CN112961918A - lncRNA在口腔癌诊断和治疗中的应用 - Google Patents
lncRNA在口腔癌诊断和治疗中的应用 Download PDFInfo
- Publication number
- CN112961918A CN112961918A CN202110232201.4A CN202110232201A CN112961918A CN 112961918 A CN112961918 A CN 112961918A CN 202110232201 A CN202110232201 A CN 202110232201A CN 112961918 A CN112961918 A CN 112961918A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- nucleic acid
- inhibitor
- oral squamous
- sirna
- kit
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
- A61K31/70—Carbohydrates; Sugars; Derivatives thereof
- A61K31/7088—Compounds having three or more nucleosides or nucleotides
- A61K31/7105—Natural ribonucleic acids, i.e. containing only riboses attached to adenine, guanine, cytosine or uracil and having 3'-5' phosphodiester links
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P35/00—Antineoplastic agents
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/178—Oligonucleotides characterized by their use miRNA, siRNA or ncRNA
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Public Health (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Zoology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Pathology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Oncology (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
Abstract
本发明公开了lncRNA在口腔癌诊断和治疗中的应用。本发明通过实验首次发现了RP11‑336A10.4在口腔癌患者中呈现显著上调,同时通过实验证明了下调RP11‑336A10.4的水平可以阻滞细胞的增殖活性,减弱细胞的迁移能力,提示RP11‑336A10.4可应用于口腔癌的诊断和治疗中。
Description
技术领域
本发明属于生物医药领域,涉及lncRNA在口腔癌诊断和治疗中的应用。
背景技术
口腔鳞状细胞癌(oral squamous cell carcinoma,OSCC)是一种高转移率和复发率的肿瘤,是头颈部鳞状细胞癌(head and neck squamous cell carcinoma,HNSCC)最常见的癌症之一,发病率高,约占口腔癌的90%以上(Healy CM,Moran GP.The microbiomeand oral cancer:More questions than answers.Oral Oncol,2019,89:30-33.)。