CN109963572A - 用于表征实体瘤对抗pd-l1抗体单一疗法的反应性的组合物和方法 - Google Patents

用于表征实体瘤对抗pd-l1抗体单一疗法的反应性的组合物和方法 Download PDF

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Abstract

本发明提供了用于选择患者的方法以及治疗此类患者的方法，这些患者患有对用抗PD‑L1抗体进行的治疗有反应的实体瘤(例如，膀胱癌、卵巢癌、结肠直肠癌、头颈癌、宫颈癌、肾细胞癌和非小细胞肺癌(NSCLC))。该方法涉及检测患者的生物样品中IFNG多核苷酸和/或多核苷酸标记：CXCL9、CD274、和LAG3中的一种或多种的表达。

Description

用于表征实体瘤对抗PD-L1抗体单一疗法的反应性的组合物 和方法
背景技术
癌症仍然是主要的全球健康负担。尽管在癌症的治疗方面有所进展，但对于更有效且毒性更小的疗法仍然存在未满足的医疗需求，尤其对于患有对现有治疗具有抗性的晚期疾病或癌症的那些患者更是如此。
肺癌是最常见的癌症形式之一，并且是导致男性和女性癌症死亡的主要原因。每年死于肺癌的人数比结肠癌、乳腺癌和前列腺癌的总和还要多。非小细胞肺癌是肺癌最常见的形式。虽然有吸烟史的患者患肺癌的风险较高，但肺癌也会影响到非吸烟者。尽管改善了医学疗法，但提高肺癌患者的存活率难度依然很大。在疗法选项有限时，大多数肺癌只有到了晚期才被检出。人们逐渐认识到，肺癌和其他恶性肿瘤是由多种致病机制引起的。在分子水平表征这些恶性肿瘤的方法对于患者分级是有用的，从而迅速地指导他们接受有效的疗法。迫切需要改善的方法以预测患有肺癌(包括NSCLC)的受试者的反应性。
膀胱癌是北美和欧洲五种最常见的恶性肿瘤之一。膀胱癌的总体发病率似乎在上升，特别是在55岁以上的患者中。超过70％的膀胱癌是非肌层浸润性膀胱癌，而约20％-30％是肌层浸润性膀胱癌，其远不及非肌层浸润性膀胱癌预后良好。
免疫系统，特别是T细胞介导的细胞毒性在肿瘤控制中的作用是公认的。有越来越多的证据表明T细胞在癌症患者中控制肿瘤生长和存活，在该疾病的早期和晚期阶段均如此。然而，肿瘤特异性T细胞应答很难在癌症患者中上升和维持。
PD-L1是涉及控制T细胞活化的受体和配体的复杂系统的一部分。在正常组织中，PD-L1在T细胞、B细胞、树突细胞、巨噬细胞、间充质干细胞、骨髓衍生肥大细胞以及不同非造血细胞上表达。它的正常功能是通过与它的两个受体：程序性死亡1(又称为PD-1或CD279)和CD80(又称为B7-1或B7.1)的相互作用来调节T细胞活化与耐受之间的平衡。PD-L1还通过肿瘤来表达并且在多个部位上起作用以帮助肿瘤避开由宿主免疫系统进行的检测和消除。PD-L1在宽范围的癌症中高频率地表达。在一些癌症中，PD-L1的表达与存活降低和不良预后相关。阻断B7-H1与它的受体之间的相互作用的抗体能够在体外解除PD-L1依赖性免疫抑制作用并且增强抗肿瘤T细胞的细胞毒性活性。杜伐鲁单抗(durvalumab)是针对人PD-L1的能够阻断PD-L1与PD-1和CD80两者受体的结合的人单克隆抗体。
尽管在过去十年在开发用于对抗癌症和其他疾病的策略中取得了显著的进步，但是患有晚期、难治性和转移性疾病的患者具有有限的临床选项。化疗、放射、和高剂量化疗已遭遇剂量限制。仍然存在对新的毒性更低的方法和具有更好的疗效、更长的临床益处、和改善的安全性特性的治疗的大量未满足的需要，特别是对患有对现有治疗具有抗性的晚期疾病或癌症的那些患者。
发明内容
本发明提供了用于选择患者的方法以及治疗此类患者的方法，这些患者患有对用抗PD-L1抗体进行的治疗有反应的实体瘤(例如，膀胱癌、卵巢癌、结肠直肠癌、头颈癌、宫颈癌、肾细胞癌和非小细胞肺癌(NSCLC))。该方法涉及检测患者的生物样品中IFNG多核苷酸和/或多核苷酸标记：CXCL9、CD274、LAG3中的一种或多种的表达。
在一个方面，本发明提供了一种治疗受试者中的实体瘤的方法，该方法包括向患者给予抗PD-L1抗体或其抗原结合片段，该患者被鉴定为相对于参比在取自该患者的生物样品中具有增加水平的两种或更多种多核苷酸标记，该两种或更多种多核苷酸标记选自由CXCL9、CD274、LAG3和IFNG组成的组。
在另一个方面，本发明提供了一种治疗受试者中的肺癌或膀胱癌的方法，该方法包括向患者给予抗PD-L1抗体或其抗原结合片段，该患者是通过相对于参比在取自该患者的生物样品中检出增加水平的两种或更多种多核苷酸标记而鉴定的，该两种或更多种多核苷酸标记选自由CXCL9、CD274、LAG3和IFNG组成的组。
在一个另外的方面，本发明提供了一种鉴定患有对抗PD-L1抗体或其抗原结合片段有反应的实体瘤的受试者的方法，该方法包括相对于参比在获得自该受试者的生物样品中检出表达水平增加的两种或更多种多核苷酸标记，从而鉴定该实体瘤对抗PD-L1疗法有反应，该两种或更多种多核苷酸标记选自由CXCL9、CD274、LAG3和IFNG组成的组。
在另外的方面，本发明提供了一种鉴定患有对抗PD-L1疗法有反应的实体瘤的受试者的方法，该方法包括相对于参比在获得自该受试者的生物样品中检出表达水平增加的两种或更多种多核苷酸标记，从而鉴定该实体瘤对抗PD-L1疗法有反应，该两种或更多种多核苷酸标记选自由CXCL9、CD274、LAG3和IFNG组成的组。
在另一个方面，本发明提供了一种鉴定患有对抗PD-L1疗法有反应的肺癌或膀胱癌的受试者的方法，该方法包括相对于参比在获得自该受试者的生物样品中检出表达水平增加的两种或更多种多核苷酸标记，从而鉴定该实体瘤对抗PD-L1疗法有反应，该两种或更多种多核苷酸标记选自由CXCL9、CD274、LAG3和IFNG组成的组。
定义
除非另外定义，本文使用的所有技术和科学术语具有本发明所属领域的技术人员通常理解的含义。以下的参考文献为技术人员提供了本发明所用的多个术语的通用定义：Singleton等人,Dictionary of Microbiology and Molecular Biology[微生物学和分子生物学词典](第2版，1994)；The Cambridge Dictionary of Science and Technology[剑桥科技词典](Walker编辑，1988)；The Glossary of Genetics[遗传学词汇]，第5版，R.Rieger等人(编辑)，Springer Verlag[施普林格出版社](1991)；以及Hale和Marham，TheHarper Collins Dictionary of Biology[哈珀柯林斯生物学词典](1991)。除非另外指明，否则如本文所用的以下术语具有以下赋予它们的含意。
“杜伐鲁单抗”意指选择性地结合PD-L1多肽的抗体或其抗原结合片段，并包含轻链可变区的至少一部分和/或重链可变区的至少一部分，该轻链可变区包含SEQ ID NO:1的氨基酸序列，该重链可变区包含SEQ ID NO:2的氨基酸序列。
关于用于本文提供的方法中的杜伐鲁单抗(或其抗原结合片段)的信息可以见于美国专利号8,779,108，该专利的披露内容通过引用以其全文并入本文。杜伐鲁单抗的片段可结晶(Fc)结构域在IgG1重链的恒定结构域中含有三重突变，该三重突变减少与负责介导抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)的补体组分C1q和Fcγ受体的结合。杜伐鲁单抗对PD-L1有选择性并且阻断了PD-L1与PD-1和CD80受体的结合。杜伐鲁单抗可以在体外解除PD-L1介导的对人T细胞活化的抑制，并且经由T细胞依赖性机制在异种移植物模型中抑制肿瘤生长。
用于本文提供的这些方法中的杜伐鲁单抗包含重链和轻链或重链可变区和轻链可变区。在一个具体的方面，用于本文提供的这些方法中的杜伐鲁单抗或其抗原结合片段包含轻链可变区和重链可变区，该轻链可变区包含SEQ ID NO:1的氨基酸序列，该重链可变区包含SEQ ID NO:2的氨基酸序列。在一个具体的方面，用于本文提供的这些方法中的杜伐鲁单抗或其抗原结合片段包含重链可变区和轻链可变区，其中该重链可变区包含SEQ IDNO:3-5的卡巴特(Kabat)定义的CDR1、CDR2和CDR3序列，并且其中该轻链可变区包含SEQ IDNO:6-8的卡巴特定义的CDR1、CDR2和CDR3序列。本领域普通技术人员将能够容易地鉴定本领域普通技术人员已知的乔西亚(Chothia)定义的、Abm定义的或其他的CDR定义。在一个具体方面，用于本文提供的这些方法中的杜伐鲁单抗或其抗原结合片段包含如在美国专利号8,779,108中所披露的2.14H9OPT抗体的可变重链和可变轻链CDR序列，该专利通过引用以其全文并入本文。
术语“抗原结合片段”是指完整抗体的一部分和/或是指完整抗体的抗原决定可变区。已知的是，抗体的抗原结合功能可以由全长抗体的片段来执行。抗体片段的实例包括但不限于：Fab、Fab'、F(ab')2和Fv片段，线性抗体，单链抗体，双体抗体，以及由抗体片段形成的多特异性抗体。
“干扰素γ(IFNG)多肽”意指与NCBI登录号P01579具有至少约85％氨基酸序列同一性、并且具有免疫调节活性的蛋白或其片段。示例性IFNG氨基酸序列(Uniprot登录号P01579)作为SEQ ID NO:9提供。
“IFNG多核苷酸”意指编码IFNG蛋白的核酸分子。示例性IFNG多核苷酸的序列以NCBI登录号NM_000619提供，其作为SEQ ID NO:10再现。
“抗PD-L1抗体”意指选择性结合PD-L1多肽的抗体或其抗原结合片段。示例性抗PD-L1抗体描述于例如美国专利号8,779,108，该专利通过引用并入本文。杜伐鲁单抗是示例性PD-L1抗体。在用杜伐鲁单抗治疗后，患者实现疾病控制(DC)。疾病控制可以是完全应答(CR)、部分应答(PR)或稳定的疾病(SD)。在本文以下的序列表中提供了杜伐鲁单抗的序列。
“PD-L1多肽”意指与NCBI登录号NP_001254635(SEQ ID NO:11)具有至少约85％、95％或100％氨基酸同一性、并且具有PD-1和CD80结合活性的多肽或其片段。
“PD-L1核酸分子”意指编码PD-L1多肽的多核苷酸。示例性PD-L1核酸分子序列以NCBI登录号NM_001267706(SEQ ID NO:12)提供。
“C-X-C基序趋化因子9前体(CXCL9)多肽”意指与NCBI登录号NP_002407.1具有至少约85％氨基酸序列同一性、并且具有趋化因子活性的多肽或其片段。以下提供了示例性CXCL9多肽的序列。
“CXCL9多核苷酸”意指编码CXCL9多肽的多核苷酸。以下提供了示例性CXCL9多核苷酸(NCBI登录号NM_002416.2)的序列：
“CD274多肽”，也称为“PD-L1多肽”，意指与GenBank:EAW58763具有至少约85％氨基酸序列同一性的多肽或其片段。以下提供了示例性CD274或PD-L1多肽的序列：
“CD274多核苷酸”，也称为“PD-L1多核苷酸”，意指编码CD274或PD-L1多肽的多核苷酸。示例性CD274多核苷酸的序列以NCBI登录号NM_014143提供，其在以下中再现：
“淋巴细胞活化3(LAG3)多肽”意指与NCBI登录号AAH52589(LAG3多肽)具有至少约85％氨基酸序列同一性的多肽或其片段。以下提供了示例性LAG3多肽的序列。
“LAG3多核苷酸”意指编码LAG3多肽的多核苷酸。示例性LAG3多核苷酸的序列以NCBI登录号NM_002286提供，其在以下中再现：
如在本披露内容中所用的，术语“抗体”是指免疫球蛋白或其片段或衍生物，并且涵盖包含抗原结合位点的任何多肽，无论它是在体外或在体内产生的。该术语包括但不限于：多克隆、单克隆、单特异性、多特异性、非特异性、人源化、单链、嵌合、合成、重组、杂合、突变、以及接合抗体。除非用术语“完整”另外修饰，如在“完整抗体”中，出于本披露内容的目的，术语“抗体”还包括抗体片段例如Fab、F(ab')2、Fv、scFv、Fd、dAb以及保留抗原结合功能(即，特异性结合PD-L1的能力)的其他抗体片段。典型地，此类片段将包含抗原结合结构域。
术语“抗原结合结构域”、“抗原结合片段”和“结合片段”是指包含负责抗体和抗原之间特异性结合的氨基酸的抗体分子的一部分。例如，在抗原很大的情况下，抗原结合结构域可只结合抗原的一部分。负责与抗原结合结构域特异性相互作用的抗原分子的一部分被称为“表位”或“抗原决定簇”。抗原结合结构域典型地包含抗体轻链可变区(VL)和抗体重链可变区(VH)，然而，它不一定必须包含两者。例如，所谓的Fd抗体片段仅由VH结构域组成，但是仍然保留完整抗体的一些抗原结合功能。
抗体的结合片段通过重组DNA技术或通过完整抗体的酶促或化学裂解来产生。结合片段包括Fab、Fab'、F(ab')2、Fv以及单链抗体。除了“双特异性”或“双功能”抗体以外，抗体应理解为其每个结合位点是相同的。使用酶(木瓜蛋白酶)来消化抗体的结果是两个相同的抗原结合片段，又称为“Fab”片段和“Fc”片段，它们不具有抗原结合活性，但具有结晶的能力。用酶(胃蛋白酶)来消化抗体的结果是F(ab')2片段，其中该抗体分子的两个臂保持连接并且包含两个抗原结合位点。F(ab')2片段具有交联抗原的能力。当本文使用时，“Fv”是指保留了抗原识别和抗原结合位点两者的抗体的最小片段。当本文使用时，“Fab”是指包含轻链的恒定结构域和重链的CHI结构域的抗体的片段。
术语“mAb”是指单克隆抗体。本发明的抗体包含但不限于全天然抗体、双特异性抗体；嵌合抗体；Fab、Fab'、单链V区片段(scFv)、融合多肽以及非常规抗体。
“生物样品”意指衍生自生物的任何组织、细胞、液体或其他材料。在一个实施例中，生物样品是肿瘤活检样品。
如本文所用的“生物标记”或“标记”通常是指与疾病相关的蛋白质、核酸分子、临床指示物或其他分析物。在一个实施例中，相对于对照样品或参比中存在的水平，标记差异地存在于获得自患有疾病(例如肺癌)的受试者的生物样品中。
在本披露内容中，“包含(comprises、comprising)”、“含有(containing)”和“具有(having)”等可以具有美国专利法赋予它们的意义并且可以意指“包括(includes、including)”等；“基本上由……组成(consisting essentially of或consistsessentially)”同样具有美国专利法赋予的意义并且该术语是开放性的，允许超出所叙述的存在，只要所叙述的基本或新颖特征不被超过叙述的存在改变，但是排除现有技术实施例。
“检测”是指鉴定待检测的分析物的存在、不存在或数量。
“疾病”意指损害或干扰细胞、组织或器官的正常功能的任何病症或失调。
肺癌包括小细胞肺癌(SCLC)和非小细胞肺癌(NSCLC)。有三个主要的NSCLC亚型：鳞状细胞癌、腺癌和大细胞(未分化的)癌。其他亚型包括腺鳞癌和肉瘤样癌。
术语“分离的(isolated)”、“纯化的(purified)”或“生物上纯的(biologicallypure)”是指在不同程度上不含如在其天然状态中所发现的通常伴随它的组分的材料。“分离”表示与初始来源或环境的分开程度。“纯化”表示高于分离的分开程度。“纯化的”或“生物上纯的”蛋白质充分不含其他材料，这样使得任何杂质不实质上影响蛋白质的生物特性或导致其他不利后果。即，如果当本发明的核酸或肽通过重组DNA技术产生时，基本上不包含细胞材料、病毒材料或培养基，或者当本发明的核酸或肽化学合成时，基本上不包含化学前体或其他化学物，那么它是纯化的。典型地使用分析化学技术来确定纯度和均质性，例如，聚丙烯酰胺凝胶电泳或高效液相色谱法。术语“纯化的”可以表示核酸或蛋白质在电泳凝胶中基本上产生一条带。对于可经受修饰(例如，磷酸化或糖基化)的蛋白质，不同修饰可以产生不同的分离蛋白质，这些蛋白质可以单独纯化。
“参比”意指用于比较的标准。在一个实施例中，将来自对本发明的疗法部分反应的患者的样品中存在的干扰素γ水平与获得自患有进行性疾病的患者的相应样品中存在的水平进行比较。
“反应”在疗法的上下文中意指易受治疗的影响。
“特异性结合”意指识别并结合一种分子(例如，多肽)，但是基本上不识别和不结合样品(例如生物样品)中的其他分子的化合物(例如，抗体)。例如，特异性结合的两个分子形成在生理条件下相对稳定的复合物。特异性结合的特征在于高亲和力和区别于非特异性结合的低等至中等容量，非特异性结合通常具有中等至高等容量的低亲和力。典型地，当亲和力常数KA高于106M-1，或更优选地高于108M-1时，结合被认为是特异的。如果需要的话，可以通过改变结合条件来减少非特异性结合，基本上不影响特异性结合。例如抗体浓度、溶液的离子强度、温度、允许结合的时间、封闭剂(例如，血清白蛋白、乳酪蛋白)的浓度等适当的结合条件，可被熟练的技术人员使用常规技术来优化。
“受试者”意指哺乳动物，包括但不限于人或非人哺乳动物，例如牛、马、犬、羊或猫。
本文提供的范围被理解成对范围内的所有值的简写。例如，1到50的范围应理解为包括来自下组的任何数字、数字组合或子范围，该组由以下组成：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49或50。
如本文所用的，术语“治疗(treat、treating、treatment等)”是指减少或改善障碍和/或与其相关的症状。将被理解的是，尽管不能排除，但是治疗障碍或病症并不要求完全地消除该障碍、病症或与其相关的症状。
除非明确声明或从上下文显而易见，如本文所用的，术语“或”被理解为包括在内。除非明确声明或从上下文显而易见，如本文所用的，术语“一种(a)”、“一个(an)”和“该(the)”被理解为单数的或复数的。
除非明确声明或从上下文显而易见，否则如本文所用的术语“约(about)”被理解为在本领域的正常公差范围内，例如，在平均数的2个标准偏差之内。约可以被理解为在声明值的10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％、0.5％、0.1％、0.05％、或0.01％之内。除非从上下文显而易见，本文提供的所有数值被该术语约修饰。
可以将本文提供的任何组合物或方法与本文提供的任何其他组合物和方法中的一种或多种进行组合。
附图说明
图1A-1D分别是NSCLC患者中CXCL9、IFNG、LAG3和CD274(PD-L1)的总体应答(OS)的卡普兰-梅耶(Kaplan-Meier)小图。使用接受者操作特征(ROC)鉴定的分割点将每个小图分割成高(虚线)或低(实线)表达。
图1E-1H是NSCLC患者中CXCL9、IFNG、LAG3和CD274(PD-L1)的无进展应答(PFS)的卡普兰-梅耶小图。使用ROC鉴定的分割点将每个小图分割成高(虚线)或低(实线)表达。
图2提供了非小细胞肺癌(NSCLC)中四种基因CXCL9、IFNG、LAG3和CD274(斯皮尔曼(Spearman)系数)的相关散点小图。
图3A是NSCLC患者中四种基因CXCL9、IFNG、LAG3和CD274标签(signature)的总体应答(OS)的卡普兰-梅耶小图。使用ROC鉴定的分割点将每个小图分割成高(虚线)或低(实线)表达。
图3B是NSCLC患者中四种基因CXCL9、IFNG、LAG3和CD274标签的无进展应答(PFS)的卡普兰-梅耶小图。使用ROC鉴定的分割点将每个小图分割成高(虚线)或低(实线)表达。
图4显示了在给药前和给药后杜伐鲁单抗对NSCLC中基因标记的治疗效果。
图5A显示了膀胱癌患者中四种基因标签的无进展应答。使用上三分位数分割点将每个小图分割成高(虚线)或低(实线)表达。
图5B显示了膀胱癌患者中IFNG基因标签的无进展应答。使用上三分位数分割点将每个小图分割成高(虚线)或低(实线)表达。
具体实施方式
本发明提供了用于选择患者的方法以及治疗此类患者的方法，这些患者患有对用抗PD-L1抗体进行的治疗有反应的实体瘤(例如，膀胱癌、卵巢癌、结肠直肠癌、头颈癌、宫颈癌、肾细胞癌和非小细胞肺癌(NSCLC))。该方法涉及检测患者的生物样品中IFNG多核苷酸和/或多核苷酸标记：CXCL9、CD274、LAG3中的一种或多种的表达。
本发明至少部分基于以下发现：患有对用抗PD-L1抗体的治疗有反应的肺癌(例如，非鳞状细胞肺癌或鳞状细胞非小细胞肺癌)或膀胱癌的患者可以通过在受试者的肿瘤或血液样品中检出增加水平的CXCL9、CD274、LAG3和IFNG mRNA来鉴定。在一些实施例中，可以通过在患者的肿瘤或血液样品中检出增加水平的CXCL9、CD274、LAG3和IFNGmRNA中的一种或多种来鉴定患者。在一些实施例中，可以通过在患者的肿瘤或血液样品中检出增加水平的CXCL9、CD274、LAG3和IFNGmRNA的组合来鉴定患者。
因此，本发明提供了用于鉴定患有实体瘤(例如，乳腺癌、结肠癌、结肠直肠癌、肺癌、包括肾细胞癌的肾癌、胃癌、膀胱癌、非小细胞肺癌(NSCLC)、肝细胞癌(HCC)、胰腺癌、黑色素瘤)的受试者的方法，基于受试者肿瘤或血液样品中CXCL9、CD274、LAG3和IFNGmRNA中的一种或多种的水平增加，该实体瘤可能应答于抗PD-L1抗体治疗。在一些实施例中，本发明提供了用于鉴定患有肺癌或膀胱癌的受试者的方法，基于受试者肿瘤或血液样品中CXCL9、CD274、LAG3和IFNGmRNA的组合的水平增加，该肺癌或膀胱癌可能应答于抗PD-L1抗体治疗。
本发明的方面提供了用于在患者中用抗PD-L1抗体治疗肺癌(例如，非鳞状细胞肺癌或鳞状细胞非小细胞肺癌)的方法，该患者是通过在该患者的肿瘤或血液样品中检出CXCL9、CD274、LAG3和IFNG多核苷酸中的一种或多种的水平增加而鉴定的。在一些实施例中，可以通过在患者的肿瘤或血液样品中检出CXCL9、CD274、LAG3和IFNG多核苷酸的组合的水平增加来鉴定患者。
本发明的方面提供了用于在患者中用抗PD-L1抗体治疗膀胱癌的方法，该患者是通过在该患者的肿瘤或血液样品中检出CXCL9、CD274、LAG3和IFNG多核苷酸中的一种或多种的水平增加而鉴定的。在一些实施例中，可以通过在患者的肿瘤或血液样品中检出CXCL9、CD274、LAG3和IFNG多核苷酸的组合的水平增加来鉴定患者。
B7-H1/CD274/PD-L1
B7-H1，也称为CD274和PD-L1，是具有大约53kDa的大小的I型跨膜蛋白。在人中，B7-H1表达于许多免疫细胞类型(包括活化和无变应性的/耗尽的T细胞)上，初始的和活化的B细胞上，连同髓样树突细胞(DC)、单核细胞和肥大细胞上。它还表达于非免疫细胞上，包括胰腺的胰岛、肝脏的库普弗细胞、血管内皮和选择的上皮细胞(例如气道上皮细胞和肾小管上皮细胞)，其中其表达在炎性发作期间增强。在许多肿瘤(包括但不限于乳腺癌、结肠癌、结肠直肠癌、肺癌、包括肾细胞癌的肾癌、胃癌、膀胱癌、非小细胞肺癌(NSCLC)、肝细胞癌(HCC)、以及胰腺癌、连同黑色素)上也发现增加水平的B7-H1表达。
已知B7-H1结合两种可供选择的配体，这些中的第一种，PD-1，是最初在经受活化-诱导凋亡的T细胞系中鉴定的50-55kDaI型跨膜受体。PD-1表达于活化的T细胞、B细胞、以及单核细胞连同免疫系统的其他细胞上，并且结合B7-H1(PD-L1)和相关的B7-DC(PD-L2)两者。第二种是B7家族成员B7-1，其表达于活化的T细胞、B细胞、单核细胞以及抗原递呈细胞上。
经由PD-1/B7-H1轴的信号传导被认为通过负面调节T细胞应答在免疫系统内起重要的非丰余功能。肿瘤细胞上的B7-H1表达被认为有助于肿瘤避开免疫系统的检测和消除。B7-H1经由若干可供选择的机制在这个方面起作用，包括驱动肿瘤浸润性T淋巴细胞耗尽和失能，刺激免疫压制细胞因子分泌到肿瘤微环境中，刺激压制调节性T细胞功能并且保护B7-H1表达肿瘤细胞免于被肿瘤细胞特异性细胞毒性T细胞裂解。
抗PD-L1抗体
特异性结合并抑制PD-L1活性(例如，结合PD-1和/或CD80)的抗体可用于治疗肺癌(例如，非小细胞肺癌)。杜伐鲁单抗是示例性抗PD-L1抗体，其对B7-H1有选择性并且阻断B7-H1与PD-1和CD80受体的结合。杜伐鲁单抗可以在体外解除B7-H1介导的对人T细胞活化的抑制，并且经由T细胞依赖性机制在异种移植物模型中抑制肿瘤生长。可使用的其他试剂包括抑制PD-L1和/或PD-1的试剂(AB或其他)。
关于用于本文提供的方法中的杜伐鲁单抗(或其片段)的信息可以见于美国专利号8,779,108，该专利的披露内容通过引用以其全文并入本文。杜伐鲁单抗的片段可结晶(Fc)结构域在IgG1重链的恒定结构域中含有三重突变，该三重突变减少与负责介导抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)的补体组分C1q和Fcγ受体的结合。
用于本文提供的这些方法中的杜伐鲁单抗和其抗原结合片段包含重链和轻链或重链可变区和轻链可变区。在一个具体的方面，用于本文提供的这些方法中的杜伐鲁单抗或其抗原结合片段包含轻链可变区和重链可变区，该轻链可变区包含SEQ ID NO:1的氨基酸序列，该重链可变区包含SEQ ID NO:2的氨基酸序列。在一个具体的方面，用于本文提供的这些方法中的杜伐鲁单抗或其抗原结合片段包含重链可变区和轻链可变区，其中该重链可变区包含SEQ ID NO:3-5的卡巴特(Kabat)定义的CDR1、CDR2和CDR3序列，并且其中该轻链可变区包含SEQ ID NO:6-8的卡巴特定义的CDR1、CDR2和CDR3序列。本领域普通技术人员将能够容易地鉴定本领域普通技术人员已知的乔西亚(Chothia)定义的、Abm定义的或其他的CDR定义。在一个具体方的面，用于本文提供的这些方法中的杜伐鲁单抗或其抗原结合片段包含如在美国专利号8,779,108中所披露的2.14H9OPT抗体的可变重链和可变轻链CDR序列，该专利通过引用以其全文并入本文。
表征对抗PD-L1抗体的反应性
表征实体瘤(例如，乳腺癌、结肠癌、结肠直肠癌、肺癌、包括肾细胞癌的肾癌、胃癌、膀胱癌、非小细胞肺癌(NSCLC)、肝细胞癌(HCC)、胰腺癌、黑色素瘤)对抗PD-L1抗体治疗的反应性，在不同类型的生物样品(例如，肿瘤、血液和/或淋巴结样品)中测量CXCL9、CD274、LAG3和IFNG多核苷酸中的一种或多种的表达水平。
在一些实施例中，获得自对抗PD-L1抗体有反应的受试者的肿瘤或血液样品中多核苷酸标记CXCL9、CD274、LAG3和IFNG中的一种或多种的多核苷酸表达高于非反应性受试者(例如，患有进行性疾病的受试者)中的表达水平。在一个实施例中，测量多核苷酸标记IFNG和CXCL9的水平。在一个实施例中，测量多核苷酸标记IFNG和CD274的水平。在一个实施例中，测量多核苷酸标记IFNG和LAG3的水平。在一个实施例中，测量多核苷酸标记IFNG、CXCL9、以及LAG3或CD274的水平。在一个实施例中，使用循环阈值(Ct)计算表达的改变。例如，获得IFNG基因的Ct值，并从该值开始，从每种基因的平均Ct值中减去参比基因(例如，B2M、ACTB、GAPDH)的Ct值，以获得Δ-Ct值。将最终的基因表达评分定义为(20–ΔCt)。在其他实施例中，相对于非反应性受试者(例如，患有进行性疾病的受试者)中的水平，本发明的标记的表达在反应性患者中增加至少约2、3、4、5或10倍。使用本领域已知的任何方法(包括但不限于定量PCR、RT-PCR、RNA印迹法、原位杂交、荧光原位杂交(FISH)、微阵列、和/或RNA测序)确定CXCL9、CD274、LAG3和IFNG多核苷酸倍数变化值。
治疗方法的选择
可以在选择治疗方法的过程中测试患有实体瘤(例如，乳腺癌、结肠癌、结肠直肠癌、肺癌、包括肾细胞癌的肾癌、胃癌、膀胱癌、非小细胞肺癌(NSCLC)、肝细胞癌(HCC)、胰腺癌、黑色素瘤)的受试者的CXCL9、CD274、LAG3和IFNG多核苷酸中的一种或多种的表达。表征为具有高表达(例如，如通过Ct评分定义的)或相对于参比水平增加的表达的患者被鉴定为对抗PD-L1治疗有反应。
用抗PD-L1抗体进行的治疗
被鉴定为具有(特别地以高水平)表达CXCL9、CD274、LAG3和IFNG多核苷酸中的一种或多种的肿瘤或血液样品的患者可能对抗PD-L1抗体疗法有反应。向此类患者给予抗PD-L1抗体(例如杜伐鲁单抗)或其抗原结合片段。在一些实施例中，抗PD-L1抗体(例如杜伐鲁单抗)或其抗原结合片段可以仅被给予一次或偶尔给予，而仍然为该患者提供益处。在另外的方面，向该患者给予另外的后继剂量。可以取决于患者的年龄、体重、临床评估、肿瘤负荷和/或其他因素(包括主治医师的判断)，在不同时间间隔给予后继剂量。
在一些实施例中，向患者给予至少两个剂量的杜伐鲁单抗或其抗原结合片段。在一些实施例中，可以向该患者给予至少三个剂量、至少四个剂量、至少五个剂量、至少六个剂量、至少七个剂量、至少八个剂量、至少九个剂量、至少十个剂量或至少十五个剂量或更多剂量。在一些实施例中，在两周治疗期内、在四周治疗期内、在六周治疗期内、在八周治疗期内、在十二周治疗期内、在二十四周治疗期内或在一年或更长时间的治疗期内给予杜伐鲁单抗或其抗原结合片段。在一些实施例中，在三周治疗期内、在六周治疗期内、在九周治疗期内、在十二周治疗期内、在二十四周治疗期内或在一年或更长时间的治疗期内给予杜伐鲁单抗或其抗原结合片段。在一些实施例中，在两个月治疗期内、在四个月治疗期内或在六个月或更长时间的治疗期内(例如，在维持阶段期间)给予杜伐鲁单抗或其抗原结合片段。
有待向该患者给予的杜伐鲁单抗或其抗原结合片段的量将取决于不同参数，如该患者的年龄、体重、临床评估、肿瘤负荷和/或其他因素(包括主治医师的判断)。
在某些方面中，根据本文提供的这些方法给予杜伐鲁单抗或其抗原结合片段是通过肠胃外给予进行的。例如，可以通过静脉输注或通过皮下注射来给予杜伐鲁单抗或其抗原结合片段。在一些实施例中，该给予是通过静脉输注进行的。
本文提供的这些方法可以减小肿瘤大小、延迟肿瘤生长或维持稳定状态。在某些方面中，基于适当的统计分析，该肿瘤大小的减少可以是显著的。可以通过与基线处的患者肿瘤的大小、针对预期的肿瘤大小、针对基于大的患者群体的预期的肿瘤大小或针对对照群体的肿瘤大小进行比较来测量肿瘤大小的减少。在本文提供的某些方面中，给予杜伐鲁单抗可以使肿瘤大小减少至少25％。在本文提供的某些方面中，给予杜伐鲁单抗可以在第一次治疗的约6周内使肿瘤大小减少至少25％。在本文提供的某些方面中，给予杜伐鲁单抗可以使肿瘤大小减少至少50％。在本文提供的某些方面中，给予杜伐鲁单抗可以在第一次治疗的约10周内使肿瘤大小减少至少50％。在本文提供的某些方面中，给予杜伐鲁单抗可以使肿瘤大小减少至少75％。在本文提供的某些方面中，给予杜伐鲁单抗可以在第一次治疗的约10周内使肿瘤大小减少至少75％。
在某些方面中，使用本文提供的这些方法，即，给予杜伐鲁单抗或其抗原结合片段可以在第一次治疗的6周内、7周内、8周内、9周内、10周内、12周内、16周内、20周内、24周内、28周内、32周内、36周内、40周内、44周内、48周内或52周内使肿瘤大小减小。
本文提供的这些方法可以减弱或延迟肿瘤生长。在一些方面，该减少或延迟可以是统计学上显著的。可以通过与基线处的患者肿瘤的生长、针对预期的肿瘤生长、针对基于大的患者群体的预期的肿瘤生长或针对对照群体的肿瘤生长进行比较来测量肿瘤生长的减少。
在某些方面中，患者实现了疾病控制(DC)。疾病控制可以是完全应答(CR)、部分应答(PR)或稳定的疾病(SD)。
“完全应答”(CR)是指所有病灶(无论是可测量的或不可测量的)消失，并且没有新的病灶。可以使用自第一次记载之日起不小于四周的重复连续评估来获得确认。新的不可测量的病灶排除CR。
“部分应答”(PR)是指相对于基线，肿瘤负荷减小≥50％。可以使用自第一次记载之日起至少4周的连续重复评估来获得确认
“进行性疾病”(PD)是指相对于所记录的最小值(最低点)，肿瘤负荷增加≥25％。可以通过自第一次记载之日起至少4周的连续重复评估来获得确认。新的不可测量的病灶没有定义PD。
“稳定疾病”(SD)是指不满足CR、PR或PD的标准。
在某些方面中，给予杜伐鲁单抗或其抗原结合片段可以使无进展存活(PFS)增加。
在某些方面中，给予杜伐鲁单抗或其抗原结合片段可以使总体存活(OS)增加。
如本文所提供的，杜伐鲁单抗或其抗原结合片段还可以使游离B7-H1水平降低。游离B7-H1是指没有结合(例如，通过杜伐鲁单抗)的B7-H1。在一些实施例中，B7-H1水平被降低至少80％。在一些实施例中，B7-H1水平被降低至少90％。在一些实施例中，B7-H1水平被降低至少95％。在一些实施例中，B7-H1水平被降低至少99％。在一些实施例中，在给予杜伐鲁单抗或其抗原结合片段之后，B7-H1水平被消除。在一些实施例中，例如与给予杜伐鲁单抗或其抗原结合片段之前的B7-H1水平的增长率相比，给予杜伐鲁单抗或其抗原结合片段使B7-H1水平的增长率降低。
试剂盒
本发明提供了用于表征受试者对抗PD-L1抗体治疗的反应性的试剂盒。在一个实施例中，该试剂盒包含治疗性组合物，该组合物含有以单位剂型的、特异性结合PD-L1多肽的、有效量的抗体。
本发明的诊断试剂盒提供了用于测量CXCL9、CD274、LAG3和IFNG多核苷酸的相对表达的试剂(例如，针对CXCL9、CD274、LAG3和IFNG多核苷酸中的一种或多种和持家参比基因的TaqMan引物/探针)。
在一些实施例中，该试剂盒包含含有治疗性组合物和/诊断组合物的无菌容器；此类容器可以是盒子、安瓿、瓶子、小瓶、管、袋、小袋、泡罩包装或本领域已知的其他适合的容器形式。此类容器可由塑料、玻璃、层压纸、金属箔、或适于容纳药物的其他材料制成。
在一个实施例中，本发明的试剂盒包含用于测量CXCL9、CD274、LAG3和IFNG中的一种或多种以及治疗性抗PD-L1抗体的多核苷酸表达的试剂。如果需要，该试剂盒进一步包含用于测量CXCL9、CD274、LAG3和IFNG中的一种或多种的多核苷酸表达的说明书和/或用于向受试者给予抗PD-L1抗体的说明书，该受试者患有选择对抗PD-L1抗体治疗有反应的实体瘤、肺癌(例如，鳞状细胞癌或非鳞状细胞癌，非小细胞肺癌)或膀胱癌。在具体的实施例中，这些说明书包括以下中的至少一种：治疗剂的说明；用于治疗或预防实体瘤、膀胱癌或肺癌(例如，非小细胞肺癌、小细胞肺癌)或其症状的剂量日程表和给予；注意事项；警告信息；适应症；禁忌症；超剂量信息；不良反应；动物药理学；临床研究；和/或参考文献。这些说明书可以直接打印在容器(当存在时)上，或作为标签应用于容器，或作为单独的页、小册子、卡片、或在容器中提供或是与容器一起提供的文件夹。
除非另外指示，本发明的实施采用很好地处在熟练的技术人员的见识范围之内的分子生物学(包括重组技术)、微生物学、细胞生物学、生物化学和免疫学的常规技术。此类技术在文献中已被充分解释，例如“Molecular Cloning:A Laboratory Manual[分子克隆：实验室手册]”,第二版(Sambrook，1989)；“Oligonucleotide Synthesis[寡核苷酸合成]”(Gait，1984)；“Animal Cell Culture[动物细胞培养]”(Freshney，1987)；“Methods inEnzymology[酶学方法]”“Handbook of Experimental Immunology[实验免疫学手册]”(Weir，1996)；“Gene Transfer Vectors for Mammalian Cells[用于哺乳动物细胞的基因转移载体]”(Miller和Calos，1987)；“Current Protocols in Molecular Biology[当前分子生物学方法]”(Ausubel，1987)；“PCR:The Polymerase Chain Reaction[PCR：聚合酶链式反应]”，(Mullis，1994)；“Current Protocols in Immunology[免疫学现代实验方案]”(Coligan，1991)。这些技术适用于本发明的多核苷酸和多肽的生产，并且按照这样，可以被考虑用于制作和实施本发明。对具体实施例特别有用的技术将在以下的部分进行讨论。
给出以下的实例是为了给本领域普通技术人员提供如何准备和使用测定、筛选和本发明的治疗性方法的一个完整的披露内容和说明，而不是旨在限定诸位发明人认为是自己的发明的范围。
实例
实例1：NSCLC中CXCL9、CD274、LAG3和IFNG与客观应答率(ORR)相关
评估了杜伐鲁单抗对晚期实体瘤的安全性和临床活性。以可用的临床数据在患者肿瘤上产生RNA测序数据，其中30个具有前/后NSCLC患者肿瘤对以及将30个膀胱患者肿瘤用可用的临床数据预治疗并经受生物信息学分析。评估了以下基因：CXCL9、PD-L1(CD274)、LAG-3、IFNG、PD-1(PDCD1)、NKG7、CD8A、SLAMF7、PD-L2(PDCD1LG2)、TIM-3(HAVCR2)、CD80、CD86、CTLA-4、CD2、TLR8、GZMK、TNFRSF4、FOXP3、CD276、B7-H4(VTCN1)和CD37。
在评估的21种候选基因中，使用接受者操作特征(ROC)计算将每种基因分割成低组或高组，其中使用曲线下面积(AUC)、逻辑回归、时间到事件分析例如卡普兰-梅耶和Cox比例风险(PH)模型、用于前/后比较的配对的学生t检验、以及使用斯皮尔曼(Spearman)等级系数的相关分析进行该计算。
随后将21种候选基因与客观应答率(ORR)相关，其中有或没有对年龄、性别、之前治疗线、吸烟状态和组织学(鳞状或非鳞状)进行调整。结果呈现于表1和2中，其中每个中的前4种基因(按曲线下面积(AUC)或p值排列)包括CXCL9、CD274、LAG3和IFNG。
表1.NSCLC预治疗中与ORR相关的候选21种基因的ROC分析结果
表2.NSCLC预治疗中与ORR相关的候选21种基因的线性模型分析结果，其中对年龄、性别、之前治疗线、组织学和吸烟状态进行调整
实例2：CXCL9、CD274、LAG3和IFNG与NSCLC中的总体应答(OS)或无进展应答(PFS)相关
使用从ORR分析(CXCL9、CD274、LAG3和IFNG)鉴定的前四种基因中的每一种的相同分割点将患者分成高表达组或低表达组。然后使用总体应答(OS)或无进展应答(PFS)作为单独地针对每种基因的终点进行卡普兰-梅耶估计(KM)分析(图1A-1H)。图1A-1D显示了NSCLC患者中CXCL9、IFNG、LAG3和CD274(PDL1)的总体应答小图。使用ROC鉴定的分割点将每个小图分割成高表达或低表达。图1E-1H显示了NSCLC患者中CXCL9、IFNG、LAG3和CD274(PDL1)的无进展存活小图。使用ROC鉴定的分割点将每个小图分割成高表达或低表达。
使用对数秩检验，所有四种基因显示高表达组和低表达组之间的统计学差异，其与α＝0.05处的结果相关。y轴指示结果，其为总体存活(图1A-1D)或无进展存活(图1E-1H)的可能性，x轴指示天数。使用表达的上三分位数将NSCLC患者分级为高组或低组。
实例3：CD274(PDL1)在治疗后未显示出显著的诱导
评估用杜伐鲁单抗治疗后四种基因(CXCL9、CD274、LAG3和IFNG)中的每一种的显著诱导。单独地针对每种基因在后治疗和预治疗时间点之间计算配对t检验。结果报告在表3中。仅CD274(PDL1)在治疗后在α＝0.05处未显示出显著的诱导。这些结果指示，四种基因中的三种由杜伐鲁单抗在肿瘤中诱导，这表明由该分子的治疗引起的相关免疫特异性基因的免疫活化。
表3.杜伐鲁单抗对NSCLC中四种基因的治疗效果
实例4：IFNG和CXCL9显示出最高的相关性
四种基因CXCL9、CD274、LAG3和IFNG中的每一种的预治疗水平彼此相关以显示共享信息。
图2显示了NSCLC中四种基因(斯皮尔曼(Spearman)系数)的相关散点小图。斯皮尔曼(Spearman)系数是两个变量之间统计依赖性的非参数测量。如图2所示，最高相关基因是IFNG和CXCL9(r＝0.717)，这与IFNG诱导趋化因子CXCL9具有生物学相关性，因此人们期望这两种基因最相关。小图的每个x和y轴指示针对其他四种基因之一回归的特定基因。每个数据点是基线时的NSCLC患者肿瘤样品。
实例5：来自NSCLC中四种基因CXCL9、CD274、LAG3和IFNG的复合标签
使用四种基因CXCL9、CD274、LAG3和IFNG的中值表达来计算基因标签，并且使用该标签作为客观应答率(ORR)和总体应答/无进展存活的预测因素来重复之前的分析。
结果示出于表4、表5和图3中。基因标签示出与NSCLC中的客观应答以及总体存活(图3A)和无进展存活(图3B)两者高度相关。在存活图中，y轴指示总体存活可能性，而x轴指示以天计的时间。虚线指示在表达的上三分位数处表达基因标签的患者。
表4.NSCLC预治疗中与ORR相关的基因标签的ROC分析结果
表5.NSCLC预治疗中与ORR相关的基因标签的线性模型分析结果，其中对调整年龄、性别、之前治疗线、组织学和吸烟状态进行调整
杜伐鲁单抗的治疗效果是如图4所说明的。在杜伐鲁单抗治疗后基因标签的表达增加，这指示在NSCLC患者中用治疗进行免疫活化。
实例6：膀胱癌中基因标签与客观应答率(ORR)的相关性
使用表达的上三分位数(前33％)将四种基因标签分割成低组或高组，并且随后与客观应答率相关。由于样品大小较小，因此未计算调整的模型。所有来者、单独的IFNG和四种基因标签的结果呈现于表6中。如在NSCLC患者组中所证明的，在用杜伐鲁单抗治疗的膀胱癌患者中IFNG组和基因标签阳性组两者中应答者的富集是明显的。
表6.膀胱癌预治疗中所有来者、4-基因标签和IFNG与ORR的相关结果
实例7：膀胱癌中基因标签和IFNG与无进展存活的相关性
使用四种基因标签将患者分成在表达的上三分位数处的高表达组或低表达组。然后使用膀胱癌患者中基因标签(图5A)或IFNG mRNA(图5B)的无进展存活进行卡普兰-梅耶分析。与IFNG高患者相比，基因标签高患者与总体或无进展存活之间存在更高的相关性，这表明与仅具有高IFNG mRNA的那些相比，具有高基因标签的膀胱癌患者在用杜伐鲁单抗治疗时可能具有改善的存活。OS数据不成熟，这指示某些患者的随访时间尚未达到成熟时间点以允许进行比较。
使用对数秩检验，所有基因标签显示在α＝0.05处的高组和低组之间的统计学差异。
使用以下材料和方法获得结果
RNA提取和RNA测序
使用PowerGen 500低温均化器(飞世尔科技公司(Fisher Scientific)，匹兹堡，宾夕法尼亚州)将组织在补充有β-巯基乙醇(β-me)的600μl的RLT裂解缓冲液(凯杰公司(Qiagen)，巴伦西亚，加利福尼亚州)中均质化。将均质化的组织裂解物在室温以13,000x g离心3min以除去不溶性组织碎片。将上清液转移到新鲜的微量离心管中，并且向上清液中添加1体积的100％乙醇。将上清液-乙醇混合物应用于Zymo-Spin IC柱(Zymo Research公司，欧文市，加利福尼亚州)以结合RNA。用无RNA酶的DNA酶I(凯杰公司(Qiagen)，巴伦西亚，加利福尼亚州)在室温进行柱上DNA酶消化15min。在15-20μl无RNA酶的水中洗脱RNA，并使用Nanodrop-1000分光光度计(赛默飞世尔科技公司(Thermo Fisher Scientific)，沃尔瑟姆，马萨诸塞州)和2100生物分析仪(安捷伦科技公司(Agilent Technologies)，圣克拉拉，加利福尼亚州)确定RNA样品的数量和质量。
使用TruSeq链总RNA制备试剂盒(TruSeq Stranded Total RNA Prep Kit)根据制造商的说明书(亿明达公司(Illumina)，圣地亚哥，加利福尼亚州)制备RNA-seq文库。使用含有靶向真核细胞质和线粒体rRNA的生物素化探针的Ribo-Zero Gold rRNA去除溶液，从总RNA(每个样品150ng)中去除核糖体RNA。使用链霉亲和素包被的磁珠从样品中除去rRNA-探针复合物，并在cDNA合成之前使所得的rRNA耗竭的样品经受热RNA片段化。使用SuperScript III逆转录酶(赛默飞世尔科技公司(Thermo Fisher Scientific)，沃尔瑟姆，马萨诸塞州)和随机引物合成第一链cDNA，随后进行第二链cDNA合成。接下来，将单个腺苷酸(A)残基添加到双链cDNA分子的3'末端，并将所得的A尾双链cDNA连接到含有唯一索引识别码序列的3'-dT尾Illumina TruSeq配对端衔接子。使用Illumina文库制备试剂盒中提供的引物，用15个循环的聚合酶链反应(PCR)纯化并富集连接产物。在2100生物分析仪(安捷伦科技公司(Agilent Technologies)，圣克拉拉，加利福尼亚州)上分析RNA-seq文库的大小分布，并使用Kapa文库定量试剂盒(卡帕生物系统公司(Kapa Biosystems)，沃本，马萨诸塞州)确定文库浓度。将每个文库在10mM Tris-HCl，pH 8.0中归一化为4nM，并在最终稀释之前在0.1N NaOH中变性5min。
在HiSeq 2000或NextSeq 500测序仪器(亿明达公司(Illumina)，圣地亚哥，加利福尼亚州)上进行配对端测序运行(2x 100个循环)。对于HiSeq 2000测序运行，将变性文库(12pM终浓度)聚簇在具有cBot系统的TruSeq v3配对端上，并使用TruSeq v3SBS试剂(亿明达公司(Illumina)，圣地亚哥，加利福尼亚州)测序。在NextSeq 500系统上进行测序运行，其中1.8pM变性文库加载到NextSeq 500/550v2流动室和试剂(亿明达公司(Illumina)，圣地亚哥，加利福尼亚州)上。
生物信息学分析
CP1108/NCT01693562是一项非随机、开放标签、多中心1/2期临床试验，用于评估杜伐鲁单抗在多种晚期实体瘤中的安全性和临床活性。以可用的临床数据在97个NSCLC患者肿瘤上产生RNA测序数据，其中30个具有前/后NSCLC患者肿瘤对以及将30个膀胱患者肿瘤用可用的临床数据预治疗。评估的候选基因包括CXCL9、PD-L1(CD274)、LAG-3、IFNG、PD-1(PDCD1)、NKG7、CD8A、SLAMF7、PD-L2(PDCD1LG2)、TIM-3(HAVCR2)、CD80、CD86、CTLA-4、CD2、TLR8、GZMK、TNFRSF4、FOXP3、CD276、B7-H4(VTCN1)和CD37。分析包括使用曲线下面积(AUC)、逻辑回归、时间到事件分析例如卡普兰-梅耶和Cox比例风险(PH)模型、用于前/后比较的配对的学生t检验，以及使用斯皮尔曼(Spearman)等级系数的相关分析进行接受者操作特征(ROC)计算。
其他实施例
从前述说明中，将显而易见的是，可以对本文所述的发明作出变更和修改以使其适应于各种用途和状况。此类实施例也在以下权利要求的范围内。
本文中在变量的任何定义中对要素清单的叙述包括将该变量定义为任何单个要素或所列要素的组合(或次组合)。本文的实施例的叙述包括为任何单个实施例的实施例或与任何其他实施例或其部分结合的实施例。
本说明书中提及的全部专利和出版物通过引用以相同的程度并入本文，如同每份单独的专利和出版物具体地且个别地指出通过引用并入。

Claims (13)

1.一种治疗受试者中的实体瘤的方法，该方法包括向患者给予抗PD-L1抗体或其抗原结合片段，该患者被鉴定为相对于参比在取自该患者的生物样品中具有增加水平的两种或更多种多核苷酸标记，该两种或更多种多核苷酸标记选自由CXCL9、CD274、LAG3和IFNG组成的组。
2.根据权利要求1所述的方法，其中该实体瘤选自由乳腺癌、结肠癌、结肠直肠癌、肺癌、包括肾细胞癌的肾癌、胃癌、膀胱癌、非小细胞肺癌(NSCLC)、肝细胞癌(HCC)、胰腺癌和黑色素瘤组成的组。
3.一种治疗受试者中的肺癌或膀胱癌的方法，该方法包括向患者给予抗PD-L1抗体或其抗原结合片段，该患者是通过相对于参比在取自该患者的生物样品中检出增加水平的两种或更多种多核苷酸标记而鉴定的，该两种或更多种多核苷酸标记选自由CXCL9、CD274、LAG3和IFNG组成的组。
4.一种鉴定患有对抗PD-L1抗体或其抗原结合片段有反应的实体瘤的受试者的方法，该方法包括相对于参比在获得自该受试者的生物样品中检出表达水平增加的两种或更多种多核苷酸标记，从而鉴定该实体瘤对抗PD-L1疗法有反应，该两种或更多种多核苷酸标记选自由CXCL9、CD274、LAG3和IFNG组成的组。
5.一种鉴定患有对抗PD-L1疗法有反应的实体瘤的受试者的方法，该方法包括相对于参比在获得自该受试者的生物样品中检出表达水平增加的两种或更多种多核苷酸标记，从而鉴定该实体瘤对抗PD-L1疗法有反应，该两种或更多种多核苷酸标记选自由CXCL9、CD274、LAG3和IFNG组成的组。
6.根据权利要求4或5所述的方法，其中该实体瘤选自由乳腺癌、结肠癌、结肠直肠癌、肺癌、包括肾细胞癌的肾癌、胃癌、膀胱癌、非小细胞肺癌(NSCLC)、肝细胞癌(HCC)、胰腺癌和黑色素瘤组成的组。
7.一种鉴定患有对抗PD-L1疗法有反应的肺癌或膀胱癌的受试者的方法，该方法包括相对于参比在获得自该受试者的生物样品中检出表达水平增加的两种或更多种多核苷酸标记，从而鉴定该实体瘤对抗PD-L1疗法有反应，该两种或更多种多核苷酸标记选自由CXCL9、CD274、LAG3和IFNG组成的组。
8.根据权利要求1-7中任一项所述的方法，其中该抗PD-L1抗体是杜伐鲁单抗。
9.根据权利要求1-7中任一项所述的方法，其中相对于参比该肿瘤表达增加水平的IFNG，以及CXCL9、CD274和LAG3多核苷酸标记中的一种或多种。
10.根据权利要求1-9中任一项所述的方法，其中该方法包括检测CXCL9、CD274、LAG3和IFNG多核苷酸标记。
11.根据权利要求1-10中任一项所述的方法，其中在实时PCR测定中检测CXCL9、CD274、LAG3和IFNG多核苷酸标记的水平。
12.根据权利要求1-11中任一项所述的方法，其中增加水平的两种或更多种标记的检出鉴定肿瘤对杜伐鲁单抗有反应。
13.根据权利要求1-11中任一项所述的方法，其中该生物样品是血液、血浆、血清或肿瘤样品。
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