CN111899869A - 一种抑郁症患者识别系统及其识别方法 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种抑郁症患者识别系统及其识别方法,包括以下步骤:收集和整理数据,构建原始数据集;对原始数据集进行数据预处理得到输入数据集;将输入数据集按照一定比例划分训练数据集和测试数据集;创建识别抑郁症患者与健康人群的深度学习模型,利用训练数据集对构建的深度学习模型进行训练;利用测试集对训练好的深度学习模型进行性能评估,并在验证评估过程中对模型进行不断优化,得到最优模型。通过本发明可以高效便捷实现对抑郁症精神障碍的早期识别,提高抑郁症治疗的精准度。
Description
技术领域
本发明属于数据识别领域,特别涉及一种抑郁症患者识别系统及其识别方法。
背景技术
临床上对抑郁症的识别诊断主要是结合病人的访谈情况、量表及医生诊疗经验进行。这种方式易受患者的配合程度、医生熟练程度等主观因素影响。因此,寻找快速、客观、准确的抑郁症识别诊断方法对个体治疗具有重大意义。
发明内容
发明目的:针对上述问题,本发明提供一种抑郁症患者识别系统及其识别方法,解决了现有抑郁症早期筛查困难的问题,为之后早期干预,及时纠正患者的危险行为以避免抑郁症的发生和进一步加重奠定了基础。
技术方案:本发明提出一种抑郁症患者识别系统,包括数据预处理单元、模型创建单元、模型优化单元和数据识别单元;
数据预处理单元:用于对候选基因DNA甲基化的EWAS分析结果进行预处理;
模型创建单元:用于创建识别抑郁症患者与健康人群的深度学习模型;
模型优化单元:用于对所述深度学习模型进行优化;
数据识别单元:用于基于优化后的深度学习模型对待区分的甲基化测序数据进行有效识别。
一种如上所述的抑郁症患者识别系统的识别方法,包括如下步骤:
(1)收集和整理数据,构建原始数据集,数据为候选基因DNA甲基化的EWAS分析结果;
(2)对原始数据集进行数据预处理得到输入数据集;
(3)将输入数据集划分为训练数据集和测试数据集;
(4)创建识别抑郁症患者与健康人群的深度学习模型,利用训练数据集对构建的深度学习模型进行训练;
(5)利用测试集对训练好的深度学习模型进行性能评估,并在验证评估过程中对模型进行不断优化,得到最优模型。
进一步的,所述步骤(1)中收集和整理数据,构建原始数据集的具体步骤如下:
(1.1)对符合标准入组的抑郁症患者和健康人群对照进行候选基因甲基化测序;
(1.2)对测序后的下机数据进行处理,得到抑郁症患者和健康人群的候选基因DNA甲基化测序的EWAS分析结果;
(1.3)将两组分析结果收集整理,构成原始数据集合。
进一步的,所述步骤(2)中对原始数据集进行数据预处理得到输入数据集的步骤如下:去除候选基因DNA甲基化测序位点中未被检测到的情况得到输入数据集。
进一步的,所述步骤(3)中将输入数据集划分为训练数据集和测试数据集的具体步骤如下:将经过处理之后得到的输入数据之后按比例分割训练集和测试集,所述训练集和测试集比例为0.7:0.3或0.8:0.2。
进一步的,所述步骤(4)中创建识别抑郁症患者与健康人群的深度学习模型的具体步骤如下:
(4.1)为训练数据集中的每一个目标位点构建一个神经网络,所述神经网络是以全连接神经网络模型与输出层sigmoid函数构建,包括输入层、隐藏层和输出层;
(4.2)设定所述神经网络模型的输入层,假定训练样本数为m,候选基因甲基化的测序位点数为n,则候选基因甲基化测序数据对应的输入矩阵表示为X(m*n),其中所述的每一行表示一个样本的甲基化测序数据,每一列对应所述甲基化测序数据的位点数据;输入神经元个数设置为N,使用的激活函数为Relu;
(4.3)设定所述神经网络模型的隐藏层,隐藏层的输入数据为输入层的输出数据,隐藏层神经元个数设置为M,使用的激活函数为Relu;
