CN112739832B - 用于开发尿液生物标志物和用于检测膀胱癌的方法 - Google Patents

用于开发尿液生物标志物和用于检测膀胱癌的方法 Download PDF

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Abstract

本公开涉及使用来自源自受试者的外泌体的基因表达水平测量值来检测和治疗受试者中的膀胱癌的方法。

Description

用于开发尿液生物标志物和用于检测膀胱癌的方法
相关申请的交叉引用
本申请要求2018年6月6日提交的美国临时申请号62/681,636的优先权和权益，所述美国临时申请的内容以其整体通过引用并入本文。
发明背景
在分子生物学中，可以从人样品材料、诸如血浆和其他体液(‘生物流体’)分离分子、诸如核酸，并用各种各样的方法进行进一步分析。来自人(和其他物种)的生物流体含有细胞和由机体的所有细胞脱落的无细胞分子来源。无细胞来源包括细胞外囊泡('EV')和其上或其内携带的分子('EV货物'；例如RNA、DNA、脂质、小代谢物和蛋白)和无细胞DNA(cfDNA)，其可能源自凋亡和坏死的组织。EV是直径在30和5,000 nm之间的膜状囊泡，大多数直径为30-300 nm。EV通常也称为外泌体和微囊泡。外泌体是一类由所有活细胞主动脱落至体内的EV。它们含有直接源自其来源细胞的核酸，并已从多种生物流体分离。因此，外泌体是基于液体-活检的分子诊断的丰富资源，所述分子诊断用于研究与各种疾病(包括肿瘤学)相关的遗传异常的检测。
在本文中，我们证实将基于外泌体的提取和核酸分析方法以及工作流程应用于被怀疑具有膀胱的癌(‘膀胱癌’)的患者的液体活检。膀胱癌是全世界癌症死亡的第十三最常见原因，并且仅在美国，每年就诊断出约70,000例新病例。该疾病在男性中的流行率是女性的三倍，是男性中第四大流行癌症。
取决于其如何分类，存在不同类型的膀胱癌。几种类型的癌症可以在膀胱中开始：尿路上皮癌，也称为移行细胞癌(TCC)，是迄今为止最常见类型的膀胱癌，占约90%病例。其开始于内衬在膀胱的内部的尿道上皮细胞中。尿道上皮细胞也内衬在尿道的其他部分，诸如肾脏的连接至输尿管的部分、输尿管和尿道。具有膀胱癌的患者有时在这些地方具有其他肿瘤，因此需要针对肿瘤检查整个泌尿道。膀胱癌还经常基于其已经浸入膀胱壁到什么程度来描述：非侵入性癌症仍然在细胞的内层(移行上皮)中，但尚未生长至更深层中；侵入性癌症已经生长至膀胱壁的更深层。这些癌症更可能扩散并且更难以治疗。膀胱癌也可以归类为浅表性或非肌肉侵入性。这些术语包括非侵入性肿瘤以及尚未生长至膀胱的主肌层中的任何非侵入性肿瘤。基于其如何生长，膀胱癌也分为两种亚型，乳头状和扁平状：乳头状癌以细长的手指状突起从膀胱的内表面向中空中心生长。乳头状肿瘤经常朝着膀胱的中心生长，而没有生长至更深的膀胱层中。这些肿瘤被称为非侵入性乳头状癌。非常低级(缓慢生长)的非侵入性乳头状癌有时被称为低恶性潜能的乳头尿路上皮肿瘤(PUNLMP)，并且往往具有非常好的预后。另一方面，扁平状癌根本不向膀胱的中空部分生长。如果扁平状肿瘤仅在膀胱细胞的内层中，其则称为非侵入性扁平状癌或原位扁平状癌(CIS)。如果乳头状或扁平状肿瘤生长至膀胱的深层中，则其被称为侵入性尿路上皮(或移行细胞)癌。
膀胱癌中最常见的症状之一是尿液中以微血尿或肉眼血尿的形式存在血液。血尿被定义为每个高倍显微镜视野(在正确收集和离心的尿液样品中)三个或更多个红血细胞，并且是决定哪些患者需要进一步泌尿科评估的定义。来自尿液中具有可见血液的患者，在诊断时，约40%在晚期疾病阶段中。另一方面，在具有其他非恶性过程(即膀胱炎、尿道感染等)的患者中也可以发现血尿。在美国经历泌尿学检查的1080万个具有血尿的患者中，35%将计划或进行膀胱镜检查。除此之外，在美国常规进行的显著部分的CT扫描对无症状的具有微血尿的患者进行。因此，高度期望使用非侵入性测试来区别膀胱癌与其他泌尿生殖系统异常。
目前，用于检测膀胱癌的最可靠的方法是膀胱镜检查，随后为活检病变的组织学。然而，该技术是耗时的，侵入性的且具有显著的潜在副作用，并且其灵敏度仅为近似90%，这意味着使用这些方法未检测到约10%的癌症。在非侵入性方法中，显微镜检测剥落的恶性细胞的尿液细胞学是目前优选的方法。尽管细胞学具有约95%的特异性，但其对低级病变的灵敏度差(9-25%)，极端依赖于样品质量，并且受制于观察者间的高可变性。
当早期治疗癌症时，癌症患者的存活率大大增强。在膀胱癌的情况下，被诊断为具有早期疾病的患者具有>90%的5年存活率，相比之下，诊断为具有晚期疾病的患者则为近似15-30%。因此，导致膀胱癌的早期诊断的开发可以导致患者预后改善。使用尿液样品检测膀胱癌的建立方法是细胞学。
与尿液测试相关的一个缺点是个体生物标志物水平可以随着以下而显著变化：(i)不同的尿液收集方法(导管插入，排尿，尿颗粒)；(ii)尿液采样的每日时机；(iii)排尿期间的采样点(例如，中游vs.最终采样)；(iv)与不同液体摄入量、肾脏功能或影响体积的疾病相关的尿液浓度；和(v) 血液在尿液中的存在，从视觉无法检测到的微血尿至肉眼血尿。这些变化具有导致假阳性和假阴性测试的潜能。尽管可以使用严格的标准操作程序来减少这种变化中的一些，但患者对这些程序的依从性会是不可靠的。在一些情况下，可以通过评价相对于尿肌酐的生物标志物水平来解释不同尿液浓度的影响，然而，这增加测试的成本和复杂性，尤其是当样品制备或储存方法对于生物标志物检测和肌酐测量不同时。另一方面，尽管可以使用浸渍条类型的尿液分析纸粗略地评估血液的影响，但由于缺乏方法的灵敏度和特异性，这些测试本身不能证实血尿的存在或不存在；并且估计13%的无症状个体在尿液中存在红血细胞。
因此，在本领域中需要用于早期检测和诊断膀胱癌的简单工具。一种对血尿稳健的样品处理方法(可以使作为干扰物质的血液(甚至来自肉眼血尿)对测试结果的影响最小化或消除)对于膀胱癌检测是高度期望和有用的。
发明概述
本公开提供了鉴定受试者中存在或不存在膀胱癌的方法，其包括：测定来自所述受试者的生物样品中的选自DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB的至少一种基因的表达水平，其中所述生物样品包含从至少一种微囊泡提取的至少一种微囊泡核酸；测定所述生物样品中的至少一种参考值；将所述至少一种基因的表达水平针对所述至少一种参考值归一化，以获得所述至少一种基因的归一化表达水平；将所述至少一种基因的归一化表达水平与预定截止值进行比较；和当所述至少一种基因的归一化表达水平大于所述预定截止值时，鉴定所述受试者中存在膀胱癌，或者当所述至少一种基因的归一化表达水平小于或等于所述预定截止值时，鉴定所述受试者中不存在膀胱癌。
本公开提供了鉴定受试者中存在或不存在膀胱癌的方法，其包括：测定来自所述受试者的生物样品中的选自DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB的至少一种基因的表达水平，其中所述生物样品包含从至少一种微囊泡提取的至少一种微囊泡核酸；测定所述生物样品中的至少一种参考值；将所述至少一种基因的表达水平针对所述至少一种参考值归一化，以获得所述至少一种基因的归一化表达水平；将所述至少一种基因的归一化表达水平与预定截止值进行比较；和当所述至少一种基因的归一化表达水平小于所述预定截止值时，鉴定所述受试者中存在膀胱癌，或者当所述至少一种基因的归一化表达水平大于或等于所述预定截止值时，鉴定所述受试者中不存在膀胱癌。
本公开提供了鉴定受试者中存在或不存在膀胱癌的方法，其包括：测定来自所述受试者的生物样品中的选自DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB的第一基因和至少第二基因的表达水平，其中所述生物样品包含从至少一种微囊泡提取的至少一种微囊泡核酸；测定Δ 表达 ，其中Δ 表达 是所述第一基因的表达水平和所述至少第二基因的表达水平之间的差值；将Δ 表达 与预定截止值进行比较；当Δ 表达 大于所述预定截止值时，鉴定所述受试者中存在膀胱癌，或者当Δ 表达 小于或等于所述预定截止值时，鉴定所述受试者中不存在膀胱癌。
本公开提供了鉴定受试者中存在或不存在膀胱癌的方法，其包括：测定来自所述受试者的生物样品中的选自DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB的第一基因和至少第二基因的表达水平，其中所述生物样品包含从至少一种微囊泡提取的至少一种微囊泡核酸；测定Δ 表达 ，其中Δ 表达 是所述第一基因的表达水平和所述至少第二基因的表达水平之间的差值；将Δ 表达 与预定截止值进行比较；和当Δ 表达 小于所述预定截止值时，鉴定所述受试者中存在膀胱癌，或者当Δ 表达 大于或等于所述预定截止值时，鉴定所述受试者中不存在膀胱癌。
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本公开提供了鉴定受试者中存在或不存在膀胱癌的方法，其包括：测定来自所述受试者的生物样品中的选自DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB的第一基因、第二基因和至少第三基因的表达水平，其中所述生物样品包含从至少一种微囊泡提取的至少一种微囊泡核酸；测定所述生物样品中的至少一种参考值；将所述至少第三基因的表达水平针对所述至少一种参考值归一化，以获得所述至少第三基因的归一化表达水平；测定Δ 表达 ，其中Δ 表达 是所述第一基因的表达水平和所述至少第二基因的表达水平之间的差值；将Δ 表达 与第一预定截止值进行比较；将所述至少第三基因的归一化表达水平与第二预定截止值进行比较；和当Δ 表达 小于所述第一预定截止值且所述至少第三基因的归一化表达水平小于所述第二预定截止值时，鉴定所述受试者中存在膀胱癌，或者当Δ 表达 大于或等于所述第一预定截止值且所述至少第三基因的归一化表达水平大于或等于所述第二预定截止值时，鉴定所述受试者中不存在膀胱癌。
在本公开的方法中，至少一种基因可以是UPK2。在本公开的方法中，第一基因可以是UPK2，第二基因可以是OSR1，且至少第三基因可以是KRT20。在本公开的方法中，至少一种参考值是生物样品中的至少一种参考基因的表达水平，生物样品中的cfDNA的总浓度，生物样品中的至少一种DNA分子的丰度，生物样品中的至少一种RNA分子的丰度，生物样品中的微囊泡的数目，生物样品中的至少一种蛋白的丰度，生物样品中的至少一种代谢物的丰度，或其任何组合。在本公开的方法中，至少一种参考值可以是生物样品中的至少一种参考基因的表达水平。至少一种参考基因可以是DHRS2。
膀胱癌可以是再发性膀胱癌。膀胱癌可以是复发性膀胱癌。
在本公开的方法中，至少一种微囊泡核酸可以包括微囊泡DNA、微囊泡RNA或微囊泡DNA和微囊泡RNA的组合。至少一种微囊泡核酸可以包括微囊泡RNA。
在本公开的方法中，可以从来自受试者的体液样品分离至少一种微囊泡。在分离至少一种微囊泡之前，可以将体液样品进行过滤或预处理以除去细胞、细胞碎片或其任何组合。
可以通过如下方法从体液样品分离至少一种微囊泡，所述方法包括过滤、大小排阻色谱、离子交换色谱、密度梯度离心、离心、差速离心、免疫吸附剂捕获、亲和纯化、亲和富集、亲和排斥微流体分离、超离心、纳米膜超滤或其任何组合。可以通过使体液样品与至少一种亲和剂接触来从体液样品分离至少一种微囊泡，所述亲和剂结合至少一种微囊泡的表面上存在的至少一种表面标志物。至少一种表面标志物可以选自ADAM10、CEACAM5、CEACAM6、EPCAM、ERBB2 (HER2)、FZD2、ITGA3、ITGB4、MUC1、SDC1、SLC3A2、TFRC、TNFRSF4、TNFRSF12A和TNFSF10。
在本公开的方法中，生物样品可以进一步包含至少一种无细胞核酸。至少一种无细胞核酸可以包括无细胞DNA (cfDNA)、无细胞RNA (cfRNA)或cfDNA和cfRNA的组合。
在本公开的方法中，生物样品可以包含无细胞DNA和微囊泡RNA。生物样品可以包含微囊泡RNA。
在本公开的方法中，生物样品可以是体液样品。体液样品可以包括血液、血浆、血清、尿液或其任何组合。可以将体液样品进行过滤或处理，以除去细胞、细胞碎片或其任何组合。
体液样品可以包括血液、血浆、血清、尿液或其任何组合。体液样品包括尿液。尿液可以包含至少0.05%血液，或至少0.5%血液，或至少1%血液或多于1%血液。
受试者可以具有血尿。血尿可以是肉眼血尿(宏观血尿)。血尿可以是显微镜下的血尿。
在本公开的方法中，预定截止值可以具有至少50%，或至少60%，或至少70%，或至少80%，或至少90%，或至少95%，或至少99%的阳性预测值。
在本公开的方法中，预定截止值可以具有至少50%，或至少60%，或至少70%，或至少80%，或至少90%，或至少95%，或至少99%的阴性预测值。
在本公开的方法中，预定截止值可以具有至少50%，或至少60%，或至少70%，或至少80%，或至少90%，或至少95%，或至少99%的灵敏度。
在本公开的方法中，预定截止值可以具有至少50%，或至少60%，或至少70%，或至少80%，或至少90%，或至少95%，或至少99%的特异性。
受试者可以是至少40岁。受试者可以先前已经具有膀胱癌。受试者可以先前已经进行根治性膀胱切除术。受试者可以怀疑具有膀胱癌。
本公开的方法可以进一步包括向具有膀胱癌的受试者施用至少一种治疗有效量的至少一种疗法。疗法可以包括手术、放射疗法、化学疗法、膀胱内疗法、抗癌疗法、免疫疗法、膀胱内免疫疗法、靶向药物疗法、膀胱内化学疗法或其任何组合。手术可以包括根治性膀胱切除术。
本公开的方法可以进一步包括为受试者提供治疗推荐。治疗推荐可以包括推荐进一步诊断测试，推荐施用至少一种疗法或其任何组合。
任何上述方面可以与任何其他方面组合。
除非另有定义，否则本文使用的所有技术和科学术语具有与本公开所属领域的普通技术人员通常理解的相同含义。在说明书中，单数形式也包括复数形式，除非上下文另有明确规定；作为实例，术语“一个/种(a)”、“一个/种(an)”和“该(the)”被理解为是单数或复数，且术语“或”被理解为包括性的。通过实例的方式，“一个要素”意指一个或多个要素。在整个说明书中，词语“包含(comprising)”或变型诸如“包含(comprises)”或“包含(comprising)”将被理解为暗示包括所述要素、整数或步骤或要素、整数或步骤的组，但不排除任何其他要素、整数或步骤或要素、整数或步骤的组。约可以被理解为在所示值的10%、9%、8%、7%、6%、5%、4%、3%、2%、1%、0.5%、0.1%、0.05%或0.01%内。除非从上下文另外清楚可见，否则本文提供的所有数值都通过术语“约”进行修饰。
尽管与本文所述的方法和材料类似或等效的方法和材料也可以用于实施或测试本公开，但下文描述合适的方法和材料。本文提及的所有出版物、专利申请、专利和其他参考文献以其整体通过引用并入。本文引用的参考文献不被承认是所请求保护的发明的现有技术。在冲突的情况下，将以本说明书(包括定义)为准。此外，材料、方法和实例仅是说明性的，并不旨在进行限制。本公开的其他特征和优点从以下详述和权利要求将是显而易见的。
附图简述
当与附图相结合时，将从下面的详细描述中更清楚地了解上述和进一步的特征。
图1是显示在本公开的膀胱癌筛选方法中使用的15种生物标志物和HBB的图表。
图2是显示使用RNA-seq分析(y-轴)或qPCR分析(x-轴)测量的本公开的15种生物标志物的表达水平的比较的图。
图3是显示在膀胱组织(y-轴)或尿微囊泡(x-轴)中测量的本公开的四种生物标志物的表达水平的比较的图。
图4是显示在含有不同量的血液(x-轴)的尿液样品中测量的15种生物标志物的表达水平(y-轴)的一系列图。
图5是显示在包含不同量的血液(x-轴)的尿液样品中测量的本公开的各种生物标记物和HBB的表达水平(y-轴)的图。
图6是显示测量的HBB的表达水平(y-轴)与来自尿浸渍条的读取值(x-轴)的比较的图。
图7是显示通过两个独立操纵者测量的本公开的各种生物标志物的表达水平之间的比较的一系列图。右小图显示在包含不同量的血液的尿样品中测量的生物标志物的表达。
图8是显示使用本公开的方法测试的81个临床样品的细节的流程图。
图9是一系列图表，其显示使用本公开的方法分析81个临床样品，如实施例4中所述。在左小图中，根据患者是健康的还是具有膀胱癌，将条阴影化。在右小图中，根据疾病的严重程度，将条阴影化。每个图上的水平粗线是截止评分。评分低于截止评分的样品被鉴定为健康的。
图10是显示使用本公开的方法测试的81个临床样品的细节的流程图。实施例5中测试的28个样品以粗体标出。
图11是一系列图表，其显示使用本公开的方法分析28个临床样品，如实施例5中所述。在左小图中，根据患者是健康的还是具有膀胱癌，将条阴影化。在右小图中，根据疾病的严重程度，将条阴影化。每个图上的水平粗线是截止评分。评分高于截止评分的样品被鉴定为膀胱癌阳性的。
发明详述
本公开提供了用于提供对有此需要的受试者的临床评价的方法。所述临床评价可以包括但不限于诊断受试者，监测受试者，为受试者推荐治疗或预测受试者的预后。在一些方面，通过对微囊泡的内含物的分析来告知临床评价。
微囊泡由真核和原核细胞脱落至细胞的外部，或出芽离开质膜至细胞的外部。这些膜囊泡大小不均匀，其中直径范围为约10 nm至约5000 nm。由细胞脱落的直径< 0.8µm的所有膜囊泡在本文统称为“外泌体”、“细胞外囊泡”或“微囊泡”。这些细胞外囊泡(EV)包括微囊泡、微囊泡-样颗粒、前列腺小体(prostasome)、dexosome、texosome、核外颗粒体、癌小体、凋亡小体、逆转录病毒样颗粒和人内源性逆转录病毒(HERV)颗粒。由胞内多囊体的胞吐作用释放的小微囊泡(直径近似10至1000nm，且更常见30至200 nm)在本领域被称为“微囊泡”。由细胞脱落的微囊泡在本文中也称为“外泌体”。术语细胞外囊泡、囊泡、微囊泡和外泌体在本文可互换使用。
已知外泌体含有核酸，包括各种DNA和RNA类型，诸如mRNA(信使RNA)，miRNA(微RNA)，tRNA(转移RNA)，piRNA(piwi-相互作用的RNA)，snRNA(小核RNA)，snoRNA(小核仁RNA)和rRNA(核糖体RNA)，各种类别的长非编码RNA，包括长基因间非编码RNA(lincRNA)，以及蛋白。近来的研究揭示，微囊泡内的核酸具有作为生物标志物的作用。例如，WO 2009/100029尤其描述了从多形胶质母细胞瘤(GBM，一种特别侵袭性的癌症形式)患者血清中的微囊泡提取的核酸用于医学诊断、预后和疗法评估的用途。WO 2009/100029还描述了从人尿中的微囊泡提取的核酸用于相同目的的用途。从微囊泡提取的核酸的使用被认为潜在地避开了活检的需要，突出了微囊泡生物学的巨大诊断潜力(Skog等人 Nature Cell Biology,2008, 10(12): 1470-1476。
可以从来自受试者的液体活检样品(其涉及生物流体，诸如全血、血清、血浆、尿液和脑脊髓液(CSF))分离微囊泡。随后可以提取微囊泡内含有的核酸。提取的核酸，例如，外泌体RNA，在本文中也称为“exoRNA”，可以基于生物标志物或生物标志物的组合的检测来进一步分析。该分析可以用于生成临床评价，所述临床评价诊断具有疾病的受试者，预测受试者的疾病结果，在更大的受试者群体内对受试者进行分层，预测受试者是否将对特定疗法应答或确定受试者是否对施用的疗法应答。
本文完全详细描述了本公开的各种方法。
本公开提供了鉴定受试者中存在或不存在膀胱癌的方法，其包括：测定来自所述受试者的生物样品中的选自DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB的至少一种基因的表达水平和至少一种参考基因的表达水平；将所述至少一种基因的表达水平针对所述至少一种参考基因的表达水平归一化，以获得所述至少一种基因的归一化表达水平；将所述至少一种基因的归一化表达水平与预定截止值进行比较；和当所述至少一种基因的归一化表达水平大于所述预定截止值时，鉴定所述受试者中存在膀胱癌，或者当所述至少一种基因的归一化表达水平小于或等于所述预定截止值时，鉴定所述受试者中不存在膀胱癌。
本公开提供了治疗受试者中的膀胱癌的方法，其包括：测定来自所述受试者的生物样品中的选自DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB的至少一种基因的表达水平和至少一种参考基因的表达水平；将所述至少一种基因的表达水平针对所述至少一种参考基因的表达水平归一化，以获得所述至少一种基因的归一化表达水平；将所述至少一种基因的归一化表达水平与预定截止值进行比较；和当所述至少一种基因的归一化表达水平大于所述预定截止值时，向所述受试者施用至少一种治疗有效量的至少一种第一疗法。
本公开提供了鉴定受试者中存在或不存在膀胱癌的方法，其包括：测定来自所述受试者的生物样品中的选自DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB的至少一种基因的表达水平和至少一种参考基因的表达水平；将所述至少一种基因的表达水平针对所述至少一种参考基因的表达水平归一化，以获得所述至少一种基因的归一化表达水平；将所述至少一种基因的归一化表达水平与预定截止值进行比较；和当所述至少一种基因的归一化表达水平小于所述预定截止值时，鉴定所述受试者中存在膀胱癌，或者当所述至少一种基因的归一化表达水平大于或等于所述预定截止值时，鉴定所述受试者中不存在膀胱癌。
本公开提供了治疗受试者中的膀胱癌的方法，其包括：测定来自所述受试者的生物样品中的选自DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB的至少一种基因的表达水平和至少一种参考基因的表达水平；将所述至少一种基因的表达水平针对所述至少一种参考基因的表达水平归一化，以获得所述至少一种基因的归一化表达水平；将所述至少一种基因的归一化表达水平与预定截止值进行比较；和当所述至少一种基因的归一化表达水平小于所述预定截止值时，向所述受试者施用至少一种治疗有效量的至少一种第一疗法。
本公开提供了鉴定受试者中存在或不存在膀胱癌的方法，其包括：测定来自所述受试者的生物样品中的选自DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB的至少一种基因的表达水平；测定所述生物样品中的至少一种参考值；将所述至少一种基因的表达水平针对所述至少一种参考值归一化，以获得所述至少一种基因的归一化表达水平；将所述至少一种基因的归一化表达水平与预定截止值进行比较；和当所述至少一种基因的归一化表达水平大于所述预定截止值时，鉴定所述受试者中存在膀胱癌，或者当所述至少一种基因的归一化表达水平小于或等于所述预定截止值时，鉴定所述受试者中不存在膀胱癌。
本公开提供了治疗受试者中的膀胱癌的方法，其包括：测定来自所述受试者的生物样品中的选自DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB的至少一种基因的表达水平；测定所述生物样品中的至少一种参考值；将所述至少一种基因的表达水平针对所述至少一种参考值归一化，以获得所述至少一种基因的归一化表达水平；将所述至少一种基因的归一化表达水平与预定截止值进行比较；和当所述至少一种基因的归一化表达水平大于所述预定截止值时，向所述受试者施用至少一种治疗有效量的至少一种第一疗法。
本公开提供了鉴定受试者中存在或不存在膀胱癌的方法，其包括：测定来自所述受试者的生物样品中的选自DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB的至少一种基因的表达水平；测定所述生物样品中的至少一种参考值；将所述至少一种基因的表达水平针对所述至少一种参考值归一化，以获得所述至少一种基因的归一化表达水平；将所述至少一种基因的归一化表达水平与预定截止值进行比较；和当所述至少一种基因的归一化表达水平小于所述预定截止值时，鉴定所述受试者中存在膀胱癌，或者当所述至少一种基因的归一化表达水平大于或等于所述预定截止值时，鉴定所述受试者中不存在膀胱癌。
本公开提供了治疗受试者中的膀胱癌的方法，其包括：测定来自所述受试者的生物样品中的选自DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB的至少一种基因的表达水平；测定所述生物样品中的至少一种参考值；将所述至少一种基因的表达水平针对所述至少一种参考值归一化，以获得所述至少一种基因的归一化表达水平；将所述至少一种基因的归一化表达水平与预定截止值进行比较；和当所述至少一种基因的归一化表达水平小于所述预定截止值时，向所述受试者施用至少一种治疗有效量的至少一种第一疗法。
本公开提供了确定受试者中的膀胱癌的风险的方法，其包括：测定来自所述受试者的生物样品中的选自DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB的至少一种基因的表达水平和至少一种参考基因的表达水平；将所述至少一种基因的表达水平针对所述至少一种参考基因的表达水平归一化，以获得所述至少一种基因的归一化表达水平；基于所述至少一种基因的归一化表达水平确定所述受试者中的膀胱癌的风险。
本公开提供了确定受试者中的膀胱癌的风险的方法，其包括：测定来自所述受试者的生物样品中的选自DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB的至少一种基因的表达水平；测定所述生物样品中的至少一种参考值；将所述至少一种基因的表达水平针对所述至少一种参考值归一化，以获得所述至少一种基因的归一化表达水平；基于所述至少一种基因的归一化表达水平确定所述受试者中的膀胱癌的风险。
在一些方面，任何前述方法可以包括测定选自以下的至少两种基因、或至少三种基因、或至少四种基因或至少五种基因、或至少六种基因、或至少七种基因、或至少八种基因、或至少九种基因、或至少十种基因、或至少11种基因、或至少12种基因、或至少13种基因、或至少14种基因、或至少15种基因、或至少16种基因的表达：DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB。
本公开提供了用于鉴定受试者中存在膀胱癌的方法，其包括：测定来自所述受试者的生物样品中的选自DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB的至少一种基因的表达水平和至少一种参考基因的表达水平；将所述至少一种基因的表达水平针对所述至少一种参考基因的表达水平归一化，以获得所述至少一种基因的归一化表达水平；和将所述至少一种基因的归一化表达水平与预定截止值进行比较。
本公开提供了用于鉴定受试者中存在膀胱癌的方法，其包括：测定来自所述受试者的生物样品中的选自DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB的至少一种基因的表达水平；测定所述生物样品中的至少一种参考值；将所述至少一种基因的表达水平针对所述至少一种参考值归一化，以获得所述至少一种基因的归一化表达水平；和将所述至少一种基因的归一化表达水平与预定截止值进行比较。
在一些方面，前述方法可以进一步包括当所述至少一种基因的归一化表达水平大于所述预定截止值时，鉴定所述受试者中存在膀胱癌。在一些方面，前述方法可以进一步包括当所述至少一种基因的归一化表达水平大于或等于所述预定截止值时，鉴定所述受试者中存在膀胱癌。在一些方面，前述方法可以进一步包括当所述至少一种基因的归一化表达水平小于所述预定截止值时，鉴定所述受试者中存在膀胱癌。在一些方面，前述方法可以进一步包括当所述至少一种基因的归一化表达水平小于或等于所述预定截止值时，鉴定所述受试者中存在膀胱癌。
在一些方面，前述方法可以包括测定选自以下的至少两种基因、或至少三种基因、或至少四种基因或至少五种基因、或至少六种基因、或至少七种基因、或至少八种基因、或至少九种基因、或至少十种基因、或至少11种基因、或至少12种基因、或至少13种基因、或至少14种基因、或至少15种基因、或至少16种基因的表达：DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB。
本公开提供了用于治疗受试者中的膀胱癌的方法，其包括：测定来自所述受试者的生物样品中的选自DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB的至少一种基因的表达水平和至少一种参考基因的表达水平；将所述至少一种基因的表达水平针对所述至少一种参考基因的表达水平归一化，以获得所述至少一种基因的归一化表达水平；和将所述至少一种基因的归一化表达水平与预定截止值进行比较。
本公开提供了用于治疗受试者中的膀胱癌的方法，其包括：测定来自所述受试者的生物样品中的选自DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB的至少一种基因的表达水平；测定所述生物样品中的至少一种参考值；将所述至少一种基因的表达水平针对所述至少一种参考值归一化，以获得所述至少一种基因的归一化表达水平；和将所述至少一种基因的归一化表达水平与预定截止值进行比较。
在一些方面，前述方法可以进一步包括当所述至少一种基因的归一化表达水平大于所述预定截止值时，向所述受试者施用至少一种治疗有效量的至少一种第一疗法。在一些方面，前述方法可以进一步包括当所述至少一种基因的归一化表达水平大于或等于所述预定截止值时，向所述受试者施用至少一种治疗有效量的至少一种第一疗法。在一些方面，前述方法可以进一步包括当所述至少一种基因的归一化表达水平小于所述预定截止值时，向所述受试者施用至少一种治疗有效量的至少一种第一疗法。在一些方面，前述方法可以进一步包括当所述至少一种基因的归一化表达水平小于或等于所述预定截止值时，向所述受试者施用至少一种治疗有效量的至少一种第一疗法。
在一些方面，前述方法可以包括测定选自以下的至少两种基因、或至少三种基因、或至少四种基因或至少五种基因、或至少六种基因、或至少七种基因、或至少八种基因、或至少九种基因、或至少十种基因、或至少11种基因、或至少12种基因、或至少13种基因、或至少14种基因、或至少15种基因、或至少16种基因的表达：DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB。
在前述方法的一些方面，所述至少一种基因可以是UPK2，且所述至少一种参考基因可以是DHRS2。因此，本公开提供了用于鉴定受试者中存在膀胱癌的方法，其包括：测定来自所述受试者的生物样品中的UPK2的表达水平和参考基因DHRS2的表达水平；将UPK2的表达水平针对DHRS2的表达水平归一化，以获得UPK2的归一化表达水平；和将UPK2的归一化表达水平与预定截止值进行比较；和当UPK2的归一化表达水平小于所述预定截止值时，鉴定所述受试者中存在膀胱癌。本公开还提供了用于治疗受试者中的膀胱癌的方法，其包括：测定来自所述受试者的生物样品中的UPK2的表达水平和参考基因DHRS2的表达水平；将UPK2的表达水平针对DHRS2的表达水平归一化，以获得UPK2的归一化表达水平；和将UPK2的归一化表达水平与预定截止值进行比较；和当UPK2的归一化表达水平小于所述预定截止值时，向所述受试者施用至少一种治疗有效剂量的至少一种第一疗法。
本公开提供了用于鉴定受试者中不存在膀胱癌的方法，其包括：测定来自所述受试者的生物样品中的选自DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB的至少一种基因的表达水平和至少一种参考基因的表达水平；将所述至少一种基因的表达水平针对所述至少一种参考基因的表达水平归一化，以获得所述至少一种基因的归一化表达水平；和将所述至少一种基因的归一化表达水平与预定截止值进行比较。
本公开提供了用于鉴定受试者中不存在膀胱癌的方法，其包括：测定来自所述受试者的生物样品中的选自DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB的至少一种基因的表达水平；测定所述生物样品中的至少一种参考值；将所述至少一种基因的表达水平针对所述至少一种参考值归一化，以获得所述至少一种基因的归一化表达水平；和将所述至少一种基因的归一化表达水平与预定截止值进行比较。
在一些方面，前述方法可以进一步包括当所述至少一种基因的归一化表达水平大于所述预定截止值时，鉴定所述受试者中不存在膀胱癌。在一些方面，前述方法可以进一步包括当所述至少一种基因的归一化表达水平大于或等于所述预定截止值时，鉴定所述受试者中不存在膀胱癌。在一些方面，前述方法可以进一步包括当所述至少一种基因的归一化表达水平小于所述预定截止值时，鉴定所述受试者中不存在膀胱癌。在一些方面，前述方法可以进一步包括当所述至少一种基因的归一化表达水平小于或等于所述预定截止值时，鉴定所述受试者中不存在膀胱癌。
在一些方面，前述方法可以包括测定选自以下的至少两种基因、或至少三种基因、或至少四种基因或至少五种基因、或至少六种基因、或至少七种基因、或至少八种基因、或至少九种基因、或至少十种基因、或至少11种基因、或至少12种基因、或至少13种基因、或至少14种基因、或至少15种基因、或至少16种基因的表达：DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB。
本公开提供了鉴定受试者中存在或不存在膀胱癌的方法，其包括：测定来自所述受试者的生物样品中的选自DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB的第一基因和至少第二基因的表达水平和至少一种参考基因的表达水平；将所述第一基因的表达水平针对所述至少一种参考基因的表达水平归一化，以获得所述第一基因的归一化表达水平；将所述至少第二基因的表达水平针对所述至少一种参考基因的表达水平归一化，以获得所述至少第二基因的归一化表达水平；测定Δ 表达 ，其中Δ 表达 是所述第一基因的归一化表达水平和所述至少第二基因的归一化表达水平之间的差值；将Δ 表达 与预定截止值进行比较；和当Δ 表达 大于所述预定截止值时，鉴定所述受试者中存在膀胱癌，或者当Δ 表达 小于或等于所述预定截止值时，鉴定所述受试者中不存在膀胱癌。
本公开提供了鉴定受试者中存在或不存在膀胱癌的方法，其包括：测定来自所述受试者的生物样品中的选自DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB的第一基因和至少第二基因的表达水平；测定所述生物样品中的至少一种参考值；将所述第一基因的表达水平针对所述至少一种参考值归一化，以获得所述第一基因的归一化表达水平；将所述至少第二基因的表达水平针对所述至少一种参考值归一化，以获得所述至少第二基因的归一化表达水平；测定Δ 表达 ，其中Δ 表达 是所述第一基因的归一化表达水平和所述至少第二基因的归一化表达水平之间的差值；将Δ 表达 与预定截止值进行比较；和当Δ 表达 大于所述预定截止值时，鉴定所述受试者中存在膀胱癌，或者当Δ 表达 小于或等于所述预定截止值时，鉴定所述受试者中不存在膀胱癌。
本公开提供了鉴定受试者中存在或不存在膀胱癌的方法，其包括：测定来自所述受试者的生物样品中的选自DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB的第一基因和至少第二基因的表达水平；测定Δ 表达 ，其中Δ 表达 是所述第一基因的表达水平和所述至少第二基因的表达水平之间的差值；将Δ 表达 与预定截止值进行比较；和当Δ 表达 大于所述预定截止值时，鉴定所述受试者中存在膀胱癌，或者当Δ 表达 小于或等于所述预定截止值时，鉴定所述受试者中不存在膀胱癌。
本公开提供了治疗受试者中的膀胱癌的方法，其包括：测定来自所述受试者的生物样品中的选自DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB的第一基因和至少第二基因的表达水平和至少一种参考基因的表达水平；将所述第一基因的表达水平针对所述至少一种参考基因的表达水平归一化，以获得所述第一基因的归一化表达水平；将所述至少第二基因的表达水平针对所述至少一种参考基因的表达水平归一化，以获得所述至少第二基因的归一化表达水平；测定Δ 表达 ，其中Δ 表达 是所述第一基因的归一化表达水平和所述至少第二基因的归一化表达水平之间的差值；将Δ 表达 与预定截止值进行比较；和当Δ 表达 大于所述预定截止值时，向所述受试者施用至少一种治疗有效量的至少一种第一疗法。
本公开提供了治疗受试者中的膀胱癌的方法，其包括：测定来自所述受试者的生物样品中的选自DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB的第一基因和至少第二基因的表达水平；测定所述生物样品中的至少一种参考值；将所述第一基因的表达水平针对所述至少一种参考值归一化，以获得所述第一基因的归一化表达水平；将所述至少第二基因的表达水平针对所述至少一种参考值归一化，以获得所述至少第二基因的归一化表达水平；测定Δ 表达 ，其中Δ 表达 是所述第一基因的归一化表达水平和所述至少第二基因的归一化表达水平之间的差值；将Δ 表达 与预定截止值进行比较；和当Δ 表达 大于所述预定截止值时，向所述受试者施用至少一种治疗有效量的至少一种第一疗法。
本公开提供了治疗受试者中的膀胱癌的方法，其包括：测定来自所述受试者的生物样品中的选自DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB的第一基因和至少第二基因的表达水平；测定Δ 表达 ，其中Δ 表达 是所述第一基因的表达水平和所述至少第二基因的表达水平之间的差值；将Δ 表达 与预定截止值进行比较；和当Δ 表达 大于所述预定截止值时，向所述受试者施用至少一种治疗有效量的至少一种第一疗法。
本公开提供了鉴定受试者中存在或不存在膀胱癌的方法，其包括：测定来自所述受试者的生物样品中的选自DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB的第一基因和至少第二基因的表达水平和至少一种参考基因的表达水平；将所述第一基因的表达水平针对所述至少一种参考基因的表达水平归一化，以获得所述第一基因的归一化表达水平；将所述至少第二基因的表达水平针对所述至少一种参考基因的表达水平归一化，以获得所述至少第二基因的归一化表达水平；测定Δ 表达 ，其中Δ 表达 是所述第一基因的归一化表达水平和所述至少第二基因的归一化表达水平之间的差值；将Δ 表达 与预定截止值进行比较；和当Δ 表达 小于所述预定截止值时，鉴定所述受试者中存在膀胱癌，或者当Δ 表达 大于或等于所述预定截止值时，鉴定所述受试者中不存在膀胱癌。
本公开提供了鉴定受试者中存在或不存在膀胱癌的方法，其包括：测定来自所述受试者的生物样品中的选自DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB的第一基因和至少第二基因的表达水平；测定所述生物样品中的至少一种参考值；将所述第一基因的表达水平针对所述至少一种参考值归一化，以获得所述第一基因的归一化表达水平；将所述至少第二基因的表达水平针对所述至少一种参考值归一化，以获得所述至少第二基因的归一化表达水平；测定Δ 表达 ，其中Δ 表达 是所述第一基因的归一化表达水平和所述至少第二基因的归一化表达水平之间的差值；将Δ 表达 与预定截止值进行比较；和当Δ 表达 小于所述预定截止值时，鉴定所述受试者中存在膀胱癌，或者当Δ 表达 大于或等于所述预定截止值时，鉴定所述受试者中不存在膀胱癌。
本公开提供了鉴定受试者中存在或不存在膀胱癌的方法，其包括：测定来自所述受试者的生物样品中的选自DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB的第一基因和至少第二基因的表达水平；测定Δ 表达 ，其中Δ 表达 是所述第一基因的表达水平和所述至少第二基因的表达水平之间的差值；将Δ 表达 与预定截止值进行比较；和当Δ 表达 小于所述预定截止值时，鉴定所述受试者中存在膀胱癌，或者当Δ 表达 大于或等于所述预定截止值时，鉴定所述受试者中不存在膀胱癌。
本公开提供了治疗受试者中的膀胱癌的方法，其包括：测定来自所述受试者的生物样品中的选自DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB的第一基因和至少第二基因的表达水平和至少一种参考基因的表达水平；将所述第一基因的表达水平针对所述至少一种参考基因的表达水平归一化，以获得所述第一基因的归一化表达水平；将所述至少第二基因的表达水平针对所述至少一种参考基因的表达水平归一化，以获得所述至少第二基因的归一化表达水平；测定Δ 表达 ，其中Δ 表达 是所述第一基因的归一化表达水平和所述至少第二基因的归一化表达水平之间的差值；将Δ 表达 与预定截止值进行比较；和当Δ 表达 小于所述预定截止值时，向所述受试者施用至少一种治疗有效量的至少一种第一疗法。
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在一些方面，前述方法可以进一步包括当Δ 表达 大于所述预定截止值时，鉴定所述受试者中存在膀胱癌。在一些方面，前述方法可以进一步包括当Δ 表达 大于或等于所述预定截止值时，鉴定所述受试者中存在膀胱癌。在一些方面，前述方法可以进一步包括当Δ 表达 小于所述预定截止值时，鉴定所述受试者中存在膀胱癌。在一些方面，前述方法可以进一步包括当Δ 表达 小于或等于所述预定截止值时，鉴定所述受试者中存在膀胱癌。
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将所述第二基因的表达水平针对所述至少一种参考基因的表达水平归一化，以获得所述第二基因的归一化表达水平；将所述至少第三基因的表达水平针对所述至少一种参考基因的表达水平归一化，以获得所述至少第三基因的归一化表达水平；测定Δ 表达 ，其中Δ 表达 是所述第一基因的归一化表达水平和所述至少第二基因的归一化表达水平之间的差值；将Δ 表达 与第一预定截止值进行比较；将所述至少第三基因的归一化表达水平与第二预定截止值进行比较；和当Δ 表达 小于所述第一预定截止值且所述至少第三基因的归一化表达水平小于所述第二预定截止值时，向所述受试者施用至少一种治疗有效量的至少一种第一疗法。
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本公开提供了治疗受试者中的膀胱癌的方法，其包括：测定来自所述受试者的生物样品中的选自DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB的第一基因、第二基因和至少第三基因的表达水平和至少一种参考基因的表达水平；将所述至少第三基因的表达水平针对所述至少一种参考基因的表达水平归一化，以获得所述至少第三基因的归一化表达水平；测定Δ 表达 ，其中Δ 表达 是所述第一基因的表达水平和所述至少第二基因的表达水平之间的差值；将Δ 表达 与第一预定截止值进行比较；将所述至少第三基因的归一化表达水平与第二预定截止值进行比较；和当Δ 表达 小于所述第一预定截止值且所述至少第三基因的归一化表达水平小于所述第二预定截止值时，向所述受试者施用至少一种治疗有效量的至少一种第一疗法。
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本公开提供了鉴定受试者中存在膀胱癌的方法，其包括：测定来自所述受试者的生物样品中的选自DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB的第一基因、第二基因和至少第三基因的表达水平和至少一种参考基因的表达水平；将所述第一基因的表达水平针对所述至少一种参考基因的表达水平归一化，以获得所述第一基因的归一化表达水平；将所述第二基因的表达水平针对所述至少一种参考基因的表达水平归一化，以获得所述第二基因的归一化表达水平；将所述至少第三基因的表达水平针对所述至少一种参考基因的表达水平归一化，以获得所述至少第三基因的归一化表达水平；测定Δ 表达 ，其中Δ 表达 是所述第一基因的归一化表达水平和所述至少第二基因的归一化表达水平之间的差值；将Δ 表达 与第一预定截止值进行比较；和将所述至少第三基因的归一化表达水平与第二预定截止值进行比较。
本公开提供了鉴定受试者中存在膀胱癌的方法，其包括：测定来自所述受试者的生物样品中的选自DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB的第一基因、第二基因和至少第三基因的表达水平；测定所述生物样品中的至少一种参考值；将所述第一基因的表达水平针对所述至少一种参考值归一化，以获得所述第一基因的归一化表达水平；将所述第二基因的表达水平针对所述至少一种参考值归一化，以获得所述第二基因的归一化表达水平；将所述至少第三基因的表达水平针对所述至少一种参考值归一化，以获得所述至少第三基因的归一化表达水平；测定Δ 表达 ，其中Δ 表达 是所述第一基因的归一化表达水平和所述至少第二基因的归一化表达水平之间的差值；将Δ 表达 与第一预定截止值进行比较；和将所述至少第三基因的归一化表达水平与第二预定截止值进行比较。
在一些方面，前述方法可以进一步包括当Δ 表达 大于所述第一预定截止值且所述至少第三基因的归一化表达水平大于所述第二预定截止值时，鉴定所述受试者中存在膀胱癌。在一些方面，前述方法可以进一步包括当Δ 表达 大于所述第一预定截止值且所述至少第三基因的归一化表达水平小于所述第二预定截止值时，鉴定所述受试者中存在膀胱癌。在一些方面，前述方法可以进一步包括当Δ 表达 小于所述第一预定截止值且所述至少第三基因的归一化表达水平大于所述第二预定截止值时，鉴定所述受试者中存在膀胱癌。在一些方面，前述方法可以进一步包括当Δ 表达 小于所述第一预定截止值且所述至少第三基因的归一化表达水平小于所述第二预定截止值时，鉴定所述受试者中存在膀胱癌。
在一些方面，前述方法可以进一步包括当Δ 表达 大于所述第一预定截止值且所述至少第三基因的归一化表达水平大于所述第二预定截止值时，向所述受试者施用至少一种治疗有效量的至少一种第一疗法。在一些方面，前述方法可以进一步包括当Δ 表达 大于所述第一预定截止值且所述至少第三基因的归一化表达水平小于所述第二预定截止值时，向所述受试者施用至少一种治疗有效量的至少一种第一疗法。在一些方面，前述方法可以进一步包括当Δ 表达 小于所述第一预定截止值且所述至少第三基因的归一化表达水平大于所述第二预定截止值时，向所述受试者施用至少一种治疗有效量的至少一种第一疗法。在一些方面，前述方法可以进一步包括当Δ 表达 小于所述第一预定截止值且所述至少第三基因的归一化表达水平小于所述第二预定截止值时，向所述受试者施用至少一种治疗有效量的至少一种第一疗法。
本公开提供了鉴定受试者中存在膀胱癌的方法，其包括：测定来自所述受试者的生物样品中的选自DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB的第一基因、第二基因和至少第三基因的表达水平和至少一种参考基因的表达水平；将所述至少第三基因的表达水平针对所述至少一种参考基因的表达水平归一化，以获得所述至少第三基因的归一化表达水平；测定Δ 表达 ，其中Δ 表达 是所述第一基因的表达水平和所述至少第二基因的表达水平之间的差值；将Δ 表达 与第一预定截止值进行比较；和将所述至少第三基因的归一化表达水平与第二预定截止值进行比较。
本公开提供了鉴定受试者中存在膀胱癌的方法，其包括：测定来自所述受试者的生物样品中的选自DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB的第一基因、第二基因和至少第三基因的表达水平；测定所述生物样品中的至少一种参考值；将所述至少第三基因的表达水平针对所述至少一种参考值归一化，以获得所述至少第三基因的归一化表达水平；测定Δ 表达 ，其中Δ 表达 是所述第一基因的表达水平和所述至少第二基因的表达水平之间的差值；将Δ 表达 与第一预定截止值进行比较；和将所述至少第三基因的归一化表达水平与第二预定截止值进行比较。
在一些方面，前述方法可以进一步包括当Δ 表达 大于所述第一预定截止值且所述至少第三基因的归一化表达水平大于所述第二预定截止值时，鉴定所述受试者中存在膀胱癌。在一些方面，前述方法可以进一步包括当Δ 表达 大于所述第一预定截止值且所述至少第三基因的归一化表达水平小于所述第二预定截止值时，鉴定所述受试者中存在膀胱癌。在一些方面，前述方法可以进一步包括当Δ 表达 小于所述第一预定截止值且所述至少第三基因的归一化表达水平大于所述第二预定截止值时，鉴定所述受试者中存在膀胱癌。在一些方面，前述方法可以进一步包括当Δ 表达 小于所述第一预定截止值且所述至少第三基因的归一化表达水平小于所述第二预定截止值时，鉴定所述受试者中存在膀胱癌。
在一些方面，前述方法可以进一步包括当Δ 表达 大于所述第一预定截止值且所述至少第三基因的归一化表达水平大于所述第二预定截止值时，向所述受试者施用至少一种治疗有效量的至少一种第一疗法。在一些方面，前述方法可以进一步包括当Δ 表达 大于所述第一预定截止值且所述至少第三基因的归一化表达水平小于所述第二预定截止值时，向所述受试者施用至少一种治疗有效量的至少一种第一疗法。在一些方面，前述方法可以进一步包括当Δ 表达 小于所述第一预定截止值且所述至少第三基因的归一化表达水平大于所述第二预定截止值时，向所述受试者施用至少一种治疗有效量的至少一种第一疗法。在一些方面，前述方法可以进一步包括当Δ 表达 小于所述第一预定截止值且所述至少第三基因的归一化表达水平小于所述第二预定截止值时，向所述受试者施用至少一种治疗有效量的至少一种第一疗法。
本公开提供了鉴定受试者中不存在膀胱癌的方法，其包括：测定来自所述受试者的生物样品中的选自DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB的第一基因、第二基因和至少第三基因的表达水平和至少一种参考基因的表达水平；将所述第一基因的表达水平针对所述至少一种参考基因的表达水平归一化，以获得所述第一基因的归一化表达水平；将所述第二基因的表达水平针对所述至少一种参考基因的表达水平归一化，以获得所述第二基因的归一化表达水平；将所述至少第三基因的表达水平针对所述至少一种参考基因的表达水平归一化，以获得所述至少第三基因的归一化表达水平；测定Δ 表达 ，其中Δ 表达 是所述第一基因的归一化表达水平和所述至少第二基因的归一化表达水平之间的差值；将Δ 表达 与第一预定截止值进行比较；和将所述至少第三基因的归一化表达水平与第二预定截止值进行比较。
本公开提供了鉴定受试者中不存在膀胱癌的方法，其包括：测定来自所述受试者的生物样品中的选自DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB的第一基因、第二基因和至少第三基因的表达水平；测定所述生物样品中的至少一种参考值；将所述第一基因的表达水平针对所述至少一种参考值归一化，以获得所述第一基因的归一化表达水平；将所述第二基因的表达水平针对所述至少一种参考值归一化，以获得所述第二基因的归一化表达水平；将所述至少第三基因的表达水平针对所述至少一种参考值归一化，以获得所述至少第三基因的归一化表达水平；测定Δ 表达 ，其中Δ 表达 是所述第一基因的归一化表达水平和所述至少第二基因的归一化表达水平之间的差值；将Δ 表达 与第一预定截止值进行比较；和将所述至少第三基因的归一化表达水平与第二预定截止值进行比较。
在一些方面，前述方法可以进一步包括当Δ 表达 大于所述第一预定截止值且所述至少第三基因的归一化表达水平大于所述第二预定截止值时，鉴定所述受试者中不存在膀胱癌。在一些方面，前述方法可以进一步包括当Δ 表达 大于所述第一预定截止值且所述至少第三基因的归一化表达水平小于所述第二预定截止值时，鉴定所述受试者中不存在膀胱癌。在一些方面，前述方法可以进一步包括当Δ 表达 小于所述第一预定截止值且所述至少第三基因的归一化表达水平大于所述第二预定截止值时，鉴定所述受试者中不存在膀胱癌。在一些方面，前述方法可以进一步包括当Δ 表达 小于所述第一预定截止值且所述至少第三基因的归一化表达水平小于所述第二预定截止值时，鉴定所述受试者中不存在膀胱癌。
在前述方法的一些方面，所述第一基因可以是UPK2，所述第二基因可以是OSR1，所述至少第三基因可以是KRT20，且所述至少一种参考基因可以是DHRS2。因此，本公开提供了鉴定受试者中不存在膀胱癌的方法，其包括：测定来自所述受试者的生物样品中的UPK2、OSR1和KRT20的表达水平和至少一种参考基因DHRS2的表达水平；将UPK2的表达水平针对DHRS2的表达水平归一化，以获得UPK2的归一化表达水平；将OSR1的表达水平针对DHRS2的表达水平归一化，以获得OSR1的归一化表达水平；将KRT20的表达水平针对DHRS2的表达水平归一化，以获得KRT20的归一化表达水平；测定Δ 表达 ，其中Δ 表达 是UPK2的归一化表达水平和OSR1的归一化表达水平之间的差值；和将Δ 表达 与第一预定截止值进行比较；和将KRT20的归一化表达水平与第二预定截止值进行比较；和当Δ 表达 小于所述第一预定截止值且KRT20的归一化表达水平大于所述第二预定截止值时，鉴定所述受试者中不存在膀胱癌。
本公开提供了鉴定受试者中不存在膀胱癌的方法，其包括：测定来自所述受试者的生物样品中的选自DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB的第一基因、第二基因和至少第三基因的表达水平和至少一种参考基因的表达水平；将所述至少第三基因的表达水平针对所述至少一种参考基因的表达水平归一化，以获得所述至少第三基因的归一化表达水平；测定Δ 表达 ，其中Δ 表达 是所述第一基因的表达水平和所述至少第二基因的表达水平之间的差值；将Δ 表达 与第一预定截止值进行比较；和将所述至少第三基因的归一化表达水平与第二预定截止值进行比较。
本公开提供了鉴定受试者中不存在膀胱癌的方法，其包括：测定来自所述受试者的生物样品中的选自DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB的第一基因、第二基因和至少第三基因的表达水平；测定所述生物样品中的至少一种参考值；将所述至少第三基因的表达水平针对所述至少一种参考值归一化，以获得所述至少第三基因的归一化表达水平；测定Δ 表达 ，其中Δ 表达 是所述第一基因的表达水平和所述至少第二基因的表达水平之间的差值；将Δ 表达 与第一预定截止值进行比较；和将所述至少第三基因的归一化表达水平与第二预定截止值进行比较。
在一些方面，前述方法可以进一步包括当Δ 表达 大于所述第一预定截止值且所述至少第三基因的归一化表达水平大于所述第二预定截止值时，鉴定所述受试者中不存在膀胱癌。在一些方面，前述方法可以进一步包括当Δ 表达 大于所述第一预定截止值且所述至少第三基因的归一化表达水平小于所述第二预定截止值时，鉴定所述受试者中不存在膀胱癌。在一些方面，前述方法可以进一步包括当Δ 表达 小于所述第一预定截止值且所述至少第三基因的归一化表达水平大于所述第二预定截止值时，鉴定所述受试者中不存在膀胱癌。在一些方面，前述方法可以进一步包括当Δ 表达 小于所述第一预定截止值且所述至少第三基因的归一化表达水平小于所述第二预定截止值时，鉴定所述受试者中不存在膀胱癌。
在前述方法的一些方面，所述第一基因可以是UPK2，所述第二基因可以是OSR1，所述至少第三基因可以是KRT20，且所述至少一种参考基因可以是DHRS2。因此，本公开提供了鉴定受试者中不存在膀胱癌的方法，其包括：测定来自所述受试者的生物样品中的UPK2、OSR1和KRT20的表达水平和至少一种参考基因DHRS2的表达水平；将KRT20的表达水平针对DHRS2的表达水平归一化，以获得KRT20的归一化表达水平；测定Δ 表达 ，其中Δ 表达 是UPK2的表达水平和OSR1的表达水平之间的差值；和将Δ 表达 与第一预定截止值进行比较；和将KRT20的归一化表达水平与第二预定截止值进行比较；和当Δ 表达 小于所述第一预定截止值且KRT20的归一化表达水平大于所述第二预定截止值时，鉴定所述受试者中不存在膀胱癌。
本公开提供了一种方法，其包括：在第一时间点测定来自所述受试者的生物样品中的选自DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB的至少一种基因的表达水平和至少一种参考基因的表达水平；在第二时间点测定来自所述受试者的生物样品中的所述至少一种基因的表达水平和所述至少一种参考基因的表达水平；将所述第一时间点的所述至少一种基因的表达水平针对所述第一时间点的所述至少一种参考基因的表达水平归一化，以获得所述第一时间点的所述至少一种基因的归一化表达水平；将所述第二时间点的所述至少一种基因的表达水平针对所述第二时间点的所述至少一种参考基因的表达水平归一化，以获得所述第二时间点的所述至少一种基因的归一化表达水平；和将所述第一时间点的所述至少一种基因的归一化表达水平与所述第二时间点的所述至少一种基因的归一化表达水平进行比较。
本公开提供了一种方法，其包括：在第一时间点在来自所述受试者的生物样品中测定选自DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB的至少一种基因的表达水平和测定至少一种参考值；在第二时间点测定来自所述受试者的生物样品中的所述至少一种基因的表达水平和所述至少一种参考值；将所述第一时间点的所述至少一种基因的表达水平针对所述第一时间点的所述至少一种参考值归一化，以获得所述第一时间点的所述至少一种基因的归一化表达水平；将所述第二时间点的所述至少一种基因的表达水平针对所述第二时间点的所述至少一种参考值归一化，以获得所述第二时间点的所述至少一种基因的归一化表达水平；和将所述第一时间点的所述至少一种基因的归一化表达水平与所述第二时间点的所述至少一种基因的归一化表达水平进行比较。
在前述方法的一些方面，所述第一时间点可以在向所述受试者施用至少一种第一疗法之前，且所述第二时间点可以在向所述受试者施用至少一种第一疗法之后。通过将所述第一时间点的所述至少一种基因的归一化表达水平与所述第二时间点的所述至少一种基因的归一化表达水平进行比较，可以评估所述至少一种第一疗法的效力，以确定所述受试者是否应当继续接受所述至少一种第一疗法。
在一个非限制性实例中，当所述第一时间点的所述至少一种基因的归一化表达水平大于所述第二时间点的所述至少一种基因的归一化表达水平时，可以继续向所述受试者施用所述至少一种第一疗法。在另一个非限制性实例中，当所述第一时间点的所述至少一种基因的归一化表达水平小于所述第二时间点的所述至少一种基因的归一化表达水平时，可以继续向所述受试者施用所述至少一种第一疗法。
在一个非限制性实例中，当所述第一时间点的所述至少一种基因的归一化表达水平大于所述第二时间点的所述至少一种基因的归一化表达水平时，可以中止所述至少一种第一疗法并且可以向所述受试者施用至少一种第二疗法。在另一个非限制性实例中，当所述第一时间点的所述至少一种基因的归一化表达水平小于所述第二时间点的所述至少一种基因的归一化表达水平时，可以中止所述至少一种第一疗法并且可以向所述受试者施用至少一种第二疗法。
在一些方面，前述方法可以包括测定选自以下的至少两种基因、或至少三种基因、或至少四种基因或至少五种基因、或至少六种基因、或至少七种基因、或至少八种基因、或至少九种基因、或至少十种基因、或至少11种基因、或至少12种基因、或至少13种基因、或至少14种基因、或至少15种基因、或至少16种基因的表达：DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB。
本公开提供了一种方法，其包括：在第一时间点测定来自所述受试者的生物样品中的选自DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB的至少一种基因的表达水平和至少一种参考基因的表达水平；在第二时间点测定来自所述受试者的生物样品中的所述至少一种基因的表达水平和所述至少一种参考基因的表达水平；将所述第一时间点的所述至少一种基因的表达水平针对所述第一时间点的所述至少一种参考基因的表达水平归一化，以获得所述第一时间点的所述至少一种基因的归一化表达水平；将所述第二时间点的所述至少一种基因的表达水平针对所述第二时间点的所述至少一种参考基因的表达水平归一化，以获得所述第二时间点的所述至少一种基因的归一化表达水平；测定Δ 表达 ，其中Δ 表达 是所述第一时间点的所述至少一种基因的归一化表达水平和所述第二时间点的所述至少一种基因的归一化表达水平之间的差值；和将Δ 表达 与预定截止值进行比较。
本公开提供了一种方法，其包括：在第一时间点在来自所述受试者的生物样品中测定选自DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB的至少一种基因的表达水平和测定至少一种参考值；在第二时间点测定来自所述受试者的生物样品中的所述至少一种基因的表达水平和所述至少一种参考值；将所述第一时间点的所述至少一种基因的表达水平针对所述第一时间点的所述至少一种参考值归一化，以获得所述第一时间点的所述至少一种基因的归一化表达水平；将所述第二时间点的所述至少一种基因的表达水平针对所述第二时间点的所述至少一种参考值归一化，以获得所述第二时间点的所述至少一种基因的归一化表达水平；测定Δ 表达 ，其中Δ 表达 是所述第一时间点的所述至少一种基因的归一化表达水平和所述第二时间点的所述至少一种基因的归一化表达水平之间的差值；和将Δ 表达 与预定截止值进行比较。
在前述方法的一些方面，所述第一时间点可以在向所述受试者施用至少一种第一疗法之前，且所述第二时间点可以在向所述受试者施用至少一种第一疗法之后。通过将Δ 表达 与预定截止值进行比较，可以评估所述至少一种第一疗法的效力，以确定所述受试者是否应当继续接受所述至少一种第一疗法。
在一个非限制性实例中，当Δ 表达 大于所述预定截止值时，可以继续向所述受试者施用所述至少一种第一疗法。在另一个非限制性实例中，当Δ 表达 小于所述预定截止值时，可以继续向所述受试者施用所述至少一种第一疗法。
在一个非限制性实例中，当Δ 表达 大于所述预定截止值时，可以中止所述至少一种第一疗法且可以向所述受试者施用至少一种第二疗法。在另一个非限制性实例中，当Δ 表达 大于所述预定截止值时，可以中止所述至少一种第一疗法且可以向所述受试者施用至少一种第二疗法。
在一些方面，前述方法可以包括测定选自以下的至少两种基因、或至少三种基因、或至少四种基因或至少五种基因、或至少六种基因、或至少七种基因、或至少八种基因、或至少九种基因、或至少十种基因、或至少11种基因、或至少12种基因、或至少13种基因、或至少14种基因、或至少15种基因、或至少16种基因的表达：DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB。
本公开提供了一种方法，其包括：在第一时间点测定来自所述受试者的生物样品中的选自DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB的第一基因和至少第二基因的表达水平和至少一种参考基因的表达水平；在第二时间点测定来自所述受试者的生物样品中的所述第一基因、所述至少第二基因和所述至少一种参考基因的表达水平；将所述第一时间点的所述第一基因的表达水平针对所述第一时间点的所述至少一种参考基因的表达水平归一化，以获得所述第一时间点的所述第一基因的归一化表达水平，和将所述第一时间点的所述至少第二基因的表达水平针对所述第一时间点的所述至少一种参考基因的表达水平归一化，以获得所述第一时间点的所述至少第二基因的归一化表达水平；测定Δ 表达_1 ，其中Δ 表达_1 是所述第一时间点的所述第一基因的归一化表达水平和所述第一时间点的所述至少第二基因的归一化表达水平之间的差值；将所述第二时间点的所述第一基因的表达水平针对所述第二时间点的所述至少一种参考基因的表达水平归一化，以获得所述第二时间点的所述第一基因的归一化表达水平，和将所述第二时间点的所述至少第二基因的表达水平针对所述第二时间点的所述至少一种参考基因的表达水平归一化，以获得所述第二时间点的所述至少第二基因的归一化表达水平；测定Δ 表达_2 ，其中Δ 表达_2 是所述第二时间点的所述第一基因的归一化表达水平和所述第二时间点的所述至少第二基因的归一化表达水平之间的差值；和将Δ 表达_1 与Δ 表达_2 进行比较。
本公开提供了一种方法，其包括：在第一时间点在来自所述受试者的生物样品中测定选自DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB的第一基因和至少第二基因的表达水平和测定至少一种参考值；在第二时间点测定来自所述受试者的生物样品中的所述第一基因的表达水平、所述至少第二基因的表达水平和所述至少一种参考值；将所述第一时间点的所述第一基因的表达水平针对所述第一时间点的所述至少一种参考值归一化，以获得所述第一时间点的所述第一基因的归一化表达水平，和将所述第一时间点的所述至少第二基因的表达水平针对所述第一时间点的所述至少一种参考值归一化，以获得所述第一时间点的所述至少第二基因的归一化表达水平；测定Δ 表达_1 ，其中Δ 表达_1 是所述第一时间点的所述第一基因的归一化表达水平和所述第一时间点的所述至少第二基因的归一化表达水平之间的差值；将所述第二时间点的所述第一基因的表达水平针对所述第二时间点的所述至少一种参考值归一化，以获得所述第二时间点的所述第一基因的归一化表达水平，和将所述第二时间点的所述至少第二基因的表达水平针对所述第二时间点的所述至少一种参考值归一化，以获得所述第二时间点的所述至少第二基因的归一化表达水平；测定Δ 表达_2 ，其中Δ 表达_2 是所述第二时间点的所述第一基因的归一化表达水平和所述第二时间点的所述至少第二基因的归一化表达水平之间的差值；和将Δ 表达_1 与Δ 表达_2 进行比较。
在前述方法的一些方面，所述第一时间点可以在向所述受试者施用至少一种第一疗法之前，且所述第二时间点可以在向所述受试者施用至少一种第一疗法之后。通过将Δ 表达_1 与Δ 表达_2 进行比较，可以评估所述至少一种第一疗法的效力，以确定所述受试者是否应当继续接受所述至少一种第一疗法。
在一个非限制性实例中，当Δ 表达_1 大于Δ 表达_2 时，可以继续向所述受试者施用所述至少一种第一疗法。在另一个非限制性实例中，当Δ 表达_1 小于Δ 表达_2 时，可以继续向所述受试者施用所述至少一种第一疗法。
在一个非限制性实例中，当Δ 表达_1 大于Δ 表达_2 时，可以中止所述至少一种第一疗法且可以向所述受试者施用至少一种第二疗法。在另一个非限制性实例中，当Δ 表达_1 大于Δ 表达_2 时，可以中止所述至少一种第一疗法且可以向所述受试者施用至少一种第二疗法。
本公开提供了一种方法，其包括：在第一时间点测定来自所述受试者的生物样品中的选自DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB的第一基因和至少第二基因的表达水平；在第二时间点测定来自所述受试者的生物样品中的所述第一基因和所述至少第二基因的表达水平；测定Δ 表达_1 ，其中Δ 表达_1 是所述第一时间点的所述第一基因的表达水平和所述第一时间点的所述至少第二基因的表达水平之间的差值；测定Δ 表达_2 ，其中Δ 表达_2 是所述第二时间点的所述第一基因的表达水平和所述第二时间点的所述至少第二基因的表达水平之间的差值；和将Δ 表达_1 与Δ 表达_2 进行比较。
在前述方法的一些方面，所述第一时间点可以在向所述受试者施用至少一种第一疗法之前，且所述第二时间点可以在向所述受试者施用至少一种第一疗法之后。通过将Δ 表达_1 与Δ 表达_2 进行比较，可以评估所述至少一种第一疗法的效力，以确定所述受试者是否应当继续接受所述至少一种第一疗法。
在一个非限制性实例中，当Δ 表达_1 大于Δ 表达_2 时，可以继续向所述受试者施用所述至少一种第一疗法。在另一个非限制性实例中，当Δ 表达_1 小于Δ 表达_2 时，可以继续向所述受试者施用所述至少一种第一疗法。
在一个非限制性实例中，当Δ 表达_1 大于Δ 表达_2 时，可以中止所述至少一种第一疗法且可以向所述受试者施用至少一种第二疗法。在另一个非限制性实例中，当Δ 表达_1 大于Δ 表达_2 时，可以中止所述至少一种第一疗法且可以向所述受试者施用至少一种第二疗法。
本公开提供了一种方法，其包括：在第一时间点测定来自所述受试者的生物样品中的选自DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB的第一基因和至少第二基因的表达水平和至少一种参考基因的表达水平；在第二时间点测定来自所述受试者的生物样品中的所述第一基因、所述至少第二基因和所述至少一种参考基因的表达水平；将所述第一时间点的所述第一基因的表达水平针对所述第一时间点的所述至少一种参考基因的表达水平归一化，以获得所述第一时间点的所述第一基因的归一化表达水平，和将所述第一时间点的所述至少第二基因的表达水平针对所述第一时间点的所述至少一种参考基因的表达水平归一化，以获得所述第一时间点的所述至少第二基因的归一化表达水平；测定Δ 表达_1 ，其中Δ 表达_1 是所述第一时间点的所述第一基因的归一化表达水平和所述第一时间点的所述至少第二基因的归一化表达水平之间的差值；将所述第二时间点的所述第一基因的表达水平针对所述第二时间点的所述至少一种参考基因的表达水平归一化，以获得所述第二时间点的所述第一基因的归一化表达水平，和将所述第二时间点的所述至少第二基因的表达水平针对所述第二时间点的所述至少一种参考基因的表达水平归一化，以获得所述第二时间点的所述至少第二基因的归一化表达水平；测定Δ 表达_2 ，其中Δ 表达_2 是所述第二时间点的所述第一基因的归一化表达水平和所述第二时间点的所述至少第二基因的归一化表达水平之间的差值；测定Δ Δ 表达 ，其中ΔΔ 表达 是Δ 表达_1 与Δ 表达_2 之间的差值；和将ΔΔ 表达 与预定截止值进行比较。
本公开提供了一种方法，其包括：在第一时间点在来自所述受试者的生物样品中测定选自DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB的第一基因和至少第二基因的表达水平和测定至少一种参考值；在第二时间点测定来自所述受试者的生物样品中的所述第一基因的表达水平、所述至少第二基因的表达水平和所述至少一种参考值；将所述第一时间点的所述第一基因的表达水平针对所述第一时间点的所述至少一种参考值归一化，以获得所述第一时间点的所述第一基因的归一化表达水平，和将所述第一时间点的所述至少第二基因的表达水平针对所述第一时间点的所述至少一种参考值归一化，以获得所述第一时间点的所述至少第二基因的归一化表达水平；测定Δ 表达_1 ，其中Δ 表达_1 是所述第一时间点的所述第一基因的归一化表达水平和所述第一时间点的所述至少第二基因的归一化表达水平之间的差值；将所述第二时间点的所述第一基因的表达水平针对所述第二时间点的所述至少一种参考值归一化，以获得所述第二时间点的所述第一基因的归一化表达水平，和将所述第二时间点的所述至少第二基因的表达水平针对所述第二时间点的所述至少一种参考值归一化，以获得所述第二时间点的所述至少第二基因的归一化表达水平；测定Δ 表达_2 ，其中Δ 表达_2 是所述第二时间点的所述第一基因的归一化表达水平和所述第二时间点的所述至少第二基因的归一化表达水平之间的差值；测定ΔΔ 表达 ，其中ΔΔ 表达 是Δ 表达_1 与Δ 表达_2 之间的差值；和将Δ Δ 表达 与预定截止值进行比较。
在前述方法的一些方面，所述第一时间点可以在向所述受试者施用至少一种第一疗法之前，且所述第二时间点可以在向所述受试者施用至少一种第一疗法之后。通过将Δ Δ 表达 与预定截止值进行比较，可以评估所述至少一种第一疗法的效力，以确定所述受试者是否应当继续接受所述至少一种第一疗法。
在一个非限制性实例中，当ΔΔ 表达 大于所述预定截止值时，可以继续向所述受试者施用所述至少一种第一疗法。在另一个非限制性实例中，当ΔΔ 表达 小于所述预定截止值时，可以继续向所述受试者施用所述至少一种第一疗法。
在一个非限制性实例中，当ΔΔ 表达 大于所述预定截止值时，可以中止所述至少一种第一疗法且可以向所述受试者施用至少一种第二疗法。在另一个非限制性实例中，当Δ Δ 表达 大于所述预定截止值时，可以中止所述至少一种第一疗法且可以向所述受试者施用至少一种第二疗法。
本公开提供了一种方法，其包括：在第一时间点测定来自所述受试者的生物样品中的选自DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15或HBB的第一基因和至少第二基因的表达水平；在第二时间点测定来自所述受试者的生物样品中的所述第一基因和所述至少第二基因的表达水平；测定Δ 表达_1 ，其中Δ 表达_1 是所述第一时间点的所述第一基因的表达水平和所述第一时间点的所述至少第二基因的表达水平之间的差值；测定Δ 表达_2 ，其中Δ 表达_2 是所述第二时间点的所述第一基因的表达水平和所述第二时间点的所述至少第二基因的表达水平之间的差值；测定ΔΔ 表达 ，其中ΔΔ 表达 是Δ 表达_1 与Δ 表达_2 之间的差值；和将ΔΔ 表达 与预定截止值进行比较。
在前述方法的一些方面，所述第一时间点可以在向所述受试者施用至少一种第一疗法之前，且所述第二时间点可以在向所述受试者施用至少一种第一疗法之后。通过将Δ Δ 表达 与预定截止值进行比较，可以评估所述至少一种第一疗法的效力，以确定所述受试者是否应当继续接受所述至少一种第一疗法。
在一个非限制性实例中，当ΔΔ 表达 大于所述预定截止值时，可以继续向所述受试者施用所述至少一种第一疗法。在另一个非限制性实例中，当ΔΔ 表达 小于所述预定截止值时，可以继续向所述受试者施用所述至少一种第一疗法。
在一个非限制性实例中，当ΔΔ 表达 大于所述预定截止值时，可以中止所述至少一种第一疗法且可以向所述受试者施用至少一种第二疗法。在另一个非限制性实例中，当Δ Δ 表达 大于所述预定截止值时，可以中止所述至少一种第一疗法且可以向所述受试者施用至少一种第二疗法。
在本公开的任何方法的一些方面，至少一种参考基因可以是DHRS2。在本公开的任何方法的一些方面，至少一种参考可以选自DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15和HBB。
在本公开的任何方法的一些方面，至少一种参考值可以是生物样品中的cfDNA的总浓度。因此，在本公开的任何方法的一些方面，测定至少一种参考值可以包括测定生物样品中的cfDNA的浓度。
在本公开的任何方法的一些方面，至少一种参考值可以是生物样品中的至少一种DNA分子的丰度。所述至少一种DNA分子可以包含特定序列，包括但不限于核糖体DNA或其他基因组或线粒体DNA的限定区域。因此，在本公开的任何方法的一些方面，测定至少一种参考值可以包括测定生物样品中的至少一种DNA分子的丰度。在本公开的任何方法的一些方面，至少一种参考值可以是生物样品中的至少一种RNA分子的丰度。在本公开的任何方法的一些方面，至少一种参考值可以是生物样品中的至少一种参考基因的表达水平。
在本公开的任何方法的一些方面，至少一种参考值可以是生物样品中的总微囊泡RNA浓度。因此，在本公开的任何方法的一些方面，测定至少一种参考值可以包括测定生物样品中的总微囊泡RNA浓度。
在本公开的任何方法的一些方面，至少一种参考值可以是生物样品中的微囊泡的数目。因此，在本公开的任何方法的一些方面，测定至少一种参考值可以包括测定生物样品中的微囊泡的数目。在一些方面，测定生物样品中的微囊泡的数目可以包括纳米颗粒跟踪分析。
在本公开的任何方法的一些方面，至少一种参考值可以是生物样品中的至少一种蛋白的丰度。所述至少一种蛋白可以是微囊泡相关的或与微囊泡不相关。因此，在本公开的任何方法的一些方面，测定至少一种参考值可以包括测定生物样品中的至少一种蛋白的丰度。
在本公开的任何方法的一些方面，至少一种参考值可以是生物样品中的至少一种代谢物的丰度。所述至少一种代谢物可以是微囊泡相关的或与微囊泡不相关。因此，在本公开的任何方法的一些方面，测定至少一种参考值可以包括测定生物样品中的至少一种代谢物的丰度。
在本公开的任何方法的一些方面，参考值可以是生物样品中进行的任何类型的生物学测量值，其解释了受试者之间的变异性，来自同一受试者的不同样品之间的变异性，或其任何组合。在本公开的任何方法的一些方面，参考值是与受试者的疾病状态不相关的任何类型的生物学测量值。例如，参考值与膀胱癌的存在或不存在不相关。在本公开的任何方法的一些方面，参考值是任何类型的生物学测量值，其为疾病过程本身的混杂因子。
在本公开的任何方法的一些方面，可以至少部分地基于受试者的性别来选择预定截止值。例如，用于男性受试者的预定截止值可以不同于用于女性受试者的预定截止值。在本公开的任何方法的一些方面，可以至少部分地基于受试者的种族来选择预定截止值。在一些方面，可以至少部分地基于受试者表现出的其他疾病风险因素来选择预定截止值。这些疾病风险因素可以包括但不限于疾病的家族病史，重量，在先存在的状况，种族，性别，药物使用，吸烟，液体摄入，慢性膀胱刺激，慢性膀胱感染，膀胱出生缺陷，遗传-易感性，先前的化学疗法治疗，饮食或本领域已知的任何其他疾病风险因素。
在本公开的任何方法的一些方面，膀胱癌可以是再发性膀胱癌。在本公开的任何方法的一些方面，膀胱癌可以是复发性膀胱癌。
在本公开的任何方法的一些方面，膀胱癌可以是尿路上皮癌、移行细胞癌、乳头状癌、扁平状癌、鳞状细胞癌、腺癌、肉瘤、小细胞癌或其任何组合。
在本公开的任何方法的一些方面，膀胱癌可以包括泌尿道的肿瘤，肾脏的连接输尿管的部分、输尿管和尿道的肿瘤，或其任何组合。
在本公开的任何方法的一些方面，膀胱癌可以是非侵入性膀胱癌、侵入性膀胱癌、浅表膀胱癌、非肌肉侵入性膀胱癌。
在本公开的任何方法的一些方面，所述膀胱癌可以是0a期膀胱癌、I期膀胱癌、II期膀胱癌、III期膀胱癌或IV期膀胱癌。
在本公开的任何方法的一些方面，生物样品可以包含至少一种核酸。所述至少一种核酸可以包括至少一种无细胞核酸。无细胞核酸可以包括无细胞DNA (cfDNA)、无细胞RNA (cfRNA)或cfDNA和cfRNA的组合。所述至少一种核酸可以包括至少一种微囊泡核酸。微囊泡核酸是已经从微囊泡的内部提取的核酸分子，所述微囊泡已经从真核或原核细胞的质膜脱落或出芽。微囊泡核酸分子可以从外泌体、细胞外囊泡、prostasome、dexosome、texosome、核外粒体、癌体(oncosome)、凋亡体、逆转录病毒样颗粒或人内源性逆转录病毒(HERV)颗粒。微囊泡核酸可以包括微囊泡DNA、微囊泡RNA或微囊泡DNA和微囊泡RNA的组合。在本公开的任何方法的一些方面，生物样品可以包含无细胞DNA和微囊泡RNA。
在本公开的任何方法的一些方面，可以从至少一个微囊泡提取微囊泡核酸。在本公开的任何方法的一些方面，可以从微囊泡级分提取微囊泡核酸。可以从受试者的体液样品分离微囊泡或微囊泡级分。体液可以是从受试者的身体中的任何地方(诸如例如外周部位)分离的流体，包括但不限于，例如血液、血浆、血清、尿液、痰液、脊髓液、脑脊液、胸膜液、乳头抽吸液、淋巴液、呼吸道、肠道和泌尿生殖道的流体、泪液、唾液、母乳、来自淋巴系统的流体、精液、器官内系统流体、腹水、肿瘤囊肿液、羊水和细胞培养上清液及其组合。生物样品也可以包括粪便或盲肠样品，或从其中分离的上清液。
在本公开的任何方法的一些方面，生物样品可以是已经被过滤以除去细胞和/或细胞碎片的体液。在一个非限制性实例中，生物样品可以是已经被过滤以除去细胞和/或细胞碎片的尿液。
在本公开的任何方法的一些方面，生物样品可以包含从至少一种微囊泡提取的至少一种微囊泡核酸。
在一些方面，体液样品包括尿液。在其中体液样品包括尿液的方面，所述尿液可以包含至少0.05%血液，至少0.5%血液，至少1%血液，至少1.5%血液，至少2.0%血液，至少2.5%血液，至少3.0%血液，至少3.5%血液，至少4.0%血液，至少4.5%血液，至少5.0%血液，至少5.5%血液，至少6.0%血液，至少6.5%血液，至少7.0%血液，至少7.5%血液，至少8.0%血液，至少8.5%血液，至少9.0%血液，至少9.5%血液，至少10%血液，至少20%血液，至少30%血液，至少40%血液，至少50%血液，至少60%血液，至少70%血液，至少80%血液，或至少90%血液。
在其中体液样品包括尿液的方面，所述尿液可以包含大于0.05%血液，大于0.5%血液，大于1%血液，大于1.5%血液，大于2.0%血液，大于2.5%血液，大于3.0%血液，大于3.5%血液，大于4.0%血液，大于4.5%血液，大于5.0%血液，大于5.5%血液，大于6.0%血液，大于6.5%血液，大于7.0%血液，大于7.5%血液，大于8.0%血液，大于8.5%血液，大于9.0%血液，大于9.5%血液，大于10%血液，大于20%血液，大于30%血液，大于40%血液，大于50%血液，大于60%血液，大于70%血液，大于80%血液，或大于90%血液。
在本公开的任何方法的一些方面，受试者可以具有血尿。血尿可以是肉眼血尿或显微镜下的血尿。
可以通过本文所述的任何技术或本领域已知的任何合适的技术从体液分离微囊泡和/或微囊泡级分。可以通过方法从体液分离微囊泡和/或微囊泡级分，所述方法包括过滤、大小排阻色谱、离子交换色谱、密度梯度离心、离心、差速离心、免疫吸附剂捕获、亲和纯化、亲和富集、亲和排斥微流体分离、超离心、纳米膜超滤或其任何组合。
在本公开的任何方法的一些方面，可以通过一种方法从体液分离微囊泡或微囊泡级分，所述方法包括使体液样品与至少一种亲和剂接触，所述亲和剂结合微囊泡的表面上存在的至少一种表面标志物。所述至少一种表面标志物可以选自ADAM10、CEACAM5、CEACAM6、EPCAM、ERBB2 (HER2)、FZD2、ITGA3、ITGB4、MUC1、SDC1、SLC3A2、TFRC、TNFRSF4、TNFRSF12A和TNFSF10。
在本公开的任何方法的一些方面，可以在分离至少一种微囊泡或微囊泡级分之前过滤体液。可以通过孔径为约0.1 µm，或约0.2 µm，或约0.3 µm，或约0.4 µm，或约0.5 µm，或约0.6 µm，或约0.7 µm，或约0.8 µm，或约0.9 µm，或约1.0 µm，或约1.5 µm，或约2.0 µm，或约2.5 µm，或约3.0 µm，或约3.5 µm，或约4.0 µm，或约4.5 µm，或约5.0 µm的过滤器过滤体液样品。在本公开的任何方法的一些方面，可以处理体液，使得在分离至少一种微囊泡或微囊泡级分之前除去细胞和/或细胞碎片。预处理可以包括过滤，离心或其任何组合。
在本公开的任何方法的一些方面中，预定截止值可以具有至少10%，或至少15%，或至少20%，或至少25%，或至少30%，或至少35%，或至少40%，或至少45%，或至少50%，或至少55%，或至少60%，或至少65%，或至少70%，或至少75%，或至少80%，或至少85%，或至少90%，或至少95%，或至少99%的阳性预测值。
在本公开的任何方法的一些方面，预定截止值可以具有至少10%，或至少15%，或至少20%，或至少25%，或至少30%，或至少35%，或至少40%，或至少45%，或至少50%，或至少55%，或至少60%，或至少65%，或至少70%，或至少75%，或至少80%，或至少85%，或至少90%，或至少95%，或至少99%的阴性预测值。
在本公开的任何方法的一些方面，预定截止值可以具有至少10%，或至少15%，或至少20%，或至少25%，或至少30%，或至少35%，或至少40%，或至少45%，或至少50%，或至少55%，或至少60%，或至少65%，或至少70%，或至少75%，或至少80%，或至少85%，或至少90%，或至少95%，或至少99%的灵敏度。
在本公开的任何方法的一些方面，预定截止值可以具有至少10%，或至少15%，或至少20%，或至少25%，或至少30%，或至少35%，或至少40%，或至少45%，或至少50%，或至少55%，或至少60%，或至少65%，或至少70%，或至少75%，或至少80%，或至少85%，或至少90%，或至少95%，或至少99%的特异性。
在本公开的任何方法的一些方面，受试者可以是至少10岁，或至少20岁，或至少30岁，或至少40岁，或至少50岁，或至少60岁，或至少70岁，或至少80岁或至少90岁。
在本公开的任何方法的一些方面，受试者可能先前已经被诊断具有膀胱癌，受试者可能先前已经具有膀胱癌，受试者可能先前已经针对膀胱癌进行治疗，受试者可能被怀疑具有膀胱癌或其任何组合。在本公开的任何方法的一些方面，受试者先前可以已经进行根治性膀胱切除术。
在本公开的任何方法的一些方面，至少一种疗法可以包括对受试者进行至少一种诊断程序。在本公开的任何方法的一些方面，至少一种诊断过程可以包括进行膀胱镜检查，进行超声或其任何组合。
在本公开的任何方法的一些方面，疗法可以包括手术、放射疗法、化学疗法、膀胱内疗法、抗癌疗法、免疫疗法、膀胱内免疫疗法、靶向药物疗法、膀胱内化学疗法或其任何组合。
膀胱内免疫疗法可以包括施用至少一种治疗有效量的卡介苗。
膀胱内化学疗法可以包括施用至少一种治疗有效量的丝裂霉素，施用至少一种治疗有效量的吉西他滨，施用至少一种治疗有效量的戊柔比星或其任何组合。
手术可以包括膀胱肿瘤的经尿道切除术(TURBT)，经尿道切除术(TUR)，膀胱切除术，部分膀胱切除术，根治性膀胱切除术，失禁改道(incontinent diversion)，可控尿流改道(continent diversion)，新膀胱的安装，尿道造口术或其任何组合。
化学疗法可以包括施用至少一种治疗有效量的顺铂，顺铂加氟尿嘧啶(5-FU)，丝裂霉素与5-FU，吉西他滨和顺铂的组合，甲氨蝶呤、长春花碱、多柔比星(阿霉素)和顺铂的剂量密集组合(DDMVAC)，顺铂、甲氨蝶呤和长春花碱的组合(CMV)，吉西他滨和紫杉醇的组合或其任何组合。
靶向药物疗法可以包括施用至少一种治疗有效量的成纤维细胞生长因子受体(FGFR)抑制剂。靶向药物疗法可以包括施用至少一种治疗有效量的厄达菲替尼(balversa)。
本公开的任何方法可以包括为所述受试者提供治疗推荐。治疗推荐可以包括推荐施用特定疗法，推荐进一步诊断测试，推荐特定的患者管理步骤或其任何组合。因此，本文所述的包括施用至少一种疗法的方法可以替代地包括为受试者提供治疗推荐。
在本公开的任何方法的一些方面，可以使用定量PCR (qPCR)测定基因的表达水平。定量PCR可以是定量实时PCR或半定量实时PCR。
在本公开的任何方法的一些方面，可以使用逆转录PCR (RT-PCR)测定基因的表达水平。
在本公开的任何方法的一些方面，可以使用逆转录定量PCR (qRT-PCR)测定基因的表达水平。
在其中使用定量PCR测定基因的表达水平的方面，可以通过循环阈值(Ct)值表示基因的表达水平。
在本公开的方法的一些方面，在前述方法中测定至少一种基因和至少一种参考基因的表达水平包括使用定量逆转录PCR。在其他方面，在前述方法中测定至少一种基因和至少一种参考基因的表达水平可以包括使用直接检测方法。在又另一个方面，在前述方法中测定至少一种基因和至少一种参考基因的表达水平可以包括测序。所述测序可以是高通量测序。在包括测序的方面，所述测序可以包括进行RNA-SEQ。
定义
如本文所用，“受试者”或“患者”可以是任何哺乳动物，例如，人、灵长类动物、小鼠、大鼠、狗、猫、牛、马、猪、绵羊、山羊、骆驼。在一个优选方面，所述受试者是人。受试者可以被诊断具有癌症。所述受试者可以被诊断具有脑癌。
所述样品可以是生物样品。如本领域技术人员将理解，所述样品可以包括许多物质，包括但不限于：细胞(包括原代细胞和培养的细胞系两者)和组织(包括培养的或外植的)。在多方面，将组织样品(固定或未固定)包埋，连续切片并固定至显微镜载片上。如所众所周知，一对连续切片将包括两个连续切片上都存在的至少一个细胞。位于第一连续切片上的结构和细胞类型将在相邻的连续切片上具有相似的位置。样品可以是已固定至载片上的培养的细胞或解离的细胞(固定或未固定)。
所述样品可以获得自几乎任何生物，包括多细胞生物，例如植物、真菌和动物界的生物；优选地，所述样品获得自动物，例如哺乳动物。人样品是尤其优选的。
在一些方面，前述方法用于受试者的临床评价中。如本文所用，术语“受试者的临床评价”可以包括产生这样的报告，其预测或诊断受试者中的病况，确定受试者对病况的易感性，监测受试者中的病况的治疗，诊断受试者中的治疗应答，和预测受试者中的疾病、疾病进展或对疾病的特定治疗的应答。
术语“癌症”和“癌性”是指或描述哺乳动物中特征通常为细胞生长不受调节的生理病况。此定义中包括良性和恶性癌症。癌症的实例包括但不限于癌，淋巴瘤、母细胞瘤、肉瘤和白血病。此类癌症的更具体实例包括肾上腺皮质癌，膀胱尿路上皮癌，乳腺浸润癌，子宫颈鳞状细胞癌，宫颈内腺癌，胆管癌，结肠腺癌，淋巴样肿瘤弥漫性大B-细胞淋巴瘤，食道癌，多形性胶质母细胞瘤，头颈鳞状细胞癌，嫌色细胞癌，肾脏肾透明细胞癌，肾脏肾乳头状细胞癌，急性髓细胞性白血病，脑低级神经胶质瘤，肝脏肝细胞癌，肺腺癌，肺鳞状细胞癌，间皮瘤，卵巢浆液性囊腺癌，胰腺腺癌，嗜铬细胞瘤，副神经节瘤，前列腺腺癌，直肠腺癌，肉瘤，皮肤皮肤黑色素瘤，胃腺癌，睾丸生殖细胞肿瘤，甲状腺癌，胸腺瘤，子宫癌肉瘤，葡萄膜黑色素瘤。其他实例包括乳腺癌，肺癌，淋巴瘤，黑色素瘤，肝癌，结肠直肠癌，卵巢癌，膀胱癌，肾癌或胃癌。癌症的另外实例包括神经内分泌癌，非小细胞肺癌(NSCLC)，小细胞肺癌，甲状腺癌，子宫内膜癌，胆道癌，食道癌，肛门癌，唾液腺癌，外阴癌或宫颈癌。
术语“肿瘤”是指所有赘生性(neoplastic)细胞生长和增殖，无论是恶性的还是良性的，和所有癌前(pre-cancerous)和癌性细胞和组织。术语“癌症”、“癌性”、“细胞增殖性病症”、“增殖性病症”和“肿瘤”在本文中提到时并不互相排斥。
术语“应答”或“益处”以最广义使用，并且是指任何期望的效果，且明确包括如本文所定义的临床益处。可以通过评价各种终点来测量临床益处，所述终点例如在一定程度上抑制疾病进展，包括延缓和完全阻滞；疾病事件和/或症状的数目的减少；病灶大小的降低；抑制(即降低、减缓或完全阻止)疾病细胞渗入邻近周围器官和/或组织中；抑制(即降低、减缓或完全阻止)疾病扩散；降低自身免疫应答，其可以但不必导致疾病病灶的消退或消除；在一定程度上减轻一种或多种与病症相关的症状；增加治疗后无疾病呈现、例如无进展存活的长度；增加的总体存活；较高的响应率；和/或在治疗后给定时间点时降低的死亡率。
术语“抗癌疗法”以最广义使用，并且是指本领域已知的用于治疗癌症的任何方法。抗癌疗法可以包括但不限于施用化学治疗剂，施用抗癌剂，放射治疗，免疫疗法，手术，放射疗法，靶向疗法，激素疗法和干细胞移植。抗癌疗法可以包括向受试者施用治疗有效剂量的至少一类药物。术语本发明的药物、药剂或化合物的“有效量”和“治疗有效量”意指所述药物、药剂或化合物的无毒但足以提供受试者中的期望作用、例如应答或益处的量。
抗癌剂的种类可以包括但不限于抗体。
术语“免疫疗法”可以是指活化免疫疗法或抑制免疫疗法。如本领域技术人员将理解，活化性免疫疗法是指使用诱导、增强或促进免疫应答，包括例如T细胞应答的治疗剂，而阻抑性性免疫疗法是指使用干扰、阻抑或抑制免疫应答、包括例如T细胞应答的治疗剂。免疫疗法可以包括施用抗体或抗体片段。
本文中的术语“抗体”以最广义使用，而且涵盖各种抗体结构，包括但不限于单克隆抗体，多克隆抗体，多特异性抗体(例如，双特异性抗体)，和抗体片段，只要它们表现出期望的抗原结合活性。结合靶标的抗体是指能够以足够亲和力结合靶标、使得该抗体可用作靶向靶标中的诊断剂和/或治疗剂的抗体。在一个方面，抗靶标抗体与无关的、非靶标的蛋白结合的程度小于该抗体与靶标的结合的约10%，如例如通过放射免疫测定法(RIA)或Biacore测定法所测量。在某些方面，结合靶标的抗体具有< 1 μΜ、< 100 nM、< 10 nM、< 1nM、< 0.1 nM、< 0.01 nM或< 0.001 nM(例如108 M或更少，例如108 M至1013 M，例如109 M至1013 M)的解离常数(Kd)。在某些方面，抗靶标抗体结合靶标的在不同物种间保守的表位。
“阻断性抗体”或“拮抗剂抗体”是部分或完全阻断、抑制、干扰或中和其结合的抗原的正常生物学活性的抗体。例如，拮抗剂抗体可以阻断通过免疫细胞受体(例如T细胞受体)的信号传导，从而从针对抗原刺激的功能障碍性状态恢复T细胞的功能性应答(例如增殖、细胞因子生成、靶标细胞杀伤)。
“激动剂抗体”或“活化性抗体”是模拟、促进、刺激、或增强其结合的抗原的正常生物学活性的抗体。激动剂抗体还可以通过与其结合的抗原增强或起始信号传导。在一些方面，激动剂抗体在不存在天然配体的情况下引起或活化信号传导。例如，激动剂抗体可以增加记忆T细胞增殖，增加记忆T细胞的细胞因子生成，抑制调节T细胞功能，和/或抑制效应T细胞功能(诸如效应T细胞增殖和/或细胞因子生成)的调节T细胞阻抑。
“抗体片段”是指与完整抗体不同的分子，其包含完整抗体的结合完整抗体所结合的抗原的一部分。抗体片段的实例包括但不限于Fv、Fab、Fab'、Fab'-SH、F(ab')2；双抗体；线性抗体；单链抗体分子(例如scFv)；和由抗体片段形成的多特异性抗体。
抗癌剂或化学治疗剂的类别可以包括烷基化剂、铂剂、紫杉烷类、长春花剂、抗雌激素药物、芳香酶抑制剂、卵巢抑制剂、内分泌/激素剂、双膦酸酯治疗剂和靶向生物治疗剂。
特定的抗癌剂或化学治疗剂可以包括环磷酰胺、氟尿嘧啶(或5-氟尿嘧啶或5-FU)、甲氨蝶呤、噻替派、卡铂、顺铂、紫杉烷类、紫杉醇、蛋白结合的紫杉醇、多西他赛、长春瑞滨、他莫昔芬、雷洛昔芬、托瑞米芬、氟维司群、吉西他滨、伊立替康、伊沙匹隆、替莫唑胺、托泊替康、长春新碱、长春花碱、艾瑞布林、突变霉素、卡培他滨、卡培他滨、阿那曲唑、依西美坦、来曲唑、亮丙瑞林、阿巴瑞克、布舍瑞林、戈舍瑞林、醋酸甲地孕酮、利塞膦酸盐、帕米膦酸盐、伊班膦酸盐、阿仑膦酸盐、狄诺塞麦、唑来膦酸盐、曲妥珠单抗、tykerb或贝伐单抗或其组合。
组合的抗癌或化学治疗性疗法可以包括AT：阿霉素®(多柔比星®)和Taxotere®(多西他赛)；AC：阿霉素®，Cytoxan® (环磷酰胺)；AC + Taxol®；AC + Taxotere®；CMF：Cytoxan®，甲氨蝶呤，5-氟尿嘧啶；CEF：Cytoxan®，Ellence® (表柔比星)和氟尿嘧啶；EC：Ellence®，Cytoxan®；FAC：5-氟尿嘧啶，阿霉素®和Cytoxan®；GET：Gemzar® (吉西他滨)，Ellence®和Taxol®；TC: Taxotere®，Cytoxan®；TC：Taxotere®，Paraplatin® (卡铂)；TAC:Taxotere®，阿霉素®，Cytoxan®或TCH：Taxotere®，Herceptin® (曲妥珠单抗)和Paraplatin®。用于癌症的额外组合化学治疗性疗法可以包括：Taxol®和Xeloda® (卡培他滨)；Taxotere®和Xeloda®；Taxotere®和Paraplatin®；Taxol®和Paraplatin®；Taxol®和Gemzar®；Abraxane® (蛋白结合的紫杉醇)和Xeloda®；Abraxane®和Paraplatin®；Camptosor® (伊立替康)和Temodar® (替莫唑胺)；Gemzar®和Paraplatin®或Ixempra® (伊沙匹隆)和Xeloda®。
如本文所用，“治疗(treating)”或“治疗(treat)”描述为了对抗疾病、病况或病症的目的对患者的管理和护理，并且包括施用化学疗法、免疫疗法、放射疗法或其组合以减轻疾病、病况或病症的症状或并发症或消除疾病、病况或病症。
如本文所用，术语“减轻(alleviating)”或“减轻(alleviate)”意欲描述病症的体征或症状的严重程度籍以降低的方法。重要的是，体征或症状可被减轻而不被消除。
化学治疗剂(也称为抗肿瘤剂或抗增殖剂)可以是烷化剂；抗生素；抗代谢物；解毒剂；干扰素；多克隆或单克隆抗体；EGFR抑制剂；HER2抑制剂；组蛋白脱乙酰酶抑制剂；激素；有丝分裂抑制剂；MTOR抑制剂；多激酶抑制剂；丝氨酸/苏氨酸激酶抑制剂；酪氨酸激酶抑制剂；VEGF/VEGFR抑制剂；紫杉烷或紫杉烷衍生物、芳香酶抑制剂、蒽环类、微管靶向药物、拓扑异构酶毒药、分子靶标或酶的抑制剂(例如激酶抑制剂)、胞苷类似药物或列于www.cancer.org/docroot/cdg/cdg_0.asp中的任何化学治疗剂、抗肿瘤剂或抗增殖剂。
示例性的烷化剂包括但不限于环磷酰胺(Cytoxan；Neosar)；苯丁酸氮芥(Leukeran)；美法仑(Alkeran)；卡莫司汀(BiCNU)；白消安(Busulfex)；洛莫司汀(CeeNU)；达卡巴嗪(DTIC-Dome)；奥沙利铂(Eloxatin)；卡莫司汀(Gliadel)；异环磷酰胺(Ifex)；氮芥(Mustargen)；白消安(Myleran)；卡铂(Paraplatin)；顺铂(CDDP；Platinol)；替莫唑胺(Temodar)；塞替派(Thioplex)；苯达莫司汀(Treanda)或链佐星(Zanosar)。
示例性的抗生素包括但不限于多柔比星(阿霉素)；多柔比星脂质体(Doxil)；米托蒽醌(Novantrone)；博来霉素(Blenoxane)；柔红霉素(Cerubidine)；柔红霉素脂质体(DaunoXome)；放线菌素D (Cosmegen)；表柔比星(Ellence)；伊达比星(Idamycin)；普卡霉素(Mithracin)；丝裂霉素(Mutamycin)；喷司他丁(Nipent)或戊柔比星(Valstar)。
示例性的抗代谢物包括但不限于氟尿嘧啶(Adrucil)；卡培他滨(Xeloda)；羟基脲(Hydrea)；巯基嘌呤(Purinethol)；培美曲塞(Alimta)；氟达拉滨(Fludara)；奈拉滨(Arranon)；克拉屈滨(Cladribine Novaplus)；氯法拉滨(Clolar)；阿糖胞苷(Cytosar-U)；地西他滨(Dacogen)；阿糖胞苷脂质体(DepoCyt)；羟基脲(Droxia)；普拉曲沙(Folotyn)；氟尿苷(FUDR)；吉西他滨(Gemzar)；克拉屈滨(Leustatin)；氟达拉滨(Oforta)；甲氨蝶呤(MTX；Rheumatrex)；甲氨蝶呤(Trexall)；硫鸟嘌呤(Tabloid)；TS-1或阿糖胞苷(TarabinePFS)。
示例性的解毒药包括但不限于氨磷汀(Ethyol)或美司钠(Mesnex)。
示例性的干扰素包括但不限于干扰素α-2b (Intron A)或干扰素α-2a (Roferon-A)。
示例性的多克隆或单克隆抗体包括但不限于曲妥珠单抗(Herceptin)；奥法本单抗(Arzerra)；贝伐单抗(Avastin)；利妥昔单抗(Rituxan)；西妥昔单抗(Erbitux)；帕尼单抗(Vectibix)；托西莫单抗/碘131托西莫单抗(Bexxar)；阿仑珠单抗(Campath)；ibritumomab (Zevalin；In-111；Y-90 Zevalin)；吉妥珠单抗(Mylotarg)；依库珠单抗(Soliris)；或denosumab。
示例性的EGFR抑制剂包括但不限于吉非替尼(Iressa)；拉帕替尼(Tykerb)；西妥昔单抗(Erbitux)；埃罗替尼(Tarceva)；帕尼单抗(Vectibix)；PKI-166；卡纳替尼(CI-1033)；马妥珠单抗(Emd7200)或EKB-569。
示例性的HER2抑制剂包括但不限于曲妥珠单抗(Herceptin)；拉帕替尼(Tykerb)或AC-480。
组蛋白脱乙酰酶抑制剂包括但不限于伏林司他(Zolinza)。
示例性的激素包括但不限于他莫昔芬(Soltamox；Nolvadex)；雷洛昔芬(Evista)；甲地孕酮(Megace)；亮丙立德(Lupron；Lupron Depot；Eligard；Viadur)；氟维司群(Faslodex)；来曲唑(Femara)；曲普瑞林(Trelstar LA；Trelstar Depot)；依西美坦(Aromasin)；戈舍瑞林(Zoladex)；比卡鲁胺(Casodex)；阿那曲唑(Arimidex)；氟甲睾酮(Androxy；Halotestin)；甲孕酮(Provera；Depo-Provera)；雌莫司汀(Emcyt)；氟他胺(Eulexin)；托瑞米芬(Fareston)；地加瑞克(Firmagon)；尼鲁米特(Nilandron)；阿巴瑞克(Plenaxis)或睾内酯(Teslac)。
示例性的有丝分裂抑制剂包括但不限于紫杉醇(Taxol；Onxol；Abraxane)；多西他赛(Taxotere)；长春新碱(Oncovin；Vincasar PFS)；长春碱(Velban)；依托泊苷(Toposar；Etopophos；VePesid)；替尼泊苷(Vumon)；伊沙匹隆(Ixempra)；诺考达唑；埃坡霉素；长春瑞滨(Navelbin)；喜树碱(CPT)；伊立替康(Camptosar)；托泊替康(Hycamtin)；安吖啶或层状素D (LAM-D)。
示例性的MTOR抑制剂包括但不限于依维莫司(Afinitor)或坦罗莫司(Torisel)；雷帕鸣、ridaforolimus或AP23573。
示例性的多激酶抑制剂包括但不限于索拉非尼(Nexavar)；舒尼替尼(Sutent)；BIBW 2992；E7080；Zd6474；PKC-412；motesanib或AP24534。
示例性的丝氨酸/苏氨酸激酶抑制剂包括但不限于芦波妥林；eril/easudil盐酸盐；黄酮吡多；塞利西利(CYC202；Roscovitrine)；SNS-032 (BMS-387032)；Pkc412；苔藓抑素；KAI-9803；SF1126；VX-680；Azd1152；Arry-142886 (AZD-6244)；SCIO-469；GW681323；CC-401；CEP-1347或PD 332991。
示例性的酪氨酸激酶抑制剂包括但不限于埃罗替尼(Tarceva)；吉非替尼(Iressa)；伊马替尼(Gleevec)；索拉非尼(Nexavar)；舒尼替尼(Sutent)；曲妥珠单抗(Herceptin)；贝伐单抗(Avastin)；利妥昔单抗(Rituxan)；拉帕替尼(Tykerb)；西妥昔单抗(Erbitux)；帕尼单抗(Vectibix)；依维莫司(Afinitor)；阿仑珠单抗(Campath)；吉妥珠单抗(Mylotarg)；坦罗莫司(Torisel)；帕唑帕尼(Votrient)；达沙替尼(Sprycel)；尼洛替尼(Tasigna)；伐他拉尼(Ptk787；ZK222584)；CEP-701；SU5614；MLN518；XL999；VX-322；Azd0530；BMS-354825；SKI-606 CP-690；AG-490；WHI-P154；WHI-P131；AC-220或AMG888。
示例性的VEGF/VEGFR抑制剂包括但不限于贝伐单抗(Avastin)；索拉非尼(Nexavar)；舒尼替尼(Sutent)；雷珠单抗；倍加他尼或凡德他尼(vandetinib)。
示例性的微管靶向药物包括但不限于紫杉醇、多西他赛、长春新碱、长春碱(vinblastin)、诺考达唑、埃坡霉素和诺维本。
示例性的拓扑异构酶毒药包括但不限于替尼泊苷、依托泊苷、阿霉素、喜树碱、柔红霉素、放线菌素D、米托蒽醌、安吖啶、表柔比星和伊达比星。
示例性的紫杉烷或紫杉烷衍生物包括但不限于紫杉醇和多西他赛。
示例性的通用化学治疗剂、抗肿瘤剂、抗增殖剂包括但不限于六甲蜜胺(Hexalen)；异维A酸(Accutane；Amnesteem；Claravis；Sotret)；维A酸(Vesanoid)；阿扎胞苷(Vidaza)；硼替佐米(Velcade)；天冬酰胺酶(Elspar)；左旋咪唑(Ergamisol)；米托坦(Lysodren)；丙卡巴肼(Matulane)；培门冬酶(Oncaspar)；地尼白介素-毒素连接物(Ontak)；卟吩姆(Photofrin)；阿地白介素(Proleukin)；来那度胺(Revlimid)；贝沙罗汀(Targretin)；沙利度胺(Thalomid)；坦罗莫司(Torisel)；三氧化二砷(Trisenox)；维替泊芬(Visudyne)；含羞草碱(Leucenol)；(1M替加氟-0.4 M 5-氯-2,4-二羟基嘧啶-1 M氧嗪酸钾)或洛伐他汀。
示例性的激酶抑制剂包括但不限于贝伐单抗(靶向VEGF)、BIBW 2992 (靶向EGFR和Erb2)、西妥昔单抗/爱必妥(靶向Erb1)、伊马替尼/格列卫(Gleevic) (靶向Bcr-Abl)、曲妥珠单抗(靶向Erb2)、吉非替尼/易瑞沙(靶向EGFR)、雷珠单抗(靶向VEGF)、倍加他尼(靶向VEGF)、埃罗替尼/它赛瓦(靶向Erb1)、尼洛替尼(靶向Bcr-Abl)、拉帕替尼(靶向Erb1和Erb2/Her2)、GW-572016/托西拉帕替尼(靶向HER2/Erb2)、帕尼单抗/Vectibix (靶向EGFR)、凡德他尼(靶向RET/VEGFR)、E7080 (多靶标，包括RET和VEGFR)、赫赛汀(靶向HER2/Erb2)、PKI-166 (靶向EGFR)、卡纳替尼/CI-1033 (靶向EGFR)、舒尼替尼/SU-11464/Sutent(靶向EGFR和FLT3)、马妥珠单抗/Emd7200 (靶向EGFR)、EKB-569 (靶向EGFR)、Zd6474 (靶向EGFR和VEGFR)、PKC-412 (靶向VEGR和FLT3)、伐他拉尼/Ptk787/ZK222584 (靶向VEGR)、CEP-701 (靶向FLT3)、SU5614 (靶向FLT3)、MLN518 (靶向FLT3)、XL999 (靶向FLT3)、VX-322 (靶向FLT3)、Azd0530 (靶向SRC)、BMS-354825 (靶向SRC)、SKI-606 (靶向SRC)、CP-690 (靶向JAK)、AG-490 (靶向JAK)、WHI-P154 (靶向JAK)、WHI-P131 (靶向JAK)、索拉非尼/Nexavar (靶向RAF激酶、VEGFR-1、VEGFR-2、VEGFR-3、PDGFR-β、KIT、FLT-3,和RET)、达沙替尼/Sprycel (BCR/ABL和Src)、AC-220 (靶向Flt3)、AC-480 (靶向所有HER蛋白，“panHER”)、Motesanib diphosphate (靶向VEGF1-3、PDGFR和c-kit)、地舒单抗(靶向RANKL，抑制SRC)、AMG888 (靶向HER3)和AP24534 (多靶标，包括Flt3)。
示例性的丝氨酸/苏氨酸激酶抑制剂包括但不限于雷帕鸣(靶向mTOR/FRAP1)、Deforolimus (靶向mTOR)、Certican/依维莫司(靶向mTOR/FRAP1)、AP23573 (靶向mTOR/FRAP1)、依立卢/盐酸法舒地尔(靶向RHO)、黄酮吡多(靶向CDK)、塞利西利/CYC202/Roscovitrine (靶向CDK)、SNS-032/BMS-387032 (靶向CDK)、芦波妥林(靶向PKC)、Pkc412(靶向PKC)、苔藓抑素(靶向PKC)、KAI-9803 (靶向PKC)、SF1126 (靶向PI3K)、VX-680 (靶向Aurora激酶)、Azd1152 (靶向Aurora激酶)、Arry-142886/AZD-6244 (靶向MAP/MEK)、SCIO-469 (靶向MAP/MEK)、GW681323 (靶向MAP/MEK)、CC-401 (靶向JNK)、CEP-1347 (靶向JNK)和PD 332991 (靶向CDK)。
通用方法
测定基因表达水平
在本公开的方法中，可以使用本领域已知的任何方法来测量基因的表达水平。这些方法包括但不限于测序、直接检测和基于扩增的方法。
在用直接检测方法的方面，在不进行扩增步骤下直接分析提取的核酸，包括DNA和/或RNA。可以用不同的方法进行直接分析，所述方法包括，但不限于，NanoString技术。NanoString技术通过将颜色编码的荧光报告子附接至每个靶标分子而使得能够鉴定和定量生物样品中的单个靶标分子。这些方法描述于Geiss等人(参见Geiss等人 Nature Biotechnology, 2008, 26(3): 317-325)，其通过引用并入本文。
在其它方面，在对其分析前对微囊泡的核酸进行扩增可能是有益的或者另外是期望的。核酸扩增的方法是本领域是常用的并且通常是已知的。如果期望，可以进行扩增，使得其为定量的。定量扩增将允许定量测定各种核酸的相对量以生成概况。
在一个实施方案中，提取的核酸是RNA。然后，在进一步扩增之前，RNA分子优选被逆转录成互补DNA。这种逆转录可以单独进行，或者可以与扩增步骤组合进行。组合逆转录和扩增步骤的方法的一个实例是逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)，其可以进一步改良为定量的，例如，如美国专利号5,639,606(其对于其教导通过引用并入本文)中所述的定量RT-PCR。
核酸扩增方法包括，但不限于，聚合酶链式反应(PCR)(美国专利号5,219,727)及其变体，诸如原位聚合酶链式反应(美国专利号5,538,871)、定量聚合酶链式反应(美国专利号5,219,727)、巢式聚合酶链式反应(美国专利号5,556,773)、自主序列复制及其变体(Guatelli等人，1990)、转录扩增系统及其变体(Kwoh等人，1989)、Qb复制酶及其变体(Miele等人，1983)、冷-PCR(Li等人，2008)或任何其他核酸扩增方法，随后使用本领域技术人员众所周知的技术检测扩增的分子。如果核酸分子以非常低的数目存在，则特别有用的是设计用于检测此类分子的那些检测方案。以上参考文献对于其对这些方法的教导通过引用并入本文。
微囊泡中存在的核酸的分析是定量和/或定性的。对于定量分析，用本领域已知的方法(下文所述)测量微囊泡内的特定目标核酸的量(表达水平)(相对的或绝对的)。对于定性分析，用本领域已知的方法(下文描述)鉴定微囊泡内的特定目标核酸的种类(野生型或变体)。
测序方法可以包括但不限于RNA-seq。在一些方面，RNA-seq包括逆转录至少一种RNA分子以产生至少一种双链互补DNA分子(dscDNA)。可以使用本领域已知的用于创建dscDNA文库的方法。RNA-seq可以进一步包括将测序衔接子附加至至少一种dscDNA分子，随后进行扩增，且最后进行测序。可以使用本领域已知的测序方法，包括边合成边测序。可以使用本领域已知的各种RNA-seq方法。使用RNA-seq方法获得的碱基丰度可以作为读取计数进行测量，并使用本领域已知的方法进行归一化(例如Love, MI, Huber W,和Anders, S,“Moderated estimation of fold change and dispersion for RNA-seq data withDESeq2”, Genome Biology, 2015 15:500，其通过引用并入本文)。基因丰度也可以以每百万读数(RPM)或每百万转录物数(TPM)报告。
在一些方面，进行“下一代”测序(NGS)或高通量测序实验。这些测序技术允许鉴定样品中以低或高丰度存在或者以其他方式通过更常规杂交方法或定量PCR方法无法检测到的的核酸。NGS通常并入核苷酸的添加，随后进行洗涤步骤。
意欲用于哺乳动物RNA和非常低的输入RNA的保留链信息的市售的总RNA测序的试剂盒在这方面是有用的，且包括但不限于Clontech：SMARTer链式总RNASeq试剂盒；Clontech：SMARTSeq v4超低输入RNASeq试剂盒；Illumina：Truseq链式总RNA文库制备试剂盒；Kapa Biosystems：Kapa链式RNASeq文库制备试剂盒；New England Biolabs：NEBNext超定向文库制备试剂盒；Nugen：Ovation Solo RNASeq试剂盒；和Nugen：Nugen OvationRNASeq系统v2。
本公开的方法可以使用参考基因来将其他基因和生物标志物的测量的丰度归一化。归一化可用于控制实验变异，以便于来自不同样品的测量值之间的更准确的比较。在非限制性实例中，分析来自第一患者的第一样品和来自第二患者的第二样品。来自第一患者的第一样品可以比来自第二患者的第二样品更浓缩，意味着从第一样品提取的核酸比从第二样品提取的核酸更多。因此，如果在两个样品中测量特定基因的表达水平，则该基因的表达水平将在第一样品中显得比第二样品中更高，仅仅是因为第一样品中存在更多的核酸分子。为了更准确地在两个样品之间进行比较，可以将两个测量的表达水平进行归一化。
归一化还可以用于控制不想要的生物学变异。在非限制性实例中，生物学变异可以由患者或样品收集的与本公开的方法不相关的一些特征(诸如由于高血压或低血压导致的血液外泌体浓度，通过在一天的不同时间收集样品产生的变异，和由患者年龄或患者性别导致的变异)导致。
在本公开的方法中，可以使用本领域已知的方法将特定基因的测量的表达水平归一化。在非限制性实例中，可以通过将测量的目标基因的表达水平除以参考基因来实现归一化。有用的参考基因是在各种不同样品和患者间显示其表达水平的低变异的基因。例如，有用的参考基因将在源自具有癌症的受试者的样品中和源自没有癌症的受试者的样品中显示相同的表达水平。在另一个实例中，有用的参考基因将在用抗癌疗法治疗之前源自具有癌症的受试者的样品中和在用抗癌疗法治疗之后源自具有癌症的受试者的样品中显示相同的表达水平。表达水平的变异可以通过本领域已知的不同方法定量。例如，可以通过计算一组不同样品间的特定基因的表达水平的变异系数来定量基因的表达水平的变异。
微囊泡的分离
本领域中已描述了从生物样品分离微囊泡的几种方法。例如，Raposo等人的论文(Raposo等人, 1996)，Skog等人的论文(Skog等人, 2008)和Nilsson等人的论文(Nilsson等人, 2009)中描述了差速离心的方法。美国专利号6,899,863和6,812,023中描述了离子交换和/或凝胶渗透色谱的方法。美国专利号7,198,923中描述了蔗糖密度梯度或细胞器电泳的方法。Taylor和Gercel Taylor的论文(Taylor和Gercel-Taylor, 2008)中描述了磁性活化细胞分选(MACS)的方法。Cheruvanky等人的论文(Cheruvanky等人, 2007)中描述了纳米膜超滤浓缩的方法。Miranda等人的出版物(Miranda等人, 2010)中描述了Percoll梯度分离的方法。此外，微囊泡可以通过微流体装置从受试者的体液鉴定和分离(Chen等人,2010)。在核酸生物标志物的研究和开发以及商业应用中，期望以一致、可靠和实用的方式从生物样品提取高质量核酸。
在一些方面，样品分离和分析技术涵盖在例如WO 2014/107571和WO 2016/007755(其各自以其整体通过引用并入本文)中描述的被称为EXO50和/或EXO52的方法。还考虑各自以商标EXOLUTIONTM、EXOLUTION PLUSTM、EXOLUTIONTM UPREP、EXOLUTION HTTM、UPREPTM、EXOEASYTM、EXORNEASYTM得自Exosome Diagnostics, Inc.的市售液体活检平台以及各自得自QIAamp Circulating Nucleic Acids Kit，DNeasy Blood & Tissue Kits，AllPrepDNA/RNA Mini Kit和AllPrep DNA/RNA/Protein Mini Kit。
用于进一步纯化具有本文所述的相关核酸的细胞外囊泡的外泌体的分离方法还包括：1)超速离心，其经常与蔗糖密度梯度或蔗糖垫组合以使相对低密度外泌体漂浮。通过依次差速离心与蔗糖梯度超速离心的组合分离外泌体，可以提供外泌体的高度富集。2)使用选自聚乙二醇、右旋糖酐、硫酸右旋糖酐、乙酸右旋糖酐、聚乙烯醇、聚乙酸乙烯酯或聚硫酸乙烯酯的体积排除聚合物；且其中所述体积排除聚合物的分子量为1000至35000道尔顿，其与添加的0-1M的氯化钠结合进行。3)大小排阻色谱法，例如SephadexTM G200柱基质。4)使用顺磁珠粒(包括免疫沉淀)，例如通过使用针对表面抗原(包括但不限于EpCAM、CD326、KSA、TROP1)的抗体，进行选择性免疫亲和或基于电荷的捕获。选择抗体可以与顺磁性微珠缀合。5)用离液剂、诸如硫氰酸胍直接沉淀。
微囊泡的分离可以经由作为捕获表面的膜实现，尽管应当理解，捕获表面的形式，例如珠粒或过滤器(本文中也称为膜)，不影响本文提供的方法从生物样品有效捕获细胞外囊泡的能力。
在其中捕获表面为膜的方面，用于从生物样品分离细胞外囊泡级分的装置含有至少一个膜。在一些方面，该装置包括一、二、三、四、五或六个膜。在一些方面，该装置包括三个膜。在其中该装置包括多于一个膜的方面，所述膜全部在柱的一端彼此直接相邻。在其中该装置包括多于一个膜的方面，膜都是彼此相同的，即具有相同的电荷和/或具有相同的官能团。
应当注意的是，通过比细胞外囊泡更小的孔径过滤捕获并不是通过本文提供的方法的主要捕获机制。然而，过滤器孔径不过是非常重要的，例如因为mRNA变得卡在20 nm过滤器上，并且无法被回收，而微RNA可以容易被洗脱掉，且例如因为过滤器孔径是可用表面捕获区域中的重要参数。
本文提供的方法使用通过各种捕获表面中的任一种分离的样品。在一些方面，捕获表面是膜，本文中也称为过滤器或膜过滤器。在一些方面，捕获表面是市售的膜。在一些方面，捕获表面是带电荷的市售膜。在一些方面，捕获表面是中性的。在一些方面，捕获表面选自来自PALL Corporation的Mustang®离子交换膜；来自Sartorius AG的Vivapure ® Q膜；Sartobind Q或Vivapure® Q Maxi H; 来自Sartorius AG的Sartobind ® D；来自Sartorius AG的Sartobind (S)；来自Sartorius AG 的Sartobind ® Q；来自SartoriusAG的Sartobind ® IDA；来自Sartorius AG 的Sartobind® Aldehyde；来自Sigma的Whatman® DE81；来自EMD Millipore 的快速捕获病毒纯化柱；Thermo Scientific*Pierce强阳离子和阴离子交换旋转柱。
在其中捕获表面带电荷的方面，捕获表面可以是选自以下的带电荷过滤器：0.65um带正电荷的Q PES真空过滤器(Millipore)、3-5um带正电荷的Q RC旋转柱过滤器(Sartorius)、0.8um带正电荷的Q PES自制旋转柱过滤器(Pall)、0.8um带正电荷的Q PES注射器过滤器(Pall)、0.8um带负电荷的S PES自制旋转柱过滤器(Pall)、0.8um带负电荷的SPES注射器过滤器(Pall)和50 nm带负电荷的尼龙注射器过滤器(Sterlitech)。在一些方面，带电荷的过滤器不容纳在注射过滤装置中，因为在这些方面，核酸可能更难从过滤器除去。在一些方面，带电荷过滤器容纳于柱的一端。
在其中捕获表面为膜的方面，所述膜可以由各种合适的材料制成。在一些方面，所述膜是聚醚砜(PES)(例如，来自Millipore或PALL Corp.)。在一些方面，所述膜是再生纤维素(RC)(例如，来自Sartorius或Pierce)。
在一些方面，捕获表面是带正电荷的膜。在一些方面，捕获表面是Q膜，其为带正电荷的膜，并且是具有季胺的阴离子交换器。例如，Q膜被季铵盐R-CH2-N+(CH3)3官能化。在一些方面，捕获表面是带负电荷的膜。在一些方面，捕获表面是S膜，其为带负电荷的膜，并且是具有磺酸基的阳离子交换器。例如，S膜被磺酸R-CH2-SO3-官能化。在一些方面，捕获表面是D膜，其为具有二乙胺基R-CH2-NH+(C2H5)2的弱碱性阴离子交换器。在一些方面，捕获表面是金属螯合膜。例如，该膜是用氨基二乙酸-N(CH2COOH-)2官能化的IDA膜。在一些方面，捕获表面是用醛基-CHO官能化的微孔膜。在其他方面，该膜是具有二乙基氨基乙基(DEAE)纤维素的弱碱性阴离子交换器。并不是所有带电荷膜都适用于本文提供的方法，例如，使用Sartorius Vispure S膜旋转柱分离的RNA显示RT-qPCR抑制作用，且因此不适合用于PCR相关的下游检测。
在其中捕获表面带电荷的方面，细胞外囊泡可以用带正电荷的过滤器分离。
在其中捕获表面带电荷的方面，细胞外囊泡捕获期间的pH为pH≤7。在一些方面，pH大于4并且小于或等于8。
在其中捕获表面是带正电荷的Q过滤器的方面，所述缓冲系统包括洗涤缓冲液，其包含250mM Bis Tris丙烷，pH 6.5-7.0。在其中捕获表面是带正电荷的Q过滤器的方面，裂解缓冲液是基于GTC的试剂。在其中捕获表面是带正电荷的Q过滤器的方面，裂解缓冲液以一个体积存在。在其中捕获表面是带正电荷的Q过滤器的方面，裂解缓冲液以大于一个体积存在。
根据膜材料，膜的孔径范围为3µm至20 nm。例如，在其中捕获表面是市售的PES膜的方面，所述膜具有20nm (Exomir)、0.65 µm (Millipore)或0.8 µm (Pall)的孔径。在其中捕获表面是市售的PES膜的方面，所述膜具有3-5 μm的范围内的孔径(Sartorius,Pierce)。
捕获表面的表面电荷可以是正的，负的，或中性的。在一些方面，捕获表面是一个或多个带正电荷的珠粒。
在一些方面，在从生物样品分离微囊泡和提取核酸(例如DNA和/或DNA和RNA)之前，没有对样品进行预处理。
在一些方面，在进行细胞外囊泡的分离、纯化或富集之前，对样品进行预处理步骤，以除去生物样品中存在的大的不想要的颗粒、细胞和/或细胞碎片和其他污染物。预处理步骤可以通过一个或多个离心步骤(例如，差速离心)或一个或多个过滤步骤(例如，超滤)或其组合来实现。
在进行多于一个离心预处理步骤的情况下，生物样品可以首先以较低的速度离心，且然后以较高的速度离心。如果期望，可以实施进一步合适的离心预处理步骤。或者，除了一个或多个离心预处理步骤之外，也可以过滤生物样品。例如，生物样品可以首先以20000g离心1小时，以除去大的不想要的颗粒；然后可以过滤样品，例如，通过0.8µm过滤器进行过滤。
在一些方面，将样品预过滤以排除大于0.8µm的颗粒。在一些方面，样品包括添加剂诸如EDTA、柠檬酸钠和/或柠檬酸盐-磷酸盐-右旋糖。在一些方面，所述样品不含肝素，因为肝素可以负面影响RT-qPCR和其他核酸分析。在一些方面，在纯化和/或核酸分离和/或提取之前，将样品与缓冲液混合。在一些方面，所述缓冲液是结合缓冲液。
在一些方面，在使生物样品与捕获表面接触之前或之后进行一个或多个离心步骤，以分离细胞外囊泡并浓缩从生物级分分离的细胞外囊泡。为了除去大的不想要的颗粒、细胞和/或细胞碎片，可以将样品以约100-500g、例如在一些方面约250-300g的低速离心。可替代地或另外，所述样品可以以更高速度离心。合适的离心速度最高达约200,000g；例如，约2,000g至小于约200,000g。在一些方面，使用高于约15,000g且小于约200,000g或高于约15,000g且小于约100,000g或高于约15,000g且小于约50,000g的速度。约18,000g至约40,000g或约30,000g；和约18,000g至约25,000g的速度是更优选的。在一些方面，约20,000g的离心速度。通常，离心的合适时间是约5分钟至约2小时，例如约10分钟至约1.5小时，或约15分钟至约1小时。可以使用约0.5小时的时间。在一些方面，使生物样品进行以约20,000g离心约0.5小时有时是有用的。然而，上述速度和时间可以合适地以任何组合(例如，约18,000g至约25,000g，或约30,000g至约40,000g，持续约10分钟至约1.5小时，或约15分钟至约1小时，或约0.5小时，等等)使用。一个或多个离心步骤可以在低于环境温度实施，例如在约0-10℃、例如约1-5℃、例如约3℃或约4℃实施。
在一些方面，在使生物样品与捕获表面接触之前或之后进行一个或多个过滤步骤。例如，可以采用大小在约0.1至约1.0µm范围内(例如，约0.8µm或0.22µm)的过滤器。还可以使用孔隙率渐降的过滤器用连续过滤进行。
在一些方面，在使生物样品与捕获表面接触之前或之后进行一个或多个浓缩步骤，以减少待在色谱阶段期间处理的样品的体积。浓缩可通过以高速(例如10000至100000g)离心样品，以引起细胞外囊泡的沉降。这可以由一系列差速离心组成。所获得的沉淀中的细胞外囊泡可以用较小的体积且在合适的缓冲液中重构用于该过程的后续步骤。浓缩步骤也可以通过超滤进行。事实上，这种超滤既浓缩生物样品，又进行细胞外囊泡级分的额外纯化。在另一个实施方案中，过滤是超滤，例如切向流超滤。切向流超滤由以下组成：在由确定截止阈值的膜分隔的两个隔室(滤出液和保留液)之间浓缩和分级分离溶液。分离通过在保留液隔室中施加流动和在该隔室和滤出液隔室之间施加跨膜压力来实施。不同的系统可以用来进行超滤，诸如螺旋膜(Millipore, Amicon)、扁平膜或中空纤维(Amicon,Millipore, Sartorius, Pall, GF, Sepracor)。在本发明的范围内，使用截止阈值低于1000 kDa、例如在一些方面在100 kDa和1000 kDa之间或者例如在一些方面在100 kDa和600 kDa之间的膜是有利的。
在一些方面，在使生物样品与捕获表面接触之前或之后进行一个或多个大小排除色谱步骤或凝胶渗透色谱步骤。在一些方面，为了进行凝胶渗透色谱步骤，使用选自二氧化硅、丙烯酰胺、琼脂糖、葡聚糖、乙二醇-甲基丙烯酸酯共聚物或其混合物(例如琼脂糖-葡聚糖混合物)的支持物。例如，此类支持物包括但不限于：SUPERDEX® 200HR (Pharmacia)、TSK G6000 (TosoHaas) 或 SEPHACRYL® S (Pharmacia)。
在一些方面，在使生物样品与捕获表面接触之前或之后进行一个或多个亲和色谱步骤。一些细胞外囊泡也可以通过某些表面分子来表征。因为微囊泡是从细胞质膜的出芽形成的，因此这些微囊泡通常共有它们起源的细胞上发现的许多相同的表面分子。如本文所用，“表面分子”共同是指在微囊泡的表面上或微囊泡的膜中或膜上的抗原、蛋白、脂质、碳水化合物和标志物。这些表面分子可以包括，例如，受体、肿瘤相关抗原、膜蛋白修饰(例如糖基化结构)。例如，从肿瘤细胞出芽的微囊泡经常在其细胞表面上展示肿瘤相关抗原。因此，亲和色谱或亲和排阻色谱也可以与本文提供的方法组合使用，以从特定供体细胞类型分离、鉴定和/或富集特定的微囊泡群体(Al-Nedawi等人, 2008; Taylor和Gercel-Taylor, 2008)。例如，肿瘤(恶性或非恶性)微囊泡携带肿瘤相关表面抗原，并且可以经由这些特定的肿瘤相关表面抗原检测、分离和/或富集。在一个实例中，所述表面抗原是上皮细胞粘附分子(EpCAM)，其对于来自肺、结肠直肠、乳腺、前列腺、头颈和肝来源的癌的微囊泡是特异性的，而对来自血液细胞来源的癌的微囊泡不是特异性的(Balzar等人, 1999；Went等人, 2004)。此外，肿瘤特异性微囊泡还可以通过某些表面标志物(诸如CD80和CD86)的缺乏来表征。在这些情况下，例如通过亲和排阻色谱，可以排除具有这些标志物的微囊泡用于进一步分析肿瘤特异性标志物。例如，可以通过使用不同的支持物、树脂、珠粒、抗体、适体、适体类似物、分子印迹聚合物或本领域已知的特异性靶向微囊泡上的期望的表面分子的其它分子，实现亲和色谱。
核酸的提取
从生物样品分离细胞外囊泡之后，可以从分离的或富集的细胞外囊泡级分提取核酸。为了实现这一点，可以首先裂解细胞外囊泡。细胞外囊泡的裂解和核酸的提取可以用本领域已知的各种方法(包括在PCT公开号WO 2016/007755和WO 2014/107571 (其各自的内容在此以其整体通过引用并入)中描述的那些)来实现。可以根据本领域已知的标准程序和技术，使用蛋白沉淀来实现核酸提取。此类方法也可以利用核酸结合柱来捕获细胞外囊泡内含有的核酸。一旦结合，然后就可以使用适合于破坏核酸和结合柱之间的相互作用的缓冲液或溶液洗脱核酸，由此洗脱核酸。
外泌体来源的核酸可以单独或作为RNA和DNA的混合物包括RNA或DNA。外泌体来源的核酸可以包括包含在外泌体内或与外泌体的外表面结合的物质。DNA组分可以是外泌体或其他无细胞来源(cfDNA)。
在利用细胞外囊泡级分的情况下，使用以下通用程序从样品分离和提取核酸，例如DNA和/或DNA和至少包括RNA的核酸。首先，使样品中的核酸，例如DNA和/或DNA和细胞外囊泡级分，结合至捕获表面，诸如滤膜，并洗涤捕获表面。然后，使用洗脱试剂以进行膜上裂解并释放核酸，例如DNA和/或DNA和RNA，由此形成洗脱液。然后使洗脱液与包括过渡金属和缓冲剂的蛋白沉淀缓冲液接触。cfDNA和/或DNA和核酸至少包括来自细胞外囊泡的RNA，然后使用任何各种本领域公认的技术，诸如例如结合至硅胶柱、随后进行洗涤和洗脱，从蛋白沉淀的洗脱液分离。
所述洗脱缓冲液可以包含变性剂、去垢剂、缓冲物质和/或其组合以维持定义的溶液pH。洗脱缓冲液可以包括强变性剂，或者甚至强变性剂和还原剂。
在一些方面，在细胞外囊泡分离和/或核酸提取之前，可以将一种或多种对照颗粒或一种或多种核酸添加至样品中，以充当内部对照，以评估细胞外囊泡纯化和/或核酸提取的效率或质量。本文所描述的方法提供了有效的分离和对照核酸连同细胞外囊泡级分。这些对照核酸包括一种或多种来自Q-β噬菌体的核酸、一种或多种来自病毒颗粒的核酸或任何其它对照核酸(例如，至少一种对照靶标基因)，其可以是天然存在的，或通过重组DNA技术工程改造。在一些方面，对照核酸的量在添加至样品之前是已知的。可以使用实时PCR分析定量对照靶标基因。对照靶标基因的定量可用于确定细胞外囊泡纯化或核酸提取过程的效率或质量。
在一些方面，所述对照核酸是来自Q-β噬菌体的核酸，本文中被称为“Q-β对照核酸”。本文描述的方法中使用的Q-β对照核酸可以是天然存在的病毒对照核酸或者可以是重组或工程改造的对照核酸。Q-β是光滑病毒科的一个成员，其特征在于线性的单链RNA基因组，其由3种编码四种病毒蛋白的基因组成：外壳蛋白、成熟蛋白、裂解蛋白和RNA复制酶。当Q-β颗粒本身用作对照时，由于其大小类似于平均的细胞外囊泡，因此可以容易地使用如本文所述的用于分离细胞外囊泡的相同纯化方法从生物样品纯化Q-β。此外，Q-β病毒单链基因结构的低复杂度有利于其用作基于扩增的核酸测定中的对照。Q-β颗粒含有对照靶标基因或对照靶标序列，其待检测或测量用于定量样品中的Q-β颗粒的量。例如，对照靶标基因是Q-β外壳蛋白基因。当Q-β颗粒本身用作对照时，在向生物样品中添加Q-β颗粒后，使用本文所述的提取方法，将来自Q-β颗粒的核酸与来自生物样品的核酸一起提取。当将来自Q-β的核酸、例如来自Q-β的RNA用作对照时，使用本文所述的提取方法，将Q-β核酸与来自生物样品的核酸一起提取。Q-β对照靶标基因的检测可以通过RT-PCR分析测定，例如，与目标生物标志物同时测定。对照靶标基因的10倍稀释物的至少2、3或4种已知浓度的标准曲线可以用来测定拷贝数。可以比较检测到的拷贝数和添加的Q-β颗粒的数目或检测到的拷贝数和添加的Q-β核酸(例如，Q-β RNA)的数目以检测分离和/或提取过程的质量。
在一些方面，将50、100、150、200、250、300、350、400、450、500、1000或5000个拷贝的Q-β颗粒或Q-β核酸(例如，Q-β RNA)添加至体液样品中。在一些方面，将100个拷贝的Q-β颗粒或Q-β核酸(例如，Q-β RNA)添加至体液样品中。当Q-β颗粒本身用作对照时，可以基于Q-β噬菌体感染靶标细胞的能力来计算Q-β颗粒的拷贝数。因此，Q-β颗粒的拷贝数与Q-β噬菌体的菌落形成单位有关。
任选地，可以在细胞外囊泡分离或核酸提取之前将对照颗粒添加至样品中以充当内部对照，以评估细胞外囊泡纯化和/或核酸提取的效率或质量。本文描述的方法提供了有效的分离和对照颗粒连同细胞外囊泡级分。这些对照颗粒包括Q-β噬菌体、病毒颗粒或含有对照核酸(例如，至少一种对照靶标基因)的任何其它颗粒，其可以是天然存在的，或通过重组DNA技术工程改造。在一些方面，对照颗粒的量在添加至样品之前是已知的。可以使用实时PCR分析定量对照靶标基因。对照靶标基因的定量可用于确定细胞外囊泡纯化或核酸提取过程的效率或质量。
在一些方面，在提取核酸之前，将Q-β颗粒添加到尿液样品中。例如，在超滤之前和/或预过滤步骤之后，将Q-β颗粒添加至尿液样品中。
在一些方面，本文所述的方法和试剂盒包括一个或多个过程中对照。在一些方面，所述过程中对照是指示样品质量的参考基因(即生物样品、例如生物流体样品的质量的指示物)的检测和分析。在一些方面，所述过程中对照是指示血浆质量的参考基因(即，血浆样品的质量的指示物)的检测和分析。在一些方面，参考基因通过额外的qPCR进行分析。
在一些方面，所述过程中对照是用于逆转录酶和/或PCR性能的过程中对照。通过非限制性实例的方式，这些过程中对照包括参考RNA(本文也称为ref.RNA)，其在RNA分离后和逆转录前掺加。在一些方面，所述ref.RNA是对照，诸如Qβ。在一些方面，通过额外的PCR分析所述ref.RNA。
在一些方面，作为质量控制度量，或在测序文库制备之前的任何步骤，包括合成RNA或DNA标准品的掺入物，在本文中也称为“合成掺入物”。外源材料(诸如合成核酸)可以充当样品质量控制试剂，定量试剂，可以实现检测限，动态范围和技术重现性研究，和/或可以实现检测特定序列的研究。
市售的合成掺入物包括但不限于Dharmacon：Solaris RNA掺入对照试剂盒；Exiqon：RNA掺入试剂盒；Horizon Diagnostics：参考标准品，Lexogen：掺入RNA变体对照混合物；Thermo Fisher Scientific：ERCC RNA掺入对照混合物；和Qbeta RNA掺入，酵母或拟南芥RNA。
在一些方面，将合成的掺入物以不同的稀释度添加至样品。在一些方面，待添加至样品中的掺入物的稀释度可以在1:1000至1:10,000,000的范围内，包括但不限于1:1000、1:10,000、1:100,000、1:1,000,000和甚至1:10,000,000的稀释度。基于样品中存在的核酸的数目和/或质量和/或来源，确定待添加至样品中的掺入物的特定稀释度。
在一些方面，所述样品可以进行逆转录反应或未经处理。当需要将样品内的RNA转化为cDNA时，可以将其逆转录。在一些方面，当仅期望单链cDNA时，仅进行第一链合成。在一些方面，当期望双链DNA时，进行第一链和第二链的合成。在一些方面，当仅需要研究样品内的DNA级分时，样品未经处理。在一些方面，cDNA处理步骤包括例如但不限于通过用尿嘧啶-N-糖基化酶处理和/或通过NGS衔接子序列的定向、RNA的切割、RNA的片段化、非典型核苷酸的掺入、衔接子序列的退火或连接(衔接子连接)、第二链合成等来保留链信息。
在一些方面，所述样品进行片段化或未经处理。可以使用酶促或非酶促过程或通过用RNA或dsDNA物理剪切材料来实现片段化。在一些方面，通过在二价阳离子存在的情况下进行热变性来进行RNA和/或dsDNA的片段化。基于样品中存在的核酸的数量和/或质量和/或来源来确定样品的片段化时间的特定持续时间。在一些方面，片段化时间的持续时间为0分钟至30分钟。
在一些方面，在末端修复和腺苷酸化、诸如聚腺苷酸化后，使用基于连接的方法将测序衔接子添加至材料。在一些方面，使用基于PCR的方法将测序衔接子添加至材料。样品内的核酸(其已经经历上述任何方面且现在具有序列衔接子)在此将被描述为‘文库’(当指样品内的核酸片段的整个集合时)或‘文库片段’(当指已经并入序列衔接子的背景内的核酸的片段时)。在衔接子序列中包括独特的分子索引(UMI)、独特的标识符或分子标签为样品中的核酸分子的输入数目的读取去重复和增强估计提供了额外的益处。
在一些方面，使用基于珠粒的分离技术，可以对文库进行处理，由此可以进一步修饰文库的组成以：1)除去不需要的产物(包括但不限于；残余的衔接子、引物、缓冲液、酶、衔接子二聚体)；2)具有特定的大小范围(通过改变珠粒或珠粒缓冲剂与样品的比率，可以在样品中包括或排除低和/或高分子量产物)；3)通过洗脱于最小体积中而浓缩样品。该过程通常被称为‘清洁’步骤，或者样品被‘清洁’，在此将被原样指代。基于珠粒的分离技术可以包括但不限于顺磁性珠粒。如果需要或期望，基于珠粒的清洁可以进行一次或多次。
本文的方法可用的市售的顺磁性珠粒包括但不限于Beckman Coulter:Agencourt AMPure XP; Beckman Coulter: Agencourt RNAclean XP; Kapa Biosystems:Kapa Pure beads; Omega Biosystems: MagBind TotalPure NGS beads; 和ThermoFisher Scientific: Dynabeads。
在基于珠粒的纯化后，可以使用靶向衔接子序列的通用引物全体地扩增文库。可以修改扩增循环的数目以产生下游处理步骤所需的足够产物。
使用但不限于荧光技术、诸如Qubit dsDNA HS测定法和/或Agilent BioanalyzerHS DNA测定法来定量文库的数量和质量。然后可以将所述文库归一化，复用并在任何下一代测序平台上进行测序。
在一些方面，提取的核酸包括DNA和/或DNA和RNA。在其中提取的核酸包括DNA和RNA的方面，在进一步扩增之前，RNA被逆转录成互补DNA(cDNA)。这种逆转录可以单独进行，或者可以与扩增步骤组合进行。组合逆转录和扩增步骤的方法的一个实例是逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)，其可以进一步改良为定量的，例如，如美国专利号5,639,606(其对于其教导通过引用并入本文)中所述的定量RT-PCR。该方法的另一个实例包括两个分开的步骤：第一步是逆转录以将RNA转化为cDNA，且第二步是使用定量PCR定量cDNA的量。如下面的实例中所示，使用本公开的方法从含有核酸的颗粒提取的RNA包括多种转录物，包括但不限于核糖体18S和28S rRNA、微RNA、转移RNA、与疾病或医学状况相关的转录物，以及对于医学状况的诊断、预后和监测重要的生物标志物。
例如，RT-PCR分析测定每个反应的Ct(循环阈值)值。在RT-PCR中，通过累积荧光信号来检测阳性反应。Ct值被定义为荧光信号超越阈值(即超过背景水平)所需的循环数。Ct值与样品中靶标核酸或对照核酸的量成反比(即Ct值越低，样品中的对照核酸的量越大)。
在另一个方面，对照核酸的拷贝数可以使用各种本领域公认技术(包括但不限于RT-PCR)中的任一种来测量。可以使用本领域已知的方法，诸如通过产生和利用校准或标准曲线，来测定对照核酸的拷贝数。
上述方面和实施方案中的任一个可以与此处在概述和/或详述部分中公开的任何其他方面或实施方案组合。
如本说明书和随附权利要求中所用，单数形式 “一(a)”、“一(an)”和“该(the)”包括复数对象，除非上下文另有清楚指明。
除非特别说明或从上下文显而易见，否则如本文所用，术语“或”被理解为是包括性的且覆盖“或”和“和”两者。
除非特别说明或从上下文显而易见，如本文所用，术语“约”被理解为在本领域中的正常公差的范围内，例如在平均值的2个标准偏差内。约可以被理解为在所示值的10%、9%、8%、7%、6%、5%、4%、3%、2%、1%、0.5%、0.1%、0.05%或0.01%内。除非从上下文另外清楚，否则本文提供的所有数值都通过术语“约”进行修饰。
除非另有定义，本文所用的所有技术和科学术语和本发明所属领域的普通技术人员通常理解的具有相同的含义。尽管与本文所述的探针、组合物、方法和试剂盒相似或等效的其他那些可以用于本公开的实践中，但本文描述了优选的材料和方法。应当理解，本文使用的术语仅出于描述具体方面的目的，而不非意欲限制。
