CN108962396A - 一种肿瘤资源组织库及其建立方法 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种肿瘤资源组织库及其建立方法,所述肿瘤资源组织库包括肿瘤资源库房,肿瘤组织标本以及肿瘤数据库,该组织库的建立用以解决现有技术中新鲜肿瘤组织收集困难的问题,能够充分保护和合理利用病例资源,为研究者提供合适的肿瘤标本,缩短研究周期,促进淋巴瘤以及其他肿瘤的相关研究。不仅为遗传学、表观遗传学、细胞与分子生物学、基因组学和蛋白组学等科研工作者提供研究材料,也为肿瘤突变基因筛选、肿瘤高危人群遗传咨询、恶性肿瘤的流行特征调查以及肿瘤分类、早期诊断、预后评估和个体化治疗等提供依据。
Description
技术领域
本发明涉及组织库技术领域,具体涉及一种肿瘤资源组织库及其建立方法。
背景技术
恶性肿瘤是影响人类生命健康的重要疾病,其发病率和病死率呈逐年上升趋势,其研究也已成为医学研究的热点,为了满足人体组织对医学研究的需要,国内外先后建立了多个单肿瘤组织库和多病种肿瘤组织库,实现资源的充分、合理应用。其中,以淋巴瘤为例,淋巴瘤的发病率呈上升趋势,一旦确诊淋巴瘤后,大多不再进行手术治疗,往往采取以化疗为主的治疗方式,加之早期淋巴瘤病变较小,因此,新鲜组织的收集较其他肿瘤更为困难,由于受到标本来源的限制,对淋巴瘤的临床实验研究受到了制约。
随着肿瘤医学研究的快速发展,人体肿瘤标本已成为肿瘤研究的重要材料,对肿瘤组织数量的需求也在不断上升,各地区建立人体肿瘤资源组织库势在必行。新鲜肿瘤组织的收集比较困难,由于受到标本来源的限制,制约了肿瘤的临床实验研究。
发明内容
针对现有技术存在的问题,本发明的目的在于提供一种肿瘤资源组织库,用以解决现有技术中新鲜肿瘤组织收集困难的问题。
为实现上述目的,本发明的技术方案为:
一种肿瘤资源组织库,所述肿瘤资源组织库包括肿瘤资源库房、肿瘤组织标本、肿瘤数据采集系统、肿瘤数据库和云端,所述肿瘤资源库房用于存放肿瘤组织标本,所述肿瘤数据采集系统包括临床信息采集模块、病理信息采集模块、标本信息采集模块、标本使用信息采集模块和标本动态背景信息采集模块,采集到信息存储在肿瘤数据库中,再上传到云端进行汇总。
具体地,所述临床信息采集模块采集的信息包括:患者姓名、年龄、性别、民族、职业、联系方式、住院号、病理号、临床诊断、病理诊断和检查结果。
所述病理信息采集模块采集的信息包括取样部位、肿瘤大小、类型、分级、分期及有无血管浸润和淋巴管转移。
所述标本信息采集模块采集的信息包括入库编号、采集时间、入库时间、入库数量、存放位置、收集人、送样单位。
所述标本使用信息采集模块采集的信息包括存储日期、借出使用日期、使用人、使用单位、最初的量、当前的量、审批人。
所述标本动态背景信息采集模块采集的信息包括所有使用者的审计追踪、研究结果、该病例组织的分子遗传学背景。
本发明还公开了一种上述肿瘤资源组织库的建立方法,所述方法包括如下步骤:
(1)建立肿瘤资源库房,用于保存肿瘤组织标本;
(2)收集肿瘤组织标本;
(3)收集肿瘤患者的血液标本;
(4)通过肿瘤数据采集系统采集以下信息:临床信息、病理信息、标本信息、标本使用信息、标本动态背景信息,然后在肿瘤数据库输入信息资料,再上传到云端进行汇总。
进一步地,所述肿瘤组织标本的收集从手术取材到快速冷冻所需时间为30~60min;组织冻存块大小为0.5cm3;避免组织污染,每次取材、分装都在无菌条件下进行,带手套操作,使用干净、消毒的器械,保证标本的质量和完整性;避免组织块反复冻融,遵守标本一旦出库不能再入库的原则。
进一步地,所述血液标本的收集方法为:术前收取患者EDTA抗凝血3~5ml及促凝血3~5ml,在4℃离心机内以3000r/min离心10min,分离血清、血浆及血细胞,分别分装到冻存管内,贴上标签,编上相应的组织库编号,保存到-80℃冰箱的相应位置。
所述肿瘤数据库的建立方法包括以下步骤:
S01获取数据:获取(1)临床信息;(2)病理信息;(3)标本信息;(4)标本使用信息;(5)标本动态背景信息。
S02解析和清洗数据,采用Rete模式匹配算法对获取的数据进行解析,并对解析后的数据进行清洗操作;
S03协议标准化:通过HL7协议的标准规格对解析清洗过后的数据进行统一化处理,得到统一的标准化数据;具体地,在服务端编写基于HL7协议的脚本或者xml文件;当服务器接收到数据的时候,数据根据脚本或者xml文件生成规范标准的标准化数据。
S04数据入库:将标准化数据进行分类存储,从而建立不同类型的肿瘤数据库。
更具体地,所述清洗操作包括步骤:数据预处理;去除或补全有缺失的数据;去除内容有错误的数据;去除逻辑错误的数据;去掉不需要的数据;进行数据关联性验证。具体如下:
所述清洗操作包括步骤:数据预处理;去除或补全有缺失的数据;去除内容有错误的数据;去除逻辑错误的数据;去掉不需要的数据;进行数据关联性验证;用以得到更加完整和纯净的数据。
具体为,所述清洗操作包括步骤:
(1)预处理阶段:查看数据,包括字段解释、数据来源、代码表等一切描述数据的信息;采取抽样模式抽取一部分数据,使用人工查看方式,对数据本身有一个直观的了解,并且初步发现一些问题,为之后的处理做准备;
(2)去除或补全有缺失的数据:对每个数据字段确定缺失的范围,缺失关键的数据字段的数据直接进行舍弃,非关键的数据进行填充完善,去掉不需要的字段信息;
(3)去除内容有错误的数据:对数据内容有错误的数据进行舍弃,保证数据的正确性;
(4)去除逻辑错误的数据:根据业务规则将逻辑错误的数据进行舍弃,保证数据的正确性;
(5)去掉不需要的数据:根据业务规则将业务无关的数据进行舍弃,保证数据的相关性;
(6)关联性验证:由于数据有多个数据来源,对各个支点的数据进行关联性验证;比如:虽然有采集的病人的病理信息,但对该病人的临床信息没建档案,则该采集数据没有关联性,直接进行舍弃。
本发明具有如下优点:
本发明的肿瘤资源组织库的是系统收集和储存手术切除的人体各种病变组织、血样样品以及病理类型、临床分期、治疗效果、预后等方面信息平台。与常见组织库建立和数据管理相比,本发明的组织库以淋巴瘤为重点,其中包括来源稀少的获得性免疫缺陷综合征相关淋巴瘤,是滇西地区乃至云南省十分宝贵的人体组织资源,也是国内首次建立免疫缺陷综合征相关淋巴瘤病理组织库。
本发明肿瘤资源组织库的建立能够充分保护和合理利用病例资源,为研究者提供合适的肿瘤标本,缩短研究周期,促进淋巴瘤以及其他肿瘤的相关研究。不仅为遗传学、表观遗传学、细胞与分子生物学、基因组学和蛋白组学等科研工作者提供研究材料,也为肿瘤突变基因筛选、肿瘤高危人群遗传咨询、恶性肿瘤的流行特征调查以及肿瘤分类、早期诊断、预后评估和个体化治疗等提供依据。
附图说明
图1是一种肿瘤资源组织库的建立方法流程图;
图2是肿瘤数据采集系统结构框图。
具体实施方式
以下实施例用于说明本发明,但不用来限制本发明的范围。下面结合图1和图2对本发明的实施方式进行详尽的描述。
实施例
一种肿瘤资源组织库的建立方法(以淋巴瘤为例),具体包括如下步骤:
(1)建立40m2左右大小肿瘤资源库房,用于保存肿瘤组织标本;用到的主要仪器还包括-80℃超低温冰箱、普通冰箱、液氮罐、低速离心机、取材工作台、照相器材、消毒灭菌取材器械、标本盒、冷冻管和用于标本资料记录的电脑及打印机;
(2)收集肿瘤组织标本;在当地卫生部门的支持协调下,申请人与云南省部分地区淋巴瘤定点诊治中心相关部门签订合作协议,为以淋巴瘤为重点的肿瘤资源组织库建立提供了良好的标本收集渠道,各协作单位积极配合,有目标的进行了组织收集和管理工作。具体在收集标本的过程中遵循的原则:
