CN108707665B - 用于鼻咽癌诊断的标志物 - Google Patents

用于鼻咽癌诊断的标志物 Download PDF

Info

Publication number
CN108707665B
CN108707665B CN201810424633.3A CN201810424633A CN108707665B CN 108707665 B CN108707665 B CN 108707665B CN 201810424633 A CN201810424633 A CN 201810424633A CN 108707665 B CN108707665 B CN 108707665B
Authority
CN
China
Prior art keywords
tcrbv
relative expression
nasopharyngeal carcinoma
expression amount
formula
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
CN201810424633.3A
Other languages
English (en)
Other versions
CN108707665A (zh
Inventor
罗微
王跃建
金亚彬
张国义
林凯容
崔金环
陈湘萍
潘英明
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Foshan First Peoples Hospital Foshan Hospital Sun Yat Sen University
Original Assignee
Foshan First Peoples Hospital Foshan Hospital Sun Yat Sen University
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Foshan First Peoples Hospital Foshan Hospital Sun Yat Sen University filed Critical Foshan First Peoples Hospital Foshan Hospital Sun Yat Sen University
Priority to CN201810424633.3A priority Critical patent/CN108707665B/zh
Publication of CN108707665A publication Critical patent/CN108707665A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN108707665B publication Critical patent/CN108707665B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明公开了一种用于鼻咽癌诊断的标志物，该组标志物包括TCRBV5.4、TCRBV6.3、TCRBV6.4、TCRBV6.6、TCRBV6.7、TCRBV7.9、TCRBV8.1、TCRBV10.2、TCRBV10.3、TCRBV12.3、TCRBV12.4、TCRBV15、TCRBV20.1、TCRBV22、TCRBV25.1，并通过LASSO模型构建了鼻咽癌诊断公式，得到了根据这些TCR基因预测鼻咽癌的方法，经过ROC检测，诊断公式在测试组中的AUC值达到0.96，当灵敏度为0.95时，特异性为0.86；在验证组中的AUC值为0.74，当灵敏度为0.79时，特异性为0.75，诊断效能良好。

Description

用于鼻咽癌诊断的标志物
技术领域
本发明涉及一种用于鼻咽癌诊断的标志物。
背景技术
鼻咽癌目前属于一种治愈率较高的疾病，关键在于早期诊断、及时治疗。因此，鼻咽癌的筛查和诊断尤为重要。然而由于鼻咽部解剖位置隐蔽，鼻咽癌早期症状不明显，给鼻咽癌早期诊断带来了一定困难。
目前鼻咽癌的主要辅助检查手段有电子鼻咽镜、鼻咽CT及EB病毒血清学检查等。电子鼻咽镜照明度强，图像清晰，可动态观察鼻咽全貌，能够发现鼻咽部微小隐蔽的病变，但是由于电子鼻咽镜不能发现粘膜下病变，故也存在一些假阴性。CT图像分辨率极高，较为经济实用，技能分辨骨质，也能分辨软组织，设备比较普及，是目前鼻咽癌诊断中常用的方法，但是，由于部分容积效应的影响，CT对于咽隐窝等隐蔽部位体积较小的早期病灶，尤其在等密度病灶时往往很难发现，同时，局部的验证、分泌物和淋巴组织是的在CT上判断鼻咽癌部的对称性变得困难。研究表明EB病毒与鼻咽癌的发生发展紧密相关，EB病毒血清学检查作为目前鼻咽癌诊断的辅助指标，在鼻咽癌上具有一定的指导意义，但是该方法存在一定的假阳性，不仅增加了临床的工作量，也给受检者带来不必要的压力。鼻咽癌诊断仍主要依赖于活检手术样本的病理诊断，亟需获得其他可有效辅助于鼻咽癌诊断的特异分子指标。
机体免疫系统识别和清除肿瘤细胞主要依赖于T细胞介导的细胞免疫。T细胞受体(TCR)是T细胞表面特异性识别抗原和介导免疫应答的分子，是人类基因组中多态性最高的区域之一，决定着人的免疫系统如何适应环境的变化。T细胞受体库的多样性(包括基因重组以及选择性表达)直接反映了机体免疫应答的状态。
TCR可分为TCRα/β和TCRγ/δ两种类型，人类外周血T细胞主要为TCRα/β的T细胞，是介导机体特异性细胞免疫反应的主要细胞。TCRβ基因由可变区(V)、多变区(D)、结合区(J)和恒定区(C)四部分基因片段组成，形成互补决定区(complementarities determiningregion,CDR)和间隔的4个骨架区(framework region,FR)。
在T细胞发育过程中CDR1，CDR2和FR区域相对保守，CDR3区由V、D和J进行重排而形成具有功能的TCR编码基因(T细胞克隆)，由于V(65种)、D(2种)、J(13种)基因片段本身具有多样性，此外，由于在重排的过程中，在VD及D-J的连接区经常有非模板的核苷酸的随机插入或删除，进一步增加了CDR3区的多样性(连接形成的多样性约为2×1011)。这种基因片段连接的不准确性使TCR的表达呈多样性(即TCR库的多样性)，以识别各种不同的抗原。正常个体在无抗原刺激时，TCR基因重排是随机的，因此正常人外周T细胞呈多家族、多克隆性特点。在不同抗原(肿瘤、疫苗、病院微生物或者移植物等)刺激后，TCR V区基因可对该抗原产生特异性识别，并使带有这类基因的T细胞得到优势扩增，可用于分析不同TCR V亚家族T细胞的表达和利用。
发明内容
本发明的目的在于提供一种用于鼻咽癌诊断的组合标志物，该组合标志物具有灵敏度高，特异性好的优点。
本发明所采取的技术方案是：
一组用于鼻咽癌诊断的标志物，该组标志物包括TCRBV5.4、TCRBV6.3、TCRBV6.4、TCRBV6.6、TCRBV6.7、TCRBV7.9、TCRBV8.1、TCRBV10.2、TCRBV10.3、TCRBV12.3、TCRBV12.4、TCRBV15、TCRBV20.1、TCRBV22、TCRBV25.1。
进一步地，鼻咽癌的诊断公式根据LASSO模型确定。
进一步地，诊断公式为TCRBV-score＝(77.64385×TCRBV5.4相对表达量)-(67.4058×TCRBV6.3相对表达量)-(82.8109×TCRBV6.4相对表达量)+(5.833032×TCRBV6.6相对表达量)+(96.81641×TCRBV6.7相对表达量)-(1.20561×TCRBV7.9相对表达量)-(37473.7×TCRBV8.1相对表达量)-(0.02127×TCRBV10.2相对表达量)-(5.10822×TCRBV10.3相对表达量)+(1.791628×TCRBV12.3相对表达量)+(0.970634×TCRBV12.4相对表达量)-(12.1178×TCRBV15相对表达量)+(1.486128×TCRBV20.1相对表达量)-(11345.1×TCRBV22相对表达量)-(24.8108×TCRBV25.1相对表达量)，式中相对表达量＝各基因表达量/65个V基因的总表达量，当TCRBV-score值大于0时定义为高风险，反之则为低风险。
定量TCRBV5.4、TCRBV6.3、TCRBV6.4、TCRBV6.6、TCRBV6.7、TCRBV7.9、TCRBV8.1、TCRBV10.2、TCRBV10.3、TCRBV12.3、TCRBV12.4、TCRBV15、TCRBV20.1、TCRBV22、TCRBV25.1表达量的试剂在制备鼻咽癌诊断试剂中应用。
进一步地，鼻咽癌的诊断公式根据LASSO模型确定。
进一步地，诊断公式为TCRBV-score＝(77.64385×TCRBV5.4相对表达量)-(67.4058×TCRBV6.3相对表达量)-(82.8109×TCRBV6.4相对表达量)+(5.833032×TCRBV6.6相对表达量)+(96.81641×TCRBV6.7相对表达量)-(1.20561×TCRBV7.9相对表达量)-(37473.7×TCRBV8.1相对表达量)-(0.02127×TCRBV10.2相对表达量)-(5.10822×TCRBV10.3相对表达量)+(1.791628×TCRBV12.3相对表达量)+(0.970634×TCRBV12.4相对表达量)-(12.1178×TCRBV15相对表达量)+(1.486128×TCRBV20.1相对表达量)-(11345.1×TCRBV22相对表达量)-(24.8108×TCRBV25.1相对表达量)，式中相对表达量＝各基因表达量/65个V基因的总表达量，当TCRBV-score值大于0时定义为高风险，反之则为低风险。
