CN109207581A - 一种自身免疫性疾病诊断试剂盒和应用 - Google Patents

一种自身免疫性疾病诊断试剂盒和应用 Download PDF

Info

Publication number
CN109207581A
CN109207581A CN201811116982.5A CN201811116982A CN109207581A CN 109207581 A CN109207581 A CN 109207581A CN 201811116982 A CN201811116982 A CN 201811116982A CN 109207581 A CN109207581 A CN 109207581A
Authority
CN
China
Prior art keywords
trna
autoimmune disease
disease
reagent
diagnosis
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN201811116982.5A
Other languages
English (en)
Inventor
戴勇
徐慧璇
汤冬娥
徐勇
刘冬舟
郑凤屏
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Shenzhen Peoples Hospital
Original Assignee
Shenzhen Peoples Hospital
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Shenzhen Peoples Hospital filed Critical Shenzhen Peoples Hospital
Priority to CN201811116982.5A priority Critical patent/CN109207581A/zh
Publication of CN109207581A publication Critical patent/CN109207581A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/178—Oligonucleotides characterized by their use miRNA, siRNA or ncRNA

Abstract

本发明提供了一种自身免疫性疾病诊断试剂盒和应用。本发明首次以tRNA为切入点，研究了自身免疫性疾病患者的tRNA表达谱，筛选出了自身免疫性疾病患者的差异性上调tRNA，可以作为自身免疫性疾病的诊断、预后的重要手段之一，以期能够更加方便、准确地对该疾病进行诊断，从而为将来疾病的治疗打下相关的基础。

Description

一种自身免疫性疾病诊断试剂盒和应用
技术领域
本发明涉及生物技术领域，特别涉及一种自身免疫疾病诊断试剂盒和应用。
背景技术
转移核糖核酸(transfer RNA，tRNA)一类比较重要的非编码RNA(non-codingRNA，ncRNA)，它是蛋白质合成的关键接头分子，负责将信使RNA(message RNA，mRNA)上的密码子信息转化为新生蛋白质上的氨基酸序列信息。除此之外，tRNA在机体的稳定性还维持着细胞正常的生命过程，而tRNA的不稳定则可能会导致细胞发生变性、增殖、死亡等一些生理过程。同时，现有的研究表明，tRNA具有一部分管家基因的功能，它的过表达会增强细胞的代谢功能与增殖能力，目前在上皮细胞瘤、肺癌、肝癌等一些癌症中发现的tRNA的过表达都在一定程度上佐证了该观点。
但目前关于tRNA和自身免疫性疾病之间是否存在着类似的关系还未见公开。当前在自身免疫性疾病的遗传学研究中，主要以DNA、mRNA为研究载体。因此，有必要以tRNA为切入点，进一步阐明自身免疫性疾病的发病机制，进而为疾病的诊断治疗等提供新的契机。
发明内容
本发明的目的是提供一种自身免疫性疾病诊断试剂盒和应用。
为实现上述目的，本发明采用的技术方案是：
一种用于自身免疫性疾病的诊断和/或预后的试剂盒，试剂盒包括定量tRNA的表达量的试剂，tRNA的核苷酸序列为SEQ ID No.1-3中的至少一种。
优选的，自身免疫性疾病为系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎、皮肌炎中的至少一种。
优选的，还包括tRNA的提取试剂。
定量tRNA的表达量的试剂在制备自身免疫性疾病的诊断和/或预后的试剂中的应用，tRNA的核苷酸序列为SEQ ID No.1-3中的至少一种。
优选的，自身免疫性疾病为系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎、皮肌炎中的至少一种。
优选的，tRNA的表达量较正常水平上调2倍或以上判定为有自身免疫性疾病。
本发明的有益效果是：
本发明首次以tRNA为切入点，研究了自身免疫性疾病患者的tRNA表达谱，筛选出了患者的差异性上调tRNA，可以作为自身免疫性疾病的诊断、预后的重要手段之一，以期能够更加方便、准确地对该疾病进行诊断，从而为将来疾病的治疗打下相关的基础。
附图说明
图1是本发明的差异表达tRNA的散点图。
具体实施方式
以下将结合实验对本发明的构思及产生的技术效果进行清楚、完整地描述，以充分地理解本发明的目的、特征和效果。
系统性红斑狼疮(systemic lupus erythematosus,SLE)是一种慢性的系统性自身免疫病。患者自身免疫系统产生抗体攻击自身细胞和组织，导致炎症的发生和组织损害。SLE的发病机制尚不明确，目前认为其致病是多因素多层面的影响，包括免疫，遗传，环境，性激素等，诸多细胞因子参与其中。本发明将以系统性红斑狼疮这一常见的、典型的自身免疫性疾病作为代表和实施例进行说明。
研究对象
病例来自于在深圳市人民医院就诊的SLE患者，根据《2010年系统性红斑狼疮诊断及治疗指南》，采用美国风湿病学会1997年推荐的SLE分类标准，在该分类标准的11项中，符合4项或4项以上者，在除外感染。肿瘤和其他结缔组织病后，确诊的SLE患者，再计算SLEDAI评分(SLEDAI评分≥8为狼疮活动期，<8为疾病稳定期)，选取处于狼疮活动期的患者进入实验组。SLE组包括SLE患者20例，正常健康的对照组包括20例，两组实验对象性别年龄等基本条件相互匹配，采取随机对照设计。患者的入选标准为：签署知情同意书并且有完整的临床和其它各种资料；排除标准为未获得知情同意或临床和其它资料不完整。
实验方法
1.序文库构建
用EDTA抗凝管收集SLE组的患者及对照组的正常人外周静脉血(空腹时)5ml，4小时内处理样品，根据Ficoll密度梯度离心法，使用淋巴细胞分离液将收集的静脉血分离出外周血单个核细胞(PBMC)。采用Trizol法提使用TrizolTM试剂提取PBMC的总RNA，采用RNA纯化试剂盒对总RNA进行过柱纯化，并进行相应的质量检测。将产物进行去甲基化处理、去末端处理和去氨基酸处理，从而筛选出高质量的tRNA。通过PCR技术，构建tRNA文库。
2.测序与分析
使用Assemnler-3.4.4.0、Alignment 2.0、coverage Analysis 3.0软件、基于fame 2算法的序列比对软件，以h38chrM(NC-012920)，参考基因组对数据进行组装和比对，允许10个碱基的错配。原始序列经过预过滤和比化筛除滤过率低于40％、mapping率低于80％、覆盖深度低于100X或覆盖度不均一的样本数据，最终筛选得到对照组和SLE组有效数据,寻找有意义的差异性上调表达tRNA，并计算上调表达量。
实验结果
1.tRNA差异性表达分析
图1是本发明的差异表达tRNA的散点图。如图1所示，其中横坐标代表对照组的tRNA的CPM平均值的对数值，纵坐标代表SLE组的tRNA的CPM平均值的对数值，两条虚线内部的点代表非差异性表达的tRNA(共174个)，上侧虚线的上方代表差异性表达上调的tRNA(共50个)，下侧虚线的下方代表差异性表达下调的tRNA(共51个)，Pearson相关系数＝0.984。对显著差异差异表达的tRNA进行注释后，综合多方面因素，筛选出了3个上调最显著的差异表达的tRNA(tRNA-Ser-AGA-3-1、tRNA-Leu-TAG-1-1、tRNA-Arg-TCG-3-1的核苷酸序列分别为SEQ ID No.1、SEQ ID No.2、SEQ ID No.3)，其具体信息如下：
表1.相关tRNA信息
其中，FC值(Fold Change)为表达差异倍数，p值为负二项分布检验的p值，s_CPM为SLE组tRNA的CPM平均值的对数值，z_CPM为对照组tRNA的CPM平均值的对数值，CPM为每百万读长(reads)中特定tRNA的读长数。在本发明中，出于实验样本量和实验精确性的综合考虑，将log2FC的阈值设定为0.585，即FC的阈值设置为1.50。
从上述结果可以看出，这三个tRNA在SLE患者和正常对照组中表达中有比较显著的上调。根据上述实验结果，通过对外周血或其它一些样本中这三个tRNA的表达情况进行检测，相关的研究人员能够快速、简便地对自身免疫性疾病，特别是系统性红斑狼疮进行诊断，有可能为今后自身免疫性疾病的诊断、预后提供一种行之有效的快速诊断方法；同时，通过上述研究结果进行进一步分析期望获得自身免疫性疾病相关的关键表观遗传位点，借此可以发现与自身免疫性疾病的发生发展相关的重要调控因子，为进一步揭示其生理学机制、探寻相关疾病的治疗和药物作用的全新靶点提供理论依据。
以上所述，仅为本发明的具体实施方式，但本发明的保护范围并不局限于此，任何属于本技术领域的技术人员在本发明揭露的技术范围内，可轻易想到的变化或替换，都应涵盖在本发明的保护范围之内。因此，本发明的保护范围应该以权利要求的保护范围为准。
SEQUENCE LISTING
<110> 深圳市人民医院
<120> 一种自身免疫性疾病诊断试剂盒和应用
<130> 9
<160> 3
<170> PatentIn version 3.3
<210> 1
<211> 85
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 1
gtagtcgtgg ccgagtggtt aaggcgatgg actagaaatc cattggggtt tccccacgca 60
ggttcgaatc ctgccgacta cgcca 85
<210> 2
<211> 85
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 2
ggtagcgtgg ccgagcggtc taaggcgctg gatttaggct ccagtctctt cggaggcgtg 60
ggttcgaatc ccaccgctgc cacca 85
<210> 3
<211> 76
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 3
gaccgcgtgg cctaatggat aaggcgtctg acttcggatc agaagattga gggttcgagt 60
cccttcgtgg tcgcca 76

Claims (6)

1.一种用于自身免疫性疾病的诊断和/或预后的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括定量tRNA的表达量的试剂，所述tRNA的核苷酸序列为SEQ ID No.1-3中的至少一种。
2.根据权利要求1所述的试剂盒，其特征在于，所述自身免疫性疾病为系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎、皮肌炎中的至少一种。
3.根据权利要求1-2任一项所述的试剂盒，其特征在于，还包括tRNA的提取试剂。
4.定量tRNA的表达量的试剂在制备自身免疫性疾病的诊断和/或预后的试剂中的应用，其特征在于，所述tRNA的核苷酸序列为SEQ ID No.1-3中的至少一种。
5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，所述自身免疫性疾病为系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎、皮肌炎中的至少一种。
6.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，所述tRNA的表达量较正常水平上调2倍或以上判定为有自身免疫性疾病。
CN201811116982.5A 2018-09-25 2018-09-25 一种自身免疫性疾病诊断试剂盒和应用 Pending CN109207581A (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201811116982.5A CN109207581A (zh) 2018-09-25 2018-09-25 一种自身免疫性疾病诊断试剂盒和应用

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201811116982.5A CN109207581A (zh) 2018-09-25 2018-09-25 一种自身免疫性疾病诊断试剂盒和应用

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN109207581A true CN109207581A (zh) 2019-01-15

Family

ID=64984938

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201811116982.5A Pending CN109207581A (zh) 2018-09-25 2018-09-25 一种自身免疫性疾病诊断试剂盒和应用

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN109207581A (zh)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN112852963A (zh) * 2021-02-20 2021-05-28 中国科学院大学宁波华美医院 一种肝癌新型分子标记物tRF-Leu-AAG-007的检测试剂盒

Citations (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101400697A (zh) * 2006-01-18 2009-04-01 敦提大学校董事会 寻常鱼鳞病、特异反应性和其他病症的预防/治疗
CN102558331A (zh) * 2012-02-15 2012-07-11 浙江大学 参与细胞周期调控的tRNA结合蛋白、编码基因及应用
CN103237901A (zh) * 2010-03-01 2013-08-07 卡里斯生命科学卢森堡控股有限责任公司 用于治疗诊断的生物标志物
US20150176073A1 (en) * 2012-07-18 2015-06-25 Exosome Diagnostics, Inc. Use of microvesicles in diagnosis, prognosis, and treatment of medical diseases and conditions
WO2018009838A1 (en) * 2016-07-07 2018-01-11 Rubius Therapeutics, Inc. Compositions and methods related to therapeutic cell systems expressing exogenous rna
CN108048460A (zh) * 2018-02-01 2018-05-18 浙江大学 一种新型分子标记及其在制备用于头颈癌诊断和预后的试剂盒中的应用

Patent Citations (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101400697A (zh) * 2006-01-18 2009-04-01 敦提大学校董事会 寻常鱼鳞病、特异反应性和其他病症的预防/治疗
CN103237901A (zh) * 2010-03-01 2013-08-07 卡里斯生命科学卢森堡控股有限责任公司 用于治疗诊断的生物标志物
CN102558331A (zh) * 2012-02-15 2012-07-11 浙江大学 参与细胞周期调控的tRNA结合蛋白、编码基因及应用
US20150176073A1 (en) * 2012-07-18 2015-06-25 Exosome Diagnostics, Inc. Use of microvesicles in diagnosis, prognosis, and treatment of medical diseases and conditions
WO2018009838A1 (en) * 2016-07-07 2018-01-11 Rubius Therapeutics, Inc. Compositions and methods related to therapeutic cell systems expressing exogenous rna
CN108048460A (zh) * 2018-02-01 2018-05-18 浙江大学 一种新型分子标记及其在制备用于头颈癌诊断和预后的试剂盒中的应用

Non-Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
CHAN P.P等: "TPA：Homo sapiens tRNA-Arg-TCG-3-1 gene", 《GENBANK DATABASE》 *
CHAN P.P等: "TPA：Homo sapiens tRNA-Leu-TAG-1-1 gene", 《GENBANK DATABASE》 *
CHAN P.P等: "TPA：Homo sapiens tRNA-Ser-AGA-3-1 gene", 《GENBANK DATABASE》 *
肖燕青等: "儿童系统性红斑狼疮患者血中自身抗体联合检测的临床意义", 《临床和实验医学杂志》 *

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN112852963A (zh) * 2021-02-20 2021-05-28 中国科学院大学宁波华美医院 一种肝癌新型分子标记物tRF-Leu-AAG-007的检测试剂盒
CN112852963B (zh) * 2021-02-20 2022-03-18 中国科学院大学宁波华美医院 一种肝癌新型分子标记物tRF-Leu-AAG-007的检测试剂盒

Similar Documents

Publication Publication Date Title
De Masson et al. High-throughput sequencing of the T cell receptor β gene identifies aggressive early-stage mycosis fungoides
Linge et al. Low cancer stem cell marker expression and low hypoxia identify good prognosis subgroups in HPV (−) HNSCC after postoperative radiochemotherapy: a multicenter study of the DKTK-ROG
CN105189783B (zh) 鉴定生物样品中定量细胞组成的方法
Yan et al. A novel seven‐lncRNA signature for prognosis prediction in hepatocellular carcinoma
CN108445097A (zh) 弥漫型胃癌的分子分型、用于分型的蛋白标志物及其筛选方法和应用
WO2008027428A2 (en) Gene expression profiling for identification, monitoring and treatment of transplant rejection
Kawaguchi et al. Gene Expression Signature–Based Prognostic Risk Score in Patients with Primary Central Nervous System Lymphoma
CN110819706A (zh) 单细胞测序在免疫细胞分析中的应用
CN110283908B (zh) 一种结直肠癌辅助诊断snp标志物及其应用
CN108588230B (zh) 一种用于乳腺癌诊断的标记物及其筛选方法
Olsen et al. Gene expression signatures for autoimmune disease in peripheral blood mononuclear cells
CN110198711A (zh) 癌症检测方法
Shan et al. Molecular analyses of prostate tumors for diagnosis of malignancy on fine-needle aspiration biopsies
Zhong et al. Characterization of hypoxia-related molecular subtypes in clear cell renal cell carcinoma to aid immunotherapy and targeted therapy via multi-omics analysis
Lau et al. Single-molecule methylation profiles of cell-free DNA in cancer with nanopore sequencing
Riester et al. Hypoxia‐related microRNA‐210 is a diagnostic marker for discriminating osteoblastoma and osteosarcoma
Tosevska et al. Cell-free RNA as a novel biomarker for response to therapy in head & neck cancer
Valbuena et al. The 14q32 maternally imprinted locus is a major source of longitudinally stable circulating microRNAs as measured by small RNA sequencing
CN110004229A (zh) 多基因作为egfr单克隆抗体类药物耐药标志物的应用
AU2020364225B2 (en) Fragment size characterization of cell-free DNA mutations from clonal hematopoiesis
WO2021195787A1 (en) Prognostic and treatment methods for thyroid cancer
CN109207581A (zh) 一种自身免疫性疾病诊断试剂盒和应用
CN109055539A (zh) 一种分子标记及试剂盒和在IgA肾病中的应用
CN112501290B (zh) 与乳腺癌预后相关的标志分子以及检测试剂盒
CN109266734A (zh) 自身免疫性疾病诊断试剂盒和应用

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
RJ01 Rejection of invention patent application after publication
RJ01 Rejection of invention patent application after publication

Application publication date: 20190115