CN110273007B - 与公猪有效精子数相关的snp标记及其获得方法和应用 - Google Patents

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Abstract

本发明涉及动物分子育种技术领域，特别涉及与公猪有效精子数相关的SNP标记及其获得方法和应用，本申请采用加权的一步法全基因组关联分析将公猪有效精子数与基因型进行关联分析，筛选到与公猪每次采精有效精子数相关的5个分子遗传标记，本发明的5个SNP标记有助于留选每次采精有效精子数量大的纯合公猪，有利于提高种公猪的有效精子利用效率，本发明的SNP标记应用于辅助种公猪的选育，为实际提供较大的应用价值。

Description

与公猪有效精子数相关的SNP标记及其获得方法和应用
【技术领域】
本发明涉及动物分子育种技术领域，具体涉及与公猪有效精子数相关的SNP标记及其获得方法和应用。
【背景技术】
近年来，随着养殖业的规模化、集约化发展，越来越多的猪场使用鲜精进行人工授精，人工授精已在猪生产高度集约化的国家成为一种强有力的工具。种公猪高品质精液不仅可以提供优良的遗传资源，而且直接影响母猪的繁殖力以及人工授精的成功率。因此，输精之前对精液进行检测是必不可少的，通过对精液质量评定还能监控公猪健康状况和繁殖潜力，从而可优化个体遗传潜力，发挥最大繁殖能力。
有效精子数是评价精液品质的一项重要指标。在人工授精的过程中，由于精子形态和活力不佳等而导致有效精子数量降低，从而导致怀孕率下降。因此，在人工授精之前，必须对精子的形态以及活力进行分析检测。精子畸形是影响每次采精有效精子数的重要因素，精子畸形率是指畸形精子占总精子的百分率。公猪的畸形精子率一般不能超过18％，否则应弃去。畸形精子指巨型精子、短小精子、断尾、断头、顶体脱落、原生质、头大、双头、双尾、折尾等精子，一般不能直线运动，受精能力较差(猪精液的检测及测定标准，综合养猪)。现今常用吉姆萨染色法测定畸形率，此种方法计数准确但费时费力。畸形率较高，经过数月正常天气和良好的饲喂调整，再对种公猪精子进行形态观察，仍有较高获得畸形率，则可认为畸形率高是由于种公猪遗传因素造成的，应予以淘汰。除畸形率外，每次采精的精液体积、密度、活力也影响有效精子数。因此，挖掘和利用新的提高有效精子数的分子遗传标记对于种公猪的遗传育种有着重大意义。
【发明内容】
鉴于上述内容，本发明提供与公猪有效精子数相关的SNP标记及其获得方法和应用，通过将公猪有效精子数的表型数据与基因型关联分析，成功筛选出与公猪每次采精有效精子数相关的分子遗传标记，将本方法获得的SNP标记应用于辅助种公猪的选育，留选每次采精有效精子数量大的纯合公猪，提高种公猪利用效率，为实际提供较大的应用价值。
本发明提供与公猪有效精子数相关的SNP标记，包括如下SNP标记：
A1)ASGA0105629标记：所述ASGA0105629分子遗传标记位于国际猪基因组10.2版本参考序列猪2号染色体g.149501823bp核苷酸位点，该位点的碱基为T或G，该位点位于NC_010444基因间区上，对应位于核苷酸序列表Seq ID No：1的第101为核酸位点；
A2)H3GA0010032标记：所述H3GA0010032分子遗传标记位于国际猪基因组10.2版本参考序列猪3号染色体g.87595465bp核苷酸位点，该位点的碱基为A或C，该位点位于NC_010445基因间区上，对应位于核苷酸序列表Seq ID No：2的第101为核酸位点；
A3)ALGA0024878标记：所述ALGA0024878分子遗传标记位于国际猪基因组10.2版本参考序列猪4号染色体g.42247365bp核苷酸位点，该位点的碱基为G或A，该位点位于NC_010446基因间区上，对应位于核苷酸序列表Seq ID No：3的第101为核酸位点；
A4)WU_10.2_8_31060162标记：所述WU_10.2_8_31060162分子遗传标记位于国际猪基因组10.2版本参考序列猪8号染色体g.29596749bp核苷酸位点，该位点的碱基为A或G，该位点位于NC_010450基因间区上，对应位于核苷酸序列表Seq ID No：4的第101为核酸位点；
A5)WU_10.2_9_11535520标记：所述WU_10.2_9_11535520分子遗传标记位于国际猪基因组10.2版本参考序列猪9号染色体g.10475677bp核苷酸位点，该位点的碱基为A或G，该位点位于NC_010451基因间区上，对应位于核苷酸序列表Seq ID No：5的第101为核酸位点。
本发明提供所述A1)-A5)任一SNP分子标记辅助选择在公猪育种中的应用。
本发明还提供与公猪有效精子数相关的SNP标记的获得方法，包括以下步骤：
(1)表型-系谱数据采集：统计完整系谱种猪的每次采集公猪的精液体积、密度、活力、精子畸形率4个性状的表型数据，采用UltiMateTM CASA系统分析新鲜精液，获得畸形率，计算每次采集公猪的有效精子数，计算公式为：精子有效数＝体积×密度×活力×(1-畸形率)；
(2)基因分型与质量控制：提取步骤(1)公猪的耳组织样品或者血样用于提取DNA；采用GGP 50k SNP芯片进行基因分型；参考并比对到猪Sscrofa11.1版本基因组上，用于更新所有SNP标记的物理位置；利用Plink软件进行质量控制，采用Beagle软件对缺失基因型填充，利用质量控制标准，获得用于关联分析的SNP标记；
(3)统计模型：采用加权的一步法全基因组关联分析将步骤(1)的表型数据与步骤(2)的基因型数据进行全基因组关联分析，获得标记效应；
(4)标记筛选：对步骤(3)的标记效应，取其绝对值画曼哈顿图，展示并筛选出效应值大的SNP标记。
进一步的，所述系谱种猪来自杜洛克公猪。
进一步的，步骤(2)中，所述质量控制标准为：个体检出率≥90％；SNP检出率≥90％；小等位基因频率≥0.01；哈迪-温伯格平衡p值≥10-6。
进一步的，步骤(3)中，所述加权的一步法全基因组关联分析是基于混合模型方程组来估计个体育种值，继而基于育种值模型与标记效应模型的等价关系将育种值转换为标记效应，具体模型如下：
y＝Xb+Za+Wp+Age+Intv+e
其中，y为有效精子数观测值向量；X，Z和W为设计矩阵；b为固定效应向量即总体均值和年-季效应；a～N(0，
Figure BDA0002109797200000033
)为育种值向量；p～N(0，
Figure BDA0002109797200000034
)为个体永久环境效应；Age和Intv分别为公猪采精时的月龄和采精间隔，为协变量；e～N(0，
Figure BDA0002109797200000035
)为残差；H为同时整合系谱和SNP标记的亲缘关系矩阵，其逆矩阵计算公式如下：
Figure BDA0002109797200000031
其中，A为基于系谱的亲缘关系矩阵；A22为A中有基因型个体对应的分块矩阵；Gω＝0.9G+0.1A22，
Figure BDA0002109797200000032
为基于全基因组SNP标记的亲缘关系矩，Z为小等位基因频率校正后的基因型矩阵，其中0-2p、1-2p和2-2p分别代表AA、Aa和aa三种基因型，p为小等位基因频率；D为对角线矩阵，表示SNP的权重；pi为第i个标记的小等位基因频率；m为标记数量；
对应上述混合模型，采用AI-REML法估计方差组分，并通过求解混合模型方程组获得育种值；通过迭代的方式获得标记权重，主要步骤如下：
第1步：初始化(t＝1)，D(t)＝I，G(t)＝λZD(t)Z'，
Figure BDA0002109797200000041
第2步：通过ssGBLUP计算个体育种值；
第3步：通过公式
Figure BDA0002109797200000042
将个体育种值转换为SNP效应，其中
Figure BDA0002109797200000043
为有基因型个体的育种值；
第4步：利用公式
Figure BDA0002109797200000044
计算SNP权重用于下一轮迭代；
第5步：利用公式
Figure BDA0002109797200000045
对SNP权重进行标准化，以保证方差一致；
第6步：利用公式G(t+1)＝λZD(t+1)Z'计算亲缘关系矩阵用于下一轮迭代；
第7步：令t＝t+1，并从第2步开始下一轮迭代；
上述步骤迭代三次，最终获得SNP标记效应，将第三轮迭代输出的标记效应作为最终的结果，计算过程主要通过在R统计分析平台编程调用BLUPF90软件来实现，其中AIREMLF90程序用于方差组分估计，BLUPF90程序用于计算育种值，postGSf90用于计算标记效应。
本发明的有益效果是：
1、本发明采用加权的一步法全基因组关联分析，可以同时利用系谱、历史个体表型记录和基因型数据进行关联分析，用于大量个体拥有表型记录而只有少量个体拥有基因型数据的情况，能快速、准确的筛选出突变基因以及与性状连锁的基因位置。
2、采用本发明的加权的一步法全基因组关联分析获得的5个SNP标记，可以标记不同基因型公猪单次采精有效精子数，能通过筛选纯合基因型来提高公猪有效精子数，提高种公猪利用效率，即通过ASGA0105629标记留选GG纯合基因型公猪个体间单次采精有效精子数量大、H3GA0010032标记留选CC纯合基因型公猪个体间单次采精有效精子数量大、ALGA0024878标记留选AA纯合基因型公猪个体间单次采精有效精子数量大、WU_10.2_8_31060162标记留选GG纯合基因型公猪个体间单次采精有效精子数量大、WU_10.2_9_11535520标记留选GG纯合基因型公猪个体间单次采精有效精子数量大，该SNP分子标记可应用在检测公猪有效精子数、筛选有效精子数量大的公猪、辅助公猪选育中。
【附图说明】
图1是ASGA0105629标记基因组位置及单次采精有效精子数全基因组SNP效应分布；
图2是H3GA0010032标记基因组位置及单次采精有效精子数全基因组SNP效应分布；
图3是ALGA0024878标记基因组位置及单次采精有效精子数全基因组SNP效应分布；
图4是WU_10.2_8_31060162标记基因组位置及单次采精有效精子数全基因组SNP效应分布；
图5是WU_10.2_9_11535520标记基因组位置及单次采精有效精子数全基因组SNP效应分布。
【具体实施方式】
以下实施例用于说明本发明，但不用来限制本发明的范围。在不背离本发明精神和实质的情况下，对本发明方法、步骤或条件所作的修改或替换，均属于本发明的范围。
实施例1
与公猪有效精子数相关的SNP标记的获得方法，包括以下步骤：
(1)表型-系谱数据采集：以来自广西秀博股份有限公司公猪站的夏洛克公猪为研究群体，完整系谱中包含12个世代5284头种猪；其中2015-2018年间记录了2693头公猪每次采精的精液体积、密度、活力、精子畸形率4个性状表型数据，采用UltiMateTM CASA系统分析新鲜精液获得畸形率，总共获得143114条精液性状观测值(平均每头公猪53条数据)，用于表型-基因型关联分析，通过上述4个性状计算每次采精有效精子数，计算公式为：精子有效数＝体积×密度×活力×(1-畸形率)；
(2)基因分型与质量控制：采集1733头公猪的耳组织样品，提取总DNA，并采用GGP50k SNP(GeneSeek，US)芯片进行基因分型，获得覆盖全基因组的50705个SNP标记；根据最新版的猪参考基因组(Sscrofa11.1)，采用NCBI(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)基因组比对程序对所有SNP标记的物理位置进行更新，基因组位置未知的SNP不用于关联分析；对于所有常染色体上的SNP标记，利用Plink软件进行质量控制，标准为：个体检出率≥90％，SNP检出率≥90％，小等位基因频率≥0.01，哈迪-温伯格平衡p值≥10-6，对于缺失基因型，采用Beagle软件进行填充；基于以上质量控制标准，剩余1623头公猪和28289个SNP标记用于关联分析，其中1231头公猪既有单次采精有效精子数表型数据，也有基因型数据；
(3)统计模型：采用加权的一步法全基因组关联分析法进行全基因组关联分析进行全基因组关联分析，该方法首先基于混合模型方程组来估计个体育种值，继而基于育种值模型与标记效应模型的等价关系将育种值转换为标记效应，所述采用的全基因组关联分析模型如下：
y＝Xb+Za+Wp+Age+Intv+e
其中，y为有效精子数观测值向量；X，Z和W为设计矩阵；b为固定效应向量即总体均值和年-季效应；a～N(0，
Figure BDA0002109797200000061
)为育种值向量；p～N(0，
Figure BDA0002109797200000062
)为个体永久环境效应；Age和Intv分别为公猪采精时的月龄和采精间隔，为协变量；e～N(0，
Figure BDA0002109797200000063
)为残差；H为同时整合系谱和SNP标记的亲缘关系矩阵，其逆矩阵计算公式如下：
Figure BDA0002109797200000064
其中，A为基于系谱的亲缘关系矩阵；A22为A中有基因型个体对应的分块矩阵；Gω＝0.9G+0.1A22，
Figure BDA0002109797200000065
为基于全基因组SNP标记的亲缘关系矩，Z为小等位基因频率校正后的基因型矩阵，其中0-2p、1-2p和2-2p分别代表AA、Aa和aa三种基因型，p为小等位基因频率；D为对角线矩阵，表示SNP的权重；pi为第i个标记的小等位基因频率；m为标记数量；
对应上述混合模型，采用AI-REML法估计方差组分，并通过求解混合模型方程组获得育种值；通过迭代的方式获得标记权重，主要步骤如下：
第1步：初始化(t＝1)，D(t)＝I，G(t)＝λZD(t)Z'，
Figure BDA0002109797200000066
第2步：通过ssGBLUP计算个体育种值；
第3步：通过公式
Figure BDA0002109797200000067
将个体育种值转换为SNP效应，其中
Figure BDA0002109797200000068
为有基因型个体的育种值；
第4步：利用公式
Figure BDA0002109797200000069
计算SNP权重用于下一轮迭代；
第5步：利用公式
Figure BDA00021097972000000610
对SNP权重进行标准化，以保证方差一致；
第6步：利用公式G(t+1)＝λZD(t+1)Z'计算亲缘关系矩阵用于下一轮迭代；
第7步：令t＝t+1，并从第2步开始下一轮迭代；
上述步骤迭代三次，最终获得SNP标记效应，将第三轮迭代输出的标记效应作为最终的结果，计算过程主要通过在R统计分析平台编程调用BLUPF90软件来实现，其中AIREMLF90程序用于方差组分估计，BLUPF90程序用于计算育种值，postGSf90用于计算标记效应；
(4)标记筛选
1)ASGA0105629标记：对于所有标记的效应值，取其绝对值画曼哈顿图，展示和筛选大效应的SNP标记(图1所示)，采用R统计分析平台进行方差分析和多重分析ASGA0105629标记不同基因型群体公猪单次采精有效精子数差异情况，结果如下：
表1 ASGA0105629标记不同基因型公猪单次采精有效精子数
Figure BDA0002109797200000071
由上表可知，采用ASGA0105629标记GG、TG、TT三种基因型的公猪单次采精有效精子数，经过多重比较p值，可知，任意两种基因型的公猪单次采精有效精子数之间差异极显著，其中，GG纯合基因型公猪个体表现为单次采集有效精子数最高值，比TG杂合基因型公猪个体间单次采精有效精子数高41.99亿，比TT纯合基因型公猪个体间单次采精有效精子数高67.44亿，这说明G等位基因显著提高有效精子数。
2)H3GA0010032标记：对于所有标记的效应值，取其绝对值画曼哈顿图，展示和筛选大效应的SNP标记(图2所示)，采用R统计分析平台进行方差分析和多重分析H3GA0010032标记不同基因型群体公猪单次采精有效精子数差异情况，结果如下：
表2 H3GA0010032标记不同基因型公猪单次采精有效精子数
Figure BDA0002109797200000081
由上可知，采用H3GA0010032标记AA、CA、CC三种基因型的公猪单次采精有效精子数，经过多重比较p值，可知，任意两种基因型的公猪单次采精有效精子数之间差异极显著，其中，CC纯合基因型公猪个体表现为单次采集有效精子数最高值，比CA杂合基因型公猪个体间单次采精有效精子数高18.33亿，比AA纯合基因型公猪个体间单次采精有效精子数高29.67亿，这说明C等位基因显著提高有效精子数。
3)ALGA0024878标记：对于所有标记的效应值，取其绝对值画曼哈顿图，展示和筛选大效应的SNP标记(图3所示)，采用R统计分析平台进行方差分析和多重分析ALGA0024878标记不同基因型群体公猪单次采精有效精子数差异情况，结果如下：
表3 ALGA0024878标记不同基因型公猪单次采精有效精子数
Figure BDA0002109797200000082