因OSCC特殊的解剖位置及其生物学特性,早期诊断较为困难,给临床治疗带来了极大的挑战(Zhang M,Han N,Jiang Y,et al.EGFR confers radioresistance in humanoropharyngeal carcinoma by activating endoplasmic reticulum stress signalingPERK-eIF2alpha-GRP94 and IRElalpha-XBP1-GRP78.Cancer Med,2018,7(12):6234-6246.)。目前手术仍是主要治疗方式,放射治疗、化学治疗以及靶向治疗等手段加以辅助,但其术后易发生转移和复发,患者5年的生存率约为50%(Brands MT,Brennan PA,VerbeekALM,et al.Follow-up after curative treatment for oral squamous cellcarcinoma.A critical appraisal of the guidelines and a review of theliterature.Eur J Surg Oncol,2018,44(5):559-565.)。因此探索OSCC潜在的分子机制和新的治疗靶点,对提高OSCC患者生存率和改善预后,具有一定的现实意义。
长链非编码RNA(long non-coding RNA,1ncRNA)广泛存在于人类基因组内,常定位于细胞浆内或核内,本身缺少开放的阅读框(Open Reading Frame,ORF),它的长度超过200个核苷酸,是一种没有编码蛋白能力的分子(Long Y,Wang X,Youmans DT,et al.Howdo lncRNAs regulate transcription?Sci Adv,2017,3(9):eaao2110.)。随着基因组测序工程的发展,人们发现1ncRNA可以调控真核生物的活动,并且能在转录和转录后水平进行基因编码和调节。越来越多的研究发现1ncRNA能从基因和蛋白层面上调节肿瘤细胞的恶性生物学行为,参与多种恶性肿瘤的发生发展和转移过程(Schmitt AM,Chang HY.LongNoncoding RNAs in Cancer Pathways.Cancer Cell,2016,29(4):452-463.)。因此研究lncRNA与口腔鳞癌之间的相关性,寻找与口腔鳞癌发生发展相关的lncRNA标志物,对于揭示口腔鳞癌的发病机制,实现口腔鳞癌的早期诊断和个性化治疗具有重要的意义。
发明内容
为了弥补现有技术的不足,本发明的目的在于提供一种与口腔鳞癌的发展进程相关的lncRNA标志物,使用该标志物,可以评估是否患有口腔鳞癌或者是否存在患口腔鳞癌的风险,进而实现口腔鳞癌的早期诊断和精准化治疗。
为了实现上述目的,本发明采用如下技术方案:
本发明的第一方面提供了检测RP11-336A10.4的试剂在制备评估口腔鳞癌的产品中的应用。
进一步,所述试剂包括通过RT-PCR、实时定量PCR、免疫检测、原位杂交或芯片检测样本中RP11-336A10.4表达水平的试剂。其中,用于检测RP11-336A10.4的样本包括细胞、组织、脏器、体液(血液、淋巴液等)、消化液、咳痰、肺胞支气管清洗液、尿、粪便等。优选的,所述样本为组织、血液。在本发明的具体实施方式中,所述样本为组织。
进一步,所述试剂选自:特异性识别RP11-336A10.4的探针或特异性扩增RP11-336A10.4的引物。
本发明的第二方面提供了一种评估口腔鳞癌的试剂盒,所述试剂盒包含进行DNA微阵列、寡核苷酸微阵列、RNA印迹法、RNase保护试验和反转录聚合酶链反应所必需的DNA芯片、寡核苷酸芯片、探针或引物,以检测RP11-336A10.4的表达水平。
进一步,所述试剂盒通过DNA微阵列、反转录聚合酶链反应的方法进行检测。
进一步,通过反转录聚合酶链反应进行检测的试剂包括特异性扩增RP11-336A10.4的引物。
本发明所述的试剂盒可用于检测包括RP11-336A10.4基因在内的多个基因(例如,与口腔鳞癌发展进程相关的多个基因)的表达水平。将与口腔鳞癌的多个标志物同时进行检测,可大大提高口腔鳞癌危险程度诊断的准确率。
本发明的第三方面提供了RP11-336A10.4在制备治疗口腔鳞癌的药物组合物中的应用。
进一步,所述药物组合物包括RP11-336A10.4的抑制剂。
