CN109536636A - 一种鉴定普通野生稻与栽培稻杂种后代育性的分子标记及其应用 - Google Patents

一种鉴定普通野生稻与栽培稻杂种后代育性的分子标记及其应用 Download PDF

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Abstract

本发明公开了一种鉴定普通野生稻与栽培稻杂种后代育性的分子标记及其应用。本发明公开的水稻分子标记为水稻基因组中对应于序列表中序列1的第2099位的核苷酸，为T或C。实验证明，本发明的水稻分子标记与水稻远缘杂交后代的育性，尤其是雌配子育性相关，在普通野生稻与栽培稻的杂交后代中，两条染色体中水稻育性分子标记均为T的TT基因型水稻和一条染色体中为T、另一条染色体中为C的TC基因型水稻的育性低于两条染色体中水稻育性分子标记均为C的CC基因型水稻，TT基因型和TC基因型水稻雌配子发育异常，CC基因型水稻雌雄配子发育均正常。表明，可利用本发明的水稻分子标记检测水稻远缘杂交后代的育性，尤其是雌配子育性。

Description

一种鉴定普通野生稻与栽培稻杂种后代育性的分子标记及其 应用
技术领域
本发明涉及生物技术领域中，一种鉴定普通野生稻与栽培稻杂种后代育性的分子标记及其应用。
背景技术
水稻产量占世界粮食总产量40％左右，提高水稻单产对保障世界粮食安全具有重要意义。野生稻具有丰富的遗传变异，蕴含着丰富的可以提高水稻产量、品质及抗逆性的基因，可以作为栽培稻育种的优良种质资源。发掘和利用野生稻种质基因资源，在生产上利用野生稻中的这些有利基因，有助于突破水稻产量潜力进一步提高的瓶颈。然而，由于野生稻与栽培稻杂种及杂种后代存在不育或半不育现象，限制了野生稻优良基因的有效利用，因此，鉴定野生稻与栽培稻杂种及杂种后代的育性具有重要的意义。
发明内容
本发明所要解决的技术问题是如何鉴定野生稻与栽培稻杂交后代的育性，尤其是雌配子育性。
为解决上述技术问题，本发明首先提供了水稻育性分子标记或检测所述水稻育性分子标记的物质在检测或辅助检测水稻远缘杂交后代育性中的应用；
所述水稻育性分子标记为a1)或a2)：
a1)水稻基因组中对应于序列表中序列1的第2099位的核苷酸，所述水稻育性分子标记为T或C；
a2)含有a1)所述水稻育性分子标记的DNA片段。
上述应用中，所述检测所述水稻育性分子标记的物质可为引物对，所述引物对满足：在以水稻基因组DNA为模板利用所述引物对进行PCR扩增时，得到的扩增产物中含有所述水稻育性分子标记。
上述应用中，所述引物对为A1，所述A1由名称分别为P1和P2的单链DNA组成，所述P1为序列表中序列1的第1899-1918位所示的单链DNA，所述P2为与序列表中序列1的第2430-2450位反向互补的单链DNA。
所述水稻育性分子标记可为序列表中序列1或2所示的DNA片段。
本发明还提供了检测水稻基因型的方法，所述基因型为TT基因型、CC基因型和TC基因型；所述方法包括：检测待测水稻染色体中对应于序列表中序列1的第2099位的核苷酸，所述待测水稻为水稻远缘杂交后代，如所述待测水稻两条染色体均为下述g1)的染色体，所述待测水稻为TT基因型水稻；如所述待测水稻两条染色体均为下述g2)的染色体，所述待测水稻为CC基因型水稻；如所述待测水稻两条染色体中一条为下述g1)的染色体，另一条为下述g2)的染色体，所述待测水稻为TC基因型水稻；
g1)对应于序列表中序列1的第2099位的核苷酸为T；
g2)对应于序列表中序列1的第2099位的核苷酸为C。
上述方法中，检测待测水稻染色体中对应于序列表中序列1的第2099位的核苷酸采用所述A1进行，所述方法包括L1)和L2)：
L1)以待测水稻基因组DNA为模板，采用所述A1进行PCR扩增得到PCR产物；
L2)检测步骤L1)得到的PCR产物的序列，根据所述PCR产物序列确定水稻基因型：如所述PCR产物中含有序列1所示的DNA片段、且不含有序列表中序列2所示的DNA片段，所述待测水稻为TT基因型水稻；如所述PCR产物中含有序列2所示的DNA片段、且不含有序列表中序列1所示的DNA片段，所述待测水稻为CC基因型水稻；如所述PCR产物中含有序列1和2所示的DNA片段，所述待测水稻为TC基因型水稻。
