CN114457154A - KIBRA rs17070145检测试剂在制备嗅觉功能评价试剂盒中的应用 - Google Patents
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Abstract
本发明涉及KIBRA rs17070145检测试剂在制备嗅觉功能评价试剂盒中的应用。嗅觉功能是临床疾病诊断的重要参考依据,本发明针对嗅觉功能的控制脑区和基因型的相关性进行了研究。研究表明,KIBRA TT携带者双侧眶额区和左侧丘脑的灰质体积(GMV)显著低于C等位基因携带者,可判定为嗅觉障碍。而CC和CT基因型与嗅觉障碍的校正后OR为0.687,且年龄越大,C等位基因对嗅觉功能的保护作用越强,发生嗅觉障碍的可能性越低。基于上述成果,本发明提供了KIBRA rs17070145检测试剂在制备嗅觉功能评价试剂盒中的应用。
Description
技术领域
本发明属于嗅觉功能检测产品领域,具体涉及KIBRA rs17070145检测试剂在制备嗅觉功能评价试剂盒中的应用。
背景技术
公开该背景技术部分的信息仅仅旨在增加对本发明的总体背景的理解,而不必然被视为承认或以任何形式暗示该信息构成已经成为本领域一般技术人员所公知的现有技术。
肾脑表达蛋白(kidney and brain expressed protein, KIBRA)是由WWC1基因编码的一种突触后蛋白,参与调节神经元的突触可塑性,并通过调控细胞增殖和凋亡来控制器官大小。KIBRA基因(Gene ID:23286)位于第5号染色体长臂上(5q34),在第9内含子rs17070145位点内存在一个常见的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点,产生三种可能的基因型:CC、CT或TT。2006年,KIBRA rs17070145 T等位基因首次被证明对情景记忆功能有促进作用且记忆相关脑区的灰质体积增加,CC纯合子主要通过代偿性提高内侧颞叶的神经活性,以达到相同水平的记忆表现。自KIBRA基因研究开始以来,已有多项研究对KIBRA对记忆功能及相关脑区的影响进行了研究。总体来说,多数研究发现T等位基因对情景记忆有益,但是也有研究认为T等位基因对记忆功能无显著影响或有相反的结果。例如,Nacmias等人发现T等位基因对主观认知功能下降个体的语言记忆有负面影响,在随后的7年随访研究中也得到了相似的结论。此外,有研究表明CC携带者在严重创伤性脑损伤患者的情景记忆方面比T携带者表现得更好。另外,在亚洲人群中,T等位基因是最常见的,基因频率约为75%,在欧洲人群中,T等位基因频率约为25%,而在非洲裔人口中,T和C等位基因出现频率相似(分别为54%和46%)。因此,KIBRA可能会因受试者本身的认知状态和种族不同而对认知功能产生不同的影响。
以往的研究大多侧重于分析与记忆相关的脑区的结构和功能,如海马或内侧颞叶,而不是进行全脑探索性分析来研究KIBRA rs17070145基因多态性如何影响整个大脑的灰质体积(gray matter volume, GMV),除了以下两项在健康的中国汉族人群中进行的研究:Rui Li等人招募了37名健康志愿者,对KIBRA TT携带者和C携带者之间的全部脑区所有体素的GMV进行了双样本t检验。这项研究表明KIBRA C等位基因携带者的前额叶皮质和海马旁皮质的GMV显著低于TT携带者,进而影响老年人的认知功能;Dawei Wang等人发现,与TT基因型个体相比,C等位基因携带者在右侧内侧前额叶皮层和双侧背侧前扣带皮层的GMV显著降低,同步化增加。
然而,KIBRA rs17070145基因多态性是否可以通过调节大脑结构来影响嗅觉功能目前国际上尚无报道。嗅觉功能传导通路如下:来自嗅球的神经元投射到包括杏仁核、梨状皮层和内嗅皮层在内的几个结构,然后通过丘脑投射到眶皮层和眶额皮层。当气味被感知到时,气味记忆和气味命名受到几个边缘区域的调节,共同参与到气味识别的最终整合过程中,包括眶额皮层和其他额叶区域。
发明内容
本发明探讨了KIBRA rs17070145与中国农村居住老年人嗅觉功能的相关性。此外,本发明试图筛选目标脑区,并进一步量化目标脑区在多大程度上介导KIBRArs17070145与嗅觉功能之间的关联。根据研究结果,KIBRA rs17070145基因具有CC、CT或TT三种基因型,并且与老年人识别气味的嗅觉功能具有相关性。基于上述研究成果,本发明提供以下技术方案:
