CN109971850A - 一种辅助预测前列腺癌的液体活检方法及其应用 - Google Patents
一种辅助预测前列腺癌的液体活检方法及其应用 Download PDFInfo
- Publication number
- CN109971850A CN109971850A CN201910042233.0A CN201910042233A CN109971850A CN 109971850 A CN109971850 A CN 109971850A CN 201910042233 A CN201910042233 A CN 201910042233A CN 109971850 A CN109971850 A CN 109971850A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- prostate cancer
- gene
- patient
- prac
- pca3
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 206010060862 Prostate cancer Diseases 0.000 title claims abstract description 65
- 208000000236 Prostatic Neoplasms Diseases 0.000 title claims abstract description 65
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 31
- 238000011528 liquid biopsy Methods 0.000 title claims abstract description 15
- 108091033411 PCA3 Proteins 0.000 claims abstract description 31
- 101001090074 Homo sapiens Small nuclear protein PRAC1 Proteins 0.000 claims abstract description 27
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 claims abstract description 19
- 230000029142 excretion Effects 0.000 claims abstract description 18
- 102100034766 Small nuclear protein PRAC1 Human genes 0.000 claims abstract description 16
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 claims abstract description 13
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims abstract description 11
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims abstract description 11
- 238000007689 inspection Methods 0.000 claims abstract description 7
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 claims abstract description 4
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 claims description 3
- 238000011529 RT qPCR Methods 0.000 claims description 2
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 claims description 2
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 abstract description 12
- 238000003759 clinical diagnosis Methods 0.000 abstract description 6
- 239000000463 material Substances 0.000 abstract description 3
- 238000013188 needle biopsy Methods 0.000 abstract description 3
- 201000010099 disease Diseases 0.000 abstract description 2
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 abstract description 2
- 239000000843 powder Substances 0.000 abstract description 2
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 10
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 7
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 6
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 5
- 210000004907 gland Anatomy 0.000 description 5
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 4
- 108010072866 Prostate-Specific Antigen Proteins 0.000 description 4
- 102100038358 Prostate-specific antigen Human genes 0.000 description 4
- 230000035515 penetration Effects 0.000 description 4
- 210000001124 body fluid Anatomy 0.000 description 2
- 239000010839 body fluid Substances 0.000 description 2
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 2
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 2
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 2
- 101150090724 3 gene Proteins 0.000 description 1
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 1
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 1
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 1
