CN111454958A

CN111454958A - 快长优质草鱼SNPs及其应用

Info

Publication number: CN111454958A
Application number: CN202010228130.6A
Authority: CN
Inventors: 樊佳佳; 马冬梅; 朱华平; 白俊杰; 姜鹏; 李胜杰
Original assignee: Pearl River Fisheries Research Institute CAFS
Current assignee: Pearl River Fisheries Research Institute CAFS
Priority date: 2020-03-27
Filing date: 2020-03-27
Publication date: 2020-07-28
Anticipated expiration: 2040-03-27
Also published as: CN111454958B

Abstract

本发明公开了快长优质草鱼SNPs及其应用，本发明通过检测草鱼的三个SNP标记，SNP1位于草鱼基因SEQ ID NO.1第175位碱基、SNP2位于草鱼基因SEQ ID NO.1第4139位碱基、SNP3位于草鱼基因SEQ ID NO.1第4516位碱基。通过SNP位点的筛选，能够在相同养殖条件下快速获得体重、体长、体高和体宽优异，肥满度低的生长快且体型修长的草鱼个体。本发明保证了检测结果的可靠性，无需繁琐操作进行测序分析，提高了处理效率和精确性。本发明能够有效用于草鱼的分子标记辅助育种，加快草鱼育种进程。

Description

快长优质草鱼SNPs及其应用

技术领域

本发明属于DNA标记技术领域，特别涉及快长优质草鱼SNPs及其应用。

背景技术

草鱼(Ctenopharyngodon idella)属雅罗鱼亚科(Leuciscinae)、草鱼属(Ctenopharyn godon)，具有生长速度快，肉质鲜美，营养价值高等优点，目前是我国淡水养殖鱼类中年产量最大的养殖对象。草鱼养殖业在近些年快速而且健康地发展，不仅为我国乃至发展中国家人民提供了大量优质动物蛋白，同时带动了相关产业如饲料加工、运输和销售行业的发展壮大。至今，草鱼多为野生种直接驯化而成，缺少定向选育，以至于有亲本质量差，后代生长速度慢、规格不齐、抗病力差等问题，对社会造成重大的经济损失，因此，选育高产优质的草鱼良种一直是草鱼育种工作的中心目标。肥满度是评价鱼类肥瘦程度和体型差别的一个指标。肥满度较低的鱼，外形比较修长，属于市场接受度较高的鱼。所以草鱼选育目标是选择生长速度快且体型修长的新品种。

在开展常规选育研究的同时，开发和应用分子标记辅助育种技术可加快草鱼良种选育进程。SNP是指基因组DNA序列中由于单个核苷酸变异而产生的多态性。研究发现在功能基因启动子区域的SNP可能会影响基因转录效率，进而影响基因翻译效率，造成蛋白质表达量的差异。内含子(等非编码序列)虽然不编码蛋白，但在mRNA剪切、基因的转录和表达上有着重要的调控作用。此外，在SNP标记研究和应用中发现，基因组上相邻SNP的等位基因位点倾向以整体形式遗传给后代，这种一组相关联的SNPs等位基因位点被称作单倍型(haplotype)。数量性状一般由多种微效基因及多个位点共同调控，为提高基因或等位基因与性状的真实相关性，需要结合多个位点的综合效应进行单倍型或双倍型。

发明内容

本发明的首要目的在于提供生长速度快且体型修长的优质草鱼SNPs及其应用，SNPs可作为草鱼生长性状的可靠标记，便于进行早期选择，提高选育效率。

本发明的次要目的在于提供一种筛选生长速度快且体型修长的优质草鱼的方法。

本发明所采取的技术方案是：

本发明提供了一种草鱼生长相关的基因序列如SEQ ID NO.1所示。

本发明提供了前面所述草鱼生长相关的基因序列，SEQ ID NO.1的第175位S为碱基C或G，SEQ ID NO.1的第4139位S为碱基G或C，SEQ ID NO.1的第4516位R为碱基G或A。

本发明提供了前面所述的基因序列SEQ ID NO.1在判断草鱼生长快慢的应用。

本发明提供了草鱼生长快慢相关的SNP位点，其为SEQ ID NO.1第175位碱基、SEQIDNO.1第4139位碱基、SEQ ID NO.1第4516位碱基。

本发明提供了前面所述SNP位点在判断或鉴别草鱼生长快慢中的应用。

本发明提供了前面所述SNP位点在选育生长优异草鱼品种的应用。

本发明提供了一种筛选草鱼生长快慢的方法，包括以下步骤：

检测草鱼基因序列SEQ ID NO.1的第175位碱基处的SNP位点是否为基因型CG，若是，则为体重、体长、体高和体宽优异，肥满度低的生长快且体型修长的草鱼；

和，检测草鱼基因SEQ ID NO.1的第4139位碱基处的SNP位点是否为基因型GG，若是，则为体重、体长、体高和体宽优异，肥满度低的生长快且体型修长的草鱼；

和，检测草鱼基因SEQ ID NO.1的第4516位碱基处的SNP位点是否为基因型GG，若是，则为体重、体长、体高和体宽优异，肥满度低的生长快且体型修长的草鱼。

根据本发明的实施例，包括以下步骤：

(1)提取草鱼的基因组DNA；

(2)以提取的基因组DNA为模板，进行PCR扩增，检测草鱼基因序列第175位碱基的基因型是否为CG、第4139位碱基的基因型是否为GG、第4516位碱基的基因型是否为GG。

根据本发明的实施例，所述PCR扩增：使用引物SNP1F和SNP1R、SNP2F和SNP2R、SNP3F和SNP3R进行PCR扩增，得到PCR产物，所述引物对的核苷酸序列如下：

SNP1F：TCACAAAGCAACACACCAT；

SNP1R：ATACAAAATGGCAGATTATCTGTG；

SNP2F：ACACTTATGTACGTTAGAGAAA；

SNP2R：AGTAAAGCTCACTCAATCCTATTC；

SNP3F：CAAAATGCTATTTCAAACACTCA；

SNP3R：CTCCATCTGAGAGCACTG；

再将PCR产物使用引物SNP1、SNP2和SNP3进行延伸扩增，测序分析，确定草鱼基因

SEQ ID NO.1第175位碱基、基因SEQ ID NO.1第4139位碱基、基因SEQ ID NO.1第

4516位碱基的基因型；

SNP1：ctgactgactgactgactgaACCGTAAGAGCTAGAGTATGTTGT；

SNP2：ctgactgactgactgactgactgactgactCCCCTCAAAGATCTTTAGAGAGAG；

SNP3：ctgactgactgactCAATTGACGTTATGAAGTGAGTTT。

根据本发明的实施例，所述的PCR扩增体系为：

(1)多重PCR扩增

将合成好的引物稀释到10pmol，将前面所述的SNP1F、SNP2F和SNP3F混匀为上游引物，再将前面所述的SNP1R、SNP2R和SNP3R混匀为下游引物；

多重PCR扩增体系：

PCR扩增条件：

(2)PCR产物纯化

PCR扩增后取3ul PCR产物用ExoI和FastAP纯化，主要是用ExoI去除反应产物中的剩余引物，用FastAP去除反应中剩余的DNTP；

37℃15min，80℃15min，纯化好后进行延伸反应，预先混好延伸引物；

(3)延伸反应

体系：

延伸条件：

(4)取1ul延伸产物，加10ul上样Hidi，95℃变性3min，立即冰水浴后用以测序。

本发明的有益效果是：

本发明通过检测草鱼的三个SNP标记，能够在相同养殖条件下快速有效获得体重、体长、体高和体宽优异且体型修长的草鱼个体。本发明保证了检测结果的可靠性，无需繁琐操作进行测序分析，提高了处理效率和精确性。与传统的方法相比，目的性更强，且操作简单、检测快速、便于广泛推广使用。

具体实施方式

下面结合实施例对本发明作进一步说明。

实施例1 SNP标记

草鱼基因序列如下，在SEQ ID NO.1的第175位碱基、SEQ ID NO.1的第4139位、SEQID NO.1的第4516位各发现一个SNP位点。

SNP1在SEQ ID NO.1的第175位碱基处有等位基因C或G，组成三种基因型CC、CG和GG；SNP2在SEQ ID NO.1的第4139位碱基处有等位基因G或C，组成三种基因型CC、CG和GG；SNP3在SEQ ID NO.1的第4516位碱基处有等位基因G或A，组成两种基因型AG和GG。

实施例2SNP位点筛选、与生长性状关联的验证

1.样品基因组DNA提取

取草鱼鳍条组织，提取其基因组DNA(广州美基生物海洋动物组织基因组DNA提取试剂盒)，检测DNA完整性、DNA质量和浓度。

2.引物设计和合成

从草鱼基因组数据库获得一个基因片段，为了验证序列的准确性和筛选SNPs位点，利用Primer Premier 5.0软件设计5对PCR引物P1～P5(序列见表1)对24个不同地理来源群体进行扩增，PCR引物委托广州艾基生物科技有限公司进行合成。

表1筛选基因片段SNPs位点的测序引物

3.PCR扩增反应体系：

PCR扩增反应条件：扩增程序为95℃预变性3min，然后35个循环(94℃变性30s,55℃复性30s,72℃延伸120s),最后72℃延伸7min。得到PCR扩增反应产物并测序。扩增片段利用Vector NTI Advance11软件进行比对，获得SNPs位点。

结果：发现3个SNPs位点，分别为SNP1(C175G)、SNP2(G4139C)和SNP3(G4516A)。

4.草鱼基因片段SNPs位点的基因分型

对筛选获得的SNPs位点进行SNaPshot分型。设计分型引物对196尾草鱼样本进行多重PCR扩增。

将SNP1F、SNP2F和SNP3F混匀为上游引物，再将SNP1R、SNP2R和SNP3R混匀为下游引物；

多重PCR扩增体系：

多重PCR扩增反应程序：

取3ul PCR产物用Exo I和FastAP(Fermentas)纯化。

纯化体系为：PCR产物3ul；ExoI 0.2ul；FastAP 0.8ul；ExoI buffer 0.7ul；H₂O补至7ul。37℃15min，80℃15min。

扩增产物纯化后，采用ABI公司的SNaPshot试剂盒，按其操作说明进行延伸反应。

延伸体系：PCR产物2ul；Snapshot Mix试剂1ul；延伸引物1ul；水补至6ul。延伸条件：96℃1min；96℃10s，52℃5s，循环30次；60℃30s。取延伸产物1ul，加10ul上样Hidi，95℃变性3min，立即冰浴，上ABI 3730XL测序仪进行检测。SnaPshot方法分型由上海捷瑞生物工程有限公司完成。

表2 SNPs位点的多重PCR和延伸引物

结果见表3。根据0.25<PIC<0.50为中度多态原则，分析发现SNP1和SNP2这2个位点属于中度多态位点，而SNP3位点属于低度多态位点，经X²检验得到3个位点均处于Hardy-Weinberg(哈温平衡)平衡状态(P>0.05)。

表3 SNPs位点的遗传多样性分析

3个SNPs位点基因型及等位基因频率的统计结果见表4。在296个草鱼样本中，SNP1位点C和G等位基因频率分别为55.91％和44.09％；SNP2位点C和G等位基因频率分别为37.5％和62.5％；SNP3位点A和G等位基因频率分别为10.30％和89.70％，并且该位点仅存在基因型AG和GG，AA基因型缺失。

表4 SNPs位点的基因型和等位基因频率

位点	样品数	基因型频率	等位基因频率
				SNP1	296	CC(28.04％)CG(55.74％)GG(16.22％)	C(55.91％)G(44.09％)
SNP2	296	CC(14.87％)CG(45.27％)GG(39.87％)	C(37.50％)G(62.50％)
				SNP3	296	AG(20.61％)GG(79.39％)	A(10.30％)G(89.70％)

5.SNPs与生长性状关联分析

本发明筛选草鱼基因的3个SNP位点与体重、体长、体高、体宽和肥满度进行相关性分析。

结果显示：SNP1位点的CG属于生长优势基因型，CG基因型样本在体重、体长、体高和体宽显著高于CC和GG基因型样本(P<0.05)，GG型肥满度显著低于CC和CG基因型(P<0.05)。而SNP2和SNP3位点基因型与生长性状差异不显著(P>0.05)，SNP2基因型在肥满度上也差异不显著(P>0.05)，SNP3位点AG基因型肥满度显著高于GG基因型(P<0.05)(见表5)。

表5 3个SNPs不同基因型与生长性状关联分析

6.SNPs双倍型与生长性状关联分析

将SNP1和SNP2、SNP3标记相互组合成双倍型(去掉频率小于3％的双倍型)。SNP1和SNP2共组成5种双倍型(见表6)，其中D4双倍型体重显著高于D1、D8和D9双倍型(P<0.05)，D4双倍型肥满度显著高于D1和D5双倍型，双倍型在体长、体高和体宽上差异不显著(P>0.05)；SNP1和SNP3共组成5种双倍型(见表7)，其中D4双倍型在体重、体宽和体高上显著高于D2双倍型(P<0.05)，而D4双倍型在肥满度上均显著高于其它双倍型(P<0.05)；SNP1、SNP2和SNP3三个标记共同组合成6种双倍型(见表8)，其中在体重上双倍型H10平均体重和体长均最高，且组间不同双倍型性状差异显著(P<0.05)。而体高、体宽和肥满度性状双倍型H9个体均值最高，且组间不同双倍型性状差异显著(P<0.05)。

表6 SNP1标记和SNP2标记组成的不同双倍型与生长的关联分析

表7 SNP1标记和SNP3标记组成的不同双倍型与生长的关联分析

表8 SNP1、SNP2标记和SNP3标记组成的不同双倍型与生长的关联分析

注：不同大写字母表示同一位点不同基因型间差异极显著(P<0.01)；不同小写字母表示差异显著(P<0.05)

草鱼基因SEQ ID NO.1的第175位碱基的SNP位点是否为CG基因型，草鱼基因SEQID NO.1的第4139位碱基处的SNP位点是否为GG基因型，以及草鱼基因SEQ ID NO.1的第4516位碱基处的SNP位点是否为GG基因型，则为体重、体长、体高和体宽最高、肥满度最低快速优质的草鱼，3个SNP位点需要同时满足。

本发明3个SNPs位点中，SNP1位于启动子，SNP2和SNP3位于内含子。利用一般线性模型分析3个SNPs位点与草鱼生长性状的关系，结果表明，SNP1标记CG基因型在体质量、体长、体高和体宽上均显著高于其他基因型个体(P<0.05)但该标记肥满度也高于其它基因型(P<0.05)。将3个SNPs位点不同基因型组合成6种双倍型(去掉频率小于3％的组合)，表明H10双倍型(CGGGGG)在体质量、体长、体高和体宽上显著高于其它基因型个体(P<0.05)，但肥满度确相对较低，表明H10双倍型个体不光生长速度快，其体型还修长，因而可以考虑将草鱼前胰岛素原基因H10双倍型作为快长优质草鱼候选标记，应用于草鱼分子标记辅助育种。

上述实施例为本发明较佳的实施方式，但本发明的实施方式并不受上述实施例的限制，其他的任何未背离本发明的精神实质与原理下所作的改变、修饰、替代、组合、简化，均应为等效的置换方式，都包含在本发明的保护范围之内。

SEQUENCE LISTING

<110> 中国水产科学研究院珠江水产研究所

<120> 快长优质草鱼SNPs及其应用

<130>

<160> 20

<170> PatentIn version 3.5

<210> 1

<211> 6577

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 1

gtgtgacatc aggacgacac acagtgtaac gtaagtcaca gttacctgct gtagtgtcct 60

tgtttttaat aactcctcca ctaatgattc acagtttgtt tattagttca caattccgta 120

gattcatcac aaagcaacac accatgaacc accgtaagag ctagagtatg ttgtsttttc 180

ttcacagata atctgccatt ttgtataatt tattgctgat atgatgttgg tttattaaaa 240

gaaataaatg tgaatccaat gaaatacagc tttgaacaaa agtttgatta tgagattgat 300

agtgactcag aaagtaaaaa aaggtaaagc acccaaataa aaaaacacca actgttgcta 360

aagcagctca catgaatgtg ttttgtctct agatgtctct tctgttctgc tggatgatgg 420

agtaagctgc agctgtgtga aagatggaag acacagggtg gtctaatata ttacactaaa 480

agtgtacatg catgtaagca tctataatca tcaggtaaat tcgttttcaa aagctgtact 540

actgacacaa actgttaaag tcagacaaat cacattacaa ataaattagt ttacatggat 600

attgaatgtg aaggtaatat tatgtaatgc ttgaatacaa cactgagaca atttactaat 660

ttactaactg cagaactgag ctgcatgttt ttctatgcct taaatttata gaaatggaat 720

gaatgttttt tttataaatt catcaagtta ttatgaagtt gatgaaatgt taagcccata 780

ttgtatgcat tgtgtaagca atgttacaac atattctggg ttttcatttg taggtattgt 840

tgcaacaatt aaataattat tagaaattaa taattaaaat gttactgaga agaatactaa 900

caactaactt ctgccaatat tgcttcttgg taacaaacac atttaagcaa ttattccttt 960

catacaaatc aattaaataa ctttgaatgt tttaaagttg gaagtttacg caaacatgca 1020

aatctgtgca tcatatatta agaaaagatt tttgaaatga ctgcaagtgt ataatgtgac 1080

taaaaatcca tcaaagccat ctcttcatta aaaccatttt attgccatct tacatgcatc 1140

atgagcttgc aaagtgaaga aaatgggttt gtttccctga ggcaatatca taaaaaaagg 1200

gttaagatag aagtgattta ttcatttaat atataaatga tgtcttatga tatgggtttt 1260

gctgggtaat ttagggtgat ggacttaaca taggctccat ttcaaaaggc taacgcctca 1320

tgtaataaca cactacctac gtaaaagcaa taatcaaata tacaaactgt gatgatagat 1380

gcaatataaa ttatatttca ctgttaaata ttttgcagat tcagttttac acatttattt 1440

gatatggact tattgtttta tattgtgtca gagatgttta ttttatagct cttattgtaa 1500

ttgttatcat gcctctttac atttagatat gttaaaactg catgttttca aaggtgagca 1560

cttcaaacat tgtttaaaaa aaagttgtaa ataaataaat ttctttaaat gttcattggt 1620

gtttgcttat agccataaac ataagaaggt ggactgcatt caggaaatgt gctgtagaat 1680

acatactttt attgtaaaat aaaaagcacc cccataaaac tgtattttcc tctcttgtta 1740

gcttggatcc atatatcttt ggcacattca ctgcatgatg acaatcacta tactataaaa 1800

actgctttat tataagataa ccttaaaaag ggccgaaagt catgaagttc agcactaatg 1860

ttacattaac agcttctctt tgtgtactgc taaatatgtt aaatatgcta aaatatattc 1920

tattctaaaa aatgttgcaa tttttatgaa aaaataagac acatcacata taatgtaaat 1980

ggaatttcat acaaagctgt ttttgttaaa taatagcaga tgatgctata tgatacattt 2040

ttccaagtaa accacttttg tggctgaaaa cactacaatt ctacaaatct gtagaacatt 2100

acgaaagttt gtggtagttt gctatgaaat ctttcaaaaa caggccacta tattgactaa 2160

ttgcacatct tcattgctag aaaacgtcag tgaggacgtc acaaacatta ctaatgacta 2220

atgagacatg taattccatt ttctcgagaa tgagatgctt ggagatattc tgctgtttca 2280

ctgaaatgat ctttacatag agaagccacc agctgtcacc acagcagatc catgatcagg 2340

ctattctgtg taaactactt tcctcaacac ttattaacaa ttaaccaata ctcacttgag 2400

attgacagca caggctacta gacctgcgtg agcagcagaa tgtgtttgtc tttcatgagc 2460

gtagtatcac tccggagttc atgtgaattg gttgggcaaa caccgctaat gtggcatgtg 2520

taattggacg gtcacttaaa agagttagtg tgtttgcgca caggattcgt tttccgctga 2580

ttcaggcaga ctgcaaaaca tgcctaaacg catgtataaa agtgagaagg acacgctgtt 2640

cgtcccaaac catctctcct ctaccatctc taccattcct tgtctgcttc aagaacaggt 2700

aagtgaccag caagatggta aatcaacaga aaatgctatt gtaactcgtg tacagttgat 2760

gcaactttat gcatgtagac gtacatttgt tttatcagta aaagggcata tatctgtttt 2820

tctgtcagtg tgaccatggc agtgtggctc caggctggtg ctctgttgtt cctgttggcc 2880

gtctccagtg tgaacgctaa cgcaggggcc ccgcagcacc tgtgtggatc tcatctcgtc 2940

gatgccctct acctggtctg tgggccaaca ggcttctttt acaaccccaa gagagatgtt 3000

gaccctctta tgggtaagaa agactatgtt tctagttaaa gagctttgaa aggtagtgct 3060

gttcactact attgatgaca atgataagat gataaaaaag taataatact ctggatactg 3120

caaagatatt tcaggtattt aattttgcac agtgtacccc agccaacatt gcatggtggg 3180

gtcaatgtag gcacgatata ggcttgtggt atggatccta catgggtttg tccatgagtt 3240

ccaggggttc tgaattatcc catactggct aatggaaccc ataaacaaat ccatgtaggg 3300

cccatagtct attttatgga cctttgaaat gcaaatagca tgaataagta aataaataaa 3360

actgaataaa gcaggtgttc aaaataataa tataagcaat ttttcataat aatgtaagca 3420

attcaagcat aaacatatgc tcaacgaaac ctaaatgatg tgtaagaaca aacctcttct 3480

ggaagctcaa atgtgctgcg taatagggct gcacaatttg gagaaaaatt ctaattgcga 3540

tttttctggt taaaattgcg atttgcgatt taaaatgcga ttttataaaa caaatgaaaa 3600

aaaattataa acaataccag gcttgttttg cttgtttgta gggctgcaca atttggcctg 3660

aaatttagtg ctaatatatt attttgacta attattttta ttattattat tatcattatt 3720

gctaaataaa aatattaaac caaataagaa atattactgt tgtaataact ttcattatta 3780

aagtatttag catcagtatt taattataaa tataactata ataattagaa aataatattt 3840

aaaacttgta tgacaaaatt tggggttacc tgttaacatg caagcagtat gtctataaat 3900

cattagaaag gtctaaggat ttattatcaa atattatatt attatgataa aaatctgtct 3960

caataatttc tttctttttg tcaggaggta tgcaaaatca aaaatggagt ccctgtattt 4020

aatatgatta cgtgattcta atgcatccac tgtggaaaaa aaccctgtac acttatgtac 4080

gttagagaaa aacatattga ttatactgta tgttcccctc aaagatcttt agagagagsa 4140

attctttttc ctatttttac cctgaatagg attgagtgag ctttacttgc cactaaacat 4200

gtctgtttca tactggacgc cggagggcgc ccttgagcag atactccaaa tactccaaat 4260

atacgcaata taacaaatgc tgttccagga aatccccaat gggcatcatg ctatagctgt 4320

gactgaataa aaagaaggta gaaacgcttt gattgattaa acatgaataa aataaacaga 4380

cgactacaac aatacatggt ttatatgttt tcttcaagcc ttctcgggta tttccgtaat 4440

aataaagtat atttataatc taatgctaat caaaatgcta tttcaaacac tcaattgacg 4500

ttatgaagtg agtttrgagt aaaaacacat taaatgttgt cttttgttag aaaagaagtt 4560

cataaaggct tctcatgttt ggaaagtttg tatatttgat gtgtgttgct ttttctaatg 4620

cagtgctctc agatggagcg tcatttacta ctgatcacag agcagctctt cactaacacg 4680

ctgtgtacat atttatataa ttaaaaatcg cagcctttgc gatgtcataa tcgcactaag 4740

ccaaatcacg atttcgtttc gattacgatt aatcgtgcag ccctactgcg taactaatga 4800

ggttcattct cgtgtgttac gcagcacgtt tgagcttcca gaagagaatt gtttttgtgt 4860

gtcattcagg ttcggttgag cttttgtttg tgttcggtga tcaatgttca tatgtgagta 4920

aaagcctaaa tttaatctgt tcatcatata aagcgatcga gtctcttcaa aaaaaattga 4980

ctaaaccact tgattcatat ggcttagttt tccgatctct ttatgaactt tttgaagcat 5040

caaagttaca attgtgtagg ctgtctgtgg agggacagga agctctcaaa tttcatcaaa 5100

aagatcttca ttttgattcc aaagatgaac aaaagtctta cgggtttgga acgacattag 5160

gtaattaatg acagaatttt catttttggg gggaactaac cctttaagtg tgtaaaacag 5220

gcttcacagt atctcatcaa ggctaggcat attttgttgg caattcaaga tgattttaac 5280

cccagtgtca ataaataaag gtctgatctg attgtctact ttttttttta tctaaatgaa 5340

tggtgaacta caaagaatta acttcaaaat aagaattggc tcagttgtac actaatatta 5400

aactagacta atgtcaggat tttctctatt attgtatttt tcccaggttt ccttcctcct 5460

aaatctgccc aggaaactga ggtggctgac tttgcattta aagatcatgc tgagctgata 5520

aggaagagag gcatagtgga gcagtgctgc cacaaaccct gcagcatctt tgagctgcag 5580

aattactgta attaaagaac ctatatgtcc tgtgacagct gtcaatgact tcaccacctg 5640

tttgcacaca ggtatcagcc ttaatgctct tgatttgttt ttcatagaaa ataaaatttt 5700

atcaaatgaa tgcaggactg tttgtatgac tacattgcag tttatataac caatttaaaa 5760

ttacagtcat ttaaatgaga aaacaatgca gaattatttg atgttaagaa cagaaagata 5820

aacataaatc aaacaaatta attcagcacc atctgagttt tcctgattga gattcagact 5880

gtgctcagat tctggaactt ttagtttttg gtgcaagaaa cttcaactaa cattctatgt 5940

ggacaaaaca tgtagaatat ggcttcttca ctgtaagcta gtggtgcagt tgcaaggttg 6000

tgacatcaaa ttatataatg tttcatagtt cctgaatgca aggttcattt ttagtaaatt 6060

aacaattatg agggtgatat ttctccaatt ctgtgtaaca atgtcccact aaatgttgtg 6120

ggataatatg ttatgaaatg tagtgtctgg accaatcaga cacacaatta ttcattatat 6180

ttaatgaatt atccagaaac tcgctctctc aaacttctgt gaacccatcc ccctaaaact 6240

gcaactagca tcccaaatgt agctaacaca caggcagaac taggtgtcct gttacaggac 6300

acaggaaaac tgataagaac ttttatgatc agaaagaatt ttgcagagac tagtgactct 6360

gacttcattc tttctgagaa ggacaaataa accctcttaa tcctatatat tctatatata 6420

accacttgag aaatgtataa acatgtatcc aattttccca tctcatgact ttacttttat 6480

aggctttatg tattaattct ctcttatgaa ctattttggt attaatgttt cagagttgca 6540

aatttataat tacctaaaat cacatgggta gcatgtt 6577

<210> 2

<211> 21

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 2

gacatcagga cgacacacag t 21

<210> 3

<211> 23

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 3

ggcgtaaaca tctctgacac aat 23

<210> 4

<211> 21

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 4

ttcaaaaggc taacgcctca t 21

<210> 5

<211> 19

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 5

gccatggtca cactgacag 19

<210> 6

<211> 21

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 6

gtgagaagga cacgctgttc g 21

<210> 7

<211> 20

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 7

tccggcgtcc agtatgaaac 20

<210> 8

<211> 22

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 8

gattctaatg catccactgt gg 22

<210> 9

<211> 24

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 9

ggtagacaat cagatcagac cttt 24

<210> 10

<211> 22

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 10

gggtttggaa cgacattagg ta 22

<210> 11

<211> 23

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 11

aacatgctac ccatgtgatt tta 23

<210> 12

<211> 19

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 12

tcacaaagca acacaccat 19

<210> 13

<211> 24

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 13

atacaaaatg gcagattatc tgtg 24

<210> 14

<211> 44

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 14

ctgactgact gactgactga accgtaagag ctagagtatg ttgt 44

<210> 15

<211> 22

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 15

acacttatgt acgttagaga aa 22

<210> 16

<211> 24

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 16

agtaaagctc actcaatcct attc 24

<210> 17

<211> 54

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 17

ctgactgact gactgactga ctgactgact cccctcaaag atctttagag agag 54

<210> 18

<211> 23

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 18

caaaatgcta tttcaaacac tca 23

<210> 19

<211> 18

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 19

ctccatctga gagcactg 18

<210> 20

<211> 38

<212> DNA

<213> 人工序列

<400> 20

ctgactgact gactcaattg acgttatgaa gtgagttt 38

Claims

1.草鱼生长相关的基因序列如SEQ ID NO.1所示。

2.权利要求1所述草鱼生长相关的基因序列，SEQ ID NO.1的第175位S为碱基C或G，SEQID NO.1的第4139位S为碱基G或C，SEQ ID NO.1的第4516位R为碱基G或A。

3.权利要求1或2所述的基因序列SEQ ID NO.1在判断草鱼生长快慢的应用。

4.草鱼生长相关的SNP位点，其为SEQ ID NO.1第175位碱基、SEQ ID NO.1第4139位碱基、SEQ ID NO.1第4516位碱基。

5.权利要求4所述的SNP位点在判断或鉴别草鱼生长快慢中的应用。

6.权利要求4所述的SNP位点在选育生长优异草鱼品种的应用。

7.一种筛选草鱼生长快慢的方法，其特征在于，包括以下步骤：

8.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，包括以下步骤：

(1)提取草鱼的基因组DNA；

9.根据权利要求8所述的方法，其特征在于，所述PCR扩增：使用引物SNP1F和SNP1R、SNP2F和SNP2R、SNP3F和SNP3R进行PCR扩增，得到PCR产物，所述引物对的核苷酸序列如下：

SNP1F：TCACAAAGCAACACACCAT；

SNP1R：ATACAAAATGGCAGATTATCTGTG；

SNP2F：ACACTTATGTACGTTAGAGAAA；

SNP2R：AGTAAAGCTCACTCAATCCTATTC；

SNP3F：CAAAATGCTATTTCAAACACTCA；

SNP3R：CTCCATCTGAGAGCACTG；

SEQ ID NO.1第175位碱基、基因SEQ ID NO.1第4139位碱基、基因SEQ ID NO.1第4516位碱基的基因型；

SNP1：ctgactgactgactgactgaACCGTAAGAGCTAGAGTATGTTGT；

SNP2：ctgactgactgactgactgactgactgactCCCCTCAAAGATCTTTAGAGAGAG；

SNP3：ctgactgactgactCAATTGACGTTATGAAGTGAGTTT。

10.根据权利要求8所述的方法，其特征在于，所述的PCR扩增步骤为：

(1)多重PCR扩增

将权利要求9的SNP1F、SNP2F和SNP3F混匀为上游引物，再将权利要求9的SNP1R、SNP2R和SNP3R混匀为下游引物；

多重PCR扩增体系：

多重PCR扩增反应程序：

(2)PCR产物纯化

37℃ 15min，80℃ 15min，纯化好后进行延伸反应，预先混好延伸引物；

(3)延伸反应

体系：

延伸条件：

(4)取1ul延伸产物与10ul上样Hidi，95℃变性3min，立即冰水浴后测序。