CN114085896A - 使用非干扰性噪音消除性多核苷酸鉴定标签的多重焦磷酸测序 - Google Patents

使用非干扰性噪音消除性多核苷酸鉴定标签的多重焦磷酸测序 Download PDF

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Abstract

本公开一般涉及一种分析样品的多重方法，所述方法包括使用多核苷酸扩增产生其中一种或多种靶序列用非干扰性、非消除性靶特异性多核苷酸鉴定标签标记的扩增产物，通过非消除性靶特异性多核苷酸鉴定标签序列对所述扩增的产物进行焦磷酸测序来检测一种或多种特异性多核苷酸鉴定标签的存在。特异性多核苷酸鉴定标签的存在与特异性靶序列的存在相关。

Description

使用非干扰性噪音消除性多核苷酸鉴定标签的多重焦磷酸 测序
本申请是国际申请号PCT/US2013/061460，国际申请日2013年9月24日，中国申请号201380047883.5，发明名称为“使用非干扰性噪音消除性多核苷酸鉴定标签的多重焦磷酸测序”的专利申请的分案申请。
相关文献的交叉引用
本申请要求2012年9月24日提交的，标题为“使用非干扰性噪音消除性多核苷酸鉴定标签的多重焦磷酸测序”的美国临时申请号61/705,089的优先权，其通过引用并入本文。
序列表
本申请含有序列表，其以ASCII格式通过EFS-Web提交并且在此以其整体通过参考并入。2013年9月23日建立的所述ASCII拷贝命名为15892-0002_SL.txt并且大小为15,781字节。
发明领域
本发明涉及分析和测序核酸样品的方法学。更具体地，本发明涉及通过使用特异性多核苷酸鉴定标签测序扩增的核酸样品的方法。
发明背景
核酸扩增方法学的发展，例如聚合酶链反应(PCR)，使得DNA扩增用于多种用途，包括分子诊断试验。然而，存在与PCR用于分子差别诊断(MDD)测定相关的挑战。PCR使用特异性引物或引物组、温度条件、和酶。例如，PCR反应容易被污染，引物结合对于不同引物可能需要不同条件并且引物应该特异性于靶序列从而仅扩增该靶序列。这些限制使得更加难以从单一样品扩增多个序列。
过去，用于发现一种或多种致病病原体的临床样品诊断试验需要该微生物被分离或培养。然而，这可能耗费数天，并且在很多情况中，如果要挽救患者的生命诊断，必须在几小时内进行。分析单个临床样品以鉴定多种微生物从而确定哪个(那些)可能是疾病的病原体，是MDD所需方法，并且已经开发出方法以更好地实现该目的。例如，已经开发了多重PCR方法来扩增样品内的多种核酸，从而产生足够的DNA/RNA，使得能够检测和鉴定多种微生物。然而，多重PCR具有缺点。例如，多重PCR反应中的各个靶需要其自身的最佳反应条件，因此增加靶数量需要用于各个个体靶的反应条件是欠佳的。此外，系统中多组高浓度引物常常产生引物二聚体或产生非特异性、背景扩增。这种特异性的缺陷还需要PCR后清理和多次杂交后洗涤的额外步骤。
由于需要可用的酶和消耗底物，聚集的引物降低扩增效率。扩增效率的差异可以导致扩增子产量的显著差异。例如，一些位点可以非常高效地扩增，而其它的非常无效率地扩增或根本不能扩增。该不均匀扩增的可能还使得难以精确进行进行终点定量分析直到不可能精确进行进行终点定量分析。
经常，时间是至关重要的，患者感染包括多于一种细菌物种，并且临床样品中靶DNA的量是有限的。已经开发了技术比如多重PCR以解决该问题。然而，仍然需要该领域中的改善，从而进一步减少完成快速和精确临床样品分析所需的时间和努力。可以自动的，特别是通过使用用于样品制备和分析的封闭盒的方法，是特别重要的，因为它们可以提供附加的优势：减少样品的可能污染和减少实验室技术人员在制备和分析各样品方面必须花费的时间和努力。
尽管在多重测序技术和它们在样品分析方面已经有显著的进步，如果这些能够被进一步改善以使分析和检测更容易，将会是高度有益的。
发明概述
本发明涉及用于分析可以包含混合DNA或RNA群体的样品的多重方法，所述方法包括使用多核苷酸扩增以产生其中一种或多种靶序列用非干扰性、非消除性靶特异性多核苷酸鉴定标签标记的扩增产物，和通过非干扰性、非消除性靶特异性多核苷酸鉴定标签序列焦磷酸测序所述扩增的产物来检测一种或多种特异性多核苷酸鉴定标签的存在，特异性多核苷酸鉴定标签的存在与特异性靶序列的存在相关联。在一个实施方案中，所述多核苷酸可以包括DNA，RNA或混合的DNA/RNA群体。在另外的实施方案中，所述多重反应包括PCR反应。
本发明的方面还涉及用于分析含有一种或多种未鉴定多核苷酸的样品的多重方法，所述方法包括以下步骤：将靶特异性引物连接于靶独特的非干扰性、非消除性多核苷酸鉴定标签，将所述靶特异性引物杂交于靶多核苷酸序列，进行多核苷酸扩增来扩增所述靶多核苷酸序列并且将靶独特的非干扰性、非消除性多核苷酸鉴定标签添加于所述靶多核苷酸序列，并且焦磷酸测序所述靶独特的非干扰性、非消除性靶特异性多核苷酸鉴定标签，其中鉴定出靶独特的非干扰性、非消除性靶特异性多核苷酸鉴定标签，表明靶多核苷酸的存在。在一个实施方案中，所述多核苷酸可以包括DNA，RNA或混合的DNA/RNA群体。此外，所述多重反应包括PCR反应。
本发明的方面还涉及多重PCR焦磷酸测序方法，其中所述靶独特的非干扰性、非消除性多核苷酸鉴定标签选自由以下各项组成的序列组：SEQ ID NO：1，SEQ ID NO：2，SEQ IDNO：3，SEQ ID NO：4，SEQ ID NO：5，SEQ ID NO：6，SEQ ID NO：7，SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：9，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：11，SEQ ID NO：12，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：14，SEQ ID NO：15，SEQ ID NO：16，SEQ ID NO：17，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：19，SEQ ID NO：20，SEQ IDNO：21，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：23，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO：25，SEQ ID NO：26，SEQ IDNO：27，SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：29，SEQ ID NO：30，SEQ ID NO：31，SEQ ID NO：32，SEQ IDNO：33，SEQ ID NO：34，SEQ ID NO：35，SEQ ID NO：36，SEQ ID NO：37，SEQ ID NO：38，SEQ IDNO：39，SEQ ID NO：40，SEQ ID NO：41，SEQ ID NO：42，SEQ ID NO：43，SEQ ID NO：44，SEQ IDNO：45，SEQ ID NO：46，SEQ ID NO：47，SEQ ID NO：48，SEQ ID NO：49，SEQ ID NO：50，SEQ IDNO：51，SEQ ID NO：52，SEQ ID NO：53，SEQ ID NO：54，SEQ ID NO：55，SEQ ID NO：56，SEQ IDNO：57，SEQ ID NO：58，SEQ ID NO：59，和SEQ ID NO：60。
本发明的一个方面使用嵌套靶特异性引物。靶核酸可以包含DNA和/或RNA，并且可以包括病毒、细菌和/或真菌来源的DNA和/或RNA，以及人或其它动物来源的基因组DNA和/或RNA。扩增可以通过聚合酶链反应(PCR)和/或RT-PCR进行。靶核酸的来源可以源自一种或多种临床、环境、或食物样品并且所述方法可以以多种方式使用，包括，例如，临床诊断、环境取样、植物测试、食品安全分析、遗传疾病检测、和/或疾病病状检测。所述方法可以用于人和/或兽医学诊断。
附图简述
图1是用于使用PCR连接靶特异性或靶独特性多核苷酸鉴定标签的方法的实例的说明。在图1中，“索引标签”表示靶特异性(靶独特性)多核苷酸鉴定标签。Fo，Fi，Fc，Ro，Ri，和Rc表明引物序列和位置。
详细说明
焦磷酸测序是基于核酸合成过程中释放的焦磷酸盐的检测的核酸测序技术。在该酶促反应过程中产生可见光，如果整合入核苷酸，其与数量呈比例。作为由酶聚合酶导致的核苷酸并入的结果无机焦磷酸盐被释放。在一些实施方案中，使用荧光素酶产生光，所述光容易通过光电二极管，光电倍增管，或电荷耦合设备(CCD)相机检测。由于添加的核苷酸已知，因此模板核酸的可以序列被确定。用DNA和RNA二者焦磷酸测序都是可能的。基本上，所述方法允许通过一次一个碱基合成其互补链测序单链单链核酸，和通过测量核苷酸整合过程中发出的光检测每一步哪个碱基被添加。焦磷酸测序代表用于来自细菌、病毒、真菌和其它类似来源的核酸应用以从临床样品辅助鉴定的快速、精确方法。然而，焦磷酸测序是平行-测序方法-一般需要多种平行测序运行来分析混合样品。在单个容器中进行该测序方法(如用多重PCR测序方法)，能够显著降低产生所需结果所需的成本和时间。本发明人已经开发了方法，所述方法将允许焦磷酸测序以真正的多重方式进行-在单一多重反应中测序和检测多个样品，而不是多个平行反应。
本发明人认识到，焦磷酸测序的优势-测序结果的检测是基于在DNA合成过程中添加的核苷酸产生的释放的焦磷酸盐发出的光的事实-总体上排除了多重PCR和测序的使用，因为多个不同的序列的检测变得相对不可能。然而，他们已经开发出克服该障碍的方法。这样做时，他们已经产生可以在单个盒的限制内进行的用于多重多核苷酸扩增和焦磷酸测序的方法，比如在WO/2010/132834(Apparatus for Performing Amplicon RescueMultiplex PCR(用于进行扩增拯救多重PCR的装置))中描述的方法中使用的那种盒，其在本文以其整体通过引用并入。
要理解，术语“包含(comprising)”，如本文使用的，可以用术语“基本上由…构成”和“由…构成”替代。使用术语“反应体系”处，意在描述Eppendorf管，反应室，或其它容器装置，其中放置必要引物、酶、核苷酸、缓冲液和/或其它试剂，从而进行一个或多个循环的至少一种聚合酶链反应。不同“反应体系”可以因此指相同反应容器，但用于进行所需扩增步骤的不同试剂组分-特别是引物。“反应容器”意在指管、板孔、或其它具有充足内部容积以含有引物、酶、核苷酸、缓冲剂和/或提供反应体系所需的其它试剂的容器。术语“拯救”意在指从第一次扩增的至少部分引物中分离扩增子。“PCR”意在指聚合酶链反应，并且可以包括PCR和/或RT-PCR过程。
在一个实施方案中，本文描述的方法包括使用多核苷酸扩增来产生扩增的产物，其中一种或多种靶序列用非干扰性、非消除性靶特异性多核苷酸鉴定标签标记。“非干扰性、非消除性靶特异性多核苷酸鉴定标签”，如本文定义的，指当结合靶序列或引物时，不干扰聚合酶的功能，不改变位于核苷酸模板或引物的末端的核苷酸结构，不干扰引物对模板的退火，不在靶多核苷酸中引入复合体结构，或另外不干扰或阻止引物的结合和/或靶核苷酸的扩增的多核苷酸序列。本发明描述的方法可以使用DNA样品，RNA靶，或混合DNA/RNA群体的靶标。在另外的实施方案中，公开的方法可以使用PCR和/或逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)用于扩增多核苷酸。
在一个实施方案中，包括用鉴定标签标记的靶序列的产物的扩增可以使用如在WO/2009/124293中描述的扩增子拯救多重聚合酶链反应，和使用WO/2010/132834中描述的方法和装置来完成，其内容以其整体通过引用并入本文。简言之，使用高浓度、靶特异性嵌套引物进行靶特异性第一扩增步骤。例如靶特异性引物可以用于扩增一种或多种(并且优选多种)细菌、病毒、真菌和/或其它来源的靶核酸。靶核酸可以是人或动物来源。在一个实施方案中，所述靶核酸来源于人临床样品。如在图1中说明的，正向引物Fi连接于另外的核苷酸或用另外的核苷酸“标记”以提供不特异性于靶核酸的另外的序列，从而用此中引物扩增靶核酸B还将把图1中作为“索引序列”的非干扰性、非消除性靶特异性多核苷酸鉴定标签整合入产生的扩增子。在一个实施方案中，所述非干扰性、非消除性靶特异性多核苷酸鉴定标签选自表1中列出的那些。所述方法整合另外的引物FC和Fo，其功能在WO/2009/124293中详细描述。扩增进行，反应终止，并且产生的扩增子从对于用于在焦磷酸测序过程中在WO/2009/124293中详细描述的反应混合物中拯救。焦磷酸测序在不同反应体系中进行，其可以或不可以使用相同的反应容器。
在图1中说明的实施方案中，这些标签通过合成包括引物序列Fi，多核苷酸鉴定标签或索引序列，和将与所需靶多核苷酸序列B杂交的靶特异性序列A的多核苷酸分别与特异性靶序列配对。选择该标签以与特定靶序列关联。具体地，扩增反应物包括正向引物序列Fi，其连接于另外的核苷酸或用另外的核苷酸(所述另外的核苷酸即不特异性于靶核酸的多核苷酸鉴定标签或索引序列)和靶特异性序列A“标记”。随后靶特异性引物Fi/鉴定标签杂交于靶多核苷酸序列B并且扩增通过已知方法，例如PCR和/或RT-PCR起始。产生的用此种引物的靶核酸B扩增将把非干扰性、非消除性靶特异性多核苷酸鉴定标签整合入产生的扩增子。使用合成的多核苷酸，引物序列和多核苷酸鉴定标签序列可以被整合入作为扩增产物产生的多核苷酸的5’-末端。
所述方法还包括通过非消除性靶特异性多核苷酸鉴定标签序列焦磷酸测序扩增的产物，以检测一种或多种特异性多核苷酸鉴定标签的存在。这里，特异性多核苷酸鉴定标签的存在与特异性靶序列的存在相关。为了实现这点，本发明人已经开发了一系列10碱基对序列，其可以在相同反应室内使用焦磷酸测序来测序-而在鉴定标签被测序时不产生混乱的信号(参见表1)。该扩增产物可以随后通过所述多核苷酸鉴定标签序列被焦磷酸测序。相应多核苷酸鉴定标签序列的存在因此与特异性靶序列的存在相关，并且样品，比如临床样品中靶的鉴定，可以在不完成整个靶多核苷酸的测序反应的情况下进行。
因为多核苷酸鉴定标签在多重焦磷酸测序反应中被测序，通过由于使用聚合酶的核苷酸整合导致的无机焦磷酸盐的酶促释放产生的光可以例如使用使用光电二极管，光电倍增管，或电荷耦合装置相机检测。非干扰性、非消除性靶特异性多核苷酸鉴定标签序列的性质是这样的：它们在相同反应容器中被测序时将不干扰标签的不同个体检测。
结果是例如鉴定临床样品中未知物的更快速方法。通过将此方法与比如例如WO/2009/124293中描述的armPCR方法的方法配对，并使用比如在WO/2010/132834中描述的装置，现在可能实现自动的、单盒多核苷酸扩增和测序程序，其可以在一个或多个盒可以被插入其中的单个仪器内，与检测一起进行。结果可以在显著更少的时间内返回，因为仅需要测序少量碱基对，而不是数十或数百碱基对。
发明人已经确定为非干扰性和非消除性的多核苷酸鉴定标签显示在表1中。
表1
Figure BDA0003343540260000081
Figure IDA0003343540310000011
Figure IDA0003343540310000021
Figure IDA0003343540310000031
Figure IDA0003343540310000041
Figure IDA0003343540310000051
Figure IDA0003343540310000061
Figure IDA0003343540310000071
Figure IDA0003343540310000081
Figure IDA0003343540310000091
Figure IDA0003343540310000101
Figure IDA0003343540310000111

Claims (21)

1.一种用于分析可以包含混合的多核苷酸群体的样品的多重扩增方法，所述方法包括使用多核苷酸扩增以产生扩增产物，其中一种或多种靶序列用非干扰性、非消除性靶特异性多核苷酸鉴定标签标记，和通过所述非消除性靶特异性多核苷酸鉴定标签序列对所述扩增产物进行焦磷酸测序以检测一种或多种特异性多核苷酸鉴定标签的存在，其中特异性多核苷酸鉴定标签的存在与特异性靶序列的存在相关。
2.权利要求1所述的方法，其中所述多核苷酸群体包含DNA。
3.权利要求1所述的方法，其中所述多核苷酸群体包含RNA。
4.权利要求1所述的方法，其中所述多核苷酸群体是DNA和RNA的混合群体。
5.权利要求1所述的方法，其中所述多核苷酸扩增包括PCR。
6.权利要求1所述的方法，其中所述多核苷酸扩增包括RT-PCR。
7.权利要求1所述的方法，其中所述非干扰性、非消除性靶特异性多核苷酸鉴定标签选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO：1，SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：3，SEQ ID NO：4，SEQ IDNO：5，SEQ ID NO：6，SEQ ID NO：7，SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：9，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：11，SEQ ID NO：12，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：14，SEQ ID NO：15，SEQ ID NO：16，SEQ IDNO：17，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：19，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：21，SEQ ID NO：22，SEQ IDNO：23，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO：25，SEQ ID NO：26，SEQ ID NO：27，SEQ ID NO：28，SEQ IDNO：29，SEQ ID NO：30，SEQ ID NO：31，SEQ ID NO：32，SEQ ID NO：33，SEQ ID NO：34，SEQ IDNO：35，SEQ ID NO：36，SEQ ID NO：37，SEQ ID NO：38，SEQ ID NO：39，SEQ ID NO：40，SEQ IDNO：41，SEQ ID NO：42，SEQ ID NO：43，SEQ ID NO：44，SEQ ID NO：45，SEQ ID NO：46，SEQ IDNO：47，SEQ ID NO：48，SEQ ID NO：49，SEQ ID NO：50，SEQ ID NO：51，SEQ ID NO：52，SEQ IDNO：53，SEQ ID NO：54，SEQ ID NO：55，SEQ ID NO：56，SEQ ID NO：57，SEQ ID NO：58，SEQ IDNO：59，和SEQ ID NO：60。
8.权利要求1所述的方法，其中所述一种或多种靶序列选自由病毒、细菌和真菌核酸组成的组。
9.权利要求1所述的方法，其中所述一种或多种靶序列获自人临床样品。
10.权利要求1所述的方法，其中所述一种或多种靶序列获自动物临床样品。
11.一种方法，所述方法包括以下步骤：
a.将靶独特性非干扰性、非消除性多核苷酸鉴定标签连接到靶特异性引物，
b.将靶特异性引物/鉴定标签杂交到靶多核苷酸序列，
c.进行多核苷酸扩增以扩增所述靶多核苷酸序列，并将靶独特性多核苷酸鉴定标签添加到所述靶多核苷酸序列，和
对所述靶独特性非干扰性、非消除性多核苷酸鉴定标签进行焦磷酸测序，其中靶独特性非干扰性、非消除性多核苷酸鉴定标签的鉴定表明所述靶多核苷酸的存在。
12.权利要求11所述的方法，其中所述多核苷酸群体包含DNA。
13.权利要求11所述的方法，其中所述多核苷酸群体包含RNA。
14.权利要求11所述的方法，其中所述多核苷酸群体是DNA和RNA的混合群体。
15.权利要求11所述的方法，其中所述多核苷酸扩增包括PCR。
16.权利要求11所述的方法，其中所述多核苷酸扩增包括RT-PCR。
17.权利要求11所述的方法，其中所述非干扰性、非消除性靶特异性多核苷酸鉴定标签选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO：1，SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：3，SEQ ID NO：4，SEQID NO：5，SEQ ID NO：6，SEQ ID NO：7，SEQ ID NO：8，SEQ ID NO：9，SEQ ID NO：10，SEQ IDNO：11，SEQ ID NO：12，SEQ ID NO：13，SEQ ID NO：14，SEQ ID NO：15，SEQ ID NO：16，SEQ IDNO：17，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：19，SEQ ID NO：20，SEQ ID NO：21，SEQ ID NO：22，SEQ IDNO：23，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO：25，SEQ ID NO：26，SEQ ID NO：27，SEQ ID NO：28，SEQ IDNO：29，SEQ ID NO：30，SEQ ID NO：31，SEQ ID NO：32，SEQ ID NO：33，SEQ ID NO：34，SEQ IDNO：35，SEQ ID NO：36，SEQ ID NO：37，SEQ ID NO：38，SEQ ID NO：39，SEQ ID NO：40，SEQ IDNO：41，SEQ ID NO：42，SEQ ID NO：43，SEQ ID NO：44，SEQ ID NO：45，SEQ ID NO：46，SEQ IDNO：47，SEQ ID NO：48，SEQ ID NO：49，SEQ ID NO：50，SEQ ID NO：51，SEQ ID NO：52，SEQ IDNO：53，SEQ ID NO：54，SEQ ID NO：55，SEQ ID NO：56，SEQ ID NO：57，SEQ ID NO：58，SEQ IDNO：59，和SEQ ID NO：60。
18.权利要求11所述的方法，其中所述一种或多种靶序列选自由病毒，细菌和真菌核酸组成的组。
19.权利要求11所述的方法，其中所述一种或多种靶序列获自人临床样品。
20.权利要求11所述的方法，其中所述一种或多种靶序列获自动物临床样品。
21.一种包含非干扰性、非消除性靶特异性多核苷酸鉴定标签的多核苷酸序列，所述非干扰性、非消除性靶特异性多核苷酸鉴定标签选自由以下组成的组的序列：SEQ ID NO：1，SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：3，SEQ ID NO：4，SEQ ID NO：5，SEQ ID NO：6，SEQ ID NO：7，SEQID NO：8，SEQ ID NO：9，SEQ ID NO：10，SEQ ID NO：11，SEQ ID NO：12，SEQ ID NO：13，SEQID NO：14，SEQ ID NO：15，SEQ ID NO：16，SEQ ID NO：17，SEQ ID NO：18，SEQ ID NO：19，SEQID NO：20，SEQ ID NO：21，SEQ ID NO：22，SEQ ID NO：23，SEQ ID NO：24，SEQ ID NO：25，SEQID NO：26，SEQ ID NO：27，SEQ ID NO：28，SEQ ID NO：29，SEQ ID NO：30，SEQ ID NO：31，SEQID NO：32，SEQ ID NO：33，SEQ ID NO：34，SEQ ID NO：35，SEQ ID NO：36，SEQ ID NO：37，SEQID NO：38，SEQ ID NO：39，SEQ ID NO：40，SEQ ID NO：41，SEQ ID NO：42，SEQ ID NO：43，SEQID NO：44，SEQ ID NO：45，SEQ ID NO：46，SEQ ID NO：47，SEQ ID NO：48，SEQ ID NO：49，SEQID NO：50，SEQ ID NO：51，SEQ ID NO：52，SEQ ID NO：53，SEQ ID NO：54，SEQ ID NO：55，SEQID NO：56，SEQ ID NO：57，SEQ ID NO：58，SEQ ID NO：59，和SEQ ID NO：60。
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Families Citing this family (28)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN104195227B (zh) 2008-11-07 2017-04-12 适应生物技术公司 通过序列分析监测状况的方法
US9528160B2 (en) 2008-11-07 2016-12-27 Adaptive Biotechnolgies Corp. Rare clonotypes and uses thereof
US8748103B2 (en) 2008-11-07 2014-06-10 Sequenta, Inc. Monitoring health and disease status using clonotype profiles
US9506119B2 (en) 2008-11-07 2016-11-29 Adaptive Biotechnologies Corp. Method of sequence determination using sequence tags
US8628927B2 (en) 2008-11-07 2014-01-14 Sequenta, Inc. Monitoring health and disease status using clonotype profiles
US9365901B2 (en) 2008-11-07 2016-06-14 Adaptive Biotechnologies Corp. Monitoring immunoglobulin heavy chain evolution in B-cell acute lymphoblastic leukemia
EP2387627B1 (en) 2009-01-15 2016-03-30 Adaptive Biotechnologies Corporation Adaptive immunity profiling and methods for generation of monoclonal antibodies
RU2539032C2 (ru) 2009-06-25 2015-01-10 Фред Хатчинсон Кансэр Рисёч Сентер Способ измерения искусственного иммунитета
US10385475B2 (en) 2011-09-12 2019-08-20 Adaptive Biotechnologies Corp. Random array sequencing of low-complexity libraries
AU2012325791B2 (en) 2011-10-21 2018-04-05 Adaptive Biotechnologies Corporation Quantification of adaptive immune cell genomes in a complex mixture of cells
CA2858070C (en) 2011-12-09 2018-07-10 Adaptive Biotechnologies Corporation Diagnosis of lymphoid malignancies and minimal residual disease detection
US9499865B2 (en) 2011-12-13 2016-11-22 Adaptive Biotechnologies Corp. Detection and measurement of tissue-infiltrating lymphocytes
ES2662128T3 (es) 2012-03-05 2018-04-05 Adaptive Biotechnologies Corporation Determinación de cadenas de receptor inmunitario emparejadas a partir de la frecuencia de subunidades coincidentes
ES2582554T3 (es) 2012-05-08 2016-09-13 Adaptive Biotechnologies Corporation Composiciones y método para medir y calibrar el sesgo de la amplificación en reacciones de PCR multiplexadas
CA2886647A1 (en) 2012-10-01 2014-04-10 Adaptive Biotechnologies Corporation Immunocompetence assessment by adaptive immune receptor diversity and clonality characterization
US9708657B2 (en) 2013-07-01 2017-07-18 Adaptive Biotechnologies Corp. Method for generating clonotype profiles using sequence tags
CA2941612A1 (en) 2014-03-05 2015-09-11 Adaptive Biotechnologies Corporation Methods using randomer-containing synthetic molecules
US10066265B2 (en) 2014-04-01 2018-09-04 Adaptive Biotechnologies Corp. Determining antigen-specific t-cells
ES2777529T3 (es) 2014-04-17 2020-08-05 Adaptive Biotechnologies Corp Cuantificación de genomas de células inmunitarias adaptativas en una mezcla compleja de células
US10392663B2 (en) 2014-10-29 2019-08-27 Adaptive Biotechnologies Corp. Highly-multiplexed simultaneous detection of nucleic acids encoding paired adaptive immune receptor heterodimers from a large number of samples
US10246701B2 (en) 2014-11-14 2019-04-02 Adaptive Biotechnologies Corp. Multiplexed digital quantitation of rearranged lymphoid receptors in a complex mixture
EP3224384A4 (en) 2014-11-25 2018-04-18 Adaptive Biotechnologies Corp. Characterization of adaptive immune response to vaccination or infection using immune repertoire sequencing
ES2858306T3 (es) 2015-02-24 2021-09-30 Adaptive Biotechnologies Corp Método para determinar el estado de HLA mediante secuenciación del repertorio inmunitario
WO2016161273A1 (en) 2015-04-01 2016-10-06 Adaptive Biotechnologies Corp. Method of identifying human compatible t cell receptors specific for an antigenic target
CN106795569B (zh) * 2015-07-07 2017-12-05 上海真固生物科技有限公司 减少引物二聚体扩增的方法
US10428325B1 (en) 2016-09-21 2019-10-01 Adaptive Biotechnologies Corporation Identification of antigen-specific B cell receptors
US11254980B1 (en) 2017-11-29 2022-02-22 Adaptive Biotechnologies Corporation Methods of profiling targeted polynucleotides while mitigating sequencing depth requirements
EP3908678A1 (en) 2019-01-10 2021-11-17 Iovance Biotherapeutics, Inc. System and methods for monitoring adoptive cell therapy clonality and persistence

Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN1665938A (zh) * 2002-06-28 2005-09-07 桑蒂翁有限公司 检测序列差异的方法
US20090263813A1 (en) * 2008-04-21 2009-10-22 Roche Molecular Systems, Inc. Ribonucleotide tag nucleic acid detection
WO2012048341A1 (en) * 2010-10-08 2012-04-12 President And Fellows Of Harvard College High-throughput single cell barcoding

Family Cites Families (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP4770163B2 (ja) 2004-12-03 2011-09-14 大日本印刷株式会社 生物情報の解析装置および圧縮装置
WO2007136834A2 (en) * 2006-05-19 2007-11-29 Codon Devices, Inc. Combined extension and ligation for nucleic acid assembly
WO2009049889A1 (en) * 2007-10-16 2009-04-23 Roche Diagnostics Gmbh High resolution, high throughput hla genotyping by clonal sequencing
US8586310B2 (en) * 2008-09-05 2013-11-19 Washington University Method for multiplexed nucleic acid patch polymerase chain reaction
CN102272334B (zh) * 2009-01-13 2014-08-20 关键基因股份有限公司 新基因组测序策略
AU2010232439C1 (en) * 2009-04-02 2017-07-13 Fluidigm Corporation Multi-primer amplification method for barcoding of target nucleic acids
WO2011100617A2 (en) * 2010-02-12 2011-08-18 Life Technologies Corporation Nucleic acid, biomolecule and polymer identifier codes
CN102933721B (zh) * 2010-06-09 2015-12-02 凯津公司 用于高通量筛选的组合序列条形码

Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN1665938A (zh) * 2002-06-28 2005-09-07 桑蒂翁有限公司 检测序列差异的方法
US20090263813A1 (en) * 2008-04-21 2009-10-22 Roche Molecular Systems, Inc. Ribonucleotide tag nucleic acid detection
WO2012048341A1 (en) * 2010-10-08 2012-04-12 President And Fellows Of Harvard College High-throughput single cell barcoding

Non-Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
BINLADEN J等: "The use of coded PCR primers enables high-throughput sequencing of multiple homolog amplification products by 454 parallel sequencing", 《PLOS ONE》, vol. 2, no. 2, pages 1 - 9, XP002732340, DOI: 10.1371/journal.pone.0000197 *
HAMADY M等: "Error-correcting barcoded primers for pyrosequencing hundreds of samples in multiplex", 《 NATURE METHODS》, vol. 5, no. 3, pages 235 - 237, XP055179057, DOI: 10.1038/nmeth.1184 *
张国强: "病原微生物高通量检测方法的研究进展", 《中国免疫学杂志》, vol. 26, no. 9, pages 859 - 863 *

Also Published As

Publication number Publication date
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