本发明第一方面,提供KIBRA rs17070145基因型作为嗅觉功能标志物的应用。
根据本发明研究结果, KIBRA rs17070145基因具有TT、CT和CC基因型,上述基因型主要与人体左侧丘脑灰质体积相关,并且对嗅觉功能具有显著的调控作用,TT基因型携带的个体具有相对更低的嗅觉功能表现。因此,通过KIBRA rs17070145基因型可以实现对嗅觉功能进行评价,其中,CT和CC基因型个体具有相对较好的嗅觉灵敏度,而TT基因型具有相对较差的嗅觉灵敏度。
根据这一研究结果,本发明提供了KIBRA rs17070145基因型分析结果作为嗅觉功能标志物的应用,具体应用方式为包括但不限于以下任意一个方面:
(1)根据KIBRA rs17070145基因型对受试者的嗅觉功能进行评价;
(2)根据KIBRA rs17070145基因型评估受试者发生嗅觉障碍的风险;
(3)KIBRA rs17070145基因型检测试剂作为嗅觉功能评价试剂的应用。
本发明第二方面,提供KIBRA rs17070145检测试剂在制备嗅觉功能评价试剂盒中的应用。
本发明第二方面所述检测试剂包括生物、化学试剂,一些实施方式中,所述生物或化学试剂可能具有相应的载体,如芯片。
本发明第三方面,提供一种嗅觉功能评价试剂盒,所述试剂盒中具有KIBRArs17070145基因型检测试剂。
上述第三方面提供的试剂盒,其检测对象为受试者临床样本中KIBRA rs17070145的基因型。
所述临床样本为包括但不限于血清、血浆、全血、分泌物、棉拭子、脓液、体液、组织、器官、石蜡切片中的一种或几种。
上述试剂盒中试剂的种类依据检测方法的选择而具有不同的设置,可满足的检测方法包括生化检测方法、染色体检测方法及DNA分析方法;进一步的,所述检测方法为包括但不限于DNA测序、限制性酶切片段长度多态性、单链构象多态性、高效液相色谱、SNP芯片、微流控芯片技术、多重聚合酶链反应(polymerase chain reaction, PCR)法、TaqMan探针技术、Sequenom MassArray技术中的任意一种。
一种具体的实施方式中,所述试剂盒基于PCR方法进行基因型检测,所述试剂盒中至少包括rs17070145在内基因片段的检测引物、PCR反应体系;优选的方案中,所述检测试剂盒中还可能包括rs17070145探针、裂解试剂等。
本发明还提供上述嗅觉功能评价试剂盒的使用和判读方法,所述嗅觉功能评价试剂盒用于判断患者是否发生了非疾病因素的嗅觉障碍,或判断受试者患嗅觉障碍的风险。所述试剂盒的受试者为中国老年人,所述老年人为年龄在60岁及以上的人群,通过检测受试者的临床样本,确认该受试者的KIBRA rs17070145的基因型,所述判断受试者患嗅觉障碍风险的方式如下:当时基因型为TT时,受试者患嗅觉障碍的可能性为62~67%,其中,60岁≤年龄<70岁的受试者患嗅觉障碍的可能性为55~60%,年龄≥70岁的受试者患嗅觉障碍的可能性为70~75%;当基因型为CT或CC时,受试者患嗅觉障碍的可能性为55~59%,其中,60岁≤年龄<70岁的受试者患嗅觉障碍的可能性为50~55%,年龄≥70岁的受试者患嗅觉障碍的可能性为55~60%。
本发明第四方面,一种嗅觉功能评价方法,用于判断60岁及以上的受试者患嗅觉障碍的可能性,所述评估方法包括对受试者临床样本中KIBRA rs17070145的基因型进行检测。
优选的,所述评估方法步骤如下:检测受试者的临床样本,确认该受试者的KIBRArs17070145的基因型,当时基因型为TT时,受试者患嗅觉障碍的可能性为62~67%,其中,60岁≤年龄<70岁的受试者患嗅觉障碍的可能性为55~60%,年龄≥70岁的受试者患嗅觉障碍的可能性为70~75%;当基因型为CT或CC时,受试者患嗅觉障碍的可能性为55~59%,其中,60岁≤年龄<70岁的受试者患嗅觉障碍的可能性为50~55%,年龄≥70岁的受试者患嗅觉障碍的可能性为55~60%。
以上一个或多个技术方案的有益效果是:
1、本发明的一个技术方案提供了KIBRA rs17070145检测试剂在制备嗅觉功能评价试剂盒中的应用。经本发明验证,上述标志物不受个体中其他干扰因素的影响,如吸烟、饮酒、体育锻炼、高血压、糖尿病和高脂血症等因素均不会干扰该标志物的检测结果,以该位点基因型作为检测标志物能够获得更加客观、准确的判断依据。
2、临床诊断中,嗅觉功能是一种重要的诊断依据,可能是外力撞击、疾病、颅内病变或精神性疾病的早期症状。本发明的研究结果,提供了一种KIBRA基因多态性与脑结构的相关性,公开了一种非疾病因素下嗅觉功能降低的原因,对于临床颅内或精神病变的诊断提供了重要的参考依据。
附图说明
构成本发明的一部分的说明书附图用来提供对本发明的进一步理解,本发明的示意性实施例及其说明用于解释本发明,并不构成对本发明的不当限定。
图1为实施例1中所述不同组别KIBRA rs17070145(CC+CT组 vs. TT组)的脑结构的差异图;
其中,左图为矢状位展示各差异脑区的位置;
中图为冠状位展示各差异脑区的位置;
右图为轴状位展示各差异脑区的位置。
图2为实施例1中所述左侧丘脑GMV对KIBRA rs17070145与嗅觉障碍相关性的中介作用关系图。
具体实施方式
应该指出,以下详细说明都是例示性的,旨在对本发明提供进一步的说明。除非另有指明,本文使用的所有技术和科学术语具有与本发明所属技术领域的普通技术人员通常理解的相同含义。
需要注意的是,这里所使用的术语仅是为了描述具体实施方式,而非意图限制根据本发明的示例性实施方式。如在这里所使用的,除非上下文另外明确指出,否则单数形式也意图包括复数形式,此外,还应当理解的是,当在本说明书中使用术语“包含”和/或“包括”时,其指明存在特征、步骤、操作、器件、组件和/或它们的组合。
术语解释:
受试者:本领域通常理解的受试者是科研工作中担任研究对象的个体,应当说明的是,本申请中所称“受试者”与上述理解具有区别,本申请文件中,所述受试者为接受KIBRA rs17070145基因型分析的个体,包括但不限于科研工作中接受检测的个体、为了诊断或疾病排除目的接受检测的个体。
嗅觉功能:本申请文件中所称的嗅觉功能表示嗅觉灵敏度,侧重对不同气味的辨别能力,所对应的嗅觉障碍即不能正确或完全正确识别不同的气味。
为了使得本领域技术人员能够更加清楚地了解本发明的技术方案,以下将结合具体的实施例详细说明本发明的技术方案。
实施例1
方法
1.研究设计和受试者
这是一项基于人群的横断面研究。目标人群为居住在山东省阳谷县闫楼镇52个自然村的60岁及以上人群。2018年3月至9月,共5765人(57.2%为女性)参加了这项研究。2018年9月至2020年10月,在随机选择的25个村庄开展了脑磁共振成像(magnetic resonanceimaging, MRI)亚组研究。最终1178名患者在鲁西南医院签署了知情同意书并完成了颅脑MRI扫描。其中54人因图像质量欠佳或未被CAT12成功分割而被排除。在剩下的1124名参与者中,37人由于从全血中提取的DNA含量不足而未能获得KIBRA SNP信息,最终有1087名受试者参与了大脑结构分析。在基于体素的形态学(voxel-based morphometry, VBM)分析中,本实施例发现KIBRA rs17070145 (GRCh37参考基因组5:167845791)影响了次级嗅觉中枢(眶额区)和左侧丘脑的GMV,因此该研究中进一步排除了182名有鼻部疾病或鼻部手术史或嗅觉功能评价缺失的受试者,以探讨KIBRA SNP与嗅觉功能的相关性。与未接受颅脑MRI的参与者相比,MRI亚组研究的参与者更年轻,受教育程度更高,两组在性别和APOE ε4等位基因分布上没有差异。
此研究的方案由山东大学附属山东省立医院伦理委员会审核批准。所有参与者均签署书面知情同意书,如果参与者无法签署,则由代理人(通常是家庭成员)签署。
2.颅脑MRI采集与处理
颅脑MRI检查在鲁西南医院放射科进行,使用Philips Ingenia 3.0T MR系统。在检查过程中,受试者被给予舒适的泡沫垫以减少头部运动,并佩戴耳塞以减少扫描仪的噪音干扰。矢状位T1加权结构像,扫描参数为:重复时间(TR) = 8.3 ms,回波时间(TE) = 3.8ms,视场(FOV) = 240 mm × 219 mm,采集矩阵= 240 × 219,翻转角度(FA) = 8°,厚度=1 mm。
VBM分析在MATLAB R2013b中进行,使用计算解剖学工具箱12 (CAT12)中实现。主要流程如下:1)对所有三维T1加权图像进行偏场不均匀性校正;2)将图像分割成灰质、白质和脑脊液;3)利用DARTEL差分形态解剖学配准(dieomorphic anatomy registration)算法生成一个定制的、针对本研究的脑模板;4)将脑灰质密度图像扭曲成定制模板,并仿射到MNI空间;5)将灰质密度图与空间归一化步骤得到的非线性仿射参数相乘得到GMV图;6)使用6 mm平滑核对生成的GMV图像进行平滑处理。最后将经过平滑处理的GMV图像用于后续的统计分析。为了进行统计分析,还对颅内总容积(intracranial volume, ICV)进行了计算,以纠正头部大小个体差异的影响。
3.GMV差异全脑探索性分析
为了研究KIBRA rs17070145基因多态性对全脑GMV的影响,本实施例在KIBRArs17070145 TT携带者和C等位基因携带者(CT或CC)之间采用SPM统计软件包在体素水平进行了双样本t检验。以年龄、性别和受教育年限作为协变量。使用体素水平的错误发现率校正(false discovery rate, FDR)方法进行多重比较校正。采用的阈值为FDR校正后p<0.05,团块体积>100体素。利用伪彩将差异脑区的图像叠加显示在MNI三维坐标结构图像上。为了进一步研究KIBRA基因多态性对脑结构的调控,本实施例利用Dpabi工具箱,将各差异脑区作为感兴趣区域(regions of interest, ROI),并基于自动解剖标记库(Automatedanatomy Labeling library, AAL)提取了GMV,进行外部分析。
4.KIBRA基因分型
使用TIANamp血液DNA试剂盒(天根生化有限公司,产品货号:DP308-02)提取静脉血白细胞基因组DNA,每个血液样品提取100 ng基因组DNA用于样品制备,步骤如下:(1)用EDTA抗凝管采集外周静脉血,2000 rpm 4℃离心15 min取血细胞沉淀;(2)用红细胞裂解液将红细胞裂解,剩余有核细胞;(3)在样品中加入200μL细胞裂解液CL,颠倒混匀,10000 rpm离心1 min,吸去上清,留下细胞核沉淀,加入200 μL缓冲液GB;(4)加入20μL ProteinaseK,充分颠倒混匀,56℃放置10 min,期间数次颠倒混匀,至溶液清亮;(5)加入350 μL缓冲液BD,充分颠倒混匀,将所得溶液加入吸附柱CG2中,12000 rpm离心30 sec,(6)用缓冲液GDB冲洗吸附柱后,加入600 μL漂洗液PWB,12000 rpm离心2 min;(7)将吸附柱于室温放置2min晾干后,加入100 μL洗脱缓冲液TB,室温放置2 min,12000 rpm离心2 min,将溶液收集到离心管中,即得到基因组DNA。
采用多重PCR方法进行KIBRA基因分型。首先,使用MultipSeqCustom Panel(艾吉泰康生物科技有限公司,产品货号:IGMU110V1),经过两轮多重PCR扩增及磁珠纯化后,得到待测文库。
PCR引物如下:
KIBRA forward 5’-ATCATCCTCTTGAGGCTTCACTG-3’ (SEQ ID NO.1)
reverse5’-GTAATAAACAAAATCCTTGACTTTCAACACA-3’(SEQ ID NO.2)
第一轮PCR反应条件为:
预变性 95℃ 3 min 30 s
PCR扩增 98℃ 20 s
60℃ 5 min
重复19个循环
72℃ 5 min
第二轮PCR反应条件为:
预变性 95℃ 3 min 30 s
PCR扩增 98℃ 20 s
60℃ 4 min
重复17个循环
72℃ 5 min
最后,使用Qsep400全自动核酸蛋白分析系统进行文库片段长度和纯度测量,将质量差的文库剔除,质量检测合格的文库在Illumina平台上进行二代测序。测序结果参考GRCh37版本基因组,序列如下:
chr5:167845660-167845879:ATCATCCTCTTGAGGCTTCACTGGGGACCCACATTTACTCCCAGCACACACCTCTGTGGCTTTTCTCCCACAGAGAAGAGGAAAACCAAGGTAAAAATGGTGAGCGCCAGCTGCTCCTTGATCCTGGACCTCAACTGTTCCTGAGCTTTCCTTTTATACTGGGTCAAGAGATTCCACAGCCTTGTTCATTGTGTTGAAAGTCAAGGATTTTGTTTATTAC(SEQ ID NO.3)
其中下划线碱基为目标碱基KIBRA rs17070145,根据该位点的碱基对受试者基因型进行判断:上述位点碱基均为T,受试者基因型为TT型;上述位点碱基均为C,受试者基因型为CC型;上述位点碱基T和C同时存在的,受试者基因型为CT型。
5.嗅觉功能评估
本实施例使用16个项目的嗅棒识别测试(Sniffin’ Sticks identificationtest, SSIT)来评估嗅觉功能。简而言之,SSIT由16支嗅棒组成,这些嗅棒具有橘子味、皮革味、薄荷味等常见气味。参与者被要求闻这种气味3-4秒,然后辨认出正确的气味。每答对一个问题就得一分,总分从0到16分不等。定义嗅觉障碍(olfactory impairment, OI)为SSIT评分≤10。此外,同时收集了鼻炎、鼻窦炎、鼻息肉、鼻手术等鼻部疾病史资料。
6.统计分析
本实施例给出了连续变量的均值(标准差,SD)和分类变量的频率(%)。使用连续变量的双样本t检验或非参数Mann-Whitney U检验以及分类变量的卡方检验,比较不同KIBRArs17070145基因型携带者的流行病学特征。本实施例使用一般线性回归模型来评估KIBRArs17070145基因多态性与相关脑区GMV的β系数和95%置信区间(confidence interval,CI)。研究结果报道了以下2个模型的结果:模型1控制了年龄、性别、教育程度和ICV;模型2在模型1的基础上增加了体育锻炼、吸烟、饮酒、高血压、糖尿病和高脂血症。然后,本实施例使用二元logistic回归模型来估计与KIBRA rs17070145多态性相关的嗅觉障碍的比值比(odds ratio, OR)和95% CI。研究结果报告了以下两个模型的主要结果:模型1控制了年龄、性别和教育程度;模型2在模型1的基础上增加了体育锻炼、吸烟、饮酒、高血压、糖尿病、高脂血症。统计学差异设为p<0.05。中介模型使用R软件包完成,其余所有的统计分析都使用SPSS Statistics 26.0完成。
结果
1.受试者的流行病学特征
KIBRA rs17070145不同基因型的受试者基本特征如表1所示。1087名受试者的平均年龄为69.54岁(SD, 4.35;年龄在60-88岁之间),57.96%为女性,平均受教育年限为3.59年(SD, 3.61;0-18年,34.50%文盲)。在所有参与者中,分别有58.23%、35.79%和5.98%的人携带KIBRA rs17070145 TT、CT和CC基因型。基因型分布处于Hardy-Weinberg平衡(p>0.05)。KIBRA rs17070145基因型在人口学、BMI、体育锻炼、脑血管危险因素、APOE ε4状态等方面均无显著差异。
表1 KIBRA rs17070145基因型受试者的基本特征
2.KIBRA基因型与脑结构的关系
本实施例的VBM分析结果显示,两个KIBRA基因型组别之间有5个团块的灰质体积存在显著差异。从表2可以看出,最大的团块主要位于左侧眶额区域,其中54.6%的体素位于左侧额下回眶部, 33.9%的体素位于左侧额中回眶部, 11.0%的体素位于左侧额上回眶部。第二大团块主要位于右侧眶额区,67.0%的体素位于右侧额下回眶部, 29.0%的体素位于右侧额中回眶部。第三大团块的体素100%位于左侧丘脑。综上所述,与TT组相比,CT+CC组的双侧眶额区、左侧丘脑、右侧扣带回中部和左侧辅助运动区(图1)的GMV显著增加,本实施例没有发现任何GMV降低的区域。
表2 与TT携带者相比,KIBRA rs17070145 C等位基因携带者GMV显著增加的团块的特征
3. KIBRA rs17070145基因型与各脑区GMV的关系
为了进一步验证KIBRA基因多态性与脑结构的相关性,本实施例将上述GMV有显著差异的脑区作为ROI,通过Dpabi工具提取各ROIs的GMV数值,进行了双样本t检验和一般线性回归分析。双样本t检验结果显示,除内侧额上回以外,CT+CC组所有ROI的GMV均显著高于TT组。在控制多个潜在混杂因素后,本实施例发现KIBRA rs17070145基因型影响了双侧眶额区和左侧丘脑的GMV,其中眶额区主要包括左侧额下回眶部、左侧额中回眶部、左侧额上回眶部、右侧额下回眶部和右侧额中回眶部(表3)。
表3 KIBRA rs17070145基因型与各脑区GMV的关系
注:模型1控制年龄、性别、受教育年限和颅脑总体积;模型2在模型1的基础上对吸烟、饮酒、体育锻炼、高血压、糖尿病和高脂血症进一步进行了调整。* p <0.05, ** p <0.01。
4.各ROI脑区的灰质体积GMV与嗅觉功能的关系
通过双样本t检验,本实施例比较了嗅觉正常组和嗅觉减退组各ROI脑区的GMV,结果发现与嗅觉正常组相比,嗅觉减退组的左侧丘脑、右侧扣带回中部和左侧运动辅助区的GMV显著减小(p <0.05)。另外,本实施例通过二元logistic回归模型分析了各ROI脑区的GMV与嗅觉损伤的相关性。如表4所示,在控制了人口学指标和颅脑总体积后,左侧丘脑GMV与嗅觉障碍显著相关(OR=0.031, 95% CI: 0.002-0.622)。在进一步控制血管危险因素后,相关性依然存在(OR=0.023, 95% CI: 0.001-0.499)。
表4 各ROI脑区GMV与嗅觉减退的关系
注:模型1调整了年龄、性别、教育程度和ICV;模型2在模型1的基础上进一步调整了吸烟、饮酒、体育锻炼、高血压、糖尿病和高脂血症。* p <0.05。
5.KIBRA rs17070145基因多态性与嗅觉的关系
在控制了所有可能的混杂因素后,二元logistic回归显示KIBRA rs17070145基因型与嗅觉障碍显著相关(OR=0.687, 95% CI:0.519-0.909,表5),即CC和CT基因型携带者患嗅觉障碍的可能性是TT携带者的0.687倍。通过进一步对年龄进行分层,本实施例发现,年龄越大,KIBRArs17070145 C等位基因对嗅觉功能的保护作用越强,与TT基因型携带者相比,CT和CC基因型携带者患嗅觉障碍的可能性越小。通过中介模型,本实施例发现在控制一系列潜在混杂因素后,KIBRA rs17070145基因型与嗅觉障碍的总效应中,有6.5%归因于左侧丘脑GMV的变化(图2)。
表5 KIBRA rs17070145多态性与嗅觉功能的关系
注:OR, 比值比;CI, 可信区间。OR值的计算调整了年龄、性别、教育程度、ICV、吸烟、饮酒、体育锻炼、高血压、糖尿病和高脂血症。** p <0.01。
上述研究结论证实了KIBRA rs17070145多态性与嗅觉障碍的相关性,该结论可用于解释患者非疾病或外力因素下发生的嗅觉障碍或嗅觉功能表现低,还可用于评估受试者未来发生嗅觉障碍的风险。上述表5中“嗅觉障碍n (%)”部分显示结果为不同基因型的发生嗅觉障碍的个体数量及发病率,根据该统计结果,60岁以上受试者中,TT基因型的嗅觉障碍患病率为65.152%,其中,60岁≤年龄<70岁受试者嗅觉障碍患病率为57.993%,而70岁≤年龄的受试者嗅觉障碍患病率为72.587%;而CT+CC基因型的嗅觉障碍患病率为57.294%,其中,60岁≤年龄<70岁受试者嗅觉障碍患病率为55.497%,70岁≤年龄的受试者嗅觉障碍患病率为59.140%。
根据上述统计结果,本发明的一个实施方式中提供一种基于KIBRA rs17070145基因型检测从而评估受试者嗅觉功能的试剂盒,结合上述表5结论,该试剂盒判断受试者患嗅觉障碍风险的方式如下:当基因型为TT时,受试者患嗅觉障碍的可能性为62~67%;其中,60岁≤年龄<70岁的受试者患嗅觉障碍的可能性为55~60%,年龄≥70岁的受试者患嗅觉障碍的可能性为70~75%;当基因型为CT或CC时,受试者患嗅觉障碍的可能性为55~59%;其中,60岁≤年龄<70岁的受试者患嗅觉障碍的可能性为50~55%,年龄≥70岁的受试者患嗅觉障碍的可能性为55~60%。
以上所述仅为本发明的优选实施例而已,并不用于限制本发明,对于本领域的技术人员来说,本发明可以有各种更改和变化。凡在本发明的精神和原则之内,所作的任何修改、等同替换、改进等,均应包含在本发明的保护范围之内。
SEQUENCE LISTING
<110> 山东第一医科大学附属省立医院(山东省立医院)
<120> KIBRA rs17070145检测试剂在制备嗅觉功能评价试剂盒中的应用
<130> 2022100124
<160> 3
<170> PatentIn version 3.3
<210> 1
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 1
atcatcctct tgaggcttca ctg 23
<210> 2
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 2
atcatcctct tgaggcttca ctg 23
<210> 3
<211> 220
<212> DNA
<213> 人工序列
<400> 3
atcatcctct tgaggcttca ctggggaccc acatttactc ccagcacaca cctctgtggc 60
ttttctccca cagagaagag gaaaaccaag gtaaaaatgg tgagcgccag ctgctccttg 120
atcctggacc tcaactgttc ctgagctttc cttttatact gggtcaagag attccacagc 180
cttgttcatt gtgttgaaag tcaaggattt tgtttattac 220
Claims (5)
1.KIBRA rs17070145检测试剂在制备嗅觉功能评价试剂盒中的应用,其特征在于,所述检测试剂为生物或化学试剂。
2.一种嗅觉功能评价试剂盒,其特征在于,所述试剂盒中具有KIBRA rs17070145基因型检测试剂。
3.如权利要求2所述嗅觉功能评价试剂盒,其特征在于,所述临床样本为血清、血浆、全血、分泌物、棉拭子、脓液、体液、组织、器官、石蜡切片中的一种或几种。
4.如权利要求2所述嗅觉功能评价试剂盒,其特征在于,所述检测试剂盒可满足的检测方法为DNA测序、限制性酶切片段长度多态性、单链构象多态性、高效液相色谱、SNP芯片、微流控芯片技术、PCR反应法、TaqMan探针技术、Sequenom MassArray技术中的任意一种。
5.如权利要求4所述嗅觉功能评价试剂盒,其特征在于,所述试剂盒基于PCR方法进行基因型检测,所述试剂盒中包括rs17070145在内基因片段的检测引物、PCR反应体系,还包括rs17070145探针或裂解试剂。
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Citations (7)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2008019395A2 (en) * | 2006-08-10 | 2008-02-14 | Translational Genomics Research Institute | Compounds for improving learning and memory |
US20090227500A1 (en) * | 2006-01-27 | 2009-09-10 | Translational Genomics Research Institute | Genes affecting human memory performance |
CN101560555A (zh) * | 2009-03-18 | 2009-10-21 | 上海中优医药高科技有限公司 | 一种用于儿童个性化教育和健康指导的基因检测方法 |
CN103060429A (zh) * | 2011-10-20 | 2013-04-24 | 上海华翼生物科技有限公司 | 一种天赋潜能评估的飞行质谱生物芯片及其检测方法 |
KR20200143026A (ko) * | 2019-06-14 | 2020-12-23 | 한국생명공학연구원 | 뚜렛증후군의 원인 유전자를 동정하는 방법 |
US20210349078A1 (en) * | 2020-04-21 | 2021-11-11 | Brown University | Combinatorial use of markers to isolate synaptic glia to generate synapses in a dish for high-throughput and high-content drug discovery and testing |
CN214906783U (zh) * | 2021-04-22 | 2021-11-30 | 山东第一医科大学附属省立医院(山东省立医院) | 一种认知筛查装置 |
-
2022
- 2022-04-13 CN CN202210383130.2A patent/CN114457154B/zh active Active
Patent Citations (7)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20090227500A1 (en) * | 2006-01-27 | 2009-09-10 | Translational Genomics Research Institute | Genes affecting human memory performance |
WO2008019395A2 (en) * | 2006-08-10 | 2008-02-14 | Translational Genomics Research Institute | Compounds for improving learning and memory |
CN101560555A (zh) * | 2009-03-18 | 2009-10-21 | 上海中优医药高科技有限公司 | 一种用于儿童个性化教育和健康指导的基因检测方法 |
CN103060429A (zh) * | 2011-10-20 | 2013-04-24 | 上海华翼生物科技有限公司 | 一种天赋潜能评估的飞行质谱生物芯片及其检测方法 |
KR20200143026A (ko) * | 2019-06-14 | 2020-12-23 | 한국생명공학연구원 | 뚜렛증후군의 원인 유전자를 동정하는 방법 |
US20210349078A1 (en) * | 2020-04-21 | 2021-11-11 | Brown University | Combinatorial use of markers to isolate synaptic glia to generate synapses in a dish for high-throughput and high-content drug discovery and testing |
CN214906783U (zh) * | 2021-04-22 | 2021-11-30 | 山东第一医科大学附属省立医院(山东省立医院) | 一种认知筛查装置 |
Non-Patent Citations (3)
Title |
---|
ELOY RODR´IGUEZ-RODR´IGUEZ 等: "Age-dependent association of KIBRA genetic variation and Alzheimer’s disease risk", 《NEUROBIOLOGY OF AGING》 * |
YI DONG等: "Olfactory Impairment Among Rural-Dwelling Chinese Older Adults: Prevalence and Associations With Demographic, Lifestyle, and Clinical Factors", 《FRONTIERS IN AGING NEUROSCIENCE》 * |
YONGXIANG WANG等: "Health status and risk profiles for brain aging of rural-dwelling older adults: Data from the interdisciplinary baseline assessments in MIND-China", 《TRANSTIONAL RESEARCH & CLINICAL INTERVENTIONS》 * |
Also Published As
Publication number | Publication date |
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