CN114085921B - 蝴蝶兰属基于rte插入缺失多态性的遗传标记及应用 - Google Patents

蝴蝶兰属基于rte插入缺失多态性的遗传标记及应用 Download PDF

Info

Publication number
CN114085921B
CN114085921B CN202111255313.8A CN202111255313A CN114085921B CN 114085921 B CN114085921 B CN 114085921B CN 202111255313 A CN202111255313 A CN 202111255313A CN 114085921 B CN114085921 B CN 114085921B
Authority
CN
China
Prior art keywords
indel
phe
seq
primer sequence
downstream primer
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
CN202111255313.8A
Other languages
English (en)
Other versions
CN114085921A (zh
Inventor
任军方
周新成
赵慧琪
黄赛
张浪
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Institute Of Tropical Horticulture Hainan Academy Of Agricultural Sciences
Original Assignee
Institute Of Tropical Horticulture Hainan Academy Of Agricultural Sciences
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Institute Of Tropical Horticulture Hainan Academy Of Agricultural Sciences filed Critical Institute Of Tropical Horticulture Hainan Academy Of Agricultural Sciences
Priority to CN202111255313.8A priority Critical patent/CN114085921B/zh
Publication of CN114085921A publication Critical patent/CN114085921A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN114085921B publication Critical patent/CN114085921B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C12Q1/6895—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/13—Plant traits
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Mycology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Botany (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明涉及植物种质资源研究技术领域，公开了蝴蝶兰属基于RTE插入缺失多态性的遗传标记，包括六十对引物，还公开了遗传标记在制备用于研究蝴蝶兰属物种间亲缘关系的试剂盒中的应用。本发明开发出了60个基于RTE转座子插入‑缺失多态性的遗传标记，本发明为蝴蝶兰属新物种发现、蝴蝶兰属物种间遗传多样性分析、种质资源鉴定、亲缘关系和种属间远缘杂交鉴定等的研究提供了充足可靠的标记来源和参考。