a.在标本采集前获得患者或者家属知情同意,并签署相应的知情同意书;
b.术前将采集标本通知单递交,给手术医师和病理医师;
c.记录活检或手术切下标本的具体时间,对切下的组织标本不做任何处理,迅速放入冰壶,送达病理科;
d.病理医师对组织进行常规取材,在充分满足病理诊断的收集有专人执行,填写肿瘤组织入库登记表,存储的组织包括瘤体组织、瘤旁和周围正常组织;
e.储存的组织装入贴有编码标签的无菌冻存管中,迅速置于液氮冷冻,稍后储存于-80℃冰箱中长期保存。
取材和保存应遵循的原则:所述肿瘤组织标本的收集从手术取材到快速冷冻所需时间为30~60min;组织冻存块大小为0.5cm3;避免组织污染,每次取材、分装都在无菌条件下进行,带手套操作,使用干净、消毒的器械,保证标本的质量和完整性;避免组织块反复冻融,遵守标本一旦出库不能再入库的原则。
(3)收集肿瘤患者的血液标本:术前收取患者EDTA抗凝血3~5ml及促凝血3~5ml,在4℃离心机内以3000r/min离心10min,分离血清、血浆及血细胞,分别分装到冻存管内,贴上标签,编上相应的组织库编号,保存到-80℃冰箱的相应位置。
(4)肿瘤数据信息的采集
通过肿瘤数据采集系统的临床信息采集模块获取临床信息资料,通过病理信息采集模块获取病理信息资料、通过标本信息采集模块获取标本信息资料、通过标本使用信息采集模块获取标本使用信息资料,通过标本动态背景信息采集模块获取标本动态背景信息资料。
(5)肿瘤数据库的建立
S01获取数据:获取(1)临床信息;(2)病理信息;(3)标本信息;(4)标本使用信息;(5)标本动态背景信息。
S02解析和清洗数据,采用Rete模式匹配算法对获取的数据进行解析,并对解析后的数据进行清洗操作;清洗操作具体包括如下步骤:
A.预处理阶段:查看数据,包括字段解释、数据来源、代码表等一切描述数据的信息;采取抽样模式抽取一部分数据,使用人工查看方式,对数据本身有一个直观的了解,并且初步发现一些问题,为之后的处理做准备;
B.去除或补全有缺失的数据:对每个数据字段确定缺失的范围,缺失关键的数据字段的数据直接进行舍弃,非关键的数据进行填充完善,去掉不需要的字段信息;
C.去除内容有错误的数据:对数据内容有错误的数据进行舍弃,保证数据的正确性;
D.去除逻辑错误的数据:根据业务规则将逻辑错误的数据进行舍弃,保证数据的正确性;
E.去掉不需要的数据:根据业务规则将业务无关的数据进行舍弃,保证数据的相关性;
F.关联性验证:由于数据有多个数据来源,对各个支点的数据进行关联性验证;比如:虽然有采集的病人的病理信息,但对该病人的临床信息没建档案,则该采集数据没有关联性,直接进行舍弃。
S03协议标准化:通过HL7协议的标准规格对解析清洗过后的数据进行统一化处理,得到统一的标准化数据;具体地,在服务端编写基于HL7协议的脚本或者xml文件;当服务器接收到数据的时候,数据根据脚本或者xml文件生成规范标准的标准化数据。
S04数据入库:将标准化数据进行分类存储,从而建立不同类型的肿瘤数据库。
(6)将采集的信息存储到肿瘤数据库中,包括以下信息资料。
A.临床信息:患者姓名、年龄、性别、民族、职业、联系方式、住院号、病理号、临床诊断、病理诊断和检查结果。
B.病理信息:所述病理信息包括取样部位、肿瘤大小、类型、分级、分期及有无血管浸润和淋巴管转移。
C.标本信息:入库编号、采集时间、入库时间、入库数量、存放位置、收集人、送样单位。
D.标本使用信息:存储日期、借出使用日期、使用人、使用单位、最初的量、当前的量、审批人。
E.标本动态背景信息:所有使用者的审计追踪、研究结果、该病例组织的分子遗传学背景。
(7)再将数据库中的信息上传到云端进行汇总保存。
