CN111526882A - 用于治疗变态反应的组合物和方法 - Google Patents

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Abstract

本文中提供了用于治疗变态反应(例如，食物变态反应)的组合物和方法。本文中还提供了用于调节与变态反应相关联的免疫应答和/或用于诱导对于变态反应(例如，食物变态反应)的免疫耐受或脱敏的组合物和方法。

Description

用于治疗变态反应的组合物和方法
相关申请
本申请要求2017年11月9日提交的美国临时申请号62/583,777；2018年3月1日提交的美国临时申请号62/637,355；和2018年8月23日提交的美国临时申请号62/721,786的在35 U.S.C.§119(e)之下的权益。这些所提及的申请中的每一个的整个内容通过提及而合并入本文。
发明领域
本文中提供了用于治疗变态反应(例如，食物变态反应)的组合物和方法。本文中还提供了用于调节与变态反应相关联的免疫应答和/或用于诱导对于变态反应(例如，食物变态反应)的免疫耐受或脱敏的组合物和方法。
发明背景
根据世界卫生组织对于变态反应的统计，在过去的50年在工业化国家中变态反应的发生率上升，并且在世界范围内差不多40-50％的学龄儿童对于至少一种常见变应原敏感。参见例如Pawankar R等人,The WAO White Book on Allergy(2013更新)。虽然变态反应可能在童年期间发生，但是变态反应也可能在整个一生中发展或发生。
在暴露于变应原后变应性反应的严重度可以在宽的范围内变动，从温和的症状到有时致命的反应。因此，所希望的是经改进的用于治疗变态反应和变应性反应的治疗法。
发明概述
本公开内容的方面提供了用于治疗变态反应的方法，其包括施用任一种在本文中所描述的组合物。还提供了用于调节与变态反应相关联的免疫应答的方法，其包括施用任一种在本文中所描述的组合物。还提供了用于诱导对于变态反应的免疫耐受或脱敏的方法，其包括施用任一种在本文中所描述的组合物。还提供了用于调节与变态反应相关联的免疫应答的方法，其包括施用抗生素和施用任一种在本文中所描述的组合物。还提供了用于诱导对于变态反应的免疫耐受或脱敏的方法，其包括施用抗生素和施用任一种在本文中所描述的组合物。
本公开内容的方面提供了用于治疗食物变态反应的方法，其包括向有此需要的受试者施用治疗有效量的组合物，所述组合物包含两种或更多种经纯化的从由下列各项组成的组中选择的物种的细菌菌株：博尔特氏梭菌(Clostridium bolteae)、人结肠无空气柱状菌(Anaerotruncus colihominis)、肠道粪便单胞菌(Sellimonas intestinales)、共生梭菌(Clostridium symbiosum)、产生布劳特氏菌(Blautia producta)、长链多雷氏菌(Dorealongicatena)、丹毒丝菌科细菌(Erysipelotrichaceae bacterium)和欺骗性小粒菌属物种(Subdolinogranulum spp.)。本公开内容的方面提供了用于治疗食物变态反应的方法，其包括向有此需要的受试者施用抗生素，和向所述受试者施用治疗有效量的组合物，所述组合物包含两种或更多种经纯化的从由下列各项组成的组中选择的物种的细菌菌株：博尔特氏梭菌、人结肠无空气柱状菌、肠道粪便单胞菌、共生梭菌、产生布劳特氏菌、长链多雷氏菌、丹毒丝菌科细菌和欺骗性小粒菌属物种。在一些实施方案中，所述组合物由经纯化的细菌菌株博尔特氏梭菌、人结肠无空气柱状菌、肠道粪便单胞菌、共生梭菌、产生布劳特氏菌、丹毒丝菌科细菌和欺骗性小粒菌属物种组成。在一些实施方案中，所述组合物由经纯化的细菌菌株博尔特氏梭菌、人结肠无空气柱状菌、肠道粪便单胞菌、共生梭菌、产生布劳特氏菌、长链多雷氏菌和欺骗性小粒菌属物种组成。
本公开内容的方面提供了用于治疗食物变态反应的方法，其包括向有此需要的受试者施用治疗有效量的组合物，所述组合物包含两种或更多种经纯化的从由下列各项组成的组中选择的物种的细菌菌株：吲哚梭菌(Clostridium indolis)、粪无空气柄状菌(Anaerostipes caccae)、毛螺菌科细菌(Lachnospiraceae bacterium)和共生梭菌。在一些实施方案中，所述组合物由经纯化的细菌菌株吲哚梭菌、粪无空气柄状菌、毛螺菌科细菌和共生梭菌组成。
本公开内容的方面提供了用于治疗食物变态反应的方法，其包括向有此需要的受试者施用治疗有效量的组合物，所述组合物包含两种或更多种经纯化的从由下列各项组成的组中选择的物种的细菌菌株：哈思韦氏梭菌(Clostridium hathewayi)、博尔特氏梭菌、肠道粪便单胞菌(Sellimonas intestinalis)和梭菌属(Clostridium)物种。在一些实施方案中，所述组合物由经纯化的细菌菌株哈思韦氏梭菌、博尔特氏梭菌、肠道粪便单胞菌和梭菌属物种组成。
本公开内容的方面提供了用于治疗食物变态反应的方法，其包括向有此需要的受试者施用治疗有效量的组合物，所述组合物包含两种或更多种经纯化的包含与选自SEQ IDNO:1-8的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株。本公开内容的方面提供了用于治疗食物变态反应的方法，其包括向有此需要的受试者施用抗生素，和向所述受试者施用治疗有效量的组合物，所述组合物包含两种或更多种经纯化的包含与选自SEQ ID NO:1-8的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株。在一些实施方案中，述组合物由经纯化的包含与SEQ ID NO:1-5、7和8中所示的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株组成。在一些实施方案中，所述组合物由经纯化的包含与SEQ ID NO:1-6和8中所示的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株组成。
本公开内容的方面提供了用于治疗食物变态反应的方法，其包括向有此需要的受试者施用治疗有效量的组合物，所述组合物包含两种或更多种经纯化的包含与选自SEQ IDNO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:13和SEQ ID NO:4的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株。在一些实施方案中，所述组合物由经纯化的包含与SEQ IDNO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:13和SEQ ID NO:4中所示的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株组成。
本公开内容的方面提供了用于治疗食物变态反应的方法，其包括向有此需要的受试者施用治疗有效量的组合物，所述组合物包含两种或更多种经纯化的包含与选自SEQ IDNO:9、SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:12的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株。在一些实施方案中，所述组合物由经纯化的包含与SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:12中所示的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株组成。
在一些实施方案中，所述方法导致IgE抗体的产生的抑制。在一些实施方案中，所述方法导致Th2免疫应答的抑制。在一些实施方案中，所述方法导致与食物变态反应相关联的免疫应答的抑制。
在一些实施方案中，所述细菌菌株是经冻干的。在一些实施方案中，所述细菌菌株中的一种或多种是以芽孢形式的。在一些实施方案中，所述细菌菌株中的每一种是以芽孢形式的。在一些实施方案中，所述细菌菌株中的一种或多种是以营养形式的。在一些实施方案中，所述细菌菌株中的每一种是以营养形式的。
在一些实施方案中，所述施用为口服施用。在一些实施方案中，所述组合物被配制成用于口服递送。在一些实施方案中，所述组合物被配制成用于直肠递送。在一些实施方案中，所述组合物被配制成用于递送至肠。在一些实施方案中，所述组合物被配制成用于递送至结肠。
在一些实施方案中，所述食物变态反应选自由下列各项组成的组：坚果变态反应、鱼类变态反应、小麦变态反应、乳变态反应、花生变态反应、树坚果变态反应、甲壳类变态反应、大豆变态反应、种子变态反应、芝麻籽变态反应和蛋类变态反应。在一些实施方案中，所述受试者为人。
在一些实施方案中，所述组合物进一步包含一种或多种辅助剂。在一些实施方案中，所述辅助剂与变态反应治疗或免疫耐受相关联。
本公开内容的方面提供了用于调节与食物变态反应相关联的免疫应答的方法，其包括向有此需要的受试者施用治疗有效量的组合物，所述组合物包含两种或更多种经纯化的从由下列各项组成的组中选择的物种的细菌菌株：博尔特氏梭菌、人结肠无空气柱状菌、肠道粪便单胞菌、共生梭菌、产生布劳特氏菌、长链多雷氏菌、丹毒丝菌科细菌和欺骗性小粒菌属物种。在一些实施方案中，所述组合物由经纯化的细菌菌株博尔特氏梭菌、人结肠无空气柱状菌、肠道粪便单胞菌、共生梭菌、产生布劳特氏菌、丹毒丝菌科细菌和欺骗性小粒菌属物种组成。在一些实施方案中，所述组合物由经纯化的细菌菌株博尔特氏梭菌、人结肠无空气柱状菌、肠道粪便单胞菌、共生梭菌、产生布劳特氏菌、长链多雷氏菌和欺骗性小粒菌属物种组成。
本公开内容的方面提供了用于调节与食物变态反应相关联的免疫应答的方法，其包括向有此需要的受试者施用治疗有效量的组合物，所述组合物包含两种或更多种经纯化的包含与选自SEQ ID NO:1-8的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株。在一些实施方案中，所述组合物由经纯化的包含与SEQ ID NO:1-5、7和8中所示的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株组成。在一些实施方案中，所述组合物由经纯化的包含与SEQ ID NO:1-6和8中所示的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株组成。
本公开内容的方面提供了用于调节与食物变态反应相关联的免疫应答的方法，其包括向有此需要的受试者施用治疗有效量的组合物，所述组合物包含两种或更多种经纯化的包含与选自SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:13和SEQ ID NO:4的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株。在一些实施方案中，所述组合物由经纯化的包含与SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:13和SEQ ID NO:4中所示的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株组成。
本公开内容的方面提供了用于调节与食物变态反应相关联的免疫应答的方法，其包括向有此需要的受试者施用治疗有效量的组合物，所述组合物包含两种或更多种经纯化的包含与选自SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:12的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株。在一些实施方案中，所述组合物由经纯化的包含与SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:12中所示的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株组成。
在一些实施方案中，所述方法导致调节T细胞的增殖和/或积累的诱导。在一些实施方案中，所述方法导致IgE抗体的产生的抑制。在一些实施方案中，所述方法导致Th2免疫应答的抑制。
在一些实施方案中，所述细菌菌株是经冻干的。在一些实施方案中，所述细菌菌株是经喷雾干燥的。在一些实施方案中，所述细菌菌株中的一种或多种是以芽孢形式的。在一些实施方案中，所述细菌菌株中的每一种是以芽孢形式的。在一些实施方案中，所述细菌菌株中的一种或多种是以营养形式的。在一些实施方案中，所述细菌菌株中的每一种是以营养形式的。
在一些实施方案中，所述施用为口服施用。在一些实施方案中，所述组合物被配制成用于口服递送。在一些实施方案中，所述组合物被配制成用于直肠递送。在一些实施方案中，所述组合物被配制成用于递送至肠。在一些实施方案中，所述组合物被配制成用于递送至结肠。
在一些实施方案中，所述食物变态反应选自由下列各项组成的组：坚果变态反应、鱼类变态反应、小麦变态反应、乳变态反应、花生变态反应、树坚果变态反应、甲壳类变态反应、大豆变态反应、种子变态反应、芝麻籽变态反应和蛋类变态反应。在一些实施方案中，所述受试者为人。
在一些实施方案中，所述组合物进一步包含一种或多种辅助剂。在一些实施方案中，所述辅助剂与变态反应治疗或免疫耐受相关联。
本公开内容的方面提供了用于诱导对于食物变态反应的免疫耐受或脱敏的方法，其包括向有此需要的受试者施用治疗有效量的组合物，所述组合物包含两种或更多种经纯化的从由下列各项组成的组中选择的物种的细菌菌株：博尔特氏梭菌、人结肠无空气柱状菌、肠道粪便单胞菌、共生梭菌、产生布劳特氏菌、长链多雷氏菌、丹毒丝菌科细菌和欺骗性小粒菌属物种。在一些实施方案中，所述组合物由经纯化的细菌菌株博尔特氏梭菌、人结肠无空气柱状菌、肠道粪便单胞菌、共生梭菌、产生布劳特氏菌、丹毒丝菌科细菌和欺骗性小粒菌属物种组成。在一些实施方案中，所述组合物由经纯化的细菌菌株博尔特氏梭菌、人结肠无空气柱状菌、扭链瘤胃球菌(Ruminococcus torques)、共生梭菌、产生布劳特氏菌、长链多雷氏菌和欺骗性小粒菌属物种组成。
本公开内容的方面提供了用于诱导对于食物变态反应的免疫耐受或脱敏的方法，其包括向有此需要的受试者施用治疗有效量的组合物，所述组合物包含两种或更多种经纯化的从由下列各项组成的组中选择的物种的细菌菌株：吲哚梭菌、粪无空气柄状菌、毛螺菌科细菌和共生梭菌。在一些实施方案中，所述组合物由经纯化的细菌菌株吲哚梭菌、粪无空气柄状菌、毛螺菌科细菌和共生梭菌组成。
本公开内容的方面提供了用于诱导对于食物变态反应的免疫耐受或脱敏的方法，其包括向有此需要的受试者施用治疗有效量的组合物，所述组合物包含两种或更多种经纯化的从由下列各项组成的组中选择的物种的细菌菌株：哈思韦氏梭菌、博尔特氏梭菌、肠道粪便单胞菌和梭菌属物种。在一些实施方案中，所述组合物由经纯化的细菌菌株哈思韦氏梭菌、博尔特氏梭菌、肠道粪便单胞菌和梭菌属物种组成。
本公开内容的方面提供了用于诱导对于食物变态反应的免疫耐受或脱敏的方法，其包括向有此需要的受试者施用治疗有效量的组合物，所述组合物包含两种或更多种经纯化的包含与选自SEQ ID NO:1-8的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株。在一些实施方案中，所述组合物由经纯化的包含与SEQ ID NO:1-5、7和8中所示的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株组成。在一些实施方案中，所述组合物由经纯化的包含与SEQ ID NO:1-6和8中所示的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株组成。
本公开内容的方面提供了用于诱导对于食物变态反应的免疫耐受或脱敏的方法，其包括向有此需要的受试者施用治疗有效量的组合物，所述组合物包含两种或更多种经纯化的包含与选自SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:13和SEQ ID NO:4的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株。在一些实施方案中，所述组合物由经纯化的包含与SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:13和SEQ ID NO:4中所示的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株组成。
本公开内容的方面提供了用于诱导对于食物变态反应的免疫耐受或脱敏的方法，其包括向有此需要的受试者施用治疗有效量的组合物，所述组合物包含两种或更多种经纯化的包含与选自SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:12的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株。在一些实施方案中，所述组合物由经纯化的包含与SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:12中所示的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株组成。
在一些实施方案中，所述方法导致调节T细胞的增殖和/或积累的诱导。在一些实施方案中，所述方法导致IgE抗体的产生的抑制。在一些实施方案中，所述方法导致Th2免疫应答的抑制。
在一些实施方案中，所述细菌菌株是经冻干的。在一些实施方案中，所述细菌菌株是经喷雾干燥的。在一些实施方案中，所述细菌菌株中的一种或多种是以芽孢形式的。在一些实施方案中，所述细菌菌株中的每一种是以芽孢形式的。在一些实施方案中，所述细菌菌株中的一种或多种是以营养形式的。在一些实施方案中，所述细菌菌株中的每一种是以营养形式的。
在一些实施方案中，所述施用为口服施用。在一些实施方案中，所述组合物被配制成用于口服递送。在一些实施方案中，所述组合物被配制成用于直肠递送。在一些实施方案中，所述组合物被配制成用于递送至肠。在一些实施方案中，所述组合物被配制成用于递送至结肠。
在一些实施方案中，所述食物变态反应选自由下列各项组成的组：坚果变态反应、鱼类变态反应、小麦变态反应、乳变态反应、花生变态反应、树坚果变态反应、甲壳类变态反应、大豆变态反应、种子变态反应、芝麻籽变态反应和蛋类变态反应。在一些实施方案中，所述受试者为人。
在一些实施方案中，所述组合物进一步包含一种或多种辅助剂。在一些实施方案中，所述辅助剂与变态反应治疗或免疫耐受相关联。
本公开内容的方面还提供了组合物，其包含三种或更多种经纯化的从由下列各项组成的组中选择的物种的细菌菌株：博尔特氏梭菌、人结肠无空气柱状菌、肠道粪便单胞菌、共生梭菌、产生布劳特氏菌、丹毒丝菌科细菌和欺骗性小粒菌属物种，并且其中所述组合物不包含长链多雷氏菌。本公开内容的方面还提供了组合物，其包含三种或更多种经纯化的从由下列各项组成的组中选择的细菌菌株：博尔特氏梭菌、人结肠无空气柱状菌、肠道粪便单胞菌、共生梭菌、产生布劳特氏菌、长链多雷氏菌和欺骗性小粒菌属物种，并且其中所述组合物不包含丹毒丝菌科细菌。
本公开内容的方面还提供了组合物，其包含三种或更多种经纯化的包含与选自SEQ ID NO:1-5、7和8的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株，其中所述组合物不包含包含与由SEQ ID NO:6所提供的核酸序列具有至少97％序列同一性的16SrDNA序列的细菌菌株。本公开内容的方面还提供了组合物，其包含三种或更多种经纯化的包含与选自SEQ ID NO:1-6和8的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株，其中所述组合物不包含包含与由SEQ ID NO:7所提供的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株。
在一些实施方案中，所述组合物诱导调节T细胞的增殖和/或积累。在一些实施方案中，所述组合物抑制IgE抗体产生。在一些实施方案中，所述组合物抑制一个或多个Th2免疫应答。
在一些实施方案中，所述组合物进一步包含一种或多种辅助剂。在一些实施方案中，所述辅助剂与变态反应治疗或免疫耐受相关联。
本公开内容的方面还提供了药用组合物，其包含任一种在本文中所描述的组合物和在药学上可接受的赋形剂。在一些实施方案中，所述药用组合物被配制成用于口服递送。在一些实施方案中，所述药用组合物被配制成用于直肠递送。在一些实施方案中，所述药用组合物被配制成用于递送至肠。在一些实施方案中，所述药用组合物被配制成用于递送至结肠。
本公开内容的方面还提供了食品，其包含任一种在本文中所描述的组合物以及营养素。
本发明的限定中的每一个可以包括本发明的各种实施方案。因此，预期涉及任何一个要素或要素组合的本发明的限定中的每一个可以被包括在本发明的每一个方面中。本发明在其应用方面并不局限于在下面的描述中所陈述的或者在附图中所图解说明的构建细节和组分安排。本发明能够包括其他实施方案，并且能够以各种方式进行实践或实施。
附图简述
附图并不意图按比例绘制。所述附图仅是图解说明性的，而不是实现本公开内容所需要的。为了清楚起见，并非每个组分都在每张附图中作了标记。在附图中：
图1显示了相比于对照小鼠(“GF”)而言，在用组合物B进行接种的无菌小鼠的肠中所诱导的Foxp3+CD4+调节T细胞的百分比。所呈现的数据是从几个独立实验累积的。为了在实验之间进行标准化，在每个实验中，从其他小鼠中的每一个之中减去在无菌对照小鼠中Foxp3-阳性细胞的平均百分比。
图2显示了相比于对照小鼠无菌小鼠(“GF”)和无特定病原小鼠(“SPF”)而言，在从用组合物B进行接种的无菌小鼠获得的血清样品中IgE抗体的水平。
图3显示了相比于对照小鼠(“GF”)和无特定病原小鼠(“SPF”)而言，在用组合物B、组合物C或组合物D进行接种的无菌小鼠的肠中所诱导的Foxp3+CD4+调节T细胞的百分比。所呈现的数据是从几个独立实验累积的。为了在实验之间进行标准化，在每个实验中，从其他小鼠中的每一个之中减去在无菌对照小鼠中Foxp3-阳性细胞的平均百分比。
图4显示了相比于对照小鼠无菌小鼠(“GF”)和无特定病原小鼠(“SPF”)而言，在从用组合物B、组合物C或组合物D进行接种的无菌小鼠获得的血清样品中IgE抗体的水平。
图5显示了相比于对照小鼠(“GF”)而言，在用LBP1或LBP2进行接种的无菌小鼠中以Foxp3+CD4+ T细胞的百分比进行测量的调节T细胞诱导的大小程度。
图6A显示了据预测由LBP2或LBP1在体外产生的丁酸盐的量。图6B显示了据预测由LBP1或LBP2在体外产生的乙酸盐的量。图6C显示了在来自用LBP1或LBP2进行接种的无菌小鼠的离体粪便样品中所测量的在体内产生的丁酸盐的量。图6D显示了在来自用LBP1或LBP2进行接种的无菌小鼠的离体粪便样品中所测量的在体内产生的乙酸盐的量。
图7为显示了在实施例3中所描述的实验性食物变态反应模型的示意图。在框中所显示的时间期间用抗生素对IL4raF709突变型小鼠进行预治疗。在由时间线上方的箭头所指示的时间点处向小鼠施用OVA+葡萄球菌肠毒素B(SEB)。在由时间线下方的空心箭头所指示的时间点处向小鼠施用细菌混合物。在所指示的时间处用OVA攻击小鼠。
图8A显示了相比于对照小鼠(无细菌，“NB”)而言，在从用LBP1或LBP2进行接种的小鼠获得的血清样品中IgE抗体的水平。图8B显示了相比于对照小鼠(无细菌，“NB”)而言，在从用LBP1或LBP2进行接种的小鼠获得的血清样品中OVA-特异性IgE抗体的水平。图8C显示了用LBP1或LBP2进行接种的小鼠或者对照小鼠(无细菌)的体温的变化。图8D显示了来自用LBP1或LBP2进行接种的或者无细菌的(“NB”)小鼠的组织样品的显微照片。
图9A显示了相比于对照小鼠(无细菌)而言，在用LBP1或LBP2进行接种的小鼠的脾、肠系膜淋巴结(MLN)和小肠(SI)中CD3+CD4+细胞的百分比。图9B显示了相比于对照小鼠(无细菌)而言，在用LBP1或LBP2进行接种的小鼠的脾、肠系膜淋巴结(MLN)和小肠(SI)中CD4+IL4+细胞的百分比。图9C显示了相比于对照小鼠(无细菌)而言，在用LBP1或LBP2进行接种的小鼠的脾、肠系膜淋巴结(MLN)和小肠(SI)中Foxp3+IL4+细胞的百分比。图9D显示了相比于对照小鼠(无细菌)而言，在用LBP1或LBP2进行接种的小鼠的脾、肠系膜淋巴结(MLN)和小肠(SI)中GATA3-bright调节T细胞的百分比。对于图9A-9D中的每一个，白色条为对照小鼠(无细菌)，黑色条为用LBP1进行接种的小鼠，和灰色条为用LBP2进行接种的小鼠。**、***和****表示统计学显著性。
图10A显示了相比于对照小鼠(无细菌，“NB”)而言，在来自用LBP1或LBP2进行接种的小鼠的血清样品中mMCP-1的水平。图10B显示了相比于对照小鼠(无细菌，“NB”)而言，在用LBP1或LBP2进行接种的小鼠的脾、肠系膜淋巴结(MLN)和小肠(SI)中肥大细胞的水平。图10C显示了相比于对照小鼠(无细菌，“NB”)而言，在用LBP1或LBP2进行接种的小鼠的脾、肠系膜淋巴结(MLN)和小肠(SI)中IgE+肥大细胞的水平。图10D显示了相比于对照小鼠(无细菌，“NB”)而言，在用LBP1或LBP2进行接种的小鼠的脾、肠系膜淋巴结(MLN)和小肠(SI)中IgE+B细胞的水平。对于图10B-10D中的每一个，白色条为对照小鼠(无细菌)，黑色条为用LBP1进行接种的小鼠，和灰色条为用LBP2进行接种的小鼠。*、**和***表示统计学显著性。
图11A显示了在所指示的时间点(接种后的天数)处用LBP1或LBP2进行接种的无菌小鼠中在体内产生的丁酸盐的量，其是在离体粪便样品中测量的。图11B显示了由LBP1、LBP2、组合物(“Comp”)C、组合物D或组合物B在体外产生的丁酸盐的量。图11C显示了在所指示的时间点(D＝接种后的天数)处用组合物B进行接种的无菌小鼠中在体内产生的丁酸盐的量，其是在离体粪便样品中测量的。图11D显示了在所指示的时间点(D＝接种后的天数)处用细菌组合物进行接种的无菌小鼠中在体内产生的丁酸盐的量，其是在离体粪便样品中测量的。对于每个时间点，左柱显示了来自用组合物B进行接种的小鼠的结果，和右柱显示了来自用组合物C进行接种的小鼠的结果。
图12A显示了在所指示的时间点(接种后的天数)处用LBP1或LBP2进行接种的无菌小鼠中在体内产生的乙酸盐的量，其是在离体粪便样品中测量的。图12B显示了由LBP1、LBP2、组合物C、组合物D或组合物B在体外产生的乙酸盐的量。图12C显示了在所指示的时间点(D＝接种后的天数)处用组合物B进行接种的无菌小鼠中在体内产生的乙酸盐的量，其是在离体粪便样品中测量的。图12D显示了在所指示的时间点(D＝接种后的天数)处用细菌组合物进行接种的无菌小鼠中在体内产生的乙酸盐的量，其是在离体粪便样品中测量的。对于每个时间点，左柱显示了来自用组合物B进行接种的小鼠的结果，和右柱显示了来自用组合物C进行接种的小鼠的结果。
图13显示了相比于对照小鼠(“GF”)和无特定病原小鼠(“SPF”)而言，在用LBP1、LBP2、组合物C、组合物D或组合物B进行接种的无菌小鼠的肠中所诱导的Foxp3+CD4+调节T细胞的百分比。所呈现的数据是从几个独立实验累积的。为了在实验之间进行标准化，在每个实验中，从其他小鼠中的每一个之中减去在无菌对照小鼠中Foxp3-阳性细胞的平均百分比。
图14显示了相比于对照小鼠无菌小鼠(“GF”)和无特定病原小鼠(“SPF”)而言，在从用LBP1、LBP2、组合物C、组合物D或组合物B进行接种的无菌小鼠获得的血清样品中IgE抗体的水平。
图15A显示了用组合物C进行接种的小鼠或对照小鼠(无细菌)的体温变化。图15B显示了相比于对照小鼠(无细菌，“NB”)而言，在来自用组合物C进行接种的小鼠的血清样品中mMCP-1的水平。在图15A和15B中所显示的结果获得自在图7中所显示的实验性食物变态反应模型。
图16A显示了相比于对照小鼠(无细菌，“NB”)而言，在用组合物C进行接种的小鼠的肠系膜淋巴结(MLNs)、脾(SplN)和肠(小肠)中Foxp3+CD4+调节T细胞的百分比。图16B显示了相比于对照小鼠(无细菌，“NB”)而言，在用组合物C进行接种的小鼠的肠系膜淋巴结(MLNs)、脾(SplN)和肠(小肠)中Foxp3+IL4+细胞的百分比。图16C显示了相比于对照小鼠(无细菌，“NB”)而言，在用组合物C进行接种的小鼠的肠系膜淋巴结(MLNs)、脾(SplN)和肠(小肠)中Foxp3+GATA3+细胞的百分比。图16D显示了相比于对照小鼠(无细菌，“NB”)而言，在用组合物C进行接种的小鼠的肠系膜淋巴结(MLNs)、脾(SplN)和肠(小肠)中Foxp3-IL4+细胞的百分比。图16E呈现了通过物种的主成分分析(PCA)的微生物群落图，其显示了粪便微生物组谱和由于在变应原致敏期间用组合物C进行接种而引起的微生物组的变化。在第0天(抗生素治疗之前)，在第7天(在抗生素治疗之后和在用组合物C进行接种之前)，以及在每周变应原致敏和用组合物C进行接种(“+组合物C”)的过程期间在第14、35和56天，对于小鼠显示了微生物物种。在图16A-16E中所显示的结果是关于在图15A和15B中所显示的相同实验。
图17A显示了用组合物C进行接种的小鼠(+C)或对照小鼠(无细菌)的体温的平均变化(+/-SEM)。图17B显示了关于用组合物C进行接种的个体小鼠(+C)或对照小鼠(无细菌)的体温的变化。图17C显示了相比于对照小鼠(无细菌，“NB”)而言，在来自用组合物C进行接种的小鼠(+C)的血清样品中mMCP-1的水平。SEM＝平均值的标准误差。在图17A和17B中的结果是通过使用在图7中所显示的实验性食物变态反应模型来获得的。
图18A显示了相比于对照小鼠(无细菌，“NB”)而言，在用组合物C进行接种的小鼠(+C)的肠系膜淋巴结(MLN)、脾(SPL)和小肠(Sm Int)中Foxp3+GATA3+“Th2-型”调节T细胞的百分比。图18B显示了相比于对照小鼠(无细菌，“NB”)而言，在用组合物C进行接种的小鼠(+C)的肠系膜淋巴结(MLN)、脾(SPL)和小肠(Sm Int)中Foxp3-GATA3-Th2效应T细胞的百分比。图18C显示了相比于对照小鼠(无细菌，“NB”)而言，在用组合物C进行接种的小鼠(+C)的肠系膜淋巴结(MLN)、脾(SPL)和小肠(SmInt)中Foxp3+调节T细胞的百分比。图18D显示了相比于对照小鼠(无细菌，“NB”)而言，在用组合物C进行接种的小鼠(+C)的肠系膜淋巴结(MLN)、脾(SPL)和小肠(Sm Int)中Foxp3-效应T细胞的百分比。图18E呈现了通过物种的主成分分析(PCA)的微生物群落图，其显示了粪便微生物组谱和由于在变应原致敏期间用组合物C进行接种而引起的微生物组的变化。在第0天(在抗生素治疗之前和在用组合物C进行接种之前)，以及在每周变应原致敏和用组合物C进行接种(“+C”)的过程期间在第28和63天，对于小鼠显示了微生物物种。在图18A-18E中所显示的结果是关于在图17A-17C中所显示的相同实验。
图19是显示了在实施例4中所描述的治愈性实验性食物变态反应模型的示意图。用OVA+葡萄球菌肠毒素B(SEB)来使IL4raF709突变型小鼠致敏8周，随后用抗生素进行预治疗(“Abx”)一周，如所指示的那样。在由时间线下方的箭头所指示的时间点处向小鼠施用细菌混合物。
图20A显示了用组合物C进行接种的小鼠(+C)或对照小鼠(无细菌)的体温的平均变化(+/-SEM)。图20B显示了关于用组合物C进行接种的个体小鼠(+C)或对照小鼠(无细菌)的体温的变化。图20C显示了相比于对照小鼠(无细菌，“NB”)而言，在来自用组合物C进行接种的小鼠(+C)的血清样品中mMCP-1的水平。SEM＝平均值的标准误差。
图21A显示了相比于对照小鼠(无细菌，“NB”)而言，在用组合物C进行接种的小鼠(+C)的肠系膜淋巴结(MLN)、脾(SPL)和小肠(Sm Int)中Foxp3+GATA3+“Th2-型”调节T细胞的百分比。图21B显示了相比于对照小鼠(无细菌，“NB”)而言，在用组合物C进行接种的小鼠(+C)的肠系膜淋巴结(MLN)、脾(SPL)和小肠(Sm Int)中Foxp3-GATA3-Th2效应T细胞的百分比。图21C显示了相比于对照小鼠(无细菌，“NB”)而言，在用组合物C进行接种的小鼠(+C)的肠系膜淋巴结(MLN)、脾(SPL)和小肠(SmInt)中总Foxp3+调节T细胞的百分比。图21D显示了相比于对照小鼠(无细菌，“NB”)而言，在用组合物C进行接种的小鼠(+C)的肠系膜淋巴结(MLN)、脾(SPL)和小肠(Sm Int)中总Foxp3-效应T细胞的百分比。在图21A-21D中所显示的结果是关于在图20A-20C中所显示的相同实验。
图22A显示了相比于对照小鼠(无细菌，“NB”)而言，在从用组合物C进行接种的小鼠(+C)获得的血清样品中总IgE抗体的水平。图22B显示了相比于对照小鼠(无细菌，“NB”)而言，在从用组合物C进行接种的小鼠(+C)获得的血清样品中OVA-特异性IgE抗体的水平。在图22A-22B中所显示的结果是关于在图20A-20C中所显示的相同实验。
图23A显示了用组合物C进行接种的小鼠(+C)、用组合物B进行接种的小鼠(+B)或对照小鼠(“NB”，无细菌)的体温的平均变化(+/-SEM)。图23B显示了用组合物C进行接种的个体小鼠(+C)、用组合物B进行接种的个体小鼠(+B)或对照小鼠(“NB”，无细菌)的体温的变化。SEM＝平均值的标准误差。在图23A-23B中所显示的结果获得自在图19中所显示的实验性食物变态反应模型。
图24A显示了相比于对照小鼠(无细菌，“NB”)而言，在从用组合物C(+C)或组合物B(+B)进行接种的治愈性食物变态反应模型小鼠获得的血清样品中mMCP-1的水平。图24B显示了相比于对照小鼠(无细菌，“NB”)而言，在从用组合物C(+C)或组合物B(+B)进行接种的治愈性食物变态反应模型小鼠获得的血清样品中IgE抗体的水平。图24C显示了相比于对照小鼠(无细菌，“NB”)而言，在从用组合物C(+C)或组合物B(+B)进行接种的模型小鼠获得的血清样品中OVA-特异性IgE抗体的水平。
图25A显示了相比于对照小鼠(无细菌，“NB”)而言，在用组合物C(+C)或组合物B(+B)进行接种的小鼠的肠系膜淋巴结(MLN)、脾(SPL)和小肠(Sm Int)中Foxp3+GATA3+“Th2-型”调节T细胞的百分比。图25B显示了相比于对照小鼠(无细菌，“NB”)而言，在用组合物C(+C)或组合物B(+B)进行接种的小鼠的肠系膜淋巴结(MLN)、脾(SPL)和小肠(Sm Int)中Foxp3-GATA3-Th2效应T细胞的百分比。图25C显示了相比于对照小鼠(无细菌，“NB”)而言，在用组合物C(+C)或组合物B(+B)进行接种的小鼠的肠系膜淋巴结(MLN)、脾(SPL)和小肠(Sm Int)中Foxp3+调节T细胞的百分比。图25D显示了相比于对照小鼠(无细菌，“NB”)而言，在用组合物C(+C)或组合物B(+B)进行接种的小鼠的肠系膜淋巴结(MLN)、脾(SPL)和小肠(Sm Int)中Foxp3-效应T细胞的百分比。在图25A-25D中所显示的结果是关于在图23A-24C中所显示的相同实验。
图26A显示了用组合物C进行接种的小鼠(+C)、用组合物B进行接种的小鼠(+B)或对照小鼠(“无细菌”)的体温的平均变化(+/-SEM)。图26B显示了用组合物C进行接种的个体小鼠(+C)、用组合物B进行接种的个体小鼠(+B)或对照小鼠(“无细菌”)的体温的变化。SEM＝平均值的标准误差。关于图26A和26B的结果来自在图7中所显示的相同的实验性食物变态反应模型。
图27A显示了在来自用组合物C进行接种的在治愈性食物变态反应模型中的小鼠(+C)、用组合物B进行接种的在治愈性食物变态反应模型中的小鼠(+B)或对照小鼠(无细菌，“NB”)的血清样品中mMCP-1的水平。图27B显示了在从用组合物C进行接种的在治愈性食物变态反应模型中的小鼠(+C)、用组合物B进行接种的在治愈性食物变态反应模型中的小鼠(+B)或对照小鼠(无细菌，“NB”)获得的血清样品中总IgE抗体的水平。图27C显示了相比于对照小鼠(无细菌，“NB”)而言，在从用组合物C(+C)或组合物B(+B)进行接种的在治愈性食物变态反应模型中的小鼠获得的血清样品中OVA-特异性IgE抗体的水平。图27A-27C的结果是通过使用在图19中所显示的食物变态反应实验模型来获得的。
图28A显示了在用组合物C进行接种的小鼠(“+C”)、用组合物B进行接种的小鼠(“+B”)或对照小鼠(无细菌，“NB”)的小肠(SI)、脾(SPL)和肠系膜淋巴结(MLN)中CD4+Foxp3+IL4+“Th2-型”调节T细胞的百分比。图28B显示了在用组合物C进行接种的小鼠(“+C”)、用组合物B进行接种的小鼠(“+B”)或对照小鼠(无细菌，“NB”)的小肠(SI)、脾(SPL)和肠系膜淋巴结(MLN)中CD4+Foxp3-IL4+Th2效应T细胞的百分比。关于图28A和28B的结果来自与图26A-27C相同的实验。
图29是显示了实验性变态反应模型的示意图，用所述模型来检定细菌组合物影响宿主微生物组和肠免疫应答的能力。将无特定病原(“SPF”)小鼠用抗生素治疗连续5天或者不进行治疗，如由水平条所指示的。在2-3天“洗出”期后，将小鼠用细菌组合物(细菌组合物的新鲜或冷冻制备物，如由箭头所指示的)进行接种或者不进行接种(对照小鼠)。用细菌组合物进行的给药在第一周进行两次并且以每周一次继续，其中间歇地进行粪粒收集以监测细菌移殖建群和粪便微生物组(如由垂直条所指示的)。在2和4周时处死小鼠组以监测肠免疫应答(由黑色“X”所指示的)。
图30A显示了在从用抗生素(“+Abx”)或没有用抗生素(“无Abx”)进行治疗、用组合物B进行接种(“+B”)或无细菌(“NB”)并且在细菌接种开始后两或四周时处死的小鼠的结肠中分离出的活的CD45+固有层白细胞之中，FoxP3+且Helios-的总CD4+ T细胞的百分比。图30B显示了在从用抗生素进行治疗(“+Abx”)并且用组合物C进行接种(“+C”)或无细菌(“NB”)的小鼠；未接受抗生素(“无Abx”)并且用组合物C进行接种(“+C”)、用组合物B进行接种(“+B”)或无细菌(“NB”)的小鼠的结肠中分离出的活的CD45+固有层白细胞之中，FoxP3+且Helios-的总CD4+ T细胞的百分比。小鼠处于细菌接种开始后两或四周。图30A和30B的结果获得自在图29中所显示的实验模型。
图31A显示了通过物种的主成分分析(PCA)的微生物群落图，其显示了未接受抗生素并且用组合物B进行接种(LBP)或无细菌的小鼠的粪便微生物组谱和微生物组的变化。在第0天(在用组合物B给药进行接种之前)，以及在每周一次用组合物B进行接种的过程期间在第13、20和34天，对于小鼠显示了微生物群落。图31B显示了通过物种的主成分分析(PCA)的微生物群落图，其显示了接受了抗生素并且用组合物B进行接种(抗生素+LBP)或无细菌(“抗生素”)的小鼠的粪便微生物组谱和微生物组的变化。在第0天(在用组合物B进行接种之前)，在第6天(在抗生素治疗之后和在用组合物B进行接种之前)，以及在每周一次用组合物B进行接种的过程期间在第13、20和34天，对于小鼠显示了微生物群落。来自图31A和31B的结果显示了来自图30A和30B的小鼠的粪便微生物组谱。
图32显示了预防性食物变态反应实验模型的示意图，其与在图7中所显示的实验模型相似，但是如所指示的，在用细菌组合物进行接种开始之前，小鼠不用抗生素进行预治疗。
图33A显示了在细菌组合物的接种开始后5周获得的血清样品中IgE抗体的水平的中间分析。将小鼠用LBP1、用LBP2或不用细菌(对照小鼠，“NB”)进行接种。图33B显示了在细菌组合物的接种开始后5周获得的血清样品中OVA-特异性IgE抗体的水平的中间分析，在该时间小鼠还未被致敏满8周并且还未经历过敏攻击。在图33A和33B中所显示的结果是通过使用在图32中所显示的预防性食物变态反应模型来获得的。
图34A显示了用LBP1进行接种的小鼠、用LBP2进行接种的小鼠或对照小鼠(“NB”，无细菌)的体温的平均变化(+/-SEM)。图34B显示了用LBP1进行接种的个体小鼠、用LBP2进行接种的个体小鼠或对照小鼠(“NB”，无细菌)的体温的变化。SEM＝平均值的标准误差。在图34A和34B中所显示的结果是通过使用在图32中所显示的实验模型来获得的。
图35A显示了在用LBP1进行接种的小鼠、用LBP2进行接种的小鼠或对照小鼠(“无细菌”)的脾(SPL)、肠系膜淋巴结(MLN)和小肠(SI)中CD4+Foxp3+IL4+“Th2-型”调节T细胞的百分比。图35B显示了在用LBP1进行接种的小鼠、用LBP2进行接种的小鼠或对照小鼠(“无细菌”)的脾(SPL)、肠系膜淋巴结(MLN)和小肠(SI)中CD4+IL4+(CD4+Foxp3-IL4+)Th2效应T细胞的百分比。在图35A和35B中所显示的结果来自与图33A-34B相同的实验。
发明详述
目前的旨在减少变态反应或变应性反应的治疗制度聚焦于治疗变应性免疫应答的症状，例如用抗组胺药、皮质类固醇或肾上腺素。这些方法无法解决根本性的在接触或暴露于变应原后刺激出的不希望的变应性免疫应答。另一种方法是脱敏疗法，也称为变应原免疫疗法，其需要鉴定诱导变应性反应的特定变应原，然后反复施用所述变应原以便调节不希望的免疫应答，从而有效地使对于所述变应原的免疫应答“脱敏”。但是，并非总是可能鉴定出与变态反应相关联的特定变应原，并且众多次的反复施用可能导致低的患者顺从性。对于具有与严重变应性反应相关联的变态反应的个体，变应原免疫疗法也可以是不可能的。
在食物变态反应的情形下，个体经常被建议去除包含或可能包含刺激变应性反应的变应原的食物。在没有食物制备的控制或准确的食物标签的情况下，变应性反应和暴露于变应原(即使以非常低的量)的风险仍然是高的，尽管有膳食回避。此外，特定食物或食物组的排除可能导致营养缺乏并且显著地影响人的生活质量。备选地，正在探索用于降低特定食物的变应原性的方法，例如通过使用加工方法，通过减少食物中变应原的量。参见例如Verhoeckx等人,Food and Chem.Toxicology(2015)80:223-240；Bischoff等人,Gastroenterology(2005)128(4):1089-1113。
在本文中提供了用于治疗变态反应(例如，食物变态反应)的组合物和方法，其牵涉施用所选择的调节与变态反应相关联的免疫应答的细菌菌株的组合物。在本文中提供了调节与变态反应(例如，食物变态反应)相关联的免疫应答的组合物和方法，以在受试者中治疗变态反应。在本文中还提供了用于诱导变态反应(例如，食物变态反应)的免疫耐受或脱敏的组合物和方法。
本发明在其应用方面并不局限于在下面的描述中所陈述的或者在附图中所图解说明的构建细节和组分安排。本发明能够包括其他实施方案，并且能够以各种方式进行实践或实施。此外，在本文中所使用的措辞或术语是为了描述的目的，并不应当被认为是限制性的。在本文中“包括”、“包含”或者“具有”、“含有”、“牵涉”及其变化形式的使用意在包括其后列出的项目及其等价物以及另外的项目。
本公开内容的方面涉及用于在受试者中治疗变态反应(例如，食物变态反应)的组合物和方法。还提供了用于调节与变态反应相关联的免疫应答和/或用于诱导对于变态反应的免疫耐受或脱敏的组合物和方法。变态反应的特征在于在接触或暴露于典型地被认为无害的(非自身)物质(称为变应原)后不希望的免疫应答。在普通人群中，接触或暴露于变应原不引发重大的免疫应答，并且个体被认为对于变应原是耐受的或不敏感的。因此，可以将变态反应称为对于变应原的超敏反应。
变应性应答由Th2免疫应答驱动，并且可能牵涉变应原特异性抗体(例如IgE抗体)和变应原特异性淋巴细胞(例如T细胞和B细胞)的不希望的产生和/或活性。变应性应答的发展可以划分为三个阶段：致敏阶段、效应阶段和慢性阶段。在致敏阶段期间，变应原被抗原提呈细胞吸收、加工和提呈，从而导致变应原特异性IgE抗体的产生。变应原特异性IgE抗体可以结合在肥大细胞和基底细胞上存在的高亲和力IgE受体(例如，FcεR1)。在效应阶段期间，在细胞所结合的变应原特异性IgE抗体与变应原之间的相互作用导致细胞的脱颗粒，从而释放出组胺、白三烯和其他来自肥大细胞和嗜碱性粒细胞的介体，然后随后为其他细胞向组织的浸润，例如嗜碱性粒细胞、嗜酸性粒细胞和淋巴细胞。慢性阶段产生自反复的变应性反应和炎症。Bischoff等人,Gastroenterology(2005)128(4):1089-1113。
变态反应的症状和严重度可以取决于诸如所涉及的免疫应答的类型、免疫应答的持续时间和大小程度、变应原的量和对于变应原的接触/暴露部位等的因素。变态反应症状的例子包括但不限于：皮疹、皮肤发红、荨麻疹、皮肤肿块/斑块/风疹块、目痒/泪眼、头痛、打喷嚏、喘鸣、呼吸急促、胸部紧迫感、咳嗽、鼻漏、咽喉痛、肿胀、恶心、呕吐、腹泻和过敏反应。
受试者可以通过本领域已知的任何途径，例如通过摄入、吸入、注射或直接接触，而接触或暴露于诱导变应性反应的变应原。与变应性反应相关联的症状可能局限于接触或暴露于变应原的部位，例如皮肤、呼吸道或胃肠道的区域，远端部位；或者可以变成全身性的，例如在过敏反应的情况下。
响应于接触或暴露于变应原而刺激出的免疫应答可以称为变应性反应。通常，变应性反应可以在接触或暴露于变应原后立即，或者在接触或暴露后大约半小时之内或更久发生。
可以按照在本文中所提供的组合物和方法进行治疗的变态反应的例子包括但不限于：变应性哮喘、变应性结肠炎、动物变态反应、特应性变态反应、枯草热、皮肤变态反应、荨麻疹、特应性皮炎、过敏反应、变应性鼻炎、药物或药剂变态反应、湿疹(特应性皮炎)、食物变态反应、真菌变态反应、昆虫变态反应(包括昆虫叮咬/毒液变态反应)、霉菌变态反应、植物变态反应和花粉病。在一些实施方案中，所述变态反应为食物变态反应。
本公开内容的方面涉及在受试者中治疗食物变态反应和/或调节与食物变态反应相关联的免疫应答。在本文中还提供了用于诱导对于食物变态反应的免疫耐受或脱敏的方法。如在本文中所使用的，术语“食物变态反应”是指对于食物，或特别地对于存在于食物中的变应原的不希望的变应性免疫应答。在一些实施方案中，与食物变态反应相关联的变应性反应在接触(例如通过摄入)包含相同或相似变应原的食物后被诱导。如对于本领域技术人员来说将会是明显的，与食物变态反应相关联的症状可能表现在受试者的胃肠道中，例如在摄入包含变应原的食物后；但是，变应性反应可能影响其他部位，例如呼吸道或皮肤。
食物变态反应通常被认为是IgE-介导的免疫反应，但是也可以是非IgE-介导的食物变态反应以及混合型IgE-介导/非IgE-介导的食物变态反应。参见例如Fiocchi等人,“Food Allergy”World Allergy Organization:2017年3月。IgE-介导的食物变态反应倾向于在接触变应原后立即或在大约2小时内发生，并且包括荨麻疹(急性荨麻疹)、血管性水肿、肿胀、过敏反应、食物相关性运动诱发性过敏反应、口腔变态反应综合征和/或涉及呕吐和疼痛的即刻胃肠道超敏反应。在食物变态反应中所牵涉的非IgE-介导的免疫应答(也称为细胞介导的应答)为迟发型超敏反应，并且可能牵涉食物蛋白质诱导的小肠结肠炎综合征、食物蛋白质诱导的变应性直肠结肠炎、变应性接触性皮炎和海纳(Heiner)综合征。在食物变态反应中所牵涉的混合型或组合型IgE-介导/非IgE-介导的免疫应答与由IgE和T细胞两者介导的效应相关联，并且可以包括特应性皮炎、嗜酸性粒细胞性食管炎和/或嗜酸性粒细胞性胃肠炎。
与食物变态反应相反，食物不耐受通常不被认为是由免疫系统介导的，并且发病发生在暴露后大约30分钟至暴露后48小时内之间。
在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物和方法用于治疗IgE-介导的食物变态反应。在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物和方法用于调节与IgE-介导的食物变态反应相关联的免疫应答。在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物和方法用于诱导对于IgE-介导的食物变态反应的免疫耐受或脱敏。在非IgE-介导的食物变态反应和/或混合型或组合型IgE-介导/非IgE-介导的食物变态反应的情形下，也可以使用在本文中所描述的组合物和方法。
食物变态反应的例子包括但不限于：花生变态反应、树坚果变态反应、蛋类变态反应、谷物变态反应、水果变态反应、乳变态反应、大蒜变态反应、大豆变态反应、小麦变态反应、海鲜变态反应、鱼类变态反应(例如，甲壳类变态反应)和种子变态反应(例如，芝麻籽变态反应)。
包含对于其可能发生食物变态反应的变应原的食物的非限制性例子包括：鲍鱼(石决明)、巴巴多斯樱桃、阿拉斯加青鳕、杏仁、茴香籽、苹果、杏、鳄梨、香蕉、大麦、甜椒、巴西坚果、荞麦、甘蓝、鲤鱼、胡萝卜、腰果，蓖麻子、芹菜、块根芹、樱桃、栗子、鹰嘴豆(雏豆、埃及豆)、可可豆、椰子、鳕鱼、棉籽、小胡瓜(密生西葫芦)、蟹、海枣、蛋类、无花果、鱼类、亚麻籽(亚麻仁)、蛙、欧洲李、大蒜、葡萄、榛子、猕猴桃(中国鹅莓)、兵豆、莴苣、龙虾、羽扇豆、荔枝、鲭鱼、玉蜀黍(玉米)、芒果、甜瓜、乳、芥末、燕麦、牡蛎、桃、花生(落花生、猴坚果)、梨、美洲山核桃、柿子、松子、菠萝、石榴、罂粟籽、马铃薯、南瓜、大米、黑麦、鲑鱼、芝麻、芝麻籽、虾(黑虎虾、棕虾、基围虾、印度对虾、海王星玫瑰虾、白虾)、蜗牛、大豆(黄豆)、鱿鱼、草莓、向日葵籽、西红柿，金枪鱼、芜菁、胡桃和小麦(制面包小麦、面食小麦、卡姆小麦、斯佩尔特小麦)。
可以用于治疗与这样的免疫应答相关联的疾病或病症的组合物和方法也在本公开内容的范围之内，所述免疫应答与Th2免疫应答相关联。
在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物和方法用于治疗与增高的IgE抗体水平相关联的疾病或病症。可能与增高的IgE抗体水平相关联的疾病或病症的例子包括但不限于：高IgE(乔布)综合征、IgE骨髓瘤、淋巴组织增生性病症、塞泽里综合征、基默拉病、寄生虫病、HIV感染、脉管炎、系统性红斑狼疮和青少年系统性红斑狼疮。
在一个方面，本公开内容提供了用于在受试者中治疗疾病或病症，例如变态反应(例如，食物变态反应)的组合物和方法。如在本文中所使用的，“受试者”、“个体”和“患者”可互换使用，并且是指脊椎动物，优选地哺乳动物例如人。哺乳动物包括但不限于：人灵长类，非人灵长类，或者鼠类、牛科、马科、犬科或猫科物种。在一些实施方案中，所述受试者为人。在一些实施方案中，所述人受试者为新生儿受试者、儿科受试者、青少年受试者、成人受试者或老年受试者。在一些实施方案中，所述受试者具有变态反应(例如，食物变态反应)或者处于具有变态反应(例如，食物变态反应)的风险中。在一些实施方案中，所述受试者在接触或暴露于包含变应原的特定食物或食物组后已具有一种或多种变应性反应。在一些实施方案中，所述受试者已经具有与变态反应(例如食物变态反应)相关联的病史。在一些实施方案中，所述受试者具有变态反应或对于特定变应原的变态反应的家族史。例如，家族史可以影响那个受试者具有或发展出变态反应(例如，食物变态反应)的可能性。另外，具有对于特定食物(例如，在食物中的特定变应原)的食物变态反应的受试者也可能使那个受试者易于具有或发展出对于不同食物(例如，在食物中的不同的特定变应原)的食物变态反应。
在一些实施方案中，所述受试者具有与发展出变态反应相关联的风险因素。与发展出食物变态反应相关联的风险因素的例子包括但不限于：不成熟的粘膜免疫系统、固体食物的提早引入、粘膜渗透性的遗传性增加、IgA缺乏或延迟的IgA产生、肠道免疫系统被共生菌群不充分攻击、在遗传上决定的朝着Th2免疫应答的偏向、Th2细胞因子或IgE受体基因的多态性、受损的肠神经系统、免疫改变(例如，低水平的TGF-β)和胃肠道感染(Bischoff等人,Gastroenterology(2005)128(4)1089-1113)。
可以以治疗有效量或治疗有效量的剂量向受试者施用任一种在本文中所描述的组合物以治疗或预防疾病或病症(例如，食物变态反应)。术语“治疗”是指减少或减轻与疾病(例如，变态反应例如食物变态反应)相关联的症状中的一个或多个。术语“预防”包括预防性施用，并且可以降低疾病或病症(例如，食物变态反应)出现的发生率或可能性。在一些实施方案中，所述组合物降低变应性反应(例如与食物或食物变应原相关联的变应性反应)出现的发生率或可能性。例如，在一些实施方案中，在本文中所提供的组合物的施用导致在受试者中的经改变的微生物组，其在受试者中提供了降低变应性反应的发生率或可能性的效应。例如，在一些实施方案中，在本文中所提供的组合物的施用导致在受试者中的健康的微生物组，其在受试者中提供了降低变应性反应的发生率或可能性的效应。在一些实施方案中，在本文中所提供的组合物的施用导致一个或多个与变态反应相关联的症状(例如与变应性反应相关联的症状)的减少或减轻。
在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物和方法用于诱导对于与变态反应(例如，食物变态反应)相关联的变应原的免疫耐受或者使对于与变态反应(例如，食物变态反应)相关联的变应原的免疫应答脱敏。如在本文中所使用的，在变态反应的情形下术语“耐受”和“免疫耐受”是指对于一种或多种刺激物(例如与变态反应相关联的变应原)的免疫应答的降低的应答性或无应答性。特别地，耐受或免疫耐受是指在持续的或长期的时间段内对于一种或多种刺激物的免疫应答的降低的应答性或无应答性。相反地，在变态反应的情形下术语“脱敏”是指对于一种或多种刺激物的免疫应答的降低的应答性或无应答性的可逆状态，例如在脱敏制度的过程期间。
在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物和方法用于调节与变态反应(例如，食物变态反应)相关联的免疫应答。如对于本领域技术人员来说将会是明显的，在本文中所描述的组合物和方法可以增强一种或多种与变态反应相关联的免疫应答，并且降低或抑制一种或多种与变态反应相关联的其他免疫应答。
在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物和方法诱导调节T细胞(也称为Tregs)的增殖和/或积累。通常，调节T细胞可以以FoxP3、CD25和CD4的表达为特征。在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物的施用导致在受试者中调节T细胞(例如，总Tregs或变应原特异性Tregs)的增殖和/或积累的增加。在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物的施用导致在受试者中在特定位点(例如，胃肠道)处调节T细胞(例如，总Tregs或变应原特异性Tregs)的增殖和/或积累的增加。在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物的施用导致至少1.1-倍、1.2-倍、1.3-倍、1.4-倍、1.5-倍、2-倍、3-倍、4-倍、5-倍、6-倍、7-倍、8-倍、9-倍、10-倍、20-倍、30-倍、40-倍、50-倍、100-倍、1000-倍、104-倍、105-倍或更多的调节T细胞(例如，总Tregs或变应原特异性Tregs)的增殖和/或积累的增加，相比于在施用所述组合物之前在受试者中(或者在受试者中的特定位点处)调节T细胞的量而言。在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物的施用导致至少1.5-倍、2-倍、3-倍、4-倍、5-倍、6-倍、7-倍、8-倍、9-倍、10-倍、20-倍、30-倍、40-倍、50-倍、100-倍、1000-倍、104-倍、105-倍或更多的调节T细胞(例如，总Tregs或变应原特异性Tregs)的增殖和/或积累的增加，相比于在未接受所述组合物的另一受试者(例如，参考受试者)中调节T细胞的量而言。
在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物的施用导致至少5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％或更多的调节T细胞(例如，总Tregs或变应原特异性Tregs)的增殖和/或积累的增加，相比于在施用所述组合物之前在受试者中(或者在受试者中的特定位点处)调节T细胞的量而言。在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物的施用导致至少5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％或更多的调节T细胞(例如，总Tregs或变应原特异性Tregs)的增殖和/或积累的增加，相比于在未接受所述组合物的另一受试者(例如，参考受试者)中调节T细胞的量而言。
Treg细胞的诱导和相应的变态反应治疗是错综复杂地相关的。在一些实施方案中，在一种或多种变态反应的治疗中，所希望的是具有这样的Treg诱导，其为与对于所述一种或多种变态反应的治疗功效相关联的范围。在一些实施方案中，对于特别的变态反应治疗制度，所希望的是具有这样的Treg应答，其是显著地强以诱导所希望的变态反应治疗效果，但又不是那么强以致于导致不希望的免疫事件。在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物的施用导致1％至20％、2％至19％、3％至17％、4％至16％、4％至15％、5％至15％、6％至14％、7％至13％、8％至12％、5％至10％、5％至15％、10％至15％或8％至15％的调节T细胞(例如，总Tregs或变应原特异性Tregs)的增殖和/或积累的增加，相比于在施用所述组合物之前在受试者中(或者在受试者中的特定位点处)调节T细胞的量而言。在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物的施用导致1％至20％、2％至19％、3％至17％、4％至16％、4％至15％、5％至15％、6％至14％、7％至13％、8％至12％、5％至10％、5％至15％、10％至15％或8％至15％的调节T细胞(例如，总Tregs或变应原特异性Tregs)的增殖和/或积累的增加，相比于在未接受所述组合物的另一受试者(例如，参考受试者)中调节T细胞的量而言。
在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物的施用导致在受试者中在特定位点(例如，胃肠道)处调节T细胞(例如，总Tregs或变应原特异性Tregs)的活性的增加。在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物的施用导致至少1.1-倍、1.2-倍、1.3-倍、1.4-倍、1.5-倍、2-倍、3-倍、4-倍、5-倍、6-倍、7-倍、8-倍、9-倍、10-倍、20-倍、30-倍、40-倍、50-倍、100-倍、1000-倍、104-倍、105-倍或更多的调节T细胞(例如，总Tregs或变应原特异性Tregs)的活性的增加，相比于在施用所述组合物之前在受试者中(或者在受试者中的特定位点处)调节T细胞的活性而言。在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物的施用导致至少1.5-倍、2-倍、3-倍、4-倍、5-倍、6-倍、7-倍、8-倍、9-倍、10-倍、20-倍、30-倍、40-倍、50-倍、100-倍、1000-倍、104-倍、105-倍或更多的调节T细胞(例如，总Tregs或变应原特异性Tregs)的活性的增加，相比于在未接受所述组合物的另一受试者(例如，参考受试者)中调节T细胞的活性而言。
在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物的施用导致至少5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％或更多的调节T细胞(例如，总Tregs或变应原特异性Tregs)的活性的增加，相比于在施用所述组合物之前在受试者中(或者在受试者中的特定位点处)调节T细胞的活性而言。在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物的施用导致至少5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、100％、125％、150％或更多的调节T细胞(例如，总Tregs或变应原特异性Tregs)的活性的增加，相比于在未接受所述组合物的另一受试者(例如，参考受试者)中调节T细胞的活性而言。
调节T细胞(例如，总Tregs或变应原特异性Tregs)的丰度可以通过本领域中已知的任何方法来评估，例如通过检测指示调节T细胞的细胞标志物(例如，FoxP3)，通过评估调节T细胞的直接或间接活性，和/或通过测量由调节T细胞所产生的一种或多种细胞因子(例如，IL-10)的产生。
在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物和方法抑制IgE抗体的产生。在一些实施方案中，所述组合物和方法抑制在受试者中总IgE抗体的产生。在一些实施方案中，所述组合物和方法抑制对于与变态反应相关联的变应原(例如，与食物变态反应相关联的食物变应原)特异的IgE抗体(例如，变应原特异性IgE抗体)的产生。在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物的施用导致降低至少1.5-倍、2-倍、3-倍、4-倍、5-倍、6-倍、7-倍、8-倍、9-倍、10-倍、20-倍、30-倍、40-倍、50-倍、100-倍、1000-倍、104-倍、105-倍或更多的IgE抗体(例如，总IgE抗体或变应原特异性IgE抗体)的水平，相比于在施用所述组合物之前在受试者(或其样品)中IgE抗体(例如，总IgE抗体或变应原特异性IgE抗体)的水平而言。在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物的施用导致降低至少1.5-倍、2-倍、3-倍、4-倍、5-倍、6-倍、7-倍、8-倍、9-倍、10-倍、20-倍、30-倍、40-倍、50-倍、100-倍、1000-倍、104-倍、105-倍或更多的IgE抗体(例如，总IgE抗体或变应原特异性IgE抗体)的水平，相比于在未接受所述组合物的另一受试者(例如，参考受试者)中IgE抗体的水平而言。
在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物的施用导致降低至少5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％的IgE抗体(例如，总IgE抗体或变应原特异性IgE抗体)的水平，相比于在施用所述组合物之前在受试者(或其样品)中IgE抗体(例如，总IgE抗体或变应原特异性IgE抗体)的水平而言。在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物的施用导致降低至少5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％的IgE抗体(例如，总IgE抗体或变应原特异性IgE抗体)的水平，相比于在未接受所述组合物的另一受试者(例如，参考受试者)中IgE抗体的水平而言。
在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物的施用导致降低30％至50％、30％至45％、35％至45％、30％至40％、35％至40％、40％至50％、40％至45％、45％至50％的IgE抗体(例如，总IgE抗体或变应原特异性IgE抗体)的水平，相比于在施用所述组合物之前在受试者(或其样品)中IgE抗体(例如，总IgE抗体或变应原特异性IgE抗体)的水平而言。在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物的施用导致降低30％至50％、30％至45％、35％至45％、30％至40％、35％至40％、40％至50％、40％至45％、45％至50％的IgE抗体(例如，总IgE抗体或变应原特异性IgE抗体)的水平，相比于在未接受所述组合物的另一受试者(例如，参考受试者)中IgE抗体的水平而言。
在受试者中IgE抗体的存在和/或量(包括变应原特异性IgE抗体的存在和/或量)可以通过本领域中已知的任何方法来评估。例如，可以从受试者获得样品，例如血液或血浆样品，并且使其经历分析，例如通过免疫测定法(例如，放射性变应原吸附测试(RAST)、荧光变应原吸附测试(FAST)、酶联免疫吸附测定法(ELISA))和蛋白质阵列(参见例如，Fall等人,Methods Mol Biol(2009)509:107-122)。另外地或备选地，变应原特异性IgE抗体的存在可以通过使用皮肤试验(例如，皮肤单刺试验)来评估。
在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物和方法抑制一种或多种Th2免疫应答。在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物和方法抑制Th2细胞(也称为2型辅助T细胞)的发育和分化。在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物和方法抑制Th2细胞的活性。如对于本领域普通技术人员来说将会明显的，Th2细胞是产生IL-4、IL-5、IL-6、IL-10和/或IL-13的CD4+细胞的对象，并且可以牵涉促进IgE抗体应答和/或嗜酸性粒细胞活性。CD4+细胞向Th2细胞的分化由IL-4和/或IL-12的存在和转录因子STAT6和GATA3的激活来促进(参见例如，Wan Trends Immunol.(2014)35(6):233-242；Zhu等人,J.Immunol.(2001)166:7276-7281)。在一些实施方案中，IgE抗体的量可以作为在受试者中Th2免疫应答的标志物来进行评估。
在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物的施用导致降低至少1.5-倍、2-倍、3-倍、4-倍、5-倍、6-倍、7-倍、8-倍、9-倍、10-倍、20-倍、30-倍、40-倍、50-倍、100-倍、1000-倍、104-倍、105-倍或更多的Th2免疫应答的水平，相比于在施用所述组合物之前在受试者(或其样品)中的Th2免疫应答而言。在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物的施用导致降低至少1.5-倍、2-倍、3-倍、4-倍、5-倍、6-倍、7-倍、8-倍、9-倍、10-倍、20-倍、30-倍、40-倍、50-倍、100-倍、1000-倍、104-倍、105-倍或更多的Th2免疫应答，相比于在未接受所述组合物的另一受试者(例如，参考受试者)中的Th2免疫应答而言。
在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物的施用导致降低至少5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％的Th2免疫应答的水平，相比于在施用所述组合物之前在受试者(或其样品)中的Th2免疫应答而言。在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物的施用导致降低至少5％、6％、7％、8％、9％、10％、11％、12％、13％、14％、15％、16％、17％、18％、19％、20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％的Th2免疫应答，相比于在未接受所述组合物的另一受试者(例如，参考受试者)中的Th2免疫应答而言。
Th2免疫应答的存在或水平可以通过使用本领域中已知的任何方法来评估。Th2免疫应答的存在或水平可以例如通过下述方式来评估：检测和/或定量在从受试者获得的样品中Th2细胞的数目，例如通过检测指示Th2细胞的细胞标志物；评估与Th2细胞相关联的转录特性谱；评估Th2细胞的直接或间接活性；和/或测量由Th2细胞所产生的一种或多种细胞因子(例如，IL-4、IL-5、IL-6、IL-10、IL-13)的产生。
在一些实施方案中，在本文中所提供的组合物的施用导致健康的微生物组，其在受试者中调节与变态反应(例如，食物变态反应)相关联的免疫应答。在一些实施方案中，在本文中所提供的组合物的施用导致健康的微生物组，其在受试者中调节与变态反应(例如，食物变态反应)相关联的免疫应答。在一些实施方案中，在本文中所提供的组合物的施用导致健康的微生物组，其在受试者中诱导调节T细胞的积累和/或增殖。在一些实施方案中，在本文中所提供的组合物的施用导致健康的微生物组，其在受试者中抑制IgE抗体的产生。在一些实施方案中，在本文中所提供的组合物的施用导致健康的微生物组，其在受试者中抑制Th2免疫应答。
在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物中的任一种的治疗有效量为足以治疗变态反应的量。在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物中的任一种的治疗有效量为足以减少一个或多个与变态反应相关联的症状的量。在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物中的任一种的治疗有效量为足以调节一种或多种与变态反应(例如，食物变态反应)相关联的免疫应答的量。例如，在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物中的任一种的治疗有效量为足以在受试者中诱导调节T细胞(Tregs)的增殖和/或积累的量。在一些实施方案中，所述组合物的治疗有效量在受试者的特定位点(例如，胃肠道)处诱导Tregs的增殖和/或积累。在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物中的任一种的治疗有效量为足以抑制IgE抗体(例如，总IgE抗体或变应原特异性IgE抗体)的产生的量。在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物中的任一种的治疗有效量为足以抑制一种或多种Th2免疫应答的量。在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物中的任一种的治疗有效量为足以允许受试者幸免于被变应原攻击(例如，在无意地暴露于花生变应原中的过敏性变应性应答的情况下)的量。
如在本文中所使用的，术语“治疗有效量”可以与术语“有效量”互换使用。在本文中所描述的组合物(例如药用组合物)的治疗有效量或有效量为任何导致在受试者中的所希望的应答或结果的量，所述所希望的应答或结果例如为在本文中所描述的那些，包括但不限于延迟表现、停止进展、缓解或减轻通过使用在本文中所描述的方法进行治疗的疾病(例如，变态反应)的至少一个症状。
应当意识到，术语“有效量”，关于包含细菌菌株的组合物，可以表示为待施用的细菌数目或CFU。进一步应当意识到，一旦施用，所述细菌可以进行繁殖。因此，即使相对较小量的细菌的施用也可以具有治疗效果。
在本文中所描述的方法中的任一种可以是为了在受试者中治疗变态反应。如在本文中所使用的，用于治疗变态反应的方法牵涉缓解或减轻至少一个与变态反应相关联的症状，或者减缓或防止在接触或暴露于变应原后变应性反应的发作。
牵涉确定受试者是否具有变态反应或者处于具有变态反应或具有响应于变应原的变应性反应的风险中的方法也在本公开内容的范围之内。在一些实施方案中，如果受试者被确定具有变态反应或者处于具有响应于变应原的变应性反应的风险中，那么向所述受试者施用包含在本文中所描述的细菌菌株的组合物中的任一种。用于确定受试者是否具有变态反应或者处于具有变态反应或具有响应于变应原的变应性反应的风险中的方法是本领域中已知的，并且包括例如检测IgE抗体(例如，总IgE抗体、变应原特异性IgE抗体)的存在或水平，检测一种或多种Th2免疫应答的存在或水平，或者进行变态反应皮肤试验。在一些实施方案中，所述方法牵涉评估受试者是否具有食物变态反应或者处于具有食物变态反应的风险中。在一些实施方案中，如果受试者被确定具有食物变态反应或者处于具有响应于食物变应原的变应性反应的风险中，那么向所述受试者施用包含在本文中所描述的细菌菌株的组合物中的任一种。
本公开内容的方面涉及施用包含细菌菌株的组合物。在一些实施方案中，本公开内容提供了具有与在本文中所描述的细菌菌株或物种的序列中的任一个的核酸序列具有序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株。术语“同一的”或“同一性百分比”，在两个或更多个核酸或氨基酸序列的情形下，是指是相同的两个或更多个序列或子序列。两个序列是“基本上同一的”，如果当在比较窗口或指定区域上就最大对应性进行比较或比对时，两个序列在核酸或氨基酸序列的特定区域上或在整个序列上具有特定百分比的相同的氨基酸残基或核苷酸(例如，至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％、99.6％、99.7％、99.8％或99.9％序列同一性)，如通过使用下面的序列比较算法之一或者通过手工比对和目视检查所测量的。任选地，所述同一性存在于长度为至少大约50个核苷酸的区域上，或更优选地在长度为100至500或1000或更多个核苷酸的区域上。在一些实施方案中，所述同一性存在于16S rRNA或16S rDNA序列的长度上。
在一些实施方案中，所述细菌菌株在特定区域上或在整个序列上相对于在本文中所描述的菌株或细菌物种中的任一个而言具有至少60％、至少70％、至少80％、至少81％、至少82％、至少83％、至少84％、至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、至少99.5％、至少99.6％、至少99.7％、至少99.8％、至少99.9％或直至100％序列同一性。本领域技术人员将会意识到，术语“序列同一性”或“序列同一性百分比”，在两个或更多个核酸序列或氨基酸序列的情形下，是指两个或更多个序列或其部分之间的相似性的量度。
在一些实施方案中，所述组合物包含两种或更多种(例如3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20种)细菌菌株，其中所述两种或更多种细菌菌株包含与选自SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:12和SEQID NO:13的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列。
在一些实施方案中，所述组合物包含两种或更多种(例如3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20种)细菌菌株，其中所述两种或更多种细菌菌株包含与选自SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQID NO:7和SEQ ID NO:8的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列。在一些实施方案中，所述组合物包含三种或更多种(例如3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20种)细菌菌株，其中所述两种或更多种细菌菌株包含与选自SEQ ID NO:1、SEQ IDNO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:7和SEQ ID NO:8的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列；并且所述组合物不包含具有与由SEQ ID NO:6所提供的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株。在一些实施方案中，所述组合物包含两种或更多种(例如3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20种)细菌菌株，其中所述两种或更多种细菌菌株包含与选自SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6和SEQ ID NO:8的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列；并且所述组合物不包含具有与由SEQ ID NO:7所提供的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株。
在一些实施方案中，所述组合物包含七种细菌菌株，其中所述细菌菌株包含与选自SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:7和SEQ ID NO:8的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列。在一些实施方案中，所述组合物包含七种细菌菌株，其中所述细菌菌株包含与选自SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6或SEQ ID NO:8的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列。
在一些实施方案中，所述组合物包含具有与选自SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:7和SEQ ID NO:8的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株；和一种或多种另外的细菌菌株。在一些实施方案中，所述组合物包含七种细菌菌株，其中所述细菌菌株包含与选自SEQ ID NO:1、SEQID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6或SEQ ID NO:8的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列；和一种或多种细菌菌株。
在一些实施方案中，所述组合物由七种细菌菌株组成，所述细菌菌株具有与SEQID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:7和SEQ IDNO:8的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列。在一些实施方案中，所述组合物由七种细菌菌株组成，所述细菌菌株具有与SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6或SEQ ID NO:8的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列。
在一些实施方案中，所述组合物包含两种或更多种(例如3或4种)细菌菌株，其中所述两种或更多种细菌菌株包含与选自SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:13和SEQID NO:4的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列。在一些实施方案中，所述组合物由四种细菌菌株组成，其中所述四种细菌菌株包含与SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:13和SEQ ID NO:4中所示的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列。
在一些实施方案中，所述组合物包含两种或更多种(例如3或4种)细菌菌株，其中所述两种或更多种细菌菌株包含与选自SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:3和SEQ IDNO:12的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列。在一些实施方案中，所述组合物由四种细菌菌株组成，其中所述四种细菌菌株包含与SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:1、SEQ IDNO:3和SEQ ID NO:12中所示的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列。
另外，或备选地，可以就序列之间的比对来评估两个或更多个序列。在两个或更多个核酸或氨基酸序列的情形下，术语“比对”或“比对百分比”是指两个或更多个相同的序列或子序列。两个序列是“基本上经比对的”，如果当在比较窗口或指定区域上就最大对应性进行比较或比对时，两个序列在特定区域上或在整个序列上具有特定百分比的相同的氨基酸残基或核苷酸(例如，至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％、99.6％、99.7％、99.8％或99.9％同一的)，如通过使用下面的序列比较算法之一或者通过手工比对和目视检查所测量的。任选地，所述比对存在于长度为至少大约50个核苷酸的区域上，或更优选地在长度为100至500或1000或更多个核苷酸的区域上。在一些实施方案中，所述同一性存在于16S rRNA或16S rDNA序列的长度上。
对于序列比较，典型地，一个序列充当参考序列，将测试序列与其进行比较。用于比较的序列比对方法是本领域中熟知的。参见例如，通过Smith和Waterman(1970)Adv.Appl.Math.2:482c的局部同源性算法，通过Needleman和Wunsch,J.Mol.Biol.48:443,1970的同源性比对算法，通过Pearson和Lipman.Proc.Natl.Acad.Sci.USA 85:2444,1988的相似性搜索方法，通过这些算法的计算机化实施(Wisconsin Genetics软件包中的GAP、BESTFIT、FASTA和TFASTA,Genetics Computer Group.Madison.WI)，或者通过手工比对和目视检查(参加例如，Brent等人,Current Protocols in Molecular Biology,JohnWiley&Sons,Inc.(Ringbou编辑,2003))。适合于测定序列同一性和序列相似性百分比的算法的两个例子为BLAST和BLAST 2.0算法，其分别描述在Altschul等人,Nuc.Acids Res.25:3389-3402,1977；和Altschul等人,J.Mol.Biol.215:403-410,1990中。
应当意识到，在本文中所使用的术语“细菌”和“细菌菌株”是可互换的。包含多种经纯化的细菌菌株的在本文中所描述的组合物也可以称为“活细菌产品”。
在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物包含属于梭菌纲(Clostridia)的细菌。在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物包含属于梭菌科(Clostridiaceae)的细菌。在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物包含属于梭菌属(Clostridium)的细菌。在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物包含属于梭菌属IV、XIVa和/或XVII簇的细菌菌株。在一些实施方案中，所述组合物包含属于梭菌属IV、XIVa和XVII簇的细菌菌株。在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物包含属于梭菌属IV或XIVa簇的细菌菌株。在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物不包含属于梭菌属XVII簇的细菌菌株。在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物不包含属于梭菌属XVI簇的细菌菌株。在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物不包含属于梭菌属XVIII簇的细菌菌株。在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物不包含属于梭菌属XVI或XVIII簇的细菌菌株。
在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物包含下列细菌菌株中的两种或更多种：博尔特氏梭菌、人结肠无空气柱状菌、肠道粪便单胞菌、共生梭菌、产生布劳特氏菌、长链多雷氏菌、丹毒丝菌科细菌、欺骗性小粒菌属物种、哈思韦氏梭菌、吲哚梭菌、粪无空气柄状菌、毛螺菌科细菌和梭菌属物种。
在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物包含下列细菌菌株中的两种或更多种：博尔特氏梭菌、人结肠无空气柱状菌、肠道粪便单胞菌、共生梭菌、产生布劳特氏菌、长链多雷氏菌、丹毒丝菌科细菌和欺骗性小粒菌属物种。在一些实施方案中，所述组合物包含下列细菌菌株中的两种或更多种(例如，3、4、5、6、7或8种)：博尔特氏梭菌、人结肠无空气柱状菌、肠道粪便单胞菌、共生梭菌、产生布劳特氏菌、长链多雷氏菌、丹毒丝菌科细菌和欺骗性小粒菌属物种。在一些实施方案中，所述组合物包含下列细菌菌株中的两种或更多种(例如，3、4、5、6、7或8种)：博尔特氏梭菌、人结肠无空气柱状菌、肠道粪便单胞菌、共生梭菌、产生布劳特氏菌、长链多雷氏菌、丹毒丝菌科细菌和欺骗性小粒菌属物种；和一种或多种另外的细菌菌株。
在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物包含下列细菌菌株中的两种或更多种：博尔特氏梭菌、人结肠无空气柱状菌、肠道粪便单胞菌、共生梭菌、产生布劳特氏菌、丹毒丝菌科细菌和欺骗性小粒菌属物种；并且所述组合物不包含长链多雷氏菌。在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物包含下列细菌菌株中的两种或更多种：博尔特氏梭菌、人结肠无空气柱状菌、肠道粪便单胞菌、共生梭菌、产生布劳特氏菌、长链多雷氏菌和欺骗性小粒菌属物种；并且所述组合物不包含丹毒丝菌科细菌。
在一些实施方案中，所述组合物包含7种细菌菌株。在一些实施方案中，所述组合物由下列细菌菌株组成：博尔特氏梭菌、人结肠无空气柱状菌、肠道粪便单胞菌、共生梭菌、产生布劳特氏菌、丹毒丝菌科细菌和欺骗性小粒菌属物种。在一些实施方案中，所述组合物由下列细菌菌株组成：博尔特氏梭菌、人结肠无空气柱状菌、肠道粪便单胞菌、共生梭菌、产生布劳特氏菌、长链多雷氏菌和欺骗性小粒菌属物种。
在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物包含下列细菌菌株中的两种或更多种(例如3或4种)：吲哚梭菌、粪无空气柄状菌、毛螺菌科细菌和共生梭菌。在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物由下列细菌菌株组成：吲哚梭菌、粪无空气柄状菌、毛螺菌科细菌和共生梭菌。
在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物包含下列细菌菌株中的两种或更多种(例如3或4种)：哈思韦氏梭菌、博尔特氏梭菌、肠道粪便单胞菌和梭菌属物种。在一些实施方案中，在本文中所描述的组合物由下列细菌菌株组成：哈思韦氏梭菌、博尔特氏梭菌、肠道粪便单胞菌和梭菌属物种。
在一个方面，将经纯化的细菌菌株的16S rDNA序列与在细菌基因组数据库中的已知细菌物种/菌株的16S rDNA序列进行比较以鉴定与在本文中所公开的细菌菌株最接近的已知的相关细菌菌株。应当意识到，在本文中所公开的组合物的多个细菌菌株可以具有相同的最接近的相关细菌物种。
在一个方面，如在本文中(例如，在实施例中)所显示的，在本文中所提供的组合物和方法包括下列细菌：博尔特氏梭菌、人结肠无空气柱状菌、肠道粪便单胞菌、共生梭菌、产生布劳特氏菌、长链多雷氏菌、丹毒丝菌科细菌和欺骗性小粒菌属物种。在本文中所公开的组合物的示例性细菌菌株也可以通过其16S rRNA序列(SEQ ID NO:1-8)来鉴定。通过其序列来鉴定细菌此外还允许鉴定出另外的与所例示的细菌相同或高度相似的细菌菌株。例如，细菌菌株的16S rRNA序列用于通过全基因组测序和通过将这些序列与16S数据库进行比较来鉴定最接近的相关物(基于同一性百分比)(表1)。另外，基于全基因组测序以及该全基因组与全基因组数据库的比较，具有由SEQ ID NO:1-8所提供的16S rRNA序列的细菌菌株与下列细菌物种最紧密相关的：博尔特氏梭菌90A9、人结肠无空气柱状菌DSM 17241、马赛德朗古氏菌(Drancourtella massiliensis)GD1、共生梭菌WAL-14163、梭菌属细菌UC5.1-1D4、长链多雷氏菌CAG:42、丹毒丝菌科细菌21_3和园环梭菌(Clostridiumorbiscindens)1_3_50AFAA(参见例如，表1)。因此，在一个方面，应当意识到，表1的每一行，细菌菌株是高度相似的和/或是相同的。在一些实施方案中，在本公开内容的情形下，在表1的行之内的细菌菌株的名称可以互换使用。
因此，例如，在一些实施方案中，本公开内容提供了包括下列细菌的方法和组合物：博尔特氏梭菌、人结肠无空气柱状菌、肠道粪便单胞菌、共生梭菌、产生布劳特氏菌、长链多雷氏菌、丹毒丝菌科细菌和欺骗性小粒菌属物种。在一些实施方案中，本公开内容提供了包括下列细菌的方法和组合物：博尔特氏梭菌、人结肠无空气柱状菌、肠道粪便单胞菌、共生梭菌、产生布劳特氏菌、丹毒丝菌科细菌和欺骗性小粒菌属物种。在一些实施方案中，本公开内容提供了包括下列细菌的方法和组合物：博尔特氏梭菌、人结肠无空气柱状菌、肠道粪便单胞菌、共生梭菌、产生布劳特氏菌、长链多雷氏菌和欺骗性小粒菌属物种。
因此，例如，在一些实施方案中，本公开内容提供了包括下列细菌的方法和组合物：博尔特氏梭菌、人结肠无空气柱状菌、断链真杆菌(Eubacterium fissicatena)、共生梭菌、产生布劳特氏菌、长链多雷氏菌、丹毒丝菌科细菌和欺骗性小粒菌属物种。在一些实施方案中，本公开内容提供了包括下列细菌的方法和组合物：博尔特氏梭菌、人结肠无空气柱状菌、断链真杆菌、共生梭菌、产生布劳特氏菌、丹毒丝菌科细菌和欺骗性小粒菌属物种。在一些实施方案中，本公开内容提供了包括下列细菌的方法和组合物：博尔特氏梭菌、人结肠无空气柱状菌、断链真杆菌、共生梭菌、产生布劳特氏菌、长链多雷氏菌和欺骗性小粒菌属物种。
因此，例如，在一些实施方案中，本公开内容提供了包括下列细菌的方法和组合物：博尔特氏梭菌、人结肠无空气柱状菌、马赛德朗古氏菌、共生梭菌、产生布劳特氏菌、长链多雷氏菌、丹毒丝菌科细菌和欺骗性小粒菌属物种。在一些实施方案中，本公开内容提供了包括下列细菌的方法和组合物：博尔特氏梭菌、人结肠无空气柱状菌、马赛德朗古氏菌、共生梭菌、产生布劳特氏菌、丹毒丝菌科细菌和欺骗性小粒菌属物种。在一些实施方案中，本公开内容提供了包括下列细菌的方法和组合物：博尔特氏梭菌、人结肠无空气柱状菌、马赛德朗古氏菌、共生梭菌、产生布劳特氏菌、长链多雷氏菌和欺骗性小粒菌属物种。
因此，例如，在一些实施方案中，本公开内容提供了包括下列细菌的方法和组合物：博尔特氏梭菌、人结肠无空气柱状菌、扭链瘤胃球菌、共生梭菌、产生布劳特氏菌、长链多雷氏菌、丹毒丝菌科细菌和欺骗性小粒菌属物种。在一些实施方案中，本公开内容提供了包括下列细菌的方法和组合物：博尔特氏梭菌、人结肠无空气柱状菌、扭链瘤胃球菌、共生梭菌、产生布劳特氏菌、丹毒丝菌科细菌和欺骗性小粒菌属物种。在一些实施方案中，本公开内容提供了包括下列细菌的方法和组合物：博尔特氏梭菌、人结肠无空气柱状菌、扭链瘤胃球菌、共生梭菌、产生布劳特氏菌、长链多雷氏菌和欺骗性小粒菌属物种。
因此，例如，在一些实施方案中，本公开内容提供了包括下列细菌的方法和组合物：博尔特氏梭菌、人结肠无空气柱状菌、扭链瘤胃球菌、共生梭菌、产生布劳特氏菌、长链多雷氏菌、无害梭菌(Clostridium innocuum)和欺骗性小粒菌属物种。在一些实施方案中，本公开内容提供了包括下列细菌的方法和组合物：博尔特氏梭菌、人结肠无空气柱状菌、扭链瘤胃球菌、共生梭菌、产生布劳特氏菌、无害梭菌和欺骗性小粒菌属物种。
因此，例如，在一些实施方案中，本公开内容提供了包括下列细菌的方法和组合物：博尔特氏梭菌、人结肠无空气柱状菌、扭链瘤胃球菌、共生梭菌、产生布劳特氏菌、长链多雷氏菌、丹毒丝菌科细菌和普劳特氏裂黄酮菌(Flavonifractor plautii)。在一些实施方案中，本公开内容提供了包括下列细菌的方法和组合物：博尔特氏梭菌、人结肠无空气柱状菌、扭链瘤胃球菌、共生梭菌、产生布劳特氏菌、丹毒丝菌科细菌和普劳特氏裂黄酮菌。在一些实施方案中，本公开内容提供了包括下列细菌的方法和组合物：博尔特氏梭菌、人结肠无空气柱状菌、扭链瘤胃球菌、共生梭菌、产生布劳特氏菌、长链多雷氏菌和普劳特氏裂黄酮菌。
因此，例如，在一些实施方案中，本公开内容提供了包括下列细菌的方法和组合物：博尔特氏梭菌、人结肠无空气柱状菌、扭链瘤胃球菌、共生梭菌、产生布劳特氏菌、长链多雷氏菌、丹毒丝菌科细菌和园环梭菌。在一些实施方案中，本公开内容提供了包括下列细菌的方法和组合物：博尔特氏梭菌、人结肠无空气柱状菌、扭链瘤胃球菌、共生梭菌、产生布劳特氏菌、丹毒丝菌科细菌和园环梭菌。在一些实施方案中，本公开内容提供了包括下列细菌的方法和组合物：博尔特氏梭菌、人结肠无空气柱状菌、扭链瘤胃球菌、共生梭菌、产生布劳特氏菌、长链多雷氏菌和园环梭菌。
基于全基因组分析的同源性呈现在表1中。
Figure BDA0002559610040000451
在一些实施方案中，所述细菌菌株中的一种或多种为人来源的细菌，这意味着所述一种或多种细菌菌株获得自或鉴定自人或来自其的样品(例如，人供者)。在一些实施方案中，所述一种或多种细菌菌株为人共生细菌，即在健康人微生物组中通常发现的细菌菌株。在本文中所提供的组合物的一些实施方案中，所有细菌菌株都是人来源的细菌。在本文中所提供的组合物的一些实施方案中，所有细菌菌株都是人共生细菌。在本文中所提供的组合物的一些实施方案中，所述细菌菌株源自多于一个人供者。
一般而言，在本文中所提供的组合物之中所使用的细菌菌株分离自健康个体的微生物组。在一些实施方案中，所述组合物包含来源于单个个体的菌株。在一些实施方案中，所述组合物包含来源于多个个体的菌株。在一些实施方案中，所述组合物从多个个体获得，进行分离，并且独个地成长。所述独个地成长的细菌组合物可以随后相组合以提供本公开内容的组合物。应当意识到，在本文中所提供的组合物的细菌菌株的起源并不局限于来自健康个体的人微生物组。在一些实施方案中，所述细菌菌株来源于具有处于生态失调的微生物组的人。在一些实施方案中，所述细菌菌株来源于非人动物或环境(例如，土壤或地表水)。在一些实施方案中，在本文中所提供的细菌菌株的组合来源于多个来源(例如，人和非人动物)。
在一些实施方案中，所述组合物包含一种或多种厌氧细菌。在一些实施方案中，所述组合物仅包含厌氧细菌。在一些实施方案中，所述组合物包含一种或多种兼性厌氧细菌。在一些实施方案中，所述组合物仅包含兼性厌氧细菌。在一些实施方案中，所述组合物包含一种或多种专性厌氧细菌。在一些实施方案中，所述组合物仅包含专性厌氧细菌。
在一些实施方案中，在所述组合物中的细菌菌株中的至少一种(例如，1、2、3、4、5或更多种)为产芽孢菌类。在一些实施方案中，在所述组合物中的细菌菌株中的至少一种(例如，1、2、3、4、5或更多种)以芽孢形式。在一些实施方案中，在所述组合物中的细菌菌株中的至少一种(例如，1、2、3、4、5或更多种)为非产芽孢菌类。在一些实施方案中，在所述组合物中的细菌菌株中的至少一种(例如，1、2、3、4、5或更多种)以营养形式。如上面所讨论的，产芽孢细菌也可以以营养形式。在一些实施方案中，在所述组合物中的细菌菌株中的至少一种(例如，1、2、3、4、5或更多种)以芽孢形式，和在所述组合物中的细菌菌株中的至少一种(例如，1、2、3、4、5或更多种)以营养形式。在一些实施方案中，至少一种被认为能够形成芽孢的细菌菌株(即，产芽孢菌类)而是以营养形式存在于所述组合物中。在一些实施方案中，至少一种被认为能够形成芽孢的细菌菌株以芽孢形式和以营养形式两者存在于所述组合物中。
设想在本文中所提供的活细菌产品的细菌菌株是活的，并且在它们到达靶区域(例如，肠)时将会是活的。在这一点上，细菌芽孢被认为是活的。在一些实施方案中，作为芽孢进行施用的细菌可以在靶区域(例如，肠)中萌发。应当进一步意识到，并非所有细菌是活的，并且所述组合物可以包含一定百分比(例如，以重量计)的不是活的细菌。另外，在一些实施方案中，所述组合物包含在当施用时或在所述组合物到达靶区域(例如，肠)之时不是活的细菌菌株。设想不是活的细菌仍然可能是有用的，通过为所述组合物中的其他细菌菌株提供一些营养素和代谢物。
在任何在本文中所提供的活细菌产品中，在一些实施方案中，所述细菌菌株是经纯化的。在任何在本文中所提供的活细菌产品中，在一些实施方案中，所述细菌菌株是经分离的。任何在本文中所描述的细菌菌株可以是经分离的和/或经纯化的，例如，从来源例如培养物或微生物区系样品(例如，粪便物)中。在本文中所提供的组合物中所使用的细菌菌株通常分离自健康个体的微生物组。但是，细菌菌株也可以分离自被认为不健康的个体。在一些实施方案中，所述组合物包含来源于多个个体的菌株。如在本文中所使用的，术语“经分离的”在细菌中是指已经与一种或多种不希望的组分，例如另一种细菌或细菌菌株、生长培养基的一种或多种组分和/或样品(例如粪便样品)的一种或多种组分分开的细菌。在一些实施方案中，所述细菌基本上从来源分离，从而检测不到所述来源的其他组分(例如，低于检测水平)。如也在本文中所使用的，术语“经纯化的”是指已经与一种或多种组分例如污染物分开的细菌菌株或包含这样的细菌菌株的组合物。在一些实施方案中，所述细菌菌株基本上没有污染物。在一些实施方案中，组合物的一种或多种细菌菌株可以独立地纯化自一种或多种在包含所述细菌菌株的培养物或样品中产生和/或存在的其他细菌。在一些实施方案中，从样品中分离或纯化细菌菌株，然后将其在对于细菌复制来说合适的条件下，例如在厌氧培养条件下进行培养。随后，可以从它生长于其中的培养物中分离/纯化在对于细菌复制来说合适的条件下进行生长的细菌。
组合物，例如用于施用给受试者的组合物，例如药用组合物，也在本公开内容的范围之内。在一些实施方案中，所述组合物包含任何在本文中所描述的细菌菌株。
在一个方面，本公开内容提供了包含任何在本文中所描述的细菌菌株的药用组合物。在一些实施方案中，所述药用组合物包含在药学上可接受的赋形剂。在一些实施方案中，所述药用组合物被配制成用于口服施用。在一些实施方案中，所述药用组合物被配制成用于直肠施用。在一些实施方案中，所述药用组合物被配制成用于递送至肠。在一些实施方案中，所述药用组合物被配制成用于递送至结肠。
在一些实施方案中，所述组合物或药用组合物包含细菌菌株。在一些实施方案中，所述药用组合物包含以粉末形式的细菌菌株。在一些实施方案中，所述药用组合物包含经冻干的细菌菌株。在一些实施方案中，所述药用组合物包含经喷雾干燥的细菌菌株。在一些实施方案中，所述药用组合物包含经冻干的细菌菌株和经喷雾干燥的细菌菌株。在一些实施方案中，所述药用组合物以胶囊的形式。在一些实施方案中，所述药用组合物进一步包含含有一种或多种肠溶聚合物的pH敏感组合物。
在一些实施方案中，所述组合物(包括药用组合物和食品)的细菌菌株中的一种或多种已经进行了喷雾干燥。在一些实施方案中，一个亚组的细菌菌株经喷雾干燥。喷雾干燥的过程是指从包含细菌组合物的液体产生干粉末(参见例如，Ledet等人,Spray-Drying ofPharmaceuticals in“Lyophilized Biologics and Vaccines”第273-294页,Springer)。通常，所述过程牵涉用热气体使细菌组合物快速干燥。可以在将其与其他细菌菌株相组合之前将细菌菌株与药学赋形剂相组合，或者可以在经喷雾干燥的形式中同时组合多种经喷雾干燥的细菌菌株，并且一旦组合，随后可以将细菌菌株的混合物与药学赋形剂相组合。
任何在本文中所描述的组合物(包括药用组合物和食品)包含细菌菌株，所述细菌菌株以任何形式，例如以水性形式，例如溶液或悬浮液，包埋在半固体形式中，以粉末状形式，或以经冷冻干燥的形式。在一些实施方案中，所述组合物或所述细菌菌株是经冻干的。在一些实施方案中，一个亚组的细菌菌株是经冻干的。用于冻干组合物，特别是包含细菌的组合物的方法是本领域中熟知的。参见例如US 3,261,761；US 4,205,132；PCT公开号WO2014/029578和WO 2012/098358，其通过提及而以其整体合并入本文。所述细菌可以作为组合进行冻干，和/或所述细菌可以分开地进行冻干并且在施用之前进行组合。可以在将其与其他细菌菌株相组合之前将细菌菌株与药学赋形剂相组合，或者可以在经冻干的形式中同时组合多种经冻干的细菌，并且一旦组合，随后可以将细菌的混合物与药学赋形剂相组合。在一些实施方案中，所述细菌菌株为经冻干的饼状物。在一些实施方案中，包含所述一种或多种细菌菌株的组合物为经冻干的饼状物。
所述细菌菌株可以通过使用本领域中熟知的发酵技术来制备。在一些实施方案中，所述细菌通过使用可以支持厌氧细菌物种的快速生长的厌氧发酵罐来繁殖或制备。所述厌氧发酵罐可以为例如搅拌罐反应器或一次性Wave生物反应器。培养基例如BL培养基和EG培养基，或者这些培养基的没有动物组分的相似形式，可以用于支持细菌物种的生长。所述细菌产品可以通过传统技术(例如离心和过滤)从发酵液进行纯化和浓缩，并且任选地可以通过本领域中熟知的技术进行干燥和冻干。
在一些实施方案中，所述活细菌产品可以被配制成用于作为药用组合物进行施用。在本文中所使用的术语“药用组合物”意指这样的产品，其由于至少一种活性成分(例如，任何在本文中所描述的细菌菌株)和一种或多种非活性成分(其可以包括一种或多种在药学上可接受的赋形剂)的混合或组合而产生。
“可接受的”赋形剂是指必须与活性成分相容并且对于它所施用给的受试者不是有害的赋形剂。在一些实施方案中，基于所意欲的所述组合物的施用途径来选择所述在药学上可接受的赋形剂，例如用于口服或鼻施用的组合物可以包含与用于直肠施用的组合物不同的在药学上可接受的赋形剂。赋形剂的例子包括无菌水、生理盐水、溶剂、基质材料、乳化剂、悬浮剂、表面活性剂、稳定剂、矫味剂、芳香剂、赋形剂、载料、防腐剂、粘合剂、稀释剂、张力调节剂、缓和剂、填充剂、崩解剂、缓冲剂、包衣剂、润滑剂、着色剂、甜味剂、增稠剂和增溶剂。
本发明的药用组合物可以按照本领域中熟知的和常规实践的方法来制备(参见例如，Remington:The Science and Practice of Pharmacy,Mack Publishing Co.,第20版,2000)。在本文中所描述的药用组合物可以进一步包含任何以冻干制剂或水性溶液的形式的载体或稳定剂。可接受的赋形剂、载体或稳定剂可以包括例如缓冲液、抗氧化剂、防腐剂、聚合物、螯合试剂和/或表面活性剂。优选地，在GMP条件下制备药用组合物。所述药用组合物可以以口服方式、以鼻方式或以胃肠外方式进行使用，例如以胶囊、片剂、丸剂、小药囊、液体、粉末、颗粒、细颗粒、薄膜衣制备物、小糖丸、锭剂、舌下制备物、咀嚼剂、颊制备物、糊剂、糖浆剂、悬浮液、酏剂、乳状液、搽剂、软膏剂、硬膏剂、泥敷剂、透皮吸收系统、洗剂、吸入剂、气雾剂、注射剂、栓剂等的形式。在一些实施方案中，所述药用组合物可以通过注射(例如通过静脉内、肌内、皮下或真皮内施用)来进行使用。
在一些实施方案中，包含细菌菌株的组合物被配制成用于递送至肠(例如，小肠和/或结肠)。在一些实施方案中，包含细菌菌株的组合物可以与增加所述细菌通过胃中的严苛环境的存活的肠溶衣一起进行配制。肠溶衣是这样的包衣，其抵抗胃中胃液的作用，从而其中的组合物的细菌将会通过胃并进入肠中。当与肠液相接触时，肠溶衣可以容易地溶解，从而包封在包衣中的细菌将会被释放到肠道中。肠溶衣可以由本领域中熟知的聚合物或共聚物，例如商购可得的EUDRAGIT(Evonik Industries)组成。(参见例如，Zhang,AAPSPharmSciTech,2016,17(1),56-67)。
包含细菌菌株的组合物也可以被配制成用于直肠递送至肠(例如结肠)。因此，在一些实施方案中，包含细菌菌株的组合物可以被配制成用于通过栓剂、结肠镜检查术、内窥镜检查术、乙状结肠镜检查术或灌肠剂来进行递送。药用制备物或制剂，特别地用于口服施用的药用制备物，可以包含使得能够将本公开内容的组合物有效地递送至肠(例如，结肠)的另外组分。可以使用各种各样的允许将所述组合物递送至肠(例如，结肠)的药用制备物。其例子包括pH敏感组合物，更特别地经缓冲的小药囊制剂或肠溶聚合物，其在肠溶聚合物通过胃后当pH变成碱性时释放其内容物。当将pH敏感组合物用于配制药用制备物时，所述pH敏感组合物优选地为其的组合物分解的pH阈值为大约6.8至大约7.5的聚合物。这样的数值范围是在胃的远端部分处pH移向碱性侧所处的范围，并且因此是用于在递送至结肠中使用的合适范围。应当进一步意识到，肠的每个部分(例如，十二指肠、空肠、回肠、盲肠、结肠和直肠)具有不同的生物化学和化学环境。例如，肠的部分具有不同的pH，这允许通过具有特定pH敏感性的组合物来进行靶向递送。因此，在本文中所提供的组合物可以被配制成用于递送至肠或肠的特定部分(例如，十二指肠、空肠、回肠、盲肠、结肠和直肠)，通过提供具有合适的pH敏感性的制剂(参见例如，Villena等人,Int J Pharm 2015,487(1-2):314-9)。
用于通过另外或备选的途径进行施用的药用组合物也在本公开内容的范围之内。在一些实施方案中，所述药用组合物被配制成用于舌下施用。在一些实施方案中，所述药用组合物被配制成用于通过注射进行施用。
在一些实施方案中，药用组合物可以包含使得能够将本公开内容的组合物有效递送至所希望的位点，例如胃肠道(例如，结肠)的另外组分。
在一些实施方案中，所述药用组合物包含与在治疗变态反应中提供益处相关联的辅助剂。在一些实施方案中，所述药用组合物包含口服免疫治疗剂、皮表面免疫治疗剂或舌下免疫治疗剂的一种或多种组分。
对于将组合物递送至肠(例如，结肠)来说有用的药用制备物的另一个实施方案为通过延迟内容物(例如，细菌菌株)的释放大约3至5小时(其相应于小肠运输时间)来确保递送至结肠的实施方案。在用于延迟释放的药用制备物的一个实施方案中，使用水凝胶作为外壳。在与胃肠液相相接触后，水凝胶发生水合并且膨胀，结果是内容物被有效地释放(主要在结肠中释放)。延迟释放剂量单位包括包含药物的组合物，其具有包被或选择性地包被待施用的药物或活性成分的材料。这样的选择性包衣材料的例子包括体内可降解的聚合物、可逐渐水解的聚合物、可逐渐水溶的聚合物和/或酶可降解的聚合物。各种各样的用于有效地延迟释放的包衣材料是可得的，并且包括例如基于纤维素的聚合物例如羟丙基纤维素，丙烯酸聚合物和共聚物例如甲基丙烯酸聚合物和共聚物，和乙烯基聚合物和共聚物例如聚乙烯吡咯烷酮。
允许递送至肠(例如，结肠)的药用组合物的另外例子包括特异性地粘附至结肠粘膜的生物粘附组合物(例如，在美国专利号6,368,586的说明书中所描述的聚合物)，和其中掺入了蛋白酶抑制剂以保护特别是生物药用制备物在胃肠道中免于归因于蛋白酶活性的降解的组合物。
使得能够递送至肠(例如，结肠)的系统的另一个例子为以这样的方式通过压力变化来将组合物递送至结肠的系统，即在胃的远端部分通过利用由在细菌发酵中的气体产生所引起的压力变化来释放出内容物。这样的系统不是特别有限的，并且其一个更特别的例子为具有分散在栓剂基质中的内容物并且用疏水聚合物(例如，乙基纤维素)进行包衣的胶囊。
使得能够将组合物递送至肠(例如，结肠)的系统的进一步例子为包含可以通过在肠(例如，结肠)中存在的酶(例如碳水化合物水解酶或碳水化合物还原酶)来去除的包衣的组合物。这样的系统不是特别有限的，并且其更特别的例子包括使用食物组分例如非淀粉多糖、直链淀粉、黄原胶和偶氮聚合物的系统。
在本文中所提供的组合物也可以递送至特定靶区域，例如肠，经由通过管口(例如，鼻管)或通过外科手术的递送。另外，被配制成用于递送至特定区域(例如，盲肠或结肠)的在本文中所提供的组合物可以通过管(例如，直接进入小肠)来进行施用。将机械递送方法例如管与化学递送方法例如pH特异性包衣相组合允许将在本文中所提供的组合物递送至所希望的靶区域(例如，盲肠或结肠)。
通过本领域技术人员已知的常规方法来将包含细菌的组合物配制成在药学上可接受的剂型。调整给药制度以提供最佳的所希望的应答(例如，预防或治疗效果)。在一些实施方案中，所述组合物的剂型为片剂、丸剂、胶囊、粉末、颗粒、溶液或栓剂。在一些实施方案中，所述药用组合物被配制成用于口服施用。在一些实施方案中，所述药用组合物包含细菌菌株，并且如此地进行配制，即所述细菌或其一部分在通过受试者的胃后仍然是有生存力的。在一些实施方案中，所述药用组合物被配制成用于直肠施用，例如栓剂。在一些实施方案中，所述药用组合物被配制成用于递送至肠或肠的特定区域(例如，结肠)，通过提供合适的包衣(例如，pH特异性包衣，可以通过靶区域特异性酶而被降解的包衣，或者可以与在靶区域中存在的受体相结合的包衣)。
在本发明的药用组合物中活性成分的剂量可以变化，以便获得对于取得关于特定受试者、组合物和施用方式的所希望的药学应答来说有效的而对于受试者无毒或不具有副作用的活性成分的量。所选择的剂量水平取决于各种各样的因素，包括所采用的本发明的特定组合物的活性，施用途径，施用时间，治疗的持续时间，与所采用的特定组合物相组合地使用的其他药物、化合物和/或材料，进行治疗的受试者的年龄、性别、体重状况、一般健康状况和既往病史，等等因素。
医师、兽医或其他受过训练的从业者可以以低于为取得所希望的治疗效果所需要的水平来开始所述药用组合物的剂量，并且逐渐增加剂量直至取得所希望的效果(例如，变态反应的治疗，一种或多种与变态反应相关联的免疫应答的调节)。通常，用于在本文中所描述的人群的预防性治疗的本发明的组合物的有效剂量取决于许多不同的因素而变化，包括施用途径，受试者的生理学状况，受试者是人还是动物，所施用的其他药疗法，和所希望的治疗效果。剂量需要边增加边观察以优化安全性和功效。
在一些实施方案中，所述给药制度需要口服施用一个剂量的在本文中所描述的组合物中的任一种。在一些实施方案中，所述给药方案需要口服施用多个剂量的在本文中所描述的组合物中的任一种。在一些实施方案中，向受试者施用在本文中所描述的组合物中的任一种1次、2次、3次、4次、5次、6次、7次、8次、9次或至少10次或者更多次。在一些实施方案中，以有规律的间隔，例如每2周、每个月、每2个月、每3个月、每4个月、每5个月、每6个月或更久，以多个剂量向受试者施用在本文中所描述的组合物中的任一种。在一些实施方案中，施用一个剂量的在本文中所描述的组合物中的任一种，并且次日(例如，连续的一天)施用第二个剂量的所述组合物。在一些实施方案中，施用一个剂量的在本文中所描述的组合物中的任一种，并且在连续的几天施用所述组合物的另外剂量中的每一个(例如，第1天第一个剂量，第2天第二个剂量，第3天第三个剂量，等等)。
在一个方面，本公开内容提供了包括施用多个日剂量的所述药用组合物的方法。在一些实施方案中，在每日基础上施用所述药用组合物2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9天、10天、11天、12天、13天、14天、15天、16天、17天、18天、19天、20天、21天、22天、23天、24天、25天、26天、27天、28天、29天、30天、1个月、2个月、3个月、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月、10个月、11个月、12个月或更久。
在一些实施方案中，本公开内容提供了包括向受试者施用一个或多个剂量的所述药用组合物的方法，从而确定所述受试者是否响应于所述一个或多个剂量的所述药用组合物的施用，例如通过测量Treg细胞、IgE细胞的水平，或者做皮肤试验，其中如果所述应答与所希望的效应不相关联(例如，不充分水平的Treg细胞，或者对于皮肤试验的强烈应答)，那么就施用另外剂量的所述药用组合物。
在任何在本文中所描述的方法中，在施用在本文中所描述的细菌组合物中的任一种之前，可以向受试者施用一种或多种抗生素。在一些实施方案中，施用所述一种或多种抗生素以从受试者的胃肠道中去除与食物变态反应相关联的细菌菌株(参见例如，Ho等人,Role of the Microbiome in Food Allergy.Curr Allergy Asthma Rep.2018 Apr 5,18(4):27)。在一些实施方案中，施用所述一种或多种抗生素以从受试者的胃肠道中去除与可能增强变应性应答的不希望的免疫应答相关联的细菌菌株。在这样的实施方案中，将会按照不减弱在本文中所提供的有益细菌组合物的影响的制度来施用抗生素(例如，通过在施用所述一种或多种在本文中所提供的有益细菌组合物之前让抗生素清洁身体)。在一些实施方案中，可以在本文中所提供的细菌组合物中的任一种之前向受试者施用一种或多种抗生素。在一些实施方案中，本公开内容提供了这样的方法，其包括施用抗生素(例如，万古霉素)，随后为单个剂量的所述药用组合物。在一些实施方案中，本公开内容提供了这样的方法，其包括施用抗生素(例如，万古霉素)，随后为多个剂量的所述药用组合物。
在一些实施方案中，施用抗生素(例如，万古霉素)并且随后施用单个或多个剂量的所述药用组合物导致相比于不包括抗生素的施用方法而言所述药用组合物的细菌菌株的丰度的增加。在一些实施方案中，施用抗生素(例如，万古霉素)并且随后施用单个或多个剂量的所述药用组合物导致相比于不包括抗生素的施用方法而言所述药用组合物的细菌菌株的移殖建群持续时间的增加。在一些实施方案中，在本文中所描述的方法不牵涉在本文中所描述的药用组合物之前施用抗生素。
在一些实施方案中，所述抗生素为万古霉素、非达霉素(fidaxomycin)或利地尼唑(ridinilazole)。在一些实施方案中，所述抗生素不是万古霉素。可以在任何在本文中所提供的方法中使用的抗生素的非限制性例子包括头孢菌素类抗生素头孢氨苄、头孢呋辛、头孢羟氨苄、头孢唑林、头孢噻吩、头孢克洛、头孢孟多、头孢西丁、头孢丙烯、头孢比罗、克林霉素、头孢曲松、头孢噻肟、头孢唑林、头孢哌酮、头孢呋辛、头孢美唑、氟喹诺酮、环丙沙星、左氧氟沙星、氧氟沙星、天坤、拜复乐、norflox、四环素、米诺环素、土霉素、多西环素、阿莫西林、氨苄青霉素、青霉素V、双氯西林、苄青霉素、羧苄西林、万古霉素和甲氧西林、厄他培南、多利培南、亚胺培南/西司他丁、美罗培南、克拉维酸盐、三唑巴坦、哌拉西林、头孢曲松、头孢噻肟、头孢唑林、氟喹诺酮、亚胺培南、美罗培南、甲硝唑、非达霉素或利地尼唑。
在一些实施方案中，任何在本文中所描述的方法可以进一步包括在施用在本文中所描述的药用组合物之前向受试者施用万古霉素。在一些实施方案中，所述方法不包括在施用在本文中所描述的药用组合物之前向受试者施用万古霉素。万古霉素施用已被发现改变人肠道微生物区系的组成。参见例如，Reijnders等人,Cell Metabolism(2016)24(1):63-72。虽然并不希望被束缚于任何特别的理论，但是认为万古霉素的施用可以有助于在本文中所描述的药用组合物的细菌菌株的移入，例如通过去除在胃肠道中存在的其他微生物。
在一些实施方案中，作为单个剂量向受试者施用所述抗生素(例如，万古霉素)一次。在一些实施方案中，以多个剂量向受试者施用所述抗生素(例如，万古霉素)。在一些实施方案中，以至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或更多个剂量向受试者施用所述抗生素(例如，万古霉素)。所述多个剂量的抗生素(例如，万古霉素)可以在施用在本文中所描述的药用组合物中的任一种之前以有规律的间隔施用给受试者。在一些实施方案中，在连续的几天施用所述多个剂量的抗生素(例如，万古霉素)中的每一个(例如，第1天第一个剂量，第2天第二个剂量，第3天第三个剂量，等等)。在一些实施方案中，向受试者施用所述抗生素(例如，万古霉素)2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或更多个连续的天。在一些实施方案中，每天向受试者施用所述抗生素(例如，万古霉素)三个连续的天。在一些实施方案中，每天向受试者施用所述抗生素(例如，万古霉素)五个连续的天。在一些实施方案中，向受试者施用所述抗生素(例如，万古霉素)一天。在任何在本文中所描述的实施方案中，可以向受试者施用一个或多个剂量的第一抗生素，随后为一个或多个剂量的第二抗生素。
在一些实施方案中，在施用最后一个剂量的所述抗生素(例如，万古霉素)的同一天施用单个剂量或者在多个剂量治疗制度中的第一个剂量。在一些实施方案中，在施用最后一个剂量的所述抗生素(例如，万古霉素)后的那一天施用单个剂量或者在多个剂量治疗制度中的第一个剂量。在一些实施方案中，在施用最后一个剂量的所述抗生素(例如，万古霉素)后两天施用单个剂量或者在多个剂量治疗制度中的第一个剂量。在一些实施方案中，在本文中所提供的方法允许在最后一个剂量的所述抗生素(例如，万古霉素)和第一个剂量的所述药用组合物之间的一个洗出日。在一些实施方案中，在施用最后一个剂量的所述抗生素(例如，万古霉素)后三天、四天、五天、六天、十天或更多天施用单个剂量或者在多个剂量治疗制度中的第一个剂量。在一些实施方案中，在本文中所提供的方法允许在最后一个剂量的所述抗生素(例如，万古霉素)和第一个剂量的所述药用组合物之间的多个洗出日。
所述抗生素(例如，万古霉素)的每一个剂量可以是相同量的所述抗生素，或者可以是不同量的所述抗生素。在一些实施方案中，以足以允许在本文中所描述的药用组合物的细菌菌株中的一种或多种进行移殖建群的量施用所述抗生素(例如，万古霉素)。在一些实施方案中，向受试者每日施用大约50mg至1g、100mg至750mg、100mg至500mg、200mg至750mg、200mg至500mg、300mg至750mg、300mg至500mg、100mg至400mg、100mg至300mg、100mg至200mg、200mg至400mg、200mg至300mg或450mg至550mg的所述抗生素。如本领域技术人员将会意识到的，每日施用给受试者的万古霉素的总量可以在单个剂量中或在多个剂量之间进行施用，其总计而言导致所述抗生素的每日的总量。
在一些例子中，在施用在本文中所描述的药用组合物中的任一种之前向受试者施用大约500mg万古霉素/天。在一些实施方案中，以单个剂量(例如，500mg)施用500mg万古霉素/天。在一些实施方案中，以多个剂量(例如，2、3、4、5或更多个)施用500mg万古霉素/天，其总计而言导致500mg万古霉素/天。在一些实施方案中，每日以4个剂量的125mg万古霉素来施用500mg万古霉素。在一些实施方案中，向受试者施用500mg万古霉素一天。在一些实施方案中，每日向受试者施用500mg万古霉素两天。在一些实施方案中，每日向受试者施用500mg万古霉素三天。在一些实施方案中，每日向受试者施用500mg万古霉素四天。在一些实施方案中，每日向受试者施用500mg万古霉素五天。
在一些实施方案中，在施用在本文中所描述的药用组合物中的任一种之前向受试者施用大约250mg万古霉素/天。在一些实施方案中，以单个剂量(例如，250mg)施用250mg万古霉素/天。在一些实施方案中，以多个剂量(例如，2、3、4、5或更多个)施用250mg万古霉素/天，其总计而言导致250mg万古霉素/天。在一些实施方案中，每日以2个剂量的125mg万古霉素来施用250mg万古霉素。在一些实施方案中，向受试者施用250mg万古霉素一天。在一些实施方案中，每日向受试者施用250mg万古霉素两天。在一些实施方案中，每日向受试者施用250mg万古霉素三天。在一些实施方案中，每日向受试者施用250mg万古霉素四天。在一些实施方案中，每日向受试者施用250mg万古霉素五天。
在一些实施方案中，在施用在本文中所描述的药用组合物中的任一种之前向受试者施用大约125mg万古霉素/天。在一些实施方案中，以单个剂量(例如，125mg)施用125mg万古霉素/天。在一些实施方案中，以多个剂量(例如，2、3、4、5或更多个)施用125mg万古霉素/天，其总计而言导致125mg万古霉素/天。在一些实施方案中，向受试者施用125mg万古霉素一天。在一些实施方案中，每日向受试者施用125mg万古霉素两天。在一些实施方案中，每日向受试者施用125mg万古霉素三天。在一些实施方案中，每日向受试者施用125mg万古霉素四天。在一些实施方案中，每日向受试者施用125mg万古霉素五天。
在一些实施方案中，本公开内容提供了这样的方法，其包括向受试者施用一种或多种抗生素，和随后向受试者施用所述细菌组合物中的任一种1次、2次、3次、4次、5次、6次、7次、8次、9次或至少10次或者更多次。在一些实施方案中，本公开内容提供了这样的方法，其包括向受试者施用一种或多种抗生素，和随后以有规律的间隔，例如每2周、每个月、每2个月、每3个月、每4个月、每5个月、每6个月或更久，以多个剂量向受试者施用在本文中所描述的细菌组合物中的任一种。在一些实施方案中，施用一个剂量的在本文中所描述的组合物中的任一种，并且次日(例如，连续的一天)施用第二个剂量的所述组合物。在一些实施方案中，施用一个剂量的在本文中所描述的组合物中的任一种，并且在连续的几天施用所述组合物的另外剂量中的每一个(例如，第1天第一个剂量，第2天第二个剂量，第3天第三个剂量，等等)。
在一个方面，本公开内容提供了这样的方法，其包括向受试者施用一种或多种抗生素，和随后以多个日剂量的所述药用组合物施用所述细菌组合物中的任一种。在一些实施方案中，在每日基础上施用所述药用组合物2天、3天、4天、5天、6天、7天、8天、9天、10天、11天、12天、13天、14天、15天、16天、17天、18天、19天、20天、21天、22天、23天、24天、25天、26天、27天、28天、29天、30天、1个月、2个月、3个月、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月、10个月、11个月、12个月或更久。
虽然并不希望被束缚于任何特别的机制，但是在一些实施方案中，施用在本文中所描述的药用组合物可以通过在受试者中诱导免疫应答(例如，调节T细胞，IgE抗体的抑制)来治疗或降低变态反应的发生率或严重度。在一些实施方案中，施用在本文中所描述的药用组合物可以通过修饰受试者的微生物组来治疗或降低变态反应的发生率或严重度。在一些实施方案中，施用在本文中所描述的药用组合物可以通过增加所述药用组合物的细菌菌株在受试者的微生物组中的存在或丰度来治疗或降低变态反应的发生率或严重度。在一些实施方案中，施用在本文中所描述的药用组合物可以通过增加在所述药用组合物中不存在的细菌菌株在受试者的微生物组中的存在或丰度来治疗或降低变态反应的发生率或严重度。如在在本文中所显示的，本公开内容的细菌组合物的施用与受试者的微生物组中的总体移动相关联。应当进一步意识到，施用在本文中所描述的药用组合物可以导致任何所描述的结果的组合。因此，例如，在受试者中食物变态反应得到治疗，因为在治疗后所述受试者的微生物组包括所施用的细菌组合物的菌株以及与健康的微生物组或在不具有食物变态反应的受试者中所发现的微生物组相关联的细菌菌株。
通常，施用多个剂量的在本文中所描述的药用组合物可以提供所述药用组合物的一种或多种细菌菌株的增强的移殖建群(移入)，相比于施用单个剂量的所述药用组合物而言。在一些实施方案中，施用多个剂量的在本文中所描述的药用组合物在变态反应的治疗中诱导或增强一种或多种有益的免疫应答，相比于施用单个剂量的所述药用组合物而言。在一些实施方案中，施用多个剂量的在本文中所描述的药用组合物提供了所述药用组合物的一种或多种细菌菌株的增加的丰度，相比于施用单个剂量的所述药用组合物而言。在一些实施方案中，施用多个剂量的在本文中所描述的药用组合物修饰了(例如，增加了或降低了)在所述药用组合物中不存在的一种或多种细菌菌株的丰度，相比于施用单个剂量的所述药用组合物而言。
在任何在本文中所描述的实施方案中，可以在变应原免疫疗法制度之前、之后或同时地向受试者施用所述药用组合物。变应原免疫疗法制度的例子包括口服免疫疗法(“OIT”)、舌下免疫疗法(“SLIT”，例如“变应原滴剂/片剂”)、皮下变应原施用(例如，变应原射击)和皮表面免疫疗法(例如，变应原贴剂)。通常，变应原免疫疗法制度牵涉以逐渐增加的剂量向受试者施用变应原(例如，食物变应原)以使所述受试者对于所述变应原脱敏。这样的免疫疗法也可以称为“耐受原性”或“致耐原性”疫苗。
在一些实施方案中，在本文中所描述的药用组合物与口服免疫疗法(包括施用诱导耐受原性免疫应答的耐受原性抗原)相组合地进行使用。可以在变应原免疫疗法制度中向受试者施用在本文中所描述的变应原(例如食物变应原)中的任一种。在一些实施方案中，所述变应原免疫疗法包括对于食物变态反应来说特异的变应原。在一些实施方案中，所述食物变应原为花生变应原、其他坚果变应原、乳变应原或蛋类变应原。口服或舌下免疫疗法的例子包括但不限于：Hello,
Figure BDA0002559610040000611
(Assured Bites,Inc.)；AR101(花生变应原，Aimmune Therapeutics)；AR201(蛋类变应原，Aimmune Therapeutics)；AR301(胡桃变应原，Aimmune Therapeutics)；SAR439794(Sanofi)。在一些实施方案中，在变应原免疫疗法制度之前、之后或同时地，不向受试者施用所述药用组合物。
在一些实施方案中，在本文中所提供的方法中，在按照任一种在本文中所提供的方法施用在本文中所提供的组合物中的任一种期间或之后，用变应原免疫疗法制度攻击受试者以评估受试者对于食物变态反应的易感性。
在一些实施方案中，可以与口服免疫疗法或舌下免疫疗法同时地向受试者施用在本文中所描述的药用组合物中的任一种。同时施用可以包括在特定的时间段内，优选地在1个月内，更优选地在1周内，更加优选地在1天内，和更为优选地在1小时内施用所述药用组合物和所述口服或舌下免疫疗法。在一些实施方案中，所述材料/试剂可以反复地同时施用；即不止一次地同时施用。
在一些实施方案中，可以与口服免疫疗法或舌下免疫疗法顺次地(例如，之前或之后)或同时地向受试者施用在本文中所描述的药用组合物中的任一种。
在一些实施方案中，在施用在本文中所描述的组合物中的任一种之前进行肠准备。
在一些实施方案中，在施用在本文中所描述的组合物中的任一种之后收集粪便样品以评估所述组合物的细菌菌株是否移入受试者的微生物组中。在一些实施方案中，在施用在本文中所描述的组合物中的任一种之后收集粪便样品以分析受试者的微生物组的组成。在一些实施方案中，在施用在本文中所描述的组合物中的任一种之后收集粪便样品以分析受试者的微生物组的组成并且评估所述组合物的细菌菌株是否移入受试者的微生物组中。
所述组合物(包括在本文中所公开的药用组合物)包括包含所选择的细菌菌株的组合物。在所述组合物(包括药用组合物)中的细菌的量(包括每一种所述细菌菌株的细菌的量)可以表示为重量、细菌数目和/或CFU(菌落形成单位)。在一些实施方案中，所述组合物(包括药用组合物)包含大约10、大约102、大约103、大约104、大约105、大约106、大约107、大约108、大约109、大约1010、大约1011、大约1012、大约1013或更多个每一种所述细菌菌株/用药剂量。在一些实施方案中，所述组合物(包括药用组合物)包含大约10、大约102、大约103、大约104、大约105、大约106、大约107、大约108、大约109、大约1010、大约1011、大约1012、大约1013或更多个总细菌/用药剂量。应当进一步理意识到，每一种所述细菌菌株的细菌可以以不同的量存在。因此，例如，作为非限制性的例子，组合物可以包含103个细菌A、104个细菌B和106个细菌C。在一些实施方案中，所述组合物(包括药用组合物)包含大约10、大约102、大约103、大约104、大约105、大约106、大约107、大约108、大约109、大约1010、大约1011、大约1012、大约1013或更多CFU的每一种所述细菌菌株/用药剂量。在一些实施方案中，所述组合物(包括药用组合物)包含对于所有所组合的细菌菌株的总共大约101、大约102、大约103、大约104、大约105、大约106、大约107、大约108、大约109、大约1010、大约1011、大约1012、大约1013或更多CFU/用药剂量。如上面所讨论的，每一种所述细菌菌株的细菌可以以不同的量存在。在一些实施方案中，所述组合物(包括药用组合物)包含大约10-7、大约10-6、大约10-5、大约10-4、大约10-3、大约10-2、大约10-1或更多克的每一种在所述组合物中的细菌菌株的细菌/用药剂量。在一些实施方案中，所述组合物(包括药用组合物)包含对于所有所组合的菌株细菌的总共大约10-7、大约10-6、大约10-5、大约10-4、大约10-3、大约10-2、大约10-1或更多克的细菌/用药剂量。在一些实施方案中，所述用药剂量为一个施用装置(例如，一个片剂、丸剂或胶囊)。在一些实施方案中，所述用药剂量为在特定时期(例如，一天或一周)内所施用的量。
在一些实施方案中，所述组合物(包括药用组合物)包含10至1013、102至1013、103至1013、104至1013、105至1013、106至1013、107至1013、108至1013、109至1013、1010至1013、1011至1013、1012至1013、10至1012、102至1012、103至1012、104至1012、105至1012、106至1012、107至1012、108至1012、109至1012、1010至1012、1011至1012、10至1011、102至1011、103至1013、104至1013、105至1013、106至1013、107至1011、108至1011、109至1011、1010至1011、10至1010、102至1010、103至1010、104至1010、105至1010、106至1010、107至1010、108至1010、109至1010、10至109、102至109、103至109、104至109、105至109、106至109、107至109、108至109、10至108、102至108、103至108、104至108、105至108、106至108、107至108、10至107、102至107、103至107、104至107、105至107、106至107、10至106、102至106、103至106、104至106、105至106、10至105、102至105、103至105、104至105、10至104、102至104、103至104、10至103、102至103或10至102个每一种所述细菌菌株/用药剂量。在一些实施方案中，所述组合物(包括药用组合物)包含10至1013、102至1013、103至1013、104至1013、105至1013、106至1013、107至1013、108至1013、109至1013、1010至1013、1011至1013、1012至1013、10至1012、102至1012、103至1012、104至1012、105至1012、106至1012、107至1012、108至1012、109至1012、1010至1012、1011至1012、10至1011、102至1011、103至1013、104至1013、105至1013、106至1013、107至1011、108至1011、109至1011、1010至1011、10至1010、102至1010、103至1010、104至1010、105至1010、106至1010、107至1010、108至1010、109至1010、10至109、102至109、103至109、104至109、105至109、106至109、107至109、108至109、10至108、102至108、103至108、104至108、105至108、106至108、107至108、10至107、102至107、103至107、104至107、105至107、106至107、10至106、102至106、103至106、104至106、105至106、10至105、102至105、103至105、104至105、10至104、102至104、103至104、10至103、102至103或10至102个总细菌/用药剂量。
在一些实施方案中，所述组合物(包括药用组合物)包含10至1013、102至1013、103至1013、104至1013、105至1013、106至1013、107至1013、108至1013、109至1013、1010至1013、1011至1013、1012至1013、10至1012、102至1012、103至1012、104至1012、105至1012、106至1012、107至1012、108至1012、109至1012、1010至1012、1011至1012、10至1011、102至1011、103至1013、104至1013、105至1013、106至1013、107至1011、108至1011、109至1011、1010至1011、10至1010、102至1010、103至1010、104至1010、105至1010、106至1010、107至1010、108至1010、109至1010、10至109、102至109、103至109、104至109、105至109、106至109、107至109、108至109、10至108、102至108、103至108、104至108、105至108、106至108、107至108、10至107、102至107、103至107、104至107、105至107、106至107、10至106、102至106、103至106、104至106、105至106、10至105、102至105、103至105、104至105、10至104、102至104、103至104、10至103、102至103或10至102CFU的每一种所述细菌菌株/用药剂量。在一些实施方案中，所述组合物(包括药用组合物)包含10至1013、102至1013、103至1013、104至1013、105至1013、106至1013、107至1013、108至1013、109至1013、1010至1013、1011至1013、1012至1013、10至1012、102至1012、103至1012、104至1012、105至1012、106至1012、107至1012、108至1012、109至1012、1010至1012、1011至1012、10至1011、102至1011、103至1013、104至1013、105至1013、106至1013、107至1011、108至1011、109至1011、1010至1011、10至1010、102至1010、103至1010、104至1010、105至1010、106至1010、107至1010、108至1010、109至1010、10至109、102至109、103至109、104至109、105至109、106至109、107至109、108至109、10至108、102至108、103至108、104至108、105至108、106至108、107至108、10至107、102至107、103至107、104至107、105至107、106至107、10至106、102至106、103至106、104至106、105至106、10至105、102至105、103至105、104至105、10至104、102至104、103至104、10至103、102至103或10至102总CFU/用药剂量。
在一些实施方案中，所述组合物(包括药用组合物)包含10-7至10-1、10-6至10-1、10-5至10-1、10-4至10-1、10-3至10-1、10-2至10-1、10-7至10-2、10-6至10-2、10-5至10-2、10-4至10-2、10-3至10-2、10-7至10-3、10-6至10-3、10-5至10-3、10-4至10-3、10-7至10-4、10-6至10-4、10-5至10-4、10-7至10-5、10-6至10-5或10-7至10-6克的每一种在所述组合物中的细菌菌株的细菌/用药剂量。在一些实施方案中，在本文中所公开的组合物(包括药用组合物)包含10-7至10-1、10-6至10-1、10-5至10-1、10-4至10-1、10-3至10-1、10-2至10-1、10-7至10-2、10-6至10-2、10-5至10-2、10-4至10-2、10-3至10-2、10-7至10-3、10-6至10-3、10-5至10-3、10-4至10-3、10-7至10-4、10-6至10-4、10-5至10-4、10-7至10-5、10-6至10-5或10-7至10-6克的所有所组合的细菌(总的)/用药剂量。
本公开内容的方面还提供了包含在本文中所提供的组合物中的任一种和营养素的食品。包含在本文中所描述的细菌菌株中的任一种和营养素的食品也在本公开内容的范围之内。通常，食品意在用于人或动物的消耗。在本文中所描述的组合物中的任一种可以被配制为食品。在一些实施方案中，将所述细菌菌株以芽孢形式配制为食品。在一些实施方案中，将所述细菌菌株以营养形式配制为食品。在一些实施方案中，所述食品包含营养性的细菌和以芽孢形式的细菌两者。在本文中所公开的组合物可以用在食物或饮料中，例如保健食物或饮料，用于婴儿的食物或饮料，用于孕妇、运动员、老年人或其他特定群体的食物或饮料，功能性食物、饮料，用于特定健康用途的食物或饮料，膳食补充物，用于患者的食物或饮料，或者动物饲料。
食物和饮料的非限制性例子包括各种饮料例如果汁、清凉饮料、茶饮料、饮用制备物、胶冻饮料和功能性饮料；酒精饮料例如啤酒；含碳水化合物的食物例如大米食品、面条、面包和意大利面食；糊状产品例如鱼火腿、香肠、海鲜糊状产品；蒸煮袋产品例如咖喱粉、用浓淀粉酱料调味的食物、汤；乳制品例如奶、乳制饮料、冰淇淋、干酪和酸乳酪；发酵产品例如发酵大豆酱、酸乳酪、发酵饮料和腌菜；豆制品；各种甜食例如西方甜食(包括小圆饼、曲奇等)、日本甜食(包括蒸豆果酱面包、软赤豆胶冻等)、糖果、口香糖、软糖、冷甜点(包括果冻、奶油焦糖和冷冻甜点)；速熟食物例如速熟汤和速熟大豆汤；微波食物；等等。此外，例子还包括以粉末、颗粒、片剂、胶囊、液体、糊状物和胶冻的形式制备的保健食物和饮料。
包含在本文中所描述的细菌菌株的食品可以通过使用本领域中已知的方法来生产，并且可以包含与在本文中所提供的药用组合物相同的量的细菌(例如，以重量、数量或CFU)。在所述食品中细菌的合适量的选择可以取决于各种因素，包括例如所述食品的份餐量、所述食品的消耗频率、在所述食品中所包含的特定细菌菌株、在所述食品中的水量和/或关于在所述食品中的细菌存活的另外条件。
可以被配制成包含在本文中所描述的细菌菌株中的任一种的食品的例子包括，但不限于，饮料、酒类、棒状食品、小吃、乳制品、甜食、谷物制品、即食产品、营养配制品例如营养补充制剂、食物或饮料添加剂。
本发明在其应用方面并不局限于在下面的描述中所陈述的或者在附图中所图解说明的构建细节和组分安排。本发明能够包括其他实施方案，并且能够以各种方式进行实践或实施。此外，在本文中所使用的措辞或术语是为了描述的目的，并不应当被认为是限制性的。在本文中“包括”、“包含”或者“具有”、“含有”、“牵涉”及其变化形式的使用意在包括其后列出的项目及其等价物以及另外的项目。
除非在本文中另外定义，与本公开内容相关使用的科学和技术术语应当具有本领域普通技术人员通常理解的含义。此外，除非上下文另外要求，单数术语应当包括复数并且复数术语应当包括单数。本公开内容的方法和技术通常按照本领域中熟知的常规方法来施行。通常，在本文中所描述的与生物化学、酶学、分子和细胞生物学、微生物学、病毒学、细胞或组织培养、遗传学以及蛋白质和核酸化学相关使用的名称以及这些学科的技术是本领域中熟知且通常使用的那些。本公开内容的方法和技术通常按照本领域中熟知的和在整个本说明书中引用和讨论的各种一般和更特别的参考资料中所描述的常规方法来施行，除非另外指出。
SEQ ID NO:1 菌株1 16S核糖体RNA 博尔特氏梭菌
ATGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCGAACGAAGCAATTAAAATGAAGTTTTCGGATGGATTTTTGATTGACTGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGATAACCTGCCTCACACTGGGGGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGTACCGCATGGTACGGTGTGAAAAACTCCGGTGGTGTGAGATGGATCCGCGTCTGATTAGCCAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAAGCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGAAAGCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGTGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCGAAGCAAGTCTGAAGTGAAAACCCAGGGCTCAACCCTGGGACTGCTTTGGAAACTGTTTTGCTAGAGTGTCGGAGAGGTAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGATAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATGCTAGGTGTTGGGGGGCAAAGCCCTTCGGTGCCGTCGCAAACGCAGTAAGCATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGTCTTGACATCCTCTTGACCGGCGTGTAACGGCGCCTTCCCTTCGGGGCAAGAGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTAGTAGCCAGCAGGTAAAGCTGGGCACTCTAGGGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCAAGACAGTGATGTGGAGCAAATCCCAAAAATAACGTCCCAGTTCGGACTGTAGTCTGCAACCCGACTACACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGCAACGCCCGAAGTCAGTGACCCAACTCGCAAGAGAGGGAGCTGCCGAAGGCGGGGCAGGTAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
SEQ ID NO:2 菌株2 16S核糖体RNA 人结肠无空气柱状菌
TCAAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGCGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGAGCTTACGTTTTGAAGTTTTCGGATGGATGAATGTAAGCTTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGAGCAACCTGCCTTTCAGAGGGGGATAACAGCCGGAAACGGCTGCTAATACCGCATGATGTTGCGGGGGCACATGCCCCTGCAACCAAAGGAGCAATCCGCTGAAAGATGGGCTCGCGTCCGATTAGCCAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAAGCGACGATCGGTAGCCGGACTGAGAGGTTGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGGATATTGCACAATGGGCGAAAGCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGGGAAGACGGTCTTCGGATTGTAAACCTCTGTCTTTGGGGAAGAAAATGACGGTACCCAAAGAGGAAGCTCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGAGCAAGCGTTGTCCGGAATTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGGCGGGATGGCAAGTAGAATGTTAAATCCATCGGCTCAACCGGTGGCTGCGTTCTAAACTGCCGTTCTTGAGTGAAGTAGAGGCAGGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCCTGCTGGGCTTTAACTGACGCTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGATTACTAGGTGTGGGGGGACTGACCCCTTCCGTGCCGCAGTTAACACAATAAGTAATCCACCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCAGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCGGATGCATAGCCTAGAGATAGGTGAAGCCCTTCGGGGCATCCAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATTATTAGTTGCTACGCAAGAGCACTCTAATGAGACTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTACTACAATGGCACTAAAACAGAGGGCGGCGACACCGCGAGGTGAAGCGAATCCCGAAAAAGTGTCTCAGTTCAGATTGCAGGCTGCAACCCGCCTGCATGAAGTCGGAATTGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCGGTAACACCCGAAGCCAGTAGCCTAACCGCAAGGGGGGCGCTGTCGAAGGTGGGATTGATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
SEQ ID NO:3 菌株3 16S核糖体RNA 扭链瘤胃球菌
TACGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGAAGCGCTGTTTTCAGAATCTTCGGAGGAAGAGGACAGTGACTGAGCGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGCAACCTGCCTCATACAGGGGGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGGACCGCATGGTGTAGTGTGAAAAACTCCGGTGGTATGAGATGGACCCGCGTCTGATTAGGTAGTTGGTGGGGTAAAGGCCTACCAAGCCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAACTTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGAGTAAGAAGCACCGGCTAAATACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTATGGTGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGATAGGCAAGTCTGGAGTGAAAACCCAGGGCTCAACCCTGGGACTGCTTTGGAAACTGCAGATCTGGAGTGCCGGAGAGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGGTGACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGACTACTAGGTGTCGGTGTGCAAAGCACATCGGTGCCGCAGCAAACGCAATAAGTAGTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCGGATGACGGGCGAGTAATGTCGCCGTCCCTTCGGGGCGTCCGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTCAGTAGCCAGCATATAAGGTGGGCACTCTGGAGAGACTGCCAGGGAGAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGGCCAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCGAGAGGGTGACCTGGAGCGAATCCCAAAAATAACGTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGCCAGTGACCCAACCTTAGAGGAGGGAGCTGTCGAAGGCGGGACGGATAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
SEQ ID NO:4 菌株4 16S核糖体RNA 共生梭菌
ATGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCGAACGAAGCGATTTAACGGAAGTTTTCGGATGGAAGTTGAATTGACTGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTTGTACTGGGGGACAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGTATCGCATGATACAGTGTGAAAAACTCCGGTGGTACAAGATGGACCCGCGTCTGATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGAAAGCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGTGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGTAAAGCAAGTCTGAAGTGAAAGCCCGCGGCTCAACTGCGGGACTGCTTTGGAAACTGTTTAACTGGAGTGTCGGAGAGGTAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTACTGGACGATAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTTGGGGAGCAAAGCTCTTCGGTGCCGTCGCAAACGCAGTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCGATCCGACGGGGGAGTAACGTCCCCTTCCCTTCGGGGCGGAGAAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATTCTAAGTAGCCAGCGGTTCGGCCGGGAACTCTTGGGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGAGAAGCAAGACCGCGAGGTGGAGCAAATCTCAAAAATAACGTCTCAGTTCGGACTGCAGGCTGCAACTCGCCTGCACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGTCAGTGACCCAACCGCAAGGAGGGAGCTGCCGAAGGCGGGACCGATAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
SEQ ID NO:5 菌株5 16S核糖体RNA 产生布劳特氏菌
ATCAGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGAAGCACTTAAGTGGATCTCTTCGGATTGAAGCTTATTTGACTGAGCGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTCATACAGGGGGATAACAGTTAGAAATGGCTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGGACCGCATGGTCTGGTGTGAAAAACTCCGGTGGTATGAGATGGACCCGCGTCTGATTAGCTAGTTGGAGGGGTAACGGCCCACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGGCCTGAGAGGGTGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGAAGAAGTATCTCGGTATGTAAACTTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGAAGAGCAAGTCTGATGTGAAAGGCTGGGGCTTAACCCCAGGACTGCATTGGAAACTGTTTTTCTAGAGTGCCGGAGAGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTCGGGTGGCAAAGCCATTCGGTGCCGCAGCAAACGCAATAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGTCTTGACATCCCTCTGACCGGCCCGTAACGGGGCCTTCCCTTCGGGGCAGAGGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATCCTTAGTAGCCAGCAGGTGAAGCTGGGCACTCTAGGGAGACTGCCGGGGATAACCCGGAGGAAGGCGGGGACGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCGAGACAGCGATGTTGAGCAAATCCCAAAAATAACGTCCCAGTTCGGACTGCAGTCTGCAACTCGACTGCACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGTCAGTGACCCAACCTTACAGGAGGGAGCTGCCGAAGGCGGGACCGATAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
SEQ ID NO:6 菌株6 16S核糖体RNA 长链多雷氏菌
AACGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGAAGCACTTAAGTTTGATTCTTCGGATGAAGACTTTTGTGACTGAGCGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTCATACAGGGGGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGACCACGGTACCGCATGGTACAGTGGTAAAAACTCCGGTGGTATGAGATGGACCCGCGTCTGATTAGGTAGTTGGTGGGGTAACGGCCTACCAAGCCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGAGGAAACTCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGATGAAGTATTTCGGTATGTAAACTTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCACGGCAAGCCAGATGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCCCGGGACTGCATTTGGAACTGCTGAGCTAGAGTGTCGGAGAGGCAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTGCTGGACGATGACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGACTGCTAGGTGTCGGGTGGCAAAGCCATTCGGTGCCGCAGCTAACGCAATAAGCAGTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCTGATCTTGACATCCCGATGACCGCTTCGTAATGGAAGCTTTTCTTCGGAACATCGGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATCTTCAGTAGCCAGCAGGTTAAGCTGGGCACTCTGGAGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGAGAAGCGAACTCGCGAGGGTAAGCAAATCTCAAAAATAACGTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCAGATCAGAATGCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGTCAGTGACCCAACCGTAAGGAGGGAGCTGCCGAAGGTGGGACCGATAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
SEQ ID NO:7 菌株7 16S核糖体RNA 丹毒丝菌科细菌
ATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCATGCCTAATACATGCAAGTCGAACGAAGTTTCGAGGAAGCTTGCTTCCAAAGAGACTTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTAGGTAACCTGCCCATGTGTCCGGGATAACTGCTGGAAACGGTAGCTAAAACCGGATAGGTATACAGAGCGCATGCTCAGTATATTAAAGCGCCCATCAAGGCGTGAACATGGATGGACCTGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCCCACCAAGGCGATGATGCGTAGCCGGCCTGAGAGGGTAAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATTTTCGTCAATGGGGGAAACCCTGAACGAGCAATGCCGCGTGAGTGAAGAAGGTCTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTAAGTGAAGAACGGCTCATAGAGGAAATGCTATGGGAGTGACGGTAGCTTACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATCATTGGGCGTAAAGGGTGCGTAGGTGGCGTACTAAGTCTGTAGTAAAAGGCAATGGCTCAACCATTGTAAGCTATGGAAACTGGTATGCTGGAGTGCAGAAGAGGGCGATGGAATTCCATGTGTAGCGGTAAAATGCGTAGATATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGTCGCCTGGTCTGTAACTGACACTGAGGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAATAGGATTAGATACCCTAGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGAACTAAGTGTTGGAGGAATTCAGTGCTGCAGTTAACGCAATAAGTTCTCCGCCTGGGGAGTATGCACGCAAGTGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGCCTTGACATGGAAACAAATACCCTAGAGATAGGGGGATAATTATGGATCACACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGTCGCATGTTACCAGCATCAAGTTGGGGACTCATGCGAGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGGCCTGGGCTACACACGTACTACAATGGCGGCCACAAAGAGCAGCGACACAGTGATGTGAAGCGAATCTCATAAAGGTCGTCTCAGTTCGGATTGAAGTCTGCAACTCGACTTCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCAGATCAGCATGCTGCGGTGAATACGTTCTCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAACCATGGGAGTCAGTAATACCCGAAGCCGGTGGCATAACCGTAAGGAGTGAGCCGTCGAAGGTAGGACCGATGACTGGGGTTAAGTCGTAACAAGGTATCCCTACGGGAACGTGGGGATGGATCACCTCCTTT
SEQ ID NO:8 菌株8 16S核糖体RNA 欺骗性小粒菌属物种
TATTGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAACGGGGTGCTCATGACGGAGGATTCGTCCAACGGATTGAGTTACCTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGAGGAACCTGCCTTGGAGAGGGGAATAACACTCCGAAAGGAGTGCTAATACCGCATGATGCAGTTGGGTCGCATGGCTCTGACTGCCAAAGATTTATCGCTCTGAGATGGCCTCGCGTCTGATTAGCTAGTAGGCGGGGTAACGGCCCACCTAGGCGACGATCAGTAGCCGGACTGAGAGGTTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGGCAATGGGCGCAAGCCTGACCCAGCAACGCCGCGTGAAGGAAGAAGGCTTTCGGGTTGTAAACTTCTTTTGTCGGGGACGAAACAAATGACGGTACCCGACGAATAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGCGTGTAGGCGGGATTGCAAGTCAGATGTGAAAACTGGGGGCTCAACCTCCAGCCTGCATTTGAAACTGTAGTTCTTGAGTGCTGGAGAGGCAATCGGAATTCCGTGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATACGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGATTGCTGGACAGTAACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGGATACTAGGTGTGGGGGGTCTGACCCCCTCCGTGCCGCAGTTAACACAATAAGTATCCCACCTGGGGAGTACGATCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGGCTTGACATCCCACTAACGAAGCAGAGATGCATTAGGTGCCCTTCGGGGAAAGTGGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATTGTTAGTTGCTACGCAAGAGCACTCTAGCGAGACTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGTCCTGGGCCACACACGTACTACAATGGTGGTTAACAGAGGGAGGCAATACCGCGAGGTGGAGCAAATCCCTAAAAGCCATCCCAGTTCGGATTGCAGGCTGAAACCCGCCTGTATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGAGAGTCGGGAACACCCGAAGTCCGTAGCCTAACCGCAAGGAGGGCGCGGCCGAAGGTGGGTTCGATAATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
SEQ ID NO:9 菌株9 VE202-4；哈思韦氏梭菌
GATGAACGCTGGCGGCGGTGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGAAGCGGTTTCGAGTGAAGTTTTGGATGGAATTGAAATTGACTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTTACACTGGGGGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGGGCCGCATGGTCTGGTGCGAAAAACTCCGGTGGTGTAAGATGGACCCGCGTCTGATTAGGTAGTTGGTGGGGTAACGGCCCACCAAGCCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAA
SEQ ID NO:10 菌株10 VE202-9；吲哚梭菌/粪无空气柄状菌
GATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAACGAAGCATTTTGGAAGGAAGTTTTCGGATGGAATTCCTTAATGACTGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGGAACCTGCCCTATACAGGGGGATAACAGCTGGAAACGGCTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGAATCGCATGATTCGGTGTGAAAAGCTCCGGCAGTATAGGATGGTCCCGCGTCTGATTAGCTGGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGGCTTGAGAGAGTGGACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCA
SEQ ID NO:11 菌株11 VE202-27；毛螺菌科细菌
GATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGAGTTATGCAGAGGAAGTTTTCGGATGGAATCGGCGTAACTTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGAAACCTGCCCTGTACCGGGGGATAACACTTAGAAATAGGTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGCTTCACATGAAGCAGTGTGAAAAACTCCGGTGGTACAGGATGGTCCCGCGTCTGATTAGCCAGTTGGCAGGGTAACGGCCTACCAAAGCGACGATCAGTAGCCGGCCTGAGAGGGTGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCA
SEQ ID NO:12 菌株12 VE202-28；梭菌属物种
GATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCGAACGAAGCATCCCATAGGAAGTTTTCGGATGGAATATGGGATGACTGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGATAACCTGCCTCACACTGGGGGATAACAGTTAGAAATGGCTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGTACCGCATGGTACGGTGTGAAAAACCCAGGTGGTGTGAGATGGATCCGCGTCTGATTAGCCAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAAGCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGGACTGAGACACGGCCCA
SEQ ID NO:13 菌株13 VE202-29；毛螺菌科细菌
GATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCGAACGAAGTTAGACAGAGGAAGTTTTCGGATGGAATCGGTATAACTTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGAAACCTGCCCTGTACCGGGGGATAACACTTAGAAATAGGTGCTAATACCGCATAAGCGCACGGAACCGCATGGGTTCTGTGTGAAAACTCCGGTGGTACAGGATGGTCCCGCGTCTGATTAGCCAGTTGGCAGGGTAACGGCCTACCAAAGCGACGATCAGTAGCCGGCCTGAGAGGGTGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAA
通过下面的实施例来进一步举例说明本发明，所述实施例决不应当被理解为进一步的限制。在整个本申请中所引用的所有参考资料(包括文献参考资料、公布的专利、公开的专利申请和共同未决的专利申请)的整个内容通过提及而明确地合并入本文，特别是对于在本文上面所提及的教导。但是，任何参考资料的引用并不旨在承认所述参考资料是现有技术。
实施例
实施例1：组合物B诱导调节T细胞(Tregs)
使组合物B的细菌菌株中的每一种生长至对数期，合并至～108cfu/小鼠的总剂量。无菌小鼠通过经口管饲法用组合物B或阴性对照进行接种，并且在移殖建群四周后处死。通过标准程序从个体小鼠的结肠组织中分离出固有层白细胞，并且通过流式细胞术来进行评估。将调节T细胞含量评价为在CD4+ T细胞中Foxp3-阳性细胞的百分比。
如在图1中所显示的，用组合物B进行接种的小鼠被发现具有相比于用对照进行接种的小鼠而言显著更多的调节T细胞。
实施例2：组合物B抑制IgE抗体产生
如在实施例1中所描述的，无菌小鼠用受试聚生体进行接种。在处死小鼠之时将全血收集到血清管中，并且进行冷冻直至进行进一步分析。随后将血清解冻，进行1:25稀释，并且通过使用标准ELISA方法来测量血清中的总IgE。
如在图2中所显示的，对照无菌(GF)小鼠具有相比于具有正常共生微生物区系的无特定病原(SPF)小鼠而言升高的血清IgE水平。用组合物B的移殖建群降低了血清IgE水平，这表明所述组合物抑制了在经接种的无菌小鼠中的Th2-型炎症应答。
实施例3：组合物B、C和D诱导调节T细胞并且抑制IgE抗体产生
选择来自组合物B的所选择的细菌菌株去形成组合物C和D，如在表2和3中所显示的。使所述细菌菌株中的每一种生长，合并入所指示的组合，并且用于通过经口管饲法来对无菌小鼠进行接种。处死小鼠，并且分离出固有层白细胞并进行评估，如实施例1中那样。在处死之时将全血收集到血清管中，并且进行冷冻直至进行进一步分析。
表2：组合物C
菌株编号 细菌菌株
1 博尔特氏梭菌
2 人结肠无空气柱状菌
3 肠道粪便单胞菌
4 共生梭菌
5 产生布劳特氏菌
7 丹毒丝菌科细菌
8 欺骗性小粒菌属物种
表3：组合物D
菌株编号 细菌菌株
1 博尔特氏梭菌
2 人结肠无空气柱状菌
3 肠道粪便单胞菌
4 共生梭菌
5 产生布劳特氏菌
6 长链多雷氏菌
8 欺骗性小粒菌属物种
将调节T细胞含量评价为在CD4+ T细胞中Foxp3-阳性细胞的百分比。如在图3中所显示的，组合物B、C和D被发现具有相比于用对照进行接种的小鼠而言更多的调节T细胞。
随后将血清样品解冻，进行稀释，并且通过使用标准ELISA方法来测量血清中的总IgE。如在图4中所显示的，对照无菌(GF)小鼠具有相比于具有正常共生微生物区系的无特定病原(SPF)小鼠而言升高的血清IgE水平。用组合物B、C和D中的每一种的移移殖建群降低了血清IgE水平，这表明所述组合物抑制了在经接种的无菌小鼠中的Th2-型炎症应答。
实施例3：将调节T细胞诱导和丁酸盐产生解耦联
已经提出了调节T细胞的诱导和丁酸盐的产生这两者的机制，通过所述机制免疫调节性梭菌可以抑制炎症(参见例如，Atarashi等人(2013)；Stefka等人(2014))。为了将这些潜在的机制解耦联，鉴定出这样的细菌聚生体，其：(1)主要是具有很小的Treg诱导活性的丁酸盐产生者；或(2)是不具有丁酸盐产生的高Treg诱导者。然后，就其在针对实验性食物变态反应的保护作用中的功效来评价这些聚生体。
调节T细胞(Tregs)的诱导
如通过数学建模所预测的，将得分给予关于细菌菌株的Treg诱导(TrIS)的量。选择被预测诱导高、中和低水平的Tregs的细菌聚生体用于实验验证。
简而言之，以>＝108CFU/小鼠的剂量用细菌组合物经口管饲无菌C57BL/6小鼠(5-6周龄)一次。监测移殖建群4周。在第4周，处死小鼠，并且从结肠中分离出固有层白细胞。在称为LBP1和LBP2的例示细菌组合物中的细菌菌株分别呈现在表4和5中。
表4：LBP1
菌株编号 细菌菌株
10 VE202-9；吲哚梭菌/粪无空气柄状菌
4 VE202-16；共生梭菌
11 VE202-27；毛螺菌科细菌
13 VE202-29；毛螺菌科细菌
表5：LBP2
菌株编号 细菌菌株
9 VE202-4；哈思韦氏梭菌
1 VE202-7；博尔特氏梭菌
3 VE202-14；肠道粪便单胞菌
12 VE202-28；梭菌属物种
如在图5中所显示的，作为Foxp3-阳性CD4+ T细胞来定量Tregs。如所预测的，LBP2的施用导致较高水平的Treg诱导，而LBP1的施用导致较低水平的Treg诱导。
短链脂肪酸产生
如在Narushima等人,Gut Microbes(2014)5(3):333-339中所描述的那样，评估通过所述细菌组合物的短链脂肪酸(SCFA)产生。简而言之，使独个菌株生长至O.D.>0.3，收获上清液，并且对于每种菌株测定菌落形成单位(CFU)计数。将上清液送去进行7种短链脂肪酸的靶向代谢物组特性谱分析，并且将结果标准化至CFU。图6A和6B显示了所预测的由LBP1和LBP2产生的丁酸盐和乙酸盐的水平，基于通过所述组合物的独个菌株的丁酸盐产生。LBP1被预测产生高水平的丁酸盐和低水平的乙酸盐，而LBP2被预测产生低水平的丁酸盐和高水平的乙酸盐。
还在来自用LBP1或LBP2进行接种的小鼠的粪便样品中在体内评估了SCFA的产生。在移殖建群后第3、7、14和28天收集粪便样品。如所预测的，用LBP1进行的接种导致在粪便样品中的较高水平的丁酸盐和较低水平的乙酸盐；而用LBP2进行的接种导致较低水平的丁酸盐和较高水平的乙酸盐(图6C和6D)。
食物变态反应模型
如例如在Mathias等人,JACI(2011)127(3):795-805中所描述的那样，在食物变态反应的小鼠模型中评价所述细菌组合物。简而言之，在Balb/c背景上的IL4raF709小鼠具有高应答性IL4R信号传导并且可以用作关于食物变态反应的模型。这些小鼠在遗传上易感于响应于食物变应原致敏的过敏反应。如在图7中所显示的，用抗生素预治疗小鼠以产生用于移入的小生境，随后为用OVA(卵清蛋白)+SEB(葡萄球菌肠毒素B)进行8周致敏和用所述细菌组合物进行接种。然后用OVA攻击小鼠并且进行评价。
为了在食物变态反应模型中评估免疫应答，在4周中间时间点给小鼠放血，并且测量总血清IgE。用OVA进行的攻击在IL4raF709小鼠中诱导过敏反应和急性变态反应，其通过项目来进行测量：升高的血清总IgE，升高的血清OVA-特异性IgE，升高的血清mMCP-1(关于肥大细胞脱颗粒的信号)，在MLN和小肠中的增加的Th2细胞(对于IL4和其他细胞因子/转录因子的染色)，增加的Th2-样调节T细胞(对于IL4和其他细胞因子/转录因子的染色(参见Noval-Rivas等人,2015))，和肥大细胞浸润入肠中(如通过组织学和细胞分离所测量的)。
LBP1和LBP2被发现在食物变态反应的小鼠模型中具有保护效应，其不特异性地依赖于丁酸盐产生。用LBP1或LBP2进行的接种导致降低的总IgE和OVA-特异性IgE的水平(图8A和8B)。另外，施用了LBP1或LBP2的小鼠没有经历在未接受所述细菌组合物的小鼠中所观察到的温度下降(图8C)。图8D显示了来自小鼠的组织样品的代表性显微照片。
用LBP1或LBP2进行接种的小鼠还被发现具有降低的变态反应相关性T细胞应答。特别地，产生IL-4的Th2细胞在施用了LBP1或LBP2的小鼠的小肠中减少了，但是总CD4+ T细胞群体没有实质性变化(图9A和9B)。在用LBP1或LBP2进行接种的小鼠中，Th2-表型调节T细胞(包括Foxp3+IL4+细胞和GATA3+(GATA3-bright)细胞)也减少了(图9C和9D)。
还作为针对食物变态反应的保护作用的量度而评价了肥大细胞和IgE应答。如在图10A-10D中所显示的，用LBP1或LBP2进行接种的小鼠被发现具有降低的mMCP-1的水平、减少的肥大细胞的数目以及减少的肥大细胞和B细胞IgE。总之，LBP1和LBP2被发现诱导针对食物变态反应的保护作用，其中具有变态反应相关性T细胞和粒细胞应答的降低。
在第二个实验中，评价了用抗生素进行的预治疗是否对于产生有助于来自LBP1和LBP2的物种的移入的小生境并允许它们调节变应性应答来说是必需的。该实验如上面所描述的那样来进行，除了不进行抗生素预治疗(参见图32)。在细菌给药开始后5周时给小鼠放血，并且如在图33A和33B中所显示的，LBP1和LBP2都降低了变应原致敏的比率，如通过减少的在血清中的总IgE和OVA-特异性IgE所测量的。当在8周的致敏和细菌治疗后测量过敏反应应答时，LBP1和LBP2治疗不足以保护对抗实验性过敏反应，如通过温度下降所测量的(图34A和34B)。但是，变态反应相关性T细胞应答的测量暗示，用LBP1和LBP2进行的治疗具有一些免疫调节效应，其中在MLN和小肠中Th2-表型调节T细胞减少(图35A，Foxp3+IL4+细胞)，和在脾、MLN和小肠中Th2细胞减少(图35B，Foxp3-IL4+细胞)。
另外的细菌组合物的评价
基于使用LBP1和LBP2所观察到的结果，还就SCFA产生、Treg诱导和针对食物变态反应的保护作用评价了组合物B、C和D。
如上面所描述的，就在体外丁酸盐和乙酸盐的产生评估了来自组合物B、C和D的细菌菌株。基于独个菌株的产生，预测了关于每种组合物的丁酸盐和乙酸盐的产生水平。组合物B、C和D被预测具有与LBP1相似的丁酸盐产生水平(图11A和11B)。这对于组合物B和组合物C在体内得到了确证(图11C和11D)。组合物B、C和D被预测具有比LBP2更高的丁酸盐产生水平(图12A和12B)。这对于组合物B和组合物C在体内得到了确证(图12C和12D)。
用所述细菌组合物对无菌小鼠进行接种导致了相似的Treg诱导水平(图13)。发现IgE水平降低至在用所述组合物进行接种的无菌小鼠中的相似的程度(图14)。
在食物变态反应的小鼠模型中进一步评价了组合物B和C。用组合物C进行接种的小鼠没有经历在未接受所述细菌组合物的小鼠中所观察到的温度下降，这暗示接受了组合物C的小鼠受到保护而免于在变应原攻击后的过敏反应(图15A、17A和17B)。确证这一点，如在图15B、17C和27A中所显示的，用组合物C进行接种的小鼠还被发现具有相比于未接受细菌的小鼠而言降低的mMCP-1的水平。在一个实验中，如在图16A-D中所显示的，用组合物C进行的治疗导致增加的在肠系膜淋巴结、脾和小肠中的总Tregs(CD4+Foxp3+)的数目，和减少的在小肠中的变态反应相关性IL4-阳性Th2效应细胞(Foxp3-IL4+)、Th2-样GATA3+Tregs(Foxp3+GATA3+)和Th2GATA3+ T效应细胞(Foxp3-GATA3+)的数目。在另一个实验中，用组合物C进行治疗的小鼠展示出在脾中Th2-样Tregs(Foxp3+GATA3+)和Th2效应细胞(Foxp3-GATA3+)的减少(图18A、18B)。在另一个实验中，用组合物B和C进行治疗的小鼠展示出在小肠中Th2-样Tregs(Foxp3+IL4+)的减少以及在MLN和小肠中Th2效应细胞(Foxp3-IL4+)的减少。还评估了总IgE和OVA-特异性IgE的水平，并且组合物B和C减少了OVA-特异性IgE抗体(图27B和27C和图26A-28B)。
在图16A-16D、18A和18B中所显示的实验中，在各种时间点处从粪粒中分离出DNA，并且在Illumina平台上进行全基因组鸟枪法测序，随后为质量控制和分类单位分配。用组合物C进行的接种与肠道微生物组的总体移动相关联(图16E和18E)。
另外的表征
还可以就IL-33、IL25、TSLP(例如，在肠道中的转录物)、TGFβ、IL-10的水平来评价从用在本文中所描述的组合物中的任一种进行接种的小鼠获得的样品。备选地，或者另外，可以就所述组合物(包括所述组合物的一种或多种菌株)的相对移殖建群(例如，移入)来评估小鼠。还可以使从小鼠获得的样品经历RNAseq或其他表达分析。
还可以评估所移入的菌株对于宿主免疫和生物化学应答和对于肠屏障完整性的效应。可以使来自用在本文中所描述的组合物中的任一种进行接种的小鼠的粪便级分经历去褶合以鉴定有益菌株，其可以经历进一步的表征，包括全基因组测序、代谢物产生特性谱、Treg诱导潜力、肠屏障完整性增强潜力。另外，可以进行计算机分析以确定在健康受试者中一种或多种菌株的丰度和流行性，共现网络，以及一种或多种细菌菌株是否与在经历口服免疫疗法的受试者中的有利临床应答相关联。
实施例4：评价作为用于食物变态反应的治疗的组合物C和组合物B
评价了组合物C和B作为用于食物变态反应的治疗的功效。如例如在PCT公开号WO2017/079450中所描述的，在用于治疗食物变态反应的“治愈性”小鼠模型中评价了细菌组合物C和B。简而言之，在Balb/c背景上的IL4raF709小鼠具有高应答性IL4R信号传导并且可以用作关于食物变态反应的模型。这些小鼠在遗传上易感于响应于食物变应原致敏的过敏反应。如在图19中所显示的，用OVA(卵清蛋白)+SEB(葡萄球菌肠毒素B)使小鼠致敏8周。然后，用抗生素预治疗小鼠以产生用于移入的小生境，随后为用所述细菌组合物进行两周一次的接种4周(总共8次接种)。在该时间段期间，小鼠继续用OVA+SEB施用进行致敏。然后，用OVA攻击小鼠并进行评价。
在完全12周模型之后，在治愈性食物变态反应模型中评估免疫应答。用OVA进行的攻击在IL4raF709小鼠中诱导过敏反应和急性变态反应，其通过下列项目来进行测量：升高的血清总IgE，升高的血清OVA-特异性IgE，升高的血清mMCP-1(关于肥大细胞脱颗粒的信号)，增加的在肠系膜淋巴结、小肠和脾中的Th2细胞和Th2-样Treg细胞。
在用于治疗食物变态反应的治愈性小鼠模型中评价了组合物C和B。用组合物C进行接种的小鼠没有经历在用组合物B进行接种的小鼠或未接受所述细菌组合物的小鼠中所观察到的温度下降，这暗示接受了组合物C的小鼠受到保护而免于发展出对于OVA攻击的变应性应答(图20A、20B、23A、23B)。特别地，14只施用了组合物C的小鼠中的7只没有显示出暴露于变应原的影响，而所有对照小鼠都经历了过敏反应(图20B和23B)。如在20C和24A中所显示的，用组合物C进行接种并且受到保护而免于过敏反应的小鼠还被发现具有相比于未接受所述细菌组合物并且经历过敏反应的小鼠而言降低的mMCP-1的水平。此外，相比于施用了组合物B的小鼠或者未施用所述细菌组合物的小鼠而言，在施用了组合物C的小鼠中观察到减少的变态反应相关性Th2效应细胞(CD4+FoxP3-GATA3+)和Th2-样Tregs(CD4+Foxp3+GATA3+)的数目(图21A-21D和图25A-25D)。最后，用组合物C进行接种并且受到保护而免于过敏反应的小鼠具有相比于未施用所述细菌组合物并且经历过敏反应的小鼠而言降低的总IgE抗体和抗原特异性OVA-IgE抗体的水平(图22A、22B、24B和24C)。
实施例5：通过组合物B和C来调节预先存在的宿主微生物组和肠道免疫
相比于常规小鼠而言，无菌小鼠(例如在本文中在实施例1-3中所使用的那些)缺乏常驻微生物区系并且具有经改变的免疫系统，包括肠调节T细胞的相对缺乏和升高的Th2-型免疫应答。由于已经证明组合物B和C在无菌小鼠中优先诱导调节T细胞应答，因而然后调查这些细菌组合物是否能够在具有常驻微生物区系和正常免疫系统的小鼠中诱导免疫调节效应。进一步地，探究了用抗生素进行的预治疗是否对于产生有助于组合物B和C的物种的移入的小生境并允许它们调节肠道免疫来说是必需的，或者所述细菌组合物是否能够在抗生素不存在下具有效应。
使用已达到免疫成熟(6-8周龄)的无特定病原(SPF)小鼠来评价组合物B和C的此类效应。小鼠通过每日经口管饲法用头孢哌酮(5mg/小鼠)进行治疗5天或不进行治疗，随后为三天洗出期，图29。这是对标准治疗方法的改编以减少常驻肠道微生物区系并且有助于细菌移入(参见例如，Schubert等人(2015)mBio)。然后，小鼠用组合物B、组合物C进行接种，或者不进行治疗。接受了所述细菌组合物的小鼠继续每周进行接种。
在2和4周时处死来自每个实验组的小鼠的亚组，并且从结肠组织中分离出白细胞以评价免疫调节应答的诱导。如在图30A中所显示的，在用抗生素进行预治疗的小鼠中，组合物B在结肠中诱导了Tregs(其被定义为CD4+FoxP3+Helios-T细胞)，超过在2和4周时的“无细菌”基线。当用抗生素治疗小鼠时，组合物B在结肠中诱导了Tregs，但是仅在四周的细菌治疗后观察到超过基线的增加。类似地，如在图30A中所显示的，在用抗生素进行预治疗的小鼠中，组合物C在结肠中诱导了Tregs，超过“无细菌”对照基线。在抗生素治疗不存在下，组合物B和C都在4周的细菌给药后显示出朝向结肠Tregs诱导的趋势。这些实验暗示，组合物B和C能够诱导在肠中的调节性免疫应答，甚至在具有正常免疫发育的微生物区系充足的宿主的情形下。
因为这些结果暗示组合物B和C在肠中具有效应(甚至在具有现存的常驻微生物区系的小鼠中)，因而从实验1检查了在实验小鼠的肠中的微生物群落(来自图30A)。在细菌给药之前(第0天)、在2个细菌剂量之后(第13天)、在3个细菌剂量之后(第20天)和在5个剂量之后且处死之前(第34天)，从未用抗生素进行治疗的小鼠取粪粒样品(图31A)。对于每个样品的微生物组群落组成进行主成分分析(PCA)以检查在LBP治疗和变应原致敏期间的微生物组动力学(参见例如，Zinkernagel等人,(2017)Scientific Reports)。PCA分析揭示了，对于未治疗的小鼠(无细菌)，微生物群落在该实验的过程中具有相似的特性谱。但是，对于用组合物B进行接种的小鼠(“LBP”)，存在相比于基线而言的随时间的微生物区系的移动，这暗示即使没有抗生素治疗，用组合物B进行的接种也导致常驻微生物区系的变化。在接受了抗生素预治疗的小鼠中观察到相似的结果(图31B)。对于接受了抗生素预治疗的小鼠，在抗生素治疗之前(第0天)、在抗生素之后且在用LBP进行接种之前(第6天)、在2次用所述细菌组合物进行接种之后(第13天)、在3次用所述细菌组合物进行接种之后(第20天)和在5次用所述细菌组合物进行接种之后且在处死之前(第34天)收集粪粒。在所有小鼠中，从基线(第0天)至第6天，用抗生素进行的治疗诱导了微生物区系的显著变化。对于未用组合物B进行接种的小鼠，维持了生态失调，并且微生物谱被永久地改变且再未返回至基线。对于用组合物B进行接种的小鼠，微生物谱开始随时间返回至抗生素前的基线，这暗示组合物B导致常驻微生物区系的变化，并且这些变化可能促进返回健康的内环境稳定。
序列表
<110> Vedanta Biosciences, Inc.
<120> 用于治疗变态反应的组合物和方法
<130> P0745.70013WO00
<140> Not Yet Assigned
<141> Concurrently Herewith
<150> US 62/583,777
<151> 2017-11-09
<150> US 62/637,355
<151> 2018-03-01
<150> US 62/721,786
<151> 2018-08-23
<160> 13
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 1530
<212> DNA
<213> 博尔特氏梭菌
<400> 1
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gccgcagcaa acgcaataag tagtccacct ggggagtacg ttcgcaagaa tgaaactcaa 900
aggaattgac ggggacccgc acaagcggtg gagcatgtgg tttaattcga agcaacgcga 960
agaaccttac ctggtcttga catccggatg acgggcgagt aatgtcgccg tcccttcggg 1020
gcgtccgaga caggtggtgc atggttgtcg tcagctcgtg tcgtgagatg ttgggttaag 1080
tcccgcaacg agcgcaaccc ttatcttcag tagccagcat ataaggtggg cactctggag 1140
agactgccag ggagaacctg gaggaaggtg gggatgacgt caaatcatca tgccccttat 1200
ggccagggct acacacgtgc tacaatggcg taaacaaagg gaagcgagag ggtgacctgg 1260
agcgaatccc aaaaataacg tctcagttcg gattgtagtc tgcaactcga ctacatgaag 1320
ctggaatcgc tagtaatcgc ggatcagcat gccgcggtga atacgttccc gggtcttgta 1380
cacaccgccc gtcacaccat gggagtcagt aacgcccgaa gccagtgacc caaccttaga 1440
ggagggagct gtcgaaggcg ggacggataa ctggggtgaa gtcgtaacaa ggtagccgta 1500
tcggaaggtg cggctggatc acctccttt 1529
<210> 4
<211> 1527
<212> DNA
<213> 共生梭菌
<400> 4
atgagagttt gatcctggct caggatgaac gctggcggcg tgcctaacac atgcaagtcg 60
aacgaagcga tttaacggaa gttttcggat ggaagttgaa ttgactgagt ggcggacggg 120
tgagtaacgc gtgggtaacc tgccttgtac tgggggacaa cagttagaaa tgactgctaa 180
taccgcataa gcgcacagta tcgcatgata cagtgtgaaa aactccggtg gtacaagatg 240
gacccgcgtc tgattagcta gttggtaagg taacggctta ccaaggcgac gatcagtagc 300
cgacctgaga gggtgaccgg ccacattggg actgagacac ggcccaaact cctacgggag 360
gcagcagtgg ggaatattgc acaatgggcg aaagcctgat gcagcgacgc cgcgtgagtg 420
aagaagtatt tcggtatgta aagctctatc agcagggaag aaaatgacgg tacctgacta 480
agaagccccg gctaactacg tgccagcagc cgcggtaata cgtagggggc aagcgttatc 540
cggatttact gggtgtaaag ggagcgtaga cggtaaagca agtctgaagt gaaagcccgc 600
ggctcaactg cgggactgct ttggaaactg tttaactgga gtgtcggaga ggtaagtgga 660
attcctagtg tagcggtgaa atgcgtagat attaggagga acaccagtgg cgaaggcgac 720
ttactggacg ataactgacg ttgaggctcg aaagcgtggg gagcaaacag gattagatac 780
cctggtagtc cacgccgtaa acgatgaata ctaggtgttg gggagcaaag ctcttcggtg 840
ccgtcgcaaa cgcagtaagt attccacctg gggagtacgt tcgcaagaat gaaactcaaa 900
ggaattgacg gggacccgca caagcggtgg agcatgtggt ttaattcgaa gcaacgcgaa 960
gaaccttacc aggtcttgac atcgatccga cgggggagta acgtcccctt cccttcgggg 1020
cggagaagac aggtggtgca tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt 1080
cccgcaacga gcgcaaccct tattctaagt agccagcggt tcggccggga actcttggga 1140
gactgccagg gataacctgg aggaaggtgg ggatgacgtc aaatcatcat gccccttatg 1200
atctgggcta cacacgtgct acaatggcgt aaacaaagag aagcaagacc gcgaggtgga 1260
gcaaatctca aaaataacgt ctcagttcgg actgcaggct gcaactcgcc tgcacgaagc 1320
tggaatcgct agtaatcgcg aatcagaatg tcgcggtgaa tacgttcccg ggtcttgtac 1380
acaccgcccg tcacaccatg ggagtcagta acgcccgaag tcagtgaccc aaccgcaagg 1440
agggagctgc cgaaggcggg accgataact ggggtgaagt cgtaacaagg tagccgtatc 1500
ggaaggtgcg gctggatcac ctccttt 1527
<210> 5
<211> 1531
<212> DNA
<213> 产生布劳特氏菌
<400> 5
atcagagagt ttgatcctgg ctcaggatga acgctggcgg cgtgcttaac acatgcaagt 60
cgagcgaagc acttaagtgg atctcttcgg attgaagctt atttgactga gcggcggacg 120
ggtgagtaac gcgtgggtaa cctgcctcat acagggggat aacagttaga aatggctgct 180
aataccgcat aagcgcacag gaccgcatgg tctggtgtga aaaactccgg tggtatgaga 240
tggacccgcg tctgattagc tagttggagg ggtaacggcc caccaaggcg acgatcagta 300
gccggcctga gagggtgaac ggccacattg ggactgagac acggcccaga ctcctacggg 360
aggcagcagt ggggaatatt gcacaatggg ggaaaccctg atgcagcgac gccgcgtgaa 420
ggaagaagta tctcggtatg taaacttcta tcagcaggga agaaaatgac ggtacctgac 480
taagaagccc cggctaacta cgtgccagca gccgcggtaa tacgtagggg gcaagcgtta 540
tccggattta ctgggtgtaa agggagcgta gacggaagag caagtctgat gtgaaaggct 600
ggggcttaac cccaggactg cattggaaac tgtttttcta gagtgccgga gaggtaagcg 660
gaattcctag tgtagcggtg aaatgcgtag atattaggag gaacaccagt ggcgaaggcg 720
gcttactgga cggtaactga cgttgaggct cgaaagcgtg gggagcaaac aggattagat 780
accctggtag tccacgccgt aaacgatgaa tactaggtgt cgggtggcaa agccattcgg 840
tgccgcagca aacgcaataa gtattccacc tggggagtac gttcgcaaga atgaaactca 900
aaggaattga cggggacccg cacaagcggt ggagcatgtg gtttaattcg aagcaacgcg 960
aagaacctta ccaagtcttg acatccctct gaccggcccg taacggggcc ttcccttcgg 1020
ggcagaggag acaggtggtg catggttgtc gtcagctcgt gtcgtgagat gttgggttaa 1080
gtcccgcaac gagcgcaacc cctatcctta gtagccagca ggtgaagctg ggcactctag 1140
ggagactgcc ggggataacc cggaggaagg cggggacgac gtcaaatcat catgcccctt 1200
atgatttggg ctacacacgt gctacaatgg cgtaaacaaa gggaagcgag acagcgatgt 1260
tgagcaaatc ccaaaaataa cgtcccagtt cggactgcag tctgcaactc gactgcacga 1320
agctggaatc gctagtaatc gcgaatcaga atgtcgcggt gaatacgttc ccgggtcttg 1380
tacacaccgc ccgtcacacc atgggagtca gtaacgcccg aagtcagtga cccaacctta 1440
caggagggag ctgccgaagg cgggaccgat aactggggtg aagtcgtaac aaggtagccg 1500
tatcggaagg tgcggctgga tcacctcctt t 1531
<210> 6
<211> 1529
<212> DNA
<213> 长链多雷氏菌
<400> 6
aacgagagtt tgatcctggc tcaggatgaa cgctggcggc gtgcttaaca catgcaagtc 60
gagcgaagca cttaagtttg attcttcgga tgaagacttt tgtgactgag cggcggacgg 120
gtgagtaacg cgtgggtaac ctgcctcata cagggggata acagttagaa atgactgcta 180
ataccgcata agaccacggt accgcatggt acagtggtaa aaactccggt ggtatgagat 240
ggacccgcgt ctgattaggt agttggtggg gtaacggcct accaagccga cgatcagtag 300
ccgacctgag agggtgaccg gccacattgg gactgagaca cggcccagac tcctacggga 360
ggcagcagtg gggaatattg cacaatggag gaaactctga tgcagcgacg ccgcgtgaag 420
gatgaagtat ttcggtatgt aaacttctat cagcagggaa gaaaatgacg gtacctgact 480
aagaagcccc ggctaactac gtgccagcag ccgcggtaat acgtaggggg caagcgttat 540
ccggatttac tgggtgtaaa gggagcgtag acggcacggc aagccagatg tgaaagcccg 600
gggctcaacc ccgggactgc atttggaact gctgagctag agtgtcggag aggcaagtgg 660
aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga tattaggagg aacaccagtg gcgaaggcgg 720
cttgctggac gatgactgac gttgaggctc gaaagcgtgg ggagcaaaca ggattagata 780
ccctggtagt ccacgccgta aacgatgact gctaggtgtc gggtggcaaa gccattcggt 840
gccgcagcta acgcaataag cagtccacct ggggagtacg ttcgcaagaa tgaaactcaa 900
aggaattgac ggggacccgc acaagcggtg gagcatgtgg tttaattcga agcaacgcga 960
agaaccttac ctgatcttga catcccgatg accgcttcgt aatggaagct tttcttcgga 1020
acatcggtga caggtggtgc atggttgtcg tcagctcgtg tcgtgagatg ttgggttaag 1080
tcccgcaacg agcgcaaccc ctatcttcag tagccagcag gttaagctgg gcactctgga 1140
gagactgcca gggataacct ggaggaaggt ggggatgacg tcaaatcatc atgcccctta 1200
tgaccagggc tacacacgtg ctacaatggc gtaaacaaag agaagcgaac tcgcgagggt 1260
aagcaaatct caaaaataac gtctcagttc ggattgtagt ctgcaactcg actacatgaa 1320
gctggaatcg ctagtaatcg cagatcagaa tgctgcggtg aatacgttcc cgggtcttgt 1380
acacaccgcc cgtcacacca tgggagtcag taacgcccga agtcagtgac ccaaccgtaa 1440
ggagggagct gccgaaggtg ggaccgataa ctggggtgaa gtcgtaacaa ggtagccgta 1500
tcggaaggtg cggctggatc acctccttt 1529
<210> 7
<211> 1537
<212> DNA
<213> 丹毒丝菌科细菌
<400> 7
atggagagtt tgatcctggc tcaggatgaa cgctggcggc atgcctaata catgcaagtc 60
gaacgaagtt tcgaggaagc ttgcttccaa agagacttag tggcgaacgg gtgagtaaca 120
cgtaggtaac ctgcccatgt gtccgggata actgctggaa acggtagcta aaaccggata 180
ggtatacaga gcgcatgctc agtatattaa agcgcccatc aaggcgtgaa catggatgga 240
cctgcggcgc attagctagt tggtgaggta acggcccacc aaggcgatga tgcgtagccg 300
gcctgagagg gtaaacggcc acattgggac tgagacacgg cccaaactcc tacgggaggc 360
agcagtaggg aattttcgtc aatgggggaa accctgaacg agcaatgccg cgtgagtgaa 420
gaaggtcttc ggatcgtaaa gctctgttgt aagtgaagaa cggctcatag aggaaatgct 480
atgggagtga cggtagctta ccagaaagcc acggctaact acgtgccagc agccgcggta 540
atacgtaggt ggcaagcgtt atccggaatc attgggcgta aagggtgcgt aggtggcgta 600
ctaagtctgt agtaaaaggc aatggctcaa ccattgtaag ctatggaaac tggtatgctg 660
gagtgcagaa gagggcgatg gaattccatg tgtagcggta aaatgcgtag atatatggag 720
gaacaccagt ggcgaaggcg gtcgcctggt ctgtaactga cactgaggca cgaaagcgtg 780
gggagcaaat aggattagat accctagtag tccacgccgt aaacgatgag aactaagtgt 840
tggaggaatt cagtgctgca gttaacgcaa taagttctcc gcctggggag tatgcacgca 900
agtgtgaaac tcaaaggaat tgacgggggc ccgcacaagc ggtggagtat gtggtttaat 960
tcgaagcaac gcgaagaacc ttaccaggcc ttgacatgga aacaaatacc ctagagatag 1020
ggggataatt atggatcaca caggtggtgc atggttgtcg tcagctcgtg tcgtgagatg 1080
ttgggttaag tcccgcaacg agcgcaaccc ttgtcgcatg ttaccagcat caagttgggg 1140
actcatgcga gactgccggt gacaaaccgg aggaaggtgg ggatgacgtc aaatcatcat 1200
gccccttatg gcctgggcta cacacgtact acaatggcgg ccacaaagag cagcgacaca 1260
gtgatgtgaa gcgaatctca taaaggtcgt ctcagttcgg attgaagtct gcaactcgac 1320
ttcatgaagt cggaatcgct agtaatcgca gatcagcatg ctgcggtgaa tacgttctcg 1380
ggccttgtac acaccgcccg tcaaaccatg ggagtcagta atacccgaag ccggtggcat 1440
aaccgtaagg agtgagccgt cgaaggtagg accgatgact ggggttaagt cgtaacaagg 1500
tatccctacg ggaacgtggg gatggatcac ctccttt 1537
<210> 8
<211> 1530
<212> DNA
<213> 欺骗性小粒菌属物种
<400> 8
tattgagagt ttgatcctgg ctcaggatga acgctggcgg cgtgcttaac acatgcaagt 60
cgaacggggt gctcatgacg gaggattcgt ccaacggatt gagttaccta gtggcggacg 120
ggtgagtaac gcgtgaggaa cctgccttgg agaggggaat aacactccga aaggagtgct 180
aataccgcat gatgcagttg ggtcgcatgg ctctgactgc caaagattta tcgctctgag 240
atggcctcgc gtctgattag ctagtaggcg gggtaacggc ccacctaggc gacgatcagt 300
agccggactg agaggttgac cggccacatt gggactgaga cacggcccag actcctacgg 360
gaggcagcag tggggaatat tgggcaatgg gcgcaagcct gacccagcaa cgccgcgtga 420
aggaagaagg ctttcgggtt gtaaacttct tttgtcgggg acgaaacaaa tgacggtacc 480
cgacgaataa gccacggcta actacgtgcc agcagccgcg gtaatacgta ggtggcaagc 540
gttatccgga tttactgggt gtaaagggcg tgtaggcggg attgcaagtc agatgtgaaa 600
actgggggct caacctccag cctgcatttg aaactgtagt tcttgagtgc tggagaggca 660
atcggaattc cgtgtgtagc ggtgaaatgc gtagatatac ggaggaacac cagtggcgaa 720
ggcggattgc tggacagtaa ctgacgctga ggcgcgaaag cgtggggagc aaacaggatt 780
agataccctg gtagtccacg ccgtaaacga tggatactag gtgtgggggg tctgaccccc 840
tccgtgccgc agttaacaca ataagtatcc cacctgggga gtacgatcgc aaggttgaaa 900
ctcaaaggaa ttgacggggg cccgcacaag cggtggagta tgtggtttaa ttcgaagcaa 960
cgcgaagaac cttaccaggg cttgacatcc cactaacgaa gcagagatgc attaggtgcc 1020
cttcggggaa agtggagaca ggtggtgcat ggttgtcgtc agctcgtgtc gtgagatgtt 1080
gggttaagtc ccgcaacgag cgcaaccctt attgttagtt gctacgcaag agcactctag 1140
cgagactgcc gttgacaaaa cggaggaagg tggggacgac gtcaaatcat catgcccctt 1200
atgtcctggg ccacacacgt actacaatgg tggttaacag agggaggcaa taccgcgagg 1260
tggagcaaat ccctaaaagc catcccagtt cggattgcag gctgaaaccc gcctgtatga 1320
agttggaatc gctagtaatc gcggatcagc atgccgcggt gaatacgttc ccgggccttg 1380
tacacaccgc ccgtcacacc atgagagtcg ggaacacccg aagtccgtag cctaaccgca 1440
aggagggcgc ggccgaaggt gggttcgata attggggtga agtcgtaaca aggtagccgt 1500
atcggaaggt gcggctggat cacctccttt 1530
<210> 9
<211> 325
<212> DNA
<213> 哈思韦氏梭菌
<400> 9
gatgaacgct ggcggcggtg cttaacacat gcaagtcgag cgaagcggtt tcgagtgaag 60
ttttggatgg aattgaaatt gacttagcgg cggacgggtg agtaacgcgt gggtaacctg 120
ccttacactg ggggataaca gttagaaatg actgctaata ccgcataagc gcacagggcc 180
gcatggtctg gtgcgaaaaa ctccggtggt gtaagatgga cccgcgtctg attaggtagt 240
tggtggggta acggcccacc aagccgacga tcagtagccg acctgagagg gtgaccggcc 300
acattgggac tgagacacgg cccaa 325
<210> 10
<211> 325
<212> DNA
<213> 吲哚梭菌/粪无空气柄状菌
<400> 10
gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac gaagcatttt ggaaggaagt 60
tttcggatgg aattccttaa tgactgagtg gcggacgggt gagtaacgcg tggggaacct 120
gccctataca gggggataac agctggaaac ggctgctaat accgcataag cgcacagaat 180
cgcatgattc ggtgtgaaaa gctccggcag tataggatgg tcccgcgtct gattagctgg 240
ttggcggggt aacggcccac caaggcgacg atcagtagcc ggcttgagag agtggacggc 300
cacattggga ctgagacacg gccca 325
<210> 11
<211> 322
<212> DNA
<213> 毛螺菌科细菌
<400> 11
gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac ggagttatgc agaggaagtt 60
ttcggatgga atcggcgtaa cttagtggcg gacgggtgag taacgcgtgg gaaacctgcc 120
ctgtaccggg ggataacact tagaaatagg tgctaatacc gcataagcgc acagcttcac 180
atgaagcagt gtgaaaaact ccggtggtac aggatggtcc cgcgtctgat tagccagttg 240
gcagggtaac ggcctaccaa agcgacgatc agtagccggc ctgagagggt gaacggccac 300
attgggactg agacacggcc ca 322
<210> 12
<211> 324
<212> DNA
<213> 梭菌属物种
<400> 12
gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac gaagcatccc ataggaagtt 60
ttcggatgga atatgggatg actgagtggc ggacgggtga gtaacgcgtg gataacctgc 120
ctcacactgg gggataacag ttagaaatgg ctgctaatac cgcataagcg cacagtaccg 180
catggtacgg tgtgaaaaac ccaggtggtg tgagatggat ccgcgtctga ttagccagtt 240
ggcggggtaa cggcccacca aagcgacgat cagtagccga cctgagaggg tgaccggcca 300
cattggggac tgagacacgg ccca 324
<210> 13
<211> 323
<212> DNA
<213> 毛螺菌科细菌
<400> 13
gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac gaagttagac agaggaagtt 60
ttcggatgga atcggtataa cttagtggcg gacgggtgag taacgcgtgg gaaacctgcc 120
ctgtaccggg ggataacact tagaaatagg tgctaatacc gcataagcgc acggaaccgc 180
atgggttctg tgtgaaaact ccggtggtac aggatggtcc cgcgtctgat tagccagttg 240
gcagggtaac ggcctaccaa agcgacgatc agtagccggc ctgagagggt gaacggccac 300
attgggactg agacacggcc caa 323

Claims (118)

1.用于治疗食物变态反应的方法，其包括向有此需要的受试者施用治疗有效量的组合物，所述组合物包含两种或更多种经纯化的从由下列各项组成的组中选择的物种的细菌菌株：博尔特氏梭菌(Clostridium bolteae)、人结肠无空气柱状菌(Anaerotruncuscolihominis)、肠道粪便单胞菌(Sellimonas intestinales)、共生梭菌(Clostridiumsymbiosum)、产生布劳特氏菌(Blautia producta)、长链多雷氏菌(Dorea longicatena)、丹毒丝菌科细菌(Erysipelotrichaceae bacterium)和欺骗性小粒菌属物种(Subdolinogranulum spp.)。
2.用于治疗食物变态反应的方法，其包括
(a)向有此需要的受试者施用抗生素；和
(b)向所述受试者施用治疗有效量的组合物，所述组合物包含两种或更多种经纯化的从由下列各项组成的组中选择的物种的细菌菌株：博尔特氏梭菌、人结肠无空气柱状菌、肠道粪便单胞菌、共生梭菌、产生布劳特氏菌、长链多雷氏菌、丹毒丝菌科细菌和欺骗性小粒菌属物种。
3.权利要求1或2的方法，其中所述组合物由经纯化的细菌菌株博尔特氏梭菌、人结肠无空气柱状菌、肠道粪便单胞菌、共生梭菌、产生布劳特氏菌、丹毒丝菌科细菌和欺骗性小粒菌属物种组成。
4.权利要求1或2的方法，其中所述组合物由经纯化的细菌菌株博尔特氏梭菌、人结肠无空气柱状菌、肠道粪便单胞菌、共生梭菌、产生布劳特氏菌、长链多雷氏菌和欺骗性小粒菌属物种组成。
5.用于治疗食物变态反应的方法，其包括向有此需要的受试者施用治疗有效量的组合物，所述组合物包含两种或更多种经纯化的从由下列各项组成的组中选择的物种的细菌菌株：吲哚梭菌(Clostridium indolis)、粪无空气柄状菌(Anaerostipes caccae)、毛螺菌科细菌(Lachnospiraceae bacterium)和共生梭菌。
6.权利要求5的方法，其中所述组合物由经纯化的细菌菌株吲哚梭菌、粪无空气柄状菌、毛螺菌科细菌和共生梭菌组成。
7.用于治疗食物变态反应的方法，其包括向有此需要的受试者施用治疗有效量的组合物，所述组合物包含两种或更多种经纯化的从由下列各项组成的组中选择的物种的细菌菌株：哈思韦氏梭菌(Clostridium hathewayi)、博尔特氏梭菌、肠道粪便单胞菌(Sellimonasintestinalis)和梭菌属(Clostridium)物种。
8.权利要求7的方法，其中所述组合物由经纯化的细菌菌株哈思韦氏梭菌、博尔特氏梭菌、肠道粪便单胞菌和梭菌属物种组成。
9.用于治疗食物变态反应的方法，其包括向有此需要的受试者施用治疗有效量的组合物，所述组合物包含两种或更多种经纯化的包含与选自SEQ ID NO:1-8的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株。
10.用于治疗食物变态反应的方法，其包括
(a)向有此需要的受试者施用抗生素；和
(b)向所述受试者施用治疗有效量的组合物，所述组合物包含两种或更多种经纯化的包含与选自SEQ ID NO:1-8的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株。
11.权利要求9或10的方法，其中所述组合物由经纯化的包含与SEQ ID NO:1-5、7和8中所示的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株组成。
12.权利要求9或10的方法，其中所述组合物由经纯化的包含与SEQ ID NO:1-6和8中所示的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株组成。
13.用于治疗食物变态反应的方法，其包括向有此需要的受试者施用治疗有效量的组合物，所述组合物包含两种或更多种经纯化的包含与选自SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:13和SEQ ID NO:4的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株。
14.权利要求13的方法，其中所述组合物由经纯化的包含与SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:13和SEQ ID NO:4中所示的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株组成。
15.用于治疗食物变态反应的方法，其包括向有此需要的受试者施用治疗有效量的组合物，所述组合物包含两种或更多种经纯化的包含与选自SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:1、SEQID NO:3和SEQ ID NO:12的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株。
16.权利要求15的方法，其中所述组合物由经纯化的包含与SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:12中所示的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株组成。
17.权利要求1-16中任一项的方法，其中所述方法导致IgE抗体的产生的抑制。
18.权利要求1-17中任一项的方法，其中所述方法导致Th2免疫应答的抑制。
19.权利要求1-18中任一项的方法，其中所述方法导致与食物变态反应相关联的免疫应答的抑制。
20.权利要求1-19中任一项的方法，其中所述细菌菌株是经冻干的。
21.权利要求1-19中任一项的方法，其中所述细菌菌株是经喷雾干燥的。
22.权利要求1-21中任一项的方法，其中所述细菌菌株中的一种或多种是以芽孢形式的。
23.权利要求1-22中任一项的方法，其中所述细菌菌株中的每一种是以芽孢形式的。
24.权利要求1-22中任一项的方法，其中所述细菌菌株中的一种或多种是以营养形式的。
25.权利要求1-21或24中任一项的方法，其中所述细菌菌株中的每一种是以营养形式的。
26.权利要求1-25中任一项的方法，其中所述施用为口服施用。
27.权利要求1-26中任一项的方法，其中所述组合物被配制成用于口服递送。
28.权利要求1-27中任一项的方法，其中所述组合物被配制成用于直肠递送。
29.权利要求1-28中任一项的方法，其中所述组合物被配制成用于递送至肠。
30.权利要求1-29中任一项的方法，其中所述组合物被配制成用于递送至结肠。
31.权利要求1-30中任一项的方法，其中所述食物变态反应选自由下列各项组成的组：坚果变态反应、鱼类变态反应、小麦变态反应、乳变态反应、花生变态反应、树坚果变态反应、甲壳类变态反应、大豆变态反应、种子变态反应、芝麻籽变态反应和蛋类变态反应。
32.权利要求1-31中任一项的方法，其中所述受试者为人。
33.权利要求1-32中任一项的方法，其中所述组合物进一步包含一种或多种辅助剂。
34.权利要求33的方法，其中所述辅助剂与变态反应治疗或免疫耐受相关联。
35.用于调节与食物变态反应相关联的免疫应答的方法，其包括向有此需要的受试者施用治疗有效量的组合物，所述组合物包含两种或更多种经纯化的从由下列各项组成的组中选择的物种的细菌菌株：博尔特氏梭菌、人结肠无空气柱状菌、肠道粪便单胞菌、共生梭菌、产生布劳特氏菌、长链多雷氏菌、丹毒丝菌科细菌和欺骗性小粒菌属物种。
36.权利要求35的方法，其中所述组合物由经纯化的细菌菌株博尔特氏梭菌、人结肠无空气柱状菌、肠道粪便单胞菌、共生梭菌、产生布劳特氏菌、丹毒丝菌科细菌和欺骗性小粒菌属物种组成。
37.权利要求35的方法，其中所述组合物由经纯化的细菌菌株博尔特氏梭菌、人结肠无空气柱状菌、肠道粪便单胞菌、共生梭菌、产生布劳特氏菌、长链多雷氏菌和欺骗性小粒菌属物种组成。
38.用于调节与食物变态反应相关联的免疫应答的方法，其包括向有此需要的受试者施用治疗有效量的组合物，所述组合物包含两种或更多种经纯化的从由下列各项组成的组中选择的物种的细菌菌株：吲哚梭菌、粪无空气柄状菌、毛螺菌科细菌和共生梭菌。
39.权利要求38的方法，其中所述组合物由经纯化的细菌菌株吲哚梭菌、粪无空气柄状菌、毛螺菌科细菌和共生梭菌组成。
40.用于调节与食物变态反应相关联的免疫应答的方法，其包括向有此需要的受试者施用治疗有效量的组合物，所述组合物包含两种或更多种经纯化的从由下列各项组成的组中选择的物种的细菌菌株：哈思韦氏梭菌、博尔特氏梭菌、肠道粪便单胞菌和梭菌属物种。
41.权利要求40的方法，其中所述组合物由经纯化的细菌菌株哈思韦氏梭菌、博尔特氏梭菌、肠道粪便单胞菌和梭菌属物种组成。
42.用于调节与食物变态反应相关联的免疫应答的方法，其包括向有此需要的受试者施用治疗有效量的组合物，所述组合物包含两种或更多种经纯化的包含与选自SEQ ID NO:1-8的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株。
43.权利要求42的方法，其中所述组合物由经纯化的包含与SEQ ID NO:1-5、7和8中所示的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株组成。
44.权利要求42的方法，其中所述组合物由经纯化的包含与SEQ ID NO:1-6和8中所示的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株组成。
45.用于调节与食物变态反应相关联的免疫应答的方法，其包括向有此需要的受试者施用治疗有效量的组合物，所述组合物包含两种或更多种经纯化的包含与选自SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:13和SEQ ID NO:4的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株。
46.权利要求45的方法，其中所述组合物由经纯化的包含与SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:13和SEQ ID NO:4中所示的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株组成。
47.用于调节与食物变态反应相关联的免疫应答的方法，其包括向有此需要的受试者施用治疗有效量的组合物，所述组合物包含两种或更多种经纯化的包含与选自SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:12的核酸序列具有至少97％序列同一性的16SrDNA序列的细菌菌株。
48.权利要求47的方法，其中所述组合物由经纯化的包含与SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:12中所示的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株组成。
49.权利要求35-48中任一项的方法，其中所述方法导致调节T细胞的增殖和/或积累的诱导。
50.权利要求35-49中任一项的方法，其中所述方法导致IgE抗体的产生的抑制。
51.权利要求35-50中任一项的方法，其中所述方法导致Th2免疫应答的抑制。
52.权利要求35-51中任一项的方法，其中所述细菌菌株是经冻干的。
53.权利要求35-51中任一项的方法，其中所述细菌菌株是经喷雾干燥的。
54.权利要求35-53中任一项的方法，其中所述细菌菌株中的一种或多种是以芽孢形式的。
55.权利要求35-54中任一项的方法，其中所述细菌菌株中的每一种是以芽孢形式的。
56.权利要求35-54中任一项的方法，其中所述细菌菌株中的一种或多种是以营养形式的。
57.权利要求35-53或56中任一项的方法，其中所述细菌菌株中的每一种是以营养形式的。
58.权利要求35-57中任一项的方法，其中所述施用为口服施用。
59.权利要求35-58中任一项的方法，其中所述组合物被配制成用于口服递送。
60.权利要求35-58中任一项的方法，其中所述组合物被配制成用于直肠递送。
61.权利要求35-60中任一项的方法，其中所述组合物被配制成用于递送至肠。
62.权利要求35-60中任一项的方法，其中所述组合物被配制成用于递送至结肠。
63.权利要求35-62中任一项的方法，其中所述食物变态反应选自由下列各项组成的组：坚果变态反应、鱼类变态反应、小麦变态反应、乳变态反应、花生变态反应、树坚果变态反应、甲壳类变态反应、大豆变态反应、种子变态反应、芝麻籽变态反应和蛋类变态反应。
64.权利要求35-63中任一项的方法，其中所述受试者为人。
65.权利要求35-64中任一项的方法，其中所述组合物进一步包含一种或多种辅助剂。
66.权利要求65的方法，其中所述辅助剂与变态反应治疗或免疫耐受相关联。
67.用于诱导对于食物变态反应的免疫耐受或脱敏的方法，其包括向有此需要的受试者施用治疗有效量的组合物，所述组合物包含两种或更多种经纯化的从由下列各项组成的组中选择的物种的细菌菌株：博尔特氏梭菌、人结肠无空气柱状菌、肠道粪便单胞菌、共生梭菌、产生布劳特氏菌、长链多雷氏菌、丹毒丝菌科细菌和欺骗性小粒菌属物种。
68.权利要求67的方法，其中所述组合物由经纯化的细菌菌株博尔特氏梭菌、人结肠无空气柱状菌、肠道粪便单胞菌、共生梭菌、产生布劳特氏菌、丹毒丝菌科细菌和欺骗性小粒菌属物种组成。
69.权利要求67的方法，其中所述组合物由经纯化的细菌菌株博尔特氏梭菌、人结肠无空气柱状菌、肠道粪便单胞菌、共生梭菌、产生布劳特氏菌、长链多雷氏菌和欺骗性小粒菌属物种组成。
70.用于诱导对于食物变态反应的免疫耐受或脱敏的方法，其包括向有此需要的受试者施用治疗有效量的组合物，所述组合物包含两种或更多种经纯化的从由下列各项组成的组中选择的物种的细菌菌株：吲哚梭菌、粪无空气柄状菌、毛螺菌科细菌和共生梭菌。
71.权利要求70的方法，其中所述组合物由经纯化的细菌菌株吲哚梭菌、粪无空气柄状菌、毛螺菌科细菌和共生梭菌组成。
72.用于诱导对于食物变态反应的免疫耐受或脱敏的方法，其包括向有此需要的受试者施用治疗有效量的组合物，所述组合物包含两种或更多种经纯化的从由下列各项组成的组中选择的物种的细菌菌株：哈思韦氏梭菌、博尔特氏梭菌、肠道粪便单胞菌和梭菌属物种。
73.权利要求72的方法，其中所述组合物由经纯化的细菌菌株哈思韦氏梭菌、博尔特氏梭菌、肠道粪便单胞菌和梭菌属物种组成。
74.用于诱导对于食物变态反应的免疫耐受或脱敏的方法，其包括向有此需要的受试者施用治疗有效量的组合物，所述组合物包含两种或更多种经纯化的包含与选自SEQ IDNO:1-8的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株。
75.权利要求74的方法，其中所述组合物由经纯化的包含与SEQ ID NO:1-5、7和8中所示的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株组成。
76.权利要求74的方法，其中所述组合物由经纯化的包含与SEQ ID NO:1-6和8中所示的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株组成。
77.用于诱导对于食物变态反应的免疫耐受或脱敏的方法，其包括向有此需要的受试者施用治疗有效量的组合物，所述组合物包含两种或更多种经纯化的包含与选自SEQ IDNO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:13和SEQ ID NO:4的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株。
78.权利要求77的方法，其中所述组合物由经纯化的包含与SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:13和SEQ ID NO:4中所示的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株组成。
79.用于诱导对于食物变态反应的免疫耐受或脱敏的方法，其包括向有此需要的受试者施用治疗有效量的组合物，所述组合物包含两种或更多种经纯化的包含与选自SEQ IDNO:9、SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:12的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株。
80.权利要求79的方法，其中所述组合物由经纯化的包含与SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:12中所示的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株组成。
81.权利要求67-80中任一项的方法，其中所述方法导致调节T细胞的增殖和/或积累的诱导。
82.权利要求67-81中任一项的方法，其中所述方法导致IgE抗体的产生。
83.权利要求67-82中任一项的方法，其中所述方法导致Th2免疫应答的抑制。
84.权利要求67-83中任一项的方法，其中所述细菌菌株是经冻干的。
85.权利要求67-83中任一项的方法，其中所述细菌菌株是经喷雾干燥的。
86.权利要求67-85中任一项的方法，其中所述细菌菌株中的一种或多种是以芽孢形式的。
87.权利要求67-86中任一项的方法，其中所述细菌菌株中的每一种是以芽孢形式的。
88.权利要求67-86中任一项的方法，其中所述细菌菌株中的一种或多种是以营养形式的。
89.权利要求67-85或88中任一项的方法，其中所述细菌菌株中的每一种是以营养形式的。
90.权利要求67-89中任一项的方法，其中所述施用为口服施用。
91.权利要求67-90中任一项的方法，其中所述组合物被配制成用于口服递送。
92.权利要求67-90中任一项的方法，其中所述组合物被配制成用于直肠递送。
93.权利要求67-92中任一项的方法，其中所述组合物被配制成用于递送至肠。
94.权利要求67-92中任一项的方法，其中所述组合物被配制成用于递送至结肠。
95.权利要求67-94中任一项的方法，其中所述食物变态反应选自由下列各项组成的组：坚果变态反应、鱼类变态反应、小麦变态反应、乳变态反应、花生变态反应、树坚果变态反应、甲壳类变态反应、大豆变态反应、种子变态反应、芝麻籽变态反应和蛋类变态反应。
96.权利要求67-95中任一项的方法，其中所述受试者为人。
97.权利要求67-96中任一项的方法，其中所述组合物进一步包含一种或多种辅助剂。
98.权利要求97的方法，其中所述辅助剂与变态反应治疗或免疫耐受相关联。
99.权利要求35-98中任一项的方法，其中在施用所述组合物之前，向所述受试者施用抗生素。
100.组合物，其包含两种或更多种经纯化的从由下列各项组成的组中选择的物种的细菌菌株：博尔特氏梭菌、人结肠无空气柱状菌、肠道粪便单胞菌、共生梭菌、产生布劳特氏菌、丹毒丝菌科细菌和欺骗性小粒菌属物种，并且其中所述组合物不包含长链多雷氏菌。
101.组合物，其包含两种或更多种经纯化的从由下列各项组成的组中选择的细菌菌株：博尔特氏梭菌、人结肠无空气柱状菌、肠道粪便单胞菌、共生梭菌、产生布劳特氏菌、长链多雷氏菌和欺骗性小粒菌属物种，并且其中所述组合物不包含丹毒丝菌科细菌。
102.组合物，其包含两种或更多种经纯化的从由下列各项组成的组中选择的细菌菌株：吲哚梭菌、粪无空气柄状菌、毛螺菌科细菌和共生梭菌。
103.组合物，其包含两种或更多种经纯化的从由下列各项组成的组中选择的细菌菌株：哈思韦氏梭菌、博尔特氏梭菌、肠道粪便单胞菌和梭菌属物种。
104.组合物，其包含两种或更多种经纯化的包含与选自SEQ ID NO:1-5、7和8的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株，其中所述组合物不包含包含与由SEQ ID NO:6所提供的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株。
105.组合物，其包含两种或更多种经纯化的包含与选自SEQ ID NO:1-6和8的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株，其中所述组合物不包含包含与由SEQ ID NO:7所提供的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株。
106.组合物，其包含两种或更多种经纯化的包含与选自SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:13和SEQ ID NO:4的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株。
107.组合物，其包含两种或更多种经纯化的包含与选自SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:12的核酸序列具有至少97％序列同一性的16S rDNA序列的细菌菌株。
108.权利要求100-107中任一项的组合物，其中所述组合物诱导调节T细胞的增殖和/或积累。
109.权利要求100-108中任一项的组合物，其中所述组合物抑制IgE抗体产生。
110.权利要求100-109中任一项的组合物，其中所述组合物抑制Th2免疫应答。
111.权利要求100-110中任一项的组合物，其中所述组合物进一步包含一种或多种辅助剂。
112.权利要求111的组合物，其中所述辅助剂与变态反应治疗或免疫耐受相关联。
113.包含权利要求100-112中任一项的组合物的药用组合物，其进一步包含在药学上可接受的赋形剂。
114.权利要求113的药用组合物，其中所述药用组合物被配制成用于口服递送。
115.权利要求113的药用组合物，其中所述药用组合物被配制成用于直肠递送。
116.权利要求113-115中任一项的药用组合物，其中所述药用组合物被配制成用于递送至肠。
117.权利要求113-115中任一项的药用组合物，其中所述药用组合物被配制成用于递送至结肠。
118.食品，其包含权利要求100-112中任一项的组合物以及营养素。
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