利用所述A1进行PCR扩增，所述P1和所述P2在反应体系中的浓度均可为100pM。具体可采用如下反应体系进行PCR扩增：所述待测水稻基因组DNA 50ng，所述P1 100pM(在反应体系中的浓度)，所述P2 100pM(在反应体系中的浓度)，dNTPs 1mM(每种dNTP在反应体系中的浓度)，2×GC Buffer 10μl，Taq Plus DNA聚合酶2.5U，ddH2O补至20μl。Taq Plus DNA聚合酶可为天根生化科技(北京)有限公司(TIANGEN)产品，2×GC Buffer可为TAKARA产品。
利用所述A1进行PCR扩增，可采用如下反应条件：95℃5min；95℃30s，55℃30s，72℃1min 35个循环；72℃10min。
本发明还提供了下述X1)或X2)的方法：
X1)检测水稻育性的方法，包括：按照所述检测水稻基因型的方法检测待测水稻远缘杂交后代的基因型，TT基因型水稻育性低于或候选低于CC基因型水稻，TC基因型水稻育性低于或候选低于CC基因型水稻，TT基因型水稻育性与TC基因型水稻育性无差异；
X2)水稻育种方法，包括：按照所述检测水稻基因型的方法检测待测水稻远缘杂交后代的基因型，选择CC基因型水稻作为亲本进行育种。
本发明还提供了下述任一应用：
H1)所述水稻育性分子标记在水稻育种中的应用；
H2)检测所述水稻育性分子标记的物质在水稻育种中的应用；
H3)检测所述水稻育性分子标记的物质在制备检测水稻远缘杂交后代育性产品中的应用；
H4)所述检测水稻基因型的方法在检测或辅助检测水稻远缘杂交后代育性中的应用。
本发明还提供了下述Y1)或Y2)：
Y1)所述水稻育性分子标记；
Y2)检测所述水稻育性分子标记的物质，包括所述A1。
Y2)具体可为所述A1。
本发明中，所述水稻远缘杂交后代可为b1)或b2)：
b1)野生稻与栽培稻的杂交一代水稻；
b2)由b1)作为亲本获得的水稻。
所述育性可为雌配子育性。
b2)所述水稻可为将b1)作为杂交亲本、轮回亲本或供体亲本获得后代或其以后各世代。
具体的，所述野生稻可为普通野生稻，如元江野生稻。所述栽培稻可为特青。
实验证明，本发明的水稻育性分子标记与水稻远缘杂交后代的育性，尤其是雌配子育性相关，在普通野生稻与栽培稻的杂交后代中，两条染色体中水稻育性分子标记均为T的TT基因型水稻和一条染色体中为T、另一条染色体中为C的TC基因型水稻的育性低于两条染色体中水稻育性分子标记均为C的CC基因型水稻，TT基因型和TC基因型水稻的雄配子发育均正常，雌配子发育异常，CC基因型水稻的雌配子和雄配子发育均正常。表明，可利用本发明的水稻育性分子标记检测水稻远缘杂交后代的育性，尤其是雌配子育性。
附图说明
图1为特青(Teqing)和NIL-qSSR1雄配子发育检测结果。
(A和B)特青和NIL-qSSR1成熟花粉I2-KI染色，bars＝50μm；
(C和D)特青和NIL-qSSR1成熟花粉DAPI染色，bars＝50μm；
(E，G和I)特青花粉在柱头上萌发及在胚珠中花粉管伸长，bars＝150μm；
(F，H和J)NIL-qSSR1花粉在柱头上萌发及在胚珠中花粉管伸长，bars＝150μm。
图2为特青(Teqing)与NIL-qSSR1胚囊发育检测结果。
(A、B)特青和NIL-qSSR1大孢子母细胞时期；箭头所示为大孢子母细胞；
(C、D)特青和NIL-qSSR1二分体时期；箭头所示为二分体细胞；
(E、F)特青和NIL-qSSR1四分体时期；箭头所示为四分体细胞；
(G)特青单核胚囊时期；箭头所示为单核细胞；和(H)NIL-qSSR1，三个近珠孔端大孢子降解，近合子端形成功能大孢子；
(I、K、M)特青：二核胚囊时期；箭头所示为第一次有丝分裂分裂成两个细胞核；四核胚囊，第二次有丝分裂为四个细胞核；和八核胚囊时期；箭头所示为珠孔端的3个细胞为卵细胞和两个助细胞，中央细胞(两个极核)，合子端为3个反足细胞；
(J、L、N)NIL-qSSR1胚囊发育异常；bars＝50μm。
具体实施方式
下面结合具体实施方式对本发明进行进一步的详细描述，给出的实施例仅为了阐明本发明，而不是为了限制本发明的范围。下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法。下述实施例中所用的材料、试剂、仪器等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。以下实施例中的定量试验，均设置三次重复实验，结果取平均值。下述实施例中，如无特殊说明，序列表中各核苷酸序列的第1位均为相应DNA/RNA的5′末端核苷酸，末位均为相应DNA/RNA的3′末端核苷酸。
下述实施例中的元江野生稻(Yuanjiang common wild rice)和特青(Teqing)均记载在文献(Tan et al.,Control of a key transition from prostrate to erectgrowth in rice domestication,NATURE GENETICS,VOLUME 40,NUMBER 11,NOVEMBER2008)中，公众可从申请人处获得，这些生物材料只为重复本发明的相关实验所用，不可作为其它用途使用。
结实率＝实粒数/总粒数×100％。
实施例1、水稻育性分子标记在检测水稻远缘杂交后代育性中的应用
一、与水稻远缘杂交后代育性相关的分子标记
本发明发现了一个可以用于检测水稻远缘杂交后代育性的SNP位点，记为水稻育性分子标记，在水稻中该分子标记为T或C，该SNP位点为水稻基因组中对应于序列表中序列1的第2099位的核苷酸。将该SNP位点在两条染色体中均为T的水稻记为TT基因型水稻，将该SNP位点在两条染色体中均为C的水稻记为CC基因型水稻，将该SNP位点在一条染色体中为T、另一条染色体中为C的水稻记为TC基因型水稻。
设计能够检测该位点的引物对A1，A1由名称为P1和P2的两条单链DNA组成，P1为序列表中序列1的第1899-1918位所示的单链DNA，P2为与序列表中序列1的第2430-2450位反向互补的单链DNA。引物对A1能够从TT基因型水稻的基因组DNA中扩增得到序列表中序列1所示的DNA分子，能够从CC基因型水稻的基因组DNA中扩增得到序列表中序列2所示的DNA分子，能够从TC基因型水稻的基因组DNA中扩增得到序列表中序列1和序列2所示的DNA分子。
序列1和2中，m表示a或c，r表示a或g，y表示t或c，w表示a或t，k表示g或t，s表示c或g。
二、水稻育性分子标记与水稻远缘杂交后代育性相关性的检测
1、待测材料
所用待测材料如下：
36份野生稻(表1)和113份栽培稻(包括61个籼稻和52个粳稻)(表2)；
NIL-qSSR1的分离群体：利用元江野生稻为供体亲本，籼型栽培稻特青为轮回亲本通过杂交、回交4代得到渗入系群体，该群体中包括127个系，从该群体中选出一个结实率低的株系记为半不育渗入系YIL42，其结实率为20.67％；将YIL42和特青杂交构建F2群体，该群体中一个近等基因系为NIL-qSSR1近等基因系，选择该近等基因系中TC基因型进行自交获得NIL-qSSR1的分离群体。
2、基因型检测
提取步骤1的各待测材料的基因组DNA，分别以各材料的基因组DNA为模板利用引物对A1进行PCR扩增，每个反应体系如下：
Taq Plus DNA聚合酶为天根生化科技(北京)有限公司(TIANGEN)产品，2×GCBuffer为TAKARA产品。
PCR反应条件如下：95℃5min；95℃30s，55℃30s，72℃1min，35个循环；72℃10min。
将得到的PCR产物进行测序，确定各植株的基因型，结果如表1-3所示。
3、表型检测
统计各水稻的结实率，并检测雌雄配子育性，利用亲本作为对照。
3.1结实率
在成熟期调查各水稻的结实率，结果见表3。
3.2雄配子育性检测
1)碘-碘化钾染色
水稻材料开花前1-2d，从每个待测植株的主茎穗上取3朵部位一致的颖花，置于乙醇∶冰乙酸(3∶1)溶液中于4℃冰箱保存。镜检时用1％I2-KI染色、压片，10×20倍显微镜观察。
2)DAPI染色
水稻材料开花前1-2d，将幼穗固定在乙醇∶冰乙酸(3∶1)溶液中于4℃冰箱保存。镜检时在载玻片上滴加一滴DAPI染液(1ug/ml)，将待测植株的花药置于DAPI染液中，用解剖针夹破花药，释放出花粉粒，再用镊子去掉花药碎片。染色20分钟后，盖上盖玻片，荧光显微镜下观察并拍照。
3)花粉在柱头上的萌发情况观察
将待测植株分别在抽穗开花时用记号笔标记开花的时间，然后在30，60，90，120，150分钟后采取已经开过花的颖花，用FAA固定液固定24小时后，依次放在乙醇浓度分别为70％、50％、30％的乙醇水溶液中复水，蒸馏水洗2-3次，然后放入10N NaOH溶液中浸泡5-8分钟(56℃)，蒸馏水冲洗数次后用0.1％脱色苯胺蓝染色(可以过夜)，最后在激光共聚焦显微镜下(Leica SP2)观察花粉在柱头上的萌发情况和花粉管伸长情况并拍照。
4)扫描和透射电镜观察
扫描电镜制作流程：将待测植株花粉成熟时期的小穗置于2.5％的戊二醛中室温浸泡3h后，用0.1M的磷酸钠溶液(pH6.8)冲洗3次，每次15min，然后用2％OsO4的溶液4℃固定过夜。固定后的样品同样采用0.1M的磷酸钠溶液(pH6.8)冲洗3次，每次15min，经过乙醇浓度分别为30％、50％、70％、80％、90％的乙醇水溶液分别脱水10～15分钟后，在乙醇-异戊基醋酸(V/V＝1∶3)混合液中浸泡1h，CO2临界点干燥，真空镀膜后，在日立S-3000N型扫描电子显微镜观察，照相。
透射电镜制作流程：收集待测植株花粉成熟时期的小穗立即固定于2.5％戊二醛固定液中，0.1mol/L PBS漂洗2次，30min/次。丙酮梯度脱水，3min/次(70％丙酮配制的饱和醋酸铀4℃过夜)。丙酮和Epon812(1∶1)混合液37℃或常温1h，并在纯Epon812中37℃过夜，Epon812包埋剂包埋，37℃12h，45℃24h，60℃聚合24h。超薄切片厚度约60-70nm，醋酸双氧铀染色25min，柠檬酸铅染色15min后用JEM-123O透射电子显微镜观察，照相。
3.3雌配子检测：整体染色与透明技术
选取不同发育时期的小花，用FAA固定液固定，观察前分离出子房，染色和观察的方法如下：以梯度乙醇水溶液(乙醇浓度分别为70％，50％，30％，15％)和蒸馏水复水，2％的硫酸铝钾媒染20分钟，10mg/L曙红(溶于4％蔗糖溶液)中染色10-12小时，2％的硫酸铝钾分色20分钟，水洗2-3次，再以梯度乙醇水溶液(乙醇浓度分别为30％，50％，70％，80％，90％)和无水乙醇脱水，无水乙醇重复3次。用V无水乙醇：V水杨酸甲酯＝1：1的混合液过渡停留1-2小时，最后用纯的水杨酸甲酯透明1小时以上。透明后将子房放在滴有水杨酸甲酯的凹面载玻片上进行整体封片(指甲油封片)。在Leica SP2激光扫描共聚焦显微镜下用543nm的波长的激光激发荧光进行成熟胚囊整体分层扫描观察并获取图像。
表1、野生稻及其基因型
名称 类型 基因型 名称 类型 基因型
9WR104 O.rufipogon CC 9WR79 O.rufipogon TT
9WR95 O.rufipogon CC 9WR91 O.rufipogon TT
Chaling O.rufipogon CC YD6-0001 O.rufipogon TT
CP52 O.rufipogon CC W96 O.rufipogon TT
Dongxiang O.rufipogon CC 9WR82 O.rufipogon TT
W108 O.nivara CC Jinghong2 O.rufipogon CC
W120 O.rufipogon CC 05BW15 O.rufipogon CC
W43 O.rufipogon CC YD6-0003 O.rufipogon CC
W73 O.rufipogon CC 9WR100 O.rufipogon CC
05BW10 O.rufipogon CC 05BW9 O.rufipogon CC
W103 O.nivara CC 05BW11 O.rufipogon CC
Yuanjiang O.rufipogon TT W102 O.rufipogon CC
9WR79 O.rufipogon TT W123 O.rufipogon CC
9WR93 O.rufipogon TT W125 O.rufipogon CC
9WR108 O.rufipogon TT W127 O.rufipogon CC
W82 O.rufipogon TT W116 O.nivara CC
W107 O.rufipogon TT W100 O.nivara CC
W110 O.rufipogon TT W79 O.rufipogon CC
表2、栽培稻及其基因型
表3、NIL-qSSR1分离群体部分单株表型
编号 基因型 结实率(％) 编号 基因型 结实率(％) 编号 基因型 结实率(％)
1 TT 54.11 11 CC 86.08 21 TC 54.23
2 TT 58.39 12 CC 87.70 22 TC 57.00
3 TT 51.99 13 CC 87.11 23 TC 51.40
4 TT 53.33 14 CC 80.04 24 TC 56.60
5 TT 55.42 15 CC 92.53 25 TC 55.20
6 TT 54.17 16 CC 91.07 26 TC 54.17
7 TT 44.30 17 CC 93.01 27 TC 52.29
8 TT 48.50 18 CC 93.49 28 TC 55.86
9 TT 50.83 19 CC 91.16 29 TC 57.68
10 TT 48.95 20 CC 86.53 30 TC 55.94
结果显示，YIL42的结实率为20.67％，元江野生稻结实率为80.30％，特青结实率为87.73％。
36份野生稻中，有24份为CC基因型(占66.67％)，12份为TT基因型(占33.33％)；栽培稻全部为CC基因型。
基因型为TT的元江野生稻与基因型为CC的栽培稻特青的后代中，CC基因型的平均结实率为88.87％，TC基因型的平均结实率为55.04％，TT基因型的平均结实率为52.00％。CC基因型水稻的结实率显著高于TC基因型和TT基因型，TC基因型和TT基因型水稻的结实率无显著差异。
雄配子和雌配子育性的检测结果显示，在野生稻与栽培稻的后代中，各基因型植株的雄配子均发育正常；TC基因与TT基因型植株的雌配子发育异常，CC基因型植株的雌配子发育正常。特青与NIL-qSSR1的检测结果如图1和2所示。
上述结果表明，本实施例的水稻育性分子标记与水稻远缘杂交后代的育性相关，尤其是雌配子育性，CC基因型水稻的结实率和雌配子育性均显著高于TC基因型和TT基因型，可用本实施例的水稻育性分子标记检测水稻远缘杂交后的的育性。
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cagcagtgcc gtggmtccaa gggatcagtt catcctcaat gctcctgaag tggtrgcggc 60
acagaccgaa agatttgagg ctatggagaa yggaagctgg caaagacaca taagcatcaa 120
ccggcaggtg tcgtcgtcgt ctgtgacagc acaaggcttg agagccatgg tcgcgtcata 180
ctacgccaag cgctgcagct gcggcttctt cctcgccaag ctcctgctga tgggcttcgc 240
gctcgtgcag twctccgccg ccgtcgcctc cgtcgtcctc gccgcgctgc gcctgagcaa 300
gcaagactat gttgatccgg cggaccaggg cagcagcgac cacaagagca tcaagggttc 360
actcaacctc ttctayrgcc tggtgctcgt acagggcgcc kccgacttgc tagcccaagc 420
catcttcgcc gtcgccgaca ttcagctsgt gctcaagatc ayggaggcgt accagctcgg 480
ccccttgggg aagcagatgg tgaaccatta catgcttgtc acctacctga gatgctccrg 540
tggtaacgtc cgcgaagcca tgaacatgga cctggttagc ttcgccatgg agctggtgcg 600
atccaactcc atcgcggatc gcctcgtcgg ggtccgtgtt cttgacagca tccttagagt 660
gcccaagtac agagcgctgg cgctcatgag gctccgagct tctgccgaca cggtcggcgg 720
cgtggtcagc atgctaggac tgacgaacaa cacccgggag gaagtgaata ccagagggca 780
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aatgaagttc tgtggcccaa tctttatcag gcaaa 2615
<210> 2
<211> 2615
<212> DNA
<213> 水稻（Oryza sativa L.）
<400> 2
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gcccaagtac agagcgctgg cgctcatgag gctccgagct tctgccgaca cggtcggcgg 720
cgtggtcagc atgctaggac tgacgaacaa cacccgggag gaagtgaata ccagagggca 780
tgctgcaggc gtcatcttgg agctctctcg ggaccttctc cttgagagct tcccagcaat 840
gctgccgatc gtgtcatcgt tgatcgttgc tgctgacaac tctggcaacg atgtgactgt 900
gagcatggag ttcacctggt tcggtgtgaa aatcctcaac aagatcatgg acaatccgga 960
caactgcaac aaggtcgcgg atgctgatgg ccaggtgatt gcaagcattg tgaacctcac 1020
agctgttact ggtgatgatc gcagcttgag catagtctca tcatctgcag tcagagacga 1080
agagatcatt ttggaggcag ttcaggtgtt gcacaagcta gttagcgctg ctggtgattc 1140
tgggagagtg cttaggtgca aagtctctga caatgtctat gtactcagga acattagcaa 1200
gatactacaa caccctagaa gccaagtaaa gctacttgtt gaagccattg gagttcttgc 1260
ttgtttagca ttggatgaga ccgggaggga agagattgca tcctctccac aaattattag 1320
gaagcttgtc tctttccttg ttccaaggtc acagatgatt tctgaaattt cagctgatag 1380
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aatgaagttc tgtggcccaa tctttatcag gcaaa 2615

Claims (10)

1.水稻育性分子标记或检测所述水稻育性分子标记的物质在检测或辅助检测水稻远缘杂交后代育性中的应用；
所述水稻育性分子标记为a1)或a2)：
a1)水稻基因组中对应于序列表中序列1的第2099位的核苷酸，所述水稻育性分子标记为T或C；
a2)含有a1)所述水稻育性分子标记的DNA片段。
2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于：所述检测所述水稻育性分子标记的物质为引物对，所述引物对满足：在以水稻基因组DNA为模板利用所述引物对进行PCR扩增时，得到的扩增产物中含有所述水稻育性分子标记。
3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于：所述引物对为A1，所述A1由名称分别为P1和P2的单链DNA组成，所述P1为序列表中序列1的第1899-1918位所示的单链DNA，所述P2为与序列表中序列1的第2430-2450位反向互补的单链DNA；
和/或，所述水稻育性分子标记为序列表中序列1或2所示的DNA片段。
4.检测水稻基因型的方法，其特征在于：所述基因型为TT基因型、CC基因型和TC基因型；所述方法包括：检测待测水稻染色体中对应于序列表中序列1的第2099位的核苷酸，所述待测水稻为水稻远缘杂交后代，如所述待测水稻两条染色体均为下述g1)的染色体，所述待测水稻为TT基因型水稻；如所述待测水稻两条染色体均为下述g2)的染色体，所述待测水稻为CC基因型水稻；如所述待测水稻两条染色体中一条为下述g1)的染色体，另一条为下述g2)的染色体，所述待测水稻为TC基因型水稻；
g1)对应于序列表中序列1的第2099位的核苷酸为T；
g2)对应于序列表中序列1的第2099位的核苷酸为C。
5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于：检测待测水稻染色体中对应于序列表中序列1的第2099位的核苷酸采用权利要求3中所述A1进行，所述方法包括L1)和L2)：
L1)以待测水稻基因组DNA为模板，采用权利要求3中所述A1进行PCR扩增得到PCR产物；
L2)检测步骤L1)得到的PCR产物的序列，根据所述PCR产物序列确定水稻基因型：如所述PCR产物中含有序列1所示的DNA片段、且不含有序列表中序列2所示的DNA片段，所述待测水稻为TT基因型水稻；如所述PCR产物中含有序列2所示的DNA片段、且不含有序列表中序列1所示的DNA片段，所述待测水稻为CC基因型水稻；如所述PCR产物中含有序列1和2所示的DNA片段，所述待测水稻为TC基因型水稻。
6.下述X1)或X2)的方法：
X1)检测水稻育性的方法，包括：按照权利要求4或5所述的方法检测待测水稻远缘杂交后代的基因型，TT基因型水稻育性低于或候选低于CC基因型水稻，TC基因型水稻育性低于或候选低于CC基因型水稻，TT基因型水稻育性与TC基因型水稻育性无差异；
X2)水稻育种方法，包括：按照权利要求4或5所述的方法检测待测水稻远缘杂交后代的基因型，选择CC基因型水稻作为亲本进行育种。
7.根据权利要求1-3中任一所述的应用或权利要求4-6中任一所述方法，其特征在于：所述水稻远缘杂交后代为b1)或b2)：
b1)野生稻与栽培稻的杂交一代水稻；
b2)由b1)作为亲本获得的水稻；
和/或，所述育性为雌配子育性。
8.根据权利要求7所述的应用或方法，其特征在于：所述野生稻为元江野生稻；和/或，所述栽培稻为特青。
9.下述任一应用：
H1)权利要求1-3任一中所述水稻育性分子标记在水稻育种中的应用；
H2)检测权利要求1-3任一中所述水稻育性分子标记的物质在水稻育种中的应用；
H3)检测权利要求1-3任一中所述水稻育性分子标记的物质在制备检测水稻远缘杂交后代育性产品中的应用；
H4)权利要求4或5所述方法在检测或辅助检测水稻远缘杂交后代育性中的应用。
10.下述Y1)或Y2)：
Y1)权利要求1-3任一中所述水稻育性分子标记；
Y2)检测权利要求1-3任一中所述水稻育性分子标记的物质，包括权利要求3中所述A1。
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