目前,自2011年1月起开展至今,共收集以淋巴瘤为重点的病理组织标本2000余例,其中淋巴瘤组织标本324例,稀少珍贵的获得性免疫缺陷综合征相关淋巴瘤标本20例,该组织库的建立能够充分保护和合理利用病例资源,为研究者提供合适的肿瘤标本,缩短研究周期,促进淋巴瘤以及其他肿瘤的相关研究。不仅为遗传学、表观遗传学、细胞与分子生物学、基因组学和蛋白组学等科研工作提供研究材料,也为肿瘤突变基因筛选、肿瘤高危人群遗传咨询、恶性肿瘤的流行特征调查以及肿瘤分类、早期诊断、预后评估和个体化治疗等提供依据。
虽然,上文中已经用一般性说明及具体实施例对本发明作了详尽的描述,但在本发明基础上,可以对之作一些修改或改进,这对本领域技术人员而言是显而易见的。因此,在不偏离本发明精神的基础上所做的这些修改或改进,均属于本发明要求保护的范围。
Claims (10)
1.一种肿瘤资源组织库,其特征在于,所述肿瘤资源组织库包括肿瘤资源库房、肿瘤组织标本、肿瘤数据采集系统、肿瘤数据库和云端,所述肿瘤资源库房用于存放肿瘤组织标本,所述肿瘤数据采集系统包括临床信息采集模块、病理信息采集模块、标本信息采集模块、标本使用信息采集模块和标本动态背景信息采集模块,采集到信息存储在肿瘤数据库中,再上传到云端进行汇总。
2.根据权利要求1所述的肿瘤资源组织库,其特征在于,所述临床信息采集模块采集的信息包括:患者姓名、年龄、性别、民族、职业、联系方式、住院号、病理号、临床诊断、病理诊断和检查结果。
3.根据权利要求1所述的肿瘤资源组织库,其特征在于,所述病理信息采集模块采集的信息包括取样部位、肿瘤大小、类型、分级、分期及有无血管浸润和淋巴管转移。
4.根据权利要求1所述的肿瘤资源组织库,其特征在于,所述标本信息采集模块采集的信息包括入库编号、采集时间、入库时间、入库数量、存放位置、收集人、送样单位。
5.根据权利要求1所述的肿瘤资源组织库,其特征在于,所述标本使用信息采集模块采集的信息包括存储日期、借出使用日期、使用人、使用单位、最初的量、当前的量、审批人。
6.根据权利要求1所述的肿瘤资源组织库,其特征在于,所述标本动态背景信息采集模块采集的信息包括所有使用者的审计追踪、研究结果、病例组织的分子遗传学背景。
7.权利要求1-6任意一项所述的肿瘤资源组织库的建立方法,其特征在于,所述方法包括如下步骤:
(1)建立肿瘤资源库房,用于保存肿瘤组织标本;
(2)收集肿瘤组织标本;
(3)收集肿瘤患者的血液标本;
(4)通过肿瘤数据采集系统采集以下信息:临床信息、病理信息、标本信息、标本使用信息、标本动态背景信息,然后在肿瘤数据库输入信息资料,再上传到云端进行汇总。
8.根据权利要求7所述肿瘤资源组织库的建立方法,其特征在于,所述肿瘤组织标本的收集从手术取材到快速冷冻所需时间为30~60min;组织冻存块大小为0.5cm3;避免组织污染,每次取材、分装都在无菌条件下进行,带手套操作,使用干净、消毒的器械,保证标本的质量和完整性;避免组织块反复冻融,遵守标本一旦出库不能再入库的原则。
9.根据权利要求7所述肿瘤资源组织库的建立方法,其特征在于,所述肿瘤数据库的建立方法包括以下步骤:
S01获取数据:获取临床信息、病理信息、标本信息、标本使用信息和标本动态背景信息;
S02解析和清洗数据:采用Rete模式匹配算法对获取的数据进行解析,并对解析后的数据进行清洗操作;
S03协议标准化:通过HL7协议的标准规格对解析清洗过后的数据进行统一化处理,得到统一的标准化数据;
S04数据入库:将标准化数据进行分类存储,从而建立不同类型的肿瘤数据库。
10.根据权利要求9所述肿瘤资源组织库的建立方法,其特征在于,所述清洗操作包括步骤:数据预处理;去除或补全缺失的数据;去除内容错误的数据;去除逻辑错误的数据;去掉不需要的数据;进行数据关联性验证。
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