- 230000000740 bleeding effect Effects 0.000 description 1
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 1
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 1
- 230000004069 differentiation Effects 0.000 description 1
- 239000000284 extract Substances 0.000 description 1
- 206010020718 hyperplasia Diseases 0.000 description 1
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 1
- 238000011835 investigation Methods 0.000 description 1
- 210000004995 male reproductive system Anatomy 0.000 description 1
- 230000001575 pathological effect Effects 0.000 description 1
- 238000004393 prognosis Methods 0.000 description 1
- 210000002307 prostate Anatomy 0.000 description 1
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 1
- 238000007619 statistical method Methods 0.000 description 1
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 1
- 238000001356 surgical procedure Methods 0.000 description 1
- 230000008961 swelling Effects 0.000 description 1
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 1
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 1
- 230000009466 transformation Effects 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Immunology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Oncology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明涉及疾病的预测技术领域,尤其涉及一种辅助预测前列腺癌的液体活检方法及其应用。该方法包括以下步骤:S1、收集患者的非指检尿液;S2、从非指检尿液中分离出外泌体;S3、提取S2中得到的外泌体的RNA,定量检测其中的PCA3基因和PRAC基因的表达量,计算LBS‑exo score值;LBS‑exo score值=PCA3基因表达量/PRAC基因表达量。本发明首次报道利用非指检尿液样品的LBS‑exo score值来预测中国人群前列腺癌阳性和高级患者的检出率。该方法具有取材方便且无创,可有效提高前列腺癌高级患者(High grade PCa,GS≥7)的预测率等优点,在临床应用上通过结合目前前列腺癌的临床诊断方法,可以避免不必要的组织穿刺活检。
Description
技术领域
本发明涉及疾病的预测技术领域,尤其涉及一种辅助预测前列腺癌的液体活检方法及其应用。
背景技术
前列腺癌(PCa)是男性生殖系统最常见的恶性肿瘤,发病随着年龄的而增长,其发病率具有明显的地域差异。Gleason(GS)评分系统是最常用的前列腺癌病理分级系统,癌肿组织被根据分化情况评分,由分化好到分化差,依次1到5分,描述为主要分级区和次要分级区的分值相加,形成癌组织分级常数(2-10分)。例如3+4=7,前者为主要分级区。只有当癌肿大于针刺标本中的5%或手术标本方能进行Gleason评分,细胞学标本不能进行评分。前列腺癌根据GS评分,可分为高级(High grade PCa,GS≥7)和低级前列腺癌(Lowgrade PCa,GS≤6)。
目前前列腺穿刺活检是前列腺癌诊断的金标准,但是前列腺穿刺活检可能为患者带来疼痛、出血、感染甚至死亡等一系列并发症。近来,越来越多的研究结果表明,低级前列腺癌进展缓慢,预后较好,并不需要过于积极的诊断和干预治疗。如何及时筛选出这部分患者就成为了当下亟需解决的问题。而且有调查显示,穿刺活检的患者中相当一部分患者属于前列腺癌阴性患者,这均是由于目前前列腺癌辅助诊断方法的特异性较低,导致假阳性结果较多。因此,本领域技术人员亟需发明一种新的辅助预测前列腺癌的液体活检方法,通过与目前的临床诊断方法相结合,能够高特异性的检测出前列腺癌阳性患者,减少不必要的组织穿刺,以避免过度诊疗的发生。
发明内容
本发明公开了一种辅助预测前列腺癌的液体活检方法及其应用,通过检测患者非指检尿液外泌体中与前列腺癌高度相关的PCA3基因(前列腺癌抗原3基因)和PRAC基因(前列腺癌易感候选基因),区分出前列腺癌阴性和低级患者(包括初次穿刺活检呈良性前列腺增生及GS≤6分的前列腺癌患者),将其与目前临床诊断的方法相结合以确诊前列腺癌,减少不必要的组织穿刺,避免了过度诊疗的发生。
本发明的具体方案如下:
一种用于辅助预测前列腺癌的液体活检方法,包括以下步骤:
S1、收集患者的非指检尿液;
S2、从非指检尿液中分离出外泌体;
S3、提取S2中得到的外泌体的RNA,定量检测其中的PCA3基因和PRAC基因的表达量,计算LBS-exo score值;
其中,LBS-exo score值=PCA3基因表达量/PRAC基因表达量。
优选的,所述患者为中国人。
优选的,所述患者的PSA(血清前列腺特异抗原)<25ng/ml。
优选的,在S2中,所述外泌体采用超速离心的方法提取。
优选的,在S3中,通过qRT-PCR技术定量检测其中的PCA3基因和PRAC基因的表达量。
更优选的,在S3中,通过实时PCR技术定量检测其中的PCA3基因和PRAC基因的表达量。
本发明第二个方面公开了上述任意一项方法或其任意组合在前列腺癌预测和诊断领域中的应用。
本发明具有如下优点或者有益效果:
本发明首次报道利用非指检尿液样品的外泌体活检分析(LBS-exo PCA3/PRAC)来预测中国前列腺癌阳性和高级患者的检出率。结果显示,非指检尿液外泌体液体活检LBS-exoPCA3/PRAC分析方法具有取材方便且无创,可有效提高前列腺癌高级患者(High gradePCa,GS≥7)的预测率等优点,在临床应用上通过结合目前前列腺癌的临床诊断方法,可以避免不必要的组织穿刺活检,降低医疗风险及患者的痛苦,节约医疗资源。
附图说明
利用附图对本发明作进一步说明,但附图中的实施例不构成对本发明的任何限制。
图1为本发明实施例中检测PCA3基因表达量/PRAC基因表达量的柱状图,图A包括前列腺癌高级患者(High grade PCa,GS≥7)、前列腺癌低级患者(Low grade PCa,GS≤6)和前列腺癌阴性(biopsy-negative)患者三组,图B包括前列腺癌阳性(biopsy-positive)患者和前列腺癌阴性患者(biopsy-negative)
图2为本发明实施例中工作特征(ROC)曲线的分析示意图,图A为通过ROC曲线分析任意阶段的前列腺癌,图B为通过ROC曲线分析前列腺癌高级患者。
具体实施方式
下面结合具体实施例,进一步阐述本发明。应理解,这些实施例仅用于本发明而不用于限制本发明的范围。
实施例1
本实施公开了一种用于辅助预测前列腺癌的液体活检方法,包括以下步骤:
S1、收集患者的晨尿:收集我院泌尿外科61例中国患者,所有患者的PSA<25.0ng/ml,收集当天的晨尿(非指检尿液样品);
S2、从晨尿中分离出外泌体;
S3、提取S2中得到的外泌体的RNA,定量检测其中的PCA3基因和PRAC基因的表达量,计算LBS-exo score值;
其中,LBS-exo score值=PCA3基因表达量/PRAC基因表达量。
在S2中,所述外泌体采用常规技术提取,包括但不限于超速离心法或者外泌体试剂盒提取。
本实例结合目前常规的临床诊断方法,诊断出61名中国患者中的前列腺癌阴性患者、前列腺癌阳性患者以及高级前列腺癌患者。接着,采用定量PCR技术定量检测所有患者晨尿中分离出的外泌体的PCA3基因和PRAC基因的表达量。检测结果如图1所示,从图1可以看出,前列腺癌阳性和高级前列腺癌患者中的LBS-exo score值显著高于前列腺癌阴性患者。由此说明,利用LBS-exo PCA3/PRAC分析,显著提高了前列腺癌阳性和高级患者预测率。为了进一步验证本实施例公开的辅助预测前列腺癌穿刺结果的液体活检方法的诊断价值,通过统计学的方法,描述ROC曲线,结果如图2所示,单独利用PSA来区分前列腺癌阳性和高级患者的AUC值分别只有0.584(95%CI,0.43-0.74,p=0.34)和0.551(95%CI,0.358-0.745,p=0.627);单独利用PCA3来区分前列腺癌阳性和高级患者的AUC值分别为0.576(95%CI,0.405-0.75,p=0.37)和0.708(95%CI,0.532-0.885,p=0.047);而通过PCA3与PRAC基因相结合计算LBS-exo score(PCA3/PRAC)值来区分前列腺癌阳性和高级患者的工作特征曲线的AUC值分别可以达到0.713(95%CI,0.573-0.837,p=0.018)和0.725(95%CI,0.578-0.86,p=0.037)。同时,如表1所示,与单独利用PCA3分析相比,PCA3/PRAC在保证所有高级前列腺癌(GS≥7)检出率的基础上进一步提高了检测特异性;单独利用PCA3分析可以避免9.84%前列腺组织穿刺,而PCA3/PRAC分析可以进一步避免了39.34%的不必要的前列腺组织穿刺(见表2-3)。其中,PPV%指阳性预测值,NPV%指阴性预测值。“cutpoint”指节点,sensitivity%指灵敏度,specificity%指特异度,“%of predicted negative”指减少活检穿刺比例。
表1.PCA3/PRAC在预测高级前列腺癌患者(GS≥7)组织穿刺结果上的临床表现
表2.PCA3、PCA3/PRAC在预测前列腺癌阳性患者组织穿刺结果上的临床表现
表3.PCA3、PCA3/PRAC在预测高级前列腺癌者(GS≥7)组织刺结果上的临床表现
本实施例利用非指检尿液样品的外泌体活检分析(LBS-exo PCA3/PRAC)来预测中国前列腺癌阳性和高级患者的检出率。结果显示,非指检尿液外泌体液体活检LBS-exoPCA3/PRAC分析方法具有取材方便且无创,可有效提高前列腺癌高级患者的预测率等优点,在临床应用上通过结合目前前列腺癌的临床诊断方法,可以避免不必要的组织穿刺活检,降低医疗风险及患者的痛苦,节约医疗资源。
以上对本发明的具体实施例进行了详细描述,但其只是作为范例,本发明并不限制于以上描述的具体实施例。对于本领域技术人员而言,任何对本发明进行的等同修改和替代也都在本发明的范畴之中。因此,在不脱离本发明的精神和范围下所作的均等变换和修改,都应涵盖在本发明的范围内。
Claims (7)
1.一种用于辅助预测前列腺癌的液体活检方法,其特征在于,包括以下步骤:
S1、收集患者的非指检尿液;
S2、从非指检尿液中分离出外泌体;
S3、提取S2中得到的外泌体的RNA,定量检测其中的PCA3基因和PRAC基因的表达量,计算LBS-exo score值;
其中,LBS-exo score值=PCA3基因表达量/PRAC基因表达量。
2.根据权利要求1所述的辅助预测前列腺癌的液体活检方法,其特征在于,所述患者为中国人。
3.根据权利要求1所述的辅助预测前列腺癌的液体活检方法,其特征在于,所述患者的PSA<25ng/ml。
4.根据权利要求1所述的辅助预测前列腺癌的液体活检方法,其特征在于,在S2中,所述外泌体采用超速离心的方法提取。
5.根据权利要求1所述的辅助预测前列腺癌的液体活检方法,其特征在于,在S3中,通过qRT-PCR技术定量检测其中的PCA3基因和PRAC基因的表达量。
6.根据权利要求5所述的辅助预测前列腺癌的液体活检方法,其特征在于,在S3中,通过实时PCR技术定量检测其中的PCA3基因和PRAC基因的表达量。
7.根据权利要求1-6中任意一项方法或其任意组合在前列腺癌预测和诊断领域中的应用。
Applications Claiming Priority (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201811615356 | 2018-12-27 | ||
CN2018116153560 | 2018-12-27 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN109971850A true CN109971850A (zh) | 2019-07-05 |
Family
ID=67076729
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN201910042233.0A Pending CN109971850A (zh) | 2018-12-27 | 2019-01-17 | 一种辅助预测前列腺癌的液体活检方法及其应用 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
CN (1) | CN109971850A (zh) |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN110335657A (zh) * | 2019-07-10 | 2019-10-15 | 杭州大伽信息科技有限公司 | 标准编辑化肿瘤病理诊断报告模板生成系统及方法 |
Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20150218646A1 (en) * | 2012-07-20 | 2015-08-06 | Diagnocure Inc | Methods, kits and compositions for providing a clinical assessment of prostate cancer |
CN108441557A (zh) * | 2018-01-31 | 2018-08-24 | 广州瑞博奥生物科技有限公司 | Pca3和psa基因检测试剂盒及其应用 |
-
2019
- 2019-01-17 CN CN201910042233.0A patent/CN109971850A/zh active Pending
Patent Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20150218646A1 (en) * | 2012-07-20 | 2015-08-06 | Diagnocure Inc | Methods, kits and compositions for providing a clinical assessment of prostate cancer |
CN108441557A (zh) * | 2018-01-31 | 2018-08-24 | 广州瑞博奥生物科技有限公司 | Pca3和psa基因检测试剂盒及其应用 |
Non-Patent Citations (2)
Title |
---|
GOVINDA LENKA等: "Aberrant expression of the PRAC gene in prostate cancer", 《INTERNATIONAL JOURNAL OF ONCOLOGY》 * |
XIU FEN LIU等: "PRAC:ANovel SmallNuclear Proteinthat Is", 《THE PROSTATE》 * |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN110335657A (zh) * | 2019-07-10 | 2019-10-15 | 杭州大伽信息科技有限公司 | 标准编辑化肿瘤病理诊断报告模板生成系统及方法 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
CN104004840B (zh) | 用于早期筛查与诊断前列腺癌的试剂盒 | |
WO2022012283A1 (zh) | 一种宫颈癌的外周血tcr标志物及其检测试剂盒和应用 | |
Takhellambam et al. | Comparison of ultrasonography and fine needle aspiration cytology in the diagnosis of malignant breast lesions | |
Anschau et al. | Discordance between cytology and biopsy histology of the cervix: what to consider and what to do | |
Smallwood et al. | Accuracy of aspiration cytology in the diagnosis of breast disease | |
Scopa et al. | Sources of diagnostic discrepancies in fine‐needle aspiration of the breast | |
CN109971850A (zh) | 一种辅助预测前列腺癌的液体活检方法及其应用 | |
CN105925703A (zh) | 一种筛选肾癌外周血miRNA标志物的方法及肾癌诊断标志物miR-210 | |
Tham et al. | Fine needle aspiration biopsy, core needle biopsy or excision biopsy to diagnose breast cancer-which is the ideal method? | |
CN105512473A (zh) | 一种阴道镜图像的智能识别方法及装置 | |
De Rosa et al. | Diagnostic accuracy of endocervicoscopy in identifying and grading cervical intraepithelial neoplasia lesion | |
CN105907875A (zh) | 一种筛选肾癌外周血miRNA标志物的方法及肾癌标志物miR-378 | |
Mount et al. | Significant increase of benign endometrial cells on Papanicolaou smears in women using hormone replacement therapy | |
CN113637760A (zh) | 血浆游离dna甲基化检测辅助卵巢癌早期诊断的方法 | |
Reagan et al. | The detection of cancer of the uterine cervix by cytological study | |
WO2022133738A1 (zh) | 一种术前鉴别甲状腺良恶性结节的生物标志物、试剂盒及其应用 | |
Gao et al. | Characteristics of abnormal subjects in screening of tumor markers among middle-aged and elderly people in Weihai area. | |
Vaithianathan et al. | Value of modified triple test in the diagnosis of palpable breast lumps | |
Farsund et al. | Mapping of cell cycle distribution in normal human urinary bladder epithelium | |
Ragupathy et al. | Thermal ablation of high-grade premalignant disease of the cervix—standing the test of time: a retrospective study | |
Safoorah et al. | Colposcopic analysis of cervical lesions using popular scoring systems: Reid versus Swede | |
Joshi et al. | PAP smear and HPV co-testing-need of the hour | |
Jadav et al. | A study of cervical pap smear in tertiary care hospital of Ahmedabad, Gujarat, India | |
Akter et al. | Fine needle aspiration cytology of palpable breast lumps-Their cytological spectrum and histopathological correlation | |
Dai et al. | The value of artificial intelligence technology in the ultrasound diagnosis of thyroid nodules |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
PB01 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
RJ01 | Rejection of invention patent application after publication | ||
RJ01 | Rejection of invention patent application after publication |
Application publication date: 20190705 |