进一步,所述抑制剂为核酸抑制物。所述核酸抑制物选自:以RP11-336A10.4或其转录本为靶序列、且能够抑制RP11-336A10.4基因表达或基因转录的干扰分子,包括:shRNA(小发夹RNA)、小干扰RNA(siRNA)、dsRNA、微小RNA、反义核酸,或能表达或形成所述shRNA、小干扰RNA、dsRNA、微小RNA、反义核酸的构建物。
进一步,所述核酸抑制物为siRNA。
进一步,所述siRNA的序列如SEQ ID NO.1-2所示。
本发明的第四方面提供了一种治疗口腔鳞癌的药物组合物,所述药物组合物包括RP11-336A10.4的抑制剂。
进一步,所述抑制剂为核酸抑制物。所述核酸抑制物选自:以RP11-336A10.4或其转录本为靶序列、且能够抑制RP11-336A10.4基因表达或基因转录的干扰分子,包括:shRNA(小发夹RNA)、小干扰RNA(siRNA)、dsRNA、微小RNA、反义核酸,或能表达或形成所述shRNA、小干扰RNA、dsRNA、微小RNA、反义核酸的构建物。
进一步,所述核酸抑制物为siRNA。
进一步,所述siRNA的序列如SEQ ID NO.1-2所示。
进一步,所述药物组合物还包括药学上可接受的载体。
本发明的第五方面提供了RP11-336A10.4在构建预测口腔鳞癌的计算模型中的应用。
本发明的优点和有益效果:
本发明选择RP11-336A10.4作为分子标志物,可以根据RP11-336A10.4的表达水平来判断受试者是否患有口腔鳞癌以及患口腔鳞癌的风险。同时可以通过调控RP11-336A10.4的表达水平来实现口腔鳞癌的治疗。
附图说明
图1是利用QPCR检测RP11-336A10.4在OSCC中的表达情况图;
图2是利用QPCR检测RP11-336A10.4的沉默效果图;
图3是RP11-336A10.4对OSCC细胞迁移的影响图。
发明详述
在本发明中,本领域技术人员将认识到,本发明的实用性并不局限于对本发明的标志物基因的任何特定变体的基因表达进行定量。所述RP11-336A10.4基因在目前ensembl数据库中的ID为ENSG00000228951。
RP11-336A10.4涵盖RP11-336A10.4及其同源物,突变,和同等型。RP11-336A10.4涵盖全长,未加工的RP11-336A10.4,以及源自细胞中加工的任何形式的RP11-336A10.4。该术语涵盖RP11-336A10.4的天然发生变体(例如剪接变体或等位变体)。该术语涵盖例如RP11-336A10.4基因,一种代表性的人RP11-336A10.4的核酸序列如ENST00000427341.1所示。
“多核苷酸”或“核酸”在本文中可互换使用,指任何长度的核苷酸聚合物,包括DNA和RNA。核苷酸可以是脱氧核糖核苷酸,核糖核苷酸,经过修饰的核苷酸或碱基,和/或其类似物,或者是可通过DNA或RNA聚合酶,或者通过合成反应掺入聚合物中的任何底物。如此,例如,本文中所定义的多核苷酸包括但不限于单链和双链DNA,包含单链区和双链区的DNA,单链和双链RNA,及包含单链区和双链区的RNA,包含DNA和RNA的杂合分子,它可以是单链的,或者更典型的是双链的,或者包含单链区和双链区。另外,术语“多核苷酸”在用于本文时指包含RNA或DNA或RNA和DNA二者的三链区。此类区中的链可来自相同分子或来自不同分子。所述区可包含一种或多种分子的整个,但是更典型的是只包含有些分子的一个区。三股螺旋区的分子之一常常是寡核苷酸。术语“多核苷酸”明确包括cDNA。
多核苷酸可包含经过修饰的核苷酸,诸如甲基化核苷酸及其类似物。对核苷酸结构的修饰可以在装配聚合物之前或之后进行。核苷酸序列可以由非核苷酸组分中断。多核苷酸可以在合成后进一步修饰,诸如通过与标记物缀合。其它类型的修饰包括例如“帽”,将一个或多个天然存在的核苷酸用类似物替代,核苷酸间修饰诸如例如具有不带电荷连接(例如甲基膦酸酯,磷酸三酯,磷酰胺酯(phosphoamidate),氨基甲酸酯等)和具有带电荷连接(例如硫代磷酸酯,二硫代磷酸酯等)的修饰,含有悬垂模块(pendant moiety)诸如例如蛋白质(例如核酸酶,毒素,抗体,信号肽,聚L-赖氨酸等)的修饰,具有嵌入剂(例如吖啶,补骨脂素等)的修饰,含有螯合剂(例如金属,放射性金属,硼,氧化性金属等)的修饰,含有烷化剂的修饰,具有经修饰连接(例如α端基异构核酸)的修饰,以及未修饰形式的多核苷酸。另外,通常存在于糖类中的任何羟基基团可以用例如膦酸基团,磷酸基团替换,用标准保护基团保护,或活化以制备与别的核苷酸的别的连接,或者可缀合至固体或半固体支持物。可磷酸化或者用胺或1-20个碳原子的有机加帽基团模块取代5’和3’末端OH。其它羟基也可衍生成标准保护基团。多核苷酸也可含有本领域普遍知道的核糖或脱氧核糖糖类的类似物形式,包括例如2’-氧-甲基-,2’-氧-烯丙基-,2’-氟-或2’-叠氮-核糖,碳环糖类似物,α-端基异构糖,差向异构糖诸如阿拉伯糖,木糖或来苏糖,吡喃糖,呋喃糖,景天庚酮糖,无环类似物及脱碱基核苷类似物诸如甲基核糖核苷。可用备选连接基团替换一个或多个磷酸二酯连接。并非多核苷酸中的所有连接都必需是相同的。多核苷酸可含有一处或多处不同类型的本文中描述的修饰和/或多处相同类型的修饰。前述描述适用于本文中提及的所有多核苷酸,包括RNA和DNA。
如本文中所使用的,“寡核苷酸”一般指短的,单链的多核苷酸,其在长度上小于约250个核苷酸,但这不是必须的。寡核苷酸可以是合成的。术语“寡核苷酸”和“多核苷酸”并不互相排斥。上文关于多核苷酸的描述同样且完全可适用于寡核苷酸。
如本文所用“引物”指能够与核酸杂交并允许互补核酸的聚合作用(一般通过提供游离的3’-OH基团)的单链多核苷酸。
本发明可以利用本领域内已知的任何方法测定基因表达。本领域技术人员应当理解,测定基因表达的手段不是本发明的重要方面。这些技术包括但不限于:核酸测序、核酸杂交、核酸扩增技术。
核酸测序技术的示例性非限制性实例包括但不限于链终止子(Sanger)测序和染料终止子测序。本领域的普通技术人员将认识到,由于RNA在细胞中不太稳定并且在实验中更易受到核酸酶攻击,因此在测序前通常将RNA逆转录成DNA。
核酸测序技术的另一示例性非限制性实例包括下一代测序(深度测序/高通量测序),高通量测序技术是一种基于单分子簇的边合成边测序技术,基于专有的可逆终止化学反应原理。测序时将基因组的DNA的随机片段附着到光学透明的玻璃表面,这些DNA片段经过延伸和桥式扩增后,在玻璃表面形成数以亿计的簇,每个簇是具有数千份相同模板的单分子簇,然后利用带荧光基团的四种特殊脱氧核糖核苷酸,通过可逆性的边合成边测序技术对待测的模板DNA进行测序。
核酸杂交技术的示例性非限制性实例包括但不限于原位杂交(ISH)、微阵列和Southern或Northern印迹。原位杂交(ISH)是一种使用标记的互补DNA或RNA链作为探针以定位组织一部分或切片(原位)或者如果组织足够小则为整个组织(全组织包埋ISH)中的特异性DNA或RNA序列的杂交。DNA ISH可用于确定染色体的结构。RNA ISH用于测量和定位组织切片或全组织包埋内的mRNA和其他转录本(例如,ncRNA)。通常对样本细胞和组织进行处理以原位固定靶转录本,并增加探针的进入。探针在高温下与靶序列杂交,然后将多余的探针洗掉。分别使用放射自显影、荧光显微术或免疫组织化学,对组织中用放射、荧光或抗原标记的碱基标记的探针进行定位和定量。ISH也可使用两种或更多种通过放射性或其他非放射性标记物标记的探针,以同时检测两种或更多种转录本。
本发明可在检测前或与检测同时地对核酸(例如,ncRNA)进行扩增。核酸扩增技术的示例性非限制性实例包括但不限于:聚合酶链式反应(PCR)、逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)、转录介导的扩增(TMA)、连接酶链式反应(LCR)、链置换扩增(SDA)和基于核酸序列的扩增(NASBA)。本领域的普通技术人员将认识到,某些扩增技术(例如,PCR)需要在扩增前将RNA逆转录成DNA(例如,RT-PCR),而其他扩增技术则直接扩增RNA(例如,TMA和NASBA)。
通常称为PCR的聚合酶链式反应使用变性、引物对与相反链的退火以及引物延伸的多个循环,以指数方式增加靶核酸序列的拷贝数;TMA的转录介导的扩增(在基本上恒定的温度、离子强度和pH的条件下自身催化地合成靶核酸序列的多个拷贝,其中靶序列的多个RNA拷贝自身催化地生成另外的拷贝;LCR的连接酶链式反应使用与靶核酸的相邻区域杂交的两组互补DNA寡核苷酸;其他扩增方法包括例如:通常称为NASBA的基于核酸序列的扩增;使用RNA复制酶(通常称为Qβ复制酶)扩增探针分子本身的扩增;基于转录的扩增方法;以及自我维持的序列扩增。
在本发明中,试剂盒包括检测RP11-336A10.4的试剂,以及选自下组的一种或多种物质:容器、使用说明书、阳性对照物、阴性对照物、缓冲剂、助剂或溶剂。
本发明的试剂盒中还可附有试剂盒的使用说明书,其中记载了如何采用试剂盒进行检测,和如何利用检测结果对肿瘤发展进行判断、对治疗方案进行选择。
药物组合物
本发明提供了一种治疗口腔鳞癌的药物组合物,所述药物组合物包括RP11-336A10.4的抑制剂,和/或药学上可接受的载体。所述抑制剂可以是任何物质,优选地为特异性降低RP11-336A10.4水平的核酸抑制物;更为优选地为siRNA。“siRNA”是指一种短片段双链RNA分子,能够以同源互补序列的RNA为靶目标降解特定的RNA,这个过程就是RNA干扰(RNAinterference)过程。siRNA可以制备成双链核酸的形式,它含有一个正义链和一个反义链,这两条链仅在杂交的条件下形成双链。一个双链RNA复合物可以由相互分离的正义链和反义链来制备。因此,举例来讲,互补的正义链和反义链是化学合成的,其后可通过退火杂交,产生合成的双链RNA复合物。
药学上可接受的载体包括(但并不限于):稀释剂、赋形剂如乳糖、氯化钠、葡萄糖、尿素、淀粉、水等、填充剂如淀粉、蔗糖等;粘合剂如单糖浆、葡萄糖溶液、淀粉溶液、纤维素衍生物、藻酸盐、明胶和聚乙烯吡咯烷酮;湿润剂如甘油;崩解剂如干淀粉、海藻酸钠、海带多糖粉末、琼脂粉末、碳酸钙和碳酸氢钠;吸收促进剂季铵化合物、十二烷基硫酸钠等;表面活性剂如聚氧化乙烯山梨聚糖脂肪酸酯、十二烷基硫酸钠、硬脂酸单甘油酯、十六烷醇等;致湿剂如甘油、淀粉等;吸附载体如淀粉、乳糖、斑脱土、硅胶、高岭土和皂粘土等;润滑剂如滑石粉、硬脂酸钙和镁、聚乙二醇、硼酸粉末等。
在本发明中,药物组合物可以使用不同的添加剂进行制备,例如缓冲剂、稳定剂、抑菌剂、等渗剂、螯合剂、pH控制剂及表面活性剂。
本发明所述的药物组合物可口服给药、非胃肠道给药、通过吸入喷雾给药、局部给药、直肠给药、鼻给药、颊给药、阴道给药或通过植入的贮药装置给药。优选口服给药或注射给药。本发明的药物组合物可含有任何常用的无毒可药用载体、辅料或赋形剂。在某些情况下,药用酸、碱或缓冲剂可用来调节制剂的pH以提高所配制的化合物或其给药剂型的稳定性。只要能达到目标组织,本发明所述药物组合物可以通过任何途径给予受体。
在本发明中,可将抑制RP11-336A10.4表达的化合物作为裸RNA与递送试剂一起作为核酸(如重组质粒或病毒载体)给受试者施用,所述核酸包含抑制RP11-336A10.4表达的序列。递送试剂可以是亲脂试剂、聚阳离子、脂质体等。
本发明的药物还可与其他治疗口腔鳞癌的药物联用,其他治疗性化合物可以与主要的活性成分同时给药,甚至在同一组合物中同时给药。还可以以单独的组合物或与主要的活性成分不同的剂量形式单独给予其它治疗性化合物。主要成分的部分剂量可以与其它治疗性化合物同时给药,而其它剂量可以单独给药。在治疗过程中,可以根据症状的严重程度、复发的频率和治疗方案的生理应答,调整本发明药物组合物的剂量。
在本发明中,术语“包括”用于指短语“包括但不限于”,并与短语“包括但不限于”可以互换使用。
统计学方法
在本发明中,实验至少采用3次重复实验,结果数据都是以平均值±标准差的方式来表示,使用统计软件来进行统计分析的,两者之间的差异采用t检验,认为当P<0.05时具有统计学意义。
具体实施例
下面结合附图和实施例对本发明作进一步详细的说明。以下实施例仅用于说明本发明而不用于限制本发明的范围。实施例中未注明具体条件的实验方法,通常按照常规条件,或按照制造厂商所建议的条件。
实施例RP11-336A10.4在OSCC中的表达情况及对OSCC细胞的影响
1、样本收集
收集31例口腔鳞癌样本及其相应正常癌旁组织样本(距离组织>5cm),均经病例检查证实。
2、RNA提取和QPCR
利用天根的动物组织总RNA提取试剂盒(目录号为DP431)进行总RNA的提取,严格按照说明书步骤进行操作。
