CN107027309B - 抗菌剂 - Google Patents
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Abstract
本发明涉及具有抗菌活性的试剂,其生产及在治疗动物包括人类的细菌感染中的用途。所述试剂是万古霉素类抗生素的衍生物,其结构为X‑W‑L‑V,其中X为氢、乙酰基或亲脂性莫插入元件,W是碱性肽或碱性氨基酸;L是连接基团,且V是抑制细菌肽聚糖生物合成的糖肽部分。
Description
技术领域
本发明涉及具有抗菌活性和改良生理稳定性的试剂及用于其生产的方法和中间体。本发明进一步涉及所述试剂用于治疗包括人在内的动物的细菌感染的用途。
背景技术
因细菌感染引起的疾病在人类和其他哺乳动物中有显著发病率和死亡率。革兰氏阳性菌具有由刚性细胞壁包围的典型脂双层胞质膜。细胞壁主要由肽聚糖组成,肽聚糖是一种由N-乙酰葡糖胺和N-乙酰胞壁酸经包含交替的D-氨基酸和L-氨基酸的肽交联而成的聚合物。
抗生素,最常见的代表是万古霉素,其糖肽基团通过在细菌细胞壁的合成过程中阻断肽聚糖的糖组分和肽组分的交联,从而抑制敏感细菌的细胞壁合成。没有足够的交联,细胞壁变得物理上脆弱,且细菌在经受渗透压变化时裂解。万古霉素以高亲和力在交联前与肽聚糖前体的五肽部分的D-丙氨酰-D-丙氨酸(D-Ala-D-Ala)端结合。D-Ala-D-Ala二肽与万古霉素的肽骨架形成互补氢键。据认为,万古霉素-肽聚糖复合物物理性地阻断转肽酶的作用,从而抑制可令肽聚糖加强的肽交联桥的形成。此活动也导致肽聚糖前体在细菌细胞质中的积累。
关于抗生素耐性有大量记载,抗性菌株对人类健康是一个潜在的重大威胁。已有对万古霉素的几种耐性的记载,源于对脂类Ⅱ肽结构的修饰或细菌细胞壁组成的改变。
已用于对抗抗生素抗性菌株的出现的方法,包括改进现有抗生素以提高其对抗耐性微生物的效力,或发现新的肽类抗生素,用其通过透化细菌质膜来杀死目标。第一种方法的示例最近集中于创造糖肽类衍生物如万古霉素。
使用偶联剂2-(1-羟基苯并三唑-1-基)-1,1,3,3-四甲基脲六氟磷酸盐(HBTU)进行万古霉素羧基端的功能化,已在溶液和固相的情形下连接短肽序列中取得了成功(Sundram,U.N.and Griffin,J.H.(1995)General and Efficient Method for theSolution-and Solid-Phase Synthesis of Vancomycin Carboxamide DerivativesJ.Org.Chem.60 1102-1103)。万古霉素和相关抗生素的氨基糖和末端胺部分也已派生得到。在还原性烷基化方法中,创造了一系列在万古胺糖(vancosamine sugar)上进行烷基化的化合物,其中一些对耐万古霉素的细菌菌株的活性显示出大幅提高(Cooper RDG,SnyderNJ,Zweifel MJ,Staszak MA,Wilkie SC,Nicas TI,Mullen DL,Butler TF,Rodriguez MJ,Huff BE,Thompson RC.Reductive alkylation of glycopeptide antibiotics:synthesis and antibacterial activity.J Antibiot 49(1996):575–581;andRodriguez,M.J.,N.J.Snyder,M.J.Zweifel,S.C.Wilkie,D.R.Stack,R.D.Cooper,T.I.Nicas,D.L.Mullen,T.F.Butler,and R.C.Thompson.1998.Novel glycopeptideantibiotics:N-alkylated derivatives active against vancomycin-resistantenterococci J.Antibiot.(Tokyo),51,560-569)。
一种修饰糖肽衍生物特拉万星(telavancin),2009年被批准临床使用,而其他两种衍生物,达巴万星(dalbavancin)和奥利万星(oritavancin),已经经过大规模临床试验(Zhanel GG,Calic D,Schweizer F,Zelenitsky S,Adam H,Lagacé-Wiens PR,RubinsteinE,Gin AS,Hoban DJ,Karlowsky JA.New lipoglycopeptides:a comparative review ofdalbavancin,oritavancin and telavancin.Drugs.2010 70:859-886)。另一种修饰糖肽,TD-1792,将糖肽类抗生素连接到头孢菌素(Blais,J;Stacey R.Lewis,Kevin M.Krauseand Bret M.Benton Antistaphylococcal Activity of TD-1792,a MultivalentGlycopeptide-Cephalosporin Antibiotic Antimicrob.Agents Chemother.2012 561584-1587)。
WO-A-98/02454描述了多肽衍生物,其中的一种可溶性治疗性多肽以具有如下通用结构的实体进行修饰:
-(L-[W])n B X (I)
其中,每个L是独立的柔性连接基团,每个W是独立的肽性膜结合元件,n是大于或等于一的整数,并且X是肽性或非肽性的膜结合或插入元件。
(I)型的结构表示了一种膜相互作用元件的组合阵列,其与可溶性多肽的连接被发现可介导所述多肽与哺乳动物细胞的外细胞膜的结合。这带来了治疗效果,特别是在补体激活调节剂作为细胞保护剂和消炎剂起作用的情况下(例如J.Dong,JR Pratt,RASmith,I.Dodd and SH Sacks,Strategies for targeting complement inhibitors inischaemia/reperfusion injury.Mol.Immunol.36(1999),pp.957–963)。
WO 02/36612描述了通用结构:
V-L–W-X (II)
其中,
V是一种抑制细菌中的肽聚糖生物合成的糖肽部分;
L为连接基团;
W是肽性膜缔合元件;和
X是氢或膜插入元件。
WO 02/36612中,连接基团L宽泛定义为包括“C1-C3烯烃基、C1-C6的-O-烯烃基、C1-C6-O-的烯烃基、-O-、N(H或C1-C3的低级烷基)-、-S-、-SO-、-SO2、-XH-C(O)-、-C(O)-NH-、-CH=CH-、-C≡C-、-N=N-、-O-C(O)-和–C(O)-O-”,其中例示在50-51页上的结构1~16仅是含有含二硫键的连接基团L的化合物。
此外,WO 02/36612中,W宽泛定义为“肽性膜缔合元件”,其后则定义为包含2至10个选择赖氨酸或精氨酸的连续残基的膜结合肽,包括7至30个氨基酸的结合肽本身,或膜插入肽,其中例示在50-51页上的结构1~16仅限于SEQ ID NO:4至SEQ ID NO:8,其含有14、16或20个氨基酸,其中每一个包括6个连续的赖氨酸和/或精氨酸残基。
WO04/022101描述了包含三个或更多个膜结合元件的改进治疗剂,其中至少有两个是亲脂性元件且第三个通常是包含碱性氨基酸的氨基酸序列,并与可溶性剂(例如蛋白、抗癌剂或抗菌剂)共价连接。该抗菌剂可以是万古霉素,且在此情况下,所述氨基酸序列通常含有6至20个氨基酸,并通过包含二硫键的连接基团与万古霉素的N或C端连接。
基于所述通用结构的化合物表现出针对一系列生物体的改良抗菌活性。
鉴于革兰氏阳性菌发展糖肽抗生素抗性的能力,仍然需要具有良好生理稳定性的新抗菌剂和用于控制细菌感染的方法。
发明内容
本发明的发明人发现,现有技术中的结构,在糖肽和膜结合元件之间所含的包括二硫键的连接,例如在如上结构Ⅱ中,在生理条件下可能与其他硫醇之间发生二硫化物交换,从而导致化合物降解和活性损失的后果。此外,现有技术中描述的长肽序列都难以在商业抗生素所需的规模上合成,并有可能在生理条件下水解。
因此,本发明人着眼于具有类似如上式II结构的新型糖肽类衍生物的生产,但其中连接基团L经过特别选择,以提供在生理条件下显示出更好的稳定性且同时保持抗微生物活性的化合物。对基团W的进一步选择,有利于化合物的容易合成,以及降低蛋白水解可能性。
因此,本发明的第一方面中,提供具有通式(III)的抗菌化合物:
X–W–L-V (III)
其中:
X是与W的N端连接的亲脂性基团,其基于碳原子且具有如下参数:
具有3至60个碳原子,若存在任何芳环,则所述芳环的碳原子亦包含在内;
直链或支链,且在其为支链时,包含1至6个分支点;
饱和或不饱和,且在其不饱和时,包含1至8个双键或三键;
可选地具有最多6个独立地选自S、O或N且不包含在酸性取代基中的杂原子(若存在芳环且若该芳环中存在杂原子,则该芳环中的杂原子不包含在内);
可选地包含一个或多个芳环,例如2个、3个、4个、5个或6个,所述芳环可以是稠环,且每个所述芳环可以包含1、2或3个杂原子,所述杂原子若存在时独立地选自S、O或N;和
可选地具有1至6个选自羟基、氨基、甲基、甲氨基和卤素的取代基;
W是碱性氨基酸或由2至10个氨基酸组成的碱性肽,其中W不是或不含任何具有含硫侧链的氨基酸;
L是通式为–NH-(CR1R2)m-Z-(CR3R4)n-NH-的连接基团,其中:
Z是氧或选自如下各项的、任选取代的基团:-NH-、-CONH-、-NHCO-,-(OCH2CH2)p-、C1-C12烷基、C2-C12烯基、C2-C12炔基、C1-C12杂烷基、C1-C10杂烯基、C3-C12环烷基、C1-C12杂环、C6-C18芳基或C1-C18杂芳基;且
R1、R2、R3和R4分别独立选自以下各项:H、卤素、任选取代的C1-C12烷基、任选取代的C2-C12烯基、任选取代的C2-C12炔基、任选取代的C1-C12杂烷基、任选取代的C1-C10杂烯基、任选取代的C3-C12环烷基、任选取代的C1-C12杂环、任选地被取代的C6-C18芳基、任选取代的C1-C18杂芳基、任选取代的羧基、任选取代的羧酰胺;且
m是选自0、1、2和3的整数;且
n是选自0、1、2和3的整数;
其中m和n不同时为0;且
p是选自1至10的整数;或
L选自以下通式之一:
其中c和d是选自0、1、2的整数;且
通式中的虚线代表与V和W的连接点;
和
V是抑制细菌中的肽聚糖生物合成的糖肽部分,或其药学上可接受的盐或前药。
本发明还提供如上所述通式(III)化合物的药学可接受的盐或前药。
在又一方面中,本发明还提供一种包含如上所述通式(III)化合物和药学可接受的载体、稀释剂或赋形剂的组合物。
在又一方面中,本发明还提供如上所述通式(III)化合物在治疗人体或动物体治疗方法中的用途。
在又一方面中,本发明还提供一种用于在对象中治疗细菌感染的方法,所述方法包括:以有效剂量的如上所述通式(III)化合物或有效剂量的包含所述化合物的组合物向对象给药。
术语定义
在本发明进一步描述前,应当理解,本发明不局限于所述的具体实施例,而是当然可以变化的。也应当理解,本申请所使用的术语仅用于描述具体实施例,并不旨在进行限制,因为本发明的范围将由所附的权利要求书来限定。
当提供数值范围时,应理解的是,除非上下文另有说明,否则,介于该范围的上限和下限值之间、到下限值单元的十分之一的每个中间值,以及在该规定范围中的任何其它所述值或中间值,均包含在本发明之内。这些较小范围的上限和下限可独立地包括在所述较小范围中,并且也包括在本发明内,服从于该规定范围内的任何明确排除的限值。当所述范围具有一个或两个所述限值时,不包括所述两个限值或其中之一的范围也包含在本发明中。
除非另有定义,本申请使用的所有技术和科学术语具有如本发明所属的领域中的普通技术人员通常所理解的相同含义。下面将对本发明的优选方法和材料进行说明,但任何类似或等同于本申请描述的方法和材料,也可以使用在本发明的实践或测试中。本申请提及的所有出版物均通过援引方式并入本申请,并描述与所引用出版物相关的方法和/或材料。
必须指出,如本申请和所附权利要求书中所用的单数形式“一”,“一个”和“该”包括复数对象,除非上下文另有明文说明。因此,例如,对“一种抗细菌剂”的提及包括多个所述制剂,而对“该药物组合物”的提及包括一种或多种药物组合物及其为本领域技术人员所知的等同物,等等。进一步指出,权利要求书可以撰写成排除任何可选元素。因此,本声明旨在为在列举权利要求元件时使用此类如“仅”、“只”等的排除性术语,或使用“否定”限制,充当先行基础。对病症或疾病的“治疗”或“疗法”包括:(1)预防病症的至少一种症状,即,使临床症状在可能暴露于该疾病下或易患该疾病但尚未经历或显示出该疾病症状的哺乳动物中不产生显著发展,(2)抑制该疾病,即,阻止或减少该疾病或其症状的发展,或(3)缓解疾病,即,使该疾病或其临床症状减退。
“治疗有效量”或“有效量”是指当化合物向哺乳动物或其它对象给药以治疗疾病时,足以通过结合另一种药剂或单独以一剂或多剂以达成对该疾病的治疗的化合物量。所述“治疗有效量”将根据化合物、疾病及其严重性,以及待治疗对象的年龄、体重等而变化。
术语“对象”、“个体”和“患者”在本申请中可互换使用,指可能需要本申请所述的药学方法、组合物和治疗的任何哺乳动物或非哺乳动物物种的一个或多个成员。对象和患者因而包括,但不限于,灵长类动物(包括人类)、犬科、猫科、有蹄类(例如,马、牛、猪(如家猪))、禽类和其他对象。人类和具有商业重要性的非人类哺乳动物(例如,家畜和家养动物)是尤为受到关注。
“哺乳动物”指的是任何哺乳动物物种的一个或多个成员,并且包括,举例而言,犬科;猫科动物;马科;牛;绵羊;啮齿目,等,和灵长类,特别是人。非人动物模型,特别是哺乳动物,例如非人灵长类、鼠科(如小鼠,大鼠)等,可用于实验研究。
化合物的“药学上可接受的盐”、是指药学上可接受的并且具有母体化合物的期望药理活性的盐。所述盐包括:(1)酸加成盐,与无机酸如盐酸、氢溴酸、硫酸、硝酸、磷酸等形成;或与有机酸如乙酸、丙酸、己酸、环戊烷丙酸、乙醇酸、丙酮酸、乳酸、丙二酸、琥珀酸、苹果酸、马来酸、富马酸、酒石酸、柠檬酸、苯甲酸、3-(4-羟基苯甲酰)苯甲酸、肉桂酸、扁桃酸、甲磺酸、乙磺酸、1,2-乙二磺酸、2-羟基乙磺酸、苯磺酸、4-氯苯磺酸、2-萘磺酸、4-甲苯磺酸、樟脑磺酸、葡庚糖酸、4,4'-亚甲基二(3-羟基-2-烯-1-羧酸)、3-苯基丙酸、三甲基乙酸、叔丁基乙酸、月桂基硫酸、葡糖酸、谷氨酸、羟基萘甲酸、水杨酸、硬脂酸、粘康酸等形成;或(2)当母体化合物所含的酸性质子被金属离子(例如碱金属离子、碱土离子或铝离子)取代所形成的盐;或与有机碱如乙醇胺、二乙醇胺、三乙醇胺、氨丁三醇、N-甲基葡糖胺等配合形成的盐。
“前药”是指任何在给药于哺乳动物对象时体内释放入本申请所示通式III的活性母体药物的任何化合物。本申请通式III化合物的前药,是通过修饰存在于所述通式化合物中的官能团来制备的,该修饰的方式使得修饰物可以在体内切割以释放母体化合物。前药包括本申请所示通式III的化合物,其中一种或多种如下通式中中的羟基、氨基或巯基结合到任何可在体内切割以分别再生成游离羟基、氨基或巯基的基团上。前药的示例包括但不限于:一种或多种如下所示通式的化合物的羟基官能团的酯类(例如,乙酸酯、甲酸酯和苯甲酸酯衍生物),氨基甲酸酯类(如,N,N-二甲基氨基)等。
本发明的化合物或其组成部分,可以具有一个或多个不对称中心;因此,所述化合物可以被制成单独的(R)-或(S)-立体异构体,或其混合物。除非另有说明,说明书和权利要求书中对特定化合物的描述或命名旨在包括单独的对映体及其混合物(外消旋或相反)。用于立体异构体的立体化学确定和分离方法是本领域公知的(例如,参见在"AdvancedOrganic Chemistry",4th edition J.March,John Wiley and Sons,New York,1992第4章中的讨论)。本申请所讨论的出版物仅提供为其现有本申请申请日前的公开内容。本申请中的任何内容均不构成对本发明没有权利因在先发明而先于所述出版物的承认。此外,所提供的出版物日期可能不同于其实际出版日期,从而可能需要独立进行确认。
附图说明
图1:MCC223和MCC535在谷胱甘肽存在下的稳定性:此图说明了现有技术的一种化合物MCC535(其中V是万古霉素,X为nC13CO,W是-KKK-且L是(S)—NHCH(CO2H)CH2-SS-(CH2)2-NH—)与化合物MCC223的稳定性比较,如下所述。
图2:MCC174,MCC310,MCC455,MCC520,MCC939和MCC4815的药代动力学特征。该图示出了几种化合物在小鼠体内的稳定性,通过静脉内(iv)和皮下(sc)给药进行测试(每条路线各为n=3,2mg/kg iv且10mg/kg sc)。
图3:MCC080,MCC174,MCC310,MCC344,MCC455和MCC742在小鼠大腿感染模型中对MRSA的功效。该图展示了在各大腿中注射有105cfu的MRSA(ATCC34400)的免疫受损小鼠的各大腿中的log cfu的降低(cfu指菌落形成单位)。
具体实施方式
本发明的化合物是通式(III)的糖肽抗生素。这些化合物显示出良好的抗菌活性,如下所示,以及在谷胱甘肽的存在下和在体内比上述的现有技术中的通式(III)化合物具有更好的稳定性。
元件X
在本发明的化合物中,X是连接到W的N端的亲脂性基团,其基于碳原子,并具有以下参数:
具有3至60个碳原子,若存在任何脂环或芳环,则所述脂环或芳环的碳原子亦包含在内;
直链或支链,且在其为支链时,包含1个或多个分支点,例如2、3、4、5或6个分支点;
饱和或不饱和,且在其不饱和时包含1至8个双键或三键,例如1、2、3、4、5、6、7或8个双键或三键;
可选地具有最多6个,例如1、2、3、4、5或6个,独立地选自S、O或N且并非包含在酸性取代基中的杂原子(若存在芳环,若芳环中存在杂原子,则芳环中的杂原子不包含在内);
可选地包含一个或多个芳环,例如2、3、4、5或6个,所述芳环可以是稠环,且每个所述芳环可以包含1、2或3个杂原子,所述杂原子若存在时独立地选自S、O或N;和
可选地具有1至6个(例如1、2、3、4、5或6个)独立选自羟基、氨基、甲基、甲氨基和卤素的取代基。
如果需要的话,X可以包括允许连接到W的官能团。适当的官能团在本领域中是公知的,并且包括,例如:羰基,例如从活化的羧酸衍生;或从磺酰氯衍生的砜基团。
在一个特定方面中,基团X是亲脂基团,含有羰基、CH2基团或SO2基团,最优选为羰基,并通过所述基团连接到W的N端。
在一个实施例中,X具有式(IV):
其中,每个R25和R26是具有如下参数的亲脂基团:
具有3至30个碳原子,若存在任何脂环或芳环,则所述脂环或芳环的碳原子亦包含在内;
直链或支链,且在其为支链时,包含1至3个分支点;
饱和或不饱和,且在其不饱和时包含1至4个双键或三键;
可选地具有1、2或3个独立地选自S、O或N的杂原子(若存在芳环,若芳环中存在杂原子,则芳环中的杂原子不包含在内);
可选地包含一个或多个芳环,例如2个或3个,所述芳环可以是稠环,且每个所述芳环可以包含1、2或3个杂原子,所述杂原子若存在时独立地选自S、O或N;和
可选地具有1至3个选自羟基、氨基、甲基、甲氨基和卤素的取代基;
t是选自0、1、2、3、4和5的整数;且
u是选自0、1、2、3、4和5的整数;
其中t或u中之一为0时则另一个不为0。
当取代基是卤素时,其选自氟,氯,溴或碘。
在一个实施例中,基团X具有3至30个,优选为3至24个,更优选为3至15个碳原子,包括那些包含在任何脂环或芳香环(若存在)中的碳原子。所述基团是直链或支链的,并且在后者的情况下,含有一个或多个分支点,例如两个或三个,且为饱和的或不饱和的,且在后者的情况下,含有1至4个双键或三键,例如1,2,3或4个。
在一个实施例中,所述X的通式为R27CO-,其中R27是具有3至15个碳原子的亲脂性基团,其中所述亲脂性基团为:
直链或支链,且可以包括脂环或芳环,所述基团中的碳原子总数包含任一所述环中的碳原子;
饱和或不饱和,且在其不饱和时包含1至4个双键或三键;
可选地具有1或2个独立地选自O或N的杂原子(若存在芳环,若芳环中存在杂原子,则芳环中的杂原子不包含在内);
可选地包含一个或两个芳环,所述芳环中的任一个或两个都可以包含1个氮杂原子;和
可选地具有1至3个选自羟基、氨基、甲基、甲氨基和卤素的取代基。
在一个实施例中,X是具有式CjH(2j+1)CO-的烷酸,其中j选自7,8,9,10,11,12或13,所述基团的示例为nC7CO-(nC7H15CO-);nC8CO-(nC8H17CO-);nC9CO-(nC9H19CO-);nC10CO-(nC10H21CO-);nC11CO-(nC11H23CO-),nC12CO-(nC12H25CO-)和nC13CO-(nC13H27CO-)。
在一个实施例中,X选自nC10CO-;nC13CO-;4-PhO-PhCO-;[(4-PhO-PhCO)Lys(4—PhO-PhCO)-;(nC10CO)Lys(COnC10)-;nC10CO-Gly-;nC11CO-;nC12CO-;(4-PhO-PhCO)-Gly-;nC7CO-;nC8CO-;nC9Co-;(2-Bu-nC7CO)-;[(2-Bu-nC7CO-)Lys(2-Bu-nC7CO)]-;(9Z-9,10-deyhdro-nC13CO)-;C6PhCO-;C7PhCO-;C5OPhCO-;(C5OPhCO-)Lys(C5OPhCO)-;C7OPhCO-;C9OPhCO-;PhOC3CO-;[PhOC3CO-Lys(PhOC3CO)]-;PhC5CO-;[PhC5CO-Lys(PhC5CO)]-;PhC8CO-;PhC9CO-;PhC11CO-;(4-Ph-PhC1CO)-;[(4-Ph-PhC1CO)-Lys(4-Ph-PhC1CO)]-;[4-(4—F-PhO)-PhCO]-;{[4-(4-Cl-PhO)-PhCO-Lys[4-(4-F-PhO)-PhCO]}-;[4-(4-Cl-PhCO)-PhCO]-;{[4-(4-Cl-PhO)-PhCO-Lys[4-(4-Cl-PhO)-PhCO]}-;(4-BnO-PhCO)-;[(4-BnO-PhCO)-Lys(4-BnO-PhCO)]-;(nC9-pip-4-CO)-;[nC7CO-Lys(COnC7)]-;[(C9OPhCO)-Lys(C9OPhCO)]-;[(PhOC3CO)-Lys(PhOC3CO)]-;{[4-(4-F-PhO)-PhCO-Lys[4-(4-F-PhO)-PhCO]}-;[PhC11CO-Lys(PhC11CO)]-;nC10CH2-;4-PhO-PhCH2-;CH3Ph-SO2-;[nC12CO-Lys(nC12CO)]-;[nC13CO-Lys(nC13CO)]-;(2-Bu-C7CO)-Lys(2-Bu-C7CO)-;(nC9CH2)2-;nC13CH2-;PhCH2-;(nC11-Pip-4-CO)-;(nC7-Pip-4-CO)-;(1-nC9-Pro)-;(nC9-Pip-2-CO)-;(4-NH2-PhCO)-;(4-MeNH-PhCO)-;(4-nC7NH-PhCO)-;(nC4CH2-)2;nC8CH2-;(2-NH2-nC9CO)—,3,5—Me2C7CO—;3-OH-C9CO-;(4-Cl-PhCO)-;cHexCH2CO—和4—nC5—cHexCO—。
元件W
在本发明的化合物中,W为碱性氨基酸或由2-10个氨基酸组成的碱性肽,其前提是W不是或不含任何具有含硫侧链的氨基酸。
因此,W可以是单一碱性氨基酸或由2,3,4,5,6,7,8,9或10个氨基酸组成的碱性肽。在一个具体实施例中,W是碱性氨基酸或者由2至5个氨基酸的碱性肽,其前提是W不是或不含任何具有含硫侧链的氨基酸,即W可以是单一碱性氨基酸或由2,3,4或5个氨基酸组成的碱性肽。
W不是或不含任何具有含硫侧链的氨基酸。因此,W不包含任何蛋氨酸或半胱氨酸残基。在具体的实施例中,W由1个、2个或3个碱性氨基酸组成。
碱性肽是在生理条件下具有净总正电荷(例如pH约为5-8)的含有侧链的肽。氨基酸的确切性质并不是必要的,只要其形成的肽在生理条件下的净总电荷为正即可。这可容易地识别为含有至少一个碱性残基(例如Arg,Lys,Orn,DAB,DAP,His)的肽。所述肽可以含有其它氨基酸,例如Gly或Ser,或一种或多种酸性残基(例如Asp,Glu),条件是任何所述酸性残基均由一个额外的碱性残基来抵消,即,使得肽中的酸性残基总数小于碱性残基的总数,且所得的肽在生理条件下具有净总正电荷。
在本发明的化合物中,W的N端被连接到X,且W的C端连接到L。
肽可以重组或合成来制备,例如通过逐步合成。可选地,肽可以从自然产生肽的细胞培养物中收集,例如在细菌产生的膜相关肽的情况下。
通过合成手段产生的肽通常由天然的L-氨基酸(即,由遗传密码编码,即所谓的蛋白原氨基酸),但是也可以使用D-氨基酸或外消旋氨基酸。也可以使用从天然来源分离的或通过合成方法制备的非蛋白原氨基酸。在本发明中,基团W可以是蛋白原氨基酸或非蛋白原氨基酸中的任一种或由其组成,或其混合物。
在任何情况下,均可以进行侧链修饰,例如为了提高体内半排出期或改善稳定性。侧链修饰包括,例如,氨基修饰,通过与醛反应进行还原性烷基化然后用硼氢化钠进行还原,用烷基溴的亲核置换来进行烷基化,用乙酰乙酸甲酯进行脒基化,或以乙酸酐进行酰化。
精氨酸残基的胍基,可通过烷基化来修饰,或通过以试剂如2,3-丁二酮或乙二醛形成杂环缩合产物来修饰。色氨酸残基可通过吲哚环的氧化或烷基化来修饰,而组氨酸残基的咪唑环可通过烷基化来修饰。
任何其他羧基侧链可以被封闭为酯基形式,例如C1-6烷基酯,或酰胺形式。
上述实施例中的氨基酸修饰并非穷举。本领域技术人员可以使用本领域中已知化学来根据需要修饰氨基酸侧链。
从天然存在来源中收集的肽可以含有非蛋白原氨基酸,其是通过蛋白原氨基酸的翻译后修饰或通过生物合成而产生的。
在本发明的一个特定实施例中,W由具有通式(V)的1个残基,或2至10个连续残基组成,最优选为1个残基或2至5个连续残基:
其中:
Y是通式为–(CR20R21)g-的基团;
R18a选自以下各项:H、任选取代的C1-C12烷基、任选取代的C2-C12烯基、任选取代的C2-C12炔基、任选取代的C1-C12杂烷基、任选取代的C3-C12环烷基、任选取代的C2-C12杂环烷基、任选取代的C6-C18芳基、任选取代的C1-C18杂芳基、-C(=NR22)-NR23R24和OR22;
R18b选自以下各项:H、任选取代的C1-C12烷基、任选取代的C2-C12烯基、任选取代的C2-C12炔基、任选取代的C1-C12杂烷基、任选取代的C3-C12环烷基、任选取代的C2-C12杂环烷基、任选取代的C6-C18芳基和任选取代的C1-C18杂芳基,或
R18a和R18b连同与它们相连的氮原子共同形成任选取代的杂环部分,或
R18a和R18b之一与任一R20或R21以及与它们相连的原子形成任选取代的杂环部分;
R19选自以下各项:H和任选取代的C1-C12烷基;
R20和R21分别独立选自以下各项:H,卤素,OH,C1-C12烷基,C6-C18芳基,C1-C12卤代烷基,C1-C12羟烷基,C1-C12烷氧基和C1-C12卤代烷氧基,或
R20和R21与它们相连的的碳共同形成任选取代的C3-C12环烷基,或an任选取代的C1-C12杂环烷基基团,或
R20和R21之一与R18a和R18b之一以及与它们相连的原子共同形成任选取代的杂环部分;
每个R22,R23,和R24独立选自以下各项:H,任选取代的C1-C12烷基,任选取代的C1-C12杂烷基,任选取代的C3-C12环烷基,任选取代的C6-C18芳基,和任选取代的C1-C18杂芳基,或
R22,R23和R24中的任两个和与它们相连的源自共同形成任选取代的环基团;
g是选自以下各项的整数:1、2、3、4、和5;
r是选自以下各项的整数:1、2、3、4、5、6、7、8、9和10。
在一个具体实施例中,通式(V)中的Y是(CH2)g,其中g的定义如上所述。
在一个具体实施例中,W是选自以下各项的氨基酸,或是包括选自以下各项的氨基酸或由其组成的肽:任选取代的D-或L-赖氨酸、鸟氨酸、2,4-二氨基丁酸、2,3-二氨基丙酸和精氨酸。在一个具体实施例中,W选自以下各项:–Lys-、-Lys-Lys-、-Lys-Lys-Lys-、-Orn-、-Orn-Orn-、-Orn-Orn-Orn-、-Lys-Orn-、-Orn-Lys、-Dab-、-Dab-Dab-、-Lys-Dab-、-Dab-Lys-、-Dab-Orn-、-Orn-Dab-、-Dap-、-Dap-Dap-、-Dap-Lys-、-Lys-Dap、-Dap-Orn、-Orn-Dap、-Dap-Dab-和-Dab-Dap-,其中任一所述氨基酸可以是–L-或–D-构型。
应该理解的是,除非有相反的指示,否则在本申请中的氨基酸序列使用标准符号并以N端至C端方向来表示。
连接基团L
在本发明的化合物中,L为下式的连接基团:
–NH-(CR1R2)m-Z-(CR3R4)n-NH-
其中:
Z是氧或选自如下各项的、任选取代的基团:-NH-、-CONH-、-NHCO-,-(OCH2CH2)p-、C1-C12烷基、C2-C12烯基、C2-C12炔基、C1-C12杂烷基、C1-C10杂烯基、C3-C12环烷基、C1-C12杂环、C6-C18芳基或C1-C18杂芳基;且
R1、R2、R3和R4分别独立选自以下各项:H、卤素、任选取代的C1-C12烷基、任选取代的C2-C12烯基、任选取代的C2-C12炔基、任选取代的C1-C12杂烷基、任选取代的C1-C10杂烯基、任选取代的C3-C12环烷基、任选取代的C1-C12杂环、任选地被取代的C6-C18芳基、任选取代的C1-C18杂芳基、任选取代的羧基、任选取代的羧酰胺;且
m是选自0、1、2和3的整数;且
n是选自0、1、2和3的整数;
其中m和n不同时为0;且
p是选自1至10的整数;或
L选自以下通式之一:
其中c和d是选自0、1、2的整数;且
通式中的虚线代表与V和W的连接点。
当L具有式–NH-(CR1R2)m-Z-(CR3R4)n-NH-时,一个胺通过酰胺键连接到W的C端羧基,且通过与糖肽自由羧基的酰胺键连接到V。
当L选自如上所示通式之一时,其具体化合物中的环胺连接基团W且环外胺基团连接基团V。在一个具体方面中,-L-具有式–NH-(CH2)m-Z-(CH2)n-NH-;其中Z、m和n如上定义。
当-L-具有式–NH-(CH2)m-Z-(CH2)n-NH-时,其具体化合物中的Z选自C1-C12烷基、NH、O、C1-C12杂环、C6-C18芳基或C3-C12环烷基,更优选为C1-C6烷基、NH、O、苯基或环己基。在此方面中,具体的-L-基团的通式为:–NH-(CH2)2-NH-,–NH-(CH2)3-NH-,–NH-(CH2)4-NH-,–NH-(CH2)2-NH-(CH2)2-NH-,–NH-(CH2)2-O-(CH2)2-NH-,–NH-(CH2)3-O-(CH2)3-NH-,-NH-(1,4-Ph)-CH2-NH-,-NH-(1,3-Ph)-CH2-NH-,-NH-(1,4-cHex)-CH2-NH-,或-NH-CH2-(1,4-cHex)-CH2-NH-。
可选地,-L-基团的通式为–NH-CH(R1)-Z-(CH2)n-NH-,其中:
R1 is–(CO)OH,-(CO)OMe,-(CO)NH2,-(CO)NHNH2,-(CO)NHMe,-(CO)NHEt,-(CO)N(Me)2,–(CO)NHBn或–(CO)R5,或任选取代的C1-C12杂环,或任选取代的C1-C18杂芳部分;和
R5是任选取代的C1-C12杂环或任选取代的C1-C18杂芳部分;和
Z和n如上定义。
在此方面中,具体化合物中的-L-具有通式–NH-CH(R1)-(CH2)q-NH-,其中
q是选自0、1、2、3、4和5的整数;和
R1是–(CO)OH,-(CO)OMe,-(CO)NH2,-(CO)NHNH2,-(CO)NHMe,-(CO)NHEt,-(CO)N(Me)2,–(CO)NHBn或–(CO)R5或任选取代的任选取代的C1-C12杂环或任选取代的C-1-C18杂芳部分。
当L选自如上所示通式之一时,其具体化合物中的q是选自2、3或4的整数,和/或R1选自–CO(OH),-CO(NH2)和–CO(NHMe)。
本发明的具体化合物中的-L-选自:
(R)-或(S)-NHCH(COOH)(CH2)4NH-;
(R)-或(S)-NHCH(CONHMe)(CH2)4NHCOCH2NH-;
(R)-或(S)-NHCH(COOH)(CH2)4NHCOCH2NH-;
(R)-或(S)-NHCH2CO-NH(CH2)2NH-;
(R)-或(S)-NHCH(CONH2)-CH2-(1,3-triazole)-(CH2)3-NH-;
(R)-或(S)-NHCH(CONH2)(CH2)4NH-;
(R)-或(S)-NHCH(CONHMe)(CH2)4NH-;
(R)-或(S)-NHCH(COOMe)(CH2)4NH-;
(R)-或(S)-NHCH(CONHMe)(CH2)3NH-;
(R)-或(S)-NHCH(CONHMe)(CH2)2NH-;
(R)-或(S)-NHCH(CONH2)(CH2)3NH-;
(R)-或(S)-NHCH(CONH2)(CH2)2NH-;
(R)-或(S)-NHCH(COOH)(CH2)3NH-;
(R)-或(S)-NHCH(COOH)(CH2)2NH-;
(R)-或(S)-NHCH2CO-NH(CH2)3NH-;
(R)-或(S)-NHCH(CONHnC14)(CH2)4NH-;
(R)-或(S)-NHCH(CONHEt)(CH2)4NH-;
(R)-或(S)-NHCH(CONHBn)(CH2)4NH-;
-NH(CH2)2NH-;
-NH(CH2)3NH-;
-NH(CH2)4NH-;
-NH(CH2)5NH-;
-NH(CH2)6NH-;
-NH(CH2)2NH(CH2)2NH-;
-NH(CH2)2O(CH2)2NH-;
-NH(CH2)2O(CH2)2O(CH2)2NH-;
-NHCH2(1,3-Ph)CH2NH-;
-NHCH2(1,4-Ph)CH2NH-;
-NH(1,4-cHex)NH-;
-NHCH2(1,4-cHex)CH2NH-;
-1-哌啶-4-CH2NH-;
-1-哌啶-2-CH2NH-;和
-1-哌啶-2-NH-。
更具体而言,–L-选自:
(R)-或(S)-NHCH(CONHMe)(CH2)4NH-;
(R)-或(S)-NHCH(CONH2)(CH2)4NH-;
(R)-或(S)-NHCH(COOH)(CH2)4NH-;
-NH(CH2)2NH-;和
-NH(CH2)3NH-。
元件V
在本发明的化合物中,V是抑制细菌的肽聚糖合成的糖肽部分。
肽聚糖的前两个阶段在细菌细胞内发生。第一阶段涉及N-乙酰胞壁酸基脂类与连接五肽的结合,所述肽为:
L-丙氨酸-γ-D-谷氨酸酯-间-Xaa-D-丙氨酸-D-丙氨酸,其中Xaa通常是D-氨基酸-庚酸,但在某些物种(例如金黄色葡萄球菌)中是L-赖氨酸。γ-D-谷氨酸残基也可以由ɑ-酸基团的酰胺化来修饰。
在第二阶段中,所述脂类由N-乙酰葡糖胺延长。此脂类随后跨细胞膜运输。
第三阶段,其发生在细菌膜的外表面上,涉及到脂类连接的GlcNAc-MurNAC二糖由转苷酶聚合化并由转肽酶进行肽侧链的交联。
此类生物合成途径的抑制剂种类中最知名的化合物是万古霉素,如上所讨论,其已知可通过与细菌细胞壁肽聚糖前体的五肽的D-丙氨酸-D-丙氨酸二肽端结合,防止其进一步加工成肽聚糖,从而抑制肽聚糖生物合成。
万古霉素的衍生物也起到抑制肽聚糖的生物合成的作用。一系列万古胺糖烷基化化合物已被证实具有针对耐万古霉素细菌的活性,以及以另一种糖衍生的类似化合物(Cooper,R.D.G.et al.1996,supra;Rodriguez,M.J.et al.,1998,supra;and Ge,M.,Chen,Z.,Onishi,H.R.,Kohler,J.,Silver,L.L.,Kerns,R.,Fukuzawa,S.,Thompson,C.,and Kahne,D.(1999)Vancomycin derivatives that inhibit peptidoglycanbiosynthesis without binding D-Ala-D-Ala,Science 284,507–511)。
概括地说,本领域技术人员熟悉抑制细菌肽聚糖生物合成的糖胎,并且可以选择合适的糖肽以用于本发明。此类糖肽通常具有1000到3000道尔顿(Da)的分子量,能够与脂类II或细菌肽聚糖结构的单个组分(如Lys-D-Ala-D-Ala肽,Lys-D-Ala-D-Ala-乳酸缩酚酸肽)以及脂类GlcNAc-MurNAC-五肽的组分相互作用,并具有对万古霉素易感参照菌株的活性(例如,所述参照菌株选自金黄葡萄球菌NCTC(模式培养国家保藏中心)6571,金黄葡萄球菌ATCC25923(NCTC 12981),金黄葡萄球菌ATCC 29213(NCTC 12973),肺炎双球菌ATCC49619(NCTC 12977)和粪肠球菌ATCC 29212(NCTC 12697)),其MIC小于或等于4微克/ml。用于MIC测试的公认标准方法包括琼脂稀释法或肉汤稀释法,这两种方法均包含在临床与实验室标准研究所(CLSI)参考标准文档M07-A9(Methods for Dilution AntimicrobialSusceptibility Tests for Bacteria that Grow Aerobically;Approved Standard第九版)中,并发表在J.Antimicrob.Chemother.(2001)48(suppl 1):5-16中。
在本申请的一个特定实施例中,元素V是万古霉素的衍生物。看作元件或部分V的特定万古霉素衍生物包括基于WO 96/30401和WO 98/00153所公开的糖肽及其盐,其公开内容通过引用方式并入本申请。
在一个具体的实施例中,V选自万古霉素、糖苷配基万古霉素、脱胺基万古霉素(vancomycin desvancosamine)、去甲万古霉素、氯伊瑞霉素(chloroeremomycin)、替考拉宁(teicoplanain)-A2-2、利托菌素A、伊瑞霉素(eremomycin)、博莱霉素、类放线菌素A、complestatin、chloropeptin 1、kistamycin A、阿伏霉素、特拉万星、A40926和奥利万星,及其中任一种在伯氨基上以R17任选取代,其中R17是选自以下各项的有机侧链部分:任选取代的C1-C12烷基、任选取代的C2-C12烯基、任选取代的C2-C12炔基、任选取代的C1-C12杂烷基、任选取代的C1-C10杂烯基、任选取代的C3-C12环烷基、任选取代的C2-C12杂环烷基、任选取代的C6-C18芳基和任选取代的C1-C18杂芳基。。
在一个更具体的实施例中,V选自万古霉素,糖苷配基万古霉素,脱胺基万古霉素,或特拉万星。最具体地,V是万古霉素。
在本发明中,式(III)的化合物的X W-L-组分经由基团L和糖肽游离羧基之间的酰胺键连接。所述X-W-L-V具有通式(VI):
(VI)
其中:
X、W和L如上所述;
R7是氢、碳水化合物或氨基碳水化合物;
R8是氢、OH或-O-甘露糖;
R9是-NH2、-NHCH3或-N(CH3)2;
R10是-CH2CH(CH3)2、[对-羟基,间氯]苯基、对-鼠李糖-苯基、[对-鼠李糖-半乳糖]苯基、[对-半乳糖-半乳糖]苯基、[对-CH3O-鼠李糖]苯基,或通过[对-羟基,间-(O-{间-OH,间-R11}苯基)]苯基连接到R11而形成环系;
R11是-CH2-(CO)NH2、苄基、[对-羟基]苯基、[对-羟基,间氯]苯基、[对-羟基,间氯]苯基,或通过[间-羟基,m-(O-{o-OH,m-R10}苯基)]苯基连接到R10而形成环系;
R12是氢或甘露糖;
R13是氢、OH或CH2NHCH2PO3H2;
R14是氢、β-D-吡喃葡萄糖、β-D-葡糖胺、2-O-(α-L-vancosaminyl)-β-D-吡喃葡萄糖、2-O-(α-1-4-表-vancosaminyl)-β-D-吡喃葡萄糖、(α-actinosaminyl)-β-D-glucopyranose,(α-ristosaminyl)-β-D-吡喃葡萄糖,或(α-acosaminyl)-β-D-吡喃葡萄糖,或其中任一项所述葡糖胺或吡喃葡萄糖基团在其伯氨基上由R17任选取代,其中R17如上所述;且R15和R16独立选自氢或氯。
在一个特定方面中,通式(VI)化合物中的R7为H、4-表-万古胺基(4-epi-vancosaminyl)、actinosaminyl或ristosaminyl。
本发明化合物的一个特定种类是如上通式(III)的化合物,其中:
所述X的通式为R27CO-,其中R27是具有3至15个碳原子的亲脂性基团,其中所述亲脂性基团为:
直链或支链,且可以包括脂环或芳环,所述基团中的碳原子总数包含任一所述环中的碳原子;
饱和或不饱和,且在其不饱和时包含1至4个双键或三键;
可选地具有1或2个独立地选自O或N的杂原子(若存在芳环,若芳环中存在杂原子,则芳环中的杂原子不包含在内);
可选地包含一个或两个芳环,所述芳环中的任一个或两个都可以包含1个氮杂原子;和
可选地具有1至3个选自羟基、氨基、甲基、甲氨基和卤素的取代基;
W是选自任选取代的D-或L-赖氨酸、鸟氨酸、2,4-二氨基丁酸、2,3-二氨基丁酸和精氨酸的氨基酸,或由选自任选取代的D-或L-赖氨酸、鸟氨酸、2,4-二氨基丁酸、2,3-二氨基丁酸和精氨酸的2至5个蛋白原或非蛋白原氨基酸组成的肽;
L的通式为“–NH-(CH2)m-Z-(CH2)n-NH-”,其中Z、m和n如上所述。
V选自万古霉素、万古霉素糖苷配基、脱胺基万古霉素、去甲万古霉素、氯伊瑞霉素、替考拉宁(-A2-2、利托菌素A、伊瑞霉素(eremomycin)、博莱霉素、类放线菌素A、complestatin、chloropeptin 1、kistamycin A、阿伏霉素、特拉万星、A40926和奥利万星,及其中任一种在伯氨基上以R17任选取代,其中R17是选自以下各项的有机侧链部分:任选取代的C1-C12烷基、任选取代的C2-C12烯基、任选取代的C2-C12炔基、任选取代的C1-C12杂烷基、任选取代的C1-C10杂烯基、任选取代的C3-C12环烷基、任选取代的C2-C12杂环烷基、任选取代的C6-C18芳基和任选取代的C1-C18杂芳基。
本发明化合物的又一特定种类是如上通式(III)的化合物,其中:
X是通式为CjH(2j+1)CO-的烷酸,其中j选自7、8、9、10、11、12或13;
W是碱性氨基酸或由2个或3个氨基酸残基组成的碱性肽,其中每个作为W的氨基酸或W中的每个氨基酸选自L-赖氨酸、D-赖氨酸、鸟氨酸、2,4-二氨基丁酸和2,3-二氨基丁酸;
L选自:
(R)-或(S)-NHCH(CONHMe)(CH2)4NH-;
(R)-或(S)-NHCH(CONH2)(CH2)4NH-;
(R)-或(S)-NHCH(COOH)(CH2)4NH-;
-NH(CH2)2NH-;或
-NH(CH2)3NH-;和
V选自万古霉素、万古霉素糖苷配基、脱胺基万古霉素和去甲万古霉素。
特定化合物可以是如下表2中所示的一种或多种化合物。
本发明的化合物中,涉及任选取代基。当存在任选取代基时,每个任选取代基独立选自以下各项:卤素(例如氯、氟、溴或碘)、=O、=S、-CN、-NO2、-CF3、-OCF3、烷基、烯基、炔基、卤代烷基、卤代烯基、卤代炔基、杂烷基、环烷基、环烯基、杂环烷基、杂环烯基、芳基、杂芳基、环烷基烷基、杂环烷基烷基、杂芳烷基、芳烷基、环烷基烯基、杂环烷基烯基、芳烯基、杂芳烯基、环烷基杂烷基、杂环烷基杂烷基、芳基杂烷基、杂芳基杂烷基、羟基、羟基烷基、烷氧基、烷氧基烷基、烷氧基环烷基、烷氧基杂环烷基、烷氧基芳基、烷氧基杂芳基、烷氧基羰基、烷基氨基羰基、烯氧基、炔氧基、环烷氧基、环烯氧基、杂环烷氧基、杂环烯氧基、芳氧基、苯氧基、苄氧基、杂芳氧基、芳基烷氧基、氨基、烷基氨基、酰氨基、氨基烷基、芳基氨基、磺酰基氨基、亚磺酰基氨基、磺酰基、烷基磺酰基、芳基磺酰基、氨基磺酰基、亚磺酰基、烷基亚磺酰基、芳基亚磺酰基、氨基亚磺酰基氨基烷基、-C(=O)OH、-C(=O)Ra、C(=O)ORa、C(=O)NRaRb、C(=NOH)Ra、C(=NRa)NRbRc、NRaRb、NRaC(=O)Rb、NRaC(=O)ORb、NRaC(=O)NRbRc、NRaC(=NRb)NRcRd、NRaSO2Rb、-SRa、SO2NRaRb、-ORa、OC(=O)NRaRb、OC(=O)Ra和酰基;
其中Ra、Rb、Rc和Rd分别独立选自:H、C1-C12烷基、C1-C12卤代烷基、C2-C12烯基、C2-C12炔基、C1-C10杂烷基、C3-C12环烷基、C3-C12环烯基、C1-C12杂环烷基、C1-C12杂环烯基、C6-C18芳基、C1-C18杂芳基和酰基,或Ra、Rb、Rc和Rd中的任意两个和与它们相连的原子共同形成具有3至12个环原子的杂环系。
在本发明中,当基团是C1-C12烷基时,其为饱和的直链或支链烃基或链,包括,例如,甲基,乙基,异丙基,叔丁基,庚基,异丙基,正辛基,十二烷基,十八烷基,戊基,2-乙基己基等。
在本发明中,当基团是C2-C12烷基时,其为有一个或多个碳-碳双键的不饱和直链或支链烃基,如乙烯基,丙烯基,丁烯基,1-甲基-2-丁烯基,辛烯基等。
在本发明中,当基团是C2-C12烷基时,其为有一个或多个碳-碳三键的不饱和的直链或支链烃基,例如乙炔基,1-丙炔基,1-丁炔基,庚炔基,辛炔基等。
在本发明中,当基团是卤代烷基、卤代烯基或卤代炔基时,其可以是如上所定义的烷基、链烯基或炔基,其由卤素原子取代1至3次,如氟,氯,溴或碘。当存在多个卤原子时,其可以相同或不同。
在本发明中,当基团是C1-C10杂烷基时,其为上述烷基,且其中一个或多个特别是1至3个碳原子数替换为选自N,S和O的杂原子,如甲氧基乙基,乙氧基乙基,N-乙基丙胺等。
在本发明中,当基团是C1-C10杂烯基时,其为上述烯基,且其中一个或多个特别是1至3个碳原子数替换为选自N,S和O的杂原子,如甲基乙烯基,乙氧基乙烯基,N-乙基丙烯基胺等。
在本发明中,当基团是C3-C12环烷基时,其为闭环烃基,如环丙基,环丁基,环戊基,环己基等。
在本发明中,当基团是C3-C12环烯基时,其为具有至少一个碳-碳双键的闭环烃环,如环丙烯基,环丁烯基,环戊烯基,环己烯基等。
在本发明中,当基团是C1-C12杂环时,其特别为如上述所定义的环烷基,且其中一个或多个特别是1至3的环碳原子替换为选自N,S和O的杂原子,例如哌啶基,吗啉基,四氢吡喃基,四氢呋喃基等。在本申请中,术语“杂环(heterocycle)”和“杂环基(heterocycloalkyl)”可以互换使用。
在本发明中,当基团是C1-C12杂环烯基时,其为如上定义的环烯基,且其中一个或多个特别是1至3个环碳原子替换为选自N,S和O的杂原子,如1,2,3,4-四氢吡啶,1,2-二氢吡啶基,2-吡咯,2-咪唑啉基,2-吡唑啉基等。
在本发明中,当基团是C6-C18芳基时,其为具有一个或两个芳环的单、双或三环的碳环系统,如苯基,萘基,四氢茚基,二氢茚基等。
在本发明中,当基团是C1-C18杂芳基时,其为如上定义的芳基,且其中一个或多个环碳原子替换为一个或多个特别是1至3个选自N、S和O的杂原子,如噻吩基,呋喃基,吡咯基,吡咯烷基,咪唑基,异恶唑基,三唑基,噻二唑,恶二唑基,四唑基,硫杂三唑,氧杂三唑,吡啶基,嘧啶基,吡嗪基,哒嗪基,恶嗪基,三嗪基,硫杂二嗪,1,5-[b]哒嗪基和嘌呤基,以及苯并稠合衍生物,例如苯并恶唑基,苯并噻唑基,苯并咪唑基和吲哚基等。
在本发明中,当基团是环烷基烷基时,其为以至少一个环烷基(如上述定义)取代的如上定义的烷基,如正丁基环己基等。
在本发明中,当基团是杂环基时,其为以至少一个杂环基团(如上述定义)取代的如上定义的杂环烷基烷基,例如正丁基哌啶基等。
在本发明中,当基团是杂芳基时,其为以至少一个杂芳基(如上述定义)取代的如上定义的杂芳基烷基,如4-吡啶基丁基等。
在本发明中,当基团是芳基时,其为以至少一个芳基(如上述定义)取代的如上定义的芳烷基,如4-苯基丁基等。
在本发明中,当基团是环烷基烯基时,其为以至少一个环烷基(如上述定义)取代的如上定义的烯基,如4-环己基-2-丁烯基等。
在本发明中,当基团是杂环烷基烯基时,其为以至少一个杂环基团(如上述定义)取代的如上定义的烯基,如4-呋喃基-2-丁烯基等。
在本发明中,当基团是芳基烯基时,其为以至少一个芳基(如上述定义)取代的如上定义的烯基,如4-苯基-2-丁烯基等。
在本发明中,当基团是杂芳基时,其为以至少一个杂芳基(如上述定义)取代的如上定义的杂芳基烯基,如4-吡啶基-2-丁烯基等。
在本发明中,当基团是环烷基杂烷基时,其为以至少一个环烷基(如上述定义)取代的如上定义的杂烷基,例如2-环己基-2-乙氧基乙基等。
在本发明中,当基团是杂环烷基杂烷基时,其为以至少一个杂环烷基基团(如上述定义)取代的如上定义的杂烷基,例如2-哌啶基-2-乙氧基乙基等。
在本发明中,当基团是芳基杂烷基时,其为以至少一个芳基(如上述定义)取代的如上定义的杂烷基,例如2-苯基-2-乙氧基乙基等。
在本发明中,当基团是杂芳基杂烷基时,其为以至少一个杂芳基(如上述定义)取代的如上定义的杂烷基,例如2-吡啶基-2-乙氧基乙基等。
在本发明中,当基团是羟烷基时,其为以至少一个羟基基团取代的如上定义的烷基,如4-羟基戊基等。
在本发明中,当基团是烷氧基时,其为氧代的如上定义的烷基,如甲氧基,乙氧基,丙氧基,丁氧基等。
在本发明中,当基团是烷氧基烷基时,其为以至少一个烷氧基(如上述定义)取代的如上定义的烷基氧烷基,如4-甲氧基戊基等。
在本发明中,当基团是烷基氧环烷基时,其为以至少一个烷氧基(如上述定义)取代的如上定义的环烷基,如4-甲氧环己基等。
在本发明中,当基团是烷基氧杂环烷基时,其为以至少一个烷氧基(如上述定义)取代的如上定义的杂环基,例如3-甲基哌啶等。
在本发明中,当基团是烷氧基时,其为以至少一个烷氧基(如上述定义)取代的如上定义的芳基,例如4-甲氧基苯基等。
在本发明中,当基团是烷氧杂芳基时,其为以至少一个烷氧基(如上述定义)取代的如上定义的杂芳基,如4-甲基吡啶等。
在本发明中,当基团是烷氧基羰基时,其为以如上定义的烷氧基取代的羰基,如甲氧羰基等。
在本发明中,当基团是烷基氨基羰基时,其为以烷基氨基取代的羰基,如N-丁基甲酰胺等。
在本发明中,当基团是烯氧基时,其为如上述定义的烯基取代的氧,例如丁-2-烯基氧基等。
在本发明中,当基团是炔氧基时,其为如上述所定义的炔基取代的氧,例如丁-2-炔基氧基等。
在本发明中,当基团是环烷氧基时,其为如上述所定义的环烷基取代的氧,如环己氧基等。
在本发明中,当基团是环烯氧基时,其为如上述所定义的环烯基取代的氧,如环己-3-烯基氧基等。
在本发明中,当基团是杂环烷氧基时,其为以如上述定义的杂环烷基取代的氧,例如3-哌啶基氧基等。
在本发明中,当基团是杂环烯氧基时,其为以如上述定义的杂环烯基取代的氧,如4,5-脱氢-3-哌啶基氧基等。
在本发明中,当基团是芳氧基时,其为以如上述定义的芳基取代的氧,如苯氧基等。
在本发明中,当基团是杂芳氧基时,其为以如上述定义的杂芳基取代的氧,如3-吡啶氧基等。
在本发明中,当基团是芳烷氧基时,其为以如上述定义的芳烷基取代的如上所定义的氧,如4-苯基丁氧基等。
在本发明中,当基团是烷氨基时,其为以如上述定义的烷基取代的如上定义的胺,如4-丁基氨基等。
在本发明中,当基团是酰氨基时,其为以如上述定义的酰基取代的胺,如乙酰胺等。
在本发明中,当基团是氨基烷基时,其为以如上述定义的胺取代的烷基,如4-氨基丁基等。在本发明中,当基团是芳基氨基时,其为以如上述定义的芳基取代的胺,如甲氧基等。
在本发明中,当基团是烷基磺酰基时,其为以如上述定义的烷基取代的磺酰基,如丁基磺酰基等。
在本发明中,当基团是芳基磺酰基时,其为以如上述定义芳基取代的磺酰基,如苯基磺酰基等。
在本发明中,当基团是烷基亚磺酰基时,其为以如上述定义的烷基取代的亚磺酰基,如丁基亚磺酰基等。
在本发明中,当基团是芳基亚磺酰基时,其为以如上述定义的芳基取代的磺酰基,如苯基亚磺酰基等。
在本发明中,当基团是氨基磺酰氨基时,其为以氨基磺酰基取代的氨基烷基,如氨基磺酰氨丙基等。
在本发明中,当基团是酰基时,其为通式为RCO-的一类,其中R表示以单键连接到CO的烷基或芳族基团,如甲酰基,乙酰基,丙酰基,苯甲酰基等。
药物给药
本发明的再一个方面包含式(III)化合物及其药学上可接受载体的药物组合物。
所述制剂可选地包含其它治疗成分或稀释剂。所述一种或多种载体必须是在与制剂的其他成分相容且对其接受者无害的意义上“可接受”。
适合于肠胃外或肌内给药的制剂包括:水性和非水性无菌注射溶液,其可含有抗氧化剂,缓冲剂和允许制剂与预期接受者血液等渗的溶质;以及水性和非水性无菌混悬剂,其可包括悬浮剂和增稠剂。所述制剂可以在单位剂量或多剂量容器中,例如密封的安瓿和小瓶,并且可以存储在冷冻干燥(冻干)条件下,仅需要在使用前立即加入无菌液体载体,例如水,即可用于注射。注射溶液和悬浮液可以随时用无菌粉末、颗粒和片剂制备。
应当理解的是,除了上述特别提到的成分之外,所述制剂还可以包括本领域中针对所涉制剂类型的其它常规试剂。在可能的制剂中,无菌无热原的水性和非水性溶液是优选的。
可选地,所述组合物可以配制为外用,例如软膏剂、霜剂、洗剂、眼膏剂、滴眼剂、滴耳剂、漱口水、浸渍敷料和缝合线,以及气雾剂的形式,还可以含有适当的常规添加剂,包括,例如,防腐剂、溶剂,以帮助药物渗透,以及软膏和乳膏作为润肤剂。这种外用制剂也可含有相容的常规载体,例如霜剂或软膏基质,以及乙醇或油醇以作为洗剂。这样的载体可构成所述制剂重量的约1%至约98%(按重量);更通常地,其构成所述制剂的约80%(按重量)。可选地,所述组合物可以配制为用于吸入途径给药(例如鼻内,肺内等)。这种装置包括本发明的气雾剂的吸入或其化合物的吹入。适于将本发明的化合物递送至鼻粘膜、气管和支气管的喷雾器装置、计量吸入器等在本领域中是公知的,因此将不进行详细描述。包含含有本发明化合物的微粉化组合物的可吸入干颗粒的固体颗粒组合物可以通过标准技术制备。固体颗粒组合物可选地含有用于促进气溶胶形成的分散剂。合适的分散剂为乳糖,其可以与所述化合物以任何合适的比例混合,例如1:1的重量比例。活性成分可以作为悬浮液或溶液制剂来给药,并可以涉及使用液化推进剂,例如氯氟烃化合物,如二氯氟甲烷、三氯氟甲烷、二氯四氟乙烷及其混合物。气雾剂制剂可以另外含有一种或多种共溶剂(例如乙醇),乳化剂和其它制剂表面活性剂(例如油酸或脱水山梨醇三油酸酯),抗氧化剂和合适的调味剂。可选地,所述组合物可以配制用于口服给药。口服给药可以使用含有配制成片剂、锭剂、水性或油性混悬剂、可分散粉末或颗粒、乳剂、硬或软胶囊,或糖浆剂或酏剂的本发明化合物的药物组合物来实现。这种口服组合物可以含有用于提供药学上的美观性和可口性的制剂的一种或多种增甜剂、调味剂、着色剂或防腐剂。片剂,可以包覆或未包覆,其可以配制成含有添加了无毒的药学上可接受赋形剂的活性成分,所述无毒的药学上可接受赋形剂例如是:惰性稀释剂,如碳酸钙、碳酸钠、乳糖、磷酸钙或磷酸钠;制粒剂或崩解剂,例如玉米淀粉或藻酸;结合剂,如淀粉、明胶或阿拉伯胶;以及,润滑剂,例如硬脂酸镁、硬脂酸或滑石。当使用包覆层时,该包覆层延迟在胃肠道中的崩解和吸收,从而在较长时期内提供持续作用。当该制剂是含水悬浮液时,其可以包含所述活性剂与合适赋形剂的混合物。视情况而定,所述赋形剂可以是悬浮剂(例如羧甲基纤维素钠、甲基纤维素、羟丙基-甲基纤维素、藻酸钠、聚乙烯吡咯烷酮、黄蓍树胶和阿拉伯树胶);分散剂或湿润剂;防腐剂;着色剂和/或调味剂。本发明的组合物可以通过注射进行给药,以在留置装置插入前不久实现对相关细菌的全身作用。在该装置在体内期间,可以在手术后继续进行治疗。此外,该组合物还可以用来扩大任何手术技术的围手术期覆盖,以防止伤口细菌感染。
很多骨科医生认为,具有人工关节的患者在可能产生菌血症的牙科治疗前,应考虑对其进行抗生素预防性治疗。后期深部感染是一种严重的并发症,有时会导致假体关节损失,并伴有显著的发病率和死亡率。因此,在这种情况下,有可能将所述肽或肽/药物偶联物扩展应用为预防性抗生素的替代品。
