CN111455084A - 菜豆炭疽病菌多基因谱系筛查方法 - Google Patents

菜豆炭疽病菌多基因谱系筛查方法 Download PDF

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Abstract

本发明公开了刺盘孢属的多基因谱系筛查数据库的制备与应用。本发明提供了a)和b)所示的物质在鉴定或区分刺盘孢属物种中的应用，a)所示的物质为检测待测样本或待测病原菌中如下基因序列的物质：ITS、GAPDH、CHS‑1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS；b)所示的物质为现有刺盘孢属物种及各物种中ITS、GAPDH、CHS‑1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS基因序列；本发明采用ITS、GAPDH、CHS‑1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS基因序列进行进化树的构建和同源性比对，能够检测菜豆炭疽病菌，在检疫口岸，能够对含有刺盘孢属真菌的样品进行快速准确筛查，防止病菌随种子及其它繁殖材料进出口、调运而传播蔓延，以保护我国农业生产的健康发展，具有重要的意义。

Description

菜豆炭疽病菌多基因谱系筛查方法
技术领域
本发明属于生物技术领域，涉及刺盘孢属的多基因谱系筛查数据库的制备与应用，尤其涉及菜豆炭疽病菌多基因谱系筛查方法。
背景技术
刺盘孢属目前包含约230个系统发育地位明确的物种，绝大多数为植物病原真菌，可以侵害多种农作物、经济作物和观赏植物等，形成以炭疽病为主的多种病害，造成巨大的经济损失。刺盘孢属病菌是我国检疫口岸检出频次最高的有害植物病原真菌之一，2007–2017年刺盘孢属的检出率约占植物病原真菌总检出率的7％，检出次数位列第4。区分和鉴定刺盘孢属真菌对口岸检疫人员来说不仅任务繁重，而且是一个很大的挑战。有些农作物或经济作物可同时受多种刺盘孢属物种侵染，且每种病原菌均能导致严重病害并造成巨大损失，其中菜豆炭疽病菌Colletotrichum lindemuthianum是危害蚕豆、豇豆、豌豆、绿豆、扁豆的重要病害，菜豆生长期内产生，于各地普遍发生分布广、为害重，尤其在温凉多雨地区和季节发病最重，严重影响其品质和商品性。因此，建立一个特异的、灵敏快速的检测方法对防治该病害至关重要。
目前，有一些分子方法用于刺盘孢属某些物种的特异性检测和鉴定，但是，这些方法每次只能检测一种病原真菌。到目前为止，还没有一个用于刺盘孢属属水平真菌的筛查。因此，建立刺盘孢属水平病原菌快速和有效的分子检测方法在实践和应用研究中是十分必要的，尤其是菜豆炭疽病菌更为必要。
发明内容
本发明一个目的是提供a)所示物质或者a)和b)所示的物质的应用。
本发明提供了a)所示的物质在如下1)-7)至少一种功能或制备具有1)-7)至少一种功能的产品中的应用：
或，a)和b)所示的物质在如下1)-7)至少一种功能或制备具有1)-7)至少一种功能的产品中的应用：
a)所示的物质为检测如下基因序列的物质：ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS；
b)所示的物质为记载现有刺盘孢属物种及各物种中ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS基因序列的可读载体；
1)鉴定或区分刺盘孢属物种；
2)鉴定或辅助鉴定待测病原菌是否为刺盘孢属；
3)鉴定或辅助鉴定待测病原菌属于哪种刺盘孢属物种；
4)鉴定或辅助鉴定待测病原菌是否为菜豆炭疽病菌；
5)对待测病原菌进行刺盘孢属物种归属；
6)对待测病原菌进行刺盘孢属物种聚类；
7)鉴定或辅助鉴定待测样品中是否含有刺盘孢属物种。
上述应用中，b)所示的物质中所述现有刺盘孢属物种及各物种中ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS基因序列来源于现有数据库中所有刺盘孢属物种模式和/或凭证模式的ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、GS和ApMat基因序列；
或b)所示的物质中所述现有刺盘孢属物种及各物种中ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS基因序列来源于现有数据库中所有刺盘孢属物种模式和凭证模式的ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、GS和ApMat基因序列和所述数据库中缺失的现有刺盘孢属物种中的ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、GS和ApMat基因序列。
上述可读载体可以为光盘等任何可以记载现有刺盘孢属物种及各物种中ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS基因序列的硬件。
在本发明的实施例中，现有数据库中所有刺盘孢属物种模式和凭证模式的ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、GS和ApMat基因序列为来源于NCBI的数据库中现有刺盘孢属物种及各物种中ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS基因序列；所述数据库中缺失的现有刺盘孢属物种中的ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、GS和ApMat基因序列为采集的NCBI数据库中缺失现有刺盘孢属物种中的ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、GS和ApMat基因序列。具体本发明实施例中，所述现有刺盘孢属物种为220个，对应的ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、GS和ApMat基因序列及物种信息具体见实施例中的表1所示。
上述应用中，a)所示的物质包括特异捕获待测样本或待测病原菌中ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS基因的物质，还包括测序相关试剂或仪器。
上述应用中，所述特异捕获待测样本或待测病原菌中ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS基因的物质为用于扩增ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS基因的引物对，在本发明的实施例中如表2所示。
本发明另一个目的是提供一种具有1)-7)至少一种功能的产品。
本发明提供的产品为上述应用中的a)和/或b)所示的物质；
1)鉴定或区分刺盘孢属物种；
2)鉴定或辅助鉴定待测病原菌是否为刺盘孢属；
3)鉴定或辅助鉴定待测病原菌属于哪种刺盘孢属物种；
4)鉴定或辅助鉴定待测病原菌是否为菜豆炭疽病菌；
5)对待测病原菌进行刺盘孢属物种归属；
6)对待测病原菌进行刺盘孢属物种聚类；
7)鉴定或辅助鉴定待测样品中是否含有刺盘孢属物种。
本发明还有一个目的是提供如下方法：
本发明提供的一种检测或辅助检测待测样本中是否含有刺盘孢属物种的方法，包括如下1)-2)的步骤：
1)捕获待测样本基因组中的ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS基因，测序，得到待测样本中各个基因的序列；
2)将所述待测样本中各个基因的序列与上述第一个目的中的现有刺盘孢属物种对应的ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS基因构建系统发育树，若待测样本归属于所述系统发育树中某支，则该待测样本含有或候选含有该支对应的刺盘孢属物种；若待测样本不归属于所述系统发育树中任何支，则该待测样本不含有或候选不含有刺盘孢属。
本发明还提供了一种检测或辅助检测待测病原菌是否为刺盘孢属的物种的方法，包括如下1)-2)的步骤：
1)捕获待测病原菌基因组中的ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS基因，测序，得到待测病原菌各个基因序列；
2)将所述各个基因序列与上述现有刺盘孢属物种对应的ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS基因，构建系统发育树，
若待测病原菌归属于所述系统发育树中某支，则该待测病原菌为或候选为该支对应的刺盘孢属物种；若待测病原菌归不归属于所述系统发育树中任何支，则该待测病原菌不为或候选不为刺盘孢属。
本发明还提供了一种检测或辅助检测待测病原菌属于哪种刺盘孢属物种的方法，包括如下1)-3)的步骤：
1)捕获待测病原菌基因组中的ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS基因，测序，得到待测病原菌各个基因序列；
2)将所述各个基因序列与上述现有刺盘孢属物种对应的ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS基因构建系统发育树，
若待测病原菌归属于所述系统发育树中某支，则该待测病原菌为或候选为该支对应的刺盘孢属物种。
上述方法中，在所述方法中，在所述步骤2)后还包括如下结合同源性进行辅助判断的步骤(当进化树中不能判断时(如2个以上种属在进化树上地位相同)，结合同源性进行判断)：
将所述待测样本或所述待测病原菌ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS基因与所述现有刺盘孢属物种对应基因进行同源性比对，若至少7个基因的同源性与某种现有刺盘孢属物种对应基因的同源性均大于97％，则所述待测样本含有该种现有刺盘孢属物种或所述待测病原菌为该种现有刺盘孢属物种。
上述方法中，所述捕获待测病原菌基因组中的ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS基因为提取待测病原菌基因组DNA，扩增ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS基因；
或所述捕获待测样本基因组中的ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS基因为提取待测样本基因组DNA，扩增ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS基因。
在本发明中，上述刺盘孢属可以为菜豆炭疽病菌。
上述方法中，无论是同源性比对还是构建系统发育树，均可以用现有的方法或软件，也可以用本发明实施例1中<基于BLAST的菌株DNA条形码(刺盘孢属)鉴定系统>构建鉴定数据库及其代码去实现。
本发明的实验证明，本发明采用ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS基因序列进行进化树的构建和同源性比对，能够检测菜豆炭疽病菌，在检疫口岸，能够对含有刺盘孢属真菌的样品进行快速准确筛查，防止病菌随种子及其它繁殖材料进出口、调运而传播蔓延，以保护我国农业生产的健康发展，具有重要的意义。
附图说明
图1为刺盘孢属多基因谱系分型筛查的基准数据库内物种的系统发育骨架树。
具体实施方式
下述实施例中所使用的实验方法如无特殊说明，均为常规方法。
下述实施例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。
下面通过实施例并结合附图对本发明作进一步说明。值得指出的是，给出的实施例不能理解为对本发明保护范围的限制，该领域的技术人员根据本发明的内容对本发明作出的一些非本质的改进和调整仍应属于本发明保护范围。
实施例1、刺盘孢属多基因选择及其分型筛查数据库的构建及使用方法
一、刺盘孢属多基因选择及其分型筛查数据库的构建
1、刺盘孢属多基因选择
收集现有刺盘孢属物种的如下9种基因序列：ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、GS和ApMat；
上述现有刺盘孢属物种9种基因序列可以来在于NCBI的数据库中的所有刺盘孢属物种模式和凭证模式的ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、GS和ApMat基因序列；也可以来自采集的NCBI数据库中缺失现有刺盘孢属物种中的ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、GS和ApMat基因序列。
在本发明的实施例中，采用的现有刺盘孢属物种中ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、GS和ApMat基因序列如下表1所示。
2、构建数据库
上述1得到的源于NCBI的数据库和源于采集现有刺盘孢属物种的所有ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、GS和ApMat基因序列及其对应的物种基本信息如下表1所示。
将上述信息采用中国科学院微生物研究所开发的<基于BLAST的菌株DNA条形码(刺盘孢属)鉴定系统>构建鉴定数据库(计算机软件著作权登记号：2019SR1330111)，该数据库具备录入菌株或标本的DNA条码序列及其他信息(物种名称、菌株编号、其他编号、是否模式、复合种群、寄主、采集地等)的功能，该数据库通过整合MUSCLE、FastTree、phylo等软件实现序列联配、系统发育树构建等功能，依据刺盘孢属内物种的ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、GS或ApMat基因实现“序列输入→结果输出”的一站式物种鉴定。
构建该数据库的代码如下：
Figure BDA0002443863400000051
Figure BDA0002443863400000061
Figure BDA0002443863400000071
Figure BDA0002443863400000081
Figure BDA0002443863400000091
Figure BDA0002443863400000101
表1刺盘孢属物种的序列
Figure BDA0002443863400000102
Figure BDA0002443863400000111
Figure BDA0002443863400000121
Figure BDA0002443863400000131
Figure BDA0002443863400000141
Figure BDA0002443863400000151
Figure BDA0002443863400000161
Figure BDA0002443863400000171
二、刺盘孢属多基因或其数据库鉴定待测病菌是否为刺盘孢属的方法建立1、获得待测病菌ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、GS和/或ApMat的基因序列
提取待测病菌的基因组DNA，分别用这9个基因的引物对(表2)进行PCR扩增，测序扩增产物，得到待测样本中ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、GS和/或ApMat的基因序列。
表2引物列表
Figure BDA0002443863400000172
Figure BDA0002443863400000181
表2中第4列从上到下依次为序列1至序列21，其中如GS基因用各种Forward和各种Reverse引物配对进行扩增，选择任意扩增出的产物进行下一步测序。
2、判断
将上述1得到的待测病菌的ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、GS和/或ApMat的fasta基因序列与现有刺盘孢属物种的ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、GS和ApMat这9个基因序列(在本发明的实施例中采用表1所示的基因序列)构建系统发育树(系统发育骨架树参考图1)，通过待测病菌归属于系统发育树的哪一支判断，该待测病菌为或候选为刺盘孢属中的哪个物种。
为了进一步准确判断，也可以结合如下同源性比对：将待测病菌这9个基因和现有的刺盘孢属的这9个基因序列(在本发明的实施例中采用表1所示的基因序列)进行同源性比对，若待测病菌这9个基因中至少7个基因与某个现有刺盘孢属物种的对应基因的同源性均大于等于97％，则该待测病菌为该刺盘孢属物种。
上述构建系统发育树和上述同源性比对可以通过现有的软件完成，也可以通过上述一中构建数据库的代码的相关软件进行操作。
因此，可通过现有刺盘孢属物种中ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、GS和/或ApMat这几个基因的序列来区分或鉴定刺盘孢属真菌的物种，或者鉴定待测病菌是否为菜豆炭疽病菌。
也可以通过上述方法检测或辅助检测待测样本中是否含有刺盘孢属物种的方法，包括如下1)-3)的步骤：
1)捕获待测样本基因组中的ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS基因，测序，得到待测样本中各个基因的序列；
2)将所述待测样本中各个基因的序列与现有刺盘孢属物种对应的ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS基因构建系统发育树，若待测样本归属于系统发育树中某支，则该待测样本含有或候选含有该支对应的刺盘孢属物种；若待测样本不归属于所述系统发育树中任何支，则该待测样本不含有或候选不含有刺盘孢属。
或，检测或辅助检测待测病原菌是否为刺盘孢属的物种的方法，包括如下1)-3)的步骤：
1)捕获待测病原菌基因组中的ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS基因，测序，得到待测病原菌各个基因序列；
2)将所述各个基因序列与现有刺盘孢属物种对应的ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS基因，构建系统发育树，
若待测病原菌归属于系统发育树中某支，则该待测病原菌为或候选为该支对应的刺盘孢属物种；若待测病原菌不归属于所述系统发育树中任何支，则该待测病原菌不为或候选不为刺盘孢属。
实施例2、刺盘孢属物种凭证标本和菌株的多基因基准序列筛查数据库在鉴定待测病菌是否为菜豆炭疽病菌中的应用
1、获得待测病菌ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、GS和/或ApMat的基因序列
以刺盘孢属内菜豆炭疽病菌和香蕉炭疽病菌作为2种待测病菌，间座壳属的柑桔砂皮病菌(Diaporthe citrichinensis，CBS134242)作为对照。
分别提取菜豆炭疽病菌(CBS 523.97)、香蕉炭疽病菌(CBS:144.31)和柑桔砂皮病菌(CBS134242)的基因组DNA，分别用这9个基因的引物对(表2)扩增这9个基因，分别测序扩增产物，得到3个待测病菌的ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、Apmat和GS这9个基因序列。
2、利用刺盘孢属多基因或其数据库来鉴定待测病菌是否为菜豆炭疽病菌
将上述1得到的2种待测病菌的ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、Apmat和GS这9个基因序列的fasta与现有刺盘孢属物种的ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、GS和ApMat这9个基因序列(在本发明的实施例中采用表1所示的基因序列)构建系统发育树，通过待测病菌归属于系统发育树的哪一支判断，该待测病菌为或候选为刺盘孢属中的哪个物种。
为了进一步准确判断，也可以将待测病菌这9个基因和现有的刺盘孢属的这9个基因序列(在本发明的实施例中采用表1所示的基因序列)进行同源性比对，若待测病菌这9个基因中至少7个基因与某个现有刺盘孢属物种的对应基因的同源性均大于等于97％，则该待测病菌为该刺盘孢属物种。
在本发明的实施例中，上述构建系统发育树和同源性比对为直接输入实施例1制备的数据库的代码中。
结果如下：
待测菜豆炭疽病菌(CBS 523.97)系统发育树上与菜豆炭疽病菌Colletotrichumlindemuthianum聚在具有高支持率的一支上(100％bootstrap支持率)，且ITS(JX546815)、GAPDH(JX546719)、CHS-1(JX546861)、ACT(JX546623)、TUB2(JX546861)的基因序列与菜豆炭疽病菌Colletotrichum lindemuthianum的模式菌株的多个基因序列ITS(JQ005779)、GAPDH(JX546712)、CHS-1(JQ005800)、ACT(JQ005842)、TUB2(JQ005863)有高度的相似性(97％-100％)，因此鉴定该病菌为菜豆炭疽病菌Colletotrichum lindemuthianum；该待测菜豆炭疽病菌为菜豆炭疽病菌。
待测香蕉炭疽病菌(CBS:144.31)中ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2和GS的基因序列与菜豆炭疽病菌Colletotrichum lindemuthianum的模式菌株的系统发育树上距离远，亲缘关系较远，且待测香蕉炭疽病菌的多个基因序列ITS(JQ005779)、GAPDH(JX546712)、CHS-1(JQ005800)、HIS3(JQ005821)、ACT(JQ005842)、TUB2(JQ005863)和GS(KF178643)相似性仅为(85％-90％)，因此该待测菌不为菜豆炭疽病菌。
对照样本柑桔砂皮病菌(CBS134242)ITS(JQ954648)、HIS3(KJ420880)、ACT(KJ420779)、TUB2(MF418524)和CAL(KC357494)的基因序列在系统发育树上不归属于刺盘孢属所有物种的任何一支中，且待测柑桔砂皮病菌的ITS、HITS3、ACT、TUB2和CAL与刺盘孢属的相似度在63％-90％)，因此该菌不是刺盘孢属内真菌。
综上所述，本发明的方法可以成功判断待测病菌是否为刺盘孢属，且可以判断待测病菌具体为哪个刺盘孢属物种。
SEQUENCE LISTING
<110>中国科学院微生物研究所
<120> 菜豆炭疽病菌多基因谱系筛查方法
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tcattctacg tatgtgcccg 20
<210> 5
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 5
gaattcaagg aggccttctc 20
<210> 6
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 6
cttctgcatc atgagctgga c 21
<210> 7
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 7
tggggcaagg atgcttggaa gaag 24
<210> 8
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 8
tggaagaacc atctgtgaga gttg 24
<210> 9
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 9
gccgtcaacg accccttcat tga 23
<210> 10
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 10
gggtggagtc gtacttgagc atgt 24
<210> 11
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 11
atggccgagt acatctgg 18
<210> 12
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 12
tacacgagsa aaaggatacg c 21
<210> 13
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 13
gatacgcctc ttccagcgtt 20
<210> 14
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 14
gaaccgtcga agttccac 18
<210> 15
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 15
agrcgcacat tgtcagtatc g 21
<210> 16
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 16
aggtccactg gtggcaag 18
<210> 17
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 17
agctggatgt ccttggactg 20
<210> 18
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 18
tccgtaggtg aacctgcgg 19
<210> 19
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 19
tcctccgctt attgatatgc 20
<210> 20
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 20
aacatgcgtg agattgtaag t 21
<210> 21
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial sequence
<400> 21
accctcagtg tagtgaccct tggc 24

Claims (10)

1.a)所示的物质在如下1)-7)至少一种功能或制备具有1)-7)至少一种功能的产品中的应用：
或，a)和b)所示的物质在如下1)-7)至少一种功能或制备具有1)-7)至少一种功能的产品中的应用：
a)所示的物质为检测如下基因序列的物质：ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS；
b)所示的物质为记载现有刺盘孢属物种及各物种中ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS基因序列的可读载体；
1)鉴定或区分刺盘孢属物种；
2)鉴定或辅助鉴定待测病原菌是否为刺盘孢属；
3)鉴定或辅助鉴定待测病原菌属于哪种刺盘孢属物种；
4)鉴定或辅助鉴定待测病原菌是否为菜豆炭疽病菌；
5)对待测病原菌进行刺盘孢属物种归属；
6)对待测病原菌进行刺盘孢属物种聚类；
7)鉴定或辅助鉴定待测样品中是否含有刺盘孢属物种。
2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于：
b)所示的物质中所述现有刺盘孢属物种及各物种中ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS基因序列来源于现有数据库中所有刺盘孢属物种模式和/或凭证模式的ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、GS和ApMat基因序列；
或b)所示的物质中所述现有刺盘孢属物种及各物种中ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS基因序列来源于现有数据库中所有刺盘孢属物种模式和凭证模式的ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、GS和ApMat基因序列和所述数据库中缺失的现有刺盘孢属物种中的ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、GS和ApMat基因序列。
3.根据权利要求1或2所述的应用，其特征在于：
a)所示的物质中所述检测如下基因序列的物质：ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS包括特异捕获待测样本或待测病原菌中ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS基因的物质。
4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于：
所述特异捕获待测样本或待测病原菌中ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS基因的物质包括用于扩增ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS基因的引物对。
5.一种具有1)-7)至少一种功能的产品，为权利要求1-4中任一所述的应用中的a)所示的物质，或，权利要求1-4中任一所述的应用中的a)和b)所示的物质；
1)鉴定或区分刺盘孢属物种；
2)鉴定或辅助鉴定待测病原菌是否为刺盘孢属；
3)鉴定或辅助鉴定待测病原菌属于哪种刺盘孢属物种；
4)鉴定或辅助鉴定待测病原菌是否为菜豆炭疽病菌；
5)对待测病原菌进行刺盘孢属物种归属；
6)对待测病原菌进行刺盘孢属物种聚类；
7)鉴定或辅助鉴定待测样品中是否含有刺盘孢属物种。
6.一种检测或辅助检测待测样本中是否含有刺盘孢属物种的方法，包括如下1)-3)的步骤：
1)捕获待测样本基因组中的ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS基因，测序，得到待测样本中各个基因的序列；
2)将所述待测样本中各个基因的序列与权利要求1-4任一中的所述现有刺盘孢属物种及各物种中ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS基因序列构建系统发育树，若待测样本归属于系统发育树中某支，则该待测样本含有或候选含有该支对应的刺盘孢属物种；若待测样本不归属于所述系统发育树中任何支，则该待测样本不含有或候选不含有刺盘孢属。
7.一种检测或辅助检测待测病原菌是否为刺盘孢属的物种的方法，包括如下1)-3)的步骤：
1)捕获待测病原菌基因组中的ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS基因，测序，得到待测病原菌各个基因序列；
2)将所述各个基因序列与权利要求1-4任一中的所述现有刺盘孢属物种及各物种中ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS基因序列，构建系统发育树，
若待测病原菌归属于系统发育树中某支，则该待测病原菌为或候选为该支对应的刺盘孢属物种；若待测病原菌归不归属于所述系统发育树中任何支，则该待测病原菌不为或候选不为刺盘孢属。
8.一种检测或辅助检测待测病原菌属于哪种刺盘孢属物种的方法，包括如下1)-3)的步骤：
1)捕获待测病原菌基因组中的ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS基因，测序，得到待测病原菌各个基因序列；
2)将所述各个基因序列与权利要求1-4任一中的所述现有刺盘孢属物种及各物种中ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS基因序列构建系统发育树，
若待测病原菌归属于系统发育树中某支，则该待测病原菌为或候选为该支对应的刺盘孢属物种。
9.根据权利要求6-8任一所述的方法，其特征在于：
在所述方法中，在所述步骤2)后还包括如下步骤：
将所述待测样本或所述待测病原菌ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS基因与所述权利要求1-4任一中的所述各个现有刺盘孢属物种中ITS、GAPDH、CHS-1、HIS3、ACT、TUB2、CAL、ApMat和GS基因序列进行同源性比对，若至少7个基因的同源性与某种现有刺盘孢属物种对应基因的同源性均大于97％，则所述待测样本含有该种现有刺盘孢属物种或所述待测病原菌为该种现有刺盘孢属物种。
10.根据权利要求1-4任一所述的应用或权利要求5所述的物质或权利要求6-8任一所述的方法，其特征在于：所述刺盘孢属为菜豆炭疽病菌。
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