CN111157722A - 生物标志物的用途 - Google Patents
生物标志物的用途 Download PDFInfo
- Publication number
- CN111157722A CN111157722A CN202010023168.XA CN202010023168A CN111157722A CN 111157722 A CN111157722 A CN 111157722A CN 202010023168 A CN202010023168 A CN 202010023168A CN 111157722 A CN111157722 A CN 111157722A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- gout
- bacteroides
- allipides
- biomarker
- marker
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
- 239000000090 biomarker Substances 0.000 title claims abstract description 22
- 201000005569 Gout Diseases 0.000 claims abstract description 54
- 241000606125 Bacteroides Species 0.000 claims abstract description 28
- 241000605956 Fusobacterium mortiferum Species 0.000 claims abstract description 16
- 239000003550 marker Substances 0.000 claims abstract description 14
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 11
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 claims abstract description 9
- 239000003446 ligand Substances 0.000 claims abstract description 8
- 239000003814 drug Substances 0.000 claims abstract description 6
- 239000003094 microcapsule Substances 0.000 claims description 6
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 claims description 4
- 239000006041 probiotic Substances 0.000 claims description 4
- 230000000529 probiotic effect Effects 0.000 claims description 4
- 235000018291 probiotics Nutrition 0.000 claims description 4
- 210000003608 fece Anatomy 0.000 claims description 3
- 102000008394 Immunoglobulin Fragments Human genes 0.000 claims description 2
- 108010021625 Immunoglobulin Fragments Proteins 0.000 claims description 2
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims description 2
- 235000013376 functional food Nutrition 0.000 claims description 2
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims description 2
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 claims 1
- 230000000968 intestinal effect Effects 0.000 abstract description 17
- 210000001035 gastrointestinal tract Anatomy 0.000 abstract description 7
- 244000005700 microbiome Species 0.000 abstract description 6
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 abstract description 3
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 abstract description 2
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 abstract description 2
- 229940079593 drug Drugs 0.000 abstract description 2
- 241000894007 species Species 0.000 description 16
- 241000606219 Bacteroides uniformis Species 0.000 description 15
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 6
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 6
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 5
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 4
- 235000013305 food Nutrition 0.000 description 3
- 210000003734 kidney Anatomy 0.000 description 3
- 238000002156 mixing Methods 0.000 description 3
- 108020004465 16S ribosomal RNA Proteins 0.000 description 2
- KDCGOANMDULRCW-UHFFFAOYSA-N 7H-purine Chemical compound N1=CNC2=NC=NC2=C1 KDCGOANMDULRCW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241000030716 Alistipes shahii Species 0.000 description 2
- 108091093088 Amplicon Proteins 0.000 description 2
- 238000007400 DNA extraction Methods 0.000 description 2
- 241000605909 Fusobacterium Species 0.000 description 2
- LEHOTFFKMJEONL-UHFFFAOYSA-N Uric Acid Chemical compound N1C(=O)NC(=O)C2=C1NC(=O)N2 LEHOTFFKMJEONL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- TVWHNULVHGKJHS-UHFFFAOYSA-N Uric acid Natural products N1C(=O)NC(=O)C2NC(=O)NC21 TVWHNULVHGKJHS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000000246 agarose gel electrophoresis Methods 0.000 description 2
- 238000010276 construction Methods 0.000 description 2
- 208000030159 metabolic disease Diseases 0.000 description 2
- 230000008506 pathogenesis Effects 0.000 description 2
- 230000004144 purine metabolism Effects 0.000 description 2
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 2
- 238000003756 stirring Methods 0.000 description 2
- 229940116269 uric acid Drugs 0.000 description 2
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Chemical compound O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241001480182 Acidia Species 0.000 description 1
- 241000586288 Alipes Species 0.000 description 1
- 241000186063 Arthrobacter Species 0.000 description 1
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 1
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 1
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 1
- 238000000729 Fisher's exact test Methods 0.000 description 1
- 208000031226 Hyperlipidaemia Diseases 0.000 description 1
- 206010020772 Hypertension Diseases 0.000 description 1
- 208000016285 Movement disease Diseases 0.000 description 1
- 108091007491 NSP3 Papain-like protease domains Proteins 0.000 description 1
- 241000566145 Otus Species 0.000 description 1
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 1
- 238000001190 Q-PCR Methods 0.000 description 1
- 208000025747 Rheumatic disease Diseases 0.000 description 1
- 238000001790 Welch's t-test Methods 0.000 description 1
- 230000002378 acidificating effect Effects 0.000 description 1
- 239000011543 agarose gel Substances 0.000 description 1
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 description 1
- 230000002146 bilateral effect Effects 0.000 description 1
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 1
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 1
- 239000002775 capsule Substances 0.000 description 1
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 1
- 238000005354 coacervation Methods 0.000 description 1
- 210000002808 connective tissue Anatomy 0.000 description 1
- 208000029078 coronary artery disease Diseases 0.000 description 1
- 238000012937 correction Methods 0.000 description 1
- 238000005520 cutting process Methods 0.000 description 1
- 230000008021 deposition Effects 0.000 description 1
- 238000011161 development Methods 0.000 description 1
- 230000037213 diet Effects 0.000 description 1
- 235000005911 diet Nutrition 0.000 description 1
- 230000001079 digestive effect Effects 0.000 description 1
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 1
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 239000003995 emulsifying agent Substances 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 230000029142 excretion Effects 0.000 description 1
- 230000002550 fecal effect Effects 0.000 description 1
- 238000001914 filtration Methods 0.000 description 1
- 230000008014 freezing Effects 0.000 description 1
- 238000007710 freezing Methods 0.000 description 1
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 1
- 239000003292 glue Substances 0.000 description 1
- 210000002490 intestinal epithelial cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000002503 metabolic effect Effects 0.000 description 1
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 1
- 150000002772 monosaccharides Chemical class 0.000 description 1
- NAFSTSRULRIERK-UHFFFAOYSA-M monosodium urate Chemical group [Na+].N1C([O-])=NC(=O)C2=C1NC(=O)N2 NAFSTSRULRIERK-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 1
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 1
- 238000011176 pooling Methods 0.000 description 1
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 1
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 1
- 150000003212 purines Chemical class 0.000 description 1
- 238000003908 quality control method Methods 0.000 description 1
- 238000011084 recovery Methods 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 239000008223 sterile water Substances 0.000 description 1
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 1
- 230000008961 swelling Effects 0.000 description 1
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 1
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/569—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for microorganisms, e.g. protozoa, bacteria, viruses
- G01N33/56911—Bacteria
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A23—FOODS OR FOODSTUFFS; TREATMENT THEREOF, NOT COVERED BY OTHER CLASSES
- A23L—FOODS, FOODSTUFFS, OR NON-ALCOHOLIC BEVERAGES, NOT COVERED BY SUBCLASSES A21D OR A23B-A23J; THEIR PREPARATION OR TREATMENT, e.g. COOKING, MODIFICATION OF NUTRITIVE QUALITIES, PHYSICAL TREATMENT; PRESERVATION OF FOODS OR FOODSTUFFS, IN GENERAL
- A23L33/00—Modifying nutritive qualities of foods; Dietetic products; Preparation or treatment thereof
- A23L33/10—Modifying nutritive qualities of foods; Dietetic products; Preparation or treatment thereof using additives
- A23L33/135—Bacteria or derivatives thereof, e.g. probiotics
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P19/00—Drugs for skeletal disorders
- A61P19/06—Antigout agents, e.g. antihyperuricemic or uricosuric agents
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
- C07K16/12—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from bacteria
- C07K16/1203—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from bacteria from Gram-negative bacteria
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
- C07K16/12—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from bacteria
- C07K16/1267—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from bacteria from Gram-positive bacteria
- C07K16/1282—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from bacteria from Gram-positive bacteria from Clostridium (G)
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A23—FOODS OR FOODSTUFFS; TREATMENT THEREOF, NOT COVERED BY OTHER CLASSES
- A23V—INDEXING SCHEME RELATING TO FOODS, FOODSTUFFS OR NON-ALCOHOLIC BEVERAGES AND LACTIC OR PROPIONIC ACID BACTERIA USED IN FOODSTUFFS OR FOOD PREPARATION
- A23V2002/00—Food compositions, function of food ingredients or processes for food or foodstuffs
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K2039/505—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising antibodies
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
- G01N2800/10—Musculoskeletal or connective tissue disorders
- G01N2800/107—Crystal induced conditions; Gout
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Immunology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Hematology (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Physical Education & Sports Medicine (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Pain & Pain Management (AREA)
- Public Health (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Rheumatology (AREA)
- Virology (AREA)
- Mycology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Nutrition Science (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Polymers & Plastics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Pathology (AREA)
Abstract
生物标志物的用途,本发明涉及一种生物标志物,具体来说,是一种痛风肠道微生物标志物,本发明提供一种如下的技术方案:一种能够结合或者特异性识别生物标志物的配体在制备试剂盒中的用途,所述的生物标志物为:Species层面的:另枝菌属Alistipes Onderdonkii、另枝菌属Alistipes Shahii、单形拟杆菌、死亡梭杆菌;和strain层面的:单形拟杆菌、GCF000210555、GCF000210575和GCF000374505。本发明的有益效果在于:该发明提供早期非侵入性诊断痛风疾病状态的方法及生物标志物。根据受检者肠道菌群的不同,可应用于制备痛风治疗药品及平衡肠道菌群微环境稳态。
Description
技术领域
本发明涉及一种生物标志物,具体来说,是一种痛风肠道微生物标志物,属于生物技术领域。
背景技术
痛风是一种体内嘌呤代谢紊乱导致单钠尿酸盐沉积在关节或结缔组织的代谢风湿性疾病,表现为关节的红肿疼痛,严重者可导致痛风石的出现、关节的活动障碍甚至肾脏的损伤。其不仅可造成关节的变形及肾脏的损伤,甚至与高血压、高血脂、冠心病等疾病紧密关联。因此,把握体内嘌呤的代谢显得尤为重要。体内嘌呤有2个来源:1)外源性的,主要是食物;2)内源性的,主要是体内合成。因为外源嘌呤的可控制性,所以在临床中痛风患者预防痛风发作的一个重要手段是饮食的控制。食物的消化吸收器官主要是肠道,其过程是肠道内的微生物将食物分解为单糖,后者被小肠上皮细胞吸收入血。因此,肠道菌群在嘌呤代谢中发挥重要的作用。
健康人尿酸的排泄方式主要有两种:70%的尿酸通过肾脏排泄,剩下的30%通过肠道排泄或由肠道菌群分解,因此,原发性痛风可能与肠道菌群密切相关。从痛风的发病机制以及肠道菌群在代谢紊乱中的作用来看,肠道的不平衡可能在痛风的发病过程中起着重要作用。由于对痛风与肠道菌群关系的研究很少,因此分析肠道菌群与痛风发生发展的关系具有重要意义。
发明内容
为决绝上述提到的问题本发明提供一种如下的技术方案:
一种能够结合或者特异性识别生物标志物的配体在制备试剂盒中的用途,所述的生物标志物为:
Species层面的:另枝菌属Alistipes Onderdonkii、另枝菌属Alistipes Shahii、单形拟杆菌、死亡梭杆菌;和
strain层面的:单形拟杆菌、GCF000210555、GCF000210575和GCF000374505。
进一步的,所述的试剂盒于根据标志物的丰度变化对个体患痛风概率进行诊断和/或监测。
进一步的,对标志物的丰度变化检测通过如下方法实现:
(1)提取待检测个体的样本中的标志物;
(2)对标志物的丰度和正常对照组的丰度进行比较,根据比较结果确定个体的状态。
进一步的,所述的样本是指粪便。
本发明还提供一种生物标志物或者特异性结合该生物标志物的抗体或者抗体片段在准备1)用于治疗痛风的药物;2)用于预防或者缓解痛风的功能性食品的用途;所述的生物标志物为:
Species层面的:另枝菌属Alistipes Onderdonkii、另枝菌属Alistipes Shahii、单形拟杆菌、死亡梭杆菌;和
strain层面的:单形拟杆菌、GCF000210555、GCF000210575和GCF000374505。
本发明还提供一种能结合或者特异性识别生物标志物的配体在制备试剂盒的用途,所述的试剂盒用于监测治疗痛风过程中使用的药物或者治疗方法的有效性,包括有检测和/或量化来自患者样本中所述的标志物,所述的标志物是
Species层面的:另枝菌属Alistipes Onderdonkii、另枝菌属Alistipes Shahii、单形拟杆菌、死亡梭杆菌;和
strain层面的:单形拟杆菌、GCF000210555、GCF000210575和GCF000374505。
本发明还在于一种益生菌微囊,所述的益生菌微囊用于调节痛风患者体内如下的标志物:
Species层面的:另枝菌属Alistipes Onderdonkii、另枝菌属Alistipes Shahii、单形拟杆菌、死亡梭杆菌;和
strain层面的:单形拟杆菌、GCF000210555、GCF000210575和GCF000374505。
本发明的有益效果在于:该发明提供早期非侵入性诊断痛风疾病状态的方法及生物标志物。根据受检者肠道菌群的不同,可应用于制备痛风治疗药品及平衡肠道菌群微环境稳态。
附图说明
图1为各样本中Alistipes Onderdonkii的丰度;
图2为Gout和HC组中Alistipes Onderdonkii的差异比较;
图3为各样本中Alistipes Shahii的丰度;
图4为Gout组和HC组中Alistipes Shahii的差异比较;
图5为各样本中Bacteroides uniformis的丰度;
图6为Gout组和HC组中Bacteroides uniformis的差异比较;
图7为各样本中Fusobacterium mortiferum的丰度;
图8为Gout组和HC组中Fusobacterium mortiferum的差异比;
图9为各样本中Bacteroides uniformis的丰度;
图10为Gout组和HC组中Bacteroides uniformis的差异比较;
图11为各样本中GCF 000210555的丰度;
图12为Gout组和HC组中GCF 000210555的差异比较;
图13为各样本中GCF 000210575的丰度;
图14为Gout组和HC组中GCF 000210575的差异比较
图15为各样本中GCF 000210505的丰度;
图16为Gout组和HC组中GCF 000210505的差异比较。
具体实施方式
实施例1痛风患者和健康对照者肠道菌群差异物种分析
采用的分析方法如下:
1.测序数据的获取
1.1样本收集和DNA提取
样本收集需要器械包括:坐便器、粪便样本采集器;
收集痛风患者的新鲜粪便样品,置于4℃冰盒中2小时内输送至实验室分装到EP管中,每份200mg/份,共5份,立即-80℃冰箱冷冻保存。
利用市面在售粪便微生物DNA提取试剂盒,按照说明书步骤提取微生物DNA,-80℃保存。
1.2构建文库及测序
DNA建库按仪器制造商(Illuminate)的16SrRNA基因扩增子测序操作指南进行。利用琼脂糖凝胶电泳检测DNA的纯度和浓,取适量的样品于离心管中,使用无菌水稀释样品至1ng/μl,以稀释后的基因组DNA为模板,选取带有Barcode的细菌16S rRNA基因高可变区V4区特异性引物(515F,5’-GTGCCAGCMGCCGCGGTAA-3’,and 806R,5’-GGACTACHVGGGTWTCTAAT-3’),New England Biolabs公司的High-Fidelity PCR Master Mix with GCBuffer,和高效高保真酶进行PCR;PCR产物使用2%浓度的琼脂糖凝胶进行电泳检测;根据PCR产物浓度进行等量混样,充分混匀后使用2%的琼脂糖凝胶电泳检测PCR产物,对目的条带使用qiagen公司提供的胶回收试剂盒回收产物。
使用DNA PCR-Free Sample Preparation Kit建库试剂盒进行文库构建,构建好的文库经过Qubit和Q-PCR定量,文库合格后,使用HiSeq2500 PE250进行上机测序。
2.生物标志物的鉴定
2.1测序数据的基本处理
利用扩增子测序技术进行测序,得到高质量读段(reads)根据Barcode序列将下机数据拆分为不同样品数据,并截去Barcode序列和PCR扩增引物。此后按照高标准进行reads拼接、过滤、去除嵌合体序列等质控步骤,得到有效读段(effective reads)用于微生物物种鉴定。Effective reads通过与SILVA数据库比对注释进行物种鉴定。
2.2物种丰度分析
1)OTU聚类:使用Uparse软件(Uparse v7.0.1001,(http://drive5.com/uparse/))对所有样品的全部Effective Tags序列进行97%和95%的一致性(Identity)两个等级聚类,形成OTU;
2)OTU注释:选取OTU代表序列,使用Qiime中的assign_taxonomy.py脚本和RDPClassifier方法,Silva数据库进行比对获得物种注释信息(置信度阈值默认为0.8以上);
3)使用R软件进行OUT各个分类等级的注释比例和各个分类等级物种相对丰度的统计。
2.3差异物种筛选
基于均一化的物种的丰度表,同时使用R软件进行组间物种的差异显著分析,使用Fisher精确检验并进行FDR校正。
根据标准筛选出差异菌群丰度>1*e^(-4)和p值<0.05差异物种用STAMP2.1.3(选取two group,采用welch’s t-test方法,双侧检验,p<0.05为有统计学意义)软件对界、门、纲、目、科、属、种各层进行痛风患者和健康对照者肠道菌群差异物种分析,结果在种(species)和株(strain)共找到8个差异物种,其中species层的差异菌株是另枝菌属(Alistipes Onderdonkii)、另枝菌属(Alistipes Shahii)、单形拟杆菌(Bacteroidesuniformis)和死亡梭杆菌(Fusobacterium mortiferum);strain层的差异菌株为:单形拟杆菌(Bacteroides uniformis)、GCF000210555、GCF000210575和GCF000374505。
其中species层面的4种差异菌株包括有:另枝菌属Alistipes Onderdonkii、另枝菌属Alistipes Shahii、单形拟杆菌Bacteroides uniformis、死亡梭杆菌Fusobacteriummortiferum,如图1-8所示所述:
图1为各样本(实验用无菌粪便样本采集器采集了15例中国汉族痛风患者和15例健康人的新鲜粪便样品,置于4℃冰盒中2小时内输送至实验室分装到EP管中,每份200mg/份,共5份,立即-80℃冰箱冷冻保存。利用市面在售粪便微生物DNA提取试剂盒按照说明书步骤提取微生物DNA,-80℃保存。)中Alistipes Onderdonkii的丰度,图2为Gout和HC组(无痛风健康人)中Alistipes Onderdonkii的差异比较,可以看出,Alistipes Onderdonkii的丰度Gout组明显低于HC组(p=0.032)。
图3为各样本中Alistipes Shahii的丰度,图4为Gout组和HC组中AlistipesShahii的差异比较,可以看出Alistipes Shahii的含量Gout组均明显低于HC组(p=0.023)。
图5为各样本中Bacteroides uniformis的丰度,图6为Gout组和HC组中Bacteroides uniformis的差异比较,可以看出Bacteroides uniformis的含量Gout组均明显低于HC组(p=0.020)。
图7为各样本中Fusobacterium mortiferum的丰度,图8为Gout组和HC组中Fusobacterium mortiferum的差异比,可以看出Fusobacterium mortiferum的含量Gout组均明显高于HC组(p=0.032)。
也就是说,Species层的四种差异菌株中另枝菌属(Alistipes Onderdonkii)、另枝菌属(Alistipes Shahii)和单形拟杆菌(Bacteroides uniformis)三种菌株的肠道菌群含量Gout组均明显低于HC组(p<0.05);死亡梭杆菌(Fusobacterium mortiferum)的含量Gout组明显高于HC组(p<0.05)。
另外,strain层面的差异菌株为:单形拟杆菌(Bacteroides uniformis)、GCF000210555、GCF000210575和GCF000374505,分别如图9-16所示:
图9为各样本中Bacteroides uniformis的丰度,图10为Gout组和HC组中Bacteroides uniformis的差异比较,可以看出Bacteroides uniformis肠道菌群含量Gout组均明显低于HC组(p=0.029)。
图11为各样本中GCF 000210555的丰度,图12为Gout组和HC组中GCF 000210555的差异比较,可以看出GCF 000210555肠道菌群含量Gout组均明显低于HC组(p=0.040)。
图13为各样本中GCF 000210575的丰度,图14为Gout组和HC组中GCF 000210575的差异比较,可以看出GCF 000210575肠道菌群含量Gout组均明显低于HC组(p=0.024)。
图15为各样本中GCF 000210505的丰度,图16为Gout组和HC组中GCF 000210505的差异比较,可以看出GCF 000210505肠道菌群含量Gout组均明显低于HC组(p=0.026)。
因此,Strain层的四种差异菌株单形拟杆菌(Bacteroides uniformis)、GCF000210555、GCF000210575和GCF000374505的肠道菌群含量Gout组均明显低于HC组(p<0.05)。
实施例2制备益生菌微囊
制作包含另枝菌属(Alistipes Onderdonkii)、另枝菌属(Alistipes Shahii)、单形拟杆菌(Bacteroides uniformis)、死亡梭杆菌(Fusobacterium mortiferum)、单形拟杆菌(Bacteroides uniformis)、GCF000210555、GCF000210575、GCF000374505的益生菌微囊。粒子大小通常为5~400gm,囊壁的厚度为0.2~10gm。复凝聚法制备微胶囊流程制备原胶液→加入菌悬液→乳化剂→搅拌混匀→调节pH至酸性→加入固化剂→搅拌→调节pH至碱性→离心→洗涤→收集微胶囊。
Claims (7)
1.一种能够结合或者特异性识别生物标志物的配体在制备试剂盒中的用途,其特征在于,所述的生物标志物为:
Species层面的:另枝菌属Alistipes Onderdonkii、另枝菌属Alistipes Shahii、单形拟杆菌、死亡梭杆菌;和
strain层面的:单形拟杆菌、GCF000210555、GCF000210575和GCF000374505。
2.如权利要求1所述的能够结合或者特异性识别生物标志物的配体在制备试剂盒中的用途,其特征在于,所述的试剂盒于根据标志物的丰度变化对个体患痛风概率进行诊断和/或监测。
3.如权利要求2所述的能够结合或者特异性识别生物标志物的配体在制备试剂盒中的用途,其特征在于,对标志物的丰度变化检测通过如下方法实现:
(1)提取待检测个体的样本中的标志物;
(2)对标志物的丰度和正常对照组的丰度进行比较,根据比较结果确定个体的状态。
4.如权利要求3所述的能够结合或者特异性识别生物标志物的配体在制备试剂盒中的用途,其特征在于,所述的样本是指粪便。
5.一种生物标志物或者特异性结合该生物标志物的抗体或者抗体片段在准备1)用于治疗痛风的药物;2)用于预防或者缓解痛风的功能性食品的用途;其特征在于,所述的生物标志物为:
Species层面的:另枝菌属Alistipes Onderdonkii、另枝菌属Alistipes Shahii、单形拟杆菌、死亡梭杆菌;和
strain层面的:单形拟杆菌、GCF000210555、GCF000210575和GCF000374505。
6.能结合或者特异性识别生物标志物的配体在制备试剂盒的用途,所述的试剂盒用于监测治疗痛风过程中使用的药物或者治疗方法的有效性,包括有检测和/或量化来自患者样本中所述的标志物,所述的标志物是
Species层面的:另枝菌属Alistipes Onderdonkii、另枝菌属Alistipes Shahii、单形拟杆菌、死亡梭杆菌;和
strain层面的:单形拟杆菌、GCF000210555、GCF000210575和GCF000374505。
7.一种益生菌微囊,其特征在,所述的益生菌微囊用于调节痛风患者体内如下的标志物:
Species层面的:另枝菌属Alistipes Onderdonkii、另枝菌属Alistipes Shahii、单形拟杆菌、死亡梭杆菌;和
strain层面的:单形拟杆菌、GCF000210555、GCF000210575和GCF000374505。
Applications Claiming Priority (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201911165121 | 2019-11-25 | ||
CN2019111651210 | 2019-11-25 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN111157722A true CN111157722A (zh) | 2020-05-15 |
CN111157722B CN111157722B (zh) | 2022-10-11 |
Family
ID=70562164
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN202010023168.XA Active CN111157722B (zh) | 2019-11-25 | 2020-01-09 | 生物标志物的用途 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
CN (1) | CN111157722B (zh) |
Cited By (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN112410443A (zh) * | 2020-10-21 | 2021-02-26 | 上海市第十人民医院 | 一种用于鉴别高龄个体的生物种群标志物及其获得方法和应用 |
CN114360726A (zh) * | 2021-02-05 | 2022-04-15 | 中国医学科学院阜外医院 | 稳定型冠心病发病风险评估标志物及其应用 |
CN117887869A (zh) * | 2024-01-23 | 2024-04-16 | 中国人民解放军总医院 | 微生物标志物在诊断尿酸异常相关疾病中的应用 |
Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN105373702A (zh) * | 2015-12-01 | 2016-03-02 | 广州和康医疗技术有限公司 | 一种家庭式高尿酸血症及痛风病人管理系统 |
CN205334478U (zh) * | 2015-12-01 | 2016-06-22 | 广州和康医疗技术有限公司 | 一种家庭式高尿酸血症及痛风病人管理系统 |
WO2019089643A1 (en) * | 2017-10-30 | 2019-05-09 | Seres Therapeutics, Inc. | Compositions and methods for treating antibiotic resistance |
-
2020
- 2020-01-09 CN CN202010023168.XA patent/CN111157722B/zh active Active
Patent Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN105373702A (zh) * | 2015-12-01 | 2016-03-02 | 广州和康医疗技术有限公司 | 一种家庭式高尿酸血症及痛风病人管理系统 |
CN205334478U (zh) * | 2015-12-01 | 2016-06-22 | 广州和康医疗技术有限公司 | 一种家庭式高尿酸血症及痛风病人管理系统 |
WO2019089643A1 (en) * | 2017-10-30 | 2019-05-09 | Seres Therapeutics, Inc. | Compositions and methods for treating antibiotic resistance |
Cited By (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN112410443A (zh) * | 2020-10-21 | 2021-02-26 | 上海市第十人民医院 | 一种用于鉴别高龄个体的生物种群标志物及其获得方法和应用 |
CN112410443B (zh) * | 2020-10-21 | 2023-08-25 | 上海市第十人民医院 | 一种用于鉴别高龄个体的生物种群标志物及其获得方法和应用 |
CN114360726A (zh) * | 2021-02-05 | 2022-04-15 | 中国医学科学院阜外医院 | 稳定型冠心病发病风险评估标志物及其应用 |
CN114360726B (zh) * | 2021-02-05 | 2023-05-12 | 中国医学科学院阜外医院 | 稳定型冠心病发病风险评估标志物及其应用 |
CN117887869A (zh) * | 2024-01-23 | 2024-04-16 | 中国人民解放军总医院 | 微生物标志物在诊断尿酸异常相关疾病中的应用 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CN111157722B (zh) | 2022-10-11 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
CN111157722B (zh) | 生物标志物的用途 | |
CN108531591B (zh) | Septin9及NDRG4基因甲基化的检测试剂盒和应用 | |
CN112609015A (zh) | 一种预测结直肠癌风险的微生物标志物及其应用 | |
CN113025730B (zh) | 一种与肝硬化相关的肝内菌群标志物及其应用 | |
CN107955832A (zh) | 一套同时检测地贫、耳聋、苯丙酮尿症、肝豆状核变性病的引物组及方法 | |
CN110819705A (zh) | Uc患者肠道菌群多样性及差异性的分析方法 | |
CN109913525A (zh) | 丁酸弧菌属在鉴别和/或区分高原地区汉族人群和藏族人群中的应用 | |
CN113913490B (zh) | 非酒精性脂肪肝标志微生物及其应用 | |
CN114381534B (zh) | 脂肪肝标志微生物及其应用 | |
CN111662959A (zh) | 一种真菌高通量快速检测方法 | |
CN115181799A (zh) | 用于预测、预防或治疗心力衰竭的标志物、方法及系统 | |
CN114875142A (zh) | 包括外泌体miR-106b-3p、miR-550-5p等在肺癌诊断中的应用 | |
WO2024120090A1 (en) | Kit for detecting nucleic acid of helicobacter pylori in human feces | |
CN115820458B (zh) | 具有缓解溃疡性结肠炎功效的长双歧杆菌050101及其应用 | |
CN115895961A (zh) | 一种降血压的益生菌粉及其应用 | |
CN114507739A (zh) | 用于检测人粪便样本中结直肠癌基因甲基化水平的引物和探针 | |
SK282091B6 (sk) | Spôsob imunomagnetického oddeľovania buniek | |
CN111733270A (zh) | 一种检测脂多糖感染引起动脉粥样硬化风险的荧光定量pcr引物及其应用与检测试剂盒 | |
CN112375736A (zh) | 胰腺癌外泌体的捕获方法及人工智能早期筛查的体外方法 | |
CN114262743B (zh) | 中风标志微生物及其应用 | |
CN113930479B (zh) | 系统性红斑狼疮标志微生物及其应用 | |
CN108148906A (zh) | 一种强直性脊柱炎肠道微生物标志物及其应用 | |
CN114231648B (zh) | 牙周梭杆菌作为食管鳞状细胞癌生物标志物及其应用 | |
CN115192560B (zh) | 十六酰胺在制备提高精子活力的药物中的应用 | |
CN117363762A (zh) | 一种与痛风相关的肠道菌群标志物及其应用 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
PB01 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
TA01 | Transfer of patent application right |
Effective date of registration: 20210521 Address after: 510000 Room 301, 262 Kefeng Road, Lianhe street, Huangpu District, Guangzhou City, Guangdong Province Applicant after: Guangzhou Huishan Medical Technology Co.,Ltd. Address before: Room 316, 3 / F, building B8, No. 11, Kaiyuan Avenue, Science City, Guangzhou high tech Industrial Development Zone, Guangdong 510000 Applicant before: Guangzhou Danchen Medical Technology Co.,Ltd. |
|
TA01 | Transfer of patent application right | ||
GR01 | Patent grant | ||
GR01 | Patent grant |