CN108265106A - 用于在癌症患者中预测药物反应性的方法 - Google Patents

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Abstract

本发明特征在于用于在患有癌症的患者中检测一种或多种生物标志物的水平或确定患有癌症的患者对治疗，例如用分泌型磷脂酶A2(sPLA2)可水解的、含顺铂的脂质体的治疗，的反应性的方法、装置、和试剂盒。本发明进一步包括通过给予例如脂质体来治疗患有癌症的患者的方法。

Description

用于在癌症患者中预测药物反应性的方法
技术领域
本发明涉及在癌症患者中使用生物标志物以预测这些癌症患者对治疗的反应性的方法。
背景技术
DNA微阵列可用于测量来自患者的肿瘤样品中的基因表达并促进诊断。除了类型、阶段和来源之外，基因表达还可以揭示在患者中的癌症的存在。基因表达甚至可以在预测癌症疗法的功效中起作用。近几十年来，国家癌症研究所(NCI)已经测试了癌症治疗在限制60种人类癌细胞系生长中的其效果。NCI还使用DNA微阵列测量了这60种癌细胞系中的基因表达。不同研究已经使用NCI数据集探索了基因表达与治疗效果之间的关系。
在癌症治疗期间，由于以尝试错误法来寻找有效的疗法，经常失去关键时间。另外，癌细胞经常对先前有效的疗法产生抗性。在此类情况下，通过早期检测这种对疗法的抗性，患者的结果将会大大改善。
因此，本领域需要能够预测癌症患者对癌症医学治疗的反应性的方法、装置和试剂盒。
发明内容
本发明特征在于用于在患有癌症的患者(例如患有对除分泌型磷脂酶A2(sPLA2)可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法具有抗性的癌症的患者(例如，人类)(例如，患有对除脂质体之外的一种或多种癌症疗法具有抗性的乳腺癌的患者))中检测一种或多种生物标志物(例如，示于表1-4的一种、两种、三种、四种、五种、十种、二十种、或所有生物标志物，例如COL5A2(SEQ ID NO：73或211))的水平的方法，和用于确定癌症患者(例如，患有乳腺癌的患者)对用脂质体的治疗的反应性的方法。本发明的特征还在于在患者(例如，患有乳腺癌或其治疗抗性形式的患者)中治疗癌症的方法，该方法包括向患者给予sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体，其中根据在此描述的诊断方法，该患者被确定或已经确定对脂质体有反应。
可以用这些方法诊断或治疗的癌症的示例性类型包括，例如：乳腺癌、前列腺癌、卵巢癌(例如，卵巢腺癌或胚胎性癌)、肝癌(例如，HCC或肝细胞瘤)、骨髓瘤(例如，多发性骨髓瘤)、结肠直肠癌(例如，结肠癌和直肠癌)、白血病(例如，急性髓性白血病、急性淋巴细胞白血病、慢性髓性白血病、慢性淋巴细胞白血病、急性成髓细胞白血病、急性早幼粒细胞性白血病、急性骨髓单核细胞白血病、急性单核细胞性白血病、急性红白血病、和慢性白血病)、骨髓增生异常综合征、淋巴瘤(例如，弥散性大B-细胞淋巴瘤、皮肤T-细胞淋巴瘤、外周T-细胞淋巴瘤、霍奇金氏淋巴瘤、非霍奇金氏淋巴瘤、瓦尔登斯特伦巨球蛋白血症、和淋巴细胞淋巴瘤)、宫颈癌、食管癌、黑色素瘤、胶质瘤(例如，少突神经胶质瘤)、胰腺癌(例如，腺鳞癌、印戒细胞癌、肝样癌、胶质性癌、胰岛细胞癌、和胰腺神经内分泌癌)、胃肠道间质瘤、肉瘤(例如，纤维肉瘤、黏液肉瘤、脂肪肉瘤、软骨肉瘤、骨原性肉瘤、血管肉瘤、内皮肉瘤、淋巴管肉瘤、淋巴管内皮肉瘤、平滑肌肉瘤、尤因氏肉瘤、和横纹肌肉瘤)、乳腺癌(例如，髓样癌)、雌激素受体(ER)阳性癌、膀胱癌、头颈癌(例如，头颈鳞状细胞癌)、肺癌(例如，非小细胞肺癌、大细胞癌、支气管癌、和乳头状腺癌)、转移癌、口腔癌、子宫癌、睾丸癌(例如，精原细胞癌和胚胎性癌)、皮肤癌(例如，鳞状细胞癌、和基底细胞瘤)、甲状腺癌(例如，乳头状癌和髓样癌)、脑癌(例如，星形细胞瘤和颅咽管瘤)、胃癌(stomach cancer)、上皮内癌、骨癌、胆管癌、眼癌、喉癌、肾癌(例如，肾细胞癌和肾母细胞瘤(Wilms tumor))、胃癌(gastriccancer)、母细胞瘤(例如，肾母细胞瘤、髓母细胞瘤、血管母细胞瘤、神经母细胞瘤、和视网膜母细胞瘤)、真性红细胞增多症、脊索瘤、滑膜瘤、间皮瘤、腺癌、汗腺瘤、皮脂腺癌、囊腺癌、胆管癌、绒毛膜癌、上皮癌、室管膜瘤、松果体瘤、听神经瘤、神经鞘瘤、脑膜瘤、垂体腺瘤、神经鞘膜肿瘤、小肠癌、内分泌系统癌、阴茎癌、尿道癌、皮肤黑色素瘤或眼内黑色素瘤、妇科肿瘤、小儿实体瘤、或中枢神经系统肿瘤。例如，这些癌症可以是实体瘤(例如，乳腺癌)或血液癌(例如，血癌，例如淋巴瘤(例如，急性髓细胞性白血病(AML)、急性成淋巴细胞白血病(ALL)、慢性淋巴细胞白血病(CLL)、骨髓增生异常综合征(MDS)、慢性髓细胞性白血病-慢性期(CMLCP)、弥散性大B-细胞淋巴瘤(DLBCL)、皮肤T-细胞淋巴瘤(CTCL)、外周T-细胞淋巴瘤(PTCL)、或霍奇金氏淋巴瘤))。
本发明的第一方面特征在于用于在患有癌症(例如，乳腺癌)的患者(例如患有对除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法具有抗性的癌症的患者(例如，患有对除脂质体之外的一种或多种癌症疗法具有抗性的乳腺癌的患者))中检测生物标志物(例如，示于表1和/或2中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、二十种、或所有生物标志物，例如COL5A2(SEQ ID NO：73或211))的水平的方法。该方法包括(a)将来自患者的样品(例如，肿瘤样品)(包括一种或多种核酸分子)与装置(例如，微阵列)接触，该装置包括：i)一种或多种单链核酸分子，该一种或多种单链核酸分子能够与选自表1和/或3所列出的那些的具有敏感性的一种或多种生物标志物或其互补体(例如，COL5A2(SEQ ID NO：73或211))的核苷酸特异性杂交；和/或ii)一种或多种单链核酸分子，该一种或多种单链核酸分子能够与选自表2和/或4所列出的那些的具有抗性的一种或多种生物标志物或其互补体(例如，SFN(SEQ ID NO：96或324))的核苷酸特异性杂交；和(b)通过检测该装置的一种或多种单链核酸分子和该样品的一种或多种核酸分子之间的杂交(例如，通过进行微阵列分析或定量逆转录聚合酶链式反应(qRT-PCR))，来检测在该样品中的具有敏感性的一种或多种生物标志物或其互补体和/或具有抗性的一种或多种生物标志物或其互补体的水平。可以通过确定对应于一种或多种生物标志物的信使RNA(mRNA)(例如，由COL5A2表达的mRNA(SEQID NO：73或211))或其互补DNA(cDNA)的水平来检测一种或多种生物标志物的水平。
在第一方面，该一种或多种癌症疗法可以包括手术、辐射、或治疗剂。具体地，该治疗剂可以选自下组，该组由以下各项组成：多西他赛、卡巴他塞、米托蒽醌、磷雌氮芥、泼尼松、卡铂、贝伐单抗、紫杉醇、吉西他滨、亚德里亚霉素(doxorubicin)、拓扑替康、依托泊苷、它莫西芬、来曲唑、索拉非尼、氟脲嘧啶、卡培他滨、奥沙利铂、干扰素α、5-氟脲嘧啶(5-FU)、组蛋白脱乙酰化酶(HDAC)抑制剂、易普利姆玛、硼替佐米、卡非佐米、沙利度胺、来那度胺、泊马度胺、地塞米松、环磷酰胺、长春新碱、美法仑、喃氟啶、伊立替康、西妥昔单抗、甲酰四氢叶酸、SN-38、依维莫司、坦罗莫司、博来霉素、罗氮芥、酯肽、厄洛替尼、白消安、表阿霉素、三氧化二砷、苯达莫司汀、氟维司群、替尼泊苷、亚德里亚霉素(adriamycin)、地西他滨、磷雌氮芥、氮鸟嘌呤、阿柔比星、丝裂霉素、紫杉醇、多西他赛、APO010、阿糖胞苷(ara-c)、甲泼尼龙、甲氨蝶呤、丙双脒腙、贝利司他、伊达比星、IL4-PR38、丙戊酸、全反式维甲酸(ATRA)、环磷酰胺、辛二酰苯胺异羟肟酸、苯丁酸氮芥、氟达拉滨、长春花碱、达卡巴嗪、羟基脲、喃氟啶、柔红霉素、氮芥、链佐星、卡莫司汀、巯嘌呤、更生霉素、维甲酸、异环磷酰胺、氟尿苷、硫鸟嘌呤、PSC 833、赫塞汀、赛来昔布、易瑞沙、阿那曲唑、和利妥昔单抗。
本发明的第二方面特征在于确定患有癌症(例如，以上所指出的癌症中的一种，例如乳腺癌)的患者对脂质体的反应性的方法。具体地，该患者可以患有对除脂质体之外的一种或多种癌症疗法具有抗性的癌症，例如对除脂质体之外的一种或多种癌症疗法具有抗性的乳腺癌。该方法包括a)将来自患者的样品(例如，肿瘤样品)(包括一种或多种核酸分子)与装置(例如，微阵列或用于进行qRT-PCR反应的装置)接触，该装置包括：i)一种或多种单链核酸分子，该一种或多种单链核酸分子能够与选自表1和/或3所列出的那些的具有敏感性的一种或多种生物标志物或其互补体(例如，COL5A2(SEQ ID NO：73或211))的核苷酸特异性杂交；和/或ii)一种或多种单链核酸分子，该一种或多种单链核酸分子能够与选自表2和/或4所列出的那些的具有抗性的一种或多种生物标志物或其互补体(例如，SFN(SEQ IDNO：96或324))的核苷酸特异性杂交；和b)通过检测该装置的单链核酸分子和该样品的一种或多种核酸分子之间的杂交，来检测具有敏感性的一种或多种生物标志物或其互补体和/或具有抗性的一种或多种生物标志物或其互补体的水平。患者被确定对脂质体有反应，条件是：i)具有敏感性的生物标志物或其互补体(例如，COL5A2(SEQ ID NO：73或211))的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的具有敏感性的生物标志物或其互补体的水平；和/或ii)具有抗性的生物标志物或其互补体(例如，SFN(SEQ ID NO：96或324))的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的具有抗性的生物标志物或其互补体的水平。
第二方面的方法可以进一步包括向该患者给予脂质体，条件是：i)具有敏感性的生物标志物或其互补体(例如，COL5A2(SEQ ID NO：73或211))的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的具有敏感性的生物标志物或其互补体的水平；和/或ii)具有抗性的生物标志物或其互补体(例如，SFN(SEQ ID NO：96或324))的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的具有抗性的生物标志物或其互补体的水平。该方法可以进一步包括向该患者给予除脂质体之外的一种或多种癌症疗法，条件是：i)具有敏感性的生物标志物或其互补体(例如，COL5A2(SEQ ID NO：73或211))的水平基本上不类似于已知对脂质体敏感的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的具有敏感性的生物标志物或其互补体的水平；和/或ii)具有抗性的生物标志物或其互补体(例如，SFN(SEQ ID NO：96或324))的水平基本上类似于已知对脂质体具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的具有抗性的生物标志物或其互补体的水平。
具体地，癌症疗法中的这一种或多种包括：手术、辐射、或治疗剂(例如多西他赛、卡巴他塞、米托蒽醌、磷雌氮芥、泼尼松、卡铂、贝伐单抗、紫杉醇、吉西他滨、亚德里亚霉素(doxorubicin)、拓扑替康、依托泊苷、它莫西芬、来曲唑、索拉非尼、氟脲嘧啶、卡培他滨、奥沙利铂、干扰素α、5-氟脲嘧啶(5-FU)、组蛋白脱乙酰化酶(HDAC)抑制剂、易普利姆玛、硼替佐米、卡非佐米、沙利度胺、来那度胺、泊马度胺、地塞米松、环磷酰胺、长春新碱、美法仑、喃氟啶、伊立替康、西妥昔单抗、甲酰四氢叶酸、SN-38、依维莫司、坦罗莫司、博来霉素、罗氮芥、酯肽、厄洛替尼、白消安、表阿霉素、三氧化二砷、苯达莫司汀、氟维司群、替尼泊苷、亚德里亚霉素(adriamycin)、地西他滨、磷雌氮芥、氮鸟嘌呤、阿柔比星、丝裂霉素、紫杉醇、多西他赛、APO010、阿糖胞苷(ara-c)、甲泼尼龙、甲氨蝶呤、丙双脒腙、贝利司他、伊达比星、IL4-PR38、丙戊酸、全反式维甲酸(ATRA)、环磷酰胺、辛二酰苯胺异羟肟酸、苯丁酸氮芥、氟达拉滨、长春花碱、达卡巴嗪、羟基脲、喃氟啶、柔红霉素、氮芥、链佐星、卡莫司汀、巯嘌呤、更生霉素、维甲酸、异环磷酰胺、氟尿苷、硫鸟嘌呤、PSC 833、赫塞汀、赛来昔布、易瑞沙、阿那曲唑、和利妥昔单抗)。
本发明的第三方面特征在于一种方法，该方法包括将来自患有对一种或多种癌症疗法具有抗性的癌症(例如，乳腺癌)的患者(例如患有对除脂质体之外的一种或多种癌症疗法具有抗性的癌症的患者(例如，患有对除脂质体之外的一种或多种癌症疗法具有抗性的乳腺癌的患者))的样品(包括一种或多种核酸分子)与装置接触，该装置包括：i)一种或多种单链核酸分子，该一种或多种单链核酸分子能够与选自表1和3的生物标志物的具有敏感性的一种或多种生物标志物或其互补体(例如，COL5A2(SEQ ID NO：73或211))的核苷酸特异性杂交，其中该具有敏感性的生物标志物不是C1QR1(SEQ ID NO：13)、SLA(SEQ ID NO：48)、PTPN7(SEQ ID NO：77)、CENTB1(SEQ ID NO：37)、IFI16(SEQ ID NO：17或261)、ARHGEF6(SEQ ID NO：36或294)、CD3D(SEQ ID NO：81)、ARHGAP15(SEQ ID NO：30)、HCLS1(SEQ IDNO：16或259)、CD53(SEQ ID NO：282)、PTPRCAP(SEQ ID NO：8)、或PTPRC(SEQ ID NO：10，18，25，或243)；和/或ii)一种或多种单链核酸分子，该一种或多种单链核酸分子能够与选自表2和/或4所列出的那些的具有抗性的一种或多种生物标志物或其互补体(例如，SFN(SEQ IDNO：96或324))的核苷酸特异性杂交。该方法还包括：通过检测该装置的一种或多种单链核酸分子和该样品的一种或多种核酸分子之间的杂交(例如，通过进行微阵列分析或定量逆转录聚合酶链式反应(qRT-PCR))，来检测在该样品中的具有敏感性的一种或多种生物标志物或其互补体和/或具有抗性的一种或多种生物标志物或其互补体的水平。可以通过确定对应于一种或多种生物标志物的信使RNA(mRNA)(例如，由COL5A2表达的mRNA(SEQ ID NO：73或211))或其互补DNA(cDNA)的水平来检测一种或多种生物标志物的水平。
第三方面的方法可以进一步包括患者被确定对脂质体有反应，条件是：i)具有敏感性的生物标志物或其互补体(例如，COL5A2(SEQ ID NO：73或211))的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的具有敏感性的生物标志物或其互补体的水平；和/或ii)具有抗性的生物标志物或其互补体(例如，SFN(SEQ IDNO：96或324))的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的具有抗性的生物标志物或其互补体的水平。该方法还包括向该患者给予脂质体，条件是：i)具有敏感性的生物标志物或其互补体(例如，COL5A2(SEQ ID NO：73或211))的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的具有敏感性的生物标志物或其互补体的水平；和/或ii)具有抗性的生物标志物或其互补体(例如，SFN(SEQ ID NO：96或324))的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的具有抗性的生物标志物或其互补体的水平。
在本发明的上述方面的任一者中，该方法可以进一步包括检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或其互补体的水平。具体地，该方法可以包括：将肿瘤样品与一种或多种单链核酸分子接触和检测样该品中的PLA2G2A或其互补体的水平，该一种或多种单链核酸分子能够与PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或其互补体的核苷酸特异性杂交。任选地，该检测通过进行微阵列分析或qRT-PCR发生。该方法可以进一步包括当在来自患者的样品中检测到PLA2G2A的水平时，向患者给予脂质体。该方法还可以进一步包括：检测来自患者的肿瘤样品中的sPLA2蛋白质，例如通过将肿瘤样品与抗sPLA2抗体接触并检测该sPLA2蛋白质和该抗sPLA2抗体之间的结合。另外地，该方法可以包括当在来自患者的样品中检测到sPLA2蛋白质时，向患者给予脂质体。
本发明还特征在于在对其有需要的患者中治疗癌症(例如，以上所指出的癌症中的一种，例如乳腺癌)的方法，该方法包括向患者给予脂质体，其中根据本发明的第一或第二方面的方法，该患者已经被确定对脂质体有反应。具体地，该患者可以患有对除脂质体之外的一种或多种癌症疗法具有抗性的癌症(例如患有对除脂质体之外的一种或多种癌症疗法具有抗性的乳腺癌的患者)。
本发明的第四方面特征在于治疗患有癌症(例如，以上所指出的癌症中的一种，例如乳腺癌)的患者的方法。具体地，该患者可以患有对除脂质体之外的一种或多种癌症疗法具有抗性的癌症(例如患有对除脂质体之外的一种或多种癌症疗法具有抗性的乳腺癌的患者)。该方法包括a)将来自患者的样品(例如，肿瘤样品)(包括一种或多种核酸分子)与装置(例如，微阵列或用于进行qRT-PCR反应的装置)接触，该装置包括：i)一种或多种单链核酸分子，该一种或多种单链核酸分子能够与选自表1和/或3所列出的那些的具有敏感性的一种或多种生物标志物或其互补体(例如，COL5A2(SEQ ID NO：73或211))的核苷酸特异性杂交；和/或ii)一种或多种单链核酸分子，该一种或多种单链核酸分子能够与选自表2和/或4所列出的那些的具有抗性的一种或多种生物标志物或其互补体(例如，SFN(SEQ ID NO：96或324))的核苷酸特异性杂交；b)通过检测该装置的一种或多种单链核酸分子和该样品的一种或多种核酸分子之间的杂交，来检测具有敏感性的一种或多种生物标志物或其互补体和/或具有抗性的一种或多种生物标志物或其互补体的水平；和c)向该患者给予脂质体，条件是：i)具有敏感性的生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的具有敏感性的生物标志物或其互补体的水平；和/或ii)具有抗性的生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的具有抗性的生物标志物或其互补体的水平。
本发明的第四方面的方法可以进一步包括向患者给予一种或多种另外的疗法(例如，手术、辐射，或治疗剂)，该一种或多种另外的疗法在给予脂质体之前、与之同时、或之后给予。具体地，该治疗剂可以选自下组，该组由以下各项组成：多西他赛、卡巴他塞、米托蒽醌、磷雌氮芥、泼尼松、卡铂、贝伐单抗、紫杉醇、吉西他滨、亚德里亚霉素(doxorubicin)、拓扑替康、依托泊苷、它莫西芬、来曲唑、索拉非尼、氟脲嘧啶、卡培他滨、奥沙利铂、干扰素α、5-氟脲嘧啶(5-FU)、组蛋白脱乙酰化酶(HDAC)抑制剂、易普利姆玛、硼替佐米、卡非佐米、沙利度胺、来那度胺、泊马度胺、地塞米松、环磷酰胺、长春新碱、美法仑、喃氟啶、伊立替康、西妥昔单抗、甲酰四氢叶酸、SN-38、依维莫司、坦罗莫司、博来霉素、罗氮芥、酯肽、厄洛替尼、顺铂、白消安、表阿霉素、三氧化二砷、苯达莫司汀、氟维司群、替尼泊苷、亚德里亚霉素(adriamycin)、地西他滨、磷雌氮芥、氮鸟嘌呤、阿柔比星、丝裂霉素、紫杉醇、多西他赛、APO010、阿糖胞苷(ara-c)、甲泼尼龙、甲氨蝶呤、丙双脒腙、贝利司他、伊达比星、IL4-PR38、丙戊酸、全反式维甲酸(ATRA)、环磷酰胺、辛二酰苯胺异羟肟酸、苯丁酸氮芥、氟达拉滨、长春花碱、达卡巴嗪、羟基脲、喃氟啶、柔红霉素、氮芥、链佐星、卡莫司汀、巯嘌呤、更生霉素、维甲酸、异环磷酰胺、氟尿苷、硫鸟嘌呤、PSC 833、赫塞汀、赛来昔布、易瑞沙、阿那曲唑、和利妥昔单抗。该治疗剂可以被肠胃外(例如静脉内、肌内、经皮、皮内、动脉内、颅内、皮下、眶内、心室内、脊柱内、腹腔内、或鼻内)，肠内，或局部给予。
在本发明的第四个方面，脂质体可以被肠胃外(例如静脉内、肌内、经皮、皮内、动脉内、颅内、皮下、眶内、心室内、脊柱内、腹腔内、或鼻内)，肠内，或局部给予。优选地，脂质体通过静脉内注射被给予。脂质体可以按约60mg/m2至约120mg/m2的顺铂(例如，60-120mg/m2)的剂量向患者给予。具体地，脂质体以每周约60mg/m2的顺铂、每周约75mg/m2的顺铂、或每周约90mg/m2的顺铂的剂量向患者给予。该方法可以包括在治疗方案中每一周、每两周或每三周向患者给予至少一次脂质体，或在3周治疗方案的第1天和第8天向患者给予至少一次脂质体，其中该治疗方案可以任选地重复两次至二十次。
在本发明的第四个方面，接触步骤(a)和检测步骤(b)可以在向患者给予脂质体之前、与之同时或之后发生。另外地，接触步骤(a)和检测步骤(b)可以发生两次或更多次，例如，在用脂质体的治疗期间发生。例如，接触步骤(a)和测量步骤(b)可以发生两次或更多次以评价患者对脂质体的持续敏感性。
在本发明的上述方面的任一者中，该癌症选自实体瘤癌症和血液癌。例如，该癌症是乳腺癌、急性髓细胞性白血病(AML)、急性成淋巴细胞白血病(ALL)、慢性淋巴细胞白血病(CLL)、骨髓增生异常综合征(MDS)、慢性髓细胞性白血病-慢性期(CMLCP)、弥散性大B-细胞淋巴瘤(DLBCL)、皮肤T-细胞淋巴瘤(CTCL)、外周T-细胞淋巴瘤(PTCL)、霍奇金氏淋巴瘤、肝细胞癌(HCC)、宫颈癌、肾细胞癌(RCC)、食管癌、黑色素瘤、胶质瘤、胰腺癌、胃肠道间质瘤(GIST)、肉瘤、非小细胞肺癌(NSCLC)、前列腺癌、卵巢癌、结肠癌、膀胱癌、和头颈鳞状细胞癌(SCCHN)。具体地，该癌症是乳腺癌，例如雌激素受体阳性(ERpos)乳腺癌和/或乳腺癌的转移性形式。
在本发明的第二或第四方面，已知对脂质体敏感的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)和/或已知对脂质体具有抗性的细胞或组织与来自患者的样品中的细胞或组织的类型相同，或与该样品的一种或多种核酸分子所衍生自的细胞或组织的类型相同。具体地，已知对脂质体敏感的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)和/或已知对脂质体具有抗性的细胞或组织与来自患者的样品中的细胞或组织的癌症(例如，乳腺癌)类型相同，或与该样品的一种或多种核酸分子所衍生自的细胞或组织的癌症(例如，乳腺癌)类型相同。
在本发明的上述方面的任一者中，该患者可以展现癌症复发(例如，乳腺癌的复发)，例如在第一次癌症治疗之后复发和在用除脂质体之外的治疗剂进行治疗之前复发。可替代地，该患者可以没有被给予癌症治疗。另外地，该患者可以尚未被确定对脂质体具有抗性。
在本发明的上述方面的任一者中，该装置可以包括至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少十种、或更多种单链核酸分子，这些单链核酸分子能够与选自表1和3的生物标志物的具有敏感性的一种或多种生物标志物或其互补体(例如，COL5A2(SEQ ID NO：73或211)的核苷酸特异性杂交；和/或至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少十种、或更多种单链核酸分子，这些单链核酸分子能够与选自表2和4的生物标志物的具有抗性的一种或多种生物标志物或其互补体(例如，SFN(SEQ ID NO：96或324))的核苷酸特异性杂交。具体地，该装置的单链核酸分子中的一种或多种具有在10至100个核苷酸的范围内的长度(例如，在20至60个核苷酸的范围内的长度)。例如，该一种或多种单链核酸分子被标记或固定在固体基质上。
在本发明的上述方面的任一者中，该方法可以包括将具有敏感性的一种或多种生物标志物或其互补体(例如，示于表1和3中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、二十种、或所有生物标志物，例如COL5A2(SEQ ID NO：73或211))和/或具有抗性的一种或多种生物标志物或其互补体(例如，示于表2和4中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、二十种、或所有生物标志物，例如SFN(SEQ ID NO：96或324))的水平转换成平均得分，其中该平均得分指示患者对脂质体的反应性。该方法可以进一步包括从具有敏感性的生物标志物中的一种或多种(例如，示于表1和3中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、二十种、或所有生物标志物，例如COL5A2(SEQ ID NO：73或211)的平均得分中减去具有抗性的生物标志物中的一种或多种(例如，示于表2和4中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、二十种、或所有生物标志物，例如SFN(SEQ ID NO：96或324))的平均得分，以获得差值得分，其中该差值得分指示患者对脂质体的反应性。具体地，高于截止值的平均得分和/或该差值得分指示患者对脂质体有反应，例如当该截止值为约0.25、约0.3、约0.35、约0.4、约0.45、约0.5、或更大。
在本发明的上述方面的任一者中，该装置可以是微阵列，例如基于脱氧核糖核酸(DNA)的平台。可替代地，该装置可以用于进行qRT-PCR反应(例如，该装置与用于检测扩增产物的系统一起使用，例如通过荧光或通过另一种方法)。这些方法还可以利用微阵列和qRT-PCR两者。因此，可以使用qRT-PCR测量具有敏感性的生物标志物(例如，示于表1和3中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、二十种、或所有生物标志物，例如COL5A2(SEQ ID NO：73或211))和/或具有抗性的生物标志物(例如，示于表2和4中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、二十种、或所有生物标志物，例如SFN(SEQ ID NO：96或324))的水平。具体地，通过进行微阵列分析或qRT-PCR检测具有敏感性的一种或多种生物标志物或其互补体(例如，示于表1和3中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、二十种、或所有生物标志物，例如COL5A2(SEQ ID NO：73或211))和/或具有抗性的一种或多种生物标志物或其互补体(例如，示于表2和4中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、二十种、或所有生物标志物，例如SFN(SEQ IDNO：96或324))的水平。另外地，样品的核酸分子可以包括mRNA或其cDNA。
在本发明的上述方面的任一者中，具有敏感性的生物标志物可以选自COL5A2(SEQID NO：73或211)、ITGA4(SEQ ID NO：1)、MSN(SEQ ID NO：2)、FAM46A(SEQ ID NO：3或280)、ITGB2(SEQ ID NO：4)、DOCK2(SEQ ID NO：5或223)、EVL(SEQ ID NO：6)、SACS(SEQ ID NO：7)、EBI2(SEQ ID NO：9)、ANP32E(SEQ ID NO：11)、SFPQ (SEQ ID NO：12，38或272)、FNBP1(SEQ ID NO：14或28)、CBFB(SEQ ID NO：15)、SFRS7(SEQ ID NO：19或54)、和CAP350(SEQ IDNO：20或61)中的一种或多种。具有抗性的生物标志物可以选自SFN(SEQ ID NO：96或324)、LISCH7(SEQ ID NO：97)、EPB41L4B(SEQ ID NO：98)、MST1R(SEQ ID NO：99)、ITGB4(SEQ IDNO：100)、DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)、TACSTD1(SEQ ID NO：104)、MISP(SEQ ID NO：105)、KRT8(SEQ ID NO：106)、JUP(SEQ ID NO：107或400)、KRT18(SEQ ID NO：108或306)、FA2H(SEQ ID NO：109)、MGAT4B(SEQ ID NO：110)、DSG2(SEQ ID NO：111或312)、和LRP5(SEQID NO：112)中的一种或多种。
例如，具有敏感性的生物标志物可以包括COL5A2(SEQ ID NO：73或211)和ITGA4(SEQ ID NO：1)。具有敏感性的生物标志物可以包括COL5A2(SEQ ID NO：73或211)、ITGA4(SEQ ID NO：1)、和MSN(SEQ ID NO：2)。具有敏感性的生物标志物可以包括COL5A2(SEQ IDNO：73或211)、ITGA4(SEQ ID NO：1)、MSN(SEQ ID NO：2)、和FAM46A(SEQ ID NO：3或280)。具有敏感性的生物标志物可以包括COL5A2(SEQ ID NO：73或211)、ITGA4(SEQ ID NO：1)、MSN(SEQ ID NO：2)、FAM46A(SEQ ID NO：3或280)、和ITGB2(SEQ ID NO：4)。具有敏感性的生物标志物可以包括COL5A2(SEQ ID NO：73或211)、ITGA4(SEQ ID NO：1)、MSN(SEQ ID NO：2)、FAM46A(SEQ ID NO：3或280)、ITGB2(SEQ ID NO：4)、和DOCK2(SEQ ID NO：5或223)。具有敏感性的生物标志物可以包括COL5A2(SEQ ID NO：73或211)、ITGA4(SEQ ID NO：1)、MSN(SEQID NO：2)、FAM46A(SEQ ID NO：3或280)、ITGB2(SEQ ID NO：4)、DOCK2(SEQ ID NO：5或223)、和EVL(SEQ ID NO：6)。具有敏感性的生物标志物可以包括COL5A2(SEQ ID NO：73或211)、ITGA4(SEQ ID NO：1)、MSN(SEQ ID NO：2)、FAM46A(SEQ ID NO：3或280)、ITGB2(SEQ ID NO：4)、DOCK2(SEQ ID NO：5或223)、EVL(SEQ ID NO：6)、和SACS(SEQ ID NO：7)。具有敏感性的生物标志物可以包括COL5A2(SEQ ID NO：73或211)、ITGA4(SEQ ID NO：1)、MSN(SEQ ID NO：2)、FAM46A(SEQ ID NO：3或280)、ITGB2(SEQ ID NO：4)、DOCK2(SEQ ID NO：5或223)、EVL(SEQ ID NO：6)、SACS(SEQ ID NO：7)、和PTPRCAP(SEQ ID NO：8)。具有敏感性的生物标志物可以包括COL5A2(SEQ ID NO：73或211)、ITGA4(SEQ ID NO：1)、MSN(SEQ ID NO：2)、FAM46A(SEQ ID NO：3或280)、ITGB2(SEQ ID NO：4)、DOCK2(SEQ ID NO：5或223)、EVL(SEQ ID NO：6)、SACS(SEQ ID NO：7)、PTPRCAP(SEQ ID NO：8)、和EBI2(SEQ ID NO：9)。具有敏感性的生物标志物可以包括COL5A2(SEQ ID NO：73或211)、ITGA4(SEQ ID NO：1)、MSN(SEQ ID NO：2)、FAM46A(SEQ ID NO：3或280)、ITGB2(SEQ ID NO：4)、DOCK2(SEQ ID NO：5或223)、EVL(SEQ ID NO：6)、SACS(SEQ ID NO：7)、PTPRCAP(SEQ ID NO：8)、EBI2(SEQ ID NO：9)、和PTPRC(SEQ ID NO：10、18、25、或243)。具有敏感性的生物标志物可以包括COL5A2(SEQ IDNO：73或211)、ITGA4(SEQ ID NO：1)、MSN(SEQ ID NO：2)、FAM46A(SEQ ID NO：3或280)、ITGB2(SEQ ID NO：4)、DOCK2(SEQ ID NO：5或223)、EVL(SEQ ID NO：6)、SACS(SEQ ID NO：7)、PTPRCAP(SEQ ID NO：8)、EBI2(SEQ ID NO：9)、PTPRC(SEQ ID NO：10、18、25、或243)、和ANP32E(SEQ ID NO：11)。具有敏感性的生物标志物可以包括COL5A2(SEQ ID NO：73或211)、ITGA4(SEQ ID NO：1)、MSN(SEQ ID NO：2)、FAM46A(SEQ ID NO：3或280)、ITGB2(SEQ ID NO：4)、DOCK2(SEQ ID NO：5或223)、EVL(SEQ ID NO：6)、SACS(SEQ ID NO：7)、PTPRCAP(SEQ IDNO：8)、EBI2(SEQ ID NO：9)、PTPRC(SEQ ID NO：10、18、25、或243)、ANP32E(SEQ ID NO：11)、和SFPQ(SEQ ID NO：12、38或272)。具有敏感性的生物标志物可以包括COL5A2(SEQ ID NO：73或211)、ITGA4(SEQ ID NO：1)、MSN(SEQ ID NO：2)、FAM46A(SEQ ID NO：3或280)、ITGB2(SEQ ID NO：4)、DOCK2(SEQ ID NO：5或223)、EVL(SEQ ID NO：6)、SACS(SEQ ID NO：7)、PTPRCAP(SEQ ID NO：8)、EBI2(SEQ ID NO：9)、PTPRC(SEQ ID NO：10、18、25、或243)、ANP32E(SEQ ID NO：11)、SFPQ(SEQ ID NO：12、38或272)、和C1QR1(SEQ ID NO：13)。具有敏感性的生物标志物可以包括COL5A2(SEQ ID NO：73或211)、ITGA4(SEQ ID NO：1)、MSN(SEQ ID NO：2)、FAM46A(SEQ ID NO：3或280)、ITGB2(SEQ ID NO：4)、DOCK2(SEQ ID NO：5或223)、EVL(SEQ ID NO：6)、SACS(SEQ ID NO：7)、PTPRCAP(SEQ ID NO：8)、EBI2(SEQ ID NO：9)、PTPRC(SEQ ID NO：10、18、25、或243)、ANP32E(SEQ ID NO：11)、SFPQ(SEQ ID NO：12、38或272)、C1QR1(SEQ ID NO：13)、和FNBP1(SEQ ID NO：14或28)。具有敏感性的生物标志物可以包括COL5A2(SEQ ID NO：73或211)、ITGA4(SEQ ID NO：1)、MSN(SEQ ID NO：2)、FAM46A(SEQ IDNO：3或280)、ITGB2(SEQ ID NO：4)、DOCK2(SEQ ID NO：5或223)、EVL(SEQ ID NO：6)、SACS(SEQ ID NO：7)、PTPRCAP(SEQ ID NO：8)、EBI2(SEQ ID NO：9)、PTPRC(SEQ ID NO：10、18、25、或243)、ANP32E(SEQ ID NO：11)、SFPQ(SEQ ID NO：12、38或272)、C1QR1(SEQ ID NO：13)、FNBP1(SEQ ID NO：14或28)、和CBFB(SEQ ID NO：15)。具有敏感性的生物标志物可以包括COL5A2(SEQ ID NO：73或211)、ITGA4(SEQ ID NO：1)、MSN(SEQ ID NO：2)、FAM46A(SEQ IDNO：3或280)、ITGB2(SEQ ID NO：4)、DOCK2(SEQ ID NO：5或223)、EVL(SEQ ID NO：6)、SACS(SEQ ID NO：7)、EBI2(SEQ ID NO：9)、ANP32E(SEQ ID NO：11)、SFPQ(SEQ ID NO：12、38或272)、FNBP1(SEQ ID NO：14或28)、CBFB(SEQ ID NO：15)、和SFRS7(SEQ ID NO：19或54)。具有敏感性的生物标志物可以包括COL5A2(SEQ ID NO：73或211)、ITGA4(SEQ ID NO：1)、MSN(SEQ ID NO：2)、FAM46A(SEQ ID NO：3或280)、ITGB2(SEQ ID NO：4)、DOCK2(SEQ ID NO：5或223)、EVL(SEQ ID NO：6)、SACS(SEQ ID NO：7)、EBI2(SEQ ID NO：9)、ANP32E(SEQ ID NO：11)、SFPQ(SEQ ID NO：12、38或272)、FNBP1(SEQ ID NO：14或28)、CBFB(SEQ ID NO：15)、SFRS7(SEQ ID NO：19或54)、和CAP350(SEQ ID NO：20或61)。
例如，具有抗性的生物标志物可以包括SFN(SEQ ID NO：96或324)和LISCH7(SEQID NO：97)。具有抗性的生物标志物可以包括SFN(SEQ ID NO：96或324)、LISCH7(SEQ IDNO：97)、和EPB41L4B(SEQ ID NO：98)。具有抗性的生物标志物可以包括SFN(SEQ ID NO：96或324)、LISCH7(SEQ ID NO：97)、EPB41L4B(SEQ ID NO：98)、和MST1R(SEQ ID NO：99)。具有抗性的生物标志物可以包括SFN(SEQ ID NO：96或324)、LISCH7(SEQ ID NO：97)、EPB41L4B(SEQ ID NO：98)、MST1R(SEQ ID NO：99)、和ITGB4(SEQ ID NO：100)。具有抗性的生物标志物可以包括SFN(SEQ ID NO：96或324)、LISCH7(SEQ ID NO：97)、EPB41L4B(SEQ ID NO：98)、MST1R(SEQ ID NO：99)、ITGB4(SEQ ID NO：100)、和DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)。具有抗性的生物标志物可以包括SFN(SEQ ID NO：96或324)、LISCH7(SEQ ID NO：97)、EPB41L4B(SEQ ID NO：98)、MST1R(SEQ ID NO：99)、ITGB4(SEQ ID NO：100)、DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)、和TACSTD1(SEQ ID NO：104)。具有抗性的生物标志物可以包括SFN(SEQ ID NO：96或324)、LISCH7(SEQ ID NO：97)、EPB41L4B(SEQ ID NO：98)、MST1R(SEQ ID NO：99)、ITGB4(SEQ ID NO：100)、DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)、TACSTD1(SEQ ID NO：104)、和MISP(SEQID NO：105)。具有抗性的生物标志物可以包括SFN(SEQ ID NO：96或324)、LISCH7(SEQ IDNO：97)、EPB41L4B(SEQ ID NO：98)、MST1R(SEQ ID NO：99)、ITGB4(SEQ ID NO：100)、DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)、TACSTD1(SEQ ID NO：104)、MISP(SEQ ID NO：105)、和KRT8(SEQ IDNO：106)。具有抗性的生物标志物可以包括SFN(SEQ ID NO：96或324)、LISCH7(SEQ ID NO：97)、EPB41L4B(SEQ ID NO：98)、MST1R(SEQ ID NO：99)、ITGB4(SEQ ID NO：100)、DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)、TACSTD1(SEQ ID NO：104)、MISP(SEQ ID NO：105)、KRT8(SEQ IDNO：106、和JUP(SEQ ID NO：107或400)。具有抗性的生物标志物可以包括SFN(SEQ ID NO：96或324)、LISCH7(SEQ ID NO：97)、EPB41L4B(SEQ ID NO：98)、MST1R(SEQ ID NO：99)、ITGB4(SEQ ID NO：100)、DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)、TACSTD1(SEQ ID NO：104)、MISP(SEQ IDNO：105)、KRT8(SEQ ID NO：106)、JUP(SEQ ID NO：107或400)、和KRT18(SEQ ID NO：108或306。具有抗性的生物标志物可以包括SFN(SEQ ID NO：96或324)、LISCH7(SEQ ID NO：97)、EPB41L4B(SEQ ID NO：98)、MST1R(SEQ ID NO：99)、ITGB4(SEQ ID NO：100)、DBNDD2(SEQ IDNO：102或365)、TACSTD1(SEQ ID NO：104)、MISP(SEQ ID NO：105)、KRT8(SEQ ID NO：106)、JUP(SEQ ID NO：107或400)、KRT18(SEQ ID NO：108或306、和FA2H(SEQ ID NO：109)。具有抗性的生物标志物可以包括SFN(SEQ ID NO：96或324)、LISCH7(SEQ ID NO：97)、EPB41L4B(SEQ ID NO：98)、MST1R(SEQ ID NO：99)、ITGB4(SEQ ID NO：100)、DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)、TACSTD1(SEQ ID NO：104)、MISP(SEQ ID NO：105)、KRT8(SEQ ID NO：106)、JUP(SEQID NO：107或400)、KRT18(SEQ ID NO：108或306、FA2H(SEQ ID NO：109)、和MGAT4B(SEQ IDNO：110)。具有抗性的生物标志物可以包括SFN(SEQ ID NO：96或324)、LISCH7(SEQ ID NO：97)、EPB41L4B(SEQ ID NO：98)、MST1R(SEQ ID NO：99)、ITGB4(SEQ ID NO：100)、DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)、TACSTD1(SEQ ID NO：104)、MISP(SEQ ID NO：105)、KRT8(SEQ IDNO：106)、JUP(SEQ ID NO：107或400)、KRT18(SEQ ID NO：108或306、FA2H(SEQ ID NO：109)、MGAT4B(SEQ ID NO：110)、和DSG2(SEQ ID NO：111或312)。具有抗性的生物标志物可以包括SFN(SEQ ID NO：96或324)、LISCH7(SEQ ID NO：97)、EPB41L4B(SEQ ID NO：98)、MST1R(SEQID NO：99)、ITGB4(SEQ ID NO：100)、DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)、TACSTD1(SEQ ID NO：104)、MISP(SEQ ID NO：105)、KRT8(SEQ ID NO：106)、JUP(SEQ ID NO：107或400)、KRT18(SEQ ID NO：108或306、FA2H(SEQ ID NO：109)、MGAT4B(SEQ ID NO：110)、DSG2(SEQ ID NO：111或312)、和LRP5(SEQ ID NO：112)。
定义
除非另外指明，如在此使用的，“一个”或“一种”意指“至少一个(种)”或“一个(种)或多个(种)”。“一个/一种(a/an)”和“该(the)”包括复数个指示物，除非上下文中另外明确指明。
如在此使用的，“约”是指所述值的量±10％。
“生物标志物”是指核酸分子(例如mRNA或其互补体，例如cDNA，或者全部基因或基因片段的核酸序列)或由存在于细胞或组织或来自细胞或组织的核酸分子编码的蛋白质。生物标志物的水平与细胞或组织(并且因此，细胞或组织所在的患者、或从其获得细胞或组织的患者)对癌症治疗(例如，分泌型磷脂酶A2(sPLA2)可水解的脂质体)的反应性(例如，敏感性或抗性)相关。具体地，具有敏感性的生物标志物对应于核酸分子或其互补体(例如，mRNA或其互补体或其cDNA)(示于表1和3)、或由核酸分子编码的蛋白质，以及具有抗性的生物标志物对应于核酸分子或其互补体(例如，mRNA或其互补体或其cDNA)(示于表2和4)、或由编码核酸分子的蛋白质。
术语“癌症”和“癌性的”是指或描述在哺乳动物(例如人类)中典型地特征在于不受调节的细胞增殖的生理状况。癌症的实例包括但不限于：乳腺癌(例如，髓样癌或雌激素受体(ER)阳性乳腺癌)、前列腺癌、卵巢癌(例如，卵巢腺癌或胚胎性癌)、肝癌(例如，肝细胞癌(HCC)或肝细胞瘤)、骨髓瘤(例如，多发性骨髓瘤)、结肠直肠癌(例如，结肠癌和直肠癌)、白血病(例如，急性髓性白血病、急性淋巴细胞白血病、慢性髓性白血病、慢性淋巴细胞白血病、急性成髓细胞白血病、急性早幼粒细胞性白血病、急性骨髓单核细胞白血病、急性单核细胞性白血病、急性红白血病、和慢性白血病)、骨髓增生异常综合征、淋巴瘤(例如，弥散性大B-细胞淋巴瘤、皮肤T-细胞淋巴瘤、外周T-细胞淋巴瘤、霍奇金氏淋巴瘤、非霍奇金氏淋巴瘤、瓦尔登斯特伦巨球蛋白血症、和淋巴细胞淋巴瘤)、宫颈癌、食管癌、黑色素瘤、胶质瘤(例如，少突神经胶质瘤)、胰腺癌(例如，腺鳞癌、印戒细胞癌、肝样癌、胶质性癌、胰岛细胞癌、和胰腺神经内分泌癌)、胃肠道间质瘤、肉瘤(例如，纤维肉瘤、黏液肉瘤、脂肪肉瘤、软骨肉瘤、骨原性肉瘤、血管肉瘤、内皮肉瘤、淋巴管肉瘤、淋巴管内皮肉瘤、平滑肌肉瘤、尤因氏肉瘤、和横纹肌肉瘤)、膀胱癌、头颈癌(例如，头颈鳞状细胞癌)、肺癌(例如，非小细胞肺癌、大细胞癌、支气管癌、和乳头状腺癌)、转移癌、口腔癌、子宫癌、睾丸癌(例如，精原细胞癌和胚胎性癌)、皮肤癌(例如，鳞状细胞癌和基底细胞瘤)、甲状腺癌(例如，乳头状癌和髓样癌)、脑癌(例如，星形细胞瘤和颅咽管瘤)、胃癌、上皮内癌、骨癌、胆管癌、眼癌、喉癌、肾癌(例如，肾细胞癌和肾母细胞瘤(Wilms tumor))、胃癌、母细胞瘤(例如，肾母细胞瘤、髓母细胞瘤、血管母细胞瘤、神经母细胞瘤、和视网膜母细胞瘤)、真性红细胞增多症、脊索瘤、滑膜瘤、间皮瘤、腺癌、汗腺瘤、皮脂腺癌、囊腺癌、胆管癌、绒毛膜癌、上皮癌、室管膜瘤、松果体瘤、听神经瘤、神经鞘瘤、脑膜瘤、垂体腺瘤、神经鞘膜肿瘤、小肠癌、内分泌系统癌、阴茎癌、尿道癌、皮肤或眼内黑色素瘤、妇科肿瘤、小儿实体瘤、和中枢神经系统肿瘤。术语癌症包括实体瘤(例如，乳腺癌)和血液癌(例如，血癌，例如淋巴瘤(例如，弥散性大B-细胞淋巴瘤(DLBCL)、皮肤T-细胞淋巴瘤(CTCL)、外周T-细胞淋巴瘤(PTCL)、和霍奇金氏淋巴瘤))。
如在此使用的，“基因”指示编码或非编码基因，该编码或非编码基因的活性可以通过测量从基因转录的RNA(例如，mRNA)或其互补体来确定。实例包括蛋白质编码基因，微小RNA，小核RNA和具有催化，调控或编码特性的其他RNA。
如在此使用的，“抑制生长”意指导致体内或体外细胞生长(例如，癌细胞生长，例如NCI60癌细胞系)减少例如，10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、95％、或99％或更多，如相对于在不存在治疗的情况下的细胞增殖，暴露于治疗(例如，在此描述的sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体)的细胞增殖的减少所证明的。生长抑制可以是诱导细胞凋亡、诱导细胞坏死、减缓细胞周期进程、破坏细胞代谢、诱导细胞溶解、或诱导一些其他机制(这些机制减少细胞增殖)的治疗(例如，用sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体治疗)的结果。
如在此使用的，“微阵列”意指一次定量一种或多种目标寡核苷酸(subjectoligonucleotide)(例如RNA、DNA、cDNA或其类似物)的任何方法所采用的装置。例如，许多DNA微阵列(包括由昂飞(Affymetrix)制造的那些(例如，昂飞HG-U133A或HG-U133_Plus_2阵列))使用若干种探针来确定单个生物标志物的水平。DNA微阵列可以包含寡核苷酸探针，这些寡核苷酸探针可以是例如与RNA互补的全长cDNA或与RNA的一部分杂交的cDNA片段。DNA微阵列还可以包含DNA或RNA的修饰形式，例如锁核酸或LNA。示例性RNA包括mRNA、miRNA、和miRNA前体。
如在此使用的，“NCI60”意指具有60个癌细胞系(来自肺癌、结肠癌、乳腺癌、卵巢癌、白血病、肾癌、黑色素瘤、前列腺癌、和脑癌)的面板，这些癌细胞系包括以下癌细胞系：NSCLC_NCIH23、NSCLC_NCIH522、NSCLC_A549ATCC、NSCLC_EKVX、NSCLC_NCIH226、NSCLC_NCIH332M、NSCLC_H460、NSCLC_HOP62、NSCLC_HOP92、COLON_HT29、COLON_HCC-2998、COLON_HCT116、COLON_SW620、COLON_COLO205、COLON_HCT15、COLON_KM12、BREAST_MCF7、BREAST_MCF7ADRr、BREAST_MDAMB231、BREAST_HS578T、BREAST_MDAMB435、BREAST_MDN、BREAST_BT549、BREAST_T47D、OVAR_OVCAR3、OVAR_OVCAR4、OVAR_OVCAR5、OVAR_OVCAR8、OVAR_IGROV1、OVAR_SKOV3、LEUK_CCRFCEM、LEUK_K562、LEUK_MOLT4、LEUK_HL60、LEUK_RPMI8266、LEUK_SR、RENAL_UO31、RENAL_SN12C、RENAL_A498、RENAL_CAKI1、RENAL_RXF393、RENAL_7860、RENAL_ACHN、RENAL_TK10、MELAN_LOXIMVI、MELAN_MALME3M、MELAN_SKMEL2、MELAN_SKMEL5、MELAN_SKMEL28、MELAN_M14、MELAN_UACC62、MELAN_UACC257、PROSTATE_PC3、PROSTATE_DU145、CNS_SNB19、CNS_SNB75、CNS_U251、CNS_SF268、CNS_SF295、和CNS_SF539。
如本文可互换使用的术语“患者”和“受试者”是指任何动物(例如，哺乳动物，例如人)。根据在此描述的方法，待治疗或测试对治疗(例如，用sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的治疗)的反应性的患者可以是已经被诊断患有癌症的患者，例如患有在此描述的那些癌症，例如，乳腺癌、急性髓细胞性白血病(AML)、急性成淋巴细胞白血病(ALL)、慢性淋巴细胞白血病(CLL)、骨髓增生异常综合征(MDS)、慢性髓细胞性白血病-慢性期(CMLCP)、弥散性大B-细胞淋巴瘤(DLBCL)、皮肤T-细胞淋巴瘤(CTCL)、外周T-细胞淋巴瘤(PTCL)、霍奇金氏淋巴瘤、肝细胞癌(HCC)、宫颈癌、肾细胞癌(RCC)、食管癌、黑色素瘤、胶质瘤、胰腺癌、胃肠道间质瘤(GIST)、肉瘤、非小细胞肺癌(NSCLC)、前列腺癌、卵巢癌、结肠癌、膀胱癌、或头颈鳞状细胞癌(SCCHN)。诊断可以通过本领域已知的任何方法或技术进行，例如x射线，MRI或活组织检查，并且也可以由医师确认。为了使患者对可能不是治疗性的药物治疗的暴露最小化，根据在此描述的方法，在治疗之前可以确定患者对癌症治疗(例如sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体)有反应抑或无反应。
如在此使用的，术语“百分比序列一致性(％)”是指在比对序列并且引入空位(如果需要的话)以实现最大百分比序列一致性(例如，可以在候选和参考序列中的一个或两个中引入空位以获得最佳比对，并且出于比较目的，可以忽略非同源序列)之后，与参考序列(例如本发明的生物标志物序列)的核酸残基相同的候选序列(例如本发明的探针或引物)的核酸残基的百分比。为了确定百分比序列一致性的比对可以按本领域技术人员范围内的不同方式实现，例如使用计算机软件，例如BLAST、BLAST-2、BLAST-P、BLAST-N、BLAST-X、WU-BLAST-2、ALIGN、ALIGN-2、CLUSTAL、Megalign(DNASTAR)。另外，本领域技术人员可以确定用于测量比对的适当参数，包括为了在被比较的序列的长度上实现最佳比对所需要的任何算法。
如在此使用的，“抗性的”或“抗性”意指细胞(例如，癌细胞)、包含该细胞的组织(例如，肿瘤)，或包含具有癌症的细胞或组织的患者(例如，患有癌症的人类)对用抗癌剂(例如，sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体)的治疗无反应。具体地，相对于未暴露于该治疗的更少抗性细胞的生长，该治疗将抗性细胞(例如，癌细胞)的体外生长减少小于约40％、30％、20％、10％、5％、1％、或更少。对治疗的抗性可以通过细胞增殖测定(例如基于细胞的测定)来确定，该测定根据入射光束的细胞吸光度来测量经治疗的细胞的生长(例如在此描述的NCI60测定)。在该测定中，更大的吸光度指示更大的细胞生长，并因此指示对治疗的抗性。
癌症患者(例如，患有以下癌症的患者：乳腺癌、急性髓细胞性白血病(AML)、急性成淋巴细胞白血病(ALL)、慢性淋巴细胞白血病(CLL)、骨髓增生异常综合征(MDS)、慢性髓细胞性白血病-慢性期(CMLCP)、弥散性大B-细胞淋巴瘤(DLBCL)、皮肤T-细胞淋巴瘤(CTCL)、外周T-细胞淋巴瘤(PTCL)、霍奇金氏淋巴瘤、肝细胞癌(HCC)、宫颈癌、肾细胞癌(RCC)、食管癌、黑色素瘤、胶质瘤、胰腺癌、胃肠道间质瘤(GIST)、肉瘤、非小细胞肺癌(NSCLC)、前列腺癌、卵巢癌、结肠癌、膀胱癌、或头颈鳞状细胞癌(SCCHN))还可以对除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的癌症疗法(例如手术、辐射、或治疗剂(例如，多西他赛、卡巴他塞、米托蒽醌、磷雌氮芥、泼尼松、卡铂、贝伐单抗、紫杉醇、吉西他滨、亚德里亚霉素(doxorubicin)、拓扑替康、依托泊苷、它莫西芬、来曲唑、索拉非尼、氟脲嘧啶、卡培他滨、奥沙利铂、干扰素α、5-氟脲嘧啶(5-FU)、组蛋白脱乙酰化酶(HDAC)抑制剂、易普利姆玛、硼替佐米、卡非佐米、沙利度胺、来那度胺、泊马度胺、地塞米松、环磷酰胺、长春新碱、美法仑、喃氟啶、伊立替康、西妥昔单抗、甲酰四氢叶酸、SN-38、依维莫司、坦罗莫司、博来霉素、罗氮芥、酯肽、厄洛替尼、白消安、表阿霉素、三氧化二砷、苯达莫司汀、氟维司群、替尼泊苷、亚德里亚霉素(adriamycin)、地西他滨、磷雌氮芥、氮鸟嘌呤、阿柔比星、丝裂霉素、紫杉醇、多西他赛、APO010、阿糖胞苷(ara-c)、甲泼尼龙、甲氨蝶呤、丙双脒腙、贝利司他、伊达比星、IL4-PR38、丙戊酸、全反式维甲酸(ATRA)、环磷酰胺、辛二酰苯胺异羟肟酸、苯丁酸氮芥、氟达拉滨、长春花碱、达卡巴嗪、羟基脲、喃氟啶、柔红霉素、氮芥、链佐星、卡莫司汀、巯嘌呤、更生霉素、维甲酸、异环磷酰胺、氟尿苷、硫鸟嘌呤、PSC 833、赫塞汀、赛来昔布、易瑞沙、阿那曲唑、或利妥昔单抗))具有抗性。
如在此使用的，术语“反应”和“反应性”是指癌症治疗(例如，用sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的治疗)在细胞(例如，癌细胞)、组织(例如，肿瘤)、或患有癌症的患者(例如，患有癌症的人类)中具有(例如，诱导)所希望的效果的可能性。例如，该所希望的效果可以包括：相对于未暴露于该治疗的癌细胞的生长，癌细胞的体外生长抑制超过10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％、或100％。所希望的效果还可以包括减小肿瘤块，例如，约10％，20％，30％，40％，50％，60％，70％，80％，90％，或100％。对治疗的反应性可以通过细胞增殖测定(例如基于细胞的测定)来确定，该测定根据入射光束的细胞吸光度来测量经治疗的细胞的生长(例如在此描述的NCI60测定)。在该测定中，更小的吸光度指示更小的细胞生长，并因此指示对治疗的敏感性。生长的更大减少指示对治疗具有更大的敏感性。具体地，“反应性”是患者对癌症治疗(例如，sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体)的敏感性或抗性的量度。
如在此使用的，术语“样品”是指取自受试者的任何样本(例如细胞、组织(例如，获得自活组织检查的组织样品)、血液、血清、血浆、尿液、脑脊液、或胰液)。优选地，该样品取自受癌症影响的身体部位(例如癌组织的活组织检查，例如乳腺癌组织)。活组织检查可以涉及细针抽吸活组织检查，空芯针活组织检查(例如，立体定位空芯针活组织检查、真空辅助空芯针活组织检查，或磁共振成象(MRI)导向活组织检查)，或手术活组织检查(例如，切开活组织检查或切除活组织检查)。该样品可以经历另外的的纯化和处理，例如去除细胞碎片和其他不需要的分子。另外的处理可以进一步涉及产生对应于样品中的核酸分子(例如，mRNA)的cDNA分子和/或核酸分子的扩增，例如使用PCR(例如RT-PCR)。样品纯化(例如去除不需要的分子)的标准方法是本领域已知的。
如在此使用的，术语“分泌型磷脂酶A2(sPLA2)可水解的，含顺铂的脂质体”、“sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体”和“脂质体”是指抗肿瘤剂，该抗肿瘤剂是顺铂的脂质体配制品。sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体(例如，LiPlasome Pharma公司)被配制以从疏水层的核心将包封的药物(例如顺铂)释放到肿瘤组织中。因为sPLA2蛋白质与肿瘤组织相关联，所以sPLA2可水解的脂质体可以用于优先将包封的药物(例如顺铂)递送至肿瘤组织。sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体描述于，例如，美国专利申请公开号2012/0177726和de Jonge等人((Eur J Cancer[欧洲癌症杂志]46(16)：3016-21，2010)，其各自通过引用结合在此。
如在此使用的，“敏感的”和“敏感性”意指细胞(例如，癌细胞)、包含该细胞的组织(例如，肿瘤)，或包含具有癌症的细胞或组织的患者(例如，患有癌症的人类)对治疗，例如抗癌剂(例如，sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体)或辐射治疗有反应。具体地，相对于未暴露于该治疗的细胞的生长，该治疗将细胞(例如，癌细胞)的体外生长抑制约70％、80％、90％、95％、99％或100％。对治疗的敏感性可以通过细胞增殖测定(例如基于细胞的测定)来确定，该测定根据入射光束的细胞吸光度来测量经治疗的细胞的生长(例如在此描述的NCI60测定)。在该测定中，更小的吸光度指示更小的细胞生长，并因此指示对治疗的敏感性。
如在此使用的，术语“特异性杂交”是指当互补核酸序列在高严格条件(例如高杂交温度和杂交缓冲液中的低盐)下形成稳定双链体时，该条件仅允许高度相似的核酸序列之间的杂交。被称为“互补的”核酸包含核苷酸或核苷酸同源物，该核苷酸或核苷酸同源物可以根据Watson-Crick碱基配对规则(例如G与C，A与T或A与U)形成氢键或其他氢键基序(例如像二氨基嘌呤与T，5-甲基C与G，2-硫代胸苷与A，肌苷与C，假异胞嘧啶与G等)。反义RNA可以与其他寡核苷酸例如mRNA互补。
如本文可互换使用的，“治疗”、“医学治疗”、“进行治疗”和“疗法”是指给予患有癌症的患者(例如，人类)或将其暴露于抗癌剂(例如，药物例如sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体，蛋白质，抗体，核酸，化学治疗剂，或放射性药剂)，或用于治疗或预防疾病、障碍或病症的医学干预的一些其他形式(例如，手术、冷冻疗法、辐射疗法或其组合)。具体地，医学治疗可以是或可以包括给予sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体。例如，该治疗可以针对癌症，例如实体瘤或血液癌。癌症的实例包括：例如乳腺癌(例如，髓样癌或雌激素受体(ER)阳性乳腺癌)、前列腺癌、卵巢癌(例如，卵巢腺癌或胚胎性癌)、肝癌(例如，肝细胞癌(HCC)或肝细胞瘤)、骨髓瘤(例如，多发性骨髓瘤)、结肠直肠癌(例如，结肠癌和直肠癌)、白血病(例如，急性髓性白血病、急性淋巴细胞白血病、慢性髓性白血病、慢性淋巴细胞白血病、急性成髓细胞白血病、急性早幼粒细胞性白血病、急性骨髓单核细胞白血病、急性单核细胞性白血病、急性红白血病、和慢性白血病)、骨髓增生异常综合征、淋巴瘤(例如，弥散性大B-细胞淋巴瘤、皮肤T-细胞淋巴瘤、外周T-细胞淋巴瘤、霍奇金氏淋巴瘤、非霍奇金氏淋巴瘤、瓦尔登斯特伦巨球蛋白血症、和淋巴细胞淋巴瘤)、宫颈癌、食管癌、黑色素瘤、胶质瘤(例如，少突神经胶质瘤)、胰腺癌(例如，腺鳞癌、印戒细胞癌、肝样癌、胶质性癌、胰岛细胞癌、和胰腺神经内分泌癌)、胃肠道间质瘤、肉瘤(例如，纤维肉瘤、黏液肉瘤、脂肪肉瘤、软骨肉瘤、骨原性肉瘤、血管肉瘤、内皮肉瘤、淋巴管肉瘤、淋巴管内皮肉瘤、平滑肌肉瘤、尤因氏肉瘤、和横纹肌肉瘤)、膀胱癌、头颈癌(例如，头颈鳞状细胞癌)、肺癌(例如，非小细胞肺癌、大细胞癌、支气管癌、和乳头状腺癌)、转移癌、口腔癌、子宫癌、睾丸癌(例如，精原细胞癌和胚胎性癌)、皮肤癌(例如，鳞状细胞癌和基底细胞瘤)、甲状腺癌(例如，乳头状癌和髓样癌)、脑癌(例如，星形细胞瘤和颅咽管瘤)、胃癌、上皮内癌、骨癌、胆管癌、眼癌、喉癌、肾癌(例如，肾细胞癌和肾母细胞瘤(Wilms tumor))、胃癌、母细胞瘤(例如，肾母细胞瘤、髓母细胞瘤、血管母细胞瘤、神经母细胞瘤、和视网膜母细胞瘤)、真性红细胞增多症、脊索瘤、滑膜瘤、间皮瘤、腺癌、汗腺瘤、皮脂腺癌、囊腺癌、胆管癌、绒毛膜癌、上皮癌、室管膜瘤、松果体瘤、听神经瘤、神经鞘瘤、脑膜瘤、垂体腺瘤、神经鞘膜肿瘤、小肠癌、内分泌系统癌、阴茎癌、尿道癌、皮肤或眼内黑色素瘤、妇科肿瘤、小儿实体瘤、和中枢神经系统肿瘤。辐射疗法包括向患者给予放射性药剂或使患者暴露于辐射。该辐射可以从以下来源产生：例如，粒子加速器和相关医疗装置或药剂，它们发射例如X射线、γ射线或电子(β射线)射束。治疗可以是或进一步包括手术，例如以从受试者或活生物体去除肿瘤。
本发明的其他特征与优点从以下详细说明、附图以及权利要求中将会是清楚的。
附图说明
图1是按照癌症类型将对分泌型磷脂酶A2(sPLA2)可水解的、含顺铂的脂质体的预测的敏感性分组的图。每个灰色圆圈代表一个患者的预测的脂质体敏感性，其被计算为患者的具有敏感性的生物标志物(例如，表1和/或3)的水平的平均值和具有抗性的生物标志物(例如，表2和/或4)的水平的平均值之间的差。根据癌症类型将患者分组。癌症类型的中值预测的敏感性(黑条)与癌症类型的相对反应率有关。这些预测用于相对比较以比较癌症类型，并且不能用于针对给定癌症类型的反应率的绝对预测。所有3,522名患者的预测被标准化为0至100的尺度范围。
发明的详细说明
我已经发现示于表1-4的生物标志物中的一种或多种(例如，作为单一生物标志物或生物标志物的组合)的水平可以在患有癌症的患者中检测到并用于预测患者对分泌型磷脂酶A2(sPLA2)可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。这些患者已经被确定为对除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的疗法(例如多西他赛、卡巴他塞、米托蒽醌、磷雌氮芥、泼尼松、卡铂、贝伐单抗、紫杉醇、吉西他滨、亚德里亚霉素(doxorubicin)、拓扑替康、依托泊苷、它莫西芬、来曲唑、索拉非尼、氟脲嘧啶、卡培他滨、奥沙利铂、干扰素α、5-氟脲嘧啶(5-FU)、组蛋白脱乙酰化酶(HDAC)抑制剂、易普利姆玛、硼替佐米、卡非佐米、沙利度胺、来那度胺、泊马度胺、地塞米松、环磷酰胺、长春新碱、美法仑、喃氟啶、伊立替康、西妥昔单抗、甲酰四氢叶酸、SN-38、依维莫司、坦罗莫司、博来霉素、罗氮芥、酯肽、厄洛替尼、白消安、表阿霉素、三氧化二砷、苯达莫司汀、氟维司群、替尼泊苷、亚德里亚霉素(adriamycin)、地西他滨、磷雌氮芥、氮乌嘌呤、阿柔比星、丝裂霉素、紫杉醇、多西他赛、APO010、阿糖胞苷(ara-c)、甲泼尼龙、甲氨蝶呤、丙双脒腙、贝利司他、伊达比星、IL4-PR38、丙戊酸、全反式维甲酸(ATRA)、环磷酰胺、辛二酰苯胺异羟肟酸、苯丁酸氮芥、氟达拉滨、长春花碱、达卡巴嗪、羟基脲、喃氟啶、柔红霉素、氮芥、链佐星、卡莫司汀、巯嘌呤、更生霉素、维甲酸、异环磷酰胺、氟尿苷、硫乌嘌呤、PSC 833、赫塞汀、赛来昔布、易瑞沙、阿那曲唑、或利妥昔单抗)具有抗性。
可以根据在此描述的方法使用具有一种或多种单链寡核苷酸探针的装置(例如微阵列)以评价癌症患者对用sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体治疗的反应性，这些单链寡核苷酸探针与以下序列具有基本一致性(例如，至少85％、90％、95％、99％、或100％的序列一致性)：与示于表1-4的一种或多种生物标志物的核酸序列互补或相同的序列)。例如，这些探针可以用于检测来自患有癌症(例如，乳腺癌)的患者的样品(例如，肿瘤样品)中的、列于表1和3的具有敏感性的生物标志物中的一种或多种(例如，两种、三种、四种、五种、十种、二十种、或全部)，例如COL5A2(SEQ ID NO：73或211)。另外地，这些探针可以用于检测来自患有癌症(例如，乳腺癌)的患者的样品(例如，肿瘤样品)中的、列于表2和4的具有抗性的生物标志物中的一种或多种(例如，两种、三种、四种、五种、十种、二十种、或全部)，例如SFN(SEQID NO：96或324)。
因此，本发明特征在于示于表1-4的单独的生物标志物(例如，COL5A2(SEQ ID NO：73或211)或SFN(SEQ ID NO：96或324))和生物标志物组，这些生物标志物可以用于确定癌症患者在疾病进展的不同阶段(例如，被诊断患有癌症的患者或癌症复发后的患者)和在治疗过程期间的不同时间(例如，给予任何癌症治疗之前，给予除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症治疗之后、给予脂质体之前、或在给予脂质体期间)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。示于表1-4的单独的生物标志物(例如，COL5A2(SEQ IDNO：73或211)或SFN(SEQ ID NO：96或324))和生物标志物组可以与PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2蛋白质的水平组合使用，以确定癌症患者对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。另外地，这些方法可以用于确定癌症患者对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性，该癌症患者对除脂质体之外的一种或多种癌症疗法(例如多西他赛、卡巴他塞、米托蒽醌、磷雌氮芥、泼尼松、卡铂、贝伐单抗、紫杉醇、吉西他滨、亚德里亚霉素(doxorubicin)、拓扑替康、依托泊苷、它莫西芬、来曲唑、索拉非尼、氟脲嘧啶、卡培他滨、奥沙利铂、干扰素α、5-氟脲嘧啶(5-FU)、组蛋白脱乙酰化酶(HDAC)抑制剂、易普利姆玛、硼替佐米、卡非佐米、沙利度胺、来那度胺、泊马度胺、地塞米松、环磷酰胺、长春新碱、美法仑、喃氟啶、伊立替康、西妥昔单抗、甲酰四氢叶酸、SN-38、依维莫司、坦罗莫司、博来霉素、罗氮芥、酯肽、厄洛替尼、白消安、表阿霉素、三氧化二砷、苯达莫司汀、氟维司群、替尼泊苷、亚德里亚霉素(adriamycin)、地西他滨、磷雌氮芥、氮乌嘌呤、阿柔比星、丝裂霉素、紫杉醇、多西他赛、APO010、阿糖胞苷(ara-c)、甲泼尼龙、甲氨蝶呤、丙双脒腙、贝利司他、伊达比星、IL4-PR38、丙戊酸、全反式维甲酸(ATRA)、环磷酰胺、辛二酰苯胺异羟肟酸、苯丁酸氮芥、氟达拉滨、长春花碱、达卡巴嗪、羟基脲、喃氟啶、柔红霉素、氮芥、链佐星、卡莫司汀、巯嘌呤、更生霉素、维甲酸、异环磷酰胺、氟尿苷、硫乌嘌呤、PSC 833、赫塞汀、赛来昔布、易瑞沙、阿那曲唑、或利妥昔单抗)具有抗性。
具体地，本发明提供用于通过例如使用装置(例如，微阵列或蛋白质阵列)来检测获得自受试者的生物样品(例如，肿瘤活组织检查)中的示于表1-4的生物标志物中的一种或多种(例如，COL5A2(SEQ ID NO：73或211))的水平(例如，mRNA或由其产生的蛋白质)，来确定患者是否会对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体有反应的方法。然后，可以将具有敏感性的生物标志物中的一种或多种的水平与已知对脂质体敏感或具有抗性的细胞或组织中的生物标志物的水平进行比较，以确定患者对脂质体的反应性。患者被确定对脂质体有反应，条件是：具有敏感性的生物标志物中的一种或多种(例如，COL5A2(SEQ ID NO：73或211)、ITGA4(SEQ ID NO：1)、MSN(SEQ ID NO：2)、FAM46A(SEQ ID NO：3或280)、ITGB2(SEQID NO：4)、DOCK2(SEQ ID NO：5或223)、EVL(SEQ ID NO：6)、SACS(SEQ ID NO：7)、PTPRCAP(SEQ ID NO：8)、EBI2(SEQ ID NO：9)、PTPRC(SEQ ID NO：10，18，25，或243)、ANP32E(SEQ IDNO：11)、SFPQ(SEQ ID NO：12，38，或272)、C1QR1(SEQ ID NO：13)、FNBP1(SEQ ID NO：14或28)、CBFB(SEQ ID NO：15)、SFRS7(SEQ ID NO：19或54)、CAP350(SEQ ID NO：20或61)、CALD1(SEQ ID NO：206)、COL6A2(SEQ ID NO：207)、FERMT2(SEQ ID NO：208)、BNIP3(SEQ ID NO：209或263)、RAB31(SEQ ID NO：210)、MPO(SEQ ID NO：212)、SRPX(SEQ ID NO：213)、ARHGDIB(SEQ ID NO：214)、TMEM47(SEQ ID NO：215)、CSRP2(SEQ ID NO：216)、DPYSL3(SEQ ID NO：217)、HTRA1(SEQ ID NO：218)、SLC39A6(SEQ ID NO：219)、和LAT2(SEQ ID NO：220)中的一种或多种)的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织(例如，来自对脂质体敏感的患者)中的具有敏感性的生物标志物的水平。患者被确定对脂质体有反应，条件是：具有抗性的生物标志物中的一种或多种(例如，SFN(SEQ ID NO：96或324)、LISCH7(SEQ ID NO：97)、EPB41L4B(SEQ ID NO：98)、MST1R(SEQ ID NO：99)、ITGB4(SEQ ID NO：100)、DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)、TACSTD1(SEQ ID NO：104)、MISP(SEQ ID NO：105)、KRT8(SEQ IDNO：106)、JUP(SEQ ID NO：107或400)、KRT18(SEQ ID NO：108或306)、FA2H(SEQ ID NO：109)、MGAT4B(SEQ ID NO：110)、DSG2(SEQ ID NO：111或312)、LRP5(SEQ ID NO：112)、LGALS3(SEQ ID NO：307)、DSP(SEQ ID NO：308)、IGFBP4(SEQ ID NO：309)、SPINT2(SEQ IDNO：310)、CDH1(SEQ ID NO：311)、RAB25(SEQ ID NO：313)、PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)、SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)、LYZ(SEQ ID NO：316)、IER3(SEQ ID NO：127或317)、PERP(SEQ ID NO：318)、ATP1B1(SEQ ID NO：320)、和IFI27(SEQ ID NO：321)中的一种或多种)的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织(例如，来自对脂质体具有抗性的患者)中具有抗性的生物标志物的水平。另外地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：在来自患者的肿瘤样品中检测到PLA2G2A或sPLA2的水平，并且具有敏感性的生物标志物(例如，COL5A2(SEQ ID NO 73或211))的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的组织中的具有敏感性的生物标志物的水平，和/或具有抗性的生物标志物的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的组织中的具有抗性的生物标志物(例如，SFN(SEQ ID NO：96或324))的水平。
本发明还特征在于通过检测来自患者的样品(例如，肿瘤样品)中的示于表1-4的生物标志物中的一种或多种(例如，COL5A2(SEQ ID NO：73或211)的水平，并且然后基于这些生物标志物的水平给予脂质体，来治疗患有癌症的患者(例如患有对除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法具有抗性的癌症的患者)的方法。具体地，患有癌症的患者可以被给予脂质体，条件是：具有敏感性的一种或多种生物标志物的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的具有敏感性的生物标志物的水平。另外地，患有癌症的患者可以被给予脂质体，条件是：具有抗性的一种或多种生物标志物的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的具有抗性的生物标志物的水平。因此，这些方法可以用于治疗预测对脂质体有反应的癌症患者，例如患有以下癌症的患者：例如乳腺癌(例如，乳腺癌的转移性形式)、前列腺癌、卵巢癌、肝细胞癌(HCC)、宫颈癌、肾细胞癌(RCC)、食管癌、黑色素瘤、胶质瘤、胰腺癌、胃肠道间质瘤(GIST)、肉瘤、雌激素受体阳性(ERpos)乳腺癌、非小细胞肺癌(NSCLC)、结肠癌、膀胱癌、头颈鳞状细胞癌(SCCHN)、急性髓细胞性白血病(AML)、急性成淋巴细胞白血病(ALL)、慢性淋巴细胞白血病(CLL)、骨髓增生异常综合征(MDS)、慢性髓细胞性白血病-慢性期(CMLCP)、弥散性大B-细胞淋巴瘤(DLBCL)、皮肤T-细胞淋巴瘤(CTCL)、外周T-细胞淋巴瘤(PTCL)、和霍奇金氏淋巴瘤。可替代地，患有癌症的患者可以不被给予脂质体，条件是：具有敏感性的一种或多种生物标志物的水平基本上不类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的具有敏感性的生物标志物的水平。同样，患有癌症的患者可以不被给予脂质体，条件是：具有抗性的一种或多种生物标志物的水平基本上类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的具有抗性的生物标志物的水平。另外地，患者可以不被给予脂质体，条件是：与这些方法组合，没有在来自患者的肿瘤样品中检测到PLA2G2A或其蛋白质产物(sPLA2)的水平。
方法在此描述用于鉴定药物反应性的生物标志物，检测癌症患者中的具有敏感性的一种或多种生物标志物和具有抗性的一种或多种生物标志物的水平，确定癌症患者对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性，和用脂质体治疗癌症患者。还描述了用于在这些方法中使用的装置和试剂盒。
用于鉴定具有药物反应性的生物标志物的方法
本发明特征在于用于鉴定生物标志物(例如，表1-4的生物标志物中的一种或多种)来确定癌症患者对癌症治疗(例如sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体)的反应性的方法。此类方法可以涉及，例如基于经受用脂质体的治疗的细胞系(例如，NCI60细胞系)的生长抑制值(GI 50)、随后测量基因表达(例如使用微阵列(例如，昂飞HG-U133A或HG-U133_Plus_2阵列))的算法。
体外癌症生长抑制筛选的方法
癌症筛选平板的人类肿瘤细胞系可以在包含5％胎牛血清和2mM L-谷氨酰胺的RPMI 1640培养基中生长。取决于单个细胞系的倍增时间，可以将细胞接种到100μL的96孔微量滴定板中，接种密度范围为5,000到40,000个细胞/孔。细胞接种后，可在37℃、5％CO2、95％空气和100％相对湿度下将微量滴定板孵育24小时，然后添加试验剂(例如sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体)。
24小时后，每个细胞系的两个平板可以用TCA原位固定，以代表添加试剂时每个细胞系的细胞群体的测量(Tz)。以所希望的最终最大测试浓度的400倍将试验剂溶解在二甲基亚砜中，并在使用前冷冻保存。在添加试剂(例如，sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体)时，可将一等分式样的冷冻浓缩物解冻并用包含50μg/ml庆大霉素的完全培养基稀释至所希望的最终最大测试浓度的两倍。总共进行四次另外的10倍或1/2对数连续稀释，以提供总共五个浓度加对照。将这些不同试剂稀释液的100μl的等分式样添加到已经包含100μl培养基的适当的微量滴定孔中，产生所需的最终试剂浓度。
添加试剂(例如，sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体)后，可以在37℃、5％CO2、95％空气和100％相对湿度下将平板孵育另外48h。对于粘附细胞，可以通过添加冷的TCA来终止测定。可以通过温和地添加50μl冷的50％(w/v)TCA(最终浓度，10％TCA)将细胞原位固定并在4℃下孵育60分钟。弃去上清液，将这些平板用自来水洗涤五次并且风干。可以将在1％乙酸中的0.4％(w/v)的磺基罗丹明B(SRB)溶液(100μl)添加到每个孔中，并且可以将这些平板在室温下孵育10分钟。染色后，可以通过用1％乙酸洗涤五次将未结合的染料去除，并且可以将这些平板风干。随后可以用10mM的trizma碱来溶解结合的染色，并且可以在515nm的波长下在自动平板读数器上读取吸光度。对于悬浮细胞，该方法可以是相同的，除了可以通过温和地添加50μl的80％TCA(最终浓度，16％TCA)将着壁的细胞固定在孔底部来终止测定。使用七个吸光度测量[时间零、(Tz)、对照生长、(C)、和测试生长(在试剂(例如，脂质体)的存在下，以五种浓度水平(Ti))]，可以计算在每个试剂浓度水平的百分比生长。百分比生长抑制可以如下计算：
对于浓度，[(Ti-Tz)/(C-Tz)]x 100，其中Ti＞/＝Tz
对于浓度，[(Ti-Tz)/Tz]x 100，其中Ti＜Tz
可以为每种试验剂(例如，脂质体)计算三个剂量反应参数。由[(Ti-Tz)/(C-Tz)]x100＝50计算50％的生长抑制(GI50)，其为导致在用测试试剂孵育期间的对照细胞中净蛋白质增加(如SRB染色测量)的50％降低的试剂(例如，sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体)浓度。导致总生长抑制(TGI)的试剂浓度由Ti＝Tz计算。LC50(试剂，例如sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的浓度，导致在化合物治疗结束时测量的蛋白质与开始时相比降低了50％)，指示治疗后的细胞的净损失，由[(Ti-Tz)/Tz]x 100＝-50计算。如果达到活性的水平，则计算这三个参数中的每一个的值；然而，如果未达到或超过该效果，则该参数的值表示为大于或小于测试的最大或最小浓度。
基因表达和生长抑制分析
NCI60癌细胞系的基因表达测量可以从公开可得的数据库(例如，国家癌症研究所(National Cancer Institute)和麻省理工学院(Massachusetts Institute ofTechnology))获得。每个数据集可以被标准化，这样使得可以比较通过不同芯片测量的样品表达。标准化的优选方法是logit变换(logit transformation)，其可以针对每个芯片上的每个基因y进行，如下所示：
logit(y)＝log[(y-背景)/(饱和-y)]，
其中背景被计算为在芯片上测量的最小强度减去0.1％的信号强度范围：最小-0.001*(最大-最小)，并且饱和被计算为在芯片上测量的最大强度加上0.1％的信号强度范围：最大+0.001*(最大-最小)。然后可以将所得logit变换数据进行z变换为平均零和标准偏差1。
接下来，基因表达可以与癌细胞生长抑制相关联。在存在癌症治疗(例如sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体)下，NCI60细胞系的生长抑制数据(GI50)可以从NCI获得。可以计算每个细胞系中每个基因的logit变换的表达水平与GI50(导致50％生长抑制的给定化合物的浓度)的对数之间的相关性，例如使用Pearson相关系数或Spearman等级(SpearmanRank-Order)相关系数。代替使用GI50，对给定治疗(例如，sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体)的患者敏感性的任何其他量度可以与该患者的基因表达水平相关联。由于对于单个基因可以有多个测量，所以相关系数的最准确的确定可以是例如针对测量相同基因的表达的所有探针计算的相关系数的中值。
例如，可以针对感兴趣的所有基因计算在探针上测量的基因表达与sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的生长抑制或患者敏感性的中值相关系数。具有高于约0.25(例如，高于0.25、0.26、0.27、0.28、0.29、0.30、0.31、0.32、0.33、0.34、0.35、0.36、0.37、0.38、0.39、0.40、或更高(例如，0.3或更高))的中值相关性的基因可用作具有敏感性的生物标志物，这些具有敏感性的生物标志物用于评价癌症患者(例如，患有对除脂质体之外的一种或多种癌症疗法具有抗性的癌症的患者)对脂质体的反应性。具有低于约-0.25(例如，低于-0.25、-0.26、-0.27、-0.28、-0.29、-0.30、-0.31、-0.32、-0.33、-0.34、-0.35、-0.36、-0.37、-0.38、-0.39、-0.40、或更低(例如，-0.3或更低))的中值相关性的基因可用作具有抗性的生物标志物，这些具有抗性的生物标志物用于评价癌症患者(例如，患有对除脂质体之外的一种或多种癌症疗法具有抗性的癌症的患者)对脂质体的反应性。优选地，具有敏感性的生物标志物的相关系数将超过0.25，而具有抗性的生物标志物的相关系数将小于-0.25。结果是与对脂质体的敏感性或抗性相关的生物标志物基因的列表，分别示于表1和3以及表2和4。
癌症类型
本发明的方法、装置和试剂盒可以用于在患有、诊断患有或易患癌症的受试者中的预测、监测、治疗、和/或减轻癌症。可以使用这些方法预测、监测、治疗(例如，通过给予sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体)、或减轻的癌症的非限制性实例包括血液肿瘤和实体瘤。具体地，癌症包括：例如乳腺癌(例如，雌激素受体阳性(ERpos)乳腺癌或乳腺癌的转移性形式)、前列腺癌、卵巢癌(例如，卵巢腺癌或胚胎性癌)、肝癌(例如，肝细胞癌(HCC)或肝细胞瘤)、骨髓瘤(例如，多发性骨髓瘤)、结肠直肠癌(例如，结肠癌和直肠癌)、白血病(例如，急性髓性白血病、急性淋巴细胞白血病、慢性髓性白血病、慢性淋巴细胞白血病、急性成髓细胞白血病、急性早幼粒细胞性白血病、急性骨髓单核细胞白血病、急性单核细胞性白血病、急性红白血病、和慢性白血病)、骨髓增生异常综合征、淋巴瘤(例如，弥散性大B-细胞淋巴瘤、皮肤T-细胞淋巴瘤、外周T-细胞淋巴瘤、霍奇金氏淋巴瘤、非霍奇金氏淋巴瘤、瓦尔登斯特伦巨球蛋白血症、和淋巴细胞淋巴瘤)、宫颈癌、食管癌、黑色素瘤、胶质瘤(例如，少突神经胶质瘤)、胰腺癌(例如，腺鳞癌、印戒细胞癌、肝样癌、胶质性癌、胰岛细胞癌、和胰腺神经内分泌癌)、胃肠道间质瘤、肉瘤(例如，纤维肉瘤、黏液肉瘤、脂肪肉瘤、软骨肉瘤、骨原性肉瘤、血管肉瘤、内皮肉瘤、淋巴管肉瘤、淋巴管内皮肉瘤、平滑肌肉瘤、尤因氏肉瘤、和横纹肌肉瘤)、乳腺癌(例如，髓样癌)、膀胱癌、头颈癌(例如，头颈鳞状细胞癌)、肺癌(例如，非小细胞肺癌、大细胞癌、支气管癌、和乳头状腺癌)、转移癌、口腔癌、子宫癌、睾丸癌(例如，精原细胞癌和胚胎性癌)、皮肤癌(例如，鳞状细胞癌和基底细胞瘤)、甲状腺癌(例如，乳头状癌和髓样癌)、脑癌(例如，星形细胞瘤和颅咽管瘤)、胃癌、上皮内癌、骨癌、胆管癌、眼癌、喉癌、肾癌(例如，肾细胞癌和肾母细胞瘤(Wilms tumor))、胃癌、母细胞瘤(例如，肾母细胞瘤、髓母细胞瘤、血管母细胞瘤、神经母细胞瘤、和视网膜母细胞瘤)、真性红细胞增多症、脊索瘤、滑膜瘤、间皮瘤、腺癌、汗腺瘤、皮脂腺癌、囊腺癌、胆管癌、绒毛膜癌、上皮癌、室管膜瘤、松果体瘤、听神经瘤、神经鞘瘤、脑膜瘤、垂体腺瘤、神经鞘膜肿瘤、小肠癌、内分泌系统癌、阴茎癌、尿道癌、皮肤或眼内黑色素瘤、妇科肿瘤、小儿实体瘤、和中枢神经系统肿瘤。
具体地，这些方法对于预测、监测、治疗、或预防以下癌症是有用的，例如乳腺癌(例如，ERpos乳腺癌或乳腺癌的转移性形式)、前列腺癌、卵巢癌、肝细胞癌(HCC)、宫颈癌、肾细胞癌(RCC)、食管癌、黑色素瘤、胶质瘤、胰腺癌、胃肠道间质瘤(GIST)、肉瘤、非小细胞肺癌(NSCLC)、结肠癌、膀胱癌、头颈鳞状细胞癌(SCCHN)、急性髓细胞性白血病(AML)、急性成淋巴细胞白血病(ALL)、慢性淋巴细胞白血病(CLL)、骨髓增生异常综合征(MDS)、慢性髓细胞性白血病-慢性期(CMLCP)、弥散性大B-细胞淋巴瘤(DLBCL)、皮肤T-细胞淋巴瘤(CTCL)、外周T-细胞淋巴瘤(PTCL)、和霍奇金氏淋巴瘤。例如，癌症可以是乳腺癌，例如0期、I期、II期、III期、或IV期乳腺癌。具体地，癌症可以是对除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法(例如亚德里亚霉素(doxorubicin)、环磷酰胺、氟脲嘧啶(5-FU)、甲氨蝶呤、多西他赛、表阿霉素、紫杉醇、多西他赛、卡铂、曲妥珠单抗、长春瑞滨(vinorelbine)、长春瑞滨(vinorelbin)、辐射、和/或手术)具有抗性的乳腺癌。例如，该乳腺癌是髓样癌。例如，该乳腺癌还可以是乳腺癌的转移性形式。
用于在癌症患者中检测生物标志物的水平的方法
通过检测获得自癌症患者(例如，患有对除脂质体之外的一种或多种癌症疗法具有抗性的癌症的患者)的生物样品中的生物标志物(例如，表1-4的生物标志物中的一种或多种)的水平，可以评价癌症患者对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的敏感性或抗性。另外地，来自癌症患者的肿瘤样品中的sPLA2的检测和/或PLA2G2A(SEQ ID NO：380)的水平可以与生物标志物(例如，表1-4的生物标志物中的一种或多种)的水平组合使用，以确定患者对脂质体的敏感性或抗性。该生物样品可以包括，例如细胞、组织(例如，通过活组织检查获得的组织样品)、血液，血清、血浆、尿液、唾液、脑脊液、淋巴组织或淋巴液、或胰液。例如，例如，生物样品可以是获得自受试者的新鲜冷冻或福尔马林固定的石蜡包埋(FFPE)的组织，例如来自感兴趣的组织(例如前列腺、卵巢、肺、淋巴结、胸腺、脾脏、骨髓、乳房、结直肠、胰腺、宫颈、膀胱、胃肠、头部或颈部组织)的肿瘤样品(例如活组织检查)。
RNA提取和生物标志物水平的测量
细胞样品或组织样品可以在液氮中快速冷冻直至处理。可以使用例如来自英杰公司(Invitrogen)的Trizol试剂、按照制造商的说明提取RNA，并直接检测或转化成cDNA用于检测。可以使用例如来自Ambion公司的MessageAmp试剂盒、按照制造商的说明扩增RNA。可使用例如来自昂飞公司的HG-U133A或HG-U133_Plus2基因芯片或兼容装置(例如来自昂飞公司的GCS3000Dx 系统)、使用制造商的说明书对扩增的RNA进行定量。可以如在此描述的进一步分析所得的生物标志物水平测量。所描述的程序可以使用例如从R语言(R-Project，www.r-project.org)获得的、并且补充有来自Bioconductor(www.bioconductor.org)的包装的R软件来实现。
可以在获得自癌症患者(例如，患有在此描述的癌症类型的任一者的患者，例如患有对除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法具有抗性的癌症的患者)的生物样品(例如，肿瘤样品)中，使用例如聚合酶链式反应(PCR)、逆转录酶PCR(RT-PCR)、定量实时PCR(qRT-PCR)、阵列(例如，微阵列)、基因芯片、焦磷酸测序、纳米孔测序法、合成测序、扩张测序、单个分子实时技术、连接测序、微流体、红外荧光、下一代测序(例如，RNA-Seq技术)、RNA印迹、蛋白质印迹、DNA印迹、NanoString nCounter技术(例如，描述于美国专利申请号US 2011/0201515、US 2011/0229888、和US 2013/0017971的那些，其各自通过引用以其全文结合在此)、蛋白质组技术(例如，质谱法或蛋白质阵列)、及其组合，来测量示于表1-4的生物标志物中的一种或多种(例如，COL5A2(SEQ ID NO：73或211))的水平。与这些生物标志物的水平组合，可以使用例如PCR、RT-PCR、qRT-PCR、阵列(例如，微阵列)、基因芯片、焦磷酸测序、纳米孔测序法、合成测序、扩张测序、单个分子实时技术、连接测序、微流体、红外荧光、下一代测序(例如，RNA-Seq技术)、RNA印迹、蛋白质印迹、DNA印迹、NanoString nCounter技术、抗sPLA2抗体、蛋白质组技术(例如，质谱法或蛋白质阵列)、及其组合，来检测PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或其基因产物(sPLA2)的水平。
装置
本发明的装置可以用于检测示于表1-4的一种或多种生物标志物的水平和/或PLA2G2A(SEQ ID NO：380)的水平。该装置可以包括与核酸序列具有至少85％序列一致性(例如，85％、90％、95％、97％、98％、99％、或100％序列一致性)的至少一个(或一个类型的)单链核酸(例如，探针)，该核酸序列与示于表1-4的一种或多种生物标志物(例如，COL5A2(SEQ ID NO：73或211)或SFN(SEQ ID NO：96或324))和/或PLA2G2A(SEQ ID NO：380)的至少5(例如，至少10、至少15、至少20、或更多)个连续核苷酸互补或相同，其中该至少一个单链核酸足以用于检测该一种或多种生物标志物的水平。该装置可以用于通过单链核酸和生物标志物(例如，mRNA、基因组DNA、或非编码RNA)、生物标志物(例如，mRNA)的核酸、或其互补核酸之间的特异性杂交来检测给定生物标志物的水平。该装置可以是或包括微阵列。该装置还可以包括用于下一代测序(例如，合成测序)的试剂和材料或与其一起使用。该装置还可以包括NanoString试剂和至少一个nCounter盒或与其一起使用。该装置可以是或包括蛋白质阵列，该蛋白质阵列包含一个或多个蛋白质结合部分(例如，蛋白质、抗体、核酸、衔接子、亲和体、脂质、磷脂、小分子、任何上述的标记的变体、以及对于本领域熟知的蛋白质检测有用的任何其他部分)，该一个或多个蛋白质结合部分能够可检测地结合示于表1-4的一种或多种生物标志物和/或PLA2G2A(SEQ ID NO：380)的一种或多种多肽产物。该装置还可以是用于测量扩增产物的盒，该扩增产物由来自患者的一种或多种核酸分子和装置(例如用于进行qRT-PCR的装置)的至少一种单链核酸单链核酸分子之间的杂交产生。
微阵列
可以使用高通表达分析平台(例如微阵列)确定生物标志物(例如，列于表1-4的生物标志物(例如，COL5A2(SEQ ID NO：73或211))和/或PLA2G2A(SEQ ID NO：380))的水平。具体地，微阵列用于在用于评价癌症患者(例如，患有对除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法具有抗性的癌症的患者)对脂质体的反应性的方法中使用，该微阵列包含或产生自生成的寡核苷酸探针(例如，DNA、cDNA、或RNA探针)，这些探针能够与感兴趣的一种或多种生物标志物(例如，表1-4的生物标志物中的一种或多种)和/或PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或其互补序列杂交。每个探针可以具有例如至少10、15、20、25、30、或更多个连续核酸残基(例如，至少15个)，该连续核酸残基与选择的生物标志物的核酸序列互补或相同。探针核序列还可以与编码生物标志物(例如，COL5A2(SEQ ID NO 73或211))的基因的核酸序列或其互补序列具有至少85％(例如，90％、95％、99％、或100％)的序列一致性。具体地，这些探针序列可以与一种或多种生物标志物的全部或一部分核酸序列互补。
例如，用于确定对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性的本发明的微阵列可以包括：针对示于表1和3的具有敏感性的一种或多种(例如、至少5、10、15、或20种或更多种(例如，全部))生物标志物的探针，这些生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO 73或211)、ITGA4(SEQ ID NO：1)、MSN(SEQ ID NO：2)、FAM46A(SEQ ID NO：3或280)、ITGB2(SEQ ID NO：4)、DOCK2(SEQ ID NO：5或223)、EVL(SEQ ID NO：6)、SACS(SEQ ID NO：7)、PTPRCAP(SEQ IDNO：8)、EBI2(SEQ ID NO：9)、PTPRC(SEQ ID NO：10、18、25、或243)、ANP32E(SEQ ID NO：11)、SFPQ(SEQ ID NO：12、38、或272)、C1QR1(SEQ ID NO：13)、FNBP1(SEQ ID NO：14或28)、CBFB(SEQ ID NO：15)、SFRS7(SEQ ID NO：19或54)、CAP350(SEQ ID NO：20或61)、CALD1(SEQ IDNO：206)、COL6A2(SEQ ID NO：207)、FERMT2(SEQ ID NO：208)、BNIP3(SEQ ID NO：209或263)、RAB31(SEQ ID NO：210)、MPO(SEQ ID NO：212)、SRPX(SEQ ID NO：213)、ARHGDIB(SEQID NO：214)、TMEM47(SEQ ID NO：215)、CSRP2(SEQ ID NO：216)、DPYSL3(SEQ ID NO：217)、HTRA1(SEQ ID NO：218)、SLC39A6(SEQ ID NO：219)、或LAT2(SEQ ID NO：220)。用于确定对脂质体的反应性的微阵列还可以包括：针对列于表2和4的具有抗性的一种或多种(例如、至少5、10、15、或20种或更多种(例如，全部))生物标志物的探针，这些生物标志物例如：SFN(SEQ ID NO：96或324)、LISCH7(SEQ ID NO：97)、EPB41L4B(SEQ ID NO：98)、MST1R(SEQ IDNO：99)、ITGB4(SEQ ID NO：100)、DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)、TACSTD1(SEQ ID NO：104)、MISP(SEQ ID NO：105)、KRT8(SEQ ID NO：106)、JUP(SEQ ID NO：107或400)、KRT18(SEQ ID NO：108或306)、FA2H(SEQ ID NO：109)、MGAT4B(SEQ ID NO：110)、DSG2(SEQ IDNO：111或312)、LRP5(SEQ ID NO：112)、LGALS3(SEQ ID NO：307)、DSP(SEQ ID NO：308)、IGFBP4(SEQ ID NO：309)、SPINT2(SEQ ID NO：310)、CDH1(SEQ ID NO：311)、RAB25(SEQ IDNO：313)、PTPRF(SEQ ID NO：314、371、或387)、SOX9(SEQ ID NO：121、315、或319)、LYZ(SEQID NO：316)、IER3(SEQ ID NO：127或317)、PERP(SEQ ID NO：318)、ATP1B1(SEQ ID NO：320)、或IFI27(SEQ ID NO：321)。
用于确定对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性的微阵列还可以包括：针对示于表1-4的一种或多种(例如、至少5、10、15、或20种或更多种(例如、全部))具有敏感性的生物标志物和具有抗性的生物标志物的探针，这些具有敏感性的生物标志物和具有抗性的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO 73或211)、ITGA4(SEQ ID NO：1)、MSN(SEQ ID NO：2)、FAM46A(SEQ ID NO：3或280)、ITGB2(SEQ ID NO：4)、DOCK2(SEQ ID NO：5或223)、EVL(SEQID NO：6)、SACS(SEQ ID NO：7)、PTPRCAP(SEQ ID NO：8)、EBI2(SEQ ID NO：9)、PTPRC(SEQID NO：10、18、25、或243)、ANP32E(SEQ ID NO：11)、SFPQ(SEQ ID NO：12、38、或272)、C1QR1(SEQ ID NO：13)、FNBP1(SEQ ID NO：14或28)、CBFB(SEQ ID NO：15)、SFRS7(SEQ ID NO：19或54)、CAP350(SEQ ID NO：20或61)、CALD1(SEQ ID NO：206)、COL6A2(SEQ ID NO：207)、FERMT2(SEQ ID NO：208)、BNIP3(SEQ ID NO：209或263)、RAB31(SEQ ID NO：210)、MPO(SEQID NO：212)、SRPX(SEQ ID NO：213)、ARHGDIB(SEQ ID NO：214)、TMEM47(SEQ ID NO：215)、CSRP2(SEQ ID NO：216)、DPYSL3(SEQ ID NO：217)、HTRA1(SEQ ID NO：218)、SLC39A6(SEQID NO：219)、LAT2(SEQ ID NO：220)、SFN(SEQ ID NO：96或324)、LISCH7(SEQ ID NO：97)、EPB41L4B(SEQ ID NO：98)、MST1R(SEQ ID NO：99)、ITGB4(SEQ ID NO：100)、DBNDD2(SEQ IDNO：102或365)、TACSTD1(SEQ ID NO：104)、MISP(SEQ ID NO：105)、KRT8(SEQ ID NO：106)、JUP(SEQ ID NO：107或400)、KRT18(SEQ ID NO：108或306)、FA2H(SEQ ID NO：109)、MGAT4B(SEQ ID NO：110)、DSG2(SEQ ID NO：111或312)、LRP5(SEQ ID NO：112)、LGALS3(SEQ IDNO：307)、DSP(SEQ ID NO：308)、IGFBP4(SEQ ID NO：309)、SPINT2(SEQ ID NO：310)、CDH1(SEQ ID NO：311)、RAB25(SEQ ID NO：313)、PTPRF(SEQ ID NO：314、371、或387)、SOX9(SEQID NO：121、315、或319)、LYZ(SEQ ID NO：316)、IER3(SEQ ID NO：127或317)、PERP(SEQ IDNO：318)、ATP1B1(SEQ ID NO：320)、或IFI27(SEQ ID NO：321)。另外地，用于确定对脂质体的反应性的本发明的微阵列可以包括针对PLA2G2A(SEQ ID NO：380)的一种或多种探针。
微阵列探针可以是单链或双链的。该探针可以被标记(例如，用荧光分子、染料分子、小分子、附加表位、条形码序列、多肽、或任何其他可检测分子进行可检测地标记)。探针可以被可检测地标记和固定在固体支持物上以形成微阵列。另外地，探针可以被可检测地标记并且包括于例如管，例如用荧光分子标记的探针中。例如，探针可以预先制备并且点到微阵列的表面上抑或直接合成到微阵列的表面(原位)上。该微阵列还可以被配置为使得阵列的每个成员(例如，探针)的序列和位置是已知的。例如，生物标志物(这些生物标志物的水平与对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性增加的可能性相关)的选择可排列在固体支持物上。标记探针与具体靶核酸(例如，对应于表1-4的一种或多种生物标志物和/或PLA2G2A(SEQ ID NO：380)的mRNA)的杂交指示衍生mRNA的样品表达生物标志物(例如，对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的具有敏感性或抗性的生物标志物)。
基于PCR的技术
任选地与PLA2G2A(SEQ ID NO：380)组合的生物标志物少至一至三十种(例如，5至30或10至30，或表1-4中列出的生物标志物的至少前15种)可以用于使用在此描述的方法来确定对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的患者反应性。可以使用PCR分析(例如定量实时PCR(qRT-PCR)、或定量环介导等温扩增法(q-LAMP))方便地测定来自癌症患者(例如，患有对除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法具有抗性的癌症的患者)的组织或细胞样品的水平。例如，可以通过以下步骤在生物样品中检测对应于表1-4的生物标志物和/或PLA2G2A(SEQ ID NO：380)的mRNA：(a)通过使用至少一种引物的逆转录来从样品中产生cDNA；(b)使用靶多核苷酸作为正义和反义引物扩增如此产生的cDNA，以扩增其中的靶cDNA；和(c)使用多核苷酸探针来检测扩增的靶cDNA的存在。包括示于表1-4的靶序列(例如COL5A2(SEQ ID NO 73或211)和/或SFN(SEQ ID NO：96或324))和/或PLA2G2A(SEQ IDNO：380)的序列的引物和探针可用于使用PCR检测所指示的生物标志物中的一种或多种的水平。这些方法可以包括允许确定生物样品中靶mRNA水平的一个或多个步骤(例如，通过同时检查比较对照mRNA序列或“管家”基因(例如肌动蛋白家族成员或GAPDH)的水平)。用于这些基于PCR的测定的引物可根据本领域已知的方法标记以用于检测。
测序
可以使用测序技术(例如下一代测序平台(例如，RNA-Seq)，如描述于：Mortazavi等人，Nat.Methods[自然方法]5：621-628，2008，通过引用结合在此))确定示于表1-4的生物标志物(例如COL5A2(SEQ ID NO 73或211)、SFN(SEQ ID NO：96或324)、和/或PLA2G2A(SEQ ID NO：380))的水平。RNA-Seq是用于通过对样品中的RNA分子进行直接测序来监测生物标志物水平的稳健技术。该方法可以包括将RNA片段化至平均长度(例如200个核苷酸)、通过随机引发转化为cDNA、以及合成双链cDNA(例如，使用来自新英格兰生物科学(NewEngland Biosciences)的第一链cDNA合成试剂盒)。然后可以通过针对每个文库(例如来自)添加序列衔接子，将cDNA转化成分子文库以进行测序，并且将得到的50至100个核苷酸的读段映射到基因组上。适合根据这些方法使用的示例性测序平台包括例如焦磷酸测序、合成测序、测序、ION测序、和测序。
确定对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的患者反应性的方法
本发明特征在于使用示于表1-4的生物标志物中的一种或多种(例如，COL5A2(SEQID NO：73或211)或SFN(SEQ ID NO：96或324))、任选地与PLA2G2A(SEQ ID NO：380)组合，来用于检测和筛选癌症患者(例如，患有对除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法具有抗性的癌症的患者)的诊断方法，这些癌症患者可以对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体有反应。本发明的方法本发明可以用于预测对脂质体的患者的反应性，并且任选地，在整个癌症进展和/或复发病例(例如在一线治疗、二线治疗、和/或三线治疗)中治疗癌症患者。
本发明提供单独的生物标志物(例如，COL5A2(SEQ ID NO：73或211)和生物标志物组(例如，列于表1-4的生物标志物中的两种或更多种)，其水平如在获得自癌症患者(例如，患有癌症的人类)的生物样品(例如，肿瘤样品，例如活组织检查)中所检测，指示对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。使用与先前描述于以下文献的那些类似的方法鉴定生物标志物：例如Chen等人(Mol.Cancer Ther.[分子癌症治疗学]11：34-33，2012)、Wang等人(J.Nat.Cancer Inst.[国立癌症研究所杂志]105：1284-1291，2013)、和Knudsen等人(PLoSOne杂志[PLoS One]，9：e87415，2014)，其各自通过引用以其全文结合在此。
具体地，确定基于经受用sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体处理的细胞系(例如，NCI60细胞)的生长抑制值(GI50)和基因表达的算法(例如，通过微阵列分析、逆转录酶聚合酶链式反应(RT-PCR)、定量实时PCR(qPCR)、或下一代测序)。在标准化之后，具有例如大于约0.25或小于约-0.25的Pearson相关系数的基因可以分别被分类为具有敏感性或具有抗性的生物标志物。具体地，约0.25或更大的相关系数是本领域已知的用于确定生物标志物(例如示于表1-4的生物标志物)的水平是否与癌症治疗敏感性(例如对脂质体的敏感性)的可能性相关的统计学上显著的界限。因此，约0.25或更大或约-0.25或更小的相关系数可以用于鉴定生物标志物(例如表1-4的生物标志物)，用于根据在此描述的方法来预测患者对用脂质体的治疗的反应性。
生物标志物水平的比较
如在此描述的鉴定的，具有敏感性和/或抗性的一种或多种生物标志物可以用于通过测量获得自癌症患者的生物样品中的生物标志物的水平、任选地与获得自癌症患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)的水平组合，来预测对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。单个生物标志物(例如，表1-4的生物标志物中的任一者，例如COL5A2(SEQID NO：73或211)或SFN(SEQ ID NO：96或324))可以用于确定癌症患者(例如，患有对除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法具有抗性的癌症的患者)对脂质体的反应性。
例如，在确定来自癌症患者的样品(例如，肿瘤样品)中的具有敏感性的生物标志物(例如，表1和3的生物标志物中的任一者，例如COL5A2(SEQ ID NO：73或211))的水平后，样品中的一种或多种生物标志物的水平可以与已知对用sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体治疗敏感的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的一种或多种生物标志物的水平进行比较。如果来自癌症患者的样品中的一种或多种生物标志物的水平基本上类似于(例如，相同或具有相同的水平趋势)已知对脂质体敏感的细胞或组织中的一种或多种生物标志物的水平，则预测该癌症患者对用脂质体的治疗有反应。可替代地，如果来自癌症患者的样品中的一种或多种生物标志物的水平基本上不类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的一种或多种生物标志物的水平，则预测该癌症患者对用脂质体的治疗无反应。
来自癌症患者的样品(例如，肿瘤样品)中的具有敏感性的生物标志物(例如，表1和3的生物标志物中的任一者，例如COL5A2(SEQ ID NO：73或211))的水平还可以与已知对用sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体治疗具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的一种或多种生物标志物水平进行比较。如果来自癌症患者的样品中的一种或多种生物标志物的水平基本上类似于已知对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体具有抗性的细胞或组织中的一种或多种生物标志物的水平，则预测该癌症患者对用脂质体的治疗无反应。可替代地，如果来自癌症患者的样品中的一种或多种生物标志物的水平基本上不类似于已知对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体敏感的细胞或组织中的一种或多种生物标志物的水平，则预测该癌症患者对用脂质体的治疗有反应。
例如，在确定来自癌症患者的样品(例如，肿瘤样品)中的具有抗性的生物标志物(例如，表2和4的生物标志物中的任一者，例如SFN(SEQ ID NO：96或324))的水平后，样品中的一种或多种生物标志物的水平可以与已知对用sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体治疗敏感的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的一种或多种生物标志物的水平进行比较。如果来自癌症患者的样品中的一种或多种生物标志物的水平基本上不类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的一种或多种生物标志物的水平，则预测该癌症患者对用脂质体的治疗有反应。可替代地，如果来自癌症患者的样品中的一种或多种生物标志物的水平基本上类似于(例如，相同或具有相同的水平趋势)已知对脂质体敏感的细胞或组织中的一种或多种生物标志物的水平，则预测该癌症患者对用脂质体的治疗无反应。
来自癌症患者的样品(例如，肿瘤样品)中的具有抗性的生物标志物(例如，表2和4的生物标志物中的任一者，例如SFN(SEQ ID NO：96或324))的水平还可以与已知对用sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体治疗具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的一种或多种生物标志物水平进行比较。如果来自癌症患者的样品中的一种或多种生物标志物的水平基本上类似于已知对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体具有抗性的细胞或组织中的一种或多种生物标志物的水平，则预测该癌症患者对用脂质体的治疗有反应。可替代地，如果来自癌症患者的样品中的一种或多种生物标志物的水平平基本上不类似于已知对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体敏感的细胞或组织中的一种或多种生物标志物的水平，则预测该癌症患者对用脂质体的治疗无反应。
还可以通过比较生物标志物(例如，COL5A2(SEQ ID NO：73或211))的水平与已知对用脂质体的治疗敏感的一种或多种细胞或组织(例如，来自癌症患者群体)和已知对用脂质体的治疗具有抗性的一种或多种细胞或组织(例如，来自癌症患者群体)中的生物标志物的水平，来预测癌症患者(例如，患有对除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。具体地，患者可以被确定为对用sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体治疗有反应，条件是：相比于已知对用脂质体的治疗具有抗性的细胞或组织中的一种或多种生物标志物的水平，一种或多种生物标志物的水平更类似于已知对用脂质体的治疗敏感的细胞或组织中的一种或多种生物标志物的水平。可替代地，患者可以被确定为对用sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体治疗无反应，条件是：相比于已知对用脂质体的治疗敏感的细胞或组织中的一种或多种生物标志物的水平，一种或多种生物标志物的水平更类似于已知对用脂质体的治疗具有抗性的细胞或组织中的一种或多种生物标志物的水平。
另外地，具有敏感性的一种或多种生物标志物(例如，COL5A2(SEQ ID NO：73或211)、ITGA4(SEQ ID NO：1)、MSN(SEQ ID NO：2)、FAM46A(SEQ ID NO：3或280)、ITGB2(SEQID NO：4)、DOCK2(SEQ ID NO：5或223)、EVL(SEQ ID NO：6)、SACS(SEQ ID NO：7)、PTPRCAP(SEQ ID NO：8)、EBI2(SEQ ID NO：9)、PTPRC(SEQ ID NO：10、18、25、或243)、ANP32E(SEQ IDNO：11)、SFPQ(SEQ ID NO：12、38、或272)、C1QR1(SEQ ID NO：13)、FNBP1(SEQ ID NO：14或28)、CBFB(SEQ ID NO：15)、SFRS7(SEQ ID NO：19或54)、CAP350(SEQ ID NO：20或61)、CALD1(SEQ ID NO：206)、COL6A2(SEQ ID NO：207)、FERMT2(SEQ ID NO：208)、BNIP3(SEQ ID NO：209或263)、RAB31(SEQ ID NO：210)、MPO(SEQ ID NO：212)、SRPX(SEQ ID NO：213)、ARHGDIB(SEQ ID NO：214)、TMEM47(SEQ ID NO：215)、CSRP2(SEQ ID NO：216)、DPYSL3(SEQ ID NO：217)、HTRA1(SEQ ID NO：218)、SLC39A6(SEQ ID NO：219)、或LAT2(SEQ ID NO：220)中的一种或多种)和具有抗性的一种或多种生物标志物(例如，SFN(SEQ ID NO：96或324)、LISCH7(SEQ ID NO：97)、EPB41L4B(SEQ ID NO：98)、MST1R(SEQ ID NO：99)、ITGB4(SEQ ID NO：100)、DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)、TACSTD1(SEQ ID NO：104)、MISP(SEQ ID NO：105)、KRT8(SEQ ID NO：106)、JUP(SEQ ID NO：107或400)、KRT18(SEQ ID NO：108或306)、FA2H(SEQ ID NO：109)、MGAT4B(SEQ ID NO：110)、DSG2(SEQ ID NO：111或312)、LRP5(SEQ IDNO：112)、LGALS3(SEQ ID NO：307)、DSP(SEQ ID NO：308)、IGFBP4(SEQ ID NO：309)、SPINT2(SEQ ID NO：310)、CDH1(SEQ ID NO：311)、RAB25(SEQ ID NO：313)、PTPRF(SEQ ID NO：314、371、或387)、SOX9(SEQ ID NO：121、315、或319)、LYZ(SEQ ID NO：316)、IER3(SEQ ID NO：127或317)、PERP(SEQ ID NO：318)、ATP1B1(SEQ ID NO：320)、或IFI27(SEQ ID NO：321)中的一种或多种)可以组合使用，以确定癌症患者(例如、患有对除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法具有抗性的癌症的患者)对用sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体治疗的反应性。例如，预测的癌症患者的反应性可以根据以下确定：例如，差值得分，该差值得分可以被定义为表1和3的具有敏感性的一种或多种生物标志物的水平的平均值与表2和4的具有抗性的一种或多种生物标志物的水平的平均值之间的差。
然后，癌症患者的差值得分可以与基于细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的生物标志物的水平的差值得分进行比较，该细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)已知对用sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的治疗敏感或具有抗性。具体地，患者可以被确定为对用sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的治疗有反应，条件是：差值得分基本上类似于已知对用脂质体的治疗敏感的细胞或组织中的生物标志物的水平。可替代地，患者可以被确定为对用sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的治疗无反应，条件是：差值得分基本上类似于已知对用脂质体的治疗具有抗性的细胞或组织中的生物标志物的水平。另外地，患者可以被确定为对用脂质体的治疗有反应，条件是：相比于已知对用脂质体的治疗具有抗性的细胞或组织中的生物标志物的水平，差值得分基本上类似于已知对用脂质体的治疗敏感的细胞或组织中的生物标志物的水平。可替代地，患者可以被确定为对用脂质体的治疗无反应，条件是：相比于已知对用脂质体的治疗敏感的细胞或组织中的生物标志物的水平，差值得分基本上类似于已知对用脂质体的治疗具有抗性的细胞或组织中的生物标志物的水平。
如在此描述的鉴定的，具有敏感性和/或抗性的一种或多种生物标志物可以用于通过测量获得自癌症患者的生物样品中的生物标志物的水平，来预测对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。单个生物标志物(例如，表1-4的生物标志物中的任一者，例如COL5A2(SEQ ID NO：73或211)可以用于确定癌症患者(例如，患有对除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。在确定来自癌症患者的样品(例如，肿瘤样品)中的一种或多种生物标志物的水平后，样品中的一种或多种生物标志物的水平可以与已知对用sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体治疗敏感的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的一种或多种生物标志物的水平进行比较。如果来自癌症患者样品中的一种或多种生物标志物的水平对应于(例如，相同或具有相同的水平趋势)已知对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体敏感的细胞或组织中的一种或多种生物标志物的水平，则该癌症患者被预测为对用脂质体的治疗有反应。可替代地，如果来自癌症患者的样品中的一种或多种生物标志物的水平不对应于已知对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体敏感的细胞或组织中的一种或多种生物标志物的水平，则预测该癌症患者对用脂质体的治疗无反应。
来自癌症患者的样品中的生物标志物(例如COL5A2(SEQ ID NO：73或211))的水平还可以与已知对用sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体治疗具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的生物标志物的水平进行比较。如果来自癌症患者的样品中的生物标志物的水平对应于已知对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物的水平，则预测该癌症患者对用脂质体的治疗无反应。可替代地，如果来自癌症患者的样品中的生物标志物的水平不对应于已知对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物的水平，则预测该癌症患者对用脂质体的治疗有反应。
还可以通过比较生物标志物(例如，COL5A2(SEQ ID NO：73或211))的水平与已知对用脂质体的治疗敏感的一种或多种细胞或组织(例如，来自癌症患者群体)和已知对用脂质体的治疗具有抗性的一种或多种细胞或组织(例如，来自癌症患者群体)中的生物标志物的水平，来预测癌症患者(例如，患有对除脂质体之外的一种或多种癌症疗法具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。具体地，患者可以对用sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的治疗有反应，条件是：相对于已知对用脂质体的治疗具有抗性的细胞或组织中的生物标志物的水平，一种或多种生物标志物的水平对应于已知对用脂质体的治疗敏感的细胞或组织中的一种或多种生物标志物的水平。可替代地，患者可以对用sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的治疗无反应，条件是：相对于已知对用脂质体的治疗具有抗性的细胞或组织中的生物标志物的水平，一种或多种生物标志物的水平对应于已知对用脂质体的治疗具有抗性的细胞或组织中的一种或多种生物标志物的水平。
例如，患者可以对用sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体治疗有反应，条件是：差值得分(例如，表1和3的具有敏感性的一种或多种生物标志物的水平的平均值和表2和4的具有抗性的一种或多种生物标志物的水平的平均值之间的差)对应于已知对用脂质体的治疗敏感的细胞或组织中的生物标志物的水平。可替代地，患者可以对用sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的治疗无反应，条件是：差值得分对应于已知对用脂质体的治疗具有抗性的细胞或组织中的生物标志物的水平。另外地，患者可以对用sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的治疗有反应，条件是：相对于已知对用脂质体的治疗具有抗性的细胞或组织中的生物标志物的水平，差值得分对应于已知对用脂质体的治疗敏感的细胞或组织中的生物标志物的水平。可替代地，患者可以对用sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的治疗无反应，条件是：相对于已知对用脂质体的治疗敏感的细胞或组织中的生物标志物的水平，差值得分对应于已知对用脂质体的治疗具有抗性的细胞或组织中的生物标志物的水平。
优选地，已知对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体敏感抑或具有抗性的细胞或组织与对脂质体具有未知的反应性的癌症患者的癌症类型相同。例如，该癌症患者和该已知对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体敏感抑或具有抗性的细胞或组织两者可以具有选自以下的癌症类型：实体瘤或血液癌、例如，乳腺癌(例如，雌激素受体阳性乳腺癌或髓样癌)、前列腺癌、卵巢癌(例如，卵巢腺癌或胚胎性癌)、肝癌(例如，肝细胞癌(HCC)或肝细胞瘤)、骨髓瘤(例如，多发性骨髓瘤)、结肠直肠癌(例如，结肠癌和直肠癌)、白血病(例如，急性髓性白血病、急性淋巴细胞白血病、慢性髓性白血病、慢性淋巴细胞白血病、急性成髓细胞白血病、急性早幼粒细胞性白血病、急性骨髓单核细胞白血病、急性单核细胞性白血病、急性红白血病、和慢性白血病)、骨髓增生异常综合征、淋巴瘤(例如，弥散性大B-细胞淋巴瘤、皮肤T-细胞淋巴瘤、外周T-细胞淋巴瘤、霍奇金氏淋巴瘤、非霍奇金氏淋巴瘤、瓦尔登斯特伦巨球蛋白血症、和淋巴细胞淋巴瘤)、宫颈癌、食管癌、黑色素瘤、胶质瘤(例如，少突神经胶质瘤)、胰腺癌(例如，腺鳞癌、印戒细胞癌、肝样癌、胶质性癌、胰岛细胞癌、和胰腺神经内分泌癌)、胃肠道间质瘤、肉瘤(例如，纤维肉瘤、黏液肉瘤、脂肪肉瘤、软骨肉瘤、骨原性肉瘤、血管肉瘤、内皮肉瘤、淋巴管肉瘤、淋巴管内皮肉瘤、平滑肌肉瘤、尤因氏肉瘤、和横纹肌肉瘤)、膀胱癌、头颈癌(例如，头颈鳞状细胞癌)、肺癌(例如，非小细胞肺癌、大细胞癌、支气管癌、和乳头状腺癌)、转移癌、口腔癌、子宫癌、睾丸癌(例如，精原细胞癌和胚胎性癌)、皮肤癌(例如，鳞状细胞癌和基底细胞瘤)、甲状腺癌(例如，乳头状癌和髓样癌)、脑癌(例如，星形细胞瘤和颅咽管瘤)、胃癌、上皮内癌、骨癌、胆管癌、眼癌、喉癌、肾癌(例如，肾细胞癌和肾母细胞瘤(Wilms tumor))、胃癌、母细胞瘤(例如，肾母细胞瘤、髓母细胞瘤、血管母细胞瘤、神经母细胞瘤、和视网膜母细胞瘤)、真性红细胞增多症、脊索瘤、滑膜瘤、间皮瘤、腺癌、汗腺瘤、皮脂腺癌、囊腺癌、胆管癌、绒毛膜癌、上皮癌、室管膜瘤、松果体瘤、听神经瘤、神经鞘瘤、脑膜瘤、垂体腺瘤、神经鞘膜肿瘤、小肠癌、内分泌系统癌、阴茎癌、尿道癌、皮肤或眼内黑色素瘤、妇科肿瘤、小儿实体瘤、和中枢神经系统肿瘤。
具体地，患者和对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体具有已知抗性或敏感性的细胞或组织的癌症是例如：乳腺癌(例如，ERpos乳腺癌和/或乳腺癌的转移性形式)、急性髓细胞性白血病(AML)、急性成淋巴细胞白血病(ALL)、慢性淋巴细胞白血病(CLL)、骨髓增生异常综合征(MDS)、慢性髓细胞性白血病-慢性期(CMLCP)、弥散性大B-细胞淋巴瘤(DLBCL)、皮肤T-细胞淋巴瘤(CTCL)、外周T-细胞淋巴瘤(PTCL)、霍奇金氏淋巴瘤、肝细胞癌(HCC)、宫颈癌、肾细胞癌(RCC)、食管癌、黑色素瘤、胶质瘤、胰腺癌、胃肠道间质瘤(GIST)、肉瘤、非小细胞肺癌(NSCLC)、前列腺癌、卵巢癌、结肠癌、膀胱癌、或头颈鳞状细胞癌(SCCHN)。
机器学习技术(例如神经网络、支持向量机、K最近邻法、和最近邻质心)也可以用于开发模型，这些模型使用生物标志物水平作为模型变量(将每个患者分为对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的分类)，来区分对用sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体治疗敏感的患者和对用脂质体的治疗具有抗性的那些患者。用于使用不同测量对患者进行分类的机器学习技术描述于以下文献：美国专利号5,822,715；美国专利申请公开号2003/0073083、2005/0227266、2005/0208512、2005/0123945、2003/0129629、和2002/0006613；和Vapnik VN.Statistical Learning Theory，John Wiley&Sons，New York，1998[统计学习理论，约翰·威利父子公司，纽约]，1998]；Hastie等人，2001，The Elements of StatisticalLearning：Data Mining，Inference，and Prediction，Springer，N.Y.[统计学习基础：数据挖掘、推理与预测，施普林格，纽约]；Agresti，1996，An Introduction to CategoricalData Analysis，John Wiley&Sons，New York[分类数据分析引论，约翰·威利父子公司，纽约]；V.Tresp等人，“Neural Network Modeling of Physiological Processes，”[生理过程的神经网络建模]，Hanson S.J.等人(编辑)，Computational Learning Theory andNatural Learning Systems 2，MIT Press，1994[计算学习理论与自然学习系统2，MIT出版社，1994]，其各自通过引用以其全文结合在此。
具有敏感性和抗性的生物标志物
表1-4的生物标志物中的一种或多种的水平可以用于确定癌症患者对用sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体治疗的反应性。一旦使用本发明的方法确定为有反应，可以单独用脂质体治疗患者，或用脂质体和在此描述的其他疗法中的一种或多种治疗患者。
表1.对顺铂具有敏感性的mRNA生物标志物。虚线意味着昂飞探针组尚未被映射到特定的基因。昂飞ID是指阵列类型HG-U133A。
表2.对顺铂具有抗性的mRNA生物标志物。虚线意味着昂飞探针组尚未被映射到特定的基因。昂飞ID是指阵列类型HG-U133A。
表3.对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体具有敏感性的mRNA生物标志物。虚线意味着昂飞探针组尚未被映射到特定的基因。昂飞ID是指阵列类型HG-U133A。
表4.对脂质体具有敏感性的mRNA生物标志物。虚线意味着昂飞探针组尚未被映射到特定的基因。昂飞ID是指阵列类型HG-U133A。
生物标志物COL5A2(SEQ ID NO：73或211)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物COL5A2(SEQ IDNO：73或211)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的COL5A2(SEQ ID NO：73或211)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的COL5A2(SEQ ID NO：73或211)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物COL5A2(SEQ ID NO：73或211)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合的治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQ ID NO：6)，SACS(SEQ IDNO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQ ID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ ID NO：13)，FNBP1(SEQID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ ID NO：100)，DBNDD2(SEQ IDNO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ ID NO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQ ID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ ID NO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ ID NO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，RAB25(SEQ IDNO：313)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ ID NO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物COL5A2(SEQ ID NO：73或211)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物ITGA4(SEQ ID NO：1)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物ITGA4(SEQ ID NO：1)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的ITGA4(SEQ ID NO：1)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的ITGA4(SEQID NO：1)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物ITGA4(SEQ ID NO：1)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合的治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQ ID NO：6)，SACS(SEQ IDNO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQ ID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ ID NO：13)，FNBP1(SEQID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ ID NO：100)，DBNDD2(SEQ IDNO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ ID NO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQ ID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ ID NO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ ID NO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，RAB25(SEQ IDNO：313)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ ID NO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物ITGA4(SEQ ID NO：1)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物MSN(SEQ ID NO：2)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物MSN(SEQ ID NO：2)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的MSN(SEQ ID NO：2)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的MSN(SEQ ID NO：2)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物MSN(SEQ ID NO：2)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQ ID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQ ID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ ID NO：13)，FNBP1(SEQID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ ID NO：100)，DBNDD2(SEQ IDNO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ ID NO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQ ID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ ID NO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ ID NO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，RAB25(SEQ IDNO：313)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ ID NO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物MSN(SEQ ID NO：2)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物FAM46A(SEQ ID NO：3或280)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物FAM46A(SEQ IDNO：3或280)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的FAM46A(SEQ ID NO：3或280)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的FAM46A(SEQ ID NO：3或280)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物FAM46A(SEQ ID NO：3或280)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQ ID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQ ID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ ID NO：13)，FNBP1(SEQID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ ID NO：100)，DBNDD2(SEQ IDNO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ ID NO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQ ID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ ID NO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ ID NO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，RAB25(SEQ IDNO：313)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ ID NO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物FAM46A(SEQ ID NO：3或280)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物ITGB2(SEQ ID NO：4)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物ITGB2(SEQ ID NO：4)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的ITGB2(SEQ ID NO：4)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的ITGB2(SEQID NO：4)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物ITGB2(SEQ ID NO：4)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQ ID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQ ID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ ID NO：13)，FNBP1(SEQID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ ID NO：100)，DBNDD2(SEQ IDNO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ ID NO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQ ID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ ID NO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ ID NO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，RAB25(SEQ IDNO：313)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ ID NO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物ITGB2(SEQ ID NO：4)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物DOCK2(SEQ ID NO：5或223)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物DOCK2(SEQ ID NO：5或223)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的DOCK2(SEQ ID NO：5或223)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的DOCK2(SEQ ID NO：5或223)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物DOCK2(SEQ ID NO：5或223)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，EVL(SEQ ID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQ ID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ ID NO：13)，FNBP1(SEQID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ ID NO：100)，DBNDD2(SEQ IDNO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ ID NO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQ ID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ ID NO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRAl(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ ID NO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDHl(SEQ ID NO：311)，RAB25(SEQ IDNO：313)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATPlBl(SEQ ID NO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物DOCK2(SEQ ID NO：5或223)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物EVL(SEQ ID NO：6)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物EVL(SEQ ID NO：6)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的EVL(SEQ ID NO：6)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的EVL(SEQ ID NO：6)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物EVL(SEQ ID NO：6)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQ ID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QRl(SEQ ID NO：13)，FNBPl(SEQ IDNO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MSTlR(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ ID NO：100)，DBNDD2(SEQ IDNO：102或365)，TACSTDl(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ ID NO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRTl8(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQ ID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALDl(SEQ ID NO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRAl(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ ID NO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDHl(SEQ ID NO：311)，RAB25(SEQ IDNO：313)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATPlBl(SEQ ID NO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物EVL(SEQ ID NO：6)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物SACS(SEQ ID NO：7)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物SACS(SEQ ID NO：7)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的SACS(SEQ ID NO：7)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的SACS(SEQ IDNO：7)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物SACS(SEQ ID NO：7)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQ ID NO：6)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQ ID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QRl(SEQ ID NO：13)，FNBPl(SEQID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MSTlR(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ ID NO：100)，DBNDD2(SEQ IDNO：102或365)，TACSTDl(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ ID NO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRTl8(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQ ID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALDl(SEQ ID NO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRAl(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ ID NO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDHl(SEQ ID NO：311)，RAB25(SEQ IDNO：313)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATPlBl(SEQ ID NO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物SACS(SEQ ID NO：7)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物PTPRCAP(SEQ ID NO：8)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物PTPRCAP(SEQ ID NO：8)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的PTPRCAP(SEQ ID NO：8)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的PTPRCAP(SEQ ID NO：8)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物PTPRCAP(SEQ ID NO：8)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQ ID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQ ID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QRl(SEQ ID NO：13)，FNBPl(SEQ IDNO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MSTlR(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ ID NO：100)，DBNDD2(SEQ IDNO：102或365)，TACSTDl(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ ID NO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRTl8(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQ ID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALDl(SEQ ID NO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRAl(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ ID NO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDHl(SEQ ID NO：311)，RAB25(SEQ IDNO：313)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATPlBl(SEQ ID NO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物PTPRCAP(SEQ ID NO：8)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物EBI2(SEQ ID NO：9)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物EBI2(SEQ ID NO：9)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的EBI2(SEQ ID NO：9)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的EBI2(SEQ IDNO：9)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物EBI2(SEQ ID NO：9)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQ ID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，PTPRC(SEQ ID NO：10，1 8，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QRl(SEQ ID NO：13)，FNBPl(SEQID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MSTlR(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ ID NO：100)，DBNDD2(SEQ IDNO：102或365)，TACSTDl(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ ID NO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRTl8(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQ ID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALDl(SEQ ID NO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRAl(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ ID NO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDHl(SEQ ID NO：311)，RAB25(SEQ IDNO：313)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATPlBl(SEQ ID NO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物EBI2(SEQ ID NO：9)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物PTPRC(SEQ ID NO：10、18、25、或243)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物PTPRC(SEQ IDNO：10、18、25或243)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的PTPRC(SEQ ID NO：10、18、25或243)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的PTPRC(SEQ ID NO：10、18、25或243)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物PTPRC(SEQ ID NO：10、18、25、或243)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ IDNO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQ ID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QRl(SEQ ID NO：13)，FNBPl(SEQ IDNO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：1 5)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MSTlR(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ ID NO：100)，DBNDD2(SEQ IDNO：102或365)，TACSTDl(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ ID NO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRTl8(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQ ID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALDl(SEQ ID NO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRAl(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ ID NO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDHl(SEQ ID NO：311)，RAB25(SEQ IDNO：313)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATPlBl(SEQ ID NO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物PTPRC(SEQ ID NO：10、18、25或243)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物ANP32E(SEQ ID NO：11)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物ANP32E(SEQ ID NO：11)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的ANP32E(SEQ ID NO：11)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的ANP32E(SEQ ID NO：11)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物ANP32E(SEQ ID NO：11)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQ ID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQ ID NO：10，18，25，或243)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QRl(SEQ ID NO：13)，FNBPl(SEQ IDNO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MSTlR(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ ID NO：100)，DBNDD2(SEQ IDNO：102或365)，TACSTDl(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ ID NO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRTl8(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQ ID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALDl(SEQ ID NO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRAl(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ ID NO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDHl(SEQ ID NO：311)，RAB25(SEQ IDNO：313)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATPlBl(SEQ ID NO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物ANP32E(SEQ ID NO：11)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物SFPQ(SEQ ID NO：12、38、或272)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物SFPQ(SEQ IDNO：12、38、或272)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的SFPQ(SEQ ID NO：12、38或272)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的SFPQ(SEQ ID NO：12、38或272)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物SFPQ(SEQ ID NO：12、38或272)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，C1QRl(SEQ ID NO：13)，FNBPl(SEQ IDNO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MSTlR(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ ID NO：100)，DBNDD2(SEQ IDNO：102或365)，TACSTDl(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ ID NO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRTl8(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQ ID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALDl(SEQ ID NO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRAl(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ ID NO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：3 10)，CDHl(SEQ ID NO：311)，RAB25(SEQ IDNO：313)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATPlBl(SEQ ID NO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物SFPQ(SEQ ID NO：12、38或272)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物C1QR1(SEQ ID NO：13)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物C1QR1(SEQ ID NO：13)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的C1QR1(SEQ ID NO：13)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的C1QR1(SEQID NO：13)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物C1QR1(SEQ ID NO：13)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQ ID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQ ID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，FNBP1(SEQ IDNO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ ID NO：100)，DBNDD2(SEQ IDNO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ ID NO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQ ID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ ID NO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ ID NO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，RAB25(SEQ IDNO：313)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ ID NO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物C1QR1(SEQ ID NO：13)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物FNBP1(SEQ ID NO：14或28)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物FNBP1(SEQ ID NO：14或28)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的FNBP1(SEQ ID NO：14或28)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的FNBP1(SEQ ID NO：14或28)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物FNBP1(SEQ ID NO：14或28)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ ID NO：13)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ ID NO：100)，DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ ID NO：105)，KRT8(SEQ IDNO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQ ID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ ID NO：206)，COL6A2(SEQID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQ ID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQ ID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ IDNO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，RAB25(SEQ ID NO：313)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQ ID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ IDNO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物FNBP1(SEQ ID NO：14或28)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物SFN(SEQ ID NO：96或324)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物SFN(SEQ ID NO：96或324)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的SFN(SEQ ID NO：96或324)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的SFN(SEQ ID NO：96或324)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物SFN(SEQ ID NO：96或324)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ ID NO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ ID NO：100)，DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ ID NO：105)，KRT8(SEQ IDNO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQ ID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ ID NO：206)，COL6A2(SEQID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQ ID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQ ID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ IDNO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，RAB25(SEQ ID NO：313)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQ ID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ IDNO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物SFN(SEQ ID NO：96或324)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物LISCH7(SEQ ID NO：97)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物LISCH7(SEQ ID NO：97)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的LISCH7(SEQ ID NO：97)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的LISCH7(SEQ ID NO：97)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物LISCH7(SEQ ID NO：97)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQ ID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQ ID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ IDNO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ ID NO：100)，DBNDD2(SEQ IDNO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ ID NO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQ ID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ ID NO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ ID NO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，RAB25(SEQ IDNO：313)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ ID NO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物LISCH7(SEQ ID NO：97)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物EPB41L4B(SEQ ID NO：98)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物EPB41L4B(SEQ IDNO：98)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的EPB41L4B(SEQ ID NO：98)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的EPB41L4B(SEQ ID NO：98)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物EPB41L4B(SEQ ID NO：98)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ ID NO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ ID NO：100)，DBNDD2(SEQID NO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ ID NO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQ ID NO：112)，SFRS7(SEQID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ ID NO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQ ID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQ ID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ ID NO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，RAB25(SEQ IDNO：313)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ ID NO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物EPB41L4B(SEQ ID NO：98)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物MST1R(SEQ ID NO：99)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物MST1R(SEQ ID NO：99)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的MS T1R(SEQ ID NO：99)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的MST1R(SEQID NO：99)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物MST1R(SEQ ID NO：99)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQ ID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQ ID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ IDNO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，ITGB4(SEQ ID NO：100)，DBNDD2(SEQID NO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ ID NO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQ ID NO：112)，SFRS7(SEQID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ ID NO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQ ID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQ ID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ ID NO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，RAB25(SEQ IDNO：313)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ ID NO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物MST1R(SEQ ID NO：99)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物ITGB4(SEQ ID NO：100)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物ITGB4(SEQ ID NO：100)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的ITGB4(SEQ ID NO：100)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的ITGB4(SEQ ID NO：100)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物ITGB4(SEQ ID NO：100)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQ ID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQ ID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ IDNO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，DBNDD2(SEQ IDNO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ ID NO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQ ID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ ID NO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ ID NO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，RAB25(SEQ IDNO：313)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ ID NO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物ITGB4(SEQ ID NO：100)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物DBNDD2(SEQ IDNO：102或365)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ ID NO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ ID NO：100)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ ID NO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQ ID NO：112)，SFRS7(SEQID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ ID NO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQ ID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQ ID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ ID NO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，RAB25(SEQ IDNO：313)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ ID NO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物TACSTD1(SEQ ID NO：104)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物TACSTD1(SEQ ID NO：104)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的TACSTD1(SEQ ID NO：104)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的TACSTD1(SEQ ID NO：104)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物TACSTD1(SEQ ID NO：104)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ ID NO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ ID NO：100)，DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)，MISP(SEQ ID NO：105)，KRT8(SEQ IDNO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQ ID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ ID NO：206)，COL6A2(SEQID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQ ID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQ ID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ IDNO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，RAB25(SEQ ID NO：313)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQ ID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ IDNO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物TACSTD1(SEQ ID NO：104)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物MISP(SEQ ID NO：105)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物MISP(SEQ ID NO：105)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的MISP(SEQ ID NO：105)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的MISP(SEQ IDNO：105)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物MISP(SEQ ID NO：105)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQ ID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQ ID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ IDNO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ IDNO：100)，DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQ ID NO：112)，SFRS7(SEQID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ ID NO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQ ID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQ ID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ ID NO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，RAB25(SEQ IDNO：313)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ ID NO：320)，或1F127(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物MISP(SEQ ID NO：105)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物KRT8(SEQ ID NO：106)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物KRT8(SEQ ID NO：106(SEQID NO：314或386))的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的KRT8(SEQ ID NO：106)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的KRT8(SEQ ID NO：106)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物KRT8(SEQ ID NO：106)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQ ID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQ ID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ IDNO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ IDNO：100)，DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ ID NO：105)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQ ID NO：112)，SFRS7(SEQID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ ID NO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQ ID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQ ID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ ID NO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，RAB25(SEQ IDNO：313)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ ID NO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物KRT8(SEQ ID NO：106)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物JUP(SEQ ID NO：107或400)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物JUP(SEQ ID NO：107或400)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中JUP(SEQ ID NO：107或400)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的JUP(SEQ ID NO：107或400)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物JUP(SEQ ID NO：107或400)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ ID NO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ ID NO：100)，DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ IDNO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQ ID NO：112)，SFRS7(SEQID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ ID NO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQ ID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQ ID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ ID NO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，RAB25(SEQ IDNO：313)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ ID NO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物JUP(SEQ ID NO：107或400)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物KRT18(SEQ ID NO：108或306)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物KRT18(SEQ ID NO：108或306)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的KRT18(SEQ ID NO：108或306)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的KRT18(SEQ ID NO：108或306)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物KRT18(SEQ ID NO：108或306)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ ID NO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ ID NO：100)，DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ IDNO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQ ID NO：112)，SFRS7(SEQID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ ID NO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQ ID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQ ID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ ID NO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，RAB25(SEQ IDNO：313)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ ID NO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物KRT18(SEQ ID NO：108或306)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物FA2H(SEQ ID NO：109)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物FA2H(SEQ ID NO：109)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的FA2H(SEQ ID NO：109)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的FA2H(SEQ IDNO：109)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物FA2H(SEQ ID NO：109)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQ ID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQ ID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ IDNO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ IDNO：100)，DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ ID NO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQ ID NO：112)，SFRS7(SEQID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ ID NO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQ ID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQ ID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ ID NO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，RAB25(SEQ IDNO：313)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ ID NO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物FA2H(SEQ ID NO：109)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物MGAT4B(SEQ ID NO：110)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物MGAT4B(SEQ ID NO：110)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的MGAT4B(SEQ ID NO：110)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的MGAT4B(SEQ ID NO：110)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物MGAT4B(SEQ ID NO：110)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ ID NO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ ID NO：100)，DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ IDNO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQ ID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ ID NO：206)，COL6A2(SEQID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQ ID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQ ID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ IDNO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，RAB25(SEQ ID NO：313)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQ ID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ IDNO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物MGAT4B(SEQ ID NO：110)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物DSG2(SEQ ID NO：111或312)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物DSG2(SEQ ID NO：111或312)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的DSG2(SEQ ID NO：111或312)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的DSG2(SEQ ID NO：111或312)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物DSG2(SEQ ID NO：111或312)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ ID NO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ ID NO：100)，DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ IDNO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，LRP5(SEQ ID NO：112)，SFRS7(SEQID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ ID NO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQ ID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQ ID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ ID NO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，RAB25(SEQ IDNO：313)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ ID NO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物COL5A2(SEQ ID NO：73或211)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物LRP5(SEQ ID NO：112)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物LRP5(SEQ ID NO：112)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的LRP5(SEQ ID NO：112)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的LRP5(SEQ IDNO：112)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物LRP5(SEQ ID NO：112)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQ ID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQ ID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ IDNO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ IDNO：100)，DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ ID NO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，SFRS7(SEQID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ ID NO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQ ID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQ ID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ ID NO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，RAB25(SEQ IDNO：313)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ ID NO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物LRP5(SEQ ID NO：112)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物SFRS7(SEQ ID NO：19或54)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物SFRS7(SEQ ID NO：19或54)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的SFRS7(SEQ ID NO：19或54)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的SFRS7(SEQ ID NO：19或54)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物SFRS7(SEQ ID NO：19或54)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ ID NO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ ID NO：100)，DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ IDNO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQ ID NO：112)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ ID NO：206)，COL6A2(SEQ IDNO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQ ID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ IDNO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQ ID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ IDNO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，RAB25(SEQ ID NO：313)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQ ID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ IDNO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物SFRS7(SEQ ID NO：19或54)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物CAP350(SEQ ID NO：20或61)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物CAP350(SEQ IDNO：20或61)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的CAP350(SEQ ID NO：20或61)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的CAP350(SEQ ID NO：20或61)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物CAP350(SEQ ID NO：20或61)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ ID NO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ ID NO：100)，DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ IDNO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQ ID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CALD1(SEQ ID NO：206)，COL6A2(SEQ IDNO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQ ID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ IDNO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQ ID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ IDNO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，RAB25(SEQ ID NO：313)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQ ID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ IDNO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物CAP350(SEQ ID NO：20或61)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物CALD1(SEQ ID NO：206)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物CALD1(SEQ ID NO：206)的表达水平。