(4.4)设定所述神经网络模型的输出层,其中,输出层的输入数据为隐藏层的输出数据,输出层神经元个数设置为C,使用的激活函数为sigmoid;
(4.5)所述sigmoid函数公式为:
(4.6)将训练数据集带入构建的深度学习模型中,其中,输入神经元个数N=n=406,隐藏层1神经元个数M=8,隐藏层2神经元个数M=4,输出层神经元个数C=1,以输入向量所对应的输出值作为目标真实值训练模型。
进一步的,所述步骤(5)中利用测试集对训练好的深度学习模型进行性能评估的具体步骤如下:将测试集作为输入矩阵输入到训练好的神经网络中,验证评估过程中调整模型超参数对模型进行不断优化,找到最优模型超参数合集。
本发明采用上述技术方案,具有以下有益效果:
本发明利用计算建模方法对甲基化数据进行多水平分析。基于深度学习算法分析高维数据,该方法可达到在不降低数据维度的情况下可以迅捷准确识别出抑郁症患者,有效地推进抑郁症的防治,进而提高抑郁症治疗的精准度。
附图说明
图1为本发明的流程图;
图2为具体实施例中基于候选基因甲基化测序和深度学习的抑郁症患者识别模型示意图;
图3为具体实施例中神经网络模型示意图;
图4为具体实施例中基于深度学习模型对抑郁症和健康对照候选基因甲基化测序数据识别的准确性示意图;
图5为本发明的结构示意图。
具体实施方式
下面结合具体实施例,进一步阐明本发明,但是本发明要求保护的范围并不局限于此。
实施例1:
如图1-3所示,本发明一种抑郁症患者识别系统及其识别方法,具体包括如下实施步骤:
S1:收集和整理数据,构建原始数据集,数据为候选基因DNA甲基化的EWAS分析结果;
S2:对原始数据集进行数据预处理,丢弃掉缺失值后得到输入数据集;
S3:将输入数据集按照0.8:0.2的比例随机划分为训练数据集和测试数据集;
S4:创建识别抑郁症患者与健康人群的深度学习模型,利用训练数据集对构建的深度学习模型进行训练;
S5:利用测试集对训练好的深度学习模型进行性能评估,并在验证评估过程中对模型进行不断优化,得到最优模型;
在一些具体的实施例中,所述S1中收集和整理数据,构建原始数据集的具体步骤如下:对符合标准入组的抑郁症患者和健康人群对照进行候选基因甲基化测序,对原始甲基化测序样本数据进行质量控制和编码处理,得到抑郁症患者和健康人群的候选基因DNA甲基化测序的EWAS分析结果,将两组分析结果收集整理,构成原始数据集。
在一些具体的实施例中,所述S2原始数据集进行数据预处理得到输入数据集的具体步骤如下:原始数据集中可能会由于各种原因,包含缺失值,它们通常编码为空白,NaN或其他占位符。这样的数据不能直接作为参数传入到模型中。缺失值的处理策略,可以选择直接丢弃,或者使用缺失值所在行或列的平均值、中值或众数等对其进行填补。对原始数据集进行缺失值处理后得到输入数据集。
在一些具体的实施例中,所述S3将输入数据集按照一定比例划分训练数据集和测试数据集的具体步骤如下:预处理之后的数据集被划分为训练数据和测试数据,其中训练集数据用于进行模型的训练,测试数据不参与模型训练,用于优化模型和检验模型的预测能力。获取方式是在处理所有的数据之后按一定的比例分割训练集和测试集,该比例通常为0.7:0.3和0.8:0.2,如在0.8:0.2中,0.8为训练集,0.2为测试集。
在一些具体的实施例中,所述S4创建识别抑郁症患者与健康人群的深度学习模型的具体步骤如下:
S401:为训练数据集中的每一个目标位点构建一个神经网络,所述神经网络是以全连接神经网络模型与输出层sigmoid函数构建,包括输入层、隐藏层和输出层。
S402:设定所述神经网络模型的输入层,其中,假定训练样本数为m,候选基因甲基化的测序位点数为n,则候选基因甲基化测序数据对应的输入矩阵表示为X(m*n),其中所述的每一行表示一个样本的甲基化测序数据,每一列对应所述甲基化测序数据的位点数据。输入神经元个数设置为N,使用的激活函数为Relu。
S403:设定所述神经网络每层之间采用全连接的方法,即除输入层外,模型中各个神经元存储的数据与上一层所有神经元有关。即所述神经网络模型的隐藏层,隐藏层的输入数据为输入层的输出数据,隐藏层神经元个数设置为M,使用的激活函数为Relu。
S404:所述神经网络模型的输出层,其中,输出层的输入数据为上一隐藏层的输出数据,输出层神经元个数设置为C,使用的激活函数为sigmoid。
S405:所述sigmoid函数公式为:
S406:将训练数据集带入构建的深度学习模型中,其中,输入神经元个数N=n=406,隐藏层1神经元个数M=8,隐藏层2神经元个数M=4,输出层神经元个数C=1,以输入向量所对应的输出值作为目标真实值训练模型。
在一些具体的实施例中,所述S5利用测试集对训练好的深度学习模型进行性能评估的具体步骤如下:将测试集输入到训练好的神经网络中,验证评估过程中调整模型超参数对模型进行不断优化,找到最优模型超参数合集。
实施例2
如图4所示,以实施例1的方法为基础,对符合标准入组的291例抑郁症患者和100例健康对照,共391例样本进行测试,并计算出结果进行比较。
1、对符合标准入组的391例样本进行候选基因甲基化测序,其中候选基因为:HTR1A,HTR1B,S100A10和BDNF,对测序结果进行质量控制和分析,将得到DNA甲基化的EWAS分析结果作为原始数据集,其中测序位点数为449个;
2、原始数据集进行数据预处理。考虑某些测序位点出现缺失的原因,进行填补不能反应真实的测序结果,所以对缺失值选择直接丢弃。缺失值处理完之后,相应测序位点数为406,样本数为333;
3、将预处理之后得到的输入数据按照0.8:0.2的比例划分为训练集和测试集;
4、为330样本数据分别构建一个神经网络;其中输入层(Input Layer)神经元个数为406个,隐藏层1神经元为8个,隐藏层2神经元个数为4个,输出层为1个;隐藏层所使用的激活函数为Relu,输出层函数为sigmoid,随机梯度下降学习率为0.01,迭代次数为200,批输入数据为32;
5、将训练数据集中每个样本的406个测序位点信息作为神经网络的输入向量,代入模型,以输入向量所对应的Y值作为目标真实值训练模型;
6、将测试集数据输入到训练好的模型中,将测试集合的预测效果与真实结果做比较,对模型的超参数不断进行优化,得到最优模型的超参数合集。模型最终预测性能结果如图4所示。
实施例3
如图5所示,提出了一种基于深度学习模型识别抑郁症患者的系统,包括:
A:数据预处理单元,该单元能够对候选基因DNA甲基化测序的EWAS分析结果进行预处理;
B:模型创建单元,该单元能够创建识别抑郁症患者与健康人群的深度学习模型
C:模型优化单元,该单元能够对所述深度学习模型进行优化;
D:数据识别单元,该单元能够基于优化后的深度学习模型对待区分的甲基化测序数据进行有效识别。
Claims (7)
1.一种抑郁症患者识别系统,其特征在于,包括数据预处理单元、模型创建单元、模型优化单元和数据识别单元;
数据预处理单元:用于对候选基因DNA甲基化的EWAS分析结果进行预处理;
模型创建单元:用于创建识别抑郁症患者与健康人群的深度学习模型;
模型优化单元:用于对所述深度学习模型进行优化;
数据识别单元:用于基于优化后的深度学习模型对待区分的甲基化测序数据进行有效识别。
2.一种如权利要求1所述的抑郁症患者识别系统的识别方法,其特征在于,包括如下步骤:
(1)收集和整理数据,构建原始数据集,数据为候选基因DNA甲基化的EWAS分析结果;
(2)对原始数据集进行数据预处理得到输入数据集;
(3)将输入数据集划分为训练数据集和测试数据集;
(4)创建识别抑郁症患者与健康人群的深度学习模型,利用训练数据集对构建的深度学习模型进行训练;
(5)利用测试集对训练好的深度学习模型进行性能评估,并在验证评估过程中对模型进行不断优化,得到最优模型。
3.根据权利要求2所述的一种抑郁症患者识别系统的识别方法,其特征在于,所述步骤(1)中收集和整理数据,构建原始数据集的具体步骤如下:
(1.1)对符合标准入组的抑郁症患者和健康人群对照进行候选基因甲基化测序;
(1.2)对测序后的下机数据进行处理,得到抑郁症患者和健康人群的候选基因DNA甲基化测序的EWAS分析结果;
(1.3)将两组分析结果收集整理,构成原始数据集合。
4.根据权利要求2所述的一种抑郁症患者识别系统的识别方法,其特征在于,所述步骤(2)中对原始数据集进行数据预处理得到输入数据集的步骤如下:去除候选基因DNA甲基化测序位点中未被检测到的情况得到输入数据集。
5.根据权利要求2所述的一种抑郁症患者识别系统的识别方法,其特征在于,所述步骤(3)中将输入数据集划分为训练数据集和测试数据集的具体步骤如下:将经过预处理之后得到的输入数据之后按比例分割训练集和测试集,所述训练集和测试集比例为0.7:0.3或0.8:0.2。
6.根据权利要求2所述的一种抑郁症患者识别系统的识别方法,其特征在于,所述步骤(4)中创建识别抑郁症患者与健康人群的深度学习模型的具体步骤如下:
(4.1)为训练数据集中的每一个目标位点构建一个神经网络,所述神经网络是以全连接神经网络模型与输出层sigmoid函数构建,包括输入层、隐藏层和输出层;
(4.2)设定所述神经网络模型的输入层,假定训练样本数为m,候选基因甲基化的测序位点数为n,则候选基因甲基化测序数据对应的输入矩阵表示为X(m*n),其中所述的每一行表示一个样本的甲基化测序数据,每一列对应所述甲基化测序数据的位点数据;输入神经元个数设置为N,使用的激活函数为Relu;
(4.3)设定所述神经网络模型的隐藏层,隐藏层的输入数据为输入层的输出数据,隐藏层神经元个数设置为M,使用的激活函数为Relu;
(4.4)设定所述神经网络模型的输出层,其中,输出层的输入数据为隐藏层的输出数据,输出层神经元个数设置为C,使用的激活函数为sigmoid;
(4.5)所述sigmoid函数公式为:
(4.6)将训练数据集输入到构建的深度学习模型中,其中,输入神经元个数N=n=406,隐藏层1神经元个数M=8,隐藏层2神经元个数M=4,输出层神经元个数C=1,以输入向量所对应的输出值作为目标真实值训练模型。
7.根据权利要求2所述的一种抑郁症患者识别系统的识别方法,其特征在于,所述步骤(5)中利用测试集对训练好的深度学习模型进行性能评估的具体步骤如下:将测试集作为输入矩阵输入到训练好的神经网络中,验证评估过程中调整模型超参数对模型进行不断优化,找到最优模型超参数合集。
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Legal Events
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PB01 | Publication | ||
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SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
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WD01 | Invention patent application deemed withdrawn after publication | ||
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