地通过修饰肽键,如例如在同位肽的情况下。术语“(多)肽”指代肽和/或多肽。具体地,术语“肽”、“多肽”和“蛋白质”指代通过肽键(-NHCO-)连接在一起的任意长度的氨基酸的顺序链。肽、多肽和蛋白质可以在体外和/或体内在细胞中发挥结构和/或功能作用。术语“肽”、“多肽”、“蛋白质”优选地包括尺寸在2至至少约1000个氨基酸残基范围内的氨基酸链。术语“肽”在本文中优选地包含尺寸小于约30个氨基酸的氨基酸链,而术语“多肽”和“蛋白质”优选地包含尺寸为至少30个氨基酸的氨基酸链。术语“多肽”和“蛋白质”在本文中被可互换地使用。在优选实施方式中,术语“肽”、“多肽”、“蛋白质”还包括“拟肽”,其被定义为包含非肽结构元件的肽类似物,该肽能够模仿或拮抗天然母体肽的生物学作用(一种或多种)。拟肽缺乏典型的肽特征,如酶促裂解的肽键。具体地,肽、多肽或蛋白质除这些氨基酸以外还可以包含遗传密码限定的这20种氨基酸以外的氨基酸,或者其可以由遗传密码限定的这20种氨基酸以外的氨基酸构成。具体地,在本发明的语境中,肽、多肽或蛋白质可以等同由通过本领域技术人员公知的天然过程如翻译后成熟化过程或化学过程修饰的氨基酸构成。这种修饰在文献中被详细介绍。这些修饰可出现在多肽中的任何位置:在肽骨架中、在氨基酸链中或甚至在羧基末端或氨基末端处。具体地,肽或多肽可以是在泛素化之后分支的,或是有或无分支的环状的。这种类型的修饰可以是本领域技术人员公知的天然或合成的翻译后过程的结果。在本发明的语境中,术语“肽”、“多肽”、“蛋白质”具体地还包括修饰的肽、多肽和蛋白质。例如,肽、多肽或蛋白质修饰可包括乙酰化、酰化、ADP-核糖基化、酰胺化、核苷酸或核苷酸衍生物的共价固定、脂质或脂质衍生物的共价固定、磷脂酰肌醇的共价固定、共价或非共价交联、环化、二硫键形成、去甲基化、糖基化——包括PEG化、羟基化、碘化、甲基化、肉豆蔻酰基化、氧化、蛋白水解过程、磷酸化、异戊二烯化、外消旋化、seneloylation、硫酸化、氨基酸加成如精氨化或泛素化。这样的修饰在文献中被详细描述(Proteins Structure and MolecularProperties(1993)2nd Ed.,T.E.Creighton,New York;Post-translational CovalentModifications of Proteins(1983)B.C.Johnson,Ed.,Academic Press,New York;Seifter et al.(1990)Analysis for protein modifications and nonproteincofactors,Meth.Enzymol.182:626-646;和Rattan et al.,(1992)Protein Synthesis:Post-translational Modifications and Aging,Ann NY Acad Sci,663:48-62)。因此,术语“肽”、“多肽”、“蛋白质”优选包括例如脂肽、脂蛋白、糖肽、糖蛋白等。
在优选实施方式中,(多)肽或蛋白质是“典型”(多)肽或蛋白质,其中“典型”(多)肽或蛋白质通常由选自通过遗传密码限定的20种氨基酸的氨基酸构成,这些氨基酸通过普通肽键相互连接。
如本领域公知,肽、多肽和蛋白质可以由核酸编码。术语“核酸”、“核酸分子”、“核酸序列”、“多核苷酸”、“核苷酸序列”在本文中被可互换地使用,并且指代精确接连的天然核苷酸(例如,A、T、G、C和U)或合成核苷酸,即至少两个核苷酸的链。具体地,术语“核酸”、“核酸分子”、“核酸序列”、“多核苷酸”、“核苷酸序列”指代DNA或RNA。核酸优选包含单链的、双链的或部分双链的DNA或RNA,优选地选自基因组DNA(gDNA)、互补DNA(cDNA)、核糖体DNA(rDNA)和所述DNA的转录产物,如RNA。核酸的优选实例包括核糖体RNA(rRNA)、信使RNA(mRNA);反义DNA、反义RNA;互补RNA和/或DNA序列、核酶、有或无表达元件的(互补)RNA/DNA序列、载体;微型基因、基因片段、调控元件、启动子及其组合。核酸(分子)和/或多核苷酸的进一步优选实例包括,例如,重组多核苷酸、载体、寡核苷酸、RNA分子如rRNA、mRNA或转运RNA(tRNA)、或上述DNA分子。因此,优选的是,核酸(分子)是DNA分子或RNA分子;优选地选自gDNA;cDNA;rRNA;mRNA;反义DNA;反义RNA;互补RNA和/或DNA序列;有或无表达元件、调控元件和/或启动子的RNA和/或DNA序列;载体;及其组合。确定可以编码特定氨基酸序列的核苷酸序列是在本领域技术人员的能力范围内的。
可以通过本领域中任何已知的方法来制备根据本发明的(多)肽和/或核酸,包括但不限于任何合成方法、任何重组方法、任何离体生成方法等及其任何组合。这种技术在上述文献中被充分说明。
如本文所用,术语“抗原肽”指代在其给予的对象中容易诱导/引发、增加、延长或维持免疫响应的肽。具体地,抗原肽是(人)肿瘤抗原(的片段/表位)的序列变体。换句话说,抗原肽优选地区别于(人)肿瘤抗原(的片段/表位),但是其优选与(人)肿瘤抗原(的片段/表位)具有氨基酸相似性。重要的是,抗原肽与(人)肿瘤抗原的对应(片段/表位)共享相同的核心序列。优选地,由抗原肽诱导/引发、增加、延长或维持的免疫响应(也)针对对应的(人)肿瘤抗原(的片段/表位)。
如本文所用,术语“肿瘤抗原”包括肿瘤特异性抗原(TSA)和肿瘤相关抗原(TAA)。总体上,术语“肿瘤抗原”或“肿瘤蛋白”在本文中指在肿瘤细胞中并且有时也在正常细胞中产生的抗原物质,并且其在对象中给予后可以可触发免疫响应。在人体中,那些(肿瘤抗原)已被根据其表达模式、功能或遗传起源进行了分类,并且非限制地包括过度表达的自身抗原(如BIRC5);睾丸癌(CT)抗原(如MAGE-1);突变抗原,也称为新抗原(如p53的突变体);组织特异性分化抗原(如黑素瘤抗原Melan A/MART-1);癌病毒(如HPV、EBV)表达的病毒抗原;胎胚抗原(如α-胎蛋白AFP和癌胚抗原CEA);和通用抗原(端区酶)。
如本文所用,术语“B细胞肿瘤抗原”指代与B细胞恶性肿瘤的病因学相关和/或其中涉及的抗原,例如B细胞恶性肿瘤中参与或表达。换句话说,抗原由B细胞(包括人B细胞)表达或在其上表达,例如多种已知B细胞标志物中的任一种。优选地,B细胞肿瘤抗原在B细胞淋巴瘤例如CD19、CD20、CD22、CD37或TNFRSF13C中高度表达(过表达)。“源自”B细胞肿瘤抗原的抗原肽通常与所述B细胞肿瘤抗原的表位(“参考表位”)共享相同的核心序列。
如本文所用,术语“核心序列”指代序列中间,例如在抗原肽和/或(参考)表位的中间的氨基酸(也称为序列的“中心氨基酸”)。因此,核心序列由除了两个最N端和两个最C端氨基酸之外的所有氨基酸组成。例如,在九个氨基酸的肽(例如根据本发明的抗原肽或(人)肿瘤抗原的对应(的片段/表位))中,五个中间氨基酸代表核心序列并且改变可能仅发生在两个N端和两个C端氨基酸位置中的任一者处。因此,“共享的核心序列”(或“维持的”核心序列)通常意为突变/差异仅允许在(参考)表位/序列的两个最N端和两个最C端氨基酸中。
如本文所用,术语“普遍性(prevalence)”指代人微生物丛(microbiota)的每种蛋白质的累积频率,其中与(人)肿瘤抗原的对应(的片段/表位)共享的核心序列被发现并存在于抗原肽中。实际上,目标核心序列可能存在于一种或若干种不同的抗原肽中,这种抗原肽中的每一种可能存在于人微生物丛中表达的一种或不同的蛋白质中。因此,核心序列的全球普遍性源自人微生物丛的每种蛋白质的频率,其中发现与(人)肿瘤抗原的对应(的片段/表位)共享的核心序列,并通过考虑人微生物丛的每种蛋白质的频率,发现共享相同核心序列的相似肽(即不同的抗原肽)。
如本文所用,术语“微生物丛”指代在迄今为止研究的从植物到动物的所有多细胞生物体之中和之上发现的共生微生物。具体地,已经发现微生物丛对于其宿主的免疫系统、激素和代谢稳态是至关重要的。微生物丛包括细菌、古细菌、原生生物、真菌和病毒。因此,“微生物丛序列变体”(或“微生物丛变体”)是在微生物丛如细菌中存在的(人)参考序列(具体地人肿瘤抗原的表位/片段)的序列变体(例如,其可以被包含在微生物丛蛋白质,如细菌蛋白质中)。优选地,本发明的抗原肽是(人B细胞肿瘤抗原的参考表位/片段的)微生物丛序列变体。因此,抗原肽优选地存在于(例如包含在)由人微生物丛表达的至少一种蛋白质中。
“序列变体”一般与参考序列(即(参考)肿瘤抗原的片段/表位)共享至少50%的序列同一性,特别是在序列的全长上。优选地,序列变体与参考序列(即(参考)肿瘤抗原的片段/表位)共享至少60%,优选至少70%,优选至少75%,更优选至少80%,还更优选至少85%,还更优选至少90%,特别优选至少95%,最优选至少99%的序列同一性。序列同一性可以如本领域所知来计算,具体地如下所述。优选地,序列变体保留参考序列的特定功能,例如其作为肿瘤表位的功能和/或其引发或维持免疫响应的能力。微生物丛序列变体优选选自细菌序列变体、古细菌序列变体、原生生物序列变体、真菌序列变体和病毒序列变体。更优选地,微生物丛序列变体是细菌序列变体。
在解剖学上,微生物丛居于多种组织和生物流体(包括皮肤、结膜、乳腺、阴道、胎盘、精液、子宫、卵泡、肺、唾液、口腔(具体地口腔粘膜)、和胃肠道、具体地肠道)之上或之内。在本发明的语境中,微生物丛序列变体优选是胃肠道微生物丛(居于胃肠道中的微生物)的序列变体,更优选是肠道微生物丛(居于肠道中的微生物)的序列变体。因此,最优选微生物丛序列变体是(人)肠道细菌序列变体(即,居于(人)肠道中的细菌的序列变体)。
尽管在很多多细胞生物体之中和之上可以找到微生物丛(迄今为止研究过的从植物到动物的所有多细胞生物体),但在人体之内和之上找到的微生物丛是优选的。这样的微生物丛在本文中被称为“人微生物丛”(其中术语人具体指代微生物丛的定位/居所)。在本发明的语境中,微生物丛序列变体是人微生物丛序列变体。
术语“免疫原性化合物”指代包含根据本发明的抗原肽的化合物。“免疫原性化合物”能够在其所给予的对象中诱导/引发、增加、延长或维持针对所述抗原肽的免疫响应。在一些实施方式中,免疫原性化合物包含至少一种抗原肽或可选地包含这种抗原肽的至少一种化合物,其与蛋白质如运载体蛋白连接。
“运载体蛋白”通常是能够运输货物的蛋白质,如根据本发明的抗原肽。例如,运载体蛋白可以将其货物穿膜运输。在本发明的语境中,运载体蛋白具体地(还)包括能够引发针对其所连接的抗原肽的免疫响应的肽或多肽。运载体蛋白是本领域已知的。
可选地,这种运载体肽或多肽可以以免疫佐剂的形式被共同给予。
优选地,本文所述的抗原肽可以被共同给予或例如通过共价或非共价键连接至具有免疫佐剂性质的蛋白质/肽,如提供对CD4+Th1细胞的刺激。尽管本文所述的抗原肽优选结合MHC I类,但是CD4+辅助表位可以另外用于提供有效的免疫响应。Th1辅助细胞能够维持有效的树突状细胞(DC)激活和特定的CTL激活——通过分泌干扰素-γ(IFN-γ)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)和白介素-2(IL-2)以及增强共刺激信号在DC和T细胞上的表达(Galaineet al.,Interest of Tumor-Specific CD4 T Helper 1Cells for TherapeuticAnticancer Vaccine.Vaccines(Basel).2015Jun 30;3(3):490-502)。
例如,佐剂肽/蛋白可优选不同于根据本发明的抗原肽。优选地,佐剂肽/蛋白能够恢复免疫记忆或提供非特异性辅助,或者可以是特定的辅助肽。文献中已经描述了几种辅助肽用于提供非特异性T细胞辅助,如破伤风辅助肽、钉形贝血蓝蛋白肽或PADRE肽(Adotévi et al.,Targeting antitumor CD4 helper T cells with universal tumor-reactive helper peptides derived from telomerase for cancer vaccine.HumVaccin Immunother.2013年5月;9(5):1073-7、Slingluff CL,The present and futureof peptide vaccines for cancer:single or multiple,long or short,alone or incombination?Cancer J.2011年9月-10月;17(5):343-50)。因此,破伤风辅助肽、钉形贝血蓝蛋白肽和PADRE肽是这种佐剂肽/蛋白的优选实例。序列MAKTIAYDEEARRGLERGLN(SEQ IDNO:473)的HHD-DR3肽。这种肽代表辅助肽(具有免疫佐剂性质)的另一个实例,其在本发明的语境中是优选的。另一个优选的实例是h-pAg T13L(序列:TPPAYRPPNAPIL;SEQ ID NO:474;Bhasin M,Singh H,RaghavaGP(2003)MHCBN:a comprehensive database of MHCbinding and non-binding peptides.Bioinformatics 19:665–666)。优选的辅助肽的其他实例包括UCP2肽(例如,如WO2013/135553A1或Dosset M,Godet Y,Vauchy C,Beziaud L,Lone YC,Sedlik C,Liard C,Levionnois E,Clerc B,Sandoval F,Daguindau E,Wain-Hobson S,Tartour E,Langlade-Demoyen P,Borg C,Adotévi O:Universalcancerpeptide-basedtherapeuticvaccinebreakstoleranceagainsttelomerase and eradicatesestablishedtumor.Clin Cancer Res.2012年11月15日;18(22):6284-95.doi:10.1158/1078-0432.CCR-12-0896.Epub 2012年10月2日所述)和BIRC5肽(例如,如EP2119726A1或Widenmeyer M,Griesemann H,
Figure BDA0003670232490000061
S,Feyerabend S,Klein R,AttigS,Hennenlotter J,Wernet D,Kuprash DV,Sazykin AY,Pascolo S,Stenzl A,Gouttefangeas C,Rammensee HG:Promiscuous survivin peptide induces robust CD4+T-cell responses in the majority of vaccinated cancer patients.Int JCancer.2012年7月1日;131(1):140-9.doi:10.1002/ijc.26365.Epub 2011年9月14日所述)。最优选的辅助肽是UCP2肽(氨基酸序列:KSVWSKLQSIGIRQH;SEQ ID NO:475,例如,如WO2013/135553 A1或Dosset et al.,Clin Cancer Res.2012年11月15日;18(22):6284-95所述。具体地,本文所述的抗原肽或包含所述抗原肽的多肽可以,例如通过共价或非共价键,与辅助肽连接。
如本文所用,术语“免疫原性组合物”指代能够引发、诱导、增加、延长或维持免疫响应的组合物,具体地在其被给予哺乳动物时,尤其在其被给予人个体时,引发、诱导、增加、延长或维持免疫响应的组合物。优选地,免疫原性组合物进一步包含一种或多种免疫佐剂物质。
“药学上可接受的赋形剂或运载体”在本文中意为改善活性剂的递送、稳定性或生物利用性并且可以被其所给予的对象代谢并且对其所给予的对象无毒的药物级化合物。优选的根据本发明的赋形剂和运载体包括药物产品中常用的任何赋形剂或运载体,如例如水、盐水、磷酸盐缓冲盐水、右旋糖、甘油、乙醇等以及其组合。在许多情况下,优选在组合物中包括等渗剂,例如糖、多元醇如甘露醇、山梨糖醇、或氯化钠。药学上可接受的赋形剂或运载体可进一步包含少量的辅助物质,如湿润剂或乳化剂或防腐剂。
“疫苗”在本文中意为能够刺激活体生物的免疫系统从而通过预防或治疗提供针对有害抗原的保护的组合物。预防性疫苗是优选的。优选地,疫苗或疫苗组合物进一步包含一种或多种免疫佐剂物质。
根据本文所述的本发明的不同方面和实施方式,“对象”或“宿主”优选指代哺乳动物,最优选指代人类。所述对象可患有B细胞恶性肿瘤,疑患患有B细胞恶性肿瘤,或有发展B细胞恶性肿瘤风险。
术语“B细胞恶性肿瘤”指代与B细胞转化相关的疾病。其包括B细胞淋巴瘤、急性淋巴细胞性(或成淋巴细胞性)白血病(ALL)、慢性淋巴细胞性白血病(CLL,里希特氏)等。在本发明的语境中,优选B细胞淋巴瘤,例如非霍奇金淋巴瘤(NHL)。例如,NHL选自惰性(生长缓慢)NHL、侵袭性NHL、弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)、NOS(从头和惰性转化而来)、原发性纵隔大B细胞淋巴瘤(primary mediastinal large B cell lymphoma)(PMBCL)、富含T细胞/组织细胞的大B细胞淋巴瘤(TCHRBCL)、伯基特淋巴瘤、套细胞淋巴瘤(MCL)和/或滤泡淋巴瘤(FL),任选地,滤泡淋巴瘤3B级(FL3B)。
如本文所用,术语“预防”(“preventing”、“prevention”、“prophylaxis”或“prevent”)总体上意为在疾病或状况发作之前避免或最小化疾病或状况的发作或发展,而术语“治疗”(“treating”、“treatment”或“treat”)包括在疾病或状况发作后减轻、改善或治愈疾病或状况(或疾病或状况的症状)。术语“预防”包括“降低发生的可能性”或“降低复发的可能性”。
本文所用的“有效量”或“有效剂量”是提供期望效果的量。出于治疗目的,有效量是足以提供有益或期望的临床结果的量。对于给定应用优选的有效量可以容易由技术人员考虑例如对象的尺寸、年龄、体重、待预防或治疗的疾病/障碍的类型以及自疾病/障碍开始的时间量来确定。在本发明的语境中,就预防或治疗而言,组合物的有效量是足以诱导针对疾病/障碍的体液和/或细胞介导的免疫响应的量。
贯穿说明书和所附权利要求书,除非上下文另有说明,术语“包括”以及诸如“包含”和“含有”的变型将被理解为表示包括所陈述的成员、整数或步骤,但不排除任何其他未陈述的成员、整数或步骤。术语“由……组成”是术语“包括”的一种具体实施方式,其中排除任何其他未陈述的成员、整数或步骤。在本发明的语境中,术语“包括”涵盖术语“由……组成”。因此,术语“包括”涵盖“包含”以及“由……组成”,例如,“包含”X的组合物可以仅由X组成,或者可以包括其他内容,例如X+Y。
在对本发明进行描述的语境中(特别是在权利要求的语境中)使用的术语“一种”和“一个”及“所述”以及类似的提及应被解释为涵盖单数和复数,除非本文另有说明或与上下文明显矛盾。本文中数值范围的叙述仅旨在用作分别提及落入该范围内的每个单独的数值的简略表示法。除非本文另有说明,各单独的数值都被并入说明书中,如同其在本文中被分别提及一样。说明书中的任何语言都不应被解释为表示任何未主张的要素对于本发明的实践是必需的。
词语“基本上”不排除“完全”,例如,“基本上不含”Y的组合物可以完全不含Y。在必要时,本发明的定义可以省略词语“基本上”。
数值x相关的术语“约”指代x±10%。
其他定义贯穿说明书被提供。
通过参考以下详细描述,包括本发明的优选实施方式和本文包括的实施例,可以更容易地理解本发明。
详细描述
尽管以下详细描述了本发明,但是应当理解,本发明不限于本文描述的具体方法、方案和试剂,因为这些可以改变。还应理解,本文所用的术语并不旨在限制本发明的范围,本发明的范围仅由所附权利要求来限制。除非另有定义,本文中使用的所有技术和科学术语具有与本领域普通技术人员的通常理解相同的含义。
在下文中,将描述本发明的要素。这些要素随具体实施方式一起列出,但是,应该理解,其可以以任何方式和任何数量组合以建立另外的实施方式。各种描述的实例和优选实施方式不应被解释为使本发明仅限于明确描述的实施方式。这种描述应被理解为支持和涵盖组合了明确描述的实施方式与任何数量的公开和/或优选的要素的实施方式。此外,除非上下文另有说明,应认为本申请的描述公开了本申请中所有所述要素的任何排列和组合。
根据本发明的抗原肽
在第一方面,本发明提供了源自肿瘤抗原,尤其是B细胞肿瘤抗原的抗原肽,其中抗原肽与肿瘤抗原的参考表位共享相同的核心序列,并且其中共享的核心序列在人微生物丛中具有高普遍性。
本发明还提供了抗原肽,其包含SEQ ID NO 316、304-315、317-472和501-509中任一者所示的氨基酸序列或由其组成。优选地,抗原肽可以包含SEQ ID NO 316、304-315和317-326中任一者所示的氨基酸序列或由其组成。
此外,本发明提供了抗原肽,其包含SEQ ID NO 1-257和476-500中任一者所示的氨基酸序列或由其组成,其中,任选地,一个或两个氨基酸残基可以被取代、删除或添加。优选地,如果一个或两个氨基酸残基被取代、删除或添加,则(SEQ ID NO 1-257和476-500的)核心序列被保留。更优选地,抗原肽包含SEQ ID NO 1-257和476-500中任一者所示的氨基酸序列(无突变)或由其组成。根据SEQ ID NO 1-257和476-500的氨基酸序列是人肿瘤表位,具体是人B细胞肿瘤抗原的参考表位/片段的微生物丛序列变体(微生物丛变体,具体是细菌序列变体)。换句话说,根据SEQ ID NO 1-257和476-500的氨基酸序列可以在细菌蛋白质中找到,并显示出与人B细胞肿瘤抗原的参考表位/片段的序列相似性,如表1A中详细所示例。
本发明人已确定了一组可用于诱导针对肿瘤细胞的特异性免疫响应的抗原肽。那些抗原肽区别于人肿瘤抗原(的片段),尤其是在B细胞淋巴瘤中高度表达的肿瘤抗原,如CD19、CD20、CD22、CD37或TNFRSF13C,但与其具有氨基酸相似性,如表1A、表1B和表1C所示。重要的是,根据本发明的抗原肽具有与参考肿瘤抗原的表位(片段)的序列的核心序列相同的核心序列。此外,基于发现核心序列的人微生物丛中存在的蛋白质的频率,核心序列显示出高普遍性。
具体地,根据本发明的抗原肽被包含在来自人肠道的共生细菌所产生的多肽和蛋白质中。因此,根据本发明的抗原肽不是人序列,而是细菌序列。不希望受任何具体理论的束缚,发明人认为人免疫组库包含对细菌肽(被包含在来自肠道的共生细菌所产生的蛋白质中)具有反应性的T细胞克隆,该肽与人肿瘤抗原的片段具有氨基酸相似性。具体地,根据本发明的抗原肽可以比相应的人肽引起更强的免疫响应,因为能够严格识别人肽的T细胞在成熟过程中在识别自身抗原时已被耗尽,而根据本发明的抗原肽不存在这种情况。这可以解释为何当这些肽被给予(人)个体时本文所述的抗原肽能够诱导免疫响应,并且尤其是T细胞响应。
因此,在不受任何理论束缚的情况下,本发明人假设来自肠道的共生细菌所产生的蛋白质能够“模仿”肿瘤抗原,并且可以用于触发针对肿瘤细胞的特异性免疫响应。这些发现提供了共生细菌可有助于肿瘤细胞消除的进一步证据。
可以利用公知技术制备本文公开的抗原肽。例如,可以通过重组DNA技术或化学合成以合成方式制备肽。本文公开的肽可以被个体地合成,或作为包含两种或更多种肽(例如,两种或更多种肽,或肽和非肽)的较长多肽而合成。抗原肽可以被分离,即被纯化以基本上不含其他天然存在的宿主细
胞蛋白质及其片段,例如,至少约70%、80%或90%纯化。优选地,根据本发明的抗原肽是分离的抗原肽。
因此,核心序列代表了根据本发明的抗原肽的主要特征。发明人因此已确定具有高普遍性的高度目标核心序列,因为其在一般人群的显著部分中以高频率存在于(参考)肿瘤抗原和/或几种人微生物丛蛋白质片段的几种序列变体中。发明人已选择易于触发最佳交叉反应性肿瘤特异性细胞毒性T细胞免疫响应的本发明抗原肽,以预防和治疗B细胞恶性肿瘤。
总体上,当普遍性高于30%,优选高于40%,优选高于50%,更优选高于60%,还更优选高于70%,还更优选高于80%,特别优选高于90%,最优选高于95%时,共享的核心序列在人微生物丛中具有高普遍性。
核心序列的普遍性源自人微生物丛的每种蛋白质的频率,其中发现与(人)肿瘤抗原的对应(的片段/表位)共享的核心序列,并通过考虑人微生物丛的每种蛋白质的频率,发现共享相同核心序列的相似肽(即不同的抗原肽)。例如,为评价核心序列是否具有高普遍性,从微生物丛序列数据库计算存在于其中发现所述核心序列的人微生物丛中的每种蛋白质的频率。然后,普遍性源自从针对人微生物丛的每种蛋白质计算的累积频率,其中发现目标核心序列并存在于抗原肽中。这种数据库可以优选地包括多个个体(对象)的微生物丛(序列)数据。这种数据库的实例是“人肠道微生物组的综合参考目录(Integratedreference catalog of the human gut microbiome)”(1.0版,2014年3月;Li etal.MetaHIT Consortium.An integrated catalog of reference genes in the humangut microbiome.Nat Biotechnol.2014年8月;32(8):834-41URL:http://meta.genomics.cn/meta/home),其包括来自主要人类微生物组分析工作、美国国立卫生研究院人类微生物组计划(NIH-HMP)和人类肠道倡议的欧洲宏基因组学(MetaHIT)。
因此,本发明涉及与肿瘤抗原具有氨基酸相似性的抗原肽,因为其源自这种肿瘤抗原(或肿瘤表位)。如本文所用,表述“与肿瘤抗原具有氨基酸相似性”具体地指代(参考)人肿瘤抗原如CD22或下文表1A、1B和1C中描述的其他示例性人肿瘤抗原的片段的序列变体。“序列变体”一般与参考序列,即(参考)肿瘤抗原的片段,共享(具体地在序列的全长上)至少50%的序列同一性。优选地,序列变体与参考序列,即(参考)肿瘤抗原的片段,共享至少55%,优选至少60%,优选66%,优选至少70%,优选至少77%,更优选至少80%,还更优选至少88%,还更优选至少90%的序列同一性。序列同一性可以如本领域所知计算,具体地如下所述。优选地,序列变体保留参考序列的特定功能,例如其作为肿瘤表位的功能和/或其引发或维持免疫响应的能力。具体地,氨基酸序列变体具有改变的序列,其中参考序列中的氨基酸中的一个或多个被突变,例如被删除或取代,或一个或多个氨基酸被插入参考氨基酸序列的序列中。例如,具有至少90%同一性的变体序列具有参考序列的每100个氨基酸不超过10个的改变,即删除、插入或取代的任何组合。
比较两个或更多个序列的同一性(相似性)的方法是本领域公知的。两个序列的同一性百分比可以例如利用数学算法确定。可用的数学算法的优选但非限制性的实例是Karlin et al.(1993),PNAS USA,90:5873-5877的算法。这样的算法被整合在BLAST程序家族中,例如BLAST或NBLAST程序(另参见Altschul et al.,1990,J.Mol.Biol.215,403-410或Altschul et al.(1997),Nucleic Acids Res,25:3389-3402)——可通过NCBI的万维网主页ncbi.nlm.nih.gov访问,以及FASTA(Pearson(1990),Methods Enzymol.183,63-98;Pearson and Lipman(1988),Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A 85,2444-2448)。通过这些程序可以识别与其他序列具有一定程度的同一性的序列。此外,Wisconsin序列分析软件包版本9.1(Devereux et al.,1984,Nucleic Acids Res.,387-395)中可用的程序,例如程序BESTFIT和GAP,也可用于确定两个多核苷酸之间的同一性百分比以及两个(多)肽序列之间的同一性百分比。BESTFIT利用了Smith and Waterman(1981),J.Mol.Biol.147,195-197的“局部同源性”算法,并且发现两个序列之间最佳单个相似区域。
总体上,根据本发明的抗原肽与MHC I类(主要组织相容性复合物I类,MHC I)分子结合。
MHC I类分子将表位呈递给杀伤性T细胞,也称为细胞毒性T淋巴细胞(CTL)。除TCR(T细胞受体)外,CTL还表达CD8受体。当CTL的CD8受体与MHC I类分子对接时,如果CTL的TCR与MHC I类分子内的表位匹配,则CTL触发细胞通过凋亡进行程序性细胞死亡。这种途径在癌症的预防和/或治疗中特别有用,因为癌细胞被直接攻击。在人中,MHC I类包括HLA-A、HLA-B和HLA-C分子。通常,长度为8-10个氨基酸的肽(表位)由MHC I呈递。
总体上,根据本发明的抗原肽可具有任何长度。优选地,根据本发明的抗原肽的长度不超过350个氨基酸。例如,根据本发明的抗原肽的最大长度可以是300或250个氨基酸。更优选地,根据本发明的抗原肽的最大长度不超过200个氨基酸,例如,不超过190、180、170、160、150、140、130、120、110、100、95、90、85、80、75、70、65、60、55、50、45、40、35、30、29、28、27、26、25、24、23、22、21、20、19、18、17、16、15、14或13个氨基酸。具体地,根据本发明的抗原肽的长度优选地为至多30或25个氨基酸,更优选地至多20或15个氨基酸,还更优选地至多10个氨基酸。特别优选地,根据本发明的抗原肽包含至少8或9个氨基酸,如10个氨基酸。还更优选地,抗原肽具有9或10个氨基酸的长度。具体地,抗原肽不是由人微生物丛产生的全长蛋白质(抗原肽可以源于此)。换句话说,本发明的抗原肽优选是全长蛋白质的片段(由人微生物丛产生)。
类似地,一般充当参考序列的、(参考)肿瘤抗原的“片段/表位”优选地包括肿瘤抗原的连续9个氨基酸,最终包含10个氨基酸。要理解,(参考)肿瘤抗原的“片段/表位”不是全长肿瘤抗原(蛋白质)。
如本文所用,(蛋白质或核酸(序列)的)“片段”的最大长度优选为全长(参考)蛋白质/核酸/序列的95%、90%、85%、80%、75%、70%、65%、60%、55%、50%、45%、40%、35%、30%、25%、20%、19%、18%、17%、16%、15%、14%、13%、12%、11%、10%、9%、8%、7%、6%、5%、4%、3%、2%或1%。在一些实施方式中,片段的长度不超过(全长)(参考)蛋白质/核酸的长度的50%。在其他实施方式中,(参考)蛋白质/核酸的片段的长度不超过(全长)(参考)蛋白质/核酸的长度的20%或10%。
更总体而言,本发明提供抗原肽,其包括下列或由下列组成:人(参考)肿瘤抗原的片段/表位的序列变体,尤其是人肿瘤抗原的片段/表位的微生物丛序列变体。人肿瘤抗原可选自CD19、CD20、CD22、CD37和TNFRSF13C。人(参考)肿瘤抗原的片段/表位可以选自SEQID 258-280中的任一者。
优选地,抗原肽包括根据SEQ ID NO 258-280中任一者的人参考肽的微生物丛变体或由其组成。具体地,SEQ ID NO 258-280指代人肿瘤表位,具体是人B细胞肿瘤抗原的参考表位/片段。根据SEQ ID NO 258-280中任一者的人参考肽的微生物丛变体的实例是根据SEQ ID NO 1-257和476-500的肽(如下表1A所示例)。优选的微生物丛序列变体(微生物丛变体)是细菌序列变体。换句话说,根据SEQ ID NO 1-257和476-500的氨基酸序列可以在细菌蛋白质中找到,并显示出与人B细胞肿瘤抗原的参考表位/片段的序列相似性,如表1A中详细所示例。更优选地,抗原肽包括根据SEQ ID NO 258、260-266、270、271、279和280中任一者的人参考肽的微生物丛变体或由其组成。还更优选地,抗原肽包括根据SEQ ID NO260、264、270、271、279和280中任一者的人参考肽的微生物丛变体或由其组成。还更优选地,抗原肽包括根据SEQ ID NO 264、270、271和279中任一者的人参考肽的微生物丛变体或由其组成。
因此,本发明还提供了抗原肽,其包括根据SEQ ID NO 258-280中的任一者;优选地根据SEQ ID NO 258、260-266、270、271、279和280中的任一者;更优选地根据SEQ ID NO260、264、270、271、279和280中的任一者;还更优选地根据SEQ ID NO 264、270、271和279中的任一者的人参考肽的微生物丛变体或由其组成。
在具体的实施方式中,本发明提供了源自CD19、CD20、CD22、CD37或TNFRSF13C的抗原肽,其中抗原肽与(参考)肿瘤抗原的片段/表位共享相同的核心序列;并且其中共享的核心序列在人微生物丛中具有高普遍性。这种普遍性源自其中发现所述核心序列的人微生物丛中存在的至少一种蛋白质的频率。优选地,根据本发明的抗原肽包括SEQ ID No304-326(MHC I共有序列)中的任一者或由其组成。
在一个实施方式中,抗原肽与MHC I类(主要组织相容性复合物I类,MHC I)分子适度、强或非常强地结合。
至少一种抗原肽与MHC I类(主要组织相容性复合物I类)分子的结合可以通过如本文所述的MHC I计算机或体外结合测试来测试。因此,可以如上所述选择强和非常强的结合剂。优选地,针对MHC I分子的至少一种抗原肽以及另外针对MHC I分子的(对应参考)肿瘤抗原((参考)肿瘤抗原的片段/表位)(如本文所述在计算机上和/或在体外)测试与MHC I的结合,并且优选获得两者(肿瘤抗原和抗原肽的片段/表位)的结合亲和力。
在结合测试后,优选仅选择与MHC I中度、强或非常强地结合的这种抗原肽。更优选仅选择强和非常强的结合剂,最优选仅选择与MHC I非常强地结合的这种抗原肽。更优选地,仅选择与MHC I分子强或非常强地结合的这种抗原肽,并且其中(参考)肿瘤抗原的表位/片段(“相应”肿瘤抗原表位序列)与MHC I分子较弱(例如弱或中度)结合。还更优选地,仅选择与MHC I非常强地结合的这种微生物丛序列变体,并且其中(参考)肿瘤抗原的表位/片段与MHC I弱地结合。
因此,本发明的抗原肽与MHC I分子的结合优选比B细胞肿瘤抗原的对应人参考表位(其共享相同核心序列)更强(即具有更高的结合亲和力)。换句话说,共享相同核心序列的人B细胞肿瘤抗原的参考表位与MHC I分子的结合优选比对应抗原肽更弱(即具有更低的结合亲和力)。
可以利用公开可用的工具,如“NetMHCpan”,例如“NetMHCpan 3.0Server”或“NetMHCpan 4.0Server”(Center for biological sequence analysis,TechnicalUniversity of Denmark DTU;URL:http://www.cbs.dtu.dk/services/NetMHCpan/)进行MHC I类结合的预测(MHC计算机结合测试)。NetMHCpan方法,具体是NetMHCpan 3.0或更高版本接受超过180000个定量结合数据的训练,覆盖来自人(HLA-A、B、C、E)和其他物种的172个MHC分子。总体上,可以通过保留强结合剂和弱结合剂的默认阈值(default thresholds)来预测亲和力。例如,对于HLA-A*0201,计算的亲和力低于50nM可以表示“强结合剂”,而50至300nM的亲和力可以表示“中度结合剂”。在NetMHCpan中,例如在NetMHCpan 3.0或NetMHCpan 4.0中,可以将预测亲和力的等级与一组400000个随机天然肽进行比较,这可以用作百分比等级结合亲和力的量度。这种值不受某些分子对较高或较低平均预测亲和力的固有偏差的影响。例如(例如,对于HLA-A*0201),非常强的结合剂可以被定义为具有%等级<0.5,强结合剂可以被定义为具有%等级<1.0,中度结合剂可以被定义为具有%等级为1.0至2.0,弱结合剂可以被定义为具有%等级>2.0。用于体外测试的方法是技术人员公知的。例如,技术人员可以利用针对由Tourdot et al.,A general strategy to enhanceimmunogenicity of low-affinity HLA-A2.1-associated peptides:implication inthe identification of cryptic tumor epitopes.Eur J Immunol.2000年12月;30(12):341 1-21中的HLA-A*0201表示的肽验证的实验方案。在这种语境下,参考肽,如HIV pol589-597,可另外用于测试。这使得能够计算相对于参考肽观察的结合的体外亲和力,例如通过以下等式:相对亲和力=诱导HLA-A*0201的20%的表达的每种肽的浓度/诱导HLA-A*0201的20%表达的参考肽的浓度(其中100%是用参考肽,例如HIV pol 589-597,例如以100μΜ浓度使用时检测的HLA-A*0201表达的水平)。例如,显示出1以下的相对亲和力的肽可以被视为是“强结合剂”,显示出在1至2的相对亲和力的肽可以被视为是“中度结合剂”,而显示出大于3的相对亲和力的肽可以被视为“弱结合剂”。
在人中存在编码MHC I类分子(人的MHC分子也称为人白细胞抗原(HLA))的三个不同基因座:HLA-A、HLA-B和HLA-C。HLA-A*01、HLA-A*02、HLA-A*24和HLA-B*07是可以由这些基因座表达的不同MHC I类等位基因的实例。例如,根据本发明的抗原肽可以结合HLA-A*01、HLA-A*02、HLA-A*24和HLA-B*07分子。具体地,根据本发明的抗原肽结合HLA-A*02。在一个实施方式中,根据本发明的抗原肽是人肿瘤抗原的表位的微生物丛序列变体。
具有地,人肿瘤抗原的表位的微生物丛序列变体在人微生物丛中表达的至少一种蛋白质中被确定。优选地,存在于人微生物丛中的至少一种蛋白质是分泌的或包括跨膜结构域。
细胞定位,具体是蛋白质是否是分泌的或是否包括跨膜结构域,可以通过技术人员公知的方法在计算机或体外进行测试。例如,可以使用“SignalP 4.1Server”(Centerfor biological sequence analysis,Technical University of Denmark DTU;URL:www.cbs.dtu.dk/services/SignalP)和/或“Phobius”(组合的跨膜拓扑结构和信号肽预测器,Stockholm Bioinformatics Centre;URL:phobius.sbc.su.se)。优选地,可以组合两个预测工具(例如,SignalP 4.1Server和Phobius)。
例如,为了测试蛋白质是否是分泌的,可以评价信号肽的存在。信号肽是普遍存在的蛋白质分选信号,其靶向其乘客(货物)蛋白质,以在原核生物中跨细胞质膜易位。为测试信号肽的存在,例如,可以使用“SignalP 4.1Server”(Center for biological sequenceanalysis,Technical University of Denmark DTU;URL:www.cbs.dtu.dk/services/SignalP)和/或“Phobius”(组合的跨膜拓扑结构和信号肽预测器,StockholmBioinformatics Centre;URL:phobius.sbc.su.se)。优选地,可以组合两个预测工具(例如,SignalP 4.1Server和Phobius)。
此外,可以确定蛋白质是否包含跨膜结构域。信号肽和跨膜结构域均是疏水的,但跨膜螺旋通常具有更长的疏水区域。例如,SignalP 4.1Server和Phobius具有区分信号肽和跨膜结构域的能力。优选地,设置最小数量的两个预测的跨膜螺旋来区分膜蛋白和胞质蛋白,以提供最终的共有列表。
在一个实施方式中,人肿瘤抗原的片段/表位的微生物丛序列变体在人微生物丛中表达的细菌蛋白质裂解后完整呈递。在这种语境中,术语“切割”指代对肽进行MHC呈递的加工,具体是MHC-I加工。例如,切割预测得分和/或亲和力可用于预测抗原切割以进行适当的MHC结合(用于呈递至CD8 T细胞)。这种“切割概率得分”可以用软件计算(优选地,这种得分高于70%,优选地高于80%,更优选地高于90%)。例如,可以使用“IEDB”(免疫表位数据库和分析资源,IEDB分析资源,由National Institutes of Health in the Departmentof Health and Human Services的部门,National Institute of Allergy andInfectious Diseases的约定支持;),其提供例如MHC-I加工预测(URL:http://tools.iedb.org/mhcnp/)。在另一实例中,NetChop3(The role of the proteasome ingenerating cytotoxic T cell epitopes:Insights obtained from improvedpredictions of proteasomal cleavage.M.Nielsen,C.Lundegaard,O.Lund,andC.Kesmir.Immunogenetics.,57(1-2):33-41,2005;Prediction of proteasome cleavagemotifs by neural networks.C.Kesmir,A.Nussbaum,Hansjorg Schild,VincentDetours,and S.Brunak,Prot.Eng.,15(4):287-296,2002;URL:http://www.cbs.dtu.dk/services/NetChop/)可以用于切割预测。此算法基于在体外蛋白酶体切割和已知HLA配体的实验数据上训练的神经网络。网络的输出是0.0至1.0的得分。随机预测因子得分为0.5,完美预测因子得分为1。因此,肽的高得分(例如0.7以上,优选0.8以上,更优选0.9以上,如上所述)表明其在其N和/或C端(而不是其中心)有效地切割,而低得分与在其中心切割的肽相关。借此,关于蛋白酶体切割、TAP转运和MHC 1类分析工具的信息可以组合以用于预测肽呈递。
在一个实施方式中,抗原肽诱导针对(参考)肿瘤抗原的人表位的T细胞交叉反应性。T细胞交叉反应性是免疫系统的现象,定义为T细胞受体(TCR)识别两种或更多种肽-MHC复合物(pMHC)。
表位模仿涉及外源抗原和自身抗原之间序列和结构相似性的概念,作为引发针对自身抗原的交叉反应性免疫响应的触发机制。有趣的是,由于识别自身抗原的T细胞的克隆耗竭,这种表位模仿提供了绕过人T细胞库限制的可能方法。
具体地,区别于自身抗原(例如肿瘤抗原的人表位)但与自身抗原共享序列相似性的抗原(即根据本发明的抗原肽)(i)由于T细胞受体的交叉反应性仍然可以被识别和(ii)预期这种抗原被T细胞/TCR识别,在T细胞培养过程中尚未耗尽。因此,这种抗原能够引发强免疫响应,从而导致T细胞的克隆扩增,具有与自身抗原潜在的交叉反应性。
T细胞受体与人(参考)肿瘤抗原表位的交叉反应性可通过EL1SPOT-IFNγ测定如实施例部分所示进行测量。简言之,HLA-A2转基因小鼠(例如,表达人HLA-A2和HLA-DR1MHC并且缺乏鼠H-2I类和II类MHC的HHD DR1小鼠和/或表达人HLA-A2和HLA-DR3MHC的HHD DR3小鼠)在第0天(d0)用初免注射(prime injection)免疫化,并在第14天用本发明的抗原肽和人(参考)肿瘤抗原的表位加强注射免疫化。加强注射后7天(即第21天),将小鼠安乐死并用本发明的抗原肽在体外刺激脾细胞以评价其分泌IFN-γ的能力,如通过ELISPOT评价。
具体地,本发明提供抗原肽,其是人肿瘤抗原的片段/表位的微生物丛序列变体,其中人肿瘤抗原的表位可以包括SEQ ID No 1-257和476-500中的任一者或由其组成。
下表1A提供了根据本发明的抗原肽及其氨基酸序列和SEQ ID NO以及人肿瘤抗原的相应片段/表位(本文也称为“人参考肽”)的概述。表1A还提供了根据本发明的每种抗原肽所涉及的肿瘤抗原相关的信息。SEQ ID NO 1至257和476-500指代根据本发明的HLA-A*02抗原肽。
表1A.根据本发明的HLA-A*02抗原肽。
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下表1B提供了根据本发明的抗原肽的共有序列(MHC I类共有序列)及其氨基酸序列和SEQ ID NO和人肿瘤抗原的相应片段/表位(在本文中也称为“人参考肽”)以及其核心序列的概述。
表1B.根据本发明的抗原肽的MHC I类共有序列。
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下表1C提供了根据本发明的抗原肽的HLA-A*02共有序列及其氨基酸序列和SEQID NO以及人肿瘤抗原的相应核心序列的概述。表1C还提供了根据本发明的每种抗原肽所涉及的核心序列和HLA-A*02共有序列的信息。
因此,抗原肽可以包括SEQ ID NO 309–326中任一者所示的氨基酸序列或由其组成。在一些实施方式中,抗原肽包括SEQ ID No 316、304-315和317-472和501-509中的任一者,优选SEQ ID No 316、304-315和317-326中的任一者所示的氨基酸序列或由其组成。
表1C.根据本发明的抗原肽的HLA-A*02共有序列。
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可以从表1A-1C中检索,可以根据对应的人肿瘤抗原、对应的核心序列和对应的MHC I类和/或HLA-A*02共有序列对根据本发明的抗原肽进行分类。
因此,抗原肽可以包括根据SEQ ID NO 281-303中任一者的(核心)序列。优选地,抗原肽包括根据SEQ ID NO 281、283-289、293、294、302和303中的任一者的(核心)序列。更优选地,抗原肽包括根据SEQ ID NO 283、287、293、294、302和303中的任一者的(核心)序列。还更优选地,抗原肽包括根据SEQ ID NO 287、293、294和302中的任一者的(核心)序列。
在一个实施方式中,根据本发明的抗原肽是肿瘤抗原CD19(人参考肽)的片段如“FLLFLTPME”(SEQ ID NO:258)、“KLSLGLPGL”(SEQ ID NO:259)、“SLVGILHLQ”(SEQ ID NO:260)、“TLAYLIFCL”(SEQ ID NO:261)或“QQMGGFYLC”(SEQ ID NO:262)的序列变体。在优选的实施方式中,根据本发明的抗原肽是肿瘤抗原CD19的片段的序列变体,如具有由SEQ IDNO 281-285中任一者所示的氨基酸序列组成的核心序列的抗原肽。因此,根据本发明的抗原肽是肿瘤抗原CD19的片段的序列变体,包括下列或由下列组成:SEQ ID No 304-308中任一者所示MHC I类共有序列。在具体实施方式中,根据本发明的抗原肽是结合特定HLA分子(HLA-A2*02)的肿瘤抗原CD19的片段的序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQID No 327-346中任一者所示HLA-A2*02共有序列。更优选地,根据本发明的抗原肽是肿瘤抗原CD19的片段的微生物丛序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO 1-40中任一者所示的氨基酸序列。更具体地,根据本发明的抗原肽是CD19片段(人参考肽)“FLLFLTPME”(SEQ ID NO:258)的序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ IDNO:1-12、304和327-333中所示的氨基酸序列,例如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQID NO:10中所示的氨基酸序列。还更优选的是,根据本发明的抗原肽是CD19片段(人参考肽)“KLSLGLPGL”(SEQ ID NO:259)的序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ IDNO:13-33、305和334-343中所示的氨基酸序列。还更优选的是,根据本发明的抗原肽是CD19片段(人参考肽)“SLVGILHLQ”(SEQ ID NO:260)的序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:34-35、306和344中所示的氨基酸序列,例如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:34或35所示的氨基酸序列。还更优选的是,根据本发明的抗原肽是CD19片段(人参考肽)“TLAYLIFCL”(SEQ ID NO:261)的序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:36-39、307和345-346所示的氨基酸序列,例如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:39所示的氨基酸序列。还更优选的是,根据本发明的抗原肽是CD19片段(人参考肽)“QQMGGFYLC”(SEQ ID NO:262)的序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:40和308中所示的氨基酸序列,例如包括包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:40所示的氨基酸序列。
在一个实施方式中,根据本发明的抗原肽是肿瘤抗原CD20(MS4A1;人参考肽)的片段如“IALGGLLMI”(SEQ ID NO:263)、“IMNSLSLFA”(SEQ ID NO:264)、“LMIPAGIYA”(SEQ IDNO:265)或“SLFLGILSV”(SEQ ID NO:266)的序列变体。在优选实施方式中,根据本发明的抗原肽是肿瘤抗原CD20的片段的序列变体,如具有由SEQ ID NO 286-289中任一者所示的氨基酸序列组成的核心序列的抗原肽。因此,根据本发明的抗原肽是肿瘤抗原CD20的片段的序列变体,包括下列或由下列组成:SEQ ID No 309-312中任一者所示MHC I类共有序列。在具体实施方式中,根据本发明的抗原肽是结合特定HLA分子(HLA-A2*02)的肿瘤抗原CD20的片段的序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID No 347-374中任一者所示HLA-A2*02共有序列。更优选地,根据本发明的抗原肽是肿瘤抗原CD20的片段的微生物丛序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO 41-87中任一者所示的氨基酸序列。更优选地,根据本发明的抗原肽是CD20片段(人参考肽)“IALGGLLMI”(SEQ ID NO:263)的序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:41-64、309和347-360中所示的氨基酸序列,例如,包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:61所示的氨基酸序列。还更优选的是,根据本发明的抗原肽是CD20片段(人参考肽)“IMNSLSLFA”(SEQ ID NO:264)的序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:65-70、310和361-364和476-484中所示的氨基酸序列,例如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:65、68、70和477中任一者所示的氨基酸序列。还更优选的是,根据本发明的抗原肽是CD20片段(人参考肽)“LMIPAGIYA”(SEQ ID NO:265)的序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ IDNO:71-80、311和365-369所示的氨基酸序列,例如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ IDNO:72所示的氨基酸序列。还更优选的是,根据本发明的抗原肽是CD20片段(人参考肽)“SLFLGILSV”(SEQ ID NO:266)的序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ IDNO:81-87、312和370-374中所示的氨基酸序列,例如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQID NO:86所示的氨基酸序列。
在一个实施方式中,根据本发明的抗原肽是肿瘤抗原CD22(人参考肽)的片段如“FLSNDTVQL”(SEQ ID NO:267)、“HLLGPWLLL”(SEQ ID NO:268)、“ILILAICGL”(SEQ ID NO:269)或“WVFEHPETL”(SEQ ID NO:270)的序列变体。在优选实施方式中,根据本发明的抗原肽是肿瘤抗原CD22的片段的序列变体,如具有由SEQ ID NO290-293中任一者所示的氨基酸序列组成的核心序列的抗原肽。因此,根据本发明的抗原肽是肿瘤抗原CD22的片段的序列变体,其包括下列或由下列组成:SEQ ID No 313-316中任一者所示MHC I类共有序列。在具体实施方式中,根据本发明的抗原肽是结合特定HLA分子(HLA-A2*02)的肿瘤抗原CD22的片段的序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID No 375-390中任一者所示HLA-A2*02共有序列。更优选地,根据本发明的抗原肽是肿瘤抗原CD22的片段的微生物丛序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO 88-110中任一者所示的氨基酸序列。更优选地,根据本发明的抗原肽是CD22片段(人参考肽)FLSNDTVQL”(SEQ ID NO:267)的序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:88-96、313和375-380中所示的氨基酸序列。还更优选的是,根据本发明的抗原肽是CD22片段(人参考肽)“HLLGPWLLL”(SEQ IDNO:268)的序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:97-101、314和381-383中所示的氨基酸序列。还更优选的是,根据本发明的抗原肽是CD22片段(人参考肽)“ILILAICGL”(SEQ ID NO:269)的序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ IDNO:102-105、315和384-386中所示的氨基酸序列。还更优选的是,根据本发明的抗原肽是CD22片段(人参考肽)“WVFEHPETL”(SEQ ID NO:270)的序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:106-110、316和387-390和485-488所示的氨基酸序列,例如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:107、108、109和110中任一者所示的氨基酸序列。
在一个实施方式中,根据本发明的抗原肽是肿瘤抗原CD37(人参考肽)的片段如“GLAFVPLQI”(SEQ ID NO:271)、“GLYFGMLLL”(SEQ ID NO:272)、“ILILAICGL”(SEQ ID NO:273)、“LLLLFATQI”(SEQ ID NO:274)、“SIVGICLGV”(SEQ ID NO:275)或“SLIKYFLFV”(SEQID NO:276)的序列变体。在优选实施方式中,根据本发明的抗原肽是肿瘤抗原CD37的片段的序列变体,如具有由SEQ ID NO 294-299中任一者所示的氨基酸序列组成的核心序列的抗原肽。因此,根据本发明的抗原肽是肿瘤抗原CD37的片段的序列变体,其包括下列或由下列组成:SEQ ID No 317-322中任一者所示MHC I类共有序列。在具体实施方式中,根据本发明的抗原肽是结合特定HLA分子(HLA-A2*02)的肿瘤抗原CD37的片段的序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID No 391-425中任一者所示HLA-A2*02共有序列。更优选的,根据本发明的抗原肽是肿瘤抗原CD37的片段的微生物丛序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO 111-162中任一者所示的氨基酸序列。更优选地,根据本发明的抗原肽是CD37片段(人参考肽)“GLAFVPLQI”(SEQ ID NO:271)的序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:111-130、317和391-402和489-493中所示的氨基酸序列,例如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:114、117、119、120、491和493中任一者所示的氨基酸序列。还更优选的是,根据本发明的抗原肽是CD37片段(人参考肽)“GLYFGMLLL”(SEQ ID NO:272)的序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:131-136、318和403-406中所示的氨基酸序列。还更优选的是,根据本发明的抗原肽是CD37片段(人参考肽)“ILILAICGL”(SEQ ID NO:273)的序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQID NO:137-147、319和407-414中所示的氨基酸序列。还更优选的是,根据本发明的抗原肽是CD37片段(人参考肽)“LLLLFATQI”(SEQ ID NO:274)的序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:148-155、320和415-420中所示的氨基酸序列。还更优选的是,根据本发明的抗原肽是CD37片段(人参考肽)“SIVGICLGV”(SEQ ID NO:275)的序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:156-157、321和421中所示的氨基酸序列。还更优选的是,根据本发明的抗原肽是CD37片段(人参考肽)“SLIKYFLFV”(SEQ ID NO:276)的序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:158-162、322和422-425中所示的氨基酸序列。
在一个实施方式中,根据本发明的抗原肽是肿瘤抗原TNFRSF13C(人参考肽)的片段如“GLAFVPLQI”(SEQ ID NO:277)、“GLALVLALV”(SEQ ID NO:278)、“LLFGAPALL”(SEQ IDNO:279)、“PLPGLLFGA”或(SEQ ID NO:280)的序列变体。在优选实施方式中,根据本发明的抗原肽是肿瘤抗原TNFRSF13C的片段的序列变体,如具有由SEQ ID NO 300-303中任一者所示的氨基酸序列组成的核心序列的抗原肽。因此,根据本发明的抗原肽是肿瘤抗原TNFRSF13C的片段的序列变体,其包括下列或由下列组成:SEQ ID No323-326中任一者所示MHC I类共有序列。在具体实施方式中,根据本发明的抗原肽是结合特定HLA分子(HLA-A2*02)的肿瘤抗原TNFRSF13C的片段的序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ IDNo 426-472中任一者所示HLA-A2*02共有序列。更具体地,根据本发明的抗原肽是肿瘤抗原TNFRSF13C的片段的微生物丛序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO163-257中任一者所示的氨基酸序列。更具体地,根据本发明的抗原肽是TNFRSF13C片段(人参考肽)“GLAFVPLQI”(SEQ ID NO:277)的序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:163-170、323和426-428中所示的氨基酸序列。还更优选的是,根据本发明的抗原肽是TNFRSF13C片段(人参考肽)“GLALVLALV”(SEQ ID NO:278)的序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:171-209、324和429-446中所示的氨基酸序列。还更优选的是,根据本发明的抗原肽是TNFRSF13C片段(人参考肽)“LLFGAPALL”(SEQ ID NO:279)的序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:210-225、325和447-455和494-500中所示的氨基酸序列,例如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:212、217、220和224中任一者所示的氨基酸序列。还更优选的是,根据本发明的抗原肽是TNFRSF13C片段(人参考肽)“LLFGAPALL”(SEQ ID NO:279)的序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:226-257、326和456-472中所示的氨基酸序列,例如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:227中所示的氨基酸序列。
优选地,根据本发明的抗原肽包括下列或由下列组成:SEQ ID No 304-312、315-316和325中任一者所示MHC I类共有序列。更优选地,根据本发明的抗原肽包括下列或由下列组成:SEQ ID No.330、332-333、336、341-344、346、354-355、360、363-364、367、371-372、374、387、390、392-393、402和450中任一者所示HLA-A*02共有序列。
在一些实施方式中,根据本发明的抗原肽包括下列或由下列组成:SEQ ID NO 1-12、34-35、36-39、40、41-64、65-70、476-484、71-80、81-87、106-110、485-488、111-130、489-493、210-225、494-500和226-257中任一者所示的氨基酸序列;优选地,抗原肽包括下列或由下列组成:SEQ ID NO 34-35、65-70、476-484、106-110、485-488、111-130、489-493、210-225、494-500和226-257中任一者所示的氨基酸序列;更优选地,抗原肽包括下列或由下列组成:SEQ ID NO 65-70、476-484、106-110、485-488、111-130、489-493、210-225和494-500中任一者所示的氨基酸序列。
在一些实施方式中,抗原肽包括下列或由下列组成:SEQ ID NO 10、34、35、39、40、61、68、70、72、86、107-110、114、117、119、120、212、217、220、224、227、231、477、491和493中任一者所示的氨基酸序列。还更具体地,根据本发明的抗原肽包括下列或由下列组成:SEQID NO 10、21、33、35、39、40、61、65、68、72、86、110、114和220中任一者所示的氨基酸序列。还更优选地,根据本发明的抗原肽包括下列或由下列组成:SEQ ID NO 10、21、33、35、39、40、110、114和220中任一者所示的氨基酸序列。最优选地,根据本发明的抗原肽包括下列或由下列组成:SEQ ID NO 10、110、114和220中任一者所示的氨基酸序列。还更优选地,根据本发明的抗原肽包括下列或由下列组成:SEQ ID NO 65、110、114和220中任一者所示的氨基酸序列。在一些实施方式中,抗原肽包括下列或由下列组成:SEQ ID NO:65所示的氨基酸序列。在一些实施方式中,抗原肽包括下列或由下列组成:SEQ ID NO:110中所示的氨基酸序列。在一些实施方式中,抗原肽包括下列或由下列组成:SEQ ID NO:114中所示的氨基酸序列。在一些实施方式中,抗原肽包括下列或由下列组成:SEQ ID NO:220中所示的氨基酸序列。
如本文的实例所示,根据本发明的具体抗原肽允许产生针对其自身的强免疫响应,并且最重要的是,允许产生针对肿瘤抗原中包含的与其具有氨基酸相似性的肽的强免疫响应,即使肿瘤抗原中包含的人参考肽可能具有耐受原性。
有利地,根据本发明的抗原肽可以是免疫原性化合物的形式,具体地用于预防或治疗B细胞恶性肿瘤。
包含根据本发明的抗原肽的免疫原性化合物
在进一步方面,本发明还提供了免疫原性化合物,其包括如上所述根据本发明的抗原肽。具体地,上述抗原肽的优选实施方式也适用于根据本发明的免疫原性化合物。例如,免疫原性化合物中包括的抗原肽优选地包括下列或由下列组成:SEQ ID No 304-326中任一者所示MHC I类共有序列,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO 1-247和476-500中任一者所示的氨基酸序列。例如,还更优选包括下列或由下列组成的根据本发明的抗原肽:SEQ ID NO 10、21、33、35、39、40、61、65、68、72、86、110、114和220中任一者所示的氨基酸序列。例如,还更优选包括下列或由下列组成的根据本发明的抗原肽:SEQ ID NO10、21、33、35、39、40、110、114和220中任一者所示的氨基酸序列。例如,还更优选包括下列或由下列组成的根据本发明的抗原肽:SEQ ID NO 10、110、114和220中任一者所示的氨基酸序列。例如,还更优选包括下列或由下列组成的根据本发明的抗原肽:SEQ ID NO 65、110、114和220中任一者所示的氨基酸序列。而且优选其组合,即,免疫原性化合物包括不同的根据本发明的抗原肽。
如本文所用,术语“免疫原性化合物”是指能够诱导、增加、延长或维持免疫响应的化合物,具体地当向哺乳动物给予时并且尤其是向人个体给予时诱导、增加、延长或维持免疫应答的化合物。
总体上,术语“免疫原性化合物”包括包含根据本发明的抗原肽的所有种类的化合物。例如,根据本发明的抗原肽可以与运载体分子连接,或者根据本发明的抗原肽可以被包含在多肽或蛋白质中(该多肽或蛋白质可以“单独地”存在,即不与任何其他化合物连接,或包含抗原肽的多肽或蛋白质可与运载体分子连接)。
优选地,根据本发明的免疫原性化合物包含抗原肽和运载体分子,具体地其中抗原肽(或包含抗原肽的多肽或蛋白质)与运载体分子连接。优选的运载体分子是运载体蛋白或运载体肽。根据优选的实施方式,如上限定的抗原肽或包含所述抗原肽的多肽/蛋白例如通过共价或非共价键与运载体蛋白或运载体肽连接。可选地,本文所述的这种运载体蛋白或运载体肽可以以免疫佐剂的形式被(单独地)共同给予(即,不作为“免疫原性化合物”,而是作为共同给予/联合疗法,如下文所述)。
运载体分子也可以是脂质或脂质样部分。在这种情况下,免疫原性化合物可以是脂肽。如本文所用,术语“脂肽”指代包含与肽部分共价连接的脂质或脂质样部分的分子。总体上,“脂质”可溶于非极性溶剂,但通常“脂质”不(或不易)溶于水。脂质或脂质样部分的实例包括但不限于脂肪酸、蜡、固醇、甘油单酸酯、甘油二酸酯、甘油三酸酯和磷脂。脂质可以是脂肪酸、甘油脂质、甘油磷脂、鞘脂、固醇脂质、异戊烯醇(prenol)脂质、糖脂或多聚乙酰。优选地,脂质是脂肪酸或其衍生物(包括甘油单酸酯、甘油二酸酯、甘油三酸酯和磷脂)。脂肪酸通常包含以羧基为末端的烃链。脂肪酸可以是饱和的或不饱和的。脂肪酸可以附接至官能团,例如含有氧、卤素、氮或硫的官能团。优选的脂肪酸是饱和或不饱和的长链脂肪酸,例如具有14个碳原子的肉豆蔻酸(CH3(CH2)12COOH)或具有16个碳原子的棕榈酸(CH3(CH2)14COOH),以及磷脂,例如磷脂酰甘油(PG)。
优选地,本文所述的抗原肽或包含该抗原肽的多肽/蛋白质可以被共同给予或例如通过共价或非共价键连接至具有免疫佐剂性质的蛋白质/肽,如提供CD4+Th1细胞的刺激。尽管本文所述的抗原肽优选结合MHC I类,但是CD4+辅助表位可以另外用于提供有效的免疫响应。Th1辅助细胞能够通过分泌干扰素-γ(IFN-γ)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)和白介素-2(IL-2)和增强共刺激信号在DC和T细胞上的表达来维持有效的树突状细胞(DC)激活和特定的CTL激活(Galaine et al.,Interest of Tumor-Specific CD4 T Helper 1Cellsfor Therapeutic Anticancer Vaccine.Vaccines(Basel).2015年6月30日;3(3):490-502)。
例如,佐剂肽/蛋白可以优选地是恢复免疫记忆或提供非特异性辅助的非肿瘤抗原,或者可以是特定的肿瘤源辅助肽。文献中已经描述了几种辅助肽用于提供非特异性T细胞辅助,如破伤风辅助肽、钉形贝血蓝蛋白肽或PADRE肽(Adotévi et al.,Targetingantitumor CD4helper T cells with universal tumor-reactive helper peptidesderived from telomerase for cancer vaccine.Hum Vaccin Immunother.2013年5月;9(5):1073-7,Slingluff CL,The present and future of peptide vaccines forcancer:single or multiple,long or short,alone or in combination?Cancer J.2011年9月-10月;17(5):343-50)。因此,破伤风辅助肽、钉形贝血蓝蛋白肽和PADRE肽是这种佐剂肽/蛋白的优选实例。此外,优选特定的肿瘤源辅助肽。特定的肿瘤源辅助肽通常由MHCII类,具体地由HLA-DR、HLA-DP或HLA-DQ呈递。特定的肿瘤源辅助肽可以是共享的过度表达的肿瘤抗原如HER2、NY-ESO-1、hTERT或IL13RA2的序列的片段。这种片段的长度优选为至少10个氨基酸,更优选至少11个氨基酸,还更优选至少12个氨基酸,最优选至少13个氨基酸。具体地,优选具有13至24个氨基酸的长度的共享的过表达的肿瘤抗原如HER2、NY-ESO-1,hTERT的片段。优选的片段与MHC II类结合,并且因此可以用IEDB的MHC II类结合预测工具(免疫表位数据库和分析资源;由National Institutes of Health in the Departmentof Health and Human Services的部门,National Institute of Allergy andInfectious Diseases的约定支持;URL:http://www.iedb.org/;http://tools.iedb.org/mhcii/)确定。优选地,佐剂肽/蛋白可以是序列MAKTIAYDEEARRGLERGLN(SEQ ID NO:473)的HHD-DR3肽。另一个优选的实例是h-pAg T13L(序列:TPPAYRPPNAPIL;SEQ ID NO:474;Bhasin M,Singh H,Raghava GP(2003)MHCBN:a comprehensive database of MHCbinding and non-binding peptides.Bioinformatics 19:665–666)。优选的佐剂肽/蛋白(具体地辅助肽)的进一步实例包括UCP2肽(例如,如WO 2013/135553 A1或Dosset etal.Clin Cancer Res.2012年11月15日;18(22):6284-9所述)和BIRC5肽(例如,如EP2119726 A1或Widenmeyer et al.Int J Cancer.2012年7月1日;131(1):140-9所述)。最优选的辅助肽是UCP2肽(氨基酸序列:KSVWSKLQSIGIRQH;SEQ ID NO:475,例如如WO 2013/135553 A1或Dosset et al.,Clin Cancer Res.2012Nov 15;18(22):6284-95所述)。
还优选根据本发明的免疫原性化合物是包含根据本发明的抗原肽的多肽或蛋白质。优选地,这种蛋白质或多肽是重组蛋白质或多肽,例如融合蛋白。术语“重组”是指其在自然界中不存在。
在优选实施方式中,根据本发明的免疫原性化合物包含式(I)的多肽或由其组成
PepNt-CORE-PepCt(I)
其中:
-"PepNt"由长度在0至500个氨基酸残基之间变化的多肽组成,并且位于式(I)的多肽的N端;
-"CORE"由如上限定的根据本发明的抗原肽组成;并且
-"PepCt"由长度在0至500个氨基酸残基之间变化的多肽组成,并且位于式(I)
的多肽的C端。
例如,免疫原性化合物可包括式(Ia)或(Ib)的多肽或由其组成:
PepNt-CORE (Ia);或
CORE-PepCt (Ib)
其中“PepNt”和“PepCt”和“CORE”如上限定。
优选地,式(I)、(Ia)或(Ib)的多肽是融合肽或融合蛋白,具体地重组融合肽或蛋白。
还优选如上限定的多肽或免疫原性化合物包括9至1000个氨基酸;其包括9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、250、300、350、400、450、500、600、700、800、900和1000个氨基酸。因此,“PepNt”和“PepCt”的长度,若适用,可据此限定。
因此,"PepNt"和"PepCt",如上限定,可包括0至500个氨基酸残基;其包括0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、250、300、350、400、450和500个氨基酸残基。
用于生成本发明的免疫原性化合物(如包括连接至运载体分子的式(I)的多肽或由其组成的免疫原性化合物)的运载体分子的类型完全在本领域技术人员的公知范围内。具体地,运载体分子的功能是提供细胞因子辅助(或T细胞辅助),以增强针对肿瘤抗原的免疫响应。
优选地,抗原肽连接至运载体分子,具体地连接至运载体蛋白,优选地通过共价或非共价键。肽任选地结合的运载体分子可选自多种已知的运载体。用于疫苗用途的运载体分子的实例包括蛋白质,如人或牛血清白蛋白和钉形贝血蓝蛋白肽(KLH)和脂肪酸。式(I)的抗原肽可共价连接的运载体分子的其他实施方式包括细菌毒素或类毒素,例如白喉、霍乱、大肠杆菌(E.coli)热不稳定或破伤风类毒素、脑膜炎奈瑟菌(N.meningitidis)外膜蛋白(欧洲专利申请号EP0372501)、合成肽(欧洲专利申请号EP0378881和EP0427347)、热激蛋白(PCT申请号W093/17712)、百日咳蛋白(PCT申请号W098/58668)、流感嗜血杆菌(H.influenzae)的蛋白D(PCT申请号WO00/56360)和艰难梭菌(C.difficile)的毒素A或B(国际专利申请WO00/61761)。
更优选地,运载体蛋白或运载体肽是具有免疫佐剂性质的蛋白质/肽,如提供CD4+Th1细胞的刺激,如本文所述。其优选的实例是恢复免疫记忆或提供非特异性辅助的非肿瘤抗原,或者可以是特定的肿瘤源辅助肽,如破伤风辅助肽、钉形贝血蓝蛋白肽或PADRE肽。另一个优选实例是特定肿瘤源辅助肽,其可以由MHC II类,具体地由HLA-DR、HLA-DP或HLA-DQ呈递,如共享的过表达的肿瘤抗原的片段,例如HER2、NY-ESO-1或hTERT。在优选实施方式中,运载体蛋白或运载体肽是具有免疫佐剂性质的蛋白质/肽,可以是HHD-DR3运载体肽MAKXIAYDEEARRGLERGLN(SEQ ID NO:473)。具体地,“PepNt”和/或“PepCt”可以对应于运载体蛋白或运载体肽,如HHD-DR3运载体肽MAKTIAYDEEARRGLERGLN(SEQ ID NO:473)。另一个优选实例是h-pAg T13L(序列:TPPAYRPPNAPIL;SEQ ID NO:474;Bhasin M,Singh H,Raghava GP(2003)MHCBN:acomprehensive database of MHC binding and non-bindingpeptides.Bioinformatics 19:665–666)。优选的运载体蛋白/肽(具体地辅助肽)的进一步实例包括UCP2肽(例如,如WO 2013/135553A1或Dosset et al.,Clin Cancer Res.2012年11月15日;18(22):6284-95所述)和BIRC5肽(例如,如EP2119726 A1或Widenmeyer et al.,Int J Cancer.2012年7月1日;131(1):140-9所述)。最优选的辅助肽是UCP2肽(氨基酸序列:KSVWSKLQSIGIRQH;SEQ ID NO:475)。
此外,在根据式(I)、(Ia)或(Ib)的多肽中,“PepNt”和/或“PepCt”可以优选地对应于具有免疫佐剂性质的这种蛋白质/肽,如提供CD4+Th1细胞的刺激,如本文所述。
此外,免疫原性化合物可以包含与根据本发明的抗原肽的N端或与包含所述抗原肽的多肽/蛋白质的N端共价连接的具有免疫佐剂性质的这种蛋白质/肽或由其组成,如提供与本文所述的CD4+Th1细胞的刺激。
优选地,根据本发明的抗原肽(或包括所述抗原肽的多肽/蛋白质)通过连接体部分共价结合至运载体分子。
优选的连接体试剂(agent)包括名为GMBS、磺基-GMBS、SMPB和磺基-SMPB的连接体试剂。
在如上限定的免疫原性化合物的一些实施方式中,连接体试剂选自GMBS(N-[γ-马来酰亚胺基丁酰基-氧]琥珀酰亚胺酯),磺基-GMBS(N-[γ-马来酰亚胺基丁酰基-氧]磺基琥珀酰亚胺酯),SMPB(4-[p-马来酰亚胺基苯基]丁酸琥珀酰亚胺酯)和磺基-SMPB(4-[p-马来酰亚胺基苯基]丁酸磺基琥珀酰亚胺酯)。
总体上用连接体试剂和更具体用选自GMBS、磺基-GMBS、SMPB和磺基-SMPB的连接体试剂缀合两个蛋白质的方法是本领域技术人员公知的。示例性地,这种方案被公开于Pierce公司(Illinois,USA)的公众可得的传单。GMBS、磺基-GMBS、SMPB和磺基-SMPB由包含N-羟基琥珀酰亚胺(NHS)酯基和马来酰亚胺基双异官能连接体试剂组成。利用GMBS、磺基-GMBS、SMPB或磺基-SMPB进行的缀合通常通过两步程序进行。在第一步中,使含胺蛋白质与若干摩尔倍数过量的连接体试剂在pH 7-9下反应形成酰胺键,然后除去过量的未反应的连接体试剂——通常通过脱盐或透析。在第二步中,添加含巯基的分子(例如式(I)的肽)以与已附接至第一蛋白质的马来酰亚胺基在pH 6.5-7.5下反应以形成稳定的硫醚键。
利用SMPB或磺基-SMPB作为连接体试剂以使根据本发明的抗原肽(或包括所述抗原肽的多肽/蛋白质,如式(I)的多肽)共价连接至含胺的运载体蛋白产生下式(II)的缀合物:
Figure BDA0003670232490000351
其中:
-R1由含胺的运载体蛋白的一个反应性基团组成,并且其中其所附接的NH基团源自(i)位于含胺运载体蛋白的N端的α氨基或(ii)含胺运载体蛋白的赖氨酸(K)氨基酸残基的侧链氨基;并且
-R2由根据本发明的抗原肽(或包含所述抗原肽的多肽/蛋白质,如式(I)的多肽)组成,并且其中其所附接的硫(S)原子源自位于式(I)的肽的N端或C端的半胱氨酸残基的巯基(SH)基团。在一些实施方式中,巯基部分可以是非天然氨基酸的一部分,或存在于式(I)的肽的末端的任何其他分子。
利用GMBS或磺基-GMBS作为连接体试剂以使根据本发明的抗原肽(或包括所述抗原肽的多肽/蛋白质,如式(I)的多肽)共价连接至含胺的运载体蛋白(具体地CRM197运载体蛋白)产生下式(III)的缀合物:
Figure BDA0003670232490000361
其中:
-R1由含胺的运载体蛋白的一个反应性基团组成,并且其中其所附接的NH基团源自(i)位于含胺运载体蛋白的N端的α氨基或(ii)含胺运载体蛋白的赖氨酸(K)氨基酸残基的侧链氨基;并且
-R2由根据本发明的抗原肽(或包含所述抗原肽的多肽/蛋白质,如式(I)的多肽)组成,并且其中其所附接的硫(S)原子源自位于式(I)的肽的N端或C端的半胱氨酸残基的巯基(SH)基团。在一些实施方式中,巯基部分可以是非天然氨基酸的一部分,或存在于式(I)的肽的末端的任何其他分子。
包括抗原肽的肽–MHC(pMHC)多聚体
在进一步方面,本发明还提供了包括根据本发明的抗原肽的肽-MHC(pMHC)多聚体。
如本文所用,术语“肽-MHC多聚体”(pMHC)指代由负载有本发明抗原肽的主要组织相容性复合物(MHC)蛋白质亚基构成的稳定的多聚体复合物。总体上,“MHC多聚体”是MHC分子的寡聚形式。MHC分子的主要功能是结合至抗原。根据本发明,所述抗原是根据本发明的抗原肽。因此,“负载”有本发明的抗原肽的MHC蛋白复合物通常意为本发明的抗原肽与一种或多种MHC蛋白结合。本发明的“肽-MHC多聚体”(pMHC)包括但不限于肽-MHC二聚体、三聚体、四聚体、五聚体、六聚体、七聚体或八聚体。MHC四聚体和五聚体是优选的。术语“主要组织相容性复合物”(MHC)是上位命名,意在涵盖在包括人白细胞抗原(HLA)在内的不同物种中描述的组织相容性抗原系统。在人类中,存在编码MHC I类分子的三种遗传基因座:HLA-A、HLA-B和HLA-C。HLA-A*01、HLA-A*02和HLA-A*11是可以由这些基因座表达的不同MHC I类等位基因的实例。
在本发明的一种实施方式中,pMHC多聚体是肽/MHC I类多聚体。在另一具体实施方式中,pMHC多聚体是对应于MHC I类/肽多聚体的HLA。因此,pMHC多聚体可以是选自HLA-A-肽多聚体、HLA-B-肽多聚体、HLA-C-肽多聚体、HLA-E-肽多聚体、MICA-肽多聚体和MICB-肽多聚体的HLA-肽多聚体。
获得pHMC多聚体的方法是本领域已知的,并且被描述于例如WO96/26962和WO01/18053中,其通过引用并入本文。
除了MHC分子和本发明的抗原肽之外,pMHC还可包含其他组分,如多聚化剂和/或标记(例如,用于可视化)。标记的实例包括但不限于荧光标记,例如荧光标记的蛋白质,如链霉亲和素。荧光标记包括别藻蓝蛋白(APC)、藻红蛋白(PE)、R-藻红蛋白(R-PE)和异硫氰酸荧光素(FITC)。优选的标记是生物素。
在本发明的一种实施方式中,所述pMHC多聚体可用于使如上所述的MHC I类肽复合物或对应于MHC I类/肽复合物的HLA的特异性T细胞群体可视化。例如,pMHC多聚体可以是其中MHC的重链被生物素化的多聚体,其允许与链霉亲和素组合成四聚体。这样的pMHC四聚体对适当的TCR-载体T淋巴细胞具有增加的亲合力,并且因此可以用于通过免疫荧光可视化反应性群体。在本发明的另一实施方式中,所述pMHC多聚体可用于通过筛选(在流式细胞术中或通过免疫磁性筛选)如上所述pMHC复合物的特异性T细胞群体而进行的检测和/或分离。
抗原肽特异性细胞毒性T淋巴细胞(CTL)
在进一步方面,本发明还提供了根据本发明的抗原肽特异性的细胞毒性T淋巴细胞(CTL),具体是根据本发明的抗原肽特异性的活化细胞毒性T淋巴细胞(CTL)。
本发明进一步提供了用于产生根据本发明的抗原肽特异性的细胞毒性T淋巴细胞(CTL),具体是根据本发明的抗原肽特异性的活化细胞毒性T淋巴细胞(CTL)的方法,该方法包括在体外接触CTL与在抗原呈递细胞或模仿抗原呈递细胞的人工构建体的表面上表达的负载有抗原的人I或II类MHC分子,其中所述抗原是根据本发明的抗原肽。优选的抗原呈递细胞包括树突状细胞。模仿抗原呈递细胞的人工构建体可以是例如根据本发明的肽-MHC多聚体。可以将CTL与在抗原呈递细胞或模仿抗原呈递细胞的人工构建体表面上表达的负载有抗原的人I或II类MHC分子接触的步骤进行足以以抗原特异性方式活化所述CTL的时间段。优选地,抗原肽是如上所述的优选抗原肽,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ IDNO 65、110、114和220中任一者所示的氨基酸序列。
针对本发明的抗原肽的(活化)T细胞可用于治疗。具体地,通过上述方法产生的活化T细胞选择性地识别异常表达包括SEQ ID NO:258-280的氨基酸序列的多肽(即,肿瘤抗原),例如包括SEQ ID NO 264、270、271和279中任一者所示的氨基酸序列的多肽的细胞。
优选地,本发明的抗原肽特异性的根据本发明的(活化)细胞毒性T淋巴细胞(CTL)可以具有(展示/表达)记忆标记。这种记忆标记优选是肠记忆细胞的记忆标记,如CCR9、CXCR3、CD103、CX3CR1和α4β7+。
与用非源自微生物丛序列的肽,例如人(参考)序列和/或合成肽(例如,包括例如人工引入的突变)进行疫苗接种相比,本发明的抗原肽特异性的根据本发明的(活化)细胞毒性T淋巴细胞(CTL)优选在用本发明的抗原肽(源自人微生物丛序列)疫苗接种后被更多/更强地扩增。换句话说,用本发明的抗原肽对对象进行疫苗接种比用与相同参考表位相关的对应人肽或合成肽(非源自微生物丛)疫苗接种优选地更增加了本发明的所述抗原肽特异性的根据本发明的(活化)细胞毒性T淋巴细胞(CTL)的数量。
本发明的抗原肽特异性的根据本发明的(活化)细胞毒性T淋巴细胞(CTL)优选在疫苗接种后在肠道中具有所述肽(由对象的微生物丛表达)的对象中更多/更强和/或更快扩增,例如,与在肠道中不具有所述肽(不由对象的微生物丛表达)的对象,例如在粪便样品中未检测到所述肽的对象相比,可以在对象的粪便样品中发现肽。具体地,在肠道中具有所述肽(由对象的微生物丛表达)的对象可以响应更快(更快的T细胞扩增)和/或具有来自期望类型Tc1的T细胞。
负载有抗原肽或免疫原性化合物的细胞
在进一步方面,本发明还提供了细胞,其负载有如上所述根据本发明的抗原肽或包括根据本发明的抗原肽的免疫原性化合物。具体地,上述抗原肽的优选实施方式也适用于根据本发明的这种细胞。例如,负载至细胞的抗原肽或负载至细胞的免疫原性化合物中包括的抗原肽优选地包括下列或由下列组成:SEQ ID No 304-326中任一者所示MHC I类共有序列,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO 1-247和476-500中任一者所示的氨基酸序列。例如,还更优选包括下列或由下列组成的根据本发明的抗原肽:SEQ ID NO10、21、33、35、39、40、61、65、68、72、86、110、114和220中任一者所示的氨基酸序列。例如,还更优选包括下列或由下列组成的根据本发明的抗原肽:SEQ ID NO 10、21、33、35、39、40、110、114和220中任一者所示的氨基酸序列。例如,还更优选包括下列或由下列组成的根据本发明的抗原肽:SEQ ID NO 10、110、114和220中任一者所示的氨基酸序列。例如,还更优选包括下列或由下列组成的根据本发明的抗原肽:SEQ ID NO 65、110、114和220中任一者所示的氨基酸序列。而且优选其组合,即,负载有不同的根据本发明的抗原肽(或对应的免疫原性化合物(一种或多种))的细胞。
优选的负载有根据本发明的抗原肽或根据本发明的免疫原性化合物的细胞是抗原呈递细胞(APC),更优选地树突状细胞(DC)。
APC特别受关注,因为其主要功能是处理抗原并将其呈递在免疫系统T细胞的细胞表面上,从而在体内启动和调节T细胞响应。在本发明的语境中,优选的是,APC负载有根据本发明的抗原肽(一种或多种)和/或免疫原性化合物(一种或多种)。这可以通过使APC在体外暴露于所述抗原肽(一种或多种)和/或免疫原性化合物(一种或多种)来完成(如RizzoMM,Alaniz L,Mazzolini G.Ex vivo loading of autologous dendritic cells withtumor antigens.Methods Mol Biol.2014;1139:41-4;Rolinski J,Hus I.Breakingimmunotolerance of tumors:a new perspective for dendritic cell therapy.JImmunotoxicol.2014年10月;11(4):311-8)。
优选的根据本发明的APC是树突状细胞(DC)。将至少一种根据本发明的抗原肽或免疫原性化合物与DC组合确实是有利的,因为那是最有效的APC并且据报道在癌症患者中经常是功能缺陷性的。本领域技术人员可以容易地从健康的相容性供体(即DC是HLA相关的)或患者本身获得DC——只要其是功能性的(即DC是自体的),例如通过从外周血直接分离或通过自外周血细胞(如CD14+单核细胞或CD34+造血前体)衍生(Figdor CG,de VriesIJ,Lesterhuis WJ,Melief CJ.Dendritic cell immunotherapy:mapping the way.NatMed.2004年5月;10(5):475-80)。实际上DC可以通过其表面标记物(如S100、p55、CD83和/或OX62)与外周血的其他细胞区分,并且因此可以基于所述标记物利用本领域公知的细胞培养技术被分离和纯化。
编码该抗原肽的核酸和包括核酸的宿主细胞
在进一步方面,本发明还提供了核酸,其编码根据本发明的抗原肽、上文限定的式(I)的多肽、或根据本发明的免疫原性化合物,其中所述免疫原性化合物是肽或蛋白质。具体地,上述抗原肽的优选实施方式也适用于根据本发明的这种核酸。例如,核酸编码的抗原肽优选地包括下列或由下列组成:SEQ ID No 304-326中任一者所示MHC I类共有序列,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO 1-247和476-500中任一者所示的氨基酸序列。例如,还更优选包括下列或由下列组成的根据本发明的抗原肽:SEQ ID NO 10、21、33、35、39、40、61、65、68、72、86、110、114和220中任一者所示的氨基酸序列。例如,还更优选包括下列或由下列组成的根据本发明的抗原肽:SEQ ID NO 10、21、33、35、39、40、110、114和220中任一者所示的氨基酸序列。例如,还更优选包括下列或由下列组成的根据本发明的抗原肽:SEQ ID NO 10、110、114和220中任一者所示的氨基酸序列。例如,还更优选包括下列或由下列组成的根据本发明的抗原肽:SEQ ID NO 65、110、114和220中任一者所示的氨基酸序列。而且优选其组合,即,编码不同的根据本发明的抗原肽的核酸。
核酸优选地包括单链的、双链的或部分双链的核酸,优选地选自gDNA、cDNA、RNA、反义DNA、反义RNA、有或无表达元件的互补RNA/DNA序列、微型基因、基因片段、调控元件、启动子和其组合。核酸(分子)和/或多核苷酸的进一步优选实例包括,例如,重组多核苷酸、载体、寡核苷酸、RNA分子如rRNA、mRNA或tRNA、或DNA分子,如上所述。因此优选核酸(分子)是DNA分子或RNA分子;优选地选自gDNA;cDNA;rRNA;mRNA;反义DNA;反义RNA;互补RNA和/或DNA序列;有或无表达元件的RNA和/或DNA序列,调控元件,和/或启动子;载体;和其组合。
在治疗、诊断、试剂和生物学测定领域中,无论是体外、体内、原位还是离体,能够在细胞内递送核酸,例如核糖核酸(RNA),如导致核酸的细胞内翻译和目的编码肽的产生,都受到很大关注。特别重要的是非整合性多核苷酸的递送和功能。因此,优选不整合到宿主染色体中的核酸,如mRNA。总体上,可以优化核酸,如mRNA,以表达本发明的抗原肽,例如通过本领域已知的方法,如密码子优化。另外,可以修饰核酸,例如,以增强其稳定性,延长其寿命和/或增加本发明的抗原肽的表达。因此,优选优化的或修饰的编码根据本发明的抗原肽的mRNA(mmRNA)。mmRNA在其功能和/或结构设计特征方面区别于野生型mRNA,以用于mRNA的最佳递送和/或用于本发明的抗原肽的最佳表达(例如,如WO2013/151672A2、WO2013/101690A1、WO2013/052523A,其通过引用并入本文)。总体上,核酸可以被“裸”递送或与运载体(例如,阳离子运载体)结合。阳离子运载体(带正电荷)通常容易与带负电荷的核酸结合。运载体可以是任何种类的任何运载体,包括例如聚合物、蛋白质、脂质和纳米颗粒。阳离子脂质和纳米颗粒(具体地,脂质纳米颗粒,LNP)优选用于核酸递送。因此,本发明还提供与运载体(例如脂质,具体地阳离子脂质或LNP)结合的本文所述的核酸。
在一些实施方式中,核酸分子可以是载体。术语“载体”,如在本发明的语境中所用,指代核酸分子,优选地人工核酸分子,即自然界中不存在的核酸分子。本发明语境中的载体适于合并或含有期望的核酸序列。这样的载体可以是储存载体、表达载体、克隆载体、转移载体等。储存载体是允许方便地储存核酸分子的载体。因此,该载体可以包含例如对应于根据本发明的期望抗原肽的序列。表达载体可用于产生表达产物,如RNA(例如mRNA)、或肽、多肽或蛋白质。例如,表达载体可以包含载体的一段序列转录所需的序列,如启动子序列。克隆载体通常是包含克隆位点的载体,其可用于将核酸序列并入到载体中。克隆载体可以是例如质粒载体或噬菌体载体。转移载体可以是适于将核酸分子转移到细胞或生物体中的载体,例如病毒载体。在本发明的语境中,载体可以是例如RNA载体或DNA载体。优选地,载体是DNA分子。例如,在本申请意义上的载体包括克隆位点、选择标记物如抗生素抗性因子、和适合于载体倍增的序列如复制起点。优选地,在本申请语境中的载体是质粒载体。优选地,在本申请语境中的载体是表达载体。优选的载体是用于在细菌细胞中表达的载体。更优选地,载体可用于在所谓的“活细菌疫苗载体”中表达,其中活细菌细胞(如细菌或细菌孢子,例如内生孢子、外生孢子或微生物胞囊)可以充当疫苗。其优选实例被描述于da Silvaet al.,Live bacterial vaccine vectors:an overview;Braz JMicrobiol.2015年3月4日;45(4):1117-29。
编码根据本发明的抗原肽的核酸可以是裸核酸的形式,或克隆到质粒或病毒载体中的核酸的形式(Tregoning and Kinnear,Using Plasmids as DNA Vaccines forInfectious Diseases.Microbiol Spectr.2014年12月;2(6).doi:10.1128/microbiolspec.PLAS-0028-2014),后者尤其优选。适当的根据本发明的病毒载体的实例非限制地包括逆转录病毒、腺病毒、腺相关病毒(AAV)、疱疹病毒和痘病毒载体。利用本领域中的标准重组技术,将核酸克隆到质粒或病毒载体中在本领域技术人员的能力范围内。
在进一步方面,本发明还提供了宿主细胞,其包括根据本发明的核酸。而且优选其组合,即,包括不同的根据本发明的核酸(例如编码不同的根据本发明的抗原肽)的宿主细胞。
优选地,宿主细胞中包括的核酸优选是载体。优选地,宿主细胞是细菌细胞。这种宿主细胞可优选地用于产生根据本发明的抗原肽或根据本发明的免疫原性化合物。另外,这种宿主细胞还可以是疫苗中的活性组分。
优选地,宿主细胞是细菌细胞,更优选肠道细菌细胞。术语“肠道细菌细胞”指代居于(人)肠道中的细菌。
这样的细菌宿主细胞可以充当“活细菌疫苗载体”,其中活细菌细胞(如细菌或细菌孢子,例如内生孢子、外生孢子或微生物胞囊)可以充当疫苗。其优选实例被描述于daSilva et al.,Live bacterial vaccine vectors:an overview;Braz J Microbiol.2015年3月4日;45(4):1117-29。
细菌细胞(如细菌或细菌孢子,例如内生孢子、外生孢子或微生物胞囊),具体地(完整)肠道细菌物种,可以是有利的,因为其具有比其包含的(多)肽或核酸触发更大免疫响应的潜力。
可选地,根据本发明的细菌细胞,具体地肠道细菌,可以是益生菌的形式,即活肠道细菌,其因此可由于其可以提供的健康益处而用作食品添加剂。其可以例如以颗粒、丸剂或胶囊被冻干,或直接与乳制品混合食用。
包括抗原肽或免疫原性化合物的纳米颗粒
在进一步方面,本发明还提供了包括下列的纳米颗粒,具体地负载有下列的纳米颗粒:
-至少一种根据本发明的抗原肽,或
-至少一种根据本发明的免疫原性化合物;
并且该纳米颗粒任选地负载有佐剂。
具体地,上述抗原肽的优选实施方式也适用于根据本发明的这种纳米颗粒。例如,负载至纳米颗粒的抗原肽或免疫原性化合物中包括的负载至纳米颗粒的抗原肽优选地包括下列或由下列组成:SEQ ID No 304-326中任一者所示MHC I类共有序列,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO 1-247和476-500中任一者所示的氨基酸序列。例如,还更优选包括下列或由下列组成的根据本发明的抗原肽:SEQ ID NO 10、21、33、35、39、40、61、65、68、72、86、110、114和220中任一者所示的氨基酸序列。例如,还更优选包括下列或由下列组成的根据本发明的抗原肽:SEQ ID NO 10、21、33、35、39、40、110、114和220中任一者所示的氨基酸序列。例如,还更优选包括下列或由下列组成的根据本发明的抗原肽:SEQ IDNO 10、110、114和220中任一者所示的氨基酸序列。例如,还更优选包括下列或由下列组成的根据本发明的抗原肽:SEQ ID NO 65、110、114和220中任一者所示的氨基酸序列。而且优选其组合,即,负载有不同的根据本发明的抗原肽(或对应的免疫原性化合物(一种或多种))的纳米颗粒。
纳米颗粒,具体地用作疫苗,是本领域已知的,并且被描述于例如Shao et al.,Nanoparticle-based immunotherapy for cancer,ACS Nano 2015,9(1):16-30;Zhao etal.,Nanoparticle vaccines,Vaccine 2014,32(3):327-37;和Gregory et al.,Vaccinedelivery using nanoparticles,Front Cell Infect Microbiol.2013,3:13,doi:10.3389/fcimb.2013.00013.eCollection 2013,Review。具体地,纳米颗粒用于递送抗原肽(或包含抗原肽的免疫原性化合物/多肽/蛋白质/核酸),并且可以任选地还充当佐剂。抗原肽(包含抗原肽的免疫原性化合物/多肽/蛋白质/核酸)通常被包封在纳米颗粒内,或与纳米颗粒的表面连接/结合(装饰到其上)(“外衣”)。与常规方法相比,纳米颗粒可以保护有效载荷(抗原/佐剂)免受周围生物环境的影响,增加半衰期,最小化全身毒性,促进向APC的递送,或甚至直接触发TAA特异性T细胞的活化。优选地,纳米颗粒的尺寸(直径)不大于300nm,更优选不大于200nm,最优选不大于100nm。这样的纳米颗粒被充分地规避吞噬细胞摄取,在循环中具有高度结构完整性和长循环时间,能够积聚在肿瘤生长的位点,并且能够深入渗透到肿瘤块中。
纳米颗粒的实例包括聚合物纳米颗粒,如聚乙二醇(PEG)和聚(D,L-乳酸-共-乙醇酸)(PLGA);无机纳米颗粒,如金纳米颗粒、氧化铁珠、氧化铁氧化锌纳米颗粒、碳纳米管和介孔二氧化硅纳米颗粒;脂质体,如阳离子脂质体;免疫刺激复合物(ISCOM);病毒样颗粒(VLP);和自组装蛋白。
聚合物纳米颗粒是基于/包含聚合物如聚(D,L-丙交酯-共-乙交酯)(PLG)、聚(D,L-乳酸-共-乙醇酸)(PLGA)、聚(γ-谷氨酸)(γ-PGA)、聚(乙二醇)(PEG)和聚苯乙烯的纳米颗粒。聚合物纳米颗粒可包陷(entrap)抗原(例如,抗原肽或包含其的(多)肽),或结合/缀合至抗原(例如,抗原肽或包含其的(多)肽)。聚合物纳米颗粒可用于递送至例如某些细胞,或通过其缓慢的生物降解速率维持抗原释放。例如,g-PGA纳米颗粒可用于包封疏水性抗原。聚苯乙烯纳米颗粒可以与各种抗原缀合,因为其可以用各种官能团进行表面修饰。诸如聚(L-乳酸)(PLA)、PLGA、PEG的聚合物以及诸如多糖的天然聚合物也可以用于合成水凝胶纳米颗粒,水凝胶纳米颗粒是一类纳米尺寸的亲水三维聚合物网络。纳米凝胶具有有利的性质,包括灵活的筛孔尺寸、大面积的多价缀合、高水含量和高抗原负载能力。因此,优选的纳米颗粒是纳米凝胶,如壳聚糖纳米凝胶。优选的聚合物纳米颗粒是基于/包含PEG和PLGA的纳米颗粒。
无机纳米颗粒是基于/包含无机物质的纳米颗粒,并且这种纳米颗粒的实例包括金纳米颗粒、氧化铁珠、氧化铁氧化锌纳米颗粒、碳纳米颗粒(例如,碳纳米管)和介孔二氧化硅纳米颗粒。无机纳米颗粒提供了刚性结构和可控的合成。例如,金纳米颗粒可以容易地以不同形状生产,如球形、棒形、立方体形。无机纳米颗粒可以被表面修饰,例如用碳水化合物。碳纳米颗粒提供了良好的生物相容性,并且可以例如作为纳米管或(介孔)球生产。例如,可以将多个拷贝的根据本发明的抗原肽(或包含其的(多)肽)缀合到碳纳米颗粒(例如碳纳米管)上。介孔碳纳米颗粒被优选用于口服给予。基于二氧化硅的纳米颗粒(SiNP)也是优选的。SiNP具有生物相容性,并且在选择性肿瘤靶向和疫苗递送中显示出卓越的性质。SiNP表面上丰富的硅烷醇基团可用于进一步修饰,以引入另外的功能,如细胞识别、特定生物分子的吸收、与细胞相互作用的改善以及细胞摄取的增强。介孔二氧化硅纳米颗粒是特别优选的。
脂质体通常由磷脂如1,2-二油酰基-3-三甲基丙烷铵(DOTAP)形成。总体上,阳离子脂质体是优选的。脂质体用磷脂双层壳和水性核心自组装。脂质体可以作为单层囊泡(具有一个磷脂双层)或多层囊泡(具有数个同心的磷脂壳,该磷脂壳被水层隔开)生成。因此,抗原可以被包封在核心中或不同层/壳之间。优选的脂质体系统是那些被批准用于人类的脂质体系统,如
Figure BDA0003670232490000421
V和
Figure BDA0003670232490000422
免疫刺激复合物(ISCOM)是大约40nm(直径)的笼状颗粒,其是包含胶体皂苷的胶团,例如由皂苷佐剂Quil-A、胆固醇、磷脂和(多)肽抗原(如抗原肽或包含其的多肽)制成。这些球形颗粒可以通过非极性相互作用而捕捉抗原。两种类型的ISCOM已被描述,其均由胆固醇、磷脂(通常为磷脂酰乙醇胺或磷脂酰胆碱)和皂苷(如Quil-A)组成。
病毒样颗粒(VLP)是通过生物相容性衣壳蛋白的自组装形成的自组装纳米颗粒。由于天然优化的纳米颗粒尺寸和重复的结构顺序,VLP可以诱导有效的免疫响应。VLP可以源自各种病毒,尺寸范围为20nm至800nm,通常在20-150nm范围内。VLP可以被工程化以表达其他肽或蛋白质——通过将这些肽/蛋白质融合至颗粒或通过表达多种抗原。另外,抗原可以被化学联接到病毒表面上以产生生物缀合物VLP。
自组装蛋白的实例包括铁蛋白和主要穹窿蛋白(MVP)。铁蛋白是可以自组装成近球形的10nm结构的蛋白质。96个MVP单元可以自组装成桶形的穹窿纳米颗粒,尺寸约为40nm宽和70nm长。通过自组装过程将遗传地融合有最小相互作用结构域的抗原在与MVP混合时可以被封装到穹窿纳米颗粒中。因此,可以将抗原(如根据本发明的抗原肽或包含其的多肽)与自组装蛋白或其片段/结构域(如MVP的最小相互作用结构域)融合。因此,本发明还提供了融合蛋白,其包含自组装蛋白(或其片段/结构域)和根据本发明的抗原肽。
总体上,纳米颗粒(NP)的优选实例包括氧化铁珠、聚苯乙烯微球、聚(γ-谷氨酸)(γ-PGA)NP、氧化铁-氧化锌NP、阳离子化明胶NP、普朗尼克稳定化的聚(硫化丙烯)(PPS)NP、PLGA NP、(阳离子)脂质体、(pH响应性)聚合物胶团、PLGA、癌细胞膜包被的PLGA、脂质-磷酸钙(LCP)NP、脂质体-鱼精蛋白-透明质酸(LPH)NP、聚苯乙烯乳胶珠、磁珠、右旋糖酐铁颗粒和量子点纳米晶体。
优选地,纳米颗粒进一步包含佐剂,例如toll样受体(TLR)激动剂。由此,可以将抗原肽(包含抗原肽的免疫原性化合物/多肽/蛋白质/核酸)与佐剂一起递送至例如抗原呈递细胞(APC),如树突状细胞(DC)。佐剂可以被纳米颗粒包封,或结合/缀合至纳米颗粒的表面,优选类似于抗原肽。
特别优选的佐剂是聚肌苷酸:聚胞苷酸(也称为“聚I:C”)和/或其衍生物聚-ICLC。聚I:C是错配的双链RNA,其中一条链是肌苷酸聚合物,另一条是胞苷酸聚合物。聚I:C是已知与Toll样受体3(TLR3)相互作用的免疫刺激剂。聚I:C在结构上类似于双链RNA,其是TLR3的“天然”刺激剂。因此,聚I:C可以被认为是合成的双链RNA类似物。聚-ICLC是羧甲基纤维素、聚肌苷酸-聚胞苷酸和聚-L-赖氨酸双链RNA的合成复合物。类似于聚I:C,聚-ICLC也是TLR3的配体。聚I:C和聚-ICLC通常刺激细胞毒性细胞因子的释放。聚-ICLC的优选实例是
Figure BDA0003670232490000431
药物组合物
在进一步方面,本发明还提供了药物组合物,其包括下列至少一种:
-本文所述的根据本发明的抗原肽,
-本文所述的根据本发明的免疫原性化合物,
-本文所述的根据本发明的纳米颗粒,
-本文所述的根据本发明的细胞,
-本文所述的根据本发明的核酸,
-本文所述的根据本发明的宿主细胞,和/或
-本文所述的根据本发明的细胞毒性T淋巴细胞,
以及任选地一种或多种药学上可接受的赋形剂或运载体。
因此,本发明提供了药物组合物,其包含(至少)一种本文所述的根据本发明的抗原肽。此外,本发明还提供了药物组合物,其包含(至少)一种本文所述的根据本发明的免疫原性化合物。此外,本发明还提供了药物组合物,其包含(至少)一种本文所述的根据本发明的纳米颗粒。此外,本发明还提供了药物组合物,其包含(至少)一种本文所述的根据本发明的细胞。此外,本发明还提供了药物组合物,其包含(至少)一种本文所述的根据本发明的核酸。此外,本发明还提供了药物组合物,其包含(至少)一种本文所述的根据本发明的宿主细胞。此外,本发明还提供了药物组合物,其包含(至少)一种本文所述的根据本发明的细胞毒性T淋巴细胞。
具体地,上述抗原肽的优选实施方式也适用于根据本发明的这种药物组合物。例如,药物组合物中包括的抗原肽或药物组合物所包括的免疫原性化合物、纳米颗粒、细胞、核酸或宿主细胞中的任一种中包括的抗原肽优选地包括下列或由下列组成:SEQ ID NO 1-247和476-500中任一者所示的氨基酸序列。例如,还更优选包括下列或由下列组成的根据本发明的抗原肽:SEQ ID NO 10、21、33、35、39、40、61、65、68、72、86、110、114和220中任一者所示的氨基酸序列。例如,还更优选包括下列或由下列组成的根据本发明的抗原肽:SEQID NO 10、21、33、35、39、40、110、114和220中任一者所示的氨基酸序列。例如,还更优选包括下列或由下列组成的根据本发明的抗原肽:SEQ ID NO 10、110、114和220中任一者所示的氨基酸序列。例如,还更优选包括下列或由下列组成的根据本发明的抗原肽:SEQ ID NO65、110、114和220中任一者所示的氨基酸序列。
而且优选其组合,即,包括不同的根据本发明的抗原肽的药物组合物。例如,药物组合物可包括
(i)至少两种不同的根据本发明的抗原肽;
(ii)至少两种不同的根据本发明的免疫原性化合物;
(iii)至少两种不同的根据本发明的纳米颗粒;
(iv)至少两种不同的根据本发明的核酸;和/或
(v)至少两种不同的根据本发明的细胞毒性T淋巴细胞。
因此,药物组合物可以包括(根据本发明的药物组合物的)至少“两种不同的组分”。优选地,三种或四种不同的组分。总体上,如本文所用,表示“不同组分”指代
(1)第一组分,如本文所述的根据本发明的抗原肽、本文所述的根据本发明的免疫原性化合物、本文所述的根据本发明的纳米颗粒、本文所述的根据本发明的细胞、本文所述的根据本发明的核酸、本文所述的根据本发明的宿主细胞、或本文所述的根据本发明的细胞毒性T淋巴细胞;和
(2)至少一种其他组分(其不同于第一组分;而在多于两种不同组分的情况下,每种组分不同于每种其他组分),如上述抗癌治疗剂、不同的本文所述的根据本发明的抗原肽、不同的本文所述的根据本发明的免疫原性化合物、不同的本文所述的根据本发明的纳米颗粒、不同的本文所述的根据本发明的细胞、不同的本文所述的根据本发明的核酸、不同的本文所述的根据本发明的宿主细胞、不同的本文所述的根据本发明的细胞毒性T淋巴细胞、或任何形式(“裸露型”、作为本文所述的免疫原性化合物、作为本文所述的纳米颗粒、作为本文所述的(宿主)细胞、或作为本文所述的核酸)的一种或多种人肿瘤抗原(的片段)。
因此,“不同的组分”优选地是在待预防和/或治疗疾病(B细胞恶性肿瘤)语境中的活性组分(如上所述)。换句话说,不同组分中的每一种,如果被分开给予(不如本文所述组合),也可有效用于预防和/或治疗所述癌症——尽管组合(即组合给予)通常增强其预防和/或治疗效果(如免疫响应),优选地以协同方式。
优选地,“不同的组分”是相同类型的(例如,不同的抗原肽、不同的免疫原性化合物、不同的纳米颗粒、不同的细胞、不同的核酸、不同的宿主细胞或不同的细胞毒性T淋巴细胞)并且彼此的不同之处仅在于其涉及不同的本文所述的本发明的抗原肽。
例如,至少三种或四种不同的活性组分优选为相同类型,但不同之处(仅)在于其各自涉及不同的抗原肽。更优选地
-第一组分涉及包括人肿瘤抗原CD22片段的(微生物丛)序列变体或由其组成的抗原肽;
-(不同的)第二组分涉及包括人肿瘤抗原CD37片段的(微生物丛)序列变体或由其组成的抗原肽;
-(不同的)第三组分涉及包括人肿瘤抗原TNFRSF13C片段的(微生物丛)序列变体或由其组成的抗原肽;和
-任选地,(不同的)第四组分涉及包括人肿瘤抗原MS4A1(CD20)片段的(微生物丛)序列变体或由其组成的抗原肽。
还更优选地
-第一组分涉及包括SEQ ID NO:270的(微生物丛)序列变体或由其组成的抗原肽;
-(不同的)第二组分涉及包括SEQ ID NO:271的(微生物丛)序列变体或由其组成的抗原肽;
-(不同的)第三组分涉及包括SEQ ID NO:279的(微生物丛)序列变体或由其组成的抗原肽;和
-任选地,(不同的)第四组分涉及包括SEQ ID NO:264的(微生物丛)序列变体或由其组成的抗原肽。
还更优选地
-第一组分涉及包括SEQ ID NO:110所示的氨基酸序列或由其组成的抗原肽;
-(不同的)第二组分涉及包括SEQ ID NO:114所示的氨基酸序列或由其组成的抗原肽;
-(不同的)第三组分涉及包括SEQ ID NO:220所示的氨基酸序列或由其组成的抗原肽;和
-任选地,(不同的)第四组分涉及包括SEQ ID NO:65所示的氨基酸序列或由其组成的抗原肽。
优选地,药物组合物包括至少两种不同的根据本发明的抗原肽。
优选地,药物组合物包括根据本发明的第一抗原肽,其包括下列或由下列组成:人肿瘤抗原CD22的片段的(微生物丛)序列变体;和根据本发明的第二抗原肽,其包括下列或由下列组成:人肿瘤抗原TNFRSF13C的片段的(微生物丛)序列变体。优选地,第一抗原肽包括下列或由下列组成:CD22片段(人参考肽)“WVFEHPETL”(SEQ ID NO:270)的(微生物丛)序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:106-110、316和387-390和485-488所示的氨基酸序列,例如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:107、108、109和110中任一者所示的氨基酸序列,并且第二抗原肽包括下列或由下列组成:TNFRSF13C片段(人参考肽)“LLFGAPALL”(SEQ ID NO:279)的(微生物丛)序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:210-225、325和447-455和494-500中所示的氨基酸序列,例如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:212、217、220和224中任一者所示,具体地SEQ IDNO:220、325和450所示的氨基酸序列。更优选地,第一抗原肽包括下列或由下列组成:SEQID NO:110、387和390中所示的氨基酸序列,并且第二抗原肽包括下列或由下列组成:SEQID NO:220和450中所示的氨基酸序列。还更优选地,药物组合物包括包含SEQ ID NO:110或由其组成的抗原肽和包含SEQ ID NO:220或由其组成的抗原肽。
更优选地,药物组合物包括至少三种不同的根据本发明的抗原肽。
具体地,药物组合物可以包括根据本发明的第一抗原肽,其包括下列或由下列组成:人肿瘤抗原CD22的片段的(微生物丛)序列变体;根据本发明的第二抗原肽,其包括下列或由下列组成:人肿瘤抗原TNFRSF13C的片段的(微生物丛)序列变体;和根据本发明的第三抗原肽,其包括下列或由下列组成:人肿瘤抗原CD37的片段的(微生物丛)序列变体。优选地,药物组合物包括第一抗原肽,其包括下列或由下列组成:CD22片段(人参考肽)“WVFEHPETL”(SEQ ID NO:270)的(微生物丛)序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:106-110、316和387-390和485-488所示的氨基酸序列,例如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:107、108、109和110中任一者所示的氨基酸序列;第二抗原肽,其包括下列或由下列组成:TNFRSF13C片段(人参考肽)“LLFGAPALL”(SEQ ID NO:279)的(微生物丛)序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:210-225、325和447-455和494-500中所示的氨基酸序列,例如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:212、217、220和224中任一者所示,具体地SEQ ID NO:220、325和450所示的氨基酸序列;和第三抗原肽,其包括下列或由下列组成:CD37片段(人参考肽)“GLAFVPLQI”(SEQ ID NO:271)的(微生物丛)序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:111-130、317和391-402和489-493中所示的氨基酸序列,例如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:114、117、119、120、491和493中任一者所示,具体地SEQ ID NO:113-116、324和392-393中所示的氨基酸序列。
还更优选地,药物组合物包括至少四种不同的根据本发明的抗原肽。
具体地,药物组合物可以包括根据本发明的第一抗原肽,其包括下列或由下列组成:人肿瘤抗原CD22的片段的(微生物丛)序列变体;根据本发明的第二抗原肽,其包括下列或由下列组成:人肿瘤抗原TNFRSF13C的片段的(微生物丛)序列变体;根据本发明的第三抗原肽,其包括下列或由下列组成:人肿瘤抗原CD37的片段的(微生物丛)序列变体;根据本发明的第四抗原肽,其包括下列或由下列组成:人肿瘤抗原CD19或CD20的片段的(微生物丛)序列变体。优选地,药物组合物包括第一抗原肽,其包括下列或由下列组成:CD22片段(人参考肽)“WVFEHPETL”(SEQ ID NO:270)的(微生物丛)序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:106-110、316和387-390和485-488所示的氨基酸序列,例如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:107、108、109和110中任一者所示的氨基酸序列;第二抗原肽,其包括下列或由下列组成:TNFRSF13C片段(人参考肽)“LLFGAPALL”(SEQ ID NO:279)的(微生物丛)序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:210-225、325和447-455和494-500中所示的氨基酸序列,例如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ IDNO:212、217、220和224中任一者所示,具体地SEQ ID NO:220、325和450中所示的氨基酸序列;第三抗原肽,其包括下列或由下列组成:CD37片段(人参考肽)“GLAFVPLQI”(SEQ ID NO:271)的(微生物丛)序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:111-130、317和391-402和489-493中所示的氨基酸序列,例如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ IDNO:114、117、119、120、491和493中任一者所示,具体地SEQ ID NO:113-116、324和392-393中所示的氨基酸序列;和第四抗原肽,其包括下列或由下列组成:CD20(MS4A1)片段(人参考肽)“IMNSLSLFA”(SEQ ID NO:264)的(微生物丛)序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:65-70、310和361-364和476-484中所示的氨基酸序列,例如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:65、68、70和477中任一者所示的氨基酸序列。
优选地,药物组合物包括:
-根据本发明的第一抗原肽,其包括人肿瘤抗原CD22片段的(微生物丛)序列变体或由其组成,
-根据本发明的第二抗原肽,其包括人肿瘤抗原TNFRSF13C片段的(微生物丛)序列变体或由其组成,
-根据本发明的第三抗原肽,其包括人肿瘤抗原CD37片段的(微生物丛)序列变体或由其组成,和
-任选地,根据本发明的第四抗原肽,其包括人肿瘤抗原CD20片段的(微生物丛)序列变体或由其组成。
更优选地,药物组合物包括:
-第一抗原肽,其包括下列或由下列组成:CD22片段(人参考肽)“WVFEHPETL”(SEQID NO:270)的(微生物丛)序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:106-110、316和387-390中所示的氨基酸序列,
-第二抗原肽,其包括下列或由下列组成:TNFRSF13C片段(人参考肽)“LLFGAPALL”(SEQ ID NO:279)的(微生物丛)序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:220、325和450所示的氨基酸序列,
-第三抗原肽,其包括下列或由下列组成:CD37片段(人参考肽)“GLAFVPLQI”(SEQID NO:271)的(微生物丛)序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:113-116、324和392-393中所示的氨基酸序列,和
-任选地,第四抗原肽,其包括下列或由下列组成:CD20片段(人参考肽)“IMNSLSLFA”(SEQ ID NO:264)的(微生物丛)序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:65-70、310和361-364中所示的氨基酸序列。
还更优选地,药物组合物包括根据本发明的抗原肽,所述抗原肽包括下列或由下列组成:SEQ ID NO 110、114、220和任选地65所示的氨基酸序列。
在一些实施方式中,药物组合物不进一步包括抗原肽(除了上述本发明的抗原肽之外)。
应理解,药物组合物还可以包含——代替上述抗原肽的优选组合——本发明的免疫原性化合物的相应组合、本发明的纳米颗粒的相应组合或本发明的核酸的相应组合。
优选地,药物组合物还包括一种或多种药学上可接受的赋形剂或运载体。
本发明的药物组合物可以是适合本发明的目的的任何形式。例如,所述组合物可以是适合于肠胃外、肠内或局部给予的形式,如液体混悬液、固体剂型(颗粒、丸剂、胶囊或片剂)或糊剂或凝胶。出于预期目的选择合适形式的组合物在本领域技术人员的能力范围内。
根据本发明的组合物可以进一步包括其他活性剂,例如可增强抗原肽或免疫原性化合物的效果的那种。可选地,组合物可不包括任何其他活性剂(即,除了根据本发明的抗原肽、根据本发明的免疫原性化合物、根据本发明的纳米颗粒、根据本发明的细胞、根据本发明的核酸、和/或根据本发明的宿主细胞)。
本文限定的药物组合物优选是免疫原性组合物,即能够诱导、增加、延长或维持免疫响应的组合物。这可通过所述组合物中包括的根据本发明的抗原肽或根据本发明的免疫原性化合物实现。优选地,药物组合物进一步包括一种或多种免疫佐剂物质。药物组合物,具体地免疫原性组合物,在本说明书中还可被称为“疫苗组合物”。
优选地,药物组合物进一步包括至少一种免疫刺激剂,具体地以增加、增强、延长或维持抗原肽介导的免疫响应。优选的根据本发明的免疫刺激剂非限制地包括免疫佐剂、抗原呈递细胞和其组合。优选地,免疫刺激剂是免疫佐剂或抗原呈递细胞(APC)。
优选地,免疫刺激剂是免疫佐剂。一些免疫佐剂能够利于和延长抗原与免疫系统之间的相互作用的持续时间,而其他则能够募集和激活天然免疫性细胞从而诱导适应性响应。属于前一类的佐剂非限制地包括矿物化合物,如明矾、氢氧化铝、磷酸铝、磷酸钙氢氧化物;以及油基乳液,如石蜡油、淀粉油、弗氏完全/不完全佐剂(FCA/FIA)、皂苷(例如来自植物皂树(Quillaja)、大豆、美远志(Polygala senega))。属于后一类的佐剂非限制地包括免疫刺激性复合物(ISCOM),如细胞因子(例如GM-CSF;诸如IL-1、IL-2、IL6、IL8或IL12的白介素;肿瘤坏死因子(TNF),如TNFα或TNFβ;干扰素IFNS,如IFNα、IFNβ、IFNγ或IFNδ等);toll样受体(TLR)的配体,如咪喹莫特(imiquimod)、雷西莫德(resiquimod)或MPL;外来体,如源自树突状细胞(DC)或肿瘤细胞的外来体;细菌产物,例如热激蛋白(HSP,如gp96、hsp90、hsp70、钙网织蛋白、hsp110、hsp170)、病原相关分子模式(PAMP)、海藻糖二分枝酸酯(TDM)、胞壁酰二肽(MDP)、多糖(PLS)(如多糖K)。
更优选地,免疫佐剂是具有免疫佐剂性质的蛋白质/肽,如提供对CD4+Th1细胞的刺激,如本文所述(“辅助”肽)。其优选实例是恢复免疫记忆或提供非特异性辅助的非肿瘤抗原,或者可以是特定肿瘤源辅助肽,如破伤风辅助肽、钉形贝血蓝蛋白肽或PADRE肽,如本文所述。另一优选实例是特定肿瘤源辅助肽,其可以由MHC II,具体地由HLA-DR、HLA-DP或HLA-DQ呈递,如共享的过表达的肿瘤抗原的片段,例如如上所述的HER2、NY-ESO-1、hTERT或IL13RA2。具体地,免疫佐剂可以是序列MAKTIAYDEEARRGLERGLN(SEQ ID NO:473)的HHD-DR3肽。该肽代表辅助肽(具有免疫佐剂性质)的另一实例,其在本发明的语境中是优选的。另一优选实例是h-pAg T13L(序列:TPPAYRPPNAPIL;SEQ ID NO:474;Bhasin M,Singh H,Raghava GP(2003)MHCBN:a comprehensive database of MHC binding and non-bindingpeptides.Bioinformatics19:665–666)。优选的免疫佐剂(具体地,辅助肽)的进一步实例包括UCP2肽(例如,如WO 2013/135553A1或Dosset et al.,.Clin Cancer Res.2012年11月15日;18(22):6284-95所述)和BIRC5肽(例如,如EP2119726 A1或Widenmeyer et al.,IntJ Cancer.2012年7月1日;131(1):140-9所述)。最优选的辅助肽是UCP2肽(氨基酸序列:KSVWSKLQSIGIRQH;SEQ ID NO:475)。
优选地,药物组合物包括至少两种不同的根据本发明的抗原肽和辅助肽,优选地UCP2肽(SEQ ID NO:475)。
具体地,药物组合物可以包括根据本发明的第一抗原肽,其包括下列或由下列组成:人肿瘤抗原CD22的片段的序列变体;根据本发明的第二抗原肽,其包括下列或由下列组成:人肿瘤抗原TNFRSF13C的片段的序列变体;和辅助肽,优选地UCP2肽(SEQ ID NO:475)。优选地,药物组合物包括第一抗原肽,其包括下列或由下列组成:CD22片段(人参考肽)“WVFEHPETL”(SEQ ID NO:270)的序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ IDNO:106-110、316和387-390所示的氨基酸序列;第二抗原肽,其包括下列或由下列组成:TNFRSF13C片段(人参考肽)“LLFGAPALL”(SEQ ID NO:279)的序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:220、325和450所示的氨基酸序列;和辅助肽,优选地UCP2肽(SEQ ID NO:475)。更优选地,第一抗原肽包括下列或由下列组成:SEQ ID NO:110、387和390中所示的氨基酸序列,并且第二抗原肽包括下列或由下列组成:SEQ ID NO:220和450中所示的氨基酸序列。还更优选地,药物组合物包括包含SEQ ID NO:110或由其组成的抗原肽、包含SEQ ID NO:220或由其组成的抗原肽和UCP2辅助肽(SEQ ID NO:475)。
还更优选地,药物组合物包括至少三种不同的根据本发明的抗原肽和辅助肽,优选地UCP2肽(SEQ ID NO:475)。
具体地,药物组合物可以包括根据本发明的第一抗原肽,其包括下列或由下列组成:人肿瘤抗原CD22的片段的(微生物丛)序列变体;根据本发明的第二抗原肽,其包括下列或由下列组成:人肿瘤抗原TNFRSF13C的片段的(微生物丛)序列变体;根据本发明的第三抗原肽,其包括下列或由下列组成:人肿瘤抗原CD37的片段的(微生物丛)序列变体;和辅助肽,优选地UCP2肽(SEQ ID NO:475)。优选地,药物组合物包括第一抗原肽,其包括下列或由下列组成:CD22片段(人参考肽)“WVFEHPETL”(SEQ ID NO:270)的(微生物丛)序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:106-110、316和387-390中所示的氨基酸序列;第二抗原肽,其包括下列或由下列组成:TNFRSF13C片段(人参考肽)“LLFGAPALL”(SEQID NO:279)的(微生物丛)序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:220、325和450中所示的氨基酸序列;第三抗原肽,其包括下列或由下列组成:CD37片段(人参考肽)“GLAFVPLQI”(SEQ ID NO:271)的(微生物丛)序列变体,例如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:113-116、324和392-393中所示的氨基酸序列;和辅助肽,优选地UCP2肽(SEQ ID NO:475)。
最优选地,药物组合物包括至少四种不同的根据本发明的抗原肽和辅助肽,优选地UCP2肽(SEQ ID NO:475)。
具体地,药物组合物可以包括根据本发明的第一抗原肽,其包括下列或由下列组成:人肿瘤抗原CD22的片段的(微生物丛)序列变体;根据本发明的第二抗原肽,其包括下列或由下列组成:人肿瘤抗原TNFRSF13C的片段的(微生物丛)序列变体;根据本发明的第三抗原肽,其包括下列或由下列组成:人肿瘤抗原CD37的片段的(微生物丛)序列变体;根据本发明的第四抗原肽,其包括下列或由下列组成:人肿瘤抗原CD19或CD20的片段的(微生物丛)序列变体;和辅助肽,优选地UCP2肽(SEQ ID NO:475)。
优选地,药物组合物包括根据本发明的第一抗原肽,其包括下列或由下列组成:人肿瘤抗原CD22的片段的(微生物丛)序列变体;根据本发明的第二抗原肽,其包括下列或由下列组成:人肿瘤抗原TNFRSF13C的片段的(微生物丛)序列变体;根据本发明的第三抗原肽,其包括下列或由下列组成:人肿瘤抗原CD37的片段的(微生物丛)序列变体;(任选地)根据本发明的第四抗原肽,其包括下列或由下列组成:人肿瘤抗原CD20的片段的(微生物丛)序列变体;和辅助肽,优选地UCP2肽(SEQ ID NO:475)。更优选地,药物组合物包括第一抗原肽,其包括下列或由下列组成:CD22片段(人参考肽)“WVFEHPETL”(SEQ ID NO:270)的(微生物丛)序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:106-110、316和387-390中所示的氨基酸序列;第二抗原肽,其包括下列或由下列组成:TNFRSF13C片段(人参考肽)“LLFGAPALL”(SEQ ID NO:279)的(微生物丛)序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:220、325和450中所示的氨基酸序列;第三抗原肽,其包括下列或由下列组成:CD37片段(人参考肽)“GLAFVPLQI”(SEQ ID NO:271)的(微生物丛)序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:113-116、324和392-393中所示的氨基酸序列;(任选地)第四抗原肽,其包括下列或由下列组成:CD20片段(人参考肽)“IMNSLSLFA”(SEQ ID NO:264)的(微生物丛)序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:65-70、310和361-364所示的氨基酸序列;和辅助肽,优选地UCP2肽(SEQ ID NO:475)。
特别优选的免疫佐剂是聚肌苷酸:聚胞苷酸(也称为“聚I:C”)和/或其衍生物聚-ICLC。聚I:C是错配的双链RNA,其中一条链是肌苷酸的聚合物,另一条链是胞苷酸的聚合物。聚I:C是已知与Toll样受体3(TLR3)相互作用的免疫刺激剂。聚I:C在结构上类似于双链RNA,其是TLR3的“天然”刺激剂。因此,聚I:C可以被认为是合成的双链RNA类似物。聚-ICLC是羧甲基纤维素、聚肌苷酸-聚胞苷酸和聚-L-赖氨酸双链RNA的合成复合物。类似于聚I:C,聚-ICLC是TLR3的配体。聚I:C和聚-ICLC通常刺激细胞毒性细胞因子的释放。聚-ICLC的优选实例是
Figure BDA0003670232490000511
最优选地,佐剂是Montanide,如Montanide ISA 51VG和/或Montanide ISA720VG。当与水基抗原介质混合时,这些佐剂可提供稳定的油包水乳液。Montanide ISA51VG基于甘露糖单油酸酯表面活性剂和矿物油的混合物,而Montanide ISA 720VG采用非矿物油(Aucouturier J,Dupuis L,Deville S,Ascarateil S,Ganne V.Montanide ISA720and 51:a new generation of water in oil emulsions as adjuvants for humanvaccines.Expert Rev Vaccines.2002年6月;1(1):111-8;Ascarateil S,Puget A,KoziolM-E.Safety data of Montanide ISA 51VG and Montanide ISA 720VG,two adjuvantsdedicated to human therapeutic vaccines.Journal for Immunotherapy ofCancer.2015;3(Suppl 2):P428.doi:10.1186/2051-1426-3-S2-P428)。
还优选的是,免疫刺激剂是抗原呈递细胞(APC)。APC也特别受关注,因为其主要功能是处理抗原并将其呈递在免疫系统的T细胞的细胞表面上,从而在体内启动和调节T细胞响应。在本发明的组合物中,优选的是,APC负载有根据本发明的抗原肽(一种或多种)和/或免疫原性化合物(一种或多种),这可以通过在体外使APC暴露于所述抗原肽(一种或多种)和/或免疫原性化合物(一种或多种)来完成(Rizzo et al.,Methods Mol Biol.2014;1139:41-4;Rolinski and Hus,J Immunotoxicol.2014年10月;11(4):311-8)。
优选地,APC是树突状细胞(DC)。DC是最有效的APC,并且据报道在癌症患者中经常是功能缺陷性的。DC可以被本领域技术人员容易地从健康的相容性供体(即树突状细胞是HLA相关的)或患者本身获得——只要其是功能性的(即,DC是自体的),例如通过直接从外周血分离,或通过自外周血细胞如CD14+单核细胞或CD34+造血前体衍生(Emens等,2008)。事实上DC可以通过其表面标记物(如S100、p55、CD83和/或OX62)与外周血的其他细胞区分,并且因此可以基于所述标记物利用本领域公知的细胞培养技术被分离和纯化。
根据优选的实施方式,药物组合物可以进一步包含至少一种抗癌治疗剂。因此,所述治疗剂优选能够预防和/或治疗与根据本发明的抗原肽所用于的相同类型的癌症。优选地,抗癌治疗剂选自抗体、CAR-T细胞、肿瘤细胞溶解物、化学治疗剂、放射治疗剂、免疫检查点调节剂及其组合。
抗体在癌症治疗中特别有利,因为其可以与癌细胞表面上的特定抗原结合,从而将治疗导向肿瘤(即,这些被称为肿瘤靶向抗体),或阻断在癌症中失调的免疫检查点(即,这些在本文中称为免疫调节抗体)。后者类型的抗体的目的是抑制癌症免疫抗性,这对于肿瘤抗原特异性T细胞可被显著地观察到。事实上,如本领域中公知,在正常生理条件下,免疫检查点对于维持自我耐受(即预防自身免疫)至关重要,并且在免疫系统对病原性感染作出响应时保护组织免受损害。然而,在癌症中,免疫检查点表达可失调,作为免疫抗性的重要机制。就PD-L1检查点而言,所述抗性已在黑素瘤、卵巢癌、肺癌、胶质母细胞瘤、乳腺癌和胰腺癌中被观察到了(Konishi et al.,B7-H1 expression on non-small cell lungcancer cells and its relationship with tumor-infiltrating lymphocytes andtheir PD-1expression.Clin Cancer Res.2004年8月1日;10(15):5094-100;Ghebeh etal.,The B7-H1(PD-L1)Tlymphocyte-inhibitory molecule is expressed in breastcancer patients with infiltrating ductal carcinoma:correlation with importanthigh-risk prognostic factors.Neoplasia.2006年3月;8(3):190-8;Hino et al.,Tumorcell expression of programmed cell death-1ligand 1is aprognostic factor formalignant melanoma.Cancer.2010年4月1日;116(7):1757-66)。免疫检查点的其他实例非限制地包括PD-L2、PD-1、CD80、CD86,CTLA-4、B7H3、B7H4、PVR、TIGIT、GAL9、LAG-3、GITR、CD137、TIM3、VISTA、VISTA-R(Pico de
Figure BDA0003670232490000521
et al.,Checkpoint blockade for cancertherapy:revitalizing a suppressed immune system.Trends Mol Med.2015年8月;21(8):482-91;Pardoll DM.The blockade of immune checkpoints in cancerimmunotherapy.Nat Rev Cancer.2012年3月22日;12(4):252-64)。
抗体通常以裸单克隆抗体(即,非缀合)或与具有细胞毒性或放射性的其他分子缀合的形式用于上述目的。
在癌症免疫疗法中使用的公知单克隆肿瘤靶向抗体的实例非限制地包括阿来珠单抗(alemtuzumab)(慢性淋巴细胞性白血病)、贝伐单抗(bevacizumab)(结肠直肠癌、多形胶质母细胞瘤、宫颈癌、肺癌、肾癌)、本妥昔单抗(brentuximab)/vedotin(淋巴瘤)、blinatumumab(急性成淋巴细胞性白血病)、卡妥索单抗(catumaxomab)(EPCAM+癌症中的恶性腹水)、西妥昔单抗(cetuximab)(头颈癌、结肠直肠癌)、地诺单抗(denosumab)(乳腺癌、前列腺癌和骨癌)、吉妥单抗(Gemtuzumab)/奥唑米星(ozogamicin)(急性髓性白血病)、替伊莫单抗(ibritumomab)/tiuxetan(非霍奇金淋巴瘤)、帕尼单抗(panitumumab)(结肠直肠癌)、帕妥珠单抗(pertuzumab)(乳腺癌)、奥比妥珠单抗(obinutuzumab)(慢性淋巴细胞性白血病)、奥法木单抗(ofatumumab)(慢性淋巴细胞性白血病)、奥匹单抗(opilimumab)(黑素瘤)、拉莫西单抗(ramucirumab)(胃癌和胃-食管癌)、利妥昔单抗(rituximab)(慢性淋巴细胞性白血病和非霍奇金淋巴瘤)、西妥昔单抗(siltuximab)(多中心卡特曼病(multicentric’s Catsleman病))、托西单抗(tositumomab)(非霍奇金淋巴瘤)和曲妥珠单抗(trastuzumab)(乳腺癌、胃癌和胃-食管癌);而免疫调节抗体的实例非限制地包括伊匹单抗(ipilimumab)(黑素瘤)——其阻断CTLA4依赖性免疫检查点、纳武单抗(nivolumab)(黑素瘤、肺癌)和派姆单抗(prembrolizubmab)(黑素瘤)——二者均阻断PDCD1依赖性免疫检查点、以及MPDL3280A、MEDI4736、MEDI0680和MSB0010718C——全部均阻断PD-L1依赖性免疫检查点(Sharma and Allison,The future of immune checkpointtherapy.Science.2015年4月3日;348(6230):56-61)。
用于癌症免疫疗法的其他抗体已被描述于Buquéet al.,Trial Watch:Immunomodulatory monoclonal antibodies for oncologicalindications.Oncoimmunology.2015年3月2日;4(4):e1008814.eCollection 2015年4月;Redman et al.,Mechanisms of action of therapeutic antibodies for cancer.MolImmunol.2015年10月;67(2Pt A):28-45;Simpson and Caballero,Monoclonalantibodies for the therapy of cancer MC Proc.2014;8(Suppl 4):O6以及抗体学会网站(European Union or United States批准或审查中的治疗性单克隆抗体列表,在网站链接http://www.antibodysociety.org/news/approved_mabs.php上可获得)。
用嵌合抗原受体(CAR)T细胞进行的过继性细胞免疫疗法已改变B细胞非霍奇金淋巴瘤(NHL),特别是侵袭性B细胞淋巴瘤的治疗前景。例如,CD19目标CAR T细胞,代表对至少两种先前治疗线难治(refractory)的DLBCL患者的新护理标准。两种CAR T细胞产品axicabtagene ciloleucel(axi-cel)(KTE-019)(YESCARTATM)和tisagenlecleucel(CTL019)(KYMRIAHTM)已获得美国食品药品监督管理局批准用于在两种治疗线后治疗难治性DLBCL。第三种产品lisocabtagene maraleucel(liso-cel)(JCAR017)目前正在临床试验中被评价。其他CAR T细胞包括CD20-CAR-T细胞。
肿瘤细胞溶解物也可以与根据本发明的抗原肽(一种或多种)组合。通过呈递内源肽-MHC复合物,以及经由可以加工和呈递所述溶解物所递送的抗原的宿主树突状细胞(DC),肿瘤细胞确实能够引发免疫响应。从而增加针对可以诱导免疫响应的抗原的范围。肿瘤细胞溶解物可以通过用热激和/或化学处理来处理肿瘤细胞而容易地获得,并且可以是自体的(即,从患者分离)或同种异体的(即,从另一对象分离)。
标准化学治疗药物和放射治疗剂无需在本文被进一步描述,因为其已被广泛描述于文献中,尤其Baskar等(Baskar et al.,Cancer and radiation therapy:currentadvances and future directions.Int J Med Sci.2012;9(3):193-9)、Paci等(Paci etal.,Review of therapeutic drug monitoring of anticancer drugs part 1--cytotoxics.Eur J Cancer.2014年8月;50(12):2010-9)和Widmer等(Widmer et al.,Review of therapeutic drug monitoring of anticancer drugs part two--targetedtherapies.Eur J Cancer.2014年8月;50(12):2020-36)。这种药物和试剂的列表也在cancer.gov网站(http://www.cancer.gov/about-cancer/treatment/drugs)上可得。
优选地,用于与本文限定的抗原肽组合的免疫检查点调节剂是一种或多种免疫检查点分子的活化剂或抑制剂,该免疫检查点分子选自下列:CD27、CD28、CD40、CD122、CD137、OX40、GITR、ICOS、A2AR、B7-H3、B7-H4、BTLA、CD40、CTLA-4、IDO、KIR、LAG3、PD-1、TIM-3、VISTA、CEACAM1、GARP、PS、CSF1R、CD94/NKG2A、TDO、GITR、TNFR和/或FasR/DcR3;或其一种或多种配体的活化剂或抑制剂。
更优选地,免疫检查点调节剂是(共)刺激性检查点分子的活化剂或抑制性检查点分子的抑制剂或其组合。因此,免疫检查点调节剂更优选地是(i)CD27、CD28、CD40、CD122、CD137、OX40、GITR和/或ICOS的活化剂或(ii)A2AR、B7-H3、B7-H4、BTLA、CD40、CTLA-4、IDO、KIR、LAG3、PD-1、PDL-1、PD-L2、TIM-3、VISTA、CEACAM1、GARP、PS、CSF1R、CD94/NKG2A、TDO、TNFR和/或FasR/DcR3的抑制剂。
还更优选地,免疫检查点调节剂是抑制性检查点分子的抑制剂(但优选地不是刺激性检查点分子的抑制剂)。因此,免疫检查点调节剂还更优选地是A2AR、B7-H3、B7-H4、BTLA、CTLA-4、IDO、KIR、LAG3、PD-1、PDL-1、PD-L2、TIM-3、VISTA、CEACAM1、GARP、PS、CSF1R、CD94/NKG2A、TDO、TNFR和/或DcR3或其配体的抑制剂。
还优选的是,免疫检查点调节剂是刺激性或共刺激性检查点分子的活化剂(但优选地不是抑制性检查点分子的活化剂)。因此,免疫检查点调节剂更优选地是CD27、CD28、CD40、CD122、CD137、OX40、GITR和/或ICOS或其配体的活化剂。
还更优选的是,免疫检查点调节剂是CD40通路、IDO通路、LAG3通路、CTLA-4通路和/或PD-1通路的调节剂。具体地,免疫检查点调节剂优选地是CD40、LAG3、CTLA-4、PD-L1、PD-L2、PD-1和/或IDO的调节剂,更优选地免疫检查点调节剂是CTLA-4、PD-L1、PD-L2、PD-1、LAG3、和/或IDO的抑制剂或CD40的活化剂,还更优选地免疫检查点调节剂是CTLA-4、PD-L1、PD-1、LAG3和/或IDO的抑制剂,还更优选地免疫检查点调节剂是LAG3、CTLA-4和/或PD-1的抑制剂,最优选地免疫检查点调节剂是CTLA-4和/或PD-1的抑制剂。
因此,用于与抗原肽组合的检查点调节剂可选自CTLA-4通路或PD-1通路的已知调节剂。优选地,用于与本文限定的抗原肽组合的检查点调节剂可选自CTLA-4通路或PD-1通路的已知调节剂。特别优选地,免疫检查点调节剂是PD-1抑制剂。CTLA-4通路或PD-1通路的优选抑制剂包括单克隆抗体
Figure BDA0003670232490000541
(伊匹单抗;Bristol Myers Squibb)和替西木单抗(Tremelimumab)(Pfizer/MedImmune)以及
Figure BDA0003670232490000542
(纳武单抗;Bristol Myers Squibb)、
Figure BDA0003670232490000543
(派姆单抗(Pembrolizumab),也称帕博利珠单抗(Lambrolizumab)或MK-3475;Merck)、
Figure BDA0003670232490000544
(德瓦鲁单抗(Durvalumab),也称MEDI4736;MedImmune/AstraZeneca)、
Figure BDA0003670232490000545
(阿特朱单抗(Atezolizumab),也称MPDL3280A;Roche/Genentech)、Pidilizumab(CT-011;CureTech)、MEDI0680(AMP-514;AstraZeneca)、
Figure BDA0003670232490000546
(阿维鲁单抗(Avelumab);Merck KGaA/Pfizer,也称MSB-0010718C)、MIH1(Affymetrix)、LY3300054(EliLilly)和Spartalizumab(也称PDR001;Novartis)。更优选的检查点抑制剂包括CTLA-4抑制剂
Figure BDA0003670232490000547
(伊匹单抗;Bristol Myers Squibb)和替西木单抗(Pfizer/MedImmune)以及PD-1抑制剂
Figure BDA0003670232490000548
(纳武单抗;Bristol Myers Squibb)、
Figure BDA0003670232490000549
(派姆单抗;Merck)、Pidilizumab(CT-011;CureTech)、MEDI0680(AMP-514;AstraZeneca)、AMP-224(PD-L2Fc融合蛋白;MedImmune)。
还优选的是,用于与本文限定的抗原肽组合的免疫检查点调节剂选自派姆单抗、伊匹单抗、纳武单抗、阿特朱单抗、德瓦鲁单抗、替西木单抗、阿维鲁单抗、Spartalizumab、LAG525(抗LAG-3单克隆抗体)、Epacadostat(也称INCB24360;IDO抑制剂)、Varlilumab(抗CD27单克隆抗体)、Urelumab(抗CD137单克隆抗体)、AMP-224和CM-24(抗CEACAM1单克隆抗体)。
选择适于本发明的目的的免疫抗癌治疗剂在本领域普通技术人员的能力范围内。例如,如果希望预防或治疗黑素瘤,则可优选使用黑素瘤细胞的溶解物和/或抗体伊匹单抗连同合适的抗原肽。可以通过以下选择合适的抗原肽:(i)选择本领域已知的和/或本文表1B所述的适于某种癌症类型的肿瘤抗原,以及(ii)选择上述(例如表1A)适于所选肿瘤抗原的根据本发明的抗原肽。
抗癌治疗剂也可以与本发明的组合物组合给予,同时地、分开地或相继地。如果组合物和治疗剂以分开的或相继的方式被给予,则其可以以不同的药物形式给予。
因此,在另一方面,本发明涉及本发明的组合物和至少一种如上所述的抗癌治疗剂,作为用于同时、分开或相继给予的组合制剂。换句话说,本发明提出了本发明的组合物和至少一种如上所述的抗癌治疗剂的组合应用,用于同时、分开或相继给予。
多部分试剂盒(Kits-of-parts)
在进一步方面,本发明还提供了多部分试剂盒(在本文中也称为“试剂盒”),其包括下列至少一种:
-本文所述的根据本发明的抗原肽,
-本文所述的根据本发明的免疫原性化合物,
-本文所述的根据本发明的纳米颗粒,
-本文所述的根据本发明的细胞,
-本文所述的根据本发明的核酸,
-本文所述的根据本发明的宿主细胞,
-本文所述的根据本发明的细胞毒性T淋巴细胞,和/或
-本文所述的根据本发明的药物组合物。
具体地,上述抗原肽的优选实施方式也适用于根据本发明的这种试剂盒。例如,试剂盒中包括的抗原肽或试剂盒中包括的免疫原性化合物、纳米颗粒、细胞、核酸、宿主细胞或药物组合物中的任一种中包括的抗原肽优选地包括下列或由下列组成:SEQ ID NO 1-247和476-500中任一者所示的氨基酸序列。例如,还更优选包括下列或由下列组成的根据本发明的抗原肽:SEQ ID NO 10、21、33、35、39、40、61、65、68、72、86、110、114和220中任一者所示的氨基酸序列。例如,还更优选包括下列或由下列组成的根据本发明的抗原肽:SEQID NO 10、21、33、35、39、40、110、114和220中任一者所示的氨基酸序列。例如,还更优选包括下列或由下列组成的根据本发明的抗原肽:SEQ ID NO 10、110、114和220中任一者所示的氨基酸序列。例如,还更优选包括下列或由下列组成的根据本发明的抗原肽:SEQ ID NO65、110、114和220中任一者所示的氨基酸序列。
而且优选其组合,即,包括不同的根据本发明的抗原肽的试剂盒。具体地,本发明的多部分试剂盒可包括上述组分中的多于一种,例如2、3、4、5、6、7、8、9或10种不同的组分。例如,根据本发明的多部分试剂盒可包括至少两种(例如2、3、4、5、6、7、8、9、或10种)不同的免疫原性化合物、至少两种(例如2、3、4、5、6、7、8、9、或10种)不同的抗原肽、至少两种(例如2、3、4、5、6、7、8、9、或10种)不同的纳米颗粒、至少两种(例如2、3、4、5、6、7、8、9、或10种)不同的细胞、至少两种(例如2、3、4、5、6、7、8、9、或10种)不同的核酸、至少两种(例如2、3、4、5、6、7、8、9、或10种)不同的宿主细胞、和/或至少两种(例如2、3、4、5、6、7、8、9、或10种)不同的药物组合物。优选地,上述多部分试剂盒包括的这种不同的组分的区别在于根据本发明的抗原肽,例如一个组分涉及第一抗原肽,并且一个组分涉及第二抗原肽(不同于第一抗原肽)。例如,试剂盒可包括至少两种不同的根据本发明的免疫原性化合物。例如,试剂盒可包括至少两种不同的根据本发明的抗原肽。例如,试剂盒可包括至少两种不同的根据本发明的纳米颗粒。例如,试剂盒可包括至少两种不同的根据本发明的核酸。例如,试剂盒可包括至少两种不同的根据本发明的细胞毒性T淋巴细胞。
试剂盒中包括的根据本发明的组分,如抗原肽的优选组合相应于上述药物组合物中包括的根据本发明的组分,如抗原肽的优选组合。
因此,本发明提供了试剂盒,其包括(至少一种)本文所述的根据本发明的抗原肽。另外,本发明还提供了试剂盒,其包括(至少一种)本文所述的根据本发明的免疫原性化合物。另外,本发明还提供了试剂盒,其包括(至少一种)本文所述的根据本发明的纳米颗粒。另外,本发明还提供了试剂盒,其包括(至少一种)本文所述的根据本发明的细胞。另外,本发明还提供了试剂盒,其包括(至少一种)本文所述的根据本发明的核酸。另外,本发明还提供了试剂盒,其包括(至少一种)本文所述的根据本发明的宿主细胞。
多部分试剂盒的各种组分可被封装在一个或多个容器中。上述组分可被以冻干或干燥形式提供或溶解在适当的缓冲剂中。试剂盒还可包括另外的试剂,包括,例如,防腐剂、生长介质、和/或用于上述组分储存和/或重构的缓冲剂、洗涤溶液等。
因此,本发明提供了试剂盒,其包括至少两种,优选地三种,不同的本文所述的根据本发明的抗原肽(或上述免疫原性化合物、纳米颗粒、核酸、细胞等,其在抗原肽方面不同),和任选地辅助肽,如UCP2肽,和/或佐剂,如MONTANIDE ISA 51。不同的抗原肽(或上述免疫原性化合物、纳米颗粒、核酸、细胞等,其在抗原肽方面不同)可被容纳在相同或不同容器中。例如,试剂盒可包括(单一)容器,其包含本文所述的第一抗原肽和本文所述的第二抗原肽。所述(单一)容器可另外还包括辅助肽,如UCP2。任选地,(单一)容器中包含的第一和第二抗原肽(和任选地辅助肽)可被一起配制,例如注射用水和/或二甲基亚砜(DMSO)。另外,试剂盒可包括进一步的容器(不同于包含抗原肽的容器),其包含佐剂,例如MONTANIDEISA 51。
因此优选试剂盒包括
(i)第一小瓶,包括一种或多种本发明的抗原肽(例如,至少200或300μg各抗原肽),和任选地辅助肽,如UCP2(例如,至少200或300μg辅助肽),其任选地被配制在注射用水和二甲基亚砜(DMSO)中;和
(ii)第二小瓶,包括MONTANIDE ISA 51(例如,至少0.4或0.5ml)。
另外,试剂盒可包括一个或多个(例如,2或3个)注射器,例如无硅和无橡胶注射器。试剂盒还可包括连接器,如I型连接器。
这种连接器的非限制性实例是:
Green Peptide(日本)研发的I型连接器,
Didanorm(法国)的连接器,编号DIDRACDLLFT,
Promepla(摩纳哥)的I型连接器(编号:ODG0015ST),和
Smiths medical(US)的I型连接器(编号:MX494)。
注射器优选地适于MONTANIDE,即,无硅和无橡胶(即,柱塞上无任何橡胶头),并且优选地而且无胶乳。这种注射器的非限制性实例是:
2ml INKJET(编号:4606701V,来自B-Braun,德国),
5ml INKJET(编号:4606710V,来自B-Braun,德国),
2ml Norm-Ject(编号:4020.000V0,来自Henke Sass Wolf GMBH,德国),和
5ml Norm-Ject(编号:4050.000V0,来自Henke Sass Wolf GMBH,德国)。
例如,试剂盒可包括(i)第一小瓶,包括至少300μg本发明的抗原肽(或两种或三种抗原肽,各至少300μg),和任选地至少300μg UCP2,被配制在注射用水和二甲基亚砜(DMSO)中;(ii)第二小瓶,包括至少0,5ml MONTANIDE ISA 51;(iii)两个无硅和无橡胶注射器;和(iv)I型连接器。
任选地,试剂盒还可包括注射用水小瓶和/或小瓶适配器。无菌针也可被包括在内,例如用于在获得乳液后对患者进行疫苗接种。试剂盒中的注射器可以是例如2ml注射器。
另外,根据本发明的多部分试剂盒可任选地包含使用说明。因此,优选的是,试剂盒包括具有通过使用根据本发明的免疫原性化合物、根据本发明的抗原肽、根据本发明的纳米颗粒、根据本发明的细胞、根据本发明的核酸、根据本发明的宿主细胞、或根据本发明的药物组合物预防或治疗B细胞恶性肿瘤的指导的包装插页或说明书。
还优选的是,除上述任何组分外,试剂盒还包括本文所述的抗癌治疗剂。
另外,本发明还提供了用于治疗、预防和/或稳定化B细胞恶性肿瘤的疫苗接种试剂盒,其包括本文所述的药物组合物或本文所述的疫苗和在预防和/或治疗B细胞恶性肿瘤时所述药物组合物或所述疫苗的使用说明。
医学处理和用途
如上所述,本发明的组合物可特别有效用于治疗用途(作为药物),尤其用于针对具体肿瘤抗原/蛋白质触发特定免疫响应,例如预防或治疗有此需要的患者中的B细胞恶性肿瘤(如B细胞淋巴瘤)。
鉴于此,本发明提供了
-本文所述的根据本发明的抗原肽,
-本文所述的根据本发明的免疫原性化合物,
-本文所述的根据本发明的纳米颗粒,
-本文所述的根据本发明的细胞毒性T淋巴细胞(CTL),
-本文所述的根据本发明的细胞,
-本文所述的根据本发明的核酸,
-本文所述的根据本发明的宿主细胞,
-本文所述的根据本发明的药物组合物,
-本文所述的根据本发明的试剂盒,或
-本文所述的根据本发明的组合,
用于医学,具体预防和/或治疗B细胞恶性肿瘤。
具体地,上述抗原肽的优选实施方式也适用于根据本发明的在预防和/或治疗B细胞恶性肿瘤中的用途。例如,用于预防和/或治疗B细胞恶性肿瘤的抗原肽或用于预防和/或治疗癌症的免疫原性化合物、纳米颗粒、细胞、核酸、宿主细胞或药物组合物中的任一种中包括的抗原肽优选地包括下列或由下列组成:SEQ ID NO 1-257和476-500中任一者所示的氨基酸序列。在一些实施方式中,根据本发明的抗原肽包括下列或由下列组成:SEQ ID NO1-12、34-35、36-39、40、41-64、65-70、476-484、71-80、81-87、106-110、485-488、111-130、489-493、210-225、494-500和226-257中任一者所示的氨基酸序列;优选地,抗原肽包括下列或由下列组成:SEQ ID NO 34-35、65-70、476-484、106-110、485-488、111-130、489-493、210-225、494-500和226-257中任一者所示的氨基酸序列;更优选地,抗原肽包括下列或由下列组成:SEQ ID NO 65-70、476-484、106-110、485-488、111-130、489-493、210-225和494-500中任一者所示的氨基酸序列。更优选地,抗原肽包括下列或由下列组成:SEQ ID NO10、34、35、39、40、61、68、70、72、86、107-110、114、117、119、120、212、217、220、224、227、231、477、491和493中任一者所示的氨基酸序列。还更优选包括下列或由下列组成的根据本发明的抗原肽:SEQ ID NO 10、21、33、35、39、40、61、65、68、72、86、110、114和220中任一者所示的氨基酸序列。例如,还更优选包括下列或由下列组成的根据本发明的抗原肽:SEQ IDNO 10、21、33、35、39、40、110、114和220中任一者所示的氨基酸序列。例如,还更优选包括下列或由下列组成的根据本发明的抗原肽:SEQ ID NO 10、110、114和220中任一者所示的氨基酸序列。例如,还更优选包括下列或由下列组成的根据本发明的抗原肽:SEQ ID NO 65、110、114和220中任一者所示的氨基酸序列。
而且优选其组合,即,不同的根据本发明的抗原肽,用于预防和/或治疗B细胞恶性肿瘤。具体地,多于一种上述组分可用于预防和/或治疗B细胞恶性肿瘤。例如,至少两种不同的抗原肽、至少两种不同的免疫原性化合物、至少两种不同的纳米颗粒、至少两种不同的细胞、至少两种不同的核酸、至少两种不同的宿主细胞、和/或至少两种不同的药物组合物可用于预防和/或治疗B细胞恶性肿瘤。优选地,上述用于预防和/或治疗B细胞恶性肿瘤的这种不同的组分的区别在于根据本发明的抗原肽,例如一个组分涉及第一抗原肽,并且一个组分涉及第二抗原肽(不同于第一抗原肽)。例如,至少两种不同的根据本发明的免疫原性化合物可用于预防和/或治疗B细胞恶性肿瘤。例如,至少两种不同的根据本发明的抗原肽可用于预防和/或治疗B细胞恶性肿瘤。例如,至少两种不同的根据本发明的纳米颗粒可用于预防和/或治疗B细胞恶性肿瘤。例如,至少两种不同的根据本发明的核酸可用于预防和/或治疗B细胞恶性肿瘤。
因此,本发明提供(至少一种)本文所述的根据本发明的抗原肽,用于预防和/或治疗B细胞恶性肿瘤。另外,本发明还提供了(至少一种)本文所述的根据本发明的免疫原性化合物,用于预防和/或治疗B细胞恶性肿瘤。另外,本发明还提供了(至少一种)本文所述的根据本发明的纳米颗粒,用于预防和/或治疗B细胞恶性肿瘤。另外,本发明还提供了(至少一种)本文所述的根据本发明的细胞,用于预防和/或治疗B细胞恶性肿瘤。另外,本发明还提供了(至少一种)本文所述的根据本发明的核酸,用于预防和/或治疗B细胞恶性肿瘤。另外,本发明还提供了(至少一种)本文所述的根据本发明的宿主细胞,用于预防和/或治疗B细胞恶性肿瘤。另外,本发明还提供了(至少一种)本文所述的根据本发明的药物组合物,用于预防和/或治疗B细胞恶性肿瘤。另外,本发明还提供了本文所述的根据本发明的试剂盒,用于预防和/或治疗B细胞恶性肿瘤。
因此,本发明还提供了在有需要的对象体内预防(减少发生)和/或治疗B细胞恶性肿瘤或者引起、增强或延长针对B细胞恶性肿瘤的抗肿瘤响应的方法,包括向所述对象给予-根据本发明的抗原肽,
-根据本发明的免疫原性化合物,
-根据本发明的纳米颗粒,
-根据本发明的细胞,
-本文所述的根据本发明的细胞毒性T淋巴细胞(CTL),
-根据本发明的核酸,
-根据本发明的宿主细胞,
-根据本发明的药物组合物,
-根据本发明所述的试剂盒,或
-根据本发明的组合,如本文所述。
优选地,待治疗的B细胞恶性肿瘤包括白血病和淋巴瘤,例如,急性髓性(或骨髓性(myelogenous))白血病(AML)、慢性髓性(或骨髓性)白血病(CML)、急性淋巴细胞性(或成淋巴细胞性)白血病(ALL)、B-慢性淋巴细胞性白血病(BCLL)、慢性淋巴细胞性白血病(CLL,里希特氏)、毛细胞白血病(HCL)、淋巴浆细胞性淋巴瘤(lymphoplasmacytic lymphoma)(LPC)或沃尔丹斯特伦氏巨球蛋白血症、幼淋巴细胞白血病(PLL)、小淋巴细胞淋巴瘤(SLL)、套细胞淋巴瘤(MCL)、缘区淋巴瘤(marginal zone lymphoma)(MZL)、伯基特淋巴瘤(BL)、霍奇金淋巴瘤(HL)、非霍奇金淋巴瘤(NHL)、间变性大细胞淋巴瘤(anaplastic large celllymphoma)(ALCL)、滤泡淋巴瘤(FL)、难治性滤泡淋巴瘤、弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)和多发性骨髓瘤(MM)。在一些实施方式中,B细胞恶性肿瘤选自急性成淋巴细胞性白血病(ALL)、成人ALL、慢性成淋巴细胞性白血病(CLL)、非霍奇金淋巴瘤(NHL)和弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)。在一些实施方式中,疾病或状况是NHL,并且该NHL选自:惰性(生长缓慢)NHL、侵袭性NHL、弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)、NOS(从头合成和惰性转化而来)、原发性纵隔大B细胞淋巴瘤(PMBCL)、富含T细胞/组织细胞的大B细胞淋巴瘤(TCHRBCL)、伯基特淋巴瘤、套细胞淋巴瘤(MCL)和/或滤泡淋巴瘤(FL),任选地滤泡淋巴瘤3B级(FL3B)。
另外,本发明提供用于在对象中引发或提高依赖于CD8+细胞毒性T细胞的针对一个或多个表位的免疫响应的方法,其中所述方法包括给予所述对象下列任一种:
-根据本发明的抗原肽,
-根据本发明的免疫原性化合物,
-根据本发明的纳米颗粒,
-根据本发明的细胞毒性T淋巴细胞(CTL),
-根据本发明的细胞,
-根据本发明的核酸,
-根据本发明的宿主细胞,
-根据本发明的药物组合物,
-根据本发明所述的试剂盒,或
-根据本发明的组合,如本文所述。
依赖于CD8+响应的免疫响应可通过评价炎性响应、促炎性细胞因子响应来确定,包括IFN-γ、TNF-α和IL-2mRNA或蛋白质中的一种或多种的表达相对于给予本发明化合物前的水平增加。其还可通过给予本发明化合物后的抗原特异性T细胞的频率或绝对数量的增加来测量,该频率或绝对数量的增加通过HLA-肽多聚体染色、ELISPOT测定、和迟发型超敏性测试来测量。其还可通过依赖于抗原特异性T辅助细胞的抗原特异性血清抗体的增加被间接测量。
本发明还提供了用于在对象中引发或提高被多种MHC I类分子限制的针对一个或多个抗原或抗原表位的免疫响应的方法,其中所述方法包括给予所述对象下列任一种:
-根据本发明的抗原肽,
-根据本发明的免疫原性化合物,
-根据本发明的纳米颗粒,
-根据本发明的细胞毒性T淋巴细胞(CTL),
-根据本发明的细胞,
-根据本发明的核酸,
-根据本发明的宿主细胞,
-根据本发明的药物组合物,
-根据本发明所述的试剂盒,或
-根据本发明的组合,如本文所述。
本文所述的用于在对象中引发或提高被多种MHC I类分子限制的针对多个表位的免疫响应的方法可通过评价细胞因子响应来确定,包括在用结合至抗原呈递细胞上的离散MHC I类分子的个体肽体外刺激T细胞后IFN-γ、TNF-α和IL-2mRNA或蛋白质中的一种或多种的表达相对于给予本发明化合物前的水平的增加。MHC I类分子的限制还可通过利用表达MHC I类分子的抗原呈递细胞、或通过利用MHC I类阻断抗体来验证。其还可通过在给予本发明化合物后抗原特异性T细胞频率或绝对数量的增加来测量,通过HLA-肽多聚体染色,利用与MHC I类分子组装的多聚体来测量。
因此,在另一方面,本发明还提供了
-根据本发明的抗原肽,
-根据本发明的免疫原性化合物,
-根据本发明的纳米颗粒,
-根据本发明的细胞毒性T淋巴细胞(CTL),
-根据本发明的细胞,
-根据本发明的核酸,
-根据本发明的宿主细胞,
-根据本发明的药物组合物,
-根据本发明所述的试剂盒,或
-根据本发明的组合,如本文所述,
用作药物。
本发明更具体地涉及如上限定的组合物,用作疫苗以进行免疫治疗。另外,
-根据本发明的抗原肽,
-根据本发明的免疫原性化合物,
-根据本发明的纳米颗粒,
-根据本发明的细胞毒性T淋巴细胞(CTL),
-根据本发明的细胞,
-根据本发明的核酸,
-根据本发明的宿主细胞,
-根据本发明的药物组合物,
-根据本发明所述的试剂盒,或
-根据本发明的组合,如本文所述,
可用作疫苗,具体地用于(癌症)免疫治疗。
如在本发明的语境中所用,术语“疫苗”指代提供先天性和/或适应性免疫的(生物学)制剂,一般针对具体的疾病,优选B细胞恶性肿瘤。因此,疫苗具体地支持待治疗对象的免疫系统的先天性和/或适应性免疫响应。例如,根据本发明的抗原肽一般在待治疗患者中导致或支持适应性免疫响应。
在本发明的语境中,疫苗(组合物)可诱导针对肿瘤抗原的特定免疫响应,并且因此优选地用于预防或治疗B细胞恶性肿瘤。
因此,在优选实施方式中,本发明涉及如上限定的组合物,用于预防和/或治疗有此需要的对象中的癌症。更优选地,本发明涉及本发明的组合物用于制备预防或治疗有此需要的对象中的癌症的药物的应用。换句话说,本发明涉及用于预防或治疗有此需要的对象中的癌症的方法,包括向所述对象给予有效量的本发明的组合物。
优选地待通过本文所述的
-根据本发明的抗原肽,
-根据本发明的免疫原性化合物,
-根据本发明的纳米颗粒,
-根据本发明的细胞毒性T淋巴细胞(CTL),
-根据本发明的细胞,
-根据本发明的核酸,
-根据本发明的宿主细胞,
-根据本发明的药物组合物,
-根据本发明所述的试剂盒,或
-根据本发明的组合
预防和/或治疗的癌症涉及本文所述的抗原肽的(参考)肿瘤抗原。即,适当的抗原肽可通过以下来选择:(i)选择本领域已知的适于某种癌症类型的肿瘤抗原;和(ii)选择上述(例如表1A)适于所选肿瘤抗原的根据本发明的抗原肽。本领域技术人员将容易理解,本发明的抗原肽可基于待预防或治疗B细胞恶性肿瘤的属性和/或所述B细胞恶性肿瘤中涉及的人基因/人肿瘤抗原来选择。
总体上,本发明的抗原肽可被“裸露”给予或以根据本发明的免疫原性化合物、根据本发明的其负载细胞、根据本发明的纳米颗粒、根据本发明的核酸、根据本发明的宿主细胞和/或根据本发明的药物组合物的形式给予。
在优选实施方式中,其可以以诸如肠道细菌物种的微生物的形式被给予。完整肠道细菌物种也可以是有利的,因为其比其所含的(多)肽或核酸具有触发更大免疫响应的潜力。可选地,根据本发明的肠道细菌可以是益生菌的形式,即活肠道细菌形式,其可因此用作食品添加剂,基于其可提供的健康益处。其可以例如被冻干成颗粒、丸剂或胶囊,或直接与乳制品混合食用。
给予方法是本领域技术人员公知的。关于本发明的组合物,其可以被直接给予对象、患病器官(即局部给予)或全身性给予(即肠内或肠胃外给予),或甚至离体施用于源自对象或人细胞系的细胞,该细胞随后被给予对象,或甚至在体外使用以选择源自对象的免疫细胞的亚群,该亚群然后被再给予所述对象。肠内给予包括口服和直肠给予,以及通过胃饲管、十二指肠饲管或胃造口术的给予,而肠胃外给予包括皮下、静脉内、肌内、动脉内、皮内、骨内、脑内和鞘内注射等。给予方法通常将取决于组合物中存在的抗原肽(一种或多种)和/或免疫原性化合物(一种或多种),以及待治疗的癌症的类型和所述组合物中可包含的其他活性剂。例如,如果免疫原性化合物是如上限定的核酸则给予优选是肌内或皮内注射,如果所述核酸被克隆到病毒载体中则口服/鼻部给予是特别优选的。可选地,如果抗原肽和/或免疫原性化合物是如上限定的(多)肽或其如本文所述被负载在纳米颗粒中/上,则给予优选是肌内、皮内或口服给予。然而,还可选地,如果抗原肽和/或免疫原性化合物以如上所限定的肠道细菌形式递送,尤其是如果肠道细菌是益生菌形式,则给予优选是口服给予。
根据本发明的抗原肽、免疫原性化合物和核酸可进一步被包封,从而促进其给予有此需要的对象。例如,这些可被包封到肽纳米运载体(如果免疫原性化合物是核酸或(多)肽,则是优选的)、病毒体(如果免疫原性化合物是核酸或(多)肽,则是优选的)、或脂质系运载体系统如脂质体-聚阳离子-DNA复合物(如果免疫原是核酸或(多)肽,则是优选的)中(Trovato M,De Berardinis P.Novel antigen delivery systems.World J Virol.2015年8月12日;4(3):156-68;Saade F,Petrovsky N.Technologies for enhanced efficacyof DNA vaccines.Expert Rev Vaccines.2012年2月;11(2):189-209;Li et al.,PeptideVaccine:Progress and Challenges.Vaccines(Basel).2014年7月2日;2(3):515-36)。
组合物还可被给予多于一次,从而实现期望的效果。在优选实施方式中,所述组合物被反复给予,至少两次,和优选地多于两次。这可经长时间段完成,如在第一次给予后每周、每隔一周、每月、每年、或数年,以确保对象被适当地免疫化。
组合疗法
根据本发明的抗原肽、根据本发明的免疫原性化合物、根据本发明的纳米颗粒、根据本发明的细胞、根据本发明的核酸、根据本发明的宿主细胞、和根据本发明的药物组合物的给予,具体地在根据本发明的方法和用途中,可单独进行或与可用于治疗和/或预防癌症的助剂如抗癌治疗剂组合进行。
所述治疗剂因此优选地能够预防和/或治疗与根据本发明的抗原肽所用相同类型的癌症。特别优选的根据本发明抗癌治疗剂非限制地包括抗体、CAR-T细胞、肿瘤细胞溶解物、化学治疗剂、放射治疗剂、免疫检查点调节剂和其组合。
抗体在癌症治疗中特别有利,因为其可以与癌细胞表面上的特定抗原结合,从而将治疗导向肿瘤(即,这些被称为肿瘤靶向抗体),或阻断在癌症中失调的免疫检查点(即,这些在本文中称为免疫调节抗体)。后者类型的抗体的目的是抑制癌症免疫抗性,这尤其可针对肿瘤抗原特异性T细胞被观察到。事实上,如本领域中公知,在正常生理条件下,免疫检查点对于维持自我耐受(即预防自身免疫)至关重要,并且在免疫系统对病原感染作出响应应时保护组织免受损害。然而,在癌症中,免疫检查点表达可失调,作为免疫抗性的重要机制。就PD-L1检查点而言,所述抗性已尤其在黑素瘤、卵巢癌、肺癌、胶质母细胞瘤、乳腺癌和胰腺癌中被观察到(Konishi et al.,B7-H1 expression on non-small cell lungcancer cells and its relationship with tumor-infiltrating lymphocytes andtheir PD-1expression.Clin Cancer Res.2004年8月1日;10(15):5094-100;Ghebeh etal.,The B7-H1(PD-L1)Tlymphocyte-inhibitory molecule is expressed in breastcancer patients with infiltrating ductal carcinoma:correlation with importanthigh-risk prognostic factors.Neoplasia.2006年3月;8(3):190-8;Hino et al.,Tumorcell expression of programmed cell death-1ligand 1is aprognostic factor formalignant melanoma.Cancer.2010年4月1日;116(7):1757-66)。免疫检查点的其他实例非限制地包括PD-L2、PD-1、CD80、CD86,CTLA4、B7H3、B7H4、PVR、TIGIT、GAL9、LAG-3、GITR、CD137、TIM3、VISTA、VISTA-R(Pico de
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et al.,Checkpoint blockade for cancertherapy:revitalizing a suppressed immune system.Trends Mol Med.2015年8月;21(8):482-91;Pardoll DM1.The blockade of immune checkpoints in cancerimmunotherapy.Nat Rev Cancer.2012年3月22日;12(4):252-64)。
抗体通常以裸单克隆抗体的形式(即非缀合)或与具有细胞毒性或放射性的其他分子缀合的形式用于上述目的。
在癌症免疫疗法中使用的公知单克隆肿瘤靶向抗体的实例非限制地包括阿来珠单抗(慢性淋巴细胞性白血病)、贝伐单抗(结肠直肠癌、多形胶质母细胞瘤、宫颈癌、肺癌、肾癌)、本妥昔单抗/vedotin(淋巴瘤)、blinatumumab(急性成淋巴细胞性白血病)、卡妥索单抗(EPCAM+癌症中的恶性腹水)、西妥昔单抗(头颈癌、结肠直肠癌)、地诺单抗(乳腺癌、前列腺癌和骨癌)、吉妥单抗/奥唑米星(急性髓性白血病)、替伊莫单抗/tiuxetan(非霍奇金淋巴瘤)、帕尼单抗(结肠直肠癌)、帕妥珠单抗(乳腺癌)、奥比妥珠单抗(慢性淋巴细胞性白血病)、奥法木单抗(慢性淋巴细胞性白血病)、奥匹单抗(黑素瘤)、拉莫西单抗(胃癌和胃-食管癌)、利妥昔单抗(慢性淋巴细胞性白血病和非霍奇金淋巴瘤)、西妥昔单抗(多中心卡特曼病)、托西单抗(非霍奇金淋巴瘤)和曲妥珠单抗(乳腺癌、胃癌和胃-食管癌);而免疫调节抗体的实例非限制地包括伊匹单抗(黑素瘤)——其阻断CTLA4依赖性免疫检查点、纳武单抗(黑素瘤、肺癌)和派姆单抗(黑素瘤)——二者均阻断PDCD1依赖性免疫检查点、以及MPDL3280A、MEDI4736、MEDI0680和MSB0010718C——全部均阻断PD-L1依赖性免疫检查点(Sharma and Allison,The future of immune checkpoint therapy.Science.2015年4月3日;348(6230):56-61)。
用于癌症免疫疗法的其他抗体已被描述于Buquéet al.,Trial Watch:Immunomodulatory monoclonal antibodies for oncologicalindications.Oncoimmunology.2015年3月2日;4(4):e1008814.eCollection 2015年4月;Redman et al.,Mechanisms of action of therapeutic antibodies for cancer.MolImmunol.2015年10月;67(2Pt A):28-45;和Simpson and Caballero,Monoclonalantibodies for the therapy of cancer MC Proc.2014;8(Suppl 4):O6以及抗体学会网站(European Union or United States批准或审查中的治疗性单克隆抗体列表,在网站链接http://www.antibodysociety.org/news/approved_mabs.php上可获得)。
用嵌合抗原受体(CAR)T细胞进行的过继性细胞免疫疗法已改变B细胞非霍奇金淋巴瘤(NHL),特别是侵袭性B细胞淋巴瘤的治疗前景。例如,CD19目标CAR T细胞,代表对至少两种先前治疗线难治(refractory)的DLBCL患者的新护理标准。两种CAR T细胞产品axicabtagene ciloleucel(axi-cel)(KTE-019)(YESCARTATM)和tisagenlecleucel(CTL019)(KYMRIAHTM)已获得美国食品药品监督管理局批准用于在两种治疗线后治疗难治性DLBCL。第三种产品lisocabtagene maraleucel(liso-cel)(JCAR017)目前正在临床试验中被评价。其他CAR T细胞包括CD20-CAR-T细胞。
肿瘤细胞溶解物也可以与根据本发明的抗原肽(一种或多种)组合。肿瘤细胞事实上能够引发免疫响应——通过呈递内源肽-MHC复合物,以及经由可以加工并呈递所述溶解物所递送的抗原的宿主树突状细胞(DC)。可诱导免疫响应的抗原的范围因而增加。肿瘤细胞溶解物可以通过用热激和/或化学处理来处理肿瘤细胞而容易地获得,并且可以是自体的(即,从患者分离)或同种异体的(即,从另一对象分离)。
标准化学治疗药物和放射治疗剂无需在本文被进一步描述,因为其已被广泛描述于文献中,尤其Baskar等(Baskar et al.,Cancer and radiation therapy:currentadvances and future directions.Int J Med Sci.2012;9(3):193-9)、Paci等(Paci etal.,Review of therapeutic drug monitoring of anticancer drugs part 1--cytotoxics.Eur J Cancer.2014年8月;50(12):2010-9)和Widmer等(Widmer et al.,Review of therapeutic drug monitoring of anticancer drugs part two--targetedtherapies.Eur J Cancer.2014年8月;50(12):2020-36)。这种药物和试剂的列表也在cancer.gov网站(http://www.cancer.gov/about-cancer/treatment/drugs)上可得。
优选地,用于与本文限定的抗原肽组合的免疫检查点调节剂是一种或多种免疫检查点分子的活化剂或抑制剂,该免疫检查点分子选自CD27、CD28、CD40、CD122、CD137、OX40、GITR、ICOS、A2AR、B7-H3、B7-H4、BTLA、CD40、CTLA-4、IDO、KIR、LAG3、PD-1、TIM-3、VISTA、CEACAM1、GARP、PS、CSF1R、CD94/NKG2A、TDO、GITR、TNFR和/或FasR/DcR3;或其一种或多种配体的活化剂或抑制剂。
更优选地,免疫检查点调节剂是(共)刺激性检查点分子的活化剂或抑制性检查点分子的抑制剂或其组合。因此,免疫检查点调节剂更优选地是(i)CD27、CD28、CD40、CD122、CD137、OX40、GITR和/或ICOS的活化剂或(ii)A2AR、B7-H3、B7-H4、BTLA、CD40、CTLA-4、IDO、KIR、LAG3、PD-1、PDL-1、PD-L2、TIM-3、VISTA、CEACAM1、GARP、PS、CSF1R、CD94/NKG2A、TDO、TNFR和/或FasR/DcR3的抑制剂。
还更优选地,免疫检查点调节剂是抑制性检查点分子的抑制剂(但优选不是刺激性检查点分子的抑制剂)。因此,免疫检查点调节剂还更优选地是A2AR、B7-H3、B7-H4、BTLA、CTLA-4、IDO、KIR、LAG3、PD-1、PDL-1、PD-L2、TIM-3、VISTA、CEACAM1、GARP、PS、CSF1R、CD94/NKG2A、TDO、TNFR和/或DcR3或其配体的抑制剂。
还优选的是,免疫检查点调节剂是刺激性或共刺激性检查点分子的活化剂(但优选地不是抑制性检查点分子的活化剂)。因此,免疫检查点调节剂更优选地是CD27、CD28、CD40、CD122、CD137、OX40、GITR和/或ICOS或其配体的活化剂。
还更优选的是,免疫检查点调节剂是CD40通路、IDO通路、LAG3通路、CTLA-4通路和/或PD-1通路的调节剂。具体地,免疫检查点调节剂优选地是CD40、LAG3、CTLA-4、PD-L1、PD-L2、PD-1和/或IDO的调节剂,更优选地免疫检查点调节剂是CTLA-4、PD-L1、PD-L2、PD-1、LAG3、和/或IDO的抑制剂或CD40的活化剂,还更优选地免疫检查点调节剂是CTLA-4、PD-L1、PD-1、LAG3和/或IDO的抑制剂,还更优选地免疫检查点调节剂是LAG3、CTLA-4和/或PD-1的抑制剂,和最优选地免疫检查点调节剂是CTLA-4和/或PD-1的抑制剂。
因此,用于与抗原肽组合的检查点调节剂可选自CTLA-4通路或PD-1通路的已知调节剂。优选地,用于与本文限定的抗原肽组合的检查点调节剂可选自CTLA-4通路或PD-1通路的已知调节剂。特别优选地,免疫检查点调节剂是PD-1抑制剂。CTLA-4通路和PD-1通路的优选抑制剂包括单克隆抗体
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(伊匹单抗;Bristol Myers Squibb)和替西木单抗(Pfizer/Medlmmune)以及
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(纳武单抗;Bristol Myers Squibb)、
Figure BDA0003670232490000653
(派姆单抗;也称帕博利珠单抗或MK-3475;Merck)、
Figure BDA0003670232490000654
(德瓦鲁单抗,也称MEDI4736;Medlmmune/AstraZeneca)、
Figure BDA0003670232490000655
(阿特朱单抗,也称MPDL3280A;Roche/Genentech)、Pidilizumab(CT-011;CureTech)、MEDI0680(AMP-514;AstraZeneca)、
Figure BDA0003670232490000656
(阿维鲁单抗;Merck KGaA/Pfizer,也称MSB-0010718C)、MIH1(Affymetrix)、LY3300054(Eli Lilly)和Spartalizumab(也称PDR001;Novartis)。更优选的检查点抑制剂包括CTLA-4抑制剂
Figure BDA0003670232490000657
(伊匹单抗;Bristol Myers Squibb)和替西木单抗(Pfizer/Medlmmune)以及PD-1抑制剂
Figure BDA0003670232490000661
(纳武单抗;Bristol Myers Squibb)、
Figure BDA0003670232490000662
(派姆单抗;Merck)、Pidilizumab(CT-011;CureTech)、MEDI0680(AMP-514;AstraZeneca)、AMP-224(PD-L2Fc融合蛋白;Medlmmune)。
还优选的是,用于与本文限定的抗原肽组合的免疫检查点调节剂选自派姆单抗、伊匹单抗、纳武单抗、阿特朱单抗、MEDI4736、替西木单抗、阿维鲁单抗、Spartalizumab、LAG525(抗LAG3单克隆抗体)、Epacadostat(原INCB24360;IDO抑制剂)、Varlilumab(抗CD27单克隆抗体)、Urelumab(抗CD137单克隆抗体)、AMP-224和CM-24(抗CEACAM1单克隆抗体)。
选择适于本发明的目的的免疫抗癌治疗剂在本领域普通技术人员的能力范围内。
抗癌治疗剂还可与根据本发明的抗原肽、根据本发明的免疫原性化合物、根据本发明的纳米颗粒、根据本发明的细胞、根据本发明的核酸、根据本发明的宿主细胞、或根据本发明的药物组合物结合给予,如本文所述大约同时或顺序,以及以相同或不同药物形式。因此,本发明提出了本发明的组合物和上述至少一种抗癌治疗剂的组合应用,用于本文所述的同时的、分开的或顺序的给予。
此外,本发明还涉及至少两种不同的根据本发明的抗原肽的组合,例如用于预防和/或治疗B细胞恶性肿瘤。此外,本发明还涉及至少两种不同的根据本发明的免疫原性化合物的组合,例如用于预防和/或治疗B细胞恶性肿瘤。此外,本发明还涉及至少两种不同的根据本发明的纳米颗粒的组合,例如用于预防和/或治疗B细胞恶性肿瘤。此外,本发明还涉及至少两种不同的根据本发明的核酸的组合,例如用于预防和/或治疗B细胞恶性肿瘤。
因此,根据优选的实施方式,至少两种根据本发明的抗原肽可被组合给予,例如在相同药物组合物中。例如,至少3种抗原肽、至少4种抗原肽、至少5种抗原肽、至少6种抗原肽、至少7种抗原肽、至少8种抗原肽、至少9种抗原肽、至少10种抗原肽、至少11种抗原肽、至少12种抗原肽、至少13种抗原肽、至少14种抗原肽、至少15种抗原肽、至少20种抗原肽、至少25种抗原肽、至少50种抗原肽、至少100种抗原肽被组合给予,例如在相同药物组合物中。选择适于预期目的的抗原肽的组合在本领域技术人员的能力范围内。
在特别优选的实施方式中,两种不同的根据本发明的抗原肽(例如,涉及相同B细胞恶性肿瘤类型和/或相同参考抗原)被组合。例如,
(i)至少两种不同的根据本发明的免疫原性化合物;
(ii)至少两种不同的根据本发明的抗原肽;
(iii)至少两种不同的根据本发明的纳米颗粒;或
(iv)至少两种不同的根据本发明的核酸
可被组合。
例如,本发明提供至少两种不同的根据本发明的抗原肽的组合,具体地
(i)根据本发明的第一抗原肽,和
(ii)根据本发明的第二抗原肽(不同于第一(抗原肽)),
优选地用于预防和/或治疗B细胞恶性肿瘤。
例如,本发明提供至少两种不同的根据本发明的免疫原性化合物的组合,具体地
(i)根据本发明的免疫原性化合物,其包括据本发明的第一抗原肽,和
(ii)根据本发明的免疫原性化合物,其包括根据本发明的第二抗原肽(不同于第一(抗原肽)),
优选地用于预防和/或治疗B细胞恶性肿瘤。
例如,本发明提供至少两种不同的根据本发明的纳米颗粒的组合,具体地
(i)根据本发明的纳米颗粒,其包括根据本发明的第一抗原肽,和
(ii)根据本发明的纳米颗粒,其包括根据本发明的第二抗原肽(不同于第一(抗原肽))
优选地用于预防和/或治疗B细胞恶性肿瘤。
例如,本发明提供至少两种不同的根据本发明的核酸的组合,具体地
(i)根据本发明的核酸,其包括编码根据本发明的第一抗原肽的多核苷酸,和
(ii)根据本发明的核酸,其包括编码根据本发明的第二抗原肽(不同于第一(抗原肽))的多核苷酸
优选地用于预防和/或治疗B细胞恶性肿瘤。
例如,本发明提供至少两种不同的根据本发明的细胞毒性T淋巴细胞的组合,具体地(i)根据本发明的第一抗原肽特异性的根据本发明的细胞毒性T淋巴细胞,和
(ii)根据本发明的第二抗原肽(不同于第一(抗原肽))特异性的根据本发明的细胞毒性T淋巴细胞
优选地用于预防和/治疗B细胞恶性肿瘤。
在根据本发明的组合中,优选根据本发明的组分例如抗原肽的这种组合,其相应于如上所述包括在药物组合物中的根据本发明的组分例如抗原肽的优选组合。
另外,根据本发明的抗原肽还可与对应的(人)肿瘤抗原表位(如上文关于肽“家族”所述)组合。因此,非常有效抵抗肿瘤的T细胞克隆的选择被获得/支持。具体地,根据本发明的抗原肽和对应的(人)肿瘤抗原表位可被共同给予。这种共同给予可以是大约同时的(同时)或顺序的,其中在顺序给予时优选的是,根据本发明的抗原肽先被给予并且对应的(人)肿瘤抗原表位然后被给予。具体地,根据本发明的抗原肽可先被给予,并且对应的(人)肿瘤抗原表位可用作(再)加强((re)boost)。例如,根据SEQ ID NO:10的抗原肽可与根据SEQ ID NO:258的参考肽组合。在另一实例中,根据SEQ ID NO:110的抗原肽可与根据SEQID NO:270的参考肽组合。在另一实例中,根据SEQ ID NO:114的抗原肽可与根据SEQ IDNO:271的参考肽组合。在另一实例中,根据SEQ ID NO:220的抗原肽可与根据SEQ ID NO:279的参考肽组合。
将被组合的肽,如(a)根据本发明的抗原肽和对应的(人)肿瘤抗原表位或(b)两种不同的根据本发明的抗原肽,可被如下给予:
-在相同的根据本发明的免疫原性化合物中或不同的根据本发明的免疫原性化合物中,
-(被负载)在相同的根据本发明的纳米颗粒中或不同的根据本发明的纳米颗粒中,
-(被负载)在相同的根据本发明的细胞中或不同的根据本发明的细胞中,
-被相同的根据本发明的核酸或被不同的根据本发明的核酸(编码),
-被相同的根据本发明的宿主细胞或被不同的根据本发明的宿主细胞(表达),或
-(被包括在)在相同的根据本发明的药物组合物中或不同的根据本发明的药物组合物中。
总体上,在组合的语境下的表述“两种不同的组分”——例如用于根据本发明的用途(组合疗法)——如上所定义(在药物组合物的语境中)。具体地,其指代
(1)第一组分,如本文所述的根据本发明的抗原肽、本文所述的根据本发明的免疫原性化合物、本文所述的根据本发明的纳米颗粒、本文所述的根据本发明的细胞、本文所述的根据本发明的核酸、本文所述的根据本发明的宿主细胞、或本文所述的根据本发明的药物组合物;和
(2)第二组分(其不同于第一组分),如上述抗癌治疗剂、不同的本文所述的根据本发明的抗原肽、不同的本文所述的根据本发明的免疫原性化合物、不同的本文所述的根据本发明的纳米颗粒、不同的本文所述的根据本发明的细胞、不同的本文所述的根据本发明的核酸、不同的本文所述的根据本发明的宿主细胞、不同的本文所述的根据本发明的药物组合物、或任何形式(“裸露型”、作为本文所述的免疫原性化合物、作为本文所述的纳米颗粒、作为本文所述的(宿主)细胞、作为本文所述的核酸或作为本文所述的药物组合物)的一种或多种人肿瘤抗原(的片段)。
因此,所述“两种不同的组分”,在本文在用于根据本发明的用途的组合(组合疗法)的语境中被提到时,优选地是在待预防和/或治疗疾病(B细胞恶性肿瘤)语境中的活性组分。换句话说,至少两种不同的组分中的每一种,如果被分开给予(不如本文所述组合),也可有效用于预防和/或治疗所述癌症——虽然组合(即组合给予)一般增强其预防和/或治疗效果(如免疫响应),具体地以协同方式。
因此,本发明还提供了(至少)两种不同的本文所述的根据本发明的抗原肽的组合。在此语境下,所述(至少)两种不同抗原肽可以是任何形式,例如,“裸露型”,被包括在免疫原性化合物、纳米颗粒、(药物)组合物或其负载细胞中,或被核酸(例如,载体)编码。因此,所述(至少)两种不同抗原肽可被包括在(至少)两种不同的组分(待组合)中。在优选实施方式中,根据本发明的组合的所述至少两种不同的组分是至少不同的根据本发明的抗原肽(以任何形式,例如被包括在免疫原性化合物、纳米颗粒、细胞、药物组合物中、被核酸编码等)。
优选地,用于根据本发明的用途的组合的所述至少两种不同的组分涉及相同类型的癌症,例如此癌症相关的相同或不同抗原和/或此癌症相关抗原内的相同或不同(参考)表位。更优选地,所述至少两种不同的组分涉及相同的肿瘤抗原。
在某些实施方式中,用于根据本发明的用途的组合的所述至少两种不同的组分被包括在相同或不同组合物中。在某些实施方式中,用于根据本发明的用途的组合的所述至少两种不同的组分通过相同或不同给予途径被给予。在某些实施方式中,用于根据本发明的用途的组合的所述至少两种不同的组分被大约同时(同时)或顺序给予。
优选地,用于根据本发明的用途的组合的所述至少两种不同的组分被大约同时给予。较总体而言,优选的是,第一组分与第二组分大约同时被给予,其中用于根据本发明的用途的组合的所述至少两种不同的组分优选地以相同形式(即,在相同类型的制剂中,例如,作为纳米颗粒、作为药物组合物等)被给予。
“大约同时”,如本文所用,具体地意为同时给予或在紧接第一组分的给予后第二组分被给予或在紧接第二组分的给予后第一组分被给予。技术人员理解,“紧接……后”包括准备第二给予所需的时间——具体地暴露和消毒第二给予位置以及适当准备“给予装置”(例如,注射器、泵等)所需的时间。同时给予还包括第一组分和第二组分的给予时段重叠的情况或例如一个组分经较长时段如30min、1h、2h或更长被给予(例如输液),而另一组分在这种长时间段期间的一定时间时被给予的情况。如果采用不同的给予途径和/或不同的给予位点,则第一组分和第二组分的大约同时给予是特别优选的。
还优选的是,用于根据本发明的用途的组合的所述至少两种不同的组分被顺序给予。较总体而言,优选的是,第一组分和第二组分被顺序给予,其中用于根据本发明的用途的组合的所述至少两种不同的组分优选地以相同形式(即,在相同类型的制剂中,例如,作为纳米颗粒、作为药物组合物等)被给予。
这意味着第一组分在第二组分之前或之后被给予。在顺序给予时,第一组分的给予和第二组分的给予之间的时间优选地不超过一周,更优选地不超过3天,还更优选地不超过2天,和最优选地不超过24h。特别优选的是,第一组分和第二组分在同一天被给予,其中第一组分的给予和第二组分的给予之间的时间优选地不超过6小时,更优选地不超过3小时,还更优选地不超过2小时,和最优选地不超过1h。
优选地,第一组分和第二组分被通过相同的给予途径给予。较总体而言,优选的是,第一组分和第二组分被通过相同的给予途径给予,其中用于根据本发明的用途的组合的所述至少两种不同的组分优选地以相同形式(即,在相同类型的制剂中,例如,作为纳米颗粒、作为药物组合物等)被给予。
还优选的是,用于根据本发明的用途的组合的所述至少两种不同的组分被通过不同的给予途径给予。较总体而言,优选的是,第一组分和第二组分被通过不同的给予途径给予,其中用于根据本发明的用途的组合的所述至少两种不同的组分优选地以相同形式(即,在相同类型的制剂中,例如,作为纳米颗粒、作为药物组合物等)被给予。
优选地,用于根据本发明的用途的组合的所述至少两种不同的组分被包括在相同的组合物中。较总体而言,优选的是,第一组分和第二组分被包括在相同的组合物中,其中用于根据本发明的用途的组合的所述至少两种不同的组分优选地以相同形式(即,在相同类型的制剂中,例如,作为纳米颗粒等)被给予。
还优选的是,用于根据本发明的用途的组合的所述至少两种不同的组分被包括在不同的组合物中。较总体而言,优选的是,第一组分和第二组分被包括在不同的组合物中,其中用于根据本发明的用途的组合的所述至少两种不同的组分优选地以相同形式(即,在相同类型的制剂中,例如,作为纳米颗粒等)被给予。
具体地,本发明提供了包括根据本发明的第一抗原肽的药物组合物,所述第一抗原肽包括人肿瘤抗原的片段的序列变体或由其组成。
具体地,本发明提供了组合,例如用于预防和/或治疗B细胞恶性肿瘤,该组合包括根据本发明的第一抗原肽,其包括下列或由下列组成:人肿瘤抗原CD22的片段的微生物丛序列变体;和根据本发明的第二抗原肽,其包括下列或由下列组成:人肿瘤抗原TNFRSF13C的片段的序列变体。优选地,第一抗原肽包括下列或由下列组成:CD22片段(人参考肽)“WVFEHPETL”(SEQ ID NO:270)的序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ IDNO:106-110、316和387-390中所示的氨基酸序列,并且第二抗原肽包括下列或由下列组成:TNFRSF13C片段(人参考肽)“LLFGAPALL”(SEQ ID NO:279)的序列变体,如包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:220、325和450所示的氨基酸序列。更优选地,第一抗原肽包括下列或由下列组成:SEQ ID NO:110、387和390所示的氨基酸序列,并且第二抗原肽包括下列或由下列组成:SEQ ID NO:220和450所示的氨基酸序列。还更优选地,药物组合物包括包含SEQ ID NO:110或由其组成的抗原肽和包含SEQ ID NO:220或由其组成的抗原肽。
更优选地,根据本发明的组合(例如用于预防和/或治疗B细胞恶性肿瘤)包括如上所述至少三种的不同组分,具体是至少三种不同的根据本发明的抗原肽。以上关于两种不同组分的组合的描述相应地适用于三种不同组分。
最优选地,根据本发明的组合(例如用于预防和/或治疗B细胞恶性肿瘤)包括如上所述至少四种不同的组分,具体是至少四种不同的根据本发明的抗原肽。以上关于两种不同组分的组合的描述相应地适用于四种不同组分。
应理解,该组合(例如用于预防和/或治疗B细胞恶性肿瘤)还可含有——代替上述抗原肽的优选组合——本发明的免疫原性化合物的相应组合、本发明的纳米颗粒的相应组合、或本发明的核酸的相应组合。
附图说明
在下文中,将给出附图的简要描述。附图意在更详细地示例本发明。然而,其无意以任何方式限制本发明的主题。
图1:显示实施例1的抗原肽CD22-B1的体外亲和力——与对应的人CD22表位CD22-H1相比。
图2:显示实施例1的抗原肽CD37-B1的体外亲和力——与对应的人CD37表位CD37-H1相比。
图3:显示实施例1的抗原肽CD19-B1的体外亲和力——与对应的人CD19表位CD19-H1相比。
图4:显示实施例1的抗原肽CD19-B2的体外亲和力——与对应的人CD19表位CD19-H2相比。
图5:显示实施例1的抗原肽TNFRSF13C-B1的体外亲和力——与对应的人TNFRSF13C表位TNFRSF13C-H1相比。
图6:显示如图所示的实施例2的用抗原肽CD22-B1疫苗接种的HHD DR1 HLA-A2转基因小鼠的ELISPOT结果和与人对应肽CD22-H1的交叉反应性。数据以每1.106个总T细胞的斑点数提供。
图7:显示如图所示的实施例2的用抗原肽TNFRSF13C-B1疫苗接种的HHD DR1HLA-A2转基因小鼠的ELISPOT结果和与人对应肽TNFRSF13C-H1的交叉反应性。数据以每1.106个总T细胞的斑点数提供。
图8:显示如图所示的实施例2的用抗原肽CD37-B1疫苗接种的HHD DR1 HLA-A2转基因小鼠的ELISPOT结果和与人对应肽CD37-H1的交叉反应性。数据以每1.106个总T细胞的斑点数提供。
图9:显示如图所示的实施例2的用抗原肽CD19-B2疫苗接种的HHD DR1 HLA-A2转基因小鼠的ELISPOT结果和与人对应肽CD19-H2的交叉反应性。数据以每1.106个总T细胞的斑点数提供。
图10:显示如图所示的实施例2的用抗原肽CD19-B1疫苗接种的HHD DR1 HLA-A2转基因小鼠的ELISPOT结果和与人对应肽CD19-H1的交叉反应性。数据以每1.106个总T细胞的斑点数提供。
图11:显示如图所示的实施例2的用抗原肽CD22-B1疫苗接种的HHD DR3 HLA-A2转基因小鼠的ELISPOT结果和与人对应肽CD22-H1的交叉反应性。数据以每1.106个总T细胞的斑点数提供。
图12:显示如图所示的实施例2的用抗原肽TNFRSF13C-B1疫苗接种的HHD DR3HLA-A2转基因小鼠的ELISPOT结果和与人对应肽TNFRSF13C-H1的交叉反应性。数据以每1.106个总T细胞的斑点数提供。
图13:显示如图所示的实施例2的用抗原肽CD37-B1疫苗接种的HHD DR3 HLA-A2转基因小鼠的ELISPOT结果和与人对应肽CD37-H1的交叉反应性。数据以每1.106个总T细胞的斑点数提供。
图14:显示实施例1的抗原肽MS4A1-B4的体外亲和力——与对应的人MS4A1表位MS4A1-H4相比。
图15:显示如图所示的实施例2的用抗原肽MS4A1-B4疫苗接种的HHD DR1HLA-A2转基因小鼠的ELISPOT结果和与人对应肽MS4A1-H4的交叉反应性。数据以每1.106个总T细胞的斑点数提供。
图16:显示如图所示的实施例2的用抗原肽MS4A1-B4疫苗接种的HHD DR3HLA-A2转基因小鼠的ELISPOT结果和与人对应肽MS4A1-H4的交叉反应性。数据以每1.106个总T细胞的斑点数提供。
图17:显示实施例3的在来自健康供体(HLA-A2阳性)的外周血中检测到的CD22-B1、CD37B1、TNFRSF13C-B1和MS4A1-B4肽特异性CD8+T细胞的检测。
图18:显示实施例3的通过微生物丛衍生肽刺激体外扩增的CD22-B1、CD37B1、TNFRSF13C-B1和MS4A1-B4肽特异性人T细胞克隆的细胞毒性能力。CD22-B1、CD37B1、TNFRSF13C-B1和MS4A1-B4肽特异性T细胞具有杀死负载有细菌或人肽的T2细胞的能力。
图19:显示实施例4的抗原肽CD22-B1、CD22-B12和CD22-B13的体外亲和力——与对应的人CD22表位CD22-H1相比。
图20:显示实施例4的抗原肽CD37-B1、CD37-B12、CD37-B13、CD37-B14和CD37-B15的体外亲和力——与对应的人CD37表位CD37-H1相比。
图21显示实施例4的抗原肽TNFRSF13C-B1、TNFRSF13C-B11、TNFRSF13C-B12和TNFRSF13C-B13的体外亲和力——与对应的人TNFRSF13C表位TNFRSF13C-H1相比。
图22:显示实施例4的抗原肽MS4A1-B4、MS4A1-B42和MS4A1-B43的体外亲和力——与对应的人MS4A1表位MS4A1-H4相比。
实施例
在下文中,展示示例本发明各种实施方式和方面的具体实施例。然而,本发明的范围不受限于本文所述的具体实施方式。以下制剂和实例被给出以使本领域技术人员能够更清楚地理解和实践本发明。然而,本发明的范围不受示例性实施方式的限制,其仅意图作为本发明的单个方面的示例,并且功能等同的方法在本发明的范围之内。事实上,除本文所述的那些外,基于本文的前文描述、附图和以下实施例,本发明的各种变型对于本领域技术人员而言也将显而易见。所有这种变型都落入所附权利要求的范围内。
实施例1:抗原肽对HLA-A*0201等位基因具有优越的亲和力。
然后,体外确认各种所选抗原肽和对应人肿瘤抗原(人参考肽)片段对HLA-A*0201等位基因的结合亲和力。即,将序列SEQ ID NO:110(《YIFEHPELL》,在本文中也称为CD22-B1)的抗原肽与源自CD22(《WVFEHPETL》,SEQ ID NO:270,在本文中也称为CD22-H1)的对应参考人肽进行比较。此外,将序列SEQ ID NO:109(《YVFEHPELL》,在本文中也称为CD22-B11)的抗原肽与源自CD22(《WVFEHPETL》,SEQ ID NO:270,在本文中也称为CD22-H1)的对应参考人肽进行比较。此外,将序列SEQ ID NO:114(《FLAFVPLQL》,在本文中也称为CD37-B1)的抗原肽与源自CD37(《GLAFVPLQI》,SEQ ID NO:271,在本文中也称为CD37-H1)的对应参考人肽进行比较。此外,将序列SEQ ID NO:117(《GMAFVPLLL》,在本文中也称为CD37-B11)的抗原肽与源自CD37(《GLAFVPLQI》,SEQ ID NO:271,在本文中也称为CD37-H1)的对应参考人肽进行比较。此外,将序列SEQ ID NO:34(《LLVGILHLV》,在本文中也称为CD19-B1)的抗原肽与源自CD19(《SLVGILHLQ》,SEQ ID NO:260,在本文中也称为CD19-H1)的对应参考人肽进行比较。此外,将序列SEQ ID NO:10(《TLLFLTPML》,在本文中也称为CD19-B2)的抗原肽与源自CD19(《FLLFLTPME》,SEQ ID NO:258,在本文中也称为CD19-H2)的对应参考人肽进行比较。此外,将序列SEQ ID NO:39(《YLAYLIFEL》,在本文中也称为CD19-B6)的抗原肽与源自CD19(《TLAYLIFCL》,SEQ ID NO:261,在本文中也称为CD19-H6)的对应参考人肽进行比较。此外,将序列SEQ ID NO:40(《LQMGGFYLL》,在本文中也称为CD19-B7)的抗原肽与源自CD19(《QQMGGFYLC》,SEQ ID NO:262,在本文中也称为CD19-H7)的对应参考人肽进行比较。此外,将序列SEQ ID NO:220(《LMFGAPALV》,在本文中也称为TNFRSF13C-B1)的抗原肽与源自TNFRSF13C(《LLFGAPALL》,SEQ ID NO:279,在本文中也称为TNFRSF13C-H1)的对应参考人肽进行比较。此外,将序列SEQ ID NO:231(《ILPGLLFGL》,在本文中也称为TNFRSF13C-B31)的抗原肽与源自TNFRSF13C(《PLPGLLFGA》,SEQ ID NO:280,在本文中也称为TNFRSF13C-H3)的对应参考人肽进行比较。此外,将序列SEQ ID NO:227(《FMPGLLFGA》,在本文中也称为TNFRSF13C-B33)的抗原肽与源自TNFRSF13C(《PLPGLLFGA》,SEQ ID NO:280,在本文中也称为TNFRSF13C-H3)的对应参考人肽进行比较。此外,将序列SEQ ID NO:61(《YILGGLLMV》,在本文中也称为MS4A1-B12)的抗原肽与源自MS4A1(也称为CD20)(《IALGGLLMI》,SEQ ID NO:263,在本文中也称为MS4A1-H1)的对应参考人肽进行比较。此外,将序列SEQ ID NO:72(《ILIPAGIYL》,在本文中也称为MS4A1-B3)的抗原肽与源自MS4A1(也称为CD20)(《LMIPAGIYA》,SEQ ID NO:265,在本文中也称为MS4A1-H3)的对应参考人肽进行比较。此外,将序列SEQ ID NO:65(《AMNSLSLYI》,在本文中也称为MS4A1-B4)的抗原肽与源自MS4A1(也称为CD20)(《IMNSLSLFA》,SEQ ID NO:264,在本文中也称为MS4A1-H4)的对应参考人肽进行比较。此外,将序列SEQ ID NO:86(《YLFLGILSL》,在本文中也称为MS4A1-B5)的抗原肽与源自MS4A1(也称为CD20)(《SLFLGILSV》,SEQ ID NO:266,在本文中也称为MS4A1-H5)的对应参考人肽进行比较。
A.材料和方法
A1.测量肽与T2细胞系的亲和力。
实验方案类似于针对HLA-A*0201呈递的肽进行验证的方案(Tourdot et al.,Ageneral strategy to enhance immunogenicity of low-affinity HLA-A2.1-associated peptides:implication in the identification of cryptic tumorepitopes.Eur J Immunol.2000年12月;30(12):3411-21)。肽的亲和力测量用表达HLA-A*0201分子但TAP1/2阴性并且不能呈递内源肽的人肿瘤细胞T2实现。
T2细胞(5.104个细胞/孔)与从100μM至0.1μM(4个点:100μM、10μM、1μM、0.1μM)递减浓度的肽一起在补充有100ng/μlβ2微球蛋白的无血清培养基(TexMacs)中于37℃培育16个小时。然后将细胞洗涤两次,并用偶联至PE的抗HLA-A2抗体(克隆BB7.2,BD Pharmagen)标记。
分析通过FACS(Macsquant分析仪10-Miltenyi)实现。
对于各肽浓度,将目标肽相关标记的几何平均值从背景噪声减去,并作为对于100μM浓度的参考肽HIV pol 589-597获得的HLA-A*0202标记的几何平均值的百分比报告。然后如下确定相对亲和力:
相对亲和力=诱导20%HLA-A*0201表达的各肽浓度/诱导20%HLA-A*0201表达的参考肽浓度。
A2.肽的增溶
通过考虑氨基酸组成使各肽增溶。对于不包括任何半胱氨酸、甲硫氨酸或色氨酸的肽,DMSO的添加可以上至总体积的10%。其他肽重悬于水或PBS pH7.4中。
B.结果
下表2显示了不同浓度的各肽获得的T2细胞的平均相对荧光强度值(数据相对于HIV肽的荧光平均值标准化,即数值100等同于HIV肽观察到的最佳结合):
Figure BDA0003670232490000741
Figure BDA0003670232490000751
表2。
下表3总结了诱导20%HLA-A2表达所需的各测试肽的浓度和体外结合亲和力(*针对在同一实验中进行的诱导20%HLA-A2表达的肽的HIV-pol浓度进行标准化)。
Figure BDA0003670232490000752
Figure BDA0003670232490000761
表3.ND-未确定
另外,图1-5和14示例了所选实例的结果,即抗原肽CD22-B1——与对应的人CD22片段CD22-H1相比(图1);抗原肽CD37-B1——与对应的人CD37片段CD37-H1相比(图2);抗原肽CD19-B1——与对应的人CD19片段CD19-H1相比(图3);抗原肽CD19-B2——与对应的人CD19片段CD19-H2相比(图4);抗原肽TNFRSF13C-B1——与对应的人TNFRSF13C片段TNFRSF13C-H1相比(图5);和抗原肽MS4A1-B4——与对应的人MS4A1片段MS4A1-B4相比(图14)。
总之,结果显示,根据本发明的抗原肽显示对HLA-A*0201的结合亲和力与对应的人肿瘤抗原片段至少相似。在多数情况下,根据本发明的抗原肽所观察到的结合亲和力强于对应的人表位。在不束缚于任何理论的情况下,假定根据本发明的抗原肽的这种强结合亲和力反映了其引起免疫响应的能力(即,其免疫原性)。
实施例2:HLA-A2转基因小鼠中CD22-B1、CD19B1、CD19-B2、CD37B1、TNFRSF13C-B1 和MS4A1-B4的免疫原性和与相应人肽的交叉反应性。
A.材料和方法
A.1小鼠模型
简言之,将HLA-A2 HHD-DR1人源化小鼠(C57BL/6JB2mtm1UncIAb-/-Tg(HLA-DRA,HLA-DRB1*0101)#GjhTg(HLA-A/H2-D/B2M)1Bpe)或HHD-DR3人源化小鼠(C57BL/6JB2mtm1UncIAb-/-Tg(HLA-DRA,HLA-DRB1*0301)#GjhTg(HLA-A/H2-D/B2M)1Bpe)随机分配(基于小鼠性别和年龄)至实验组,其中各组用与相同辅助肽(h-pAg UCP2;序列:KSVWSKLQSIGIRQH;SEQ ID NO:475;用于HHD DR1小鼠或h-pAg DR3;序列MAKTIAYDEEARRGLERGLN;SEQ ID n°473;用于HHD DR3小鼠)(如下表4概述)组合的特定疫苗接种肽(vacc-pAg)免疫化
表4.实验组组合物。h-pAg:‘辅助’肽;vacc-pAg:疫苗接种肽。加强(boost)注射数在括号中显示。
Figure BDA0003670232490000762
Figure BDA0003670232490000771
肽被如下提供:
·vacc-pAg:CD22-B1、CD19-B1、CD19-B2、CD37-B1、TNFRSF13C-B1和MS4A1-B4全部以4mg/ml(4mM)浓度生成和提供;
·h-pAg:DR3或UCP2以10mg/mL浓度重悬于纯蒸馏水中
在注射的每一天和每组新鲜制备待注射的肽制剂(乳液)。利用2mL鲁尔锁注射器(luer lock syringes)(4606701V,B BRAUN)和鲁尔连接器(Cole-Parmer,45502-22)制备10只动物的混合物:注射器1中的500μL肽混合物与注射器2中包含的500μL IFA尽可能快的高速度乳化,直至形成浓稠的(白色泡沫)乳液。过量制备每种乳液以补偿注射时的死体积。
在第0天(d0)用初免注射,并且在d14用加强注射,对动物进行免疫化。各小鼠在尾基(tail base)处用100μL油基乳液s.c.注射,该油基乳液包含:
·60nM vacc-pAg;105nM的UCP2辅助肽(用于HHD-DR1小鼠)或65nM的DR3辅助肽(用于HHD-DR3小鼠)
·10μL PBS,以达到总体积50μL(每小鼠);
·不完全弗氏佐剂(IFA),以1:1(v:v)比例添加(50μL/小鼠)。
A.2分析
加强注射后7天(即,在第21天),对动物实施安乐死并获得脾脏。通过机械破坏器官,然后进行70μm过滤和Ficoll密度梯度纯化来制备脾细胞。
细胞悬浮液进一步用于ELISPOT-IFNγ测定(表5)。细胞在200μL完全T细胞培养基中培养。实验条件(重复)如下:当在各种pAg(10μM)或仅培养基存在下培养时,每孔2x105个总细胞;当在负载有CD3/CD28的珠粒(T细胞活化/扩增试剂盒,130-093-627,Miltenyi)(珠粒与细胞的比例为1:1)的情况下培养时,总细胞数为2x104。按照制造商的说明(在进行测定前培育~16-18小时),评价培养物分泌IFNγ的能力(Diaclone Kit Murine IFNγELISpot,862.031-005PC)。表5中描述了用于再刺激的肽。
表5.ELISPOT-IFNγ测定的设置。
Figure BDA0003670232490000781
在CTL ELISpot读取器上对斑点进行计数。使用Prism-5软件(GraphPad SoftwareInc.)进行数据绘图和统计分析。
B.结果
在实验开始日,所有小鼠的年龄为8至13周。雄性和雌性都被用于研究。最多每笼容纳成组6只动物。在处死时,通过流式细胞术分析脾T细胞群,显示大部分属于CD4+T细胞亚群。
在铺板并与适当的刺激一起培育后,显示并计数产生IFNγ的细胞。数据以每1.106个总T细胞的斑点数提供。接下来使用单个平均值(从一式三份获得)绘制组平均值。使用非配对非参数检验(Mann Whitney)(**:p<0.01;*:p<0.05)进行统计分析以进行(与培养基条件)比较。
总之,用根据本发明的抗原肽(CD19-B1、CD19-B2、CD22-B1、CD37-B1、TNFRSF13C-B1和MS4A1-B4)疫苗接种在HHD DR1小鼠的ELISPOT-IFNγ测定中诱导显著的T细胞响应(图6-10)。CD22-B1、CD37-B1、TNFRSF13C-B1和MS4A1-B4的免疫原性在HHD DR1小鼠中得到证实(图11-13)。
结果(图6)显示,用CD22-B1免疫化HHD-DR1小鼠允许诱导T细胞,该T细胞能够在用CD22-B1或人对应肽CD22-H1挑战后强烈反应。因此,CD22-B2具有强的免疫原性,并且能够驱动针对对应人肽的有效免疫响应。
这些结果在表达人HLA-A2和HLA-DR3 MHC且缺乏鼠H-2I类和II类MHC的HHD DR3小鼠中得到证实(图11)。
结果(图7)显示,用TNFRSF13C-B1免疫化HHD-DR1小鼠允许诱导T细胞,该T细胞能够在用TNFRSF13C-B1或人对应肽TNFRSF13-H1挑战后强烈反应。因此,TNFRSF13C-B1具有强免疫原性并且能够驱动针对对应人肽的有效免疫响应。
这些结果在表达人HLA-A2和HLA-DR3 MHC且缺乏鼠H-2I类和II类MHC的HHD DR3小鼠中得到证实(图12)。
结果(图8)显示,用CD37-B1免疫化HHD-DR1小鼠允许诱导T细胞,该T细胞能够在用CD37-B1或人对应肽CD37-H1挑战后强烈反应。因此,CD37-B2具有强免疫原性并且能够驱动针对对应人肽的有效免疫响应。
这些结果在表达人HLA-A2和HLA-DR3 MHC且缺乏鼠H-2I类和II类MHC的HHD DR3小鼠中得到证实(图13)。
结果(图9)显示,用CD19-B2免疫化HHD-DR1小鼠允许诱导T细胞,该T细胞能够在用CD19-B2或人对应肽CD19-H2挑战后强烈反应。因此,CD19-B2具有强免疫原性并且能够驱动针对对应人肽的有效免疫响应。
结果(图10)显示,用CD19-B1免疫化HHD-DR1小鼠允许诱导T细胞,该T细胞能够在用CD19-B1或人对应肽CD19-H1挑战后强烈反应。因此,CD19-B1具有强免疫原性并且能够驱动针对对应人肽的有效免疫响应。
结果(图15)显示,用MS4A1-B4免疫化HHD-DR1小鼠允许诱导T细胞,该T细胞能够在用MS4A1-B4或人对应肽MS4A1-H4挑战后强烈反应。因此,MS4A1-B4具有强免疫原性并且能够驱动针对对应人肽的有效免疫响应。
这些结果在表达人HLA-A2和HLA-DR3 MHC且缺乏鼠H-2I类和II类MHC的HHD DR3小鼠中得到证实(图16)。
总之,在HHD DR3和HHD DR1小鼠中进行的实施例2中描述的这些免疫原性研究显示,本发明的6种抗原肽CD19-B1、CD19-B2、CD22-B1、CD37-B1、TNFRSF13C-B1和MS4A1-B4诱导强免疫响应。在HHD DR3和HHD DR1小鼠中显示了针对CD19-B1、CD19-B2、CD22-B1、CD37-B1、TNFRSF13C-B1和MS4A1-B4与对应人肽产生的T细胞的交叉反应性。
因此,这些结果提供了基于抗原的免疫疗法能够改善体内T细胞响应以及根据本发明的抗原肽对于该目的特别有效的实验证据。
实施例3:CD22-B1、CD37B1、TNFRSF13C-B1和MS4A1-B4特异性CD8人T细胞的离体细 胞毒性作用。
多项研究支持存在针对微生物肽的特异性T细胞库的概念。针对肽的微生物特异性T细胞的数量预期低,但足以通过疫苗挑战被重新活化。
为确定和功能表征人中循环CD22-B1、CD37B1、TNFRSF13C-B1和MS4A1-B4特异性T细胞,已开发体外扩增方案以检测每种抗原肽特异性的T细胞并研究其细胞毒性能力。
3.1确定人体内抗原肽特异性CD8 T细胞
体外扩增方法和特异性pMHC多聚体已用于确定CD22-B1、CD37-B1、TNFRSF13C-B1和MS4A1-B4特异性T细胞。为所有细菌肽及其对应人对应物生成pMHC多聚体。收集来自若干HLA-A*02健康供体(上至19个供体)的PBMC,在CD137和CD8选择后富集,并用负载有EO2463肽的T2细胞进行多轮体外扩增,以增加特异性T细胞克隆的数量。在富集的CD8 T细胞群上利用荧光多聚体的细胞计数分析检测OMP肽特异性CD8 T细胞。
图17示例了通过一个HLA-A2健康供体获得的结果。对于此供体,细胞扩增允许检测MS4A1-B4特异性细胞(19.7%)、TNFRSF13C-B1特异性细胞(13%)、CD22-B1特异性细胞(4.6%)和CD37-B1特异性细胞(2.5%)。
总之,这些结果证明健康HLA-A2供体的血液中存在CD8 T细胞,其可以识别源自微生物丛的肽,并且重要地是还可以识别人对应肽。
3.2抗原肽特异性CD8 T细胞毒性功能
根据上述扩增的CD8+T细胞用于在存在不同比例的目标细胞和效应细胞的情况下进行细胞毒性测定,以利用流式细胞术读数来评价其细胞毒性能力。目标细胞是负载有细菌肽或人对应肽的T2细胞系。阴性对照是未负载的T2细胞和负载有无关肽的T2细胞。如图18所示,体外扩增的抗原肽特异性人T细胞克隆具有杀死负载有所有细菌肽CD22-B1、CD37B1、TNFRSF13C-B1和MS4A1-B4的T2细胞的能力。更重要地是,当通过染色观察交叉反应性时,体外扩增的CD22-B1、CD37B1、TNFRSF13C-B1和MS4A1-B4特异性人T细胞克隆能够杀死负载有人TNFR13C(BAFF-R)或MS4A1(CD20)肽的T2细胞(图17)。
总体而言,这些结果证明,在健康志愿者中存在T细胞克隆能够识别微生物肽并用微生物肽和人对应物杀死目标。这些数据特别令人鼓舞,因为已在健康供体中获得T细胞克隆,因此我们可以预期特异性T细胞克隆可以在暴露于通过本发明抗原肽免疫的患者中被有效扩增。
实施例4:进一步的抗原肽对HLA-A*0201等位基因具有优异的亲和力。
接下来,在体外证实了进一步所选抗原肽和人肿瘤抗原(人参考肽)的相应片段与HLA-A*0201等位基因的结合亲和力。
即,将序列SEQ ID NO:110(《YIFEHPELL》,在本文中也称为CD22-B1)、序列SEQ IDNO:107(《LIFEHPERV》,在本文中也称为CD22-B12)和序列SEQ ID NO:108(《RVFEHPELV》,在本文中也称为CD22-B13)的抗原肽与源自CD22(《WVFEHPETL》,SEQ ID NO:270,在本文中也称为CD22-H1)的对应参考人肽进行比较。
此外,将序列SEQ ID NO:114(《FLAFVPLQL》,在本文中也称为CD37-B1)、序列SEQID NO:119(《ILAFVPLYL》,在本文中也称为CD37-B12)、序列SEQ ID NO:120(《IMAFVPLAV》,在本文中也称为CD37-B13)、序列SEQ ID NO:491(《FLAFVPLDV》,在本文中也称为CD37-B14)和序列SEQ ID NO:493(《VLAFVPLGV》,在本文中也称为CD37-B15)的抗原肽与源自CD37(《GLAFVPLQI》,SEQ ID NO:271,在本文中也称为CD37-H1)的对应参考人肽进行比较。
此外,将序列SEQ ID NO:220(《LMFGAPALV》,在本文中也称为TNFRSF13C-B1)、序列SEQ ID NO:212(《FLFGAPASA》,在本文中也称为TNFRSF13C-B11)、序列SEQ ID NO:217(《LLFGAPAGV》,在本文中也称为TNFRSF13C-B12)和序列SEQ ID NO:224(《VLFGAPAYL》,在本文中也称为TNFRSF13C-B13)的抗原肽与源自TNFRSF13C(《LLFGAPALL》,SEQ ID NO:279,在本文中也称为TNFRSF13C-H1)的对应参考人肽进行比较。
另外,将序列SEQ ID NO:65(《AMNSLSLYI》,在本文中也称为MS4A1-B4)、序列SEQID NO:70(《YMNSLSLAL》,在本文中也称为MS4A1-B42)和序列SEQ ID NO:477(《AMNSLSLTV》,在本文中也称为MS4A1-B43)的抗原肽与源自MS4A1(也称为CD20)(《IMNSLSLFA》,SEQ IDNO:264,在本文中也称为MS4A1-H4)的对应参考人肽进行比较。
A.材料和方法
A1.测量肽与T2细胞系的亲和力。
实验方案类似于针对HLA-A*0201呈递的肽进行验证的方案(Tourdot et al.,Ageneral strategy to enhance immunogenicity of low-affinity HLA-A2.1-associated peptides:implication in the identification of cryptic tumorepitopes.Eur J Immunol.2000年12月;30(12):3411-21)。肽的亲和力测量用表达HLA-A*0201分子但TAP1/2阴性并且不能呈递内源肽的人肿瘤细胞T2实现。
T2细胞(5.104个细胞/孔)与从100μM至0.1μM(4个点:100μM、10μM、1μM、0.1μM)递减浓度的肽一起在补充有100ng/μlβ2微球蛋白的无血清培养基(TexMacs)中于37℃培育16个小时。然后将细胞洗涤两次,并用偶联至PE的抗HLA-A2抗体(克隆BB7.2,BD Pharmagen)标记。
分析通过FACS(Macsquant分析仪10-Miltenyi)实现。
对于各肽浓度,将目标肽相关标记的几何平均值从背景噪声减去,并作为对于100μM浓度的参考肽HIV pol 589-597获得的HLA-A*0202标记的几何平均值的百分比报告。
A2.肽的增溶
通过考虑氨基酸组成使各肽增溶。对于不包括任何半胱氨酸、甲硫氨酸或色氨酸的肽,DMSO的添加可以上至总体积的10%。其他肽重悬于水或PBS pH7.4中。
B.结果
结果显示在图19-22中。对于每个测试的人类参考表位CD22-H1(图19)、CD37-H1(图20)、TNFRSF13C-H1(图21)和MS4A1-H4(图22),根据本发明的对应抗原肽显示对HLA-A*0201具有较强的结合亲和力。
总之,结果显示,根据本发明的抗原肽显示对HLA-A*0201的结合亲和力比对应的人肿瘤抗原片段更强。如以上所概述,在不束缚于任何理论的情况下,假定根据本发明的抗原肽的这种强结合亲和力反映了其引起免疫响应的能力(即,其免疫原性)。
序列表
<110> 恩特罗姆公司
<120> 用于预防和治疗B细胞恶性肿瘤的抗原肽
<130> EB01P016WO1
<150> EP19306475.5
<151> 2019-11-15
<150> PCT/EP2020/079257
<151> 2020-10-16
<160> 509
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 肽
<400> 1
Phe Leu Leu Phe Leu Thr Pro Ile Leu
1 5
<210> 2
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 2
Phe Leu Leu Phe Leu Thr Pro Leu Leu
1 5
<210> 3
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 3
Phe Met Leu Phe Leu Thr Pro Arg Ile
1 5
<210> 4
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 4
Gly Leu Leu Phe Leu Thr Pro Leu Ala
1 5
<210> 5
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 5
Gly Leu Leu Phe Leu Thr Pro Leu Leu
1 5
<210> 6
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 6
Gly Leu Leu Phe Leu Thr Pro Leu Met
1 5
<210> 7
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 7
Ile Leu Leu Phe Leu Thr Pro Leu Leu
1 5
<210> 8
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 8
Ser Leu Leu Phe Leu Thr Pro Leu Leu
1 5
<210> 9
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 9
Thr Leu Leu Phe Leu Thr Pro Leu Ile
1 5
<210> 10
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 10
Thr Leu Leu Phe Leu Thr Pro Met Leu
1 5
<210> 11
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 11
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1 5
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<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 12
Tyr Leu Leu Phe Leu Thr Pro Val Leu
1 5
<210> 13
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 13
Ala Leu Ser Leu Gly Leu Pro Gly Leu
1 5
<210> 14
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 14
Ala Leu Ser Leu Gly Leu Pro Leu Leu
1 5
<210> 15
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 15
Ala Leu Ser Leu Gly Leu Pro Met Leu
1 5
<210> 16
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 16
Ala Leu Ser Leu Gly Leu Pro Gln Leu
1 5
<210> 17
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 17
Ala Leu Ser Leu Gly Leu Pro Arg Leu
1 5
<210> 18
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 18
Ala Met Ser Leu Gly Leu Pro Cys Leu
1 5
<210> 19
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 19
Ala Met Ser Leu Gly Leu Pro Met Leu
1 5
<210> 20
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 20
Phe Leu Ser Leu Gly Leu Pro Ile Leu
1 5
<210> 21
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 21
Phe Leu Ser Leu Gly Leu Pro Lys Leu
1 5
<210> 22
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 22
Ile Leu Ser Leu Gly Leu Pro Ile Leu
1 5
<210> 23
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 23
Lys Leu Ser Leu Gly Leu Pro Val Leu
1 5
<210> 24
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 24
Leu Leu Ser Leu Gly Leu Pro Phe Leu
1 5
<210> 25
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 25
Leu Leu Ser Leu Gly Leu Pro Gly Leu
1 5
<210> 26
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 26
Met Leu Ser Leu Gly Leu Pro Ile Leu
1 5
<210> 27
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 27
Arg Leu Ser Leu Gly Leu Pro Gly Leu
1 5
<210> 28
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 28
Ser Leu Ser Leu Gly Leu Pro Ile Leu
1 5
<210> 29
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 29
Ser Leu Ser Leu Gly Leu Pro Lys Leu
1 5
<210> 30
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 30
Val Leu Ser Leu Gly Leu Pro Leu Leu
1 5
<210> 31
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 31
Val Leu Ser Leu Gly Leu Pro Thr Ala
1 5
<210> 32
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 32
Val Leu Ser Leu Gly Leu Pro Thr Val
1 5
<210> 33
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 33
Tyr Leu Ser Leu Gly Leu Pro Ile Leu
1 5
<210> 34
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 34
Leu Leu Val Gly Ile Leu His Leu Val
1 5
<210> 35
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 35
Ser Leu Val Gly Ile Leu His Ile Ile
1 5
<210> 36
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 36
Phe Leu Ala Tyr Leu Ile Phe Gly Leu
1 5
<210> 37
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 37
Phe Leu Ala Tyr Leu Ile Phe Thr Leu
1 5
<210> 38
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 38
Arg Leu Ala Tyr Leu Ile Phe Leu Leu
1 5
<210> 39
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 39
Tyr Leu Ala Tyr Leu Ile Phe Glu Leu
1 5
<210> 40
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 40
Leu Gln Met Gly Gly Phe Tyr Leu Leu
1 5
<210> 41
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 41
Ala Ile Leu Gly Gly Leu Leu Leu Ile
1 5
<210> 42
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 42
Ala Leu Leu Gly Gly Leu Leu Leu Ile
1 5
<210> 43
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 43
Ala Leu Leu Gly Gly Leu Leu Met Leu
1 5
<210> 44
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 44
Phe Ala Leu Gly Gly Leu Leu Thr Val
1 5
<210> 45
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 45
Phe Leu Leu Gly Gly Leu Leu Leu Ile
1 5
<210> 46
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 46
Phe Leu Leu Gly Gly Leu Leu Met Val
1 5
<210> 47
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 47
Gly Met Leu Gly Gly Leu Leu Leu Ile
1 5
<210> 48
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 48
Gly Met Leu Gly Gly Leu Leu Met Leu
1 5
<210> 49
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 49
His Ile Leu Gly Gly Leu Leu Met Val
1 5
<210> 50
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 50
Ile Ile Leu Gly Gly Leu Leu Val Val
1 5
<210> 51
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 51
Ile Leu Leu Gly Gly Leu Leu Leu Ile
1 5
<210> 52
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 52
Leu Leu Leu Gly Gly Leu Leu Leu Ile
1 5
<210> 53
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 53
Leu Leu Leu Gly Gly Leu Leu Met Ile
1 5
<210> 54
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 54
Asn Leu Leu Gly Gly Leu Leu Leu Ile
1 5
<210> 55
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 55
Ser Ile Leu Gly Gly Leu Leu Leu Ile
1 5
<210> 56
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 56
Ser Leu Leu Gly Gly Leu Leu Leu Ile
1 5
<210> 57
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 57
Ser Leu Leu Gly Gly Leu Leu Met Leu
1 5
<210> 58
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 58
Ser Met Leu Gly Gly Leu Leu Leu Ile
1 5
<210> 59
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 59
Thr Leu Leu Gly Gly Leu Leu Met Ile
1 5
<210> 60
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 60
Tyr Ala Leu Gly Gly Leu Leu Glu Val
1 5
<210> 61
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 61
Tyr Ile Leu Gly Gly Leu Leu Met Val
1 5
<210> 62
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 62
Tyr Met Leu Gly Gly Leu Leu Leu Ile
1 5
<210> 63
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 63
Tyr Val Leu Gly Gly Leu Leu Met Ile
1 5
<210> 64
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 64
Tyr Val Leu Gly Gly Leu Leu Met Val
1 5
<210> 65
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 65
Ala Met Asn Ser Leu Ser Leu Tyr Ile
1 5
<210> 66
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 66
Ile Leu Asn Ser Leu Ser Leu Lys Ile
1 5
<210> 67
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 67
Ile Leu Asn Ser Leu Ser Leu Lys Leu
1 5
<210> 68
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 68
Ile Leu Asn Ser Leu Ser Leu Leu Leu
1 5
<210> 69
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 人工
<400> 69
Leu Leu Asn Ser Leu Ser Leu Phe Leu
1 5
<210> 70
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 70
Tyr Met Asn Ser Leu Ser Leu Ala Leu
1 5
<210> 71
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 71
Phe Leu Ile Pro Ala Gly Ile Phe Leu
1 5
<210> 72
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 72
Ile Leu Ile Pro Ala Gly Ile Tyr Leu
1 5
<210> 73
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 73
Leu Leu Ile Pro Ala Gly Ile Ala Val
1 5
<210> 74
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 74
Leu Leu Ile Pro Ala Gly Ile Glu Leu
1 5
<210> 75
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 75
Leu Leu Ile Pro Ala Gly Ile Gly Leu
1 5
<210> 76
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 76
Leu Leu Ile Pro Ala Gly Ile Leu Ile
1 5
<210> 77
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 77
Leu Leu Ile Pro Ala Gly Ile Leu Leu
1 5
<210> 78
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 78
Met Leu Ile Pro Ala Gly Ile Pro Ala
1 5
<210> 79
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 79
Met Met Ile Pro Ala Gly Ile Ala Val
1 5
<210> 80
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 80
Val Met Ile Pro Ala Gly Ile Phe Leu
1 5
<210> 81
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 81
Phe Leu Phe Leu Gly Ile Leu Gly Leu
1 5
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<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 82
Phe Leu Phe Leu Gly Ile Leu Pro Leu
1 5
<210> 83
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 83
Met Leu Phe Leu Gly Ile Leu Ser Val
1 5
<210> 84
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 84
Tyr Leu Phe Leu Gly Ile Leu Gly Ile
1 5
<210> 85
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 85
Tyr Leu Phe Leu Gly Ile Leu Gly Leu
1 5
<210> 86
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 86
Tyr Leu Phe Leu Gly Ile Leu Ser Leu
1 5
<210> 87
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 87
Tyr Leu Phe Leu Gly Ile Leu Tyr Leu
1 5
<210> 88
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 88
Phe Leu Ser Asn Asp Thr Val Leu Leu
1 5
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<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 89
Phe Leu Ser Asn Asp Thr Val Pro Leu
1 5
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<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 90
Phe Leu Ser Asn Asp Thr Val Ser Ala
1 5
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<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 91
Phe Met Ser Asn Asp Thr Val Lys Val
1 5
<210> 92
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 92
Ile Leu Ser Asn Asp Thr Val Trp Leu
1 5
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<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 93
Lys Met Ser Asn Asp Thr Val Val Leu
1 5
<210> 94
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 94
Arg Leu Ser Asn Asp Thr Val Gly Leu
1 5
<210> 95
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 95
Arg Met Ser Asn Asp Thr Val Glu Ile
1 5
<210> 96
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 96
Thr Leu Ser Asn Asp Thr Val Trp Leu
1 5
<210> 97
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 97
Ala Leu Leu Gly Pro Trp Leu Ile Val
1 5
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<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 98
Phe Leu Leu Gly Pro Trp Leu Cys Leu
1 5
<210> 99
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 99
Lys Leu Leu Gly Pro Trp Leu Ser Val
1 5
<210> 100
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 100
Leu Leu Leu Gly Pro Trp Leu Leu Leu
1 5
<210> 101
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 101
Tyr Leu Leu Gly Pro Trp Leu Leu Val
1 5
<210> 102
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 102
Ile Leu Ile Leu Ala Ile Cys Gly Val
1 5
<210> 103
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 103
Ile Met Ile Leu Ala Ile Cys Leu Val
1 5
<210> 104
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 104
Arg Leu Ile Leu Ala Ile Cys Gly Leu
1 5
<210> 105
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 105
Tyr Leu Ile Leu Ala Ile Cys Gly Val
1 5
<210> 106
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 106
Lys Ile Phe Glu His Pro Glu Leu Leu
1 5
<210> 107
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 107
Leu Ile Phe Glu His Pro Glu Arg Val
1 5
<210> 108
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 108
Arg Val Phe Glu His Pro Glu Leu Val
1 5
<210> 109
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 109
Tyr Val Phe Glu His Pro Glu Leu Leu
1 5
<210> 110
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 110
Tyr Ile Phe Glu His Pro Glu Thr Ala
1 5
<210> 111
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 111
Ala Leu Ala Phe Val Pro Leu Ala Val
1 5
<210> 112
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 112
Ala Leu Ala Phe Val Pro Leu Ser Val
1 5
<210> 113
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 113
Phe Leu Ala Phe Val Pro Leu Ile Leu
1 5
<210> 114
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 114
Phe Leu Ala Phe Val Pro Leu Gln Leu
1 5
<210> 115
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 115
Phe Leu Ala Phe Val Pro Leu Val Leu
1 5
<210> 116
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 116
Phe Met Ala Phe Val Pro Leu Gln Leu
1 5
<210> 117
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 117
Gly Met Ala Phe Val Pro Leu Leu Leu
1 5
<210> 118
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 118
His Leu Ala Phe Val Pro Leu Leu Val
1 5
<210> 119
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 119
Ile Leu Ala Phe Val Pro Leu Tyr Leu
1 5
<210> 120
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 120
Ile Met Ala Phe Val Pro Leu Ala Val
1 5
<210> 121
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 121
Ile Met Ala Phe Val Pro Leu Ile Val
1 5
<210> 122
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 122
Ile Met Ala Phe Val Pro Leu Val Val
1 5
<210> 123
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 123
Leu Leu Ala Phe Val Pro Leu Ala Leu
1 5
<210> 124
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 124
Leu Leu Ala Phe Val Pro Leu Asp Val
1 5
<210> 125
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 125
Leu Leu Ala Phe Val Pro Leu Met Leu
1 5
<210> 126
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 126
Leu Leu Ala Phe Val Pro Leu Ser Leu
1 5
<210> 127
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 127
Leu Met Ala Phe Val Pro Leu Thr Leu
1 5
<210> 128
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 128
Thr Leu Ala Phe Val Pro Leu Ala Val
1 5
<210> 129
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 129
Val Leu Ala Phe Val Pro Leu Leu Val
1 5
<210> 130
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 130
Val Met Ala Phe Val Pro Leu Val Val
1 5
<210> 131
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 131
Phe Leu Tyr Phe Gly Met Leu Leu Leu
1 5
<210> 132
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 132
Gly Leu Tyr Phe Gly Met Leu His Met
1 5
<210> 133
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 133
Leu Leu Tyr Phe Gly Met Leu Gly Leu
1 5
<210> 134
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 134
Leu Leu Tyr Phe Gly Met Leu Leu Leu
1 5
<210> 135
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 135
Thr Met Tyr Phe Gly Met Leu Tyr Leu
1 5
<210> 136
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 136
Val Leu Tyr Phe Gly Met Leu Leu Ile
1 5
<210> 137
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 137
Cys Leu Ile Asp Lys Thr Ser Val Val
1 5
<210> 138
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 138
Phe Leu Ile Asp Lys Thr Ser Ala Ala
1 5
<210> 139
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 139
Ile Leu Ile Asp Lys Thr Ser Gly Ala
1 5
<210> 140
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 140
Ile Leu Ile Asp Lys Thr Ser Gly Val
1 5
<210> 141
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 141
Ile Met Ile Asp Lys Thr Ser Thr Val
1 5
<210> 142
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 142
Val Ile Ile Asp Lys Thr Ser Ser Val
1 5
<210> 143
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 143
Val Leu Ile Asp Lys Thr Ser Gln Leu
1 5
<210> 144
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 144
Val Leu Ile Asp Lys Thr Ser Ser Val
1 5
<210> 145
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 145
Tyr Leu Ile Asp Lys Thr Ser Asn Ile
1 5
<210> 146
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 146
Tyr Leu Ile Asp Lys Thr Ser Asn Leu
1 5
<210> 147
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 147
Tyr Leu Ile Asp Lys Thr Ser Thr Val
1 5
<210> 148
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 148
Phe Ile Leu Leu Phe Ala Thr His Val
1 5
<210> 149
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 149
Phe Leu Leu Leu Phe Ala Thr Ser Val
1 5
<210> 150
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 150
Leu Leu Leu Leu Phe Ala Thr Ala Val
1 5
<210> 151
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 151
Leu Leu Leu Leu Phe Ala Thr Ser Val
1 5
<210> 152
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 152
Leu Met Leu Leu Phe Ala Thr Ser Val
1 5
<210> 153
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 153
Met Met Leu Leu Phe Ala Thr Leu Leu
1 5
<210> 154
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 154
Tyr Leu Leu Leu Phe Ala Thr Asn Val
1 5
<210> 155
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 155
Tyr Leu Leu Leu Phe Ala Thr Tyr Leu
1 5
<210> 156
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 156
Ile Leu Val Gly Ile Cys Leu Gly Val
1 5
<210> 157
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 157
Ser Ile Val Gly Ile Cys Leu Asn Val
1 5
<210> 158
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 158
Lys Leu Ile Lys Tyr Phe Leu Lys Val
1 5
<210> 159
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 159
Lys Leu Ile Lys Tyr Phe Leu Val Val
1 5
<210> 160
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 160
Met Met Ile Lys Tyr Phe Leu Cys Val
1 5
<210> 161
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 161
Asn Leu Ile Lys Tyr Phe Leu Tyr Val
1 5
<210> 162
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 162
Ser Leu Ile Lys Tyr Phe Leu Ser Ile
1 5
<210> 163
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 163
Ala Leu Val Leu Ala Leu Val Gly Val
1 5
<210> 164
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 164
Ala Leu Val Leu Ala Leu Val Pro Val
1 5
<210> 165
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 165
Gly Leu Val Leu Ala Leu Val Gly Val
1 5
<210> 166
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 166
Asn Leu Val Leu Ala Leu Val Glu Val
1 5
<210> 167
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 167
Ser Leu Val Leu Ala Leu Val Gly Val
1 5
<210> 168
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 168
Ser Leu Val Leu Ala Leu Val Ser Val
1 5
<210> 169
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 169
Ser Leu Val Leu Ala Leu Val Tyr Val
1 5
<210> 170
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 170
Thr Leu Val Leu Ala Leu Val Ser Val
1 5
<210> 171
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 171
Ala Leu Ala Leu Val Leu Ala Leu Leu
1 5
<210> 172
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 172
Ala Leu Ala Leu Val Leu Ala Met Leu
1 5
<210> 173
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 173
Ala Leu Ala Leu Val Leu Ala Thr Val
1 5
<210> 174
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 174
Phe Leu Ala Leu Val Leu Ala Ala Ala
1 5
<210> 175
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 175
Phe Leu Ala Leu Val Leu Ala Ala Leu
1 5
<210> 176
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 176
Phe Leu Ala Leu Val Leu Ala Gly Leu
1 5
<210> 177
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 177
Phe Leu Ala Leu Val Leu Ala Gly Val
1 5
<210> 178
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 178
Phe Leu Ala Leu Val Leu Ala Leu Leu
1 5
<210> 179
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 179
Phe Leu Ala Leu Val Leu Ala Met Leu
1 5
<210> 180
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 180
Phe Leu Ala Leu Val Leu Ala Thr Leu
1 5
<210> 181
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 181
Gly Leu Ala Leu Val Leu Ala Ala Ile
1 5
<210> 182
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 182
Gly Leu Ala Leu Val Leu Ala Ala Leu
1 5
<210> 183
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 183
Gly Leu Ala Leu Val Leu Ala Ala Val
1 5
<210> 184
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 184
Gly Leu Ala Leu Val Leu Ala Leu Leu
1 5
<210> 185
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 185
Gly Leu Ala Leu Val Leu Ala Leu Val
1 5
<210> 186
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<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 186
Gly Leu Ala Leu Val Leu Ala Asn Ile
1 5
<210> 187
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 187
Gly Leu Ala Leu Val Leu Ala Thr Leu
1 5
<210> 188
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 188
Gly Leu Ala Leu Val Leu Ala Thr Val
1 5
<210> 189
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 189
Gly Leu Ala Leu Val Leu Ala Val Val
1 5
<210> 190
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 190
Gly Met Ala Leu Val Leu Ala Ala Val
1 5
<210> 191
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 191
Ile Leu Ala Leu Val Leu Ala Met Val
1 5
<210> 192
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 192
Ile Leu Ala Leu Val Leu Ala Arg Val
1 5
<210> 193
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 193
Ile Leu Ala Leu Val Leu Ala Tyr Leu
1 5
<210> 194
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 194
Lys Leu Ala Leu Val Leu Ala Met Leu
1 5
<210> 195
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 195
Leu Leu Ala Leu Val Leu Ala Glu Val
1 5
<210> 196
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 196
Met Leu Ala Leu Val Leu Ala Gly Leu
1 5
<210> 197
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 197
Ser Leu Ala Leu Val Leu Ala Leu Leu
1 5
<210> 198
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 198
Ser Leu Ala Leu Val Leu Ala Leu Val
1 5
<210> 199
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 199
Ser Leu Ala Leu Val Leu Ala Met Leu
1 5
<210> 200
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 200
Val Leu Ala Leu Val Leu Ala Glu Leu
1 5
<210> 201
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 201
Val Leu Ala Leu Val Leu Ala Glu Val
1 5
<210> 202
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 202
Val Leu Ala Leu Val Leu Ala Gly Val
1 5
<210> 203
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 203
Val Leu Ala Leu Val Leu Ala Leu Val
1 5
<210> 204
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 204
Val Leu Ala Leu Val Leu Ala Met Val
1 5
<210> 205
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 205
Val Leu Ala Leu Val Leu Ala Thr Val
1 5
<210> 206
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 206
Tyr Leu Ala Leu Val Leu Ala Phe Leu
1 5
<210> 207
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 207
Tyr Leu Ala Leu Val Leu Ala Leu Ile
1 5
<210> 208
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 208
Tyr Leu Ala Leu Val Leu Ala Leu Leu
1 5
<210> 209
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 209
Tyr Leu Ala Leu Val Leu Ala Met Leu
1 5
<210> 210
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 210
Ala Leu Phe Gly Ala Pro Ala Ala Val
1 5
<210> 211
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 211
Ala Leu Phe Gly Ala Pro Ala Lys Leu
1 5
<210> 212
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 212
Phe Leu Phe Gly Ala Pro Ala Ser Ala
1 5
<210> 213
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 213
Gly Leu Phe Gly Ala Pro Ala Phe Ile
1 5
<210> 214
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 214
Leu Leu Phe Gly Ala Pro Ala Ala Leu
1 5
<210> 215
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 215
Leu Leu Phe Gly Ala Pro Ala Gly Ile
1 5
<210> 216
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 216
Leu Leu Phe Gly Ala Pro Ala Gly Leu
1 5
<210> 217
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 217
Leu Leu Phe Gly Ala Pro Ala Gly Val
1 5
<210> 218
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 218
Leu Leu Phe Gly Ala Pro Ala Leu Leu
1 5
<210> 219
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 219
Leu Met Phe Gly Ala Pro Ala Phe Val
1 5
<210> 220
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 220
Leu Met Phe Gly Ala Pro Ala Leu Val
1 5
<210> 221
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 221
Met Leu Phe Gly Ala Pro Ala Glu Ala
1 5
<210> 222
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 222
Ser Met Phe Gly Ala Pro Ala His Val
1 5
<210> 223
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 223
Val Leu Phe Gly Ala Pro Ala Asn Leu
1 5
<210> 224
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 224
Val Leu Phe Gly Ala Pro Ala Tyr Leu
1 5
<210> 225
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 225
Tyr Leu Phe Gly Ala Pro Ala Ala Ala
1 5
<210> 226
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 226
Phe Leu Pro Gly Leu Leu Phe Ser Val
1 5
<210> 227
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 227
Phe Met Pro Gly Leu Leu Phe Gly Ala
1 5
<210> 228
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 228
Phe Val Pro Gly Leu Leu Phe Gly Val
1 5
<210> 229
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 229
Gly Leu Pro Gly Leu Leu Phe Glu Leu
1 5
<210> 230
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 230
Ile Leu Pro Gly Leu Leu Phe Ala Ile
1 5
<210> 231
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 231
Ile Leu Pro Gly Leu Leu Phe Gly Leu
1 5
<210> 232
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 232
Ile Leu Pro Gly Leu Leu Phe Leu Ile
1 5
<210> 233
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 233
Ile Leu Pro Gly Leu Leu Phe Ser Leu
1 5
<210> 234
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 234
Ile Leu Pro Gly Leu Leu Phe Tyr Ile
1 5
<210> 235
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 235
Ile Leu Pro Gly Leu Leu Phe Tyr Met
1 5
<210> 236
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 236
Ile Met Pro Gly Leu Leu Phe His Ile
1 5
<210> 237
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 237
Ile Met Pro Gly Leu Leu Phe Gln Val
1 5
<210> 238
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 238
Ile Met Pro Gly Leu Leu Phe Tyr Val
1 5
<210> 239
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 239
Lys Leu Pro Gly Leu Leu Phe His Ala
1 5
<210> 240
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 240
Lys Leu Pro Gly Leu Leu Phe Ser Val
1 5
<210> 241
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 241
Leu Leu Pro Gly Leu Leu Phe Gly Leu
1 5
<210> 242
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 242
Leu Leu Pro Gly Leu Leu Phe Thr Leu
1 5
<210> 243
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 243
Leu Leu Pro Gly Leu Leu Phe Val Val
1 5
<210> 244
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 244
Met Leu Pro Gly Leu Leu Phe Ala Leu
1 5
<210> 245
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 245
Met Leu Pro Gly Leu Leu Phe Gly Leu
1 5
<210> 246
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 246
Met Leu Pro Gly Leu Leu Phe Lys Val
1 5
<210> 247
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 247
Met Leu Pro Gly Leu Leu Phe Val Val
1 5
<210> 248
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 248
Pro Leu Pro Gly Leu Leu Phe Ser Val
1 5
<210> 249
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 249
Arg Met Pro Gly Leu Leu Phe Lys Val
1 5
<210> 250
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 250
Ser Leu Pro Gly Leu Leu Phe Phe Leu
1 5
<210> 251
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 251
Ser Leu Pro Gly Leu Leu Phe Thr Leu
1 5
<210> 252
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 252
Ser Leu Pro Gly Leu Leu Phe Val Val
1 5
<210> 253
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 253
Thr Leu Pro Gly Leu Leu Phe Pro Ala
1 5
<210> 254
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 254
Thr Leu Pro Gly Leu Leu Phe Pro Val
1 5
<210> 255
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 255
Val Leu Pro Gly Leu Leu Phe Gly Val
1 5
<210> 256
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 256
Val Leu Pro Gly Leu Leu Phe Tyr Val
1 5
<210> 257
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 257
Tyr Leu Pro Gly Leu Leu Phe Leu Met
1 5
<210> 258
<211> 9
<212> PRT
<213> 智人
<400> 258
Phe Leu Leu Phe Leu Thr Pro Met Glu
1 5
<210> 259
<211> 9
<212> PRT
<213> 智人
<400> 259
Lys Leu Ser Leu Gly Leu Pro Gly Leu
1 5
<210> 260
<211> 9
<212> PRT
<213> 智人
<400> 260
Ser Leu Val Gly Ile Leu His Leu Gln
1 5
<210> 261
<211> 9
<212> PRT
<213> 智人
<400> 261
Thr Leu Ala Tyr Leu Ile Phe Cys Leu
1 5
<210> 262
<211> 9
<212> PRT
<213> 智人
<400> 262
Gln Gln Met Gly Gly Phe Tyr Leu Cys
1 5
<210> 263
<211> 9
<212> PRT
<213> 智人
<400> 263
Ile Ala Leu Gly Gly Leu Leu Met Ile
1 5
<210> 264
<211> 9
<212> PRT
<213> 智人
<400> 264
Ile Met Asn Ser Leu Ser Leu Phe Ala
1 5
<210> 265
<211> 9
<212> PRT
<213> 智人
<400> 265
Leu Met Ile Pro Ala Gly Ile Tyr Ala
1 5
<210> 266
<211> 9
<212> PRT
<213> 智人
<400> 266
Ser Leu Phe Leu Gly Ile Leu Ser Val
1 5
<210> 267
<211> 9
<212> PRT
<213> 智人
<400> 267
Phe Leu Ser Asn Asp Thr Val Gln Leu
1 5
<210> 268
<211> 9
<212> PRT
<213> 智人
<400> 268
His Leu Leu Gly Pro Trp Leu Leu Leu
1 5
<210> 269
<211> 9
<212> PRT
<213> 智人
<400> 269
Ile Leu Ile Leu Ala Ile Cys Gly Leu
1 5
<210> 270
<211> 9
<212> PRT
<213> 智人
<400> 270
Trp Val Phe Glu His Pro Glu Thr Leu
1 5
<210> 271
<211> 9
<212> PRT
<213> 智人
<400> 271
Gly Leu Ala Phe Val Pro Leu Gln Ile
1 5
<210> 272
<211> 9
<212> PRT
<213> 智人
<400> 272
Gly Leu Tyr Phe Gly Met Leu Leu Leu
1 5
<210> 273
<211> 9
<212> PRT
<213> 智人
<400> 273
Ile Leu Ile Asp Lys Thr Ser Phe Val
1 5
<210> 274
<211> 9
<212> PRT
<213> 智人
<400> 274
Leu Leu Leu Leu Phe Ala Thr Gln Ile
1 5
<210> 275
<211> 9
<212> PRT
<213> 智人
<400> 275
Ser Ile Val Gly Ile Cys Leu Gly Val
1 5
<210> 276
<211> 9
<212> PRT
<213> 智人
<400> 276
Ser Ile Val Gly Ile Cys Leu Gly Val
1 5
<210> 277
<211> 9
<212> PRT
<213> 智人
<400> 277
Ala Leu Val Leu Ala Leu Val Leu Val
1 5
<210> 278
<211> 9
<212> PRT
<213> 智人
<400> 278
Gly Leu Ala Leu Val Leu Ala Leu Val
1 5
<210> 279
<211> 9
<212> PRT
<213> 智人
<400> 279
Leu Leu Phe Gly Ala Pro Ala Leu Leu
1 5
<210> 280
<211> 9
<212> PRT
<213> 智人
<400> 280
Pro Leu Pro Gly Leu Leu Phe Gly Ala
1 5
<210> 281
<211> 5
<212> PRT
<213> 智人
<400> 281
Leu Phe Leu Thr Pro
1 5
<210> 282
<211> 5
<212> PRT
<213> 智人
<400> 282
Ser Leu Gly Leu Pro
1 5
<210> 283
<211> 5
<212> PRT
<213> 智人
<400> 283
Val Gly Ile Leu His
1 5
<210> 284
<211> 5
<212> PRT
<213> 智人
<400> 284
Ala Tyr Leu Ile Phe
1 5
<210> 285
<211> 5
<212> PRT
<213> 智人
<400> 285
Met Gly Gly Phe Tyr
1 5
<210> 286
<211> 5
<212> PRT
<213> 智人
<400> 286
Leu Gly Gly Leu Leu
1 5
<210> 287
<211> 5
<212> PRT
<213> 智人
<400> 287
Asn Ser Leu Ser Leu
1 5
<210> 288
<211> 5
<212> PRT
<213> 智人
<400> 288
Ile Pro Ala Gly Ile
1 5
<210> 289
<211> 5
<212> PRT
<213> 智人
<400> 289
Phe Leu Gly Ile Leu
1 5
<210> 290
<211> 5
<212> PRT
<213> 智人
<400> 290
Ser Asn Asp Thr Val
1 5
<210> 291
<211> 5
<212> PRT
<213> 智人
<400> 291
Leu Gly Pro Trp Leu
1 5
<210> 292
<211> 5
<212> PRT
<213> 智人
<400> 292
Ile Leu Ala Ile Cys
1 5
<210> 293
<211> 5
<212> PRT
<213> 智人
<400> 293
Phe Glu His Pro Glu
1 5
<210> 294
<211> 5
<212> PRT
<213> 智人
<400> 294
Ala Phe Val Pro Leu
1 5
<210> 295
<211> 5
<212> PRT
<213> 智人
<400> 295
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Ile Met Pro Gly Leu Leu Phe Xaa Xaa
1 5
<210> 461
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<220>
<221> misc_feature
<222> (8)..(9)
<223> Xaa可以是任何天然存在的氨基酸
<400> 461
Lys Leu Pro Gly Leu Leu Phe Xaa Xaa
1 5
<210> 462
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<220>
<221> misc_feature
<222> (8)..(9)
<223> Xaa可以是任何天然存在的氨基酸
<400> 462
Leu Leu Pro Gly Leu Leu Phe Xaa Xaa
1 5
<210> 463
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<220>
<221> misc_feature
<222> (8)..(9)
<223> Xaa可以是任何天然存在的氨基酸
<400> 463
Met Leu Pro Gly Leu Leu Phe Xaa Xaa
1 5
<210> 464
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<220>
<221> misc_feature
<222> (8)..(9)
<223> Xaa可以是任何天然存在的氨基酸
<400> 464
Ser Leu Pro Gly Leu Leu Phe Xaa Xaa
1 5
<210> 465
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<220>
<221> misc_feature
<222> (9)..(9)
<223> Xaa可以是任何天然存在的氨基酸
<400> 465
Thr Leu Pro Gly Leu Leu Phe Pro Xaa
1 5
<210> 466
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<220>
<221> misc_feature
<222> (8)..(8)
<223> Xaa可以是任何天然存在的氨基酸
<400> 466
Val Leu Pro Gly Leu Leu Phe Xaa Val
1 5
<210> 467
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)..(1)
<223> Xaa可以是任何天然存在的氨基酸
<220>
<221> misc_feature
<222> (8)..(9)
<223> Xaa可以是任何天然存在的氨基酸
<400> 467
Xaa Met Pro Gly Leu Leu Phe Xaa Xaa
1 5
<210> 468
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)..(1)
<223> Xaa可以是任何天然存在的氨基酸
<400> 468
Xaa Leu Pro Gly Leu Leu Phe Ser Val
1 5
<210> 469
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)..(1)
<223> Xaa可以是任何天然存在的氨基酸
<400> 469
Xaa Leu Pro Gly Leu Leu Phe Val Val
1 5
<210> 470
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)..(1)
<223> Xaa可以是任何天然存在的氨基酸
<220>
<221> misc_feature
<222> (8)..(8)
<223> Xaa可以是任何天然存在的氨基酸
<400> 470
Xaa Leu Pro Gly Leu Leu Phe Xaa Met
1 5
<210> 471
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)..(1)
<223> Xaa可以是任何天然存在的氨基酸
<220>
<221> misc_feature
<222> (8)..(8)
<223> Xaa可以是任何天然存在的氨基酸
<400> 471
Xaa Leu Pro Gly Leu Leu Phe Xaa Leu
1 5
<210> 472
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<220>
<221> misc_feature
<222> (1)..(1)
<223> Xaa可以是任何天然存在的氨基酸
<220>
<221> misc_feature
<222> (8)..(8)
<223> Xaa可以是任何天然存在的氨基酸
<400> 472
Xaa Leu Pro Gly Leu Leu Phe Xaa Val
1 5
<210> 473
<211> 20
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 473
Met Ala Lys Thr Ile Ala Tyr Asp Glu Glu Ala Arg Arg Gly Leu Glu
1 5 10 15
Arg Gly Leu Asn
20
<210> 474
<211> 13
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 474
Thr Pro Pro Ala Tyr Arg Pro Pro Asn Ala Pro Ile Leu
1 5 10
<210> 475
<211> 15
<212> PRT
<213> 人工
<220>
<223> 肽
<400> 475
Lys Ser Val Trp Ser Lys Leu Gln Ser Ile Gly Ile Arg Gln His
1 5 10 15
<210> 476
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 肽
<400> 476
Ala Met Asn Ser Leu Ser Leu Leu Leu
1 5
<210> 477
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 肽
<400> 477
Ala Met Asn Ser Leu Ser Leu Thr Val
1 5
<210> 478
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 肽
<400> 478
Gly Met Asn Ser Leu Ser Leu Leu Val
1 5
<210> 479
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 肽
<400> 479
Ile Leu Asn Ser Leu Ser Leu Asp Ile
1 5
<210> 480
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 肽
<400> 480
Ile Leu Asn Ser Leu Ser Leu Thr Ala
1 5
<210> 481
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 肽
<400> 481
Gln Met Asn Ser Leu Ser Leu Phe Leu
1 5
<210> 482
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 肽
<400> 482
Val Leu Asn Ser Leu Ser Leu Tyr Ala
1 5
<210> 483
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 肽
<400> 483
Val Met Asn Ser Leu Ser Leu Leu Ile
1 5
<210> 484
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 肽
<400> 484
Tyr Ile Asn Ser Leu Ser Leu Phe Ile
1 5
<210> 485
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 肽
<400> 485
Phe Leu Phe Glu His Pro Glu Thr Phe
1 5
<210> 486
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 肽
<400> 486
His Ile Phe Glu His Pro Glu His Leu
1 5
<210> 487
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 肽
<400> 487
Arg Val Phe Glu His Pro Glu Arg Val
1 5
<210> 488
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 肽
<400> 488
Tyr Thr Phe Glu His Pro Glu Thr Ile
1 5
<210> 489
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 肽
<400> 489
Ala Leu Ala Phe Val Pro Leu Trp Leu
1 5
<210> 490
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 肽
<400> 490
Ala Met Ala Phe Val Pro Leu Ala Leu
1 5
<210> 491
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 肽
<400> 491
Phe Leu Ala Phe Val Pro Leu Asp Val
1 5
<210> 492
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 肽
<400> 492
Leu Leu Ala Phe Val Pro Leu Pro Leu
1 5
<210> 493
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 肽
<400> 493
Val Leu Ala Phe Val Pro Leu Gly Val
1 5
<210> 494
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 肽
<400> 494
Ala Leu Phe Gly Ala Pro Ala Ala Ala
1 5
<210> 495
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 肽
<400> 495
Ile Leu Phe Gly Ala Pro Ala Gly Ala
1 5
<210> 496
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 肽
<400> 496
Asn Met Phe Gly Ala Pro Ala Gln Val
1 5
<210> 497
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 肽
<400> 497
Ser Leu Phe Gly Ala Pro Ala Thr Ala
1 5
<210> 498
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 肽
<400> 498
Thr Leu Phe Gly Ala Pro Ala Ala Ala
1 5
<210> 499
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 肽
<400> 499
Val Ile Phe Gly Ala Pro Ala Leu Val
1 5
<210> 500
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 肽
<400> 500
Val Leu Phe Gly Ala Pro Ala Gly Ile
1 5
<210> 501
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 肽
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (8)..(9)
<223> Xaa可以是任何天然存在的氨基酸
<400> 501
Ala Met Asn Ser Leu Ser Leu Xaa Xaa
1 5
<210> 502
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 肽
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(1)
<223> Xaa可以是任何天然存在的氨基酸
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (9)..(9)
<223> Xaa可以是任何天然存在的氨基酸
<400> 502
Xaa Met Asn Ser Leu Ser Leu Leu Xaa
1 5
<210> 503
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 肽
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(1)
<223> Xaa可以是任何天然存在的氨基酸
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (8)..(8)
<223> Xaa可以是任何天然存在的氨基酸
<400> 503
Xaa Met Asn Ser Leu Ser Leu Xaa Ile
1 5
<210> 504
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 肽
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(1)
<223> Xaa可以是任何天然存在的氨基酸
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (8)..(8)
<223> Xaa可以是任何天然存在的氨基酸
<400> 504
Xaa Met Asn Ser Leu Ser Leu Xaa Leu
1 5
<210> 505
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 肽
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (2)..(2)
<223> Xaa可以是任何天然存在的氨基酸
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (9)..(9)
<223> Xaa可以是任何天然存在的氨基酸
<400> 505
Tyr Xaa Phe Glu His Pro Glu Thr Xaa
1 5
<210> 506
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 肽
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (9)..(9)
<223> Xaa可以是任何天然存在的氨基酸
<400> 506
Ala Leu Phe Gly Ala Pro Ala Ala Xaa
1 5
<210> 507
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 肽
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (8)..(9)
<223> Xaa可以是任何天然存在的氨基酸
<400> 507
Val Leu Phe Gly Ala Pro Ala Xaa Xaa
1 5
<210> 508
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 肽
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(1)
<223> Xaa可以是任何天然存在的氨基酸
<400> 508
Xaa Leu Phe Gly Ala Pro Ala Ala Ala
1 5
<210> 509
<211> 9
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> 肽
<220>
<221> MISC_FEATURE
<222> (1)..(1)
<223> Xaa可以是任何天然存在的氨基酸
<400> 509
Xaa Met Phe Gly Ala Pro Ala Leu Val
1 5

Claims (75)

1.源自人B细胞肿瘤抗原的抗原肽,其中所述抗原肽与肿瘤抗原的参考表位共享相同的核心序列,以及其中共享的所述核心序列在人微生物丛中具有高普遍性。
2.根据权利要求1所述的抗原肽,其中所述人微生物丛中的共享的所述核心序列的普遍性高于30%。
3.根据权利要求1或2所述的抗原肽,其中所述抗原肽包括下列或由下列组成:SEQ IDNo 316、304-315、317-472和501-509中任一者所示的氨基酸序列。
4.抗原肽,包括下列或由下列组成:SEQ ID NO 316、304-315、317-472和501-509中任一者所示的氨基酸序列。
5.根据权利要求4所述的抗原肽,包括下列或由下列组成:SEQ ID NO 316、304-315和317-326中任一者所示的氨基酸序列。
6.抗原肽,包括下列或由下列组成:SEQ ID NO 1-257和476-500中任一者所示的氨基酸序列,其中任选地一个或两个氨基酸残基能够被取代、删除或添加。
7.根据权利要求6所述的抗原肽,其中所述核心序列被保持。
8.根据前述权利要求中任一项所述的抗原肽,其中所述抗原肽包括下列或由下列组成:根据SEQ ID NO 258-280中任一者;优选地根据SEQ ID NO 258、260-266、270、271、279和280中任一者;更优选地根据SEQ ID NO 260、264、270、271、279和280中任一者;还更优选地根据SEQ ID NO 264、270、271和279中任一者的人参考肽的微生物丛变体。
9.抗原肽,包括下列或由下列组成:根据SEQ ID NO 258-280中任一者;优选地根据SEQID NO 258、260-266、270、271、279和280中任一者;更优选地根据SEQ ID NO 260、264、270、271、279和280中任一者;还更优选地根据SEQ ID NO 264、270、271和279中任一者的人参考肽的微生物丛变体。
10.根据前述权利要求中任一项所述的抗原肽,其中所述抗原肽包括下列或由下列组成:SEQ ID No 316、304-315和317-472中任一者所示,优选地SEQ ID No 316、304-315和317-326中任一者所示的氨基酸序列。
11.根据前述权利要求中任一项所述的抗原肽,其中所述抗原肽具有9或10个氨基酸的长度。
12.根据前述权利要求中任一项所述的抗原肽,其中所述抗原肽中度、强或非常强地结合MHC I类分子。
13.根据前述权利要求中任一项所述的抗原肽,其中所述抗原肽诱导针对享有相同核心序列的人B细胞肿瘤抗原的参考表位的T细胞交叉反应性。
14.根据前述权利要求中任一项所述的抗原肽,其中所述抗原肽包括根据SEQ IDNO281-303中任一者;优选地根据SEQ ID NO 281、283-289、293、294、302和303中任一者;更优选地根据SEQ ID NO 283、287、293、294、302和303中任一者;还更优选根据SEQ ID NO287、293、294和302中任一者的(核心)序列。
15.根据前述权利要求中任一项所述的抗原肽,其中享有相同核心序列的所述人B细胞肿瘤抗原的所述参考表位与MHC I分子的结合比所述抗原肽更弱。
16.根据前述权利要求中任一项所述的抗原肽,其中所述抗原肽是在所述人微生物丛中表达的至少一种蛋白质中确定的微生物丛变体。
17.根据权利要求12所述的抗原肽,其中在所述人微生物丛中表达的所述蛋白质是分泌的或包括跨膜结构域。
18.根据前述权利要求中任一项所述的抗原肽,其中所述抗原肽具有高于70%的切割概率得分。
19.根据前述权利要求中任一项所述的抗原肽,其中所述抗原肽包括下列或由下列组成:SEQ ID NO 110、220、1-109、111-219、221-257和476-500中任一者所示的氨基酸序列。
20.抗原肽,包括下列或由下列组成:SEQ ID NO 110、220、1-109、111-219、221-257和476-500中任一者所示的氨基酸序列。
21.根据前述权利要求中任一项所述的抗原肽,其中所述抗原肽包括下列或由下列组成:SEQ ID NO 1-12、34-35、36-39、40、41-64、65-70、476-484、71-80、81-87、106-110、485-488、111-130、489-493、210-225、494-500和226-257中任一者所示的氨基酸序列;优选地所述抗原肽包括下列或由下列组成:SEQ ID NO 34-35、65-70、476-484、106-110、485-488、111-130、489-493、210-225、494-500和226-257中任一者所示的氨基酸序列;更优选地所述抗原肽包括下列或由下列组成:SEQ ID NO 65-70、476-484、106-110、485-488、111-130、489-493、210-225和494-500中任一者所示的氨基酸序列。
22.根据前述权利要求中任一项所述的抗原肽,其中所述抗原肽包括下列或由下列组成:SEQ ID NO 10、34、35、39、40、61、68、70、72、86、107-110、114、117、119、120、212、217、220、224、227、231、477、491和493中任一者所示的氨基酸序列。。
23.根据前述权利要求中任一项所述的抗原肽,其中所述抗原肽包括下列或由下列组成:SEQ ID NO:110中所示的氨基酸序列。
24.根据前述权利要求中任一项所述的抗原肽,其中所述抗原肽包括下列或由下列组成:SEQ ID NO:114中所示的氨基酸序列。
25.根据前述权利要求中任一项所述的抗原肽,其中所述抗原肽包括下列或由下列组成:SEQ ID NO:220中所示的氨基酸序列。
26.根据前述权利要求中任一项所述的抗原肽,其中所述抗原肽包括下列或由下列组成:SEQ ID NO:65中所示的氨基酸序列。
27.根据前述权利要求中任一项所述的抗原肽,其中所述抗原肽的长度不超过30个氨基酸。
28.根据前述权利要求中任一项所述的抗原肽,其中所述抗原肽的长度不超过25个氨基酸。
29.根据前述权利要求中任一项所述的抗原肽,其中所述抗原肽的长度不超过20个氨基酸。
30.根据前述权利要求中任一项所述的抗原肽,其中所述抗原肽的长度不超过15个氨基酸。
31.根据前述权利要求中任一项所述的抗原肽,其中所述抗原肽的长度不超过10个氨基酸。
32.根据前述权利要求中任一项所述的抗原肽,其中所述抗原肽不是全长(微生物丛)蛋白质。
33.免疫原性化合物,其包括根据前述权利要求中任一项所述的抗原肽。
34.根据权利要求33所述的免疫原性化合物,其中所述抗原肽连接至运载体分子。
35.根据权利要求34所述的免疫原性化合物,其中所述运载体分子是运载体蛋白或运载体肽。
36.根据权利要求33-35中任一项所述的免疫原性化合物,包括下列或由下列组成:式(I)的多肽
PepNt-CORE-PepCt (I)
其中:
-"PepNt"由长度在0至500个氨基酸残基之间变化的多肽组成,并且位于所述式(I)的多肽的N端;
-CORE由权利要求1-32中任一项限定的抗原肽组成;并且
-"PepCt"由长度在0至500个氨基酸残基之间变化的多肽组成,并且位于所述式(I)的多肽的C端。
37.纳米颗粒,其负载有
-根据权利要求1-32中任一项所述的抗原肽中的至少一种,或
-根据权利要求33-36中任一项所述的免疫原性化合物中的至少一种;
以及任选地负载有佐剂。
38.细胞,其负载有根据权利要求1-32中任一项所述的抗原肽或根据权利要求33-36中任一项所述的免疫原性化合物。
39.根据权利要求38所述的细胞,其中所述细胞是抗原呈递细胞,优选地是树突状细胞。
40.核酸,其编码根据权利要求1-32中任一项所述的抗原肽、权利要求36中限定的式(I)的多肽、或根据权利要求33-36中任一项所述的免疫原性化合物,其中所述免疫原性化合物是肽或蛋白质。
41.根据权利要求40所述的核酸,其中所述核酸是DNA分子或RNA分子;优选地选自基因组DNA;cDNA;siRNA;rRNA;mRNA;反义DNA;反义RNA;核酶;互补RNA和/或DNA序列;有或无表达元件的RNA和/或DNA序列、调控元件、和/或启动子;载体;和其组合。
42.宿主细胞,其包括根据权利要求40或41所述的核酸。
43.根据权利要求42所述的宿主细胞,其中所述核酸是载体。
44.根据权利要求42或43所述的宿主细胞,其中所述宿主细胞是细菌细胞,优选地肠道细菌细胞。
45.根据权利要求1-32中任一项的抗原肽特异性的细胞毒性T淋巴细胞(CTL)。
46.药物组合物,包括
-根据权利要求1-32中任一项所述的抗原肽,
-根据权利要求33-36中任一项所述的免疫原性化合物,
-根据权利要求37所述的纳米颗粒,
-根据权利要求38或39所述的细胞,
-根据权利要求40或41所述的核酸,
-根据权利要求42-44中任一项所述的宿主细胞,或
-根据权利要求45所述的细胞毒性T淋巴细胞,
以及任选地一种或多种药学上可接受的赋形剂或运载体。
47.根据权利要求46所述的药物组合物,其中所述组合物包括
(i)至少两种不同的根据权利要求1-32中任一项所述的抗原肽;
(ii)至少两种不同的根据权利要求33-36中任一项所述的免疫原性化合物;
(iii)至少两种不同的根据权利要求37所述的纳米颗粒;
(iv)至少两种不同的根据权利要求40或41所述的核酸;或
(v)至少两种不同的根据权利要求45所述的细胞毒性T淋巴细胞。
48.根据权利要求47所述的药物组合物,包括至少三种或四种根据(i)-(v)中任一项的不同组分,优选地三种或四种不同的抗原肽。
49.根据权利要求48所述的药物组合物,其中所述至少三种或四种不同的活性组分涉及
-包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:110中所示的氨基酸序列;
-包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:114中所示的氨基酸序列;
-包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:220中所示的氨基酸序列;和
-任选地包括下列或由下列组成的抗原肽:SEQ ID NO:65中所示的氨基酸序列。
50.根据权利要求46-49中任一项所述的药物组合物,进一步包括辅助肽,优选地所述肽包括下列或由下列组成:根据SEQ ID NO:475的氨基酸序列。
51.试剂盒,包括
-根据权利要求1-32中任一项所述的抗原肽,
-根据权利要求33-36中任一项所述的免疫原性化合物,
-根据权利要求37所述的纳米颗粒,
-根据权利要求38或39所述的细胞,
-根据权利要求40或41所述的核酸,
-根据权利要求42-44中任一项所述的宿主细胞,
-根据权利要求45所述的细胞毒性T淋巴细胞,或
-根据权利要求46-50中任一项所述的药物组合物。
52.根据权利要求51所述的试剂盒,进一步包括具有利用所述抗原肽、所述免疫原性化合物、所述纳米颗粒、所述细胞、所述核酸、所述宿主细胞、所述细胞毒性T淋巴细胞和/或所述药物组合物预防或治疗B细胞恶性肿瘤的指导的包装插页或说明书。
53.根据权利要求51或52所述的试剂盒,其中所述试剂盒包括至少两种不同的根据权利要求1-32中任一项所述的抗原肽。
54.根据权利要求51或52所述的试剂盒,其中所述试剂盒包括至少两种不同的根据权利要求33-36中任一项所述的免疫原性化合物。
55.根据权利要求51或52所述的试剂盒,其中所述试剂盒包括至少两种不同的根据权利要求37所述的纳米颗粒。
56.根据权利要求51或52所述的试剂盒,其中所述试剂盒包括至少两种不同的根据权利要求40或41所述的核酸。
57.根据权利要求51或52所述的试剂盒,其中所述试剂盒包括至少两种不同的根据权利要求45所述的细胞毒性T淋巴细胞。
58.至少两种不同的根据权利要求1-32中任一项所述的抗原肽的组合。
59.至少两种不同的根据权利要求33-36中任一项所述的免疫原性化合物的组合。
60.至少两种不同的根据权利要求37所述的纳米颗粒的组合。
61.至少两种不同的根据权利要求40或41所述的核酸的组合。
62.至少两种不同的根据权利要求45所述的细胞毒性T淋巴细胞的组合。
63.根据权利要求58-62中任一项所述的组合,其中所述至少两种不同的组分被包括在不同的组合物中。
64.根据权利要求58-62中任一项所述的组合,其中所述至少两种不同的组分被包括在相同的组合物中。
65.根据权利要求58-63中任一项所述的组合,其中所述至少两种不同的组分被通过不同的给予途径给予。
66.根据权利要求58-64中任一项所述的组合,其中所述至少两种不同的组分被通过相同的给予途径给予。
67.根据权利要求58-63、65和66中任一项所述的组合,其中所述至少两种不同的组分被顺序给予。
68.根据权利要求58-66中任一项所述的组合,其中所述至少两种不同的组分被大约同时给予。
69.根据权利要求1-32中任一项所述的抗原肽,其用作药物。
70.根据权利要求1-32中任一项所述的抗原肽,其用于预防和/或治疗B细胞恶性肿瘤。
71.根据权利要求1-32中任一项所述的抗原肽,
根据权利要求33-36中任一项所述的免疫原性化合物,
根据权利要求37所述的纳米颗粒,
根据权利要求38或39所述的细胞,
根据权利要求40或41所述的核酸,
根据权利要求42-44中任一项所述的宿主细胞,
根据权利要求45所述的细胞毒性T淋巴细胞,
根据权利要求46-50中任一项所述的药物组合物,
根据权利要求51-57中任一项所述的试剂盒,或
根据权利要求58-68中任一项所述的组合,
用作药物,具体是用于预防/或治疗B细胞恶性肿瘤。
72.根据权利要求70或71使用的所述抗原肽、所述免疫原性化合物、所述纳米颗粒、所述细胞、所述核酸、所述宿主细胞、所述细胞毒性T淋巴细胞、所述药物组合物、所述试剂盒或所述组合,其中所述B细胞恶性肿瘤是选自下列的B细胞淋巴瘤:非霍奇金淋巴瘤(NHL)、弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)、NOS(从头和惰性转化而来)、原发性纵隔大B细胞淋巴瘤(PMBCL)、富含T细胞/组织细胞的大B细胞淋巴瘤(TCHRBCL)、伯基特淋巴瘤、套细胞淋巴瘤(MCL)和滤泡淋巴瘤(FL)。
73.在有需要的对象体内预防和/或治疗B细胞恶性肿瘤或者引起、增强或延长针对B细胞恶性肿瘤的抗肿瘤响应的方法,包括向所述对象给予
-根据权利要求1-32中任一项所述的抗原肽,
-根据权利要求33-36中任一项所述的免疫原性化合物,
-根据权利要求37所述的纳米颗粒,
-根据权利要求38或39所述的细胞,
-根据权利要求40或41所述的核酸,
-根据权利要求42-44中任一项所述的宿主细胞,
-根据权利要求45所述的细胞毒性T淋巴细胞,
-根据权利要求46-50中任一项所述的药物组合物,
-权利要求51-57中任一项所述的试剂盒,或
-根据权利要求58-68中任一项所述的组合。
74.根据权利要求73所述的方法,其中所述B细胞恶性肿瘤是选自下列的B细胞淋巴瘤:非霍奇金淋巴瘤(NHL)、弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)、NOS(从头和惰性转化而来)、原发性纵隔大B细胞淋巴瘤(PMBCL)、富含T细胞/组织细胞的大B细胞淋巴瘤(TCHRBCL)、伯基特淋巴瘤、套细胞淋巴瘤(MCL)和滤泡淋巴瘤(FL)。
75.肽-MHC(pMHC)多聚体,包括根据权利要求1-32中任一项所述的抗原肽。
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