一种用于鼻咽癌诊断的试剂盒，该试剂盒中含有定量TCRBV5.4、TCRBV6.3、TCRBV6.4、TCRBV6.6、TCRBV6.7、TCRBV7.9、TCRBV8.1、TCRBV10.2、TCRBV10.3、TCRBV12.3、TCRBV12.4、TCRBV15、TCRBV20.1、TCRBV22、TCRBV25.1表达量和65个V基因总表达量的试剂。
进一步地，鼻咽癌的诊断公式根据LASSO模型确定。
进一步地，诊断公式为TCRBV-score＝(77.64385×TCRBV5.4相对表达量)-(67.4058×TCRBV6.3相对表达量)-(82.8109×TCRBV6.4相对表达量)+(5.833032×TCRBV6.6相对表达量)+(96.81641×TCRBV6.7相对表达量)-(1.20561×TCRBV7.9相对表达量)-(37473.7×TCRBV8.1相对表达量)-(0.02127×TCRBV10.2相对表达量)-(5.10822×TCRBV10.3相对表达量)+(1.791628×TCRBV12.3相对表达量)+(0.970634×TCRBV12.4相对表达量)-(12.1178×TCRBV15相对表达量)+(1.486128×TCRBV20.1相对表达量)-(11345.1×TCRBV22相对表达量)-(24.8108×TCRBV25.1相对表达量)，式中相对表达量＝各基因表达量/65个V基因的总表达量，当TCRBV-score值大于0时定义为高风险，反之则为低风险。
本发明的有益效果是：本发明通过筛选，发现了一组与鼻咽癌相关的TCR V区基因，并通过LASSO模型构建了鼻咽癌诊断公式，得到了根据这些TCR基因预测鼻咽癌的方法，经过ROC检测，诊断公式的AUC值达到0.96，当灵敏度为0.95时，特异性为0.86，诊断效能良好。
附图说明
图1是TCRBV-score的分布图；
图2是测试组ROC曲线；
图3是验证组ROC曲线。
具体实施方式
一组用于鼻咽癌诊断的标志物，由TCRBV5.4、TCRBV6.3、TCRBV6.4、TCRBV6.6、TCRBV6.7、TCRBV7.9、TCRBV8.1、TCRBV10.2、TCRBV10.3、TCRBV12.3、TCRBV12.4、TCRBV15、TCRBV20.1、TCRBV22、TCRBV25.1组成。
上述标志物的风险值公式为：
TCRBV-score＝(77.64385×TCRBV5.4相对表达量)-(67.4058×TCRBV6.3相对表达量)-(82.8109×TCRBV6.4相对表达量)+(5.833032×TCRBV6.6相对表达量)+(96.81641×TCRBV6.7相对表达量)-(1.20561×TCRBV7.9相对表达量)-(37473.7×TCRBV8.1相对表达量)-(0.02127×TCRBV10.2相对表达量)-(5.10822×TCRBV10.3相对表达量)+(1.791628×TCRBV12.3相对表达量)+(0.970634×TCRBV12.4相对表达量)-(12.1178×TCRBV15相对表达量)+(1.486128×TCRBV20.1相对表达量)-(11345.1×TCRBV22相对表达量)-(24.8108×TCRBV25.1相对表达量)，
式中相对表达量＝各基因表达量/65个V基因的总表达量，当TCRBV-score值大于0时定义为高风险，反之则为低风险。
一种用于鼻咽癌诊断的试剂盒，该试剂盒中含有定量TCRBV5.4、TCRBV6.3、TCRBV6.4、TCRBV6.6、TCRBV6.7、TCRBV7.9、TCRBV8.1、TCRBV10.2、TCRBV10.3、TCRBV12.3、TCRBV12.4、TCRBV15、TCRBV20.1、TCRBV22、TCRBV25.1表达量和65个V基因总表达量的试剂。
上述试剂盒，风险值公式为：
TCRBV-score＝(77.64385×TCRBV5.4相对表达量)-(67.4058×TCRBV6.3相对表达量)-(82.8109×TCRBV6.4相对表达量)+(5.833032×TCRBV6.6相对表达量)+(96.81641×TCRBV6.7相对表达量)-(1.20561×TCRBV7.9相对表达量)-(37473.7×TCRBV8.1相对表达量)-(0.02127×TCRBV10.2相对表达量)-(5.10822×TCRBV10.3相对表达量)+(1.791628×TCRBV12.3相对表达量)+(0.970634×TCRBV12.4相对表达量)-(12.1178×TCRBV15相对表达量)+(1.486128×TCRBV20.1相对表达量)-(11345.1×TCRBV22相对表达量)-(24.8108×TCRBV25.1相对表达量)，
式中相对表达量＝各基因表达量/65个V基因的总表达量，当TCRBV-score值大于0时定义为高风险，反之则为低风险。
风险值公式的验证
20例鼻咽癌，17例健康人，20例鼻咽部其他疾病患者作为测试组；19例鼻咽癌，16例健康人，19例鼻咽部其他疾病患者作为验证组。使用本发明中的风险值公式TCRBV-score＝(77.64385×TCRBV5.4相对表达量)-(67.4058×TCRBV6.3相对表达量)-(82.8109×TCRBV6.4相对表达量)+(5.833032×TCRBV6.6相对表达量)+(96.81641×TCRBV6.7相对表达量)-(1.20561×TCRBV7.9相对表达量)-(37473.7×TCRBV8.1相对表达量)-(0.02127×TCRBV10.2相对表达量)-(5.10822×TCRBV10.3相对表达量)+(1.791628×TCRBV12.3相对表达量)+(0.970634×TCRBV12.4相对表达量)-(12.1178×TCRBV15相对表达量)+(1.486128×TCRBV20.1相对表达量)-(11345.1×TCRBV22相对表达量)-(24.8108×TCRBV25.1相对表达量)，式中相对表达量＝各基因表达量/65个V基因的总表达量，测试组结果如图2所示，风险值公式诊断鼻咽癌的AUC为0.96，当灵敏度为0.95时，特异性为0.86，验证组结果如图3所示，AUC为0.74，当灵敏度为0.79时，特异性为0.75，由ROC检测结果可知，风险值公式诊断效能良好。

Claims (2)

1.一组用于鼻咽癌诊断的标志物，所述组标志物为基因TCRBV5.4、TCRBV6.3、TCRBV6.4、TCRBV6.6、TCRBV6.7、TCRBV7.9、TCRBV8.1、TCRBV10.2、TCRBV10.3、TCRBV12.3、TCRBV12.4、TCRBV15、TCRBV20.1、TCRBV22和TCRBV25.1的组合。
2.定量TCRBV5.4、TCRBV6.3、TCRBV6.4、TCRBV6.6、TCRBV6.7、TCRBV7.9、TCRBV8.1、TCRBV10.2、TCRBV10.3、TCRBV12.3、TCRBV12.4、TCRBV15、TCRBV20.1、TCRBV22和TCRBV25.1的组合的基因表达量的试剂在制备鼻咽癌诊断试剂中应用。
CN201810424633.3A 2018-05-07 2018-05-07 用于鼻咽癌诊断的标志物 Active CN108707665B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201810424633.3A CN108707665B (zh) 2018-05-07 2018-05-07 用于鼻咽癌诊断的标志物

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201810424633.3A CN108707665B (zh) 2018-05-07 2018-05-07 用于鼻咽癌诊断的标志物

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN108707665A CN108707665A (zh) 2018-10-26
CN108707665B true CN108707665B (zh) 2022-03-22

Family

ID=63867855

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201810424633.3A Active CN108707665B (zh) 2018-05-07 2018-05-07 用于鼻咽癌诊断的标志物

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN108707665B (zh)

Families Citing this family (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN109628590A (zh) * 2018-11-21 2019-04-16 南方医科大学 锌指蛋白znf146的用途

Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN105296656A (zh) * 2015-11-27 2016-02-03 北京泱深生物信息技术有限公司 一种诊治鼻咽癌的分子标志物

Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN105296656A (zh) * 2015-11-27 2016-02-03 北京泱深生物信息技术有限公司 一种诊治鼻咽癌的分子标志物

Non-Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
"A new high-throughput sequencing method for determining diversity and similarity of T cell receptor (TCR) α and βrepertoires and identifying potential new invariant TCR α chains;Kazutaka Kitaura等;《BMC immunology》;20161011;第17卷(第1期);图2-3 *
人类TCRαβ家族V基因的进化研究;陶嫦立等;《中国免疫学杂志》;20080520;第24卷(第3期);第240-243页 *
肿瘤患者偏移的T细胞TCRBV表达谱在自体CIK细胞中的恢复;彭鑫等;《广东药学院学报》;20150811;第31卷(第3期);第397-402页 *

Also Published As

Publication number Publication date
CN108707665A (zh) 2018-10-26

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Xie et al. Quantitative and noninvasive assessment of chronic liver diseases using two-dimensional shear wave elastography
CN111172279B (zh) 外周血甲基化基因及idh1联合检测诊断肺癌模型
Jayant et al. Improved survival of cervical cancer patients in a screened population in rural India
WO2022012284A1 (zh) 一种黑色素瘤的外周血tcr标志物及其检测试剂盒和应用
WO2022012289A1 (zh) 一种卵巢癌的外周血tcr标志物及其检测试剂盒和应用
CN111650373A (zh) 一种宫颈癌的外周血tcr标志物及其检测试剂盒和应用
CN108707665B (zh) 用于鼻咽癌诊断的标志物
Mougeot et al. Haemophilus pittmaniae and Leptotrichia spp. constitute a multi-marker signature in a cohort of human papillomavirus-positive head and neck cancer patients
Terada et al. Intraoperative diagnosis of cancer metastasis in sentinel lymph node of oral cancer patients
CN113092761A (zh) 一种弥漫大b细胞淋巴瘤的外周血tcr标志物及其检测试剂盒和应用
Feng et al. Distinguishing parotid polymorphic adenoma and warthin tumor based on the CT radiomics nomogram: a multicenter study
CN115862856A (zh) 甲状腺癌远端转移风险的预测方法、装置
Ali et al. Semi-quantitative CT imaging in improving visualization of faint ground glass opacities seen in early/mild coronavirus (covid-19) cases
MOHSENI et al. Prognostic values of proliferative markers ki-67 and repp86 in breast cancer
CN109161590A (zh) 整合素β4基因DNA甲基化位点在制备哮喘和或COPD早期诊断的生物标志物的应用
Bruegl et al. Persistent disparities of cervical cancer among American Indians/Alaska natives: Are we maximizing prevention tools?
Lin et al. Application of pet-CT fusion deep learning imaging in precise radiotherapy of thyroid cancer
CN105200151B (zh) Tcf21基因作为疾病诊断标志物的用途
Askar et al. Human papilloma virus in skin tags
TWI485252B (zh) 一種以糞便中細胞基因套組偵測大腸直腸癌可能性的方法
GHAEM et al. Pap smear with atypical squamous cells of undetermined significance
CN110747267A (zh) 一种用于判断临床治疗对膜性肾病疗效的标志物
Ratnam et al. HPV genotype-specific distribution and attributable risk in cervical intraepithelial neoplasia in a referral population with a history of LSIL
Guo et al. NIMG-37. JOINT LEARNING OF IMAGING AND GENOMIC DATA REVEALS DISTINCT GLIOBLASTOMA SUBTYPES
Li et al. PATH-24. MOLECULAR CLASSIFICATION OF HIGH RISK INFANT EMBRYONAL BRAIN TUMORS ENROLLED IN THE ACNS0334 TRIAL: A REPORT FROM THE CHILDREN’S ONCOLOGY GROUP

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant