CN107545152A - 一种基于Illumina数据找变异的方法 - Google Patents

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詹东亮
郝美荣
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Abstract

本发明提供一种基于Illumina数据找变异的方法，它包括：步骤一：先将样品用Illumina测序仪进行测序，获得Illumina数据，再将Illumina数据使用BWA软件比对上参考基因组；步骤二：从步骤一的比对结果中，查找出所有的突变；步骤三：对步骤二查找出的突变进行高低频筛选分类；步骤四：根据步骤三筛选出的低频突变，筛选出连锁低频突变；步骤五：将步骤三和步骤四得到的结果输出。本发明能对检测到的突变进行分类，区分出高可靠的低频突变，准确度高。

Description

一种基于Illumina数据找变异的方法
技术领域
本发明涉及生物信息技术领域，更具体的说，它涉及一种基于Illumina数据找变异的方法，使用Illumina测序数据与参考基因组进行比对，利用比对的信息来找变异。
背景技术
目前，对于查找SNP、InDel变异的软件非常多，比如经典的Samtools mpileup，GATK，VarScan，freebayes，当它们用在检查遗传突变(或非肿瘤样品突变)时，准确度非常高。
Illumina是一家美国的测序仪公司，他们的测序仪产生的数据，在业内叫Illumina数据，行业内只用“Illumina”来称呼。因为Illumia的测试数据本身存在一定的错误率(～1％)，一但被用到肿瘤突变上的检测上，特别是查找低频突变，比如循环肿瘤细胞DNA，一般的软件检测结果中会出现大量的假阳性低频突变。
发明内容
本发明的目的是解决以上提出的问题，提供一种通过对低频突变进行分类，把可靠的低频突变找出来的基于Illumina数据找变异的方法。
本发明是通过以下技术方案实现的：
本发明是一种基于Illumina数据找变异的方法，它包括以下步骤：
步骤一：先将样品用Illumina测序仪进行测序，获得Illumina数据，再将Illumina数据使用BWA软件比对上参考基因组；
步骤二：从步骤一的比对结果中，查找出所有的突变(比对结果里有标记)；
步骤三：对步骤二查找出的突变进行高低频筛选分类，read>＝3的突变且频率>0.1为高频突变，频率<＝0.1的为低频突变；
步骤四：根据步骤三筛选出的低频突变，筛选出连锁低频突变：如果有至少三条read支持低频突变A与低频突变B连锁在一起，则认为低频突变A和低频突变B是可靠的连锁低频突变；
步骤五：将步骤三和步骤四得到的结果输出。
作为优化，所述样本为来自于人体的血液或唾液或粪便。
本发明的有益效果如下：
1、本发明能对检测到的突变进行分类，区分出高可靠的低频突变。
2、本发明区分出的连锁低频突变准确度高，当使用标准品数据(所有的突变都是已知的)进行测试，开始检测出了331个突变，用本发明的方法筛选出了46个可靠突变，过滤掉了86％的错误。
附图说明
图1：本发明流程图；
图2：本发明实施例区分高低频突变图；
图3：本发明实施例寻找关联低频突变图。
具体实施方式
下面结合附图对本发明的实施例进行进一步详细说明：
本发明是一种基于Illumina数据找变异的方法，它包括以下步骤：
步骤一：先将样品用Illumina测序仪进行测序，获得Illumina数据，再将Illumina数据使用BWA软件比对上参考基因组；其中，参考基因组，是指世界范围内通用的标准人类基因组数据；样本为来自于人体的血液或唾液或粪便；
步骤二：从步骤一的比对结果中，查找出所有的突变(比对结果里有标记)；
步骤三：对步骤二查找出的突变进行高低频筛选分类，read>＝3的突变且频率>0.1为高频突变，频率<＝0.1的为低频突变；
步骤四：根据步骤三筛选出的低频突变，筛选出连锁低频突变：因为Illumina的错误率为0.1％，一条read在特定2个位置同时出现相同测序错误的概率为0.1％2(百万分之一)，如果有至少三条read支持低频突变A与低频突变B连锁在一起，则认为低频突变A和低频突变B是可靠的连锁低频突变；其中，此处的A和B是为了区别两个突变，也可以用其他字母替代；连锁是指两个突变出现在同一条read上；连锁低频突变是指出现在同一条read上，频率<＝0.1的两个突变；
步骤五：将步骤三和步骤四得到的结果输出，如表一所示。
表一
实施例：
本实施例是一种基于Illumina数据找变异的方法，它包括以下步骤：
步骤一：先将样品用Illumina测序仪进行测序，获得Illumina数据，再将Illumina数据使用BWA软件比对上参考基因组，得到SAM格式的输出结果；
步骤二：从步骤一的比对结果中，查找出所有的突变(比对结果里有标记)；图2中标记方框的突变有两个(G、A)，假设这个位点中有30条reads，G的支持reads有4条，突变频率约为0.13；A的支持reads为2，突变频率约为0.06；
步骤三：对步骤二查找出的突变进行高低频筛选分类，read>＝3的突变且频率>0.1为高频突变，频率<＝0.1的为低频突变，则步骤二中的G为高频突变，A为低频突变；
步骤四：根据步骤三筛选出的低频突变，筛选出连锁低频突变，因为Illumina的错误率为0.1％，一条read在特定2个位置同时出现相同测序错误的概率为0.1％2(百万分之一)，如果有至少三条read支持它与相邻的低频突变在一起，则认为这个突变是可靠的连锁突变；
图3中标记方框的两个突变位点中，左方框内G为低频突变，右方框内A为低频突变，两个突变出现在同一条read上，并且有三条read支持突变G与突变A连锁在一起，则认为图3中G突变和A突变是可靠的连锁突变；
步骤五：将步骤三和步骤四得到的结果输出。
以上所述的仅是本发明的优选实施方式，应当指出，对于本技术领域中的普通技术人员来说，在不脱离本发明核心技术特征的前提下，还可以做出若干改进和润饰，这些改进和润饰也应视为本发明的保护范围。

Claims (2)

1.一种基于Illumina数据找变异的方法，其特征在于，它包括以下步骤：
步骤一：先将样品用Illumina测序仪进行测序，获得Illumina数据，再将Illumina数据使用BWA软件比对上参考基因组；
步骤二：从步骤一的比对结果中，查找出所有的突变；
步骤三：对步骤二查找出的突变进行高低频筛选分类，read>＝3的突变且频率>0.1为高频突变，频率<＝0.1的为低频突变；
步骤四：根据步骤三筛选出的低频突变，筛选出连锁低频突变：如果有至少三条read支持低频突变A与低频突变B连锁在一起，则认为低频突变A和低频突变B是可靠的连锁低频突变；
步骤五：将步骤三和步骤四得到的结果输出。
2.根据权利要求1所述的基于Illumina数据找变异的方法，其特征在于，所述样本为来自于人体的血液或唾液或粪便。
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Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN108647496A (zh) * 2018-04-18 2018-10-12 成都仕康美生物科技有限公司 动态搜索变异基因的方法、装置及计算机可读存储介质
CN109920480A (zh) * 2019-03-14 2019-06-21 深圳市海普洛斯生物科技有限公司 一种校正高通量测序数据的方法和装置

Citations (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN105063208A (zh) * 2015-08-10 2015-11-18 北京吉因加科技有限公司 一种血浆中游离的目标dna低频突变富集测序方法
CN105779460A (zh) * 2014-12-22 2016-07-20 深圳华大基因研究院 分离的编码acd突变体的核酸及其应用
CN105930690A (zh) * 2016-05-13 2016-09-07 万康源(天津)基因科技有限公司 一种全外显子组测序数据分析方法
CN105925665A (zh) * 2016-03-30 2016-09-07 广州精科生物技术有限公司 试剂盒、建库方法以及检测目标区域变异的方法及系统
CN105986032A (zh) * 2016-03-30 2016-10-05 广州精科生物技术有限公司 试剂盒、建库方法以及检测目标区域变异的方法及系统
CN106939344A (zh) * 2017-04-20 2017-07-11 北京迈基诺基因科技股份有限公司 用于二代测序的接头

Patent Citations (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN105779460A (zh) * 2014-12-22 2016-07-20 深圳华大基因研究院 分离的编码acd突变体的核酸及其应用
CN105063208A (zh) * 2015-08-10 2015-11-18 北京吉因加科技有限公司 一种血浆中游离的目标dna低频突变富集测序方法
CN105925665A (zh) * 2016-03-30 2016-09-07 广州精科生物技术有限公司 试剂盒、建库方法以及检测目标区域变异的方法及系统
CN105986032A (zh) * 2016-03-30 2016-10-05 广州精科生物技术有限公司 试剂盒、建库方法以及检测目标区域变异的方法及系统
CN105930690A (zh) * 2016-05-13 2016-09-07 万康源(天津)基因科技有限公司 一种全外显子组测序数据分析方法
CN106939344A (zh) * 2017-04-20 2017-07-11 北京迈基诺基因科技股份有限公司 用于二代测序的接头

Cited By (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN108647496A (zh) * 2018-04-18 2018-10-12 成都仕康美生物科技有限公司 动态搜索变异基因的方法、装置及计算机可读存储介质
CN108647496B (zh) * 2018-04-18 2019-07-02 成都仕康美生物科技有限公司 动态搜索变异基因的方法、装置及计算机可读存储介质
CN109920480A (zh) * 2019-03-14 2019-06-21 深圳市海普洛斯生物科技有限公司 一种校正高通量测序数据的方法和装置

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