CN108642170A - 一种特发性基底钙化诊断基因及其检测方法 - Google Patents

一种特发性基底钙化诊断基因及其检测方法 Download PDF

Info

Publication number
CN108642170A
CN108642170A CN201810432760.8A CN201810432760A CN108642170A CN 108642170 A CN108642170 A CN 108642170A CN 201810432760 A CN201810432760 A CN 201810432760A CN 108642170 A CN108642170 A CN 108642170A
Authority
CN
China
Prior art keywords
idiopathic
sites
patient
diagnostic gene
calcification
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
CN201810432760.8A
Other languages
English (en)
Other versions
CN108642170B (zh
Inventor
黄远桃
周宏灏
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Individual
Original Assignee
Individual
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Individual filed Critical Individual
Priority to CN201810432760.8A priority Critical patent/CN108642170B/zh
Publication of CN108642170A publication Critical patent/CN108642170A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN108642170B publication Critical patent/CN108642170B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明提供一种特发性基底钙化诊断基因，以及通过找到该诊断基因的致病位点，并提供了一种采用引物对该致病位点进行检测的诊断方法。本发明快速、准确的诊断临床上医师通过头颅影像资料发现的IBGC的患者；对尚未发病的IBGC的家族成员及其下一代进行产前检测诊断，早期发现患者和避免携带致病基因的患儿的出生；为IBGC的早期治疗、预防提供依据。

