CN111020038A - 用于诊断心脏瓣膜钙化的肠道微生物、引物组及应用 - Google Patents

用于诊断心脏瓣膜钙化的肠道微生物、引物组及应用 Download PDF

Info

Publication number
CN111020038A
CN111020038A CN201911388703.5A CN201911388703A CN111020038A CN 111020038 A CN111020038 A CN 111020038A CN 201911388703 A CN201911388703 A CN 201911388703A CN 111020038 A CN111020038 A CN 111020038A
Authority
CN
China
Prior art keywords
primer
heart valve
calcification
diagnosing
detecting
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
CN201911388703.5A
Other languages
English (en)
Other versions
CN111020038B (zh
Inventor
曾庆春
许顶立
刘祖恒
李加英
詹琼
谭燕
赖文岩
白煜佳
张振
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Southern Hospital Southern Medical University
Original Assignee
Southern Hospital Southern Medical University
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Southern Hospital Southern Medical University filed Critical Southern Hospital Southern Medical University
Priority to CN201911388703.5A priority Critical patent/CN111020038B/zh
Publication of CN111020038A publication Critical patent/CN111020038A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN111020038B publication Critical patent/CN111020038B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C12Q1/689—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for bacteria
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
    • G01N2800/32—Cardiovascular disorders
    • G01N2800/323—Arteriosclerosis, Stenosis
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
    • Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
    • Y02A50/00—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE in human health protection, e.g. against extreme weather
    • Y02A50/30—Against vector-borne diseases, e.g. mosquito-borne, fly-borne, tick-borne or waterborne diseases whose impact is exacerbated by climate change

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明涉及疾病辅助诊断技术领域，公开了用于诊断心脏瓣膜钙化的肠道微生物，包括疣微菌科或普氏菌属或拟杆菌属或韦荣球菌科中的一种或多种；本发明还公开了用于诊断心脏瓣膜钙化的肠道微生物在制备诊断心脏瓣膜钙化的试剂盒中的应用；本发明还公开了用于诊断心脏瓣膜钙化的肠道微生物在制备诊断心脏瓣膜钙化的芯片中的应用；本发明还公开了用于检测肠道微生物的引物组。本发明发现了肠道菌群中的疣微菌科、普氏菌属、拟杆菌属和韦荣球菌科在粪便中的水平变化可用于诊断心脏瓣膜钙化，本发明实现心脏瓣膜钙化的快速诊断，诊断简便快速、无侵害性且成本低，诊断特异性高敏感性强，应用对象适用于大规模人群筛选，也可针对个体实现最终监测。