细菌感染会导致临床使用植入材料和留置装置相关的主要并发症之一。尤其是医疗器械相关性感染还经常牵连到葡萄球菌(Dankert et al 1986,CRC RevBiocompatability 2,219-301)。感染一旦建立,几乎不可能治疗,而导致植入失败。制止葡萄球菌粘附到植入物的尝试包括对假体材料的表面进行修饰,以降低蛋白质粘附;例如涂覆“非粘性”材料,例如聚四氟乙烯(PTFE),或将抗生素粘合到所述表面(Kamal et al.,1991,J.Amer.Med.Assoc.265,2364-2368)。此外,还有的设想使用非类固醇抗炎药,以防止葡萄球菌对医疗聚合物的粘附(Farber and Wolff 1992,J.Infect.Dis.166:861-865)。
对于向人类患者的给药,根据预期,该活性剂的每日剂量水平为0.01至50mg/kg,通常约1mg/kg。医师能够在任何情况下确定最适于个体患者的实际剂量,并随特定患者的年龄、体重和反应而变化。上述剂量是一般情况的示例。显然,个别情况下,可能需要使用较高或较低剂量范围,而这些都在本发明的范围之内。
除了上述的治疗之外,本发明的组合物通常还可以用作伤口治疗剂,以防止细菌粘附到伤口组织暴露的基质蛋白,特别是纤连蛋白上,以及作为抗生素预防的替代形式或与其相结合地用于牙科治疗预防用途。
可选地,本发明的组合物可用于在留置装置插入前对其进行洗浴。所述活性剂对伤口或留置装置进行洗浴的浓度优选为0.1微克/ml至10mg/ml。
本发明组合物可以用于,但不限于,下列生物体所引起的细菌感染的治疗:分枝杆菌(Mycobacterium sp);肠球菌(Enterococcus sp.);葡萄球菌(Staphylococcus sp.);链球菌(Streptococcus sp);伯氏菌(Borrelia sp.);梭菌(Clostridium sp.);放线菌(Actinomyces sp.);和肺炎球菌(Pneumococcus sp.)。
在本发明的另一个方面中,式(III)的化合物可以用作药物,或用于治疗动物或人体的方法中,特别是用于治疗由上面列出的生物体引起的细菌感染。式(III)的化合物也可用于制备用于治疗细菌感染,特别是由上面列出的生物体引起的细菌感染的药物。
化合物的合成
可以合成本发明化合物的路线是本领域公知的。通常来说,化合物可以通过将保护元件W连接至元件L,然后将元件X连接于此来合成。最后,X-W-L连接至V,并除去所有保护基团。所得化合物可以进行修饰,例如修饰L基团,来得到进一步的化合物。在一种可选的合成路线中,作为最后一步,L连接至V,且X连接到W,X-W连接到L-V。
实施例
现在将以举例的方式详细说明本发明的实施方式。
实施例1:具有Lys-OH、Lys-OMe或Lys-NHMe连接基团的化合物的通用合成途径:带溶液相糖肽偶联的固相合成
方案A:i)Fmoc-L-Lys(ivDde)-OH,DIC,HOBt,DMAP,DMF;ii)含20%哌啶的DMF;iii)Fmoc-Lys(Mtt)-OH,HBTU,DIPEA,DMF;iv)RCOOH,HBTU,DIPEA,DMF或RSO2Cl,DIEA;v)MeOH,DIPEA,DMF,50℃,过夜;vi)MeNH2,DIPEA,THF,过夜;vii)含2%H2NNH2·H2O的DMF,1h;viii)万古霉素·HCl,HBTU,DIPEA,DMSO,DMF,过夜;ix)含2%TFA,5%Et3SiH的DCM,30min;x)LiOH,二恶烷/H2O(1:1),室温,过夜。
i)将Fmoc-L-Lys(ivDde)-OH加载到HMBA Hypogel树脂上:
用无水DMF洗涤(3次)HypoGel HMBA树脂(1.0克,加载0.81mmol/g,0.81mmol)。向Fmoc-L-Lys(ivDde)-OH(2.33g,MW 574.7,4.05mmol,5eq)的无水DMF(10ml)溶液中加入羟基苯并三唑(HOBt,547mg,MW 135,4.05mmol,5eq),随后加入1,3-二异丙基二酰亚胺(DIC)(627微升,d 0.815,MW 126.2,4.05mmol,5eq),然后加入4-二甲基氨基吡啶(DMAP,30mg,MW122.17,0.3eq)。将所得溶液加入到树脂,令树脂在室温下振摇过夜。将树脂排干,用DMF洗涤(3次),甲醇洗涤(3次)和DCM洗涤(3次),并在真空中干燥。为了以乙酰残基封闭树脂,在手套箱中用无水DMF(3次)和DIPEA(848微升)洗涤该树脂,然后加入乙酸酐(307微升,d1.08,MW 102.09)并摇动1小时,然后排液,用DMF洗涤(3次),甲醇洗涤(3次)和DCM洗涤(3次),并在真空中干燥。
ⅱ)Fmoc去保护:
用含20%哌啶的DMF(14.5ml)溶液处理树脂(1.45g,0.56mmol/g)并在室温下振荡1小时。将树脂排干,用DMF洗涤(3次),甲醇洗涤(3次)和DCM洗涤(3次),并在真空中干燥。
ⅲ)与Fmoc-L-Lys(Mtt)-OH的肽偶联:
用DMF洗涤(3次)树脂(1.27g,0.64mmol/g)。向Fmoc-L-Lys(Mtt)-OH(995mg,MW624.8,1.59mmol,2.0eq)的DMF(9.5ml)溶液中加入含HBTU的DMF溶液(3.2ml,0.5M,1.59mmol),接着加入DIPEA(1107微升,d 0.742,MW 129.25,6.35mmol,7.8eq)。将溶液静置10分钟,然后加入到已洗涤的树脂中。所述树脂在室温下振荡3小时,排干,用DMF洗涤(3次),甲醇洗涤(3次)和DCM洗涤(3次),并在真空中干燥。
iv-a)与多种酸的肽偶联:
用DMF洗涤(3次)树脂(100mg,0.043mmol)。向酸的DMF溶液(1ml)中加入含HBTU的DMF(0.2ml,0.5M)溶液、DIPEA(34.9微升,d 0.742,MW 129.25,0.5M终浓度)。将溶液静置10分钟,然后加入到经DMF洗涤的树脂中。所述树脂在室温下振荡过夜,排干,用DMF洗涤(3次),甲醇洗涤(3次)和DCM洗涤(3次),并在真空中干燥。
iv-b)磺酰胺的形成:
用DMF洗涤(3次)树脂(100mg,0.43mmol/g)。向树脂中加入含十二烷基磺酰氯(17.3mg,MW268.84,1.5eq)的DMF(2ml)溶液,DIPEA(8.9微升,d 0.742,MW 129.25,1.2eq),并在室温下振荡过夜,排干,用DMF洗涤(3次),甲醇洗涤(3次)和DCM洗涤(3次),并在真空中干燥。
iv-c)与Fmoc-L-Lys(Fmoc)-OH的肽偶联:
用DMF洗涤(3次)树脂(1.89g,0.43mmol/g)。向Fmoc-L-Lys(Fmoc)-OH(1400mg,MW624.8,1.59mmol,2.9eq)的DMF(14.2ml)溶液中,加入含HBTU的DMF溶液(4.73ml,0.5M,2.37mmol,2.9eq),随后加入DIPEA(1650微升,d 0.742,MW 129.25,6.35mmol,11.7eq)。将溶液静置10分钟,然后加入洗涤树脂。所述树脂在室温下振荡3小时,排干,用DMF洗涤(3次),甲醇洗涤(3次)和DCM洗涤(3次),并在真空中干燥。然后,在步骤(ii)后除去Fmoc基团,并通过步骤(iv-a)衍生化游离胺。
v)从树脂上切割肽以得到甲酯:
用无水甲醇(2.5ml/100mg树脂)无水DMF(2.5ml/100mg树脂)和无水DIPEA((0.5ml/100mg树脂)处理该树脂,并在油浴中50℃加热过夜。将树脂排干,用DMF洗涤(3次)和MeOH洗涤(3次),并在减压下除去溶剂。
vi)从树脂上切割肽以得到甲酰胺:
用THF(3次)和DIPEA(×2)洗涤树脂,然后以含甲胺2M的THF(2ml/100mg树脂)处理,并在室温下摇动过夜。树脂通过减压抽干,然后用THF洗涤(×2),DCM洗涤(×2)和ACN洗涤(×2)。使用N2气吹去溶剂,并通过LCMS对式样进行质量控制分析。
vii)ivDde保护基团的去保护:
将肽(40mg)溶解在含2%水合肼的DMF(2.0ml)溶液中。将所得溶液在室温下搅拌30分钟,并在减压下除去溶剂。部分样品通过LCMS进行质量控制分析。
viii)与万古霉素的溶液相偶联:
用盐酸万古霉素(89mg,FW 1485.71,59.9微摩尔,1.2eq.)的无水DMF溶液(0.86ml)处理肽7(50微摩尔)的干燥DMF溶液(0.86ml)。向该溶液中加入含HBTU的无水DMF溶液(120微升,0.5M,60微摩尔,1.2eq),然后加入DIPEA36微升,d 0.742,FW 129.25,0.207微摩尔,4.1eq)。将所得溶液在室温下搅拌过夜。将试样通过LCMS分析,以确保偶联的完成,并根据需要加入额外的偶联试剂。在真空中除去溶剂。
ix)4-甲基三苯甲基的去保护:
用含2%TFA和5%TES的DCM溶液(2ml)处理万古霉素偶联化合物(50mg),并静置30分钟。减压除去溶剂,并且通过LCMS分析样品,以确保完全去保护。根据需要重复该过程。最终化合物溶解在H2O/ACN(1:1,1.0ml)中,通过0.45微米注射过滤器过滤,并通过LCMS进行分析。
x)甲酯的切割:
为了获得在C端具有羧酸的化合物,该化合物用二恶烷/水(1:1)和LiOH的水溶液(10eq.)(0.1ml,0.5M,50微摩尔)处理,并在室温下搅拌过夜。将样品冷冻干燥并溶解于H2O/ACN(1:1,1.0ml)中,通过0.45微米注射过滤器过滤,并通过LCMS进行分析。
用HPLC进行最终的纯化:将粗产物溶解在水/乙腈(1:1体积比)中,过滤,并用制备型HPLC以含0.1%TFA的水/乙腈梯度洗脱液进行纯化(Agilent Zorbax SB-Phenyl,9.4x250mm,5微米粒径,流速5mL/min,含0~100%CH3CN+0.1%TFA的H2O+0.1%TFA,经15分钟(酸衍生物)或Agilent Zorbax SB-C18,9.4x 100mm,5微米粒径,流速5mL/min,含0~100%CH3CN+0.1%TFA的H2O+0.1%TFA经30分钟(酰胺衍生物))纯化。通过LCMS分析的经ELSD具有>95%纯度的馏分合并及冷冻干燥。(下面给出的分析型HPLC为Agilent Eclipse XDB-Phenyl,4.6x 150mm,5微米粒径,流速0.5mL/min,含0~100%CH3CN+0.1%FA的H2O+0.1%FA,经13分钟)。
该化合物的种类使用高分辨率质谱(HRMS)和MS-MS分析加以证实。
实施例2.MCC000310的合成:带溶液相糖肽偶联的固相合成
实施例1中描述的标准方法应用到MCC000310的合成中。
方案1:试剂和条件:a)Fmoc-L-Lys(ivDde)-OH,DIC,HOBt,DMAP,DMF,室温,16h;b)乙酸酐,DIPEA,DMF,RT,16h;c)含20%哌啶的DMF,室温,2×30min,Fmoc-Lys(Mtt)-OH,HBTU,DIPEA,DMF,室温,3h;d)含20%哌啶的DMF,室温,2×30min,Fmoc-Lys(Mtt)-OH,HBTU,DIPEA,DMF,室温,3h。
方案2:试剂和条件:a)含20%哌啶的DMF,室温,2×30min,Fmoc-Lys(Fmoc)-OH,HBTU,DIPEA,DMF,室温,16h;b)含20%哌啶的DMF,室温,2×30min,4-苯氧基苯甲酸,HBTU,DIPEA,DMF,室温,16h。
方案3:试剂和条件:a)含2MNH2Me的THF,室温,16h;b)含2%肼的DMF,室温,1小时;c)万古霉素·HCl,HBTU,DIPEA,DMF,室温,16小时;d)含2%TFA,5%TES的DCM,室温,3×1小时。
实施例3:MCC000635的合成:带溶液相糖肽偶联的固相合成
对于MCC000635的制备,用Fmoc-L-Lys(Mtt)-OH在标准条件下处理来自实施例2中的共同中间体三肽4,得到肽10。肽10用肉豆蔻酸处理,得到烷基尾肽11,将其从树脂上切割下来,用于后续与万古霉素的溶液相偶联。
方案4:试剂和条件:a)含20%哌啶的DMF,室温,2×30分钟,Fmoc-Lys(Mtt)-OH,HBTU,DIPEA,DMF,室温,16小时;b)含20%哌啶的DMF,室温,2×30分钟,肉豆蔻酸,HBTU,DIPEA,DMF,室温,16小时。
方案5:试剂和条件:a)甲醇,DMF,DIPEA,50℃,16小时;b)含2%肼的DMF,室温,1小时;c)万古霉素·HCl,HBTU,DIPEA,DMF,室温,16小时;d)含2%TFA和5%TES的DCM,室温,2×1小时。
实施例4:MCC000223的合成:MCC000635的转化
已纯化的甲酯MCC000635(20mg),用含过量LiOH(10eq.)的二恶烷:H2O(50:50)进行处理(方案6),并用LCMS监测反应进度。该酯在稀释条件和5℃下在24小时内完全水解,以提供MCC000223。HPLC纯化产生了良好的MCC223产量(10mg)。
方案6:试剂和条件:a)LiOH,二恶烷:H2O(50:50)。
实施例5:MCC000223的合成:带固相糖肽偶联的固相合成
制备MCC223的固相路线利用了HMPB树脂(方案6)。使用酸敏感性树脂的吸引力在于,最终步骤同时移除Mtt基团并从树脂上切割最终产物。使用了Alloc保护基团来代替ivDde基团。固相路线经8个步骤产出MCC223,其在HPLC纯化后的总产率可观,为11%(>95%纯度)。
方案7:试剂和条件:a)Fmoc-L-Lys(Alloc)-OH,DIC,HOBt,DMAP,DMF,室温,16小时;漂洗然后是醋酸酐,DIPEA,DMF,室温,1小时;b)含20%哌啶的DMF,室温,30分钟,漂洗然后是Fmoc-Lys(Mtt)-OH,HBTU,HBTU,DIPEA,DMF,室温,1小时进行3个循环;c)含20%哌啶的DMF,室温,2×30分钟,漂洗,然后是肉豆蔻酸,HBTU,DIPEA,DMF,室温,1小时;d)Pd(PPh3)4,苯基硅烷,DCM,20小时;e)万古霉素,HBTU,DIPEA,DMF,18小时;f)含2%TFA、5%TES的DCM,30分钟。
实施例6:MCC000455的合成:带溶液相糖肽偶联的固相合成以产生具有Lys-NH2连接基团的化合物
方案8:试剂和条件:a)含20%哌啶的DMF,室温,30分钟,漂洗,然后是Fmoc-L-Lys(Boc)-OH,HBTU,DIPEA,DMF,室温;b)含20%哌啶的DMF,室温,30分钟,漂洗,然后是Fmoc-Lys(ivDde)-OH,HBTU,DIPEA,DMF,室温;c)含20%哌啶的DMF,室温,2×30分钟,漂洗,然后十一酸,HBTU,DIPEA,DMF,室温,1小时;d)20%TFA,5%TES,DCM;e)万古霉素,PyBOP/HBTU,DIPEA,DMF/DMSO;e)含2%肼的DCM。
Rink Amide AM树脂的Fmoc去保护:
Rink Amide AM树脂(负载0.94mmol/g,300mg)用含20%哌啶的DMF(6.0ml)处理,并在室温下振荡30分钟以除去Fmoc保护基。将树脂排干,用DMF洗涤(3次),甲醇洗涤(3次),和DCM洗涤(3次)。
Rink Amide AM树脂装载Fmoc-L-Lys(Boc)-OH:
将Fmoc-L-Lys(Boc)-OH(703mg)溶解在DMF(3.0ml,0.5M)中。加入HBTU的DMF溶液(3.0ml,0.5M),然后加入DIPEA(523微升)。该溶液在室温下静置10分钟,然后加入到已经用DMF事先洗涤三次的树脂上。然后将树脂在室温下振荡1小时,排干并用DMF洗涤(3次),甲醇洗涤(3次)和DCM洗涤(3次)。
Fmoc去保护:
该树脂用在DMF中的20%哌啶(6.0ml)处理,并在室温下振荡30分钟。将树脂排干,用DMF洗涤(3次),甲醇洗涤(3次),和DCM洗涤(3次)。
与Fmoc-L-Lys(ivDde)-OH的肽偶联:
制备含Fmoc-L-Lys(ivDde)-OH(423mg)的DMF(4.5ml,0.167M)。向其中加入含HBTU的DMF溶液(1.5ml,0.5M),然后加入DIPEA(261微升)。该溶液在室温下静置10分钟,然后加入到已用DMF先洗涤三次的树脂中。然后将树脂在室温下振荡2小时,排干,用DMF洗涤(3次),甲醇洗涤(3次)和DCM洗涤(3次)。重复此步骤。
重复Fmoc去保护和与Fmoc-L-Lys(ivDde)-OH偶联的步骤,然后是又一Fmoc去保护。与十一酸偶联:
将含十一酸(279mg)的DMF(3.0ml)溶液与含HBTU的DMF溶液(3.0ml,0.5M)和DIPEA(523微升)混合。该溶液在室温下搅拌10分钟,然后加入到预先用DMF洗涤三次的树脂中静置。树脂在室温下振荡1小时,排出并用DMF洗涤(3次),甲醇洗涤(3次)和DCM洗涤(3次)洗涤。将树脂在真空中干燥。对5mg树脂进行切割反应来检查反应程度。将树脂溶解于1.0ml乙腈中,通过0.45微米的注射器式过滤器过滤,并通过LCMS进行分析。LCMS分析:T 9.088min,ELSD测定为80%,(M+H)+982.5,(M+2+)2+491.9,(M+3H)3+328.3。
Rink Amide AM树脂的切割反应和Boc去保护:
制备含20%TFA、5%三乙基硅烷的DCM(6.0ml)溶液并加入到树脂(300mg)中30分钟。通过过滤除去树脂,并用DCM洗涤(3次)和乙腈洗涤(3次)。在真空中除去溶剂。该树脂溶解于1:1ACN/H2O并冷冻干燥。
与万古霉素的溶液相偶联:
在手套箱中,将肽(40mg,40.7微摩尔)溶解在无水DMF(0.7ml,58.1mM)中。含万古霉素·HCl(72mg,FW1485.71,48.8微摩尔,1.2eq.)的无水DMSO(0.7ml,69.7毫摩尔)加热直至溶解,溶液澄清。将溶液冷却至室温,并加入到该肽。加入98微升含HBTU(95mg,FW 379.3)的无水DMF(0.5ml,0.5M)溶液,随后加入DIPEA(29微升,4.1eq.)并搅拌过夜。LCMS分析:Rt7.189分钟,ELSD测定为25%,(M+2H)2+1207.4,(M+3H)3+805.3,(M+4H)4+604.4。
ivDde去保护:
万古霉素衍生物用1.0ml含2%一水合肼的1:1DMF/DMSO进行处理,并在室温下搅拌过夜。为了检查反应程度,在30分钟、2小时和过夜后,将20微升溶液溶解在0.8ml 1:1ACN/H2O中并通过LCMS分析。LCMS分析:期望产物的保留时间(Rt)为5.388分钟,ELSD测定为50%,(M+2H)2+1000,(M+3H)3+667.8,(M+4H)4+501;仅除去了一个ivDde,Rt 6.376min,ELSD测定为20%,(M+2H)2+1103,(M+3H)3+736.5,(M+4H)4+552.6。然后在35℃和高真空下过夜除去溶剂。
最终产物的纯化:
将粗产物溶解于水/ACN,并使用Shimadzu制备型HPLC纯化。将纯化产物冷冻干燥,得到白色粉末,19mg,为基于切割的肽量的19%。
实施例7:产生具有非支化二胺连接基团的化合物的通用过程:带溶液相糖肽偶联的固相合成
方案9:试剂和条件:ⅰ)Fmoc-L-Lys(Mtt)-OH,DIC,HOBt,DMAP,DCM,DMF;ⅱ)含20%哌啶的DMF,室温,30分钟;ⅲ)Fmoc-L-Lys(Mtt)-OH,HBTU,DIPEA,DMF,室温;ⅳ)RCOOH,HBTU,DIPEA,DMF或RSO2Cl,DIEA;ⅴ)NH2(CH2)mNH2,DIPEA,DMF,50℃;ⅵ)万古霉素,HBTU,DIPEA,DMF/DMSO;vii)2%TFA,5%TES,DCM。
1,3-二氨基丙烷和1,2-二氨基乙烷介导的Hypogel HMBA树脂切割反应的通用过程:
含1,3-二氨基丙烷或1,2-二氨基乙烷的DMF溶液(2.0M,2.0ml/100mg树脂)加入到装有树脂的玻璃样品瓶中。将样品瓶良好密封,并加热至50℃过夜。将树脂和溶液转移到固相反应管。收集滤液,树脂用DMF洗涤(3次),甲醇洗涤(3次)和乙腈洗涤(3次)。洗涤液与滤液合并并在减压下除去溶剂,得到作为C端氨基酸烷基酰胺的粗脂肽。粗脂肽不经进一步纯化,用于与万古霉素的溶液相偶联反应。
实施例8:MCC000344的合成:带溶液相糖肽偶联的固相合成
Fmoc-L-Lys(Mtt)-OH加载到HMBA Hypogel树脂上:
1.5克HMBA Hypogel树脂(负载:0.81mmol/g)用DMF洗涤(3次)。在15mL DMF中制备Fmoc-L-Lys(Mtt)-OH(3.8g,MW 624.8g/mol,5eq)溶液。将羟基苯并三唑(HOBt)(0.82g,MW135,5eq),N,N-二异丙基碳二亚胺(DIC)(941微升,MW 126.2g/mol,5eq.)和4-二甲基氨基吡啶(DMAP)(44.5mg,MW 122.17)加入到氨基酸溶液中。将该溶液加入到预先洗涤的树脂中,并在室温下振摇过夜。将树脂排干,用DMF洗涤(3次),甲醇洗涤(3次)和DCM洗涤(3次),真空干燥。
Fmoc保护基团的去保护:
250mg树脂用DMF预洗涤(3次),用2.5ml含20%哌啶的DMF(1.0ml/100mg树脂)处理,并在室温下摇动一小时。将树脂排干,用DMF洗涤(3次),甲醇洗涤(3次)和DCM洗涤(3次),真空干燥。
氨基酸与树脂结合肽的偶联:
制备含Fmoc-L-Lys(Mtt)-OH(1539mg,MW 624.8g/mol,2eq)的14.75mL的DMF溶液(1539mg,分子量624.8克/摩尔,2eq.)。将HBTU的无水DMF溶液(0.5M,4.92ml)和DIPEA(1713微升,MW 129.25)加入到氨基酸溶液中。将该溶液在室温下静置10分钟,然后加入到预先洗涤的树脂中,并在室温下振摇过夜。将树脂排干,用DMF洗涤(3次),甲醇洗涤(3次)和DCM洗涤(3次),真空干燥。
Fmoc保护基团的去保护:
250mg树脂用DMF预洗涤(3次),用2.5ml含20%哌啶的DMF(1.0ml/100mg树脂)处理,并在室温下摇动一小时。将树脂排干,用DMF洗涤(3次),甲醇洗涤(3次)和DCM洗涤(3次),真空干燥。
可插入元件与树脂结合肽的偶联:
制备以1.13ml DMF制备十一酸(105mg,MW 186.29g/mol 5.1eq)溶液和以干燥DMF(1.13ml,0.5M,5.1eq.)制备HBTU溶液。将HBTU溶液加入到十一酸溶液中,随后加入DIPEA(196微升,MW 129.25g/mol,d 0.742,10.2eq)。将该溶液在室温下静置10分钟,然后加入预洗涤的树脂(225mg)并在室温下振摇过夜。将树脂排干,用DMF洗涤(3次),甲醇洗涤(3次)和DCM洗涤(3次),真空干燥。
用1,3-二氨基丙烷进行树脂切割反应:
25mg树脂用0.75ml 1,3-二氨基丙烷和0.15ml DIPEA处理。将反应混合物在室温下搅拌过夜。收集切割的肽和树脂的DCM(3次)、甲醇(3次)和ACN(3次)洗液。在真空中蒸发并干燥溶剂。
肽和万古霉素的溶液相偶联:
以1.05ml无水DMSO制备万古霉素·HCl的溶液(195.76mg,MW 1485.7g/mol,0.125M,1.2eq)。需要进行温和加热以充分溶解万古霉素。所观察到的颜色从粉红色变成淡棕色。将含HBTU的无水DMF(0.26mL,MW 379.3g/mol,0.5M 1.2eq)加入到该万古霉素溶液中,接着加入DIPEA(78.42微升,MW 129.25g/mol,4.1eq)。将该溶液加入至肽,并在室温下搅拌过夜。在高真空下将万古霉素衍生物蒸干。
Mtt保护基的去保护
将20ml含2%TFA、5%三乙基硅烷的干燥DCM溶液加入到万古霉素衍生物(200mg)中。该溶液在室温下搅拌30分钟。在真空中蒸发并干燥溶剂,最终产物MCC000344通过制备型HPLC进行纯化。
实施例9:用三唑连接的化合物的合成:用溶液相糖肽偶联的固相合成,以产生MCC000453
方案10:试剂和条件:ⅰ)含20%哌啶的DMF,室温;ⅱ)Fmoc-L-propargylglycine-OH,HBTU,DIPEA,DMF,室温;ⅲ)Fmoc-L-Lys(Boc)-OH,HBTU,DIPEA,DMF,室温;ⅳ)十一酸,HBTU,DIPEA,DMF,室温;v)20%TFA、5%TES,DCM;ⅵ)CuSO4,NaAsc,DMF,H2O。
Rink Amide AM树脂的Fmoc去保护:
Rink Amide AM树脂(负载0.81mmol/g,300mg)用含20%哌啶的DMF(6.0ml)处理,并在室温下振荡30分钟以除去Fmoc保护基。将树脂排干,用DMF洗涤(3次),甲醇洗涤(3次),和DCM洗涤(3次)。
向Rink Amide AM树脂装载FMOC-L-炔丙基甘氨酸:
将Fmoc-L-炔丙基甘氨酸溶解于DMF(4.5ml,0.5M)中。加入含HBTU的DMF(1.5ml,0.5M)溶液,然后加入DIPEA(0.5M终浓度)。该溶液在室温下静置10分钟,然后加入到已经用DMF预先洗涤三次的树脂中。然后将树脂在室温下振荡过夜,排干,用DMF洗涤(3次),甲醇洗涤(3次),和DCM洗涤(3次)。
Fmoc去保护:
该树脂用含20%哌啶的DMF(6.0ml)处理,并在室温下振荡30分钟。将树脂排干,用DMF洗涤(3次),甲醇洗涤(3次),和DCM洗涤(3次)。
与Fmoc-L-Lys(Boc)-OH的肽偶联:
制备含Fmoc-L-Lys(Boc)-OH(703mg)的DMF溶液(3.0ml,0.5M)。向其中加入含HBTU的DMF溶液(3.0ml,0.5M),然后加入DIPEA(523微升)。该溶液在室温下静置10分钟,然后加入到已经用DMF预先洗涤三次的树脂中。然后,将树脂在室温下振荡1小时,排干并用DMF洗涤(3次),甲醇洗涤(3次),和DCM洗涤(3次)。
Fmoc去保护:
该树脂用含20%哌啶的DMF(6.0ml)处理,并在室温下振荡30分钟。将树脂排干,用DMF洗涤(3次),甲醇洗涤(3次),和DCM洗涤(3次)。
与十一酸偶联:
将十一酸(279mg)的DMF(3.0ml)溶液与含HBTU的DMF溶液(3.0ml,0.5M)和DIPEA(523微升)混合。该溶液在室温下搅拌10分钟,然后加入到预先用DMF洗涤三次的树脂中静置。树脂在室温下振荡1小时,排干并用DMF洗涤(3次),甲醇洗涤(3次),和DCM洗涤(3次)。将树脂在真空中干燥。
Rink Amide AM树脂的切割反应和Boc去保护:
制备含20%TFA、5%三乙基硅烷的DCM(0.5ml)溶液并加入到树脂中静置30分钟。通过过滤除去树脂,并用DCM洗涤(3次)和乙腈洗涤(3次)。在真空中除去溶剂。该树脂溶解于1:1ACN/H2O并冷冻干燥。将1mg试样溶解在1.0ml乙腈中,通过0.45微米注射过滤器过滤,并通过LCMS进行分析:–Rt 6.38min,90%by ELSD,(M+H)+537.3,(M+2H)2+269.2。
叠氮烷胺万古霉素的制备:
万古霉素叠氮化物衍生物的溶液相偶联(“点击(Click)”反应):
将万古霉素叠氮化物类似物(1.5mg,1微摩尔)溶解在H2O中。向该溶液中加入CuSO4.5H2O(0.5mg,2微摩尔)和抗坏血酸钠(1mg,5微摩尔)。将所得溶液加入到肽(0.5mg,1微摩尔)的DMF(250微升)溶液中,然后在微波下80℃加热10分钟。将0.125ml溶液与0.375ml的1:1ACN/H2O混合,通过0.45微米的注射器式过滤器过滤,并通过LCMS进行分析:Rt5.522min,ELSD测定为70%,(M+2H)2+1034.3,(M+3H)3+690,(M+4H)4+517.7。将该粗产物溶解于水/CAN并使用Shimadzu制备型HPLC纯化,通过冷冻干燥产生白色粉末,1.3mg,为基于切割的肽量的16%。LCMS:Rt 5.57 95%(ELSD)[M+2H]2+1033.8,[M+3H]3+690.2,[M+4H]4+517.8。
实施例10:合成化合物总结
化合物通过一种或多种上述路线或其变型来合成。本合成领域的普通化学技术人员能够理解,所述过程中的变化仍然会产生期望产物,无论是改变所用反应试剂(例如替换用于酰胺键形成的替代性偶联试剂),或通过改变保护基团的放置、类型和去除顺序,或者通过改变元件组装顺序。
表1:元件X的缩写的对应结构
表2:化合物结构总结
*Va=-CO-万古霉素,Vb=-CO-脱胺基万古霉素,*Vc=-CO-万古霉素糖苷配基,Vd=-CO-A40926(http://aac.asm.org/content/31/12/1961.abstract),Ve=-CO-特拉万星。
表3:合成化合物的表征
抗菌活性的测定针对若干细菌菌株测试了化合物的抗微生物活性,包括金黄色葡萄球菌(MRSA ATCC 43300,GISA NRS17,VISA NRS1,MRSA临床分离株,达托霉素抗性临床分离株),肺炎链球菌(MDR ATCC 700677),粪肠球菌(Enterococcus faecalis)(VANA临床分离株)和屎肠球菌(Enterococcus faecium)(MDR Van A ATCC 51559)。
所有化合物均是将1mM浓度的储备溶液用水制备为160微克/ml溶液。
MIC分析:
将化合物连同标样抗生素一起在96孔非结合表面板(NBS,Corning)的孔中进行两倍连续稀释。标样的范围为从64微克/ml至0.03微克/ml,化合物则为8微克/ml至0.003微克/ml,每孔的最终体积为50微升。将革兰氏阳性菌在37℃下于Muller Hinton肉汤(MHB)(Bacto laboratories,Cat.no.211443)中培养过夜。然后,各培养物的样品用新鲜MHB肉汤稀释40倍,并在37℃下培养2-3小时。所得对数中期培养物稀释至5x10e5 CFU/ml的最终浓度,然后取50微升加入到含有化合物的96孔板的每个孔中。所有的板均覆盖并在37℃下培养24小时。MIC表示无可见生长的最低浓度。
MBC分析:
为测定最小杀菌浓度(MBC),在确定了MIC值之后,取30微升刃天青(Resazurin)(0.01%)添加至96孔板的每个孔中。然后将化合物在37℃下再培养18至24小时。蓝色染色的孔表示微生物死亡,而粉红色染色表示微生物存活。MBC值是通过蓝色着色孔的最低浓度来确定的。
检测与分析:
在培养24小时时目视测定MIC值,且MIC定义为培养后无可见生长的最低浓度。MIC和MBC均仅通过目测来确定。
生物学结果总结
如上测定的对三个代表性细菌菌株的抗菌活性总结在下表中。
表4:化合物的最小抑制浓度(MIC)
人血浆中的化合物稳定性
人类血浆稳定性测定,是根据改进后的“Di,L.;Kerns,E.H.;Hong,Y.;Chen,H.Development and application of high throughput plasma stability assay fordrug discovery(International Journal of Pharmaceutics 2005,297,110-119”所述方法进行的。
简单而言,从1mM储备溶液制备受试化合物(20μM)。使用前,人血浆样品(200微升)用160微升磷酸盐缓冲盐水(PBS,pH 7.4)稀释至50%v/v的浓度。然后,将溶液涡旋振荡并放置在37℃摇床上轻轻摇动10分钟。然后,取40微升受试化合物加入到血浆样品中并涡旋。在反应时间t=0小时,加入,立即转移50微升样品到微量离心管中并用150微升冷乙腈猝灭。剩余的血浆溶液在37℃下振荡培养。在0、1、3、6和24小时的时间点上收集其他样品,由此取出50微升小份试样并用150微升冷乙腈猝灭。所有样品置于4℃冰箱中10分钟,然后以3000rpm离心15分钟。将上清液(100微升)转移至玻璃样品瓶内插管用于LCMS分析,得到了各个时间点上相对于时间点0小时的试样的剩余测试化合物百分比。
实验方案:
化学品:DMSO,乙腈和磷酸盐缓冲盐水(PBS pH7.4,等渗)。
血浆:人血浆(合并正常人血浆肝素抗凝50ml(IPLA-2N-04批次IR09-1001,源自Innovative Research和BioCore进口)。
耗材:微量离心管(尤卡托品和万古霉素),低结合微量离心管(用于化合物)和Agilent HPLC玻璃样品瓶和内插管。
设备:37℃摇床,旋涡振荡器,离心机和LC-MS。
储备液:
所有化合物在100%水中(400微升化验体积中含40微升,相当于20μM)
尤卡托品:在100%DMSO中300微克/ml(400微升化验体积中含10微升,相当于23μM)。
血浆稳定性分析流程
制备仅含缓冲液的对照样:
化合物:将40微升万古霉素衍生物溶液分别加到含160微升PBS(pH 7.4)的微量离心管中。加入冷乙腈600微升,将管进行涡旋振荡并转移至玻璃样品瓶中用于LC-MS分析。
50%血浆和PBS缓冲液在时间0、1、3、6和24小时的血浆稳定性实验方案:
尤卡托品:取血浆200微升和缓冲液190微升进行涡旋,在37℃下振荡10分钟。然后加入尤卡托品溶液10微升并涡旋所述管。将50微升小份试样立即转移到微量离心管中,加入冷乙腈150微升并将管转移到4℃冰箱中10分钟。然后将剩余的血浆溶液转移到培养箱中,并在37℃下振荡。将管从冰箱中取出,以3000rpm离心15分钟,取100微升上清液转移到玻璃样品瓶内插管中用于LC-MS分析。如上所述在1、2、3、6和24小时处理50微升小份试样,并取5微升注入到三重四极杆质谱系统中进行分析。
万古霉素衍生物:取血浆200微升的和缓冲液160微升进行涡旋,并在37℃振荡10分钟。然后加入化合物40微升,并如上所述处理样品。
表5:与50%人血浆培养24小时后的剩余化合物
谷胱甘肽存在时的化合物稳定性
根据如下实验方案评估存在生理浓度的谷胱甘肽时的化合物稳定性:取20微升的1mM受试化合物储备溶液加入到含180微升的谷胱甘肽(还原形式)PBS溶液的塑料HPLC内插管中,得到100μM的化合物终浓度,且谷胱甘肽为5mM或0.5mM。将样品放置在HPLC取样架上,每隔一小时进行取样直至10小时。在注射前小心地即时制备样品。然后,以UV面积作图得到化合物随时间的损失。相对于0小时的总万古霉素衍生物进行百分比作图。结果如图1所示。
小鼠中的化合物药代动力学模式
体内实验测定:用于本研究的是体重25-35g的七到九周龄雄性CD1小鼠(SLAC实验动物有限公司,上海,中国),在使用前驯化大约3天。动物在驯化及其生命研究期间分组安置,依照美国国家研究委员会(National Research Council)“实验动物照顾与使用指南(Guide for the Care and Use of Laboratory Animals)”的规定。动物室环境受控(目标条件:温度18~26℃,相对湿度30~70%,12小时人造光和12小时黑暗),每天监测温度和相对湿度。在制剂给药前,动物禁食约16小时,然后,在给药经过4小时之后,允许其任意进食认证啮齿类动物食物(Certified Rodent Diet,目录号M-01F,上海SLAC实验动物有限公司)。水在高压灭菌之后方提供给所述动物随意饮用。化合物制剂在给药当天早上制备。IV组的制剂在给药于动物之前用0.22微米的过滤器过滤。剂量制剂配制后,从每个剂量制剂中取出重复的50微升小份用于剂量验证。
对于每一受试化合物,取每设施3只小鼠进行静脉内给药(IV),每只动物依标准操作规程(SOPs),通过尾静脉给予以去离子水配置为1mg/ml的试验物质,其剂量体积为2ml/kg,提供的剂量为2mg/kg(基于游离碱浓度)。另取每设施3只小鼠进行皮下给药(SC),每只动物依标准操作规程,在各动物背部皮下推注以去离子水配置为2mg/ml的试验样品,其剂量体积为5ml/kg,提供的剂量为10mg/kg
所有动物均在最后一次研究时间点上安乐死(将100%CO2引入动物箱)。
样品采集:各剂量施用后,在以下目标时间收集血浆样品:
IV采样时间点(给药后小时):0,0.083,0.25,0.5,1,2,4,8,24。
SC采样时间点(给药后小时):0,0.25,0.5,1,2,4,8,24。
对于前几个时间点,通过下颌下或隐静脉获得约30微升血液。对于最后一个时间点,在麻醉(将100%CO2引入动物箱)小鼠后,通过心脏穿刺收集样品。所有血液样品转移到含有2微升作为抗凝血剂的K2-EDTA(0.5M)的预冷塑料微离心管内,并置于湿冰上直至离心。收获的血样以7000rpm在采集后30分钟内,以4℃离心约10分钟。离心后,将血浆转移到另一个预标记且预冷的聚丙烯微离心管中,然后在干冰上速冻,并储存在-70±10℃下,直到进行LC/MSMS分析。
样品分析:
给药制剂验证:在各剂量制剂的中间位置,采集制剂等分试样一式两份。制定LC-UV方法,使用由6个校准标样组成的校准曲线。剂量制剂样品中的试验化合物浓度通过LC-UV方法测定。对于分析测试的接受标准:6个校准标样中至少5个应该在标称值的20%以内。
血浆样品:使用内部标准制定了用于定量测定研究所用动物血浆中的试验物质的LC-MS/MS分析方法。小鼠血浆中的化合物的实验台稳定性,以QC中间浓度一式三份,在0、2小时处,室温下进行测定。使用T2/T0样品的平均峰面积比率来测定稳定性。如果平均峰面积比率在80%~120%内,则认为血浆中的试验物质在室温下2小时内稳定。用于LC-MS/MS方法的标准曲线由8个非零校准标样组成,其目标LLOQ≤3ng/mL。一组QC样品由3个浓度水平(低,中,高)组成。使用LC-MS/MS方法,用一组校准标样和两组QC样品同时进行样品分析。血浆生物分析试验的接受标准:最少6个校准标样回溯计算为其标称浓度的±20%之内;且6个QC样品中最少4个应回溯计算为其标称浓度的±20%之内。分析物干扰:的平均计算浓度应≤0.5倍LLOQ。残留:在最高标样注射后的单个空白基质中的即刻平均计算残留浓度应当≤LLOQ。
数据分析:使用WinNonLin非房室模型(Phoenix WinNonlin 6.2.1,Pharsight,Mountain View,CA)分析了来自动物个体的血浆浓度随时间的数据。对药代动力学参数C0,T1/2,CL,VDSS,Cmax,Tmax,AUC0-last,AUC0-inf,%F,MRT0-last,MRT0-inf及血浆浓度的时间变化曲线进行了推导,如图2所示。
小鼠大腿感染模型中的化合物疗效概述:成年(8周龄)雌性CD1小鼠在注射前4天和1天进行两次环磷酰胺注射以形成中性粒细胞减少。将105cfu MRSA(菌株ATCC 43300)接种体肌内注射到所有小鼠的左、右大腿。感染开始后两小时,将盐水、万古霉素或本发明化合物在后腰处皮下注射。又两小时后,从尾出血获得血液50微升样品,以分析抗菌化合物的存在。在感染后24小时,安乐处死小鼠并再次收集血液样品用于化合物分析。然后取下大腿,称重并在固定体积盐水中匀浆。将匀浆溶液过滤、稀释并接种到琼脂平板上,37℃培养过夜。使用菌落计数确定大腿匀浆物中的cfu、cfu/大腿和大腿的Ccfu/g。
化合物制备:将环磷酰胺一水合物(Sigma公司)溶于无菌生理盐水至30mg/ml浓度。同样地,将万古霉素(Sigma)和MCC化合物也溶于无菌盐水中,分别得到60mg/ml和18.5mg/ml的最终浓度。所有化合物均在低结合微量离心管中制备,并保持在-20℃下直至使用。体内实验测定:八周龄雌性远交系CD1小鼠(UQBR-AIBN)通过在实验感染前4天(150mg/kg)和1天(100mg/kg)腹膜内注入两剂环磷酰胺而使得中性粒细胞减少。通过肌肉注射含对数期早期MRSA菌悬液50微升(约2×106个/ml)的生理盐水到两大腿的肌肉中,建立使用MRSA的感染模型。两小时后,用单剂量万古霉素(200mg/kg)或本发明化合物(25mg/kg)通过皮下注射在肩胛间(后颈部区域)给药。未处理动物接受等效体积盐水(Baxter)。在给药期间和给药后,监控小鼠的正常行为(即梳洗,吃,喝,睡和警觉性)迹象。盐水/抗菌剂处理后两小时,通过尾切口收集0.05ml血液。MRSA感染后24小时,对小鼠实施安乐死,并通过心脏穿刺从心脏采集血液(生理盐水组)或从尾切口采集血液(万古霉素和MCC化合物处理组),如图1所示。对于每一小鼠,通过在髋关节和膝关节进行腿部切割来采集两大腿,置于10ml冷无菌盐水中,并记录各大腿的个体重量。
可注射MRSA溶液的制备:取出-80℃下储藏的MRSA传代培养细菌分离物(ATCC43300),并在琼脂平板上新鲜接种过夜(O/N)生长。从过夜培养制备物中,取单菌落稀释到10-12mL Mueller Hinton肉汤(MHB)中,并在37℃下培养过夜。通过在10ml MHB中添加100微升过夜传代培养物,得到对数期传代培养物,并再培养2-3小时。最后,测定该细菌悬浮液的OD 600值,并外推每毫升菌落形成单元(cfu/mL)。通过洗涤(3220xg,10分钟)获得细菌细胞悬浮液在盐水中的充分稀释液,并测定在盐水中的OD 600。然后相应地稀释悬浮液,以获得2x106 cfu/mL溶液(即105cfu每50微升/大腿)。
注射MRSA溶液的定量:为了能够建立MSRA注射溶液中所含的实际cfu/mL与根据OD600读数的估算cfu/mL之间的相关性,进行了该MSRA注射溶液的标准平板计数。因此,将10微升可注射MRSA悬浮液稀释至10~1000倍,每一稀释液铺板到琼脂平板上,并37℃培养24小时。从估算为2x106 cfu/mL的溶液,其1:1000稀释液中发现了18cfu/10微升,由此得到实际注射MRSA溶液的终浓度为1.8x106 cfu/mL。
血清样品制备:用Lithium-Heparin (Sardest)或使用肝素涂覆的注射器,在盐水/万古霉素/MCC处理后2小时(尾切口)和22小时(心脏穿刺或尾部切口)取血样。所有样品保持在4℃下,并10000xg离心15分钟。收集血清并保存在-80℃直至使用。
大腿匀浆物和CFU测定:使用Polytron MR2500E用200mm探针(均为Kinematica)将大腿以20000rpm匀浆15秒。使用100微米孔径的过滤器(BD)过滤匀浆溶液,并取1ml滤液溶液置于冰上,迅速进行连续稀释(1:10和1:100),并接种到适当的营养琼脂板(Bactolaboratories)中,37℃下培养过夜。第二天,对菌落进行计数,并基于所述平板计数和稀释系数计算cfu/大腿和cfu/g。
代表性结果如图3所示,且结果总结在如下表6中。
表6:小鼠大腿感染模型中的化合物疗效
化合物在小鼠肺部感染生存模型(肺炎链球菌)中的疗效
使用了各组各10只的重量为22±2g的雄性无特异病原体ICR小鼠。通过用悬浮在20μL BHI中的LD90-100剂量(2.96x 106CFU/小鼠)的肺炎链球菌(ATCC6301)进行气管内接种,来诱导急性肺炎。载体(10mL/kg)、万古霉素和测试物质(25mg/kg)分别在感染2小时后皮下给药。接种后10天内,每天记录死亡率。相对于载体对照组,存活率增加了50%或以上(≥50%),表明了显著的抗感染活性。
结果如图4中所示。
Claims (15)
1.具有通式(VI)的抗菌化合物X–W–L–V,或其药学上可接受的盐或前药:
其中:
X是与W的N端连接的亲脂性基团,且该X为基于碳原子并具有如下参数:
具有3至60个碳原子,若存在任何脂环或芳环,则所述脂环或芳环的碳原子亦包含在内;
为直链或支链,且在其为支链时,包含1至3个分支点;
饱和或不饱和,且在其为不饱和时,包含1至8个双键或三键;
可选地,具有最多6个独立地选自S、O或N且并非包含在酸性取代基中的杂原子,若存在芳环,若芳环中存在杂原子,则芳环中的杂原子不包含在内;
可选地,包含一个或多个芳环,一个或多个稠环芳环、或一个或多个芳环或稠环芳环,且每个所述芳环或稠环芳环包含0、1、2或3个杂原子,所述杂原子若存在时独立地选自N、O或S;和
可选地,具有1至6个选自羟基、氨基、甲基、甲氨基和卤素的取代基;
W是碱性氨基酸或由2至10个氨基酸组成的碱性肽,其中W不是或不含任何具有含硫侧链的氨基酸;
L是:
(i)通式为–NH-(CH2)2-NH-、–NH-(CH2)3-NH-、–NH-(CH2)4-NH-、–NH-(CH2)2-NH-(CH2)2-NH-、–NH-(CH2)2-O-(CH2)2-NH-、–NH-(CH2)3-O-(CH2)3-NH-、-NH-(1,4-Ph)-CH2-NH-、-NH-(1,3-Ph)-CH2-NH-、-NH-(1,4-cHex)-CH2-NH-或-NH-CH2-(1,4-cHex)-CH2-NH-的连接基团;或
(ii)通式为–NH-CH(R1)-(CH2)q-NH-的连接基团,其中:
q是选自0、1、2、3、4和5的整数;和
R1是–(CO)OH、-(CO)OMe、-(CO)NH2、-(CO)NHNH2、-(CO)NHMe、-(CO)NHEt、-(CO)N(Me)2、–(CO)NHBn或–(CO)R5,或任选取代的C1-C12杂环或任选取代的C1-C18杂芳基部分;和
R5是任选取代的C1-C12杂环或任选取代的C1-C18杂芳基部分;
R7是氢、碳水化合物或氨基碳水化合物,包括但不限于4-表-万古胺基、actinosaminyl或ristosaminyl;
R8是氢、OH或-O-甘露糖;
R9是-NH2、-NHCH3或-N(CH3)2;
R10是-CH2CH(CH3)2、[对-羟基,间氯]苯基、对-鼠李糖-苯基、[对-鼠李糖-半乳糖]苯基、[对-半乳糖-半乳糖]苯基、[对-CH3O-鼠李糖]苯基,或通过[对-羟基,间-(O-{间-OH,间-R11}苯基)]苯基连接到R11而形成环系;
R11是-CH2-(CO)NH2、苄基、[对-羟基]苯基、[对-羟基,间氯]苯基、[对-羟基,间氯]苯基,或通过[间-羟基,m-(O-{o-OH,m-R10}苯基)]苯基连接到R10而形成环系;
R12是氢或甘露糖;
R13是氢、OH或CH2NHCH2PO3H2;
R14是氢、β-D-吡喃葡萄糖、β-D-葡糖胺、2-O-(α-L-vancosaminyl)-β-D-吡喃葡萄糖、2-O-(α-1-4-表-vancosaminyl)-β-D-吡喃葡萄糖、(α-actinosaminyl)-β-D-吡喃葡萄糖,(α-ristosaminyl)-β-D-吡喃葡萄糖,或(α-acosaminyl)-β-D-吡喃葡萄糖,或其中任一项所述葡糖胺或吡喃葡萄糖基团在其伯氨基上由R17任选取代,其中:
R17为有机侧链部分,选自氢、任选取代的C1-C12烷基、任选取代的C2-C12烯基、任选取代的C2-C12炔基、任选取代的C1-C12杂烷基、任选取代的C1-C10杂烯基、任选取代的C3-C12环烷基、任选取代的C2-C12杂环烷基、任选取代的C6-C18芳基和任选取代的C1-C18杂芳基;和
R15和R16独立选自氢或氯。
2.根据权利要求1所述的化合物,其特征在于,所述X的通式为R27CO-,其中R27是具有3至15个碳原子的亲脂性基团,其中所述亲脂性基团为:
直链或支链,或直链或支链且包括脂环或芳环,所述基团中的碳原子总数包含任一所述环中的碳原子;
饱和或不饱和,且在其不饱和时包含1至4个双键或三键;
可选地,具有1或2个独立地选自O或N的杂原子,若存在芳环,若芳环中存在杂原子,则芳环中的杂原子不包含在内);
可选地,包含一个或两个芳环,所述芳环中的任一个或两个都包含0个或1个氮杂原子;和
可选地,具有1至3个选自羟基、氨基、甲基、甲氨基和卤素的取代基。
3.根据权利要求1所述的化合物,其特征在于,所述X具有通式(IV):
其中,每个R25和R26均为基于碳原子且具有如下参数的亲脂链:
具有3至30个碳原子,若存在任何脂环或芳环,则所述脂环或芳环的碳原子亦包含在内;
为直链或支链,且在其为支链时,包含1至3个分支点;
饱和或不饱和,且在其不饱和时包含1至4个双键或三键;
可选地,具有1、2或3个独立地选自S、O或N的杂原子,若存在芳环,若芳环中存在杂原子,则芳环中的杂原子不包含在内;
可选地,包含一个或多个芳环,一个或多个稠环芳环,或一个或多个芳环或稠环芳环,且每个所述芳环或稠环芳环包含0、1、2或3个杂原子,所述杂原子若存在时独立地选自S、O或N;和
可选地,具有1至3个选自羟基、氨基、甲基、甲氨基和卤素的取代基;
t是选自0、1、2、3、4和5的整数;且
u是选自0、1、2、3、4和5的整数;
其中t或u的其中之一为0时另一个不为0。
4.根据权利要求1至3中任一项所述的化合物,其特征在于,V选自万古霉素、万古霉素糖苷配基、脱胺基万古霉素、去甲万古霉素、氯伊瑞霉素、替考拉宁-A2-2、利托菌素A、伊瑞霉素、博莱霉素、类放线菌素A、complestatin、chloropeptin 1、kistamycin A、阿伏霉素、特拉万星、A40926和奥利万星,及其中任一种在伯氨基上以R17任选取代,其中R17如权利要求1中所定义。
5.根据前述权利要求1-3中任一项所述的化合物,其特征在于,所述W是碱性氨基酸或包含2至5个氨基酸的碱性肽,其中所述W不是或不含任何具有含硫侧链的氨基酸。
6.根据权利要求5所述的化合物,其特征在于,所述W由具有通式(V)的一个残基或2至10个连续残基组成:
其中:
Y是通式为–(CR20R21)g-的基团;
R18a选自以下各项:H、任选取代的C1-C12烷基、任选取代的C2-C12烯基、任选取代的C2-C12炔基、任选取代的C1-C12杂烷基、任选取代的C3-C12环烷基、任选取代的C2-C12杂环烷基、任选取代的C6-C18芳基、任选取代的C1-C18杂芳基、-C(=NR22)-NR23R24和OR22;
R18b选自以下各项:H、任选取代的C1-C12烷基、任选取代的C2-C12烯基、任选取代的C2-C12炔基、任选取代的C1-C12杂烷基、任选取代的C3-C12环烷基、任选取代的C2-C12杂环烷基、任选取代的C6-C18芳基和任选取代的C1-C18杂芳基,或
R18a和R18b连同与它们相连的氮原子共同形成任选取代的杂环部分,或
R18a和R18b其中之一与任一R20或R21以及与它们相连的原子形成任选取代的杂环部分;
R19选自以下各项:H和任选取代的C1-C12烷基;
R20和R21分别独立选自以下各项:H,卤素,OH,C1-C12烷基,C6-C18芳基,C1-C12卤代烷基,C1-C12羟烷基,C1-C12烷氧基和C1-C12卤代烷氧基,或
R20和R21与它们相连的碳共同形成任选取代的C3-C12环烷基,或任选取代的C1-C12杂环烷基基团,或
R20和R21其中之一与R18a和R18b之一以及与它们相连的原子共同形成任选取代的杂环部分;
每个R22,R23,和R24独立选自以下各项:H,任选取代的C1-C12烷基,任选取代的C1-C12杂烷基,任选取代的C3-C12环烷基,任选取代的C6-C18芳基,和任选取代的C1-C18杂芳基,或
R22,R23和R24中的任两个和与它们相连的源自共同形成任选取代的环基团;
g是选自以下各项的整数:1、2、3、4、和5;
r是选自以下各项的整数:1、2、3、4、5、6、7、8、9和10。
7.根据权利要求6所述的化合物,其特征在于,所述Y是(CH2)g。
8.根据权利要求5所述的化合物,其特征在于,其中所述W由具有通式(V)的一个残基或2至5个连续残基组成:
其中:
Y是通式为–(CR20R21)g-的基团;
R18a选自以下各项:H、任选取代的C1-C12烷基、任选取代的C2-C12烯基、任选取代的C2-C12炔基、任选取代的C1-C12杂烷基、任选取代的C3-C12环烷基、任选取代的C2-C12杂环烷基、任选取代的C6-C18芳基、任选取代的C1-C18杂芳基、-C(=NR22)-NR23R24和OR22;
R18b选自以下各项:H、任选取代的C1-C12烷基、任选取代的C2-C12烯基、任选取代的C2-C12炔基、任选取代的C1-C12杂烷基、任选取代的C3-C12环烷基、任选取代的C2-C12杂环烷基、任选取代的C6-C18芳基和任选取代的C1-C18杂芳基,或
R18a和R18b连同与它们相连的氮原子共同形成任选取代的杂环部分,或
R18a和R18b之一与任一R20或R21以及与它们相连的原子形成任选取代的杂环部分;
R19选自以下各项:H和任选取代的C1-C12烷基;
R20和R21分别独立选自以下各项:H,卤素,OH,C1-C12烷基,C6-C18芳基,C1-C12卤代烷基,C1-C12羟烷基,C1-C12烷氧基和C1-C12卤代烷氧基,或
R20和R21与它们相连的的碳共同形成任选取代的C3-C12环烷基,或任选取代的C1-C12杂环烷基基团,或
R20和R21之一与R18a和R18b之一以及与它们相连的原子共同形成任选取代的杂环部分;
每个R22,R23,和R24独立选自以下各项:H,任选取代的C1-C12烷基,任选取代的C1-C12杂烷基,任选取代的C3-C12环烷基,任选取代的C6-C18芳基,和任选取代的C1-C18杂芳基,或
R22,R23和R24中的任两个和与它们相连的源自共同形成任选取代的环基团;
g是选自以下各项的整数:1、2、3、4、和5;
r是选自以下各项的整数:1、2、3、4、5、6、7、8、9和10。
9.根据权利要求8所述的化合物,其特征在于,所述Y是(CH2)g。
10.根据权利要求6所述的化合物,其特征在于,所述残基或连续残基选自:任选取代的D-或L-赖氨酸、鸟氨酸、2,4-二氨基丁酸、2,3-二氨基丙酸和精氨酸。
11.根据前述权利要求1-3任一项所述的化合物,其特征在于,所述W选自以下各项:–Lys-、-Lys-Lys-、-Lys-Lys-Lys-、-Orn-、-Orn-Orn-、-Orn-Orn-Orn-、-Lys-Orn-、-Orn-Lys、-Dab-、-Dab-Dab-、-Lys-Dab-、-Dab-Lys-、-Dab-Orn-、-Orn-Dab-、-Dap-、-Dap-Dap-、-Dap-Lys-、-Lys-Dap、-Dap-Orn、-Orn-Dap、-Dap-Dab-和-Dab-Dap-,其中任一所述氨基酸是–L-或–D-构型。
12.根据权利要求1至3中任一项所述的化合物,其特征在于,每个任选取代基独立选自以下各项:卤素、=O、=S、-CN、-NO2、-CF3、-OCF3、烷基、烯基、炔基、卤代烷基、卤代烯基、卤代炔基、杂烷基、环烷基、环烯基、杂环烷基、杂环烯基、芳基、杂芳基、环烷基烷基、杂环烷基烷基、杂芳烷基、芳烷基、环烷基烯基、杂环烷基烯基、芳烯基、杂芳烯基、环烷基杂烷基、杂环烷基杂烷基、芳基杂烷基、杂芳基杂烷基、羟基、羟基烷基、烷氧基、烷氧基烷基、烷氧基环烷基、烷氧基杂环烷基、烷氧基芳基、烷氧基杂芳基、烷氧基羰基、烷基氨基羰基、烯氧基、炔氧基、环烷氧基、环烯氧基、杂环烷氧基、杂环烯氧基、芳氧基、苯氧基、苄氧基、杂芳氧基、芳基烷氧基、氨基、烷基氨基、酰氨基、氨基烷基、芳基氨基、磺酰基氨基、亚磺酰基氨基、磺酰基、烷基磺酰基、芳基磺酰基、氨基磺酰基、亚磺酰基、烷基亚磺酰基、芳基亚磺酰基、氨基亚磺酰基氨基烷基、-C(=O)OH、-C(=O)Ra、C(=O)ORa、C(=O)NRaRb、C(=NOH)Ra、C(=NRa)NRbRc、NRaRb、NRaC(=O)Rb、NRaC(=O)ORb、NRaC(=O)NRbRc、NRaC(=NRb)NRcRd、NRaSO2Rb、-SRa、SO2NRaRb、-ORa、OC(=O)NRaRb、OC(=O)Ra和酰基;
其中Ra、Rb、Rc和Rd分别独立选自:H、C1-C12烷基、C1-C12卤代烷基、C2-C12烯基、C2-C12炔基、C1-C10杂烷基、C3-C12环烷基、C3-C12环烯基、C1-C12杂环烷基、C1-C12杂环烯基、C6-C18芳基、C1-C18杂芳基和酰基,或Ra、Rb、Rc和Rd中的任意两个和与它们相连的原子共同形成具有3至12个环原子的杂环系。
13.根据权利要求1所述的化合物,其特征在于,该化合物选自如表2所公开的化合物。
14.根据权利要求1至13中任一项所述的化合物的药学上可接受的盐。
15.一种组合物,其包含根据权利要求1至13中任一项所述的化合物和药学上可接受的载体、稀释剂或赋形剂。
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