实施例：
实施例1
为了确定用于基于尿微囊泡的膀胱癌筛选的尿生物标志物，使用以下方法。
在第一步骤中，通过鉴定在目标肿瘤组织(即膀胱癌肿瘤)中差异表达的基因来选择潜在生物标志物。分析来自数据库、诸如Cancer Genome Atlas的RNA表达数据，以找到例如在癌症患者中展示相比于健康患者大于或等于2的倍数变化的基因。具体地，分析来自膀胱、肾脏、前列腺和睾丸的RNA表达数据。
在第二步骤中，然后进一步分析在步骤1中鉴定的潜在生物标记物，以确定在健康患者中，这些基因是否主要仅在目标组织、即膀胱、肾脏、前列腺或睾丸中表达。目标是与其他污染的组织相比，使大于或等于80%的来自每种生物标志物的信号源自这些组织之一。
在任选的第三步骤中，分析剩余的生物标志物，以查看在已经使用RNA测序分析的分离自血液、尿液和CSF的微囊泡核酸中是否检测到它们。可以估算每种生物流体贡献的每种基因的相对分数，以帮助控制来自非靶标生物流体(off-target biofluid)的污染。
该分析的结果显示于图1中。图1显示15种基因(DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15)被鉴定为用于使用尿微囊泡筛选膀胱癌的潜在生物标志物。HBB也显示于图1中，因为可以对其进行测量以确定来自患者的尿液样品中的血液量。
在图1中，膀胱癌分数表示源自膀胱组织的该基因的表达信号的百分比。尿分数是与血液和CSF相比，源自尿微囊泡的该基因信号的百分比。图1中的首字母缩写词TPM表示每百万转录物数。
在另一项实验中，分析15种候选生物标志物各自的RNA-seq信号和qPCR信号，以确定两种信号是否良好相关。对于RNA-seq实验，通过大小排阻并通过0.8 µm过滤器过滤，分离健康的(非膀胱癌)尿微囊泡。然后从这些微囊泡提取RNA，并使用RNA-seq分析。对于qPCR实验，使用离子交换色谱法从已经从两个健康尿样品中分离的尿微囊泡提取外泌体RNA。然后使用qPCR分析提取的外泌体RNA。比较RNA-seq和qPCR数据，并且两个数据集表现出一致性，如图2中所示。
对于居首的膀胱特异性基因DHRS2、UPK2、UPK1A和KRT20，比较了来自膀胱组织和尿微囊泡的RNA-seq数据，如图3中所示。两个数据集表现出一致性，表明这四种基因在尿微囊泡中的表达水平的检测与这四种基因在膀胱组织中的表达水平相似。因此，尿微囊泡中的表达水平可以用作膀胱组织中表达的替代物。
实施例2
膀胱癌的常见症状是血尿，或尿液中存在血液。为了确定尿液中血液的存在是否影响测量的候选生物标志物DHRS2、UPK2、UPK1A、KRT20、UPK1B、ACER2、SNX31、VGLL1、FER1L4、UPK3A、OSR1、GATA3、SCUBE2、GAPDH、ADAM15的表达水平，将尿样品被细分为四个样品，并掺入血液至0%、0.05%血液、0.5%血液或1%血液的最终浓度。然后从每个样品分离微囊泡，提取微囊泡RNA，并使用qPCR分析。如图4中所示，当尿样品中的血液量增加时，测量的每种生物标志物的表达水平没有变化。如图5中所示，可以同时测量HBB的表达水平并与添加至每个样品中的血液量相关，而测量的生物标志物的表达水平保持恒定。实际上，如图6中所示，测量的HBB的表达水平与尿浸渍条血液读数良好相关，表明本公开的方法可用于分析患者尿样品的血尿。
这些结果表明，与本领域中目前使用的方法相比，本公开的方法就使用的尿液样品中血液的存在而言是稳健的。
实施例3
本公开的方法产生可再现和稳健的结果。如图7的左小图中所示，两个独立的操作者分析从尿液分离的微囊泡中的4种候选生物标志物GAPDH、CXCL10、UPK2和DHRS2以及HBB的表达。两个独立的操作者的结果显示很小变化，表明本公开的方法的稳健性。
此外，如图7的右小图中所示，两个独立的操作者还分析从掺入血液的尿样品分离的微囊泡中的候选生物标志物GAPDH、DHRS2和UPK2以及HBB的表达水平。再次，在两个操作者之间以及在不同血液水平之间测量的生物标志物的表达水平显示很小变化，表明本公开的方法的稳健性，尤其是关于尿样品中血液的存在。
实施例4
收集来自81个受试者的临床尿样品。在81个受试者中，其中44个使用标准方法诊断具有膀胱癌，而其他37个被怀疑具有膀胱癌，但实际上是健康的(无癌症)。如图8中所示，临床样品包括具有可见的血液和没有可见的血液的尿样品。此外，一些样品来自新诊断、缓解或复发的受试者。
从每个尿样品分离微囊泡。然后提取微囊泡核酸，并使用qPCR测量UPK2、OSR1、KRT20和DHRS2的表达水平。将UPK2、OSR1和KRT20的表达水平针对DHRS2归一化，所述DHRS2被用作参考基因。然后通过将OSR1的归一化表达水平和UPK2的归一化表达水平之间的差异(OSR1归一化表达减去UPK2归一化表达)与第一预定截止值之间进行比较以及将KRT20的归一化表达水平与第二预定截止值之间进行比较来生成评分。如果OSR1的归一化表达水平和UPK2的归一化表达水平之间的差异小于第一预定截止值且KRT20的归一化表达水平大于第二预定截止值，则该患者被视为健康。如图9中所示，该方法能够排除约50%的健康个体，无论是否有血尿，无论膀胱癌是新的还是复发/再发的，无论疾病阶段。
实施例5
如图10中所示，来自实施例4的81个临床样品中，所述样品中的18个源自具有膀胱癌再发的受试者，且所述样品中的10个源自怀疑具有再发性膀胱癌、但实际上健康的受试者。使用本公开的方法进一步分析这28个样品。如图10中所示，这些样品中的一些包括具有可见血液和没有可见血液的尿样品。
从28个样品分离微囊泡。然后提取微囊泡核酸，并使用qPCR测量UPK2和DHRS2的表达水平。将UPK2的表达水平针对DHRS2的表达水平归一化。然后，通过将归一化的UPK2表达水平与预定截止值进行比较来生成评分。如果归一化的UPK2表达水平大于预定截止值，则患者被认为具有再发的膀胱癌。如图11中所示，所述方法能够检测约66%的再发性肿瘤，而与血尿或疾病阶段无关。

Claims (48)

1.检测DHRS2和UPK2的表达水平的试剂用于制备试剂盒的用途，所述试剂盒用于通过如下的方法鉴定受试者中存在或不存在膀胱癌，所述方法包括：
测定从所述受试者的尿液样品提取的微囊泡核酸中的DHRS2和UPK2的表达水平；
将UPK2的表达水平针对DHRS2的表达水平归一化，以获得UPK2的归一化表达水平；
将UPK2的归一化表达水平与预定截止值进行比较；和
当UPK2的归一化表达水平大于所述预定截止值时，鉴定所述受试者中存在膀胱癌，或者当UPK2的归一化表达水平小于或等于所述预定截止值时，鉴定所述受试者中不存在膀胱癌。
2.检测DHRS2、UPK2、KRT20和OSR1的表达水平的试剂用于制备试剂盒的用途，所述试剂盒用于通过如下的方法鉴定受试者中存在或不存在膀胱癌，所述方法包括：
测定从所述受试者的尿液样品提取的微囊泡核酸中的DHRS2、UPK2、KRT20和OSR1的表达水平；
将UPK2、OSR1和KRT20的表达水平针对DHRS2的表达水平归一化，以获得UPK2、OSR1和KRT20的归一化表达水平；
测定Δ表达，其中Δ表达是OSR1的归一化表达水平和UPK2的归一化表达水平之间的差值；
将Δ表达与第一预定截止值进行比较；
将KRT20的归一化表达水平与第二预定截止值进行比较；和
当Δ表达大于所述第一预定截止值且KRT20的归一化表达水平小于所述第二预定截止值时，鉴定所述受试者中存在膀胱癌，或者当Δ表达小于或等于所述第一预定截止值且KRT20的归一化表达水平大于或等于所述第二预定截止值时，鉴定所述受试者中不存在膀胱癌。
3.权利要求1或权利要求2的用途，其中所述表达水平作为循环阈值(Ct)值测量。
4.权利要求1或权利要求2的用途，其中所述膀胱癌是再发性膀胱癌或复发性膀胱癌。
5.权利要求1或权利要求2的用途，其中所述微囊泡核酸包括微囊泡RNA。
6.权利要求1或权利要求2的用途，其中将所述尿液样品进行过滤或预处理以除去细胞、细胞碎片或其任何组合。
7.权利要求1或权利要求2的用途，其中从分离自所述尿液样品的至少一种微囊泡提取微囊泡核酸，其中通过如下的方法分离所述至少一种微囊泡，所述方法包括过滤、大小排阻色谱、离子交换色谱、密度梯度离心、离心、差速离心、免疫吸附剂捕获、亲和纯化、亲和富集、亲和排斥微流体分离、超离心、纳米膜超滤或其任何组合。
8.权利要求1或权利要求2的用途，其中所述尿液包含至少0.05％血液。
9.权利要求1或权利要求2的用途，其中所述尿液包含至少0.5％血液。
10.权利要求1或权利要求2的用途，其中所述尿液包含至少1％血液。
11.权利要求1或权利要求2的用途，其中所述尿液包含多于1％血液。
12.权利要求1或权利要求2的用途，其中所述受试者具有血尿。
13.权利要求12的用途，其中所述血尿是肉眼血尿。
14.权利要求12的用途，其中所述血尿是显微镜下的血尿。
15.权利要求1或权利要求2的用途，其中所述预定截止值具有至少50％的阳性预测值。
16.权利要求1或权利要求2的用途，其中所述预定截止值具有至少60％的阳性预测值。
17.权利要求1或权利要求2的用途，其中所述预定截止值具有至少70％的阳性预测值。
18.权利要求1或权利要求2的用途，其中所述预定截止值具有至少80％的阳性预测值。
19.权利要求1或权利要求2的用途，其中所述预定截止值具有至少90％的阳性预测值。
20.权利要求1或权利要求2的用途，其中所述预定截止值具有至少95％的阳性预测值。
21.权利要求1或权利要求2的用途，其中所述预定截止值具有至少99％的阳性预测值。
22.权利要求1或权利要求2的用途，其中所述预定截止值具有至少50％的阴性预测值。
23.权利要求1或权利要求2的用途，其中所述预定截止值具有至少60％的阴性预测值。
24.权利要求1或权利要求2的用途，其中所述预定截止值具有至少70％的阴性预测值。
25.权利要求1或权利要求2的用途，其中所述预定截止值具有至少80％的阴性预测值。
26.权利要求1或权利要求2的用途，其中所述预定截止值具有至少90％的阴性预测值。
27.权利要求1或权利要求2的用途，其中所述预定截止值具有至少95％的阴性预测值。
28.权利要求1或权利要求2的用途，其中所述预定截止值具有至少99％的阴性预测值。
29.权利要求1或权利要求2的用途，其中所述预定截止值具有至少50％的灵敏度。
30.权利要求1或权利要求2的用途，其中所述预定截止值具有至少60％的灵敏度。
31.权利要求1或权利要求2的用途，其中所述预定截止值具有至少70％的灵敏度。
32.权利要求1或权利要求2的用途，其中所述预定截止值具有至少80％的灵敏度。
33.权利要求1或权利要求2的用途，其中所述预定截止值具有至少90％的灵敏度。
34.权利要求1或权利要求2的用途，其中所述预定截止值具有至少95％的灵敏度。
35.权利要求1或权利要求2的用途，其中所述预定截止值具有至少99％的灵敏度。
36.权利要求1或权利要求2的用途，其中所述预定截止值具有至少50％的特异性。
37.权利要求1或权利要求2的用途，其中所述预定截止值具有至少60％的特异性。
38.权利要求1或权利要求2的用途，其中所述预定截止值具有至少70％的特异性。
39.权利要求1或权利要求2的用途，其中所述预定截止值具有至少80％的特异性。
40.权利要求1或权利要求2的用途，其中所述预定截止值具有至少90％的特异性。
41.权利要求1或权利要求2的用途，其中所述预定截止值具有至少95％的特异性。
42.权利要求1或权利要求2的用途，其中所述预定截止值具有至少99％的特异性。
43.权利要求1或权利要求2的用途，其中所述受试者是至少40岁。
44.权利要求1或权利要求2的用途，其中所述受试者先前具有膀胱癌。
45.权利要求1或权利要求2的用途，其中所述受试者先前进行根治性膀胱切除术。
46.权利要求1或权利要求2的用途，其中怀疑所述受试者具有膀胱癌。
47.权利要求1或权利要求2的用途，其进一步包括为所述受试者提供治疗推荐。
48.权利要求47的用途，其中所述治疗推荐包括推荐进一步诊断测试，推荐施用至少一种疗法或其任何组合。
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Families Citing this family (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP3998349A3 (en) 2019-03-01 2022-08-24 Mercy Bioanalytics, Inc. Compositions and methods for target protein detection on exosomes using proximal ligation
US12008749B2 (en) * 2020-05-08 2024-06-11 Richard Ricci Dental images correlated to the human genome with artificial intelligence

Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2014138396A1 (en) * 2013-03-06 2014-09-12 Cepheid Methods of detecting bladder cancer
WO2017040520A1 (en) * 2015-08-31 2017-03-09 Hitachi Chemical Co., Ltd. Molecular methods for assessing urothelial disease
WO2017214189A1 (en) * 2016-06-06 2017-12-14 Oncocyte Corporation Methods and compositions for detection and diagnosis of bladder cancer

Family Cites Families (14)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5219727A (en) 1989-08-21 1993-06-15 Hoffmann-Laroche Inc. Quantitation of nucleic acids using the polymerase chain reaction
CA2218875C (en) 1991-07-23 2000-11-07 The Research Foundation Of State University Of New York Improvements in the in situ pcr
US5639606A (en) 1993-04-06 1997-06-17 The University Of Rochester Method for quantitative measurement of gene expression using multiplex competitive reverse transcriptase-polymerase chain reaction
US5556773A (en) 1993-08-06 1996-09-17 Yourno; Joseph Method and apparatus for nested polymerase chain reaction (PCR) with single closed reaction tubes
FR2788780B1 (fr) 1999-01-27 2001-03-30 Ap Cells Inc Procede de preparation de vesicules membranaires
GB9927320D0 (en) 1999-11-18 2000-01-12 Chiron Spa Exosome separation
US6812023B1 (en) 2000-04-27 2004-11-02 Anosys, Inc. Methods of producing membrane vesicles
EP2311983A1 (en) * 2005-02-10 2011-04-20 Oncotherapy Science, Inc. Method of treating bladder cancer using siRNA
KR101970908B1 (ko) 2008-02-01 2019-04-19 더 제너럴 하스피탈 코포레이션 의학적 질환 및 병태의 진단, 예후, 및 치료에 있어서 미세소포체의 용도
WO2011116380A2 (en) * 2010-03-19 2011-09-22 H. Lee Moffitt Cancer Center And Research Institute, Inc. Hybrid model for the classification of carcinoma subtypes
US20110262921A1 (en) * 2010-04-23 2011-10-27 Sabichi Anita L Test for the Detection of Bladder Cancer
US20150292030A1 (en) * 2012-11-27 2015-10-15 Board Of Regents, The University Of Texas System Methods of characterizing and treating molecular subset of muscle-invasive bladder cancer
EP2941629B1 (en) 2013-01-03 2018-10-10 Exosome Diagnostics Inc. Methods for isolating microvesicles
AU2015287763B2 (en) 2014-07-09 2019-08-08 Exosome Diagnostics, Inc. Methods for isolating microvesicles and extracting nucleic acids from biological samples

Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2014138396A1 (en) * 2013-03-06 2014-09-12 Cepheid Methods of detecting bladder cancer
WO2017040520A1 (en) * 2015-08-31 2017-03-09 Hitachi Chemical Co., Ltd. Molecular methods for assessing urothelial disease
WO2017214189A1 (en) * 2016-06-06 2017-12-14 Oncocyte Corporation Methods and compositions for detection and diagnosis of bladder cancer

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
Independent Component Analysis Uncovers the Landscape of the Bladder Tumor Transcriptome and Reveals Insights into Luminal and Basal Subtypes;Biton, A等;CELL REPORTS;第9卷(第4期);1235-1245 *

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