CN108277297A - 检测马铃薯x病毒用的引物、试剂盒及方法 - Google Patents
检测马铃薯x病毒用的引物、试剂盒及方法 Download PDFInfo
- Publication number
- CN108277297A CN108277297A CN201810317483.6A CN201810317483A CN108277297A CN 108277297 A CN108277297 A CN 108277297A CN 201810317483 A CN201810317483 A CN 201810317483A CN 108277297 A CN108277297 A CN 108277297A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- reaction
- solution
- pvx
- magnetic bead
- kit
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/70—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
- C12Q1/701—Specific hybridization probes
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Immunology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Virology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明公开了一种检测马铃薯X病毒用的引物、试剂盒及方法,其中引物包括PVX‑F3;PVX‑B3;PVX‑FIP;PVX‑BIP。本发明的目的是为了克服现有技术中的不足之处,提供一种快速、简便、高效、准确性高、特异性强、灵敏性高,马铃薯X病毒RT‑LAMP检测用的引物;本发明另一个目的是提供一种包含上述引物的用于检测马铃薯X病毒的试剂盒;本发明另一个目的是提供一种采用上述马铃薯X病毒RT‑LAMP检测方法。
Description
技术领域
本发明涉及一种马铃薯X病毒RT-LAMP鉴定用的引物、试剂盒及检测方法,属于生物技术领域。
背景技术
马铃薯X病毒Potato virus X,PVX又称马铃薯潜隐病毒Potato latent virus或马铃薯轻花叶病毒Potato mild mosaic virus,为马铃薯X病毒属Potexvirus模式成员,是由一条正链RNA组成的线性病毒,RNA长约6.4kbp,病毒粒子呈长杆状,长×宽=515nm×13nm。自然条件下主要靠寄主植株不同部位、寄主植株之间接触摩擦进行机械传播。PVX单独侵染时症状较轻,与马铃薯Y病毒Potato virus Y,PVY、烟草脉斑驳病毒Tobacco veinmottling virus,TVMV、烟草蚀纹病毒Tobacco etch virus,TEV等马铃薯Y病毒属病毒复合侵染时症状加剧,造成严重经济损失。
所有马铃薯Solanum tuberosum产区均存在PVX发生的现象,但不同栽培品种受PVX侵染情况存在较大差异,有些品种带毒率较高。在田间,PVX侵染马铃薯植株,引起轻型花叶或者潜隐病征,若多年侵染则易引起重花叶或者植株矮化,造成10%-80%减产。PVX常与PVY复合侵染,使症状加剧。PVX主要靠汁液接触传播,也可以由某些昆虫如异黑蝗Melanoplus differentialis和绿丛螽斯Tettigonia viridissima的咀嚼式口器经机械作用传播,菟丝子Cuscuta campestris和集合油壶菌Synchytium endobiotcum也能够传播该病毒,但实生种子不能传毒。PVX寄主范围较广,可侵染16科240种植物,茄科植物是主要的寄主,其诊断寄主有白肋烟White burley及其他烟草Nicotiana tabacum品种。初侵染的叶片通常表现为坏死斑,之后发展为坏死斑驳、褪绿、花叶或脉褪绿。在曼陀罗Daturastramonium上继斑驳之后产生褪绿环,脉褪绿或脉坏死。烟草栽培品种适于作繁殖寄主。千日红Gomphrena globosa是较好的指示植物,除HB株系外都产生局部斑。对于PVX株系的分类还未有统一的标准,但Cockerham的方法认可度较高,该方法根据PVX侵染携带不同抗病基因Nx和Nb的马铃薯植株所表现出的症状,将PVX株系分为4组,分别是X1、X2、X3和X4。X1组如CS35株系在含Nx、Nb基因的马铃薯上均能引起过敏反应Hypersensitive resistance,HR。X2组如CP株系只在含Nb基因的马铃薯上引起HR。X3组如UK3、DX株系只在含有Nx基因的马铃薯上引起HR。X4组如DX4、CP4、HB株系则能完全克服Nx、Nb抗性。许多研究表明,PVX的外壳蛋白Coat protein,CP基因在决定PVX与植物抗病基因互作方面起着重要作用。CP可作为激发子使马铃薯产生HR、ER,极端抗病性extremeresistance,ER反应,CP基因核苷酸序列的变化会导致寄主产生不同的症状类型。因此,PVX的CP基因序列分析也有助于对PVX的分类研究。
发明内容
本发明的目的是为了克服现有技术中的不足之处,提供一种快速、简便、高效、准确性高、特异性强、灵敏性高,马铃薯X病毒RT-LAMP鉴定用的引物;
本发明另一个目的是提供一种包含上述引物的用于鉴定马铃薯X病毒的试剂盒;
本发明另一个目的是提供一种采用上述马铃薯X病毒RT-LAMP鉴定方法。
为了达到上述目的,本发明采用以下方案:
一种马铃薯X病毒RT-LAMP鉴定用的引物,其特征在于包括:
PVX-F3:5’-AGGCCTGTTCACTATCCCG-3’
PVX-B3:5’-TGATGCCGTTGGAATAGGGA-3’
PVX-FIP:5’-GCCTCAATCTTGCTGAGGTCCT-AGCCCGTGCCATAGTAGC-3’
PVX-BIP:5’-AAGGTGCCCACAGACACTATGG-CTGTTTGAGCGGATGATCCT-3’。
一种马铃薯X病毒RT-LAMP鉴定用的试剂盒,其特征在于该试剂盒包括有:
如上所述的试剂盒,其特征在于所述的2×反应液缓冲液由以下组分组成:
如上所述的试剂盒,其特征在于所述的酶溶液为Bst DNA聚合酶和AMV逆转录酶混合液。
如上所述的任一种试剂盒,其特征在于荧光目视检测试剂中含有钙黄绿素荧光染料。
一种马铃薯X病毒鉴定方法,其特征在于包括以下步骤:
A、植物组织总DNA提取;
B、LAMP检测:
采用权利要求2所述的试剂盒配置预反应溶液,在预反应溶液中分别加入待检测的样品的DNA 5μL,使总量达到25μL;其中对照组在预反应溶液加入去离子水5μL;阳性对照在预反应溶液中加入带病毒的DNA 5μL;用移液器吸排液法混合,或者合上盖子轻击使溶液充分混合后瞬时离心,混合时避免产生气泡;将混合物置于反应孔中,于65℃恒温反应90min,最后80℃下保温5min以结束反应;
C、LAMP结果判断
扩增反应结束后,使用紫外线照射装置,波长240-260nm,350-370nm,从反应试管底部向上进行紫外线照射,佩戴眼镜等防护用具后从反应试管侧面进行观察,若与阳性对照一样发出绿色荧光,则判定为阳性即样品中带有马铃薯X病毒;若与阴性对照一样未发出绿色荧光,则判定样品中没有携带马铃薯X病毒。
如上所述的鉴定方法,其特征在于步骤A中植物组织总DNA提取的具体步骤:
a制样:取0.5g的带毒组织加入1mL抽提缓冲液进行研磨;
b清洗纳米磁珠:取出免疫纳米磁珠到PCR管中,用ddH2O反复清洗纳米磁珠3次,在磁铁的作用下吸去ddH2O;
c结合:加入100μL的样品到PCR管中,用移液枪吸吐混匀样品和纳米磁珠,室温下吸附;
d清洗:在磁铁的作用下移去上清,纳米磁珠清洗3次;
e裂解:加入50μL ddH2O到PCR管中,用移液枪吸吐混匀纳米磁珠后,95℃,10min;
f取样:用磁铁吸附纳米磁珠,待PCR管内溶液澄清后,上清即为病毒RNA;
g核酸浓度的测定
取5μL DNA溶液加ddH2O梯度稀释至1mL,使用核酸蛋白分析仪或紫外分光光度计测260nm和280nm处的光密度值;RNA的浓度按照以下公式计算获得:
RNA C=40×N×A
式中:
C——RNA浓度(ng/μL)
A——260nm处的吸光值
N——核酸稀释倍数
1OD260nm=40μg/mL单链RNA
当OD260/OD280比值在1.7~1.9之间时,适宜于PCR扩增和LAMP检测。
如上所述的鉴定方法,其特征在于所述纳米磁珠通过以下方法制备:
1)Fe3O4磁性纳米粒子制备与氨基化修饰
分别取5.2g FeCl3·6H2O、2.7g FeSO4·7H2O、0.85mL 12.1moL/L的浓盐酸溶解于200mL水中,超声脱氧,后将以上溶液滴入250mL、0.75moL/L NaOH溶液;所有反应在80℃下搅拌,随着反应的进行,反应液中出现黑色的沉淀,反应结束后,利用磁分离器将所得沉淀从反应介质中分离出来,再用去离子水清洗3次,无水乙醇清洗2次,并配成5g/mL的Fe3O4磁性纳米粒子无水乙醇溶液,取25mL Fe3O4磁性纳米粒子无水乙醇溶液,再用无水乙醇稀释到150mL,超声振荡30min,滴加0.4mL APTES,其中硅烷偶联剂:3-氨基丙基三乙氧基硅烷,室温下搅拌7h,反应完毕,用磁分离器将APTES修饰的Fe3O4磁性纳米粒子从反应介质中分离,并用无水乙醇溶液清洗3次,最后配成10.5mg/mL的氨基化Fe3O4纳米磁珠无水乙醇溶液;
2)免疫磁珠的制备
取0.5mL氨基化Fe3O4纳米磁珠无水乙醇溶液,用1mL PBS清洗3次,磁分离器弃上清液,加入5%(V/V)戊二醛溶液2mL,室温振荡交联2h,磁分离,弃上清液,用PBS洗涤3次并弃上清液后,分别采用0.5mL不同稀释倍数的相应病毒抗体包被氨基化Fe3O4纳米粒子,室温下振荡固定2h,磁分离,用PBS和超纯水分别洗涤3次,再用PBS定容,4℃冰箱保存备用,到具有最佳吸附量的一病毒抗体免疫磁珠。
本发明中所用到的材料:
1.1毒株
PVX购自美国AGDIA公司。
1.2主要试剂和耗材
(1)PCR反应试剂:10×PCR bμffer、dNTPs、MgCl2、Taq DNA聚合酶以及反转录酶(Reverse Transcriptase M-MLV)均购自宝生物工程(大连)有限公司;
(2)DNA Marker DL1000、6×loading bμffer,宝生物工程(大连)有限公司;
(3)RNA扩增反应试剂盒Loopamp RNA Amplification kit, 荧光目视检测试剂盒,SYBR Green I,Flμorescence Detection Reagent,反应试管均购自于北京蓝谱生物科技有限公司,
(4)Bst DNA polymerase large fragment:购自New England Biolabs公司;
(5)甜菜碱(Betaine):购自广州威佳生物有限公司;dNTPs、MgCl2,宝生物工程(大连)有限公司;
(6)LAMP引物(正向外引物F3、正向内引物FIP、反向内引物BIP、反向外引物B3)由宝生物工程(大连)有限公司合成;
(7)纳米磁珠(magnetic nano particles,MNP)试剂盒购自北京金纳科技有限公司;
1.3主要仪器设备
(1)-80℃冷冻冰箱;
(2)Labofμge400R高速冷冻台式离心机;
(3)微量移液器,1000μL、200μL、100μL、10μL,2.5μL,;
(4)分析天平,梅特勒-托利多仪器有限公司;
(5)高温高压灭菌锅;
(6)超纯水系统,Milli-Q Academic,Millipore公司;
(7)日本Shimadzμ公司ΜV-120-02型可见-紫外分光光度计;
(8)超净工作台;
(9)漩涡混合器;
(10)LAMP实时浊度仪,LA-320C,日本荣研生物公司。
本发明与现有技术相比,有益效果是:
一、本发明针对侵染马铃薯的PVM的外壳蛋白基因设计了一组特异性的引物,成功建立了针对这种病毒的LAMP检测方法;
二、本发明检测体系中的镁离子浓度、dNTP浓度、甜菜碱添加量、反应温度、内外引物间比例合适,从而使得
三、本发明中引物特异性较好,灵敏度高;
四、本发明利用LAMP法检测这两种病毒检测约耗时约2小时,比普通ELISA和RT-PCR方法更加快速;
五、本发明LAMP法不需要PCR仪等昂贵、操作复杂的仪器,水浴锅或恒温装置即可完成反应,反应结束后,通过观察是否产生了白色沉淀或加入SYBR显色剂观察颜色变化就可判定反应是否发生,操作简便,适于检验检疫局一线检测实验室推广,具有很好的应用前景。
具体实施方式
下面结合具体实施方式对本发明做进一步描述:
实施例1
一种马铃薯X病毒RT-LAMP鉴定用的试剂盒,该试剂盒包括有:
其中引物序列:
PVX-F3:5’-AGGCCTGTTCACTATCCCG-3’
PVX-B3:5’-TGATGCCGTTGGAATAGGGA-3’
PVX-FIP:5’-GCCTCAATCTTGCTGAGGTCCT-AGCCCGTGCCATAGTAGC-3’
PVX-BIP:5’-AAGGTGCCCACAGACACTATGG-CTGTTTGAGCGGATGATCCT-3’。
实施例2
一种马铃薯X病毒RT-LAMP鉴定用的试剂盒,该试剂盒包括有:
其中引物序列:
PVX-F3:5’-AGGCCTGTTCACTATCCCG-3’
PVX-B3:5’-TGATGCCGTTGGAATAGGGA-3’
PVX-FIP:5’-GCCTCAATCTTGCTGAGGTCCT-AGCCCGTGCCATAGTAGC-3’
PVX-BIP:5’-AAGGTGCCCACAGACACTATGG-CTGTTTGAGCGGATGATCCT-3’。
本发明中所述的2×反应液缓冲液由以下组分组成:
所述的酶溶液为Bst DNA聚合酶和AMV逆转录酶混合液。
荧光目视检测试剂中含有钙黄绿素荧光染料。
实施例3
一种马铃薯X病毒鉴定方法,包括以下步骤:
A、植物组织总DNA提取;
B、LAMP检测:
采用实施例2中所述的试剂盒配置预反应溶液,在预反应溶液中分别加入待检测的样品的DNA 5μL,使总量达到25μL;其中对照组在预反应溶液加入去离子水5μL;阳性对照在预反应溶液中加入带病毒的DNA 5μL;用移液器吸排液法混合,或者合上盖子轻击使溶液充分混合后瞬时离心,混合时避免产生气泡;将混合物置于反应孔中,于65℃恒温反应90min,最后80℃下保温5min以结束反应;
C、LAMP结果判断
扩增反应结束后,使用紫外线照射装置,波长240-260nm,350-370nm,从反应试管底部向上进行紫外线照射,佩戴眼镜等防护用具后从反应试管侧面进行观察,若与阳性对照一样发出绿色荧光,则判定为阳性即样品中带有马铃薯X病毒;若与阴性对照一样未发出绿色荧光,则判定样品中没有携带马铃薯X病毒。
实施例4
一种马铃薯X病毒鉴定方法,包括以下步骤:
A、植物组织总DNA提取;
步骤A中植物组织总DNA提取的具体步骤:
a制样:取0.5g的带毒组织加入1mL抽提缓冲液进行研磨;
b清洗纳米磁珠:取出免疫纳米磁珠到PCR管中,用ddH2O反复清洗纳米磁珠3次,在磁铁的作用下吸去ddH2O;
c结合:加入100μL的样品到PCR管中,用移液枪吸吐混匀样品和纳米磁珠,室温下吸附;
d清洗:在磁铁的作用下移去上清,纳米磁珠清洗3次;
e裂解:加入50μL ddH2O到PCR管中,用移液枪吸吐混匀纳米磁珠后,95℃,10min;
f取样:用磁铁吸附纳米磁珠,待PCR管内溶液澄清后,上清即为病毒RNA;
g核酸浓度的测定
取5μL DNA溶液加ddH2O梯度稀释至1mL,使用核酸蛋白分析仪或紫外分光光度计测260nm和280nm处的光密度值;RNA的浓度按照以下公式计算获得:
RNA C=40×N×A
式中:
C——RNA浓度(ng/μL)
A——260nm处的吸光值
N——核酸稀释倍数
1OD260nm=40μg/mL单链RNA
当OD260/OD280比值在1.7~1.9之间时,适宜于PCR扩增和LAMP检测。
其中所述纳米磁珠通过以下方法制备:
1)Fe3O4磁性纳米粒子制备与氨基化修饰
分别取5.2g FeCl3·6H2O、2.7g FeSO4·7H2O、0.85mL 12.1moL/L的浓盐酸溶解于200mL水中,超声脱氧,后将以上溶液滴入250mL、0.75moL/L NaOH溶液;所有反应在80℃下搅拌,随着反应的进行,反应液中出现黑色的沉淀,反应结束后,利用磁分离器将所得沉淀从反应介质中分离出来,再用去离子水清洗3次,无水乙醇清洗2次,并配成5g/mL的Fe3O4磁性纳米粒子无水乙醇溶液,取25mL Fe3O4磁性纳米粒子无水乙醇溶液,再用无水乙醇稀释到150mL,超声振荡30min,滴加0.4mL APTES,其中硅烷偶联剂:3-氨基丙基三乙氧基硅烷,室温下搅拌7h,反应完毕,用磁分离器将APTES修饰的Fe3O4磁性纳米粒子从反应介质中分离,并用无水乙醇溶液清洗3次,最后配成10.5mg/mL的氨基化Fe3O4纳米磁珠无水乙醇溶液;
2)免疫磁珠的制备
取0.5mL氨基化Fe3O4纳米磁珠无水乙醇溶液,用1mL PBS清洗3次,磁分离器弃上清液,加入5%(V/V)戊二醛溶液2mL,室温振荡交联2h,磁分离,弃上清液,用PBS洗涤3次并弃上清液后,分别采用0.5mL不同稀释倍数的相应病毒抗体包被氨基化Fe3O4纳米粒子,室温下振荡固定2h,磁分离,用PBS和超纯水分别洗涤3次,再用PBS定容,4℃冰箱保存备用,到具有最佳吸附量的一病毒抗体免疫磁珠。
B、LAMP检测:
采用实施例2中所述的试剂盒配置预反应溶液,在预反应溶液中分别加入待检测的样品的DNA 5μL,使总量达到25μL;其中对照组在预反应溶液加入去离子水5μL;阳性对照在预反应溶液中加入带病毒的DNA 5μL;用移液器吸排液法混合,或者合上盖子轻击使溶液充分混合后瞬时离心,混合时避免产生气泡;将混合物置于反应孔中,于65℃恒温反应90min,最后80℃下保温5min以结束反应;
C、LAMP结果判断
扩增反应结束后,使用紫外线照射装置,波长240-260nm,350-370nm,从反应试管底部向上进行紫外线照射,佩戴眼镜等防护用具后从反应试管侧面进行观察,若与阳性对照一样发出绿色荧光,则判定为阳性即样品中带有马铃薯X病毒;若与阴性对照一样未发出绿色荧光,则判定样品中没有携带马铃薯X病毒。
实施例5
一种马铃薯X病毒RT-LAMP鉴定用的试剂盒,该试剂盒包括有:
其中引物序列:
PVX-F3:5’-AGGCCTGTTCACTATCCCG-3’
PVX-B3:5’-TGATGCCGTTGGAATAGGGA-3’
PVX-FIP:5’-GCCTCAATCTTGCTGAGGTCCT-AGCCCGTGCCATAGTAGC-3’
PVX-BIP:5’-AAGGTGCCCACAGACACTATGG-CTGTTTGAGCGGATGATCCT-3’。
本发明中所述的2×反应液缓冲液由以下组分组成:
所述的酶溶液为Bst DNA聚合酶和AMV逆转录酶混合液。
荧光目视检测试剂中含有钙黄绿素荧光染料。
实施例6
一种马铃薯X病毒RT-LAMP鉴定用的试剂盒,该试剂盒包括有:
其中引物序列:
PVX-F3:5’-AGGCCTGTTCACTATCCCG-3’
PVX-B3:5’-TGATGCCGTTGGAATAGGGA-3’
PVX-FIP:5’-GCCTCAATCTTGCTGAGGTCCT-AGCCCGTGCCATAGTAGC-3’
PVX-BIP:5’-AAGGTGCCCACAGACACTATGG-CTGTTTGAGCGGATGATCCT-3’。
本发明中所述的2×反应液缓冲液由以下组分组成:
所述的酶溶液为Bst DNA聚合酶和AMV逆转录酶混合液。
荧光目视检测试剂中含有钙黄绿素荧光染料。
序列表
<110> 陈, 定虎
<120> 检测马铃薯X病毒用的引物、试剂盒及方法
<130> 检测马铃薯X病毒用的引物、试剂盒及方法
<160> 4
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 19
<212> DNA
<213> Potato virus X
<400> 1
aggcctgttc actatcccg 19
<210> 2
<211> 20
<212> DNA
<213> Potato virus X
<400> 2
tgatgccgtt ggaataggga 20
<210> 3
<211> 40
<212> DNA
<213> Potato virus X
<400> 3
gcctcaatct tgctgaggtc ctagcccgtg ccatagtagc 40
<210> 4
<211> 42
<212> DNA
<213> Potato virus X
<400> 4
aaggtgccca cagacactat ggctgtttga gcggatgatc ct 42
Claims (8)
1.一种检测马铃薯X病毒用的引物,其特征在于包括:
PVX-F3:5’-AGGCCTGTTCACTATCCCG-3’
PVX-B3:5’-TGATGCCGTTGGAATAGGGA-3’
PVX-FIP:5’-GCCTCAATCTTGCTGAGGTCCT-AGCCCGTGCCATAGTAGC-3’
PVX-BIP:5’-AAGGTGCCCACAGACACTATGG-CTGTTTGAGCGGATGATCCT-3’。
2.一种检测马铃薯X病毒用的试剂盒,其特征在于该试剂盒包括有:
3.根据权利要求2所述的试剂盒,其特征在于所述的2×反应液缓冲液由以下组分组成:
4.根据权利要求2所述的试剂盒,其特征在于所述的酶溶液为Bst DNA聚合酶和AMV逆转录酶混合液。
5.根据权利要求2至4所述的任一种试剂盒,其特征在于荧光目视检测试剂中含有钙黄绿素荧光染料。
6.一种马铃薯X病毒检测方法,其特征在于包括以下步骤:
A、植物组织总DNA提取;
B、LAMP检测:
采用权利要求2所述的试剂盒配置预反应溶液,在预反应溶液中分别加入待检测的样品的DNA 5μL,使总量达到25μL;其中对照组在预反应溶液加入去离子水5μL;阳性对照在预反应溶液中加入带病毒的DNA 5μL;用移液器吸排液法混合,或者合上盖子轻击使溶液充分混合后瞬时离心,混合时避免产生气泡;将混合物置于反应孔中,于65℃恒温反应90min,最后80℃下保温5min以结束反应;
C、LAMP结果判断
扩增反应结束后,使用紫外线照射装置,波长240-260nm,350-370nm,从反应试管底部向上进行紫外线照射,佩戴眼镜等防护用具后从反应试管侧面进行观察,若与阳性对照一样发出绿色荧光,则判定为阳性即样品中带有马铃薯X病毒;若与阴性对照一样未发出绿色荧光,则判定样品中没有携带马铃薯X病毒。
7.根据权利要求6所述的检测方法,其特征在于步骤A中植物组织总DNA提取的具体步骤:
a制样:取0.5g的带毒组织加入1mL抽提缓冲液进行研磨;
b清洗纳米磁珠:取出免疫纳米磁珠到PCR管中,用ddH2O反复清洗纳米磁珠3次,在磁铁的作用下吸去ddH2O;
c结合:加入100μL的样品到PCR管中,用移液枪吸吐混匀样品和纳米磁珠,室温下吸附;
d清洗:在磁铁的作用下移去上清,纳米磁珠清洗3次;
e裂解:加入50μL ddH2O到PCR管中,用移液枪吸吐混匀纳米磁珠后,95℃,10min;
f取样:用磁铁吸附纳米磁珠,待PCR管内溶液澄清后,上清即为病毒RNA;
g核酸浓度的测定
取5μL DNA溶液加ddH2O梯度稀释至1mL,使用核酸蛋白分析仪或紫外分光光度计测260nm和280nm处的光密度值;RNA的浓度按照以下公式计算获得:
RNA C=40×N×A
式中:
C——RNA浓度(ng/μL)
A——260nm处的吸光值
N——核酸稀释倍数
1OD260nm=40μg/mL单链RNA
当OD260/OD280比值在1.7~1.9之间时,适宜于PCR扩增和LAMP检测。
8.根据权利要求7所述的检测方法,其特征在于所述纳米磁珠通过以下方法制备:
1)Fe3O4磁性纳米粒子制备与氨基化修饰
分别取5.2g FeCl3·6H2O、2.7g FeSO4·7H2O、0.85mL 12.1moL/L的浓盐酸溶解于200mL水中,超声脱氧,后将以上溶液滴入250mL、0.75moL/L NaOH溶液;所有反应在80℃下搅拌,随着反应的进行,反应液中出现黑色的沉淀,反应结束后,利用磁分离器将所得沉淀从反应介质中分离出来,再用去离子水清洗3次,无水乙醇清洗2次,并配成5g/mL的Fe3O4磁性纳米粒子无水乙醇溶液,取25mL Fe3O4磁性纳米粒子无水乙醇溶液,再用无水乙醇稀释到150mL,超声振荡30min,滴加0.4mL APTES,其中硅烷偶联剂:3-氨基丙基三乙氧基硅烷,室温下搅拌7h,反应完毕,用磁分离器将APTES修饰的Fe3O4磁性纳米粒子从反应介质中分离,并用无水乙醇溶液清洗3次,最后配成10.5mg/mL的氨基化Fe3O4纳米磁珠无水乙醇溶液;
2)免疫磁珠的制备
取0.5mL氨基化Fe3O4纳米磁珠无水乙醇溶液,用1mL PBS清洗3次,磁分离器弃上清液,加入5%(V/V)戊二醛溶液2mL,室温振荡交联2h,磁分离,弃上清液,用PBS洗涤3次并弃上清液后,分别采用0.5mL不同稀释倍数的相应病毒抗体包被氨基化Fe3O4纳米粒子,室温下振荡固定2h,磁分离,用PBS和超纯水分别洗涤3次,再用PBS定容,4℃冰箱保存备用,到具有最佳吸附量的一病毒抗体免疫磁珠。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201810317483.6A CN108277297A (zh) | 2018-04-10 | 2018-04-10 | 检测马铃薯x病毒用的引物、试剂盒及方法 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201810317483.6A CN108277297A (zh) | 2018-04-10 | 2018-04-10 | 检测马铃薯x病毒用的引物、试剂盒及方法 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN108277297A true CN108277297A (zh) | 2018-07-13 |
Family
ID=62811517
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN201810317483.6A Pending CN108277297A (zh) | 2018-04-10 | 2018-04-10 | 检测马铃薯x病毒用的引物、试剂盒及方法 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
CN (1) | CN108277297A (zh) |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN109929811A (zh) * | 2019-02-15 | 2019-06-25 | 云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所 | 一种马铃薯品种中甸红中马铃薯x病毒毒株及其构建方法与应用 |
-
2018
- 2018-04-10 CN CN201810317483.6A patent/CN108277297A/zh active Pending
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN109929811A (zh) * | 2019-02-15 | 2019-06-25 | 云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所 | 一种马铃薯品种中甸红中马铃薯x病毒毒株及其构建方法与应用 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
Nishida et al. | Detection, quantitation, and phylogenetic analysis of noroviruses in Japanese oysters | |
CN111549176B (zh) | 用于检测SARS-CoV-2的LAMP引物组及试剂盒 | |
JP7015288B2 (ja) | シングルプレックス又はマルチプレックスアッセイにおいてヒトパルボウイルス核酸を検出及びa型肝炎ウイルス核酸を検出するための組成物及び方法 | |
Johnson et al. | Development of a magnetic capture hybridization real-time PCR assay for detection of tumorigenic Agrobacterium vitis in grapevines | |
Ju | Simple and rapid detection of potato leafroll virus by reverse transcription loop-mediated isothermal amplification | |
JP2023106506A (ja) | 血液サンプルをプールする方法 | |
CN105671210A (zh) | 基于lamp技术检测李痘病毒的引物、试剂盒及检测方法 | |
Hrdy et al. | Virus detection methods for different kinds of food and water samples–The importance of molecular techniques | |
CN108277297A (zh) | 检测马铃薯x病毒用的引物、试剂盒及方法 | |
CN103451316B (zh) | 用于检测建兰花叶病毒的引物、试剂盒及检测方法 | |
Wu et al. | Rapid detection of hepatitis A virus in foods using a bioluminescent assay in real-time (bart) and reverse transcription loop-mediated isothermal amplification (RT-LAMP) Technology | |
Zhang et al. | Detection of Potato virus Y from the stylets of a single aphid by one-step reverse transcription polymerase chain reaction | |
Arsenieff et al. | Diatom viruses | |
CN107354235A (zh) | 马铃薯x病毒鉴定用的引物、试剂盒及鉴定方法 | |
JP2018121607A (ja) | ジカウイルス検出用プライマーセット、アッセイキットおよび増幅方法 | |
CN113774162A (zh) | 新型冠状病毒等温扩增引物、检测方法及应用 | |
CN116042630A (zh) | 一种特异性结合猪传染性肠胃炎病毒s蛋白的核酸适配体及其应用 | |
CN106282405A (zh) | 李坏死环斑病毒lamp引物、试剂盒及检测方法 | |
Bai et al. | Exploring magnetic capture to improve the detection of human norovirus in strawberries | |
US9303292B2 (en) | Direct detection of unamplified hepatitis C virus RNA using unmodified gold nanoparticles | |
CN115838834A (zh) | 一种基于RT-RAA和CRISPR/Cas12a的人鼻病毒A型和C型检测体系 | |
US20040072145A1 (en) | Method of detecting norwalk-like virus (gII) | |
CN108300810A (zh) | 检测马铃薯m病毒用的引物、试剂盒及方法 | |
CN110628948B (zh) | 一种用于检测黄热病毒的引物组合、试剂盒和psr方法 | |
Chen et al. | Development of polyclonal antibodies-based serological methods for detection of the Rehmannia mosaic virus in field plants |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
PB01 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
WD01 | Invention patent application deemed withdrawn after publication | ||
WD01 | Invention patent application deemed withdrawn after publication |
Application publication date: 20180713 |