使用TIANGEN公司的Quant一步法反转录-荧光定量试剂盒(SYBR Green)试剂盒(目录号:NG105)进行PCR反应,以GAPDH作为内参,根据RP11-336A10.4的序列设计引物,在Thermal Cycler Real Time System扩增仪上进行PCR扩增,反应结束后确认RealTime PCR的扩增曲线和溶解曲线,2-ΔΔCT法进行相对定量,检测RP11-336A10.4的表达水平。
3、细胞培养
冻存后的OSCC细胞株CAL27细胞经复苏后,在10%FBS的DMEM培养基中于37℃、5%CO2的条件下培养,待细胞融合至80%-90%时采用0.25%胰酶进行消化,传代,取对数生长期细胞进行实验。
4、siRNA设计及转染
根据RP11-336A10.4基因序列,由上海吉码制药技术有限公司设计及合成针对RP11-336A10.4的siRNA,阴性对照为通用siRNA-NC。设计合成的siRNA序列如下所示:
5′-AUUCAAUCCUGCAGAUAGCUG-3′(SEQ ID NO.1);
5′-GCUAUCUGCAGGAUUGAAUGA-3′(SEQ ID NO.2)
转染前24h接种约1×106个/孔口腔鳞癌CAL27细胞于六孔板中,在细胞密度达50%~70%汇合度时,将培基换成无血清培基。将稀释好的siRNA与LipofectamineTM2000脂质体轻柔混匀,室温孵育20min,形成转染复合物;然后将上述混合物加到细胞培养基中,轻轻混匀,在5%CO2、37℃培养箱中培养,6h后更换完全培养基。48h后检测干扰效率。
5、细胞增殖实验
取RP11-336A10.4-siRNA和阴性对照组细胞,转染后24h,将细胞消化下来,以每孔4×103个细胞接种于96孔板中,每孔体积200μL,每组5个复孔,同时设空白对照(仅加培养基),培养72h,每孔加入10μL的CCK-8试剂,1h后利用酶标仪检测波长为450nm的吸光光度值,比较吸光度值,分析实验组和对照组细胞的增殖活性变化。
6、细胞迁移实验
无血清培养基调整各组细胞密度为5×105/ml,加入100μl至Transwell上室,下室加入含10%血清的培养基500μl培养24h后,取出小室,并将小室内的残余培养液弃去。在无水乙醇中固定30min;随后置于结晶紫中进行染色,染色时间为30min。采用磷酸盐缓冲液进行洗涤并用棉签将小室内表面未侵袭的细胞擦去,显微镜下对小室外表面的细胞进行计数。
7、结果
1)RP11-336A10.4在OSCC组织和正常癌旁组织中表达水平的比较
QPCR检测结果显示,相比正常癌旁组织(归一化处理为1),RP11-336A10.4在口腔鳞癌组织中的表达水平(5.66±0.468)显著上调(图1)。
2)siRNA的干扰效率验证
QPCR检测结果显示,以CAL27细胞中RP11-336A10.4的表达水平设为1,转染siRNA-NC对细胞中RP11-336A10.4的表达水平(0.96±0.021)并无显著影响(P>0.05),而转染siRNA的细胞中RP11-336A10.4的表达水平(0.27±0.078)显著降低(图2)。
3)细胞增殖实验结果
采用CCK-8法进行细胞增殖实验,结果显示,相比阴性对照组(转染siRNA-NC)的细胞增殖活性(0.95±0.065),采用siTNA干扰CAL27细胞中的RP11-336A10.4的表达后细胞活性(0.47±0.051)显著降低,说明降低RP11-336A10.4的表达水平可明显阻滞CAL27细胞生长速率。
4)细胞迁移结果
Transwell小室实验结果显示,在下调CAL27细胞中的RP11-336A10.4的表达水平后,口腔鳞癌细胞CAL27的细胞的迁移能力减弱(图3)。
上述实施例的说明只是用于理解本发明的方法及其核心思想。应当指出,对于本领域的普通技术人员来说,在不脱离本发明原理的前提下,还可以对本发明进行若干改进和修饰,这些改进和修饰也将落入本发明权利要求的保护范围内。
序列表
<110> 河北医科大学第二医院
<120> lncRNA在口腔癌诊断和治疗中的应用
<141> 2021-03-02
<160> 2
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 21
<212> RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
auucaauccu gcagauagcu g 21
<210> 2
<211> 21
<212> RNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
gcuaucugca ggauugaaug a 21
Claims (10)
1.检测RP11-336A10.4的试剂在制备评估口腔鳞癌的产品中的应用。
2.根据权利要求1所述的应用,其特征在于,所述试剂包括通过RT-PCR、实时定量PCR、免疫检测、原位杂交或芯片检测样本中RP11-336A10.4表达水平的试剂。
3.根据权利要求2所述的应用,其特征在于,所述试剂选自:特异性识别RP11-336A10.4的探针或特异性扩增RP11-336A10.4的引物。
4.一种评估口腔鳞癌的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包含进行DNA微阵列、寡核苷酸微阵列、RNA印迹法、RNase保护试验和反转录聚合酶链反应所必需的DNA芯片、寡核苷酸芯片、探针或引物,以检测RP11-336A10.4的表达水平。
5.根据权利要求4所述的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒通过DNA微阵列、反转录聚合酶链反应的方法进行检测。
6.根据权利要求5所述的试剂盒,其特征在于,通过反转录聚合酶链反应进行检测的试剂包括特异性扩增RP11-336A10.4的引物。
7.RP11-336A10.4在制备治疗口腔鳞癌的药物组合物中的应用。
8.根据权利要求7所述的应用,其特征在于,所述药物组合物包括RP11-336A10.4的抑制剂;优选地,所述抑制剂为核酸抑制物,优选地,所述核酸抑制物为siRNA;优选地,所述siRNA的序列如SEQ ID NO.1-2所示。
9.一种治疗口腔鳞癌的药物组合物,其特征在于,所述药物组合物包括RP11-336A10.4的抑制剂;优选地,所述抑制剂为核酸抑制物,优选地,所述核酸抑制物为siRNA,优选地,所述siRNA的序列如SEQ ID NO.1-2所示。
10.RP11-336A10.4在构建预测口腔鳞癌的计算模型中的应用。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN202110232201.4A CN112961918B (zh) | 2021-03-02 | 2021-03-02 | lncRNA在口腔癌诊断和治疗中的应用 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN202110232201.4A CN112961918B (zh) | 2021-03-02 | 2021-03-02 | lncRNA在口腔癌诊断和治疗中的应用 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN112961918A true CN112961918A (zh) | 2021-06-15 |
CN112961918B CN112961918B (zh) | 2022-05-20 |
Family
ID=76276175
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN202110232201.4A Active CN112961918B (zh) | 2021-03-02 | 2021-03-02 | lncRNA在口腔癌诊断和治疗中的应用 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
CN (1) | CN112961918B (zh) |
Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN112322741A (zh) * | 2020-11-27 | 2021-02-05 | 湖南中南大学湘雅口腔医院 | 生物标志物rp11-54a9.1在预测口腔鳞癌及其治疗中的应用 |
-
2021
- 2021-03-02 CN CN202110232201.4A patent/CN112961918B/zh active Active
Patent Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN112322741A (zh) * | 2020-11-27 | 2021-02-05 | 湖南中南大学湘雅口腔医院 | 生物标志物rp11-54a9.1在预测口腔鳞癌及其治疗中的应用 |
Non-Patent Citations (1)
Title |
---|
佚名: "Gene: ENSG00000228951", 《ENSEMBL》 * |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CN112961918B (zh) | 2022-05-20 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
CN108531596B (zh) | 一种lncRNA作为生物标志物在胃癌诊治中的应用 | |
CN111778338A (zh) | 一种环状rna生物标志物的应用 | |
CN109468382B (zh) | lncRNA在肺腺癌诊疗中的应用 | |
CN113201591B (zh) | 一种长链非编码rna及其抑制剂在预防、治疗乳腺癌中的应用 | |
CN107519193B (zh) | 食管鳞癌早期分子诊断标志物及其应用 | |
CN111304326B (zh) | 检测及靶向lncRNA生物标志物的试剂及其在肝细胞癌中的应用 | |
CN108220446B (zh) | Linc01356作为分子标志物在胃癌中的应用 | |
CN111455059A (zh) | 检测及靶向生物标志物的试剂在口腔鳞癌中的应用 | |
CN107586842A (zh) | 一种用于肾透明细胞癌诊治的生物标志物 | |
CN108085389B (zh) | 一种与乳腺癌相关的lncRNA及其应用 | |
CN111996250B (zh) | 用于开发胃腺癌诊疗产品的分子标志物 | |
CN110452989B (zh) | 生物标志物在胃癌检测、诊断中的应用 | |
CN111455060A (zh) | 诊断和治疗口腔鳞癌的相关生物标志物及应用 | |
CN111440874A (zh) | 口腔鳞癌诊断和治疗用生物标志物 | |
CN111455061A (zh) | lncRNA生物标志物在口腔鳞癌诊疗中的应用 | |
CN110923324A (zh) | 一种乳腺癌miRNA标记物及其应用 | |
CN112961918B (zh) | lncRNA在口腔癌诊断和治疗中的应用 | |
CN112029864B (zh) | 一种乳腺癌miRNA检测试剂盒及其应用 | |
CN108192977A (zh) | 一种与胃癌发生发展相关的分子标志物 | |
CN108707672A (zh) | Duxap8在肝细胞癌诊断和治疗中的应用 | |
CN110055333B (zh) | Rp11-116o18.1作为分子标志物在肺癌中的应用 | |
CN107937550B (zh) | 一种与乳腺癌发生发展相关的生物标志物及其应用 | |
CN115666590A (zh) | 口腔鳞癌相关生物标志物及诊断和治疗方法 | |
CN111440875A (zh) | 基于生物标志物的诊断和治疗癌症的用途 | |
CN111560437A (zh) | 用于预测口腔鳞癌的生物标志物及其在治疗中的应用 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
PB01 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
GR01 | Patent grant | ||
GR01 | Patent grant |