Description

用于诊断心脏瓣膜钙化的肠道微生物、引物组及应用
技术领域
本发明涉及疾病辅助诊断技术领域，具体涉及用于诊断心脏瓣膜钙化的肠道微生物、引物组及应用。
背景技术
随着人口老龄化进程的发展，心脏瓣膜钙化的发病率逐年增高，严重危害人民健康。心脏瓣膜钙化主要是指一种随着年龄增长的瓣膜老化、钙化和退行性变化，又被称为退行性心脏瓣膜病。有学者认为瓣膜钙化是一种晚期的动脉粥样硬化，从解剖结构上看也可认为心脏瓣膜是血管的远端，动脉粥样硬化与瓣膜钙化有极其类似的病理生理基础。冠心病是一种冠状动脉粥样硬化性疾病，有冠心病病理生理基础的患者更容易发生瓣膜钙化。
目前用于诊断瓣膜钙化的手段主要包括心脏超声和心脏CT等，然而瓣膜钙化很容易被患者忽视，患者往往要等到瓣膜严重钙化，身体出现严重不适的时候才去医院就诊，此时有些患者甚至已经出现严重的瓣膜狭窄和心力衰竭；另外，目前的医疗资源分配不均与医疗资源的匮乏，患者需要长时间的排队才能见到医生或是完成昂贵影像学检查，由于目前快速的生活节奏压力，普通群众难以抽出大量的时间来进行健康排查，导致该疾病容易被人们忽视。
因此，为了适应社会的发展和人民生活方式和节奏的变化，亟需一种能够快速筛查检测心脏瓣膜钙化的方法。
发明内容
基于以上问题，本发明提供一种用于诊断心脏瓣膜钙化的肠道微生物、引物组及应用，本发明通过检测肠道菌群的变化而实现心脏瓣膜钙化的快速诊断，诊断流程简便快速、无侵害性且成本低，诊断特异性高且敏感性强，其应用对象不仅适用于大规模人群筛选，也可针对个体实现最终监测。
为解决以上技术问题，本发明提供了用于诊断心脏瓣膜钙化的肠道微生物，包括疣微菌科或普氏菌属或拟杆菌属或韦荣球菌科中的一种或多种。
进一步的，疣微菌科的菌种为OTU355307Ruminococcaceae，普氏菌属的菌种为OTU326482Prevotellacopri和OTU568118Prevotellacopri，拟杆菌属的菌种为OTU364926Bacteroides和普通拟杆菌OTU352617Bacteroidesplebeius，韦荣球菌科的菌种为OTU580008Erysipelotrichaceae；其中OTU355307Ruminococcaceae、OTU326482Prevotellacopri、OTU364926Bacteroides和OTU580008Erysipelotrichaceae在未患有心脏瓣膜钙化的健康者的粪便中的含量与患有心脏瓣膜钙化的患者的粪便中的含量比均大于1，OTU352617Bacteroidesplebeius和OTU568118Prevotellacopri在未患有心脏瓣膜钙化的健康者的粪便中的含量与患有心脏瓣膜钙化的患者的粪便中的含量比均小于1。
为解决以上技术问题，本发明还提供了用于诊断心脏瓣膜钙化的肠道微生物在制备诊断心脏瓣膜钙化的试剂盒中的应用。
进一步的，试剂盒包括用于检测相应肠道微生物的引物组、SYBRGreen荧光染料混合物和超纯水，其中SYBRGreen荧光染料混合物包括dNTPs、Mg2+和TaqDNA聚合酶；试剂盒的PCR反应体系如下：模板DNA1μL，SYBRGreen荧光染料混合物6μL，引物组的正向引物和反向引物各0.4μL，超纯水2.8μL，SYBRGreen荧光染料混合物中的dNTPs、Mg2+和TaqDNA聚合酶的浓度分别为2mmol/L、1.5mmol/L和0.5U；试剂盒的PCR反应程序为：预变性95℃10min，变性退火延伸95℃15s，60℃2min，共40个循环。
进一步的，模板DNA提取于患者的中段粪便，中段粪便的取用量为200mg。
为解决以上技术问题，本发明还提供了用于诊断心脏瓣膜钙化的肠道微生物在制备诊断心脏瓣膜钙化的芯片中的应用。
进一步的，芯片包括固相载体和固定于固相载体上的用于检测肠道微生物的引物组。
为解决以上技术问题，本发明还提供了用于检测肠道微生物的引物组，用于检测相应肠道微生物的引物组的序列如下：
用于检测OTU355307Ruminococcaceae的引物组1为：
正向引物：5’-TCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAG-3’，
反向引物：5’-TTCTGATCTGCGATTACTAGCGATTCC-3’；
用于检测OTU326482Prevotellacopri的引物组2为：
正向引物：5’-AGCATCAGCGTCAGTTACAATCCAG-3’，
反向引物：5’-CGGCTGCTGGCACGGAATTAG-3’；
用于检测OTU364926Bacteroides的引物组3为：
正向引物：5’-GAACCAGCCAAGTAGCGTGAAGG-3’，
反向引物：5’-AGCATCAGCGTCAGTTACAATCCAG-3’；