Description

一种特发性基底钙化诊断基因及其检测方法
技术领域
本发明涉及一种人体变异的基因，特别涉及一种特发性基底钙化诊断基因及其检测方法。
背景技术
目前如果临床医师在临床工作中通过头颅的影像资料发现患者有脑组织中的基底节区或者其它部位脑组织的钙化，通常是进一步检测患者的血液指标：血常规、血沉、肝肾功能、电解质、梅毒、抗Sm和抗核抗体，微量元素，甲状旁腺激素和降钙素等进一步进行临床诊断。现有的技术一方面诊断患者费时费力也不一定能够诊断清楚，另外，因为IBGC是一种遗传疾病，家系成员有50%的机会患病，脑组织钙化病变的形成需要时间，现有技术对早期的诊断目前没有办法；再次，对家族性患者的后代也可能遗传这种疾病，现有技术不能进行产前检测及诊断，避免遗传的患儿出生更加是不可能的事情。
通过二代基因测序诊断遗传疾病是目前应用非常广泛的，也是一种成熟技术。通过二代测序发现疾病的致病基因及位点，从而可以为该种疾病的后续临床诊断带来便捷和快速诊断的方法。我在临床上通过大样本的总结发现中国汉族人IBGC的临床特点，遗传规律，通过二代测序发现了IBGC的致病基因及位点，从而可以为后续的诊断提供方便及快捷、准确的诊断方法，为疾病的早期预防提供依据。
现有技术方案应详细介绍：目前临床医师诊断IBGC还没有教程（教材）可以查询，临床医生、神经内科专科医师通过现有的《内科学》、《神经病学》等教材不能找到相关的介绍章节，通过阅读查找文献查找到IBGC的诊断和排除诊断标准，没有专利技术可以依赖。
发明内容
本发明提供一种特发性基底钙化诊断基因及其检测方法，旨在解决现有特发性基底钙化诊断方法的缺陷。
本发明提供一种特发性基底钙化诊断基因，所述诊断基因为SLC20A2基因，其核苷酸序列为SEQ ID NO 1所示。
本发明还提供一种特发性基底钙化诊断基因的致病位点，所述致病位点为SLC20A2基因的c.730+1G>A位点。
本发明还提供一种检测特发性基底钙化诊断基因的引物，包括以下一对：
F: CTCATGGCAACTGGGACCTT ；
R: GTGGGCCATAGCCCTCATTT。
本发明还提供一种检测特发性基底钙化诊断基因的试剂盒，包括引物F:CTCATGGCAACTGGGACCTT ；R: GTGGGCCATAGCCCTCATTT。
本发明还提供一种特发性基底钙化诊断基因的检测方法，包括以下步骤：
S1.采取患者外周血液，提取DNA；
S2.找到DNA中SLC20A2基因的c.730+1G>A位点，采用引物F: CTCATGGCAACTGGGACCTT、R: GTGGGCCATAGCCCTCATTT进行PCR扩增及sanger 测序，得出检测结果；
S3.对检测结果进行图谱分析，如果图谱中查找到有波峰改变为高耸凸起的双峰，即确诊患者DNA中出现杂合突变，正是该患者为特发性基底钙化患者。
作为本发明的进一步改进，所述步骤S2还包括：
S21. 通过全基因组外显子测序或全基因组测序，以及功能验证找到了SLC20A2基因的c.730+1G>A位点。
作为本发明的进一步改进，所述步骤S3还包括：
S31.高耸凸起不重叠的双峰出现在图谱的c.730+1G>A位点。
本发明的有益效果是：快速、准确的诊断临床上医师通过头颅影像资料发现的IBGC的患者；对尚未发病的IBGC的家族成员及其下一代进行产前检测诊断，早期发现患者和避免携带致病基因的患儿的出生；为IBGC的早期治疗、预防提供依据。
附图说明
图1是本发明中结果分析后c.730+1G>A位点的波峰图谱。
具体实施方式
为了使本发明的目的、技术方案及优点更加清楚明白，以下结合附图及实施例，对本发明进行进一步详细说明。
特发性基底节钙化（idiopathic basal ganglia calcification, IBGC）是一种神经系统遗传性疾病，在头颅CT或者磁共振等影像上表现为双侧基底节、小脑等部位的钙化，临床上常表现为神经和精神症状。IBGC的致病基因是诊断这种疾病的最准确的方法，也是病因诊断。特发性基底节钙化（IBGC）的名字非常多，有Fahr 病，家族性特发性基底节钙化等30余个名字，均指的是同一种病。
实施例一：
通过总结大样本的IBGC的临床特点，通过全基因组外显子测序及功能验证等方案发现了IBGC疾病的致病基因及位点，该SLC20A2基因的核苷酸序列为SEQ ID NO 1所示，致病位点位于SLC20A2基因的c.730+1G>A位点2。
实施例二：
针对SLC20A2基因的c.730+1G>A位点2，采用了F: CTCATGGCAACTGGGACCTT ；R:GTGGGCCATAGCCCTCATTT作为检测该致病位点的引物，并设计了一种含有这两种引物的便携式试剂盒便于临床诊断患者。
实施例三：
针对这个SLC20A2基因及c.730+1G>A位点2，采用引物F: CTCATGGCAACTGGGACCTT ；R:GTGGGCCATAGCCCTCATTT进行PCR扩增及sanger 测序，如果患者的血液DNA就能检测到图谱改变，就能够诊断IBGC患者。
具体的检测方法包括以下步骤：
S1.采取患者外周血液，提取DNA；
S2.找到DNA中SLC20A2基因的c.730+1G>A位点2，采用引物F: CTCATGGCAACTGGGACCTT、R: GTGGGCCATAGCCCTCATTT进行PCR扩增及sanger 测序，得出检测结果；
S3.对检测结果进行图谱分析，如果图谱中查找到有波峰改变为高耸凸起的双峰，即确诊患者DNA中出现杂合突变，正是该患者为特发性基底钙化患者。
其中步骤S2中进一步包括S21. 通过全基因组外显子测序或全基因组测序，以及功能验证找到了SLC20A2基因的c.730+1G>A位点2。
如图1所示，其中步骤S3进一步包括S31.高耸凸起不重叠的双峰1出现在图谱的c.730+1G>A位点2。
SLC20A2基因为现有的基因，在美国国家生物技术信息中心（NCBI）有对该基因序列的记载，基因序列出处如下：
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NG_032161.1from=5001&to=128377&report=fasta。
本发明的优点：
1.快速、准确的诊断临床上医师通过头颅影像资料发现的IBGC的患者；
2.对尚未发病的IBGC的家族成员及其下一代进行产前检测诊断，早期发现患者和避免携带致病基因的患儿的出生；
3.为IBGC的早期治疗、预防提供依据。
以上内容是结合具体的优选实施方式对本发明所作的进一步详细说明，不能认定本发明的具体实施只局限于这些说明。对于本发明所属技术领域的普通技术人员来说，在不脱离本发明构思的前提下，还可以做出若干简单推演或替换，都应当视为属于本发明的保护范围。
序列表
<110> 黄远桃、周宏灏
<120> 一种特发性基底钙化诊断基因及其检测方法
<160> 2
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 3
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
ctcatggcaa ctgggacctt 20
<210> 4
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
gtgggccata gccctcattt 20

Claims (7)

1.一种特发性基底钙化诊断基因，其特征在于，所述诊断基因为SLC20A2基因，其核苷酸序列为SEQ ID NO 1所示。
2.一种权利要求1所述特发性基底钙化诊断基因的致病位点，其特征在于，所述致病位点为SLC20A2基因的c.730+1G>A位点。
3.一种检测权利要求1所述特发性基底钙化诊断基因的引物，其特征在于，包括以下一对：
F: CTCATGGCAACTGGGACCTT ；
R: GTGGGCCATAGCCCTCATTT。
4.一种检测特发性基底钙化诊断基因的试剂盒，其特征在于，包括权利要求3所述的引物。
5.一种特发性基底钙化诊断基因的检测方法，其特征在于，包括以下步骤：
S1.采取患者外周血液，提取DNA；
S2.找到DNA中SLC20A2基因的c.730+1G>A位点，采用引物F: CTCATGGCAACTGGGACCTT、R: GTGGGCCATAGCCCTCATTT进行PCR扩增及sanger 测序，得出检测结果；
S3.对检测结果进行图谱分析，如果图谱中查找到有波峰改变为高耸凸起不重叠的双峰，即确诊患者DNA中出现杂合突变，正是该患者为特发性基底钙化患者。
6.一种根据权利要求5的检测方法，其特征在于，所述步骤S2还包括：
S21. 通过全基因组外显子测序或全基因组测序，以及功能验证找到了SLC20A2基因的c.730+1G>A位点。
7.一种根据权利要求5的检测方法，其特征在于，所述步骤S3还包括：
S31.高耸凸起不重叠的双峰出现在图谱的c.730+1G>A位点。
CN201810432760.8A 2018-05-08 2018-05-08 一种特发性基底钙化诊断基因及其检测方法 Active CN108642170B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201810432760.8A CN108642170B (zh) 2018-05-08 2018-05-08 一种特发性基底钙化诊断基因及其检测方法

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201810432760.8A CN108642170B (zh) 2018-05-08 2018-05-08 一种特发性基底钙化诊断基因及其检测方法

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN108642170A true CN108642170A (zh) 2018-10-12
CN108642170B CN108642170B (zh) 2022-05-03

Family

ID=63749522

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201810432760.8A Active CN108642170B (zh) 2018-05-08 2018-05-08 一种特发性基底钙化诊断基因及其检测方法

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN108642170B (zh)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN111004844A (zh) * 2019-11-29 2020-04-14 浙江大学 原发性家族性脑钙化致病基因jam2及其应用

Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN102888406A (zh) * 2011-07-22 2013-01-23 武汉淘智生命科技有限公司 人类特发性基底节钙化致病基因及其编码蛋白

Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN102888406A (zh) * 2011-07-22 2013-01-23 武汉淘智生命科技有限公司 人类特发性基底节钙化致病基因及其编码蛋白

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
姚香平: "中国南方汉族人群特发性基底节钙化SLC20A2,PDGFRB及PDGFB基因的突变研究及临床特点分析", 《中国优秀硕士学位论文全文数据库 医药卫生科技辑》 *

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN111004844A (zh) * 2019-11-29 2020-04-14 浙江大学 原发性家族性脑钙化致病基因jam2及其应用

Also Published As

Publication number Publication date
CN108642170B (zh) 2022-05-03

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Ghaoui et al. Use of whole-exome sequencing for diagnosis of limb-girdle muscular dystrophy: outcomes and lessons learned
Haavardsholm et al. Magnetic resonance imaging findings in 84 patients with early rheumatoid arthritis: bone marrow oedema predicts erosive progression
McQueen et al. Magnetic resonance imaging of the wrist in early rheumatoid arthritis reveals a high prevalence of erosions at four months after symptom onset
Buchinsky et al. Age at diagnosis, but not HPV type, is strongly associated with clinical course in recurrent respiratory papillomatosis
Kobayashi et al. High prevalence of genetic alterations in early-onset epileptic encephalopathies associated with infantile movement disorders
Eggermann et al. Prenatal molecular testing for Beckwith–Wiedemann and Silver–Russell syndromes: a challenge for molecular analysis and genetic counseling
Chen et al. Clinical application of medical exome sequencing for prenatal diagnosis of fetal structural anomalies
Hasanau et al. Detection of TERT promoter mutations as a prognostic biomarker in gliomas: methodology, prospects, and advances
de Groen et al. Frequent mutated B2M, EZH2, IRF8, and TNFRSF14 in primary bone diffuse large B-cell lymphoma reflect a GCB phenotype
Luo et al. Identification of gene mutations in patients with primary periodic paralysis using targeted next-generation sequencing
JP6711966B2 (ja) ミトコンドリア病診断用バイオマーカーとしてのｇｄｆ１５
Gu et al. Identification of RGS1 as a candidate biomarker for undifferentiated spondylarthritis by genome‐wide expression profiling and real‐time polymerase chain reaction
Kozlitina et al. Clinical implications of the amyloidogenic V122I transthyretin variant in the general population
CN107287317A (zh) Myh7‑a934v突变基因用于制备诊断肥厚型心肌病试剂盒的应用
Alzahrani et al. Postmortem genetic testing in sudden unexpected death: a narrative review
CN108642170A (zh) 一种特发性基底钙化诊断基因及其检测方法
Ceyhan‐Birsoy et al. NGS testing for cardiomyopathy: Utility of adding RASopathy‐associated genes
Migliore et al. Towards the identification of early stage osteoarthritis
Bryan et al. Circulating HPV DNA as a biomarker for pre-invasive and early invasive cervical cancer: a feasibility study
Isbel et al. An update on imaging in rheumatoid arthritis
Sun et al. Whole exome sequencing identifies a rare variant in DAAM2 as a potential candidate in idiopathic pulmonary ossification
Haskell et al. Combination of exome sequencing and immune testing confirms Aicardi–Goutieres syndrome type 5 in a challenging pediatric neurology case
Eshed et al. Early rheumatoid arthritis—do we really know what it means? Consistency and distribution of MRI findings according to different definitions for early rheumatoid arthritis
Cohen et al. SAT0590 SLE-Keytm Rule-Out Serlogic Test for SLE Using the Immunarray ICHIP™
Liu et al. A novel gross deletion and breakpoint junction sequence analysis of ATP7B in a Chinese family with Wilson disease using next‑generation sequencing and Sanger sequencing

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant