CN112154217A - 用于治疗、诊断和预测卵巢癌的方法和组合物 - Google Patents

Abstract

本公开内容涉及用于治疗卵巢癌和用于评价受试者的方法、组合物和试剂盒。本公开内容的方面涉及用于评价患者的方法，该方法包括测量来自患者的生物样品中所列出的miRNA的一种或多种的表达水平：miR‑182‑5p、miR‑183‑5p、miR‑202‑3p、miR‑205‑5p、miR‑508‑3p、miR‑509‑3‑5p、miR‑513b‑5p或miR‑513c‑5p。

Description

用于治疗、诊断和预测卵巢癌的方法和组合物

描述

本申请要求于2018年3月13日提交的序列号为62/642,294的美国临时专利申请的优先权权益，以引用方式将其全文并入本文。

发明背景

1.发明领域

本发明总体上涉及分子生物学和肿瘤学领域。更具体地，其涉及包括生物标志物和癌症预测、诊断和治疗的方法和组合物。

2.相关技术描述

在美国和全世界的女性中，卵巢癌(OC)是最致命的妇科恶性肿瘤[1]。约75％的患者在疾病晚期被确诊，肿瘤已扩散到腹部，因此5年生存率仅为10-30％[2]。尽管I期的存活率为90％[1]，但由于缺乏有效的筛查策略和早期检测标志物，发明人无法及早诊断出这些患者[3]。由于灵敏度低，常规的骨盆检查和经阴道超声不是非常有效的人群筛查工具[4]。在三十年以来一直在临床上常规使用血清CA125蛋白水平，但是CA125在检测早期癌症中的灵敏度非常差，而且特异性有限[5，6]。不幸的是，测试了CA125以及其他标记物的三项大型随机临床试验PLCO[7](前列腺癌、肺癌、结肠直肠癌和卵巢癌)、UKCTOCS[8](英国卵巢癌筛查合作试验)和最近结束的USPST F[9](美国预防医学工作组)以及超声没有提供任何将CA125用作筛查工具的线索，该试验也未显示出任何总体生存的益处。

尽管外科手术治疗和化学治疗方案的进展已经适度地改善了OC的存活率，但是大多数女性在非常晚期被确诊，不可能被治愈[32]。因此，迫切需要确定临床可翻译的、高度准确的、非侵入性的且具有成本效益的生物标志物，这些生物标志物可帮助高危人群的早期检测和群体筛查，这也可以改善OC的生存结果。

发明概述

本公开内容涉及用于治疗卵巢癌和用于评价受试者的方法、组合物和试剂盒。本公开内容的方面涉及用于评价患者的方法，包括测量来自患者的生物样品中所列出的miRNA的一种或多种的表达水平：miR-182-5p、miR-183-5p、miR-202-3p、miR-205-5p、miR-508-3p、miR-509-3-5p、miR-513b-5p或miR-513c-5p。

另外的方面涉及治疗患有卵巢癌的患者的方法，包括在已经测量来自患者的生物样品的以下所列出的生物标志物中的至少一种的表达水平之后，给予化学治疗和/或放射和/或进行手术以去除一个或两个卵巢的全部或部分：miR-182-5p、miR-183-5p、miR-202-3p、miR-205-5p、miR-508-3p、miR-509-3-5p、miR-513b-5p或miR-513c-5p。

另外的方面涉及诊断患有卵巢癌的患者的方法，包括：a)测量来自患者的生物样品中的所列出的生物标志物的至少一种的表达水平：miR-182-5p、miR-183-5p、miR-202-3p、miR-205-5p、miR-508-3p、miR-509-3-5p、miR-513b-5p或miR-513c-5p；b)将测量的表达水平与对照水平或对照样品进行比较，其中对照水平或对照样品代表卵巢癌阴性或卵巢癌阳性的表达水平；c)如果与正常卵巢细胞中代表性的表达水平相比，至少一种测量的表达水平升高，则诊断患者患有卵巢癌，或基于测量的表达水平确定患者未患卵巢癌。

另外的方面涉及诊断患有早期卵巢癌的患者的方法，包括：a)测量来自患者的生物样品中至少以下所列出的生物标志物的表达水平：miR-182-5p、miR-183-5p、miR-202-3p、miR-205-5p、miR-508-3p、miR-509-3-5p、miR-513b-5p和miR-513c-5p；b)将测量的表达水平与对照水平或对照样品进行比较，其中对照水平或对照样品代表卵巢癌阴性或卵巢癌阳性的表达水平；c)如果与正常卵巢细胞中代表性的表达水平相比，至少所列出的八种生物标志物的测量的表达水平升高，则诊断患者患有卵巢癌，或基于测量的表达水平确定患者未患卵巢癌。

另外的方面涉及试剂盒，其包含1、2、3、4、5、6、7或8种用于确定miR-182-5p、miR-183-5p、miR-202-3p、miR-205-5p、miR-508-3p、miR-509-3-5p、miR-513b-5p和/或miR-513c-5p的表达水平的探针或引物组。

在一些实施方案中，至少测量所列出的生物标记物miR-182-5p。在一些实施方案中，至少测量所列出的生物标记物miR-183-5p。在一些实施方案中，至少测量所列出的生物标记物miR-202-3p。在一些实施方案中，至少测量所列出的生物标记物miR-205-5p。在一些实施方案中，至少测量所列出的生物标记物miR-508-3p。在一些实施方案中，至少测量所列出的生物标记物miR-509-3-5p。在一些实施方案中，至少测量所列出的生物标记物miR-513b-5p。在一些实施方案中，至少测量所列出的生物标记物miR-513c-5p。在一些实施方案中，测量至少两种所列出的生物标志物的表达水平。在一些实施方案中，测量至少三种所列出的生物标志物的表达水平。在一些实施方案中，测量至少四种所列出的生物标志物的表达水平。在一些实施方案中，测量至少五种所列出的生物标志物的表达水平。在一些实施方案中，测量至少六种所列出的生物标志物的表达水平。在一些实施方案中，测量至少七种所列出的生物标志物的表达水平。在一些实施方案中，测量所有八种所列出的生物标志物的表达水平。

在一些实施方案中，所述方法包括或还包括测量来自患者的生物样品中图7中的至少一种并非所列出的生物标志物之一的生物标志物的表达水平。在一些实施方案中，测量图7中的至少两种另外的生物标志物。在一些实施方案中，测量图7中的至少四种另外的生物标志物。在一些实施方案中，测量图7中的至少6种另外的生物标志物。在一些实施方案中，miR-182-5p、miR-183-5p、miR-202-3p、miR-205-5p、miR-508-3p、miR-509-3-5p、miR-513b-5p或miR-513c-5p中的至少一种被排除在测量之外。在一些实施方案中，miR-182-5p、miR-183-5p、miR-202-3p、miR-205-5p、miR-508-3p、miR-509-3-5p、miR-513b-5p或miR-513c-5p中的至少两种被排除在测量之外。在一些实施方案中，miR-182-5p、miR-183-5p、miR-202-3p、miR-205-5p、miR-508-3p、miR-509-3-5p、miR-513b-5p或miR-513c-5p中的至少三种被排除在测量之外。

在一些实施方案中，所述方法还包括将(多种)表达水平与(多种)对照样品或(多种)对照表达水平进行比较。在一些实施方案中，所述(多种)对照样品具有代表正常卵巢细胞的表达水平。在一些实施方案中，所述(多种)对照样品的表达水平代表来自未患卵巢癌的患者的生物样品中的表达水平。在一些实施方案中，所述(多种)对照表达水平是来自未患卵巢癌的患者的生物样品中的表达水平。在一些实施方案中，所述(多种)对照表达水平代表卵巢癌阴性样品中的表达水平。在一些实施方案中，所述(多种)对照样品具有代表卵巢癌阳性样品的表达水平。在一些实施方案中，所述(多种)对照样品具有代表卵巢癌细胞的表达水平。在一些实施方案中，所述(多种)对照样品的表达水平代表来自患有卵巢癌的患者或多个患者的生物样品中的表达水平。在一些实施方案中，所述(多种)对照表达水平是来自患有卵巢癌的患者的生物样品中的表达水平。

在一些实施方案中，所述来自患者的生物样品中的所列出的生物标志物的至少一种测量的表达水平与卵巢癌细胞中的表达水平相比降低或处于代表正常卵巢细胞的表达范围内。在一些实施方案中，所述来自患者的生物样品中的所列出的生物标志物的至少两种测量的表达水平与卵巢癌细胞中的表达水平相比降低或处于代表正常卵巢细胞的表达范围内。在一些实施方案中，所述来自患者的生物样品中的所列出的生物标志物的至少三种测量的表达水平与卵巢癌细胞中的表达水平相比降低或处于代表正常卵巢细胞的表达范围内。在一些实施方案中，所述来自患者的生物样品中的所列出的生物标志物的至少四种测量的表达水平与卵巢癌细胞中的表达水平相比降低或处于代表正常卵巢细胞的表达范围内。在一些实施方案中，所述来自患者的生物样品中的所列出的生物标志物的至少五种测量的表达水平与卵巢癌细胞中的表达水平相比降低或处于代表正常卵巢细胞的表达范围内。在一些实施方案中，所述来自患者的生物样品中的所列出的生物标志物的至少六种测量的表达水平与卵巢癌细胞中的表达水平相比降低或处于代表正常卵巢细胞的表达范围内。在一些实施方案中，所述来自患者的生物样品中的所列出的生物标志物的至少七种测量的表达水平与卵巢癌细胞中的表达水平相比降低或处于代表正常卵巢细胞的表达范围内。在一些实施方案中，所述来自患者的生物样品中的所列出的生物标志物的所有八种测量的表达水平与卵巢癌细胞中的表达水平相比降低或处于代表正常卵巢细胞的表达范围内。

在一些实施方案中，所述来自患者的生物样品中的所列出的生物标志物的至少一种测量的表达水平与正常卵巢细胞中的表达水平相比升高或处于代表卵巢癌细胞的表达范围内。在一些实施方案中，所述来自患者的生物样品中的所列出的生物标志物的至少两种测量的表达水平与正常卵巢细胞中的表达水平相比升高或处于代表卵巢癌细胞的表达范围内。在一些实施方案中，所述来自患者的生物样品中的所列出的生物标志物的至少三种测量的表达水平与正常卵巢细胞中的表达水平相比升高或处于代表卵巢癌细胞的表达范围内。在一些实施方案中，所述来自患者的生物样品中的所列出的生物标志物的至少四种测量的表达水平与正常卵巢细胞中的表达水平相比升高或处于代表卵巢癌细胞的表达范围内。在一些实施方案中，所述来自患者的生物样品中的所列出的生物标志物的至少五种测量的表达水平与正常卵巢细胞中的表达水平相比升高或处于代表卵巢癌细胞的表达范围内。在一些实施方案中，所述来自患者的生物样品中的所列出的生物标志物的至少六种测量的表达水平与正常卵巢细胞中的表达水平相比升高或处于代表卵巢癌细胞的表达范围内。在一些实施方案中，所述来自患者的生物样品中的所列出的生物标志物的至少七种测量的表达水平与正常卵巢细胞中的表达水平相比升高或处于代表卵巢癌细胞的表达范围内。在一些实施方案中，其中所述来自患者的生物样品中的所列出的生物标志物的所有八种测量的表达水平与正常卵巢细胞中的表达水平相比升高或处于代表卵巢癌细胞的表达范围内。

在一些实施方案中，所述至少两种生物标志物包含miR-182-5p和miR-183-5p。在一些实施方案中，所述至少两种生物标志物包含miR-182-5p和miR-202-3p。在一些实施方案中，所述至少两种生物标志物包含miR-182-5p和miR-205-5p。在一些实施方案中，所述至少两种生物标志物包含miR-182-5p和miR-508-3p。在一些实施方案中，所述至少两种生物标志物包含miR-182-5p和miR-509-3-5p。在一些实施方案中，所述至少两种生物标志物包含miR-182-5p和miR-513b-5p。在一些实施方案中，所述至少两种生物标志物包含miR-182-5p和miR-513c-5p。在一些实施方案中，所述至少两种生物标志物包含miR-183-5p和miR-202-3p。在一些实施方案中，所述至少两种生物标志物包含miR-183-5p和miR-205-5p。在一些实施方案中，所述至少两种生物标志物包含miR-183-5p和miR-508-3p。在一些实施方案中，所述至少两种生物标志物包含miR-183-5p和miR-509-3-5p。在一些实施方案中，所述至少两种生物标志物包含miR-183-5p和miR-513b-5p。在一些实施方案中，所述至少两种生物标志物包含miR-183-5p和miR-513c-5p。在一些实施方案中，所述至少两种生物标志物包含miR-202-3p和miR-205-5p。在一些实施方案中，所述至少两种生物标志物包含miR-202-3p和miR-508-3p。在一些实施方案中，所述至少两种生物标志物包含miR-202-3p和miR-509-3-5p。在一些实施方案中，所述至少两种生物标志物包含miR-202-3p和miR-513b-5p。在一些实施方案中，所述至少两种生物标志物包含miR-202-3p和miR-513c-5p。在一些实施方案中，所述至少两种生物标志物包含miR-205-5p和miR-508-3p。在一些实施方案中，所述至少两种生物标志物包含miR-205-5p和miR-509-3-5p。在一些实施方案中，所述至少两种生物标志物包含miR-205-5p和miR-513b-5p。在一些实施方案中，所述至少两种生物标志物包含miR-205-5p和miR-513c-5p。在一些实施方案中，所述至少两种生物标志物包含miR-508-3p和miR-509-3-5p。在一些实施方案中，所述至少两种生物标志物包含miR-508-3p和miR-513b-5p。在一些实施方案中，所述至少两种生物标志物包含miR-508-3p和miR-513c-5p。在一些实施方案中，所述至少两种生物标志物包含miR-509-3-5p和miR-513b-5p。在一些实施方案中，所述至少两种生物标志物包含miR-509-3-5p和miR-513c-5p。在一些实施方案中，所述至少两种生物标志物包含miR-513b-5p和miR-513c-5p。

在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-182-5p、miR-183-5p和miR-202-3p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-182-5p、miR-183-5p和miR-205-5p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-182-5p、miR-183-5p和miR-508-3p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-182-5p、miR-183-5p和miR-509-3-5p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-182-5p、miR-183-5p和miR-513b-5p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-182-5p、miR-183-5p和miR-513c-5p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-182-5p、miR-183-5p和miR-202-3p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-182-5p、miR-202-3p和miR-205-5p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-182-5p、miR-202-3p和miR-508-3p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-182-5p、miR-202-3p和miR-509-3-5p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-182-5p、miR-202-3p和miR-513b-5p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-182-5p、miR-202-3p和miR-513c-5p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-182-5p、miR-205-5p和miR-508-3p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-182-5p、miR-205-5p和miR-509-3-5p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-182-5p、miR-205-5p和miR-513b-5p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-182-5p、miR-205-5p和miR-513c-5p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-182-5p、miR-508-3p和miR-509-3-5p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-182-5p、miR-508-3p和miR-513b-5p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-182-5p、miR-508-3p和miR-513c-5p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-182-5p、miR-509-3-5p和miR-513b-5p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-182-5p、miR-509-3-5p和miR-513c-5p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-182-5p、miR-513b-5p和miR-513c-5p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-183-5p、miR-202-3p和miR-205-5p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-183-5p、miR-202-3p和miR-508-3p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-183-5p、miR-202-3p和miR-509-3-5p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-183-5p、miR-202-3p和miR-513b-5p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-183-5p、miR-202-3p和miR-513c-5p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-183-5p、miR-205-5p和miR-508-3p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-183-5p、miR-205-5p和miR-509-3-5p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-183-5p、miR-205-5p和miR-513b-5p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-183-5p、miR-205-5p和miR-513c-5p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-183-5p、miR-508-3p和miR-509-3-5p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-183-5p、miR-508-3p和miR-513b-5p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-183-5p、miR-508-3p和miR-513c-5p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-183-5p、miR-509-3-5p和miR-513b-5p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-183-5p、miR-509-3-5p和miR-513c-5p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-183-5p、miR-513b-5p和miR-513c-5p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-202-3p、miR-205-5p和miR-508-3p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-202-3p、miR-205-5p和miR-509-3-5p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-202-3p、miR-205-5p和miR-513b-5p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-202-3p、miR-205-5p和miR-513c-5p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-202-3p、miR-508-3p和miR-509-3-5p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-202-3p、miR-508-3p和miR-513b-5p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-202-3p、miR-508-3p和miR-513c-5p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-202-3p、miR-509-3-5p和miR-513b-5p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-202-3p、miR-509-3-5p和miR-513c-5p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-202-3p、miR-513b-5p和miR-513c-5p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-205-5p、miR-508-3p和miR-509-3-5p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-205-5p、miR-508-3p和miR-513b-5p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-205-5p、miR-508-3p和miR-513c-5p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-205-5p、miR-509-3-5p和miR-513b-5p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-205-5p、miR-509-3-5p和miR-513c-5p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-205-5p、miR-513b-5p和miR-513c-5p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-508-3p、miR-509-3-5p和miR-513b-5p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-508-3p、miR-509-3-5p和miR-513c-5p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-508-3p、miR-513b-5p和miR-513c-5p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-509-3-5p、miR-509-3-5p和miR-513c-5p。在一些实施方案中，所述至少三种生物标志物包含miR-509-3-5p、miR-513b-5p和miR-513c-5p。

在一些实施方案中，所述生物样品是组织样品、肿瘤样品、淋巴结样品、血液、血清、唾液或鳞状细胞样品。在一些实施方案中，所述生物样品是血清样品。在一些实施方案中，所述生物样品包含核酸。在一些实施方案中，所述生物样品包含核酸的分级样品。在一些实施方案中，所述生物样品是富集核酸的分级样品。在一些实施方案中，所述生物样品是包含卵巢细胞的样品。

在一些实施方案中，患者具有卵巢癌的症状。在一些实施方案中，患者没有卵巢癌的症状。在一些实施方案中，患者已经经历卵巢癌的早期筛查程序。在一些实施方案中，患者未经历卵巢癌的早期筛查程序。

在一些实施方案中，所述方法还包括基于所述患者的生物样品中所列出的生物标志物的一种或多种测量的表达水平，诊断所述患有卵巢癌的患者。在一些实施方案中，基于至少一种所列出的生物标志物的表达水平诊断所述患者患有I期或II期癌症。

在一些实施方案中，所述方法还包括在测量一种或多种所列出的生物标志物的表达水平之后治疗所述患者的卵巢癌。在一些实施方案中，在测量到至少一种所列出的生物标志物的表达水平与正常卵巢细胞相比升高后，治疗所述患者。在一些实施方案中，在测量到至少两种所列出的生物标志物的表达水平与正常卵巢细胞相比升高后，治疗所述患者。在一些实施方案中，在测量到至少三种所列出的生物标志物的表达水平与正常卵巢细胞相比升高后，治疗所述患者。在一些实施方案中，在测量到至少四种所列出的生物标志物的表达水平与正常卵巢细胞相比升高后，治疗所述患者。在一些实施方案中，在测量到至少五种所列出的生物标志物的表达水平与正常卵巢细胞相比升高后，治疗所述患者。在一些实施方案中，在测量到至少六种所列出的生物标志物的表达水平与正常卵巢细胞相比升高后，治疗所述患者。在一些实施方案中，在测量到至少七种所列出的生物标志物的表达水平与正常卵巢细胞相比升高后，治疗所述患者。在一些实施方案中，在测量到所有八种所列出的生物标志物的表达水平与正常卵巢细胞相比升高后，治疗所述患者。

在一些实施方案中，已经基于一种或多种所列出的生物标志物的表达水平诊断所述患者患有卵巢癌。在一些实施方案中，已经基于所有八种所列出的生物标志物的表达水平与表示正常卵巢细胞的表达水平相比升高，诊断患者患有卵巢癌。在一些实施方案中，分析一种或多种卵巢细胞的病理。在一些实施方案中，在测量到至少一种所列出的生物标志物的表达水平与正常卵巢细胞相比升高后，诊断所述患者患有卵巢癌。在一些实施方案中，在测量到至少两种所列出的生物标志物的表达水平与正常卵巢细胞相比升高后，诊断所述患者患有卵巢癌。在一些实施方案中，在测量到至少三种所列出的生物标志物的表达水平与正常卵巢细胞相比升高后，诊断所述患者患有卵巢癌。在一些实施方案中，在测量到至少四种所列出的生物标志物的表达水平与正常卵巢细胞相比升高后，诊断所述患者患有卵巢癌。在一些实施方案中，在测量到至少五种所列出的生物标志物的表达水平与正常卵巢细胞相比升高后，诊断所述患者患有卵巢癌。在一些实施方案中，在测量到至少六种所列出的生物标志物的表达水平与正常卵巢细胞相比升高后，诊断所述患者患有卵巢癌。在一些实施方案中，在测量到至少七种所列出的生物标志物的表达水平与正常卵巢细胞相比升高后，诊断所述患者患有卵巢癌。在一些实施方案中，在测量到所有八种所列出的生物标志物的表达水平与正常卵巢细胞相比升高后，诊断所述患者患有卵巢癌。

在一些实施方案中，所述(多种)对照样品具有代表卵巢癌阴性样品的表达水平。在一些实施方案中，所述(多种)对照表达水平代表卵巢癌阴性样品中的表达水平。在一些实施方案中，所述(多种)对照样品具有代表卵巢癌阳性样品的表达水平。在一些实施方案中，所述(多种)对照表达水平代表卵巢癌阳性样品中的表达水平。

在一些实施方案中，所述(多种)对照样品具有代表来自卵巢癌阴性患者的生物样品的表达水平。在一些实施方案中，所述(多种)对照表达水平代表来自卵巢癌阴性患者的生物样品中的表达水平。在一些实施方案中，所述(多种)对照样品具有代表来自卵巢癌阳性患者的生物样品的表达水平。在一些实施方案中，所述(多种)对照表达水平代表来自卵巢癌阳性患者的生物样品中的表达水平。

在一些实施方案中，卵巢癌是I期或II期。在一些实施方案中，已经分析了患者卵巢细胞的病理。在一些实施方案中，所述生物标志物是人类生物标志物。在一些实施方案中，所述生物标志物是哺乳动物生物标志物。在一些实施方案中，所述生物标志物包含成熟和/或加工的miRNA。

在一些实施方案中，所述试剂盒还包含用于检测一种或多种对照的一种或多种药剂。在一些实施方案中，所述试剂盒还包含用于从生物样品中分离核酸的试剂。在一些实施方案中，试剂用于从血清样品中分离核酸。在一些实施方案中，试剂用于从本文描述的样品中分离核酸。

术语受试者或患者可以指动物(例如哺乳动物)，包括但不限于人、非人灵长类、啮齿动物、狗或猪。本文提供的获得方法包括活检方法，例如细针穿刺、芯针活检、真空辅助活检、切开活检、切除活检、钻取活检、刮取活检或皮肤活检。

在某些实施方案中，样品获得自卵巢、息肉、子宫、粘膜或粘膜下层的活检。在一些实施方案中，样品来自手术切除的息肉。在其他实施方式中，样品可以从本文提供的任何组织中获得，这些组织包括但不限于胆囊、皮肤、心脏、肺、乳腺、胰腺、肝脏、肌肉、肾脏、平滑肌、卵巢、膀胱、肠、脑、前列腺或甲状腺组织。

供选择地，样品可以包括但不限于血液、血清、汗液、毛囊、颊组织、眼泪、月经、尿液、粪便或唾液。在具体实施方案中，样品可以是组织样品、全血样品、尿液样品、唾液样品、血清样品、血浆样品或粪便样品。

在某些方面，所述样品获得自囊性液或源自肿瘤或赘生物的液体。在其他实施方案中，囊肿、肿瘤或赘生物位于生殖系统中。在当前方法的某些方面，任何医学专业人员，例如医生、护士或医学技术人员，都可以获得生物样品进行测试。在当前方法的其他方面，患者或受试者可以在没有医疗专业人员帮助的情况下获得用于测试的生物样品，例如获得全血样品、尿液样品、粪便样品、颊样品或唾液样品。

在另外的实施方案中，样品可以是新鲜、冷冻或保存的样品或细针抽吸物。在具体实施方案中，样品是福尔马林固定的、石蜡包埋的(FFPE)样品。通过将获取的样品放置在合适的介质、赋形剂、溶液或容器中，可以短期或长期储存。在某些情况下，存储可能需要将样品保存在冷藏或冷冻的环境中。在存储在冷冻环境中之前，样品可以被快速冷冻。在某些情况下，可以将冷冻样品与合适的冷冻保存介质或化合物接触。冷冻保存介质或化合物的实例包括但不限于：甘油、乙二醇、蔗糖或葡萄糖。

一些实施方案还涉及从生物样品或患者样品中分离核酸，例如核糖核酸或RNA。其他步骤可以包括或可以不包括扩增样品中的核酸和/或使一种或多种探针与扩增的或未扩增的核酸杂交。该方法还可以包括分析样品中的核酸。在某些实施方案中，微阵列可以用于测量或分析样品中生物标志物表达的水平。所述方法还可以包括在有形介质中记录生物标志物表达水平或向患者、医疗保健支付方、医师、保险代理或电子系统报告表达水平。

加权系数或表达水平之间或之中的差异或加权比较之间或之中的差异可以是至少或至多约0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9、2.0、2.5、3.0、3.5、4.0、4.5、5.0、5.5、6.0、6.5、7.0、7.5、8.0、8.5、9.0、9.5、10.0、10.5、11.0、11.5、12.0、12.5、13.0、13.5、14.0、14.5、15.0、15.5、16.0、16.5、17.0、17.5、18.0、18.5、19.0.19.5、20.0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、105、110、115、120、125、130、135、140、145、150、155、160、165、170、175、180、185、190、195、200、205、210、215、220、225、230、235、240、245、250、255、260、265、270、275、280、285、290、295、300、305、310、315、320、325、330、335、340、345、350、355、360、365、370、375、380、385、390、395、400、410、420、425、430、440、441、450、460、470、475、480、490、500、510、520、525、530、540、550、560、570、575、580、590、600、610、620、625、630、640、650、660、670、675、680、690、700、710、720、725、730、740、750、760、770、775、780、790、800、810、820、825、830、840、850、860、870、875、880、890、900、910、920、925、930、940、950、960、970、975、980、990、1000倍(times)或倍(fold)(或其中可得出的任意范围)。

在一些实施方案中，通过基于生物标志物的表达值应用分类算法来进行诊断、预测或风险评分的计算的确定，其中差异表达p值为大约、大约其之间或至多约0.005、0.006、0.007、0.008、0.009、0.01、0.011、0.012、0.013、0.014、0.015、0.016、0.017、0.018、0.019、0.020、0.021、0.022、0.023、0.024、0.025、0.026、0.027、0.028、0.029、0.03、0.031、0.032、0.033、0.034、0.035、0.036、0.037、0.038、0.039、0.040、0.041、0.042、0.043、0.044、0.045、0.046、0.047、0.048、0.049、0.050、0.051、0.052、0.053、0.054、0.055、0.056、0.057、0.058、0.059、0.060、0.061、0.062、0.063、0.064、0.065、0.066、0.067、0.068、0.069、0.070、0.071、0.072、0.073、0.074、0.075、0.076、0.077、0.078、0.079、0.080、0.081、0.082、0.083、0.084、0.085、0.086、0.087、0.088、0.089、0.090、0.091、0.092、0.093、0.094、0.095、0.096、0.097、0.098、0.099、0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9或更高(或其中可得出的任意范围)。在某些实施方案中，使用一种或多种统计学上显著差异表达的生物标志物(单独地或作为差异对)计算预测评分。

本文描述的任何方法可以在包括计算机可读代码的有形计算机可读介质上实现，该计算机可读代码在由计算机运行时使计算机执行一种或多种操作。在一些实施方案中，存在包括计算机可读代码的有形计算机可读介质，当该计算机可读代码在由计算机运行时，使该计算机执行以下操作，包括：a)接收与来自患者的样品中的生物标志物的表达水平相对应的信息；和b)使用与样品中的表达水平相对应的信息，与基因的对照或参考表达水平相比，确定表达水平的差异值。

在其他方面，有形计算机可读介质还包括计算机可读代码，该计算机可读代码在由计算机运行时使计算机执行一种或多种另外的操作，包括提出建议，所述建议包括：其中步骤a)中的患者为处于癌症的首次治疗之中或之后，如果患者的表达水平未升高，则给予患者与首次治疗相同的治疗；如果患者的表达水平升高，则给予患者与首次治疗不同的治疗。

在一些实施方案中，接收信息包括从有形数据存储设备接收与来自有形存储设备的表达水平相对应的信息。在另外的实施方案中，该介质还包括计算机可读代码，当由计算机运行该代码时，该代码使该计算机执行一种或多种另外的操作，包括：将与差异值对应的信息发送到有形数据存储设备，计算患者的预测评分，如果患者没有表达水平，则用传统疗法治疗患者，和/或如果患者表达水平升高，则用供选择的食道疗法治疗患者。

有形的计算机可读介质还包括计算机可读代码，该计算机可读代码在由计算机运行时使计算机执行一种或多种另外的操作，包括计算患者的预测评分。所述操作还可以包括提出建议，所述建议包括：对确定具有降低的表达水平的患者给予治疗。

如本文所用，术语“或”和“和/或”用于描述彼此组合或互斥的多个组分。例如，“x、y和/或z”可以指单独的“x”、单独的“y”、单独的“z”、“x、y和z”、“(x和y)或z”、“x或(y和z)”或“x或y或z”。特别预期的是，x、y或z可以从实施方案中具体排除。

在整个申请中，术语“约”根据其在细胞生物学领域中的平实和普通含义使用，以指示值包括用于确定该值的装置或方法的误差的标准偏差。

与“包括(including)”、“包含(containing)”或“其特征在于”同义的术语“包括(comprising)”是包括性的或开放式的，并且不排除其他未叙述的要素或方法步骤。短语“由......组成”排除了未指定的任何要素、步骤或成分。短语“基本上由......组成”将所描述的主题的范围限制为指定的材料或步骤，以及不实质影响其基本和新颖特征的材料或步骤。可以预期，在术语“包括”的上下文中描述的实施方案也可以在术语“由......组成”或“基本上由......组成”的上下文中实现。

特别考虑到的是，就本发明的一个实施方案讨论的任何限制都可以适用于本发明的任何其他实施方案。此外，本发明的任何组合物可以用于本发明的任何方法中，并且本发明的任何方法可以用于制备或利用本发明的任何组合物。在实施例中阐述的实施方案的方面也是可以在不同实施例中的其他地方或本申请的其他地方，例如发明概述、实施方案详述、权利要求书和附图图例说明中讨论的实施方案的上下文中实施的实施方案。

附图简述

以下附图构成了本说明书的一部分，并且被包括在内以进一步说明本发明的某些方面。通过参考这些附图中的一个或多个附图，结合在本文中呈现的具体实施方案的详细描述，可以更好地理解本发明。

图1A-C.OCaMIR的发现和独立组织验证。A)在I期卵巢癌与正常之间差异表达的miRNA，调整后的p值小于0.05，并且来自小RNA测序的绝对对数的倍数变化为2。在32个miRNA中，有24个在卵巢癌中是下调的(黑色)，有8个是上调的(红色)；B)来自8-miRNA标志(OCaMIR)的风险评分以及在发现阶段用于确定I期卵巢癌的分析的准确性；C)OCaMIR在TCGA(I期和所有分期)和GSE65819(所有分期)群组(cohort)中的独立组织验证ROC曲线。

图2A-E.四个回顾性群组和一个前瞻性群组中的OCaMIR分析血清的独立训练和验证。OCaMIR的ROC曲线和风险评分图。A)血清回顾性训练群组；GSE106817 miRNA微阵列，B)血清回顾性验证群组1；GSE31568 miRNA微阵列，C)血清回顾性验证群组2；GSE113486miRNA微阵列，D)血清回顾性验证群组3；捷克共和国RT-PCR，以及E)血清前瞻性验证群组；华西RT-PCR。