如上所述，然后可以将患者样品中的CALD1(SEQ ID NO：206)的表达水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的CALD1(SEQ ID NO：206)的表达水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物CALD1(SEQ ID NO：206)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQ ID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQ ID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ IDNO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ IDNO：100)，DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ ID NO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQ ID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQ ID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ ID NO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，RAB25(SEQ IDNO：313)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ ID NO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物CALD1(SEQ ID NO：206)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物COL6A2(SEQ ID NO：207)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物COL6A2(SEQ ID NO：207)的表达水平。如上所述，然后可以将患者样品中的COL6A2(SEQ ID NO：207)的表达水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的COL6A2(SEQ ID NO：207)的表达水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物COL6A2(SEQ ID NO：207)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ ID NO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ ID NO：100)，DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ IDNO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQ ID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ IDNO：206)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQ ID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ IDNO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQ ID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ IDNO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，RAB25(SEQ ID NO：313)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQ ID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ IDNO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物COL6A2(SEQ ID NO：207)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物FERMT2(SEQ ID NO：208)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物FERMT2(SEQ ID NO：208)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的FERMT2(SEQ ID NO：208)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的FERMT2(SEQ ID NO：208)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物FERMT2(SEQ ID NO：208)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ ID NO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ ID NO：100)，DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ IDNO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQ ID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ IDNO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQ ID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ IDNO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQ ID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ IDNO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，RAB25(SEQ ID NO：313)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQ ID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ IDNO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物FERMT2(SEQ ID NO：208)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物BNIP3(SEQ ID NO：209或263)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物BNIP3(SEQ ID NO：209或263)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的BNIP3(SEQ ID NO：209或263)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的BNIP3(SEQ ID NO：209或263)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物BNIP3(SEQ ID NO：209或263)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ ID NO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ ID NO：100)，DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ IDNO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQ ID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ IDNO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQ ID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQ ID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ ID NO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，RAB25(SEQ IDNO：313)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ ID NO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物BNIP3(SEQ ID NO：209或263)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物RAB31(SEQ ID NO：210)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物RAB31(SEQ ID NO：210)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的RAB31(SEQ ID NO：210)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的RAB31(SEQ ID NO：210)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物RAB31(SEQ ID NO：210)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQ ID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQ ID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ IDNO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ IDNO：100)，DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ ID NO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ ID NO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，MPO(SEQ ID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ IDNO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQ ID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ IDNO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，RAB25(SEQ ID NO：313)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQ ID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ IDNO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物RAB31(SEQ ID NO：210)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物MPO(SEQ ID NO：212)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物MPO(SEQ ID NO：212)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的MPO(SEQ ID NO：212)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的MPO(SEQ IDNO：212)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物MPO(SEQ ID NO：212)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQ ID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQ ID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ IDNO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ IDNO：100)，DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ ID NO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ ID NO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，SRPX(SEQ ID NO：213)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ IDNO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQ ID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ IDNO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，RAB25(SEQ ID NO：313)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQ ID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ IDNO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物MPO(SEQ ID NO：212)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物SRPX(SEQ ID NO：213)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物SRPX(SEQ ID NO：213)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的SRPX(SEQ ID NO：213)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的SRPX(SEQ IDNO：213)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物SRPX(SEQ ID NO：213)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQ ID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQ ID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ IDNO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ IDNO：100)，DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ ID NO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ ID NO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQ ID NO：212)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ IDNO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQ ID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ IDNO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，RAB25(SEQ ID NO：313)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQ ID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ IDNO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物SRPX(SEQ ID NO：213)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物ARHGDIB(SEQ ID NO：214)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物ARHGDIB(SEQ ID NO：214)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的ARHGDIB(SEQ ID NO：214)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的ARHGDIB(SEQ ID NO：214)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物ARHGDIB(SEQ ID NO：214)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ ID NO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ ID NO：100)，DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ IDNO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQ ID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ IDNO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQ ID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，TMEM47(SEQID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQ ID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ IDNO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，RAB25(SEQ ID NO：313)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQ ID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ IDNO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物ARHGDIB(SEQ ID NO：214)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物TMEM47(SEQ ID NO：215)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物TMEM47(SEQ ID NO：215)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的TMEM47(SEQ ID NO：215)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的TMEM47(SEQ ID NO：215)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物TMEM47(SEQ ID NO：215)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ ID NO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ ID NO：100)，DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ IDNO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQ ID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ IDNO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQ ID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，ARHGDIB(SEQID NO：214)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQ ID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ IDNO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，RAB25(SEQ ID NO：313)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQ ID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ IDNO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物TMEM47(SEQ ID NO：215)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物CSRP2(SEQ ID NO：216)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物CSRP2(SEQ ID NO：216)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的CSRP2(SEQ ID NO：216)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的CSRP2(SEQ ID NO：216)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物CSRP2(SEQ ID NO：216)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQ ID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQ ID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ IDNO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ IDNO：100)，DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ ID NO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ ID NO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQ ID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，ARHGDIB(SEQ IDNO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQ ID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ IDNO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，RAB25(SEQ ID NO：313)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQ ID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ IDNO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物CSRP2(SEQ ID NO：216)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物DPYSL3(SEQ ID NO：217)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物DPYSL3(SEQ ID NO：217)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的DPYSL3(SEQ ID NO：217)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的DPYSL3(SEQ ID NO：217)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物DPYSL3(SEQ ID NO：217)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ ID NO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ ID NO：100)，DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ IDNO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQ ID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ IDNO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQ ID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，ARHGDIB(SEQID NO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQ ID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ IDNO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，RAB25(SEQ ID NO：313)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQ ID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ IDNO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物DPYSL3(SEQ ID NO：217)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物HTRA1(SEQ ID NO：218)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物HTRA1(SEQ ID NO：218)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的HTRA1(SEQ ID NO：218)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的HTRA1(SEQ ID NO：218)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物HTRA1(SEQ ID NO：218)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQ ID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQ ID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ IDNO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ IDNO：100)，DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ ID NO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ ID NO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQ ID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，ARHGDIB(SEQ IDNO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，SLC39A6(SEQ ID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ IDNO：308)，IGFBP4(SEQ IDNO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，RAB25(SEQ ID NO：313)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQ ID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ IDNO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物HTRA1(SEQ ID NO：218)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物SLC39A6(SEQ ID NO：219)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物SLC39A6(SEQ ID NO：219)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的SLC39A6(SEQ ID NO：219)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的SLC39A6(SEQ ID NO：219)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物SLC39A6(SEQ ID NO：219)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ ID NO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ ID NO：100)，DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ IDNO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQ ID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ IDNO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQ ID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，ARHGDIB(SEQID NO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ ID NO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，RAB25(SEQ ID NO：313)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQ ID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ IDNO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物SLC39A6(SEQ ID NO：219)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物LAT2(SEQ ID NO：220)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物LAT2(SEQ ID NO：220)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的LAT2(SEQ ID NO：220)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的LAT2(SEQ IDNO：220)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物LAT2(SEQ ID NO：220)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQID NO：5或223)，EVL(SEQ ID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQ ID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ IDNO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ IDNO：100)，DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ ID NO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ ID NO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQ ID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，ARHGDIB(SEQ IDNO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQ ID NO：219)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ IDNO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，RAB25(SEQ ID NO：313)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQ ID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ IDNO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物LAT2(SEQ ID NO：220)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物LGALS3(SEQ ID NO：307)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物LGALS3(SEQ ID NO：307)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的LGALS3(SEQ ID NO：307)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的LGALS3(SEQ ID NO：307)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物LGALS3(SEQ ID NO：307)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQIDNO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQID NO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ IDNO：100)，DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ ID NO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ ID NO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQ ID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，ARHGDIB(SEQ IDNO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQ ID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，DSP(SEQ IDNO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，RAB25(SEQ ID NO：313)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQ ID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ IDNO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物LGALS3(SEQ ID NO：307)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物IGFBP4(SEQ ID NO：309)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物IGFBP4(SEQ ID NO：309)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的IGFBP4(SEQ ID NO：309)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的IGFBP4(SEQ ID NO：309)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物IGFBP4(SEQ ID NO：309)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ ID NO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ ID NO：100)，DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ IDNO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQ ID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ IDNO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQ ID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，ARHGDIB(SEQID NO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQ ID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ IDNO：307)，DSP(SEQ ID NO：308)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，RAB25(SEQ ID NO：313)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQ ID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ IDNO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物IGFBP4(SEQ ID NO：309)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物SPINT2(SEQ ID NO：310)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物SPINT2(SEQ ID NO：310)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的SPINT2(SEQ ID NO：310)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的SPINT2(SEQ ID NO：310)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物SPINT2(SEQ ID NO：310)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ ID NO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ ID NO：100)，DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ IDNO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQ ID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ IDNO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQ ID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，ARHGDIB(SEQID NO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQ ID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ IDNO：307)，DSP(SEQ ID NO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，CDH1(SEQ ID NO：311)，RAB25(SEQ ID NO：313)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQ ID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ IDNO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物SPINT2(SEQ ID NO：310)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物CDH1(SEQ ID NO：311)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物CDH1(SEQ ID NO：311)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的CDH1(SEQ ID NO：311)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的CDH1(SEQ IDNO：311)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物CDH1(SEQ ID NO：311)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQ ID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQ ID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ IDNO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ IDNO：100)，DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ ID NO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ ID NO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQ ID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，ARHGDIB(SEQ IDNO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQ ID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ IDNO：307)，DSP(SEQ ID NO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，RAB25(SEQ ID NO：313)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQ ID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ IDNO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物CDH1(SEQ ID NO：311)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物RAB25(SEQ ID NO：313)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物RAB25(SEQ ID NO：313)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的RAB25(SEQ ID NO：313)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的RAB25(SEQ ID NO：313)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物RAB25(SEQ ID NO：313)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQ ID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQ ID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ IDNO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ IDNO：100)，DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ ID NO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ ID NO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQ ID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，ARHGDIB(SEQ IDNO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQ ID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ IDNO：307)，DSP(SEQ ID NO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQ ID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ IDNO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物RAB25(SEQ ID NO：313)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物TMEM47(SEQ ID NO：215)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物TMEM47(SEQ ID NO：215)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的TMEM47(SEQ ID NO：215)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的TMEM47(SEQ ID NO：215)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物TMEM47(SEQ ID NO：215)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ ID NO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ ID NO：100)，DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ IDNO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQ ID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ IDNO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQ ID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，RAB25(SEQ IDNO：313)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQ ID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ IDNO：307)，DSP(SEQ ID NO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQ ID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ IDNO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物TMEM47(SEQ ID NO：215)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物CSRP2(SEQ ID NO：216)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物CSRP2(SEQ ID NO：216)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的CSRP2(SEQ ID NO：216)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的CSRP2(SEQ ID NO：216)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物CSRP2(SEQ ID NO：216)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQ ID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQ ID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ IDNO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ IDNO：100)，DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ ID NO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ ID NO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQ ID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，RAB25(SEQ ID NO：313)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQ ID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ ID NO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQID NO：311)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQ ID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ IDNO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物CSRP2(SEQ ID NO：216)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物DPYSL3(SEQ ID NO：217)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物DPYSL3(SEQ ID NO：217)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的DPYSL3(SEQ ID NO：217)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的DPYSL3(SEQ ID NO：217)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物DPYSL3(SEQ ID NO：217)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ ID NO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ ID NO：100)，DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ IDNO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQ ID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ IDNO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQ ID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，RAB25(SEQ IDNO：313)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQ ID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ IDNO：307)，DSP(SEQ ID NO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQ ID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ IDNO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物DPYSL3(SEQ ID NO：217)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物HTRA1(SEQ ID NO：218)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物HTRA1(SEQ ID NO：218)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的HTRA1(SEQ ID NO：218)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的HTRA1(SEQ ID NO：218)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物HTRA1(SEQ ID NO：218)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQ ID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQ ID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ IDNO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ IDNO：100)，DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ ID NO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ ID NO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQ ID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，RAB25(SEQ ID NO：313)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，SLC39A6(SEQ ID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ ID NO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQID NO：311)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQ ID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ IDNO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物HTRA1(SEQ ID NO：218)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物SLC39A6(SEQ ID NO：219)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物SLC39A6(SEQ ID NO：219)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的SLC39A6(SEQ ID NO：219)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的SLC39A6(SEQ ID NO：219)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物SLC39A6(SEQ ID NO：219)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ ID NO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ ID NO：100)，DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ IDNO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQ ID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ IDNO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQ ID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，RAB25(SEQ IDNO：313)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ IDNO：307)，DSP(SEQ ID NO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQ ID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ IDNO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物SLC39A6(SEQ ID NO：219)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物LAT2(SEQ ID NO：220)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物LAT2(SEQ ID NO：220)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的LAT2(SEQ ID NO：220)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的LAT2(SEQ IDNO：220)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物LAT2(SEQ ID NO：220)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQ ID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQ ID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ IDNO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ IDNO：100)，DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ ID NO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ ID NO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQ ID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，RAB25(SEQ ID NO：313)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQ ID NO：219)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ ID NO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQID NO：311)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQ ID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ IDNO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物LAT2(SEQ ID NO：220)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物LGALS3(SEQ ID NO：307)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物LGALS3(SEQ ID NO：307)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的LGALS3(SEQ ID NO：307)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的LGALS3(SEQ ID NO：307)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物LGALS3(SEQ ID NO：307)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ ID NO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ ID NO：100)，DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ IDNO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQ ID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ IDNO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQ ID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，RAB25(SEQ IDNO：313)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQ ID NO：219)，LAT2(SEQ IDNO：220)，DSP(SEQ ID NO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQ ID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ IDNO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物LGALS3(SEQ ID NO：307)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物DSP(SEQ ID NO：308)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物DSP(SEQ ID NO：308)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的DSP(SEQ ID NO：308)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的DSP(SEQ IDNO：308)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物DSP(SEQ ID NO：308)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQ ID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQ ID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ IDNO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ IDNO：100)，DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ ID NO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ ID NO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQ ID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，RAB25(SEQ ID NO：313)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQ ID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQ ID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ IDNO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物DSP(SEQ ID NO：308)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物IGFBP4(SEQ ID NO：309)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物IGFBP4(SEQ ID NO：309)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的IGFBP4(SEQ ID NO：309)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的IGFBP4(SEQ ID NO：309)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物IGFBP4(SEQ ID NO：309)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ ID NO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ ID NO：100)，DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ IDNO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQ ID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ IDNO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQ ID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，RAB25(SEQ IDNO：313)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQ ID NO：219)，LAT2(SEQ IDNO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ ID NO：308)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQ ID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ IDNO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物IGFBP4(SEQ ID NO：309)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物SPINT2(SEQ ID NO：310)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物SPINT2(SEQ ID NO：310)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的SPINT2(SEQ ID NO：310)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的SPINT2(SEQ ID NO：310)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物SPINT2(SEQ ID NO：310)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ ID NO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ ID NO：100)，DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ IDNO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQ ID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ IDNO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQ ID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，RAB25(SEQ IDNO：313)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQ ID NO：219)，LAT2(SEQ IDNO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ ID NO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，CDH1(SEQ ID NO：311)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQ ID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ IDNO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物SPINT2(SEQ ID NO：310)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物CDH1(SEQ ID NO：311)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物CDH1(SEQ ID NO：311)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的CDH1(SEQ ID NO：311)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的CDH1(SEQ IDNO：311)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物CDH1(SEQ ID NO：311)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQ ID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQ ID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ IDNO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ IDNO：100)，DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ ID NO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ ID NO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQ ID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，RAB25(SEQ ID NO：313)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQ ID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ ID NO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQ ID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ IDNO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物CDH1(SEQ ID NO：311)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物PTPRF(SEQ ID NO：314、371或387)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物PTPRF(SEQ IDNO：314、371、或387)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的PTPRF(SEQ ID NO：314、371或387)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的PTPRF(SEQ ID NO：314、371或387)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ IDNO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQ ID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQ ID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ ID NO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ ID NO：100)，DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ ID NO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQ ID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ ID NO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQ ID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，RAB25(SEQ ID NO：313)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQ ID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ ID NO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQ ID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ IDNO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物PTPRF(SEQ ID NO：314、371或387)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物SOX9(SEQ ID NO：121、315或319)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物SOX9(SEQ IDNO：121、315或319)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的SOX9(SEQ ID NO：121、315或319)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的SOX9(SEQ ID NO：121、315或319)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物SOX9(SEQ ID NO：121，315，或319)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ IDNO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQ ID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQ ID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ ID NO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ ID NO：100)，DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ ID NO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQ ID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ ID NO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQ ID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，RAB25(SEQ ID NO：313)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQ ID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ ID NO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，LYZ(SEQ ID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ ID NO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物SOX9(SEQ ID NO：121、315或319)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物LYZ(SEQ ID NO：316)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物LYZ(SEQ ID NO：316)的表达水平。如上所述，然后可以将患者样品中的LYZ(SEQ ID NO：316)的表达水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的LYZ(SEQ ID NO：316)的表达水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物LYZ(SEQ ID NO：316)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQ ID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQ ID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ IDNO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ IDNO：100)，DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ ID NO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ ID NO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQ ID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，RAB25(SEQ ID NO：313)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQ ID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ ID NO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQID NO：121，315，或319)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQID NO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物LYZ(SEQ ID NO：316)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物IER3(SEQ ID NO：127或317)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物IER3(SEQ ID NO：127或317)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的IER3(SEQ ID NO：127或317)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的IER3(SEQ ID NO：127或317)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物IER3(SEQ ID NO：127或317)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ ID NO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ ID NO：100)，DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ IDNO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQ ID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ IDNO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQ ID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，RAB25(SEQ IDNO：313)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQ ID NO：219)，LAT2(SEQ IDNO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ ID NO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQ ID NO：316)，PERP(SEQ ID NO：318)，ATP1B1(SEQ ID NO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物IER3(SEQ ID NO：127或317)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物PERP(SEQ ID NO：318)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物PERP(SEQ ID NO：318)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的PERP(SEQ ID NO：318)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的PERP(SEQ IDNO：318)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物PERP(SEQ ID NO：318)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQ ID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQ ID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ IDNO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ IDNO：100)，DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ ID NO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ ID NO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQ ID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，RAB25(SEQ ID NO：313)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQ ID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ ID NO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQ ID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，ATP1B1(SEQID NO：320)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物PERP(SEQ ID NO：318)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物ATP1B1(SEQ ID NO：320)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物ATP1B1(SEQ ID NO：320)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的ATP1B1(SEQ ID NO：320)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的ATP1B1(SEQ ID NO：320)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物ATP1B1(SEQ ID NO：320)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ ID NO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ ID NO：100)，DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ IDNO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQ ID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ IDNO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQ ID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，RAB25(SEQ IDNO：313)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQ ID NO：219)，LAT2(SEQ IDNO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ ID NO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQ ID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ IDNO：318)，或IFI27(SEQ ID NO：321)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物ATP1B1(SEQ ID NO：320)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
生物标志物IFI27(SEQ ID NO：321)可以用于评价癌症患者(例如，患有对一种或多种癌症疗法(例如除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法)具有抗性的癌症的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用核酸扩增方法(例如，PCR，例如qRT-PCR)或装置(例如，微阵列)来评价生物标志物IFI27(SEQ ID NO：321)的水平。如上所述，然后可以将患者样品中的IFI27(SEQ ID NO：321)的水平与例如已知对用脂质体的治疗敏感或具有抗性的细胞(例如，癌细胞)或组织(例如，肿瘤组织)中的IFI27(SEQ ID NO：321)的水平进行比较，这可以用作确定癌症患者对脂质体的反应性的参考。
生物标志物IFI27(SEQ ID NO：321)可以用作唯一生物标志物，以预测癌症患者对用脂质体的治疗或与一种或多种另外的生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种、两种、三种、四种、五种、十种、或全部)组合治疗的反应性，这一种或多种另外的生物标志物例如：COL5A2(SEQ ID NO：73或211)，ITGA4(SEQ ID NO：1)，MSN(SEQ ID NO：2)，FAM46A(SEQ ID NO：3或280)，ITGB2(SEQ ID NO：4)，DOCK2(SEQ ID NO：5或223)，EVL(SEQ ID NO：6)，SACS(SEQ ID NO：7)，PTPRCAP(SEQ ID NO：8)，EBI2(SEQ ID NO：9)，PTPRC(SEQ ID NO：10，18，25，或243)，ANP32E(SEQ ID NO：11)，SFPQ(SEQ ID NO：12，38或272)，C1QR1(SEQ IDNO：13)，FNBP1(SEQ ID NO：14或28)，CBFB(SEQ ID NO：15)，SFN(SEQ ID NO：96或324)，LISCH7(SEQ ID NO：97)，EPB41L4B(SEQ ID NO：98)，MST1R(SEQ ID NO：99)，ITGB4(SEQ IDNO：100)，DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)，TACSTD1(SEQ ID NO：104)，MISP(SEQ ID NO：105)，KRT8(SEQ ID NO：106)，JUP(SEQ ID NO：107或400)，KRT18(SEQ ID NO：108或306)，FA2H(SEQ ID NO：109)，MGAT4B(SEQ ID NO：110)，DSG2(SEQ ID NO：111或312)，LRP5(SEQID NO：112)，SFRS7(SEQ ID NO：19或54)，CAP350(SEQ ID NO：20或61)，CALD1(SEQ ID NO：206)，COL6A2(SEQ ID NO：207)，FERMT2(SEQ ID NO：208)，BNIP3(SEQ ID NO：209或263)，RAB31(SEQ ID NO：210)，MPO(SEQ ID NO：212)，SRPX(SEQ ID NO：213)，RAB25(SEQ ID NO：313)，ARHGDIB(SEQ ID NO：214)，TMEM47(SEQ ID NO：215)，CSRP2(SEQ ID NO：216)，DPYSL3(SEQ ID NO：217)，HTRA1(SEQ ID NO：218)，SLC39A6(SEQ ID NO：219)，LAT2(SEQ ID NO：220)，LGALS3(SEQ ID NO：307)，DSP(SEQ ID NO：308)，IGFBP4(SEQ ID NO：309)，SPINT2(SEQ ID NO：310)，CDH1(SEQ ID NO：311)，PTPRF(SEQ ID NO：314，371，或387)，SOX9(SEQID NO：121，315，或319)，LYZ(SEQ ID NO：316)，IER3(SEQ ID NO：127或317)，PERP(SEQ IDNO：318)，或ATP1B1(SEQ ID NO：320)。可以使用例如微阵列、PCR、或在此描述的其他技术(例如，使用基于示于表1-4的靶序列的核酸探针序列)来确定一种或多种生物标志物的水平。任选地，可以检测来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，并用于确定癌症患者对脂质体与生物标志物IFI27(SEQ ID NO：321)的组合的反应性。具体地，患者被确定对脂质体有反应，条件是：生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平，和/或生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的生物标志物或其互补体的水平。
治疗的方法
本发明的诊断方法允许评价患者是否可能对用sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的治疗有反应，并因此可用于指导患者的治疗(例如作为一线疗法和/或作为二线或三线疗法)。根据这些方法，针对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性，待治疗或测试的患者可以包括：例如已被诊断患有癌症的患者，未接受癌症治疗(例如，脂质体、除脂质体之外的抗癌剂、或辐射)的患者，已经接受了癌症治疗(例如，除脂质体之外的抗癌剂或辐射)的患者，或在用脂质体的治疗期间的患者。例如，该患者可以患有实体瘤或血液癌，例如选自以下的癌症类型：乳腺癌(例如，髓样癌、雌激素受体阳性乳腺癌、和/或乳腺癌的转移性形式)、前列腺癌、卵巢癌(例如，卵巢腺癌或胚胎性癌)、肝癌(例如，肝细胞癌(HCC)或肝细胞瘤)、骨髓瘤(例如，多发性骨髓瘤)、结肠直肠癌(例如，结肠癌和直肠癌)、白血病(例如，急性髓性白血病、急性淋巴细胞白血病、慢性髓性白血病、慢性淋巴细胞白血病、急性成髓细胞白血病、急性早幼粒细胞性白血病、急性骨髓单核细胞白血病、急性单核细胞性白血病、急性红白血病、和慢性白血病)、骨髓增生异常综合征、淋巴瘤(例如，弥散性大B-细胞淋巴瘤、皮肤T-细胞淋巴瘤、外周T-细胞淋巴瘤、霍奇金氏淋巴瘤、非霍奇金氏淋巴瘤、瓦尔登斯特伦巨球蛋白血症、和淋巴细胞淋巴瘤)、宫颈癌、食管癌、黑色素瘤、胶质瘤(例如，少突神经胶质瘤)、胰腺癌(例如，腺鳞癌、印戒细胞癌、肝样癌、胶质性癌、胰岛细胞癌、和胰腺神经内分泌癌)、胃肠道间质瘤、肉瘤(例如，纤维肉瘤、黏液肉瘤、脂肪肉瘤、软骨肉瘤、骨原性肉瘤、血管肉瘤、内皮肉瘤、淋巴管肉瘤、淋巴管内皮肉瘤、平滑肌肉瘤、尤因氏肉瘤、和横纹肌肉瘤)、膀胱癌、头颈癌(例如，头颈鳞状细胞癌)、肺癌(例如，非小细胞肺癌、大细胞癌、支气管癌、和乳头状腺癌)、转移癌、口腔癌、子宫癌、睾丸癌(例如，精原细胞癌和胚胎性癌)、皮肤癌(例如，鳞状细胞癌和基底细胞瘤)、甲状腺癌(例如，乳头状癌和髓样癌)、脑癌(例如，星形细胞瘤和颅咽管瘤)、胃癌、上皮内癌、骨癌、胆管癌、眼癌、喉癌、肾癌(例如，肾细胞癌和肾母细胞瘤(Wilms tumor))、胃癌、母细胞瘤(例如，肾母细胞瘤、髓母细胞瘤、血管母细胞瘤、神经母细胞瘤、和视网膜母细胞瘤)、真性红细胞增多症、脊索瘤、滑膜瘤、间皮瘤、腺癌、汗腺瘤、皮脂腺癌、囊腺癌、胆管癌、绒毛膜癌、上皮癌、室管膜瘤、松果体瘤、听神经瘤、神经鞘瘤、脑膜瘤、垂体腺瘤、神经鞘膜肿瘤、小肠癌、内分泌系统癌、阴茎癌、尿道癌、皮肤或眼内黑色素瘤、妇科肿瘤、小儿实体瘤、和中枢神经系统肿瘤。具体地，该患者的癌症是例如：乳腺癌(例如，ERpos乳腺癌和/或乳腺癌的转移性形式)、急性髓细胞性白血病(AML)、急性成淋巴细胞白血病(ALL)、慢性淋巴细胞白血病(CLL)、骨髓增生异常综合征(MDS)、慢性髓细胞性白血病-慢性期(CMLCP)、弥散性大B-细胞淋巴瘤(DLBCL)、皮肤T-细胞淋巴瘤(CTCL)、外周T-细胞淋巴瘤(PTCL)、霍奇金氏淋巴瘤、肝细胞癌(HCC)、宫颈癌、肾细胞癌(RCC)、食管癌、黑色素瘤、胶质瘤、胰腺癌、胃肠道间质瘤(GIST)、肉瘤、非小细胞肺癌(NSCLC)、前列腺癌、卵巢癌、结肠癌、膀胱癌、或头颈鳞状细胞癌(SCCHN)。
该患者可以患有对除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法((例如，多西他赛、卡巴他塞、米托蒽醌、磷雌氮芥、泼尼松、卡铂、贝伐单抗、紫杉醇、吉西他滨、亚德里亚霉素(doxorubicin)、拓扑替康、依托泊苷、它莫西芬、来曲唑、索拉非尼、氟脲嘧啶、卡培他滨、奥沙利铂、干扰素α、5-氟脲嘧啶(5-FU)、组蛋白脱乙酰化酶(HDAC)抑制剂、易普利姆玛、硼替佐米、卡非佐米、沙利度胺、来那度胺、泊马度胺、地塞米松、环磷酰胺、长春新碱、美法仑、喃氟啶、伊立替康、西妥昔单抗、甲酰四氢叶酸、SN-38、依维莫司、坦罗莫司、博来霉素、罗氮芥、酯肽、厄洛替尼、白消安、表阿霉素、三氧化二砷、苯达莫司汀、氟维司群、替尼泊苷、亚德里亚霉素(adriamycin)、地西他滨、磷雌氮芥、氮鸟嘌呤、阿柔比星、丝裂霉素、紫杉醇、多西他赛、APO010、阿糖胞苷(ara-c)、甲泼尼龙、甲氨蝶呤、丙双脒腙、贝利司他、伊达比星、IL4-PR38、丙戊酸、全反式维甲酸(ATRA)、环磷酰胺、辛二酰苯胺异羟肟酸、苯丁酸氮芥、氟达拉滨、长春花碱、达卡巴嗪、羟基脲、喃氟啶、柔红霉素、氮芥、链佐星、卡莫司汀、巯嘌呤、更生霉素、维甲酸、异环磷酰胺、氟尿苷、硫鸟嘌呤、PSC 833、赫塞汀、赛来昔布、易瑞沙、阿那曲唑、和利妥昔单抗)、手术、或辐射)具有抗性的癌症(例如，乳腺癌、例如ERpos乳腺癌和/或乳腺癌的转移性形式)。该患者还可以经历用除脂质体、手术、或辐射之外的癌症疗法进行治疗后的复发。
据发现，对根据本发明的方法的sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体有反应的患者可以优先被选择用脂质体进行治疗。例如，通过确定获得自患者并且随后给予脂质体的生物样品(例如，肿瘤样品)中的一种或多种生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种或多种，例如COL5A2(SEQ ID NO：73或211))的水平，该患者可以被鉴定为对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体有反应。任选地，生物标志物中的一种或多种(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种或多种，例如COL5A2(SEQ ID NO：73或211))的水平可以与PLA2G2A(SEQ IDNO：380)或sPLA2的水平组合使用，以鉴定患者对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体有反应。可替代地，通过确定获得自患者的生物样品中的一种或多种生物标志物(例如，示于表1-4的生物标志物中的一种或多种，例如COL5A2(SEQ ID NO：73或211))的水平，该患者可以被鉴定为不太可能对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体有反应。同样，患者可以不太可能对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体有反应，条件是：在来自患者的肿瘤样品中没有检测到PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平。
如果患者展现一种或多种生物标志物的水平，这些水平指示对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体不具有反应性，则可以用或提供除脂质体之外的试剂的治疗来治疗该患者。另外地，如果在来自患者的肿瘤样品中没有检测到PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或sPLA2的水平，则可以用或提供除脂质体之外的试剂的治疗来治疗该患者。具体地，该患者可以用以下进行治疗：例如、辐射和/或给予治疗剂(例如多西他赛、卡巴他塞、米托蒽醌、磷雌氮芥、泼尼松、卡铂、贝伐单抗、紫杉醇、吉西他滨、亚德里亚霉素(doxorubicin)、拓扑替康、依托泊苷、它莫西芬、来曲唑、索拉非尼、氟脲嘧啶、卡培他滨、奥沙利铂、干扰素α、5-氟脲嘧啶(5-FU)、组蛋白脱乙酰化酶(HDAC)抑制剂、易普利姆玛、硼替佐米、卡非佐米、沙利度胺、来那度胺、泊马度胺、地塞米松、环磷酰胺、长春新碱、美法仑、喃氟啶、伊立替康、西妥昔单抗、甲酰四氢叶酸、SN-38、依维莫司、坦罗莫司、博来霉素、罗氮芥、酯肽、厄洛替尼、白消安、表阿霉素、三氧化二砷、苯达莫司汀、氟维司群、替尼泊苷、亚德里亚霉素(adriamycin)、地西他滨、磷雌氮芥、氮鸟嘌呤、阿柔比星、丝裂霉素、紫杉醇、多西他赛、APO010、阿糖胞苷(ara-c)、甲泼尼龙、甲氨蝶呤、丙双脒腙、贝利司他、伊达比星、IL4-PR38、丙戊酸、全反式维甲酸(ATRA)、环磷酰胺、辛二酰苯胺异羟肟酸、苯丁酸氮芥、氟达拉滨、长春花碱、达卡巴嗪、羟基脲、喃氟啶、柔红霉素、氮芥、链佐星、卡莫司汀、巯嘌呤、更生霉素、维甲酸、异环磷酰胺、氟尿苷、硫鸟嘌呤、PSC 833、赫塞汀、赛来昔布、易瑞沙、阿那曲唑、或利妥昔单抗)。
给予sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体
一旦患者已经被确定对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体有反应，则根据在此描述的方法，可以例如肠胃外或肠内地向患者给予脂质体。脂质体给予的肠内途径包括口服、口腔、唇下、舌下、或吸入。脂质体给予的肠胃外途径包括：静脉内、经皮、皮内、肌内、动脉内、颅内、皮下、眶内、心室内、脊柱内、腹膜内、或鼻内给予。用于给予sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的优选途径可以是静脉内的，例如静脉内输注或单次快速静脉注射。例如，sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体在例如15分钟、30分钟、45分钟、60分钟、75分钟、90分钟、105分钟、120分钟、135分钟、150分钟、180分钟、或更长的的时间段内通过静脉内输注被给予。sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体还可以作为例如单次快速静脉注射被给予。
sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体可以按例如约60mg/m2至120mg/m2的顺铂(例如约75mg/m2的顺铂)的剂量被给予。例如，sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体可以按约60mg/m2的顺铂、65mg/m2的顺铂、70mg/m2的顺铂、75mg/m2的顺铂、80mg/m2的顺铂、85mg/m2的顺铂、90mg/m2的顺铂、95mg/m2的顺铂、100mg/m2的顺铂、105mg/m2的顺铂、110mg/m2的顺铂、115mg/m2的顺铂、或120mg/m2的顺铂的剂量被给予。sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体可以按例如每小时至少一次、每天一次、每天两次、每周一次、每两周一次、每三周一次、每四周一次、每月一次、每两个月一次、每三个月一次、每六个月一次、或每年一次的频率被给予。
具体地，sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体可以用以下治疗方案被给予：例如在3周周期的第1天和第8天给予约75mg/m2的顺铂(为1个周期)，持续给予1至3个周期或更长。另外地，sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体可以用以下治疗方案被给予：例如在3周周期的第1天和第8天给予约60mg/m2的顺铂(为1个周期)，持续给予1至3个周期或更长。sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体还可以用以下治疗方案被给予：例如在3周周期的第1天和第8天给予约90mg/m2的顺铂(为1个周期)，持续给予1至3个周期或更长。该治疗方案可重复一至五次、一至十次、一至十五次、一至二十次、或更多次。sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的给予可以按这种频率重复某一段时间，之后是没有治疗的时段。此类重复给予可以在持续的指定时间长度(例如，至少1周、2周、3周、1个月、2个月、3个月、6个月、8个月、10个月、12个月、18个月、24个月、36个月、48个月、或60个月)的疗程内发生。
sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体可以按包括一种或多种药学上可接受的载体、赋形剂、或稀释剂的药物组合物的形式被给予。脂质体的适合的载体、赋形剂、或稀释剂的实例包括但不限于：氯化钠溶液、盐水、无菌水、聚亚烷基二醇、植物来源的油、氢化萘、适合的缓冲剂、1，3-丁二醇、和/或林格氏溶液。具体地，sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体以包括约0.9％氯化钠的药物组合物的形式被给予。其他示例性的载体、赋形剂、或稀释剂描述于Hande of Pharmaceutical Excipients[药用赋形剂手册]，第6版，Rowe等人编辑，Pharmaceutical Press[英国医药出版社](2009)，通过引用以其全文结合在此。
sPLA2可水解的脂质体
用于在这些方法中使用的sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体可以包括：阴离子脂质、中性磷脂、和聚合物轭合的脂质。例如，该脂质体包括约40％至约75％(mol/mol)的中性磷脂，约20％至约45％(mol/mol)的阴离子脂质、和约3％至约6％(mol/mol)的聚合物轭合的脂质。具体地，该脂质体包括：约25％(mol/mol)的量的二硬脂酰磷脂酰甘油(DSPG)、约70％(mol/mol)的量的二硬脂酰磷酯酰胆碱(DSPC)、和约5％(mol/mol)的量的[聚(乙二醇)]-二硬脂酰磷脂酰乙醇胺(DSPE-PEG)。
sPLA2可水解的脂质体可以包括：例如，约20％至约45％(mol/mol)的阴离子脂质，例如约20％至约40％(mol/mol)阴离子脂质、约20％至约30％(mol/mol)阴离子脂质、约25％至约40％(mol/mol)阴离子脂质、约25％至约35％(mol/mol)阴离子脂质、或约25％至约30％(mol/mol)阴离子脂质。该阴离子脂质可以包括一种或多种磷脂，例如磷脂酰肌醇(PI)、磷脂酰丝氨酸(PS)、双磷脂酰甘油(DPG)、磷脂酸(PA)、磷脂酰醇(PEOH)、或磷脂酰甘油(PG)。具体地，该阴离子磷脂是PG，包括硬脂酰链，例如约25％(mol/mol)的脂质体组合物的量的DSPG。
该sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体还可以包括一种或多种中性磷脂，例如约40％至约75％(mol/mol)的脂质体组合物的量的磷脂酰胆碱(PC)或磷脂酰乙醇胺(PE))。优选地，该中性磷脂是PC，例如约50％至约70％(mol/mol)的量的PC。具体地，该中性脂质还包括硬脂酰链，例如脂质体包括约70％(mol/mol)的量的DSPC。
另外地，该脂质体可以包括一种或多种聚合物轭合的脂质，例如PEG[聚(乙二醇)]、PacM[聚(N-丙烯酰吗啉)]、PVP[聚(乙烯吡咯烷酮)]、PLA[聚(丙交酯)]、PG[聚(乙交酯)]、POZO[聚(2-甲基-2-噁唑啉)]、PVA[聚(乙烯醇)]，HPMC(羟丙基甲基纤维素)、PEO[聚(环氧乙烷)]、壳聚糖[聚(D-葡萄糖胺)]、PAA[聚(胺基酸)]、聚HEMA[聚(2-甲基丙烯酸羟乙酯)]、及其共聚物。优选地，该脂质体包括至少2％的量的聚合物轭合的脂质，例如至少5％和不超过15％(mol/mol)或至少3％和不超过6％(mol/mol)的量的聚合物轭合的脂质。例如，脂质体包括约5％(mol/mol)的量的DSPE-PEG。
试剂盒
本发明的试剂盒可以用于确定癌症患者(例如，患有实体瘤癌症，例如乳腺癌、或血液癌(例如淋巴瘤(例如，皮肤T-细胞淋巴瘤(CTCL))的患者)对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。本发明的试剂盒可以包括：用于例如从生物样品(例如获得自用本发明的一种或多种靶药物治疗的患者的那些生物样品)收集和/或纯化核酸的试剂和/或材料、用于扩增此类核酸以生产扩增的样品的试剂、和/或本发明的至少一个装置。用于扩增核酸的试剂可以包括：例如，PCR试剂(包括但不限于DNA聚合酶、RNA聚合酶、PCR缓冲液、氯化镁溶液、核酸引物(例如，被设计成靶向对感兴趣的一种或多种靶药物具有反应性的具体生物标志物的引物))，和/或如本领域熟知的任何其他PCR试剂。具体地，在该方法中有用的试剂盒可以包括以下项中的一个或多个：用于从肿瘤进行RNA提取的试剂盒(例如，针对mRNA的Trizol，mirVana miRNA分离试剂盒(来自Ambion公司(Ambion Inc)))、用于RNA标记的试剂盒(例如，来自Ambion公司的MessageAmp试剂盒，来自Genisphere公司(Genisphere Inc)的FlashTag)、用于测量生物标志物水平的微阵列(例如，来自昂飞公司的HG-U133A、HG-U133_Plus2或miRNA-1.0)、微阵列杂交站和扫描仪(例如，来自昂飞公司的GeneChip System3000Dx)、和/或用于分析如在此描述的生物标志物的水平的软件(例如，在来自R语言(R-Project)的R或来自Insightful公司(Insightful Corp.)的S-Plus中实施)。
例如，本发明的试剂盒可以包括：能够检测表1-4的一种或多种生物标志物的一种或多种探针(例如，该试剂盒可以包括用于表1-4的生物标志物中的一种或多种的探针)以及，任选地用于检测PLA2G2A(SEQ ID NO：380)的一种或多种探针。例如，此类探针可以包括能够基于核酸序列互补性与一种或多种生物标志物进行特异性地杂交的核酸。具体地，探针与核酸序列具有至少85％序列一致性(例如，85％、90％、95％、97％、98％、99％、或100％序列一致性)，该核酸序列与一种或多种生物标志物的至少5(例如，至少15或更多)个连续核苷酸互补或相同。该探针可以附接到固体表面，例如微阵列。该试剂盒可以包括NanoString俘获性探针、NanoString报告探针、和/或一个或多个nCounter盒。该试剂盒可以包括：用于下一代测序的试剂，包括但不限于聚(T)寡核苷酸、染料终止剂、测序衔接子、衔接子连接试剂、逆转录酶、引物(例如，随机引物)、DNA切割酶、聚合酶、和/或其任何组合。该试剂盒还可以是以下这种试剂盒：包括用于检测表1-4的一种或多种生物标志物的一种或多种多肽产物的蛋白质阵列和/或试剂(例如，特异性结合到一种或多种生物标志物的抗体或抗原结合片段)，和任选地，用于检测sPLA2蛋白质的抗sPLA2抗体。
以下实例旨在说明而不是限制本发明。
实例
实例1.使用昂飞HG-U133A阵列鉴定对顺铂具有敏感性和抗性的生物标志物。
使用昂飞HG-U133A阵列进行NCI60数据集的60个癌细胞系的DNA芯片测量并且将其logit标准化。对于每个阵列，进行logit变换(logit transformation)，然后进行Z-转化为平均零与SD1，并与生长抑制(log(GI50))相关联。从国家癌症研究所(National CancerInstitute)下载顺铂针对相同细胞系的生长抑制数据。每个细胞系中的每个基因的表达与在顺铂存在的情况下的那些细胞系的生长(log(GI50))相关联。然后确定那些相关系数以鉴定与对顺铂的敏感性呈正相关和负相关的基因。表1和2显示使用昂飞HG-U133A阵列的顶级正相关基因(具有敏感性的生物标志物)和负相关基因(具有抗性的生物标志物)。分别示于表1和2的具有敏感性和抗性的这些生物标志物，可以单独或组合用于鉴定对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体有反应的患者。
实例2.使用昂飞HG-U133A阵列鉴定对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体具有敏感性和抗性的生物标志物。
还使用HG-U133_Plus_2阵列进行NCI60数据集的60个癌细胞系的DNA芯片测量并且将其logit标准化。对于每个阵列，进行logit变换(logit transformation)，然后进行Z-转化为平均零与SD1，并与生长抑制(log(GI50))相关联。从国家癌症研究所下载sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体针对相同细胞系的生长抑制数据。每个细胞系中的每个基因的表达与在脂质体存在的情况下的那些细胞系的生长(log(GI50))相关联。然后确定协方差(Pearson相关系数乘以标准偏差)，以鉴定与对脂质体的敏感性正相关和负相关的基因。表3和4分别显示使用昂飞HG-U133A阵列的顶级正相关基因(具有敏感性的生物标志物)和负相关基因(具有抗性的生物标志物)。分别示于表3和4的具有敏感性和抗性的这些生物标志物，可以单独或组合用于鉴定对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体有反应的患者。
实例3.在不同癌症患者群体中预测对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。
将根据本发明的方法开发的对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性的基于mRNA的预测因子应用于3,522名患有各种癌症的患者。用昂飞阵列对每个患者进行基因表达的治疗前测量。每个患者的预测的脂质体敏感性被计算为针对该患者的具有敏感性的生物标志物(表1)的水平的平均值和具有抗性的生物标志物(表2)的水平的平均值之间的差。当患者按癌症类型分组时，并且鉴定了预测对脂质体有更强反应的癌症类型(图1)。在27种不同的癌症类型中，患有血液癌类型的患者被预测为对脂质体治疗的反应强于患有实体瘤癌症的患者。
示于图1的盒式图的中值是可以将预测对用sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的治疗有反应的患者从预测对该脂质体治疗无反应的患者(针对给定癌症类型)分离的截止值。高于中值的值指示预测患者对脂质体有反应，而低于中值的值指示预测患者对脂质体无反应。对于来自单独的患者的测试样品，将该测试样品与相同癌症类型的参考群体进行比较是有用的。如果该测试样品高于相同癌症类型的参考群体的中值，则预测患者对脂质体治疗有反应。如果该测试样品低于相同癌症类型的参考群体的中值，则预测患者对脂质体治疗无反应。当参考癌症群体仅由两种患者(对脂质体治疗有反应的患者和对脂质体治疗无反应的患者)组成时，也可以使用用于预测患者反应性的这种方法。
实例4.确定分泌的磷脂酶A2(sPLA2)的存在。
在患有癌症的患者的肿瘤组织中的分泌的sPLA2的存在可以与列于表1-4的生物标志物的表达组合使用，以确定患者对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。酶sPLA2的表达对于将顺铂递送至患者的肿瘤组织的脂质体的降解是必需的，并且可以使用标准免疫细胞化学技术，用针对sPLA2-IIA的单克隆抗体(例如，来自开曼化学品公司(Caymanchemical)的克隆SCACC353)测量。在该测定中的任何染色指示sPLA2的存在并且表明对脂质体的易感性。可替代地，可以使用微阵列(包括针对PLA2G2A(SEQ ID NO：380)的一种或多种探针)或qRT-PCR来检测sPLA2-IIA的表达，以确定来自患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQID NO：380)的水平。虽然在体外癌细胞系中，PLA2G2A(SEQ ID NO：380)与脂质体反应之间存在负协方差，但是在肿瘤组织样品中的PLA2G2A的水平的检测之间存在正相关(Mirtti等人APMIS 117：151-161，2009；通过引用结合在此)。
实例5.预测乳腺癌患者对脂质体的反应性。
本发明的诊断方法可以用于预测乳腺癌患者对用sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体治疗的反应性。具体地，该乳腺癌患者可以是之前没有接受任何癌症治疗的患者，或者是已经接受除脂质体之外的癌症治疗的患者。此外，该患者可以是被诊断患有乳腺癌的患者和/或患有乳腺癌复发的患者。生物样品(例如，乳腺癌组织样品)可以通过本领域熟知的方法从患者获得。该样品可以冷冻和/或制备，例如通过福尔马林固定和石蜡包埋。具体地，可以从样品中分离mRNA，并且可以(例如，使用微阵列平台，例如昂飞HG-U133A或HG-U133_Plus_2阵列)确定示于表1-4的生物标志物中的一种或多种的基因表达谱。还可以测量示于表1-4的生物标志物中的一种或多种，例如通过测序或基于PCR的技术，例如在此描述的那些。
例如，可以确定来自患者的样品中的对脂质体具有敏感性的一种或多种生物标志物的水平，这些生物标志物例如COL5A2(SEQ ID NO：73或211)、ITGA4(SEQ ID NO：1)、MSN(SEQ ID NO：2)、FAM46A(SEQ ID NO：3或280)、ITGB2(SEQ ID NO：4)、DOCK2(SEQ ID NO：5或223)、EVL(SEQ ID NO：6)、SACS(SEQ ID NO：7)、PTPRCAP(SEQ ID NO：8)、EBI2(SEQ ID NO：9)、PTPRC(SEQ ID NO：10、18、25、或243)、ANP32E(SEQ ID NO：11)、SFPQ(SEQ ID NO：12、38、或272)、C1QR1(SEQ ID NO：13)、FNBP1(SEQ ID NO：14或28)、CBFB(SEQ ID NO：15)、SFRS7(SEQ ID NO：19或54)、CAP350(SEQ ID NO：20或61)、CALD1(SEQ ID NO：206)、COL6A2(SEQID NO：207)、FERMT2(SEQ ID NO：208)、BNIP3(SEQ ID NO：209或263)、RAB31(SEQ ID NO：210)、MPO(SEQ ID NO：212)、SRPX(SEQ ID NO：213)、ARHGDIB(SEQ ID NO：214)、TMEM47(SEQID NO：215)、CSRP2(SEQ ID NO：216)、DPYSL3(SEQ ID NO：217)、HTRA1(SEQ ID NO：218)、SLC39A6(SEQ ID NO：219)、和LAT2(SEQ ID NO：220)中的一种或多种。具体地，该生物标志物是COL5A2(SEQ ID NO：73或211)。还可以确定来自患者的样品中的对脂质体具有抗性的一种或多种生物标志物的水平，这些生物标志物例如SFN(SEQ ID NO：96或324)、LISCH7(SEQ ID NO：97)、EPB41L4B(SEQ ID NO：98)、MST1R(SEQ ID NO：99)、ITGB4(SEQ ID NO：100)、DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)、TACSTD1(SEQ ID NO：104)、MISP(SEQ ID NO：105)、KRT8(SEQ ID NO：106)、JUP(SEQ ID NO：107或400)、KRT18(SEQ ID NO：108或306)、FA2H(SEQ ID NO：109)、MGAT4B(SEQ ID NO：110)、DSG2(SEQ ID NO：111或312)、LRP5(SEQ IDNO：112)、LGALS3(SEQ ID NO：307)、DSP(SEQ ID NO：308)、IGFBP4(SEQ ID NO：309)、SPINT2(SEQ ID NO：310)、CDH1(SEQ ID NO：311)、RAB25(SEQ ID NO：313)、PTPRF(SEQ ID NO：314、371、或387)、SOX9(SEQ ID NO：121、315、或319)、LYZ(SEQ ID NO：316)、IER3(SEQID NO：127或317)、PERP(SEQ ID NO：318)、ATP1B1(SEQ ID NO：320)、和IFI27(SEQ ID NO：321)中的一种或多种。具体地，该生物标志物是SFN(SEQ ID NO：96或324)。该乳腺癌患者可以对脂质体有反应，条件是：具有敏感性的生物标志物中的一种或多种的水平基本上类似于已知对脂质体敏感的细胞或组织中的具有敏感性的生物标志物的水平。该乳腺癌患者还可以对脂质体有反应，条件是：具有抗性的生物标志物中的一种或多种的水平基本上不类似于已知对脂质体具有抗性的细胞或组织中的具有抗性的生物标志物的水平。
另外地，在患有乳腺癌的患者的肿瘤组织中的分泌的磷脂酶A2(sPLA2-IIA)的存在可以与表1-4的生物标志物中的一种或多种组合使用，以确定该乳腺癌患者对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。可以使用标准免疫细胞化学技术，用针对sPLA-IIA的单克隆抗体(例如来自开曼化学品公司(Cayman chemical)的Clone SCACC353)测量sPLA2的存在。使用抗sPLA2抗体对肿瘤组织进行的任何染色指示sPLA2的存在并且表明乳腺癌患者会对用脂质体的治疗有反应。可替代地，可以使用微阵列(包括能够与PLA2G2A(SEQ ID NO：380)特异性杂交的一种或多种探针)或使用qRT-PCR来检测sPLA2-IIA的表达，以确定PLA2G2A(SEQID NO：380)的水平。
如果预测乳腺癌患者对用sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的治疗有反应，则该患者可以被给予脂质体，例如在3周方案的第1天和第8天以约60至约120mg/m2静脉内给予脂质体(例如，75mg/m2的脂质体)。相反地，如果预测患者对用脂质体的治疗无反应，则可以用除脂质体之外的一种或多种疗法(例如手术、辐射、或非脂质体治疗剂(例如，多西他赛、卡巴他塞、米托蒽醌、磷雌氮芥、泼尼松、卡铂、贝伐单抗、紫杉醇、吉西他滨、亚德里亚霉素(doxorubicin)、拓扑替康、依托泊苷、它莫西芬、来曲唑、索拉非尼、氟脲嘧啶、卡培他滨、奥沙利铂、干扰素α、5-氟脲嘧啶(5-FU)、组蛋白脱乙酰化酶(HDAC)抑制剂、易普利姆玛、硼替佐米、卡非佐米、沙利度胺、来那度胺、泊马度胺、地塞米松、环磷酰胺、长春新碱、美法仑、喃氟啶、伊立替康、西妥昔单抗、甲酰四氢叶酸、SN-38、依维莫司、坦罗莫司、博来霉素、罗氮芥、酯肽、厄洛替尼、白消安、表阿霉素、三氧化二砷、苯达莫司汀、氟维司群、替尼泊苷、亚德里亚霉素(adriamycin)、地西他滨、磷雌氮芥、氮鸟嘌呤、阿柔比星、丝裂霉素、紫杉醇、多西他赛、APO010、阿糖胞苷(ara-c)、甲泼尼龙、甲氨蝶呤、丙双脒腙、贝利司他、伊达比星、IL4-PR38、丙戊酸、全反式维甲酸(ATRA)、环磷酰胺、辛二酰苯胺异羟肟酸、苯丁酸氮芥、氟达拉滨、长春花碱、达卡巴嗪、羟基脲、喃氟啶、柔红霉素、氮芥、链佐星、卡莫司汀、巯嘌呤、更生霉素、维甲酸、异环磷酰胺、氟尿苷、硫鸟嘌呤、PSC 833、赫塞汀、赛来昔布、易瑞沙、阿那曲唑、或利妥昔单抗))来治疗该患者。
实例6.具有抗性和敏感性的鉴定的生物标志物的临床验证。
实例1中鉴定的和示于表1和2的具有敏感性和抗性的生物标志物已经在五个临床试验中得到验证。下表5总结了这些研究的结果。在每个试验中，在使用具有敏感性和抗性的生物标志物鉴定为对治疗(例如，sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体)有反应的前10％的患者的总体反应率(ORR)或总体存活率(OS)基本上高于使用具有敏感性和抗性的生物标志物鉴定为对治疗有反应的后10％的患者。试验1-3是公开数据(包括来自分别用铂、顺铂、或顺铂和长春瑞滨(vinorelbine)治疗的，分别患有卵巢癌、乳腺癌、或非小细胞肺癌(NSCLC)的患者的治疗前活组织检查的昂飞测定)的追溯性分析。在试验3中，具有敏感性和抗性的生物标志物被用于评估对顺铂的反应性(没有对长春瑞滨(vinorelbine)具有反应性的另外的预测因子)。在试验4中，具有敏感性和抗性的生物标志物被用于分析NSCLC患者的档案肿瘤样品。试验5是在用sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体治疗之前，来自分别用表1和2的具有敏感性和抗性的生物标志物筛选的乳腺癌患者的肿瘤样品的前瞻性试验。在预测对脂质体治疗有反应并且对存在于来自患者的肿瘤样品中的sPLA2呈阳性的前10％的患者中(如使用免疫组织化学测定所确定的)，只有乳腺癌患者用脂质体治疗(试验持续直到N＝15)。所有研究均使用昂飞HG-U133A或HG-U133Plus2阵列进行。
表5.使用对治疗(例如sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体)具有敏感性和抗性的生物标志物(分别于表1和2)来进行临床试验的总结。对于每个相应的试验，针对预测对治疗的反应性的前10％或后10％的患者，示出总体反应率(ORR)和总体存活率(OS)。
如表5中所示，在所有试验(包括患有卵巢癌、乳腺癌、和NSCLC的患者)中，预测对治疗有反应的前10％的患者中的ORR和OS为100％，并且预测对治疗有反应的后10％的患者中的ORR和OS基本上更低，范围为从50％至71％。这五个临床试验指示，表1-4的具有敏感性和抗性的生物标志物可以单独使用或与患者肿瘤样品中的sPLA2的检测组合使用，以鉴定可能对用例如sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体治疗有反应的癌症患者。
其他实施例
上述说明书中提及的所有公开物、专利和专利申请都通过引用结合在此。本发明的所描述装置和使用方法的各种修改和变化对于本领域的技术人员将是显而易知的，而不背离本发明的范围和精神。虽然已结合特定实施例描述了本发明，但应当理解，要求保护的本发明不应不适当地限于这类特定实施例。事实上，本领域技术人员显而易知的用于执行本发明的所描述模式的各种修改预期在本发明的范围内。例如，预计测量蛋白质、代谢物的水平，鉴定遗传突变和DNA拷贝数变化，在确定患者反应性中都将是有用的。
序列表
<110> 肿瘤学风险公司
<120> 用于在癌症患者中预测药物反应性的方法
<130> 51167-004001
<160> 405
<170> PatentIn version 3.5
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<213> 智人
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<212> DNA
<213> 智人
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<213> 智人
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<213> 智人
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<213> 智人
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<213> 智人
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<213> 智人
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<213> 智人
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cacgagaagg actatgacag cctgg 25
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<213> 智人
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<212> DNA
<213> 智人
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<212> DNA
<213> 智人
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<213> 智人
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<212> DNA
<213> 智人
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<213> 智人
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<213> 智人
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<212> DNA
<213> 智人
<400> 332
ctgtgattgc tgccaggcac tgttc 25
<210> 333
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 333
ttcacgcgga aatacacgct gcccc 25
<210> 334
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 334
tcatctgctg gtccgtggga cggtg 25
<210> 335
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 335
gaaggagagc catgcgtact ttcta 25
<210> 336
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 336
gtgtatagtg ttttaccctc ttctt 25
<210> 337
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 337
caggactttt gttccaggtt gccag 25
<210> 338
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 338
gtgcagtttc tgacacttgt tgttg 25
<210> 339
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 339
gggagcaccg tgatggagag gacag 25
<210> 340
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 340
aaggccaaga tcaccatcgt ggcag 25
<210> 341
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 341
tattcaaatg gcccctccag aaagt 25
<210> 342
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 342
aagccacatc tgagcacttc aagac 25
<210> 343
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 343
gttccaagaa ctctggtgtc tgacc 25
<210> 344
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 344
gaggatcatg cccttagcaa gtact 25
<210> 345
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 345
ggtctacgcc tattacaacc tggag 25
<210> 346
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 346
aatcgttctc cttacaatca agttc 25
<210> 347
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 347
ggaactaggc tcttatgtgt gcctt 25
<210> 348
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 348
tctgtcctcc taagaaatct gccca 25
<210> 349
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 349
gaggctcagt tagcaacctg tgttg 25
<210> 350
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 350
agactgtccc tgaaacctag tactg 25
<210> 351
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 351
actttctgca tgttgatgcc cgaag 25
<210> 352
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 352
gttcttgtat tgtattgccc agggg 25
<210> 353
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 353
aaaaaccgca gcccaggttc tgatc 25
<210> 354
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 354
gacatgaacg gctgttactc acgcc 25
<210> 355
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 355
tgttcttggc gctgtatgtg caggc 25
<210> 356
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 356
cttctacagg cttttgggaa gtagg 25
<210> 357
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 357
tggaggacac agatgactct ttggt 25
<210> 358
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 358
gagtgggtgg ggaattttct cctct 25
<210> 359
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 359
ctgcaccttc atcagcggca tgatg 25
<210> 360
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 360
tataaaccac tcttcaacag ctggc 25
<210> 361
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 361
aatacatccg atgcgtagat tcttg 25
<210> 362
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 362
tggcttagcc tgggcaggtc gtgtc 25
<210> 363
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 363
gagcagggtc tctctaaagg ggact 25
<210> 364
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 364
gtctctgagt tacaaaagtg ctaat 25
<210> 365
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 365
accagttttt ggcttactcc tgaga 25
<210> 366
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 366
ttgtctacac tcaggctgca gtatt 25
<210> 367
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 367
tcctgagaga tacctcacat tccaa 25
<210> 368
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 368
ggttagcctt agtttctcag acttg 25
<210> 369
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 369
tgtcctcatc tctgcaaagt tcagc 25
<210> 370
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 370
ttcccaagga caggcttcag catca 25
<210> 371
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 371
ctcctacgca gatgctgtca ctggc 25
<210> 372
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 372
tgagcaaggg ggcccgaatc gacca 25
<210> 373
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 373
aagcctgctc tcttgcaaag acagc 25
<210> 374
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 374
taactataag gtgcctcagt tttcc 25
<210> 375
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 375
catatggcat ctctcaactt ttctt 25
<210> 376
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 376
gaaagttcag ccagaatctt cgtcc 25
<210> 377
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 377
gggcagcttc ctaatatgct ttaca 25
<210> 378
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 378
gcctgtcttg agtagacttg gaccc 25
<210> 379
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 379
gatccacctc atatgtgagt ccgtc 25
<210> 380
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 380
cgctgctgtg tcactcatga ctgtt 25
<210> 381
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 381
gcctgttgaa ggtacatcgt ttgca 25
<210> 382
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 382
tctcccgatt cccaactgag tgtta 25
<210> 383
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 383
aggcaatttt aatcccctgc actag 25
<210> 384
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 384
ggacaaactg ccagttttgt ttcct 25
<210> 385
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 385
gttcttcaat cagctggcac acact 25
<210> 386
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 386
accacccagg aaaccatcga caaga 25
<210> 387
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 387
aaggacagaa cattgccttc ctcgt 25
<210> 388
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 388
ggatatacaa gttctgtggt ttcag 25
<210> 389
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 389
gtggttggca ctagactggt ggcag 25
<210> 390
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 390
atgtacttgt tctacctgga ttgtc 25
<210> 391
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 391
cgcggctgca tgacactgga ggtca 25
<210> 392
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 392
ggtgcccgga tccagagtgt gaaga 25
<210> 393
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 393
ctccatccta tgctgctaca attgc 25
<210> 394
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 394
tgaatgccag tccagatgtg cctag 25
<210> 395
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 395
ttacattcat ttaacctgcc gatta 25
<210> 396
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 396
cacccagtgg tactttggtg cctac 25
<210> 397
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 397
agtgctggtc actaaccaac aaggt 25
<210> 398
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 398
ctctctgaaa cgcttcctat aactc 25
<210> 399
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 399
ttgtcagttc tcaatttcct gtgtt 25
<210> 400
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 400
attatcgctt tatgtttttg gttat 25
<210> 401
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 401
ggggctcaag ggcaagatca gcgag 25
<210> 402
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 402
gaataggtat cttgagcttg gttct 25
<210> 403
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 403
acactcgctt ctggaacgtc tgagg 25
<210> 404
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 404
aatctatatt tgtcttccga tcaac 25
<210> 405
<211> 25
<212> DNA
<213> 智人
<400> 405
acaaggccca ggctggggcc agggc 25

Claims (107)

1.一种方法，该方法包括：
(a)将来自患有对一种或多种癌症疗法具有抗性的癌症的患者的、包括一种或多种核酸分子的样品与装置接触，该装置包括：
i)一种或多种单链核酸分子，该一种或多种单链核酸分子能够与选自表1和/或3所列出的那些的、具有敏感性的一种或多种生物标志物或其互补体的核苷酸特异性杂交；和/或
ii)一种或多种单链核酸分子，该一种或多种单链核酸分子能够与选自表2和/或4所列出的那些的、具有抗性的一种或多种生物标志物或其互补体的核苷酸特异性杂交；和
(b)通过检测该装置的该一种或多种单链核酸分子和该样品的该一种或多种核酸分子之间的杂交来检测该样品中的具有敏感性的一种或多种生物标志物或其互补体、和/或具有抗性的一种或多种生物标志物或其互补体的水平。
2.一种确定患有癌症的患者对分泌型磷脂酶A2(sPLA2)可水解的、含顺铂的脂质体的反应性的方法，该方法包括：
(a)将来自该患者的、包括一种或多种核酸分子的样品与装置接触，该装置包括：
i)一种或多种单链核酸分子，该一种或多种单链核酸分子能够与选自表1和/或3所列出的那些的、具有敏感性的一种或多种生物标志物或其互补体的核苷酸特异性杂交；和/或
ii)一种或多种单链核酸分子，该一种或多种单链核酸分子能够与选自表2和/或4所列出的那些的、具有抗性的一种或多种生物标志物或其互补体的核苷酸特异性杂交；和
(b)通过检测该装置的该单链核酸分子和该样品的该一种或多种核酸分子之间的杂交来检测具有敏感性的一种或多种生物标志物或其互补体、和/或具有抗性的一种或多种生物标志物或其互补体的水平；其中该患者被确定对该脂质体有反应，条件是：
i)具有敏感性的生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对该脂质体敏感的细胞或组织中的、具有敏感性的生物标志物或其互补体的水平；和/或
ii)具有抗性的生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对该脂质体具有抗性的细胞或组织中的、具有抗性的生物标志物或其互补体的水平。
3.如权利要求2所述的方法，其中所述方法进一步包括向该患者给予该脂质体，条件是：
i)具有敏感性的生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对该脂质体敏感的细胞或组织中的、具有敏感性的生物标志物或其互补体的水平；和/或
ii)具有抗性的生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对该脂质体具有抗性的细胞或组织中的、具有抗性的生物标志物或其互补体的水平。
4.一种方法，该方法包括：
(a)将来自患有对一种或多种癌症疗法具有抗性的癌症的患者的、包括一种或多种核酸分子的样品与装置接触，该装置包括：
i)一种或多种单链核酸分子，该一种或多种单链核酸分子能够与选自表1和3的生物标志物的、具有敏感性的一种或多种生物标志物或其互补体的核苷酸特异性杂交，其中该具有敏感性的生物标志物不是C1QR1(SEQ ID NO：13)、SLA(SEQ ID NO：48)、PTPN7(SEQ IDNO：77)、CENTB1(SEQ ID NO：37)、IFI16(SEQ ID NO：17或261)、ARHGEF6(SEQ ID NO：36或294)、CD3D(SEQ ID NO：81)、ARHGAP15(SEQ ID NO：30)、HCLS1(SEQ ID NO：16或259)、CD53(SEQ ID NO：282)、PTPRCAP(SEQ ID NO：8)、或PTPRC(SEQ ID NO：10、18、25、或243)；和/或
ii)一种或多种单链核酸分子，该一种或多种单链核酸分子能够与选自表2和/或4所列出的那些的、具有抗性的一种或多种生物标志物或其互补体的核苷酸特异性杂交；和
(b)通过检测该装置的该一种或多种单链核酸分子和该样品的该一种或多种核酸分子之间的杂交来检测该样品中的具有敏感性的一种或多种生物标志物或其互补体、和/或具有抗性的一种或多种生物标志物或其互补体的水平。
5.如权利要求4所述的方法，其中该患者被确定对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体有反应，条件是：
i)具有敏感性的生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对该脂质体敏感的细胞或组织中的、具有敏感性的生物标志物或其互补体的水平；和/或
ii)具有抗性的生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对该脂质体具有抗性的细胞或组织中的、具有抗性的生物标志物或其互补体的水平。
6.如权利要求5所述的方法，其中所述方法进一步包括向该患者给予该脂质体，条件是：
i)具有敏感性的生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对该脂质体敏感的细胞或组织中的、具有敏感性的生物标志物或其互补体的水平；和/或
ii)具有抗性的生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对该脂质体具有抗性的细胞或组织中的、具有抗性的生物标志物或其互补体的水平。
7.如权利要求1至6中任一项所述的方法，该方法进一步包括检测来自该患者的肿瘤样品中的PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或其互补体的水平。
8.如权利要求7所述的方法，该方法包括：将该肿瘤样品与能够与PLA2G2A(SEQ ID NO：380)或其互补体的核苷酸特异性杂交的一种或多种单链核酸分子接触，和检测该样品中的PLA2G2A或其互补体的水平，其中任选地通过进行微阵列分析或qRT-PCR来发生检测。
9.如权利要求7或8所述的方法，该方法包括当在来自该患者的样品中检测到PLA2G2A的水平时，向该患者给予sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体。
10.如权利要求1至9中任一项所述的方法，该方法进一步包括检测来自该患者的肿瘤样品中的sPLA2蛋白质。
11.如权利要求10所述的方法，该方法包括将该肿瘤样品与抗sPLA2抗体接触，和检测该sPLA2蛋白质和该抗sPLA2抗体之间的结合。
12.如权利要求10或11所述的方法，该方法包括当在来自该患者的样品中检测到sPLA2蛋白质时，向该患者给予sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体。
13.一种在患者中治疗癌症的方法，该方法包括向该患者给予sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体，其中根据权利要求1-12中任一项所述的方法，该患者已经被确定对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体有反应。
14.如权利要求2所述的方法，其中所述方法进一步包括向该患者给予除该脂质体之外的一种或多种癌症疗法，条件是：
i)具有敏感性的生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对该脂质体敏感的细胞或组织中的、具有敏感性的生物标志物或其互补体的水平；和/或
ii)具有抗性的生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对该脂质体具有抗性的细胞或组织中的、具有抗性的生物标志物或其互补体的水平。
15.如权利要求14所述的方法，其中该一种或多种癌症疗法包括：手术、辐射、或治疗剂，并且其中任选地该治疗剂选自下组，该组由以下各项组成：多西他赛、卡巴他塞、米托蒽醌、磷雌氮芥、泼尼松、卡铂、贝伐单抗、紫杉醇、吉西他滨、亚德里亚霉素、拓扑替康、依托泊苷、它莫西芬、来曲唑、索拉非尼、氟脲嘧啶、卡培他滨、奥沙利铂、干扰素α、5-氟脲嘧啶(5-FU)、组蛋白脱乙酰化酶(HDAC)抑制剂、易普利姆玛、硼替佐米、卡非佐米、沙利度胺、来那度胺、泊马度胺、地塞米松、环磷酰胺、长春新碱、美法仑、喃氟啶、伊立替康、西妥昔单抗、甲酰四氢叶酸、SN-38、依维莫司、坦罗莫司、博来霉素、罗氮芥、酯肽、厄洛替尼、白消安、表阿霉素、三氧化二砷、苯达莫司汀、氟维司群、替尼泊苷、亚德里亚霉素、地西他滨、磷雌氮芥、氮鸟嘌呤、阿柔比星、丝裂霉素、紫杉醇、多西他赛、APO010、阿糖胞苷、甲泼尼龙、甲氨蝶呤、丙双脒腙、贝利司他、伊达比星、IL4-PR38、丙戊酸、全反式维甲酸(ATRA)、环磷酰胺、辛二酰苯胺异羟肟酸、苯丁酸氮芥、氟达拉滨、长春花碱、达卡巴嗪、羟基脲、喃氟啶、柔红霉素、氮芥、链佐星、卡莫司汀、巯嘌呤、更生霉素、维甲酸、异环磷酰胺、氟尿苷、硫鸟嘌呤、PSC 833、赫塞汀、赛来昔布、易瑞沙、阿那曲唑、和利妥昔单抗。
16.一种治疗患有癌症的患者的方法，该方法包括：
(a)将来自该患者的、包括一种或多种核酸分子的样品与装置接触，该装置包括：
i)一种或多种单链核酸分子，该一种或多种单链核酸分子能够与选自表1和/或3所列出的那些的、具有敏感性的一种或多种生物标志物或其互补体的核苷酸特异性杂交；和/或
ii)一种或多种单链核酸分子，该一种或多种单链核酸分子能够与选自表2和/或4所列出的那些的、具有抗性的一种或多种生物标志物或其互补体的核苷酸特异性杂交；和
(b)通过检测该装置的该一种或多种单链核酸分子和该样品的该一种或多种核酸分子之间的杂交来检测具有敏感性的一种或多种生物标志物或其互补体、和/或具有抗性的一种或多种生物标志物或其互补体的水平；和
(c)向该患者给予sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体，条件是：
i)具有敏感性的生物标志物或其互补体的水平基本上类似于已知对该脂质体敏感的细胞或组织中的、具有敏感性的生物标志物或其互补体的水平；和/或
ii)具有抗性的生物标志物或其互补体的水平基本上不类似于已知对该脂质体具有抗性的细胞或组织中的、具有抗性的生物标志物或其互补体的水平。
17.如权利要求3、6、9、12、13、和16中任一项所述的方法，该方法进一步包括在给予该脂质体之前、与之同时、或之后向该患者给予一种或多种另外的疗法，其中任选地该一种或多种另外的疗法包括：手术、辐射、或治疗剂，并且其中任选地该治疗剂选自下组，该组由以下各项组成：多西他赛、卡巴他塞、米托蒽醌、磷雌氮芥、泼尼松、卡铂、贝伐单抗、紫杉醇、吉西他滨、亚德里亚霉素、拓扑替康、依托泊苷、它莫西芬、来曲唑、索拉非尼、氟脲嘧啶、卡培他滨、奥沙利铂、干扰素α、5-氟脲嘧啶(5-FU)、组蛋白脱乙酰化酶(HDAC)抑制剂、易普利姆玛、硼替佐米、卡非佐米、沙利度胺、来那度胺、泊马度胺、地塞米松、环磷酰胺、长春新碱、美法仑、喃氟啶、伊立替康、西妥昔单抗、甲酰四氢叶酸、SN-38、依维莫司、坦罗莫司、博来霉素、罗氮芥、酯肽、厄洛替尼、顺铂、白消安、表阿霉素、三氧化二砷、苯达莫司汀、氟维司群、替尼泊苷、亚德里亚霉素、地西他滨、磷雌氮芥、氮鸟嘌呤、阿柔比星、丝裂霉素、紫杉醇、多西他赛、APO010、阿糖胞苷、甲泼尼龙、甲氨蝶呤、丙双脒腙、贝利司他、伊达比星、IL4-PR38、丙戊酸、全反式维甲酸(ATRA)、环磷酰胺、辛二酰苯胺异羟肟酸、苯丁酸氮芥、氟达拉滨、长春花碱、达卡巴嗪、羟基脲、喃氟啶、柔红霉素、氮芥、链佐星、卡莫司汀、巯嘌呤、更生霉素、维甲酸、异环磷酰胺、氟尿苷、硫鸟嘌呤、PSC 833、赫塞汀、赛来昔布、易瑞沙、阿那曲唑、和利妥昔单抗。
18.如权利要求3、6、9、12、13、16、和17中任一项所述的方法，其中脂质体静脉内、肌内、经皮、皮内、动脉内、颅内、皮下、眶内、心室内、脊柱内、腹腔内、或鼻内给予该患者。
19.如权利要求18所述的方法，其中脂质体通过静脉内输注被给予。
20.如权利要求3、6、9、12、13、和16-19中任一项所述的方法，其中以约60mg/m2至约120mg/m2的顺铂的剂量向该患者给予脂质体。
21.如权利要求20所述的方法，其中以约60mg/m2的顺铂、约75mg/m2的顺铂、或约90mg/m2的顺铂的剂量向该患者给予脂质体。
22.如权利要求3、6、9、12、13、和16-21中任一项所述的方法，该方法包括用以下治疗方案向该患者给予脂质体：每一周、两周、或三周或在3周治疗方案的第1天和第8天给予至少一次。
23.如权利要求22所述的方法，其中该治疗方案重复两次至二十次。
24.如权利要求3、6、9、12、13、和16-23中任一项所述的方法，其中在向该患者给予脂质体之前、与之同时、或之后，发生接触步骤(a)和检测步骤(b)，和/或其中该接触步骤(a)和该检测步骤(b)发生两次或更多次。
25.如权利要求1所述的方法，其中这些癌症疗法中的一种或多种包括：手术、辐射、或治疗剂，其中任选地该治疗剂选自下组，该组由以下各项组成：多西他赛、卡巴他塞、米托蒽醌、磷雌氮芥、泼尼松、卡铂、贝伐单抗、紫杉醇、吉西他滨、亚德里亚霉素、拓扑替康、依托泊苷、它莫西芬、来曲唑、索拉非尼、氟脲嘧啶、卡培他滨、奥沙利铂、干扰素α、5-氟脲嘧啶(5-FU)、组蛋白脱乙酰化酶(HDAC)抑制剂、易普利姆玛、硼替佐米、卡非佐米、沙利度胺、来那度胺、泊马度胺、地塞米松、环磷酰胺、长春新碱、美法仑、喃氟啶、伊立替康、西妥昔单抗、甲酰四氢叶酸、SN-38、依维莫司、坦罗莫司、博来霉素、罗氮芥、酯肽、厄洛替尼、白消安、表阿霉素、三氧化二砷、苯达莫司汀、氟维司群、替尼泊苷、亚德里亚霉素、地西他滨、磷雌氮芥、氮鸟嘌呤、阿柔比星、丝裂霉素、紫杉醇、多西他赛、APO010、阿糖胞苷、甲泼尼龙、甲氨蝶呤、丙双脒腙、贝利司他、伊达比星、IL4-PR38、丙戊酸、全反式维甲酸(ATRA)、环磷酰胺、辛二酰苯胺异羟肟酸、苯丁酸氮芥、氟达拉滨、长春花碱、达卡巴嗪、羟基脲、喃氟啶、柔红霉素、氮芥、链佐星、卡莫司汀、巯嘌呤、更生霉素、维甲酸、异环磷酰胺、氟尿苷、硫鸟嘌呤、PSC 833、赫塞汀、赛来昔布、易瑞沙、阿那曲唑、和利妥昔单抗。
26.如权利要求1至25中任一项所述的方法，其中该患者对除sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体之外的一种或多种癌症疗法具有抗性，其中任选地该一种或多种癌症疗法包括手术、辐射、或治疗剂。
27.如权利要求1至26中任一项所述的方法，其中该癌症选自实体瘤癌症和血液癌。
28.如权利要求1至27中任一项所述的方法，其中该癌症选自下组，该组由以下各项组成：乳腺癌、急性髓细胞性白血病(AML)、急性成淋巴细胞白血病(ALL)、慢性淋巴细胞白血病(CLL)、骨髓增生异常综合征(MDS)、慢性髓细胞性白血病-慢性期(CMLCP)、弥散性大B-细胞淋巴瘤(DLBCL)、皮肤T-细胞淋巴瘤(CTCL)、外周T-细胞淋巴瘤(PTCL)、霍奇金氏淋巴瘤、肝细胞癌(HCC)、宫颈癌、肾细胞癌(RCC)、食管癌、黑色素瘤、胶质瘤、胰腺癌、胃肠道间质瘤(GIST)、肉瘤、非小细胞肺癌(NSCLC)、前列腺癌、卵巢癌、结肠癌、膀胱癌、和头颈鳞状细胞癌(SCCHN)。
29.如权利要求28所述的方法，其中该乳腺癌是雌激素受体阳性(ERpos)乳腺癌和/或乳腺癌的转移性形式。
30.如权利要求2至29中任一项所述的方法，其中该已知对脂质体敏感的细胞或组织和/或该已知对脂质体具有抗性的细胞或组织与来自患者的样品中的细胞或组织的类型相同，或与该样品的一种或多种核酸分子所衍生自的细胞或组织的类型相同，其中任选地该已知对脂质体敏感的细胞或组织和/或该已知对脂质体具有抗性的细胞或组织与来自患者的样品中的细胞或组织的癌症类型相同，或与该样品的一种或多种核酸分子所衍生自的细胞或组织的癌症类型相同。
31.如权利要求1至30中任一项所述的方法，其中在用该一种或多种癌症疗法的治疗之后，该患者展现癌症复发。
32.如权利要求1至31中任一项所述的方法，其中在第一次癌症治疗之后和在用sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体治疗之前，该患者展现癌症复发。
33.如权利要求2至32中任一项所述的方法，其中该患者尚未被给予针对癌症的治疗。
34.如权利要求1至33中任一项所述的方法，其中该患者尚未被确定对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体具有抗性。
35.如权利要求1至34中任一项所述的方法，其中该来自患者的样品是肿瘤样品。
36.如权利要求1至35中任一项所述的方法，其中该装置包括i)和/或ii)的至少两种、至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少十种、或更多种单链核酸分子。
37.如权利要求1至36中任一项所述的方法，其中该装置的一种或多种单链核酸分子具有在10至100个核苷酸的长度范围内的长度，其中任选地，这些单链核酸分子中的一种或多种具有在20至60个核苷酸的范围内的长度。
38.如权利要求1至37中任一项所述的方法，其中该一种或多种单链核酸分子被标记或被固定在固体基质上。
39.如权利要求1至38中任一项所述的方法，该方法包括将具有敏感性的一种或多种生物标志物或其互补体、和/或具有抗性的一种或多种生物标志物或其互补体的水平转换成平均得分，其中该平均得分指示该患者对sPLA2可水解的、含顺铂的脂质体的反应性。
40.如权利要求39所述的方法，其中该方法进一步包括从具有敏感性的生物标志物中的一种或多种的平均得分中减去具有抗性的生物标志物中的一种或多种的平均得分，以获得差值得分，其中该差值得分指示该患者对脂质体的反应性。
41.如权利要求39或40所述的方法，其中该平均得分和/或该差值得分高于截止值指示该患者对脂质体有反应。
42.如权利要求41所述的方法，其中该截止值为约0.25、约0.3、约0.35、约0.4、约0.45、约0.5、或更高。
43.如权利要求1至42中任一项所述的方法，其中该装置是微阵列或是用于进行定量逆转录聚合酶链式反应(qRT-PCR)反应。
44.如权利要求1至43中任一项所述的方法，其中通过进行微阵列分析或qRT-PCR来检测具有敏感性的一种或多种生物标志物或其互补体、和/或具有抗性的一种或多种生物标志物或其互补体的水平。
45.如权利要求1至44中任一项所述的方法，其中该样品的核酸分子包括mRNA或其cDNA。
46.如权利要求1至3和7至45中任一项所述的方法，其中该具有敏感性的生物标志物选自COL5A2(SEQ ID NO：73或211)、ITGA4(SEQ ID NO：1)、MSN(SEQ ID NO：2)、FAM46A(SEQ IDNO：3或280)、ITGB2(SEQ ID NO：4)、DOCK2(SEQ ID NO：5或223)、EVL(SEQ ID NO：6)、SACS(SEQ ID NO：7)、EBI2(SEQ ID NO：9)、ANP32E(SEQ ID NO：11)、SFPQ(SEQ ID NO：12、38或272)、FNBP1(SEQ ID NO：14或28)、CBFB(SEQ ID NO：15)、SFRS7(SEQ ID NO：19或54)、和CAP350(SEQ ID NO：20或61)中的一种或多种。
47.如权利要求46所述的方法，其中这些具有敏感性的生物标志物包括COL5A2(SEQ IDNO：73或211)和ITGA4(SEQ ID NO：1)。
48.如权利要求46所述的方法，其中这些具有敏感性的生物标志物包括COL5A2(SEQ IDNO 73或211)、ITGA4(SEQ ID NO：1)、和MSN(SEQ ID NO：2)。
49.如权利要求46所述的方法，其中这些具有敏感性的生物标志物包括COL5A2(SEQ IDNO 73或211)、ITGA4(SEQ ID NO：1)、MSN(SEQ ID NO：2)、和FAM46A(SEQ ID NO：3或280)。
50.如权利要求46所述的方法，其中这些具有敏感性的生物标志物包括COL5A2(SEQ IDNO 73或211)、ITGA4(SEQ ID NO：1)、MSN(SEQ ID NO：2)、FAM46A(SEQ ID NO：3或280)、ITGB2(SEQ ID NO：4)、和DOCK2(SEQ ID NO：5或223)。
51.如权利要求46所述的方法，其中这些具有敏感性的生物标志物包括COL5A2(SEQ IDNO 73或211)、ITGA4(SEQ ID NO：1)、MSN(SEQ ID NO：2)、FAM46A(SEQ ID NO：3或280)、ITGB2(SEQ ID NO：4)、DOCK2(SEQ ID NO：5或223)、和EVL(SEQ ID NO：6)。
52.如权利要求46所述的方法，其中这些具有敏感性的生物标志物包括COL5A2(SEQ IDNO 73或211)、ITGA4(SEQ ID NO：1)、MSN(SEQ ID NO：2)、FAM46A(SEQ ID NO：3或280)、ITGB2(SEQ ID NO：4)、DOCK2(SEQ ID NO：5或223)、EVL(SEQ ID NO：6)、和SACS(SEQ ID NO：7)。
53.如权利要求46所述的方法，其中这些具有敏感性的生物标志物包括COL5A2(SEQ IDNO 73或211)、ITGA4(SEQ ID NO：1)、MSN(SEQ ID NO：2)、FAM46A(SEQ ID NO：3或280)、ITGB2(SEQ ID NO：4)、DOCK2(SEQ ID NO：5或223)、EVL(SEQ ID NO：6)、SACS(SEQ ID NO：7)、和PTPRCAP(SEQ ID NO：8)。
54.如权利要求46所述的方法，其中这些具有敏感性的生物标志物包括COL5A2(SEQ IDNO 73或211)、ITGA4(SEQ ID NO：1)、MSN(SEQ ID NO：2)、FAM46A(SEQ ID NO：3或280)、ITGB2(SEQ ID NO：4)、DOCK2(SEQ ID NO：5或223)、EVL(SEQ ID NO：6)、SACS(SEQ ID NO：7)、PTPRCAP(SEQ ID NO：8)、和EBI2(SEQ ID NO：9)。
55.如权利要求46所述的方法，其中这些具有敏感性的生物标志物包括COL5A2(SEQ IDNO 73或211)、ITGA4(SEQ ID NO：1)、MSN(SEQ ID NO：2)、FAM46A(SEQ ID NO：3或280)、ITGB2(SEQ ID NO：4)、DOCK2(SEQ ID NO：5或223)、EVL(SEQ ID NO：6)、SACS(SEQ ID NO：7)、PTPRCAP(SEQ ID NO：8)、EBI2(SEQ ID NO：9)、和PTPRC(SEQ ID NO：10、18、25、或243)。
56.如权利要求46所述的方法，其中这些具有敏感性的生物标志物包括COL5A2(SEQ IDNO 73或211)、ITGA4(SEQ ID NO：1)、MSN(SEQ ID NO：2)、FAM46A(SEQ ID NO：3或280)、ITGB2(SEQ ID NO：4)、DOCK2(SEQ ID NO：5或223)、EVL(SEQ ID NO：6)、SACS(SEQ ID NO：7)、PTPRCAP(SEQ ID NO：8)、EBI2(SEQ ID NO：9)、PTPRC(SEQ ID NO：10、18、25、或243)、和ANP32E(SEQ ID NO：11)。
57.如权利要求46所述的方法，其中这些具有敏感性的生物标志物包括COL5A2(SEQ IDNO 73或211)、ITGA4(SEQ ID NO：1)、MSN(SEQ ID NO：2)、FAM46A(SEQ ID NO：3或280)、ITGB2(SEQ ID NO：4)、DOCK2(SEQ ID NO：5或223)、EVL(SEQ ID NO：6)、SACS(SEQ ID NO：7)、PTPRCAP(SEQ ID NO：8)、EBI2(SEQ ID NO：9)、PTPRC(SEQ ID NO：10、18、25、或243)、ANP32E(SEQ ID NO：11)、和SFPQ(SEQ ID NO：12、38或272)。
58.如权利要求46所述的方法，其中这些具有敏感性的生物标志物包括COL5A2(SEQ IDNO 73或211)、ITGA4(SEQ ID NO：1)、MSN(SEQ ID NO：2)、FAM46A(SEQ ID NO：3或280)、ITGB2(SEQ ID NO：4)、DOCK2(SEQ ID NO：5或223)、EVL(SEQ ID NO：6)、SACS(SEQ ID NO：7)、PTPRCAP(SEQ ID NO：8)、EBI2(SEQ ID NO：9)、PTPRC(SEQ ID NO：10、18、25、或243)、ANP32E(SEQ ID NO：11)、SFPQ(SEQ ID NO：12、38或272)、和C1QR1(SEQ ID NO：13)。
59.如权利要求46所述的方法，其中这些具有敏感性的生物标志物包括COL5A2(SEQ IDNO 73或211)、ITGA4(SEQ ID NO：1)、MSN(SEQ ID NO：2)、FAM46A(SEQ ID NO：3或280)、ITGB2(SEQ ID NO：4)、DOCK2(SEQ ID NO：5或223)、EVL(SEQ ID NO：6)、SACS(SEQ ID NO：7)、PTPRCAP(SEQ ID NO：8)、EBI2(SEQ ID NO：9)、PTPRC(SEQ ID NO：10、18、25、或243)、ANP32E(SEQ ID NO：11)、SFPQ(SEQ ID NO：12、38或272)、C1QR1(SEQ ID NO：13)、和FNBP1(SEQ ID NO：14或28)。
60.如权利要求46所述的方法，其中这些具有敏感性的生物标志物包括COL5A2(SEQ IDNO 73或211)、ITGA4(SEQ ID NO：1)、MSN(SEQ ID NO：2)、FAM46A(SEQ ID NO：3或280)、ITGB2(SEQ ID NO：4)、DOCK2(SEQ ID NO：5或223)、EVL(SEQ ID NO：6)、SACS(SEQ ID NO：7)、PTPRCAP(SEQ ID NO：8)、EBI2(SEQ ID NO：9)、PTPRC(SEQ ID NO：10、18、25、或243)、ANP32E(SEQ ID NO：11)、SFPQ(SEQ ID NO：12、38或272)、C1QR1(SEQ ID NO：13)、FNBP1(SEQID NO：14或28)、和CBFB(SEQ ID NO：15)。
61.如权利要求46所述的方法，其中这些具有敏感性的生物标志物包括COL5A2(SEQ IDNO 73或211)、ITGA4(SEQ ID NO：1)、MSN(SEQ ID NO：2)、FAM46A(SEQ ID NO：3或280)、ITGB2(SEQ ID NO：4)、DOCK2(SEQ ID NO：5或223)、EVL(SEQ ID NO：6)、SACS(SEQ ID NO：7)、EBI2(SEQ ID NO：9)、ANP32E(SEQ ID NO：11)、SFPQ(SEQ ID NO：12、38或272)、FNBP1(SEQ ID NO：14或28)、CBFB(SEQ ID NO：15)、和SFRS7(SEQ ID NO：19或54)。
62.如权利要求46所述的方法，其中这些具有敏感性的生物标志物包括COL5A2(SEQ IDNO 73或211)、ITGA4(SEQ ID NO：1)、MSN(SEQ ID NO：2)、FAM46A(SEQ ID NO：3或280)、ITGB2(SEQ ID NO：4)、DOCK2(SEQ ID NO：5或223)、EVL(SEQ ID NO：6)、SACS(SEQ ID NO：7)、EBI2(SEQ ID NO：9)、ANP32E(SEQ ID NO：11)、SFPQ(SEQ ID NO：12、38或272)、FNBP1(SEQ ID NO：14或28)、CBFB(SEQ ID NO：15)、SFRS7(SEQ ID NO：19或54)、和CAP350(SEQ IDNO：20或61)。
63.如权利要求1至3和7至62中任一项所述的方法，其中该具有抗性的生物标志物选自SFN(SEQ ID NO：96或324)、LISCH7(SEQ ID NO：97)、EPB41L4B(SEQ ID NO：98)、MST1R(SEQID NO：99)、ITGB4(SEQ ID NO：100)、DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)、TACSTD1(SEQ ID NO：104)、MISP(SEQ ID NO：105)、KRT8(SEQ ID NO：106)、JUP(SEQ ID NO：107或400)、KRT18(SEQ ID NO：108或306)、FA2H(SEQ ID NO：109)、MGAT4B(SEQ ID NO：110)、DSG2(SEQ IDNO：111或312)、和LRP5(SEQ ID NO：112)中的一种或多种。
64.如权利要求63所述的方法，其中这些具有抗性的生物标志物包括SFN(SEQ ID NO：96或324)和LISCH7(SEQ ID NO：97)。
65.如权利要求63所述的方法，其中这些具有抗性的生物标志物包括SFN(SEQ ID NO：96或324)、LISCH7(SEQ ID NO：97)、和EPB41L4B(SEQ ID NO：98)。
66.如权利要求63所述的方法，其中这些具有抗性的生物标志物包括SFN(SEQ ID NO：96或324)、LISCH7(SEQ ID NO：97)、EPB41L4B(SEQ ID NO：98)、和MST1R(SEQ ID NO：99)。
67.如权利要求63所述的方法，其中这些具有抗性的生物标志物包括SFN(SEQ ID NO：96或324)、LISCH7(SEQ ID NO：97)、EPB41L4B(SEQ ID NO：98)、MST1R(SEQ ID NO：99)、和ITGB4(SEQ ID NO：100)。
68.如权利要求63所述的方法，其中这些具有抗性的生物标志物包括SFN(SEQ ID NO：96或324)、LISCH7(SEQ ID NO：97)、EPB41L4B(SEQ ID NO：98)、MST1R(SEQ ID NO：99)、ITGB4(SEQ ID NO：100)、和DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)。
69.如权利要求63所述的方法，其中这些具有抗性的生物标志物包括SFN(SEQ ID NO：96或324)、LISCH7(SEQ ID NO：97)、EPB41L4B(SEQ ID NO：98)、MST1R(SEQ ID NO：99)、ITGB4(SEQ ID NO：100)、DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)、和TACSTD1(SEQ ID NO：104)。
70.如权利要求63所述的方法，其中这些具有抗性的生物标志物包括SFN(SEQ ID NO：96或324)、LISCH7(SEQ ID NO：97)、EPB41L4B(SEQ ID NO：98)、MST1R(SEQ ID NO：99)、ITGB4(SEQ ID NO：100)、DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)、TACSTD1(SEQ ID NO：104)、和MISP(SEQ ID NO：105)。
71.如权利要求63所述的方法，其中这些具有抗性的生物标志物包括SFN(SEQ ID NO：96或324)、LISCH7(SEQ ID NO：97)、EPB41L4B(SEQ ID NO：98)、MST1R(SEQ ID NO：99)、ITGB4(SEQ ID NO：100)、DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)、TACSTD1(SEQ ID NO：104)、MISP(SEQ ID NO：105)、和KRT8(SEQ ID NO：106)。
72.如权利要求63所述的方法，其中这些具有抗性的生物标志物包括SFN(SEQ ID NO：96或324)、LISCH7(SEQ ID NO：97)、EPB41L4B(SEQ ID NO：98)、MST1R(SEQ ID NO：99)、ITGB4(SEQ ID NO：100)、DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)、TACSTD1(SEQ ID NO：104)、MISP(SEQ ID NO：105)、KRT8(SEQ ID NO：106)、和JUP(SEQ ID NO：107或400)。
73.如权利要求63所述的方法，其中这些具有抗性的生物标志物包括SFN(SEQ ID NO：96或324)、LISCH7(SEQ ID NO：97)、EPB41L4B(SEQ ID NO：98)、MST1R(SEQ ID NO：99)、ITGB4(SEQ ID NO：100)、DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)、TACSTD1(SEQ ID NO：104)、MISP(SEQ ID NO：105)、KRT8(SEQ ID NO：106)、JUP(SEQ ID NO：107或400)、和KRT18(SEQ IDNO：108或306)。
74.如权利要求63所述的方法，其中这些具有抗性的生物标志物包括SFN(SEQ ID NO：96或324)、LISCH7(SEQ ID NO：97)、EPB41L4B(SEQ ID NO：98)、MST1R(SEQ ID NO：99)、ITGB4(SEQ ID NO：100)、DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)、TACSTD1(SEQ ID NO：104)、MISP(SEQ ID NO：105)、KRT8(SEQ ID NO：106)、JUP(SEQ ID NO：107或400)、KRT18(SEQ ID NO：108或306)、和FA2H(SEQ ID NO：109)。
75.如权利要求63所述的方法，其中这些具有抗性的生物标志物包括SFN(SEQ ID NO：96或324)、LISCH7(SEQ ID NO：97)、EPB41L4B(SEQ ID NO：98)、MST1R(SEQ ID NO：99)、ITGB4(SEQ ID NO：100)、DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)、TACSTD1(SEQ ID NO：104)、MISP(SEQ ID NO：105)、KRT8(SEQ ID NO：106)、JUP(SEQ ID NO：107或400)、KRT18(SEQ ID NO：108或306)、FA2H(SEQ ID NO：109)、和MGAT4B(SEQ ID NO：110)。
76.如权利要求63所述的方法，其中这些具有抗性的生物标志物包括SFN(SEQ ID NO：96或324)、LISCH7(SEQ ID NO：97)、EPB41L4B(SEQ ID NO：98)、MST1R(SEQ ID NO：99)、ITGB4(SEQ ID NO：100)、DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)、TACSTD1(SEQ ID NO：104)、MISP(SEQ ID NO：105)、KRT8(SEQ ID NO：106)、JUP(SEQ ID NO：107或400)、KRT18(SEQ ID NO：108或306)、FA2H(SEQ ID NO：109)、MGAT4B(SEQ ID NO：110)、和DSG2(SEQ ID NO：111或312)。
77.如权利要求63所述的方法，其中这些具有抗性的生物标志物包括SFN(SEQ ID NO：96或324)、LISCH7(SEQ ID NO：97)、EPB41L4B(SEQ ID NO：98)、MST1R(SEQ ID NO：99)、ITGB4(SEQ ID NO：100)、DBNDD2(SEQ ID NO：102或365)、TACSTD1(SEQ ID NO：104)、MISP(SEQ ID NO：105)、KRT8(SEQ ID NO：106)、JUP(SEQ ID NO：107或400)、KRT18(SEQ ID NO：108或306)、FA2H(SEQ ID NO：109)、MGAT4B(SEQ ID NO：110)、DSG2(SEQ ID NO：111或312)、和LRP5(SEQ ID NO：112)。
78.如权利要求1至3和7至77中任一项所述的方法，其中这些具有敏感性的生物标志物选自CALD1(SEQ ID NO：206)、COL6A2(SEQ ID NO：207)、FERMT2(SEQ ID NO：208)、BNIP3(SEQ ID NO：209或263)、RAB31(SEQ ID NO：210)、COL5A2(SEQ ID NO：73或211)、MPO(SEQID NO：212)、SRPX(SEQ ID NO：213)、ARHGDIB(SEQ ID NO：214)、TMEM47(SEQ ID NO：215)、CSRP2(SEQ ID NO：216)、DPYSL3(SEQ ID NO：217)、HTRA1(SEQ ID NO：218)、SLC39A6(SEQID NO：219)、和LAT2(SEQ ID NO：220)中的一种或多种。
79.如权利要求78所述的方法，其中这些具有敏感性的生物标志物包括CALD1(SEQ IDNO：206)和COL6A2(SEQ ID NO：207)。
80.如权利要求78所述的方法，其中这些具有敏感性的生物标志物包括CALD1(SEQ IDNO：206)、COL6A2(SEQ ID NO：207)、和FERMT2(SEQ ID NO：208)。
81.如权利要求78所述的方法，其中这些具有敏感性的生物标志物包括CALD1(SEQ IDNO：206)、COL6A2(SEQ ID NO：207)、FERMT2(SEQ ID NO：208)、和BNIP3(SEQ ID NO：209或263)。
82.如权利要求78所述的方法，其中这些具有敏感性的生物标志物包括CALD1(SEQ IDNO：206)、COL6A2(SEQ ID NO：207)、FERMT2(SEQ ID NO：208)、BNIP3(SEQ ID NO：209或263)、和RAB31(SEQ ID NO：210)。
83.如权利要求78所述的方法，其中这些具有敏感性的生物标志物包括CALD1(SEQ IDNO：206)、COL6A2(SEQ ID NO：207)、FERMT2(SEQ ID NO：208)、BNIP3(SEQ ID NO：209或263)、RAB31(SEQ ID NO：210)、和COL5A2(SEQ ID NO：73或211)。
84.如权利要求78所述的方法，其中这些具有敏感性的生物标志物包括CALD1(SEQ IDNO：206)、COL6A2(SEQ ID NO：207)、FERMT2(SEQ ID NO：208)、BNIP3(SEQ ID NO：209或263)、RAB31(SEQ ID NO：210)、COL5A2(SEQ ID NO：73或211)、和MPO(SEQ ID NO：212)。
85.如权利要求78所述的方法，其中这些具有敏感性的生物标志物包括CALD1(SEQ IDNO：206)、COL6A2(SEQ ID NO：207)、FERMT2(SEQ ID NO：208)、BNIP3(SEQ ID NO：209或263)、RAB31(SEQ ID NO：210)、COL5A2(SEQ ID NO：73或211)、MPO(SEQ ID NO：212)、和SRPX(SEQ ID NO：213)。
86.如权利要求78所述的方法，其中这些具有敏感性的生物标志物包括CALD1(SEQ IDNO：206)、COL6A2(SEQ ID NO：207)、FERMT2(SEQ ID NO：208)、BNIP3(SEQ ID NO：209或263)、RAB31(SEQ ID NO：210)、COL5A2(SEQ ID NO：73或211)、MPO(SEQ ID NO：212)、SRPX(SEQ ID NO：213)、和ARHGDIB(SEQ ID NO：214)。
87.如权利要求78所述的方法，其中这些具有敏感性的生物标志物包括CALD1(SEQ IDNO：206)、COL6A2(SEQ ID NO：207)、FERMT2(SEQ ID NO：208)、BNIP3(SEQ ID NO：209或263)、RAB31(SEQ ID NO：210)、COL5A2(SEQ ID NO：73或211)、MPO(SEQ ID NO：212)、SRPX(SEQ ID NO：213)、ARHGDIB(SEQ ID NO：214)、和TMEM47(SEQ ID NO：215)。
88.如权利要求78所述的方法，其中这些具有敏感性的生物标志物包括CALD1(SEQ IDNO：206)、COL6A2(SEQ ID NO：207)、FERMT2(SEQ ID NO：208)、BNIP3(SEQ ID NO：209或263)、RAB31(SEQ ID NO：210)、COL5A2(SEQ ID NO：73或211)、MPO(SEQ ID NO：212)、SRPX(SEQ ID NO：213)、ARHGDIB(SEQ ID NO：214)、TMEM47(SEQ ID NO：215)、和CSRP2(SEQ IDNO：216)。
89.如权利要求78所述的方法，其中这些具有敏感性的生物标志物包括CALD1(SEQ IDNO：206)、COL6A2(SEQ ID NO：207)、FERMT2(SEQ ID NO：208)、BNIP3(SEQ ID NO：209或263)、RAB31(SEQ ID NO：210)、COL5A2(SEQ ID NO：73或211)、MPO(SEQ ID NO：212)、SRPX(SEQ ID NO：213)、ARHGDIB(SEQ ID NO：214)、TMEM47(SEQ ID NO：215)、CSRP2(SEQ ID NO：216)、和DPYSL3(SEQ ID NO：217)。
90.如权利要求78所述的方法，其中这些具有敏感性的生物标志物包括CALD1(SEQ IDNO：206)、COL6A2(SEQ ID NO：207)、FERMT2(SEQ ID NO：208)、BNIP3(SEQ ID NO：209或263)、RAB31(SEQ ID NO：210)、COL5A2(SEQ ID NO：73或211)、MPO(SEQ ID NO：212)、SRPX(SEQ ID NO：213)、ARHGDIB(SEQ ID NO：214)、TMEM47(SEQ ID NO：215)、CSRP2(SEQ ID NO：216)、DPYSL3(SEQ ID NO：217)、和HTRA1(SEQ ID NO：218)。
91.如权利要求78所述的方法，其中这些具有敏感性的生物标志物包括CALD1(SEQ IDNO：206)、COL6A2(SEQ ID NO：207)、FERMT2(SEQ ID NO：208)、BNIP3(SEQ ID NO：209或263)、RAB31(SEQ ID NO：210)、COL5A2(SEQ ID NO：73或211)、MPO(SEQ ID NO：212)、SRPX(SEQ ID NO：213)、ARHGDIB(SEQ ID NO：214)、TMEM47(SEQ ID NO：215)、CSRP2(SEQ ID NO：216)、DPYSL3(SEQ ID NO：217)、HTRA1(SEQ ID NO：218)、和SLC39A6(SEQ ID NO：219)。
92.如权利要求78所述的方法，其中这些具有敏感性的生物标志物包括CALD1(SEQ IDNO：206)、COL6A2(SEQ ID NO：207)、FERMT2(SEQ ID NO：208)、BNIP3(SEQ ID NO：209或263)、RAB31(SEQ ID NO：210)、COL5A2(SEQ ID NO：73或211)、MPO(SEQ ID NO：212)、SRPX(SEQ ID NO：213)、ARHGDIB(SEQ ID NO：214)、TMEM47(SEQ ID NO：215)、CSRP2(SEQ ID NO：216)、DPYSL3(SEQ ID NO：217)、HTRA1(SEQ ID NO：218)、SLC39A6(SEQ ID NO：219)、和LAT2(SEQ ID NO：220)。
93.如权利要求1至3和7至92中任一项所述的方法，其中该具有抗性的生物标志物选自KRT18(SEQ ID NO：108或306)、LGALS3(SEQ ID NO：307)、DSP(SEQ ID NO：308)、IGFBP4(SEQID NO：309)、SPINT2(SEQ ID NO：310)、CDH1(SEQ ID NO：311)、DSG2(SEQ ID NO：111或312)、RAB25(SEQ ID NO：313)、PTPRF(SEQ ID NO：314、371、或387)、SOX9(SEQ ID NO：121、315、或319)、LYZ(SEQ ID NO：316)、IER3(SEQ ID NO：127或317)、PERP(SEQ ID NO：318)、ATP1B1(SEQ ID NO：320)、和IFI27(SEQ ID NO：321)中的一种或多种。
94.如权利要求93所述的方法，其中这些具有抗性的生物标志物包括KRT18(SEQ IDNO：108或306)和LGALS3(SEQ ID NO：307)。
95.如权利要求93所述的方法，其中这些具有抗性的生物标志物包括KRT18(SEQ IDNO：108或306)、LGALS3(SEQ ID NO：307)、和DSP(SEQ ID NO：308)。
96.如权利要求93所述的方法，其中这些具有抗性的生物标志物包括KRT18(SEQ IDNO：108或306)、LGALS3(SEQ ID NO：307)、DSP(SEQ ID NO：308)、和IGFBP4(SEQ ID NO：309)。
97.如权利要求93所述的方法，其中这些具有抗性的生物标志物包括KRT18(SEQ IDNO：108或306)、LGALS3(SEQ ID NO：307)、DSP(SEQ ID NO：308)、IGFBP4(SEQ ID NO：309)、和SPINT2(SEQ ID NO：310)。
98.如权利要求93所述的方法，其中这些具有抗性的生物标志物包括KRT18(SEQ IDNO：108或306)、LGALS3(SEQ ID NO：307)、DSP(SEQ ID NO：308)、IGFBP4(SEQ ID NO：309)、SPINT2(SEQ ID NO：310)、和CDH1(SEQ ID NO：311)。
99.如权利要求93所述的方法，其中这些具有抗性的生物标志物包括KRT18(SEQ IDNO：108或306)、LGALS3(SEQ ID NO：307)、DSP(SEQ ID NO：308)、IGFBP4(SEQ ID NO：309)、SPINT2(SEQ ID NO：310)、CDH1(SEQ ID NO：311)、和DSG2(SEQ ID NO：111或312)。
100.如权利要求93所述的方法，其中这些具有抗性的生物标志物包括KRT18(SEQ IDNO：108或306)、LGALS3(SEQ ID NO：307)、DSP(SEQ ID NO：308)、IGFBP4(SEQ ID NO：309)、SPINT2(SEQ ID NO：310)、CDH1(SEQ ID NO：311)、DSG2(SEQ ID NO：111或312)、和RAB25(SEQ ID NO：313)。
101.如权利要求93所述的方法，其中这些具有抗性的生物标志物包括KRT18(SEQ IDNO：108或306)、LGALS3(SEQ ID NO：307)、DSP(SEQ ID NO：308)、IGFBP4(SEQ ID NO：309)、SPINT2(SEQ ID NO：310)、CDH1(SEQ ID NO：311)、DSG2(SEQ ID NO：111或312)、RAB25(SEQID NO：313)、和PTPRF(SEQ ID NO：314、371、或387)。
102.如权利要求93所述的方法，其中这些具有抗性的生物标志物包括KRT18(SEQ IDNO：108或306)、LGALS3(SEQ ID NO：307)、DSP(SEQ ID NO：308)、IGFBP4(SEQ ID NO：309)、SPINT2(SEQ ID NO：310)、CDH1(SEQ ID NO：311)、DSG2(SEQ ID NO：111或312)、RAB25(SEQID NO：313)、PTPRF(SEQ ID NO：314、371、或387)、和SOX9(SEQ ID NO：121、315、或319)。
103.如权利要求93所述的方法，其中这些具有抗性的生物标志物包括KRT18(SEQ IDNO：108或306)、LGALS3(SEQ ID NO：307)、DSP(SEQ ID NO：308)、IGFBP4(SEQ ID NO：309)、SPINT2(SEQ ID NO：310)、CDH1(SEQ ID NO：311)、DSG2(SEQ ID NO：111或312)、RAB25(SEQID NO：313)、PTPRF(SEQ ID NO：314、371、或387)、SOX9(SEQ ID NO：121、315、或319)、和LYZ(SEQ ID NO：316)。
104.如权利要求93所述的方法，其中这些具有抗性的生物标志物包括KRT18(SEQ IDNO：108或306)、LGALS3(SEQ ID NO：307)、DSP(SEQ ID NO：308)、IGFBP4(SEQ ID NO：309)、SPINT2(SEQ ID NO：310)、CDH1(SEQ ID NO：311)、DSG2(SEQ ID NO：111或312)、RAB25(SEQID NO：313)、PTPRF(SEQ ID NO：314、371、或387)、SOX9(SEQ ID NO：121、315、或319)、LYZ(SEQ ID NO：316)、和IER3(SEQ ID NO：127或317)。
105.如权利要求93所述的方法，其中这些具有抗性的生物标志物包括KRT18(SEQ IDNO：108或306)、LGALS3(SEQ ID NO：307)、DSP(SEQ ID NO：308)、IGFBP4(SEQ ID NO：309)、SPINT2(SEQ ID NO：310)、CDH1(SEQ ID NO：311)、DSG2(SEQ ID NO：111或312)、RAB25(SEQID NO：313)、PTPRF(SEQ ID NO：314、371、或387)、SOX9(SEQ ID NO：121、315、或319)、LYZ(SEQ ID NO：316)、IER3(SEQ ID NO：127或317)、和PERP(SEQ ID NO：318)。
106.如权利要求93所述的方法，其中这些具有抗性的生物标志物包括KRT18(SEQ IDNO：108或306)、LGALS3(SEQ ID NO：307)、DSP(SEQ ID NO：308)、IGFBP4(SEQ ID NO：309)、SPINT2(SEQ ID NO：310)、CDH1(SEQ ID NO：311)、DSG2(SEQ ID NO：111或312)、RAB25(SEQID NO：313)、PTPRF(SEQ ID NO：314、371、或387)、SOX9(SEQ ID NO：121、315、或319)、LYZ(SEQ ID NO：316)、IER3(SEQ ID NO：127或317)、PERP(SEQ ID NO：318)、和ATP1B1(SEQ IDNO：320)。
107.如权利要求93所述的方法，其中这些具有抗性的生物标志物包括KRT18(SEQ IDNO：108或306)、LGALS3(SEQ ID NO：307)、DSP(SEQ ID NO：308)、IGFBP4(SEQ ID NO：309)、SPINT2(SEQ ID NO：310)、CDH1(SEQ ID NO：311)、DSG2(SEQ ID NO：111或312)、RAB25(SEQID NO：313)、PTPRF(SEQ ID NO：314、371、或387)、SOX9(SEQ ID NO：121、315、或319)、LYZ(SEQ ID NO：316)、IER3(SEQ ID NO：127或317)、PERP(SEQ ID NO：318)、ATP1B1(SEQ IDNO：320)、和IFI27(SEQ ID NO：321)。
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