CN112203638A - 用于治疗假单胞菌感染的噬菌体组合物 - Google Patents

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S·P·莫拉莱斯
G·梅尔恩斯
D·A·兰金
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Amata Pharmaceutical Co ltd
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Abstract

本发明涉及噬菌体组合物及其在医学和非医学应用中的用途，特别是治疗假单胞菌感染。

Description

用于治疗假单胞菌感染的噬菌体组合物
交叉引用的申请
本申请要求于2018年1月2日提交的美国临时申请No.62/613,049、于2018年5月31日提交的美国临时申请No.62/678,600和于2018年9月14日提交的美国临时申请No.62/731,774的优先权，这些临时申请通过引用完整地结合于此。
序列表
本申请含有序列表，其已经以ASCII格式电子提交并且由此通过引用完整地结合于此。所述ASCII副本于2019年1月2日创建，命名为054249-501001WO_Sequence_Listing_ST25并且大小为592千字节。
技术领域
本发明涉及噬菌体、噬菌体组合物、及其在医学和非医学应用中的用途。
背景技术
抗菌剂(典型地为小分子(化学)抗生素的形式，诸如青霉素或四环素)的普遍使用已经导致耐受抗生素的细菌菌株的巨大增加。赋予抗生素抗性的突变或编码抗生素抗性酶的基因在全世界在病原菌中正变得愈加普遍，
铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)是一种严重的机会致病菌病原体。由铜绿假单胞菌导致的感染包括菌血症、肺炎、外耳炎和中耳炎以及其他耳部感染和人的其他局部感染，包括铜绿假单胞菌性角膜炎(Pseudomonas keratitis)和假单胞菌性毛囊炎(Pseudomonas folliculitis)；人的烧伤和皮肤移植物感染；医院获得性感染(hospital-acquired infections)；和囊性纤维化(CF)患者中的肺部感染。由于铜绿假单胞菌对抗生素的抗性，铜绿假单胞菌是臭名远扬的，并且因此由铜绿假单胞菌导致的感染可以是难以治疗的。
仍然需要提供小分子抗生素的备选治疗剂，以解决病原菌菌株中抗生素抗性的问题。
发明内容
本文提供了用于治疗细菌感染的组合物和方法。本文提供了噬菌体，包括非天然存在的噬菌体，及其组合物。该组合物可以包括一种或多种专性裂解性噬菌体和任选地冷冻保护剂。在一些方面，噬菌体包括核酸序列，或具有包括核苷酸序列的基因组，所述核苷酸序列与以下中任一具有至少76％同一性：SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7或SEQ ID NO:8。此类变体噬菌体可以具有针对假单胞菌(Pseudomonas)的裂解能力。在一些实施方案中，该序列与SEQ ID NO:1-8中的一个或多个不具有100％序列同一性，而是具有76％至99.9％的序列同一性。在一些情形中，每种单个噬菌体不易于普遍性转导和/或不携带抗生素抗性基因。在一些实施方案中，一种或多种噬菌体不是天然存在的。本文所述的噬菌体和组合物具有广谱宿主并且能够靶向广泛范围的临床相关假单胞菌分离株。此外，本文所述的组合物已经显示在治疗细菌感染(例如，肺部感染、菌血症和其他假单胞菌感染)中特别有效。噬菌体组合物可以是常规抗菌剂/治疗剂的备选方案，并且克服了与常规抗菌剂/治疗剂相关的一个或多个问题。在一些方面，噬菌体组合物可以用作联合治疗或者与常规抗菌剂/治疗剂组合使用。
在一个方面，本文提供了噬菌体组合物，其包括一种或多种选自以下的噬菌体：Pa223(以ECACC保藏编号:17062002保藏)、Pa222(以ECACC保藏编号:17062003保藏)、Pa193(以ECACC保藏编号:17062004保藏)和Pa204(以ECACC保藏编号:17062006保藏)，和包括突变体的噬菌体(其与SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7或SEQ ID NO:8中任何一个具有76％-100％同一性(和其中的所有子值和子范围，包括端点))。在一些情形中，一种或多种或全部的单个噬菌体不易于普遍性转导和/或不携带抗生素抗性基因。在一些实施方案中，所述组合物的目标细菌范围宽于所述组合物中任何单个噬菌体的范围或组合物中单个噬菌体的总和。在一些情形中，每种单个的噬菌体不易于普遍性转导和/或不携带抗生素抗性基因。在一些实施方案中，一种或多种噬菌体不是天然存在的。组合物可以基本上不含细菌组分如细菌内毒素、细菌宿主蛋白等。
在一个方面，本文提供了噬菌体组合物。该组合物可以包括一种或多种感染并裂解假单胞菌的专性裂解性噬菌体。噬菌体可以具有或包括多核苷酸序列，所述多核苷酸序列选自：SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7或SEQ ID NO:8，和噬菌体或突变体(其与SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7和SEQ ID NO:8中任何一个具有至少76％的同一性)。在一些情形中，每种单个噬菌体不易于普遍性转导和/或不携带抗生素抗性基因。在一些实施方案中，所述组合物的目标细菌范围宽于所述组合物中任何单个噬菌体的范围或组合物中单个噬菌体的总和。在一些情形中，每种单个的噬菌体不易于普遍性转导和/或不携带抗生素抗性基因。在一些实施方案中，一种或多种噬菌体不是天然存在的。组合物可以基本上不含细菌组分如细菌内毒素、细菌宿主蛋白等。
在一方面，本文提供了噬菌体，其具有选自以下的基因多核苷酸序列：SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7或SEQ ID NO:8，和噬菌体或突变体(其与SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ IDNO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7和SEQ ID NO:8中任何一个具有至少76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.9％或99.99％的同一性)。在一些实施方案中，一种或多种噬菌体不是天然存在的。
在另一方面，提供了用作药物或用于治疗与铜绿假单胞菌相关的细菌疾病的噬菌体组合物。考虑本文提供的任何组合物用于治疗诸如铜绿假单胞菌感染的疾病或病症。在一些实施方案中，一种或多种噬菌体不是天然存在的。在一些实施方案中，组合物可以包括至少一种天然存在的噬菌体。也提供了对应的治疗疾病的方法，包括向受试者施用所述噬菌体组合物。根据本段的组合物可以包括例如一种或多种本文所述的噬菌体，包括Pa223、Pa222、Pa193、Pa204、Pa197、Pa224、Pa226、Pa225和Pa167中的一种或多种。根据本段的组合物可以包括例如一种或多种包含与SEQ ID NOs:1-8中一个或多个具有76％-100％核酸序列同一性的核酸的噬菌体。在一些实施方案中，一种或多种噬菌体不是天然存在的。
在一方面，本文提供了噬菌体组合物用于治疗假单胞菌感染的使用方法。假单胞菌感染可以是铜绿假单胞菌感染。假单胞菌感染可以是导致以下的感染：鼻窦感染(sinusinfection)，鼻感染，呼吸道感染，肺部感染，尿路感染，腹腔内感染，败血症，和/或菌血症。假单胞菌感染可以是导致肺部感染的感染。前面段落或本文其他部分描述的噬菌体和组合物可以用于上述方法。在一些实施方案中，一种或多种噬菌体不是天然存在的。
在一方面，本文提供了组合物在制备用于治疗细菌感染的药物中的使用方法。假单胞菌感染可以是铜绿假单胞菌感染。假单胞菌感染可以是导致以下的感染：鼻窦感染，鼻感染，呼吸道感染，肺部感染，尿路感染，腹腔内感染，或菌血症。假单胞菌感染可以是导致鼻窦炎的感染。前面段落或本文其他部分描述的噬菌体和组合物可以用于上述方法和用途。在一些实施方案中，一种或多种噬菌体不是天然存在的。
在一方面，本文提供了治疗具有细菌感染的人的方法，包括向所述人施用包括一种或多种不同的感染并裂解铜绿假单胞菌细菌的噬菌体的组合物。所述噬菌体中至少一种可以具有核酸或基因组，所述核酸或基因组可以包括选自以下中一个或多个的多核苷酸序列：SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8或与SEQ ID NOS:1-8中任一具有至少76％同一性的序列。在一些方面，所述噬菌体中的一种或多种不是天然存在的。所述方法可以包括选择具有铜绿假单胞菌感染的患者。所述患者可以是对铜绿假单胞菌的抗生素治疗具有耐药性的患者。在一些实施方案中，一种或多种噬菌体不是天然存在的。
一方面，本文提供了治疗具有证实的铜绿假单胞菌感染的细菌感染的方法，以及向人施用包括一种或多种不同的感染并裂解铜绿假单胞菌的噬菌体的组合物的方法。所述噬菌体中至少一种可以包括包含核苷酸序列的核酸，所述核苷酸序列选自以下中的一个或多个：SEQ ID NO:1(Pa193，以ECACC保藏编号:17062004保藏)、SEQ ID NO:2(Pa204，以ECACC保藏编号:17062006保藏)、SEQ ID NO:3(Pa222，以ECACC保藏编号:17062003保藏)、SEQ ID NO:4(Pa223，以ECACC保藏编号:17062002保藏)、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQID NO:7、SEQ ID NO:8或与SEQ ID NOS:1-8中任一具有至少76％同一性的序列。在一些方面，组合物的目标细菌范围宽于组合物中任何单个噬菌体的范围或组合物中单个噬菌体的总和。在一些实施方案中，一种或多种噬菌体不是天然存在的。该组合物可以基本上不含细菌组分诸如细菌内毒素、细菌宿主蛋白等。
在一方面，本文提供了改变人的微生物菌群的方法，包括向所述人施用组合物，所述组合物包括一种或多种不同的具有针对铜绿假单胞菌的裂解性活性的噬菌体。所述一种或多种不同的噬菌体选自具有这样的核酸或基因组的噬菌体，所述核酸或基因组包括以下任一种核苷酸序列：SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8或与SEQ ID NOS:1-8中任一具有至少76％同一性的序列。在一些方面，所述噬菌体中的一种或多种不是天然存在的。所述方法可以包括选择具有铜绿假单胞菌感染的患者。
另一方面涉及例如用于治疗受试者中细菌感染的噬菌体组合物，其中所述噬菌体组合物被施用于所述受试者，并且其中所述细菌感染包括假单胞菌(例如，铜绿假单胞菌)感染。前面段落或本文其他部分描述的噬菌体和组合物可以用于上述治疗方法和用途。在一些实施方案中，一种或多种噬菌体不是天然存在的。
一些方面涉及本文所述的任何组合物在治疗人的铜绿假单胞菌感染中的用途。所述用途可以包括例如将一种或多种不同的噬菌体的组合物施用于所述人；其中所述一种或多种噬菌体中至少一种包含核酸序列，所述核酸序列包含选自以下组成的组的多核苷酸序列：SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8，和与SEQ ID NOS:1-8中任一具有至少76％同一性的序列。在一些用途中，所述一种或多种噬菌体不是天然存在的。
一些方面涉及本文所述的任何组合物在治疗人的证实的非肺部铜绿假单胞菌感染中的用途。所述用途可以包括治疗，所述治疗包括将组合物施用于所述人，所述组合物包含至少两种包含核酸或基因组的噬菌体，所述核酸或基因组包括选自以下组成的组的多核苷酸序列：SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ IDNO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10和与SEQ ID NOS:1-8中任一具有至少76％同一性的序列，其中所述感染不是肺部铜绿假单胞菌感染。在一些用途中，所述一种或多种噬菌体不是天然存在的。
在一方面，本文提供了包括噬菌体组合物和关于其使用的使用说明的试剂盒。
附图说明
现在将仅通过举例的方式参考下列附图和实施例描述实施方案。
图1显示了在铜绿假单胞菌肺部感染的鼠模型中各种治疗的功效。用本文所述的四种噬菌体混合物治疗在减少肺菌落形成单位(细菌负荷)方面与美罗培南(meropenem)抗生素治疗具有等价的功效。低于检测极限的值被设定为检测极限以避免在统计学分析中的过度偏离。
图2是显示了噬菌体候选物的单拷贝基因组相似性(其以(核苷酸同一性百分比)表示)的汇总图表。在每个格子中，数值是横跨全部比对的同一性百分比。由空位(gap)补足的比对的百分比分别在括号中通过这些空位占总同一性的百分比报道。
具体实施方式
应当理解，本发明不限于所描述的具体实施方案，并且因此当然可以改变。还应理解，本文所用的术语是仅为了描述具体实施方案的目的，并且不意欲是限制性的，因为本发明的范围将仅受后附权利要求的限制。
本文详述分成各个部分仅仅为了读者方便，并且在任何部分存的内容可以与另一部分存在的内容组合。除非另外指出，本文所用的所有技术和科学术语具有的含义与本发明所属领域的普通技术人员通常理解的含义相同。
定义
必须注意的是，除非上下文另有明确说明，如本文和所附权利要求中所使用的，单数形式“一个”、“一种”和“这种”包括复数指代。因此，例如，提及“一种噬菌体”包括多种噬菌体。
如本文所用，当在数字名称例如温度、时间、量、浓度等等(包括范围)之前使用的术语“大约”表示可以以(+)或(-)10％、5％或1％变化的近似值。
当在本文中列出一个范围(例如，剂量范围)时，应当理解，该值可以包括在所述范围内的任何单个值或范围，包括端点。
如本文所用的术语“突变体”或“变体”是指与Pa223(以ECACC保藏编号:17062002保藏)、Pa222(以ECACC保藏编号:17062003保藏)、Pa193(以ECACC保藏编号:17062004)保藏和Pa204(以ECACC保藏编号:17062006保藏)在基因上有一个或多个核苷酸不同但仍保留感染并裂解假单胞菌(例如，铜绿假单胞菌)目标细菌的能力的噬菌体。突变体典型地包括例如沉默突变、保守突变、微小缺失(minor deletion)和/或遗传物质的微小复制，并且保持参照噬菌体的表型特征。在一个实施方案中，突变体保留任何可观察的特征或性质(这取决于本文所述的噬菌体的基因组)，即所述噬菌体的表型特征和/或针对假单胞菌菌株的裂解性活性。优选的突变体是这样的突变体，所述突变体与参照噬菌体的基因组相比具有小于30％的核酸改变，甚至更优选小于20％，更优选小于10％的核酸改变。备选地或组合地，与参照噬菌体的多肽相比，在编码的多肽序列中突变体具有优选小于30％的氨基酸改变。当与Pa223(SEQ ID NO:4，以ECACC保藏编号:17062002保藏)、Pa222(SEQ ID NO:3，以ECACC保藏编号:17062003保藏)、Pa193(SEQ ID NO:1，以ECACC保藏编号:17062004保藏)和Pa204(SEQ ID NO:2，以ECACC保藏编号:17062006保藏)中任一相比在整个基因组上在一个或多个核苷酸处具有小于30％核酸改变但是仍然保留感染并裂解假单胞菌(例如，铜绿假单胞菌)目标细菌的能力的噬菌体的实例包括Pa197(SEQ ID NO:5)、Pa224(SEQ ID NO:6)、Pa225(SEQ ID NO:7)和Pa226(SEQ ID NO:8)(参见图2)。
关于核酸或氨基酸序列的术语“％同一性”或“％序列同一性”表示在所述序列之间的同一性或同源性的水平，并且可以通过本领域已知的技术确定。各种各样的序列比对方法中的任一种可以用于确定同一性百分比，包括但不限于全局方法、局部方法和杂交方法，诸如分段法(segment approach methods)。确定同一性百分比的方案是本领域技术人员范围内的常规程序。全局方法从分子的开始到结束比对序列，并通过将各个核苷酸对的分数相加以及通过施加空位罚分来确定最佳比对。非限制性方法包括例如CLUSTAL W，参见例如Julie D.Thompson等，CLUSTAL W:Improving the Sensitivity of ProgressiveMultiple Sequence Alignment Through Sequence Weighting,Position-Specific GapPenalties and Weight Matrix Choice,22(22)Nucleic Acids Research 4673-4680(1994)；和迭代细化。非限制性方法包括例如BLAST、Match-box，参见例如Align-M，参见例如，Ivo Van Walle等，Align-M-A New Algorithm for Multiple Alignment of HighlyDivergent Sequences，20(9)Bioinformatics:1428-1435(2004)。该定义也参考或者可适用于测试序列的编撰。该定义还包括具有缺失和/或添加的序列以及具有取代的那些。如下所述，优选的算法可以说明空位等。优选地，同一性在长度为至少大约100个核苷酸的区域上存在，优选在长度为100-1000或更多个核苷酸的区域上或更优选在基本上是整个基因组的区域上存在。如始终提及，一些方面涉及与本文所述的特定菌株和序列具有序列同一性的噬菌体，涉及其组合物，和涉及使用其的方法。例如，本文的一些方面涉及与噬菌体(例如Pa223、Pa222、Pa193、Pa204、Pa197、Pa224、Pa225和Pa226)或本文所述的序列(例如SEQ IDNO.1-8)具有76％-100％序列同一性的噬菌体。所述同一性可以是至少大约76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.9％或99.99％。噬菌体变体可以具有感染和/或裂解假单胞菌如铜绿假单胞菌的能力。
本文所用的术语“互补(complementation)”是指具有特定基因组的噬菌体补偿具有不同基因组的不同的相异的噬菌体的能力。更具体地，(目标细菌的)噬菌体不敏感突变体菌落可以对于特定噬菌体产生，但仍然可以对于另外的噬菌体敏感。换句话说，对于一种噬菌体产生的抗噬菌体突变体细菌仍然对于另一噬菌体敏感。
本文所用的术语“普遍性转导”是指这样的过程，通过该过程任何细菌DNA可以经由噬菌体转移至另一细菌。这是稀有事件；非常小百分比的噬菌体颗粒偶尔携带供体细菌的DNA，大约10,000个中有1个噬菌体。本质上，这是将细菌DNA包装到病毒包膜中。
本文所用的术语“治疗(treat或treating)”意欲包括预防性治疗(例如，防止疾病发作)以及矫正治疗(治疗已经患有疾病的受试者)。
术语“裂解性”或“裂解性活性”表示噬菌体导致细菌细胞裂解的性质。噬菌体的裂解性活性可以根据本领域已知的技术在细菌(例如，铜绿假单胞菌菌株)上测试。当噬菌体已经感染细胞、复制新噬菌体颗粒并从宿主细胞膜中释放时发生的过程称为裂解周期。一些噬菌体显示溶原周期，在此期间由于噬菌体过程的主动抑制，噬菌体DNA实际上保持休眠。当细菌分裂时，噬菌体的DNA也复制。由此，病毒可以在其宿主中持续复制而不裂解宿主。在某个点，条件可能变化并且噬菌体进入裂解周期。“专性裂解”是指不能经历溶原周期的噬菌体。
用途或方法典型地包括向受试者施用本文所述的噬菌体组合物。如本文所用，“受试者”是哺乳动物，诸如人或其他动物。优选地，所述受试者是人。
本文所用的术语“分离的”表示噬菌体从其天然存在的原始环境中移出。具体地，分离的噬菌体是例如与其天然位于的环境中分开培育的或培养的。本文的一些方面涉及分离的噬菌体(单独地和/或共同的)、其组合物和使用其治疗假单胞菌感染的方法。分离的噬菌体包括但不限于本文特别描述和列出的那些和本文所述的序列变体。
本文所用的术语“纯化的”表示噬菌体从制造宿主细菌中移出。具体地，纯化的噬菌体将生产杂质诸如细菌组分从其制造或生产环境中去除。细菌组分包括但不限于细菌宿主蛋白、脂质和/或细菌内毒素。术语“纯化的”也可以是指基因纯化，其中噬菌体株在遗传上是同质的。本文的一些方面涉及纯化的噬菌体(单独地和/或共同的)、其组合物和使用其治疗假单胞菌感染的方法。纯化的噬菌体包括但不限于本文特别描述和列出的那些和本文所述的序列变体。
本文所用的术语“基本上纯化的”是指组合物含有少于1％、少于0.1％、少于0.001％或无可检测量的污染物如宿主细菌蛋白或内毒素。此外，如本文所用，当用于描述噬菌体株时术语“基本上纯的”是指组合物的基因纯度，使得株系大于99％、大于99.9％、大于99.999％或100％是一种特定核酸序列(例如，基因组序列)。本文的一些方面涉及基本上纯化的噬菌体(单独地和/或共同的)、其组合物和使用其治疗假单胞菌感染的方法。基本上纯化的噬菌体包括但不限于本文特别描述和列出的那些和本文所述的序列变体。
典型地，当样品中至少80％、更优选至少85％、更优选至少90％、更优选至少95％、更优选至少98％或最优选至少99％的总物质(按体积计、按湿重或干重计或按摩尔百分比或摩尔分数计)不含杂质或遗传变体时，组合物是基本上纯的。
本文所用的术语“基本上不含”可以是指具有少于10％的待排除的物质的某物。例如，0.01％至10％不含，包括其中的任何子值和子范围。例如，0.01、0.02、0.03、0.04、0.05、0.06、0.07、0.08、0.09、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10％。
术语“受试者”或“患者”是指人或非人动物。优选地，受试者或患者需要用本文所述的组合物治疗，例如具有对组合物治疗敏感的细菌感染。
本文所用的“协同量”是指第一个量(例如，一种噬菌体)和第二个量(例如，不同噬菌体)的总和导致协同作用(即，大于累加作用的效果)。因此，术语“协同”、“协同作用”、“协同的”、“组合的协同量”和“协同的治疗效果”在本文中可互换使用，是指组合施用的化合物的测量的效果，其中测量的效果大于每个本文提供的化合物作为单个试剂单独施用的单独效果的总和。
以下定义另外的术语和短语。
噬菌体组合物
在一方面，本文提供了噬菌体组合物，其包括一种或多种专性裂解性噬菌体，所述噬菌体感染并裂解选自以下的假单胞菌：Pa223(以ECACC保藏编号:17062002保藏)、Pa222(以ECACC保藏编号:17062003保藏)、Pa193(以ECACC保藏编号:17062004保藏)和Pa204(以ECACC保藏编号:17062006保藏)和具有与SEQ ID NO:1-8中一个或多个具有至少76％同一性的基因组序列的突变体。在一些情形中，一种或多种或全部的单个噬菌体不易于普遍性转导和/或不携带抗生素抗性基因。在一些实施方案中，所述组合物的目标细菌范围宽于所述组合物中任何单个噬菌体的范围或组合物中单个噬菌体的总和。在一些情形中，每种单个的噬菌体不易于普遍性转导和/或不携带抗生素抗性基因。在一些实施方案中，一种或多种噬菌体不是天然存在的。组合物可以基本上不含细菌组分如细菌内毒素、细菌宿主蛋白等。
在实施方案中，与SEQ ID NO:1-8中一个或多个相比，Pa223、Pa222、Pa193或Pa204的突变体在基因组序列方面差别多至大约30％、多至大约20％、多至大约10％、多至大约9％、多至大约8％、多至大约7％、多至大约6％、多至大约5％、多至大约4％、多至大约3％、多至大约2％或多至大约1％。在一个实施方案中，噬菌体组合物包括一种或多种另外的噬菌体。本文公开的噬菌体及其突变体用于治疗细菌感染，特别是假单胞菌感染。
噬菌体Pa223(以ECACC保藏编号:17062002保藏)、Pa222(以ECACC保藏编号:17062003保藏)、Pa193(以ECACC保藏编号:17062004保藏)和Pa204(以ECACC保藏编号:17062006保藏)于2017年6月20日保藏于欧洲动物细胞保藏中心(European Collection ofCell Cultures，ECACC)(Culture Collections,Public Health England,Porton Down,Salisbury,Wiltshire,SP4 0JG,英国)。所有这些保藏都是按照国际承认用于专利程序的微生物保存布达佩斯条约的规定进行的。
在实施方案中，噬菌体组合物包括至少两种选自以下的噬菌体：Pa223(以ECACC保藏编号:17062002保藏)、Pa222(以ECACC保藏编号:17062003保藏)、Pa193(以ECACC保藏编号:17062004保藏)和Pa204(以ECACC保藏编号:17062006保藏)，以及与Pa223、Pa222、Pa193或Pa204的基因组序列具有至少76％同一性的突变体。包括两种或更多种噬菌体的噬菌体组合物在本文中可以称为噬菌体“组(panel)”。
在实施方案中，噬菌体组合物包括至少三种选自以下的噬菌体：Pa223(以ECACC保藏编号:17062002保藏)、Pa222(以ECACC保藏编号:17062003保藏)、Pa193(以ECACC保藏编号:17062004保藏)和Pa204(以ECACC保藏编号:17062006保藏)，以及与Pa223、Pa222、Pa193或Pa204的基因组序列具有至少76％同一性的突变体。
在实施方案中，噬菌体组合物包括一种选自以下的噬菌体：Pa223(以ECACC保藏编号:17062002保藏)、Pa222(以ECACC保藏编号:17062003保藏)、Pa193(以ECACC保藏编号:17062004保藏)和Pa204(以ECACC保藏编号:17062006保藏)，以及与Pa223、Pa222、Pa193或Pa204的基因组序列具有至少76％同一性的突变体。在实施方案中，噬菌体组合物包括两种选自以下的噬菌体：Pa223(以ECACC保藏编号:17062002保藏)、Pa222(以ECACC保藏编号:17062003保藏)、Pa193(以ECACC保藏编号:17062004保藏)和Pa204(以ECACC保藏编号:17062006保藏)，以及与Pa223、Pa222、Pa193或Pa204的基因组序列具有至少76％同一性的突变体。在实施方案中，噬菌体组合物包括三种选自以下的噬菌体：Pa223(以ECACC保藏编号:17062002保藏)、Pa222(以ECACC保藏编号:17062003保藏)、Pa193(以ECACC保藏编号:17062004保藏)和Pa204(以ECACC保藏编号:17062006保藏)，以及与Pa223、Pa222、Pa193或Pa204的基因组序列具有至少76％同一性的突变体。在实施方案中，噬菌体组合物包括四种选自以下的噬菌体：Pa223(以ECACC保藏编号:17062002保藏)、Pa222(以ECACC保藏编号:17062003保藏)、Pa193(以ECACC保藏编号:17062004保藏)和Pa204(以ECACC保藏编号:17062006保藏)，和与Pa223、Pa222、Pa193或Pa204的基因组序列具有至少76％同一性的突变体。
在实施方案中，噬菌体组合物包括以下中的每一种：Pa223或与其基因组序列具有至少90％同一性的突变体、Pa222或与其基因组序列具有至少90％同一性的突变体、Pa193或与其基因组序列具有至少90％同一性的突变体和Pa204或与其基因组序列具有至少90％同一性的突变体。
在实施方案中，噬菌体组合物包括以下中的一种或多种(例如，两种或更多种)：Pa223(以ECACC保藏编号:17062002保藏)、Pa222(以ECACC保藏编号:17062003保藏)、Pa193(以ECACC保藏编号:17062004保藏)和Pa204(以ECACC保藏编号:17062006保藏)。在实施方案中，噬菌体组合物包括以下中的两种或更多种：Pa223(以ECACC保藏编号:17062002保藏)、Pa222(以ECACC保藏编号:17062003保藏)、Pa193(以ECACC保藏编号:17062004保藏)和Pa204(以ECACC保藏编号:17062006保藏)。在其他实施方案中，噬菌体组合物包括以下中的三种或更多种：Pa223(以ECACC保藏编号:17062002保藏)、Pa222(以ECACC保藏编号:17062003保藏)、Pa193(以ECACC保藏编号:17062004保藏)和Pa204(以ECACC保藏编号:17062006保藏)。在实施方案中，噬菌体组合物包括Pa223(以ECACC保藏编号:17062002保藏)、Pa222(以ECACC保藏编号:17062003保藏)、Pa193(以ECACC保藏编号:17062004保藏)和Pa204(以ECACC保藏编号:17062006保藏)。
在实施方案中，噬菌体组合物基本上由以下组成：Pa223(以ECACC保藏编号:17062002保藏)、Pa222(以ECACC保藏编号:17062003保藏)、Pa193(以ECACC保藏编号:17062004保藏)和Pa204(以ECACC保藏编号:17062006保藏)或其突变体。在一个实施方案中，噬菌体组合物基本上由Pa223(以ECACC保藏编号:17062002保藏)、Pa222(以ECACC保藏编号:17062003保藏)、Pa193(以ECACC保藏编号:17062004保藏)和Pa204(以ECACC保藏编号:17062006保藏)组成。
在实施方案中，组合物中的唯一噬菌体是Pa223(以ECACC保藏编号:17062002保藏)、Pa222(以ECACC保藏编号:17062003保藏)、Pa193(以ECACC保藏编号:17062004保藏)、Pa204(以ECACC保藏编号:17062006保藏)和/或与Pa223、Pa222、Pa193或Pa204的基因组序列具有至少76％同一性的一种或多种突变体。在实施方案中，组合物中的靶向假单胞菌的唯一噬菌体是Pa223(以ECACC保藏编号:17062002保藏)、Pa222(以ECACC保藏编号:17062003保藏)、Pa193(以ECACC保藏编号:17062004保藏)、Pa204(以ECACC保藏编号:17062006保藏)和/或与Pa223、Pa222、Pa193或Pa204的基因组序列具有至少76％同一性的一种或多种突变体。在实施方案中，组合物中的靶向铜绿假单胞菌的唯一噬菌体是Pa223(以ECACC保藏编号:17062002保藏)、Pa222(以ECACC保藏编号:17062003保藏)、Pa193(以ECACC保藏编号:17062004保藏)、Pa204(以ECACC保藏编号:17062006保藏)和/或与Pa223、Pa222、Pa193或Pa204的基因组序列具有至少76％同一性的一种或多种突变体。
在一方面，本文提供了噬菌体组合物，其包括一种或多种感染并裂解假单胞菌的专性裂解性噬菌体，所述噬菌体选自：Pa223(SEQ ID NO:4，以ECACC保藏编号:17062002保藏)、Pa222(SEQ ID NO:3，以ECACC保藏编号:17062003保藏)、Pa193(SEQ ID NO:1，以ECACC保藏编号:17062004保藏)和Pa204(SEQ ID NO:2，以ECACC保藏编号:17062006保藏)。每种单个噬菌体不易于普遍性转导和不携带抗生素抗性基因，并且组合物基本上不含细菌组分。噬菌体组合物可以是常规抗菌剂/治疗剂的备选方案，并且克服了与常规抗菌剂/治疗剂相关的一个或多个问题。在一些方面，噬菌体组合物可以用作联合治疗或者与常规抗菌剂/治疗剂组合使用。
在实施方案中，噬菌体组合物包括以下中的一种或多种(例如，两种或更多种)：Pa223(以ECACC保藏编号:17062002保藏)、Pa222(以ECACC保藏编号:17062003保藏)、Pa193(以ECACC保藏编号:17062004保藏)和Pa204(以ECACC保藏编号:17062006保藏)。在实施方案中，噬菌体组合物包括以下中的两种或更多种：Pa223(以ECACC保藏编号:17062002保藏)、Pa222(以ECACC保藏编号:17062003保藏)、Pa193(以ECACC保藏编号:17062004保藏)和Pa204(以ECACC保藏编号:17062006保藏)。在其他实施方案中，噬菌体组合物包括以下中的三种或更多种：Pa223(以ECACC保藏编号:17062002保藏)、Pa222(以ECACC保藏编号:17062003保藏)、Pa193(以ECACC保藏编号:17062004保藏)和Pa204(以ECACC保藏编号:17062006保藏)。在实施方案中，噬菌体组合物包括Pa223(以ECACC保藏编号:17062002保藏)、Pa222(以ECACC保藏编号:17062003保藏)、Pa193(以ECACC保藏编号:17062004保藏)和Pa204(以ECACC保藏编号:17062006保藏)。
在一方面，本文提供了噬菌体组合物，其包括一种或多种感染并裂解假单胞菌的专性裂解性噬菌体，所述噬菌体具有选自以下的多核苷酸序列：SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4和与SEQ ID NO:1-8中一个或多个具有至少76％同一性的突变体。每种单个噬菌体不易于普遍性转导和不携带抗生素抗性基因，并且组合物基本上不含细菌组分。噬菌体组合物可以是常规抗菌剂/治疗剂的备选方案，并且克服了与常规抗菌剂/治疗剂相关的一个或多个问题。在一些方面，噬菌体组合物可以用作联合治疗或者与常规抗菌剂/治疗剂组合使用。
在实施方案中，噬菌体组合物包括至少两种具有选自以下的多核苷酸序列的噬菌体：SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4和与SEQ ID NO:1-8中一个或多个具有至少76％同一性的突变体。在实施方案中，噬菌体组合物包括至少三种具有选自以下的多核苷酸序列的噬菌体：SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4和与SEQ ID NO:1-8中一个或多个具有至少76％同一性的突变体。在实施方案中，噬菌体组合物包括一种具有选自以下的多核苷酸序列的噬菌体：SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4和与SEQ ID NO:1-8中一个或多个具有至少76％同一性的突变体。在实施方案中，噬菌体组合物包括两种具有选自以下的多核苷酸序列的噬菌体：SEQ ID NO:1、SEQID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4和与SEQ ID NO:1-8中一个或多个具有至少76％同一性的突变体。在实施方案中，噬菌体组合物包括三种具有选自以下的多核苷酸序列的噬菌体：SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4和与SEQ ID NO:1-8中一个或多个具有至少76％同一性的突变体。在实施方案中，噬菌体组合物包括四种具有选自以下的多核苷酸序列的噬菌体：SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4和与SEQID NO:1-8中一个或多个具有至少76％同一性的突变体。
在实施方案中，噬菌体组合物包括两种或更多种具有选自以下的多核苷酸序列的噬菌体：SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4和与SEQ ID NO:1-8中一个或多个具有至少76％同一性的突变体。在实施方案中，噬菌体组合物包括三种或更多种具有选自以下的多核苷酸序列的噬菌体：SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ IDNO:4和与SEQ ID NO:1-8中一个或多个具有至少76％同一性的突变体。在实施方案中，噬菌体组合物包括一种具有选自以下的多核苷酸序列的噬菌体：SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4和与其具有至少76％同一性的突变体。在实施方案中，噬菌体组合物包括两种具有选自以下的多核苷酸序列的噬菌体：SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ IDNO:3、SEQ ID NO:4和与SEQ ID NO:1-8中一个或多个具有至少76％同一性的突变体。在实施方案中，噬菌体组合物包括三种具有选自以下的多核苷酸序列的噬菌体：SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4和与SEQ ID NO:1-8中一个或多个具有至少76％同一性的突变体。在实施方案中，噬菌体组合物包括四种具有选自以下的多核苷酸序列的噬菌体：SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4和与SEQ ID NO:1-8中一个或多个具有至少76％同一性的突变体。在实施方案中，噬菌体组合物包括具有选自以下的多核苷酸序列的噬菌体：SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4和与SEQID NO:1-8中一个或多个具有至少76％同一性的突变体。
在一方面，本文提供了噬菌体组合物，其包括一种或多种感染并裂解假单胞菌的专性裂解性噬菌体，所述噬菌体具有选自以下的多核苷酸序列：SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7和SEQ ID NO:8。在一些情形中，每种单个噬菌体不易于普遍性转导和/或不携带抗生素抗性基因。在一些实施方案中，一种或多种噬菌体不是天然存在的。在一些实施方案中，所述组合物的目标细菌范围宽于所述组合物中任何单个噬菌体的范围或组合物中单个噬菌体的总和。在一些实施方案中，组合物中的一种或多种噬菌体不是天然存在的。
在实施方案中，噬菌体组合物包括至少两种具有选自SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7和SEQ ID NO:8的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方案中，噬菌体组合物包括至少三种具有选自SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7和SEQID NO:8的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方案中，噬菌体组合物包括一种具有选自SEQ IDNO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7和SEQ ID NO:8的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方案中，噬菌体组合物包括两种具有选自SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQID NO:7和SEQ ID NO:8的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方案中，噬菌体组合物包括三种具有选自SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ IDNO:6、SEQ ID NO:7和SEQ ID NO:8的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方案中，噬菌体组合物包括四种具有选自SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7和SEQ ID NO:8的多核苷酸序列的噬菌体。
在实施方案中，噬菌体组合物包括两种或更多种具有选自SEQ ID NO:1、SEQ IDNO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7和SEQ ID NO:8的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方案中，噬菌体组合物包括三种或更多种具有选自SEQID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ IDNO:7和SEQ ID NO:8的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方案中，噬菌体组合物包括一种具有选自SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7和SEQ ID NO:8的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方案中，噬菌体组合物包括两种具有选自SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQID NO:6、SEQ ID NO:7和SEQ ID NO:8的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方案中，噬菌体组合物包括三种具有选自SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ IDNO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7和SEQ ID NO:8的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方案中，噬菌体组合物包括四种具有选自SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7和SEQ ID NO:8的多核苷酸序列的噬菌体。在实施方案中，噬菌体组合物包括具有选自SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3和SEQ IDNO:4的多核苷酸序列的噬菌体。
在一方面，本文提供了具有以下多核苷酸序列的噬菌体，所述多核苷酸序列选自SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4和与SEQ ID NO:1-8中任一具有至少76％同一性的突变体。
在一些实施方案中，提供了噬菌体组合物，其基本上由以下噬菌体组成：包括SEQID NO.:1的核酸序列的噬菌体，包括SEQ ID NO.:2的核酸序列的噬菌体，包括SEQ ID NO.:3的核酸序列的噬菌体，和/或包括SEQ ID NO.:4的核酸序列的噬菌体，或其各自的突变体。在实施方案中，噬菌体组合物基本上由以下噬菌体组成：包括SEQ ID NO.:1的核酸序列的噬菌体，包括SEQ ID NO.:2的核酸序列的噬菌体，包括SEQ ID NO.:3的核酸序列的噬菌体，和/或包括SEQ ID NO.:4的核酸序列的噬菌体，或其各自的突变体，和药学上可接受的赋形剂。在一些实施方案中，提供了噬菌体组合物，其基本上由以下噬菌体组成：包括SEQ IDNO.:1的核酸序列的噬菌体，包括SEQ ID NO.:2的核酸序列的噬菌体，包括SEQ ID NO.:3的核酸序列的噬菌体，或包括SEQ ID NO.:4的核酸序列的噬菌体。在一些实施方案中，提供了噬菌体组合物，其基本上由两株下述噬菌体组成：包括SEQ ID NO.:1的核酸序列的噬菌体，包括SEQ ID NO.:2的核酸序列的噬菌体，包括SEQ ID NO.:3的核酸序列的噬菌体，和/或包括SEQ ID NO.:4的核酸序列的噬菌体。在一些实施方案中，提供了噬菌体组合物，其基本上由三株下述噬菌体组成：包括SEQ ID NO.:1的核酸序列的噬菌体，包括SEQ ID NO.:2的核酸序列的噬菌体，包括SEQ ID NO.:3的核酸序列的噬菌体，和/或包括SEQ ID NO.:4的核酸序列的噬菌体。在一些实施方案中，提供了噬菌体组合物，其基本上由四株下述噬菌体组成：包括SEQ ID NO.:1的核酸序列的噬菌体，包括SEQ ID NO.:2的核酸序列的噬菌体，包括SEQ ID NO.:3的核酸序列的噬菌体，和/或包括SEQ ID NO.:4的核酸序列的噬菌体。上下文所用的术语“基本上由……组成”是指在噬菌体组合物中仅存在明确指出的噬菌体，但是所述组合物也可以含有另外的非噬菌体成分，诸如适当的载体、稀释剂、常规抗生素或抗菌剂等。
在一些实施方案中，提供了噬菌体组合物，其基本上由下述噬菌体组成：包括SEQID NO.:1的核酸序列的噬菌体，包括SEQ ID NO.:2的核酸序列的噬菌体，包括SEQ ID NO.:3的核酸序列的噬菌体，和包括SEQ ID NO.:4的核酸序列的噬菌体。在实施方案中，噬菌体组合物基本上由以下组成：包括SEQ ID NO.:1的核酸序列的噬菌体，包括SEQ ID NO.:2的核酸序列的噬菌体，包括SEQ ID NO.:3的核酸序列的噬菌体，和包括SEQ ID NO.:4的核酸序列的噬菌体，和药学上可接受的赋形剂。
上下文所用的术语“基本上由……组成”是指在噬菌体组合物中仅存在明确指出的噬菌体，但是所述组合物也可以含有另外的非噬菌体成分，诸如适当的载体、稀释剂、常规抗生素或抗菌剂等。
在一个实施方案中，噬菌体组合物包括一种或多种另外的噬菌体。在一个优选实施方案中，所述一种或多种另外的噬菌体适合于治疗细菌感染、特别是假单胞菌感染。
如下提供每种噬菌体的代表性基因组序列：Pa223，其以ECACC保藏编号:17062002保藏(SEQ ID NO.:4)；Pa222，其以ECACC保藏编号:17062003保藏(SEQ ID NO.:3)；Pa193，其以ECACC保藏编号:17062004保藏(SEQ ID NO.:1)；和Pa204，其以ECACC保藏编号:17062006保藏(SEQ ID NO.:2)。本文考虑与提供的序列差别多至大约30％的噬菌体基因组序列。因此，噬菌体组合物可以包括这样的噬菌体，所述噬菌体具有与提供的序列差别多至大约20％、多至大约10％、多至大约9％、多至大约8％、多至大约7％、多至大约6％、多至大约5％、多至大约4％、多至大约3％、多至大约2％或多至大约1％的核酸序列。
在一方面，噬菌体组合物包括至少一种、至少两种、至少三种或至少四种噬菌体，使得组合物针对组中至少大约60％的目标细菌菌株有效。例如，噬菌体组合物针对至少60％的铜绿假单胞菌菌株有效(例如，杀死或裂解)。在一个实施方案中，噬菌体组合物包括至少一种、至少两种、至少三种或至少四种噬菌体，使得组合物针对至少大约70％的目标细菌菌株有效。在一个实施方案中，噬菌体组合物包括至少一种、至少两种、至少三种或至少四种噬菌体，使得组合物针对至少大约75％的目标细菌菌株有效。在一个实施方案中，噬菌体组合物包括至少一种、至少两种、至少三种或至少四种噬菌体，使得组合物针对至少大约76％的目标细菌菌株有效。在一个实施方案中，噬菌体组合物包括至少一种、至少两种、至少三种或至少四种噬菌体，使得组合物针对至少大约77％的目标细菌菌株有效。在一个实施方案中，噬菌体组合物包括至少一种、至少两种、至少三种或至少四种噬菌体，使得组合物针对至少大约78％的目标细菌菌株有效。在一个实施方案中，噬菌体组合物包括至少一种、至少两种、至少三种或至少四种噬菌体，使得组合物针对至少大约79％的目标细菌菌株有效。在一个实施方案中，噬菌体组合物包括至少一种、至少两种、至少三种或至少四种噬菌体，使得组合物针对至少大约80％的目标细菌菌株有效。在一个实施方案中，噬菌体组合物包括至少一种、至少两种、至少三种或至少四种噬菌体，使得组合物针对至少大约81％的目标细菌菌株有效。在一个实施方案中，噬菌体组合物包括至少一种、至少两种、至少三种或至少四种噬菌体，使得组合物针对至少大约82％的目标细菌菌株有效。在一个实施方案中，噬菌体组合物包括至少一种、至少两种、至少三种或至少四种噬菌体，使得组合物针对至少大约83％的目标细菌菌株有效。在一个实施方案中，噬菌体组合物包括至少一种、至少两种、至少三种或至少四种噬菌体，使得组合物针对至少大约84％的目标细菌菌株有效。在一个实施方案中，噬菌体组合物包括至少一种、至少两种、至少三种或至少四种噬菌体，使得组合物针对至少大约85％的目标细菌菌株有效。在一个实施方案中，噬菌体组合物包括至少一种、至少两种、至少三种或至少四种噬菌体，使得组合物针对至少大约90％的目标细菌菌株有效。在另一个实施方案中，噬菌体组合物包括至少一种、至少两种、至少三种或至少四种噬菌体，使得组合物针对来自具有细菌感染的受试者的一种或多种细菌菌株(或分离株)有效。
在实施方案中，组合物的目标细菌的范围宽于组合物中包括的任何单个噬菌体的目标细菌的范围。该活性可以被认为是协同的，因为组合物的效果(目标杀死范围)大于每个组分噬菌体的单个效果(目标杀死范围)的总和。
在其中多于一种噬菌体存在于噬菌体组合物中的实施方案中，配制组合物使得每种噬菌体可以以与组合物中任何其他噬菌体的量(例如浓度)相比1:10至10:1(或两者之间的任何子值或范围，包括端点)的比率存在。在实施方案中，每种噬菌体以与组合物中一种或多种其他噬菌体相比大约1:1的比率存在。在实施方案中，每种噬菌体以与组合物中一种或多种其他噬菌体相比大约1:2的比率存在。在实施方案中，每种噬菌体以与组合物中一种或多种其他噬菌体相比大约1:3的比率存在。在实施方案中，每种噬菌体以与组合物中一种或多种其他噬菌体相比大约1:4的比率存在。在实施方案中，每种噬菌体以与组合物中一种或多种其他噬菌体相比大约1:5的比率存在。在实施方案中，每种噬菌体以与组合物中一种或多种其他噬菌体相比大约1:6的比率存在。在实施方案中，每种噬菌体以与组合物中一种或多种其他噬菌体相比大约1:7的比率存在。在实施方案中，每种噬菌体以与组合物中一种或多种其他噬菌体相比大约1:8的比率存在。在实施方案中，每种噬菌体以与组合物中一种或多种其他噬菌体相比大约1:9的比率存在。在实施方案中，每种噬菌体以与组合物中一种或多种其他噬菌体相比大约1:10的比率存在。在实施方案中，每种噬菌体以与组合物中一种或多种其他噬菌体相比大约10:1的比率存在。在实施方案中，每种噬菌体以与组合物中一种或多种其他噬菌体相比大约5:1的比率存在。在实施方案中，每种噬菌体以与组合物中一种或多种其他噬菌体相比大约10:3的比率存在。在实施方案中，每种噬菌体以与组合物中一种或多种其他噬菌体相比大约5:2的比率存在。在实施方案中，每种噬菌体以与组合物中一种或多种其他噬菌体相比大约2:1的比率存在。在实施方案中，每种噬菌体以与组合物中一种或多种其他噬菌体相比大约5:3的比率存在。在实施方案中，每种噬菌体以与组合物中一种或多种其他噬菌体相比大约10:7的比率存在。在实施方案中，每种噬菌体以与组合物中一种或多种其他噬菌体相比大约5:4的比率存在。
在一个实施方案中(备选地或另外地)，“突变体”噬菌体能够与Pa223(以ECACC保藏编号:17062002保藏)、Pa222(以ECACC保藏编号:17062003保藏)、Pa193(以ECACC保藏编号:17062004保藏)和/或Pa204(以ECACC保藏编号:17062006保藏)裂解相同的目标细菌菌株并且任选地另外能够裂解一种或多种另外的细菌菌种或菌株(优选菌株)。在一个实施方案中，当与Pa223(以ECACC保藏编号:17062002保藏)、Pa222(以ECACC保藏编号:17062003保藏)、Pa193(以ECACC保藏编号:17062004保藏)和/或Pa204(以ECACC保藏编号:17062006保藏)比较时，突变体在其整个基因组上可以具有至少76％、77％、78％、79％、80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％99％、99.9％或99.99％序列同一性。在一个实施方案中，当与Pa223(以ECACC保藏编号:17062002保藏)、Pa222(以ECACC保藏编号:17062003保藏)、Pa193(以ECACC保藏编号:17062004保藏)和/或Pa204(以ECACC保藏编号:17062006保藏)比较时，突变体在其整个基因组上可以具有至少大约90％至大约99％或两者之间的任何值或子范围(包括端点)的序列同一性。当与Pa223(以ECACC保藏编号:17062002保藏)、Pa222(以ECACC保藏编号:17062003保藏)、Pa193(以ECACC保藏编号:17062004保藏)和Pa204(以ECACC保藏编号:17062006保藏)中任一比较时在整个基因组上具有小于30％的核酸变异但是仍然保留感染并裂解假单胞菌(例如，铜绿假单胞菌)目标细菌的噬菌体的实例包括Pa197(SEQ ID NO:5)、Pa224(SEQ ID NO:6)、Pa225(SEQ ID NO:7)和Pa226(SEQ ID NO:8)。
例如，Pa223(以ECACC保藏编号:17062002保藏)变体或突变体可以具有核酸，包括基因组核酸，其包括与SEQ ID NO:4具有76％-100％序列同一性的多核苷酸序列。例如，所述变体或突变体可以包括当与SEQ ID NO.:4相比时具有至少大约76％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％序列同一性的序列。作为另一个实例，Pa222(以ECACC保藏编号:17062003保藏)变体或突变体可以具有核酸，包括基因组，其包括与SEQ ID NO:4具有76％-100％序列同一性的多核苷酸序列。例如，所述变体或突变体可以包括当与SEQ ID NO.:3相比时具有至少大约76％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％序列同一性的序列。另外，Pa193(以ECACC保藏编号:17062004保藏)变体或突变体可以具有核酸，包括基因组，其包括与SEQ ID NO:1具有76％-100％序列同一性的多核苷酸序列。例如，所述变体或突变体可以包括当与SEQ ID NO.:1相比时具有至少大约76％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％序列同一性的序列。在一些实施方案中，Pa204(以ECACC保藏编号:17062006保藏)变体或突变体可以具有核酸，包括基因组，其包括与SEQ ID NO:1具有76％-100％序列同一性的多核苷酸序列。例如，所述变体或突变体可以包括当与SEQ ID NO.:2相比时具有至少大约76％、80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％序列同一性的序列。在一些实施方案中，所述变体或突变体可以是非天然存在的。所述变体/突变体可以对于假单胞菌是裂解性的。
在实施方案中，“突变体”可以是噬菌体后代。噬菌体后代可以是使用本文所述的噬菌体(即，“亲本噬菌体”)裂解假单胞菌(例如，铜绿假单胞菌)目标细菌后可获得的噬菌体。换句话说，噬菌体后代可以是第二代(或下一代)噬菌体。
在实施方案中，噬菌体后代通过以下可获得：将一种或多种选自Pa223(以ECACC保藏编号:17062002保藏)、Pa222(以ECACC保藏编号:17062003保藏)、Pa193(以ECACC保藏编号:17062004保藏)和Pa204(以ECACC保藏编号:17062006保藏)的噬菌体与假单胞菌目标细菌接触，使得所述一种或多种噬菌体感染并裂解目标细菌；以及获得在裂解目标细菌后释放的噬菌体。当与相关亲本噬菌体相比时，噬菌体后代将典型地包括一个或多个核苷酸突变。在实施方案中，噬菌体后代可以具有与本文所述的噬菌体/序列的76％-100％序列同一性(包括其中任何子范围或子值，包括端点)。在实施方案中，当与相关亲本噬菌体相比时，噬菌体后代具有76％同一性的基因组序列。在实施方案中，当与相关亲本噬菌体相比时，噬菌体后代具有80％同一性的基因组序列。在实施方案中，当与相关亲本噬菌体相比时，噬菌体后代具有90％同一性的基因组序列。在实施方案中，当与相关亲本噬菌体相比时，噬菌体后代具有91％同一性的基因组序列。在实施方案中，当与相关亲本噬菌体相比时，噬菌体后代具有92％同一性的基因组序列。在实施方案中，当与相关亲本噬菌体相比时，噬菌体后代具有93％同一性的基因组序列。在实施方案中，当与相关亲本噬菌体相比时，噬菌体后代具有94％同一性的基因组序列。在实施方案中，当与相关亲本噬菌体相比时，噬菌体后代具有95％同一性的基因组序列。在实施方案中，当与相关亲本噬菌体相比时，噬菌体后代具有96％同一性的基因组序列。在实施方案中，当与相关亲本噬菌体相比时，噬菌体后代具有97％同一性的基因组序列。在实施方案中，当与相关亲本噬菌体相比时，噬菌体后代具有98％同一性的基因组序列。在实施方案中，当与相关亲本噬菌体相比时，噬菌体后代具有99％同一性的基因组序列。在实施方案中，当与相关亲本噬菌体相比时，噬菌体后代具有100％同一性的基因组序列。噬菌体在整个储存和生产过程中在遗传学上一致。
本文所用的术语“可获得”还包括术语“获得的”。在一个实施方案中，术语“可获得”是指获得的。
噬菌体组合物靶向(并优选杀死)一种或多种假单胞菌菌种或菌株。在实施方案中，组合物靶向铜绿假单胞菌，包括例如一个或多个铜绿假单胞菌菌株。在一个实施方案中，噬菌体靶向的假单胞菌菌种或菌株是耐受化学抗生素的假单胞菌菌种或菌株，诸如多重耐药假单胞菌菌种或菌株。
在实施方案中，本文所述的噬菌体组合物已经显示特别有效治疗耐受化学抗生素的假单胞菌菌种或菌株感染，诸如多重耐药假单胞菌菌种或菌株。
噬菌体可以以如下形式提供：单一治疗剂组合物(优选的)或者作为多个分开的各自包含一个或多个组合物成员的组合物。在其中噬菌体以多个分开的组合物提供的实施方案中，所述噬菌体可以顺序或同时(适当地同时)施用于受试者。
噬菌体可以通过本领域已知的任何适当方法繁殖。例如，一种或多种噬菌体可以在能够支持噬菌体生长的宿主细菌菌株中分开培养。典型地，噬菌体将在所述宿主细菌菌株中培养至高浓度，纯化，滴定并且组合以形成组合物。
使用的每种噬菌体的量(例如，在本文所述的噬菌体组合物、方法或用途中)可取决于其对于目标细菌分离株的毒力。
计数(count)细菌菌株可以用于开发组合物，计数细菌菌株即为指示组合物(例如，组)的单个预期成员的细菌菌株。计数菌株可以允许噬菌体组合物的一个预期成员比另一个有至少1000倍更多的空斑形成。由此，可以获得对各种各样的细菌分离株始终有效的组合物(例如，组)。
典型地，所述一种或多种噬菌体可以组合形成组合物，所述组合物在每毫升(ml)组合物中包括至少大约1x 105、1x106、1x107、1x108、1x109或1x1010或1x1011空斑形成单位(PFU)的每种噬菌体。组合物可以包括1x105至1x1011PFU每种噬菌体/ml组合物。在实施方案中，组合物可以包括1x105至1x106PFU、1x105至1x107PFU、1x105至1x108PFU、1x105至1x109PFU或1x105至1x1010PFU每种噬菌体/ml组合物。在实施方案中，组合物可以包括1x106至1x107PFU、1x106至1x108PFU、1x106至1x109PFU、1x106至1x1010PFU或1x106至1x1011PFU每种噬菌体/ml组合物。在实施方案中，组合物可以包括1x107至1x108PFU、1x107至1x109PFU、1x107至1x1010PFU或1x107至1x1011PFU每种噬菌体/ml组合物。在实施方案中，组合物可以包括1x108至1x109PFU、1x108至1x1010PFU或1x108至1x1011PFU每种噬菌体/ml组合物。在实施方案中，组合物可以包括1x109至1x1010PFU或1x109至1x1011PFU每种噬菌体/ml组合物。在实施方案中，组合物可以包括1x1010至1x1011PFU每种噬菌体/ml组合物。在实施方案中，一种或多种噬菌体可以组合形成组合物，所述组合物可以包括1x 105、1x106、1x107、1x108、1x109或1x1010或1x1011PFU每种噬菌体/ml组合物。在一些实施方案中，组合物包括相等(或基本上相等)浓度的其中所包括的每种噬菌体。适当的浓度包括在所示范围内的任何值或子范围，包括端点。
在一些方面，组合物中的噬菌体是纯化的或基本上纯化的。
当选择包括在组合物中的噬菌体时，每种选择的噬菌体分离自环境来源并且随后与充分表征的铜绿假单胞菌菌株(其用作噬菌体的制造宿主)配对。在传代和迭代选择后，选择候选噬菌体。这些的基因组序列与原始的天然存在的序列是不同的。纯化宿主配对的噬菌体，以确保获得的原种(master stock)产生遗传学上和表型上一致的多批次的每种噬菌体。在繁殖后，将裂解液通过0.2μm滤器以去除大的细胞碎片，并且进行一系列基于柱的纯化步骤以进一步去除宿主细胞蛋白和其他细菌碎片和替换生长培养基。
在一些实施方案中，噬菌体组合物包括至少一种来自肌尾噬菌体科(Myoviridae)的噬菌体和至少一种来自短尾噬菌体科(Podoviridae)的噬菌体。在一个实施方案中，噬菌体组合物包括至少两种来自肌尾噬菌体科(Myoviridae)的噬菌体和至少两种来自短尾噬菌体科(Podoviridae)的噬菌体。在一个实施方案中，一种或多种噬菌体是严格裂解性的。Pa193(以ECACC保藏编号:ECACC 17062004保藏)和Pa204(以ECACC保藏编号:ECACC17062006保藏)属于肌尾噬菌体科，并且Pa222(以ECACC保藏编号:ECACC 17062003保藏)和Pa223(以ECACC保藏编号:ECACC 17062002保藏)属于短尾噬菌体科。优选地每种噬菌体是专性裂解性的。
在一些实施方案中，噬菌体组合物可以进一步包含一种或更多种另外的噬菌体。所述一种或更多种另外的噬菌体可靶向金黄色葡萄球菌菌种或菌株、另外的铜绿假单胞菌菌株或靶向不同的细菌靶标，例如选自下列属中的一种或多种：葡萄球菌属(Staphylococcus)、螺杆菌属(Helicobacter)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、李斯特菌属(Listeria)、分枝杆菌属(Mycobacterium)、埃希氏菌属(Escherichia)、脑膜炎球菌属(Meningococcus)、弯曲杆菌属(Campylobacter)、链球菌属(Streptococcus)、肠球菌属(Enterococcus)、志贺氏菌属(Shigella)、假单胞菌属(Pseudomonas)(例如除了铜绿假单胞菌以外的假单胞菌)、伯克霍尔德氏菌属(Burkholderia)、梭菌属(Clostridium)、军团菌属(Legionella)、不动杆菌属(Acinetobacter)、沙门氏菌属(Salmonella)或其组合。
所述一种或更多种另外的噬菌体可以是在WO 2009/044163(通过参考结合于此)中教导的一种，包括但不限于其中所述的噬菌体K和/或噬菌体P68。
在一个实施方案中，所述一种或更多种另外的噬菌体可以是在WO 2005/009451A1(通过参考结合于此)中教导的一种或多种，适当地，所述一种或多种另外的噬菌体可以靶向假单胞菌细菌，诸如铜绿假单胞菌细菌。
在一个实施方案中，组合物包括一种或多种在WO 2013/068743 A9(通过参考结合于此)中教导的噬菌体。
在一些实施方案中，噬菌体组合物包括一种或多种本文所述的噬菌体和用于储存的保存剂。储存可以是冷藏、冷冻、超低温冷冻(ultra-freezer)等。在一个实施方案中，保存剂是甘油。在一些实施方案中，保存剂以足以保存组合物的量存在于所述组合物中(例如，在储存在冰箱、冷冻柜或超级冷冻柜中(例如，在大约0℃至大约-80℃、大约-20℃至大约-80℃或大约-80℃的温度下)或在液氮中)。在另一个实施方案中，保存剂以足以在长期储存期间(例如，在冷冻柜或超级冷冻柜或液氮中)保存组合物的量存在于所述组合物中。在一个实施方案中，保存剂是大约5％至大约50％的甘油；更优选大约10％至大约30％的甘油；最优选大约20％的甘油。适当的浓度可以是在所述范围内的任何值或子值，包括端点。适当的浓度可以是在所述范围内的任何值或子值，包括端点。
制剂
在一些实施方案中，本文提供的噬菌体组合物另外包括药学可接受的载体、稀释剂、赋形剂或其组合。适当的载体、稀释剂和/或赋形剂可以包括等渗盐水溶液，诸如磷酸盐缓冲盐水。“药学可接受的赋形剂”和“药学可接受的载体”是指这样的物质，其帮助活性剂向受试者的施用和/或活性剂被受试者吸收，并且可以被包括在本发明的组合物中而不导致对患者的显著不利毒理学作用。药学可接受的赋形剂的非限制性实例包括：水，NaCl，生理盐水溶液，乳酸化林格氏液，生理蔗糖，生理葡萄糖，粘合剂，填料，崩解剂，润滑剂，包衣，甜味剂，调味剂，盐溶液(诸如林格氏液)，醇，油，明胶，糖如乳糖、直链淀粉或淀粉，脂肪酸酯，羟甲基纤维素，聚乙烯吡咯烷酮和颜料等等。该制剂可以是无菌的并且如果需要与辅助剂诸如润滑剂、保存剂、稳定剂、润湿剂、乳化剂、盐(例如用于影响渗透压)、缓冲液、着色剂和/或芳香物质等(其不会与本发明的化合物有害地反应)混合。本领域技术人员将认识其他药学赋形剂可用于本发明中。
本文所述的噬菌体组合物可以配制为消毒剂组合物。该消毒剂组合物可以是表面用喷雾剂或液体洗涤液的形式。组合物可以是洗手液。适当地当组合物是用于局部施用的制剂时，它采取洗剂、霜剂、软膏剂、糊剂、凝胶剂、泡沫剂的形式，或作为通常已知用于局部施用的载体的任何其他物理形式。这种增稠的局部制剂是特别有利的，因为制剂粘附在放置材料的皮肤区域上，因此使得能够将局部高浓度的噬菌体引入待消毒的特定区域。例如，在本领域中通常已知的是基于石蜡和羊毛脂的霜剂，其特别适用于将产品应用于鼻腔。然而，可以使用其他增稠剂，诸如聚合物增稠剂。制剂还可包含以下一种或多种：水、保存剂、活性表面活性剂、乳化剂、抗氧化剂或溶剂。
本文所述的噬菌体组合物可以配制用于经鼻、口服、肠胃外、肌内、关节内、静脉内、皮下、经皮、眼部或耳部给药。该噬菌体制剂可以直接使用、冷藏、冻干、冷冻在水性或其他溶液中储存(与适当的冷冻保护剂(例如，20％甘油)一起)、冷冻干燥和在使用前再水合、或使得在一些其他制剂(包括但不限于片剂、乳剂、软膏剂或浸渍伤口敷料或其他物品)中稳定。在实施方案中，噬菌体组合物包括盐水(例如，磷酸盐缓冲盐水，含有镁或不含镁)。在实施方案中，噬菌体组合物包括缓冲液。在实施方案中，缓冲液包括钙盐或镁盐。在一个实施方案中，缓冲液包括磷酸盐缓冲盐水和MgSO4。缓冲液可以包括：1mM至20mM MgSO4，2mM至19mM MgSO4，3mM至17mM MgSO4，4mM至16mM MgSO4，5mM至15mM MgSO4，6mM至14mM MgSO4，7mM至13mM MgSO4，8mM至12mM MgSO4，9mM至11mM MgSO4或大约10mM MgSO4。浓度可以是在所述范围内的任何值或子范围，包括端点。例如，缓冲液可以包括大约1mM MgSO4、大约2mMMgSO4、大约3mM MgSO4、大约4mM MgSO4、大约5mM MgSO4、大约6mM MgSO4、大约7mM MgSO4、大约8mM MgSO4、大约9mM MgSO4、大约10mM MgSO4、大约11mM MgSO4、大约12mM MgSO4、大约13mMMgSO4、大约14mM MgSO4、大约15mM MgSO4、大约16mM MgSO4、大约17mM MgSO4、大约18mMMgSO4、大约19mM MgSO4或大约20mM MgSO4。
当用于治疗肺部细菌感染时，噬菌体组合物可以配制用于经鼻或口服施用进行肺部递送(例如，通过噬菌体组合物的气溶胶化或气雾化)。因此，在一个实施方案中，噬菌体组合物可以包括在鼻或肺递送装置中，诸如喷雾器、雾化器、吸入器或呼吸机中。
在一方面，本文提供了包括噬菌体组合物的肺递送装置(诸如吸入器、雾化器或呼吸机)。
在实施方案中，将本文所述的噬菌体组合物配制用于鼻冲洗。因此，本文所述的治疗用途或方法可以包括将噬菌体组合物通过鼻冲洗施用于受试者。
在一些实施方案中，噬菌体组合物是无菌的。该无菌产品可以适合于受试者中的肠胃外给药。
在一些实施方案中，本文提供了气溶胶制剂，其包括本文所述的噬菌体和/或噬菌体组合物/制剂。一些实施方案涉及该气溶胶制剂的方法和用途。
在实施方案中，本文所述的噬菌体组合物配制用于静脉内(IV)施用。静脉内施用可以是通过静脉推注或使用IV袋。
用途/使用方法
本文提供了噬菌体组合物作为药物(例如，用于治疗假单胞菌感染)的用途。还提供了治疗疾病的相应方法，包括将噬菌体组合物施用于受试者。
一方面，提供了用于治疗细菌感染的噬菌体组合物。在相关方面，提供了噬菌体组合物在制备用于治疗细菌感染的药物中的用途，以及治疗细菌感染的方法，所述方法包括将噬菌体组合物施用于受试者。
一方面，本文提供了一种治疗细菌感染的方法，包括选择具有证实的假单胞菌感染的受试者，和施用本文所述的噬菌体组合物。
噬菌体组合物用于治疗假单胞菌(例如，铜绿假单胞菌)细菌感染。在一个实施方案中，细菌感染是鼻窦感染、鼻感染或呼吸道感染。在一个实施方案中，细菌感染是肺部感染。在一个实施方案中，肺部感染是具有囊性纤维化的患者。在一个实施方案中，细菌感染是鼻窦炎。在一个实施方案中，细菌感染是尿路感染(或并发尿路感染)、腹腔内感染(或并发腹腔内感染)、败血症(例如，由于烧伤、失控菌血症导致的败血症)或菌血症(例如，由于肺炎、尿路感染、心内膜炎等导致)。在一个实施方案中，细菌感染是移植物感染，诸如心脏移植物感染(例如，心室辅助装置感染；起搏器感染)或人工关节感染。在一个实施方案中，细菌感染是心内膜炎或人工瓣膜心内膜炎。在一个实施方案中，细菌感染是肺炎，诸如医院相关性肺炎、移植后肺炎或呼吸机相关性肺炎。在一个实施方案中，细菌感染是皮肤感染或皮肤结构感染。在一些实施方案中，感染的特征在于存在细菌生物膜。
在实施方案中，细菌感染可以是慢性或急性的。
在一些实施方案中，受试者具有对一种或多种抗生素不响应的细菌感染。在一些实施方案中，受试者具有对于标准护理抗生素不响应的细菌感染。
在实施方案中，在给药之前，测试来自受试者的一种或多种细菌分离株对于细菌组合物的敏感性。
在一些实施方案中，感染是由耐受抗生素的假单胞菌菌种或菌株诸如多重耐药假单胞菌菌种或菌株导致的感染。例如和非限制性地，假单胞菌菌种或菌株可以耐受氟喹诺酮类(fluoroquinolones)、亚胺培南(imipenem)、庆大霉素(gentamycin)、阿米卡星(amikacin)、环丙沙星(ciprofloxacin)、头孢噻甲羧肟(ceftazidime)、哌拉西林(piperacillin)或它们的组合。
本文提供了用于治疗肺部感染的噬菌体组合物。在相关方面，提供了噬菌体组合物在制备用于治疗肺部感染的药物中的用途，以及治疗肺部感染的相关方法。所述肺部感染可以是慢性的或急性的。
本文所述的用途或方法典型地包括将本文所述的噬菌体组合物施用于受试者。如本文所用，“受试者”是哺乳动物，诸如人或其他动物。优选地，术语“受试者”是指人受试者。在一个实施方案中，受试者是具有假单胞菌感染(例如，铜绿假单胞菌感染)的人受试者。
可以将噬菌体组合物以治疗有效量或预防有效量施用于受试者。
如本文所用，“治疗有效量”是当单独或组合施用于受试者以治疗细菌感染(或其症状)时，足以实现对感染或其症状的这种治疗的组合物的任何量。
如本文所用，“预防有效量”是当单独或组合施用于受试者时，抑制或延迟细菌感染(或其症状)的发作或复发的组合物的任何量。在一些实施方案中，预防有效量完全防止细菌感染的发作或复发。“抑制”发作意味着减少细菌感染发作(或其症状)的可能性，或完全预防发作。
合适的剂量范围是产生所需治疗效果的剂量范围(例如，组合物以治疗或预防有效量给药)。
在实施方案中，组合物包括1x105至1x1011PFU每种噬菌体/ml组合物。在实施方案中，组合物包括1x105至1x106PFU、1x105至1x107PFU、1x105至1x108PFU、1x105至1x109PFU或1x105至1x1010PFU每种噬菌体/ml组合物。在实施方案中，组合物包括1x106至1x107PFU、1x106至1x108PFU、1x106至1x109PFU、1x106至1x1010PFU或1x106至1x1011PFU每种噬菌体/ml组合物。在实施方案中，组合物包括1x107至1x108PFU、1x107至1x109PFU、1x107至1x1010PFU或1x107至1x1011PFU每种噬菌体/ml组合物。在实施方案中，组合物包括1x108至1x109PFU、1x108至1x1010PFU或1x108至1x1011PFU每种噬菌体/ml组合物。在实施方案中，组合物包括1x109至1x1010PFU或1x109至1x1011PFU每种噬菌体/ml组合物。在实施方案中，组合物可以包括1x1010至1x1011PFU每种噬菌体/ml组合物。在实施方案中，噬菌体组合物施用于受试者的剂量为至少大约1x105PFU每种噬菌体、至少大约1x106PFU每种噬菌体、至少大约1x107PFU每种噬菌体、至少大约1x108PFU每种噬菌体、至少大约1x109PFU每种噬菌体、至少大约1x1010PFU每种噬菌体或至少大约1x1011PFU每种噬菌体/ml组合物。在实施方案中，一种或多种噬菌体可以组合以形成组合物，该组合物包括1x 105、1x106、1x107、1x108、1x109或1x1010或1x1011PFU每种噬菌体/ml组合物。剂量包括在所述范围内的任何值或范围，包括端点。
在一些实施方案中，本文提供的噬菌体组合物施用于受试者的剂量为至少大约1x105PFU全部噬菌体、至少大约1x106PFU全部噬菌体、至少大约1x107PFU全部噬菌体、至少大约1x108PFU全部噬菌体、至少大约1x109PFU全部噬菌体、至少大约1x1010PFU全部噬菌体或至少大约1x1011PFU全部噬菌体。噬菌体组合物的施用剂量是大约1x105至大约1x1011PFU全部噬菌体/ml组合物。在实施方案中，噬菌体组合物的施用剂量是大约1x105至大约1x106PFU、大约1x105至大约1x107PFU、大约1x105至大约1x108PFU、大约1x105至大约1x109PFU或大约1x105至大约1x1010PFU全部噬菌体/ml组合物。在实施方案中，噬菌体组合物的施用剂量是大约1x106至大约1x107PFU、大约1x106至大约1x108PFU、大约1x106至大约1x109PFU、大约1x106至大约1x1010PFU或大约1x106至大约1x1011PFU全部噬菌体/ml组合物。在实施方案中，噬菌体组合物的施用剂量是大约1x107至大约1x108PFU、大约1x107至大约1x109PFU、大约1x107至大约1x1010PFU、或大约1x107至大约1x1011PFU每种噬菌体/ml组合物。在实施方案中，噬菌体组合物的施用剂量是大约1x108至大约1x109PFU、大约1x108至大约1x1010PFU或大约1x108至大约1x1011PFU全部噬菌体/ml组合物。在实施方案中，噬菌体组合物的施用剂量是大约1x109至大约1x1010PFU或大约1x109至大约1x1011PFU全部噬菌体/ml组合物。在实施方案中，噬菌体组合物的施用剂量是大约1x1010至大约1x1011PFU全部噬菌体/ml组合物。剂量可以是3x109PFU/ml组合物。剂量包括所述范围内的任何值或范围，包括端点。
在一些实施方案中，噬菌体组合物每天施用至少一次、两次、三次或四次。适当地，噬菌体组合物可以一天施用两次。因此，在一个实施方案中，将至少大约1x105PFU每种噬菌体的剂量每天施用至少一次、两次、三次或四次。因此，在一个实施方案中，将至少大约1x106PFU每种噬菌体的剂量每天施用至少一次、两次、三次或四次。在另一个实施方案中，每天施用至少大约1x107PFU每种噬菌体至少一次、两次、三次或四次。在另一个实施方案中，每天施用至少大约1x108PFU每种噬菌体至少一次、两次、三次或四次。在另一个实施方案中，每天施用至少大约1x109PFU每种噬菌体至少一次、两次、三次或四次。在另一个实施方案中，每天施用至少大约1x1010PFU每种噬菌体至少一次、两次、三次或四次。在另一个实施方案中，每天施用至少大约1x1011PFU每种噬菌体至少一次、两次、三次或四次。可以每天施用剂量范围为大约1x105PFU每种噬菌体至大约1x1011PFU每种噬菌体至少一次、两次、三次或四次。优选地，可以每天施用剂量范围为大约1x107PFU每种噬菌体至大约1x109PFU每种噬菌体至少一次、两次、三次或四次。
在一些实施方案中，每2小时、每4小时、每6小时、每8小时、每12小时、每24小时、每48小时或每72小时施用噬菌体组合物。在一些实施方案中，每2小时施用噬菌体组合物。在一些实施方案中，每4小时施用噬菌体组合物。在一些实施方案中，每6小时施用噬菌体组合物。在一些实施方案中，每8小时施用噬菌体组合物。在一些实施方案中，每12小时施用噬菌体组合物。在一些实施方案中，每24小时施用噬菌体组合物。在一些实施方案中，每48小时施用噬菌体组合物。在一些实施方案中，每72小时施用噬菌体组合物。施用频率包括在所述范围内的任何值或范围，包括端点。
在一些实施方案中，施用噬菌体达至少一天、至少2天、至少3天、至少4天、至少5天、至少6天、一周、至少两周、至少三周、至少四周、至少5周、至少6周、至少7周、至少8周、至少9周、至少10周或超过10周。在一些实施方案中，施用噬菌体组合物达至少一天。在一些实施方案中，施用噬菌体组合物达至少一周。在一些实施方案中，施用噬菌体组合物达至少两周。在一些实施方案中，施用噬菌体组合物达至少三周。在一些实施方案中，施用噬菌体组合物达至少四周。在一些实施方案中，施用噬菌体组合物达至少五周。在一些实施方案中，施用噬菌体组合物达至少六周。在一些实施方案中，施用噬菌体组合物达大约3天至大约100天。在一个实施方案中，施用噬菌体组合物达大约3天至大约60天。在一个实施方案中，施用噬菌体组合物达大约7天至大约60天。在一个实施方案中，施用噬菌体组合物达大约14天至大约60天。在一个实施方案中，施用噬菌体组合物达大约3天至大约57天。在一个实施方案中，施用噬菌体组合物达大约7天至大约57天。在一个实施方案中，施用噬菌体组合物达大约14天至大约57天。在一个实施方案中，施用噬菌体组合物达大约14天至大约30天。在一个实施方案中，施用噬菌体组合物达大于3天。在一个实施方案中，施用噬菌体组合物达大于7天。在一个实施方案中，施用噬菌体组合物达至少14天。在一个实施方案中，施用噬菌体组合物达大于14天。在一个实施方案中，施用噬菌体组合物达56天。在一个实施方案中，施用噬菌体组合物达57天。施用的持续时间包括在所述范围内的任何值或范围，包括端点。
用作药物的噬菌体组合物可以通过任何途径施用，所述途径基于待治疗的病症选择。在一个实施方案中，施用途径是经鼻、口服、肺部、肠胃外、肌内、关节内、静脉内、皮下、经皮、眼部、耳部或它们的组合。当用于治疗肺部细菌感染时，噬菌体组合物可以经鼻或口服施用，例如使用适当的肺部递送装置如吸入器、雾化器或呼吸器通过气溶胶化或气雾化。组合物可以通过多于一种途径例如静脉内和通过吸入、或静脉内和关节内施用于患者。
在一个实施方案中，抗生素(适当地化学抗生素)可以与噬菌体组合物组合施用。抗生素和噬菌体的组合施用在WO 2008/110840和WO 2005/009451中教导，该教导通过参考完整地结合于此。抗生素可以与噬菌体组合物同时或顺序施用。可以在组合物后施用一种或多种抗生素，以便在抗生素治疗开始前已经建立噬菌体复制。在这种情况下，抗生素治疗可以从施加一种或多种噬菌体后延迟一个或多个小时或一天或多天。在一个实施方案中，抗生素治疗可以延迟至少12或24小时，适当地至少48小时。在另一个实施方案中，抗生素治疗可以延迟至少3或4天，适当地至少5天。在另一个实施方案中，抗生素治疗可以延迟至少一周，例如至少8、9或10天。当将噬菌体组合物施用于受试者时，它将满足组合物作为整体能够靶向细菌感染，即使并非所有单个的噬菌体如此。
在一些实施方案中，噬菌体组合物包括一种或多种抗生素，诸如一种或多种化学抗生素。噬菌体组合物和抗生素(例如，化学抗生素)的组合可以提供增强的(例如，协同的)治疗剂，其在治疗假单胞菌感染时、特别是当用于治疗肺部感染时显示出人意料的改善功效。
抗生素的选择可以基于假单胞菌菌种或菌株对于所述抗生素的敏感性。假单胞菌菌种或菌株可以是在待治疗的受试者中存在的相同菌种或菌株。在一个实施方案中，从待治疗的受试者中取出假单胞菌菌种或菌株并测试抗生素敏感性。可以通过本领域已知的体外敏感性测定确定敏感性。
备选地或另外地，可以选择抗生素，因为已知其针对细菌有活性，所述细菌已知(或认为可能)与待治疗的假单胞菌感染一起存在(例如，作为细菌生物膜的一部分)。
在一个实施方案中，抗生素包括选自包括下述抗生素种类的抗生素：氟喹诺酮类(fluoroquinolone)，美罗培南(meropenem)，碳青霉烯类(carbapenem)，氨基糖苷类(aminoglycoside)，头孢菌素(cephalosporin)，青霉素(penicillin)，β内酰胺酶抑制剂，单内酰环类(monobatams)，膦酸类(phosphonic acids)和多粘菌素(polymixins)。非限制性的实例包括亚胺培南(imipenem)、庆大霉素(gentamycin)、阿米卡星(amikacin)、环丙沙星(ciprofloxacin)、头孢噻甲羧肟(ceftazidime)、哌拉西林(piperacillin)或其组合或其药学上可接受的盐。
本文提供了用途或方法，包括体内施用噬菌体组合物于受试者；体外监视来自感染(存在于受试者中)的细菌细胞或来自同一菌株的另一感染的细菌细胞样品对于一种或多种抗生素的敏感性；和施用所述一种或多种抗生素，其中已经确定已经诱导了对于所述一种或多种抗生素的所述敏感性。
在一个实施方案中，本文提供了一种通过施用本文所述的组合物来恢复对一种或多种抗生素的敏感性的方法。在一个实施方案中，提供了通过施用本文所述的组合物来破坏生物膜的方法。在一个实施方案中，提供了通过施用本文所述的组合物来消除生物膜的方法。
在一个实施方案中，以通过所述组合物诱导采样细菌对于抗生素的敏感性的时间段施用抗生素(例如，化学抗生素)。在一些实施方案中，时间段可以是6小时、12小时、24小时或48小时。在其他实施方案中，噬菌体组合物和抗生素可以以下述间隔施用：分开一天至两个月的间隔，优选以分开一至四周的间隔，适当地以分开两周的间隔。
在一个实施方案中，噬菌体组合物可以用于杀死表面上的细菌(例如，假单胞菌菌种或菌株)的方法中。所述方法包括将噬菌体组合物(配制为消毒剂组合物)施用于所述表面。适当地，所述表面是污染场所或者预期的污染场所。
在一个实施方案中，所述表面是哺乳动物(例如，人)的皮肤，例如鼻腔。备选地或另外地，所述表面可以是设备、医疗设备(包括但不限于假体、植入物等)、床具、家具、墙壁或地板(例如，在临床环境中)。备选地，表面可以是医疗敷料或植入的或可植入的医疗装备(例如，人工关节或心脏瓣膜)的表面。
本文提供了试剂盒，其包含：本文所述的噬菌体组合物；及其使用说明(例如，在医学中)。试剂盒可以进一步包含抗生素(例如，化学抗生素)和任选地将其与噬菌体组合物组合使用的使用说明。试剂盒还可以包括用于测试抗生素抗性的装置。试剂盒可以进一步包括用于施用噬菌体组合物的材料和/或设备。
在一个实施方案中，使用说明提供了关于剂量给药本文所述的噬菌体组合物的详情。在实施方案中，包括在试剂盒中的使用说明是关于在治疗假单胞菌感染(例如，鼻窦炎，肺炎等)中的用途。
本文提供了噬菌体组合物或试剂盒用于非医疗应用的用途。例如，噬菌体组合物或试剂盒可以用于食品卫生、农业或作物保护和/或环境卫生应用。因此，在一个实施方案中，试剂盒包括关于将噬菌体组合物用于非医疗应用的使用说明。
在实施方案中，提供了包含噬菌体组合物的绷带或伤口敷料。伤口敷料可以是垫或有粘性的石膏型敷料。噬菌体可以作为消毒制剂或局部霜剂施加到伤口敷料或绷带，之后施加到伤口敷料或绷带。备选地，伤口敷料或绷带可以浸入包含噬菌体的载体中并且干燥以将所述噬菌体浸渍在所述敷料或绷带中。噬菌体也可以使用本领域公知的技术吸附在绷带或伤口敷料的表面上。该方法的优点是绷带或伤口敷料允许噬菌体与可能含有细菌的伤口接触。在相关方面，提供了通过将绷带或伤口敷料施用于受试者来抑制细菌生长和/或处理和/或杀死细菌的方法。
除非另外指出，本文使用的所有技术和科学术语具有与本发明所属领域的普通技术人员通常理解的含义相同的含义。
本发明不受本文公开的示例性方法和材料的限制，并且与本文描述的那些类似或等同的任何方法和材料可以用于实践或测试本发明的实施方案。数字范围包括限定范围的数字。本文提供的标题不是对本发明的各个方面或实施方案的限制。
术语的其他定义可以出现在整个说明书中。在更详细地描述示例性实施方案之前，应理解，本发明不限于所描述的特定实施方案，并且因此可以改变。还应理解，本文使用的术语仅用于描述特定实施方案的目的，并不旨在限制，因为本发明的范围仅受所附权利要求的限制。
在提供数值范围的情况下，应当理解，除非上下文另有明确规定，还具体公开了该范围的上限和下限之间的介于下限单位的十分之一的每个中间值。本发明涵盖在规定范围内的任何规定值或中间值与规定范围内的任何其他规定值或中间值之间的每个较小范围。这些较小范围的上限和下限可以独立地包括或排除在该范围内，并且涵盖了在该较小范围中包括任一个端点、不包括端点或包括两个端点的每个范围，其在规定范围内的端点受任何特别的排除。当规定的范围包括一个或两个端点的情况下，则本发明还包括排除这些端点中的一个或两个的范围。
必须注意的是，除非上下文另有明确说明，如本文和所附权利要求中所使用的，单数形式“一个”、“一种”和“这种”包括复数指代。因此，例如，提及“一种噬菌体”包括多种这样的候选试剂，并且提及“这种噬菌体”包括提及一种或更多种噬菌体及其本领域技术人员已知的等同物，等等。
本文讨论的出版物仅仅是为了它们在本申请的提交日之前的公开内容而提供的。本文中的任何内容均不应被解释为承认这些出版物构成所附权利要求的现有技术。
实施例
实施例1:开发噬菌体混合物
进行实验以产生满足以下标准的噬菌体疗法：1)专性裂解的，以避免细菌基因的局限性转导；2)未知的(通过经验测试和/或从基因组学推断)，以易于普遍性转导，和3)完全测序，以避免噬菌体具有已知携带抗生素抗性的基因或细菌毒力基因，和帮助评估其他生活方式特性。
总之，一起用来治疗患者的噬菌体应当：1)具有针对目标病原体而非其他物种的广谱活性，以最大化潜在功效和最小化脱靶效应，和2)能够互补，其中对一种噬菌体产生抗性的突变体对于另一种噬菌体敏感。
除了噬菌体它们本身的特征以外，用于临床应用的材料应当以这种方式生产，以便确信最终产品保持这些特征(即，仍然为相同噬菌体)并且不含潜在有害的(或有害量的)杂质，如内毒素或宿主细胞蛋白。
噬菌体分离
每种选择的噬菌体分离自环境来源并且随后与充分表征的铜绿假单胞菌菌株(其用作噬菌体的制造宿主)配对。在传代和迭代选择后，选择候选噬菌体。这些的基因组序列与原始的天然存在的序列是不同的。纯化宿主配对的噬菌体，以确保获得的原种(masterstock)产生遗传学上和表型上一致的多批次的每种噬菌体。除非另外指出，所有数据来源于宿主配对的、空斑纯化的噬菌体。使用植物蛋白胨培养基，噬菌体在液体培养物中繁殖。将裂解液通过0.2μm滤器以去除大的细胞碎片，并且根据随后测试的需要，任选地进行基于柱的纯化步骤的专门工艺，以进一步去除宿主细胞蛋白和其他细菌碎片，并且用含有10mM硫酸镁的磷酸缓冲盐水(PBS)(PBS+Mg)替换生长培养基。
开发了四种抗-铜绿假单胞菌噬菌体(Pa223(以ECACC保藏编号:17062002保藏),Pa222(以ECACC保藏编号:17062003保藏),Pa193(以ECACC保藏编号:17062004保藏)和Pa204(以ECACC保藏编号:17062006保藏)的原种。以ECACC no.17062004保藏的Pa193和以ECACC no.17062006保藏的Pa204是肌尾噬菌体科，而以ECACC no.17062003保藏的Pa222和以ECACC no.17062002保藏的Pa223是短尾噬菌体科。所有四种噬菌体通过基因组测序被表征为严格裂解性的。在每次测定之前，将每种噬菌体的原种悬浮液针对选择的铜绿假单胞菌细菌菌株使用软琼脂覆盖小滴测定来滴定，如下所述。将相同浓度的每种噬菌体组合以形成噬菌体混合物(称为AB-PA01)。
细菌菌株和生长条件
铜绿假单胞菌菌株分离自来自患者的内窥镜引导的窦拭子，所述患者满足关于慢性鼻窦炎(CRS)的针对鼻窦炎和鼻息肉的欧洲立场文件2012标准(European PositionPaper on Rhinosinusitis and Nasal Polyps(EPOS)2012criteria)(Fokkens等,2012,EPOS 2012:European position paper on rhinosinusitis and nasal polyps 2012.Asummary for otorhinolaryngologists.Rhinology 50,1–12)。具有CF的患者的铜绿假单胞菌临床分离株由医学科学院中心耳鼻喉学系(阿姆斯特丹，荷兰)惠赠，并且来自具有或不具有CF的CRS患者的铜绿假单胞菌窦分离株由伯明翰阿拉巴马大学(伯明翰,AL)耳鼻喉学-头颈外科系惠赠。铜绿假单胞菌分离株于-80℃储存在25％甘油营养汤中。铜绿假单胞菌实验室参考菌株ATCC 15692(PAO1)获自美国典型培养物保藏中心(马纳萨斯,VA,USA)，作为噬菌体敏感性和生物膜测定的对照。将分离株从冷冻的甘油储液中铺平板至1.5％营养琼脂上，并且在营养肉汤中培养肉汤培养物。琼脂平板和肉汤培养物都在37℃温育。
最低抑制浓度(MIC)测定
使用肉汤微稀释最低抑制浓度(MIC)测定(如Wiegand等(2008),Agar and brothdilution methods to determine the minimal inhibitory concentration(MIC)ofantimicrobial substances.Nat.Protocols 3,163–175所述)，确定对常用抗生素的抗性。测试的抗生素是：庆大霉素，环丙沙星，头孢噻甲羧肟，哌拉西林和阿米卡星，它们获自Sigma-Aldrich(Castle Hill,NSW,Australia)。基于临床和实验室标准研究所(CLSI)截止值，分离株被指定为对于测试的抗生素是敏感的、抗性的或具有中度敏感性。
实施例2:噬菌体活性和细菌谱系
使用小滴琼脂覆盖法的改进方案(Mazzocco等，“Enumeration ofbacteriophages using the small drop plaque assay system”，Methods MolBiol.2009；501:81-5)，评估噬菌体活性。简而言之，将浮游细菌培养物与熔融的稀释琼脂混合，并且均匀倒在琼脂平板上。当顶层琼脂层固定后，将系列稀释的标准化噬菌体溶液点在覆盖层和平板上，并在37℃孵育过夜。通过在噬菌体施加位点的细菌菌苔的清除，和通过随着噬菌体样品稀释时单个空斑的形成，指示噬菌体活性。仅当样品稀释时可以观察到离散的空斑(表明除了细胞死亡以外噬菌体复制)的时候，菌株被认为是敏感的。使用Turton等(Clin Microbiol Infect.2010Aug；16(8):1111-6)描述的9-基因座VNTR分型系统，由英国公共卫生局确定谱系。
噬菌体的组合(AB-PA01)针对具有多个遗传谱系和抗生素抗性性质的铜绿假单胞菌菌株是有活性的，包括临床上重要的那些，诸如利物浦流行株(LES)和曼切斯特株。遗传谱系不指示噬菌体活性，因为涉及谱系确定的基因并非预期参与噬菌体活性的基因。例如，四株涉及利物浦流行株的具有相同的VNTR谱的菌株(SPS#1155、SPS#1156、SPS#1158、SPS#1168)都对AB-PA01敏感，但是对于噬菌体的不同组合敏感。结果总结在表1中。在最右边栏中，黑点表示发生由所述噬菌体引起的生产性噬菌体感染。
表1.针对铜绿假单胞菌菌株的噬菌体活性
Figure BDA0002629331380000421
1每栏给出了在所示小卫星基因座处存在的重复数；连字符表示从该基因座没有扩增出PCR产物。括号中的第9个基因座有时帮助在各型之间辨别。
用四种噬菌体(Pa197(SEQ ID NO:5),Pa224(SEQ ID NO:6),Pa225(SEQ ID NO:7)和Pa226(SEQ ID NO:8))测试七种铜绿假单胞菌的敏感性，与Pa223(以ECACC保藏编号:17062002保藏)、Pa222(以ECACC保藏编号:17062003保藏)、Pa193(以ECACC保藏编号:17062004保藏)和Pa204(以ECACC保藏编号:17062006保藏)中任一相比在整个基因组上在一个或多个核苷酸处具有小于10％核酸变化，但仍保留感染并裂解假单胞菌(例如，铜绿假单胞菌)目标细菌的能力。噬菌体显示对于至少一种铜绿假单胞菌分离株的裂解能力。数据显示在表2中。
表2.针对铜绿假单胞菌菌株的变体噬菌体的噬菌体活性
Figure BDA0002629331380000431
实施例3:对于噬菌体的细菌细胞表面受体
关于PAO1突变体的菌株来源描述于Danis-Wlodarczyk等(Sci Rep.2016Jun 15；6:28115)。使用上述小滴方法完成细菌菌株对于每种噬菌体的敏感性测试。
为了进一步分析噬菌体组合物和单个噬菌体组分的目标细菌的宽度和特征，测试在各个细胞受体中突变的细菌菌株对于噬菌体的敏感性。所有四种噬菌体感染缺少鞭毛和IV型菌毛的铜绿假单胞菌突变体，提示它们的感染不依赖于它们。Pa193和Pa204需要B-段(B-band)O-抗原来感染PAO1。Pa222和Pa223要求完整的LPS核和存在于ΔwaaL菌株中而不存在于ΔwbpL菌株中的另一种因子。Pa222和Pa223在具有显著降低运动性的菌株(ΔwaaL和ΔfliC)上产生显著更大、更透明的空斑。结果总结在表3中。尽管在受体使用上有一些相似性，但是每种噬菌体感染不同组的细菌菌株，并且已经显示了互补对于另一种噬菌体发展的抗性的能力(互补数据显示在表4中)。
表3.针对铜绿假单胞菌突变体菌株的噬菌体活性
Figure BDA0002629331380000441
1关于PAO1突变体的菌株来源描述于Danis-Wlodarczyk等(2016)
2滴度是三次重复的平均值，除了带下划线值表示离散的空斑仅在三次重复中的一个或两个中观察到。
实施例4:抗性
噬菌体疗法的一个重要特征是噬菌体应当对于细菌发展对于噬菌体的抗性产生进化压力。使用O’Flynn等(2004)的改进形式，使用对于所有四种组分噬菌体敏感的铜绿假单胞菌，测试对于AB-PA01的自发抗性的频率。将已知量的噬菌体和细菌组合在熔融稀释琼脂覆盖层中，并且在37℃温育24或48h后对细菌菌落计数。使用先前描述的小滴法，测试所选择的菌落的噬菌体敏感性。
铜绿假单胞菌对于AB-PA01的抗性的自发频率似乎低于对于单个组分噬菌体的抗性的频率，当组合使用四种噬菌体时，分离较少的噬菌体不敏感的突变体(BIM)。当将表观BIM分离和直接测试噬菌体敏感性时，并非所有BIM真正地对于用于产生它们的噬菌体具有抗性(表4)。在AB-PA01存在下生长的单个BIM对于Pa204敏感，意味着没有产生对于AB-PA01真正的具有抗性的菌落。两种肌尾噬菌体或两种短尾噬菌体之间的交叉抗性似乎比肌尾噬菌体和短尾噬菌体之间的交叉抗性更常见，但是这不是绝对的。数据显示，噬菌体混合物具有出人意料的抗性管理性质。
表4.抗性数据总结
Figure BDA0002629331380000451
Figure BDA0002629331380000461
实施例5:协同性
出人意料地，鉴定了一种铜绿假单胞菌菌株，AB-PA01对于其的作用从根本上不同于单个组分噬菌体的作用。当在半固体培养基上产生该菌株(AP1127)的菌苔时，所有四种噬菌体的组合始终产生独特的空斑，而当单独地测试噬菌体时没有观察到空斑。空斑表明在杀死细胞过程中已经发生了噬菌体复制。这表明4-噬菌体的组合的总体杀菌效果要大于单个噬菌体的累加效果(称为“协同性”)。该结果出人意料地不同于以下更常见的观察，即其中4种噬菌体的组合产生空斑，同时组分噬菌体中的一种或多种也产生空斑，如在表5中总结的来自制造宿主和SPS#1721的结果所例举。
表5.协同性结果
Figure BDA0002629331380000462
实施例6:急性铜绿假单胞菌肺炎的小鼠模型
基于以上数据(其显示噬菌体混合物在杀死各种各样的铜绿假单胞菌菌株中的功效)，进行了研究所述混合物在具有细菌感染的动物中的功效的实验。将免疫活性的CD-1雌性小鼠用临床菌株PA14(在50μL胰蛋白酶大豆肉汤中(6.26log10CFU))鼻内(IN)接种。在感染后2和6小时(hpi)，将50μL的噬菌体混合物AB-PA01 IN施用于三个剂量组(n＝5)，其由1.5x107、1.5x108或1.5x109总PFU/剂量组成。在2和6hpi将美罗培南(25mg/kg)皮下施用于第四组。第五组被感染，但是用作为对照的噬菌体稀释剂处理。所有小鼠在24小时安乐死，并且确定CFU/肺对。蓝色值低于检测极限并且保守地设定为检测极限。进行统计。
在急性铜绿假单胞菌肺部感染的小鼠模型中，AB-PA01功效等价于美罗培南，导致菌落形成单位(CFU)的2-3个log减小(图1)。低于检测极限的值被设定为检测极限以避免在统计学分析中的过度偏离。
实施例7:噬菌体施用于人患者
将噬菌体混合物施用于不响应于单独抗生素治疗的具有铜绿假单胞菌感染的人患者。所述患者患有肺部感染(移植后肺；患者服用免疫抑制药)、慢性肺部感染(具有囊性纤维化的患者)或呼吸器-相关的肺炎。
将噬菌体组合物(“混合物”，其含有大约等比率的四种噬菌体ECACC 17062004(Pa193)、ECACC 17062006(Pa204)、ECACC 17062003(Pa222)和ECACC 17062002(Pa223))施用于具有铜绿假单胞菌感染的患者中的三个。噬菌体混合物大约覆盖80％的铜绿假单胞菌菌株，包括多重耐药分离株。在治疗之前通过软琼脂覆盖小滴测定，确定来自患者的铜绿假单胞菌分离株的敏感性。用4x109PFU的噬菌体混合物通过每6小时或12小时的静脉内施用、和/或通过每12小时的吸入(雾化)来治疗患者。实施治疗达7至57天，这取决于适应症。患者也施用最佳的可用抗生素疗法(由主治医师确定)。
治疗是耐受良好的，并且没有治疗相关的严重不利事件。
在整个治疗期间，来自患者的细菌分离株对所述混合物保持敏感。
实施例8:来自在人患者中噬菌体施用的另外的结果
将噬菌体混合物施用于不响应于单独抗生素治疗的具有铜绿假单胞菌感染的人患者。所述患者患有肺炎(囊性纤维化、移植后或呼吸器-相关的肺炎)或由于烧伤导致的菌血症。
将噬菌体组合物(“混合物”，其含有大约等比率的四种噬菌体ECACC 17062004(Pa193)、ECACC 17062006(Pa204)、ECACC 17062003(Pa222)和ECACC 17062002(Pa223))施用于具有铜绿假单胞菌感染的六个患者。噬菌体混合物大约覆盖80％的铜绿假单胞菌菌株，包括多重耐药分离株。在治疗之前通过软琼脂覆盖小滴测定，确定来自患者的铜绿假单胞菌分离株的敏感性。用4x109PFU的噬菌体混合物通过每6小时或12小时的静脉内施用、和/或通过每12小时的吸入(雾化)来治疗患者。实施治疗达7至57天，这取决于适应症。患者也施用最佳的可用抗生素疗法(由主治医师确定)。
被治疗的患者中的感染包括肺炎(囊性纤维化、移植后或呼吸器-相关的肺炎)或由于烧伤导致的菌血症。
结果显示，在治疗结束时在用AB-PA01治疗的调整意向治疗人群(mITT，定义为满足临床诊断标准的所有患者，其细菌分离株对AB-PA01敏感并且其接受至少一个剂量的AB-PA01)中83％的患者中治疗成功。“治疗成功”是通过治疗医师确定为基线迹象和症状的完全消退或显著改善。一个患者在用AB-PA01后显示无改善(“无改善”是通过治疗医师确定为没有基线迹象和症状的消退，或死亡)。
施用超过600+剂量的AB-PA01，包括400+个剂量的静脉内、90+吸入、50+局部和20+口服。一个患者由于2个不利事件而终止治疗。治疗在其他5个患者中耐受良好。没有治疗相关的SAE。
上述说明书中提及的所有出版物均通过引用并入本文。在不脱离本发明的范围和精神的情况下，本发明所述方法和系统的各种修改和变化对于本领域技术人员来说是显而易见的。尽管已经结合特定的优选实施方案描述了本发明，但是应该理解，要求保护的本发明不应该不适当地限于这些特定的实施方案。实际上，对于生物化学和生物技术或相关领域的技术人员显而易见的用于实施本发明的所述模式的各种修改旨在落入后附权利要求的范围内。
实施方案
实施方案1-1.噬菌体组合物，其包含两种或更多种来自肌尾噬菌体科的严格裂解性的噬菌体和两种或更多种来自短尾噬菌体科的严格裂解性的噬菌体。
实施方案1-2.根据实施方案1-1的噬菌体组合物，其包含一种或多种选自以下的噬菌体：ECACC 17062002、ECACC 17062003、ECACC 17062004、ECACC 17062006及其突变体。
实施方案1-3.根据实施方案1-2的噬菌体组合物，其包含至少两种选自以下的噬菌体：ECACC 17062002、ECACC 17062003、ECACC 17062004、ECACC 17062006及其突变体。
实施方案1-4.根据实施方案1-2的噬菌体组合物，其包含至少三种选自以下的噬菌体：ECACC 17062002、ECACC 17062003、ECACC 17062004、ECACC 17062006及其突变体。
实施方案1-5.根据实施方案1-1至1-4中任一个的噬菌体组合物，其包含以下噬菌体：ECACC 17062002、ECACC 17062003、ECACC 17062004和ECACC 17062006或其突变体。
实施方案1-6.根据任一在前实施方案的噬菌体组合物，其基本上由以下组成：ECACC 17062002、ECACC 17062003、ECACC 17062004和ECACC 17062006或其突变体。
实施方案1-7.根据任一在前实施方案的噬菌体组合物，其中当与ECACC17062002、ECACC 17062003、ECACC 17062004和/或ECACC 17062006比较时，所述突变体在其整个基因组上具有至少75％序列同一性。
实施方案1-8.根据任一在前实施方案的噬菌体组合物，其中当与ECACC17062002、ECACC 17062003、ECACC 17062004和/或ECACC 17062006比较时，所述突变体在其整个基因组上具有至少80％序列同一性。
实施方案1-9.根据任一在前实施方案的噬菌体组合物，其中当与ECACC17062002、ECACC 17062003、ECACC 17062004和/或ECACC 17062006比较时，所述突变体在其整个基因组上具有至少90％序列同一性。
实施方案1-10.根据任一在前实施方案的噬菌体组合物，其中当与ECACC17062002、ECACC 17062003、ECACC 17062004和/或ECACC 17062006比较时，所述突变体在其整个基因组上具有至少95％序列同一性。
实施方案1-11.根据实施方案1-1的噬菌体组合物，其包含一种或多种具有选自以下的基因组序列的噬菌体：SEQ ID NO.:1、SEQ ID NO.:2、SEQ ID NO.:3、SEQ ID NO.:4及其突变体。
实施方案1-12.根据实施方案1-11的噬菌体组合物，其包含至少两种具有选自以下的基因组序列的噬菌体：SEQ ID NO.:1、SEQ ID NO.:2、SEQ ID NO.:3、SEQ ID NO.:4及其突变体。
实施方案1-13.根据实施方案1-11的噬菌体组合物，其包含至少三种具有选自以下的基因组序列的噬菌体：SEQ ID NO.:1、SEQ ID NO.:2、SEQ ID NO.:3、SEQ ID NO.:4及其突变体。
实施方案1-14.根据实施方案1-11至1-13中任一个的噬菌体组合物，其包含具有选自以下的基因组序列的噬菌体：SEQ ID NO.:1、SEQ ID NO.:2、SEQ ID NO.:3和SEQ IDNO.:4或其突变体。
实施方案1-15.根据实施方案1-11至1-14中任一个的噬菌体组合物，其基本上由具有以下的基因组序列的噬菌体组成：SEQ ID NO.:1、SEQ ID NO.:2、SEQ ID NO.:3和SEQID NO.:4或其突变体。
实施方案1-16.根据实施方案1-11至1-15中任一个的噬菌体组合物，其中当与SEQID NO.:1、SEQ ID NO.:2、SEQ ID NO.:3和/或SEQ ID NO.:4比较时，所述突变体在其整个基因组上具有至少75％序列同一性。
实施方案1-17.根据实施方案1-11至1-15中任一个的噬菌体组合物，其中当与SEQID NO.:1、SEQ ID NO.:2、SEQ ID NO.:3和/或SEQ ID NO.:4比较时，所述突变体在其整个基因组上具有至少80％序列同一性。
实施方案1-18.根据实施方案1-11至1-15中任一个的噬菌体组合物，其中当与SEQID NO.:1、SEQ ID NO.:2、SEQ ID NO.:3和/或SEQ ID NO.:4比较时，所述突变体在其整个基因组上具有至少90％序列同一性。
实施方案1-19.根据实施方案1-11至1-15中任一个的噬菌体组合物，其中当与SEQID NO.:1、SEQ ID NO.:2、SEQ ID NO.:3和/或SEQ ID NO.:4比较时，所述突变体在其整个基因组上具有至少95％序列同一性。
实施方案1-20.根据任一在前实施方案的噬菌体组合物，其另外包含抗生素(例如，化学抗生素)。
实施方案1-21.根据任一在前实施方案的噬菌体组合物，所述噬菌体组合物还包含药学可接受的载体、稀释剂、赋形剂或其组合。
实施方案1-22.根据实施方案1-21的噬菌体组合物，其中所述药学可接受的载体、稀释剂、赋形剂或其组合包括MgSO4。
实施方案1-23.根据任一在前实施方案的噬菌体组合物，其包含大约1:1比率的至少两种噬菌体株。
实施方案1-24.根据任一在前实施方案的噬菌体组合物，其包含至少大约1x106至大约1x1010的至少一种所述噬菌体株。
实施方案1-25.根据任一在前实施方案的噬菌体组合物，其包含至少一种冷冻保护剂。
实施方案1-26.根据实施方案1-25的噬菌体组合物，其中所述冷冻保护剂包含甘油。
实施方案1-27.一种气雾化组合物，其包含根据任一在前实施方案的噬菌体组合物。
实施方案1-28.一种冷冻组合物，其包含根据实施方案1-1至1-26中任一个所述的噬菌体组合物。
实施方案1-29.根据任一在前实施方案的噬菌体组合物，其用作药物。
实施方案1-30.根据任一在前实施方案的噬菌体组合物，其用于治疗细菌感染。
实施方案1-31.根据实施方案1-1至1-26中任一个所述的噬菌体组合物在制备用于治疗细菌感染的药物中的用途。
实施方案1-32.一种治疗细菌感染的方法，所述方法包括将根据实施方案1-1至1-24中任一个所述的噬菌体组合物施用于受试者。
实施方案1-33.根据实施方案1-29至1-32中任一个的应用的噬菌体组合物、用途或方法，其中所述细菌感染是鼻窦感染、鼻感染或呼吸道感染。
实施方案1-34.根据实施方案1-29至1-32中任一个的应用的噬菌体组合物、用途或方法，其中所述细菌感染是尿路感染、腹腔内感染、皮肤感染、皮肤结构感染或菌血症。
实施方案1-35.根据实施方案1-29至1-32中任一个的应用的噬菌体组合物、用途或方法，其中所述细菌感染是肺部感染。
实施方案1-36.根据实施方案1-29至1-32中任一个的应用的噬菌体组合物、用途或方法，其中所述细菌感染是心内膜炎。
实施方案1-37.根据实施方案1-29至1-32中任一个的应用的噬菌体组合物、用途或方法，其中所述细菌感染是移植物感染。
实施方案1-38.根据实施方案1-29至1-32中任一个的应用的噬菌体组合物、用途或方法，其中所述细菌感染与囊性纤维化相关。
实施方案1-39.根据实施方案1-29至1-32中任一个的应用的噬菌体组合物、用途或方法，其中所述细菌感染对抗生素具有抗性。
实施方案1-40.根据实施方案1-29至1-32中任一个的应用的噬菌体组合物、用途或方法，其中所述细菌感染是假单胞菌细菌感染。
实施方案1-41.根据实施方案1-29至1-32中任一个的应用的噬菌体组合物、用途或方法，其中所述细菌感染是铜绿假单胞菌细菌感染。
实施方案1-42.根据实施方案1-29至1-41中任一个的应用的噬菌体组合物、用途或方法，其中所述细菌感染是特征在于存在细菌生物膜的感染。
实施方案1-43.根据实施方案1-1至1-28中任一个的噬菌体组合物，其用于治疗鼻窦炎。
实施方案1-44.根据实施方案1-1至1-28中任一个所述的噬菌体组合物在制备用于治疗鼻窦炎的药物中的用途。
实施方案1-45.一种治疗鼻窦炎的方法，所述方法包括将根据实施方案1-1至1-28中任一个所述的噬菌体组合物施用于受试者。
实施方案1-46.根据实施方案1-41至1-45中任一个的应用的噬菌体组合物、用途或方法，其中所述鼻窦炎是慢性或急性鼻窦炎。
实施方案1-47.根据实施方案1-41至1-46中任一个的应用的噬菌体组合物、用途或方法，其中所述鼻窦炎是由假单胞菌细菌感染导致的。
实施方案1-48.根据实施方案1-41至1-47中任一个的应用的噬菌体组合物、用途或方法，其中所述鼻窦炎是由铜绿假单胞菌细菌感染导致的。
实施方案1-49.根据实施方案1-41至1-48中任一个的应用的噬菌体组合物、用途或方法，其中所述鼻窦炎的特征在于存在细菌生物膜。
实施方案1-50.根据实施方案1-29至1-49中任一个的应用的噬菌体组合物、用途或方法，其另外包括将抗生素(例如，化学抗生素)施用于受试者。
实施方案1-51.根据实施方案1-50的应用的噬菌体组合物、用途或方法，其中所述抗生素是氟喹诺酮类、碳青霉烯类、氨基糖苷类、头孢菌素、青霉素、β内酰胺或β内酰胺酶抑制剂。
实施方案1-52.根据实施方案1-29至1-51中任一个的应用的噬菌体组合物、用途或方法，其中将所述组合物施用于呼吸道或肺组织的表面。
实施方案1-53.根据实施方案1-52的应用的噬菌体组合物、用途或方法，其中所述应用是通过所述组合物的气雾化制剂完成的。
实施方案1-54.根据实施方案1-29至1-51中任一个的应用的噬菌体组合物、用途或方法，其中将所述组合物静脉内施用。
实施方案1-55.试剂盒，其包含：a.根据实施方案1-1至1-28中任一个所述的噬菌体组合物；和b.关于其(例如，在医学中的)使用的使用说明。
实施方案1-56.根据实施方案1-55的试剂盒，其另外包含抗生素(例如，化学抗生素)和关于其与噬菌体组合物组合使用的使用说明。
实施方案1-57.根据实施方案1-55或1-56的试剂盒，其中所述使用说明是关于将其用于治疗感染。
实施方案1-58.根据实施方案1-57的试剂盒，其中所述使用说明是关于将其用于治疗铜绿假单胞菌感染。
实施方案1-59.根据实施方案1-57或1-58的试剂盒，其中所述感染是鼻窦感染、鼻感染、呼吸道感染、肺部感染、尿路感染、腹腔内感染或菌血症。
实施方案1-60.一种杀死表面上的细菌的方法，所述方法包括将根据实施方案1-1至1-28中任一个的噬菌体组合物施用于所述表面。
实施方案1-61.根据实施方案1-60的方法，其中所述表面是哺乳动物的皮肤、设备(适当地，医疗设备)、床具、家具、墙壁或地板或它们的组合。
实施方案1-62.根据实施方案1-1至1-28中任一个的噬菌体组合物或根据实施方案1-55至1-59中任一个的试剂盒用于非医疗应用的用途。
实施方案1-63.绷带或伤口敷料，其包含根据实施方案1-1至1-28中任一个的噬菌体组合物。
实施方案1-64.一种制备噬菌体组合物的方法，所述方法包括混合至少两种选自以下的噬菌体：ECACC 17062002、ECACC 17062003、ECACC 17062004、ECACC 17062006及其突变体。
实施方案1-65.一种制备噬菌体组合物的方法，所述方法包括混合至少两种具有选自以下的基因组序列的噬菌体：SEQ ID NO.:1、SEQ ID NO.:2、SEQ ID NO.:3、SEQ IDNO.:4及其突变体。
实施方案1-66.实施方案1-65的方法，其中当与SEQ ID NO.:1、SEQ ID NO.:2、SEQID NO.:3和/或SEQ ID NO.:4比较时，所述突变体在其整个基因组上具有至少75％序列同一性。
实施方案1-67.通过实施方案1-64至1-66中任一个的方法可获得的噬菌体组合物。
实施方案1-68.任一在前实施方案所述的组合物、用途、方法或试剂盒，其中所述组合物的噬菌体感染并裂解假单胞菌。
实施方案1-69.任一在前实施方案所述的组合物、用途、方法或试剂盒，其中所述组合物的噬菌体感染并裂解铜绿假单胞菌。
序列表
<110> 阿玛塔制药股份有限公司
Morales, Sandra P.
Mearns, Gillian
Rankin, Deborah A.
<120> 用于治疗假单胞菌感染的噬菌体组合物
<130> 054249-501001WO
<150> US 62/613,049
<151> 2018-01-02
<150> US 62/678,600
<151> 2018-05-31
<150> US 62/731,774
<151> 2018-09-14
<160> 8
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 66657
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成的多核苷酸
<220>
<221> misc_feature
<223> ECACC 17062004 Pa193的基因组核酸序列
<400> 1
cgattgcaca atcctaatag aaaaaatcta tcacggacgt tacctatctt taaaattaat 60
aaaattaata gtaatttggt aatttggtaa actttagtat ttgaaagcct cgcggcacta 120
agcttgtaca tatcccgtca agtttccgat tccagctagc tcgcggcagg gtcgccggaa 180
acttccggac ttccaatcca tgggtcgcgg cgacaccacg gcggactaag cggcaaggac 240
caaaactcga cgaacggaac cggaaatttg ggagcgcgat agaatcgctc agctggacat 300
atttctaaca ttcgatttaa cactcaatcc aaacactcac caccagcgtc tcccgccaac 360
cgccgattcg atcctcaccc accagcggat cgcccgtata acatcctata acaccaccta 420
acactcattc atcatcaaac ccacccagac ctacagccca cccacaagca gcccatagac 480
gcgatccctg gccccatagt acaatcgcgc catactcagt gtcgcggcag agcaccaggg 540
gccatccgcc aaccaagcca ccacgacgac tccagaatcg aactccaggg acgcagcacc 600
aaatgaccaa acactacagc cccgacgatc tagtcacgcc acaggaattc gcagacccgc 660
atttcgcggc gatcaaccaa aagcgattcg acctgtacat cgacctgcgc gtccaaggtt 720
acagctcctg gcgggtcttc cgggccatct ggggcgagga gcatatggac ggtcccgcgc 780
aggcccgcat cttcgcgatg gagtccaacc cgtactatcg caagcagttc aaggccaagt 840
tgaacgcgac caaaacgtcc gacttgtgga acccaaagac ggcgctccac gaactcctcc 900
aaatggttcg tgaccccacc gtcaaggact ccagccgtct gtcggccatc aaggagttga 960
acgttctggc tgaaatcacg ttcgtggacg agtctggcaa gaccaggatc ggtcgcggtt 1020
tggccgactt ctacgcatca gaagccgagg ctcagaccgc gaccgtcgct gctgcggccg 1080
aagccaatgg ctatgtgccg gaaggcgaag agggcgattt cccgtccccg acgccggaac 1140
cgaccgagga agaccgcgcc aaccccattt agacataaaa taacatcgtt ctaggcccga 1200
atcggaccga actaaggcga aggtagcggt aagggacgaa aaacgattct agggcggttc 1260
taggaagttg aagcctaacc ctcagaacga caaagccccg gactctagtt cagaatccgg 1320
ggctttcttt ttgggcgcct tactcgccag cttcgatgat ttcgaagttg tatttgacgc 1380
cttcgtgctc gaaagtcatc ttgccagccg ccttcagctg catgcggaag cggatgtgtt 1440
tcgaagaagg caggccgaac tcgatgaatg ctgcgttggt ggaccggaac tcgccgcgct 1500
tgccttttac agtcacagcc acgccatggc gctgggtgcg tttcttggaa acttctgggt 1560
ctttccagga gttggcgatg gctgccgaca aatccttggc ctctttggct ttctccggcg 1620
cgttcttggc ctcttcgcgc atcttccgga tttcttccag cgcttcctct tcggtgactt 1680
cttcttccgg cttcagattc tcttcctcgg ccttctcttc ttccttcttc ttggaagtgc 1740
gggtcttgta aaccttggcc ggggcttcct cttcctggaa ggcctcttcc tcggccggca 1800
gagcattcag gatggcgagg cagcgacgct cagcagtctt gcggtcagag aagcgcttga 1860
cagtcgcatc agcgttgtga gcgttgtaga aagcgaccag ttctttcatt tctgcgttct 1920
ggatgtcgcc gaaggttttg atggagttgg tcatcttgcg atcctctgtt ttggaagatt 1980
tcttttgggc ttcggtttgt cgcccccgtt gaaagagatt atgcctaggt cgatgctgcg 2040
tgtctacatc tatttcatca gattgatcac aaagccgacg aacggttgtc ggatgtgaaa 2100
acaccgcaga gcaggctgcg gtgtttgttg gtgagggcga tggtcagaaa gtcgggatcg 2160
tgatcggctc gatgggcgga tcgccgggcc tgtcgttgtc cgatgcgggc gccgggttgg 2220
acgggattgc gccggaccga agctccagag attccgactg cctgctcacc tgcggagctg 2280
gaggcgcctt tggcgcagga ggagcaggcg ggaccggcag gcctggaggc gccatctgcg 2340
tcatgggcgg ttccggaaga tcgggaaggc ttggcgctat gctgccaaag gaccgctgcg 2400
actgctgtgc cggattttcg ccgaacattt cggcggatcg gttgtccttg atgacttgac 2460
ctatggccgt cttgtcggcg cccggttctg ccggatcgaa gccagtgaat ggagtggttg 2520
tgcagcgcat gttcggatgg gtcggcagat tgttcagggc gatggagtcc gcccagacgt 2580
acgggttttt atgcttgcca gggctgtggc tgatgatctc ggcaggaatg tgaccgttcc 2640
tgttcagcca tctcgccatc tcctgccgat tcagagggct ggccacgatc tggccagtgg 2700
aatcttcgac gatagcgaac agatcaccga gtttgaatcc gatgattgtg tagttggacc 2760
tggactcgcc gacgaaagcc agggtttcga tgttgtggta gatatcttgg tcttcccaga 2820
tgtacagcat ggttcactcc tcaataaggc tgcttgttgt gttcgaccag agacataccg 2880
gccggaactt tgaagcggat gtattcgatc atcatcgcgg ttcggcgttt gttggcgccg 2940
gattcgtcgt tgacgaagag ttcgcattgg tgcggaatga ctcgcgtcac caggtcttcg 3000
cctttcgaac cgtagaactt gatgtaggct gcgacgcctc gcgtcatgct cagatggatc 3060
gtttcgcaga gtcgctgcgc ggccgacgcg ctggacagat cggtcggact gaccgtcgcc 3120
cagtaatggc cactttgttc tttatcgggc ataagctacc ctccaatgag aaagcctctg 3180
ccgaggctgg ttgttagtcg agccagtcag tcgtacttcc tgccgtgaaa tgcgtgtccg 3240
cagccgaaga ttgatctgta tgcgttgatt gaattcctgt tcctttcaga ttcgatttga 3300
atactgagca tctccagctc gtatcgggcc agtccgcccc attcgcgctc aatgcgtgaa 3360
tactcggcct ccagttgcct caatcgttcg ctcatataac ctccaacaat cgtcattaat 3420
cgatcaaccc ctgccgaacc gcagaggctg gttgttaatc gcgcttcagc aaaaccactt 3480
tctcgtttgc gcgatgattc ctgtgccagt cttcccaata gtctccgcac tgacgggcca 3540
actccagagt gacatagccg tcgtcgctgc tacattcgac agaaaggaca atcgcgttgc 3600
ctctggactc gctgccagac ccgaatccga tcagaacttc gtcgccagtt ttcagctcat 3660
ctgccctgat tactttggcc atggcgttct cctattgggt agcgccgcga gggcggatcg 3720
ggtcgatgtc atgtaagcag atggtgggat agtccctggc cagcttgagc ttgaagtcca 3780
cccagtcagc accgatgagc gccgcgactt cgatgcttac tttgcggtgc ggcgcagctc 3840
cagatcgcag gactatagcc cgacgccgaa cgggatcgtt gacgtcaaca tgcgtgagta 3900
tttcgtcgcc gacgagcaac tcgcaagcca tcaatatttt ggccataata cactcctatg 3960
aggaggcgcg cccaggacga tcccagccgc gccgatggat taacgtttgt gaaggatgga 4020
cactgcgtcc acgtcgagga tgctgatggt acggcgacgg cgcggattgc tgcgttcatg 4080
gatgcgaatc aggtcagcgg atggcgcttc gtgcaccacc catacatcct ccggcttctg 4140
cgtccggagc aggaccgtca cttctgtgtt ctgggcgagg ccgttgcaga tgaacgtgaa 4200
cttggacgag ggagttctgt acatttcgag attccttttt ggacttcggg tccggctcct 4260
cagccggtga agagattatg cctgatcatc gcagtcgagt aaagcacttg tgtaccaatt 4320
ctccagttaa atggaaccaa agcgcggtat cgctgattgc tacgctccca cgccatggcc 4380
cttcttgctc acagacttcg aaccacaagc tgatttccat tctggccagg actcggccga 4440
aggattcgag ccggcaccgg ctggacagaa tgtcgacatt cacccgtcga ttgatttcgt 4500
accggcgacc gttgatgacg aataccaagc gtagagtttg tccgtccaga cattcccagt 4560
atctggtttc ataccgaagc caatagcgct tgctagcagg gcctaccata gtcatttaat 4620
cgatgctcct ggccgcgcca cgcggtccgg tcggcgggac gggatcgaac cgacccagga 4680
tgtagtcggg ccggcgcgct tcctgaggac acacggcgag aaggcgccat cctgcgtcca 4740
gggcatgctg gagttcgtcc gtgcagcagt cttccttgag cagcagacga ttgatgctct 4800
ggagatttgg accagggata gcagagccgg tgaccgagtt ccagccttcg ataccgtgca 4860
ccatctgcgg ctggttgatg tagccttctg acctgccagc caaccggctc gcggccagct 4920
ccaggcgctc cagcattggc cgcagagcgg cttccgggtc aacatcgtcc cagagcagga 4980
ccaggttgat gatggtgtac ggatagtcct tgtccagatc ccaggccgaa gcggtcagac 5040
ggcccaggcc gatttcatta cacatcacgg gaacgtcgtt gctccaggtg gacggctccc 5100
agttccgctc gccaggattc ccgattgtta cgccttccag gttccccagg agaacgtgga 5160
gcttgctgac atattccgcc tccaaggctt tccgctcttc gtcggtctgg ttgtggcgat 5220
agaaggatgg agggctgact tttgcatggt agagtttcat aactgttcct cggttttgga 5280
aggcttgaac gttagagaat tgtgtcgcag tatttctcga aaggactctg gcgcttcttc 5340
tcgcagatcg cacaggtgat ttccaggtcg ggcagctcgc tgtaagtctt gccgaggtac 5400
agccagcgct tgcacaggct gcgaccgtcc gacgtgaaga aatggacttt gcgagcgtcg 5460
ccgggttgcg cccagccgcc ctgatagttt tcgcgcttgc tcatggcgat atttcctttt 5520
ggatcgtgga tccatggtgt acgttcagtc acccaaactc catctacata gatcaggact 5580
gacagagcag tcgcgccaaa cccgaagcct acatagaatg aacctggatc gatttccatg 5640
gtggcgctat tagtggcgct attgcaatcg acttcaaagt cgaatagcga atgaccaatc 5700
ataccatcac catgtcgatt tcattgacga agaaatggac atcgacacca tcggcgctgc 5760
cggtgtaacg cagccgagtc gtcccatcaa tgtgggcctc ctcgacgccg acgacttcca 5820
ggatggtgtc gttgcagtac agtttgacga acatcttgat gccagagcca atcgcctcga 5880
aggcgatctg cttgtacagg tcttgcttga tcatgcttta cgctcctgtt tgcggatgta 5940
ttctgccctg gcttcggctt cgagcttcgc ccaaagcgcg ttgtcgactg gaccccaggg 6000
acctgtctga gttccgtcca ccggtgcgaa cttgccaccg gcgcgacgat acttggacag 6060
agttctcaga ccgatgattt tctcttcttg ggaatcgagt tggacgatca cttaacatac 6120
ttcccgaagt agcaggtgtg gaggatttcc aggcccttgg aaatggcctt cagcttgata 6180
ccgaaattct tgatcgccca gtccagatcg tggtgataga actcgatgat gttgacgatt 6240
tgaccggcgc tgtagtggat gacgcgaacc ttgccattcc agcggaaatc ttcgcggctg 6300
tttacggcct cgacttcgat agtgtcattt ctgccgatgg tccatttgga gctagtcatg 6360
tcgcaatcct ctttttggag cgtttcgcgt ttcgatgagg taactatact tcagtcacct 6420
catcgagtaa agcccttttg aacagattgc ctaaaatttc tggaagacaa aatcaatcgg 6480
tcgcgtcatc gatagcgaac gccgagcgcg ccaggtcgat gatctctggc caggtcaaag 6540
tgaaggtttt gccgtcatcg agaatgatga tgggagtccg cagcggctcg ccaaccagca 6600
gttcgtagga atgtttctcg ctggatgcgg agccgatgcg ggtgtggagg gtgagttagg 6660
ccggggaaat ctcggccgcc gtaaaggccg caatgcgacc gctattcagc ctgacgaaca 6720
ccgggaatgc gccgccctcg cgaatctcgc tgatcacgcc gtggccgccg ccttgcgcat 6780
agacattctg tccaacagac aattttttga ggatgtcgct aaaaactacg gttttcatcg 6840
tcttgccctc ggtgatgccc ggcgaaccgg gcggggtttg ctacagcatg cctgctttgc 6900
gttcggcctt gatggtgtat accgcctcat cgaccagcca ctcttcagct tccaggtagg 6960
ctttggcgac ttctacggtt acgttggcga atttggctac gttctggatt ttggcttgct 7020
tggtcatttc gatttccttt tgtctgaagg gtttcgcgtt tcgatgaggt aactatacct 7080
cagtcacctc atcgagtaaa gcattttctt cagattatct gaaacctttt gaagccagga 7140
attgccgcca gagccagtcg atgtgttcgt tgcagtaacg ctcgccatcg gacgacatag 7200
ctaaggcgcc atcattgatg ccgaagtggg ccgcagcgag acattcgaac tcgaactgga 7260
gcgttcctgg gcgagggata tgggacatgg cgtatttctg cacggtcagt gatcctcaga 7320
aggtttcgcg tttgcgatag ccgctacttt ctgcataccg aggcgataga attcggcctc 7380
ttccctggcc ttggccagat tatccctggc ttcgcacgcc agcttgtact gattgttggc 7440
attctggatg cttccgtcca gactcctgtc cagttcttcc cgaagagcct tctgcgacgc 7500
tagctcggcc tccaaatcct ggattctgat ctgaagctgg cgattccttt cagacatctc 7560
gttttcgcgg gcgatggagt tctgaaggca ttcgtcaagg cgagtatttt cgcgcaccag 7620
ctgatgcttt tcgactttcg cctttctgca cgtctctcgc attgctgaaa gctcactcgc 7680
atgcagatcg tcatccgggt ctttacgctc ttccttcgac tccatccgca tatagtactg 7740
gccggctgcg aaggcgagca ctgcctggtc ggcatacgct gcggcatcgg tcatgtatct 7800
ggatttgtag cgaggcagaa acttgcactc ctctggatcc cagaggagac tatcggcaat 7860
aggccagaat ttgcggaagc catcaggatc gacttctaca ttgaccattt gcagctggcc 7920
ggcctccact tcgacttcca gaggaacctg aatggtgccg gtgatgtact ggaagtacac 7980
tatgctagac ataacacaat cctcataaga agttgcggcc aggaccatcc cagccgcatc 8040
gtaatcactc ttcgccttcg tccgcgctca gccactcttc gaaggcgaaa tttaccttcg 8100
actcgaccca atcctgcagc tcatcggcga actcgtcact gtcgatgtcc atggtgattc 8160
ccataacttc catgttccat agcgcggcat tcagttcgaa ctgtaccatc tgctcgccat 8220
cgacttccaa caggatgcgg tctgcgactt catagtcgtc tacatcgaac agatggccgc 8280
ccgccaggag gtgctggacg aaagcttcat cgaggttggt gacttcgatc tggacttgtt 8340
tggtcatttt cgtatcctta cttagcggct ttgaattggg ctttgaggtt ggcaagttca 8400
gctttcagat cgatcatcgc ctgaccgcgc aggccttcca tttcagcctc gctgattgcg 8460
atcttggctg cgcggatttt gtcgttgatt tgatctttag tcatttcggc ttccttttgt 8520
ttgaagggtt tcgcgtttcg atgaggagat tatgccgata gtcagaatgg aagtaaagtg 8580
tctgagtgaa gaaatttctg tacaccgacg aacggtcgcg ctcgactgtc tgctgcggtg 8640
tcgatatact cggcctattg cgaacgatgg actgattaaa tgttcaagct caatcctgca 8700
ctgcgagcgg tctggcgaac tcgtgcccgt tacaaagtca tctatggcgg ccgggcgtct 8760
tcgaagtcgc acgacgctgg cggtatagcc gttttcctcg cggccaacta caagctcaaa 8820
ttcctctgtg ctcgccagtt ccagaaccgc atcagcgaat ctgtctacac attgatcaaa 8880
gacaagatcg aaaactcaga gtataatggc gaattcatct tcaccaagaa ctccatcaag 8940
cacaagatta ccggctcaga gttcctgttt tatgggatcg cccgtaacct gtcggaaatc 9000
aagtccaccg aaggcatcga cattctctgg cttgaggaag ctcactacct gacccaggag 9060
caatgggaag ttatcgagcc taccatccgg aaagaaaact ctgaaatctg gatcatcttc 9120
aaccctaacg aagtcaccga tttcgtgtat cagaacttcg tggtcaaacc cccgaaagac 9180
tcctgcgtca agatgatcaa ctggaacgaa aatccgttcc tcagtgagac gatgctcaaa 9240
gtgattcacg aagcctatga gcgcgaccgg gagcaggccg agcacattta tggcgggatt 9300
ccgaagacgg gaggcgacaa atccgtcatc aacctcaagt tcattctcgc ggccatcgac 9360
gctcacaaga aactcggctg ggagccggcc ggatcgaagc gcatcggctt cgacgttgcg 9420
gacgacggcg aggatgcgaa cgcaactacg ctcatgcacg gcaacgtcat catggaagtg 9480
gacgaatggg acggcctgga agatgaactg ctcaagtcgt ccagccgcgt ttacaacctg 9540
gcgaagatga aaggcgcctc ggtcacttat gactccatcg gcgtcggtgc tcacgtcggt 9600
tcgaagttcg ccgaattgaa cgatgccagc ccagacttca aactgatcta tgatccattc 9660
aacgcgggcg gcgctgtcga taagcctgat gacgtctaca tgaagctgcc gcacacgacg 9720
atcaagaaca aagaccactt cagcaacatt aaggcgcaga agtgggaaga agtcgcgacc 9780
cgattccgga agacttatga agcggttgag catggaaagg ttcatccatt cgacgaattg 9840
atttcgatca actctgaaac gattcacccg gacaaactga atcagctgtg catcgaactt 9900
tcgtcgccgc gcaaagacct ggacatgaac ggccggttca aagtcgagtc caagaaggat 9960
atgcgcgaga agcgcaagat caagtcgccg aacatcgctg actcggtgat tatgtcggcc 10020
attctgccga tccggaagcc caaaggcttc ttcgacttct aaacatagaa aagcccggag 10080
cgatccgggc ttcgggtctt actcggtgtg gttcctggcg ctgagtgtcg acgaaacggc 10140
ctcgccgacg cccagagctt cctgaccggc cgcgagcgct tcggcttccg actcgacgtt 10200
gaagtcatca ccttggccat tgcctggcgg aacctcgacc agcacggctt cttcgccttc 10260
gaaacgcagg tcataggtct tgtcgacgga cagaccgtaa cgagcgttga gcgcgtccca 10320
gagctgggcc tcataggtac gcaggtcttg cagagctttc tggtggctga gcatggccat 10380
gtcaacggcc cgttgcaggg tttcgtccag gacgttgaac cgaatgcgaa gagcacgaat 10440
ccgctcgacg gtttccgcat ccactacatg tctttcgatc attgcttttc acctttgctg 10500
aatgttacgt tgtagccgtt gtcggccagg taggtcaggg cgccttcgaa ggaagttccg 10560
acgaggtgct tgagcttcat ttcgcgttgc gcggccaacc agaatgcagt tccggaaaac 10620
tctgcgcggc cttcggacaa aaccctgcca tcaggcccgg cgatccgtac atggacggaa 10680
gatagcttga tcggcatcag tgaatacctc cactggcttg cgacggcatg ctttcggcgc 10740
gagcggcttc gcagtccggg cagggacagg cttggcggac gcgctccaac tcgtcggcat 10800
ccatgacata gagcttccca tcggcagtgt catgtgccat agcgatgttc gggaagtcgg 10860
ttgcgctcag gccggcgaca gtgcggattt cgtcccagag caccagatgc tcggcattca 10920
gtcgggcggc gagcgcttcg tgctctttag cgacgcgcgc catgaactcg tccatccgga 10980
atgcgaattc cgcatcgatg gcacgggccg aggccatgga gctgagtcga atcggttctt 11040
tcttcatgat gattctcttt tggttggtgg ttgttagctg ctcaggccta ttacagcctg 11100
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cctccaatcc ttttccatat cgttcgtccg ccgatgtata ttcgatgatc gagtttttga 51420
tgttgtcggt gtcgtggaat ggaatgccga agcgttttcc gacgtgagcg ataaccgacg 51480
cggccttgag tgtgttgatg ttcccaagct ttaccacgtt ccaagtgccg tatttctgct 51540
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ccagacttga ggaagcgagc gcggttgttg atgctcgacc aggcgttcga tcttccggtc 64800
agccgggtgg tgaaagggcc gttcgatgac ttcatcacga aatacagctc gacgtcagac 64860
agcaactacc tcgcggtcta tgatacgttg ttctgtaagg gcgacggaac cgtcccacac 64920
ccgcacttcg acgagtttcg cggccggctg gtggaccatc gcggcgtggc gttcaacaac 64980
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tcgattaaga agacgattga gacttgctgc gtgtgggctc gtcgatatcg ccgcaactct 65100
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<210> 2
<211> 65924
<212> DNA
<213> 人工序列
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<223> 合成的多核苷酸
<220>
<221> misc_feature
<223> ECACC 17062006 Pa204的核酸序列
<220>
<221> misc_feature
<223> ECACC 17062006 Pa204的核酸序列
<400> 2
cgattgcaca atcctaatag aaaaaatcta tcacggacgt tacctatctt taaaattaat 60
aaaattaata gtaatttggt aatttggtaa actttattat ttgaaagcct cgcggcacta 120
agcttgtaca tatcccgtca aatttccgat tccagccagc tcgcggcagg gtcgccggaa 180
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caaaactcga cgaacggaac cggaaatttg ggagcgcgac agaatcgctc agctggacat 300
atttctaaca ttcgatttaa cattcgatcc aaacactcat cgccatcgtc gcccgccaac 360
cgccgactcg atcctcaccc accagcggat cgcccgtata acatcctata acaccaccta 420
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<211> 45770
<212> DNA
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<220>
<223> 合成的多核苷酸
<220>
<221> misc_feature
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gagcccgttc ccaagtgaaa cgatcacgct caagttgtag ttccgcttcc ttaagggcca 40380
tttctctctg ctgaaggaca gcctcttgct tcttcagttc gatctcagcc agtcggatct 40440
gagcctctac ctgcttcatc tgggcctccg cttgcttagc catagcgtcc gattgggcac 40500
gttgggcatc agcttgggct ttgatatctt caggcttagg ttgtgcttcc ttctgctctc 40560
tgatggcctt agcccgttga gcttcaggag aatccgggtt agtccagaag cgatccgggt 40620
ctttgtaccc agcgttctct gtgacttcct taaggatatt ataaaggttc tgctcagaga 40680
caaggacccc aagaccacca ccccctacta cagcctgggc catttcccag atacgcataa 40740
ggtggagcat ctgctggtct ttgttcatgt ttccgatacc aacggtaacc gtcaggtcgg 40800
atctctctcg ccagttggca gggttaatag caacccactt gcctcgtagc tggaagacct 40860
cttcctgatt ctggtacttg atggcatggt catgcagaag ttggaacaaa cgcttaacac 40920
cagtctctgc aaacatccgg gcaatcaggt caatctgttg ctcagcagca gtcatcaact 40980
ggttaacact catagccgct tggttagagt gtagggtgtt ttggtctagg cctcgggtac 41040
gatcagtgat gcctgtccgc ttacccctat cagcctctag cctatctagc ataccgtaga 41100
cttccccaga cagctgaggg gtctccagag gcatgataga gttcatggcc ttaacccgaa 41160
cgatacccgc tgcctcgttg gtcagcaagt cttcgaggtt aacctggcca tccaggacta 41220
cagatcgccc ttggttggtc cggtagatat tgtccatgat gttgcgcatg agcaccgaac 41280
ggatctcttg aatgtctcgg atcttatcgt agacactcat cccgtggaac ttatgggcaa 41340
ttcgataggc attcaggtca gcgaagggac ggcaatccca aggctcgttg ctgatgatgt 41400
agtcgcccac gtacaggata cggcgcaact cagagatacc atccccatct acgtccagaa 41460
gggtgtagca ctcggaggcc catacctcac ggttggcttc agcatcatcc ccagagttgt 41520
actggagttg gccagtcata tcgaagttat cacgtaccaa cctttctggc tgactatcag 41580
agaattcata ctcatcgtat ggaagctcat ctagtacatc ctcgggaaca cccaagagcc 41640
tcaggtcact tacggtatac ttctcacggt gacagaggaa gcgtgcatca tcaatgcagg 41700
tagccaaccg atcaaccagg aagttctcag gcttgataca ggtgacttta atctctcgct 41760
tcttcttgtc cttgcgaatt ttaatactgt aggttccatc ctcgtccaca ctctgtgcta 41820
gaatctcagt gtctggatca gccaggatat ccgctaccat ttcctcagag agaccagaga 41880
atcgttcgaa ggtagggttc aggacctctt ctacatagac ctttacaaca ccggtcttca 41940
tcatcagagt gtcttggaac cagtcgaaca ttaccttgaa cccctcgttc ttacgcatga 42000
agaggtagtt cacatactca gtctcttgct ctgcctgttc aacatcttcg gcagtctgag 42060
gttcatactt aactacttga ccgcctgacg tgaatacctt cataagagaa ggcataatcc 42120
agtctacagt ctcttgaacg tccctagata caatcgcgga cttcccaggg cgctcgttac 42180
cgaagggctc tccgaagtag tacttcaggg cctcagaacg ctgcttggaa agttccgaag 42240
agttgaaatc aagggcgtcg ttaacaagtt ggtctagatg acgaagtacc tgttcatcat 42300
ccataggctt aatcttgcga cgacgcttag ccattagaca atactcccaa accaatcagg 42360
ggtcaacttt gcagtatcac tcctgtagta tccactgttt cgtacagcac caggacgtgc 42420
atgccgggaa gccatcaaca gggcataccg ggtagcggat atcatatcgt cgtttctgtc 42480
gataatcttt ccgtcctttc ggtggtacat tttcatttct tttaggaagt tcgtacacgt 42540
attaaacacc ttcagatcac cattctccat acgggtcaac atccagttaa caccgaactc 42600
tacagagtta cctccgtgtt taccatcagg acccggtggg ttactgaagg gctcatacac 42660
tacattgagg ttgtggtcat ctttaagaag gtctacgaat ctacgaccag aggttgctcc 42720
atcgtgctta aaggcatcgt gggggacaac taccgggatc tggtgaccac ccttcaggta 42780
gatagcatca gcgtgcatcc caagggtctc accactctca cttctctcat catagaggta 42840
gtatttgtct ttctcagggt cccaggccac acaggcgata gcgttagggt ggtcaaaccc 42900
gaggtcgata ccgatgatcc tatggaagtg atcggggatc tggaaaggct cacatacaaa 42960
cttctcttcc agaatgggga agactacacc agatccgagc ataggaacac cctcggccct 43020
catcctgcgt tctgctggag agtataccga gagtagctgc tctttaactt ctggactgag 43080
gtgtggagcg tcttcccagc ttgcatggac aaggaactga ccaggtttaa gatcctggag 43140
gaagtccttg acgatctccg tcagaccatg ctctggggta aacgtcagat atacaatacc 43200
cccagtagta gccgttcggg ttacacactg ggtataaata tccttggggc attcctcatc 43260
gagccagatg acgtcgatgg cagtacccat gaatttgtcc tgggacattt cgtaggactt 43320
gaagataagg gacgagaggc ccccggaggc atgcttaaca actactgctt gcacacatcc 43380
gggtttacct tccctacgaa tcgtctctac gatatcttcc ttggggatca tccccgttcc 43440
aaaagcctca gggttcttcc agtcacctag tagttcggac tgaagaatat cccgagtggt 43500
atccgtggag atccccgccg cccagcagtt cactggacga tcatactttc taccagtcca 43560
ccactcaggg tagcgaccgg tgaggtggca ggccatgata aaggccccgg tgtaggtttt 43620
accacagcgg ttaccagtca tagccagcaa ctgggcgcag ttcgaggaag ctgcgataaa 43680
cttctcttgc cacccataag gagtatactg gttcatgcgg aaatacttct gccgctccgc 43740
caactccctg actagattcc gtagccgctc ttgggtatcc attagaccac cttgtcacct 43800
actgttgatg cacgccacag ggcccgttgg aggtccctta cgcgcactgg agtttgttta 43860
gcccagaggc tatcctctgc ctcccatgca gcctcatcaa accttccgga tttcagaaga 43920
ttccacgtct tgaggaactt cttcgtccac gctgtaccca gctggaaatt gacgctaacg 43980
agggcatcga atagctctgg agtgcaaaaa ggcagctgag atacttgccc ttgggctgca 44040
tcataggctg ccttactatc cttctctagc caagtctctg ctcgtgctag ggtaatcggt 44100
ccgtcttccc cagggagttg caagtggcca taaccaccag ttactttccc gagggagtct 44160
ttgtaccact ttagtaccaa cccctctctt cgcttgatta gatcaaggta cttaagaggc 44220
tgggaaagaa atgactttag ccaactctgg ctcttcgtcg agaattcgtc gaacttcact 44280
gattagatcc tctgcggaca tatcttccac attcttagta gtaagctcca gtttctgctt 44340
agctccgaag cctccacgat ccaggatatc ctgggccgcc ttgaggcgaa tcccaccttt 44400
ctcttctggg ttgctagcga tctctacaac cacacgaagc gccataggga cgtgactccc 44460
gatgcgctca gagataaagg cgttgatgta ttcggcatgc tttcgatggt atgcagctac 44520
gttgcgttgc gcatgattag gagagaaccc agcggctata tatgcttggg ttttgttcat 44580
accatctgcc agagcctcac aatagaggtc tagcttttct ttagcagaaa gaggagcagc 44640
cccaatcgag acaacctttt cgtctgacat acactgctcc gatctctcta atggtcaccc 44700
cggtaggact cgaacctacg acctcctgtg tccaagacag gcactctaac caactgagct 44760
acgaggagtt aatggtggtc gaaggaagga attgaacctc tagcctatgg cgtccgggtt 44820
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ataatggctg ggacggtagg gctcgaacct acgacctgag agttaacagc tccctgctct 45000
accaactgag ctacatccca atgaactctt aaggttaatt tctcaacctt ataatactat 45060
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caagacccgg atttgttagg gtttttgctg gaatgggaaa ggggttctta agactatctt 45180
aagataatct taggataact aaccttctta gtaagtaagt caaaaggaag aaggaatctt 45240
aagagcctat aggtctatta tactacattt tggatacctt gtcaagtact ttttgatatt 45300
tctttgataa tcacatgatt tacccgacga acggtatgat agggttctat aggtataccc 45360
taagactacc cttcgtaggt tgctggtaag gggtaagtgg cataaggttc ccttgatcca 45420
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tatccagtaa tataccaaca ggtatcgaag ggtgctttga tccagggcct ataaccgggg 45540
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ccaggataac gttggggtgg cctatcccca ggggtatagc ccctagcccc tccctaggat 45660
accataaggc tagtccgggg gtcaacccct tgagataccg ttcatcgggt ggaccctagg 45720
gtattcataa gaaaaatctt agggtattca gggggtggat cggggggaat 45770
<210> 4
<211> 45703
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成的多核苷酸
<220>
<221> misc_feature
<223> ECACC 17062002 Pa223的核酸序列
<400> 4
ccccaggagt cccccagata aagtgggggt ggcctatcca caggggtata gcccctagcc 60
cctccctagg ataccatggg attagtccgg gggtcaaccc ttagaccctt gggctaagcc 120
ccctagagct accgttcatc gggtggacac tagggtattc ataagaaaaa tcttagggta 180
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ctcgatacca tatgttaatc aaagactgtc tatatccggg ggtttgctga agactgatag 300
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aacctggcct aatggccacc acgttccacc taggccacca tcctccaagt ctacggacat 480
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tcaaggccat gccccagggg tcccgtcgca acgccctggc cgcgtggttc atcgaccacg 1680
gcaagatcga ggccaatatc gacaaggaaa agtccaagga attcccgttc gtcatcgcca 1740
aggataaggc cactcgactg gagcgtgcag ccgaaaagcc ctggttcaag tacaagaaag 1800
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ctaagtggaa acaggaacaa caggaactta tcaagaggtt aaggcgatga ttatctctat 2400
cgtggtgtct tgcgtaggca tcgggtactt cttcttccgt gactggaagg aggagatggg 2460
tatcaactga cccaactgat gaggccatgg tgattcctgg ccgaaacccc caccggacct 2520
atggttgcag gatggggagt cttgggaaat cagcaaagga aaccatcccg tgaaacgcaa 2580
cgactatcgt aaggtcagcc gcaacatgca agccatcgag gctatcgacc gcaagattgc 2640
caaggtaact cgtgagttga ccaactccag cggcaatcac cttggtaaaa ccctggagtt 2700
gaacaaactc cgtgccaagc gtgcatcgct ggctaagaac agggcgcggt aatgtcatgg 2760
aagtatattg catgtgccgc catacgctca cgttccaatg ggttgttgct ggtagcgtgg 2820
gtggttctct tcgtcctgtc ctcgaccttg gacagcatcc cttttgcatc gtgaggtaat 2880
ccgatgaaga ttaatgtggt agaaaagccc aagaaggttc cggcgcatac cctcaaggct 2940
acagatgttt tccgtgttga gaacatccat gggatggtac ttcgggatga ccacaaccac 3000
tacctcccca atgacggcga tgtgtacttc gtttgcctgg aggctggtat catttgcagc 3060
atccatagcg actgcgaggt catcccggtg gacgctcaaa tgaccgtgag ggtctagtgt 3120
actatgacgc ccgccctgta tctgctcctc tggttggaat ccttggtcag tatccgcagg 3180
ttccagccta accacaaggc gtaccctggt tggtacgtca cccatatccg tgtgtctatc 3240
ttcggcaaac gtgtaggtat cgtctatgaa atccactaaa ccgcaagtct tctggttggt 3300
aagcaaggat ggtgagcgtc acgtaaaggt catcaatttc ggccagttca tcaccgaaac 3360
cctttacgaa ctcggcattc cggtggacca catcgttcat cgggttcagt aaggtgacgc 3420
catgaccaat acctctttca ccgtagcagt ggcaaagcca aggtttgagt tccacatcag 3480
caagatggcg gacggtgcct acgtccattc gggtgattcc gggtctgtcg acttggttta 3540
cctcaagaaa ggcgaactcg tgaccattat tcacaaggat ggtttcaaca tcctcaagtg 3600
caaggaaatc ggtactcacc ctgatctatt cccggccaag tggttgtcgg tgaatgcctg 3660
catgtggggg ccgtatgaag aataaaccca tgataggcca gataatggcc caggagcgcc 3720
gcatgaagcg tcgggtagaa aagcgggggt tcaacatgag cctccaggaa ggcacccagg 3780
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cttaccttcg gcacgccagg gaggccatga tccaatctgg tgagccttgc cctcattgta 3900
tgccaatctt cggtcccaaa gagggccgtt gctgcaactg cgcgagggac tggtgatggg 3960
ccggtcgaaa cacctcacgt tcctcccgtc gaggatcact gtccttgacg atgatacggt 4020
ctatgtgcct tggcgatacc agttggaatc cctctacaac atggcttccg ctggtggtgc 4080
tactgacccc gaggcagtca agggtgaatt ccttgattgg gtacgagcgg agtatgggcg 4140
atatgtgtcc atcgagcttg aaggaatacc cgaggacagg gaagatgcct tcgatgagta 4200
tgtattgaag gggtctcagc aagggtaagc aaaatgatga catacctcct gataatccca 4260
gcgatcctga tctacatggc cttctccttg ctcgtggctg gcatcgccgg gctggcggca 4320
aactgcgatg agtacgggag gatgagccag aaggaccagg acgtttcaat catcctcggt 4380
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acttcccttc ctgctgcacc gccaagattt acattggcat gggcccctcg ggtaccgctg 4560
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cctccagcta caaccactcg acgaaggttc gggttcacgt catcaacgtg caagctgcgg 4800
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ctacgcaagt aagctctctg gaaagaagga ggtgcatcgt ggccacggta acgagaagca 5280
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aaggaatccc tatgaagaaa atcctcggcc tcctggccat tgctgccatc gctatcaccg 5760
caggttgctc caaggttccc gctggctata ccggtgtcgt cgtcaacatg atgggcgact 5820
ctaagggcgt cgatctgaag gaaaccccgg tcggctggaa gttcctgacc cccaacgagg 5880
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acaaggacgg cctgaagttg gacttcccca tcggcgtcac cctccgggct gctcctggta 6000
gcgcacccct gctgttccag acctaccgca agggtatgaa cgagatcgta agcgtgaacg 6060
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tctatggtcc tggcaaggaa gcctttgtca aggaagtcga agctgccgtc cgtgagcact 6180
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cgcaggtggt cgaggcgatc aatgccaaga tcaaggccac tcagacggcg atgcagcgtg 6300
agaacgaact gcgtcagacc caggccgagg cagccaaggc tatcgcggca gccgagggtg 6360
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cctgaacggc aacctcaagg ccaccaaggt gtcggcaccc accaaaggca agcagcagcg 6660
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gagaggagaa gattcacatg gagcttgctg aaaagtatgg cttctggaag tcctacctcg 7260
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cgttgttccc gaaggaccat ttctccagtg gcaggtcagc gggggcgata tcggtcacaa 35880
tccccgtagg gttcttgacc tcttgtctct ctagggccat tgtatacctc agttcttaat 35940
gatgaagaac acagaacaga acggtgggat attacccaac ggcatgttga tctttactgc 36000
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<210> 5
<211> 65590
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成的多核苷酸
<400> 5
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gacggcgcgg attgctgcgt tcatggatgc gaatcaggtt cgcaactgga gcttcgtcca 3840
ccacccatac atcttcctgc ttctgcgtcc ggagcaggac cgttacttct gtgttctggg 3900
cgaggccgtt gcagatgaaa gtgaacttgg acgagggagt tctgtacatt tcgagattcc 3960
tttttggact tcggggtccg acttctcagc cggtgaagag attatgcctg atcatcacca 4020
tcgagtaaag cacttgtgta ccaattctcc agttaaatgg aaccaaagcg cggtatcgct 4080
gatcgctacg cttccacgcc atggtccttc ttgcttacag acttcgaacc acaagctgat 4140
ttccattctg gccaggactc ggccgaagga ttcgagccgg cgccggctag ccaggatgtc 4200
gacattcacc cgccgattga tttcgtatcg gcgaccgttg atgacgaaga ccaggcgcag 4260
ggtgcgtccg tccagacatt cccagtatct ggtttcatac cgaagccagt agcgcttacc 4320
agccgggcct accatggtca tttaatcgat gctcctggac gcgccacgcg gtccgttcgg 4380
cgggacggga tcgaaccgcc ccaggatata gtcgggccgg cgcgcttcct gaggacacac 4440
ggcgagaagg cgccatcctg cgtccagggc gtactggagt tcgtccgtgc agcagtcttc 4500
cttgagcagc agacggttga tgctctggag attcggacca gggatagcag agcctgtgac 4560
cgagttccag ccttcgatac cgtgcaccat ctgcggctgg ttgatgtagc cttcggacct 4620
gccagccaac cggctcgcgg ccagctccag gcgctccagc atgggtcgca gagcggcttc 4680
cgggtcaaca tcgtcccaga gcaggaccag gttgatgatg gtgtacggat agtccttgtc 4740
caggtcccag gccgaagcgg tcagacggcc caggccgatt tcattacaca tcacaggaac 4800
gtcgttgctc caggtggacg gctcccagtt ccgctcgcca ggattcccga ttgttacgcc 4860
ttccaggttc cccaggagaa tgtggagctt gctgacatat tccgcctcca gcgctttccg 4920
ctcttcgtcg gtctggttgt ggcgatagaa ggatggaggg ctgacttttg catggtagag 4980
tttcatggcg gttcctcggt tttggaagat ttgaaagtta gagaatggtg tcgcagtatt 5040
tctcgaaagg actctggcgc ttcttctcgc agatcgcgca ggtgatttcc aggtcgggca 5100
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gcttgctcat ggcgatattt cctttggatc tggaatccat gccgtccgtt cgctcaccca 5280
aactccgtct acatagatca ggactgacag agcagtcgcg ccaaacccga agcctacata 5340
gaatgaaccg ggatcgattt ccatggtggc gctattggtg gcgctattga aatcgacttc 5400
aaagttgaac atcgaatggc cactcatacc atcaccatgt cgatttcatt gatgaagaaa 5460
tgaacatcga caccatcggc gcgaccggtg taacgcagcc gagtcgtccc atcaatgtgg 5520
gcttcctcga cgccgatgac ttccaggatg gtgtcgttgc agtaaagctt gacgaacatc 5580
ttgatgccgg agccaatcgc cgcgaaggcg atctgcttgt acaggtcttg cttgatcacg 5640
ctttgcgctc ctgtttgcgg atgtattctg ccctggcttc ggcttcgaac ttcgcccaaa 5700
gcgcgttgtc gactggaccc cagggaccgg tctgagtccc gtccaccggc gcgaacttgc 5760
caccggcgcg acgatacttg gacagagttc tcaggctgat gattttctct tcttgggaat 5820
cgagttggac gatcacttga catacttccc gaagtagcag gtgtggagta tttccatacc 5880
cttggagata gccttcagct tgataccgaa attcttgatc gcccagtcca gatcgtggtg 5940
atagaactcg atgatgttga cgatttggcc ggcgctgtag tggatgacgc gaaccttgcc 6000
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gatggtccat ttggagctag tcatgtcgca atcctctttt tggagtgttt cgcgtttcga 6120
tgaggtaact atacctcagt cacctcatcg agtaaagcac ttttgaacag attatctgaa 6180
atttctggaa gacagatcca tcggctgatt cagtcaatca atcggcggaa ccgagacgcc 6240
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tatcttccag acgggctttg agaagttgtt ctgctttggt catttcaagt tcctctttgg 6420
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tgaggaatta tctgaaattt ctggaggcca ggaattgtcg ccagagccag tcaacgtgat 6540
cgttgagata gcgctcgcca tcggacgaca gagccaggca gccgtccttt atgccgagct 6600
tggagccggc aatccattcg aactcgaact ggagcgttcc tgggcgaggg gtatgggaca 6660
tgatgtactt ttgcacgatc aggaatcctc gaaaggtttg gcgttcgcga tggccgcgat 6720
tttctgcatg ccgatgcgat agaattcggc ctcttccctg gccttggcca gctgctccct 6780
ggcttcgcac gccagcttgt gctgattgtt ggcgttctgg atgcttccgt ccagactcct 6840
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gcattcatcc agatgagctt tttcgagctt cagctggttt tcgcgatccg cgtacgcagt 7020
aagacatttg gtcagacgag cctgttcttt cacaagatcg actttgcgga gcttggccct 7080
ggccagagct ttgcgaagtg actccagctc aagcgggtga agatcagcat ccgggtcttc 7140
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acggtcggaa ttctctacgg aagcggccat gaagtgggaa ttataacgag gcagaaactt 7260
gcccgcctct gggtcccagc acaggctatc cgccataggc cagaatttcc ggaagttatc 7320
tgcgttcacg cccaccttga ccgtttccgg cgcacctgaa tccgtcgcca cttccaggtt 7380
caggtgaatg gtgccggtga tgtactggaa gtacactatg ctagacataa cacaaactcc 7440
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cgcgctcagc cactcttcga aggcgaaatt cactttcgac tcgacccaat cctgcagctc 7560
atcggcgaac tcgtcactgt cgatatccat cggaacgccc agagtttctt cattccacaa 7620
ttcagcattc agctcgaact ggaccatttg ctcgccatcg acttccatca ggatgcggtc 7680
tgcgacttca tagtcgtcta catcgaacag atggccgcca gtcaggaggt gctggacgaa 7740
agcttcatcg agattggtga cttcgatctg gacttgtttg gtcattttcc gtctccttac 7800
ttagcggctt tgaattgggc tttgaggttg gccagttcag ctttcagatc gatcatcgcc 7860
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tcgttgattt gatctttagt catttcggct tccttttgtt tgaagggttt cgcgtttcga 7980
tgaggagatt atgccgacag tcagactgga agtaaagtgt ctgatcgaag aaatttctgt 8040
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ttcgtatatc agaacttcgt ggtcaaacca ccgaaagact cctgcgtcaa gatgatcaac 8640
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gccactacgc tcatgcacgg caacgtcatc atggaagtgg acgaatggga cggcctggaa 8940
gatgaactgc tcaaatcgtc cagtcgcgtt tacaacctgg cgaagatgaa aggcgcatcg 9000
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gcggttgagc atggaaaggt ttatccattt gacgaattga tttcgatcaa ctctgaaacg 9300
attcacccgg acaaactaaa tcaactgtgt atcgaacttt cgtcaccgcg caaagacctg 9360
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aagtcaccga acatcgctga ctcggtgatt atgtcggcca ttctgccgat ccggaagccc 9480
aaaggcttct tcgacttcta aacatagaaa agcccggatc gctccgggct tcgggtctta 9540
ctcggtgcgg ttcctggcgc tgagtgtcga cgcaacggcc tcgccgactc ccagggcttc 9600
ctggccggcc gcgagcgctt cggcttccga ctcgacgatg aaatcatcac cttggccatc 9660
gcctggtgga acctcgacca gcacggcttc ttcgccttcg aaccgcaggt cataggtctt 9720
ttcgacggac agaccgtaac gagcgttgag cgcgtcccag agctgggcct cataggtccg 9780
caggtcttgc agagctttct ggtggctgag catggccatg tcaacggccc gttgcagggt 9840
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cactacatgt ctttcgatca ttacttttca cctttgctga atgtaacgtt gtagccgttg 9960
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ggttggtggt ggctaatgtc cgtgcctatt caaggccggc tcaatgcggc gaagaacaac 10560
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gccgaccgtc gctatcgtcc agacgcatga gcttggtgac attcgacttc ttgtagccag 11040
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tctgatactc ccggcacaga cgatcaatgg cctcgaccag ggagttgaac atgttcaccg 11280
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cggcgaaatc catgatgcag tcattgtacg tcgccacggc cactgagaaa aacttcatcc 11460
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ggctcgctcg gcttccttct cggccttctt ctgctcgcgc tcggcttcct tggccttcgc 57600
cttctcggcc tgctcggctt ccttcgcctt ggccttttca gcacgctcgg cttctttggc 57660
ggcggccttt tccttcgcct tctcggcgcg ctcggcttcc ttcttctcgc gctcggcctt 57720
gcgcttctct tcgcgctcgg ctttcttctg ctcggcttcc ttggccttgg cttcggcctt 57780
ctcggcgcgc tcgcgctctt tacgttggcg ctcagcggcc ttctcggcct tgcgcagggc 57840
agcggcttgt tccttggtca gctcttcgcc ttgggtctgt tcgttctggt ccttctgttc 57900
catgttctta ctccgggaat gtttaaaggg atggcttatt ggcctgtgag aggattatct 57960
ctaaactaat tgaagaaggg aataccctta gcctgaactt tcctaaatat tttctttcgg 58020
gaaagtccaa actctaggga acttatttat gttcgagaag ttcctagctt ttacgcaaga 58080
acagtaagta ttcgattgcg cgagttatcc cagtatacat caactgacta taagggatgg 58140
acggcaagtt ttcttccaac atggcgaccc gtttccattc cgatccctgc gacttatgga 58200
acgtcatcgc ccagccgaag tcgaatccgc caatggcctt ctgcgcctcc agccgcacat 58260
cttcctcgac cgaaaagctc aagggattga acttcaccca gcgctcatag ttcgtgccga 58320
taatgcgaac tttggcaaac agcatttcat ccggctcgtc atcatcttct tggccttcgg 58380
ggaccggctt gaagtccagc agaattgctt gctcgccgtt catgatgcca tattcgtgct 58440
ggttcccggt gcacaccagc ttctcgccga tttccggttg tacacccttg tagccgagga 58500
tgcggcgcgc cctggcgttc aaacggcggc gagtattgtt gtaggcgcaa aggatcacgc 58560
catcatcgtc caagaacgtc cgcatttcgt catccgacat gtcgaatccg gcccgtacca 58620
gaatgtcgtc atactcgcgg cagggtaggc gcttgccctg gcggacgaac atcgacgctc 58680
gaacgatatt gccggcgttg cgctcgattt cggtcatgat ggtgtcacag ctgttctcat 58740
ggaaaatctg gacgccgcgc acaggaggaa cttggccaaa gtcaccaatc tccagaaccg 58800
gaattcggtg cgacagcaag cgctcttcat cccactcgcc gatcatggac gactcgtcga 58860
gcacgaccaa cttcggcttc tcgtcgagcg agtctttgtt ggcaaacatg atttcgccgt 58920
cttcatcttc gccaatcggc cgatagatga agctgtggag ggtccgggca ttggtgcaac 58980
ccttctcgcg aagccgcgct gctgctttcc cggttggcgc gacgaagacc gtccagtcca 59040
tcgagcagca aagttcggcg atgatcttcg cgatggaagt cttaccagtt ccggcgaaac 59100
cagcgagtcg atagacctgg cggcggtgcg ctcgatcaca ccaaccgcga taccagtcca 59160
caacggaatt gatcgcgtcg atctgctgac tgtttggtcg aaagccgaat cgctcttcga 59220
tctgatcgac ggtgaagtta gatgctgaca tatttgcgtt ctccaacgct aggtttaatt 59280
gaatcgaggc tcagtttaag cacgccgtcc acagaccagc cagtatcacg acgatacttg 59340
cggccttgcg gatcgacata gaagttcttc gtgcgccgca gcagaacata atgccaagca 59400
gctccaagtg cgtggaccct tcctttatac gggaaagcct tcgcctgctc tgcggcctct 59460
ttggccccag ggagccagcg gacggtcgaa aggaccagga ccgcaccctt aatagcctgg 59520
gaagcggcgc ggccgtcctg tgggctatag cgatgtctat cgaagtctac ccagtggtgg 59580
ttgccgcgcc ggagcttgac cgttcgggat cgcccctcga acaccaccgt gccttcatga 59640
gtaaaaatat gttccgccat cgaatgttcc tttataacat acagttatgc tttacctctg 59700
cgcaggaaga gtatactatc agctgactcg ccaaagcgag cgaatttaat ccaactttac 59760
ttcggcagga aagtggccga tactagcgcc gccgcctgta ctgccctcca aaacagagga 59820
tacattaaat gcaagaatgc aagatttccc gcgaccaact cccggtcggt aatccgaatc 59880
ccaatgtcga caagacccgc gacccgaacc tgaagcccgg cttccttcgc cgaagccgcg 59940
agctggaccc ggcgctggcc gttcgcattc gtcgcgagct gatccacgcc gaagcatccg 60000
acttggccaa ggccggatgg gtcaattcac agtccagcct ttatggatcg aaagccttcc 60060
cgcgccattc cgtcgttcgc gtgaccggag ttccggaaga tggagctttc atcggcatgc 60120
tgatcggctt catcgagcat cgcgagcatg gcgaatgggc ggtcatggaa gccggaacga 60180
aagaaggcgg cgccgtcatc atcccggtcg atcacatcat gcgagcgtca ttcgccgaag 60240
ccgaagagtt cgccgaaaag tgggagcgga acttgggatg gcgcctcctg cgccagctcc 60300
gcgagtgcgg cgccctggcc gggactgaag acgagttcct gcggcggatc atcaatcgat 60360
acgttcgtga tcgcacgatc ctcgaccacc acaaagtcgg cgctgacaaa atctacactg 60420
atgcagtgct caaaagcatc ggcgaaacat ggccgaagat tccttcgggg aaattcgtcg 60480
gacaccgagt cgcgcaactc ctgatcgacc acaagctagg tcgagcggga accattctga 60540
atgacctggt ggacttcctg gagaagttcg cggccgggcg cgataaagtt ctcaacatcg 60600
ccatctgtaa ttgaggtgaa gggatgaaca ataaaccgac gctgaatcac caccatcaaa 60660
ctgcattgtt gtatctgtat aacaatccaa atcagccggc cttcacaggt cccaacaatc 60720
aggcgctcaa tgaacttcgg cagatggggt atgtaaaggc gaaagaattc gaaaactggg 60780
caggcaccgg ccatcttagg atggaatgga cgctcaccaa agccgggatt gagcgcgtcg 60840
aagtcgggct tctggggaag tgcgacgctt gcaagggaat cggtcagact ttgcttcggg 60900
ggaagtgtac tgtttgcaat ggccgcggcc aggggtggat cagagaatgg tcgcagaagc 60960
caatcgaaga taatcctcaa attgtcccta agttcgaaaa gaccgatgcg aatagacttg 61020
cagacgccat tgaagaaatc ggccggctgg aaaaggcact ggccgaatcc gaaaagcgcg 61080
ggagcgagct ggccgcgagc tattgtgacg gcgtagtcgg cgatgaatac ggccatcctt 61140
attgtcgtta taaagtggaa cgcgacgccg ccttggccga agtagagcgc ctgcgagaat 61200
caaaaggcga tccctctggc agcttcgaca gttgtatgaa gatgatgtac gagcgcgacg 61260
agaatgcaaa acgactcgac gccgccttgg ccagggtcgc ggagctggaa gggaagttga 61320
cggactgggt gcacgaaggg ttccggctca acgaggcgct agcggtcgcc aaggctcaac 61380
ccagcgtgcc ggaggggtgg aagctcgtac cgatggaccc gacatcgcag atgacctctg 61440
tcggtcagtc cctgcgttat gacgcggtaa acagcatcgg cgagatttac cggcaaatgc 61500
tcgccgtagc tccctcaccc atcgatccgg ccgcgcatcc tcagccgtgc cagcaaccac 61560
aggcccatcc tgcccgctgc gggtgcgagc ggtaagtgcc aagcaaggag ttcatgtaat 61620
ggaacagcag aaaccttcga aagtagatgg agccatcgcc atgaccgatc tcgatattcg 61680
cattcttcga aaggcgaagc ccgaagcgca ggacgagtgc gccgtgtcca tgttcgcaac 61740
ggcgatccgc cagaaactgc agcgctcccg cgataaaggc cgaggcggct ggatcgactg 61800
cgacgaagat gttctgatca acggattcgc cgaacatgcg ctgaagggta atgagaacaa 61860
cctcttggac ctggcgacgt tcctgatgtt catgtgggtg cgcggcatcg acgatgcgaa 61920
gattcccccg gcgctcgaaa aggcgcggca gcacaagatc atggaagcat ggagtcgggt 61980
ccacgaagat ggactaaact ccgccagaaa ggcgagtgct gcgcgacagt tcgtggaagt 62040
gcctcgacgc aaggggcgcc cggagcgact tgcatgaagc ctcacgaaat aagactggca 62100
caggccgaag agttcctgcg cgaactcggc cgagggattc cggacgacga gagggtgatg 62160
gtcggctacg ctgaagaggc cacagtccag accgacgaga acggccgcaa gctcaacgcc 62220
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gcgtgcatct cgtcgtccat caagacgccc aacccgaaga ccggccagat gcgatactgg 62340
cgcggcgaag cctctttcgg ccacggcctg gcgttgatgg tcgatgacat cggctcaggc 62400
aaagggtcca agggtgactt cgaccgcgac gagttccgcg agcgactgga gccgaccgcg 62460
attgtggaga cttcgccgaa caactaccag ttctggtatt tcttcaaaga gccgatgtcc 62520
cacatgctcc agttcaaggc gctgctctat tcgttcgtgg accaggtgct aaagaaaggc 62580
ggcgacaaca ccgtcaagga cgtcagccgt tacggccgga tgcccttcgg cttcaacaac 62640
aagcgcggga aagacggcaa gttcaaatat gccgacgaaa acggcaagcc cgaactcgtg 62700
cgactgttca gcgccgacta ttccaagcgc tactcgccag aagagatcgc ccaggcattc 62760
ggcgtccgca tcatcatgcc acagatgaag aaggtggaga taaaccgcga cgattgggtg 62820
tatgaccaag tatggctgaa gtatgccgag cacatctgca cgaaatacaa gatgggcgaa 62880
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ggcgacgagc acaccaacgg cgatcctttc ggcgcatact ttcgcggacc gatacctggc 63000
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attaaccgcc gtcacatcgg cgaggagtag taactatgca aaatgatcct ggaattctga 63180
ttaccgccat cggctcattg ctgctcggcc ttctcgtctt cttcgaaggc ctgaatggct 63240
ggaaaatacc agtgtcaaac tttctcgcgt cgctcttgtg cttcttcgtc ggcctttctg 63300
ctttgacgtt ctggttcgtc gttgcgtttg acgtatttta atcgacgaac ggtacagaaa 63360
ttttcggatg gggacggaac ttattagcta tgccggttta ggtaggagat aatagccgtc 63420
cctttcgcct caatgtgtag aggcaatgtt gaatccgatc atgtaaagca gaaggcggca 63480
aacctaacat gattatcgac gaagataata tttttgatga tggcgaatca gggtccagtg 63540
agtttgatct cacgcagata gaagatgctg gaatggaccc tttgatgacc gccgcgagca 63600
aggcggccga tgatgcgatt gcgaggaacg aaacgcatcg cgcgcaaaag gcggcaagat 63660
acgccgaggc gtatgctgaa ccagacttga ggaagcgagc gcggttgttg atgctcgacc 63720
aggcgttcga tcttccggtc agccgggtgg tgaaagggcc gttcgatgac ttcatcacga 63780
aatacagctc gacgtcagac agcaactacc tcgcggtcta tgatacgttg ttctgtaagg 63840
gcgacggaac cgtcccacac ccgcacttcg acgagtttcg cggccggctg gtggaccatc 63900
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gtcgatatcg ccgcaactcg ctgatcgaga cgtttgagaa gaagataccg gattgggacg 64080
gcgaagagcg aattagcacg ttgctgatcg atcttttcaa gccgttcgac accgaattga 64140
accggatggt aagcaagtat ttctggctga gcttgtactg ccgcatcaac taccctggaa 64200
tctcggcgcc gatctcgttg gcgttgattg gtgggcagga tgcggggaaa tcatatttcg 64260
gcttgctgat ctgtaaggag ctgtccggtg ggcgcgatct ggctccagtt cagctcgacc 64320
tgagccgaca cgaccagacg ccgttcctgc gcaacatcac cggcaactcg gttattgcga 64380
acgtcggcga aatgtccggc ttcaaaaagg gcgacatgga acgcatcaaa gaattcctgg 64440
tgcgatcttc ggatacattc gaccagaagt ttgagccggg cgaaacgatc aagcggcaat 64500
ggatcaccat catggacggc aacggatacg atggactcca gcgggacgac tccggcaacc 64560
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tctggcaagc gatggctgaa tgccgcgcat ggatcgaaga gcatggtgtc gatggatacc 64740
tggatatggt gtcggaagcg aaccgcgaag tgcagaagtt ctctatttcg gaaatggaga 64800
atgcgcgtgg cgtggttcgt gatgacacga ttgatatgta tctgatcaac gtgctgatca 64860
gttgcgagtt cgaagagatc aagcctggca ggaattcaaa gaatcctgga tggagagtca 64920
acaccatcga aatcctgaaa tggttcgata ttctcgccag gaagaagccg atttctcgcc 64980
acttaactcc gcacctgaag gcgctaggat ttgttccgaa taagaatggc ttgaatggat 65040
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cgccgttcaa tgatgcgctt gtgtacttgc tgaggaaggt ggattctgag gtgactgatg 65160
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atttctgatg tagtgatgga gtgtacttgg actaggccgc cttcgggcgg tcttttcttt 65280
ggtacggagt acattcgatt tcggttgtgg ccgagtgaga ttcggaagct atctggtaat 65340
tagggtttgg tggcgatggc gcgttgtgga aagttcgtgg acggtggatc gaggattttg 65400
tgtggtgatt ggatgaattg tggaaaatcg acgattctga ctggattttt tgggtcggcc 65460
gcgtcgagct taccggtaat ttacgaaacc ggtaattagg gcctagcctt agtgccgcgt 65520
gggtttgaag ggcttaaccg gatactttcc ggtttcggat gcagccgcaa aagtatacta 65580
cagcgaaaat 65590
<210> 6
<211> 64562
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成的多核苷酸
<400> 6
cgattgcaca atcctaatag aaaaaatcta tcacggacgt tacctatctt taaaattaat 60
taaattaata gtaatttggt aatttggtat actttagtat ttgaaagcct cgcggcacta 120
agcctgtaca cttcccgtca agtttccgat tcctctcaac tcgcggcagg gtcgccggaa 180
acttccggac ttccaatcca tgggtcgcgg caacaccacg gcggactaag cggcaagtgc 240
caaaactcga cgaacggaac cggaaatttg ggagcgcgat agaatcgctc agctggacat 300
atttctaaca ttcgatttaa cactcaaccc aaacactcac caccaccatc gcccgccacc 360
ggccaatccg atcctcaccc accagcagac cgcccatata acatcctata acaccaccta 420
acactcattc accatcaaac ccacccagac ctacagccca cccacaagca gcccatagac 480
gcgatccctg gccccatagt acaatcgcgc catactcagt gtcgcgacag agcaccaggc 540
cccatccacc aaccgagcca ccgcgacgac tccagaatcg aactcaggga cgcagcacca 600
aatgaccaaa ttctacagcc ccgacgatct agtcacgcca caggaattcg cagacccgca 660
tttcgcggcg atcaaccaaa agcgattcga cctgtacatc gacctgcgcg tccaaggtta 720
cagctcctgg cgggtcttcc gggccatctg gggcgaggag catatggacg gtcccgcgca 780
ggcccgcatc ttcgcgatgg agtccaaccc gtactatcgc aagcagttca aggccaagtt 840
gaacgcgacc aaaacgtccg atttgtggaa tccaaagacg gcgctccacg aactcctcca 900
aatggttcgt gaccccaccg tcaaggactc cagccgtctg tcggccatca aggaattgaa 960
cgttctggct gaaatcacgt tcgtggacga gtcgggcaag accaggatcg gtcgcggcct 1020
ggccgacttc tacgcatcag aagccgaggc tcagaccgcc accgtcgctg ctgcggccga 1080
agccaatggc tatgtgccgg aaggcgaaga gggagatttc ccgtctccga cgccggaacc 1140
gaccgaggaa gaccgcgcca accccattta gacataaaat aacatcgttc taggcccgaa 1200
tcggaccgaa ctaaggcgac ggtagcggga agggacgaaa aacgattcta gggcggttct 1260
aggaagtcgt agcctaaccc tcagaaacga caaagccccg gactctagtt cagaatccgg 1320
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gaagaaggca ggccgaactc gatgaatgct gcgttggtgg accggaactc gccgcgcttg 1500
cctttgacag tcacagccac gccatggcgc tgagtgcgtt tcttggaaac ttccgggtct 1560
ttccaggagt tggcgatggc tgccgacagg tctttggtct ctttggcctt ctccggcgcg 1620
ttcttggcct cttcgcgcat cttccggatt tcttccagtg cttcctcttc ggtgatctct 1680
tcttccggct tcaggttctc ttcctcggcc ttctcttctt ccttcttctt ggaagtgcgg 1740
gttttgtaaa ccttggccgg ggcttcctct tcctggaagg cttcttcctc ggccggcaga 1800
gcattcagaa tggcgaggca gcgacgctca gcggtcttgc ggtcggagaa gcgcttgaca 1860
gtcgcatcgg cgttgtgagc gttgtagaag gcgaccagct ctttcatttc tgcgttctgg 1920
atgtcgccga aggttttgat ggagttggtc attttgcgat cctctgtttt ggaagatttc 1980
tttcgggctt cggtttgtcg ccccgttgaa agagattatg cctaggtcga tgctgcgtgt 2040
ctacatttat ttcatcagat tgatcacaaa gccgacgaac ggttgtcgga tgtgaaaaca 2100
ccgcagaacg tgctgcggtg tttggtggga gagggtgatg gtcagaaagt cgggactgtg 2160
atcggctcga ttggcgggtc gccgggcttg tcgttgtccg atgcgggagc tggactggac 2220
gggatcgcgc cggaccgaag cgacagagat tccgactgcc tgctcacctg cggagctgga 2280
ggcgcttttg gcgcatgagg cgcgggcgga accggcaggc ctggaggagc catcggcgcc 2340
ctgggcggct ccggaagatc gggcagatca ggaagactcg gcgctatgcc gccaaaggac 2400
cgctgcgact gctgcgccgg attgtcgccg aacatttcgg cggatcggtt gtctttgatg 2460
acttgaccta tggccgtctt gtcgccgccc ggctctgccg gatcgaagcc cgtgaatgga 2520
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cagacatacg gattcttgtg gttgccgggt ccgtggctga tgatctcggc aggaatgtgg 2640
ccgttcatgg taagccattc cgccatccct tgccgagtca gcgggcttac cacgatctga 2700
ccagtggact cttcggcgac ggcgaacaga tcaccgagct tgaatccgat gatcatatag 2760
ttggacctgg actcgccgac gaaagccaga gtttcgatgt tgtggtggat atcttggtct 2820
tcccagatgt atagcatgat gtgctcctta ataaggctgc ttgttgtgct cgaccagaga 2880
cataccggcc ggaactttga agcggatgta ctcgatcatc atcgccgtgc gacgccgatt 2940
cgtgccagaa tcgtcattga cgaagagttc gcactgatgc ggaatgactc gcgtcaccag 3000
gtcttcgcct ttcgagccgt agaacttgat gtaggctgcg acgcctcgcg tcatgttcag 3060
atgaatcgtt tcgcagagtc gctgcgcggc cgacgcgcta gacagatcgg tcggactgac 3120
cgtcacccag taatggccat tttgttcttt atcggacatc aactgccctc cattgataaa 3180
gcccctgccg agtagcagag gctggttgtt agtcgcgctt catcaagacg actttatcat 3240
atgcgcgata cttcccgcgc cagtcttccc agtagtcgcc ggccgggcag gtcagctcca 3300
gattgatttc atcgcgccag cattcgacgg aaaggacaat cgccttgttc ctggctgcgg 3360
aatctgctct gagcttaatc agaatttcgt cgcccgtttt cagttcatcg actcttacaa 3420
ctttggccat gttgttctcc tattggttag tgccacgagg gggggggcat gtagcttcga 3480
tgtcctgcaa gcagatggtg ggatagtctc tggccagctt gagcttgaag tccatccagt 3540
cagcaccgat gagtgccgcg acttcgatga tgacttcgtc gttcggcgtc gcgctagatt 3600
gcaggactat agcccgacgc cgaacgggat cattgacgtc aacatgggtg agtatttcgt 3660
cgccgacgag cagctcacag gccatcagta ttttggccat aacacactcc tatgagaagg 3720
cgcggccagg gcaatcccga ccgcgccgat ggattaacgt ttgtgaagga tggaaacaga 3780
gtcaacgtcg aagatgctga tggtacggcg acggcgcttg ttgctgcgtt catggatgcg 3840
aatcaggttc gcaactggag cttcgtccac cacccataca tcttccggct tctgcgtccg 3900
gagcaggacc gtcacttctg tattctgggc gaggccgttg caaatgaacg tgaatttgga 3960
cgagggagtt ctgtacattt cgagattcct ttttggactt cgggtccgac ttctcagtcg 4020
gtgaagggat tatgcctgat catcgccatc gagtaaagca cttgtgtacc aattctccag 4080
ttaaatggaa ccaaagcgcg gtatcgctga ttgctacgct cccacgccat ggcccttctt 4140
gcttacagac ttcgaaccac aagctgattt ccatccttgc caggactcgg ccgaaggatt 4200
cgagccggct ccggctagcc aggatgtcga cattcacccg ccgattgatt tcgtatcggc 4260
gaccgttgat gacgaagacc aggcgcaggg tgcgtccgtc cagacattcc cagtatttgg 4320
tttcataccg aagccagtag cgcttgccag ccgggcctac catggtcatt taatcgatgc 4380
tcctggccgc gccacgcggt ccggtcggcg gagcaggatc gaaccgcccc aggatgtagt 4440
cgggccggcg cgcttcctga ggacacacgg cgagaaggcg ccatcctgcg tccagggcat 4500
actggagttc gtccgtgcag cagtcttcct tgagcagcag acgattgatg ctctggagat 4560
tcggaccagg gatagcagag ccggtgaccg agttccagcc ttcgatgccg tgcaccatct 4620
gcggttcaga tatgtagcct ggcgagcgtc cctgtagacg gctcgcggcc agctccaggc 4680
gttccaacat gggtcgcaga gcagcttccg ggtcaacgtc gtcccagaga aggaccagat 4740
tgatgatggt gtacggatag tccttgtcca gatcccaggc tgaagcggtc agacggccca 4800
ggccgatttc attacacatc acgggaacgt cgttgctcca tgtggacggc tcccagttcc 4860
gctcaccagg attcccgatt gttacgcctt ccaggttccc caggagaact tggagtttgc 4920
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atcgcgcagg tgatttccag gtcgggcagc tcgctgtaag tcttgccgag atacagccag 5160
cgcttgcaca gactgcggcc gtccgacgtg aagaagtgga ctttgcgagc attgccgggc 5220
tgcgcccagc caccttgatc gtttttgcgc ttgctcatgg cgatatttcc tttggatttg 5280
gaatccatgc cgtccgttcg ctcacccaaa ctccgtctac atagatcagg actgacagag 5340
cagtcgcgcc aaacccgaag cctacataga atgaaccggg atcgatttcc atggtggcgc 5400
tattggtggc gctattgaaa tcgacttcaa agtcgaacat cgaatggcca ctcataccat 5460
caccatgtcg atttcattga tgaagaaatg aacatcgaca ccatcggcgc gaccggtgta 5520
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acactgatgc agttctcaaa agcatcggtg aaacatggcc gaaaattcct tcggggaaat 59220
tcgtcggaca ccgagtcgcg cagctcctga tcggccacaa gctaggtcga gcggggacca 59280
tcctgaatga cctggtggac ttcctggaga agttcgcggc cgggcgcgat aaagttctca 59340
acatcgccat ctgtaattga ggtgattggc atgaacaata aaccgacgct gaatcaccac 59400
catcaaactg cattgttgta tctgtacaac aatcccaacc aaccgccatt caccggtccc 59460
aataataagg cgctaaatga acttcgacag atggggtatg taaaggcgca agagttcgaa 59520
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cgcgtcgaag tcgggcttct ggggaagtgc gacgcttgca agggaatcgg tcagactttg 59640
cttcggggga agtgtactgt ttgcaatggc cgcggccagg ggtggatcag cgaatggtcg 59700
cagaagccaa tcgaagataa tcctcaaatt gtccctaagt tcgaaaagac cgatgcgaat 59760
aggcttgcag acaccattga agaaatcggc cggctggaaa aggcactggc cgaatccgaa 59820
aaacgcggga gcgagctggc cgcgagctat tgtgacggcg tagtcggcga tgaatacggc 59880
catccttatt gtcgttataa agtggaacgc gacgccgcct tggccgaagt cgagcgcctg 59940
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cgcgacgaga atgcaaaacg actcgacgcc gccttggcca gggtcgcgga gctggagaaa 60060
gaactggcga tggcacgcga cgcagcagca aagggtgatg ctgcccgcca cgctgctggc 60120
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at 64562
<210> 7
<211> 45300
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成的多核苷酸
<400> 7
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tacgatgtta gcgttaccac cccgagtacc tacagtttgg gatgtaccat caatacccca 36060
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<210> 8
<211> 65838
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 合成的多核苷酸
<400> 8
cgattgccca atcctaatag aaaaaatcta tcacggacgt tacctatctt taaaattaat 60
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ctcctggccg cgccacgcgg tccggtcggc gggacgggat cgaaccgacc caggatgtag 4440
tcgggccggc gcgcttcctg aggacacacg gcgagaaggc gccatcctgc gtccagggca 4500
gactggagtt cgtccgtgca gcagtcttcc ttgagcagca gacggttgac gttctggaga 4560
ttcggaccag gtatggccga tcctgtgagt gagttccaac cctcgattcc actcaccatc 4620
tccggttggt tgatgtagct tacggacata ccggccaacc ggctcgcggc cagctccaga 4680
cgctccagca tgggtcgcag agcagcttcc gggtcaatgt cgtcccagag aaggaccagg 4740
ctgatgatgg tatacggata gtccttgtcc agatcccagg ctgaagcggt caggcggccc 4800
aggccgattt cattacacat aacgggaacg tcgttgctcc aggtggacgg ctcccagttc 4860
cgctcaccag gattcccgat tgttacgcct tccaggttcc ccaggagaac gtggagcttg 4920
ctgacatatt ccgcctccaa ggctttccgc tcttcgtcgg tctggttgtg gcgatagaag 4980
gatggagggc tgactttggc atggtagagt ttcataactg ttcctcggtt ttggaagatt 5040
tgaaagttag agaatggtgt cgcagtattt ctcgaaagga ctctggcgct tcttctcgca 5100
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ttgcgcccag ccgcttggtg ccggcttcct gctcatacca tcaccacgtc aatttcgtcg 5280
gcgaagaagt taaagccaac tccatctgcg tagccagtgt aacgcagacg agtcgtccca 5340
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cttgggaatc gaattggacg atcacttgac atacttcccg aagtagcagg tgtggagtat 5700
ttccaggcct ttggagatag ccttcagctt gatgccgaaa ttcttgatcg cccagtccag 5760
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gcgttcgatg aggtaactat acctcagcca cctcatcgag taaagcattt tcttcagatt 6000
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cgagacattc gaactcgaac tggagcgttc ctgggcgagg gatatgggac atggcgtatt 6180
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cgccgtcttg tgctgggcat tggcgttctt gatgctgcct tccaggctct tgtccagctc 6360
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ctcgcatttc tgaaagctca atcgcatgca gatcgtcatc cgggtcttta cgctcttcct 6600
tcgactccat ccgcaggtag tactggccgg ctgcgaaggc gagcactgcc tggtcggcat 6660
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gatcccagag gagactatcg gcaataggcc agaatttgcg gaagccatca ggatcgactt 6780
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cgccggtgat gtactggaag tacactatgc tagacataac acaatcctca taagaagtcg 6900
cggccgggac catcccagcc gcatcgtaat cactcttcgc cttcgtccgc gctcagccac 6960
tcttcgaagg cgaaatttac cttagactcg acccaatctt gaagctcatc ggcgaactcg 7020
tcactgtcga tgtccatcgg aatgcccaga gtctcttcgt tccacagttc ggcattcagt 7080
tcgaactgga tagccggttc gccatccaca ttcagcagga tgcggtctgc gacttcatat 7140
tcgtcgacat cgaagaggaa accgccgctg atgatgtgct ggatgaaagc ttcgtcgaag 7200
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tgtactgagc tttgagggtg gtcagcttag ctttcagggc gatcatagcc tggccgcgca 7320
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gggatttggt catttctgcg ttcctctgtt ttggagtgtt tcgcgttcga tgaagagatt 7440
atgacgctat tcagaatgga agtaaagcag aattgtgaaa tatttctcaa agtggacgaa 7500
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gttcgtttcg atgaagagat tatgccgttg gtcagaatgg aagtaaagtg tattaacaat 7800
aaaattatgt tcaccgacga acggttgtgc tcgaccgtct gttgcggcgt cgatatactc 7860
gacctattgc tgacaccgga ttgattagaa tgtacaaact caaccctgca ctgcgagcgg 7920
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ctcgccagtt tcagaaccgc atcagcgaat cggtctacac gttgatcaag gacaagattg 8100
agaattctga gtacaacggc gagttcattt tcacgaagaa ctcgatcaag cacaagatga 8160
ccggatcaga attcctattc tatgggatcg cccgtaacct gtcggaaatc aagtctaccg 8220
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aagtgacaga cttcgtgtat cagaacttcg tggtgaagcc acccaaagac gccttcgtca 8400
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aggatgcgaa cgcaactacg ctcatgcacg gcaacgtcat tatggaagtg gacgaatggg 8700
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gcgctgtcga taagcctgat gatatctaca tgaagctgcc gcacacgacg atcaagaaca 8940
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agacttatga agcggttgag catggaaagg tttatccctt cgacgaattg atttcgatca 9060
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acttccgcat ccactacatg tctttcgatc attacttttc acctttgctg aatgtaacgt 9720
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cttcggccaa gaccctgcca tcaggcccgg cgatccgtac atgcacggaa gatagcttga 9900
tcggcatcag tgaatacctc cactggcttg cgacggcatg ctttcggcgc gtgcggcttc 9960
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cgtaacattg gacttcttgt agccaggatc gccgaaatgt tcgtgaaccg cagcttcctt 10860
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ctgaaggcga tagctgattt cctgggtcgc ggccagtttg aattgcgcgg caaccttcac 10980
gttgaaacgt tcgtaccctt gcgccttctg atactcccga cacagacgat caatggcctc 11040
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cgatgctctg tggttgttga tgccaccggc gaaatccatg atgcagtcat tgtacgtcgc 11220
cacggccact gagaaaaact tcatccagtt cgggattgcg gaatagtaac gagtggcaat 11280
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gcttcaacaa catcaacgat gcgaagtctg gatatctgtc ctgcttccgt ccgggctggg 18000
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ggaacttatt tatgttagcg aagtttttaa ctcttacgca aaaacaacaa gtattcaatt 58020
gcgcgagtta tgccagtata catcaactgg ctgtaaggaa ttgaaggcaa gttttcttcc 58080
aacattgcga cccgcttcca ttccgatccc tgcgacttgt ggaacgtcat cgcccagccg 58140
aagtcgaatc cgccaatggc cttctgtgcc tccagccgca catcttcctc aaccgaaaag 58200
ctaagaggat tgaacttcac ccagcgctca tagttcgtgc cgataatgcg aactttggca 58260
aacagcattt catccggctc gtcatcatct tcttggcctt cggggaccgg cttgaagtcc 58320
agcagaattg cttgctcgcc gttcatgatg ccatattcgt gctggttccc ggtgcacacc 58380
agcttctcgc cgatttccgg ttgtacaccc ttgtagccga ggatgcggcg cgccctggcg 58440
ttcaaacggc ggcgagtatt gttgtaggcg caaaggatca cgccatcatc gtccaagaac 58500
gtccgcattt cgtcgtccga catgtcgaat ccggcccgta ccagaatgtc gtcatactcg 58560
cggcagggta ggcgcttgcc ctggcggacg aacatcgacg cccgaacgat attgccggcg 58620
ttgcgctcga tttcggtcat gatggtgtca cagctgttct catggaaaat ctggacgccg 58680
cgcacaggag gaacttggcc aaagtcacca atctccagaa ccggaattcg gtgcgacagc 58740
aagcgctctt catcccactc gccgatcatg gacgactcgt cgagcacgac caacttcggc 58800
ttctcgtcga gcgagtcttt gttggcaaac atgatttcgc cgtcttcatc ttcaccaatc 58860
ggccgataga tgaagctgtg gagggtccgg gcattggtgc aacccttctc gcgaagccgc 58920
gctgctgctt tcccggttgg cgcgacgaag actgtccagt ccatcgagca gcaaagttcg 58980
gcgattatct tcgcgatgga agtcttacca gttccggcga aaccagcgag tcgatagacc 59040
tggcggcggt gcgctcgatc acaccaaccg cgataccagt ccacaacgga attgatcgcg 59100
tcgatctgct gactgtttgg tcgaaagccg aatcgctctt cgatctgatc gacggtgaag 59160
ttagatgctg acatatttac gttctccaac gctaggttta atggaatcga ggctcagttt 59220
aagcacgccg tccacagacc agccagtgct acgacgatac ttgcggcctt gcggatcgac 59280
atagaagttc ttcgtgcgcc gcagcagaac ataatgccaa gcagctccaa gcgcgtggac 59340
ccttccttta tacgggaaag ccttcgcctg ctctgcggcc tctttggccc cagggagcca 59400
gcggacggtc gaaaggacca ggaccgcccc cttaatagcc tgggaagcgg cgcggccgtc 59460
ctgtgggcta tagcgatgtc tatcgaagtc tacccagtgg tggttgccgc gccggagctt 59520
gaccgttcgg gatcgcccct cgaacaccac cgtgccttcg tgagtaaaaa tatgttccgc 59580
catcgaatgt tcctttataa cgtacagtta tgctttacct ctgcgcagga agagtatact 59640
atcagctgac tcgccaaagc gagcgaattt aatccaactt tacttcggca ggaaagtggc 59700
cgatactagc gccgccgcct gtactgccct ccaaaacaga ggatacatta aatgcaagaa 59760
tgcaagattt cccgcgacca actcccggtc ggtaatccga atcccaatgt cgacaagacc 59820
cgcgacccga accttaagcc cggtttcctg cgtcgcagcc gcgagctgga cccggcgctg 59880
gccgttcgca tccgtcgcga gctgatccac gccgaagcat ccgacttggc caaggccgga 59940
tgggtcaatt cacagtccag cctttatgga tcgaaagcct tcccgcgcca ttccgtcgtt 60000
cgcgtgaccg gagttccgga agatggagct ttcatcggca tgctgatcgg cttcatcgag 60060
catcgcgagc atggcgaatg ggcggtcatg gaagccggaa cgaaagaagg cggcgccgtc 60120
attattccag tcgatcacat catgcgagcg tcattcgccg aagccgaaga gttcgccgaa 60180
aagtgggagc ggaacttggg gtggcgtctc ctgcgccaac tccgcgagtg cggcgccctg 60240
gccgggactg aagacgagtt cctgcggcgg atcatcaatc gatacgttcg tgatcgcacg 60300
atcctcgatc accacaaagt cggcgcggac aaaacctata ctgatgcagt actcaaaagc 60360
atcggcgaaa catggccgaa gattccttcg gggaaattcg tcggacaccg agtcgcgcag 60420
ctcctgatcg gccacaagct aggtcgagcg gggaccatcc tgaatgacct ggtggacttc 60480
ctggagaagt tcgcggccgg gcgcgataaa gttctcaaca tcgccatctg taattgaggt 60540
gaatggcatg tataataaac cgactttgaa tcaccaccat caaaccgcat tgttatatct 60600
gtataacaat cccgatcagc cggccttcac aggccccaac aatcaggcgc taaatgaact 60660
tcggcagatg gggtatgtaa aggcgaaaaa attcgaaaac tgggcaggca ccggccatct 60720
taggatggaa tggacgctca ccaaggccgg gattgagcgc gtcgaagtcg ggtttctggg 60780
gaagtgcgcc gcttgcaagg gaatcggtca gacgttgctt cgggggaagt gtactgtttg 60840
caatggccgc ggccaggggt ggatcagcga atggtcgcag aagccaatcg aagataatcc 60900
tcaaattgcc cctaagttcg aaaagaccga tgcgaatagg cttgcagacg ccattgaaga 60960
aatcggccgg ctggaaaagg cactggccga atccgaaaag cgcgggagcg agctggccgc 61020
gagctattgt gacggcgtag tcggcgatga atacggccat ccttattgtc gttataaagt 61080
ggaacgcgac gccgccttgg ccagggtcgc ggagctggaa gggaagttga cggactgggt 61140
gcacgaaggg ttccggctca acgaggcgct agcggtcgcc aaggctcaac ccagcgtgcc 61200
ggaaatatct ggcatcggtc gcgatgccga acatcccaga gctgtagtgc tgtatctgcg 61260
taacgaaccc agcgatgaag atatgcgagc aattcagaac tttttgcgcg ccatggccgc 61320
ccccgcacag cacagcgtgc cgaaagcatg gctcgacgtt caggcagagc gccgccggca 61380
ggtcgaggcc caggcgctaa ggcaggaagt cgcagcactg cgcgcaaggg cggatgttgt 61440
gccggaggtg ttcgggcttg agcggtaccg cgtagaaaaa actgggaagg gtttctggcc 61500
atactgcgtg cgtgcggggg atggaacgcg tgaactgttc gtcggccact tgaagcagtg 61560
tcagcgggta gcgaccgaat tggctacggc gtttgaagat gggaagttta tcgccgcgcc 61620
cggcagctcg gctcagcaca gcgtgccgga ggggtggaag ctcgtaccga tggacccgac 61680
atcgcagatg acctatgtcg gtcagtccct gcgttatgac gcggtaaaca gcatcggcga 61740
gatttaccgg caaatgctcg ccgtagctcc ctcacccatc gatccggccg cgcatcctca 61800
gccgtgccag caaccacagg cccatcctgc ccgctgcggg tgcgagcggt aagtgccaag 61860
taaggaattc atgtaatgga acagaagaaa ccttcaccag tagatggagt catcatgacc 61920
agcctcgacg ttctccggaa agcacagccc gaagcccagg acgagtatgc cgtgtccatg 61980
ttcgcaacgg cgatccgcca gaaaatgcag cgctcccgcg ataaaggccg aggcggctgg 62040
atcgactgcg acgaagatat tctgatcaac ggattcgccg aacatgcgct gaagggcaat 62100
gagaacaacc tcctggacct ggcgacgttc ctgatgttca tgtgggtgcg cggcatcgat 62160
gatgcgaaga ttcccccggc gctcgaaaag gcgcggcagc acaagatcat ggaagcatgg 62220
agccgaatcc atgaagatgg cctaaactcc gccagaaagg cgagcgctgc gcgacagttt 62280
gtgggagtgc cacgacgcaa ggggcgcccg gagcgacttg catgaagcct cacgaaataa 62340
gactggccca ggccgaagag ttcctgcgcg aactcggccg agggattccg gacgacgaac 62400
gggtaatggt cggctacgct gaagaggcca cggtccaaac cgacgagaac ggccgcaagc 62460
tcaacgccgg ctggtggcct gtgccatgga aggaagggaa atacatcaac tcccgatcca 62520
acgcctacgc atgtatctcg tcgtcaatca agacgccgaa cccgaagacc ggccagatgc 62580
gatactggcg cggcgaagcc tctttcggcc acggcctggc gttgatggtc gatgacatcg 62640
gctcaggcaa agggtccaaa ggcgacttcg accgtgatga gttccgcgag cgactggagc 62700
cgactgcgat tgtggagact tcgccgaaca actaccagtt ctggtatttc ttcaaagagc 62760
cgatggccca caggctccag ttcaaggcgc tgctctattc gttcgtggac caggtgctaa 62820
agaaaggcgg cgacaacacc gtcaaggacg tcagccgtta cggccggatg ccattcggct 62880
tcaacaacaa gcgcgggaaa gacggcaagt tcaaatatgc cgacgaaaac ggcaagccag 62940
aactcgtgcg cctgtacagc gccgactatt ccaagcgcta ctcgccggaa gagatcgccc 63000
aggcattcgg cgtccgcatc attatgccac agatgaagaa ggtggagata aaccgcgacg 63060
attgggtgta tgaccaagta tggctgaagt atgccgagca catctgcacg aaatacaaga 63120
tgggagaagc ggcaggcggc caggtccagc agaatatgtc cggcaaatac cgcatccgct 63180
gtccatgggg cgacgagcac accaacggcg atcctttcgg agcatacttt cgcggaccga 63240
tacctggcgc cgagcacgaa tatgtgttcg gttgcgggca cgatacttgc cgcaaagagc 63300
atcgccggac ttgggcggcc ttcacggatg aagtcgtgct accctatatc gtcgaacaat 63360
tggaaagaat caaccgccgt catatcggtg aggagtagac aatatgcaaa acgatcctgg 63420
aatcctgatt accgccatcg gcttgctgtt cctcggcctt atcatcttct tcgaaggcct 63480
aaagggatgg aaaatacaag tcgcaaactt cctcgcgtcg cttctgtgct tcttcttcgg 63540
cctttctgct ttgacgttct ggttcgtcgt tgcgtttgac gtattttaat cgacgaacgg 63600
tacagaaatt ttcggatggg gacggaactt attagctatg ccggtttagg taggagataa 63660
tagccgtccc tttcgcctca atgtgtagag gcaatgttga atccgatcat gtaaagcaga 63720
aggcggcaaa cctaacatga ttatcgacga agataatatt tttgatgatg gcgaatcagg 63780
gtccggtgag tttgatctca cgcagataga agatgctgga atggaccctt tgatgaccgc 63840
cgcgagcaag gcggccgatg atgcgattgc gaggaacgaa acgcatcgcg cgcaaaaggc 63900
ggcaagatac gccgaggcgt atgctgaacc agacttgagg aagcgagccc gattgttgat 63960
gctcgaccag gcctttgatc ttccggtcag ccggttggtg aaagggccgt ttgatgactt 64020
catcacgaaa tacagctcga cttccgacag caactacctc gcggtctacg acacgttgtt 64080
ctgtaagggc gacgggacag tcccgcatcc gcacttcgat gagtttcgcg gccggctggt 64140
ggaccatcgc ggcgtggcgt tcaacaacaa gaccctcgat ccgattgacc tgatgggcgc 64200
cctcgcggct gcggccttgg acgatccctc gattaagaag acgattgaga cttgctgcgt 64260
ttgggcgcgt cgatatcgcc gcaactcgct gatcgagacg tttgagaaga agataccgga 64320
ttgggacggc gaagagcgga tcgaaacgct gctgatcgac ttgttcaaac cgttcgacac 64380
cgagctcaac cgtatggtga gcaagtattt ctggctgagc ctgtactgcc gcatcaacta 64440
tccgggaatt tcggcgccga tctcgttggc gttgattggt gggcaggatg cggggaaatc 64500
atatttcggc ttgttgatct gtaaggagct gtccggtggg cgcgatctgg ctccagttca 64560
gctcgacctg agccgacacg accagacgcc gttcctgcga aacatcaccg gcaactcggt 64620
tattgcgaac gtcggggaaa tgtccggctt caaaaagggc gacatggaac gcatcaaaga 64680
attcctggtg cgatcttcgg atacattcga tcagaagttt gagcctggcg aaacgatcaa 64740
gcgacaatgg atcaccatca tggacggcaa cggatacgat gggctccagc gggacgactc 64800
cggcaaccgt cgattctatc cgatgttcgt ggcacaactt cccgacgaag atggaaagcc 64860
gaactgggtt aagccgggcg atggtaatga accgttcaag gtggacttca ccgacttcgg 64920
ccgcaaattc tggcaagcga tggctgaatg ccgagcatgg atcgaagagc atggtgtcga 64980
tggatacttg aatatggtgt ctgaagcgaa ccgcgaagtg cagaacttct ctatttcgga 65040
aatggagaat gcgcgtggcg tagttcgtga cgatacgatt gacatgtatc tgatcaatgt 65100
tctgatcagt tgcgagttcg aagagatcaa gcctggcagg aatgccaaga atcctggatg 65160
gagggctgac accgtcgcca ttctgaaatg gttcgatatt ctcgccagga agaagccgat 65220
ttctcgtcac cttactccgc acctgaaggc gctgggattc atcccgaata agaacggcct 65280
ggctggttgg tgcttacctg tcgataaggt tgcgcctgga tggacgaatg gcatgcacac 65340
gacgttgccg ccgttcaatg atgcgcttgt gtacttgctg agaaagggcg acccggatat 65400
cactgatgag gctgccatgg caaaaattcg ggcagtccgg gccgagcgag ccaagatttt 65460
gggcgaggat ttctgatgta gtggtggagt gtacttggac taggccgcct tcgggcggtc 65520
ttttctttgg tgcggcgtac attcgattcc ggtggtggcc gagtgagatt cgaaagctat 65580
ccggtaatta gggtggggtg gcgacggtgt attgtggaaa gttcgtggac gttggatcga 65640
ggattttgtg tggtgagtgg atgaattgtg gaaaatcgcc gattctgact ggatttttgg 65700
ggtcggccgc gtcgagctta ccggtaattt acgaaaccgg taattagggc ctagccttag 65760
tgccgcgtgg gtttgaaggg cttaaacgga tactttccgg tttcggatgc agccgcaaaa 65820
ctattctaca gcgaaaat 65838

Claims (74)

1.一种噬菌体组合物，其包含一种或多种感染并裂解假单胞菌(Pseudomonas)的专性裂解性噬菌体，所述噬菌体选自：Pa223(以ECACC保藏编号：17062002保藏)、Pa222(以ECACC保藏编号：17062003保藏)、Pa193(以ECACC保藏编号：17062004保藏)和Pa204(以ECACC保藏编号：17062006保藏)，以及与Pa223、Pa222、Pa193或Pa204的基因组序列具有至少90％同一性的噬菌体，其中每种单个噬菌体不易于普遍性转导并且不携带抗生素抗性基因，并且其中所述组合物基本上不含细菌组分。
2.根据权利要求1所述的噬菌体组合物，其包含两种或更多种选自以下的噬菌体：Pa223(以ECACC保藏编号：17062002保藏)、Pa222(以ECACC保藏编号：17062003保藏)、Pa193(以ECACC保藏编号：17062004保藏)和Pa204(以ECACC保藏编号：17062006保藏)，以及与Pa223、Pa222、Pa193或Pa204的基因组序列具有至少90％同一性的突变体。
3.根据权利要求1所述的噬菌体组合物，其包含三种或更多种选自以下的噬菌体：Pa223(以ECACC保藏编号：17062002保藏)、Pa222(以ECACC保藏编号：17062003保藏)、Pa193(以ECACC保藏编号：17062004保藏)和Pa204(以ECACC保藏编号：17062006保藏)，以及与Pa223、Pa222、Pa193或Pa204的基因组序列具有至少90％同一性的突变体。
4.根据权利要求1-3中任一项的噬菌体组合物，其包含噬菌体：Pa223(以ECACC保藏编号：17062002保藏)、Pa222(以ECACC保藏编号：17062003保藏)、Pa193(以ECACC保藏编号：17062004保藏)和Pa204(以ECACC保藏编号：17062006保藏)。
5.根据任一在前权利要求所述的噬菌体组合物，其基本上由Pa223(以ECACC保藏编号：17062002保藏)、Pa222(以ECACC保藏编号：17062003保藏)、Pa193(以ECACC保藏编号：17062004保藏)和Pa204(以ECACC保藏编号：17062006保藏)组成。
6.根据权利要求1所述的噬菌体组合物，其包含两种选自以下的噬菌体：Pa223(以ECACC保藏编号：17062002保藏)、Pa222(以ECACC保藏编号：17062003保藏)、Pa193(以ECACC保藏编号：17062004保藏)和Pa204(以ECACC保藏编号：17062006保藏)。
7.根据权利要求1所述的噬菌体组合物，其包含三种选自以下的噬菌体：Pa223(以ECACC保藏编号：17062002保藏)、Pa222(以ECACC保藏编号：17062003保藏)、Pa193(以ECACC保藏编号：17062004保藏)和Pa204(以ECACC保藏编号：17062006保藏)。
8.一种噬菌体组合物，其包含一种或多种感染并裂解假单胞菌的专性裂解性噬菌体，所述噬菌体选自：Pa223(以ECACC保藏编号：17062002保藏)、Pa222(以ECACC保藏编号：17062003保藏)、Pa193(以ECACC保藏编号：17062004保藏)和Pa204(以ECACC保藏编号：17062006保藏)，其中每种单个噬菌体不易于普遍性转导并且不携带抗生素抗性基因，并且其中所述组合物基本上不舍细菌组分。
9.根据权利要求8所述的噬菌体组合物，其包含两种或更多种选自以下的噬菌体：Pa223(以ECACC保藏编号：17062002保藏)、Pa222(以ECACC保藏编号：17062003保藏)、Pa193(以ECACC保藏编号：17062004保藏)和Pa204(以ECACC保藏编号：17062006保藏)。
10.根据权利要求8所述的噬菌体组合物，其包含三种或更多种选自以下的噬菌体：Pa223(以ECACC保藏编号：17062002保藏)、Pa222(以ECACC保藏编号：17062003保藏)、Pa193(以ECACC保藏编号：17062004保藏)和Pa204(以ECACC保藏编号：17062006保藏)。
11.根据权利要求8-10中任一项所述的噬菌体组合物，其基本上由以下组成：噬菌体Pa223(以ECACC保藏编号：17062002保藏)、Pa222(以ECACC保藏编号：17062003保藏)、Pa193(以ECACC保藏编号：17062004保藏)和Pa204(以ECACC保藏编号：17062006保藏)。
12.一种噬菌体组合物，其包含一种或多种感染并裂解假单胞菌的专性裂解性噬菌体，所述噬菌体具有选自以下的多核苷酸序列：SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：3和SEQID NO：4以及与其具有至少90％同一性的突变体，其中每种单个噬菌体不易于普遍性转导并且不携带抗生素抗性基因，并且其中所述组合物基本上不含细菌组分。
13.根据权利要求12所述的噬菌体组合物，其包含至少两种具有选自以下的多核苷酸序列的噬菌体：SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：3和SEQ ID NO：4以及与其具有至少90％同一性的突变体。
14.根据权利要求12所述的噬菌体组合物，其包含至少三种具有选自以下的多核苷酸序列的噬菌体：SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：3和SEQ ID NO：4以及与其具有至少90％同一性的突变体。
15.根据权利要求12-14中任一项所述的噬菌体组合物，其包含具有选自以下的多核苷酸序列的噬菌体：SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：3和SEQ ID NO：4以及与其具有至少90％同一性的突变体。
16.一种噬菌体组合物，其包含一种或多种感染并裂解假单胞菌的专性裂解性噬菌体，所述噬菌体具有选自以下的多核苷酸序列：SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：3和SEQID NO：4，其中每种单个噬菌体不易于普遍性转导并且不携带抗生素抗性基因，并且其中所述组合物基本上不含细菌组分。
17.根据权利要求16所述的噬菌体组合物，其包含至少两种具有选自以下的多核苷酸序列的噬菌体：SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：3和SEQ ID NO：4。
18.根据权利要求16所述的噬菌体组合物，其包含至少三种具有选自以下的多核苷酸序列的噬菌体：SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：3和SEQ ID NO：4。
19.根据权利要求16-18中任一项所述的噬菌体组合物，其包含具有选自以下的多核苷酸序列的噬菌体：SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：3和SEQ ID NO：4。
20.根据权利要求16所述的噬菌体组合物，其基本上由具有SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：3和SEQ ID NO：4的多核苷酸序列的噬菌体组成。
21.根据任一在前权利要求所述的噬菌体组合物，其另外包含抗生素。
22.根据任一在前权利要求所述的噬菌体组合物，其另外包含药学上可接受的载体、稀释剂、赋形剂或其组合。
23.根据权利要求22所述的噬菌体组合物，其中所述药学可接受的载体、稀释剂、赋形剂或其组合包括钙盐或镁盐。
24.根据任一在前权利要求所述的噬菌体组合物，其包含大约1∶1比率的至少两种所述噬菌体株。
25.根据任一在前权利要求所述的噬菌体组合物，其包含至少大约1x105至大约1x1011的至少一种所述噬菌体株。
26.根据任一在前权利要求所述的噬菌体组合物，其包含至少一种冷冻保护剂。
27.根据权利要求26所述的噬菌体组合物，其中所述冷冻保护剂包含甘油。
28.组合物，其包含根据任一在前权利要求所述的噬菌体组合物，所述组合物配制用于气溶胶化或气雾化。
29.组合物，其包含根据任一在前权利要求所述的噬菌体组合物，其中所述组合物是冷冻的、冻干的、液体的或固体的。
30.根据任一在前权利要求所述的组合物，其中所述细菌组分是内毒素。
31.根据任一在前权利要求所述的组合物，其中所述细菌组分是细菌宿主蛋白。
32.噬菌体，其具有选自以下的多核苷酸序列：SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：3或SEQ ID NO：4，和与SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：3或SEQ ID NO：4具有至少90％同一性的突变体。
33.根据任一在前权利要求所述的组合物或噬菌体，其用作药物。
34.根据任一在前权利要求所述的噬菌体或组合物，其用于治疗细菌感染。
35.根据权利要求1-34中任一项所述的噬菌体或组合物在制备用于治疗细菌感染的药物中的用途。
36.一种治疗细菌感染的方法，所述方法包括向受试者施用根据权利要求1-34中任一项所述的噬菌体或组合物。
37.一种治疗细菌感染的方法，所述方法包括：
a)选择具有证实的假单胞菌感染的患者，以及
b)向受试者施用根据权利要求1-34中任一项所述的噬菌体和/或组合物。
38.根据权利要求37所述的方法，其中所述噬菌体或组合物包含总共1x105至大约1x1011PFU。
39.根据权利要求37或38所述的方法，其中每6小时施用所述噬菌体或组合物。
40.根据权利要求37或38所述的方法，其中每12小时施用所述噬菌体或组合物。
41.根据权利要求37-40中任一项所述的方法，其中施用所述噬菌体或组合物达至少7天。
42.根据权利要求34-41中任一项所述的噬菌体、组合物、用途或方法，其中所述噬菌体感染是鼻窦感染、鼻感染、肺部感染、呼吸道感染。
43.根据权利要求42所述的噬菌体、组合物、用途或方法，其中所述噬菌体感染是尿路感染、腹腔内感染、皮肤感染、皮肤结构感染或菌血症。
44.根据权利要求42所述的噬菌体、组合物、用途或方法，其中所述噬菌体感染是肺部感染。
45.根据权利要求34-43中任一项所述的噬菌体、组合物、用途或方法，其中所述细菌感染是心内膜炎。
46.根据权利要求34-43中任一项所述的噬菌体、组合物、用途或方法，其中所述细菌感染是移植物感染。
47.根据权利要求34-43中任一项所述的噬菌体、组合物、用途或方法，其中所述细菌感染与囊性纤维化相关。
48.根据权利要求34-43中任一项所述的噬菌体、组合物、用途或方法，其中所述细菌感染对抗生素具有耐药性。
49.根据权利要求34-43中任一项所述的噬菌体、组合物、用途或方法，其中所述细菌感染是假单胞菌细菌感染。
50.根据权利要求34-43中任一项所述的噬菌体、组合物、用途或方法，其中所述细菌感染是铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)细菌感染。
51.根据权利要求1-32中任一项所述的噬菌体、组合物，其用于治疗肺部感染。
52.根据权利要求1-32中任一项所述的噬菌体、组合物在制备用于治疗肺部感染的药物中的用途。
53.一种治疗肺部感染的方法，所述方法包括向受试者施用根据权利要求1-34中任一项所述的噬菌体或组合物。
54.根据权利要求51-53中任一项所述的噬菌体、组合物、用途或方法，其中所述肺部感染是由假单胞菌感染导致的。
55.根据权利要求54所述的噬菌体、组合物、用途或方法，其中所述肺部感染是由铜绿假单胞菌细菌感染导致的。
56.根据权利要求51-55中任一项所述的噬菌体、组合物、用途或方法，其另外包括向受试者施用抗生素和/或免疫抑制剂。
57.根据权利要求56所述的噬菌体、组合物、用途或方法，其中所述抗生素是氟喹诺酮类、碳青霉烯类、氨基糖苷类、头孢菌素、青霉素、β内酰胺酶抑制剂、单内酰环类、膦酸类或多粘菌素。
58.根据权利要求34-37中任一项所述的噬菌体、组合物、用途或方法，其中将所述组合物施用于呼吸道或肺组织的表面。
59.根据权利要求58所述的噬菌体、组合物、用途或方法，其中所述施用是通过所述组合物的气雾化制剂完成的。
60.根据权利要求34-37中任一项所述的噬菌体、组合物、用途或方法，其中将所述组合物静脉内施用。
61.试剂盒，其包含：
a.根据权利要求1-34中任一项所述的噬菌体或组合物；和
b.关于其(例如，在医学中的)用途的使用说明。
62.根据权利要求61所述的试剂盒，其另外包含抗生素和关于其与噬菌体组合物组合使用的使用说明。
63.根据权利要求61或62所述的试剂盒，其中所述使用说明是关于将所述试剂盒用于治疗感染。
64.根据权利要求63所述的试剂盒，其中所述使用说明是关于将所述试剂盒用于治疗铜绿假单胞菌感染。
65.根据权利要求63或64所述的试剂盒，其中所述感染是鼻窦感染、鼻感染、呼吸道感染、肺部感染、尿路感染、腹腔内感染或菌血症。
66.一种杀死表面上的细菌的方法，所述方法包括将根据权利要求1-34中任一项所述的噬菌体或组合物施用于所述表面。
67.根据权利要求66所述的方法，其中所述表面是哺乳动物的皮肤、设备、医疗设备、假体、移植物、床具、家具、墙壁、地板或它们的组合。
68.根据权利要求1-34中任一项所述的噬菌体或组合物或根据权利要求61-64中任一项所述的试剂盒用于非医疗应用的用途。
69.绷带或伤口敷料，其包含根据权利要求1-34中任一项所述的噬菌体或组合物。
70.一种制备噬菌体组合物的方法，所述方法包括混合至少两种选自以下的噬菌体：Pa222、Pa223、Pa193和Pa204以及与其具有至少90％同一性的噬菌体。
71.一种制备噬菌体组合物的方法，所述方法包括混合至少两种具有选自以下的基因组序列的噬菌体：SEQ ID NO.：1、SEQ ID NO.：2、SEQ ID NO.：3、SEQ ID NO.：4和与其具有至少90％同一性的噬菌体。
72.通过权利要求70或71中任一项所述的方法可获得的噬菌体组合物。
73.任一在前权利要求所述的组合物、用途、方法或试剂盒，其中所述组合物的噬菌体感染并裂解假单胞菌。
74.任一在前权利要求所述的组合物、用途、方法或试剂盒，其中所述组合物的噬菌体感染并裂解铜绿假单胞菌。
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