Description

蝴蝶兰属基于RTE插入缺失多态性的遗传标记及应用
技术领域
本发明涉及植物种质资源研究技术领域，具体涉及蝴蝶兰属基于RTE插入缺失多态性的遗传标记及应用。
背景技术
蝴蝶兰(Phalaenopsis aphrodite Rchb.F.)为兰科蝴蝶兰属，原产于亚热带雨林地区，为附生性兰花。蝴蝶兰分布在泰国、菲律宾、马来西亚、印度尼西亚及中国台湾等地，其在国内外备受欢迎，其形态美观且花期长，在花卉市场上占非常重要的地位。蝴蝶兰属是一个有60多个物种的属，许多种都可做观赏用。
转座子广泛分布于植物基因组上，在特定条件下可以通过自主或非自主的方式跳跃到基因组其它位置，包括基因区，从而影响到植物基因的表达及特定性状的改变。另外由于分布数量较多，转座子常常被用于开发成多态性标记，用于研究植物遗传多样性和基因定位。本申请利用隐马(Hidden Markov Models)模型，通过一系列软件，经过对基因组序列的初步分析，发现小兰屿蝴蝶兰含有大量RTE转座子，这些转座子可用来开发多态性标记，可用于多样性分析和蝴蝶兰属物种间亲缘关系的研究。
发明内容
基于以上问题，本发明提供蝴蝶兰属基于RTE插入缺失多态性的遗传标记及应用，本发明为蝴蝶兰属物种间遗传多样性分析、种质资源鉴定和亲缘关系的研究提供了充足可靠的标记来源。
为解决以上技术问题，本发明提供了蝴蝶兰属基于RTE插入缺失多态性的遗传标记，包括如下六十对引物：Phe-InDel-1，Phe-InDel-2，Phe-InDel-3，Phe-InDel-4，Phe-InDel-5，Phe-InDel-6，Phe-InDel-7，Phe-InDel-8，Phe-InDel-9，Phe-InDel-10，Phe-InDel-11，Phe-InDel-12，Phe-InDel-13，Phe-InDel-14，Phe-InDel-15，Phe-InDel-16，Phe-InDel-17，Phe-InDel-18，Phe-InDel-19，Phe-InDel-20，Phe-InDel-21，Phe-InDel-22，Phe-InDel-23，Phe-InDel-24，Phe-InDel-25，Phe-InDel-26，Phe-InDel-27，Phe-InDel-28，Phe-InDel-29，Phe-InDel-30，Phe-InDel-31，Phe-InDel-32，Phe-InDel-33，Phe-InDel-34，Phe-InDel-35，Phe-InDel-36，Phe-InDel-37，Phe-InDel-38，Phe-InDel-39，Phe-InDel-40，Phe-InDel-41，Phe-InDel-42，Phe-InDel-43，Phe-InDel-44，Phe-InDel-45，Phe-InDel-46，Phe-InDel-47，Phe-InDel-48，Phe-InDel-49，Phe-InDel-50，Phe-InDel-51，Phe-InDel-52，Phe-InDel-53，Phe-InDel-54，Phe-InDel-55，Phe-InDel-56，Phe-InDel-57，Phe-InDel-58，Phe-InDel-59，Phe-InDel-60；
Phe-InDel-1的上游引物序列见SEQ ID NO.1，Phe-InDel-1的下游引物序列见SEQID NO.2，Phe-InDel-2的上游引物序列见SEQ ID NO.3，Phe-InDel-2的下游引物序列见SEQID NO.4，Phe-InDel-3的上游引物序列见SEQ ID NO.5，Phe-InDel-3的下游引物序列见SEQID NO.6，Phe-InDel-4的上游引物序列见SEQ ID NO.7，Phe-InDel-4的下游引物序列见SEQID NO.8，Phe-InDel-5的上游引物序列见SEQ ID NO.9，Phe-InDel-5的下游引物序列见SEQID NO.10，Phe-InDel-6的上游引物序列见SEQ ID NO.11，Phe-InDel-6的下游引物序列见SEQ ID NO.12，Phe-InDel-7的上游引物序列见SEQ ID NO.13，Phe-InDel-7的下游引物序列见SEQ ID NO.14，Phe-InDel-8的上游引物序列见SEQ ID NO.15，Phe-InDel-8的下游引物序列见SEQ ID NO.16，Phe-InDel-9的上游引物序列见SEQ ID NO.17，Phe-InDel-9的下游引物序列见SEQ ID NO.18，Phe-InDel-10的上游引物序列见SEQ ID NO.19，Phe-InDel-10的下游引物序列见SEQ ID NO.20，Phe-InDel-11的上游引物序列见SEQ ID NO.21，Phe-InDel-11的下游引物序列见SEQ ID NO.22，Phe-InDel-12的上游引物序列见SEQ IDNO.23，Phe-InDel-12的下游引物序列见SEQ ID NO.24，Phe-InDel-13的上游引物序列见SEQ ID NO.25，Phe-InDel-13的下游引物序列见SEQ ID NO.26，Phe-InDel-14的上游引物序列见SEQ ID NO.27，Phe-InDel-14的下游引物序列见SEQ ID NO.28，Phe-InDel-15的上游引物序列见SEQ ID NO.29，Phe-InDel-15的下游引物序列见SEQ ID NO.30，Phe-InDel-16的上游引物序列见SEQ ID NO.31，Phe-InDel-16的下游引物序列见SEQ ID NO.32，Phe-InDel-17的上游引物序列见SEQ ID NO.33，Phe-InDel-17的下游引物序列见SEQ IDNO.34，Phe-InDel-18的上游引物序列见SEQ ID NO.35，Phe-InDel-18的下游引物序列见SEQ ID NO.36，Phe-InDel-19的上游引物序列见SEQ ID NO.37，Phe-InDel-19的下游引物序列见SEQ ID NO.38，Phe-InDel-20的上游引物序列见SEQ ID NO.39，Phe-InDel-20的下游引物序列见SEQ ID NO.40，Phe-InDel-21的上游引物序列见SEQ ID NO.41，Phe-InDel-21的下游引物序列见SEQ ID NO.42，Phe-InDel-22的上游引物序列见SEQ ID NO.43，Phe-InDel-22的下游引物序列见SEQ ID NO.44，Phe-InDel-23的上游引物序列见SEQ IDNO.45，Phe-InDel-23的下游引物序列见SEQ ID NO.46，Phe-InDel-24的上游引物序列见SEQ ID NO.47，Phe-InDel-24的下游引物序列见SEQ ID NO.48，Phe-InDel-25的上游引物序列见SEQ ID NO.49，Phe-InDel-25的下游引物序列见SEQ ID NO.50，Phe-InDel-26的上游引物序列见SEQ ID NO.51，Phe-InDel-26的下游引物序列见SEQ ID NO.52，Phe-InDel-27的上游引物序列见SEQ ID NO.53，Phe-InDel-27的下游引物序列见SEQ ID NO.54，Phe-InDel-28的上游引物序列见SEQ ID NO.55，Phe-InDel-28的下游引物序列见SEQ IDNO.56，Phe-InDel-29的上游引物序列见SEQ ID NO.57，Phe-InDel-29的下游引物序列见SEQ ID NO.58，Phe-InDel-30的上游引物序列见SEQ ID NO.59，Phe-InDel-30的下游引物序列见SEQ ID NO.60，Phe-InDel-31的上游引物序列见SEQ ID NO.61，Phe-InDel-31的下游引物序列见SEQ ID NO.62，Phe-InDel-32的上游引物序列见SEQ ID NO.63，Phe-InDel-32的下游引物序列见SEQ ID NO.64，Phe-InDel-33的上游引物序列见SEQ ID NO.65，Phe-InDel-33的下游引物序列见SEQ ID NO.66，Phe-InDel-34的上游引物序列见SEQ IDNO.67，Phe-InDel-34的下游引物序列见SEQ ID NO.68，Phe-InDel-35的上游引物序列见SEQ ID NO.69，Phe-InDel-35的下游引物序列见SEQ ID NO.70，Phe-InDel-36的上游引物序列见SEQ ID NO.71，Phe-InDel-36的下游引物序列见SEQ ID NO.72，Phe-InDel-37的上游引物序列见SEQ ID NO.73，Phe-InDel-37的下游引物序列见SEQ ID NO.74，Phe-InDel-38的上游引物序列见SEQ ID NO.75，Phe-InDel-38的下游引物序列见SEQ ID NO.76，Phe-InDel-39的上游引物序列见SEQ ID NO.77，Phe-InDel-39的下游引物序列见SEQ IDNO.78，Phe-InDel-40的上游引物序列见SEQ ID NO.79，Phe-InDel-40的下游引物序列见SEQ ID NO.80，Phe-InDel-41的上游引物序列见SEQ ID NO.81，Phe-InDel-41的下游引物序列见SEQ ID NO.82，Phe-InDel-42的上游引物序列见SEQ ID NO.83，Phe-InDel-42的下游引物序列见SEQ ID NO.84，Phe-InDel-43的上游引物序列见SEQ ID NO.85，Phe-InDel-43的下游引物序列见SEQ ID NO.86，Phe-InDel-44的上游引物序列见SEQ ID NO.87，Phe-InDel-44的下游引物序列见SEQ ID NO.88，Phe-InDel-45的上游引物序列见SEQ IDNO.89，Phe-InDel-45的下游引物序列见SEQ ID NO.90，Phe-InDel-46的上游引物序列见SEQ ID NO.91，Phe-InDel-46的下游引物序列见SEQ ID NO.92，Phe-InDel-47的上游引物序列见SEQ ID NO.93，Phe-InDel-47的下游引物序列见SEQ ID NO.94，Phe-InDel-48的上游引物序列见SEQ ID NO.95，Phe-InDel-48的下游引物序列见SEQ ID NO.96，Phe-InDel-49的上游引物序列见SEQ ID NO.97，Phe-InDel-49的下游引物序列见SEQ ID NO.98，Phe-InDel-50的上游引物序列见SEQ ID NO.99，Phe-InDel-50的下游引物序列见SEQ IDNO.100，Phe-InDel-51的上游引物序列见SEQ ID NO.101，Phe-InDel-51的下游引物序列见SEQ ID NO.102，Phe-InDel-52的上游引物序列见SEQ ID NO.103，Phe-InDel-52的下游引物序列见SEQ ID NO.104，Phe-InDel-53的上游引物序列见SEQ ID NO.105，Phe-InDel-53的下游引物序列见SEQ ID NO.106，Phe-InDel-54的上游引物序列见SEQ ID NO.107，Phe-InDel-54的下游引物序列见SEQ ID NO.108，Phe-InDel-55的上游引物序列见SEQ IDNO.109，Phe-InDel-55的下游引物序列见SEQ ID NO.110，Phe-InDel-56的上游引物序列见SEQ ID NO.111，Phe-InDel-56的下游引物序列见SEQ ID NO.112，Phe-InDel-57的上游引物序列见SEQ ID NO.113，Phe-InDel-57的下游引物序列见SEQ ID NO.114，Phe-InDel-58的上游引物序列见SEQ ID NO.115，Phe-InDel-58的下游引物序列见SEQ ID NO.116，Phe-InDel-59的上游引物序列见SEQ ID NO.117，Phe-InDel-59的下游引物序列见SEQ IDNO.118，Phe-InDel-60的上游引物序列见SEQ ID NO.119，Phe-InDel-60的下游引物序列见SEQ ID NO.120。
为解决以上技术问题，本发明还提供了遗传标记中49对引物在制备用于研究蝴蝶兰属物种间亲缘关系的试剂盒中的应用。
与现有技术相比，本发明的有益效果是：本发明开发出了60个基于RTE转座子插入-缺失多态性的遗传标记，本发明为蝴蝶兰属新物种发现、蝴蝶兰属物种间遗传多样性分析、种质资源鉴定、亲缘关系和种属间远缘杂交鉴定等的研究提供了充足可靠的标记来源和参考。
附图说明
图1为本发明的实施例的Phe-InDel-15扩增蝴蝶兰属不同物种的电泳图；
图2为本发明的实施例的60对引物扩增蝴蝶兰属43份材料的示意图；
图3为本发明的实施例基于RTE多态性的蝴蝶兰属18个种亲缘关系图。
具体实施方式
为使本发明的目的、技术方案和优点更加清楚明白，下面结合实施例和附图，对本发明作进一步的详细说明，本发明的示意性实施方式及其说明仅用于解释本发明，并不作为对本发明的限定。
实施例：
发明人根据植物RTE转座子的隐马模型，利用hmmer3软件对小兰屿蝴蝶兰基因组序列进行搜索，查到RTE转座酶序列，结合MGEScan_nonLTR_v2软件，搜索具有RTE内切酶特征的序列，在此基础上，人工搜索查找完成结构的RTE转座子。为了搜索RTE非完整的衍生序列，利用RepeatMasker软件进行搜索，以查找小兰屿蝴蝶兰基因组的全部RTE相关序列，通过LINES-finder.pl V1.0软件自动提取出全部RTE转座元件及其周边的特征序列。
通过隐马模型分析，发明人在小兰屿蝴蝶兰基因组中查找到400个元件，这些元件既含有内切酶结构域，也包含反转录酶域，且两端含有靶位点重复序列，因此这400个RTE元件属于完整结构的RTE转座子。以其中一个完整RTE序列为种子序列，利用RepeatMasker软件对小兰屿蝴蝶兰基因组进行比对，然后利用发明人开发的RTE_finder软件对结果进行提取，找到3199个RTE元件，这些元件的两端均含有TSD序列，3`-端同时含(GTT)n重复序列。通过RTE_finder软件查找，发现所有RTE元件3`-末端均含(GTT)n重复。此外，对提取到的两端TSD序列的长度和序列组成分析，发现TSD序列长度在12-25bp之间，其中17bp长度的最多，有344个。对这些序列的组成进行分析，发现了一个明显的特点，即TSD序列的5`-端为碱基T的概率非常高，其中18bp和20bp序列的组成。
本申请所用的植物材料有：P.eqeustris,P.lindenii,P.amabilis,P.sanderiana,P.aphrodite,P.philippinensis,P.schilleriana,P.stuartiana,P.pulcherrima,P.deliciosa,P.fasciata,P.bastianii,P.luddemanniana,P.tetraspis,P.corningiana,P.pantherine,P.chibae,P.hainanensis.一共包括蝴蝶兰属18个物种，每个物种1-3份材料，总共43份材料。
通过在RTE转座元件两侧设计引物，开发基于存在-缺失类型的可用于小兰屿蝴蝶兰多样性研究的分子标记，引物长度控制18-23bp，扩增产物长度控制在1000bp以内。理论上，蝴蝶兰基因组上3199个RTE转座子均可作为存在-缺失的标记用于多样性和基因定位等研究，但本发明着眼点为蝴蝶兰属物种的亲缘关系分析，所以未全部用来开发标记，而是根据分布均匀的原则，设计了60对引物作为蝴蝶兰属基于RTE插入缺失多态性的遗传标记，用来扩增蝴蝶兰属的物种DNA，具体见下表：
表蝴蝶兰属基于RTE插入缺失多态性的遗传标记
上述Phe-InDel-1的上游引物序列见SEQ ID NO.1，Phe-InDel-1的下游引物序列见SEQ ID NO.2，Phe-InDel-2的上游引物序列见SEQ ID NO.3，Phe-InDel-2的下游引物序列见SEQ ID NO.4，Phe-InDel-3的上游引物序列见SEQ ID NO.5，Phe-InDel-3的下游引物序列见SEQ ID NO.6，Phe-InDel-4的上游引物序列见SEQ ID NO.7，Phe-InDel-4的下游引物序列见SEQ ID NO.8，Phe-InDel-5的上游引物序列见SEQ ID NO.9，Phe-InDel-5的下游引物序列见SEQ ID NO.10，Phe-InDel-6的上游引物序列见SEQ ID NO.11，Phe-InDel-6的下游引物序列见SEQ ID NO.12，Phe-InDel-7的上游引物序列见SEQ ID NO.13，Phe-InDel-7的下游引物序列见SEQ ID NO.14，Phe-InDel-8的上游引物序列见SEQ ID NO.15，Phe-InDel-8的下游引物序列见SEQ ID NO.16，Phe-InDel-9的上游引物序列见SEQ ID NO.17，Phe-InDel-9的下游引物序列见SEQ ID NO.18，Phe-InDel-10的上游引物序列见SEQ IDNO.19，Phe-InDel-10的下游引物序列见SEQ ID NO.20，Phe-InDel-11的上游引物序列见SEQ ID NO.21，Phe-InDel-11的下游引物序列见SEQ ID NO.22，Phe-InDel-12的上游引物序列见SEQ ID NO.23，Phe-InDel-12的下游引物序列见SEQ ID NO.24，Phe-InDel-13的上游引物序列见SEQ ID NO.25，Phe-InDel-13的下游引物序列见SEQ ID NO.26，Phe-InDel-14的上游引物序列见SEQ ID NO.27，Phe-InDel-14的下游引物序列见SEQ ID NO.28，Phe-InDel-15的上游引物序列见SEQ ID NO.29，Phe-InDel-15的下游引物序列见SEQ IDNO.30，Phe-InDel-16的上游引物序列见SEQ ID NO.31，Phe-InDel-16的下游引物序列见SEQ ID NO.32，Phe-InDel-17的上游引物序列见SEQ ID NO.33，Phe-InDel-17的下游引物序列见SEQ ID NO.34，Phe-InDel-18的上游引物序列见SEQ ID NO.35，Phe-InDel-18的下游引物序列见SEQ ID NO.36，Phe-InDel-19的上游引物序列见SEQ ID NO.37，Phe-InDel-19的下游引物序列见SEQ ID NO.38，Phe-InDel-20的上游引物序列见SEQ ID NO.39，Phe-InDel-20的下游引物序列见SEQ ID NO.40，Phe-InDel-21的上游引物序列见SEQ IDNO.41，Phe-InDel-21的下游引物序列见SEQ ID NO.42，Phe-InDel-22的上游引物序列见SEQ ID NO.43，Phe-InDel-22的下游引物序列见SEQ ID NO.44，Phe-InDel-23的上游引物序列见SEQ ID NO.45，Phe-InDel-23的下游引物序列见SEQ ID NO.46，Phe-InDel-24的上游引物序列见SEQ ID NO.47，Phe-InDel-24的下游引物序列见SEQ ID NO.48，Phe-InDel-25的上游引物序列见SEQ ID NO.49，Phe-InDel-25的下游引物序列见SEQ ID NO.50，Phe-InDel-26的上游引物序列见SEQ ID NO.51，Phe-InDel-26的下游引物序列见SEQ IDNO.52，Phe-InDel-27的上游引物序列见SEQ ID NO.53，Phe-InDel-27的下游引物序列见SEQ ID NO.54，Phe-InDel-28的上游引物序列见SEQ ID NO.55，Phe-InDel-28的下游引物序列见SEQ ID NO.56，Phe-InDel-29的上游引物序列见SEQ ID NO.57，Phe-InDel-29的下游引物序列见SEQ ID NO.58，Phe-InDel-30的上游引物序列见SEQ ID NO.59，Phe-InDel-30的下游引物序列见SEQ ID NO.60，Phe-InDel-31的上游引物序列见SEQ ID NO.61，Phe-InDel-31的下游引物序列见SEQ ID NO.62，Phe-InDel-32的上游引物序列见SEQ IDNO.63，Phe-InDel-32的下游引物序列见SEQ ID NO.64，Phe-InDel-33的上游引物序列见SEQ ID NO.65，Phe-InDel-33的下游引物序列见SEQ ID NO.66，Phe-InDel-34的上游引物序列见SEQ ID NO.67，Phe-InDel-34的下游引物序列见SEQ ID NO.68，Phe-InDel-35的上游引物序列见SEQ ID NO.69，Phe-InDel-35的下游引物序列见SEQ ID NO.70，Phe-InDel-36的上游引物序列见SEQ ID NO.71，Phe-InDel-36的下游引物序列见SEQ ID NO.72，Phe-InDel-37的上游引物序列见SEQ ID NO.73，Phe-InDel-37的下游引物序列见SEQ IDNO.74，Phe-InDel-38的上游引物序列见SEQ ID NO.75，Phe-InDel-38的下游引物序列见SEQ ID NO.76，Phe-InDel-39的上游引物序列见SEQ ID NO.77，Phe-InDel-39的下游引物序列见SEQ ID NO.78，Phe-InDel-40的上游引物序列见SEQ ID NO.79，Phe-InDel-40的下游引物序列见SEQ ID NO.80，Phe-InDel-41的上游引物序列见SEQ ID NO.81，Phe-InDel-41的下游引物序列见SEQ ID NO.82，Phe-InDel-42的上游引物序列见SEQ ID NO.83，Phe-InDel-42的下游引物序列见SEQ ID NO.84，Phe-InDel-43的上游引物序列见SEQ IDNO.85，Phe-InDel-43的下游引物序列见SEQ ID NO.86，Phe-InDel-44的上游引物序列见SEQ ID NO.87，Phe-InDel-44的下游引物序列见SEQ ID NO.88，Phe-InDel-45的上游引物序列见SEQ ID NO.89，Phe-InDel-45的下游引物序列见SEQ ID NO.90，Phe-InDel-46的上游引物序列见SEQ ID NO.91，Phe-InDel-46的下游引物序列见SEQ ID NO.92，Phe-InDel-47的上游引物序列见SEQ ID NO.93，Phe-InDel-47的下游引物序列见SEQ ID NO.94，Phe-InDel-48的上游引物序列见SEQ ID NO.95，Phe-InDel-48的下游引物序列见SEQ IDNO.96，Phe-InDel-49的上游引物序列见SEQ ID NO.97，Phe-InDel-49的下游引物序列见SEQ ID NO.98，Phe-InDel-50的上游引物序列见SEQ ID NO.99，Phe-InDel-50的下游引物序列见SEQ ID NO.100，Phe-InDel-51的上游引物序列见SEQ ID NO.101，Phe-InDel-51的下游引物序列见SEQ ID NO.102，Phe-InDel-52的上游引物序列见SEQ ID NO.103，Phe-InDel-52的下游引物序列见SEQ ID NO.104，Phe-InDel-53的上游引物序列见SEQ IDNO.105，Phe-InDel-53的下游引物序列见SEQ ID NO.106，Phe-InDel-54的上游引物序列见SEQ ID NO.107，Phe-InDel-54的下游引物序列见SEQ ID NO.108，Phe-InDel-55的上游引物序列见SEQ ID NO.109，Phe-InDel-55的下游引物序列见SEQ ID NO.110，Phe-InDel-56的上游引物序列见SEQ ID NO.111，Phe-InDel-56的下游引物序列见SEQ ID NO.112，Phe-InDel-57的上游引物序列见SEQ ID NO.113，Phe-InDel-57的下游引物序列见SEQ IDNO.114，Phe-InDel-58的上游引物序列见SEQ ID NO.115，Phe-InDel-58的下游引物序列见SEQ ID NO.116，Phe-InDel-59的上游引物序列见SEQ ID NO.117，Phe-InDel-59的下游引物序列见SEQ ID NO.118，Phe-InDel-60的上游引物序列见SEQ ID NO.119，Phe-InDel-60的下游引物序列见SEQ ID NO.120。
见附图1，为Phe-InDel-15扩增蝴蝶兰属不同物种的电泳图，见附图2，为上述60对引物扩增蝴蝶兰属43份材料的示意图，图2中红色表示能扩增出含有RTE元件的条带，蓝色表示扩增条带不含RTE元件，黄色是杂合状态，绿色为扩增出大小不理想的条带，灰色则是无条带(上述描述均是在本实施例的附图2处于彩色状态下的描述)。其中49对引物在蝴蝶兰属中的扩增效果良好，且物种间存在明显的多态性。
基于这种多态性标记，本实施例利用popgene软件绘制了18个蝴蝶兰种的亲缘关系图，见附图3。国外学者曾基于形态学和RAPD标记绘制过蝴蝶兰属物种进化关系，本研究所绘制的各物种间的亲缘关系基本与之相符。所用的18个物种明显分为两大类群，图3上边分支属于蝴蝶兰亚属(subgenus Phalaenopsis)，下边则属于裂唇蝴蝶兰亚属(subgenusPolychilos)，两个亚属见物种间的亲缘关系也与前人结果相似。说明本实施例开发的标记，可以用于蝴蝶兰属物种间亲缘关系的研究，因而本实施例的遗传标记可应用于制备用于研究蝴蝶兰属物种间亲缘关系的试剂盒中。
如上即为本发明的实施例。上述实施例以及实施例中的具体参数仅是为了清楚表述发明验证过程，并非用以限制本发明的专利保护范围，本发明的专利保护范围仍然以其权利要求书为准，凡是运用本发明的说明书及附图内容所作的等同结构变化，同理均应包含在本发明的保护范围内。
序列表信息:
DTD版本: V1_3
文件名: 蝴蝶兰属基于 RTE 插入缺失多态性的遗传标记及应用.xml
软件名称: WIPO Sequence
软件版本: 2.3.0
生成日期: 2023-08-31
基本信息:
当前申请 / 知识产权局: CN
当前申请 / 申请号: 202111255313.8
当前申请 / 申请日: 2021-10-27
当前申请 / 申请人档案名: 20230814
申请人姓名或名称: 海南省农业科学院热带园艺研究所
申请人姓名或名称 / 语言: zh
申请人姓名或名称 / 拉丁名称: Institute of Tropical Horticulture,Agricultural science, Hainan Province
发明名称: 蝴蝶兰属基于 RTE 插入缺失多态性的遗传标记及应用 ( zh )
序列总量: 120
序列:
序列号 (ID): 1
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
gagccgggtg tgacaatatc 20
序列号 (ID): 2
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
cggacaatca tgccctttgg 20
序列号 (ID): 3
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
agtagctcca cacgcagaat 20
序列号 (ID): 4
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
atttggcatg caagtgggtg 20
序列号 (ID): 5
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
ctttggtggt gggacttgtg 20
序列号 (ID): 6
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
tcgcttcttt gtatcacgct 20
序列号 (ID): 7
长度: 21
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..21
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
ggactgctat gaacagtgct c 21
序列号 (ID): 8
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
tgtgggcaat gtaagacagc 20
序列号 (ID): 9
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
cagagttagc ctgacccgtc 20
序列号 (ID): 10
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
cggtgggatg actagggttt 20
序列号 (ID): 11
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
ttggagtttg acatgcccac 20
序列号 (ID): 12
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
caagcgggag tagtttgaca 20
序列号 (ID): 13
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
aacggcggta ttctgatgga 20
序列号 (ID): 14
长度: 22
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..22
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
tcatgaagac acctcctagt ct 22
序列号 (ID): 15
长度: 21
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..21
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
acctagtgcc caagtgatag t 21
序列号 (ID): 16
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
tgcatgcatt ggatggtttg 20
序列号 (ID): 17
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
cctcctgaga caaatcctgc 20
序列号 (ID): 18
长度: 22
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..22
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
gggatgctgc tttctatgtt cc 22
序列号 (ID): 19
长度: 21
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..21
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
tcatgccaat tcaaagggag a 21
序列号 (ID): 20
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
gccattcagc tttgtacgct 20
序列号 (ID): 21
长度: 22
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..22
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
acgagtcagt ctttgtccta ct 22
序列号 (ID): 22
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
gttgcttgtg gatagggcat 20
序列号 (ID): 23
长度: 21
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..21
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
tgaaggagtg ggctagattc a 21
序列号 (ID): 24
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
tcacgacaaa ctcacaaccc 20
序列号 (ID): 25
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
gcacttctgg taatggaggc 20
序列号 (ID): 26
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
tcaactcacc atgtccacct 20
序列号 (ID): 27
长度: 21
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..21
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
gtcagagtta tgtggcagag a 21
序列号 (ID): 28
长度: 21
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..21
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
aggcgaacta atcattgctc t 21
序列号 (ID): 29
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
tgtagcccta gagctcacca 20
序列号 (ID): 30
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
ggcgacactg ctagaaaaga 20
序列号 (ID): 31
长度: 21
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..21
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
gcaagtcaga acaaaacgag c 21
序列号 (ID): 32
长度: 21
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..21
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
acaaggcagt agttgttgtc c 21
序列号 (ID): 33
长度: 23
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..23
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
gcaaaacaca aatacgggta agc 23
序列号 (ID): 34
长度: 23
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..23
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
cgagtgggat agttggatgt tac 23
序列号 (ID): 35
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
tggttcatgc tcagtgaagg 20
序列号 (ID): 36
长度: 21
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..21
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
caatagccct ccaatccatg c 21
序列号 (ID): 37
长度: 23
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..23
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
atgtcaaacc tctcacaaat ctg 23
序列号 (ID): 38
长度: 22
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..22
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
agttatggat agatggggtg ca 22
序列号 (ID): 39
长度: 22
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..22
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
caacaacact aacttgggag ga 22
序列号 (ID): 40
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
tgggacttgg caatgacagt 20
序列号 (ID): 41
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
tgtgctcact gtcagtcctt 20
序列号 (ID): 42
长度: 23
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..23
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
gtgtcttgtc atgaattgtg tca 23
序列号 (ID): 43
长度: 21
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..21
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
agtgaatccc caactcatct c 21
序列号 (ID): 44
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
acgccatgtg aggtagaact 20
序列号 (ID): 45
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
ccccacccag aactttcaca 20
序列号 (ID): 46
长度: 19
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..19
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
caagttgccc acacacctc 19
序列号 (ID): 47
长度: 21
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..21
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
tgctgcctaa agagtctgtg t 21
序列号 (ID): 48
长度: 21
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..21
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
aacaaccttt ctcggcaaat g 21
序列号 (ID): 49
长度: 22
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..22
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
ctggtttgtg acgctgaata ga 22
序列号 (ID): 50
长度: 22
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..22
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
tggatgaaat tggggaaaag gg 22
序列号 (ID): 51
长度: 22
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..22
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
cgtctggtct tctatctagg ga 22
序列号 (ID): 52
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
ctcaatcgcc acggtattca 20
序列号 (ID): 53
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
gcatcaactt ccactggcaa 20
序列号 (ID): 54
长度: 23
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..23
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
tgcttggtca tttatacatg tgg 23
序列号 (ID): 55
长度: 21
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..21
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
tcgcaatcac aagaaggatc a 21
序列号 (ID): 56
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
tcacgcccat gtatcgctta 20
序列号 (ID): 57
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
cggtgtaaga agtgtgtcgg 20
序列号 (ID): 58
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
tcttccaacc gactccttga 20
序列号 (ID): 59
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
ccggtcatct cgttaagtgc 20
序列号 (ID): 60
长度: 21
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..21
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
tgcaattcac cctcacaaac a 21
序列号 (ID): 61
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
cactatttcc gcttggctgg 20
序列号 (ID): 62
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
aggtctacac aaccctccaa 20
序列号 (ID): 63
长度: 21
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..21
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
tgcccatcac tcatttaggt g 21
序列号 (ID): 64
长度: 23
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..23
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
caaagcccat atctaaacac cca 23
序列号 (ID): 65
长度: 21
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..21
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
gacggttcaa gtacaaaggg g 21
序列号 (ID): 66
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
gtggtgggtt ttgaagagca 20
序列号 (ID): 67
长度: 23
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..23
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
acgtgatatg aaagatttag gcg 23
序列号 (ID): 68
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
ggagaaaaca cagccaaggg 20
序列号 (ID): 69
长度: 22
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..22
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
tggggtagaa gagatgaatg gg 22
序列号 (ID): 70
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
ccaacccact attcagccct 20
序列号 (ID): 71
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
cgcctgcttc aatagtggac 20
序列号 (ID): 72
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
cgatgaggac cgatggcata 20
序列号 (ID): 73
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
gactgtggaa gggatggaga 20
序列号 (ID): 74
长度: 23
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..23
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
accgagaaga acattttgag atg 23
序列号 (ID): 75
长度: 22
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..22
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
cacgtcccaa gaaaagtgaa gt 22
序列号 (ID): 76
长度: 21
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..21
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
tgatgaagtg acgactccaa a 21
序列号 (ID): 77
长度: 23
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..23
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
tggcttgcaa aagagaaagt aga 23
序列号 (ID): 78
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
ggtggtgtag gcttgacgta 20
序列号 (ID): 79
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
tgctacgtgt gaccctcttt 20
序列号 (ID): 80
长度: 21
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..21
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
tgaggatatt gagagtggcg a 21
序列号 (ID): 81
长度: 22
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..22
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
tcccatccgt atcatagagt gc 22
序列号 (ID): 82
长度: 22
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..22
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
tgtcttcctc ctcttttcga ct 22
序列号 (ID): 83
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
acacagtcca gccctagtag 20
序列号 (ID): 84
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
acacagtcca gccctagtag 20
序列号 (ID): 85
长度: 21
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..21
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
tgaaccacta atccaaccca a 21
序列号 (ID): 86
长度: 21
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..21
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
aggggctcta caaaacactg t 21
序列号 (ID): 87
长度: 22
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..22
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
aggtgatgta ttttgtgcct ca 22
序列号 (ID): 88
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
atgctcttgt tgtcttgccc 20
序列号 (ID): 89
长度: 22
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..22
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
gtgctcatag agaagggaac ac 22
序列号 (ID): 90
长度: 22
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..22
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
cctttgaggt atggtttgtt gg 22
序列号 (ID): 91
长度: 19
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..19
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
ttggggcagg ggttgatag 19
序列号 (ID): 92
长度: 19
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..19
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
ttggggcagg ggttgatag 19
序列号 (ID): 93
长度: 21
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..21
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
caaggcatgc agtaagttcc a 21
序列号 (ID): 94
长度: 21
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..21
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
caaggcatgc agtaagttcc a 21
序列号 (ID): 95
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
agcattctca tcgcgacaac 20
序列号 (ID): 96
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
tcaagaagcc gacctcactt 20
序列号 (ID): 97
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
aagacgtggt ttgatgctcc 20
序列号 (ID): 98
长度: 21
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..21
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
acacagtgct tactcctgaa a 21
序列号 (ID): 99
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
tcattgttga cctccatgca 20
序列号 (ID): 100
长度: 22
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..22
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
accttccaaa ccattttagc gt 22
序列号 (ID): 101
长度: 21
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..21
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
tctcgtgcga aattgttgtg a 21
序列号 (ID): 102
长度: 19
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..19
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
atgcttccat agggcacac 19
序列号 (ID): 103
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
gagaatgcac ccaaagctga 20
序列号 (ID): 104
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
tccaaggacg tgatgatgct 20
序列号 (ID): 105
长度: 21
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..21
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
ggcaagatta aggctgacac a 21
序列号 (ID): 106
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
atcgccgagc tagtttccat 20
序列号 (ID): 107
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
tcctacgccg ctatcttaca 20
序列号 (ID): 108
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
tcctacgccg ctatcttaca 20
序列号 (ID): 109
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
gaaactcaac aggggtgtgg 20
序列号 (ID): 110
长度: 22
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..22
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
tccatggaat acgcatcaaa gt 22
序列号 (ID): 111
长度: 22
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..22
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
gtccctcaca aataggcaaa ga 22
序列号 (ID): 112
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
accacagtcg acttagctgt 20
序列号 (ID): 113
长度: 21
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..21
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
aaacaaaagt ggaggggtac a 21
序列号 (ID): 114
长度: 21
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..21
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
caaagagaca gtgatggtgg t 21
序列号 (ID): 115
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
ttatcttcca cgcctctccc 20
序列号 (ID): 116
长度: 21
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..21
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
tgactgcaga atgtccactc t 21
序列号 (ID): 117
长度: 22
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..22
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
agcacaaagt accagcaaaa ga 22
序列号 (ID): 118
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
ggagaagggc gaaagagaga 20
序列号 (ID): 119
长度: 21
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..21
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
catcactcgc caagattcac a 21
序列号 (ID): 120
长度: 20
分子类型: DNA
特征 位置/限定符:
- source, 1..20
> mol_type, other DNA
> organism, synthetic construct
残基:
caaccattgc cttgacacca 20
END

Claims (2)

1.蝴蝶兰属基于RTE插入缺失多态性的遗传标记，其特征在于，包括如下六十对引物：Phe-InDel-1，Phe-InDel-2，Phe-InDel-3，Phe-InDel-4，Phe-InDel-5，Phe-InDel-6，Phe-InDel-7，Phe-InDel-8，Phe-InDel-9，Phe-InDel-10，Phe-InDel-11，Phe-InDel-12，Phe-InDel-13，Phe-InDel-14，Phe-InDel-15，Phe-InDel-16，Phe-InDel-17，Phe-InDel-18，Phe-InDel-19，Phe-InDel-20，Phe-InDel-21，Phe-InDel-22，Phe-InDel-23，Phe-InDel-24，Phe-InDel-25，Phe-InDel-26，Phe-InDel-27，Phe-InDel-28，Phe-InDel-29，Phe-InDel-30，Phe-InDel-31，Phe-InDel-32，Phe-InDel-33，Phe-InDel-34，Phe-InDel-35，Phe-InDel-36，Phe-InDel-37，Phe-InDel-38，Phe-InDel-39，Phe-InDel-40，Phe-InDel-41，Phe-InDel-42，Phe-InDel-43，Phe-InDel-44，Phe-InDel-45，Phe-InDel-46，Phe-InDel-47，Phe-InDel-48，Phe-InDel-49，Phe-InDel-50，Phe-InDel-51，Phe-InDel-52，Phe-InDel-53，Phe-InDel-54，Phe-InDel-55，Phe-InDel-56，Phe-InDel-57，Phe-InDel-58，Phe-InDel-59，Phe-InDel-60；
Phe-InDel-1的上游引物序列见SEQ ID NO.1，Phe-InDel-1的下游引物序列见SEQ IDNO.2，Phe-InDel-2的上游引物序列见SEQ ID NO.3，Phe-InDel-2的下游引物序列见SEQ IDNO.4，Phe-InDel-3的上游引物序列见SEQ ID NO.5，Phe-InDel-3的下游引物序列见SEQ IDNO.6，Phe-InDel-4的上游引物序列见SEQ ID NO.7，Phe-InDel-4的下游引物序列见SEQ IDNO.8，Phe-InDel-5的上游引物序列见SEQ ID NO.9，Phe-InDel-5的下游引物序列见SEQ IDNO.10，Phe-InDel-6的上游引物序列见SEQ ID NO.11，Phe-InDel-6的下游引物序列见SEQID NO.12，Phe-InDel-7的上游引物序列见SEQ ID NO.13，Phe-InDel-7的下游引物序列见SEQ ID NO.14，Phe-InDel-8的上游引物序列见SEQ ID NO.15，Phe-InDel-8的下游引物序列见SEQ ID NO.16，Phe-InDel-9的上游引物序列见SEQ ID NO.17，Phe-InDel-9的下游引物序列见SEQ ID NO.18，Phe-InDel-10的上游引物序列见SEQ ID NO.19，Phe-InDel-10的下游引物序列见SEQ ID NO.20，Phe-InDel-11的上游引物序列见SEQ ID NO.21，Phe-InDel-11的下游引物序列见SEQ ID NO.22，Phe-InDel-12的上游引物序列见SEQ IDNO.23，Phe-InDel-12的下游引物序列见SEQ ID NO.24，Phe-InDel-13的上游引物序列见SEQ ID NO.25，Phe-InDel-13的下游引物序列见SEQ ID NO.26，Phe-InDel-14的上游引物序列见SEQ ID NO.27，Phe-InDel-14的下游引物序列见SEQ ID NO.28，Phe-InDel-15的上游引物序列见SEQ ID NO.29，Phe-InDel-15的下游引物序列见SEQ ID NO.30，Phe-InDel-16的上游引物序列见SEQ ID NO.31，Phe-InDel-16的下游引物序列见SEQ ID NO.32，Phe-InDel-17的上游引物序列见SEQ ID NO.33，Phe-InDel-17的下游引物序列见SEQ IDNO.34，Phe-InDel-18的上游引物序列见SEQ ID NO.35，Phe-InDel-18的下游引物序列见SEQ ID NO.36，Phe-InDel-19的上游引物序列见SEQ ID NO.37，Phe-InDel-19的下游引物序列见SEQ ID NO.38，Phe-InDel-20的上游引物序列见SEQ ID NO.39，Phe-InDel-20的下游引物序列见SEQ ID NO.40，Phe-InDel-21的上游引物序列见SEQ ID NO.41，Phe-InDel-21的下游引物序列见SEQ ID NO.42，Phe-InDel-22的上游引物序列见SEQ ID NO.43，Phe-InDel-22的下游引物序列见SEQ ID NO.44，Phe-InDel-23的上游引物序列见SEQ IDNO.45，Phe-InDel-23的下游引物序列见SEQ ID NO.46，Phe-InDel-24的上游引物序列见SEQ ID NO.47，Phe-InDel-24的下游引物序列见SEQ ID NO.48，Phe-InDel-25的上游引物序列见SEQ ID NO.49，Phe-InDel-25的下游引物序列见SEQ ID NO.50，Phe-InDel-26的上游引物序列见SEQ ID NO.51，Phe-InDel-26的下游引物序列见SEQ ID NO.52，Phe-InDel-27的上游引物序列见SEQ ID NO.53，Phe-InDel-27的下游引物序列见SEQ ID NO.54，Phe-InDel-28的上游引物序列见SEQ ID NO.55，Phe-InDel-28的下游引物序列见SEQ IDNO.56，Phe-InDel-29的上游引物序列见SEQ ID NO.57，Phe-InDel-29的下游引物序列见SEQ ID NO.58，Phe-InDel-30的上游引物序列见SEQ ID NO.59，Phe-InDel-30的下游引物序列见SEQ ID NO.60，Phe-InDel-31的上游引物序列见SEQ ID NO.61，Phe-InDel-31的下游引物序列见SEQ ID NO.62，Phe-InDel-32的上游引物序列见SEQ ID NO.63，Phe-InDel-32的下游引物序列见SEQ ID NO.64，Phe-InDel-33的上游引物序列见SEQ ID NO.65，Phe-InDel-33的下游引物序列见SEQ ID NO.66，Phe-InDel-34的上游引物序列见SEQ IDNO.67，Phe-InDel-34的下游引物序列见SEQ ID NO.68，Phe-InDel-35的上游引物序列见SEQ ID NO.69，Phe-InDel-35的下游引物序列见SEQ ID NO.70，Phe-InDel-36的上游引物序列见SEQ ID NO.71，Phe-InDel-36的下游引物序列见SEQ ID NO.72，Phe-InDel-37的上游引物序列见SEQ ID NO.73，Phe-InDel-37的下游引物序列见SEQ ID NO.74，Phe-InDel-38的上游引物序列见SEQ ID NO.75，Phe-InDel-38的下游引物序列见SEQ ID NO.76，Phe-InDel-39的上游引物序列见SEQ ID NO.77，Phe-InDel-39的下游引物序列见SEQ IDNO.78，Phe-InDel-40的上游引物序列见SEQ ID NO.79，Phe-InDel-40的下游引物序列见SEQ ID NO.80，Phe-InDel-41的上游引物序列见SEQ ID NO.81，Phe-InDel-41的下游引物序列见SEQ ID NO.82，Phe-InDel-42的上游引物序列见SEQ ID NO.83，Phe-InDel-42的下游引物序列见SEQ ID NO.84，Phe-InDel-43的上游引物序列见SEQ ID NO.85，Phe-InDel-43的下游引物序列见SEQ ID NO.86，Phe-InDel-44的上游引物序列见SEQ ID NO.87，Phe-InDel-44的下游引物序列见SEQ ID NO.88，Phe-InDel-45的上游引物序列见SEQ IDNO.89，Phe-InDel-45的下游引物序列见SEQ ID NO.90，Phe-InDel-46的上游引物序列见SEQ ID NO.91，Phe-InDel-46的下游引物序列见SEQ ID NO.92，Phe-InDel-47的上游引物序列见SEQ ID NO.93，Phe-InDel-47的下游引物序列见SEQ ID NO.94，Phe-InDel-48的上游引物序列见SEQ ID NO.95，Phe-InDel-48的下游引物序列见SEQ ID NO.96，Phe-InDel-49的上游引物序列见SEQ ID NO.97，Phe-InDel-49的下游引物序列见SEQ ID NO.98，Phe-InDel-50的上游引物序列见SEQ ID NO.99，Phe-InDel-50的下游引物序列见SEQ IDNO.100，Phe-InDel-51的上游引物序列见SEQ ID NO.101，Phe-InDel-51的下游引物序列见SEQ ID NO.102，Phe-InDel-52的上游引物序列见SEQ ID NO.103，Phe-InDel-52的下游引物序列见SEQ ID NO.104，Phe-InDel-53的上游引物序列见SEQ ID NO.105，Phe-InDel-53的下游引物序列见SEQ ID NO.106，Phe-InDel-54的上游引物序列见SEQ ID NO.107，Phe-InDel-54的下游引物序列见SEQ ID NO.108，Phe-InDel-55的上游引物序列见SEQ IDNO.109，Phe-InDel-55的下游引物序列见SEQ ID NO.110，Phe-InDel-56的上游引物序列见SEQ ID NO.111，Phe-InDel-56的下游引物序列见SEQ ID NO.112，Phe-InDel-57的上游引物序列见SEQ ID NO.113，Phe-InDel-57的下游引物序列见SEQ ID NO.114，Phe-InDel-58的上游引物序列见SEQ ID NO.115，Phe-InDel-58的下游引物序列见SEQ ID NO.116，Phe-InDel-59的上游引物序列见SEQ ID NO.117，Phe-InDel-59的下游引物序列见SEQ IDNO.118，Phe-InDel-60的上游引物序列见SEQ ID NO.119，Phe-InDel-60的下游引物序列见SEQ ID NO.120。
2.权利要求1所述的遗传标记中49对引物在制备用于研究蝴蝶兰属物种间亲缘关系的试剂盒中的应用，所述49对引物如下：Phe-InDel-1，Phe-InDel-2，Phe-InDel-3，Phe-InDel-4，Phe-InDel-5，Phe-InDel-6，Phe-InDel-7，Phe-InDel-8，Phe-InDel-9，Phe-InDel-11，Phe-InDel-13，Phe-InDel-14，Phe-InDel-15，Phe-InDel-16，Phe-InDel-17，Phe-InDel-18，Phe-InDel-21，Phe-InDel-22，Phe-InDel-23，Phe-InDel-24，Phe-InDel-25，Phe-InDel-26，Phe-InDel-27，Phe-InDel-28，Phe-InDel-29，Phe-InDel-30，Phe-InDel-31，Phe-InDel-32，Phe-InDel-33，Phe-InDel-34，Phe-InDel-35，Phe-InDel-36，Phe-InDel-37，Phe-InDel-38，Phe-InDel-39，Phe-InDel-40，Phe-InDel-41，Phe-InDel-42，Phe-InDel-43，Phe-InDel-44，Phe-InDel-45，Phe-InDel-49，Phe-InDel-51，Phe-InDel-52，Phe-InDel-53，Phe-InDel-55，Phe-InDel-57，Phe-InDel-59，Phe-InDel-60；
Phe-InDel-1的上游引物序列见SEQ ID NO.1，Phe-InDel-1的下游引物序列见SEQ IDNO.2，Phe-InDel-2的上游引物序列见SEQ ID NO.3，Phe-InDel-2的下游引物序列见SEQ IDNO.4，Phe-InDel-3的上游引物序列见SEQ ID NO.5，Phe-InDel-3的下游引物序列见SEQ IDNO.6，Phe-InDel-4的上游引物序列见SEQ ID NO.7，Phe-InDel-4的下游引物序列见SEQ IDNO.8，Phe-InDel-5的上游引物序列见SEQ ID NO.9，Phe-InDel-5的下游引物序列见SEQ IDNO.10，Phe-InDel-6的上游引物序列见SEQ ID NO.11，Phe-InDel-6的下游引物序列见SEQID NO.12，Phe-InDel-7的上游引物序列见SEQ ID NO.13，Phe-InDel-7的下游引物序列见SEQ ID NO.14，Phe-InDel-8的上游引物序列见SEQ ID NO.15，Phe-InDel-8的下游引物序列见SEQ ID NO.16，Phe-InDel-9的上游引物序列见SEQ ID NO.17，Phe-InDel-9的下游引物序列见SEQ ID NO.18，Phe-InDel-11的上游引物序列见SEQ ID NO.21，Phe-InDel-11的下游引物序列见SEQ ID NO.22，Phe-InDel-13的上游引物序列见SEQ ID NO.25，Phe-InDel-13的下游引物序列见SEQ ID NO.26，Phe-InDel-14的上游引物序列见SEQ IDNO.27，Phe-InDel-14的下游引物序列见SEQ ID NO.28，Phe-InDel-15的上游引物序列见SEQ ID NO.29，Phe-InDel-15的下游引物序列见SEQ ID NO.30，Phe-InDel-16的上游引物序列见SEQ ID NO.31，Phe-InDel-16的下游引物序列见SEQ ID NO.32，Phe-InDel-17的上游引物序列见SEQ ID NO.33，Phe-InDel-17的下游引物序列见SEQ ID NO.34，Phe-InDel-18的上游引物序列见SEQ ID NO.35，Phe-InDel-18的下游引物序列见SEQ ID NO.36，Phe-InDel-21的上游引物序列见SEQ ID NO.41，Phe-InDel-21的下游引物序列见SEQ IDNO.42，Phe-InDel-22的上游引物序列见SEQ ID NO.43，Phe-InDel-22的下游引物序列见SEQ ID NO.44，Phe-InDel-23的上游引物序列见SEQ ID NO.45，Phe-InDel-23的下游引物序列见SEQ ID NO.46，Phe-InDel-24的上游引物序列见SEQ ID NO.47，Phe-InDel-24的下游引物序列见SEQ ID NO.48，Phe-InDel-25的上游引物序列见SEQ ID NO.49，Phe-InDel-25的下游引物序列见SEQ ID NO.50，Phe-InDel-26的上游引物序列见SEQ ID NO.51，Phe-InDel-26的下游引物序列见SEQ ID NO.52，Phe-InDel-27的上游引物序列见SEQ IDNO.53，Phe-InDel-27的下游引物序列见SEQ ID NO.54，Phe-InDel-28的上游引物序列见SEQ ID NO.55，Phe-InDel-28的下游引物序列见SEQ ID NO.56，Phe-InDel-29的上游引物序列见SEQ ID NO.57，Phe-InDel-29的下游引物序列见SEQ ID NO.58，Phe-InDel-30的上游引物序列见SEQ ID NO.59，Phe-InDel-30的下游引物序列见SEQ ID NO.60，Phe-InDel-31的上游引物序列见SEQ ID NO.61，Phe-InDel-31的下游引物序列见SEQ ID NO.62，Phe-InDel-32的上游引物序列见SEQ ID NO.63，Phe-InDel-32的下游引物序列见SEQ IDNO.64，Phe-InDel-33的上游引物序列见SEQ ID NO.65，Phe-InDel-33的下游引物序列见SEQ ID NO.66，Phe-InDel-34的上游引物序列见SEQ ID NO.67，Phe-InDel-34的下游引物序列见SEQ ID NO.68，Phe-InDel-35的上游引物序列见SEQ ID NO.69，Phe-InDel-35的下游引物序列见SEQ ID NO.70，Phe-InDel-36的上游引物序列见SEQ ID NO.71，Phe-InDel-36的下游引物序列见SEQ ID NO.72，Phe-InDel-37的上游引物序列见SEQ ID NO.73，Phe-InDel-37的下游引物序列见SEQ ID NO.74，Phe-InDel-38的上游引物序列见SEQ IDNO.75，Phe-InDel-38的下游引物序列见SEQ ID NO.76，Phe-InDel-39的上游引物序列见SEQ ID NO.77，Phe-InDel-39的下游引物序列见SEQ ID NO.78，Phe-InDel-40的上游引物序列见SEQ ID NO.79，Phe-InDel-40的下游引物序列见SEQ ID NO.80，Phe-InDel-41的上游引物序列见SEQ ID NO.81，Phe-InDel-41的下游引物序列见SEQ ID NO.82，Phe-InDel-42的上游引物序列见SEQ ID NO.83，Phe-InDel-42的下游引物序列见SEQ ID NO.84，Phe-InDel-43的上游引物序列见SEQ ID NO.85，Phe-InDel-43的下游引物序列见SEQ IDNO.86，Phe-InDel-44的上游引物序列见SEQ ID NO.87，Phe-InDel-44的下游引物序列见SEQ ID NO.88，Phe-InDel-45的上游引物序列见SEQ ID NO.89，Phe-InDel-45的下游引物序列见SEQ ID NO.90，Phe-InDel-49的上游引物序列见SEQ ID NO.97，Phe-InDel-49的下游引物序列见SEQ ID NO.98，Phe-InDel-51的上游引物序列见SEQ ID NO.101，Phe-InDel-51的下游引物序列见SEQ ID NO.102，Phe-InDel-52的上游引物序列见SEQ ID NO.103，Phe-InDel-52的下游引物序列见SEQ ID NO.104，Phe-InDel-53的上游引物序列见SEQ IDNO.105，Phe-InDel-53的下游引物序列见SEQ ID NO.106，Phe-InDel-55的上游引物序列见SEQ ID NO.109，Phe-InDel-55的下游引物序列见SEQ ID NO.110，Phe-InDel-57的上游引物序列见SEQ ID NO.113，Phe-InDel-57的下游引物序列见SEQ ID NO.114，Phe-InDel-59的上游引物序列见SEQ IDNO.117，Phe-InDel-59的下游引物序列见SEQ ID NO.118，Phe-InDel-60的上游引物序列见SEQ ID NO.119，Phe-InDel-60的下游引物序列见SEQ IDNO.120。
CN202111255313.8A 2021-10-27 2021-10-27 蝴蝶兰属基于rte插入缺失多态性的遗传标记及应用 Active CN114085921B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202111255313.8A CN114085921B (zh) 2021-10-27 2021-10-27 蝴蝶兰属基于rte插入缺失多态性的遗传标记及应用

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202111255313.8A CN114085921B (zh) 2021-10-27 2021-10-27 蝴蝶兰属基于rte插入缺失多态性的遗传标记及应用

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN114085921A CN114085921A (zh) 2022-02-25
CN114085921B true CN114085921B (zh) 2023-10-24

Family

ID=80297826

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202111255313.8A Active CN114085921B (zh) 2021-10-27 2021-10-27 蝴蝶兰属基于rte插入缺失多态性的遗传标记及应用

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN114085921B (zh)

Citations (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101165186A (zh) * 2007-09-27 2008-04-23 复旦大学 从蝴蝶兰克隆出的类黄酮-3'5'-羟化酶基因,其编码序列和应用
CN105219880A (zh) * 2015-11-17 2016-01-06 福建省农业科学院作物研究所 文心兰属est-ssr标记引物及其应用
CN106636325A (zh) * 2016-08-26 2017-05-10 广东省农业科学院环境园艺研究所 一种检测蝴蝶兰突变体的方法
CN107058487A (zh) * 2016-12-29 2017-08-18 广东省农业科学院环境园艺研究所 一种利用Genomic‑SSR和EST‑SSR两类标记鉴评蝴蝶兰遗传多样性的方法
CN108004347A (zh) * 2018-02-05 2018-05-08 范瑶飞 一种蝴蝶兰品种分子特异性标记引物
CN108456720A (zh) * 2018-04-03 2018-08-28 福建师范大学福清分校 一种基于srap标记鉴定蝴蝶兰品种的方法
CN112695124A (zh) * 2021-01-29 2021-04-23 广东省农业科学院环境园艺研究所 一种蝴蝶兰属ssr分子标记引物组合物及其应用

Patent Citations (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101165186A (zh) * 2007-09-27 2008-04-23 复旦大学 从蝴蝶兰克隆出的类黄酮-3'5'-羟化酶基因,其编码序列和应用
CN105219880A (zh) * 2015-11-17 2016-01-06 福建省农业科学院作物研究所 文心兰属est-ssr标记引物及其应用
CN106636325A (zh) * 2016-08-26 2017-05-10 广东省农业科学院环境园艺研究所 一种检测蝴蝶兰突变体的方法
CN107058487A (zh) * 2016-12-29 2017-08-18 广东省农业科学院环境园艺研究所 一种利用Genomic‑SSR和EST‑SSR两类标记鉴评蝴蝶兰遗传多样性的方法
CN108004347A (zh) * 2018-02-05 2018-05-08 范瑶飞 一种蝴蝶兰品种分子特异性标记引物
CN108456720A (zh) * 2018-04-03 2018-08-28 福建师范大学福清分校 一种基于srap标记鉴定蝴蝶兰品种的方法
CN112695124A (zh) * 2021-01-29 2021-04-23 广东省农业科学院环境园艺研究所 一种蝴蝶兰属ssr分子标记引物组合物及其应用

Non-Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
Complete chloroplast genome of Oncidium Gower Ramsey and evaluation of molecular markers for identification and breeding in Oncidiinae;Fu-Hui Wu;BMC Plant Biology;第1-12页 *
云南火焰兰转录组SSR分布及其序列特征分析;辛静;辛雅萱;董章宏;瞿绍宏;姚国琼;李凤;屈亚亚;唐军荣;;南方农业学报(第07期);第1634-1641页 *
蝴蝶兰EST-SSRs分析;张君毅;陈瑞凤;;植物生理学通讯(第06期);第559-563页 *

Also Published As

Publication number Publication date
CN114085921A (zh) 2022-02-25

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP2015527082A5 (zh)
CN107385055A (zh) 甜瓜单性花性状相关acs‑7基因的snp分子标记及应用
CN109971865A (zh) 一种与凡纳滨对虾体重性状显著相关的snp标记和应用
CN106868112B (zh) 一种翘嘴鲌、三角鲂及其杂交子代分子鉴定的方法
CN114085921B (zh) 蝴蝶兰属基于rte插入缺失多态性的遗传标记及应用
CN110129455A (zh) 一种生长相关的分子标记在凡纳滨对虾遗传育种中的应用
CN105969882A (zh) 一种与斑点叉尾鮰快速生长相关的单倍型snp分子标记及其检测方法和应用
Kumari et al. Assessment of genetic diversity in safflower (Carthamus tinctorius L.) genotypes through morphological and SSR marker
CN106222262B (zh) 引物对及其在鉴别水稻氮高效利用基因nrt1.1b基因型中的应用
CN110331217A (zh) 一种适用于尼罗罗非鱼、奥利亚罗非鱼及其杂交种的微卫星标记亲权鉴定引物、方法及应用
Cho et al. Complete plastome sequencing reveals an extremely diminished SSC region in hemiparasitic Pedicularis ishidoyana (Orobanchaceae)
Yang et al. Characterization of fifteen SNP markers by mining EST in sea cucumber, Apostichopus japonicus
CN103937788B (zh) 黄瓜叶色突变基因v-1的SSR标记及其应用
CN108531636A (zh) 一种用于鉴定甜瓜单性花的分子标记物TJcM01及其应用
CN108456720A (zh) 一种基于srap标记鉴定蝴蝶兰品种的方法
CN103773760A (zh) 菊属及近缘属植物通用ssr分子标记cssr1及应用
Jin et al. Phylogenetic relationships among dabbling duck species in Korea using COI gene variations in mtDNA
CN108239675A (zh) 一种用于鉴定甜瓜单性花的分子标记物TJcM02及其应用
Thai et al. Characterisation of 12 microsatellite loci in the Vietnamese commercial clam Lutraria rhynchaena Jonas 1844 (Heterodonta: Bivalvia: Mactridae) through next-generation sequencing
Coates et al. The mitochondrial genome of the American lotus borer, Ostrinia penitalis (Lepidoptera: Crambidae)
Brien et al. A molecular marker for early maturity (Ku) and marker-assisted breeding of Lupinus angustifolius.
Gan The development and application of molecular markers for linkage mapping and quantitative trait loci analysis of important agronomic traits in oil palm (Elaeis guineensis Jacq.)
Jensen et al. Cell penetrating peptides as an alternative transformation method in citrus
Lin et al. The complete mitochondrial genome of the Anser cygnoides Linnaeus, 1758 breed Daozhou and its phylogenetic analyses
Xie et al. The complete chloroplast genome of Vitis amurensis Rupr., an economic plant to China

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant