CN113825542A

CN113825542A - 精氨酸牙龈蛋白酶抑制剂

Info

Publication number: CN113825542A
Application number: CN202080034237.5A
Authority: CN
Inventors: 小罗伯特·A·加利莫; 安德列·W·康纳迪; 凯西·C·林奇; 史蒂芬·S·多米尼
Original assignee: Cortexyme Inc
Current assignee: Quince Therapeutics Inc
Priority date: 2019-03-21
Filing date: 2020-03-20
Publication date: 2021-12-21
Also published as: EP3941586A4; WO2020191348A1; EP3941586A1; JP2022526897A; CA3134518A1

Abstract

公开了靶向细菌牙龈卟啉单胞菌(Porphyromonas gingivalis)(包括其蛋白酶精氨酸牙龈蛋白酶A和精氨酸牙龈蛋白酶B)的疗法，以及其用于治疗与牙龈卟啉单胞菌感染相关的病症(包括脑部病症，例如阿尔茨海默病)的用途。在某些实施方案中，本发明提供了如本文所述的根据式I、式Ia和式Ib的化合物及其药学上可接受的盐。

Description

精氨酸牙龈蛋白酶抑制剂

相关申请的交叉引用

本申请要求2019年3月21日提交的第62/821,926号美国临时专利申请的优先权，所述申请通过引用以其整体并入本文。

发明背景

细菌牙龈卟啉单胞菌(Porphyromonas gingivalis)的感染与牙周病、阿尔茨海默氏病和其他脑部病症、心血管疾病、糖尿病、癌症、肝脏疾病、肾脏疾病、早产、关节炎、肺炎和其他病症的发展相关。牙龈卟啉单胞菌是厌氧的不解糖革兰氏阴性杆状菌，已知其感染口腔并且全身性易位进入冠状动脉、主动脉、胎盘组织、脑、肾脏和肝脏。也已经在癌组织中鉴定出了所述细菌，并且已经提出了其中牙龈蛋白酶(gingipain)可以引发无限增殖化和转移的机制。参见：Gandhimadhi等人，Journal of Indian Society ofPeriodontology.2010；14(2):114-120；Liao等人，Med Hypotheses,2009.72(6):732-5；Byrne等人，Oral Microbiol Immunol,2009.24(6):469-77；Mahendra等人，J MaxillofacOral Surg,2009.8(2):108-13；Stelzel等人，J Periodontol,2002.73(8):868-70；Katz等人，Journal of Dental Research,2009.88(6):575-578；Poole等人，J Alzheimers Dis,2015,43(1):67-80；Ishikawa等人，Biochim Biophys Acta,2013.1832(12):2035-2043；Inaba等人，Cellular Microbiology,2014.16(1):131-145。

牙龈卟啉单胞菌产生被称为牙龈蛋白酶的蛋白酶，其包括精氨酸牙龈蛋白酶A(RgpA)、精氨酸牙龈蛋白酶B(RgpB)和赖氨酸牙龈蛋白酶(Kgp)。牙龈蛋白酶有助于有机体的许多功能，包括其存活和毒力。牙龈蛋白酶可以通过细菌分泌、运输至牙龈卟啉单胞菌的外膜表面或在外膜囊泡中释放。牙龈蛋白酶降解宽范围的可以导致许多类型细胞的细胞骨架坍塌和细胞凋亡的蛋白质(例如，免疫球蛋白、蛋白酶抑制剂、肌动蛋白和胶原蛋白)。近年的研究表明，牙龈蛋白酶的抑制剂可以预防牙龈卟啉单胞菌诱导的细胞死亡。参见：Travis等人，Adv Exp Med Biol,2000.477:455-65；Sheets等人，Infect Immun,2005.73(3):1543-52；Sheets等人，Infect Immun,2006.74(10):5667-78；Stathopoulou等人，BMCMicrobiol,2009.9:107。

发明概述

本文提供了根据式I的化合物：

及其药学上可接受的盐，其中：

Z选自NH、CH₂和S；

R¹选自H和C_1-4烷基；

R²选自H、-CN、-OH、-OR^2a、-C(O)R^2a和-C(O)OR^2a；

R^2a选自C_1-8烷基、C_6-10芳基和C_7-18芳基烷基；

R³选自C_3-8环烃基、C_3-8烷基、3元至12元杂环基、C_6-10芳基和5元至12元杂芳基，其中R³任选地被一个或多个R^3a取代基取代；

每个R^3a独立地选自卤素、-CN、-NO₂，-N₃、-OH、C_1-4烷基、C_1-4卤代烷基、C_1-4烷氧基、C_1-4卤代烷氧基、–N(R^c)₂、–N⁺(R^b)₃、–(CH₂)_kC(O)R^b、–NR^c(CH₂)_uC(O)R^b、–O(CH₂)_uC(O)R^b、–(CH₂)_kCONR^cR^c、–(CH₂)_kNR^cC(O)R^b、–NR^c(CH₂)_uCONR^cR^c、–NR^c(CH₂)_uNR^cC–(O)R^b、–O(CH₂)_uCONR^cR^c和–O(CH₂)_uNR^cC(O)R^b以及任选取代的三唑基；

每个R^b独立地选自C_1-4烷基、C_1-4卤代烷基和C_1-4氘代烷基；

每个R^c独立地选自H和C_1-8烷基；

每个下标k独立地选自0、1、2、3、4、5和6；

每个下标u独立地选自1、2、3、4、5和6；

R⁴选自-CH₂R^4a和-CHS(O)(R^4b)₂；

R^4a选自-O-R⁵、-SO-R⁶、3元至12元杂环基和5元至12元杂芳基，

其中3元至12元杂环基任选地被一个或多个独立地选自氧代、卤素、C_1-4烷基和C_1-4卤代烷基的成员取代，以及

5元至12元杂芳基任选地被一个或多个独立地选自卤素、C_1-4烷基和C_1-4卤代烷基的成员取代；

每个R^4b独立地选自C_1-8烷基；以及

R⁵和R⁶选自苯基、C_1-8烷基、C_1-8卤代烷基和5元至12元杂芳基，

其中苯基任选地被1-5个卤素取代，以及

其中5元至12元杂芳基任选地被一个或多个卤素、C_1-4烷基或C_1-4卤代烷基取代；

条件是R⁴不是2,3,5,6-四氟苯氧基甲基。

本文还提供了药物组合物，其包含本公开内容的化合物或其药学上可接受的盐以及一种或多种药学上可接受的赋形剂。

还提供了抑制牙龈蛋白酶的方法。所述方法包括使牙龈蛋白酶与有效量的如本文所述的化合物接触。

还提供了治疗与牙龈卟啉单胞菌感染相关的疾病或病况的方法。所述方法包括向有需要的对象施用有效量的如本文所述的化合物或药物组合物。

发明详述

本发明提供了有效的非肽化合物用于抑制精氨酸牙龈蛋白酶。可以将所述化合物用于预防细胞死亡、炎症和各种与牙龈卟啉单胞菌感染相关的疾病中的其他病理，包括衰老相关的病况，例如阿尔茨海默氏病。

I.定义

如本文所用，术语“烷基”，其本身或作为另一取代基的一部分，是指具有所示碳原子数的直链或支链的饱和脂肪族基团。烷基可以包括任意数目的碳，例如C_1-2、C_1-3、C_1-4、C_1-5、C_1-6、C_1-7、C_1-8、C_1-9、C_1-10、C_2-3、C_2-4、C_2-5、C_2-6、C_3-4、C_3-5、C_3-6、C_4-5、C_4-6和C_5-6。例如，C_1-6烷基包括但不限于甲基、乙基、丙基、异丙基、丁基、异丁基、仲丁基、叔丁基、戊基、异戊基、己基等。烷基还可以是指具有多至20个碳原子的烷基，例如，但不限于庚基、辛基、壬基、癸基等。烷基可以是取代的或未取代的。例如，“取代的烷基”基团可以被选自卤素、羟基、氨基、烷基氨基、酰氨基、酰基、硝基、氰基和烷氧基的一个或多个基团取代。

如本文所用，术语“烷氧基”，其本身或作为另一取代基的一部分，是指具有式-OR的基团，其中R是烷基。

如本文所用，术语“环烃基”，其本身或作为另一取代基的一部分，是指含有3个至12个环原子或所示原子数的饱和或部分不饱和的单环、稠合双环或桥接多环组合。环烃基可以包括任意数目的碳，例如C_3-6、C_4-6、C_5-6、C_3-8、C_4-8、C_5-8、C_6-8、C_3-9、C_3-10、C_3-11和C_3-12。饱和的单环环烃基环包括例如环丙基、环丁基、环戊基、环己基和环辛基。饱和的双环和多环环烃基环包括例如降冰片烷、[2.2.2]双环辛烷、十氢化萘和金刚烷。环烃基还可以是部分不饱和的，其在环中具有一个或多个双键或三键。代表性的部分不饱和的环烃基包括但不限于环丁烯、环戊烯、环己烯、环己二烯(1,3-异构体和1,4-异构体)、环庚烯、环庚二烯、环辛烯、环辛二烯(1,3-异构体、1,4-异构体和1,5-异构体)、降冰片烯和降冰片二烯。当环烃基为饱和的单环C_3-8环烃基时，示例性基团包括但不限于环丙基、环丁基、环戊基、环己基、环庚基和环辛基。当环烃基为饱和的单环C_3-6环烃基时，示例性基团包括但不限于环丙基、环丁基、环戊基和环己基。环烃基可以是取代的或未取代的。例如，“取代的环烃基”基团可以被选自卤代、羟基、氨基、烷基氨基、酰氨基、酰基、硝基、氰基和烷氧基的一个或多个基团取代。

如本文所用，术语“亚烷基”是指连接至少两个其他基团的如以上所定义的烷基(即，二价烷基)。连接至亚烷基的两个部分可以与亚烷基的同一碳原子或不同碳原子连接。

如本文所用，术语“杂烷基”，其本身或作为另一取代基的一部分，是指任何适合长度并具有1个至3个杂原子(例如N、O和S)的烷基。例如，杂烷基可以包括醚、硫醚和烷基胺。其他杂原子也可以是可用的，其包括但不限于B、Al、Si和P。可以将杂原子进行氧化以形成例如但不限于-S(O)-和-S(O)₂-的部分。杂烷基的杂原子部分可以替代烷基的氢以形成羟基、硫代或氨基。或者，杂原子部分可以是连接原子或插入两个碳原子之间。

如本文所用，术语“卤代”和“卤素”，其本身或作为另一取代基的一部分，是指氟、氯、溴或碘原子。

如本文所用，术语“卤代烷基”，其本身或作为另一取代基的一部分，是指其中一些或全部氢原子被卤素原子替代的烷基。关于烷基，卤代烷基可以具有任意适合数目的碳原子，例如C_1-8。例如，卤代烷基包括三氟甲基、氟甲基等。在一些情况下，术语“全氟”可以用于限定其中全部氢被氟替代的化合物或基团。例如，全氟甲基是指1,1,1-三氟甲基。

如本文所用，术语“卤代烷氧基”，其本身或作为另一取代基的一部分，是指其中一些或全部氢原子被卤素原子替代的烷氧基。

如本文所用，术语“卤代环烃基”，其本身或作为另一取代基的一部分，是指其中一些或全部氢原子被卤素原子替代的环烃基。

如本文所用，术语“氘代烷基”，其本身或作为另一取代基的一部分，是指其中一些或全部氢原子被氘原子替代的烷基。关于烷基，氘代烷基可以具有任意适合数目的碳原子，例如C_1-8。在一些情况下，术语“全氘代”可以用于定义其中全部氢被氘替代的化合物或基团。

如本文所用，术语“芳基”，其本身或作为另一取代基的一部分，是指具有任意适合数目的碳环原子和任意适合数目的环的芳香族环系统。芳基可以包括任意适合数目的碳环原子，例如C₆、C₇、C₈、C₉、C₁₀、C₁₁、C₁₂、C₁₃、C₁₄、C₁₅或C₁₆以及C_6-10、C_6-12或C_6-14。芳基可以是单环基团的、稠合形成双环基团(例如，苯并环己基)或三环基团，或者通过键连接以形成联芳基。代表性芳基包括苯基、萘基和联苯基。其他芳基包括具有亚甲基连接基团的苄基。一些芳基具有6个至12个环成员，例如苯基、萘基或联苯基。其他芳基具有6个至10个环成员，例如苯基或萘基。一些其他芳基具有6个环成员，例如苯基。芳基可以是取代的或未取代的。例如，“取代的芳基”可以被选自卤素、羟基、氨基、烷基氨基、酰氨基、酰基、硝基、氰基和烷氧基中的一个或多个基团取代。

如本文所用，术语“杂芳基”，其本身或作为另一取代基的一部分，是指含有5个至16个环原子的单环或稠合双环或三环的芳香族环组合，其中所述环原子中的1个至5个是诸如N、O或S的杂原子。其他杂原子也可以是可用的，其包括但不限于B、Al、Si和P。可以将杂原子进行氧化以形成例如但不限于-S(O)-和-S(O)₂-的部分。杂芳基可以包括任意数目的环原子，例如C_5-6、C_3-8、C_4-8、C_5-8、C_6-8、C_3-9、C_3-10、C_3-11或C_3-12，其中碳原子中的至少一个被杂原子替代。杂芳基中可以包括任意适合数目的杂原子，例如1个、2个、3个、4个或5个，或者1个至2个、1个至3个、1个至4个、1个至5个、2个至3个、2个至4个、2个至5个、3个至4个或3个至5个。例如，杂芳基可以是C_5-8杂芳基，其中1至4个碳环原子被杂原子替代；或C_5-8杂芳基，其中1至3个碳环原子被杂原子替代；或C_5-6杂芳基，其中1至4个碳环原子被杂原子替代；或C_5-6杂芳基，其中1至3个碳环原子被杂原子替代。杂芳基可以包括以下基团：例如吡咯、吡啶、咪唑、吡唑、三唑、四唑、吡嗪、嘧啶、哒嗪、三嗪(1,2,3-异构体、1,2,4-异构体和1,3,5-异构体)、噻吩、呋喃、噻唑、异噻唑、噁唑和异噁唑。杂芳基还可以与芳香族环系统(例如苯环)稠合，以形成以下成员：包括但不限于苯并吡咯(例如吲哚和异吲哚)、苯并吡啶(例如喹啉和异喹啉)、苯并吡嗪(喹喔啉)、苯并嘧啶(喹唑啉)、苯并哒嗪(例如酞嗪和噌啉)、苯并噻吩和苯并呋喃。其他杂芳基包括通过键连接的杂芳基环，例如联吡啶。杂芳基可以是取代的或未取代的。例如，“取代的杂芳基”可以被选自卤代、羟基、氨基、烷基氨基、酰氨基、酰基、硝基、氰基和烷氧基中的一个或多个基团取代。

杂芳基可以经由环上的任意位置进行连接。例如，吡咯包括1-吡咯、2-吡咯和3-吡咯，吡啶包括2-吡啶、3-吡啶和4-吡啶，咪唑包括1-咪唑、2-咪唑、4-咪唑和5-咪唑，吡唑包括1-吡唑、3-吡唑、4-吡唑和5-吡唑，三唑包括1-三唑、4-三唑和5-三唑，四唑包括1-四唑和5-四唑，嘧啶包括2-嘧啶、4-嘧啶、5-嘧啶和6-嘧啶，哒嗪包括3-哒嗪和4-哒嗪，1,2,3-三嗪包括4-三嗪和5-三嗪，1,2,4-三嗪包括3-三嗪、5-三嗪和6-三嗪，1,3,5-三嗪包括2-三嗪，噻吩包括2-噻吩和3-噻吩，呋喃包括2-呋喃和3-呋喃，噻唑包括2-噻唑、4-噻唑和5-噻唑，异噻唑包括3-异噻唑、4-异噻唑和5-异噻唑，噁唑包括2-噁唑、4-噁唑和5-噁唑，异噁唑包括3-异噁唑、4-异噁唑和5-异噁唑，吲哚包括1-吲哚、2-吲哚和3-吲哚，异吲哚包括1-异吲哚和2-异吲哚，喹啉包括2-喹啉、3-喹啉和4-喹啉，异喹啉包括1-异喹啉、3-异喹啉和4-异喹啉，喹唑啉包括2-喹唑啉和4-喹唑啉，噌啉包括3-噌啉和4-噌啉，苯并噻吩包括2-苯并噻吩和3-苯并噻吩，并且苯并呋喃包括2-苯并呋喃和3-苯并呋喃。

一些杂芳基包括具有5个至10个环成员和1个至3个包括N、O或S的环原子的那些杂芳基，例如吡咯、吡啶、咪唑、吡唑、三唑、吡嗪、嘧啶、哒嗪、三嗪(1,2,3-异构体、1,2,4-异构体和1,3,5-异构体)、噻吩、呋喃、噻唑、异噻唑、噁唑、异噁唑、吲哚、异吲哚、喹啉、异喹啉、喹喔啉、喹唑啉、酞嗪、噌啉、苯并噻吩和苯并呋喃。其他杂芳基包括具有5个至8个环成员和1个至3个杂原子的那些杂芳基，例如吡咯、吡啶、咪唑、吡唑、三唑、吡嗪、嘧啶、哒嗪、三嗪(1,2,3-异构体、1,2,4-异构体和1,3,5-异构体)、噻吩、呋喃、噻唑、异噻唑、噁唑和异噁唑。一些其他杂芳基包括具有9个至12个环成员和1个至3个杂原子的那些杂芳基，例如吲哚、异吲哚、喹啉、异喹啉、喹喔啉、喹唑啉、酞嗪、噌啉、苯并噻吩、苯并呋喃和联吡啶。其他杂芳基包括具有5个至6个环成员和1个至2个包括N、O或S的环原子的那些杂芳基，例如吡咯、吡啶、咪唑、吡唑、吡嗪、嘧啶、哒嗪、噻吩、呋喃、噻唑、异噻唑、噁唑和异噁唑。

一些杂芳基包括5个至10个环成员和仅有的氮杂原子，例如吡咯、吡啶、咪唑、吡唑、三唑、吡嗪、嘧啶、哒嗪、三嗪(1,2,3-异构体、1,2,4-异构体和1,3,5-异构体)、吲哚、异吲哚、喹啉、异喹啉、喹喔啉、喹唑啉、酞嗪和噌啉。其他杂芳基包括5个至10个环成员和仅有的氧杂原子，例如呋喃和苯并呋喃。一些其他杂芳基包括5个至10个环成员和仅有的硫杂原子，例如噻吩和苯并噻吩。其他杂芳基包括5个至10个环成员和至少两个杂原子，例如咪唑、吡唑、三唑、吡嗪、嘧啶、哒嗪、三嗪(1,2,3-异构体、1,2,4-异构体和1,3,5-异构体)、噻唑、异噻唑、噁唑、异噁唑、喹喔啉、喹唑啉、酞嗪和噌啉。

如本文所用，术语“杂环基”，其本身或作为另一取代基的一部分，是指具有3个至12个环成员和N、O和S中的1个至4个杂原子的饱和环系统。其他杂原子也可以是可用的，其包括但不限于B、Al、Si和P。可以将杂原子进行氧化以形成例如但不限于-S(O)-和-S(O)₂-的部分。杂环基可以包括任意数目的环原子，例如C_3-6、C_4-6、C_5-6、C_3-8、C_4-8、C_5-8、C_6-8、C_3-9、C_3-10、C_3-11或C_3-12，其中至少一个碳原子被杂原子替代。任意适合数目的碳环原子可以被杂环基中的杂原子替代，例如1个、2个、3个或4个，或者1个至2个、1个至3个、1个至4个、2个至3个、2个至4个或3个至4个。杂环基可以包括以下基团：例如氮杂环丙烷、氮杂环丁烷、吡咯烷、哌啶、氮杂环庚烷、氮杂环辛烷、奎宁环、吡唑烷、咪唑烷、哌嗪(1,2-异构体、1,3-异构体和1,4-异构体)、环氧乙烷、氧杂环丁烷、四氢呋喃、氧杂环己烷(四氢吡喃)、氧杂环庚烷、硫杂环丙烷、硫杂环丁烷、硫杂环戊烷(四氢噻吩)、硫杂环己烷(四氢噻喃)、噁唑烷、异噁唑烷、噻唑烷、异噻唑烷、二氧戊环、二硫戊环、吗啉、硫代吗啉、二噁烷或二噻烷。杂环基还可以与芳香族环系统或非芳香族环系统稠合以形成包括但不限于二氢吲哚的成员。杂环基可以是未取代的或取代的。例如，“取代的杂环基”可以被选自卤代、羟基、氨基、氧代、烷基氨基、酰氨基、酰基、硝基、氰基和烷氧基的一个或多个基团取代。

杂环基可以经由环上的任意位置进行连接。例如，氮杂环丙烷可以为1-氮杂环丙烷或2-氮杂环丙烷，氮杂环丁烷可以为1-氮杂环丁烷或2-氮杂环丁烷，吡咯烷可以为1-吡咯烷、2-吡咯烷或3-吡咯烷，哌啶可以为1-哌啶、2-哌啶、3-哌啶或4-哌啶，吡唑烷可以为1-吡唑烷、2-吡唑烷、3-吡唑烷或4-吡唑烷，咪唑烷可以为1-咪唑烷、2-咪唑烷、3-咪唑烷或4-咪唑烷，哌嗪可以为1-哌嗪、2-哌嗪、3-哌嗪或4-哌嗪，四氢呋喃可以为1-四氢呋喃或2-四氢呋喃，噁唑烷可以为2-噁唑烷、3-噁唑烷、4-噁唑烷或5-噁唑烷，异噁唑烷可以为2-异噁唑烷、3-异噁唑烷、4-异噁唑烷或5-异噁唑烷，噻唑烷可以为2-噻唑烷、3-噻唑烷、4-噻唑烷或5-噻唑烷，异噻唑烷可以为2-异噻唑烷、3-异噻唑烷、4-异噻唑烷或5-异噻唑烷，并且吗啉可以为2-吗啉、3-吗啉或4-吗啉。

当杂环基包括3个至8个环成员和1个至3个杂原子时，代表性成员包括但不限于吡咯烷、哌啶、四氢呋喃、氧杂环己烷、四氢噻吩、硫杂环己烷、吡唑烷、咪唑烷、哌嗪、噁唑烷、异噁唑烷、噻唑烷、异噻唑烷、吗啉、硫代吗啉、二噁烷和二噻烷。杂环基还可以形成具有5个至6个环成员和1个至2个杂原子的环，代表性成员包括但不限于吡咯烷、哌啶、四氢呋喃、四氢噻吩、吡唑烷、咪唑烷、哌嗪、噁唑烷、异噁唑烷、噻唑烷、异噻唑烷和吗啉。

如本文所用，术语“羰基”，其本身或作为另一取代基的一部分，是指-C(O)-，即与氧双键键合并且与具有羰基的部分中的两个其他基团键合的碳原子。

如本文所用，术语“氨基”是指-NR₂部分，其中各个R基团为H或烷基。氨基部分可以电离形成相应的铵阳离子。

如本文所用，术语“磺酰基”是指-SO₂R部分，其中R基团是烷基、卤代烷基或芳基。氨基部分可以被电离形成相应的铵阳离子。“烷基磺酰基”是指氨基部分，其中R基团是烷基。

如本文所用，术语“羟基”是指-OH部分。

如本文所用，术语“氰基”是指与氮原子三键键合的碳原子(即，-C≡N部分)。

如本文所用，术语“羧基”是指-C(O)OH部分。羧基部分可以被电离形成相应的羧酸根阴离子。

如本文所用，术语“酰氨基”是指是指-NRC(O)R或-C(O)NR₂部分，其中各个R基团为H或烷基。。

如本文所用，术语“硝基”是指-NO₂部分。

如本文所用，术语“氧代”是指与化合物双键键合的氧原子(即，O＝)。

通常，术语“取代的”，无论在前面是否存在术语“任选地”，都意指指定部分的一个或多个氢被合适的取代基代替。除非另有说明，否则“任选取代的”基团可在该基团的每个可取代位置上具有合适的取代基，并且当任何给定结构中的多于一个的位置可以被选自指定基团中的多于一个的取代基取代时，该取代基在每个位置都可以相同或不同。取代基的组合通常是导致形成稳定的或化学上可行的化合物的那些组合。如本文所用，术语“稳定的”是指当化合物经受允许其生产、检测以及在某些实施方案中允许其回收、纯化以及用于本文公开的一种或多种目的的条件时，该化合物基本上不改变。通常，本文所用的“取代的”不包括关键官能团的代替和/或改变，通过该关键官能团识别分子，例如使得“取代的”官能团通过取代而变为不同的官能团。例如，“取代的苯基”基团必须还包含苯基部分，并且不能通过取代而被修改(在此定义中)为例如环己基。

在“任选取代的”基团的可取代的碳原子上的适合的单价取代基的实例独立地为卤素；-(CH₂)_0-4R^α；-(CH₂)_0-4OR^α；-O(CH₂)_0-4R^α、-O-(CH₂)_0-4C(O)OR^α；-(CH₂)_0-4CH(OR^α)₂；-(CH₂)_0-4SR^α；-(CH₂)_0-4Ph，其中Ph是可被R^α取代的苯基；-(CH₂)_0-4O(CH₂)_0-1苯基，其中苯基可被R^α取代；-CH＝CHPh，其中Ph是可被R^α取代的苯基；-(CH₂)_0-4O(CH₂)_0-1-Py，其中Py是可被R^α取代的吡啶基；–NO₂；–CN；–N₃；–(CH₂)_0-4N(R^α)₂；–(CH₂)_0-4N(R^α)C(O)R^α；–N(R^α)C(S)R^α；-(CH₂)_0-4N(R^α)C(O)NR^α ₂；–N(R^α)C(S)NR^α ₂；–(CH₂)_0-4N(R^α)C(O)OR^α；–N(R^α)N(R^α)C(O)R^α；-N(R^α)N(R^α)C(O)NR^α ₂；–N(R^α)N(R^α)C(O)OR^α；–(CH₂)_0-4C(O)R^α；–C(S)R^α；-(CH₂)_0-4C(O)OR^α；–(CH₂)_0-4C(O)SR^α；–(CH₂)_0-4C(O)OSiR^α ₃；–(CH₂)_0-4OC(O)R^α；-OC(O)(CH₂)_0-4SR-SC(S)SR^α；–(CH₂)_0-4SC(O)R^α；–(CH₂)_0-4C(O)NR^α ₂；–C(S)NR^α ₂,–C(S)SR^α；-SC(S)SR^α,–(CH₂)_0-4OC(O)NR^α ₂；–C(O)N(OR^α)R^α；–C(O)C(O)R^α；–C(O)CH₂C(O)R^α；-C(NOR^α)R^α；–(CH₂)_0-4SSR^α；–(CH₂)_0-4S(O)₂R^α；–(CH₂)_0-4S(O)₂OR^α；–(CH₂)_0-4OS(O)₂R^α；-S(O)₂NR^α ₂；–(CH₂)_0-4S(O)R^α；–N(R^α)S(O)₂NR^α ₂；–N(R^α)S(O)₂R^α；–N(OR^α)R^α；–C(NH)NR^α ₂；-P(O)₂R^α；–P(O)R^α ₂；–OP(O)R^α ₂；–OP(O)(OR^α)₂；–SiR^α ₃；-(C_1-4直链或支链的)亚烷基)-O-N(R^α)₂；或-(C_1-4直链或支链的)亚烷基)C(O)O-N(R^α)₂。每个R^α独立地为氢；C_1-8烷基；-CH₂Ph、-O(CH₂)_0-1Ph；-CH₂-(5元至6元杂芳基)；C_3-8环烷基；C_6-10芳基；4元至10元杂环基；或6元至10元杂芳基；并且每个R^α可以如下所述进一步被取代。

R^α上的适合单价取代基的实例独立地为卤素、-(CH₂)_0-2R^β；-(CH₂)_0-2OH；-(CH₂)_0-2OR^β；-(CH₂)_0-2CH(OR^β)₂；-CN；-N₃；-(CH₂)_0-2C(O)R^β；-(CH₂)_0-2C(O)OH；-(CH₂)_0-2C(O)OR^β；-(CH₂)_0- ₂SR^β；-(CH₂)_0-2SH；-(CH₂)_0-2NH₂、-(CH₂)_0-2NHR^β；-(CH₂)_0-2NR^β ₂；-NO₂；SiR^β ₃；-OSiR^β ₃；-C(O)SR^β；-(C_1-4直链或支链的亚烷基)C(O)OR^β；或-SSR^β；其中每个R^β独立地选自C_1-4烷基；-CH₂Ph；-O(CH₂)_0-1Ph；C_3-8环烷基；C_6-10芳基；4元至10元杂环基；或6元至10元杂芳基。R^α的饱和碳原子上的适合二价取代基包括＝O和＝S。

在“任选取代的”基团的饱和碳原子上的适合二价取代基的实例包括以下：＝O；＝S；＝NNR^γ ₂；＝NNHC(O)R^γ；＝NNHC(O)OR^γ；＝NNHS(O)₂R^γ；＝NR^γ；＝NOR^γ；-O(C(R^γ ₂))_2-3O-；或-S(C(R^γ ₂))_2-3S-；其中每个独立出现的R^γ选自氢；C_1-8烷基，其可以如下定义被取代；C_3-8环烷基；C_6-10芳基；4元至10元杂环基；或6-至10-元杂芳基。键合到“任选取代的”基团的邻位可取代碳上的合适二价取代基包括：-O(CR^β ₂)_2-3O-；其中每个独立出现的R^β选自氢；可以如下定义的被取代的C_1-8烷基；C_3-8环烷基；C_6-10芳基；4元至10元杂环基；或6元至10元杂芳基。

R^γ的烷基上的适合取代基的实例包括卤素；-R^δ；-OH；-OR^δ；-CN；-C(O)OH；-C(O)OR^δ；-NH₂；-NHR^δ；-NR^δ ₂；或-NO₂；其中每个R^δ独立地为C_1-4烷基；-CH₂Ph；-O(CH₂)_0-1Ph；4元至10元杂环基；或6元至10元杂芳基。

在“任选取代的”基团的可取代氮上的适合取代基的实例包括–R^ε；-NR^ε ₂；-C(O)R^ε；-C(O)OR^ε；-C(O)C(O)R^ε；-C(O)CH₂C(O)R^ε；-S(O)₂R^ε；-S(O)₂NR^ε ₂；-C(S)NR^ε ₂；-C(NH)NR^ε ₂；或-N(R^ε)S(O)₂R^ε；其中每个R^ε独立地为氢；可以如下定义的被取代的C_1-8烷基；C_3-8环烷基；C_6-10芳基；4元至10元杂环基；或6元至10元杂芳基。

R^ε的烷基上的适合取代基的实例独立地为卤素；-R^δ；-OH；-OR^δ；-CN；-C(O)OH；-C(O)OR^δ；-NH₂；-NHR^δ；-NR^δ ₂；或-NO₂；其中每个R^δ独立地为C_1-4烷基；-CH₂Ph；-O(CH₂)_0-1Ph；C_6-10芳基；4元至10元杂环基；或6元至10元杂芳基。

如本文所用，术语“药学上可接受的赋形剂”是指协助将活性剂施用至对象的物质。关于“药学上可接受的”，其意指赋形剂与制剂中的其他成分是相容的并且对于其接受者是无害的。可用的药物赋形剂包括但不限于粘合剂、填充剂、崩解剂、润滑剂、助流剂、涂料、甜味剂、调味剂和着色剂。

如本文所用，术语“盐”是指本公开内容的化合物的酸式盐或碱式盐。药学上可接受的盐的示例性实例为矿物酸(盐酸、氢溴酸、磷酸等)盐、有机酸(乙酸、丙酸、谷氨酸、柠檬酸等)盐和季铵(碘甲烷、碘乙烷等)盐。应理解，药学上可接受的盐是无毒的。

本文所述的酸性化合物的药学上可接受的盐为用碱形成的盐，即诸如碱金属盐和碱土金属盐的阳离子盐(例如钠盐、锂盐、钾盐、钙盐和镁盐)；以及铵盐(例如铵盐、三甲基铵盐、二乙基铵盐和三-(羟甲基)-甲基-铵盐)。

类似地，酸加成盐也可能提供碱性基团(例如吡啶基)构成结构的一部分，所述酸加成盐例如矿物酸、有机羧酸和有机磺酸的加成盐，所述酸例如盐酸、甲磺酸、马来酸。

化合物的中性形式可以通过使盐与碱或酸接触以及以常规方式分离母体化合物进行再生。化合物的母体形式在某些物理性质上不同于各种盐形式，例如在极性溶剂中的溶解度，但是对于本公开内容的目的，所述盐等同于化合物的母体形式。

除了盐形式之外，提供了为前药形式的化合物。本文所述化合物的前药是在生理条件下容易进行化学变化以提供母体化合物的那些化合物。此外，前药可以在离体环境中通过化学或生物化学方法转化成母体化合物。例如，当将前药放入具有适合的酶或化学试剂的经皮贴剂储库中时，可以将前药缓慢转化成母体化合物。

如本文所用，术语“牙龈卟啉单胞菌(Porphyromonas gingivalis/P.gingivalis)”是指革兰氏阴性不解糖细菌，其被认为是牙周炎和相关病况的发病机理中的关键病因微生物。“牙龈卟啉单胞菌感染”是指牙龈卟啉单胞菌在身体组织(例如牙龈或脑)中的侵袭和定植。牙龈卟啉单胞菌感染的特征经常在于随后的组织损伤和疾病。

如本文所用，术语“牙龈蛋白酶”是指由具有胰蛋白酶样特异性(即，Lys-Xaa和Arg-Xaa)的牙龈卟啉单胞菌表达的半胱氨酸蛋白酶。牙龈蛋白酶被认为是牙龈卟啉单胞菌的主要毒力因子并且有助于细菌附着和定植、营养获取、宿主防御的逃避以及组织侵袭。术语“精氨酸牙龈蛋白酶”和“Rgp”是可互换使用的，是指根据EC编号EC 3.4.22.37分类的牙龈卟啉单胞菌精氨酸特异性牙龈蛋白酶RgpA和RgpB。rgpA和rgpB基因翻译产物，即RgpA和RgpB，共享半胱天冬酶(caspase)样蛋白酶结构域(对Arg-Xaa肽键有特异性)和免疫球蛋白样结构域。在RgpA中，蛋白酶和免疫球蛋白样结构域之后是含有血凝素-粘附素结构域的大的C-末端延伸。

如本文所用，术语“抑制”是指降低例如牙龈蛋白酶的酶的活性水平(例如蛋白水解活性)，其可以例如使用体外测定法或其他合适的测定法来评估。由特定物质(例如，本文所述的牙龈蛋白酶抑制剂)引起的酶活性的抑制可以表示为在相似条件下在不存在该物质的情况下测量的酶活性的百分比。特定物质抑制酶的能力可以表示为IC₅₀值，即，将酶的活性降低至其最大活性的50％时所需的化合物浓度。

如本文所用，术语“治疗(treat)”、“治疗(treatment)”和“治疗(treating)”是指治疗或改善损伤、病理、病况或症状(例如，认知损害)时成功的任何标志，其包括任何客观参数或主观参数，例如症状的减轻；缓解；减弱或使症状、损伤、病理或病况对于患者而言是更加可容忍的；降低症状进展的速率；减少症状或病况的频率或持续时间；或者，在一些情况中，预防症状发作。症状的治疗或改善可以基于任何客观参数或主观参数；包括例如身体检查的结果。

如本文所用，术语“有效量”和“治疗有效量”是指施用时化合物如Rgp抑制剂抑制牙龈蛋白酶的活性和/或产生治疗效果的的剂量。精确剂量将取决于治疗目的，并且将是本领域技术人员使用已知技术可确定的(参见，例如，Lieberman,Pharmaceutical DosageForms(第1-3卷，1992)；Lloyd,The Art,Science and Technology of PharmaceuticalCompounding(1999)；Pickar,Dosage Calculations(1999)；Goodman & Gilman’s ThePharmacological Basis of Therapeutics，第11版，2006,Brunton，编辑，McGraw-Hill；以及Remington:The Science and Practice of Pharmacy，第21版，2005,Hendrickson，编辑，Lippincott,Williams和Wilkins)。

如本文所用，术语“阿尔茨海默氏病”是指人和其他哺乳动物的中枢神经系统的进行性疾病。其表现为痴呆(尤其是在老年人中)；定向障碍；记忆丧失；语言、计算或视觉空间能力的困难；以及精神病表现。阿尔茨海默氏病与进行性神经变性和特征病理学(即β淀粉样蛋白斑块和tau缠结)相关。

如本文所用，术语“对象”是指动物(例如哺乳动物)，其包括但不限于灵长类(例如，人)、牛、绵羊、山羊、马、狗、猫、兔、大鼠、小鼠等。

II.牙龈蛋白酶抑制剂

本文提供了根据式I的化合物：

及其药学上可接受的盐，其中：

Z选自NH、CH₂和S；

R¹选自H和C_1-4烷基；

R²选自H、-CN、-OH、-OR^2a、-C(O)R^2a和-C(O)OR^2a；

R^2a选自C_1-8烷基、C_6-10芳基和C_7-18芳基烷基；

R³选自C_3-8环烷基、C_3-8烷基、3元至12元杂环基、C_6-10芳基和5元至12元杂芳基，其中R³任选地被一个或多个R^3a取代基取代；

每个R^3a独立地选自卤素、–CN、–NO₂、–N₃、–OH、C_1-4 alkyl、C_1-4卤代烷基、C_1-4烷氧基、C_1-4卤代烷氧基、–N(R^c)₂、–N⁺(R^b)₃、–(CH₂)_kC(O)R^b、–NR^c(CH₂)_uC(O)R^b、–O(CH₂)_uC(O)R^b、–(CH₂)_kCONR^cR^c、–(CH₂)_kNR^cC(O)R^b、–NR^c(CH₂)_uCONR^cR^c、–NR^c(CH₂)_uNR^cC–(O)R^b、–O(CH₂)_uCONR^cR^c和–O(CH₂)_uNR^cC(O)R^b以及任选取代的三唑基；

每个R^b独立地选自C_1-4烷基、C_1-4卤代烷基和C_1-4氘代烷基；

每个R^c独立地选自H和C_1-8烷基；

每个下标k独立地选自0、1、2、3、4、5和6；

每个下标u独立地选自1、2、3、4、5和6；

R⁴选自-CH₂R^4a和-CHS(O)(R^4b)₂；

R^4a选自-O-R⁵、-SO-R⁶、3元至12元杂环基和5元至12元杂芳基，

每个R^4b独立地选自C_1-8烷基；以及

R⁵和R⁶选自苯基、C_1-8烷基、C_1-8卤代烷基以及5元至12元杂芳基，

其中苯基任选地被1-5个卤素取代，以及

条件是R⁴不是2,3,5,6-四氟苯氧基甲基。

在一些实施方案中，R²是H。在一些实施方案中，R²是-CN。在一些实施方案中，R²选自-OR^2a、-C(O)R^2a和-C(O)OR^2a。在一些实施方案中，R^2a为芳基烷基(例如，苄氧基)，其任选地被一个或多个选自以下的取代基取代：卤素、-CN、-NO₂、-N₃、-OH、C_1-4烷基、C_1-4卤代烷基，C_1-4烷氧基、C_1-4卤代烷氧基和-C(O)R^2b，其中R^2b是C_1-8烷基或C_6-10芳基。在一些实施方案中，R²是取代或未取代的苄氧基羰基(例如，(4-苯甲酰基)苄基-氧基羰基)。在一些实施方案中，其中R²是CN、-OH、-OR^2a、-C(O)R^2a或-C(O)OR^2a的化合物可用作转化成其中R²是H的相应化合物的前药(例如，在向对象施用时)。

本公开内容的一些实施方案提供了具有根据式Ia的结构的化合物：

及其药学上可接受的盐。

本公开内容的一些实施方案提供了具有根据式Ib的结构的化合物：

及其药学上可接受的盐。

在一些实施方案中，式I、式Ia或式Ib化合物中的R³选自C_3-8环烷基、C_3-8烷基、C_6-10芳基、5元至12元杂芳基和3元至12元杂环基，其各自任选地被一个或多个R^3a取代基取代。例如，R³可以是环丙基、环丁基、环戊基、环己基、环庚基或环辛基。R³可以是正丙基、异丙基、正丁基、异丁基、仲丁基、叔丁基、正戊基、支链戊基、正己基、支链己基、正庚基、支链庚基、正辛基或支链辛基。

在一些实施方案中，R³是C_3-8烷基，其任选地被一个或多个R^3a取代。在一些实施方案中，R³选自C_3-8环烷基和5元至12元杂芳基。在一些实施方案中，R³选自未取代或取代的环丁基、未取代或取代的环戊基和未取代或取代的环己基。在一些实施方案中，R³是未取代或取代的异丙基。

在一些实施方案中，R³选自未取代或取代的苯基和未取代或取代的萘基。在一些实施方案中，R³选自未取代或取代的吡咯基、未取代或取代的吡啶基、未取代或取代的咪唑基、未取代或取代的吡唑基、未取代或取代的三唑基、未取代或取代的吡嗪基、未取代或取代的三嗪基、未取代或取代的吲哚基、未取代或取代的异吲哚基和未取代或取代的喹啉基。

在一些实施方案中，R³选自环戊基和苯基，其各自任选地被一个或多个R^3a取代基取代。在一些这样的实施方案中，每个R^3a独立地选自卤素、-N₃、C_1-4烷基、C_1-4卤代烷基、C_1-4烷氧基、C_1-4卤代烷氧基和-NR^cc(O)R^b。在一些实施方案中，R³是环戊基。

在一些实施方案中，R³选自异丙基、环戊基、苯基、吡啶-2-基、吡啶-3-基和吡啶-4-基，其各自任选地被一个或多个R^3a取代基取代。在一些这样的实施方案中，每个R^3a独立地选自卤素、-N₃、C_1-4烷基、C_1-4卤代烷基、C_1-4烷氧基、C_1-4卤代烷氧基、C_1-4烷氧基、C_1-4卤代烷氧基、-N(R^c)₂、-N⁺(R^b)₃和-NR^cc(O)R^b。

在一些实施方案中，R³和其所连接的羰基部分形成氨基酸残基。如本文所用，术语“氨基酸残基”是指其中基团R³C(O)-具有以下结构的部分：

其中R表示天然存在的氨基酸的侧链(例如丙氨酸侧链、精氨酸侧链、天冬酰胺侧链、天冬氨酸侧链、半胱氨酸侧链、谷氨酰胺侧链、谷氨酸侧链、甘氨酸侧链、组氨酸侧链、异亮氨酸侧链、亮氨酸侧链、赖氨酸侧链，甲硫氨酸侧链、苯丙氨酸侧链、脯氨酸侧链、硒代半胱氨酸侧链、丝氨酸侧链、苏氨酸侧链、色氨酸侧链、酪氨酸侧链或缬氨酸侧链)或非天然存在的氨基酸的侧链(例如叠氮基高丙氨酸侧链、炔丙基甘氨酸侧链、对乙酰苯丙氨酸侧链等)；R’是氢、C_1-6烷基、C_2-6酰基(例如，乙酰基)或如本文所述的胺保护基团；以及波浪线表示从氨基酸残基到分子其余部分的连接点。在一些实施方案中，基团R³C(O)-形成L-或D-丙氨酸残基、L-或D-精氨酸残基、L-或D-天冬酰胺残基、L-或D-天冬氨酸残基、L-或D-半胱氨酸残基、L-或D-谷氨酰胺残基、L-或D-谷氨酸残基、L-或D-甘氨酸残基、L-或D-组氨酸残基、L-或D-异亮氨酸残基、L-或D-亮氨酸残基、L-或D-赖氨酸残基、L-或D-甲硫氨酸残基、L-或D-苯丙氨酸残基、L-或D-脯氨酸残基、L-或D-硒代半胱氨酸残基、L-或D-丝氨酸残基、L-或D-苏氨酸残基、L-或D-色氨酸残基、L-或D-酪氨酸残基或者L-或D-缬氨酸残基，其各自任选地包含N-乙酰基(例如，其中如上所述的R’是CH₃C(O)-)。

在一些实施方案中，式I、式Ia或式Ib的化合物中的R⁴是-CH₂OR⁵，并且R⁵是C_1-8卤代烷基。在这样的实施方案中，R⁵可以是例如氯甲基，二氯甲基，三氯甲基，氟甲基，二氟甲基，三氟甲基，2,2,2-三氯乙基，2,2,2-三氟乙基，五氯乙基，五氟乙基，1,1,1,3,3,3-六氯丙基，1,1,1,3,3,3-六氟丙基等。在一些实施方案中，R⁴选自2,2,2-三氟乙氧基和1,1,1,3,3,3-六氟异丙氧基。在一些这样的实施方案中，R³选自(2-甲氧基)丙-2-基，未取代的苯基，被一个或多个卤素、-N₃、C_1-4卤代烷氧基和/或-NR^cC(O)R^b取代的苯基，未取代的吡啶基和被一个或多个卤素、-N(R^c)₂和/或-N⁺(R^b)₃取代的吡啶基。

在一些实施方案中，式I、式Ia或式Ib的化合物中的R⁴是-CH₂OR⁵，并且R⁵是3元至12元杂环基或5元至12元杂芳基，其各自任选地被一个或多个卤素、C_1-4烷基或C_1-4卤代烷基取代。在一些实施方案中，杂环基或杂芳基任选地被一个或多个卤素、C_1-3烷基或C_1-3卤代烷基取代。R⁵可以是，例如，异噁唑基、噁唑基、咪唑基、吡唑基、吡啶基、噁嗪基、嘧啶基、吡嗪基、哒嗪基。在一些实施方案中，R⁴是-O-R⁵并且R⁵选自吡啶-2-基、吡啶-3-基、吡啶-4-基、异噁唑-3-基、异噁唑-4-基、异噁唑-5-基、嘧啶-2-基、嘧啶-4-基、嘧啶-5-基和嘧啶-6-基。在一些实施方案中，R⁴是-O-R⁵并且R⁵选自异噁唑-3-基、吡啶-3-基、吡啶-4-基、2,6-二甲基吡啶-5-基和2-甲基嘧啶-5-基。在一些实施方案中，R⁴是-O-R⁵，R⁵选自异噁唑-3-基、吡啶-3-基、吡啶-4-基、2,6-二甲基吡啶-5-基和2-甲基嘧啶-5-基，并且R³选自(2-甲氧基)丙-2-基，未取代的苯基，被一个或多个卤素、-N₃、C_1-4卤代烷氧基和/或-NR^cC(O)R^b取代的苯基，未取代的吡啶基和被一个或多个卤素、-N(R^c)2和/或-N⁺(R^b)₃取代的吡啶基。

在一些实施方案中，式I、式Ia或式Ib的化合物中的R⁴是-CH₂OR⁵，并且R⁵是苯基，其任选地被1-5个卤素取代。在一些实施方案中，式I、式Ia或式Ib的化合物中的R⁵选自2-氟苯氧基；3-氟苯氧基；4-氟苯氧基；2,3-二氟苯氧基；2,4-二氟苯氧基；2,5-二氟苯氧基；2,6-二氟苯氧基；3,4-二氟苯氧基；3,5-二氟苯氧基；2,3,6-三氟苯氧基；和2,3,5-三氟苯氧基。在一些这样的实施方案中，R^5a选自2-氟苯氧基；3-氟苯氧基；2,3-二氟苯氧基；2,5-二氟-苯氧基；2，6-二氟苯氧基；3，5-二氟苯氧基；2,3,6-三氟苯氧基；和2,3,5-三氟苯氧基。在一些这样的实施方案中，R⁵选自2，6-二氟苯氧基和2,3,6-三氟苯氧基。在一些这样的实施方案中，R³选自(2-甲氧基)丙-2-基，未取代的苯基，被一个或多个卤素、-N₃、C_1-4卤代烷氧基和/或-NR^cC(O)R^b取代的苯基，未取代的吡啶基和被一个或多个卤素、-N(R^c)₂和/或-N+(R^b)₃取代的吡啶基。

在一些实施方案中，所述化合物选自：

及其药学上可接受的盐。

在一些实施方案中，所述化合物选自：

及其药学上可接受的盐。

根据本公开内容的化合物可以如在以下方案中概述和以下所述制备。如方案1中所示，可以在有机溶剂(例如DMF)中用羧酸R³CO₂H、外消旋抑制剂(例如HOBt)和脱水剂(例如EDAC)处理受保护的鸟氨酸起始材料(i)，产生酰胺(ii)。或者，可以在有机溶剂(例如CH₂Cl₂)中用R³COX(其中X是离去基团(例如氯化物))和有机碱(例如Et₃N)处理受保护的鸟氨酸，产生酰胺(ii)。多种可应用的羧酸(R³CO₂H)及其衍生物(R³COX)可商购获得，或者可以根据已知的方法制备。酰胺(ii)可以通过各种途径转化为受保护的酮(iii)。在一个非限制性实例中，使用强碱如NaOH水解酰胺。然后使所得羧酸与ClCO₂Et、叔胺和重氮甲烷反应以形成重氮甲基酮，然后可以用HBr处理重氮甲基酮以提供溴甲基酮。在另一个顺序中，可以使用ClCH₂I和LiN(iPr)₂在一个步骤中将-OR部分转化成氯甲基。溴甲基酮和氯甲基酮可以与在DMF中的取代的酚和KF加热以提供芳氧基甲基酮(iii)。在另一个非限制性实例中，溴甲基酮或氯甲基酮用在DMF中的异噁唑-5-酮和KF处理以提供异噁唑氧基甲基酮(iii)。酮(iii)可以在与氨基甲酰亚胺基硫酯(carbamimidothioate)(vi)反应之前被还原(例如使用硼氢化钠)成相应的醇(v)以产生胍中间体(vii)。胍中间体(vii)(例如用戴斯-马丁高碘烷)的氧化和所得酮(viii)的脱保护产生产物(ix)。作为氨基甲酰亚胺基硫酯(vi)的替代方案，可以使用二氰胺或其盐(例如，二氰基氨基钠)以提供其中R²是氰基的中间体和/或产物。其中R²是H的化合物可以经由以上述方式用化合物R^2aCO₂H或R^2aOCO₂H或活化衍生物R^2aCOX或R^2aOCOX处理转化为其中R²是例如-C(O)R^2a或-C(O)OR^2a的化合物。

方案1

如本文所用，术语“保护基团”是指使官能团(例如，氨基)变为非反应性的但是还可去除以便恢复氨基的化学部分。保护基团的实例包括但不限于苄氧基羰基(Z或Cbz)、9-芴基甲氧基羰基(Fmoc)、叔丁氧基羰基(Boc)、烯丙氧基羰基(Alloc)；对甲苯磺酰基(Tos)；2,2,5,7,8-五甲基苯并二氢吡喃-6-磺酰基(Pmc)；2,2,4,6,7-五甲基-2,3-二氢苯并呋喃-5-磺酰基(Pbf)；莱基(mesityl)-2-磺酰基(Mts)；4-甲氧基-2,3,6-三甲基苯基磺酰基(Mtr)；乙酰氨基；苯二酰亚氨基等。其他保护基团对于本领域技术人员是已知的，其包括例如由Green和Wuts(Protective Groups in Organic Synthesis，第四版，2007,Wiley-Interscience,NewYork)所述的那些保护基团。

如方案2中所示，羟基正缬氨酸起始材料(xi)可如上所述酰化以产生酰胺(xii)，酰胺(xii)可转化成甲硅烷基醚(xiii)。甲硅烷基醚(xiii)可以在转化为具有各种R⁴基团的受保护的酮(xv)之前使用结合方案1所述的路线酯化(例如使用重氮甲烷)。酮(xv)可以被还原为相应的醇(xvi)，并且可以除去甲硅烷基醚，用于将醇转化成卤化物离去基团(例如，使用N-溴代琥珀酰亚胺和三苯基膦)，以用硫脲(xviii)置换。可以将所得的脒中间体再氧化以提供产物(ix)。

方案2

如方案3所示，羟基正亮氨酸起始材料(xxi)可以转化为腈(xxii)，例如，通过在Appel条件下用碘、三苯基膦和咪唑将醇转化为碘化物，然后与氰化钾反应。然后可以将腈(xxii)脱保护并酰化以产生酰胺(xxiii)，其可以转化为具有各种R⁴基团的受保护的酮(xxiv)，如上所述。酮(xxiv)可以在用羟胺R²NHOH置换和氢化之前被还原成相应的醇(xxv)。可以将所得的脒中间体再氧化以提供产物(xxvi)。

方案3

用于制备本公开内容的化合物的起始材料和试剂可以从商业供应商处获得，或者通过本领域技术人员已知的方法按照参考文献中所述的步骤制备，例如Fieser和Fieser’sReagents for Organic Synthesis,Vol.1-28(Wiley,2016)；March’s Advanced OrganicChemistry,7^th Ed.(Wiley,2013)；和Larock’s Comprehensive OrganicTransformations,2^nd Ed.(Wiley,1999)。如果需要，可以使用常规技术分离和纯化反应的起始原料和中间体，所述常规技术包括但不限于过滤、蒸馏、结晶、色谱法等。可以使用常规手段表征此类材料，包括测量物理常数和获得光谱数据。

除非有相反的说明，否则本文所述的反应在大气压下在约-78℃至约250℃的温度范围内进行。例如，反应可以在约0℃至约125℃，或在约室内(或环境)温度，例如约20℃下进行。在一些实施方案中，反应在约0℃、20℃、25℃、90℃、100℃、110℃、125℃、150℃、175℃或200℃下进行。在一些实施方案中，反应从第一温度(例如，约-78℃或约0℃)下开始进行，并使其升温至更高的第二温度(例如，约20℃或约25℃)。本领域技术人员将理解，可以对本文所述的程序进行各种修改。

在下表中列出的化合物1-17可以根据在方案1-3中概述的和在以下实施例中列出的程序制备。

本文所述的化合物是高活性的Rgp抑制剂，通常表现出在皮摩尔、纳摩尔或微摩尔范围内的Rgp IC₅₀值。术语“IC₅₀”表示将给定的生物过程(或过程的组分，例如酶、细胞、细胞受体或微生物)抑制一半(50％)需要多少化合物。可以如下测量特定测试化合物的IC₅₀值。将50微升(μL)诸如RgpA或RgpB(1nM在含有1％[vol/vol]Triton X-100和5mM 2-巯基乙醇的50mM bis-Tris丙烷[pH 8.0]中)的酶加入至96孔板的第1列至第11列，并且将100μL加入至第12列。将2微升(μL)测试化合物(100μL在100％DMSO中)加入至第12列，并且通过移液将样品混合三次。然后，通过连续转移至相邻的孔穿过所述板来制备双倍稀释液。将50μL的Z-Arg-7-酰氨基-4-甲基香豆素(“Z-Arg-AMC”；40μM在缓冲液中)加入至所有孔，并且将内含物进行混合。在25℃下对反应的AMC荧光监测15min，并且将过程曲线通过FluoroskanAscent软件自动转化为速率。然后，可以通过构建剂量-反应曲线并检查不同浓度的化合物对逆转酶活性的作用来测定化合物的IC₅₀。从剂量-反应曲线中，可以通过确定抑制酶的最大生物反应的一半所需的浓度来计算给定化合物的IC₅₀值。

所述方法还可以用于测定包括Kgp、胰蛋白酶和组织蛋白酶，例如组织蛋白酶B在内的酶。对于Kgp，底物可以是琥珀酰-Ala-Phe-Lys-AMC。对于胰蛋白酶，缓冲液可以包含10mM Tris和10mM CaCl₂(pH 8.0)，底物可以是Z-Gly-Gly-Arg-AMC。对于组织蛋白酶B，缓冲液可以包含50mM磷酸钠、1mM EDTA和10mM 2-巯基乙醇(pH 6.25)，底物可以是Z-Arg-Arg-AMC。

通常，本文公开的化合物的Rgp IC₅₀值为约0.01nM至约100μM。特定化合物的RgpIC₅₀值可以例如为约0.01nM至约0.1nM、或约0.1nM至约1nM、或约1nM至约100nM、或约100nM至约250nM、或约250nM至约500nM、或约500nM至约750nM、或约750nM至约1μM、或约1μM至约10μM、或约10μM至约25μM、或约25μM至约50μM、或约50μM至约75μM、或约75μM至约100μM。特定化合物的Rgp IC₅₀值可以为约0.01nM至约1nM、或约0.05nM至约0.75nM、或约0.1nM至约0.5nM、约1nM至约100nM、或约20nM至约80nM、或约40nM至约60nM、或约1μM至约100μM、或约20μM至约80μM、或约40μM至约60μM。

在一些实施方案中，如本文公开的Rgp抑制剂具有75nM或更小的RgpB IC₅₀。在一些实施方案中，Rgp抑制剂具有50nM或更小的RgpB IC₅₀。在一些实施方案中，Rgp抑制剂具有25nM或更小的RgpB IC₅₀。在一些实施方案中，Rgp抑制剂具有10nM或更小的RgpB IC₅₀。在一些实施方案中，Rgp抑制剂具有1nM或更小的RgpB IC₅₀。

在某些实施方案中，根据本公开内容的Rgp抑制剂对于Rgp是选择性的。如本文所用，“选择性的”Rgp抑制剂是以有效剂量施用来治疗与牙龈卟啉单胞菌感染相关的疾病或病况时，基本上不影响除了RgpA和RgpB以外的蛋白酶的活性的化合物。通常，基本上不受特定化合物影响的蛋白酶在生理条件下于所述化合物存在下表现出其正常酶活性的至少90％。选择性Rgp抑制剂包括那些以治疗有效剂量施用以治疗以下疾病时，不影响除了Rgp以外的蛋白酶的活性的化合物，所述疾病为与牙龈卟啉单胞菌感染相关的脑部病症、牙周病、糖尿病、心血管疾病、关节炎(例如，类风湿性关节炎、骨关节炎、感染性关节炎或银屑病性关节炎)、早产、肺炎、癌症、肾脏疾病、肝脏疾病、视网膜病症或青光眼。优选地，选择性Rgp抑制剂在以治疗有效水平进行施用时不会负面影响凝血级联。

III.牙龈蛋白酶抑制剂的药物组合物和给药

在相关的实施方案中，提供了药物组合物，其包含式I、式Ia或式Ib的化合物或其药学上可接受的盐，以及药学上可接受的赋形剂。所述药物组合物可以通过药学和药物递送领域所熟知的任何方法来制备。通常，制备所述组合物的方法包括使活性成分与含有一种或多种辅助成分的载体结合的步骤。药物组合物通常通过使活性成分与液体载体或精细粉碎的固体载体或者两者均匀且紧密地结合来制备，然后，若需要，将产物成形为期望的制剂。可以将组合物以单位剂型便利地进行制备和/或包装。

可以将含有本文所述的化合物的药物组合物配制用于口服用途。适用于口服施用的组合物包括但不限于片剂、锭剂、糖锭、水性悬浮液或油性悬浮液、可分散的粉末或颗粒、乳液、硬胶囊或软胶囊、糖浆剂、酏剂、溶液、口腔贴片、口服凝胶、咀嚼胶、咀嚼片、泡腾粉和泡腾片。可以根据本领域技术人员已知的任何方法配制口服施用的组合物。此类组合物可以含有一种或多种选自甜味剂、矫味剂、着色剂、抗氧化剂和防腐剂中的药剂，以便提供药学上优质和适口的制剂。

片剂通常含有与无毒的药学上可接受的赋形剂混合的活性成分，所述赋形剂包括：惰性稀释剂，例如纤维素、二氧化硅、氧化铝、碳酸钙、碳酸钠、葡萄糖、甘露醇、山梨糖醇、乳糖、磷酸钙和磷酸钠；粒化剂和崩解剂，例如玉米淀粉和海藻酸；粘合剂，例如聚乙烯吡咯烷酮(PVP)、纤维素、聚乙二醇(PEG)、淀粉、明胶和阿拉伯树胶；以及润滑剂，例如硬脂酸镁、硬脂酸和滑石。片剂可以是未包衣的或者肠溶性包衣的或通过已知技术以其他方式包衣的，以延迟在胃肠道中的崩解和吸收，并且由此在较长时间内提供持续作用。例如，可以采用诸如单硬脂酸甘油酯或二硬脂酸甘油酯的时间延迟材料。还可以将片剂根据已知技术用半渗透膜和任选的聚合物渗透剂进行包衣，以形成用于受控释放的渗透泵组合物。

可以将口服施用的组合物配制为硬明胶胶囊，其中将活性成分任选地与惰性固体稀释剂(例如碳酸钙、磷酸钙或高岭土)混合，或者配制为软明胶胶囊，其中将活性成分任选地与水或油介质(例如花生油、液体石蜡或橄榄油)混合。

还可以将Rgp抑制剂以溶液、软膏剂、乳膏剂、凝胶或悬浮液以及漱口水、滴眼剂、鼻内施用的制剂等进行局部施用。此外，可以通过离子电渗贴剂等实现Rgp抑制剂的经皮递送。

含有Rgp抑制剂的药物组合物还可以为无菌可注射的水性或油性的溶液和悬浮液的形式。可以使用无毒的胃肠外可接受的媒介物来配制无菌可注射制剂，所述媒介物包括水、林格氏溶液(Ringer’s solution)、等渗氯化钠溶液和可接受的溶剂(例如1,3-丁二醇)。此外，可以将无菌不挥发油用作溶剂或悬浮介质。为了该目的，可以采用任何温和的不挥发油，包括合成的单甘油酯、二甘油酯或三甘油酯。在一些实施方案中，Rgp抑制剂可以与聚合物例如Pluronic F127一起配制并且皮下递送。Pluronic是水凝胶，其在体温下凝固并且可以在持续数天至数周的时间段内提供延长的药物递送。

水性悬浮液可以含有一种或多种与赋形剂混合的Rgp抑制剂，所述赋形剂包括但不限于：助悬剂，例如羧甲基纤维素钠、甲基纤维素、油性丙基甲基纤维素、海藻酸钠、聚乙烯吡咯烷酮、黄蓍胶、阿拉伯树胶；分散剂或润湿剂，例如卵磷脂、聚氧乙烯硬脂酸酯和聚乙烯脱水山梨糖醇单油酸酯；以及防腐剂，例如苯甲酸乙酯、苯甲酸正丙酯和对羟基苯甲酸酯。可分散的粉末和颗粒(通过加入水适用于制备水性悬浮液)可以含有一种或多种与分散剂、润湿剂、助悬剂或其组合混合的Rgp抑制剂。可以通过使Rgp抑制剂悬浮于植物油(例如花生油、橄榄油、芝麻油或椰子油)或矿物油(例如液体石蜡)中来配制油性悬浮液。油性悬浮液可以含有一种或多种增稠剂，例如蜂蜡、硬石蜡或鲸蜡醇。这些组合物可以通过加入诸如抗坏血酸的抗氧化剂来保存。

药物组合物也可以是水包油乳液的形式。油相可以是植物油或矿物油或其混合物，所述植物油例如橄榄油或花生油，所述矿物油例如液体石蜡。适合的乳化剂可以是天然存在的胶，例如阿拉伯树胶或黄蓍胶；天然存在的磷脂，例如大豆卵磷脂；来自脂肪酸和己糖醇酐的酯或偏酯，例如脱水山梨糖醇单油酸酯；以及所述偏酯与亚乙基氧化物的缩合产物，例如聚氧乙烯脱水山梨糖醇单油酸酯。

杂合分子促进主动运输的用途或纳米颗粒的用途可以用于某些实施方案以增加血脑屏障运输。例如与运输蛋白质穿过血脑屏障的受体结合的脂质体、蛋白质、工程肽化合物或抗体可以用于增加进入脑部的渗透，所述受体包括LPR-1受体、转铁蛋白受体、EGF样生长因子或谷胱甘肽转运体。可以使用物理技术，其包括渗透开口；超声波；激光；蝶腭神经节刺激；经由泵的直接颅内递送、鞘内递送或心室内递送。

药物组合物还可以包含用于治疗与牙龈卟啉单胞菌感染相关的病况的一种或多种其他活性剂。在某些实施方案中，药物组合物包含一种或多种本文所述Rgp抑制剂与一种或多种用于治疗阿尔茨海默氏病的其他活性剂的组合。多种疗法正在研发并且临床上用于治疗阿尔茨海默氏病。治疗策略包括降低β-淀粉样蛋白和tau的循环水平(如以下更详细地描述)、稳定微管、去除动脉粥样硬化斑块、调节自噬、调节神经递质水平和抑制GABA(A)α5受体。此类疗法可以维持和/或恢复患有阿尔茨海默氏病的对象的认知功能；减缓认知功能的衰退；以及促进神经可塑性和脑的恢复。

可以在药物组合物中与Rgp抑制剂组合的活性剂包括但不限于抗生素(即，杀菌化合物和抑菌化合物)、胆碱酯酶抑制剂、α-7烟碱受体调节剂、血清素调节剂、NMDA调节剂、Aβ-靶向治疗剂、ApoE-靶向治疗剂、小神经细胞靶向治疗剂、血/脑屏障靶向治疗剂、tau-靶向治疗剂、补体靶向治疗剂和抗炎剂。

任何适合的抗生素可以在药物组合物中与一种或多种Rgp抑制剂组合。在某些实施方案中，药物组合物含有一种或多种Rgp抑制剂和具有小于25μg/ml的牙龈卟啉单胞菌MIC₅₀的抗生素。例如，抗生素的牙龈卟啉单胞菌MIC₅₀可以为小于20μg/ml、小于15μg/ml、小于10μg/ml、小于8μg/ml、小于6μg/ml或小于5μg/ml。在一些实施方案中，抗生素的牙龈卟啉单胞菌MIC₅₀小于1μg/ml。在一些实施方案中，抗生素的牙龈卟啉单胞菌MIC₅₀小于0.2μg/ml。

杀菌化合物和抑菌化合物的实例包括但不限于：喹诺酮(例如，莫西沙星、吉米沙星、环丙沙星、氧氟沙星、曲伐沙星、西他沙星等)、β-内酰胺(例如，青霉素例如阿莫西林、阿莫西林-克拉维酸、哌拉西林-他唑巴坦、青霉素G等；以及头孢菌素例如头孢曲松等)、大环内脂(例如，红霉素、阿奇霉素、克拉霉素等)、碳青霉烯(例如，多利培南、亚胺培南、美罗培南、厄他培南等)、噻唑酰胺(例如，tizoxanidine、硝唑尼特(nitazoxanidine)、RM 4807、RM4809等)、四环素(例如，四环素、米诺环素、多西环素、eravacycline等)、克林霉素、甲硝唑和沙曲硝唑。杀菌化合物和抑菌化合物还包括抑制或干扰厌氧的革兰氏阴性菌形成生物膜的试剂；此类试剂包括奥克太尔、莫仑太尔、噻苯咪唑等。组合物可以含有如本文所述的一种或多种Rgp抑制剂与一种或多种(例如，两种、三种、四种、五种、六种或更多种)杀菌化合物/抑菌化合物。含有杀菌化合物/抑菌化合物的组合物还可以含有单独的氯己定(例如二葡萄糖酸氯己定)或氯己定与锌化合物(乙酸锌)的组合，所述组合物还可以与施用的抗生素组合使用。

在一些实施方案中，使用青霉素(例如，阿莫西林)和甲硝唑的组合或青霉素(例如，阿莫西林)、甲硝唑和四环素的组合。在一些实施方案中，抗生素选自米诺环素、多西环素、甲硝唑、阿莫西林、克林霉素、奥格门汀、沙曲硝唑及其组合。

适合的胆碱酯酶抑制剂的实例包括但不限于多奈哌齐、多奈哌齐/美金刚胺、加兰他敏、利凡斯的明和他克林及其药学上可接受的盐。适合的血清素调节剂的实例包括但不限于idalopirdine、RVT-101、西酞普兰、依他普仑、氟西汀、氟伏沙明、帕罗西汀、舍曲林及其药学上可接受的盐。适合的α-7烟碱受体调节剂的实例包括但不限于α-7激动剂，例如encenicline和APN1125。适合的NMDA调节剂包括但不限于NMDA受体拮抗剂，例如美金刚胺及其衍生物。

药物组合物还可以含有针对与神经疾病相关的生物分子靶标的活性剂。此类靶标包括β淀粉样蛋白肽(也被称为β淀粉样蛋白(amyloid/abeta)或Aβ)、载脂蛋白E(也被称为ApoE)和微管相关tau(也称为tau蛋白质或简称为tau)。

Aβ靶向治疗剂包括对Aβ产生的抑制剂(例如β分泌酶抑制剂、γ分泌酶抑制剂、α分泌酶激活剂)、Aβ聚集的抑制剂、Aβ低聚的抑制剂和Aβ清除的正向调节剂等(参见，例如，Jia等人，BioMed Research International,2014.文献ID 837157,doi:10.1155/2014/837157)。Aβ靶向治疗剂的实例包括但不限于抗体、吡格列酮、begacestat、阿托伐他汀、辛伐他汀、依他唑酯和高牛磺酸及其药学上可接受的盐。

ApoE靶向治疗剂的实例包括但不限于视黄酸X受体拮抗剂(参见，Cramer等人，Science 2012.335(6075):1503–1506)和由Liu等人(Nat Rev Neurol.2013.9(2):106–118)所述的其他实例。tau靶向治疗剂包括但不限于亚甲蓝、无色亚甲蓝、抗体和由Lee等人(Cold Spring Harb Perspect Med 2011；1:a006437)所述的那些实例。

药物组合物也可以含有补体靶向治疗剂。此类治疗剂靶向天然免疫响应涉及的补体系统的组分。补体靶向治疗剂包括但不限于由Ricklin和Lambris(Nat.Biotechnology2007.25(11):1265-1275)所述的那些。

适合的抗炎剂的实例包括但不限于NSAID，例如阿扎丙宗、双氯芬酸、布洛芬、吲哚美辛、酪洛芬、纳布美通、萘普生、吡罗昔康和舒林酸及其药学上可接受的盐。

IV.抑制牙龈蛋白酶的方法和治疗与牙龈卟啉单胞菌感染有关的病况

在另一个实施方案中，提供了抑制牙龈蛋白酶的方法。该方法包括使牙龈蛋白酶与有效量的本文所述的化合物接触。在某些实施方案中，牙龈蛋白酶是精氨酸牙龈蛋白酶(例如，RgpA、RgpB或包含一个或多个氨基酸替换、缺失和/或其他肽序列变异的变体)。抑制牙龈蛋白酶通常包括使牙龈蛋白酶与一定量的化合物接触，与不存在该化合物时的牙龈蛋白酶活性相比，该化合物的量足以降低牙龈蛋白酶的活性。例如，使牙龈蛋白酶与牙龈蛋白酶抑制剂接触可导致约1％至约99％牙龈蛋白酶抑制(即，被抑制的牙龈蛋白酶的活性是不存在化合物时的牙龈蛋白酶活性的99％至1％)。牙龈蛋白酶抑制水平可以为约1％至约10％、或约10％至约20％、或约20％至约30％、或约30％至约40％、或约40％至约50％、或约50％至约60％、或约60％至约70％、或约70％至约80％、或约80％至约90％、或约90％至大约99％。牙龈蛋白酶抑制水平可以为约5％至约95％、或约10％至约90％、或约20％至约80％、或约30％至约70％、或约40％至大约60％。在一些实施方案中，使牙龈蛋白酶与本文所述的化合物接触将导致完全(即100％)的牙龈蛋白酶抑制。

如以上所述，牙龈卟啉单胞菌的感染和牙龈蛋白酶活性与牙周病、阿尔茨海默氏病和其他脑部病症、心血管疾病、糖尿病、癌症、肝脏疾病、肾脏疾病、早产、关节炎、肺炎和其他病症有关。参见：Bostanci等人，FEMS Microbiol Lett,2012.333(1):1-9；Ghizoni等人，J Appl Oral Sci,2012.20(1):104-12；Gatz等人，Alzheimers Dement,2006.2(2):110-7；Stein等人，J Am Dent Assoc,2007.138(10):1314-22；quiz 1381-2；Noble等人，JNeurol Neurosurg Psychiatry,2009.80(11):1206-11；Sparks Stein等人，AlzheimersDement,2012.8(3):196-203；Velsko等人，PLoS ONE,2014.9(5):e97811；Demmer等人，JDent Res,2015.94(9S):201-S-11S；Atanasova和Yilmaz.Molecular Oral Microbiology,2014.29(2):55-66；Yoneda等人，BMC Gastroenterol,2012.12:16。

由牙龈卟啉单胞菌产生的细胞外蛋白酶，包括精氨酸牙龈蛋白酶A(RgpA)、精氨酸牙龈蛋白酶B(RgpB)和赖氨酸牙龈蛋白酶(Kgp)，也可以降解结缔组织和血浆中的多种蛋白质(例如，胶原蛋白、免疫球蛋白和蛋白酶抑制剂等)。牙龈蛋白酶可以进入体循环和/或滑膜细胞和软骨细胞，并且它们还可以引起对激肽释放酶-激肽级联、血液凝固和宿主防御系统的破坏。在关节和循环系统中具有牙龈蛋白酶的患者可能经历牙龈蛋白酶诱发的滑膜细胞和/或软骨细胞的死亡，导致骨关节炎。如本文所用，术语“骨关节炎”是指由关节软骨、滑膜组织和底层骨破坏引起的慢性退行性关节疾病。最近发现RgpB和Kgp可以渗入人和狗的关节，导致骨关节炎的发展。认为牙龈卟啉单胞菌和牙龈蛋白酶可以经由多种途径渗入关节组织中。牙龈蛋白酶可以被分泌、运输至牙龈卟啉单胞菌的外膜表面，或通过细菌释放在外膜囊泡中。先前已在牙周组织、冠状动脉、主动脉中鉴定出牙龈卟啉单胞菌，并且最近，牙龈卟啉单胞菌和/或牙龈蛋白酶从这些小生境(niche)中的任一种中进入体循环的肝脏释放将导致牙龈卟啉单胞菌和/或牙龈蛋白酶易位至关节。参见：Travis等人Adv Exp MedBiol，2000.477：455-65；Byrne等人Oral Microbiol Immunol，2009.24(6)：469-77；Mahendra等人J Maxillofac Oral Surg，2009.8(2)：108-13；Stelzel.Periodontol，2002.73(8)：868-70；Ishikawa等人Biochim Biophys Acta，2013.1832(12)：2035-2043。

Rgp抑制剂可以用于治疗由牙龈卟啉单胞菌引起或以其他方式影响的疾病和病况，例如脑部病症。因此，本发明的另一方面提供了治疗与牙龈卟啉单胞菌感染相关的疾病或病况的方法。所述方法包括向有此需要的对象施用有效量的如上所述的化合物或组合物。

在某些实施方案中，根据本公开内容的化合物抑制哺乳动物脑部的活性Rgp并且是细胞保护的或神经保护的，所述哺乳动物例如人或动物(例如狗)。关于“神经保护的”，其意指化合物预防神经元的异常变化或预防神经元死亡。因此，本发明的化合物适用于例如治疗脑部病症(例如，神经变性疾病(例如，阿尔茨海默氏病、唐氏综合征、癫痫、孤独症、帕金森病、特发性震颤、额颞叶痴呆、进行性核上性麻痹、肌萎缩性侧索硬化、亨廷顿氏病、多发性硬化、轻度认知损害、与年龄相关的记忆损害、慢性创伤性脑病、卒中、脑血管疾病、路易体病、多系统萎缩、精神分裂症和抑郁症等)、糖尿病、心血管疾病、关节炎(例如类风湿性关节炎、骨关节炎、感染性关节炎、银屑病性关节炎)、视网膜病症(例如，年龄相关性黄斑变性)和青光眼。

在一些实施方案中，所述疾病或病况选自脑部病症、牙周病、糖尿病、心血管疾病、类风湿性关节炎、骨关节炎、早产、肺炎、癌症、肾脏疾病、肝脏疾病、视网膜病症和青光眼。

在一些实施方案中，所述疾病或病况是脑部病症。

在一些实施方案中，所述脑部病症选自阿尔茨海默氏病、唐氏综合征、癫痫、孤独症、帕金森病、特发性震颤、额颞叶痴呆、进行性核上性麻痹、肌萎缩性侧索硬化、亨廷顿氏病、多发性硬化、轻度认知损害、年龄相关的记忆损害、慢性创伤性脑病、中风、脑血管疾病、路易体病、多系统萎缩、精神分裂症和抑郁症。

在一些实施方案中，所述脑部病症是阿尔茨海默氏病。

在一些实施方案中，所述方法还包括向对象施用一种或多种活性剂，所述活性剂选自胆碱酯酶抑制剂、血清素调节剂、NMDA调节剂、Aβ靶向治疗剂、ApoE靶向治疗剂、小神经胶质靶向治疗剂、血脑屏障靶向治疗剂、tau靶向治疗剂、补体靶向治疗剂和抗炎剂。

在一些实施方案中，所述疾病或病况是牙周病。在一些实施方案中，所述疾病或病况是肝脏疾病。在一些实施方案中，所述肝脏疾病是非酒精性脂肪性肝炎。在一些实施方案中，所述疾病或病况是视网膜病症。在一些实施方案中，所述视网膜病症是年龄相关性黄斑变性。

在一些实施方案中，所述疾病或病症或病况是癌症。在一些实施方案中，所述癌症是乳腺癌、口腔癌、胰腺癌或多形性胶质母细胞瘤。

在本文提供的方法中，Rgp抑制剂可以以任何适合的剂量进行施用。通常，将Rgp抑制剂以每千克对象体重约0.1毫克至约1000毫克的剂量(即，约0.1mg/kg-1000mg/kg)进行施用。Rgp抑制剂的剂量可以例如为约0.1mg/kg-1000mg/kg、或约1mg/kg-500mg/kg、或约25mg/kg-250mg/kg、或约50mg/kg-100mg/kg。Rgp抑制剂的剂量可以为约1mg/kg、2mg/kg、3mg/kg、4mg/kg、5mg/kg、10mg/kg、15mg/kg、20mg/kg、25mg/kg、30mg/kg、35mg/kg、40mg/kg、45mg/kg、50mg/kg、55mg/kg、60mg/kg、65mg/kg、70mg/kg、75mg/kg、80mg/kg、85mg/kg、90mg/kg、95mg/kg、100mg/kg、150mg/kg、200mg/kg、250mg/kg、300mg/kg、350mg/kg、400mg/kg、450mg/kg、500mg/kg、550mg/kg、600mg/kg、650mg/kg、700mg/kg、750mg/kg、800mg/kg、850mg/kg、900mg/kg、950mg/kg或1000mg/kg。所述剂量可以根据患者的需求、被治疗的病症的严重程度和施用的具体制剂而变化。施用于患者的剂量应足以在患者中导致有益的治疗反应。剂量的大小还将通过对具体患者的药物施用伴随的任何不利的副作用的存在、性质和程度来确定。确定具体情况下的适当剂量在普通从业者的能力范围内。可以将总剂量分开并且在适合治疗疾病或病况的时间内分批施用。

Rgp抑制剂可以施用持续一定的时间，所述时间将根据具体病症的性质、其严重性和Rgp抑制剂所施用的个体的总体状况而变化。可以以例如每小时、每2小时、每3小时、每4小时、每6小时、每8小时或每天两次(包括每12小时)或任意其中间的间隔进行施用。可以每天一次、或每36小时或48小时一次、或每月一次或每数月一次进行施用。治疗之后，可以监测个体的病况变化和病症症状的减轻。在个体对于特定剂量水平没有显著反应的情况下，可以增加Rgp抑制剂的剂量；或者如果观察到了病症症状的减轻，或者如果病症已经被治疗，或者如果对于特定的剂量观察到了不可接受的副作用，则可以减少剂量。

可以在包含给药之间至少1小时、或6小时、或12小时、或24小时、或36小时、或48小时的间隔的治疗方案中，将治疗有效量的Rgp抑制剂施用于个体。可以以至少72小时、96小时、120小时、144小时、168小时、192小时、216小或240小时(即，3天、4天、5天、6天、7天、8天、9天或10天)的间隔进行施用。在某些实施方案中，一种或多种Rgp抑制剂的施用以慢性方式经过数月至数年的时间进行。因此，一些实施方案提供了治疗以上所述的与牙龈卟啉单胞菌感染相关的疾病或病况的方法，其中将化合物施用至对象持续至少一年。在一些实施方案中，将化合物施用至对象持续至少10年。在一些实施方案中，将化合物施用至对象持续至少60年。

根据本文提供方法的Rgp抑制剂的施用通常导致个体的活性Rgp的循环水平降低和/或脑部的活性Rgp降低。在某些实施方案中，Rgp抑制剂的施用导致活性Rgp的循环水平降低至少20％和/或脑部的活性Rgp降低至少20％。例如，与首次施用Rgp抑制剂之前24小时相应的Rgp水平相比，Rgp的循环水平和/或脑部的Rgp水平优选降低约25％至约95％、或约35％至约95％、或约40％至约85％、或约40％至约80％。

Rgp抑制剂可以单独施用或者与一种或多种如上所述的其他治疗活性剂组合施用。所述一种或多种其他治疗有效的试剂包括：例如，(i)药学上可接受的试剂，其抑制哺乳动物中的RgpA、RgpB和/或Kgp产生，RgpA、RgpB和/或Kgp易位进入全身性循环或脑，和/或RgpA、RgpB和/或Kgp的病态(例如，神经毒性作用)；(ii)抗菌剂，其对于牙龈卟啉单胞菌是抑菌或杀菌的；(iii)一种或多种与RgpA、RgpB和/或Kgp结合的抗体(例如，18E6，其与RgpB的免疫球蛋白结构域的第一半结合；Kgp特异性单克隆抗体，7B9，其识别Kgp催化结构域内的抗原表位；RgpA抗体61Bg 1.3；任何前述的人源化版本等)；(iv)与RgpA、RgpB和/或Kgp或者牙龈卟啉单胞菌表达的其他蛋白质结合的抗体的抗原表位；以及(v)任何前述的组合。

其他治疗活性剂也包括Aβ肽水平降低剂、致病水平tau降低剂、微管稳定剂、能够去除动脉粥样硬化斑块的试剂、降低β淀粉样蛋白和tau的循环水平的试剂、自噬调节剂、神经递质水平调节剂、GABA(A)α5受体抑制剂、以及帮助维持和/或恢复认知功能和阿尔茨海默氏病的功能缺陷和/或减慢认知功能的衰退和阿尔茨海默氏病的功能缺陷发展的其他试剂。

药物组合物可以含有与利托那韦(RTV)组合的如本文所述的一种或多种Rgp抑制剂，其可以增加生物利用度和增加血脑屏障渗透。例如，利托那韦通常与口服肽HIV蛋白酶抑制剂组合，以通过抑制P450 3A4酶和因此降低首过代谢来提高血浆水平(参见，Walmsley等人，N Engl J Med,2002.346(26):2039-46)。此外，RTV与P-糖蛋白(其为存在于许多组织中、包括存在于血脑屏障中的跨膜流出泵)结合，使得共同施用的化合物更好的进入脑(参见，Marzolini等人，Mol Pharm,2013.10(6):2340-9)。因此，可以将RTV和Rgp抑制剂的组合用于提高牙龈蛋白酶抑制剂的血浆浓度和脑水平。例如，如第9,758,473号美国专利申请中所述，在施用Kgp抑制剂之前15分钟口服施用RTV 15，Kyt-36增加了半衰期，因此预期RTV也增加其它牙龈蛋白酶抑制剂的半衰期。

在一些实施方案中，本文所述的化合物可以与天然牙龈蛋白酶抑制剂一起施用，所述天然牙龈蛋白酶抑制剂包括从肉豆蔻分离的melabaric一个C，或者来自诸如蔓越橘、绿茶、苹果和啤酒花的植物的多酚化合物可以结合施用以治疗或预防脑部病症。包括κ-酪蛋白肽(109–137)34、组胺素5、CL(14-25)、CL(K25A)和CL(R24A,K25A)的天然和非天然存在的抗微生物肽可以与Rgp抑制剂结合施用(参见，例如，Taniguchi等人，Biopolymers,2014.102(5):379-89)。

如本文所述的Rgp抑制剂可以与靶向牙龈蛋白酶或其他牙龈卟啉单胞菌蛋白质的抗体一起施用。抗体可以依靠血脑屏障的损害进入脑或对牙龈蛋白酶和牙龈卟啉单胞菌繁殖进行外周干扰。抗体还可以帮助刺激免疫系统清除细菌的功效。可以利用RgpA、RgpB或Kgp的新型抗体或现有抗体，包括18E6和7B9。RgpA抗体61BG 1.3之前已证明在牙周治疗后预防牙龈卟啉单胞菌再繁殖的局部功效。参见，Booth等人，Infect Immun,1996.64(2):422-7。优选将抗体进行人源化以便用于人。可以使用生物制剂递送领域技术人员已知的改善半衰期和脑渗透的方法，其包括但不限于静脉内递送、皮下递送、鼻内递送、鞘内递送、关节内递送、载体运输和直接脑部递送。

本文提供的方法还涵盖如本文所述的Rgp抑制剂连同一种或多种以下其他治疗活性剂或其药学上可接受的盐的施用：精氨酸衍生物；组胺素5；杆状病毒p35；牛痘病毒细胞因子反应修饰因子的单点突变体(CrmA(Asp>Lys))；苯丙氨酰基-脲基-瓜氨酸基-缬氨酰基-环精氨醛(FA-70C1)；(酰氧基)甲基酮(Cbz-Phe-Lys-CH₂OCO-2,4,6-Me₃Ph)；肽基氯甲基酮(例如，精氨酸的氯甲基酮衍生物、赖氨酸的氯甲基酮衍生物等)；氟甲基酮；溴甲基酮；酮肽；1-(3-苯基丙酰基)哌啶-3(R,S)-甲酸[4-氨基-1(S)-(苯并噻唑-2-羰基)丁基]酰胺(A71561)；氮杂肽富马酰胺；氮杂肽Michael受体；苯甲脒化合物；环甲基酮；活化因子X抑制剂(例如，DX-9065a)；蔓越橘不可透析部分；蔓越橘多酚部分；胰蛋白酶抑制剂；Cbz-Phe-Lys-CH₂O-CO-2,4,6-Me₃-Ph；E-64；氯己定；锌(例如，乙酸锌)；或者前述中任意的两种、三种或更多种的组合。在这些实施方案的一些中，Zn可以增强所述方法中所用化合物(例如，氯己定、苯甲脒等)的效力和选择性。

可以将如本文所述的Rgp抑制剂与其他治疗活性剂在同一组合物中进行施用。或者，可以在施用Rgp抑制剂之前、同时或之后单独施用其他治疗活性剂。

V.实施例

实施例1：(S)-N-(6-胍基-1-((1,1,1,3,3,3-六氟丙-2-基)氧基)-2-氧代己-3-基)-2-甲氧基-2-甲基丙酰胺(1)的制备

化合物1.3：于0℃在N₂下，向化合物1.2(12.53g，106.1mmol，1当量)和HOBt(15.77g，116.71mmol，1.1当量)在DMF(300mL)中的混合物中一次性加入EDCI(22.37g，116.71mmol，1.1当量)。将混合物在0℃下搅拌60分钟，然后向混合物中加入化合物1.1(30g，106.1mmol，1当量，HCl)和DIPEA(41.14g，318.29mmol，55.44mL，3当量)，然后将混合物在0℃下搅拌6小时。将反应混合物用100mL的H₂O稀释并用EtOAc(100mL×3)萃取。将合并的有机层用H₂O(200mL×3)和盐水300mL洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤并在减压下浓缩。将所得残余物通过柱色谱法(SiO₂，石油醚/乙酸乙酯＝10∶1至1∶1)纯化以提供呈无色油状物的化合物1.3(43g，粗品)。LCMS(ESI)：m/z：[M+H]C₁₆H₃₁O₆N₂的计算值：347；实测值：347；RT＝1.061min。

化合物1.4：在0℃下，向DIPA(20.89g，206.4mmol，29.17mL，5.5当量)在THF(100mL)中的溶液中加入n-BuLi(2.5M，82.56mL，5.5当量)，将混合物在0℃下搅拌30分钟。在-78℃下向混合物中加入氯(碘)甲烷(36.41g，206.40mmol，14.98mL，5.5当量)和化合物1.3(13g，37.53mmol，1当量)在THF(100mL)中的溶液。将混合物在-78℃下搅拌3h。将残余物用H₂O(100mL)稀释并用EtOAc(100mL×3)萃取。将合并的有机层用H₂O(100mL×3)洗涤。将合并的有机层用盐水(200mL)洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤并在减压下浓缩。通过柱色谱法(SiO₂，石油醚/乙酸乙酯＝10∶1至1∶1)纯化所得残余物，得到呈黄色油状物的化合物1.4(13.71g，粗品)。

化合物1.5：向化合物1.4(13.71g,37.57mmol,1当量)和化合物1.4A(6.31g,37.57mmol,1当量)在DMF(100mL)中的溶液中加入K₂CO₃(15.58g,112.71mmol,3当量)和KI(6.24g,37.57mmol,1当量)。将混合物在25℃下搅拌1小时。将残余物用H₂O(100mL)稀释并用EtOAc(100mL×3)萃取。将合并的有机层用H₂O(100mL×3)洗涤。将合并的有机层用盐水(200mL)洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤并在减压下浓缩。通过柱色谱法(SiO₂，石油醚/乙酸乙酯＝10∶1至1∶1)纯化所得残余物以提供呈黄色油状物的化合物1.5(5.5g，11.08mmol，29.49％收率)。¹H NMR(400MHz,氯仿-d),δppm 1.36-1.42(m,6H),1.43-1.51(m,8H),1.52-1.59(m,2H),1.89-1.99(m,1H),3.16(br d,J＝5.99Hz,2H),3.32(s,2H),4.35(dt,J＝11.31,5.59Hz,1H),4.62(br d,J＝3.06Hz,2H),4.67-4.75(m,1H),7.20(br d,J＝7.34Hz,1H)。

化合物1.6：向化合物1.5(5.5g,11.08mmol,1当量)在THF(60mL)中的溶液中加入NaBH₄(838.28mg,22.16mmol,2当量)。将混合物在25℃下搅拌1小时。将残余物用H₂O(50mL)稀释并用EtOAc(50mL×3)萃取。将合并的有机层用盐水(200mL)洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤并在减压下浓缩。获得呈无色油状物的化合物1.6(6g，粗品)，其不经进一步纯化即可使用。

化合物1.7：向化合物1.6(6g，12.04mmol，1当量)在DCM(50mL)中的溶液中添加TFA(15.40g，135.06mmol，10mL，11.22当量)。将混合物在25℃下搅拌1小时，过滤，并在减压下浓缩。获得呈无色油状物的化合物1.7(9.7g，粗品)，其不经进一步纯化即可使用。

化合物1.9：向化合物1.7(360mg，722.23μmol，1当量)和化合物1.7A(419.44mg，1.44mmol，2当量)在DCM(4mL)中的溶液中加入TEA(219.25mg，2.17mmol，301.58μL，3当量)。将混合物在25℃下搅拌10小时。将残余物用H₂O(5mL)稀释并用DCM(5mL×3)萃取。将合并的有机层用H₂O(5mL×3)洗涤。将合并的有机层用盐水(10mL)洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤，并在减压下浓缩。将所得残余物通过柱色谱法(SiO₂，石油醚/乙酸乙酯＝10∶1至1∶1)纯化以提供呈无色油状物的化合物1.9(110mg，171.71μmol，23.78％收率)。

化合物1.10：向化合物1.9(109.65mg，171.17μmol，1当量)在DCM(1mL)中的溶液中加入戴斯-马丁高碘烷(145.20mg，342.34μmol，105.99μL，2当量)。将混合物在25℃下搅拌10小时，过滤，并在减压下浓缩。通过制备型HPLC(柱：Waters Xbridge 150x25 5μm；流动相：[水(0.04％NH_3/H₂O，10mM NH₄HCO₃)-ACN]；B％：50％-85％，10min)纯化所得残余物，得到呈无色油状物的化合物1.10(30mg，46.98μmol，27.44％收率)。

化合物1：向化合物1.10(30mg，46.98μmol，1当量)在DCM(5mL)中的溶液中加入TFA(1.54g，13.51mmol，1mL，287.5当量)。将混合物在25℃搅拌2小时，过滤并在减压下浓缩，获得呈无色油状物的期望产物。LCMS(ESI):m/z:[M+H]⁺C₁₅H₂₅O₄F₆N₄的计算值:439；实测值439；RT＝2.537min。¹H NMR(400MHz,甲醇-d4),δppm 1.23-1.34(m,6H),1.42-1.63(m,3H),1.84-1.97(m,1H),3.20(br d,J＝4.77Hz,2H),3.23(br s,3H),4.48(dd,J＝8.93,4.03Hz,1H),4.52-4.69(m,2H),4.86-4.99(m,1H)

实施例2：(S)-4-(10-(2-((1,1,1,3,3,3-六氟丙-2-基)氧基)乙酰基)-5-亚氨基-13,13-二甲基-3,12-二氧代-2,14-二氧杂-4,6,11-三氮杂十五烷基)苯基苯甲酸酯(2)的制备

化合物2.3：向化合物2.2(500mg，4.03mmol，1当量)在DCM(7mL)中的溶液中加入TEA(815.15mg，8.06mmol，1.12mL，2当量)、DMAP(984.16mg，8.06mmol，2当量)和化合物2.1(911.20mg，4.03mmol，759.33μL，1当量)。将混合物在25℃下搅拌1小时。通过加入H₂O(10mL)淬灭反应混合物，然后用DCM(10mL×3)萃取。将合并的有机层用1NHCl(10mL)和饱和盐水(10mL)洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤并在减压下浓缩以提供残余物，将其通过MPLC(SiO₂，石油醚/乙酸乙酯＝10/1至1:1)纯化，得到呈白色固体的化合物2.3(470mg,2.06mmol,51.12％收率)。

化合物2.9E：向化合物2.3(100mg，438.13μmol，1当量)在DCM(3mL)中的溶液中加入化合物2.4(88.31mg，438.13μmol，1当量)和TEA(88.67mg，876.26μmol，121.97μL，2当量)。将混合物在0℃下搅拌1小时。通过加入H₂O(5mL)淬灭反应混合物，然后用DCM(5mL×3)萃取。将合并的有机层用饱和盐水(5mL)洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤并在减压下浓缩，得到呈白色固体的化合物2.9E(160mg，粗品)。

化合物2：向化合物1(113mg，257.78μmol，1当量)和化合物2.9E(101.40mg，257.78μmol，1当量)在DCM(3mL)中的溶液中加入TEA(78.25mg，773.33μmol，107.64μL，3当量)。将混合物在0℃下搅拌1小时。将反应混合物通过制备型HPLC(柱：Nano-micro Kromasil C18100*30mm 5um；流动相：[水(0.1％TFA)-ACN]；B％:38％-66％,10min)纯化以提供呈白色固体的标题化合物(12mg，15.94μmol，6.18％收率，92％纯度)。

LCMS(ESI)：m/z：[M+H]C₃₀H₃₅F₆N₄O₈的计算值：693；实测值693；RT＝1.701min。¹HNMR(400MHz,氯仿-d)δ8.21(d,J＝7.28Hz,2H),7.82(br d,J＝8.38Hz,2H),7.62-7.85(m,1H),7.48-7.57(m,4H),7.23(d,J＝8.60Hz,2H),5.22-5.34(m,2H),5.02(br t,J＝10.03Hz,1H),4.44-4.66(m,2H),4.19-4.27(m,1H),3.75(br s,1H),3.33(s,3H),3.20(brs,1H),2.70-2.75(m,2H),1.93(br t,J＝12.35Hz,1H),1.79(br s,1H),1.48-1.63(m,2H),1.38(s,6H)。

实施例3：(S)-N-(1-((2,6-二甲基吡啶-4-基)氧基)-6-胍基-2-氧代己-3-基)-2-甲氧基-2-甲基丙酰胺(3)的制备

化合物3.5：向化合物3.4(2g,5.48mmol,1当量)和化合物3.4A(675.06mg,5.48mmol,1当量)在DMF(20mL)中的溶液中加入K₂CO₃(2.27g,16.44mmol,3当量)和KI(909.94mg,5.48mmol,1当量)。将混合物在25℃下搅拌1小时。将残余物用H₂O(20mL)稀释并用EtOAc(20mL×3)萃取。将合并的有机层用H₂O(20mL×3)洗涤，将合并的有机层用盐水(50mL)洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤并在减压下浓缩以提供残余物，将其通过柱色谱法(SiO₂，石油醚/乙酸乙酯＝10∶1至1∶1)纯化，得到呈无色油状物的化合物3.5(600mg，1.33mmol，24.24％收率)。

化合物3.6：在0℃下，向化合物3.5(300mg，664.37μmol，1当量)在THF(3mL)中的溶液中加入NaBH₄(25.13mg，664.37μmol，1当量)。将混合物在25℃搅拌1小时，过滤，并在减压下浓缩以提供呈黄色油状物的化合物6(600mg，粗品)。

化合物3.7：将化合物3.6(350mg,771.65μmol,1当量)溶解于DCM(17.5mL)中，并向所得混合物中一次性加入TFA(5.39g,47.27mmol,3.50mL,61.26当量)，随后在25℃下搅拌10分钟。将反应混合物在减压下浓缩以提供呈黄色油状物的化合物3.7(300mg，641.74μmol，83.16％收率，TFA)。LCMS(ESI)：m/z：[M+H]C₁₈H₃₂N₃O₄·C₂HF₃O₂的计算值：354；实测值354；RT＝0.793min。

化合物3.8：于25℃在N₂下，向化合物3.7(160mg，342.26μmol，1当量，TFA)和化合物3.6C(198.77mg，684.52μmol，2当量)在DCM(5mL)中的混合物中一次性加入TEA(103.90mg，1.03mmol，142.92μL，3当量)。将混合物在25℃下搅拌30分钟。将反应混合物在减压下浓缩以提供残余物，将其通过柱色谱法(SiO₂，乙酸乙酯)纯化，得到呈黄色油状的化合物3.8(0.2g，335.72μmol，98.09％收率)。

化合物3.9：于25℃在N₂下向化合物3.8(200mg，335.72μmol，1当量)在DCM(5mL)中的混合物中一次性添加戴斯-马丁高碘烷(284.79mg，671.45μmol，207.88μL，2当量)。将混合物在25℃下搅拌30分钟。将反应混合物过滤并在减压下浓缩以提供残余物，将其通过柱色谱法(SiO₂，石油醚/乙酸乙酯＝1∶1)纯化，得到呈黄色油状物的化合物9(100mg，168.43μmol，50.17％收率)。

¹H NMR(400MHz,氯仿-d)δ6.52(s,2H),4.92-4.79(m,3H),3.54-3.43(m,1H),3.46-3.40(m,1H),3.31(s,3H),2.49(s,6H),1.98(br m,1H),1.72-1.64(m,3H),1.49(d,J＝1.8Hz,20H),1.40-1.38(d,J＝11.4Hz,6H).LCMS(ESI):m/z:[M+H]C₂₉H₄₈O₈N₅的计算值：594；实测值594；RT＝1.155min。

化合物3：于25℃在N₂下向化合物3.9(50mg,84.22μmol,1当量)在DCM(5mL)中的溶液中一次性加入TFA(1.54g,13.51mmol,1mL,160.37当量)。将混合物在25℃下搅拌1小时。将反应混合物在减压下浓缩以提供呈黄色油状物的标题产物(35mg，67.53μmol，80.19％收率，97.92％纯度，TFA)。

¹H NMR(400MHz,甲醇-d4)δ7.23-7.16(m,2H),5.36-5.23(m,2H),4.47-4.50(m,1H),3.32(s,3H),3.25-3.18(m,2H),2.63(s,6H),2.10-1.95(m,1H),1.82-1.52(m,3H),1.40(d,J＝5.7Hz,6H)。LCMS(ESI):m/z:[M+H]C₁₉H₃₁N₅O₄·C₂HF₃O₂的计算值：394；实测值394；RT＝2.245min。

实施例4：(S)-N-(6-胍基-1-((2-甲基嘧啶-5-基)氧基)-2-氧代己-3-基)-2-甲氧基-2-甲基丙酰胺(4)的制备

化合物4.12：向化合物3.4(800mg,2.19mmol,1当量)和化合物4.4B(241.44mg,2.19mmol,1当量)在DMF(8mL)中的溶液中加入K₂CO₃(909.09mg,6.58mmol,3当量)和KI(363.98mg,2.19mmol,1当量)。将混合物在25℃下搅拌1小时。将残余物用H₂O(5mL)稀释并用EtOAc(5mL×3)萃取。将合并的有机层用H₂O(5mL×3)洗涤。将合并的有机层用盐水(10mL)洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤并在减压下浓缩以提供残余物，将其通过柱色谱法(SiO₂，石油醚/乙酸乙酯＝10∶1至1∶1)纯化，得到呈黄色油状物的化合物4.12(380mg，866.56μmol，39.52％收率)。LCMS(ESI):m/z:[M+H]C₂₁H₃₅O₄N₆的计算值：439；实测值439；RT＝1.036min。

化合物4.13：在0℃下向化合物4.12(380mg,866.56μmol,1当量)在THF(4mL)中的溶液中加入NaBH₄(65.57mg,1.73mmol,2当量)。将混合物在25℃下搅拌1小时。将残余物用H₂O(5mL)稀释并用EtOAc(5mL×3)萃取。将合并的有机层用H₂O(5mL×3)洗涤。将合并的有机层用盐水(10mL)洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤并在减压下浓缩，得到呈黄色油状物的化合物4.13(400mg，粗品)，LCMS(ESI):m/z:[M+H]C₂₁H₃₇O₄N₆的计算值：441；实测值441；RT＝1.127min。

化合物4.14：向化合物4.13(400mg，907.99μmol，1当量)在DCM(5mL)中的溶液中加入TFA(1.53g，13.44mmol，995.43μL，14.81当量)。将混合物在25℃下搅拌0.5小时。将残余物用H₂O(5mL)稀释并用DCM(5mL×3)萃取。将合并的有机层用H₂O(5mL×3)洗涤。将合并的有机层用盐水(10mL)洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤并在减压下浓缩，得到呈黄色固体的化合物14.4(780mg，粗品)。

化合物4.15：向化合物4.14(660mg，1.94mmol，1当量)和化合物4.14A(1.13g，3.88mmol，2当量)在DCM(7mL)中的溶液中加入TEA(588.56mg，5.82mmol，809.58uL，3当量)。将混合物在25℃下搅拌10小时。将残余物用H₂O(5mL)稀释并用DCM(5mL×3)萃取。将合并的有机层用H₂O(5mL×3)洗涤。将合并的有机层用盐水(10mL)洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤，并在减压下浓缩以提供残余物，将其通过柱色谱法(SiO₂，石油醚/乙酸乙酯＝10∶1至1∶1)纯化以提供呈无色油状的化合物4.15(440mg，755.12μmol，38.92％收率)。LCMS(ESI)：m/z：[M+H]C₂₁H₄₇O₈N₆的计算值：583；实测值583；RT＝1.071min。

化合物4.16：向化合物4.15(438.48mg，752.52μmol，1当量)在DCM(5mL)中的溶液中加入戴斯-马丁高碘烷(638.35mg，1.51mmol，465.95μL，2当量)。将混合物在25℃搅拌10小时，过滤，并在减压下浓缩以提供残余物，将其通过制备型HPLC纯化(柱：Waters Xbridge150×25 5u；流动相：[水(0.04％NH₃H₂O+10mM NH₄HCO₃)-ACN]；B％:35％-70％,10min)，得到呈无色油状物的化合物4.16(110mg，189.44μmol，25.17％收率)。LCMS(ESI):m/z:[M+H]C₂₇H₄₅O₈N₆的计算值：581；实测值581；RT＝1.219min。

化合物4：向化合物4.16(30.00mg，51.66μmol，1当量)在DCM(5mL)中的溶液中加TFA(1mL)。将混合物在25℃下搅拌2小时。过滤并在减压下浓缩，得到呈无色油状物的标题化合物(20mg，39.96μmol，77.35％收率，98.8％纯度，TFA)。

LCMS(ESI):m/z:[M+H]C₁₇H₂₉O₄N₆的计算值：381；实测值381；RT＝1.949min。¹H NMR(400MHz,甲醇-d4)δ8.22-8.42(m,2H),4.89-5.07(m,2H),4.50(m,1H),3.23(s,3H),3.11-3.16(m,2H),2.54(s,3H),1.89-2.02(m,1H),1.48-1.92(m,3H),1.26-1.30(t,6H)。

实施例5：(S)-N-(6-胍基-1-(异噁唑-3-基氧基)-2-氧代己-3-基)-2-甲氧基-2-甲基丙酰胺(5)的制备

化合物5.12：向化合物4(1g，2.74mmol，1当量)、异噁唑-3-醇(186.51mg，2.19mmol，0.8当量)在DMF(10mL)中的溶液中加入DIPEA(708.45mg，5.48mmol，954.78μL，2当量)和KI(454.97mg，2.74mmol，1当量)。将混合物在25℃下搅拌12小时。通过加入H₂O(20mL)淬灭反应混合物，然后用EtOAc(20mL×3)萃取。将合并的有机层用H₂O(20mL×3)和饱和盐水(40mL)洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤并在减压下浓缩以提供残余物，将其通过MPLC(SiO₂，石油醚/乙酸乙酯＝10/1至1:1)纯化，得到呈白色固体的化合物5.12(380mg,919.06μmol,33.53％收率)。

化合物5.18：向化合物5.12(380mg，919.06μmol，1当量)在THF(5mL)中的溶液中加入NaBH₄(69.54mg，1.84mmol，2当量)。将混合物在25℃下搅拌0.5h。通过加入H₂O(5mL)淬灭反应混合物，然后用EtOAc(5mL×3)萃取。将合并的有机层用H₂O(5mL×3)和饱和盐水(5mL)洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤并在减压下浓缩，得到呈黄色油状物的化合物5.18(700mg，粗品)。

化合物19：向TFA(1.54g,13.51mmol,1mL,8.02当量)在DCM(5mL)中的溶液中加入化合物5.18(700mg,1.68mmol,1当量)。将混合物在25℃下搅拌1小时。将反应混合物在减压下浓缩，得到呈黄色油状物的化合物5.19(700mg，粗品)。

化合物20：向化合物5.19(700.00mg，2.22mmol，1当量)和化合物5.6C(1.29g，4.44mmol，2当量)在DCM(10mL)中的溶液中加入TEA(673.82mg，6.66mmol，926.85μL，3当量)。将混合物在25℃下搅拌12小时。将反应混合物在减压下浓缩以提供残余物，将其通过柱色谱法(SiO₂，石油醚/乙酸乙酯＝10/1至1:2)纯化，得到呈黄色油状物的化合物5.20(260mg,373.00μmol,16.80％收率，80％纯度)。

化合物21：向化合物5.20(260mg，466.25μmol，1当量)在DCM(5mL)中的溶液中加入戴斯-马丁高碘烷(395.52mg，932.51μmol，288.70μL，2当量)。将混合物在5℃下搅拌12小时。通过加入H₂O(5mL)淬灭反应混合物，然后用DCM(5mL×3)萃取。将合并的有机层用Na2SO3(5mL×3)和饱和盐水(5mL)洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤，并在减压下浓缩以提供残余物，将其通过制备型HPLC(柱Waters Xbridge 150*25 5u；流动相：[水(0.04％NH₃H₂O+10mMNH₄HCO₃)-ACN]；B％:45％-65％；10min)纯化，得到呈黄色油状物的化合物5.21(60mg，107.99μmol，23.16％收率)。

化合物5：向化合物5.21(60mg，107.99μmol，1当量)在DCM(5mL)中的溶液中加入TFA(1.54g，13.51mmol，1mL，125.07当量)。将混合物在25℃下搅拌2小时。将反应混合物在减压下浓缩以提供呈黄色油状物的标题化合物(35mg，粗品)。

LCMS(ESI):m/z:[M+H]C₁₅H₂₆N₅O₅的计算值：356；实测值：356；RT＝1.965min。¹HNMR(400MHz,甲醇-d₄)δ8.38(d,J＝2.8Hz,1H),6.16(d,J＝2.8Hz,1H),5.02-5.05(m,1H),4.59(dd,J＝9.15,4.52Hz,1H),3.29(br s,3H),3.14-3.25(m,2H),1.98-2.09(m,1H),1.49-1.73(m,3H),1.39(s,6H)。

实施例6：(S)-N-(6-胍基-1-((1,1,1,3,3,3-六氟丙-2-基)氧基)-2-氧代己-3-基)烟酰胺(6)的制备

化合物6.2：在0℃下，向化合物6.1A(3.48g，28.29mmol，2.37mL，1当量)在DMF(80mL)中的溶液中加入HOBt(4.97g，36.78mmol，1.3当量)和EDCI(7.05g，36.78mmol，1.3当量)持续1小时。然后在0℃下，将化合物1.1(8g，28.29mmol，1当量，HCl)和DIPEA(10.97g，84.88mmol，14.78mL，3当量)加入到混合物中，持续1小时。将混合物用H₂O(100mL)稀释并用EtOAc(100mL×3)萃取。将合并的有机层用H₂O(100mL×3)洗涤。将合并的有机层用盐水(300mL×1)洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤并在减压下浓缩以提供残余物，将其通过柱色谱法(SiO₂，石油醚/乙酸乙酯＝10∶1至1∶1)纯化，得到呈无色油状物的化合物6.2(8.83g，25.13mmol，88.82％收率)。

化合物6.3：在0℃下，向DIEA(13.99g，138.21mmol，19.53mL，5.5当量)在THF(40mL)中的溶液中加入n-BuLi(2.5M，55.28mL，5.5当量)，将混合物在0℃下搅拌30分钟。在-78℃将混合物加入到氯(碘)甲烷(24.38g，138.21mmol，10.03mL，5.5当量)和化合物6.2(8.83g，25.13mmol，1当量)在THF(40mL)中的溶液中。将混合物在-78℃下搅拌3h，然后用H₂O(50mL)稀释并用EtOAc(50mL×3)萃取。将合并的有机层用H₂O(50mL×3)洗涤。将合并的有机层用盐水(100mL)洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤并在减压下浓缩以提供残余物，将其通过柱色谱法(SiO₂，石油醚/乙酸乙酯＝10∶1至1∶1)纯化，得到呈黄色油状物的化合物6.3(4.86g，13.14mmol，52.29％收率)。LCMS(ESI)：m/z：[M+H]C₁₇H₂₅O₃ClN₄的计算值：370；实测值370；RT＝0.897min。

化合物6.4：向化合物6.3(4.86g,13.14mmol,1当量)和化合物6.3A(2.21g,13.14mmol,1当量)在DMF(50mL)中的溶液中加入K₂CO₃(5.45g,39.42mmol,3当量)和KI(2.18g,13.14mmol,1当量)。将混合物在25℃下搅拌1小时。将残余物用H₂O(50mL)稀释并用EtOAc(50mL×3)萃取。将合并的有机层用H₂O(100mL×3)洗涤。将合并的有机层用盐水(200mL)洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤，并在减压下浓缩以提供残余物，将其通过柱色谱法(SiO₂，石油醚/乙酸乙酯＝10∶1至1∶1)纯化以提供呈黄色油状物的化合物6.4(4.5g，8.97mmol，68.30％收率)。LCMS(ESI)：m/z：[M+H]C₂₀H₂₆O₅F₆N₃的计算值：502；实测值502；RT＝1.113min。

化合物6.5：向化合物6.4(4g，7.98mmol，1当量)在THF(40mL)中的溶液中加入NaBH₄(603.61mg，15.95mmol，2当量)。将混合物在25℃下搅拌1小时。将残余物用H₂O(30mL)稀释并用EtOAc(20mL×3)萃取。将合并的有机层用盐水(50mL)洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤并在减压下浓缩，得到呈黄色油状物的化合物6.5(1g，粗品)。

化合物6.6：向化合物6.5(800mg，1.59mmol，1当量)在DCM(5mL)中的溶液中加入TFA(1.54g，13.51mmol，1mL，8.50当量)。将混合物在25℃下搅拌1小时。然后将混合物过滤并在减压下浓缩，得到呈无色油状物的化合物6.6(1.2g，粗品)。

化合物6.7：向化合物6(1.12g,2.78mmol,1当量)和化合物6A(1.62g,5.56mmol,2当量)在DCM(10mL)中的溶液中加入TEA(844.20mg,8.34mmol,1.16mL,3当量)。将混合物在25℃下搅拌10小时。将混合物用H₂O(5mL)稀释并用DCM(5mL×3)萃取。将合并的有机层用H₂O(5mL×3)洗涤。将合并的有机层用盐水(10mL)洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤，并在减压下浓缩以提供残余物，将其通过制备型HPLC(柱：Phenomenex Luna C18 200*40mm*10um；流动相：[水(0.1％TFA)-ACN]；B％:35％-55％,10min)纯化，得到呈无色油状物的化合物6.7(200mg，309.79μmol，11.14％收率)。LCMS(ESI)：m/z：[M+H]C₂₆H₃₈O₇F₆N₅的计算值：646；实测值646；RT＝1.123min。

化合物6.8：向化合物6.7(200mg，309.79μmol，1当量)在DCM(3mL)中的溶液中加入戴斯-马丁高碘烷(262.79mg，619.59μmol，191.82uL，2当量)。将混合物在25℃下搅拌1小时，用H₂O(3mL)稀释并用EtOAc(3mL×3)萃取。将合并的有机层用H₂O(3mL×3)洗涤。将合并的有机层用盐水(10mL)洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤并在减压下浓缩以提供呈无色油状物的化合物6.8(100mg，155.38μmol，50.16％收率)。

化合物6：向化合物6.8(99.69mg，154.90μmol，1当量)在DCM(5mL)中的溶液中加入TFA(1.54g，13.51mmol，1mL，87.19当量)。将混合物在25℃下搅拌1小时。然后将混合物过滤并在减压下浓缩以提供残余物，将其通过制备型HPLC(柱：Phenomenex Synergi C18 100*30mm*4um；流动相：[水(0.1％TFA)-ACN]；B％:20％-40％,10min)纯化，得到呈无色油状物的标题化合物(10mg，17.71μmol，11.43％收率，98.7％纯度，TFA)。

LCMS(ESI):m/z:[M+H]C₁₆H₂₀O₃F₆N₅的计算值：444；实测值：444；RT＝2.791min。¹HNMR(400MHz,甲醇-d4)δ9.10(br s,1H),8.81(br s,1H),8.43(d,J＝7.95Hz,1H),7.72(d,J＝4.52Hz,1H),5.03-5.13(m,1H),4.77-4.86(m,3H),3.22-3.30(m,2H),1.65-2.12(m,4H)。

实施例7：(S)-N-(6-(3-氰基胍基)-1-((1,1,1,3,3,3-六氟丙-2-基)氧基)-2-氧代己-3-基)-2-甲氧基-2-甲基丙酰胺(7)的制备

化合物7.3：于0℃在N₂下，向化合物7.2(12.53g，106.10mmol，1当量)和HOBt(15.77g，116.71mmol，1.1当量)在DMF(300mL)中的混合物中一次性加入EDCI(22.37g，116.71mmol，1.1当量)。将混合物在0℃下搅拌60分钟，然后向混合物中加入化合物1(30g，106.10mmol，1当量，HCl)和DIPEA(41.14g，318.29mmol，55.44mL，3当量)，然后将混合物在0℃下搅拌30分钟。将反应混合物用H₂O(100mL)稀释并用EtOAc(100mL×3)萃取。将合并的有机层用H₂O(200mL×3)和盐水(300mL)洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤并在减压下浓缩以提供残余物，将其通过柱色谱法(SiO₂，石油醚/乙酸乙酯＝10∶1至1∶1)纯化，得到呈无色油状物的化合物3(43g，粗品)。LCMS(ESI)：m/z：[M+H]C₁₆H₃₁O₆N₂的计算值：347；实测值：347；RT＝1.061min。

化合物7.4：在0℃下，向DIPA(20.89g，206.40mmol，29.17mL，5.5当量)在THF(100mL)中的溶液中加入n-BuLi(2.5M，82.56mL，5.5当量)，将混合物在0℃下搅拌30分钟。在-78℃下向混合物中加入氯(碘)甲烷(36.41g，206.40mmol，14.98mL，5.5当量)和化合物7.3(13g，37.53mmol，1当量)在THF(100mL)中的溶液。将混合物在-78℃下搅拌3h。将残余物用H₂O(100mL)稀释并用EtOAc(100mL×3)萃取。将合并的有机层用H₂O(100mL×3)洗涤。将合并的有机层用盐水(200mL×1)洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤并在减压下浓缩以提供残余物，将其通过柱色谱法(SiO₂，石油醚/乙酸乙酯＝10∶1至1∶1)纯化，得到呈黄色油状物的化合物7.4(13.71g，粗品)。

化合物7.5：向化合物7.4(13.71g,37.57mmol,1当量)和化合物7.4A(6.31g,37.57mmol,1当量)在DMF(100mL)中的溶液中加入K₂CO₃(15.58g,112.71mmol,3当量)和KI(6.24g,37.57mmol,1当量)。将混合物在25℃下搅拌1小时。将残余物用H₂O(100mL)稀释并用EtOAc(100mL×3)萃取。将合并的有机层用H₂O(100mL×3)洗涤。将合并的有机层用盐水(200mL)洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤并在减压下浓缩以提供残余物，将其通过柱色谱法(SiO₂，石油醚/乙酸乙酯＝10∶1至1∶1)纯化，得到呈黄色油状物的化合物7.5(5.5g，11.08mmol，29.49％收率)。

¹H NMR(400MHz,氯仿-d)δ1.38-1.42(m,6H),1.46-1.50(m,9H),1.55-1.58(m,3H),1.91-1.96(m,1H),3.14-3.17(m,2H),3.32(s,3H),4.33-4.36(m,J＝11.31,5.59Hz,1H),4.62(br d,J＝3.06Hz,2H),4.69-4.74(m,1H),7.19-7.21(br d,J＝7.34Hz,1H)。

化合物7.6：在0℃下向化合物7.5(5.5g,11.08mmol,1当量)在THF(60mL)中的溶液中加入NaBH₄(838.28mg,22.16mmol,2当量)。将混合物在25℃下搅拌1小时。将残余物用H₂O(50mL)稀释并用EtOAc(50mL×3)萃取。将合并的有机层用H₂O(100mL×3)洗涤。将合并的有机层用盐水(200mL)洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤并在减压下浓缩，得到呈无色油状物的化合物7.6(6g，粗品)。

化合物7.7：向化合物7.6(6g，12.04mmol，1当量)在DCM(50mL)中的溶液中加入TFA(15.40g，135.06mmol，10mL，11.22当量)。将混合物在25℃下搅拌1小时，过滤，并在减压下浓缩以提供呈无色油状物的化合物7.7(9.7g，粗品)。

化合物7.8：向化合物7.7(300mg，753.12μmol，1当量)和(二氰基氨基)钠(73.76mg，828.44μmol，1.1当量)在n-BuOH(3mL)中的溶液中加入DIPEA(97.34mg，753.12μmol，131.18μL，1当量)。将混合物在120℃下搅拌0.5小时。将残余物用H₂O(3mL)稀释并用EtOAc(3mL×3)萃取。将合并的有机层用H₂O(3mL×3)洗涤。将合并的有机层用盐水(9mL)洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤并在减压下浓缩，得到呈无色油状物的化合物7.8(840mg，粗品)。

化合物7：向化合物7.8(840mg，1.80mmol，1当量)在DCM(1mL)中的溶液中加入戴斯-马丁高碘烷(1.53g，3.61mmol，1.12mL，2当量)。将混合物在25℃下搅拌0.5小时。过滤并在减压下浓缩以提供残余物，将其通过制备型HPLC(柱：Nano-micro Kromasil C18 100×30mm 5um；流动相：[水(0.1％TFA)-ACN]；B％:30％-52％,10min)纯化以提供呈白色固体的标题化合物(10mg，18.56μmol，1.03％收率，86％纯度)。

LCMS(ESI):m/z:[M+H]C₁₆H₂₄O₄F₆N₅计算值：464；实测值464；RT＝2.845min。¹H NMR(400MHz,氯仿-d)δ4.98-5.04(m 1H),4.44-4.64(m,2H),4.26(m,1H),3.32(s,3H),3.14-3.16(m,2H),1.88-1.97(m,1H),1.57-1.66(m,2H),1.36-1.37(d,J＝3.42Hz,6H)。

实施例8：(S)-N-(1-((1,1,1,3,3,3-六氟丙-2-基)氧基)-6-(3-(4-硝基苄基甲酰基)胍基)-2-氧代己-3-基)-2-甲氧基-2-甲基丙酰胺(8)的制备

化合物8.11：向化合物1.10(3.5g，5.48mmol，1当量)在DCM(50mL)中的溶液中加入TFA(15.40g，135.06mmol，10mL，24.64当量)。将混合物在25℃下搅拌1小时，过滤，并在减压下浓缩以提供残余物，将其通过制备型HPLC(柱：YMC-Exphere C18 10um 300*50mm 12nm；流动相：[水(10mM NH₄HCO₃)-ACN]；0min)纯化，得到呈无色油状物的化合物8.11(1.8g，4.11mmol，74.92％收率)。

化合物8：向化合物8.11A(24.59mg，114.06μmol，0.5当量)在DCM(1mL)中的溶液中加入TEA(46.17mg，456.24μmol，63.50μL，2当量)和化合物8.11(100mg，228.12μmol，1当量)。将混合物在0℃下搅拌0.5小时。过滤并在减压下浓缩以提供残余物，将其通过制备型HPLC(柱：Waters Xbridge 150*25 5u；流动相：[水(0.04％NH₃H₂O+10mM NH₄HCO₃)-ACN]；B％:45％-65％,10min)纯化以提供呈白色固体的标题化合物(10mg，15.06μmol，6.60％收率，93％纯度)。

实施例9：(S)-N-(6-(3-氰基胍基)-2-氧代-1-苯氧基己-3-基)-2-甲氧基-2-甲基丙酰胺(9)的制备

化合物9.5：向化合物1.4(2g，5.48mmol，1当量)、苯酚9.1A(515.87mg，5.48mmol，482.12μL，1当量)在DMF(25mL)中的溶液中加入KI(909.93mg，5.48mmol，1当量)和K₂CO₃(1.52g，10.96mmol，2当量)。将混合物在25℃下搅拌12小时。通过加入H₂O(25mL)淬灭反应混合物，然后用EtOAc(25mL×3)萃取。将合并的有机层用H₂O(25mL×3)和饱和盐水(25mL)洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤并在减压下浓缩以提供残余物，将其通过MPLC(SiO₂，石油醚/乙酸乙酯＝10/1至1:1)纯化，得到呈黄色油状物的化合物9.5(1.69g,4.00mmol,72.97％收率)。

化合物9.6：在0℃下向化合物9.5(1.69g,4.00mmol,1当量)在THF(20mL)中的溶液中加入NaBH₄(378.31mg,10.00mmol,2.5当量)。将混合物在25℃下搅拌12小时。通过加入H₂O(20mL)淬灭反应混合物，然后用EtOAc(20mL×3)萃取。将合并的有机层用饱和盐水(20mL)洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤，并在减压下浓缩以提供残余物，将其通过MPLC(SiO₂，石油醚/乙酸乙酯＝10/1至0:1)纯化，得到呈黄色油状物的化合物9.6(700mg，1.65mmol，41.22％收率)。

¹H NMR(400MHz,氯仿-d)δ7.26-7.30(m,1H),6.84-7.08(m,4H),4.54-4.67(m,1H),3.94-4.03(m,2H),3.79-3.86(m,1H),3.23-3.30(m,3H),3.08-3.20(m,2H),1.66-1.75(m,1H),1.45-1.64(m,3H),1.42(s,9H),1.35-1.39(m,6H)。

化合物9.7：向化合物9.6(350mg，824.44μmol，1当量)在DCM(5mL)中的溶液中加入TFA(1.54g，13.51mmol，1mL，16.38当量)。将混合物在25℃下搅拌1小时。将反应混合物在减压下浓缩，得到呈黄色油状物的化合物9.7(670mg，粗品，TFA)。

化合物9.8：向化合物9.7(670mg，1.53mmol，1当量，TFA)在n-BuOH(25mL)中的溶液中加入(二氰基氨基)钠(149.66mg，1.68mmol，1.1当量)和DIPEA(197.50mg，1.53mmol，266.18μL，1当量)。将混合物在120℃下搅拌0.5小时。将反应混合物在减压下浓缩以提供呈黄色油状物的化合物9.8(920mg，粗品)。

化合物9：在0℃下向化合物9.8(450mg,1.15mmol,1当量)在DCM(20mL)中的溶液中加入戴斯-马丁高碘烷(1.22g,2.87mmol,889.72μL,2.5当量)。将混合物在25℃下搅拌2小时。将反应混合物通过加入Na₂SO₃(20mL)淬灭，然后用DCM(20mL×3)萃取。将合并的有机层用NaHCO₃(20mL×3)和饱和盐水(20mL)洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤并在减压下浓缩以提供残余物，将其通过制备型HPLC(柱：Nano-micro Kromasil C18 100*30mm 5um；流动相：[水(0.1％TFA)-ACN]；B％:25％-40％,10min)纯化，得到呈黄色油状物的标题化合物(5.88mg，14.55μmol，1.27％收率，96.4％纯度)。

LCMS(ESI):m/z:[M+H]C₁₉H₂₈N₅O₄的计算值：390；实测值390；RT＝2.749min。¹H NMR(400MHz,氯仿-d),δ7.69(br s,1H),7.30-7.40(m,2H),7.01-7.10(m,1H),6.89(br d,J＝7.94Hz,2H),5.15-5.17(m,1H),4.59-4.75(m,2H),3.32(s,3H),3.04-3.30(m,2H),2.00-2.03(m,1H),1.66-1.75(m,1H),1.50-1.63(m,2H),1.37(br d,J＝12.57Hz,6H)。

实施例10：(S)-N-(6-(3-氰基胍基)-1-(4-氟苯氧基)-2-氧代己-3-基)-2-甲氧基-2-甲基丙酰胺(10)的制备

化合物10.9：向化合物1.4(1g,2.74mmol,1当量)、化合物10.2A(307.24mg,2.74mmol,1当量)在DMF(10mL)中的溶液中加入KI(454.97mg,2.74mmol,1当量)和K₂CO₃(757.58mg,5.48mmol,2当量)。将混合物在25℃下搅拌12小时。通过加入H₂O(10mL)淬灭反应混合物，然后用EtOAc(10mL×3)萃取。将合并的有机层用H₂O(10mL×3)和饱和盐水洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤并在减压下浓缩以提供残余物，将其通过柱色谱法(SiO₂，石油醚/乙酸乙酯＝10/1至1:1)纯化，得到呈黄色油状物的化合物10.9(620mg，1.41mmol，51.35％收率)。

化合物10.10：在0℃下，向化合物10.9(620mg，1.41mmol，1当量)在THF(10mL)中的溶液中加入NaBH₄(133.12mg，3.52mmol，2.5当量)。将混合物在25℃下搅拌12小时。通过加入H₂O(20mL)淬灭反应混合物，然后用EtOAc(20mL×3)萃取。将合并的有机层用饱和盐水(20mL)洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤并在减压下浓缩以提供残余物，将其通过MPLC(SiO₂，石油醚/乙酸乙酯＝10/1至0:1)纯化以提供呈黄色油状的化合物10.10(269mg，607.88μmol，43.19％收率)。

¹H NMR(400MHz,氯仿-d)6.91-7.03(m,2H),6.76-6.88(m,2H),4.55-4.58(m,1H),4.06(br d,J＝4.19Hz,1H),3.90-4.01(m,2H),3.72-3.81(m,1H),3.24-3.31(m,3H),3.04-3.23(m,2H),1.67-1.77(m,1H),1.47-1.64(m,3H),1.43(s,9H),1.35-1.39(m,6H)。

化合物10.11：向化合物10.10(269mg，607.88μmol，1当量)在DCM(5mL)中的溶液中加入TFA(1.54g，13.51mmol，1mL，22.22当量)。将混合物在25℃下搅拌1小时。将反应混合物在减压下浓缩，得到呈黄色油状物的化合物10.11(550mg，粗品，TFA)，。

化合物10.12：向化合物10.11(550mg，1.21mmol，1当量，TFA)在n-BuOH(22mL)中的溶液中加入(二氰基氨基)钠(118.01mg，1.33mmol，1.1当量)和DIPEA(155.74mg，1.21mmol，209.89μL，1当量)。将混合物在120℃下搅拌0.5小时。将反应混合物在减压下浓缩，得到呈黄色油状物的化合物10.12(810mg，粗品)。

化合物10：在0℃下向化合物10.12(400mg,976.91μmol,1当量)在DCM(40mL)中的溶液中加入戴斯-马丁高碘烷(1.04g,2.44mmol,756.11μL,2.5当量)。将混合物在25℃下搅拌2小时。通过加入Na₂SO₃(40mL)淬灭反应混合物，然后用DCM(40mL×3)萃取。将合并的有机层用NaHCO₃(40mL×3)和饱和盐水(40mL)洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤并在减压下浓缩以提供残余物，将其通过制备型HPLC(柱：Luna C18 100*30 5u；流动相:[水(0.1％TFA)-ACN]；B％:10％-40％,14min)纯化，得到呈黄色油状物的标题化合物(11.94mg，26.08μmol，2.67％收率，89％纯度)。

LCMS(ESI):m/z:[M+H]C₁₉H₂₇FN₅O₄的计算值：408；实测值408；RT＝3.220min。¹HNMR(400MHz,氯仿-d)δ7.66(br s,1H),7.03(br t,J＝8.49Hz,2H),6.85(br dd,J＝8.93,4.08Hz,2H),5.07-5.10(m,1H),4.57-4.72(m,2H),3.49(br s,2H),3.32(s,3H),1.93-2.02(m,1H),1.75-1.90(m,2H),1.69-1.73(m 1H),1.37(d,J＝13.45Hz,6H)。

实施例11：(S)-N-(6-(3-氰基胍基)-1-(3-氟苯氧基)-2-氧代己-3-基)-2-甲氧基-2-甲基丙酰胺(11)的制备

化合物11.13：向化合物1.4(1g，2.74mmol，1当量)和3-氟苯酚11.3A(307.16mg，2.74mmol，251.77μL，1当量)在DMF(10mL)中的溶液中加入KI(454.97mg，2.74mmol，1当量)和K₂CO₃(757.58mg，5.48mmol，2当量)。将混合物在25℃下搅拌12小时。通过加入H₂O(10mL)淬灭反应混合物，然后用EtOAc(10mL×3)萃取。将合并的有机层用H₂O(10mL×3)和饱和盐水洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤并在减压下浓缩以提供残余物，将其通过柱色谱法(SiO₂，石油醚/乙酸乙酯＝10/1至1:1)纯化，得到呈黄色油状物的化合物11.13(620mg，1.41mmol，51.37％收率)。

化合物11.14：在0℃下向化合物11.13(620mg,1.41mmol,1当量)在THF(10mL)中的溶液中加入NaBH₄(133.12mg,3.52mmol,2.5当量)。将混合物在25℃下搅拌12小时。通过加入H₂O(10mL)淬灭反应混合物，然后用EtOAc(10mL×3)萃取。将合并的有机层用饱和盐水(10mL)洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤并在减压下浓缩，得到呈黄色油状物的化合物11.14(586mg，1.32mmol，94.09％收率)。

化合物11.15：向化合物11.14(586mg，1.32mmol，1当量)在DCM(8mL)中的溶液中加入TFA(150.99mg，1.32mmol，98.05μL，1当量)。将混合物在25℃下搅拌1小时。将反应混合物在减压下浓缩，得到呈黄色油状物的化合物11.15(920mg，粗品，TFA)。

化合物11.16：向化合物11.15(400mg，876.37μmol，1当量，TFA)和(二氰基氨基)钠(85.83mg，964.01μmol，1.1当量)在n-BuOH(16mL)中的溶液中加入DIPEA(113.26mg，876.37μmol，152.65μL，1当量)。将混合物在120℃下搅拌0.5小时。将反应混合物在减压下浓缩。将所得残余物通过制备型HPLC(柱：Phenomenex Luna C18 200*40mm*10um；流动相：[水(0.1％TFA)-ACN]；B％:25％-65％,12min)纯化，得到呈黄色油状物的化合物11.16(38mg，92.81μmol，10.59％收率)。

¹H NMR(400MHz,氯仿-d)δ7.50-7.61(m,1H),7.44(br s,1H),6.58-6.77(m,4H),3.93-4.27(m,5H),3.32(d,J＝3.53Hz,3H),3.10-3.22(m,2H),1.63-1.68(s,3H),1.50-1.55(br s,1H),1.38(br d,J＝4.19Hz,6H)。

化合物11：向化合物11.16(38mg，92.81μmol，1当量)在DCM(4mL)中的溶液中加入戴斯-马丁高碘烷(98.41mg，232.02μmol，71.83μL，2.5当量)。将混合物在25℃下搅拌12小时。通过加入Na₂SO₃(5mL)淬灭反应混合物，然后用DCM(5mL×3)萃取。将合并的有机层用NaHCO₃(5mL×3)和饱和盐水(5mL)洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤并在减压下浓缩以提供残余物，将其通过制备型HPLC(柱：Xtimate C18 150*25mm*5um；流动相：[水(10mM NH₄HCO₃)-ACN]；B％:30％-60％,10min)纯化以提供呈黄色固体的标题化合物(6.97mg，15.40μmol，16.59％收率，90％纯度)。

LCMS(ESI):m/z:[M+H]C₁₉H₂₇FN₅O₄的计算值：408；实测值：408；RT＝2.475min。¹HNMR(400MHz,甲醇-d₄)δppm 7.22-7.32(m,1H),6.65-6.80(m,3H),4.86-4.90(m,2H),4.65(dd,J＝9.59,4.30Hz,1H),4.58(s,1H),3.29-3.30(m,3H),3.19(br t,J＝6.84Hz,2H),1.91-2.04(m,1H),1.50-1.75(m,3H),1.23-1.44(m,6H)。

实施例12：(S)-2-乙酰氨基-N-((S)-6-胍基-1-((1,1,1,3,3,3-六氟丙-2-基)氧基)-2-氧代己-3-基)-3-甲基丁酰胺(12)的制备

化合物12.2：在0℃下向化合物12.1A(9.69g,60.90mmol,1当量)在DMF(250mL)中的溶液中加入HOBt(12.34g,91.35mmol,1.5当量)和EDCI(17.51g,91.35mmol,1.5当量)。将混合物在25℃下搅拌1小时。然后将化合物1.1(15g,60.90mmol,1当量)、DIPEA(23.61g,182.70mmol,31.82mL,3当量)加入到混合物中。将混合物在25℃下搅拌12小时。通过在25℃下加入H₂O(150ml)淬灭反应混合物，然后用乙酸乙酯(150mL×3)萃取。将合并的有机层用H₂O(150mL×3)和饱和盐水(150mL)洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤并在减压下浓缩以提供残余物，将其通过MPLC(SiO₂，石油醚/乙酸乙酯＝10/1至0:1)纯化，得到呈白色固体的化合物12.2(8g,20.65mmol,33.90％收率)。

化合物12.3：在0℃下向DIPA(12.54g,123.92mmol,17.51mL,5.5当量)在THF(120mL)中的溶液中加入n-BuLi(2.5M,49.57mL,5.5当量)。将混合物在0℃下搅拌30分钟。在-78℃下向混合物中加入化合物12.2(8.73g,22.53mmol,1当量)和氯(碘)甲烷(21.86g,123.92mmol,8.99mL,5.5当量)在THF(160mL)中的溶液。将混合物在-78℃下搅拌3小时。通过在25℃下加入H₂O(150mL)淬灭反应混合物，然后用乙酸乙酯(150mL×3)萃取。将合并的有机层用H₂O(150mL×3)和盐水(150mL)洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤并在减压下浓缩以提供残余物，将其通过MPLC(SiO₂，石油醚/乙酸乙酯＝10/1至0:1)纯化，得到呈黄色固体的化合物12.3(7.59g,18.70mmol,82.99％收率)。

化合物12.4：向化合物12.3(7.59g，18.70mmol，1当量)和化合物12.3A(3.14g，18.70mmol，1当量)在DMF(150mL)中的溶液中加入KI(3.10g，18.70mmol，1当量)和K₂CO₃(5.17g，37.40mmol，2当量)。将混合物在25℃下搅拌12小时。通过在25℃下加入H₂O(100mL)淬灭反应混合物，然后用乙酸乙酯(100mL×3)萃取。将合并的有机层用H₂O(100mL×3)洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤并在减压下浓缩以提供残余物，将其通过柱色谱法(SiO₂，石油醚/乙酸乙酯＝10/1至0:1)纯化，得到呈白色固体的化合物12.4(1.08g，2.02mmol，10.78％收率)。

¹H NMR(400MHz,甲醇-d₄)δ5.04-4.97(m,1H),4.81-4.64(m,2H),4.50-4.39(m,1H),4.13-4.08(m,1H),3.09-3.02(m,2H),2.00(s,3H),1.91-1.75(m,1H),1.66-1.46(m,4H),1.44(s,9H),0.98(t,J＝6.4Hz,6H)。

化合物12.5：在0℃下，向化合物12.4(1.08g，2.02mmol，1当量)在THF(20mL)中的溶液中加入NaBH₄(152.50mg，4.03mmol，2当量)。将混合物在25℃下搅拌2小时。通过加入H₂O(20ml)淬灭反应混合物，然后用乙酸乙酯(20mL×3)萃取。将合并的有机层用盐水(20mL)洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤，并在减压下浓缩以提供残余物，将其通过柱色谱法(SiO₂，石油醚/乙酸乙酯＝10/1至0:1)纯化以提供呈白色固体的化合物12.5(593mg，1.10mmol，54.54％收率)。

化合物12.6：向化合物12.5(593mg，1.10mmol，1当量)在DCM(5mL)中的溶液中加入TFA(1.54g，13.51mmol，1mL，12.29当量)。将混合物在25℃下搅拌12小时。通过加入H₂O 5(mL)淬灭反应混合物，然后用DCM(5mL×3)萃取。将合并的有机层用NaHCO₃(5mL×3)和饱和盐水(100mL)洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤并在减压下浓缩，得到呈白色固体的化合物12.6(800mg，粗品)，其不经纯化即可用于下一步骤。

化合物12.7：向化合物12.6(530mg，957.69μmol，1当量，TFA，以100％纯度计算)在DCM(15mL)中的溶液中加入TEA(290.73mg，2.87mmol，399.90μL，3当量)和化合物12.6A(417.14mg，1.44mmol，1.5当量)。将混合物在25℃下搅拌12小时。通过加入H₂O(20mL)淬灭反应混合物，然后用DCM(20mL×3)萃取。将合并的有机层用饱和盐水(20mL)洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤并在减压下浓缩以提供残余物，将其通过柱色谱法(SiO₂，石油醚/乙酸乙酯＝10/1至0:1)纯化以提供呈白色固体的化合物12.7(100mg，146.70μmol，15.32％收率)。

化合物12.8：在0℃下，向化合物12.7(100mg，146.70μmol，1当量)在DCM(20mL)中的溶液中加入戴斯-马丁高碘烷(155.55mg，366.75μmol，113.54μL，2.5当量)。将混合物在25℃下搅拌12小时。通过加入H₂O(20mL)淬灭反应混合物，然后用DCM(20mL×3)萃取。将合并的有机层用盐水20mL洗涤，经Na₂SO₄干燥，过滤，并在减压下浓缩以提供残余物，将其通过制备型HPLC(柱：Xbridge 150*30mm*10um；流动相：[水(0.1％TFA)-ACN]；B％:40％-70％,10min)纯化，得到呈白色固体的化合物12.8(20mg，29.43μmol，20.06％收率)。

¹H NMR(400MHz,甲醇-d₄)δ5.06-4.99(m,1H),4.79-4.63(m,2H),4.54-4.44(m,1H),4.07-3.99(m,1H),3.49(br t,J＝6.7Hz,2H),2.00(s,3H),1.95-1.89(m,1H),1.83-1.62(m,4H),1.62-1.52(m,18H),1.03-0.95(m,6H)。

化合物12：向化合物12.8(41mg，60.33μmol，1当量)在DCM(15mL)中的溶液中加入TFA(4.62g，40.52mmol，3mL，671.66当量)。将混合物在25℃下搅拌12小时。将反应混合物在减压下浓缩以提供呈黑色油状物的标题化合物(35mg，粗品)。

LCMS(ESI):m/z:[M+H]C₁₇H₂₈F₆N₅O₄的计算值：480；实测值480；RT＝1.528min。¹HNMR(400MHz,甲醇-d₄)δ5.09-4.93(m,1H),4.80-4.60(m,1H),4.07-4.00(m,1H),3.25-3.11(m,2H),2.02-1.96(m,3H),1.73-1.63(m,2H),1.62-1.46(m,2H),1.35-1.24(m,2H),1.07-0.94(m,6H)。

实施例13：精氨酸牙龈蛋白酶的抑制。

在类似于Barret Biochemical Journal.1980,187(3),909中描述的荧光测定法中测量上述化合物抑制RgpB活性的能力。具体的测定条件如下。缓冲液：全部加入后，pH＝7.5、100mM Tris-HCl、75mM NaCl、2.5mM CaCl₂、10mM半胱氨酸、1％DMSO，蛋白质：0.02nMRgpB，分离自牙龈卟啉单胞菌的培养物中，如Pike et al.J.Biol.Chem.1994,269(1),406,以及Potempa and Nguyen.Current Protocols in Protein Scienc.2007,21.20.1-21.20.27中所述。荧光底物：10M Boc-Phe-Ser-Arg-MCA。时间＝90分钟。温度＝37℃。每种化合物：10个浓度，以100μM或100nM起始，以连续3倍稀释产生较低浓度。通过测试每种化合物的一系列浓度，测定将RgpB活性抑制50％时所需的浓度(“IC₅₀”)。所有实施例1-17表现出在约20皮摩尔至约375nM的IC₅₀值。

有利地，发现与参考化合物N-[(1S)-4-胍基-1-[2-(2,3,5,6-四氟苯氧基)乙酰基]丁基]-环戊烷甲酰胺相比，根据本公开内容的化合物相对于内源蛋白酶如组织蛋白酶表现出对Rgp增加的选择性。例如，当针对组织蛋白酶K、F、B、H、V、L和S筛选时，实施例1的化合物1显示超过10μM的IC₅₀值。化合物1对组织蛋白酶K、F和B的IC₅₀值比参考化合物对组织蛋白酶K、F和B的IC₅₀值高约4到6个数量级。化合物的组织蛋白酶抑制活性降低是有利的，因为组织蛋白酶是许多重要的生理过程(包括MHC-II介导的抗原呈递，骨重塑，角质形成细胞分化和激素原活化)中涉及的溶酶体蛋白酶。因此，本发明的化合物可以用于选择性地抑制对象体内由侵入性牙龈卟啉单胞菌引起的Rgp，而不干扰对象体内的内源性组织蛋白酶活性。

VI.示例性实施方案

根据当前公开主题提供的示例性实施方案包括但不限于权利要求和以下实施方案：

1.根据式I的化合物：

或其药学上可接受的盐，其中：

Z选自NH、CH₂和S；

R¹选自H和C_1-4烷基；

R²选自H、-CN、-OH、-OR^2a、-C(O)R^2a和-C(O)OR^2a；

R^2a选自C_1-8烷基、C_6-10芳基和C_7-18芳基烷基；

R³选自C_3-8环烃基、C_3-8烷基、3元至12元杂环基、C_6-10芳基以及5元至12元杂芳基，

其中R³任选地被一个或多个R^3a取代基取代；

每个R^3a独立地选自卤素、–CN、–NO₂、–N₃、–OH、C_1-4烷基、C_1-4卤代烷基、C_1-4烷氧基、C_1-4卤代烷氧基、–N(R^c)₂、–N⁺(R^b)₃、–(CH₂)_kC(O)R^b、–NR^c(CH₂)_uC(O)R^b、–O(CH₂)_uC(O)R^b、–(CH₂)_kCONR^cR^c、–(CH₂)_kNR^cC(O)R^b、–NR^c(CH₂)_uCONR^cR^c、–NR^c(CH₂)_uNR^cC–(O)R^b、–O(CH₂)_uCONR^cR^c和–O(CH₂)_uNR^cC(O)R^b以及任选取代的三唑基；

每个R^b独立地选自C_1-4烷基、C_1-4卤代烷基和C_1-4氘代烷基；

每个R^c独立地选自H和C_1-8烷基；

每个下标k独立地选自0、1、2、3、4、5和6；

每个下标u独立地选自1、2、3、4、5和6；

R⁴选自-CH₂R^4a和-CHS(O)(R^4b)₂；

R^4a选自-O-R⁵、-SO-R⁶、3元至12元杂环基和5元至12元杂芳基，

每个R^4b独立地选自C_1-8烷基；以及

其中苯基任选地被1-5个卤素取代，以及

条件是R⁴不是2,3,5,6-四氟苯氧基甲基。

2.如实施方案1所述的化合物，或其药学上可接受的盐，其中R²是-CN。

3.如实施方案1所述的化合物，或其药学上可接受的盐，其中R²选自–OR^2a、–C(O)R^2a和–C(O)OR^2a。

4.如实施方案1所述的化合物，或其药学上可接受的盐，其中R²是H。

5.如实施方案1-4中任一项所述的化合物，其具有根据式Ia的结构：

或其药学上可接受的盐。

6.如实施方案1-5中任一项所述的化合物，或其药学上可接受的盐，其中R⁴是-CH₂OR⁵并且R⁵是C_1-8卤代烷基。

7.如实施方案1-5中任一项所述的化合物，或其药学上可接受的盐，其中R⁴是-CH₂OR⁵并且R⁵是任选地被一个或多个卤素、C_1-4烷基或C_1-4卤代烷基取代的5元至12元杂芳基。

8.如实施方案1-5中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐，其中R⁴是-CH₂OR⁵并且R⁵是任选地被1-5个卤素取代的苯基。

9.如实施方案1-8中任一项所述的化合物，或其药学上可接受的盐，其中R³是C_3-8烷基。

10.如实施方案9所述的化合物，或其药学上可接受的盐，其中R³被R^3a取代，并且R^3a是C_1-4烷氧基。

11.如实施方案1-8中任一项所述的化合物，或其药学上可接受的盐，其中R³选自C_3-8环烃基和5元至12元杂芳基。

12.如实施方案1所述的化合物，其是根据如本文所示的式Ia的物质中的任一种，或其药学上可接受的盐。

13.如实施方案1所述的化合物，其是根据如本文所示的式Ib的物质中的任一种，或其药学上可接受的盐。

14.药物组合物，其包含实施方案1-13中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐以及药学上可接受的赋形剂。

15.治疗与牙龈卟啉单胞菌感染相关的疾病或病况的方法，所述方法包括向有需要的对象施用有效量的实施方案1-13中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐，或有效量的实施方案14所述的组合物。

16.如实施方案15所述的方法，其中所述疾病或病况选自脑部病症、牙周病、糖尿病、心血管疾病、关节炎、升高的早产风险、肺炎、癌症、肾脏疾病、肝脏疾病、视网膜病症和青光眼。

17.如实施方案15所述的方法，其中所述疾病或病况是脑部病症。

18.如实施方案16或实施方案17所述的方法，其中所述脑部病症选自阿尔茨海默氏病、唐氏综合征、癫痫、孤独症、帕金森病、特发性震颤、额颞叶痴呆、进行性核上性麻痹、肌萎缩性侧索硬化、亨廷顿氏病、多发性硬化、轻度认知损害、年龄相关的记忆损害、慢性创伤性脑病、中风、脑血管疾病、路易体病、多系统萎缩、精神分裂症和抑郁症。

19.如实施方案16-18中任一项所述的方法，其还包括向所述对象施用一种或多种活性剂，所述活性剂选自胆碱酯酶抑制剂、血清素调节剂、NMDA调节剂、Aβ靶向治疗剂、ApoE靶向治疗剂、小神经细胞靶向治疗剂、血脑屏障靶向治疗剂、tau靶向治疗剂、补体靶向治疗剂和抗炎剂。

20.如实施方案15-19中任一项所述的方法，其中将所述化合物施用至所述对象持续至少一个月。

21.如实施方案20所述的方法，其中将所述化合物施用至所述对象持续至少一年。

22.抑制精氨酸牙龈蛋白酶的方法，所述方法包括使精氨酸牙龈蛋白酶与有效量的实施方案1-13中任一项所述的化合物接触。

虽然为了清楚和理解的目的已经通过说明和实例的方式对上述内容进行了一些详细描述，但是本领域技术人员将理解，可以在所附权利要求的范围内实施某些改变和修改。此外，本文提供的每篇参考文献通过引用以其整体并入，其程度如同每篇参考文献通过引用单独地并入。

Claims

1.根据式I的化合物：

或其药学上可接受的盐，其中：

Z选自NH、CH₂和S；

R¹选自H和C_1-4烷基；

R²选自H、-CN、-OH、-OR^2a、-C(O)R^2a和-C(O)OR^2a；

R^2a选自C_1-8烷基、C_6-10芳基和C_7-18芳基烷基；

R³选自：被R^3a取代的C_3-8烷基、未取代的C_3-8烷基、C_3-8环烃基、3元至12元杂环基、C_6-10芳基以及5元至12元杂芳基，

其中C_3-8环烃基、3元至12元杂环基、C_6-10芳基和5元至12元杂芳基任选地被一个或多个R^3a取代基取代；

每个R^3a独立地选自C_1-4烷氧基、卤素、–CN、–NO₂、–N₃、–OH、C_1-4烷基、C_1-4卤代烷基、C_1-4卤代烷氧基、–N(R^c)₂、–N⁺(R^b)₃、–(CH₂)_kC(O)R^b、–NR^c(CH₂)_uC(O)R^b、–O(CH₂)_uC(O)R^b、–(CH₂)_kCONR^cR^c、–(CH₂)_kNR^cC(O)R^b、–NR^c(CH₂)_uCONR^cR^c、–NR^c(CH₂)_uNR^cC–(O)R^b、–O(CH₂)_uCONR^cR^c和–O(CH₂)_uNR^cC(O)R^b以及任选取代的三唑基；

每个R^b独立地选自C_1-4烷基、C_1-4卤代烷基和C_1-4氘代烷基；

每个R^c独立地选自H和C_1-8烷基；

每个下标k独立地选自0、1、2、3、4、5和6；

每个下标u独立地选自1、2、3、4、5和6；

R⁴选自-CH₂R^4a和-CHS(O)(R^4b)₂；

R^4a选自-O-R⁵、-SO-R⁶、3元至12元杂环基和5元至12元杂芳基，

每个R^4b独立地选自C_1-8烷基；以及

R⁵和R⁶选自C_3-8卤代烷基、C_1-2卤代烷基、苯基、C_1-8烷基和5元至12元杂芳基，

其中苯基任选地被1-5个卤素取代，以及

条件是R⁴不是2,3,5,6-四氟苯氧基甲基。

2.如权利要求1所述的化合物，或其药学上可接受的盐，其中R²是H。

3.如权利要求1所述的化合物，或其药学上可接受的盐，其中R²是-CN。

4.如权利要求1所述的化合物，或其药学上可接受的盐，其中R²选自-OR^2a、-C(O)R^2a和-C(O)OR^2a。

5.如权利要求1所述的化合物，其具有根据式Ia的结构：

或其药学上可接受的盐。

6.如权利要求1所述的化合物，或其药学上可接受的盐，其中R⁴是-CH₂OR⁵并且R⁵是C_3-8卤代烷基。

7.如权利要求1所述的化合物，或其药学上可接受的盐，其中R⁴是-CH₂OR⁵并且R⁵是任选地被一个或多个卤素、C_1-4烷基或C_1-4卤代烷基取代的5元至12元杂芳基。

8.如权利要求1所述的化合物，或其药学上可接受的盐，其中R⁴是-CH₂OR⁵并且R⁵是任选地被1-5个卤素取代的苯基。

9.如权利要求1所述的化合物，或其药学上可接受的盐，其中R³是被R^3a取代的C_3-8烷基，并且R^3a是C_1-4烷氧基。

10.如权利要求1所述的化合物，或其药学上可接受的盐，其中R³是未取代的C_3-8烷基。

11.如权利要求1所述的化合物，或其药学上可接受的盐，其中R³选自C_3-8环烃基和5元至12元杂芳基。

12.如权利要求1所述的化合物，其选自：

及其药学上可接受的盐。

13.如权利要求1所述的化合物，其选自：

及其药学上可接受的盐。

14.药物组合物，其包含权利要求1-13中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐以及药学上可接受的赋形剂。

15.治疗与牙龈卟啉单胞菌感染相关的疾病或病况的方法，所述方法包括向有需要的对象施用有效量的权利要求1-13中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐，或有效量的权利要求14所述的组合物。

16.如权利要求15所述的方法，其中所述疾病或病况选自脑部病症、牙周病、糖尿病、心血管疾病、关节炎、升高的早产风险、肺炎、癌症、肾脏疾病、肝脏疾病、视网膜病症和青光眼。

17.如权利要求15所述的方法，其中所述疾病或病况是脑部病症。

18.如权利要求16或权利要求17所述的方法，其中所述脑部病症选自阿尔茨海默氏病、唐氏综合征、癫痫、孤独症、帕金森病、特发性震颤、额颞叶痴呆、进行性核上性麻痹、肌萎缩性侧索硬化、亨廷顿氏病、多发性硬化、轻度认知损害、年龄相关的记忆损害、慢性创伤性脑病、中风、脑血管疾病、路易体病、多系统萎缩、精神分裂症和抑郁症。

19.如权利要求16-18中任一项所述的方法，其还包括向所述对象施用一种或多种活性剂，所述活性剂选自胆碱酯酶抑制剂、血清素调节剂、NMDA调节剂、Aβ靶向治疗剂、ApoE靶向治疗剂、小神经细胞靶向治疗剂、血脑屏障靶向治疗剂、tau靶向治疗剂、补体靶向治疗剂和抗炎剂。

20.如权利要求15-19中任一项所述的方法，其中将所述化合物施用至所述对象持续至少一个月。

21.如权利要求20所述的方法，其中将所述化合物施用至所述对象持续至少一年。

22.抑制精氨酸牙龈蛋白酶的方法，所述方法包括使精氨酸牙龈蛋白酶与有效量的权利要求1-13中任一项所述的化合物接触。