用于检测OTU580008Erysipelotrichaceae的引物组4为：
正向引物：5’-AGGGAGCAGGCGGCACTAAG-3’，
反向引物：5’-CTCATCGTTTACGGCGTGGACTAC-3’；
用于检测OTU352617Bacteroidesplebeius的引物组5为：
正向引物：5’-GGATGAAGGCTCTATGGGTCGTAAAC-3’，
反向引物：5’-CGCACACCTCAACCGCACTC-3’；
用于检测OTU568118Prevotellacopri的引物组6为：
正向引物：5’-TCACGAAGAACTCCGATTGCGAAG-3’，
反向引物：5’-CGGCACGAGCTGACGACAAC-3’。
与现有技术相比，本发明的有益效果是：本发明发现了肠道菌群中的疣微菌科、普氏菌属、拟杆菌属和韦荣球菌科在粪便中的水平变化可用于诊断心脏瓣膜钙化，本发明通过检测肠道菌群的变化而实现了心脏瓣膜钙化的快速诊断，诊断流程简便快速、无侵害性且成本低，诊断特异性高且敏感性强，其应用对象不仅适用于大规模人群筛选，也可针对个体实现最终监测。
附图说明
图1为本发明的实施例中对比不同疾病肠道菌群特征的结果图；
图2为本发明的实施例中心脏瓣膜钙化患者与健康对照组和心脏瓣膜钙化合并冠心病组的主要OTU分布和差异展示的热图；
图3为本发明的实施例中的心脏瓣膜钙化患者与健康对照组的LefSe结果图。
具体实施方式
为使本发明的目的、技术方案和优点更加清楚明白，下面结合实施例和附图，对本发明作进一步的详细说明，本发明的示意性实施方式及其说明仅用于解释本发明，并不作为对本发明的限定。
实施例：
本实施例于2017年4月～2018年2月在南方医院进行，分别收集健康对照组人群和心脏瓣膜钙化患者群的粪便，采集的粪便为中段粪便，采集量为200mg，保存于-80℃冰箱内。被采集样本的对象在样本采集前30天未服用抗生素、益生菌产品，未患有高血压，未曾服用过可能干扰糖、脂代谢的药物，未合并影响肠道微生态的疾病。
本实施例采用细菌基因组总DNA提取试剂盒提取粪便中的细菌基因组DNA，采用分光光度仪测定DNA的浓度，并用电泳检测DNA的完整性，随后使用ddH20将DNA稀释至10ng/μL用于构建16S扩增文库。
为获取患者肠道菌群的结构特征，本实施例选取16SrRNA的V4-V5区作为PCR扩增目标片段，其中PCR的上游引物：5’-GTGCCAGCMGCCGCGGTAA-3’，PCR的下游引物：5’-CCGTCAATTCMTTTRAGTTT-3’，进而通过PCR扩增，并在IlluminaMiSeqPE300测序仪上完成测序工作；将PCR扩增产物混合后进行凝胶电泳，切割目标DNA条带，进行回收、纯化以得到目的DNA片段；随后使用TruSeqTMDNASamplePrepKit进行文库的构建，具体步骤按照说明书进行，并通过IlluminaMiSeqPE300平台进行双末端测序，长度为双末端250碱基。之后使用SeqPrep软件对测序获得的PEreads进行拼接，并通过质量控制与过滤，以Greengenes数据库作为参考库，将97％相似性的序列归为同一类OTU，利用线性判别效应分析，估算不同物种丰度的差异，进而通过肠道菌群的随机森林分析，挑选出现率高于10％的重要菌属，利用R语言randomForest程序包中的重要性分析函数对不同菌属在瓣膜钙化中的重要性进行计算。
结果见附图1，其中Ctrl为健康对照组，VC为心脏瓣膜钙化组，VC+CAD为心脏瓣膜钙化合并冠心病组，图1(A)为不同组门水平细菌组成构成，图1(B)为不同组属水平细菌组成结构，图1(C-D)为各组主成分分析(principal co-ordinatesanalysis，PCoA)与AUC曲线，图1(E)为相应模型预测模型检；结果显示，使用心脏瓣膜钙化患者和健康志愿者进行模型分析，随机森林结果曲线下面积为98.76[95％CI：96.09，100.00]，心脏瓣膜钙化合并冠心病与健康人的肠道菌群数据进行建模，随机森林结果曲线下面积为70.93[95％CI：53.35，88.51]，表明心脏瓣膜钙化使肠道菌群朝一定的方向偏移，这种偏移导致的差异微生物富集具有一致性；与健康志愿者的相比，疣微菌科、普氏菌属、拟杆菌属和韦荣球菌科中的一种或几种的OTU的水平在心脏瓣膜钙化患者中呈现显著性差异，结果见附图2和附图3；其中疣微菌科的菌种为OTU355307Ruminococcaceae，普氏菌属的菌种为OTU326482Prevotellacopri和OTU568118Prevotellacopri，拟杆菌属的菌种为OTU364926Bacteroides和普通拟杆菌OTU352617Bacteroidesplebeius，韦荣球菌科的菌种为OTU580008Erysipelotrichaceae；疣微菌科的菌种为OTU355307Ruminococcaceae，普氏菌属的菌种为OTU326482Prevotellacopri和OTU568118Prevotellacopri，拟杆菌属的菌种为OTU364926Bacteroides和普通拟杆菌OTU352617Bacteroidesplebeius，韦荣球菌科的菌种为OTU580008Erysipelotrichaceae；其中OTU355307Ruminococcaceae、OTU326482Prevotellacopri、OTU364926Bacteroides和OTU580008Erysipelotrichaceae在未患有心脏瓣膜钙化的健康者的粪便中的含量与患有心脏瓣膜钙化的患者的粪便中的含量比均大于1，OTU352617Bacteroidesplebeius和OTU568118Prevotellacopri在未患有心脏瓣膜钙化的健康者的粪便中的含量与患有心脏瓣膜钙化的患者的粪便中的含量比均小于1，详情见下表：
Figure BDA0002344320000000051
对上述差异OTU(差异OTU是指与正常人肠道菌群相对丰度水平相比，在患有钙化的患者体内得到更高或更低水平的微生物)进行大样本qPCR验证，按照上述粪便样本的收集方式收集心脏瓣膜钙化患者和健康志愿者的粪便样本各80例，提取粪便细菌DNA，根据特征差异细菌16SrRNA基因的V4-V5区序列，针对上述6个OTU设计相应的特异性引物组，并以16SrRNA通用引物作为参考基因。
其中用于检测OTU355307Ruminococcaceae的引物组1为：正向引物：5’-TCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAG-3’，反向引物：5’-TTCTGATCTGCGATTACTAGCGATTCC-3’；用于检测OTU326482Prevotella copri的引物组2为：正向引物：5’-AGCATCAGCGTCAGTTACAATCCAG-3’，反向引物：5’-CGGCTGCTGGCACGGAATTAG-3’；用于检测OTU364926Bacteroides的引物组3为：正向引物：5’-GAACCAGCCAAGTAGCGTGAAGG-3’，反向引物：5’-AGCATCAGCGTCAGTTACAATCCAG-3’；用于检测OTU580008Erysipelotrichaceae的引物组4为：正向引物：5’-AGGGAGCAGGCGGCACTAAG-3’，反向引物：5’-CTCATCGTTTACGGCGTGGACTAC-3’；用于检测OTU352617Bacteroidesplebeius的引物组5为：正向引物：5’-GGATGAAGGCTCTATGGGTCGTAAAC-3’，反向引物：5’-CGCACACCTCAACCGCACTC-3’；用于检测OTU568118Prevotellacopri的引物组6为：正向引物：5’-TCACGAAGAACTCCGATTGCGAAG-3’，反向引物：5’-CGGCACGAGCTGACGACAAC-3’。
进行qPCR扩增检测时，配置10μl反应体系：模板DNA1μL，SYBRGreen荧光染料混合物6μL，引物组1或引物组2或引物组3或引物组4或引物组5或引物组6的正向引物和反向引物各0.4μL，超纯水2.8μL，SYBRGreen荧光染料混合物中的dNTPs、Mg2+和TaqDNA聚合酶的浓度分别为2mmol/L、1.5mmol/L和0.5U；试剂盒的PCR反应程序为：预变性95℃10min，变性退火延伸95℃15s，60℃2min，共40个循环。以SYBRGreen荧光染料作为荧光标记物，在罗氏480荧光实时定量PCR仪上进行PCR反应，以ΔΔCT法进行相对定量。使用logistics多元回归模型对上述6个OTU结果进行分析，并且用pROC程序包绘制ROC曲线。
结果显示，与健康志愿者相比，钙化患者中的疣微菌科的OTU355307Ruminococcaceae，普氏菌属的OTU326482prevotellacopri，拟杆菌属的OTU364926Bacteroides，韦荣球菌科的OTU580008Erysipelotrichaceae，普通拟杆菌(Bacteroidesplebeius)OTU352617，普氏菌属的OTU568118Prevotella copri呈现显著性差异(P<0.05)，同16SrRNA测序结果一致，所有6个OTU的AUC值均高于0.7。其中，疣微菌科的OTU355307Ruminococcaceae和普氏菌属的OTU326482Prevotellacopri具有更高的特异性和敏感性，应用于钙化诊断具有更高的准确性，结果显示联合诊断相比单独应用具有较高的准确性。
用于诊断心脏瓣膜钙化的肠道微生物可用于制备诊断心脏瓣膜钙化的试剂盒。本实施例中的试剂盒包括如下组分：引物组1或引物组2或引物组3或引物组4或引物组5或引物组6中的一种或多种，SYBRGreen荧光染料混合物和超纯水，其中SYBRGreen荧光染料混合物包括dNTPs、Mg2+和TaqDNA聚合酶；试剂盒的PCR反应体系如下：模板DNA1μL，SYBRGreen荧光染料混合物6μL，引物组的正向引物和反向引物各0.4μL，超纯水2.8μL，SYBRGreen荧光染料混合物中的dNTPs、Mg2+和TaqDNA聚合酶的浓度分别为2mmol/L、1.5mmol/L和0.5U；试剂盒的PCR反应程序为：预变性95℃10min，变性退火延伸95℃15s，60℃2min，共40个循环。
用于诊断心脏瓣膜钙化的肠道微生物还可用于制备诊断心脏瓣膜钙化的芯片。本实施例中的芯片包括固相载体和固定于固相载体上的用于检测肠道微生物的引物组1或引物组2或引物组3或引物组4或引物组5或引物组6中的一种或多种。
本实施例中涉及到的每一种特定肠道微生物的品种命名均可在GreenGenes数据库里面找到，每个特定的编号代表一个物种。
如上即为本发明的实施例。上述实施例以及实施例中的具体参数仅是为了清楚表述发明验证过程，并非用以限制本发明的专利保护范围，本发明的专利保护范围仍然以其权利要求书为准，凡是运用本发明的说明书及附图内容所作的等同结构变化，同理均应包含在本发明的保护范围内。
序列表
<110> 南方医科大学
<120> 用于诊断心脏瓣膜钙化的肠道微生物、引物组及应用
<130> 2019.10.22
<160> 12
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 25
<212> DNA
<213> OTU355307Ruminococcaceae Ruminococcaceae
<400> 1
tcgtgtcgtg agatgttggg ttaag 25
<210> 2
<211> 27
<212> DNA
<213> OTU355307Ruminococcaceae Ruminococcaceae
<400> 2
ttctgatctg cgattactag cgattcc 27
<210> 3
<211> 25
<212> DNA
<213> OTU326482 Prevotella copri
<400> 3
agcatcagcg tcagttacaa tccag 25
<210> 4
<211> 21
<212> DNA
<213> OTU326482 Prevotella copri
<400> 4
cggctgctgg cacggaatta g 21
<210> 5
<211> 23
<212> DNA
<213> OTU364926Bacteroides Bacteroides
<400> 5
gaaccagcca agtagcgtga agg 23
<210> 6
<211> 25
<212> DNA
<213> OTU364926Bacteroides Bacteroides
<400> 6
agcatcagcg tcagttacaa tccag 25
<210> 7
<211> 20
<212> DNA
<213> OTU580008Erysipelotrichaceae Erysipelotrichaceae
<400> 7
agggagcagg cggcactaag 20
<210> 8
<211> 24
<212> DNA
<213> OTU580008Erysipelotrichaceae Erysipelotrichaceae
<400> 8
ctcatcgttt acggcgtgga ctac 24
<210> 9
<211> 26
<212> DNA
<213> OTU352617 Bacteroides plebeius
<400> 9
ggatgaaggc tctatgggtc gtaaac 26
<210> 10
<211> 20
<212> DNA
<213> OTU352617 Bacteroides plebeius
<400> 10
cgcacacctc aaccgcactc 20
<210> 11
<211> 24
<212> DNA
<213> OTU568118 Prevotella copri
<400> 11
tcacgaagaa ctccgattgc gaag 24
<210> 12
<211> 20
<212> DNA
<213> OTU568118 Prevotella copri
<400> 12
cggcacgagc tgacgacaac 20

Claims (8)

1.用于诊断心脏瓣膜钙化的肠道微生物，其特征在于，包括疣微菌科或普氏菌属或拟杆菌属或韦荣球菌科中的一种或多种。
2.根据权利要求1所述的用于诊断心脏瓣膜钙化的肠道微生物，其特征在于，疣微菌科的菌种为OTU355307Ruminococcaceae，普氏菌属的菌种为OTU326482 Prevotella copri和OTU568118 Prevotella copri，拟杆菌属的菌种为OTU364926Bacteroides和普通拟杆菌OTU352617 Bacteroides plebeius，韦荣球菌科的菌种为OTU580008Erysipelotrichaceae；其中OTU355307Ruminococcaceae、OTU326482Prevotellacopri、OTU364926Bacteroides和OTU580008 Erysipelotrichaceae在未患有心脏瓣膜钙化的健康者的粪便中的含量与患有心脏瓣膜钙化的患者的粪便中的含量比均大于1，OTU352617 Bacteroides plebeius和OTU568118 Prevotella copri在未患有心脏瓣膜钙化的健康者的粪便中的含量与患有心脏瓣膜钙化的患者的粪便中的含量比均小于1。
3.权利要求1-2中任意一项所述的用于诊断心脏瓣膜钙化的肠道微生物在制备诊断心脏瓣膜钙化的试剂盒中的应用。
4.根据权利要求3所述的用于诊断心脏瓣膜钙化的肠道微生物在制备诊断心脏瓣膜钙化的试剂盒中的应用，其特征在于，试剂盒包括用于检测肠道微生物的引物组、SYBR Green荧光染料混合物和超纯水，其中SYBR Green荧光染料混合物包括dNTPs、Mg2+和Taq DNA聚合酶；试剂盒的PCR反应体系如下：模板DNA 1μL，SYBR Green荧光染料混合物6μL，引物组的正向引物和反向引物各0.4μL，超纯水2.8μL，SYBR Green荧光染料混合物中的dNTPs、Mg2+和Taq DNA聚合酶的浓度分别为2mmol/L、1.5mmol/L和0.5U；试剂盒的PCR反应程序为：预变性95℃10min，变性退火延伸95℃15s，60℃2min，共40个循环。
5.根据权利要求4所述的用于诊断心脏瓣膜钙化的肠道微生物在制备诊断心脏瓣膜钙化的试剂盒中的应用，其特征在于，模板DNA提取于患者的中段粪便，中段粪便的取用量为200mg。
6.权利要求1-2中任意一项所述的用于诊断心脏瓣膜钙化的肠道微生物在制备诊断心脏瓣膜钙化的芯片中的应用。
7.根据权利要求6所述的用于诊断心脏瓣膜钙化的肠道微生物在制备诊断心脏瓣膜钙化的芯片中的应用，其特征在于，芯片包括固相载体和固定于固相载体上的用于检测肠道微生物的引物组。
8.权利要求4或权利要求7中任意一项所述的用于检测肠道微生物的引物组，其特征在于，用于检测肠道微生物的引物组的序列如下：
用于检测OTU355307Ruminococcaceae的引物组1为：
正向引物：5’-TCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAG-3’，
反向引物：5’-TTCTGATCTGCGATTACTAGCGATTCC-3’；
用于检测OTU326482 Prevotella copri的引物组2为：
正向引物：5’-AGCATCAGCGTCAGTTACAATCCAG-3’，
反向引物：5’-CGGCTGCTGGCACGGAATTAG-3’；
用于检测OTU364926Bacteroides的引物组3为：
正向引物：5’-GAACCAGCCAAGTAGCGTGAAGG-3’，
反向引物：5’-AGCATCAGCGTCAGTTACAATCCAG-3’；
用于检测OTU580008Erysipelotrichaceae的引物组4为：
正向引物：5’-AGGGAGCAGGCGGCACTAAG-3’，
反向引物：5’-CTCATCGTTTACGGCGTGGACTAC-3’；
用于检测OTU352617 Bacteroides plebeius的引物组5为：
正向引物：5’-GGATGAAGGCTCTATGGGTCGTAAAC-3’，
反向引物：5’-CGCACACCTCAACCGCACTC-3’；
用于检测OTU568118 Prevotella copri的引物组6为：
正向引物：5’-TCACGAAGAACTCCGATTGCGAAG-3’,
反向引物：5’-CGGCACGAGCTGACGACAAC-3’。
CN201911388703.5A 2019-12-30 2019-12-30 用于诊断心脏瓣膜钙化的肠道微生物、引物组及应用 Active CN111020038B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201911388703.5A CN111020038B (zh) 2019-12-30 2019-12-30 用于诊断心脏瓣膜钙化的肠道微生物、引物组及应用

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201911388703.5A CN111020038B (zh) 2019-12-30 2019-12-30 用于诊断心脏瓣膜钙化的肠道微生物、引物组及应用

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN111020038A true CN111020038A (zh) 2020-04-17
CN111020038B CN111020038B (zh) 2023-11-10

Family

ID=70199188

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201911388703.5A Active CN111020038B (zh) 2019-12-30 2019-12-30 用于诊断心脏瓣膜钙化的肠道微生物、引物组及应用

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN111020038B (zh)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN112098655A (zh) * 2020-08-06 2020-12-18 南方医科大学 一种基于肠道菌群的心力衰竭检测试剂盒

Citations (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2013176774A1 (en) * 2012-05-25 2013-11-28 Arizona Board Of Regents Microbiome markers and therapies for autism spectrum disorders
CN105603066A (zh) * 2016-01-13 2016-05-25 金锋 精神障碍的肠道微生物标志物及其应用
CN107586862A (zh) * 2017-10-12 2018-01-16 青岛大学附属医院 肠道菌群在儿童反复呼吸道感染诊断中的应用
CN107710205A (zh) * 2015-04-14 2018-02-16 优比欧迈公司 用于心血管疾病状况的微生物组来源的表征、诊断和治疗的方法及系统
CN108754002A (zh) * 2018-06-13 2018-11-06 天津市环湖医院(天津市神经外科研究所 天津市脑系科中心医院) 一种用于诊断冠心病的肠道菌群试剂盒及其应用
CN109797190A (zh) * 2019-03-11 2019-05-24 上海宝藤生物医药科技股份有限公司 一种用于评估ii型糖尿病风险的微生物标志物及其应用
CN110408699A (zh) * 2019-07-11 2019-11-05 福建卫生职业技术学院 肠癌肠道菌群标志物及其应用

Patent Citations (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2013176774A1 (en) * 2012-05-25 2013-11-28 Arizona Board Of Regents Microbiome markers and therapies for autism spectrum disorders
CN107710205A (zh) * 2015-04-14 2018-02-16 优比欧迈公司 用于心血管疾病状况的微生物组来源的表征、诊断和治疗的方法及系统
CN105603066A (zh) * 2016-01-13 2016-05-25 金锋 精神障碍的肠道微生物标志物及其应用
CN107586862A (zh) * 2017-10-12 2018-01-16 青岛大学附属医院 肠道菌群在儿童反复呼吸道感染诊断中的应用
CN108754002A (zh) * 2018-06-13 2018-11-06 天津市环湖医院(天津市神经外科研究所 天津市脑系科中心医院) 一种用于诊断冠心病的肠道菌群试剂盒及其应用
CN109797190A (zh) * 2019-03-11 2019-05-24 上海宝藤生物医药科技股份有限公司 一种用于评估ii型糖尿病风险的微生物标志物及其应用
CN110408699A (zh) * 2019-07-11 2019-11-05 福建卫生职业技术学院 肠癌肠道菌群标志物及其应用

Non-Patent Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
DAVID JCOHENMD ET AL.: "Role of oral bacterial flora in calcific aortic stenosis: an animal model", vol. 77, no. 2, pages 537 - 543 *
LIU, ZUHENG ET AL.: "The intestinal microbiota associated with cardiac valve calcification differs from that of coronary artery disease", vol. 284, pages 122 *
周革利 等,吉林科学技术出版社, vol. 1, 吉林科学技术出版社, pages: 283 *
周革利 等: "细菌感染性疾病的分子生物学检验", pages 283 *
陈洪叶 等: "老年心脏瓣膜钙化机制研究进展", vol. 37, no. 22, pages 5737 - 5739 *

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN112098655A (zh) * 2020-08-06 2020-12-18 南方医科大学 一种基于肠道菌群的心力衰竭检测试剂盒

Also Published As

Publication number Publication date
CN111020038B (zh) 2023-11-10

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN108078540A (zh) 基于人体菌群互作网络分析评估机体健康和诊断疾病的方法
CN108064272A (zh) 用于类风湿性关节炎的生物标记物及其用途
CN106399304B (zh) 一种与乳腺癌相关的snp标记
CN110964778A (zh) 肠杆菌科作为缺血性脑卒中生物标志物的用途
CN110541026A (zh) 一种检测溃疡性结肠炎的生物标志物及应用
Soriano et al. HLA class II genes in soybean epidemic asthma patients
CN109055532A (zh) 胚胎植入前遗传性耳聋基因检测用引物组合物、试剂盒及应用
CN113724862B (zh) 一种结直肠癌生物标志物及其筛选方法和应用
CN111020038A (zh) 用于诊断心脏瓣膜钙化的肠道微生物、引物组及应用
CN114045326A (zh) 一种腹泻型肠易激综合征肠道微生物标志物及其应用
CN110184344A (zh) 检测htt基因cag三核苷酸重复序列的方法及引物对
CN106987633A (zh) 一种检测结直肠癌血清分泌型lncRNAs的引物和试剂盒
CN112708686B (zh) 肠道菌群在神经损伤检测中的应用
CN106834476A (zh) 一种乳腺癌检测试剂盒
CN112226525B (zh) 重症肌无力诊断用试剂
KR102329509B1 (ko) 라크노스피로세 과 균주의 미생물을 검출할 수 있는 제제를 포함하는 당뇨병 위험도 예측 또는 진단용 조성물
CN114214422B (zh) 外泌体miR-106b-3P、ARPC5在肺癌诊断中的应用
CN108048555B (zh) 一种用于检测骨质疏松症的试剂盒
KR20230116237A (ko) 고혈압과 관련된 장내 미생물 마커의 선별 방법 및 이를 이용한 고혈압 위험도 측정 방법
CN107419028B (zh) 一种用于检测可变性红斑角化病的试剂盒及其应用
CN106834468B (zh) Aim1和eme1易感snp位点检测试剂及其制备的试剂盒
CN106520957B (zh) Dhrs7易感snp位点检测试剂及其制备的试剂盒
khalid ALـsgheer et al. Molecular Diagnosis for Candida spp. In Hospitalized Patients in the City of Karbala
CN114381507A (zh) 格雷夫斯病标志微生物及其应用
KR20010011030A (ko) 객관적인 사상체질 분류 방법

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant