CN112111460A - 修饰的细胞群体的药物组合物 - Google Patents

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Abstract

修饰的细胞群体的药物组合物。本公开涉及包含编码显性失活形式的死亡受体5(DR5)的多核苷酸的修饰细胞。在实施方案中,修饰的细胞还包含嵌合抗原受体(CAR)和/或修饰的TCR,所述嵌合抗原受体(CAR)包括抗原结合域、跨膜域、共刺激域和CD3ζ域。

Description

修饰的细胞群体的药物组合物
技术领域
本公开涉及修饰的DR5及其在TCR或CAR T细胞治疗包括癌症在内的疾病中的用途。
背景技术
在免疫治疗中,有效的T细胞反应在对抗感染和癌症中发挥重要作用。死亡受体5(DR5),也称为TRAIL受体2(TRAILR2),和肿瘤坏死因子受体超家族成员10B(TNFRSF10B)一样,是与TRAIL结合并介导凋亡的TNF受体超家族的细胞表面受体。体内T细胞中DR5或其他此类分子可能通过介导T细胞的凋亡而影响T细胞疗法的长期疗效,从而产生负面影响。因此,需要一种方式来调控T细胞中DR5或其他类似分子的敲除或遗传性缺失。
发明内容
本发明涉及一种修饰的细胞,其包含编码显性失活的死亡受体5(DR5)的多核苷酸。
优选地,其中所述修饰的细胞包含SEQ ID NO:1或2的氨基酸序列。
优选地,其中所述修饰的细胞进一步包含嵌合抗原受体(CAR)或修饰的T细胞受体(TCR)。
优选地,其中所述CAR包含抗原结合结构域、跨膜结构域和细胞内信号传导结构域。
优选地,其中所述抗原结合结构域结合肿瘤抗原,并且其中所述肿瘤抗原包括TSHR、CD19、CD123、CD22、CD30、CD171、CS-1、CLL-1、CD33、EGFRvIII、GD2、GD3、BCMA、Tn Ag、PSMA、ROR1、FLT3、FAP、TAG72、CD38、CD44v6、CEA、EPCAM、B7H3、KIT、IL-13Ra2、间皮素、IL-11Ra、PSCA、PRSS21、VEGFR2、LewisY、CD24、PDGFR-β、SSEA-4、CD20、叶酸受体α、ERBB2(Her2/neu)、MUC1、EGFR、NCAM、Prostase、PAP、ELF2M、Ephrin B2、IGF-1受体、CAIX、LMP2、gp100、bcr-abl、酪氨酸酶、EphA2、岩藻糖基GM1、sLe、GM3、TGS5、HMWMAA、邻乙酰基GD2、叶酸受体β、TEM1/CD248、TEM7R、CLDN6、GPRC5D、CXORF61、CD97、CD179a、ALK、聚唾液酸、PLAC1、GloboH、NY-BR-1、UPK2、HAVCR1、ADRB3、PANX3、GPR20、LY6K、OR51E2、TARP、WT1、NY-ESO-1、LAGE-1a、MAGE-A1、legumain、HPV E6、E7、MAGE A1、ETV6-AML、精子蛋白17、XAGE1、Tie 2、MAD-CT-1、MAD-CT-2、与Fos相关的抗原1、p53、p53突变体、prostein、survivin和端粒酶、PCTA-1/Galectin 8、MelanA/MART1、Ras突变体、hTERT、肉瘤易位断点、ML-IAP、ERG(TMPRSS2 ETS融合基因)、NA17、PAX3、雄激素受体、细胞周期蛋白B1、MYCN、RhoC、TRP-2、CYP1B1、BORIS、SART3、PAX5、OY-TES1、LCK、AKAP-4、SSX2、RAGE-1、人类端粒酶逆转录酶、RU1、RU2、肠羧基酯酶、mut hsp70-2、CD79a、CD79b、CD72、LAIR1、FCAR、LILRA2、CD300LF、CLEC12A、BST2、EMR2、LY75、GPC3、FCRL5、MAGE A4、CLDN 18.2、GCC或IGLL1。
优选地,其中所述细胞内信号传导结构域包含共刺激信号传导结构域、或初级信号传导结构域和共刺激信号传导结构域,其中所述共刺激信号传导结构域包括蛋白质的功能性信号传导结构域。其中蛋白质包含CD27、CD28、4-1BB(CD137)、OX40、CD30、CD40、PD-1、ICOS、淋巴细胞功能相关抗原1(LFA-1)、CD2、CD7、LIGHT、NKG2C、B7-H3、一种与CD83特异性结合的配体、CDS、ICAM-1、GITR、BAFFR、HVEM(LIGHTR)、SLAMF7、NKp80(KLRF1)、CD160、CD19、CD4、CD8α、CD8β、IL2Rβ、IL2Rγ、IL7Rα、ITGA4、VLA1、CD49a、ITGA4、IA4、CD49D、ITGA6、VLA-6、CD49f、ITGAD、CD11d、ITGAE、CD103、ITGAL、CD11a、LFA-1、ITGAM、CD11b、ITGAX、CD11c、ITGB1、CD29、ITGB2、CD18、LFA-1、ITGB7、TNFR2、TRANCE/RANKL、DNAM1(CD226)、SLAMF4(CD244、2B4)、CD84、CD96(Tactile)、CEACAM1、CRTAM、Ly9(CD229)、CD160(BY55)、PSGL1、CD100(SEMA4D)、CD69、SLAMF6(NTB-A,Ly108)、SLAM(SLA MF1、CD150、IPO-3)、BLAME(SLAMF8)、SELLPG(CD162)、LTBR、LAT、GADS、SLP-76、PAG/Cbp、NKp44、NKp30、NKp46或NKG2D。
优选地,所述修饰的细胞是T细胞或NK细胞。
本发明内容不旨在标识所要求保护的主题的关键特征或必要特征,也不旨在用于限制所要求保护的主题的范围。
附图说明
参照附图描述具体实施方式。在不同附图中使用相同的参考数字表示类似或相同的项目。
图1显示了编码CAR和dnDR5的载体的结构;
图2显示了人源化CD19 CAR和各种形式的dnDR5的表达的流式细胞术结果;
图3-6显示了共培养分析的流式细胞仪结果;
图7示出了CAR的结构的示意图;
图8-9示出了多核苷酸和经修饰以表达NRIP3、TNS1、ALXO5、IGF2、SERPINA1、MET、SGK1、ZNF286B、GLI2中的至少一种,一个或多个分子的功能变体或功能片段的示意图;
图10显示了多个多核苷酸和修饰的细胞的示意图,所述修饰的细胞包含编码一种或多种蛋白质的一种或多种多核苷酸,所述蛋白质编码并组装细胞外囊泡(EV)或包含治疗剂;
图11示出了释放细胞外囊泡以治疗肿瘤细胞的示意图;
图12显示了CAR中诱导表达相关分子的示意图;
图13显示了与NLRR1和/或NLRP3的生物合成和/或运输相关的一个或多个分子相关的多个多核苷酸的示意图。
具体实施方式
除非另外定义,否则本文使用的所有技术和科学术语具有与本公开所属领域的普通技术人员通常理解的含义相同的含义。尽管与本文描述的那些类似或等同的任何方法和材料可用于本公开的实践或测试,但描述了优选的方法和材料。出于本公开的目的,以下术语定义如下。
本文使用冠词“一(a)”和“一个(an)”指的是一个或多于一个(即,指的是至少一个)该冠词的语法对象。举例来说,“元件”表示一个元件或多于一个元件。
“大约”是指数量、水平、数值、数量、频率、百分比、尺寸、大小、数量、重量或长度相对于参考数量、水平、数值、数量、频率、百分比、尺寸、大小、数量、重量或长度,相差多达20%、15%、10%、9%、8%、7%、6%、5%、4%、3%、2%或1%。
如本文所用,术语“活化”是指已经充分刺激以诱导可检测的细胞增殖的细胞的状态。激活还可以与诱导的细胞因子产生和可检测的效应子功能相关联。术语“活化的T细胞”特别指正在进行细胞分裂的T细胞。
术语“抗体”以最广泛的含义使用,并且是指单克隆抗体(包括全长单克隆抗体),多克隆抗体,多特异性抗体(例如双特异性抗体)和抗体片段,只要它们表现出期望的生物学活性或功能。本公开中的抗体可以以各种形式存在,包括例如多克隆抗体、单克隆抗体、Fv、Fab和F(ab)2以及单链抗体和人源化抗体(Harlow等,1999,Antibodies:A LaboratoryManual,Cold Spring Harbor,New York;Houston等,1988,Proc.Natl.Acad.Sci.USA.Acad.Sci.USA 85:5879-5883;Bird等,1988,Science 242:423-426)。
术语“抗体片段”是指全长抗体的一部分,例如抗体的抗原结合区或可变区。抗体片段的其他实例包括Fab、Fab'、F(ab')2和Fv片段;双体;线性抗体;单链抗体分子;和由抗体片段形成的多特异性抗体。
术语“Fv”是指含有完整抗原识别和结合位点的最小抗体片段。该片段由紧密非共价结合的一个重链和一个轻链可变区结构域的二聚体组成。从这两个结构域的折叠产生六个超变环(每个来自H和L链的3个环),其贡献氨基酸残基用于抗原结合并赋予抗体结合抗原的特异性。然而,甚至单个可变结构域(或仅包含对抗原特异性的三个互补决定区(CDR)的Fv的一半)具有识别和结合抗原的能力,尽管其亲和力低于整个结合位点(二聚体)。
如本文所用,“抗体重链”是指存在于所有抗体分子中的天然存在的构象中的两种类型的多肽链中较大的一种。如本文所用,“抗体轻链”是指存在于其天然存在的构象中的所有抗体分子中的两种类型的多肽链中较小的一种。κ和λ轻链是指两种主要抗体轻链同种型。
术语“合成抗体”是指使用重组DNA技术产生的抗体,例如由噬菌体表达的抗体。该术语还包括通过合成编码抗体的DNA分子和表达DNA分子以获得抗体或获得编码抗体的氨基酸而产生的抗体。合成DNA是使用本领域已知的技术获得的。
术语“抗原”是指引起免疫应答的分子,其可以涉及抗体产生或特异性免疫活性细胞的活化或两者。抗原包括任何大分子,包括所有蛋白质或肽,或来源于重组或基因组DNA的分子。例如,包含编码引起免疫应答的蛋白质或肽的核苷酸序列或部分核苷酸序列的DNA,因此编码如本文所用的术语“抗原”。抗原不需要仅由基因的全长核苷酸序列编码。可以从包括组织样本、肿瘤样本、细胞或生物流体的生物样本产生,合成或衍生抗原。
如本文所用,术语“抗肿瘤作用”是指与肿瘤体积减少,肿瘤细胞数量减少,转移瘤数量减少,肿瘤细胞增殖减少,肿瘤细胞存活,具有肿瘤细胞的受试者的预期寿命增加,或与癌症相关的各种生理症状的改善。“抗肿瘤效应”也可以通过肽、多核苷酸、细胞和抗体首先预防肿瘤发生的能力来表现。
术语“自体抗原”指的是由免疫系统错误识别为外源的抗原。自体抗原包括细胞蛋白质、磷蛋白质、细胞表面蛋白质、细胞脂质、核酸、糖蛋白,包括细胞表面受体。
术语“自体”用于描述源自受试者的材料,随后将其重新引入相同的受试者。
术语“同种异体”用于描述来源于相同物种的不同受试者的移植物。作为例子,供体受试者可以是相关或不相关或受体受试者,但供体受试者具有与受体受试者相似的免疫系统标记。
术语“异种”用于描述来源于不同物种的受试者的移植物。举例来说,供体受试者来自与受体受体不同的物种,并且供体受体和受体受体可以是遗传和免疫学不相容的。
术语“癌症”用于指代以异常细胞的快速且不受控制的生长为特征的疾病。癌细胞可以局部或通过血液和淋巴系统传播到身体的其他部位。各种癌症的例子包括乳腺癌、前列腺癌、卵巢癌、宫颈癌、皮肤癌、胰腺癌、结直肠癌、肾癌、肝癌、脑癌、淋巴瘤、白血病、肺癌等。
在整个说明书中,除非上下文另有要求,否则词语“包括”,“包括”和“包括”将被理解为暗示包括所述步骤或元件或步骤或元件组但不排除任何其他步骤。或元素或一组步骤或元素。
短语“由...组成”意味着包括并且限于在短语“由...组成”之后的任何事物。因此,短语“由...组成”表示列出的元素是必需的或强制性的,并且不存在其它元素可以存在。
短语“基本上由......组成”意在包括在该短语之后列出的任何要素,并且可以包括不干扰或有助于本公开中所列举的要素所指定的活动或动作的其他要素。因此,短语“基本上由......组成”表示列出的要素是必需的或强制性的,但是其他要素是可选的并且可能存在或可能不存在,这取决于它们是否影响所列要素的活性或作用。
术语“互补的”和“互补”指的是通过碱基配对原则相关的多核苷酸(即核苷酸的序列)。例如,序列“A-G-T”与序列“T-C-A”是互补的。互补可以是“部分的”,其中仅一些核酸的碱基根据碱基配对原则进行匹配。或者,核酸之间可存在“完全”或“总体”的互补。核酸链之间的互补程度对核酸链之间杂交的效率和强度具有显著影响。
术语“对应于”或“对应于”是指(a)具有与参考多核苷酸序列的全部或一部分基本上相同或互补或编码与氨基酸序列相同的氨基酸序列的核苷酸序列的多核苷酸在肽或蛋白质中;或(b)具有与参考肽或蛋白质中的氨基酸序列基本上相同的氨基酸序列的肽或多肽。
术语“共刺激配体”是指特异性结合T细胞上的同源共刺激分子的抗原呈递细胞(例如,APC,树突细胞,B细胞等)上的分子,由此提供除了通过例如TCR/CD3复合物与负载有肽的MHC分子的结合所提供的初级信号之外,信号还介导包括增殖、活化、分化和其他中的至少一种的T细胞应答细胞反应。共刺激配体可以包括B7-1(CD80)、B7-2(CD86)、PD-L1、PD-L2、4-1BBL、OX40L、诱导型共刺激配体(ICOS-L)、细胞间粘附分子ICAM)、CD30L、CD40、CD70、CD83、HLA-G、MICA、MICB、HVEM、淋巴毒素β受体、3/TR6、ILT3、ILT4、HVEM、CD7的配体、与Toll配体受体结合的激动剂或抗体和与B7-H3特异性结合的配体。共刺激配体还尤其包括特异性结合存在于T细胞上的共刺激分子如CD27、CD28、4-1BB、OX40、CD30、CD40、PD-1的激动剂或抗体、ICOS、淋巴细胞功能相关抗原-1(LFA-1)、CD2、CD7、LIGHT、NKG2C、B7-H3和特异性结合CD83的配体。
术语“共刺激分子”是指T细胞上的同源结合配偶体,其与共刺激配体特异性结合,由此介导T细胞的共刺激反应,例如增殖。共刺激分子包括MHC I类分子、BTLA和Toll样受体。
术语“共刺激信号”是指信号,其与主要信号(例如TCR/CD3连接)组合导致T细胞增殖和/或关键分子的上调或下调。术语“疾病”和“病症”可以互换使用,或者可以是不同的,因为特定的疾病或病症可能没有已知的致病因子(因此病因尚未解决),因此尚未被认识到作为一种疾病,但仅作为不良状况或综合征,其中临床医生已经确定了或多或少特定的一组症状。术语“疾病”是受试者的健康状态,其中受试者不能维持体内平衡,并且其中如果疾病没有改善则受试者的健康继续恶化。相反,受试者中的“病症”是动物能够维持体内平衡的健康状态,但其中动物的健康状态不如没有病症时的健康状态。如果不及时治疗,疾病并不一定会导致动物的健康状况进一步下降。
术语“有效”是指足以实现期望的,预期的或预期的结果。例如,治疗背景下的“有效量”可以是足以产生治疗或预防益处的化合物的量。
术语“编码”是指多核苷酸中特定核苷酸序列的固有特性,例如基因,cDNA或mRNA,以用作在具有确定的核苷酸序列(即rRNA、tRNA和mRNA)或确定的氨基酸序列以及由此产生的生物学特性。因此,如果对应于该基因的mRNA的转录和翻译在细胞或其他生物系统中产生该蛋白质,则该基因编码蛋白质。核苷酸序列与mRNA序列相同的编码链(除了用“U”代替“T”以外)通常都在序列表中提供,非编码链均用作模板用于基因或cDNA转录的“蛋白质”可以被称为编码该基因或cDNA的蛋白质或其他产物。
术语“外源”是指不是天然存在于野生型细胞或生物中但通常通过分子生物学技术引入细胞中的分子。外源多核苷酸的实例包括编码所需蛋白质的载体,质粒和/或人造核酸构建体。关于多核苷酸和蛋白质,术语“内源”或“天然”是指可以在给定的野生型细胞或生物体中发现的天然存在的多核苷酸或氨基酸序列。而且,通过分子生物学技术从第一生物分离并转移到第二生物的特定多核苷酸序列通常被认为是相对于第二生物的“外源”多核苷酸或氨基酸序列。在特定的实施方案中,可以通过分子生物学技术将多核苷酸序列“引入”到已经含有这样的多核苷酸序列的微生物中,例如,以产生原本天然存在的多核苷酸序列的一个或多个另外的拷贝,从而促进编码的多肽的过表达。
在实施方案中,多核苷酸可以整合到修饰细胞的基因组中,并且修饰细胞的后代也将表达多核苷酸,从而产生稳定转染的修饰细胞。在实施方案中,修饰的细胞可以表达编码CAR的多核苷酸,但是该多核苷酸不整合到修饰的细胞的基因组中,使得修饰的细胞在有限的时间段(例如几天)中表达瞬时转染的多核苷酸,之后,多核苷酸会因细胞分裂或其他因素而丢失。例如,多核苷酸以重组DNA构建体、mRNA或病毒载体形式存在于修饰的细胞中,和/或多核苷酸是不整合到修饰的细胞的基因组中的mRNA。
术语“表达”是指由其启动子驱动的特定核苷酸序列的转录和/或翻译。
术语“表达载体”是指包含重组多核苷酸的载体,所述重组多核苷酸包括可操作地连接至待表达的核苷酸序列的表达控制序列。表达载体包括足够的顺式作用元件用于表达。其他表达元件可以由宿主细胞或在体外表达系统中提供。表达载体包括本领域已知的所有载体,例如粘粒、质粒(例如裸露或包含在脂质体中)和掺入重组多核苷酸的病毒(例如慢病毒、逆转录病毒、腺病毒和腺相关病毒)。
术语“同源的”是指两个多肽之间或两个多核苷酸之间的序列相似性或序列同一性,当两个比较序列中的位置被相同的碱基或氨基酸单体亚基占据时,例如,如果两个多肽中的每一个中的位置。DNA分子被腺嘌呤占据,然后分子在该位置同源。两个序列之间的同源性百分比是两个序列共有的匹配或同源位置数除以相比的位置数×100的函数。例如,如果两个序列中10个位置中的6个是匹配的或同源的,那么这两个序列是60%同源的。举例来说,DNA序列ATTGCC和TATGGC具有50%的同源性。当两个序列比对以产生最大同源性时进行比较。
术语“免疫球蛋白”或“Ig”是指一类起抗体作用的蛋白质。包括在这类蛋白质中的五个成员是IgA、IgG、IgM、IgD和IgE。IgA是存在于体内分泌物中的一级抗体,例如唾液、泪液、母乳、胃肠分泌物和呼吸道和泌尿生殖道的粘液分泌物。IgG是最常见的循环抗体。IgM是大多数受试者在初次免疫应答中产生的主要免疫球蛋白。它是凝集、补体结合和其他抗体反应中最有效的免疫球蛋白,并且在防御细菌和病毒方面是重要的。IgD是免疫球蛋白,其没有已知的抗体功能,但可以作为抗原受体。IgE是免疫球蛋白,其通过在暴露于过敏原时从肥大细胞和嗜碱性粒细胞释放介质而介导即时超敏反应。
术语“分离的”是指基本上或基本上不含通常伴随其天然状态的组分的材料。该材料可以是细胞或大分子,如蛋白质或核酸。例如,如本文所用的“分离的多核苷酸”是指已经从天然存在状态的侧翼序列中纯化的多核苷酸,例如已经从通常是正常序列中去除的DNA片段与片段相邻。或者,本文所用的“分离的肽”或“分离的多肽”等是指肽或多肽分子从其天然细胞环境的体外分离和/或纯化,以及与其他组分细胞。
术语“基本上纯化的”是指基本上不含在其天然状态下通常与其结合的组分的材料。例如,基本上纯化的细胞是指已经从其通常以其天然存在或天然状态结合的其他细胞类型中分离的细胞。在某些情况下,基本上纯化的细胞群是指同质的细胞群。在其他情况下,该术语简单地指的是在其自然状态下已与与其自然结合的细胞分离的细胞。在实施方案中,细胞在体外培养。在其他实施方案中,细胞不体外培养。
在本公开的上下文中,使用下列普遍存在的核酸碱基的缩写。“A”指的是腺苷,“C”指的是胞嘧啶,“G”指的是鸟苷,“T”指的是胸苷,以及“U”指的是尿苷。
除非另有说明,“编码氨基酸序列的核苷酸序列”包括彼此互为简并版本并且编码相同的氨基酸序列的所有核苷酸序列。短语编码蛋白质或RNA的核苷酸序列也可包括内含子,在一定程度上编码蛋白质的核苷酸序列可在某些版本中包含(一个或多个)内含子。
术语“慢病毒”是指逆转录病毒科的一个属。慢病毒在逆转录病毒中的独特之处在于能够感染非分裂细胞。它们可以将大量遗传信息传递到宿主细胞的DNA中,因此它们是基因传递载体中最有效的方法之一。此外,慢病毒的使用能够将遗传信息整合到宿主染色体中,从而稳定地转导遗传信息。HIV、SIV和FIV都是慢病毒的例子。源自慢病毒的载体提供了在体内实现显着水平的基因转移的手段。
术语“调节”是指与没有治疗或化合物的情况下受试者的反应水平相比,和/或与受试者的水平相比,可调节的受试者反应水平的可检测的增加或降低。在其他相同但未治疗的受试者中的反应。该术语包括干扰和/或影响天然信号或反应,从而在受试者,优选人中介导有益的治疗反应。
当核酸置于与另一核酸序列的功能关系中时,它是“可操作地连接”的。例如,如果将前序列或分泌前导序列的DNA表达为参与多肽分泌的前蛋白,则其与多肽的DNA可操作地连接;如果启动子或增强子影响序列的转录,则其与编码序列可操作地连接;或者如果核糖体结合位置被定位以便于翻译,则该核酸体结合位点与编码序列可操作地连接。
术语“在转录控制下”是指与多核苷酸有效连接并处于正确位置和方向的启动子,以控制RNA聚合酶的转录起始和多核苷酸的表达。
术语“过度表达”的肿瘤抗原或肿瘤抗原的“过表达”旨在表示肿瘤抗原在来自疾病区域的细胞中的异常表达水平,所述疾病区域例如患者相关的特定组织或器官内的实体肿瘤到来自该组织或器官的正常细胞中的表达水平。可以通过本领域已知的标准测定来确定具有肿瘤抗原过表达的以实体瘤或血液恶性肿瘤为特征的患者。
实体瘤是通常不包含囊肿或液体区域的异常组织块。实体瘤可以是良性或恶性的。不同类型的实体瘤以形成它们的细胞类型命名(例如肉瘤,癌和淋巴瘤)。实体瘤如肉瘤和癌的实例包括纤维肉瘤、粘液肉瘤、脂肪肉瘤、软骨肉瘤、骨肉瘤、滑膜瘤、间皮瘤、尤文氏瘤、平滑肌肉瘤、横纹肌肉瘤、结肠癌、淋巴恶性肿瘤、胰腺癌、乳腺癌、肺癌、卵巢癌、前列腺癌、肝细胞癌、鳞状细胞癌、基底细胞癌、腺癌、汗腺癌、甲状腺髓样癌、乳头状甲状腺癌、嗜铬细胞瘤皮脂腺癌、乳头状癌、乳头状腺癌、髓样癌、支气管癌、肾细胞癌、肝细胞癌、胆管癌、绒毛膜癌、肾母细胞瘤、宫颈癌、睾丸肿瘤、精原细胞瘤、膀胱癌、黑色素瘤和中枢神经系统肿瘤(如脑胶质瘤(如脑干胶质瘤和混合胶质瘤)、胶质母细胞瘤(又称多形性胶质母细胞瘤))、星形细胞瘤、中枢神经系统淋巴瘤、生殖细胞瘤、成神经管细胞瘤、神经鞘瘤opharyogioma、室管膜瘤、松果体、血管母细胞瘤、听神经瘤、少突神经胶质瘤、脑膜瘤、神经母细胞瘤、视网膜母细胞瘤和脑转移瘤)。
受试者中的淋巴细胞或T细胞反应是指与辅助、杀伤、调节和其他类型T细胞相关的细胞介导的免疫。例如,T细胞应答可以包括诸如协助其他WBC进行免疫过程以及鉴定和破坏病毒感染的细胞和肿瘤细胞的活动。受试者中的T细胞应答可以通过各种指标来测量,例如T细胞杀死的许多病毒感染细胞和/或肿瘤细胞,T细胞释放的细胞因子(例如IL-6和IFN-γ)的量。在体内和/或与病毒感染的细胞和/或肿瘤细胞共培养时,表示受试者中T细胞的增殖水平,T细胞的表型变化(例如记忆T细胞的变化)和受试者中T细胞的寿命或寿命水平。
在实施方案中,本文所述的增强T细胞应答的方法可有效治疗需要其的受试者,例如,被诊断患有肿瘤或抑制靶细胞生长的受试者。术语肿瘤是指肿块,其可以是诸如血液之类的流体的集合,或者是实心块。肿瘤可以是恶性(癌性)或良性的。血液癌的例子包括慢性淋巴细胞性白血病,急性骨髓性白血病,急性淋巴细胞性白血病和多发性骨髓瘤。
实体瘤抗原是在实体瘤上表达的抗原。在实施方案中,实体瘤抗原也在健康组织上以低水平表达。表1中提供了实体瘤抗原及其相关疾病肿瘤的实例。
表1
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组合物的术语“肠胃外施用”包括例如皮下(sc)、静脉内(iv)、肌内(im)、胸骨内注射或输注技术。
术语“患者”,“受试者”和“个体”等在本文可互换使用,并且是指适用于本文所述方法的任何人、动物或活生物体。在某些非限制性实施方案中,患者、受试者或个体是人或动物。在实施方案中,术语“受试者”旨在包括其中可以引起免疫应答的活生物体(例如哺乳动物)。受试者的实例包括人和动物,例如狗、猫、小鼠、大鼠及其转基因物种。
需要治疗或其需要的受试者包括患有需要治疗的疾病,病症或失调的受试者。需要其的受试者还包括需要治疗以预防疾病,病症或失调的受试者。
术语“多核苷酸”或“核酸”是指mRNA、RNA、cRNA、rRNA、cDNA或DNA。该术语通常是指长度至少为10个碱基的核苷酸的聚合形式,即核糖核苷酸或脱氧核苷酸,或任一类型核苷酸的修饰形式。该术语包括所有形式的核酸,包括单链和双链形式的核酸。
术语“多核苷酸变体”和“变体”等是指与参考多核苷酸序列显示出实质序列同一性的多核苷酸或在下文定义的严格条件下与参考序列杂交的多核苷酸。这些术语还包括通过添加,缺失或取代至少一个核苷酸而与参考多核苷酸不同的多核苷酸。因此,术语“多核苷酸变体”和“变体”包括其中一个或多个核苷酸已被添加或缺失或被不同核苷酸置换的多核苷酸。就这一点而言,本领域众所周知的是,可以对参照多核苷酸进行包括突变、添加、缺失和取代的某些改变,由此改变的多核苷酸保留参照多核苷酸的生物学功能或活性或具有与参考多核苷酸的关系(即优化的)。多核苷酸变体包括例如与参考多核苷酸序列具有至少50%(以及至少51%至至少99%以及所有整数百分比之间,例如90%、95%或98%)序列同一性的多核苷酸在此描述。术语“多核苷酸变体”和“变体”还包括天然存在的等位基因变体和直向同源物。
术语“多肽”、“多肽片段”、“肽”和“蛋白质”在本文中可互换使用,是指氨基酸残基的聚合物以及其变体和合成类似物。因此,这些术语适用于氨基酸聚合物,其中一个或多个氨基酸残基是合成的非天然存在的氨基酸,例如相应天然存在的氨基酸的化学类似物,以及天然存在的氨基酸聚合物。在某些方面,多肽可以包括通常催化(即增加各种化学反应的速率)的酶促多肽或“酶”。
术语“多肽变体”是指通过添加,缺失或取代至少一个氨基酸残基而与参考多肽序列区分的多肽。在某些实施方案中,通过一个或多个取代将多肽变体与参考多肽区分开来,所述取代可以是保守的或非保守的。在某些实施方案中,多肽变体包含保守取代,并且就此而言,本领域中熟知可以将一些氨基酸改变为具有广泛相似性质的氨基酸,而不改变多肽活性的性质。多肽变体还包括其中一个或多个氨基酸已被添加或缺失或被不同氨基酸残基置换的多肽。
术语“启动子”是指由启动多核苷酸序列特异性转录所需的细胞合成机器或引入的合成机器识别的DNA序列。术语“表达控制序列”是指在特定宿主生物中表达可操作连接的编码序列所必需的DNA序列。例如,适用于原核生物的控制序列包括启动子,任选的操纵子序列和核糖体结合位点。已知真核细胞利用启动子,聚腺苷酸化信号和增强子。
术语“结合”,“结合”或“与……相互作用”是指识别并附着于样品或生物中的特定第二分子但基本上不识别或附着于样品中其他结构无关分子的分子。如本文所用,相对于抗体,术语“特异性结合”是指识别特异性抗原但基本上不识别或结合样品中其他分子的抗体。例如,特异性结合一种物种的抗原的抗体也可以结合一种或多种物种的抗原。但是,这种种间反应性本身并不改变抗体的特异性分类。在另一个实例中,特异性结合抗原的抗体也可以结合抗原的不同等位基因形式。但是,这种交叉反应性本身并不改变抗体的特异性。在某些情况下,术语“特异性结合”或“特异性结合”可用于指抗体,蛋白质或肽与第二种化学物质的相互作用,以表示相互作用取决于化学物种上的特定结构(例如,抗原决定簇或表位);例如,抗体识别并结合特定的蛋白质结构,而不是与任何蛋白质结合。如果抗体对表位“A”具有特异性,那么在包含标记“A”和抗体的反应中,包含表位A(或游离的,未标记的A)的分子的存在将减少与抗体结合的标记A的数量。
“结合蛋白”是能够非共价结合至另一分子的蛋白。结合蛋白可结合至例如DNA分子(DNA结合蛋白),RNA分子(RNA结合蛋白)和/或蛋白质分子(蛋白质结合蛋白)。在蛋白质结合蛋白的情况下,它可以结合自身(形成同型二聚体、同型三聚体等)和/或可以结合不同蛋白质的一个或多个分子。结合蛋白可以具有一种以上的结合活性。例如,锌指蛋白具有DNA结合,RNA结合和蛋白结合活性。
“锌指DNA结合蛋白”(或结合结构域)是蛋白质或更大蛋白质内的结构域,其以序列特异性方式通过一个或多个锌指结合DNA,所述锌指是在其结构通过配位锌离子稳定结构域。术语锌指DNA结合蛋白通常缩写为锌指蛋白或ZFP。
锌指结合结构域可以被“工程化”以结合至预定的核苷酸序列,例如,通过对天然存在的锌指蛋白的识别螺旋区进行改造(改变一个或多个氨基酸)。此外,锌指结合结构域可以与DNA切割结构域融合以形成靶向特定所需DNA序列的锌指核酸酶(ZFN)。例如,一对ZFN(例如,ZFN左臂和ZFN-右臂)可以被工程化以靶向并引起特定的所需DNA序列(例如TRAC基因)的修饰,如图1所示。
“裂解”是指DNA分子的共价骨架的断裂。切割可以通过多种方法引发,包括但不限于磷酸二酯键的酶促或化学水解。单链切割和双链切割都是可能的,并且由于两个不同的单链切割事件的结果可能发生双链切割。DNA切割可导致产生钝端或交错末端。在某些实施方案中,融合多肽用于靶向双链DNA切割。
“靶位点”或“靶序列”是定义结合分子将结合的核酸的一部分的核酸序列,条件是存在足够的结合条件。例如,序列5'GAATTC 3'是Eco RI限制性核酸内切酶的靶位点。
“融合”分子是其中两个或更多个亚基分子优选优选共价连接的分子。亚基分子可以是相同化学类型的分子,也可以是不同化学类型的分子。第一类融合分子的实例包括但不限于融合蛋白(例如,ZFP DNA结合结构域和一个或多个激活结构域之间的融合)和融合核酸(例如,编码上文所述的融合蛋白)。第二类融合分子的实例包括但不限于三链形成核酸与多肽之间的融合以及小沟结合物与核酸之间的融合。
融合蛋白在细胞中的表达可以通过将融合蛋白递送至细胞或通过将编码融合蛋白的多核苷酸递送至细胞而产生,其中多核苷酸被转录并转录转录物以产生融合蛋白。跨剪接,多肽切割和多肽连接也可以参与蛋白质在细胞中的表达。将多核苷酸和多肽递送到细胞的方法在本公开的其他地方有描述。
基因表达的“调节”是指基因活性的变化。表达的调节可包括但不限于基因激活和基因阻抑。基因组编辑(例如,切割、改变、失活、随机突变)可用于调节表达。如本文所述,基因失活是指与不包含ZFP的细胞相比,基因表达的任何降低。因此,基因失活可以是部分或完全的。
“目的区域”是细胞染色质的任何区域,例如期望结合外源分子的基因或基因内或附近的非编码序列。结合可以出于靶向DNA切割和/或靶向重组的目的。例如,目标区域可以存在于染色体,附加体,细胞器基因组(例如线粒体、叶绿体)或感染性病毒基因组中。目的区域可以在基因的编码区域内,在转录的非编码区域内,例如前导序列,尾随序列或内含子,或在非转录区域内,在编码区域的上游或下游。感兴趣的区域可以小到单个核苷酸对,或最多2,000个核苷酸对,或者任何整数对。
“统计上显着”意味着结果不可能偶然发生。统计学显着性可通过本领域已知的任何方法确定。常用的重要度量包括p值,如果零假设为真,则p值是观察事件发生的频率或概率。如果获得的p值小于显着性水平,则拒绝原假设。在简单的情况下,显着性水平定义为p值为0.05或更小。“减少”或“减少”或“减少”量通常是“统计学上显着的”或生理学上显着的量,并且可以包括减少约1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9、2、2.5、3、3.5、4、4.5、5、6、7、8、9、10、15、20、30、40或50或更多倍(例如100、500、1000倍)(包括所有整数和介于1与大于1之间的小数点,例如1.5、1.6、1.7、1.8等)的本文描述的数量或水平。
术语“刺激”是指通过刺激分子(例如,TCR/CD3复合物)与其同源配体结合诱导的初级反应,从而介导信号转导事件,例如经由TCR/CD3复合物的信号转导。刺激可以介导某些分子表达的改变,例如TGF-β的下调和/或细胞骨架结构的重组。就主要应答而言,CD3ζ不是CAR构建体唯一合适的主要信号传导域。例如,早在1993年,CD3ζ和FcRγ都显示为CAR分子的功能性主要信号传导域。Eshhar等人,“通过由抗体结合结构域以及免疫球蛋白和T细胞受体的γ或ζ亚基组成的嵌合单链特异性激活和靶向细胞毒性淋巴细胞”,PNAS,1993年1月15日;90(2):720-4表明,两个scFv与“FcRy链或CD3复合物s链融合”的CAR构建体触发了T细胞活化和靶细胞。值得注意的是,如Eshhar等人所证明的,仅包含主要信号传导域CD3ζ或FcRγ的CAR构建体在不存在共同刺激域的情况下具有功能。这些年来,还开发了其他基于非CD3Z的CAR构建体。例如,Wang等人,“基于杀伤性免疫球蛋白样受体(KIR)的嵌合抗原受体(CARs)在实体瘤中触发了鲁棒的细胞毒活性”,分子治疗,第一卷。22号Suppl.1,2014年5月,第S57页测试了一种将scFv与“杀伤性免疫球蛋白样受体(KIR)的跨膜和胞质域融合的CAR分子。Wang等人指出,“KIR靶向间皮素的基于SS的CAR(SS 1-KIR)触发的抗原特异性细胞毒性活性和细胞因子的产生与基于CD3的CAR相当。”同一组的第二篇出版物,Wang等人,“产生强效T-使用基于DAP12的多链嵌合免疫受体的细胞免疫疗法治疗癌症”,《癌症免疫研究》,2015年7月;3(7):815-26,显示了一种CAR分子,其中“用于识别抗原的单链可变片段[已融合对于KIR2DS2的跨膜和细胞质结构域,“当将杀伤性免疫球蛋白样受体(KIR)与DAP12一起引入人T细胞时,DIR是一种基于免疫酪氨酸的含激活基序的衔接子”。
术语“刺激分子”是指特异性结合存在于抗原呈递细胞上的同源刺激配体的T细胞上的分子。例如,源自刺激分子的功能性信号传导结构域是与T细胞受体复合物相关的ζ链。
术语“刺激性配体”是指当存在于抗原呈递细胞(例如,APC,树突状细胞,B细胞等)上时,可以与同源结合伴侣(称为“配体”)特异性结合的配体。在本文中称为“刺激性分子”)在细胞例如T细胞上,从而介导T细胞的原发应答,包括激活,免疫应答的起始,增殖和类似过程。刺激性配体在本领域中是众所周知的,并且尤其包括装载有肽,抗CD3抗体,超激动剂抗CD28抗体和超激动剂抗CD2抗体的MHC I类分子。
术语“治疗剂”是指治疗和/或预防。治疗效果通过抑制,缓解或根除疾病状态或减轻疾病状态症状而获得。
术语“治疗有效量”是指将引起研究者,兽医,医生或另一临床医生寻求的组织,系统或受试者的生物学或医学反应的主题化合物的量。术语“治疗有效量”包括化合物的量,当给药时,该量足以防止所治疗的病症或疾病的一种或多种症状或体征的发展或在某种程度上减轻。治疗有效量将取决于化合物,疾病,其严重程度以及待治疗对象的年龄,体重等。
术语“治疗疾病”是指降低受试者经历的疾病或病症的至少一种体征或症状的频率或严重程度。
术语“转染的”或“转化的”或“转导的”是指将外源核酸转移或引入宿主细胞的过程。“转染的”或“转化的”或“转导的”细胞是已经用外源核酸转染,转化或转导的细胞。该细胞包括原代受试者细胞及其后代。
术语“载体”是指包含分离的核酸并且可用于将分离的核酸递送至细胞内部的多核苷酸。在本领域中已知许多载体,包括线性多核苷酸,与离子或两亲化合物相关的多核苷酸,质粒和病毒。因此,术语“载体”包括自主复制质粒或病毒。该术语还包括促进核酸转移到细胞中的非质粒和非病毒化合物,例如聚赖氨酸化合物,脂质体等。病毒载体的实例包括腺病毒载体,腺伴随病毒载体,逆转录病毒载体等。例如,慢病毒是复杂的逆转录病毒,除了常见的逆转录病毒基因gag、pol和env外,还包含其他具有调节或结构功能的基因。慢病毒载体是本领域众所周知的。慢病毒的一些例子包括人类免疫缺陷病毒:HIV-1,HIV-2和猿猴免疫缺陷病毒:SIV。慢病毒载体是通过多重减毒HIV毒力基因而产生的,例如,env,vif,vpr,vpu和nef基因被删除,从而使该载体具有生物学上的安全性。
范围:在整个本公开中,本公开的各个方面可以以范围格式给出。应当理解,范围格式的描述仅是为了方便和简洁,并且不应当被解释为对本公开的范围的硬性限制。因此,范围的描述应被认为具有具体公开的所有可能的子范围以及处于那个范围内的单个数值。例如,范围的描述诸如从1至6应被认为具有具体公开的子范围诸如从1至3、从1至4、从1至5、从2至4、从2至6、从3至6等,以及那个范围内的单个数值,例如,1、2、2.7、3、4、5、5.3和6。不管范围的宽度如何,这一点都是适用的。
实施方案涉及工程改造以表达抗原结合分子的修饰细胞,其中已减少或消除了修饰细胞中一个或多个分子的表达和/或功能,所述一个或多个分子与修饰细胞的凋亡相关。在实施方案中,一个或多个分子可以包括糖皮质激素受体α(GRα)、Fas、TNFR1、TNFR2和/或TRAIL。在实施方案中,修饰的细胞包括与一个或多个分子的生物合成或转运途径相关的内源基因的破坏或外源基因的添加。
在实施方案中,通过抑制T细胞的凋亡来增强T细胞的扩增。它主要通过FAS,TNFR1/2和TRAIL信号通路起作用。Fas是一种跨膜蛋白,属于肿瘤坏死因子受体超家族。它与FasL的结合可以启动凋亡信号的凋亡。其活化涉及一系列步骤:首先,配体诱导受体三聚,然后在细胞膜上形成凋亡诱导复合物,其中包括具有死亡结构域的Fas相关蛋白FADD。然后,该复合物聚合多个caspase8的分子,进而引起随后的级联反应,即Caspases,该酶被激活为酶原,导致随后的级联反应。细胞经历凋亡。TNF介导的凋亡途径类似于FAS,它由死亡受体TNFRI介导。肿瘤坏死因子受体(TNF Rs)是最大死亡受体的代表家族,包括TNFRI(p55,CD120a),TNFRII(p75,CD120b)等。共同特征是细胞内区域具有转导细胞死亡信号所必需的高度同源的氨基酸序列,即DD。近年来,发现的死亡域蛋白主要包括FADD、TNFRI相关的死亡域蛋白(TRADD)和受体相互作用蛋白(RIP)。TNF主要由感染和活化的巨噬细胞和T细胞产生,并通过其细胞表面受体TNFRI和TNFRII介导凋亡。在实施方案中,凋亡信号是与凋亡诱导的配体(TRAIL)有关的肿瘤坏死因子,其是肿瘤坏死因子家族的成员并且能够在大多数人肿瘤细胞中诱导凋亡。对正常细胞没有明显的细胞毒性。TRAIL主要通过激活外源途径并伴随内源途径的级联扩增来诱导肿瘤细胞凋亡。TRAIL与细胞膜表面上的死亡受体结合后,死亡受体的膜内部分会激活并经历自我剪切作用,从而形成诱导死亡的信号复合物(DISC)。Fas相关死亡域(FADD)和caspase-8(即caspase-10前体)的募集是形成DISC的前提。caspase-8和caspase-10前体形成活性的裂解的caspase-8和裂解的caspase-10,它们依次激活caspase-3、6和7并启动凋亡。在实施方案中,FAS/TNFR1/2和TRAIL的显性阴性形式或直接敲除/敲低(例如TALEN)可用于抑制T细胞凋亡。在实施方案中,可以实现降低下游信号如caspase8/3/faddcaspase10和PRKC的功能或表达以抑制细胞凋亡。
显性失活具有改变的基因产物,其对野生型等位基因起拮抗作用。这些突变通常导致分子功能改变(通常是无活性的),并以显性或半显性表型为特征。例如,受体的显性负性形式可以包括受体的宽型细胞内结构域的一种或多种添加,缺失或取代,从而可以阻断受体的信号传导途径。
实施方案涉及扩增修饰的细胞的方法,该方法包括减少或消除修饰的细胞中一个或多个分子的功能或表达,使得与该修饰的细胞相比,由一个或多个分子诱导的修饰的细胞的细胞死亡减少。修饰的细胞,其一个或多个分子的表达功能没有减少或消除。在实施方案中,减少的细胞死亡实现了直接增加细胞数的那些方法的相似效果(例如,细胞数),这在本申请中也可以被认为是修饰的细胞的扩增。
实施方案涉及工程改造以表达抗原结合分子的修饰细胞,其中糖皮质激素受体α(GRα)在修饰细胞中的表达和/或功能已被减少或消除。实施方案涉及包含细胞群体的药物组合物。实施方案涉及在需要其的受试者中引起或引发T细胞应答和/或治疗该受试者的肿瘤的方法,该方法包括施用有效量的组合物。例如,修饰的细胞包含与GRα的生物合成或转运途径相关的内源基因的破坏或外源基因的添加。
在实施方案中,抗原结合分子是嵌合抗原受体(CAR),其包含抗原结合结构域,跨膜结构域和细胞内信号传导结构域。在实施方案中,抗原结合结构域与肿瘤抗原结合,肿瘤抗原选自:TSHR、CD19、CD123、CD22、CD30、CD171、CS-1、CLL-1、CD33、EGFRvIII、GD2、GD3、BCMA、Tn Ag、PSMA、ROR1、FLT3、FAP、TAG72、CD38、CD44v6、CEA、EPCAM、B7H3、KIT、IL-13Ra2、间皮素、IL-11Ra、PSCA、PRSS21、VEGFR2、LewisY、CD24、PDGFRβ、SSEA-4、CD20、叶酸受体α、ERBB2(Her2/neu)、MUC1、EGFR、NCAM、蛋白酶、PAP、ELF2M、Ephrin B2、IGF-1受体、CAIX、LMP2、gp100、bcr-abl、酪氨酸酶、EphA2、岩藻糖基GM1、sLe、GM3、TGS5、HMWMAA、邻乙酰基GD2、叶酸受体β、TEM1/CD248、TEM7R、CLDN6、GPRC5D、CXORF61、CD97、CD179a、ALK、聚唾液酸、PLAC1、GloboH、NY-BR-1、UPK2、HAVCR1、ADRB3、PANX3、GPR20、LY6K、OR51E2、TARP、WT1、NY-ESO-1、LAGE-1a、MAGE-A1、legumain、HPV E6、E7、MAGE A1、ETV6-AML、精子蛋白17、XAGE1、Tie 2、MAD-CT-1、MAD-CT-2、Fos相关抗原1、p53、p53突变体、脯氨酸、存活蛋白和端粒酶、PCTA-1/Galectin 8、MelanA/MART1、Ras突变体、hTERT、SAR昏迷易位断点、ML-IAP、ERG(TMPRSS2 ETS融合基因)、NA17、PAX3、雄激素受体、细胞周期蛋白B1、MYCN、RhoC、TRP-2、CYP1B1、BORIS、SART3、PAX5、OY-TES1、LCK、AKAP-4、SSX2、RAGE-1、人类端粒酶逆转录酶、RU1、RU2、肠羧基酯酶、mut hsp70-2、CD79a、CD79b、CD72、LAIR1、FCAR、LILRA2、CD300LF、CLEC12A、BST2、EMR2、LY75、GPC3、FCRL5和IGLL1。在实施方案中,细胞内信号传导结构域包含共刺激信号传导结构域,或初级信号传导结构域和共刺激信号传导结构域,其中所述共刺激信号传导结构域包括蛋白质的功能性信号传导结合域,其中蛋白质选自CD27、CD28、4-1BB(CD137)、OX40、CD30、CD40、PD-1、ICOS、淋巴细胞功能相关抗原1(LFA-1)、CD2、CD7、LIGHT、NKG2C、B7-H3、一种与CD83特异性结合的配体、CDS,ICAM-1,GITR,BAFFR,HVEM(LIGHTR),SLAMF7、NKp80(KLRF1)、CD160、CD19、CD4、CD8α、CD8β、IL2Rβ、IL2Rγ、IL7Rα、ITGA4、VLA1、CD49a、ITGA4、IA4、CD49D、ITGA6、VLA-6、CD49f、ITGAD、CD11d、ITGAE、CD103、ITGAL、CD11a、LFA-1、ITGAM、CD11b、ITGAX、CD11c、ITGB1、CD29、ITGB2、CD18、LFA-1、ITGB7、TNFR2、TRANCE/RANKL、DNAM1(CD226)、SLAMF4(CD244、2B4)、CD84、CD96(Tactile)、CEACAM1,CRTAM、Ly9(CD229)、CD160(BY55)、PSGL1、CD100(SEMA4D)、CD69、SLAMF6(NTB-A、Ly108)、SLAM(SLAMF1、CD150、IPO-3)、BL AME(SLAMF8)、SELPLG(CD162)、LTBR、LAT、GADS、SLP-76、PAG/Cbp、NKp44、NKp30、NKp46和NKG2D。序列可在美国专利公开号US20190216851中找到,其通过引用并入本文。
在实施方案中,抗原结合分子是修饰的TCR。
在实施方案中,TCR衍生自患者中自发发生的肿瘤特异性T细胞。在实施方案中,TCR结合肿瘤抗原。在实施方案中,肿瘤抗原包含CEA、gp100、MART-1、p53、MAGE-A3或NY-ESO-1。在实施方案中,TCR包含TCRγ和TCRδ链或TCRα和TCRβ链、或其组合。
在实施方案中,细胞是免疫效应细胞(例如,免疫效应细胞群)。
例如,免疫效应细胞是T细胞或NK细胞。在实施方案中,免疫效应细胞是T细胞。例如,T细胞是CD4+ T细胞,CD8+ T细胞或其组合。在实施方案中,细胞是人细胞。
在实施方案中,修饰的细胞包含一种或多种基因的表达或功能的抑制剂。在实施方案中,抑制剂是(1)靶向于编码一个或多个基因或相应调节元件的基因内一个或多个位点的基因编辑系统;(2)编码一种或多种基因的基因编辑系统的一种或多种成分的核酸;或(3)其组合。
在实施方案中,一种或多种基因的增强的表达和/或功能通过引入一种或多种基因的核酸序列来实现,所述核酸序列以重组DNA构建体、mRNA或病毒载体形式存在于修饰的细胞中。在实施方案中,通过引入和过表达编码GRβ,TNFR1的显性阴性形式,TNFR1的显性阴性形式和/或Fas的显性阴性形式的核酸序列来实现一种或多种基因的表达和/或功能的降低,并且核酸序列以重组DNA构建体、mRNA或病毒载体形式存在于修饰的细胞中。
在实施方案中,核酸序列是不整合到修饰细胞的基因组中的mRNA。实施方案涉及编码GRβ的分离的核酸序列。在修饰的细胞中,GRβ过表达,使得修饰的细胞可以逃逸或减少糖皮质激素诱导的细胞死亡的可能性。
在实施方案中,核酸序列与氧敏感多肽域相关。在实施方案中,氧敏感多肽域包含HIF VHL结合域。在实施方案中,核酸序列受启动子调节,所述启动子包含转录调节剂的结合位点,所述转录调节剂调节细胞中治疗剂的表达和/或分泌。在实施方案中,转录调节剂是或包括Hif1a、NFAT、FOXP3和/或NFkB。
修饰的T细胞可以衍生自干细胞。干细胞可以是成年干细胞、胚胎干细胞,更特别地是非人类干细胞、脐带血干细胞、祖细胞、骨髓干细胞、诱导性多能干细胞、全能干细胞或造血干细胞。修饰的细胞也可以是选自炎性T淋巴细胞、细胞毒性T淋巴细胞、调节性T淋巴细胞或辅助性T淋巴细胞的树突状细胞、NK细胞、B细胞或T细胞。在另一个实施方案中,修饰的细胞可以衍生自CD4+ T淋巴细胞和CD8+ T淋巴细胞。在扩增和遗传修饰本发明的细胞之前,可通过多种非限制性方法从受试者获得细胞来源。T细胞可从许多非限制性来源获得,包括外周血单核细胞、骨髓、淋巴结组织、脐带血、胸腺组织、感染部位的组织、腹水、胸腔积液、脾脏组织和肿瘤。在本发明的某些实施方案中,可以使用本领域技术人员已知的任何数量的T细胞系。在实施方案中,修饰的细胞可源自健康供体,诊断为癌症的患者或诊断为感染的患者。在实施方案中,修饰的细胞是呈现不同表型特征的混合细胞群的一部分。
术语“干细胞”是指具有自我更新能力和分化成其他类型细胞的某些类型的细胞。例如,干细胞可产生两个子干细胞(如体外培养的胚胎干细胞)或一个干细胞和经历分化的细胞(如例如造血干细胞)。上升到血细胞)。可以基于干细胞的来源和/或它们分化为其他类型细胞的能力范围来区分不同类别的干细胞。例如,干细胞可以包括胚胎干(ES)细胞(即,多能干细胞),体细胞干细胞,诱导的多能干细胞和任何其他类型的干细胞。
多能胚胎干细胞可能存在于胚泡的内部细胞团中,并具有很高的先天分化能力。例如,多能胚胎干细胞可能会在体内形成任何类型的细胞。当长时间在体外生长时,ES细胞保持多能性:子代细胞保留了多谱系分化的潜力。
体干细胞可包括胎儿干细胞(来自胎儿)和成体干细胞(存在于各种组织中,例如骨髓)。这些细胞被认为具有低于多能ES细胞的分化能力-胎儿干细胞的能力大于成体干细胞的能力;它们显然只能区分为有限范围的细胞,并被描述为多能的。“组织特异性”干细胞通常仅产生一种类型的细胞。例如,胚胎干细胞可以分化成血液干细胞(例如,造血干细胞(HSC)),其可以进一步分化成各种血细胞(例如,红细胞、血小板、白细胞等)。
诱导的多能干细胞(即,iPS细胞或iPSC)可以包括通过诱导特定基因的表达而人工衍生自非多能细胞(例如,成年体细胞)的一种多能干细胞。诱导的多能干细胞在许多方面类似于天然多能干细胞,例如胚胎干(ES)细胞,例如某些干细胞基因和蛋白质的表达,染色质甲基化模式,倍增时间,胚状体形成,畸胎瘤形成,可行的嵌合体形成以及效价和可分化性。诱导的多能细胞可由成年的胃、肝、皮肤细胞和血细胞制成。
在实施方案中,修饰的细胞是T细胞、NK细胞、树突细胞或巨噬细胞。
在实施方案中,抗原结合分子是包含细胞外结构域、跨膜结构域和细胞内结构域的CAR,细胞外结构域结合抗原。
在实施方案中,细胞内结构域包含共刺激信号传导区域,其包含选自CD27、CD28、4-1BB、OX40、CD30、CD40、PD-1、ICOS、淋巴细胞功能相关抗原1(LFA-1)、CD2、CD7、LIGHT、NKG2C、B7-H3及其任何组合。在实施方案中,抗原是表皮生长因子受体(EGFR)、表皮生长因子受体的变体III(EGFRvIII)、人表皮生长因子受体2(HER2)、间皮素(MSLN)、前列腺特异性膜抗原(PSMA)、癌胚抗原(CEA)、双唾液酸神经节苷脂2(GD2)、白介素13Ra2(IL13Rα2)、Glypican-3(GPC3)、碳酸酐酶IX(CAIX)、L1细胞粘附分子(L1-CAM)、癌症抗原125(CA125)、分化簇133(CD133)、成纤维细胞活化蛋白(FAP)、癌/睾丸抗原1B(CTAG1B)、粘蛋白1(MUC1)、叶酸受体α(FR-α)、CD19、FZD10、TSHR、PRLR、Muc 17、GUCY2C、CD207、CD3、CD5、B细胞成熟抗原(BCMA)或CD4。
在实施方案中,抗原结合分子是修饰的TCR。在实施方案中,TCR衍生自患者中自发发生的肿瘤特异性T细胞。在实施方案中,TCR结合肿瘤抗原。在实施方案中,肿瘤抗原包含CEA、gp100、MART-1、p53、MAGE-A3或NY-ESO-1。在实施方案中,TCR包含TCRγ和TCRδ链或TCRα和TCRβ链、或其组合。在实施方案中,TCR包含TCRγ和TCRδ链或TCRα和TCRβ链。在实施方案中,可以分离表达对靶抗原具有高亲和力的TCR的T细胞克隆。在某些实施方案中,可在抗原呈递细胞(APC)的存在下培养肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)或外周血单核细胞(PBMC),所述抗原呈递细胞用代表已知被诱导时呈现显性T细胞应答的表位的肽脉冲在定义的HLA等位基因中。然后可以根据MHC-肽四聚体染色和/或识别和裂解以低滴定浓度的同源肽抗原脉冲化的靶细胞的能力来选择高亲和力克隆。选择克隆后,通过分子克隆鉴定并分离TCRα和TCRβ链或TCRγ和TCRδ链。例如,对于TCRα和TCRβ链,然后将TCRα和TCRβ基因序列用于产生表达构建体,其理想地促进人TC细胞中两条TCR链的稳定,高水平表达。然后可以产生转导载体(例如γ逆转录病毒或慢病毒)并测试其功能性(抗原特异性和功能亲和力),并用于生产临床上大量的载体。然后将等分的最终产品用于转导目标T细胞群体(通常从患者PBMC中纯化),然后在输注至患者体内之前将其扩增。可以实施各种方法来获得编码肿瘤反应性TCR的基因。在Kershaw等人的Clin Transl Immunology,2014年5月;3(5):e16中提供了更多信息。
在实施方案中,特异性TCR可以源自患者中自发发生的肿瘤特异性T细胞。此类别中包括的抗原包括黑素细胞分化抗原MART-1和gp100,以及MAGE抗原和NY-ESO-1,它们在更广泛的癌症中表达。只要病毒蛋白由转化细胞表达,对病毒相关恶性肿瘤特异的TCRs也可以被分离。此类别的恶性肿瘤包括与肝炎和乳头瘤病毒相关的肝癌和宫颈癌,以及与爱泼斯坦-巴尔病毒相关的恶性肿瘤。在实施方案中,TCR的靶抗原可以包括CEA(例如,用于结肠直肠癌)、gp100、MART-1、p53(例如,用于黑色素瘤)、MAGE-A3(例如,黑色素瘤、食道和滑膜肉瘤)、NY-ESO-1(例如,黑色素瘤和肉瘤以及多发性骨髓瘤)。
实施方案涉及修饰的细胞,其包含一种或多种编码一种或多种蛋白质的多核苷酸,所述一种或多种蛋白质组装细胞外囊泡(EV)并编码或包含治疗剂。在实施方案中,修饰的细胞被工程化以表达抗原结合分子。
如本文所用,术语“细胞外囊泡”是指由细胞内和细胞外事件的组合产生的细胞来源的囊泡,其导致各种蛋白质和核酸的包封。这样的包封可以保护治疗性核酸免受酶促降解或其他环境压力(例如,离子强度、pH等)。蛋白质与细胞外囊泡的结合在细胞外和细胞内环境中都提供了稳定性,并促进了细胞与细胞之间的细胞靶向机制。
在实施方案中,细胞外囊泡:由细胞分泌的囊泡结构,其特异性地包裹RNA序列。细胞外囊泡(EVs)是两层膜结构的囊泡状体,其与细胞膜分离或被细胞分泌,直径范围为40nm至1000nm。细胞外囊泡主要由微囊泡(MV)和外泌体(Exs)组成。微囊是在细胞活化,损伤或凋亡后与细胞膜分离的小囊,其直径为约100nm至1000nm。在细胞中的多囊泡体与细胞膜融合后,外泌体通过细胞外分泌释放到细胞外,其直径约为40nm至100nm。有关EV和EV生产的更多信息,请参见Pastuzyn等人,Cell.2018年1月11日;172(1-2):275–288.e18,将其作为参考并入本文。
在实施方案中,一种或多种多核苷酸的表达可以通过诱导型表达系统调节。诱导型表达系统允许基因的时间和空间控制的激活和/或表达。例如,四环素控制的转录激活是一种诱导型基因表达的方法,其中在存在抗生素四环素或其一种衍生物(例如强力霉素)的情况下可逆地开启或关闭转录。例如,可诱导的自杀基因表达系统允许时间和空间控制的自杀基因的激活和/或表达,这导致细胞通过细胞凋亡杀死自己。
在实施方案中,修饰的细胞包含编码反向四环素反式激活剂(rtTA)的核酸序列。在实施方案中,一种或多种分子的表达由rtTA调节,使得一种或多种多核苷酸在四环素存在下表达。在实施方案中,细胞培养基中四环素的浓度不小于约2μg/ml。在实施方案中,四环素选自四环素、地美环素、甲氯环素、强力霉素、莱美环素、甲环素、米诺环素、土霉素、四环素和金霉素。在实施方案中,四环素是强力霉素。
在实施方案中,可诱导的自杀系统是HSV-TK系统或可诱导的胱天蛋白酶9系统。在实施方案中,修饰的细胞包含编码自杀基因的核酸序列,使得当修饰的细胞以允许自杀基因表达的方式存在核苷类似物时,使核苷类似物对修饰的细胞具有细胞毒性。在实施方案中,自杀基因选自单纯疱疹病毒的胸苷激酶,水痘带状疱疹病毒的胸苷激酶和细菌胞嘧啶脱氨酶。在实施方案中,自杀基因是单纯疱疹病毒的胸苷激酶。在实施方案中,核苷类似物选自更昔洛韦、阿昔洛韦、比昔洛韦、泛昔洛韦、喷昔洛韦、缬昔洛韦、三氟胸苷、1-[2-脱氧,2-氟,β-D-阿拉伯呋喃呋喃糖基]-5-碘尿嘧啶、ara-A、araT1-β-D-阿拉伯呋喃氧基胸腺嘧啶、5-乙基-2'-脱氧尿苷、5-碘-5'-氨基-2,5'-二脱氧尿苷、异氧尿苷、AZT、AIU、双脱氧胞苷和AraC。在实施方案中,核苷类似物是更昔洛韦。
在实施方案中,通过增强MHC I的表达,即通过封装促进MHC I表达的基因来实现细胞内识别和杀伤。鉴定P53突变识别,染色体结构异常(例如TFEB参考)。指定的RNA表示我们要包装的基因(例如TFEB等)分泌的细胞外囊泡对正常细胞无明显影响,但根据包装,该基因可能对肿瘤有不同的影响,例如抑制肿瘤或使肿瘤细胞正常化。当然,这不仅可以与NFAT结合使用,还可以用于药物诱导(毒物系统),途径诱导(Notch系统)。
在实施方案中,抗原结合分子是嵌合抗原受体(CAR),其包含抗原结合结构域、跨膜结构域和细胞内信号传导结构域。在实施方案中,抗原结合结构域与肿瘤抗原结合,肿瘤抗原选自:TSHR、CD19、CD123、CD22、CD30、CD171、CS-1、CLL-1、CD33、EGFRvIII、GD2、GD3、BCMA、Tn Ag、PSMA、ROR1、FLT3、FAP、TAG72、CD38、CD44v6、CEA、EPCAM、B7H3、KIT、IL-13Ra2、间皮素、IL-11Ra、PSCA、PRSS21、VEGFR2、LewisY、CD24、PDGFRβ、SSEA-4、CD20、叶酸受体α、ERBB2(Her2/neu)、MUC1、EGFR、NCAM、蛋白酶、PAP、ELF2M、Ephrin B2、IGF-1受体、CAIX、LMP2、gp100、bcr-abl、酪氨酸酶、EphA2、岩藻糖基GM1、sLe、GM3、TGS5、HMWMAA、邻乙酰基GD2、叶酸受体β、TEM1/CD248、TEM7R、CLDN6、GPRC5D、CXORF61、CD97、CD179a、ALK、聚唾液酸、PLAC1、GloboH、NY-BR-1、UPK2、HAVCR1、ADRB3、PANX3、GPR20、LY6K、OR51E2、TARP、WT1、NY-ESO-1、LAGE-1a、MAGE-A1、legumain、HPV E6、E7、MAGE A1、ETV6-AML、精子蛋白17、XAGE1、Tie 2、MAD-CT-1、MAD-CT-2、Fos相关抗原1、p53、p53突变体、脯氨酸、survivin和端粒酶、PCTA-1/Galectin 8、MelanA/MART1、Ras突变体、hTERT、肉瘤易位断点、ML-IAP、ERG(TMPRSS2 ETS融合基因)、NA17、PAX3、雄激素受体、细胞周期蛋白B1、MYCN、RhoC、TRP-2、CYP1B1、BORIS、SART3、PAX5、OY-TES1、LCK、AKAP-4、SSX2、RAGE-1、人类端粒酶逆转录酶、RU1、RU2、肠羧基酯酶、mut hsp70-2、CD79a、CD79b、CD72、LAIR1、FCAR、LILRA2、CD300LF、CLEC12A、BST2、EMR2、LY75、GPC3、FCRL5和IGLL1。在实施方案中,细胞内信号传导结构域包含共刺激信号传导结构域,或初级信号传导结构域和共刺激信号传导结构域,其中该共刺激信号传导结构域包括蛋白质的功能性信号传导结构域,其中蛋白质选自CD27、CD28、4-1BB(CD137)、OX40、CD30、CD40、PD-1、ICOS、淋巴细胞功能相关抗原1(LFA-1)、CD2、CD7、LIGHT、NKG2C,B7-H3、一种与CD83特异性结合的配体、CDS、ICAM-1、GITR、BAFFR、HVEM(LIGHTR)、SLAMF7、NKp80(KLRF1)、CD160、CD19、CD4、CD8α、CD8β、IL2Rβ、IL2Rγ、IL7Rα、ITGA4、VLA1、CD49a、ITGA4、IA4、CD49D、ITGA6、VLA-6、CD49f、ITGAD、CD11d、ITGAE、CD103、ITGAL、CD11a、LFA-1、ITGAM、CD11b、ITGAX、CD11c、ITGB1、CD29、ITGB2、CD18、LFA-1、ITGB7、TNFR2、TRANCE/RANKL、DNAM1(CD226)、SLAMF4(CD244、2B4)、CD84、CD96(Tactile)、CEACAM1、CRTAM、Ly9(CD229)、CD160(BY55)、PSGL1、CD100(SEMA4D)、CD69、SLAMF6(NTB-A、Ly108)、SLAM(SLAMF1、CD150、IPO-3)、BL AME(SLAMF8)、SELPLG(CD162)、LTBR、LAT、GADS、SLP-76、PAG/Cbp、NKp44、NKp30、NKp46和NKG2D。
在实施方案中,多核苷酸可以整合到修饰细胞的基因组中,并且修饰细胞的后代也将表达多核苷酸,从而产生稳定转染的修饰细胞。在实施方案中,修饰的细胞可以表达编码CAR的多核苷酸,但是该多核苷酸不整合到修饰的细胞的基因组中,使得修饰的细胞在有限的时间段(例如几天)中表达瞬时转染的多核苷酸,之后,多核苷酸会因细胞分裂或其他因素而丢失。例如,多核苷酸以重组DNA构建体、mRNA或病毒载体形式存在于修饰的细胞中,和/或多核苷酸是不整合到修饰的细胞的基因组中的mRNA。
实施方案涉及多核苷酸的方法或用途。使用方法包括:提供包含载体基因组的病毒颗粒(例如,AAV,慢病毒或其变体),该载体基因组包含多核苷酸,其中该多核苷酸可操作地连接至表达控制元件,该控制元件赋予多核苷酸转录并施用。对受试者的病毒颗粒的量,使得多核苷酸在受试者中表达。在实施方案中,AAV制剂可以包括AAV载体颗粒,空衣壳和宿主细胞杂质,从而提供了基本上不含AAV空衣壳的AAV产物。病毒颗粒的给药和制备的更多信息可以在美国专利号:9840719和Milani等人,Sci.Transl.Med.11,eaav7325(2019)22May 2019中找到,其通过引用并入本文。
在实施方案中,抗原结合分子是修饰的TCR。在实施方案中,TCR衍生自患者中自发发生的肿瘤特异性T细胞。在实施方案中,TCR结合肿瘤抗原。在实施方案中,肿瘤抗原包含CEA、gp100、MART-1、p53、MAGE-A3或NY-ESO-1。在实施方案中,TCR包含TCRγ和TCRδ链或TCRα和TCRβ链或其组合。
在实施方案中,细胞是免疫效应细胞(例如,免疫效应细胞群)。在实施方案中,免疫效应细胞是T细胞或NK细胞。在实施方案中,免疫效应细胞是T细胞。在实施方案中,T细胞是CD4+ T细胞,CD8+ T细胞或其组合。在实施方案中,细胞是人细胞。
在实施方案中,修饰的细胞包含一种或多种基因的表达或功能的抑制剂。在实施方案中,抑制剂是(1)靶向编码一种或多种基因或相应调节元件的基因内的一个或多个位点的基因编辑系统;(2)编码一种或多种基因的基因编辑系统的一种或多种组分的核酸;或(3)其组合。
实施方案涉及包含上述细胞群体的药物组合物。实施方案涉及在需要其的受试者中引起或引发T细胞应答和/或治疗该受试者的肿瘤的方法,该方法包括施用有效量的组合物。实施方案涉及递送治疗剂的方法,该方法包括施用有效量的组合物。
在实施方案中,一种或多种多核苷酸以重组DNA构建体、mRNA或病毒载体形式存在于修饰的细胞中。在实施方案中,核酸序列是不整合到修饰细胞的基因组中的mRNA。在实施方案中,一个或多个多核苷酸与氧敏感性多肽结构域缔合。在实施方案中,氧敏感性多肽结构域包含HIF VHL结合结构域。在实施方案中,一种或多种多核苷酸的表达由启动子调节,该启动子包含转录调节剂的结合位点,该转录调节剂调节细胞中治疗剂的表达和/或分泌。在实施方案中,转录调节剂是或包括Hif1a,NFAT,FOXP3和/或NFkB。
在实施方案中,一种或多种多核苷酸的表达受NFAT调节,使得EV响应于修饰细胞的活化而组装。
实施方案涉及多核苷酸,其包含转录调节剂(例如,NFAT)的结合位点并编码组装细胞外囊泡(EV)和治疗剂的一种或多种蛋白质。
在实施方案中,一种或多种蛋白质是自组装蛋白质。在实施方案中,指导其作为腔膜结合蛋白通过囊泡释放的一种或多种蛋白选自:逆转录病毒基团特异性抗原,逆转录病毒基团特异性抗原变异,流感M1蛋白,ARRDC1蛋白,ARC蛋白,埃博拉病毒VP40蛋白和水疱性口炎病毒M蛋白。在实施方案中,一种或多种蛋白包含Arc蛋白,并且一种或多种多核苷酸包含编码治疗剂的核酸。关于基于ARC的EV的更多信息可以在PCT专利公开号:WO2019091964和WO2019118497以及Pastuzyn等人,Cell.2018 January 11;172(1-2):275–288.e18,将其作为参考并入本文。
实施方案涉及包含Arc蛋白和编码或包含治疗剂的核酸的EV,该核酸是编码治疗剂的DNA或RNA。
在实施方案中,治疗剂选自由siRNA,shRNA和RNAi组成的组。在实施方案中,编码治疗剂的核酸连接至3'UTR序列。在实施方案中,3'UTR序列与Arc蛋白结合。在实施方案中,3'UTR序列是反义mRNA 3'UTR序列。在实施方案中,核酸还包含转录调节子序列。
如本文所用,术语“Arc蛋白”是指与神经元可塑性相关的活性调节的细胞骨架蛋白,其可以被封装到细胞外囊泡中。如本文所用,术语“3'UTR序列”是指能够与细胞外囊泡内的蛋白质结合的源自rnRNA的3'非翻译重复序列。例如,arc 3'UTR序列可以结合细胞外囊泡内的arc蛋白。这种与蛋白质的3'UTR结合可以仅与3'UTR序列一起发生,或者当3'UTR序列与非弧形核酸连接时发生。
如本文所用,术语“胞吞”,“吞噬”,是指通过吞噬或胞吞作用将物质掺入细胞中。
在实施方案中,治疗剂是scFv结合在肿瘤细胞的膜上或内部的肿瘤抗原。在实施方案中,上文描述了肿瘤抗原。
实施方案涉及经修饰以表达一种或多种分子的细胞,所述细胞的水平高于未被修饰以表达所述一种或多种分子的细胞表达的一种或多种水平,其中所述一种或多种分子是在癌细胞中过表达,与免疫细胞的募集相关,和/或与自身免疫相关。
实施方案涉及工程改造以表达抗原结合分子的修饰细胞,其中已增强,减少或消除了修饰细胞中一个或多个分子的表达和/或功能,其中一个或多个分子在癌细胞中过表达,与募集免疫细胞有关,和/或与自身免疫有关。在实施方案中,修饰的细胞包含与一个或多个分子的生物合成或转运途径相关的内源基因的破坏或外源基因的添加。实施方案涉及多核苷酸的方法或用途,该方法包括提供包含载体基因组的病毒颗粒(例如,AAV,慢病毒或其变体),该载体基因组包含编码一个以上分子的多核苷酸,以及编码结合的多核苷酸分子,该多核苷酸可操作地连接至赋予该多核苷酸转录的表达控制元件;向受试者施用一定量的病毒颗粒,以使多核苷酸在受试者中表达,其中一种或多种分子在癌细胞中过表达,与免疫细胞的募集有关,和/或与自身免疫有关。在实施方案中,AAV制剂可以包括AAV载体颗粒,空衣壳和宿主细胞杂质,从而提供了基本上不含AAV空衣壳的AAV产物。
实施方案涉及包含细胞群体的药物组合物。实施方案涉及在有需要的受试者中引起或引发T细胞应答和/或治疗该受试者的肿瘤的方法,该方法包括向该受试者施用有效量的该组合物。实施方案涉及编码在癌细胞中过表达,与免疫细胞募集相关和/或与自身免疫相关的一个或多个分子的分离的核酸序列。
实施方案涉及修饰的细胞,其包括NRIP3,TNS1,ALXO5,IGF2,SERPINA1,MET,SGK1,ZNF286B,GLI2基因的过表达或诱导表达,以及增强细胞(包括DC,粒细胞,单核细胞,NK和其他免疫细胞)增殖,细胞渗透肿瘤环境和抵抗凋亡的能力,从而增加了肿瘤微环境中细胞的杀伤能力。肿瘤微环境抑制免疫细胞的浸润和杀伤能力。实施方案涉及通过过表达或诱导NRIP3,TNS1,ALXO5,IGF2,SERPINA1,MET,SGK1,ZNF286B,GLI2基因或突变体的表达来增强免疫细胞的多功能。这些基因似乎可以更好地调节免疫细胞的功能,从而增强杀死肿瘤的能力。在实施方案中,可以将自杀基因添加至修饰的细胞,以降解或消除表达这些基因的细胞,从而允许这些基因安全有效地工作。
在实施方案中,一个或多个分子包含NRIP3,TNS1,ALXO5,IGF2,SERPINA1,MET,SGK1,ZNF286B,GLI2的功能变体或功能片段。
实施方案涉及组合天然免疫细胞例如DC细胞,粒细胞等与CAR-T细胞以增强T细胞功能的组合物和方法。例如,由T细胞产生的IFNγ可以诱导DC细胞产生IL-12,而IL-12可以作为增强T细胞攻击肿瘤的重要激活信号。免疫细胞在肿瘤微环境中的协同作用使CAR-T治疗更加有效。也可能募集具有各种因子的免疫细胞以增强T细胞功能。其中,HMGB1是参与自然免疫和适应性免疫之间联系的重要蛋白质。当HMGB1处于急性应激(粒细胞,NK细胞)凋亡时,HMGB1将在细胞外释放,并具有促炎,活化和募集作用。单核细胞的功能。此外,CXCL9可以募集DC/单核细胞,CCL20可以募集粒细胞,IL5,IL13可以募集嗜酸性粒细胞,P2Y12可以募集单核细胞,CCL2(MCP-1)可以募集巨噬细胞/单核细胞,CCL7可以募集巨噬细胞IL35可以募集单核细胞,CX3CL1可以募集单核细胞,IL8可以募集,粒细胞和M-CSF募集单核和巨噬细胞。在实施方案中,与诸如CCL19和FLT3L的分子组合,DC/单核/CCR7+细胞与T细胞协同作用。诸如CCL19/FLT3L/HMGB的分子在CAR-T细胞中表达,可以募集DC细胞等,然后用激动剂激活DC细胞以扩增T细胞。在实施方案中,一种或多种分子包含CCL19,FLT3L,HMGB,一种或多种分子的功能性变体或一种或多种分子的功能性片段中的至少一种。
实施方案涉及使用与自身免疫相关的分子来解决面向细胞的实体瘤中的细胞耗竭和实体瘤的微环境中的细胞扩增不足的问题的组合物和方法。自身免疫主要表现为淋巴细胞的非特异性激活,辅助刺激因子激活T/B细胞,免疫调节网络(Th1,Th2,Th17)障碍。因此,使用在T细胞中自身免疫疾病中高度表达的基因来促进较高的T细胞活性是细胞疗法的有效策略。AIRE(自身免疫调节剂)调节免疫耐受并抑制自身免疫反应,可通过敲低AIRE来减轻其对免疫系统的抑制。RIPK1激活TLR3和TLR4下游信号通路,激活MAPK和NFκB信号通路,增加NLRP3活性,并释放大量炎症因子。RIPK2激活下游的NFκB信号通路,同时激活TCR和BCL10,促进T细胞增殖,并激活免疫参与。反应基因RIPK3激活LPS介导的免疫反应途径;激活NFκB信号通路和NLRP3炎症体;FcRL3,FcRL6是一种自身免疫敏感性基因,可激活B细胞NFκB和MAPK途径,并引起异常的免疫激活。TICAM1可以激活TLR3,TLR5下游信号通路,刺激NFκB和I型干扰素释放。TICAM2激活TLR2下游信号传导途径以产生IL18;激活TLR4下游信号传导途径产生I型干扰素;IFIH1充当先天免疫受体,激活抗病毒剂。免疫系统刺激I型干扰素和大量促炎因子的产生。IRF4,RORA,RORC参与Th17分化信号通路,诱导T细胞分化为Th17,并释放IL17。ACT1,TRAF6,TAB2,TAB3,TAK1,IL17RA,IL17RC IL17信号通路可能通过过表达诱导自身免疫性疾病。在实施方案中,一个以上分子包含RIPK1,RIPK2,RIPK3,FcRL3,FcRL6,TICAM1,TICAM2,IFIH1,IRF4,RORA,RORC,ACT1,TRAF6,TAB2,TAB3,TAK1,IL17RA,IL17RC中的至少一种,功能性一个或多个分子的变体,或一个或多个分子的功能片段。在实施方案中,一个以上分子包含AIRE,一个或多个分子的功能变体或一个或多个分子的功能片段,并且AIRE在修饰细胞中的功能和/或表达被降低或消除。
在实施方案中,一种或多种分子的表达可以由诱导型表达系统调节。诱导型表达系统允许基因的时间和空间控制的激活和/或表达。例如,四环素控制的转录激活是一种诱导型基因表达的方法,其中在存在抗生素四环素或其一种衍生物(例如强力霉素)的情况下可逆地开启或关闭转录。例如,可诱导的自杀基因表达系统允许时间和空间控制的自杀基因的激活和/或表达,这导致细胞通过细胞凋亡杀死自己。
在实施方案中,多核苷酸可以整合到修饰细胞的基因组中,并且修饰细胞的后代也将表达多核苷酸,从而产生稳定转染的修饰细胞。在实施方案中,修饰的细胞可以表达编码CAR的多核苷酸,但是该多核苷酸不整合到修饰的细胞的基因组中,使得修饰的细胞在有限的时间段(例如几天)中表达瞬时转染的多核苷酸,之后,多核苷酸会因细胞分裂或其他因素而丢失。例如,多核苷酸以重组DNA构建体、mRNA或病毒载体形式存在于修饰的细胞中,和/或多核苷酸是不整合到修饰的细胞的基因组中的mRNA。
实施方案涉及工程改造以表达抗原结合分子的修饰细胞,其中已减少或消除了修饰细胞中一个或多个分子的表达和/或功能,所述一个或多个分子与修饰细胞的凋亡相关。在实施方案中,一个或多个分子可以包括糖皮质激素受体α(GRα)、Fas、TNFR1、TNFR2和/或TRAIL。在实施方案中,修饰的细胞包含与一个或多个分子的生物合成或转运途径相关的内源基因的破坏或外源基因的添加。
在实施方案中,通过抑制T细胞的凋亡来增强T细胞的扩增。它主要通过FAS、TNFR1/2和TRAIL信号通路起作用。Fas是一种跨膜蛋白,属于肿瘤坏死因子受体超家族。它与FasL的结合可以启动凋亡信号的凋亡。其活化涉及一系列步骤:首先,配体诱导受体三聚,然后在细胞膜上形成凋亡诱导复合物,其中包括具有死亡结构域的Fas相关蛋白FADD。然后,该复合物聚合多个caspase8的分子,进而引起随后的级联反应,即Caspases,该酶被激活为酶原,导致随后的级联反应。细胞经历凋亡。TNF介导的凋亡途径类似于FAS,它由死亡受体TNFRI介导。肿瘤坏死因子受体(TNF Rs)是最大死亡受体的代表家族,包括TNFRI(p55,CD120a),TNFRII(p75、CD120b)等。共同特征是细胞内区域具有转导细胞死亡信号所必需的高度同源的氨基酸序列,即DD。近年来,发现的死亡域蛋白主要包括FADD、TNFRI相关的死亡域蛋白(TRADD)和受体相互作用蛋白(RIP)。TNF主要由感染和活化的巨噬细胞和T细胞产生,并通过其细胞表面受体TNFRI和TNFRII介导凋亡。在实施方案中,凋亡信号是与凋亡诱导的配体(TRAIL)有关的肿瘤坏死因子,其是肿瘤坏死因子家族的成员并且能够在大多数人肿瘤细胞中诱导凋亡。对正常细胞没有明显的细胞毒性。TRAIL主要通过激活外源途径并伴随内源途径的级联扩增来诱导肿瘤细胞凋亡。TRAIL与细胞膜表面上的死亡受体结合后,死亡受体的膜内部分会激活并经历自我剪切作用,从而形成诱导死亡的信号复合物(DISC)。Fas相关死亡域(FADD)和caspase-8,caspase-10前体的募集是形成DISC的先决条件。caspase-8和caspase-10前体形成活性的裂解的caspase-8和裂解的caspase-10,它们依次激活caspase-3、6和7并启动凋亡。在实施方案中,FAS/TNFR1/2和TRAIL的显性阴性形式或直接敲除/敲低(例如TALEN)可用于抑制T细胞凋亡。在实施方案中,可以实现降低下游信号如caspase8/3/faddcaspase10和PRKC的功能或表达以抑制细胞凋亡。
实施方案涉及扩增修饰的细胞的方法,该方法包括减少或消除修饰的细胞中一个或多个分子的功能或表达,使得与该修饰的细胞相比,由一个或多个分子诱导的修饰的细胞的细胞死亡减少。修饰的细胞,其一个或多个分子的表达功能没有减少或消除。在实施方案中,减少的细胞死亡实现了直接增加细胞数的那些方法的相似效果(例如,细胞数),这在本申请中也可以被视为修饰的细胞的扩增。
实施方案涉及工程改造以表达抗原结合分子的修饰细胞,其中糖皮质激素受体α(GRα)在修饰细胞中的表达和/或功能已被减少或消除。实施方案涉及包含细胞群体的药物组合物。实施方案涉及在需要其的受试者中引起或引发T细胞应答和/或治疗该受试者的肿瘤的方法,该方法包括施用有效量的组合物。例如,修饰的细胞包含与GRα的生物合成或转运途径相关的内源基因的破坏或外源基因的添加。
在实施方案中,修饰的细胞包含一种或多种基因的表达或功能的抑制剂。在实施方案中,抑制剂是(1)靶向编码一种或多种基因或相应调节元件的基因内的一个或多个位点的基因编辑系统;(2)编码一种或多种基因的基因编辑系统的一种或多种组分的核酸;或(3)其组合。
在实施方案中,一种或多种基因的增强的表达和/或功能通过引入一种或多种基因的核酸序列来实现,所述核酸序列以重组DNA构建体、mRNA或病毒载体形式存在于修饰的细胞中。在实施方案中,通过引入和过表达编码GRβ,TNFR1的显性阴性形式,TNFR1的显性阴性形式和/或Fas的显性阴性形式的核酸序列来实现一种或多种基因的表达和/或功能的降低,并且核酸序列以重组DNA构建体、mRNA或病毒载体形式存在于修饰的细胞中。
在实施方案中,核酸序列是不整合到修饰细胞的基因组中的mRNA。实施方案涉及编码GRβ的分离的核酸序列。在修饰的细胞中,GRβ过表达,使得修饰的细胞可以逃逸或减少糖皮质激素诱导的细胞死亡的可能性。
在实施方案中,核酸序列与氧敏感多肽域相关。在实施方案中,氧敏感多肽域包含HIF VHL结合域。在实施方案中,核酸序列受启动子调节,所述启动子包含转录调节剂的结合位点,所述转录调节剂调节细胞中治疗剂的表达和/或分泌。在实施方案中,转录调节剂是或包括Hif1a,NFAT,FOXP3和/或NFkB。
涉及细胞的实施方式,所述细胞被修饰成以比未被修饰以表达一种或多种分子的细胞表达的一种或多种分子的水平高的水平表达一种或多种分子,其中所述一种或多种分子是与炎症小体的生物合成和/或运输有关。与工程改造以表达抗原结合分子的修饰细胞有关的实施方案,其中已增强修饰细胞中一种或多种分子的表达和/或功能,其中一种或多种分子与炎性体的生物合成和/或转运相关。在实施方案中,修饰的细胞包含与一个或多个分子的生物合成或转运途径相关的内源基因的破坏或外源基因的添加。
实施方案涉及包含上述细胞群体的药物组合物。与在需要其的受试者中引起或引发T细胞应答和/或治疗该受试者的肿瘤的方法的实施方案有关,该方法包括向该受试者施用有效量的该组合物。与编码一个或多个分子的分离的核酸序列有关的实施方案与炎性体的生物合成和/或转运有关。
在实施方案中,一种或多种分子的表达由一种或多种启动子调节。在实施方案中,多核苷酸包含启动子,所述启动子包含用于转录调节剂的结合位点,所述转录调节剂调节细胞中一种或多种分子的表达和/或分泌。例如,转录调节剂是或包括Hif1a、NFAT、FOXP3和/或NFkB。例如,一个或多个分子包含与氧敏感性多肽结构域缔合的至少一种细胞因子,并且氧敏感性多肽结构域包含HIF VHL结合结构域。
在实施方案中,一个或多个分子包含NLRR1、NLRP3、ASC、PYD、NOD2、CARD、RIP2、RICK、TBK1和TAK1/2中的至少一种,一个或多个分子的功能变体或一个或多个分子。
在实施方案中,一种或多种分子包含NLRP1,NLRP3和TBK1中的至少一种,一种或多种分子的功能性变体或一种或多种分子的功能性片段。
实施方案涉及包含编码死亡受体5(DR5)的显性负型的多核苷酸的修饰细胞。实施方案涉及包含修饰的细胞群体的药物组合物。实施方案涉及在需要其的受试者中引起或引发T细胞应答和/或治疗该受试者的肿瘤的方法,该方法包括向该受试者施用有效量的该组合物。实施方案涉及包含编码DR5的显性负型的多核苷酸的核苷酸序列。实施方案涉及增强T细胞应答的方法,该方法包括:权利要求1的修饰细胞群,所述修饰细胞包含CAR;和使与CAR结合的靶细胞与修饰细胞群体接触;以及测量T细胞应答的水平,其中所述T细胞应答大于具有CAR但不具有多核苷酸并且与靶细胞接触的修饰细胞群的T细胞应答。
死亡受体5(DR5),也称为TRAIL受体2(TRAILR2)和肿瘤坏死因子受体超家族成员10B(TNFRSF10B),是与TRAIL结合并介导凋亡的TNF受体超家族的细胞表面受体。在实施方案中,修饰的细胞包含SEQ ID NO:1或2的氨基酸序列。
在实施方案中,修饰的细胞进一步包含嵌合抗原受体(CAR)。在实施方案中,CAR包含其,其包含抗原结合结构域、跨膜结构域和细胞内信号传导结构域。在实施方案中,抗原结合结构域与肿瘤抗原结合,肿瘤抗原选自:TSHR、CD19、CD123、CD22、CD30、CD171、CS-1、CLL-1、CD33、EGFRvIII、GD2、GD3、BCMA、Tn Ag、PSMA、ROR1、FLT3、FAP、TAG72、CD38、CD44v6、CEA、EPCAM、B7H3、KIT、IL-13Ra2、间皮素、IL-11Ra、PSCA、PRSS21、VEGFR2、LewisY、CD24、PDGFR-β、SSEA-4、CD20、叶酸受体α、ERBB2(Her2/neu)、MUC1、EGFR、NCAM、蛋白酶、PAP、ELF2M、Ephrin B2、IGF-1受体、CAIX、LMP2、gp100、bcr-abl、酪氨酸酶、EphA2、岩藻糖基GM1、sLe、GM3、TGS5、HMWMAA、邻乙酰基GD2、叶酸受体β、TEM1/CD248、TEM7R、CLDN6、GPRC5D、CXORF61、CD97、CD179a、ALK、聚唾液酸、PLAC1、GloboH、NY-BR-1、UPK2、HAVCR1、ADRB3、PANX3、GPR20、LY6K、OR51E2、TARP、WT1、NY-ESO-1、LAGE-1a、MAGE-A1、legumain、HPV E6、E7、MAGE A1、ETV6-AML、精子蛋白17、XAGE1、Tie 2、MAD-CT-1、MAD-CT-2、Fos相关抗原1、p53、p53突变体、脯氨酸、存活蛋白和端粒酶、PCTA-1/Galectin 8、MelanA/MART1、Ras突变体、hTERT、肉瘤易位断点、ML-IAP、ERG(TMPRSS2 ETS融合基因)、NA17、PAX3、雄激素受体、细胞周期蛋白B1、MYCN、RhoC、TRP-2、CYP1B1、BORIS、SART3、PAX5、OY-TES1、LCK、AKAP-4、SSX2、RAGE-1、人类端粒酶逆转录酶、RU1、RU2、肠羧基酯酶、mut hsp70-2、CD79a、CD79b、CD72、LAIR1、FCAR、LILRA2、CD300LF、CLEC12A、BST2、EMR2、LY75、GPC3、FCRL5、MAGE A4、CLDN18.2、GCC和IGLL1。在实施方案中,细胞内信号传导结构域包含共刺激信号传导结构域,或初级信号传导结构域和共刺激信号传导结构域,其中所述共刺激信号传导结构域包括蛋白质的功能性信号传导结构域,其中蛋白质选自CD27、CD28、4-1BB(CD137)、OX40、CD30、CD40、PD-1、ICOS、淋巴细胞功能相关抗原1(LFA-1)、CD2、CD7、LIGHT、NKG2C、B7-H3、一种与CD83特异性结合配体、CDS、ICAM-1、GITR、BAFFR、HVEM(LIGHTR)、SLAMF7、NKp80(KLRF1)、CD160、CD19、CD4、CD8α、CD8β、IL2Rβ、IL2Rγ、IL7Rα、ITGA4、VLA1、CD49a、ITGA4、IA4、CD49D、ITGA6、VLA-6、CD49f、ITGAD、CD11d、ITGAE、CD103、ITGAL、CD11a、LFA-1、ITGAM、CD11b、ITGAX、CD11c、ITGB1、CD29、ITGB2、CD18、LFA-1、ITGB7、TNFR2、TRANCE/RANKL、DNAM1(CD226)、SLAMF4(CD244、2B4)、CD84、CD96(Tactile)、CEACAM1、CRTAM、Ly9(CD229)、CD160(BY55)、PSGL1、CD100(SEMA4D)、CD69、SLAMF6(NTB-A、Ly108)、SLAM(SLAMF1、CD150、IPO-3)、BL AME(SLAMF8)、SELPLG(CD162)、LTBR、LAT、GADS、SLP-76、PAG/Cbp、NKp44、NKp30、NKp46和NKG2D。
在实施方案中,修饰的细胞进一步包含修饰的TCR。在实施方案中,TCR衍生自患者中自发发生的肿瘤特异性T细胞。在实施方案中,TCR结合肿瘤抗原。在实施方案中,肿瘤抗原包含CEA、gp100、MART-1、p53、MAGE-A3或NY-ESO-1。在实施方案中,TCR包含TCRγ和TCRδ链或TCRα和TCRβ链、或其组合。
在实施方案中,修饰的细胞是免疫效应细胞。在实施方案中,免疫效应细胞是T细胞或NK细胞。在实施方案中,免疫效应细胞是T细胞。在实施方案中,T细胞是CD4+ T细胞,CD8+ T细胞或其组合。在实施方案中,细胞是人细胞。
通过参考以下示例性实施例和示例来进一步描述本公开。提供这些示例性实施例和示例仅用于说明的目的,并非旨在限制,除非另有说明。因此,本公开绝不应被解释为限于以下示例性实施例和示例,而是应被解释为包含由于本文提供的教导而变得明显的任何和所有变化。
示例性实施方式
以下是示例性实施方式:
1、工程改造以表达抗原结合分子的修饰细胞,其中糖皮质激素受体α(GRα)在修饰细胞中的表达和/或功能已被减少或消除。
2、实施方案1的修饰的细胞,其中所述修饰的细胞包括与GRα的生物合成或转运途径相关的内源基因的破坏或外源基因的添加。
3、实施方案1和2之一的修饰的细胞,其中所述抗原结合分子是嵌合抗原受体(CAR),其包含抗原结合结构域、跨膜结构域和细胞内信号传导结构域。
4、实施方案3的修饰的细胞,其中抗原结合结构域与肿瘤抗原结合,肿瘤抗原选自:TSHR、CD19、CD123、CD22、CD30、CD171、CS-1、CLL-1、CD33、EGFRvIII、GD2、GD3、BCMA、TnAg、PSMA、ROR1、FLT3、FAP、TAG72、CD38、CD44v6、CEA、EPCAM、B7H3、KIT、IL-13Ra2、间皮素、IL-11Ra、PSCA、PRSS21、VEGFR2、LewisY、CD24、PDGFR-β、SSEA-4、CD20、叶酸受体α、ERBB2(Her2/neu)、MUC1、EGFR、NCAM、前列腺素酶、PAP、ELF2M、Ephrin B2、IGF-I受体、CAIX、LMP2、gp100、bcr-abl、酪氨酸酶、EphA2、岩藻糖基GM1、sLe、GM3、TGS5、HMWMAA、邻乙酰基-GD2、叶酸受体β、TEM1/CD248、TEM7R、CLDN6、GPRC5D、CXORF61、CD97、CD179a、ALK、聚唾液酸、PLAC1、GloboH、NY-BR-1、UPK2、HAVCR1、ADRB3、PANX3、GPR20、LY6K、OR51E2、TARP、WT1、NY-ESO-1、LAGE-1a、MAGE-A1、legumain、HPV E6、E7、MAGE A1、ETV6-AML、精子蛋白17、XAGE1、Tie 2、MAD-CT-1、MAD-CT-2、Fos相关抗原1、p53、p53突变体、prostein、survivin和端粒酶、PCTA-1/Galectin 8、MelanA/MART1、Ras突变体、hTERT、肉瘤易位断点、ML-IAP、ERG(TMPRSS2 ETS融合基因)、NA17、PAX3、雄激素受体、细胞周期蛋白B1、MYCN、RhoC、TRP-2、CYP1B1、BORIS、SART3、PAX5、OY-TES1、LCK、AKAP-4、SSX2、RAGE-1、人端粒酶逆转录酶、RU1、RU2、肠道羧基酯酶、mut hsp70-2、CD79a、CD79b、CD72、LAIR1、FCAR、LILRA2、CD300LF、CLEC12A、BST2、EMR2、LY75、GPC3、FCRL5和IGLL1。
5、实施方案3和4之一的修饰的细胞,其中所述细胞内信号传导结构域包含共刺激信号传导结构域,或初级信号传导结构域和共刺激信号传导结构域,其中所述共刺激信号传导结构域包含蛋白质的功能性信号传导结构域,其中蛋白质选自CD27、CD28、4-1BB(CD137)、OX40、CD30、CD40、PD-1、ICOS、淋巴细胞功能相关抗原-1(LFA-1)、CD2、CD7、LIGHT、NKG2C、B7-H3、一种与CD83特异性结合的配体、CDS、ICAM-1、GITR、BAFFR、HVEM(LIGHTR)、SLAMF7、NKp80(KLRF1)、CD160、CD19、CD4、CD8α、CD8β、IL2Rβ、IL2Rγ、IL7Rα、ITGA4、VLA1、CD49a、ITGA4、IA4、CD49D、ITGA6、VLA-6、CD49f、ITGAD、CD11d、ITGAE、CD103、ITGAL、CD11a、LFA-1、ITGAM、CD11b、ITGAX、CD11c、ITGB1、CD29、ITGB2、CD18、LFA-1、ITGB7、TNFR2、TRANCE/RANKL、DNAM1(CD226)、SLAMF4(CD244、2B4)、CD84、CD96(Tactile)、CEACAM1、CRTAM、Ly9(CD229)、CD160(BY55)、PSGL1、CD100(SEMA4D)、CD69、SLAMF6(NT B-A、Ly108)、SLAM(SLAMF1、CD150、IPO-3)、BLAME(SLAMF8)、SELPLG(CD162)、LTBR、LAT、GADS、SLP-76、PAG/Cbp、NKp44、NKp30、NKp46和NKG2D。
6、实施方案1-5之一的修饰的细胞,其中所述抗原结合分子是修饰的TCR。
7、实施方案6的修饰的细胞,其中TCR衍生自患者中自发发生的肿瘤特异性T细胞。
8、实施方案7的修饰的细胞,其中TCR结合肿瘤抗原。
9、实施方案8的修饰的细胞,其中肿瘤抗原包含CEA、gp100、MART-1、p53、MAGE-A3或NY-ESO-1。
10、实施方案8的修饰的细胞,其中TCR包含TCRγ和TCRδ链或TCRα和TCRβ链、或其组合。
11、前述实施方案中任一项的修饰的细胞,其中所述细胞是免疫效应细胞(例如,免疫效应细胞群)。
12、实施方案11的修饰的细胞,其中免疫效应细胞是T细胞或NK细胞。
13、实施方案12的修饰的细胞,其中免疫效应细胞是T细胞。
14、实施方案13的修饰的细胞,其中T细胞是CD4+ T细胞、CD8+ T细胞或其组合。
15、前述实施方案中任一项的修饰的细胞,其中所述细胞是人细胞。
16、前述实施方案中任一项的修饰的细胞,其中经修饰的细胞包含一种或多种基因的表达或功能的抑制剂。
17、实施方案16的修饰的细胞,其中所述抑制剂是(1)靶向编码所述一种或多种基因或相应调节元件的基因内的一个或多个位点的基因编辑系统;(2)编码一种或多种基因的基因编辑系统的一种或多种组分的核酸;或(3)其组合。
18、药物组合物,其包含实施方案1-17中任一项的细胞群。
19、一种在有此需要的受试者中引起或引发T细胞应答和/或治疗受试者的肿瘤的方法,该方法包括向受试者施用有效量的实施方案18的组合物。
20、实施方案1-19之一的修饰的细胞、方法、药物组合物、细胞,其中通过引入一种或多种基因的核酸序列来实现一种或多种基因的增强的表达和/或功能,所述核酸序列以重组DNA构建体、mRNA或病毒载体形式存在于修饰的细胞中。
21、实施方案1-21之一的修饰的细胞、方法、药物组合物、细胞,其中通过引入和过表达编码GRβ的核酸序列来实现所述一种或多种基因的表达和/或功能的降低,核酸序列以重组DNA构建体、mRNA或病毒载体形式存在于修饰的细胞中。
22、实施方案21和22之一的修饰的细胞、方法、药物组合物、细胞,其中核酸序列是未整合到修饰细胞的基因组中的mRNA。
23、实施方案20-22之一的修饰的细胞、方法、药物组合物、细胞,其中核酸序列与氧敏感多肽结构域相关。
23、实施方案23的修饰的细胞、方法、药物组合物、细胞,其中氧敏感多肽结构域包含HIF VHL结合结构域。
24、实施方案20-23之一的修饰的细胞、方法、药物组合物、细胞,其中核酸序列受启动子调节,所述启动子包含治疗剂的转录调节剂的结合位点,所述转录调节剂调节细胞中治疗剂的表达和/或分泌。
25、实施方案24的修饰的细胞、方法、药物组合物、细胞,其中转录调节剂是或包括Hif1a、NFAT、FOXP3和/或NFkB。
26、一种经工程改造以表达抗原结合分子的修饰细胞,其中已减少或消除了修饰细胞中一个或多个分子的表达和/或功能,与修饰细胞的凋亡相关的一个或多个分子、一个或多个更多的分子,包括:糖皮质激素受体α(GRα)、Fas、TNFR1、TNFR2和/或TRAIL。
27、实施方案26的修饰的细胞,其中所述修饰的细胞包括与一个或多个分子的生物合成或转运途径相关的内源基因的破坏或外源基因的添加。
28、实施方案26和27之一的修饰的细胞,其中所述抗原结合分子是嵌合抗原受体(CAR),其包含抗原结合结构域、跨膜结构域和细胞内信号传导结构域。
29、实施方案28的修饰的细胞,其中所述抗原结合结构域与肿瘤抗原结合,肿瘤抗原选自:TSHR、CD19、CD123、CD22、CD30、CD171、CS-1、CLL-1、CD33、EGFRvIII、GD2、GD3、BCMA、Tn Ag、PSMA、ROR1、FLT3、FAP、TAG72、CD38、CD44v6、CEA、EPCAM、B7H3、KIT、IL-13Ra2、间皮素、IL-11Ra、PSCA、PRSS21、VEGFR2、LewisY、CD24、PDGFR-β、SSEA-4、CD20、叶酸受体α、ERBB2(Her2/neu)、MUC1、EGFR、NCAM、蛋白酶、PAP、ELF2M、Ephrin B2、IGF-1受体、CAIX、LMP2、gp100、bcr-abl、酪氨酸酶、EphA2、岩藻糖基GM1、sLe、GM3、TGS5、HMWMAA、邻乙酰基GD2、叶酸受体β、TEM1/CD248、TEM7R、CLDN6、GPRC5D、CXORF61、CD97、CD179a、ALK、聚唾液酸、PLAC1、GloboH、NY-BR-1、UPK2、HAVCR1、ADRB3、PANX3、GPR20、LY6K、OR51E2、TARP、WT1、NY-ESO-1、LAGE-1a、MAGE-A1、legumain、HPV E6、E7、MAGE A1、ETV6-AML、精子蛋白17、XAGE1、Tie 2、MAD-CT-1、MAD-CT-2、Fos相关抗原1、p53、p53突变体、prostein、survivin和端粒酶、PCTA-1/Galectin 8、Mela nA/MART1、Ras突变体、hTERT、肉瘤易位断点、ML-IAP、ERG(TMPRSS2ETS融合基因)、NA17、PAX3、雄激素受体、细胞周期蛋白B1、MYCN、RhoC、TRP-2、CYP1B1、BORIS、SART3、PAX5、OY-TES1、LCK、AKAP-4、SSX2、RAGE-1、人类端粒酶逆转录酶、RU1、RU2、肠内羧基酯酶、mut hsp70-2、CD79a、CD79b、CD72、LAIR1、FCAR、LILRA2、CD300LF、CLEC12A、BST2、EMR2、LY75、GPC3、FCRL5和IGLL1。
30、实施方案28和29之一的修饰的细胞,其中所述细胞内信号传导结构域包含共刺激信号传导结构域、或初级信号传导结构域和共刺激信号传导结构域,其中所述共刺激信号传导结构域包括蛋白质的功能性信号传导结构域,其中蛋白质选自CD27、CD28、4-1BB(CD137)、OX40、CD30、CD40、PD-1、ICOS、淋巴细胞功能相关抗原1(LFA-1)、CD2、CD7、LIGHT、NKG2C、B7-H3、一种与CD83特异性结合的配体、CDS、ICAM-1、GITR、BAFFR、HVEM(LIGHTR)、SLAMF7、NKp80(KLRF1)、CD160、CD19、CD4、CD8α、CD8β、IL2Rβ、IL2Rγ、IL7Rα、ITGA4、VLA1、CD49a、ITGA4、IA4、CD49D、ITGA6、VLA-6、CD49f、ITGAD、CD11d、ITGAE、CD103、ITGAL、CD11a、LFA-1、ITGAM、CD11b、ITGAX、CD11c、ITGB1、CD29、ITGB2、CD18、LFA-1、ITGB7、TNFR2、TRANCE/RANKL、DNAM1(CD226)、SLAMF4(CD244、2B4)、CD84、CD96(Tactile)、CEACAM1、CRTAM、Ly9(CD229)、CD160(BY55)、PSGL1、CD100(SEMA4D)、CD69、SLAMF6(NTB-A、Ly108)、SLAM(SLAMF1、CD150、IPO-3)、BLAME(SLAMF8)、SELLPG(CD162)、LTBR、LAT、GADS、SLP-76、PAG/Cbp、NKp44、NKp30、NKp46和NKG2D。
31、实施方案26-30之一的修饰的细胞,其中所述抗原结合分子是修饰的TCR。
32、实施方案31的修饰细胞,其中所述TCR衍生自患者中自发发生的肿瘤特异性T细胞。
33、实施方案32的修饰的细胞,其中所述TCR结合肿瘤抗原。
34、实施方案33的修饰的细胞,其中所述肿瘤抗原包含CEA、gp100、MART-1、p53、MAGE-A3或NY-ESO-1。
35、实施方案33的修饰的细胞,其中所述TCR包含TCRγ和TCRδ链或TCRα和TCRβ链、或其组合。
36、实施方案11的修饰的细胞,其中所述免疫效应细胞是T细胞或NK细胞。
37、实施方案36的修饰的细胞,其中所述免疫效应细胞是T细胞。
38、实施方案37的修饰的细胞,其中所述T细胞是CD4+ T细胞、CD8+ T细胞或其组合。
39、前述实施方案中任一项的修饰的细胞,其中所述细胞是人细胞。
40、前述实施方案中任一项的修饰的细胞,其中所述修饰的细胞包含一个或多个基因的表达或功能的抑制剂。
41、实施方案40的修饰的细胞,其中所述抑制剂是(1)靶向于编码所述一个或多个基因或相应调控元件的基因内一个或多个位点的基因编辑系统;(2)编码一种或多种基因的基因编辑系统的一种或多种成分的核酸;或(3)其组合。
42、一种药物组合物,其包含实施方案26-40中任一项的细胞群。
43、一种在需要其的受试者中引起或引发T细胞应答和/或治疗该受试者的肿瘤的方法,该方法包括向该受试者施用有效量的实施方案42的组合物。
44、实施方案26-40之一的修饰的细胞、方法、药物组合物、细胞,其中一种或多种基因的增强的表达和/或功能通过引入一种或多种基因的核酸序列来实现,基因存在于重组DNA构建体,mRNA或病毒载体的修饰细胞中。
45、实施方案26-40之一的修饰的细胞、方法、药物组合物、细胞,其中一种或多种基因的表达和/或功能的降低是通过引入和过表达编码GRβ,TNFR1的显性阴性形式,TNFR1的显性阴性形式和/或Fas的显性阴性形式的核酸序列来实现的,并且核酸序列以重组DNA构建体、mRNA或病毒载体形式存在于修饰的细胞中。
46、实施方案26和40之一的修饰的细胞、方法、药物组合物、细胞,其中所述核酸序列是不整合到所述修饰的细胞的基因组中的mRNA。
47、实施方案26-40之一的修饰的细胞、方法、药物组合物、细胞,其中所述核酸序列与氧敏感性多肽结构域相关。
48、实施方案23的修饰细胞、方法、药物组合物、细胞,其中氧敏感多肽结构域包含HIF VHL结合结构域。
49、实施方案44-47之一的修饰的细胞、方法、药物组合物、细胞,其中所述核酸序列由启动子调控,所述启动子包含转录调节子的结合位点,所述转录调节子调节细胞中治疗剂的表达和/或分泌。
50、实施方案49的修饰的细胞、方法、药物组合物、细胞,其中所述转录调节剂是或包括Hif1a、NFAT、FOXP3和/或NFkB。
51、一种扩展实施方案50的修饰的细胞的方法,该方法包括减少或消除修饰的细胞中一个或多个分子的功能或表达,使得由一个或多个分子诱导的修饰的细胞的细胞死亡。与未减少或消除一种或多种分子的表达功能的修饰细胞相比,α-β-α-β-β-β-β-β-β-糖苷酸的表达降低。
52、编码TNFR1的显性负型、TNFR1的显性负型和/或Fas的显性负型的多核苷酸。
53、一种细胞,其被修饰以表达一个或多个分子,其水平高于未被修饰以表达一个或多个分子的细胞表达的一个或多个分子的水平,其中所述一个或多个分子被过表达在癌细胞中,与免疫细胞的募集有关和/或与自身免疫有关。
54、工程改造以表达抗原结合分子的修饰细胞,其中已经增强了修饰细胞中一个或多个分子的表达和/或功能,其中所述一个或多个分子在癌细胞中过表达,与免疫细胞的募集有关和/或与自身免疫有关。
55、实施方案53和54中任一项的修饰的细胞,其中所述修饰的细胞包含与一个或多个分子的生物合成或转运途径相关的内源基因的破坏或外源基因的添加。
56、一种多核苷酸的方法或用途,所述方法包括
提供包含载体基因组的病毒颗粒(例如,AAV、慢病毒或其变体),该载体基因组包含编码一个或多个分子的多核苷酸和编码结合分子的多核苷酸,该多核苷酸可操作地连接至表达控制元件,赋予其转录多核苷酸;和
向受试者施用一定量的病毒颗粒,以使多核苷酸在受试者中表达,其中一种或多种分子在癌细胞中过表达,与免疫细胞的募集有关,和/或与自身免疫有关。
57、根据实施例56所述的方法,其中所述AAV制备物可包含AAV载体颗粒、空衣壳和宿主细胞杂质,从而提供基本上不含AAV空衣壳的AAV产物。
58、一种药物组合物,其包含实施方案53-56中任一项的细胞群。
59、一种在需要其的受试者中引起或引发T细胞应答和/或治疗该受试者的肿瘤的方法,该方法包括向该受试者施用有效量的实施方案58的组合物。
58、编码一种或多种分子的分离的核酸序列在癌细胞中过表达,与免疫细胞的募集有关,和/或与自身免疫有关。
60、实施方案53-58中任一项的分离的核酸序列、修饰的细胞、方法或药物组合物,其中所述一种或多种分子包含NRIP3、TNS1、ALXO5、IGF2、SERPINA1、MET、SGK1、ZNF286B、GLI2中的至少一种的功能变体或功能片段。
61、实施方案53-59中任一项的分离的核酸序列、修饰的细胞、方法或药物组合物,其中所述一种或多种分子包含CCL19、FLT3L、HMGB的至少一种的功能变体或功能片段。
62、实施方案53-60中任一项的分离的核酸序列、修饰的细胞、方法或药物组合物,其中所述一个或多个分子包含RIPK1、RIPK2、RIPK3、FcRL3、FcRL6、TICAM1、TICAM2、IFIH1中的至少一种或IRF4、RORA、RORC、ACT1、TRAF6、TAB2、TAB3、TAK1、IL17RA、IL17RC,一个或多个分子的功能变体或功能片段。
63、实施方案62的分离的核酸序列、修饰的细胞、方法或药物组合物,其中所述IGF2、SERPINA1、MET、SGK1、GLI2、TNS1、ALOX5、NRIP3和/或ZNF286B的一个或多个序列过表达。
64、前述实施方案中任一项的修饰的细胞,其中所述修饰的细胞包含抗原结合分子,所述抗原结合分子是嵌合抗原受体(CAR),其包含抗原结合结构域、跨膜结构域和细胞内信令域。
65、实施方案64的修饰的细胞,其中所述抗原结合结构域与肿瘤抗原结合,肿瘤抗原选自:TSHR、CD19、CD123、CD22、CD30、CD171、CS-1、CLL-1、CD33、EGFRvIII、GD2、GD3、BCMA、Tn Ag、PSMA、ROR1、FLT3、FAP、TAG72、CD38、CD44v6、CEA、EPCAM、B7H3、KIT、IL-13Ra2、间皮素、IL-11Ra、PSCA、PRSS21、VEGFR2、LewisY、CD24、PDGFR-β、SSEA-4、CD20、叶酸受体α、ERBB2(Her2/neu)、MUC1、EGFR、NCAM、蛋白酶、PAP、ELF2M、Ephrin B2、IGF-1受体、CAIX、LMP2、gp100、bcr-abl、酪氨酸酶、EphA2、岩藻糖基GM1、sLe、GM3、TGS5、HMWMAA、邻乙酰基GD2、叶酸受体β、TEM1/CD248、TEM7R、CLDN6、GPRC5D、CXORF61、CD97、CD179a、ALK、聚唾液酸、PLAC1、GloboH、NY-BR-1、UPK2、HAVCR1、ADRB3、PANX3、GPR20、LY6K、OR51E2、TARP、WT1、NY-ESO-1、LAGE-1a、MAGE-A1、legumain、HPV E6、E7、MAGE A1、ETV6-AML、精子蛋白17、XAGE1、Tie 2、MAD-CT-1、MAD-CT-2、Fos相关抗原1、p53、p53突变体、prostein、survivin和端粒酶、PCTA-1/Galectin 8、Mela nA/MART1、Ras突变体、hTERT、肉瘤易位断点、ML-IAP、ERG(TMPRSS2ETS融合基因)、NA17、PAX3、雄激素受体、细胞周期蛋白B1、MYCN、RhoC、TRP-2、CYP1B1、BORIS、SART3、PAX5、OY-TES1、LCK、AKAP-4、SSX2、RAGE-1、人类端粒酶逆转录酶、RU1、RU2、肠内羧基酯酶、mut hsp70-2、CD79a、CD79b、CD72、LAIR1、FCAR、LILRA2、CD300LF、CLEC12A、BST2、EMR2、LY75、GPC3、FCRL5和IGLL1。
66、实施方案64和65中任一项的修饰的细胞,其中所述细胞内信号传导结构域包含共刺激信号传导结构域、或初级信号传导结构域和共刺激信号传导结构域,其中所述共刺激信号传导结构域包括蛋白质的功能性信号传导结构域,其中蛋白质选自CD27、CD28、4-1BB(CD137)、OX40、CD30、CD40、PD-1、ICOS、淋巴细胞功能相关抗原1(LFA-1)、CD2、CD7、LIGHT、NKG2C、B7-H3、一种与CD83特异性结合的配体、CDS、ICAM-1、GITR、BAFFR、HVEM(LIGHTR)、SLAMF7、NKp80(KLRF1)、CD160、CD19、CD4、CD8α、CD8β、IL2Rβ、IL2Rγ、IL7Rα、ITGA4、VLA1、CD49a、ITGA4、IA4、CD49D、ITGA6、VLA-6、CD49f、ITGAD、CD11d、ITGAE、CD103、ITGAL、CD11a、LFA-1、ITGAM、CD11b、ITGAX、CD11c、ITGB1、CD29、ITGB2、CD18、LFA-1、ITGB7、TNFR2、TRANCE/RANKL、DNAM1(CD226)、SLAMF4(CD244、2B4)、CD84、CD96(Tactile)、CEACAM1、CRTAM、Ly9(CD229)、CD160(BY55)、PSGL1、CD100(SEMA4D)、CD69、SLA MF6(NTB-A、Ly108)、SLAM(SLAMF1、CD150、IPO-3)、BLAME(SLAMF8)、SELLPG(CD162)、LTBR、LAT、GADS、SLP-76、PAG/Cbp、NKp44、NKp30、NKp46和NKG2D。
67、合适实施方案中任一项的修饰的细胞,其中所述修饰的细胞包含抗原结合分子,所述抗原结合分子是修饰TCR。
68、实施方案67的修饰的细胞,其中所述TCR衍生自患者中自发发生的肿瘤特异性T细胞。
69、实施方案68的修饰的细胞,其中所述TCR结合肿瘤抗原。
70、实施方案69的修饰的细胞,其中所述肿瘤抗原包含CEA、gp100、MART-1、p53、MAGE-A3或NY-ESO-1。
71、实施方案69的修饰的细胞,其中所述TCR包含TCRγ和TCRδ链或TCRα和TCRβ链,或其组合。
72、实施方案21的修饰的细胞,其中所述细胞是免疫效应细胞(例如,免疫效应细胞群),和/或所述免疫效应细胞是T细胞或NK细胞。
73、实施方案72的修饰的细胞,其中所述免疫效应细胞是T细胞。
74、实施方案72的修饰的细胞,其中所述T细胞是CD4+ T细胞、CD8+ T细胞或其组合。
75、前述实施方案中任一项的修饰的细胞,其中所述细胞是人细胞。
76、前述实施方案中任一项的修饰的细胞,其中一个或多个分子的增强的表达和/或功能是通过引入编码一个或多个分子和/或结合分子的核酸序列来实现的,所述核酸序列以重组DNA构建体、mRNA或病毒载体形式存在于修饰的细胞中。
77、实施方案76的修饰的细胞,其中所述核酸序列是不整合到所述修饰的细胞的基因组中的mRNA。
78、实施方案76的修饰的细胞,其中所述核酸序列与氧敏感性多肽结构域相关。
79、实施方案78的修饰的细胞,其中所述氧敏感性多肽结构域包含HIF VHL结合结构域。
80、实施方案76的修饰的细胞,其中所述核酸序列由启动子调控,所述启动子包含转录调节剂的结合位点,所述转录调节剂调节细胞中治疗剂的表达和/或分泌。
81、实施方案80的修饰的细胞,其中所述转录调节剂是或包括Hif1a、NFAT、FOXP3和/或NFkB。
82、一种修饰的细胞,其包含编码一个或多个蛋白质的一种或多种多核苷酸,所述一种或多种蛋白质组装细胞外囊泡(EV)并编码或包含治疗剂。
83、实施方案82的修饰的细胞,其中所述修饰的细胞被工程化以表达抗原结合分子。
84、实施方案82和83之一的修饰的细胞,其中所述抗原结合分子是嵌合抗原受体(CAR),其包含抗原结合结构域、跨膜结构域和细胞内信号传导结构域。
85、实施方案84的修饰的细胞,其中所述抗原结合结构域与肿瘤抗原结合,所述肿瘤抗原选自:TSHR、CD19、CD123、CD22、CD30、CD171、CS-1、CLL-1、CD33、EGFRvIII、GD2、GD3、BCMA、Tn Ag、PSMA、ROR1、FLT3、FAP、TAG72、CD38、CD44v6、CEA、EPCAM、B7H3、KIT、IL-13Ra2、间皮素、IL-11Ra、PSCA、PRSS21、VEGFR2、LewisY、CD24、PDGFR-β、SSEA-4、CD20、叶酸受体α、ERBB2(Her2/neu)、MUC1、EGFR、NCAM、Prostase、PAP、ELF2M、Ephrin B2、IGF-1受体、CAIX、LMP2、gp100、bcr-abl、酪氨酸酶、EphA2、岩藻糖基GM1、sLe、GM3、TGS5、HMWMAA、邻乙酰基GD2、叶酸受体β、TEM1/CD248、TEM7R、CLDN6、GPRC5D、CXORF61、CD97、CD179a、ALK、聚唾液酸、PLAC1、GloboH、NY-BR-1、UPK2、HAVCR1、ADRB3、PANX3、GPR20、LY6K、OR51E2、TARP、WT1、NY-ESO-1、LAGE-1a、MAGE-A1、legumain、HPV E6、E7、MAGE A1、ETV6-AML、精子蛋白17、XAGE1、Tie 2、MAD-CT-1、MAD-CT-2、Fos相关抗原1、p53、p53突变体、prostein、survivin和端粒酶、PCTA-1/Galectin 8、Mela nA/MART1、Ras突变体、hTERT、肉瘤易位断点、ML-IAP、ERG(TMPRSS2 ETS融合基因)、NA17、PAX3、雄激素受体、细胞周期蛋白B1、MYCN、RhoC、TRP-2、CYP1B1、BORIS、SART3、PAX5、OY-TES1、LCK、AKAP-4、SSX2、RAGE-1、人类端粒酶逆转录酶、RU1、RU2、肠内羧基酯酶、mut hsp70-2、CD79a、CD79b、CD72、LAIR1、FCAR、LILRA2、CD300LF、CLEC12A、BST2、EMR2、LY75、GPC3、FCRL5和IGLL1。
86、实施方案84和85之一的修饰的细胞,其中所述细胞内信号传导结构域包含共刺激信号传导结构域,或初级信号传导结构域和共刺激信号传导结构域,其中所述共刺激信号传导结构域包括蛋白质的功能性信号传导结构域,蛋白质选自CD27、CD28、4-1BB(CD137)、OX40、CD30、CD40、PD-1、ICOS、淋巴细胞功能相关抗原1(LFA-1)、CD2、CD7、LIGHT、NKG2C、B7-H3、一种与CD83特异性结合的配体、CDS、ICAM-1、GITR、BAFFR、HVEM(LIGHTR)、SLAMF7、NKp80(KLRF1)、CD160、CD19、CD4、CD8α、CD8β、IL2Rβ、IL2Rγ、IL7Rα、ITGA4、VLA1、CD49a、ITGA4、IA4、CD49D、ITGA6、VLA-6、CD49f、ITGAD、CD11d、ITGAE、CD103、ITGAL、CD11a、LFA-1、ITGAM、CD11b、ITGAX、CD11c、ITGB1、CD29、ITGB2、CD18、LFA-1、ITGB7、TNFR2、TRANCE/RANKL、DNAM1(CD226)、SLAMF4(CD244、2B4)、CD84、CD96(Tactile)、CEACAM1、CRTAM、Ly9(CD229)、CD160(BY55)、PSGL1、CD100(SEMA4D)、CD69、SLAMF6(NTB-A、Ly108)、SLAM(SLAMF1、CD150、IPO-3)、BLAME(SLAMF8)、SELLPG(CD162)、LTBR、LAT、GADS、SLP-76、PAG/Cbp、NKp44、NKp30、NKp46和NKG2D。
87、实施方案82-86之一的修饰的细胞,其中所述抗原结合分子是修饰的TCR。
88、实施方案87的修饰的细胞,其中所述TCR衍生自患者中自发发生的肿瘤特异性T细胞。
89、实施方案88的修饰的细胞,其中所述TCR结合肿瘤抗原。
90、实施方案89的修饰的细胞,其中所述肿瘤抗原包含CEA、gp100、MART-1、p53、MAGE-A3或NY-ESO-1。
91、实施方案89的修饰的细胞,其中所述TCR包含TCRγ和TCRδ链或TCRα和TCRβ链、或其组合。
92、实施方案11的修饰的细胞,其中所述免疫效应细胞是T细胞或NK细胞,或所述细胞是免疫效应细胞(例如,免疫效应细胞群)。
93、实施方案92的修饰的细胞,其中所述免疫效应细胞是T细胞。
94、实施方案93的修饰的细胞,其中所述T细胞是CD4+ T细胞、CD8+ T细胞或其组合。
95、前述实施方案中任一项的修饰的细胞,其中所述细胞是人细胞。
96、前述实施方案中任一项的修饰的细胞,其中所述修饰的细胞包含一种或多种基因的表达或功能的抑制剂。
97、实施方案96的修饰的细胞,其中所述抑制剂是(1)靶向于编码所述一个或多个基因或相应调节元件的基因中一个或多个位点的基因编辑系统;(2)编码一种或多种基因的基因编辑系统的一种或多种成分的核酸;或(3)其组合。
98、一种药物组合物,其包含实施方案82-17中任一项的细胞群。
99、一种在有需要的受试者中引起或引发T细胞应答和/或治疗该受试者的肿瘤的方法,该方法包括向该受试者施用有效量的实施方案98的组合物。
100、一种递送治疗剂的方法,该方法包括向受试者施用有效量的实施方案98的组合物。
101、实施方案82-100之一的修饰的细胞、方法、药物组合物、细胞,其中一种或多种多核苷酸以重组DNA构建体、mRNA或病毒载体形式存在于修饰的细胞中。
102、实施方案101的修饰的细胞、方法、药物组合物、细胞,其中所述核酸序列是不整合到所述修饰的细胞的基因组中的mRNA。
103、实施方案101-102之一的修饰的细胞、方法、药物组合物、细胞,其中所述一种或多种多核苷酸与氧敏感性多肽结构域缔合。
104、实施方案103的修饰的细胞、方法、药物组合物、细胞,其中所述氧敏感性多肽结构域包含HIF VHL结合结构域。
105、实施方案101-104之一的修饰的细胞、方法、药物组合物、细胞,其中一种或多种多核苷酸的表达由启动子调节,所述启动子包含转录调节子的结合位点,所述转录调节子调节细胞中治疗剂的表达和/或分泌。
106、实施方案105的修饰的细胞、方法、药物组合物、细胞,其中所述转录调节剂是或包括Hif1a、NFAT、FOXP3和/或NFkB。
107、前述实施方案82-106中任一项的修饰的细胞,其中所述一种或多种多核苷酸的表达受NFAT调节,使得所述EV响应于所述修饰的细胞的活化而组装。
108、实施方案82-107中任一项的修饰的细胞、方法、药物组合物、细胞,其中一种或多种蛋白是自组装蛋白。
109、实施方案82-108中任一项的修饰的细胞、方法、药物组合物、细胞,其中指导其通过囊泡释放的一种或多种蛋白作为腔膜结合蛋白选自选自以下的组:逆转录病毒组特异性抗原、逆转录病毒组特异性抗原变异、流感M1蛋白、ARRDC1蛋白、ARC蛋白、埃博拉病毒VP40蛋白和水疱性口炎病毒的M蛋白。
110、实施方案82-109中任一项的修饰的细胞、方法、药物组合物、细胞,其中所述一种或多种蛋白包含Arc蛋白,并且所述一种或多种多核苷酸包含编码治疗剂的核酸。
111、一种EV,其包含Arc蛋白和编码或包含治疗剂的核酸,所述核酸是编码治疗剂的DNA或RNA。
112、实施方案110和111中任一项的修饰的细胞、方法、药物组合物、细胞或EV,其中所述治疗剂选自siRNA、shRNA和RNAi。
113、实施方案110和111中任一项的修饰的细胞、方法、药物组合物、细胞或EV,其中编码治疗剂的核酸连接至3'UTR序列。
114、实施方案113的修饰的细胞、方法、药物组合物、细胞或EV,其中3'UTR序列与Arc蛋白结合。
115、实施方案114的修饰的细胞、方法、药物组合物、细胞或EV,其中3'UTR序列是反义mRNA3'UTR序列。
116、实施方案110和111中任一项的修饰的细胞、方法、药物组合物、细胞或EV,其中所述核酸还包含转录调节子序列。
117、实施方案82-37中任一项的修饰的细胞、方法、药物组合物、细胞或EV,其中所述治疗剂是scFv,其在肿瘤细胞的膜上或内部结合肿瘤抗原。
118、实施方案117的修饰的细胞、方法、药物组合物、细胞或EV,其中所述肿瘤抗原是实施方案86和91的肿瘤抗原中的至少一种。
119、一种多核苷酸,其包含转录调节剂(例如,NFAT)的结合位点并编码组装细胞外囊泡(EV)和治疗剂的一种或多种蛋白质。
120、一种细胞,其被修饰以表达一个或多个分子的水平高于未被修饰以表达一个或多个分子的细胞表达的一个或多个分子的水平,其中所述一个或多个分子是缔合的与生物合成和/或炎性体的运输。
121、一种工程改造以表达抗原结合分子的修饰细胞,其中已增强了修饰细胞中一个或多个分子的表达和/或功能,其中所述一个或多个分子与炎性体的生物合成和/或转运相关。
122、实施方案120和121中任一项的修饰的细胞,其中所述修饰的细胞包含与一个或多个分子的生物合成或转运途径相关的内源基因的破坏或外源基因的添加。
123、一种多核苷酸的方法或用途,该方法包括
提供包含载体基因组的病毒颗粒(例如,AAV、慢病毒或其变体),该载体基因组包含编码一个或多个分子的多核苷酸和编码结合分子的多核苷酸,该多核苷酸可操作地连接至表达控制元件,赋予其转录多核苷酸;和
向受试者施用一定量的病毒颗粒,以使多核苷酸在受试者中表达,其中一种或多种分子与炎性体的生物合成和/或转运相关。
124、实施方案123的方法,其中所述AAV制备物可以包含AAV载体颗粒,空衣壳和宿主细胞杂质,从而提供基本不含AAV空衣壳的AAV产物。
125、一种药物组合物,其包含实施方案120-122中任一项的细胞群。
126、一种在需要其的受试者中引起或引发T细胞应答和/或治疗该受试者的肿瘤的方法,该方法包括向该受试者施用有效量的实施方案125的组合物。
127、实施方案120-126中任一项的分离的核酸序列、修饰的细胞、方法或药物组合物,其中所述一种或多种分子包含NLRR1、NLRP3、ASC、PYD、NOD2、CARD、RIP2、RICK、TBK1和TAK1/2中的至少一种,一个或多个分子的功能变体或一个或多个分子的功能片段。
128、实施方案120-127中任一项的分离的核酸序列、修饰的细胞、方法或药物组合物,其中所述一个或多个分子包含NLRP1、NLRP3和TBK1中的至少一种,一个或多个分子的功能变体,或一个或多个分子的功能片段。
129、实施方案120-128中任一项的分离的核酸序列、修饰的细胞、方法或药物组合物,其中所述一个或多个分子包含NLRP1突变体1A54V、NLRP1突变体2A66V、NLRP1突变体3M1184V、NLRP1突变体4,缺失787-843,NLRP1 wt、NLRP3 wt、ASC-wt、NLRP3突变体1、NLRP3突变体2、NLRP3突变体3或NLRP3突变体4(序列在美国专利申请号62/914,678中公开)。
130、实施方案129的分离的核酸序列、修饰的细胞、方法或药物组合物,其中NLRP1突变体1A54V、NLRP1突变体2A66V、NLRP1突变体3M1184V、NLRP1突变体4,缺失787-843,NLRP1 wt、NLRP3 wt、ASC-wt、NLRP3突变体1、NLRP3突变体2、NLRP3突变体3或NLRP3突变体4(序列在美国专利申请号:62/914,678中公开)在修饰的细胞中过表达。
131、前述实施方案中任一项的修饰的细胞,其中所述修饰的细胞包含抗原结合分子,所述抗原结合分子是嵌合抗原受体(CAR),其包含抗原结合结构域、跨膜结构域和细胞内信令域。
132、实施方案131的修饰的细胞,其中抗原结合结构域与肿瘤抗原结合,肿瘤抗原选自:TSHR、CD19、CD123、CD22、CD30、CD171、CS-1、CLL-1、CD33、EGFRvIII、GD2、GD3、BCMA、TnAg、PSMA、ROR1、FLT3、FAP、TAG72、CD38、CD44v6、CEA、EPCAM、B7H3、KIT、IL-13Ra2、间皮素、IL-11Ra、PSCA、PRSS21、VEGFR2、LewisY、CD24、PDGFR-β、SSEA-4、CD20、叶酸受体α、ERBB2(Her2/neu)、MUC1、EGFR、NCAM、蛋白酶、PAP、ELF2M、Ephrin B2、IGF-1受体、CAIX、LMP2、gp100、bcr-abl、酪氨酸酶、EphA2、岩藻糖基GM1、sLe、GM3、TGS5、HMWMAA、邻乙酰基GD2、叶酸受体β、TEM1/CD248、TEM7R、CLDN6、GPRC5D、CXORF61、CD97、CD179a、ALK、聚唾液酸、PLAC1、GloboH、NY-BR-1、UPK2、HAVCR1、ADRB3、PANX3、GPR20、LY6K、OR51E2、TARP、WT1、NY-ESO-1、LAGE-1a、MAGE-A1、legumain、HPV E6、E7、MAGE A1、ETV6-AML、精子蛋白17、XAGE1、Tie 2、MAD-CT-1、MAD-CT-2、Fos相关抗原1、p53、p53突变体、prostein、survivin和端粒酶、PCTA-1/Galectin 8、MelanA/MART1、Ras突变体、hTERT、肉瘤易位断点、ML-IAP、ERG(TMPRSS2 ETS融合基因)、NA17、PAX3、雄激素受体、细胞周期蛋白B1、MYCN、RhoC、TRP-2、YP1B1、BORIS、SART3、PAX5、OY-TES1、LCK、AKAP-4、SSX2、RAGE-1、人类端粒酶逆转录酶、RU1、RU2、肠内羧基酯酶、mut hsp70-2、CD79a、CD79b、CD72、LAIR1、FCAR、LILRA2、CD300LF、CLEC12A、BST2、EMR2、LY75、GPC3、FCRL5和IGLL1。
133、实施方案131和132中任一项的修饰的细胞,其中所述细胞内信号传导结构域包含共刺激信号传导结构域、或初级信号传导结构域和共刺激信号传导结构域,其中所述共刺激信号传导结构域包括蛋白质的功能性信号传导结构域,其中蛋白质选自CD27、CD28、4-1BB(CD137)、OX40、CD30、CD40、PD-1、ICOS、淋巴细胞功能相关抗原1(LFA-1)、CD2、CD7、LIGHT、NKG2C、B7-H3、一种与CD83特异性结合的配体、CDS、ICAM-1、GITR、BAFFR、HVEM(LIGHTR)、SLAMF7、NKp80(KLRF1)、CD160、CD19、CD4、CD8α、CD8β、IL2Rβ、IL2Rγ、IL7Rα、ITGA4、VLA1、CD49a、ITGA4、IA4、CD49D、ITGA6、VLA-6、CD49f、ITGAD、CD11d、ITGAE、CD103、ITGAL、CD11a、LFA-1、ITGAM、CD11b、ITGAX、CD11c、ITGB1、CD29、ITGB2、CD18、LFA-1、ITGB7、TNFR2、TRANCE/RANKL、DNAM1(CD226)、SLAMF4(CD244、2B4)、CD84、CD96(Tactile)、CEACAM1、CRTAM、Ly9(CD229)、CD160(BY55)、PSGL1、CD100(SEMA4D)、CD69、SLAMF6(NTB-A、Ly108)、SLAM(SLAMF1、CD150、IPO-3)、BLAME(SLAMF8)、SELLPG(CD162)、LTBR、LAT、GADS、SLP-76、PAG/Cbp、NKp44、NKp30、NKp46和NKG2D。
134、合适的实施方案中任一项的修饰的细胞,其中所述修饰的细胞包含抗原结合分子,所述抗原结合分子是修饰的TCR。
135、实施方案134的修饰的细胞,其中所述TCR衍生自患者中自发发生的肿瘤特异性T细胞。
136、实施方案135的修饰的细胞,其中所述TCR与肿瘤抗原结合。
137、实施方案136的修饰的细胞,其中所述肿瘤抗原包含CEA、gp100、MART-1、p53、MAGE-A3或NY-ESO-1。
138、实施方案136的修饰的细胞,其中TCR包含TCRγ和TCRδ链或TCRα和TCRβ链,或其组合。
139、前述实施方案中任一项的修饰的细胞,其中所述免疫效应细胞是T细胞或NK细胞,或所述细胞是免疫效应细胞(例如,免疫效应细胞群)。
140、实施方案139的修饰的细胞,其中所述免疫效应细胞是T细胞。
141实施方案139的修饰的细胞,其中所述T细胞是CD4+ T细胞、CD8+ T细胞或其组合。
142、前述实施方案中任一项的修饰的细胞,其中所述细胞是人细胞。
143、前述实施方案中任一项的修饰的细胞,其中所述一个或多个分子的增强的表达和/或功能通过引入编码存在的一个或多个分子和/或结合分子的核酸序列来实现。在重组DNA构建体,mRNA或病毒载体中的修饰细胞中。
144、实施方案143的修饰的细胞,其中所述核酸序列是不整合到所述修饰的细胞的基因组中的mRNA。
145、实施方案143的修饰的细胞,其中所述核酸序列与氧敏感性多肽结构域相关。
146、实施方案145的修饰的细胞,其中所述氧敏感性多肽结构域包含HIF VHL结合结构域。
147、实施方案143的修饰的细胞,其中所述核酸序列由启动子调节,所述启动子包含转录调节剂的结合位点,所述转录调节剂调节细胞中治疗剂的表达和/或分泌。
148、实施方案147的修饰的细胞,其中所述转录调节剂是或包括Hif1a、NFAT、FOXP3和/或NFkB。
149、编码任何前述实施方案的一个或多个分子的分离的核酸序列与炎性体的生物合成和/或转运相关。
实施例
图1显示了编码CD19 CAR和dnDR5(显性负DR5)的载体。图2显示了人源化CD19 CAR和各种形式的dnDR5的表达的流式细胞术结果。T细胞感染hCD19-DNDR5-1和hCD19-dnDR5-2后,hCD19 CAR(人CD19 CAR)的表达正常,DR5为Trail的受体。表2中提供了序列,并且该序列的其他信息可以在PCT专利公开WO2020106843和WO2019140100以及PCT专利申请NO:PCT/US20/13099中找到,其全部内容通过引用并入本文。
图3-6显示了共培养分析的流式细胞仪结果。如图3所示,将包含hCD19 CAR和各种形式的dnDR5和TRAIL-GFP Nalm6细胞(CD19 CAR T的底物细胞)的T细胞以3∶1的比例共培养。通过流式细胞术在24小时检测T细胞的杀伤作用。在hCD19 CAR T组中Nalm6的百分比为19.27%,在hCD19-dnDR5-1组中Nalm6的百分比为7.15%,在hCD19-dnDR5-2组中Nalm6的百分比为11.92%。在hCD19-dnDR5-1和hCD19-dnDR5-2组中,肿瘤细胞(Nalm6)的百分比较低,表明hCD19-dnDR5-1和hCD19-dnDR5-2具有更好的杀伤作用。Trail-GFP Nalm6细胞是hCD19-dnDR5-1 CART和hCD19-dnDR5-2 CART的底物细胞。
如图4所示,将T细胞和TRAIL-GFP Nalm6细胞以3∶1的比例共培养。在24h通过流式细胞术检测T细胞的凋亡。hCD19 CART组中未凋亡的T细胞百分比为41.84%。在hCD19-dnDR5-1组中,未凋亡T细胞的百分比为48.35%,在hCD19-dnDR5-2组中为未凋亡T细胞的百分比为44.46%。在hCD19-dnDR5-1和hCD19-dnDR5-2组中,未凋亡的T细胞的百分数较高,表明hCD19-dnDR5-1和hCD19-dnDR5-2具有抗凋亡作用。
如图5所示,将T细胞和TRAIL-GFP Nalm6细胞以1:1的比例共培养。通过流式细胞术在24小时检测T细胞的杀伤作用。hCD19 CART组中Nalm6的百分比为50.98%。hCD19-dnDR5-1组中Nalm6的百分比为40.29%,hCD19-dnDR5-2组中Nalm6的百分比为43.81%。在hCD19-dnDR5-1和hCD19-dnDR5-2组中,肿瘤细胞(Nalm6)的百分比较低,表明hCD19-dnDR5-1和hCD19-dnDR5-2具有更好的杀伤作用。
图6中,以1:1的比例共培养T细胞和TRAIL-GFP Nalm6细胞。在24h通过流式细胞术检测T细胞的凋亡。hCD19 CART组中未凋亡的T细胞百分比为31.86%。hCD19-dnDR5-1组中未凋亡的T细胞百分比为34.29%,hCD19-dnDR5-2组中未凋亡的T细胞百分比为26.42%。在hCD19-dnDR5-1组中,未凋亡的T细胞的百分比更高,表明hCD19-dnDR5-1具有抗凋亡的作用。
表2
Figure BDA0002701382040000291
Figure BDA0002701382040000301
序列表
<110> 上海斯丹赛生物技术有限公司
<120> 修饰的细胞群体的药物组合物
<160> 6
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 356
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
Met Glu Gln Arg Gly Gln Asn Ala Pro Ala Ala Ser Gly Ala Arg Lys
1 5 10 15
Arg His Gly Pro Gly Pro Arg Glu Ala Arg Gly Ala Arg Pro Gly Pro
20 25 30
Arg Val Pro Lys Thr Leu Val Leu Val Val Ala Ala Val Leu Leu Leu
35 40 45
Val Ser Ala Glu Ser Ala Leu Ile Thr Gln Gln Asp Leu Ala Pro Gln
50 55 60
Gln Arg Ala Ala Pro Gln Gln Lys Arg Ser Ser Pro Ser Glu Gly Leu
65 70 75 80
Cys Pro Pro Gly His His Ile Ser Glu Asp Gly Arg Asp Cys Ile Ser
85 90 95
Cys Lys Tyr Gly Gln Asp Tyr Ser Thr His Trp Asn Asp Leu Leu Phe
100 105 110
Cys Leu Arg Cys Thr Arg Cys Asp Ser Gly Glu Val Glu Leu Ser Pro
115 120 125
Cys Thr Thr Thr Arg Asn Thr Val Cys Gln Cys Glu Glu Gly Thr Phe
130 135 140
Arg Glu Glu Asp Ser Pro Glu Met Cys Arg Lys Cys Arg Thr Gly Cys
145 150 155 160
Pro Arg Gly Met Val Lys Val Gly Asp Cys Thr Pro Trp Ser Asp Ile
165 170 175
Glu Cys Val His Lys Glu Ser Gly Thr Lys His Ser Gly Glu Val Pro
180 185 190
Ala Val Glu Glu Thr Val Thr Ser Ser Pro Gly Thr Pro Ala Ser Pro
195 200 205
Cys Ser Leu Ser Gly Ile Ile Ile Gly Val Thr Val Ala Ala Val Val
210 215 220
Leu Ile Val Ala Val Phe Val Cys Lys Ser Leu Leu Trp Lys Lys Val
225 230 235 240
Leu Pro Tyr Leu Lys Gly Ile Cys Ser Gly Gly Gly Gly Asp Pro Glu
245 250 255
Arg Val Asp Arg Ser Ser Gln Arg Pro Gly Ala Glu Asp Asn Val Leu
260 265 270
Asn Glu Ile Val Ser Ile Leu Gln Pro Thr Gln Val Pro Glu Gln Glu
275 280 285
Met Glu Val Gln Glu Pro Ala Glu Pro Thr Gly Val Asn Met Leu Ser
290 295 300
Pro Gly Glu Ser Glu His Leu Leu Glu Pro Ala Glu Ala Glu Arg Ser
305 310 315 320
Gln Arg Arg Arg Leu Leu Val Pro Ala Asn Glu Gly Asp Pro Thr Glu
325 330 335
Thr Leu Leu Ser Ser Gly Lys Phe Met Tyr Leu Glu Gly Asn Ala Asp
340 345 350
Ser Ala Met Ser
355
<210> 2
<211> 341
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
Met Glu Gln Arg Gly Gln Asn Ala Pro Ala Ala Ser Gly Ala Arg Lys
1 5 10 15
Arg His Gly Pro Gly Pro Arg Glu Ala Arg Gly Ala Arg Pro Gly Pro
20 25 30
Arg Val Pro Lys Thr Leu Val Leu Val Val Ala Ala Val Leu Leu Leu
35 40 45
Val Ser Ala Glu Ser Ala Leu Ile Thr Gln Gln Asp Leu Ala Pro Gln
50 55 60
Gln Arg Ala Ala Pro Gln Gln Lys Arg Ser Ser Pro Ser Glu Gly Leu
65 70 75 80
Cys Pro Pro Gly His His Ile Ser Glu Asp Gly Arg Asp Cys Ile Ser
85 90 95
Cys Lys Tyr Gly Gln Asp Tyr Ser Thr His Trp Asn Asp Leu Leu Phe
100 105 110
Cys Leu Arg Cys Thr Arg Cys Asp Ser Gly Glu Val Glu Leu Ser Pro
115 120 125
Cys Thr Thr Thr Arg Asn Thr Val Cys Gln Cys Glu Glu Gly Thr Phe
130 135 140
Arg Glu Glu Asp Ser Pro Glu Met Cys Arg Lys Cys Arg Thr Gly Cys
145 150 155 160
Pro Arg Gly Met Val Lys Val Gly Asp Cys Thr Pro Trp Ser Asp Ile
165 170 175
Glu Cys Val His Lys Glu Ser Gly Thr Lys His Ser Gly Glu Val Pro
180 185 190
Ala Val Glu Glu Thr Val Thr Ser Ser Pro Gly Thr Pro Ala Ser Pro
195 200 205
Cys Ser Leu Ser Gly Ile Ile Ile Gly Val Thr Val Ala Ala Val Val
210 215 220
Leu Ile Val Ala Val Phe Val Cys Lys Ser Leu Leu Trp Lys Lys Val
225 230 235 240
Leu Pro Tyr Leu Lys Gly Ile Cys Ser Gly Gly Gly Gly Asp Pro Glu
245 250 255
Arg Val Asp Arg Ser Ser Gln Arg Pro Gly Ala Glu Asp Asn Val Leu
260 265 270
Asn Glu Ile Val Ser Ile Leu Gln Pro Thr Gln Val Pro Glu Gln Glu
275 280 285
Met Glu Val Gln Glu Pro Ala Glu Pro Thr Gly Val Asn Met Leu Ser
290 295 300
Pro Gly Glu Ser Glu His Leu Leu Glu Pro Ala Glu Ala Glu Arg Ser
305 310 315 320
Gln Arg Arg Arg Leu Leu Glu Asp Phe Leu Cys Leu Gln Thr Lys Glu
325 330 335
Ile Leu Gln Lys His
340
<210> 3
<211> 242
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
Asp Ile Gln Met Thr Gln Thr Thr Ser Ser Leu Ser Ala Ser Leu Gly
1 5 10 15
Asp Arg Val Thr Ile Ser Cys Arg Ala Ser Gln Asp Ile Ser Lys Tyr
20 25 30
Leu Asn Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Asp Gly Thr Val Lys Leu Leu Ile
35 40 45
Tyr His Thr Ser Arg Leu His Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Asp Tyr Ser Leu Thr Ile Ser Asn Leu Glu Gln
65 70 75 80
Glu Asp Ile Ala Thr Tyr Phe Cys Gln Gln Gly Asn Thr Leu Pro Tyr
85 90 95
Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Glu Ile Thr Gly Gly Gly Gly Ser
100 105 110
Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Glu Val Lys Leu Gln Glu
115 120 125
Ser Gly Pro Gly Leu Val Ala Pro Ser Gln Ser Leu Ser Val Thr Cys
130 135 140
Thr Val Ser Gly Val Ser Leu Pro Asp Tyr Gly Val Ser Trp Ile Arg
145 150 155 160
Gln Pro Pro Arg Lys Gly Leu Glu Trp Leu Gly Val Ile Trp Gly Ser
165 170 175
Glu Thr Thr Tyr Tyr Asn Ser Ala Leu Lys Ser Arg Leu Thr Ile Ile
180 185 190
Lys Asp Asn Ser Lys Ser Gln Val Phe Leu Lys Met Asn Ser Leu Gln
195 200 205
Thr Asp Asp Thr Ala Ile Tyr Tyr Cys Ala Lys His Tyr Tyr Tyr Gly
210 215 220
Gly Ser Tyr Ala Met Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Ser Val Thr Val
225 230 235 240
Ser Ser
<210> 4
<211> 69
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
Thr Thr Thr Pro Ala Pro Arg Pro Pro Thr Pro Ala Pro Thr Ile Ala
1 5 10 15
Ser Gln Pro Leu Ser Leu Arg Pro Glu Ala Cys Arg Pro Ala Ala Gly
20 25 30
Gly Ala Val His Thr Arg Gly Leu Asp Phe Ala Cys Asp Ile Tyr Ile
35 40 45
Trp Ala Pro Leu Ala Gly Thr Cys Gly Val Leu Leu Leu Ser Leu Val
50 55 60
Ile Thr Leu Tyr Cys
65
<210> 5
<211> 42
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 5
Lys Arg Gly Arg Lys Lys Leu Leu Tyr Ile Phe Lys Gln Pro Phe Met
1 5 10 15
Arg Pro Val Gln Thr Thr Gln Glu Glu Asp Gly Cys Ser Cys Arg Phe
20 25 30
Pro Glu Glu Glu Glu Gly Gly Cys Glu Leu
35 40
<210> 6
<211> 112
<212> PRT
<213> 智人(Homo sapiens)
<400> 6
Arg Val Lys Phe Ser Arg Ser Ala Asp Ala Pro Ala Tyr Gln Gln Gly
1 5 10 15
Gln Asn Gln Leu Tyr Asn Glu Leu Asn Leu Gly Arg Arg Glu Glu Tyr
20 25 30
Asp Val Leu Asp Lys Arg Arg Gly Arg Asp Pro Glu Met Gly Gly Lys
35 40 45
Pro Arg Arg Lys Asn Pro Gln Glu Gly Leu Tyr Asn Glu Leu Gln Lys
50 55 60
Asp Lys Met Ala Glu Ala Tyr Ser Glu Ile Gly Met Lys Gly Glu Arg
65 70 75 80
Arg Arg Gly Lys Gly His Asp Gly Leu Tyr Gln Gly Leu Ser Thr Ala
85 90 95
Thr Lys Asp Thr Tyr Asp Ala Leu His Met Gln Ala Leu Pro Pro Arg
100 105 110

Claims (10)

1.一种修饰的细胞,其包含编码显性失活的死亡受体5(DR5)的多核苷酸。
2.根据权利要求1所述的修饰的细胞,其中所述修饰的细胞包含SEQ ID NO:1或2的氨基酸序列。
3.根据权利要求1或2所述的修饰的细胞,其中所述修饰的细胞进一步包含嵌合抗原受体(CAR)或修饰的T细胞受体(TCR)。
4.根据权利要求3所述的修饰的细胞,其中所述CAR包含抗原结合结构域、跨膜结构域和细胞内信号传导结构域。
5.根据权利要求4所述的修饰的细胞,其中所述抗原结合结构域结合肿瘤抗原,并且其中所述肿瘤抗原包括TSHR、CD19、CD123、CD22、CD30、CD171、CS-1、CLL-1、CD33、EGFRvIII、GD2、GD3、BCMA、Tn Ag、PSMA、ROR1、FLT3、FAP、TAG72、CD38、CD44v6、CEA、EPCAM、B7H3、KIT、IL-13Ra2、间皮素、IL-11Ra、PSCA、PRSS21、VEGFR2、LewisY、CD24、PDGFR-β、SSEA-4、CD20、叶酸受体α、ERBB2(Her2/neu)、MUC1、EGFR、NCAM、Prostase、PAP、ELF2M、Ephrin B2、IGF-1受体、CAIX、LMP2、gp100、bcr-abl、酪氨酸酶、EphA2、岩藻糖基GM1、sLe、GM3、TGS5、HMWMAA、邻乙酰基GD2、叶酸受体β、TEM1/CD248、TEM7R、CLDN6、GPRC5D、CXORF61、CD97、CD179a、ALK、聚唾液酸、PLAC1、GloboH、NY-BR-1、UPK2、HAVCR1、ADRB3、PANX3、GPR20、LY6K、OR51E2、TARP、WT1、NY-ESO-1、LAGE-1a、MAGE-A1、legumain、HPV E6,E7、MAGE A1、ETV6-AML、精子蛋白17、XAGE1、Tie 2、MAD-CT-1、MAD-CT-2、与Fos相关的抗原1、p53、p53突变体、prostein、survivin和端粒酶,PCTA-1/Galectin 8、MelanA/MART1、Ras突变体、hTERT、肉瘤易位断点、ML-IAP、ERG(TMPRSS2 ETS融合基因)、NA17、PAX3、雄激素受体、细胞周期蛋白B1、MYCN、RhoC、TRP-2、CYP1B1、BORIS、SART3、PAX5、OY-TES1、LCK、AKAP-4、SSX2、RAGE-1、人类端粒酶逆转录酶、RU1、RU2、肠羧基酯酶、mut hsp70-2、CD79a、CD79b、CD72、LAIR1、FCAR、LILRA2、CD300LF、CLEC12A、BST2、EMR2、LY75、GPC3、FCRL5、MAGE A4、CLDN 18.2、GCC或IGLL1。
6.根据权利要求4所述的修饰的细胞,其中所述细胞内信号传导结构域包含共刺激信号传导结构域、或初级信号传导结构域和共刺激信号传导结构域,其中所述共刺激信号传导结构域包括蛋白质的功能性信号传导结构域,其中蛋白质包含CD27、CD28、4-1BB(CD137)、OX40、CD30、CD40、PD-1、ICOS、淋巴细胞功能相关抗原1(LFA-1)、CD2、CD7、LIGHT、NKG2C、B7-H3、一种与CD83特异性结合的配体、CDS、ICAM-1、GITR、BAFFR、HVEM(LIGHTR)、SLAMF7、NKp80(KLRF1)、CD160、CD19、CD4、CD8α、CD8β、IL2Rβ、IL2Rγ、IL7Rα、ITGA4、VLA1、CD49a、ITGA4、IA4、CD49D、ITGA6、VLA-6、CD49f、ITGAD、CD11d、ITGAE、CD103、ITGAL、CD11a、LFA-1、ITGAM、CD11b、ITGAX、CD11c、ITGB1、CD29、ITGB2、CD18、LFA-1、ITGB7、TNFR2、TRANCE/RANKL、DNAM1(CD226)、SLAMF4(CD244、2B4)、CD84、CD96(Tactile)、CEACAM1、CRTAM、Ly9(CD229)、CD160(BY55)、PSGL1、CD100(SEMA4D)、CD69、SLAMF6(NTB-A、Ly108)、SLAM(SLAMF1、CD150、IPO-3)、BLAME(SLAMF8)、SELLPG(CD162)、LTBR、LAT、GADS、SLP-76、PAG/Cbp、NKp44、NKp30、NKp46或NKG2D。
7.根据权利要求3所述的修饰的细胞,其中所述TCR衍生自患者中自发发生的肿瘤特异性T细胞;其中所述TCR结合肿瘤抗原;其中所述肿瘤抗原包含CEA、gp100、MART-1、p53、MAGE-A3或NY-ESO-1;其中所述TCR包含TCRγ和TCRδ链或TCRα和TCRβ链、或其组合。
8.根据权利要求1-7中任一项所述的修饰的细胞,所述修饰的细胞是T细胞或NK细胞。
9.药物组合物,其包含根据权利要求1-8任一项所述的修饰的细胞。
10.核苷酸序列,其包含根据权利要求1所述的多核苷酸。
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