CN112359110A - 一种胆管癌预后测定标志物、检测引物、试剂盒及应用 - Google Patents
一种胆管癌预后测定标志物、检测引物、试剂盒及应用 Download PDFInfo
- Publication number
- CN112359110A CN112359110A CN202011179883.9A CN202011179883A CN112359110A CN 112359110 A CN112359110 A CN 112359110A CN 202011179883 A CN202011179883 A CN 202011179883A CN 112359110 A CN112359110 A CN 112359110A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- lncrna
- duct cancer
- bile duct
- marker
- prognosis
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 208000006990 cholangiocarcinoma Diseases 0.000 title claims abstract description 65
- 206010004593 Bile duct cancer Diseases 0.000 title claims abstract description 40
- 208000026900 bile duct neoplasm Diseases 0.000 title claims abstract description 39
- 238000004393 prognosis Methods 0.000 title claims abstract description 38
- 239000003550 marker Substances 0.000 title claims abstract description 30
- 238000001514 detection method Methods 0.000 title claims abstract description 13
- 108091046869 Telomeric non-coding RNA Proteins 0.000 claims abstract description 49
- 230000004083 survival effect Effects 0.000 claims abstract description 41
- 108020005198 Long Noncoding RNA Proteins 0.000 claims abstract description 34
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims abstract description 32
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 claims abstract description 28
- 238000003556 assay Methods 0.000 claims abstract description 6
- 230000004186 co-expression Effects 0.000 claims abstract description 5
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 claims description 22
- 238000000611 regression analysis Methods 0.000 claims description 10
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 claims description 9
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 claims description 9
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 8
- 238000010201 enrichment analysis Methods 0.000 claims description 6
- 238000010586 diagram Methods 0.000 claims description 5
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 5
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 5
- 230000007170 pathology Effects 0.000 claims description 4
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims description 4
- CCEKAJIANROZEO-UHFFFAOYSA-N sulfluramid Chemical group CCNS(=O)(=O)C(F)(F)C(F)(F)C(F)(F)C(F)(F)C(F)(F)C(F)(F)C(F)(F)C(F)(F)F CCEKAJIANROZEO-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 4
- 238000012360 testing method Methods 0.000 claims description 4
- 230000009456 molecular mechanism Effects 0.000 claims description 3
- 230000002146 bilateral effect Effects 0.000 claims description 2
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 claims description 2
- 239000003596 drug target Substances 0.000 claims description 2
- 230000002980 postoperative effect Effects 0.000 claims description 2
- 238000012216 screening Methods 0.000 claims description 2
- 238000003149 assay kit Methods 0.000 claims 2
- 208000005623 Carcinogenesis Diseases 0.000 claims 1
- 230000036952 cancer formation Effects 0.000 claims 1
- 231100000504 carcinogenesis Toxicity 0.000 claims 1
- 238000005259 measurement Methods 0.000 claims 1
- 238000010353 genetic engineering Methods 0.000 abstract description 2
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 10
- 238000010199 gene set enrichment analysis Methods 0.000 description 10
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 8
- 238000011160 research Methods 0.000 description 8
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 8
- 238000011282 treatment Methods 0.000 description 6
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 5
- 238000013211 curve analysis Methods 0.000 description 5
- 238000011161 development Methods 0.000 description 5
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 5
- 108091027963 non-coding RNA Proteins 0.000 description 5
- 102000042567 non-coding RNA Human genes 0.000 description 5
- 206010027476 Metastases Diseases 0.000 description 4
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 4
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 4
- 230000009545 invasion Effects 0.000 description 4
- 230000003211 malignant effect Effects 0.000 description 4
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 4
- 230000009401 metastasis Effects 0.000 description 4
- 230000037361 pathway Effects 0.000 description 4
- 230000008569 process Effects 0.000 description 4
- 230000035755 proliferation Effects 0.000 description 4
- 102100025399 Breast cancer type 2 susceptibility protein Human genes 0.000 description 3
- 241000282414 Homo sapiens Species 0.000 description 3
- 102000052575 Proto-Oncogene Human genes 0.000 description 3
- 108700020978 Proto-Oncogene Proteins 0.000 description 3
- 230000006907 apoptotic process Effects 0.000 description 3
- 201000009036 biliary tract cancer Diseases 0.000 description 3
- 208000020790 biliary tract neoplasm Diseases 0.000 description 3
- 230000007547 defect Effects 0.000 description 3
- 102000040650 (ribonucleotides)n+m Human genes 0.000 description 2
- 108700020462 BRCA2 Proteins 0.000 description 2
- 230000001594 aberrant effect Effects 0.000 description 2
- 230000002159 abnormal effect Effects 0.000 description 2
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 2
- 230000031018 biological processes and functions Effects 0.000 description 2
- 230000033228 biological regulation Effects 0.000 description 2
- 230000008859 change Effects 0.000 description 2
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 2
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 2
- 230000006870 function Effects 0.000 description 2
- 238000001325 log-rank test Methods 0.000 description 2
- 230000036210 malignancy Effects 0.000 description 2
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 2
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 2
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 2
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 2
- 230000019491 signal transduction Effects 0.000 description 2
- 238000001757 thermogravimetry curve Methods 0.000 description 2
- 210000004881 tumor cell Anatomy 0.000 description 2
- 101150008921 Brca2 gene Proteins 0.000 description 1
- 102100026422 Carbamoyl-phosphate synthase [ammonia], mitochondrial Human genes 0.000 description 1
- 108010077544 Chromatin Proteins 0.000 description 1
- 108091026815 Competing endogenous RNA (CeRNA) Proteins 0.000 description 1
- 108700024394 Exon Proteins 0.000 description 1
- 108010033040 Histones Proteins 0.000 description 1
- 101000934858 Homo sapiens Breast cancer type 2 susceptibility protein Proteins 0.000 description 1
- 101000855412 Homo sapiens Carbamoyl-phosphate synthase [ammonia], mitochondrial Proteins 0.000 description 1
- 101000891683 Homo sapiens Fanconi anemia group D2 protein Proteins 0.000 description 1
- 101001055145 Homo sapiens Interleukin-2 receptor subunit beta Proteins 0.000 description 1
- 101000983292 Homo sapiens N-fatty-acyl-amino acid synthase/hydrolase PM20D1 Proteins 0.000 description 1
- 101000861263 Homo sapiens Steroid 21-hydroxylase Proteins 0.000 description 1
- 102100026879 Interleukin-2 receptor subunit beta Human genes 0.000 description 1
- 102000043276 Oncogene Human genes 0.000 description 1
- 108700020796 Oncogene Proteins 0.000 description 1
- 108091008874 T cell receptors Proteins 0.000 description 1
- 102000016266 T-Cell Antigen Receptors Human genes 0.000 description 1
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 1
- 230000033115 angiogenesis Effects 0.000 description 1
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 description 1
- 230000002457 bidirectional effect Effects 0.000 description 1
- 230000024245 cell differentiation Effects 0.000 description 1
- 238000002512 chemotherapy Methods 0.000 description 1
- 210000003483 chromatin Anatomy 0.000 description 1
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 1
- 238000013461 design Methods 0.000 description 1
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 1
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 1
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 1
- 210000002919 epithelial cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000017188 evasion or tolerance of host immune response Effects 0.000 description 1
- 238000010195 expression analysis Methods 0.000 description 1
- 230000005714 functional activity Effects 0.000 description 1
- 230000012010 growth Effects 0.000 description 1
- 230000036541 health Effects 0.000 description 1
- 230000006058 immune tolerance Effects 0.000 description 1
- 230000002779 inactivation Effects 0.000 description 1
- 238000011337 individualized treatment Methods 0.000 description 1
- 230000008595 infiltration Effects 0.000 description 1
- 238000001764 infiltration Methods 0.000 description 1
- 230000010354 integration Effects 0.000 description 1
- 230000002452 interceptive effect Effects 0.000 description 1
- 230000003834 intracellular effect Effects 0.000 description 1
- 238000013332 literature search Methods 0.000 description 1
- 230000003908 liver function Effects 0.000 description 1
- 230000004060 metabolic process Effects 0.000 description 1
- 238000013508 migration Methods 0.000 description 1
- 230000005012 migration Effects 0.000 description 1
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 1
- 230000001575 pathological effect Effects 0.000 description 1
- 238000003068 pathway analysis Methods 0.000 description 1
- 230000035790 physiological processes and functions Effects 0.000 description 1
- 230000008092 positive effect Effects 0.000 description 1
- MICLTPPSCUXHJT-UHFFFAOYSA-M potassium;4-[3-(6-oxo-3h-purin-9-yl)propanoylamino]benzoate Chemical compound [K+].C1=CC(C(=O)[O-])=CC=C1NC(=O)CCN1C(NC=NC2=O)=C2N=C1 MICLTPPSCUXHJT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 230000001737 promoting effect Effects 0.000 description 1
- 238000001959 radiotherapy Methods 0.000 description 1
- 238000007634 remodeling Methods 0.000 description 1
- 230000000717 retained effect Effects 0.000 description 1
- 230000000630 rising effect Effects 0.000 description 1
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 1
- 230000011664 signaling Effects 0.000 description 1
- 238000013179 statistical model Methods 0.000 description 1
- 238000012105 stratification Analysis Methods 0.000 description 1
- 238000001356 surgical procedure Methods 0.000 description 1
- 230000036962 time dependent Effects 0.000 description 1
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 1
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 1
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 1
- 230000005748 tumor development Effects 0.000 description 1
- 230000004614 tumor growth Effects 0.000 description 1
- 238000012795 verification Methods 0.000 description 1
- 238000012800 visualization Methods 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B20/00—ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16H—HEALTHCARE INFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR THE HANDLING OR PROCESSING OF MEDICAL OR HEALTHCARE DATA
- G16H50/00—ICT specially adapted for medical diagnosis, medical simulation or medical data mining; ICT specially adapted for detecting, monitoring or modelling epidemics or pandemics
- G16H50/50—ICT specially adapted for medical diagnosis, medical simulation or medical data mining; ICT specially adapted for detecting, monitoring or modelling epidemics or pandemics for simulation or modelling of medical disorders
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/118—Prognosis of disease development
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/136—Screening for pharmacological compounds
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/178—Oligonucleotides characterized by their use miRNA, siRNA or ncRNA
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Pathology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Medical Informatics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Public Health (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Data Mining & Analysis (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Databases & Information Systems (AREA)
- Oncology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- Primary Health Care (AREA)
- Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
- Evolutionary Biology (AREA)
- Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
- Theoretical Computer Science (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明涉及基因工程技术领域，特别是公开了一种胆管癌预后测定标志物、检测引物、试剂盒及应用，胆管癌预后测定标志物为5个lncRNA，5个lncRNA分别为HULC、AP000943.4、AC006504.8、AC090114.2、AL359715.5。构建胆管癌数据集；构建LncRNA和基因差异表达谱；LncRNA相关预后预测模型的建立；LncRNA相关预后预测模型的验证及诊断；预后LncRNA标记物独立于其他临床病理特征变量的生存预测；共表达和功能富集分析，Spearman相关系数>0.50是与LncRNA相关的DPCG。
Description
技术领域
本发明涉及基因工程技术领域，特别是一种主题名称。
背景技术
目前，肿瘤是严重威胁人类健康的一大主要元凶，对肿瘤恶性进 展的分子机制研究一直是学界关注的焦点与难点。已有研究报道，肿 瘤细胞在生长过程中具有促进增殖和侵袭转移，持续血管生成，免疫 耐受及免疫逃逸等细胞表型特征。研究表明，肿瘤细胞的生长是一个 复杂的多基因调控和多步骤、多阶段发展的过程，包括p53、p21等抑 癌基因的失活和Blc1、Myc等原癌基因的激活。迄今为止，恶性肿瘤 的发生机制仍未完全清楚，需要进一步探索。
研究显示：除这些已被广泛研究的编码基因外，长链非编码R N A(l o n gnon-codingRNAs，lncRNAs)的异常表达也参与肿瘤恶性进 展。lncRNAs是一类转录本长度超过200nt的RNA分子，有别于其他 小分子非编码RNA，其可以顺式(in cis)或反式(intrans)作用的方式调节 RNA代谢、蛋白质功能活性、组蛋白修饰及染色质重塑。
长链非编码RNA按其与mRNA之间的位置关系大致分为五种类 型：(1)正义长链非编码RNA；(2)反义长链非编码RNA；(3)双向长链 非编码RNA；(4)内含子型长链非编码RNA；(5)基因间长链非编码 RNA(即large intergenic noncoding RNA，llncRNA)。在整个基因组转录 产物中，lncRNA所占的比例远远超过mRNA的比例。越来越多的研 究显示，lncRNA在基因转录翻译、表观遗传、细胞分化等生命活动中 发挥了重要的调控作用，并且在多种肿瘤中存在异常表达，参与了肿 瘤的发生、发展、浸润和转移等过程。
越来越多的研究证实，lncRNAs不仅在维持机体的正常生理功能 及发育过程中发挥重要的调控作用，其异常表达与疾病的发生发展尤 其是肿瘤的恶性进展有着密切的联系。
胆管癌(cholangiocarcinoma，CCA)是起源于胆管上皮细胞的高度侵 袭性的恶性肿瘤，其全球发生率，尤其是在亚洲国家中呈逐年上升趋 势，5年生存率不足5％。胆管癌早期发病隐匿，常无明显的临床表 现，明确诊断时已至中晚期。尽管目前已有手术、放疗、化疗等临床 治疗手段，但是胆管癌患者的预后仍很差。已有研究表明，lncRNAs 的异常表达介导胆管癌恶性进展。上调的H19和HULC可通过ceRNA 机制促进胆管癌细胞的迁移和侵袭。lncRNA CPS1intronic transcript 1(CPS1-IT1)可促进胆管癌细胞的增殖及抑制凋亡，且影响病人的肝 功能及预后。进一步文献检索结果显示：lncRNAs可以通过发挥原癌 基因的作用，参与胆管癌细胞增殖、凋亡和侵袭转移等生物学过程， 提示更多胆管癌恶性进展相关lncRNAs的功能和机制具有进一步研究 的必要性。
通过上述分析，现有技术存在的问题及缺陷为：现有技术提供的 lncRNA基因标志物用于判断胆管癌手术后患者预后的优劣效果差；而 且现有技术lncRNA基因标志物选择相应的药物进行辅助治疗效果并不 理想，不能达到对胆管癌患者的个体化治疗效果。
解决以上问题及缺陷的意义为：lncRNAs可以通过发挥原癌基因 的作用，参与胆管癌细胞增殖、凋亡和侵袭转移等生物学过程，提示 研究胆管癌恶性进展相关lncRNAs的功能和机制有助于改善胆管癌患 者的治疗和预后。本发明提供的lncRNA基因标志物可以用于判断胆管 癌手术后患者预后的优劣。通过将手术取下的胆管癌组织进行测序， 验证有无特异的lncRNA基因标志物，可以根据结果选择相应的药物进 行辅助治疗，没有特异的lncRNA基因标志物存在的患者予以定期随 访，观察预后情况，从而达到对胆管癌患者的个体化治疗。
发明内容
为了克服现有技术的不足，本发明提供了一种胆管癌测定标志 物、检测引物、试剂盒及应用。本发明目的在于解决目前治疗胆管癌 的手段多为手术，术后缺乏有效的防止复发的治疗手段。对胆管癌手 术预后不能做到有效的评估，患者的术后生存率并不理想。
为了实现上述目的，本发明采用的技术方案是：一种胆管癌预后 测定标志物，所述胆管癌预后测定标志物为5个lncRNA，5个lncRNA 分别为HULC、AP000943.4、AC006504.8、AC090114.2、AL359715.5。
本发明的另一目的在于提供一种所述的胆管癌预后测定标志物的 检测引物，所述检测引物的核苷酸序列为SEQ ID NO：1～SEQ ID NO： 5。
本发明的另一目的在于提供一种胆管癌预后测定试剂盒，所述胆 管癌预后测定试剂盒包含所述的检测引物。
本发明的另一目的在于提供一种所述胆管癌预后测定标志物在胆 管癌术后生存预测预后指标检测中的应用，包括：
(1)构建LncRNA和基因差异表达谱，从TCGA数据库下载多个胆 管癌样本和正常样本的基因表达谱数据，采用R软件edgeR包进行差 异表达显著性分析，通过R中的pheatmap软件包进行无监督的分层聚 类并绘制其火山图；
(2)建立LncRNA相关预后预测模型，进行单变量Cox比例风险 回归分析筛选与胆管癌总生存期之间相关的LncRNA；
(3)根据预测的LncRNA标志物模型，计算多个风险评分；以中 位风险评分作为临界值将患者分为高风险组或低风险组；使用Kaplan- Meier方法生成总生存曲线，并使用双侧对数秩检验比较高风险患者组 和低风险患者组之间总生存时间的差异；
(4)单因素Cox回归分析对预后LncRNA标志物以及临床病理特 征与患者在整个数据集中的总体生存相关性进行分析；然后进行多因 素Cox回归分析；
(5)共表达和功能富集分析，Spearman相关系数计算预测性 LncRNAs中的每一种在差异表达显著性蛋白质编码基因之间的相关关 系；Spearman相关系数>0.50是与LncRNA相关的DPCG。
本发明的另一目的在于提供一种所述胆管癌预后测定标志物在胆 管癌发生和进展的分子机制中的应用。
本发明的另一目的在于提供一种所述胆管癌预后测定标志物在肿 瘤标志物中的应用。
本发明的另一目的在于提供一种所述胆管癌预后测定标志物在药 物靶标中的应用。
结合上述的所有技术方案，本发明所具备的优点及积极效果为： 本发明可以强有力地预测胆管癌患者的生存。此外，鉴定的5-LncRNA 标志物在预测三年生存方面表现出良好的性能，并且可能是胆管癌患 者生存预测的独立预后指标。
下面结合附图对本发明作进一步描述。
附图说明
为了更清楚地说明本申请实施例的技术方案，下面将对本申请实 施例中所需要使用的附图做简单的介绍，显而易见地，下面所描述的 附图仅仅是本申请的一些实施例，对于本领域普通技术人员来讲，在 不付出创造性劳动的前提下还可以根据这些附图获得其他的附图。
图1是本发明实施例提供的胆管癌和正常组织之间lncRNA的差异 表达图；
图2是本发明实施例提供的通过TCGA数据库对胆管癌患者5个 lncRNA信号的预后评估图；
图3是本发明实施例提供的数据库中胆管癌患者5个lncRNA信号 的预后评估图；
图4是本发明实施例提供的Kaplan-Meier生存曲线分析使用整个 数据集中的5个lncRNA按年龄，分期，复发和当前肿瘤状态对患者的 总体生存进行了分层图。
图5是本发明实施例提供的DPCG存在下5个lncRNA的富集和 分析图；
图6是本发明实施例提供的高风险组和低风险组之间进行了基因 集富集分析(GSEA)图。
具体实施方式
本发明的具体实施例如图1-6所示，为了使本发明的目的、技术 方案及优点更加清楚明白，以下结合实施例，对本发明进行进一步详 细说明。应当理解，此处所描述的具体实施例仅仅用以解释本发明， 并不用于限定本发明。
针对现有技术存在的问题，本发明提供了一种胆管癌预后测定标 志物、检测引物、试剂盒及应用，下面结合附图对本发明作详细的描 述。
本发明提供一种胆管癌预后测定标志物，所述胆管癌预后测定标 志物为5个lncRNA，核苷酸序列为SEQ ID NO：1～SEQ ID NO： 5。
SEQ ID NO：1：
FORWARD gaaactctgaagtaaaggccgga
REVERSE tgccaggaaacttcttgcttga
SEQ ID NO：2：
FORWARD ttcctgtgaaccaccttga
REVERSE ccagaaactacctaagcaatcctaa
SEQ ID NO：3：
FORWARD tgagcagaagcctcacgtaattag
REVERSE caggtgtttgaacaactgaactgaa
SEQ ID NO：4：
FORWARD gtggacaatttgtggtgtggtg
REVERSE atctgagaaaacatcctgaccaca
SEQ ID NO：5
FORWARD acagttccaagagagccagga
REVERSE agttggctttcaccaccagc
表1胆管癌预后测定标志物的核苷酸序列表
核苷酸序列如下：
下面结合具体实施例对本发明的技术方案作进一步描述。
1.胆管癌患者数据集：
患者的RNA-Seq-counts数据以及相应的临床信息从Genomic Data Commons DataPortal下载(https://portal.gdc.cancer.gov/projects/TCGA- CHOL)。并移除没有临床信息和RNA表达谱的患者后，本发明中纳 入了36位胆管癌患者的60483个RNA-ENSG_ID表达谱。从 GENCODE(release 27)(http://www.gencodegenes.org/)下载 gencode.v27.long_noncoding_RNAs.gtf压缩文件，转化的数据被认为是 LncRNA。通过GENCODE的基因注释移除外显子与任何已知编码基 因重叠的那些LncRNA进行过滤并获得59264个LncRNA-ENSG_ID， 将RNA-ENSG_ID和LncRNA-ENSG_ID取交集后得到13126个 LncRNA-Gene_name。在肿瘤样品中剔除具有0的RPKM表达值> 20％的LncRNA。最后，保留3651个LncRNA纳入本发明。从Ensemblgenome browser 91下载Homo_sapiens.GRCh38.91.chr.gtf压缩 文件获得57000个RNA-Gene_symbol表达谱，用R软件包“mygene”在 57000个RNA中找出具有humanentrezgene symbol(GeneID)的 RNA。
2.LncRNA和基因差异表达谱：
从TCGA数据库下载了36个胆管癌样本和9个正常样本的基因表 达谱数据。采用R/Bioconductor软件包进行差异表达显著性分析。然 后，基于这些改变的LncRNA的表达，通过R中的pheatmap软件包进 行无监督的分层聚类(https：//cran.r project.org/web/packages/pheatmap/index.html)并绘制其火山图。同时 也在找出的具有GeneID的RNA中做差异表达显著性分析，这些差异 表达显著性的基因将应用于LncRNA的KEGG和GO功能富集分析研 究。
3.LncRNA相关预后预测模型的建立：
使用R软件“survival”生存分析软件包，进行单变量Cox比例风险 回归分析筛选与胆管癌患者总生存期之间相关的LncRNA。
4.LncRNA相关预后预测模型的验证及诊断：
由AIC(Akaike Information Criterion，评估统计模型的拟合优度) 测试逐步多因素Cox回归分析鉴别具有最好解释性和信息效力的预测 模型根据预测的LncRNA标志物模型，计算36名患者各自的风险评 分。然后以中位风险评分作为临界值将患者分为高风险组或低风险 组。使用Kaplan-Meier方法生成总生存曲线，并使用双侧对数秩检验 比较高风险患者组和低风险患者组之间总生存时间的差异。使用 “survivalROC”R软件包计算受试者工作特征曲线(ROC)曲线下面积 (AUC)来评估LncRNA预后模型预测临床结果的敏感性和特异性。
5.预后LncRNA标记物独立于其他临床病理特征变量的生存预 测：
单因素Cox回归分析对预后LncRNA标志物以及临床病理特征与 患者在整个数据集中的总体生存相关性进行分析。然后进行多因素 Cox回归分析，探讨LncRNA标志物的预测能力是否独立于其他临床 病理特征因素，以总生存率为因变量，以LncRNA风险评分和其他临 床特征为自变量。对P值<0.01的临床特征进一步进行数据分层分析， 以确定LncRNA标志物是否可以在相同的临床病理特征因素内提供预 测能力。
6.共表达和功能富集分析：
Spearman相关系数计算预测性LncRNAs中的每一种在差异表达显 著性蛋白质编码基因(DPCGs)之间的相关关系。Spearman相关系 数>0.50被认为是与LncRNA相关的DPCG。注释、可视化和集成发 现的在线工具数据库对这些与LncRNA相关的DPCGs进行功能富集分析。在高，低风险评分组之间实行基因组富集分析(GSEA 3.0)， GSEA分析用java软件，要求错误发现率(FDR)<0.05被认为具有统 计学意义。用“venn”R软件包找出这五个LncRNA的共同DPCGs，对 共同DPCGs进行KEGG通路分析。
如图1所示，胆管癌和正常组织之间lncRNA的差异表达。(A) 基于胆管癌和正常组织之间差异表达的lncRNA的无监督分层聚类热 图。检测到1192个DElncRNA。在这些DElncRNA中，有744个 DElncRNA是上调基因，有448个DElncRNA是下调基因。从绿色到 红色的颜色表示从低表达到高表达的趋势。(B)火山图描绘了在胆管 癌和非肿瘤组织之间差异表达的1192个DElncRNA(绿色和红色 点)。X轴代表log10倍变化；Y轴表示每个lncRNA的p值的- log10。倍数变化＞1或＜-1且FDR(错误发现率)＜0.01的lncRNA 被认为是在肿瘤和非肿瘤组织之间存在显着性差异表达的lncRNA。 (C-G)在9例癌旁组织和36例胆管癌组织中5个lncRNA标志物的 差异表达水平。
如图2所示，通过TCGA数据库对胆管癌患者5个lncRNA信号 的预后评估。(A)胆管癌患者的生存状况和持续时间；(B) LncRNA风险评分分布；蓝色虚线表示将患者分为低风险组和高风险 组，中间值为截止值。(C)胆管癌患者中五个LncRNA表达谱的热 图。(D)根据风险临界点的总体生存结果的Kaplan-Meier生存曲线。 对数秩检验的p值小于0.01。(E)通过五个关键lncRNA和每个 lncRNA进行3年生存预测的时间依赖性ROC曲线分析。
如图3所示，温州医科大学数据库中胆管癌患者5个lncRNA信号 的预后评估。(A)5-lncRNA标记的引物序列；(B)总体生存率的 Kaplan-Meier曲线分析验证了WMU数据库中高风险组和低风险组之 间的预后差异；(C)3年生存率的ROC曲线分析验证了该风险评分模型的可靠性。
如图4所示，Kaplan-Meier生存曲线分析使用整个数据集中的5 个lncRNA按年龄，分期，复发和当前肿瘤状态对患者的总体生存进行 了分层。图4(A)老年患者组的Kaplan-Meier生存曲线和图4(E) 较年轻患者组的Kaplan-Meier生存曲线；图4(B)晚期患者组的Kaplan-Meier生存曲线和图4(F)早期患者组的Kaplan-Meier生存曲 线。图4(C)复发患者组的Kaplan-Meier生存曲线和(G)无复发患 者组的Kaplan-Meier生存曲线。图4(D)患有肿瘤的患者组的 Kaplan-Meier生存曲线和(H)无肿瘤的患者组的Kaplan-Meier生存曲 线。
图5中：(A)维恩图显示了五种lncRNA的171种常见DPCG。 (B)由171个常见的蛋白质编码基因与5-lncRNA共表达所丰富的重 要KEGG途径。纵坐标是富集至靶基因的DPCG的数量。(C)胆管 癌中FANCD1和FADCD2基因的突变(来自cbioportal数据库 http://www.cbioportal.org/)。(D)在胆管癌中FANCD1和FADCD2 基因的表达。
如图6所示，高风险组和低风险组之间进行了基因集富集分析 (GSEA)。FDR<0.05被认为是显著的，(A)GSEA对 KEGG_T_CELL_RECEPTOR_SIGNALING_PATHWAY信号通路中的基因的富集。(B)GSEA对 KEGG_NEUROTROPHIN_SIGNALING_PATHWAY中的基因的富 集。(C)GSEA对BIOCARTA_KERATINOCYTE_PATHWAY中的 基因的富集。(D)GSEA对BIOCARTA_IL2RB_PATHWAY中的基 因的富集。(E)GSEA对BIOCARTA_COMP_PATHWAY中的基因 的富集。
表1胆管癌分型与90例临床特征的关系
本发明不局限于上述具体实施方式，本领域一般技术人员根据本 发明公开的内容，可以采用其他多种具体实施方式实施本发明的，或 者凡是采用本发明的设计结构和思路，做简单变化或更改的，都落入 本发明的保护范围。
序列表
<110> 温州医科大学
<120> 一种胆管癌预后测定标志物、检测引物、试剂盒及应用
<130> 0
<160> 10
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列()
<400> 1
Ogaaactctg aagtaaaggc cgga 24
<210> 2
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列()
<400> 2
tgccaggaaa cttcttgctt ga 22
<210> 3
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列()
<400> 3
Ottcctgtga accaccttga 20
<210> 4
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列()
<400> 4
ccagaaacta cctaagcaat cctaa 25
<210> 5
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列()
<400> 5
Otgagcagaa gcctcacgta attag 25
<210> 6
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列()
<400> 6
caggtgtttg aacaactgaa ctgaa 25
<210> 7
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列()
<400> 7
Ogtggacaat ttgtggtgtg gtg 23
<210> 8
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列()
<400> 8
atctgagaaa acatcctgac caca 24
<210> 9
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列()
<400> 9
Oacagttcca agagagccag ga 22
<210> 10
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列()
<400> 10
agttggcttt caccaccagc 20
Claims (7)
1.一种胆管癌预后测定标志物，其特征在于：所述胆管癌预后测定标志物为5个lncRNA，5个lncRNA分别为HULC、AP000943.4、AC006504.8、AC090114.2、AL359715.5。
2.一种如权利要求1所述的胆管癌预后测定标志物的检测引物，其特征在于：所述检测引物的核苷酸序列为SEQ ID NO：1～SEQ ID NO：5。
3.一种胆管癌预后测定试剂盒，其特征在于：所述胆管癌预后测定试剂盒包含权利要求2所述的检测引物。
4.一种如权利要求1所述胆管癌预后测定标志物在胆管癌术后生存预测预后指标检测中的应用，其特征在于：包括：
(1)构建LncRNA和基因差异表达谱，从TCGA数据库下载多个胆管癌样本和正常样本的基因表达谱数据，采用R软件edgeR包进行差异表达显著性分析，通过R中的pheatmap软件包进行无监督的分层聚类并绘制其火山图；
(2)建立LncRNA相关预后预测模型，进行单变量Cox比例风险回归分析筛选与胆管癌总生存期之间相关的LncRNA；
(3)根据预测的LncRNA标志物模型，计算多个风险评分；以中位风险评分作为临界值将患者分为高风险组或低风险组；使用Kaplan-Meier方法生成总生存曲线，并使用双侧对数秩检验比较高风险患者组和低风险患者组之间总生存时间的差异；
(4)单因素Cox回归分析对预后LncRNA标志物以及临床病理特征与患者在整个数据集中的总体生存相关性进行分析；然后进行多因素Cox回归分析；
(5)共表达和功能富集分析，Spearman相关系数计算预测性LncRNAs中的每一种在差异表达显著性蛋白质编码基因之间的相关关系；Spearman相关系数>0.50是与LncRNA相关的DPCG。
5.一种如权利要求1所述胆管癌预后测定标志物在胆管癌发生和进展的分子机制中的应用。
6.一种如权利要求1所述胆管癌预后测定标志物在肿瘤标志物中的应用。
7.一种如权利要求1所述胆管癌预后测定标志物在药物靶标中的应用。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202011179883.9A CN112359110A (zh) | 2020-10-29 | 2020-10-29 | 一种胆管癌预后测定标志物、检测引物、试剂盒及应用 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202011179883.9A CN112359110A (zh) | 2020-10-29 | 2020-10-29 | 一种胆管癌预后测定标志物、检测引物、试剂盒及应用 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN112359110A true CN112359110A (zh) | 2021-02-12 |
Family
ID=74513034
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN202011179883.9A Pending CN112359110A (zh) | 2020-10-29 | 2020-10-29 | 一种胆管癌预后测定标志物、检测引物、试剂盒及应用 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CN (1) | CN112359110A (zh) |
Cited By (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN112831567A (zh) * | 2021-03-04 | 2021-05-25 | 苏州大学 | 一种子宫内膜癌的标志物及其检测试剂盒 |
| CN113429464A (zh) * | 2021-06-22 | 2021-09-24 | 皖南医学院第一附属医院（皖南医学院弋矶山医院） | 一种基于泛癌表达谱筛选出的新型微肽及其应用 |
| CN114388063A (zh) * | 2021-12-31 | 2022-04-22 | 深圳承启生物科技有限公司 | 与肿瘤细胞恶性表型关联的非差异基因及其筛选方法和应用 |
Citations (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN102453713A (zh) * | 2010-10-20 | 2012-05-16 | 中国医学科学院肿瘤研究所 | HULC siRNA及其在制备治疗肝癌的药物中的用途 |
| WO2013134558A1 (en) * | 2012-03-07 | 2013-09-12 | The Texas A & M University System | Cancer treatment targeting non-coding rna overexpression |
| CN107012145A (zh) * | 2017-03-20 | 2017-08-04 | 南京医科大学第二附属医院 | 一种长非编码rna及其在诊断/治疗胆管癌中的应用 |
| CN111748632A (zh) * | 2020-08-04 | 2020-10-09 | 广东省第二人民医院（广东省卫生应急医院） | 一种特征lincRNA表达谱组合及肝癌早期预测方法 |
| CN111748634A (zh) * | 2020-08-04 | 2020-10-09 | 广东省第二人民医院（广东省卫生应急医院） | 一种特征lincRNA表达谱组合及结肠癌的早期预测方法 |
-
2020
- 2020-10-29 CN CN202011179883.9A patent/CN112359110A/zh active Pending
Patent Citations (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN102453713A (zh) * | 2010-10-20 | 2012-05-16 | 中国医学科学院肿瘤研究所 | HULC siRNA及其在制备治疗肝癌的药物中的用途 |
| WO2013134558A1 (en) * | 2012-03-07 | 2013-09-12 | The Texas A & M University System | Cancer treatment targeting non-coding rna overexpression |
| CN107012145A (zh) * | 2017-03-20 | 2017-08-04 | 南京医科大学第二附属医院 | 一种长非编码rna及其在诊断/治疗胆管癌中的应用 |
| CN111748632A (zh) * | 2020-08-04 | 2020-10-09 | 广东省第二人民医院（广东省卫生应急医院） | 一种特征lincRNA表达谱组合及肝癌早期预测方法 |
| CN111748634A (zh) * | 2020-08-04 | 2020-10-09 | 广东省第二人民医院（广东省卫生应急医院） | 一种特征lincRNA表达谱组合及结肠癌的早期预测方法 |
Non-Patent Citations (3)
| Title |
|---|
| CHEN, G: "A NOVEL LNCRNA PANEL IMPROVES THE PREDICTION OF SURVIVAL IN HIGH-RISK CHOLANGIOCARCINOMA", 《ANNUAL MEETING OF THE AMERICAN-ASSOCIATION-FOR-THE-STUDY-OF-LIVER-DISEASES (AASLD) / LIVER MEETING》, 31 October 2019 (2019-10-31), pages 350 * |
| XIAOZAI XIE等: "A novel five-lncRNA signature panel improves high-risk survival prediction in patients with cholangiocarcinoma", 《AGING (ALBANY NY)》, vol. 13, no. 2, 20 January 2021 (2021-01-20), pages 2959 - 2981 * |
| XIAO-ZAI XIE等: "A Novel lncRNA Panel Improves the Prediction of Survival in High-Risk Cholangiocarcinoma", 《SSRN,HTTPS://PAPERS.SSRN.COM/SOL3/DATA_INTEGRITY_NOTICE.CFM?ABID=3255811》, 14 February 2019 (2019-02-14), pages 1 - 13 * |
Cited By (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN112831567A (zh) * | 2021-03-04 | 2021-05-25 | 苏州大学 | 一种子宫内膜癌的标志物及其检测试剂盒 |
| CN113429464A (zh) * | 2021-06-22 | 2021-09-24 | 皖南医学院第一附属医院（皖南医学院弋矶山医院） | 一种基于泛癌表达谱筛选出的新型微肽及其应用 |
| CN113429464B (zh) * | 2021-06-22 | 2022-02-18 | 皖南医学院第一附属医院（皖南医学院弋矶山医院） | 一种基于泛癌表达谱筛选出的新型微肽及其应用 |
| CN114388063A (zh) * | 2021-12-31 | 2022-04-22 | 深圳承启生物科技有限公司 | 与肿瘤细胞恶性表型关联的非差异基因及其筛选方法和应用 |
| CN114388063B (zh) * | 2021-12-31 | 2022-11-29 | 深圳承启生物科技有限公司 | 与肿瘤细胞恶性表型关联的非差异基因及其筛选方法和应用 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Gu et al. | Six-long non-coding RNA signature predicts recurrence-free survival in hepatocellular carcinoma | |
| CN112359110A (zh) | 一种胆管癌预后测定标志物、检测引物、试剂盒及应用 | |
| US20230101485A1 (en) | Methods and systems for detecting colorectal cancer via nucleic acid methylation analysis | |
| Chen et al. | Identification of pathological grade and prognosis‐associated lncRNA for ovarian cancer | |
| CA2915611A1 (en) | Sepsis biomarkers and uses thereof | |
| US20160060704A1 (en) | Methods and Compositions for Diagnosis of Glioblastoma or a Subtype Thereof | |
| US20200010912A1 (en) | Prognostic method for individuals with prostate cancer | |
| US20240084397A1 (en) | Methods and systems for detecting cancer via nucleic acid methylation analysis | |
| Kroezen et al. | Candidate gene association analyses for ketosis resistance in Holsteins | |
| Gupta et al. | Long noncoding RNAs associated with phenotypic severity in multiple sclerosis | |
| KR20170113239A (ko) | 전립선암과 관련된 단일염기다형성 및 이를 이용한 유전 위험도 점수의 개발 | |
| Chen et al. | Predicting potential biomarkers and immune infiltration characteristics in heart failure | |
| US20240229158A1 (en) | Dna methylation biomarkers for hepatocellular carcinoma | |
| CN115873947A (zh) | 一种鼻咽癌遗传风险评估系统 | |
| Zeng et al. | Single cell RNA-seq data and bulk gene profiles reveal a novel signature of disease progression in multiple myeloma | |
| Li et al. | N6-methyladenosine-associated genetic variants in NECTIN2 and HPCAL1 are risk factors for abdominal aortic aneurysm | |
| CN109609642B (zh) | 一种检测上皮性卵巢癌易感性的试剂盒 | |
| CN109097466B (zh) | 与主动脉夹层疾病相关的snp位点及其应用 | |
| Wang et al. | A potential prognostic prediction model for metastatic osteosarcoma based on bioinformatics analysis | |
| Yamasan et al. | Unveiling miRNA Biomarkers for Hypertrophic Cardiomyopathy through Integrated Bioinformatics and Machine Learning Analysis | |
| CN116863994A (zh) | 长链非编码核糖核酸自噬影响神经胶质瘤的预后模型的构建方法 | |
| CN118006786A (zh) | 子宫内膜癌坏死性凋亡相关的miRNA预后标志物及风险评估模型 | |
| CN118629616A (zh) | 一种利用电脑检测肝癌早期复发的方法 | |
| CN114231637A (zh) | 一种用于肺癌辅助诊断的snp标志物及试剂盒 | |
| Zeng et al. | Single Cell RNA-seq Data and Bulk Gene Pro les Reveal a Novel Signature of Disease Progression in Multiple Myeloma |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PB01 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| RJ01 | Rejection of invention patent application after publication | ||
| RJ01 | Rejection of invention patent application after publication |
Application publication date: 20210212 |