CN107109701A - 通过光纤阵列扫描技术发现亲和试剂和催化剂 - Google Patents

通过光纤阵列扫描技术发现亲和试剂和催化剂 Download PDF

Info

Publication number
CN107109701A
CN107109701A CN201580060444.7A CN201580060444A CN107109701A CN 107109701 A CN107109701 A CN 107109701A CN 201580060444 A CN201580060444 A CN 201580060444A CN 107109701 A CN107109701 A CN 107109701A
Authority
CN
China
Prior art keywords
pearl
polymer
storehouse
coupling
sample
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
CN201580060444.7A
Other languages
English (en)
Other versions
CN107109701B (zh
Inventor
N·柯林斯
P·马德里
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Standford Institute For International Studies
SRI International Inc
Original Assignee
Standford Institute For International Studies
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Standford Institute For International Studies filed Critical Standford Institute For International Studies
Publication of CN107109701A publication Critical patent/CN107109701A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN107109701B publication Critical patent/CN107109701B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
    • G01N33/6803—General methods of protein analysis not limited to specific proteins or families of proteins
    • G01N33/6848—Methods of protein analysis involving mass spectrometry
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C40—COMBINATORIAL TECHNOLOGY
    • C40B—COMBINATORIAL CHEMISTRY; LIBRARIES, e.g. CHEMICAL LIBRARIES
    • C40B40/00—Libraries per se, e.g. arrays, mixtures
    • C40B40/04—Libraries containing only organic compounds
    • C40B40/14—Libraries containing macromolecular compounds and not covered by groups C40B40/06 - C40B40/12
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C08—ORGANIC MACROMOLECULAR COMPOUNDS; THEIR PREPARATION OR CHEMICAL WORKING-UP; COMPOSITIONS BASED THEREON
    • C08G—MACROMOLECULAR COMPOUNDS OBTAINED OTHERWISE THAN BY REACTIONS ONLY INVOLVING UNSATURATED CARBON-TO-CARBON BONDS
    • C08G69/00—Macromolecular compounds obtained by reactions forming a carboxylic amide link in the main chain of the macromolecule
    • C08G69/02—Polyamides derived from amino-carboxylic acids or from polyamines and polycarboxylic acids
    • C08G69/36—Polyamides derived from amino-carboxylic acids or from polyamines and polycarboxylic acids derived from amino acids, polyamines and polycarboxylic acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C40—COMBINATORIAL TECHNOLOGY
    • C40B—COMBINATORIAL CHEMISTRY; LIBRARIES, e.g. CHEMICAL LIBRARIES
    • C40B50/00—Methods of creating libraries, e.g. combinatorial synthesis
    • C40B50/14—Solid phase synthesis, i.e. wherein one or more library building blocks are bound to a solid support during library creation; Particular methods of cleavage from the solid support
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C40—COMBINATORIAL TECHNOLOGY
    • C40B—COMBINATORIAL CHEMISTRY; LIBRARIES, e.g. CHEMICAL LIBRARIES
    • C40B60/00—Apparatus specially adapted for use in combinatorial chemistry or with libraries
    • C40B60/12—Apparatus specially adapted for use in combinatorial chemistry or with libraries for screening libraries
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N21/00—Investigating or analysing materials by the use of optical means, i.e. using sub-millimetre waves, infrared, visible or ultraviolet light
    • G01N21/62—Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light
    • G01N21/63—Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light optically excited
    • G01N21/64—Fluorescence; Phosphorescence
    • G01N21/645—Specially adapted constructive features of fluorimeters
    • G01N21/6456—Spatial resolved fluorescence measurements; Imaging
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/543—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor with an insoluble carrier for immobilising immunochemicals
    • G01N33/54313—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor with an insoluble carrier for immobilising immunochemicals the carrier being characterised by its particulate form
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00277—Apparatus
    • B01J2219/00351—Means for dispensing and evacuation of reagents
    • B01J2219/00436—Maskless processes
    • B01J2219/0045—Maskless processes using optical fibres
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00277—Apparatus
    • B01J2219/0054—Means for coding or tagging the apparatus or the reagents
    • B01J2219/00572—Chemical means
    • B01J2219/00576—Chemical means fluorophore
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00583—Features relative to the processes being carried out
    • B01J2219/00596—Solid-phase processes
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/00583—Features relative to the processes being carried out
    • B01J2219/00603—Making arrays on substantially continuous surfaces
    • B01J2219/00675—In-situ synthesis on the substrate
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01J—CHEMICAL OR PHYSICAL PROCESSES, e.g. CATALYSIS OR COLLOID CHEMISTRY; THEIR RELEVANT APPARATUS
    • B01J2219/00—Chemical, physical or physico-chemical processes in general; Their relevant apparatus
    • B01J2219/00274—Sequential or parallel reactions; Apparatus and devices for combinatorial chemistry or for making arrays; Chemical library technology
    • B01J2219/0068—Means for controlling the apparatus of the process
    • B01J2219/00702—Processes involving means for analysing and characterising the products
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07B—GENERAL METHODS OF ORGANIC CHEMISTRY; APPARATUS THEREFOR
    • C07B2200/00—Indexing scheme relating to specific properties of organic compounds
    • C07B2200/11—Compounds covalently bound to a solid support
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2201/00—Features of devices classified in G01N21/00
    • G01N2201/08—Optical fibres; light guides
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2201/00—Features of devices classified in G01N21/00
    • G01N2201/10—Scanning
    • G01N2201/105—Purely optical scan
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2201/00—Features of devices classified in G01N21/00
    • G01N2201/12—Circuits of general importance; Signal processing
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2560/00—Chemical aspects of mass spectrometric analysis of biological material

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Structural Engineering (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Polymers & Plastics (AREA)
  • Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
  • Investigating, Analyzing Materials By Fluorescence Or Luminescence (AREA)
  • Investigating Or Analysing Materials By The Use Of Chemical Reactions (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Other Investigation Or Analysis Of Materials By Electrical Means (AREA)

Abstract

用于发现亲和试剂和催化剂的设备、系统和方法，以及光纤阵列扫描技术，所述设备、系统和方法使用珠HTS平台上的库，每个珠包含附着的不同生物活性单体的非天然聚合物，所述聚合物的三级结构中具有序列预限定的支化和折叠。

Description

通过光纤阵列扫描技术发现亲和试剂和催化剂
本发明是在由空间与海上作战系统司令部太平洋系统中心(Space and NavalWarfare Systems Command Systems Center Pacific)授予的合同号为N66001-14-C-4059的政府支持下完成的。政府对本发明享有一定权利。
介绍
针对生物、物理或化学性质筛选大的化合物集合的快速且成本有效的方法在许多行业中仍然是难题。制药公司已经开发了高通量筛选操作，其可以在约几个月内筛选多达200万种化合物，但这些操作需要高端自动化、复合存储和检索系统以及若干FTE来运行和维护。
基于由SRI开发的用于筛选循环肿瘤细胞(CTC)的光纤阵列扫描技术(FAST)，我们设想使用同样的平台筛选被共价连接或吸附到珠上的化合物，所述珠的尺寸类似于白细胞(10-20微米，但可以<1微米或大于500微米)，将它们排列在相同的载玻片上，并使用在FASTCTC扫描仪中使用的基于荧光的分析进行测试。使用该平台，我们可以在～60秒内筛选25,000,000种化合物。在4分钟内，可以在四个载玻片上筛选100,000,000种化合物的库。
使用该筛选平台大大降低了试剂(化合物、筛选试剂、平板等)的成本。此外，这样的试验可以由一名技术人员进行。本发明对于制药公司而言非常有益，其通过应用于快速地发现用于诊断和治疗的新型亲和试剂以及催化剂，能够在先导研究中提供更廉价的筛选和非常多样化的化合物库。
相关文献:A rare-cell detector for cancer,Krivacic等,2004,PNAS 101(29)10501–10504；US7280261；US7842465；Multiple biomarker expression on circulatingtumor cells in comparison to tumor tissues from primary and metastatic sitesin patients with locally advanced/inflammatory,and stage IV breast cancer,using a novel detection technology；Somlo等,Breast Cancer Res Treat.2011Jul；128(1):155-63；Ex Vivo Culture of CTCs:An Emerging Resource to Guide CancerMaheswaran等,Therapy Cancer Res June 15,2015,75:2411-2415。
发明概述
本发明提供了生物活性单体的大的非天然聚合物、珠和包含所述聚合物的珠的库。在另一方面，本发明提供了光纤阵列扫描技术(FAST)筛选荧光珠的用途，所述珠包括包含主题聚合物的珠。这些发明提供了用于发现亲和试剂和催化剂的强大的平台和用于珠高通量筛选(HTS)的库。
在一方面，本发明提供了配置用于高通量药物筛选的珠的库，每个珠包含附着的不同生物活性单体的非天然聚合物，其三级结构中具有序列预限定的支化和折叠。可以使用任何合适的聚合物和聚合，其包括所必需的生物活性单体和在三级结构中的序列预限定的支化和折叠。
在实施方案中，所述库还包括在每种聚合物中掺入的赋予转角从而诱导三级结构的二级结构约束(SSC)单体，优选地，其中所述SSC单体是酸可裂解的，以便于所述聚合物的基于质谱分析的测序；
所述聚合物为聚酰胺、插烯(vinylogous)聚合物、插烯聚酰胺或酯；
所述聚合物在选自以下的偶联反应中聚合：Wurtz反应、Glaser偶联、Ullmann反应、Gomberg-Bachmann反应、Cadiot-Chodkiewicz偶联、Pinacol偶联反应、Castro-Stephens偶联、Gilman试剂偶联、Cassar反应、Kumada偶联、Heck反应、Sonogashira偶联、Negishi偶联、Stille交叉偶联、Suzuki反应、Hiyama偶联、Buchwald-Hartwig反应、Fukuyama偶联和Liebeskind-Srogl偶联；
所述聚合物或聚合选自磺酰胺、还原胺化、类肽键合、Suzuki偶联、亚磷酰胺偶联和自由基交叉偶联；
所述单体为二氢异喹啉酮；
所述聚合将酰胺键偶联方法与使用化学正交铜催化的环加成(点击反应)引入的肽三唑分支点组合，和/或
所述聚合物通过固有地掺入同位素编码的质谱分析标签或条形码而包括固有地本身可读的分子。
在另一方面，本发明提供了阵列，其可以在主题库的1、2和/或3维中排序；
在另一方面，本发明提供了安装有载玻片的光纤扫描仪，所述载玻片包含主题库的有序阵列。
在另一方面，本发明提供了制备主题库的方法，其包括通过顺序单体偶联将所述聚合物附着于珠或在珠上构建聚合物。
在另一方面，本发明提供了使用安装有包括主题库的阵列的载玻片的光纤扫描仪的方法，其包括：
使用生物活性(亲合或催化)标记物标记所述阵列，以在包含靶单体的靶珠上产生荧光标记；和
使用所述扫描仪对所述阵列进行荧光成像，优选地，其中所述标记提供多个荧光波长，且所述成像包括光学滤波、减少背景信号和假阳性。
在一个实施方案中，我们使用激光(例如488nm)激发荧光团，然后使用带通滤波器将发射光分成两个或多个通道(例如520nm和580nm)，其中一个通道(例如520nm光)代表背景光，并且另外一个(例如580nm)是我们的信号光。计算这两个信号的比率用于选择活性聚合物。
在另一个实施方案中，我们使用不同波长的发射荧光团标记非靶点分子(例如牛血清白蛋白或与我们的靶点相关的蛋白)。然后使用中靶(on-target)与脱靶(off-target)的波长信号的比率选择具有活性和特异性的聚合物。
在另一方面，本发明提供了使用主题库的方法，包括：
对所述库进行荧光分析以基于相应单体的生物活性检测候选珠；
从已分析的库分离候选珠；
从分离的候选珠裂解聚合物；和
对已裂解的聚合物进行结构分析。
在另一方面，本发明提供了具有不同生物活性和在三级结构中的序列预限定的支化和折叠的非天然聚合物。在实施方案中：
所述聚合物为聚酰胺、插烯(vinylogous)聚合物、插烯聚酰胺或酯；
所述聚合物在选自以下的偶联反应中聚合：Wurtz反应、Glaser偶联、Ullmann反应、Gomberg-Bachmann反应、Cadiot-Chodkiewicz偶联、Pinacol偶联反应、Castro-Stephens偶联、Gilman试剂偶联、Cassar反应、Kumada偶联、Heck反应、Sonogashira偶联、Negishi偶联、Stille交叉偶联、Suzuki反应、Hiyama偶联、Buchwald-Hartwig反应、Fukuyama偶联和Liebeskind-Srogl偶联；
所述聚合物或聚合选自磺酰胺、还原胺化、类肽键合、Suzuki偶联、亚磷酰胺偶联和自由基交叉偶联；
所述单体为二氢异喹啉酮；
所述聚合将酰胺键偶联方法与使用化学正交铜催化的环加成(点击反应)引入的肽三唑分支点组合，和/或
所述聚合物通过固有地掺入同位素编码的质谱分析标签或条形码而包括固有地本身可读的分子。
在另一方面，本发明提供了配置用于高通量药物筛选的珠的库，所述珠的每个包含如本文所描述的附着的非天然聚合物。
在另一方面，本发明提供了安装有承载荧光珠的载玻片的光纤扫描仪，优选地，扫描仪包括：
成像仪工作台，其具有用于支撑所述样品的平坦表面，所述样品包括载玻片；
具有两个光纤束的分叉光路，每个束具有第一端和远束端，所述第一端被设置成限定用于观察在所述成像仪工作台上的样品的输入孔，所述远束端被设置成限定远离所述成像仪工作台布置的输出孔；
扫描源，所述扫描源被设置成沿着垂直于在所述成像仪工作台上的样品并紧邻分叉光路的两个束的路径扫描光束，从而通过在成像仪工作台样品上的扫描源提供的光照的基本上圆形的光斑提供光信号，所述光信号的至少一部分通过每个束的输入孔接收，并通过分叉光路传输到输出孔；
光电探测器，所述光电探测器被设置成检测在远端的光信号；和
处理器，所述处理器处理通过光电探测器检测的光信号。
在另一方面，本发明提供了用于对样品进行成像的方法，所述样品包括本文所公开的承载荧光珠的载玻片，所述方法包括：
提供垂直于所述样品的基本上圆形的辐射光束；
在所述辐射光束沿着扫描路径在所述样品上扫描时，维持所述辐射光束的垂直方向；
在远离样品的方向上，使至少一些由光束与样品相互作用产生的光反射；
在光纤第一端的阵列的至少一个最接近的元件中收集由光束与样品相互作用产生的光；
在选择的输出区检测收集的光；和
协调扫描、移动和检测以产生表示所述样品的至少部分的像素的阵列。
在另一方面，本发明提供了使用本文所公开的安装有承载荧光珠的载玻片的光纤扫描仪的方法，所述方法包括：
使用所述扫描仪对所述珠进行荧光成像，和优选地：
使用所述扫描仪对所述珠进行荧光成像以检测候选珠；
从所述珠分离所述候选珠；和
分析所述候选珠的功能或结构。
本发明特别地提供了所述的实施方案的所有组合，如同每一个已经努力地单独提出。
附图简述
图1为用于模拟蛋白二级结构特征的聚酰胺单体的设计策略。
图2为具有序列限定的支化的聚酰胺的合成方案。
图3为非天然聚合物珠的构型。
图4为用于NNP MS碎片的测序方法
图5为用于简便快捷测序的库设计；自身可读的NNP
图6为用于序列测定的同位素-编码的MS标签
具体的实施方案及其实施例的详述
本发明提供了使用珠HTS平台上的库以及光纤阵列扫描技术发现亲和试剂和催化剂的方法。
我们将生物活性单体聚合以形成生物活性单体的非天然聚合物，并将它们附着于微珠(直径1、2、5或10至10、20、50、100、200、500或1000um)。在一些方面，本发明提供了用于合成包括二级结构分子骨架和支化结构的新的聚合物的新的非天然单体，以最大程度地发现亲和试剂和催化剂，并且提供了能够在少于5分钟内筛选108个成员库的突破性的高通量筛选(HTS)平台。
单体合成和聚合物库。我们利用成熟的固相肽化学技术，生成具有独特的非天然特征，如具有独特构型和功能的非天然氨基酸单体，模拟蛋白质二级结构的特征的非肽骨架，和序列限定的支化结构的聚酰胺库。
二级结构特征的小分子模板。蛋白质结构中只有一小部分氨基酸直接参与结合相互作用或催化功能；大多数是主要的结构决定因素，其将相互作用的残基定位成适当的取向。本发明提供了使用小分子模板模拟二级结构元件的策略。在实施方案中，与二级结构元件相关的距离和角度被建模为向量并且用于查询枚举的虚拟框架库。然后，通过3D结构数据库查询命中(Hits)，并手动检查以确定合成的单体靶点(图1)。我们已经设计并验证了模拟在α-螺旋和β-转角中的角和侧链突出的模板，这两者均以克的规模制备[3,4]。通过将这些模板掺入到聚酰胺链中，我们可以使用构象约束的骨架模拟生物活性结构特征的空间取向。这些单体还具有稳定的组合衍生化的能力，其允许将非天然的官能团掺入到生物活性聚合物中。
支化单体的掺入。由于空间自由度的降低，序列限定的支化聚酰胺形成具有独特的生物活性特性的结构化和折叠的三级结构。支化聚酰胺相对于线性聚合物的另一个益处是来自固定数量的单体单元的序列多样化的指数增长。序列限定的支化聚酰胺具有蛋白质的化学性质，但具有多糖的多样化的特别能力。在实施方案中，我们用于获得支化的聚酰胺的方法使用与使用化学正交铜催化的环加成(“点击反应”)引入的肽三唑分支点组合的标准酰胺键偶联方法(图2)。
非天然氨基酸单体的设计和合成。本发明提供了促进聚酰胺折叠成功能性构象的非天然单体。除了以上的方法，我们设计了非天然氨基酸单体，其具有通常在拉马钱德兰图(Ramachandran plot)中发现的骨架二面角以外的骨架二面角。这些氨基酸包括天然氨基酸的β-和γ-氨基酸变体，它们形成紧凑的结构化构象。我们已经使用分子动力学设计了只有四种单体的非天然多肽，通过1D和2D NMR[5]评估，它们折叠成紧凑的二级结构。所有的单体都容易合成，达到>98％的HPLC纯度，并且使用1D/2D NMR、MS和CD明确地归属结构。我们已经制备的规模>1克至纯度≥98％[1-3]的非天然单体的实例包括：
计算设计与优化。本发明提供了计算化学工具，其与用于肽和蛋白质结构和功能的建模的计算化学工具类似，以模拟非天然结构单元(building block)、聚合物和库设计。开发标准包括：
非天然单体的参数化；
对结构单元的量子力学(QM)计算，以获得精确的电荷、键长和角度；
对单体的二聚体和三聚体的QM计算，以获得二面体偏好。
在具有这些结构单元的聚合物上验证计算工具；
在可能的情况下，从具有相似结构单元的伪肽的蛋白质数据库(PDB)提取数据集；
使用来自数据集(1)的参数和来自初始命中的结构数据(NMR，X射线)运行相关的工具模块；
应用于新的生物活性聚合物的设计；
使用更可能以新颖和多样的方式折叠并呈现结合或催化功能的序列设计偏好库(bias library)。
大型(>108+)组合库的产生。为了适应非天然聚合物的巨大的理论序列空间，使用组合分裂和汇集(split and pool)合成策略[6]合成了>108-12种聚合物的库。实施方案利用了已确定的固相合成方法，其中使用聚乙二醇(PEG)-接枝的微珠作为固体支持物。主要使用Fmoc化学方法添加单体单元，并在96孔过滤歧管(filtration manifold)中进行。使用PerkinElmer Janus或Biomek Fx液体处理工作站进行试剂添加、洗涤和真空过滤步骤。在加入最终的单体单元后，将聚合物在珠上脱保护、洗涤并干燥。由于我们的偶联反应中的大多数基于已确定的Fmoc化学，因此我们使用已有的用于标准肽偶联的方案，并针对包括非天然单体单元的步骤优化反应条件。
在实施方案中，使用范围为20-30个单体单元的聚酰胺来确定能够形成良好折叠结构的最小长度。我们已经表明，通过分子动力学模拟能够设计只有四个单体的天然多肽，通过1D和2D NMR评估[5]，它们可以折叠成紧密的二级结构。还可以使用随机变换[7]以及位置扫描方法[8]产生库。
筛选非天然聚合物库以鉴定粘合剂和催化剂；癌症诊断剂。循环肿瘤细胞(CTC)是由肿瘤脱落进入血流中的单个癌细胞，并且被认为有助于转移过程。CTC表型代表原发性肿瘤状态，因此其通过简单的血液抽取提供了癌症患者整个肿瘤状态的“液体活检”-用于非侵入性监测和直接癌症治疗的潜在的非常强大的诊断工具。鉴定CTC的主要困难是它们是非常稀少的(在500万中>1个细胞)；然而，被称为光纤阵列扫描技术(FASTTM)细胞仪的SRI平台基于采用扫描激光“复印(Xeroxing)”血液样品的概念，并使用密集聚集的光纤阵列束收集样品的高分辨率捕获图像[9]。
在FAST过程中，使用标准微量滴定板的印迹将血液样品铺在载玻片上。载玻片涂覆聚赖氨酸移植物，用于确保单分散的细胞层的形成并将细胞固定到玻璃表面。然后使用荧光标记的CTC靶向剂处理在载玻片上的细胞单层，并使用FAST系统扫描。仅需要60秒就能创建存在于载玻片上的荧光标记的CTC位置的数字图像。这是一个特别灵敏的系统，我们已经证明其可以可靠地检测在含有>25,000,000个白细胞的载玻片上的个位数的CTC。该系统经过良好的验证并且是稳定的：SRI已经在FAST系统上处理了数千个血液样品，目前被列为人类临床试验的诊断平台，在癌症护理中验证CTC分析。
一旦它们的位置被FAST系统确定，我们通常使用抽吸系统从载玻片挑选单个细胞，然后将在缓冲液中的单个细胞转移到384-或1536-孔板用于进一步处理。
大型组合库的FAST高通量筛选(HTS)：非常快速和灵敏的筛选平台，其可以在仅4分钟内筛选>100,000,000种化合物(>108)的生物聚合物库。
为了便于在珠上筛选，在包含具有PEG接枝共聚物表面的聚苯乙烯珠芯的Tentagel-型树脂上合成化合物。PEG涂层有助于显示结合到珠表面的化合物，用于在水性缓冲液中筛选。我们的方法提供了以多种新方法重新进行珠上固相筛选；例如：
珠可以与细胞的尺寸相同：用于固相筛选的珠的直径为5-500微米。在FAST平台上筛选的白细胞范围通常为8-30微米。虽然趋势是在较大的珠上合成化合物以使化合物的产量最大化，但是对于珠上筛选，我们仅需要足够的聚合物以(i)证明亲和性或催化活性和(ii)一旦选定为初步命中，确定该聚合物分子结构。通过在较小的珠(直径为～10-20微米)上合成库，我们可以在少至250-500mg的树脂上合成100,000,000个成员的库。
可以使用FAST平台筛选珠：如同CTC筛选所使用的，可以使用在载玻片上的基于荧光的分析筛选25,000,000个成员的珠上库。一旦聚合物库已经在固相载体上合成，就将其分散到FAST载玻片上，用荧光标记的靶试剂处理，并在FAST扫描仪上筛选亲和性或酶活性。SRI FAST系统可以在4分钟内扫描并识别108个成员库中的命中(每张载玻片60秒)。
可以选择珠用于表征：使用与开发用于FAST CTC挑选相同的细胞挑选系统，我们可以从载玻片挑选出选定的珠，并将其递送至384或1536孔板，以用于树脂裂解和LC/MS/MS表征(参见下面的测序部分)。单个细胞挑选花费15-20秒/细胞。例如，假设在平板上检测到100次命中，珠挑选将仅需33分钟，或者对于整个108库仅需～2小时。
我们将该实施例规模化为108的库，但整个过程容易地扩展为更大的库(110-12)或多个不同的库。该方法也容易地应用于筛选与生物靶点的结合，所述生物靶点例如有机涂层片段或蛋白、寡糖、蛋白质、DNA/RNA序列、细胞因子或肽-基本上是可以使用荧光标记标记并直接施加到如上所述的在用于读取的载玻片上的库的任何试剂。对于一些小分子，使用荧光标记标记可以显著影响试剂的物理化学性质及其结合谱，因此在供选择的方法中，我们通过在合成的每个库化合物开始和结束时掺入荧光和淬灭标记来使用荧光共振能量转移(FRET)分析，然后在施加试剂之前和之后使用FAST确定载玻片上单个珠的荧光调制。可以针对该类型的分析优化FRET分析和荧光团，但是FAST扫描仪已具有检测荧光强度和波长的甚至微小变化所需的灵敏度。
测序和表征非天然聚合物。在实施方案中，我们使用直径10-20微米的PEG-接枝的聚苯乙烯珠来合成大型库。通常，这些类型的树脂具有每克树脂0.2-0.3mmol化合物的负载能力。假设产物从珠合成、裂解和分离100％成功，则在一克树脂中有大约2.5亿个20微米的珠，这相当于～1pmol的化合物/珠。即使假设在只有1％的产量的最差的情况下，来自最大负载为1pmol的单个珠的30聚体的聚合物将产生10fmol的产物。该产物的量可以通过1DLC/MS/MS分析容易地确定。
可以构建包含库的所有可能序列的数据库，并用于由MS和MS/MS数据鉴定生物聚合物。对于珠上的单一化合物，仅有少量的[MS，MS/MS]光谱对通过碎片模式数据从其他匹配的MS库成员去卷积。
验证。测序后，可以通过再合成和基于二次溶液的结合分析(包括Kd的测量)证实命中。通过NMR或X射线晶体学对一系列亲和试剂命中的构象分析(单独和结合到靶试剂)能够优化预测模型，例如通过以下步骤：
比较命中与非命中的整体(1D)和结构(3D)特性
分析命中与非命中的构象和靶点结合行为
基于计算特性的集群库
集中于其中命中显著过度表示的集群
导出结构-活性模型
该集合可以用于建立在筛选中和下一代库设计中发现的用于在结合基序中表示的新的二级结构类型的模型，并用于通过结构-活性关系(SAR)绘图优化用于与特定靶试剂结合的亲和试剂。
参考文献
1.Kee J-M,Villani B,Carpenter LR,Muir TW(2010)Development of StablePhosphohistidine Analogues.J Am Chem Soc 132:14327-14329.
2.Webb TR,Eigenbrot C(1991)Conformationally restricted arginineanalogs.J Org Chem 56:3009-3016.
3.Webb TR,Jiang L,Sviridov S,Venegas RE,Vlaskina AV等，(2007)Application of a Novel Design Paradigm to Generate General NonpeptideCombinatorial Templates Mimickingβ-Turns:Synthesis of Ligands forMelanocortin Receptors.J Comb Chem 9:704-710.
4.Webb TR,Venegas RE,Wang J,Deschenes A(2008)Generation of NewSynthetic Scaffolds Using Framework Libraries Selected and Refined viaMedicinal Chemist Synthetic Expertise.J Chem Inf Model 48:882-888.
5.Song B,Kibler P,Malde A,Kodukula K,Galande AK(2010)Design of ShortLinear Peptides That Show Hydrogen Bonding Constraints in Water.J Am Chem Soc132:4508-4509.
6.Salmon SE,Lam KS,Lebl M,Kandola A,Khattri PS等，(1993)Discovery ofbiologically active peptides in random libraries:solution-phase testing afterstaged orthogonal release from resin beads.Proc Natl Acad Sci U S A 90:11708-11712.
7.Menendez A,Scott JK(2005)The nature of target-unrelated peptidesrecovered in the screening of phage-displayed random peptide libraries withantibodies.Anal Biochem 336:145-157.
8.Houghten RA(1993)The broad utility of soluble peptide libraries fordrug discovery.Gene 137:7-11.
9.Liu X,Hsieh HB,Campana D,Bruce RH(2012)A new method for high speed,sensitive detection of minimal residual disease.Cytom Part A 81A:169-175.
本发明的另外的描述
在一方面，本发明包括：
基于功能丰富的分子框架的类药单体，其被组装到具有特别功能的非天然聚合物(NNP)中；和/或
光纤阵列扫描技术(FAST)在<5，<10或<30分钟内对108-10个成员的库进行基于荧光的筛选；
使用掺入到序列结构中的MS“条形码”将NNP设计为固有地自身可读的分子；
新的生物活性NNP的结构分析揭示了用于分子识别的方式。
非天然单体的设计。用于开发类药单体骨架的标准包括：稳定的、手性的、合成上规模可改变的、最小的分子量、适度的柔韧性、官能团密度加上可靠的化学性质和正交侧链保护基等。这些标准用于制备单体组，例如通过候选组1-3示例的，其中-OH/Cl和Fmoc位置产生单体链连接：
单体组可以设计为对不同的骨架扭转角取样以潜在地探索新型聚合物折叠几何形状。
设计并合成单体组1，
二氢异喹啉酮：
通过SFC或共结晶手性拆分对映异构体示例性单体
可裂解的二级结构约束；诱导三级结构
采用专门的单体、二级结构约束(SSC)将三级结构诱导成NNP。SSC也可能被设计为可裂解的，以便于NNP的基于MS的测序：
NNP子库构型。构建具有单体和SSC的～30聚体的构型，以最大化多样性；图3。可以加入零间隔单体(例如β-丙氨酸)以简化序列和合成。
总库＝4.03x108
使用无孔(well-fee)板进行珠上的库的FAST筛选，其中化合物附着到珠而不是孔，并且通过珠大小(例如直径)测定分析/板的数量；例如，对于50-100um的珠为1×105-6；10um珠为25x106。
FAST超大筛选每分钟能够筛选数百万种化合物。在示例性的分析中：在管中将荧光靶点与108个珠的库结合，孵育和洗涤，转移～25M 10um珠/载玻片，FAST扫描(～1分钟/平板)，分级并测定信号强度，其中双波长可以减少假阳性，自动化挑选珠并转移至384孔板，从珠裂解NNP并测序。
筛选：创建并展示可通用的筛选策略和平台。
将珠分散并附着到载玻片-荧光分析、结合或酶活性-FAST定位命中-ADM验证命中-珠挑选-测序。
命中的表征。针对结合亲和性或催化活性表征命中
亲和试剂：通过表面等离子体共振(SPR)确定结合亲和性以测量缔合和解离常数(ka，kd)
催化：使用Michaelis Menten模型确定Vmax(最大速度)，Km(米氏常数(Michaelisconstant)，1/2Vmax)。催化常数(kcat)
示差扫描荧光分析(DSF)、动态光栅(DLS)、分析尺寸排阻色谱(anSEC)
折叠、复合物形成、溶解性、稳定性
针对最多3次命中/靶点的x射线结构确定
NNP的MS确定
珠直径 NNP的理论摩尔数/1个珠* MS+MS/MS检测灵敏度
90微米 21pmol 可操作的
10微米 63fmol 可操作的(快工作周期蛋白组学)
*具有10％的NNP分离产率
用于NNP MS碎片的测序方法：检测测序离子：a、b、c、x、y、z；用于复杂NNP骨架的额外的骨干碎片；图4。
用于简单和快速测序的库设计；自身可读的NNP如图5所示。
用于序列测定的同位素编码的MS标签：
掺入MS标签提高了测序的灵敏度，并实现从较小的聚合物碎片重建全长序列，图6。
可以使用多个和/或供选择的碎裂(fragmentation)模式：
测序可以被优化，例如，针对每种类型的NNP优化每种碎裂方法；产生更多的测序离子：使用多种碎裂方法；MSn；库。
设计；使用每种方法比较用于已知的NNP的确定的测序离子，方法的组合；支持向量机器学习分析等。
自身可读的聚合物的自动测序
实施标准：复杂数据的软件分析，改编，使用NNP碎裂数据比较不同的检索引擎；使用上述类别中的最佳性能的蛋白质组学引擎分析来自已知NNP的初始数据集；使用引擎组合；组合的碎裂数据，MSn等；库设计，例如无等压单体。
本发明包括所述特定的和优选的实施方案的所有组合。应当理解，本文描述的实施例和实施方案仅出于说明目的，并且鉴于其本领域技术人员得到各种修改或改变的建议，并且各种修改或改变包括在本申请的精神和权限内以及所附权利要求的范围内。本文引用的所有出版物、专利和专利申请，包括其中的引用文献，出于所有目的通过引用整体并入本文。

Claims (20)

1.一种配置用于高通量药物筛选的珠的库，每个珠包含附着的不同的生物活性单体的非天然聚合物，所述聚合物在三级结构中具有序列预限定的支化和折叠。
2.权利要求1所述的库，其还包括在每种聚合物中掺入的赋予转角从而诱导三级结构的二级结构约束(SSC)单体，其中所述SSC单体是酸可裂解的，以便于所述聚合物的基于质谱分析的测序。
3.权利要求1所述的库，其中：
所述聚合物或聚合包括磺酰胺、还原胺化、类肽键合、Suzuki偶联、亚磷酰胺偶联或自由基交叉偶联；
所述单体为二氢异喹啉酮；和/或
所述聚合将酰胺键偶联方法与使用化学正交铜催化的环加成(点击反应)引入的肽三唑分支点组合。
4.权利要求1所述的库，其中所述聚合物通过固有地掺入的同位素编码的质谱分析标签或条形码而包括固有地本身可读的分子。
5.权利要求1所述的库，其配置在载玻片上的阵列中。
6.权利要求1所述的库，其配置在安装到光纤扫描仪上的载玻片上的阵列中。
7.一种制备权利要求1所述的库的方法，其包括通过顺序单体偶联将所述聚合物附着于珠或在珠上构建所述聚合物。
8.一种使用安装有包括权利要求1所述的库的有序阵列的载玻片的光纤扫描仪的方法，其包括：
使用生物活性(亲合或催化)标记物标记所述阵列，以在包含靶单体的靶珠上产生荧光标记；和
使用所述扫描仪对所述阵列进行荧光成像。
9.一种使用安装有包括权利要求1所述的库的有序阵列的载玻片的光纤扫描仪的方法，其包括：
使用生物活性(亲合或催化)标记物标记所述阵列，以在包含靶单体的靶珠上产生荧光标记；和
使用所述扫描仪对所述阵列进行荧光成像；
其中所述标记提供多个荧光波长，且所述成像包括光学滤波、减少背景信号和假阳性。
10.一种使用权利要求1所述的库的方法，其包括：
对所述库进行荧光分析以基于相应单体的生物活性检测候选珠；
从已分析的库分离候选珠；
从分离的候选珠裂解聚合物；和
对已裂解的聚合物进行结构分析。
11.一种在三级结构中具有序列预限定的支化和折叠的不同生物活性单体的非天然聚合物。
12.权利要求11所述的聚合物，其还包括在其中掺入的赋予转角从而诱导三级结构的二级结构约束(SSC)单体，其中所述SSC单体是酸可裂解的，以便于所述聚合物的基于质谱分析的测序。
13.权利要求11所述的聚合物，其中：
所述聚合物为聚酰胺、插烯聚合物、插烯聚酰胺或酯；
所述聚合物在选自以下的偶联反应中聚合：Wurtz反应、Glaser偶联、Ullmann反应、Gomberg-Bachmann反应、Cadiot-Chodkiewicz偶联、Pinacol偶联反应、Castro-Stephens偶联、Gilman试剂偶联、Cassar反应、Kumada偶联、Heck反应、Sonogashira偶联、Negishi偶联、Stille交叉偶联、Suzuki反应、Hiyama偶联、Buchwald-Hartwig反应、Fukuyama偶联和Liebeskind-Srogl偶联；
所述聚合物或聚合选自磺酰胺、还原胺化、类肽键合、Suzuki偶联、亚磷酰胺偶联和自由基交叉偶联；
所述单体为二氢异喹啉酮；和/或
所述聚合将酰胺键偶联方法与使用化学正交铜催化的环加成(点击反应)引入的肽三唑分支点组合。
14.权利要求11所述的聚合物，其通过固有地掺入同位素编码的质谱分析标签或条形码而包括固有地本身可读的分子。
15.一种用于高通量药物筛选的珠的库，每个珠包含如权利要求11所述的附着的非天然聚合物。
16.一种光纤扫描仪，其安装有承载荧光珠的载玻片。
17.权利要求16所述的扫描仪，其包括：
成像仪工作台，其具有用于支撑样品的平坦表面，所述样品包括载玻片；
具有两个光纤束的分叉光路，每个束具有第一端和远束端，所述第一端被设置成限定用于观察在所述成像仪工作台上的样品的输入孔，所述远束端被设置成限定远离所述成像仪工作台布置的输出孔；
扫描源，所述扫描源被设置成沿着垂直于在所述成像仪工作台上的样品并紧邻分叉光路的两个束的路径扫描光束，从而通过在成像仪工作台的样品上的扫描源提供的光照的基本上圆形的光斑提供光信号，所述光信号的至少一部分由每个束的输入孔接收，并通过分叉光路传输到输出孔；
光电探测器，所述光电探测器被设置成检测在远端的光信号；和
处理器，所述处理器处理通过光电探测器检测的光信号。
18.一种用于对样品进行成像的方法，所述样品包括承载权利要求15所述的荧光珠的载玻片，所述方法包括：
提供垂直于所述样品的基本上圆形的辐射光束；
在所述辐射光束沿着扫描路径在所述样品上扫描时，维持所述辐射光束的垂直方向；
在远离样品的方向上，使至少一些由光束与样品相互作用产生的光反射；
在光纤第一端的阵列的至少一个最接近的元件中收集由光束与样品相互作用产生的光；
在选择的输出区检测收集的光；和
协调扫描、移动和检测以产生表示至少部分所述样品的像素的阵列。
19.一种使用安装有承载权利要求15所述的荧光珠的载玻片的光纤扫描仪的方法，所述方法包括以下步骤：
使用所述扫描仪对所述珠进行荧光成像。
20.一种使用安装有承载权利要求15所述的荧光珠的载玻片的光纤扫描仪的方法，所述方法包括以下步骤：
使用所述扫描仪对所述珠进行荧光成像以检测候选珠；
从所述珠分离所述候选珠；和
分析所述候选珠的功能或结构。
CN201580060444.7A 2014-09-16 2015-09-16 通过光纤阵列扫描技术发现亲和试剂和催化剂 Active CN107109701B (zh)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201462050922P 2014-09-16 2014-09-16
US62/050922 2014-09-16
PCT/US2015/050306 WO2016053621A1 (en) 2014-09-16 2015-09-16 Affinity reagent and catalyst discovery though fiber-optic array scanning technology

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN107109701A true CN107109701A (zh) 2017-08-29
CN107109701B CN107109701B (zh) 2020-10-09

Family

ID=55631253

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201580060444.7A Active CN107109701B (zh) 2014-09-16 2015-09-16 通过光纤阵列扫描技术发现亲和试剂和催化剂

Country Status (5)

Country Link
US (2) US20170184607A1 (zh)
EP (1) EP3180465B1 (zh)
JP (1) JP6925265B2 (zh)
CN (1) CN107109701B (zh)
WO (1) WO2016053621A1 (zh)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN112272764A (zh) * 2018-01-30 2021-01-26 斯坦福国际研究院 化学合成路线和方法的计算生成

Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5877278A (en) * 1992-09-24 1999-03-02 Chiron Corporation Synthesis of N-substituted oligomers
EP1672355A2 (en) * 2004-12-20 2006-06-21 Palo Alto Research Center Incorporated Improved method of scanning and light collection for a rare cell detector
US20120077688A1 (en) * 2010-06-30 2012-03-29 Ambergen, Inc. Global Proteomic Screening Of Random Bead Arrays Using Mass Spectrometry Imaging
CN102665916A (zh) * 2009-11-23 2012-09-12 3M创新有限公司 微孔阵列制品及使用方法
US20140221241A1 (en) * 2011-01-11 2014-08-07 The Board of Trustees of the Leland Stanford Junior University Avenue Mass Dots: Nanoparticle Isotope Tags

Family Cites Families (16)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
DE69217497T2 (de) * 1991-09-18 1997-06-12 Affymax Tech Nv Verfahren zur synthese der verschiedenen sammlungen von oligomeren
US6147205A (en) * 1995-12-15 2000-11-14 Affymetrix, Inc. Photocleavable protecting groups and methods for their use
US5887278A (en) * 1997-01-31 1999-03-30 The Procter & Gamble Company Disposable bib having notched tear resistance
WO2000012575A1 (de) * 1998-08-28 2000-03-09 Jerini Bio Tools Gmbh Verfahren zur herstellung polymerer festphasenträger
FR2785812B1 (fr) * 1998-11-16 2002-11-29 Commissariat Energie Atomique Protheses bioactives, notamment a proprietes immunosuppressives, antistenose et antithrombose, et leur fabrication
CA2359889A1 (en) * 1999-01-27 2000-08-03 The Scripps Research Institute Protein modeling tools
US6452009B1 (en) * 1999-08-19 2002-09-17 Lion Bioscience Ag 4-unsubstituted dihydroisoquinolinone derivatives and combinatorial libraries thereof
KR101504622B1 (ko) * 2005-04-29 2015-03-20 에이전시 포 사이언스, 테크놀로지 앤드 리서치 고차가지구조 고분자 및 그들의 응용
WO2007011967A2 (en) * 2005-07-18 2007-01-25 The Scripps Research Institute Method of using click chemistry to functionalize dendrimers
US7842465B2 (en) 2006-01-17 2010-11-30 Palo Alto Research Center Incorporated Immunocytostaining methods for enhanced dye ratio discrimination in rare event detection
US20080242560A1 (en) * 2006-11-21 2008-10-02 Gunderson Kevin L Methods for generating amplified nucleic acid arrays
TWI425945B (zh) * 2007-05-28 2014-02-11 Seldar Pharma Inc 四氫異喹啉－１－酮衍生物或其鹽
WO2009049098A2 (en) * 2007-10-09 2009-04-16 Indiana University Research & Technology Corporation Materials and methods for regulating the activity of phosphatases
CN102344524B (zh) * 2011-07-12 2013-04-03 浙江大学 一种水溶性可点击反应的超支化聚合物
DE102011057019A1 (de) * 2011-12-23 2013-06-27 Forschungszentrum Jülich GmbH Standard zur Quantifizierung von pathogenen Aggregaten aus körpereigenen Proteinen
DE102011057021A1 (de) * 2011-12-23 2013-06-27 Forschungszentrum Jülich GmbH Verfahren zur selektiven Quantifizierung von A-Beta-Aggregaten

Patent Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5877278A (en) * 1992-09-24 1999-03-02 Chiron Corporation Synthesis of N-substituted oligomers
EP1672355A2 (en) * 2004-12-20 2006-06-21 Palo Alto Research Center Incorporated Improved method of scanning and light collection for a rare cell detector
CN102665916A (zh) * 2009-11-23 2012-09-12 3M创新有限公司 微孔阵列制品及使用方法
US20120077688A1 (en) * 2010-06-30 2012-03-29 Ambergen, Inc. Global Proteomic Screening Of Random Bead Arrays Using Mass Spectrometry Imaging
US20140221241A1 (en) * 2011-01-11 2014-08-07 The Board of Trustees of the Leland Stanford Junior University Avenue Mass Dots: Nanoparticle Isotope Tags

Non-Patent Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
AMIT THAKKAR: "High-Throughput Sequencing of Peptoids and Peptide-Peptoid Hybrids by Partial Edman Degradation and Mass Spectrometry", 《J COMB CHEM.》 *
JOSHUA A. KRITZER: "A Rapid Library Screen for Tailoring β-Peptide Structure and Function", 《J AM CHEM SOC.》 *
KAIZHI YUE: "Constraint-based assembly of tertiary protein structures from secondary structure elements", 《PROTEIN SCIENCE》 *
NOE´LIE MAILLARD: "Combinatorial libraries of peptide dendrimers: design, synthesis, on-bead high-throughput screening, bead decoding and characterization", 《NATURE PROTOCOLS》 *
QINGCHAI XU: "Protein and Chemical Microarrays—Powerful Tools for Proteomics", 《JOURNAL OF BIOMEDICINE AND BIOTECHNOLOGY》 *

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN112272764A (zh) * 2018-01-30 2021-01-26 斯坦福国际研究院 化学合成路线和方法的计算生成

Also Published As

Publication number Publication date
JP2017535517A (ja) 2017-11-30
WO2016053621A1 (en) 2016-04-07
US20210208157A1 (en) 2021-07-08
JP6925265B2 (ja) 2021-08-25
EP3180465B1 (en) 2020-04-08
EP3180465A4 (en) 2017-08-30
CN107109701B (zh) 2020-10-09
EP3180465A1 (en) 2017-06-21
US20170184607A1 (en) 2017-06-29

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US20220128570A1 (en) Microarray compositions and methods of their use
KR100414424B1 (ko) 공간적으로배열된배열에서화학적화합물의다수를만드는방법
CN103134938B (zh) 适体在蛋白质组学中的用途
Zhu et al. Applications of functional protein microarrays in basic and clinical research
US6207861B1 (en) Method for producing and screening mass coded combinatorial libraries for drug discovery and target validation
AU2012230818B2 (en) Diagnostic and treatment methods using a ligand library
US20060063169A1 (en) Method for producing and screening mass-coded combinatorial libraries for drug discovery and target validation
CN102216772B (zh) 用于固体生物对象的分析的方法
CN107109701A (zh) 通过光纤阵列扫描技术发现亲和试剂和催化剂
Lin et al. Controlling Surface Wettability for Automated In Situ Array Synthesis and Direct Bioscreening
Nguyen et al. Peptide library synthesis on spectrally encoded beads for multiplexed protein/peptide bioassays
Han et al. Introduction to chemical proteomics for drug discovery and development
US10641778B2 (en) System and method for analysis of peptide synthesis fidelity
JP2003515731A (ja) 高次コンビナトリアルケミカルプロセスを実施するためのシステムと方法
Kumar et al. An overview on Combinatorial Chemistry
Ambre et al. Combinatorial Chemistry: Role in Lead Discovery
US20030211536A1 (en) Systems and methods to facilitate multiple order combinatorial chemical processes

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant