CN113412336A - 抗体dna缀合物及hpv检测与治疗 - Google Patents
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Abstract
本公开涉及使用抗体DNA缀合物和包含新的多肽的药物组合物检测分子的方法及其用途。
Description
相关申请的交叉引用
本申请要求2019年1月25日递交的标题为“Beyond Nucleic Acid Detection:DNA-LISA”的第62/797,165号美国临时专利申请；2019年1月25日递交的标题为“Epitope-Based Approach For A HPV6 Treatment And Detection Method,System,AndTherapeutic Compositions”的第62/797,167号美国临时专利申请；2019年1月25日递交的标题为“Epitope-Based Approach For A HPV11 Treatment And Detection Method,System,And Therapeutic Compositions”的第62/797,171号美国临时专利申请；2019年1月25日递交的标题为“Epitope-Based Approach For A HPV16 Treatment And DetectionMethod,System,And Therapeutic Compositions”的第62/797,173号美国临时专利申请；2019年1月25日递交的标题为“Epitope-Based Approach For A HPV18 Treatment AndDetection Method,System,And Therapeutic Compositions”的第62/797,175号美国临时专利申请、2019年1月31日递交的标题为“TMA Explorer”的第62/799,294号美国临时专利申请的权益，其均通过引用整体并入本文中。
背景技术
生物样品中大范围的分子的定量检测对于疾病的诊断、监测和个性化治疗至关重要。目前，多种技术如ELISA(酶联免疫吸附测定)、免疫组织化学、流式细胞术、分光光度法、气体和质谱法被用于检测样品中的分子。尽管这些技术已经被开发和完善为精确和灵敏性的，但它们在其可扩展性、高成本和其同时检测多种靶标的能力方面可能受到限制。
DNA是一种多功能分子，可用于存储多种信息，从编码蛋白质的序列到合成确定的编码数字数据文件的序列。由此，合成的DNA可以附接到目标大分子上，并且这些缀合的复合物随后可以进行传统的DNA操作技术，如聚合酶链反应(PCR)、qPCR和测序。例如，免疫-PCR是一种将结合特异性靶标的抗体与确定的DNA寡核苷酸分子缀合，并且随后对被抗体-DNA缀合物目标结合的靶分子进行常规PCR或qPCR的技术。
NGS平台已有爆炸性的发展，其允许大大降低每个处理样本的成本，而且允许并行查询多个靶标。抗体-DNA寡聚缀合物及其与靶分子的相互作用随后可以进行NGS测序，从而为当前的免疫-PCR技术提供提高的灵敏度和多功能性的输出。
下一代测序(NGS)的当前进步已允许极大地降低DNA测序的成本，并推动了基因组和转录组学领域的多项进步，现在允许进行详细分析，这仅在最近数年来都是成本过高的。这也允许使得基因检测能够被广泛的用户使用，跨越研究实验室的障碍，进入普通人的家中。相比之下，其他非DNA靶标的检测和鉴定仍处于不发达阶段，主要由高度专业化的实验室完成，受其成本和可扩展性低的限制。
用于治疗来源于过敏原和病原体(如病毒、细菌等)的疾病的产品通常利用疫苗的经典概念，疫苗已被开发为类似于天然病原体。一些组合物包括一些选定的病原体典型的抗原组分，例如病毒衣壳蛋白。在其他情况下，疫苗模拟弱致病组分，其通过杀伤、灭活或减弱原始过敏原或病原体获得。
另一方面，基于表位的疫苗旨在通过来自病原体或过敏原的不同蛋白质触发免疫反应，并且专注于一些特定的短氨基酸序列，可以对其进行分离以进行合理修饰。合理修饰计算机工具瞄准的表位序列的能力可以导致那些表位的活性增加，在其他情况下其不会触发最佳免疫反应。在这方面，表位可以是来源于抗原的片段，其可以被抗体或免疫细胞如B和T细胞识别。蛋白质抗原的表位可分为构象表位或线性表位。构象表位由不连续的蛋白质部分组成，而线性表位则由来自抗原的连续的氨基酸序列形成。因此，针对疫苗开发的基于表位的方法作为影响免疫系统的疾病、作为过敏或感染性疾病的潜在预防方法出现。然而，除了疫苗之外，其他载体已被用作递送方法、编码肽(表位)的DNA载体、纳米粒子的使用、基于聚合物的方法等。
人乳头瘤病毒(HPV)是世界上最常见的性传播感染，也是宫颈癌(CC)的主要病原体，其中其已在99％的病例中发现。另外，已在93％的肛门癌、40％的阴道癌、40％的阴茎癌和51％的外阴癌病例中发现了HPV。HPV基因组由三个参与转录和病毒复制的调控基因(E1、E2、E4)、三个致癌基因(E5、E6、E7)和两个构成病毒衣壳的基因(L1、L2)组成。
超过40种HPV类型可以通过阴道性交、肛交和口交的直接性接触获得。HPV类型6、11、32、40、42、43、44、54、55、61、62、64、70、71、72、74、81、83、84、87、89和91(低风险)已被描述为与癌症无关，但可能与生殖器疣有关，而HPV类型16、18、31、33、35、39、45、51、52、56、58、59、66和68(高风险)是导致大多数HPV癌症的原因。由于HPV感染的迅速传播，在癌症进展之前进行预防性治疗是必不可少的。
目前，美国有数种HPV检测已获得上市前批准，是目前经由帕帕尼科拉乌(Pap)试验筛查宫颈癌的标准方法。其他测试基于HPV核酸筛查，其可在半定量测量中鉴定多种病毒类型，提供是否存在高风险或低风险毒株，以及病毒载量的评估。这些HPV检测的敏感性和特异性通常高于PAP涂片检测在识别(前期)癌症方面的敏感性和特异性。例如，digene HC2HPV DNA检测是一种具有信号的体外核酸杂交测定，其能够通过化学发光定性检测宫颈标本中的5种低危型和13种高危型HPV DNA。
为了预防HPV感染，FDA批准了三种市售的HPV预防疫苗：来自Merck的
和
以及来自GlaxoSmithKline的
Gardasil(也称为重组人乳头瘤病毒四价疫苗)是一种用于预防由16型和18型HPV引起的肛门癌、宫颈癌、外阴癌和阴道癌，以及由6型和11型HPV引起的生殖器疣的疫苗。另一方面，Gardasil 9(也称为重组人乳头瘤病毒九价疫苗)可预防由16、18、31、33、45、52和58型HPV引起的肛门癌、宫颈癌、外阴癌和阴道癌，以及由6型和11型HPV引起的生殖器疣。最后，Cervarix(也称为重组人乳头瘤病毒二价疫苗)是一种用于预防由16型和18型HPV引起的宫颈癌的疫苗。这些疫苗已被发现经由交叉保护对一些另外的HPV高危型提供部分保护。
这些产品通常采取疫苗的经典概念，其已被开发为类似天然病原体。一些组合物包括一些选定的病原体典型的抗原成分，例如病毒衣壳蛋白。在其他情况下，疫苗模拟弱致病组分，其通过杀伤、灭活或减弱原来的病原体获得。
另一方面，基于表位的疫苗旨在通过来自病原体的不同蛋白质触发免疫反应，并且专注于一些特定的短氨基酸序列，可以对其进行分离以进行合理修饰。合理修饰由计算机工具瞄准的表位序列的能力可以导致那些表位的活性增加，在其他情况下其不会触发最佳免疫反应。在这方面，表位可以是来源于抗原的片段，其可以被抗体或免疫细胞如B和T细胞识别。来自蛋白质抗原的表位可分为构象表位或线性表位。构象表位由不连续的蛋白质部分组成，同时线性表位由来自抗原的至少一段连续的氨基酸序列形成。因此，针对疫苗开发的基于表位的方法作为HPV感染的一种潜在的预防方法出现。
根据先前的研究，患有HPV感染或宫颈癌病况的患者中的乳杆菌种类丰富度较少。HPV感染的发生似乎与一些乳杆菌(Lactobacillus sp.)，特别是惰性乳杆菌(Lactobacillus iners)和弯曲乳杆菌(Lactobacillus crispatus)的存在呈负相关。另一方面，还有其他细菌与HPV的发生呈负相关，即具核梭杆菌(Fusobacterium nucleatum)。
发明概述
在一个方面，本公开涉及允许通过使用寡核苷酸标记的结合蛋白，通过NGS测序对来自目标样品的非DNA化合物和分子进行多重检测的技术。该技术可适用于广泛的靶标，并且可用于广泛扩展蛋白质、脂类、糖类和其他靶分子的分析和检测。
在另一个方面，本公开涉及使用来源于细菌的(和/或来源于其他合适的微生物的)产物、蛋白质和/或表位产生疫苗的方法。细菌来源的(和/或其他合适的微生物来源的)产物、蛋白质和/或表位可以包括与在病毒、过敏原和/或具有蛋白质组学物质的任何生物实体中发现的那些相关联(例如，匹配、对应等)的任何细菌或古菌物种和/或其他合适的分类群。在一个实施方案中，细菌来源的(和/或其他合适的微生物来源的)表位被用于通过模拟由一些感染和/或免疫反应引起的反应触发免疫反应，就像普通疫苗一样。这提供了开发针对病毒、过敏原、类似试剂和/或合适的病原体试剂的影响的预防性疫苗的方法。在一个实施方案中，细菌来源的产品，直至和/或包括细菌本身，被用于通过模拟感染、过敏反应和/或不利免疫反应引起的反应来触发免疫反应，就像普通疫苗一样。
在又一个方面，本公开至少包括使用与在HPV蛋白质组中发现的那些匹配的属于乳杆菌(Lactobacillus sp.)和具核梭杆菌的细菌来源的产物、蛋白质和表位的方法和/或系统。在一个实施方案中，乳杆菌来源的和具核梭杆菌来源的表位被用于通过模拟由HPV感染引起的反应触发免疫反应，就像普通疫苗一样。这为开发针对HPV的预防性疫苗提供了一种方法。在另一个实施方案中，细菌来源的产品，直至并包括细菌本身，被用于通过模拟由HPV感染引起的反应来触发免疫反应，就像普通疫苗一样。
在一些实施方案中，本公开提供了检测靶分子的方法，所述方法包括以下步骤：a)将抗体的DNA寡核苷酸与靶分子缀合，以形成抗体-DNA寡核苷酸缀合物；b)固定靶分子；c)将靶分子与抗体-DNA寡核苷酸缀合物结合；以及d)扩增并检测抗体-DNA寡核苷酸缀合物中的DNA序列。
在一些实施方案中，DNA寡核苷酸可以包含以下结构中的任一种：
5’R-间隔子-UPST.适配子-确定的标识符序列-DWNST.适配子-3’；
5’R-间隔子-UPST.适配子-确定的标识符序列-桥接_左3’；或
5’桥接_右-确定的标识符序列-DWNST.适配子-间隔子-R3’。
在其他实施方案中，R是活性基团，例如选自硫醇、叠氮化物、NHS-酯、胺、醛、肼、己炔基、辛二炔基dU、丙烯酸亚磷酰胺和巯基的基团。
在其他实施方案中，在缀合步骤中使用交联子试剂，例如SMCC或磺基-SMCC。
在一些实施方案中，在缀合步骤中使用还原剂，例如DTT或β-巯基乙醇。
在一些实施方案中，扩增是聚合酶链反应(PCR)扩增。
在其他实施方案中，本公开提供了多肽，其包含序列或与选自以下的序列具有至少80％同一性，例如至少85％、90％、95％、99％同一性的序列：IGAAIGYFY、GTAGILELL、LVLTLLLYL、SVLVLTLLL、DPYKNLSFW、CAFIVGVLG、RTGISNAST、DSNVRLVVQ、VVLPDPNKF、ISFLGGTVI、VQIAAGTTS、HCYEQLVDS、KHAIVTVTY、KAKQMGLSH、KNALTTAEI、MEAIAKRLD、NTMDYVVWT、TSSETTTPA、VARTLATLL、PNNGKYVMA、NVVKIPPTI、APTITSHPI、PAVSKASAA、NNGKYVMAA、YPDYLQMAA、PVQIAAGTT、KQDILDVLI、TVETTTSSL、PVFITGSGF、HPYFSIKRA、TVQDLKRKY、MESANASTS、PTQHPVTNI、NSHLATPCV、TVARTLATL、IPPTIRHKL、LLLTTPLQF、VLGLLLMHY、QIAAGTTST、RKHKALTLI、VVCFVSIIL、TVVPKVSGY、NGKYVMAAQ和SRARRRKRA。
在一些实施方案中，本公开提供了多肽，其包含序列或与X1X2X3X4X5X6X7X8X9的序列具有至少80％同一性，例如至少85％、90％、95％、99％同一性的序列，其中：
X1是I、A、E、H或V；
X2是G或Y；
X3是A或S；
X4是R、Y、A、L、F、H或P；
X5是I、N、D、A、T或Y；
X6是H或O；
X7是Y；
X8是F或P；
X9是Y。
在一些实施方案中，本公开提供了多肽，其包含序列或与X1X2X3X4X5X6X7X8X9的序列具有至少80％同一性，例如至少85％、90％、95％、99％同一性的序列，其中：
X1是P、W或F；
X2是V、F、D或W；
X3是F；
X4是I；
X5是T或P；
X6是G、P、A或C；
X7是S、W、Q、F或P；
X8是D或W；
X9是F或W。
在一些实施方案中，本公开提供了治疗或预防HPV6感染的方法，包括向有需要的患者给予包含多肽的药物组合物，所述多肽包含序列或与选自以下的序列具有至少80％同一性，例如至少85％、90％、95％、99％同一性的序列：IGAAIGYFY、GTAGILELL、LVLTLLLYL、SVLVLTLLL、DPYKNLSFW、CAFIVGVLG、RTGISNAST、DSNVRLVVQ、VVLPDPNKF、ISFLGGTVI、VQIAAGTTS、HCYEQLVDS、KHAIVTVTY、KAKQMGLSH、KNALTTAEI、MEAIAKRLD、NTMDYVVWT、TSSETTTPA、VARTLATLL、PNNGKYVMA、NVVKIPPTI、APTITSHPI、PAVSKASAA、NNGKYVMAA、YPDYLQMAA、PVQIAAGTT、KQDILDVLI、TVETTTSSL、PVFITGSGF、HPYFSIKRA、TVQDLKRKY、MESANASTS、PTQHPVTNI、NSHLATPCV、TVARTLATL、IPPTIRHKL、LLLTTPLQF、VLGLLLMHY、QIAAGTTST、RKHKALTLI、VVCFVSIIL、TVVPKVSGY、NGKYVMAAQ和SRARRRKRA。
在一些实施方案中，本公开提供了治疗或预防HPV6感染的方法，包括向有需要的患者给予包含多肽的药物组合物，所述多肽包含序列或与X1X2X3X4X5X6X7X8X9的序列具有至少80％同一性，例如至少85％、90％、95％、99％同一性的序列，其中：
X1是I、A、E、H或V；
X2是G或Y；
X3是A或S；
X4是R、Y、A、L、F、H或P；
X5是I、N、D、A、T或Y；
X6是H或O；
X7是Y；
X8是F或P；
X9是Y。
在一些实施方案中，本公开提供了治疗或预防HPV6感染的方法，包括向有需要的患者给予包含多肽的药物组合物，所述多肽包含序列或与X1X2X3X4X5X6X7X8X9的序列具有至少80％同一性，例如至少85％、90％、95％、99％同一性的序列，其中：
X1是P、W或F；
X2是V、F、D或W；
X3是F；
X4是I；
X5是T或P；
X6是G、P、A或C；
X7是S、W、Q、F或P；
X8是D或W；
X9是F或W。
在一些实施方案中，本公开提供了多肽，其包含序列或与选自以下的序列具有至少80％同一性，例如至少85％、90％、95％、99％同一性的序列：PVFITGSDF、LSTPQRLVT、FVVAVLGLL、TPFSPVTPA、LPVVIAFAV、LVAAENDTF、PSDSTVYVP、GAPEVVPPT、SDSTVYVPP、QGNTVEVKF、LVLTLLLYL、RVGLYSRAL、LILPVVIAF、TSSESTTPA、DSNVRLVVE、VLIILISDF、KPRARRRKR、VQIAAATTT、RRLFETREL、LTDAKVALL、MADDSALYE、EVVPVQIAA、NAVYELSDA、SSESTTPAI、QIAAATTTT、KIQSGVRAL、TVARTLGTL、STSATSIDQ、TSSLTITTS、ETNEDILKV、TVQSTTSSL、RALQQVQVT、LKDIVLDLQ、PVQIAAATT、YSIKKVNKT、PRARRRKRA、ASTSATSID、RKHRALTLI、ADDSALYEK、KCKDIRSTL、STTSSLTIT、RKTACRRRL、VVIAFAVCI、AIAKRLDAC和MEVVPVQIA。
在一些实施方案中，本公开提供了多肽，其包含序列或与X10X11X12X13X14X15X16X17X18的序列具有至少80％同一性，例如至少85％、90％、95％、99％同一性的序列，其中：
X10是P、W或F；
X11是V、F、D或W；
X12是F；
X13是I；
X14是T或P；
X15是G、P、A或C；
X16是S、W、Q、F或P；
X17是D或W；
X18是F或W。
在一些实施方案中，本公开提供了治疗或预防HPV11感染的方法，包括向有需要的患者给予包含多肽的药物组合物，所述多肽包含序列或与选自以下的序列具有至少80％同一性，例如至少85％、90％、95％、99％同一性的序列：PVFITGSDF、LSTPQRLVT、FVVAVLGLL、TPFSPVTPA、LPVVIAFAV、LVAAENDTF、PSDSTVYVP、GAPEVVPPT、SDSTVYVPP、QGNTVEVKF、LVLTLLLYL、RVGLYSRAL、LILPVVIAF、TSSESTTPA、DSNVRLVVE、VLIILISDF、KPRARRRKR、VQIAAATTT、RRLFETREL、LTDAKVALL、MADDSALYE、EVVPVQIAA、NAVYELSDA、SSESTTPAI、QIAAATTTT、KIQSGVRAL、TVARTLGTL、STSATSIDQ、TSSLTITTS、ETNEDILKV、TVQSTTSSL、RALQQVQVT、LKDIVLDLQ、PVQIAAATT、YSIKKVNKT、PRARRRKRA、ASTSATSID、RKHRALTLI、ADDSALYEK、KCKDIRSTL、STTSSLTIT、RKTACRRRL、VVIAFAVCI、AIAKRLDAC和MEVVPVQIA。
在一些实施方案中，本公开提供了治疗或预防HPV11感染的方法，包括向有需要的患者给予包含多肽的药物组合物，所述多肽包含序列或与X10X11X12X13X14X15X16X17X18的序列具有至少80％同一性，例如至少85％、90％、95％、99％同一性的序列，其中：
X10是P、W或F；
X11是V、F、D或W；
X12是F；
X13是I；
X14是T或P；
X15是G、P、A或C；
X16是S、W、Q、F或P；
X17是D或W；
X18是F或W。
在一些实施方案中，本公开提供了多肽，其包含序列或与选自以下的的序列具有至少80％同一性，例如至少85％、90％、95％、99％同一性的序列：LLKLVGSTS、LLTLLGSPW、LLMLLGLTW、LGKWLGSTW、LAKLLGSGW、SAFLKSNSQ、PPTPAETGG、VEKKTGDAI、FWLQPLADA、QPPTPAETG、SGKSIGAKV、PYLHNRLVV、AHTKDGLTV、VAVNPGDCP、SHAASPTSI、TPAILDINN、AEEIELQTI、NALDGNLVS、FELSQMVQW、IAEQILQYG、GGLGIGTGS、TAHALFTAQ、VPTLAVSKN、ADPAAATKY、YDLSTIDPA、AGTSRLLAV、NASAFLKSN、TLCQRLNVC、HAASPTSIN、YSLYGTTLE、LGKRKATPT、CEEASVTVV、LWLPSEATV、IPIVPGSPQ、MADPAAATK、KPYWLQRAQ、DPAGTNGEE、LAKFKELYG、IGNKQTLRT、GNQLFVTVV、DAGDFYLHP、YGNTEVETQ、TPPRPIPKP、AAMLAKFKE、PFDENGNPV、LGIGTGSGT、ATKYPLLKL、GEDLVDFIV、INHQVVPTL、TPSIADSIK、ICEEASVTV、LYLHIQSLA、LADTNSNAS、DYLTQAETE、SLIPIVPGS和RAAKRRLFE。
在一些实施方案中，本公开提供了多肽，其包含序列或与X19X20X21X22X23X24X25X26X27的序列具有至少80％同一性，例如至少85％、90％、95％、99％同一性的序列，其中：
X19是F、W、Y、A或I；
X20是W、Y、F、G、I、L、A、C、S、R、T、Q或V；
X21是L、N、D、W、F、P、Q、V、I、E、R、A、C、T、Y、H或S；
X22是Q、D、P、N、S、A、E、L、F、C、W、H、I、T、G或K；
X23是P、D或H；
X24是L、E、N、F、Y、G、P、T、D、A、Q、I、V或H；
X25是A、W、F、Y、E、Q、V、G、L、P或M；
X26是D、Y、T、A、W、P、F、S、Q、E、K、R、H、V或C；
X27是A、F、L、W、P、H、V、S、N、C、E或M。
在一些实施方案中，本公开提供了治疗或预防HPV16感染的方法，包括向有需要的患者给予包含多肽的药物组合物，所述多肽包含选自以下的序列：LLKLVGSTS、LLTLLGSPW、LLMLLGLTW、LGKWLGSTW、LAKLLGSGW、SAFLKSNSQ、PPTPAETGG、VEKKTGDAI、FWLQPLADA、QPPTPAETG、SGKSIGAKV、PYLHNRLVV、AHTKDGLTV、VAVNPGDCP、SHAASPTSI、TPAILDINN、AEEIELQTI、NALDGNLVS、FELSQMVQW、IAEQILQYG、GGLGIGTGS、TAHALFTAQ、VPTLAVSKN、ADPAAATKY、YDLSTIDPA、AGTSRLLAV、NASAFLKSN、TLCQRLNVC、HAASPTSIN、YSLYGTTLE、LGKRKATPT、CEEASVTVV、LWLPSEATV、IPIVPGSPQ、MADPAAATK、KPYWLQRAQ、DPAGTNGEE、LAKFKELYG、IGNKQTLRT、GNQLFVTVV、DAGDFYLHP、YGNTEVETQ、TPPRPIPKP、AAMLAKFKE、PFDENGNPV、LGIGTGSGT、ATKYPLLKL、GEDLVDFIV、INHQVVPTL、TPSIADSIK、ICEEASVTV、LYLHIQSLA、LADTNSNAS、DYLTQAETE、SLIPIVPGS和RAAKRRLFE。
在一些实施方案中，本公开提供了治疗或预防HPV16感染的方法，包括向有需要的患者给予包含多肽或含有与X19X20X21X22X23X24X25X26X27的序列具有至少80％同一性，例如至少85％、90％、95％、99％同一性的多肽的药物组合物，其中：
X19是F、W、Y、A或I；
X20是W、Y、F、G、I、L、A、C、S、R、T、Q或V；
X21是L、N、D、W、F、P、Q、V、I、E、R、A、C、T、Y、H或S；
X22是Q、D、P、N、S、A、E、L、F、C、W、H、I、T、G或K；
X23是P、D或H；
X24是L、E、N、F、Y、G、P、T、D、A、Q、I、V或H；
X25是A、W、F、Y、E、Q、V、G、L、P或M；
X26是D、Y、T、A、W、P、F、S、Q、E、K、R、H、V或C；
X27是A、F、L、W、P、H、V、S、N、C、E或M。
在一些实施方案中，本公开提供了多肽，其包含序列或与选自以下的序列具有至少80％同一性，例如至少85％、90％、95％、99％同一性的序列：QKQLEILGC、GGQTVQVYF、QATTKDGNS、KNGNPVYEI、HRFSTSDDT、KGGQTVQVY、KSRLTVAKG、ICGHYIILF、QHRFSTSDD、KQGAMLAVF、KAHKAIELQ、SIVDLSTHF和ETLSERLSC。
在一些实施方案中，本公开提供了多肽，其包含序列或与X28X29X30X31X32X33X34X35X36的序列具有至少80％同一性，例如至少85％、90％、95％、99％同一性的序列，其中：
X28是G、W、F、Y、P、R、C、I或L；
X29是G、P、D、F、A、Q、Y或S；
X30是Q、W、Y、H、R、V、F、L、P、A、D、G或S；
X31是T、W、A、F、P、G、H、R、Y、D、N、Q或S；
X32是V、W、G或T；
X33是Q、N、E、G、P或W；
X34是V、D、T或A；
X35是Y、D、W或F；
X36是F或W。
在一些实施方案中，本公开提供了治疗或预防HPV18感染的方法，包括向有需要的患者给予包含多肽的药物组合物，所述多肽包含序列或与选自以下的序列具有至少80％同一性，例如至少85％、90％、95％、99％同一性的序列：QKQLEILGC、GGQTVQVYF、QATTKDGNS、KNGNPVYEI、HRFSTSDDT、KGGQTVQVY、KSRLTVAKG、ICGHYIILF、QHRFSTSDD、KQGAMLAVF、KAHKAIELQ、SIVDLSTHF和ETLSERLSC。
在一些实施方案中，本公开提供了治疗或预防HPV18感染的方法，包括向有需要的患者给予包含多肽的药物组合物，所述多肽包含序列或与X28X29X30X31X32X33X34X35X36的序列具有至少80％同一性，例如至少85％、90％、95％、99％同一性的序列，其中：
X28是G、W、F、Y、P、R、C、I或L；
X29是G、P、D、F、A、Q、Y或S；
X30是Q、W、Y、H、R、V、F、L、P、A、D、G或S；
X31是T、W、A、F、P、G、H、R、Y、D、N、Q或S；
X32是V、W、G或T；
X33是Q、N、E、G、P或W；
X34是V、D、T或A；
X35是Y、D、W或F；
X36是F或W。
附图的简要说明
图1示出了具有DNA寡聚物标记的蛋白质的分子的NGS检测方法。
图2示出了通过与NGS相结合的寡聚物/抗体对不同靶标进行多重检测的概略图。
图3示出了通过与NGS相结合的寡核苷酸标记的结合蛋白质检测分子相互作用的概略图。
图4示出了评估宿主-微生物组相互作用的工作流程。
图5是用于靶标鉴定的DNA标记的抗体的示意图。
图6示出了在直接DNA-LISA和三明治DNA-LISA中使用DNA标记的抗体的示意图。
图7示出了用于鉴定来自与特定病况相关的病原体蛋白的“从头”表位的工作流程的全视图。
发明详述
当前的分子检测平台可以同时检测有限数量的目标，并且可能在价格和可扩展性方面存在问题。本文公开的技术允许将NGS与多种非DNA分子的检测相结合，增加了这种平台的多功能性，并提供了NGS检测用于检测其他类型的非DNA化合物的所有优点。该技术可用于开发平台，这将大大降低成本，提高靶分子检测的多功能性、可扩展性和复用性。
用于具有DNA寡聚物标记的蛋白质的分子的NGS检测的方法的实施方案包括以下步骤：
1)将DNA寡核苷酸与结合蛋白缀合以形成蛋白质-DNA寡核苷酸缀合物；
2)靶标固定；
3)靶标与蛋白质-DNA寡核苷酸缀合物结合；和
4)信号扩增和测序检测。
这些步骤中的每一个在下文中有更详细的描述。
步骤1.DNA寡核苷酸与结合蛋白质的缀合
首先，DNA寡核苷酸必须与目标结合蛋白质缀合，其可以是任何与靶分子特异性和贪婪地结合的蛋白，包括但不限于抗体、碳水化合物结合蛋白、脂质结合蛋白、DNA结合蛋白、小分子结合蛋白、凝集素、LPS结合蛋白、转录因子、金属结合蛋白、维生素结合蛋白、CRISPR蛋白、TALEN蛋白和酶失活蛋白。在一些实施方案中，所使用的DNA寡核苷酸具有以下结构：
5’R-间隔子-UPST.适配子-确定的标识符序列-DWNST.适配子-3’
R基团用作活性基团，用于将DNA寡核苷酸与目标结合蛋白缀合。该活性基团可以是硫醇、叠氮化物或NHS-酯、胺、醛、肼、己炔基、辛二炔基dU、丙烯酸亚磷酰胺、巯基或易于被还原的任何其他基团。间隔子区域对应于将束缚R基团与DNA寡核苷酸的其余部分物理分离的任何核苷酸段。UPST.适配子和DWNST.适配子分别对应于上游和下游适配子序列，其将被用于扩增下游过程中的寡核苷酸信号，并且其可能已经包含或可能不包含序列以允许通过目标NGS平台鉴定。确定的标识符序列对应于确定的独特DNA序列，其将允许在进行测序后跟踪标记的蛋白质。
在第一种变异中，包含相同序列元件的其他类型的核酸可以被缀饰到结合蛋白质，而非单链DNA寡核苷酸，包括双链DNA和RNA。在后一种情况下，必须为步骤4中的信号扩增进行另外的步骤。
蛋白质-DNA缀合通过将目标结合蛋白质与交联子试剂(例如，琥珀酰亚胺基4-(N-马来酰亚胺甲基)环己烷-1-羧酸酯(SMCC)或磺基琥珀酰亚胺基4-(N-马来酰亚胺基甲基)环己烷-1-羧酸酯(磺基-SMCC)混合来进行，并且还原的R寡核苷酸通过与还原剂(例如DTT、β-巯基乙醇或其他合适的还原剂)一起孵育来进行。在孵育期后，用脱盐柱去除过量的交联子试剂和还原剂。然后将结合蛋白和R寡聚物混合并透析，以进行缓冲液更换和随后的缀合。该方案允许并行制备多种结合蛋白-DNA缀合物，具有标记到各个不同的结合蛋白-DNA缀合物的不同的确定的标识符序列，用于下游基于NGS的多种目标的区分。
然后对结合蛋白-DNA缀合物进行纯化，以通过使用蛋白a树脂和/或蛋白G树脂通过亲和纯化；或通过使用色谱树脂或基于离心的过滤器进行的尺寸排阻纯化去除游离的DNA寡核苷酸。可选地，可以使用5'核酸外切酶去除游离的、未缀合的DNA寡聚物，该酶不会以5'系链DNA为目标进行降解。在此步骤结束时，获得蛋白质-DNA缀合物，以将其用于以下步骤。
步骤2.靶标固定
为了从目标样品中检测所需的靶分子，首先将样品的组分固定在固体表面，包括但不限于多孔板、PCR管、磁珠或结合树脂。为了固定在材料容器(例如聚碳酸酯、聚丙烯或聚苯乙烯)中，将目标样品，作为该样品，来自人类、动物、环境或合成来源的任何类型的溶液，与添加到容器中的涂层缓冲液(例如碳酸氢钠碱性pH值)混合，并在约4℃-10℃的温度下孵育。可选地，涂层缓冲液可以补充固定试剂(例如戊二醛)，以改善样品与容器的结合。孵育后，除去液体体积并用洗涤溶液(例如，于PBS中的吐温20，或于盐水缓冲液中的非离子去污剂的其他稀释溶液)冲洗容器3次。去除洗涤溶液后，用封闭溶液(例如于PBS中的BSA，或其他确定的富含蛋白质的溶液，如于PBS中的牛奶溶液)处理具有结合样品溶液的容器。孵育并除去封闭溶液后，用洗涤溶液冲洗容器。在这一步骤之后，固定的样品准备好与结合蛋白-DNA缀合物一起孵化。
在一些实施方案中，可以通过首先利用上述方案将抗体或其他特定结合蛋白固定到容器上来进行靶分子的定向捕获固定化。然后，将目标样品加入容器中，并且通过固定的蛋白质亲和捕获待检测的分子。
步骤3.靶标与蛋白-DNA寡核苷酸缀合物的结合
将单种或多种结合蛋白-DNA缀合物添加到具有固定的样品的容器中，其数量可以针对每种特定结合蛋白-DNA缀合物和每种特定靶标进行优化，并且其可以通过直接添加在上述封闭溶液中制备的蛋白-DNA缀合物的稀释液来进行。室温孵育后，去除结合蛋白-DNA缀合物溶液，并用洗涤溶液反复冲洗容器。在这一步骤之后，结合蛋白-DNA缀合物与固定样品中的目标靶标特异性结合，并且该方案可以进行至信号扩增步骤。
在一些实施方案中，如果工作样品中含有该类样品中普遍存在的分子(例如，动物样品中的肌动蛋白或GAPDH蛋白)，则还可以连同其他缀合物一起添加靶向该类分子的结合蛋白-DNA缀合物。这将允许检测普遍存在的分子(其数量将根据处理的样本量而变化)，并允许将靶分子的信号(测序读段)与普遍存在的分子的信号一起进行归一化，以帮助比较在不同样本中获得的数据。如果工作样品中不存在已知的普遍存在的分子，则可以在固定步骤中添加确定浓度的已知分子，并且该内控分子也被结合蛋白-DNA缀合物靶向，并且其信号用于对未知浓度的其他靶分子的信号进行归一化，并估计靶分子的绝对数量。
在一些实施方案中，可以在靶标结合期间进行临近测定变异，其中按步骤1中详细描述的利用以下寡核苷酸之一标记两种单独的结合蛋白
寡聚物A：5’R-间隔子-UPST.适配子-确定的标识符序列-桥接_左3’；或
寡聚物B：5’桥接_右-确定的标识符序列-DWNST.适配子-间隔子-R3’
将这些标记的结合蛋白加入固定的样品中，然后再加入桥接寡核苷酸，其与每种寡核苷酸的桥接_左和桥接_右部分互补。如果样品中两种单独标记的结合蛋白临近，则桥接寡核苷酸将通过DNA互补性结合与结合蛋白结合的两种寡核苷酸。此后，可以添加任何DNA连接酶，其将寡聚物1的3'端连接到寡聚物2的5'端，从而产生可以按步骤4中所解释的进行扩增和检测的线性分子。如果使用靶向同一分子的不同部分的两种单独的结合蛋白进行这种邻近测定，则可以使用它来提高该技术的灵敏度和精确度。如果使用靶向不同分子的两种单独的结合蛋白来进行这种邻近测定，则可以使用该方法来查询两个分子在固定样本空间中的邻近度和相互作用。
步骤4.信号扩增和测序检测
使用以下DNA寡核苷酸引物，在具有固定的样品和附接的结合蛋白-寡聚物缀合物的容器中进行PCR扩增。
5’-测序适配子-测序索引-UPST.适配子-3’
5’-测序适配子-测序索引-DWNST.适配子-3’
使用至少0.01-0.10单位/uL的DNA聚合酶和5-45个PCR循环进行反应。这允许扩增与目标靶向蛋白质缀合的寡核苷酸序列，以及添加NGS所需的测序适配子和索引序列。
除了靶标结合步骤中描述的归一化步骤之外，可以将使用上述寡核苷酸引物扩增的确定浓度的DNA分子作为内部控制加入到信号扩增反应中，以便将针对确定浓度内部控制获得的信号(测序读段)与未知浓度靶分子的测序读段关联，以估计靶分子数量的绝对值。
在一些实施方案中，该方法可以任选地包括PCR扩增的第二个步骤，其使用在通过第二PCR添加的测序适配子处退火的引物。当来自两步骤PCR的产物浓度处于低浓度不足以用于NGS时，可以重复使用此步骤。
完成所有扩增步骤后，得到的PCR产物文库适于NGS。在进行DNA测序后，读段被映射到包含所用蛋白-DNA缀合物的确定的标识符序列的数据库，以检测目标靶分子。可以用针对样本中普遍存在的靶分子获得的读段对映射的读段数进行归一化(如步骤3中所述)，以便将靶分子的信号归一化为总样本量。同样，可以将来自靶分子的映射的读段与从确定浓度的分子或DNA内部控制获得的映射的读段(如分别在步骤3和步骤4中解释的)进行比较，以估计目标样本中靶分子的数量。
在一些实施方案中，本公开涉及将特定的DNA寡核苷酸与分子结合蛋白质缀合的方法。
在一些实施方案中，本公开涉及将样品中的靶分子非特异性地固定至容器的方法。
在一些实施方案中，本公开涉及将样品中的靶分子特异性地捕获至容器的方法。
在一些实施方案中，本公开涉及通过NGS使用分子靶向蛋白-DNA缀合物从目标样品检测靶分子的方法。
在一些实施方案中，本公开涉及使用靶向同一分子的两种寡核苷酸标记的结合蛋白来改善通过NGS检测的灵敏度和特异性的方法。
在一些实施方案中，本公开涉及使用靶向不同分子(例如：B amiloide单体、DNA结合蛋白)的两种寡核苷酸标记的结合蛋白通过NGS查询那些分子的接近度和相互作用的方法。
在一些实施方案中，本公开涉及使用靶向不同分子的两种寡核苷酸标记的结合蛋白通过NGS查询那些分子的接近度和相互作用的方法，作为特定健康状况(例如自身免疫病况)的诊断，结合或不结合其他序列检测目标技术(例如FISH、微阵列和/或其他转录组学技术)。
在一些实施方案中，本公开涉及治疗特定健康状况的方法，其中使用靶向不同分子的两种寡核苷酸标记的结合蛋白通过NGS查询那些分子的接近度和相互作用，序列信息可用作用于进一步的定点治疗的标记技术。
在一些实施方案中，本公开涉及通过使用靶向同一和/或不同分子的两种寡核苷酸标记的结合蛋白通过NGS查询那些分子的接近度和相互作用，来鉴定特定分子的方法。
在一些实施方案中，本公开涉及还通过检测目标样品中具有普遍存在的特性的分子，将使用分子靶向蛋白-DNA缀合物通过NGS检测的目标分子的信号标准化的方法。
在一些实施方案中，本公开涉及通过将测序读段与针对DNA和非DNA内部控制分子获得的那些进行比较，确定使用分子靶向蛋白-DNA缀合物通过NGS检测的目标分子的绝对量的方法。
P60-PRV2
在一些实施方案中，本公开涉及一种强大的免疫检测方法，它结合了ELISA的特异性与PCR扩增和测序鉴定的灵敏度。
在一些实施方案中，本公开涉及经由多重反应与测序配对同时鉴定多个目标，从而允许鉴定广泛的生物标志物。
在一些实施方案中，本公开涉及灵活的检测平台，适用于任何有可用抗体的蛋白质和小分子。
在一些实施方案中，本公开涉及灵活的检测平台，其可用作炎症性病症的诊断和监测工具；例如，SG(钙卫蛋白和乳铁蛋白)的IBD诊断标志物；SG和Explorer(肠漏综合征：连蛋白、粪便脂肪)的肠道通透性完整性评估；SG和Explorer(分泌型IgA)的食物过敏检测；SF(干扰素反应相关分子)的抗病毒反应测量。
在一些实施方案中，本公开涉及灵活的检测平台，其可用作癌症的诊断和监测工具，例如用于SG或CRC组(CEA,TIMP-1，潜血)的结直肠癌(CRC)标志物检测和胃癌生物标志物。
在一些实施方案中，本公开涉及灵活的检测平台，其可用作自身免疫性疾病的诊断和监测工具，例如自身抗体(例如乳糜泻、类风湿性关节炎、I型糖尿病和狼疮病组)的血清样本分析。
在一些实施方案中，本公开涉及灵活的检测平台，其可用作评估营养状况的诊断和监测工具，例如维生素的血清样本分析。
在一些实施方案中，本公开涉及灵活的检测平台，其可用作检测病毒、细菌和寄生虫抗原的诊断和监测工具，例如评估来自SG的艰难梭菌的毒素A和B的活性产生，以及针对SJ的阴道拭子中病原体的抗体反应测试。
在一些实施方案中，本公开涉及基于口腔、肠道、阴道、口腔、皮肤、生殖器和/或任何合适的身体部位(例如，健康部位)中存在的与微生物组相关的微生物群物种来预测针对病原体/过敏原试剂的从头表位的方法。
鉴定T细胞表位的策略可以包括首先通过计算机内方法预测HLA结合肽。在包括以下方法在内的方法的支持下预测短长度肽(8-20个氨基酸)：神经网络(ANN)、支持向量机(SVM)、基于矩阵的(MB)算法和/或它们的组合，和/或任何合适的人工智能方法和/或分析技术，包括以下中的任何一种或多种：监督学习(例如，使用逻辑回归、使用反向传播神经网络、使用随机森林、决策树等)、无监督学习(例如，使用Apriori算法、使用K均值聚类)、半监督学习、深度学习算法(例如，神经网络、受限玻尔兹曼机、深度信念网络方法、卷积神经网络方法、循环神经网络方法、堆叠自编码器方法等)、强化学习(例如，使用Q学习算法、使用时间差异学习)、回归算法(例如，普通最小二乘法、逻辑回归、逐步回归、多元自适应回归样条、本地散点平滑估计等)、基于实例的方法(例如k-最近邻、学习向量量化、自组织映射等)、正则化方法(例如，岭回归、最小绝对收缩和选择算子、弹性网等)、决策树学习方法(例如，分类和回归树、迭代二分法3、C4.5、卡方自动交互检测、决策树桩、随机森林、多元自适应回归样条、梯度提升机等)、贝叶斯方法(例如，朴素贝叶斯、平均单依赖估计、贝叶斯信念网络等)、内核方法(例如，支持向量机、径向基函数、线性判别分析等)、聚类方法(例如k均值聚类、期望最大化等)、关联规则学习算法(例如，Apriori算法、Eclat算法等)、人工神经网络模型(例如，感知机方法、反向传播方法、Hopfield网络方法、自组织映射方法、学习向量量化方法等)、降维方法(例如，主成分分析、偏最小二乘回归、Sammon映射、多维缩放、投影追踪等)、集成方法(例如，提升、自举聚合、AdaBoost、堆叠泛化、梯度提升机方法、随机森林方法等)。附加或可选地，本文描述的方法的实施方案的任何合适的部分可以包括、应用、采用、执行、使用、基于和/或以其他方式与本文描述的人工智能方法和/或分析技术相关联。
在一些实施方案中，本文描述的方法预测了与人类白细胞抗原(HLA)I类和II类等位基因结合的肽，这些等位基因对应于人类版本的主要组织相容性复合体(MHC)。HLA复合体可以将那些肽抗原呈递为表位。
在一些实施方案中，方法包括以下一个或多个步骤。
首先，确定健康人中存在的可能与疾病(例如，微生物相关病况)相关的微生物群。同时，鉴定可能与疾病或病况相关的过敏原、蛋白质或试剂。
然后，通过表位预测方法得到初步的一组从头表位；这组初步的从头表位被过滤，其中表位的重复序列被去除，并分析健康患者中的微生物组的蛋白质组、细菌。使用那些过滤的表位，建立了一个新的数据库。
来自数据库中的每个表位都与从反相关生物蛋白质组数据库中获得的蛋白质组序列相关联，通过局部成对比对工具，以便在那些蛋白质组中找到“从头”预测的表位。根据以下标准，与预测的表位相比，表位将被视为“常见表位”：
在MHC I型的情况下：
1.具有超过70％同一性和100％匹配*的序列。
2.具有100％同一性和多于或等于7个匹配*的序列。
在MHC II型的情况下：
3.具有超过60％同一性和100％匹配*的序列。
4.具有100％同一性和多于或等于9个匹配*的序列。
其中“匹配”是成对比对中的氨基酸位置的局部相似性。
然而，可以使用任何合适的标准(例如，任何合适的同一性百分比、匹配百分比、匹配数、任何合适的相似性百分比，如60％相似度等)。
在变体中，作为相关细菌和/或文献中描述的其他合适类型的微生物的一部分，例如直接涉及疾病的触发的常见表位序列被丢弃。
在变体中，共同表位可以通过试剂、同一性和/或MHC等位基因最佳亲和力分组。
为了根据它们对受体的亲和力对“常见表位”进行分类，我们使用分子对接模拟测试了我们针对蛋白质受体I/II类结构过滤的从头表位数据库，但可以另外或可选地进行任何合适的模拟和/或过程。
在下一阶段，在变体中，为了提高表位对MHC受体的亲和力，还可能对最好的表位进行再造，这意味着每个氨基酸都可以在计算机上进行突变，一次一个，通过其他21种蛋白质氨基酸(丙氨酸、精氨酸、天冬酰胺、天冬氨酸、半胱氨酸、谷氨酸、谷氨酰胺、甘氨酸、组氨酸、异亮氨酸、亮氨酸、赖氨酸、甲硫氨酸、苯丙氨酸、脯氨酸、丝氨酸、苏氨酸、色氨酸、酪氨酸、缬氨酸、硒代半胱氨酸和吡咯赖氨酸)。那些通过再造获得的新表位可以通过对接和/或其他合适的技术进行测试，然后根据它们与受体结合的能量进行分类。以这种方式，就有可能获得对受体具有更好亲和力的新表位。
在具体实例中，然后获得表位的从头列表，这些表位是用作一种或多种疾病(例如，微生物相关病况)的预防、治疗、疗法和/或诊断的最终候选物。
因此，在特定实例中，用于从与特定病况相关的病原体蛋白质中鉴定“从头”表位，然后在来自反向关联生物的蛋白质组中搜索它们的工作流程的全视图可以总结在图7中。
本公开的(例如，方法、诊断、治疗组合物等的)另外的实施方案可以包括、用于、进行、应用、对应、诊断(例如，用于诊断等)、治疗(例如，治疗性组合物，包括治疗性的表位等)，和/或以其他方式与一种或多种病况相关，包括以下任何一种或多种：疾病、症状、原因(例如，触发物等)、病症、相关风险(例如，倾向评分等)、相关严重性、行为(例如，咖啡因消耗、习惯、饮食等)，和/或与病况相关的任何其他合适的方面。病况可包括一种或多种疾病相关病况，其可包括以下任何一种或多种：HPV、胃肠相关病况(例如，肠易激综合征、炎症性肠病、溃疡性结肠炎、乳糜泻、克罗恩病、腹胀、痔疮疾病、便秘、反流、血便、腹泻等)；过敏相关病况(例如，与小麦、麸质、乳制品、大豆、花生、贝类、坚果、鸡蛋等相关的过敏和/或不耐受)；皮肤相关病况(例如，痤疮、皮肌炎、湿疹、酒渣鼻、皮肤干燥、牛皮癣、头皮屑、光敏性等)；运动相关病况(例如痛风、类风湿性关节炎、骨关节炎、反应性关节炎、多发性硬化症、帕金森病等)；癌症相关病况(例如，淋巴瘤；白血病；母细胞瘤；生殖细胞肿瘤；癌；肉瘤；乳腺癌；前列腺癌；基底细胞癌；皮肤癌；结肠癌；肺癌；与任何合适的生理区域相关的癌症病况等)、心血管相关病况(例如，冠心病、炎症性心脏病、瓣膜性心脏病、肥胖症、中风等)、贫血症病况(例如，地中海贫血；镰状细胞；恶性；fanconi综合征；溶血性；再生障碍性；缺铁性等)、神经相关病况(例如，ADHD、ADD、焦虑症、阿斯伯格综合症、自闭症、慢性疲劳综合症、抑郁症等)、自身免疫相关病况(例如Sprue、AIDS、干燥综合征、狼疮等)、内分泌相关病况(例如肥胖、Graves病、桥本氏甲状腺炎、代谢疾病、I型糖尿病、II型糖尿病等)、莱姆病病况、沟通相关病况、睡眠相关病况、代谢相关病况、体重相关病况、疼痛相关病况、遗传相关病况、慢性病和/或任何其他合适类型的疾病相关病况。另外或可选地，微生物相关病况可包括一种或多种人类行为病况，其可包括以下任何一种或多种：咖啡因消耗、酒精消耗、其他食品消耗、膳食补充剂消耗、益生菌相关行为(例如，消耗、回避等)、其他饮食行为、习惯行为(例如，吸烟；运动病况，如低、中和/或极端运动病况等)、更年期、其他生物过程、社会行为、其他行为，和/或任何其他合适的人类行为病况。病况可以与任何合适的表型(例如，对于人、动物、植物、真菌体等可测量的表型)相关。
在一些实施方案中，来自任何细菌菌株或古菌物种或再造类型和/或其他合适微生物的预测表位可用于不同产品中，用于诊断、治疗和/或预防和/或本文所述的合适病况，如基于本文所述的方法。
在一些实施方案中，本文所述的治疗组合物包括一种或多种本文所述的表位，如来源于本文所述的微生物和/或其他合适的微生物的表位，如用于诊断、治疗和/或其他合适的应用，如与本文所述的一种或多种病况(例如艾迪生病、阿尔茨海默病、注意力缺陷多动障碍、贫血、焦虑、阿斯伯格综合症、哮喘、心房颤动、自闭症、支气管炎、癌症、慢性疲劳综合症、肝硬化、痴呆症、抑郁症、I型糖尿病、II型糖尿病、癫痫、EB病毒I、纤维肌痛、青光眼、格雷夫斯病、桥本氏甲状腺炎、痔疮、高血压、高胆固醇、高血压、甲状腺功能减退症、失眠、狼疮、莱姆病、偏头痛、二尖瓣、瓣膜脱垂、多发性硬化症、肥胖症、骨关节炎、帕金森病、肺炎、类风湿性关节炎、鼻窦炎、链球菌性咽喉炎、中风、囊性纤维化、酸反流/GERD、乳糜泻、克罗恩病、肠易激综合征、溃疡性结肠炎、细菌性阴道病、子宫内膜异位症、痛经、多囊卵巢综合征、滴虫病、外阴痛、酵母菌感染、痤疮、湿疹、银屑病、酒渣鼻、龋齿、外胚层发育不良、牙龈炎、口腔疱疹、牙周病、干燥综合征、衣原体、淋病、疱疹、疣、HIV、人乳头瘤病毒、梅毒、血便、脑雾、感冒/咳嗽、便秘、腹泻、头晕、发烧、头痛、失眠、偏头痛、肌肉酸痛、皮疹、胃痛或其他与病毒、细菌或一些外部试剂有关的疾病)相关，如基于本文所述的方法。另外或可选地，实施方案(例如，方法、诊断、治疗组合物等的)可以包括、用于、进行、应用、对应、诊断(例如，用于诊断等、治疗(例如，治疗性组合物，包括治疗性的表位等)，和/或以其他方式与一种或多种病况相关，包括以下任何一种或多种：疾病、症状、原因(例如，触发物等)、病症、相关风险(例如，倾向评分等)、相关严重性、行为(例如，咖啡因消耗、习惯、饮食等)和/或与病况相关的任何其他合适的方面。病况可包括一种或多种疾病相关病况，其可包括以下任何一种或多种：胃肠相关病况(例如，肠易激综合征、炎症性肠病、溃疡性结肠炎、乳糜泻、克罗恩病、腹胀、痔病、便秘、反流、便血、腹泻等)；过敏相关病况(例如，与小麦、麸质、乳制品、大豆、花生、贝类、坚果、鸡蛋等相关的过敏和/或不耐受)；皮肤相关病况(例如，痤疮、皮肌炎、湿疹、酒渣鼻、皮肤干燥、牛皮癣、头皮屑、光敏性等)；运动相关病况(例如痛风、类风湿性关节炎、骨关节炎、反应性关节炎、多发性硬化症、帕金森病等)；癌症相关病况(例如，淋巴瘤；白血病；母细胞瘤；生殖细胞瘤；癌；肉瘤；乳腺癌；前列腺癌；基底细胞癌；皮肤癌；结肠癌；肺癌；与任何合适生理区域相关的癌症病况等)、心血管相关病况(例如，冠心病、炎症性心脏病、瓣膜性心脏病、肥胖症、中风等)、贫血症病况(例如，地中海贫血；镰状细胞；恶性；fanconi综合征；溶血性；再生障碍性；缺铁性等)、神经相关病况(例如，ADHD、ADD、焦虑症、阿斯伯格综合症、自闭症、慢性疲劳综合症、抑郁症等)、自身免疫相关病况(例如Sprue、AIDS、干燥综合征、狼疮等)、内分泌相关病况(例如肥胖、格雷夫斯氏病、桥本氏甲状腺炎、代谢疾病、I型糖尿病、II型糖尿病等)、莱姆病病况、沟通相关病况、睡眠相关病况、代谢相关病况、体重相关病况、疼痛相关病况、遗传相关病况、慢性病和/或任何其他合适类型的疾病相关病况。另外或可选地，微生物相关病况可包括一种或多种人类行为病况，其可包括以下任何一种或多种：咖啡因消耗、酒精消耗、其他食品消耗、膳食补充剂消耗、益生菌相关行为(例如，消耗、回避等)、其他饮食行为、习惯行为(例如，吸烟；运动病况，如低、中和/或极端运动病况等)、更年期、其他生物过程、社会行为、其他行为，和/或任何其他合适的人类行为病况。病况可以与任何合适的表型(例如，对于人、动物、植物、真菌体等可测量的表型)相关。
在一些实施方案中，本公开提供了从属于一种或多种病原体(例如，本文所述的；其他合适的微生物)的蛋白质中鉴定“从头”表位和/或再造的表位，和/或在反向相关细菌中搜索它们的方法(例如，工作流程)，如提出它们作为新的基于表位的疫苗和/或合适的治疗组合物，旨在触发免疫反应，和/或用于诊断、治疗和/或预防本文所述的任何一种或多种病况，如基于本文所述的方法。
在一些实施方案中，本公开提供了用于从非病原微生物(例如，任何合适类型的微生物、病毒、细菌、古菌等)中鉴定表位的方法，如基于来源于病原微生物的表位或产生免疫反应的试剂；如发现与病原微生物表位相似、再造的和/或类似的非病原微生物表位；如用于促进提高与诊断和/或治疗中表位使用相关的安全性；如基于使用本文所述的方法。
P89-PRV1-6
在一些实施方案中，本公开提供了基于健康阴道微生物组中存在的乳杆菌物种来预测针对HPV的从头表位的方法。这种基于表位的方法提供了用于HPV治疗和检测的方法。在一些实施方案中，本公开提供了使用基于表位的方法进行HPV治疗和检测的系统和治疗组合物。
一种广泛使用的鉴定T细胞表位的策略包括至少首先通过计算机方法预测HLA结合肽。例如，我们首先考虑毒株6、11(涉及生殖器疣)和16、18(涉及宫颈癌)的HPV蛋白质组，特别是蛋白质E1、E2、E4、E5、E6、E7、L1和L2，以及另外的11、16和18型的E8蛋白，以获得预测的8-9个氨基酸肽的列表。那些服务器的共同点是它们能够预测结合人类白细胞抗原(HLA)I类等位基因B的肽，这些肽对应于人类版本的主要组织相容性复合体(MHC)。HLA复合体可以将那些肽抗原呈递为表位。
在具体的实例中，一旦获得从头表位的列表并去除重复序列，则从诸如Uniprot的蛋白质序列数据库下载不同物种的148个乳杆菌参考蛋白质组和1个具核梭杆菌参考蛋白质组；每个蛋白质序列和每个表位通过使用局部成对比对工具进行比对，以便在那些蛋白质组中找到“从头”预测的表位。
因此，在具体的实例中，根据以下标准，与预测的HPV表位相比，在乳杆菌和梭杆菌中发现的序列可以被视为“常见表位”：
1.具有超过70％同一性和100％匹配*的序列，和
2.具有100％同一性和多于或等于7个匹配*的序列，其中“匹配”是成对比对中的氨基酸位置的局部相似性。
然而，可以使用任何合适的标准(例如，任何合适的同一性百分比、匹配百分比、匹配数、任何合适的百分比相似度，如60％相似度等)。
丢弃作为文献中描述的相关细菌的一部分的常见表位序列(例如，直接涉及疾病触发的，如阴道加德纳菌、沙眼衣原体和纤毛菌属(Sneathia)等)；但是可以另外或可选地使用任何合适的过滤标准。
最后，在具体的实例中，为了根据其对受体的亲和力对“常见表位”进行分类，我们使用分子对接模拟测试了我们数据库的来自HPV6、11、16和18的155个过滤的从头表位。
因此，在一个具体的实例中，用于从与特定病况相关的病原体蛋白质中鉴定“从头”表位，然后在来自反向相关生物的蛋白质组中搜索它们的工作流程的全视图可以总结在图7中(例如，包括实施方案的变体)。
作为一个具体的例子，图7中描述的工作流程可用于在HPV蛋白质组中搜索“从头”表位，然后在乳杆菌蛋白质组中搜索，如上所述。
来自任何HPV毒株或再造毒株和/或其他合适微生物的预测表位在用于诊断、治疗和/或预防HPV和/或本文所述的合适病况的不同产品中的用途，如基于本文所述的方法。
在一些实施方案中，本公开提供了包括一种或多种本文所述表位的治疗组合物，如来源于本文所述微生物和/或其他合适微生物的表位，如用于诊断、治疗和/或其他合适应用，如与本文所述的一种或多种病况(例如，癌症、疣等)相关，如基于本文所述的方法。
在一些实施方案中，本公开提供了诊断和/或治疗组合物使用“从头”预测的表位和/或再造的表位的方法，如来源于本文所述的微生物和/或用于治疗和/或预防HPV和/或本文所述的合适病况的其他合适的微生物，如基于本文所述的方法。
在一些实施方案中，本公开提供了从属于一种或多种病原体(例如，本文所述的；其他合适的微生物)的蛋白质中鉴定“从头”表位和/或重造的表位，和/或在反向相关细菌中搜索它们的方法(例如，工作流程)，如提出它们作为新的基于表位的疫苗和/或合适的治疗组合物，旨在触发免疫反应，和/或用于诊断、治疗和/或预防任何一种或多种本文所述的病况，如基于本文所述的方法。
在一些实施方案中，本公开提供了用于从非病原微生物(例如，任何合适类型的微生物、病毒、细菌、古菌等)中鉴定表位的方法，如基于来源于病原微生物的表位，如发现与病原微生物表位相似、再造和/或类似的非病原微生物表位，如用于促进与诊断和/或治疗中表位使用相关的安全性提高，如基于使用本文所述的方法。
HPV 6型(HPV6)感染
在一些实施方案中，本公开提供了用于诊断、治疗或预防HPV6感染的治疗组合物，其包括一种或多种本文所述的表位，如来源于本文所述微生物和/或其他合适微生物的表位。
在一些实施方案中，本公开提供了诊断和/或治疗组合物使用“从头”预测表位和/或再造表位的方法，如来源于本文所述的微生物和/或用于治疗和/或预防HPV6的其他合适的微生物。
在一些实施方案中，本公开提供了从属于一种或多种病原体(例如，本文所述的；其他合适的微生物)的蛋白质中鉴定“从头”表位和/或再造的表位，和/或在反向相关细菌中搜索它们的方法(例如，工作流程)，如提出它们作为新的基于表位的疫苗和/或合适的治疗组合物，旨在触发免疫反应，用于治疗和/或预防HPV6。
在一些实施方案中，本公开提供了从非病原微生物(例如，任何合适类型的微生物、病毒、细菌、古菌等)中鉴定表位的方法，如基于来源于病原微生物的表位，如发现与病原微生物表位相似、再造和/或类似的非病原微生物表位，如用于促进与用于治疗和/或预防HPV6的表位相关的安全性的提高。
在一些实施方案中，本公开提供了治疗或预防HPV6感染的方法，包括向有需要的患者给予多肽，所述多肽包含：(a)包含序列(和/或序列的合适部分，如至少7个，任选至少8个连续的氨基酸)：IGAAIGYFY(来自米乳杆菌(Lactobacillus oryzae)和坏发酵乳杆菌(L.malefermentans))和/或GTAGILELL(来自乳杆菌-wkB8(Lactobacillus sp-wkB8))的表位；(b)包含LVLTLLLYL和/或SVLVLTLLL中的至少一个的至少8个连续的氨基酸(和/或序列的合适部分)的表位；(c)包含以下中的至少一个的至少7个，任选地至少8个连续的氨基酸的表位：DPYKNLSFW、CAFIVGVLG、RTGISNAST、DSNVRLVVQ、VVLPDPNKF、ISFLGGTVI、VQIAAGTTS、HCYEQLVDS、KHAIVTVTY、KAKQMGLSH、KNALTTAEI、MEAIAKRLD、NTMDYVVWT、TSSETTTPA、VARTLATLL、PNNGKYVMA、NVVKIPPTI、APTITSHPI、PAVSKASAA、NNGKYVMAA、YPDYLQMAA、PVQIAAGTT、KQDILDVLI、TVETTTSSL、PVFITGSGF、HPYFSIKRA、TVQDLKRKY、MESANASTS、PTQHPVTNI、NSHLATPCV、TVARTLATL、IPPTIRHKL、LLLTTPLQF、VLGLLLMHY、QIAAGTTST、RKHKALTLI、VVCFVSIIL、TVVPKVSGY、NGKYVMAAQ和/或SRARRRKRA；和/或(e)包含一个或多个取代的序列IGARIHYFY的表位(例如，位置1被A、E、H或V取代；位置2被Y取代；位置3被S取代；位置4被Y、A、L、F、H或P取代；位置5被N、D、A、T或Y取代；位置6被Q取代；和/或位置8被P取代)。另外或可选地，该(一个或多个)多肽可以包含来自(a)、(b)和/或(c)的任何表位或表位的组合，由此可以制备在表位的任何位置具有氨基酸取代的任何表位，如同时保持特性和/或提高与HLA受体的亲和力。
在实施方案中，多肽包含乳酸杆菌和/或梭杆菌多肽，和/或其片段，如包含一个或多个表位。在实施方案中，多肽包含乳酸杆菌和/或梭杆菌多肽的10个氨基酸或更大的片段，并且任选地，其中该片段小于或等于100个氨基酸(然而，该片段和/或多肽可以具有任何合适的大小，如包括任何合适数量的氨基酸)。
在实施方案中，细菌包括乳杆菌(Lactobacillus sp.)，如优选地耐酸乳杆菌(L.acetotolerans)、敏捷乳杆菌(L.agilis)、消化乳杆菌(L.alimentarius)、巴克乳杆菌(L.backii)、双发酵乳杆菌(L.bifermentans)、短乳杆菌(L.brevis)、可可乳杆菌(L.cacaonum)、人阴道乳杆菌(L.coleohominis)、人阴道乳杆菌-DSM、丘状乳杆菌(L.collinoides)、曲面乳杆菌(L.concavus)、棒状乳杆菌(L.coryniformis)、食二酸乳杆菌(L.diolivorans)、同代乳杆菌(L.equigenerosi)、L.fabifermentans、谷糠乳杆菌(L.farraginis)、发酵乳杆菌(L.fermentum)、栖花乳杆菌(L.florum)、弗氏乳杆菌(L.frumenti)、岩藻乳杆菌(L.fuchuensis)、果囊乳杆菌(L.ingluviei)、约氏乳杆菌(L.johnsonii)、泡菜乳杆菌(L.kimchicus)、克瑞斯乳杆菌(L.koreensis)、林氏乳杆菌(L.lindneri)、马里乳杆菌(L.mali)、吞食木薯乳杆菌(L.manihotivorans)、L.mellis、L.nodensis、臭乳杆菌(L.odoratitofui)、L.oeni、寡发酵乳杆菌(L.oligofermentans)、齿龈欧氏乳杆菌(L.olsenella-uli)、L.oris-PB013-T2-3、米乳杆菌(L.oryzae)、副短乳杆菌(L.parabrevis)、副谷糠乳杆菌(L.parafarraginis)、植物乳杆菌(L.plantarum)、凝乳酶乳杆菌(L.rennini)、罗氏乳杆菌(L.rossiae)、瘤胃乳杆菌(L.ruminis)、旧金山乳杆菌(L.sanfranciscensis)、L.saniviri、L.satchensis、L.secaliphilus、L.senioris、沙氏乳杆菌(L.sharpeae)、斯瓦比乳杆菌(L.suebicus)、L.tucceti、牛痘乳杆菌(L.vaccinostercus)、L.vini、绿色乳杆菌(L.viridescens)、L.wasatchensis和/或老面乳杆菌(L.zymae)。
在实施方案中，通过给予表达多肽的细胞(一个或多个细胞)来向患者给予多肽，其中细胞可以被遗传修饰以过表达多肽。细胞可以是(例如与…相关联)细菌，如优选来自乳杆菌属和/或梭杆菌属。
在实施方案中，通过用编码多肽的核酸转化患者的细胞来向患者给予多肽，其中核酸任选地在载体中。在变型中，可以离体转化细胞并将转化的细胞重新引入患者中。在变型中，可以通过将核酸，任选地在载体中，给予患者来在体内转化细胞。
在实施方案中，一种或多种分离的多肽，所述多肽包含：(a)包含序列：IGAAIGYFY(来自米乳杆菌和坏发酵乳杆菌)和/或GTAGILELL(来自乳杆菌-wkB8(Lactobacillus sp-wkB8))的表位；(b)包含LVLTLLLYL和/或SVLVLTLLL中的至少一个的至少8个连续的氨基酸的表位；(c)包含以下中的至少一个的至少7个，任选地至少8个连续的氨基酸的表位：DPYKNLSFW、CAFIVGVLG、RTGISNAST、DSNVRLVVQ、VVLPDPNKF、ISFLGGTVI、VQIAAGTTS、HCYEQLVDS、KHAIVTVTY、KAKQMGLSH、KNALTTAEI、MEAIAKRLD、NTMDYVVWT、TSSETTTPA、VARTLATLL、PNNGKYVMA、NVVKIPPTI、APTITSHPI、PAVSKASAA、NNGKYVMAA、YPDYLQMAA、PVQIAAGTT、KQDILDVLI、TVETTTSSL、PVFITGSGF、HPYFSIKRA、TVQDLKRKY、MESANASTS、PTQHPVTNI、NSHLATPCV、TVARTLATL、IPPTIRHKL、LLLTTPLQF、VLGLLLMHY、QIAAGTTST、RKHKALTLI、VVCFVSIIL、TVVPKVSGY、NGKYVMAAQ和/或SRARRRKRA；和/或(d)包含一个或多个取代的序列IGARIHYFY的表位(例如，位置1被A、E、H或V取代；位置2被Y取代；位置3被S取代；位置4被Y、A、L、F、H或P取代；位置5被N、D、A、T或Y取代；位置6被Q取代；和/或位置8被P取代)，和/或包含一个或多个取代的PVFITGSDF(例如，位置1被W或F取代；位置2被F、D或W取代；位置5被P取代；位置6被P、A或C取代；位置7被W、Q、F或P取代；位置8被W取代；和/或位置9被W取代)。
在一些实施方案中，本公开提供了包含药学上可接受的载体和一种或多种本文所述的用于治疗或预防HPV6感染的多肽的药物组合物。
在一些实施方案中，本公开提供了多肽，其包含序列或与选自以下的序列具有至少80％同一性，例如至少85％、90％、95％、99％同一性的序列：IGAAIGYFY、GTAGILELL、LVLTLLLYL、SVLVLTLLL、DPYKNLSFW、CAFIVGVLG、RTGISNAST、DSNVRLVVQ、VVLPDPNKF、ISFLGGTVI、VQIAAGTTS、HCYEQLVDS、KHAIVTVTY、KAKQMGLSH、KNALTTAEI、MEAIAKRLD、NTMDYVVWT、TSSETTTPA、VARTLATLL、PNNGKYVMA、NVVKIPPTI、APTITSHPI、PAVSKASAA、NNGKYVMAA、YPDYLQMAA、PVQIAAGTT、KQDILDVLI、TVETTTSSL、PVFITGSGF、HPYFSIKRA、TVQDLKRKY、MESANASTS、PTQHPVTNI、NSHLATPCV、TVARTLATL、IPPTIRHKL、LLLTTPLQF、VLGLLLMHY、QIAAGTTST、RKHKALTLI、VVCFVSIIL、TVVPKVSGY、NGKYVMAAQ和SRARRRKRA。
在一些实施方案中，本公开提供了多肽，其包含序列或与X1X2X3X4X5X6X7X8X9的序列具有至少80％同一性，例如至少85％、90％、95％、99％同一性的序列，其中：
X1是I、A、E、H或V；
X2是G或Y；
X3是A或S；
X4是R、Y、A、L、F、H或P；
X5是I、N、D、A、T或Y；
X6是H或O；
X7是Y；
X8是F或P；
X9是Y。
在一些实施方案中，本公开提供了多肽，其包含序列或与序列X1X2X3X4X5X6X7X8X9具有至少80％同一性，例如至少85％、90％、95％、99％同一性的序列，其中：
X1是P、W或F；
X2是V、F、D或W；
X3是F；
X4是I；
X5是T或P；
X6是G、P、A或C；
X7是S、W、Q、F或P；
X8是D或W；
X9是F或W。
在一些实施方案中，本公开提供了治疗或预防HPV6感染的方法，包括向有需要的患者给予包含多肽的药物组合物，所述多肽具有序列或与选自以下的序列具有至少80％同一性，例如至少85％、90％、95％、99％同一性的序列：IGAAIGYFY、GTAGILELL、LVLTLLLYL、SVLVLTLLL、DPYKNLSFW、CAFIVGVLG、RTGISNAST、DSNVRLVVQ、VVLPDPNKF、ISFLGGTVI、VQIAAGTTS、HCYEQLVDS、KHAIVTVTY、KAKQMGLSH、KNALTTAEI、MEAIAKRLD、NTMDYVVWT、TSSETTTPA、VARTLATLL、PNNGKYVMA、NVVKIPPTI、APTITSHPI、PAVSKASAA、NNGKYVMAA、YPDYLQMAA、PVQIAAGTT、KQDILDVLI、TVETTTSSL、PVFITGSGF、HPYFSIKRA、TVQDLKRKY、MESANASTS、PTQHPVTNI、NSHLATPCV、TVARTLATL、IPPTIRHKL、LLLTTPLQF、VLGLLLMHY、QIAAGTTST、RKHKALTLI、VVCFVSIIL、TVVPKVSGY、NGKYVMAAQ和SRARRRKRA。
在一些实施方案中，本公开提供了治疗或预防HPV6感染的方法，包括向有需要的患者给予包含多肽的药物组合物，所述多肽具有序列或与序列X1X2X3X4X5X6X7X8X9具有至少80％同一性，例如至少85％、90％、95％、99％同一性的序列，其中：
X1是I、A、E、H或V；
X2是G或Y；
X3是A或S；
X4是R、Y、A、L、F、H或P；
X5是I、N、D、A、T或Y；
X6是H或O；
X7是Y；
X8是F或P；
X9是Y。
在一些实施方案中，本公开提供了治疗或预防HPV6感染的方法，包括向有需要的患者给予包含多肽的药物组合物，所述多肽具有序列或与序列X1X2X3X4X5X6X7X8X9具有至少80％同一性，例如至少85％、90％、95％、99％同一性的序列，其中：
X1是P、W或F；
X2是V、F、D或W；
X3是F；
X4是I；
X5是T或P；
X6是G、P、A或C；
X7是S、W、Q、F或P；
X8是D或W；
X9是F或W。
HPV 11型(HPV11)感染
在一些实施方案中，本公开提供了包括一种或多种本文所述的表位的治疗组合物，如来源于本文所述的微生物和/或其他合适微生物的表位，用于诊断、治疗或预防HPV11相关疾病。
在一些实施方案中，本公开提供了诊断和/或治疗组合物使用“从头”预测的表位和/或再造表位的方法，如来源于本文所述的微生物和/或其他合适的微生物，用于治疗和/或预防HPV11。
在一些实施方案中，本公开提供了从属于一种或多种病原体(例如，本文所述的；其他合适的微生物)的蛋白质中鉴定“从头”表位和/或再造的表位，和/或在反向相关细菌中搜索它们的方法(例如，工作流程)，如提出它们作为新的基于表位的疫苗和/或合适的治疗组合物，旨在触发免疫反应，用于治疗和/或预防HPV11。
在一些实施方案中，本公开提供了用于从非病原微生物(例如，任何合适类型的微生物、病毒、细菌、古菌等)中鉴定表位的方法，如基于来源于病原微生物的表位，如发现与病原微生物表位相似、再造的和/或类似的非病原微生物表位，如用于促进与用于治疗和/或预防HPV11的表位相关的安全性的提高。
实施方案(例如，一种或多种方法的、一种或多种系统的，如组合物等)可以另外或可选地包括：
在一些实施方案中，本公开提供了治疗或预防HPV 11感染的方法，包括向有需要的患者给予多肽，所述多肽包含：(a)包含以下中的至少一个的序列(和/或序列的合适部分，如至少7个，任选地至少8个连续的氨基酸)的表位：PVFITGSDF、LSTPQRLVT、FVVAVLGLL、TPFSPVTPA、LPVVIAFAV、LVAAENDTF、PSDSTVYVP、GAPEVVPPT、SDSTVYVPP、QGNTVEVKF、LVLTLLLYL、RVGLYSRAL、LILPVVIAF、TSSESTTPA、DSNVRLVVE、VLIILISDF、KPRARRRKR、VQIAAATTT、RRLFETREL、LTDAKVALL、MADDSALYE、EVVPVQIAA、NAVYELSDA、SSESTTPAI、QIAAATTTT、KIQSGVRAL、TVARTLGTL、STSATSIDQ、TSSLTITTS、ETNEDILKV、TVQSTTSSL、RALQQVQVT、LKDIVLDLQ、PVQIAAATT、YSIKKVNKT、PRARRRKRA、ASTSATSID、RKHRALTLI、ADDSALYEK、KCKDIRSTL、STTSSLTIT、RKTACRRRL、VVIAFAVCI、AIAKRLDAC和/或MEVVPVQIA；和/或(b)包含一个或多个取代的序列PVFITGSDF的表位(例如，位置1被W或F取代；位置2被F、D或W取代；位置5被P取代；位置6被P、A或C取代；位置7被W、Q、F或P取代；位置8被W取代；位置9被W取代)。另外或可选地，该(一个或多个)多肽可以包含来自(a)、(b)和/或(c)的任何表位或表位的组合，由此可以制备在表位的任何位置具有氨基酸取代的任何表位，如同时保持特性和/或提高与HLA受体的亲和力。
在一些实施方案中，多肽包含乳杆菌和/或梭杆菌多肽，和/或其片段，如包含一个或多个表位。
在一些实施方案中，多肽包含乳杆菌和/或梭杆菌多肽的10个氨基酸或更大的片段，并且任选地，其中所述片段小于或等于100个氨基酸(然而，片段和/或多肽可以具有任何合适的大小，如包括任何合适数量的氨基酸)。
在一些实施方案中，细菌包含乳杆菌(Lactobacillus sp.)，如优选地耐酸乳杆菌(L.acetotolerans)、嗜酸乳杆菌(L.acidophilus)、低温乳杆菌(L.algidus)、消化乳杆菌(L.alimentarius)、解淀粉乳杆菌(L.amylolyticus)、嗜淀粉乳杆菌(L.amylophilus)、姬鼠乳杆菌(L.apodemi)、唾液乳酸杆菌(L.aviaries)、巴克乳杆菌(L.backii)、L.brantae、可可乳杆菌(L.cacaonum)、多毛乳杆菌(L.capillatus)、人阴道乳杆菌(L.coleohominis)、曲面乳杆菌(L.concavus)、棒状乳杆菌(L.coryniformis)、弯曲乳杆菌(L.crispatus)、德氏乳杆菌(L.delbrueckii)、糊精乳杆菌(L.dextrinicus)、马乳杆菌(L.equi)、L.fabifermentans、佛罗里达乳杆菌(L.floricola)、栖花乳杆菌(L.florum)、弗氏乳杆菌(L.frumenti)、加纳乳杆菌(L.ghanensis)、哈氏乳杆菌(L.hamster)、哈伯氏乳杆菌(L.harbinensis)、瑞士乳杆菌(L.helveticus)、L.hokkaidonensis、人类乳杆菌(L.hominis)、惰性乳杆菌(L.iners)、詹氏乳杆菌(L.jensenii)、约氏乳杆菌(L.johnsonii)、卡利克斯镇乳杆菌(L.kalixensis)、马乳酒样乳杆菌(L.kefiranofaciens)、泡菜乳杆菌(L.kimchicus)、L.kisonensis、昆仑乳杆菌(L.kunkeei)、林氏乳杆菌(L.lindneri)、坏发酵乳杆菌(L.malefermentans)、L.mellifer、那须乳杆菌(L.nasuensis)、L.nodensis、臭乳杆菌(L.odoratitofui)、齿龈欧氏乳杆菌(L.olsenella-uli)、副谷糠乳杆菌(L.parafarraginis)、巴氏乳杆菌(L.pasteurii)、恶味乳杆菌(L.perolens)、乳杆菌噬菌体
(L.phage-phiAQ113)、植物乳杆菌(L.plantarum)、鼠李糖乳杆菌(L.rhamnosus)、罗氏乳杆菌(L.rossiae)、瘤胃乳杆菌(L.ruminis)、沙克乳杆菌(L.sakei)、L.saniviri、L.selangorensis、L.senmaizukei、沙氏乳杆菌(L.sharpeae)、L.similis、乳杆菌-ASF360(L.sp-ASF360)、乳杆菌-wkB8(L.sp-wkB8)、L.tucceti、L.vini、绿色乳杆菌(L.viridescens)、香坊乳杆菌(L.xiangfangensis)和/或老面乳杆菌(L.zymae)。
在一些实施方案中，通过给予表达多肽的细胞(一个或多个细胞)向患者给予多肽，其中所述细胞可以被遗传改良以过度表达多肽。细胞可以是(例如与…相关)细菌，如优选地来自乳杆菌属和/或梭杆菌属。
在一些实施方案中，通过用编码多肽的核酸转化患者的细胞来向患者给予多肽，其中核酸任选地在载体中。在变型中，细胞可以离体转化并且转化的细胞被重新引入患者中。在变型中，可以通过将核酸，任选地在载体中给予患者来在体内转化细胞。
在一些实施方案中，多肽包含：(a)包含以下中的至少一个的至少7个，任选地至少8个连续的氨基酸的表位：PVFITGSDF、LSTPQRLVT、FVVAVLGLL、TPFSPVTPA、LPVVIAFAV、LVAAENDTF、PSDSTVYVP、GAPEVVPPT、SDSTVYVPP、QGNTVEVKF、LVLTLLLYL、RVGLYSRAL、LILPVVIAF、TSSESTTPA、DSNVRLVVE、VLIILISDF、KPRARRRKR、VQIAAATTT、RRLFETREL、LTDAKVALL、MADDSALYE、EVVPVQIAA、NAVYELSDA、SSESTTPAI、QIAAATTTT、KIQSGVRAL、TVARTLGTL、STSATSIDQ、TSSLTITTS、ETNEDILKV、TVQSTTSSL、RALQQVQVT、LKDIVLDLQ、PVQIAAATT、YSIKKVNKT、PRARRRKRA、ASTSATSID、RKHRALTLI、ADDSALYEK、KCKDIRSTL、STTSSLTIT、RKTACRRRL、VVIAFAVCI、AIAKRLDAC和/或MEVVPVQIA；和/或(b)包含一个或多个取代的序列PVFITGSDF的表位(例如，位置1被W或F取代；位置2被F、D或W取代；位置5被P取代；位置6被P、A或C；位置7被W、Q、F或P取代；位置8被W取代；位置9被W取代)。
在一些实施方案中，本公开提供了治疗或预防HPV11感染的药物组合物，其包含药学上可接受的载体和一种或多种本文所述的多肽。
在一些实施方案中，本公开提供了多肽，其包含与选自以下的序列具有至少80％同一性的序列：PVFITGSDF、LSTPQRLVT、FVVAVLGLL、TPFSPVTPA、LPVVIAFAV、LVAAENDTF、PSDSTVYVP、GAPEVVPPT、SDSTVYVPP、QGNTVEVKF、LVLTLLLYL、RVGLYSRAL、LILPVVIAF、TSSESTTPA、DSNVRLVVE、VLIILISDF、KPRARRRKR、VQIAAATTT、RRLFETREL、LTDAKVALL、MADDSALYE、EVVPVQIAA、NAVYELSDA、SSESTTPAI、QIAAATTTT、KIQSGVRAL、TVARTLGTL、STSATSIDQ、TSSLTITTS、ETNEDILKV、TVQSTTSSL、RALQQVQVT、LKDIVLDLQ、PVQIAAATT、YSIKKVNKT、PRARRRKRA、ASTSATSID、RKHRALTLI、ADDSALYEK、KCKDIRSTL、STTSSLTIT、RKTACRRRL、VVIAFAVCI、AIAKRLDAC和MEVVPVQIA。
在一些实施方案中，本公开提供了多肽，其包含序列或与X10X11X12X13X14X15X16X17X18的序列具有至少80％同一性，例如至少85％、90％、95％、99％同一性的序列，其中：
X10是P、W或F；
X11是V、F、D或W；
X12是F；
X13是I；
X14是T或P；
X15是G、P、A或C；
X16是S、W、Q、F或P；
X17是D或W；
X18是F或W。
在一些实施方案中，本公开提供了治疗或预防HPV11感染的方法，包括向有需要的患者给予包含多肽的药物组合物，所述多肽包含序列或与选自以下的序列具有至少80％同一性，例如至少85％、90％、95％、99％同一性的序列：PVFITGSDF、LSTPQRLVT、FVVAVLGLL、TPFSPVTPA、LPVVIAFAV、LVAAENDTF、PSDSTVYVP、GAPEVVPPT、SDSTVYVPP、QGNTVEVKF、LVLTLLLYL、RVGLYSRAL、LILPVVIAF、TSSESTTPA、DSNVRLVVE、VLIILISDF、KPRARRRKR、VQIAAATTT、RRLFETREL、LTDAKVALL、MADDSALYE、EVVPVQIAA、NAVYELSDA、SSESTTPAI、QIAAATTTT、KIQSGVRAL、TVARTLGTL、STSATSIDQ、TSSLTITTS、ETNEDILKV、TVQSTTSSL、RALQQVQVT、LKDIVLDLQ、PVQIAAATT、YSIKKVNKT、PRARRRKRA、ASTSATSID、RKHRALTLI、ADDSALYEK、KCKDIRSTL、STTSSLTIT、RKTACRRRL、VVIAFAVCI、AIAKRLDAC和MEVVPVQIA。
在一些实施方案中，本公开提供了治疗或预防HPV11感染的方法，包括向有需要的患者给予包含多肽的药物组合物，所述多肽包含序列或与序列X10X11X12X13X14X15X16X17X18具有至少80％同一性，例如至少85％、90％、95％、99％同一性的序列，其中：
X10是P、W或F；
X11是V、F、D或W；
X12是F；
X13是I；
X14是T或P；
X15是G、P、A或C；
X16是S、W、Q、F或P；
X17是D或W；
X18是F或W。
HPV 16型(HPV16)感染
在一些实施方案中，本公开提供了用于诊断、治疗或预防HPV16相关疾病的治疗组合物，其包括一种或多种本文所述的表位，如来源于本文所述微生物和/或其他合适微生物的表位。
在一些实施方案中，本公开提供了诊断和/或治疗组合物使用“从头”预测的表位和/或再造的表位的方法，如来源于本文所述的微生物和/或用于治疗和/或预防HPV16的其他合适的微生物。
在一些实施方案中，本公开提供了从属于一种或多种病原体(例如，本文所述的；其他合适的微生物)的蛋白质中鉴定“从头”表位和/或再造的表位，和/或在反向相关细菌中搜索它们的方法(例如，工作流程)，如提出它们作为新的基于表位的疫苗和/或合适的治疗组合物，旨在触发免疫反应，用于治疗和/或预防HPV16。
在一些实施方案中，本公开提供了从非病原微生物(例如，任何合适类型的微生物、病毒、细菌、古菌等)中鉴定表位的方法，如基于来源于病原微生物的表位，如发现与病原微生物表位相似、再造的和/或类似的非病原微生物表位，如用于促进与用于治疗和/或预防HPV16的表位相关的安全性的提高。
在一些实施方案中，本公开提供了治疗或预防HPV 16型感染的方法，包括向有需要的患者给予多肽，所述多肽包含：(a)包含序列(和/或序列的合适部分，如至少7个，任选地至少8个连续的氨基酸)：LLKLVGSTS(来自嗜酸乳杆菌)、LLTLLGSPW(来自佛罗里达乳杆菌)、LLMLLGLTW(来自植物乳杆菌)、LGKWLGSTW(来自那须乳杆菌)、LAKLLGSGW(来自沙克乳杆菌)的表位；(b)包含SAFLKSNSQ、PPTPAETGG和/或VEKKTGDAI中的至少一个的至少8个连续的氨基酸(和/或序列的合适部分)的表位；(c)包含以下中的至少一个的至少7个，任选地至少8个连续的氨基酸的表位：FWLQPLADA、QPPTPAETG、SGKSIGAKV、PYLHNRLVV、AHTKDGLTV、VAVNPGDCP、SHAASPTSI、TPAILDINN、AEEIELQTI、NALDGNLVS、FELSQMVQW、IAEQILQYG、GGLGIGTGS、TAHALFTAQ、VPTLAVSKN、ADPAAATKY、YDLSTIDPA、AGTSRLLAV、NASAFLKSN、TLCQRLNVC、HAASPTSIN、YSLYGTTLE、LGKRKATPT、CEEASVTVV、LWLPSEATV、IPIVPGSPQ、MADPAAATK、KPYWLQRAQ、DPAGTNGEE、LAKFKELYG、IGNKQTLRT、GNQLFVTVV、DAGDFYLHP、YGNTEVETQ、TPPRPIPKP、AAMLAKFKE、PFDENGNPV、LGIGTGSGT、ATKYPLLKL、GEDLVDFIV、INHQVVPTL、TPSIADSIK、ICEEASVTV、LYLHIQSLA、LADTNSNAS、DYLTQAETE、SLIPIVPGS和/或RAAKRRLFE；和/或(d)包含一个或多个取代的序列FWLQPLADA的表位(例如，位置1被W、Y、A或I取代；位置2被Y、F、G、I、L、A、C、S、R、T、Q或V取代；位置3被N、D、W、F、P、Q、V、I、E、R、A、C、T、Y、H或S取代；位置4被D、P、N、S、A、E、L、F、C、W、H、I、T、G或K取代；位置5被D或H取代；位置6被E、N、F、Y、G、P、T、D、A、Q、I、V或H取代；位置7被W、F、Y、E、Q、V、G、L、P或M取代；位置8被Y、T、A、W、P、F、S、Q、E、K、R、H、V或C取代；位置9被F、L、W、P、H、V、S、N、C、E或M取代)。另外或可选地，该(一个或多个)多肽可以包含来自(a)、(b)、(c)和/或(d)的任何表位或表位的组合，由此可以制备在表位的任何位置中具有氨基酸取代的任何表位，如同时保持特性和/或提高与HLA受体的亲和力。
在一些实施方案中，多肽包含乳杆菌和/或梭杆菌多肽，和/或其片段，如包含一个或多个表位。
在一些实施方案中，多肽包含乳杆菌和/或梭杆菌多肽的10个氨基酸或更大的片段，并且任选地，其中所述片段小于或等于100个氨基酸(然而，片段和/或多肽可以具有任何合适的大小，如包括任何合适数量的氨基酸)。
在一些实施方案中，细菌包含乳杆菌(Lactobacillus sp.)，如优选地耐酸乳杆菌(L.acetotolerans)、敏捷乳杆菌(L.agilis)、低温乳杆菌(L.algidus)、嗜淀粉乳杆菌(L.amylophilus)、双发酵乳杆菌(L.bifermentans)、短乳杆菌(L.brevis)、短乳杆菌格雷夫斯亚种(L.brevis-subsp-gravesensis)、布氏乳杆菌(L.buchneri)、多毛乳杆菌(L.capillatus)、丘状乳杆菌(L.collinoides)、堆肥乳杆菌(L.composti)、弯曲乳杆菌(L.crispatus)、雷氏乳杆菌(L.curieae)、德氏乳杆菌(L.delbrueckii)、食二酸乳杆菌(L.diolivorans)、L.fabifermentans、谷糠乳杆菌(L.farraginis)、胃乳杆菌(L.gastricus)、L.ginsenosidimutans、哈氏乳杆菌(L.hamster)、哈伯氏乳杆菌(L.harbinensis)、人类乳杆菌(L.hominis)、詹氏乳杆菌(L.jensenii)、L.kisonensis、克瑞斯乳杆菌(L.koreensis)、昆仑乳杆菌(L.kunkeei)、坏发酵乳杆菌(L.malefermentans)、粘膜乳杆菌-LM1(L.mucosae-LM1)、臭乳杆菌(L.odoratitofui)、齿龈欧氏乳杆菌(L.olsenella-uli)、副短乳杆菌(L.parabrevis)、副谷糠乳杆菌(L.parafarraginis)、罗氏乳杆菌(L.rossiae)、瘤胃乳杆菌(L.ruminis)、L.saniviri、L.senmaizukei、干酪乳杆菌(L.casei)、沙氏乳杆菌(L.sharpeae)、深圳乳杆菌(L.shenzhenensis)、L.siliginis、L.similis、乳杆菌-wkB8(L.sp-wkB8)、斯比氏乳杆菌(L.spicheri)、斯瓦比乳杆菌(L.suebicus)、L.tucceti、L.wasatchensis、香坊乳杆菌(L.xiangfangensis)和/或老面乳杆菌(L.zymae)。
在一些实施方案中，通过给予表达多肽的细胞(一个或多个细胞)来向患者给予多肽，其中所述细胞可被遗传改良以过表达多肽。所述细胞可以是(例如，与…相关)细菌，如优选地来自乳杆菌属和/或梭杆菌属。
在一些实施方案中，通过用编码多肽的核酸转化患者的细胞来向患者给予多肽，其中所述核酸任选地在载体中。在变型中，细胞可被离体转化，并且转化的细胞被重新引入患者中。在变型中，细胞可通过向患者给予核酸，任选地在载体中而被体内转化。
在一些实施方案中，本公开提供了一种或多种分离的多肽，所述多肽包含：(a)包含序列：LLKLVGSTS(来自嗜酸乳杆菌)、LLTLLGSPW(来自佛罗里达乳杆菌)、LLMLLGLTW(来自植物乳杆菌)、LGKWLGSTW(来自那须乳杆菌)、LAKLLGSGW(来自沙克乳杆菌)的表位；(b)包含SAFLKSNSQ、PPTPAETGG和/或VEKKTGDAI中的至少一个的至少8个连续的氨基酸的表位；(c)包含以下中的至少一个的至少7个，任选地至少8个连续的氨基酸的表位：FWLQPLADA、QPPTPAETG、SGKSIGAKV、PYLHNRLVV、AHTKDGLTV、VAVNPGDCP、SHAASPTSI、TPAILDINN、AEEIELQTI、NALDGNLVS、FELSQMVQW、IAEQILQYG、GGLGIGTGS、TAHALFTAQ、VPTLAVSKN、ADPAAATKY、YDLSTIDPA、AGTSRLLAV、NASAFLKSN、TLCQRLNVC、HAASPTSIN、YSLYGTTLE、LGKRKATPT、CEEASVTVV、LWLPSEATV、IPIVPGSPQ、MADPAAATK、KPYWLQRAQ、DPAGTNGEE、LAKFKELYG、IGNKQTLRT、GNQLFVTVV、DAGDFYLHP、YGNTEVETQ、TPPRPIPKP、AAMLAKFKE、PFDENGNPV、LGIGTGSGT、ATKYPLLKL、GEDLVDFIV、INHQVVPTL、TPSIADSIK、ICEEASVTV、LYLHIQSLA、LADTNSNAS、DYLTQAETE、SLIPIVPGS和/或RAAKRRLFE；和/或(d)包含一个或多个取代的序列FWLQPLADA的表位(例如，位置1被W、Y、A或I取代；位置2被Y、F、G、I、L、A、C、S、R、T、Q或V取代；位置3被N、D、W、F、P、Q、V、I、E、R、A、C、T、Y、H或S取代；位置4被D、P、N、S、A、E、L、F、C、W、H、I、T、G或K取代；位置5被D或H取代；位置6被E、N、F、Y、G、P、T、D、A、Q、I、V或H取代；位置7被W、F、Y、E、Q、V、G、L、P或M取代；位置8被Y、T、A、W、P、F、S、Q、E、K、R、H、V或C取代；位置9被F、L、W、P、H、V、S、N、C、E或M取代)。
在一些实施方案中，本公开提供了药物组合物，其包含药学上可接受的载体和一种或多种本文所述的多肽。
在一些实施方案中，本公开提供了多肽，其包含与选自以下的序列具有至少80％同一性的序列：LLKLVGSTS、LLTLLGSPW、LLMLLGLTW、LGKWLGSTW、LAKLLGSGW、SAFLKSNSQ、PPTPAETGG、VEKKTGDAI、FWLQPLADA、QPPTPAETG、SGKSIGAKV、PYLHNRLVV、AHTKDGLTV、VAVNPGDCP、SHAASPTSI、TPAILDINN、AEEIELQTI、NALDGNLVS、FELSQMVQW、IAEQILQYG、GGLGIGTGS、TAHALFTAQ、VPTLAVSKN、ADPAAATKY、YDLSTIDPA、AGTSRLLAV、NASAFLKSN、TLCQRLNVC、HAASPTSIN、YSLYGTTLE、LGKRKATPT、CEEASVTVV、LWLPSEATV、IPIVPGSPQ、MADPAAATK、KPYWLQRAQ、DPAGTNGEE、LAKFKELYG、IGNKQTLRT、GNQLFVTVV、DAGDFYLHP、YGNTEVETQ、TPPRPIPKP、AAMLAKFKE、PFDENGNPV、LGIGTGSGT、ATKYPLLKL、GEDLVDFIV、INHQVVPTL、TPSIADSIK、ICEEASVTV、LYLHIQSLA、LADTNSNAS、DYLTQAETE、SLIPIVPGS和RAAKRRLFE。
在一些实施方案中，本公开提供了多肽，其包含序列或与X19X20X21X22X23X24X25X26X27的序列具有至少80％同一性，例如至少85％、90％、95％、99％同一性的序列，其中：
X19是F、W、Y、A或I；
X20是W、Y、F、G、I、L、A、C、S、R、T、Q或V；
X21是L、N、D、W、F、P、Q、V、I、E、R、A、C、T、Y、H或S；
X22是Q、D、P、N、S、A、E、L、F、C、W、H、I、T、G或K；
X23是P、D或H；
X24是L、E、N、F、Y、G、P、T、D、A、Q、I、V或H；
X25是A、W、F、Y、E、Q、V、G、L、P或M；
X26是D、Y、T、A、W、P、F、S、Q、E、K、R、H、V或C；
X27是A、F、L、W、P、H、V、S、N、C、E或M。
在一些实施方案中，本公开提供了治疗或预防HPV16感染的方法，包括向有需要的患者给予包含多肽的药物组合物，所述多肽包含选自以下的序列：LLKLVGSTS、LLTLLGSPW、LLMLLGLTW、LGKWLGSTW、LAKLLGSGW、SAFLKSNSQ、PPTPAETGG、VEKKTGDAI、FWLQPLADA、QPPTPAETG、SGKSIGAKV、PYLHNRLVV、AHTKDGLTV、VAVNPGDCP、SHAASPTSI、TPAILDINN、AEEIELQTI、NALDGNLVS、FELSQMVQW、IAEQILQYG、GGLGIGTGS、TAHALFTAQ、VPTLAVSKN、ADPAAATKY、YDLSTIDPA、AGTSRLLAV、NASAFLKSN、TLCQRLNVC、HAASPTSIN、YSLYGTTLE、LGKRKATPT、CEEASVTVV、LWLPSEATV、IPIVPGSPQ、MADPAAATK、KPYWLQRAQ、DPAGTNGEE、LAKFKELYG、IGNKQTLRT、GNQLFVTVV、DAGDFYLHP、YGNTEVETQ、TPPRPIPKP、AAMLAKFKE、PFDENGNPV、LGIGTGSGT、ATKYPLLKL、GEDLVDFIV、INHQVVPTL、TPSIADSIK、ICEEASVTV、LYLHIQSLA、LADTNSNAS、DYLTQAETE、SLIPIVPGS和RAAKRRLFE。
在一些实施方案中，本公开提供了治疗或预防HPV16感染的方法，包括向有需要的患者给予药物组合物，其包含多肽或与序列X19X20X21X22X23X24X25X26X27具有至少80％同一性，例如至少85％、90％、95％、99％同一性的多肽，其中：
X19是F、W、Y、A或I；
X20是W、Y、F、G、I、L、A、C、S、R、T、Q或V；
X21是L、N、D、W、F、P、Q、V、I、E、R、A、C、T、Y、H或S；
X22是Q、D、P、N、S、A、E、L、F、C、W、H、I、T、G或K；
X23是P、D或H；
X24是L、E、N、F、Y、G、P、T、D、A、Q、I、V或H；
X25是A、W、F、Y、E、Q、V、G、L、P或M；
X26是D、Y、T、A、W、P、F、S、Q、E、K、R、H、V或C；
X27是A、F、L、W、P、H、V、S、N、C、E或M。
HPV 18型(HPV18)感染
在一些实施方案中，本公开提供了用于诊断、治疗或预防HPV18相关疾病的治疗组合物，其包括一种或多种本文所述表位，如来源于本文所述微生物和/或其他合适微生物的表位。
在一些实施方案中，本公开提供了诊断和/或治疗组合物使用“从头”预测的表位和/或再造的表位的方法，如来源于本文所述的微生物和/或用于治疗和/或预防HPV18的其他适合治疗的微生物。
在一些实施方案中，本公开提供了从属于一种或多种病原体(例如，本文所述的；其他合适的微生物)的蛋白质中鉴定“从头”表位和/或再造的表位，和/或在反向相关细菌中搜索它们的方法(例如，工作流程)，如提出它们作为新的基于表位的疫苗和/或合适的治疗组合物，旨在触发免疫反应，用于治疗和/或预防HPV18。
在一些实施方案中，本公开提供了用于从非病原微生物(例如，任何合适类型的微生物、病毒、细菌、古菌等)中鉴定表位的方法，如基于来源于病原微生物的表位，如发现与病原微生物表位相似、再造的和/或类似的非病原微生物表位，如用于促进与用于治疗和/或预防HPV18的表位相关的安全性的提高。
在一些实施方案中，本公开提供了治疗或预防HPV18感染的方法，包括向有需要的患者给予多肽，所述多肽包含：(a)包含序列(和/或序列的合适部分，如至少7个，任选地至少8个连续的氨基酸)：QKQLEILGC(来自佛罗里达乳杆菌)的表位；(b)包含GGQTVQVYF和/或QATTKDGNS中的至少一个的至少8个连续的氨基酸(和/或序列的合适部分)的表位；(c)包含KNGNPVYEI、HRFSTSDDT、KGGQTVQVY、KSRLTVAKG、ICGHYIILF、QHRFSTSDD、KQGAMLAVF、KAHKAIELQ、SIVDLSTHF和/或ETLSERLSC中的至少一个的至少7个，任选地至少8个连续的氨基酸的表位；和/或(d)包含一个或多个取代的序列GGQTVQVYF的表位(例如，位置1被W、F、Y、P、R、C、I或L取代；位置2被P、D、F、A、Q、Y或S取代；位置3被W、Y、H、R、V、F、L、P、A、D、G或S取代；位置4被W、A、F、P、G、H、R、Y、D、N、Q或S取代；位置5被W、G或T取代；位置6被N、E、G、P或W取代；位置7被D、T或A取代；位置8被D、W或F取代；位置9被W取代)。另外或可选地，该(一个或多个)多肽可以包含来自(a)、(b)、(c)和/或(d)的任何表位或表位的组合，由此可以制备在表位的任何位置中具有氨基酸取代的任何表位，如同时保持特性和/或提高与HLA受体的亲和力。
在一些实施方案中，多肽包含乳杆菌和/或梭杆菌多肽，和/或其片段，如包含一个或多个表位。
在一些实施方案中，多肽包含乳杆菌和/或梭杆菌多肽的10个氨基酸或更大的片段，并且任选地，其中该片段小于或等于100个氨基酸(然而，该片段和/或多肽可以具有任何合适的大小，如包括任何合适数量的氨基酸)。
在一些实施方案中，细菌包含乳杆菌(Lactobacillus sp.)，如优选地佛罗里达乳杆菌(L.floricola)、弯曲乳杆菌(L.crispatus)、L.similis、斯瓦比乳杆菌(L.suebicus)、L.oris-PB013-T2-3、约氏乳杆菌(L.johnsonii)、恶味乳杆菌(L.perolens)、双发酵乳杆菌(L.bifermentans)、丘状乳杆菌(L.collinoides)、植物乳杆菌(L.plantarum)和/或短乳杆菌格雷夫斯亚种(L.brevis subsp-gravesensis)。
在一些实施方案中，通过给予表达多肽的细胞(一个或多个细胞)来向患者给予多肽，其中所述细胞可被遗传改良以过表达多肽。所述细胞可以是(例如，与…相关)细菌，如优选地来自乳杆菌属和梭杆菌属。
在一些实施方案中，通过用编码多肽的核酸转化患者的细胞来向患者给予多肽，其中所述核酸任选地在载体中。在变型中，可以离体转化细胞，并且转化的细胞被重新引入患者中。在变型中，可以通过向患者给予核酸，任选地在载体中来在体内转化细胞。
在一些实施方案中，本公开提供了一种或多种分离的多肽，所述多肽包含：(a)包含序列：QKQLEILGC(来自佛罗里达乳杆菌)的表位；(b)包含GGQTVQVYF和/或QATTKDGNS中的一个的至少8个连续的氨基酸的表位；(c)包含以下中的至少一个的至少7个，任选地至少8个连续的氨基酸的表位：KNGNPVYEI、HRFSTSDDT、KGGQTVQVY、KSRLTVAKG、ICGHYIILF、QHRFSTSDD、KQGAMLAVF、KAHKAIELQ、SIVDLSTHF和/或ETLSERLSC；和/或(d)包含一个或多个取代的序列GGQTVQVYF的表位(例如，位置1被W、F、Y、P、R、C、I或L取代；位置2被P、D、F、A、Q、Y或S取代；位置3被W、Y、H、R、V、F、L、P、A、D、G或S取代；位置4被W、A、F、P、G、H、R、Y、D、N、Q或S取代；位置5被W、G或T取代；位置6被N、E、G、P或W取代；位置7被D、T或A取代；位置8被D、W或F取代；位置9被W取代)。
在一些实施方案中，本公开提供了包含药学上可接受的载体和一种或多种本文所述多肽的药物组合物。
在一些实施方案中，本公开提供了多肽，其包含序列或与选自以下的序列具有至少80％同一性，例如至少85％、90％、95％、99％同一性的序列：QKQLEILGC、GGQTVQVYF、QATTKDGNS、KNGNPVYEI、HRFSTSDDT、KGGQTVQVY、KSRLTVAKG、ICGHYIILF、QHRFSTSDD、KQGAMLAVF、KAHKAIELQ、SIVDLSTHF和ETLSERLSC。
在一些实施方案中，本公开提供了多肽，其包含序列或与序列X28X29X30X31X32X33X34X35X36具有至少80％同一性，例如至少85％、90％、95％、99％同一性的序列，其中：
X28是G、W、F、Y、P、R、C、I或L；
X29是G、P、D、F、A、Q、Y或S；
X30是Q、W、Y、H、R、V、F、L、P、A、D、G或S；
X31是T、W、A、F、P、G、H、R、Y、D、N、Q或S；
X32是V、W、G或T；
X33是Q、N、E、G、P或W；
X34是V、D、T或A；
X35是Y、D、W或F；
X36是F或W。
在一些实施方案中，本公开提供了治疗或预防HPV18感染的方法，包括向有需要的患者给予包含多肽的药物组合物，所述多肽包含序列或与选自以下的序列具有至少80％同一性，例如至少85％、90％、95％、99％同一性的序列：QKQLEILGC、GGQTVQVYF、QATTKDGNS、KNGNPVYEI、HRFSTSDDT、KGGQTVQVY、KSRLTVAKG、ICGHYIILF、QHRFSTSDD、KQGAMLAVF、KAHKAIELQ、SIVDLSTHF和ETLSERLSC。
在一些实施方案中，本公开提供了治疗或预防HPV18感染的方法，包括向有需要的患者给予包含多肽的药物组合物，所述多肽包含序列或与序列X28X29X30X31X32X33X34X35X36具有至少80％同一性，例如至少85％、90％、95％、99％同一性的序列，其中：
X28是G、W、F、Y、P、R、C、I或L；
X29是G、P、D、F、A、Q、Y或S；
X30是Q、W、Y、H、R、V、F、L、P、A、D、G或S；
X31是T、W、A、F、P、G、H、R、Y、D、N、Q或S；
X32是V、W、G或T；
X33是Q、N、E、G、P或W；
X34是V、D、T或A；
X35是Y、D、W或F；
X36是F或W。
然而，方法的实施方案可以包括任何其他合适的块或步骤，其被配置为促进从对象接收生物样本、处理来自对象的生物样本、分析来源于生物样本的数据，以及生成可用于根据对象的特定微生物组组成和/或功能特征提供定制诊断和/或的基于益生菌的疗法的模型。
方法和/或系统的实施方案可以包括各种系统组件和各种方法过程的每种组合和排列，包括任何变体(例如，实施方案、变型、实例、具体实例、图等)，其中本文所述的方法和/或过程的实施方案的部分可以通过和/或使用本文所述的系统和/或其他实体的一个或多个例子、元件、组件和/或其他方面，以异步方式(例如，顺序地)、并发(例如，并行)或以任何其他合适的顺序进行。
本文所述的任何变体(例如，实施方案、变型、实例、具体实例、图等)和/或本文所述的变体的任何部分可以另外或可选地组合、聚合、排除、使用、连续地进行、并行地进行，和/或以其他方式应用。
方法和/或系统的实施方案的部分可以至少部分地被体现和/或实现为配置为接收存储计算机可读指令的计算机可读介质的机器。指令可由可与系统集成的计算机可执行组件执行。计算机可读介质可以存储在任何合适的计算机可读介质上，如RAMs、ROMs、闪存、EEPROMs、光学设备(CD或DVD)、硬盘驱动器、软盘驱动器或任何合适的设备。计算机可执行组件可以是通用或专用处理器，但是任何合适的专用硬件或硬件/固件组合设备可以可选地或另外执行指令。
本领域技术人员从前面的详细描述以及附图和权利要求中将认识到，在不脱离权利要求中确定的范围的情况下，可以对方法、系统和/或变体的实施方案进行修改和改变。
P123-PRV
三甲胺(TMA)，由肠道微生物群从膳食季胺(主要是胆碱和左旋肉碱)中产生。TMA随后在体内转化为三甲胺N-氧化物(TMAO)。TMAO与心血管健康状况下降有关，并与动脉粥样硬化和严重的心血管疾病有关。其血液中TMAO水平较高的人倾向于有动脉斑块积聚的风险。由于其丰度低，并且需要特定的基于功能的检测方法，因为许多分类群显示出产生该化合物的不同能力，因此目前有关肠道中TMA生产者组成的信息很少。
胆碱和左旋肉碱存在于许多食物中，尤其是牛肉、猪肉和羊肉。左旋肉碱也存在于鸡蛋中。
在一些实施方案中，在摄入红肉和鸡蛋后，一些肠道微生物会将这些食物中存在的化合物转化为一种称作三甲胺(TMA)的化学物质。然后，你的身体会将TMA转化为三甲胺N-氧化物(TMAO)。
本公开提供了预防或治疗心血管疾病的方法。这种方法包括经由改变饮食来改变你的胆碱或左旋肉碱的摄入量。在一些实施方案中，本公开提供了通过改用地中海饮食、胆碱控制饮食、纯素或素食或白藜芦醇补充剂来预防或治疗心血管疾病的方法。
地中海饮食
这类饮食主要由新鲜水果和蔬菜、植物油(如橄榄油)、种子、坚果、鱼和豆类组成。它的饱和脂肪(如黄油)、乳制品和红肉含量低。
目标：限制胆碱和左旋肉碱的消耗，这些化合物尤其存在于红肉中，其可转化为TMA。
胆碱控制饮食
尝试避免过量胆碱的饮食，胆碱在牛肉和鸡蛋中含量最高。这种饮食包括大豆蛋白饮料、每天五份蔬菜和水果、面包、谷物和谷类食品，以及少量的脂肪和油。
纯素或素食
采用这些饮食中的一种。严格素食者和素食者已被证明含有较少的复合左旋肉碱和较少的产生TMA的微生物。
白藜芦醇补充剂
尝试服用白藜芦醇补充剂。白藜芦醇是一种天然多酚植物化合物，可限制你的肠道中的微生物产生TMA。
实施例
实施例1：从HPV的蛋白质组中鉴定表位
作为本文所述方法的一个实例，从HPV 6型(777段序列)、11型(719段序列)、16型(1278段序列)和18型(740段序列)的蛋白质组中鉴定了表位。
从那些序列中，预测了来自T细胞预测服务器的3514个表位。丢弃重复序列后，仅产生823个“从头”表位，将这些表位针对属于乳杆菌和具核梭杆菌的148种物种的蛋白质对齐。因此，获得了HPV和乳杆菌蛋白之间的155个“共同表位”以及HPV和具核梭杆菌蛋白之间的1个共同表位。那些不符合本文所述标准的表位被丢弃。
关于156个“从头”表位，其中5个也属于已知与HPV感染相关的细菌。它们是：来自HPV 16和弯曲乳杆菌的RAAKRRLFE表位、来自HPV 18和弯曲乳杆菌的GGQTVQVYF和KGGQTVQVY表位、来自HPV 11和惰性乳杆菌和弯曲乳杆菌的QIAAATTTT表位，以及来自HPV 6和具核梭杆菌的KNALTTAEI。后者也在三种乳杆菌中发现：同代乳杆菌、岩藻乳杆菌和臭乳杆菌。
例如，测试了作为抗HPV感染以预防宫颈癌和生殖器疣的表位的156种那些肽序列。表位列表显示在下表中(表1和表2)。另外，还列出了来自对接模拟的结合能量，以kcal/mol表示。结合能量可以理解为对确定HLA I类受体具有较高亲和力(结合能量较低)的表位的排序。
表1：建议用于防护HPV感染和预防宫颈癌(HPV 16型和18型)的“从头”预测的表位的列表。
A)过滤器1：在具有超过70％的序列同一性和100％匹配的细菌中发现的预测的HPV表位。
B)过滤器2：在具有100％序列同一性和8个匹配的细菌中发现的预测的HPV表位。
C)过滤器3：在具有100％序列同一性和7个匹配的细菌中发现的预测的HPV表位。
表位根据结合的对接能量分类，表示为kcal/mol。另外，乳杆菌(Lactobacillussp)列包含其中发现表位的物种名称。
表2：建议用于预防生殖器疣(HPV 6型和11型)的从头表位的列表。
A)过滤器1：在具有超过70％的序列同一性和100％匹配的细菌中发现的预测的HPV表位。
B)过滤器2：在具有100％序列同一性和8个匹配的细菌中发现的预测的HPV表位。
C)过滤器3：在具有100％序列同一性和7个匹配的细菌中发现的预测的HPV表位。
表位根据结合的对接能量分类，表示为kcal/mol。另外，乳杆菌(Lactobacillussp)列包含其中发现表位的物种。
在下一阶段，在变型中，为了提高表位对受体的亲和力，还可能对最好的表位进行再造，这意味着每个氨基酸都可以在计算机上进行突变，一次一个，通过其他19种氨基酸。通过再造得到的那些新表位可以通过对接和/或其他合适的技术进行测试，然后根据其与受体结合的能量进行分类。以这种方式，就有可能获得对受体具有更好亲和力的新表位。
因此，作为另一个实例，从但不限于每种不同的HPV类型(6、11、16和18)获得的一组优选表位(例如，具有最佳对接能量评分)被选择用于再造。此外，如表3-6中所示，第一行表示那些野生型(WT)表位中每一个的氨基酸组成。下行代表每个位置被突变的20个氨基酸，以及各自的对接能量值，仅代表具有与每个WT表位获得的相同或更高亲和力(例如更低能量)的那些(显示在表标题中)。在表3-6下方，公开了提高每个表位亲和力的突变。
表3.来自HPV-6的最佳表位的再造。
IGARIHYFY及其在相应位置处的突变：
1：A、E、H或V
2：Y
3：S
4：Y、A、L、F、H或P
5：N、D、A、T或Y
6：Q
8：P
表4.来自HPV-11的最佳表位的再造。
PVFITGSDF及其在相应位置处的突变：
1：W或F
2：F、D或W
5：P
6：P、A或C
7：W、Q、F或P
8：W
9：W
表5.来自HPV-16的最佳表位的再造。
FWLQPLADA及其在相应位置处的突变：
1：W、Y、A或I
2：Y、F、G、I、L、A、C、S、R、T、Q或V
3：N、D、W、F、P、Q、V、I、E、R、A、C、T、Y、H或S
4：D、P、N、S、A、E、L、F、C、W、H、I、T、G或K
5：D或H
6：E、N、F、Y、G、P、T、D、A、Q、I、V或H
7：W、F、Y、E、Q、V、G、L、P或M
8：Y、T、A、W、P、F、S、Q、E、K、R、H、V或C
9：F、L、W、P、H、V、S、N、C、E或M
表6.来自HPV-18的最佳表位的再造。
GGQTVQVYF及其在相应位置处的突变：
1：W、F、Y、P、R、C、I或L
2：P、D、F、A、Q、Y或S
3：W、Y、H、R、V、F、L、P、A、D、G或S
4：W、A、F、P、G、H、R、Y、D、N、Q或S
5：W、G或T
6：N、E、G、P或W
7：D、T或A
8：D、W或F
9：W
实施例2：来自HPV6的蛋白质组的表位(777段序列)的鉴定
从那些序列中，获得了一组初步的T细胞表位，其经过以下多次的过滤过程：丢弃重复序列、与148种(和/或合适数量的)具核梭杆菌和属于乳杆菌属的那些的物种的蛋白质比对。通过该过程，得到了一组HPV与乳杆菌蛋白之间的共同表位。例如，确定了HPV 6型与具核梭杆菌、同代乳杆菌、岩藻乳杆菌和臭乳杆菌蛋白之间共有的表位(KNALTTAEI)。不符合标准的那些表位被丢弃。
表位的列表可以另外或可选地包括下表(表7)中所示的那些。另外，还列出了来自对接模拟的结合能量，以kcal/mol表示。结合能量可以理解为确定对HLA I类受体具有较高亲和力(结合能量较低)的表位的排序。
表7：建议用于预防疣，如生殖器疣和/或乳头状瘤(HPV 6型)的从头表位的列表。
A)过滤器1：在具有超过70％的序列同一性和100％匹配的细菌中发现
的预测的HPV表位。
B)过滤器2：在具有100％序列同一性和8个匹配的细菌中发现的预测的HPV表位。
C)过滤器3：在具有100％序列同一性和7个匹配的细菌中发现的预测的HPV表位。
表位根据对接结合能量分类，表示为kcal/mol。另外，乳杆菌(Lactobacillus sp)列包含其中发现表位的物种。
在下一阶段(和/或以任何合适的时间和频率)，在变型中，为了提高表位对受体的亲和力，也可能对最好的表位进行再造，这意味着每个氨基酸都可以在计算机上突变，一次一个，通过其他19种氨基酸。通过再造得到的那些新表位可以通过对接和/或其他合适的技术进行测试，然后根据其与受体的结合能量进行分类。以这种方式，就有可能获得对受体具有更好亲和力的新表位。
因此，作为另一个实例，从HPV 6型获得的一组优选表位(例如，具有最佳对接能量评分)被选择用于再造。另外，我们可以在表8中包括信息。对于每个表，第一行代表那些WT表位中的每一个的氨基酸组成。下行代表每个位置被突变的20个氨基酸，以及各自的对接能量值，仅代表具有与每个WT表位获得的相同或更高亲和力(例如更低能量)的那些(显示在表标题中)。在表8下方，公开了提高每个表位亲和力的突变。
表8.来自HPV-6的最佳表位的再造。
IGARIHYFY及其在相应位置处的突变：
1：A、E、H或V
2：Y
3：S
4：Y、A、L、F、H或P
5：N、D、A、T或Y
6：Q
8：P
实施例3：来自HPV11的蛋白质组的表位(719段序列)的鉴定
从那些序列中，得到一组初步的T细胞表位，其经过以下多次的过滤过程：丢弃重复序列、与148种(和/或合适数量的)的具核梭杆菌和那些属于乳杆菌属的那些的物种的蛋白质比对。通过该过程，得到了HPV与乳杆菌蛋白之间的一组共同表位，包括HPV(例如，HPV11型)与惰性乳杆菌和弯曲乳杆菌蛋白之间的一个共同表位(QIAAATTTT)。不符合标准的那些表位被丢弃。
作为使用的一个实例，作为对抗HPV感染至疣的表位的46段(和/或合适数量的)那些肽序列，其代表65种(和/或合适数量的)乳杆菌物种。表位的列表可以另外或可选地包括在下表(表9)中显示的那些。另外，还列出了来自对接模拟中的结合能量，以kcal/mol表示。结合能量可以理解为确定对HLA I类受体具有较高亲和力(较低结合能量)的表位的排序。
表9：建议用于预防疣，如生殖器疣和/或乳头状瘤(HPV 11型)的从头表位、在具有100％序列同一性和7个匹配的序列中发现的预测的HPV表位的列表。
表位根据对接结合能量分类，表示为kcal/mol。另外，乳杆菌(Lactobacillussp.)列包含其中发现表位的物种。
在下一阶段(和/或以任何合适的时间和频率)，在变型中，为了提高表位对受体的亲和力，也可能对最好的表位进行再造，这意味着每个氨基酸都可以在计算机上突变，一次一个，通过其他19种氨基酸。通过再造得到的那些新表位可以通过对接和/或其他合适的技术进行测试，然后根据其与受体的结合能量进行分类。以这种方式，就有可能获得对受体具有更好亲和力的新表位。
因此，作为另一个实例，从HPV 11型获得的一组优选表位(例如，具有最佳对接能量评分)被选择用于再造，如表10中所示。第一行代表那些野生型(WT)表位中的每一个的氨基酸组成。下行代表每个位置被突变的20个氨基酸，以及各自的对接能量值，仅代表具有与每个WT表位获得的相同或更高亲和力(例如更低能量)的那些(显示在表标题中)。在表10下方，公开了提高每个表位亲和力的突变。
表10.来自HPV 11型的最佳表位的再造，仅显示了最佳取代的能量
PVFITGSDF及其在相应位置处的突变：
1：W或F
2：F、D或W
5：P
6：P、A或C
7：W、Q、F或P
8：W
9：W
实施例4：从HPV16的蛋白质组鉴定表位
作为方法的实施方案的实例(例如，本文所述的部分)，鉴定了HPV 16型的1278段蛋白质组序列。
从那些序列中，得到一组初步的T细胞表位，其经过以下多次的过滤过程：丢弃重复序列、与148种(和/或合适数量的)的具核梭杆菌和属于乳杆菌属的那些的物种的蛋白质比对。通过该过程，得到了HPV与乳杆菌蛋白之间的一组共同表位，包括HPV(例如HPV 16型)与弯曲乳杆菌蛋白之间的一个共同表位(RAAKRRLFE)。不符合标准的那些表位被丢弃。
作为使用的一个实例，作为对抗HPV感染至癌症的表位的52段(和/或合适数量的)那些肽序列，代表48种(和/或合适数量的)乳杆菌物种。表位的列表可以另外或可选地包括在下表(表11)中显示的那些。另外，还列出了来自对接模拟的结合能量，以kcal/mol表示。结合能量可以理解为确定对HLA I类受体具有较高亲和力(较低结合能量)的表位的排序。
表11：建议用于预防癌症，如宫颈癌(HPV 16型)的从头表位的列表。
A)过滤器1：在具有超过70％序列同一性和100％匹配的细菌中发现的预测的HPV16型表位。
B)过滤器2：在具有100％序列同一性和8个匹配的细菌中发现的预测的HPV16表位。
C)过滤器3：在具有100％序列同一性和7个匹配的细菌中发现的预测的HPV16表位。
表位根据对接结合能量分类，表示为kcal/mol。另外，乳杆菌(Lactobacillussp.)列包含其中发现表位的物种。
在下一阶段(和/或以任何合适的时间和频率)，在变型中，为了提高表位对受体的亲和力，也可能对最好的表位进行再造，这意味着每个氨基酸都可以在计算机上突变，一次一个，通过其他19种氨基酸。通过再造得到的那些新表位可以通过对接和/或其他合适的技术进行测试，然后根据其与受体的结合能量进行分类。以这种方式，就有可能获得对受体具有更好亲和力的新表位。
因此，作为另一个实例，从HPV 16型获得的一组优选表位(例如，具有最佳对接能量评分)被选择用于再造，如表12中所示。第一行代表那些野生型(WT)表位中的每一个的氨基酸组成。下行代表每个位置被突变的20个氨基酸，以及各自的对接能量值，仅代表具有与每个WT表位获得的相同或更高亲和力(例如更低能量)的那些(显示在表标题中)。在表12下方，公开了提高每个表位亲和力的突变。
表12.来自HPV 16型的最佳表位的再造，仅显示了最佳取代的能量
FWLQPLADA及其在相应位置处的突变：
1：W、Y、A或I
2：Y、F、G、I、L、A、C、S、R、T、Q或V
3：N、D、W、F、P、Q、V、I、E、R、A、C、T、Y、H或S
4：D、P、N、S、A、E、L、F、C、W、H、I、T、G或K
5：D或H
6：E、N、F、Y、G、P、T、D、A、Q、I、V或H
7：W、F、Y、E、Q、V、G、L、P或M
8：Y、T、A、W、P、F、S、Q、E、K、R、H、V或C
9：F、L、W、P、H、V、S、N、C、E或M
实施例5：从HPV18的蛋白质组鉴定表位
作为方法的一个实施方案的实例(例如本文所述的部分)，鉴定了来自HPV 18型的740段蛋白质组序列的表位。
从那些序列中，获得了一组初步的T细胞表位，其经过以下多次的过滤过程：丢弃重复序列、与148种(和/或合适数量的)具核梭杆菌和属于乳杆菌属的那些的物种的蛋白质比对。通过该过程，得到了HPV和乳杆菌蛋白之间的一组共同表位，包括HPV(如HPV 18型)和弯曲乳杆菌蛋白之间的两个共同表位(KGGQTVQVY和GGQTVQVYF)。不符合标准的那些表位被丢弃。
例如，作为对抗HPV感染至癌症的表位的13种(和/或合适数量的)肽序列，其代表12种(和/或合适数量的)乳杆菌物种。表位的列表可以另外或可选地包括在下表(表13)中显示的那些。另外，还列出了来自对接模拟的结合能量，以kcal/mol表示。结合能量可以理解为确定对HLA I类受体具有较高亲和力(较低结合能量)的表位的排序。
表13：建议用于预防癌症，如宫颈癌(HPV 18型)的从头表位的列表。
A)过滤器1：在具有超过70％序列同一性和100％匹配的细菌中发现的预测的HPV18表位。
B)过滤器2：在具有100％序列同一性和8个匹配的细菌中发现的预测的HPV18表位。
C)过滤器3：在具有100％序列同一性和7个匹配的细菌中发现的预测的HPV18表位。
表位根据结合能量分类，表示为kcal/mol。另外，乳杆菌(Lactobacillus sp.)列包含其中发现表位的物种。
在下一阶段(和/或以任何合适的时间和频率)，在变型中，为了提高表位对受体的亲和力，也可能对最好的表位进行再造，这意味着每个氨基酸都可以在计算机上突变，一次一个，通过其他19种氨基酸。通过再造得到的那些新表位可以通过对接和/或其他合适的技术进行测试，然后根据其与受体的结合能量进行分类。以这种方式，就有可能获得对受体具有更好亲和力的新表位。
因此，作为另一个实例，从HPV 18型获得的一组优选表位(例如，具有最佳对接能量评分)被选择用于再造，如表14中所示。第一行代表那些野生型(WT)表位中的每一个的氨基酸组成。下行代表每个位置被突变的20个氨基酸，以及各自的对接能量值，仅代表具有与每个WT表位获得的相同或更高亲和力(例如更低能量)的那些(显示在表标题中)。在表14下方，公开了提高每个表位亲和力的单个突变。
表14.来自HPV 18型的最佳表位的再造，仅显示了最佳取代的能量
GGQTVQVYF及其在相应位置处的突变：
1：W、F、Y、P、R、C、I或L
2：P、D、F、A、Q、Y或S
3：W、Y、H、R、V、F、L、P、A、D、G或S
4：W、A、F、P、G、H、R、Y、D、N、Q或S
5：W、G或T
6：N、E、G、P或W
7：D、T或A
8：D、W或F
9：W
实施例6：抗体-DNA缀合物
使用两种不同的抗体对DNA标记的结合蛋白的概念进行测试：
-抗小鼠IgG抗体(山羊来源)，其特异性结合小鼠IgG蛋白。
-抗艰难梭菌(C.difficile)毒素B(绵羊来源)，其特异性结合艰难梭菌的毒素B。
-抗艰难梭菌毒素B(小鼠来源)，其特异性结合艰难梭菌的毒素B。结合蛋白-DNA缀合的结果：
通过相比未缀合的抗体+游离寡聚物的更高分子量的迁移带证明了硫醇(作为R基团)修饰的寡核苷酸与三种抗体针对不同靶标(绵羊多克隆抗毒素B艰难梭菌、小鼠单克隆抗毒素B艰难梭菌、山羊抗小鼠IgG)的成功缀合。寡聚物抗体的表征表明寡聚物附接到重链和轻链上。
靶标结合、扩增和靶标检测的结果：
通过PCR(图1)或检测它们各自的蛋白质靶标(例如，艰难梭菌毒素和小鼠IgG)评估了获得的抗体-DNA缀合物的性能。对于所有测试的抗体-DNA缀合物，通过常规PCR获得了阳性信号。而且，在每个测定中都包括仅包含包被缓冲液的无蛋白质靶标对照，以测量背景信号。测试了不同的检测策略(图2)，并在同一反应中评估了更多的靶标(图3)。
权利要求书(按照条约第19条的修改)
1.检测靶分子的方法，所述方法包括以下步骤：
a)将抗体的DNA寡核苷酸与所述靶分子缀合，以形成抗体-DNA寡核苷酸缀合物；
b)固定所述靶分子；
c)将所述靶分子与所述抗体-DNA寡核苷酸缀合物结合；
d)扩增并检测所述抗体-DNA寡核苷酸缀合物中的DNA序列；
其中所述DNA寡核苷酸包含以下结构之一：
5’R-间隔子-UPST.适配子-确定的标识符序列-DWNST.适配子-3’，或
5’R-间隔子-UPST.适配子-确定的标识符序列-桥接_左3’，或
5’桥接_右-确定的标识符序列-DWNST.适配子-间隔子-R-3’，
其中R是选自以下的活性基团：硫醇、叠氮化物、NHS-酯、胺、醛、肼、己炔基、辛二炔基dU、丙烯酸亚磷酰胺和巯基。
2.如权利要求1所述的方法，其中在所述缀合步骤a)中使用交联子试剂和还原剂。
3.如权利要求2所述的方法，其中所述交联子试剂是SMCC或磺基-SMCC。
4.如权利要求1所述的方法，其中所述缀合步骤并行地进行，形成多个抗体-DNA寡核苷酸缀合物，所述多个抗体-DNA寡核苷酸缀合物具有标记到各个不同的抗体-DNA寡核苷酸缀合物的不同的确定的标识符序列。
5.如权利要求2所述的方法，其中所述还原剂是DTT或β-巯基乙醇。
6.如权利要求1所述的方法，其中使用以下DNA寡核苷酸引物通过聚合酶链反应(PCR)扩增进行扩增：
5’-测序适配子-测序索引-UPST.适配子-3’，和
5’-测序适配子-测序索引-DWNST.适配子-3’。
7.多肽，其包含与选自以下的序列具有至少80％同一性的序列：IGAAIGYFY、GTAGILELL、LVLTLLLYL、SVLVLTLLL、DPYKNLSFW、CAFIVGVLG、RTGISNAST、DSNVRLVVQ、VVLPDPNKF、ISFLGGTVI、VQIAAGTTS、HCYEQLVDS、KHAIVTVTY、KAKQMGLSH、KNALTTAEI、MEAIAKRLD、NTMDYVVWT、TSSETTTPA、VARTLATLL、PNNGKYVMA、NVVKIPPTI、APTITSHPI、PAVSKASAA、NNGKYVMAA、YPDYLQMAA、PVQIAAGTT、KQDILDVLI、TVETTTSSL、PVFITGSGF、HPYFSIKRA、TVQDLKRKY、MESANASTS、PTQHPVTNI、NSHLATPCV、TVARTLATL、IPPTIRHKL、LLLTTPLQF、VLGLLLMHY、QIAAGTTST、RKHKALTLI、VVCFVSIIL、TVVPKVSGY、NGKYVMAAQ和SRARRRKRA。
8.多肽，其包含与X1X2X3X4X5X6X7X8X9的序列具有至少80％同一性的序列，其中：
X1是I、A、E、H或V；
X2是G或Y；
X3是A或S；
X4是R、Y、A、L、F、H或P；
X5是I、N、D、A、T或Y；
X6是H或O；
X7是Y；
X8是F或P；
X9是Y。
9.如权利要求8所述的多肽，其中所述多肽具有序列IGARIHYFY。
10.多肽，其包含与X1X2X3X4X5X6X7X8X9的序列具有至少80％同一性的序列，其中：
X1是P、W或F；
X2是V、F、D或W；
X3是F；
X4是I；
X5是T或P；
X6是G、P、A或C；
X7是S、W、Q、F、P；
X8是D或W；
X9是F或W。
11.如权利要求10所述的多肽，其中所述多肽具有序列PVFITGSDF。
12.治疗或预防HPV6感染的方法，包括向有需要的患者给予包含权利要求7、8、9、10或11中任一项所述的多肽的药物组合物。
13.多肽，其包含与选自以下的序列具有至少80％同一性的序列：PVFITGSDF、LSTPQRLVT、FVVAVLGLL、TPFSPVTPA、LPVVIAFAV、LVAAENDTF、PSDSTVYVP、GAPEVVPPT、SDSTVYVPP、QGNTVEVKF、LVLTLLLYL、RVGLYSRAL、LILPVVIAF、TSSESTTPA、DSNVRLVVE、VLIILISDF、KPRARRRKR、VQIAAATTT、RRLFETREL、LTDAKVALL、MADDSALYE、EVVPVQIAA、NAVYELSDA、SSESTTPAI、QIAAATTTT、KIQSGVRAL、TVARTLGTL、STSATSIDQ、TSSLTITTS、ETNEDILKV、TVQSTTSSL、RALQQVQVT、LKDIVLDLQ、PVQIAAATT、YSIKKVNKT、PRARRRKRA、ASTSATSID、RKHRALTLI、ADDSALYEK、KCKDIRSTL、STTSSLTIT、RKTACRRRL、VVIAFAVCI、AIAKRLDAC和MEVVPVQIA。
14.多肽，其包含与X10X11X12X13X14X15X16X17X18的序列具有至少80％同一性的序列，其中：
X10是P、W或F；
X11是V、F、D或W；
X12是F；
X13是I；
X14是T或P；
X15是G、P、A或C；
X16是S、W、Q、F或P；
X17是D或W；
X18是F或W。
15.如权利要求14所述的多肽；其中所述多肽具有序列PVFITGSDF。
16.治疗或预防HPV11感染的方法，包括向有需要的患者给予包含权利要求13、14或15中任一项所述的多肽的药物组合物。
17.多肽，其包含与选自以下的序列具有至少80％同一性的序列：LLKLVGSTS、LLTLLGSPW、LLMLLGLTW、LGKWLGSTW、LAKLLGSGW、SAFLKSNSQ、PPTPAETGG、VEKKTGDAI、FWLQPLADA、QPPTPAETG、SGKSIGAKV、PYLHNRLVV、AHTKDGLTV、VAVNPGDCP、SHAASPTSI、TPAILDINN、AEEIELQTI、NALDGNLVS、FELSQMVQW、IAEQILQYG、GGLGIGTGS、TAHALFTAQ、VPTLAVSKN、ADPAAATKY、YDLSTIDPA、AGTSRLLAV、NASAFLKSN、TLCQRLNVC、HAASPTSIN、YSLYGTTLE、LGKRKATPT、CEEASVTVV、LWLPSEATV、IPIVPGSPQ、MADPAAATK、KPYWLQRAQ、DPAGTNGEE、LAKFKELYG、IGNKQTLRT、GNQLFVTVV、DAGDFYLHP、YGNTEVETQ、TPPRPIPKP、AAMLAKFKE、PFDENGNPV、LGIGTGSGT、ATKYPLLKL、GEDLVDFIV、INHQVVPTL、TPSIADSIK、ICEEASVTV、LYLHIQSLA、LADTNSNAS、DYLTQAETE、SLIPIVPGS和RAAKRRLFE。
18.多肽，其包含与X19X20X21X22X23X24X25X26X27的序列具有至少80％同一性的序列，其中：
X19是F、W、Y、A或I；
X20是W、Y、F、G、I、L、A、C、S、R、T、Q或V；
X21是L、N、D、W、F、P、Q、V、I、E、R、A、C、T、Y、H或S；
X22是Q、D、P、N、S、A、E、L、F、C、W、H、I、T、G或K；
X23是P、D或H；
X24是L、E、N、F、Y、G、P、T、D、A、Q、I、V或H；
X25是A、W、F、Y、E、Q、V、G、L、P或M；
X26是D、Y、T、A、W、P、F、S、Q、E、K、R、H、V或C；
X27是A、F、L、W、P、H、V、S、N、C、E或M。
19.如权利要求18所述的多肽；其中所述多肽具有序列FWLQPLADA。
20.治疗或预防HPV16感染的方法，包括向有需要的患者给予包含权利要求17、18或19中任一项所述的多肽的药物组合物。
21.多肽，其包含与选自以下的序列具有至少80％同一性的序列：QKQLEILGC、GGQTVQVYF、QATTKDGNS、KNGNPVYEI、HRFSTSDDT、KGGQTVQVY、KSRLTVAKG、ICGHYIILF、QHRFSTSDD、KQGAMLAVF、KAHKAIELQ、SIVDLSTHF和ETLSERLSC。
22.多肽，其包含与X28X29X30X31X32X33X34X35X36的序列具有至少80％同一性的序列，其中：
X28是G、W、F、Y、P、R、C、I或L；
X29是G、P、D、F、A、Q、Y或S；
X30是Q、W、Y、H、R、V、F、L、P、A、D、G或S；
X31是T、W、A、F、P、G、H、R、Y、D、N、Q或S；
X32是V、W、G或T；
X33是Q、N、E、G、P或W；
X34是V、D、T或A；
X35是Y、D、W或F；
X36是F或W。
23.如权利要求22所述的多肽；其中所述多肽具有序列GGQTVQVYF。
24.治疗或预防HPV18感染的方法，包括向有需要的患者给予包含权利要求21、22或23中任一项所述的多肽的药物组合物。
Claims (28)
1.检测靶分子的方法，所述方法包括以下步骤：
a)将抗体的DNA寡核苷酸与所述靶分子缀合，以形成抗体-DNA寡核苷酸缀合物；
b)固定所述靶分子；
c)将所述靶分子与所述抗体-DNA寡核苷酸缀合物结合；
d)扩增并检测所述抗体-DNA寡核苷酸缀合物中的DNA序列。
2.如权利要求1所述的方法，其中所述DNA寡核苷酸包含以下结构：
5’R-间隔子-UPST.适配子-确定的标识符序列-DWNST.适配子-3’。
3.如权利要求1所述的方法，其中所述DNA寡核苷酸包含以下结构：
5’R-间隔子-UPST.适配子-确定的标识符序列-桥接_左3’。
4.如权利要求1所述的方法，其中所述DNA寡核苷酸包含以下结构：
5’桥接_右-确定的标识符序列-DWNST.适配子-间隔子-R-3’。
5.如权利要求2、3或4中任一项所述的方法，其中R是选自以下的活性基团：硫醇、叠氮化物、NHS-酯、胺、醛、肼、己炔基、辛二炔基dU、丙烯酸亚磷酰胺和巯基。
6.如权利要求1所述的方法，其中在所述缀合步骤a)中使用交联子试剂。
7.如权利要求6所述的方法，其中所述交联子试剂是SMCC或磺基-SMCC。
8.如权利要求1所述的方法，其中在所述缀合步骤a)中使用还原剂。
9.如权利要求8所述的方法，其中所述还原剂是DTT或β-巯基乙醇。
10.如权利要求1所述的方法，其中所述扩增是聚合酶链反应(PCR)扩增。
11.多肽，其包含与选自以下的序列具有至少80％同一性的序列：IGAAIGYFY、GTAGILELL、LVLTLLLYL、SVLVLTLLL、DPYKNLSFW、CAFIVGVLG、RTGISNAST、DSNVRLVVQ、VVLPDPNKF、ISFLGGTVI、VQIAAGTTS、HCYEQLVDS、KHAIVTVTY、KAKQMGLSH、KNALTTAEI、MEAIAKRLD、NTMDYVVWT、TSSETTTPA、VARTLATLL、PNNGKYVMA、NVVKIPPTI、APTITSHPI、PAVSKASAA、NNGKYVMAA、YPDYLQMAA、PVQIAAGTT、KQDILDVLI、TVETTTSSL、PVFITGSGF、HPYFSIKRA、TVQDLKRKY、MESANASTS、PTQHPVTNI、NSHLATPCV、TVARTLATL、IPPTIRHKL、LLLTTPLQF、VLGLLLMHY、QIAAGTTST、RKHKALTLI、VVCFVSIIL、TVVPKVSGY、NGKYVMAAQ和SRARRRKRA。
12.多肽，其包含与X1X2X3X4X5X6X7X8X9的序列具有至少80％同一性的序列，其中：
X1是I、A、E、H或V；
X2是G或Y；
X3是A或S；
X4是R、Y、A、L、F、H或P；
X5是I、N、D、A、T或Y；
X6是H或O；
X7是Y；
X8是F或P；
X9是Y。
13.如权利要求12所述的多肽，其中所述多肽具有序列IGARIHYFY。
14.多肽，其包含与X1X2X3X4X5X6X7X8X9的序列具有至少80％同一性的序列，其中：
X1是P、W或F；
X2是V、F、D或W；
X3是F；
X4是I；
X5是T或P；
X6是G、P、A或C；
X7是S、W、Q、F、P；
X8是D或W；
X9是F或W。
15.如权利要求14所述的多肽，其中所述多肽具有序列PVFITGSDF。
16.治疗或预防HPV6感染的方法，包括向有需要的患者给予包含权利要求11、12、13、14或15中任一项所述的多肽的药物组合物。
17.多肽，其包含与选自以下的序列具有至少80％同一性的序列：PVFITGSDF、LSTPQRLVT、FVVAVLGLL、TPFSPVTPA、LPVVIAFAV、LVAAENDTF、PSDSTVYVP、GAPEVVPPT、SDSTVYVPP、QGNTVEVKF、LVLTLLLYL、RVGLYSRAL、LILPVVIAF、TSSESTTPA、DSNVRLVVE、VLIILISDF、KPRARRRKR、VQIAAATTT、RRLFETREL、LTDAKVALL、MADDSALYE、EVVPVQIAA、NAVYELSDA、SSESTTPAI、QIAAATTTT、KIQSGVRAL、TVARTLGTL、STSATSIDQ、TSSLTITTS、ETNEDILKV、TVQSTTSSL、RALQQVQVT、LKDIVLDLQ、PVQIAAATT、YSIKKVNKT、PRARRRKRA、ASTSATSID、RKHRALTLI、ADDSALYEK、KCKDIRSTL、STTSSLTIT、RKTACRRRL、VVIAFAVCI、AIAKRLDAC和MEVVPVQIA。
18.多肽，其包含与X10X11X12X13X14X15X16X17X18的序列具有至少80％同一性的序列，其中：
X10是P、W或F；
X11是V、F、D或W；
X12是F；
X13是I；
X14是T或P；
X15是G、P、A或C；
X16是S、W、Q、F或P；
X17是D或W；
X18是F或W。
19.如权利要求18所述的多肽；其中所述多肽具有序列PVFITGSDF。
20.治疗或预防HPV11感染的方法，包括向有需要的患者给予包含权利要求17、18或19中任一项所述的多肽的药物组合物。
21.多肽，其包含与选自以下的序列具有至少80％同一性的序列：LLKLVGSTS、LLTLLGSPW、LLMLLGLTW、LGKWLGSTW、LAKLLGSGW、SAFLKSNSQ、PPTPAETGG、VEKKTGDAI、FWLQPLADA、QPPTPAETG、SGKSIGAKV、PYLHNRLVV、AHTKDGLTV、VAVNPGDCP、SHAASPTSI、TPAILDINN、AEEIELQTI、NALDGNLVS、FELSQMVQW、IAEQILQYG、GGLGIGTGS、TAHALFTAQ、VPTLAVSKN、ADPAAATKY、YDLSTIDPA、AGTSRLLAV、NASAFLKSN、TLCQRLNVC、HAASPTSIN、YSLYGTTLE、LGKRKATPT、CEEASVTVV、LWLPSEATV、IPIVPGSPQ、MADPAAATK、KPYWLQRAQ、DPAGTNGEE、LAKFKELYG、IGNKQTLRT、GNQLFVTVV、DAGDFYLHP、YGNTEVETQ、TPPRPIPKP、AAMLAKFKE、PFDENGNPV、LGIGTGSGT、ATKYPLLKL、GEDLVDFIV、INHQVVPTL、TPSIADSIK、ICEEASVTV、LYLHIQSLA、LADTNSNAS、DYLTQAETE、SLIPIVPGS和RAAKRRLFE。
22.多肽，其包含与X19X20X21X22X23X24X25X26X27的序列具有至少80％同一性的序列，其中：
X19是F、W、Y、A或I；
X20是W、Y、F、G、I、L、A、C、S、R、T、Q或V；
X21是L、N、D、W、F、P、Q、V、I、E、R、A、C、T、Y、H或S；
X22是Q、D、P、N、S、A、E、L、F、C、W、H、I、T、G或K；
X23是P、D或H；
X24是L、E、N、F、Y、G、P、T、D、A、Q、I、V或H；
X25是A、W、F、Y、E、Q、V、G、L、P或M；
X26是D、Y、T、A、W、P、F、S、Q、E、K、R、H、V或C；
X27是A、F、L、W、P、H、V、S、N、C、E或M。
23.如权利要求22所述的多肽；其中所述多肽具有序列FWLQPLADA。
24.治疗或预防HPV16感染的方法，包括向有需要的患者给予包含权利要求21、22或23中任一项所述的多肽的药物组合物。
25.多肽，其包含与选自以下的序列具有至少80％同一性的序列：QKQLEILGC、GGQTVQVYF、QATTKDGNS、KNGNPVYEI、HRFSTSDDT、KGGQTVQVY、KSRLTVAKG、ICGHYIILF、QHRFSTSDD、KQGAMLAVF、KAHKAIELQ、SIVDLSTHF和ETLSERLSC。
26.多肽，其包含与X28X29X30X31X32X33X34X35X36的序列具有至少80％同一性的序列，其中：
X28是G、W、F、Y、P、R、C、I或L；
X29是G、P、D、F、A、Q、Y或S；
X30是Q、W、Y、H、R、V、F、L、P、A、D、G或S；
X31是T、W、A、F、P、G、H、R、Y、D、N、Q或S；
X32是V、W、G或T；
X33是Q、N、E、G、P或W；
X34是V、D、T或A；
X35是Y、D、W或F；
X36是F或W。
27.如权利要求26所述的多肽；其中所述多肽具有序列GGQTVQVYF。
28.治疗或预防HPV18感染的方法，包括向有需要的患者给予包含权利要求25、26或27中任一项所述的多肽的药物组合物。
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