CN109722484A - 智能dna条形码的细菌核酸测序鉴定系统及方法 - Google Patents
智能dna条形码的细菌核酸测序鉴定系统及方法 Download PDFInfo
- Publication number
- CN109722484A CN109722484A CN201910171221.8A CN201910171221A CN109722484A CN 109722484 A CN109722484 A CN 109722484A CN 201910171221 A CN201910171221 A CN 201910171221A CN 109722484 A CN109722484 A CN 109722484A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- nucleic acid
- dna
- sequence
- bacterial
- bar code
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明公开了一种智能DNA条形码的细菌核酸测序鉴定系统及方法，涉及DNA测序鉴定技术领域，通过该细菌核酸测序鉴定系统及方法，方便了人们快速对食物中毒源的DNA条形码数据库及其检测鉴定溯源的技术研究，保障了食品安全、指导人们膳食选择、预防中毒事件的发生，同时建立了常见细菌的核酸测序鉴定方法，为人们在生物领域内的细菌、细胞及病毒的DNA条形码测序和鉴定带来方便，同时DNA基因组在提取和纯化时采用特殊的方式进行操作，避免DNA序列发生分解，且本发明采用构建的标准核酸序列，按照统一的共性描述和规范编码录入细菌核酸测序鉴定标准核酸序列数据库，其可为细菌核酸测序鉴定方法提供客观、准确的判定依据。
Description
技术领域
本发明涉及DNA测序鉴定技术领域，具体为一种智能DNA条形码的细菌核酸测序鉴定系统及方法。
背景技术
DNA特征序列(DNA条形码)分子鉴定是利用基因组中一段公认的、相对较短的DNA序列来进行物种鉴定的分子生物学分类方法。该方法以核酸测序技术为基础，通过筛选通用DNA特征序列，建立数据库和鉴定平台，运用生物信息学方法分析比对DNA数据，进而对物种进行鉴定，是对传统生物鉴定方法的有效补充和重大突破，近年来受到国内外药品质量标准制定机构的广泛关注，并逐渐成为物种鉴定和分类的研究热点。
DNA条形码技术已发展近20年，鉴别技术、引物设计、扩增条件均较为成熟，鲀毒鱼、高生物胺水产品、有毒蘑菇、曼陀罗等有毒动植物毒性强烈、致死率高，且存在广泛，严重威胁人类健康。鉴定标准数据库的缺乏和分析方法的局限在很大程度上阻碍了食品安全预警、食物中毒溯源、以及污染水平和暴露风险研究。因此，建立地区常见食物中毒源DNA条形码数据库及其快速检测鉴定溯源技术研究已成为当务之急，是保障我国食品安全、指导人们膳食选择、预防中毒事件发生的迫切要求。
发明内容
(一)解决的技术问题
针对现有技术的不足，本发明提供了一种智能DNA条形码的细菌核酸测序鉴定系统及方法，解决了上述背景技术中所提出的问题。
(二)技术方案
为达到以上目的，本发明采取的技术方案是：一种智能DNA条形码的细菌核酸测序鉴定系统，包括提取模块、数据生成模块和数据检测模块，所述提取模块包括细菌核酸提取纯化和细菌核酸测序运作，所述数据生成模块包括细菌核酸DNA的序列生成以及细菌核酸DNA的序列拼接，所述数据检测模块包括细菌DNA序列的数据对比鉴定。
优选的，所述数据对比检测模块包括数据库，所述数据库与数据对比鉴定模块进行双向连接。
优选的，所述数据生成模块在DNA序列数据生成后直接通过数据检测模块进行对比鉴定检测。
一种智能DNA条形码的细菌核酸测序鉴定方法，包括以下步骤：
S1、获取并培养获得需要进行鉴定的细菌菌株；
S2、提取步骤一获得的细菌菌株的基因组DNA；
S3、使用通用核酸测序引物对PCR扩增菌株特定序列；
S4、提取并纯化PCR产物；
S5、测定并生成步骤四得到的PCR产物的核酸序列；
S6、应用序列分析软件进行序列拼接，以通用核酸测序引物对定位，去除引物区，获得相应片段的DNA序列；
S7、将步骤六相应片段的DNA序列与数据库中的资料进行序列对比，对细菌进行鉴定，然后自动生成鉴定结果。
优选的，所述DNA核酸序列在进行序列比对分析时，首先选择具有鉴定和分类意义的核酸序列片段，并根据保守区域核酸序列设计通用核酸测序引物对。
优选的，所述细菌的基因组DNA的提取和纯化采用溶菌酶、十二烷基硫酸钠、十六烷基三甲基溴化铵进行菌体破碎；采用苯酚-氯仿-异戊醇、乙醇沉淀核酸，获得符合质量控制要求的基因组DNA。
(三)有益效果
该智能DNA条形码的细菌核酸测序鉴定系统及方法，有益效果在于：通过该细菌核酸测序鉴定系统及方法，方便了人们快速对食物中毒源的DNA条形码数据库及其检测鉴定溯源的技术研究，保障了食品安全、指导人们膳食选择、预防中毒事件的发生，同时建立了常见细菌的核酸测序鉴定方法，为人们在生物领域内的细菌、细胞及病毒的DNA条形码测序和鉴定带来方便，同时DNA基因组在提取和纯化时采用特殊的方式进行操作，避免DNA序列发生分解，且本发明采用构建的标准核酸序列，按照统一的共性描述和规范编码录入细菌核酸测序鉴定标准核酸序列数据库，其可为细菌核酸测序鉴定方法提供客观、准确的判定依据。
附图说明
图1为本发明智能DNA条形码的细菌核酸测序鉴定系统的结构示意图。
具体实施方式
下面将结合本发明实施例中的附图，对本发明实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例仅仅是本发明一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本发明中的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本发明保护的范围。
如图1所示，本发明提供一种技术方案：一种智能DNA条形码的细菌核酸测序鉴定系统，包括提取模块、数据生成模块和数据检测模块，提取模块包括细菌核酸提取纯化和细菌核酸测序运作，数据生成模块包括细菌核酸DNA的序列生成以及细菌核酸DNA的序列拼接，数据生成模块在DNA序列数据生成后直接通过数据检测模块进行对比鉴定检测，数据检测模块包括细菌DNA序列的数据对比鉴定，数据对比检测模块包括数据库，数据库与数据对比鉴定模块进行双向连接。
一种智能DNA条形码的细菌核酸测序鉴定方法，包括以下步骤：
S1、获取并培养获得需要进行鉴定的细菌菌株；
S2、提取步骤一获得的细菌菌株的基因组DNA；
S3、使用通用核酸测序引物对PCR扩增菌株特定序列；
S4、提取并纯化PCR产物；
S5、测定并生成步骤四得到的PCR产物的核酸序列；
S6、应用序列分析软件进行序列拼接，以通用核酸测序引物对定位，去除引物区，获得相应片段的DNA序列；
S7、将步骤六相应片段的DNA序列与数据库中的资料进行序列对比，对细菌进行鉴定，然后自动生成鉴定结果。
DNA核酸序列在进行序列比对分析时，首先选择具有鉴定和分类意义的核酸序列片段，并根据保守区域核酸序列设计通用核酸测序引物对。
细菌的基因组DNA的提取和纯化采用溶菌酶、十二烷基硫酸钠、十六烷基三甲基溴化铵进行菌体破碎；采用苯酚-氯仿-异戊醇、乙醇沉淀核酸，获得符合质量控制要求的基因组DNA。
以上所述的具体实施方式，对本发明的目的、技术方案和有益效果进行了进一步详细说明，所应理解的是，以上所述仅为本发明的具体实施方式而已，并不用于限制本发明，凡在本发明的精神和原则之内，所做的任何修改、等同替换、改进等，均应包含在本发明的保护范围之内。
Claims (6)
1.一种智能DNA条形码的细菌核酸测序鉴定系统，包括提取模块、数据生成模块和数据检测模块，所述提取模块包括细菌核酸提取纯化和细菌核酸测序运作，所述数据生成模块包括细菌核酸DNA的序列生成以及细菌核酸DNA的序列拼接，所述数据检测模块包括细菌DNA序列的数据对比鉴定。
2.根据权利要求1所述的智能DNA条形码的细菌核酸测序鉴定系统，其特征在于：所述数据对比检测模块包括数据库，所述数据库与数据对比鉴定模块进行双向连接。
3.根据权利要求1所述的智能DNA条形码的细菌核酸测序鉴定系统，其特征在于：所述数据生成模块在DNA序列数据生成后直接通过数据检测模块进行对比鉴定检测。
4.一种智能DNA条形码的细菌核酸测序鉴定方法，包括以下步骤：
S1、获取并培养获得需要进行鉴定的细菌菌株；
S2、提取步骤一获得的细菌菌株的基因组DNA；
S3、使用通用核酸测序引物对PCR扩增菌株特定序列；
S4、提取并纯化PCR产物；
S5、测定并生成步骤四得到的PCR产物的核酸序列；
S6、应用序列分析软件进行序列拼接，以通用核酸测序引物对定位，去除引物区，获得相应片段的DNA序列；
S7、将步骤六相应片段的DNA序列与数据库中的资料进行序列对比，对细菌进行鉴定，然后自动生成鉴定结果。
5.根据权利要求4所述的智能DNA条形码的细菌核酸测序鉴定方法，其特征在于：所述DNA核酸序列在进行序列比对分析时，首先选择具有鉴定和分类意义的核酸序列片段，并根据保守区域核酸序列设计通用核酸测序引物对。
6.根据权利要求4所述的智能DNA条形码的细菌核酸测序鉴定方法，其特征在于：所述细菌的基因组DNA的提取和纯化采用溶菌酶、十二烷基硫酸钠、十六烷基三甲基溴化铵进行菌体破碎；采用苯酚-氯仿-异戊醇、乙醇沉淀核酸，获得符合质量控制要求的基因组DNA。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN201910171221.8A CN109722484A (zh) | 2019-03-07 | 2019-03-07 | 智能dna条形码的细菌核酸测序鉴定系统及方法 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN201910171221.8A CN109722484A (zh) | 2019-03-07 | 2019-03-07 | 智能dna条形码的细菌核酸测序鉴定系统及方法 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN109722484A true CN109722484A (zh) | 2019-05-07 |
Family
ID=66302018
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN201910171221.8A Pending CN109722484A (zh) | 2019-03-07 | 2019-03-07 | 智能dna条形码的细菌核酸测序鉴定系统及方法 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CN (1) | CN109722484A (zh) |
Cited By (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN111554349A (zh) * | 2020-02-18 | 2020-08-18 | 中国检验检疫科学研究院 | 一种基于高通量测序的物种鉴定系统和方法 |
| CN111723893A (zh) * | 2020-06-16 | 2020-09-29 | 武汉光谷联合医学检验所股份有限公司 | 用于核酸检测的条形码生成系统及方法 |
| CN113628684A (zh) * | 2021-08-06 | 2021-11-09 | 苏州鸿晓生物科技有限公司 | 样品细菌物种检测方法和系统 |
Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN106701914A (zh) * | 2016-11-09 | 2017-05-24 | 上海市食品药品检验所 | 一种基于dna条形码的细菌核酸测序鉴定方法 |
| CN108410971A (zh) * | 2018-06-04 | 2018-08-17 | 上海市食品药品检验所 | 一种基于dna特征序列的细菌核酸测序鉴定方法及细菌鉴定试剂盒 |
-
2019
- 2019-03-07 CN CN201910171221.8A patent/CN109722484A/zh active Pending
Patent Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN106701914A (zh) * | 2016-11-09 | 2017-05-24 | 上海市食品药品检验所 | 一种基于dna条形码的细菌核酸测序鉴定方法 |
| CN108410971A (zh) * | 2018-06-04 | 2018-08-17 | 上海市食品药品检验所 | 一种基于dna特征序列的细菌核酸测序鉴定方法及细菌鉴定试剂盒 |
Cited By (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN111554349A (zh) * | 2020-02-18 | 2020-08-18 | 中国检验检疫科学研究院 | 一种基于高通量测序的物种鉴定系统和方法 |
| CN111554349B (zh) * | 2020-02-18 | 2023-05-26 | 中国检验检疫科学研究院 | 一种基于高通量测序的物种鉴定系统和方法 |
| CN111723893A (zh) * | 2020-06-16 | 2020-09-29 | 武汉光谷联合医学检验所股份有限公司 | 用于核酸检测的条形码生成系统及方法 |
| CN113628684A (zh) * | 2021-08-06 | 2021-11-09 | 苏州鸿晓生物科技有限公司 | 样品细菌物种检测方法和系统 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Narum et al. | Genomic variation underlying complex life-history traits revealed by genome sequencing in Chinook salmon | |
| CN109722484A (zh) | 智能dna条形码的细菌核酸测序鉴定系统及方法 | |
| AU2019440278B2 (en) | Method for screening molecular marker of cattle adapting to high altitude hypoxia and application thereof | |
| Robledo-Arnuncio et al. | Patterns of pollen dispersal in a small population of Pinus sylvestris L. revealed by total-exclusion paternity analysis | |
| Pope et al. | Phylogeography and population structure of an ecotonal marsupial, Bettongia tropica, determined using mtDNA and microsatellites | |
| Guo et al. | Life barcoded by DNA barcodes | |
| CN101712996A (zh) | 一种快速鉴别5种家畜肉和肉干制品种类的方法 | |
| Hsieh et al. | Historical connectivity, contemporary isolation and local adaptation in a widespread but discontinuously distributed species endemic to Taiwan, Rhododendron oldhamii (Ericaceae) | |
| CN109207610A (zh) | 河南斗鸡基因组snp分子标记的筛选方法及其应用 | |
| Bylemans et al. | Evaluating genetic traceability methods for captive‑bred marine fish and their applications in fisheries management and wildlife forensics | |
| Mohan et al. | C ampylobacter jejuni colonization and population structure in urban populations of ducks and starlings in N ew Z ealand | |
| Caré et al. | High morphological differentiation in crown architecture contrasts with low population genetic structure of German Norway spruce stands | |
| Schönherz et al. | Introduction of viral hemorrhagic septicemia virus into freshwater cultured rainbow trout is followed by bursts of adaptive evolution | |
| CN106701910A (zh) | 一种用于鉴定鸽子性别的引物对、试剂盒及方法 | |
| Wang et al. | Using genetic markers to identify the origin of illegally traded agarwood-producing Aquilaria sinensis trees | |
| Estalles et al. | Concerted variation in melanogenesis genes underlies emergent patterning of plumage in capuchino seedeaters | |
| Martin et al. | Adaptive evolution of major histocompatibility complex class I immune genes and disease associations in coastal juvenile sea turtles | |
| CN109321665A (zh) | 金湖乌凤鸡分子标记的筛选方法及其应用 | |
| Mino et al. | Molted feathers as a source of DNA for genetic studies in waterbird populations | |
| Haines et al. | Geographic variation in hybridization and ecological differentiation between three syntopic, morphologically similar species of montane lizards | |
| CN109295239A (zh) | 边鸡分子标记的筛选方法及其应用 | |
| GIEßLER | Gene flow in the Daphnia longispina hybrid complex (Crustacea, Cladocera) inhabiting large lakes | |
| Zhang et al. | Positive selection and adaptive introgression of Haplotypes from Bos indicus improve the modern Bos taurus cattle | |
| Bermingham | Mitochondrial DNA and the analysis of fish population structure | |
| Marcionetti et al. | Recurrent gene flow events shaped the diversification of the clownfish skunk complex |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PB01 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| RJ01 | Rejection of invention patent application after publication | ||
| RJ01 | Rejection of invention patent application after publication |
Application publication date: 20190507 |