如上表可知，ALGA0024878标记GG、GA、AA三种基因型的公猪单次采精有效精子数，经过多重比较p值，可知，任意两种基因型的公猪单次采精有效精子数之间差异极显著，其中，AA纯合基因型公猪个体表现为单次采集有效精子数最高值，比GA杂合基因型公猪个体间单次采精有效精子数高12.32亿，比GG纯合基因型公猪个体间单次采精有效精子数高50.63亿，这说明A等位基因显著提高有效精子数。
4)WU_10.2_8_31060162标记：对于所有标记的效应值，取其绝对值画曼哈顿图，展示和筛选大效应的SNP标记(图4所示)，采用R统计分析平台进行方差分析和多重分析WU_10.2_8_31060162标记不同基因型群体公猪单次采精有效精子数差异情况，结果如下：
表4 WU_10.2_8_31060162标记不同基因型公猪单次采精有效精子数
Figure BDA0002109797200000091
由上可知，采用WU_10.2_8_31060162标记AA、GA、GG三种基因型的公猪单次采精有效精子数，经过多重比较p值，可知，任意两种基因型的公猪单次采精有效精子数之间差异极显著，其中，GG纯合基因型公猪个体表现为单次采集有效精子数最高值，比GA杂合基因型公猪个体间单次采精有效精子数高11.46亿，比AA纯合基因型公猪个体间单次采精有效精子数高26.25亿，这说明G等位基因显著提高有效精子数。
5)WU_10.2_9_11535520标记筛选：对于所有标记的效应值，取其绝对值画曼哈顿图，展示和筛选大效应的SNP标记(图5所示)，采用R统计分析平台进行方差分析和多重分析WU_10.2_9_11535520标记不同基因型群体公猪单次采精有效精子数差异情况，结果如下：
表5 WU_10.2_9_11535520标记不同基因型公猪单次采精有效精子数
Figure BDA0002109797200000101
由上可知，采用WU_10.2_9_11535520标记AA、AG、GG三种基因型的公猪单次采精有效精子数，经过多重比较p值，可知，任意两种基因型的公猪单次采精有效精子数之间差异极显著，其中，GG纯合基因型公猪个体表现为单次采集有效精子数最高值，比AG杂合基因型公猪个体间单次采精有效精子数高37.67亿，比AA纯合基因型公猪个体间单次采精有效精子数高64.26亿，这说明G等位基因显著提高有效精子数。
实施例2
根据上述筛选得到的基因结果显示，本申请与公猪精子直线运动相关的分子遗传标记，所述的分子遗传标记ASGA0105629标记位于国际猪基因组10.2版本参考序列猪2号染色体g.149501823bp核苷酸位置，该位置由碱基为T突变成G，该位点位于NC_010444基因间区上，对应位于核苷酸序列表Seq ID No：1的第101为核酸位点。
实施例3
根据上述筛选得到的基因结果显示，本申请与公猪精子直线运动相关的分子遗传标记，所述的分子遗传标记H3GA0010032标记位于国际猪基因组10.2版本参考序列猪3号染色体g.87595465bp核苷酸位置，该位置的碱基为A突变成C，该位点位于NC_010445基因间区上，对应位于核苷酸序列表Seq ID No：2的第101为核酸位点。
实施例4
根据上述筛选得到的基因结果显示，本申请与公猪精子直线运动相关的分子遗传标记，所述的分子遗传标记ALGA0024878标记位于国际猪基因组10.2版本参考序列猪4号染色体g.42247365bp核苷酸位置，该位置的碱基为G突变成A，该位点位于NC_010446基因间区上，对应位于核苷酸序列表Seq ID No：3的第101为核酸位点。
实施例5
根据上述筛选得到的基因结果显示，本申请与公猪精子直线运动相关的分子遗传标记，所述的分子遗传标记WU_10.2_8_31060162标记位于国际猪基因组10.2版本参考序列猪8号染色体g.29596749bp核苷酸位置，该位置的碱基由A突变成G碱基，该位点位于NC_010450基因间区上，对应位于核苷酸序列表Seq ID No：4的第101为核酸位点。
实施例6
根据上述筛选得到的基因结果显示，本申请与公猪精子直线运动相关的分子遗传标记，所述的分子遗传标记WU_10.2_9_11535520标记位于国际猪基因组10.2版本参考序列猪9号染色体g.10475677bp核苷酸位位置，该位置的碱基由A突变成G，该位点位于NC_010451基因间区上，对应位于核苷酸序列表Seq ID No：5的第101为核酸位点。
实施例7
ASGA0105629标记、H3GA0010032标记、ALGA0024878标记、WU_10.2_8_31060162标记、WU_10.2_9_11535520标记中任意一SNP分子标记在检测公猪有效精子数中的应用，方法为：提取公猪的总DNA，设计引物扩增包含ASGA0105629标记位点的如序列表Seq ID No：1的基因片段，并检测其第101位点的基因为T或G，根据该位点基因型判断待测公猪是TT型、TG型还是GG型，其中，GG纯合基因型公猪个体表现为单次采集有效精子数比TG杂合基因型、TT纯合基因型的公猪个体间单次采精有效精子数都高；
或设计引物扩增包含H3GA0010032标记位点的如序列表Seq ID No：2的基因片段，并检测其第101位点的基因为A或C，根据该位点基因型判断待测公猪是AA型、CA型还是CC型，其中，CC纯合基因型公猪个体表现为单次采集有效精子数比AC杂合基因型、AA纯合基因型的公猪个体间单次采精有效精子数都高；
或设计引物扩增包含LGA0024878标记位点的如序列表Seq ID No：3的基因片段，并检测其第101位点的基因为G或A，根据该位点基因型判断待测公猪是GG型、GA型还是AA型，其中，AA纯合基因型公猪个体表现为单次采集有效精子数比GG杂合基因型、GA纯合基因型的公猪个体间单次采精有效精子数都高；
或设计引物扩增包含WU_10.2_8_31060162标记位点的如序列表Seq ID No：4的基因片段，并检测其第101位点的基因为A或G，根据该位点基因型判断待测公猪是AA型、AG型还是GG型，其中，GG纯合基因型公猪个体表现为单次采集有效精子数比AA杂合基因型、GA纯合基因型的公猪个体间单次采精有效精子数都高；
或设计引物扩增包含WU_10.2_9_11535520标记位点的如序列表Seq ID No：5的基因片段，并检测其第101位点的基因为A或G，根据该位点基因型判断待测公猪是AA型、AG型还是GG型，其中，GG纯合基因型公猪个体表现为单次采集有效精子数比AA杂合基因型、AG纯合基因型的公猪个体间单次采精有效精子数都高。
实施例8
ASGA0105629标记、H3GA0010032标记、ALGA0024878标记、WU_10.2_8_31060162标记、WU_10.2_9_11535520标记中任意一SNP分子标记在辅助人工受精中的应用，方法为：提取公猪的总DNA，设计引物扩增包含ASGA0105629标记位点的如序列表Seq ID No：1的基因片段，并检测其第101位点的基因为T或G，根据该位点基因型判断待测公猪是TT型、TG型还是GG型，其中，GG纯合基因型公猪个体表现为单次采集有效精子数比TG杂合基因型、TT纯合基因型的公猪个体间单次采精有效精子数都高；
或设计引物扩增包含H3GA0010032标记位点的如序列表Seq ID No：2的基因片段，并检测其第101位点的基因为A或C，根据该位点基因型判断待测公猪是AA型、CA型还是CC型，其中，CC纯合基因型公猪个体表现为单次采集有效精子数比AC杂合基因型、AA纯合基因型的公猪个体间单次采精有效精子数都高；
或设计引物扩增包含LGA0024878标记位点的如序列表Seq ID No：3的基因片段，并检测其第101位点的基因为G或A，根据该位点基因型判断待测公猪是GG型、GA型还是AA型，其中，AA纯合基因型公猪个体表现为单次采集有效精子数比GG杂合基因型、GA纯合基因型的公猪个体间单次采精有效精子数都高；
或设计引物扩增包含WU_10.2_8_31060162标记位点的如序列表Seq ID No：4的基因片段，并检测其第101位点的基因为A或G，根据该位点基因型判断待测公猪是AA型、AG型还是GG型，其中，GG纯合基因型公猪个体表现为单次采集有效精子数比AA杂合基因型、GA纯合基因型的公猪个体间单次采精有效精子数都高；
或设计引物扩增包含WU_10.2_9_11535520标记位点的如序列表Seq ID No：5的基因片段，并检测其第101位点的基因为A或G，根据该位点基因型判断待测公猪是AA型、AG型还是GG型，其中，GG纯合基因型公猪个体表现为单次采集有效精子数比AA杂合基因型、AG纯合基因型的公猪个体间单次采精有效精子数都高。
实施例9
ASGA0105629标记、H3GA0010032标记、ALGA0024878标记、WU_10.2_8_31060162标记、WU_10.2_9_11535520标记中任意一SNP分子标记在公猪辅助选育中的应用，方法为：提取公猪的总DNA，设计引物扩增包含ASGA0105629标记位点的如序列表Seq ID No：1的基因片段，并检测其第101位点的基因为T或G，根据该位点基因型判断待测公猪是TT型、TG型还是GG型，其中，GG纯合基因型公猪个体表现为单次采集有效精子数比TG杂合基因型、TT纯合基因型的公猪个体间单次采精有效精子数都高；
或设计引物扩增包含H3GA0010032标记位点的如序列表Seq ID No：2的基因片段，并检测其第101位点的基因为A或C，根据该位点基因型判断待测公猪是AA型、CA型还是CC型，其中，CC纯合基因型公猪个体表现为单次采集有效精子数比AC杂合基因型、AA纯合基因型的公猪个体间单次采精有效精子数都高；
或设计引物扩增包含LGA0024878标记位点的如序列表Seq ID No：3的基因片段，并检测其第101位点的基因为G或A，根据该位点基因型判断待测公猪是GG型、GA型还是AA型，其中，AA纯合基因型公猪个体表现为单次采集有效精子数比GG杂合基因型、GA纯合基因型的公猪个体间单次采精有效精子数都高；
或设计引物扩增包含WU_10.2_8_31060162标记位点的如序列表Seq ID No：4的基因片段，并检测其第101位点的基因为A或G，根据该位点基因型判断待测公猪是AA型、AG型还是GG型，其中，GG纯合基因型公猪个体表现为单次采集有效精子数比AA杂合基因型、GA纯合基因型的公猪个体间单次采精有效精子数都高；
或设计引物扩增包含WU_10.2_9_11535520标记位点的如序列表Seq ID No：5的基因片段，并检测其第101位点的基因为A或G，根据该位点基因型判断待测公猪是AA型、AG型还是GG型，其中，GG纯合基因型公猪个体表现为单次采集有效精子数比AA杂合基因型、AG纯合基因型的公猪个体间单次采精有效精子数都高。
实施例10
ASGA0105629标记、H3GA0010032标记、ALGA0024878标记、WU_10.2_8_31060162标记、WU_10.2_9_11535520标记中任意一SNP分子标记在选育精子有效数量大的种公猪中的应用，方法为：提取公猪的总DNA，设计引物扩增包含ASGA0105629标记位点的如序列表SeqID No：1的基因片段，并检测其第101位点的基因为T或G，根据该位点基因型判断待测公猪是TT型、TG型还是GG型，其中，GG纯合基因型公猪个体表现为单次采集有效精子数比TG杂合基因型、TT纯合基因型的公猪个体间单次采精有效精子数都高；
或设计引物扩增包含H3GA0010032标记位点的如序列表Seq ID No：2的基因片段，并检测其第101位点的基因为A或C，根据该位点基因型判断待测公猪是AA型、CA型还是CC型，其中，CC纯合基因型公猪个体表现为单次采集有效精子数比AC杂合基因型、AA纯合基因型的公猪个体间单次采精有效精子数都高；
或设计引物扩增包含LGA0024878标记位点的如序列表Seq ID No：3的基因片段，并检测其第101位点的基因为G或A，根据该位点基因型判断待测公猪是GG型、GA型还是AA型，其中，AA纯合基因型公猪个体表现为单次采集有效精子数比GG杂合基因型、GA纯合基因型的公猪个体间单次采精有效精子数都高；
或设计引物扩增包含WU_10.2_8_31060162标记位点的如序列表Seq ID No：4的基因片段，并检测其第101位点的基因为A或G，根据该位点基因型判断待测公猪是AA型、AG型还是GG型，其中，GG纯合基因型公猪个体表现为单次采集有效精子数比AA杂合基因型、GA纯合基因型的公猪个体间单次采精有效精子数都高；
或设计引物扩增包含WU_10.2_9_11535520标记位点的如序列表Seq ID No：5的基因片段，并检测其第101位点的基因为A或G，根据该位点基因型判断待测公猪是AA型、AG型还是GG型，其中，GG纯合基因型公猪个体表现为单次采集有效精子数比AA杂合基因型、AG纯合基因型的公猪个体间单次采精有效精子数都高。
实施例11
ASGA0105629标记、H3GA0010032标记、ALGA0024878标记、WU_10.2_8_31060162标记、WU_10.2_9_11535520标记中任意一SNP分子标记在检测公猪有效精子数、辅助公猪人工受精、辅助选育以及选育精子有效数量大的种公猪中的应用，方法为：提取公猪的总DNA，设计引物扩增包含ASGA0105629标记位点的如序列表Seq ID No：1的基因片段，并检测其第101位点的基因为T或G，根据该位点基因型判断待测公猪是TT型、TG型还是GG型，其中，GG纯合基因型公猪个体表现为单次采集有效精子数比TG杂合基因型、TT纯合基因型的公猪个体间单次采精有效精子数都高；
或设计引物扩增包含H3GA0010032标记位点的如序列表Seq ID No：2的基因片段，并检测其第101位点的基因为A或C，根据该位点基因型判断待测公猪是AA型、CA型还是CC型，其中，CC纯合基因型公猪个体表现为单次采集有效精子数比AC杂合基因型、AA纯合基因型的公猪个体间单次采精有效精子数都高；
或设计引物扩增包含LGA0024878标记位点的如序列表Seq ID No：3的基因片段，并检测其第101位点的基因为G或A，根据该位点基因型判断待测公猪是GG型、GA型还是AA型，其中，AA纯合基因型公猪个体表现为单次采集有效精子数比GG杂合基因型、GA纯合基因型的公猪个体间单次采精有效精子数都高；
或设计引物扩增包含WU_10.2_8_31060162标记位点的如序列表Seq ID No：4的基因片段，并检测其第101位点的基因为A或G，根据该位点基因型判断待测公猪是AA型、AG型还是GG型，其中，GG纯合基因型公猪个体表现为单次采集有效精子数比AA杂合基因型、GA纯合基因型的公猪个体间单次采精有效精子数都高；
或设计引物扩增包含WU_10.2_9_11535520标记位点的如序列表Seq ID No：5的基因片段，并检测其第101位点的基因为A或G，根据该位点基因型判断待测公猪是AA型、AG型还是GG型，其中，GG纯合基因型公猪个体表现为单次采集有效精子数比AA杂合基因型、AG纯合基因型的公猪个体间单次采精有效精子数都高。
以上所述实施例仅表达了本发明的几种实施方式，其描述较为具体和详细，但并不能因此而理解为对本发明范围的限制。应当指出的是，对于本领域的普通技术人员来说，在不脱离本发明构思的前提下，还可以做出若干变形和改进，这些都属于本发明的保护范围。因此，本发明的保护范围应以所附权利要求为准。
序列表
<110> 广西扬翔农牧有限责任公司
<120> 与公猪有效精子数相关的SNP标记及其获得方法和应用
<160> 5
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 201
<212> DNA
<213> 猪属(Sus scrofa)
<220>
<221> misc_feature
<222> (101)..(101)
<223> n is t or g
<400> 1
ttattttgtt actctgtctc cactgcaatg catttccaac cagttacaat gcataaagaa 60
agcattttca ataaagttag ctttgcagac ttcttacatt natgttcttt tcaggtgaca 120
agggagccac ctttgattta gactcattgc taggctgcct taatatgaaa tgctgcaatt 180
tgaaaataaa ccacaggaaa g 201
<210> 2
<211> 201
<212> DNA
<213> 猪属(Sus scrofa)
<220>
<221> misc_feature
<222> (101)..(101)
<223> n is a or c
<400> 2
taattaaaag catgttaaat gattctgaat tactcttggc tttggcattt tatttctagg 60
attggattgg tttgttgaag gccagtgttc ttttttaata ngacttttga aataggaaga 120
ttagcaaata gccagatctc ttttagccag tgcatctgtc aaaggtgagc atttcttcca 180
tttcctgttc atcatggaaa t 201
<210> 3
<211> 201
<212> DNA
<213> 猪属(Sus scrofa)
<220>
<221> misc_feature
<222> (101)..(101)
<223> n is g or a
<400> 3
ccgtggcatc ttgggagtgc taggacatag gttccctcgc tggtccagta cagtggcagc 60
ttaggcacat ccagcatagc tgcagcttag ttgaaatttc ntcttggatc tgatccttgg 120
cctggaagct ctgtatgctg tggggtggcc aaaaagaaaa aaaagaacat atagtgggaa 180
agggcaggtg cttgagcaga a 201
<210> 4
<211> 201
<212> DNA
<213> 猪属(Sus scrofa)
<220>
<221> misc_feature
<222> (101)..(101)
<223> n is a or g
<400> 4
tttttttttt tttttaagtt cccttgtgat tttaaagctt aatcaggatt gagaactcct 60
gctgtaatta taatggattg aggtgaacct aagagctagg ngtttactta acctgacttg 120
ggtgttgtcc ccagccagcc cagtccacgt ttgcatgagt gacctgtata aggacatgcc 180
tctcagatgc aaggatgctg c 201
<210> 5
<211> 201
<212> DNA
<213> 猪属(Sus scrofa)
<220>
<221> misc_feature
<222> (101)..(101)
<223> n is a or g
<400> 5
ggcttcagtt tttctcagct acacaatcag ggggcagtaa aaagcccgat ttctccctct 60
tcctccccag ggctgctgtg ctgataagtt gggataaagc ngatgagagg tccacaggcc 120
tgacaagggc cgcacaggtt gggaaacgac caatcactgg cctttcctaa tggactgtgt 180
agccgctgct gaggcctgag g 201

Claims (1)

1.一种SNP分子遗传标记在公猪辅助育种中的应用，其特征在于，
提取公猪的总DNA，设计引物扩增包含ASGA0105629分子遗传标记位点的如序列表SeqID No：1所示的基因片段，并检测其第101位点的基因为T或G，确定待测公猪的基因型是TT基因型、TG基因型还是GG基因型，选择GG基因型的公猪进行下一步育种；所述ASGA0105629分子遗传标记位于国际猪基因组10.2版本参考序列猪2号染色体g.149501823bp核苷酸位点；
或设计引物扩增包含H3GA0010032分子遗传标记位点的如序列表Seq ID No：2所示的基因片段，并检测其第101位点的基因为A或C，确定待测公猪的基因型是AA基因型、CA基因型还是CC基因型，选择CC基因型的公猪进行下一步育种；所述H3GA0010032分子遗传标记位于国际猪基因组10.2版本参考序列猪3号染色体g.87595465bp核苷酸位点；
或设计引物扩增包含ALGA0024878分子遗传标记位点的如序列表Seq ID No：3所示的基因片段，并检测其第101位点的基因为G或A，确定待测公猪的基因型是AA基因型、GA基因型还是GG基因型，选择AA基因型的公猪进行下一步育种；所述ALGA0024878分子遗传标记位于国际猪基因组10.2版本参考序列猪4号染色体g.42247365bp核苷酸位点；
或设计引物扩增包含WU_10.2_8_31060162分子遗传标记位点的如序列表Seq ID No：4所示的基因片段，并检测其第101位点的基因为A或G，确定待测公猪的基因型是GG基因型、GA基因型还是AA基因型，选择GG基因型的公猪进行下一步育种；所述WU_10.2_8_31060162分子遗传标记位于国际猪基因组10.2版本参考序列猪8号染色体g.29596749bp核苷酸位点；
或设计引物扩增包含WU_10.2_9_11535520分子遗传标记位点的如序列表Seq ID No：5所示的基因片段，并检测其第101位点的基因为A或G，确定待测公猪的基因型是GG基因型、AG基因型还是AA基因型，选择GG基因型的公猪进行下一步育种；所述WU_10.2_9_11535520分子遗传标记位于国际猪基因组10.2版本参考序列猪9号染色体g.10475677bp核苷酸位点；
所述公猪为杜洛克公猪；
所述应用用于非疾病的诊断和治疗。
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Families Citing this family (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN112837750B (zh) * 2021-02-07 2024-06-21 深圳华优益生物技术有限公司 一种动植物育种值预测方法及装置
CN114686605B (zh) * 2022-06-01 2022-08-09 佛山科学技术学院 一种用于评估公猪精液品质的遗传标记、筛选方法和应用
CN116863998B (zh) * 2023-06-21 2024-04-05 扬州大学 一种基于遗传算法的全基因组预测方法及其应用

Citations (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN105524991A (zh) * 2016-01-05 2016-04-27 华中农业大学 一种与猪精液品质性状相关的遗传标记及应用
KR20170055763A (ko) * 2015-11-12 2017-05-22 대한민국(농촌진흥청장) 돼지 동결정액의 품질 판별용 ｅｓｒ１ 유전자의 ｓｎｐ 마커 및 이의 용도
KR20180034868A (ko) * 2016-09-28 2018-04-05 대한민국(농촌진흥청장) 돼지 동결정액의 품질 판별용 ＰＬＣz 유전자의 ＳＮＰ 마커 및 이의 용도
CN109576380A (zh) * 2019-01-19 2019-04-05 华中农业大学 一种与公猪精子活力和总精子数相关的分子标记及应用
CN109837348A (zh) * 2019-01-19 2019-06-04 华中农业大学 一种与公猪精子浓度性状关联的分子标记
CN109837347A (zh) * 2019-01-02 2019-06-04 华中农业大学 Catsper4基因第三外显子的snp作为猪精液品质性状的遗传标记

Family Cites Families (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20030215783A1 (en) * 2002-01-18 2003-11-20 Thurston Lisa M. Genetic markers for semen viability

Patent Citations (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR20170055763A (ko) * 2015-11-12 2017-05-22 대한민국(농촌진흥청장) 돼지 동결정액의 품질 판별용 ｅｓｒ１ 유전자의 ｓｎｐ 마커 및 이의 용도
CN105524991A (zh) * 2016-01-05 2016-04-27 华中农业大学 一种与猪精液品质性状相关的遗传标记及应用
KR20180034868A (ko) * 2016-09-28 2018-04-05 대한민국(농촌진흥청장) 돼지 동결정액의 품질 판별용 ＰＬＣz 유전자의 ＳＮＰ 마커 및 이의 용도
CN109837347A (zh) * 2019-01-02 2019-06-04 华中农业大学 Catsper4基因第三外显子的snp作为猪精液品质性状的遗传标记
CN109576380A (zh) * 2019-01-19 2019-04-05 华中农业大学 一种与公猪精子活力和总精子数相关的分子标记及应用
CN109837348A (zh) * 2019-01-19 2019-06-04 华中农业大学 一种与公猪精子浓度性状关联的分子标记

Non-Patent Citations (10)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
A genome-wide association study reveals a novel candidate gene for sperm motility in pigs;D B Diniz 等;《Animal Reproduction Science》;20141230;第151卷(第3-4期);全文 *
Association study and expression analysis of porcine ESR1 as a candidate gene for boar fertility and sperm quality;Asep Gunawan 等;《Animal Reproduction Science》;20110906;第128卷(第1-4期);全文 *
ESR、RBP4、PRLP和ACTN1基因多态性与猪繁殖性能的关系研究;于雷;《中国优秀硕士学位论文全文数据库 农业科技辑》;20140215(第02期);全文 *
Porcine single nucleotide polymorphisms and their functional effect: an update;Keel BN 等;《BMC Res Notes》;20181204;第11卷(第1期);全文 *
rs319891202;无;《Ensembl genome browser 96》;20190430;Flanking sequence *
rs81305803;无;《Ensembl genome browser 96》;20190430;Flanking sequence *
rs81373382;无;《Ensembl genome browser 96》;20190430;Flanking sequence *
rs81381845;无;《Ensembl genome browser 96》;20190430;Flanking sequence *
rs81399076;无;《Ensembl genome browser 96》;20190430;Flanking sequence *
SNP g.1007A>G within the porcine DNAL4 gene affects sperm motility traits and percentage of midpiece abnormalities;I Wiedemann 等;《Reprod Domest Anim》;20171212;第53卷(第2期);全文 *

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