CN111261219A - 一种用于检测肝肿瘤良恶性程度的分级模型及其应用 - Google Patents
一种用于检测肝肿瘤良恶性程度的分级模型及其应用 Download PDFInfo
- Publication number
- CN111261219A CN111261219A CN201811352860.6A CN201811352860A CN111261219A CN 111261219 A CN111261219 A CN 111261219A CN 201811352860 A CN201811352860 A CN 201811352860A CN 111261219 A CN111261219 A CN 111261219A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- imprinted
- imprinted gene
- gene
- expression amount
- genes
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
- 208000014018 liver neoplasm Diseases 0.000 title claims abstract description 189
- 206010019695 Hepatic neoplasm Diseases 0.000 title claims abstract description 74
- 230000003211 malignant effect Effects 0.000 title claims description 42
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims abstract description 780
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 claims abstract description 525
- 230000002159 abnormal effect Effects 0.000 claims abstract description 182
- 238000012217 deletion Methods 0.000 claims abstract description 52
- 230000037430 deletion Effects 0.000 claims abstract description 52
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims abstract description 30
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 29
- 238000012224 gene deletion Methods 0.000 claims description 156
- 201000007270 liver cancer Diseases 0.000 claims description 115
- WZUVPPKBWHMQCE-UHFFFAOYSA-N Haematoxylin Chemical compound C12=CC(O)=C(O)C=C2CC2(O)C1C1=CC=C(O)C(O)=C1OC2 WZUVPPKBWHMQCE-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 62
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 claims description 51
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 51
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims description 47
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 claims description 46
- 230000005856 abnormality Effects 0.000 claims description 33
- 230000036210 malignancy Effects 0.000 claims description 31
- 210000003855 cell nucleus Anatomy 0.000 claims description 29
- 238000010186 staining Methods 0.000 claims description 29
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 claims description 19
- 238000011161 development Methods 0.000 claims description 12
- 210000004940 nucleus Anatomy 0.000 claims description 12
- 238000007901 in situ hybridization Methods 0.000 claims description 11
- 239000003550 marker Substances 0.000 claims description 10
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 claims description 8
- 101150050733 Gnas gene Proteins 0.000 claims description 6
- 101150069235 Snrpn gene Proteins 0.000 claims description 6
- 101150022985 sgcE gene Proteins 0.000 claims description 6
- 101100305638 Rattus norvegicus Rnf4 gene Proteins 0.000 claims description 5
- 101150070097 Snurf gene Proteins 0.000 claims description 5
- 239000003814 drug Substances 0.000 claims description 4
- 238000013145 classification model Methods 0.000 claims description 3
- 238000003384 imaging method Methods 0.000 claims description 3
- 238000013188 needle biopsy Methods 0.000 claims description 3
- 238000005070 sampling Methods 0.000 claims description 3
- 206010073069 Hepatic cancer Diseases 0.000 claims description 2
- 238000013461 design Methods 0.000 claims description 2
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 claims 1
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 abstract description 17
- 230000008859 change Effects 0.000 abstract description 5
- 238000011065 in-situ storage Methods 0.000 abstract description 3
- 230000001965 increasing effect Effects 0.000 description 19
- 230000001575 pathological effect Effects 0.000 description 13
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 12
- 230000008569 process Effects 0.000 description 9
- WSFSSNUMVMOOMR-UHFFFAOYSA-N Formaldehyde Chemical compound O=C WSFSSNUMVMOOMR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 208000020584 Polyploidy Diseases 0.000 description 8
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 8
- 230000000630 rising effect Effects 0.000 description 5
- 230000007935 neutral effect Effects 0.000 description 4
- 239000012188 paraffin wax Substances 0.000 description 4
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 description 3
- 102000013529 alpha-Fetoproteins Human genes 0.000 description 3
- 108010026331 alpha-Fetoproteins Proteins 0.000 description 3
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 3
- 239000003086 colorant Substances 0.000 description 3
- 230000006378 damage Effects 0.000 description 3
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 3
- 230000011987 methylation Effects 0.000 description 3
- 238000007069 methylation reaction Methods 0.000 description 3
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 3
- 230000004083 survival effect Effects 0.000 description 3
- -1 Igf2r Proteins 0.000 description 2
- 208000026487 Triploidy Diseases 0.000 description 2
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 2
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 2
- 210000000805 cytoplasm Anatomy 0.000 description 2
- 230000008995 epigenetic change Effects 0.000 description 2
- 230000030279 gene silencing Effects 0.000 description 2
- 210000003494 hepatocyte Anatomy 0.000 description 2
- 230000003902 lesion Effects 0.000 description 2
- 210000005229 liver cell Anatomy 0.000 description 2
- 210000001850 polyploid cell Anatomy 0.000 description 2
- 230000002980 postoperative effect Effects 0.000 description 2
- 230000010076 replication Effects 0.000 description 2
- 238000011160 research Methods 0.000 description 2
- 230000000638 stimulation Effects 0.000 description 2
- 238000002604 ultrasonography Methods 0.000 description 2
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 206010019799 Hepatitis viral Diseases 0.000 description 1
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 1
- 206010058467 Lung neoplasm malignant Diseases 0.000 description 1
- 108700020796 Oncogene Proteins 0.000 description 1
- 102000003992 Peroxidases Human genes 0.000 description 1
- 208000035199 Tetraploidy Diseases 0.000 description 1
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 1
- 208000027418 Wounds and injury Diseases 0.000 description 1
- 230000009471 action Effects 0.000 description 1
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 1
- 208000036878 aneuploidy Diseases 0.000 description 1
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 1
- 230000033228 biological regulation Effects 0.000 description 1
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 1
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 1
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 1
- 230000032823 cell division Effects 0.000 description 1
- 230000010261 cell growth Effects 0.000 description 1
- 208000019425 cirrhosis of liver Diseases 0.000 description 1
- 230000034994 death Effects 0.000 description 1
- 231100000517 death Toxicity 0.000 description 1
- 230000007547 defect Effects 0.000 description 1
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 description 1
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 1
- 238000013399 early diagnosis Methods 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 230000002708 enhancing effect Effects 0.000 description 1
- 230000002349 favourable effect Effects 0.000 description 1
- 238000012226 gene silencing method Methods 0.000 description 1
- 230000007614 genetic variation Effects 0.000 description 1
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 1
- 230000002440 hepatic effect Effects 0.000 description 1
- 206010073071 hepatocellular carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 231100000844 hepatocellular carcinoma Toxicity 0.000 description 1
- 238000012151 immunohistochemical method Methods 0.000 description 1
- 230000000977 initiatory effect Effects 0.000 description 1
- 208000014674 injury Diseases 0.000 description 1
- 230000009545 invasion Effects 0.000 description 1
- 210000004185 liver Anatomy 0.000 description 1
- 201000005202 lung cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000020816 lung neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 1
- 230000011278 mitosis Effects 0.000 description 1
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 1
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 1
- 230000004660 morphological change Effects 0.000 description 1
- 230000001473 noxious effect Effects 0.000 description 1
- 238000010827 pathological analysis Methods 0.000 description 1
- 230000007170 pathology Effects 0.000 description 1
- 230000035699 permeability Effects 0.000 description 1
- 108040007629 peroxidase activity proteins Proteins 0.000 description 1
- 238000003672 processing method Methods 0.000 description 1
- 238000004393 prognosis Methods 0.000 description 1
- 208000023958 prostate neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 239000002994 raw material Substances 0.000 description 1
- 238000002271 resection Methods 0.000 description 1
- 230000004044 response Effects 0.000 description 1
- 238000007789 sealing Methods 0.000 description 1
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 1
- 210000001082 somatic cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 1
- 230000002459 sustained effect Effects 0.000 description 1
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 1
- 210000004881 tumor cell Anatomy 0.000 description 1
- 201000001862 viral hepatitis Diseases 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Immunology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Oncology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明涉及一种用于检测肝肿瘤的分级模型及其应用,所述模型通过计算印记基因缺失表达量、印记基因拷贝数异常表达量和印记基因总表达量对印记基因在肝肿瘤中的变化进行分级。本发明所述检测模型和装置,以直观的方法表现了印记缺失在肝肿瘤病人的组织和细胞样本上的表现,通过对印记基因原位标记的方法,客观、直观、早期、精确地检测出印记(迹)基因的变化,并可以提供量化的模型,为肝肿瘤的诊断做出巨大贡献。
Description
技术领域
本发明涉及生物技术领域,涉及基因诊断领域,涉及一种分级模型及其应用,涉及一种 用于检测肝肿瘤良恶性程度的分级模型及其应用,具体涉及一组印记基因在检测肝肿瘤良恶 性程度中的分级模型及其组成的装置。
背景技术
肝癌是一种恶性程度很高的恶性肿瘤,全球每年新增肝癌患者78.2万,发病率为癌症中 的第五位,但每年死亡74.5万,是仅次于肺癌的第二大杀手。东亚和东南亚地区是肝癌的高 发区域,中国每年新增肝癌患者46.6万,死亡42.1万,均占全球的一半以上。肝癌患者的5 年生存率普遍较低,只有欧美和日本等少数发达国家超过20%,中国的肝癌5年生存率仅有 14.5%,主要原因是肝癌具有极高的复发率。但是如果能够在早期发现肝癌,并及时切除或进 行肝移植,5年生存率可以达到60%-70%,因此早期诊断对挽救肝癌患者的生命具有重要意 义。早期肝癌通常没有明显的症状,约70%的肝癌患者在确诊时已经是中晚期。目前肝癌的 早期检测手段主要是B超、CT和血清甲胎蛋白(AFP)检测,但是早期肝癌在B超和CT影 像上与肝硬化结节非常相似,同时早期肝癌患者的AFP水平也没有很明显的升高,大约有40% 的患者达不到诊断标准。因此,急需开发更灵敏、更准确的肝癌早期检测手段。
传统病理学对细胞的良恶性诊断是基于细胞的大小,形态,侵润性和周边细胞组织的关 系来作出判断的。它对细胞(癌症)的早期变化的发现有很大的局限性,因此细胞分子水平 的癌症诊断方法,一度成为研究热点。随着人们在分子生物学领域的不断深入研究,越来越 多的分子检测技术被运用到癌症诊断中。
癌症的产生是随时间推移而累积的表观遗传改变和基因上的变异所导致的不受控制的细 胞生长/分裂。传统病理学诊断根据细胞和组织的大小,形态和结构上的变异,从而做出肝 肿瘤良恶性判断。随着分子生物学的发展与深入,越来越多的分子检测技术被应用于肝癌症 的检测。从癌症的发展过程分析,分子层面的改变(表观遗传学和基因学)远早于细胞形态 和组织结构的变异。所以分子生物学检测对癌症早期的检测更敏感。
基因组印记是表观遗传学中基因调控的一种方式。其特点是,通过甲基化来自特定亲代 的等位基因,使某个基因只有一个等位基因表达,而另一个则陷入基因沉默状态。该种类的 基因,被称为印迹(记)基因。印迹缺失是印迹基因去甲基化导致沉默状态的等位基因被激 活并且开始基因表达的一种表观遗传改变。大量研究表明,该现象(印迹缺失)普遍存在于 各类癌症并且发生时间早于细胞和组织形态改变。与此同时,在健康细胞中,印迹缺失比例 极低,与癌细胞成鲜明对比。所以,印迹基因的甲基化状态可以作为病理标记,通过特定分 子检测技术,对细胞异常状态进行分析。
基于上述原因,目前的肝癌诊断需要新的检测系统和检测模型,基于患者活检样本,解 析肝癌在细胞层面上存在的分子标记物变化,以此提供更精确的预诊和诊断信息。
发明内容
针对现有技术的不足及实际的需求,本发明提供了一种用于检测肝肿瘤良恶性程度的分 级模型及其应用,该检测装置和模型是用于单细胞和组织水平下早期直观地观察肝肿瘤的印 记(迹)基因的变化从而判断肝肿瘤的良恶性程度。
为达到上述目的,本发明采用以下技术方案:
第一方面,本发明提供了一种用于肝肿瘤的印记基因分级模型,所述模型通过计算印记 基因的总表达量、印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量在肝癌中的变化对印记 基因的表达状态进行分级;
其中,所述印记基因为Z1、Z6、Z13或Z16中的任意一个或至少两个的组合,所述印记 基因Z1为Gnas,所述印记基因Z6为Plagl1,所述印记基因Z13为Sgce,所述印记基因Z16为Snrpn/Snurf。
本发明中,发明人发现通过计算Z1、Z6、Z13和Z16中任意一个印记基因在肝肿瘤中的 印记基因总表达量、印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量,对肝癌的诊断敏感 度可以达到72.1%以上。
根据本发明,只检测一个印记基因,可以检测Z1、Z4、Z13和Z16中的任意一个,优选为Z1、Z13或Z16中的任意一个,进一步优选为Z1或Z16。
本发明中,发明人发现,若单独检测一个Z1印记基因,对肝癌的诊断敏感度可以达到 82.0%,若单独检测一个Z4印记基因,对肝癌的诊断敏感度可以达到72.1%,若单独检测一 个Z13印记基因,对肝癌的诊断敏感度可以达到77.0%,若单独检测一个Z16印记基因,对 肝癌的诊断敏感度可以达到88.1%。
根据本发明,所述模型计算印记基因的方法为:若检测印记基因的两个印记基因的组合, 所述组合可以是Z1、Z4、Z13和Z16中的任意两个,优选为Z1和Z13的组合,Z1和Z16的组合,Z13和Z16的组合。
本发明中,发明人发现通过计算两个或两个以上的印记基因的总表达量、印记基因缺失 表达量和印记基因拷贝数异常表达量可以进一步提高敏感度,检测印记基因Z1、Z4、Z13和 Z16中的任意两个印记基因的组合,对肝癌的诊断敏感度可以达到90.2%以上,检测Z1和Z13的组合时,对肝癌的诊断敏感度可以达到93.4%,检测Z1和Z16的组合时,对肝癌的诊 断敏感度可以达到93.2%,检测Z13和Z16的组合时,对肝癌的诊断敏感度可以达到96.6%。
根据本发明,所述印记基因还包括Z5和/或Z6;其中,所述印记基因Z5为Mest,所述印记基因Z6为Plagl1。
本发明中,发明人发现在使用Z1、Z4、Z14和Z16基因检测的基础上再增加Z5、Z6基因进行联合诊断,不仅有助于增加检测的准确度,而且增加其他探针辅助诊断可以进一步避 免假阳性的出现,能够将检测准确度进一步提高,从而能够实现所有前列腺肿瘤样本的精确 分级和判断。
根据本发明,所述模型计算印记基因的方法为:计算印记基因的组合,计算Z1、Z4、Z5、 Z6、Z13和Z16的六个印记基因的组合。
本发明中,由于肝细胞受到酒精和病毒等外来伤害刺激后会产生多倍体细胞,其主要原 因是细胞有丝分裂后期胞质未能分开,从而形成四倍体甚至八倍体细胞。据文献报道,这些 整数倍的多倍体细胞能够抵抗外界刺激,防止肝细胞癌变。但是在持续的外来伤害刺激下, 多倍体肝细胞还会发生多极分裂,产生非整倍体的细胞。在胞质不分离和多极分裂两种机制 持续作用下,部分肝细胞中癌基因发生过量表达和拷贝数增加,逐渐癌变。根据受到刺激的 程度和持续时间不同,人体内的多倍体肝细胞可以在30-90%之间变动。部分印记基因受到多 倍体的影响会发生拷贝数异常增高的现象,因此不适合用于肝癌的早期检测。本发明中所述 的Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16基因在肝癌发生过程中很少受多倍体的影响,因此可以用 于肝癌的早期检测。
本发明中,所述印记基因缺失为将细胞进行苏木素染色后,细胞核内存在两个红色/棕色 标记,所述印记基因拷贝数异常为将细胞进行苏木素染色后,细胞核内存在两个以上红色/棕 色标记,所述拷贝数异常是由于癌细胞异常地进行基因复制,导致这个基因表达时呈现为三 倍体甚至更高的多倍体的情况。
本发明中,所述印记基因与印迹基因同时一个概念,表示同一个意思,可以进行替换。
优选地,所述计算印记基因总表达量、印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达 量的公式如下:
总表达量=(b+c+d)/(a+b+c+d)×100%;
正常印记基因表达量=b/(b+c+d)×100%;
印记基因缺失基因表达量(LOI)=c/(b+c+d)×100%;
印记基因拷贝数异常的基因表达量(CNV)=d/(b+c+d)×100%;
其中,所述a为将细胞进行苏木素染色后,细胞核内不存在标记,印记基因没有表达的 细胞核;所述b为将细胞进行苏木素染色后,细胞核内存在一个红色/棕色标记,印记基因存 在的细胞核;所述c为将细胞进行苏木素染色后,细胞核内存在两个红色/棕色标记,印记基 因缺失的细胞核;所述d为将细胞进行苏木素染色后,细胞核内存在两个以上红色/棕色标记, 印记基因拷贝数异常的细胞核。
本发明中,所述苏木素染色后的标记选自但不限于红色或棕色,用其他颜色进行染色标 记也可用于印迹基因表达量、印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量的计算。
本发明中,将探针通过原位杂交,和Hemotoxy(苏木精)细胞核染色扩增信号,在40× 或60×显微镜下,判断每一个细胞核内印记基因存在、印记基因缺失或拷贝数异常,通过计 算印记基因缺失基因表达量和印记基因拷贝数异常的基因表达量来判定该样本的肿瘤良恶性 程度。由于切片仅为10μm,所以在显微镜下所见细胞核大约有20%为不完整细胞核,也就 是说有部分假阴性的可能性存在。
根据本发明,所述印记基因总表达量、印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达 量分成五个不同的等级,通过每个探针在样本表达最阳性的区域对至少1200个细胞进行计 数,针对Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16的六个印记基因的印记基因缺失表达量、印记基因 拷贝数异常表达量和印记基因总表达量分别进行划分的五个不同的等级。
根据本发明,所述针对Z1的印记基因缺失表达量、印记基因拷贝数异常表达量和总表达 量划分的五个不同的等级为:
0级:所述印记基因Z1的印记基因缺失表达量小于12%、所述印记基因Z1的印记基因 拷贝数异常表达量小于2%或所述印记基因Z1的总表达量小于20%中的任意一种或至少两种 的组合;
I级:所述印记基因Z1的印记基因缺失表达量为12-16%、所述印记基因Z1的印记基因 拷贝数异常表达量为2-4%或所述印记基因Z1的总表达量为20-30%中的任意一种或至少两种 的组合;
II级:所述印记基因Z1的印记基因缺失表达量为16-20%、所述印记基因Z1的印记基因 拷贝数异常表达量为4-7%或所述印记基因Z1的总表达量为30-40%中的任意一种或至少两种 的组合;
III级:所述印记基因Z1的印记基因缺失表达量为20-25%、所述印记基因Z1的印记基 因拷贝数异常表达量为7-10%或所述印记基因Z1的总表达量为40-50%中的任意一种或至少 两种的组合;
IV级:所述印记基因Z1的印记基因缺失表达量大于25%、所述印记基因Z1的印记基因 拷贝数异常表达量大于10%或所述印记基因Z1的总表达量大于50%中的任意一种或至少两 种的组合。
根据本发明,所述针对Z4、Z5和Z6的印记基因缺失表达量、印记基因拷贝数异常表达 量和总表达量划分的五个不同的等级为:
0级:所述印记基因Z4、Z5和Z6的印记基因缺失表达量小于10%、所述印记基因Z4、Z5和Z6的印记基因拷贝数异常表达量小于1%或所述印记基因Z4、Z5和Z6的总表达量小 于15%中的任意一种或至少两种的组合;
I级:所述印记基因Z4、Z5和Z6的印记基因缺失表达量为10-13%、所述印记基因Z4、 Z5和Z6的印记基因拷贝数异常表达量为1-2%或所述印记基因Z4、Z5和Z6的总表达量为 15-20%中的任意一种或至少两种的组合;
II级:所述印记基因Z4、Z5和Z6的印记基因缺失表达量为13-16%、所述印记基因Z4、 Z5和Z6的印记基因拷贝数异常表达量为2-4%或所述印记基因Z4、Z5和Z6的总表达量为 20-30%中的任意一种或至少两种的组合;
III级:所述印记基因Z4、Z5和Z6的印记基因缺失表达量为16-20%、所述印记基因Z4、 Z5和Z6的印记基因拷贝数异常表达量为4-6%或所述印记基因Z4、Z5和Z6的总表达量为 30-40%中的任意一种或至少两种的组合;
IV级:所述印记基因Z4、Z5和Z6的印记基因缺失表达量大于20%、所述印记基因Z4、 Z5和Z6的印记基因拷贝数异常表达量大于6%或所述印记基因Z4、Z5和Z6的总表达量大 于40%中的任意一种或至少两种的组合;
本发明中,所述印记基因Z4、Z5和Z6的印记基因缺失表达量、印记基因拷贝数异常表 达量和总表达量是相互独立的。
根据本发明,所述针对Z13的印记基因缺失表达量、印记基因拷贝数异常表达量和总表 达量划分的五个不同的等级为:
0级:所述印记基因Z13的印记基因缺失表达量小于10%、所述印记基因Z13的印记基 因拷贝数异常表达量小于1.5%或所述印记基因Z13的总表达量小于15%中的任意一种或至少 两种的组合;
I级:所述印记基因Z13的印记基因缺失表达量为10-15%、所述印记基因Z13的印记基 因拷贝数异常表达量为1.5-2.5%或所述印记基因Z13的总表达量为15-20%中的任意一种或至 少两种的组合;
II级:所述印记基因Z13的印记基因缺失表达量为15-20%、所述印记基因Z13的印记基 因拷贝数异常表达量为2.5-5%或所述印记基因Z13的总表达量为20-30%中的任意一种或至 少两种的组合;
III级:所述印记基因Z13的印记基因缺失表达量为20-25%、所述印记基因Z13的印记 基因拷贝数异常表达量为5-10%或所述印记基因Z13的总表达量为30-40%中的任意一种或至 少两种的组合;
IV级:所述印记基因Z13的印记基因缺失表达量大于25%、所述印记基因Z13的印记基 因拷贝数异常表达量大于10%或所述印记基因Z13的总表达量大于40%中的任意一种或至少 两种的组合。
根据本发明,所述针对Z16的印记基因缺失表达量、印记基因拷贝数异常表达量和总表 达量划分的五个不同的等级为:
0级:所述印记基因Z16的印记基因缺失表达量小于15%、所述印记基因Z16的印记基 因拷贝数异常表达量小于2%或所述印记基因Z16的总表达量小于20%中的任意一种或至少 两种的组合;
I级:所述印记基因Z16的印记基因缺失表达量为15-18%、所述印记基因Z16的印记基 因拷贝数异常表达量为2-4%或所述印记基因Z16的总表达量为20-30%中的任意一种或至少 两种的组合;
II级:所述印记基因Z16的印记基因缺失表达量为18-21%、所述印记基因Z16的印记基 因拷贝数异常表达量为4-7%或所述印记基因Z16的总表达量为30-40%中的任意一种或至少 两种的组合;
III级:所述印记基因Z16的印记基因缺失表达量为21-25%、所述印记基因Z16的印记 基因拷贝数异常表达量为7-10%或所述印记基因Z16的总表达量为40-55%中的任意一种或至 少两种的组合;
IV级:所述印记基因Z16的印记基因缺失表达量大于25%、所述印记基因Z16的印记基 因拷贝数异常表达量大于10%或所述印记基因Z16的总表达量大于55%中的任意一种或至少 两种的组合。
第二方面,本发明提供了一种检测肝肿瘤良恶性程度的装置,包括如下单元:
(1)取样单元:获取待测样本;
(2)探针设计单元:根据印记基因序列设计特异性引物;
(3)检测单元:将步骤(2)的探针与待测样本进行原位杂交;
(4)分析单元:显微镜成像分析印记基因的表达情况;
其中,所述分析单元通过计算印记基因总表达量、印记基因缺失表达量和印记基因拷贝 数异常表达量,通过第一方面所述的印记基因分级模型,从而通过印记基因缺失表达量、印 记基因拷贝数异常表达量和总表达量的等级来判断肝肿瘤的良恶性程度。
本发明中,所述印记基因缺失为将细胞进行苏木素染色后,细胞核内存在两个红色/棕色 标记的细胞核,所述印记基因拷贝数异常为将细胞进行苏木素染色后,细胞核内存在两个以 上红色/棕色标记的细胞核,所述拷贝数异常是由于癌细胞异常地进行基因复制,导致这个基 因表达时呈现为三倍体甚至更高的多倍体的情况。
本发明中,所述苏木素染色后的标记选自但不限于红色或棕色,用其他颜色进行染色标 记也可用于印记基因总表达量、印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量的计算。
本发明所述检测装置是用于细胞和组织水平下早期直观地观察肝肿瘤的印记(迹)基因 的变化从而判断肿瘤的良恶性程度,为早期肝肿瘤患者提供最有利的治疗机会。
根据本发明,步骤(1)所述的待测样本来自于人的组织和/或细胞。
本发明中,所述待测样本只要RNA经过及时固定的处理都是可行的,本领域技术人员可 以根据需要进行选择,在此不做特殊限定,本发明所述待测样本包括组织的石蜡切片或穿刺 活检样本中的任意一种或至少两种的组合。
所述组织的石蜡切片具体操作步骤为获取人体肿瘤组织样本,及时用10%中性福尔马林 固定,石蜡包埋,切成10μm厚,用带正电荷的玻片制成组织片子;因为只有10μm厚,因 此显微镜下看见的有一部分为不完整的细胞核,所以会出现部分假阴性的基因缺失。
所述穿刺活检样本具体操作步骤为通过穿刺获取人体细胞,及时用10%中性福尔马林固 定即可。
本发明中,由于穿刺活检对病人伤害小,取样过程简单,相较于血液的循环特性,穿刺 活检还能定位,穿刺活检作为实验样本有其特殊的优势。
优选地,所述待测样本为穿刺活检样本。
优选地,所述印记基因为Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16,所述印记基因Z1为Gnas,所 述印记基因Z4为Igf2r,所述印记基因Z5为Mest,所述印记基因Z6为Plagl1,所述印记基 因Z13为Sgce,所述印记基因Z16为Snrpn/Snurf。
本发明中,所述印记基因Z1(Gnas),Z4(Igf2r),Z5(Mest),Z6(Plagl1),Z13(Sgce), Z16(Snrpn/Snurf)在正常肿瘤细胞组织内有不同程度的表达,在发生恶性病变时,表达量和印 记状态都会发生明显变化。
本发明中,所述设计探针是根据印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16,即Gnas,Igf2r,Mest,Plagl1,Sgce和Snrpn/Snurf进行设计的,具体在每个基因的内旋子内选择一段序列作 为探针,具体的探针由Advanced Cell Diagnostics公司设计。
优选地,所述原位杂交采用RNAscope原位杂交方法。
优选地,所述RNAscope原位杂交方法使用单通道或多通道的呈色试剂盒或者单通道或 多通道的荧光试剂盒,优选为单通道红色/棕色呈色试剂盒或多通道的荧光试剂盒。
本发明中,所述多通道呈色试剂盒或多通道荧光试剂盒包括两通道或两通道以上的呈色 试剂盒或荧光试剂盒,所述两通道的呈色试剂盒或多通道的荧光试剂盒可以使用两个印记基 因探针或印记基因和其他基因的联合表达甚至多个印记基因和非印记基因的综合表达。
根据本发明,所述模型中的计算印记基因总表达量、印记基因缺失表达量和印记基因拷 贝数异常表达量的公式如下:
总表达量=(b+c+d)/(a+b+c+d)×100%;
正常印记基因表达量=b/(b+c+d)×100%;
印记基因缺失基因表达量(LOI)=c/(b+c+d)×100%;
印记基因拷贝数异常的基因表达量(CNV)=d/(b+c+d)×100%;
其中,所述a为将细胞进行苏木素染色后,细胞核内不存在标记,印记基因没有表达的 细胞核;所述b为将细胞进行苏木素染色后,细胞核内存在一个红色/棕色标记,印记基因存 在的细胞核;所述c为将细胞进行苏木素染色后,细胞核内存在两个红色/棕色标记,印记基 因缺失的细胞核;所述d为将细胞进行苏木素染色后,细胞核内存在两个以上红色/棕色标记, 印记基因拷贝数异常的细胞核。
本发明中,所述苏木素染色后的标记选自但不限于红色或棕色,用其他颜色进行染色标 记也可用于印迹基因总表达量、印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量的计算。
本发明中,将探针通过原位杂交,和Hemotoxy(苏木精)细胞核染色扩增信号,在40× 或60×显微镜下,判断每一个细胞核内印记基因存在、印记基因缺失或拷贝数异常,通过计 算印记基因总表达量、印记基因缺失基因表达量和印记基因拷贝数异常的基因表达量来判定 该样本的肿瘤良恶性程度。由于切片仅为10微米,所以在显微镜下所见细胞核大约有20% 为不完整细胞核,也就是说有部分假阴性的可能性存在。
根据本发明,所述印记基因缺失表达量、印记基因拷贝数异常表达量和总表达量分成五 个不同的等级。
所述五个不同的等级为在样本每个探针表达最阳性的区域对至少1200个细胞进行计 数,针对Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16的六个印记基因的印记基因缺失表达量、印记基因拷贝数异常表达量和总表达量分别进行划分。
所述针对Z1的印记基因缺失表达量、印记基因拷贝数异常表达量和总表达量划分的五个 不同的等级为:
0级:所述印记基因Z1的印记基因缺失表达量小于12%、所述印记基因Z1的印记基因 拷贝数异常表达量小于2%或所述印记基因Z1的总表达量小于20%中的任意一种或至少两种 的组合;
I级:所述印记基因Z1的印记基因缺失表达量为12-16%、所述印记基因Z1的印记基因 拷贝数异常表达量为2-4%或所述印记基因Z1的总表达量为20-30%中的任意一种或至少两种 的组合;
II级:所述印记基因Z1的印记基因缺失表达量为16-20%、所述印记基因Z1的印记基因 拷贝数异常表达量为4-7%或所述印记基因Z1的总表达量为30-40%中的任意一种或至少两种 的组合;
III级:所述印记基因Z1的印记基因缺失表达量为20-25%、所述印记基因Z1的印记基 因拷贝数异常表达量为7-10%或所述印记基因Z1的总表达量为40-50%中的任意一种或至少 两种的组合;
IV级:所述印记基因Z1的印记基因缺失表达量大于25%、所述印记基因Z1的印记基因 拷贝数异常表达量大于10%或所述印记基因Z1的总表达量大于50%中的任意一种或至少两 种的组合。
所述针对Z4、Z5和Z6的印记基因缺失表达量、印记基因拷贝数异常表达量和总表达量 划分的五个不同的等级为:
0级:所述印记基因Z4、Z5和Z6的印记基因缺失表达量小于10%、所述印记基因Z4、Z5和Z6的印记基因拷贝数异常表达量小于1%或所述印记基因Z4、Z5和Z6的总表达量小 于15%中的任意一种或至少两种的组合;
I级:所述印记基因Z4、Z5和Z6的印记基因缺失表达量为10-13%、所述印记基因Z4、 Z5和Z6的印记基因拷贝数异常表达量为1-2%或所述印记基因Z4、Z5和Z6的总表达量为 15-20%中的任意一种或至少两种的组合;
II级:所述印记基因Z4、Z5和Z6的印记基因缺失表达量为13-16%、所述印记基因Z4、 Z5和Z6的印记基因拷贝数异常表达量为2-4%或所述印记基因Z4、Z5和Z6的总表达量为 20-30%中的任意一种或至少两种的组合;
III级:所述印记基因Z4、Z5和Z6的印记基因缺失表达量为16-20%、所述印记基因Z4、 Z5和Z6的印记基因拷贝数异常表达量为4-6%或所述印记基因Z4、Z5和Z6的总表达量为 30-40%中的任意一种或至少两种的组合;
IV级:所述印记基因Z4、Z5和Z6的印记基因缺失表达量大于20%、所述印记基因Z4、 Z5和Z6的印记基因拷贝数异常表达量大于6%或所述印记基因Z4、Z5和Z6的总表达量大 于40%中的任意一种或至少两种的组合;
本发明中,所述印记基因Z4、Z5和Z6的印记基因缺失表达量、印记基因拷贝数异常表 达量和总表达量是相互独立的。
所述针对Z13的印记基因缺失表达量、印记基因拷贝数异常表达量和总表达量划分的五 个不同的等级为:
0级:所述印记基因Z13的印记基因缺失表达量小于10%、所述印记基因Z13的印记基 因拷贝数异常表达量小于1.5%或所述印记基因Z13的总表达量小于15%中的任意一种或至少 两种的组合;
I级:所述印记基因Z13的印记基因缺失表达量为10-15%、所述印记基因Z13的印记基 因拷贝数异常表达量为1.5-2.5%或所述印记基因Z13的总表达量为15-20%中的任意一种或至 少两种的组合;
II级:所述印记基因Z13的印记基因缺失表达量为15-20%、所述印记基因Z13的印记基 因拷贝数异常表达量为2.5-5%或所述印记基因Z13的总表达量为20-30%中的任意一种或至 少两种的组合;
III级:所述印记基因Z13的印记基因缺失表达量为20-25%、所述印记基因Z13的印记 基因拷贝数异常表达量为5-10%或所述印记基因Z13的总表达量为30-40%中的任意一种或至 少两种的组合;
IV级:所述印记基因Z13的印记基因缺失表达量大于25%、所述印记基因Z13的印记基 因拷贝数异常表达量大于10%或所述印记基因Z13的总表达量大于40%中的任意一种或至少 两种的组合。
所述针对Z16的印记基因缺失表达量、印记基因拷贝数异常表达量和总表达量划分的五 个不同的等级为:
0级:所述印记基因Z16的印记基因缺失表达量小于15%、所述印记基因Z16的印记基 因拷贝数异常表达量小于2%或所述印记基因Z16的总表达量小于20%中的任意一种或至少 两种的组合;
I级:所述印记基因Z16的印记基因缺失表达量为15-18%、所述印记基因Z16的印记基 因拷贝数异常表达量为2-4%或所述印记基因Z16的总表达量为20-30%中的任意一种或至少 两种的组合;
II级:所述印记基因Z16的印记基因缺失表达量为18-21%、所述印记基因Z16的印记基 因拷贝数异常表达量为4-7%或所述印记基因Z16的总表达量为30-40%中的任意一种或至少 两种的组合;
III级:所述印记基因Z16的印记基因缺失表达量为21-25%、所述印记基因Z16的印记 基因拷贝数异常表达量为7-10%或所述印记基因Z16的总表达量为40-55%中的任意一种或至 少两种的组合;
IV级:所述印记基因Z16的印记基因缺失表达量大于25%、所述印记基因Z16的印记基 因拷贝数异常表达量大于10%或所述印记基因Z16的总表达量大于55%中的任意一种或至少 两种的组合。
根据本发明,所述判断肝肿瘤的良恶性程度分为良性肝肿瘤、肝癌潜能、早期肝癌、中 期肝癌和晚期肝癌;
优选地,所述判断肝肿瘤的良恶性程度的结果为印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16的印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量均小于I级或印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16中的不超过1个印记基因的印记基因缺失表达量为I级且印记基因Z1、Z4、 Z5、Z6、Z13和Z16中的不超过1个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为I级,则为良 性肝肿瘤;
优选地,所述判断肝肿瘤的良恶性程度的结果为印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16中的至少2个印记基因的印记基因缺失表达量为I级,印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和 Z16的至少2个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为I级或印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、 Z13和Z16中不超过1个印记基因的印记基因缺失表达量为II级且印记基因Z1、Z4、Z5、 Z6、Z13和Z16中的不超过1个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为II级中的任意一种 情况,则为肝癌潜能;
优选地,所述判断肝肿瘤的良恶性程度的结果为印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16中的至少2个印记基因的印记基因缺失表达量为II级,印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和 Z16的至少2个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为II级或印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、 Z13和Z16中不超过1个印记基因的印记基因缺失表达量为III级且印记基因Z1、Z4、Z5、 Z6、Z13和Z16中的不超过1个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为III级中的任意一种 情况,则为早期肝癌;
优选地,所述判断肝肿瘤的良恶性程度的结果为印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16中的至少2个印记基因的印记基因缺失表达量为III级,印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和 Z16的至少2个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为III级或印记基因Z1、Z4、Z5、 Z6、Z13和Z16中不超过1个印记基因的印记基因缺失表达量为IV级且印记基因Z1、Z4、 Z5、Z6、Z13和Z16中的不超过1个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为IV级中的任 意一种情况,则为中期肝癌;
优选地,所述判断肝肿瘤的良恶性程度的结果为印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16中至少2个印记基因的印记基因缺失表达量为IV级或印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16 中至少2个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为IV级,则为晚期肝癌。
第三方面,本发明提供一种如第一方面所述的印记基因分级模型或如第二方面所述的装 置用于制备肝肿瘤检测和/或治疗的药物或试剂盒。
根据本发明,判断肝肿瘤的良恶性程度分为良性肝肿瘤、肝癌潜能、早期肝癌、中期肝 癌和晚期肝癌;
根据本发明,所述判断肝肿瘤的良恶性程度的结果为印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16的印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量均小于I级或印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16中的不超过1个印记基因的印记基因缺失表达量为I级且印记基因Z1、 Z4、Z5、Z6、Z13和Z16中的不超过1个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为I级,则 为良性肝肿瘤;
根据本发明,所述判断肝肿瘤的良恶性程度的结果为印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16中的至少2个印记基因的印记基因缺失表达量为I级,印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、 Z13和Z16的至少2个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为I级或印记基因Z1、Z4、 Z5、Z6、Z13和Z16中不超过1个印记基因的印记基因缺失表达量为II级且印记基因Z1、 Z4、Z5、Z6、Z13和Z16中的不超过1个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为II级中的 任意一种情况,则为肝癌潜能;
根据本发明,所述判断肝肿瘤的良恶性程度的结果为印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16中的至少2个印记基因的印记基因缺失表达量为II级,印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、 Z13和Z16的至少2个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为II级或印记基因Z1、Z4、 Z5、Z6、Z13和Z16中不超过1个印记基因的印记基因缺失表达量为III级且印记基因Z1、 Z4、Z5、Z6、Z13和Z16中的不超过1个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为III级中 的任意一种情况,则为早期肝癌;
根据本发明,所述判断肝肿瘤的良恶性程度的结果为印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16中的至少2个印记基因的印记基因缺失表达量为III级,印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、 Z13和Z16的至少2个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为III级或印记基因Z1、Z4、 Z5、Z6、Z13和Z16中不超过1个印记基因的印记基因缺失表达量为IV级且印记基因Z1、 Z4、Z5、Z6、Z13和Z16中的不超过1个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为IV级中 的任意一种情况,则为中期肝癌;
根据本发明,所述判断肝肿瘤的良恶性程度的结果为印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16中至少2个印记基因的印记基因缺失表达量为IV级或印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13 和Z16中至少2个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为IV级,则为晚期肝癌。
与现有技术相比,本发明具有如下有益效果:
(1)本发明所述检测模型和装置,以直观的方法表现了印记缺失在肝肿瘤病人的样本上 的表现,通过对印记基因原位标记的方法,客观,直观,早期,精确地检测出印记(迹)基 因的变化,并可以提供量化的模型,为肝肿瘤的诊断做出巨大贡献;
(2)本发明检测装置,可以在肝肿瘤病人手术前通过穿刺细胞得出肝肿瘤良恶性程度以 及癌细胞侵袭范围的判断,从而为手术及精准治疗提供依据,这是细胞分子领域诊断肝肿瘤 的革命性突破;
(3)本发明可以很敏感地检测早期肝癌,通过印记基因的组合检测可以从病毒性肝炎和 肝硬化患者中检测出开始发生癌变的样本,并且肝穿刺对患者伤害小,取材过程简单,用在 早期普查和癌症术后随访,尤其是对于疑似复发病人的跟踪随访,可以争取时间,为挽救病 人生命做出重大贡献;
(4)本发明可以准确地检测癌旁组织的良恶性,对肝癌手术切除范围的准确判断具有重 要的指导意义,极大减少肝癌的术后复发。
(5)本发明检测方法区别于免疫组化方法,减少了假阳性和其他负面作用,不仅如此, 通过发现的肝肿瘤相关印记基因缺失位点的致该基因沉默、剔除、重排的靶向药物或技术方 法,可用于指导后期的治疗和用药。
附图说明
图1是本发明苏木素染色细胞核的肝癌的病理切片,其中,所述a为将细胞进行苏木素 染色后,细胞核内不存在标记,印记基因没有表达;所述b为将细胞进行苏木素染色后,细 胞核内存在一个红色/棕色标记,印记基因存在;所述c为将细胞进行苏木素染色后,细胞核 内存在两个红色/棕色标记,印记基因缺失;所述d为将细胞进行苏木素染色后,细胞核内存 在两个以上红色/棕色标记,印记基因拷贝数异常;
图2(a)为0级肝肿瘤的病理切片中6个基因的表达状态,图2(b)为I级肝癌的病理切片中6个基因的表达状态,图2(c)为II级肝癌的病理切片中6个基因的表达状态,图2 (d)为III级肝癌的病理切片中6个基因的表达状态,图2(e)为IV级肝癌的病理切片中6 个基因的表达状态;
图3(a)为印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16对肝癌的印记缺失的强度,图3(b) 为印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16对肝癌的拷贝数异常的强度,图3(c)为印记基 因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16对肝癌的总表达量的强度,其中,LOI为印记基因缺失基因 表达量,CNV为印记基因拷贝数异常的基因表达量,TE为印记基因总表达量;
图4(a)为印记基因Z1印记缺失、拷贝数异常和总表达量的强度,图4(b)为印记基因Z4印记缺失、拷贝数异常和总表达量的强度,图4(c)为印记基因Z5印记缺失、拷贝数 异常和总表达量的强度,图4(d)为印记基因Z6印记缺失、拷贝数异常和总表达量的强度, 图4(e)为印记基因Z13印记缺失、拷贝数异常和总表达量的强度,图4(f)为印记基因 Z16印记缺失、拷贝数异常和总表达量的强度,其中,LOI为印记基因缺失基因表达量,CNV 为印记基因拷贝数异常的基因表达量,TE为印记基因总表达量;
图5(a)为印记基因Z1应用于69例肝癌病理切片中,印记缺失和拷贝数异常的分布范 围和分级标准,图5(b)为印记基因Z4应用于69例肝癌病理切片中,印记缺失和拷贝数异常的分布范围和分级标准,图5(c)为印记基因Z5应用于69例肝癌病理切片中,印记缺失 和拷贝数异常的分布范围和分级标准,图5(d)为印记基因Z6应用于69例肝癌病理切片中, 印记缺失和拷贝数异常的分布范围和分级标准,图5(e)为印记基因Z13应用于69例肝癌 病理切片中,印记缺失和拷贝数异常的分布范围和分级标准,图5(f)为印记基因Z16应用 于69例肝癌病理切片中,印记缺失和拷贝数异常的分布范围和分级标准。
具体实施方式
为更进一步阐述本发明所采取的技术手段及其效果,以下结合附图并通过具体实施方式 来进一步说明本发明的技术方案,但本发明并非局限在实施例范围内。
实施例1肝癌的印记基因分析
所述的印记基因的检测方法,包括如下步骤:
(1)获取肝癌的组织细胞切片(10微米),放入10%中性福尔马林溶液中进行固定,以 防RNA降解,固定时间为24小时,石蜡包埋(FFPE),所述玻片需要用正电荷脱载玻片, 所述切片在40℃烤箱烘烤3h以上;
(2)按照RNASCope的样品处理方法进行脱蜡处理,封闭样本中内源性过氧化物酶活 性,增强通透性并暴露出RNA分子;
(3)设计探针:根据印记基因序列设计特异性引物;
所述设计探针是根据印记基因Z1(Gnas)、Z4(Igf2r)、Z5(Mest)、Z6(Plagl1)、Z13(Sgce)和Z16(Snrpn/Snurf)进行设计的,具体在每个基因的内旋子内选择一段序列作为探针,具体的探针由Advanced Cell Diagnostics公司设计。
(4)将步骤(3)的探针与待测样本通过试剂盒进行RNASCope原位杂交;
(5)信号扩增和苏木精染色,用显微镜成像分析印记基因的表达情况;
所述模型中的计算印记基因总表达量、印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达 量的公式如下:
总表达量=(b+c+d)/(a+b+c+d)×100%;
正常印记基因表达量=b/(b+c+d)×100%;
印记基因缺失基因表达量(LOI)=c/(b+c+d)×100%;
印记基因拷贝数异常的基因表达量(CNV)=d/(b+c+d)×100%;
其中,a、b、c、d如图1所示,所述a为将细胞进行苏木素染色后,细胞核内不存在标记,印记基因没有表达的细胞核;所述b为将细胞进行苏木素染色后,细胞核内存在一个红色/棕色标记,印记基因存在的细胞核;所述c为将细胞进行苏木素染色后,细胞核内存在两个红色/棕色标记,印记基因缺失的细胞核;所述d为将细胞进行苏木素染色后,细胞核内存在两个以上红色/棕色标记,印记基因拷贝数异常的细胞核。
从图2(a)-图2(e)可以看出,从0级到IV级的样本中,印记缺失(细胞核内有两个信号点)和拷贝数异常(细胞核内有三个或以上信号点)的细胞比例随恶性程度的增加而逐渐增加。
实施例2穿刺活检样本的印记基因分析
所述穿刺活检样本是,通过穿刺获取可疑病变人体的体细胞,10%中性福尔马林溶液固 定24h以上,其他检测方法同实施例1。
从图3(a)-图3(c)可以看出,Z1,Z4,Z5,Z6,Z13,Z16每个基因对肝癌的反应敏 感性或者说对应于肝癌表达的印记缺失的强度和状态是不同的。
具体每个印记基因对肝癌的敏感度如图4(a)-图4(f),印记基因Z1的印记缺失和拷 贝数异常在恶性潜能阶段开始出现,在早期肝癌阶段快速上升,在中期晚肝癌阶段上升速度 减缓,达到很高的水平,印记基因Z1的表达量增加在恶性潜能阶段快速上升,在早期到晚期 肝癌的发展过程中逐渐上升到较高水平;印记基因Z4的印记缺失在恶性潜能阶段开始出现, 在早期肝癌阶段快速上升,在中期晚肝癌阶段上升速度减缓,达到很高的水平,印记基因Z4 的拷贝数异常和表达量增加在恶性潜能阶段开始出现,在早期到晚期肝癌的发展过程中逐渐 上升到很高水平;印记基因Z5的印记缺失在恶性潜能阶段快速上升,在早期到晚期肝癌的发 展过程中逐渐上升到较高水平,印记基因Z5的拷贝数异常在恶性潜能阶段快速上升,在早期 和中期肝癌阶段没有明显上升,在晚期肝癌阶段又继续上升到较高水平,印记基因Z5的表达 量增加在恶性潜能阶段开始出现,在早期和中期肝癌阶段缓慢上升,在晚期肝癌阶段迅速上 升到较高的水平;印记基因Z6的印记缺失在恶性潜能阶段开始出现,在早期和中期肝癌中缓 慢上升,在晚期肝癌中上升速度加快,达到较高的水平,印记基因Z6的拷贝数异常在恶性潜 能阶段快速上升,在早期肝癌阶段上升不明显,在中期肝癌阶段快速上升,在晚期肝癌中上 升速度又减缓,达到较高水平,印记基因Z6的表达量增加在恶性潜能阶段开始出现,在早期 到晚期肝癌的发展过程中逐渐上升,但水平不高;印记基因Z13的印记缺失在恶性潜能阶段 快速上升,在早期到晚期肝癌的发展过程中逐渐上升到较高水平,印记基因Z13的拷贝数异 常在恶性潜能阶段快速上升,在早期肝癌中上升速度减缓,在中期和晚期肝癌中又继续上升 到较高水平,印记基因Z13的表达量增加在恶性潜能和早期肝癌阶段快速上升,在中期肝癌 阶段没有明显上升,在晚期肝癌中又快速上升到较高水平;印记基因Z16的印记缺失和拷贝 数异常在恶性潜能阶段快速上升,在早期肝癌阶段快速上升到很高水平,在中晚期肝癌中继 续维持,印记基因Z16的表达量增加在恶性潜能阶段快速上升,在早期到晚期肝癌的发展过 程中上升速度逐渐减缓,达到很高水平。
实施例3 69例肝肿瘤样本的印记基因分析
获取69例肝肿瘤病人的组织包括穿刺活检样本,检测方法同实施例1。
从图5(a)-图5(f)可以看出,69例肝肿瘤组织样本中6个探针的印记缺失和拷贝数异常的比例呈现从低到高的分布,根据不同探针的分布趋势,我们计算得到了图中虚线所示 的分级标准,可以将每个探针的印记缺失和拷贝数异常分别从低到高分成5个等级。
具体的分级如下:
从图5(a)可以看出,对于所述印记基因Z1,印记基因缺失表达量小于12%、印记基因 拷贝数异常表达量小于2%或印记基因总表达量小于20%中的任意一种或至少两种的组合为0 级,印记基因缺失表达量为12-16%、印记基因拷贝数异常表达量为2-4%或印记基因总表达 量为20-30%中的任意一种或至少两种的组合为I级,印记基因缺失表达量为16-20%、印记 基因拷贝数异常表达量为4-7%或印记基因总表达量为30-40%中的任意一种或至少两种的组 合为II级,印记基因缺失表达量为20-25%、印记基因拷贝数异常表达量为7-10%或印记基因 总表达量为40-50%中的任意一种或至少两种的组合为III级,印记基因缺失表达量大于25%、 印记基因拷贝数异常表达量大于10%或印记基因总表达量大于50%中的任意一种或至少两种 的组合为IV级;
从图5(b)可以看出,对于所述印记基因Z4,印记基因缺失表达量小于10%、印记基因拷贝数异常表达量小于1%或印记基因总表达量小于15%中的任意一种或至少两种的组合 为0级,印记基因缺失表达量为10-13%、印记基因拷贝数异常表达量为1-2%或印记基因总 表达量为15-20%中的任意一种或至少两种的组合为I级,印记基因缺失表达量为13-16%、 印记基因拷贝数异常表达量为2-4%或印记基因总表达量为20-30%中的任意一种或至少两种 的组合为II级,印记基因缺失表达量为16-20%、印记基因拷贝数异常表达量为4-6%或印记 基因总表达量为30-40%中的任意一种或至少两种的组合为III级,印记基因缺失表达量大于 20%、印记基因拷贝数异常表达量大于6%或印记基因总表达量大于40%中的任意一种或至少 两种的组合为IV级;
从图5(c)可以看出,对于所述印记基因Z5,印记基因缺失表达量小于10%、印记基因 拷贝数异常表达量小于1%或印记基因总表达量小于15%中的任意一种或至少两种的组合为0 级,印记基因缺失表达量为10-13%、印记基因拷贝数异常表达量为1-2%或印记基因总表达 量为15-20%中的任意一种或至少两种的组合为I级,印记基因缺失表达量为13-16%、印记 基因拷贝数异常表达量为2-4%或印记基因总表达量为20-30%中的任意一种或至少两种的组 合为II级,印记基因缺失表达量为16-20%、印记基因拷贝数异常表达量为4-6%或印记基因 总表达量为30-40%中的任意一种或至少两种的组合为III级,印记基因缺失表达量大于20%、 印记基因拷贝数异常表达量大于6%或印记基因总表达量大于40%中的任意一种或至少两种 的组合为IV级;
从图5(d)可以看出,对于所述印记基因Z6,印记基因缺失表达量小于10%、印记基因拷贝数异常表达量小于1%或印记基因总表达量小于15%中的任意一种或至少两种的组合 为0级,印记基因缺失表达量为10-13%、印记基因拷贝数异常表达量为1-2%或印记基因总 表达量为15-20%中的任意一种或至少两种的组合为I级,印记基因缺失表达量为13-16%、 印记基因拷贝数异常表达量为2-4%或印记基因总表达量为20-30%中的任意一种或至少两种 的组合为II级,印记基因缺失表达量为16-20%、印记基因拷贝数异常表达量为4-6%或印记 基因总表达量为30-40%中的任意一种或至少两种的组合为III级,印记基因缺失表达量大于20%、印记基因拷贝数异常表达量大于6%或印记基因总表达量大于40%中的任意一种或至少 两种的组合为IV级;
从图5(e)可以看出,对于所述印记基因Z13,印记基因缺失表达量小于15%、印记基 因拷贝数异常表达量小于2%或印记基因总表达量小于20%中的任意一种或至少两种的组合 为0级,印记基因缺失表达量为15-18%、印记基因拷贝数异常表达量为2-4%或印记基因总 表达量为20-30%中的任意一种或至少两种的组合为I级,印记基因缺失表达量为18-21%、 印记基因拷贝数异常表达量为4-7%或印记基因总表达量为30-40%中的任意一种或至少两种 的组合为II级,印记基因缺失表达量为21-25%、印记基因拷贝数异常表达量为7-10%或印记 基因总表达量为40-55%中的任意一种或至少两种的组合为III级,印记基因缺失表达量大于 25%、印记基因拷贝数异常表达量大于10%或印记基因总表达量大于55%中的任意一种或至 少两种的组合为IV级;
从图5(f)可以看出,对于所述印记基因Z16,印记基因缺失表达量小于15%、印记基 因拷贝数异常表达量小于2%或印记基因总表达量小于20%中的任意一种或至少两种的组合 为0级,印记基因缺失表达量为15-18%、印记基因拷贝数异常表达量为2-4%或印记基因总 表达量为20-30%中的任意一种或至少两种的组合为I级,印记基因缺失表达量为18-21%、 印记基因拷贝数异常表达量为4-7%或印记基因总表达量为30-40%中的任意一种或至少两种 的组合为II级,印记基因缺失表达量为21-25%、印记基因拷贝数异常表达量为7-10%或印记 基因总表达量为40-55%中的任意一种或至少两种的组合为III级,印记基因缺失表达量大于 25%、印记基因拷贝数异常表达量大于10%或印记基因总表达量大于55%中的任意一种或至 少两种的组合为IV级。
从这69例肝肿瘤的样本综合分析可以得出:
判断肝肿瘤的良恶性程度分为良性肝肿瘤、肝癌潜能、早期肝癌、中期肝癌和晚期肝癌;
所述判断肝肿瘤的良恶性程度的结果为印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16的印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量均小于I级或印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13 和Z16中的不超过1个印记基因的印记基因缺失表达量为I级且印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、 Z13和Z16中的不超过1个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为I级,则为良性肝肿瘤;
所述判断肝肿瘤的良恶性程度的结果为印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16中的至少2个印记基因的印记基因缺失表达量为I级,印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16的至 少2个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为I级或印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和 Z16中不超过1个印记基因的印记基因缺失表达量为II级且印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13 和Z16中的不超过1个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为II级中的任意一种情况,则 为肝癌潜能;
所述判断肝肿瘤的良恶性程度的结果为印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16中的至少2个印记基因的印记基因缺失表达量为II级,印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16的 至少2个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为II级或印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13 和Z16中不超过1个印记基因的印记基因缺失表达量为III级且印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、 Z13和Z16中的不超过1个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为III级中的任意一种情况, 则为早期肝癌;
所述判断肝肿瘤的良恶性程度的结果为印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16中的至少2个印记基因的印记基因缺失表达量为III级,印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16的 至少2个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为III级或印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13 和Z16中不超过1个印记基因的印记基因缺失表达量为IV级且印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、 Z13和Z16中的不超过1个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为IV级中的任意一种情况, 则为中期肝癌;
所述判断肝肿瘤的良恶性程度的结果为印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16中至少2个印记基因的印记基因缺失表达量为IV级或印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16中至少 2个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为IV级,则为晚期肝癌。
综上所述,本发明所述检测模型和系统,以直观的方法表现了印记缺失在肝肿瘤病人的 样本上的表现,通过对印记基因原位标记的方法,客观,直观,早期,精确地检测出印记(迹) 基因的变化,并可以提供量化的模型,为肝肿瘤的诊断做出巨大贡献。
申请人声明,本发明通过上述实施例来说明本发明的详细方法,但本发明并不局限于上 述详细方法,即不意味着本发明必须依赖上述详细方法才能实施。所属技术领域的技术人员 应该明了,对本发明的任何改进,对本发明产品各原料的等效替换及辅助成分的添加、具体 方式的选择等,均落在本发明的保护范围和公开范围之内。
Claims (10)
1.一种用于肝肿瘤的印记基因分级模型,其特征在于,所述模型通过计算印记基因的总表达量、印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量在肝肿瘤中的变化对印记基因的表达状态进行分级;
其中,所述印记基因为Z1、Z4、Z13或Z16中的任意一个或至少两个的组合,所述印记基因Z1为Gnas,所述印记基因Z4为Igf2r,所述印记基因Z13为Sgce,所述印记基因Z16为Snrpn/Snurf。
2.根据权利要求1所述的印记基因分级模型,其特征在于,所述模型计算印记基因的方法如下:
计算Z1、Z4、Z13或Z16中的任意一个,优选为Z1、Z13或Z16中的任意一个,进一步优选为Z1或Z16;
优选地,所述模型计算印记基因的方法为:计算Z1、Z4、Z13或Z16中的任意两个,优选为Z1和Z13的组合,Z1和Z16的组合或Z13和Z16的组合。
3.根据权利要求1或2所述的印记基因分级模型,其特征在于,所述印记基因还包括Z5和/或Z6;其中,所述印记基因Z5为Mest,所述印记基因Z6为Plagl1;优选地,所述模型计算印记基因的方法为:计算印记基因的组合,计算Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16的六个印记基因的组合。
4.根据权利要求1-3中任一项所述的印记基因分级模型,其特征在于,所述计算印记基因的总表达量、印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量的公式如下:
总表达量=(b+c+d)/(a+b+c+d)×100%;
正常印记基因表达量=b/(b+c+d)×100%;
印记基因缺失基因表达量=c/(b+c+d)×100%;
印记基因拷贝数异常的基因表达量=d/(b+c+d)×100%;
其中,所述a为将细胞进行苏木素染色后,细胞核内不存在标记,印记基因没有表达的细胞核;所述b为将细胞进行苏木素染色后,细胞核内存在一个红色/棕色标记,印记基因存在的细胞核;所述c为将细胞进行苏木素染色后,细胞核内存在两个红色/棕色标记,印记基因缺失的细胞核;所述d为将细胞进行苏木素染色后,细胞核内存在两个以上红色/棕色标记,印记基因拷贝数异常的细胞核。
5.根据权利要求1-4中任一项所述的印记基因分级模型,其特征在于,所述印记基因缺失表达量、印记基因拷贝数异常表达量和印记基因总表达量分成五个不同的等级;
优选地,所述五个不同的等级为针对Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16的六个印记基因的印记基因缺失表达量、印记基因拷贝数异常表达量和印记基因总表达量分别进行划分的五个不同的等级;
优选地,所述针对Z1的印记基因缺失表达量、印记基因拷贝数异常表达量和总表达量划分的五个不同的等级为:
0级:所述印记基因Z1的印记基因缺失表达量小于12%、所述印记基因Z1的印记基因拷贝数异常表达量小于2%或所述印记基因Z1的总表达量小于20%中的任意一种或至少两种的组合;
I级:所述印记基因Z1的印记基因缺失表达量为12-16%、所述印记基因Z1的印记基因拷贝数异常表达量为2-4%或所述印记基因Z1的总表达量为20-30%中的任意一种或至少两种的组合;
II级:所述印记基因Z1的印记基因缺失表达量为16-20%、所述印记基因Z1的印记基因拷贝数异常表达量为4-7%或所述印记基因Z1的总表达量为30-40%中的任意一种或至少两种的组合;
III级:所述印记基因Z1的印记基因缺失表达量为20-25%、所述印记基因Z1的印记基因拷贝数异常表达量为7-10%或所述印记基因Z1的总表达量为40-50%中的任意一种或至少两种的组合;
IV级:所述印记基因Z1的印记基因缺失表达量大于25%、所述印记基因Z1的印记基因拷贝数异常表达量大于10%或所述印记基因Z1的总表达量大于50%中的任意一种或至少两种的组合;
所述针对Z4、Z5和Z6的印记基因缺失表达量、印记基因拷贝数异常表达量和总表达量划分的五个不同的等级为:
0级:所述印记基因Z4、Z5和Z6的印记基因缺失表达量小于10%、所述印记基因Z4、Z5和Z6的印记基因拷贝数异常表达量小于1%或所述印记基因Z4、Z5和Z6的总表达量小于15%中的任意一种或至少两种的组合;
I级:所述印记基因Z4、Z5和Z6的印记基因缺失表达量为10-13%、所述印记基因Z4、Z5和Z6的印记基因拷贝数异常表达量为1-2%或所述印记基因Z4、Z5和Z6的总表达量为15-20%中的任意一种或至少两种的组合;
II级:所述印记基因Z4、Z5和Z6的印记基因缺失表达量为13-16%、所述印记基因Z4、Z5和Z6的印记基因拷贝数异常表达量为2-4%或所述印记基因Z4、Z5和Z6的总表达量为20-30%中的任意一种或至少两种的组合;
III级:所述印记基因Z4、Z5和Z6的印记基因缺失表达量为16-20%、所述印记基因Z4、Z5和Z6的印记基因拷贝数异常表达量为4-6%或所述印记基因Z4、Z5和Z6的总表达量为30-40%中的任意一种或至少两种的组合;
IV级:所述印记基因Z4、Z5和Z6的印记基因缺失表达量大于20%、所述印记基因Z4、Z5和Z6的印记基因拷贝数异常表达量大于6%或所述印记基因Z4、Z5和Z6的总表达量大于40%中的任意一种或至少两种的组合;
优选地,所述针对Z13的印记基因缺失表达量、印记基因拷贝数异常表达量和总表达量划分的五个不同的等级为:
0级:所述印记基因Z13的印记基因缺失表达量小于10%、所述印记基因Z13的印记基因拷贝数异常表达量小于1.5%或所述印记基因Z13的总表达量小于15%中的任意一种或至少两种的组合;
I级:所述印记基因Z13的印记基因缺失表达量为10-15%、所述印记基因Z13的印记基因拷贝数异常表达量为1.5-2.5%或所述印记基因Z13的总表达量为15-20%中的任意一种或至少两种的组合;
II级:所述印记基因Z13的印记基因缺失表达量为15-20%、所述印记基因Z13的印记基因拷贝数异常表达量为2.5-5%或所述印记基因Z13的总表达量为20-30%中的任意一种或至少两种的组合;
III级:所述印记基因Z13的印记基因缺失表达量为20-25%、所述印记基因Z13的印记基因拷贝数异常表达量为5-10%或所述印记基因Z13的总表达量为30-40%中的任意一种或至少两种的组合;
IV级:所述印记基因Z13的印记基因缺失表达量大于25%、所述印记基因Z13的印记基因拷贝数异常表达量大于10%或所述印记基因Z13的总表达量大于40%中的任意一种或至少两种的组合;
优选地,所述针对Z16的印记基因缺失表达量、印记基因拷贝数异常表达量和总表达量划分的五个不同的等级为:
0级:所述印记基因Z16的印记基因缺失表达量小于15%、所述印记基因Z16的印记基因拷贝数异常表达量小于2%或所述印记基因Z16的总表达量小于20%中的任意一种或至少两种的组合;
I级:所述印记基因Z16的印记基因缺失表达量为15-18%、所述印记基因Z16的印记基因拷贝数异常表达量为2-4%或所述印记基因Z16的总表达量为20-30%中的任意一种或至少两种的组合;
II级:所述印记基因Z16的印记基因缺失表达量为18-21%、所述印记基因Z16的印记基因拷贝数异常表达量为4-7%或所述印记基因Z16的总表达量为30-40%中的任意一种或至少两种的组合;
III级:所述印记基因Z16的印记基因缺失表达量为21-25%、所述印记基因Z16的印记基因拷贝数异常表达量为7-10%或所述印记基因Z16的总表达量为40-55%中的任意一种或至少两种的组合;
IV级:所述印记基因Z16的印记基因缺失表达量大于25%、所述印记基因Z16的印记基因拷贝数异常表达量大于10%或所述印记基因Z16的总表达量大于55%中的任意一种或至少两种的组合。
6.一种检测肝肿瘤良恶性程度的装置,其特征在于,包括如下单元:
(1)取样单元:获取待测样本;
(2)探针设计单元:根据印记基因序列设计特异性引物;
(3)检测单元:将步骤(2)的探针与待测样本进行原位杂交;
(4)分析单元:显微镜成像分析印记基因的表达情况;
其中,所述分析单元通过计算印记基因缺失表达量、印记基因拷贝数异常表达量和总表达量,通过权利要求1-5中任一项所述的印记基因分级模型,从而通过印记基因缺失表达量、印记基因拷贝数异常表达量和总表达量的等级来判断肝肿瘤的良恶性程度。
7.根据权利要求6所述的装置,其特征在于,步骤(1)所述的待测样本来自于人的组织和/或细胞;
优选地,所述待测样本为穿刺活检样本;
优选地,所述原位杂交采用RNAscope原位杂交方法;
优选地,所述RNAscope原位杂交方法使用单通道或多通道的呈色试剂盒或者单通道或多通道的荧光试剂盒,优选为单通道红色/棕色呈色试剂盒或多通道的荧光试剂盒。
8.根据权利要求6或7所述的装置,其特征在于,所述判断肝肿瘤的良恶性程度分为良性肝肿瘤、肝癌潜能、早期肝癌、中期肝癌和晚期肝癌;
优选地,所述判断肝肿瘤的良恶性程度的结果为印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16的印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量均小于I级或印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16中的不超过1个印记基因的印记基因缺失表达量为I级且印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16中的不超过1个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为I级,则为良性肝肿瘤;
优选地,所述判断肝肿瘤的良恶性程度的结果为印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16中的至少2个印记基因的印记基因缺失表达量为I级,印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16的至少2个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为I级或印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16中不超过1个印记基因的印记基因缺失表达量为II级且印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16中的不超过1个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为II级中的任意一种情况,则为肝癌潜能;
优选地,所述判断肝肿瘤的良恶性程度的结果为印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16中的至少2个印记基因的印记基因缺失表达量为II级,印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16的至少2个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为II级或印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16中不超过1个印记基因的印记基因缺失表达量为III级且印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16中的不超过1个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为III级中的任意一种情况,则为早期肝癌;
优选地,所述判断肝肿瘤的良恶性程度的结果为印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16中的至少2个印记基因的印记基因缺失表达量为III级,印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16的至少2个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为III级或印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16中不超过1个印记基因的印记基因缺失表达量为IV级且印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16中的不超过1个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为IV级中的任意一种情况,则为中期肝癌;
优选地,所述判断肝肿瘤的良恶性程度的结果为印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16中至少2个印记基因的印记基因缺失表达量为IV级或印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16中至少2个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为IV级,则为晚期肝癌。
9.一种如权利要求1-5中任一项所述的印记基因分级模型和/或如权利要求6-8中任一项所述的装置用于制备肝肿瘤检测和/或治疗的药物或试剂盒。
10.根据权利要求9所述的用途,其特征在于,判断肝肿瘤的良恶性程度分为良性肝肿瘤、肝癌潜能、早期肝癌、中期肝癌和晚期肝癌;
优选地,所述判断肝肿瘤的良恶性程度的结果为印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16的印记基因缺失表达量和印记基因拷贝数异常表达量均小于I级或印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16中的不超过1个印记基因的印记基因缺失表达量为I级且印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16中的不超过1个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为I级,则为良性肝肿瘤;
优选地,所述判断肝肿瘤的良恶性程度的结果为印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16中的至少2个印记基因的印记基因缺失表达量为I级,印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16的至少2个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为I级或印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16中不超过1个印记基因的印记基因缺失表达量为II级且印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16中的不超过1个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为II级中的任意一种情况,则为肝癌潜能;
优选地,所述判断肝肿瘤的良恶性程度的结果为印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16中的至少2个印记基因的印记基因缺失表达量为II级,印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16的至少2个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为II级或印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16中不超过1个印记基因的印记基因缺失表达量为III级且印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16中的不超过1个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为III级中的任意一种情况,则为早期肝癌;
优选地,所述判断肝肿瘤的良恶性程度的结果为印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16中的至少2个印记基因的印记基因缺失表达量为III级,印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16的至少2个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为III级或印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16中不超过1个印记基因的印记基因缺失表达量为IV级且印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16中的不超过1个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为IV级中的任意一种情况,则为中期肝癌;
优选地,所述判断肝肿瘤的良恶性程度的结果为印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16中至少2个印记基因的印记基因缺失表达量为IV级或印记基因Z1、Z4、Z5、Z6、Z13和Z16中至少2个印记基因的印记基因拷贝数异常表达量为IV级,则为晚期肝癌。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201811352860.6A CN111261219B (zh) | 2018-11-14 | 2018-11-14 | 一种用于检测肝肿瘤良恶性程度的分级模型及其应用 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201811352860.6A CN111261219B (zh) | 2018-11-14 | 2018-11-14 | 一种用于检测肝肿瘤良恶性程度的分级模型及其应用 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN111261219A true CN111261219A (zh) | 2020-06-09 |
CN111261219B CN111261219B (zh) | 2024-03-22 |
Family
ID=70946407
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN201811352860.6A Active CN111261219B (zh) | 2018-11-14 | 2018-11-14 | 一种用于检测肝肿瘤良恶性程度的分级模型及其应用 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
CN (1) | CN111261219B (zh) |
Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2012089643A1 (en) * | 2010-12-29 | 2012-07-05 | Institut Curie | Dusp22 as a prognostic marker in human breast cancer |
CN107169314A (zh) * | 2017-04-21 | 2017-09-15 | 天津大学 | 分析生物基因组基因表达、拷贝数变异的可视化方法 |
-
2018
- 2018-11-14 CN CN201811352860.6A patent/CN111261219B/zh active Active
Patent Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2012089643A1 (en) * | 2010-12-29 | 2012-07-05 | Institut Curie | Dusp22 as a prognostic marker in human breast cancer |
CN107169314A (zh) * | 2017-04-21 | 2017-09-15 | 天津大学 | 分析生物基因组基因表达、拷贝数变异的可视化方法 |
Non-Patent Citations (1)
Title |
---|
包仕廷;王三明;林木生;缪辉来;: "p14ARF蛋白在人肝细胞癌中的表达缺失及其临床意义", 中华实验外科杂志, no. 12 * |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CN111261219B (zh) | 2024-03-22 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
CN111105842B (zh) | 一种用于检测淋巴瘤、淋巴转移癌良恶性程度的分级模型及其应用 | |
EP3726221B1 (en) | Hierarchical model for detecting benign and malignant degrees of colorectal tumors and application thereof | |
CN112301125A (zh) | 一种肿瘤标志物及其应用 | |
CN108977535A (zh) | 一种用于检测膀胱肿瘤良恶性程度的模型及其应用 | |
CN111100930B (zh) | 一种用于检测胰腺肿瘤良恶性程度的分级模型及其应用 | |
CN110890128B (zh) | 一种用于检测皮肤肿瘤良恶性程度的分级模型及其应用 | |
CN111261219B (zh) | 一种用于检测肝肿瘤良恶性程度的分级模型及其应用 | |
CN109971848B (zh) | 一种用于检测食道肿瘤和/或胃肿瘤良恶性程度的分级模型及其应用 | |
US11734818B2 (en) | Model, diagnostic method, and application thereof | |
WO2018219342A1 (zh) | 一种印记基因分级模型和诊断方法及其应用 | |
CN110791563B (zh) | 一种用于检测甲状腺肿瘤良恶性程度的分级模型及其应用 | |
CN111172278B (zh) | 一种用于检测前列腺肿瘤良恶性程度的分级模型及其应用 | |
CN110714075B (zh) | 一种用于检测肺肿瘤良恶性程度的分级模型及其应用 | |
WO2019105381A1 (zh) | 一种用于检测乳腺肿瘤良恶性程度的分级模型及其应用 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
PB01 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
GR01 | Patent grant | ||
GR01 | Patent grant |