图3A-D.在血清中检测I期卵巢癌中评价OCaMIR分析性能以及其对卵巢癌检测的特异性。OCaMIR的ROC曲线和分阶段风险评分图。A)血清回顾性训练群组；GSE106817 miRNA微阵列，B)血清回顾性验证群组3；捷克共和国RT-PCR，C)血清前瞻性验证群组；华西RT-PCR，和D)OCaMIR分析在包括卵巢癌在内的多种疾病中的ROC曲线。

图4.所有血清群组中癌症与健康之间的个体miRNA表达水平。

图5.所有血清群组中癌症与健康之间的个体miRNA表达水平。

图6.发现生物标志物的工作流程。

图7.训练群组(n＝31，9个正常，22个I期)；在肿瘤和正常样品之间差异表达的32个miRNA(abs(log2FC)＞＝2且调节的P值＜＝0.05)。与正常样品相比，8种miRNA在肿瘤中高表达(log2FC＞＝2且调节的P值＜＝0.05)。风险评分＝1.71+0.25*MIR202-0.03*MIR508+0.56*MIR509-3+0.005*MIR205+0.05*MIR182-0.49*MIR513C+0.23*MIR183-0.05*MIR513B。

图8.在群组中，8-miRNA标签的接收者操作特征(ROC)和精确召回率(PRC)为0.99和0.998。

图9.确定的8-miRNA标签的热图和风险评分曲线。在群组中，肿瘤兼有高风险评分和miRNA标签。

图10.第二阶段：8-miRNA标签的诊断价值的计算机验证。

图11.在TCGA(I期和正常)中，8-miRNA标签的接收者操作特征(ROC)和精确度召回率(PRC)为0.96和0.974。

图12.确定的8-miRNA标签的热图和风险评分曲线。在TCGA(I期和正常)中，肿瘤兼有高风险评分和miRNA标签。

图13.在TCGA(I期、II期和正常)中，8-miRNA标签的接收者操作特征(ROC)和精确度召回率(PRC)为0.96和0.974。

图14.确定的8-miRNA标签的热图和风险评分曲线。在TCGA(I期、II期和正常)中，肿瘤兼有高风险评分和miRNA标签。

图15.在TCGA(全部)中，8-miRNA标签的接收者操作特征(ROC)和精确度召回率(PRC)为0.89和0.998。

图16.确定的8-miRNA标签的热图和风险评分曲线。在TCGA(全部)中，肿瘤兼有高风险评分和miRNA标签。

图17.在GSE65819(原发和正常)中，8-miRNA标签的接收者操作特征(ROC)和精确度召回率(PRC)为0.83和0.98。

图18.确定的8-miRNA标签的热图和风险评分曲线。在GSE65819(原发和正常)中，肿瘤兼有高风险评分和miRNA标签。

图19.在GSE65819(腹水和正常)中，8-miRNA标签的接收者操作特征(ROC)和精确度召回率(PRC)为0.81和0.94。

图20.确定的8-miRNA标签的热图和风险评分曲线。在GSE65819(腹水和正常)中，肿瘤兼有高风险评分和miRNA标签。

图21.独立的血清验证群组GSE106817(n＝3079，正常2759，OV 320，所有女性样品)血清。

图22.独立的血清验证群组GSE106817(n＝3079，正常2759，OV 320，所有女性样品)血清。在这个大型公共血清群组中，8种miRNA均显著高表达。

图23.群组的血清验证(n＝91，54个正常，37个I期)。

说明性实施方案的描述

本发明的某些方面提供了一种测试，该测试可以帮助医师为患者从几种供选择的治疗选项中选择最佳治疗。癌症治疗中的主要临床挑战是确定在转移性和辅助性环境中将从治疗方案中受益的患者的子集。在过去的十年中，抗癌药物和多种药物组合的数量已大大增加，但是，仍继续使用试错法经验性地施加治疗。在此提供了诊断患者的方法和组合物，以确定针对癌症患者的最佳治疗选项。通过采用可靠的统计方法，本发明人确定了一组八种miRNA，它们在确定早期卵巢癌中是高度准确的。此外，通过开发基于多元逻辑回归的分类器，可以在来自不同种族的多种回顾性组织和血清群组中独立地验证已确定的组织miRNA标志物。

I.定义

术语“基本上相同”、“没有显著不同”或“在范围内”是指表达水平与其相比较的对象没有明显不同。供选择地或同时地，术语基本上相同是指与其相比较的表达水平的差异小于2、1.5或1.25倍，或表达的差异小于20、15、10或5％。

“受试者”或“患者”是指需要治疗的任何单个受试者，包括人、牛、狗、豚鼠、兔、鸡等。还意图作为受试者被包括的是未显示任何疾病临床症状的参与临床研究试验的任何受试者，或参与流行病学研究的任何受试者，或用作对照的任何受试者。

如本文所使用，术语“引物”或“探针”旨在涵盖能够在模板依赖性过程中引发新生核酸的合成的任何核酸。通常，引物是长度为十到二十和/或三十个碱基对的寡核苷酸，但是可以使用更长的序列。引物可以以双链和/或单链形式提供，但是单链形式是优选的。探针也可以指能够通过碱基互补与目标基因或其片段的核酸杂交的核酸。

如本文所使用，“表达增加”或“表达升高”或“表达降低”是指与代表相同生物标志物或不同生物标志物的参考水平相比的受试者样品中生物标志物的表达水平。在某些方面，参考水平可以是来自相同受试者的非癌组织的参考表达水平。供选择地，参考水平可以是来自不同受试者或受试者组的参考表达水平。例如，参考表达水平可以是从未患癌症的受试者或受试者组的样品(例如，组织、体液或细胞样品)获得的表达水平，或者是从患有癌症的受试者或受试者组的非癌症组织获得的表达水平。参考水平可以是单个值或可以是值的范围。参考表达水平可以使用本领域普通技术人员已知的任何方法来确定。在一些实施方案中，参考水平是从患有癌症或未患癌症的受试者的群组中确定的平均表达水平。参考水平也可以用图形描绘为图表上的区域。在某些实施方案中，参考水平是归一化水平，而在其他实施方案中，参考水平可以是相对于被测试的组织或生物样品不稳定的水平。

如本文所使用，术语“确定”或“评价”可以(定性或定量地)指测量、测定数量或定量。

II.MiRNA

某些方面部分地基于卵巢癌的(多种)miRNA生物标志物的系统性发现和验证。在某些实施方案中，微小RNA(缩写为miRNA)可以在用于确定预测、用于诊断受试者、用于确定特定患者对特定癌症治疗的反应以及用于治疗患有食道癌的个体的方法和组合物中使用。

MiRNA可以是天然存在的小非编码RNA，其生物学活性形式的长度为约17至约25个核苷酸碱基(nt)。miRNA通过抑制靶mRNA翻译在转录后调节基因表达。认为miRNA起着负调节剂的作用，即大量的特异性miRNA将与较低水平的靶基因表达相关。

体内可能存在三种形式的miRNA，即初级miRNA(pri-miRNA)，前体miRNA(pre-miRNA)和成熟miRNA。初级miRNA(pri-miRNA)表达为约数百个碱基到1kb以上的茎-环结构的转录物。Pri-miRNA转录物在细胞核中被称为Drosha的RNA酶II核酸内切酶切割，该酶在茎环基部附近切割茎的两条链。Drosha用交错的切口切割RNA双链体，留下5′磷酸和3′末端的2nt突出端。

切割产物，即前体miRNA(pre-miRNA)可以长约60至约110nt，具有以折回方式形成的发夹结构。Pre-miRNA通过Ran-GTP和输出蛋白-5从细胞核转运到细胞质。Pre-miRNA在细胞质中被称为Dicer的另一种RNA酶II核酸内切酶进一步加工。Dicer识别5′磷酸和3′突出端，并在茎-环连接处切下环以形成miRNA双链体。miRNA双链体与RNA诱导的沉默复合物(RISC)结合，其中反义链优先被降解，而正义链成熟miRNA引导RISC到其靶位点。成熟miRNA是miRNA的生物学活性形式，长度约为17到25nt。

微小RNA通过与其靶基因的信使(mRNA)中的特定序列进行碱基配对(完美或不完美)而起作用。miRNA降解或抑制mRNA的翻译，导致靶基因的表达在转录后被下调、抑制或沉默。在动物中，miRNA不必与其靶位点具有完美的同源性，部分同源性会导致翻译抑制，而在植物中，miRNA往往与靶位点显示出完全的同源性，因此信使(mRNA)的降解占优势。

微小RNA在基因组中广泛分布，主导基因调节，并积极参与许多生理和病理过程。例如，发现某些miRNA的调节方式可以控制细胞增殖、分化和凋亡；并且异常的miRNA谱与肿瘤发生有关。另外，提出病毒感染引起靶向沉默“原始细胞存活”基因的miRNA增加，而抑制与细胞凋亡(程序性细胞死亡)相关的基因的miRNA减少，从而使平衡趋向于获得细胞凋亡信号传到。

III.卵巢癌分期和治疗

可以提供利用生物标志物的特定应用来治疗卵巢癌的方法和组合物。基于生物标志物谱，可以针对不同的癌症患者和患者群体开具或推荐不同的治疗。

A.癌症分期

癌症所始于的细胞类型决定了存在的卵巢癌的类型。卵巢癌类型包括：上皮肿瘤，其始于覆盖卵巢外部的薄组织层；基质肿瘤，其始于含有产生激素的细胞的卵巢组织；生殖细胞肿瘤，其始于产生卵子的细胞。在某些实施方案中，癌症包括上皮肿瘤。在一些实施方案中，癌症包括基质肿瘤。在一些实施方案中，癌症包括生殖细胞肿瘤。

可以使用三个因素来对肿瘤进行分类或分期。(T)涉及肿瘤尺寸，通过确定卵巢向输卵管和/或附近的骨盆器官如子宫或膀胱的扩散来分类。(N)涉及肿瘤向淋巴结的扩散。通过确定肿瘤向骨盆中或主动脉周围的淋巴结的扩散来确定N。(M)涉及肿瘤是否已经转移。

下表中的分期系统使用病理学分期(也称为外科分期)。可以通过检查手术过程中取出的组织来确定。这也称为手术分期。有时，如果无法立即进行手术，则会对癌症进行临床分期。这基于手术前进行的体格检查、活检和影像学检查的结果。

在本文描述的方法中提及的“癌症”可以包括或排除任何以上分期或TNM类别。例如，癌症可以是或可以排除I、IA、IB、IC、II、IIA、IIB、IIIA1、IIIA2、IIIB、IIIC、IVA和/或IVB期。所述患者可以是已经患有和/或已经确定患有I、IA、IB、IC、II、IIA、IIB、IIIA1、IIIA2、IIIB、IIIC、IVA和/或IVB期癌症的患者。此外，可以将癌症分类或进一步分类为T1、N0和/或M0；T1a、N0和/或M0；T1b、N0和/或M0；T1c、N0和/或M0；T2、N0和/或M0；T2a、N0和/或M0；T2b、N0和/或M0；T1、T2和/或N1；M0、T3a、N0和/或N1；M0、T3b、N0和/或N1；M0、T3c、N0、N1和/或M0；任何T、任何N和/或M1a；任何T、任何N和/或M1b。

B.治疗

卵巢癌的治疗通常涉及手术和化学治疗的组合。卵巢癌的治疗包括以下描述的那些。

1.手术

去除卵巢癌的手术包括：1)切除一个卵巢的手术。对于尚未扩散到一个卵巢外的非常早期的癌症，手术可能包括切除受影响的卵巢及其输卵管。2)切除两个卵巢的手术。如果两个卵巢都存在癌症，但没有其他癌症的征兆，则外科医生可以切除两个卵巢和两个输卵管。3)切除两个卵巢和子宫的手术。如果癌症更加广泛，或者不希望保留生育能力，则外科医生将切除卵巢、输卵管、子宫、附近的淋巴结和一层脂肪腹部组织(网膜)。

2.化学治疗

化学治疗可用于新辅助或辅助性环境中。化学治疗药物通常注射入静脉、经口服用或经腹膜内给予。在一些实施方案中，给予患者化学治疗。示例性的化疗方案包括卡铂和紫杉醇或其组合。其他示例性化疗方案包括顺铂和多西他赛及其组合。可以在本公开的实施方案中使用的其他化疗治疗方案包括顺铂、依托泊苷、博来霉素及其组合。在一些实施方案中，使用卡铂和依托泊苷的组合。

合适类型的化学治疗剂包括：(a)烷化剂，例如氮芥(例如二氯甲基二乙胺、环磷酰胺、异环磷酰胺、美法仑、苯丁酸氮芥)、乙烯亚胺和甲基三聚氰胺(例如，六甲基三聚氰胺、噻替哌)，烷基磺酸酯(例如，白消安)，亚硝基脲(例如卡莫斯汀、洛莫斯汀、氯脲霉素、链脲霉素)和三嗪(例如达卡巴嗪)，(b)抗代谢药，例如叶酸类似物(例如甲氨蝶呤)、嘧啶类似物(例如5-氟尿嘧啶、氟尿苷、阿糖胞苷、氮杂尿苷)和嘌呤类似物及相关物质(例如6-巯基嘌呤、6-硫鸟嘌呤、喷司他丁)，(c)天然产物，例如长春花生物碱(例如长春碱、长春新碱)、表鬼臼毒素(例如依托泊苷、替尼泊苷)、抗生素(例如放线菌素、柔红霉素、阿霉素、博来霉素、普卡霉素和米托蒽醌)、酶(例如L-天冬酰胺酶)和生物反应调节剂(例如，干扰素-α)，和(d)其他药剂，例如铂配位配合物(例如，顺铂、卡铂)、取代脲(例如，羟基脲)、甲基肼衍生物(例如，甲基苄肼)和肾上腺皮质抑制剂(例如紫杉醇和米托坦)。在一些实施方案中，顺铂是特别合适的化学治疗剂。

其他合适的化学治疗剂包括抗微管剂，例如紫杉醇(“泰素”)和盐酸阿霉素(“多柔比星”)。经腺病毒载体递送的Egr-1启动子/TNFα构建体与阿霉素的组合经确定可有效克服对化学治疗和/或TNF-α的耐药性，这表明该构建体与阿霉素的联合治疗可克服对阿霉素和TNF-α二者的耐药性。

多柔比星吸收差，并且优选静脉内给予。在某些实施方案中，成人的合适静脉内剂量包括约60mg/m²至约75mg/m²，间隔约21天，或连续2或3天每天约25mg/m²至约30mg/m²，间隔约3周至约4周后重复，或约20mg/m²，每周一次。在老年患者中，当因先前的化学治疗或肿瘤性骨髓浸润而导致先前的骨髓抑制，或该药物与其他骨髓细胞生成抑制药物联用时，应使用最低剂量。

氮芥是用于本公开内容的方法的另一种合适的化学治疗剂。氮芥可包括但不限于二氯甲基二乙胺(HN₂)、环磷酰胺和/或异环磷酰胺，美法仑(L-苯丙氨氮芥)和苯丁酸氮芥。环磷酰胺

可从Mead Johnson获得，而

可从Adria获得，是另一种合适的化学治疗剂。成人的合适口服剂量包括例如约1mg/kg/天至约5mg/kg/天，静脉内剂量包括例如最初在约2天至约5天的时间段内约40mg/kg至约50mg/kg的分剂量，或约每7天至约10天约10mg/kg至约15mg/kg，或约3mg/kg至约5mg/kg每周两次，或约1.5mg/kg/天至约3mg/kg/天。由于不良的胃肠道作用，优选静脉内途径。该药物有时也可通过肌肉给予、通过渗透给予或给予到体腔内。

其他合适的化学治疗剂包括嘧啶类似物，例如阿糖胞苷(胞嘧啶阿拉伯糖苷)、5-氟尿嘧啶(氟尿嘧啶；5-FU)和氟尿苷(氟脱氧尿苷；FudR)。5-FU可以约7.5至约1000mg/m2之间的任何剂量给予受试者。此外，5-FU给药时间表可以是各种时间段，例如最长达六周，或由本公开内容所属领域的普通技术人员确定。

3.靶向治疗

靶向治疗使用靶向癌细胞中存在的特定缺陷的药物。靶向治疗药物通常保留用于治疗在初始治疗后复发的卵巢癌或抵抗其他治疗的癌症。医生可以测试癌细胞以确定哪种靶向治疗最有可能对癌症产生影响。示例性的靶向治疗包括贝伐单抗。其他治疗包括奥拉帕尼(Lynparza)、卢卡帕尼(Rubraca)和尼拉帕尼(Zejula)。

4.放射治疗

在一些实施方案中，另外的治疗或先前的治疗包括辐射，例如电离辐射。如本文所用，“电离辐射”是指包括具有足够能量或可通过核相互作用产生足够能量以产生电离(获得或损失电子)的粒子或光子的辐射。示例性和优选的电离辐射是x辐射。用于向靶组织或细胞传递x辐射的手段是本领域众所周知的。

在一些实施方案中，电离辐射的量大于20Gy，并且以一个剂量给予。在一些实施方案中，电离辐射的量为18Gy并且以三个剂量给予。在一些实施例中，电离辐射的量至少、至多或恰好为2、4、6、8、10、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、18、19、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49或40Gy(或其中可得出的任意范围)。在一些实施方案中，电离辐射以至少、至多或恰好1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个剂量(或其中可得出的任意范围)给予。当以多于一个剂量给予时，该剂量可以间隔约1、4、8、12或24小时或1、2、3、4、5、6、7或8天或1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、12、14或16周或其中可得出的任意范围。

在一些实施方案中，IR的量可以作为IR的总剂量提供，所述总剂量随后以分次剂量给予。例如，在一些实施方案中，总剂量是50Gy，以每次5Gy的10个分次剂量给予。在一些实施方案中，总剂量为50-90Gy，以每次2-3Gy的20-60个分次剂量给予。在一些实施方案中，IR的总剂量为至少、至多或约20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40，41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、125、130、135、140或150(或其中可得出的任意范围)。在一些实施方案中，总剂量以至少、至多或恰好1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、12、14、15、20、25、30、35、40、45或50Gy(或其中可得出的任意范围)的分次剂量给予。在一些实施方案中，给予至少、至多或恰好2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40，41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99或100个分次剂量(或其中可得出的任意范围)。在一些实施方案中，每天给予至少、至多或恰好1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12(或其中可得出的任意范围)个分次剂量。在一些实施方案中，每周给予至少、至多或恰好1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30(或其中可得出的任意范围)个分次剂量。

5.其他治疗

另外的治疗剂包括激素治疗、亮丙瑞林、戈舍瑞林(Zoladex)、他莫昔芬或芳香酶抑制剂。

6.免疫治疗

也可以使用旨在加强人体抵抗癌症的自然防御的免疫治疗。通常，免疫治疗剂依赖于使用免疫效应细胞和分子来靶向和破坏癌细胞。免疫效应物可以是例如对肿瘤细胞表面上的某些标志物具有特异性的抗体。单独的抗体可以充当治疗的效应物，或者可以募集其他细胞来实际实现细胞杀伤。抗体也可以与药物或毒素(化疗剂、放射性核素、蓖麻毒蛋白A链、霍乱毒素、百日咳毒素等)缀合，并且仅充当靶向剂。供选择地，效应物可以是携带表面分子的淋巴细胞，该表面分子与肿瘤细胞靶标直接或间接相互作用。各种效应细胞包括细胞毒性T细胞和NK细胞。免疫治疗方法在下面进一步描述：

a.检查点抑制剂和联合治疗

本公开内容的实施方案可以包括给予免疫检查点抑制剂，其在下面进一步描述。

(i)PD-1、PDL1和PDL2抑制剂

PD-1可以在其中T细胞遇到感染或肿瘤的肿瘤微环境中起作用。活化的T细胞上调PD-1并在外周组织中继续表达PD-1。细胞因子如IFN-γ诱导PDL1在上皮细胞和肿瘤细胞上的表达。PDL2在巨噬细胞和树突细胞上表达。PD-1的主要作用是在免疫应答过程中限制外周效应T细胞的活性并防止其对组织的过度损害。本公开内容的抑制剂可以阻断PD-1的一种或多种功能和/或PDL1活性。

“PD-1”的供选择的名称包括CD279和SLEB2。“PDL1”的供选择的名称包括B7-H1、B7-4、CD274和B7-H。“PDL2”的供选择的名称包括B7-DC、Btdc和CD273。在一些实施方案中，PD-1、PDL1和PDL2是人PD-1、PDL1和PDL2。

在一些实施方案中，PD-1抑制剂是抑制PD-1与其配体结合伴侣结合的分子。在具体方面，PD-1配体结合伴侣是PDL1和/或PDL2。在另一个实施方案中，PDL1抑制剂是抑制PDL1与其结合伴侣结合的分子。在具体方面，PDL1结合伴侣是PD-1和/或B7-1。在另一个实施方案中，PDL2抑制剂是抑制PDL2与其结合伴侣结合的分子。在具体方面，PDL2结合伴侣是PD-1。抑制剂可以是抗体、其抗原结合片段、免疫粘附素、融合蛋白或寡肽。示例性抗体描述于美国专利号8,735,553、8,354,509和8,008,449，将其通过引用并入本文。用于本文提供的方法和组合物中的其他PD-1抑制剂是本领域已知的，例如描述于美国专利申请号US2014/0294898、US2014/022021和US2011/0008369中，将其全部通过引用并入本文。

在一些实施方案中，PD-1抑制剂是抗PD-1抗体(例如，人抗体、人源化抗体或嵌合抗体)。在一些实施方案中，抗PD-1抗体选自纳武单抗、派姆单抗和匹利珠单抗。在一些实施方案中，PD-1抑制剂是免疫粘附素(例如，包含与恒定区(例如，免疫球蛋白序列的Fc区)融合的PDL1或PDL2的细胞外或PD-1结合部分的免疫粘附素。在一些实施方案中，PDL1抑制剂包含AMP-224。纳武单抗，也称为MDX-1106-04、MDX-1106、ONO-4538、BMS-936558和

是WO2006/121168中描述的抗PD-1抗体。派姆单抗，也称为MK-3475、Merck3475、兰博珠单抗、

和SCH-900475，是WO2009/114335中描述的抗PD-1抗体。匹利珠单抗，也称为CT-011、hBAT或hBAT-1，是WO2009/101611中描述的抗PD-1抗体。AMP-224，也称为B7-DCIg，是WO2010/027827和WO2011/066342中描述的PDL2-Fc融合可溶性受体。另外的PD-1抑制剂包括MEDI0680，也称为AMP-514和REGN2810。

在一些实施方案中，免疫检查点抑制剂是PDL1抑制剂，例如度伐单抗，也称为MEDI4736，阿特珠单抗，也称为MPDL3280A，阿维单抗，也称为MSB00010118C、MDX-1105、BMS-936559或其组合。在某些方面，免疫检查点抑制剂是PDL2抑制剂，例如rHIgM12B7。

在一些实施方案中，抑制剂包含纳武单抗、派姆单抗或匹利珠单抗的重链和轻链CDR或VR。因此，在一个实施方案中，抑制剂包含纳武单抗、派姆单抗或匹利珠单抗的VH区的CDR1、CDR2和CDR3结构域，以及纳武单抗、派姆单抗或匹利珠单抗的VL区的CDR1、CDR2和CDR3结构域。在另一个实施方案中，抗体竞争用于与PD-1、PDL1或PDL2上与上述抗体相同的表位结合和/或结合于PD-1、PDL1或PDL2上与上述抗体相同的表位。在另一个实施方案中，该抗体与上述抗体具有至少约70、75、80、85、90、95、97或99％(或其中可得出的任意范围)的可变区氨基酸序列同一性。

(i)CTLA-4、B7-1和B7-2

在本文提供的方法中可以靶向的另一个免疫检查点是细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4(CTLA-4)，也称为CD152。人CTLA-4的完整cDNA序列的Genbank登录号为L15006。CTLA-4存在于T细胞表面，当与抗原呈递细胞表面的B7-1(CD80)或B7-2(CD86)结合时，充当“关闭”开关。CTLA4是免疫球蛋白超家族的成员，该家族在辅助T细胞的表面表达并向T细胞传递抑制信号。CTLA4与T细胞共刺激蛋白CD28相似，并且两个分子均与抗原呈递细胞上的B7-1和B7-2结合。CTLA-4向T细胞传递抑制信号，而CD28则传递刺激信号。细胞内CTLA-4也存在于调节T细胞中，并且可能对其功能很重要。通过T细胞受体和CD28的T细胞活化导致CTLA-4(B7分子的抑制受体)表达增加。本公开内容的抑制剂可以阻断CTLA-4的一种或多种功能、B7-1和/或B7-2的活性。在一些实施方案中，抑制剂阻断CTLA-4和B7-1相互作用。在一些实施方案中，抑制剂阻断CTLA-4和B7-2相互作用。

在一些实施方案中，免疫检查点抑制剂是抗CTLA-4抗体(例如人抗体、人源化抗体或嵌合抗体)，其抗原结合片段，免疫粘附素，融合蛋白或寡肽。

适用于本发明方法的抗人CTLA-4抗体(或源自其的VH和/或VL结构域)可以使用本领域众所周知的方法产生。供选择地，可以使用本领域公知的抗CTLA-4抗体。例如，公开于以下的抗CTLA-4抗体可以用于本文公开的方法中：US 8,119,129、WO 01/14424、WO 98/42752；WO 00/37504(CP675，206，也称为替西木单抗(tremelimumab)；以前称为替西木单抗(ticilimumab))，美国专利号6,207,156；和Hurwitz等，1998。每个前述出版物的教导通过引用并入本文。也可以使用与这些本领域公知的与CTLA-4结合的抗体的任一种竞争的抗体。例如，在国际专利申请号WO2001/014424、WO2000/037504和美国专利号8,017，114中描述了人源化CTLA-4抗体；将其全部通过引用并入本文。

在本公开内容的方法和组合物中用作检查点抑制剂的另一种抗CTLA-4抗体是伊匹单抗(也称为10D1、MDX-010、MDX-101和

)或其抗原结合片段和变体(参见，例如WO0 1/14424)。

在一些实施方案中，抑制剂包含替西木单抗或伊匹单抗的重链和轻链CDR或VR。因此，在一个实施方案中，抑制剂包含替西木单抗或伊匹单抗的VH区的CDR1、CDR2和CDR3结构域，以及替西木单抗或伊匹单抗的VL区的CDR1、CDR2和CDR3结构域。在另一个实施方案中，抗体竞争用于与在PD-1、B7-1或B7-2上与上述抗体相同的表位结合和/或结合于PD-1、B7-1或B7-2上与上述抗体相同的表位。在另一个实施方案中，所述抗体与上述抗体具有至少约70、75、80、85、90、95、97或99％(或其中可得出的任意范围)的可变区氨基酸序列同一性。

b.共刺激分子的抑制

在一些实施方案中，免疫治疗包含共刺激分子的抑制剂。在一些实施方案中，所述抑制剂包括B7-1(CD80)、B7-2(CD86)、CD28、ICOS、OX40(TNFRSF4)、4-1BB(CD137；TNFRSF9)、CD40L(CD40LG)、GITR(TNFRSF18)的抑制剂及其组合。抑制剂包括抑制性抗体、多肽、化合物和核酸。

c.树突细胞治疗

树突细胞治疗通过使树突细胞将肿瘤抗原呈递给淋巴细胞从而激活淋巴细胞，引发它们杀死呈递抗原的其他细胞，来激发抗肿瘤反应。树突细胞是哺乳动物免疫系统中的抗原呈递细胞(APC)。在癌症治疗中，它们有助于靶向癌症抗原。基于树突细胞的细胞癌症治疗的一个实例是sipuleucel-T。

诱导树突细胞呈递肿瘤抗原的一种方法是通过用自体肿瘤裂解物或短肽(对应于癌细胞上蛋白质抗原的蛋白质的小部分)进行疫苗接种。这些肽通常与佐剂(高度免疫原性物质)组合使用，以增加免疫和抗肿瘤反应。其他佐剂包括吸引和/或激活树突细胞的蛋白质或其他化学物质，例如粒细胞巨噬细胞集落刺激因子(GM-CSF)。

树突细胞还可以通过使肿瘤细胞表达GM-CSF而在体内被激活。这可以通过基因工程改造肿瘤细胞以产生GM-CSF或通过用表达GM-CSF的溶瘤病毒感染肿瘤细胞来实现。

另一种策略是从患者的血液中去除树突细胞并在体外激活它们。树突细胞在肿瘤抗原的存在下被激活，肿瘤抗原可以是单个肿瘤特异性肽/蛋白质或肿瘤细胞裂解物(破碎的肿瘤细胞的溶液)。这些细胞(与任选的佐剂一起)被注入并引起免疫应答。

树突细胞治疗包括使用与树突细胞表面上的受体结合的抗体。可以将抗原添加到抗体中，并可以诱导树突细胞成熟并为肿瘤提供免疫力。树突细胞受体，如TLR3、TLR7、TLR8或CD40已用作抗体靶标。

d.CAR-T细胞治疗

嵌合抗原受体(CAR，也称为嵌合免疫受体、嵌合T细胞受体或人工T细胞受体)是工程改造的受体，其将新的特异性与免疫细胞结合在一起以靶向癌细胞。通常，这些受体将单克隆抗体的特异性移植到T细胞上。受体称为嵌合受体的原因是因为它们融合了来自不同来源的部分。CAR-T细胞治疗是指将这种转化细胞用于癌症治疗的治疗。

CAR-T细胞设计的基本原理涉及结合了抗原结合功能和T细胞活化功能的重组受体。CAR-T细胞的一般前提是人工生成靶向存在于癌细胞上的标志物的T细胞。科学家可以将T细胞从人中移出，对其进行基因改造，然后将其放回患者体内，以使其攻击癌细胞。一旦T细胞被改造成CAR-T细胞，它就可以充当“活的药物”。CAR-T细胞在细胞外配体识别结构域与细胞内信号传导分子之间建立链接，从而激活T细胞。细胞外配体识别结构域通常是单链可变片段(scFv)。CAR-T细胞治疗安全性的重要方面是如何确保仅靶向癌肿瘤细胞，而不靶向正常细胞。由所靶向分子的选择确定CAR-T细胞的特异性。

示例性的CAR-T治疗包括Tisagenlecleucel(Kymriah)和Axicabtageneciloleucel(Yescarta)。在一些实施方案中，CAR-T治疗靶向CD19。

e.细胞因子治疗

细胞因子是由肿瘤内存在的许多类型的细胞产生的蛋白质。它们可以调节免疫应答。肿瘤通常利用它们来使其生长并减少免疫应答。这些免疫调节作用使它们可用作引发免疫应答的药物。两种常用的细胞因子是干扰素和白介素。

干扰素是由免疫系统产生的。它们通常参与抗病毒反应，但也可用于治疗癌症。它们分为三类：I型(IFNα和IFNβ)、II型(IFNγ)和III型(IFNλ)。

白介素具有多种免疫系统作用。IL-2是示例性白介素细胞因子治疗。

f.过继T细胞治疗

过继T细胞治疗是通过输注T细胞(过继细胞转移)进行的被动免疫形式。它们存在于血液和组织中，通常在它们发现外来病原体时会激活。具体地，当T细胞的表面受体遇到在其表面抗原上展示部分外源蛋白的细胞时，它们就会激活。这些可以是被感染的细胞或抗原呈递细胞(APC)。它们存在于正常组织和肿瘤组织中，在那里它们被称为肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)。它们被呈递肿瘤抗原的APC如树突细胞的存在激活。尽管这些细胞可以攻击肿瘤，但肿瘤内的环境具有高度的免疫抑制作用，可以防止免疫介导的肿瘤死亡。[60]

已经开发了产生和获得肿瘤靶向T细胞的多种方法。可以从肿瘤样品(TIL)中移出或从血液中过滤对肿瘤抗原具有特异性的T细胞。随后离体进行活化和培养，将所得物重新输注。可以通过基因治疗或将T细胞暴露于肿瘤抗原中进行激活。

在一些实施方案中，本文描述的治疗排除在本公开内容的方法和/或组合物中。此外，本公开内容的实施方案包括先前已经接受过本文所述的治疗，当前正在接受本文所述的治疗或尚未接受本文所述的治疗的患者。在一些实施方案中，所述患者是已经确定对本文所述的治疗有抗性的患者。在一些实施方案中，所述患者是已经确定对本文所述的治疗敏感的患者。

C.监测

本公开内容的方法可以包括术前或术后测试和检查以监测卵巢。监测方法可以包括骨盆检查，超声或CT扫描等影像学检查，或检查器官功能和整体健康状况的腹部和骨盆和血液测试。此外，可以在本公开内容的方法中测试卵巢癌标志物例如CA125。还可以预期，本公开内容的方法可以包括一种或多种监测技术。某些实施方案排除了测试患者的CA125水平。

D.ROC分析

在统计学中，接收者操作特征(ROC)或ROC曲线是说明随着二进制分类系统的鉴别阈值变化时的二进制分类系统性能的图表。通过绘制各种阈值设置下的真阳性率相对于假阳性率来创建曲线。(真阳性率在生物医学信息学中也称为灵敏度，或在机器学习中称为查全率。假阳性率也称为误警率，可以计算为1-特异性)。因此，ROC曲线是灵敏度作为误警率的函数。通常，如果已知用于检测和错误警报的概率分布，则可以通过绘制y轴上的检测概率的累积分布函数(从负无穷到正无穷的概率分布下的面积)相对于x轴上的错误警报概率的累积分布函数，来生成ROC曲线。

ROC分析提供了独立于成本背景或类别分布(并且在具体化之前)选择可能的最优模型并且舍弃次优模型的工具。ROC分析以直接且自然的方式与诊断决策的成本/收益分析相关。

ROC曲线是第二次世界大战期间由电气工程师和雷达工程师首先开发的，用于检测战场上的敌对目标，并很快被引入心理学领域以解释刺激的感知检测。从那时以来，ROC分析已在医学、放射学、生物统计学和其他领域中使用了数十年，并且越来越多地用于机器学习和数据挖掘研究中。

ROC也被称为相对操作特征曲线，因为它是两个操作特征(TPR和FPR)随着标准改变的比较。ROC分析曲线在本领域中是已知的，并且描述于Metz CE(1978)Basicprinciples of ROC analysis.Seminars in Nuclear Medicine 8：283-298；Youden WJ(1950)An index for rating diagnostic tests.Cancer 3：32-35；Zweig MH，Campbell G(1993)Receiver-operating characteristic(ROC)plots：a fundamental evaluationtool in clinical medicine.Clinical Chemistry 39：561-577；和Greiner M，PfeifferD，Smith RD(2000)Principles and practical application of the receiver-operating characteristic analysis for diagnostic tests.Preventive VeterinaryMedicine 45：23-41，在此将其全文引入作为参考。ROC分析可用于创建预测和/或诊断目的的截止值。

IV.样品制备

在某些方面，方法涉及从受试者获得样品。本文提供的获得方法可以包括活检方法，例如细针穿刺、芯针活检、真空辅助活检、切开活检，切除活检、钻取活检、刮取活检或皮肤活检。在某些实施方案中，通过前述任何活检方法从食道组织的活检中获得样品。在其他实施方式中，样品可以从本文提供的任何组织中获得，所述组织包括但不限于非癌或癌组织和来自以下的非癌或癌组织：血清、胆囊、粘膜、皮肤、心脏、肺、乳腺、胰腺、血液、肝脏、肌肉、肾脏、平滑肌、膀胱、结肠、肠、脑、前列腺、食道或甲状腺组织。供选择地，样品可以从任何其他来源获得，包括但不限于血液、汗液、毛囊、颊组织、眼泪、月经、粪便或唾液。在当前方法的某些方面，任何医学专业人员，例如医生、护士或医学技术人员，都可以获得生物样品进行测试。更进一步，可以在没有医疗专业人员帮助的情况下获得生物样品。

样品可以包括但不限于组织、细胞或来自细胞或源自受试者细胞的生物材料。生物样品可以是细胞的异质或同质群体或组织。可以使用本领域已知的任何方法获得生物样品，该方法可以提供适用于本文所述的分析方法的样品。样品可以通过非侵入性方法获得，包括但不限于：刮擦皮肤或宫颈，擦拭脸颊，收集唾液，收集尿液，收集粪便，收集月经、眼泪或精液。

样品可以通过本领域已知的方法获得。在某些实施方案中，样品通过活检获得。在其他实施方案中，样品通过擦拭、内窥镜检查、刮擦、静脉切开术或本领域已知的任何其他方法获得。在某些情况下，可以使用本方法的试剂盒的组分来获得、储存或运输样品。在一些情况下，可以通过本文描述的方法获得多个样品，例如多个食道样品，以用于诊断。在其他情况下，可以通过该方法获得多个样品，例如来自一种组织类型(例如食道)的一个或多个样品和来自另一种样本(例如血清)的一个或多个样品，以用于诊断。在某些情况下，可以在相同或不同的时间获得多个样品，例如来自一种组织类型(例如，食道)的一个或多个样品和来自另一种样本(例如，血清)的一个或多个样品。可以通过不同方法存储和/或分析在不同时间获得的样品。例如，可以通过常规染色方法或任何其他细胞学分析方法获得并分析样品。

在一些实施方案中，生物样品可以由医师、护士或其他医学专业人员例如医学技术人员、内分泌学医师、细胞学家、抽血技师、放射学医师或胸腔科医生获得。医学专业人员可以指定要对样品进行的适当测试或分析。在某些方面，绘制分子谱的企业可以咨询哪些分析或测试是最适合指定的。在当前方法的其他方面，患者或受试者可以在没有医学专业人员协助的情况下获得用于测试的生物样品，例如获得全血样品、尿液样品、粪便样品、颊样品或唾液样品。

在其他情况下，通过侵入性过程获得样品，所述侵入性过程包括但不限于：活检、针抽吸、内窥镜检查或静脉切开术。针抽吸的方法可以进一步包括细针抽吸、芯针活检、真空辅助活检或大芯活检。在一些实施方案中，可以通过本文的方法获得多个样品以确保足够量的生物材料。

用于获得生物样品的通用方法也是本领域已知的。诸如Ramzy，Ibrahim ClinicalCytopathology and Aspiration Biopsy 2001的出版物描述了用于活组织检查和细胞学方法的一般方法，将其全文引入本文作为参考。在一个实施方案中，样品是食道或疑似食道肿瘤或赘生物的细针抽吸物。在一些情况下，可以通过使用超声、X射线或其他成像设备来指导细针抽吸采样过程。

在本方法的一些实施方案中，绘制分子谱的企业可以直接从受试者、医学专业人员、第三方或绘制分子谱的企业或第三方提供的试剂盒中获得生物样品。在一些情况下，可以在受试者、医学专业人员或第三方获得生物样品并将其送到绘制分子谱的企业后，由绘制分子谱的企业获取生物样品。在一些情况下，绘制分子谱的企业可以提供用于将生物样品存储并运输到绘制分子谱的企业的合适的容器和赋形剂。

在本文描述的方法的一些实施方案中，医学专业人员不需要参与初始诊断或样品采集。个人可以供选择地通过使用非处方(OTC)试剂盒获得样品。OTC试剂盒可以包含用于获得本文所述样品的装置，用于存储所述样品以进行检查的装置，和正确使用该试剂盒的说明。在一些情况下，购买试剂盒的价格中包含了绘制分子谱服务。在其他情况下，绘制分子谱服务需单独收费。适合被绘制分子谱的企业使用的样品可以是包含待测试的个体的组织、细胞、核酸、基因、基因片段、表达产物、基因表达产物或基因表达产物片段的任何材料。提供了确定样品适合性和/或适当性的方法。

在一些实施方案中，可以将受试者委托给专科医生，例如肿瘤科医生、外科医生或内分泌科医生。专科医生同样可以获得生物样品进行测试，或将个人委托给测试中心或实验室以提交生物样品。在一些情况下，医学专业人员可以将受试者委托至测试中心或实验室以提交生物样品。在其他情况下，受试者可以提供样品。在一些情况下，绘制分子谱的企业可以获得样品。

V.评价生物标志物的水平

在某些方面，可以进行表达或活性的元分析。在统计学中，元分析结合了针对一组相关研究假设的几项研究的结果。这通常是通过确定效应量的通用量度来完成的，该量度使用元回归形式进行建模。通常，在元分析的文献中可以区分三种类型的模型：简单回归、固定效应元回归和随机效应元回归。当控制研究特征时，得到的总体平均值可被视为元效应量，与在给定的单一组假设和条件下进行的单项研究得到的那些相比，它们是真实效应量的更有效的估算值。在该上下文中，元基因表达值应理解为生物标记基因或活性的归一化表达的中值。生物标记基因表达的归一化优选地通过将要归一化的单个标记基因的表达水平除以该标记基因的相应的单个中值表达来实现，其中所述中值表达优选地由足够大的测试个体的群组中的相应基因的多次测量来计算。测试群组优选包括至少3、10、100、200、1000个或更多个体，包括其所有值和范围。可以消除或最小化特定于数据集的偏差，从而允许将多个数据集组合进行元分析(请参阅Sims等，BMC Medical Genomics(1：42)，1-14，2008，通过引用将其全部内容并入本文)。

通过以下方式进行元基因表达值的计算：(i)确定至少两个，优选更多个基因的基因表达值，(ii)通过将表达值除以近似为代表性乳腺癌群组中各基因的中值表达值的系数，“归一化”每个单个基因的基因表达值，(iii)计算归一化基因表达值的组的中值。

如果基因在细胞类型中的表达水平比参考细胞类型或参考细胞类型的混合物中的表达水平高至少约2倍、5倍、10倍、100倍、1000倍或10000倍(或其中可得出的任何范围)，则应理解该基因在特定细胞类型中特异性表达。参考细胞类型包括非癌性组织细胞或异质性癌症群体。

在某些算法中，首先为标记基因确定合适的阈值水平。合适的阈值水平可以通过来自测试群组的多个个体中的标记基因表达的测量来确定。在所述多次表达测量中标记基因的中位表达被认为是合适的阈值。

具有阈值水平的多个标记基因的比较可以如下进行：1.将单个标记基因与其相应的阈值水平进行比较。2.确定表达水平高于其相应的阈值水平的标记基因的数量。3.如果标记基因表达高于其相应的阈值水平，则将标记基因的表达水平视为“高于阈值水平”。

一些实施方案包括确定测量的表达水平高于参考表达水平的预定量、低于参考表达水平的预定量，相对于参考表达水平的预定量升高，相对于参考表达水平的预定量降低，等于参考表达水平的预定量，或在参考表达水平的预定量内。在一些实施方案中，较高、较低、升高或降低的表达水平为与参考水平相差至少1、1.5、2、2.5、3、3.5、4、4.5、5、5.5、6、7、8、9、10、12、14、16、18、20、50、100、150、200、250、500或1000倍(或其中可得出的任意范围)或至少10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、200、300、400、500、600、700、800或900％或其中可得出的任意范围。这些值可以代表预定的阈值水平，并且一些实施方案包括确定测量的表达水平是比参考水平高的预定量还是低的预定量。在一些实施方案中，表达水平可以被限定为“低”或“高”，这表示患者以相对于参考水平的水平或具有由多个满足特定标准的样品确定的一系列参考水平的水平表达某种基因或miRNA。多个对照样品中的水平或水平范围就是这样的实例。在一些实施方案中，该特定水平或预定阈值处于、低于或高于1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100％或其中可得出的任意范围。此外，阈值水平可以从满足特定标准的个体群组中得出。群组中的数量可以是、至少或至多10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、260、270、280、290、300、310、320、330、340、350、360、370、380、390、400、410、420、430、440、441、450、460、470、480、490、500、510、520、530、540、550、560、570、580、590、600、700、800、900、1000、1100、1200、1300、1400、1500、1600、1700、1800、1900、2000或更多(或其中可得出的任意范围)。如果测量的表达水平在参考表达水平的一定量内，则可以认为该测量的表达水平等于参考表达水平，并且该量可以是预定量。例如，当使用分类器来确定转移的分子亚型时，可能就是这种情况。预定量可以处于参考水平的0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9、1.0、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、35、40、45或50％或其中可得出的任意范围内。

对于基因或miRNA表达水平与平均表达水平或参考表达水平的任何比较，将在逐个基因和逐个miRNA的基础上进行比较。例如，如果测量了患者癌性样品中的基因A、基因B和miRNA X的表达水平，则其与患者群组的癌性样品中的平均表达水平的比较将涉及：将患者的癌性样品中基因A的表达水平与患者群组的癌性样品中基因A的平均表达水平进行比较，将患者的样品中基因B的表达水平与患者群组的样品中基因B的平均表达水平进行比较，和将患者转移瘤中miRNA X的表达水平与患者群组的癌性样品中miRNA X的平均表达水平进行比较。类似地，涉及确定患者样品中测量的表达水平是否在平均表达水平或参考表达水平的预定量之内的比较在逐个基因和逐个miRNA的基础上进行。

VI.核酸分析

所述方法的方面包括分析核酸以确定表达水平。阵列可用于检测两个样品之间的差异。特别考虑的应用包括确定和/或定量来自正常样品的miRNA与来自非正常样品的miRNA之间的差异，癌性病症与非癌性病症之间的差异或两种不同处理的样品之间的差异。此外，可以在被认为易患特定疾病或病症的样品与被认为不易患该疾病或病症或对其有抗性的样品之间比较miRNA。不正常的样品是表现出疾病或病症的(多种)表型特征的样品，或被认为就该疾病或病症而言不正常的样品。可以将其与就该疾病或病症而言正常的细胞进行比较。表型特征包括某种疾病或病症的症状或对其的易感性，该疾病或病症的成分是或可能是遗传的或可能不是遗传的，或由过度增殖或赘生性细胞或多个过度增殖或赘生性细胞引起的。

阵列包括固体支持物，核酸探针附接到所述支持物。阵列通常包含多个不同的核酸探针，其在不同的已知位置与基底表面偶联。这些阵列，也称为“微阵列”或俗称“芯片”，已在本领域中被普遍描述，例如，第5,143,854号、第5,445,934号、第5,744,305号、第5,677,195号、第6,040,193号、第5,424,186号美国专利和Fodor等人，1991，出于所有目的将其每一篇通过引用整体并入。使用机械合成方法合成这些阵列的技术在例如第5,384,261号美国专利中描述，出于所有目的将其通过引用整体并入本文。尽管在某些方面中使用了平面的阵列表面，但是该阵列可以在几乎任何形状的表面甚至是多重表面上被制造。阵列可以是在珠、凝胶、聚合物表面、诸如光纤的纤维、玻璃或任何其他合适的基材上的核酸，参见第5,770,358号、第5,789,162号、第5,708,153号、第6,040,193号和第5,800,992号美国专利，出于所有目的将其整体并入本文。

除了使用阵列和微阵列之外，可以预期的是，可以采用许多差异分析来分析miRNA、其活性及其作用。这样的分析包括但不限于核酸扩增、聚合酶链反应、定量PCR、RT-PCR、原位杂交、Northern杂交、杂交保护分析(HPA)(GenProbe)、分支DNA(bDNA)分析(Chiron)、滚环扩增(RCA)、单分子杂交检测(US Genomics)、Invader分析(ThirdWaveTechnologies)和/或桥连接分析(Genaco)。

VII.治疗组合物的给予

本文提供的治疗可以包括给予治疗剂的组合，例如第一癌症治疗和第二癌症治疗。可以以本领域已知的任何合适的方式给予治疗。例如，第一和第二癌症治疗可以顺序地(在不同的时间)或同时地(在相同的时间)给予。在一些实施方案中，第一和第二癌症治疗在分开的组合物中给予。在一些实施方案中，第一和第二癌症治疗在相同的组合物中。

本公开内容的实施方案涉及包含治疗组合物的组合物和方法。可以以一种组合物或以多于一种组合物(例如2种组合物、3种组合物或4种组合物)给予不同治疗。可以采用药剂的各种组合，例如，第一癌症治疗是“A”，第二癌症治疗是“B”：

A/B/A B/A/B B/B/A A/A/B A/B/B B/A/A A/B/B/B B/A/B/B B/B/B/A B/B/A/BA/A/B/B A/B/A/B A/B/B/A B/B/A/A B/A/B/A B/A/A/B A/A/A/B B/A/A/A A/B/A/A A/A/B/A

本公开内容的治疗剂可以通过相同的给予途径或通过不同的给予途径来给予。在一些实施方案中，静脉内、肌内、皮下、局部、口服、经皮、腹膜内、眼眶内、通过植入、通过吸入、鞘内、心室内或鼻内给予癌症治疗。在一些实施方案中，静脉内、肌内、皮下、局部、口服、经皮、腹膜内、眼眶内、通过植入、通过吸入、鞘内、心室内或鼻内给予抗生素。可以基于要治疗的疾病的类型，疾病的严重程度和病程，个体的临床状况，个体的临床病史和对治疗的反应以及主治医师的判断来确定适宜的剂量。

治疗可以包括各种“单位剂量”。单位剂量定义为包含预定量的治疗组合物。所给予的量以及具体的途径和制剂在临床领域的技术人员的决定范围内。单位剂量不必作为单次注射给予，而是可以包括在设定的时间段内连续输注。在一些实施方案中，单位剂量包括单次可给予剂量。

根据治疗次数和单位剂量的给予量取决于期望的治疗效果。有效剂量应理解为是指实现特定效果所需的量。在某些实施方案中的实践中，预期10mg/kg至200mg/kg范围内的剂量可以影响这些药剂的保护能力。因此，预期剂量包括约0.1、0.5、1、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、100、105、110、115、120、125、130、135、140、145、150、155、160、165、170、175、180、185、190、195和200、300、400、500、1000μg/kg、mg/kg、μg/天或mg/天的剂量或其中可得到的任何范围。此外，这样的剂量可以在一天内和/或在数天、数周或数月内多次给予。

在某些实施方案中，药物组合物的有效剂量是可以提供约1μM至150μM的血液水平的剂量。在另一个实施方案中，有效剂量提供约4μM至100μM；或约1μM至100μM；或约1μM至50μM；或约1μM至40μM；或约1μM至30μM；或约1μM至20μM；或约1μM至10μM；或约10μM至150μM；或约10μM至100μM；或约10μM至50μM；或约25μM至150μM；或约25μM至100μM；或约25μM至50μM；或约50μM至150μM；或约50μM至100μM(或其中可得到的任何范围)的血液水平。在其他实施方案中，该剂量可以提供由于给予受试者治疗剂而产生的药剂的以下的血液水平：约、至少约或至多约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99或100μM或其中可得到的任何范围。在某些实施方案中，给予受试者的治疗剂在体内被代谢为代谢的治疗剂，在这种情况下，血液水平可以指该药剂的量。供选择地，在治疗剂不被受试者代谢的情况下，本文讨论的血液水平可以指未代谢的治疗剂。

治疗组合物的精确量还取决于从业者的判断，并且对于每个个体是独特的。影响剂量的因素包括患者的身体和临床状态，给药途径，预期的治疗目标(缓解症状与治愈)以及受试者可能正在接受的特定治疗物质或其他治疗的效力、稳定性和毒性。

本领域技术人员将理解并意识到，可以将μg/kg或mg/kg体重的剂量单位转换并以μg/ml或mM(血液水平)的类似浓度单位表示，例如4μM至100μM。还应理解，摄取是依赖物种和器官/组织的。与摄取和浓度测量有关的适用的转换因子和生理假设是众所周知的，并且将允许本领域技术人员将一种浓度测量转换为另一种浓度测量，并对本文所述的剂量、功效和结果做出合理的比较和推论。

VIII.试剂盒

本发明的某些方面还涉及包含本发明的组合物或用于实施本发明的方法的组合物的试剂盒。在一些实施方案中，试剂盒可用于评价一种或多种miRNA分子。在某些实施方案中，试剂盒含有、含有至少或含有至多1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、100、500、1,000种或更多种探针、合成分子或抑制剂，或其中可得出的任何值或范围和组合。在一些实施方案中，存在用于评价细胞中生物标志物活性的试剂盒。

试剂盒可以包含可单独包装或放置在容器中的组件，所述容器例如管、瓶、小瓶、注射器或其他合适的容器装置。

单独的组分也可以浓缩的形式在试剂盒中提供；在一些实施方案中，以与其他组分在溶液中的浓度相同的浓度单独提供组分。组分的浓度可以提供为1x、2x、5x、10x或20x或更大。

作为本公开的部分，包括了用于将本公开内容的探针、合成核酸、非合成核酸和/或抑制剂用于预测或诊断应用的试剂盒。特别考虑的是与本文确定的任何生物标志物相对应的任何这样的分子。

在某些方面，某些试剂盒实施方案中包括阴性和/或阳性对照核酸、探针和抑制剂。对照分子可用于验证转染效率和/或控制细胞中转染诱导的变化。

预期的是，可以就本文描述的任何其他方法或组合物而言来实施本文描述的任何方法或组合物，并且可以组合不同的实施方案。最初提交的权利要求书预期涵盖多项引用任何提交的权利要求或提交的权利要求的组合的权利要求。

预期的是，涉及特定生物标志物的本发明的任何实施方案也涵盖涉及其序列与指定的miRNA的成熟序列至少80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99％相同的生物标志物的实施方案。

本公开内容的实施方案包括用于通过评估样品的生物标志物谱来分析病理学样品的试剂盒，所述试剂盒包含在合适的容器装置中的两种或更多种生物标志物探针，其中所述生物标志物探针检测本文确定的一种或多种生物标志物。试剂盒还可以包含用于标记样品中的核酸的试剂。该试剂盒还可以包含标记试剂，所述标记试剂包括胺修饰的核苷酸、聚(A)聚合酶和聚(A)聚合酶缓冲液中的至少一种。标记试剂可以包含胺反应性染料。

IX.实施例

包括以下实施例以说明本发明的优选实施方案。本领域技术人员应该理解，以下实施例中公开的技术代表了发明人发现的在本发明的实践中起到良好作用的技术，因此可以被视为构成其实践的优选方式。然而，本领域技术人员根据本公开内容应当理解，在不背离本发明的精神和范围的情况下，可以在所公开的具体实施方案中进行许多改变，并且仍可获得类似或相似的结果。

实施例1 OCaMIR针对卵巢癌的非侵入性早期诊断测试：多群组回顾性和前瞻性分析

由于缺乏有效的筛选工具和早期检测生物标志物，卵巢癌(OC)仍然是在其他妇科癌症中死亡率最高的致命疾病。到目前为止，还没有尝试使用早期OC患者发现生物标志物。微小RNA(miRNA)被公认为是开发包括卵巢癌在内的各种癌症中非侵入性生物标志物的重要工具。

本发明人已经对从I期OC(n＝31)收集的新鲜冷冻原发组织样品进行了小RNA测序，并确定了一组八个miRNA(OCaMIR)，用于使用limma的OC的早期检测。随后，在来自TCGA(癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas))的543个组织样品中以及来自GSE65819组织群组的n＝87中对OCaMIR进行了独立验证。另外，通过采用基于多元逻辑回归的训练模型，发明人在四个回顾性血清群组(GSE106817，n＝640；GSE31568，n＝85；GSE113486，n＝140；捷克共和国群组，n＝182)和一个前瞻性血清群组(N＝131，华西群组)中独立验证了OCaMIR。使用基于Taqman的RT-PCR分析进行捷克共和国和华西群组的OCaMIR分析。此外，通过分析n＝384个GSE31568群组的其他癌症/疾病血清样品来测试OCaMIR的特异性。通过绘制具有1000次交叉验证的ROC曲线来确定OCaMIR的诊断准确性。使用马尔可夫模型进行OCaMIR高风险人群筛查的成本效益分析。

OCaMIR在组织发现群组中对于检测I期OC的AUC为0.88，在TCGA中对于I期的AUC为0.90，对于所有分期的AUC为0.99，在GSE65819独立组织验证群组中为0.98。在回顾性血清验证群组中，基于逻辑回归的OCaMIR训练和验证的AUC为0.86(GSE106817)、0.84(GSE31568)、0.87(GSE113486)和0.91(捷克共和国群组)。令人兴奋的是，OCaMIR的前瞻性验证在华西群组中的AUC为0.92。此外，OCaMIR的性能优于CA125，并且对OC检测具有高度特异性。相对于目前不进行筛查的实践，使用发明人的miRNA标志进行大规模筛查具有成本效益[ICER＝CNY 5139.4/QALY]。

在跨越不同种族背景的多个独立群组中，OCaMIR在组织和血清水平上检测OC方面显示出优异的精度，从而为OC的早期检测和群体筛选提供了优异的工具。在独立实验室中使用基于RT-PCR的分析得出的令人兴奋的前瞻性验证结果突出了该分析法在临床上的适用性。OCaMIR在I期OC检测中的性能、超越CA125的优越性、高OC特异性以及对筛选具有成本效益，使得该分析法从先前确定的生物标记物中脱颖而出。

A.患者和方法

1.临床样品

对于最初的组织发现阶段，发明人已经从Asterand生物库获得了总共22个新冷冻的I期高级浆液性上皮性卵巢癌样本和9个相邻的正常输卵管组织。根据FIGO(国际妇产科联合会(The International Federation of Gynecology and Obstetrics))标准对肿瘤进行分期，并且由病理专家检查所有病理数据。包含的所有组织样品均具有大于70％的肿瘤细胞结构。对于独立的组织验证，发明人使用了TCGA以及GSE65819[26]公共群组，分别从Broad GDAC Firehose和基因表达综合数据库(GEO)下载其3级或预处理的miRNA表达值和临床数据。对于独立的血清验证，发明人已经使用了三个先前公开的血清群组以及两个国际独立的外部回顾性和前瞻性验证群组。公共群组包括GSE106817[13]、GSE113486[27]和GSE31568[28]，从GEO下载其预处理的miRNA表达值以及临床数据。回顾性血清群组收集自捷克共和国布尔诺市马萨里克大学医学院马萨里克纪念癌症研究所综合癌症护理系(Department of Comprehensive Cancer Care，Masaryk Memorial Cancer Institute，Faculty of Medicine，Masaryk University，Brno，Czech Republic)，并在干冰上寄送给我们用于基于RT-PCR的验证。在OC的治疗前和初次诊断时收集所有样品。除临床和流行病学数据外，发明人还接收到在马萨里克纪念癌症研究所测试的CA125水平。从筛查群体中收集了马萨里克纪念癌症研究所的健康样本，并确认没有潜在的疾病或癌症。用新的诊断以及在手术前按照标准操作程序从患者中收集前瞻性血清样品，并在华西医院通过RT-PCR分析miRNA表达。从每位患者获得书面知情同意，并且所有参与中心的机构审查委员会均批准了该研究。表1所列出了本研究中使用的所有患者群组的临床数据。在本研究中，发明人总共分析了661种组织样本和1142种血清样本。发明人的研究遵照针对个体预测或诊断(TRIPOD)指南的多变量预测模型的透明报告[29]，并且该文件以及详细信息作为补充方法文件1提供。

2.组织RNA分离和小RNA测序

使用AllPrep DNA/RNA/miRNA通用试剂盒根据制造商的建议(Qiagen，USA)从新冷冻的OC组织中分离总RNA。简而言之，使用针对Truseq小RNA试剂盒(Illumina)的改良方案进行来自组织的miRNA的NGS文库构建，总RNA输入最多为200ng。使用高灵敏度DNA试剂盒(Agilent)评估各文库的质量。使用Pippin HT仪器(Sage Science)通过凝胶电泳单独选择文库的大小(约148nt)。使用高灵敏度DNA试剂盒(Agilent)评估尺寸选择的效率。将文库等摩尔合并，并使用通用型KAPA文库定量试剂盒(KAPA Biosystems)通过qPCR对合并的文库进行定量，然后以每种样品平均1000万次读取使用单端35个碱基的读取长度在IlluminaHighSeq 2500上进行测序。为了进行预处理，通过Cutadapt软件去除了Illumina小RNA序列3′的接头。修剪后，所有序列均包含高质量得分，且峰集中在22nt，代表微小RNA。将干净的读数与hg38比对，并用“microRNA.subset.of.GENCODE.V24.gtf”注释。使用STAR比对工具完成读取的映射并获得miRNA的计数。通过limma[30](微阵列的线性模型和RNA-Seq数据包)进行了差异miRNA表达分析。可通过基因表达综合(GEO)数据库(www.ncbi.nlm.nih.gov/geo登录号GSEXXXX)将原始测序数据作为fastq文件进行访问。

3.用于独立的回顾性和前瞻性验证的血清miRNA分离和qRT-PCR

使用miRNeasy血清试剂盒(Qiagen，Valencia，CA)根据制造商的说明书从200ul血清样本中提取富集非编码小RNA的RNA。为了在RNA分离过程中使样品间的差异归一化，将合成的秀丽隐杆线虫(C.elegans)miRNA(cel-miR-39，Qiagen)添加到每个200ul变性血清中。使用QuantStudioTM 7 Flex实时PCR系统(Applied Biosystems)通过TaqMan miRNA实时qRT-PCR分析(Applied Biosystems，Foster City，CA)对miRNA的表达进行定量。以下引物用于“OCaMIR”qRT-PCR分：hsa-miR-202-3p、hsa-miR-205-5p、hsa-miR-miR-508-3p、hsa-miR-509-3-5p、hsa-miR-513c-5p、hsa-miR-183-5p、hsa-miR-182-5p和hsa-miR-513b-5p(目录号：4427975，Thermo Fisher Scientific，Waltham，MA)。测试了几种内源性对照，包括U6、RNU44、hsa-miR-16-5p、hsa-miR-103a-3p(目录号：4427975，Thermo FisherScientific)以进行数据归一化。这些内源性对照大多数都表达得很好，并且健康对照和癌症样本之间没有任何区别。发明人将U6用于数据归一化。使用2-ΔCT方法计算每种miRNA的表达。在华西医院的前瞻性环境中也使用了类似的方法。

4.统计分析与模型建立

使用R 3.2.4，IBM SPSS 23版和GraphPad Prism 6.0版进行统计分析。BH(Benjamini-Hochberg)方法在适用的情况下用于校正多个假设检验，并且所有统计检验均是双侧的。使用R中的“RNASeqPower”程序包执行发现阶段的幂计算[31]，得到幂大于0.90。为了从小RNA测序数据中确定出癌症和正常组织之间差异表达的miRNA，发明人使用了limma(R 3.2.4中的Bioconductor软件包)[30]。2的绝对log 2倍数变化和小于0.05的BH校正的调整p值用于确定miRNA靶标和随后的模型构建。建立了多变量逻辑回归模型，该模型由来自发现群组的8种上调的miRNA组成，并将来自组织群组的系数应用于TCGA和GSE65819以进行独立的组织验证。如预期的那样，miRNA在组织RNA测序和血清之间的动态表达范围不同，因此，发明人开发了GSE106817中8种miRNA组的基于血清逻辑回归的训练模型，并且由该训练群组得出的系数和逻辑回归模型适用于所有公共以及捷克共和国的回顾性血清验证群组。相同的回归模型也适用于前瞻性血清验证群组。血清多元逻辑回归模型如下：logit(P)＝-1.3374+(0.0887*MIR-202-3P)+(0.1622*miR-508-3p)+(0.3776*MIR-509-3-5P)+(-0.0381*MIR-205-5P)+(0.1101*MIR-182-5P)+(0.1038*MIR-513C-5P)+(-0.0690*MIR-183-5P)+(0.2317*MIR-513B-5P)。为了确定OCaMIR分析的准确性，使用从8-miRNA逻辑回归模型得出的预测概率值(PPV)(也称为风险评分)来绘制具有95％置信区间(CI)的接收者操作特征(ROC)曲线。发明人的结果中呈现的所有ROC曲线均经过1000次交叉验证。基于ROC曲线，发明人计算了所有群组中OCaMIR分析的灵敏度、特异性、阳性预测值和阴性预测值。使用ROC曲线对OCaMIR分析与CA125进行直接比较。

5.成本效益分析

通过马尔可夫建模对假设群组进行了成本效益分析(CEA)，用于比较当前的无筛查临床实践与使用发明人的miRNA标志进行大规模筛查的总成本和健康益处。由R程序包“heemod”执行CEA的马尔可夫建模。假设群组的临床假设的详细信息可以在补充方法文件1、补充表3和4中找到。

B.结果

1.从全基因组小RNA测序数据中发现OCaMIR标签

在补充图1中描述了涉及所有三个阶段的研究设计：1)OCaMIR组织发现和独立验证；2)OCaMIR血清训练和独立回顾性验证；以及3)OCaMIR前瞻性血清验证。在发现阶段，小RNA测序使我们确定出32种差异调节的miRNA，其调整的p值小于0.05，并且在I期OC和正常组织之间的绝对对数倍变化为2(图1A)。其中，本发明人优先排序了在癌症中上调的八种miRNA：hsa-miR-182-5p、hsa-miR-183-5p、hsa-miR-202-3p、hsa-miR-205-5p、hsa-miR-miR-508-3p、hsa-miR-509-3-5p、hsa-miR-513b-5p和hsa-miR-513c-5p(称为“OCaMIR”)，以评价其在I期OC中的诊断准确性。从八种miRNA的组合得出的逻辑回归模型和发现群组的所得风险评分示于图1B。在图1B中，在组织发现群组中，OCaMIR在无交叉验证的情况下AUC为0.92，在1000次交叉验证后对于检测I期OC的AUC为0.88。将来自发现群组的逻辑回归模型应用于TCGA和GSE65819组织群组，以评价独立组织群组中的OCaMIR。与发现群组一致，OCaMIR在检测TCGA群组中的I期OC中AUC为0.90，而对于TCGA和GSE65819中，在1000次交叉验证后检测所有分期的AUC分别为0.99和0.98(图1C)。这些结果证实了OCaMIR在组织水平进行OC检测的能力。

2.跨国际多中心群组的血清样品中的OCaMIR分析独立回顾性验证

为了评价OCaMIR作为非侵入性诊断分析的潜力，发明人随后使用qRT-PCR分析了可公开获得的多个血清miRNA表达群组以及外部回顾性血清验证群组。在所有血清验证群组中，癌症中单个miRNA的表达与健康正常人相比上调(图4)。表2提供了所有血清群组的单个miRNA的AUC。随后，为了开发8-miRNA OCaMIR标记，发明人使用了由OC血清(n＝320)/健康血清(n＝320)样品组成的GSE106817 miRNA微阵列群组，并使用所有八种miRNA训练逻辑回归模型。图2A中所示的风险评分图(OCaMIR风险评分)清楚地显示了健康血清样本和癌症血清样本之间的差异。令人兴奋的是，在GSE106817血清训练群组中，进行1000次交叉验证后OCaMIR对于检测OC的AUC为0.86(图2A)。此外，OCaMIR在GSE106817血清训练群组中获得了84％的灵敏度、74％的特异性、77％的阳性预测值(PPV)和83％的阴性预测值(NPV)(补充表1)。

由GSE106817血清训练群组开发的OCaMIR分析的逻辑回归模型随后应用于三个独立的回顾性血清群组。1)由OC血清(n＝15)/健康血清(n＝70)组成的GSE31568miRNA微阵列数据，2)由OC血清(n＝40)/健康血清(n＝100)组成的GSE113486 miRNA微阵列群组，和3)基于捷克共和国RT-PCR的表达数据，OC血清(n＝96)/健康血清(n＝96)。图2B、C和D中所示的OCaMIR风险评分图清楚地显示了所有血清验证群组中健康和癌症血清样本之间的差异。在所有这些群组中，在1000次交叉验证后OCaMIR对于检测卵巢癌(包括所有分期)的AUC分别为0.84(GSE31568)、0.87(GSE113486)和0.91(捷克共和国)(分别为图2B、C和D)。补充表1中提供了所有血清验证群组的OCaMIR灵敏度、特异性、PPV和NPV。这些结果突出了发明人的标志物在血清中用于非侵入性检测的适用性。

3.血清中的OCaMIR分析对于检测1期OC具有高度准确性，优于CA125，并且对OC检测具有高度特异性

在发明人的两个回顾性血清群组中，发明人获得了许多I期OC，并且他们的分期分析显示，与组织结果一致，OCaMIR在检测I期OC时具有高度准确性，GSE106817和捷克共和国血清群组的AUC分别为0.88和0.86(图3A和B)。补充表2中提供了I期OC检测的OCaMIR灵敏度、特异性、PPV和NPV。发明人的捷克共和国血清验证群组具有针对健康和癌症样本二者的CA125水平，这使我们能够比较OCaMIR与CA125在OC检测中的性能。如更早地在图2D中所示，OCaMIR对于所有分期的AUC为0.91，对I期癌症的AUC为0.86(图3B)。相比于且次于OCaMIR，CA125对于检测所有分期和I期OC的AUC分别为0.82和0.73(图3B)。另外，为了评价OCaMIR对于OC检测的特异性，发明人已经利用了GSE31568微阵列表达群组，其中miRNA表达数据可用于包括OC在内的各种疾病。如图3D所示，OCaMIR在OC中AUC为0.85，而其他疾病包括急性心肌梗塞、慢性阻塞性肺病、肺癌、黑色素瘤、多发性硬化症、胰腺癌、胰腺炎、牙周炎、前列腺癌、结节病、胃癌和Wilms瘤的检测准确性在0.16至0.73的范围内。这证实了OCaMIR分析优于常规标志物CA125，并且对OC检测具有高度特异性。

4.OCaMIR分析在前瞻性血清验证中获得了优异的准确性，是非侵入性群体筛查的经济选择

鉴于在回顾性血清群组中OCaMIR用于OC检测的准确性，发明人在华西医院(WCH)进行了独立的国际前瞻性验证工作。还在WCH使用本发明人在回顾性验证中使用的标准方案进行了qRT-PCR分析以分析所有8种miRNA。本发明人在其回顾性阶段开发的逻辑回归模型被应用于前瞻性环境中，并且在图2E中描绘了所得到的前瞻性群组的风险评分。同样，OCaMIR在检测OC患者中具有高度准确性，AUC为0.92，并且在该前瞻性群组中获得的灵敏度为86％，特异性为92％，阳性预测值为91％(PPV)，阴性预测值为89％(NPV)(补充表1)。在前瞻性群组中，I期OC的AUC为0.81(图3C)。与捷克共和国的回顾性血清验证数据一致，OCaMIR在检测I期以及华西前瞻性群组的所有分期中均优于CA125(图3C)。利用在前瞻性验证群组中获得的灵敏度和特异性，发明人进行了成本效益分析(CEA)，以评价在中国大陆的临床背景下使用发明人的miRNA标志进行大规模筛查的成本效益。目标高风险群体为55岁至80岁的中国女性。基于马尔可夫模型的CEA预计相对于当前的无筛查实践，使用发明人的miRNA标志进行大规模筛查具有成本效益[ICER＝CNY 5139.4/QALY]，补充表3和4。这些结果凸显了在整个实验室和前瞻性环境中进行OCaMIR分析的有效性，使其成为基于高风险人群的筛查的可行选择。

C.讨论

尽管外科手术和化学治疗方案的进展已经适度地改善了OC的存活率，但是大多数女性在非常晚期被诊断，此时不太可能被治愈[32]。因此，迫切需要确定可临床翻译、高度准确、非侵入性且具有成本效益的生物标记物，这些标记物可帮助高危群体的早期检测和群体筛查，这也可以改善OC的生存结果。为了实现这一点，发明人已经使用I期OC组织进行了其中一种小RNA测序发现，并确定了在检测I期OC中高度准确的八种miRNA标志(OCaMIR)。随后，发明人已经在可以容易地转移到临床护理的国际多中心独立回顾性组织、血清以及涵盖不同平台和种族的前瞻性血清群组中验证了OCaMIR。令人兴奋的是，OCaMIR在用于早期以及晚期OC的检测方面均优于目前广泛使用的OC肿瘤标志物CA125[6]。有趣的是，基于马尔可夫模型的成本估算分析表明，相对于当前的无筛查实践，使用OCaMIR对55至80岁的高风险群体进行OC的大规模筛查具有成本效益。

由于miRNA在血清和血浆中的稳定性，这些标志物在科学界引起了极大的兴趣，用于确定包括卵巢癌[12-14、17、35-40]在内的各种癌症[19、33、34]中的非侵入性早期检测生物标志物。尽管有几项研究已经确定了OC中的miRNA，但仍存在一定的局限性，因此发明人进行了这项全面的研究，并解决了早期研究的以下问题-1)为了确定早期检测标志物，其在发现阶段对于分析I期OC至关重要，并且我们的研究是第一项利用早期OC组织进行小RNA测序的研究，2)其次，已确定的基于组织的标记物已在由来自多个种族的患者组成的TCGA以及GSE组织群组中独立验证，为这些标志物在不同患者群体中的实用性提供了进一步的证据，3)第三，发明人在涵盖各个种族的多个独立的基于血清的OC群组中研究了组织来源的标志物，这进一步强调了癌症特异性，并与组织数据一致，OCaMIR再次适用于不同的患者群体，4)发明人的回顾性血清验证群组由几种不同的方法学平台组成，包括基于微阵列、测序和qRT-PCR的方法，这表明发明人所确定的miRNA标志物在不同平台上是一致的，5)我们的研究是通过在独立实验室中执行标准操作程序，在前瞻性环境中评价确定的标志物的第一项研究，这表明OCaMIR分析可以在另外的研究后容易地应用于常规临床实验室中，6)最后，发明人通过分析各种其他癌症和疾病样本评价了OCaMIR分析的特异性。另外，本发明人在回顾性和前瞻性环境下均将OCaMIR分析的性能与当前金标准CA125进行了比较。

尽管对OC的高危群体筛查可以改善这种致命疾病的结果，但是不幸的是，以前的大规模OC前瞻性筛查研究针对绝经后、一般风险的妇女，包括PLCO[7]、UKCTOCS[8]和最近结束的USPSTF[9](美国预防服务工作组)，未能提供与筛查相关的卵巢癌死亡率的任何统计学显著差异。这三项研究调查了CA125和/或经阴道超声检查的潜力，并将结果与未筛查群体进行了比较。在这些试验中，累积的假阳性率为9.8％至44％[9]，这可能导致不必要的手术程序和并发症。因此，迫切需要确定高度准确的、非侵入性的、具有成本效益的且易于翻译的生物标志物，以有助于至少在高危人群中的筛查。发明人在这项研究中开发的OCaMIR分析显示出在不同患者人群和样品来源之间的巨大潜力，这非常令人兴奋，并为未来的研究提供了广阔前景。

总之，通过进行全面的小RNA测序分析，发明人确定了基于临床可翻译的液体活检的早期诊断分析“OCaMIR”，此外，本发明人的分析使用逻辑回归模型在回顾性和前瞻性环境中在多个种族和平台中得到了验证，为基于进一步的研究的卵巢癌的早期检测以及可能的群体筛查提供了普遍适用性的基本原理。令人兴奋的是，先前报道了发明人使用全基因组无偏方法确定的所有八种miRNA与OC进展、转移和化学耐药性相关，与早期研究相比，这将显著提高OCaMIR分析的强度。

补充表2.用于I期OC诊断的血清训练和验证群组中的OCaMIR分析准确性统计

补充表3.中国女性群体非侵入性筛查的成本效益分析结果

成本效益建模中的基本案例值

第一阶段：用于早期检测HGSOV的8-miRNA标志的全基因组发现。

根据本公开内容，可以在不进行过度实验的情况下进行和执行本文公开和要求保护的所有方法。尽管已经根据优选实施方案描述了本发明的组合物和方法，但是对于本领域技术人员而言显而易见的是，可以在不背离本发明的构思、精神和范围的情况下，对本文所述的方法和在本文所述的方法的步骤或步骤顺序中进行变化。更具体地，显而易见的是，在化学和生理上均相关的某些药剂可以代替本文所述的药剂，同时将获得相同或相似的结果。对本领域技术人员显而易见的是所有这些类似的替代和修改都被认为落入所附权利要求所限定的本发明的精神、范围和构思之内。出于所有目的，通过引用将贯穿本公开内容引用的所有参考文献和出版物并入本文。

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在整个说明书中引用的以下参考文献和出版物在此明确地并入本文，其程度如同它们为本文所阐述的内容提供了示例性的程序或其他细节的补充。

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Claims (127)

1.一种用于评价患者的方法，其包括测量来自患者的生物样品中所列出的miRNA中的一种或多种的表达水平：miR-182-5p、miR-183-5p、miR-202-3p、miR-205-5p、miR-508-3p、miR-509-3-5p、miR-513b-5p或miR-513c-5p。

2.权利要求1所述的方法，其中至少测量所列出的生物标记物miR-182-5p。

3.权利要求1所述的方法，其中至少测量所列出的生物标记物miR-183-5p。

4.权利要求1所述的方法，其中至少测量所列出的生物标记物miR-202-3p。

5.权利要求1所述的方法，其中至少测量所列出的生物标记物miR-205-5p。

6.权利要求1所述的方法，其中至少测量所列出的生物标记物miR-508-3p。

7.权利要求1所述的方法，其中至少测量所列出的生物标记物miR-509-3-5p。

8.权利要求1所述的方法，其中至少测量所列出的生物标记物miR-513b-5p。

9.权利要求1所述的方法，其中至少测量所列出的生物标记物miR-513c-5p。

10.权利要求1所述的方法，其中测量至少两种所列出的生物标志物的表达水平。

11.权利要求10所述的方法，其中测量至少三种所列出的生物标志物的表达水平。

12.权利要求11所述的方法，其中测量至少四种所列出的生物标志物的表达水平。

13.权利要求12所述的方法，其中测量至少五种所列出的生物标志物的表达水平。

14.权利要求13所述的方法，其中测量至少六种所列出的生物标志物的表达水平。

15.权利要求13所述的方法，其中测量至少七种所列出的生物标志物的表达水平。

16.权利要求13所述的方法，其中测量所有八种所列出的生物标志物的表达水平。

17.权利要求1-16中任一项所述的方法，其中miR-182-5p、miR-183-5p、miR-202-3p、miR-205-5p、miR-508-3p、miR-509-3-5p、miR-513b-5p或miR-513c-5p中的至少一种被排除在测量之外。

18.权利要求17所述的方法，其中miR-182-5p、miR-183-5p、miR-202-3p、miR-205-5p、miR-508-3p、miR-509-3-5p、miR-513b-5p或miR-513c-5p中的至少两种被排除在测量之外。

19.权利要求18所述的方法，其中miR-182-5p、miR-183-5p、miR-202-3p、miR-205-5p、miR-508-3p、miR-509-3-5p、miR-513b-5p或miR-513c-5p中的至少三种被排除在测量之外。

20.权利要求1-19中任一项所述的方法，其还包括将(多种)表达水平与(多种)对照样品或(多种)对照表达水平进行比较。

21.权利要求20所述的方法，其中所述(多种)对照样品具有代表正常卵巢细胞的表达水平。

22.权利要求20所述的方法，其中所述(多种)对照表达水平代表卵巢癌阴性样品中的表达水平。

23.权利要求20所述的方法，其中所述(多种)对照样品具有代表卵巢癌阳性样品的表达水平。

24.权利要求20所述的方法，其中所述(多种)对照样品具有代表卵巢癌细胞的表达水平。

25.权利要求1-24中任一项所述的方法，其中所述来自患者的生物样品中的所列出的生物标志物的至少一种测量的表达水平与卵巢癌细胞中的表达水平相比降低或处于代表正常卵巢细胞的表达范围内。

26.权利要求25所述的方法，其中所述来自患者的生物样品中的所列出的生物标志物的至少两种测量的表达水平与卵巢癌细胞中的表达水平相比降低或处于代表正常卵巢细胞的表达范围内。

27.权利要求26所述的方法，其中所述来自患者的生物样品中的所列出的生物标志物的至少三种测量的表达水平与卵巢癌细胞中的表达水平相比降低或处于代表正常卵巢细胞的表达范围内。

28.权利要求27所述的方法，其中所述来自患者的生物样品中的所列出的生物标志物的至少四种测量的表达水平与卵巢癌细胞中的表达水平相比降低或处于代表正常卵巢细胞的表达范围内。

29.权利要求28所述的方法，其中所述来自患者的生物样品中的所列出的生物标志物的至少五种测量的表达水平与卵巢癌细胞中的表达水平相比降低或处于代表正常卵巢细胞的表达范围内。

30.权利要求29所述的方法，其中所述来自患者的生物样品中的所列出的生物标志物的至少六种测量的表达水平与卵巢癌细胞中的表达水平相比降低或处于代表正常卵巢细胞的表达范围内。

31.权利要求30所述的方法，其中所述来自患者的生物样品中的所列出的生物标志物的至少七种测量的表达水平与卵巢癌细胞中的表达水平相比降低或处于代表正常卵巢细胞的表达范围内。

32.权利要求31所述的方法，其中所述来自患者的生物样品中的所列出的生物标志物的所有八种测量的表达水平与卵巢癌细胞中的表达水平相比降低或处于代表正常卵巢细胞的表达范围内。

33.权利要求1-32中任一项所述的方法，其中所述来自患者的生物样品中的所列出的生物标志物的至少一种测量的表达水平与正常卵巢细胞中的表达水平相比升高或处于代表卵巢癌细胞的表达范围内。

34.权利要求1-33中任一项所述的方法，其中所述来自患者的生物样品中的所列出的生物标志物的至少两种测量的表达水平与正常卵巢细胞中的表达水平相比升高或处于代表卵巢癌细胞的表达范围内。

35.权利要求1-34中任一项所述的方法，其中所述来自患者的生物样品中的所列出的生物标志物的至少三种测量的表达水平与正常卵巢细胞中的表达水平相比升高或处于代表卵巢癌细胞的表达范围内。

36.权利要求1-35中任一项所述的方法，其中所述来自患者的生物样品中的所列出的生物标志物的至少四种测量的表达水平与正常卵巢细胞中的表达水平相比升高或处于代表卵巢癌细胞的表达范围内。

37.权利要求1-36中任一项所述的方法，其中所述来自患者的生物样品中的所列出的生物标志物的至少五种测量的表达水平与正常卵巢细胞中的表达水平相比升高或处于代表卵巢癌细胞的表达范围内。

38.权利要求1-37中任一项所述的方法，其中所述来自患者的生物样品中的所列出的生物标志物的至少六种测量的表达水平与正常卵巢细胞中的表达水平相比升高或处于代表卵巢癌细胞的表达范围内。

39.权利要求1-38中任一项所述的方法，其中所述来自患者的生物样品中的所列出的生物标志物的至少七种测量的表达水平与正常卵巢细胞中的表达水平相比升高或处于代表卵巢癌细胞的表达范围内。

40.权利要求1-39中任一项所述的方法，其中所述来自患者的生物样品中的所列出的生物标志物的所有八种测量的表达水平与正常卵巢细胞中的表达水平相比升高或处于代表卵巢癌细胞的表达范围内。

41.权利要求1-40中任一项所述的方法，其中所述生物样品是组织样品、肿瘤样品、淋巴结样品、血液、唾液或鳞状细胞样品。

42.权利要求41所述的方法，其中所述生物样品是包含卵巢细胞的样品。

43.权利要求1-41中任一项所述的方法，其中所述患者具有卵巢癌的症状。

44.权利要求1-43中任一项所述的方法，其还包括基于所述患者的生物样品中的所列出的生物标志物的一种或多种测量的表达水平，诊断所述患有卵巢癌的患者。

45.权利要求44所述的方法，其中基于至少一种所列出的生物标志物的表达水平诊断所述患者患有I期或II期癌症。

46.权利要求1-45中任一项所述的方法，其还包括在测量一种或多种所列出的生物标志物的表达水平之后治疗所述患者的卵巢癌。

47.权利要求46所述的方法，其中在测量到至少一种所列出的生物标志物的表达水平与正常卵巢细胞相比升高后，治疗所述患者。

48.权利要求47所述的方法，其中在测量到至少两种所列出的生物标志物的表达水平与正常卵巢细胞相比升高后，治疗所述患者。

49.权利要求48所述的方法，其中在测量到至少三种所列出的生物标志物的表达水平与正常卵巢细胞相比升高后，治疗所述患者。

50.权利要求49所述的方法，其中在测量到至少四种所列出的生物标志物的表达水平与正常卵巢细胞相比升高后，治疗所述患者。

51.权利要求50所述的方法，其中在测量到至少五种所列出的生物标志物的表达水平与正常卵巢细胞相比升高后，治疗所述患者。

52.权利要求51所述的方法，其中在测量到至少六种所列出的生物标志物的表达水平与正常卵巢细胞相比升高后，治疗所述患者。

53.权利要求52所述的方法，其中在测量到至少七种所列出的生物标志物的表达水平与正常卵巢细胞相比升高后，治疗所述患者。

54.权利要求53所述的方法，其中在测量到所有八种所列出的生物标志物的表达水平与正常卵巢细胞相比升高后，治疗所述患者。

55.一种治疗患有卵巢癌的患者的方法，其包括在已经测量来自患者的生物样品的以下所列出的生物标志物中的至少一种的表达水平之后，给予化学治疗和/或放射和/或进行手术以去除一个或两个卵巢的全部或部分：miR-182-5p、miR-183-5p、miR-202-3p、miR-205-5p、miR-508-3p、miR-509-3-5p、miR-513b-5p或miR-513c-5p。

56.权利要求55所述的方法，其中至少测量所列出的生物标记物miR-182-5p。

57.权利要求55所述的方法，其中至少测量所列出的生物标记物miR-183-5p。

58.权利要求55所述的方法，其中至少测量所列出的生物标记物miR-202-3p。

59.权利要求55所述的方法，其中至少测量所列出的生物标记物miR-205-5p。

60.权利要求55所述的方法，其中至少测量所列出的生物标记物miR-508-3p。

61.权利要求55所述的方法，其中至少测量所列出的生物标记物miR-509-3-5p。

62.权利要求55所述的方法，其中至少测量所列出的生物标记物miR-513b-5p。

63.权利要求55所述的方法，其中至少测量所列出的生物标记物miR-513c-5p。

64.权利要求55所述的方法，其中测量至少两种所列出的生物标志物的表达水平。

65.权利要求64所述的方法，其中测量至少三种所列出的生物标志物的表达水平。

66.权利要求65所述的方法，其中测量至少四种所列出的生物标志物的表达水平。

67.权利要求66所述的方法，其中测量至少五种所列出的生物标志物的表达水平。

68.权利要求67所述的方法，其中测量至少六种所列出的生物标志物的表达水平。

69.权利要求68所述的方法，其中测量至少七种所列出的生物标志物的表达水平。

70.权利要求69所述的方法，其中测量所有八种所列出的生物标志物的表达水平。

71.权利要求55-70中任一项所述的方法，其中miR-182-5p、miR-183-5p、miR-202-3p、miR-205-5p、miR-508-3p、miR-509-3-5p、miR-513b-5p或miR-513c-5p中的至少一种被排除在测量之外。

72.权利要求71所述的方法，其中miR-182-5p、miR-183-5p、miR-202-3p、miR-205-5p、miR-508-3p、miR-509-3-5p、miR-513b-5p或miR-513c-5p中的至少两种被排除在测量之外。

73.权利要求72所述的方法，其中miR-182-5p、miR-183-5p、miR-202-3p、miR-205-5p、miR-508-3p、miR-509-3-5p、miR-513b-5p或miR-513c-5p中的至少三种被排除在测量之外。

74.权利要求55-73中任一项所述的方法，其中将所述生物标志物的(多种)测量的表达水平与(多种)对照样品或(多种)对照表达水平进行比较。

75.权利要求74所述的方法，其中所述(多种)对照样品具有代表卵巢癌阴性样品的表达水平。

76.权利要求74所述的方法，其中所述(多种)对照表达水平代表卵巢癌阴性样品中的表达水平。

77.权利要求74所述的方法，其中所述(多种)对照样品具有代表卵巢癌阳性样品的表达水平。

78.权利要求74所述的方法，其中所述(多种)对照表达水平代表卵巢癌阳性样品中的表达水平。

79.权利要求55-78中任一项所述的方法，其中所述生物样品是组织样品、肿瘤样品、淋巴结样品、血液、唾液或卵巢细胞样品。

80.权利要求55-79中任一项所述的方法，其中基于一种或多种所列出的生物标志物的表达水平已经诊断所述患者患有卵巢癌。

81.权利要求80所述的方法，其中在测量到至少一种所列出的生物标志物的表达水平与正常卵巢细胞相比升高后，治疗所述患者。

82.权利要求81所述的方法，其中在测量到至少两种所列出的生物标志物的表达水平与正常卵巢细胞相比升高后，治疗所述患者。

83.权利要求82所述的方法，其中在测量到至少三种所列出的生物标志物的表达水平与正常卵巢细胞相比升高后，治疗所述患者。

84.权利要求83所述的方法，其中在测量到至少四种所列出的生物标志物的表达水平与正常卵巢细胞相比升高后，治疗所述患者。

85.权利要求84所述的方法，其中在测量到至少五种所列出的生物标志物的表达水平与正常卵巢细胞相比升高后，治疗所述患者。

86.权利要求85所述的方法，其中在测量到至少六种所列出的生物标志物的表达水平与正常卵巢细胞相比升高后，治疗所述患者。

87.权利要求86所述的方法，其中在测量到至少七种所列出的生物标志物的表达水平与正常卵巢细胞相比升高后，治疗所述患者。

88.权利要求87所述的方法，其中在测量到所有八种所列出的生物标志物的表达水平与正常卵巢细胞相比升高后，治疗所述患者。

89.权利要求80所述的方法，其中已经基于所有八种所列出的生物标志物的表达水平与表示正常卵巢细胞的表达水平相比升高，诊断患者患有卵巢癌。

90.权利要求80-89中任一项所述的方法，其中分析一种或多种卵巢细胞的病理。

91.一种诊断患有卵巢癌的患者的方法，其包括：

a)测量来自患者的生物样品中所列出的生物标志物中的至少一种的表达水平：miR-182-5p、miR-183-5p、miR-202-3p、miR-205-5p、miR-508-3p、miR-509-3-5p、miR-513b-5p或miR-513c-5p；

b)将测量的表达水平与对照水平或对照样品进行比较，其中对照水平或对照样品代表卵巢癌阴性或卵巢癌阳性的表达水平；

c)如果与正常卵巢细胞中代表性表达水平相比，至少一种测量的表达水平升高，则诊断患者患有卵巢癌，或基于测量的表达水平确定患者未患卵巢癌。

92.权利要求91所述的方法，其中至少测量所列出的生物标记物miR-182-5p。

93.权利要求91所述的方法，其中至少测量所列出的生物标记物miR-183-5p。

94.权利要求91所述的方法，其中至少测量所列出的生物标记物miR-202-3p。

95.权利要求91所述的方法，其中至少测量所列出的生物标记物miR-205-5p。

96.权利要求91所述的方法，其中至少测量所列出的生物标记物miR-508-3p。

97.权利要求91所述的方法，其中至少测量所列出的生物标记物miR-509-3-5p。

98.权利要求91所述的方法，其中至少测量所列出的生物标记物miR-513b-5p。

99.权利要求91所述的方法，其中至少测量所列出的生物标记物miR-513c-5p。

100.权利要求91所述的方法，其中测量至少两种所列出的生物标志物的表达水平。

101.权利要求100所述的方法，其中测量至少三种所列出的生物标志物的表达水平。

102.权利要求101所述的方法，其中测量至少四种所列出的生物标志物的表达水平。

103.权利要求102所述的方法，其中测量至少五种所列出的生物标志物的表达水平。

104.权利要求103所述的方法，其中测量至少六种所列出的生物标志物的表达水平。

105.权利要求104所述的方法，其中测量至少七种所列出的生物标志物的表达水平。

106.权利要求105所述的方法，其中测量所有八种所列出的生物标志物的表达水平。

107.权利要求91-106中任一项所述的方法，其中在测量到至少一种所列出的生物标志物的表达水平与正常卵巢细胞相比升高后，诊断所述患者患有卵巢癌。

108.权利要求107中任一项所述的方法，其中在测量到至少两种所列出的生物标志物的表达水平与正常卵巢细胞相比升高后，诊断所述患者患有卵巢癌。

109.权利要求108中任一项所述的方法，其中在测量到至少三种所列出的生物标志物的表达水平与正常卵巢细胞相比升高后，诊断所述患者患有卵巢癌。

110.权利要求109中任一项所述的方法，其中在测量到至少四种所列出的生物标志物的表达水平与正常卵巢细胞相比升高后，诊断所述患者患有卵巢癌。

111.权利要求110中任一项所述的方法，其中在测量到至少五种所列出的生物标志物的表达水平与正常卵巢细胞相比升高后，诊断所述患者患有卵巢癌。

112.权利要求111中任一项所述的方法，其中在测量到至少六种所列出的生物标志物的表达水平与正常卵巢细胞相比升高后，诊断所述患者患有卵巢癌。

113.权利要求112中任一项所述的方法，其中在测量到至少七种所列出的生物标志物的表达水平与正常卵巢细胞相比升高后，诊断所述患者患有卵巢癌。

114.权利要求113中任一项所述的方法，其中在测量到所有八种所列出的生物标志物的表达水平与正常卵巢细胞相比升高后，诊断所述患者患有卵巢癌。

115.权利要求91-113中任一项所述的方法，其中miR-182-5p、miR-183-5p、miR-202-3p、miR-205-5p、miR-508-3p、miR-509-3-5p、miR-513b-5p或miR-513c-5p中的至少一种被排除在测量之外。

116.权利要求115所述的方法，其中miR-182-5p、miR-183-5p、miR-202-3p、miR-205-5p、miR-508-3p、miR-509-3-5p、miR-513b-5p或miR-513c-5p中的至少两种被排除在测量之外。

117.权利要求91-116中任一项所述的方法，其中所述(多种)对照样品具有代表卵巢癌阴性样品的表达水平。

118.权利要求91-116中任一项所述的方法，其中所述(多种)对照表达水平代表卵巢癌阴性样品中的表达水平。

119.权利要求91-116中任一项所述的方法，其中所述(多种)对照样品具有代表卵巢癌阳性样品的表达水平。

120.权利要求91-116中任一项所述的方法，其中所述(多种)对照表达水平代表卵巢癌阳性样品中的表达水平。

121.权利要求91-120中任一项所述的方法，其中所述生物样品是组织样品、肿瘤样品、淋巴结样品、血液、唾液或卵巢样品。

122.权利要求91-121中任一项所述的方法，其中所述卵巢癌是I期或II期。

123.权利要求91-122中任一项所述的方法，其中已经分析了所述患者的卵巢细胞的病理。

124.权利要求91-123中任一项所述的方法，其还包括基于测量的表达水平治疗所述患者的癌症。

125.一种诊断患有早期卵巢癌的患者的方法，其包括：

a)测量来自患者的生物样品中至少以下所列出的生物标志物的表达水平：miR-182-5p、miR-183-5p、miR-202-3p、miR-205-5p、miR-508-3p、miR-509-3-5p、miR-513b-5p和miR-513c-5p；

b)将测量的表达水平与对照水平或对照样品进行比较，其中对照水平或对照样品代表卵巢癌阴性或卵巢癌阳性的表达水平；

c)如果与正常卵巢细胞中代表性表达水平相比，至少所列出的八种生物标志物的测量的表达水平升高，则诊断患者患有卵巢癌，或基于测量的表达水平确定患者未患卵巢癌。

126.一种试剂盒，其包含1、2、3、4、5、6、7或8种用于确定miR-182-5p、miR-183-5p、miR-202-3p、miR-205-5p、miR-508-3p、miR-509-3-5p、miR-513b-5p和/或miR-513c-5p的表达水平的探针或引物组。

127.权利要求126所述的试剂盒，其中所述试剂盒还包含一种或多种阴性或阳性对照样品。

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